Faits: A. Les travailleurs engagés par A._ SA - devenue Y._ SA en 2007 suite à une fusion (ci-après: l'employeuse) - sont soumis à un contrat cadre de travail, qui prévoit notamment que les conditions particulières d'une mission sont réglées par un contrat individuel de mission faisant partie intégrante du présent contrat de travail (art. 4), conclu en la forme écrite (art. 7), que toute modification du contrat de mission doit être faite en la forme écrite (art. 8) et que le travailleur qui doit interrompre son travail ou qui ne peut l'exécuter doit en aviser le plus vite possible, mais au plus tard le jour suivant, l'employeuse ainsi que l'entreprise utilisatrice par téléphone, téléfax ou télégramme (art. 24). Il résulte également de ce contrat que tout contrat de mission qui ne suit pas sans interruption un autre, avec la même entreprise utilisatrice, sur le même lieu de travail, avec le même type d'activité, est conclu pour une durée maximale limitée à trois mois pendant lesquels il peut être résilié par chacune des parties en respectant un délai de deux jours ouvrables (art. 33). Le contrat cadre prévoit en outre que pour chaque mission, les trois premiers mois sont considérés comme temps d'essai et que lorsque le contrat est conclu pour une durée maximale de trois mois, le temps d'essai correspond à deux mois et demi de la durée convenue (art. 35a al. 1 et 2). Par ailleurs, après le temps d'essai, le contrat de travail peut être résilié par les deux parties moyennant un délai de congé de notamment sept jours entre le quatrième et le sixième mois (quatorze à vingt-six semaines) d'un emploi ininterrompu (art. 36). Le contrat cadre précise encore les conditions liées à l'indemnité perte de gain (art. 38) et prévoit le fait que, lorsqu'une entreprise utilisatrice cliente de l'em-ployeuse est soumise à une convention collective de travail avec déclaration d'extension, l'employeuse applique au travailleur les dispositions conventionnelles concernant le salaire et la durée du travail (art. 47). Selon contrat de mission conclu le 21 octobre 2005 avec l'employeuse, X._ (ci-après: l'employé) a été placé en tant que monteur en chauffage auprès de l'entreprise B._ SA - qui est soumise à la Convention collective de travail du chauffage, de la climatisation et de la ventilation du canton de Vaud du 1er janvier 2001, dont le champ d'application a été étendu par arrêté du Conseil d'Etat du 2 juillet 2001 - dès le 17 octobre 2005. Cette mission a pris fin le 22 décembre 2005, selon un avis daté du 20 décembre 2005, adressé sous pli simple à l'employé. Un nouveau contrat de mission a été conclu entre les parties le 10 mars 2006, prévoyant un début de mission auprès de l'entreprise B._ SA dès le 9 février 2006 et à la même date, un second contrat de mission a été signé faisant débuter la mission au 1er mars 2006. Il résulte toutefois des rapports de travail figurant au dossier que l'employé a travaillé pour B._ SA jusqu'au jeudi 22 décembre 2005, puis a repris son activité le lundi 9 janvier 2006; de plus, des décomptes de salaire - faisant état d'un salaire payé en fonction des heures travaillées, chacune d'elles donnant droit à une indemnité de vacances - ont été établis pour la période de janvier à avril 2006. Il résulte du témoignage de C._, responsable de succursale auprès de l'employeuse, que le 21 mars 2006, B._ SA a informé l'employeuse que la mission de l'employé se terminait. Le témoin a tenté d'atteindre l'employé sur le chantier mais n'y est pas parvenu car son téléphone portable n'avait pas de réseau. Il a alors contacté par téléphone le responsable du chantier, un certain D._, pour qu'il fasse part à l'employé de la fin de sa mission. Le témoin a exprimé l'avis qu'il était certain que cette information avait été transmise. Le jour même, une lettre de fin de mission a été établie à l'adresse de l'employé, lui signifiant la fin de sa mission pour le 24 mars 2006. Cette lettre a été envoyée sous pli simple à l'adresse de l'employé en France. A d'autres occasions, ces lettres de fin de mission avaient été envoyées sous pli LSI ou auparavant par recommandé; d'après le témoin C._, les plis LSI ou recommandés n'étaient employés que lorsqu'une fin de mission était signifiée avec un délai plus important. L'employé a contesté avoir reçu cette lettre. Il a terminé le travail le 24 mars 2006 à midi, comme c'était habituellement le cas le vendredi. Le 24 mars 2006, l'employé s'est rendu auprès d'un médecin qui a attesté, selon certificat médical du même jour, que l'état de santé de son patient requérait un arrêt de travail de dix jours dès le 24 mars 2006. Ce certificat, de même que les suivants, ont été transmis à l'employeuse. Après réception d'un deuxième certificat, établi le 22 avril 2006 par un autre médecin