Faits: A. Les époux AX._ et BX._ sont domiciliés dans le canton de Genève. AX._ (ci-après aussi: l'intimé), né en 1953, exerce la profession de chauffeur de taxi indépendant à plein temps. Les époux X._ ont joint à leur déclaration fiscale pour la période 2005, établie le 3 août 2006, un compte d'exploitation couvrant la période allant du 1er janvier au 31 décembre 2005. Selon ce document, AX._ avait réalisé un chiffre d'affaires de 59'024 fr. et un bénéfice net de 26'112 fr. 35 (soit 59'024 ./. 32'911 fr. 65 de charges). Par courriers des 17 janvier et 9 février 2007, l'Administration fiscale cantonale genevoise a invité les époux X._ à produire les disques tachygraphiques de l'année 2005, ainsi que "les relevés de caisse et toutes autres pièces justificatives [...] ayant permis de calculer le chiffre d'affaires indiqué pour CHF 59'024.-". A une date indéterminée, AX._ a remis à l'Administration fiscale genevoise les disques tachygraphiques de l'année 2005, ainsi que des tableaux récapitulatifs journaliers pour l'année 2005, précisant les jours et les heures de travail, les jours de congé, les kilomètres parcourus, ainsi que les montants encaissés. Les disques indiquaient que le véhicule de AX._ avait parcouru 58'575 km au 6 janvier 2005 et 100'462 km au 31 décembre 2005, soit un total de 41'887 km durant l'année 2005 (= 100'462 - 58'575 km). Selon les tableaux récapitulatifs, l'intéressé avait parcouru en 2005 37'097 km à titre professionnel et encaissé 59'024 fr., soit une moyenne de 1 fr. 59 par kilomètre. Il avait par ailleurs été en vacances du 5 au 11 août et du 10 au 23 octobre 2005. Aucun jour de maladie n'était mentionné. B. Le 10 mai 2007, l'Administration fiscale genevoise a adressé aux époux X._ un bordereau de taxation pour les impôts cantonal et communal de la période 2005 s'élevant à 10'573 fr. Elle avait procédé à une reprise de 31'400 fr. sur le bénéfice net déclaré par AX._ et arrêté celui-ci à 57'512 fr. (soit 26'112 fr. 35 + 31'400 fr.). Les relevés de AX._ indiquant des recettes inférieures à celles ressortant de l'analyse des disques et du rendement kilométrique moyen de 2 fr. 40 calculé pour Genève, l'Administration fiscale genevoise avait procédé à une estimation. Elle avait retenu que le prénommé avait parcouru au total 41'887 km en 2005, dont 5'200 km à titre privé, soit 36'687 km à titre professionnel. Elle avait appliqué le rendement moyen de 2 fr. 40 par km, qui tenait compte du lieu, des tarifs en vigueur, de l'activité de jour et de nuit, de l'affiliation, ou non, à une centrale, de la taxe de base, ainsi que des temps d'attente et des parcours à vide. Elle avait pris en considération "un kilométrage à vide de 45 %". Les époux X._ ont formé une réclamation à l'encontre de ce prononcé. Ils ont contesté la taxation par estimation dans son principe, en faisant valoir notamment que la comptabilité produite était irréprochable. Par décision du 26 novembre 2007, l'Administration fiscale genevoise a rejeté la réclamation. A l'encontre de ce prononcé, les époux X._ ont recouru à la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission de recours) - dont les compétences ont été reprises entre-temps par le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Par décision du 7 décembre 2009, cette autorité a admis le recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale genevoise pour nouvelle taxation dans le sens des considérants. Elle a considéré que l'écart entre le rendement kilométrique moyen de 2 fr. 40 et celui de 1 fr. 59 ressortant des tableaux récapitulatifs journaliers de AX._ pouvait s'expliquer par les trajets facturés forfaitairement et les courses "à vide". Ce dernier rendement n'apparaissant pas insolite, les tableaux en question avaient une valeur probante et pouvaient servir de base à la taxation. Partant, il n'y avait pas lieu de procéder à une taxation par estimation. L'Administration fiscale genevoise a déféré cette décision au Tribunal administratif - devenu entre-temps la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Le 15 mars 2010, une audience de comparution personnelle s'est tenue. Le 21 avril 2010, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, a transmis un document établi "à l'intention exclusive du Tribunal administratif", intitulé "coefficients d'expérience taxis, Genève", qui recensait, pour la période allant de 1996 à 2001, les données relatives à 86 chauffeurs de taxi public employés par six entreprises sises à Genève et affiliées à une centrale d'appel. Le tableau mentionnait le nombre de mois de travail saisi par le chauffeur, le total des jours travaillés, les kilomètres parcourus à titre professionnel durant la période indiquée, la recette totale, ainsi que le rendement moyen par kilomètre. Ce dernier variait entre 1 fr. 21 et 3 fr. 32. Le rendement moyen était de 2 fr. 36 et avait été arrondi vers le haut à 2 fr. 40 pour tenir compte des pourboires qui faisaient partie du chiffre d'affaires des chauffeurs indépendants. Le 11 avril 2011, AX._ a produit un avis de taxation anonymisé concernant l'impôt fédéral direct d'un chauffeur de taxi travaillant à Genève. En l'absence de pièces justificatives, l'Administration fiscale genevoise avait procédé à une taxation par estimation. Ce faisant, elle avait appliqué un rendement kilométrique moyen de 2 fr. au lieu de 2 fr. 40 comme en l'espèce. AX._ s'est plaint d'inégalité. Par arrêt du 17 avril 2012, la Cour de justice a rejeté le recours. Les juges cantonaux ont confirmé le point de vue de la Commission de recours selon lequel il n'y avait pas lieu de procéder à une taxation d'office du bénéfice de AX._. Celui-ci avait en effet suffisamment collaboré à l'établissement des faits en produisant son compte d'exploitation, les disques tachygraphiques et les relevés journaliers nécessaires à l'examen de sa déclaration d'impôt. On ne pouvait lui reprocher de n'avoir pas transmis les justificatifs (quittances) relatifs à chacune des courses effectuées, car l'obligation de remettre aux clients une quittance et d'en conserver une copie avait été introduite seulement par la loi genevoise du 21 janvier 2005 sur les taxis et limousines (LTaxis; RS/GE H 1 30) et son règlement d'exécution du 4 mai 2005 (RTaxis; RS/GE H 1 30.01), qui étaient tous deux entrés en vigueur seulement le 15 mai 2005; il fallait en outre tenir compte d'une période d'adaptation, car il était "notoire à Genève que tous les clients ne souhaitent pas recevoir une quittance, certains la refusant même d'emblée". En outre, le rendement kilométrique moyen de AX._ de 1 fr. 59 se trouvait dans la fourchette calculée par l'Administration fédérale des contributions et n'avait ainsi rien d'insolite. Dans ces conditions, il n'y avait pas lieu de s'écarter des documents fournis par AX._ pour déterminer son bénéfice. Il y avait d'autant moins de raisons d'appliquer le rendement moyen de 2 fr. 40 que l'Administration fiscale genevoise ne s'en tenait pas systématiquement à celui-ci, comme le montrait l'avis de taxation anonymisé concernant un autre chauffeur de taxi, où elle avait retenu un rendement moyen de 2 fr. par km. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale genevoise demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 17 avril 2012 et de rétablir sa décision du 26 novembre 2007. L'autorité précédente s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste au surplus dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose d'admettre le recours. L'intimé s'en rapporte à justice quant à la recevabilité de ce dernier et conclut à son rejet sur le fond, sous suite de dépens. 