Mặc dù kết quả NAAT dương tính hầu như luôn hỗ trợ chẩn đoán lao, nhưng kết quả âm tính không loại trừ bệnh lao trong hầu hết các trường hợp vì giá trị dự đoán âm tính thường không được biết và có thể phụ thuộc vào quá trình xử lý bệnh phẩm và các yếu tố khác không được chuẩn hoá.