On January 3, 1868, with the Decree for the Restoration of Imperial Rule issued in October of the same year, Satsuma and Choshu Domains established dominion over the inside Kyoto City; as a result, Kyoto shugoshoku was abolished six years after its establishment.
慶応3年12月9日（1868年1月3日）、この年の10月に行われた大政奉還後の王政復古の大号令によって薩摩藩・長州藩が京都市中の支配権を確立したため、京都守護職は設置後6年をもって廃止された。