In December 1492, following Yoshiki's return to Kyoto, Yoshiharu stayed in Kyoto for a certain period, but, in January 1493, when a revolt by Jirosaemon IGA occurred in Tango Province, he went down to suppress the revolt and, after that, became untraceable.
明応元年（1492年）12月、義材の帰洛に従いしばらく在京していたが、翌明応2年（1493年）正月、丹後で伊賀次郎左衛門の叛乱が勃発、鎮圧のため下向し、以後の消息は不明となる。