Sachverhalt: A. Am 5. Oktober 2011 beschloss der Gemeinderat der Stadt Zürich, die Baulinien im Vermessungsbezirk Zürich-Affoltern, Kreis 11, abzuändern. Diese Revision steht u.a. in Zusammenhang mit einer im regionalen Richtplan eingetragenen Tramlinie nach Affoltern. Nachdem das Stimmvolk die Vorlage am 17. Juni 2012 angenommen hatte, wurde der Gemeindebeschluss am 17. August 2012 publiziert und öffentlich aufgelegt. B. Dagegen reichte A._, Eigentümer der Liegenschaften Wehntalerstrasse 310 und 312 (Kat. Nrn. AF 3845 und 4403), am 17. September 2012 Rekurs beim Baurekursgericht ein. Er beantragte die ersatzlose Aufhebung der Baulinien auf seinen Grundstücken. Am 22. März 2012 hiess das Baurekursgericht den Rekurs teilweise gut: Es bestätigte die neue Baulinie auf Parzelle Nr. 3845, hob dagegen die Baulinie auf Parzelle Nr. 4403 auf. Die Vorlage wurde zu weiteren Behandlung und erneuten Festsetzung an die Stadt zurückgewiesen. Die dagegen gerichtete Beschwerde der Stadt Zürich wies das Verwaltungsgericht Zürich am 16. Januar 2014 ab. C. Dagegen hat die Stadt Zürich am 28. Februar 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Gemeindebeschluss vom 17. Juni 2012 zu bestätigen. A._ und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 