Các khó khăn khi phẫu thuật sau khi nút mạch bao gồm: quá trình phẫu tích khó khăn do túi phình khó di động, khó đặt clip vào cổ túi phình, khó khăn khi lấy coil ra khỏi lòng túi phình và lòng động mạch.