Faits: A. R._ était administrateur unique de la société X._ et président du conseil de fondation de la Caisse de pensions Y._. X._ a déposé une demande de sursis concordataire le 16 mars 1998, qui a abouti à l'homologation d'un concordat par abandon d'actifs le 22 juin 1999. Le 2 décembre 1998, Y._ a été mise en liquidation et R._ a quitté le conseil de fondation. B. Le 24 août 2007, Y._ en liquidation a introduit une action en dommage-intérêts contre R._. Elle a conclu au paiement de 4'681'632 fr. avec intérêts à 5 % dès le 20 mars 1998 et de 4'670'601 fr. avec intérêts à 5 % dès le 3 décembre 1998. Elle a considéré que R._, en sa qualité de président du conseil de fondation, avait permis à X._ de ne pas verser régulièrement les cotisations dues causant ainsi une perte de 4'681'632 fr. De plus, en faisant financer des immeubles par la fondation dans le but de favoriser l'activité de X._, R._ lui avait occasionné des pertes à hauteur de 4'670'601 fr. Celui-ci a conclu au rejet des conclusions de la demande en invoquant la prescription de l'action. Par arrêt du 19 juin 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a rejeté la demande, admettant l'exception de prescription. C. Y._ en liquidation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à ce qu'il soit constaté que son action n'est pas prescrite et que l'affaire soit retournée à l'autorité cantonale pour statuer sur le fond. R._ conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. D. Le 7 juillet 2010, la IIe Cour de droit social a tenu une audience publique. 