The name 'Yayoi' is derived from Yayoi earthware, named after the place of discovery, as it was earthware found at shell mounds in Yayoi-cho, Mukogaoka, Hongo, Tokyo Prefecture (present Yayoi, Bunkyo Ward, Tokyo) in 1884 (Precise location of discovery cannot be identified because of the later increase in urbanization.)
「弥生」という名称は、1884年（明治17年）に東京府本郷向ヶ岡弥生町（現在の東京都文京区弥生(文京区)）の貝塚で発見された土器が発見地に因み弥生式土器と呼ばれたことに由来する（なお、その後の都市化の進展などもあって正確な発見地は特定できなくなっている）。