Uống fumagillin 20 mg x 3 lần / ngày trong 14 ngày được sử dụng khi nhiễm khuẩn đường ruột do E. bieneusi, nhưng cũng có những tác dụng phụ rất nghiêm trọng bao gồm giảm tiểu cầu nặng tới khoảng 1/2 số bệnh nhân dùng thuốc.