Sachverhalt: A. Die seit Februar 2006 im Handelsregister eingetragene Gesellschaft V._ AG war bereits seit 1995 unter verschiedenen Namen (u.a. X._ AG) tätig und rechnete die paritätischen Beiträge mit der Ausgleichskasse des Kantons Zürich ab. Mit einer Vereinbarung vom 4. Januar 1999 hatte die Y._/USA, als Muttergesellschaft der X._ AG verschiedenen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern per 1. April 1999 Optionen zugeteilt, die auf einem 1997 errichteten "Stock Option Plan" basierten. Das Bezugsrecht war in dem Sinne aufgeschoben und beschränkt, dass ein erstes Drittel der Optionen ab dem 1. Januar 2000, ein weiteres Drittel ab dem 1. Januar 2001 und das restliche Drittel ab dem 1. Januar 2002 ausgeübt werden konnten, wobei die generell bis 1. März 2009 befristete Ausübung von einem fortbestehenden Anstellungsverhältnis abhängig war. 14'700 Optionen erhielt der bei der X._ AG angestellte J._. Gestützt auf die Deklarationen in der Jahresabrechnung 1999, in der Nachtragsabrechnung 1999 sowie die veranlassten Bewertungen der ausgegebenen Optionen per Zuteilungsdatum stellte die Ausgleichskasse der X._ AG am 6. April 2000 paritätische Beiträge von insgesamt Fr. 3'335'367.30 in Rechnung. Auf Ende 2000 kündigte J._ das Arbeitsverhältnis mit der X._ AG. Mit Schreiben vom 8. Mai 2003 gelangte er an die Ausgleichskasse, berief sich darauf, dass das Steueramt sein Einkommen für die Steuerperiode 1999/2000 neu eingeschätzt habe, und ersuchte gestützt darauf um Neufestsetzung der AHV-Beiträge und Überweisung eines allfälligen Überschusses der Arbeitnehmerbeiträge auf sein Bankkonto. In der Folge verwies ihn die Ausgleichskasse an seine ehemalige Arbeitgeberin. Nachdem ein entsprechender Schritt fruchtlos geblieben war, wandte sich J._ am 1. September 2003 erneut an die Ausgleichskasse. Diese teilte ihm gestützt auf eine Arbeitgeberkontrolle mit, sie erachte die Beitragsfestsetzung als korrekt, woran sie mit Schreiben vom 16. Dezember 2004 festhielt. Am 24. Dezember 2004 verlangte J._ von der Ausgleichskasse hinsichtlich des Anspruchs auf Rückerstattung den Erlass einer Verfügung. Die Kasse behandelte das Begehren als Wiedererwägungsgesuch, welches sie am 15. März 2005 mittels Nichteintreten erledigte. Auf Rechtsverweigerungsbeschwerde von J._ hin verpflichtete das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Ausgleichskasse mit Entscheid vom 23. September 2005, das Gesuch vom 24. Dezember 2004 unter dem Blickwinkel der prozessualen Revision zu prüfen. Mit Verfügung vom 4. Juli 2006 lehnte die Kasse das Revisionsgesuch ab, woran sie mit Einspracheentscheid vom 19. Januar 2007 festhielt. B. J._ liess Beschwerde führen mit den Anträgen, unter Aufhebung des Einspracheentscheides seien die für 1999 auf Mitarbeiteroptionen festgesetzten Beiträge aufzuheben und die Ausgleichskasse sei zu verpflichten, ihm die zu viel bezahlten Arbeitnehmerbeiträge, zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Januar 2001, zurückzuerstatten; eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Ausgleichskasse zurückzuweisen. Mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt J._ den vorinstanzlich gestellten Hauptantrag erneuern; eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Die Ausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 