Trong chẩn đoán trước sinh, kỹ thuật array CGH có nhiều thuận lợi hơn so với các kỹ phân tích nhiễm sắc thể (NST) truyền thống, cho phép phát hiện các trường hợp lệch bội, mất, nhân đoạn hoặc tái sắp xếp không cân bằng của NST với độ phân giải cao hơn, không cần phải nuôi cấy tế bào ối hoặc gai nhau, tự động hoá và cho kết quả trong thời gian ngắn.