Prépublication (édition scientifique)
Dans le domaine de la publication scientifique, une prépublication (également appelée manuscrit auteur, et très fréquemment préprint ou ) est une version d'un article scientifique qui précède son acceptation par le comité de rédaction d'une revue scientifique. Elle ne comprend donc pas les modifications réalisées par l'auteur ou les auteurs à la demande du comité de lecture lors du processus d'évaluation par les pairs, ni les corrections et la mise en page réalisés par l'éditeur.

Au début des années 2000 le terme e-print était également utilisé en anglais et en français pour désigner les prépublications, mais en anglais e-print désigne de manière générale tous les documents mis en ligne sur des archives ouvertes ou des serveurs de prépublications, et ne doit donc pas être restreint aux prépublications. 

Au sens strict et étymologique, une prépublication doit être destinée à la publication par un éditeur, mais le terme s'emploie parfois également en pratique pour désigner des documents ayant la qualité scientifique requise pour être publiés, mais que l'auteur ou les auteurs choisissent de diffuser tels quels sans les soumettre à un éditeur.

La diffusion des prépublications sous forme numérique indépendamment de leur soumission à un éditeur est une pratique courante dans certaines disciplines depuis les années 1990, et connait un essor rapide à la fin des années 2010. Alors que ce n'est traditionnellement pas le cas dans le domaine biomédical, lors de la pandémie de Covid-19 l'usage de préprints a contribué à une diffusion rapide des connaissances sur le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 et la maladie qu'il provoque, ce qui n'a pas été sans poser au passage quelques questions de fiabilité. Toutefois, une analyse rétrospective ne montre aucune preuve convaincante que les prépublications fournissent des résultats incompatibles avec les articles publiés.

Rôle 
La publication des manuscrits dans une revue scientifique prend souvent des semaines, des mois ou même des années à partir de la soumission initiale, en raison des délais imposés par le processus éditorial (évaluation, interactions entre éditeur et auteurs, mise en forme puis mise en ligne et référencement par l'éditeur). L'utilité de faire circuler rapidement les résultats au sein d'une communauté scientifique a conduit les chercheurs, d'abord en physique et progressivement de plus en plus souvent dans d'autres disciplines, à distribuer au sein de leurs communautés des manuscrits devant encore être soumis à l'évaluation par les pairs. La distribution immédiate des prépublications sur les serveurs dédiés permet aux auteurs, tout en faisant date sur un résultat qu'ils jugent significatif, de recevoir les premiers commentaires de leurs pairs ; cela leur permet d'améliorer le manuscrit avant sa soumission.

Historique 
De longue date, les chercheurs en physique théorique avaient pour habitude de distribuer leurs manuscrits par courrier avant publication afin, notamment, de se protéger contre les mésactions supposées (retards abusifs ou vols d'idées) des rapporteurs sous couvert de confidentialité. En 1991, Paul Ginsparg a développé une archive électronique ouverte, ArXiv, afin de faciliter, d'élargir et de fiabiliser cette pratique. L'initiative est hébergée par des institutions publiques: d'abord le Los Alamos National Laboratory puis l'Université Cornell. La diffusion  des prépublications s'est élargie rapidement aux sciences sociales (Social Science Research Network lancé en 1994) et à l'économie (RePEc lancé en 1997).

Pour les chercheurs ne s'inscrivant pas dans ces disciplines, la diffusion des prépublications a longtemps nécessité de recourir à des outils plus généralistes, comme les archives ouvertes de leurs établissements ou les réseaux sociaux académiques tels que Academia.edu et ResearchGate, fondés en 2008.

