Under the order of the Emperor Meiji, the shrine was relocated to the former Nakanoin family estate (current site) in front of the Hamaguri-gomon gate of the Kyoto Imperial Garden in 1886.
明治19年（1886年）、明治天皇の勅命により京都御苑蛤御門前の中院家邸宅跡（現在地）に遷座した。