Нерегулярные фонетические преобразования могут сильно затруднять реконструкцию праязыкового архетипа, вынуждая либо предполагать уникальность фонетического облика соответствующего слова в праязыке, либо постулировать ай йос правила звуковых переходов в языках-потомках. Так, например, слова, обозначающие селезенку в различных индоевропейских языках, явно восходят к общему праязыковому прототипу — об этом свидетельствует как достаточно высокая степень материальной близости, так и полное тождество значения (причем значения очень узкого и предельно конкретного): рус. селез{е:}нка, др.-инд. р{_}Ъ{а/}п, авест. 8р{э}г{э}гап, арм. {р'}ауса{1~}п, греч. {зр1Б/п}, лат. И{е_}п, др.-ирл. 8е1д, лит. Ъ1и{2А}п{г\}8. Вероятность того, что все эти слова не являются этимологически тождественными, исчезающе мала; в то же время восстановить праформу, из которой все вышеперечисленные формы получались бы при помощи регулярных правил, затруднительно, поскольку такие фонетические соответствия, как рус. с-, др.-инд. р-, авест. 8р-, арм. {р}-, греч. {зр}-, лат. {0/}-, др.-ирл. 8-, лит. Ъ-, не встречаются более ни в одном слове. Нередко в случае подобных затруднений пользуются символами типа V (гласный неизвестного качества), К (неизвестный заднеязычный) и т. п. Черточка на конце обозначает либо что реконструируемая лексема приводится без окончания, либо что реконструирован лишь корень (или фрагмент лексемы) (см., например, реконструкции ностратических праформ, приведенные выше, Гл. 1.8).