Lựa chọn kháng sinh đòi hỏi phải có một phán đoán đã được đào tạo dựa trên nguồn nghi ngờ (ví dụ, viêm phổi, nhiễm trùng đường tiểu), thiết lập lâm sàng, kiến thức hoặc các sinh vật nghi ngờ gây bệnh và các mô hình nhạy cảm phổ biến đối với đơn vị hoặc cơ sở nội trú cụ thể đó và kết quả nuôi cấy trước đó.