Sachverhalt: A. Das Ehepaar X._ und Y._ deklarierte in der Steuererklärung 2004 ein steuerbares Einkommen von Fr. 40'400.-- sowie ein steuerbares Vermögen von Fr. 3'550'831.--, was gegenüber dem Vorjahr einer Vermögensvermehrung von Fr. 725'351.-- entsprach. Eine Untersuchung im Rahmen des Einschätzungsverfahrens durch die Steuerverwaltung ergab, dass X._ im Jahr 2004 Kursgewinne auf Wertschriftenvermögen im Umfang von Fr. 938'750.-- realisiert hatte, die primär auf die erfolgreiche Tätigkeit eines beauftragten Vermögensverwalters zurückzuführen waren. In der Folge gelangte die Steuerverwaltung zum Schluss, dass X._ als gewerbsmässiger Wertschriftenhändler zu qualifizieren sei und schätzte mit Entscheid vom 22. Januar 2007 das Ehepaar X._ und Y._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 873'000.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 3'465'000.-- für das Steuerjahr 2004 ein. Das kantonale Steueramt wies eine dagegen erhobene Einsprache am 20. August 2007 ab. Die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich hiess einen hiergegen erhobenen Rekurs in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern am 23. November 2007 teilweise gut und schätzte die Eheleute X._ und Y._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 867'000.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 3'465'000.-- ein. Sie bestätigte die Qualifikation von X._ als gewerbsmässiger Wertschriftenhändler. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, hiess eine hiergegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 22. Oktober 2008 gut und schätzte das Ehepaar X._ und Y._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 48'880.-- ein. Das Verwaltungsgericht führte aus, es habe in konstanter Rechtsprechung weit höhere Anforderungen an die Bejahung einer selbständigen Erwerbstätigkeit als nebenberuflicher gewerbsmässiger Wertschriftenhändler gestellt als dies das Bundesgericht für die direkte Bundessteuer für Liegenschaften- und Wertschriftenhändler getan habe; es kam zum Schluss, es liege hier kein gewerbsmässiger Wertschriftenhandel vor. B. Gegen diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts erhebt das Steueramt des Kantons Zürich mit Eingabe vom 2. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Es beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Bestätigung des Entscheides der Steuerrekurskommission I. Das Steueramt macht geltend, es lägen mehrere, zum Teil deutlich für die Annahme einer selbständigen Tätigkeit sprechende Umstände vor. C. Die Beschwerdegegner und das Verwaltungsgericht stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde, während sich die Eidgenössische Steuerverwaltung den Anträgen des Beschwerdeführers anschliesst. Am 1. Dezember 2008 ist X._ verstorben. D. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 23. Oktober 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten. 