Sachverhalt: A. A.a Die 1951 geborene B._ war bis August 2000 Datenbank-Koordinatorin bei der Firma X._. Mit Verfügung vom 28. August 2000 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Zürich ab 1. März 1999 eine halbe Invalidenrente zu. In der Folge lehnte sie eine revisionsweise Rentenerhöhung ab (Einsprachentscheid vom 3. September 2003). Im Mai 2006 wurde eine erneute Rentenrevision veranlasst. Die IV-Stelle zog unter anderem ein internistisches, psychiatrisches und neurologisches Gutachten des Instituts Y._ vom 7. Januar 2008 bei. Mit Verfügung vom 27. November 2008 hob sie die Invalidenrente auf Ende des der Zustellung folgenden Monats auf. Die dagegen geführte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich in dem Sinne gut, dass es die Verfügung aufhob und die Sache zur Einholung eines rheumatologischen Gutachtens an die IV-Stelle zurückwies, damit sie nach erfolgter Abklärung über den Rentenanspruch neu verfüge (Entscheid vom 26. Mai 2009). A.b Diese holte ein Gutachten der Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._, Innere Medizin FMH spez. Rheumaerkrankungen, vom 27. April 2010 ein. Mit Verfügung vom 30. März 2011 hielt die IV-Stelle an der am 27. November 2008 verfügten Rentenaufhebung fest. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 5. April 2012 ?b. C. Mit Beschwerde beantragt die Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihr rückwirkend ab Einstellung der vorbestehenden Invalidenrente unbefristet eine unveränderte halbe Invalidenrente, eventuell eine Viertelsrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen zur Klärung der Diskrepanz zwischen den CT-Befunden vom 11. März 2010 und 23. September 2002 (rheumatologisches Obergutachten mit MRI) sowie zur Einholung eines aktualisierten psychiatrischen Gutachtens bezüglich der Frage der Überwindbarkeit des Fibromyalgie-Syndroms. Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 