Các chủng HIV trong một số khoang, chẳng hạn như hệ thần kinh (não và dịch não tuỷ) và đường sinh dục (tinh dịch, dịch cổ tử cung-âm đạo), có thể thu được các đột biến và trở nên khác biệt về mặt di truyền với các chủng trong huyết tương, cho thấy rằng các chủng này đã được chọn lọc bởi hoặc có thích nghi với các khoang giải phẫu này (2-4).