The temple was reportedly founded by HATA no Kawakatsu in 603, when he constructed Uji-bashi Bridge, but according to the monument called 'Uji-bashi Danbi' (a national important cultural property) within the premises of the temple, the Uji-bashi Bridge is considered to have been built by the monk Doto of Ganko-ji Temple.
この寺は、603年（推古天皇11年）に秦河勝が宇治橋を架けた折に創建した寺と伝えられているが、境内にある「宇治橋断碑」（国の重要文化財）によれば、宇治橋は元興寺の僧道登によって架けられたものとされる。