In addition, new temples built within the grounds of monzeki temples also constructed their own inge sub-temples and branch temples, and in 1560 nine sub-temples including Kyogyo-ji Temple in Settsu-Tonda and Gansho-ji Temple in Ise-Nagashima were established as inge by monk-Imperial Prince Sonjo following Hongan-ji Temple's designation as a monzeki temple in the previous year.
また、新たに門跡寺院に加えられた寺院が自己の別院・末寺を院家として設定することも行われており、永禄3年（1560年）には前年の本願寺の門跡寺院指定に伴って摂津富田の教行寺や伊勢長島の願証寺などの9ヶ所の末寺が尊助法親王によって院家として定められている。