Faits: A. A.a Par contrat du 6 février 2001, la Fondation de prévoyance professionnelle X._ (ci-après: la bailleresse) a remis à bail à A.Z._ et B.Z._ (ci-après: les locataires) un appartement de quatre pièces, situé dans un immeuble à Genève, pour un loyer initial de 540 fr. par mois (soit 6'480 fr. par année), charges non comprises. Le bail, qui a débuté le 1er mars 2001, a été conclu pour une durée de cinq ans. Depuis le 28 février 2006, il s'est ensuite renouvelé d'année en année. L'avis de fixation du loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail du 6 février 2001 mentionne le loyer annuel payé par le précédent locataire, soit 6'480 fr. depuis le 1er janvier 1994, et le loyer initial fixé à 6'480 fr. par an, charges non comprises. Sous la rubrique "Clause d'indexation (art. 269b CO)", l'avis mentionne: "voir art. 57; Selon indice en vigueur: 107.1". Aucune indication ne figure sous la rubrique "Clause d'échelonnement". L'art. 57 des "Clauses particulières" du bail prévoit ce qui suit: "Conformément à la LDTR, le loyer mensuel, sans les charges, est fixé de la manière suivante: Fr. 540 dès le début du bail jusqu'à la fin des travaux. Fr. 713 premier échelon, soit une année après la fin des travaux. Fr. 886 deuxième échelon, soit 2 années après la fin des travaux. Fr. 1'059 troisième échelon, soit 3 années après la fin des travaux. Fr. 1'200 dès la quatrième année après la fin des travaux." A.b Par avis de majoration du 8 novembre 2002, la bailleresse a déclaré porter le loyer annuel de l'appartement à 8'556 fr. (soit 713 fr. par mois), sans les charges, dès le 1er mars 2003, à 10'632 fr. (soit 886 fr. par mois) dès le 1er mars 2004, à 12'708 fr. (soit 1'059 fr. par mois) dès le 1er mars 2005, et à 14'400 fr. (soit 1'200 fr. par mois) dès le 1er mars 2006. L'avis mentionne: "Hausse appliquée selon l'article no 57 des Conditions particulières de votre bail signé le 06.02.2001". Les majorations effectives au 1er mars 2004 et au 1er mars 2006 ont été confirmées par des avis officiels de confirmation d'échelon des 8 décembre 2003 et 11 janvier 2006. A.c Par avis de majoration du 25 septembre 2008, la bailleresse a déclaré porter le loyer annuel de l'appartement à 15'708 fr., sans les charges, dès le 1er mars 2009. Cette hausse de loyer a été contestée en temps utile par les locataires. Non conciliée, la cause a été portée par la bailleresse devant le Tribunal des baux et loyers le 5 juin 2009; elle a été radiée du rôle suite au retrait de la demande en validation de hausse de loyer par la bailleresse. B. Par requête du 3 mars 2009, déclarée non conciliée à l'audience de la Commission de conciliation et portée devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, les locataires ont agi en constatation de la nullité de la clause d'échelonnement du loyer prévue dans leur bail, de l'avis de fixation du loyer initial du 6 février 2001 et de l'avis de majoration du 8 novembre 2002; elles ont conclu à ce qu'il soit constaté que le loyer de l'appartement demeure fixé à 6'480 fr. par an, charges non comprises, depuis le 1er mars 2001, et à ce que la bailleresse soit condamnée à leur rembourser le trop-perçu de loyer. Par jugement du 22 juin 2010, le Tribunal des baux et loyers a constaté la validité de la clause d'échelonnement prévue dans le contrat de bail, de l'avis de fixation du loyer initial du 6 février 2001 et de l'avis de majoration de loyer du 8 novembre 2002. Sur appel des locataires, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève, par arrêt du 19 septembre 2011, a annulé le jugement entrepris, constaté la nullité de la clause d'échelonnement prévue dans le contrat de bail et dans l'avis du 6 février 2001, ainsi que celle de l'avis de majoration du 8 novembre 2002; elle a condamné la bailleresse à rembourser aux locataires la somme de 52'056 fr., ainsi que 660 fr. par mois depuis le 1er mars 2011. En lien avec la clause d'échelonnement, la cour cantonale a considéré que l'avis de fixation du loyer initial était nul puisque le renvoi fait à l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail ne permettait pas aux locataires de saisir la portée et la justification des quatre échelons auxquels les locataires étaient soumises; la référence à la LDTR leur laissait en effet faussement croire que ces échelons avaient été fixés en application de la LDTR, soit sous contrôle de l'autorité, alors même que les augmentations de loyer par paliers reposaient en réalité sur des travaux d'entretien et/ou à plus-value entrepris par la bailleresse, sans rapport avec la LDTR. L'avis de majoration du 8 novembre 2002 renvoyant également à l'art. 57 des "Clauses particulières" du bail, l'autorité cantonale a jugé qu'il ne comportait pas une motivation suffisamment précise au regard de la loi et de la jurisprudence, ce qui emportait sa nullité. La cour précédente a nié tout abus de droit des locataires, celles-ci n'ayant pas eu connaissance des informalités liées aux formules officielles avant d'avoir pris contact avec un avocat (fin 2008/début 2009). C. La bailleresse exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 19 septembre 2011. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce que les locataires soient déboutées de toutes leurs conclusions. La recourante invoque une violation des art. 269 ss CO, des art. 19 al. 1 et 1bis OBLF (RS 221.213.11), ainsi qu'une transgression de l'art. 2 al. 2 CC. Les intimées concluent, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. 