Quyết Định 04/2021/QĐ-TTg ban hành điều lệ tổ chức và hoạt động của quỹ đổi mới công nghệ quốc gia . Kèm theo Chương II Điều 10. Quan hệ giữa Hội đồng Quản lý Quỹ, Kiểm soát viên và Giám đốc trong quản lý, điều hành Quỹ
 Khoản 1. Trong quá trình tổ chức thực hiện các nghị quyết, quyết định của Hội đồng Quản lý Quỹ, nếu thấy có vấn đề không có lợi cho Quỹ thì Giám đốc Quỹ báo cáo với Hội đồng Quản lý Quỹ để xem xét điều chỉnh lại nghị quyết, quyết định. Trường hợp Hội đồng Quản lý Quỹ không điều chỉnh lại nghị quyết, quyết định thì Giám đốc Quỹ vẫn phải thực hiện nhưng phải có trách nhiệm báo cáo Bộ Khoa học và Công nghệ để xem xét, giải quyết theo thẩm quyền. Khoản 2. Giám đốc Quỹ có trách nhiệm báo cáo định kỳ với Hội đồng Quản lý Quỹ về tình hình hoạt động của Quỹ. Trường hợp cần thiết, Chủ tịch Hội đồng Quản lý Quỹ yêu cầu Giám đốc Quỹ trực tiếp báo cáo với Hội đồng Quản lý Quỹ hoặc cử đại diện của Hội đồng Quản lý Quỹ tham dự các cuộc họp của Quỹ. Khoản 3. Hội đồng Quản lý Quỹ phân cấp cho Giám đốc Quỹ thực hiện nhiệm vụ của Quỹ và chịu trách nhiệm về việc phân cấp. Giám đốc Quỹ chịu trách nhiệm trước Hội đồng Quản lý Quỹ và trước pháp luật về công việc được phân cấp. Khoản 4. Mối quan hệ giữa Kiểm soát viên với Bộ Khoa học và Công nghệ, Hội đồng Quản lý Quỹ và Giám đốc Quỹ theo quy chế hoạt động của Kiểm soát viên, quy chế hoạt động của Hội đồng Quản lý Quỹ và quy định của pháp luật.