Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 27. Oktober 2009 erteilte der Gemeinderat Volketswil der Migros Genossenschaft Zürich die Bewilligung für den Umbau und die Erweiterung des M-Parcs in Volketswil. Der Fachmarkt befindet sich an der Industriestrasse 20 und ist der Industriezone mit hoher Ausnützung (Zone Ic) zugewiesen. Der Gemeinderat verband die Bewilligung unter anderem mit folgenden Nebenbestimmungen: "1.4 Im Sinne der Erwägung ist ab Eröffnung der M-Parc Gebäudeerweiterung für den einzelnen Kundenparkplatz eine Mindestgebühr von Fr. 1.00/h degressiv nach Ablauf der ersten Stunde von mindestens Fr. -.50/h zu erheben. Eine Rückerstattung dieser Mindestgebühren ist nicht zulässig. Die Gebührenpflicht ist mit geeigneten Mitteln sicherzustellen, die mindestens den gleichen Effekt wie die übliche Einrichtung einer zentralen Kassierstation aufweist. 1.6 Die bestehende Gesamtzahl von 310 Parkplätzen (285 Kunden- und 25 Beschäftigtenparkplätze) darf nicht erhöht werden. Die Trennung zwischen den Kunden- und den Beschäftigtenparkplätzen muss dauernd gewahrt sein. Die 25 Beschäftigtenparkplätze im abgeschlossenen Anlieferungsbereich dürfen auch bei Stoss-/Spitzenzeiten nicht von Kunden genutzt werden." Gegen den Beschluss erhob der Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) Rekurs. Die Baurekurskommission III des Kantons Zürich hiess das Rechtsmittel mit Entscheid vom 1. Dezember 2010 teilweise gut. Sie ersetzte zum einen Dispositiv-Ziffer 1.6 Abs. 1 des Beschlusses durch die Anordnung, vor Baubeginn sei eine überarbeitete Berechnung der Parkplatzzahl einzureichen und bewilligen zu lassen. Zum anderen ergänzte sie Dispositiv-Ziffer 1.4 Satz 3 insofern, als sie den gleichen Effekt wie die übliche Einrichtung einer zentralen Kassierstation in Kombination mit einer Schranke verlangte. Im Übrigen wies sie den Rekurs ab. In der Folge gelangten die Migros Genossenschaft Zürich, der Gemeinderat Volketswil und der VCS ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht vereinigte die drei Verfahren und hiess mit Urteil vom 14. September 2011 die Beschwerden der Migros Genossenschaft Zürich und des Gemeinderats Volketswil gut und machte die Änderung von Dispositiv-Ziffer 1.6 Abs. 1 des gemeinderätlichen Beschlusses durch die Baurekurskommission wieder rückgängig. Im Ergebnis bestätigte es damit den erstinstanzlichen Entscheid, ergänzt in Dispositiv-Ziffer 1.4 Satz 3 durch die Worte "in Kombination mit einer Schranke". Die Beschwerde des VCS wies es ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 28. Oktober 2011 verlangt der VCS im Wesentlichen die Aufhebung des Urteils der Verwaltungsgerichts, die Feststellung, dass die Beschwerden der Migros Genossenschaft Zürich und des Gemeinderats Volketswil hätten abgewiesen werden müssen, die teilweise Aufhebung des Entscheids der Baurekurskommission sowie die Anordnung folgender Nebenbestimmungen: Ziffer 1.6 Abs. 1: "Die bestehende Gesamtzahl der Parkplätze ist von 310 auf maximal 242 (eventualiter: 252) zu reduzieren, wovon 217 (eventualiter: 227) für die Kunden und 25 für die Beschäftigten auszuscheiden sind. Vor Baubeginn sind entsprechend überarbeitete Pläne einzureichen und bewilligen zu lassen." Ziffer 1.4 Abs. 1 Satz 1 und 2: "Ab Eröffnung der M-Parc-Gebäudeerweiterung ist für alle Kundenparkplätze ab der ersten Minute eine mit zunehmender Parkierungsdauer degressiv verlaufende Gebühr zu erheben. Für die erste angebrochene Stunde hat die Gebühr mindestens Fr. 2.-- und für die zweite angebrochene Stunde mindestens Fr. 1.-- zu betragen." Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat schliesst auf die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin beantragt im Wesentlichen, die Beschwerde sei abzuweisen, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) ist der Auffassung, das angefochtene Urteil stehe mit der Umweltschutzgesetzgebung des Bundes im Einklang. In seiner Stellungnahme dazu hält der Beschwerdeführer im Wesentlichen an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Mit Präsidialverfügung vom 30. November 2011 hat das Bundesgericht das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung abgewiesen. 