Sau khi sinh, cần đặt một ống thông dạ dày nếu nghi ngờ có teo thực quản trên siêu âm và lâm sàng; chẩn đoán teo thực quản được gợi ý bởi tình trạng không đặt được ống sonde dạ dày Một ống thông có đánh dấu phóng xạ xác định vị trí của atresia trên X-quang.