Các phân tử MHC class II thường trình diện các peptide có nguồn gốc từ kháng nguyên ngoại bào (ngoại sinh) (ví dụ, từ nhiều vi khuẩn) đến tế bào CD4 Th; ngược lại, các phân tử MHC trong lớp I thường trình diện các peptide có nguồn gốc từ kháng nguyên nội bào (nội sinh) (ví dụ, từ virut) đến tế bào T CD 8.