Với khả năng sẵn có của các phương pháp chẩn đoán phân tử nhạy cảm, ngày càng có nhiều công nhận về việc vi rút là nguyên nhân gây viêm phổi, hoặc là mầm bệnh duy nhất hoặc là mầm bệnh đồng thời với vi khuẩn.