Nồng độ AFP cao có thể xảy ra ở vài trường hợp rối loạn khác (ví dụ, u quái ác tính ở phôi thai, u nguyên bào gan ở trẻ em, một số di căn do ung thư đường tiêu hoá, một số ung thư đường mật), nhưng những trường hợp này không thường gặp và thường có thể phân biệt được dựa trên cơ sở lâm sàng và mô bệnh học.