It is not that the enshrined deity of Gokoku-jinja Shrine was separated; it is officially said 'Gokoku-jinja Shrine is not a branch shrine of the Yasukuni-jinja Shrine' since it honors spirits and holds religious services on its own accord.
護国神社の祭神は分祀されたのではなく、独自で招魂し祭祀を執り行っているため、公式には「靖國神社とは本社分社の関係にはない」とされている。