Faits: A. Les sociétés A.X._ SA, C.X._ SA, D.X._ SA et B.X._ SA (ci-après: les assujetties ou les recourantes), sises à Genève, constituées respectivement en 1972, 1986, 1991 et 1992, font partie du groupe international X._. Selon les inscriptions au registre du commerce, leurs buts sont respectivement les suivants: - l'achat, la distribution et la vente de combustibles, de produits pétroliers raffinés et de produits semblables (A.X._ SA); - le commerce, la production, la transformation, le stockage et le transport de produits générateurs d'énergie et en particulier de produits pétroliers et de dérivés de produits pétroliers (C.X._ SA); - le commerce et la fourniture de prestations de services et conseils dans le domaine des métaux, minéraux, minerais et tous produits dérivés, ainsi que le commerce de produits pétroliers (D._ SA); - l'importation, l'exportation et le commerce en général, y compris sur le marché à terme, de sucre et autres produits et matières premières (B.X._ SA). Les sociétés précitées sont immatriculées dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. A la suite de contrôles effectués dans le courant des années 1998 à 2001, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou l'intimée) a établi, pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999, les décomptes complémentaires suivants: - no 115'486 du 1er décembre 2000, d'un montant de 418'564 fr., concernant A.X._ SA; - no 115'487 du 1er décembre 2000, d'un montant de 6'659 fr., concernant C.X._ SA; - no 115'502 du 26 février 2001, d'un montant de 45'586 fr., concernant B.X._ SA; - no 115'503 du 26 février 2001, d'un montant de 282'770 fr., concernant D._ SA. Ces reprises étaient motivées pour l'essentiel comme suit: - les assujetties avaient omis de soumettre à l'impôt des prestations de services acquises de l'étranger; - les assujetties effectuaient, à des fins de couverture des risques liés à leurs autres opérations, des transactions portant sur des "futures", qui n'aboutissaient pas à la livraison des valeurs sous-jacentes; ces transactions constituant des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre, sans droit à la déduction de l'impôt préalable), les assujetties auraient dû procéder à une réduction de la déduction de l'impôt préalable, ce qu'elles n'avaient pas fait. Les assujetties ayant contesté ces reprises, l'Administration fédérale les a confirmées par décisions du 15 octobre 2001. B. Ces prononcés ont été contestés par les assujetties. Par décomptes complémentaires nos 115'935 et 115'931 du 1er décembre 2005, l'Administration fédérale a augmenté les reprises concernant B.X._ SA et D._ SA de respectivement 8'393 fr. et 2'933 fr. Par avis de crédit nos 115'225 et 115'226 de la même date, les reprises afférentes à A.X._ SA et C.X._ SA ont été réduites de respectivement 90'468 fr. et 2'109 fr. Ces modifications étaient liées à de nouveaux calculs de la réduction de la déduction de l'impôt préalable. Par décisions du 18 septembre 2006, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation formée par B.X._ SA et partiellement admis celles interjetées par D._ SA, A.X._ SA et C.X._ SA. Les montants dus par ces sociétés pour les périodes fiscales en cause ont été fixés à respectivement 53'979 fr., 266'181 fr. 68, 328'096 fr. et 4'460 fr. 10. A l'encontre de ces décisions, les assujetties ont recouru à la Commission fédérale de recours en matière de contributions, à laquelle a succédé, le 1er janvier 2007, le Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 19 mars 2009, ce dernier a rejeté les recours après avoir joint les causes. Suivant la position de l'Administration fédérale dans les déci- sions attaquées, il a estimé que les transactions portant sur les "futures" étaient des opérations exclues du champ de l'impôt (exonération au sens impropre). Il a par ailleurs confirmé que les prestations de services que les assujetties acquéraient de leurs succursales à l'étranger étaient imposables en Suisse. L'exonération au sens impropre des transactions portant sur les "futures" entraînait une réduction de la déduction de l'impôt préalable grevant les opérations préalables - dont les prestations acquises de l'étranger, puisque celles-ci s'avéraient imposables. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les assujetties demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 19 mars 2009 en disant que les contrats à terme sur marchandises ("futures") ne constituent pas des opérations exclues du champ de l'impôt, mais des "non-opérations" n'entrant pas dans le champ d'application de la TVA, et qu'elles ont un droit intégral à la déduction de l'impôt préalable. Elles ne contestent en revanche plus l'imposition des prestations de services acquises de l'étranger. L'autorité précédente a renoncé à se déterminer sur le recours. Par courrier du 22 juin 2009, l'Administration fédérale a indiqué qu'elle n'était pas en mesure de se prononcer sur le recours. Elle était en effet sur le point d'adopter une nouvelle pratique relative au traitement fiscal des "futures" "ayant pour seule finalité de se prémunir contre les risques de fluctuation défavorable des cours des marchandises ('hedging')", telles que le café, le sucre, le thé, le pétrole, les métaux et les minéraux. L'état du dossier de la cause ne lui permettait pas de se prononcer sur les effets que cette modification de la pratique pourrait avoir sur l'issue de la présente procédure. Des mesures d'instruction complémentaires étaient nécessaires: il fallait soit que le Tribunal de céans invite les recourantes à produire les documents établissant les résultats (profits ou pertes) des opérations litigieuses portant sur des "futures" liquidés ou revendus avant l'échéance, soit qu'elle puisse effectuer un nouveau contrôle sur place. Il a été décidé de procéder à un second échange d'écritures. Par courrier du 23 septembre 2009, les recourantes ont relevé que, selon les contacts qu'elles avaient eus avec l'Administration fédérale, celle-ci avait abandonné, dans l'élaboration de sa nouvelle pratique, le critère qui justifiait sa demande de complément d'instruction. Les conditions qui demeuraient posées pour que les opérations portant sur des "futures" n'entraînent pas de réduction de l'impôt préalable déductible étaient au demeurant remplies, de sorte que le recours devait être admis. Dans une écriture du 20 octobre 2009, l'Administration fédérale a exposé sa nouvelle pratique relative au traitement fiscal des opérations de couverture au moyen de "futures", qu'elle applique à partir du 1er octobre 2009 à tous les cas pendants. Cette pratique pose quatre conditions qui doivent cumulativement être remplies pour qu'un négociant en matières premières puisse être considéré comme effectuant exclusivement des transactions sur "futures" liées à des livraisons physiques et ne donnant dès lors pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable. Dans le cas particulier, il ressortirait "à l'évidence" du dossier que les quatre conditions posées étaient réunies. L'Administration fédérale a par conséquent conclu à l'admission du recours. Elle a en outre demandé que l'indemnité de dépens qui serait éventuellement mise à sa charge soit réduite, pour tenir compte du fait que la nouvelle pratique a été introduite après le dépôt du recours au Tribunal de céans. Par courrier du 23 décembre 2009, les mandataires des recourantes ont produit une liste résumant les opérations accomplies pour la défense de leurs intérêts en procédure fédérale. 