Because two founders were priests from Kofuku-ji Temple, Muro-ji Temple had a close relationship with Kofuku-ji Temple; however, it left the Hosso sect to become a temple of the Shingon sect later, in 1698 during the Edo period.
草創にかかわった2人の人物が興福寺僧であった関係から、室生寺は長らく興福寺との関係が深かったが、時代は下って江戸時代の元禄11年（1698年）、興福寺の法相宗から独立して、真言宗寺院となった。