After the death of Sumimoto, Mototsune supported Sumimoto's heir Harumoto HOSOKAWA, and when Takakuni was killed in action in 1531, Mototsune was allowed to regain the title of shugo by Harumoto, and since then he acted as a pro-Harumoto samurai and repeatedly mobilized his army to crush the antagonistic groups in the domain.
澄元の死後はその嫡男・細川晴元を支持し、享禄4年（1531年）に高国が戦死すると、晴元から守護職に復帰することを許され、以後は晴元派として行動するようになり、領国内の反対派鎮圧のため度々に下向した。