It is called 'Kamomioya-jinja Shrine' from the fact that enshrines the deity of Kamigamo-jinja Shrine, Kamowakeikazuchi-no-mikoto's mother Tamayorihime-no-mikoto, and her father Kamotaketsunumi-no-mikoto within.
上賀茂神社の祭神である賀茂別雷命の母のタマヨリビメと玉依姫命の父の賀茂建角身命を祀ることから「賀茂御祖神社」と呼ばれる。