Phân loại vi rút chủ yếu theo trình tự bộ gen của vi rút có tính đến bản chất và cấu trúc của bộ gen cũng như phương pháp sao chép của các bộ gen này, nhưng không theo các bệnh mà các loại vi rút đó gây ra (xem International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), bản phát hành năm 2021).