Căn nguyên vi sinh thường gặp gây áp xe gan là nhóm Gram âm chiếm 95,8% (Klebsiella pneumoniae là 85,4% và Escherichia coli 8,3%, Burkhoderia apecies 2,1%), vi khuẩn Gram âm chiếm 4,2% (Enterococcus feacalis là 2,1% và Staphylococcus 2,1%).