According to temple legend, Domyo Shonin had a three-storied pagoda built on the west side of Mt. Hatsuse (the place known today as Motohase-dera Temple) in 686, and then, in 727, Tokudo Shonin founded the temple when he enshrined the statue of the Eleven-faced Kannon on the east side (where the present Hondo stands).
寺伝によれば、天武朝の朱鳥元年（686年）、道明上人が初瀬山の西の丘（現在、本長谷寺と呼ばれている場所）に三重塔を建立、続いて神亀4年（727年）、徳道上人が東の丘（現在の本堂の地）に本尊十一面観音像を祀って開山したという。