Không thể tìm thấy các mầm bệnh đặc hiệu gây ra viêm phổi ở tối đa 50% bệnh nhân, ngay cả với các thăm dò chẩn đoán rộng rãi, chủ yếu do những hạn chế của các xét nghiệm chẩn đoán hiện có và khó khăn trong việc lấy đủ mẫu phổi ở sâu (phế nang).