CT ít nhạy hơn MRI đối với viêm não HSV nhưng có thể hữu ích vì phim này luôn sẵn có và có thể loại trừ các bệnh lý có thể gây nguy hiểm nhiều khi chọc dò thắt lưng (ví dụ: tổn thương gây choán chỗ, tràn dịch não, phù não).