Its temple history written in Kamakura period describes the origin of the shine, and according to it, after the death of the founder of the Fujiwara clan, FUJIWARA no Kamatari, a monk and his elder son Joe came back to Japan from China (Tang Dynasty) and moved his father's tomb from Ai, Settsu Province (see Abuyama Tumulus) to Yamato Province, where he erected Jusanjunoto (Thirteen-storied pagoda) in 678.
鎌倉時代に成立した寺伝によると、藤原氏の祖である藤原鎌足の死後の天武天皇7年（678年）、長男で僧の定恵が唐からの帰国後に、父の墓を摂津国安威の地（参照：阿武山古墳）から大和国のこの地に移し、十三重塔を造立したのが発祥である。