For the first two theories, according to the ancient special kana usage, 'gi' in 'munagi' is a kana usage of ko-type of ki, while 'ki' (tree, wood) and 'ki' (yellow) has a kana usage of otsu-type of ki, and therefore there is a problem with consistency.
前二者は奈良時代の用例「武奈伎」の「伎」が上代特殊仮名遣ではキ甲類の仮名であるのに対して、「木」「黄」はキ乙類なので一致しないという問題がある。