Tuy nhiên, soi phế quản thường chỉ được thực hiện ở những bệnh nhân thở máy hoặc những người có các yếu tố nguy cơ khác đối với vi sinh vật không điển hình hoặc viêm phổi phức tạp (ví dụ như suy giảm miễn dịch, thất bại điều trị theo kinh nghiệm).