For its buildings, the main hall, the front gate (main gate), the ticket office and sodebei (outside wall) were designated as important cultural properties in 1969 as "the Former Imperial Museum of Kyoto," and the Technical Materials Center (Kyu Onshi Kyoto Hakubutsukan Chinretsuhin Shunoyo Soko) was designated as a national cultural facility in 2008.
また建物自体も、本館、表門（正門）、同札売場及び袖塀が1969年（昭和44年）、「旧帝国京都博物館」として国の重要文化財に指定されており、技術資料参考館（旧恩賜京都博物館陳列品収納用倉庫）が2008年（平成20年）、国の登録有形文化財に登録されている。