Tuy nhiên, vì các phân tử điểm kiểm soát cũng tham gia vào việc ngăn chặn các loại đáp ứng miễn dịch khác (chẳng hạn như phản ứng tự miễn dịch tự dẫn hướng), các thuốc ức chế điểm kiểm soát có thể cho phép xảy ra các phản ứng tự miễn và phản ứng viêm liên quan đến miễn dịch nặng (cả toàn thân và cơ quan cụ thể) hoặc làm trầm trọng thêm các tình trạng rối loạn tự miễn dịch.