Chụp cộng hưởng từ MRI có vai trò tương đối hạn chế trong chẩn đoán hình ảnh phổi nhưng được ưa thích hơn CT trong những trường hợp cụ thể, chẳng hạn như đánh giá các khối u rãnh liên thuỳ trên, u nang, và các tổn thương khác nằm xâm lấn thành ngực Khối u thượng bì U nang Các tổn thương nằm sát thành ngực Ở những bệnh nhân nghi ngờ tắc động mạch phổi mà không sử dụng được thuốc cản quang tĩnh mạch, MRI đôi khi có thể xác định được những huyết khối lớn ở đoạn gần nhưng nói chung là ít tác dụng trong tình huống này.