Faits: A. Par arrêté du 7 septembre 2011, publié dans la Feuille d'avis officielle du 12 septembre 2011, le Conseil d'Etat du canton de Genève (ci-après: le Conseil d'Etat) a constaté l'aboutissement de l'initiative populaire cantonale intitulée "Bureaux et logements de luxe, ça suffit! Construisons des logements locatifs et bon marché" (ci-après: l'initiative ou l'IN 148). Cette initiative législative tend à lutter contre la crise du logement et a la teneur suivante: Article 1 La loi générale sur le logement et la protection des locataires du 4 décembre 1977 (LGL; RSG I 4 05) est modifiée comme suit: Art. 1er Buts et champ d'application alinéas 1 et 4 (modifié) 1. La présente loi a pour but de mener une large politique du logement, qui vise tout particulièrement à encourager la construction d'appartements locatifs répondant à un besoin d'intérêt général, s'agissant spécialement des logements d'utilité publique bon marché. Elle a aussi pour but la mise en oeuvre des objectifs du droit au logement, institués dans l'article 10A de la constitution, dont «des mesures appropriées à la réalisation de logements répondant aux besoins reconnus de la population» et en réalisant «la priorité aux habitations à bas loyers». Ces mesures exigent notamment que: - l'affectation des terrains à bâtir doit être accordée prioritairement aux besoins du logement, de manière au moins à construire un nombre équilibré de logements nécessaires par rapport à de nouveaux locaux de travail, en appliquant des taux de répartition des surfaces de plancher entre logements et activités ainsi que les taux des catégories d'appartements locatifs, sociaux et en propriété par étages (PPE); - l'utilisation rationnelle des terrains par des taux élevés de densités de construction, du fait des espaces constructifs limités pour des solutions économiques pour la construction de logements; - l'acquisition de terrains à bâtir par l'Etat et les communes pour construire des logements locatifs bon marché en utilisant les moyens institués par la présente loi; - la lutte contre la spéculation immobilière, provoquant l'explosion des loyers, en imposant la transparence des transactions immobilières. 4. Il y a pénurie de logements, lorsque le taux de l'ensemble des appartements vacants est inférieur à 2% de l'ensemble du parc immobilier genevois. Art. 1A Inaliénabilité des logements d'utilité publique (nouveau) 1. Par logements d'utilité publique, cités à l'article 1, il faut entendre des logements qui, de manière pérenne, sont réalisés, acquis ou en mains de l'Etat, des communes, des fondations, des collectivités et des établissements publics, y compris les personnes morales ou privées, juridiquement ou économiquement, qui dépendent du secteur public, de même pour les logements découlant de terrains préemptés, expropriés, mis en droit de superficie ou ayant bénéficié de toute aide quelconque de l'Etat et des communes, s'agissant de manière générale d'organismes publics. 2. Les terrains et les immeubles propriété des organismes publics, désignés à l'alinéa 1, sont inaliénables; ils peuvent, toutefois, être aliénés entre ces entités publiques, sur décision du Grand Conseil. Des échanges de terrains entre des organismes publics et des tiers peuvent être autorisés sur décision du Grand Conseil. Art. 9A Taux de répartition des surfaces de plancher affectées à du logement (nouveau) A l'exception des équipements publics ainsi que des espaces verts et de détente, les taux des surfaces brutes de plancher de constructions nouvelles, affectées à du logement, sont fixés ci-après aux taux suivants: a) 80% au moins dans les zones 1 à 4, ordinaires et de développement, le solde des surfaces de plancher pouvant être affecté à des activités; b) 70% au moins dans les zones industrielles et artisanales, lorsqu'elles sont destinées à être remplacées par des zones mixtes de développement, le solde pouvant être affecté à des activités; c) 100% dans la zone 5 (villas); d) 85% au moins dans la zone agricole, dont les terrains sont déclassés et intégrés dans des zones de développement, le solde pouvant être affecté à des activités, en principe au rez-de-chaussée. Art. 9B Taux de répartition des logements locatifs et des logements en propriété (nouveau) Aussi longtemps que sévit la pénurie de logements dans les zones de 1 à 4, les taux des surfaces brutes de plancher de constructions nouvelles, affectées à des logements locatifs, sont fixés ci-après aux taux suivants: - 50% au moins d'appartements locatifs dans les zones 1 à 4 ordinaires ; - 80% au moins d'appartements locatifs dans les zones de développement pour l'habitat, y compris les zones de développement mixtes; - 100% d'appartements locatifs issus de déclassements de la zone agricole, dont jusqu'à 30% d'appartements en mains de sociétés coopératives d'habitation, sans but lucratif, afin d'éviter la spéculation immobilière. L'aliénation de tout appartement locatif, construit dans cette zone déclassée, est interdite. L'article 39 LDTR est applicable. L'interdiction est annotée au registre foncier. Art. 9C L'utilisation des terrains en zones de développement (nouveau) 1. En zones de développement, les bâtiments d'habitation doivent respecter le nombre, le type, les loyers et les prix des logements répondant à un besoin prépondérant d'intérêt général, conformément aux articles 3 à 5 de la loi générale sur les zones de développement du 29 juin 1957. 