Faits: A. X._ a échoué lors de la session de janvier 2010 à l'examen oral du module de formation "concevoir, mettre en ?uvre et analyser des situations d'enseignement - apprentissage" (module MSENS 31), dans le cadre de sa formation visant au Master of Arts ou Master of Science en enseignement pour le degré secondaire I et au diplôme d'enseignement pour le degré secondaire I dans la discipline musique, délivré par la Haute école pédagogique du Canton de Vaud (ci-après: HEP). Elle s'est à nouveau présentée à la session d'examens d'août 2010 mais a subi un nouvel échec, obtenant trois points sur quatorze alors que le seuil de réussite de l'examen était fixé à dix points. Le nombre de points attribués figure sur un document intitulé «grille d'évaluation» qui mentionne un certain nombre de critères d'évaluation avec des indicateurs auxquels des points sont attribués. Lors de l'examen d'août 2010, chaque indicateur, à une exception, a fait l'objet d'un bref commentaire des examinateurs. Par décision du 22 septembre 2010, la HEP a prononcé l'échec définitif de X._ au module précité et l'interruption définitive de sa formation. X._ a recouru le 4 octobre 2010 contre cette décision auprès de la Commission de recours de la HEP (ci-après: la Commission de recours), qui, par décision du 17 janvier 2011, a rejeté son recours et confirmé la décision de la HEP du 22 septembre 2010. B. X._ s'est pourvue contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal) le 17 février 2011 en concluant principalement à sa réforme en ce sens qu'elle soit autorisée à poursuivre sa formation au sein de la HEP, subsidiairement à son annulation et à ce que la cause soit renvoyée à la Commission de recours pour nouvelle instruction et nouvelle décision et plus subsidiairement à son annulation et à ce qu'elle soit autorisée à repasser l'épreuve orale échouée au module MSENS 31. Le Tribunal a tenu audience le 22 février 2010. A cette occasion, il a procédé à l'audition de trois témoins, dont les deux experts qui avaient officié lors de l'examen litigieux. Le 14 avril 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. C. Contre l'arrêt du 14 avril 2012, X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal, au renvoi de la cause au Comité de direction de la HEP du canton de Vaud et à une nouvelle décision sur les frais de l'instance cantonale par le Tribunal cantonal. La Commission de recours de la HEP conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, le Comité de direction de la HEP à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours en matière de droit public, alors que le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le sort à réserver à cette écriture. 