Tuy nhiên, có một số cân nhắc về an toàn, bao gồm: Sử dụng một phương pháp thay thế để điều trị chứng rối loạn đe doạ tính mạng có thể được điều trị hiệu quả thông thường (ví dụ: viêm màng não, ung thư) – có thể là rủi ro lớn nhất của thuốc thay thế, hơn là nguy cơ gây hại trực tiếp từ một liệu pháp cụ thể Độc tính từ các chế phẩm thực vật hoặc bổ sung (ví dụ, độc tính với gan của alkaloids pyrrolizidine, Atractylis gummifera, chaparral, germander, lượng lớn celandine, Jin Bu Huân, kava, pennyroyal, hoặc những cái khác như độc với thận do Aristolochia; kích thích adrenergic từ cây ma hoàng) Sự nhiễm bẩn (ví dụ: kim loại nặng trong một số chế phẩm thảo dược Trung Quốc và Ayurvedic, ô nhiễm các sản phẩm khác, như PC-SPES và một số loại thảo mộc Trung Quốc, với các loại thuốc khác) Tương tác giữa các liệu pháp CAM (ví dụ, thực vật, vi chất dinh dưỡng, các chất bổ sung chế độ ăn uống khác) và các thuốc khác (ví dụ, kích thích các enzyme cytochrome P-450 [CYP 3 A 4] bằng tảo của St. John, làm giảm hoạt tính của thuốc kháng virus, thuốc ức chế miễn dịch và các thuốc khác), đặc biệt khi thuốc có phổ điều trị hẹp Cũng như bất kỳ thao tác vật lý nào của cơ thể (bao gồm các kỹ thuật chính thống như vật lý trị liệu), thương tích (ví dụ, tác động cột sống gây tổn thương dây thần kinh hoặc tuỷ sống ở bệnh nhân có nguy cơ, vết thâm tím ở bệnh nhân có rối loạn đông máu) Các thông báo hiện tại về các chất bổ sung chế độ ăn uống độc hại hiện có tại trang web của FDA (Safety Alerts and Advisories).