After defeating shogunate remnants in the northern Kanto area, he was the new government's commander-in-chief in the 'Tohoku War' against the Northern Alliance (Ouetsu Reppan Domei) in Niigata and the Tohoku region.
北関東で幕府残党勢力を鎮圧したのち、新政府軍の総司令官として東北地方、新潟で北部政府（奥羽越列藩同盟）と事実上の“南北戦争”である「東北戦争」を戦った。