Phương pháp soi bằng kính hiển vi điện tử quét đòi hỏi mẫu phải được xử lý kỹ trước khi đi soi, mẫu cần vận chuyển đến trung tâm có máy SEM để soi, giá thành khá cao, nhưng đây cũng là phương tiện rất tốt để xác định biofilm.