Fatti: A. E.E._ e F.E._ sono proprietari del fondo edificato part. n. 41 di Rovio, situato su un terreno in pendio e confinante a valle anche con la particella n. 45 di proprietà di A.A._, B.A._, C.A._ e D._. L'8 marzo 2005 i proprietari E._ hanno presentato al Municipio di Rovio una domanda di costruzione per edificare lungo il confine a valle del loro fondo un muro di sostegno in cemento armato. Il progetto prevedeva che il manufatto fosse alto da 0,35 m all'estremità ovest a 2,64 m all'estremità est. I confinanti A._ si sono opposti alla domanda, contestando l'opera essenzialmente per quanto riguarda la sua altezza. Con decisione del 19 settembre 2005 il Municipio ha sostanzialmente accolto l'opposizione, rilasciando la licenza edilizia alla condizione che il muro non superasse l'altezza di 1,50 m. B. Rilevato che l'opera realizzata non era conforme a quanto autorizzato, il Municipio ha impartito agli istanti un termine per presentare una domanda di costruzione a posteriori. La nuova domanda è stata introdotta il 30 maggio 2007 e dal relativo piano di costruzione risulta che il muro sarebbe alto 1,65 m alla sua estremità orientale. I vicini hanno presentato un'ulteriore opposizione, che il Municipio ha tuttavia respinto il 17 ottobre 2007, rilasciando contestualmente la licenza edilizia in sanatoria. L'Esecutivo comunale al riguardo ha richiamato l'art. 10 cpv. 2 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), secondo cui, dove la situazione altimetrica del terreno lo richiedesse, i muri di sostegno possono essere alti fino a 3 m dal terreno sistemato. C. Gli opponenti hanno allora adito il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che con risoluzione del 12 febbraio 2008 ha accolto il ricorso e annullato la licenza edilizia. Il Governo ha rilevato che l'altezza del muro di sostegno raggiungeva 2,25 - 2,40 m e che la pendenza del fondo non era tale da imporre, per consentire l'edificazione del fondo, l'erezione di muri alti più di 1,50 m. D. Con sentenza del 9 dicembre 2008 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso degli istanti in licenza, annullando la risoluzione governativa e confermando l'autorizzazione rilasciata dal Municipio. Secondo la Corte cantonale, il muro effettivamente realizzato supererebbe di poco, soltanto in prossimità della sua estremità est, l'altezza di 1,50 m e potrebbe essere autorizzato sulla base dell'art. 10 cpv. 2 NAPR. E. A.A._, B.A._, C.A._ e D._ impugnano questa sentenza dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia di diritto pubblico, chiedendo di annullarla e di annullare contestualmente la licenza edilizia. In via subordinata postulano il rinvio degli atti alla Corte cantonale perché completi l'istruttoria e si pronunci nuovamente sulla causa. I ricorrenti fanno valere l'accertamento manifestamente inesatto e incompleto dei fatti, nonché la violazione degli art. 9 e 29 Cost. F. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Municipio di Rovio si rimettono al giudizio del Tribunale federale, mentre gli istanti in licenza postulano la reiezione del gravame. 