Thông Tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều tại thông tư số 38/2015/tt-btc ngày 25 tháng 3 năm 2015 của bộ trưởng bộ tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu . Điều 52đ. Quy định về phối hợp, trao đổi thông tin và khi Hệ thống gặp sự cố
Khoản 53 Điểm a) DNCX thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế nội địa để kê khai nộp thuế GTGT cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu theo quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu; Khoản 53 Điểm b) Khi DNCX mua hàng hóa từ doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp nội địa thực xuất hóa đơn GTGT cho DNCX, trên hóa đơn ghi rõ thuế suất thuế GTGT theo quy định của pháp luật; Khoản 53 Điểm c) Khi xuất khẩu, DNCX phát hành hóa đơn như doanh nghiệp nội địa khác có hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài và được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, được hoàn thuế GTGT đầu vào nếu đảm bảo đủ điều kiện quy định về hoàn thuế.” Khoản 54. Điều 78 được sửa đổi, bổ sung như sau: “Điều 78. Xử lý tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chính sách doanh nghiệp chế xuất và ngược lại Khoản 55. Điều 79 được sửa đổi, bổ sung như sau: “Điều 79. Thanh lý hàng hóa của doanh nghiệp chế xuất Khoản 56. Bổ sung điểm c, điểm d khoản 5 Điều 82 như sau: “c) Kho, bãi của thương nhân đã được Bộ Công Thương cấp mã số kinh doanh tạm nhập tái xuất; Khoản 56 Điểm d) Các điểm thông quan, địa điểm kiểm tra hàng hóa xuất khẩu ở biên giới”. Khoản 57. Bổ sung điểm c khoản 1 Điều 83 như sau: “c) Hàng hóa tạm nhập, tái xuất đã làm thủ tục hải quan phải được tập kết đầy đủ tại các địa điểm kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; kho ngoại quan tại khu vực cửa khẩu tạm nhập hoặc cửa khẩu tái xuất và tái xuất qua cửa khẩu trong thời hạn được lưu giữ tại Việt Nam. Trong thời gian chờ tái xuất, hàng hóa phải được lưu giữ tại các địa điểm quy định tại khoản 5 Điều 82 Thông tư này;” Khoản 58. Khoản 3, 4, 5 Điều 86 được sửa đổi, bổ sung như sau: “3. Hồ sơ hải quan Hồ sơ hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại Điều 16 Thông tư này. Trường hợp hàng hóa mua bán giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan thì người khai hải quan sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng theo quy định của Bộ Tài chính thay cho hóa đơn thương mại. Riêng trường hợp cho thuê tài chính đối với doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan thì người khai hải quan không phải nộp hóa đơn thương mại hoặc hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng. Khoản 5 Điểm c) Trách nhiệm của cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu: c.1) Thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu theo quy định tại Chương II Thông tư này; c.2) Theo dõi những tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục hải quan nhưng chưa thực hiện thủ tục nhập khẩu tại chỗ và thông báo cho Chi cục Hải quan nơi dự kiến làm thủ tục nhập khẩu để quản lý, theo dõi, đôn đốc người nhập khẩu tại chỗ thực hiện thủ tục hải quan. c) Thời hạn hàng hóa lưu giữ trong kho ngoại quan được tính từ ngày hàng hóa đưa vào kho ngoại quan (cũ). Khoản 5 Điểm d