Nếu chẩn đoán xác định Acanthamoeba, điều trị có thể gồm thuốc tra propamidine 0,1%, neomycin 0,175% và polyhexamethylene biguanide 0.02% hoặc chlorhexidine 0.02% bổ sung với miconazole 1%, clotrimazole 1% hoặc uống ketoconazole 400 mg một lần / ngày hoặc itraconazole 400 mg một lần sau đó 200 mg một lần một ngày.