Faits: Faits: A. Marié à Y._, X._ exerce une activité indépendante de médecin urologue FMH à Z._. Il détenait des participations dans les sociétés Centre médico-chirurgical A._ SA (ci-après: A._ SA) depuis sa constitution en 1983, B._ SA depuis sa constitution en 1987, Clinique C._ SA (ci-après: C._ SA) depuis sa constitution en 1988 et Ambulances D._ SA (ci-après: D._ SA) dont il acquis des titres en 1989. A._ SA, dont la faillite a été prononcée le 22 avril 1999, était administrée par X._ et avait pour but l'exploitation d'un centre médico-chirurgical. B._ SA, dont la faillite a été prononcée le 1er octobre 1999, avait pour but l'acquisition et l'exploitation d'appareils mobiles destinés à fragmenter par voie extra-corporelle les calculs rénaux et biliaires. C._ SA, dont la faillite a été prononcée le 5 juillet 2001, avait pour but toute activité dans le domaine médical, notamment la gestion et l'exploitation de cliniques, permanences médicales, cabinets de groupe et entreprises de secours. D._ SA, dont la faillite a été prononcée le 6 juillet 2000, avait pour but l'exploitation d'un service d'ambulances et de premiers secours ainsi que le transport de malades et blessés. A._ SA, dont la faillite a été prononcée le 22 avril 1999, était administrée par X._ et avait pour but l'exploitation d'un centre médico-chirurgical. B._ SA, dont la faillite a été prononcée le 1er octobre 1999, avait pour but l'acquisition et l'exploitation d'appareils mobiles destinés à fragmenter par voie extra-corporelle les calculs rénaux et biliaires. C._ SA, dont la faillite a été prononcée le 5 juillet 2001, avait pour but toute activité dans le domaine médical, notamment la gestion et l'exploitation de cliniques, permanences médicales, cabinets de groupe et entreprises de secours. D._ SA, dont la faillite a été prononcée le 6 juillet 2000, avait pour but l'exploitation d'un service d'ambulances et de premiers secours ainsi que le transport de malades et blessés. B. Dans leur déclaration pour la période fiscale 1993/1994, les époux X._ ont fait état d'un revenu imposable de 699'127 fr. et d'une fortune nulle. Le 1er avril 1996, la Commission d'impôt du district de Lausanne (ci-après: la Commission d'impôt) leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 717'800 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 742'000 fr. Contre cette décision, les intéressés ont déposé une réclamation, retirée le 5 septembre 1996. Dans leur déclaration pour la période fiscale 1995/1996, les époux X._ ont fait état d'un revenu imposable de 92'692 fr. et d'une fortune nulle. Le 26 juin 1997, la Commission leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 123'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 112'000 fr. Le 25 juillet 1997, la Commission leur a notifié une nouvelle taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 478'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 467'800 fr. Le 20 août 1997, les intéressés ont déposé une réclamation contre cette décision, qui a été confirmée par la Commission. La réclamation a été maintenue le 25 septembre 1997. Pour la période fiscale 1997/1998, les époux X._ n'ont pas déposé de déclaration en temps utile. L'Administration cantonale des impôts (agissant également comme Administration cantonale de l'impôt fédéral direct; ci-après: l'Administration cantonale) leur a notifié des taxations d'office le 26 février 1998 pour l'impôt cantonal et communal et le 3 mars 1998 pour l'impôt fédéral direct, arrêtant le revenu imposable à 1'130'000 fr. et une fortune nulle. Le 26 mars 1998, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions. Le 9 avril 1998, ils ont déposé leur déclaration, faisant état d'un revenu imposable de 794'700 fr. et d'une fortune nulle. Le 10 octobre 1997, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle aux époux X._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998 et ouvert une procédure en soustraction d'impôts à leur encontre. Le contrôle des comptes a eu lieu entre le 18 et le 21 novembre 1997. Les 27 mai, 15 juin, 24 juillet, 25 août, 13 octobre et 5 novembre 1998 puis les 16 et 29 avril 1999, l'Administration cantonale leur a adressé des rappels aux fins d'obtenir des pièces complémentaires. Durant cette période, les mandataires successifs des intéressés ont produit leurs observations et divers documents. Le 25 mars 2003, l'Administration cantonale a fixé à un montant supplémentaire total de 335'655 fr. 35 l'impôt cantonal et communal et à un montant supplémentaire total de 121'007 fr. l'impôt fédéral direct dus pour l'ensemble des périodes en cause. Elle a prononcé des amendes d'un montant total de 389'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 152'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le 25 avril 2003, les époux X._ ont