Sachverhalt: A. Der 1956 geborene R._ meldete sich im Dezember 1999 bei der Invalidenversicherung an und beantragte eine Rente. Nach medizinischen, beruflichen und erwerblichen Abklärungen sowie nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen mit Verfügung vom 26. Juni 2007 das Leistungsbegehren ab. B. In Gutheissung der Beschwerde des R._ bejahte das Ver-sicherungsgericht des Kantons St. Gallen den Anspruch auf eine Viertelsrente. Dementsprechend hob es die Verfügung vom 26. Juni 2007 auf und wies die Sache zur Festsetzung von Rentenbeginn und Rentenhöhe an die IV-Stelle zurück (Entscheid vom 10. Oktober 2008). C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 10. Oktober 2008 sei aufzuheben. R._ lässt beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen und es sei festzustellen, dass dem Rechtsmittel keine aufschiebende Wirkung zukomme. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 