Faits: A. Il est reproché à Y._ d'avoir violé le 22 novembre 2009 la mineure Z._, née le 25 janvier 1995. A l'ouverture des débats devant le Tribunal correctionnel du canton de Genève, la mère de l'enfant, X._, a déposé des conclusions civiles en son propre nom à concurrence de 26'835 fr. 25 tendant au paiement par Y._ du dommage et du tort moral qu'elle prétendait avoir elle-même subis. Par décision du 31 mai 2011, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a constaté que X._ n'avait pas qualité de partie plaignante. Les débats se sont poursuivis sans X._. Par jugement du 3 juin 2011, le Tribunal correctionnel a reconnu Y._ coupable de viol et d'actes d'ordre sexuel avec des enfants et l'a condamné à une peine privative de liberté de 3 ans, sous déduction de 380 jours de détention avant jugement, cette peine étant prononcée sans sursis à raison de 12 mois, le sursis partiel lui étant accordé pour le surplus avec délai d'épreuve de 4 ans. Le tribunal a accordé à l'enfant Z._ une indemnité de 15'000 fr. pour tort moral. B. X._ a formé un recours contre la décision du 31 mai 2011. Par arrêt du 16 septembre 2011, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours, a déclaré ce recours irrecevable, considérant qu'aucune voie de droit n'était ouverte à ce stade de la procédure. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Elle conclut, sous suite de dépens, principalement à son annulation, à ce que sa qualité de partie plaignante soit constatée, à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal correctionnel, et à ce qu'il soit ordonné à la direction de la procédure de statuer sur ses conclusions civiles; subsidiairement, elle conclut à l'annulation et au renvoi de la cause en instance cantonale pour qu'il soit statué sur le recours cantonal. Elle sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire. Invités à se déterminer sur le recours, le Ministère public s'en remet à justice quant à la recevabilité d'un recours au plan cantonal et persiste pour le surplus dans ses observations déposées en instance cantonale, tandis que Z._ s'en rapporte à justice et Y._ conclut à l'admission du recours et au bénéfice de l'assistance judiciaire. 