Một số dị dạng bẩm sinh GI, như rối loạn sự quay cuốn của ruột, có một kết quả điều trị tốt, trong khi những trường hợp khác, chẳng hạn như các dị tật bẩm sinh thoát vị cơ hoành, có kết quả điều trị kém (tỷ lệ tử vong 10 đến 30%).