title: update value in xml field conditional upon values in a data frame
body: <p>I have a xml file that I exported from a reference manager. Here is a sample with two entries. </p>
  
  <pre><code>&lt;?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?&gt;&lt;xml&gt;&lt;records&gt;&lt;record&gt;&lt;database name="mhealth.enl" path="/Users/ericpgreen/Dropbox/+Projects/Maternal mHealth/mhealth.enl"&gt;mhealth.enl&lt;/database&gt;&lt;source-app name="EndNote" version="17.4"&gt;EndNote&lt;/source-app&gt;&lt;rec-number&gt;3843&lt;/rec-number&gt;&lt;foreign-keys&gt;&lt;key app="EN" db-id="z2xx2a2rpatev4e22v152e5idp2s5tdprtwv"&gt;3843&lt;/key&gt;&lt;/foreign-keys&gt;&lt;ref-type name="Journal Article"&gt;17&lt;/ref-type&gt;&lt;contributors&gt;&lt;authors&gt;&lt;author&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Vickery, C.&lt;/style&gt;&lt;/author&gt;&lt;/authors&gt;&lt;/contributors&gt;&lt;titles&gt;&lt;title&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Maternal supplementation and birthweight [letter]&lt;/style&gt;&lt;/title&gt;&lt;secondary-title&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Lancet&lt;/style&gt;&lt;/secondary-title&gt;&lt;/titles&gt;&lt;periodical&gt;&lt;full-title&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Lancet&lt;/style&gt;&lt;/full-title&gt;&lt;abbr-1&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Lancet&lt;/style&gt;&lt;/abbr-1&gt;&lt;/periodical&gt;&lt;pages&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;53&lt;/style&gt;&lt;/pages&gt;&lt;volume&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;341&lt;/style&gt;&lt;/volume&gt;&lt;number&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;8836&lt;/style&gt;&lt;/number&gt;&lt;keywords&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Maternal Mortality&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Infant Mortality&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Antenatal Care&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Pregnancy&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Malnutrition&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Low Birth Weight&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Food Supplementation&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Women&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Developing Countries&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Mortality&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Population Dynamics&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Demographic Factors&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Population&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Maternal Health Services&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Maternal-Child Health Services&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Primary Health Care&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Health Services&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Delivery of Health Care&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Health&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Reproduction&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Nutrition Disorders&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Diseases&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Birth Weight&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Body Weight&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Physiology&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Biology&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Nutrition Programs&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;/keywords&gt;&lt;dates&gt;&lt;year&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;1993&lt;/style&gt;&lt;/year&gt;&lt;pub-dates&gt;&lt;date&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;1993 Jan 2&lt;/style&gt;&lt;/date&gt;&lt;/pub-dates&gt;&lt;/dates&gt;&lt;accession-num&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;079558&lt;/style&gt;&lt;/accession-num&gt;&lt;abstract&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Dr. Garner and colleagues ...Garner et al. discuss. Whether village women will be convinced remains to be seen. (full text) (4 references cited in original document)&lt;/style&gt;&lt;/abstract&gt;&lt;urls&gt;&lt;/urls&gt;&lt;custom1&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;EG&lt;/style&gt;&lt;/custom1&gt;&lt;custom2&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;0&lt;/style&gt;&lt;/custom2&gt;&lt;remote-database-name&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;POPLINE&lt;/style&gt;&lt;/remote-database-name&gt;&lt;language&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;English&lt;/style&gt;&lt;/language&gt;&lt;/record&gt;&lt;record&gt;&lt;database name="mhealth.enl" path="/Users/ericpgreen/Dropbox/+Projects/Maternal mHealth/mhealth.enl"&gt;mhealth.enl&lt;/database&gt;&lt;source-app name="EndNote" version="17.4"&gt;EndNote&lt;/source-app&gt;&lt;rec-number&gt;3837&lt;/rec-number&gt;&lt;foreign-keys&gt;&lt;key app="EN" db-id="z2xx2a2rpatev4e22v152e5idp2s5tdprtwv"&gt;3837&lt;/key&gt;&lt;/foreign-keys&gt;&lt;ref-type name="Report"&gt;27&lt;/ref-type&gt;&lt;contributors&gt;&lt;authors&gt;&lt;author&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Ngallaba, S.&lt;/style&gt;&lt;/author&gt;&lt;author&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Kapiga, S. H.