Faits: A. C._, né en 1960, travaillait en qualité de chauffeur de véhicule léger au service de X._. Victime d'un accident de la circulation survenu le 26 août 1998, au cours duquel il a subi une contusion cervicale, l'intéressé a déposé, le 7 décembre 1999, une demande de prestations de l'assurance-invalidité en vue d'une rééducation dans la même profession et de mesures médicales de réadaptation auprès de l'Office cantonal de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'OCAI). Entre autres mesures d'instruction, l'administration a confié à son Service médical régional (SMR) la réalisation d'une expertise pluridisciplinaire sur la personne de l'assuré. D'après le rapport de ce service du 11 avril 2002, l'intéressé souffrait de lombo-pygio-sciatalgies gauches chroniques persistantes et cervicalgies sans substrat anatomique clair et trouble somatoforme douloureux. En l'absence d'une atteinte fonctionnelle objectivable du rachis, de toute pathologie neurologique, irritative ou déficitaire et d'un état dépressif ou anxieux majeur, les médecins du SMR ont reconnu une pleine capacité de travail à l'assuré. Par décision du 8 août 2003, confirmée sur opposition le 1er septembre 2004, l'OCAI a rejeté la demande de prestations au motif que C._ ne souffrait d'aucune atteinte à la santé l'empêchant d'exercer normalement son activité lucrative. B. Par acte du 1er octobre 2004, l'assuré a recouru devant le Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève contre cette dernière décision. Dans le cadre de la procédure, il a produit un rapport d'expertise du docteur G._, médecin associé au Service de rhumatologie, médecine physique et réhabilitation de l'Hôpital Y._, du 25 février 2005. Se fondant sur ses propres observations ainsi que sur des examens complémentaires au niveau orthopédique (docteur S._), neurologique (docteur K._), antalgique (docteurs F._ et D._) et psychiatrique (professeur A._), le docteur G._ a considéré qu'au vu des éléments somatiques et psychologiques, l'assuré était incapable de travailler dans n'importe quelle activité. Par jugement du 20 mars 2006, le Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève a admis le recours de l'assuré et lui a alloué une rente entière d'invalidité dès le 1er août 2000. Par écriture du 8 mai 2006, l'OCAI a interjeté recours de droit administratif contre ce jugement, dont il a requis l'annulation, en concluant à la confirmation de la décision sur opposition du 1er septembre 2004. Par arrêt du 13 mars 2007, le Tribunal fédéral a admis le recours, en ce sens que le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales du 20 mars 2006 a été annulé et la cause renvoyée à l'autorité judiciaire précédente pour qu'elle mette en oeuvre une nouvelle expertise, tant sur le plan psychique que somatique et statue à nouveau (arrêt du 13 mars 2007, I 398/06). Il a considéré, en bref, que ni l'avis du SMR, ni celui du professeur A._ n'étaient suffisamment probants pour admettre une incapacité de travail fondée essentiellement sur des motifs psychiques. C. A la suite de cet arrêt, le Tribunal cantonal des assurances a confié la réalisation d'une expertise psychiatrique au docteur B._, (spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie) et celle d'une expertise rhumatologique au docteur H._ (spécialiste FMH en médecine interne et rhumatologie), en leur demandant notamment d'effectuer une appréciation consensuelle du cas (cf. ordonnance du Tribunal cantonal des assurances du 20 septembre 2007). Dans son rapport du 19 octobre 2007, le docteur H._ a considéré qu'en dépit de la fibromyalgie dont il était atteint, l'assuré pouvait exercer son activité de chauffeur de véhicule léger à 100% depuis le 1er janvier 1999. Pour sa part, le docteur B._ a retenu, dans son rapport du 21 février 2008, le diagnostic d'épisode dépressif moyen avec syndrome somatique, lequel entraînait une diminution de rendement de l'assuré de 30% dans toute activité. Dans leur appréciation consensuelle de la capacité de travail de l'assuré, les experts H._ et B._ ont conclu à une diminution de rendement de 40% au plus dans toute activité compatible avec sa formation, ses compétences acquises ainsi que ses limitations dues à la fibromyalgie. Par jugement du 7 juillet 2008, le Tribunal cantonal des assurances sociales a rejeté le recours de C._, confirmé la décision sur opposition du 1er septembre 2004 et renvoyé la cause à l'OCAI pour nouvelle décision au sens des considérants. En bref, il a retenu que l'assuré subissait une incapacité de travail durable de 40% dans toute activité depuis le 1er septembre 2004. D. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à l'octroi d'une rente entière d'invalidité dès le 1er août 1999. Tant l'OCAI que l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. 