Nobunaga ODA became devoted to Nichijo and lodged at the temple while in Kyoto, but on June 21, 1582, an incident (known as the Incident at Honno-ji) occurred in which Nobunaga committed suicide after the forces of Mitsuhide AKECHI surrounded the temple which was then burnt to the ground.
織田信長は日承に帰依してこの寺を上洛中の宿所としていたが、1582年6月21日（天正10年6月2日(旧暦)）、ここで信長が明智光秀率いる軍勢に包囲され自刃する事件が起き（いわゆる本能寺の変）、その際、堂宇を焼失した。