Phì đại cơ quan có thể phản ánh sự thất bại trong sự giáng hoá của chất nền dẫn đến sự tích tụ chất nền bên trong các tế bào cơ quan (ví dụ, gan to ở dạng gan của GSD và nhiều bệnh dự trữ lysosome, tim to trong GSD loại II).