Thông Tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành luật thuế giá trị gia tăng và nghị định số 209/2013/nđ-cp ngày 18/12/2013 của chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều luật thuế giá trị gia tăng . Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
Khoản 2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được. Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng. Khoản 3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh; tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo; tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn. Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ. Khoản 4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau: Khoản 4 Điểm a) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ. Ví dụ 58: Doanh nghiệp X đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến phi lê cá tra, cá ba sa, tôm đông lạnh xuất khẩu. Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng, kể cả trường hợp thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ giống, ao,