Faits: A. N._ est affilié à la Caisse Maladie Intras (ci-après: Intras) au titre de l'assurance-maladie obligatoire des soins. Il ne dispose pas d'une couverture d'assurance-accidents au sens de la LAA auprès de cet assureur. En 2006, en compagnie d'un autre alpiniste, il a été surpris par le brouillard dans la région de X._, à une altitude d'environ 3'150 m, les deux alpinistes s'étant retrouvés hors tracé en descente, au pied d'un à-pic, selon leurs dires sans possibilité de remonter pour prendre une autre voie. A 13h46 ils ont appelé les secours par téléphone au 144 et, après avoir discuté la situation avec deux guides de montagne, ils ont été secourus sains et saufs moyennant treuillage effectué à 17h50 par hélicoptère de Air Zermatt et de l'Organisation cantonale valaisanne des secours (OCVS). Intras a refusé de prendre en charge le cas et de rembourser les factures de 3'728 fr. et de 509 fr. 50 établies pour le sauvetage. Elle a maintenu sa position notamment par lettre du 23 janvier 2007 et en dernier lieu par écrit du 12 avril 2007. B. Saisi d'un recours formé par N._, le Tribunal des assurances du canton de Vaud l'a admis par jugement du 26 septembre 2007. Il a déclaré d'une part que le pourvoi était recevable même à défaut de décision formelle (art. 56 al. 2 LPGA), l'assureur ayant par ailleurs procédé sans réserve sur le fond. Les juges cantonaux ont d'autre part statué que Intras est débitrice de l'assuré de la somme de 2'118 fr. 75. C. Intras interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement à être libérée du versement de la somme litigieuse, subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour complément d'instruction et, plus subsidiairement encore, à ce que celle-ci l'invite à rendre une décision formelle. N._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 