Вътрешните води могат да бъдат групирани в два основни класа: стоящи води и течащи води. Както често се случва, границата между тези два класа не е остра и ясна. Езерото е пример за стояща вода. Но повечето езера се захранват от извори или потоци и повечето имат излаз. По този начин някакво течение на променящата се вода тече през тях. От друга страна, реката е пример за течаща вода. На някои места обаче реката може да има такъв изход.
Обикновено водата в реката се влива в езерце. Учените изучават само течащите водни екосистеми. Обикновено езерцата издържат много по-дълго от локвите. Каспийско море се счита за пример за течаща вода.