While Koremasa WADA, Chikafusa ITAMI and Fujihide fought against the Miyoshi clan, Fujihide became one of Yoshiaki's close advisors, showing his administrative ability.
その後も和田惟政・伊丹親興とともに三好氏との戦いに参加する一方、行政官僚としての手腕を発揮して義昭の側近の一人となる。