Faits: A. Par jugement du 14 mars 2008, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a reconnu Y._ coupable du meurtre de son fils. Il l'a acquitté, au bénéfice du doute, des chefs de prévention de contrainte sexuelle et de viol, dont aurait été victime X._, mère de celui-ci et épouse de Y._ au moment des faits. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de 7 ans et demi et a ordonné un traitement ambulatoire. Y._ a été condamné à verser à X._ 50'000 fr. à titre de réparation du tort moral subi suite au décès de son fils, acte étant pris pour le surplus de ses réserves civiles. B. Le 18 mai 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis le recours formé par X._ contre ce jugement, qu'elle a réformé en ce sens que la réparation du tort moral a été portée à 80'000 fr. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau. Elle sollicite l'assistance judiciaire. 