Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương II Mục 5 Điều 45. Thu nộp lệ phí hải quan
Khoản 4 Điểm b) Trường hợp người khai hải quan không nộp lệ phí theo tháng hoặc không làm thủ tục hải quan thường xuyên tại một Chi cục Hải quan thì người khai hải quan căn cứ thông báo lệ phí hải quan trên hệ thống để nộp theo từng lần phát sinh; Khoản 4 Điểm c) Trường hợp người khai hải quan nộp lệ phí hải quan bằng tiền mặt cho cơ quan hải quan thì công chức hải quan ghi chứng từ thu lệ phí hải quan và hạch toán thanh khoản lệ phí hải quan theo quy định. Khoản 5. Cơ quan hải quan không áp dụng biện pháp cưỡng chế trong trường hợp người khai hải quan còn thiếu lệ phí hải quan. Người khai hải quan có trách nhiệm nộp đủ lệ phí hải quan trong thời hạn quy định tại Điều này. Khoản 6. Việc quản lý, theo dõi nợ lệ phí hải quan (nếu phát sinh) được thực hiện trên Hệ thống kế toán tập trung: Khoản 6 Điểm a) Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục hải quan, khi nhận được báo cáo thu nộp của tổ chức được ủy nhiệm thu lệ phí hải quan phải kiểm tra cụ thể chi tiết số tiền lệ phí hải quan đã thu, số tiền lệ phí hải quan đã nộp vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan mở tại Kho bạc Nhà nước, đối chiếu với số tiền lệ phí hải quan đã thực nộp có xác nhận của Kho bạc Nhà nước. Trường hợp có chênh lệch giữa báo cáo thu nộp số tiền lệ phí hải quan của tổ chức được ủy nhiệm thu đã nộp vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan với số tiền lệ phí hải quan có xác nhận của Kho bạc Nhà nước thì phải lập biên bản xác định rõ nguyên nhân để qui trách nhiệm cụ thể; Khoản 6 Điểm b) Căn cứ số tiền lệ phí hải quan tổ chức được ủy nhiệm thu đã thu và thanh toán với cơ quan hải quan, giấy nộp tiền vào ngân sách đã phát hành, và xác nhận đã nộp tiền của Kho bạc nhà nước, cơ quan hải quan thực hiện hạch toán kế toán số tiền lệ phí hải quan đã thu và số tiền lệ phí hải quan còn phải thu để có biện pháp quản lý thích hợp. Khoản 7. Thủ tục, trách nhiệm và kinh phí uỷ nhiệm thu lệ phí hải quan: Khoản 7 Điểm a) Việc ủy nhiệm thu lệ phí hải quan được thực hiện thông qua hợp đồng giữa Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan với thủ trưởng của tổ chức được ủy nhiệm thu lệ phí hải quan theo mẫu số 07/UNTH/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này. Khoản 7 Điểm b) Trách nhiệm của tổ chức được ủy nhiệm thu: b.1) Xây dựng cơ sở Hệ thống công nghệ thông tin kết nối với Cổng thanh toán điện tử hải quan để thực hiện hợp đồng ủy nhiệm thu đã ký. Tổ chức được ủy nhiệm thu không được ủy nhiệm lại cho bất cứ bên thứ ba nào thực hiện hợp đồng ủy nhiệm thu đã ký với cơ quan hải quan; b.2) Tiếp nhận thông tin về việc thu lệ phí hải quan từ cơ quan hải quan; tổ chức việc thu và nộp đầy đủ, kịp thời tiền lệ phí hải quan đã thu vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước. Số tiền lệ phí hải quan phải nộp vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước là tổng số tiền đã ghi thu trên các chứng từ thu lệ phí hải quan; b