Although it was designated as a national historical site of the remains of the Yamashiro Kokubun-ji Temple since July 1, 1957, the change of the place name as Kuni no miya ato/ Kunikyu seki (the remains of Kunikyo) (the remains of the Yamashiro Kokubun-ji Temple) was requested at the Council for Cultural Affairs on November 17, 2006, and the new name was announced through the official gazette on February 6, 2007.
1957年7月1日山城国分寺跡として、国史跡に指定されていたが、2006年11月17日の文化審議会で、恭仁宮跡（山城国分寺跡）に名称変更が答申され、2007年2月6日付け官報告示で確定した。