Theo quy định của Bộ GD-ĐT, thí sinh được quyền rút hồ sơ ĐKXT để tiếp tục nộp hồ sơ xét tuyển đợt tiếp theo. Lệ phí ĐKXT đối với thí sinh rút hồ sơ và thí sinh không trúng tuyển do Hiệu trưởng các trường xem xét, quyết định. Hiện nay, các trường ĐH có xét tuyển NV2 đã lần lượt công bố điểm chuẩn như ĐH Lâm nghiệp Việt Nam, ĐH Công Đoàn, Học viện Công nghệ Bưu chính viễn thông, ĐH Lao động - Xã hội, ĐH Công nghệ Giao thông vận tải, ĐH Mỏ - Địa chất… Mức điểm chuẩn của hầu hết các trường này tăng từ 2 - 4 điểm so với mức điểm công bố nhận hồ sơ xét tuyển. Cụ thể, ĐH Mỏ - Địa chất, điểm chuẩn khoa Cơ - điện lên tới 19 điểm, khoa Môi trường, Kinh tế - Quản trị kinh doanh cũng lên tới 18 điểm; ĐH Lâm nghiệp ngành Công nghệ sinh học khối B lên tới 20 điểm, ngành Khoa học môi trường, Quản lý tài nguyên thiên nhiên, Quản lý đất đai khối B là 18 điểm, Học viện Công nghệ Bưu chính viễn thông ngành cao nhất là 21 điểm… Do vậy, vẫn còn hàng ngàn thí sinh điểm cao trượt NV2. Nhiều trường ĐH công lập cũng đã thông báo không xét tuyển NV3. Cơ hội xét tuyển NV3 tiếp tục dành cho các trường ĐH ngoài công lập. Thí sinh có thể xem xét thông tin xét tuyển tiếp theo trên trang web của các trường ĐH. Mỗi đợt xét tuyển kéo dài 20 ngày. Thời gian kết thúc của đợt xét tuyển năm 2013 vào ngày 31/10. Kết thúc tuyển sinh ĐH, CĐ 2013, Bộ GD-ĐT sẽ tổ chức công tác thanh tra, kiểm tra đối với các trường. Theo đó, Bộ sẽ kiểm tra việc xác định chỉ tiêu tuyển sinh; kiểm tra thông báo xét tuyển, thời gian xét tuyển; giám sát việc thu nhận hồ sơ dự tuyển và nhập điểm thi công khai theo quy định; kiểm tra việc xây dựng phương án xét tuyển và danh sách thí sinh trúng tuyển cũng như việc triệu tập thí sinh trúng tuyển đến trường; kiểm tra kết quả thi và hồ sơ trúng tuyển. Do vậy, Bộ GD-ĐT lưu ý, các trường phải nghiêm túc thực hiện quy chế tuyển sinh, thực hiện đúng thời gian xét tuyển mỗi đợt 20 ngày; đồng thời phải công khai việc xét tuyển. Nếu trường xác định chỉ tiêu vượt quá năng lực hay tuyển vượt chỉ tiêu Bộ sẽ kiên quyết xử lý. Hình thức xử lý có thể là cắt giảm chỉ tiêu của trường vào năm sau, thậm chí cắt quyền tự xác định chỉ tiêu. Đặc biệt, xem xét vai trò, trách nhiệm của người đứng đầu nhà trường.
Đến thời điểm này, nhiều trường đại học đã công bố điểm trúng tuyển nguyện vọng 2. Những thí sinh không trúng tuyển NV2 được quyền rút hồ sơ để xét tuyển NV3.