title: how to set path for fsl in google colab
body: <p>I am trying to do skull stripping using nipype fsl in colab
  I have installed fsl in google colab but its last step requires to add following line in .bashrc file</p>
  <pre><code>FSLDIR=/usr/share/fsl
  . ${FSLDIR}/5.0/etc/fslconf/fsl.sh
  PATH=${FSLDIR}/5.0/bin:${PATH}
  export FSLDIR PATH
  </code></pre>
  <p>after executing <code>!whereis</code> fsl command i am getting output as</p>
  <blockquote>
  <pre><code>/usr/bin/fsl5.0-fnirt /usr/bin/fsl5.0-first_boundary_corr
  /usr/bin/fsl5.0-viena_quant /usr/bin/fsl5.0-bedpostx_datacheck
  /usr/bin/fsl5.0-fsl2ascii /usr/bin/fsl5.0-probtrackx
  /usr/bin/fsl5.0-extractfidparams /usr/bin/fsl5.0-asl_calib
  /usr/bin/fsl5.0-aff2rigid /usr/bin/fsl5.0-Text2Vest
  /usr/bin/fsl5.0-fabber /usr/bin/fsl5.0-fslswapdim
  /usr/bin/fsl5.0-melodic /usr/bin/fsl5.0-imln /usr/bin/fsl5.0-pnm_evs
  /usr/bin/fsl5.0-mcflirt /usr/bin/fsl5.0-lesion_filling
  /usr/bin/fsl5.0-first /usr/bin/fsl5.0-vecreg /usr/bin/fsl5.0-Featquery
  /usr/bin/fsl5.0-slicesmask /usr/bin/fsl5.0-fast
  /usr/bin/fsl5.0-run_mesh_utils /usr/bin/fsl5.0-tbss_2_reg
  /usr/bin/fsl5.0-bet2 /usr/bin/fsl5.0-fsladd
  /usr/bin/fsl5.0-systemnoise /usr/bin/fsl5.0-create_lut
  /usr/bin/fsl5.0-tsplot /usr/bin/fsl5.0-robustfov
  /usr/bin/fsl5.0-cutoffcalc /usr/bin/fsl5.0-feat_gm_prepare
  /usr/bin/fsl5.0-surf2surf /usr/bin/fsl5.0-siena_flirt
  /usr/bin/fsl5.0-Possum /usr/bin/fsl5.0-distancemap
  /usr/bin/fsl5.0-applywarp /usr/bin/fsl5.0-eddy_correct
  /usr/bin/fsl5.0-drawmesh /usr/bin/fsl5.0-basil_var
  /usr/bin/fsl5.0-fslvbm_3_proc /usr/bin/fsl5.0-fsl_sbca
  /usr/bin/fsl5.0-tbss_deproject /usr/bin/fsl5.0-fslfft
  /usr/bin/fsl5.0-fslcc /usr/bin/fsl5.0-mccutup
  /usr/bin/fsl5.0-selfintersection /usr/bin/fsl5.0-fsl_glm
  /usr/bin/fsl5.0-surface_fdr /usr/bin/fsl5.0-generate_b0calc
  /usr/bin/fsl5.0-pvmfit /usr/bin/fsl5.0-mm /usr/bin/fsl5.0-medianfilter
  /usr/bin/fsl5.0-fsl /usr/bin/fsl5.0-first_flirt
  /usr/bin/fsl5.0-possum_matrix /usr/bin/fsl5.0-fslmeants
  /usr/bin/fsl5.0-standard_space_roi /usr/bin/fsl5.0-fslcorrecthd
  /usr/bin/fsl5.0-ccops /usr/bin/fsl5.0-randomise_parallel
  /usr/bin/fsl5.0-siena_cal /usr/bin/fsl5.0-surf_proj
  /usr/bin/fsl5.0-extracttxt /usr/bin/fsl5.0-possum
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_mvlm /usr/bin/fsl5.0-InvertXFM
  /usr/bin/fsl5.0-Make_flobs /usr/bin/fsl5.0-Renderstats
  /usr/bin/fsl5.0-b0calc /usr/bin/fsl5.0-prewhiten
  /usr/bin/fsl5.0-xfibres /usr/bin/fsl5.0-contrast_mgr
  /usr/bin/fsl5.0-fslFixText /usr/bin/fsl5.0-dual_regression
  /usr/bin/fsl5.0-Susan /usr/bin/fsl5.0-updatefeatreg
  /usr/bin/fsl5.0-epi_reg /usr/bin/fsl5.0-possumX
  /usr/bin/fsl5.0-randomise /usr/bin/fsl5.0-eddy_combine
  /usr/bin/fsl5.0-fslchpixdim /usr/bin/fsl5.0-AnatomicalAverage
  /usr/bin/fsl5.0-pngappend /usr/bin/fsl5.0-surf2volume
  /usr/bin/fsl5.0-dtigen /usr/bin/fsl5.0-tbss_x
