Faits: A. A.a. La société en nom collectif X._ exploitait une entreprise de construction et de génie civil active principalement dans le canton de Neuchâtel. Les associés de la société étaient F._ et G._. Le personnel de l'entreprise était assuré pour la prévoyance professionnelle auprès de la Fondation de prévoyance en faveur du personnel cadre de l'entreprise X._ (ci-après: la Fondation du personnel cadre) et auprès de la Fondation en faveur du personnel d'exploitation de l'entreprise X._ (ci-après: la Fondation du personnel d'exploitation). F._ et G._ siégeaient dans les conseils de fondation de ces deux institutions de prévoyance, le premier en qualité de président. L'organe de contrôle de ces institutions de prévoyance était la société Y._ SA. A.b. A la fin des années 1980, X._ a commencé à rencontrer des difficultés financières. Dans ce contexte, la société n'a plus versé régulièrement les cotisations de prévoyance dues aux deux institutions de prévoyance auprès desquelles son personnel était assuré. D'après les rapports de contrôle établis par Y._ SA à compter de l'exercice 1991, les montants des créances des institutions de prévoyance auprès de l'employeur ne respectaient pas les normes légales admissibles en matière de placement chez l'employeur. Au 31 décembre 1996, le montant de la dette à l'égard de la Fondation du personnel cadre s'élevait à 4'883'547 fr. 95 sur un total du bilan de 8'021'074 fr. 30, tandis que le montant de la dette à l'égard de la Fondation du personnel d'exploitation s'élevait à 1'947'432 fr. 16 sur un total du bilan de 2'687'874 fr. 81; les liquidités disponibles semblaient par ailleurs insuffisantes pour le règlement des engagements à court terme et des prestations de libre passage. A.c. Propriétaire d'un important parc immobilier dans le canton de Neuchâtel, X._ a proposé au début de l'année 1995, dans le but d'éteindre par compensation ses dettes de cotisations, de transférer aux institutions de prévoyance l'un de ses immeubles. Après avoir initialement exprimé son opposition à une telle opération, l'Autorité de surveillance des institutions de prévoyance et des fondations de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: l'autorité de surveillance) a donné son accord au transfert de propriété au mois d'avril 1996. L'opération a toutefois échoué en raison du refus signifié par la banque créancière hypothécaire. A.d. Vu la situation préoccupante dans laquelle se trouvaient les institutions de prévoyance, l'autorité de surveillance a, par décision du 25 novembre 1996, relevé les membres des deux conseils de fondation de leurs fonctions et désigné la société Z._ SA en qualité de curatrice. Dans le prolongement de cette mesure, les responsables de X._, les créanciers bancaires et hypothécaires, la curatrice des institutions de prévoyance, la société Y._ SA (en exécution d'un mandat d'assistance technique et de coordination) ainsi que des représentants de la République et canton de Neuchâtel ont élaboré un plan de sauvetage de l'entreprise X._ incluant notamment l'assainissement des deux institutions de prévoyance. Dans ses grandes lignes, la solution adoptée comprenait la reprise, avec effet au 1 er janvier 1997, de l'exploitation de l'entreprise de construction (y compris les obligations courantes en matière de prévoyance professionnelle incombant précédemment à X._) par une nouvelle société dénommée X._ SA et le transfert aux deux institutions de prévoyance, à titre de paiement des dettes de cotisations, d'un certain nombre d'immeubles appartenant à X._. A.e. Le 24 novembre 1997, X._, X._ SA et la Fondation du personnel cadre ont conclu une convention - dont le contenu avait été préalablement approuvé par l'autorité de surveillance - aux termes de laquelle X._ s'engageait notamment à transférer à l'institution de prévoyance des biens immobiliers (garages et terrains à bâtir) pour une valeur de 4'883'547 fr. 95 en compensation de la dette qu'elle avait à son égard. Le même jour, une convention similaire portant sur une valeur de 1'640'072 fr. 16 a été passée avec la Fondation du personnel d'exploitation. Les engagements respectifs des parties ont été complétés par une convention additionnelle conclue le 17 février 1998. A.f. X._ a déposé une demande de sursis concordataire le 25 février 1998, qui a abouti à l'homologation d'un concordat par abandon d'actifs le 7 juin 1999. La procédure de liquidation n'est à ce jour pas terminée. A.g. Le 3 novembre 2000, l'autorité de surveillance a déposé auprès du Ministère public de la République et canton de Neuchâtel une dénonciation pénale portant sur la gestion de la Fondation du personnel cadre et de la Fondation du personnel d'exploitation. Une information a été ouverte à l'encontre de F._ et de M._, ancien directeur financier de X._, pour faits de gestion déloyale. Par ordonnance du 7 juin 2004, le Ministère public a prononcé un non-lieu pour motifs de droit et insuffisance de charges. B. B.a. X._ SA a mis un terme avec effet au 31 décembre 1998, respectivement au 31 décembre 2000 aux rapports de prévoyance avec la Fondation du personnel d'exploitation (courriers des 30 septembre et 17 décembre 1998) et