Quyết Định 04/2021/QĐ-TTg ban hành điều lệ tổ chức và hoạt động của quỹ đổi mới công nghệ quốc gia . Kèm theo Chương VI Điều 43. Giám sát hoạt động của Quỹ
 Khoản 1. Bộ Khoa học và Công nghệ thực hiện giám sát và đánh giá hoạt động của Quỹ về các nội dung sau đây: Khoản 1 Điểm a) Quản lý và sử dụng vốn điều lệ, các nguồn vốn khác, kinh phí hoạt động hằng năm và tài sản của Quỹ; Khoản 1 Điểm b) Kết quả hoạt động của Quỹ; Khoản 1 Điểm c) Thực hiện chế độ tiền lương, tiền thưởng, thù lao của Quỹ; Khoản 1 Điểm d) Các nội dung giám sát liên quan khác theo yêu cầu của Bộ Khoa học và Công nghệ. Khoản 2. Bộ Khoa học và Công nghệ tổ chức giám sát trực tiếp hoặc gián tiếp thông qua các báo cáo của Quỹ để phát hiện các rủi ro về tài chính, hạn chế trong quản lý của Quỹ, hiệu quả hoạt động của Quỹ và có cảnh báo, giải pháp xử lý kịp thời theo các quy định của pháp luật về giám sát tài chính, đánh giá hiệu quả hoạt động và công khai thông tin tài chính của doanh nghiệp nhà nước. Khoản 3. Bộ Khoa học và Công nghệ ban hành quy định, hướng dẫn đánh giá kết quả hoạt động và xếp loại Quỹ.