Xem xét các yếu tố chuyển hoá, 68,8% các trường hợp PCOS có ít nhất một rối loạn gồm tăng chỉ số eo / hông, Cholesterol toàn phần, Triglyceride, LDL-C, đường máu đói G0 hay giảm HDL-C. Có mối liên quan giữa rối loạn chuyển hoá với các yếu tố lâm sàng và nội tiết: tăng chỉ số eo / hông liên quan với tuổi, chỉ số khối cơ thể, AMH và prolactin; cholesterol toàn phần liên quan với BMI và prolactin; Triglycerid liên quan với tuổi; HDL-C giảm liên quan với BMI, LH và FSH; Đường máu đói liên quan với BMI.