Sachverhalt: A. A.X._ und B.X._ betreiben seit 1970 ein landwirtschaftliches Gewerbe in Bergdietikon AG. In den Jahren 1980 bis 2000 nahmen sie verschiedene Ersatzbeschaffungen vor. Die stillen Reserven wurden jeweils mittels Sofortabschreibungen auf den neuen Anlagekosten auf die Ersatzobjekte übertragen zwecks Aufschubs der Einkommensbesteuerung. B. Gegenüber den Eheleuten X._ bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau für die Staatssteuer 2001 kantonal letztinstanzlich einen Restanlagewert des Bodens von Fr. 16'171.--, einen Buchwert des Gebäudes von Fr. 14'400.-- und kumulierte Abschreibungen von Fr. 328'488.--. C. Am 4. Januar 2010 haben A.X._ und B.X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen im Wesentlichen, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 4. November 2009 aufzuheben und die kumulierten Abschreibungen für die Staatssteuer 2001 auf Fr. 9'600.-- festzusetzen. Die restlichen Fr. 318'888.-- seien dereinst der Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen. D. Das Kantonale Steueramt Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf einen Antrag verzichtet. 