Sachverhalt: A. Die Stimmberechtigten des Kantons Zürich nahmen am 30. November 2008 die Volksinitiative "Ja zur Wahlfreiheit beim Medikamentenbezug" an. Damit ist es auch den Ärztinnen und Ärzten der Städte Zürich und Winterthur generell gestattet, eine Privatapotheke zu führen und an Patientinnen und Patienten, die bei ihnen in Behandlung stehen, Medikamente abzugeben. Verschiedene Rechtsmittel hiergegen blieben erfolglos. Das Bundesgericht hat insbesondere im Verfahren der abstrakten Normenkontrolle die betreffende Bestimmung als rechtmässig erachtet (Urteil 2C_53/2009 vom 23. September 2011, publiziert in: ZBl 113/2012 S. 194). Die neue Regelung ist als § 25a des Gesundheitsgesetzes (Gesundheitsgesetz des Kantons Zürich vom 2. April 2007 [GesG/ZH]) seit dem 1. Mai 2012 in Kraft. B. Die im Rubrum aufgeführten Personen führen alle eine Apotheke in Zürich oder in Winterthur. Bereits am 24. Oktober 2011 haben sie die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich (nachfolgend: Gesundheitsdirektion) darum ersucht, zu allen Verfahren beigeladen zu werden, in denen es um die Bewilligung einer Privatapotheke gehe. Die Gesundheitsdirektion überwies die Eingaben zuständigkeitshalber der Kantonalen Heilmittelkontrolle Zürich. Diese vereinigte die Gesuche und lehnte sie am 21. November 2011 ab. Einen dagegen eingereichten Rekurs wies die Gesundheitsdirektion am 24. Februar 2012 ab. Auch eine Beschwerde vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich blieb erfolglos (Urteil vom 8. Mai 2012). C. Gegen diesen Entscheid erheben die Apothekerinnen und Apotheker (nachfolgend: Beschwerdeführende) am 11. Juni 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und sie seien als Partei, eventualiter als Beigeladene in alle Verfahren zur Bewilligung einer Privatapotheke in Zürich und Winterthur einzubeziehen. Sie stellen ausserdem den Subeventualantrag, ihnen sei Akteneinsicht für alle Verfahren zu erteilen, in welche Ärztinnen und Ärzte der Städte Zürich und Winterthur eine Bewilligung beantragen, um eine Privatapotheke führen zu können. Sub-subeventualiter sei das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. Während die Gesundheitsdirektion auf eine Vernehmlassung verzichtet hat, beantragen die kantonale Heilmittelkontrolle und das Verwaltungsgericht die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. 