On January 25, 1946, following the defeat in World War II, Koken Kokyujo was dissolved under pressure from the General Headquarters, the Supreme Commander for the Allied Powers, and its business and assets were handed over to the school corporation Kokugakuin University and Jinja Honcho (the Association of Shinto Shrines).
第2次世界大戦敗戦後の1946年（昭和21年）1月25日に連合国軍最高司令官総司令部による圧迫を受けて解散、事業と資産は学校法人國學院大學と神社本庁に継承されている。