Sachverhalt: A. Gestützt auf das ärztliche Zeugnis von Dr. B._ vom 30. Januar 2008 ordnete das Strassenverkehrsamt des Kantons Luzern am 25. Februar 2008 an, dass A._ innert 60 Tagen eine Kontrollfahrt zu absolvieren habe. A._ absolvierte die Kontrollfahrt am 6. Mai 2008. Dabei stellte der Prüfungsexperte verschiedene Fahrfehler sowie Mängel bei der Beherrschung des Fahrzeugs und der Bewältigung von Verkehrssituationen fest. Er beurteilte die Prüfungsfahrt als nicht bestanden und zog den Führerausweis von A._ ein. Am 4. Juni 2008 verfügte das Strassenverkehrsamt den Sicherungsentzug des Führerausweises von A._ (Dispositiv-Ziffer 1). Die Wiedererteilung des Führerausweises machte es von einer Eignungsuntersuchung durch das Institut für psychologische Forschung und Beratung, C._, sowie dem Bestehen einer neuen praktischen Führerprüfung abhängig (Dispositiv-Ziffer 2). A._ erhob dagegen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und beantragte, die Verfügung vom 4. Juni 2008 aufzuheben, ein aktuelles verkehrsmedizinisches und ein verkehrspsychologisches Gutachten einzuholen und die Kontrollfahrt zu wiederholen. Eventuell sei ihm der Führerausweis bedingt oder unter Auflagen wieder zu erteilen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die Beschwerde am 13. Januar 2009 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt A._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts sowie Dispositiv-Ziff. 1 der Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 4. Juni 2008 aufzuheben und den Führerausweisentzug rückgängig zu machen. Eventuell sei das Urteil des Verwaltungsgerichts sowie Dispositiv-Ziff. 2 der Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 4. Juni 2008 aufzuheben, und es sei auf die Auflage zu verzichten, sich für die Wiedererlangung des Führerausweises einer Eignungsuntersuchung zu unterziehen. C. Das Verwaltungsgericht verzichtet unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Stellungnahme dazu. A._ hält an der Beschwerde fest. 