As this shrine is reportedly on the historic spot of the Moto Ise 'Yosa no miya shrine in Tanba' ("Yamatohime no mikoto seiki"), its title is 'Moto-ise,' and also called 'Moto Ise Kotai-jingu Shrine' or 'Motoise Naiku Shrine' because of the tradition that this shrine is the origin of the Kodai-jingu Shrine.
元伊勢「丹波国乃吉佐宮」（『倭姫命世記』）の旧跡であるとの伝承から「元伊勢」を冠して称され、また特に皇大神宮の元宮であるとの伝承から、「元伊勢皇大神宮」或いは「元伊勢内宮」とも称される。