title: Standardized regression coefficients using lm() and scale() differ from those using lm.beta() or cor()
body: <p>I have two variables and I want to find the correlation between them. The issues is that I seem to be getting different results depending on which method I use. </p>
  
  <p>One method I know of is to run a lm() function with the independent and dependent variables in the scale() function. </p>
  
  <p>So with the variables below that would look like:</p>
  
  <pre><code>lm(scale(mainDataframe$relativeFemHappy) ~ scale(mainDataframe$allRights))
  </code></pre>
  
  <p>Other methods I know of are to simply use the cor() function or the lm.beta() function.</p>
  
  <p>So that would like like:</p>
  
  <pre><code>cor(mainDataframe$relativeFemHappy, mainDataframe$allRights, use="pairwise.complete.obs")
  </code></pre>
  
  <p>and</p>
  
  <pre><code>library(lm.beta)
  lm.beta(lm(mainDataframe$relativeFemHappy ~ mainDataframe$allRights))
  </code></pre>
  
  <p>The issue is that the results I'm getting are different:</p>
  
  <pre><code>&gt; lm(scale(mainDataframe$relativeFemHappy) ~ scale(mainDataframe$allRights))
  
  Call:
  lm(formula = scale(mainDataframe$relativeFemHappy) ~ scale(mainDataframe$allRights))
  
  Coefficients:
                     (Intercept)  scale(mainDataframe$allRights)  
                       -0.002478                       -0.272812  
  
  &gt; lm.beta(lm(mainDataframe$relativeFemHappy ~ mainDataframe$allRights))
  mainDataframe$allRights 
               -0.2550056 
  &gt; cor(mainDataframe$relativeFemHappy, mainDataframe$allRights, use="pairwise.complete.obs")
  [1] -0.2550056
  </code></pre>
  
  <p>So with first method using lm() and scale() I'm getting a coefficient of 0.2728, while the lm.beta() and cor() method gives me a coefficient of -0.225</p>
  
