Các bất thường về cấu trúc xương bao gồm: Tiêu đốt đội (dính bẩm sinh của đốt đội vào xương chẩm) Thiểu sản đốt đội Dị tật đốt trục gây hẹp lỗ chẩm Dị tật Klippel-Feil bẩm sinh (ví dụ, hội chứng Turner hoặc Noonan), thường liên quan đến các bất thường của đốt đội-xương chẩm Os odontoideum: sự tách rời mỏm răng khỏi thân đốt trục (phần xương bất thường thay thế toàn bộ hoặc một phần mỏm răng) Dị dạng Chiari (Tụt hạnh nhân tiểu não hoặc thuỳ nhộng xuống kênh ống nội tuỷ của tuỷ cổ, đôi khi phối hợp với dị tật nền sọ dẹt) Rối loạn hệ thống có ảnh hưởng đến tăng trưởng và phát triển xương và liên quan đến khớp nối sọ-cổ bao gồm các loại sau: Loạn sản sụn (suy giảm sự tăng trưởng của đầu xương, làm các xương biến dạng và rút ngắn) đôi khi làm hẹp lỗ chẩm hoặc dính với đốt đội, do đó gây chèn ép tuỷ sống hoặc thân não.