Faits: A. Statuant sur les appels déposés contre un jugement rendu le 10 décembre 2010 par le juge pénal du Tribunal de première instance de Porrentruy par X._, d'une part, et par Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA, d'autre part, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a réformé la décision attaquée par jugement du 14 juin 2011 en libérant X._ de l'infraction d'obtention frauduleuse d'une prestation (art. 150 CP) et d'infraction à la loi fédérale du 19 décembre 1986 contre la concurrence déloyale (LCD; RS 241) et en le déclarant coupable de fabrication et mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés (art. 150bis CP). Elle l'a en outre reconnu coupable d'infraction par métier aux art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g de la loi fédérale du 9 octobre 1992 sur le droit d'auteur et les droits voisins (loi sur le droit d'auteur, LDA; RS 231.1) en considérant qu'il avait retransmis les programmes de Canal+ et de Canal Satellite (Canal Sat). La Cour pénale a condamné X._ à une peine pécuniaire de 100 jours-amende à 70 francs, avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'à une amende de 3'000 francs et au paiement aux parties plaignantes et civiles d'une indemnité à titre de remise de gain de 98'435 francs 80 avec intérêts à 5% dès le 10 décembre 2010. B. Cette condamnation se fonde, en substance, sur les éléments de fait suivants. B.a Société d'Edition de Canal Plus (anciennement Canal+ SA) et Canal+ Distribution SAS proposent des abonnements à Canal+ en Suisse depuis 1996 et à Canal Sat depuis le 1er octobre 2008. Les chaînes concernées sont cryptées et payantes. Pour les réceptionner, l'abonné doit disposer d'un décodeur. Lorsque celui-ci reçoit les données, il envoie un signal à la carte numérique fournie au client, qui l'identifie techniquement et qui, si elle contient les droits, va donner accès aux chaînes qui pourront être visionnées sur le téléviseur. Les données envoyées par satellite au décodeur sont cryptées par un système développé et commercialisé par Nagravision SA. B.b Depuis le mois de février 2005, X._ a exploité sous la raison individuelle A._ un commerce dont le but était la vente de matériel satellite. D'abord installé à son domicile, il a ouvert un magasin le 4 août 2007. Il a mis en place un système de partage de carte ("card sharing") qui permettait à ses clients de visionner les chaînes de Canal+ et Canal Sat contre une rémunération dont le coût était inférieur à celui d'un abonnement obtenu directement auprès de Société d'Edition de Canal Plus ou de Canal+ Distribution SAS. Pour ce faire, il vendait à ses clients un appareil de type Dreambox 500 S qui faisait office de récepteur. Il programmait celui-ci en ajoutant dans le système un logiciel téléchargé sur internet. Cette modification permettait à l'appareil de se connecter automatiquement à un serveur installé chez lui, qui décryptait les données grâce à la dizaine d'abonnements qu'il avait contractés auprès d'un distributeur français. Les chaînes de Canal+ et de Canal Sat pouvaient alors être regardées par ses clients bien qu'ils ne disposassent pas d'un abonnement officiel. B.c La vente des appareils Dreambox représentait 70% du chiffre d'affaires de X._. Selon lui, seuls 70 à 80% d'entre eux étaient modifiés. Il facturait un appareil 580 francs ou 380 francs selon qu'il était équipé ou pas du système de partage de carte. L'abonnement lui-même était à 200 francs la première année, puis 160 francs les années suivantes. Certains clients ont acheté à X._ des accès à son serveur uniquement, qu'ils ont ensuite revendus à plusieurs personnes qui modifiaient elles-mêmes leur appareil afin de se connecter au serveur du précité. X._ a vendu des appareils et des abonnements jusqu'en octobre 2007. Il a encore perçu par la suite plusieurs montants de 160 francs, correspondant au prix de la prolongation d'abonnement, voire de 180 francs à titre de "service Dreambox". Il a coupé le serveur auquel ses clients se connectaient à la fin du mois de janvier 2008. Environ 450 clients ont bénéficié de son système. C. X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 14 juin 2011. Il conclut à son acquittement des chefs d'accusation de violation des art. 150bis CP ainsi que des dispositions pénales de la loi sur le droit d'auteur. Invitées à se déterminer sur le recours, Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA ont conclu au rejet de celui-ci dans la mesure de sa recevabilité, sous suite de frais et dépens. La Cour pénale du Tribunal cantonal a conclu au rejet du recours et à la confirmation de son arrêt. Le Ministère public n'a pas déposé d'observations dans le délai imparti. Après communication de ces réponses à X._, celui-ci a persisté dans ses conclusions aux termes de ses déterminations du 1er mars 2012. Au vu de ces dernières, Société d'Edition de Canal Plus, Canal+ Distribution SAS et Nagravision SA ont également persisté aux termes de leur "duplique" du 20 mars 2012. 