According to the shrine's biography, FUJIWARA no Fuyutsugu received an imperial order from Emperor Kanmu in 795 and made a branch shrine of Chikuzen Munakata deity as a guardian god of the royal palace, and enshrined it at the southwest corner of his own house, Tokyo-tei (Tokyo Ichijo-tei), and the oldest record of the enshrinement place is found in "Doyuki."
社伝によれば、延暦14年（795年）、藤原冬嗣が桓武天皇の勅命を蒙り、皇居鎮護の神として筑前宗像神を勧請し、自邸である東京第（東京一条第ともいう）の西南隅に祀ったものと伝えるが、当神社の鎮座由来を記す最古のものとしては『土右記』が挙げられる。