Richmond-bányai archeális acidofil nanoorganizmusok
A Richmond-bányai archeális acidofil nanoorganizmusokat (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms) (ARMAN) egy extrém savas bányában, az Észak-Kaliforniai Richmond-bányában fedezte fel Brett Baker. Ezeknek az új  archaea csoportoknak a neveː ARMAN-1, ARMAN-2 (Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2), és ARMAN-3. Az ARMAN-ok között számos eltérés van az általában használt PCR primer 16S rRNS-génekben. A DPANN főtörzsbe tartoznak. Az ARMAN csoport jelenleg mélyen divergens törzseket tartalmaz a nevük Micrarchaeota és Parvarchaeota. A 16S rRNS génjeik 17%-kal különböznek a három csoport között. A felfedezésük előtt minden archeáról kimutatták ami összefüggésbe hozható Iron Mountainnal, hogy a Thermoplasmatales rendbe tartozik (például Ferroplasma acidarmanus).

Tulajdonságai
Különböző helyek vizsgálata a bányában felfedte hogy mindig jelen vannak a savas bányavízzel kapcsolatba hozható közösségekben, az Iron Mountainnál Észak-Kaliforniában aminek a pH-ja < 1.5. Általában kis mennyiségben (5–25%) találhatóak meg a közösségben. Nemrég közeli rokonságban álló szervezeteket mutattak ki egy savas északi mocsárban vagy dagadólápban Finnországban, másikat savas bányavizes területen extrém környezetekben a Rio Tintoból, Délnyugat-Spanyolországban, és gyengén lúgos méyen felszín alatti melegforrásból Yunohamaban, Japán.

Sejt szerkezet és ökológia  
Krio-elektron tomográfia használatával széleskörűen 3D jellemeztek tenyésztetlen ARMAN sejteket bánya biofilmeken belül. (Comolli et al. 2009). Ez felfedte hogy jobbak a sejtek az élet alsó határának előrejelzett méreténél, 0,009 µm3 és 0,04 µm3 (NRC irányító csoport). Azt is megállapították hogy szokatlan kis sejtméretük ellenére közönséges találni több mint egy típusú sejtekhez tapadt vírust a biofilmekben. Továbbá a sejtek ~ 92 riboszómát tartalmaznak átlagosan, az átlagos tenyészetben növekedett E. coli sejt ~ 10.000 riboszómát tartalmaz. Ez azt sugallja hogy az ARMAN sejtekben egy sokkal korlátozottabb számú metabolit van jelen egy adott sejtben. Ami felveti a kérdést egy élő sejt minimális követelményeiről.

3D rekonstrukciói az ARMAN sejteknek a környezetben felfedte hogy egy kis számú részüket más archeáknak tulajdonítják a Thermoplasmatales rendből. Úgy tűnik hogy a Thermoplasmatales sejtek sejtfala behatol az ARMAN sejtek citoplazmájába. A természetét ennek a kölcsönhatásnak nem határozták meg. Lehet valamilyen parazita, vagy szimbionta kölcsönhatás. Lehetséges hogy az ARMAN valamilyen metabolitot szerez, amit nem képes termelni.

Genomika és proteomika
Az első vázlata a Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2 ~1 Mb (3 vázfehérje, Baker et al.). PNAS 2010. Az ARMAN-4 és ARMAN-5 genomjainak (nagyjából szintén 1 Mb) szokatlanul átlagos gén méreteik vannak, hasonlóak az endoszimbiotikus és parazitikus baktériumokban látottakhoz. Az elágazásuk ezeknek a csoportoknak közel volt a Euryarchaea/Crenarchaea elváláshoz ez tükröződik abban hogy számos genetikai vonatkozásban osztoznak a Crenarchaeaval és az Euryarchaeaval is. Számos génjük van amit korábban csak Crenarchaeaban azonosítottak. Nehéz megmagyarázni számos általánosan ismert anyagcsere útvonalat az ARMANban következtében a szokatlanul magas számú egyedülálló géneknek amiket a genomjaikban azonosítottak.

Egy új típusát a tRNS splicing endonukleáznak ami részt vesz a tRNS feldolgozásban, az 1 és 2 ARMAN csoportokban fedezték fel.(Fujishima et al. 2011). Az enzim két duplikált katalitikus egységből és egy szerkezeti egységből áll az utóbbi egy gént kódol, egy új három egységes architektúrát képvisel.

