Rất khó để xác định được các tác nhân gây nhiễm trùng cơ hội ở bệnh nhi nhiễm HIV: lao phổi và ngoài phổi gặp trong 26,1%; nhiễm trùng huyết do Penicillium marneffei gặp trong 3 trường hợp thường có thiếu máu nặng; viêm phổi do Pneumocystis jiroveci (7,7%) thường ở trẻ < 1 tuổi; các tác nhân gây tiêu chảy có thể là nấm và ký sinh trùng - Cryptosporidium sp, Candida sp, Entamœba hystolytica et Giardia lamblia - gặp trong 28,1% các trường hợp.