Bệnh yếu cơ vận nhãn gian nhân là kết quả tổn thương bó dọc giữa: Ở người trẻ tuổi, thường do bệnh đa xơ cứng và thường là cả hai bên Ở người cao tuổi, điển hình là do đột quỵ và xảy ra một bên Hiếm khi, nguyên nhân là dị tật Arnold-Chiari, giang mai thần kinh, bệnh Lyme, khối u, chấn thương sọ não, bệnh lý dinh dưỡng (ví dụ bệnh não Wernicke, thiếu máu ác tính) hoặc ngộ độc thuốc (ví dụ với thuốc chống trầm cảm, các phenothiazine hoặc thuốc phiện).