Bệnh đa hồng cầu nguyên phát cũng có thể được nghi ngờ dựa trên các phát hiện lâm sàng, bao gồm huyết khối ở một vị trí bất thường, chẳng hạn như hội chứng Budd-Chiari ở phụ nữ hoặc huyết khối tĩnh mạch cửa ở nam giới.