Хромозомните мутации включват изтриването или дублирането на много гени. Ефектите на хромозомните мутации често са много по-големи от мутациите в рамките на един ген, защото хромозомните мутации
може да се появи само по време на оплождането. може да причини ненормално развитие на потомството. Те винаги са полезни за организма. Те рядко се предават на следващото поколение.