Faits: A. C._, né en 1961, a créé en 1984 et exploité une entreprise en raison individuelle sous la raison de commerce «C._» dont le but était la serrurerie et les constructions métalliques. Les actifs de l'entreprise en raison individuelle ont été repris par la société A._ SA (ci-après : la société), inscrite au Registre du commerce de Genève en 1995. C._ en est l'administrateur unique. Le but de la société est l'exploitation d'une entreprise de serrurerie, de constructions métalliques ainsi que travaux s'y rapportant. Dans sa déclaration fiscale 2004 du 13 juin 2005, la société a fait état d'un bénéfice net de l'exercice de 107'545 fr. et d'un capital propre imposable de 325'357 fr. Selon le compte de profits et pertes pour l'année 2004, le chiffre d'affaires s'est élevé à 4'436'039 fr. 85. Le total des produits a atteint 4'472'936 fr. 21. Les charges directes d'exploitation ont totalisé 3'352'487 fr. 85, donc 1'550'520 fr. à titre de « salaire, gratifications », et 164'602 fr. 25 pour « autres charges et frais de personnel, CPS ». Les autres charges d'exploitation se sont élevées à 948'211 fr. 79. Selon la comptabilité produite, les fonds propres s'élevaient à 475'356 fr. 56. Le formulaire « Renseignements complémentaires relatifs aux comptes » faisait état d'un salaire brut versé à l'administrateur de 1'025'000 fr. auquel s'est ajouté le versement de frais forfaitaires d'un montant de 36'000 fr. Le 4 août 2006, répondant à une demande de renseignements de l'Administration fiscale du canton de Genève, la société a expliqué que C._ détenait 100% du capital-actions de la société, en était l'administrateur unique et en assumait seul la responsabilité. A ce titre, il déployait une activité de chef d'entreprise (PME) qui occupait une dizaine d'employés. Il avait un taux d'activité de 100 %, mais son horaire de travail excédait largement 40 heures par semaine. Il était présent avant et après les heures d'ouverture de la société et travaillait quasiment tous les samedis, voire le dimanche. Le chiffre d'affaires réalisé en 2004 représentait une augmentation de plus de 23 % de celui de l'année 2001. Le 17 novembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau de taxation définitif d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2004 d'un montant de 48'764 fr. 50, fondé sur un bénéfice imposable de 573'700 fr. et un capital propre imposable de 325'000 fr. Le 27 novembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2004 d'un montant de 136'089 fr. 45, calculé sur un bénéfice imposable de 573'747 fr. et un capital imposable de 325'357 fr. Le bénéfice imposable était augmenté d'une reprise sur salaire excessif de 466'202 fr. de C._ considérée comme prestation à l'actionnaire. Le montant de la reprise était calculé comme suit : Bénéfice net comptable 107545 + Salaires effectifs 1025000 - Salaires de base -230000 - Suppléments en fct du CA -41924 Sous-total 860621 Part du bénéfice imposable 2/3 537747 Salaires effectifs 1025000 - Rémunération maximum totale: Salaires de base 230000 - Supplément en fct CA 41924 Part du bénéfice suppl. 1/3 286874 -588798 Salaires excessifs 466202 Preuve Bénéfice net comptable 107545 + Salaires excessifs 466202 Bénéfice minimum 573747 Le 14 décembre 2006, la société a déposé une réclamation contre les bordereaux de taxation d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004. Par décisions sur réclamation du 26 février 2007, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004. Selon elle, la méthode valaisanne avait le mérite de fixer des éléments cohérents. Le salaire de base avait été déterminé par comparaison avec d'autres sociétés déployant le même type d'activité et de même taille et porté à 230'000 fr. afin de tenir compte du rôle de C._ dans la société. Celui-ci pouvait en outre procéder à des distributions de dividendes afin de se rémunérer en tant qu'actionnaire de la société. B. Dans sa déclaration fiscale 2005, la société a fait état d'un bénéfice net de l'exercice de 60'251 fr. et d'un capital propre imposable de 248'898 fr. Selon le compte de profits et pertes pour l'année 2005, le chiffre d'affaires avait été de 5'049'157 fr. 45. Les produits étaient de 5'089'730 fr. 94. Les charges directes d'exploitation totalisaient 3'907'110 fr. 80, dont 1'979'524 fr. 95 à titre de «salaire, gratifications», et 174'997 fr. 90 pour « autres charges et frais de personnel, CPS ». Les autres charges d'exploitation étaient de 1'085'776 fr. 26 et les fonds propres de 434'898 fr. 07. Le formulaire « Renseignements complémentaires relatifs aux comptes » faisait état d'un salaire brut versé à l'administrateur de 1'175'000 fr. et de frais forfaitaires de 36'000 fr. Le 5 mars 2007, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau de taxation définitif d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2005 d'un montant de 54'289 fr. 50, fondé sur un bénéfice net imposable de 638'700 fr. et un capital propre imposable de 284'000 fr. et un bordereau de taxation d'impôts cantonal et communal pour la période fiscale 2005 de 151'226 fr. 45, calculé sur un bénéfice imposable de 638'775 fr. et un capital imposable de 282'898 fr. Le bénéfice imposable était augmenté d'une reprise sur salaire excessif de 578'524 fr. de C._ considérée comme prestation à l'actionnaire. Le montant de la reprise était calculé comme suit : Bénéfice net comptable 52542 + Salaires effectifs 1175000 - Salaires de base -230000 - Suppléments en fct du CA -47442 Sous-total 957100 Part du bénéfice imposable 2/3 638066 Salaires effectifs 1175000 - Rémunération maximum totale: Salaires de base 230000 - Supplément en fct CA 47442 Part du bénéfice suppl. 