In the Meiji period, this shrine was categorized as Sonsha, and then identified as Shikinai Myojin-taisha in 1877, as the confirmation written under the name of Kyoto Prefecture in June 1877 says that 'Tsukiyomi-sha is definitely the Engishikinaisha Ogawatsuki-jinja Shrine.'
明治になって村社とされたが、明治10年（1877年）に式内名神大社に比定され、同年6月の京都府名義の確認書に「月読社延喜式内小川月神社ニ相違無之候」とある。