As a supplement, neither academic or professional, but to promote general understanding, we can consider, limiting the context related to the production method for sake as being synonyms like "moto" = "shubo."
学問的・専門的にではなく、あくまでも一般的な理解のためという前提で補足すると、日本酒の製法という文脈に限っては、「酛（もと）」＝「酒母（もと/しゅぼ）」はほぼ同義語として考えてよい。