Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương VII Mục 4 Điều 132. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
Khoản 1 Điểm g) Khi hoàn thuế, bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi trên hệ thống kế toán tập trung. Khoản 2. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ ngân sách: Khoản 2 Điểm a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Trường hợp cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì trong giấy đề nghị hoàn thuế gửi Kho bạc Nhà nước ghi rõ số tiền còn lại của quyết định hoàn thuế đề nghị được hoàn. Căn cứ quyết định hoàn thuế do cơ quan hải quan ban hành, Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế; Khoản 2 Điểm b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng khác, nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số C1-05/NS kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính về hướng dẫn thực hiện kế toán áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc (TABMIS), trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan hải quan nơi hoàn trả để xem xét giải quyết. Sau khi cơ quan hải quan kiểm tra, xác định số thuế được bù trừ có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước cho Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại nơi hoàn trả thuế để Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại hạch toán theo quy định. Khoản 3. Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người được hoàn thuế vẫn còn nghĩa vụ nộp các khoản thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt khác, nhưng không đề nghị bù trừ số còn phải nộp thì cơ quan hải quan tạm dừng việc hoàn trả và yêu cầu người nộp phải thực hiện nghĩa vụ nộp với ngân sách nhà nước hoặc phải có đề nghị bù trừ tiền thuế được hoàn cho số thuế còn phải nộp. Hết thời hạn quy định theo thông báo của cơ quan hải quan, nếu người nộp thuế chưa thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước (hoặc chưa lập giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước và ghi rõ nội dung đề nghị bù trừ khoản phải nộp gửi cơ quan hải quan), thì cơ quan hải quan lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu