Chiều 3/5, tại thông cáo nêu một số nội dung đã được xem xét, kết luận tại cuộc họp ngày 27-28/4, Ủy ban Kiểm tra Trung ương cho biết căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật đảng viên, Ủy ban đề nghị Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương xem xét, thi hành mức kỷ luật trên với ông Hiến. Ủy ban Kiểm tra Trung ương xác định ông Hiến đã "vi phạm rất nghiêm trọng các quy định của pháp luật trong vụ án hình sự xảy ra tại Quân chủng Hải quân". Liên quan xử lý sai phạm của cán bộ Bộ Quốc phòng, Ủy ban kiểm tra Trung ương cũng kỷ luật khai trừ ra khỏi Đảng với ông Nguyễn Văn Khuây (nguyên Phó Bí thư Đảng ủy, nguyên Sư đoàn trưởng Sư đoàn 363) và ông Vũ Duy An (nguyên Chủ nhiệm Hậu cần Sư đoàn 363). Hai ông bị xác định "vi phạm rất nghiêm trọng các quy định của pháp luật về quản lý đất đai tại Sư đoàn 363, Quân chủng Phòng không - Không quân". Ngày 21/6/2019, ông Hiến bị Bộ Chính trị cách chức các chức vụ: Ủy viên Đảng ủy Quân sự Trung ương nhiệm kỳ 2005-2010; Ủy viên Ban chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005-2010 (gồm Phó bí thư Đảng uỷ, Ủy viên Ban thường vụ Đảng ủy và Ủy viên Ban chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005-2010). Ba tháng sau, ông bị Thủ tướng xóa tư cách nguyên Tư lệnh Hải quân. Tháng 10/2019, ông bị khởi tố về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, theo khoản 3 điều 360 Bộ luật Hình sự 2015. Tháng 3, ông Hiến bị truy tố với khung hình phạt 7-12 năm tù, bị cáo buộc gây ra loạt sai phạm khiến Quân chủng Hải quân mất quyền quản lý 3 lô đất quốc phòng ở trung tâm quận 1 (TP HCM) trong thời gian 49 năm, gây thiệt hại 939 tỷ đồng. Ông Hiến là người thứ hai trong Hải quân Việt Nam được thăng quân hàm Đô đốc Hải quân sau cố Đô đốc Giáp Văn Cương, nguyên Tư lệnh Hải quân.
Hà Nội Ông Nguyễn Văn Hiến (nguyên Ủy viên Trung ương Đảng, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng) bị Ủy ban Kiểm tra Trung ương đề nghị kỷ luật khai trừ Đảng.