Viêm đại tràng thể loét cần được phân biệt với bệnh Crohn (xem Bảng: Phân biệt bệnh Crohn và viêm loét đại tràng) nhưng quan trọng hơn là do các nguyên nhân khác của viêm đại tràng cấp tính (ví dụ: nhiễm trùng; ở bệnh nhân cao tuổi, thiếu máu cục bộ).