Sachverhalt: A. X._ erwarb im Juli 2004 eine Liegenschaft in Y._ für Fr. 510'000.-- und verkaufte sie im April 2005 zum Preis von Fr. 580'000.-- weiter. In seiner Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer vom 21. Juli 2005 deklarierte er Grundbuchgebühren von Fr. 5'327.30 sowie Aufwendungen von Fr. 72'780.05 und damit einen Grundstückverlust von Fr. 8'107.35. Die Kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen anerkannte nur die Grundbuchgebühren von Fr. 5'327.30, Insertionskosten von Fr. 442.-- sowie wertvermehrende Aufwendungen von pauschal Fr. 5'000.--, insgesamt Kosten von Fr. 10'800.--, und veranlagte am 30. September 2005 einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 59'200.--. Dagegen erhob X._ erfolglos Einsprache und sodann Rekurs an das Obergericht des Kantons Schaffhausen. Dieses lehnte es sowohl ab, den Kauf und Verkauf als Liegenschaftshandel einzustufen und der Einkommenssteuer zu unterstellen, als auch, die nachgewiesenen Auslagen als wertvermehrend zu qualifizieren. B. Am 17. Juni 2009 hat X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Er beantragt, den obergerichtlichen Entscheid vom 15. Mai 2009 aufzuheben; eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zum Neuentscheid zurückzuweisen bzw. sei festzustellen, dass keine Grundstückgewinnsteuer geschuldet sei; subeventuell sei ein einkommenswirksamer Geschäftsverlust von Fr. 6'287.-- festzustellen. C. Die kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Am 10. Juli 2009 hat X._ seine Beschwerdeschrift ergänzt. Diese Eingabe ist jedoch vom Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung mit Schreiben vom 14. Juli 2009 als verspätet aus dem Recht gewiesen worden, da der Beschwerdeführer rechtsanwaltlich vertreten ist und der von ihm geltend gemachte persönliche Fristwiederherstellungsgrund somit nicht berücksichtigt werden kann. 