Nghị Định 86/2011/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật thanh tra . Chương 7. Điều 71. Trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước trong việc bảo đảm về hoạt động của cơ quan thanh tra nhà nước
 Khoản 1. Căn cứ yêu cầu công tác quản lý của Bộ, ngành, địa phương và chương trình công tác của cơ quan thanh tra cấp trên, Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước chỉ đạo việc xây dựng và phê duyệt chương trình, kế hoạch thanh tra của cơ quan thanh tra thuộc quyền quản lý trực tiếp. Khoản 2. Định kỳ hàng tháng nghe cơ quan thanh tra thuộc thẩm quyền quản lý trực tiếp báo cáo và báo cáo với cơ quan quản lý nhà nước cấp trên về công tác thanh tra; giải quyết kịp thời những vấn đề khó khăn, vướng mắc về công tác thanh tra; xử lý việc trùng lắp trong hoạt động thanh tra, kiểm tra thuộc phạm vi quản lý của mình. Khoản 3. Xử lý kịp thời kết luận thanh tra.