CMV bẩm sinh được chẩn đoán nếu virus được xác định trong nước tiểu, nước bọt, hoặc các chất dịch cơ thể khác thu được trong vòng 2 đến 3 tuần đầu tiên của cuộc đời; nước tiểu và nước bọt có độ nhạy cao nhất.