This practice continued until early in the Meiji Period when the Meiji Government's ordinance distinguishing Shinto and Buddhism resulted in the separation of Shinto shrines and Buddhist temples, the removal of five-story pagodas and Buddhist temples from within shrines and the differentiation between Buddhist and Shinto priests.
それ以後、神社内に寺院が建てられることもあったが、明治初期の明治政府による神仏判然令（神仏分離令）により、神社と寺院は分離され、神社境内にあった五重塔や仏堂などは撤去され、僧侶と神官も区別された。