Jegyzetek

Archeák
A Richmond-bányai archeális acidofil nanoorganizmusokat ( Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms ) ( ARMAN ) egy extrém savas bányában , az Észak-Kaliforniai Richmond-bányában fedezte fel Brett Baker . Ezeknek az új archaea csoportoknak a neveː ARMAN-1 , ARMAN-2 ( Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2 ) , és ARMAN-3. Az ARMAN-ok között számos eltérés van az általában használt PCR primer rRNS-génekben . A DPANN főtörzsbe tartoznak . Az ARMAN csoport jelenleg mélyen divergens törzseket tartalmaz a nevük Micrarchaeota és Parvarchaeota . A rRNS génjeik-kal különböznek a három csoport között . A felfedezésük előtt minden archeáról kimutatták ami összefüggésbe hozható Iron Mountainnal , hogy a Thermoplasmatales rendbe tartozik ( például Ferroplasma acidarmanus ) . Tulajdonságai Különböző helyek vizsgálata a bányában felfedte hogy mindig jelen vannak a savas bányavízzel kapcsolatba hozható közösségekben , az Iron Mountainnál Észak-Kaliforniában aminek a pH-ja <5. Általában kis mennyiségben25 % ) találhatóak meg a közösségben . Nemrég közeli rokonságban álló szervezeteket mutattak ki egy savas északi mocsárban vagy dagadólápban Finnországban , másikat savas bányavizes területen extrém környezetekben a Rio Tintoból , Délnyugat-Spanyolországban , és gyengén lúgos méyen felszín alatti melegforrásból Yunohamaban , Japán . Sejt szerkezet és ökológia Krio-elektron tomográfia használatával széleskörűen jellemeztek tenyésztetlen ARMAN sejteket bánya biofilmeken belül . ( Comolli et al . Ez felfedte hogy jobbak a sejtek az élet alsó határának előrejelzett méreténél,009 µm3 és04 µm3 ( NRC irányító csoport ) . Azt is megállapították hogy szokatlan kis sejtméretük ellenére közönséges találni több mint egy típusú sejtekhez tapadt vírust a biofilmekben . Továbbá a sejtek ~riboszómát tartalmaznak átlagosan , az átlagos tenyészetben növekedett E. coli sejt ~000 riboszómát tartalmaz . Ez azt sugallja hogy az ARMAN sejtekben egy sokkal korlátozottabb számú metabolit van jelen egy adott sejtben . Ami felveti a kérdést egy élő sejt minimális követelményeiről . 3D rekonstrukciói az ARMAN sejteknek a környezetben felfedte hogy egy kis számú részüket más archeáknak tulajdonítják a Thermoplasmatales rendből . Úgy tűnik hogy a Thermoplasmatales sejtek sejtfala behatol az ARMAN sejtek citoplazmájába . A természetét ennek a kölcsönhatásnak nem határozták meg . Lehet valamilyen parazita , vagy szimbionta kölcsönhatás . Lehetséges hogy az ARMAN valamilyen metabolitot szerez , amit nem képes termelni . Genomika és proteomika Az első vázlata a Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2Mbvázfehérje , Baker et al. ) . PNAS Az ARMAN-4 és ARMAN-5 genomjainak ( nagyjából szinténMb ) szokatlanul átlagos gén méreteik vannak , hasonlóak az endoszimbiotikus és parazitikus baktériumokban látottakhoz . Az elágazásuk ezeknek a csoportoknak közel volt a Euryarchaea/Crenarchaea elváláshoz ez tükröződik abban hogy számos genetikai vonatkozásban osztoznak a Crenarchaeaval és az Euryarchaeaval is . Számos génjük van amit korábban csak Crenarchaeaban azonosítottak . Nehéz megmagyarázni számos általánosan ismert anyagcsere útvonalat az ARMANban következtében a szokatlanul magas számú egyedülálló géneknek amiket a genomjaikban azonosítottak . Egy új típusát a tRNS splicing endonukleáznak ami részt vesz a tRNS feldolgozásban , azésARMAN csoportokban fedezték fel.( Fujishima et al . Az enzim két duplikált katalitikus egységből és egy szerkezeti egységből áll az utóbbi egy gént kódol , egy új három egységes architektúrát képvisel . Jegyzetek Archeák