The temple name became Kongobu-ji Temple after the merger in 1869 between Seigan-ji Temple in Koyasan founded by Hideyoshi TOYOTOMI in 1593 for the repose of the soul of his mother, Omandokoro (Mother of the chief Adviser to the Emperor), and Kozan-ji Temple founded by Mokujiki Ogo in 1590.
1593年（文禄2年）に豊臣秀吉が母・大政所の追善菩提のために高野山に建立した青厳寺と1590年（天正18年）に木食応其が建立した興山寺を1869年（明治2年）に合併して、寺号を金剛峯寺とした。