Thông Tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều tại thông tư số 38/2015/tt-btc ngày 25 tháng 3 năm 2015 của bộ trưởng bộ tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu . Điều 52đ. Quy định về phối hợp, trao đổi thông tin và khi Hệ thống gặp sự cố
người nộp thuế được thực hiện theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 20 tháng 11 năm 2012, cụ thể như sau: b.1) Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày thông báo cho người nộp thuế về việc kiểm tra trước khi hoàn thuế theo mẫu số 21/TBKT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này, cơ quan hải quan phải ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo mẫu số 22/QĐKT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này và gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày ký. Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày gửi quyết định, cơ quan hải quan phải tiến hành kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế. Thời gian kiểm tra không quá 05 (năm) ngày làm việc. Trước khi tiến hành kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra phải công bố quyết định kiểm tra, lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra theo mẫu số 23/BBCB/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này với đại diện có thẩm quyền của người nộp thuế; b.2) Nội dung kiểm tra được tiến hành tuần tự theo các bước sau đây và dừng lại khi có đủ các căn cứ để xác định chính xác số tiền thuế người nộp thuế được hoàn: b.2.1) Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, chứng từ, sổ sách kế toán, chứng từ thanh toán, phiếu xuất kho, nhập kho; đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn với số tiền thuế đã thu trên hệ thống kế toán tập trung của cơ quan hải quan, thông tin trong hồ sơ hoàn thuế với các thông tin trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan liên quan đến tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu có số tiền thuế người nộp thuế đề nghị hoàn: b.2.1.1) Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP thì thực hiện kiểm tra nội dung kê khai của người nộp thuế về tỷ lệ khấu hao, cách tính tỷ lệ khấu hao trên sổ sách chứng từ kế toán, phân bổ giá trị hàng hóa trong thời gian sử dụng và lưu tại Việt Nam; b.2.1.2) Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP nếu kiểm tra lần đầu hoặc chưa có kết luận kiểm tra cơ sở sản xuất phải kiểm tra cơ sở sản xuất, quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất. Kiểm tra sự phù hợp giữa định mức sử dụng thực tế sản xuất ghi trên báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo mẫu số 10 Phụ lục VII ban hành kèm theo Nghị định số 134/2016/NĐ-CP với sổ sách, chứng từ kế toán của người nộp thuế và tài liệu kỹ thuật; b.2.1.3) Trường hợp hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất; hàng hóa xuất khẩu phải tái nhập; hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt; hàng hóa nhập khẩu phải có giấy phép, hàng hóa nhập khẩu phải đảm bảo các quy định về kiểm dịch, vệ sinh anh toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng hàng hóa, cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, chứng từ, sổ sách kế toán, chứng từ thanh toán; đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn với số tiền thuế đã thu trên Hệ thống kế toán