Vancomycin là một loại thuốc được lựa chọn để điều trị nhiễm trùng nghiêm trọng và viêm nội tâm mạc do những nguyên nhân sau đây (ngoại trừ các chủng kháng vancomycin): S. aureus kháng methicillin Staphylococci kháng methicillin không sinh coagulase Một số Phế cầu khuẩn kháng beta-lactam và đa kháng thuốc Liên cầu tan huyết beta (khi beta-lactam không thể dùng vì dị ứng thuốc hoặc kháng thuốc) Corynebacterium các loài C. jeikeium và C. striatum Streptococci Viridans (khi beta-lactam không thể dùng vì dị ứng thuốc hoặc kháng thuốc) Enterococci (khi β-lactam không thể dùng vì dị ứng thuốc hoặc kháng thuốc) Tuy nhiên, vancomycin kém hiệu quả hơn so với beta-lactam kháng tụ cầu đối với nhiễm trùng S. aureus nhạy cảm với methicillin.