Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương VII Điều 104. Đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được miễn thuế
Khoản 10. Trường hợp sau khi cơ quan hải quan đã xác nhận đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi nhưng phát hiện việc kê khai trên Danh mục có sai sót (số lượng hàng hóa vượt quá quy mô thực tế của dự án; chủng loại hàng hóa không phù hợp với mục tiêu, mục đích sử dụng của hàng hóa,…) thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục có trách nhiệm: Khoản 10 Điểm a) Thông báo cho người đăng ký Danh mục để điều chỉnh Danh mục theo đúng quy định; Khoản 10 Điểm b) Thực hiện kiểm tra việc điều chỉnh và cập nhật kết quả xử lý vào Danh mục đã đăng ký theo mục tiêu, quy mô thực tế của dự án; Khoản 10 Điểm c) Thực hiện thu thuế đối với lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế vượt số lượng, chủng loại so với Danh mục mới sau điều chỉnh. Khoản 11. Trường hợp các dự án đầu tư bị cơ quan có thẩm quyền thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư: Khoản 11 Điểm a) Cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế có trách nhiệm: a.1) Xóa Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được miễn thuế khỏi hệ thống sau khi rà soát, kiểm tra, sao lưu ra bên ngoài hệ thống theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan. Trường hợp đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế bằng giấy thì thu hồi Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế đã cấp; a.2) Thông báo với các cơ quan hải quan trên toàn quốc dừng làm thủ tục miễn thuế theo Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế đã được cấp. Khoản 11 Điểm b) Các cơ quan hải quan nơi đã thực hiện miễn thuế cho dự án theo Danh mục đã bị thu hồi thực hiện thu thuế đối với hàng hóa đã miễn thuế theo quy định. Khoản 12. Trường hợp đăng ký danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế bản giấy, tổ chức, cá nhân mất Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi thì trên cơ sở đề nghị của tổ chức, cá nhân và xác nhận của các Cục Hải quan địa phương khác về việc tổ chức, cá nhân đã mất Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi, cơ quan hải quan nơi tổ chức, cá nhân đăng ký Danh mục miễn thuế kiểm tra cụ thể và cấp lại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế, Phiếu theo dõi trừ lùi cho số hàng hóa chưa xuất khẩu, nhập khẩu của dự án. Việc kiểm tra và cấp lại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế, Phiếu theo dõi trừ lùi thực hiện như sau: Khoản 12 Điểm a) Hồ sơ đề nghị cấp lại: a.1) Công văn đề nghị cấp lại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi của doanh nghiệp, trong đó nêu rõ lý do mất Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi; a.2) Bản Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi của cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu lô hàng cuối cùng trước khi thất lạc (01 bản phô tô có xác nhận của cơ quan hải quan nơi nhập khẩu). b.2) Trường hợp mất Phiếu theo dõ