Faits: A. Par jugement du 28 mai 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a reconnu X._ coupable d'abus de confiance, de vol, d'escroquerie, de tentative d'escroquerie, de fausses communications aux autorités chargées du registre du commerce, de tentative d'usure, de banqueroute frauduleuse et de fraude dans la saisie, de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et de faux dans les titres. Il a condamné l'intéressé à une peine privative de liberté de vingt-cinq mois, sous déduction de 99 jours de détention avant jugement, cette peine étant complémentaire à des condamnations antérieures. Il s'est en outre prononcé sur les conclusions des parties civiles et a ordonné la confiscation de divers objets et valeurs. B. Par arrêt du 16 janvier 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté les recours formés par le condamné et son coaccusé Y._ et confirmé le jugement de première instance. En bref, il ressort de cet arrêt les faits essentiels suivants: B.a Au sein de Y._ SA, Y._ travaillait avec son père dans le commerce de bétail sur pied et de viande. Cette société souffrait d'un manque de liquidités; sa faillite a été ouverte en été 1994. Les représentants de Y._ SA ont alors approché X._, gérant d'une fiduciaire, dans le but de poursuivre leur activité de boucherie dans des conditions assainies. Le 25 novembre 1994, celui-ci a mis à la disposition de Y._ A._, une société inactive, dont la raison sociale a été transformée en B._. X._ était le seul administrateur de la société, avec signature individuelle. Il la dirigeait effectivement et en tenait la comptabilité. Il avait seul le pouvoir de disposition sur les comptes bancaires de la société. Y._ a été nommé directeur sans signature. Il était l'interlocuteur à l'égard des partenaires commerciaux, étant précisé que son rôle se limitait aux ventes et achats de viande. Il participait à l'établissement des décomptes en encaissant parfois des montants au comptant. Les autres paiements parvenaient directement sur les comptes de B._ ouverts auprès de l'UBS et du Crédit Suisse. Au printemps 1995, B._ a commencé à ne plus payer certains de ses fournisseurs. Le 20 avril 1995, X._ a créé la société C._, à Grône/VS, avec un but exactement similaire à celui de B._, auquel s'ajoutait l'exploitation d'entrepôts frigorifiques. Il en était l'actionnaire et l'administrateur unique. A partir de la fin du mois de mai 1995, il n'a plus fait créditer les paiements de la clientèle de B._ sur le compte de la société ouvert auprès de l'UBS, alors que Y._ continuait à faire commerce avec différents fournisseurs et acheteurs. Il a ainsi vidé B._ de sa substance au profit de C._, en payant par B._ les fournisseurs et en encaissant les montants versés par les clients de cette société sur les comptes de C._, voire d'autres sociétés ou de lui-même. Le solde créancier du compte de B._ auprès de l'UBS est passé de 152'229 fr. 90 au 11 mai 1995 à 381 fr. 85 au 31 août de la même année. La faillite de B._, ouverte à Lausanne, a été prononcée le 11 décembre 1996. Elle s'est soldée par un découvert de 1'184'978 fr.10. B.b A la fin 1996, X._ a proposé à D._, boucher, d'exploiter un commerce de viande en gros et en détail. Il a constitué une société à l'Ile de Man sous la raison sociale E._, avec succursale à Lausanne. L'accusé en était le seul administrateur avec signature, D._ étant l'ayant droit économique de la société. Abusant de la confiance de celui-ci, il a indûment prélevé 70'500 francs sur le CCP de E._, profitant de sa signature individuelle. B.c Le 13 septembre 1996, X._ a, par sa fiduciaire, acquis l'entier du capital-actions de F._, de siège à Romanel-sur-Lausanne. Il en est devenu seul administrateur. De 1991 à 1996, la caisse de compensation AVS, à laquelle était affiliée la société, avait prélevé par erreur des cotisations paritaires sur des indemnités journalières, les considérant à tort comme un salaire déterminant. Après avoir porté en compte le trop-perçu au crédit de la société affiliée, elle a laissé à X._ le soin de rétrocéder au travailleur la part salariale des redevances paritaires, ce qu'il n'a pas fait. B.d X._ a changé la raison sociale de F._ en Fiduciaire G._ dont la faillite, prononcée le 10 février 1998, a été suspendue faute d'actifs le 23 mars suivant. Lors de cette faillite, il a été procédé à un inventaire du matériel entreposé dans le garage. Inventoriés sur la foi des dires de X._, ces biens ne valant pas