In the era of Harushisa, a legitimate grandchild of Tsunehisa, the clan still had a contact with Hongan-ji Temple, and in a diary of the temple, the Amago clan sometimes appeared.
嫡孫晴久の代にも本願寺とは連絡を取っており、度々本願寺側の日記にも尼子氏の名は登場している。