Sachverhalt: A. Die Pensionskasse der Y._ (vormals Personalvorsorgestiftung der Y._ AG; Beschwerdegegnerin) als Vermieterin schloss mit X._ (Beschwerdeführer) und seiner Ehefrau als Mieter im Februar 1990 einen Mietvertrag über eine 5-Zimmerwohnung an der A._strasse in Frauenfeld. Der aktuelle monatliche Bruttomietzins beträgt Fr. 1'320.--. Die Beschwerdegegnerin kündigte das Mietverhältnis im September 2008 per Ende März 2009 wegen fehlender Rücksichtnahme gegenüber Mitbewohnern. B. Der Beschwerdeführer und seine Ehefrau fochten die Kündigung bei der Schlichtungsbehörde der Stadt Frauenfeld an und verlangten die Erstreckung des Mietverhältnisses. Die Schlichtungsbehörde wies sowohl die Anfechtung der Kündigung als auch das Erstreckungsbegehren ab. Der Beschwerdeführer und seine Ehefrau reichten im Dezember 2008 beim Bezirksgericht Frauenfeld Klage ein und beantragten eine einmalige Erstreckung des Mietverhältnisses bis 31. März 2011. Die Ehefrau des Beschwerdeführers verstarb im Januar 2009, worauf das Bezirksgericht am 25. Februar 2009 die Streitsache mit Bezug auf die Ehefrau zufolge Gegenstandslosigkeit abschrieb. Gleichzeitig erstreckte es das Mietverhältnis bis 30. Juni 2009 mit der Begründung, dies rechtfertige sich einzig wegen des Todes der Ehefrau des Beschwerdeführers. Mit Berufung beantragte der Beschwerdeführer beim Obergericht des Kantons Thurgau eine einmalige Erstreckung des Mietverhältnisses bis 30. Juni 2010. Auch das Obergericht erstreckte das Mietverhältnis wie schon das Bezirksgericht einmalig bis 30. Juni 2009. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben und das Mietverhältnis einmalig und definitiv bis 30. Juni 2010 zu erstrecken. Das Bundesgericht erteilte der Beschwerde auf Antrag des Beschwerdeführers aufschiebende Wirkung. Die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz beantragen, die Beschwerde abzuweisen. 