At the local administration level the Meiji government basically maintained the domain system, except they changed the Tokugawa family's domain from Edo to Sunpu, and they put Kyoto, Nagasaki, and Hakodate under direct control of the government by making them "Fu" (Prefecture).
明治政府の地方行政としては、徳川家を駿府藩に移封し、京都府・長崎県・函館市を政府直轄の「府」とした以外は、原則として以前の藩体制が維持されていた。