Hội chứng PAPA là do Các đột biến trong protein tương tác proline-serine-threonine phosphatase 1 (PSTPIP1) gen trên nhiễm sắc thể 15q Gen đột biến tạo ra một protein bị phosphoryl hoá quá mức, gắn với pyrin, do đó hạn chế hoạt động chống viêm của pyrin.