Sachverhalt: A. Der 1953 geborene Z._ bezieht seit November 1998 eine halbe und seit Oktober 2002 eine ganze Invalidenrente. Mit Verfügungen vom 24. Januar 2002 sprach die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen dem Versicherten ab 1. Dezember 2001 Ergänzungsleistungen in der Höhe von Fr. 1659.- und ab 1. Januar 2002 von Fr. 1677.- zu. Der monatlich auszurichtende Betrag wurde in der Folge verschiedentlich angepasst und zuletzt mit Wirkung ab 1. Januar 2005 auf Fr. 1047.- festgesetzt. Nachdem der IV-Stelle des Kantons St. Gallen mitgeteilt worden war, dass sich Z._ seit 14. Oktober 2005 in Untersuchungshaft befinde, sistierte diese mit Verfügung vom 28. Oktober 2005 die Invalidenrente ab sofort. Mit Verfügung vom 3. November 2005 wurde per 31. Oktober 2005 auch die Ausrichtung von Ergänzungsleistungen eingestellt. Einspracheweise liess Z._ die rückwirkende vollständige Ausrichtung der Ergänzungsleistungen bis zu einer allfälligen rechtsgültigen Verurteilung beantragen. Am 26. Januar 2006 ordnete die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen per 30. Januar 2006 die Entlassung des Versicherten aus der Untersuchungshaft und dessen Einweisung in den vorzeitigen Strafvollzug an. Am 27. März 2006 wurden sowohl die Einsprache gegen die Sistierung der Invalidenrente wie auch diejenige gegen die Einstellung der Ergänzungsleistungen abgewiesen. B. Die gegen den Einspracheentscheid betreffend Sistierung der Ergänzungsleistungen erhobene Beschwerde, mit welcher Z._ die rückwirkende Ausrichtung der Ergänzungsleistungen bis zu einer allfälligen rechtsgültigen Verurteilung, eventualiter deren rückwirkende Ausrichtung für die Dauer der Untersuchungshaft bis und mit Januar 2006 beantragen liess, hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 27. Februar 2007 teilweise gut, hob den angefochtenen Einspracheentscheid auf und wies die Angelegenheit zu weiterer Abklärung und neuer Entscheidung an die Sozialversicherungsanstalt zurück. C. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des Entscheids des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. Februar 2007. Z._ lässt die Abweisung der Beschwerde beantragen und um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. 