  /usr/bin/fsl5.0-fslvbm_1_bet /usr/bin/fsl5.0-ptoz
  /usr/bin/fsl5.0-ApplyXFM /usr/bin/fsl5.0-fslcpgeom
  /usr/bin/fsl5.0-tcalc /usr/bin/fsl5.0-generate_brain
  /usr/bin/fsl5.0-gps /usr/bin/fsl5.0-Pnm /usr/bin/fsl5.0-basil
  /usr/bin/fsl5.0-find_the_biggest /usr/bin/fsl5.0-probtrackx2
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_gui /usr/bin/fsl5.0-slicer
  /usr/bin/fsl5.0-convert_xfm /usr/bin/fsl5.0-asl_preproc
  /usr/bin/fsl5.0-signal2image /usr/bin/fsl5.0-ConcatXFM
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_motion_outliers /usr/bin/fsl5.0-fsl_histogram
  /usr/bin/fsl5.0-pointflirt /usr/bin/fsl5.0-fslsmoothfill
  /usr/bin/fsl5.0-checkFEAT /usr/bin/fsl5.0-ztop
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_prepare_fieldmap /usr/bin/fsl5.0-applytopup
  /usr/bin/fsl5.0-halfcosbasis /usr/bin/fsl5.0-swap_voxelwise
  /usr/bin/fsl5.0-fslslice /usr/bin/fsl5.0-fslchfiletype_exe
  /usr/bin/fsl5.0-first_roi_slicesdir /usr/bin/fsl5.0-zeropad
  /usr/bin/fsl5.0-featquery /usr/bin/fsl5.0-immv /usr/bin/fsl5.0-Fdt
  /usr/bin/fsl5.0-fslerrorreport /usr/bin/fsl5.0-tbss_skeleton
  /usr/bin/fsl5.0-featregapply /usr/bin/fsl5.0-run_first
  /usr/bin/fsl5.0-rmsdiff /usr/bin/fsl5.0-fslhd
  /usr/bin/fsl5.0-viena_createpng /usr/bin/fsl5.0-imrm
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_boxplot /usr/bin/fsl5.0-tbss_sym
  /usr/bin/fsl5.0-invwarp /usr/bin/fsl5.0-fslvbm_2_template
  /usr/bin/fsl5.0-Feat /usr/bin/fsl5.0-slices
  /usr/bin/fsl5.0-fdt_rotate_bvecs /usr/bin/fsl5.0-fslcomplex
  /usr/bin/fsl5.0-fslanimate /usr/bin/fsl5.0-qboot_parallel
  /usr/bin/fsl5.0-applyxfm4D /usr/bin/fsl5.0-mvntool
  /usr/bin/fsl5.0-tbss_4_prestats /usr/bin/fsl5.0-bedpost
  /usr/bin/fsl5.0-film_gls /usr/bin/fsl5.0-swap_subjectwise
  /usr/bin/fsl5.0-mean /usr/bin/fsl5.0-invfeatreg
  /usr/bin/fsl5.0-pairreg /usr/bin/fsl5.0-smoothest
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_abspath /usr/bin/fsl5.0-fslchfiletype
  /usr/bin/fsl5.0-oxford_asl /usr/bin/fsl5.0-fslsurfacemaths
  /usr/bin/fsl5.0-ttoz /usr/bin/fsl5.0-siena_diff
  /usr/bin/fsl5.0-cluster /usr/bin/fsl5.0-std2imgcoord
  /usr/bin/fsl5.0-slicesdir /usr/bin/fsl5.0-fslinfo
  /usr/bin/fsl5.0-baycest /usr/bin/fsl5.0-fslsize
  /usr/bin/fsl5.0-avscale /usr/bin/fsl5.0-slices_summary
  /usr/bin/fsl5.0-fslecho /usr/bin/fsl5.0-susan /usr/bin/fsl5.0-Asl
  /usr/bin/fsl5.0-Bet /usr/bin/fsl5.0-invwarp_exe
  /usr/bin/fsl5.0-concat_bvars /usr/bin/fsl5.0-asl_reg
  /usr/bin/fsl5.0-topup /usr/bin/fsl5.0-Flirt
  /usr/bin/fsl5.0-design_ttest2 /usr/bin/fsl5.0-fabber_var
  /usr/bin/fsl5.0-fslmaths /usr/bin/fsl5.0-Renderhighres
  /usr/bin/fsl5.0-quasil /usr/bin/fsl5.0-tmpnam /usr/bin/fsl5.0-fslsplit
  /usr/bin/fsl5.0-setFEAT /usr/bin/fsl5.0-sienax
  /usr/bin/fsl5.0-remove_ext /usr/bin/fsl5.0-spharm_rm
  /usr/bin/fsl5.0-siena /usr/bin/fsl5.0-fslnvols
