Quyết Định 04/2021/QĐ-TTg ban hành điều lệ tổ chức và hoạt động của quỹ đổi mới công nghệ quốc gia . Kèm theo Chương V Điều 42. Kiểm toán và công khai báo cáo tài chính
 Khoản 1. Báo cáo tài chính hàng năm của Quỹ được kiểm toán bởi tổ chức kiểm toán độc lập thuộc danh sách doanh nghiệp được Bộ Tài chính công bố được chấp thuận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán. Đồng thời, được kiểm toán bởi cơ quan Kiểm toán nhà nước theo kế hoạch (nếu có). Khoản 2. Sau khi có ý kiến thẩm định của Kiểm soát viên, Giám đốc trình Chủ tịch Hội đồng Quản lý Quỹ phê duyệt báo cáo tài chính, gửi Bộ Khoa học và Công nghệ và Bộ Tài chính. Khoản 3. Trong thời hạn 120 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Quỹ phải công khai báo cáo tài chính theo quy định của pháp luật về kế toán.