Sachverhalt: A. A.a Die X._ AG (nachfolgend auch: Gesellschaft) wurde am 17. Januar 1962 unter der Firma Y._ AG mit Sitz in A._/SG gegründet. Sie verfügt über ein Aktienkapital von Fr. 50'000.--, eingeteilt in 50 Namenaktien zu Fr. 1'000.--. Ihr Zweck bestand gemäss Handelsregisterauszug in "Kauf, Verkauf, Erstellung und Vermietung von Liegenschaften, insbesondere Erwerb des hypothekenfreien Grundstückes Kat. Nr. ... im Halte von 3950 m2 Wiese, gemäss öffentlich beurkundetem Kaufvertrag vom 17. Januar 1962 zum Kaufpreise von Fr. 39'500.--, der bar beglichen wird". Mit Statutenänderung vom 18. Dezember 2008 gab sich die Gesellschaft ihre heutige Firma, passte ihren Zweck an und verlegte den Sitz nach B._/SG. Diese Änderungen wurden am 11. März 2009 ins Handelsregister eingetragen. A.b Mit Kaufvertrag vom 9. April 1985 erwarben Z._, W._ und V._ per 1. Juli 1985 sämtliche Aktien der Gesellschaft. Das kantonale Steueramt St. Gallen (nachfolgend: Steueramt) qualifizierte dieses Kaufgeschäft als wirtschaftliche Handänderung, da die Aktiven der Gesellschaft praktisch ausschliesslich aus der Liegenschaft Nr. ..., C._/SG bestanden, und unterwarf die Transaktion der Grundstückgewinnsteuer. Dabei ging es von einem Kaufpreis für die Liegenschaft von Fr. 1'643'400.--, sich ergebend aus dem Kaufpreis für die Aktien von Fr. 900'000.-- zuzüglich Gesellschaftsschulden von Fr. 750'000.-- und abzüglich bilanzierte nichtliegenschaftliche Werte von Fr. 6'600.--, sowie von Anlagekosten von Fr. 941'400.-- aus. Dementsprechend veranlagte das Steueramt am 17. Juli 1985 einen Grundstückgewinn von Fr. 702'000.--. Mit Vertrag vom 9. September 1985 erwarb U._ rückwirkend per 1. Juli 1985 42 Aktien der Gesellschaft sowie per 17. Dezember 1986 die restlichen 8 Aktien. Auf dieser Transaktion wurde keine Grundstückgewinnsteuer erhoben. A.c Am 1. Juli 2005 veräusserte die Gesellschaft das Grundstück Nr. ..., C._/SG zum Preis von Fr. 3'150'000.--. Nach Abzug des Buchwerts der Liegenschaft von dannzumal Fr. 665'328.-- und den verbuchten ertragsmindernden Kosten für den Verkauf von total Fr. 125'748.45 wies die Gesellschaft in der Erfolgsrechnung 2005 einen Ertrag aus der Veräusserung der Liegenschaft in Höhe von Fr. 2'358'923.55 aus. Gemäss Jahresrechnung belief sich der Reingewinn der Gesellschaft für das Jahr 2005 auf Fr. 1'921'496.08. B. Für die Staatssteuern machte die Gesellschaft im Hinblick auf die Berechnung des steuerbaren Gewinns zusätzliche "Anlagekosten" von Fr. 1'615'810.-- geltend und deklarierte demgemäss einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 305'686.--. Das Steueramt akzeptierte die zusätzlichen Kosten nicht, brachte jedoch bei den Staatssteuern den bereits im Jahr 1985 versteuerten Grundstückgewinn von Fr. 702'000.-- vom Reingewinn gemäss Erfolgsrechnung in Abzug. Überdies nahm sie Aufrechnungen betreffend eine ausgerichtete Provision sowie verbuchte Barauslagen vor, was zu einem steuerbaren Gewinn für die Staatssteuer von Fr. 1'248'100.-- führte. Die gegen diese Veranlagung erhobene Einsprache wies das Steueramt am 21. April 2010 ab. Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen hiess den Rekurs der X._ AG am 18. August 2011 teilweise gut, indem sie weitere Barauslagen von Fr. 12'600.-- zum Abzug zuliess und den steuerbaren Reingewinn der Gesellschaft für das Jahr 2005 auf (abgerundet) Fr. 1'235'000.-- festsetzte. Auf den gleichzeitig erhobenen Rekurs von U._ trat sie mangels Beschwerdelegitimation nicht ein. Die gegen den Rekursentscheid betreffend Staatssteuern 2005 erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde der X._ AG und von U._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen am 20. März 2012 ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. April 2012 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 20. März 2012 sei aufzuheben und es sei eine neue Veranlagungsverfügung und Schlussrechnung zu erlassen, die von einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 1'046'455.-- ausgehe. Die Steuerberechnung sei in jedem Fall aufgrund des am 1. Januar 2009 geltenden Steuersatzes für Reingewinn von 3,75 % und 0,02 o/oo vom Eigenkapital, soweit dieses wegen der Anrechnung der Gewinnsteuer überhaupt in Betracht falle, und zum Steuerfuss von 315 % vorzunehmen. Das Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schliessen auf Abweisung der Beschwerde; die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf einen Antrag. Die X._ AG repliziert mit Eingabe vom 2. Juli 2012 auf die Vernehmlassung des Steueramts. 