HIV liên quan bệnh thận cần được phân biệt với nhiều bệnh khác hay gặp ở các bệnh nhân nhiễm HIV và gây ra bệnh thận như bệnh huyết khối vi mạch (hội chứng tan huyết tăng ure máu và xuất huyết giảm tiểu cầu huyết khối), viêm cầu thận qua trung gian miễn dịch và viêm thận kẽ do thuốc (do indinavir và ritonavir) và tiêu cơ vân (do statin).