Fatti: A. A.a. B._ è stato alle dipendenze, dal 30 dicembre 2004 al 31 maggio 2009 della A._AG, presso la succursale di Lugano, quale vicedirettore e con la funzione di private banker. Il 5 novembre 2008 la datrice di lavoro gli ha concesso un mutuo di fr. 30'000.--, da rimborsare con trattenute mensili sullo stipendio di fr. 1'300.--. A.b. L'8 febbraio 2010 B._ ha convenuto in giudizio innanzi al Pretore del distretto di Lugano la A._AG, chiedendo dapprima il pagamento di fr. 30'000.-- (cifra inferiore a quanto vantato a titolo di stipendio, indennità per ferie non godute e provvigioni) e il rilascio di un certificato di lavoro di cui ha proposto il testo. In seguito ad un'obiezione della convenuta l'attore ha modificato il petitum in modo che l'importo richiesto, sommato al valore del certificato di lavoro, non superasse il limite di fr. 30'000.-- menzionato dagli art. 343 CO e 416 cpv. 1 CPC ticinese allora in vigore. Il 14 aprile 2011 la convenuta ha ritirato la sua opposizione al rilascio del domandato certificato di lavoro. Con sentenza 20 ottobre 2011 il Pretore ha accolto l'azione, ha condannato la A._AG a versare all'attore fr. 29'000.--, oltre interessi, e a consegnargli l'attestato di lavoro. Con riferimento alle pretese oggetto della causa, il Giudice di primo grado ha attribuito al certificato di lavoro un valore di fr. 1'000.--, ha riconosciuto fr. 33'994.-- a titolo di stipendi non pagati per i mesi da marzo a maggio 2009, fr. 4'806.45 per commissioni e fr. 10'897.25 quale indennità per vacanze non godute. Egli ha ammesso limitatamente a fr. 15'966.-- la compensazione delle pretese di salario con il mutuo fatta valere dalla convenuta. B. Con sentenza del 9 luglio 2012 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura in cui è ricevibile, un appello della convenuta. C. La A._AG chiede con ricorso in materia civile del 12 settembre 2012 al Tribunale federale di dichiarare irricevibile l'azione. In via subordinata postula che la sentenza impugnata sia annullata e riformata nel senso di dover corrispondere all'attore unicamente fr. 2'900.--, importo da cui vanno dedotti i contributi per le assicurazioni sociali. In via ancora più subordinata domanda invece che l'incarto sia rinviato all'autorità inferiore per nuova decisione. Ritiene che la Corte cantonale abbia violato il suo diritto di essere sentita e lamenta una violazione della massima dispositiva, che le avrebbe pure impedito di opporre in compensazione l'intera parte del mutuo non rimborsata (fr. 26'100.--), perché l'attore avrebbe sollevato un cumulo di azioni senza però cifrare le singole azioni parziali. Motiva la richiesta subordinata con la possibilità di compensare fr. 15'966.-- riconosciuta dal giudice di prima istanza e la compensazione della pretesa per le vacanze non godute con la rimanenza del mutuo. Giustifica infine la sua domanda di rinvio affermando che le istanze cantonali non hanno ripartito correttamente l'onere della prova con riferimento alla parte di salario che non può essere compensata, la quale sarebbe per altro stata fissata in modo arbitrario. Con risposta 29 ottobre 2012 B._ propone la reiezione del ricorso. 