Sở VH-TT-DL Phú Yên khẳng định, đây là danh thắng rất có giá trị từ địa chất đến hệ động thực vật, đa dạng sinh học; có giá trị về , lịch sử. Tại đây, mỗi khi thủy triều rút, những rạn san hô hiện lên với nhiều màu sắc rực rỡ khiến Hòn Yến hấp dẫn nhiều và cũng là điểm thu hút nhiều nhiếp ảnh gia khắp nơi đổ về. Để khám phá vẻ đẹp của , nhiều du khách và nhiếp ảnh gia đến Hòn Yến đã cẩn thận, dò dẫm đi theo những luồng nước để tránh chạm vào san hô. Tuy nhiên, cũng có những người thiếu ý thức, giẫm bừa lên để mong chụp được những tấm ảnh “check in” ưng ý nhất. Một nghệ sĩ nhiếp ảnh vô tư giẫm đạp trên rạn san hô ĐỨC HUY Khi tác nghiệp, phản ánh về việc nhiều người vô tư giẫm đạp san hô ở Hòn Yến, chính tôi và nhiều du khách đã không khỏi đau lòng nên có khuyến cáo những người khác phải ý thức giữ gìn sự sống của rạn san hô. Mặc dù được nhắc nhở nhiều lần nhưng một số người vẫn phớt lờ… Trong số đó có cả nhiếp ảnh gia, vốn dĩ là những người săn tìm cái đẹp, phải biết trân quý và ý thức cao về việc bảo vệ nét đẹp quyến rũ của rạn san hô hơn hẳn những người khác… Cần biết rằng, trước đó, tỉnh Phú Yên đã khởi động dự án với sự hỗ trợ của các tổ chức quốc tế. Sau đó, một “Tổ cộng đồng bảo vệ rạn san hô Hòn Yến” do chính người dân địa phương quản lý đã được thành lập. Nhưng nỗ lực của tổ này thôi là chưa đủ, mà còn cần đến sự chung sức lẫn ý thức của từng du khách và cả nhiếp ảnh gia. Cái đẹp không ở đâu xa! Hãy thể hiện hành động đẹp của mình trong ứng xử với những rạn san hô ở Hòn Yến - một tuyệt tác mà thiên nhiên ban tặng cho con người.
Quần thể Hòn Yến ở xã An Hòa Hải, H.Tuy An (Phú Yên) là một thắng cảnh tự nhiên tuyệt đẹp bên bờ biển.