Faits: A. B._, de nationalité iranienne, est arrivé en Suisse en décembre 1985 en tant que réfugié politique. Il a travaillé dans l'immobilier pendant quelques mois à partir de 1986. Le 3 décembre 2003, il a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité, sous la forme d'une rente. Dans un questionnaire servant à déterminer le statut d'assuré, il a précisé que s'il était en bonne santé, il travaillerait en tant qu'ingénieur à plein temps. L'Office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève (ci-après: l'OCAI) a recueilli l'avis du docteur H._, spécialiste FMH en médecine interne et médecin traitant de l'assuré. Dans un rapport du 16 avril 2004, ce médecin a fait état d'une incapacité de travail totale depuis mars 2001 en raison d'une altération de son état de santé à la fois physique et psychique (psychose paranoïde, diabète de type II, emphysème tabagique massif, lombalgies chroniques et prostatisme). L'OCAI a soumis l'assuré à une expertise psychiatrique qu'il a confiée au docteur S._. Dans son rapport du 23 décembre 2005, l'expert a conclu que l'assuré présentait une personnalité de type narcissique, sans aucune influence sur sa capacité de travail qui était entière d'un point de vue psychiatrique. Par décision du 24 mars 2006, confirmée sur opposition le 11 juillet 2006, l'OCAI a nié le droit de l'assuré à une rente. B. L'assuré a recouru contre cette décision, concluant à son annulation et à la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise psychiatrique en raison de la non-impartialité de l'expert l'ayant examiné. Après avoir entendu les parties, le Tribunal cantonal des assurances sociales de Genève a ordonné une expertise psychiatrique qu'il a confiée aux docteurs A._ et U._, respectivement médecin adjoint et chef de clinique au Département de psychiatrie de l'Hôpital X._. Il a par ailleurs ordonné une expertise somatique qu'il a confiée au docteur I._, spécialiste FMH en rhumatologie et chef de clinique à la Consultation pour victimes de torture et de guerre auprès de X._. Dans leur rapport du 11 août 2008, les premiers ont fait état d'un trouble délirant ayant valeur de maladie psychiatrique et en raison duquel l'assuré était absolument incapable d'exercer une quelconque activité lucrative. Dans son rapport du 10 juin 2009, le docteur I._ a posé le diagnostic d'état de stress post-traumatique avec évolution vers des troubles délirants, une rupture tendineuse de l'épaule gauche, compatible avec des séquelles de torture, un emphysème tabagique, un diabète de type 2, un ulcère duodénal et une hyperplasie prostatique. Il s'est rallié aux conclusions de son confrère U._. Par jugement du 13 janvier 2010, le Tribunal cantonal a admis le recours de l'assuré et annulé la décision sur opposition du 11 juillet 2006 (ch. 2 du dispositif); il a mis B._ au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité à partir du 1er mars 2002 (ch. 3) et renvoyé la cause à l'OCAI afin qu'il calcule le droit aux prestations de l'intéressé (ch. 4). C. L'OCAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant principalement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour complément d'instruction sur la question du début de l'incapacité de travail durable. Tant l'intimé que l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. 