Faits: A. A._ est titulaire d'un permis de conduire suisse de catégorie B délivré le 6 mars 2003. Selon le dossier de l'Office cantonal genevois des automobiles et de la navigation (OCAN), en raison de divers excès de vitesse, il avait fait l'objet d'un avertissement le 8 mars 2004, s'était vu retirer son permis de conduire le 5 janvier 2006 pour une durée de cinq mois et signifier un nouvel avertissement le 22 octobre 2010. Le 5 août 2011 à 16h15, alors qu'il circulait au volant d'une voiture aux Houches, en France, peu après la sortie de l'autoroute, sur un tronçon limité à 90 km/h, A._ a fait l'objet d'un contrôle de vitesse automatique. La vitesse enregistrée était de 141 km/h et celle retenue, marge de sécurité déduite, de 133 km/h. Le jour même, les autorités françaises ont saisi le permis de conduire suisse de A._. Celui-ci a dû s'acquitter sur place d'un montant de 135 euros à titre de consignation. Une interdiction immédiate de conduire sur tout le territoire français pour une durée de quinze jours a été ordonnée le 8 août 2011 par la sous-préfecture de Bonneville. B. Par décision du 26 septembre 2011, l'OCAN a prononcé le retrait du permis de conduire de A._ pour une durée de trois mois et mis à sa charge un émolument de 180 francs. A._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance. En cours de procédure, il a produit copie de l'ordonnance pénale rendue à son encontre par la juridiction de proximité de Bonneville le 26 octobre 2011, lui infligeant une amende contraventionnelle de 250 euros, sous déduction du montant de 135 euros dont il s'était déjà acquitté, assortie de la peine complémentaire relative à l'interdiction de conduire un véhicule à moteur pendant quinze jours sur le territoire français. Par jugement du 1er février 2012, le Tribunal administratif a rejeté le recours. A._ a saisi la Chambre administrative de la Cour de justice, qui, par arrêt du 30 juillet 2012, a partiellement admis son recours. Elle a considéré que l'excès de vitesse constituait une faute grave justifiant un retrait de permis d'une durée minimale de trois mois. Cette durée, comme le permettait la loi dans le cas d'espèce, pouvait être ramenée à deux mois pour tenir compte, d'une part, de la période pendant laquelle le recourant avait été privé de son permis et s'était abstenu de conduire en Suisse et, d'autre part, des besoins qu'il avait allégués de rendre visite à sa famille en France. C. A._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de justice. Il conclut à son annulation. La Cour de justice se réfère à son arrêt. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours. Par ordonnance du 10 octobre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours. 