Thông Tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành luật thuế giá trị gia tăng và nghị định số 209/2013/nđ-cp ngày 18/12/2013 của chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều luật thuế giá trị gia tăng . Điều 12. Phương pháp khấu trừ thuế
vào được khấu trừ được xác định theo nguyên tắc, điều kiện khấu trừ thuế GTGT quy định tại Điều 14, Điều 15, Điều 16 và Điều 17 Thông tư này. Ví dụ 55: Trong kỳ, Công ty A thanh toán dịch vụ đầu vào được tính khấu trừ là loại đặc thù: Tổng giá thanh toán 110 triệu đồng (giá có thuế GTGT), dịch vụ này chịu thuế là 10%, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tính như sau: 110 triệu x 10% = 10 triệu đồng 1 + 10% Giá chưa có thuế là 100 triệu đồng, thuế GTGT là 10 triệu đồng. Trường hợp hóa đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà các cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau: Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hóa, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua vào cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT. Trường hợp xác định được bên bán đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hóa đơn thì được khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn nhưng phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý người bán; Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn thấp hơn thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn. Đối với cơ sở kinh doanh bán hàng hóa, dịch vụ: Trường hợp cơ sở kinh doanh khi nhập khẩu hàng hóa đã khai, nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, khi bán cho người tiêu dùng đã lập hóa đơn ghi thuế suất thuế GTGT trên hóa đơn GTGT bán ra đúng bằng với mức thuế suất thuế GTGT đã khai, nộp thuế ở khâu nhập khẩu nhưng mức thuế suất thuế GTGT đã khai (ở khâu nhập khẩu và khâu bán ra nội địa) thấp hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT và cơ sở kinh doanh không thể thu thêm được tiền của khách hàng thì số tiền đã thu của khách hàng theo hóa đơn GTGT được xác định là giá đã có thuế GTGT theo thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT để làm cơ sở xác định đúng số thuế GTGT phải nộp và xác định doanh thu tính thuế TNDN. Ví dụ 56: Trong tháng 3 năm 2014, cơ sở kinh doanh A (là đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ) nhập khẩu sản phẩm có tên “CHAIR MM” và đã khai, nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu với mức thuế suất là 5%. Tháng 5/2014, cơ sở kinh doanh A bán 01 sản phẩm “CHAIR MM” cho khách hàng B, giá chưa có thuế GTGT là 100 triệu đồng. Do khi nhập khẩu đã áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% nên cơ sở kinh doanh A lập hóa đơn GTGT giao cho khách hàng B ghi: giá tính thuế là 100 triệu đồng; thuế suất thuế GTGT là 5% và thuế GTGT là 5 triệu đồng, tổng giá thanh toán có thuế GTGT là 105 triệu đồng. Khách hàng B đã thanh toán đủ 105 triệu đồng. Năm 2015, cơ quan thuế kiểm tra phát hiện cơ sở kinh doanh A áp dụng sai thuế suất thuế GTGT đối với sản phẩm “CHAIR MM