Sachverhalt: A. Am 3. November 1959 erteilte der Landrat des Kantons Uri der Korporation Ursern, Andermatt, das Recht, das Wasser aus dem Oberalpsee und der Oberalpreuss im Kraftwerk Oberalp zum Zweck der Erzeugung elektrischer Energie zu nutzen, bis zum 31. Dezember 2040. Das Wasser des Oberalpsees und der Oberalpreuss wird bei der Kote 1'885 m.ü.M. im Ausgleichsbecken Schöni gefasst und in einer Druckleitung der Zentrale des Kraftwerks Oberalp zugeführt, von wo es nach der Turbinierung wieder bei der Kote 1'466 m.ü.M in die Oberalpreuss eingeleitet wird. B. Mit Verfügung vom 22. Mai 2012 erliess das Amt für Umweltschutz Uri (AFU) eine Sanierungsverfügung, in der die Einhaltung gewisser Mindestdotierwassermengen (Sanierungsdotationen) angeordnet wurde. Diese führen nach den Berechnungen des AFU zu einer Produktionsminderung von 2.8 %. Die vom AFU getroffenen Abklärungen zeigten, dass Seitengewässer aus den Gebieten Oberer Laub und Hintere Riederen der Wasserfassung Schöni über eine separate Druckleitung zugeführt werden, ohne dass hierfür eine Konzession oder eine Bewilligung vorliegt. Diese Gewässer wurden bei der Berechnung der Produktionsminderung nicht berücksichtigt. C. Gegen diese Verfügung erhoben die Korporation und das Elektrizitätswerk Ursern am 11. Juni 2012 Verwaltungsbeschwerde beim Regierungsrat des Kantons Uri. Der Regierungsrat wies die Beschwerde mit Beschluss vom 2. Oktober 2012 ab. D. Dagegen reichten die Korporation und das Elektrizitätswerk Ursern am 26. Oktober 2012 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Uri ein. Dieses wies die Beschwerde am 5. Juli 2013 ab. E. Dagegen haben die Korporation und das Elektrizitätswerk Ursern am 5. September 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Obergericht zurückzuweisen. Es sei festzustellen, dass die Verfügung des AFU vom 22. Mai 2012 nichtig sei, soweit sie die Sanierungsdotation bei der Wasserfassung Schöni betreffe. Eventualiter sei die angefochtene Verfügung insoweit aufzuheben. Die Beschwerdeführerinnen beantragen, dass vor Erlass einer neuen Sanierungsverfügung ein Verfahren betreffend die Nutzung der Seitengewässer Ober Laub/Hintere Riederen im Kraftwerk Oberalp durch den Regierungsrat zu eröffnen sei; ihnen sei dabei umfassende Möglichkeit zur Stellungnahme einzuräumen. Eventualiter seien die Beschwerdeführerinnen in ihrem Vertrauen auf die rechtmässige Nutzung der Seitengewässer im Bereich Ober Laub/Hintere Riederen im Kraftwerk Oberalp zu schützen. Das AFU sei anzuweisen, bei der Umsetzung von Art. 80 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814.20) die Nutzung der Seitengewässer im Bereich Ober Laub/Hintere Riederen bei der Berechnung der resultierenden Produktionseinbusse mit zu berücksichtigen und die Dotierwassermenge bei der Wasserfassung Schöni so festzulegen, dass die Produktionseinbusse im gesamten Kraftwerk Oberalp 3.5 % nicht überschreitet. F. Die Vorinstanzen verweisen auf ihre Entscheide und verzichten auf eine weitere Stellungnahme. Das BAFU teilt die Auffassung der Vorinstanzen, dass bei der Berechnung der Produktionsminderung und der damit einhergehenden Sanierungspflicht von der konzessionierten Wassermenge auszugehen sei, ohne Einbezug der Nebengewässer Ober Laub und Hintere Riederen. Es beanstandet, dass sich die Vorinstanzen mit einer absoluten Minimalvariante begnügt hätten, ohne zu prüfen, ob aufgrund der konkreten betrieblichen Verhältnisse des Werks eine weitergehende Produktionsminderung zumutbar wäre. Da die Expertenberichte und die Abklärungen zu den wirtschaftlichen Auswirkungen nicht vorlägen, könne dies nicht überprüft werden. Den Parteien wurde Gelegenheit gegeben, sich zur Stellungnahme des BAFU zu äussern. 