УПГМА
УПГМА () представља једноставну методу хијерархијског кластеровања. УПГМА метод је нашао примену у наукама као што су екологија и биоинформатика. У Бионформатици се користи за генерисање филогенетских стабала. У контексту филогенетике УПГМА се ослања на хипотезу о молекуларном сату, и сматра се једним од лошијих метода изградње филогенетских стабала. Тренутно се УПГМА користи при генерисању стабала водиља за комплексније и поузданије алгоритме у филогенетици.

УПГМА конструише филогенетско стабло са кореном (дендрограм) који описује структуру матрица сличности ( или матрица различитости ).

У сваком кораку, два најбижа кластера се комбинују у већи. Растојање између било која два кластера А и Б представља просек свих растојања између парова објеката "x" из A и "y" из B.

Конструкцију алгоритма описали су Sokal и Michener. Fionn Murtagh је описао оптимални  алогоритам за конструкцију УПГМА стабла.

Алгоритам 
 Доделити сваки таксон сопственом кластеру
 Дефинисати један лист за сваки таксон и поставити га на висину 0
 Све док има више од два кластера
 Одредити два кластера са најмањим растојањем 
 Дефинисати нови кластер 
 Дефинисати чвор к са потомцима i и ј и поставити га на висину 
 Заменити кластере i и j кластером к
 Израчунати растојање између к и осталих кластера
 Спојити последња два кластера i и j кореном на висини

Пример 
Нека је задата следећа матрица растојања:

Бирамо два таксона са најмањим растојањем. То су А и B. Висина дрвета је 

Рачунамо растојање новог кластера АB у односу на преостале таксоне.

Таксони са најмањим растојањем су D и E. Висина дрвета је 

Рачунамо растојање новог кластера DE у односу на преостале таксоне.

Висина дрвета: 

Рачунамо растојање новог кластера ABC у односу на преостале таксоне.

Висина дрвета: 

Рачунамо растојање новог кластера ABCDE у односу на преостале таксоне.

Висина дрвета:

Види још 
 Спајање суседа
 Кластер анализа
 Хијерархијско кластеровање
 Молекуларни сат

Референце 

Informatika
УПГМА ( ) представља једноставну методу хијерархијског кластеровања . УПГМА метод је нашао примену у наукама као што су екологија и биоинформатика . У Бионформатици се користи за генерисање филогенетских стабала . У контексту филогенетике УПГМА се ослања на хипотезу о молекуларном сату , и сматра се једним од лошијих метода изградње филогенетских стабала . Тренутно се УПГМА користи при генерисању стабала водиља за комплексније и поузданије алгоритме у филогенетици . УПГМА конструише филогенетско стабло са кореном ( дендрограм ) који описује структуру матрица сличности ( или матрица различитости ) . У сваком кораку , два најбижа кластера се комбинују у већи . Растојање између било која два кластера А и Б представља просек свих растојања између парова објеката " x " из A и " y " из B . Конструкцију алгоритма описали су Sokal и Michener . Fionn Murtagh је описао оптимални алогоритам за конструкцију УПГМА стабла . Алгоритам Доделити сваки таксон сопственом кластеру Дефинисати један лист за сваки таксон и поставити га на висину 0 Све док има више од два кластера Одредити два кластера са најмањим растојањем Дефинисати нови кластер Дефинисати чвор к са потомцима i и ј и поставити га на висину Заменити кластере i и j кластером к Израчунати растојање између к и осталих кластера Спојити последња два кластера i и j кореном на висини Пример Нека је задата следећа матрица растојања : Бирамо два таксона са најмањим растојањем . То су А и B . Висина дрвета је Рачунамо растојање новог кластера АB у односу на преостале таксоне . Таксони са најмањим растојањем су D и E . Висина дрвета је Рачунамо растојање новог кластера DE у односу на преостале таксоне . Висина дрвета : Рачунамо растојање новог кластера ABC у односу на преостале таксоне . Висина дрвета : Рачунамо растојање новог кластера ABCDE у односу на преостале таксоне . Висина дрвета : Види још Спајање суседа Кластер анализа Хијерархијско кластеровање Молекуларни сат Референце Informatika