Sachverhalt: A. Die X._ SA (nachfolgend Steuerpflichtige) ist seit 1996 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Sie bezweckt namentlich die Führung von Kantinenbetrieben in der Schweiz. Zwischen ihr und der Eidgenössischen Steuerverwaltung bestand Uneinigkeit darüber, ob die von ihr erbrachten Leistungen zum normalen Mehrwertsteuersatz oder zum reduzierten Steuersatz des Gastgewerbes zu versteuern seien. Im Einspracheverfahren kam die Eidgenössische Steuerverwaltung zwar zum Schluss, dass die Leistungen der Steuerpflichtigen lediglich zum Sondersatz steuerbar seien, wies die Einsprache jedoch mit der Begründung ab, die Voraussetzungen für eine Steuerrückerstattung seien nicht gegeben. Das Bundesverwaltungsgericht hiess die dagegen gerichtete Beschwerde der Steuerpflichtigen mit Urteil vom 18. August 2008 gut und wies die Sache zur Festsetzung des zurückzuerstattenden Betrags im Sinne seiner Erwägungen (grundsätzliche Rückerstattung des geltend gemachten Betrages) an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. B. Auf eine gegen die Entschädigungsfolgen (Parteientschädigung) dieses Urteils gerichtete Beschwerde der Steuerpflichtigen trat das Bundesgericht mit Urteil vom 6. März 2009 (Urteil 2C_759/2008) nicht ein. C. Mit neuem Einspracheentscheid vom 27. Mai 2009 hiess die Eidgenössische Steuerverwaltung die Einsprache der Steuerpflichtigen gut und stellte fest, der der Steuerpflichtigen anzurechnende Betrag aufgrund zu viel bezahlter Mehrwertsteuern für das 1. Quartal 1997 bis 2. Quartal 2002 betrage Fr. 351'495.-; die Steuerpflichtige schulde jedoch für das 1. Quartal 1997 bis 2. Quartal 2002 Fr. 50'797.88 Verzugszins. Die von der Steuerpflichtigen gegen die Verzugszinsforderung gerichtete Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht am 18. März 2011 ab. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Steuerpflichtige dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 18. März 2011 und Dispositiv Ziff. 3 (recte Ziff. 4) des Urteils desselben vom 18. August 2008 aufzuheben; die Eidgenössische Steuerverwaltung habe ihr für das 1. Quartal 1997 bis 2. Quartal 2002 Fr. 9'795.46 Vergütungszins gutzuschreiben sowie für das Rückweisungsverfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 