Sachverhalt: A. Am 28. Juni 2008, um ca. 15:30 Uhr, kam es auf dem Neuweg bei Rorbas zu einer Kollision zwischen dem mit seinem Personenwagen bergwärts fahrenden X._ und dem talwärts fahrenden Motorradfahrer Y._. Dieser kam zu Fall und erlitt eine Unterschenkel-Trümmerfraktur, welche eine mehrmonatige Arbeitsunfähigkeit zur Folge hatte. X._ anerkannte in der polizeilichen Einvernahme, den Unfall schuldhaft verursacht zu haben, da er den entgegenkommenden Motorradfahrer übersehen habe und auf der schmalen Strasse nicht am rechten Fahrbahnrand gefahren sei. B. Am 12. September 2008 entzog die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich X._ den Führerausweis für drei Monate. Sie erwog er habe eine schwere Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz im Sinn von dessen Art. 16c begangen, weshalb ihm der Führerausweis gestützt auf Abs. 2 lit. a dieser Bestimmung für die gesetzliche Mindestdauer von 3 Monaten zu entziehen sei. X._ rekurrierte gegen diesen Entscheid an den Regierungsrat des Kantons Zürich. Er beantragte, es sei aufgrund einer mittelschweren Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften im Sinn von Art. 16b Abs. 1 lit. a SVG ein Führerausweisentzug von einem Monat anzuordnen. Ausserdem ersuchte er, die aufschiebende Wirkung des Rekurses sei auf den Ablauf eines einmonatigen Entzuges wiederherzustellen. C. Mit Strafbefehl vom 27. November 2008 verurteilte die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland X._ aufgrund dieses Vorfalls wegen fahrlässiger Körperverletzung im Sinn von Art. 125 Abs. 1 StGB zu einer bedingten Geldstrafe von 15 Tagessätzen à 100 Franken und einer Busse von 800 Franken. Der Strafbefehl blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. D. Der Regierungsrat des Kantons Zürich wies den Rekurs von X._ gegen den Führerausweisentzug am 6. Januar 2009 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die von X._ dagegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde am 20. Mai 2009 ab. E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, die Entscheide von Verwaltungsgericht, Regierungsrat und Sicherheitsdirektion aufzuheben und einen Führerausweisentzug von einem Monat unter Annahme einer mittelschweren Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften anzuordnen. Ausserdem ersucht er, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. F. Mit Verfügung vom 1. September 2009 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. G. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die Sicherheitsdirektion und das Bundesamt für Strassen beantragen, ohne Begründung bzw. unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. 