Siêu âm tim qua thực quản cung cấp hình ảnh các cấu trúc bất thường nhỏ một cách rõ ràng hơn (ví dụ, sùi nội mạc cơ tim hoặc còn lỗ bầu dục). Nó cũng cho ta dễ dàng quan sát các cấu trúc ở phía sau gần ống thực quản như nhĩ trái, tiểu nhĩ trái, vách liên nhĩ, giải phẫu tĩnh mạch phổi.