Faits: A. Le 1er novembre 2011, la société A._ a déposé plainte pénale contre B._, C._, D._ et E._ pour calomnie, subsidiairement diffamation. Elle dénonçait la campagne de presse orchestrée par les prénommés dont elle aurait été victime en août 2011 lorsque des médias avaient relayé des déclarations selon lesquelles elle ne respectait pas les horaires légaux de travail du personnel de ses magasins et des magasins eux-mêmes, au moyen d'un subterfuge consistant à conférer à ses gérants le statut de "fonction dirigeante élevée". Les quatre personnes mises en cause avaient été licenciées le 22 juillet 2011. B. Par décision du 25 novembre 2011, le Ministère public de la République et canton de Genève a refusé d'entrer en matière sur la plainte en application des art. 8 al. 1 et 310 al. 1 let. c CPP. Il a considéré que le fait d'affirmer que la plaignante ne se conformait pas à la législation était de nature à l'atteindre dans son honneur, mais que les décisions administratives de l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail (OCIRT) et du Service du commerce du canton de Genève établissaient la véracité des accusations propagées. Il ressort de la décision de l'OCIRT du 14 juillet 2011 - faisant suite à une visite d'entreprise - que les personnes visées par la plainte ont affirmé à l'OCIRT exercer une fonction dirigeante élevée de gérant dans les points de vente de A._ et avoir effectué en moyenne entre 55 et 60 heures par semaine, les heures supplémentaires n'étant pas rétribuées; or, l'OCIRT a estimé que les niveaux de salaire constaté, l'absence d'autonomie budgétaire, l'absence de signature étendue aux affaires générales de l'entreprise plaidaient contre la qualité de fonction dirigeante élevée. Elle a dès lors ordonné, avec effet immédiat, la soumission des gérants concernés à la loi sur le travail et exigé le respect de toutes les prescriptions pertinentes (interdiction d'occuper le personnel le dimanche; tenue de registres d'heures; respect des exigences relatives au travail supplémentaire et à leur indemnisation). Cette décision exécutoire a fait l'objet d'un recours de la plaignante. Quant au Service du commerce du canton de Genève, il a, par décision du 27 juillet 2011, constaté la caducité des déclarations de fonction dirigeante élevée, ainsi que la soumission des magasins A._ aux prescriptions de la loi cantonale sur les heures d'ouverture des magasins (LHOM) s'agissant en particulier du respect des heures normales de fermeture des magasins et de l'obligation de fermeture le dimanche et les jours fériés. C. Par arrêt du 2 février 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours formé par A._ contre cette ordonnance de non-entrée en matière. Elle a procédé à une substitution de motifs, considérant que les soupçons à l'appui d'une infraction étaient insuffisants au sens de l'art. 310 al. 1 let. a CPP. Elle a en substance estimé qu'il n'était pas possible de rattacher les citations dans les journaux à l'une ou l'autre des personnes visées par la plainte, sans mener d'investigation pénale laquelle se heurterait rapidement au secret des sources des médias. Les propos prêtés à l'une des personnes visées par la plainte - soit s'être fait imposer un horaire de travail pouvant dépasser soixante heures par semaine, exécuté de sept à dix jours d'affilée, sans rémunération ni compensation pour les dimanches - n'avaient pas pour effet de rendre méprisable la recourante, ni de lui imputer la commission d'actes pénalement qualifiés. D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et l'ordonnance du Ministère public et de renvoyer la cause au Ministère public afin qu'il ouvre une instruction. Elle se plaint notamment de la violation de son droit d'être entendue ainsi que de plusieurs violations du droit fédéral. Le Ministère public a déposé des observations. La Cour de justice a renoncé à se déterminer et s'est référée aux considérants de son arrêt. 