Một số yếu tố ảnh hưởng đến kết quả chẩn đoán của STCL: (1) do lấy mẫu không đúng tổn thương hoặc không đại diện cho tổn thương, (2) thiếu các thông tin về đại thể, (3) chất lượng tiêu bản không tốt bằng phương pháp làm tiêu bản thường quy, (4) do áp lực về thời gian nên không thể thực hiện các kỹ thuật nhuộm đặc biệt và không có điều kiện để hội chẩn với các chuyên gia.