Đối với bệnh viêm màng não hoặc bệnh phổi nặng, điều trị chuẩn bao gồm: Amphotericin B 0,7 mg / kg truyền (hoặc liposomal amphotericin B 3 đến 4 mg / kg truyền) một lần / ngày kết hợp với flucytosine 25 mg uống mỗi 6h trong 2 tuần điều trị (điều trị lâu hơn nếu lâm sàng đáp ứng chậm hoặc cấy vẫn dương tính) Sau đó điều trị fluconazole 400 mg uống một lần / ngày trong tổng cộng 10 tuần Sau khi hoàn thành điều trị tấn công, điều trj kéo dài (duy trì) là cần thiết. Chọc dịch não tuỷ nhiều lần là rất quan trọng để giảm bớt tăng áp lực nội sọ.