Phân loại phần lớn Thông liên thất được phân loại theo vị trí: Quanh màng. Cơ bè Dưới phếu động mạch phổi (supracristal, phần vách nón, dưới hai van động mạch) Buồng nhận (loại thông sàn nhĩ thất, loại kênh nhĩ thất chung) Thông liên thất quanh màng (70 đến 80%) là các khuyết tật vùng vách màng liền kề với van ba lá và chúng mở rộng ra cấu trúc mô cơ xung quanh; loại phổ biến nhất của loại này xảy ra ngay bên dưới van động mạch chủ.