Sachverhalt: A. X._ (geb. 1984) wurde anlässlich der Rekrutierung am 24. August 2004 durch die Untersuchungskommission (UC) für militärdienstuntauglich, jedoch für schutzdiensttauglich erklärt. Auf Beschwerde hin bestätigte der militärärztliche Dienst des Führungsstabs der Armee diesen Entscheid am 26. November 2004, wobei als Ausmusterungsleiden eine frühere Oberschenkelfraktur angegeben wurde. X._ wurde in die Personalreserve des Zivilschutzes eingeteilt. Die Wehrpflichtersatzabgaben für die Jahre 2004, 2005 und 2007 bezahlte er widerspruchslos, ebenso die provisorisch veranlagte Ersatzabgabe für das Jahr 2008. Am 16. Dezember 2009 setzte das Amt für Militär und Zivilschutz des Kantons Zürich, Wehrpflichtersatzverwaltung (nachfolgend: Wehrpflichtersatzverwaltung), die Ersatzabgabe für das Jahr 2006 auf Fr. 1'065.-- fest. In der dagegen erhobenen Einsprache vom 27. Januar 2010 machte X._ geltend, gesund und dienstwillig zu sein, weshalb die Auferlegung der Abgabe diskriminierend sei. Das nachfolgend gestellte Gesuch um Neubeurteilung der Diensttauglichkeit wurde am 3. März 2011 von der Logistikbasis der Armee, Sanität, gutgeheissen und der Entscheid vom 26. November 2004 betreffend Dienstuntauglichkeit aufgehoben. X._ rückte am 4. Juli 2011 als Durchdiener Rettungsgerätewart in die Rekrutenschule ein, wurde jedoch bereits am 8. Juli 2011 wegen psychischer Probleme erneut für militärdienstuntauglich, jedoch schutzdiensttauglich erklärt. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Mit Einspracheentscheid vom 28. Februar 2012 bestätigte die Wehrpflichtersatzverwaltung ihre Verfügung vom 16. Dezember 2009. B. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich (nachfolgend: Steuerrekursgericht) wies die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 28. Februar 2012 am 5. Juli 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. September 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil aufzuheben und festzustellen, dass er keine Wehrpflichtersatzabgabe schulde; eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Steuerrekursgericht, die Wehrpflichtersatzverwaltung und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. X._ lässt sich mit Replik vom 28. Januar 2013 vernehmen. 