Thông Tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. . Chương VII Mục 4 Điều 129. Thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ xét hoàn thuế, không thu thuế
Khoản 11 Điểm b) Đối với trường hợp khác: b.1) Tổ chức, cá nhân có văn bản khai báo bị mất tờ khai, đề nghị được sao y và được sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai bản lưu của cơ quan hải quan kèm chứng từ chứng minh việc mất tờ khai để hoàn thuế; b.2) Căn cứ văn bản đề nghị của tổ chức, cá nhân, cơ quan hải quan thực hiện: b.2.1) Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai tổ chức, cá nhân khai báo bị mất có văn bản đề nghị các Cục Hải quan có văn bản xác nhận chưa giải quyết hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai tổ chức, cá nhân khai báo bị mất và đề nghị không thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai bản gốc tổ chức, cá nhân khai báo bị mất. Các Cục Hải quan, trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản của tổ chức, cá nhân có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu hệ thống kế toán thuế của cơ quan hải quan và các nguồn thông tin khác (nếu có), nếu kết quả kiểm tra xác định người nộp thuế chưa hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai người nộp thuế khai báo bị mất thì có văn bản xác nhận/trả lời cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai tổ chức, cá nhân khai báo bị mất về việc tờ khai đó chưa hoàn thuế, không thu thuế và chịu trách nhiệm về nội dung xác nhận của mình, đồng thời không xử lý hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai người nộp thuế khai báo bị mất; b.2.2) Sau khi nhận được đầy đủ các văn bản xác nhận của các Cục Hải quan nêu rõ chưa hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai bị mất, cơ quan hải quan thực hiện : b.2.2.1) Kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai; b.2.2.2) Trường hợp có đủ cơ sở xác định việc khai báo là phù hợp thì sao y bản chính 01 bản từ bản chính tờ khai cơ quan hải quan lưu. Mỗi tờ khai chỉ được sao y bản chính 01 lần và 01 bản, đồng thời phải ghi chú lên tờ khai bản lưu tại cơ quan hải quan (bản chính) để tránh sao y bản chính nhiều lần. Nội dung ghi trên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày…tháng…năm”; b.2.2.3) Có văn bản thông báo gửi Cục hải quan các tỉnh, thành phố trên toàn quốc về việc tổ chức, cá nhân khai báo mất tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và xin sao tờ khai hải quan để làm cơ sở hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu, xuất khẩu trên toàn quốc. b.2.3) Căn cứ văn bản đề nghị được sử dụng tờ khai sao y trong hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của tổ chức, cá nhân, cơ quan hải quan nơi hoàn thuế, không thu thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, tờ khai sao y bản chính cơ quan hải quan lưu, thực hiện đối