Sachverhalt: A. Z._, geboren 2005, ist kleinwüchsig und wird mit Wachstumshormonen behandelt. Ihre Eltern ersuchten am 16. August 2011 bei der Invalidenversicherung um Gewährung medizinischer Massnahmen. Nach Einholung eines Berichtes der Frau Prof. Dr. med. L._, Leitende Ärztin Endokrinologie/Diabetologie am Spital X._ vom 31. August 2011 lehnte die IV-Stelle des Kantons Thurgau den Anspruch mit Verfügung vom 16. Februar 2012 ab mit der Begründung, dass kein Geburtsgebrechen vorliege. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Juni 2012 ab. C. Die Swica Krankenversicherung AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung. Das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau und das Bundesamt für Sozialversicherungen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 