Faits: A. Selon le plan d'aménagement local (PAL) de la ville de Fribourg, le secteur de l'avenue de la Gare est régi par le plan d'aménagement partiel (PAP) "Avenue de la Gare-Sud" et par le plan d'aménagement de détail (PAD) du même nom, approuvés par le Conseil d'Etat respectivement le 4 avril 1978 et le 1er octobre 1991. Le PAP "Avenue de la Gare-Sud" prévoit la démolition de l'ensemble des bâtiments du secteur, la construction d'un nouvel axe routier et la prolongation de la rue St-Pierre en direction du début du boulevard de Pérolles. Il ne conserve pas la diagonale entre l'avenue de la Gare et le carrefour des Grand-Places. Le PAD "Avenue de la Gare-Sud" régit le secteur délimité au nord par l'avenue de la Gare, au sud par l'esplanade des Grand-Places, le "NH Hôtel" (anciennement "Eurotel"), la Route-Neuve et l'art. 7210 du registre foncier de la ville de Fribourg, ainsi qu'à l'ouest par la Route-Neuve et les parcelles 7356, 7357 et 7359. Le PAD a, entre autres, permis la construction du bâtiment de Fribourg-Centre. B. A._ et B._ sont copropriétaires de la parcelle 7376 du registre foncier de la ville de Fribourg, figurant dans la zone B2 du PAD "Avenue de la Gare-Sud". En 1992, ils ont déposé une demande de permis de construire un bâtiment sur leur parcelle. Dans son préavis du 7 avril 1992, la ville de Fribourg a exigé un réexamen de l'aspect architectural du projet afin d'améliorer sa qualité dans le but de garantir une plus grande unité dans le secteur. Les propriétaires ont ainsi été contraints de prévoir une façade borgne, destinée à jouxter le futur bâtiment à ériger dans la zone B1 du PAD "Avenue de la Gare-Sud", avec mise en place d'une passerelle au rez-de-chaussée pour assurer le passage piétonnier entre les bâtiments B2 et B1, afin d'accéder aux Grand-Places et de garantir un chemin piétonnier allant jusqu'à la Place de la Gare. Pour atteindre ce résultat, qui entraînait la perte totale de l'usage d'une façade, ils ont dû organiser leur bâtiment en prévoyant des ouvertures sur les trois autres façades et en installant les locaux techniques et la cage d'escalier dans la partie affectée à la façade borgne. Le 25 février 1993, le permis de construire requis a été délivré et le bâtiment a été construit. Il est situé au sud du bâtiment de Fribourg-Centre et dans le prolongement du "NH Hôtel". C. En 1996, a été constituée la Communauté urbaine des transports de l'agglomération fribourgeoise (CUTAF), qui a pour but de gérer la mobilité dans l'agglomération. Les objectifs poursuivis sont définis dans le plan régional des transports, approuvé par le Conseil d'Etat le 5 janvier 1999. Ce plan prévoit notamment la mise à sens unique de l'avenue de la Gare, à Fribourg, avec maintien du sens de circulation Pérolles-Temple dans un premier temps. La deuxième étape du projet général de la CUTAF est liée à la réalisation du Pont de la Poya et prévoit la fermeture totale de l'avenue de la Gare, excepté pour les transports en commun, les vélos, les taxis et les deux-roues. Par ailleurs, le 9 juillet 2003, la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions (ci-après: le DAEC) a approuvé la zone d'intérêt général III, destinée à accueillir la salle de spectacles, le centre multiplexe et la galerie marchande. Les objectifs fixés par la CUTAF, en particulier l'abandon du principe d'une route de transit dans le secteur des Grand-Places, étant contraire à ceux définis dans le PAP et le PAD "Avenue de la Gare-Sud", le Conseil communal de la ville de Fribourg a mis à l'enquête publique, dans la Feuille officielle du 19 mars 2004, l'abrogation du PAP "Avenue de la Gare-Sud" et adaptation du PAL, la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud", secteurs B1, D et E, avec création d'une zone piétonne et l'adaptation des aménagements routiers centre-ville / place Jean-Tinguely (avenue de Trivoli). Les modifications du PAD "Avenue de la Gare-Sud" entraînent, entre autres, de nouvelles implantations de bâtiments, la création d'un nouveau parking de 296 places (sous les Grand-Places / Manor), l'aménagement d'une rampe d'accès hélicoïdale au haut de la Route-Neuve (sortie parking). Sont touchés par les modifications du PAD tous les articles inclus dans le PAD, à l'exception du bâtiment de Fribourg-Centre et de la parcelle 7376 dont sont copropriétaires A._ et B._. La nouvelle implantation des immeubles à bâtir, prévue dans le secteur B1 du PAD, place un premier bâtiment parallèle à la Roue-Neuve et un second perpendiculaire. Une aile de liaison basse relie ce dernier bâtiment à l'immeuble existant sur l'art. 7376. D. Le 27 avril 2004, A._ et B._ ont formé opposition à l'encontre de l'abrogation du PAP, de l'adaptation du PAL ainsi que de la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud", secteurs B1, D et E avec création d'une zone piétonne. Le Conseil d'Etat de la ville de Fribourg a rejeté cette opposition le 25 juin 2004. Le 14 février 2007, le DAEC a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision précitée et, par décision séparée, a approuvé la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud". Par arrêt du 24 juin 2009, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision du DAEC du 17 février 2007. Elle a considéré en substance que les circonstances s'étaient sensiblement modifiées depuis l'approbation du PAD, au point que l'adaptation du PAL de la commune, et, partant, la modification de certains plans de détail (PAP et PAD) non seulement se justifiaient, mais s'imposaient. En outre, les mesures contestées répondaient à un intérêt public manifeste et n'affectaient pas l'immeuble des intéressés, situé en secteur B2. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 24 juin 2009 et de renvoyer la cause aux juges cantonaux pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils concluent à ce que la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud" soit corrigée dans le souci du respect des contraintes qui leur ont été imposées en leur qualité de copropriétaires de la parcelle 7376, permettant ainsi de maintenir l'unité dans les secteurs B1 et B2, en ce sens que le futur bâtiment à ériger dans le secteur B1 sera maintenu dans une zone d'ordre contigu par rapport à leur immeuble construit sur la parcelle 7376. Subsidiairement, ils demandent le renvoi de la cause au juge de l'expropriation avec mission de déterminer une indemnisation d'expropriation matérielle portant sur la moins-value grevant l'immeuble B2 et la mise en oeuvre des travaux nécessaires pour le revêtement de la façade non aménagée. Les recourants se plaignent d'une appréciation arbitraire des faits et d'une mauvaise application du droit fédéral. Le Tribunal cantonal se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt pour conclure au rejet du recours. La DAEC conclut également au rejet du recours ainsi que la ville de Fribourg, dans la mesure toutefois de sa recevabilité. Le 7 octobre 2009, les recourants ont fait parvenir au Tribunal fédéral un courrier spontané accompagné d'un article de presse. 