In 1494, having installed Kogen-In Seiko as shogun and having himself appointed as Kanrei, Masamoto dominated the shogunate government, with the shogun just a puppet.
明応3年（1494年）、香厳院清晃を将軍職に就けて管領に任じられた結果、政元は将軍を事実上の傀儡にして幕政を牛耳るに至った。