Sachverhalt: A. Die 1950 geborene L._ meldete der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) am 14. Oktober 2003 einen Unfall vom 12. Oktober 2003, bei dem sie durch eine plötzliche, ruckartige Rangierbewegung des Zuges an die Wagenwand geworfen wurde. Die SUVA informierte die Versicherte mit Schreiben vom 3. Juni 2005, dass eine polydisziplinäre Begutachtung vorgesehen sei. Damit wurde im Einverständnis mit L._ am 9. Juni 2005 die Medas beauftragt. Am 2. September 2005 gab diese der Versicherten die Namen der mit dem Gutachten betrauten Fachärzte und -ärztinnen bekannt. Das Gutachten erging am 17. Januar 2006 und wurde der Versicherten zur Stellungnahme unterbreitet. Mit Schreiben vom 30. Januar 2006 liess L._ der SUVA mitteilen, Frau Dr. med. K._, welche das neurologische Teilgutachten verfasst habe, sei befangen, weshalb dieses durch einen unabhängigen Experten zu wiederholen sei. Die Ärztin sei in Praxisgemeinschaft an derselben Adresse wie Frau Dr. med. E._ tätig, welche die Versicherte am 22. Juni 2004 neurologisch untersucht habe. Auf Rechtsverweigerungsbeschwerde hin verpflichtete das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die SUVA mit Entscheid vom 22. Juni 2006, über das Ausstandsbegehren zu verfügen. Mit Verfügung vom 6. September 2006 wies die SUVA das Ausstandsbegehren ab und verneinte überdies einen Anspruch auf Versicherungsleistungen. B. Beschwerdeweise liess L._ beantragen, es sei festzustellen, dass das Teilgutachten von Frau Dr. med. K._ mit einem Ausstandsgrund behaftet sei, und es sei die SUVA zu verpflichten, dieses aus dem Recht zu weisen. Eventuell sei eine Rechtsverweigerung der SUVA festzustellen, weil sie keinen separaten Zwischenentscheid über den Ausstand erlassen habe. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die Beschwerde gegen die Ablehnung des Ausstandsbegehrens der Versicherten mit Entscheid vom 16. Februar 2007 ab. C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erheben mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass das Medas-Teilgutachten von Frau Dr. med. K._ mit einem Ausstands- und Ablehnungsgrund behaftet und daher aus dem Recht zu weisen sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung, während die SUVA auf Abweisung schliesst. 