Bệnh là kết quả của việc xoá bỏ gen trong vùng nhiễm sắc thể DiGeorge ở 22q11, sự đột biến gen ở nhiễm sắc thể 10p13, và các đột biến ở những gen không rõ khác, gây ra rối loạn phát triển cấu trúc phát triển từ các túi họng trong tuần thứ 8 của thai kỳ.