Faits: A. A.a Par contrat de travail du 11 janvier 2006, X._ SA (ci-après: X._), société active dans le domaine du courtage en assurances, a engagé pour une durée indéterminée Y._, avec effet rétroactif au 1er janvier 2006, en qualité de « responsable des risques spéciaux et internationaux ». Le contrat pouvait être résilié par chacune des parties, moyennant un préavis écrit de trois mois (art. 1). Cette convention prévoyait que le travailleur ne pouvait exercer aucune activité professionnelle accessoire pendant la durée des rapports de travail sans autorisation écrite de X._ (art. 2.2). A teneur de l'art. 3 de l'accord, Y._ apportait à X._ un portefeuille de clients émanant de la société de courtage - spécialisée dans le marché des assurances - U._ Sàrl, dont le précité était l'un des deux associés et avec laquelle X._ avait passé un accord le 25 septembre 2003 pour qu'elle lui apporte de nouveaux clients; ce portefeuille, qu'il devait gérer pour le compte de X._, représentait une valeur totale de primes annuelles d'assurance de 535'592 fr.; Y._ s'engageait encore à prospecter de nouveaux clients, entreprises et privés, et à générer ainsi un nouveau portefeuille; toutes ces activités étaient répertoriées sous le code « agent 1: Y._ » (art. 3 let. a). Outre un propre portefeuille d'affaires nouvelles apportées par le travailleur, d'une valeur de primes ascendant à 119'208 fr., ce dernier devait encore assurer la gestion technique et commerciale, incluant celle des sinistres, de trois portefeuilles que lui confiait l'employeur, soit ceux précédemment gérés respectivement par A._, d'une valeur totale de 934'946 fr.40, C._, ayant une valeur de primes de 2'824'211 fr., et X._ elle-même, dont la valeur totale était de 38'862 fr.; ces activités étaient codées informatiquement « agent 2: Y._ »); il était stipulé que les portefeuilles confiés pouvaient être retirés sans compensation au travailleur en cas de mauvaise gestion ou de faute professionnelle de ce dernier (art. 3 let. b). L'art. 4 spécifiait que le travailleur percevrait une rémunération correspondant à 30% des commissions annuelles générées par les nouvelles affaires prospectées et à 20% des commissions annuelles induites par les portefeuilles qui lui étaient confiés en gestion; Y._ devait ainsi recevoir des avances sur commissions de 4'000 fr. par mois pour l'activité « agent 1: Y._ » (clients apportés) et de 4'080 fr. par mois pour celle dite « agent 2: Y._ » (clients confiés par X._), étant précisé que la balance avec les commissions effectivement encaissées serait faite annuellement et l'éventuel solde positif versé à l'employé dans les 30 jours; il était encore précisé qu'en contrepartie des avances remboursables, Y._ était tenu à un apport de clientèle produisant 200'000 fr. de commissions annuelles « dont 100'000 fr. en encaissement pour la fin de l'année 2006 ». L'art. 9 était intitulé « Règlement lors de la fin du contrat de travail »; selon l'art. 9.1, si, à l'issue des rapports de travail, des clients prospectés ou apportés par le travailleur demeuraient auprès de X._, Y._ avait droit au paiement d'une « indemnité unique s'élevant à 30 % du volume des courtages annuels de gestion nets générés par le portefeuille constitué des affaires nouvelles propres apportées par le collaborateur (...) »; au cas où des clients confiés par X._ pendant la durée du contrat suivaient Y._ après la rupture de l'accord, le précité était tenu, la première année, de payer à X._ « 150% de la valeur des courtages générés en l'état des dossiers au moment de leur transfert » et, l'année suivante, 50% de la même valeur (art. 9.2); était réservé le cas particulier des clients apportés par U._ Sàrl (art. 9.3). Quant à l'art. 9.4, portant le sous-titre « non-sollicitation », il stipulait que le travailleur s'engageait à « ne pas solliciter directement ou indirectement tout apporteur d'affaires collaborant régulièrement ou occasionnellement avec X._, sous réserve des apporteurs d'affaires qui travaillaient déjà avec le collaborateur lors de la conclusion du présent contrat ... ... (art. 9.4.1); toute contravention à cette clause entraînait le paiement d'une peine conventionnelle de 100'000 fr. à la charge de l'employé, ainsi que la réparation du dommage supplémentaire s'il devait dépasser le montant de la clause pénale (art. 9.4.2); X._ se réservait expressément le droit d'exiger la cessation de la contravention selon l'art. 340 b CO (art. 9.4.3). A.b Comme certains clients, non