In January,1868, during the Battle of Toba-Fushimi, Nobuchika joined the new government army, where he was in charge of guarding at Kyoto Imperial Palace.
翌慶応4年（1868年）1月の鳥羽・伏見の戦いの際には、新政府軍に加わり、京都御所などの警備にあたる。