It appears as though Bujo-ji Temple stood in ruin during the early modern period but it is said that in 1676 under the order of the Emperor Gosai, the retired emperor's son Imperial Prince Shogoinnomiya Doyu commanded Priest Genkai of Kifune Jojuin Temple to revive the temple.
近世には峰定寺は荒廃していたようだが、延宝4年（1676年）、時の後西天皇の勅により、上皇の皇子である聖護院宮道祐親王が貴船成就院の元快に命じて、伽藍を再興したという。