Chẩn đoán lạc nội mạc tử cung phải được khẳng định bằng trực quan trực tiếp, thông thường là qua nội soi ổ bụng vùng chậu, nhưng đôi khi qua phẫu thuật mở ổ bụng, khám âm đạo, nội soi đại tràng sigma, hoặc nội soi bàng quang.