Faits: A. La société A._ SA, de siège social à B._, fondée en 1993, avait pour but l'exploitation d'un commerce de quincaillerie, d'articles ménagers, d'articles de loisir, de vente d'armes et d'explosifs ainsi que de tous autres articles à usage domestique et de consommation courante. Son capital-actions, entièrement libéré, était de 300'000 fr. et ses actionnaires étaient C._ pour 245 actions et D._ pour 55 actions. Selon modification de ses statuts du 1er décembre 2003, A._ SA a changé sa raison sociale, qui est devenue la X._ SA (ci-après: la Société), a transféré son siège social de B._ à E._, commune de D._, et a modifié son but, savoir l'exploitation d'une pharmacie à D._. Le montant du capital-actions et sa répartition n'ont pas été modifiés. La Société a repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la raison individuelle X._ SA, propriété de C._. A fin 2003, le montant des pertes reportées liées à l'exploitation de A._ SA et admises par le fisc vaudois s'élevait à 1'092'436 fr. B. Dans ses déclarations d'impôts cantonal et communal ainsi que d'impôt fédéral direct 2004 et 2005, la Société a indiqué un bénéfice d'exploitation de 285'411 fr., respectivement de 289'992 fr., invoqué des pertes fiscales reportées à concurrence de 1'092'436 fr. et déclaré un résultat négatif de 807'025 fr., respectivement de 517'033 fr. Par décisions de taxation du 15 décembre 2006, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal des contributions) a refusé la déduction des pertes reportées et fixé le bénéfice imposable à 285'411 fr. pour l'année 2004 et à 289'992 fr. pour l'année 2005. Il a en outre arrêté le capital imposable à 492'169 fr. pour l'année 2004 et à 497'629 fr. pour l'année 2005, la différence par rapport au capital-actions provenant essentiellement de reprises pour sous-capitalisation. A la suite des réclamations élevées le 11 janvier 2007 par la Société, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais (ci-après: la Commission d'impôt) a confirmé, par décisions du 6 février 2007, les taxations litigieuses du 15 décembre 2006. Elle a considéré que les pertes reportées découlant de l'activité de la quincaillerie, exploitée jusqu'au printemps 2003, ne pouvaient pas être reportées sur les résultats provenant de l'activité de la Société. En effet, A._ SA était liquidée de fait, ou économiquement, lorsqu'elle avait repris l'exploitation de la pharmacie, de sorte que la reprise de ses dettes était constitutive d'évasion fiscale. C. A l'encontre des décisions de la Commission d'impôt du 6 février 2007, la Société, représentée par la Fiduciaire D._ SA, a interjeté deux recours, l'un pour l'année fiscale 2004, l'autre pour l'année fiscale 2005. Statuant par décision unique du 23 septembre 2009, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) a partiellement admis les recours. Admettant le report des pertes des exercices 1997 à 2003 à concurrence de 1'092'436 fr. en 2004 et 807'025 fr. en 2005, elle a fixé le bénéfice net imposable à zéro fr. pour chacune des années fiscales considérées; elle a en revanche rejeté les conclusions de la Société concernant l'impôt sur le capital. S'agissant de l'impôt sur le bénéfice, elle a retenu, en substance, qu'à l'occasion d'un entretien téléphonique du 22 mai 2003 entre D._ et un collaborateur du Service cantonal des contributions, F._, celui-ci avait donné l'assurance à son interlocuteur que les pertes reportées pouvaient être prises en considération et que toutes les conditions du droit à la protection de la bonne foi étaient réalisées. D. Agissant séparément par la voie du recours en matière de droit public, le Service cantonal des contributions (2C_99/2010) et l'Administration fédérale des contributions (2C_107/2010) demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais, principalement, d'annuler la décision de la Commission cantonale de recours du 23 septembre 2009 dans la mesure où elle fixe le bénéfice imposable de la Société à zéro fr. pour les années 2004 et 2005 et admet le report des pertes des exercices 1997 à 2003, subsidiairement, de renvoyer la cause à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des recours. Ils se plaignent d'une mauvaise appréciation de faits essentiels, parce que le mécanisme mis en place par la Société aurait dû amener la Commission cantonale de recours à retenir un cas d'évasion fiscale, ainsi que d'un abus du pouvoir d'appréciation, en ce sens que toutes les conditions pour l'application du principe de la protection de la bonne foi n'étaient pas remplies. La Société conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet des recours et à la confirmation de la décision attaquée. La Commission cantonale de recours conclut au rejet des recours avec suite de frais. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours formé par le Service cantonal des contributions. Celui-ci n'a pas déposé d'observations sur le recours interjeté par celle-là. 