Faits: Faits: A. A.a La société X._ SA générale d'entreprises, détenue par le Groupe X._ Holding SA et inscrite au Registre du commerce de Genève le 28 juin 1989, avait pour but l'exploitation d'une entreprise générale dans les domaines des constructions et ouvrages. Elle était affiliée à la Caisse de compensation de la société suisse des entrepreneurs (ci-après : la caisse SSE), caisse de compensation professionnelle autorisée à appliquer l'assurance-vieillesse et survivants. Elle avait également adhéré notamment à la Caisse de compensation du bâtiment des travaux publics et de la gypserie-peinture du canton de Genève (ci-après : la caisse du bâtiment), dont les statuts exigeaient de chacun de ses affiliés un dépôt de garantie à titre de sécurité, calculé selon le taux fixé chaque année par le conseil de direction en pour-cent des salaires payés par l'entrepreneur; pour la part du dépôt dépassant 100'000 fr., le membre pouvait remplir son obligation à l'aide d'un acte de cautionnement établi par une banque ou une compagnie d'assurance, valable une année. Pour satisfaire à cette obligation, X._ SA a signé, chaque année depuis 1988, avec la Banque Y._, un contrat de cautionnement par lequel l'établissement bancaire se portait caution solidaire pour un montant maximum variable d'une année à l'autre pour les engagements de la société concernant le dépôt de garantie. Le cautionnement émis le 21 février 1997 portait sur un montant de 1'520'000 fr. Confrontée à des difficultés financières, X._ SA a demandé au Tribunal de première instance du canton de Genève un sursis concordataire. Un sursis de six mois a été accordé le 20 mars 1998, puis prolongé jusqu'au 18 février 1999. Par jugement du 22 juin 1999, le Tribunal de première instance a homologué le concordat par abandon d'actifs présenté aux créanciers. La caisse SSE, la caisse du bâtiment et la Caisse syndicale des entrepreneurs de la gypserie-peinture et décoration du canton de Genève (ci-après : la caisse syndicale) ont produit une créance qui a été colloquée en 3ème classe pour un montant de 1'656'086 fr. (courrier des commissaires au sursis du 24 novembre 1999), représentant les «cotisations vacances, jours fériés, absences justifiées», ainsi que les «cotisations allocations familiales, AVS/AI/APG, frais administration AVS/AI/APG, assurance-chômage, caisse-maladie, contribution professionnelle, frais et intérêts» pour la période de janvier 1998 à mars 1998 et pour la période de 1993 à 1997 (décisions complémentaires après contrôle). Déposé le 26 novembre 1999, l'état de collocation faisait apparaître un découvert de 46'665'006 fr. 20 pour les créances en 3ème classe. A.b Entre-temps, le 27 mars 1998, la caisse SSE, la caisse du bâtiment et la caisse syndicale ont fait appel au cautionnement de la Banque Y._, qui a refusé d'y donner suite, de sorte qu'une demande en paiement a été introduite auprès du Tribunal de première instance. La procédure y relative a été suspendue. Par trois décisions du 29 octobre 1999, la caisse SSE a réclamé à A._, administrateur de X._ SA, B._, directeur, et E._, fondé de pouvoir, le paiement d'un montant de 523'429 fr. 50 à titre de réparation du dommage résultant du non-paiement des cotisations AVS/AI/APG par la société. Les prénommés ont tous formé opposition à la décision de réparation du dommage. Par trois décisions du 29 octobre 1999, la caisse SSE a réclamé à A._, administrateur de X._ SA, B._, directeur, et E._, fondé de pouvoir, le paiement d'un montant de 523'429 fr. 50 à titre de réparation du dommage résultant du non-paiement des cotisations AVS/AI/APG par la société. Les prénommés ont tous formé opposition à la décision de réparation du dommage. B. B.a Par actes déposés le 23 décembre 1999 auprès de la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'AVS/AI, la caisse a assigné A._, B._ et E._ en paiement de la somme de 523'429 fr. 50. Après avoir joint les causes, la Commission cantonale a rendu, le 16 avril 2003, un jugement dont le dispositif (chiffres 1 et 2) est le suivant: «1. Accorde à la Caisse SSE la levée des oppositions formées par Messieurs A._ et B._ dans le sens des considérants. 