Vi khuẩn được phân loại theo các tiêu chí sau (xem thêm bảng phân loại: Phân loại các vi khuẩn gây bệnh thông thường.): Hình thái học Nhuộm soi Sự bao bọc Sự yêu cầu oxy Hình thái học Vi khuẩn có thể có dạng Hình trụ (bacilli) Hình cầu (cocci) Xoắn ốc (spirochetes) Một vài cầu khuẩn, nhiều loại trực khuẩn, và phần lớn xoắn khuẩn đều di chuyển được.