Under the circumstances and with most of the passengers of the Kusatsu Line going to Otsu and Kyoto, some trains run through to Kyoto during the morning and evening (through to Osaka during the morning on weekdays).
その経緯と、かつ草津線乗客の大多数の流動が大津・京都を向いていることもあり、朝夕には京都（平日朝は大阪駅）まで直通する電車もある。