Liên quan đến những lùm xùm tại các dự án BOT trong giao thông vận tải thời gian gần đây , ông Phạm Ngọc Hùng - Phó Chủ tịch Quỹ Chống hàng giả Việt Nam nhận định : " Doanh nghiệp " sân sau " gắn kết chặt chẽ bởi quyền lực của quan chức trong lĩnh vực mình quản lý hoặc có ảnh hưởng điều phối để trục lợi bằng thông tin nội bộ , dàn xếp đấu thầu , quyền chỉ định trong các dự án không đấu thầu ... Ngoài ra , doanh nghiệp được ưu đãi về vốn vay hay khâu thẩm định dự án , bỏ qua những bất hợp lý về giá trị đầu tư , thời gian , mức giá thu phí để nhà đầu tư nâng khống giá trị đầu tư lên gấp nhiều lần . Điều này dẫn đến thời gian thu phí kéo dài và mức thu phí cao một cách bất hợp lý " . Theo ông Hùng , trong quá trình thực hiện , các công ty " sân sau " chủ yếu đứng ra nhận dự án rồi thuê lại các công ty khác làm B phẩy rồi B hai phẩy … với giá rẻ nhằm ăn chênh lệch một cách tối đa nhất . Điều này dẫn đến hệ luỵ các công ty có năng lực thì phải làm thuê cho doanh nghiệp " sân sau " với giá rẻ , ảnh hưởng đến chất lượng công trình . Vị Phó Chủ tịch Quỹ Chống hàng giả Việt Nam cũng nhận định , điều này đã dẫn đến những hệ quả trong câu chuyện BOT giao thông . Ví dụ , đặt trạm thu phí ở vị trí bất hợp lý như làm đường tránh thì đặt trạm ở vị trí cả đường tránh lẫn đường chính do Nhà nước đầu tư , đặt trạm ở tuyến đường khác để thu phí hộ tuyến đường BOT , đặt trạm dày đặc không tuân thủ quy định tối thiểu các trạm thu phí phải cách nhau 70km làm cho người dân bức xúc . Cũng nhận định về những tồn tại của câu chuyện BOT giao thông , chuyên gia kinh tế - TS . Lê Đăng Doanh dẫn chứng , chi phí logistics ở Việt Nam chiếm đến 21 % GDP so với 12-14 % GDP ở các nước khác . Điều này làm tăng giá thành sản phẩm và dịch vụ của doanh nghiệp , giảm năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp và nền kinh tế . Nguy cơ chúng ta thua ngay trên sân nhà , mất thị phần đối với các doanh nghiệp ASEAN như Thái Lan đang hiện hữu . Ông Doanh cho hay , không những vậy , chi phí vận tải chiếm đến 60 % giá thành của một số doanh nghiệp xuất khẩu ở Đồng bằng sông Cửu Long . Chi phí BOT cao hơn chi phí xăng dầu từ Đồng bằng sông Cửu Long về TP. HCM ( theo VLA ) . Từ thực tế đó , ông Doanh cho rằng , giảm chi phí đầu vào là yêu cầu sống còn đối với nền kinh tế , trong đó có chi phí BOT . Trong khi đó , ông Phạm Ngọc Hùng kiến nghị một số giải pháp khắc phục tình trạng " BOT hoá " . Đó là cần minh bạch từ khâu điều tra , lập dự án , công khai để người dân , các nhà khoa học thẩm tra , phản biện một cách công minh , chính xác nhất . " Đồng thời phải tổ chức đấu thầu rộng rãi , công khai , tuyệt đối không chỉ định thầu ; tổ chức phản biện trên diện rộng có đóng góp của các chuyên gia độc lập không phụ thuộc vào cơ quan Nhà nước . Các chủ đầu tư phải chịu giám sát thường xuyên và liên tục của nhân dân trong suốt quá trình từ lập dự án , thi công và thu phí " , ông nêu ý kiến .  Tài xế dùng tiền lẻ phản đối trạm thu phí QL 5 .
Ông Phạm Ngọc Hùng, Phó Chủ tịch Quỹ Chống hàng giả Việt Nam, chỉ trích các dự án BOT giao thông về việc doanh nghiệp “sân sau” trục lợi qua thông tin nội bộ và dàn xếp đấu thầu. Ông cho rằng điều này dẫn đến chi phí cao và thời gian thu phí kéo dài. TS. Lê Đăng Doanh bổ sung rằng chi phí logistics ở Việt Nam cao làm giảm cạnh tranh. Ông Hùng kiến nghị minh bạch hóa đấu thầu, công khai dự án, và giám sát thường xuyên để cải thiện tình trạng hiện tại.