Trong khi đó, PCR phát hiện từ mẫu phân và mẫu nước tiểu là những xét nghiệm không xâm lấn nhưng tỷ lệ âm tính giả cao do khả năng thu nhận được H. pylori từ các mẫu bệnh phẩm này thấp hơn nhiều so với trong mô hoặc dịch dạ dày.