Sachverhalt: A. F._ (Arbeitnehmer, Kläger, Beschwerdegegner) arbeitete ab dem 1. Oktober 2008 als Betriebsleiter des Restaurants Y._ bei der X._ AG (Arbeitgeberin, Beklagte, Beschwerdeführerin). Am 11. August 2009 verwarnte die Arbeitgeberin den Arbeitnehmer schriftlich wegen finanzieller Unregelmässigkeiten, mangelhafter Durchführung der Inventur und mangelnder Präsenz. Mit Schreiben vom 16. Oktober 2009 kündigte der Arbeitnehmer den Arbeitsvertrag unter Einhaltung der ordentlichen Kündigungsfrist auf den 31. Dezember 2009. Darauf kündigte die Arbeitgeberin den Arbeitsvertrag am 22. Oktober 2009 fristlos mündlich und schriftlich. Mit Einschreiben vom gleichen Tag begründete sie diesen Schritt mit massiven Pflichtverletzungen des Arbeitnehmers. B. B.a Am 27. November 2009 reichte der Arbeitnehmer beim Zivilgericht Basel-Stadt (Gewerbliches Schiedsgericht) Klage ein mit dem Begehren, die Arbeitgeberin sei zur Zahlung von insgesamt Fr. 24'615.-- zu verurteilen. Dies für Lohn und Anteil am 13. Monatslohn während der Kündigungsfrist sowie als Entschädigung wegen ungerechtfertigter fristloser Entlassung. Zudem habe ihm die Arbeitgeberin ein Arbeitszeugnis auszustellen. Mit Urteil vom 11. November 2010 hiess das Zivilgericht die Klage teilweise gut und verurteilte die Arbeitgeberin zur Zahlung von Fr. 15'609.80 und zur Ausstellung eines Arbeitszeugnisses. B.b Gegen dieses Urteil erhob die Arbeitgeberin beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt Beschwerde und beantragte, das erstinstanzliche Urteil sei aufzuheben, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das erstinstanzliche Gericht zurückzuweisen. Mit Urteil vom 18. Oktober 2011 wies das Appellationsgericht die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 2. Dezember 2011 beantragt die Arbeitgeberin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Appellationsgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Arbeitgeberin beantragt zudem die Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Der Beschwerdegegner und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdegegner reichte zudem ein Gesuch um Sicherstellung der Parteientschädigungen des vorinstanzlichen und des bundesgerichtlichen Verfahrens ein. D. Mit Präsidialverfügung vom 10. Januar 2012 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. E. Mit Schreiben vom 9. Februar 2012 zog der Beschwerdegegner das Gesuch um Sicherstellung der Parteientschädigungen zurück. Mit Präsidialverfügung vom 10. Februar 2012 wurde dieses als gegenstandslos geworden abgeschrieben. 