The major sites of worship are Kinpusen-ji Temple (of the main Shugen sect) on Mt. Yoshino, Nara Prefecture, Shogoin Temple (of the Honzan Shugen sect) in Sakyo Ward, Kyoto City, and Sanbo-in at Daigo-ji Temple (of the Daigo school of the Shingon sect) in Fushimi Ward, Kyoto City.
奈良県吉野山の金峯山寺（金峰山修験本宗）、京都市左京区の聖護院（本山修験宗）、同伏見区の醍醐寺三宝院（真言宗醍醐派）などを拠点に信仰が行われている。