Sachverhalt: A. A.a Die X.A._ GmbH (Beschwerdeführerin 1) ist eine deutsche Gesellschaft mit Sitz in Magdeburg, die sogenannte Business Software herstellt. Die Z._ AG, Baar, (Beschwerdegegnerin 1) sowie die X._ AG, Baar, (Beschwerdegegnerin 2) vertreiben diese Business Software seit Jahren in der Schweiz unter der ihnen zustehenden Marke "X._" und im Ausland unter der Bezeichnung "Y._". Bei der Y.B._ AG (Beschwerdeführerin 2) handelt es sich um eine kürzlich gegründete schweizerische Aktiengesellschaft mit Sitz in St. Gallen, deren Zweck der Aufbau eines Händlernetzes sowie der exklusive Vertrieb der Business Software der Beschwerdeführerin 1 unter der Marke "Y._" ist. Die Beschwerdegegnerin 1 ist die Muttergesellschaft der Beschwerdegegnerin 2. Letztere verfügte bereits seit Mitte 2000 aufgrund eines Vertriebspartner-Vertrags über die exklusiven Vertriebsrechte der kaufmännischen Standardsoftware der Beschwerdeführerin 1 für das Gebiet der Schweiz und Österreich. A.b Im Hinblick auf das Auslaufen des Vertriebspartner-Vertrags vom 18. Juni 2000 schlossen die Beschwerdeführerin 1 und die Beschwerdegegnerin 1 am 13. Oktober 2005 mit Wirkung auf den 1. Juli 2006 einen Vertriebs- und Lizenzvertrag (nachfolgend Lizenzvertrag), wonach die Beschwerdegegnerin 1 die X._ Software exklusiv in der Schweiz und Liechtenstein nutzen und vertreiben soll. Die Exklusivität wurde für ein Jahr vereinbart. Der Lizenzvertrag sieht in Ziffer 5.5 vor, dass die Beschwerdegegnerin 1 nach Ablauf des ersten Jahres unter Einhaltung einer Frist von vier Monaten vor Beginn des nächsten Vertragsjahres die Weiterführung der Exklusivität einseitig verbindlich gegenüber der Beschwerdeführerin 1 erklären kann. Demgegenüber kann die Beschwerdeführerin 1 gemäss Ziffer 11.2 den Lizenzvertrag bei Nichtausübung der Verlängerung der Exklusivität mit einer Frist von einem Monat kündigen. Der Vertrag hat eine Mindestlaufzeit von drei Jahren mit einer anschliessenden Verlängerung von jeweils einem weiteren Jahr (Ziffer 11.1 Lizenzvertrag). Er kann ordentlich mit einer Frist von 13 Monaten zum Ende eines Vertragsjahres schriftlich gekündigt werden (Ziffer 11.2 Lizenzvertrag). Der Vertrag enthält sodann eine Rechtswahlklausel zugunsten des deutschen Rechts und als Gerichtsstand wurde Frankfurt am Main vereinbart (Ziffer 12.1 Lizenzvertrag). A.c Am 22. Mai 2007 kündigte die Beschwerdeführerin 1 den Lizenzvertrag unter Einhaltung der einmonatigen Kündigungsfrist auf Ende Juni 2007 unter Berufung darauf, dass die Beschwerdegegnerin 1 die Verlängerung der Exklusivität gemäss Ziffer 5.5 nicht fristgerecht erklärt habe. Die Beschwerdegegnerin 1 stellte sich hingegen auf den Standpunkt, sie bzw. ihr CEO C._ habe diese Verlängerung bereits anlässlich eines Treffens am Flughafen Zürich am 8. November 2006 gegenüber D._ und E._ mündlich erklärt. Mit E-Mail vom 25. April 2007 erklärte sie bzw. in ihrem Namen C._ die Verlängerung schriftlich. B. B.a Mit Eingabe vom 6. Juli 2007 gelangten die Beschwerdeführerinnen an das Kantonsgerichtspräsidium Zug und stellten ein Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen, womit den Beschwerdegegnerinnen verboten werden sollte, die von der Beschwerdeführerin 1 für den schweizerischen Markt hergestellte Software zu verkaufen oder in anderer Weise zu vertreiben sowie alle auf einen weiteren Verkauf gerichteten Handlungen zu tätigen und gegenüber bestehenden oder potenziellen Kunden oder der Presse Aussagen zu machen, wonach sie zum Verkauf und Vertrieb berechtigt seien. Mit Verfügung vom 10. September 2007 wies der Einzelrichter beim Kantonsgerichtspräsidium Zug das Gesuch ab, soweit darauf eingetreten werden konnte. B.b Die von den Beschwerdeführerinnen gegen die Verfügung des Einzelrichters beim Kantonsgerichtspräsidium Zug vom 10. September 2007 erhobene Beschwerde wies die Justizkommission des Obergerichts Zug mit Urteil vom 8. Juli 2008 ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht, das Urteil der Justizkommission des Obergerichts Zug vom 8. Juli 2008 und die Verfügung des Kantonsgerichtspräsidiums Zug vom 10. September 2007 seien aufzuheben. Zudem sei das vor den Vorinstanzen beantragte Verbot auszusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sowohl die Beschwerdegegnerinnen als auch die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf weitere Ausführungen verzichtet und verweist auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid. 