Sachverhalt: A. Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 15. Januar 2010 ordnete die Kantonspolizei Basel-Stadt, Administrativmassnahmen, gegenüber X._ den vorsorglichen Entzug des Führerausweises an und sprach ein Fahrverbot für Motorfahrzeuge aus, für die ein Führerausweis nicht erforderlich ist. Nach Einholen eines verkehrsmedizinischen/verkehrspsychiatrischen Gutachtens der Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) vom 3. Mai 2010 verfügte sie am 5. Juli 2010 neben dem Fahrverbot den Sicherungsentzug auf unbestimmte Zeit rückwirkend ab 24. November 2009. Als Voraussetzung für die Aufhebung des Entzugs bzw. des Fahrverbots setzte sie eine mindestens 12 Monate dauernde, ärztlich kontrollierte und dokumentierte Drogenabstinenz sowie vor der Aufhebung des Entzugs eine verkehrsmedizinische/verkehrspsychiatrische Neubegutachtung fest. Den gegen die Verfügung vom 5. Juli 2010 erhobenen Rekurs wies das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 22. Mai 2012 ab, soweit es darauf eintrat. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht mit Entscheid vom 14. Februar 2013 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt X._ beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides vom 14. Februar 2013 sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese sei aufzufordern, ein Obergutachten in Auftrag zu geben. Ferner sei ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt und Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Kantonspolizei Basel-Stadt lässt sich nicht vernehmen. 