Nhiều điều kiện làm thay đổi hệ khuẩn chí bình thường (ví dụ như bệnh toàn thân, suy dinh dưỡng, phơi nhiễm ở bệnh viện, tiếp xúc với kháng sinh) hoặc làm giảm các biện pháp phòng ngừa này (ví dụ tình trạng tinh thần thay đổi, hút thuốc lá, đặt xông dạ dày hay nội khí quản, các rối loạn hoặc các loại thuốc ức chế hệ miễn dịch).