With respect to Mitsunari (or Katsumoto), when Yodo-dono got pregnant with Hideyori, he was in Korea because of the Bunroku-Keicho War, the father/child relationship can be reasonably negated.
また、三成（且元とも）については淀殿が秀頼を妊娠した時期には文禄・慶長の役で朝鮮へ出兵していたため、秀頼との父子関係を合理的に否定することが出来る。