Viêm tuyến giáp Hashimoto, cũng như bệnh Graves, đôi khi kết hợp với các bệnh tự miễn khác, bao gồm bệnh Addison (suy thượng thận), đái tháo đường type 1, suy cận giáp, bạch biến, rụng tóc, thiếu máu ác tính, rối loạn mô liên kết (ví dụ, viêm khớp dạng thấp, lupus ban đỏ hệ thống, hội chứng Sjögren), bệnh celiac và hội chứng thiếu hụt đa giác tuyến type 2 (hội chứng Schmidt - sự kết hợp của bệnh Addison với suy giáp thứ phát sau viêm tuyến giáp Hashimoto và / hoặc bệnh đái tháo đường type 1).