Căn nguyên Chưa rõ nguyên nhân chính xác của hẹp phì đại môn vị, nhưng có thể một phần do di truyền vì anh chị em và con của những người bị bệnh này có nguy cơ cao hơn, đặc biệt là những trẻ sinh đôi cùng trứng.