Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương II Mục 5 Điều 45. Thu nộp lệ phí hải quan
Khoản 1. Đối tượng, mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý, sử dụng lệ phí hải quan thực hiện theo Thông tư số 172/2010/TT-BTC ngày 02/11/2010 hướng dẫn mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí trong lĩnh vực hải quan. Trường hợp phải tách tờ khai do tờ khai hải quan quá 50 dòng hàng hoặc một mặt hàng có số tiền thuế vượt số ký tự của ô số tiền thuế trên tờ khai hoặc tổng số tiền thuế của tờ khai hải quan vượt số ký tự của ô tổng số tiền thuế trên tờ khai thì chỉ thu lệ phí hải quan của tờ khai hải quan đầu tiên. Khoản 2. Hình thức nộp: Người khai hải quan nộp tiền lệ phí hải quan bằng chuyển khoản theo tháng bằng phương thức điện tử hoặc bằng tiền mặt. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan tổ chức thực hiện việc thu lệ phí hải quan điện tử qua ngân hàng thương mại hoặc tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu. Khoản 3. Địa điểm nộp: Người nộp lệ phí hải quan thực hiện chuyển tiền, nộp tiền tại Kho bạc Nhà nước, tổ chức tín dụng, tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu, hoặc tại cơ quan hải quan. Khoản 4. Thủ tục nộp: Khoản 4 Điểm a) Trường hợp nộp lệ phí theo tháng: a.1) Chậm nhất trong thời gian 10 ngày đầu của tháng tiếp theo, người khai hải quan phải nộp đủ số tiền lệ phí hải quan phải nộp của tháng trước vào tài khoản thu lệ phí hải quan của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai. Hệ thống kế toán tập trung của cơ quan hải quan tự động trừ lùi số tiền lệ phí người khai hải quan còn nợ theo trật tự nợ lệ phí của tờ khai có thời gian đăng ký trước trừ trước, tờ khai hải quan đăng ký sau trừ sau; a.2) Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan kiểm tra, đối chiếu danh mục các tờ khai hải quan thuộc đối tượng phải nộp lệ phí hải quan, hạch toán kế toán số tiền lệ phí hải quan phải thu, đã thu, còn nợ theo quy định hiện hành; a.3) Trường hợp người khai hải quan nộp lệ phí hải quan qua tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu, định kỳ vào ngày 5 hàng tháng, cơ quan hải quan cung cấp toàn bộ danh sách các tờ khai phải nộp lệ phí hải quan của người khai hải quan cho các tổ chức được ủy nhiệm thu qua Cổng thanh toán điện tử hải quan; a.4) Căn cứ danh sách các tờ khai phải nộp lệ phí hải quan do cơ quan hải quan thông báo, tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu lệ phí hải quan thực hiện thu tiền của người khai hải quan và nộp tiền vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước; a.5) Định kỳ, ngày 10 hàng tháng, tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu, thanh khoản số tiền lệ phí hải quan phải thu, số tiền lệ phí hải quan đã thu, số tiền lệ phí hải quan còn nợ của từng người khai hải quan với cơ quan hải quan. Khoản 4 Điểm b) Trường hợp người khai hải quan không nộp lệ phí theo tháng hoặc không làm thủ tục hải quan thường xuyên tại một Chi cục Hải quan thì người khai hải quan căn cứ thông báo lệ phí hải quan trên hệ thống để nộp theo từng lần phát sinh; Khoản 4 Điểm c) Trường hợp người khai hải quan nộp lệ phí hải quan bằng tiền mặt cho cơ quan hải quan thì công chức hải quan ghi chứng từ thu lệ phí