On January 3, 1868, due to the coup of Decree for the Restoration of Imperial Rule after Taisei Hokan (transfer of power back to the Emperor) was implemented in October in the same year, the Satsuma and the Choshu clans established the right to rule Kyoto and, therefore, the Kyoto Shugoshoku was abolished six years after its foundation.
慶応3年12月9日(旧暦)（1868年1月3日）、この年の10月に行われた大政奉還後の王政復古の大号令クーデターによって薩摩藩・長州藩が京都の支配権を確立したため、京都守護職は設置後6年をもって廃止された。