According to texts such as "Kaju-ji engi", in the year 900 Emperor Daigo ordered Udaijin (Minister of the Right) FUJIWARA no Sadakata, the brother of his mother FUJIWARA no Inshi (or Taneko) who passed away at a young age, to convert the remains of her grandfather Iyamasu MIYAJI's estate into a temple in her memory.
『勧修寺縁起』等によれば、当寺は昌泰3年（900年）、醍醐天皇が若くして死去した生母藤原胤子の追善のため、胤子の祖父にあたる宮道弥益（みやじいやます）の邸宅跡を寺に改めたもので、胤子の同母兄弟である右大臣藤原定方に命じて造立させたという。