GVHD mạn tính ảnh hưởng chủ yếu đến da (ví dụ: phát ban lichenoid, thay đổi da xơ cứng) và màng nhầy (ví dụ: viêm kết mạc giác mạc, viêm nha chu, phản ứng lichenoid sinh dục), nhưng nó cũng ảnh hưởng đến đường tiêu hoá và gan.