S. aureus nhạy cảm với methicillin, Streptococcus pneumoniae và Haemophilus influenzae thường gặp nhất khi viêm phổi phát sinh trong vòng 4 đến 7 ngày kể từ khi nhập viện, trong khi P. aeruginosa, MRSA và sinh vật gram âm đường ruột ngày càng phổ biến hơn với thời gian đặt nội khí quản hoặc nhập viện tăng lên.