Thông Tư 189/2016/TT-BTC quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong hoạt động chuyên ngành hàng hải . Điều 7. Quản lý và sử dụng phí
 Khoản 1. Tổ chức thu phí được để lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí và nộp 10% vào ngân sách nhà nước; trừ trường hợp quy định tại khoản 2 Điều này. Tiền phí được để lại được quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí. Khoản 2. Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước không thuộc diện được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí thì phải nộp 100% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp Luật.