Toan máu khoảng trống anion tăng xảy ra trong các rối loạn chuyển hoá di truyền, trong đó tích tụ axit chuẩn độ là điển hình, chẳng hạn như toan máu methylmalonic và propionic; nó cũng có thể là do nhiễm axit lactic (ví dụ như thiếu pyarvate decarboxylase hoặc các khiếm khuyết phosphoryl hoá ty thể).