Đại diện VKS nhận định ông Thuần với cương vị là trưởng ban đề án đã câu kết với các cán bộ cấp dưới để phạm tội, giữ vai trò chính trong vụ án. Qua 6 hành vi được phân tách, bị cáo gây thiệt hại 4,6 tỷ đồng, hưởng lợi 275 triệu đồng, cần áp dụng hình phạt giam cao hơn các đồng phạm và cách ly khỏi xã hội thời gian dài. Ủy viên thư ký Ban điều hành đề án Lương Cao Sơn có vai trò tích cực khởi xướng, lôi kéo nhiều người cùng phạm tội, hưởng lợi hơn 700 triệu đồng. Hành vi của Sơn theo đánh giá của VKS cũng phạm vào khoản 3 điều 281, mức độ hưởng lợi nhiều và là người tích cực nhất nên cần mức giam ngang với Thuần. Đại diện VKS cũng nhấn mạnh tính chất nghiêm trọng của vụ án. Hầu hết các bị cáo đều là cán bộ nhà nước, nhiều người giữ chức vụ cao đã liên kết có hệ thống, hành vi gây nguy hại cho xã hội. 23 bị cáo, có người giữ vai trò chính, có người chủ mưu, có người dùng tiền để mua bán làm sa ngã, ngã giá các cán bộ nhà nước. Cơ quan công tố cho rằng, các bị cáo đều biết, ý thức đề án 112 có ý nghĩa rất lớn đối với đất nước mà lại lợi dụng để móc nối nhau, rút tiền ngân sách đầu tư cho dự án. Một quyển giáo trình in giá chỉ 3000 đồng mà được nâng khống lên tới 9000 đồng, cao gấp 3 lần giá trị thực. Hành vi của các bị cáo thể hiện sự coi thường nhà nước, quốc gia trong khi đất nước còn khó khăn. Kiểm sát viên giữ giọng gay gắt: “Đây là bài học đau xót, rất đau xót với những bị cáo giữ chức vụ cao phạm tội, gây mất lòng tin, bất bình trong nhân dân”. Trước vành móng ngựa, những gương mặt nặng nề. Người từng nắm giữ chức vụ cao nhất trong vụ án ngang hàm thứ trưởng - đôi mắt thâm quầng, sưng húp thoáng lắc đầu cay đắng. Trước khi VKS luận tội, nêu mức án đề nghị với các bị cáo, phó GĐ trung tâm tin học văn phòng Chính phủ, Nguyễn Cát Hồ xin được khai báo lại một số nội dung đã xét hỏi với mình. Theo đó, ông Hồ xin nhận trách nhiệm về những sai phạm đã được quy kết. Bị cáo lý giải những ngày ngồi tòa tuần trước, vì sĩ diện của một phó giáo sư, mấy chục năm học tập nghiên cứu đã không dám thừa nhận sự yếu kém, thiểu hiểu biết pháp luật nên cố biện minh cho mình.
Mức án VKS đề nghị áp dụng với trưởng ban điều hành đề án 112 Vũ Đình Thuần cao nhất trong số 23 bị cáo. Có 10 án treo được kiến nghị áp dụng với các bị cáo. 4 anh em nhà Lương Cao Sơn cùng chịu mức án giam.