The temple's origins began in 1601 when Ieyasu TOKUGAWA invited Kanshitsu, 9th head of the Ashikaga Gakko (Japan's oldest academic institution), to establish the Enko-ji Temple School in Fushimi.
家康の命により慶長6年(1601年)に足利学校の第9代の学頭であった閑室を招き伏見に円光寺学校を建立したことに始まる。