Vì vậy, để đạt mức 5 của Bộ tiêu chí 2429, bệnh viện gặp một số khó khăn sau: 100% phải thực hiện ngoại kiểm theo danh mục kỹ thuật xét nghiệm, trong khi đó các đơn vị kiểm chuẩn chưa đáp ứng hết các xét nghiệm; thực hiện 100% xác nhận giá trị sử dụng của tất cả các phương pháp; 100% trang thiết bị có ảnh hưởng tới kết quả xét nghiệm phải thực hiện kiểm định / hiệu chuẩn nhưng hiện tại chưa có các cơ sở công bố đủ điều kiện thực hiện dịch vụ kiểm định, hiệu chuẩn toàn bộ trang thiết bị y tế.