Faits: A. A.a X._, de nationalité russe, est l'épouse de Y._. Z._ est une société incorporée aux Iles Vierges Britanniques. Par billet à ordre du 28 novembre 2006, que X._ a avalisé, Y._ s'est engagé inconditionnellement à payer la somme de 3'800'000 euros à A._, somme payable à vue, mais pas avant le 1er mars 2010, le paiement se faisant en roubles. Le billet à ordre a été endossé en faveur de Z._ Incorp., puis de Z._. A.b Faute de paiement, Z._ a déposé en Russie le 12 juillet 2010 une demande en paiement contre X._ et Y._, portant sur un montant de 144'514'000 RUB et a requis la saisie conservatoire de leurs biens immobiliers. Par jugement du 29 juillet 2010, le Juge du Tribunal du district Khamovniki de la ville de Moscou a admis la saisie conservatoire. Par jugement du 14 avril 2011, confirmé par le Tribunal de Moscou le 10 octobre 2011, le Tribunal du district Khamovnitcheskiy de la ville de Moscou a condamné X._ et Y._ à verser à Z._ la somme de 3'986'633 euros 33, ainsi que celle de 100'000 RUB au total correspondant à d'autres frais. Le Tribunal de district Khamovnitcheskiy de la ville de Moscou a délivré un acte exécutoire le 27 octobre 2011. A.c Par jugement du 27 mars 2012, le Tribunal du quartier Khamovniki de la ville de Moscou a décidé de recouvrer auprès de X._, en faveur de Z._, la somme de 196'966 euros 66 en roubles, au taux de la Banque centrale de la Fédération de Russie au jour de l'exécution du jugement de la cour, représentant les intérêts dus pour la période du 26 mars 2011 au 6 février 2012, de même que les frais de paiement du taux d'Etat au montant de 47'339 RUB 74. Ce jugement a acquis force exécutoire le 28 avril 2012. A.d Par jugement du 6 avril 2012, la valeur du bien immobilier saisi dans le cadre de la procédure susmentionnée, à savoir un appartement de 10 pièces et d'une superficie de 710 m2, sis à Moscou, a été fixée à 401'033'333 RUB au prix du marché. B.a B.a.a Par requête du 23 décembre 2011, Z._ a requis du Tribunal de première instance de Genève, sur la base du jugement rendu le 14 avril 2011 par le Tribunal du district de Khamovnitcheskiy (cf. art. 271 al. 1 ch. 6 LP), le séquestre, à concurrence de 4'871'148 fr. (soit la contre-valeur de 3'986'633 euros 33 au taux de change du jour du dépôt de la requête, plus intérêts à 5% dès le 10 octobre 2011), et de 2'964 fr. (soit la contre-valeur de 100'000 RUB au taux de change du jour du dépôt de la requête, plus intérêts à 5% dès le 10 octobre 2011), en mains de la Banque B._, de tous avoirs, espèces, titres, valeurs, créances, objets, droits et autres biens de quelque nature et en quelque monnaie qu'ils soient, en compte, placement, dépôt, coffre-fort, et autres biens de quelque nature et en quelque monnaie qu'ils soient, sous désignation conventionnelle, fiduciaire, numérique ou pseudonyme, appartenant à X._, et en particulier de toute relation liée au numéro de client n° xxx, ainsi que le coffre-fort n° yyy. Le même jour, le tribunal a ordonné le séquestre requis (séquestre n° zzz). Celui-ci a porté sur des avoirs en compte et en dépôt appartenant à X._, dont la valeur d'estimation au jour de l'exécution était de 928'426 GBP 67, ainsi que sur le contenu d'un compartiment de coffre-fort. B.a.b Le 30 avril 2012, X._ a formé opposition devant le Tribunal de première instance de Genève contre l'ordonnance de séquestre, concluant principalement à son annulation et subsidiairement à la condamnation de Z._ à des sûretés de 136'204 fr. Z._ a conclu principalement à l'irrecevabilité de l'opposition, subsidiairement à son rejet. Elle a exposé que le grief de l'opposante selon lequel la créance serait déjà couverte par la saisie en Russie devait être soulevé par le biais d'une plainte, et non d'une opposition. Par jugement du 3 septembre 2012, le tribunal a rejeté l'opposition. B.b Le 14 septembre 2012, X._ a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice du canton de Genève, concluant principalement à la révocation de l'ordonnance de séquestre et subsidiairement au renvoi de la cause en première instance. Z._ a conclu principalement à la confirmation du jugement entrepris, subsidiairement, à l'irrecevabilité de l'opposition au séquestre. Par arrêt du 23 novembre 2012, la cour a déclaré le recours recevable, mais l'a rejeté au fond. C. Par acte posté le 19 décembre 2012, X._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens que l'ordonnance de séquestre du 23 décembre 2011 est annulée, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants et, encore plus subsidiairement, à être acheminée à prouver par toutes voies de droit les faits allégués dans ses écritures. En substance, elle se plaint de la violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et de la violation de l'art. 9 Cst. dans l'établissement des faits et dans l'application de l'interdiction de l'abus de droit. Des observations n'ont pas été requises. D. La requête en restitution d'effet suspensif déposée par la recourante a été refusée le 20 décembre 2012. E. Par courrier du 7 mai 2013, X._ a informé le Tribunal fédéral que la dette à l'origine du séquestre n° zzz et de la poursuite en validation du séquestre n° bbb, introduite le 12 décembre 2012, avait été intégralement payée, de sorte que la mainlevée requise par Z._ n'avait été accordée qu'à concurrence des montants de 32'500 fr. au total, correspondant aux frais de justice alloués à la créancière. 