Các thiếu hụt di truyền là gen lặn trên nhiễm sắc thể thường ngoại trừ thiếu hụt chất ức chế C1, là gen trội trên nhiễm sắc thể thường, và Properdin, được liên kết với nhiễm sắc thể X. Sự thiếu hụt này dẫn đến quá trình opsonin hoá bị lỗi, thực bào và ly giải mầm bệnh và làm mất khả năng thanh thải của phức hợp kháng nguyên-kháng thể.