- Gap-PCR cho phép xác định đột biến mất đoạn hoặc sự sắp xếp lại trật tự các đoạn trên phân tử DNA bằng cách sử dụng ít nhất 3 mồi (2 mồi xuôi và 1 mồi ngược), trong đó cặp mồi thứ nhất phân bố ở hai đầu đoạn DNA bị mất, mồi còn lại thiết kế bổ sung vùng mất đoạn.