Tiêu chuẩn bệnh nhân đủ điều kiện để ECMO thay đổi theo trung tâm, nhưng nói chung, trẻ sơ sinh nên có bệnh có thể đảo ngược được (ví dụ: tăng áp phổi dai dẳng của trẻ sơ sinh, thoát vị hoành bẩm sinh, viêm phổi quá nặng) và chỉ nên áp dụng cho trẻ đã được thở máy < 7 ngày.