Bệnh nhân có đột biến dạng có liên kết X hoặc đột biến CD40 được cho dùng trimethopri m/s ulfamethoxazole để ngăn ngừa P. jirovecii và các biện pháp phòng ngừa về môi trường được thực hiện để làm giảm nguy cơ bị nhiễm Cryptosporidium (xem Viêm đường tiêu hoá: phòng ngừa).