在所有样本类型中都适用吗？
目前仅适用于肺泡灌洗液、脑脊液、血液和痰液样本。 其他样本正在评测中。
Q-mNGS可获得样本中人源核酸和微生物核酸的真实含量信息，并可在同样本类型中进行横向对比，可在临床上用于：
1）判断mNGS阴性报告是真阴性，还是由人源核酸占比过高导致的假阴性
Host index 反应了该样本中人源核酸的含量，并根据其在既往大数据分布中的位置，判定样本中人源核酸含量是否过高，以此得出阴性报告是否为人源核酸过高导致的假阴性情况，或是人源核酸正常范围而病原体核酸没有的真阴性情况。若是人源核酸过高导致的假阳性，可进行去人源处理后复检。
2）抗感染治疗疗效评估
Q-index 反应了样本中某病原体的含量，通过对治疗前后同类型样本的该病原体 Q-index 进行比较，可以明确该病原体在人体中的含量变化情况，从而明确抗感染治疗的效果（如下表，单看 reads 没有变化，标化后治疗效果显著）。
| 样本 | 数据量 | 腺病毒Reads | 腺病毒RPM | 内标Reads | 内标RPM | 腺病毒/内标 |
| 阴性对照 | 10624208 | 0 | 0 | 40337 | 3796.7 | / |
| 治疗前 | 11386513 | 36021 | 419.36 | 775 | 68.1 | 6.16 |
| 治疗中 | 17509180 | 34103 | 273.23 | 2415 | 137.9 | 1.98 |
| 治疗后 | 9553597 | 6 | 0.63 | 13102 | 1371.4 | 0.0005 |
3）辅助判断条件致病菌是定植还是感染
通过比较样本中某条件致病菌的 Q-index 在既往同类型样本该条件致病菌的 Q-index 分布中的位置，并结合患者其他临床指征，判断其是否导致感染。