Theo , một phát ngôn viên của chính phủ Argentina ngày 16/12 đã thông báo về quyết định sa thải Tư lệnh Hải quân của nước này là Đô đốc Marcelo Eduardo Hipólito Srur. Đây được xem là động thái kỷ luật mạnh tay đầu tiên của chính quyền Tổng thống Mauricio Macri kể từ sau vụ tàu ngầm ARA San Juan mất tích ngày 15/11. Đô đốc Srur, 60 tuổi, được Tổng thống Macri bổ nhiệm vào vị trí lãnh đạo lực lượng Hải quân Argentina từ tháng 1/2016. Truyền thông Argentina đưa tin Tổng thống Macri sẵn sàng cho gần như toàn bộ đội ngũ chỉ huy hải quân của nước này về hưu sau sự cố nghiêm trọng của tàu ngầm San Juan. Tổng thống Macri đã thành lập một ủy ban đặc biệt để điều tra vụ tàu ngầm mất tích. Ủy ban này sẽ gồm 3 thủy thủ tàu ngầm, trong đó có một người là cha của một trong số 44 thành viên thủy thủ đoàn trên tàu ARA San Juan. Trong khi đó, Bộ trưởng Quốc phòng Argentina Oscar Aguad cam kết sẽ tiến hành cuộc điều tra một cách “minh bạch” và không giới hạn kinh phí. Tàu ngầm San Juan mất liên lạc trên Đại Tây Dương hôm 15/11 khi đang di chuyển từ căn cứ Ushuaia tới cảng quê nhà Mar del Plata. Khi đó, tàu San Juan chở 44 thành viên thủy thủ đoàn, trong đó có nữ thủy thủ tàu ngầm đầu tiên của Argentina. Trước khi mất tích, tàu San Juan đã thông báo về một sự cố đoản mạch do nước biển tràn vào hệ thống thông gió. Một chiến dịch tìm kiếm quốc tế với sự tham gia của 15 quốc gia đã được tiến hành trong nhiều ngày ở khu vực nghi là nơi tàu ngầm mất tích trên Đại Tây Dương. Tuy nhiên, Argentina ngày 30/11 đã thông báo kết thúc chiến dịch này sau khi không tìm thấy dấu hiệu khả quan nào. Cơ quan giám sát hạt nhân có trụ sở tại Vienna cho biết họ đã ghi nhận được âm thanh giống như một vụ nổ cực lớn tại khu vực gần nơi tàu ngầm ARA San Juan mất tích. Hồi đầu tháng, Bộ trưởng Quốc phòng Oscar Aguad cũng nhận định con tàu có thể đã phát nổ sau khi mất tích, do vậy khả năng sống sót của 44 người trên tàu gần như không còn.
Argentina đã quyết định sa thải người đứng đầu lực lượng hải quân của nước này sau khi xảy ra vụ mất tích tàu ngầm chở 44 người trước đó một tháng.