Sachverhalt: A. B._ (Kläger, Beschwerdegegner) ist Maschinen-Ingenieur mit Wohnsitz in U._, Kanton Zürich. Im Jahre 2005 gründete er die C._ GmbH mit Sitz in U._, eine Beratungs- und Vertriebsfirma, deren Stammanteile im Wesentlichen von ihm gehalten werden. Die A._ SA (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine von einem Freund des Klägers im Jahr 2000 gegründete Aktiengesellschaft nach polnischem Recht und ist im polnischen Landesgerichtsregister eingetragen. Die Beklagte produziert Aluminium- und Magnesiumdruckgussteile hauptsächlich für den europäischen Markt. Die Parteien arbeiteten viele Jahre im Bereich der Herstellung und des Vertriebs von Druckgussteilen vor allem für die Automobilindustrie sowie im Bereich des Vertriebs von Druckgussmaschinen zusammen, wobei die C._ GmbH jeweils auch vertraglich einbezogen wurde. B. Mit Klage vom 24. August 2012 beim Handelsgericht des Kantons Zürich machte der Kläger gegenüber der Beklagten finanzielle Ansprüche aus ihrer Geschäftsbeziehung geltend. Er beantragte, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm EUR 2'755'625.64 zuzüglich 5 % Zins ab 1. Juli 2012 zu bezahlen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen (zuzüglich 8 % MwSt) zu Lasten der Beklagten. Die Beklagte erhob die Einrede der Unzuständigkeit, die das Handelsgericht mit Beschluss vom 13. Januar 2014 abwies. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, den Beschluss des Handelsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass das Handelsgericht des Kantons Zürich zur Beurteilung der Klage nicht zuständig sei. Eventualiter sei die Angelegenheit zur korrekten Sachverhaltsfeststellung und zur Neubeurteilung an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen; unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten des Klägers. Der Beschwerde sei zudem die aufschiebende Wirkung zu gewähren und das Handelsgericht des Kantons Zürich anzuweisen, das vorinstanzliche Verfahren bis zum Ergehen der bundesgerichtlichen Entscheidung zur Zuständigkeitsfrage zu sistieren. Mit Präsidialverfügung vom 17. März 2014 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung und wies das Gesuch um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme ab, soweit darauf einzutreten war. Der Beschwerdegegner trägt auf Abweisung der Beschwerde und Bestätigung der Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Zürich an, unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Beschwerdeführerin. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht. 