Mặc dù vậy, do chuyển dịch từ hưởng ngân sách sang tự chủ tài chính thường đi cùng với thay đổi về cấu trúc tổ chức, hoạt động cung cấp dịch vụ nên thường gây ra nhiều khó khăn, nhiều bối rối cho đơn vị sự nghiệp ngành Y tế, đơn vị mà có nhiều năm hoạt động mang phương châm phục vụ lợi ích cộng đồng.