Theo đó, chỉ đạo, điều hành và quản lý chung mọi hoạt động của UBND TP; trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực: chiến lược, quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội; dự toán ngân sách Nhà nước hàng năm và dài hạn của TP; công tác tổ chức bộ máy - cán bộ; an ninh, nội chính; công tác thanh tra; xét duyệt các dự án đầu tư nước ngoài trên địa bàn thành phố… Chủ tịch UBND TPHCM trực tiếp chỉ đạo chương trình phòng, chống tham nhũng Ông Phong cũng trực tiếp chỉ đạo chương trình cải cách hành chính; chương trình phòng, chống tham nhũng; công trình xây dựng Khu đô thị mới Thủ Thiêm; đề án Xây dựng TPHCM trở thành đô thị thông minh; đề án quy hoạch phát triển khu đô thị sáng tạo tương tác cao phía Đông TP... Về cơ quan chuyên môn, ông Phong trực tiếp chỉ đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Nội vụ, Công an TP, Bộ Tư lệnh TP, Viện Nghiên cứu phát triển TP… Theo dõi chỉ đạo chung quận 1, 3, 10 và huyện Cần Giờ. giúp Chủ tịch UBND TP phụ trách công tác đối ngoại. Ông Lê Thanh Liêm trực tiếp phụ trách các lĩnh vực công nghiệp; công nghiệp hỗ trợ; khu vực kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài; khu vực kinh tế tư nhân Ông Liêm trực tiếp phụ trách các lĩnh vực công nghiệp; công nghiệp hỗ trợ; khu vực kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài; khu vực kinh tế tư nhân; công tác sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp Nhà nước; nông nghiệp và phát triển nông thôn; thủy lợi, phòng, chống lụt bão… Trực tiếp chỉ đạo chương trình đổi mới và sắp xếp doanh nghiệp Nhà nước; đề án xây dựng khu công nghiệp hỗ trợ ứng dụng công nghệ cao; công trình Khu Công nghệ cao, Khu Nông nghiệp công nghệ cao… Ông Liêm giúp người đứng đầu chính quyền TP theo dõi chỉ đạo Văn phòng UBND TP. Ngoài ra, ông Liêm trực tiếp chỉ đạo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Ngoại vụ, Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp, Hiệp hội Doanh nghiệp TP, Tổng Công ty Công nghiệp Sài Gòn - TNHH MTV, Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn - TNHH MTV… Theo dõi chỉ đạo chung quận 5, Tân Bình, Bình Tân và huyện Bình Chánh. Ông Lê Thanh Liêm tạm thời chỉ đạo, điều hành giúp Chủ tịch UBND TP phụ trách công tác thi đua khen thưởng; khoa học - công nghệ; giáo dục và đào tạo; văn hóa, thể dục thể thao; xuất bản - báo chí; y tế, quản lý dược; lao động - thương binh và xã hội… Tạm thời chỉ đạo Học viện Cán bộ TP, Đài Truyền hình TP, Đài Tiếng nói nhân dân TP… Tạm thời theo dõi các quận 7, 8, Tân Phú và huyện Nhà Bè. giúp Chủ tịch UBND TP phụ trách công tác cải cách hành chính, kế hoạch vốn đầu tư xây dựng cơ bản. Ông Trần Vĩnh Tuyến trực tiếp chỉ đạo chương trình cải cách hành chính Trực tiếp phụ trách các lĩnh vực tài chính - ngân sách; ngân hàng; quản lý công sản; thương mại, dịch vụ; du lịch; những vấn đề chung về trình tự, thủ tục đầu tư xây dựng cơ bản… Ông Trần Vĩnh Tuyến trực tiếp chỉ đạo chương trình cải cách hành chính; chương trình người Việt Nam ưu tiên dùng hàng Việt Nam; chương trình kích cầu đầu tư; đề án phát triển TPHCM thành trung tâm tài chính quốc tế… Theo quyết định này, ông Tuyến trực tiếp chỉ đạo Sở Tài chính, Sở Công thương, Sở Du lịch, các Công ty Kiểm toán thuộc TP; phối hợp chỉ đạo Cục thuế, Cục Hải quan TP, Kho bạc Nhà nước TP, Ngân hàng Nhà nước chi nhánh TP, Sở Giao dịch Chứng khoán TP, các công ty bảo hiểm trên địa bàn. Theo dõi, chỉ đạo chung quận 4, 11, Bình Thạnh và huyện Hóc Môn. Bên cạnh đó, ông Tuyến tạm thời phụ trách lĩnh vực bưu chính, viễn thông, công nghệ thông tin; đề án xây dựng TPHCM trở thành đô thị thông minh.. giúp Chủ tịch UBND TP theo dõi đề án quy hoạch phát triển khu đô thị sáng tạo tương tác cao phía Đông TP; công trình xây dựng Khu đô thị mới Thủ Thiêm. Ông Võ Văn Hoan trực tiếp chỉ đạo chương trình giảm ùn tắc giao thông, giảm tai nạn giao thông; chương trình chỉnh trang và phát triển đô thị... Ông Hoan trực tiếp phụ trách các lĩnh vực: quy hoạch, quản lý, phát triển đô thị; xây dựng; quản lý đất đai - tài nguyên và môi trường; giao thông, vận tải; cấp, thoát nước; quản lý nhà; xét duyệt các dự án đầu tư thuộc lĩnh vực và đơn vị phụ trách. Theo quyết định điều chỉnh phân công công tác, ông Hoan trực tiếp chỉ đạo chương trình giảm ùn tắc giao thông, giảm tai nạn giao thông; chương trình chỉnh trang và phát triển đô thị; chương trình giảm ngập nước; chương trình giảm ô nhiễm môi trường; chương trình nhà ở… Ông Hoan trực tiếp chỉ đạo Sở Quy hoạch - Kiến trúc, Sở Xây dựng, Sở Giao thông vận tải, Sở Tài nguyên và Môi trường, Ban Quản lý Đường sắt đô thị, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông…; phối hợp chỉ đạo các ga đường sắt quốc gia, các cảng sông, cảng biển, cảng hàng không Tân Sơn Nhất. Theo dõi quận 2, 6, 9 và Thủ Đức. Ông Hoan cũng được phân công tạm thời theo dõi, chỉ đạo các dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp. trực tiếp phụ trách các lĩnh vực: hành chính tư pháp; công tác dân tộc, tôn giáo; phòng cháy và chữa cháy; cứu hộ, cứu nạn…; giúp Chủ tịch UBND TP phụ trách lĩnh vực an ninh, nội chính; công tác thanh tra. Ông Châu được phân công chỉ đạo Thanh tra TP, Sở Tư pháp, Ban Dân tộc, Ban Tôn giáo, Ban Tiếp công dân TP, Lực lương Thanh niên xung phong… Theo dõi chỉ đạo chung quận 12, Phú Nhuận, Gò Vấp và huyện Củ Chi.
Sau khi Thủ tướng Chính phủ phê chuẩn kết quả bầu bổ sung 2 Phó Chủ tịch UBND TPHCM, Chủ tịch UBND TPHCM Nguyễn Thành Phong đã ký quyết định điều chỉnh phân công công tác Thường trực UBND TP, nhiệm kỳ 2016-2021.