Những nhược điểm chính của nội soi đại tràng ảo là Không có khả năng sinh thiết các polyp tại thời điểm khảo sát Phơi nhiễm phóng xạ Chụp CT ruột cũng là một biện pháp chụp tương tự, nhưng nó còn cung cấp cả hình ảnh của dạ dày và toàn bộ hệ thống ruột non.