Up until the Edo period, it was called 'Sanja Myojin,' and then it became 'Jusanja Myojin' in 1874 followed by 'Meta-jinja Shrine' (written as 賣田神社 in Japanese) in 1891, and afterward, the name was changed to the currently-used name 'Meta-jinja Shrine' (written as賣太神社 in Japanese) in 1942.
江戸時代までは「三社明神」と呼ばれており、明治7年に「十三社明神」となり、明治24年に「賣田神社」、昭和17年に現在の「賣太神社」に改称した。