Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner) befand sich bis Ende 2002 in einem Arbeitsverhältnis zur X._ AG (Beschwerdeführerin). In der Folge konnten sich die Parteien über die noch offen gebliebenen Forderungen des Arbeitnehmers nicht einigen. Deshalb klagte der Beschwerdegegner mit Weisung des Friedensrichteramtes Weinfelden vom 16. September 2004 gegen die Beschwerdeführerin auf Bezahlung von Fr. 25'930.50 zuzüglich 5 % Zins. Geltend gemacht wurde ein Bonus für das Jahr 2002 in der Höhe von Fr. 18'591.70, ein Ferienguthaben für das Jahr 2002 von Fr. 4'386.40 und Spesen für die Monate Oktober bis Dezember 2002 von Fr. 2'952.40. Die Beschwerdeführerin bestritt teilweise die Ansprüche und machte Verrechnungsforderungen mindestens in der Höhe der eingeklagten Forderung geltend. B. Mit Urteil vom 23. Juni 2006 schützte die Bezirksgerichtliche Kommission Weinfelden die Klage des Beschwerdegegners und verpflichtete die Beschwerdeführerin, diesem Fr. 25'930.50 zuzüglich 5 % Zins seit dem 1. Januar 2003 zu bezahlen. Darin ist ein Betrag von Fr. 18'591.70 an Bonuszahlung enthalten. Auf kantonalrechtliche Berufung der Beschwerdeführerin hin reduzierte das Obergericht des Kantons Thurgau mit Urteil vom 22. März 2007 den geschuldeten Betrag auf Fr. 25'075.85, weil es für den Bonus einen Betrag von Fr. 17'737.05 errechnete. C. Die Beschwerdeführerin gelangt gegen dieses Urteil mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids sowie die Abweisung der Klage, soweit es um die Bonusforderung geht (Ziffern 1 und 2a). Im Weiteren macht sie einen Rückerstattungsanspruch über Fr. 17'737.05 geltend (Ziffer 2b). Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Auch die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde. 