Thông Tư 33/2014/TT-BNNPTNT quy định trình tự, thủ tục kiểm dịch thực vật nhập khẩu, xuất khẩu, quá cảnh và sau nhập khẩu vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật . Điều 7. Trình tự thủ tục kiểm dịch thực vật nhập khẩu
 Khoản 1. Đăng ký kiểm dịch thực vật Chủ vật thể nộp trực tiếp 01 bộ hồ sơ đăng ký kiểm dịch thực vật nhập khẩu tại cơ quan kiểm dịch thực vật. Khoản 2. Tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ Cơ quan kiểm dịch thực vật có trách nhiệm tiếp nhận và kiểm tra ngay tính hợp lệ của hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ không hợp lệ thì yêu cầu chủ vật thể bổ sung, hoàn thiện hồ sơ; Khoản 3. Kiểm tra vật thể Căn cứ kết quả kiểm tra hồ sơ, cơ quan kiểm dịch thực vật quyết định địa điểm và bố trí công chức kiểm tra ngay lô vật thể theo trình tự sau đây: Khoản 3 Điểm a) Kiểm tra sơ bộ Kiểm tra bên ngoài lô vật thể, bao bì đóng gói, phương tiện chuyên chở; khe, kẽ và những nơi sinh vật gây hại có thể ẩn nấp; thu thập côn trùng bay, bò hoặc bám bên ngoài lô vật thể. Khoản 3 Điểm b) Kiểm tra chi tiết Kiểm tra bên trong và lấy mẫu lô hàng theo quy định tại QCVN 01-141:2013/BNNPTNT Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về phương pháp lấy mẫu kiểm dịch thực vật; thu thập các vật thể mang triệu chứng gây hại và sinh vật gây hại; phân tích giám định mẫu vật thể, sinh vật gây hại đã thu thập được. Khoản 4. Cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật Khoản 4 Điểm a) Cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa (theo mẫu quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này) trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch đối với lô vật thể không bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật hoặc đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ. Trường hợp kéo dài hơn 24 giờ do yêu cầu về chuyên môn kỹ thuật hoặc trường hợp không cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật thì cơ quan kiểm dịch thực vật phải thông báo hoặc trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do cho chủ vật thể thuộc diện kiểm dịch biết. Khoản 4 Điểm b) Trường hợp phát hiện lô vật thể bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ, cơ quan kiểm dịch thực vật quyết định áp dụng các biện pháp xử lý kiểm dịch thực vật phù hợp theo quy định. Khoản 4 Điểm c) Trường hợp lô vật thể được vận chuyển bằng tàu biển có chiều cao khoang chứa hàng từ 3m trở lên, phải chia thành nhiều lớp để kiểm tra thì sau khi kiểm tra mỗi lớp, căn cứ vào kết quả kiểm tra, cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy tạm cấp kết quả kiểm dịch thực vật cho khối lượng vật thể đã kiểm tra (theo mẫu quy định tại Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này). Sau khi có Giấy tạm cấp kết quả, lô hàng được phép vận chuyển về kho bảo quản và chỉ được đưa ra sản xuất, kinh doanh sau khi được cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa. Căn cứ kết quả kiểm tra toàn bộ lô vật thể, cơ quan kiểm dịch thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa cho lô vật thể.