Sachverhalt: A. Die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) ist eine international agierende, zu den grossen und renommierten Herstellern von Milcherzeugnissen in Europa zählende Gesellschaft. Sie vertreibt unter anderem gekühlte Baguettes, die mit verschiedenen Butter- und Würzzubereitungen gefüllt sind und vor dem Verzehr im Backofen aufgebacken werden müssen. Insbesondere beansprucht sie das gekühlte, gefüllte Kräuter- und Knoblauchbutterbaguette als ihre Erfindung. Die YZ._ AG (vormals R._ International AG, Beschwerdegegnerin) ist einen Aktiengesellschaft, die zum Y._-Konzern gehört. An der Konzernspitze steht die 2008 gegründete Y._ AG mit Sitz in Q._, die aus einer Fusion der Obergesellschaften der Schweizer R._-Gruppe und der irischen S._-Gruppe hervorging. Die ehemalige Muttergesellschaft der Beschwerdegegnerin, die R._ Holding AG, wurde infolge Fusion und Übertragung aller Aktiven und Passiven auf die Y._ AG im Handelsregister gelöscht. Die Beschwerdeführerin bezeichnet die R._- bzw. Y._-Gruppe als einen der grössten Schweizer Anbieter von Tiefkühlbackwaren. Es ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin, bei der es sich ihrem statutarischen Zweck nach um eine Dienstleistungsgesellschaft handelt, selber keine Backwaren produziert. Am 25. Februar 1998 schloss die Beschwerdeführerin mit der T._ GmbH, Deutschland (im Folgenden: "T._") einen ersten Kooperationsvertrag, durch den sich die T._ verpflichtete, bestimmte gekühlte, gefüllte Baguettes zum Aufbacken exklusiv für die Beschwerdeführerin zu produzieren. Zu diesem Zeitpunkt war die Beschwerdeführerin zu 24.9 % an der T._ beteiligt, während sich die übrigen Anteile im Besitz einer Familie befanden. Seit November 2006 gehört T._ zu 100 % zur R._- bzw. Y._-Gruppe. Im Zuge der Übernahme wurde die Zusammenarbeit zwischen der Beschwerdeführerin und der T._ mit dem Kooperationsvertrag vom 25. September 2006 neu geregelt. Darin verpflichtete sich die T._ im Wesentlichen, für die Beschwerdeführerin exklusiv die in Anlage 1 aufgelisteten Backwaren herzustellen, während sich die Beschwerdeführerin verpflichtete, für die Vertragsdauer diese Backwaren abzunehmen. Der Vertrag enthielt in Ziffer 7 Abs. 6 folgendes nachvertragliches Wettbewerbsverbot: "T._ darf während zehn Jahren nach Ablauf des Vertrages keine gekühlten Backwaren mit Butter- und Würzzubereitung, wie sie in Anlage 1 mit Ausnahme von Croissants/Gipfel aufgelistet sind, für sich selbst oder verwandte Unternehmen, andere Hersteller und Vertreiber oder Lizenznehmer produzieren (...) " Unterhalb der Unterschriften der Beschwerdeführerin und von T._ steht folgender, von Vertretern der R._ International AG unterzeichneter Satz: "Zustimmend die Rechte und Pflichten für sich anerkennend" (im Folgenden: "Zustimmungserklärung"). Die Beschwerdegegnerin anerkennt, diese Erklärung abgegeben zu haben. Der Kooperationsvertrag vom 25. September 2006 wurde von der Beschwerdeführerin nach Ablauf der ersten Festlaufzeit per 31. Dezember 2009 gekündigt. Im Mai 2009 wurde die U._ GmbH mit Sitz in V._ (nachfolgend: "U._") gegründet. U._ ist eine 100 %ige Tochtergesellschaft der Y._ AG. