(Grundsatz von Treu und Glauben), hat sich ergeben: A.- Die X._ AG ist in St. Gallen domiziliert und bezweckt den Handel mit Textilien aller Art. Am 16. Dezember 1994 liess sie - gestützt auf eine Warenverkehrsbescheinigung für den Präferenzverkehr zwischen Ungarn und der EFTA - eine Ladung Rohgewebe zollfrei in die Schweiz einführen. Dabei handelte es sich um ein Jacquard-Gewebe, das in Ungarn aus Schweizer Zwirn und slowakischer Viskose hergestellt worden war. In der Folge ersuchte die Eidgenössische Oberzolldirektion die ungarischen Zollbehörden um Nachprüfung des betreffenden Ursprungsnachweises. Am 13. Juni 1996 teilten diese mit, das gelieferte Gewebe falle nicht in den Anwendungsbereich des Abkommens vom 29. März 1993 zwischen den EFTA-Staaten und Ungarn (SR 0.632. 314.181; nachfolgend: Freihandelsabkommen). Am 28. Oktober 1996 informierten die ungarischen Behörden die Oberzolldirektion weiter darüber, dass für den betreffenden ungarischen Lieferanten eine Vielzahl von Warenverkehrsbescheinigungen zu Unrecht ausgestellt worden sei. Die Schweizer Zollbehörden kündigten der X._ AG daraufhin an, dass sie - mangels Anwendbarkeit des Freihandelsabkommens - für 25 aus Ungarn eingeführte Sendungen nachträglich Zoll einfordern würden. Im Anschluss an einige Korrespondenz verfügte die Kreisdirektion Schaffhausen am 26. August 1997 einen Zollnachbezug in der Höhe von Fr. 45'123. 35, was die X._ AG erfolglos bei der Oberzolldirektion anfocht (Entscheid vom 7. März 2001). B.- Die daraufhin von der X._ AG angerufene Eidgenössische Zollrekurskommission hob den Entscheid der Oberzolldirektion am 29. August 2001 auf; sie ging davon aus, die Pflichtige habe sich auf eine unrichtige Auskunft der Zollbehörden verlassen und sei in ihrem Vertrauen in diese zu schützen. C.- Am 28. September 2001 hat die Oberzolldirektion Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, den Entscheid der Eidgenössischen Zollrekurskommission aufzuheben und ihren eigenen Entscheid in der Sache zu bestätigen. Mit Formularverfügung der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 1. Oktober 2001 wurde der X._ AG Gelegenheit gegeben, bis zum 31. Oktober eine Vernehmlassung einzureichen. Sie hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen. Am 14. November 2001 stellte sie dann ein Gesuch um Wiederherstellung der versäumten Vernehmlassungsfrist (Postaufgabe am 16. November, Eingang beim Bundesgericht am 19. November), weil sie infolge eines Zustellungsfehlers der Post erst jetzt Kenntnis von der Einladung zur Vernehmlassung erhalten habe. Mit Schreiben vom 20. November 2001 erkundigte sich der Instruktionsrichter bei der Hauptpost St. Gallen nach dem Vorfall und wies gleichzeitig die X._ AG darauf hin, dass sie ihre Beschwerdeantwort gemäss Art 35 Abs. 1 OG binnen zehn Tagen seit dem Wegfall des behaupteten Hindernisses bzw. seit dem nachträglichen Erhalt der Vernehmlassungsaufforderung einzureichen habe; die Beschwerdegegnerin hat sich in der Folge nicht vernehmen lassen. Die Eidgenössische Zollrekurskommission hat auf Stellungnahme verzichtet. 