Ở những người suy giảm miễn dịch trung gian qua tế bào như bị AIDS, nhiễm Cystoisospora có thể gây ra tình trạng bệnh kéo dài như tiêu chảy nặng và trầm trọng, sụt cân, khó chữa khỏi giống như nhiễm Cryptosporidium.