Nghiên cứu của Đại học Oxford cho thấy trong số những người được tiêm mũi 1 là AstraZeneca, mũi 2 là có khoảng 78% bị mệt mỏi, so với 53% số người tiêm đủ 2 mũi Pfizer. Trong khi đó, có khoảng 65% những người tham gia nghiên cứu bị đau đầu khi tiêm trộn với Pfizer. Những triệu chứng khác như đau khớp, sốt và đau nhức cơ cũng có tỉ lệ tương tự. Điểm tiêm vắc xin Covid-19 ở Pennsylvania, Mỹ reuters Nhìn chung, các tác dụng phụ không kéo dài, thông thường chỉ khoảng 2 ngày. Nghiên cứu trên không xét đến tác động của mũi 3, tức mũi vắc xin tăng cường. Tuy nhiên nó cũng cho thấy nếu sử dụng cùng loại vắc xin để chích mũi 3, tác dụng phụ có thể ít hơn so với đổi sang vắc xin khác nếu hai loại này khác . Dù có thể có tác dụng phụ, lợi ích của việc tiêm mũi 3 là có thật. Một nghiên cứu của Cơ quan An ninh Y tế Vương quốc Anh (UKHSA), được công bố gần đây, cho thấy rằng 2 tuần sau khi tiêm liều tăng cường của Pfizer, khả năng bảo vệ khỏi nhiễm bệnh là 93,1% ở những người đã tiêm AstraZeneca trước đó và 94% đối với Pfizer. Dù chưa có dữ liệu về khả năng bảo vệ chống nhập viện hay tử vong sau mũi 3, Giáo sư Wei Shen Lim thuộc Ủy ban Hỗn hợp về Tiêm chủng và Miễn dịch Anh cho rằng tỉ lệ này có lẽ còn cao hơn 93%. Nhìn chung, những tác dụng phụ phổ biến nhất khi tiêm mũi 3 là sốt, nhức đầu, mệt mỏi và đau tại chỗ tiêm. Tuy nhiên, hầu hết các biểu hiện này đều nhẹ hoặc trung bình. Một số người còn gặp các triệu chứng như tiêu chảy, nôn mửa, đau cơ và khớp, theo Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh Mỹ (CDC). Ngoài ra, một số người tiêm liều 3 báo cáo triệu chứng nổi hạch dưới nách. Nhưng đây là biểu hiện không đáng lo ngại, vì nổi hạch là dấu hiệu bình thường cho thấy cơ thể đang xây dựng lớp bảo vệ trước . Tuy nhiên, những người không cảm thấy triệu chứng gì sau khi tiêm cũng không cần lo lắng. Trang tin NPR dẫn lời giáo sư dịch tễ học Charlotte Baker nói rằng nếu không thấy tác dụng phụ thì cũng không có nghĩa là vắc xin không hiệu quả, mà chỉ là "phản ứng trong cơ thể của bạn không thể hiện ra ngoài thôi".
Theo những nghiên cứu hiện có, nếu dùng vắc xin Pfizer để tiêm mũi 3 sau khi đã tiêm 2 mũi AstraZeneca, có lẽ tác dụng phụ sẽ nặng hơn một chút nhưng không đáng lo ngại. Hơn nữa, lợi ích của mũi tăng cường là rất lớn khi tăng mạnh khả năng bảo vệ trước Covid-19.