Methotrexate thường gây ra nhiều vấn đề; sử dụng trong tam cá nguyệt thứ 1 làm tăng nguy cơ sẩy thai tự nhiên, và nếu tiếp tục sử dụng trong thời gian mang thai thì nguy cơ xuất hiện nhiều dị dạng bẩm sinh.