Herpes miệng nguyên phát có thể giống RAS nhưng thường xảy ra ở trẻ nhỏ, luôn liên quan đến lợi, có thể ảnh hưởng bất kể vùng niêm mạc sừng hoá nào (vòm miệng cứng, lợi dính, mặt lưng lưỡi) và có liên quan đến các triệu chứng toàn thân.