In October, 1504, Masamoto suppressed a rebellion by Motokazu YAKUSHIJI, the deputy shugo of the Province of Settsu, and then in 1506, he subjugated Yoshihide HATAKEYAMA of Kawachi and invaded the Province of Yamato.
永正元年（1504年）9月、摂津守護代・薬師寺元一の謀反を鎮圧し、永正3年（1506年）に河内の畠山義英を討伐、大和国へ侵攻する。