Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 16. Juni 2005 stellte die IV-Stelle für Versicherte im Ausland die Auszahlung der H._ (geboren 1960) zugesprochenen halben Invalidenrente auf den 1. November 1995 ein. Zur Begründung wurde festgehalten, dass H._ seit 4. Oktober 1995 in Italien inhaftiert gewesen sei. H._, der sich vor dem Ende des Strafvollzugs, das auf Februar 2008 vorgesehen war, während eines Hafturlaubs am 16. Juli 2002 dem weiteren Vollzug der Gefängnisstrafe durch Flucht in seine Heimat Kosovo entzogen hatte, führte Einsprache. Die IV-Stelle hielt mit Entscheid vom 13. Oktober 2005 an ihrem Standpunkt fest. B. Die von H._ hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 26. Oktober 2007 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm das rückwirkend ab 1. November 1995 aufgelaufene Invalidenrentenguthaben mit einer Verzinsung von 5% ab jeweiliger Fälligkeit auszuzahlen. Ferner ersucht er um die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 