Sachverhalt: A. Am 13. Juni 2008 erliess die Bundesversammlung der Schweizerischen Eidgenossenschaft den Bundesbeschluss über eine befristete Zusatzfinanzierung der Invalidenversicherung durch Anhebung der Mehrwertsteuersätze (BBl 2008 5241 f.). Der Bundesbeschluss sah das Anheben der Mehrwertsteuersätze vom 1. Januar 2010 bis 31. Dezember 2016 vor. Nach Annahme durch Volk und Stände sollte er auf den 1. Januar 2010 in Kraft treten. Mit Bundesbeschluss vom 12. Juni 2009 kam die Bundesversammlung auf ihren Beschluss vom 13. Juni 2008 zurück. Dieser wurde insofern geändert, als neu die Erhöhung der Mehrwertsteuersätze vom 1. Januar 2011 bis 31. Dezember 2017 und das Inkrafttreten auf den 1. Januar 2011 vorgesehen war (Bundesbeschluss vom 12. Juni 2009 über die Änderung des Bundesbeschlusses über eine befristete Zusatzfinanzierung der Invalidenversicherung durch Anhebung der Mehrwertsteuersätze, BBl 2009 4379 f.). Die Abstimmung wurde auf den 27. September 2009 angesetzt. Mit Eingabe vom 30. Juni 2009 erhob Pirmin Schwander beim Regierungsrat des Kantons Schwyz Verwaltungsbeschwerde. Er beantragte, der Bundesrat sei anzuweisen, die Abstimmung über den Bundesbeschluss vom 12. Juni 2009 zu verschieben, damit die Frist von vier Monaten gemäss Art. 10 Abs. 1bis des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 1976 über die politischen Rechte (BPR; SR 161.1) eingehalten werde. Eventualiter habe der Regierungsrat die Vorlage im Kanton Schwyz am 27. September 2009 nicht zur Abstimmung zu bringen. Mit Beschluss vom 7. Juli 2009 trat der Regierungsrat auf die Beschwerde nicht ein. Er erwog, die Beschwerdefrist von drei Tagen gemäss Art. 77 Abs. 2 BPR sei nicht eingehalten worden. Zudem stehe gegen die Festlegung von Abstimmungsterminen durch den Bundesrat kein Rechtsmittel zur Verfügung und es sei der Regierungsrat nicht befugt, Regierungsakte des Bundesrats zu beurteilen oder diesem gar Weisungen zu erteilen. Mit Schreiben vom 11. Juli 2009 reichte Pirmin Schwander Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz ein. Er beantragte, seine Beschwerde sei gutzuheissen; eventualiter sei der Regierungsrat anzuweisen, die Vorlage am 27. September 2009 im Kanton Schwyz nicht zur Abstimmung zu bringen. Mit Entscheid vom 13. August 2009 trat der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts auf die Beschwerde nicht ein. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 23. September 2009 beantragt Pirmin Schwander im Wesentlichen, seine Beschwerde sei unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Vorinstanzen gutzuheissen. Der Regierungsrat des Kantons Schwyz verzichtet unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Stellungnahme. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. 