During the early modern period, the temple administered Hoko-ji Temple (Great Buddha) and Rengeo-in Temple (Sanjusangen-do Hall), with the Sanjusangen-do Hall remaining under Myoho-in Temple's jurisdiction following this period.
近世には方広寺（大仏）や蓮華王院（三十三間堂）を管理下に置き、三十三間堂は近代以降も引き続き妙法院所管の仏堂となっている。