Phân biệt nhiễm CMV bẩm sinh có triệu chứng với các bệnh nhiễm bẩm sinh khác (như toxoplasmosis, rubella, vi rút viêm màng não - màng nhện tăng lympho bào, giang mai) bằng sử dụng xét nghiệm phải ứng chuỗi polymerase (PCR) hoặc nuôi cấy vi rút.