Tiền sử tiêm phòng không đủ, hội chứng màng não, rối loạn tri giác, liệt vận động, cùng với hình ảnh cộng hưởng từ sọ não biểu hiện tổn thương đồi thị và tổn thương tăng tín hiệu trên xung T2 là những yếu tố liên quan đến tình trạng di chứng của bệnh nhân viêm não Nhật Bản.