Tuy nhiên, việc áp dụng nhĩ châm trong thực hành lâm sàng vẫn còn khó khăn, chủ yếu đến từ vấn đề lựa chọn huyệt vì mỗi nghiên cứu sử dụng công thức huyệt khác nhau và một số huyệt dù đã được sử dụng nhưng vẫn chưa rõ cơ chế tác động trong điều trị.