During the Kanbun years, the Kyoto Machi-bugyo was formally treated as a non-member of the Fushimi Bugyo, although in the Genroku and Bunka years the Fushimi Bugyo was integrated with the Kyoto Machi-bugyo.
また、寛文年間には京都町奉行が形式上伏見奉行の員外で扱われていたり、逆に元禄・文化(日本)年間には伏見奉行が京都町奉行に統合されることがあった。