Faits: A. Employée auprès de la société Y._ Sàrl depuis 2009, X._ a été confrontée à des difficultés dans le cadre de son activité professionnelle qui ont conduit à une incapacité de travail à 50 % dès le 2 février 2011, puis à 100 % entre le 28 février et le 30 mars 2011 et à nouveau à 50 % dès le 31 mars 2011. Par lettre du 18 mars 2011, elle a informé la direction générale de l'entreprise qu'elle était victime d'agissements répétés de nature discriminatoire pouvant s'apparenter à du harcèlement sur son lieu de travail. L'employeur n'a pas répondu à son courrier et X._ a été licenciée en mai 2011. Elle a alors introduit une procédure civile pour licenciement abusif et violation de la loi fédérale sur l'égalité entre femmes et hommes. Le 20 mai 2011, X._ a déposé plainte pénale pour lésions corporelles simples contre son employeur, respectivement contre les personnes à l'origine de ses graves problèmes de santé dus au harcèlement (mobbing) dont elle faisait l'objet sur son lieu de travail. Elle a exposé avoir été victime de toute une série d'agissements (propos discriminatoires, actes visant à l'isoler, rétrogradation professionnelle) qui ont conduit à une incapacité de travail. B. Le Ministère public de la République et canton de Neuchâtel a ordonné l'ouverture d'une instruction pénale contre inconnu pour lésions corporelles simples en relation avec les conditions de travail de la plaignante au sein de la société précitée. Le 12 juillet 2011, le Ministère public a auditionné la plaignante qui a précisé que sa plainte était dirigée contre A._ (vice-président de la société pour l'Europe) et son ex-collègue B._ qui étaient à l'origine du problème, mentionnant également C._ qui avait pris la décision de licenciement. En exécution d'un mandat d'investigation délivré par le Ministère public, la police a procédé aux auditions de A._ et B._ en qualité de personnes appelées à donner des renseignements, ainsi que de D._ (ex-représentante des Ressources Humaines de la société) comme témoin. Il a été renoncé à l'audition de C._ dans la mesure où il résidait aux USA et que son rôle semblait secondaire. Par ordonnance du 23 septembre 2011, le Ministère public a classé la procédure pénale pour insuffisance de charge. Il a estimé que, sous l'angle strictement pénal, les éléments recueillis ne permettaient pas de retenir un comportement actif, intentionnel ou par dol éventuel, de certains collaborateurs de l'entreprise ayant conduit à une atteinte à la santé psychique de la plaignante; il s'agissait davantage d'un conflit relationnel entre diverses personnes au sein d'une structure en pleine évolution. Il a en outre renoncé à interroger personnellement les personnes auditionnées par la police, comme le demandait la recourante. C. Par arrêt du 30 novembre 2011, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a confirmé l'ordonnance de classement (art. 319 al. 1 let. b CPP). D. Par acte du 27 décembre 2012, X._ forme un recours en matière pénale par lequel elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause au Ministère public pour que celui-ci complète l'instruction. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et le Ministère public à son ordonnance de classement ainsi qu'à ses observations du 21 octobre 2011. 