The major difference is that the original Shingon sect (the so-called Kogi Shingon sect) teaches Varirocana teachings (teaching that Dainichinyorai, the highest buddha in the Shingon sect, himself preaches), whereas the Shingi Shingon sect teaches Adhisthana-kaya teachings (teaching that Dainichinyorai becomes Adhisthana-kaya in order to preach).
従来の真言宗では（いわゆる古義真言宗）では本地身説法（真言宗最高仏である大日如来が自ら説法するとする説）を説くのに対して、新義真言宗では加持身説法（大日如来が説法のため加持身となって教えを説くとする説）を説くことが大きな違いである。