Những kháng thể này cũng có thể hoạt động bằng cơ chế khác và kết quả là sự lắng đọng dưới nội mạc của các globulin miễn dịch, bao gồm kháng thể kháng cardiolipin và các phức hợp bổ thể trên van tim đã bị biến dạng ở bệnh nhân APS.