Hiyoshijinja Shrine originally enshrined Ooyamakuinokami, a deity of Mt. Hiei (originally written as 日枝山 and later as 比叡山) in Omi Province; and in 668, the next year of relocation of capital to Omikyo, Oomikawanokami, i.e., Oomononushinokami, of Mt. Miwa (also known as Mt. Mimoro) in Yamato Province was transferred to the shrine to be enshrined with Ooyamakuinokami to protect the new capital Otsukyo.
日吉神社は、もともと近江国日枝山（ひえのやま：後に比叡山の字が充てられた）の神である「大山咋神」（おおやまくいのかみ）を祀っていたもので、後に近江京遷都の翌年である天智天皇七年（668年）、大津京鎮護のため大和国三輪山（三諸山（みもろやま）とも）の大三輪神（おおみわのかみ）、すなわち大物主神（おおものぬしのかみ）を勧請しともに祀られた。