Sachverhalt: A. M._, geboren 1961, war ab 1. April 1999 im Range eines "Mitgliedes der Direktion" in der Abteilung Private Banking als Leiter Europa 1 (Nordeuropa und Skandinavien) bei der Bank X._, angestellt. Am 25. Oktober 1999 wurde er in einem am Flughafen Zürich still stehenden Flugzeug von einem aus der Handgepäckablage herausgefallenen Laptop am Kopf getroffen. M._ litt in der Folge insbesondere unter chronischen, ausstrahlenden Nackenbeschwerden und Panikattacken (Bericht des Dr. med. P._ Innere Medizin/Rheumatologie FMH, vom 5. Dezember 2002). Die Bank X._ löste das Arbeitsverhältnis auf den 31. Dezember 2001 auf. Am 18. November 2002 meldete sich M._ unter Hinweis auf ein HWS-Trauma mit Cervicocephalgien und eine Schmerzverarbeitungsstörung, bestehend seit 25. Oktober 1999, bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich führte erwerbliche Abklärungen durch und holte Berichte ein des Dr. med. P._ vom 5. Dezember 2002 und des Dr. med. R._, FMH für Neurologie, vom 30. Dezember 2002 (dem Schreiben dieses Arztes vom 1. November 1999 und 20. November 2000 beilagen). Überdies zog sie die Akten der Unfallversicherung (Northern Assurance, Zürich; später: Axa Assurance, Genf) bei. In der Folge veranlasste sie einen Bericht bei Dr. med. K._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 20. Mai 2003. Mit Eingabe vom 12. August 2003 liess M._ ein zu Handen der Unfallversicherung erstelltes neurologisches Gutachten des Dr. med. S._, Neurologie FMH, Universitätsspital Y._, vom 17. Juli 2003, ins Recht legen. Am 13. August 2003 erging ein Verlaufsbericht des Dr. med. P._ und am 20. November 2003 ein von der IV-Stelle veranlasstes psychiatrisches Kurzgutachten des Universitätsspitals Y._ (Frau Dr. med. B._, Oberärztin an der Psychiatrischen Poliklinik des Universitätsspitals Y._). Die Unfallversicherung verfügte am 14. Oktober 2004 die Einstellung der Leistungen mit Wirkung ab 1. April 2000; M._ liess hiegegen Einsprache erheben. Dr. med. S._ beantwortete die ihm von der IV-Stelle gestellten Zusatzfragen am 27. April 2005. Auf Anraten ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) veranlasste die IV-Stelle eine Begutachtung im Institut Z._, vom 22. Juni 2006. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte sie am 8. März 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 60 % die Zusprechung einer halben Rente ab 1. August 2002 bis 31. Dezember 2003 sowie einer Dreiviertelsrente vom 1. Januar 2004 bis 31. Juli 2006. Ab 1. August 2006 verneinte sie mangels rentenbegründendem Invaliditätsgrad (von 36 %) den Leistungsanspruch. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des M._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach Beizug einer ergänzenden Stellungnahme des Instituts Z._ vom 27. November 2007 mit Entscheid vom 21. November 2008 ab. C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab 1. August 2002 beantragen. Eventualiter sei ihm ab 1. August 2006 eine Rente der IV, basierend auf einem unveränderten Invaliditätsgrad von 60 %, zuzusprechen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 