Faits: A. A.a M. A.X._, né en 1969, et Mme B.X._, née en 1977, se sont mariés à L._ le 2 mai 2009 sous le régime de la séparation de biens. Au début de leur mariage, les époux vivaient en Belgique. Ils se sont séparés quelques mois avant la naissance de leur fille C._, née à D._ le 8 décembre 2010. Mme B.X._ est domiciliée à D._ depuis le 30 juin 2010. A.b La situation financière des parties se résume ainsi: A.b.a Diplômé de HEC Lausanne et de l'IEI (Institut d'Etudes Immobilières genevois), M. A.X._ a été Directeur associé de E._ de 1997 à 2000, puis Vice-Président de F._ de 2000 à 2003. Il est actuellement administrateur délégué et actionnaire à raison de 50% de la société G._, société qu'il a créée en 2007. Cette activité ne lui aurait rien rapporté jusqu'en 2009, ses seuls revenus consistant alors en une contribution de la part de ses parents de 3'500 euros par mois. Selon une attestation établie le 18 avril 2012 par le réviseur de G._ sur la base des comptes annuels de G._ et les déclarations fiscales de M. A.X._, celui-ci aurait perçu une rémunération nette de 11'400 euros en 2009, de 33'531,71 euros en 2010 et de 48'306 euros en 2011. Il devrait percevoir les mêmes revenus nets en 2012 et 2013. M. A.X._ est également administrateur de la société belge Y._, activité dont le réviseur de la société a établi qu'elle ne lui rapportait toutefois aucune rémunération. Outre le revenu réalisé en tant qu'administrateur de la société G._, M. A.X._ perçoit des revenus immobiliers à hauteur de 2'431 fr. par mois (montant mensuel annualisé), revenus issus de la location d'appartements dans un immeuble dont il est propriétaire à Z._. Les charges mensuelles de M. A.X._ ont été arrêtées à 2'864 fr., respectivement 3'415 fr. dès mars 2012 (montant de base OP adapté au coût de la vie belge [1'000 fr.]; intérêts sur le prêt pour l'achat de son appartement [495 fr.]; charges de copropriété [79 fr. 20 de charges communes et 32 fr. 40 de réserve travaux]; loyer pour une place de garage [84 fr.]; essence pour les déplacements personnels [120 fr.]; assurances maladie complémentaires [8 fr. 10 et 87 fr. 66]; assurance habitation [41 fr. 88]; eau, gaz et électricité [240 fr.]; trajets Bruxelles-Genève [552 fr. depuis la reprise du droit de visite en mars 2012]; impôts belges [46 fr. 47 et 8 fr. 90]; impôts suisses relatifs à son bien immobilier en Suisse [620 fr. 13]). A.b.b Mme B.X._ a occupé un poste d'assistante de projet auprès de H._ du 1er mars au 31 décembre 2008, cessant de travailler lorsqu'elle s'est établie en Belgique avec son mari. Elle a retrouvé un emploi auprès de son ancien employeur à compter du 1er mai 2011, pour un salaire net de 6'470 fr., respectivement de 6'525 fr. 30 depuis le 1er février 2012. Elle est propriétaire de 527 actions H._ d'une valeur totale de 25'693,89 USD au 1er mai 2009. Ses charges mensuelles ont été chiffrées à 6'950 fr., respectivement 6'850 fr. dès le 1er janvier 2012 (montant de base OP pour elle et sa fille [1'750 fr.]; loyer [2'155 fr.]; frais de crèche [1'100 fr.]; impôts [1'500 fr.]; assurance-maladie LAMal et LCA [441 fr. 30 pour elle et 134 fr. 50 pour sa fille]; frais de transport publics [70 fr.] et déduction des allocations familiales [200 fr., puis 300 fr. dès le 1er janvier 2012]). Suite à la séparation des conjoints, Mme B.X._ a été financièrement soutenue par des proches (garantie pour la location de son appartement et différents prêts, en partie garantis par ses actions H._). B. B.a Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance du canton de Genève le 19 août 2010, Mme B.X._ a sollicité le prononcé du divorce sur la base de l'art. 115 CC. Sur mesures provisoires, elle a réclamé le versement d'une contribution d'entretien d'un montant mensuel de 5'000 fr., puis, dans des écritures ultérieures, le versement d'une provision ad litem de 15'000 fr. Par jugement du 5 avril 2011, le Tribunal de première instance a partiellement fait droit aux conclusions de l'intéressée en condamnant son époux à s'acquitter d'une contribution de 5'000 fr. dès le 10 mars 2011 (ch. 3) et à verser une provision ad litem d'un montant de 8'000 fr. (ch. 4). Le 26 août 2011, statuant sur appel de M. A.X._, la Cour de justice a condamné ce dernier à verser à son épouse, à titre de contribution à l'entretien de la famille, la somme de 20'556 fr. pour la période du 10 mars au 30 août 2011, puis de 3'000 fr. par mois dès le 1er septembre 2011, les allocations familiales étant dues en sus. La provision ad litem était maintenue dans son principe comme dans son montant. Saisi d'un recours de M. A.X._, le Tribunal fédéral l'a partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité, a annulé l'arrêt cantonal et retourné la cause à la Cour de justice afin qu'elle détermine le revenu dont le recourant disposait mensuellement, cas échéant son revenu hypothétique, puis examine si son disponible lui permettait de verser les contributions d'entretien fixées ou s'il convenait de les réduire. La question liée à la provision ad litem a été laissée indécise (arrêt 5A_687/2011 du 17 avril 2012). B.b Statuant sur renvoi le 14 septembre 2012, la Cour de justice a condamné M. A.X._ à verser à Mme B.X._, à titre de contribution à l'entretien de la famille, la somme totale de 40'550 fr. pour la période du 10 mars 2011 au 31 août 2012, puis de 3'000 fr. par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, dès le 1er septembre 2012. La provision ad litem a été confirmée dans son principe et son montant. C. Agissant par la voie du recours en matière civile le 22 octobre 2012, M. A.X._ conclut principalement à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement de verser à son épouse une contribution destinée à l'entretien de la famille d'un montant mensuel de 1'000 fr. du 1er mars au 1er avril 2011 et de 350 fr. à compter du 1er mai 2011; il demande également que l'intimée soit déboutée de ses conclusions en versement d'une provision ad litem. Subsidiairement, le recourant sollicite le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision; très subsidiairement, il réclame le constat de l'irrecevabilité de son recours faute d'intérêt juridique, indiquant à ce propos que son épouse a retiré sa demande unilatérale de divorce antérieurement au prononcé de l'arrêt attaqué. Appelées à se déterminer, la Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimée s'en rapporte à justice, se limitant à observer que le recourant n'aurait aucun intérêt au recours. 