Tuy nhiên, các triệu chứng hô hấp và những thay đổi trên các phim chụp X-quang ngực ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch có thể là do các quá trình khác (hoặc ngoài các quá trình đó) ngoài nhiễm trùng, như là xuất huyết phổi, phù phổi, tổn thương do bức xạ, nhiễm độc phổi do thuốc gây độc tế bào hoặc liệu pháp miễn dịch và các thâm nhiễm của khối u.