Chỉ riêng việc soi phế quản có thể gây biến chứng Rối loạn nhịp tim (thường gặp nhất là ngoại tâm thu nhĩ, ngoại tâm thu thất hoặc nhịp chậm) Giảm oxy máu ở bệnh nhân có suy giảm trao đổi khí Phù nề thanh quản mức độ nhẹ và khàn tiếng Lây truyền tác nhân nhiễm trùng từ dụng cụ không được khử trùng tốt (rất hiếm) Tỷ lệ tử vong là 1-4/10.000 bệnh nhân.