Nghị Định 86/2011/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật thanh tra . Chương 3. Điều 44. Chuyển hồ sơ vụ việc có dấu hiệu tội phạm để khởi tố vụ án hình sự
 Khoản 1. Trong quá trình thanh tra hoặc khi kết thúc thanh tra, cơ quan thực hiện chức năng thanh tra phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm thì trong thời hạn 05 ngày, kể từ ngày phát hiện dấu hiệu tội phạm, người ra quyết định thanh tra phải chuyển hồ sơ vụ việc và bản kiến nghị khởi tố đến cơ quan điều tra để xem xét khởi tố vụ án hình sự, đồng thời thông báo ngay bằng văn bản cho Viện Kiểm sát có thẩm quyền biết. Khoản 2. Cơ quan điều tra có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ và bản kiến nghị khởi tố do cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyển đến. Trong thời hạn 20 ngày, kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan điều tra phải ra một trong các quyết định sau đây: Khoản 2 Điểm a) Quyết định khởi tố vụ án hình sự; Khoản 2 Điểm b) Quyết định không khởi tố vụ án hình sự; Khoản 2 Điểm c) Quyết định chuyển hồ sơ vụ việc cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền. Khoản 3. Trường hợp vụ việc có nhiều tình tiết phức tạp hoặc phải kiểm tra, xác minh ở nhiều nơi thì thời hạn trả lời có thể dài hơn, nhưng không quá 60 ngày. Quá thời hạn này, cơ quan thực hiện chức năng thanh tra không nhận được thông báo bằng văn bản về kết quả xử lý của cơ quan điều tra thì có quyền kiến nghị với Viện Kiểm sát cùng cấp để xem xét, giải quyết. Trong trường hợp không đồng ý với kết quả giải quyết của Viện Kiểm sát thì cơ quan thực hiện chức năng thanh tra kiến nghị với Viện Kiểm sát, cơ quan điều tra cấp trên trực tiếp để chỉ đạo, giải quyết.