Masanaga returned to the bakufu instead of Yoshinari, who lost power in 1460, made a great achievements in pursuing Yoshinari, and became kanrei in 1466.
1460年に失脚した義就に代わり幕府に帰参し、義就の追討に功績を挙げ、文正元年（1466年）には管領に就任する。