Bacteriophage (viruses that infest bacteria) is a natural enemy of bacillus subtilis natto, and sundry bacteria may increase after the phage became active.
また、納豆菌の天敵として細菌寄生性ウイルスのバクテリオファージがあり、ファージ活動後に雑菌が繁殖する事もありうる。