  /usr/bin/fsl5.0-fslmodhd /usr/bin/fsl5.0-fslroi
  /usr/bin/fsl5.0-fslreorient2std /usr/bin/fsl5.0-feat
  /usr/bin/fsl5.0-fnirtfileutils /usr/bin/fsl5.0-fslstats
  /usr/bin/fsl5.0-proj_thresh /usr/bin/fsl5.0-fsl_regfilt
  /usr/bin/fsl5.0-avw2fsl /usr/bin/fsl5.0-imglob
  /usr/bin/fsl5.0-filmbabescript /usr/bin/fsl5.0-easythresh
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_schurprod /usr/bin/fsl5.0-tbss_fill
  /usr/bin/fsl5.0-setup_masks /usr/bin/fsl5.0-qboot
  /usr/bin/fsl5.0-pnm_stage1 /usr/bin/fsl5.0-filmbabe
  /usr/bin/fsl5.0-Fsl_prepare_fieldmap /usr/bin/fsl5.0-renderhighres
  /usr/bin/fsl5.0-Melodic /usr/bin/fsl5.0-feat_model
  /usr/bin/fsl5.0-maskdyads /usr/bin/fsl5.0-flirt_average
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_tsplot /usr/bin/fsl5.0-asl_mfree
  /usr/bin/fsl5.0-calc_grad_perc_dev /usr/bin/fsl5.0-first3Dview
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_reg /usr/bin/fsl5.0-select_dwi_vols
  /usr/bin/fsl5.0-mainfeatreg /usr/bin/fsl5.0-sliceanimate
  /usr/bin/fsl5.0-hist2prob /usr/bin/fsl5.0-imtest
  /usr/bin/fsl5.0-match_smoothing /usr/bin/fsl5.0-possum_sum
  /usr/bin/fsl5.0-first_utils /usr/bin/fsl5.0-fslinterleave
  /usr/bin/fsl5.0-img2imgcoord /usr/bin/fsl5.0-fslascii2img
  /usr/bin/fsl5.0-cluster2html /usr/bin/fsl5.0-siena_flow2std
  /usr/bin/fsl5.0-ttologp /usr/bin/fsl5.0-betsurf /usr/bin/fsl5.0-pulse
  /usr/bin/fsl5.0-connectedcomp /usr/bin/fsl5.0-fsledithd
  /usr/bin/fsl5.0-fslselectvols /usr/bin/fsl5.0-fdr
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_sub /usr/bin/fsl5.0-fslcreatehd
  /usr/bin/fsl5.0-generate_b0 /usr/bin/fsl5.0-unconfound
  /usr/bin/fsl5.0-new_invwarp /usr/bin/fsl5.0-tbss_3_postreg
  /usr/bin/fsl5.0-convertwarp /usr/bin/fsl5.0-autoaq
  /usr/bin/fsl5.0-verbena /usr/bin/fsl5.0-fslval
  /usr/bin/fsl5.0-tbss_non_FA /usr/bin/fsl5.0-fugue
  /usr/bin/fsl5.0-fsl_anat /usr/bin/fsl5.0-label2surf
  /usr/bin/fsl5.0-wpng /usr/bin/fsl5.0-Nudge
  /usr/bin/fsl5.0-first_mult_bcorr /usr/bin/fsl5.0-asl_file
  /usr/bin/fsl5.0-Vest2Text /usr/bin/fsl5.0-makerot
  /usr/bin/fsl5.0-overlay /usr/bin/fsl5.0-sigloss
  /usr/bin/fsl5.0-prelude /usr/bin/fsl5.0-dtifit
  /usr/bin/fsl5.0-probtrack /usr/bin/fsl5.0-fslpspec
  /usr/bin/fsl5.0-estnoise /usr/bin/fsl5.0-flirt
  /usr/bin/fsl5.0-slicetimer /usr/bin/fsl5.0-fslorient
  /usr/bin/fsl5.0-bet /usr/bin/fsl5.0-generateConfounds
  /usr/bin/fsl5.0-imcp /usr/bin/fsl5.0-perfusion_subtract
  /usr/bin/fsl5.0-morph_kernel /usr/bin/fsl5.0-make_dyadic_vectors
  /usr/bin/fsl5.0-fslswapdim_exe /usr/bin/fsl5.0-run_first_all
  /usr/bin/fsl5.0-img2stdcoord /usr/bin/fsl5.0-old_betall
  /usr/bin/fsl5.0-flameo /usr/bin/fsl5.0-ftoz /usr/bin/fsl5.0-midtrans
  /usr/bin/fsl5.0-Glm /usr/bin/fsl5.0-popp /usr/bin/fsl5.0-fslmerge
  /usr/bin/fsl5.0-Fast /usr/bin/fsl5.0-whirlgif /usr/lib/fsl /etc/fsl
  /usr/share/fsl /usr/share/man/man1/fsl.1.gz
  </code></pre>
  </blockquote>