Faits: A. S._, né en 1950, exploite une entreprise agricole à X._. Souffrant de lombalgies depuis 2001, il a subi deux discectomies chirurgicales les 18 juillet 2002 et 25 février 2003. Le 26 mars 2004, il a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Dans le cadre de l'instruction de ce dossier, l'Office AI du canton de Fribourg (ci-après: l'office AI) a recueilli le point de vue du docteur B._, chirurgien traitant (rapports des 31 janvier 2005 et 23 mars 2006). D'après ce médecin, son patient souffrait d'un syndrome lombovertébral et irritatif radiculaire S1 gauche à caractère dynamique et présentait une capacité résiduelle de travail de 50 % dans une activité adaptée excluant les travaux lourds. L'office AI a également diligenté une expertise économique de l'exploitation agricole de l'assuré. Selon le rapport établi le 9 octobre 2006, l'incapacité de travail, calculée au moyen d'un budget de travail, s'élevait à 51 % et la perte économique à 54 %. Après avoir soumis le dossier à l'appréciation de son Service médical régional (SMR), l'office AI a, par décision du 16 janvier 2007, rejeté la demande de prestations, au motif que le degré d'invalidité, fixé à 32 %, était insuffisant pour ouvrir le droit à une rente d'invalidité. En substance, il a considéré que l'on pouvait exiger de l'assuré qu'il abandonne son activité agricole pour une activité industrielle adaptée plus légère où sa capacité de travail serait de 70 %. B. Par jugement du 29 mai 2009, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a admis le recours, annulé la décision attaquée et renvoyé la cause à l'office AI afin qu'il procède au versement à l'assuré d'une demi-rente d'invalidité. C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Il conclut principalement à son annulation et subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision. S._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 