Faits: Faits: A. Y._ S.A. est une société dont le siège se trouve à Lausanne et qui a notamment pour but le placement de personnel fixe et temporaire. Le 16 janvier 2002, la succursale genevoise de Y._ S.A. a engagé X._ comme employé intérimaire en qualité de monteur électricien. Auparavant, celui-ci avait travaillé pour une autre société de travail temporaire, qui lui avait confié une mission du 3 au 15 janvier 2002. Le contrat-cadre de travail signé par les parties stipulait, à son art. 6.2 consacré à l'assurance perte de gain en cas de maladie, que : "Durant la mission, le collaborateur est assuré contre la perte de salaire en cas de maladie. Le salaire assuré correspond à 80 % de la perte de gain et est versé après un délai d'attente de deux jours. (....) Début de l'assurance: dès le début de la mission. Fin de l'assurance: dès la fin de la mission ou de l'épuisement des prestations. (...) Durée des prestations: la durée des prestations est fixée comme suit, sous réserve de conventions contraires expressément prévues par les conventions collectives avec déclaration d'extension. (...) Montant des prestations: l'indemnité se monte à 80 % du salaire déterminant qui, pour le calcul de l'allocation journalière, s'obtient de la manière suivante: - Pour les missions en cours depuis moins d'un an, en divisant le salaire AVS réalisé depuis le début de la mission par le nombre effectif de jours compris entre ce début et celui de l'incapacité de travail; - Pour les missions en cours depuis plus d'un an, en divisant par 365 le salaire AVS réalisé au cours des douze mois précédant l'incapacité de travail (...)". Du 16 au 31 janvier 2002, X._ a exécuté une première mission intérimaire pour Y._ S.A. Son salaire horaire brut s'est élevé à 35 fr. Le 18 avril 2002, il a commencé une nouvelle mission qui devait s'achever le 31 mai 2002, pour un salaire horaire brut de 32 fr. Le 25 mai 2002, X._ a contracté une hernie, qui a entraîné son incapacité totale de travailler en tout cas jusqu'en été 2004. Le 22 novembre 2002, l'employeur a résilié le contrat de travail conclu avec X._, avec effet au 20 décembre 2002, tout en lui précisant que la couverture d'assurance perte de gain restait en vigueur jusqu'à la fin de son incapacité de travail ou pendant deux ans au maximum. Le 22 novembre 2002, l'employeur a résilié le contrat de travail conclu avec X._, avec effet au 20 décembre 2002, tout en lui précisant que la couverture d'assurance perte de gain restait en vigueur jusqu'à la fin de son incapacité de travail ou pendant deux ans au maximum. B. Dès le 28 mai 2002, l'assurance perte de gain de Y._ S.A. a alloué à X._ des indemnités journalières se montant à 88,26 fr. Du 28 mai au 31 décembre 2002, ces indemnités ont été payées au salarié par l'intermédiaire de Y._ S.A. A la suite à l'intervention du syndicat de X._, Y._ S.A. a accepté de compléter l'indemnité journalière versée par l'assurance de 41 fr., moins les déductions sociales usuelles. Elle a ainsi alloué à cet employé 17'231,85 fr. net au total à titre de complément durant la période allant du 28 mai 2002 au 31 août 2003. Dès le 1er janvier 2003, l'assurance a directement versé les indemnités journalières à X._ jusqu'au 30 septembre 2003. Le 16 avril 2003, l'assurance a augmenté les indemnités journalières à 112,32 fr., avec effet rétroactif au 28 mai 2002, en prenant comme base de calcul les revenus de X._ obtenus au sein de Y._ S.A., ainsi que ses revenus antérieurs perçus auprès d'une autre société, le tout annualisé sur une base moyenne. L'assurance s'est fondée sur l'art. A11 ch. 2 de ses conditions générales, qui prévoyait que : "Si l'assuré n'exerce pas régulièrement une activité lucrative ou si son salaire est soumis à de fortes fluctuations, c'est un salaire journalier moyen approprié qui est pris en compte pour le calcul des prestations". En définitive, X._ a perçu, du 28 mai 2002 au 