Le développement des serveurs de prépublications, leur adoption et leur légitimation par un nombre croissant de communautés disciplinaires est un fait marquant de la décennie 2010. Après quelques initiatives infructueuses (telles que CogPrints en sciences cognitives, ou Nature Precedings, fermée en 2012 après 5 ans d'existence), 18 plateformes ont été créées entre 2013 et 2018, sur une base disciplinaire, géographique, linguistique, ou en lien avec des financeurs de la recherche ou des éditeurs. L'une des premières a été la plateforme BioRxiv, créée en 2013 par le laboratoire Cold Spring Harbor afin de développer le partage des preprints en biologie. La même année l'éditeur PeerJ a ouvert la plateforme PeerJPreprints, également liée à la biologie. De son côté, le Center for Open Science gère une vingtaine de plateformes partageant la même infrastructure (SocarXiv, engrXiv, PsyArXiv, etc.). En 2017, trois éditeurs majeurs du secteur de la chimie (American Chemical Society, German Chemical Society et Royal Society of Chemistry) se sont unis pour créer ChemRxiv, une plateforme dédiée aux prépublications en chimie. A l'été 2019 les créateurs de BiorXiv associés au British Medical Journal et à l'université de Yale annoncent l'ouverture de la plateforme MedRxiv dédiée à la médecine, domaine pourtant historiquement peu engagé dans le mouvement de diffusion des prépublications en raison du risque pour les patients et les médecins de s'appuyer sur des études non validées par les pairs. Cette période est également marquée par l'ouverture des services généralistes Zenodo (2013) et Figshare (2011) , qui peuvent accueillir des prépublications et d'autres types de documents et de données scientifiques. 

Ce mouvement a été accompagné par l'émergence de modèles et services éditoriaux innovants basés sur la valorisation des prépublications. La plateforme de publication en libre accès F1000Research lancée en 2012 rend visible les articles soumis, encore au stade de prépublications, et permet de suivre de manière transparente les différentes étapes de validation scientifiques. Plus récemment le système distribué d'évaluation par les pairs « Peer Community in », lancé début 2017 a pour but d'organiser des communautés de chercheurs capables d’évaluer scientifiquement des prépublications relatives à leur domaine.

La publication préalable d'une prépublication peut disqualifier la soumission pour publication dans certaines revues, notamment en biologie. En effet, depuis les  et semble-t-il afin de ralentir le développement de l'usage prépublications, certains éditeurs assimilent leur usage à une duplication contrevenant à la règle d'Ingelfinger. Cette attitude est toutefois de plus en plus rare aujourd'hui. Le site RoMEO résume les conditions imposées par chaque journal.

Le mouvement  (ASAP-Bio) assure la promotion de l'usage des prépublications en Biologie, auprès de toutes les parties prenantes : institutions, agences de financement et d'évaluation, revues scientifiques, auteurs.

Reconnaissance institutionnelle 
En , le Conseil de la Recherche Médicale a annoncé qu'il soutenait l'usage des prépublications dans le domaine biomédical. En , le Wellcome Trust a déclaré qu'il acceptait les références aux prépublications dans les demandes de subvention. Les National Institutes of Health ont adopté une position similaire en . C'est en fait le cas, depuis , d'un nombre croissant d'institutions et d'agences de financement. En , l'Initiative Chan Zuckerberg annonçait qu'elle comptait soutenir financièrement la plate-forme de prépublications BioRxiv, hébergée par le .

En France, les deux alliances de recherche pour la santé (Aviesan) et pour l'environnement (AllEnvi) ont indiqué en  qu'elles considéraient les prépublications comme une forme recevable de communication scientifique, sous réserve qu'ils soient archivés dans un serveur présentant notamment certaines garanties d'un service de type FAIR ("Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable"), et un horodatage des archivages.

Les archives ouvertes institutionnelles accueillent habituellement les prépublications dans le cadre de leur politique de libre accès à la connaissance et aux savoirs. C'est par exemple le cas en France de l'archive HAL, utilisée par le CNRS et la plupart des universités, mais adoptée très inégalement selon les disciplines.

La vie d'un manuscrit 
Selon l'état de leur validation et de leur publication dans une revue scientifique, on considère que les manuscrits auteurs sont des prépublications (pas encore évalués) ou des  (déjà évalués) même si dans l'usage courant, le terme  est parfois utilisé sans distinction.  comme  sont susceptibles de différer de la version finalement publiée, notamment par leur mise en forme. En réalité, on distingue plus de statuts successifs que cela dans la vie d'un manuscrit, selon l'état dans lequel il se trouve et selon son niveau de validation par les pairs, et ces statuts diffèrent selon les champs disciplinaires.

Certains chercheurs vont jusqu'à suggérer que les prépublications pourraient se substituer aux articles publiés de manière classique dans les revues scientifiques.

