In 1568, following when Nobunaga ODA entered Kyoto in support of Yoshiaki ASHIKAGA, Fujitaka took back Shoryuji Castle in Yamashiro Province from Tomomichi IWANARI, one of the three major vassals of the Miyoshi clan, and fought various other battles in Yamato and Settsu Provinces.
永禄11年（1568年）9月、藤孝は足利義昭を奉じて織田信長が入京するのに従い、さらに山城国勝竜寺城を三好三人衆の岩成友通から奪還し、以後大和国や摂津国を転戦した。