Faits: A. Le 1er avril 2008, un accrochage a eu lieu sur le parking de la gare du Locle entre le véhicule de X._, qui était alors accompagné de sa mère, et la voiture de Y._. Selon le rapport de police du 11 mai 2008, les agents dépêchés sur place ont rencontré les protagonistes de l'incident. Y._ leur a déclaré qu'il venait d'entrer dans son véhicule, sans avoir encore mis le moteur en marche. X._ et sa passagère ont confirmé que l'engin de Y._ n'était pas en mouvement, de sorte que les conducteurs ont finalement décidé de s'arranger à l'amiable. Le 25 avril 2008, Y._ a déposé plainte contre l'autre conducteur, son assureur lui ayant fait part de difficultés dans le règlement des conséquences de la collision. Auditionnés par la police quelques jours plus tard, X._ et sa mère ont soutenu que l'engin de Y._ était en mouvement, le premier déclarant qu'il n'avait pas le souvenir d'avoir affirmé, le jour de l'accident, que l'autre véhicule était immobile et qu'il ne savait pas si cette voiture reculait ou non. X._ a déposé plainte contre Y._ pour diffamation et calomnie. B. Par jugement du 9 septembre 2008, le Tribunal de police du district du Locle a condamné X._, pour infraction à la LCR, à 250 fr. d'amende, avec peine privative de liberté de substitution de 3 jours en cas de non paiement fautif. Il a libéré Y._ des fins de la poursuite pénale dirigée contre lui. Par arrêt du 26 novembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le pourvoi de X._. C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation de la présomption d'innocence, il requiert son acquittement. 