Chugu-ji Temple fell into a decline after the Heian Period but it has remained as a monzeki temple up to today since Jikakuin no miya assumed the first monzeki (chief nun) in the early Edo period (1602).
中宮寺は平安時代以降衰微したが、江戸時代初期の慶長7年（1602年）、慈覚院宮を初代門跡に迎え、以後門跡尼寺として今日に至っている。