Sự sao chép vi rút đòi hỏi phải có men sao chép ngược (một polymerase DNA phụ thuộc RNA) sao chép RNA HIV, tạo ra tiền vi rút DNA; cơ chế sao chép này dễ bị sai sót, dẫn đến các đột biến thường xuyên và do đó xuất hiện các kiểu gen HIV mới.