Sachverhalt: A. Der 1962 geborene B._ war seit 1. Juli 2002 bis 30. April 2004 als Hilfsarbeiter bei der Firma S._ AG, Natursteine, angestellt. Vom 4. Dezember 2003 bis 9. Januar 2004 war er in der Rehaklinik X._ hospitalisiert, die im Austrittsbericht vom 15. Januar 2004 ein lumbospondylogenes Syndrom und eine beginnende depressive Entwicklung diagnostizierte. Am 2. Februar 2004 meldete sich der Versicherte bei der IV-Stelle Schwyz zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung, Arbeitsvermittlung und Rente) an. Zur Abklärung der Verhältnisse holte diese diverse Arztberichte ein. Mit Verfügung vom 1. Dezember 2004 verneinte sie den Anspruch auf berufliche Massnahmen und Invalidenrente. Auf Einsprache hin holte die IV-Stelle weitere Arztberichte sowie ein Gutachten des Dr. med. Y._, Eidg. Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, Leiter des Instituts J._ vom 3. Juli 2007 ein. Mit Entscheid vom 11. September 2007 wies die IV-Stelle die Einsprache bezüglich des Rentenanspruchs ab, wobei sie einen Invaliditätsgrad von 36 % ermittelte. Weiter stellte sie fest, der Versicherte habe - sofern er sich fähig fühle, einer adaptierten Tätigkeit nachzugehen - einen Anspruch auf Arbeitsvermittlung. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz ab (Entscheid vom 15. Januar 2008). C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache an die Vorinstanz zur erneuten Prüfung zurückzuweisen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung für das bundesgerichtliche Verfahren. Die IV-Stelle schliesst unter Verweis auf den kantonalen Entscheid auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet. 