Faits: Faits: A.a A._ Sàrl est une société à responsabilité limitée qui a été inscrite au registre du commerce le 29 novembre 2000. Initialement à C._, son siège a par la suite été transféré à D._. Elle fait partie du groupe A._, qui est actif dans le secteur des télécommunications. A.a A._ Sàrl est une société à responsabilité limitée qui a été inscrite au registre du commerce le 29 novembre 2000. Initialement à C._, son siège a par la suite été transféré à D._. Elle fait partie du groupe A._, qui est actif dans le secteur des télécommunications. A.b Faisant également partie du groupe A._, la société B._ Sàrl, sise à E._, est une société à responsabilité limitée, au capital de 2 millions de francs détenu intégralement par A._ (Suisse Romande) SA, à F._, depuis mars 2001. Le 5 juillet 2001, A._ Sàrl a repris l'actif et le passif de A._ (Suisse Romande) SA, laquelle a été dissoute sans liquidation (fusion par absorption). Le 30 décembre 2003, A._ Sàrl - qui détenait l'entier du capital de B._ Sàrl après avoir absorbé A._ (Suisse Romande) SA - a repris, avec effet au 1er janvier 2003, l'actif et le passif de B._ Sàrl, laquelle a aussi été dissoute sans liquidation (fusion par absorption). Le 30 décembre 2003, A._ Sàrl - qui détenait l'entier du capital de B._ Sàrl après avoir absorbé A._ (Suisse Romande) SA - a repris, avec effet au 1er janvier 2003, l'actif et le passif de B._ Sàrl, laquelle a aussi été dissoute sans liquidation (fusion par absorption). A.c A._ Management Sàrl, société à responsabilité limitée au capital de 500'000 fr. ayant son siège à D._, était une autre société du groupe A._. Elle a été intégralement détenue par A._ Sàrl dès la fin mars 2001. Le 3 juillet 2002, elle a été dissoute sans liquidation, par le fait que A._ Sàrl en a repris l'actif et le passif (fusion par absorption). Elle a été radiée du registre du commerce le 11 juin 2003. B. B._ Sàrl a joint à sa déclaration d'impôt datée du 19 juillet 2002 et portant sur la période fiscale 2001 un bilan au 31 décembre 2001, un compte d'exploitation 2001, un compte de profits et pertes 2001 ainsi que des annexes aux comptes. Ces documents faisaient état d'une perte de l'exercice 2001 de 2'287'546 fr. A l'actif du bilan figurait un prêt à A._ Management Sàrl d'un montant de 5'301'436 fr. Au passif, B._ Sàrl avait comptabilisé un montant de 5'301'000 fr. à titre de "provision pour lettre de soutien envers sociétés du groupe". La provision en question figurait en outre dans les charges du compte de pertes et profits, où une autre provision de 350'000 fr. libellée "charges sur exercices antérieurs" avait également été comptabilisée. L'Administration fiscale genevoise (ci-après: l'Administration fiscale) a notifié à B._ Sàrl pour la période fiscale 2001 un bordereau d'impôt cantonal et communal d'un montant de 862'600 fr. 65 fr. Elle a retenu ce faisant un bénéfice imposable de 3'363'454 fr. et un capital imposable de 17'014'024 fr. Elle n'a pris en considération ni la provision de 5'301'000 fr. ni celle de 350'000 fr., ce qui augmentait d'autant le bénéfice imposable. A l'encontre de cette taxation, B._ Sàrl a formé une réclamation qui a été rejetée par décision du 5 avril 2004. Saisi d'un recours contre ce prononcé, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (ci-après: la Commission cantonale de recours) l'a également rejeté le 7 mai 2007. B._ Sàrl a déféré la décision de la Commission cantonale de recours au Tribunal administratif genevois, qui l'a déboutée par arrêt du 28 octobre 2008. Cette autorité a considéré que tant la provision de 350'000 fr. que celle de 5'301'000 fr. ne devaient pas être prises en compte. S'agissant de la première, les juges ont retenu en substance que l'événement à l'origine du risque de perte allégué par B._ Sàrl, à savoir le risque d'augmentation des taxes dues à G._ pour l'utilisation du réseau de lignes de fibres optiques appartenant à cet opérateur, était survenu en 2000 déjà. C'était en effet durant cette année-là que G._ avait annoncé la hausse à A._. B._ Sàrl faisait valoir que des négociations avaient eu lieu entre G._ et sa maison mère A._ et que cette dernière ne l'avait pas informée. Toutefois, cela n'était, selon les juges, pas établi et il appartenait de toute manière à B._ Sàrl de se renseigner. Le risque de perte étant de toute façon déjà quasi certain en 2000, la provision en cause aurait dû être comptabilisée lors de l'exercice 2000. Quant à celle de 5'301'000 fr., constituée pour tenir compte du risque de perte sur le prêt accordé à A._ Management Sàrl, les juges ont considéré que ni la réalité du risque ni la certitude de sa réalisation n'étaient démontrées. C'étaient des choix comptables au sein du groupe et non pas l'appréciation de la réalité économique qui avaient amené la recourante à estimer qu'il y avait un risque de perte. Au surplus, même à supposer qu'une provision ait pu être constituée selon les règles du droit commercial, celle-ci aurait de toute manière dû être réintégrée dans le bénéfice imposable au titre de prestation à l'actionnaire ou à un tiers le touchant de près, dès lors que B._ Sàrl et A._ Management Sàrl appartenaient au même groupe et que le prêt en question n'aurait pas été accordé à une société indépendante. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B._ Sàrl demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt du 28 octobre 2008 et de dire qu'elle doit être taxée, pour la période 2001, sur la base des éléments ressortant de sa déclaration et des comptes produits à l'appui, à savoir une perte de 2'287'546 fr. et un capital imposable de 11'713'023 fr. L'autorité précédente s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours; sur le fond, elle persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale ainsi que l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé et des droits de timbre, proposent le rejet du recours, sous suite de frais. Par courrier du 20 mai 2009 adressé à la mandataire de B._ Sàrl, la Juge instructeur a rappelé les principes applicables en cas de reprise d'entreprise par voie de fusion. Un délai a été imparti à la mandataire pour se déterminer à cet égard et pour produire une procuration de A._ Sàrl, qui avait repris B._ Sàrl avec effet au 1er janvier 2003. Le 26 mai 2009, la mandataire a produit une procuration établie par A._ Sàrl. 