Bệnh viện Truyền máu Huyết học bắt đầu xây dựng hệ thống quản lý chất lượng ISO9001 từ năm 2012, đến năm 2016 đã phát triển thêm hệ thống quản lý chất lượng đạt chứng nhận ISO 1518 9:2 012 cho 5 khoa xét nghiệm trên các lĩnh vực: sinh học, huyết học, sinh hoá, giải phẫu bệnh và vi sinh.