Phẫu thuật được xem là phương pháp điều trị chính đối với u mỡ đại tràng, đối với những khối u > 2cm được khuyến cáo nên phẫu thuật hơn là cắt qua nội soi để tránh các biến chứng thủng hay chảy máu đại tràng.