Sáu cặp mồi dựa trên trình tự đơn vị phân nhỏ của ribosom (ssu-rRNA), trình tự bảo thủ của vùng nối nội (ITS), vùng mã hoá đơn vị phân lớn của ribosom (lsu-rRNA) được sử dụng để phát hiện bào tử Microsporidia thuộc chi Encephalitozoon: E. cuniculi, E. hellem, E. intestinalis.