Hầu hết các nghiên cứu ở người không cho thấy nguy cơ gia tăng ung thư, dị tật bẩm sinh, hoặc các tác dụng phụ khác của thai nhi sau khi sử dụng metronidazole trong thai kỳ; tuy nhiên, trong một số nghiên cứu, sứt môi (có hoặc không có hở hàm ếch) đã được báo cáo ở trẻ sơ sinh của những phụ nữ dùng metronidazole trong tam cá nguyệt thứ nhất của thai kỳ.