Sachverhalt: A. Mit Entscheid vom 21. Oktober 2011 eröffnete der Einzelrichter am Bezirksgericht Kreuzlingen auf Begehren der Z._ AG über die Y._ AG mit Wirkung per 21. Oktober 2011, 15.00 Uhr, den Konkurs. B. Gegen diesen Entscheid erhob die Y._ AG, die bereits seit 15. August 2011 die neue Firma X._ AG führt, Beschwerde und beantragte sinngemäss, die Konkurseröffnung aufzuheben und zur Konkursverhandlung neu vorzuladen. Ausserdem ersuchte sie um aufschiebende Wirkung. Das Obergericht des Kantons Thurgau erteilte am 27. Oktober 2011 aufschiebende Wirkung, wies die Beschwerde am 30. November 2011 ab und eröffnete den Konkurs per 30. November 2011, 14.00 Uhr. C. Gegen den obergerichtlichen Entscheid hat die X._ AG (Beschwerdeführerin) am 21. Dezember 2011 Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Sie ersucht um Aufhebung des angefochtenen Entscheids und sinngemäss darum, die Konkurseröffnung aufzuheben und zur Konkursverhandlung neu vorzuladen. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung. Die Z._ AG (Beschwerdegegnerin) hat auf eine Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung verzichtet und das Obergericht hat sich nicht vernehmen lassen. Mit Präsidialverfügung vom 17. Januar 2012 ist der Beschwerde in dem Sinne aufschiebende Wirkung zuerkannt worden, als Vollstreckungsmassnahmen zu unterbleiben haben, allenfalls bereits getroffene Sicherungsvorkehren aber aufrecht erhalten bleiben. In der Sache hat die Beschwerdegegnerin auf Vernehmlassung verzichtet. Das Obergericht ersucht um Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hat binnen Frist nicht repliziert, jedoch am 29. Februar 2012 eine nachträgliche Eingabe eingereicht. 