Điều trị ban đầu viêm ruột trong Hirschsprung là bù nước và điện giải, giải áp trong lòng ruột bằng sonde dạ dày và trực tràng và kháng sinh phổ rộng để bao gồm vùng phủ cả kị khí (ví dụ phối hợp ampicillin, gentamicin và metronidazole; meropenem đơn trị liệu; hoặc piperacillin / tazobactam).