Trong công văn gửi Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội ngày 21/4, Bộ Y tế yêu cầu hai Bộ khẩn trương xây dựng hướng dẫn chi tiết cho các địa phương về công tác phòng chống dịch trong cơ sở giáo dục dựa trên hướng dẫn đã được Bộ Y tế ban hành. Bộ Y tế đề nghị tất cả học sinh, sinh viên, giáo viên, người lao động trong trường học đeo khẩu trang trên đường đến trường và trở về nhà cũng như trong thời gian ở trường. Các trường phải đảm bảo khoảng cách chỗ ngồi giữa học sinh, sinh viên tối thiểu 1,5 m. Trên cơ sở đó, căn cứ tình hình thực tế từng phòng học, có thể bố trí một hoặc hai học sinh ngồi một bàn hoặc ngồi so le cho phù hợp, đảm bảo khoảng cách tối thiểu trong các hoạt động chung của giáo viên, học sinh. Thứ trưởng Giáo dục và Đào tạo Nguyễn Hữu Độ chia sẻ quan điểm của Bộ là trường học phải an toàn mới đón học sinh quay trở lại và học sinh phải an toàn thì mới đến trường. Trong điều kiện Thủ tướng đã phân loại các địa phương theo mức độ dịch, Bộ khuyến nghị những tỉnh có nguy cơ cao và nguy cơ chưa nên cho học sinh đi học trở lại. Các địa phương thuộc nhóm nguy cơ thấp có thể mở cửa trường học nếu đảm bảo các biện pháp an toàn tuyệt đối. Để giữ khoảng cách ngồi là 1,5 m giữa các học sinh, nhà trường phải tách lớp học. Những trường quá đông phải tách làm đôi hoặc hơn nữa để giúp đảm bảo trong phòng không quá 20 em. Ngoài ra, các trường phải thăm khám sức khỏe cho học sinh, đo thân nhiệt, đảm bảo đủ nơi rửa tay, nước khử khuẩn. Bộ Giáo dục và Đào tạo cũng yêu cầu các trường không tổ chức cho học sinh hoạt động trải nghiệm, hoạt động tập thể. Học sinh đến trường phải đeo khẩu trang. Bộ sẽ có văn bản hướng dẫn cụ thể trong tuần này. Đến nay, Cà Mau, Thái Bình và Thanh Hóa đã cho học sinh đi học trở lại. Học sinh lớp 9 và 12 của Hải Phòng, Hải Dương, Gia Lai và Yên Bái sẽ đến trường vào ngày mai sau thời gian dài nghỉ phòng dịch. Ông Hoàng Văn Thi, Phó giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa, cho biết các trường đều thực hiện đầy đủ biện pháp phòng chống Covid-19 theo hướng dẫn của Bộ Y tế và Bộ Giáo dục và Đào tạo. Hầu hết học sinh đến trường đeo khẩu trang. Những em quên được nhắc nhở nhằm đảm bảo an toàn. Về việc thực hiện giãn cách an toàn 1,5 m giữa các học sinh, nhiều trường trên địa bàn chưa thực hiện được do sĩ số lớp học đông (hơn 40 em), ví dụ trường THPT Tô Hiến Thành, THPT Lam Sơn. Trong khi đó tại Cà Mau , nhiều trường đã thực hiện việc giãn cách khi cho học sinh khối 9 và 12 trở lại trường hôm 20/4. Trường THCS-THPT Lý Văn Lâm (thành phố Cà Mau) chia các lớp đông thành 2-3 lớp. Mỗi lớp chỉ còn 13-14 học sinh, mỗi em ngồi một bàn. Thầy Phan Thành Văn, Hiệu phó trường, cho rằng việc chia lớp, đảm bảo khoảng cách giữa các học sinh dẫn đến khó khăn trong việc xếp thời khóa biểu dạy học do số lớp tăng lên. Trước mắt trường sẽ tăng cường những giáo viên khối khác có kinh nghiệm dạy khối 9 và 12 để hỗ trợ; đồng thời tính đến phương án học trái buổi để khắc phục khó khăn này. Trước đó hồi tháng 2, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ban hành văn bản hướng dẫn việc thực hiện phòng, chống Covid-19 trong trường học, trong đó yêu cầu gia đình chủ động kiểm tra thân nhiệt cho học sinh; không cho học sinh tới trường khi có biểu hiện không bình thường về sức khỏe. Khi học tập, giáo viên hướng dẫn học sinh thực hiện các biện pháp phòng, chống dịch bệnh theo khuyến cáo của Bộ Y tế. Kết thúc mỗi buổi học, các trường phải duy trì vệ sinh, tẩy trùng. Đầu tháng 3, Bộ tiếp tục có công văn yêu cầu các trường học thực hiện một số biện pháp đảm bảo an toàn cho học sinh như bố trí người đưa đón học sinh tại cổng trường; bố trí giờ vào lớp, giải lao, tan học xen kẽ giữa khối lớp; không tổ chức hoạt động tham quan, dã ngoại, hoạt động tập thể; thứ hai hàng tuần tổ chức chào cờ tại lớp học.
Từ nhà đến trường và suốt thời gian ở trường, học sinh, sinh viên phải đeo khẩu trang, ngồi cách nhau 1,5 m nhằm phòng chống Covid-19.