Sachverhalt: A. Das Geschworenengericht des Kantons Zürich verurteilte X._ am 16. April 2008 wegen vorsätzlicher schwerer Körperverletzung zu einer Freiheitsstrafe von viereinhalb Jahren. Vom Vorwurf der versuchten vorsätzlichen Tötung sprach es ihn frei. Auf die Anklagevorwürfe betreffend Widerhandlung gegen das Waffengesetz, mehrfach versuchter Nötigung und Drohung trat es nicht ein. B. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei hinsichtlich der ausgesprochenen Strafe aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er sei mit einer teilbedingten Freiheitsstrafe von drei Jahren zu bestrafen. Für zwei Jahre Freiheitsstrafe sei der bedingte Strafvollzug zu gewähren, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Eventualiter sei er mit einer Freiheitsstrafe von dreieinhalb Jahren zu bestrafen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Das Geschworenengericht des Kantons Zürich und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich beantragen sinngemäss, die Rügen hinsichtlich der Verletzung des Beschleunigungsgebotes seien abzuweisen. Das Geschworenengericht ersucht, im Falle einer Gutheissung sei reformatorisch zu entscheiden. 