However, with the implementation of Haihan-chiken (abolition of feudal domains and establishment of prefectures) in 1871, Ashikaga Prefecture (later integrated into Tochigi Prefecture) took over the responsibility of managing the school and abolished it in 1872.
しかし明治4年（1871年）、廃藩置県の実施により足利藩校である足利学校の管理は足利県（のち栃木県に統合）に移り、明治5年（1872年）に至って廃校とされた。