Ghép ruột non được chỉ định cho những bệnh nhân mà Có nguy cơ tử vong vì giảm hoặc mất chức năng đường ruột thứ phát do các bệnh đường ruột (ví dụ như bệnh ruột ngoài bụng, bệnh Hirschsprung, viêm ruột tự miễn, các bệnh lý đường ruột bẩm sinh như bệnh teo vi nhung mao bẩm sinh) hoặc cắt bỏ ruột (ví dụ tắc mạc treo do huyết khối hoặc bệnh Crohn lan rộng) Xuất hiện các biến chứng của nuôi dưỡng tĩnh mạch toàn bộ, một phương pháp dùng để điều trị suy chức năng đường ruột (ví dụ, suy gan thứ phát do bệnh gan ứ mật, nhiễm khuẩn huyết tái diễn, mất toàn bộ đường vào tĩnh mạch) Có các khối u xâm lấn tại chỗ gây ra tắc nghẽn, áp xe, rò rỉ, thiếu máu hoặc xuất huyết (thường là các khối u xơ có liên quan đến bệnh lý polyp có tính gia đình) (Xem thêm Tổng quan về ghép tạng.)