In 1601, the year after the forces of Ieyasu TOKUGAWA were victorious at the Battle of Sekigahara, Ieyasu granted the buildings and land of the temple attached to Toyokuni-jinja (Hokoku-jinja) Shrine (Kyoto City) (the shrine enshrining Hideyoshi TOYOTOMI with the posthumous name 'Hokoku Daimyojin') to Genyu and Chishaku-in Temple was finally revived.
関ヶ原の戦いで徳川家康方が勝利した翌年の慶長6年（1601年）、家康は東山の豊国神社(京都市)（豊臣秀吉が死後「豊国大明神」として祀られた神社）の付属寺院の土地建物を玄宥に与え、智積院はようやく復興した。