Fatti: A. Il 22 maggio 2006, A._ e C._ hanno sottoscritto un atto pubblico di permuta con il quale il primo cedeva alla seconda la particella www del Comune di X._ (...) in cambio delle particelle yyy (...) e zzz (...) del medesimo Comune e del versamento di fr. 2'000.--. Al momento dell'iscrizione della permuta dei tre fondi, ubicati fuori zona edificabile e non facenti parte di un'azienda agricola, l'Ufficio dei registri ha tuttavia chiesto che la Sezione dell'agricoltura si pronunciasse sulla conformità del prospettato trapasso alla legislazione in materia di diritto fondiario rurale. Con decisione del 2 agosto 2006, la Sezione dell'agricoltura ha constatato che il fondo www aveva un'estensione esigua e che la legge federale sul diritto fondiario rurale del 4 ottobre 1991 (LDFR; RS 211.412.11) non gli era applicabile. Già con scritto del 26 giugno 2006, ha invece comunicato al notaio rogante che, siccome non sussistevano eccezioni ex art. 62 LDFR all'obbligo di autorizzazione e A._ non poteva essere considerato coltivatore diretto, per le particelle yyy e zzz era necessario procedere a un pubblico bando ai sensi dell'art. 64 cpv. 1 lett. f LDFR. B. Con lettera del 21 settembre 2006, B._, ingegnere agronomo ETHZ, ha presentato la propria offerta di acquisto delle particelle yyy e zzz alle condizioni indicate nel bando. Rilevato che l'offerente andava considerato un coltivatore diretto, con decisione del 29 gennaio 2008 la Sezione dell'agricoltura ha di conseguenza negato a A._ l'autorizzazione all'acquisto dei fondi in questione. La decisione della Sezione dell'agricoltura è stata poi però annullata dal Consiglio di Stato, dopo che lo stesso aveva constatato la necessità di svolgere nuovi accertamenti sia riguardo al carattere boschivo dei fondi in discussione, sia in merito alla qualifica di coltivatore diretto di B._. C. Il 14 settembre 2009, la Sezione forestale del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino ha accertato che la particella yyy non aveva natura boschiva e che la superficie libera da bosco della particella zzz era di poco superiore a 400 mq. Il 13 ottobre 2009, la Sezione dell'agricoltura ha da parte sua confermato la natura agricola del fondo yyy (art. 6 LDFR) e considerato la porzione non coperta da bosco della particella zzz quale fondo di superficie esigua, che non necessitava di autorizzazione alcuna. Nel medesimo tempo, ha scartato l'offerta di B._ e autorizzato A._ all'acquisto del fondo yyy. Intervenendo questa volta in qualità di autorità di vigilanza sui Dipartimenti, il Consiglio di Stato ha tuttavia deciso che, nella misura in cui si riferiva alla particella yyy, la pronuncia della Sezione dell'agricoltura andasse annullata e che gli atti fossero da retrocedere alla Sezione dell'agricoltura, affinché esperisse nuovi approfondimenti in merito alla qualifica di coltivatore diretto dell'offerente. Proceduto in questo senso, con decisione del 10 maggio 2011 la Sezione dell'agricoltura ha quindi autorizzato B._ all'acquisto del fondo yyy di X._. Sennonché, tale decisione è stata nuovamente annullata dal Consiglio di Stato, siccome la Sezione dell'agricoltura avrebbe in realtà potuto pronunciarsi solo sull'istanza di autorizzazione all'acquisto formulata da A._, ciò che la stessa ha in seguito fatto, con decisione del 27 settembre 2011. D. Preso atto di quest'ultima decisione, con cui la Sezione dell'agricoltura gli negava un'altra volta la facoltà di acquistare la particella yyy a causa della presenza dell'offerta di B._, considerato un coltivatore diretto, A._ è allora anch'egli di nuovo insorto dinanzi al Consiglio di Stato, formulando nel contempo istanza di ricusa dell'intera Sezione dell'agricoltura, della quale B._ era collaboratore. Sia l'impugnativa, sia l'istanza di ricusa sono state respinte dal Governo ticinese con giudizio 28 novembre 2012. Un ricorso al Tribunale cantonale amministrativo contro la pronuncia del Consiglio di Stato è stato parimenti respinto, con sentenza del 23 aprile 2014. E. Contro il giudizio del Tribunale cantonale amministrativo del 23 aprile 2014, A._ insorge ora davanti al Tribunale federale. Con ricorso in materia di diritto pubblico del 28 maggio 2014, postula infatti: in via principale, l'annullamento della sentenza impugnata e la concessione dell'autorizzazione all'acquisto del fondo yyy; in via subordinata, l'annullamento della sentenza impugnata e il rinvio della causa alla Corte cantonale, affinché si pronunci nuovamente sulla fattispecie. In corso di procedura, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. La convalida di tale pronuncia è stata domandata anche dalla Sezione dell'agricoltura e da B._. Il Consiglio di Stato e la Commissione di vigilanza LDFR si sono rimessi al giudizio di questa Corte, mentre C._ non si è manifestata. Per mezzo di una breve replica, il ricorrente ha infine comunicato di mantenere le proprie posizioni. 