Sachverhalt: A. W._, geboren 1970, meldete sich am 13. April 2004 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Ihr Arbeitsverhältnis mit der Genossenschaft Q._, wo W._ als Verkaufsassistentin zuletzt gesundheitlich bedingt eine leichtere Arbeit ausgeübt hatte, war von der Arbeitgeberin am 29. Januar 2004 per 29. Februar 2004 aufgelöst worden. Die IV-Stelle Nidwalden holte einen Bericht des Dr. med. A._, Allgemeine Medizin FMH, ein, welcher am 6. Mai 2004 eine Schulterdistorsionsverletzung links mit konsekutiver Ausbildung einer AC-Gelenksarthrose, bestehend seit Frühjahr 2002 (Verletzung beim Krafttraining), bei Status nach lateraler Clavicularesektion links am 5. November 2002 und Schulterrevision links am 7. August 2003, mit persistierenden, invalidisierenden Schulterschmerzen links diagnostizierte. In der Klinik X._ war eine Schulterarthroskopie links, eine Tenotomie der langen Bizepssehne, eine offene Tenodese der langen Bizepssehne sowie eine Revision des AC-Gelenks vorgenommen worden (Operationsbericht vom 7. August 2003). Ab 28. Juni 2004 begab sich die Versicherte zur Behandlung ins Paraplegikerzentrum Y._ (Bericht der Dres. med. S._ und H._ vom 15. September 2004). Am 21. Dezember 2004 erstattete Dr. med. G._, Orthopädische Chirurgie FMH, ein vom Unfallversicherer eingeholtes Gutachten. Er hielt dabei fest, dass W._ die linke Schultergürtelmuskulatur und den linken Arm nicht in gegebenem Ausmass schone, eine funktionelle Störung im glenohumeralen Gelenk nicht vorliege und die richtunggebende Verschlimmerung im AC-Gelenk einerseits korrekt therapiert und andererseits nicht mehr behandlungsbedürftig sei. Aufgrund der Klinik ("aus orthopädisch-traumatologischer Sicht keine relevante, eine leistungsvermindernde Einschränkung des linken Schultergelenkes feststellbare Pathologie [...]") wäre jederzeit eine ganztägige Arbeitstätigkeit zumutbar, wobei aus Gründen der zur Zeit der Erstellung des Gutachtens noch fehlenden Kondition initial vielleicht auch ein halbtägiger Einsatz akzeptiert werden könnte, allerdings nach einer Angewöhnungszeit von vier bis maximal acht Wochen die volle ganztägige Arbeitsleistung wieder zumutbar wäre. In der Folge hielt sich W._ vom 18. April bis zum 19. Mai 2004 in der Beruflichen Abklärungsstelle BEFAS auf. In deren Bericht vom 4. Juli 2005 wurde festgehalten, dass die Versicherte in einer körperlich leichten, etwas wechselnd belastenden Tätigkeit ganztags arbeitsfähig sei. Die Tätigkeit sollte dabei keine Anforderungen an die linken oberen Extremitäten stellen. Damit sollten keine werfenden, schlagenden, weit ausholenden Bewegungen sowie keine positionsmonotonen, repetierenden Tätigkeiten ausgeführt werden. W._ sollte keinen Vibrationen ausgesetzt sein und die Arbeiten sollten vorwiegend auf Tischhöhe mit aufgelegtem Arm erfolgen können. Mit Verfügung vom 25. Juli 2005 und Einspracheentscheid vom 13. Februar 2006 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren von W._ gestützt auf diese Grundlagen ab. B. W._ erhob dagegen Beschwerde beim Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden und reichte im Rahmen des Beschwerdeverfahrens einen Bericht des Instituts für Radiologie des Paraplegikerzentrums Y._ vom 25. Januar 2005 sowie einen Bericht der Klinik X._ vom 7. September 2006 ein. Die Beschwerde wurde mit Entscheid vom 6. November 2006 insofern teilweise gutgeheissen, als der angefochtene Einspracheentscheid bezüglich der nicht gewährten unentgeltlichen Verbeiständung aufgehoben und im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen wurde. Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen. C. W._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Angelegenheit zur nochmaligen Abklärung und Verfügung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 