After World War, the Shugakuin Imperial Villa, like the Kyoto Imperial Palace, and the Katsura Imperial Villa, were all designated as Imperial Asset (owned by nation), and are under the Imperial Household Agency's control.
修学院離宮は、第二次大戦後は、京都御所、桂離宮などと同様、「皇室用財産」（所有者は国）と位置づけられて、宮内庁が管理している。