Các phi công thường chỉ ngủ trên các chặng bay đường dài, dù các chặng bay ngắn họ cũng được phép nghỉ ngơi. Việc ngủ nghỉ của phi công có thể được phân thành hai loại như sau: nghỉ ngơi có kiểm soát (controlled rest) và ngủ trên giường. Đối với nghỉ ngơi có kiểm soát, phi công được ngủ trong buồng lái; còn ngủ trên giường, họ được phép rời buồng lái đến khoang hành khách (ghế dành riêng cho phi công ở khoang hạng nhất hay thương gia) hoặc nơi ngủ "bí mật" chuyên dụng của phi hành đoàn. Các phi công phải thay nhau nghỉ ngơi trên các chặng bay đường dài xuyên đêm Đây là thông lệ và là tiêu chuẩn trong toàn ngành hàng không vì ngủ nghỉ đã được chứng minh cải thiện an toàn bay. Có như thế phi công mới ngủ nghỉ đầy đủ và đảm bảo cho các công việc khó khăn nhất của chuyến bay, chẳng hạn hạ cánh. Nghỉ ngơi có kiểm soát hoặc ngủ trên giường của phi công thường diễn ra trên các chặng bay đường dài qua đêm, đặc biệt trong khoảng thời gian từ 4 giờ sáng. Trên các máy bay thân rộng đường dài đều có giường ngủ bí mật dành cho phi hành đoàn mà hành khách không hề hay biết. Một trong hai phi công trên chuyến bay luôn phải thức và xử lý các tình huống, máy móc, thiết bị. Tuy nhiên, trong một số chuyến bay đường dài, có khoảng 3 hoặc 4 phi công để có thể phân chia cơ hội ngủ nghỉ phù hợp và điều đó giúp mỗi người nghỉ ngơi đầy đủ trong chuyến bay. Sau khi cất cánh xong một lúc, phi công thứ nhất (người vừa thực hiện việc cất cánh) sẽ nghỉ ngơi hoặc ngủ trong khoảng thời gian nhất định, sau đó sẽ luân phiên cho phi công khác. Thời gian công việc còn lại được phân bổ đều cho các thành viên cho đến khi trước giờ hạ cánh khoảng 1 tiếng, tất cả phải tập trung tại buồng lái. Chế độ nghỉ ngơi có kiểm soát cho phép một phi công có thể ngủ tới 45 phút bất cứ khi nào khối lượng xử lý công việc trong hành trình thấp. Điều này giúp phi công luôn tỉnh táo trong những thời điểm quan trọng hơn của chuyến bay, theo Flightdeckfriend.com. Tuy nhiên, nghỉ ngơi có kiểm soát lý tưởng nhất là khoảng 10 - 20 phút, còn nếu ngủ 30 - 60 phút có thể dẫn tới tình trạng chệnh choạng, nôn nao khi thức giấc. Có những nguyên tắc được đặt ra khi phi công nghỉ ngơi trên chuyến bay, chẳng hạn: Nghỉ ngơi có kiểm soát phải được hai phi công cùng thảo luận và chỉ một người được ngủ, người kia phải thức; phải ngủ ở trên ghế của phi công đó; ghế phải kéo lùi xa bộ điều khiển. Có một rủi ro là phi công nhận nhiệm vụ phải thức lại có khả năng ngủ gật. Để tránh điều này, các thành viên phi hành đoàn khác phải thường xuyên giữ liên lạc với phi công. Đối với một số loại máy bay, sẽ có nút cảnh báo nếu một vài bộ phận điều khiển không được chạm vào trong một quãng thời gian. Nhưng cũng có lúc cả hai phi công đều ngủ gật. BBC News trích dẫn một khảo sát của nghiệp đoàn phi công cho biết, 29% thừa nhận khi thức dậy thấy phi công còn lại cũng đang ngủ. Nghĩa là cả hai trong chốc lát đã cùng nhau ngủ gật. Một báo cáo của CNN cho biết, vào năm 2008, trường hợp hi hữu đã xảy ra khi cả cơ trưởng chính và phụ đều ngủ gật dẫn tới hạ cánh nhầm xuống Hawaii. Hãy tưởng tượng hành khách bực tức như thế nào khi chuyến bay của bạn bất ngờ đáp xuống thiên đường nghỉ dưỡng Hawaii trong khi đang muốn ngắm hoa anh đào ở Nhật Bản. Ngay lập tức, bằng lái của cả hai phi công đều bị "treo". Còn lần khác, vào năm 2017, phi công đã quá mệt mỏi sau chặng bay dài và xém đáp trúng một chiếc máy bay khác ở sân bay quốc tế San Francisco, Mỹ.
Phi công được ngủ trên chuyến bay xuyên đêm hay không, câu trả lời đơn giản là có. Tuy nhiên, có nhiều quy định nghiêm ngặt để kiểm soát giấc ngủ của phi công.