Sachverhalt: A. M._, geboren 1959, gelernter Bootsbauer und Zimmermann, ist seit 1988 Geschäftsführer der Firma X._ GmbH, mit Sitz in Y._ und Zweigniederlassung in Z._, die das Ausführen von Holz- und Glasbauarbeiten sowie den Handel mit Holz-, Garten- und Freizeitprodukten bezweckt. Am 29. Juli 2004 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in medizinischer und beruflich-erwerblicher Hinsicht und Einholung einer Expertise der medizinischen Begutachtungsstelle des Medizinischen Zentrums H._ (vom 11. Juli 2005) verweigerte die IV-Stelle des Kantons Zürich mit Verfügung vom 29. Juli 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 30 % den Anspruch auf eine IV-Rente. Sie bestätigte dies mit Einspracheentscheid vom 18. Oktober 2005. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. November 2006 ab. C. M._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle zurückzuweisen; eventualiter sei ihm eine ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung. 