Tiên lượng thường là tốt hơn với viêm nội tâm mạc bên phải so với viêm nội tâm mạc bên trái vì các rối loạn chức năng van ba lá thường dung nạp tốt hơn, không có các tắc mạch hệ thống, và Viêm nội tâm mạc với S. aureus bên phải phản ứng tốt hơn với các kháng sinh.