Trong khi đó , PGS-TS Bùi Hoài Thắng, Trưởng phòng Đào tạo Trường ĐH Bách khoa TP.HCM, lại cho rằng Điều 54 có chi tiết phải khen. Các quy định trước đây khiến các trường bị vướng ở các hoạt động thực hành. Với quy định giảng viên dạy ĐH phải từ trình độ thạc sĩ trở lên nhưng điều 54 có ghi thêm “trừ trợ giảng” nên rất đáng khen. Ông Phan Nguyễn Như Khuê, Phó trưởng đoàn đại biểu Quốc hội TP.HCM, cho biết: "Thật ra Uỷ ban thường vụ Quốc hội cũng cân nhắc xem xét và thấy phần sửa đổi lần này về cơ bản bước đầu cũng đã thoả phần nào đó. Tuy nhiên quá trình thảo luận chúng tôi sẽ hệ thống hoá lại, trực tiếp có văn bản cụ thể báo cáo đến thành viên ban soạn thảo có cái nhìn đầy đủ hơn". Bà Nguyễn Thị Kim Phụng, Vụ trưởng Vụ Giáo dục ĐH (Bộ GD-ĐT), cho rằng: "Hội thảo có nhiều ý kiến khác nhau vì vậy chúng tôi cố gắng tiếp thu những vấn đề chung nhất. Trong đó, có một số nội dung đã được chỉnh lý trong nội dung dự thảo nhưng do thời gian gửi bản dự thảo mới tới đại biểu hơi gấp nên đại biểu chưa quán xuyến hết được nôi dung". Trao đổi thêm với phóng viên Thanh Niên, bà Phụng cho rằng theo dự thảo luật sửa đổi, bổ sung một số điều của luật Giáo dục ĐH, các cơ sở giáo dục ĐH có ĐH, trường ĐH, học viện. Trường ĐH và học viên (gọi chung là trường ĐH) là cơ sở giáo dục ĐH đào tạo một hoặc nhiều lĩnh vực; có khoa, phòng; trường, viện (nếu có) và một số đơn vị khác. Trong hệ thống hiện nay của Việt Nam chủ yếu là các trường ĐH. Về lĩnh vực đào tạo có thể có 1-2 hoặc nhiều lĩnh vực. Về tổ chức thường có khoa và phòng. Dự thảo quy định các trường ĐH có thể thành lập các trường bên trong (nước ngoài gọi là các schools). Ví dụ,Trường ĐH Cần thơ có thể có trường nông lâm, trường sư phạm, trường công nghệ... Trường ĐH Bách khoa có thể có trường kỹ thuật, trường công nghệ, trường kinh tế... Thường mỗi lĩnh vực hoặc một số lĩnh vực gần nhau do một trường/school đảm nhiệm. Khi đào tạo nhiều lĩnh vực, các trường ĐH có thể vẫn cứ là trường ĐH (trong có nhiều trường), hoặc có thể chuyển thành ĐH theo quy định của Chính phủ. ĐH là cơ sở giáo dục ĐH đào tạo nhiều lĩnh vực, bao gồm các trường ĐH và /hoặc trường, viện nghiên cứu và một số đơn vị khác cùng thống nhất thực hiện mục tiêu, sứ mạng, nhiệm vụ chung. Như vậy, ĐH nhất thiết phải là cơ sở giáo dục ĐH đào tạo đa lĩnh vực. Hiện chỉ có 5 ĐH do nhà nước thành lập từ hơn 20 năm trước bằng cách ghép hành chính các trường ĐH trên địa bàn. Tuy nhiên, giờ không có chủ trương nhà nước ghép các trường ĐH thành ĐH bằng biện pháp hành chính nữa. Các trường ĐH, nếu thống nhất thực hiện mục tiêu, sứ mạng, nhiệm vụ chung... thì có thể tự nguyện ghép thành ĐH để cộng lực, phát triển thì đó là quyền tự chủ của các trường. Có hai cách hình thành ĐH: các trường ĐH tổ hợp lại với nhau hoặc một trường ĐH lớn mạnh, phát triển thành ĐH. Như vậy là bình đẳng về cơ hội cho sự phát triển của các cơ sở giáo dục ĐH trong toàn hệ thống, không đóng khung chỉ có 5 ĐH do nhà nước thành lập trước đây. Các trường công hay tư đều có thể tổ hợp lại với nhau để lớn mạnh, cạnh tranh trong nước và quốc tế, nâng cao thứ hạng và cộng lực phát triển.
Trước nhiều vấn đề còn gây tranh cãi, các chuyên gia giáo dục đã mạnh dạn đề nghị hoãn thông qua dự thảo sửa đổi bổ sung một số điều của luật Giáo dục ĐH để tiếp tục hoàn thiện.