Những phương pháp điều trị thuyên tắc động mạch phổi là dùng thuốc chống đông, đôi khi giải quyết cục máu đông bằng tiêu sợi huyết hệ thống hoặc trực tiếp qua catheter hoặc catheter hoặc phẫu thuật cắt bỏ.