la Fondation du personnel cadre (courrier du 8 décembre 2000). Par deux décisions du 12 mars 2001, l'autorité de surveillance a constaté la dissolution des deux institutions de prévoyance, prononcé leur mise en liquidation, relevé Z._ SA de son mandat de curatrice et désigné deux liquidateurs. La procédure de liquidation des deux fondations n'est à ce jour pas terminée. B.b. En réponse à une demande des liquidateurs de la Fondation du personnel cadre, le Fonds de garantie LPP a, par décision du 26 juin 2002, accepté de verser la somme de 5'235'000 fr. à titre de garantie des prestations légales et réglementaires en faveur des assurés de l'institution de prévoyance. C. La Fondation du personnel cadre et la Fondation du personnel d'exploitation ont ouvert devant le Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel (depuis le 1 er janvier 2011: la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel) des actions en responsabilité contre Z._ SA (le 14 février 2006), Y._ SA (le 17 février 2006), M._ (le 5 mai 2006), la République et canton de Neuchâtel, en qualité d'autorité répondant des actes commis par l'autorité de surveillance (le 14 novembre 2006), et X._ (le 8 mai 2007). Le traitement de ces actions a été tacitement ajourné en attendant que la juridiction cantonale se prononce sur l'action introduite dans l'intervalle par le Fonds de garantie LPP. D. Par mémoire du 5 avril 2006, le Fonds de garantie LPP a ouvert action devant le Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel contre la République et canton de Neuchâtel, la Banque cantonale neuchâteloise (en qualité de banque hypothécaire et commerciale), Y._ SA, X._, F._, G._, X._ SA et Z._ SA, en concluant à ce que les défendeurs soient condamnés solidairement à lui payer la somme de 5'234'387 fr. 05 avec intérêt de 5 % dès le 26 juin 2002, sous déduction du produit de la liquidation de la Fondation du personnel cadre revenant au Fonds de garantie LPP, ou, à titre subsidiaire, à ce qu'ils soient condamnés solidairement à lui verser un montant équitable à fixer par le Tribunal. La juridiction cantonale a ordonné le 29 octobre 2010 la jonction des causes et requis la production de divers dossiers et documents, puis refusé le 23 septembre 2011 l'administration de preuves supplémentaires. Le 5 avril 2012, le Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a rendu l'arrêt suivant: LA COUR DE DROIT PUBLIC 1. Condamne la République et canton de Neuchâtel, Y._ SA, X._ en liquidation concordataire et X._ SA, solidairement, à payer à la Fondation Fonds de garantie LPP le montant de 5'234'387.05 francs plus intérêts à 5 % dès le 26 juin 2002, sous déduction du produit éventuel de la liquidation des deux fondations de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise X._ revenant à la Fondation Fonds de garantie LPP. 2. Rejette la demande dans la mesure où elle était dirigée contre la Banque cantonale neuchâteloise, F._, G._ et Z._ SA en liquidation. 3. Dit qu'il n'est pas perçu de frais de justice. 4. Alloue à la Fondation Fonds de garantie LPP une indemnité de dépens de 399'150 francs, solidairement à la charge des quatre défendeurs condamnés. 5. Alloue à Z._ SA en liquidation une indemnité de dépens de 317'000 francs à la charge de la Fondation Fonds de garantie LPP. 6. Alloue à F._ et à G._ une indemnité de dépens globale de 285'772 francs à la charge de la Fondation Fonds de garantie LPP. E. Le Tribunal fédéral a été saisi de cinq recours en matière de droit public interjetés contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel du 5 avril 2012: X._ en liquidation concordataire a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet des conclusions prises par le Fonds de garantie LPP. A titre subsidiaire, elle a demandé l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à la juridiction cantonale (cause 9C_400/2012). X._ SA a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet de la demande dirigée contre elle par le Fonds de garantie LPP et, en tant que besoin, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision sur les dépens (cause 9C_407/2012). La Banque Cantonale Neuchâteloise a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens de l'allocation d'une indemnité de dépens de 316'209 fr. 05 à la charge du Fonds de garantie LPP. A titre subsidiaire, elle a demandé l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants (cause 9C_411/2012). La République et canton de Neuchâtel a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet de la demande dirigée contre elle par le Fonds de garantie LPP et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision sur les dépens (cause 9C_412/2012). Y._ SA a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet de la demande dirigée contre elle par le Fonds de garantie LPP. A titre subsidiaire, elle a demandé l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants (cause 9C_422/2012). F. Le Fonds de garantie LPP a conclu au rejet des recours dans la mesure de leur recevabilité, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales n'a pas déposé d'observations. Les parties recourantes ont renoncé à déposer des observations complémentaires. 