It stands close to Uji-jinja Shrine and before the Meiji Restoration both formed Uji Rikyu Myojin Shrine known as Hachiman-sha Shrine of which Uji-jinja Shrine comprised the lower sub-shrine while Ujigami-jinja Shrine was known as the upper main shrine.
すぐ近くに宇治神社があり、明治維新前は両方を合わせて宇治離宮明神、八幡社と呼ばれ、宇治神社を下社・若宮とするのに対して、宇治上神社は上社・本宮と呼ばれている。