Sachverhalt: A. Am 11. Dezember 2007 reichte die Y._ Film Production SA, nunmehr X._ Film Production SA (Beschwerdeführerin; Klägerin), mit Sitz in Genf gegen die Z._ AG (Beschwerdegegnerin; Beklagte) mit Sitz in Tägerwilen beim Obergericht des Kantons Thurgau Klage ein und stellte folgende Rechtsbegehren: "A. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin eine Originalfassung des Weltvertriebsvertrags zwischen der Klägerin und der Beklagten vom 9. Februar 2005 betreffend den Spielfilm "A._" von B._ herauszugeben. B. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin eine detaillierte Abrechnung über alle Einnahmen aus der durch die Beklagte vertraglich und ausservertraglich getätigten Verwertung des Langspielfilms "A._" von B._ schriftlich zu übermitteln sowie der Klägerin Einsicht und Prüfung der für diese Verwertung relevanten Bücher und Unterlagen der Beklagten durch eine branchenkundige Person zu gewähren. C. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin den "Netto-Produzentenanteil" gemäss Art. 4.4 des Weltvertriebsvertrags zwischen der Klägerin und der Beklagten vom 9. Februar 2005 betreffend den Spielfilm "A._" von B._ für die dreimonatige Vertragsdauer vom 9. Februar 2005 bis zum 9. Mai 2005 zu bezahlen, samt Verzugszins von 5% seit dem 1. Juli 2005. D. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin einen dem "Netto-Produzentenanteil" gemäss Art. 4.4 des Weltvertriebsvertrags zwischen der Klägerin und der Beklagten vom 9. Februar 2005 betreffend den Spielfilm "A._" von B._ gleichwertigen Anteil aus der Verwertung dieses Films aufgrund der vom 9. Mai 2005 bis 13. September 2006 abgeschlossenen einzelnen mündlichen Verwertungsverträgen zwischen den Parteien zu bezahlen, samt Verzugszins von 5% seit dem 1. Februar 2006. E. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin sämtliche Einnahmen aus der von der Beklagten seit dem 13. September 2006 getätigten ausservertraglichen Verwertung des Spielfilms "A._" von B._ zu bezahlen, samt Verzugszins von 5% seit dem 1. Februar 2006. [Ein Rechtsbegehren lit. F wurde nicht gestellt.] G. Es sei der Beklagten unter Strafandrohung zu verbieten, jegliche Verwendung und Verwertung des Spielfilms "A._" von B._ zu tätigen, die nicht von der Klägerin genehmigt ist." Die Beschwerdeführerin brachte zur Begründung ihrer Klage unter anderem vor, sie habe mit der Beschwerdegegnerin am 9. Februar 2005 einen Weltvertriebsvertrag abgeschlossen, in dem sich die Beschwerdegegnerin verpflichtet habe, für eine Dauer von drei Monaten den Spielfilm "A._" von B._ zu vertreiben. Die Beschwerdegegnerin habe die aus den getätigten Verkäufen des Films erzielten Erlöse, nach Abzug ihrer Kommission, nicht an die Beschwerdeführerin bezahlt und sich geweigert, sämtliche Dokumente beziehungsweise Gegenstände zurückzugeben, die ihr die Beschwerdeführerin zur Wahrnehmung der vertraglichen Pflichten übergeben habe. Die Beschwerdeführerin habe sich geweigert, den auf eine Dauer von drei Monaten beschränkten Weltvertriebsvertrag vom 9. Februar 2005 zu verlängern. Nach Ablauf der Vertragsdauer habe sie sich jedoch bereit erklärt, die Beschwerdegegnerin mittels punktuellen Einzelvereinbarungen auf nicht exklusiver Basis zu beauftragen, den Film zu vertreiben. Am 13. September 2006 habe sie der Beschwerdegegnerin mündlich mitgeteilt, dass sie keine weiteren vertraglichen Beziehungen mehr mit ihr wünsche. Die Beschwerdegegnerin stellte in ihrer Klagantwort folgende Anträge: "A. Es sei festzustellen, dass der zwischen der Klägerin und der Beklagten abgeschlossene Weltvertriebsvertrag vom 9. Februar/10. März 2005 gültig ist und die in Ziffer 3 schriftlich vereinbarte Vertragslaufzeit vom 10. März 2005 bis 10. März 2020 wirksam ist. Der Vertrag liegt sowohl der Klägerin als auch der Beklagten jeweils in einem Originalexemplar vor. B. Es sei festzustellen, dass die als Beilage 7, 8 und 9 vorgelegten Abrechnungen sämtlich der Klägerin zweifelsfrei vorliegen. C. Es sei die Klägerin zu verurteilen, Auskunft darüber zu erteilen, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang von ihr selbst oder durch beauftragte Dritte die der Beklagten aus dem Weltvertriebsvertrag zustehenden Rechte während der Laufzeit des Weltvertriebsvertrags angeboten und gegebenenfalls verkauft wurden. D. Es sei festzustellen, dass der Beklagten das von der Beklagten dem Anwalt der Klägerin mit Schreiben vom 9. Mai 2007 mitgeteilte Zurückbehalterecht zusteht. E. Es sei die Klägerin zu verurteilen, der Beklagten den Schaden zu ersetzen für das ausserordentliche "Ruhenlassen" der Weltvertriebsaktivitäten sowie durch Dritte (Weltvertrieb) generierte Erlöse und somit entgangenen Gewinn für die Beklagte. F. Es sind die Rechtsbegehren der Klägerin unter A, B, C, D, E und G aus der Klageschrift abzuweisen." Die Beschwerdegegnerin machte geltend, der Weltvertriebsvertrag sei mit einer Laufzeit von 15 Jahren abgeschlossen worden und bis am 10. März 2020 gültig. Sie habe Vermarktungs- und