Chống chỉ định flumazenil bao gồm việc sử dụng benzodiazepine lâu dài (vì flumazenil có thể khởi phát hội chứng cai), co giật, biểu hiện giật cơ hoặc các bất thường vận cơ khác, quá liều thuốc gây co giật cùng xảy ra (đặc biệt là thuốc chống trầm cảm ba vòng) và loạn nhịp tim.