&lt;/style&gt;&lt;/author&gt;&lt;author&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Ruyobya, I.&lt;/style&gt;&lt;/author&gt;&lt;author&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Boerma, J. T.&lt;/style&gt;&lt;/author&gt;&lt;/authors&gt;&lt;/contributors&gt;&lt;titles&gt;&lt;title&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Tanzania Demographic and Health Survey 1991/1992&lt;/style&gt;&lt;/title&gt;&lt;/titles&gt;&lt;pages&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;xviii, 306 p.&lt;/style&gt;&lt;/pages&gt;&lt;keywords&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Government Publication&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Tables and Charts&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Demographic and Health Surveys&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Households&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Fertility&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Family Planning&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Fertility Determinants&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Family Size Desired&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Maternal-Child Health Services&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Child Nutrition&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Infant Nutrition&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;AIDS&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Health Services&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Statistics&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Men&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Developing Countries&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Demographic Surveys&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Population Dynamics&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Demographic Factors&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Population&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Family and Household&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Sociocultural Factors&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Family Size&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Family Characteristics&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Primary Health Care&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Delivery of Health Care&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Health&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Nutrition&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;HIV Infections&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Viral Diseases&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Diseases&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;keyword&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Research Methodology&lt;/style&gt;&lt;/keyword&gt;&lt;/keywords&gt;&lt;dates&gt;&lt;year&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;1993&lt;/style&gt;&lt;/year&gt;&lt;/dates&gt;&lt;publisher&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Dar es Salaam, Tanzania, Bureau of Statistics, 1993 Jun.&lt;/style&gt;&lt;/publisher&gt;&lt;accession-num&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;084094&lt;/style&gt;&lt;/accession-num&gt;&lt;abstract&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;The complete results...Knowledge of contraception increases with age.&lt;/style&gt;&lt;/abstract&gt;&lt;notes&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;Demographic and Health Surveys [DHS]&lt;/style&gt;&lt;/notes&gt;&lt;urls&gt;&lt;related-urls&gt;&lt;url&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;http://www.measuredhs.com&lt;/style&gt;&lt;/url&gt;&lt;/related-urls&gt;&lt;/urls&gt;&lt;custom1&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;EG&lt;/style&gt;&lt;/custom1&gt;&lt;custom2&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;0&lt;/style&gt;&lt;/custom2&gt;&lt;remote-database-name&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;POPLINE&lt;/style&gt;&lt;/remote-database-name&gt;&lt;language&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;English&lt;/style&gt;&lt;/language&gt;&lt;/record&gt;
  </code></pre>
  
  <p>The first record is identified by <code>&lt;rec-number&gt;3843&lt;/rec-number&gt;</code>. The second record number is <code>3837</code>. </p>
  
  <p>The records also contain <code>&lt;custom2&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;0&lt;/style&gt;&lt;/custom2&gt;</code>. The value is set to <code>0</code> in every record. </p>
  
  <p>I have a data frame with the following type of info:</p>
  
  <pre><code>dat &lt;- data.frame(id=c(1021, 3837, 3843), 
                    include=c(0, 1, 0))
  dat
  #    id include
  #1 1021       0
  #2 3837       1
  #3 3843       0
  </code></pre>
  
  <p>I want to loop through every row in <code>dat</code> and update the value of <code>custom2</code> in the xml for a particular <code>id</code> if <code>include==1</code>. I need to keep the file in xml syntax so I can import the updated version back into the reference manager software. </p>
  
  <p>Any thoughts? Something like subset <code>dat</code> to <code>include==1</code> then look for each <code>id</code> in sequence...then replace the next instance of <code>&lt;custom2&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;0&lt;</code> with <code>&lt;custom2&gt;&lt;style face="normal" font="default" size="100%"&gt;1&lt;</code>...</p>