Một số yếu tố liên quan đến tình trạng di chứng như: Tiền sử tiêm phòng đầy đủ có tỷ lệ di chứng thấp hơn nhóm không tiêm phòng đầy đủ với OR = 1,575 (95% CI: 1,091 - 2,272), các triệu chứng cổ cứng OR = 3,036 (95% CI: 1,152 - 8,002), Kernig OR = 4,659 (95% CI: 1,411 - 15,382), Brudzinski OR = 14,667 (95% CI: 1,820 - 118,224), rối loạn tri giác OR = 4,469 (95% CI: 1,333 - 14,98), liệt vận động OR = 12,88 (95% CI: 3,507 - 47,308), hình ảnh cộng hưởng từ sọ não biểu hiện tổn thương đồi thị OR = 6,296 (95% CI: 2,098 - 18,895) và hình thái tăng tín hiệu trên xung T2 OR = 5,727 (95% CI: 1,933 - 16,971) có mối liên hệ đến tình trạng di chứng của bệnh nhân viêm não Nhật Bản (p < 0,05).