A.- S._ (geboren 1977) leidet seit Geburt an verschiedenen Gebrechen und bezog hiefür Leistungen der Invalidenversicherung, so unter anderem für die Behandlung des Geburtsgebrechens Ziff. 390, Cerebrale Bewegungsstörung (Bericht des Dr. med. M._, Kinderarzt FMH, vom 10. Dezember 1984). Wegen Verdachts auf das Geburtsgebrechen Ziff. 387, Angeborene Epilepsie, überwies Dr. med. M._ S._ an Dr. med. K._, Elektroencephalogische Station, welcher ein EEG erstellte und seinerseits den Verdacht einer Narkolepsie äusserte (Bericht vom 5. Mai 1988). Dr. med. I._, Kinder- und Jugendpsychiater FMH, diagnostizierte das Geburtsgebrechen Ziff. 404, Infantiles psychoorganisches Syndrom (POS; Bericht vom 23. Dezember 1992). Im August 1994 begann S._ eine Lehre als Elektromonteur, welche er infolge Überforderung im Oktober 1996 abbrechen musste. Die IV-Stelle Glarus liess berufliche Massnahmen abklären. Mit Anmeldung vom 15. Oktober 1996 ersuchte S._ um eine Invalidenrente. Gestützt auf Berichte des Berufsberaters der Invalidenversicherung vom 14. Januar und 5. September 1997, der Abklärungs- und Ausbildungsstätte X._ vom 26. August 1997 und 17. April 1998 sowie der Frau PD Dr. phil. R._, Frau Dr. med. C._ und des Dr. med. B._, Neurologische Klinik, Spital Y._, vom 12. Dezember 1997 sprach die IV-Stelle S._ mit Wirkung ab 1. Mai 1998 eine Viertelsrente zu (Verfügung vom 3. September 1998). B.- S._ erhob hiegegen Beschwerde mit dem Antrag, es sei ihm eine ganze Rente ab dem 12. Oktober 1996 zu gewähren, eventualiter sei die Rente unter Berücksichtigung eines Härtefalles neu zu berechnen. Mit der pendente lite erlassenen Verfügung vom 5. Oktober 1998 anerkannte die IV-Stelle einen Härtefall und sprach S._ anstelle der Viertels- eine halbe Rente zu. Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus wies die Beschwerde mit Entscheid vom 14. Juni 2000 ab, soweit diese nicht durch die Verfügung vom 5. Oktober 1998 gegenstandslos geworden war. C.- S._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und weitere medizinische Abklärungen sowie gestützt darauf die Neufestsetzung der Rente ab 1. Oktober 1996 beantragen. IV-Stelle und Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung lässt sich nicht vernehmen. 