Faits: A. M._ était employé par la Brasserie X._ SA en tant que garçon de maison depuis le 11 novembre 1982. Il était alors assuré en prévoyance professionnelle par GastroSocial Pensionskasse (ci-après: la caisse de pension). Il a été licencié avec effet au 30 novembre 2000 en raison d'une maladie de Bechterew totalement incapacitante depuis le 24 octobre 1999. Il a requis des prestations de l'office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI) le 20 septembre 2000. Il a été victime d'un accident de la circulation routière le 9 juillet 2005. Sur la base d'un rapport d'examen bidisciplinaire établi par son service médical régional (SMR) le 21 juillet 2004, préféré à l'avis des différents médecins traitants interrogés, l'administration a considéré que l'assuré présentait essentiellement une spondylarthrite ankylosante permettant l'exercice de l'activité habituelle ou de toutes activités adaptées à 75% et que le degré d'invalidité de 30% résultant de la comparaison des revenus, calculé sans déduction, ne lui ouvrait pas droit à une rente (décision du 21 décembre 2005 confirmée sur opposition le 22 juin 2006). Saisi d'un recours de l'intéressé, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales a annulé cette décision et, par une appréciation des preuves foncièrement identique à celle de l'office AI mais avec une déduction de 15% du salaire statistique lors de la comparaison des revenus, lui a reconnu le droit à un quart de rente à compter du 1er octobre 2000 (jugement du 13 mars 2007). Se référant à l'avis de ses médecins traitants, qui attestaient une péjoration de la situation, M._ a déposé une nouvelle requête de prestations le 19 septembre 2007. Il a été mis au bénéfice d'une demi-rente pour cas pénible entre les 1er octobre 2000 et 31 décembre 2003 (décision du 9 avril 2008). Reprenant les conclusions d'un second rapport d'examen bidisciplinaire établi le 17 avril 2008 par le SMR, qui corroborait l'aggravation de la spondylarthrite ankylosante et mettait en évidence l'existence d'un épisode dépressif sévère totalement incapacitants depuis le 9 juillet 2005, l'administration a accordé à l'assuré une rente entière avec effet au 1er septembre 2007 (décision du 10 octobre 2008). Sollicitée pour l'attribution d'une rente de la prévoyance professionnelle, la caisse de pension s'est alignée sur la décision rendue par l'office AI le 9 avril 2008 et a versé une demi-rente pour la période courant du 1er novembre 2001 au 31 décembre 2003 (lettre du 2 mars 2009), mais a refusé d'assumer l'impact financier de la péjoration de l'état de santé au motif que celui-ci était dû à l'accident survenu postérieurement à la fin de la couverture d'assurance (lettres des 31 mars et 13 mai 2009). B. L'intéressé a ouvert action contre GastroSocial devant le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales. Invoquant principalement des rapports de ses médecins traitants, ainsi qu'une analyse du dossier réalisée par le médecin mandaté par l'assureur du responsable de l'accident, il soutenait que la péjoration de sa situation n'était nullement due aux séquelles de l'accident, mais résultait du long processus maladif à l'origine de l'incapacité de travail attestée depuis le 24 octobre 1999 et concluait à la reconnaissance de son droit à un quart de rente de la prévoyance professionnelle du 1er janvier 2005 au 31 août 2007 puis à une rente entière. Défendant la thèse contraire, la caisse de pension a conclu au rejet de l'action et, reconventionnellement, à la restitution de 18'349 fr. avec intérêts à 5% l'an depuis le 3 mars 2009 correspondant au montant des prestations indûment versées dans la mesure où, contrairement à son règlement qui reconnaissait alors une invalidité seulement «lorsque l'assuré était invalide à 50%» au moins, elle avait versé une demi-rente à M._ qui, s'il percevait bien de l'administration une demi-rente pour cas pénible, présentait en réalité un taux d'invalidité de 40%. L'assuré a conclu au rejet de la demande reconventionnelle tandis que chaque partie a persisté dans ses conclusions pour le surplus. Les principaux médecins traitants ont été auditionnés durant l'instance (procès-verbaux des 29 septembre et 8 décembre 2011). GastroSocial a aussi déposé un rapport établi à son instigation le 8 janvier 2012 par un rhumatologue chargé de procéder à une analyse critique du dossier médical constitué. Invitées à s'exprimer sur le dernier rapport produit et/ou le dossier médical, les parties ont campé sur leurs positions. Tranchant à la fois la demande principale et la demande reconventionnelle, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a partiellement admis les conclusions de chaque partie; elle a condamné l'intéressé à rembourser à la caisse de pension le montant de 18'349 fr., sans intérêt (chiffre 2 du dispositif), a reconnu son droit à un quart de rente de la prévoyance professionnelle pour la période comprise entre les 1er janvier et 31 août 2007, puis à une rente entière (chiffre 3 du dispositif) compte tenu des dispositions transitoires de la modification de la LPP du 3 octobre 2003 (1e révision de la LPP) ainsi que des pièces médicales réunies, a ordonné à GastroSocial de calculer le montant des prestations dues selon le chiffre 3 du dispositif (chiffre 4 du dispositif) et a condamné la caisse de pension à verser à M._ une indemnité de dépens de 2'000 fr. (chiffre 5 du dispositif; jugement du 22 novembre 2012). C. La caisse de pension interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement. Elle requiert l'annulation des chiffres 3-5 du dispositif et conclut sous suite de frais et dépens à ce qu'il soit constaté que l'assuré ne peut prétendre aucune prestation de sa part ou à ce que la cause soit renvoyée à la juridiction cantonale afin qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants. L'intéressé conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens et l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 