Sử dụng kháng sinh có tác dụng này không chỉ đối với vi khuẩn gây bệnh mà còn đối với hệ vi sinh vật vùng bình thường; hệ vi sinh vật vùng bình thường kháng lại có thể trở thành một hồ chứa cho các gen kháng có thể lây lan sang mầm bệnh.