On January 1, 2006, Nantan City was formed as a result of the merger of the towns of Sonobe, Yagi and Hiyoshi from Funai-gun (Kyoto Prefecture), and the town of Miyama from Kitakuwada-gun (Kyoto Prefecture).
2006年1月1日に船井郡園部町・八木町・日吉町_(京都府)、北桑田郡美山町_(京都府)が合併して誕生。