Nếu bệnh nhân có rối loạn cấu trúc tim bị viêm màng ối hay nhiễm trùng khác (ví dụ như viêm thận bể thận) đòi hỏi phải nhập viện, kháng sinh được sử dụng để điều trị nhiễm trùng nên bao phủ hết các vi khuẩn có nguy cơ gây viêm nội tâm mạc.