Sachverhalt: A. X._ führte eine Gärtnerei (Einzelfirma) in E._. Nach seinem Ableben (1999) erlosch die Einzelfirma und sein Nachlass ging an die Erbengemeinschaft X._ - bestehend aus seiner Witwe, seinen beiden Söhnen und seiner Tochter - über. Anfangs Oktober 2003 teilte der Rechtsdienst der kantonalen Steuerverwaltung den Erben sinngemäss mit, dass die Steuerbehörde sämtliche Liegenschaften der ehemaligen Gärtnerei als Geschäftsvermögen betrachte. Weder X._ noch seine Erben hätten jemals eindeutig und unmissverständlich erklärt, die Liegenschaften der Gärtnerei in das Privatvermögen zu überführen. Am 28. November 2003 verkauften die Erben die Grundstücke zum Preis von Fr. 1'300'000.--. B. Die kantonale Steuerverwaltung erhob am 13. April 2004 eine den Erbanteilen entsprechende Grundstückgewinnsteuer für das Jahr 2003. Diese ist formell rechtskräftig geworden. Am 18. Mai 2005 veranlagte die kantonale Steuerverwaltung, Bezirkssteuerkommission für die Gemeinde E._, den Verkauf als Liquidationsgewinn, setzte diesen auf insgesamt Fr. 832'600.-- fest und teilte ihn auf die Erben entsprechend ihrer Erbanteile auf. Dagegen erhoben diese erfolglos Einsprache. Eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis ab. C. Vor Bundesgericht beantragen die Erben, der Entscheid der Steuerrekurskommission vom 26. März 2008 (Versand 26. November 2008) einschliesslich der Veranlagungsverfügung betreffend direkte Bundes-, Staats- und Gemeindesteuer sei aufzuheben. Sie rügen, der Sachverhalt sei willkürlich festgestellt und zudem seien die Offizialmaxime, das Doppelbesteuerungsgebot (recte: Doppelbesteuerungsverbot) sowie der Grundsatz von Treu und Glauben verletzt worden. Die Steuerrekurskommission, die kantonale Steuerverwaltung und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Am 13. Februar 2009 wies der Abteilungspräsident das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde ab. 