  <p>I'm would love to know what's causing this. Thanks.</p>
  
  <pre><code>    mainDataframe.allRights mainDataframe.relativeFemHappy
  1                 1.3333333                   0.0653854461
  2                        NA                  -0.0943358596
  3                 1.0000000                  -0.3559994842
  4                 2.0000000                   0.0542260426
  5                 1.3333333                  -0.1125838731
  6                        NA                   0.0647522523
  7                 1.6666667                  -0.1119041715
  8                 1.0000000                   0.0564865005
  9                 1.3333333                   0.2199685735
  10                1.3333333                   0.3016471599
  11                0.6666667                   0.6291666667
  12                       NA                  -0.1322754782
  13                       NA                  -0.7031950673
  14                1.6666667                   0.5382193869
  15                0.6666667                   0.0515831008
  16                1.3333333                  -0.2406053407
  17                       NA                  -0.3188695664
  18                1.3333333                  -0.2132530855
  19                1.3333333                  -0.1051805386
  20                1.3333333                   0.5137880544
  21                1.3333333                  -0.1591651057
  22                       NA                   0.3518542315
  23                1.6666667                  -0.3134255036
  24                2.3333333                  -0.0353351079
  25                1.3333333                  -0.3069227981
  26                1.3333333                   0.4518921825
  27                1.3333333                  -0.0106520766
  28                2.0000000                  -0.1744353706
  29                1.3333333                  -0.5486947791
  30                2.0000000                  -0.1683776581
  31                2.0000000                  -0.1141202547
  32                2.6666667                   0.1352620331
  33                2.3333333                            NaN
  34                1.3333333                  -0.4105513765
  35                1.3333333                  -0.3623256900
  36                1.3333333                  -0.1843162243
  37                2.0000000                  -0.2813061511
  38                1.3333333                  -0.2735289841
  39                1.0000000                  -0.3703465553
  40                1.3333333                  -0.0399500250
  41                1.3333333                  -0.0798679868
  42                       NA                  -0.1494736842
  43                0.6666667                   0.2510419233
  44                2.3333333                  -0.1636337231
  45                3.0000000                  -0.2588880820
  46                0.3333333                   0.5142450779
  47                1.6666667                  -0.0927171343
  48                1.3333333                   0.2302559822
  49                1.3333333                  -0.1605876144
  50                1.3333333                   0.0224237663
  51                1.3333333                  -0.3474095401
  52                1.3333333                   0.0879899428
  53                       NA                  -0.2959860780
  54                2.0000000                  -0.0678765880
  55                2.3333333                  -0.2593966749
  56                2.6666667                  -0.3066565041
  57                1.6666667                   0.0659408848
  58                1.6666667                   0.3153641680
  59                1.3333333                  -0.4080779390
  60                1.3333333                   0.1695402299
  61                2.0000000                  -0.1246312234
  62                1.6666667                  -0.4569675001
  63                2.0000000                   0.1021491160
  64                1.3333333                  -0.1375955915
  65                       NA                   0.0007769658
  66                1.3333333                  -0.0427901329
  67                2.3333333                   0.0918414523
  68                1.3333333                   0.1675599213
  69                1.3333333                   0.0667226151
  70                1.0000000                   0.6140938930
  71                1.3333333                   0.0139284251
  72                2.0000000                  -0.0253022876
  73                1.3333333                   0.0767676768
  74                1.3333333                  -0.3298592768
  75                0.3333333                   0.4164929718
  76                       NA                   0.2050189429
  77                1.6666667                   0.1017706560
  78                0.6666667                   0.6626247039
  79                1.3333333                   0.1182371519
  80                0.0000000                  -0.1336948622
  81                0.6666667                   0.2007353845
  82                2.0000000                  -0.0111828561
  83                1.3333333                   0.0728503690
  84                1.3333333                   0.3259760711
  85                       NA                   0.1190302497
  86                1.0000000                   0.1194620625
  87                0.6666667                   0.0453267607
  88                2.0000000                   0.0911983186
  89                1.3333333                   0.1566666667
  90                0.0000000                   0.0907911338
  91                1.6666667                   0.0898769242
  92                       NA                  -0.1525686518
  93                3.0000000                  -0.0293211263
  94                1.6666667                   0.6627064577
  95                1.3333333                   0.5176272062
  96                       NA                   0.4856334661
  97                2.0000000                  -0.0205725729
  98                1.6666667                  -0.2117421455
  99                1.3333333                  -0.0930969019
  100               2.0000000                  -0.0367682733
  101               1.3333333                   0.3817815271
  102                      NA                  -0.2265089463
  103                      NA                   0.1038953135
  104                      NA                  -0.0329032045
  105               1.0000000                  -0.0223175342
  106                      NA                   0.0393768703
  107                      NA                  -0.1385969952
  108                      NA                   0.1356859273
  109               2.0000000                   0.0107975036
  110                      NA                   0.0979167949
  111               0.6666667                  -0.0342344955
  112                      NA                  -0.0050468143
  113                      NA                  -0.0895239553
  114                      NA                  -0.0465631929
  115                      NA                   0.3002016217
  116               2.6666667                  -0.1137102105
  117               0.6666667                   0.0882938923
  118                      NA                   0.4241776220
  119                      NA                   0.1236421047
  120                      NA                   0.2142170169
  121                      NA                   0.0387629732
  122               1.0000000                  -0.0567106487
  123                      NA                   0.0336110922
  124                      NA                   0.1359546531
  125                      NA                  -0.0764485186
  126                      NA                   0.3689020044
  127                      NA                   0.4295649361
  128                      NA                  -0.1044761961
  129               1.0000000                  -0.2089427217
  130                      NA                   0.2015707900
  131               1.6666667                  -0.0740150225
  132                      NA                   0.0851963992
  133                      NA                   0.1023532212
  134               1.3333333                  -0.0808608360
  135                      NA                   0.2427526973
  136                      NA                  -0.0551786818
  137               3.0000000                   0.0660331924
  138                      NA                  -0.3727922200
  139                      NA                   0.1102447610
  140                      NA                  -0.2057888977
  141                      NA                  -0.1719448695
  142               2.3333333                  -0.2175613073
  143                      NA                  -0.2613899294
  144                      NA                   0.0756224178
  145               1.3333333                  -0.1586860559
  146                      NA                  -0.1028082059
  147               1.6666667                  -0.0093129029
  148                      NA                   0.2982334465
  149                      NA                  -0.2291732892
  150                      NA                  -0.3709208321
  151                      NA                   0.0254403690
  152                      NA                  -0.2755686789
  153                      NA                   0.1773620638
  154               0.6666667                   0.1088370006
  155                      NA                   0.0951056627
  156                      NA                  -0.3433133733
  157                      NA                  -0.0837993745
  158                      NA                  -0.3437314283
  159                      NA                  -0.2230338635
  160                      NA                   0.0075808250
  161                      NA                   0.0706623401
  162                      NA                   0.0185266374
  163                      NA                   0.0063326421
  164                      NA                   0.0671828617
  165                      NA                  -0.1791227448
  166                      NA                  -0.0233741378
  167                      NA                  -0.0233616222
  168                      NA                   0.5177982205
  169                      NA                  -0.0210875370
  170                      NA                  -0.0955256618
  171                      NA                   0.2049268262
  172                      NA                  -0.0165755643
  173                      NA                   0.3305190592
  174                      NA                   0.1140276893
  175                      NA                  -0.1494444444
  176                      NA                   0.0485406351
  177                      NA                   0.1383207807
  178                      NA                  -0.0726862507
  179                      NA                   0.0389694042
  </code></pre>