Faits: A. Par contrat du 3 septembre 1981, Y._a pris à bail un appartement de 4 pièces dans un immeuble sis à Genève. A une date indéterminée, X._ est devenue propriétaire de l'immeuble et bailleresse de Y._(ci-après: le locataire). En avril 2008, le loyer mensuel s'élevait à 1'297 fr. et les charges à 155 fr. (provision mensuelle pour chauffage). Le terme d'échéance annuelle était fixé au 30 septembre, le préavis de congé étant de trois mois. Par courrier du 4 avril 2008, la régie représentant la bailleresse a informé le locataire de son projet de facturer séparément les frais accessoires afin de ne lui décompter que la consommation effective d'énergie et les services utilisés dans l'immeuble. Elle a expliqué qu'une telle modification nécessitait de déduire du loyer net la part correspondant aux frais accessoires, comme cela était déjà le cas pour les frais de chauffage et d'eau chaude. Le 6 mai 2008, la régie a tenu une séance d'information à laquelle le locataire a pris part. Par la suite, la bailleresse, représentée par la régie, a notifié au locataire un "avis de majoration de loyer ou d'autres modifications du bail donné au locataire en application de l'article 269d du code des obligations". L'avis donné au moyen de la formule officielle, daté du 26 mai 2008, indiquait notamment ce qui suit: "(...) Ancien loyer annuel: dès le: Charges (provisions pour chauffage) Fr. 15'564.00 01.10.2000 Fr. 1'860.00 A. En application de l'art. 269d al. 1 CO, nous vous communiquons la hausse de loyer suivante: Nouveau loyer annuel: Fr. 13'116.00 du 01.10.2008 (...) B. En application de l'art. 269d al. 3 CO, nous vous communiquons les modifications du bail suivantes: 1. Nouvelle échéance du bail proposée, avec reconduction éventuelle selon clause du bail: le 30.09.2008 2. Charges (provisions pour chauffage): Fr. 1'860.00. 3. Divers: Provisions annuelles pour frais accessoires : Fr. 1'728.00, coût effectif uniquement des postes suivants: consommation de courant des installations techniques et/ou communes, consommation d'eau générale de l'immeuble et de ses habitants, frais de conciergerie (salaire, charges sociales et matériel) et d'entretien des jardins, des extérieurs et des surfaces communes, déblaiement de la neige, contributions publiques liées à l'usage de l'objet loué, telles que frais d'éclairages des voies d'accès, taxes de base et enlèvement des ordures, droits d'eau et taxes d'épuration des eaux, frais d'exploitation pour les installations techniques et/ou communes, ventilation et leur entretien, contrôle de désinsectisation, frais d'exploitation des ascenseurs (abonnements, électricité, éclairage), frais de buanderie, frais relatifs au service du téléréseau, de réception par antenne parabolique, câbles, fibres optiques, pour la retransmission des ondes radio et télévision, sécurité incendie (transmission d'appel ou d'alarme à distance), service de tout système de détection et d'extinction), systèmes d'accès (telpass, codes à touches), frais et honoraires de décompte et de répartition des charges, TVA sur les postes précités. Motifs précis de la majoration ou des modifications ci-dessus: - Baisse de loyer de 4,62%, calculée sur la base de l'évolution des critères relatifs (variation de l'ISPC de + 3,09%, variation du taux hypothécaire de - 10,71%, hausse des charges d'exploitation de + 3%). - Introduction d'une provision pour les frais accessoires susmentionnés, moyennant une réduction proportionnelle du nouveau loyer. Souhait du bailleur de bien distinguer les frais accessoires, liés à l'usage des locaux loués, du loyer net, de manière à ne facturer pour les frais accessoires que les coûts effectifs, art. 257a et 257b CO; art. 4 & 8 OBLF. (...)" Les deux dernières rubriques "3. Divers" et "Motifs précis de la majoration ou des modifications ci-dessus" étaient remplies en petits caractères d'imprimerie difficilement lisibles. B. B.a Le 25 juin 2008, le locataire a saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève puis, le 22 octobre 2008, a déposé sa requête non conciliée devant le Tribunal des baux et loyers. Le 10 novembre 2008, la bailleresse a également saisi le Tribunal des baux et loyers d'une "demande en validation de baisse de loyer et d'autres modifications du bail". Selon les dernières conclusions des parties devant cette instance, le locataire demandait à ce que le loyer mensuel soit fixé à 1'237 fr., conformément à la baisse de loyer de 4,62% calculée par la bailleresse, non compris les provisions pour le chauffage et l'eau chaude. Quant à la bailleresse, elle requérait que le tribunal lui donne acte de sa renonciation à appliquer la baisse de loyer de 4,62% contenue dans l'avis du 26 mai 2008 et qu'il fixe le loyer mensuel à 1'153 fr. dès le 1er octobre 2008, non compris les charges mensuelles de 155 fr. pour le chauffage et de 144 fr. pour frais accessoires nouveaux. Par jugement du 25 mai 2010, la 4ème Chambre du Tribunal des baux et loyers a fixé le loyer mensuel à 1'237 fr. dès le 1er octobre 2008, charges (provisions chauffage/eau chaude) non comprises, et a débouté les parties de toutes autres conclusions. B.b La bailleresse a requis l'annulation de ce jugement par la Chambre d'appel en matière de baux et loyers. Elle a de surcroît invité cette autorité à constater que l'introduction d'une provision pour frais accessoires contenue dans l'avis du 26 mai 2008 était licite et que le locataire devait donc payer, outre la provision mensuelle de 155 fr. pour le chauffage, une provision de 144 fr. par mois dès le 1er octobre 2008 pour les frais accessoires tels qu'énumérés dans l'avis du 26 mai 2008 (supra let. A). La Cour d'appel a précisé en substance que la bailleresse ne contestait pas la diminution de loyer de 1'297 fr. à 1'237 fr. [- 4,62%] entérinée par les premiers juges et que la question litigieuse portait sur l'introduction d'acomptes pour certains frais accessoires, avec réduction proportionnelle du loyer. Le locataire a conclu au rejet. Suivant les conclusions du locataire, la cour cantonale, par arrêt du 17 janvier 2011, a rejeté l'appel. C. La bailleresse (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Chambre d'appel et persiste dans les conclusions prises devant cette autorité, en requérant de surcroît qu'il lui soit donné acte de ce que le loyer est en contrepartie réduit de 1'237 fr. à 1'093 fr. par mois, charges pour chauffage et eau chaude non comprises. Le locataire (ci-après: l'intimé) conclut au rejet du recours. L'autorité précédente se réfère à son arrêt. 