Fatti: A. Il 19 agosto 2004 A._, cittadino italiano, è stato condannato dalla Corte delle Assise criminali di Lugano alla pena di 18 mesi di reclusione e all'espulsione dal territorio svizzero per 5 anni, entrambe le pene sospese condizionalmente per un periodo di prova di 2 anni, siccome riconosciuto colpevole di infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti (LStup; RS 812.121). Il giudizio è cresciuto in giudicato incontestato. Preso atto della suddetta condanna, il 4 giugno 2007 l'Ufficio federale della migrazione ha pronunciato nei suoi confronti un divieto d'entrata valevole fino al 3 giugno 2012. Ad un eventuale ricorso è stato tolto l'effetto sospensivo. B. Il 9 luglio 2007 A._ ha contestato questo provvedimento al Tribunale amministrativo federale, chiedendo preliminarmente la restituzione dell'effetto sospensivo. L'istanza è stata respinta con decisione incidentale del 16 luglio 2007. Richiamandosi alla condanna penale, i giudici federali di prima istanza hanno giudicato che il comportamento dell'insorgente giustificava una deroga al principio della libera circolazione garantito dall'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea ed i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (in seguito ALC o Accordo; RS 0.142.112.681) e che in concreto vi era un interesse pubblico preponderante all'immediata attuazione della misura contestata, prevalente su quello privato dell'interessato. C. Il 27 luglio 2007 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la decisione incidentale del 16 luglio 2007 sia annullata e che venga restituito ed accordato l'effetto sospensivo al ricorso presentato al Tribunale amministrativo federale contro il divieto d'entrata in Svizzera pronunciato nei suoi confronti. Adduce la lesione degli art. 9 e 10 Cost. Chiamati ad esprimersi il Tribunale amministrativo federale, Corte III, ha rinunciato a formulare osservazioni, mentre l'Ufficio federale della migrazione ha chiesto la reiezione in ordine e nel merito del gravame. 