2. La refuse s'agissant de l'opposition formée par Monsieur E._.» B.b Le 22 août 2003, respectivement le 3 septembre 2003, A._ et B._ ont adressé au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales - qui a remplacé la Commission cantonale depuis le 1er août 2003 - une demande d'interprétation par laquelle ils invitaient le tribunal à préciser le ch. 1 du dispositif du jugement du 16 avril 2003, en ce sens que l'opposition formée par chacun d'eux contre les décisions en réparation de la caisse n'est levée qu'à concurrence de 38'599 fr. 15. B._ demandait encore que le dispositif soit précisé en ce sens qu'il sera subrogé à due concurrence si la caisse obtient gain de cause dans le cadre de la procédure qui l'oppose à la Banque Y._ pendante devant le Tribunal de première instance. Par jugement du 25 novembre 2003, le Tribunal cantonal des assurances sociales a déclaré recevables les demandes d'interprétation du jugement de la Commission cantonale du 16 avril 2003 et dit que «le chiffre 1. du dispositif dudit jugement, afin de lever toute ambiguïté, doit être complété comme suit: 'renvoie la cause à la Caisse SSE pour nouveau calcul dans le sens des considérants'». B.c Saisi d'un recours formé par la caisse SSE contre ce jugement, le Tribunal fédéral des assurances l'a admis; sans entrer sur le fond du litige, il a annulé le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales du 25 novembre 2003 et lui a renvoyé la cause pour qu'il statue dans une composition régulière (arrêt du 19 avril 2004). Le 21 octobre 2004, le tribunal cantonal a rendu un nouveau jugement avec un dispositif identique à celui de son jugement précédent du 25 novembre 2003. Le 21 octobre 2004, le tribunal cantonal a rendu un nouveau jugement avec un dispositif identique à celui de son jugement précédent du 25 novembre 2003. C. C.a Entre-temps, dans le délai de trente jours dès la notification du jugement cantonal du 16 avril 2003, A._ et B._ ont chacun interjeté un recours de droit administratif contre ce jugement, dont ils demandent en substance l'annulation, sous suite de frais et dépens. Par ordonnance du 16 octobre 2003, le Juge délégué à l'instruction a suspendu l'instruction de la cause jusqu'à droit connu au niveau cantonal sur les demandes d'interprétation des 22 août et 3 septembre 2003. C.b De son côté, par mémoire daté du 25 novembre 2004, la caisse SSE interjette un recours de droit administratif contre les jugements du tribunal cantonal des 16 avril 2003 et 21 octobre 2004, dont elle demande l'annulation. Elle conclut, principalement, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle procède à une instruction complémentaire et rende un nouveau jugement dans le sens des considérants. A titre subsidiaire, elle conclut qu'il soit constaté que les oppositions formées le 30 novembre 1999, respectivement le 1er décembre suivant, par A._ et B._ sont levées, ainsi qu'à la condamnation de ceux-ci au paiement de 523'429 fr. 50. C.b De son côté, par mémoire daté du 25 novembre 2004, la caisse SSE interjette un recours de droit administratif contre les jugements du tribunal cantonal des 16 avril 2003 et 21 octobre 2004, dont elle demande l'annulation. Elle conclut, principalement, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle procède à une instruction complémentaire et rende un nouveau jugement dans le sens des considérants. A titre subsidiaire, elle conclut qu'il soit constaté que les oppositions formées le 30 novembre 1999, respectivement le 1er décembre suivant, par A._ et B._ sont levées, ainsi qu'à la condamnation de ceux-ci au paiement de 523'429 fr. 50. D. Les parties se sont déterminées sur leurs recours respectifs. La caisse SSE conclut en substance à la jonction des causes et au rejet des recours formés par A._ et B._, en reprenant les conclusions de son propre recours. Sous suite de frais et dépens, ceux-ci concluent, principalement, à l'irrecevabilité du recours de la caisse SSE et, à titre subsidiaire, à son rejet. B._ conclut à l'admission du recours formé par A._, tandis que celui-ci propose l'admission du recours interjeté par B._. E._ s'en rapporte à justice, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas prononcé sur les recours de droit administratif. 