However, since Hongan-ji Temple held these powers outside of the feudal system, Nobunaga ODA (who entered Kyoto in 1568 and was trying to gain control of the city), started to persecute them and others including Enryaku-ji Temple and the Machi-shu, an elite group of merchants and artisans, of Sakai-city.
しかし、本願寺は武家の封建関係の外でこのような権力を握っていたことから、延暦寺や堺市の町衆などと同様に、永禄11年（1568年）に上洛を果たして畿内の掌握を進めていた織田信長による圧迫を受けるようになった。