Though the school had more than 100 branch temples in the Genroku years (1688 - 1704), Isshin-in came under the control of Chion-in as a result of conflicts within the school.
元禄年間（1688年～1704年）には100ヶ寺を超える末寺を有したが、派内での争いにより知恩院の管理となった。