Faits: A. C._ et D._ sont propriétaires d'un immeuble dans lequel est sis un bar. Le 5 septembre 1994, B._ a acquis de C._ le fonds de commerce dudit bar. Le 8 novembre 1994, il a conclu avec C._ et D._ un contrat de bail à loyer portant sur les locaux du bar, pour une durée initiale de cinq ans et un loyer mensuel de 2'200 francs. De novembre 1994 à avril 1995, le bar a été exploité par un employé de B._. Le 24 mars 1995, B._ a invoqué la nullité de la remise de commerce convenue avec C._, au motif qu'il s'agissait d'une opération assimilable à une transaction couplée. C._ a contesté cette manière de voir. Le 11 avril 1995, B._ et son employé ont conclu avec A._ un contrat de gérance libre portant sur l'exploitation et la location du bar, pour un loyer-gérance mensuel de 6'000 fr. Ce montant se composait de 3'700 fr. pour la gérance, 2'200 fr. pour le loyer et 100 fr. pour les charges. Cette sous-location ayant été faite sans leur autorisation préalable, C._ et D._ ont résilié le bail avec B._ pour le 19 mai 1995. Celui-ci a contesté la résiliation. Informé de la résiliation du bail principal, A._ a, par courrier du 12 juin 1995, résilié le contrat de gérance libre avec effet immédiat. Depuis lors, il a continué d'exploiter le bar, mais sans jamais verser le moindre denier ni à C._ et D._, ni à B._ ou son employé. Il a mis un terme à l'exploitation après l'incendie du bar le 18 juin 1997. Dans le cadre du litige opposant B._ à C._ et D._ au sujet de la résiliation du bail principal, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève a, par arrêt du 16 mars 1998, confirmé la validité de la résiliation, refusé une demande de prolongation du bail et confirmé la validité du contrat de remise de commerce. Dans le cadre du litige opposant A._ à B._ au sujet de la résiliation du contrat de gérance libre, ladite autorité a, par arrêt du 16 mars 1998, confirmé le prononcé d'évacuation de celui-là pour défaut de paiement du fermage. Le 12 juillet 2004, B._ a fait notifier à A._ un commandement de payer portant sur les montants de 102'000 fr. (loyers et gérance pour les mois de mai 1995 à octobre 1996) et 48'000 fr. (indemnité pour occupation illicite pour la période postérieure à fin octobre 1996). Le poursuivi y a fait opposition. B. Par requête du 5 janvier 2005, A._ a ouvert action devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, concluant à ce qu'il soit constaté qu'il n'est pas le débiteur de B._ des montants de 102'000 fr. ainsi que 48'000 fr. et à ce que celui-ci soit condamné à lui payer le montant de 18'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 3 avril 1995 (garantie versée à la signature du contrat de gérance libre). Par jugement du 13 septembre 2007, le Tribunal des baux et loyers a débouté A._ de son action en libération de dette, l'a condamné à verser à B._ les montants de 102'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 15 décembre 1995 ainsi que 45'600 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 1er avril 1997, sous déduction de 18'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 18 juin 1997, et a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition dans cette mesure. Par arrêt du 16 juin 2008, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers a rejeté l'appel interjeté par A._ contre le jugement du 13 septembre 2007. C. A._ (le recourant) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il concluait principalement à ce qu'il soit dit qu'il ne doit pas à B._ les montants de 102'000 fr. ainsi que 45'600 fr. et à ce que celui-ci soit condamné à lui payer 18'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 3 avril 1995, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt du 16 juin 2008 et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, avec suite de frais et dépens. Il a en outre demandé l'octroi de l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 2 septembre 2008. B._ (l'intimé) a proposé le rejet du recours, sous suite de dépens. 