In 1612, after the founding father Genkitsu died, the Enko-ji Temple, belonging to the Rinzai Sect, was moved to within the premises of the Shokoku-ji Temple and afterwards was relocated to the Shugakuin Village, Otagi County during 1661 to 1673.
1612年の、開山である元佶の没後、臨済宗に属する円光寺は、相国寺の境内に移り、その後、寛文年間（1661年-1673年）には、愛宕郡修学院村（現在地）に移転している。