As stated previously, the Nanban-ji Temple building itself no longer exists, but contemporary Japanese paintings (Nanban-ji folding screens etc.), written works (mainly the records of missionaries) and archaeological investigations of ruins thought to be those of churches have led to the following speculations as to the church's architectural characteristics.
前節で述べたように、南蛮寺の建物自体は一切現存しておらず、その建築上の特徴は、同時代の日本人によって描かれた絵画資料（南蛮屏風等）、文字資料（主に宣教師の記録）、および教会跡と推定される遺跡の考古学的調査の結果から、以下のように推測される。