In the Muromachi period, Horin-ji Temple was ravaged by fire during the Onin War and was rebuilt by Emperor Goyozei in the Edo period but was once again damaged by fire during the Hamaguri Rebellion at the end of the Edo period.
室町時代、応仁の乱により罹災し、江戸時代、後陽成天皇により再建されるが、幕末、蛤御門の変により、再度罹災している。