Các vi khuẩn gây bệnh thông thường bao gồm Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus Phế cầu khuẩn Hệ vi khuẩn Mycobacteria không phải lao S. aureus cư trú thường gắn liền với xơ nang phổi; Nếu thấy kết quả cấy ra S. aureus nên nghĩ tới xơ năng phổi chưa được chẩn đoán.