Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương VII Mục 4 Điều 132. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
Khoản 1. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ tài khoản tiền gửi (trước đây là tài khoản tạm thu), cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên hệ thống kế toán tập trung và xử lý theo trình tự như sau: Khoản 1 Điểm a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định; Khoản 1 Điểm b) Trường hợp người nộp thuế phải nộp tờ khai hải quan giấy trong hồ sơ hoàn thuế, khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của..."; đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi (Mẫu dấu thực hiện theo mẫu số 18/MDHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này); Khoản 1 Điểm c) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng cùng loại hình nhập khẩu phải nộp vào tài khoản tiền gửi, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn với số tiền thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ; Khoản 1 Điểm d) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng không cùng loại hình nhập khẩu phải nộp ngân sách, cơ quan hải quan viết giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc giấy nộp tiền vào tài khoản để nộp thay người nộp thuế theo đúng số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt người nộp thuế còn nợ; Khoản 1 Điểm đ) Trường hợp sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn lại cho người nộp thuế; Khoản 1 Điểm e) Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế được hoàn hoặc tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm c, d khoản này; Khoản 1 Điểm g) Khi hoàn thuế, bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải