Sachverhalt: A. Das Kreisgericht Gaster-See verurteilte am 25. Juni 2008 X._ wegen mehrfachen Raubs, mehrfacher Freiheitsberaubung und mehrfachen Hausfriedensbruchs zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren unter Anrechnung der Auslieferungs- bzw. Untersuchungshaft seit dem 12. September 2007. Der amtliche Verteidiger wurde vom Staat entschädigt. Gegen das Urteil erhob X._ Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen. Er beantragte im Wesentlichen, der Entscheid sei aufzuheben, er selbst sei freizusprechen und auf die beurteilten Schadenersatz- und Genugtuungsforderungen sei nicht einzutreten. Zudem stellte er ein Gesuch um Erlass der Einschreibgebühr. Mit Verfügung vom 1. September 2008 wies der Präsident der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen das Gesuch ab und setzte X._ eine Notfrist von 10 Tagen zur Bezahlung der Einschreibgebühr von Fr. 800.-- an. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 2. Oktober 2008 beantragt X._, die Verfügung des Präsidenten der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen sei aufzuheben und die Einschreibgebühr sei ihm zu erlassen. Er rügt die Verletzung des Anspruchs auf unentgeltliche Rechtspflege nach Art. 29 Abs. 3 BV und verschiedener anderer Bestimmungen der BV und der EMRK. Der Präsident der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 