Quyết Định 3240/QĐ-BNN-TCCB quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của ban quản lý các dự án lâm nghiệp . Điều 3. Cơ cấu tổ chức
 Khoản 1. Lãnh đạo Ban quản lý các dự án Lâm nghiệp có Trưởng ban và các Phó Trưởng ban do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định. Trưởng ban lãnh đạo, chỉ đạo, quản lý, điều hành mọi hoạt động của Ban, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về hoạt động của Ban theo nhiệm vụ được giao. Phó Trưởng ban giúp Trưởng ban theo dõi, chỉ đạo, thực hiện một số lĩnh vực công tác theo phân công của Trưởng ban và chịu trách nhiệm trước Trưởng ban, trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Khoản 2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Khoản 2 Điểm a) Phòng Tổ chức, Hành chính; Khoản 2 Điểm b) Phòng Kế hoạch, Kỹ thuật; Khoản 2 Điểm c) Phòng Tài chính, Kế toán; Khoản 2 Điểm d) Phòng Quản lý Tư vấn và Xây dựng chương trình, dự án. Các Phòng có Trưởng phòng, Phó Trưởng phòng, các viên chức và các tổ công tác chuyên môn, nghiệp vụ do Trưởng ban Ban quyết định bổ nhiệm, tuyển dụng theo quy định của pháp luật và hướng dẫn của Bộ. Khoản 3. Ban quản lý chương trình, dự án trực thuộc: Khoản 3 Điểm a) Cơ cấu tổ chức của Ban quản lý từng chương trình, dự án gồm có Giám đốc, Phó Giám đốc (nếu có), Kế toán và các cán bộ chương trình, dự án. Giám đốc Ban quản lý chương trình, dự án (sau đây gọi chung là Giám đốc dự án) do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm và giao nhiệm vụ theo đề nghị của Trưởng ban Ban Quản lý các dự án Lâm nghiệp. Giám đốc dự án giúp việc cho Trưởng ban, chịu trách nhiệm trước Trưởng ban và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công; được ký một số văn bản và sử dụng con dấu của Ban quản lý các dự án Lâm nghiệp trong giao dịch liên quan đến chương trình, dự án theo ủy quyền của Trưởng ban. Các chức danh khác của Ban quản lý chương trình, dự án được điều động, biệt phái từ các Phòng chuyên môn nghiệp vụ, do Trưởng ban Ban quản lý các dự án Lâm nghiệp bổ nhiệm và bổ sung cán bộ hợp đồng mới theo quy định để đáp ứng yêu cầu tiến độ từng chương trình, dự án theo đề nghị của Giám đốc dự án. Mỗi chức danh, vị trí công tác phải có bản mô tả công việc do Giám đốc dự án xây dựng và công bố công khai trong Ban quản lý chương trình, dự án, chủ dự án. Khoản 3 Điểm b) Nhiệm vụ của Ban quản lý chương trình, dự án: Thực hiện nhiệm vụ, trách nhiệm quy định tại Thông tư 03/2007/TT-BKH ngày 12/3/2007 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn về chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Ban quản lý chương trình, dự án ODA; khoản 1 Điều 35 và các quy định có liên quan tại Nghị định số 131/2006/NĐ-CP ngày 09/11/2006 của Chính phủ ban hành Quy chế quản lý và sử dụng nguồn phát triển hỗ trợ chính thức và các nhiệm vụ khác do Giám đốc Ban quản lý các dự án Lâm nghiệp giao.