Voir aussi

Articles connexes 
 Revue scientifique
 Évaluation par les pairs
 Science ouverte
 Postprint
 Version publiée d'un article

Liens externes 
 ArXiv
 BioRxiv
 ASAPBio
 Peer Community In

Notes et références 

Littérature scientifique
Édition électronique
Libre accès en science
Dans le domaine de la publication scientifique , une prépublication ( également appelée manuscrit auteur , et très fréquemment préprint ou ) est une version d' un article scientifique qui précède son acceptation par le comité de rédaction d' une revue scientifique . Elle ne comprend donc pas les modifications réalisées par l' auteur ou les auteurs à la demande de le comité de lecture lors de le processus d' évaluation par les pairs , ni les corrections et la mise en page réalisés par l' éditeur . À le début de les annéesle terme e-print était également utilisé en anglais et en français pour désigner les prépublications , mais en anglais e- print désigne de manière générale tous les documents mis en ligne sur de les archives ouvertes ou de les serveurs de prépublications , et ne doit donc pas être restreint à les prépublications . À le sens strict et étymologique , une prépublication doit être destinée à la publication par un éditeur , mais le terme s' emploie parfois également en pratique pour désigner de les documents ayant la qualité scientifique requise pour être publiés , mais que l' auteur ou les auteurs choisissent de diffuser tels quels sans les soumettre à un éditeur . La diffusion de les prépublications sous forme numérique indépendamment de leur soumission à un éditeur est une pratique courante dans certaines disciplines depuis les années et connait un essor rapide à la fin de les années Alors que ce n' est traditionnellement pas le cas dans le domaine biomédical , lors de la pandémie de Covid-19 l' usage de préprints a contribué à une diffusion rapide de les connaissances sur le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 et la maladie qu' il provoque , ce qui n' a pas été sans poser à le passage quelques questions de fiabilité . Toutefois , une analyse rétrospective ne montre aucune preuve convaincante que les prépublications fournissent de les résultats incompatibles avec les articles publiés . Rôle La publication de les manuscrits dans une revue scientifique prend souvent de les semaines , de les mois ou même de les années à partir de la soumission initiale , en raison de les délais imposés par le processus éditorial ( évaluation , interactions entre éditeur et auteurs , mise en forme puis mise en ligne et référencement par l' éditeur ) . L' utilité de faire circuler rapidement les résultats à le sein d' une communauté scientifique a conduit les chercheurs , d' abord en physique et progressivement de plus en plus souvent dans d' autres disciplines , à distribuer à le sein de leurs communautés de les manuscrits devant encore être soumis à l' évaluation par les pairs . La distribution immédiate de les prépublications sur les serveurs dédiés permet à les auteurs , tout en faisant date sur un résultat qu' ils jugent significatif , de recevoir les premiers commentaires de leurs pairs ; cela leur permet d' améliorer le manuscrit avant sa soumission . Historique De longue date , les chercheurs en physique théorique avaient pour habitude de distribuer leurs manuscrits par courrier avant publication afin , notamment , de se protéger contre les mésactions supposées ( retards abusifs ou vols d' idées ) de les rapporteurs sous couvert de confidentialité . En Paul Ginsparg a développé une archive électronique ouverte , ArXiv , afin de faciliter , d' élargir et de fiabiliser cette pratique . L' initiative est hébergée par de les institutions publiques : d' abord le Los Alamos National Laboratory puis l' Université Cornell . La diffusion de les prépublications s' est élargie rapidement à les sciences sociales ( Social Science Research Network lancé enet à l' économie ( RePEc lancé en Pour les chercheurs ne s' inscrivant pas dans ces disciplines , la diffusion de les prépublications a longtemps nécessité de recourir à de les outils plus généralistes , comme les archives ouvertes de leurs établissements ou les réseaux sociaux académiques tels que Academia.edu et ResearchGate , fondés en Le développement de les serveurs de prépublications , leur adoption et leur légitimation par un nombre croissant de communautés disciplinaires est un fait marquant de la décennie Après quelques initiatives infructueuses ( telles que CogPrints en sciences cognitives , ou Nature Precedings , fermée enaprèsans d' existence ) , plateformes ont été créées entreet sur une base disciplinaire , géographique , linguistique , ou en lien avec de les financeurs de la recherche ou de les éditeurs . L' une de les premières a été la plateforme BioRxiv , créée enpar le laboratoire Cold Spring Harbor afin de développer le partage de les preprints en biologie . La même année l' éditeur PeerJ a ouvert la plateforme PeerJPreprints , également liée à la biologie . De son côté , le Center for Open Science gère une vingtaine de plateformes partageant la même infrastructure ( SocarXiv , engrXiv , PsyArXiv , etc. ) . En trois éditeurs majeurs de le secteur de la chimie ( American Chemical Society , German Chemical Society et Royal Society of Chemistry ) se sont unis pour créer ChemRxiv , une plateforme dédiée à les prépublications en chimie . A l' étéles créateurs de BiorXiv associés à le British Medical Journal et à l' université de Yale annoncent l' ouverture de la plateforme MedRxiv dédiée à la médecine , domaine pourtant historiquement peu engagé dans le mouvement de diffusion de les prépublications en raison de le risque pour les patients et les médecins de s' appuyer sur de les études non validées par les pairs . Cette période est également marquée par l' ouverture de les services généralistes Zenodoet Figshare , qui peuvent accueillir de les prépublications et d' autres types de documents et de données scientifiques . Ce mouvement a été accompagné par l' émergence de modèles et services éditoriaux innovants basés sur la valorisation de les prépublications . La plateforme de publication en libre accès F1000Research lancée enrend visible les articles soumis , encore à le stade de prépublications , et permet de suivre de manière transparente les différentes étapes de validation scientifiques . Plus récemment le système distribué d' évaluation par les pairs « Peer Community in » , lancé débuta pour but d' organiser de les communautés de chercheurs capables d’ évaluer scientifiquement de les prépublications relatives à leur domaine . La publication préalable d' une prépublication peut disqualifier la soumission pour publication dans certaines revues , notamment en biologie . En effet , depuis les et semble -t -il afin de ralentir le développement de l' usage prépublications , certains éditeurs assimilent leur usage à une duplication contrevenant à la règle d' Ingelfinger . Cette attitude est toutefois de plus en plus rare aujourd'hui . Le site RoMEO résume les conditions imposées par chaque journal . Le mouvement ( ASAP-Bio ) assure la promotion de l' usage de les prépublications en Biologie , auprès de toutes les parties prenantes \ : institutions , agences de financement et d' évaluation , revues scientifiques , auteurs . Reconnaissance institutionnelle En , le Conseil de la Recherche Médicale a annoncé qu' il soutenait l' usage de les prépublications dans le domaine biomédical . En , le Wellcome Trust a déclaré qu' il acceptait les références à les prépublications dans les demandes de subvention . Les National Institutes of Health ont adopté une position similaire en \ . C' est en fait le cas , depuis , d' un nombre croissant d' institutions et d' agences de financement . En , l' Initiative Chan Zuckerberg annonçait qu' elle comptait soutenir financièrement la plate-forme de prépublications BioRxiv , hébergée par le \ . En France , les deux alliances de recherche pour la santé ( Aviesan ) et pour l' environnement ( AllEnvi ) ont indiqué en qu' elles considéraient les prépublications comme une forme recevable de communication scientifique , sous réserve qu' ils soient archivés dans un serveur présentant notamment certaines garanties d' un service de type FAIR ( " Facile à trouver , Accessible , Interopérable , Réutilisable " ) , et un horodatage de les archivages . Les archives ouvertes institutionnelles accueillent habituellement les prépublications dans le cadre de leur politique de libre accès à la connaissance et à les savoirs . C' est par exemple le cas en France de l' archive HAL , utilisée par le CNRS et la plupart de les universités , mais adoptée très inégalement selon les disciplines . La vie d' un manuscrit Selon l' état de leur validation et de leur publication dans une revue scientifique , on considère que les manuscrits auteurs sont de les prépublications ( pas encore évalués ) ou de les ( déjà évalués ) même si dans l' usage courant , le terme est parfois utilisé sans distinction . comme sont susceptibles de différer de la version finalement publiée , notamment par leur mise en forme . En réalité , on distingue plus de statuts successifs que cela dans la vie d' un manuscrit , selon l' état dans lequel il se trouve et selon son niveau de validation par les pairs , et ces statuts diffèrent selon les champs disciplinaires . Certains chercheurs vont jusqu' à suggérer que les prépublications pourraient se substituer à les articles publiés de manière classique dans les revues scientifiques . Voir aussi Articles connexes Revue scientifique Évaluation par les pairs Science ouverte Postprint Version publiée d' un article Liens externes ArXiv BioRxiv ASAPBio Peer Community In Notes et références Littérature scientifique Édition électronique Libre accès en science