So sánh với phương pháp chuẩn hiện nay là kính hiển vi điện tử đòi hỏi tốn thời gian và máy móc hơn, phương pháp PCR dễ dàng phân biệt tới loài của các Microsporidia trong phân cũng như các bệnh phẩm lâm sàng khác chỉ trong vài giờ.