Sachverhalt: A. A.a Am 3. März 2006 schloss A.D._ (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit F._ einen bis zum 30. April 2007 befristeten Kaufrechtsvertrag, in welchem sie diesem das Recht einräumte, alle 200 Namenaktien der X.A._ AG mit Sitz in Q._ - die ihrerseits alleinige Gesellschafterin der X.B._ GmbH mit Sitz in R._ ist - sowie 75 % des Stammkapitals der X.C._ GmbH mit Sitz in S._ zu kaufen. Es wurde ein Preis von Fr. 4'500'000.-- verabredet und eine Preisminderung vereinbart für den Fall, dass der Gewinn 2006 vor Steuern der X.A._ AG den budgetierten Betrag von Fr. 1'200'000.-- nicht erreichen sollte. F._ nahm am 1. Mai 2006 Einsitz in die Geschäftsleitung der X.A._ AG. Zudem amtete er ab Juni 2006 als Geschäftsführer der X.C._ GmbH. A.b Nach Durchführung einer Due-Diligence-Prüfung entschloss sich F._, das Kaufrecht auszuüben, wobei er den Kaufgegenstand (Aktien und Stammkapitalanteil) in der Folge nicht persönlich, sondern über die zu diesem Zweck gegründete X._ Holding AG mit Sitz in T._ (Klägerin, Beschwerdeführerin) zum Gesamtpreis von Fr. 4'375'000.-- erwarb (Kaufvertrag vom 30. April 2007). Nachdem der Kaufpreis am 30. April 2007 bezahlt wurde, schied der Ehemann von A.D._, A.E._, aus dem Verwaltungsrat der X.A._ AG aus. Zeitgleich nahm F._ Einsitz in den Verwaltungsrat und war fortan einziges Verwaltungsratsmitglied. A.c Mit Brief vom 7. April 2008 an A.D._ machte die X._ Holding AG geltend, im Zuge der Erstellung der Jahresabschlüsse 2007 der X.A._ AG, der X.C._ GmbH und der X.B._ GmbH sowie "deren Revision und Besprechung" seien verschiedene im Brief einzeln aufgelistete "Mängel" entdeckt worden, "welche die Zeit vor dem 31.12.2006" beträfen und daher unter die im Kaufvertrag vom 30. April 2007 vereinbarten "Vertragsgarantien" fallen würden. Entsprechend machte sie eine Schadenersatzforderung im Betrag von Fr. 344'481.17 geltend. Mit Brief vom 29. April 2008 teilte die X._ Holding AG A.D._ mit, sie habe zusätzlich zu den im Brief vom 7. April 2008 "gestellten Ansprüchen" einen weiteren "Mangel" entdeckt, indem die für einen vor dem Handelsgericht St. Gallen hängigen Patentprozess gebildeten Rückstellungen ungenügend seien. Mit Brief ihres Rechtsvertreters vom 30. April 2008 liess A.D._ das Vorliegen von Schadenersatzansprüchen bestreiten, worauf die X._ Holding AG Ende Mai 2008 den Betrag von Fr. 344'481.15 nebst Zins gegen A.D._ in Betreibung setzte, wogegen diese Rechtsvorschlag erhob. B. Mit Eingabe vom 12. September 2008 erhob die X._ Holding AG beim Kreisgericht St. Gallen Klage mit dem im Laufe des Verfahrens abgeänderten Begehren, A.D._ sei zu verpflichten, ihr Fr. 333'281.10 nebst 5 % Zins seit 11. Mai 2008 zu bezahlen, in diesem Umfang sei der erhobene Rechtsvorschlag zu beseitigen. Darüber hinaus sei A.D._ zur Bezahlung von Fr. 16'707.95 nebst 5 % seit 1. Juni 2008, unter Nachklagevorbehalt, zu verpflichten. A.D._ beantragte die Abweisung der Klage und verkündete F._ den Streit, der sich in der Folge jedoch nicht am Verfahren beteiligte. Mit Entscheid vom 19. November 2010 wies das Kreisgericht St. Gallen die Klage ab, soweit sie von der Klägerin noch aufrechterhalten worden war. Eine von der Klägerin dagegen erhobene Berufung wurde vom Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 18. April 2012 abgewiesen. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 18. April 2012 sei aufzuheben und die Klage sei im Betrag von Fr. 198'381.25 zuzüglich Zins zu 5 % seit 11. Mai 2008 gutzuheissen. Eventualiter sei die Streitsache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beklagte beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht. 