Phẫu thuật cắt bỏ amidan bị chống chỉ định trong suy giảm chức năng màn hầu-hầu, thường liên quan đến sứt môi dưới niêm mạc và tật lưỡi gà chẻ đôi, vì nó có thể thúc đẩy hoặc làm trầm trọng thêm giọng mũi hở.