Quyết Định 391/QĐ-TTg ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của trường đại học việt nhật . Kèm theo Chương II Điều 5. Cơ cấu tổ chức của Trường
 Khoản 1. Hội đồng trường. Khoản 2. Ban giám hiệu. Khoản 3. Hội đồng khoa học và đào tạo, các hội đồng tư vấn khác. Khoản 4. Các phòng chức năng. Khoản 5. Các khoa, viện; trung tâm, nghiên cứu khoa học và công nghệ; phân hiệu, văn phòng đại diện ở trong và ngoài nước (nếu có); tổ chức phục vụ đào tạo, nghiên cứu khoa học, triển khai ứng dụng và cung cấp dịch vụ; công viên khoa học công nghệ và tạp chí khoa học (sau đây gọi chung là đơn vị trực thuộc). Khoản 6. Các tổ chức chính trị xã hội, đoàn thể.