Thông Tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành luật thuế giá trị gia tăng và nghị định số 209/2013/nđ-cp ngày 18/12/2013 của chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều luật thuế giá trị gia tăng . Điều 16. Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
chủ doanh nghiệp tư nhân mở tại tổ chức tín dụng ở Việt Nam và được quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng-nếu có) thì được xác định là thanh toán qua ngân hàng. Cơ quan thuế khi kiểm tra việc khấu trừ, hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu thanh toán qua tài khoản vãng lai, cần phối hợp với tổ chức tín dụng nơi người mua phía nước ngoài mở tài khoản để đảm bảo việc thanh toán, chuyển tiền thực hiện đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật. b.8) Trường hợp phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng nhưng số tiền thanh toán trên chứng từ không phù hợp với số tiền phải thanh toán như đã thỏa thuận trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thì: - Nếu số tiền thanh toán trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng có trị giá nhỏ hơn số tiền phải thanh toán như đã thỏa thuận trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh phải giải trình rõ lý do như: phí chuyển tiền của ngân hàng, điều chỉnh giảm giá do hàng kém chất lượng hoặc thiếu hụt (đối với trường hợp này phải có văn bản thỏa thuận giảm giá giữa bên mua và bán)…; - Nếu số tiền thanh toán trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng có trị giá lớn hơn số tiền phải thanh toán như đã thỏa thuận trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh phải giải trình rõ lý do như: thanh toán một lần cho nhiều hợp đồng, ứng trước tiền hàng… Cơ sở kinh doanh phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về các lý do giải trình với cơ quan thuế và các văn bản điều chỉnh (nếu có). b.9) Trường hợp phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng nhưng chứng từ thanh toán qua ngân hàng không đúng tên ngân hàng phải thanh toán đã thỏa thuận trong hợp đồng, nếu nội dung chứng từ thể hiện rõ tên người thanh toán, tên người thụ hưởng, số hợp đồng xuất khẩu, giá trị thanh toán phù hợp với hợp đồng xuất khẩu đã được ký kết thì được chấp nhận là chứng từ thanh toán hợp lệ. b.10) Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ cho bên nước ngoài (bên thứ hai), đồng thời nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ với bên nước ngoài khác hoặc mua hàng với tổ chức, cá nhân ở Việt Nam (bên thứ ba); nếu cơ sở kinh doanh có thỏa thuận với bên thứ hai và bên thứ ba về việc bên thứ hai thực hiện thanh toán qua ngân hàng cho bên thứ ba số tiền mà cơ sở kinh doanh còn phải thanh toán cho bên thứ ba thì việc bù trừ thanh toán giữa các bên phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu, hợp đồng nhập khẩu hoặc hợp đồng mua hàng (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng - nếu có) và cơ sở kinh doanh phải xuất trình bản đối chiếu công nợ có xác nhận của các bên liên quan (giữa cơ sở kinh doanh với bên thứ hai, giữa cơ sở kinh doanh với bên thứ ba). b.11) Trường hợp hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài nhưng vì lý do khách quan phía nước ngoài từ chối không nhận hàng và cơ sở kinh doanh tìm được khách hàng mới cùng quốc gia với khách hàng ký kết hợp đồng mua bán ban đầu để bán lô hàng trên thì hồ sơ hoàn thuế gồm toàn bộ hồ sơ xuất khẩu liên quan đến hợp