2. Les appartements locatifs construits en zones de développement sont affectés à concurrence de 50% au moins à des logements d'utilité publique subventionnés par l'Etat, au sens de l'article 16 (notamment HBM, HLM et HM), dont les loyers ne doivent pas dépasser frs. 3200.- la pièce l'an pour les logements bon marché et frs. 4200.- la pièce l'an pour les logements à loyers modérés. 3. Pour utiliser rationnellement les terrains à bâtir affectés à des appartements, la surface brute de plancher des appartements ne doit pas dépasser 120 m2, exceptionnellement jusqu'à 140 m2. De manière générale en 3ème zone, les taux d'utilisation du sol doivent atteindre un coefficient de 1,4 à 2,5 et les gabarits des immeubles doivent atteindre 4 à 10 niveaux. 4. Pour lutter contre la spéculation et accorder la priorité à la construction d'immeubles de logements, tout particulièrement d'appartements locatifs à bas loyers, le prix des terrains en zones de développement est fixé à la valeur de frs. 700.- le m2 au maximum, sous réserve de l'article 9D, telle que retenue dans le plan financier des immeubles, adopté par le Conseil d'Etat, sous réserve d'une indemnisation en cas de démolition d'un bâtiment existant. Art. 9D Les modalités d'acquisition des terrains agricoles (nouveau) 1. Le manque de terrains à bâtir pour des immeubles d'appartements locatifs bon marché ainsi que l'application de la politique sociale du logement exigent que les terrains en zone agricole, qui ont une valeur très modeste, doivent être déclassés en zones de développement destinées à l'habitat, en application du plan directeur cantonal. Les terrains déclassés sont affectés à des logements locatifs. 2. La procédure de déclassement est menée par l'Etat, en collaboration avec les communes. A cet effet, le Conseil d'Etat désigne les terrains agricoles adéquats, qui pourraient être déclassés en des zones de développement 3, exceptionnellement 4, affectées à la construction de logements locatifs d'utilité publique. Simultanément, il déclare que ces terrains sont déclarés d'utilité publique, de sorte qu'ils sont soumis au droit de préemption ou d'expropriation, en application des articles 3 à 9. Ces décisions sont inscrites au registre foncier. 3. L'Etat est chargé d'acquérir les terrains agricoles qui doivent être déclassés pour du logement ou des équipements publics, notamment sous forme d'emption, dont le prix des terrains ne doit pas dépasser le montant de frs. 100,- le m2. Afin de maintenir ce prix et éviter la spéculation foncière, les terrains agricoles doivent être acquis avant l'arrêté de déclassement du Conseil d'Etat. L'arrêté n'est pas exécutoire aussi longtemps que les terrains concernés n'ont pas été acquis par l'Etat. Art. 9E Autorisations simultanées et publications (nouveau) 1. En application des articles 9A, 9B et 9C, l'autorisation de construire accordée à des activités, bureaux et commerces etc. ou à des appartements en propriété par étage doit faire l'objet d'une autorisation compensatoire correspondant aux surfaces de logements et d'appartements locatifs, conformément aux exigences de ces articles. Ces deux autorisations simultanées doivent être délivrées et publiées en même temps; l'ouverture des chantiers et les constructions doivent être simultanées. 2. Les autorisations de construire et leurs publications dans la Feuille d'Avis Officielle indiquent les catégories de logements, soit les appartements locatifs ou en PPE et les catégories de logements sociaux. Article 10, alinéa 6, (modifié) 6. La Fondation présente un rapport d'activité annuel au Conseil d'Etat et au Grand Conseil. Article 37, alinéa 2 (modifié) 2. Le montant des prestations annuelles accordées en application de la présente loi et des lois visées à l'article 51, alinéa 2, est financé par un montant minimum de frs 90 millions par an, qui est inscrit dans une rubrique spécifique et permanente du budget de l'Etat, exception faite de la valeur ... (la suite est sans changement). Article 45A Les loyers cantonaux contrôlés (nouveau) 1. Les appartements locatifs, construits en zones de développement, sont soumis à un contrôle des loyers par l'Etat durant 20 ans, aussi longtemps que sévit la pénurie de logements dans les zones de 1 à 4. Le contrôle est fondé notamment sur les coûts d'exploitation et d'entretien des immeubles. 