Following its destruction by fire during Nobunaga ODA's raid, the current Konpon Chudo was rebuilt over a period of 8 years from 1634 (completed in 1641) by order of the third Tokugawa Shogun, Iemitsu TOKUGAWA acting on the counsel of Jigen Daishi Tenkai.
現在の根本中堂は、織田信長焼き討ちの後、慈眼大師天海の進言により徳川三代将軍家光の命によって、1634年（寛永11年）より8年の歳月をかけて再建されたもの（完成は1641年（寛永19年）。