Tỷ lệ tái phát khi ghép tế bào gốc tạo máu tự thân cao hơn vì không có hiệu ứng mảnh ghép chống khối u và vì các tế bào khối u trong hệ tuần hoàn có thể vô tình bị thu thập cùng với tế bào gốc và được cấy ghép.