Sachverhalt: A. Die Y._ Stiftung (Beschwerdegegnerin 1) liess in M._ eine Wohnüberbauung erstellen. Die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) hatte Arbeiten am Bau ausgeführt, ebenso wie die Z._ AG (Beschwerdegegnerin 2), während die Planung dem Architekturbüro A._ AG oblag. Nach Abschluss der Bauarbeiten traten in den Nasszellen verschiedener Wohnungen Schäden auf. Um zu klären, welche der in Frage kommenden Personen dafür die Verantwortung trägt, ersuchte die Beschwerdegegnerin 1 im summarischen Verfahren betreffend vorsorgliche Beweisführung das Handelsgericht des Kantons Aargau um Anordnung eines gerichtlichen Gutachtens gestützt auf Art. 158 ZPO, und sie listete die dem Gutachter zu stellenden Fragen auf. Die Beschwerdeführerin erklärte sich mit der Anordnung eines Gutachtens einverstanden, beantragte die Edition weiterer Unterlagen und reichte dem Gericht drei, die Beschwerdegegnerin 2 vier dem Gutachter zu stellende Zusatzfragen ein. B. Der Vizepräsident des Handelsgerichts gab dem Gesuch am 2. November 2011 teilweise statt, ernannte den vorgeschlagenen Fachmann zum gerichtlichen Sachverständigen und erstellte die Fragenliste, wobei er die beantragten Fragen umformulierte, soweit darin Rechtsfragen enthalten waren, und die Liste neu gliederte. Das Editionsbegehren der Beschwerdeführerin wies er ab, da es für die Beantwortung der Gutachterfragen nicht von Bedeutung sei. Das Gutachten wurde am 25. Mai 2012 erstattet. C. Mit Entscheid vom 6. Juni 2012 stellte der Vizepräsident des Handelsgerichts das Gutachten des Sachverständigen den Parteien zu und erklärte das summarische Verfahren für beendet (Dispositiv-Ziffern 1 und 2). Er auferlegte die Entscheidgebühr in der Höhe von Fr. 6'000.-- der Beschwerdegegnerin 1 (Dispositiv-Ziffer 3) und die Kosten der Beweisführung in der Höhe von Fr. 21'372.10 den drei Parteien zu je einem Drittel, d.h. mit je Fr. 7'124.05. Diese Kosten wurden mit den geleisteten Vorschüssen von Fr. 8'500.-- verrechnet. Der jeweilige Überschuss von Fr. 1'375.95 sollte nach Eintritt der Rechtskraft des angefochtenen Entscheides ausbezahlt werden (Dispositiv-Ziffer 4). Die Beschwerdegegnerin 1 hatte der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin 2 je eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen (Dispositiv-Ziffern 5 und 6). In Dispositiv-Ziffer 8 wies der Handelsgerichtspräsident darauf hin, dass dem Hauptprozess eine abweichende Verteilung der Gerichts- und Parteikosten vorbehalten sei. D. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde, Dispositiv-Ziffer 4 des Entscheides vom 6. Juni 2012 des Handelsgerichts aufzuheben und die Kosten der Beweisführung den Beschwerdegegnerinnen 1 und 2 je zur Hälfte aufzuerlegen, unter Auszahlung des von der Beschwerdeführerin geleisteten Kostenvorschusses von Fr. 8'500.--. Eventuell sei Dispositiv-Ziffer 4 des genannten Entscheides des Handelsgerichts aufzuheben "und der Entscheid über den Kostenpunkt in Dispositiv-Ziffer 4 an die Vorinstanz zurückzuweisen", unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Gerichtskasse des Kantons Aargau bzw. der Beschwerdegegnerinnen 1 und 2. Die Beschwerdegegnerin 1 schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während sich die Beschwerdegegnerin 2 nicht hat vernehmen lassen. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung ebenfalls vollumfängliche Abweisung der Beschwerde, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Beschwerdeführerin. 