Fatti: A. Il 28 aprile 2008 la Divisione delle costruzioni del Cantone Ticino ha indetto una gara d'appalto con procedura ad invito al fine di assegnare il mandato di progettista di zona per le prestazioni d'ingegneria occorrenti al Centro di manutenzione delle strade cantonali della Leventina nel periodo 2008-2010. Tra i quattro studi contattati vi erano anche quello degli ingegneri B._ e C._ nonché la A._SA. I primi hanno presentato un'offerta di fr. 116'423.20, basata su una tariffa oraria media di fr. 108.--, mentre la seconda ha inoltrato un'offerta di fr. 109'719.70, risultante da una tariffa oraria di fr. 99.--. Adducendo che le condizioni d'appalto potevano dar adito a diverse interpretazioni e che non tutti i concorrenti avevano ricevuto le medesime informazioni, con risoluzione del 17 giugno 2008, non impugnata, il Consiglio di Stato ha tuttavia annullato il concorso. B. Il 14 luglio 2008 la Divisione delle costruzioni ha indetto un nuovo concorso, simile al precedente anche se esteso al periodo 2008-2011, invitando nuovamente a presentare un'offerta quattro studi d'ingegneria, tra cui i due già menzionati. Le condizioni d'appalto indicavano che la commessa sarebbe stata aggiudicata in base ai criteri del prezzo (50 %), dell'attendibilità della tariffa media oraria (35 %), dell'organizzazione dell'offerente (10 %) e della formazione degli apprendisti (5 %). Per quanto concerne il prezzo, il minor offerente avrebbe ottenuto la nota 6 x 100, mentre le altre note sarebbero state calcolate secondo la formula 6 - (0,045 x (?)1.5) x 100 (in cui ? = [importo offerto - importo minor offerente]: importo minor offerente x 100). Il capitolato precisava inoltre che non sarebbero state attribuite note negative, che le offerte con un risultato di 0 punti in questo criterio non sarebbero state prese in considerazione per la delibera e che la nota 6 sarebbe spettata al minor offerente tra i concorrenti possibili aggiudicatari dopo la verifica del criterio dell'attendibilità della tariffa oraria media. In relazione a questo secondo criterio, le prescrizioni di gara prevedevano che la nota 6 sarebbe stata assegnata ai concorrenti con una tariffa oraria rientrante in un margine di ± 5 % rispetto al preventivo di riferimento e la nota 1 alle offerte con un prezzo di almeno il 30 % superiore o inferiore rispetto a detto preventivo. Entro questi limiti le note sarebbero poi state determinate mediante interpolazione lineare. Il preventivo di riferimento sarebbe scaturito dalla media tra la tariffa oraria preventivata dal committente e la media delle tariffe orarie offerte dai concorrenti. Infine le offerte con una nota 1 in questo criterio non sarebbero state prese in considerazione. C. In tempo utile lo studio B._ e C._ ha presentato un'offerta di fr. 77'687.20 con una tariffa oraria media di fr. 75.--, la A._SA un'offerta di fr. 105'361.90 con una tariffa oraria media di fr. 102.--, la D._SA un'offerta di fr. 116'315.60 con una tariffa oraria media di fr. 110.-- e la E._Ltd un'offerta di fr. 138'313.34 con una tariffa oraria media di fr. 130.-- l'ora. Con decisione del 10 settembre 2008 il Consiglio di Stato ha assegnato la commessa allo studio d'ingegneria B._ e C._, rilevando che le altre tre offerte conseguivano 0 punti nel criterio del prezzo ed andavano pertanto escluse dall'aggiudicazione. La A._SA ha impugnato questa delibera dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, in particolare perché a suo giudizio l'offerta degli aggiudicatari risultava sottocosto. Con sentenza del 18 novembre 2008 la Corte adita ha tuttavia respinto il ricorso, osservando che l'offerta vincente rispettava le prescrizioni del bando sui parametri di valutazione del criterio concernente l'attendibilità del prezzo. D. Il 5 dicembre 2008 la A._SA è insorta dinanzi al Tribunale federale mediante un atto denominato "ricorso di diritto pubblico e sussidiario in materia costituzionale", con cui, nel merito, chiede l'annullamento della sentenza del Tribunale amministrativo. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi. Chiamati ad esprimersi, gli ing. B._ e C._ postulano che il ricorso, nella misura in cui sia ammissibile, venga respinto, il Tribunale amministrativo domanda che il ricorso in materia di diritto pubblico sia dichiarato irricevibile e quello in materia costituzionale, qualora ricevibile, sia respinto, il Consiglio di Stato chiede implicitamente la conferma della delibera e l'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti si riconferma nelle allegazioni formulate dinanzi all'istanza precedente. Con decreto del 23 gennaio 2009 il giudice presidente della II Corte di diritto pubblico ha accolto l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame. 