Các vùng MHC lớp III của bộ gen mã hoá một số phân tử quan trọng trong viêm; chúng bao gồm các thành phần bổ sung C2, C4, và yếu tố B; yếu tố hoại tử khối u (TNF) alpha; lymphotoxin; và ba protein gây sốc nhiệt.