Các biện pháp bảo vệ đường thở dưới cụ thể bao gồm các cơ chế miễn dịch đặc hiệu với mầm bệnh khác nhau, bao gồm quá trình opso hoá IgA và IgG, peptide kháng khuẩn, tác dụng chống viêm của chất hoạt động bề mặt, thực bào bởi đại thực bào phế nang và đáp ứng miễn dịch qua trung gian tế bào T. Những cơ chế này bảo vệ hầu hết mọi người chống lại nhiễm trùng.