Không thể phát hiện được một số loại vi rút phổ biến bằng các phương pháp nuôi cấy thông thường và yêu cầu các phương pháp chẩn đoán thay thế (xem bảng), như sau: Xét nghiệm miễn dịch Enzyme cho virus Epstein-Barr, virus viêm gan B và virus viêm gan E, HIV và virus T-lymphotropic ở người Xét nghiệm huyết thanh học cho virus viêm gan A và virus viêm gan D Các phương pháp dựa trên axit nucleic đối với HIV, cúm, vi rút hợp bào hô hấp (RSV), SARS-CoV 2 Bệnh phẩm nấm thu được từ môi trường không vô khuẩn phải được cấy vào môi trường chứa các chất kháng khuẩn.