Để khắc phục thực trạng nêu trên, Trung tâm Khuyến nông Quốc gia đã đưa ra 5 nguyên tắc sử dụng thuốc kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản như sau: 1. Thuốc sử dụng phải được pháp luật cho phép: Chỉ sử dụng thuốc, hóa chất, kháng sinh nằm trong danh mục được phép sử dụng. Tuyệt đối không được sử dụng các loại thuốc đã bị cấm sử dụng trong sản xuất, thủy sản. 2. Không nên sử dụng kháng sinh để phòng bệnh cho vật thủy sản nuôi vì dễ làm cho vi khuẩn “nhờn thuốc” hay kháng thuốc. Chỉ dùng kháng sinh để điều trị sau khi đã xác định được mầm bệnh. 3. Chọn kháng sinh phù hợp với mục đích sử dụng: Chỉ định dùng thuốc theo phổ tác dụng. Nếu đã xác định được vật nuôi nhiễm khuẩn nào thì dùng kháng sinh theo phổ hẹp đối với vi khuẩn đó. Dùng đủ liều để đạt được nồng độ mong muốn và ổn định. Không dùng liều tăng dần. Chọn thuốc theo dược động học (hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ) phụ thuộc vào nơi nhiễm khuẩn và tình trạng bệnh của vật chủ. Khi mua thuốc, chỉ mua thuốc có bao gói còn nguyên vẹn, trên bao bì phải có các thông tin như tên thuốc, thành phần, công dụng, hướng dẫn sử dụng, ngày sản xuất, hạn sử dụng, mã số lô, tên cơ sở sản xuất. Trong thực tế, mỗi công ty sản xuất thường đặt cho sản phẩm của mình một “tên thương mại” để phân biệt với các sản phẩm cùng loại của các công ty khác đang cạnh tranh trên thị trường. Nhiều khi nhà sản xuất tìm ra công thức phối hợp 2 hay nhiều loại hoạt chất với nhau để tạo ra một sản phẩm có tính năng trội hơn các sản phẩm khác chỉ có 1 hoạt chất kháng sinh. Vì vậy, khi mua sản phẩm để sử dụng, nên đọc và tìm hiểu kỹ thành phần các hoạt chất có trong đó hơn là chỉ đọc cái tên thương mại của nó. 4. Sử dụng, bảo quản thuốc đúng theo hướng dẫn của nhà sản xuất: Liều lượng, thời gian sử dụng phải tuân thủ theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Không sử dụng thuốc kém chất lượng (hết hạn sử dụng, bảo quản không đúng cách, không rõ nguồn gốc xuất xứ). Phải bảo quản thuốc ở nơi khô ráo, thoáng mát, để cách biệt với dầu máy, hóa chất độc và thức ăn. Các loại thuốc đã mở bao gói nếu dùng chưa hết phải được cột chặt, tránh thuốc bị ẩm làm giảm chất lượng. 5. Khi làm việc với thuốc, người sử dụng phải sử dụng phương tiện bảo hộ lao động (đeo khẩu trang, găng tay...). Bên cạnh đó, Trung tâm Khuyến nông Quốc gia cũng đưa ra 5 vấn đề quan trọng mà người nuôi thủy sản cần quan tâm trong việc sử dụng kháng sinh: 1. Chỉ sử dụng kháng sinh để chữa bệnh cho thủy sản nuôi khi xác định rõ chúng bị bệnh do vi khuẩn. Không sử dụng kháng sinh để chữa trị các bệnh về virus như virus đốm trắng hay bệnh đầu vàng... 2. Hạn chế sử dụng lặp lại cùng một loại kháng sinh để tránh làm tăng độ kháng thuốc. 3. Đối với một số loại kháng sinh, cần ngừng sử dụng trong một thời gian nhất định trước khi thu hoạch để tránh dư lượng kháng sinh trong nguyên liệu thủy sản nuôi (thời gian ngừng thuốc thực hiện theo hướng dẫn trên bao bì và theo quy định của cơ quan quản lý – trường hợp có quy định khác nhau thì phải theo quy định có thời gian ngừng lâu hơn). 4. Trong điều kiện có thể, nên cho giám sát việc sử dụng kháng sinh về mặt thú y thủy sản. 5. Nắm chắc các nguyên tắc sử dụng thuốc kháng sinh và áp dụng đúng các phương pháp sử dụng thuốc kháng sinh trong phòng trị bệnh thủy sản. Hiện nay thuốc dùng cho thủy sản rất phong phú, đa dạng, vì vậy khi sử dụng thuốc cần tuân thủ “nguyên tắc 4 đúng”: Đúng thuốc, đúng liều, đúng thời gian và đúng cách nhằm đạt được kết quả tốt nhất. Trong quá trình điều trị, nên theo dõi tình trạng và hoạt động của vật nuôi để phát hiện ra những điểm bất thường, tác dụng phụ hay tác dụng không mong muốn của thuốc (nếu có, cần hay đổi loại thuốc, tốt nhất là tham vấn cán bộ khuyến ngư, bác sĩ thú y). Việc sử dụng không đúng cách trong nuôi thủy sản có thể dẫn đến những mối nguy sau: Ảnh hưởng đến sức khỏe người trực tiếp sử dụng thuốc; Ảnh hưởng đến chất lượng sản phẩm và việc tiêu thụ sản phẩm (do thuốc có thể tích lũy trong cơ thể vật nuôi, trong sản phẩm thủy sản, gây ảnh hưởng đến sức khỏe người tiêu dùng); Ảnh hưởng đến nuôi trồng thủy sản và môi trường nói chung; Không đạt hiệu quả kinh tế như mong đợi. Mỗi loại thuốc kháng sinh khác nhau có chỉ định, công dụng và cách sử dụng khác nhau, mặt khác mỗi loại thủy sản khác nhau lại có phương pháp điều trị khác nhau.
Theo Cục Thú y (Bộ NN&PTNT), hiện nay đang có tình trạng người dân lạm dụng thuốc kháng sinh để dùng trong chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản, dẫn đến những tác hại rất lớn cho chính nền sản xuất nông nghiệp và sức khỏe của con người.