Chẩn đoán dựa vào: Bệnh nhân ở trong các khu rừng và đi đến vùng lưu hành bệnh (kể cả ở Châu Âu) Tiền sử xuất hiện của ban da hoặc các triệu chứng khác của bệnh Lyme Liệt mặt một hoặc hai bên (thường gặp ở bệnh Lyme nhưng hiếm gặp ở hầu hết các loại viêm màng não do virus) Phù gai thị (bệnh tốt hơn ở trẻ bị bệnh Lyme nhưng hiếm gặp trong viêm màng não vi-rút) Dịch não tuỷ bất thường: Ưu thế Lympho bào Protein tăng vừa phải Glucose bình thường Chẩn đoán bệnh Lyme dựa trên các xét nghiệm huyết thanh học với xét nghiệm miễn dịch hấp phụ enzyme (ELISA), sau đó là phân tích Western blot.