Faits: A. X._ et Y._ ne se sont pas présentés le 27 mai 2008 à 9 heures, alors qu'ils avaient été dûment convoqués par le greffe de la Cour correctionnelle. Leurs avocats respectifs ont, en vain, demandé le renvoi de l'audience. Le mandataire de X._ a indiqué qu'il n'entendait pas représenter son client dans ces conditions. La Présidente lui a alors remis une décision signée par le Président du Tribunal de première instance et valant nomination d'office en qualité d'avocat du prénommé. Les mandataires de X._ et Y._ ont alors sollicité une suspension d'audience aux fins de demander l'intervention du Bâtonnier de l'Ordre des avocats. A l'issue de cette suspension, deux décisions du Bâtonnier, constatant l'existence d'un motif légitime pour que les deux avocats soient relevés de leurs nominations d'office, furent remises à la Présidente de la Cour correctionnelle. Les deux avocats ont ensuite quitté la salle et les débats se sont poursuivis en l'absence des intéressés et de leurs conseils. B. Par arrêt du 29 mai 2008, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a condamné X._, défaillant, pour abus de confiance aggravés et instigation à abus de confiance aggravés, à six ans de réclusion. Elle a également reconnu Y._ coupable des mêmes infractions et l'a condamné à quatre ans de réclusion. Par arrêt du 23 janvier 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi formé par X._ contre la décision précitée. C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, le principe de l'égalité des armes et le droit à un procès équitable, il conclut notamment à l'annulation de la décision cantonale. Il requiert également l'assistance judiciaire ainsi que l'effet suspensif. 