But, soon he conflicted with Motonaga and killed him in Sakai in 1532 by inciting the Ikko-Ikki Riots in cooperation with Sho'nyo HONGANJI and Nagamasa KIZAWA.
しかしやがて元長と対立し、天文(元号)元年（1532年）に晴元は本願寺証如や木沢長政らと手を結び、一向一揆を扇動して元長を堺で殺害した。