A.- Die 1948 geborene verheiratete B._, Mutter von zwei Söhnen (geboren 1974 und 1976), war bis Ende Januar 1995 stundenweise und ab 1. Februar 1995 mit einem Pensum von rund 25 % als Arztsekretärin im Spital X._ tätig. Am 1. Juli 1996 musste sie sich wegen sich progredient verstärkender Rückenbeschwerden einer Spondylodese unterziehen. Seither geht sie keiner Erwerbstätigkeit mehr nach. Am 18. Februar 1997 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Luzern holte einen Arbeitgeberbericht vom 14. April 1997, einen Bericht des Hausarztes Dr. med. E._ vom 27. August 1997 sowie einen Abklärungsbericht Haushalt vom 14. Januar 1998 ein und zog Berichte der Schmerzklinik Y._ vom 3. Februar 1997 sowie der Neurochirurgischen Klinik des Spitals Z._ vom 17. April 1997 bei. Mit Verfügung vom 6. Mai 1998 sprach sie der Versicherten auf Grund der gemischten Methode (Anteil Haushalt 75 %) bei einem Invaliditätsgrad von 65 % ab 1. Juni 1997 eine halbe Invalidenrente nebst Zusatzrente für den Ehegatten zu. Mit zwei Verfügungen vom 6. November 1998 gewährte sie zusätzlich für die Zeit vom 1. Oktober 1997 bis 31. Oktober 1998 eine Kinderrente für den Sohn S._ und ab 1. Juni 1997 eine solche für den Sohn M._. B.- Die gegen die Verfügungen gerichteten Beschwerden hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 29. Dezember 1999 teilweise gut mit der Feststellung, dass B._ für die Zeit ab 1. Juni 1997 für den Sohn M._ und für die Zeit vom 1. Oktober 1997 bis 31. Oktober 1998 für den Sohn S._ eine Kinderrente zusteht. Im Übrigen wies es die Beschwerden ab. C.- B._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides habe ihr die Invalidenversicherung ab 1. Februar 1997 mindestens eine Viertelsrente und ab 1. Juni 1997 eine ganze Invalidenrente auszurichten. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherung verzichten auf eine Vernehmlassung. 