In 1536, he killed all the believers of the Hokke sect, which was growing in influence in Kyoto allied with the Rokkaku clan of Enryaku-ji Temple on Mt. Hiei (Tenmon-Hokke Rebellion).
天文5年（1536年）には京都で勢力を伸ばした法華衆に対し、比叡山延暦寺・六角氏と連合して壊滅させた（天文法華の乱）。