Thông Tư Liên Tịch 109/2009/TTLT/BTC-BGDĐT hướng dẫn một số chế độ tài chính đối với học sinh các trường phổ thông dân tộc nội trú và các trường dự bị đại học dân tộc . Điều 3. Công tác quản lý tài chính
 Khoản 1. Công tác lập dự toán: Các trường phổ thông dân tộc nội trú trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, trường phổ thông dân tộc nội trú tỉnh, huyện và các trường dự bị đại học dân tộc lập dự toán chi hàng năm theo Thông tư số 59/2003/TT-BTC ngày 23/6/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 60/2003/NĐ-CP ngày 6/6/2003 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Ngân sách Nhà nước và các quy định hiện hành. Khoản 2. Công tác kế toán và quyết toán: Các trường phổ thông dân tộc nội trú và các trường dự bị đại học dân tộc thực hiện đúng Nghị định số 60/2003/NĐ-CP ngày 6/6/2003 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Ngân sách Nhà nước; đồng thời phải mở sổ kế toán để ghi chép, hạch toán và quyết toán theo đúng quy định của Chế độ kế toán hành chính sự nghiệp ban hành tại Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và các quy định hiện hành. Khoản 3. Công tác kiểm tra, thanh tra tài chính: Các trường thực hiện chế độ tài chính công khai, thường xuyên tổ chức tự kiểm tra sổ sách kế toán và việc sử dụng kinh phí trong trường. Cơ quan quản lý giáo dục cấp trên của trường phối hợp với cơ quan Tài chính cùng cấp tổ chức kiểm tra định kỳ và duyệt quyết toán của trường theo các quy định hiện hành.