Sachverhalt: A. M._, geboren 1954, ist bei der KPT Krankenkasse AG (nachfolgend: KPT) obligatorisch krankenpflegeversichert. Im Jahr 2000 wurde ihm ein Magenband implantiert. Am 13. Dezember 2007 ersuchte die Klinik B._ die KPT um Kostengutsprache für einen Magenbandwechsel. Die KPT stellte M._ eine Leistungszusicherung mit dem Vermerk zu, sie übernehme lediglich die Entfernung des Magenbandes als Pflichtleistung aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung, nicht aber das Einlegen eines neuen Magenbands. Am 19. Dezember 2007 unterzog sich der Versicherte zunächst dem geplanten Eingriff, worauf die Klinik am 29. Januar 2008 ein weiteres Kostengutsprachegesuch für einen erneuten Bandersatz (am 1. Februar 2008) stellte. Die KPT verfügte am 7. Mai 2008 die Ablehnung der Kostenübernahme von weiteren Bandeinlagen. M._ erhob Einsprache. Am 18. Juli 2008 erklärte die KPT, sie sei gestützt auf eine vertrauensärztliche Stellungnahme bereit, die am 19. Dezember 2007 durchgeführte Bandeinlage zu übernehmen. Mit Entscheid vom 9. Oktober 2008 wies sie die Einsprache ab, soweit der gestellte Antrag nicht durch Übernahme geforderter Leistungen gegenstandslos geworden war; mithin Kostenübernahme für das Magenband vom 19. Dezember 2007, nicht aber für die 3. Einlage vom 1. Februar 2008. Sie begründete dies damit, dass aufgrund wiederholt aufgetretener Komplikationen und der vor der Operation diagnostizierten Zwerchfellhernie ein Magen-Bypass die zweckmässigere Behandlung dargestellt habe, was vom Versicherten abgelehnt worden sei. Das gewählte Vorgehen, ein drittes Magenbanding, sei jedoch nicht zweckmässig, weshalb aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung keine Leistungen erbracht würden, die mit der Einlage des Magenbandes am 1. Februar 2008 im Zusammenhang stünden. B. Die von M._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 16. Februar 2009 gut. Es verpflichtete die KPT, dem Versicherten im Zusammenhang mit dem medizinischen Eingriff am 1. Februar 2008 auch die Materialkosten von Fr. 3'462.80 zu vergüten. C. Die KPT führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des kantonalen Entscheides. M._ beantragt Abweisung der Beschwerde; Vorinstanz und Bundesamt für Gesundheit verzichten auf Vernehmlassung. 