Tuy nhiên, vì sự phát triển quá mức của vi khuẩn có thể giống với các rối loạn hấp thu kém khác (ví dụ, bệnh Crohn) và tác dụng bất lợi của thuốc kháng sinh có thể làm trầm trọng thêm các triệu chứng tiêu chảy, nên việc xác định nguyên nhân chính xác được ưu tiên.