Mặc dù không có một thử nghiệm lâm sàng ngẫu nhiên nào chứng minh có cải thiện khả năng sống sót của bệnh nhân nhồi máu phổi kèm theo, nhưng một số chuyên gia khuyên dùng thuốc tiêu huyết khối, đặc biệt khi bệnh nhân có nhiều cục máu đông hoặc cục máu đông rất lớn, rối loạn chức năng thất phải rất nặng, nhịp tim nhanh, giảm thiếu máu đáng kể và các tình trạng đồng thời khác như cục máu đông thừa trong chân, giá trị troponin dương và / hoặc các giá trị BNP tăng lên.