Sachverhalt: A. Am 23. Juli 2004 wurde dem Baukonsortium X._ die Baubewilligung Nr. 2620/2002 zur Errichtung eines Mehrfamilienhauses auf der Parzelle Nr. 1779 in Muttenz erteilt. Anlässlich der Baukontrolle vom 13. Mai 2005 stellte das Bauinspektorat des Kantons Basel-Landschaft (Bauinspektorat) fest, dass teilweise entgegen den bewilligten Plänen gebaut worden war. Mit Verfügung vom 19. Mai 2005 ordnete es die Einstellung sämtlicher Arbeiten am Mehrfamilienhaus an. Der Bauherrschaft wurde bis zum 31. Mai 2005 Frist gesetzt zur Mitteilung, ob die ohne Baubewilligung ausgeführten Arbeiten entsprechend den bewilligten Plänen abgeändert würden. Andernfalls seien bereinigte Planunterlagen einzureichen. Falls eine nachträgliche Baubewilligung nicht erteilt werden könne, würde die Baubewilligungsbehörde die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anordnen. In der Folge reichte die Bauherrschaft mehrmals, zuletzt am 5. September 2005, bereinigte Pläne ein. B. Am 20. Oktober 2006 verfügte das Bauinspektorat unter Androhung von Strafe und Ersatzvornahme, dass einerseits die ohne Baubewilligung erstellten Dachaufbauten und der Dacheinschnitt an der Südfassade bis zum 31. Januar 2007 im Sinne der Erwägungen abzuändern seien und dass andererseits bis zu demselben Zeitpunkt die Stützmauer an der Ostfassade gemäss den bewilligten Plänen vom 26. Mai 2004 abzuändern sei. Zur Begründung wurde zum einen ausgeführt, dass die Dachaufbauten und der Dacheinschnitt an der Südfassade die maximal zulässige Höhe von 1.60 Meter nicht einhielten und damit die zulässige Fassadenhöhe an der Südfassade übeschritten werde. Die Dachaufbauten und der Dacheinschnitt seien im unteren Bereich so abzuändern, dass die Dachhaut durchgezogen werde, wobei anstelle von Ziegeln Kupferblech angebracht werden könne. Zum andern überschreite die Ostfassade die zulässige Fassadenhöhe, da die Stützmauer mit Einblick gewährenden Schlitzen versehen sei und das fertige Terrain somit nicht an der Oberkante der Stützmauer, sondern an deren Fuss zu liegen komme. Gegen diese Verfügung gelangten das Baukonsortium X._ bestehend aus Y._ und Z._ an die Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft. Diese wies die Beschwerde am 28. August 2007 ab. Daraufhin erhoben die Abgewiesenen Beschwerde beim Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht. Dieses führte einen Augenschein durch und wies die Beschwerde am 19. August 2009 ab. C. Am 18. Dezember 2009 haben das Baukonsortium X._ bestehend aus Y._ und Z._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass Dachaufbau und Dacheinschnitt gemäss Ausführung im Rahmen des Baugesuchs Nr. 2620/2002 bewilligt und dass die Öffnungen in den genehmigten Lichtschächten gemäss Baugesuchs Nr. 2620/2002 bewilligt werden könnten. Die Beschwerdeführer rügen sinngemäss eine Verletzung des Willkürverbotes (Art. 9 BV), des Anspruchs auf rechtliches Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) und des Verhältnismässigkeitsprinzips (Art. 36 Abs. 3 BV). Die kantonalen Instanzen sowie die Gemeinde Muttenz haben auf Vernehmlassung verzichtet. 