Sachverhalt: A. S._ (geboren 1950) ist seit 1974 mit P._ (geboren 8. Februar 1945) verheiratet. Nach der im Jahr 2000 erfolgten Trennung leitete sie am 7. Dezember 2005 die Scheidungsklage ein und beantragte unter anderem die hälftige Teilung des Pensionskassenguthabens ihres Ehemannes. Dieser hatte bis Ende Januar 2002 bei der Firma J._ AG gearbeitet. Seine Austrittsleistung liess er auf ein Freizügigkeitskonto der Freizügigkeitsstiftung der UBS AG in Basel überweisen. Am 22. März 2005 ersuchte P._ die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG, sein Freizügigkeitskonto zu saldieren und ihm sein Guthaben auszubezahlen. Daraufhin gelangte die Rechtsvertreterin seiner Ehefrau mit Schreiben vom 12. April 2005 an die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG mit dem Begehren, dem Auszahlungsgesuch nicht zu entsprechen, da die Ehefrau damit nicht einverstanden sei und ihr Ehemann das Pensionsalter noch nicht erreicht habe. Die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG stellte sich in der Antwort vom 14. April 2005 auf den Standpunkt, der Ehemann beantrage die Auszahlung des Altersguthabens; da keine Barauszahlung einer Austrittsleistung vorliege, entfalle auch das Zustimmungserfordernis der Ehegattin. Im Antwortschreiben vom 18. April 2005 hielt die Rechtsvertreterin der Ehegattin daran fest, dass der Ehemann noch nicht pensioniert sei und deshalb das Freizügigkeitskonto im heutigen Zeitpunkt nicht aufgelöst werden könne. Am 19. April 2005 erwirkte sie eine superprovisorische Verfügung des Bezirksgerichts Liestal, worin die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG angewiesen wurde, dem Ehemann das Altersguthaben auf dem Freizügigkeitskonto nicht auszubezahlen, bzw. das entsprechende Konto mit einer Sperre zu belegen. Gleichentags teilte die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG dem Bezirksgericht Liestal mit, dass das Freizügigkeitskonto per 5. April 2005 wegen Erreichen des Terminalters aufgehoben und das Guthaben von Fr. 434'077.10 (davon Fr. 137'143.90 BVG-Leistungen) dem Ehemann auf ein ungebundenes Konto überwiesen worden sei. B. Am 17. Februar 2006 liess S._ gegen die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG Klage beim Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt einreichen mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass die Barauszahlung des Pensionskassenguthabens an ihren Ehemann zu Unrecht erfolgt sei. Mit Entscheid vom 11. Januar 2007 wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt die Klage ab unter Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass die Auszahlung der Altersleistung an ihren Ehemann ohne ihre schriftliche Zustimmung Bundesrecht verletze. Ferner sei ihr die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung zu gewähren. Die Freizügigkeitsstiftung der UBS AG lässt Abweisung der Beschwerde beantragen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliesst sich den Argumenten der Vorinstanz an. 