The Kintetsu Kyoto Line runs straight through the Kyoto Basin, and Okubo Station is located at the top of a steep range of hills that flank the east side of the mountains in the middle of the basin.
近鉄京都線は京都盆地をほぼ一直線に縦断するが、その盆地の中央付近で東側の山地より張り出す丘陵地帯の頂上付近に大久保駅がある。