Tuy nhiên, những khó khăn của phẫu thuật nội soi kết hợp với nội soi đường mật thường gặp là: thao tác điều khiển ống nội soi đường mật khó do khi ổ bụng bơm hơi ống soi phải đi qua một khoảng trống từ thành bụng vào ống mật chủ, áp lực dòng nước để làm giãn đường mật thấp do nước thoát ra ngay tại vị trí mở ống mật chủ.