Hội chứng bỏng rát miệng là một chẩn đoán loại trừ; do đó, xét nghiệm tìm nguyên nhân thứ phát phải kỹ lưỡng và có thể bao gồm đo lưu lượng nước bọt, xét nghiệm máu để đánh giá các tình trạng toàn thân, nghiên cứu chẩn đoán hình ảnh đầu và cổ và sinh thiết.