Hiện nay, Hiệp hội phân tử ung thư bàng quang đề xuất bảng phân loại kiểu hình phân tử của ung thư bàng quang, chia thành 6 nhóm: lòng ống – nhú, lòng ống – không đặc biệt, lòng ống – bất ổn định, giàu mô đệm, dạng gai / đáy và dạng thần kinh nội tiết. Việc phân nhóm ung thư bàng quang theo kiểu hình phân tử giúp bổ sung và tái phân loại mô bệnh học ung thư bàng quang, cũng như liên quan với các đặc điểm lâm sàng, tiên lượng sống và điều trị.