Căn nguyên chính xác của bệnh viêm ruột chưa được biết rõ, nhưng bằng chứng cho thấy hệ vi khuẩn đường ruột bình thường kích hoạt phản ứng miễn dịch một cách không thích hợp ở những bệnh nhân có khuynh hướng di truyền đa yếu tố (có thể liên quan đến các rào cản biểu mô bất thường và hệ thống miễn dịch niêm mạc).