Các bất thường giải phẫu khác dẫn đến nhiễm trùng đường tiết niệu bao gồm van niệu đạo sau (bất thường tắc nghẽn bẩm sinh), chậm trưởng thành vùng cổ bàng quang, túi thừa bàng quang, và niệu đạo đôi (xem Tổng quan về dị tật hệ sinh dục bẩm sinh).