Faits: A. B._, né en 1957, travaille depuis le 1er septembre 1988 - à mi-temps depuis le 17 décembre 1997 - en qualité de conseiller en réadaptation pour le compte de X._. Souffrant de troubles anxio-dépressifs avec somatisations multiples, il bénéficie depuis le 1er novembre 1998 d'une demi-rente de l'assurance-invalidité (décision du 2 juillet 1999, confirmée après révision les 11 mai 2001 et 16 février 2004). A l'occasion d'une nouvelle procédure de révision engagée au mois d'août 2005, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Neuchâtel (ci-après: l'office AI) a confié la réalisation d'une expertise psychiatrique à la doctoresse V._. Dans son rapport du 22 mars 2006, ce médecin a retenu le diagnostic de trouble dépressif récurrent, épisode actuel léger sans syndrome somatique, et celui d'autres troubles anxieux mixtes. Au vu de l'évolution de la symptomatologie et de certaines facultés d'adaptation, la capacité de travail était de 70 % avec un rendement exigible de 60 % sur un plein temps. A la demande de l'office AI, la doctoresse V._ a précisé que son évaluation de la capacité résiduelle de travail correspondait à une incapacité de travail de 40 % (avis complémentaire du 10 avril 2006). Se fondant sur les conclusions de ce rapport, l'office AI a, par décision du 3 octobre 2006, supprimé la demi-rente d'invalidité versée jusqu'alors et l'a remplacée par un quart de rente avec effet au premier jour du deuxième mois suivant la notification de la décision. B. Par jugement du 29 octobre 2008, la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé par l'assuré contre cette décision. C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut principalement au maintien de son droit à une demi-rente d'invalidité et subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale, respectivement à l'office AI, pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants. L'office AI et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. 