Tự kháng nguyên có thể bị thay đổi về mặt hoá học, vật lý hoặc sinh học: Hoá chất: Một số hoá chất có thể liên kết với các protein cơ thể, làm cho chúng trở nên miễn dịch, như xảy ra ở một số trường hợp miễn dịch do thuốc thiếu máu tan máu.