Chống đông là liệu pháp chính trong điều trị PE và giảm nhanh gánh nặng cục máu đông thông qua liệu pháp tiêu sợi huyết hoặc thủ thuật cắt bỏ cục nghẽn được chỉ định cho bệnh nhân tụt huyết áp không hồi phục sau khi hồi sức truyền dịch và đối với một số bệnh nhân được lựa chọn bị suy giảm chức năng thất phải.