Chẩn đoán của viêm ruột giảm bạch cầu trung tính dựa vào Triệu chứng Tình trạng giảm bạch cầu trung tính nặng Các kết quả chụp CT ổ bụng và các xét nghiệm độc tố trong máu và phân. Viêm ruột giảm bạch cầu trung tính phải được phân biệt với tiêu chảy do Clostridioides (trước đây là Clostridium) difficile, bệnh cơ quan ghép chống lại vật chủ và viêm đại tràng do cytomegalovirus.