Quyết Định 391/QĐ-TTg ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của trường đại học việt nhật . Kèm theo Chương II Điều 6. Hội đồng trường
 Khoản 1. Nhiệm vụ và quyền hạn của Hội đồng trường: Khoản 1 Điểm a) Thông qua chiến lược phát triển và kế hoạch hoạt động trung hạn của Trường để trình Đại học Quốc gia Hà Nội phê duyệt; Khoản 1 Điểm b) Huy động nguồn lực tài chính từ khu vực tư nhân ở trong và ngoài nước phục vụ xây dựng và phát triển Trường; Khoản 1 Điểm c) Giám sát việc sử dụng các nguồn lực dành cho Trường; việc triển khai thực hiện các quy chế, quy định quản lý nội bộ quan trọng của Trường; các đề án thành lập, sáp nhập, chia, tách, giải thể các đơn vị trực thuộc Trường; Khoản 1 Điểm d) Thông qua quy định về tiêu chuẩn, nhiệm vụ, quyền hạn và quyền lợi của Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng bảo đảm phù hợp với quy định hiện hành của Điều lệ trường đại học và của Đại học Quốc gia Hà Nội; Khoản 1 Điểm đ) Thực hiện việc đánh giá hằng năm kết quả hoàn thành nhiệm vụ của Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng; kiến nghị Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội bổ nhiệm Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng. Khoản 2. Các thành viên của Hội đồng trường do Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội bổ nhiệm theo đề nghị của hai bên (Đại học Quốc gia Hà Nội và đại diện phía Nhật Bản); có thể được bổ nhiệm lại. Hội đồng trường gồm 20 thành viên (trong đó có 01 Chủ tịch, không quá 02 Phó Chủ tịch và 01 Thư ký). Hội đồng trường gồm 10 đại diện của phía Việt Nam và 10 đại diện của phía Nhật Bản do mỗi bên giới thiệu theo các thành phần là nhà khoa học, nhà quản lý và doanh nhân có uy tín. Quyền lợi của thành viên Hội đồng trường được quy định trong Quy chế chi tiêu nội bộ của Trường. Khoản 3. Chủ tịch Hội đồng trường là người Việt Nam; Phó Chủ tịch, Thư ký và thành viên Hội đồng trường có thể là người không mang quốc tịch Việt Nam. Chủ tịch và Thư ký Hội đồng trường không kiêm nhiệm chức vụ Hiệu trưởng hoặc Phó Hiệu trưởng của Trường. Chủ tịch Hội đồng trường được sử dụng con dấu của Trường. Khoản 4. Nhiệm kỳ của Hội đồng trường là 05 năm và theo nhiệm kỳ của Hiệu trưởng. Quy định về tổ chức và hoạt động của Hội đồng trường do Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội phê duyệt. Khoản 5. Ban kiểm soát: Khoản 5 Điểm a) Ban kiểm soát do Chủ tịch Hội đồng trường thành lập, có từ 03 đến 05 thành viên, trong đó Trưởng ban là thành viên Hội đồng trường. Quyền lợi của thành viên Ban kiểm soát được quy định trong Quy chế chi tiêu nội bộ của Trường; Khoản 5 Điểm b) Ban kiểm soát có nhiệm vụ tham mưu, giúp việc Chủ tịch Hội đồng trường giám sát hoạt động của các thành viên Hội đồng trường và Ban giám hiệu trong thực thi nhiệm vụ, quyền hạn được giao. Quy chế làm việc của Ban kiểm soát do Chủ tịch Hội đồng trường ban hành.