Giám sát bằng nội soi thường xuyên, tốt nhất là trong thời gian thuyên giảm, được khuyên dùng cho những bệnh nhân có thời gian mắc bệnh > 8 đến 10 năm (ngoại trừ những người bị viêm trực tràng đơn độc) hoặc khi có đồng thời viêm đường mật xơ cứng nguyên phát, trong trường hợp đó, nội soi đại tràng giám sát nên bắt đầu tại thời điểm chẩn đoán.