Sachverhalt: A. Das Bezirksamt Zofingen verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 17. Mai 2005 wegen Erschleichung einer falschen Beurkundung im Sinne von Art. 253 StGB zu 7 Tagen Gefängnis. Es hielt für erwiesen, dass er am 19. Juli 2004 auf dem Bezirksposten Zofingen der Kantonspolizei Aargau den Verlust seines Reisepasses zu Protokoll gab und gleichentags bei seiner Wohnsitzgemeinde Walterswil einen neuen Reisepass beantragte, obwohl sich sein Reisepass aufgrund einer gültigen Pass- und Schriftensperre bei den Akten des Strafgerichts Zug befand. X._ erhob Einsprache gegen den Strafbefehl, worauf die Staatsanwaltschaft mit Anklageverfügung vom 17. Juni 2005 dem Bezirksgericht Zofingen beantragte, X._ gemäss Strafbefehl zu verurteilen. Am 9. Januar 2006 lud der Gerichtspräsident von Zofingen X._ zur Hauptverhandlung vom 3. März 2006 vor. Am 20. Februar 2006 beantragte die Staatsanwaltschaft mit Zusatz-Anklage, X._ wegen Verstosses gegen Art. 23 Abs. 5 ANAG zu verurteilen, da er am 13. Dezember 2005 als Geschäftsführer der Salons "A._" in Safenwil und "B._" in Oftringen Ausländerinnen ohne gültige Arbeitsbewilligungen als Prostituierte beschäftigt habe. Zur Hauptverhandlung vom 3. März 2006 erschien X._ nicht. Gleichentags lud ihn der Präsident des Bezirksgerichts Zofingen erneut zur Hauptverhandlung auf den 8. Mai 2006 vor und forderte ihn auf, innert 10 Tagen die Gründe für sein unentschuldigtes Nichterscheinen zu nennen und zu belegen. Am 27. April 2006 teilte ihm der Gerichtspräsident zudem mit, bei Nichterscheinen werde auf Grund der Akten entschieden. B. Am 8. Mai 2006 sprach der Bezirksgerichtspräsident von Zofingen X._ von der Anklage der Erschleichung einer falschen Beurkundung sowie im Fall "B._" von der Zusatzanklage frei, verurteilte ihn indessen im Fall "A._" wegen Beschäftigens einer Ausländerin ohne Bewilligung im Sinne von Art. 23 Abs. 4 i.V.m. Art. 3 Abs. 3 ANAG zu 7 Tagen Haft und 500 Franken Busse. X._ erhob gegen seine Verurteilung Berufung und beantragte sinngemäss, ihn vollumfänglich freizusprechen. Die Staatsanwaltschaft erhob Anschlussberufung. Sie beantragte, die Berufung abzuweisen, X zusätzlich wegen Verstosses gegen Art. 23 Abs. 5 ANAG zu verurteilen und ihn mit einer unbedingten Geldstrafe von 14 Tagessätzen à 150 Franken sowie einer Busse von 500 Franken zu bestrafen. Das Obergericht des Kantons Aargau hob das bezirksgerichtliche Urteil am 23. Juli 2008 in Gutheissung der Berufung von X._ und von Amtes wegen auf. Es stellte fest, der Strafbefehl des Bezirksamtes Zofingen vom 17. Mai 2005 sei in Rechtskraft erwachsen und gelte als Urteil (Dispositiv-Ziffer 1.1.1). Es schrieb das Verfahren betreffend Erschleichung einer falschen Beurkundung als erledigt von der Geschäftskontrolle ab (Dispositiv-Ziffer 1.1.2). Von der Zusatzanklage betreffend die ANAG-Delikte sprach es ihn frei (Dispositiv-Ziffer 1.2) und auferlegte ihm einen Teil der bezirksgerichtlichen Gerichtskosten (Dispositiv-Ziffer 1.3). Die Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft wies es ab (Dispositiv-Ziffer 2). Es nahm die obergerichtlichen Verfahrenskosten auf die Staatskasse (Dispositiv-Ziffer 3) und sprach X._ eine Entschädigung zu (Dispositiv-Ziffer 4). C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, die Dispositiv-Ziffern 1.1.1 und 1.1.2 sowie 1.3 aufzuheben, sodass es in Bezug auf die Anklage wegen Erschleichung einer falschen Beurkundung beim Freispruch bleibe. Ausserdem seien die Kosten des bezirksgerichtlichen Verfahrens vollumfänglich auf die Staatskasse zu nehmen, und es sei ihm dafür eine angemessene Parteientschädigung zu Lasten des Kantons Aargau zuzusprechen. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung. 