Một số yếu tố ảnh hưởng đến việc thực hiện quy trình gồm: công tác tổ chức cán bộ chuyên môn cho phòng khám chưa đúng và đủ theo biên chê; công tác đào tạo chuyên môn cho cán bộ nhân viên chưa được quan tâm toàn diện; quy chế khen thưởng xử phạt, công tác kiểm tra giám sát vẫn chưa đạt được hiệu quả tối ưu; áp lực từ khối lượng công việc, đặc điểm người bệnh, chế độ đãi ngộ và sự phối hợp chuyên môn giữa các khoa / phòng cũng có ảnh hưởng đến việc thực hiện quy trình lâm sàng chẩn đoán và điều trị.