Qua xét nghiệm kháng thuốc kiểu gien cho thấykháng NRTI là phổ biến nhất (mức kháng cao thay đổi từ 13,3% đến 90,8% tuỳ theo từng loại thuốc), trong đó kháng với thuốc được dùng trong phác đồ bậc 1 như 3TC, D4T, AZT và với một số thuốc được giới hạn chỉ dùng trong phác đồ bậc 2 như ABC, DDI, TDF.