Chỉ định chụp MRI MRI được ưu tiên hơn CT khi độ phân giải tương phản mô mềm phải rất chi tiết (ví dụ, để đánh giá các bất thường dây thần kinh sọ hoặc tuỷ sống, tổn thương viêm, chấn thương, nghi ngờ u ở hệ thống cơ xương khớp, hoặc các tổn thương nội khớp).