Ít nhất một nửa số chỗ rỗng tuỷ hình thành ở những bệnh nhân có bất thường bẩm sinh của khớp sọ (ví dụ, thoát vị mô tiểu não vào ống sống, gọi là dị tật Chiari), não (ví dụ: thoát vị não), hoặc tuỷ sống (ví dụ, thoát vị tuỷ-màng tuỷ).