Nhiễm nấm được điều trị bằng thuốc nhỏ chống nấm tại chỗ, chẳng hạn như natamycin 5% (thuốc được lựa chọn cho nấm sợi, ví dụ, Fusarium), amphotericin B 0,15% (thuốc được lựa chọn cho nấm men, ví dụ, Candida), hoặc đôi khi voriconazole 1% (mà kém hiệu quả hơn nhưng có phổ rộng nhất).