During the Battle of Toba Fushimi in 1868, the shrine served as the imperial army (Satsuma Domain) headquarters in Fushimi-cho but the shrine buildings were undamaged.
明治元年（1868年）に起こった鳥羽伏見の戦いでは伏見町内における官軍（薩摩藩）の本営となったが、本殿等は無事であった。