In 1680 during the Edo period, Chion-in Temple's 38th head priest Manmu vowed to establish a Nenbutsu training hall on the site which was closely associated with Honen, and he and his disciple Nincho revived the structure into what was to become Honen-in Temple.
江戸時代になり、1680年（延宝8年）に、知恩院の第38世である万無が、法然ゆかりの地に念仏道場を建てることを発願し、門弟の忍澂と共に再興したのが当寺であるとされる。