Các nguyên nhân ít thường gặp hơn Viêm gan tự miễn (tổn thương tế bào gan do miễn dịch) chiếm tỷ lệ cao trong viêm gan không do vi-rút hoặc viêm gan nhiễm mỡ; các đặc điểm của bệnh viêm gan tự miễn bao gồm: Sự xuất hiện của các chất chỉ điểm miễn dịch trong huyết thanh (ví dụ: kháng thể kháng nhân, kháng thể kháng cơ trơn, kháng thể microsome gan-thận) Có liên quan tới các haplotype tương hợp mô thường gặp trong các rối loạn tự miễn (ví dụ: HLA-B 1, HLA-B 8, HLA-DR 3, HLA-DR 4) Sự chiếm ưu thế của tế bào T và tế bào huyết tương trong các tổn thương mô gan Các khiếm khuyết trong ống nghiệm phức tạp trong miễn dịch tế bào và các chức năng điều hoà miễn dịch Có liên quan tới các rối loạn tự miễn khác (ví dụ: viêm khớp dạng thấp, thiếu máu tán huyết tự miễn, viêm thận tiểu cầu tăng sinh) Đáp ứng điều trị bằng corticosteroid hoặc các thuốc ức chế miễn dịch Viêm đường mật nguyên phát (trước đây gọi là xơ gan ứ mật nguyên phát) là quá trình trung gian miễn dịch dẫn đến tổn thương ống mật.