Các bệnh thường gặp có thể bị nhầm lẫn với IBS bao gồm không dung nạp đường sữa, tiêu chảy do thuốc, tiêu chảy sau cắt túi mật, lạm dụng thuốc nhuận tràng, các bệnh ký sinh trùng, viêm dạ dày tăng bạch cầu ái toan hoặc viêm ruột tăng bạch cầu ái toan, viêm đại tràng vi thể, vi khuẩn đường ruột phát triển quá mức, bệnh celiac và bệnh viêm ruột giai đoạn đầu.