After Tanemasa KUTSUKI took on the clan administration in 1669, thirteen generations of the Kutsuki family were in charge of clan administration, and when Totsuna KUTSUKI took office as the fifth domain head, he changed the kanji character of the domain name from '福智山' to '福知山,' and allowed enshrinement of Mitsuhide in the Goryo-jinja Shrine (Fukuchiyama City) by residents who 'thanked Mitsuhide AKECHI for the prosperity of Fukuchiyama as a castle town through his flood prevention works.'
1669年（寛文9年）に朽木稙昌が藩政を務めるようになって以後、十三代にわたって朽木家が藩政を務める様になり、藩主が五代目朽木玄綱になると地名を「福智山」から「福知山」に改め、「明智光秀の治水によって水害から救われ、城下町として栄えたのは彼のおかげである」という住民の連署によって御霊神社(福知山市)に光秀の合祀を許したのであった。