NKBV cũng có thể nhóm theo hệ thống cơ quan bị ảnh hưởng như nhiễm trùng tai, mắt, mũi và họng, nhiễm khuẩn đường hô hấp dưới (bao gồm viêm phế quản, viêm khí quản, viêm tiểu phế quản, áp xe phổi hoặc phù thũng mà không có bằng chứng viêm phổi), nhiễm khuẩn da và mô mềm, nhiễm khuẩn tim mạch, nhiễm khuẩn xương khớp, nhiễm khuẩn hệ thần kinh và nhiễm khuẩn đường sinh sản [2].