Faits: A. La Fondation des ?uvres sociales X._ SA (ci-après: la fondation) avec siège social à Y._, commune de Z._, a été créée par acte constitutif du 30 août 1951. Les statuts ont été modifiés à plusieurs reprises, la version actuellement applicable date du 4 juillet 2006 (ci-après: les statuts). L'art. 4 al. 1 des statuts précise que la fondation a pour but de venir en aide au personnel et à ses proches en cas de vieillesse, de maladie, d'accidents, d'invalidité ou de mort (let. a) et d'améliorer ou de maintenir les prestations assurées par la Caisse de retraite et de prévoyance en faveur du personnel X._ SA (let. b). L'alinéa 2 prévoit également une aide en cas de chômage et de service militaire si les personnes concernées sont dans une situation de nécessité. L'art. 5 des statuts stipule que les ressources de la fondation sont les revenus de sa fortune, des versements effectués par KIF Parechoc SA ainsi que des dons et legs éventuels. La fondation a reçu des versements de X._ SA entre 1950 et 1975. Par la suite, elle n'a plus été alimentée. Aucune contribution du personnel n'a jamais été exigée. Par lettre d'avril 2008, l'Autorité de surveillance des fondations du canton de Vaud a demandé à la fondation d'établir un règlement de liquidation partielle conformément aux art. 53b et 53d LPP. Après avoir satisfait à la demande en transmettant un projet de règlement, la fondation a décidé de renoncer à l'adoption d'un règlement sur la liquidation partielle. Par décision du 29 juin 2010, l'autorité de surveillance a ordonné au conseil de fondation d'établir un tel règlement et de le lui soumettre jusqu'au 31 août 2010. B. Par recours du 17 août 2010, la fondation a déféré cette décision au Tribunal administratif fédéral (TAF) et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Celle-ci a suspendu la procédure dans l'attente d'une décision du TAF sur sa compétence. Par jugement du 2 décembre 2011, le TAF, Cour III, a admis sa compétence, a confirmé l'obligation faite à la fondation d'établir un règlement sur la liquidation partielle et lui a imparti un délai pour s'exécuter de deux mois après l'entrée en force du jugement. C. La fondation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à ce qu'elle soit libérée de l'obligation d'établir un règlement de liquidation partielle. Elle demande la restitution de l'effet suspensif au recours. L'Autorité de surveillance a conclu au rejet du recours, sans s'opposer à l'octroi de l'effet suspensif. L'Office fédéral des assurances sociales a proposé l'admission du recours, estimant qu'une fondation patronale n'avait pas à suivre les règles de la LPP pour procéder à sa liquidation. L'effet suspensif a été restitué par ordonnance du juge instructeur du 20 août 2012. 