Quyết Định 651/QĐ-BGTVT quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cục hàng không việt nam . Điều 3. Cơ cấu tổ chức
 Khoản 1. Phòng Kế hoạch - Đầu tư. Khoản 2. Phòng Tài chính. Khoản 3. Phòng Tổ chức cán bộ. Khoản 4. Phòng Quản lý cảng hàng không, sân bay. Khoản 5. Phòng Tiêu chuẩn an toàn bay. Khoản 6. Phòng Quản lý hoạt động bay. Khoản 7. Phòng Vận tải hàng không. Khoản 8. Phòng An ninh hàng không. Khoản 9. Phòng Khoa học, Công nghệ và Môi trường. Khoản 10. Phòng Pháp chế - Hợp tác quốc tế. Khoản 11. Văn phòng. Khoản 12. Thanh tra Cục Hàng không Việt Nam. Khoản 13. Cảng vụ hàng không miền Bắc. Khoản 14. Cảng vụ hàng không miền Trung. Khoản 15. Cảng vụ hàng không miền Nam. Khoản 16. Trung tâm Y tế hàng không. Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 11 Điều này là tổ chức giúp Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; tổ chức quy định tại khoản 12 Điều này là cơ quan của Cục, thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành trong phạm vi quản lý nhà nước mà Cục được phân cấp quản lý; các tổ chức quy định từ khoản 13 đến khoản 15 Điều này là tổ chức hành chính tương đương chi cục; tổ chức quy định tại khoản 16 Điều này là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Cục. Bộ trưởng quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các tổ chức quy định tại Điều này theo quy định của pháp luật; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Cảng vụ hàng không, Thanh tra Cục Hàng không Việt Nam và đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Cục theo đề nghị của Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam. Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các tổ chức còn lại thuộc Cục.