Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam năm 2015 ra Quyết định 778 về việc chi thù lao Ban chỉ đạo biên soạn bộ sách giáo khoa miền Nam. 11 người nhận thù lao gồm ông Lê Hồng Sơn, Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo TP HCM (trưởng ban), ông Nguyễn Văn Hiếu, Phó giám đốc (phó trưởng ban) và các phó chánh văn phòng, trưởng phòng giáo dục các cấp đóng vai trò ủy viên. Mức thù lao mỗi tháng cho trưởng ban là 6 triệu đồng, phó trưởng ban là 5 triệu, ủy viên thường trực 4 triệu và ủy viên 3 triệu đồng. Đến năm 2018, Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam tiếp tục có Quyết định 04 về việc thành lập Ban chỉ đạo và mức chi thù lao ban chỉ đạo tổ chức biên soạn bộ sách giáo khoa miền Nam. Theo đó, Ban chỉ đạo tổ chức biên soạn bộ sách giáo khoa mới của Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam tại miền Nam gồm 11 người. Trong đó, 10 người giống với danh sách Ban chỉ đạo biên soạn sách giáo khoa 2015, ông Nguyễn Bảo Quốc, Phó trưởng phòng Giáo dục Trung học (ủy viên) được thay bằng ông Cao Minh Quý, Phó trưởng phòng Giáo dục Trung học (ủy viên). Mức thù lao đối với Ban chỉ đạo được giữ nguyên như năm 2015. Quyết định 04 năm 2018 bổ sung nhóm tư vấn hỗ trợ gồm 15 người là chuyên viên các cấp học, môn học cùng ông Trần Lê Quang, Kế toán trưởng Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam tại TP HCM. Mỗi người trong nhóm tư vấn hỗ trợ nhận thù lao 2,5 triệu đồng một tháng. Theo văn bản này, các thành viên Ban chỉ đạo tổ chức biên soạn sách khoa mới của Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, thực hiện sự phân công của trưởng ban theo quy định và đại diện Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam tại TP HCM chi thù lao cho Ban chỉ đạo và Nhóm tư vấn hỗ trợ. Trả lời tại cuộc họp công bố phê duyệt 32 sách giáo khoa ngày 22/11, ông Thái Văn Tài, Vụ trưởng Giáo dục tiểu học (Bộ Giáo dục và Đào tạo), cho biết Bộ Giáo dục và Đào tạo không tiếp nhận hồ sơ thẩm định sách giáo khoa nào do Sở Giáo dục và Đào tạo TP HCM đứng tên. Tuy nhiên, hai văn bản của Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam lại thể hiện có sự tham gia của Sở. Các lãnh đạo Sở Giáo dục và Đào tạo TP HCM tham gia biên soạn sách sẽ ảnh hưởng đến quyền chủ động lựa chọn sách giáo khoa mới của các trường trên địa bàn - nơi có tới hơn 490 trường tiểu học và như năm nay là 642.000 học sinh, gấp 3 lần Hà Nội. Trong khi theo Nghị quyết 88 của Quốc hội, một chương trình sẽ có nhiều hộ sách giáo khoa và các cơ sở giáo dục sẽ được quyền chủ động chọn lựa sách. Dự thảo thông tư hướng dẫn lựa chọn sách Bộ Giáo dục và Đào tạo đưa ra lấy ý kiến ngày 30/11 đã thể hiện rõ chủ trương này. Giải thích về hai quyết định trên, TS Nguyễn Văn Tùng, Phó tổng biên tập Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, cho biết các thành viên Ban chỉ đạo được thành lập năm 2015 có nhiệm vụ định hướng chuyên môn, phối hợp tổ chức tập huấn, đào tạo, hội thảo cho đội ngũ tác giả; góp ý, chỉnh sửa nội dung các bản thảo... Trên cơ sở đó, Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam cân đối, tính toán mức thù lao phù hợp với từng người trong ban lãnh đạo từ nguồn kinh phí của mình. Về việc không có sách nào do Sở Giáo dục và Đào tạo đứng tên được phê duyệt, ông Tùng lý giải, trong tất cả hồ sơ mà Bộ Giáo dục và Đào tạo tiếp nhận thẩm định sách giáo khoa lớp 1, Sở Giáo dục và Đào tạo TP HCM không chủ trì biên soạn hay đứng tên tác giả bộ sách nào, nhưng Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam vẫn trả thù lao cho Ban biên soạn vì đã hỗ trợ công tác chuyên môn, tổ chức đội ngũ tác giả, chuyên gia tư vấn trong quá trình thẩm định. Khi được hỏi việc chi trả thù lao cho các lãnh đạo, cán bộ và chuyên viên Sở Giáo dục và Đào tạo TP HCM có ảnh hưởng đến việc các trường trên địa bàn chọn sách không, đại diện Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam cho rằng, các trường sẽ chọn sách giáo khoa mới trên cơ sở chất lượng của các bộ sách, mức độ phù hợp với điều kiện thực tế của địa phương cũng như khả năng của các nhà xuất bản trong việc đồng hành, hỗ trợ giáo viên trong quá trình dạy và học. Ngày 6/12, ông Nguyễn Văn Hiếu, Phó giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo TP HCM, cho biết Nhà xuất bản Giáo dục chi thù lao hỗ trợ công tác chuyên môn, tổ chức đội ngũ tác giả, chuyên gia tư vấn... trong quá trình biên soạn bộ sách giáo khoa. Đây không phải là thù lao để làm công tác phát hành sách. Năm bộ sách giáo khoa được Bộ Giáo dục và Đào tạo phê duyệt đều bình đẳng trong quá trình lựa chọn ở các trường tiểu học của TP HCM. Trước đó năm 2015, bộ sách giáo khoa miền Nam (nay là Chân trời sáng tạo ) được Sở Giáo dục và Đào tạo TP HCM cử đội ngũ chuyên viên, giáo viên cùng tham gia với Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam để biên soạn. Thanh Hằng - Mạnh Tùng
Từ năm 2015, mỗi tháng Nhà xuất bản Giáo dục trả cho lãnh đạo Sở GD&ĐT TP HCM 2,5-6 triệu đồng một người vì "hỗ trợ biên soạn sách giáo khoa".