Following the death of Yoshimitsu, Yoshimochi intended to disassemble Kiyatama-dono villa and leave only the Shariden Hall intact but, as requested in Yoshimitsu's will, the site was converted into a Zen temple and named 'Rokuon-ji Temple' after Yoshimitsu's posthumous Buddhist name 'Rokuon'in.'
義満の死後、義持によって北山殿は舎利殿を残して解体されるが、義満の遺言により禅寺とされ、義満の法号「鹿苑院」から鹿苑寺と名付けられた。