déposé une réclamation contre cette décision. Le 25 mars 2003, l'Administration cantonale a fixé à un montant supplémentaire total de 335'655 fr. 35 l'impôt cantonal et communal et à un montant supplémentaire total de 121'007 fr. l'impôt fédéral direct dus pour l'ensemble des périodes en cause. Elle a prononcé des amendes d'un montant total de 389'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 152'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le 25 avril 2003, les époux X._ ont déposé une réclamation contre cette décision. C. Le 1er septembre 2005, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 20 août 1997, 26 mars 1998 et 25 avril 2003. S'agissant de la période fiscale 1993/1994, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 934'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 958'300 fr. S'agissant de la période fiscale 1995/1996, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 294'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 283'900 fr. S'agissant de la période fiscale 1997/1998, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 832'000 fr. et la fortune à 1'328'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 822'700 fr. Les rappels d'impôts cantonal et communal sur le revenu ont été fixés à un montant total de 141'487 fr. 20 et sur la fortune à 4'453 fr. 75, les rappels d'impôt fédéral direct à un montant total de 49'749 fr. Les montants des amendes pour soustraction fiscale en 1993/1994 (218'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 74'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) et pour tentative de soustraction fiscale en 1995/1996 (90'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 44'400 fr. pour l'impôt fédéral direct) et 1997/1998 (majoration de 10% des éléments soustraits pour l'impôt cantonal et communal et 5'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) ont été corrigés en conséquence. C. Le 1er septembre 2005, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 20 août 1997, 26 mars 1998 et 25 avril 2003. S'agissant de la période fiscale 1993/1994, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 934'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 958'300 fr. S'agissant de la période fiscale 1995/1996, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 294'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 283'900 fr. S'agissant de la période fiscale 1997/1998, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 832'000 fr. et la fortune à 1'328'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 822'700 fr. Les rappels d'impôts cantonal et communal sur le revenu ont été fixés à un montant total de 141'487 fr. 20 et sur la fortune à 4'453 fr. 75, les rappels d'impôt fédéral direct à un montant total de 49'749 fr. Les montants des amendes pour soustraction fiscale en 1993/1994 (218'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 74'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) et pour tentative de soustraction fiscale en 1995/1996 (90'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 44'400 fr. pour l'impôt fédéral direct) et 1997/1998 (majoration de 10% des éléments soustraits pour l'impôt cantonal et communal et 5'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) ont été corrigés en conséquence. D. Contre cette décision, les époux X._ ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif. Durant la procédure, une demande de récusation datée des 11 et 20 octobre 2005 dirigée contre le juge instructeur F._ a été rejetée par la Cour plénière du Tribunal administratif, dont la décision a été confirmée par arrêt du Tribunal fédéral du 3 mars 2006. Par courrier des 8 décembre 2005 et 2 février 2006, le juge instructeur a avisé les parties qu'il restreignait l'instruction de la cause au seul examen des taxations fiscales en cause, reportant l'instruction portant sur la soustraction fiscale à une date ultérieure. Par décision incidente du 29 mars 2006, le juge instructeur a rejeté les demandes des intéressés tendant à la consultation et à la production des pièces relatives aux procédures fiscales concernant les sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA. Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 25 avril 2006. Lors de l'audience puis par décision séparée du 26 avril 2006, le Tribunal administratif a rejeté les réquisitions tendant à l'apport de dossiers fiscaux concernant des tiers et le complètement des moyens présentés. Les parties ont déposé des déterminations finales le 10 mai 2006. Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 25 avril 2006. Lors de l'audience puis par décision séparée du 26 avril 2006, le Tribunal administratif a rejeté les réquisitions tendant à l'apport de dossiers fiscaux concernant des tiers et le complètement des moyens présentés. Les parties ont déposé des déterminations finales le 10 mai 2006. E. