A.- R._, geboren 1961, war seit 1985 bei der Firma Z._ AG als Kranführer tätig. Im Januar 1995 stürzte er beim Skifahren, was zu einer Exazerbation vorbestandener Kniebeschwerden führte. Nach zunächst konservativer Behandlung wurde am 8. Mai 1996 in der Chirurgischen Klinik des Spitals X._ eine vordere Kreuzbandplastik rechts durchgeführt. R._ klagte in der Folge weiterhin über Schmerzen und war in wechselndem Masse arbeitsunfähig. Am 5. Mai 1997 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich traf nähere Abklärungen, zog die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) bei und beauftragte die Rheumaklinik des Spitals Y._ mit einer gutachtlichen Untersuchung des Versicherten. In dem am 11. Dezember 1997 erstatteten Bericht gelangten die Gutachter zum Schluss, der Versicherte sei als Kranführer zu 25 % arbeitsunfähig und für jede leichte wechselbelastende Tätigkeit ohne repetitives Lastenheben über 20 kg sowie kniebelastende Arbeiten voll arbeitsfähig. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens wies die IV-Stelle das Rentenbegehren mangels einer rentenbegründenden Invalidität am 29. Juni 1998 verfügungsweise ab. B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher R._ die Zusprechung einer halben Invalidenrente ab 20. Dezember 1996 beantragen liess, wurde vom Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 14. April 2000 abgewiesen. C.- R._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei die Verwaltung zu verpflichten, ihm eine Invalidenrente auszurichten; ferner sei ihm die unentgeltliche Verbeiständung zu gewähren. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, hat sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen lassen. 