Chẩn đoán bệnh do Microsporidia Kính hiển vi quang học hoặc điện tử với phương pháp nhuộm đặc biệt Đôi khi sử dụng xét nghiệm miễn dịch huỳnh quang hoặc PCR Có thể xác định loài gây bệnh từ các bệnh phẩm của mô nhiễm bệnhbằng sinh thiết, nước tiểu, phân, dịch não tuỷ (CSF), đờm hoặc quét dịch từ giác mạc.