Sachverhalt: A. A._, geboren 1972, erlitt am 2. Januar 1994 einen Autounfall. Die Invalidenversicherung bezahlte als berufliche Massnahme die Kosten einer kaufmännischen Ausbildung sowie eines Sprachdiploms. In der Folge war A._ voll berufstätig. Wegen eines Rückfalls meldete sie sich am 25. November 2002 erneut zum Leistungsbezug an. Am 18. Juni 2004 und am 30. Januar 2006 war A._ erneut in einen Autounfall verwickelt. Die IV-Stelle des Kantons Zürich verneinte am 24. Februar 2006 den Anspruch auf berufliche Massnahmen. Am 29. Juni 2006 ersuchte A._ um Leistungen infolge eines Invaliditätsgrades von 50 %. Die IV-Stelle zog das im Rahmen des Unfallversicherungsverfahrens vom medizinischen Zentrum X._ am 23. Oktober 2006 erstattete polydisziplinäre Gutachten bei und sprach ihr mit Verfügungen vom 8. November 2007 von August bis Oktober 2003 eine Viertelsrente bei einem Invaliditätsgrad von 44 %, von November 2003 bis August 2004 eine halbe Rente bei einem Invaliditätsgrad von 50 % sowie von September 2004 bis Oktober 2006 eine ganze Rente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % zu. B. A._ liess dagegen unter Beilage des von ihr in Auftrag gegebenen Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 Beschwerde erheben. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde mit Entscheid vom 12. Februar 2009 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien in Aufhebung des kantonalen Entscheids auch nach dem 31. Oktober 2006 eine ganze Invalidenrente auszurichten, bezüglich des Zeitraums vom 1. August 2003 bis 31. August 2004 die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen und die IV-Stelle zu verpflichten, ihr die Kosten des Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ von Fr. 14'890.-, eventualiter von Fr. 7445.-, zu erstatten. Allenfalls sei die Sache insgesamt an die Vorinstanz zu erneutem Entscheid zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 