Nghị Định 40/2016/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của luật tài nguyên, môi trường biển và hải đảo . Điều 28. Tổ chức thực hiện chương trình
 Khoản 1. Bộ Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm: Khoản 1 Điểm a) Tổ chức, theo dõi, kiểm tra việc thực hiện chương trình trọng Điểm Điều tra cơ bản tài nguyên, môi trường biển và hải đảo đã được phê duyệt; Khoản 1 Điểm b) Tổ chức đánh giá việc thực hiện chương trình khi kết thúc thực hiện chương trình hoặc trước khi Điều chỉnh chương trình. Khoản 2. Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn việc quản lý, sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước chi thực hiện các dự án, đề án, nhiệm vụ thuộc chương trình trọng Điểm Điều tra cơ bản tài nguyên, môi trường biển và hải đảo. Khoản 3. Các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân các tỉnh có biển có trách nhiệm: Khoản 3 Điểm a) Tổ chức lập, phê duyệt, Điều chỉnh và tổ chức thực hiện, các dự án, đề án, nhiệm vụ được giao trong chương trình trọng Điểm Điều tra cơ bản tài nguyên, môi trường biển và hải đảo; Khoản 3 Điểm b) Định kỳ hàng năm gửi báo cáo tình hình thực hiện các dự án, đề án, nhiệm vụ được giao về Bộ Tài nguyên và Môi trường để tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ; Khoản 3 Điểm c) Phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường trong việc tổ chức, theo dõi, kiểm tra việc thực hiện chương trình trọng Điểm Điều tra cơ bản tài nguyên, môi trường biển và hải đảo.