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal. Le droit de taxer n'était pas prescrit. S'agissant de leur droit d'être entendus, les intéressés avaient eu libre accès à leur dossier fiscal et le droit d'en lever une copie. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. Les requêtes de production des dossiers pénaux ainsi que d'audition du juge d'instruction devaient être écartées, parce que les investigations de l'enquête pénale portaient sur d'autres aspects que la taxation fiscale. L'audition du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA était écartée car il n'était pas en mesure de fournir des renseignements utiles sur les comptes des sociétés et les prestations accordées à X._. L'audition de l'ancien chef de la Division de l'inspection fiscale n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant les éclaircissements nécessaires. Enfin, il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procès civils opposant X._ à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, ces procès n'ayant aucune influence sur la procédure de taxation. Pour le surplus, les violations du droit d'être entendu qu'aurait commises l'Administration cantonale étaient guéries en procédure de recours devant le Tribunal administratif. Aucun motif ne justifiait de retrancher de la procédure les extraits de dossiers de procédure pénale et de procédure civile obtenus par l'Administration cantonale. Sur le fond, le refus de déduire les pertes liées à la vente des participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune. E. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal. Le droit de taxer n'était pas prescrit. S'agissant de leur droit d'être entendus, les intéressés avaient eu libre accès à leur dossier fiscal et le droit d'en lever une copie. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. Les requêtes de production des dossiers pénaux ainsi que d'audition du juge d'instruction devaient être écartées, parce que les investigations de l'enquête pénale portaient sur d'autres aspects que la taxation fiscale. L'audition du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA était écartée car il n'était pas en mesure de fournir des renseignements utiles sur les comptes des sociétés et les prestations accordées à X._. L'audition de l'ancien chef de la Division de l'inspection fiscale n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant les éclaircissements nécessaires. Enfin, il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procès civils opposant X._ à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, ces procès n'ayant aucune influence sur la procédure de taxation. Pour le surplus, les violations du droit d'être entendu qu'aurait commises l'Administration cantonale étaient guéries en procédure de recours devant le Tribunal administratif. Aucun motif ne justifiait de retrancher de la procédure les extraits de dossiers de procédure pénale et de procédure civile obtenus par l'Administration cantonale. Sur le fond, le refus de déduire les pertes liées à la vente des participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune. F. Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.429/2006), X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. A titre subsidiaire, ils demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif, "en ce sens que les recourants, en matière d'impôt fédéral direct, ne sont tenus à aucune prestation en argent pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, subsidiairement en ce sens qu'ordre est donné à l'Administration cantonale vaudoise de l'impôt fédéral d'établir de nouvelles taxations des contribuables qui tiennent compte de la déductibilité des pertes commerciales invoquées sous chiffre VI § C lit. a du présent recours pour les périodes fiscales sous revue". Agissant par la voie du recours de droit public (2P.185/2006), X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif. Exposant une argumentation identique dans leurs deux mémoires, ils se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus et de la garantie d'indépendance et d'impartialité des autorités. Ils se plaignent en outre de la violation du droit fédéral s'agissant de l'attribution de biens à la fortune privée, de la comptabilisation de pertes commerciales et des reprises fiscales. Au titre de mesures d'instruction, ils requièrent du Tribunal fédéral qu'il donne l'ordre à l'Administration cantonale des impôts de produire l'intégralité des dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA. Une fois produits, ils demandent la possibilité de les consulter et de compléter leurs moyens. Le Tribunal administratif renonce à déposer une réponse aux recours. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. 