Faits: A. X._ en liquidation concordataire (ci-après: X._), sise à Zurich, possédait plusieurs immeubles dans le canton de Genève. Le sursis concordataire provisoire a été octroyé à cette société le 5 octobre 2001. Le 20 juin 2003, le juge a homologué le concordat par abandon d'actifs. Le 1er mars 2005, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: L'Administration fiscale cantonale) a fait parvenir à X._ le bordereau pour les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2002. Ce bordereau portait notamment sur l'impôt immobilier complémentaire. Cet impôt, prélevé au taux de 2?, se montait à 265'599 fr. 25. La valeur fiscale totale des immeubles était de 132'799'633 fr. Par décision sur réclamation du 27 mai 2005, l'Administration fiscale cantonale a maintenu la taxation relative à l'impôt immobilier complémentaire 2002, notamment l'estimation des biens immobiliers en cause. La Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de X._ le 28 janvier 2008. B. Par arrêt du 26 août 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressée. Il a retenu que la société n'avait pas requis expressément de l'Administration fiscale cantonale une nouvelle estimation de ses immeubles par la commission d'experts dans le délai utile, pas plus qu'elle n'avait remis en cause l'estimation fiscale lors des taxations antérieures. En outre, l'octroi du sursis concordataire et la liquidation subséquente ne pouvaient être assimilés à un cas de décès ou d'aliénation, lesquels entraînaient une adaptation de la valeur fiscale d'un bien immobilier soumis à l'impôt immobilier complémentaire. Finalement, l'Administration fiscale cantonale n'avait pas violé le principe de la bonne foi en ne retenant pas la valeur des biens en cause fixée dans le cadre de la liquidation de X._, quand bien même la direction du Département des finances du canton de Genève était créancière gagiste dans cette procédure. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, que l'impôt immobilier complémentaire 2002 soit fixé à 194'500 fr., subsidiairement que ledit impôt soit fixé à 200'120 fr. Elle se plaint principalement d'une application arbitraire du droit cantonal et soutient que son droit d'être entendue ainsi que les principes de la bonne foi, de la légalité, de l'imposition selon la capacité contributive et de l'interdiction du formalisme excessif ont été violés. Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Commission cantonale de recours n'a pas déposé d'observations. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. 