Of the three halls (Yakushido, Monjudo, Kyodo) built by Saicho, the central Yakushido hall became known as Chudo (lit. central hall) and this name remained after the three halls were combined into a single temple complex.
中堂という呼称の由来は、最澄創建の三堂（薬師堂・文殊堂・経蔵）の中心に位置することから薬師堂を中堂と呼ぶようになり、後にこの三堂は一つの伽藍にまとめられ、中堂という名前が残ったとされる。