Nghiên cứu cho thấy cộng hưởng từ đường mật còn có một số hạn chế như: không thể đánh giá được di chuyển của sỏi từ lúc chụp cộng hưởng từ đến khi phẫu thuật, giá thành cao, phải có bác sỹ chuyên khoa chẩn đoán hình ảnh... nên chỉ ở các bệnh viện lớn mới thực hiện được.