Misasagi Station, a junction station to the Keihan Keishin Line, has a platform for westbound trains (for Keage Station) on the second basement level and a platform for eastbound trains (for Yamashina Station) on the third basement level.
京阪京津線の乗り入れの接続駅で、地下2層が西行き（蹴上駅方面）、地下3層が東行き（山科駅方面）のホームとなっている。