Con đường thay thế chia sẻ C3 và C5 tới C9 với con đường cổ điển nhưng có các thành phần bổ sung: yếu tố D, yếu tố B, properdin (P), và các yếu tố điều hoà H và I. Để đánh giá chẩn đoán thiếu hụt bổ thể, xem bảng và.