The J-through, ICOCA, Suica of East Japan Railway Company (JR East), TOICA of the Central Japan Railway Company (JR Tokai) and PiTaPa of Surutto KANSAI Association can be used at all stations of the Biwako Line.
琵琶湖線のすべての駅でJスルー・ICOCA、東日本旅客鉄道（JR東日本）のSuica、東海旅客鉄道（JR東海）のTOICA、またスルッとKANSAI協議会のPiTaPaが使用できる。