Đầu nhỏ có nhiều nguyên nhân về nhiễm sắc thể hoặc môi trường, bao gồm cả trước đẻ thuốc uống, rượu, hoặc là tiếp xúc với bức xạ, nhiễm khuẩn trước khi sinh (ví dụ, TORCH [toxoplasmosis, các mầm bệnh khác, rubella, cytomegalovirus, và herpes simplex] và vi rút Zika), và bà mẹ bị phenylketon niệu nhưng không được kiểm soát tốt.