Afterwards, Shogoin Temple and Nyakuoji-sha Shrine were burnt down by an army fire in the Onin War; however, Kumano Sanzan Kengyo's post itself continued to exist as seen in the ryoji (orders issued by princes, empresses, etc.) issued in 1545 and 1564.
その後、応仁の乱に際して聖護院と若王子社は兵火にかかって焼失したが、1545年（天文(元号)14年）および1564年（永禄7年）の令旨に見られるように、熊野三山検校職それ自体は存続した。