Chỉ định thường gặp của VATS bao gồm Phẫu thuật cắt bóng kén khí và giảm thể tích phổi trong khí phế thũng Điều trị tràn khí màng phổi tự phát nguyên phát Cắt thuỳ và cắt bỏ phổi (ở một số trung tâm) Sinh thiết nhu mô phổi Phẫu thuật Wedge Chỉ định ít gặp của VATS bao gồm Sinh thiết và phân loại giai đoạn ung thư thực quản Cắt bỏ khối u trung thất lành tính Sửa chữa các chấn thương sang phổi, màng phổi hoặc cơ hoành Phẫu thuật cắt bỏ giao cảm đối với tăng thân nhiệt nặng hoặc gây đau Chống chỉ định Chống chỉ định của nội soi lồng ngực và VATS cũng giống như chống chỉ định đối với chọc hút dịch màng phổi.