Fatti: A. Il 23 luglio 1996 A._ ha concluso con l'impresa di costruzioni B._SA un contratto d'appalto avente per oggetto l'esecuzione dei lavori di ristrutturazione della sua casa a Montagnola. La Direzione Lavori (DL) è stata affidata all'architetto C._. Il costo indicato nel capitolato d'appalto, calcolato sulla scorta di prezzi unitari o a corpo, era di fr. 150'971.52 più IVA. Ad opera ultimata, l'impresa ha però fatturato prestazioni per un totale di fr. 334'209.80, di cui solo fr. 240'000.-- sono stati riconosciuti e pagati dal committente. B. Asserendo di aver eseguito numerosi lavori in aggiunta a quelli previsti dal capitolato d'appalto a causa delle varie modifiche del progetto iniziale volute dal committente, il 16 luglio 2000 B._SA ha convenuto A._ dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano onde ottenere il pagamento della mercede residua, ovvero fr. 94'209.80, oltre interessi, nonché l'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale degli artigiani, già iscritta in via provvisoria per il medesimo importo. A._ ha avversato ambedue le domande. Con riferimento alla richiesta di pagamento egli ha in particolare rilevato che secondo quanto pattuito nel contratto il prezzo dei lavori non previsti nel capitolato avrebbe dovuto venire determinato a misura e non a regia, come fatto dall'appaltatrice. Ha inoltre affermato che al momento di eseguire le opere supplementari, l'impresa gli aveva sottoposto un'offerta aggiornata di fr. 287'000.-- sulla base della quale le parti avevano poi concordato un importo globale di fr. 240'000.-- per l'esecuzione di quasi tutti i lavori. In ogni caso - ha proseguito A._ - il superamento del preventivo era talmente eccessivo che l'appaltatrice avrebbe dovuto renderlo attento dell'aumento sproporzionato dei costi. Da ultimo A._ ha anche addotto l'esistenza di alcuni difetti (infiltrazioni d'acqua nell'autorimessa e muffa nel sottoscala) in relazione ai quali ha chiesto la riduzione della mercede per minor valore dell'opera in misura corrispondente al risultato della perizia giudiziaria su questo tema. C. Con sentenza del 2 giugno 2005 il Pretore ha parzialmente accolto la petizione, condannando A._ al pagamento di fr. 94'209.80 oltre interessi e dichiarando decaduta la domanda intesa all'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale. Sulla scorta delle tavole processuali il giudice ha respinto la tesi dell'avvenuta pattuizione di un prezzo globale forfettario e reputato corretta la fatturazione a regia - e non a misura - delle opere supplementari, effettivamente eseguite su richiesta del committente. Infine, visto l'esito della perizia giudiziaria, ha escluso di poter imputare all'appaltatrice una responsabilità in relazione agli asseriti difetti, donde la reiezione della domanda intesa alla riduzione della mercede. D. Adita dal soccombente, con sentenza del 18 agosto 2006 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto la richiesta tendente all'assunzione di un complemento di perizia in sede di appello e ha confermato la pronunzia di primo grado. E. Tempestivamente insorto dinanzi al Tribunale federale con un ricorso di diritto pubblico fondato sulla violazione di varie norme costituzionali, A._ ha postulato - previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame - l'annullamento della sentenza impugnata e il rinvio degli atti all'autorità cantonale per l'assunzione della prova peritale richiesta nell'atto d'appello e, successivamente, l'emanazione di una nuova decisione. La domanda di effetto sospensivo è stata accolta in via supercautelare il 4 ottobre 2006. E.a Preso atto del fallimento della B._SA impresa di costruzioni e studio tecnico, pronunciato il 4 ottobre 2006, con decreto dell'11 ottobre 2006 il Tribunale federale ha sospeso la procedura ricorsuale, conformemente a quanto prescritto dall'art. 207 LEF. E.b Con scritto del 3 dicembre 2007 l'Ufficio dei fallimenti del Distretto di Lugano ha comunicato al Tribunale federale che la B._SA ha deciso di proseguire la causa. E.c La procedura dinanzi al Tribunale federale è stata pertanto riattivata. Il ricorrente ha versato l'anticipo spese di fr. 5'000.-- e le controparti sono state invitate a pronunciarsi sul ricorso. Nella lettera del 5 febbraio 2008 la B._SA, rappresentata dall'Ufficio dei fallimenti del Distretto di Lugano, ha proposto la reiezione del ricorso, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni. 