Tuy nhiên, việc thực hiện kiểm tra, giám sát chất lượng nước định kỳ của các Trung tâm KSBT còn gặp nhiều khó khăn do còn hạn chế về năng lực xét nghiệm chất lượng nước và thiếu kinh phí cho hoạt động ngoại kiểm chất lượng nước.