Faits: A. Le 1er décembre 2004, A._ a créé, avec deux autres personnes, l'association "X._", de siège social à Sion, qui a pour but de gérer, maintenir et développer un serveur informatique (appelé X._ et localisé en Belgique). Ce dernier établit et tient à jour l'index des fichiers, principalement musicaux et audio-visuels, offerts en partage par les internautes. Il permet à plus d'un million d'entre eux de rechercher simultanément des fichiers puis de se connecter directement les uns aux autres pour les échanger. Chaque individu qui télécharge un fichier devient lui-même source de distribution. Le 11 mai 2005, les sociétés américaines C._ et consorts (ci-après: les plaignantes), ont déposé plainte contre A._ pour violation du droit d'auteur (art. 67 LDA), violation de droits voisins (art. 69 LDA) et pornographie (art. 197 CP). En substance, elles lui reprochent de favoriser, en sa qualité d'administrateur du serveur "X._2", le piratage des oeuvres cinématographiques protégées par copyright, ainsi que l'échange de fichiers à contenu pornographique. Le 14 décembre 2005, B._, juge d'instruction du Valais central (ci-après: le juge d'instruction), a ouvert une instruction d'office et sur plainte contre A._. En cours d'instruction, A._ a déclaré qu'un montant d'environ 200'000 fr., provenant des bannières publicitaires sur les sites de l'association, était placé sur des comptes bancaires ouverts au nom de cette dernière auprès de la banque Y._ de Sierre et Région. Il a ajouté que 40'000 fr. découlant de commissions encaissées auprès d'un partenaire étaient déposés sur un compte bancaire ouvert à son propre nom à la banque Y._ de la Broye. Le 3 mars 2006, le mandataire de A._ a signalé au juge d'instruction que ce dernier lui avait versé une provision de 160'000 fr. provenant du compte de l'association ouvert auprès de la première des deux banques citées. B. Le 6 mars 2006, les plaignantes ont requis le séquestre des comptes bancaires ouverts au nom de A._ et de l'association "X._" auprès des banques Y._ de Sierre et Région ainsi que de la Broye, de même que toutes autres valeurs patrimoniales en relation avec les infractions dénoncées. Le 9 mars 2006, A._ a contesté la compétence des autorités pénales suisses. Par lettre du 13 mars 2006, le juge d'instruction a fait savoir aux parties que le for sédunois lui paraissait justifié et qu'il refusait en outre de donner suite à la demande de séquestre. A._ a recouru contre cette décision en tant qu'elle admettait la compétence des autorités pénales suisses. Le 29 mars 2006, les plaignantes ont prié le juge d'instruction de reconsidérer sa position quant au séquestre ou de rendre une décision motivée. Renvoyant au caractère décisionnel de sa lettre du 13 mars 2006, ce dernier a refusé de statuer à nouveau. Répondant à une nouvelle requête des plaignantes, le juge d'instruction a indiqué qu'aucune nouvelle décision ne serait prise avant la confirmation définitive du for. Le 20 juin 2006, la Chambre pénale du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: la Chambre pénale) a finalement confirmé la compétence des autorités pénales suisses. Le pourvoi en nullité déposé par A._ contre ce prononcé a été déclaré irrecevable. Le recours de droit public a été rejeté. Les 31 mai, 26 juin, 17 juillet 2006 et 7 février 2007, les plaignantes ont réitéré leur requête de séquestre. Par décision du 5 mars 2007, le juge d'instruction a confirmé son refus. La plainte déposée par les plaignantes contre cette décision a été admise le 19 juillet 2007. Le juge d'instruction était invité à séquestrer tous les comptes bancaires ouverts au nom de A._ et de l'association "X._" auprès de la banque Y._ de Sierre et Région, de celle de la Broye et de tout autre établissement que l'enquête permettrait de découvrir, ainsi que toutes les valeurs patrimoniales en relation avec les infractions dénoncées. Par arrêt du 30 novembre 2007, le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par A._ contre le prononcé du 19 juillet 2007. C. Les 20 et 27 mai 2006, A._ a déposé deux plaintes pénales contre divers organes des plaignantes et "toute personne que permettra de dire l'enquête" des chefs de calomnie, subsidiairement diffamation, et dénonciation calomnieuse. Il leur reprochait en substance de lui avoir imputé à tort des propos particulièrement défavorables. Le 30 mai suivant, le juge d'instruction a accusé réception de ces plaintes et a indiqué qu'il n'y donnerait pas suite avant que la question du for ne soit tranchée. La Chambre pénale ayant statué le 20 juin 2006 sur cette question, le juge d'instruction a précisé le 22 juin 2006 qu'il prendrait une décision "en début de semaine prochaine". Fort de cette assurance, A._ a retiré la plainte dont il avait saisi la Chambre pénale dans l'intervalle pour contraindre le juge d'instruction à agir. D. Se fondant sur l'injonction de la Chambre pénale du 19 juillet 2007, le juge d'instruction a invité les banques concernées à bloquer immédiatement tous les comptes ouverts au nom de l'association "X._" et de A._. A la demande de ce dernier, il a cependant assoupli cette mesure, l'autorisant à retirer un maximum de 2'000 fr. par mois pour ses besoins vitaux. Le 30 juillet 2007, estimant que la provision de 160'000 fr. reçue par le mandataire de A._ devait aussi être séquestrée, les plaignantes ont prié le juge d'instruction de contraindre l'avocat à reverser ce montant sur le compte séquestré d'où il provenait. Le 2 août 2007, le juge d'instruction a fait droit à cette demande et a ordonné à l'avocat de restituer cette somme. Le 28 décembre 2007, l'autorité de plainte a admis le recours déposé par l'avocat et a annulé la décision. E. Le 3 août 2007, A._ a requis "la récusation de Monsieur D._, en sa qualité d'expert judiciaire et suite à la remise d'un rapport technique le 2 juillet 2007". Il dénonçait essentiellement le flou entourant la nature exacte du mandat confié, les liens entretenus avec la police ainsi que la faiblesse du rapport. F. Le 13 août 2007, A._ a sollicité la récusation du juge d'instruction. Ce dernier a prié le juge d'instruction cantonal, E._, d'examiner au préalable la nécessité d'un éventuel dessaisissement, précisant qu'il estimait ne pas avoir à se récuser. Considérant qu'il n'y avait pas matière à dessaisissement, le juge d'instruction cantonal a transmis la requête à l'autorité de récusation. Par déterminations des 1er et 6 février 2008, le Ministère public et les plaignantes ont relevé que l'instruction n'était pas exempte de lacunes mais que celles-ci ne pouvaient toutefois pas objectivement fonder un soupçon de prévention du juge intimé. Par prononcé du 27 février 2008, la Présidente du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: la Présidente du Tribunal cantonal) a rejeté la demande de récusation dans la mesure où elle était recevable. G. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'admettre la requête de récusation dirigée contre le juge d'instruction B._ et de désigner un nouveau magistrat instructeur. Il se plaint d'une violation des art. 34 let. c CPP/VS, 29 al. 1 et 30 al. 1 Cst. ainsi que 6 par. 1 CEDH. Il sollicite en outre l'effet suspensif. Par ordonnance du 13 mai 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif formée par A._. La Présidente du Tribunal cantonal n'a pas formé d'observations et s'est référée aux considérants de son jugement. Le juge d'instruction n'a pas répondu à l'invitation à se déterminer. 