Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương III Điều 60. Báo cáo quyết toán
Khoản 3 Điểm c) Lập và lưu trữ sổ chi tiết sản phẩm xuất kho để xuất khẩu theo các quy định của Bộ Tài chính về chế độ kế toán, kiểm toán, trong đó xác định rõ xuất khẩu theo số hợp đồng, đơn hàng; Khoản 3 Điểm d) Lập và lưu trữ chứng từ liên quan đến việc xử lý phế liệu, phế phẩm; Khoản 3 Điểm đ) Xuất trình toàn bộ hồ sơ, chứng từ kế toán liên quan đến nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu và sản phẩm xuất khẩu khi cơ quan hải quan kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp. Khoản 5. Trách nhiệm của cơ quan hải quan Khoản 5 Điểm a) Tiếp nhận báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu do người khai hải quan nộp; Khoản 5 Điểm b) Kiểm tra báo cáo quyết toán: b.1) Các trường hợp kiểm tra báo cáo quyết toán: b.1.1) Báo cáo quyết toán của tổ chức, cá nhân nộp lần đầu; b.1.2) Báo cáo quyết toán có sự chênh lệch bất thường về số liệu so với Hệ thống của cơ quan hải quan; b.1.3) Kiểm tra sau khi ra quyết định hoàn thuế, không thu thuế tại trụ sở người nộp thuế; b.1.4) Kiểm tra báo cáo quyết toán trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro, đánh giá tuân thủ pháp luật của tổ chức, cá nhân. Đối với doanh nghiệp ưu tiên, việc kiểm tra báo cáo quyết toán thực hiện theo quy định của Bộ Tài chính về hướng dẫn áp dụng chế độ ưu tiên trong việc thực hiện thủ tục xuất khẩu nhập khẩu hàng hóa đối với doanh nghiệp. b.2) Trường hợp tại thời điểm kiểm tra báo cáo quyết toán phát sinh việc kiểm tra trước khi ra quyết định hoàn thuế, không thu thuế tại trụ sở người nộp thuế, Cục trưởng Cục Hải quan quyết định kiểm tra báo cáo quyết toán kết hợp kiểm tra hoàn thuế, không thu thuế; b.3) Thẩm quyền, trình tự, thủ tục và xử lý kết quả kiểm tra thực hiện theo thẩm quyền, trình tự, thủ tục kiểm tra tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị tại trụ sở người khai hải quan quy định tại khoản 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 Điều 59 Thông tư này. Trường hợp kiểm tra báo cáo quyết toán kết hợp việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu tại trụ sở người khai hải quan, ngoài trình tự, thủ tục kiểm tra theo quy định tại Điều 59 Thông tư này, cơ quan hải quan phải thực hiện kiểm tra và kết luận về tính chính xác, trung thực của hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế và việc đáp ứng các điều kiện quy định về các trường hợp được hoàn thuế, không thu thuế của tổ chức, cá nhân