Hai hội chứng đặc biệt có liên quan đến atresia thực quản: VACTERL (v ertebral anomalies, a nal atresia, c ardiac malformations, t racheoesophageal fistula, e sophageal atresia, r enal anomalies and r adial aplasia, and l imb anomalies) (bất thường cột sống, teo hậu môn, dị tật tim mạch lỗ rò thực quản teo thực quản bất thường thận thiếu xương quay và bất thường chi) CHARGE (c oloboma, h eart defects, a tresia of the choanae, r etardation of mental and / or physical development, g enital hypoplasia, and e ar abnormalities) (tật khuyết ở mắt lỗ thông tim teo khoang mũi sau chậm phát triển tinh thần thể chất thiểu sản sinh dục và bất thường tai) Khoảng 19% trẻ sơ sinh teo thực quản đáp ứng các tiêu chí của VACTERL.