Sachverhalt: A. A.Y._ (Beschwerdegegner), geboren 1948, erlitt am 4. Juli 1971 eine unfallbedingte Verletzung, die im Jahre 1972 eine Meniskektomie am linken Knie erforderte. Dafür erbrachte die C._-Versicherung, bei welcher der Beschwerdegegner kollektivversichert war, Leistungen. Am 19. Juli 1985 verdrehte er bei einem Sprung in den Rhein das linke Kniegelenk, und im Jahre 1989 wurde wegen Beschwerden im linken Knie eine Arthroskopie durchgeführt. Im Anschluss an eine Magnetresonanztomographie im Jahre 1995 wurde dem Beschwerdegegner eine valgisierende Tibiakopfosteotomie empfohlen. Diese Operation fand am 20. November 2000 statt. In der Folge wurde im Dezember 2004 das Osteosynthesematerial entfernt. Der Beschwerdegegner ist für sich und das Personal der Y._ AG bei der X._ AG (Beschwerdeführerin) gestützt auf einen Kollektivversicherungsvertrag nach dem Versicherungsvertragsgesetz (VVG; SR 221.229.1) gegen Lohnausfall "im Krankheitsfall" für 80 % des Lohnes nach einer Wartefrist von 30 Tagen während einer maximalen Dauer von 730 Tagen taggeldversichert (Policen vom 3. Oktober 2005 bzw. 22. Dezember 2008 mit Gültigkeit bis zum 31. Dezember 2011). B. Ab dem 15. Dezember 2008 war der Beschwerdegegner wegen Beschwerden im linken Knie zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Am 4. März 2009 wurde ihm eine Totalprothese eingesetzt. Am 8. Januar 2009 meldete er der Beschwerdeführerin seine Arbeitsunfähigkeit wegen Problemen mit dem linken Knie seit dem 15. Dezember 2008 an. Er hatte den "Fall" auch der "C._-Versicherung" gemeldet und erstattete am 12. Februar 2009 auch der SUVA eine Schadensmeldung. Sämtliche Angegangenen verweigerten die Erbringung von Leistungen, die Beschwerdeführerin mit der Begründung, die Arbeitsunfähigkeit sei auf den Unfall aus dem Jahre 1971 zurückzuführen. Versichert sei indessen lediglich Lohnausfall wegen krankheitsbedingter Arbeitsunfähigkeit. C. Mit Eingabe vom 9. November 2009 reichte der Beschwerdegegner, vertreten durch B.Y._, beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Beschwerdeführerin Klage ein und verlangte im Wesentlichen, die Angelegenheit sei als Krankheit anzuerkennen und die Krankentaggeldleistungen seien nach VVG in vollem Umfang dem Versicherten in der Höhe von Fr. 57'617.80 bis Ende Oktober 2009 und später bis zum Ablauf der Leistungspflicht im Umfang des auf dem Krankenschein vermerkten Arbeitsunfähigkeitsgrades auszurichten. Das Gericht zog verschiedene Akten bei, zu welchen sich die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 28. November 2011 äusserte, während der Beschwerdegegner auf Stellungnahme verzichtete. In teilweiser Gutheissung der Klage betreffend den Anspruch des Beschwerdegegners für die Zeit bis Ende August 2009 verpflichtete das Sozialversicherungsgericht die Beschwerdeführerin am 30. Dezember 2011 zur Zahlung von Fr. 52'221.65. D. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung des Urteils des Sozialversicherungsgerichts und die Abweisung der Klage. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner, nunmehr anwaltlich vertreten, schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des angefochtenen Urteils. Das Sozialversicherungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat von sich aus eine Replik eingereicht. 