Chẩn đoán phân biệt bao gồm JIA (đặc biệt là JIA hệ thống), bệnh Lyme, viêm khớp phản ứng, tổn thương khớp trong bệnh hồng cầu lưỡi liềm, bạch cầu cấp hoặc ung thư khác, lupus ban đỏ hệ thống, viêm nội tâm mạc do tắc mạch, bệnh huyết thanh, bệnh Kawasaki, phản ứng thuốc, và viêm khớp do lậu.