Thông Tư 96/2016/TT-BTC hướng dẫn hồ sơ, thủ tục miễn thuế thu nhập cá nhân đối với chuyên gia nước ngoài thực hiện chương trình, dự án viện trợ phi chính phủ nước ngoài tại việt nam . Điều 2. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế
 Khoản 1. Hồ sơ miễn thuế Hồ sơ miễn thuế bao gồm: - Xác nhận Chuyên gia nước ngoài và đề nghị miễn thuế thu nhập cá nhân của Cơ quan chủ quản (đối với trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Cơ quan chủ quản) hoặc của Chủ Khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài (đối với trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Tổ chức phi Chính phủ nước ngoài hoặc ký hợp đồng với Chủ Khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài) đối với thu nhập từ việc trực tiếp thực hiện chương trình, dự án phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam của Chuyên gia nước ngoài (theo mẫu số 01/XNCG-ĐNMT ban hành kèm theo Thông tư này); - Các tài liệu liên quan: + Bản sao Quyết định phê duyệt chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam. + Bản sao Văn kiện chương trình, dự án được cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam phê duyệt. + Bản sao hợp đồng ký giữa Chuyên gia nước ngoài với Tổ chức phi Chính phủ nước ngoài hoặc với Cơ quan chủ quản hoặc với Chủ Khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài. Khoản 2. Thời hạn nộp hồ sơ miễn thuế Chậm nhất là ngày thứ 30 kể từ ngày Hợp đồng Chuyên gia nước ngoài có hiệu lực, Cơ quan chủ quản hoặc Chủ Khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài gửi hồ sơ miễn thuế đến cơ quan thuế. Khoản 3. Nơi nộp hồ sơ miễn thuế - Trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Cơ quan chủ quản: Nơi nộp hồ sơ miễn thuế là Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi Cơ quan chủ quản đặt trụ sở. - Trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Tổ chức phi Chính phủ nước ngoài hoặc ký hợp đồng với Chủ Khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài: Nơi nộp hồ sơ miễn thuế là Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi Chủ Khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài đặt trụ sở. Khoản 4. Thủ tục miễn thuế Trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo hướng dẫn tại Thông tư này, cơ quan thuế ban hành Xác nhận miễn thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ việc thực hiện chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài (theo mẫu số 02/XNMT ban hành kèm theo Thông tư này) hoặc thông báo về việc không đủ Điều kiện được miễn thuế (theo mẫu số 03/TB-KMT ban hành kèm theo Thông tư này). Khoản 5. Trường hợp có thay đổi Chuyên gia nước ngoài so với Xác nhận chuyên gia nước ngoài và đề nghị miễn thuế thu nhập cá nhân đã gửi cơ quan thuế thì Cơ quan chủ quản hoặc Chủ Khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài gửi hồ sơ miễn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều này.