Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 21. September 1998 verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich mangels leistungsbegründender Invalidität einen Rentenanspruch der 1962 geborenen T._, was vom Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich (Entscheid vom 21. Januar 2000) und dem Eidgenössischen Versicherungsgericht (Urteil vom 16. Mai 2001) bestätigt wurde. Im Juli 2001 meldete sich T._ erneut zum Rentenbezug bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle wies das Begehren mit Verfügung vom 10. Dezember 2002 ab, was das kantonale Gericht wiederum bestätigte (Entscheid vom 27. November 2003). Die hiergegen erhobene Beschwerde der Versicherten hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 13. Dezember 2004 insoweit gut, als es die Sache zu weiteren Abklärungen im Sinne der Erwägungen und anschliessender Neuverfügung an die Verwaltung zurückwies. Nach weiteren Ermittlungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 9. Juli 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 33 % abermals einen Rentenanspruch. B. Die Beschwerde der T._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 9. Februar 2009 ab. C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, unter Aufhebung des Entscheides vom 9. Februar 2009 seien ihr die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichten. 