Thông Tư 06/2021/TT-BKHĐT quy định chi tiết việc thu, nộp, quản lý và sử dụng các chi phí về đăng ký, đăng tải thông tin, lựa chọn nhà thầu, nhà đầu tư trên hệ thống mạng đấu thầu quốc gia, báo đấu thầu . Chương III Điều 7. Quản lý, sử dụng khoản thu Chi phí sử dụng dịch vụ đối với Trung tâm Đấu thầu qua mạng quốc gia
 Khoản 1. Nội dung chi: Khoản 1 Điểm a) Chi thực hiện nghĩa vụ với Ngân sách nhà nước; Khoản 1 Điểm b) Chi tổ chức quản lý, giám sát đăng tải thông tin về đấu thầu, thông tin về lựa chọn nhà đầu tư trên Hệ thống; Khoản 1 Điểm c) Chi tổ chức quản lý, giám sát, vận hành và phát triển Hệ thống; Khoản 1 Điểm d) Chi quản lý, giám sát Doanh nghiệp Dự án e-GP; Khoản 1 Điểm đ) Chi hoạt động hướng dẫn, đào tạo người sử dụng Hệ thống; Khoản 1 Điểm e) Chi hoạt động truyền thông, hợp tác quốc tế về đấu thầu qua mạng; Khoản 1 Điểm g) Chi hoạt động liên quan đến công việc tiếp nhận, xử lý hồ sơ tham gia Hệ thống, ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác đấu thầu, quản lý cơ sở dữ liệu; Khoản 1 Điểm h) Chi đầu tư, sử dụng các quỹ thực hiện theo quy định về tự chủ trong đơn vị sự nghiệp công lập; Khoản 1 Điểm i) Các nhiệm vụ chi thường xuyên, chi đầu tư khác phục vụ triển khai áp dụng đấu thầu qua mạng. Khoản 2. Việc phân phối kết quả tài chính, trích lập các quỹ thực hiện theo cơ chế tự chủ tuân thủ theo quy định của pháp luật hiện hành. Khoản 3. Không sử dụng nguồn ngân sách nhà nước để thực hiện các nhiệm vụ quy định tại khoản 1 Điều này. Chênh lệch thu chi được hạch toán vào các quỹ theo quy định của pháp luật hiện hành và chỉ phục vụ cho các nhiệm vụ quy định tại khoản 1 Điều này. Khoản 4. Tổ chức lập, phê duyệt, điều chỉnh kế hoạch, quyết toán thu chi hằng năm: Khoản 4 Điểm a) Trung tâm Đấu thầu qua mạng quốc gia lập kế hoạch thu và kế hoạch chi liên quan đến lựa chọn nhà thầu, nhà đầu tư trên Hệ thống; đăng tải thông tin về đấu thầu, thông tin về lựa chọn nhà đầu tư theo các nội dung tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này trình Hội đồng quản lý hoặc tổng hợp vào dự toán của Cục Quản lý đấu thầu trình Bộ Kế hoạch và Đầu tư phê duyệt (trong trường hợp chưa thành lập Hội đồng quản lý); Khoản 4 Điểm b) Trường hợp phát sinh nhiệm vụ, Hội đồng quản lý hoặc Cục Quản lý đấu thầu (trong trường hợp chưa thành lập Hội đồng quản lý) được chủ động điều chỉnh các khoản thu, chi tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này và chịu trách nhiệm về việc điều chỉnh trong phạm vi kế hoạch năm được duyệt, Việc điều chỉnh chỉ được thực hiện trong năm kế hoạch; Khoản 4 Điểm c) Trung tâm Đấu thầu qua mạng quốc gia có trách nhiệm lập quyết toán thu, chi theo các nội dung tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này và quyết toán vào kinh phí hoạt động của Cục Quản lý đấu thầu.