Quyết Định 05/2006/QĐ-VPCP ban hành quy chế về tổ chức và hoạt động của cơ quan trang tin điện tử của chính phủ trên internet . Điều 3. Cơ cấu tổ chức
 Khoản 1. Cơ quan Website Chính phủ có Ban Biên tập và các Phòng nghiệp vụ theo quy định tại Quyết định số 250/2005/QĐ-TTg ngày 10 tháng 10 năm 2005 của Thủ tướng Chính phủ về tổ chức và hoạt động của Trang tin điện tử của Chính phủ nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam trên Internet. Khoản 2. Ban Biên tập có Tổng Biên tập, 03 Phó Tổng Biên tập. Tổng Biên tập Website Chính phủ do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Bộ trưởng, Chủ nhiệm; chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Chủ nhiệm, trước pháp luật về toàn bộ mọi hoạt động của Cơ quan Website Chính phủ. Khoản 3. Các Phó Tổng Biên tập Website Chính phủ do Bộ trưởng, Chủ nhiệm bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Tổng Biên tập Website Chính phủ và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ Văn phòng Chính phủ; chịu trách nhiệm trước Tổng Biên tập và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công, phụ trách. Khoản 4. Cơ quan Website Chính phủ có các Phòng Nghiệp vụ trực thuộc để giúp Tổng Biên tập thực hiện các chức năng, nhiệm vụ được giao, cụ thể như sau: Khoản 4 Điểm a) Phòng Thư ký và Trị sự; Khoản 4 Điểm b) Phòng Biên tập; Khoản 4 Điểm c) Phòng Phóng viên; Khoản 4 Điểm d) Phòng Bạn đọc - Đối ngoại; Khoản 4 Điểm đ) Phòng Kỹ thuật; Khoản 4 Điểm e) Phòng Hành chính - Tổng hợp.