Công nghệ này liên quan đến việc phá vỡ toàn bộ hệ gen thành các phân đoạn nhỏ, sắp xếp các phân đoạn, và sau đó lắp ráp các trình tự bằng các kỹ thuật tính toán chuyên sâu để cung cấp trình tự base-by-base của toàn bộ hệ gen hoặc nhiều vùng giới hạn hơn, chẳng hạn như phần mang thông tin chính của hệ gen được gọi là exome (tổng hợp từ các exon).