Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 13. Juni 2003 und Einspracheentscheid vom 16. März 2004 verneinte das Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich (AWA) den Anspruch des 1949 geborenen H._ auf Arbeitslosenentschädigung ab 10. Mai 1999 und 3. Juni 2002. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 13. Juli 2004). Mit Urteil vom 22. März 2005 hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht (heute: Bundesgericht) die dagegen geführte Verwaltungsgerichtsbeschwerde teilweise gut, indem es den vorinstanzlichen Entscheid vom 13. Juli 2004 und den Einspracheentscheid vom 16. März 2004 insoweit aufhob, als darin die Vermittlungsfähigkeit ab 10. Mai 1999 verneint wurde. Daraufhin forderte die Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich mit Verfügung vom 7. Juni 2005 die ab 3. Juni 2002 zu Unrecht bezogenen Taggelder der Arbeitslosenversicherung in der Höhe von Fr. 54'375.70 zurück. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 12. April 2006, lehnte die Arbeitslosenkasse das Gesuch von H._ um Erlass der Rückerstattung im Betrag von Fr. 54'375.70 mangels guten Glaubens beim Leistungsbezug ab. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Juni 2007 ab. C. Mit Beschwerde lässt H._ sein Erlassgesuch erneuern; eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Staatssekretariat für Wirtschaft und AWA verzichten auf eine Stellungnahme. 