Bằng chứng cho thấy MDMA gây tổn thương tế bào lâu dài cho não, cho đến gần đây, chỉ dựa trên các thí nghiệm với động vật; phương pháp phát hiện phổ biến nhất là cắt ra một phần của não và đo nồng độ chất hoá học serotonin.