The Great Buddha Hall reconstructed by Chogen was once again burnt to the ground by Hisahide MATSUNAGA in his conflict with the miyoshi sanninshu (three chief retainers of the Miyoshi clan) in 1567 during the Sengoku Period (Period of Warring States).
重源が再建した大仏殿は、戦国時代(日本)の永禄10年（1567年）、三好三人衆との戦闘で松永久秀によって再び焼き払われてしまった。