Before the Japanese-Russo War, Naito presented an argument for the war and in 1907, he was invited by Kyoto Imperial University (present day, Kyoto University) to be a lecturer at the Department of East Asian History (the course of East Asian History).
日露戦争に於いては開戦論を展開し、1907年（明治40年）に京都帝国大学（現京都大学）の文科大学史学科に講師として招かれた（東洋史学講座）。