Nghị Định 08/2015/NĐ-CP quy định chi tiết và biện pháp thi hành luật hải quan về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan . Chương V Mục 3 Điều 94. Kiểm tra, giám sát kho bảo thuế
 Khoản 1. Định kỳ 01 năm 01 lần, cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra việc tổ chức quản lý kho bảo thuế của doanh nghiệp. Nội dung kiểm tra: Khoản 1 Điểm a) Kiểm tra việc thực hiện quy định tại Khoản 1 Điều 92 Nghị định này; Khoản 1 Điểm b) Kiểm tra thực tế lượng hàng tồn kho, đối chiếu số liệu tồn kho thực tế với tồn kho trên hệ thống sổ kế toán, chứng từ theo dõi kho bảo thuế, báo cáo tình hình sử dụng nguyên vật liệu của doanh nghiệp. Khoản 2. Xử lý kết quả kiểm tra: Khoản 2 Điểm a) Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện quy định tại Khoản 1 Điều 92 Nghị định này hoặc hàng hóa chứa trong kho bảo thuế là hàng hóa không nhằm mục đích phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu thì xử lý theo quy định của pháp luật; Khoản 2 Điểm b) Trường hợp doanh nghiệp không chấp hành đúng chế độ kế toán, chứng từ theo dõi việc xuất khẩu, nhập khẩu; xuất kho, nhập kho thì tùy theo mức độ vi phạm bị xử lý theo quy định của pháp luật; Khoản 2 Điểm c) Trường hợp qua kiểm tra phát hiện lượng hàng hóa tồn kho thực tế không đúng lượng hàng hóa tồn kho trên hệ thống sổ kế toán, chứng từ theo dõi kho bảo thuế, báo cáo tình hình sử dụng nguyên vật liệu của doanh nghiệp thì tùy theo mức độ vi phạm xử lý theo quy định của pháp luật. Khoản 3. Kiểm tra đột xuất nguyên liệu, vật tư tồn kho: Trong quá trình theo dõi tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư gửi kho bảo thuế, cơ quan Hải quan phát hiện doanh nghiệp nhập nhiều nguyên liệu, vật tư được bảo thuế nhưng số lượng sản phẩm xuất ít hơn kế hoạch đã đăng ký hoặc có đầy đủ thông tin doanh nghiệp tiêu thụ nguyên liệu, vật tư được bảo thuế vào nội địa thì tiến hành kiểm tra số lượng nguyên liệu, vật tư còn tồn kho để xác định hành vi vi phạm của doanh nghiệp và xử lý theo quy định của pháp luật. Khoản 4. Doanh nghiệp có kho bảo thuế chịu trách nhiệm tổ chức việc quản lý kho bảo thuế; phối hợp chặt chẽ với cơ quan hải quan trong việc thực hiện chế độ kiểm tra, giám sát kho bảo thuế.