Chiều 31/1, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc ban hành chỉ thị thứ hai về tăng cường biện pháp phòng, chống dịch viêm đường hô hấp cấp do chủng mới của virus corona (nCoV) gây ra. Văn bản nêu rõ dịch viêm phổi Vũ Hán đang lây nhiễm rất nhanh, nghiêm trọng ở Trung Quốc. Việt Nam có đường biên giới dài với Trung Quốc, lưu lượng người qua lại, giao thương lớn nên có nguy cơ bùng phát dịch lớn. Đến nay, Chính phủ khẳng định vẫn kiểm soát tốt dịch viêm phổi do nCoV. Tuy nhiên, trước diễn biến xấu của dịch bệnh, Thủ tướng yêu cầu các địa phương có kế hoạch cụ thể để kiểm soát, không để dịch lan rộng. Những nơi có đường biên giới với Trung Quốc cần lập kênh liên lạc với nước này để cập nhật thông tin diễn biến hàng ngày của dịch bệnh. Tất cả chuyến bay từ vùng có dịch của Trung Quốc đến Việt Nam và ngược lại đều bị tạm dừng cấp phép; trường hợp đặc biệt phải được sự đồng ý của Thủ tướng. Khách nước ngoài từng ở Trung Quốc trong hai tuần qua sẽ bị dừng cấp thị thực đến Việt Nam, trừ thị thực công vụ. Việc xuất nhập cảnh bằng giấy thông hành biên giới với mục đích du lịch cũng bị dừng. Việt Nam cấm đi lại qua lối mòn, lối mở ở khu vực biên giới Việt - Trung; không khuyến khích giao lưu với Trung Quốc trong thời gian dịch bệnh. Chính phủ yêu cầu dừng tất cả các lễ hội chưa khai mạc trong cả nước; lễ hội đang diễn ra phải giảm quy mô. Người dân phải đeo khẩu trang tại nơi công cộng và hạn chế du xuân, tham gia lễ hội. Nghiêm cấm đầu cơ, tăng giá các mặt hàng khẩu trang, thiết bị y tế phục vụ phòng, chống dịch bệnh. Bộ Giáo dục và Đào tạo được giao tìm hiểu cách làm của các nước, sẵn sàng cho học sinh, sinh viên nghỉ học; yêu cầu sinh viên, học sinh có biểu hiện nhiễm bệnh không đến trường. Quân đội được đặt trong tình trạng cao nhất, lập bệnh viện dã chiến sẵn sàng tiếp nhận người bệnh. Thủ tướng giao Bộ Y tế và Bộ Tư pháp nghiên cứu thủ tục pháp lý, đề xuất công bố tình trạng khẩn cấp về dịch viêm phổi Vũ Hán, báo cáo trước ngày 2/2. Chính phủ cũng yêu cầu các địa phương kiểm soát nghiêm ngặt người qua lại tại tất cả cửa khẩu biên giới; dừng các hoạt động đưa đón khách du lịch, không đưa lao động Việt Nam sang Trung Quốc làm việc; cách ly, theo dõi, điều trị kịp thời các trường hợp nhiễm bệnh; khử trùng các điểm nghi ngờ dịch bệnh theo quy định... Tất cả bệnh viện từ trung ương đến địa phương phải sẵn sàng tiếp nhận, sàng lọc, xử lý tại chỗ, cách ly người bệnh. Lực lượng quân đội phải đặt tình trạng cao nhất, các bệnh viện dã chiến sẵn sàng ứng phó khi dịch bùng phát. Bộ Ngoại giao có trách nhiệm thông báo với quốc tế về những chỉ đạo và biện pháp minh bạch của Việt Nam trong công tác phòng, chống dịch bệnh, bảo đảm không ảnh hưởng đến việc đảm nhiệm vai trò Chủ tịch cũng như các hoạt động của Năm ASEAN 2020; áp dụng các biện pháp hỗ trợ cần thiết và xây dựng kế hoạch đưa công dân Việt Nam ở các vùng có dịch bệnh của Trung Quốc về nước khi cần thiết; thông tin, cập nhật tình hình diễn biến dịch bệnh và các biện pháp ứng phó của Trung Quốc và các nước, kịp thời đề xuất các biện pháp thích hợp của Việt Nam. Bộ Quốc phòng, Công an kiểm soát chặt chẽ người xuất, nhập cảnh qua biên giới; thông báo cho Bộ Y tế và các địa phương danh sách hành khách nhập cảnh từ Trung Quốc vào Việt Nam. Ban chỉ đạo quốc gia phòng chống dịch bệnh do virus nCoV gây ra giao ban hai ngày mỗi lần để đánh giá tình hình, hằng ngày báo cáo, giúp Thủ tướng chỉ đạo, điều hành. "Các tổ chức, doanh nghiệp chủ động thực hiện các biện pháp phòng, chống dịch bệnh trong phạm vi tổ chức, doanh nghiệp. Nghiêm cấm việc che giấu, hoặc thông tin không đúng về dịch bệnh", chỉ thị nêu. Trước đó ngày 28/1, Thủ tướng ban hành chỉ thị, lập đội phản ứng nhanh chống dịch viêm phổi Vũ Hán do Phó thủ tướng Vũ Đức Đam làm Trưởng ban; Bộ Y tế đôn đốc thực hiện, hàng ngày báo cáo Thủ tướng.
Chính phủ yêu cầu dừng tất cả lễ hội chưa khai mạc, cấm đi lại qua lối mòn biên giới Việt - Trung, người dân đeo khẩu trang nơi công cộng để phòng nCoV.