30 septembre 2003, la somme totale nette de 72'385,85 fr., dont 55'154 fr. lui ont été alloués par l'assurance et 17'231,85 fr. par Y._ S.A. Par la suite, Y._ S.A., qui avait changé d'assureur, s'est fait verser, par la nouvelle assurance, les indemnités journalières destinées à X._ dès le 1er octobre 2003 et les a conservées, en compensation de ce qu'elle estimait avoir payé en trop à son employé. Elle a ainsi touché, du 1er octobre 2003 au 24 mai 2004, le montant de 26'508,25 fr. d'indemnités, qu'elle a affirmé avoir placé sur un compte bloqué dans l'attente de l'issue du litige. La plainte pénale pour abus de confiance déposée par X._ à l'encontre de son employeur en raison de ces faits a été classée par le Procureur général du canton de Genève, le 29 juin 2004, au motif que la rétrocession des indemnités perçues par la société relevait de la compétence de la Juridiction des prud'hommes et qu'il n'existait pas de prévention de commission d'infraction. Le 23 mars 2004, X._ a réclamé à son ancien employeur les indemnités que celui-ci avait touchées de l'assurance et 38'914,75 fr. correspondant, selon lui, au solde des indemnités lui étant dues jusqu'au 24 mai 2004. Y._ S.A. a refusé de donner suite à cette requête. Le 23 mars 2004, X._ a réclamé à son ancien employeur les indemnités que celui-ci avait touchées de l'assurance et 38'914,75 fr. correspondant, selon lui, au solde des indemnités lui étant dues jusqu'au 24 mai 2004. Y._ S.A. a refusé de donner suite à cette requête. C. Le 23 avril 2004, X._ a introduit une demande en paiement à l'encontre de Y._ S.A. devant la Juridiction des prud'hommes du canton de Genève. Il a réclamé à son ancien employeur le montant total de 75'258,50 fr. avec intérêt, dont 70'927,60 fr. à titre d'inexécution du contrat de travail et 4'330,90 fr. à titre de dommage pour les honoraires d'avocat non couverts par les dépens. Par la suite, il a amplifié ses conclusions, réclamant au total 108'298,85 fr. Y._ S.A. a formé une demande reconventionnelle. Elle a réclamé 14'919 fr. à X._, correspondant au montant qu'elle lui aurait versé en trop. Par jugement du 19 avril 2004, le Tribunal des prud'hommes a condamné Y._ S.A. à payer à son ancien employé la somme nette de 28'393,25 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 26 mai 2003 à titre d'indemnités pour perte de gain, déboutant les parties de toutes autres conclusions. X._ a formé un appel contre ce jugement, réduisant ses prétentions en versement d'indemnités à 54'339 fr. Par arrêt du 25 mai 2005, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé partiellement le jugement du 19 avril 2004, en ce sens qu'elle a condamné Y._ S.A. à payer à X._ le montant net de 38'525,35 fr. avec intérêt à 5 % dès le 26 mai 2003, à titre d'indemnités pour perte de gain en cas de maladie. Elle a confirmé le jugement attaqué pour le surplus. Par arrêt du 25 mai 2005, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé partiellement le jugement du 19 avril 2004, en ce sens qu'elle a condamné Y._ S.A. à payer à X._ le montant net de 38'525,35 fr. avec intérêt à 5 % dès le 26 mai 2003, à titre d'indemnités pour perte de gain en cas de maladie. Elle a confirmé le jugement attaqué pour le surplus. D. Contre l'arrêt du 25 mai 2005, X._ interjette un recours en réforme au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris en tant qu'il condamne Y._ S.A. à lui verser la somme nette de 38'525,35 fr. avec intérêt et il demande à la Cour de céans, statuant à nouveau, de condamner cette société à lui payer le montant net de 53'912,35 fr., subsidiairement de 50'092,40 fr., avec intérêt à 5 % dès le 26 mai 2003. A titre encore plus subsidiaire, il propose le renvoi de la cause à l'instance cantonale, aux fins de compléter les constatations de fait et de statuer à nouveau dans le sens des considérants. Y._ S.A. conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. 