Các xét nghiệm dựa trên phản ứng chuỗi polymerase (PCR) được sử dụng khi mức độ ký sinh trùng có thể cao, như bệnh Chagas cấp tính, trong bệnh Chagas truyền qua nhau thai (bẩm sinh), hoặc sau khi truyền qua truyền máu, cấy ghép, hoặc phơi nhiễm trong phòng thí nghiệm.