Sachverhalt: A. Am 7. Mai 2006 fuhr X._ innerorts auf der Zürichstrasse in Aathal-Seegräben Richtung Uster mit einer rechtlich massgebenden Geschwindigkeit (d.h. unter Abzug einer Sicherheitsmarge von 5 km/h) von 80 km/h. Die zulässige Höchstgeschwindigkeit betrug 50 km/h. Mit Strafbefehl vom 29. August 2006 auferlegte ihm die Staatsanwaltschaft See/Oberland wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln gemäss Art. 90 Ziff. 2 SVG eine Busse von Fr. 1'200.--. Mit Verfügung vom 31. Januar 2007 entzog ihm sodann die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich gestützt auf Art. 16c Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a SVG den Führerausweis für drei Monate. Den gegen diese Verfügung gerichteten Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich mit Entscheid vom 7. Mai 2008 ab. X._ gelangte in der Folge mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht hiess das Rechtsmittel mit Entscheid vom 11. Februar 2009 teilweise gut und reduzierte die Entzugsdauer auf zwei Monate. Zur Begründung führte es eine Verletzung des Beschleunigungsgebots durch die Vorinstanzen an. Die Dauer des Verfahrens vor der Sicherheitsdirektion von etwa vier Monaten und jene des Verfahrens vor dem Regierungsrat von dreizehn Monaten seien zu lang gewesen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. März 2009 beantragt das Bundesamt für Strassen (ASTRA), der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und X._ sei der Führerausweis für die Dauer von drei Monaten zu entziehen. Das ASTRA macht geltend, der angefochtene Entscheid verletze Art. 16 Abs. 3 i.V.m. Art. 16c Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a SVG. Die Sicherheitsdirektion beantragt in ihrer Vernehmlassung die Gutheissung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, ebenso im Wesentlichen der Beschwerdegegner. 