Do đó, trong chẩn đoán trước sinh array CGH được chỉ định khi (1) Có dấu hiệu bất thường của thai nhi trên siêu âm; (2) Nghi ngờ mang chuyển đoạn không cân bằng; (3) Tiền sử đã sinh con bị bất thường NST, (4) Bố mẹ mang bất thường NST dạng cân bằng, (5) Tuổi mẹ cao.