Faits: A. R._ (née en 1951), qui occupait un poste de caissière à temps partiel auprès de X._, a été mise en arrêt de travail pour des raisons de santé en juillet 2005. Après qu'elle eut présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité (le 17 juin 2005), l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Berne (ci-après: l'office AI) a notamment confié une expertise au Centre d'expertise médicale à Y._ (rapport des docteurs A._ et E._ du 13 décembre 2006) et réalisé une enquête économique sur le ménage. Le 10 décembre 2007, l'office AI a rendu une décision par laquelle il a nié le droit de l'assurée à une rente, au motif que le degré d'incapacité de gain (fixé à 17 % en application de la méthode mixte d'évaluation de l'invalidité) était insuffisant pour ouvrir le droit à cette prestation. B. Statuant le 5 septembre 2008 sur le recours formé par R._ contre cette décision, le Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, a fixé le degré d'invalidité à 35 %, voire 39 % au maximum, et débouté l'assurée. C. Interjetant un recours en matière de droit public contre le jugement cantonal, R._ en demande l'annulation, puis le renvoi de la cause à l'office AI pour qu'il complète l'instruction et détermine "l'influence de la perte de rendement sur la capacité résiduelle de travail". L'office AI conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 