This belief is considered to have existed from the Jomon period based on the fact that objects of worship for Mishaguji and things which were identical to Mishaguji's yorishiro were found at a number of Jomon period sites located in the area where Mishaguji belief has prevailed.
信仰の分布域と重なる縄文時代の遺跡からミシャグジ神の御神体となっている物や依代とされている物と同じ物が出土している事等からこの信仰が縄文時代から存在していたと考えられている。