Nuôi cấy định lượng các mẫu bệnh phẩm nội soi phế quản hoặc hút, nếu các mẫu này được lấy trước khi dùng kháng sinh, có thể giúp phân biệt giữa sự cư trú của vi khuẩn (nghĩa là sự hiện diện của vi sinh vật ở mức độ không gây ra triệu chứng cũng như phản ứng viêm) và nhiễm trùng.