Hệ vi sinh vật thường trú vừa là những cấu tạo ngoại lai có tính độc lập tương đối, đồng thời lại vừa là một bộ phận sinh học cấu thành nên cơ thể, có hoạt động tiến hoá và đáp ứng nhanh chóng với sự thay đổi liên tục từ bên ngoài.