Hepburn invested personal funds to establish the Meiji Gakuin (present day Meiji Gakuin Univeristy and Meiji Gakuin High School) in Shirogane, Minato-ku, Tokyo in 1887, and served as the first president.
1887年（明治20年）ヘボンは私財を投じて東京都港区(東京都)白金(東京都港区)の地に明治学院（現・明治学院大学・同高等学校）として統合し、明治学院初代総理に就任した。