Dựa vào vị trí của nó, người ta phân loại thành thông liên nhĩ lỗ thứ phát (ostium secundum) (trung tâm vách liên nhĩ-midatrial septum), thông liên nhĩ lỗ tiên phát (ostium primum) (phần thấp vách liên nhĩ-lower atrial septum) (Hình 8), thông liên nhĩ xoang tĩnh mạch (sinus venosus) (nằm ngoài vách liên nhĩ trong thành ngăn cách tĩnh mạch chủ trên (SVC) hoặc tĩnh mạch chủ dưới (IVC) với nhĩ trái (LA)), và thông liên nhĩ xoang vành (coronary sinus defect), có thể là một phần hoặc hoàn toàn.