Không có thuốc chủng ngừa nhiễm vi rút Powassan; vắc-xin phòng bệnh viêm não do ve có sẵn bên ngoài Hoa Kỳ được dùng để chống lại các loại flavivirus khác nhau và khi một trong các loại vắc-xin viêm não do ve này được thử nghiệm trên chuột, nó không được chứng minh là có khả năng bảo vệ khỏi vi-rút Powassan.