Kháng thuốc có sẵn hoặc mới có là phổ biến, vì vậy thuốc này hầu như luôn được sử dụng với một loại thuốc chống nấm khác, thường là amphotericin B. Flucytosine cộng với amphotericin B được sử dụng chủ yếu để điều trị bệnh do cryptococcus nhưng cũng có giá trị đối với một số trường hợp bệnh do candida lan toả (bao gồm cả viêm nội tâm mạc), các bệnh nhiễm trùng nấm men khác và bệnh do aspergillus xâm lấn nghiêm trọng.