Saiin Kasuga-jinja Shrine was founded in 833 as a guardian shrine for the Junna-in Villa (also named "Sai-in" and the origin of the name of the local area) into which the Emperor Junna moved when he ascended to the throne.
淳和天皇が退位に伴ない淳和院離宮（別名西院・この付近の地名である西院の由来となった）へ居を移すに際し、天長10年（833年）にその守護社として創建された。