A.- M._ travaillait au service de la société X._. A ce titre, elle était affiliée à la caisse-maladie Helvetia (devenue depuis lors Helsana Assurances SA; ci-après : la caisse) dans le cadre d'un contrat collectif prévoyant notamment le versement d'une indemnité journalière en cas d'incapacité de travail. Souffrant de cervico-dorso-lombalgies, ainsi que d'un état anxio-dépressif, elle a bénéficié, à partir du 18 décembre 1992, de l'indemnité journalière assurée, en raison d'une incapacité de travail de 50 pour cent, sauf pendant la période du 19 au 24 novembre 1993, durant laquelle l'incapacité fut totale. Par décision du 26 novembre 1993, la caisse de compensation Y._ lui a alloué une demi-rente d'invalidité, de 715 francs par mois, à partir du 1er juin 1993. Depuis la même date, l'institution de prévoyance de l'employeur lui verse également une demi-rente d'invalidité, dont le montant s'élevait initialement à 313 fr. 70 par mois. Par lettre du 10 novembre 1993, la caisse a fait savoir à son assurée qu'elle réduisait ses prestations, pour cause de surindemnisation, avec effet au 1er juin 1993. Dans son calcul, la caisse tenait compte du montant de la rente de l'assurance-invalidité, ainsi que du salaire versé par l'employeur pour une activité à mi-temps. B.- Ultérieurement, par lettre du 5 mars 1998, la caisse a informé l'assurée que son droit à l'indemnité journalière avait pris fin le 31 décembre 1997. Elle a confirmé sa position par une décision du 23 juin 1998, puis par une décision sur opposition du 6 novembre 1998. Elle a considéré que les prestations ne pouvaient en principe pas être versées pour une durée supérieure à 720 jours. Cependant, comme elles avaient été réduites, l'indemnisation devait se prolonger jusqu'au 31 décembre 1997 au plus tard, soit deux ans après l'entrée en vigueur de la LAMal, conformément aux dispositions transitoires de cette loi. A cette date l'assurée avait reçu plus de la moitié du "capital assuré" de 82'302 fr. 50, soit au total un montant supérieur à la somme des indemnités journalières dues pendant 720 jours pour une incapacité de travail de 50 pour cent. Pour cette raison, elle n'avait plus de prétention à faire valoir à l'égard de la caisse. Celle-ci informait par ailleurs l'assurée que la couverture d'assurance était maintenue pour une capacité résiduelle de travail de 50 pour cent. C.- Par jugement du 30 juin 1999, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé contre cette décision par M._. D.- M._ interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut à la réforme du jugement attaqué et au paiement par la caisse de ses prestations "jusqu'à épuisement des 720 indemnités journalières complètes". Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de ce jugement et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La caisse conclut au rejet du recours. Quant à l'Office fédéral des assurances sociales, il ne s'est pas déterminé à son sujet. 