However, Hongan-ji's Monto and Masachika TOGASHI opposed each other after that, and when Masachika sent a force to subdue Ikko Shu in 1488, they forced Masachika to commit suicide by his sword, and achieved autonomous control (However, Masataka TOGASHI of the Togashi clan showed sympathy for Ikko-Ikki, and he remained Shugo Daimyo symbolically).
しかしその後、本願寺門徒と富樫政親は対立するようになり、長享2年（1488年）、政親が一向宗討伐軍を差し向けると、結局政親を自刃に追い込んで自治を行うまでになった（ただし富樫氏一族の富樫正高は一向一揆に同情的で、守護大名として象徴的に居座っている）。