Before the station started its operation, it was planned to name the station 'Shiyakusho-mae,' but the name was in fact changed to 'Kyoto Shiyakusho-mae' (at the same time, the name of the 'Kawaramachi-Nijo' stop on the routes of Kyoto City Bus was changed to match the name of the station.
開業前段階では、単に「市役所前」駅となる予定であったが、それが変更されて「京都市役所前」として開業した（京都市営バスの「河原町二条」停留所も同時にこの駅名と同じ停留所名に改称された。