Tác dụng ngoại ý của miltefosine bao gồm buồn nôn, nôn, tăng aminotransferase thoáng qua và chóng mặt; Thuốc chống chỉ định trong thời kỳ mang thai vì vậy phụ nữ trong độ tuổi sinh đẻ đang dùng thuốc này phải sử dụng các biện pháp ngừa thai hiệu quả.