The branch shrine was originally built as an independent Hakodate Nogi-jinja Shrine in 1916, and when it was donated to Tokyo Nogi-jinja Shrine in 1964, it became the Hakodate Branch of Tokyo Nogi-jinja Shrine.
大正5年に独立の函館乃木神社として創建され、昭和39年に東京の乃木神社に寄進されて函館分社となった。