Sachverhalt: A. Der 1945 geborene G._ war seit 1984 in der Firma B._ AG als Aussendienstberater tätig und auf Grund dieses Arbeitsverhältnisses bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen Unfallfolgen versichert. Am 30. Juni 2004 erlitt er mit seinem Peugeot 307 einen Verkehrsunfall, als bei stockendem Kolonnenverkehr innerorts ein nachfolgender Geländewagen Bucher Duro der Armee auf diesen auffuhr. Wegen Schmerzen und Schwindelgefühlen im Kopf- und Nackenbereich begab sich G._ noch am Unfalltag zu seinem Hausarzt Dr. med. A._, welcher ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS) mit Kopfschmerzen, Schwindel, Bewegungseinschränkung der HWS, Schultergürtelschmerzen, Übelkeit und Zittern diagnostizierte und einen Halskragen, Analgetika und Physiotherapie verschrieb. Zudem attestierte er eine volle Arbeitsunfähigkeit ab dem Unfall. Die SUVA richtete Taggelder aus und gewährte Heilbehandlung. Es folgten neurologische Abklärungen im Spital X._, wo am 26. August 2004 auch eine MR-Untersuchung durchgeführt wurde. Dabei wurden degenerative Veränderungen der HWS mit Spinalkanalstenosen in den Segmenten C5/6 und C6/7, Osteochondrosen und schmalen Bandscheibenprotrusionen auf Höhe C3/4 bis C5/6 festgestellt. Vom 16. November bis 14. Dezember 2004 hielt sich G._ in der Klinik Y._ auf, wo laut Austrittsbericht vom 30. Dezember 2004 eine steigerungsfähige Arbeitsfähigkeit von vorerst 25 Prozent attestiert wurde. Die SUVA holte sodann den Bericht über die kreisärztliche Untersuchung durch Dr. med. M._ vom 27. April 2005, die biomechanische Kurzbeurteilung durch Prof. Dr. med. W._ und Dr. sc. techn. U._ vom 29. April 2005 und den Bericht des behandelnden Psychiaters Dr. med. R._ vom 9. Mai 2005 ein. Mit Verfügung vom 13. Mai 2005 stellte sie die Leistungen mit Wirkung ab 30. Juni 2005 ein. Das bisherige Arbeitsverhältnis wurde am 15. Juli 2005, unter sofortiger Freistellung des Versicherten, durch die Arbeitgeberin auf Ende Oktober 2005 aufgelöst. Auf Einsprache hin hob der Unfallversicherer die leistungsaufhebende Verfügung auf und richtete weiterhin Leistungen aus. Gestützt auf den Bericht des Dr. med. L._ vom 14. September 2006, welcher eine volle Arbeitsfähigkeit attestierte, stellte die SUVA ihre Leistungen auf den 30. September 2006 mit Verfügung vom 21. September 2006 wieder ein. Daran hielt sie nach Einholung des Berichts des Dr. med. A._ vom 24. September 2006 und Einsichtnahme in den Bericht des Dr. med. L._ vom 26. September 2006 mit Einspracheentscheid vom 6. November 2006 fest, da die organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden zwar in einem natürlichen, nicht aber in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum Unfallereignis stünden. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 23. September 2008 ab. C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es seien ihm die gesetzlichen Leistungen nach UVG zuzusprechen. Eventuell sei ein interdisziplinäres Gutachten einzuholen. Zudem lässt er den Bericht des FMRI-Zentrums vom 8. Oktober 2007, ein Urteil des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte vom 5. Juli 2007, die Berichte des Zentrums Z._ vom 13. September 2006 und 9. Oktober 2008, eine Rechnung von Frau Dr. med. S._ vom 9. April 2008 sowie Therapiebescheinigungen einreichen. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 