Sachverhalt: A. Der mazedonische Staatsangehörige X._ (geb. 1975) reiste im Mai 1997 erstmals in die Schweiz ein und ersuchte um Asyl. Nach erfolglosem Asylverfahren verliess er die Schweiz. Im Jahr 1998 stellte er erneut ein Asylgesuch, das am 28. September 1999 wiederum abgewiesen wurde, worauf X._ am 31. Mai 2000 ausreiste. Am 16. Januar 2002 kehrte er in die Schweiz zurück und stellte ein drittes Asylbegehren. Das damalige Bundesamt für Flüchtlinge (heute: Bundesamt für Migration) trat darauf nicht ein, wies X._ am 28. November 2002 weg und verfügte eine vom 5. Dezember 2002 bis zum 4. Dezember 2005 gültige Einreisesperre. B. Am 6. Dezember 2002 heiratete X._ eine Schweizer Bürgerin (geb. 1964), worauf die verhängte Einreisesperre aufgehoben und ihm eine Aufenthaltsbewilligung (zuletzt verlängert bis zum 5. Dezember 2006) erteilt wurde. X._ hat aus einer früheren Beziehung zwei minderjährige Kinder, die bei seinen Eltern im Heimatland leben. Der Eheschutzrichter am Bezirksgericht der Sense stellte mit Verfügung vom 21. März 2006 fest, dass die Eheleute X._ seit Juli 2004 getrennt lebten und dazu weiterhin (auf unbestimmte Zeit) berechtigt seien. Nach Angabe von X._ dauerte das eheliche Zusammenleben hingegen bis Juli 2005. C. Mit Verfügung vom 11. März 2008 wies das Amt für Bevölkerung und Migration das Gesuch von X._ vom 19. Oktober/ 28. Dezember 2006 um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung wegen Rechtsmissbrauchs ab und setzte ihm Frist zum Verlassen der Schweiz. Gegen diese Verfügung beschwerte sich X._ erfolglos beim Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg. Am 14. Januar 2009 wurde die Ehe rechtskräftig geschieden. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 23. Januar 2009 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Freiburg vom 25. November 2008 aufzuheben und ihm eine Niederlassungsbewilligung zu erteilen, eventualiter die Aufenthaltsbewilligung zu verlängern. Das Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg sowie das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Amt für Bevölkerung und Migration des Kantons Freiburg beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde. E. Mit Verfügung vom 23. Februar 2009 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt. 