dénommés, se seraient plaints de ne pas pouvoir atteindre Y._, X._ a envisagé de résilier le contrat de travail pour le 30 septembre 2006. A la suite d'une discussion avec l'employé intervenue le 27 septembre 2006, X._ a accepté de différer cette décision et de refaire le point de la situation au 31 octobre 2006. Par courrier du 29 septembre 2006, X._ a exposé au travailleur que les commissions qu'il avait accumulées à fin septembre 2006 présentaient un « découvert » qui ne pourrait être comblé jusqu'à la fin de l'année 2006, de sorte que son revenu payable d'avance était ramené avec effet immédiat à 4'000 fr. par mois. Au moyen d'un courriel du 2 octobre 2006, Y._ a contesté le calcul effectué par X._; il a soutenu que les parts de commissions lui revenant à cette date, à savoir trois mois avant la fin de l'année, se montaient à 85'700 fr., si bien qu'il ne lui restait que 11'300 fr. de commissions à gagner pour atteindre les avances annuelles remboursables de 48'000 fr. (12 x 4'000 fr.) et 48'960 fr. (12 x 4'080 fr.). Le 1er décembre 2006, X._ a adressé à Y._ un courrier à contresigner valant avenant au contrat de travail, à teneur duquel l'employeur déclarait singulièrement retirer au destinataire l'ensemble du portefeuille provenant de A._ et substituer le client « V._ SA » au client « Institut W._ » provenant du portefeuille C._; l'employeur rappelait encore à l'employé qu'il était tenu de participer à l'ensemble des réunions et de suivre les cours de formation continue. Il a été constaté que le travailleur n'a pas signé cet avenant. A.c Le 20 décembre 2006, X._ a remis en mains propres à Y._ deux avis de résiliation du contrat de travail, l'un avec effet au 31 janvier 2007, l'autre prenant effet au 31 mars 2007. Libellés de la même manière, ils invoquaient comme motif de congé le fait que le travailleur n'avait pas atteint ses objectifs au cours de l'année 2006. Il y était encore précisé que les modalités d'une nouvelle collaboration avec changement du mode de rémunération seraient fixées lors d'une prochaine réunion. Par courrier du 27 décembre 2006, l'employeur a enjoint le travailleur de ne plus se rendre auprès de clients de X._ sans être accompagné soit du directeur général et administrateur A._, soit du directeur administratif B._, de restituer les clés du bureau et de fournir la liste des clients approchés en 2006 ainsi que celle des « appels d'offres effectués, par compagnie, dans le courant de cette année ». Par pli recommandé également daté du 27 décembre 2006 et remis à la poste le même jour, Y._ a donné son congé sans délai au vu de la détérioration des conditions de travail. Il a fait grief à l'employeur d'avoir supprimé unilatéralement en septembre 2006 les avances sur commissions dues mensuellement au titre de son activité d'« agent 1: Y._ », réduisant de la sorte sa rémunération de moitié, et de lui avoir remis l'avenant du 1er décembre 2006, qu'il s'est refusé à signer car il impliquait le retrait intégral d'un gros portefeuille de clients confiés par X._. X._ a répondu au travailleur le 29 décembre 2006 qu'il était tenu de respecter les délais de congé légaux et l'a invité à se présenter à son poste de travail le 3 janvier 2007 pour convenir d'un entretien avec A._. Dans une écriture du 11 janvier 2007, X._ a déclaré accepter « à bien plaire » la résiliation du contrat pour le 31 janvier 2007, non sans demander à Y._ de se présenter à son poste jusque-là et de cesser tout démarchage de clients de X._, en particulier auprès de la société « V._ SA ». Le 22 janvier 2007, Y._, par l'entremise de son conseil, a indiqué à X._ qu'il maintenait les termes de son courrier du 27 décembre 2006, qui valait résiliation du contrat de travail avec effet immédiat pour justes motifs. B. B.a Par demande du 29 juin 2007, X._ a ouvert action contre Y._ devant la juridiction prud'homale genevoise. En dernier lieu, elle a requis paiement par le défendeur du montant total de 298'781 fr.25 avec intérêts à 5% l'an dès le 29 décembre 2006, somme se décomposant en 100'000 fr. en versement de la peine conventionnelle prévue par l'art. 9.4.2 du contrat de travail, 95'496 fr.75 à titre d'indemnités pour les clients ayant suivi Y._ lors de son départ, 13'284 fr.50 en remboursement d'avances perçues en trop par rapport au chiffre d'affaires 2006 du travailleur, 40'000 fr. à titre de réparation du dommage que lui a causé ce dernier et 50'000 fr. à raison d'une faute professionnelle du défendeur consistant dans la