Sachverhalt: A. Am 4. November 2009 stellte der Stadtrat von Zürich die Stallscheune (Assek.-Nr. 121) auf den Grundstück Kat.-Nr. WI3832 am Trichtenhausenfussweg 3 in Zürich-Witikon samt seiner Umgebung unter Denkmalschutz und bestimmte den Schutzumfang. B. Dagegen erhoben die damaligen Eigentümer, die Erben Y.-Z._, am 16. Dezember 2009 Rekurs an die Baurekurskommission I des Kantons Zürich und beantragten, die Sache zur Beurteilung des Schutzumfangs an den Stadtrat zurückzuweisen, sodass der Einbau von Wohn- und/oder Gewerberaum im Ausmass von 2'000 m3, eventuell von 1'000 m3, möglich sei. Eventualiter sei festzustellen, dass die verfügten Schutzanordnungen die allgemeine Pflicht des Grundeigentümers, sein Grundstück zu unterhalten, in unzumutbarer Weise übersteigen und die Stadt verpflichtet sei, sich mit einem einmaligen Sanierungsbetrag von Fr. 50'000.-- und jährlichen Beiträgen von Fr. 20'000.-- an den Kosten des Unterhalts des Schutzobjekts zu beteiligen. Die Rekurskommission hiess den Rekurs am 1. Oktober 2010 teilweise gut, hob den Beschluss des Stadtrats auf und wies die Sache zu weiterer Behandlung an den Stadtrat zurück. Sie ging davon aus, dass der Eigentümerschaft zumindest eine beschränkte Umnutzung des Gebäudes unter Erhalt der wichtigen Zeugenelemente zu ermöglichen sei. C. Dagegen erhob der Stadtrat von Zürich am 3. November 2010 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Am 2. November 2010 veräusserten die Erben Y.-Z._ das Grundstück mit der Stallscheune und einer Fläche von 1'150 m2 an X._. Dieser trat an Stelle der bisherigen Eigentümer in den Prozess ein. Am 29. Juni 2011 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde gut, soweit es darauf eintrat. Es hob den Entscheid der Baurekurskommission vom 1. Oktober 2010 auf und stellte den Beschluss des Stadtrats vom 4. November 2009 wieder her. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 14. September 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung des Schutzumfangs des Gebäudes Assek.-Nr. 121 (Scheune) am Trichtenhausenfussweg 3 in Zürich-Witikon an das Verwaltungsgericht, eventuell den Stadtrat, zurückzuweisen. E. Auf Antrag der Parteien wurde das Verfahren sistiert, um Gespräche über eine gütliche Einigung zu führen. Am 11. September 2013 wurde das Verfahren wieder aufgenommen. F. Die Stadt Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. In seiner Replik vom 15. November 2013 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest. 