STI do C. trachomatis được xác định tốt nhất trong các mẫu sinh dục bằng cách sử dụng các xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (NAAT) vì các xét nghiệm này nhạy cảm hơn so với nuôi cấy tế bào và có yêu cầu xử lý mẫu ít nghiêm ngặt hơn.