Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương II Mục 3 Điều 26. Kiểm tra, xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu
Khoản 2 Điểm d) Trường hợp người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ cấp cho cả lô hàng nhưng chỉ nhập khẩu một phần của lô hàng thì cơ quan hải quan chấp nhận chứng từ chứng nhận xuất xứ đó đối với phần hàng hoá thực nhập; Khoản 2 Điểm đ) Trường hợp số lượng hoặc trọng lượng thực tế hàng nhập khẩu vượt quá số lượng hoặc trọng lượng hàng ghi trên chứng từ chứng nhận xuất xứ thì lượng hàng hóa vượt quá không được hưởng ưu đãi theo các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên; Khoản 2 Điểm e) Người khai hải quan không được tự ý sửa chữa các nội dung trên C/O, trừ trường hợp việc sửa chữa do chính cơ quan, tổ chức có thẩm quyền cấp thực hiện theo quy định của pháp luật; Khoản 2 Điểm g) Trường hợp nội dung thông tin trên chứng từ chứng nhận xuất xứ không phù hợp với bộ hồ sơ hải quan và các quy định về kiểm tra xuất xứ hàng nhập khẩu hoặc chữ ký, dấu trên chứng từ chứng nhận xuất xứ không phù hợp với mẫu chữ ký, mẫu dấu lưu tại cơ quan hải quan, trừ các trường hợp quy định tại điểm c khoản này, cơ quan hải quan yêu cầu người khai hải quan giải trình, cung cấp thêm tài liệu để chứng minh xuất xứ hàng hoá. Nếu nội dung giải trình và tài liệu cung cấp phù hợp thì chấp nhận chứng từ chứng nhận xuất xứ. Trường hợp cơ quan hải quan đủ cơ sở để xác định chứng từ chứng nhận xuất xứ không phù hợp thì đình chỉ việc áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt và tính thuế theo mức thuế suất MFN hoặc thuế suất thông thường. Khi làm thủ tục hải quan, nếu có nghi vấn về tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ nhưng chưa đủ cơ sở để từ chối thì cơ quan hải quan tạm tính thuế theo mức thuế suất MFN hoặc thuế suất thông thường và tiến hành xác minh theo quy định tại khoản 3 Điều này. Trong quá trình kiểm tra sau thông quan, thanh tra, nếu có nghi vấn về tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ nhưng chưa đủ cơ sở để từ chối thì cơ quan hải quan tiến hành xác minh và căn cứ vào kết quả xác minh để quyết định việc áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt. Khoản 3. Xác minh xuất xứ hàng hóa nhập khẩu Khoản 3 Điểm a) Tổng cục Hải quan thực hiện việc xác minh xuất xứ hàng hóa nhập khẩu với cơ quan có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa; tổ chức, cá nhân tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa hoặc tại cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu; Khoản 3 Điểm b) Thời hạn xác minh Việc xác minh phải được hoàn thành trong thời gian sớm nhất nhưng không quá 150 ngày kể từ thời điểm người khai hải quan nộp bộ hồ sơ hải quan hoặc kể từ thời điểm cơ quan thực hiện việc xác minh đối với các nghi vấn phát hiện trong quá trình kiểm tra sau thông quan, thanh tra, trừ trường hợp các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên có quy định khác về thời hạn