Sự suy giảm miễn dịch tiên phát được phân loại bởi thành phần chính của hệ thống miễn dịch suy giảm, vắng mặt hoặc có khuyết tật: Miễn dịch dịch thể Miễn dịch tế bào Kết hợp miễn dịch dịch thể và miễn dịch tế bào Tế bào thực bào Protein bổ thể Khi xác định nhiều khuyết tật phân tử, việc phân loại tình trạng suy giảm miễn dịch do các khuyết tật phân tử của chúng sẽ trở nên thích hợp hơn (2).