In the Edo period, Shiga had Zeze, Minakuchi, Omizo, Nishioji, Omi-Miyagawa, Yamagami, and Mikami Domains and Omori Jinya (regional government office) of the Mogami family given the title of Kotaiyoriai (high-ranking liege vassals) and Kutsuki Jinya of the Kutsuki family given the title of Kotaiyoriai.
また、江戸時代にあった藩として、膳所藩、水口藩、大溝藩、西大路藩、近江宮川藩、山上藩、三上藩、交代寄合の最上家の大森陣屋、交代寄合の朽木家の朽木陣屋があった。