Before the Showa era it was oppressed in 1330, 1352 and 1388, and while other schools of Jodo Shinshu sect spread in eastern Japan and elsewhere, only Hongwan-ji Temple declined and was permitted existence on the condition of loyalty to Enryaku-ji Temple and the forbiddance of Buddhism invocation as a subtemple of Shorenin, which was influenced by Enyryaku-ji Temple.
正和以後も元徳2年（1330年）・観応3年（1352年）・嘉慶_(日本)2年（1388年）にも弾圧を受けており、浄土真宗の他派が東国などで勢力を広めている間にも、逆に本願寺のみは衰退して延暦寺の支配下にあった青蓮院の末寺として延暦寺への忠誠と念仏の禁止を条件として存続を許されているという状況であった。