2. Au terme du subventionnement accordé à l'ensemble des logements HLM ou HM, ce contrôle continue à être appliqué durant 20 ans supplémentaires, tant que la pénurie de logements persiste. 3. Le contrôle des loyers s'applique également en vertu de l'article 1, alinéa 3, et l'article 2 de la loi pour la construction de logements d'utilité publique. 4. Aucune hausse de loyer, prévue après la période du contrôle des loyers, ne peut être notifiée avant la période des quatre derniers mois de cette échéance. A défaut, elle est nulle. Article 49, lettres c) et d) Clauses abrogatoires Les dispositions suivantes sont abrogées: c) l'article 9, alinéa 3, est abrogé; d) l'article 14A, alinéa 2, est abrogé, pour autant que cet alinéa 2 soit modifié lors de la votation du 13 février 2011. L'abrogation de l'alinéa 2 est alors remplacé par le texte suivant: 2. La Fondation Habitat a pour but principal la construction, l'acquisition et l'exploitation d'immeubles et de logements HBM destinés aux personnes à revenus modestes. Art. 49A Modifications d'autres lois : a) la loi générale sur les zones de développement du 29 juin 1957 (LGZD; RSG L 1 35) est modifiée comme suit : - les articles 2, alinéa 2, lettre d) et e), et 4A sont abrogés; - l'article 4A (nouveau) comporte le texte identique de l'article 9C, relatif à l'utilisation des terrains en zones de développement. b) la loi sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités du 9 mars 1929 (LExt; RSG L 1 40) est modifiée comme suit: l'article 3, alinéa 1, lettre f est abrogé. e) la loi d'application du code civil suisse et autres lois fédérales en matière civile du 2 septembre 2010 (LaCC; RSG E 1 05) est modifiée comme suit: Art. 187A (nouveau) 1. En application de l'article 970 a du code civil suisse, les acquisitions de propriété immobilière et la contre-prestation et leurs indications, y compris les droits de superficie, sont accessibles au registre foncier et publiées, dans la Feuille d'Avis Officielle. La publication porte notamment sur: a) le numéro de l'immeuble, sa surface, sa nature et son lieu de situation ; b) les noms et le domicile ou le siège des personnes morales, qui aliènent la propriété ou qui l'acquièrent; c) la date de l'acquisition de la propriété; d) les parts de copropriété et de propriété par étages; e) les causes et le prix en francs des transactions immobilières. 2. Si des prestations accessoires ou en nature sont prévues dans le contrat, leur existence est indiquée dans la publication, sans autres informations sur leur contenu, ainsi que d'autres données. 3. Les requérants fournissent au registre foncier toutes les informations nécessaires à la publication des transactions immobilières. Article 2 Entrée en vigueur 1. Les dispositions du texte de l'initiative sont immédiatement applicables dès leur adoption par le peuple, y compris les projets de construction dont l'autorisation n'est pas entrée en force. B. Dans son rapport du 30 novembre 2011 au Grand Conseil du canton de Genève (ci-après: le Grand Conseil), le Conseil d'Etat a considéré que l'initiative violait notamment le principe de l'unité de la matière, celui de la clarté et le principe de la conformité au droit supérieur. Il a conclu à l'invalidation totale de l'initiative. Par décision du 10 mai 2012, publiée dans la Feuille d'avis officielle le 18 mai 2012, le Grand Conseil a déclaré invalide l'initiative IN 148, suivant l'avis du Conseil d'Etat et de la Commission législative, par 68 oui contre 15 non et 3 abstentions. Il a refusé de scinder l'initiative ou de la déclarer partiellement invalide. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._ et l'ASLOCA demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et de constater la validité de l'initiative. De façon implicite, ils concluent subsidiairement à la scission de l'initiative voire à son invalidation partielle. Ils ont fait parvenir deux écritures complémentaires intitulées pour l'une "corrections" en date du 13 juin 2012 et pour l'autre "ajout de la 2ème liste de corrections du 16 juin 2012" au terme de laquelle ils ont pris une conclusion subsidiaire formulée comme suit: "annuler d'office partiellement nulle, le cas échéant, l'article 63 alinéa 3 de la constitution du canton de Genève, par une partie non conforme au droit, tout particulièrement le droit fédéral, en application de l'initiative IN 148" (sic). Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. Les recourants ont répliqué par courrier du 15 octobre 2012. 