Dainen-ji Temple was founded in 1555 during the latter part of the Muromachi period by the kaiki (founding patron) Ijiri Tajimanokami Chosuke and kaizan (founding priest) Tokuyo Konen who was invited from Chion-in Temple.
室町時代後期の弘治(日本)元年（1555年）、井尻但馬守長助による開基、開山は知恩院から招いた徳誉光然である。