Tuy nhiên, kháng thuốc có thể phát triển nhanh hơn khi cefotaxime được sử dụng thường xuyên theo kinh nghiệm, và việc sử dụng kéo dài cephalosporin thế hệ thứ ba là một yếu tố nguy cơ nhiễm candida xâm lấn.