	По-нататъшната история на Карнак отново ни връща към борбата на идеи и партии. Аменхотеп IV (Ехнатон), бунтовник, който провъзгласил култ към Атон и преместил столицата в Тел-ел-Амарна, където се родил странният трогателен, реалистичен и в нещо декадентски стил на новото, обвеяно от хуманни, но нежизнеспособни идеи изкуство, не обичал храма на Амон — въплъщение на властта на жреците. Източно от карнакския храм той построил храм на Атон. Но от него не е останало нищо: след гибелта на смелия и обречен на неуспех експеримент жреците и следващите фараони изравнили храма на Атон със земята. Но както и навсякъде, в Карнак нищо не изчезнало безследно. Причина за това била практичността на следващите строители. При разкопките били намерени статуи от еретика Ехнатон, а много блокове от храма му, украсени с барелефи в стила на амарнската школа, се оказали вградени в по-късните постройки за прослава на Амон.