According to Bifukumonin's will, she was buried on Mt. Koya and Shin-mito pagoda became the burial place of the Emperor Konoe, the child of Cloistered Emperor Toba and Bifukumonin who passed away at an early age.
なお、美福門院は遺言により高野山に葬られており、新御塔には鳥羽法皇と美福門院との子で夭折した近衛天皇が葬られることになった。