Quyết Định 04/2021/QĐ-TTg ban hành điều lệ tổ chức và hoạt động của quỹ đổi mới công nghệ quốc gia . Kèm theo Chương VII Điều 45. Trách nhiệm của Bộ Khoa học và Công nghệ
 Khoản 1. Thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước đối với Quỹ. Chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành có liên quan hoàn thiện, sửa đổi, bổ sung văn bản pháp lý về tổ chức và hoạt động của Quỹ trình các cơ quan có thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền. Khoản 2. Ban hành hướng dẫn quản lý các hoạt động hỗ trợ tài chính của Quỹ; quy định, hướng dẫn đánh giá kết quả hoạt động và xếp loại Quỹ theo quy định tại Điều lệ này. Khoản 3. Giao các nhiệm vụ và bố trí kinh phí cho Quỹ để hỗ trợ vốn cho doanh nghiệp, tổ chức và cá nhân thực hiện các chương trình, nhiệm vụ thông qua dự toán ngân sách hằng năm của Bộ Khoa học và Công nghệ. Khoản 4. Chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan chỉ đạo thực hiện các nội dung, quy định liên quan đến tổ chức và hoạt động của Quỹ. Khoản 5. Quản lý, tổ chức, theo dõi, kiểm tra, giám sát, đánh giá toàn diện các hoạt động của Quỹ theo quy định của pháp luật, các văn bản hướng dẫn và Điều lệ này. Khoản 6. Bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức danh Hội đồng Quản lý Quỹ, Kiểm soát viên, Giám đốc Quỹ, Phó Giám đốc Quỹ và Kế toán trưởng. Khoản 7. Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác của đại diện chủ sở hữu nhà nước đối với Quỹ theo quy định tại Điều lệ này và các văn bản pháp luật khác có liên quan.