Sachverhalt: A. Am 23. Januar 2009 reichte die Simmentaler Kraftwerke AG beim Amt für Wasser und Abfall (AWA) des Kantons Bern ein Konzessions- und Baugesuch ein für ein neues Kleinwasserkraftwerk an der Simme in der Landwirtschaftszone der Einwohnergemeinde Boltigen. Die Gesuchstellerin plant, das Wasser mit einem Klappenwehr ca. 150 m oberhalb des Laubeggfalls zu stauen und die natürliche Geländestufe von 27 m zu nutzen. Vorgesehen ist, 2,8 bis 12 m3 Wasser pro Sekunde durch einen ca. 275 m langen unterirdischen Druckstollen zu einer Turbine in einer Zentrale am linken Ufer zu leiten und rund 450 m unterhalb des Laubeggfalls ins Bachbett zurückzuführen. Das Kraftwerk soll Strom für die Öffentliche Versorgung produzieren. Bei 2,6 MW installierter Leistung wird mit einer Jahresproduktion von rund 11,3 GWh gerechnet. Gegen dieses Projekt erhob unter anderem die Fischerei Pachtvereinigung Spiez Einsprache. Nach Einholen verschiedener Amts- und Fachberichte erteilte der Regierungsrat des Kantons Bern mit Beschluss vom 1. Dezember 2010 (Gesamtentscheid) die beantragte Konzession für die Dauer von 80 Jahren. Gleichzeitig erteilte er die zugehörigen Bewilligungen mit Auflagen und wies die Einsprachen ab, soweit er darauf eintrat. Der Gesamtentscheid des Regierungsrats umfasst - soweit für die vorliegende Beurteilung relevant - unter anderem eine Bewilligung zur Wasserentnahme nach Art. 29 ff. GSchG (SR 814.20), eine Bewilligung für technische Eingriffe in ein Gewässer nach Art. 8 f. des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1991 über die Fischerei (BGF; SR 923.0) sowie eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG (SR 700). Gegen diesen Beschluss führte die Fischerei Pachtvereinigung Spiez am 4. Januar 2011 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Auf richterliche Aufforderung hin reichten die Simmentaler Kraftwerke AG und das Fischereiinspektorat weitere Unterlagen und Berichte ein. Mit Urteil vom 14. Juni 2012 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und ergänzte den Beschluss des Regierungsrats vom 1. Dezember 2010 durch Auflagen zum Spülreglement (Verbot betrieblicher Spülungen des Stauraums während der Schon- und Entwicklungszeit der Bachforellen vom 1. Oktober bis 15. April) und zur planmässigen In- und Ausserbetriebnahme des Kraftwerks. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 7. August 2012 beantragt die Fischerei Pachtvereinigung Spiez im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 14. Juni 2012 und der Beschluss des Regierungsrats vom 1. Dezember 2010 seien aufzuheben, und die nachgesuchte Konzession und Baubewilligung seien zu verweigern. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter seien die Konzession und Baubewilligung unter verschiedenen Auflagen zu erteilen. Mit Verfügung vom 18. September 2012 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch der Beschwerdeführerin, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen, ab. Die Vorinstanz beantragt die Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Umwelt BAFU hat eine Stellungnahme zur Beschwerde eingereicht, ohne ausdrücklich Anträge zu stellen. Der Regierungsrat und das Bundesamt für Raumentwicklung ARE verzichten auf eine Vernehmlassung. Die Gemeinde Boltigen hat sich nicht vernehmen lassen. In ihrer Replik vom 3. Januar 2013 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest. 