Cách điều trị ung thư ống hậu môn loại tế bào gai chưa được thống nhất bao gồm hoá-xạ trị đồng thời, phẫu thuật đơn thuần lấy bướu hoặc phẫu thuật Miles, hoá-xạ trị đồng thời bổ túc sau mổ, xạ trị bổ túc sau mổ.