Historically, Shobo-ji Temple (Oshu City, Iwate Prefecture) was the head temple for the two Ou provinces, and Daiji-ji Temple (Kumamoto City, Kumamoto Prefecture) was for a while the head temple of Kyushu; however, Eihei-ji Temple and Soji-ji Temple became head temples based on the Act for Temples in 1615.
歴史的には正法寺(奥州市)（岩手県奥州市）が奥羽二州の本山、大慈寺（熊本県熊本市）が九州本山であった期間があるが、元和(日本)元年（1615年）の寺院法度により永平寺、總持寺のみが大本山となる。