Fatti: A. II 22 dicembre 1999 A._ ha aperto una relazione presso la B._SA comprendente un deposito titoli e un conto di risparmio, sul quale ha versato in varie tappe la somma totale di fr. 570'000.--. La sua persona di riferimento presso la banca era C._. Questi, dal luglio 2000 fino al 2003, ha effettuato senza autorizzazione diverse operazioni di addebito e accredito, di acquisto e vendita di titoli nonché su derivati, falsificando la firma del cliente o comunque a sua insaputa. Le trattative per una soluzione stragiudiziale non sono andate in porto, nonostante lo storno da parte della banca di diverse operazioni illecite. Il 16 dicembre 2004 A._, dopo avere venduto i titoli in deposito, ha chiuso il conto prelevando il saldo di fr. 93'130.65. Il 13 luglio 2006 la Corte delle assise criminali di Lugano ha condannato C._ a 2 anni e 10 mesi di reclusione per truffa e falsità in documenti in relazione con le malversazioni effettuate ai danni di diversi clienti della banca, tra i quali A._, le cui pretese di risarcimento sono state rinviate al foro civile. B. In precedenza, con petizione dell'8 maggio 2006, A._ aveva chiesto al Pretore di Bellinzona di condannare la B._SA a pagargli fr. 476'869.35, costituiti dalla differenza tra la somma di fr. 570'000.-- versata sul conto e l'importo di fr. 93'130.65 incassato alla chiusura del conto; rendeva la banca responsabile del danno causatogli dal dipendente, che qualificava organo di fatto, per tutte le operazioni eseguite senza il suo consenso. La convenuta si è opposta all'azione obiettando che i prelievi eseguiti con firme false erano stati stornati e che per il resto le operazioni su titoli e derivati erano state volute dal cliente, il quale ne doveva sopportare i rischi. Il Pretore ha respinto la petizione con sentenza del 15 giugno 2009. La II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ne ha confermato il giudizio respingendo l'appellazione dell'attore il 23 novembre 2011. C. A._ insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 13 gennaio 2012. Chiede che la sentenza cantonale sia annullata e che la B._SA sia condannata a pagargli fr. 436'869.35, subordinatamente che la causa sia rinviata all'autorità cantonale affinché statuisca di nuovo nel senso dei considerandi; il tutto con carico alla convenuta di spese e ripetibili delle sedi cantonali e federale. La convenuta propone la reiezione del ricorso con risposta del 27 marzo 2012. L'autorità cantonale non si è pronunciata. Le parti hanno presentato una seconda presa di posizione: l'attore con osservazioni del 27 aprile 2012, la convenuta con duplica datata 15 maggio 2012. 