8 đường bay nội địa được duy trì khai thác là chặng Hà Nội đi TP HCM/Đà Nẵng, từ TP HCM đi Đà Nẵng, Nha Trang, Phú Quốc, Côn Đảo, Vinh, Thanh Hóa và ngược lại. Các đường bay này được khai thác tần suất tối thiểu để phục vụ hành khách, hãng có thể điều chỉnh lịch bay hàng ngày và thông báo cho hành khách đã mua vé qua email, tin nhắn. Các hãng hàng không khác như Vietjet Air và Bamboo Airways đều cắt giảm nhiều chuyến bay từ TP HCM và Hà Nội đi các địa phương khác từ hôm nay cho đến 15/4. Các hãng đều hỗ trợ hành khách được chuyển sang ngày khác hoặc hoàn vé. Tất cả hành khách đi máy bay nội địa thời gian này đều phải tuân thủ quy định phòng dịch như đo thân nhiệt, phải tự khai báo tình trạng sức khỏe và đeo khẩu trang trong suốt chuyến bay. Các hãng hàng không sẽ từ chối vận chuyển hành khách không khai báo y tế và có dấu hiệu nghi nhiễm Covid-19 như sốt và đi qua vùng dịch... Trước đó, ngày 25/3, các hãng hàng không trong nước đã tạm dừng khai thác đường bay quốc tế đến hết ngày 30/4 để giảm lượng hành khách nhập cảnh Việt Nam. Tuy nhiên, dịch bệnh ngày càng diễn biến phức tạp, số ca nhiễm tăng cao ở hai thành phố lớn. Ngày 27/3, Chính phủ đã yêu cầu các hãng hàng không tiếp tục cắt giảm chuyến bay nội địa đi từ Hà Nội, TP HCM đi các địa phương.
Từ 28/3 đến 15/4, Vietnam Airlines giảm từ 35 đường bay nội địa xuống còn 8, tổng số chỗ trên các chuyến bay giảm 90%.