Vancomycin cũng đã được sử dụng như một loại thuốc thay thế cho viêm màng não do các chủng phế cầu kém nhạy với penicillin; tuy nhiên vancomycin vào dịch não tuỷ rất kém (đặc biệt khi dùng cùng dexamethasone) và các báo cáo về thất bại điều trị trên lâm sàng khiến nó không được ưu tiên điều trị đơn độc viêm màng não do phế cầu.