According to shrine legend, Fujinomori-jinja Shrine originated in the year 203 after the triumphant return of Empress Jingu from the military invasion of the Three Kingdoms of Korea when she placed in a mound the battle flags and military equipment at Fujinomori, Fukakusanosato, Yamashiro Province and held a religious service.
社伝では、神功皇后3年（203年）、三韓征伐から凱旋した神功皇后が、山城国・深草の里の藤森に纛旗（とうき、いくさ旗）を立て、兵具を納め、塚を作り、祭祀を行ったのが当社の発祥であるとしている。