Đối với cơ sở giáo dục ngoài công lập, hiện có hai loại hình hoạt động. Đó là cơ sở giáo dục hoạt động theo Luật Doanh nghiệp và cơ sở theo mô hình xã hội hóa. Thuế áp dụng cho các cơ sở này là giá trị gia tăng (GTGT) và thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Trước những thông tin phản ánh từ các quận, huyện về việc chi cục thuế áp thuế tính trên tiền ăn của học sinh, bà Trần Thị Lệ Nga - Trưởng phòng Tuyên truyền hỗ trợ Cục Thuế TP.HCM khẳng định: "Hiện nay, đối với các cơ sở giáo dục ngoài công lập, khoản thu trọn gói đối với học sinh gồm học phí, nội trú, vận chuyển, ăn uống không tính thuế GTGT, còn lại những khoản thu khác đều phải chịu thuế. Bên cạnh đó, Nhà nước đang tập trung ưu đãi cho ngành giáo dục nên đối với cơ sở thành lập theo Luật Doanh nghiệp áp dụng thuế suất 20% trong vòng 10 năm kể từ khi bắt đầu đi vào hoạt động và 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với cơ sở hoạt động theo mô hình xã hội hóa. Điểm chung là 2 đối tượng này đều được miễn giảm thuế 2 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế, giảm 50% số thuế phải nộp trong vòng 3 năm tiếp theo". Và để được sử dụng ưu đãi thuế TNDN thì các đơn vị phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ, đăng ký, nộp thuế TNDN theo kê khai. Trong thực tế rất ít cơ sở giáo dục hoạt động theo mô hình xã hội hóa được hưởng ưu đãi vì chưa nắm được thông tin hoặc cơ sở quy mô nhỏ nên chưa thực hiện chế độ sổ sách. Như huyện Bình Chánh có 69 cơ sở giáo dục mầm non là tư thục, dân lập, nơi ít nhất giữ 12 trẻ hoạt động theo kiểu gia đình. Theo bà Đỗ Thị Giang - Phó trưởng phòng Giáo dục huyện Bình Chánh: "Nhiều năm qua các cơ sở nhỏ không có nhân viên kế toán để kê khai sổ sách, nay có quy định truy thu thuế trong vòng 5 năm thì họ không biết lấy gì mà đóng". Tương tự, bà Lê Thị Lệ - Phó trưởng phòng Giáo dục Q.12 lý giải: "Một số cơ sở thời gian đầu thành lập học sinh ít, nhiều khi không có lời và không kê khai sổ sách nên giờ ấn định mức thuế truy thu tính trên số lượng học sinh ở thời điểm gần nhất là rất khó khăn"... Còn bà Ngô Thị Thúy Vĩnh, Chủ tịch Hội đồng quản trị trường dân lập Ngô Thời Nhiệm lại bức xúc: "Trước đây cán bộ thuế có nói với chúng tôi rằng giáo dục không phải đóng thuế, trường đã thành lập hơn 10 năm nhưng chưa khi nào đóng thuế. Cơ sở vật chất thì tái đầu tư xây dựng liên tục nên giờ truy thu chúng tôi không biết tính như thế nào?". Bà Lê Thị Thanh Nguyệt - Hiệu trưởng trường DL Phạm Ngũ Lão lại lo lắng: "Trường huy động 4 tỉ trả trong vòng 10 năm, mỗi năm hoạt động 9 tháng như vậy mỗi tháng phải trả trên 50 triệu đồng. Thời gian đầu nhà trường chỉ có 200 học sinh thì chúng tôi lấy đâu ra lời mà đóng thuế?". Từ đó bà Nguyễn Thị Kim Thanh - Trưởng phòng Giáo dục mầm non Sở GD-ĐT TP.HCM đề xuất: "Các quận, huyện vùng ven, ngoại thành rất nghèo, trường công không đáp ứng hết nhu cầu học tập của con em nhân dân, trong khi đó các cơ sở ngoài công lập giải quyết được khoảng 70% tổng số trẻ trong độ tuổi đến trường. Nên chăng xóa truy thu hay miễn thuế từ 10 - 20 năm để khuyến khích xã hội hóa. Bên cạnh đó, do điều kiện kinh tế của phụ huynh, cơ sở giáo dục không tăng được các khoản thu thì sẽ tìm cách lách, chẳng hạn như thuê giáo viên không có hợp đồng lao động, hoặc trình độ không đảm bảo sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến trẻ". Tuy nhiên, ông Nguyễn Đình Tấn - Cục trưởng Cục Thuế TP.HCM nhấn mạnh: "Hiện nay chưa có nghị định, thông tư nào của Chính phủ cho phép miễn thuế. Vì vậy các đơn vị đều phải thực hiện kê khai đầy đủ giấy tờ sổ sách, có hóa đơn hợp lệ hay không đều phải ghi rõ và áp dụng theo đúng những ưu đãi trong thuế TNDN, nếu lỗ thì không phải đóng thuế. Riêng tiền lãi khi huy động vốn trong nhân dân vẫn được khấu trừ nhưng không được vượt quá % của ngân hàng. Còn vấn đề truy thu thuế, các đơn vị kê khai và tạm khoanh lại để chờ ý kiến cấp có thẩm quyền. Đó là vấn đề của những năm trước, còn bắt đầu từ 1.1.2008, tất cả các cơ sở giáo dục ngoài công lập phải thực hiện kê khai thuế đầy đủ, nếu không cơ quan thuế sẽ áp dụng mức thuế ấn định".
Ngày 10.1, Cục Thuế TP.HCM đã có buổi làm việc với phòng giáo dục 24 quận huyện và các trường học ngoài công lập tại TP.HCM về chính sách thuế.