Sachverhalt: A. Die 1956 geborene O._ meldete sich am 24. April 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in erwerblicher und medizinischer Hinsicht, insbesondere eines polydisziplinären Gutachtens des Begutachtungszentrums X._, vom 31. Januar 2008, stellte die IV-Stelle Basel-Stadt mit Vorbescheid vom 14. Mai 2005 die Ablehnung des Leistungsbegehrens gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 10 % in Aussicht. Auf Einwand von O._ vom 16. Juni 2008 hin wies die IV-Stelle einen Rentenanspruch mit Verfügung vom 31. Juli 2008 ab, nunmehr basierend auf einem Invaliditätsgrad von 37 %. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 18. März 2009 teilweise gut, wies die Sache entsprechend dem vernehmlassungsweise gestellten Antrag der IV-Stelle zur Verfügung bezüglich der Höhe des Anwaltshonorars im Vorbescheidverfahren an die IV-Stelle zurück und wies die Beschwerde im Übrigen ab, nachdem diese mit ihrer Beschwerdeantwort einen ergänzenden Bericht des Begutachtungszentrums X._ vom 11. November 2008 eingereicht und das Gericht O._ am 25. November 2008 diese beiden Dokumente zugestellt hatte mit dem Hinweis "zur kurzen Replik (ohne Arztberichte) innert Frist bis 5. Januar 2009". C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt O._ beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides im Rentenpunkt sei die Sache an die IV-Stelle zur weiteren Abklärung zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) und das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt auf eine Vernehmlassung verzichten. 