Các nguyên nhân chính của rối loạn nhu động bao gồm Co thắt tâm vị Co thắt thực quản lan toả Viêm thực quản tăng bạch cầu ái toan Các tình trạng bệnh lý hệ thống gây rối loạn nhu động thực quản bao gồm Xơ cứng bì hệ thống Bệnh Chagas Nhiều rối loạn tổng quát về chức năng thần kinh cơ (ví dụ: bệnh nhược cơ, teo cơ xơ cứng cột bên, Cú đánh, bệnh Parkinson) có thể ảnh hưởng đến việc nuốt nhưng thường không được xếp vào nhóm rối loạn nhu động thực quản vì phần lớn chúng gây ra chứng khó nuốt vùng hầu họng chứ không phải chứng khó nuốt thực quản.