Các ký sinh trùng khác có thể gây ra các triệu chứng tương tự với nhiễm cryptosporidium nhiễm Cyclospora cayetanensis và ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch, Cystoisospora (Isospora) belli và một nhóm các sinh vật được gọi là microsporidia (ví dụ, Enterocytozoon bieneusi, Encephalitozoon intestinalis).