Các yếu tố khó khăn gồm cân đối các nguồn thu chi của bệnh viện; Thiếu các văn bản hướng dẫn chi tiết, đồng bộ liên quan đến tài chính bệnh viện; Nhân lực còn thiếu về cả số lượng và chất lượng; Xuất toán BHYT; Tác động của bệnh dịch COVID-19.