Đây là kết quả điều tra bổ sung của Cơ quan An ninh điều tra (Công an tỉnh Sơn La) sau bốn tháng bị TAND tỉnh trả hồ sơ, yêu cầu làm rõ hành vi Đưa hối lộ, Nhận hối lộ trong vụ án gian lận điểm thi tốt nghiệp THPT. So với thời điểm xét xử hồi tháng 10/2018, vụ án thêm hai tội danh và ba nghi phạm. Theo kết luận điều tra, tại kỳ thi THPT quốc gia 2018 tổ chức tại Sơn La, 11 người vì động cơ vụ lợi và lợi dụng chức vụ đã cùng nhau nhận thông tin, tác động nâng điểm cho 44 thí sinh, từ 29/6 đến 3/7/2018. Người được nâng nhiều nhất tới 26,55 điểm cho ba môn, điểm thực tế Toán 0 điểm, Vật Lý 0,25 điểm, Tiếng Anh 0,2 điểm. 5 thí sinh được nâng mỗi em trên 22 điểm. 11 bị can có thủ đoạn phạm tội tinh vi, gây bức xúc trong xã hội, cơ quan điều tra đánh giá. Trong 11 bị can, 8 người bị đề nghị truy tố về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong thi hành công vụ, gồm: Trần Xuân Yến (cựu phó giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo), Đỗ Khắc Hưng (cựu trung tá, cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La), Lò Văn Huynh (cựu phó trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo), Cầm Thị Bun Sọn (cựu phó trưởng phòng Chính trị Tư tưởng), Nguyễn Thanh Nhàn (cựu phó trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục), Đinh Hải Sơn (cựu thiếu tá, nguyên đội phó đội giáo dục, Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La, Nguyễn Thị Hồng Nga (chuyên viên phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng), Đặng Hữu Thuỷ (hiệu phó trường THPT Tô Hiệu). 3 người bị đề nghị truy tố về tội Đưa hối lộ là Hoàng Thị Thành (cán bộ Hội nông dân huyện Quỳnh Nhai), Trần Văn Điện (giáo viên), Lò Thị Trường . Bị can Huynh, Nga, Sọn bị đề nghị truy tố thêm tội Nhận hối lộ. Kết luận điều tra xác định, cựu phó giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo Trần Xuân Yến lợi dụng chức vụ, nhận thông tin cá nhân của 13 thí sinh để chuyển cho bà Nga sửa bài thi, nâng điểm. Ông Yến còn cho phép thành viên tổ xử lý bài thi trắc nghiệm sửa bài thi cho nhiều thí sinh khác. Khi biết thông tin Bộ Giáo dục và Đào tạo về Sơn La kiểm tra, ông Yến sợ bị phát hiện nên chỉ đạo bà Nga sao lưu dữ liệu ra đĩa CD và tìm phần mềm trên mạng để xoá kết quả quét bài thi gốc trên máy tính. Ông Yến tiêu huỷ chứng cứ, che giấu hành vi sai phạm. Bà Nga trước kỳ thi THPT 2018 đã nhận nâng điểm cho 16 thí sinh và cùng các bị can khác nâng điểm cho 44 người. Bà Nga còn thoả thuận, nhận hơn một tỷ đồng của Trần Văn Điện để giúp sửa điểm cho bốn thí sinh. Bị can Cầm Thị Bun Sọn nhận 400 triệu đồng của bà Hoàng Thị Thành để sửa bài thi cho một thí sinh. Bà Sọn cùng các bị can khác sửa bài thi các môn trắc nghiệm cho 44 thí sinh. Bị can Lò Văn Huynh nhận của bà Lò Thị Trường 300 triệu đồng để giúp nâng điểm cho con trai bà Trường. Công an tỉnh Sơn La cho hay bị can Đặng Hữu Thuỷ sau khi sửa bài thi, nâng điểm cho bốn thí sinh đã nhận 500 triệu đồng của ba phụ huynh song đã trả lại. Hành vi của bị can Thuỷ có dấu hiệu của tội Nhận hối lộ song các phụ huynh không thừa nhận việc đưa tiền nên không đủ chứng cứ quy kết. Bị can Huynh khai nhận một tỷ đồng của ông Nguyễn Minh Khoa (thành phố Sơn La) để giúp nâng điểm cho hai thí sinh song khi điều tra bổ sung lại thay đổi lời khai. Ông Khoa cũng khai không đưa tiền cho Huynh nên không có căn cứ xử lý.
Cơ quan An ninh điều tra xác định 11 bị can vì động cơ vụ lợi mà nhận thông tin, tác động nâng điểm cho 44 thí sinh trong kỳ thi THPT 2018.