Để ngăn ngừa thuyên tắc huyết khối, bệnh nhân cuồng động nhĩ mạn tính hoặc tái phát cần phải dùng thuốc chống đông đường uống (warfarin được chuẩn độ thành INR từ 2 đến 3, thuốc ức chế thrombin trực tiếp hoặc thuốc ức chế yếu tố Xa).