Cho đến nay, mô hình hoá tương đồng đã được sử dụng thành công trong xác định phân tử khởi nguồn bằng docking phân tử, để đề xuất cơ chế tương tác giữa thụ thể - phối tử, để tạo điều kiện cho các thí nghiệm gây đột biến và để làm cơ sở cho tối ưu hoá các phối tử tiềm năng.