Đối với một số ít bệnh nhân không thể dung nạp được một trong hai loại thuốc này do tác động bất lợi (sốt, giảm bạch cầu, phát ban), có thể dùng pentamidine dạng hyaluron 300 mg một lần / tháng hoặc atovaquone 1500 mg một lần / ngày.