Faits: A. A._, ressortissant algérien né en 1990, a été interpelé le 20 octobre 2012 à Lausanne et mis en prévention de vol et dommages à la propriété notamment, pour le cambriolage d'une villa. Par ordonnance du 23 octobre 2012, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (Tmc) a ordonné sa mise en détention provisoire pour trois mois, en raison des charges suffisantes et du risque de fuite, l'intéressé étant en situation illégale et sans attaches avec la Suisse. Le Tmc a également considéré que si l'intéressé avait été détenu à l'Hôtel de police de Lausanne durant quelques jours, cela ne constituait pas un traitement inhumain ou dégradant au sens de l'art. 3 CEDH. Le prévenu a saisi la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois, en relevant qu'il était détenu depuis quatorze jours à l'Hôtel de police alors que les cellules n'étaient prévues que pour des séjours de 48h au plus. B. Par arrêt du 19 novembre 2012, la Chambre des recours pénale a rejeté le recours et confirmé l'ordonnance du 23 octobre 2012. Il n'était pas contesté que les conditions d'une mise en détention provisoire étaient réalisées, la prévention ayant encore été étendue à quatre autres cambriolages. Les prévenus ne pouvaient, selon la loi vaudoise d'introduction du CPP (LVCPP, RS/VD 312.01), être détenus que 48h dans les cellules des postes de police. En l'occurrence, le placement dans un établissement pénitentiaire n'avait pu être exécuté qu'après quatorze jours, vraisemblablement en raison d'un manque de place. Cette durée excessive ne devait toutefois pas entraîner la libération du prévenu. Il n'y avait donc pas lieu d'examiner les griefs de violation des art. 3 et 9 CEDH, ni de donner suite aux requêtes d'expertise et d'inspection locale. C. Par acte du 27 décembre 2012, A._ forme un recours en matière pénale. Il demande la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que sa libération immédiate est ordonnée. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Le recourant requiert l'assistance judiciaire. La cour cantonale se réfère à sa décision. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Le recourant a répliqué le 18 janvier 2013, persistant dans ses motifs et ses conclusions. 