Các nguyên nhân của bệnh thiểu năng sinh dục thứ phát phải được phân biệt với dậy thì muộn, là một dạng chức năng của bệnh thiểu năng sinh dục Một số rối loạn cấp tính và rối loạn mạn tính (ví dụ, suy thận mạn, chán ăn thần kinh) có thể dẫn đến thiểu năng sinh dục, điều này giải quyết sau khi hồi phục từ rối loạn cơ bản.