Hongan-ji Temple retained its predominance by gaining support from Saikashu, but gradually it was isolated in the midst of enemies, ultimately succumbing to Nobunaga, who withdrew imperial command from the Emperor Ogimachi and left Ishiyama Honganji Temple in 1580, whereby Hongan-ji Temple as seigniory was extinguished.
本願寺は依然として雑賀衆などの支援を集めつつ強勢を保ったが、次第に敵中に孤立していき、1580年、ついに正親町天皇の勅命を引き出した信長に屈して石山本願寺を退去し、領主権力としての本願寺は消滅した。