Sachverhalt: A. Die X._ AG ist Eigentümerin des Grundstücks Kat. Nr. yyyy an der ...strasse zz in A._. Die Liegenschaft verfügt neben einem Betriebsgebäude über eine freie Fläche von ungefähr 50 x 60 m. Diese dient als Lagerplatz für Baugerüste und Baubaracken. Die Parzelle liegt im Gebiet "B._", das seit dem 4. Februar 2010 zur Wohnzone gehört. B. Am 13. Juli 2011 verfügte die Baukommission der Stadt A._ gegenüber der X._ AG nach Durchführung eines nachträglichen Baubewilligungsverfahrens die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Es seien die Nutzungsänderungen und Terrainveränderungen rückgängig zu machen. Die Baukommission beanstandet insbesondere die gewerbliche Nutzung der Liegenschaft zur Lagerung von Gerüsten und Baracken als nicht zonenkonform. Den von der X._ AG dagegen erhobenen Rekurs wies das Baurekursgericht des Kantons Zürich am 13. Januar 2012 ab. C. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die von ihr dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 10. September 2012 ab. D. Die X._ AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Nutzung des Grundstücks als Lagerplatz weiterhin zuzulassen; eventuell sei ihr diese solange zu gestatten, bis im Gebiet "B._" die ersten Wohnbauten erstellt würden, oder es sei ihr eine Frist von 8 Jahren zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzusetzen; eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen; zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren. E. Am 6. Dezember 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. F. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Baukommission beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. In der Replik hält die X._ AG an ihren Anträgen und Vorbringen fest. Die Baukommission bestätigt in der Duplik ihren Abweisungsantrag. Die X._ AG hat zuletzt auf eine Stellungnahme verzichtet. 