MRI có độ đặc hiệu cao hơn để chẩn đoán lạc nội mạc tử cung so với các kỹ thuật hình ảnh không xâm lấn khác và do đó có vai trò trong việc đánh giá các khối u phần phụ, cũng như đánh giá đáp ứng với điều trị nội khoa (xem bên dưới) có khả năng loại bỏ yêu cầu nội soi ổ bụng thăm dò.