He joined forces with Motonaga MIYOSHI to attack Takakuni HOSOKAWA in 1526, then, in 1527, he and Yoshitsune ASHIKAGA made Sakai, Izumi Province their base and appointed Yoshitsuna as Shogun (Sakai kubo) after Takakuni escaped to Omi with the 12th Shogun, Yoshiharu ASHIKAGA.
大永6年（1526年）、三好元長らと共に挙兵して細川高国を攻め、大永7年（1527年）に高国が第12代将軍・足利義晴らとともに近江へ落ち延びると、晴元は足利義維と共に和泉国堺を本拠とし、義維を将軍と成した（堺公方）。