1/3 319033 -596476 Salaires excessifs 578524 Preuve Bénéfice net comptable 59542 + Salaires excessifs 478524 Bénéfice minimum 638066 La société a déposé une réclamation contre les bordereaux de taxation d'impôts fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2005, en faisant valoir en substance les mêmes moyens qu'elle avait développés dans les réclamations du 14 décembre 2006. Le 20 avril 2007, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les taxations d'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2005. C. Le 26 mars 2007, la société a interjeté recours contre les décisions du 26 février 2007 concernant les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts et de la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct, remplacées par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la Commission), devenue depuis le 1er janvier 2011, le Tribunal administratif de première instance. Le 22 mai 2007, elle a également interjeté recours contre les décisions du 20 avril 2007 concernant les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2005 auprès de la Commission. Le 22 décembre 2009, la société a changé sa raison sociale, qui est devenue B._ SA. Par décision du 1er octobre 2010, la Commission a joint les recours et les a rejetés. Le 15 mars 2010, la société a recouru auprès du Tribunal administratif devenu depuis le 1er janvier 2011 la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la Cour de justice), contre la décision de la Commission du 1er octobre 2010. Le 20 décembre 2012, la raison sociale de la société est redevenue A._ SA. D. Par arrêt du 15 janvier 2013, la Cour de justice a partiellement admis le recours et fixé la reprise au titre de salaire excessif à 413'085 fr. pour les impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004 et à 523'858 fr. pour les impôts fédéral direct, cantonal et communal 2005. C'était à bon droit que la Commission avait appliqué la méthode valaisanne pour déterminer si une partie des rémunérations versées à l'actionnaire unique salarié constituait des distributions dissimulées de bénéfices devant être réintégrées dans le bénéfice imposable. En tenant compte de l'âge, du cahier des charges, de la position de cadre supérieur en charge de la définition de la stratégie de l'entreprise, de cinquante heures de travail par semaine en moyenne, la Commission avait respecté les critères destinés à utiliser le calculateur de salaire de base fondé sur les données statistiques de l'Observatoire genevois du marché du travail (ci-après : OGMT). Parmi les trois salaires mensuels bruts donnés par le calculateur (inférieur, médian et supérieur), la Commission avait retenu à tort le salaire médian de la fourchette, perçu par 50 % des salariés au vu du cahier des charges, des fonctions et du rôle essentiel d'apporteur d'affaires de C._. C'était le salaire supérieur, touché par 25 % des salariés, qui aurait dû être pris en compte ainsi que 65 heures hebdomadaires de travail, soit un salaire annuel de 309'676 fr. (238'212 x 1.3) pour l'année 2004 et de 312'000 fr. (240'000 x 1,3) pour l'année 2005. Les reprises s'élevaient ainsi à 413'085 fr. pour 2004 et à 523'858 fr. pour 2005. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public le 28 février 2013, l'Administration fiscale du canton de Genève demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 15 janvier 2013 en tant qu'il retient un salaire de base supérieur et une durée hebdomadaire de travail de 65 heures et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint de la violation du droit fédéral. F. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'intimée conclut à l'irrecevabilité du recours pour cause de tardiveté, subsidiairement à son rejet. Selon elle, l'arrêt attaqué a été notifié le 28 janvier 2013. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours. Par ordonnance du 16 mai 2013, la Chancellerie de la IIe Cour de droit public a imparti à l'Administration fiscale cantonale un délai au 27 mai 2013 pour déposer d'éventuelles observations sur les prises de position des parties à la procédure. Par courrier du 30 mai 2013, l'Administration cantonale a déposé des observations et produit la preuve que la décision attaquée lui avait été notifiée le 29 janvier 2013. 