Chẩn đoán u hạt được khẳng định bằng kính hiển vi bởi sự hiện diện của các thể Donovan (rất nhiều vi khuẩn trong tế bào chất của các đại thực bào khi nhuộm Giêm sa hoặc Wright) trong các dịch từ mép của các tổn thương.