Tuy nhiên, xét nghiệm khuếch đại acid nucleic nhắm đến một trong các gen độc tố của C. difficile hoặc chất điều hoà của chúng đã được chứng minh là có độ nhạy cao hơn và hiện tại là xét nghiệm chẩn đoán được lựa chọn trong hầu hết các trường hợp.