Faits: A. Z._, domiciliée à ... (Genève) a été engagée dès le 31 janvier 2008 en qualité d'hôtesse par X._ SA, société ayant son siège à ... (Genève) et qui exploite dans cette ville une discothèque à l'enseigne "W._". Le contrat conclu prévoit un salaire horaire et il fut convenu entre les parties que l'employée devait travailler en qualité d'hôtesse à raison de 14 heures par semaine. Elle a été chargée par ailleurs de tâches d'administration, qui sont qualifiées d'extrêmement limitées par l'employeur, mais pour lesquelles l'employée affirme avoir consacré 23,5 heures par semaine dès le 9 avril 2008. Z._ a résilié le contrat de travail pour le 31 juillet 2010. Le dernier jour de travail, elle a signé un "reçu pour solde de tout compte" portant sur la somme de 2'515 fr.90. Le 4 août 2010, le syndicat A._, faisant état d'une plainte de Z._, demanda que l'employeur soit contrôlé par l'Office de contrôle de la convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés. Après avoir effectué un contrôle le 14 septembre 2010, cet office a pris position le 28 septembre 2010, constatant que le salaire minimum n'avait pas été respecté, que les jours fériés n'avaient pas été correctement indemnisés, de même que les heures supplémentaires et le treizième salaire; retenant que l'employée travaillait 37,5 heures par semaine, l'office en a déduit qu'il lui restait encore dû un montant net de 34'342 fr.95. L'employeur ayant contesté le nombre d'heures de travail, l'office de contrôle a maintenu sa position en précisant qu'il s'était fondé sur un avis de maladie et attestation de perte de gains signé par l'employeur et indiquant une durée hebdomadaire de travail de 37,5 heures. L'employeur n'a jamais produit de copie de ce document pour en contester la teneur. B. Par acte déposé le 17 novembre 2011, Z._ a formé devant la juridiction genevoise des prud'hommes une demande en paiement dirigée contre X._ SA, réclamant à cette dernière la somme de 89'225 fr.75 avec intérêts moratoires. Elle a cependant admis que ce chiffre procédait d'une erreur de sa part et elle a ensuite réduit sa prétention à 40'233 fr.10 brut. L'employeur s'est opposé à la demande en totalité. Entendu comme témoin, un collègue de Z._ a déclaré qu'il avait travaillé avec elle dans le bureau et qu'elle s'occupait de l'administration, des factures et répondait aux téléphones pour les questions administratives et les réservations; le week-end, elle fonctionnait plutôt à l'accueil et au bar. Par jugement du 30 mai 2011, le Tribunal des prud'hommes, retenant que la durée du travail hebdomadaire avait été de 37,5 heures, condamna X._ SA à verser à Z._ la somme brute de 40'233 fr.10 avec intérêts moratoires. Saisie d'un appel formé par l'employeur, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice, par arrêt du 18 juin 2012, a confirmé le jugement attaqué. C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 18 juin 2012. Invoquant une violation de l'art. 8 CC et l'arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au rejet de la demande sous suite de frais et dépens, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale. L'intimée Z._, qui n'a pas recouru aux services d'un avocat, a déposé des conclusions tendant à la confirmation de l'arrêt attaqué avec suite de dépens. 