Quyết Định 391/QĐ-TTg ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của trường đại học việt nhật . Kèm theo Chương II Điều 7. Ban giám hiệu
 Khoản 1. Ban giám hiệu Trường gồm Hiệu trưởng và các Phó Hiệu trưởng. Hiệu trưởng và Phó Hiệu trưởng do Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội quyết định bổ nhiệm hoặc ký hợp đồng thuê quản lý trên cơ sở đề nghị của Hội đồng trường; có nhiệm kỳ là 05 năm. Hiệu trưởng và Phó Hiệu trưởng không giữ chức vụ quá 02 nhiệm kỳ liên tiếp. Khoản 2. Hiệu trưởng là người đại diện cao nhất của Trường theo pháp luật Việt Nam; chịu trách nhiệm trực tiếp quản lý, điều hành các hoạt động của Trường theo quy định của pháp luật Việt Nam và Quy chế này. Khoản 3. Phó Hiệu trưởng do Hiệu trưởng đề xuất với Hội đồng trường. Phó Hiệu trưởng là người giúp việc Hiệu trưởng trong việc quản lý, điều hành các hoạt động của Trường. Phó Hiệu trưởng có nhiệm vụ trực tiếp phụ trách một số lĩnh vực công tác theo sự phân công của Hiệu trưởng và chịu trách nhiệm trước Hiệu trưởng và pháp luật đối với công việc đã giải quyết. Khoản 4. Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng có thể là người không mang quốc tịch Việt Nam. Tiêu chuẩn, nhiệm vụ, quyền hạn và quyền lợi của Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng do Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội quy định.