The organization of Daijokan was divided into Giseikan as the policy-making branch, Shonagonkyoku, Sabenkankyoku, and Ubenkankyoku as bureaus, and Junsatsushi as the extraordinary inspector.
太政官は、機構としては政策決定機関である議政官（ぎじょうかん）と、事務部門である少納言局・左弁官局・右弁官局および臨時監察官である巡察使に分かれた。