Các alen được xác định bằng trình tự DNA được đặt tên để xác định gen, tiếp theo là dấu sao, số đại diện cho nhóm allele (thường tương ứng với kháng nguyên huyết thanh học được mã hoá bởi allele đó), một dấu hai chấm và số đại diện cho allele cụ thể (ví dụ, A * 02:01, DRB 1 * 01:03, DQA 1 * 01:02).