In 1654, Yinyuan traveled to Japan with 30 disciples, first residing at Nagasaki's Kofuku-ji Temple and then Fumon-ji Temple in Settsutonda (present day Takatsuki City, Osaka Prefecture).
承応3年（1654年）、30名の弟子とともに来日した隠元は、はじめ長崎の興福寺、次いで摂津富田（せっつとんだ、現・大阪府高槻市）の普門寺（ふもんじ）に住した。