Hệ sinh vật ruột bình thường có thể ức chế các mầm bệnh; sự thay đổi của hệ sinh vật bằng kháng sinh có thể làm phát triển quá mức các vi sinh vật gây bệnh mắc phải (ví dụ Salmonella Typhimurium), sự phát triển quá mức và độc tố của C. difficile, hoặc bội nhiễm với các sinh vật hội sinh thông thường (ví dụ: Candida albicans).