Fatti: A. La B._AG è proprietaria del fondo yyy di X._, ubicato nella zona residenziale semi-estensiva zzz del piano regolatore comunale. Sul fondo sorge un centro commerciale con una superficie di vendita di 6'601 m2. Il 26 luglio 2007 la A._SA ha chiesto al Municipio di X._ il permesso di riattare e ampliare il centro commerciale, aumentandone la superficie di vendita a circa 10'000 m2. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, l'Esecutivo comunale ha negato il rilascio della licenza edilizia. B. Frattanto, con decisione del 2 marzo 2009, il Municipio ha adottato una zona di pianificazione, comprendente anche il comprensorio ove è ubicato il fondo yyy, volta a vietare interventi in contrasto con gli obiettivi descritti nella relativa scheda o suscettibili di generare un forte aggravio della viabilità e del carico ambientale. Il provvedimento sospensivo, della durata massima di cinque anni, è stato confermato dal Tribunale cantonale amministrativo con sentenza dell'8 marzo 2010, cresciuta in giudicato. C. Il 26 giugno 2009 la A._SA ha presentato al Municipio una domanda di costruzione in variante concernente la trasformazione con ampliamento del centro commerciale B._, che prevede un aumento della superficie di vendita da 6'601 a 7'310 m2. Con decisione del 15 settembre 2011 il Municipio ha sospeso la procedura di esame della domanda, alla quale si erano opposti diversi privati. La risoluzione municipale è stata confermata il 3 aprile 2012 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso della proprietaria e dell'istante. D. Con sentenza del 28 agosto 2013, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto, in quanto ricevibile, un ricorso presentato da A._SA e da B._AG contro la decisione governativa. La Corte cantonale ha essenzialmente ritenuto che il progettato ampliamento rientrava chiaramente negli interventi non ammessi nella zona di pianificazione, essendo contrario all'obiettivo di concentrare in un altro comprensorio del territorio comunale le attività commerciali di portata non soltanto locale. E. A._SA e B._AG impugnano questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo che la causa sia rinviata al Municipio, affinché esamini la variante presentata e si pronunci al riguardo. I ricorrenti fanno valere la violazione del divieto dell'arbitrio, del principio della buona fede e della proporzionalità. Non sono state chieste osservazioni sul gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale. 