Theo luận tội của đại diện Viện kiểm sát (VKS), năm 2005, thời điểm dịch cúm A/H5N1 diễn biến phức tạp, Bộ Y tế đặt và một số đơn vị khác sản xuất thuốc để phục vụ việc phòng chống dịch. Trong quá trình đàm phán, Dược Cửu Long được nhà cung cấp nước ngoài chấp thuận giảm giá mua nguyên liệu với tổng số tiền 3,8 triệu USD. Sau đó cựu Tổng giám đốc Dược Cửu Long là Lương đã chỉ đạo cấp dưới làm hồ sơ, giấy tờ nhằm che giấu việc giảm giá để bỏ ngoài sổ sách khoản tiền này. Các bị cáo trong vụ án ANH KIÊN VKS đánh giá trong vụ án, bị cáo Lương Văn Hóa, cựu Tổng giám đốc Dược Cửu Long, có vai trò chủ mưu, có trách nhiệm chính trong vụ án. Ông Hóa biết rõ các quy định của nhà nước và điều khoản hợp đồng sản xuất thuốc ký với Bộ Y tế nhưng cố tình chỉ đạo cấp dưới hạch toán gian dối, lập tài liệu giả, báo cáo gian lận Bộ Y tế nhằm giữ lại 3,8 triệu USD. 4 bị cáo còn lại ở Dược Cửu Long được xác định có vai trò đồng phạm, giúp sức cho bị cáo Hóa khi tham mưu, thực hiện chỉ đạo của cấp trên để giữ lại 3,8 triệu USD. Đối với , VKS cho rằng bị cáo biết Dược Cửu Long “biển thủ” 3,8 triệu USD nhưng không báo cáo Bộ Y tế và không chỉ đạo kiểm tra. Khi Bộ Tài chính đề nghị làm rõ các nội dung liên quan số tiền, song ông Quang vẫn không chỉ đạo thực hiện yêu cầu kiểm tra để thu hồi tài sản cho nhà nước số tiền này. Điều này thể hiện ông Quang đã không làm hết chức trách được giao, không chỉ đạo kiểm tra dẫn tới việc không phát hiện sai phạm tại Dược Cửu Long. Còn bị cáo Nguyễn Việt Hùng, cựu Cục phó Cục Quản lý dược (Bộ Y tế), được giao làm trưởng đoàn liên ngành kiểm tra mua, sản xuất thuốc dự trữ nhưng đã không kiểm tra sổ sách, kế toán, báo cáo tài chính và hạch toán số tiền 3,8 triệu USD. Hành vi của ông Hùng và các bị cáo ở Bộ Y tế đã khiến nhóm bị cáo ở Dược Cửu Long hưởng lợi bất chính số tiền 3,8 triệu USD. Theo VKS, lời khai của các bị cáo phù hợp với các chứng cứ trong hồ sơ vụ án nên việc truy tố là có căn cứ và đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Trong vụ án, các bị cáo không có tình tiết tăng nặng và được hưởng nhiều tình tiết giảm nhẹ. Ngoài ra, một số bị cáo cũng tự nguyện nộp khắc phục hậu quả nên VKS đề nghị HĐXX có thể tuyên các bị cáo mức án dưới khung hình phạt để thể hiện sự khoan hồng của pháp luật. Riêng đối với cựu Thứ trưởng Cao Minh Quang, VKS cho rằng không nhất thiết phải phạt tù, xem xét cho bị cáo được hưởng án treo để thể hiện tính nhân văn. Nêu quan điểm giải quyết vụ án, VKS đề nghị tòa sơ thẩm tuyên bị cáo 30 - 36 tháng tù, cho hưởng án treo; Dương Huy Liệu, cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính (Bộ Y tế) 24 - 30 tháng tù, cho hưởng án treo; Nguyễn Việt Hùng, cựu Cục phó Cục Quản lý dược (Bộ Y tế) 30 - 36 tháng tù; Nguyễn Nam Liên, cựu Phó vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính từ 24 - 30 tháng tù và Phạm Thị Minh Nga, cựu chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính (Bộ Y tế) từ 18 - 24 tháng tù, cho hưởng án treo. Nhóm bị cáo này cùng bị truy tố về tội “thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, quy định tại khoản 2, điều 285 bộ luật Hình sự năm 1999 với khung hình phạt từ 3 - 12 năm tù. Với nhóm bị cáo tại Dược Cửu Long, VKS đề nghị tuyên Lương Văn Hóa, cựu Tổng giám đốc từ 9 - 10 năm tù; Nguyễn Văn Thanh Hải và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa, đều là cựu cán bộ của Dược Cửu Long, cùng bị đề nghị tuyên từ 6 - 7 năm tù. 3 bị cáo cùng bị truy tố tội “lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, quy định tại khoản 3, điều 356 bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017 với khung hình phạt từ 10 - 15 năm tù. Riêng bị cáo Nguyễn Thanh Tòng, cựu Phó tổng giám đốc, đã tử vong trước khi phiên tòa được mở nên VKS đề nghị tòa đình chỉ xét xử. Đối với số tiền thiệt hại 3,8 triệu USD, HĐXX ghi nhận các bị cáo đã nộp lại tổng cộng khoảng 2 tỉ đồng, trong đó riêng ông Quang đã nộp 1,5 tỉ đồng để khắc phục hậu quả. Do vậy, VKS đề nghị tòa tuyên buộc các bị cáo và người có quyền lợi nghĩa vụ liên quan phải có trách nhiệm nộp số tiền còn lại. Bào chữa cho thân chủ, luật sư (LS) của bị cáo Lương Văn Hóa cho rằng mức án từ 9 - 10 năm tù mà VKS đề nghị là quá nặng. Theo LS, bị cáo Hóa đồng tình với tội danh truy tố, tuy nhiên vụ án xảy ra đã lâu, hầu như các bị cáo tuổi đã cao, yếu, thậm chí có người đã chết nên mong HĐXX lượng hình, giảm nhẹ thêm. Còn LS của bị cáo Cao Minh Quang cho hay sau khi VKS đề nghị mức án từ 30 - 36 tháng tù treo, thân chủ mình đã gọi điện từ bệnh viện và nói không biết ông có đủ sức khỏe để chấp hành bản án hay không, chỉ sợ lúc chết đi vẫn mang tội trong người. Do đó, LS của ông Quang mong HĐXX xem xét, lượng hình để đưa ra mức án thấp hơn so với đề nghị của VKS.
Ngày 22.11, TAND TP.Hà Nội đề nghị Viện KSND cùng cấp đọc bản luận tội, nêu quan điểm giải quyết vụ án xảy ra tại Bộ Y tế và Tổng công ty cổ phần dược phẩm Cửu Long (Dược Cửu Long) gây thiệt hại 3,8 triệu USD (khoảng 61 tỉ đồng tính theo tỷ giá năm 2006) tài sản của nhà nước.