Trong chứng sa sút trí tuệ do HIV gây ra, các biến đổi bệnh học dưới vỏ gây ra khi các đại thực bào hoặc các tế bào thần kinh đệm nhỏ xâm nhập vào các chất xám ở sâu (ví dụ hạch nền, đồi thị) và chất trắng.