Bởi vì không có phương pháp điều trị nào hiệu quả rõ ràng hơn những phương pháp điều trị khác, nên việc điều trị mụn cóc ở vùng sinh dục cần phải được dẫn hướng bằng những cân nhắc khác, chủ yếu là kích thước, số lượng và vị trí giải phẫu của mụn cóc; sở thích của bệnh nhân; chi phí điều trị; sự tiện lợi; tác dụng phụ; và kinh nghiệm của bác sĩ (xem Centers for Disease Control and Prevention [CDC] 2021 Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines: Anogenital Warts).