Le contrat de travail du salarié protégé, licencié sur le fondement d'une autorisation administrative ensuite annulée, et qui ne demande pas sa réintégration, est rompu par l'effet du licenciement. Lorsque l'annulation de l'autorisation de licenciement est devenue définitive, le salarié a droit, d'une part, en application de l'article L. 2422-4 du code du travail,  au paiement d'une indemnité égale à la totalité du préjudice subi au cours de la période écoulée entre son licenciement et l'expiration du délai de deux mois suivant la notification de la décision d'annulation, d'autre part, au paiement des indemnités de rupture, s'il n'en a pas bénéficié au moment du licenciement et s'il remplit les conditions pour y prétendre, et de l'indemnité prévue par l'article L. 1235-3 du code du travail, s'il est établi que son licenciement était, au moment où il a été prononcé, dépourvu de cause réelle et sérieuse. 
Ces dispositions font obstacle à ce que la juridiction prud'homale se prononce sur la demande de résiliation judiciaire formée par le salarié protégé, même si sa saisine est antérieure à la rupture
Un salarié protégé, licencié pour inaptitude après autorisation de l'inspecteur du travail, autorisation ensuite annulée pour vice de forme, ne peut prétendre à une indemnité pour violation du statut protecteur, la rupture ayant été autorisée, mais a droit, lorsque l'annulation est devenue définitive, à l'indemnité prévue par l'article L. 2422-4 du code du travail