The organization of former Hakodate and Nemuro Prefectures was succeeded by Hakodate and Nemuro offices of the Hokkaido government, and continued until the transition to the subprefecture system on November 5, 1890.
なお、旧函館県及び根室県の組織はそのまま北海道庁函館支庁及び根室支庁として、1890年11月5日の支庁制移行まで継続される事になった。