plus de 15'000 francs ont été vendus de gré à gré sous l'autorité de l'Office des faillites. Ce dernier a toutefois dissimulé l'existence d'un oscillateur Bosch d'une valeur à neuf d'environ 50'000 francs et passé sous silence l'existence d'un compresseur, déplacé par ses soins avant l'établissement de l'inventaire. B.e Dès 1997, la société H._ a cherché à vendre son magasin d'alimentation "J._", à Leysin. Son administrateur est entré en contact avec X._. Suivant ses conseils, la société I._ a été fondée à Port-Louis (Ile Maurice) avec succursale à Lausanne. X._ en était l'administrateur avec signature individuelle. Le 23 mars 1998, H._ et I._ ont passé convention de vente du magasin "J._" pour le prix de 185'000 francs, dont 125'000 fr. de reprise de marchandises. Le vendeur restait propriétaire du fond de commerce et de tous les biens inventoriés jusqu'à réception de l'intégralité du prix de vente, une réserve de propriété étant inscrite à l'Office des poursuites d'Aigle. En raison d'un litige survenu entre parties, le Président du Tribunal du district d'Aigle a interdit, par décision du 22 juin 1999, à I._, et notamment à X._, de pénétrer dans le magasin et de disposer d'une quelconque manière des biens garnissant ce commerce. Le même jour, pendant la pause de midi, ce dernier s'est introduit dans le commerce en compagnie de quatre comparses. Il a emporté toutes les denrées alimentaires et assimilées qui s'y trouvaient, à l'exception des produits surgelés et frais et s'est fait remettre par une employée le contenu de la caisse, soit environ 1'550 francs. B.f K._, spécialiste en électronique, dirigeait la société L._, à Genève. Cette société disposait d'un scanner Kodak d'une valeur de 50'000 fr., équipé d'accessoires représentant une plus-value d'environ 20'000 francs. K._ est entré en contact avec X._ courant 1998. A la suite de diverses péripéties, celui-ci est devenu l'administrateur de la société après en avoir changé le nom. La faillite de la société a été ouverte le 12 mars 1999, suspendue faute d'actifs le 17 mai suivant et clôturée le 24 août de la même année. Entendu en qualité d'administrateur à l'Office des faillites, X._ a volontairement omis de mentionner le scanner parmi les actifs sociaux. L'appareil a été retrouvé dans les locaux de M._, société dont il est l'ayant droit économique. Il a été utilisé au profit de cette entreprise. Le 20 octobre 1998, K._ avait remis à X._ une somme de 13'000 fr. en liquide, contre quittance, aux fins de payer des cotisations salariales arriérées et une partie des salaires. Ces paiements n'ont pas été effectués. B.g A partir de 1998, X._ n'a plus versé les différentes taxes de domiciliation à l'Ile de Man des sociétés dont il était l'administrateur. Ces sociétés ont été radiées d'office par l'autorité compétente, puis dissoutes. X._ a néanmoins continué à encaisser de ses clients l'acompte mensuel de 250 fr. correspondant à la couverture des taxes fiscales et de domiciliation ainsi que de ses prestations de conseil. B.h A la fin de l'année 1997, X._ est entré en relation avec N._, actionnaire majoritaire de O._ SA. Cette société faisait alors face à d'importants problèmes de trésorerie. L'accusé lui a proposé de scinder l'entreprise en deux nouvelles sociétés, soit O._ Ltd et Centre de revitalisation P._, toutes deux avec siège à l'Ile de Man et dont il était seul administrateur. Le 5 novembre 1998, il a retiré à N._ tout pouvoir sur le compte bancaire de O._ Ltd et s'est trouvé seul à disposer de l'avoir du compte. Il a prélevé, à son profit, 28'400 fr. le 9 novembre 1998, 11'000 fr. le 18 novembre suivant et 38'000 fr. le 26 novembre de la même année. B.i Q._ a ouvert une boutique de verrerie à Lausanne. Quelques mois après l'ouverture du magasin, elle a rencontré des difficultés financières et s'est adressée à X._. Celui-ci a créé R._, à Port-Louis (Ile Maurice), en septembre 1998 avec succursale lausannoise. Il en était l'administrateur unique avec signature individuelle. Le 10 mai 1999, S._ lui a remis, pour le compte de R._, un chèque au porteur de 25'000 fr. tiré sur sa banque. Ce dernier a présenté ce chèque à l'encaissement le même jour. Après déduction d'avances et de frais justifiés, il a gardé indûment la différence, soit 13'742 francs. C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Dénonçant la violation du droit d'être entendu et du principe de l'égalité des armes, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 