Karafuto-Cho as a government agency was transferred to the Ministry of Foreign Affairs jurisdiction and was then abolished in June 1, 1949 under the National Government Organization Act (See "Nihon Tochika no Karafuto" [Sakhalin under Japanese rule] <Gaichi Hoseishi>, Gaimusho Joyakukyoku Hokika [Ministry of Foreign Affairs, Treaty Bureau, Regulation Section]; 1969).
行政官庁としての樺太庁は、外務省への移管を経て、1949年6月1日、国家行政組織法の施行によって廃止されている（外務省条約局法規課『日本統治下の樺太』〈外地法制誌〉、1969年を参照）