Although Hideyoshi TOYOTOMI promulgated the edict expelling the European missionaries before, the Shimabara Uprising is said to be the direct trigger for the national isolation policy for the reason that the combination of Christianity and the riot (the intermediate nature between an uprising of powerful local samurai in the medieval period and a peasant's revolt during the early-modern period) turned out to be so difficult to suppress that Christianity was strongly recognized as danderous.
バテレン追放令は、既に豊臣秀吉が発令していたが、鎖国の直接的契機となったのは島原の乱で、キリスト教と一揆（中世の国人一揆と近世の百姓一揆の中間的な性格を持つもの）が結び付いたことにより、その鎮圧が困難であったため、キリスト教の危険性が強く認識されたためであると言われる。