Đôi khi các áp-xe giai đoạn sớm bị bỏ sót hay lầm lẫn với bướu mạch máu gan, đôi khi khó phân biệt áp-xe gan với bướu gan ác tính có hoại tử hoặc với bướu lành gan hoặc với tổn thương thâm nhiễm (do lao, nấm, Fasciola hay larva migrans) hay cục tăng sinh.