Thuốc chống ký sinh trùng không có hiệu quả trên bệnh nhân bị bệnh Chagas tim và đường tiêu hoá tiến triển, nhưng các biện pháp hỗ trợ (như điều trị suy tim, máy tạo nhịp tim, thuốc chống loạn nhịp, cấy ghép tim, mở rộng thực quản, tiêm độc tố botulinum vào cơ vòng thực quản dưới, phẫu thuật dạ dày ruột) hữu ích.