Faits: A. Le 16 novembre 2007, un bateau à moteur de marque xxx, d'une longueur de coque de 9,20 mètres, a été inscrit au Service des automobiles et de la navigation du canton de Genève au nom de X._, domicilié à ..., sous le numéro matricule W. Ce bateau, précédemment inscrit au nom de A.M._, a été mis en circulation pour la première fois en 1962. Le rapport d'inspection technique établi par le Service des automobiles et de la navigation lors d'un contrôle périodique effectué le 26 janvier 2006 n'indique pas que le bateau serait équipé d'une cuisinière ou d'un réfrigérateur Ce même 16 novembre 2007, X._ a conclu avec Y._ AG (ci-après: l'assureur), qui était par ailleurs son employeur, une assurance responsabilité civile et casco complète couvrant ce bateau. La somme d'assurance a été fixée à 110'000 fr. avec une couverture augmentée à 10'000 fr. pour les frais encourus lors d'un sauvetage et d'un transport jusqu'au chantier naval le plus proche lors d'un événement assuré en casco complète. Il est mentionné dans la police que le conducteur le plus fréquent du bateau est B.M._. La police d'assurance renvoie par ailleurs aux conditions générales d'assurance (ci-après: CGA) "Bateaux, édition 12.2006" qui en sont considérées comme partie intégrante. Le bateau avait été évalué par un expert à 110'000 fr. (plus ou moins 10%) le 13 janvier 2007. En l'absence de son compagnon B.M._ qui se trouvait à l'étranger, U._, accompagnée de son frère, s'est rendue le 27 décembre 2007 vers 2h.00 du matin sur le bateau, afin de contrôler qu'il n'était pas occupé par des squatters, ce qui s'était déjà produit plusieurs fois. Sans mettre en marche l'éclairage, elle a ouvert, à l'avant du bateau, la trappe d'accès à la cabine, qu'elle a voulu éclairer à la flamme de son briquet, ce qui a provoqué une explosion entraînant la destruction complète du bateau. Selon le rapport de police établi le 9 mars 2008, l'explosion a été provoquée par la présence d'une poche de gaz dans la cabine, à laquelle U._ a mis le feu en allumant son briquet. L'origine la plus vraisemblable de cette poche inflammable était une fuite provenant du réfrigérateur et/ou du grill fonctionnant au gaz liquéfié, installés à bord du bateau courant 2007 par B.M._. La police a retenu qu'à la suite d'une défaillance de l'installation, le gaz contenu dans la bouteille de butane s'est propagé dans la cabine principale en passant par l'aération de la porte du roof, distante de seulement quelques centimètres du réfrigérateur, pour s'accumuler au point le plus bas du bateau. Il n'est cependant pas exclu que la fuite ait eu pour origine la bouteille de gaz qui alimentait le grill se trouvant dans la cabine. Ces installations fonctionnant au gaz liquide n'avaient jamais fait l'objet d'un contrôle. Il a été retenu que leur emplacement était inapproprié. Par courrier du 19 septembre 2008, Y._ AG a informé X._ qu'elle refusait d'assurer la couverture du sinistre annoncé. Le 29 octobre 2008, X._ a fait notifier un commandement de payer à l'assureur, auquel celui-ci a fait opposition. B. Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance du canton de Genève le 6 avril 2009, X._ a formé une demande en paiement contre l'assureur, réclamant à celui-ci la somme de 120'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 décembre 2007. Invoquant une violation des règles les plus élémentaires de la prudence et se référant à l'art. 14 al. 2 de la loi fédérale du 2 avril 1908 sur le contrat d'assurance (LCA; RS 221.229.1) ainsi qu'à l'art. C 4.1 des CGA, l'assureur a conclu au rejet de la demande. Statuant par jugement du 25 mai 2011, le Tribunal de première instance a débouté X._ de toutes ses conclusions et l'a condamné aux dépens. Il a considéré que l'accident résultait d'un "défaut interne" au sens de l'art. C 4.1 des CGA. X._ a appelé de ce jugement en reprenant ses conclusions sur le fond, auxquelles l'assureur s'est opposé en totalité. Par arrêt du 24 février 2012, la Chambre civile de la Cour de justice a confirmé le jugement attaqué. C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de l'art. 33 LCA, il conclut à l'annulation de la décision attaquée et à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui verser la somme de 120'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 décembre 2007. L'intimée propose le rejet du recours. 