Điều trị bệnh trào ngược dạ dày thực quản bắt đầu bằng việc thay đổi cách tư thế khi cho ăn và sau khi cho ăn; một số trẻ nhỏ cần phải dùng các loại thuốc ức chế axit như là thuốc ức chế bơm proton hoặc thuốc chẹn H 2.