Thông Tư 09/2016/TT-BNNPTNT quy định về kiểm soát giết mổ và kiểm tra vệ sinh thú y . Chương IV Mục 4 Điều 36. Nguyên tắc kiểm tra vệ sinh thú y đối với cơ sở
 Khoản 1. Căn cứ kiểm tra vệ sinh thú y Khoản 1 Điểm a) Các tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật tương ứng; Khoản 1 Điểm b) Các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan. Khoản 2. Đối với các cơ sở chăn nuôi động vật tập trung; cơ sở sơ chế, chế biến, kinh doanh động vật, sản phẩm động vật; kho lạnh bảo quản động vật, sản phẩm động vật tươi sống, sơ chế, chế biến; cơ sở giết mổ động vật tập trung, cơ sở giết mổ động vật nhỏ lẻ: Việc kiểm tra vệ sinh thú y thực hiện theo quy định của Thông tư số 45/2014/TT-BNNPTNT ngày 03/12/2014 quy định việc kiểm tra cơ sở sản xuất, kinh doanh vật tư nông nghiệp và kiểm tra, chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm. Hướng dẫn kiểm tra đánh giá cơ sở giết mổ động vật nhỏ lẻ tại Phụ lục VII ban hành kèm theo Thông tư này. Khoản 3. Đối với các cơ sở ấp trứng, sản xuất, kinh doanh con giống; cơ sở cách ly kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật; chợ chuyên kinh doanh động vật, chợ kinh doanh động vật nhỏ lẻ, cơ sở thu gom động vật; cơ sở xét nghiệm, chẩn đoán bệnh động vật; cơ sở phẫu thuật động vật; cơ sở sản xuất nguyên liệu thức ăn chăn nuôi có nguồn gốc động vật và các sản phẩm động vật khác không sử dụng làm thực phẩm: Việc kiểm tra vệ sinh thú y được thực hiện theo quy định tại Điều 37 và Điều 38 của Thông tư này. Khoản 4. Cơ sở đã được cấp Giấy chứng nhận VietGAHP, VietGAP hoặc cơ sở có Giấy chứng nhận an toàn dịch bệnh thì được công nhận cơ sở đủ điều kiện vệ sinh thú y. Khoản 5. Quy định về phòng thử nghiệm phân tích mẫu: Mẫu lấy từ các cuộc kiểm tra điều kiện vệ sinh thú y đối với cơ sở phải do phòng thử nghiệm được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chỉ định phân tích.