Ở trẻ sơ sinh, các nguyên nhân có thể xảy ra nhất của hẹp van hai lá là rối loạn chức năng cơ nhú, xơ hoá nội mạc, viêm cơ tim cấp, khe hở van hai lá có hoặc không có khiếm khuyết ống nhĩ thất chung, và thoái mô liên kết van hai lá.