Faits: A. R._, né en 1952, est entré au service de la Municipalité X._ (ci-après: la Municipalité) le 1er décembre 1990 en qualité de secrétaire municipal adjoint. Il a été nommé définitivement à son poste le 1er janvier 1992. Son travail était très apprécié par le secrétaire municipal avec lequel il a collaboré de nombreuses années. Le 1er septembre 2008, un "secrétariat général" a été créé au sein de la Municipalité et L._, cheffe des ressources humaines, a été placée à sa tête. Elle est devenue la supérieure hiérarchique de R._. A partir du 7 septembre 2009, R._ s'est trouvé en incapacité de travail totale pour cause de maladie et n'a plus repris son service depuis cette date. Par lettre du 18 septembre 2009, R._ s'est plaint pour la première fois auprès de son employeur du comportement de sa supérieure hiérarchique, L._, envers lui. En bref, il lui reprochait de tout faire pour le mettre à l'écart en le dénigrant et en mettant en cause ses compétences tant et si bien qu'il en était tombé malade. Après avoir pris connaissance de ce courrier, L._ et R._ ont été entendus séparément par la Municipalité, respectivement le 5 et 12 novembre 2009. A cette occasion, le prénommé a déclaré qu'il ne pouvait plus envisager de retravailler sous les ordres de L._. Afin d'éclaircir les faits et pouvoir se déterminer sur un éventuel harcèlement psychologique de la part de celle-ci, la Municipalité a mandaté le Cabinet Y._ (Psychologues du travail et consultants RH) pour effectuer un audit. Le cabinet Y._ a entendu les deux concernés ainsi que cinq témoins désignés par chacun d'eux. Selon les conclusions du rapport rendu en février 2010, R._ n'avait pas été victime de mobbing. Les allégations de celui-ci ne se trouvaient pas confirmées à travers les témoignages. Du côté de L._, il n'y avait eu clairement aucune volonté de nuire, mais des maladresses. Il était également relevé que la virulence des propos et des accusations de R._ ne permettait aucune médiation à ce stade et qu'au vu de la situation, il était impensable de maintenir une relation professionnelle entre eux. Le 24 mars 2010, l'intéressé a pris connaissance dudit rapport dans les locaux de la Municipalité. Le lendemain, il a écrit une lettre dans laquelle il en contestait le résultat, estimant que le rapport ne faisait pas toute la lumière sur les faits qu'il avait dénoncés. Convoqué à une audition pour le 28 avril 2010, R._ a demandé, par le biais de sa mandataire, que la séance soit reportée et que l'entier du dossier, en particulier le rapport Y._, lui soit communiqué pour consultation. La Municipalité a déplacé la séance d'audition au 12 mai 2010, mais a refusé, pour des motifs de confidentialité, la transmission dudit rapport qui pouvait être consulté sur place. Le 7 mai 2010, la mandataire de R._ a pris connaissance du document dans les locaux de la Municipalité, sans pouvoir toutefois en faire une copie. Le 12 mai 2010, le prénommé a refusé de se rendre à la séance d'audition, motif pris qu'il n'avait pas pu disposer d'un exemplaire photocopié du rapport. Sa mandataire n'était également pas présente à cette séance. Le 18 mai 2010, la Municipalité a résilié les rapports de service de R._ pour justes motifs avec un délai de congé de trois mois pour le 31 août 2010, en application de l'art. 13 du Statut du personnel de la Commune X._ (ci-après: le Statut). L'intéressé a été libéré de son obligation de travailler. B. R._ a déféré cette décision à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois qui, après avoir auditionné plusieurs témoins, a rejeté le recours (jugement du 6 juillet 2012). C. R._ interjette un recours en matière de droit public. Sous suite de frais et dépens, il demande l'annulation de la décision de résiliation de la Municipalité et le renvoi de la cause à cette autorité pour nouvelle décision. Il requiert l'effet suspensif à son recours. Le Tribunal fédéral n'a pas procédé à un échange d'écritures. 