The point where the Yodo-gawa River flows into Kyoto Basin is at the lowest altitude in that basin and the Uji-gawa River, the only river originating from Lake Biwa, formed an enormous drainage basin covering the area from the vicinity of Byodoin Temple, where that river runs into Kyoto Basin and upstreams of the points where the Uji-gawa River meets Kizu-gawa River (Kyoto Prefecture) in the western part of Kyoto Basin and the Katsura-gawa River (Yodo-gawa River system).
淀川が京都盆地に流れ込むところは、京都盆地の中でも最も低いところに位置しており、琵琶湖から流れ出る唯一の河川である宇治川は、京都盆地へ流入する平等院付近から、京都盆地の西端にあった木津川(京都府)、桂川(淀川水系)との合流点の上流側にかけて広大な遊水池を形成していた。