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Fabrikationsgebäude von U._ befinde sich an derselben Adresse wie das von T._. U._ habe im Jahre 2009 im Wege des "Asset Deals" von T._ das Werk 1 sowie die für die Herstellung der gekühlten, gefüllten Baguettes benötigten Wirtschaftsgüter wie Maschinen erworben und auch einige Mitarbeiter übernommen, die bereits mit der Herstellung der Baguettes vertraut gewesen seien. Die U._ habe im Oktober 2009 begonnen, unter der Marke "W._" identische gekühlte, gefüllte Kräuterbutter- und Knoblauchbutterbaguettes zu produzieren und auf den Markt zu bringen, die mit denjenigen, die von der Beschwerdeführerin erfunden und entwickelt worden seien bzw. im Kooperationsvertrag vom 25. September 2006 bzw. in dessen Anlage 1 spezifiziert wurden, identisch seien. Damit verstosse die T._ bzw. die Beschwerdegegnerin - die zwar nicht Vertragspartnerin des Kooperationsvertrages sei, aber ausdrücklich die Rechte und Pflichten aus dem Vertrag zustimmend für sich anerkannt habe - gegen das nachvertragliche Wettbewerbsverbot. B. Am 11. Februar 2011 erhob die Beschwerdeführerin gegen die Beschwerdegegnerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage mit den folgenden Rechtsbegehren: "1. Es sei der Beklagten unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe gemäss Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall zu verbieten, bis zum 31. Dezember 2019, eventualiter bis zu einem früheren vom Gericht zu bestimmenden Datum, gekühlte Backwaren mit Butter- und Würzzubereitung, namentlich gefüllte Baguettes (Standardbrot) und gefüllte Baguettes (Spezialteige) in Deutschland selbst, durch U._ GmbH oder durch einen anderen der Beklagten nahestehenden Dritten, für den die Beklagte konzerninterne Beratungs- und Servicedienstleistungen erbringt, herzustellen bzw. herstellen zu lassen, anzupreisen bzw. anpreisen zu lassen, feilzuhalten und zu verkaufen bzw. feilhalten und anpreisen zu lassen, in Verkehr zu bringen, nach Deutschland ein- oder von Deutschland auszuführen oder sonst wie gewerblich zu verwenden. Eine Nachklage bleibt ausdrücklich vorbehalten. 2. Es sei die Beklagte zu verpflichten, für sich selbst, für die U._ GmbH und für alle anderen der Beklagten nahestehenden Dritten, welche die Verbotsgegenstände gemäss Rechtsbegehren Ziff. 1 herstellen und anbieten, über den im Zusammenhang mit den Handlungen gemäss Rechtsbegehren Ziff. 1 erzielten Umsatz und Gewinn umfassend Rechnung zu legen, insbesondere durch Herausgabe der Buchhaltung und aller Belege betreffend die Handlungen gemäss Rechtsbegehren Ziff. 1. 3. Es sei die Beklagte zu verpflichten, nach Wahl der Klägerin, die aufgrund des Ergebnisses der Auskunft gemäss Rechtsbegehren Ziff. 2 zu treffen ist, a) der Klägerin den Schaden zu ersetzen, welcher ihr aus den Handlungen der Beklagten gemäss Rechtsbegehren Ziff. 1 entstanden ist, und/oder b) der Klägerin den Gewinn herauszugeben, den die Beklagte aus ihren Handlungen gemäss Rechtsbegehren Ziff. 1 erzielt hat, je nebst 5 % Zins seit dem 1. Januar 2010, mindestens jedoch CHF 1 Mio. 4. (...)." Das Handelsgericht trat mit Beschluss vom 26. November 2012 auf das Rechtsbegehren Ziff. 1 mit Ausnahme betreffend U._ nicht ein. Mit Urteil vom gleichen Tag wies es die Klage ab, soweit darauf einzutreten sei. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil vom 26. November 2012 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht liess sich mit Bezug auf eine Rüge betreffend Nichtberücksichtigung von Beweisanträgen vernehmen, verzichtete im Übrigen aber auf eine Vernehmlassung. Mit Präsidialverfügung vom 1. März 2013 wurde ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. 