Sachverhalt: A. Die am 10. April 1993 geborene S._ ist deutsche Staatsangehörige und wohnt mit ihren Eltern seit August 2004 in der Schweiz. Wegen einer angeborenen Fehlstellung der Zähne (mordex apertus congenitus, sog. "offener Biss") meldete sie sich im Februar 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Übernahme der Kosten einer kieferorthopädischen Behandlung) an. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle Bern den Anspruch auf medizinische Massnahmen (Verfügung vom 27. September 2006). B. Die von der Versicherten, vertreten durch ihre Eltern, erhobene Beschwerde mit dem Rechtsbegehren, die IV-Stelle sei zu verpflichten, die Kosten für die Behandlung im Zusammenhang mit dem mordex apertus congenitus zu übernehmen, hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 2. April 2007 gut, hob die Verfügung auf und wies die Sache zum weiteren Vorgehen im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurück. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde und beantragt die Aufhebung des kantonalen Entscheides. 