non-communication d'une augmentation de tarifs d'assurances à des clients; la demanderesse a encore conclu à la cessation par le défendeur « de toute violation ... de la clause de non-sollicitation figurant à l'article 9.4 de son contrat de travail du 11 janvier 2006 ». Y._ a conclu au rejet des conclusions de la demande et, reconventionnellement, à ce que la demanderesse soit condamnée à lui verser la somme de 59'614 fr.60 plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er janvier 2007, à savoir 33'874 fr.60 de dommages-intérêts pour les clients apportés qui ont été conservés par X._ à son départ de la société, 24'240 à titre d'indemnité due en vertu de l'art. 337b CO et 1'500 fr. pour la mise à disposition de X._ de matériel informatique personnel; le demandeur reconventionnel a aussi sollicité la remise d'un certificat de travail. La demanderesse a conclu au rejet de la reconvention. Par jugement du 15 juillet 2008, le Tribunal de la juridiction des prud'hommes, statuant sur les conclusions de la demande, a considéré que le défendeur ne pouvait se voir reprocher d'avoir enfreint la clause de non-sollicitation de son contrat dans la mesure où il n'avait pas incité d'apporteur d'affaires à le suivre après la résiliation de son contrat, de sorte que la peine conventionnelle n'était pas due par l'employé. Il a jugé que la demanderesse n'avait pas prouvé être créancière du défendeur de 13'284 fr.50 pour des avances payées en trop, ni avoir subi des dommages par 40'000 fr. et 50'000 fr. Comme seul un client confié par X._ (i.e. T._ SA) avait été démarché par le défendeur, la demanderesse avait droit au 150% de la prime annuelle d'assurance versée par ladite société en application de l'art. 9.2 du contrat de travail, soit 5'583 fr.40 avec intérêts à 5 % l'an dès le 15 mai 2007 (ch. 4 du dispositif). Examinant la reconvention, le Tribunal de la juridiction des prud'hommes l'a déclarée irrecevable en tant qu'elle avait trait à des prétentions dont U._ Sàrl était titulaire, faute de qualité pour agir du défendeur. X._ n'ayant pas contesté avoir conservé deux des clients apportés par le défendeur, ce dernier avait droit au 30% des commissions annuelles générées par ces mandats, soit 845 fr.90. Le tribunal a enfin retenu que le défendeur était fondé à résilier abruptement son contrat de travail pour justes motifs et qu'il avait droit à l'intérêt positif à l'exécution de ce contrat, soit 21'600 fr. correspondant au 3/12e du salaire obtenu en 2006. Les conclusions reconventionnelles ont donc été admises à concurrence de 22'445 fr.90 avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er janvier 2007 (ch. 5 du dispositif), l'employeur devant au surplus remettre à l'employé un certificat de travail ainsi qu'un certificat de salaire (ch. 6 du dispositif). B.b Saisie d'un appel principal de la demanderesse et d'un appel incident du défendeur, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève, par arrêt du 13 février 2009, a annulé le chiffre 4 du dispositif du jugement attaqué et confirmé cette décision pour le surplus. Contrairement aux premiers juges, la cour cantonale a constaté que le client T._ SA n'avait pas quitté X._, ce que la demanderesse avait d'ailleurs admis, si bien que les conditions d'une indemnisation de la demanderesse au sens de l'art. 9.2 du contrat de travail, par 5'583 fr.40, n'étaient pas réalisées. Pour le reste, la Cour d'appel a adopté les motifs du jugement attaqué, considérant en particulier que le défendeur était fondé à considérer que la poursuite des relations de travail ne pouvait plus être exigée de lui après que l'employeur lui a retiré unilatéralement l'intégralité du portefeuille de A._, tout en maintenant les objectifs fixés et en laissant le travailleur dans l'incertitude quant à sa rémunération. C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt précité. Elle requiert, principalement, que cette décision soit annulée et qu'il soit prononcé que le défendeur est condamné à payer à la demanderesse la somme de 100'000 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 29 décembre 2006 correspondant à la peine conventionnelle convenue entre parties, ainsi que le montant de 13'284 fr.50 avec les mêmes intérêts à titre de restitution de commissions payées d'avance. Subsidiairement, la recourante sollicite le renvoi de la cause à la Cour d'appel pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'intimé propose le rejet du recours et la confirmation de l'arrêt déféré. 