Sachverhalt: A. Die Swisscom (Schweiz) AG reichte bei der Gemeinde Meilen am 19. August 2011 ein Gesuch um Erstellung einer Mobilfunkantenne auf dem Dach des Wohnhauses auf der Parzelle Kat.- Nr. xxxx an der Strasse A._ 1 in Feldmeilen ein. Die Baubehörde Meilen verweigerte am 11. Oktober 2011 die Baubewilligung mangels genügender Einordnung in die Umgebung mit mehreren schützenswerten Gebäuden. Gleichzeitig mit der Bewilligungsverweigerung wurde der Baugesuchstellerin auch die Verfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 18. Oktober 2011 eröffnet, welche die Beeinträchtigung der überkommunalen Schutzobjekte als hinnehmbar erklärt und das Bauvorhaben mit der Auflage bewilligt, die Farbe der Antennenverkleidung der Kantonalen Denkmalpflege und der Gemeinde Meilen vor der Ausführung zur Genehmigung vorzulegen. Das Baurekursgericht des Kantons Zürich hiess am 8. Mai 2012 den gegen die beiden genannten Entscheide erhobenen Rekurs der Swisscom (Schweiz) AG gut. Es hob sowohl die Bauverweigerung der Baubehörde Meilen als auch die Verfügung der Baudirektion auf und überwies die Sache zur Prüfung, ob das Wohnhaus an der Strasse A._ unter Schutz zu stellen sei, an den Gemeinderat Meilen. Die Beschwerde, welche die Gemeinde Meilen dagegen erhob, hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 26. September 2012 bezüglich der vom Baurekursgericht festgesetzten Gerichtsgebühr gut und wies sie im Übrigen ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Gemeinde Meilen, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei - ausser bezüglich der herabgesetzten Gerichtsgebühr - aufzuheben und die von der Baubehörde Meilen am 11. Oktober 2011 beschlossene Bewilligungsverweigerung für die fragliche Mobilfunkantenne sei zu bestätigen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung bzw. subeventuell allein zur Neuverlegung der Kosten für die kantonalen Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Swisscom (Schweiz) AG und das Verwaltungsgericht ersuchen um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.X._ und die weiteren 47 Mitbeteiligten haben sich nicht vernehmen lassen. Die Baudirektion hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 