Một số gen MHC lớp I mã hoá các phân tử MHC phi cổ điển, như HLA-G (có thể đóng vai trò bảo vệ thai nhi từ phản ứng miễn dịch của mẹ) và HLA-E (biểu hiện các peptide đối với các thụ thể nhất định trên các tế bào diệt tự nhiên).