Nghị Định 86/2011/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật thanh tra . Chương 2. Điều 9. Cơ cấu tổ chức của Thanh tra Bộ
 Khoản 1. Thanh tra Bộ có Chánh Thanh tra, các Phó Chánh Thanh tra, các Thanh tra viên và công chức khác. Chánh Thanh tra Bộ do Bộ trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức sau khi thống nhất với Tổng Thanh tra Chính phủ. Phó Chánh Thanh tra Bộ do Bộ trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức theo đề nghị của Chánh Thanh tra Bộ. Phó Chánh Thanh tra Bộ giúp Chánh Thanh tra Bộ phụ trách một hoặc một số lĩnh vực công tác và chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Chánh Thanh tra Bộ về việc thực hiện nhiệm vụ được giao. Khoản 2. Thanh tra Bộ có các phòng nghiệp vụ để thực hiện nhiệm vụ được giao. Khoản 3. Thanh tra Bộ có con dấu và tài khoản riêng.