Although it is not clear what he was doing during the beginning of the Jisho-Juei War, according to "Gukansho" (Jottings of a Fool), around 1183, he escaped from Yoshinaka KISO who had control over the capital, and according to "Azuma Kagami" (Eastern Mirror), in 1184, he was staying in Kamakura with TAIRA no Yorimori.
治承寿永の乱の初期の間の能保の動向は明らかではないが、都が木曽義仲の勢力下にあった1183年頃、その圧迫を逃れて東国に下ったとの記載が「愚管抄」にあり、また1184年には平頼盛などとともに鎌倉に滞在していることが「吾妻鏡」に記載されている。