Enryaku-ji Temple maintained its independent nation-like status into the Warring States period (Japan), but in 1499 when Enryaku-ji Temple tried to act in concert with the opposition ex-Shogun Yoshitane ASHIKAGA, the Kanrei (Shogun's Deputy), Masamoto HOSOKAWA attacked it and again reduced Konpochudo Hall to ashes.
戦国時代(日本)に入っても延暦寺は独立国状態を維持していたが、明応8年(1499年)、管領細川政元が、対立する前将軍足利義稙の入京と呼応しようとした延暦寺を攻めたため、再び根本中堂は灰燼に帰した。