Chẩn đoán viêm nội tâm mạc do sốt Q có thể khó khăn vì cấy máu âm tính và tổn thương van tim thực vật rất nhỏ và chỉ được hình ảnh bằng siêu âm tim ở khoảng 12% bệnh nhân (xem CDC: Diagnosis and Management of Q Fever — United States, 2013: Recommendations from CDC and the Q Fever Working Group).