Sachverhalt: A. Die X._ AG mit Sitz in Dietikon/ZH ist eine Gruppengesellschaft des von der Y._ Baar/ZG beherrschten Konzerns. Sie ist die Rechtsnachfolgerin einer gleichnamigen Gesellschaft, welche gemäss Fusionsvertrag vom 20. Dezember 2004 und Fusionsbilanz vom 30. November 2004 (Handelsregistereintrag vom 23. Dezember 2004) sämtliche Aktiven und Passiven ihrer Schwestergesellschaft, der Z._ AG, mit Sitz in Fideris/GR übernommen hatte. Die Z._ AG hatte 2002 einen Teil ihrer Herstellung aufgegeben und einen anderen Produktionszweig veräussert. Das sog. Spezialplattengeschäft und das Know-how behielt sie jedoch. Trotz Veräusserung des Betriebsgrundstücks am 20. November 2003 führte sie die Geschäftstätigkeit in stark reduziertem Umfang weiter. B. Im Rahmen der Veranlagung für die Steuerperiode 2004 brachte die Rechtsvorgängerin der X._ AG die Verlustvorträge der Z._ AG von Fr. 28'482'740.-- vom ausgewiesenen Gewinn in Abzug, und dieser wiederum war nach Verbuchung eines betriebsfremden Aufwands von Fr. 3'250'000.-- zustande gekommen. Das kantonale Steueramt Zürich verweigerte mit Veranlagungsverfügung vom 29. Januar 2007 bzw. Einspracheentscheid vom 12. Juni 2008 die Verlustverrechnung, rechnete den fraglichen Aufwand zum steuerbaren Gewinn auf und ermittelte einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 3'422'100.--. Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich am 27. Oktober 2008 ab. Eine dagegen gerichtete Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich blieb erfolglos. C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. November 2009 erhebt die X._ AG mit Eingabe vom 28. Januar 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den steuerbaren Reingewinn für die Steuerperiode 2004 auf null Franken festzusetzen. Sie rügt eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung, eine unzutreffende Anwendung von Bundesrecht sowie eine mehrfache Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV). D. Das kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 