Ngày 3/12/2014, khi bán hàng cho khách, chủ quán cơm Võ Văn Minh (Tiền Giang) phát hiện có con ruồi trong chai nước Number One chưa mở nắp. Ông Minh giữ lại chai nước rồi gọi điện cho Tân Hiệp Phát, yêu cầu cử đại diện gặp ông để thương lượng. Trong lần gặp đầu tiên, ông Minh đề nghị phía công ty phải đưa cho ông 1 tỷ đồng nếu không sẽ tung tin ra ngoài. Sau 3 lần thương lượng có lập biên bản, hai bên đồng ý mức giá 500 triệu đồng. Đến tháng 1/2015, trong lúc nhân viên Tân Hiệp Phát giao 500 triệu đồng, ông Minh đưa chai nước thì bị công an bắt quả tang. Cuối năm đó, Tòa án nhân dân tỉnh Tiền Giang tuyên mức án 7 năm tù giam đối với ông Võ Văn Minh vì tội Cưỡng đoạt tài sản. Mặc dù với tâm thế "người bị hại" nhưng chính Tân Hiệp Phát lại rơi vào một cuộc khủng hoảng truyền thông sau đó. Không ít người cho rằng đã "bẫy" người tiêu dùng và kêu gọi tẩy chay sản phẩm của Tân Hiệp Phát. Sau gần 1 năm liên quan đến vụ việc, doanh nghiệp công bố số liệu thiệt hại khoảng 2.000 tỷ đồng. Võ Văn Minh và tang vật vụ án "con ruồi 500 triệu" (Ảnh: IT). Thực tế, vụ "con ruồi 500 triệu đồng" này là tiêu biểu cho những ứng xử thiếu tinh tế của Tân Hiệp Phát, đồng thời đặt ra một loạt nghi vấn về chất lượng các sản phẩm nước đóng chai của doanh nghiệp. Trước đó, vào năm 2009, bà Nguyễn Thị Thu Hà (Đồng Nai) phát hiện chai nước tăng lực Number One có ống hút bên trong, dù chưa mở nắp. Nhân viên quán ăn của bà Hà sau đó báo cho Tân Hiệp Phát nhưng không ai đến giải quyết. Thời điểm đó, đại diện Tân Hiệp Phát thừa nhận đó là những sản phẩm lỗi, nhưng khi đưa tiền bồi thường cho bà Hà thì Tân Hiệp Phát lại báo lực lượng chức năng đến bắt bà vì tội tống tiền. Bà Hà được trả tự do vì được xác định không vi phạm pháp luật. Ít tháng sau, cơ quan điều tra phát hiện 3 container hàng ở TPHCM chứa 26 tấn hương liệu chế biến nước giải khát do nước ngoài sản xuất đã hết hạn sử dụng, hàng gắn nhãn gửi đến Tân Hiệp Phát. Kiểm tra kho hàng của Tân Hiệp Phát tại Bình Dương, cơ quan chức năng phát hiện khoảng 60 thùng phuy (loại 200 lít/thùng) hương liệu nước cốt ổi, chanh dây, tắc... đã hết hạn sử dụng. Vào cuối năm 2010, ông Trương Ngọc Tuấn (TPHCM) có mua 2 thùng sữa đậu nành Number One Soya về bán và sử dụng. Trong thùng đầu tiên không có vấn đề gì, đến thùng thứ 2 khi lấy ra bán cho khách, ông Tuấn phát hiện 6 chai đã gợn đục, có lớp kết tủa màu trắng. Lô hàng này được ghi trên chai ngày sản xuất tháng 9/2010 và hạn sử dụng ngày 25/6/2011. Tương tự, năm 2011, chị Nguyễn Thị Thúy (Bà Rịa - Vũng Tàu) gửi đơn khiếu nại đến Văn phòng Khiếu nại của người phía Nam về việc mua 2 chai sữa đậu nành Number One Soya còn hạn sử dụng, nhưng bên trong chai nổi lên cục màu trắng. Phía Tân Hiệp Phát thừa nhận là hàng của công ty và giải thích do sơ suất, lỗi kỹ thuật nên xảy ra hiện tượng trên. Hay tháng 6/2012, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự - xã hội (C45B), Bộ Công an đã bắt quả tang Trần Quốc Tuấn (TPHCM) nhận 50 triệu đồng của Tân Hiệp Phát. Theo báo cáo của cơ quan điều tra, Tuấn phát hiện một chai trà xanh có gián bên trong nên gọi điện đến Tân Hiệp Phát để phản ánh và ngỏ ý "đổi" chai nước lấy 50 triệu đồng. Hai bên ký vào bản cam kết "mua sự im lặng", tuy vậy phía Tân Hiệp Phát vẫn trình báo công an việc bị tống tiền. Ngày 5/6/2012, khi hai bên đang trao đổi tiền và vật chứng tại quán cà phê ở Bình Thạnh thì bị các trinh sát bắt giữ.
Tân Hiệp Phát dính không ít bê bối liên quan đến chất lượng sản phẩm nước đóng chai. Doanh nghiệp của gia đình ông Trần Quí Thanh cũng từng phải trả giá đắt.