In 1595, Toshitsugu was born in Shimousa-koshino domain as the first son of Yasutoshi HONDA who was a senior vassal of the Tokugawa clan (later the first lord of Zeze Domain).
文禄4年（1595年）、徳川氏の重臣（のち膳所藩初代藩主）・本多康俊の長男として下総小篠で生まれる。