Fatti: A. P._, nato nel 1948, di professione muratore, in data 12 marzo 2003 ha inoltrato una richiesta all'Ufficio assicurazione invalidità del Cantone Ticino (Ufficio AI) tendente all'assegnazione di prestazioni AI a seguito di un infarto al miocardio subito nel marzo 2002. L'Ufficio AI - dopo aver esperito i necessari accertamenti e avere in particolare preso atto delle conclusioni del dott. F._, cardiologo e internista, appositamente interpellato dall'amministrazione per una valutazione specialistica -, accertata una sua inabilità lavorativa nella professione di muratore, e la piena capacità in attività sostitutive leggere, con decisione 13 maggio 2005 ha riconosciuto al richiedente il diritto a un quarto di rendita, per un grado d'invalidità del 41%, con effetto dal 1° dicembre 2004. Statuendo su opposizione dell'assicurato, l'Ufficio AI ha sostanzialmente confermato la propria posizione con provvedimento del 29 novembre 2005. B. Patrocinato dal Patronato INCA, P._ è insorto al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, al quale ha chiesto l'annullamento della decisione impugnata e l'assegnazione di una rendita intera di invalidità a partire dal dicembre 2004, nonché il riconoscimento di un'adeguata indennità per ripetibili. Il 25 gennaio 2007, al termine dell'audizione testimoniale del prof. dott. G._, specialista in cardiologia, angiologia e medicina interna, nonché curante dell'assicurato, quest'ultimo, tenuto conto delle risultanze attestantegli un'abilità lavorativa del 50% in attività leggere, ha modificato le proprie conclusioni, chiedendo il riconoscimento di almeno una mezza rendita. La Corte cantonale, statuendo per giudice unico, ha parzialmente accolto il gravame e assegnato all'interessato il diritto a una mezza rendita d'invalidità dal 1° marzo 2003 e a tre quarti di rendita dal 1° gennaio 2004 (pronuncia del 5 marzo 2007). C. Contestando le valutazioni del dott. G._ e rimproverando alla Corte cantonale di avere basato il suo giudizio su fatti manifestamente inesatti, l'Ufficio AI ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede di annullare il giudizio cantonale e di negare il diritto a una rendita, il grado della perdita di guadagno essendo da stabilire al 15%. Chiamati ad esprimersi, il Patronato INCA propone la reiezione del gravame, mentre il Presidente del Tribunale cantonale delle assicurazioni attira l'attenzione della Corte sulle considerazioni espresse dal dott. G._ in occasione della sua audizione testimoniale. Per parte sua, l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi. 