Nghị Định 31/2016/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật . Chương III Điều 21. Vi phạm quy định về kiểm dịch thực vật nội địa
 Khoản 1. Phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi vi phạm không có Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa do cơ quan chuyên ngành bảo vệ và kiểm dịch thực vật cấp đối với vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật vận chuyển từ vùng công bố dịch là đối tượng kiểm dịch thực vật ra vùng khác. Khoản 2. Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 2.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm sau đây: Khoản 2 Điểm a) Vận chuyển, bốc dỡ vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát, sinh vật gây hại lạ không đúng địa Điểm quy định trong Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa; Khoản 2 Điểm b) Đưa vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật tới những nơi không quy định trong Giấy phép kiểm dịch thực vật nhập khẩu. Khoản 3. Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm sau đây: Khoản 3 Điểm a) Đưa đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát, sinh vật gây hại lạ ra các vùng trong lãnh thổ Việt Nam; Khoản 3 Điểm b) Vận chuyển, lưu thông vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật đã có kết luận bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát hoặc sinh vật gây hại lạ mà không thực hiện đúng quy định của cơ quan chuyên ngành bảo vệ và kiểm dịch thực vật có thẩm quyền; Khoản 3 Điểm c) Không chấp hành các biện pháp khoanh vùng, bao vây, tiêu diệt ổ dịch, đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát hoặc sinh vật gây hại lạ theo quyết định của cơ quan chuyên ngành bảo vệ và kiểm dịch thực vật có thẩm quyền. Khoản 4. Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với hành vi vi phạm không chấp hành các biện pháp xử lý đối với vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật, đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ. Khoản 5. Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi không chấp hành quy định, quyết định của cơ quan chuyên ngành bảo vệ và kiểm dịch thực vật đối với việc xử lý đối tượng kiểm dịch thực vật. Khoản 6. Biện pháp khắc phục hậu quả Khoản 6 Điểm a) Buộc thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng lây lan đối tượng kiểm dịch thực vật đối với hành vi vi phạm quy định tại Khoản 2, 3 và 5 Điều này; Khoản 6 Điểm b) Buộc tiêu hủy vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật đối với hành vi vi phạm quy định tại Khoản 4, 5 Điều này.