Vertriebsaktivitäten vorgenommen, um den Film an Fernsehsender und Filmverleiher zu lizenzieren. Sie habe den Film in Erfüllung des Weltvertriebsvertrags insgesamt an drei Lizenznehmer weiterlizenziert. Die Beschwerdeführerin habe die der Beschwerdegegnerin zustehenden Rechte am Film im Sommer 2006 an einen Dritten weitergegeben. Der Beschwerdegegnerin stehe daher ein Schadenersatzanspruch zu, weshalb sie die bisherigen Erlöse einbehalten habe. Mit Einschreiben vom 22. Mai 2008 wies der Obergerichtspräsident die Parteien darauf hin, dass mit der Klagantwort eigenständige materielle Begehren gestellt worden seien, die über den blossen Antrag auf Abweisung der Klage oder entsprechende Hilfsbegehren hinausgingen. Auf eine solche Widerklage könne das Obergericht in diesem Verfahren nicht eintreten, da sich die entsprechenden Begehren nur auf Vertragsrecht, nicht aber auf Urheberrecht stützten und somit im Sinn von § 89 Abs. 1 ZPO/TG nicht die gleiche Verfahrensart Anwendung finde. Zur Beurteilung solcher Ansprüche müsse der ordentliche Richter angerufen werden. Das Obergericht werde sich auch mit der Frage befassen müssen, ob schon die Klage entsprechende Rechtsbegehren enthalte, die nicht in die alleinige Zuständigkeit des Obergerichts fielen. B. Mit Entscheid vom 27. Mai 2008 trat das Obergericht auf die klägerischen Rechtsbegehren A, C, D sowie B, soweit die vertragliche Verwertung des Spielfilms "A._" betreffend, sowie auf die Widerklage nicht ein. Mit Bezug auf die übrigen Rechtsbegehren wies es die Klage ab. Das Obergericht erwog, nach § 49 Abs. 1 Ziff. 1 ZPO/TG beurteile das Obergericht als einzige kantonale Instanz unter anderem Streitigkeiten betreffend Urheberrecht. Vertragsklagen, die sich auf eine Nicht- oder Schlechterfüllung von Abtretungs-, Lizenz- oder Verlagsverträgen über Immaterialgüterrechte beziehen, seien demgegenüber nicht vor dem Obergericht, sondern vor den ordentlichen Zivilgerichten einzubringen (§§ 46 f. ZPO/TG). Urheberrechtlicher Natur seien nur die Anspruchsgrundlagen der klägerischen Rechtsbegehren E und G sowie B, soweit die ausservertragliche Verwertung betreffend. Die anderen klägerischen Rechtsbegehren stützten sich dagegen ausschliesslich auf den Weltvertriebsvertrag, ebenso die beiden selbständigen Rechtsbegehren C und E der Beklagten. Diesbezüglich fehle es an der sachlichen Zuständigkeit des Obergerichts, weshalb es auf diese Begehren nicht eintrat. Soweit es auf die Klage eintrat, führte es aus, im Umfang, in dem die Beschwerdeführerin die ihr im Weltvertriebsvertrag eingeräumten Rechte ausübe, liege keine Verletzung der Urheberrechte der Beschwerdeführerin vor. Ob die Beschwerdeführerin gestützt auf ihr Urheberrecht am Film "A._" Ansprüche gegen die Beschwerdegegnerin erheben könne, hänge daher von der Geltungsdauer des Weltvertriebsvertrags ab. In Würdigung der eingereichten Unterlagen kam es zum Schluss, dass die Parteien eine Vertragsdauer von 15 Jahren vereinbart hatten. Der auf eine Dauer von fünfzehn Jahren abgeschlossene Lizenzvertrag sei weder durch Vertragsablauf noch durch Kündigung beendet worden. Der Beschwerdegegnerin stünden daher immer noch die ihr eingeräumten Rechte zu. Die Begehren der Beschwerdeführerin auf Abrechnung und Bezahlung von Einnahmen aus ausservertraglicher Verwertung des Spielfilms und auf Verbot der Verwendung und Verwertung des Spielfilms seien deshalb abzuweisen. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Obergerichts vom 27. Mai 2008 vollumfänglich aufzuheben. Es sei die Widerklage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Es sei die Sache zur vollumfänglichen Neubeurteilung an die zuständige Vorinstanz zurückzuweisen zwecks Stattgebung aller Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin gemäss ihrer Klagschrift vom 11. Dezember 2007. Eventualiter sei die Sache vollumfänglich durch das Bundesgericht neu zu beurteilen zwecks Stattgebung aller Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin gemäss ihrer Klagschrift vom 11. Dezember 2007. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten sei. Eventualiter und soweit auf Rechtsbegehren 2 der Beschwerdeführerin überhaupt eingetreten werde, sei das Verfahren zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventualiter die Widerklage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich gutzuheissen. Das Obergericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Mit Eingaben vom 1. Juni 2009 bzw. vom 10. Juni 2009 reichten die Parteien unaufgefordert eine Replik bzw. eine Duplik ein. Die Beschwerdeführerin zog dabei ihr Rechtsbegehren 2 zurück, wonach die Widerklage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen sei, soweit darauf einzutreten sei. D. Mit Schreiben vom 17. Februar 2009, beantragte die Beschwerdeführerin, zusätzlich zu den bereits gestellten Rechtsbegehren im vorliegenden Beschwerdeverfahren eine Berichtigung des Protokolls der Hauptverhandlung des Obergerichts vom 27. Mai 2008 zu erwirken. 