Chẩn đoán viêm kết mạc ở trẻ sơ sinh Dựa vào tìm căn nguyên gây viêm do vi khuẩn bao gồm: lậu, chlamydia, một số trường hợp có thể do herpes. Chẩn đoán có thể dựa vào nhuộm soi vi khuẩn hoặc nuôi cấy với lậu (trên môi trường thay đổi của Thayer-Martin) và các vi khuẩn khác, thử nghiệm chlamydia (bằng nuôi cấy, phản ứng miễn dịch huỳnh quang hoặc xét nghiệm miễn dịch hấp phụ enzyme, [bệnh phẩm phải có tế bào]).