Các thuốc chống loạn thần thế hệ thứ hai cũng có tác dụng như sau: Có xu hướng giảm các triệu chứng dương tính Có thể làm giảm các triệu chứng âm tính nhiều hơn so với thuốc chống loạn thần điển hình (mặc dù những khác biệt này còn đang tranh cãi) Có thể gây suy giảm nhận thức ít hơn Ít có khả năng bị các tác dụng phụ ngoại tháp (bao gồm cả nguy cơ rối loạn vận động chậm thấp hơn nhiều) Tăng prolactin một chút hoặc không (trừ risperidon, làm tăng prolactin cũng giống như thuốc chống loạn thần điển hình) Có thể tạo ra một hội chứng chuyển hoá, với kháng insulin, tăng cân, và tăng huyết áp.