In 1203, soon after the second Shogun MINAMOTO no Yoriie was expelled owing to the Conspiracy of Yoshikazu HIKI and the third Shogun MINAMOTO no Sanetomo was backed up, Tomomasa was dispatched to Kyoto as Kyoto Shugo (Kyoto provincial constable) to prevent the possible insurrections that might be provoked taking advantage of the agitated situation of the Kamakura bakufu.
建仁3年（1203年）の比企能員の変によって2代将軍源頼家が追放され、3代将軍源実朝が擁立された直後、政変による鎌倉幕府の動揺に乗した謀反を防ぐべく京都守護として都に派遣された。