Thời gian xuất hiện các triệu chứng của hội chứng bỏng rát miệng rất khác nhau theo nhiều tháng đến nhiều năm, nhưng các triệu chứng sẽ hết một cách tự nhiên hoặc nếu có thể xác định và giải quyết được nguyên nhân thứ phát.