Jingi-in was abolished on February 2, 1946, and the right of controlling shrines in Japan was inherited by Jinja Honcho (Association of Shinto Shrines) established on the next day.
神祇院は昭和21年（1946年）2月2日に廃止され、全国の神社の管轄は翌日に設立された宗教法人神社本庁に引き継がれた。