Quyết Định 03/2020/QĐ-KTNN ban hành quy chế tổ chức và hoạt động đoàn kiểm toán nhà nước . Kèm theo Chương IV Điều 35. Các mối quan hệ có liên quan đến Đoàn kiểm toán
 Khoản 1. Trường hợp có 02 Đoàn kiểm toán kiểm toán trở lên tại một đơn vị được kiểm toán, trong cùng một thời điểm: Khoản 1 Điểm a) Các Trưởng đoàn thống nhất phương pháp phối hợp thực hiện kiểm toán tại đơn vị, trường hợp chưa thống nhất, các Trưởng đoàn báo cáo Thủ trưởng đơn vị chủ trì cuộc kiểm toán trình Tổng Kiểm toán nhà nước quyết định (qua Vụ Tổng hợp). Việc trao đổi thông tin hoặc sử dụng lại thông tin giữa các Đoàn kiểm toán trên nguyên tắc đề cao tinh thần trách nhiệm, hợp tác giúp nhau hoàn thành nhiệm vụ; Khoản 1 Điểm b) Trường hợp kiểm toán lồng ghép nhiều mục tiêu, đơn vị chủ trì phối hợp với Vụ Tổng hợp tham mưu cho Tổng Kiểm toán nhà nước xem xét, quyết định. Khoản 2. Mối quan hệ giữa Thủ trưởng các đơn vị thuộc Kiểm toán nhà nước có các thành viên tham gia đoàn kiểm toán và Thủ trưởng đơn vị chủ trì cuộc kiểm toán là quan hệ phối hợp trong chỉ đạo chuyên môn và quản lý công chức. Khoản 3. Mối quan hệ giữa các Tổ trưởng Tổ kiểm toán trong cùng Đoàn kiểm toán thông qua Trưởng Đoàn kiểm toán. Khoản 4. Thành viên Đoàn kiểm toán có trách nhiệm phối hợp, hỗ trợ, tạo điều kiện giúp đỡ nhau để hoàn thành nhiệm vụ; thành viên Đoàn kiểm toán phải chấp hành sự chỉ đạo, điều hành của Trưởng Đoàn kiểm toán về việc thực hiện nhiệm vụ được giao. Trường hợp có vấn đề phát sinh vượt quá thẩm quyền thì báo cáo kịp thời với Trưởng Đoàn kiểm toán và đề xuất các biện pháp xử lý.