Faits: A. Par acte authentique du 19 juillet 2001, Y._, domicilié en France, a vendu à la SI X._, société anonyme ayant son siège à Genève, pour le prix de 1'050'000 fr., la totalité du capital-actions de la SI A._ SA (ci-après: SI A._), propriétaire d'un immeuble à Genève. L'art. 4 de la convention prévoit: "Le cédant déclare que la comptabilité de la société est en ordre au point de vue fiscal et il se porte fort de toutes réclamations qui pourraient être présentées tant par des tiers que par les administrations fiscales pour des faits antérieurs à la prise de possession." L'art. 5 de la convention précise: "Au cas où la société ferait l'objet de réclamations tant par les administrations fiscales que par des tiers pour des faits antérieurs à la prise de possession, le cessionnaire s'engage à les transmettre au cédant et à ne prendre aucune décision à ce sujet sans en avoir obtenu au préalable l'accord du cédant. Il est bien entendu que toutes les sommes qui pourraient être dues par la société en raison de ces réclamations seront acquittées par les soins du cédant." L'art. 6 de la convention indique que le cédant prend à sa charge tous les impôts fédéraux, cantonaux ou communaux, correspondant à l'exercice fiscal 2000, dus ou échus jusqu'au jour de la prise de possession, fixée au 26 décembre 2000, "c'est-à-dire aussi bien ceux qui jusqu'à cette date seront connus que ceux qui seront notifiés à la société après cette date pour la période précédant la prise de possession". La SI A._ a été dissoute par décision de l'assemblée générale du 4 avril 2003 et radiée du registre du commerce le 27 janvier 2006. Le 30 mai 2005, l'administration fédérale des contributions a réclamé à la SI A._ en liquidation le paiement d'un impôt anticipé de 199'940 fr. 35, correspondant à 35 % des 571'258 fr. 10 apparaissant dans le bilan au 31 décembre 2000 comme réserves (bénéfice reporté, réserve générale et réserves spéciales). Le 17 novembre 2005, la SI X._ (unique actionnaire de la SI A._) a payé l'impôt anticipé de 199'940 fr. 35. B. Le 8 novembre 2006, la SI X._ a déposé devant les tribunaux genevois une demande en paiement dirigée contre Y._, lui réclamant le remboursement de la somme de 199'940 fr. 35 avec intérêts à 5 % dès le 18 octobre 2005. Par jugement du 3 avril 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné Y._, avec suite de dépens, à payer à la SI X._ la somme de 199'940 fr. 35 avec intérêts à 5 % dès le 8 novembre 2006. Statuant sur appel de Y._ le 16 décembre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement attaqué et débouté la SI X._ de ses conclusions avec suite de dépens. La cour cantonale, procédant à une appréciation des preuves, est parvenue à la conviction que la perspective d'un impôt anticipé non recouvrable avait été prise en considération avant la conclusion de la vente et qu'il en avait été tenu compte dans la fixation du prix. Elle a estimé que l'acheteuse ne pouvait réclamer le remboursement de cet impôt ni sur la base d'une interprétation subjective de la convention, ni en procédant à une interprétation objective de celle-ci. C. Ayant reçu cet arrêt en période de suspension des délais (après le 18 décembre 2008), la SI X._ a déposé, le lundi 2 février 2009, un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de l'art. 18 CO et de l'art. 20a LIFD, elle conclut, avec suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la condamnation de sa partie adverse à lui verser la somme de 199'940 fr. 35 avec intérêts à 5 % dès le 8 novembre 2006. Elle a sollicité l'octroi de l'effet suspensif, puis a retiré sa requête, ce dont il a été pris acte dans une ordonnance présidentielle du 26 février 2009. L'intimé a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours. 