Иногда и при неодинаковости развития в отдельных языках или ветвях бывает нелегко отличить сохранившиеся реликт ы от позже возникших инноваций. Так, долгое время считалось, что богатая синтетическими формами система древнегреческого и древнеиндийского глагола лучше представляет древнее индоевропейское состояние, чем глагольные системы других ветвей, переживших различные утраты и упрощения. Но после открытия и расшифровки в начале XX в. текстов хеттского языка, во многом очень архаичного, положение это подверглось пересмотру. Стало ясно, что дренегреческая и древнеиндийская системы отражают ряд общих диалектных инноваций индоевропейского праязыка, не затронувших тех его диалектов, на базе которых сложился хеттский.
    Объективные трудности реконструкции праязыкового состояния ведут к тому, что восстанавливаемая картина пестрит там и сям «белыми пятнами», а какие-то части этой картины оказываются противоречащими друг другу. В итоге реконструкции мы получаем, собственно, не язык, реально существовавший в какой-то период времени, а скорее лишь некую совокупность языковых фактов, существовавших отчасти одновременно, отчасти неодновременно и объединенных только тем, что каждый из них схвачен в древнейшем, доступном нашему познанию состоянии.