Chẩn đoán phân biệt mụn cóc bao gồm: Dày sừng (clavi): Có thể che khuất các đường da nhưng không có mao mạch huyết khối khi cạo Lichen phẳng: Có thể tương tự mụn cóc phẳng nhưng thường có kèm với tổn thương miệng, mạng lưới Wickham và phân bố đối xứng Dày sừng tiết bã: Có thể xuất hiện nhiều, tăng sắc tố, và bao gồm các nang chứa đầy keratin U mềm treo (achrocordon): Có thể được lấy bỏ và bề mặt mịn, giống màu da hơn mụn cóc Ung thư biểu mô tế bào vẩy: Có thể bị loét, dai dẳng và phát triển bờ không đều xác định loại DNA của virus có ở một số trung tâm y tế nhưng nói chung không cần thiết.