Dans le cas où une demande d'autorisation de licenciement d'un salarié protégé est motivée par son inaptitude physique, il appartient à l'administration du travail de vérifier que l'inaptitude physique du salarié est réelle et justifie son licenciement. Il ne lui appartient pas en revanche, dans l'exercice de ce contrôle, de rechercher la cause de cette inaptitude, y compris dans le cas où la faute invoquée résulte d'un harcèlement moral dont l'effet serait la nullité de la rupture du contrat de travail. 
Ce faisant, l'autorisation de licenciement donnée par l'inspecteur du travail ne fait pas obstacle à ce que le salarié fasse valoir devant les juridictions judiciaires tous les droits résultant de l'origine de l'inaptitude lorsqu'il l'attribue à un manquement de l'employeur à ses obligations
Le salarié protégé licencié pour inaptitude en vertu d'une autorisation administrative ne peut faire valoir devant les juridictions judiciaires les droits résultant de l'origine de l'inaptitude que lorsqu'il l'attribue à un manquement de l'employeur à ses obligations.
En conséquence, le salarié qui n'a jamais soutenu devant les juges du fond que le harcèlement moral dont il avait fait l'objet était à l'origine de son inaptitude mais affirmait au contraire que celle-ci était strictement physique, n'est pas recevable à soutenir devant la Cour de cassation que la cour d'appel a violé le principe de la séparation des pouvoirs en retenant que ce principe l'empêchait de demander devant le juge judiciaire la réparation de la perte de son emploi