Trong số 35/63 sở GD-ĐT làm công tác thanh tra, có các sở GD-ĐT: Đà Nẵng, Bắc Kạn và Kon Tum chỉ có 2 nhân sự phụ trách công việc này. Sở GD-ĐT Quảng Ninh, Lâm Đồng, Phú Yên, Gia Lai, Hà Giang, Cao Bằng chỉ có 3 cán bộ thanh tra. Có 8 sở GD-ĐT chưa bổ nhiệm chánh thanh tra. 38 cán bộ thanh tra sở chưa được bổ nhiệm ngạch thanh tra. Thanh tra Bộ GD-ĐT kiểm tra thi tốt nghiệp THPT tại địa phương MOET Theo Thanh tra Bộ GD-ĐT, việc thiếu số lượng dẫn đến khó khăn, như không có cán bộ thanh tra là thanh tra viên trở lên để làm trưởng đoàn thanh tra cấp sở; không có người đủ điều kiện, tiêu chuẩn để bố trí thực hiện giám sát hoạt động đoàn thanh tra, thẩm định dự thảo kết luận thanh tra theo quy định tại luật Thanh tra 2022 và Nghị định 43/2023/NĐ-CP. Bên cạnh hạn chế về số lượng thanh tra, một số sở GD-ĐT chưa quan tâm, bồi dưỡng thường xuyên chuyên môn nghiệp vụ cho đội ngũ cộng tác viên thanh tra giáo dục. Có 10/63 sở GD-ĐT từ tháng 8.2020 đến tháng 7.2023 chưa tổ chức rà soát, bồi dưỡng nghiệp vụ, công nhận cộng tác viên thanh tra giáo dục theo Thông tư số 24/2016/TT-BGDĐT. 9 sở GD-ĐT có dưới 50% số lượng cộng tác viên thanh tra giáo dục được bồi dưỡng trên tổng số cộng tác viên thanh tra giáo dục, dẫn đến tình trạng vừa thiếu, vừa yếu, không đủ để huy động tham gia các đoàn thanh tra, kiểm tra của sở/Bộ GD-ĐT; nhất là các cuộc thanh tra, kiểm tra có quy mô lớn như thanh tra, . Việc một số sở GD-ĐT chưa đào tạo, bồi dưỡng và chuyển sang ngạch thanh tra cho công chức làm công tác thanh tra dẫn đến thiệt thòi về chế độ; thiếu người đủ điều kiện, tiêu chuẩn làm trưởng đoàn thanh tra; ảnh hưởng đến chất lượng, tiến độ các cuộc thanh tra. Nguyên nhân của việc này do lãnh đạo sở GD-ĐT chưa quan tâm đúng mức vị trí, vai trò của công tác thanh tra; cũng như việc xây dựng đội ngũ cán bộ, cộng tác viên thanh tra giáo dục. Lãnh đạo sở GD-ĐT chưa coi hoạt động thanh tra giáo dục là thiết chế của quản lý Nhà nước về giáo dục, giúp bảo đảm trật tự, kỷ cương hoạt động giáo dục trên địa bàn; dẫn đến xảy ra vi phạm, sai phạm trong hoạt động giáo dục; nhiều vụ tố cáo, khiếu nại kéo dài, phức tạp chưa được giải quyết dứt điểm. Thanh tra Bộ GD-ĐT lưu ý: các sở cần khẩn trương kiện toàn tổ chức, đội ngũ thanh tra; bố trí đủ số lượng tối thiểu, bảo đảm cơ cấu, thành phần theo quy định. Đào tạo, bồi dưỡng và chuyển ngạch cho cán bộ làm công tác thanh tra giáo dục của sở theo quy định. Bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra, kiểm tra theo chương trình bồi dưỡng của Bộ GD-ĐT và bổ sung đội ngũ cán bộ, viên chức dự kiến trưng tập làm thành viên các đoàn thanh tra, kiểm tra. Xây dựng và thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra; lựa chọn đội ngũ cán bộ làm công tác thanh tra có chuyên môn nghiệp vụ; bố trí tham gia các đoàn thanh - kiểm tra, giám sát, thẩm định theo đúng quy định pháp luật; thực hiện giải quyết khiếu nại, tố cáo, tiếp công dân và phòng, chống tham nhũng.
Theo Thanh tra Bộ GD-ĐT, cả nước còn 35/63 sở GD-ĐT chưa bố trí đủ 5 công chức làm công tác thanh tra sở theo quy định của Chính phủ.