Một số rối loạn tự miễn dịch có liên quan đến các allel HLA cụ thể, ví dụ, Viêm cột sống dính khớp và viêm khớp phản ứng đến HLA-B 27 Đa xơ cứng đến HLA-DR 2 Chứng ngủ rũ đến HLA-DR 2 và HLA-DQB 1 * 06:02 Bệnh vẩy nến đến HLA-C * 06:02 Viêm khớp dạng thấp đến HLA-DR 4 Đái tháo đường type 1 đến HLA-DQ 2 và HLA-DQ 8