Lorsque, sur recours hiérarchique, l'autorisation de licencier un salarié protégé est refusée en raison d'une irrégularité de procédure, les motifs par lesquels l'autorité administrative qui, annulant par la même décision l'autorisation de licenciement accordée par l'inspecteur du travail, porte une appréciation sur la matérialité des faits, leur gravité, et le lien entre la procédure de licenciement et les fonctions représentatives,  ne sont pas le soutien nécessaire de la décision de refus. 
Ils ne peuvent dès lors être opposés au salarié qui conteste une nouvelle procédure de licenciement engagée à son encontre pour les mêmes faits, postérieurement à l'expiration de la période de la protection
Le salarié protégé ne peut être licencié au terme de son mandat en raison de faits commis pendant la période de protection, qui auraient dû être soumis à l'inspecteur du travail