A.- B._ war seit 1975 im Schuldienst X._ als gewählter Lehrer tätig. Mit Entscheid vom 2. Juli 1997 entliess ihn der Erziehungsrat Y._ administrativ per Ende Schuljahr 1996/97 und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Mit Eingabe vom 14. Juli 1997 erhob er gegen den Entlassungsentscheid Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Am 13. August 1997 meldete sich B._ bei der Arbeitslosenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 29. September 1997 ordnete die Arbeitslosenkasse des Kantons Luzern die Auszahlung von Arbeitslosenentschädigung bei bestrittener Auflösung des öffentlich-rechtlichen Dienstverhältnisses an, behielt sich aber vor, nach rechtskräftigem Abschluss des gegen die Entlassung gerichteten Beschwerdeverfahrens nachträglich eine Einstellung in der Anspruchsberechtigung zu überprüfen und gegebenenfalls Zahlungen zurückzufordern. In der Folge richtete sie dem Versicherten die Taggelder aus. Nachdem das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit in Rechtskraft erwachsenem Urteil vom 29. April 1998 die Beschwerde gegen die Entlassung abgewiesen hatte, stellte sie B._ mit Verfügung vom 22. Juni 1998 wegen selbstverschuldeter Arbeitslosigkeit ab 1. August 1997 für 50 Tage in der Anspruchsberechtigung ein und forderte zu viel bezahlte Taggelder in Höhe von Fr. 13'327. 30 zurück. B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 31. Mai 1999 ab unter Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung. C.- B._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Kassenverfügung beantragen. Ferner ersucht er um unentgeltliche Verbeiständung. Verwaltungsgericht und Arbeitslosenkasse schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Staatssekretariat für Wirtschaft verzichtet auf eine Vernehmlassung. 