Tuy nhiên, những biện pháp phòng vệ này có thể bị vượt qua được bởi một số lượng lớn các sinh vật hoặc do khả năng bị suy giảm do các chất gây ô nhiễm không khí (ví dụ như khói thuốc lá) hoặc can thiệp vào các cơ chế bảo vệ (ví dụ: đặt nội khí quản, mở khí quản), hoặc do dị tật bẩm sinh (ví dụ, bệnh xơ nang).