Sachverhalt: A. Im Jahr 2009 wurde der Kugelfang der 300 m-Schiessanlage des Sportschützenvereins Plaffeien-Brünisried altlastenrechtlich saniert. Die Anlage befindet sich in der Gemeinde Plaffeien und ist seit 1881 in Betrieb. Mit Verfügung vom 28. September 2009 gewährte das Bundesamt für Umwelt (BAFU) Abgeltungen des Bundes im Umfang von 40 % der anrechenbaren Kosten von Fr. 550'082.--, somit Fr. 220'033.--. Die Raumplanungs-, Umwelt- und Baudirektion (RUBD) des Kantons Freiburg erliess am 3. November 2010 eine Verfügung über die Kostenverteilung. Sie führte aus, weil eine Kostenverteilungsverfügung nur in Bezug auf das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) verlangt worden sei, genüge es, nur dessen Anteil festzulegen. Abzustellen sei dabei auf die Anzahl Schüsse. Nur für die Zeit ab 1980 lägen diesbezüglich einigermassen gesicherte Angaben vor, doch aufgrund der Truppenpräsenz im Ort sei auch für die Zeit davor von einer Benutzung des Schiessstands durch die Armee auszugehen. Insgesamt rechtfertige es sich, die Höhe der Kostenbeteiligung des VBS auf 30 % festzusetzen, was Fr. 99'015.-- ergebe. Gegen die Verfügung der RUBD erhob das VBS Beschwerde beim Kantonsgericht Freiburg. Dieses wies das Rechtsmittel mit Urteil vom 14. November 2011 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 21. Dezember 2011 beantragt das VBS, das Urteil des Kantonsgerichts sei aufzuheben, die Sanierungskosten für die nicht nachgewiesenen Schusszahlen zwischen 1881 und 1980 seien als Ausfallkosten durch den Kanton zu tragen und der Kostenanteil des VBS für den Zeitraum von 1981 bis 2000 sei auf einen angemessenen, Fr. 20'000.-- nicht übersteigenden Betrag festzusetzen. Das Kantonsgericht, die RUBD und die Gemeinde Plaffeien beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene BAFU ist der Ansicht, der angefochtene Entscheid verletze die Umweltschutzgesetzgebung des Bundes nicht. Das VBS hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest. 