Vancomycin đi vào sữa mẹ, do đó không khuyến khích sử dụng Vancomycin trong thời kỳ cho con bú để ngăn ngừa sự phá vỡ hệ vi sinh vật vùng ở đường tiêu hoá; tuy nhiên, vì đường uống kém hấp thu từ đường tiêu hoá bình thường, nên khó có thể xảy ra tác dụng phụ toàn thân ở trẻ sơ sinh.