Sachverhalt: A. Am 9. Juni 2009 erstattete der Verein X._ gegen Y._ Strafanzeige wegen Tierquälerei im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a des Tierschutzgesetzes vom 16. Dezember 2005 (TSchG; SR 455). Mit Schreiben vom 27. Juni 2009 an das Bezirksamt Zofingen beantragte der Verein X._, sein Präsident, Z._, sei rechtshilfeweise als Zeuge einzuvernehmen. Das Bezirksamt Zofingen lehnte dieses Begehren ab. Daraufhin ersuchte der Verein X._ mit Eingabe vom 11. Juli 2009 das Obergericht des Kantons Aargau, als Aufsichtsbehörde das Bezirksamt Zofingen anzuweisen, den Präsidenten des Vereins X._ rechtshilfeweise einvernehmen zu lassen. Mit einem Antwortschreiben vom 13. Juli 2009 teilte das Obergericht dem Beschwerdeführer mit, nicht es sei Aufsichtsbehörde über das Bezirksamt als Strafverfolgungsbehörde, sondern das Departement Volkswirtschaft und Inneres, Abteilung Strafrecht, weshalb die Unterlagen zur Entlastung zurückgeschickt würden. Mit Schreiben vom 16. Juli 2009 an den Präsidenten der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts erklärte der Verein X._ indessen, seine Eingabe vom 11. Juli 2009 sei irrtümlich retourniert worden. Es gehe nicht um einen administrativen, sondern um einen juristisch-prozessualen Aufsichtsfall betreffend die Beweiserhebung in einer konkreten Strafuntersuchung. Dafür sei das Obergericht zuständig. Mit Entscheid vom 4. September 2009 erwog das Obergericht, die Eingabe vom 11. Juli 2009 sei als Beschwerde gemäss § 213 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Aargau vom 11. November 1958 über die Strafrechtspflege (StPO/AG; SAR 251.100) entgegen zu nehmen. Gemäss § 206 Abs. 1 StPO/AG sei indessen die Person, welche Strafanzeige erstattet habe und nicht privatrechtliche Ansprüche aus der strafbaren Handlung geltend mache, nicht zur Beschwerde legitimiert, weshalb auf das Rechtsmittel nicht einzutreten sei. Ergänzend wies es darauf hin, dass gestützt auf § 141 Abs. 1 StPO/AG der private Anzeiger im Falle der Einstellung des Verfahrens Beschwerde führen und eine ungenügende Beweiserhebung geltend machen könne. Im Übrigen stehe ihm kein Rechtsmittel zur Verfügung. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 5. Oktober 2009 beantragt der Verein X._, der Entscheid des Obergerichts vom 4. September 2009 sei aufzuheben. Das Obergericht des Kantons Aargau verzichtete auf eine Stellungnahme. Das Bezirksamt Zofingen liess sich nicht vernehmen. 