Tuy nhiên, vẫn còn một số tiêu chí và việc duy trì tiêu chuẩn GSP còn chưa đảm bảo, trong đó trình độ chuyên môn, khu vực bảo quản và nhiệt độ - độ ẩm của nhà thuốc-quầy thuốc là các vấn đề còn tồn tại chính.