The movement to overthrow the Shogunate arose because the system of coexistence between the bakufu and the Imperial Court was not appropriate for creating Japan as a modern nation, and it agreed with the new Meiji government's intentions to build a powerful monarchy centered around the Emperor, therefore giving rise to the idea of the Emperor, coming from an unbroken imperial line, being the head of both Shinto and the state.
幕府と朝廷の両立体制は近代国家としての日本を創成していくには不都合であったが故の倒幕運動であり、天皇を中心とする強力な君主国家を築いていきたい明治新政府の意向とも一致したため、万世一系の天皇を祭政の両面でこれの頂点とする思想が形成されていった。