Hầu hết các bác sĩ tiết niệu nhi đề nghị dự phòng kháng sinh cho trường hợp trào ngược bàng quang niệu quản nặng ở mọi lứa tuổi và cho trường hợp trào ngược bàng quang niệu quản mức độ II đến V ở trẻ < 2 tuổi và đối với trẻ em bị nhiễm trùng đường tiểu tái phát không phụ thuộc vào VUR Có nhiều khuyến cáo về tuổi và cân nặng đối với kháng sinh, nhưng thông thường, trẻ em được dùng trimethopri m/s ulfamethoxazole trước khi đi ngủ, nitrofurantoin vào buổi ăn trưa, hoặc cephalexin hai lần mỗi ngày.