สิ่งที่น่ากังวลใจอีกอย่างหนึ่ง ซึ่ง เลขาฯ อย.ระบุ คือการปนเปื้อนของจุลินทรีย์ ที่สามารถปนเปื้อนได้ในทุกกระบวนการ ตั้งแต่การขนส่ง วางจำหน่าย การแปรรูป ฯลฯ และในส่วนการติดตามความปลอดภัยนั้น ทาง อย.ก็ได้เร่งตรวจสอบโรงงานแปรรูปอาหารที่มีความเสี่ยง ให้เข้ามาตรฐานการผลิตที่ดี หรือ จีเอ็มพี จำนวน 9,453 โรงงาน ซึ่งขณะนี้ตรวจสอบไปแล้ว 6,887 แห่ง หรือประมาณ 75%ในจำนวนนี้พบโรงงานที่ได้มาตรฐานคือ 64.9% และตั้งเป้าไว้ว่า ภายในสิ้นเดือนมีนาคมนี้จะสามารถตรวจได้ครบ 100% โดยจะมีโรงงานที่ผ่านจีเอ็มพีถึง 80% เตรียมของบปรับปรุงตลาดสด