Theo đó, Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch công bố học phí bậc ĐH áp dụng cho năm thứ nhất gồm 3 mức tùy theo ngành đào tạo. Cao nhất là răng-hàm-mặt và dược sĩ, có cùng mức thu 44 triệu đồng/năm. Kế đến là y khoa với 42 triệu đồng/năm. Các ngành cử nhân khác có cùng mức học phí 28 triệu đồng/năm. bậc ĐH với sinh viên chính quy từ năm thứ 2 trở lên áp dụng đồng loạt mức thu 24,5 triệu đồng/năm học. Đặc biệt, với các ngành và đối tượng đào tạo dịch vụ, học phí trường công bố ở mức cao. Cụ thể, chương trình y Việt-Đức học phí lên tới 190 triệu đồng/năm. Học phí áp dụng cho đối tượng đào tạo theo địa chỉ sử dụng với ngành y khoa lên tới 84,7 triệu đồng/năm và các ngành cử nhân 60,5 triệu đồng/năm. Ngoài ra, hệ ĐH thuộc đối tượng chuyển trường có mức thu 55 triệu đồng/năm và hệ ĐH cử tuyển Lào, 44 triệu đồng/năm. Với bậc đào tạo sau ĐH, học phí áp dụng cho chuyên khoa I, cao học và bác sĩ nội trú là 63 triệu đồng/năm và chuyên khoa II, nghiên cứu sinh 84 triệu đồng/năm. Riêng chương trình y Việt-Đức là chương trình liên kết đào tạo bác sĩ đa khoa với học trình 6 năm 3 tháng theo chương trình đào tạo bác sĩ y khoa của ĐH Johannes Gutenberg Mainz, Đức. Sinh viên cần đạt trình độ tiếng Đức theo quy định, trải qua các kỳ thi chuyển giai đoạn quốc gia dành cho sinh viên y khoa theo quy chế đào tạo của trường đối tác. Năm thứ 6, sinh viên được sang Đức thực hành lâm sàng. Hoàn thành chương trình học, sinh viên sẽ được nhận chứng chỉ tương đương do ĐH Johannes Gutenberg Mainz cấp và bằng tốt nghiệp bác sĩ y khoa chính quy do Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch cấp. Theo thông báo của Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch, sinh viên bậc ĐH mới trúng tuyển nộp học phí ngay khi làm thủ tục nhập học và sinh viên từ năm 2 trở lên nộp đến hết ngày 16.11. Bậc sau ĐH, học viên mới trúng tuyển nộp học phí khi làm thủ tục nhập học và học viên từ năm thứ 2 nộp học phí đến hết ngày 16.12. “Sau thời hạn trên, những sinh viên chưa đóng học phí năm học 2022-2023 và những năm học trước mà không có lý do chính đáng sẽ bị khóa tài khoản sinh viên, khóa tài khoản Microsoft Teams, không được ghi nhận kết quả đăng ký các môn học, học phần, cấm thi các môn, không được cấp giấy chứng nhận, mọi khiếu nại không được giải quyết… Trường hợp sinh viên khó khăn đặc biệt nộp đơn xin miễn, giảm, đóng học phí theo từng kỳ sẽ được xem xét”, thông báo của trường nêu rõ. Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch là trường ĐH công lập do ra quyết định thành lập. Trường chịu sự quản lý trực tiếp của UBND TP.HCM, chịu sự quản lý nghiệp vụ của Bộ GD-ĐT và chịu sự quản lý chuyên môn của .
Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch công bố mức thu học phí các hệ đào tạo ĐH và sau ĐH năm học 2022-2023. Trong đó, mức học phí chương trình cao nhất bậc ĐH lên tới 190 triệu đồng/năm học (10 tháng).