Mức mục tiêu của việc điều chỉnh yếu tố IX giống như trong bệnh hemophilia A. Tuy nhiên, để đạt được các mức này, liều sử dụng phải cao hơn so hemophilia A, vi phân tử yếu tố IX nhỏ hơn so với yếu tố VIII, nên dễ bị phân tán ra ngoài lòng mạch.