Sachverhalt: A. B._ war Verwaltungsrat und Geschäftsführer der C._ AG, über die am 1. März 2005 der Konkurs eröffnet wurde. D._ gab Forderungen ein (Ferienansprüche, ein Darlehen, die Erstattung von Anwaltskosten und Schadenersatz aus einem Verkauf). Im Umfang von Fr. 94'344.05 wurden sie definitiv kolloziert. Die A._ AG machte Forderungen gegenüber der C._ AG (nachfolgend: Konkursitin) aus der Liquidation der einfachen Gesellschaft zwischen ihnen geltend. Im Betrag von Fr. 114'276.60 wurden sie definitiv im Kollokationsplan aufgenommen. Das Konkursamt Thalwil trat D._ und der A._ AG am 8. Dezember 2006 u.a. die Verantwortlichkeitsansprüche gegenüber allen mit der Geschäftsführung und Verwaltung der Konkursitin betrauten Personen im Sinne von Art. 260 SchKG ab. Am 15. Mai 2007 schloss das Konkursgericht das Konkursverfahren. Das Bezirksgericht Horgen wies am 28. September 2011 die Verantwortlichkeitsklage von D._ und der A._ AG gegen B._ ab. Es hielt fest, die Kläger hätten nicht hinreichend substanziiert, inwiefern der Beklagte die Bilanz 2003 der Konkursitin beschönigt und den Konkursrichter nicht rechtzeitig benachrichtigt habe. Ihre Forderungen hätten nicht in der Bilanz per 31. Dezember 2003 aufgeführt werden müssen, diejenige der E._ AG im Betrag von Fr. 43'079.30 indessen schon. Das Urteil erwuchs in Rechtskraft. B. Die A._ AG erstattete am 6. August 2012 Strafanzeige gegen B._ wegen betrügerischen Konkurses, Misswirtschaft, Unterlassung der Buchführung (eventualiter wegen ordnungswidriger Führung der Geschäftsbücher) und Urkundenfälschung. Sie wirft ihm zusammengefasst vor, in der Bilanz des Jahres 2003 drei Forderungen (der E._ AG im Betrag von Fr. 43'079.30, der A._ AG und von D._) gegen die Konkursitin nicht aufgeführt zu haben, um deren Vermögenslage zu beschönigen. Die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis nahm mit Entscheid vom 24. Januar 2013 die Strafuntersuchung nicht an die Hand. Eine gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich am 29. Mai 2013 ab, soweit es darauf eintrat. C. Die A._ AG führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt sinngemäss, der Beschluss des Obergerichts und die Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft seien aufzuheben. Gegen B._ sei ein Strafverfahren wegen Misswirtschaft, Urkundenfälschung und eventualiter weiterer Straftaten zu eröffnen. Bezüglich des Vorwurfs der Urkundenfälschung sei auf die Beschwerde einzutreten. B._ sei zu verpflichten, ihr oder der Konkursmasse den verursachten Schaden nebst Zinsen zu bezahlen, wobei Bestand und Umfang später substanziiert würden. 