Faits: A. Par arrêt du 12 juin 2007, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a déclaré Z._ coupable de violation du secret de fabrication ou du secret commercial. Elle l'a condamné à une peine de 60 jours-amende d'un montant de 100 fr. l'un, avec sursis pendant deux ans, mettant à sa charge des frais de procédure par 7500 fr. Saisi d'un recours en matière pénale par le condamné, le Tribunal fédéral l'a partiellement admis par arrêt du 9 avril 2008 (dossier 6B_496/2007). En bref, la cour de céans a considéré que le recourant avait été reconnu coupable à deux reprises pour des faits identiques, ce qui avait influencé négativement la quotité de la peine prononcée. La cause a été renvoyée au premier juge afin qu'il rende une nouvelle décision. B. Par lettre du 7 mai 2008, le Tribunal pénal fédéral a informé le Ministère public de la Confédération et Z._ que le jugement serait rendu par écrit et les a invités à se déterminer de la même manière. L'accusé a également été prié de dresser un état actuel de sa situation personnelle et financière, ce qu'il a fait en date du 30 mai 2008. Par arrêt du 5 février 2009, la Cour des affaires pénales a déclaré Z._ coupable de violation du secret de fabrication ou du secret commercial pour la transmission d'un fichier dit « ROD », l'acquittant, par ailleurs, de cette infraction en relation avec la transmission du fichier dit « MBE ». Le tribunal a prononcé une peine pécuniaire de quarante jours-amende d'un montant de 100 fr. chacun, avec sursis pendant deux ans. La somme de 3500 fr. a été mise à la charge du condamné à titre de participation aux frais de la cause et une indemnité de 3000 fr. lui a été allouée. C. Z._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut avec suite de dépens à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouveau jugement au sens des considérants. Il requiert en outre la restitution de l'effet suspensif. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 