After the death of the founding priest Mukan, the majority of the temple's construction was conducted under the second chief priest Kian Soen (Nanin Kokushi, 1261 - 1313) and completed around 1299.
開山の無関の死去に伴い、南禅寺伽藍の建設は実質的には二世住職の規庵祖円（南院国師、1261-1313）が指揮し、永仁7年（1299年）頃に寺観が整った。