Лишь немногие окончания являются фонетически сводимыми. Кроме номинатива однозначно реконструируется окончание аккузатива ед. ч.: пратох. *-{э}п (*п > {т.} на конце слова). Показатель генетива ед. ч. восстанавливается в виде *-{э}тв; в тохарском А *-{э}тв > -А, в тохарском В *-{э}тв > -{а/}п!$е. Окончания аккузатива мн. ч. считаются восходящими к общему индоевропейскому прототипу, но фонетическое развитие настолько нерегулярно, что однозначно реконструировать пратохарский вид соответствующего аффикса затруднительно. Окончания генитива мн. ч. не могут быть сведены фонетически.
       Из аффиксов вторичных падежей некоторое фонетическое сходство обнаруживают лишь показатели локатива: конечное тох. В -пе сводится с тох. А -{т.}, хотя соответствие В {0/}     А а аномально. Несколько похожи показатели аллатива, но уникальность
соответствий В {а:} {~} А а и В {5/} {~} А {0/} не позволяет возвести их к общей праформе. Аффиксы прочих падежей не имеют между собой ничего общего.
       Все это, по-видимому, говорит о том, что показатели всех падежей, кроме номинатива, аккузатива и генетива (а также не рассмотренного здесь показателя вокатива), возникли из пратохарских клитик. При этом лишь локатив имел установившийся показатель, прочие же значения могли выражаться различными способами.