Tất cả bệnh nhân thở máy nên được điều trị dự phòng huyết khối tĩnh mạch sâu, bằng heparin 5000 đơn vị tiêm dưới da 2 đến 3 lần một ngày hoặc heparin trọng lượng phân tử thấp hoặc, nếu chống chỉ định dùng heparin, có thể dùng các thiết bị bơm áp lực chu kỳ hoặc fondaparinux.