Đáp ứng Th1 là đặc trưng của một số rối loạn tự miễn dịch (ví dụ như bệnh đái tháo đường loại 1, đa xơ cứng), và đáp ứng Th2 thúc đẩy sản xuất IgE và sự phát triển của các chứng dị ứng cũng như giúp các tế bào B sản sinh ra tự kháng thể trong một số rối loạn tự miễn dịch (ví dụ bệnh Graves, nhược cơ).