Sachverhalt: A. Y._ verkaufte Mitte Juli 2009 über eine Zwischenhändlerin 48 Schweine aus seinem Schweinemastbetrieb zur Lebensmittelgewinnung. Die Schweine wurden am 16. Juli 2009 beim Schlachtbetrieb A._ AG in X._ angeliefert und gleichentags geschlachtet. Anlässlich der Fleischkontrolle wurden an zwölf Schweinen Gesundheitsstörungen festgestellt. Ein Schwein (Schlachttiernummer 401'396) wies hochgradige Abzehrungen auf. Drei weitere Schweine (Schlachttiernummern 401'392, 401'414 und 401'406) hatten Abszesse, zum Teil mit einer Brustfellentzündung bzw. einer Leberverwachsung. Das Fleisch der vier Tiere wurde für genussuntauglich erklärt. Y._ unterliess es, den Kontrollorganen bei der Schlachtung über die Gesundheitsstörungen der Tiere Meldung zu erstatten, und deklarierte auf dem Begleitdokument für Klauentiere, diese seien nicht krank und hätten keine Medikamente erhalten, bei denen die Absetzfrist noch nicht abgelaufen sei. Obschon er bezüglich der Schweine mit den Schlachttiernummern 401'396 und 401'414 um die Beeinträchtigung des Gesundheitszustands und die damit einhergehende Einschränkung des Wohlbefindens der Tiere wusste, zog er keinen Tierarzt bei und unternahm er nichts, um eine Behandlung der Tiere oder eine vorzeitige Tötung in die Wege zu leiten und deren Leiden zu verkürzen. Die Abszesse beim Schwein mit der Schlachttiernummer 401'392 und die Schwellungen sowie das Geschwulst am Bein des Schweins mit der Schlachttiernummer 401'406 bemerkte Y._ nicht, obschon diese deutlich sichtbar waren. Durch seine Unaufmerksamkeit blieben diese Tiere ohne angemessene Behandlung. B. Das Kreisgericht Toggenburg verurteilte Y._ am 25. Oktober 2010 wegen Unterlassung der Meldung über Gesundheitsstörungen von Tieren im Sinne von Art. 48 Abs. 1 lit. i des Bundesgesetzes vom 9. Oktober 1992 über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände (Lebensmittelgesetz, LMG; SR 817.0) zu einer Busse von Fr. 600.--. Von den Vorwürfen der Tierquälerei im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a des Tierschutzgesetzes vom 16. Dezember 2005 (TSchG; SR 455) und der Verletzung von Art. 48 Abs. 1 lit. g LMG sprach es ihn frei. Gegen diesen Entscheid führten die Staatsanwaltschaft Berufung und Y._ Anschlussberufung. C. Das Kantonsgericht St. Gallen sprach Y._ am 4. Juli 2011 der mehrfachen vorsätzlichen sowie der mehrfachen fahrlässigen Tierquälerei im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a und Abs. 2 TSchG und der mehrfachen vorsätzlichen sowie der fahrlässigen Übertretung des Lebensmittelgesetzes im Sinne von Art. 48 Abs. 1 lit. i und Abs. 1bis LMG schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu je Fr. 35.-- und einer Busse von Fr. 800.--. Vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz im Sinne von Art. 48 Abs. 1 lit. g LMG sprach es ihn frei. D. Die Staatsanwaltschaft führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt im Wesentlichen, die vorinstanzlichen Schuldsprüche aufzuheben und Y._ wegen vorsätzlicher Tierquälerei im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a TSchG und vorsätzlicher Übertretung des Lebensmittelgesetzes im Sinne von Art. 48 Abs. 1 lit. g LMG schuldig zu sprechen und zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu je Fr. 60.--, davon 50 Tagessätze bedingt, sowie einer Busse von Fr. 600.-- zu verurteilen. Eventualiter sei das Strafverfahren zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. E. Y._ beantragt in seiner Vernehmlassung, die Anträge der Staatsanwaltschaft abzuweisen, den Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und ihn von sämtlichen Vorwürfen freizusprechen. Das Kantonsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme. 