MS được phân biệt với các bệnh lý sau: Các hội chứng lâm sàng đơn độc (chỉ có một biểu hiện lâm sàng điển hình duy nhất của MS) Hội chứng điện quang đơn độc (ở các bệnh nhân không có triệu chứng lâm sàng, bệnh MS được phát hiện tình cờ bằng chụp cộng hưởng từ có các hình ảnh điển hình) Chẩn đoán MS đòi hỏi bằng chứng các tổn thương hệ thần kinh trung ương tách biệt cả về thời gian và không gian (vị trí trong hệ thần kinh trung ương) vì vậy MS có thể chẩn đoán phân biệt được.