Metronidazole hoạt động chống lại B. fragilis, kháng clindamycin; là thuốc có hoạt tính diệt khuẩn duy nhất với vi khuẩn kỵ khí và thường tránh được trường hợp viêm đại tràng giả mạc đôi khi kết hợp với clindamycin.