Nhiễm trùng phổi thứ phát do vi khuẩn (ví dụ: Mycobacteria, Nocardia) và các sinh vật khác (ví dụ: Aspergillus, Cryptococcus và các loại nấm cơ hội khác) đôi khi phát triển vì chức năng đại thực bào bị suy giảm; những bệnh nhiễm trùng này cần phải điều trị.