In the Onin War, the clan supported Katsumoto HOSOKAWA, and for this merit, it came back in power regaining the position of powerful daimyo (feudal lord) ruling the three provinces, Harima, Bizen and Mimasaka, then drove away the force of the Yamana clan in 1488.
応仁の乱では細川勝元に与し、その功により播磨・備前・美作の3ヶ国を領する大大名にまで返り咲き、長享2年（1488年）には山名氏の勢力を播磨から駆逐した。