Nguyên nhân gây NKBV chủ yếu là vi khuẩn gram âm (79.8%): Klebsiella (17.1%), Acinetobacter (16.9%), P. aeruginosa (16.9%), Enterobacter (13.7%), E. coli (11.3%); vi khuẩn gram dương (17.0%): S. aureus (8.8%), Staphylococcus coagulase âm (7.3%); nấm Candida (3.2%).