При исследовании фонетики по древним письменным памятникам возникает еще одна проблема, связанная с тем, было ли письмо, которым написаны эти памятники, создано специально для этого языка, или же заимствовано. Дело в том, что заимствованная письменность часто отражает фонетику крайне неточно: например, критское линейное письмо В, которым пользовались микенские греки, не было приспособлено для обозначения придыхательности, долгих гласных, а также сочетаний согласных (возможно, в языке, для которого создавался прототип этой системы письма, таких сочетаний просто не было), поэтому приходилось либо пропускать первый согласный в сочетании, либо вставлять между согласными какой-нибудь гласный. Например, форма аориста (е/з1азе) 'поставил' выглядела в этой письменности как е-$е-!а-8е, вместо стандартного греческого (1о\п хО~гоп) 'место' (форма аккузатива с артиклем) записывалось 1о-ко-го-пе (с потерей конечного {п} в артикле, придыхательности (ей), долготы (О) и вставкой добавочного гласного после последнего {п} ). Подобные несоответствия между произношением и написанием сильно затрудняют анализ фонетики древних языков.