Sachverhalt: A. Der 1950 geborene K._ war als EDV Installateur bei der A._ AG angestellt und damit bei den Berner Versicherungen (nunmehr Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft AG; nachfolgend: Allianz) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 2. Juli 2001 in eine Auffahrkollision verwickelt wurde. Er stand als Lenker des zweiten Fahrzeuges vor einem Fussgängerstreifen, als ihn ein drittes von hinten rammte und in den vorderen Wagen schob. Da er wegen früheren Unfällen jeweils in der Klinik X._ behandelt worden war, wurde er nach dem Unfall in dieses Spital eingeliefert, wo man die Diagnosen einer Commotio cerebri, einer HWS-Distorsion, einer Kontusion des rechten Hemithorax, einer Kniekontusion rechts bei einem Status nach Ruptur und Plastik des vorderen Kreuzbandes und einer Daumendistorsion links stellte. Nach einer 24-stündigen Commotio-Überwachung konnte der Versicherte wieder entlassen werden. Gemäss Zusatzfragebogen bei HWS-Verletzung bestand bei der Erstkonsultation ein Schwindel mit Benommenheit, aber keine Bewusstlosigkeit und eine Amnesie von zirka 30 Sekunden. Die Allianz gewährte Heilbehandlung und richtete Taggelder aus. Vom 7. bis 30. Januar 2002 absolvierte K._ einen Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik Y._, welche bei Austritt eine Arbeitsfähigkeit von 25 % in der bisherigen Tätigkeit im Sinne eines Versuchs und einer neuen Evaluation nach vier Wochen empfahl. Ohne über die Resultate des Arbeitsversuchs zu berichten, attestierte der als Hausarzt handelnde Dr. med. V._ von der chirurgischen Klinik X._ ab 19. August 2002 wieder eine andauernde vollständige Arbeitsunfähigkeit. Am 15. November 2005 untersuchte Dr. med. M._, Facharzt für Chirurgie FMH, den Versicherten und erstattete der Unfallversicherung mit Gutachten vom 9. März 2006 Bericht. Zusammenfassend kam der Arzt zum Schluss, es lägen keine Folgen dieses versicherten Unfalles mehr vor und K._ seien alle Arbeiten im Rahmen seiner angestammten Tätigkeit aber auch andere Tätigkeiten zumutbar. Der Versicherte veranlasste seinerseits eine Abklärung bei Dr. med. E._ am Zentrum C._. Gemäss dessen Bericht vom 31. Juli 2006 hätten die Bilder vom 17. Juli 2006 einen Befund im Bereich der Ligamenta alaria ergeben, welche typisch für eine alte Teilruptur nach einem Beschleunigungstrauma seien. Eine daraus begründete - und muskulär kompensierte - hypermobile Instabilität gelte als sehr wahrscheinlich. Dr. med. H._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, speziell Wirbelsäulenleiden, hält diese Instabilität gemäss Schreiben vom 14. Oktober 2006 für hauptverantwortlich für den protrahierten Verlauf des therapieresistenten cervico-cephalen Schmerzsyndroms. Die Allianz liess den Versicherten in der Folge bei der Gutachterstelle U._ polydisziplinär untersuchen. Das Gutachten vom 17. April 2007 hält zusammenfassend fest, die geklagten Beschwerden könnten betreffend deren Phänomenologie im Rahmen der festgestellten degenerativen HWS-Veränderungen vorkommen. Indessen seien sie im Ausmass und angesichts der absoluten therapeutischen Unbeeinflussbarkeit in keiner Weise typisch. Die organischen Gesundheitsschäden hätten keinen Zusammenhang mit dem Unfall vom 2. Juli 2001. Der Status quo ante sei spätestens nach wenigen Monaten wieder erreicht gewesen. Zudem könne entgegen den Abklärungen der Dres. med. H._ und E._ eine Ruptur der Ligamenta alaria nicht nachgewiesen werden. Gestützt auf dieses Gutachten eröffnete die Allianz dem Versicherten mit Verfügung vom 20. September 2007, ihre Leistungen würden rückwirkend auf den 1. Mai 2002 eingestellt. Die seither ausgerichteten Taggeldleistungen von insgesamt Fr. 212'733.30 seien zurückzuerstatten. Im Weiteren eröffnete die Unfallversicherung K._, dass sie das Ergebnis von Observationen, welche die involvierte Haftpflichtversicherung in Auftrag gegeben habe, zur Kenntnis genommen habe. Die Bilder würden die von den medizinischen Gutachtern gemachten Feststellungen bestätigen. An ihrer Verfügung hielt die Unfallversicherung hinsichtlich der Leistungseinstellung auch auf Einsprache hin fest; hingegen wurde auf die Rückforderung der Taggelder verzichtet (Entscheid vom 8. April 2008). B. Die von K._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 9. März 2009 ab. Es verneinte dabei jeglichen Leistungsanspruch aus dem Unfall vom 2. Juli 2001 ab 1. Mai 2002. C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und des Einspracheentscheides seien ihm über den 30. April 2002 beziehungsweise über den 23. Mai 2006 hinaus die gesetzlichen Versicherungsleistungen zu erbringen; eventualiter sei die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen. Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung. 