Sachverhalt: A. X._ betrieb als Gläubiger W._ mit Zahlungsbefehl vom 11. März 2010 für eine Forderung von Fr. 66'402.80 nebst Zins zu 5 % seit dem 10. März 2010. Mit Urteil vom 6. Januar 2011 erteilte das Bezirksgericht Baden dem Beschwerdeführer definitive Rechtsöffnung für Fr. 39'981.95 nebst Zins zu 5 % seit dem 14. Juni 2005 sowie für die Kosten des Zahlungsbefehls von Fr. 100.-- und die Parteikosten. Sowohl X._ als auch W._ erhoben gegen den Rechtsöffnungsentscheid Beschwerde ans Obergericht des Kantons Aargau. Dieses hiess die Beschwerde von X._ mit Entscheid vom 9. Mai 2011 teilweise gut und erteilte definitive Rechtsöffnung für Fr. 41'968.70 nebst Zins zu 5 % seit dem 14. Juni 2005. Noch vor dem Entscheid des Obergerichts, am 11. März 2011, zahlte W._ Fr. 52'301.55 auf das Konto des Betreibungsamts Siggenthal-Ennetbaden ein. Mit Schreiben vom 27. März 2011 teilte X._ dem Betreibungsamt mit, er habe seine Forderung samt Nebenrechten an seine Tochter, Y._, abgetreten. Der von W._ einbezahlte Betrag sei umgehend seiner Tochter zu überweisen. Mit Verfügung vom 29. März 2011 lehnte Dino Crameri, Betreibungsbeamter-Stellvertreter des Betreibungsamts Siggenthal-Ennetbaden, das Gesuch mit Hinweis auf das laufende Rechtsöffnungsverfahren vor dem Obergericht ab. Das hängige Verfahren schliesse eine Zahlung aus. Die Verfügung war mit der Rechtsmittelbelehrung versehen, es könne innert 10 Tagen bei der Aufsichtsbehörde Beschwerde geführt werden. X._ erhob mit Eingabe vom 22. Juni 2011 in eigener Sache sowie als Vertreter seiner Tochter Y._ bei der Staatsanwaltschaft Baden Straf- und Zivilklagen. Diese richteten sich gegen vier verschiedene Personen, darunter Z._, der X._ als Leiterin des Beitreibungsamts Siggenthal-Ennetbaden Amtsmissbrauch und Sachentziehung vorwarf. Am 14. Juli 2011 erliess die Staatsanwaltschaft in Bezug auf Z._ eine Nichtanhandnahmeverfügung. Dagegen erhoben X._ und Y._ Beschwerde. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau trat mit Entscheid vom 10. November 2011 auf die Beschwerde insoweit nicht ein, als sie von X._ erhoben worden war. Im Übrigen wies sie sie ab. B. Mit einer als "subsidiäre Verfassungsbeschwerde und Beschwerde in Strafsachen" bezeichneten Eingabe an das Bundesgericht beantragt X._ im Wesentlichen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei zur Anhandnahme der Strafuntersuchung anzuweisen. Das Obergericht des Kantons Aargau hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Z._ und die Staatsanwaltschaft Baden haben sich nicht vernehmen lassen. 