Do khoảng 1/3 trẻ sơ sinh có dị tật tiêu hoá bẩm sinh có kèm các dị tật bẩm sinh khác (đến 50% có thoát vị cơ hoành bẩm sinh và khoảng 70% trẻ có kèm theo thoát vị rốn), nên trẻ cần được đánh giá các dị tật của các hệ thống cơ quan khác, đặc biệt là hệ thần kinh trung ương, tim và thận.