Xét nghiệm PCR của dịch não tuỷ, máu, và các vị trí bình thường khác cho N. meningitidis nhạy cảm hơn và cụ thể hơn so với nuôi cấy và có thể hữu ích khi nhuộm Gram dịch não tuỷ âm tính và khi dùng kháng sinh trước can thiệp vào việc phân lập vi khuẩn.