A.- a) Karina Melnikoff-Weber travaillait depuis 1992 au Centre de langues (ci-après: le Centre) de l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (ci-après: EPFL). Pour les semestres d'hiver 1995 et d'été 1996, elle enseignait l'allemand à raison de huit heures par semaine. L'EPFL lui avait reconnu le statut de chargée de cours. Le 6 mars 1995, la direction de l'EPFL a décidé de supprimer le Centre avec effet au 30 septembre 1996 et de confier l'enseignement des langues à un organisme privé. Les collaborateurs du Centre en ont été informés lors d'une séance du 27 mars 1995. b) Karina Melnikoff-Weber a pu faire valoir son droit d'être entendue. Par décision du 29 juillet 1996, l'EPFL a résilié ses rapports de service pour le 31 octobre 1996. Dans sa décision, l'EPFL indiquait qu'elle entreprendrait des démarches auprès du Conseil des Ecoles Polytechniques Fédérales (ci-après: EPF) en vue de faire bénéficier l'intéressée - qu'elle déclarait assimiler à une employée permanente - de l'indemnité de départ prévue à l'art. 19 de l'ordonnance sur les mesures à prendre en faveur du personnel en cas de restructurations dans l'administration générale de la Confédération (RS 172. 221.104. 0; ci-après: l'Ordonnance). L'EPFL confirmait également sa volonté d'aider dans la mesure du possible Karina Melnikoff-Weber en prenant en charge certains frais découlant d'une formation complémentaire. Karina Melnikoff-Weber a recouru en vain contre cette décision auprès du Conseil des EPF et de la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral (ci-après: la Commission). B.- Par décision du 11 septembre 1998, la direction de l'EPFL a refusé d'accorder à Karina Melnikoff-Weber une indemnité de départ, considérant que la base légale faisait défaut. C.- Karina Melnikoff-Weber a recouru contre la décision précitée directement auprès de la Commission. Cette dernière a admis la recevabilité du recours au motif que le Conseil des EPF avait donné des instructions dans cette affaire à l'EPFL. Sur le fond, la Commission a rejeté le recours et confirmé la décision attaquée en date du 24 septembre 1999. D.- Karina Melnikoff-Weber interjette un recours de droit administratif contre la décision du 24 septembre 1999 auprès du Tribunal fédéral. Ses conclusions tendent à la constatation de son droit à une indemnité de départ et au renvoi du dossier à la direction de l'EPFL pour fixation du montant dû, subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi du dossier à la Commission pour complément d'instruction sur la question de savoir si d'anciens employés du Centre ont reçu une indemnité de départ dans des conditions de fait semblables. L'EPFL propose le rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La Commission renonce à prendre position et se réfère à la décision attaquée. 