The predecessor of the temple was Kiyomizu-dera Temple, founded by Genbo in 736, and later restored in 1254, and renamed Fukuchi-in by a priest of Kofuku-ji Temple; it was later reconstructed by Eison.
前身は736年（天平8年）に聖武天皇が発願して玄ボウが創建した清水寺が始まりで、1254年（建長6年）に興福寺の僧が再興して福智院に改名し、その後叡尊が再建した。