Sachverhalt: A. Der 1950 geborene M._ war zuletzt als Serviceaushilfe in der Gastronomie erwerbstätig. Am 22. Mai 2006 meldete er sich unter Hinweis auf verschiedene körperliche und psychische Leiden bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an und beantragte eine Rente. Nach Durchführung des Vorbescheidsverfahren wies die IV-Stelle dieses Leistungsbegehren mit Verfügung vom 29. Juni 2007 ab. B. Die von M._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 19. Juni 2009 ab, soweit es auf sie eintrat. C. Mit Beschwerde beantragt M._, ihm sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides ab 1. September 2006 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen und angemessene berufliche Massnahmen anzuordnen. Gleichzeitig stellt M._ ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung. Während die IV-Stelle Zürich auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 