Các yếu tố nguy cơ đối với ung thư hậu môn bao gồm: Nhiễm trùng vi rút papilloma ở người - HPV Rò hậu môn mạn tính Da hậu môn được xạ trị Bệnh bạch sản Nhiễm bệnh u lympho sinh dục (hay còn gọi là bệnh hột soài) Nhiễm bệnh mụn cóc vùng sinh dục Hút thuốc Những người có quan hệ tình dục qua đường hậu môn dễ có tăng nguy cơ.