Có nhiều vi khuẩn gây viêm phổi liên quan thở máy, trong đó các vi khuẩn Gram âm không lên men như Acinetobacterbaumannii, Pseudomonasaeruginosa,.. là những vi khuẩn gây bệnh hàng đầu và có mức độ kháng kháng sinh cao.