Sachverhalt: A. Der 1953 geborene P._ war zuletzt vom März 2001 bis Juni 2006 als Hilfsmaschinenführer für die Firma L._ AG tätig und wurde wegen Umstrukturierung entlassen (letzter effektiver Arbeitstag: 3. Januar 2005). Am 20. Februar 2006 meldete er sich wegen Krankheit bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an und beantragte eine Invalidenrente. Die IV-Stelle des Kantons Aargau führte medizinische und erwerbliche Abklärungen durch. Mit Verfügung vom 15. Juni 2006 wies sie das Leistungsbegehren ab. Auf die hiegegen erhobene Einsprache hin veranlasste die IV-Stelle ein interdisziplinäres Gutachten (rheumatologisch-orthopädisch, neurologisch, psychiatrisch) des Instituts X._ welches am 26. Februar und 14. März 2008 erstattet wurde. Mit Einspracheentscheid vom 9. Juli 2008 hielt die Verwaltung an der Verfügung vom 15. Juni 2006 fest. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des P._, mit welcher er zwei weitere Arztberichte einreichen liess, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. Februar 2009 ab. C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Zusprechung einer 3/4-Rente, eventuell die Rückweisung der Sache zur Prüfung der Arbeitsfähigkeit in einer Eingliederungsstätte und des Anspruchs auf eine Invalidenrente beantragen unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Weiter wird um unentgeltliche Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren ersucht. Mit ergänzender Eingabe vom 21. April 2009 hat der Beschwerdeführer geltend gemacht, Dr. med. Y._, Leiter des Instituts X._, könne nicht als Gutachter anerkannt werden. 