Faits: A. Le 17 mars 2008, A._ a requis le séquestre des avoirs bancaires de B.X._ auprès de D._ et de E._ SA, succursales de Genève, à concurrence d'un montant de 237'554 fr. avec intérêts. A l'appui de ses prétentions, A._ invoque une créance d'honoraires pour son activité de négociateur dans le cadre d'un litige qui a opposé la société Y._ à son assureur-incendie F._ (France). La société anonyme Y._ est détenue par la famille X._, B.X._ y occupant la fonction de Président directeur général et son père, C.X._, celle d'administrateur. Le 18 mars 2008, le Tribunal de première instance genevois a fait droit à la requête de séquestre déposée par A._ et le séquestre a été exécuté le jour-même (séquestre n° xxx). B.X._ a formé opposition, contestant tant la vraisemblance de la créance à son égard que le cas de séquestre. Par ordonnance du 13 juin 2008, le Vice-Président du Tribunal de première instance a révoqué l'ordonnance de séquestre du 18 mars 2008 au motif que la créance d'honoraires invoquée par le séquestrant n'était pas assez vraisemblable. Statuant le 25 septembre 2008 sur appel du créancier séquestrant, la Cour de justice l'a rejeté, jugeant que la qualité de débiteur de la créance invoquée revenait plus vraisemblablement à la société Y._ qu'à son Président, B.X._. B. A._ dépose un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la cour cantonale, concluant implicitement au rejet de l'opposition et à la confirmation de l'ordonnance de séquestre prononcée le 18 mars 2008. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Par ordonnance présidentielle du 19 novembre 2008, l'effet suspensif a été attribué au recours et la demande de sûretés présentée par l'intimé a été rejetée. 