E. histolytica không thể phân biệt được về mặt hình thái với E. dispar, E. moshkovskii và E. bangladeshi nhưng có thể được phân biệt với một số loài amoeba không gây bệnh khác bằng kính hiển vi bao gồm E. coli, E. hartmanni, E. polecki, Endolimax nana, và Iodamoeba bütschlii.