Việc chẩn đoán CSS nhờ các triệu chứng lâm sàng: sốt, mệt mỏi, mất vị giác, đau đầu, nôn và buồn nôn, nhịp tim nhanh, hạ huyết áp … và các xét nghiệm cận lâm sàng: bạch cầu giảm, đặc biệt lympho (< 800), CD4, CD8 giảm nhiều; Th17, tiểu cầu giảm; cytokin trợ viêm tăng mạnh TNF-α, IL-1 β, IL-6, IFNs, GCSF, IP-10, CP-1; Ferritin, CRP, LDH tăng; Suy hô hấp xảy ra với PaO2 giảm, PaCO2 bình thường hoặc giảm, nặng thì toan nặng, HCO3 giảm và PaCO2 tăng; shunt phổi DA-a tăng; tăng áp phổi.