Sachverhalt: A. Im Jahre 2004 verkaufte die A._-Holding AG ihre vor 1997 erworbene 51%-Beteiligung an der B._ Holding AG (vormals C._ Holding AG, heute D._ Holdings AG) an eine nicht bekannte Käuferschaft. Auf dem "Bruttoertrag" (Verkaufserlös minus Nennwert der verkauften Aktien) von CHF 1'062'300.-- liess sie von der Käuferin eine Verrechnungssteuer von 35 % absetzen, die CHF 371'805.-- ausmachte. B. Für die Steuerperiode 2004 deklarierte die A._-Holding AG einen Gewinn von CHF 597'951.--. Gleichzeitig mit der Steuererklärung reichte sie einen Antrag auf Gewährung der Beteiligungsermässigung für die im Jahre 2004 verkaufte 51%ige Beteiligung an der B._ Holding AG ein, da der Bruttoertrag der genannten Veräusserung nicht Kapitalgewinn bilde, sondern aus einem sog. Mantelhandel stamme. Demgemäss deklarierte sie einen Nettoertrag aus Beteiligungen von CHF 304'558.-- C. Mit Veranlagungsverfügung vom 30. März 2006 und Einspracheentscheid vom 30. Juni 2006 wurde die A._-Holding AG von der Steuerverwaltung des Kantons Glarus auf einen pro 2004 steuerbaren Gewinn von CHF 597'900.-- eingeschätzt. Die Beteiligungsermässigung auf der erwähnten Transaktion wurde nicht zugelassen, auf Beschwerde hin aber von der kantonalen Steuerrekurskommission gewährt. Dagegen gelangte die Eidgenössische Steuerverwaltung an das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus, das die Beschwerde guthiess und den Einspracheentscheid im Ergebnis bestätigte. D. Am 7. Mai 2008 hat die A._-Holding AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt sinngemäss, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 16. April 2008 aufzuheben, wobei der steuerbare Reinertrag gemäss ihrer Steuererklärung, d.h. unter Berücksichtigung eines Beteiligungsabzugs von 50,934 %, zu übernehmen sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während die kantonale Steuerverwaltung auf eine Vernehmlassung verzichtet hat. 