Sachverhalt: A. Die Genossenschaft X._ wurde auf den 1. Januar 2001 von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen, nachdem sie die Y._ übernommen hatte. Die ESTV führte in den Jahren 2003 und 2004 bei der Steuerpflichtigen eine Kontrolle durch. Gestützt darauf forderte sie u.a. mit Ergänzungsabrechnung Nr. 114'661 vom 13. Mai 2004 für die Zeit vom 1. Januar 2001 bis 30. September 2003 Fr. _ zuzüglich Verzugszins zu 5 % seit dem 31. Oktober 2002 nach. Sie begründete ihre Nachforderung damit, dass vor dem 1. Dezember 2001 die Sortimentstasten bei der Registrierkassen so eingerichtet gewesen seien, dass bei "Food" und "Zeitungen/Bücher" die Steuer zum Normalsatz statt zum reduzierten Satz ausgewiesen worden sei. In den Abrechnungen seien dagegen diese Umsätze zum reduzierten Satz abgerechnet worden. In solche Fällen sei die ausgewiesene Steuer geschuldet. Am 14. Juni 2004 bezahlte die Steuerpflichtige die Nachforderung unter Vorbehalt. B. Mit Entscheid vom 12. Februar 2007 bestätigte die ESTV ihre Nachforderung. Sie begründete diese im Wesentlichen damit, dass die aufgrund der falsch programmierten Sortimentstasten "Food" und "Zeitungen/Bücher" auf den Kassenzetteln offen ausgewiesene Steuer von 7,6 % (anstatt richtig 2,4 %) auch geschuldet sei. Es gelte der Grundsatz: "ausgewiesene Steuer gleich geschuldete Steuer". Eine dagegen erhobene Einsprache wurde mit Entscheid vom 13. August 2007 abgewiesen, worauf die Steuerpflichtige an das Bundesverwaltungsgericht gelangte. Mit Urteil vom 13. Februar 2008 wies dieses die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. April 2008 beantragt die Steuerpflichtige dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei über den nachbelasteten Betrag in Höhe von Fr. _ eine Gutschrift zugunsten von X._ auszustellen bzw. der Betrag der X._ (zuzüglich 5 % Verzugszins seit dem 14. Juni 2004) zurückzuerstatten. Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Bundesverwaltungsgericht auf Vernehmlassung verzichtet hat. 