Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdeführerin 1) und B._ (Beschwerdeführerin 2) sind Mieterinnen je einer 3-Zimmerwohnung in einer Liegenschaft in Schaffhausen. Mit amtlichem Formular kündigte die Vermieterin, die X._ AG (Beschwerdegegnerin) per 1. März 2005 Mietzinserhöhungen von je Fr. 224.-- an, welche sie mit der Investitionsvermehrung durch die Sanierung der Heizung (Fr. 19.--), der Küche und des Badezimmers (Fr. 180.--) sowie mit dem Einbau eines Geschirrspülers (Fr. 25.--) begründete. Bei der Heizungssanierung führte sie bei einer Investition von Fr. 62'435.45 einen wertvermehrenden Anteil von 40 % an, bezüglich der Küchen und Badezimmersanierung bei einer Investition von Fr. 312'056.90 einen solchen von 50 %. Nach erfolgloser Schlichtungsverhandlung gelangte die Beschwerdegegnerin mit zwei separaten Klagen an das Kantonsgericht Schaffhausen, welches nach Vereinigung der Verfahren mit Urteil vom 5. Juni 2007 feststellte, die Mietzinserhöhung sei im Umfang von Fr. 72.60 gültig. Auf kantonale Berufung der Beschwerdegegnerin stellte das Obergericht des Kantons Schaffhausen am 31. Juli 2008 fest, die Mietzinserhöhung sei im Umfang von Fr. 205.-- gültig, und setzte die Mietzinse entsprechend fest. B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht im Wesentlichen, dieses Urteil aufzuheben und festzustellen, dass die per 1. März 2008 ausgesprochene Mietzinserhöhung im Umfang von Fr. 72.60 gültig und im Übrigen missbräuchlich ist. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf Stellungnahme verzichtet. 