Sachverhalt: A. Am 8. Juli 2008 sprach die Gerichtspräsidentin des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen X._ von den Anschuldigungen der einfachen Körperverletzung, der Tätlichkeiten sowie des Amtsmissbrauchs frei. Die Gerichtspräsidentin verfügte ausserdem, die Zivilklage des Privatklägers Y._zurückzuweisen. B. Gegen dieses Urteil erhob der Privatkläger Y._Appellation ans Obergericht des Kantons Bern. Dieses sprach X._ des Amtsmissbrauchs für schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 300.--, zur teilweisen Bezahlung der erstinstanzlichen Verfahrenskosten sowie zur Übernahme der Parteikosten des Privatklägers. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen vor Bundesgericht, in der er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und ihn vom Vorwurf des Amtsmissbrauchs freizusprechen. Zudem seien die Verfahrenskosten des vorangegangenen Verfahrens neu zu verteilen, eventuell die Sache zur Kostenfestsetzung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Entscheid über die Parteientschädigung sei aufzuheben und zu ändern, eventuell die neue Festsetzung der Vorinstanz zu übertragen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Die 1. Strafkammer des Obergerichts sowie die Generalprokuratur des Kantons Bern verzichteten auf eine Vernehmlassung. 