Các triệu chứng của thông sàn nhĩ thất bán phần thường tuỳ theo mức độ hở van, nếu nhẹ hoặc không hở van thì triệu chứng có thể xuất hiện ở tuổi thanh thiếu niên hoặc giai đoạn sớm của tuổi trưởng thành, nhưng nếu hở van nhĩ thất trung bình hoặc nặng thì có triệu chứng suy tim từ thời kì nhũ nhi.