Dấu hiệu cảnh báo trẻ có bệnh lý nào đó chứ không phải là chỉ trào ngược bao gồm nôn vọt, căng chướng bụng, nôn có máu hoặc mật, sốt, chậm tăng cân, máu trong phân, tiêu chảy dai dẳng và phát triển bất thường hoặc có các triệu chứng thần kinh (ví dụ: thóp phồng, co giật).