Faits : A. A._ a travaillé dès le 28 juin 2004 en qualité d'isoleur au service de B._ SA. A ce titre, il était assuré auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) contre les accidents professionnels et non professionnels. Le 21 juillet 2006, il a chuté d'une échelle et subi un traumatisme crânio-cérébral. La CNA a pris en charge le cas. Le 27 février 2007, l'assuré a signalé à la CNA qu'il exerçait une activité accessoire d'entraîneur de football auprès du Football Club C._ avant son accident. Par décision du 21 septembre 2011, confirmée sur opposition le 31 octobre 2012, la CNA a alloué à A._ une rente d'invalidité de 25 % à partir du 1 er mai 2011 ainsi qu'une indemnité pour atteinte à l'intégrité de 20 %. Elle a estimé que l'assuré était en mesure d'exercer, avec une diminution de rendement de 10 %, toute activité ne mettant pas à contribution ses facultés cognitives, tels qu'ouvrier d'usine, collaborateur de production ou gestionnaire en logistique. Se fondant sur cinq descriptions de postes de travail (DPT), elle a fixé le revenu d'invalide à 4'038 fr. par mois. Elle a comparé ce montant à un revenu sans invalidité de 5'352 fr. L'activité en tant qu'entraîneur de football n'étant pas contre-indiquée, elle n'en a pas tenu compte pour la comparaison des revenus. B. A._ a déféré la décision sur opposition à la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Statuant le 3 septembre 2013, la juridiction cantonale a partiellement admis le recours en ce sens qu'elle a alloué à l'assuré une rente d'invalidité de 32 % dès le 1 er mai 2011 et rejeté le recours pour le surplus. C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation en même temps que le rétablissement de sa décision sur opposition. A._ conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 