Sachverhalt: A. X._ wurde am 1. Mai 2008 von der Stadtpolizei Zürich festgenommen und mit Verfügung vom 3. Mai 2008 des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich in Untersuchungshaft gesetzt. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich wirft ihm vor, am 1. Mai 2008 mit seinem Auto in Zürich im Bereich der Dienerstrasse und der Langstrasse vorsätzlich in eine Menschenmenge gefahren zu sein. Dabei seien zwei Personen unter das Auto geraten. Eine davon sei etwa 200 m mitgeschleift worden. Einer weiteren Person sei er über die Beine gefahren. Eines der Opfer sei aufgrund der erlittenen grossflächigen Hautabschürfungen in akute Lebensgefahr geraten. X._ wird in diesem Zusammenhang unter anderem der versuchten Tötung verdächtigt. Die Untersuchungshaft wurde mit dringendem Tatverdacht und Kollusionsgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321) begründet. Ein Haftentlassungsgesuch des Verdächtigten lehnte der Haftrichter mit Verfügung vom 2. Juli 2008 ab, wobei er nun offen liess, ob neben Kollusionsgefahr auch Wiederholungsgefahr bestehe. Mit derselben Begründung verfügte der Haftrichter am 31. Juli 2008 die Fortsetzung der Untersuchungshaft. Mit Verfügung vom 31. Oktober 2008 ordnete die neu zuständige Haftrichterin die Fortsetzung der Untersuchungshaft bis zum 3. Februar 2009 an. Aufgrund des Verfahrensstands verneinte sie das Andauern der Kollusionsgefahr. Stattdessen sei von Wiederholungsgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 4 StPO/ZH auszugehen, zumindest bis das in Auftrag gegebene und in den nachfolgenden Wochen zu erwartende psychiatrische Gutachten vorliege. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 5. November 2008 beantragt X._, die Verfügung der Haftrichterin vom 31. Oktober 2008 sei aufzuheben und er selbst sei aus der Haft zu entlassen. Er rügt im Wesentlichen eine Verletzung der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 BV, Art. 5 EMRK) und des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 EMRK). Die Staatsanwaltschaft verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Haftrichterin beantragt sinngemäss, die Beschwerde sei abzuweisen. Der Beschwerdeführer verzichtet auf eine Stellungnahme zur Vernehmlassung der Haftrichterin. 