Acyclovir cũng nên được dùng nếu trẻ sơ sinh có biểu hiện ốm yếu, có mụn nước ở niêm mạc, có tiền sử mẹ bị nhiễm vi rút herpes simplex sinh dục (HSV), hoặc bị co giật, hạ thân nhiệt, giảm bạch cầu, giảm tiểu cầu hoặc tăng alanine aminotransferase (ALT); Ngừng acyclovir nếu xét nghiệm PCR HSV trong dịch não tuỷ và nuôi cấy HSV từ mụn nước ở niêm mạc da (nếu được thực hiện) cho kết quả âm tính.