Việc khử trùng chọn lọc tại vùng họng miệng (sử dụng gentamicin tại chỗ, colistin, chlorhexidine, kem vancomycin, hoặc kết hợp) hoặc toàn bộ đường tiêu hoá (sử dụng polymyxin, một aminoglycosid hoặc quinolone, và nystatin hoặc amphotericin B) đang gây tranh cãi vì những lo ngại về các chủng kháng thuốc và bởi vì cách khử khuẩn này không làm giảm tỉ lệ tử vong, mặc dù nó làm giảm tỷ lệ mắc VAP.