Kyoto City remains the capital because the Takamikura, which indicates the Emperor's residence, is still housed in the Kyoto Imperial Palace (the capital city of Japan is determined not by the location of the government but by the place in which the Takamikura is housed).
天皇の在所を示す高御座は現在も京都御所に安置されており、京都市が現在でも首都のままである（日本の首都を示すのは行政府の所在ではなく、高御座の置かれている処である）。