Hệ vi sinh vật (microbiota) ở người là tập hợp tất cả các vi sinh vật đang tồn tại trên và trong cơ thể người, bao gồm các động vật nguyên sinh, vi khuẩn cổ, sinh vật nhân chuẩn, virus và chủ yếu là các vi khuẩn sống cộng sinh ở các vị trí khác nhau của cơ thể và nhiều nhất là ở đường ruột.