et prévoyant une incapacité de travail à 100 % du 22 avril au 8 septembre 2006, l'employeuse a écrit à l'employé le 27 avril 2006 en relevant qu'elle ne pouvait pas prendre ces certificats en considération, l'incapacité de travail étant survenue d'après elle après la fin des rapports de travail. Figurent ensuite au dossier sept certificats médicaux du premier médecin attestant de l'incapacité de travail de l'employé pour des périodes ultérieures s'étendant jusqu'au 30 mai 2008, ainsi qu'une feuille-accident LAA mentionnant une date d'accident au 24 mars 2006 et un contrat à durée indéterminée, document que l'assurance concernée a confirmé ne jamais avoir reçu. Après le 24 mars 2006, l'employé n'a jamais offert à l'employeuse de reprendre le travail, ni pris contact avec celle-ci par téléphone ou par courrier. B. Par demande du 22 décembre 2006, l'employé a conclu à la nullité de la résiliation de son contrat de mission (I) et à la condamnation de l'employeuse à lui verser la somme de 43'243 fr. 20 avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er décembre 2005, sous déduction des éventuelles charges sociales (II), ainsi qu'une indemnité journalière correspondant au 80 % de son salaire brut dès le mois de janvier 2007 (III). En cours d'instance, il a modifié ses prétentions en ce sens que la conclusion I est maintenue à titre principal, que la conclusion II est maintenue à titre principal mais modifiée en ce sens qu'il réclamait la somme de 119'750 fr. sous déduction des charges sociales et des montants reçus de l'Etat français, soit la somme totale de 28'212 fr., avec intérêts à 5 % dès l'échéance de chaque mois de salaire, et que la conclusion III est maintenue à titre subsidiaire et complétée en ce sens que l'employeuse est condamnée à lui verser une indemnité journalière correspondant à 80 % de son salaire brut dès le mois d'avril 2006 et pendant sept cent vingt jours, à savoir la somme de 114'480 fr., sous déduction des montants reçus de l'Etat français, soit la somme totale de 28'212 fr., avec intérêts à 5 % l'an dès l'échéance de chaque indemnité mensuelle. Par jugement du 23 juin 2008, le Tribunal civil de l'arrondissement de la Côte a condamné l'employeuse à payer à l'employé la somme de 2'772 fr., sous déduction des éventuelles cotisations légales et contractuelles, avec intérêts à 5 % l'an dès le 8 avril 2006. Il a retenu que l'employé avait travaillé du 17 octobre 2005 jusqu'à la fin du mois de mars 2006 sans interruption pour la même entreprise et que, dès lors, le délai de congé applicable à son contrat de travail était de sept jours; il a considéré que la résiliation du contrat de travail avait bien été communiquée à l'employé le 21 mars 2006, de sorte que le contrat pouvait être dénoncé pour le 28 mars 2006; cependant, comme à cette date, l'employé était couvert par un certificat médical lui accordant un arrêt de travail de dix jours dès le 24 mars 2006, donc valable jusqu'au 3 avril 2006 inclus, le délai de congé avait été suspendu et n'avait recommencé à courir que dès le 3 avril 2006 pour expirer le 8 avril 2006; l'employé n'étant plus couvert par un certificat médical dès cette date, il avait droit au versement de son salaire du 25 mars au 8 avril 2006, soit 2'772 fr. bruts. Par arrêt du 7 janvier 2009, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de l'employé. Se fondant sur le témoignage de C._ - dont la ténorisation n'avait pas été requise -, corroboré par la lettre de résiliation du 21 mars 2006 faisant référence à un entretien téléphonique du même jour, ainsi que par certaines circonstances particulières relevées par le Tribunal, elle a confirmé que la résiliation du contrat de travail avait valablement été communiquée à l'employé le 21 mars 2006; cela étant, elle a considéré que le délai de congé était de deux jours et qu'à la date de la réception du congé, le temps d'essai courait encore, de sorte que l'employé était privé de la protection contre les congés donnés en temps inopportun - étant relevé à titre subsidiaire que même dans le cas contraire, il aurait été abusif pour l'employé de s'en prévaloir -, ce qui entraînait le rejet du recours; toutefois, une reformatio in pejus étant prohibée lorsque, comme en l'espèce, l'autorité de recours est liée par les conclusions des parties (art. 3 du code de procédure civile [du canton de Vaud] du 14 décembre 1966 [CPC/VD; RSV 270.11]), elle a confirmé le jugement par lequel l'employé avait obtenu partiellement gain de cause. C. L'employé (le recourant) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, dans lequel il reprend les conclusions prises sur le plan cantonal, avec suite de frais et dépens des instances cantonales et fédérale. L'employeuse (l'intimée) propose le rejet du recours, avec suite de frais. 