Fatti: A. Considerati gli inconvenienti causati dai propri impianti di Bioggio, con convenzione dell'11 gennaio 1989 il Consorzio per l'eliminazione dei rifiuti del Luganese (CERL) ha riconosciuto al Comune interessato il diritto all'eliminazione gratuita dei rifiuti solidi urbani provenienti dal suo territorio. Il documento prevedeva che l'esonero sarebbe stato accordato "fintanto che sul territorio del Comune di Bioggio esisteranno impianti di smaltimento rifiuti del CERL". Nel giugno del 1991 è stato messo fuori esercizio l'esistente forno d'incenerimento. A Bioggio l'Ente per lo smaltimento dei rifiuti del Sottoceneri (ESR), nel frattempo subentrato al CERL, gestisce comunque ancora delle installazioni per raccogliere e compattare i rifiuti prima del loro trasferimento presso altri impianti di smaltimento nonché un centro per lo stoccaggio ed il trattamento dei rifiuti speciali. B. Cessato l'utilizzo dell'impianto d'incenerimento e preso atto della decisione del Consiglio di Stato di non realizzare un nuovo forno a Bioggio, con scritto dell'11 agosto 1995 l'ESR ha comunicato al Comune che il privilegio sin lì concesso non sarebbe più stato riconosciuto a partire dal 1° gennaio seguente. L'autorità comunale si è opposta alla soppressione dell'esenzione, sostenendo che le infrastrutture rimaste in funzione erano comunque fonte di notevoli disagi. Le susseguenti trattative non hanno permesso di appianare le divergenze sorte riguardo alla portata della convenzione. C. L'ESR ha quindi presentato una petizione dinanzi alla seconda Camera civile del Tribunale d'appello ticinese che, con sentenza del 24 luglio 2001, l'ha però giudicata irricevibile (cfr. RtiD I-2004 n. 8c). Il successivo ricorso per riforma inoltrato al Tribunale federale è stato a sua volta dichiarato inammissibile, in ragione del pagamento tardivo dell'anticipo spese (sentenza 4C.285/2001 del 1° novembre 2001). Rivelatasi infruttuosa la prima via intrapresa, il 20 settembre 2001 l'ESR ha allora notificato al Comune la fattura relativa allo smaltimento dei rifiuti del mese di agosto precedente (fr. 17'783.75). Sulla base di tale decisione, non impugnata, l'ESR ha escusso il Comune, che ha interposto opposizione. Tutelata in sede pretorile, l'opposizione è stata rigettata in via definitiva dalla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello l'11 settembre 2002. Tale giudizio è stato confermato dal Tribunale federale il 19 marzo 2003 (sentenza 5P.380/2002). Il 7 gennaio 2004 l'ESR ha fatto spiccare un nuovo precetto esecutivo, concernente il periodo compreso tra il mese di gennaio del 1996 ed il mese di novembre del 2003. L'11 maggio 2004 il Segretario assessore della Pretura di Lugano ha respinto l'istanza di rigetto dell'opposizione. La sua pronuncia è, in questo caso, cresciuta in giudicato. D. Richiamandosi alla sentenza del Tribunale federale del 19 marzo 2003 ed al proprio scritto dell'11 agosto 1995, il 17 agosto 2005 l'ESR ha notificato al Comune le fatture relative allo smaltimento dei rifiuti dal gennaio del 1996 al luglio del 2005, esclusa quella per il mese di agosto del 2001, per cui aveva già proceduto separatamente. L'importo totale reclamato ammonta a fr. 1'896'422.35, più interessi. E. Il 15 settembre 2005 il Comune di Bioggio ha presentato un ricorso di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento della decisione dell'ESR. Lamenta, in sostanza, la violazione degli art. 5 cpv. 3, 9, 29 cpv. 2 e 30 cpv. 1 Cost., nonché dell'art. 6 n. 1 CEDU. F. Con decreto presidenziale del 14 novembre 2005 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nell'impugnativa. 