Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ am 17. Juni 2009 anklagegemäss der mehrfachen qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig und sanktionierte ihn mit einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren, unter Anrechnung von drei Tagen erstandener Untersuchungshaft. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es bei einer Probezeit von zwei Jahren auf. B. Die von X._ gegen diesen Entscheid erhobene Berufung hiess das Obergericht des Kantons Zürich gut. Es sprach ihn am 27. Januar 2010 vom Vorwurf der mehrfachen qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung frei und gewährte ihm eine Prozessentschädigung im Umfang von Fr. 21'520.-- sowie eine Genugtuung von Fr. 900.-- zuzüglich Zins für die erlittene Untersuchungshaft. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich erhob dagegen Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Im Verfahren 6B_223/2010 hiess das Bundesgericht am 13. Januar 2011 die Beschwerde gut und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Das Obergericht verurteilte X._ am 16. November 2011 wegen mehrfacher qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren, unter Anrechnung von drei Tagen erstandener Untersuchungshaft. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es bei einer Probezeit von zwei Jahren auf. C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts vom 16. November 2011 sei aufzuheben, und er sei von Schuld und Strafe vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen. 