Faits: A. Par acte authentique du 7 février 2002, un droit de superficie distinct et permanent, feuillet no ** de la Commune de D._, a été constitué sur l'immeuble faisant l'objet du feuillet no *** de cette même commune, propriété de la Commune bourgeoise de X._. Ce droit de superficie, conféré à E._, comporte la ferme no 24 et la loge à bétail no 24A du domaine "F._". Par décision du 25 mars 2002, le Préfet du district de Y._ (ci-après: le Préfet) a autorisé cette acquisition au regard du droit foncier rural. Le 17 octobre 2002, un bail à ferme agricole portant sur la parcelle no *** a été conclu entre la Commune bourgeoise de X._ et E._, avec effet rétroactif au 1er janvier 2002. A la suite du décès du fermier superficiaire, ses héritières, dont B._ et C._, sont devenues propriétaires de l'immeuble no ** par succession. En cette qualité, elles ont conclu un bail à ferme portant sur cet immeuble avec A._ pour une période allant du 1er mai 2006 au 30 avril 2007. La commune en a fait de même, s'agissant de l'immeuble no ***; ce deuxième bail précise que "le présent bail à terme fixe est lié au bail à ferme du droit de superficie feuillet no ** de D._ conclu pour 1 année également". Les 28 et 30 novembre 2006, les héritières ont vendu l'immeuble faisant l'objet du feuillet no ** à A._. Reconnaissant le statut d'exploitant à titre personnel de A._, le Préfet a autorisé ce transfert, par décision du 15 janvier 2007. L'intéressé exploite ainsi le domaine "F._" consacré à l'élevage de bétail et à la production de lait. Le domaine comprend également une auberge de montagne, dont A._ a confié la gestion à des tiers. Le 9 mars 2007, la Commune bourgeoise de X._ a, d'une part, exercé son droit de préemption sur l'immeuble du feuillet no ** et, d'autre part, informé A._ qu'elle ne reconduirait pas le bail à ferme sur l'immeuble no ***. Par décision du 4 avril 2007, le Préfet a refusé d'accorder, à la Commune bourgeoise de X._, l'autorisation d'acquérir le droit de superficie, feuillet no ** de la Commune de D._, à charge du bien-fonds no ***. Le 19 novembre 2007, la Direction de l'économie publique du canton de Berne (ci-après: la Direction de l'économie publique) a rejeté le recours de ladite commune à l'encontre de la décision du 4 avril 2007. B. Le Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de la Commune bourgeoise de X._, par arrêt du 17 mai 2011. Il a en substance considéré que ladite commune ne remplissait pas la condition du droit foncier rural voulant que l'acquéreur doit être exploitant à titre personnel et qu'elle ne pouvait justifier d'aucun juste motif permettant de déroger à cette exigence, son droit de préemption ne constituant pas un tel motif. Dès lors, c'était à bon droit que l'autorisation d'acquérir le droit de superficie lui avait été refusée. C. Par recours en matière civile, la Commune bourgeoise de X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 17 mai 2011 et de lui accorder l'autorisation d'acquérir l'immeuble du feuillet no **, tout en l'assortissant d'une charge l'obligeant à céder le bien-fonds à un exploitant à titre personnel dans un délai de six mois dès réception de l'autorisation. Le Tribunal administratif estime que la voie de droit ouverte est celle du recours en matière de droit public et conclut au rejet du recours. Le Préfet de Y._, ainsi que A._, B._ et C._ demandent également le rejet du recours, la Direction de l'économie publique ayant, pour sa part, renoncé à se déterminer. L'Office fédéral de la justice a déclaré ne pas avoir d'observations particulières à formuler. 