Sachverhalt: A. Der deutsche Staatsangehörige A. X._ lebt seit Jahren im Kanton Obwalden, seine Ehefrau B. X._, ebenfalls deutsche Staatsangehörige, hingegen in Hamburg, wo sie ihre invalide 90-jährige Mutter pflegt. Mit definitiven Veranlagungsverfügungen der Steuerverwaltung des Kantons Obwalden vom 30. Januar 2003 wurde A. X._ für die Staats- und Gemeindesteuern 2001 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 14'900.-- sowie für die direkte Bundessteuer 2001 mit einem solchen von Fr. 19'600.-- veranlagt. Für die Festlegung des satzbestimmenden Einkommens auf Fr. 53'100.-- bei den Staats- und Gemeindesteuern bzw. auf Fr. 64'900.-- bei der direkten Bundessteuer berücksichtigte die Steuerverwaltung auch das Einkommen der Ehefrau, wobei sie dieses nach Ermessen bestimmte, da A. X._ dazu trotz mehrmaliger Mahnung keine Angaben gemacht hatte. Dagegen erhobene Einsprachen wies die Steuerverwaltung mit zwei parallelen Entscheiden vom 8. März 2004 ab. B. Am 11. Mai 2005 hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Obwalden bei ihr eingereichte Rechtsmittel (Rekurs im Hinblick auf die kantonalen Steuern, Beschwerde betreffend der direkten Bundessteuer) von A. X._ teilweise gut, hob die Einsprache- und Veranlagungsentscheide auf und wies die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung zurück. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, es sei unzulässig, das Einkommen der im Ausland lebenden Ehefrau zur Ermittlung des Steuersatzes des in der Schweiz steuerpflichtigen Ehemannes heranzuziehen. C. Mit Urteil vom 16. August 2007 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden eine dagegen von der kantonalen Steuerverwaltung erhobene Beschwerde gut, hob den Entscheid der Steuerrekurskommission auf und bestätigte die beiden Einspracheentscheide der Steuerverwaltung vom 8. März 2004 sowohl hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuern als auch betreffend die direkte Bundessteuer. D. Mit als Beschwerde bezeichneter und nicht näher spezifizierter Eingabe an das Bundesgericht beantragt A. X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid und neuer Steuerveranlagung an dieses zurückzuweisen. Zur Begründung führt er insbesondere aus, das Einkommen seiner von ihm getrennt in Deutschland lebenden Ehefrau dürfe für die Ermittlung des satzbestimmenden Einkommens nicht berücksichtigt werden. Die Kantonale Steuerverwaltung Obwalden hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung stellt hinsichtlich der direkten Bundessteuer ebenfalls Antrag auf Abweisung. 