Một số lo ngại quan trọng về việc chèn bằng cách sử dụng vi rút bao gồm phản ứng với vi-rút, mất nhanh (không truyền được) DNA bình thường mới và thiệt hại đối với vi rút bởi các kháng thể được phát triển chống lại vi rút, vectơ vi rút hoặc protein được truyền, mà hệ thống miễn dịch công nhận là nước ngoài.