Các chất tự miễn tự nhiên phân rã từ hệ thống miễn dịch có thể bị phơi nhiễm và gây ra phản ứng tự miễn dịch (ví dụ như sự phóng thích hệ thống các tế bào màng bồ đào có chứa melanin sau khi chấn thương mắt gây ra chứng viêm mắt giao cảm).