Phẫu thuật có thể được chỉ định cho bệnh giãn phế quản hoặc xẹp phổi khu trú mà điều trị thuốc không hiệu quả, polyp mũi, viêm mũi-xoang mạn tính, chảy máu do loét thực quản thứ phát do tăng áp lực tĩnh mạch cửa, bệnh túi mật và tắc nghẽn đường ruột do xoắn ruột hoặc lồng ruột mà không điều trị được bằng thuốc.