Sachverhalt: A. Y._ und ihr ehemaliger Ehemann sind mit je 50 % die einzigen Aktionäre der X._ AG (Beschwerdeführerin). Am 13. Januar 2004 fand eine Generalversammlung statt. Als sechster Verhandlungsgegenstand waren die "Wahlen in den Verwaltungsrat" traktandiert. Gemäss Protokoll wurden weder die Beschwerdegegnerin noch ihr ehemaliger Ehemann als Verwaltungsratspräsident/in gewählt. Dem Protokoll zufolge konnte keine Einigung erzielt werden, weshalb es beim Status quo bleibe. Mit Schreiben vom 27. Januar 2004 wies die Beschwerdegegnerin darauf hin, dass das Generalversammlungsprotokoll offensichtlich falsch sei, weil zufolge Stimmengleichheit überhaupt kein Verwaltungsrat gewählt worden sei. Am 14. Mai 2004 gelangte sie an das Handelsgericht des Kantons Aargau und verlangte, der Beschluss der Generalversammlung vom 13. Januar 2004 (Wahlen in den Verwaltungsrat) sei aufzuheben. Mit Urteil vom 18. November 2009 hiess das Handelsgericht die Klage gut und hob den Beschluss betreffend die Wahlen in den Verwaltungsrat auf. B. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und auch das Handelsgericht stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen. 