From the perspective of an unbroken line of Emperors, a Female-line Emperor doesn't belong to the imperial lineage originating from Emperor Jinmu even if he/she ascended to the throne, therefore, leading to the first-ever dynastic change in Japan.
万世一系の立場からは、女系天皇は即位しても神武天皇以来の皇統に属さず、その結果として日本史上初の王朝交代が生じる、ということになる。