Chùa Hoa Yên nằm ở độ cao khoảng 315m so với mực nước biển, ở lưng chừng Yên Tử. Kể từ khi có cáp treo, du khách lên chùa Hoa Yên chỉ mất chừng 10 phút nhưng nếu đi bộ, leo trên những bậc thang đá, phải mất hơn một tiếng. Chùa vốn là một am nhỏ, được xây từ thời nhà Lý, có tên Vân Yên, là nơi Phật Hoàng Trần Nhân Tông giảng đạo. Đến thời nhà Lê, chùa được đổi tên thành Hoa Yên cho tới ngày nay. 700 năm trôi qua, vật đổi sao dời, ngôi chùa cũng thay đổi, được sửa sang rộng lớn hơn nhưng những cây sứ vẫn còn đó, gần thiên niên kỷ nở hoa. Nhiều cây hoa sứ được trồng xung quanh chùa Hoa Yên nhưng có ba cây được chứng nhận là sứ cổ, trên 700 năm NT TÂM Cây sứ này nằm ở mạn trái ngôi chùa, được chứng nhận là Cây di sản Việt Nam Gốc sứ 700 năm ở chùa Hoa Yên là loại sứ hoa trắng, nở nhiều vào mùa nắng. Còn mùa đông, cây trụi lá, trơ cành Một cây sứ cổ khác, nằm ở mạn phải của chùa Hoa Yên, cũng có tuổi đời hơn 700 năm Thân cây to lớn nhiều người ôm mới hết Trong vườn còn có nhiều cây sứ cổ, thân rêu xanh phủ kín, tạo thành những hình thù lạ mắt Con đường đi xuống vườn tháp Huệ Quang được trồng hàng trăm gốc sứ. Cây sứ thường được trồng nhiều ở các đền chùa vì trong đạo Phật, loài cây này biểu trưng cho cuộc sống tốt đẹp, hoa tượng trưng cho vẻ đẹp thoát tục. Ngoài ba cây sứ 700 năm, vườn tháp còn có 6 cây khác tuổi hơn 100 năm Đường lên đỉnh thiêng Yên Tử, du khách còn bắt gặp những hàng xích tùng cổ thụ. Xích tùng, còn có tên hoàng đàn giả, hồng tùng, nằm trong sách đỏ Việt Nam. Có khoảng hơn 200 cây xích tùng trên núi Yên Tử được trồng cùng thời điểm với những cây sứ cổ trước chùa Hoa Yên Chùa Hoa Yên có tên cũ là chùa Vân Yên, dân gian thường gọi là chùa Cả, chùa Chính hay chùa Yên Tử. Chùa Hoa Yên là ngôi chùa lớn, to và đẹp nhất trong khu di tích danh thắng Yên Tử. Đây là nơi vua Trần Nhân Tông đã xuất gia và sau đó lập ra Thiền phái riêng mà ngày nay gọi là Thiền phái Trúc Lâm. Cuối năm 2002, Hoa Yên đã được xây dựng lại trên nền chùa thời Trần. Sau khi viếng chùa Hoa Yên, du khách sẽ đi bộ một chặng và đi tiếp cáp treo để đến chùa Đồng. Tuy nhiên, trước khi tới chùa Đồng, bạn phải đi bộ hàng ngàn bậc thang khác. Thời điểm đẹp nhất để thăm Yên Tử vào mùa xuân, từ tháng 1 - 3 âm lịch, hoặc vào đầu hè, trời quang, du khách sẽ có những bức ảnh đẹp nhất trên đỉnh non thiêng. Có nhiều điểm để du khách dừng chân trên Yên Tử, trong đó không thể không viếng chùa Đồng, vườn tháp Huệ Quang, am Ngọa Vân, suối Giải Oan, chùa Bảo Sái, tượng Phật Trần Nhân Tông… Nếu du khách muốn ở lại qua đêm có thể đặt phòng tại khu nghỉ 5 sao Legacy Yên Tử - MGallery hay tại Làng Nương Yên Tử.
Xung quanh chùa Hoa Yên trên núi thiêng Yên Tử có nhiều cây đại (hoa sứ) sống hơn 700 năm, sừng sững giữa đất trời và ngát hương thơm.