Sachverhalt: A. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern annullierte am 13. November 2012 den Führerausweis auf Probe für Motorfahrzeuge von X._ und verfügte, ein neuer Lernfahrausweis könne frühestens ab dem 13. November 2013 und nur aufgrund eines günstigen verkehrspsychologischen Gutachtens erteilt werden. Mit Beschwerde an die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern (im Folgenden: Rekurskommission) beklagte sich X._ in der Sache im Wesentlichen darüber, dass als Beginn der einjährigen Sperrfrist entgegen Art. 15a Abs. 5 SVG nicht das Datum der Widerhandlung (15. Januar 2011), sondern dasjenige der Entzugsverfügung (13. November 2012) festgelegt worden sei. Die Rekurskommission wies die Beschwerde am 23. Januar 2013 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Entscheid der Rekurskommission aufzuheben und festzustellen, dass die Sperrfrist abgelaufen sei oder eventuell die Sache zu neuer Beurteilung im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Die Rekurskommission und das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest. 