However, when Nagamichi and Katsukiyo fought in the Battle of Hakodate, faithful to the Tokugawa shogunate to the end, the Yodo Domain under the rule of Masakuni refused point blank to open the gate of Yodo castle when the shogunate troops who had been betrayed by Takayuki TODO and routed in the Boshin War of 1868 asked for shelter (Masakuni was in Edo Castle at the time).
しかし、長行や勝静らが函館まで転戦し、最後まで幕府に忠義を尽くしたのとは違い、この正邦は慶応4年（1868年）の戊辰戦争において藤堂高猷の裏切りにより敗走する幕府軍兵が淀城に入城しようと保護を求めてきたとき、淀藩ではそれを一方的に拒否して城門を開こうとすらしなかった（藩主・正邦はこの時江戸城にいた）。