Faits: A. Né en 1972 de nationalité suisse, X._ est domicilié avec son épouse et leurs deux enfants en France. Il exerce la profession d'avocat en qualité d'indépendant, pour partie à Genève et pour le reste en France. Dans sa déclaration fiscale 2007, il a annoncé un bénéfice net provenant de son activité en Suisse de 22'863 fr. et de 60'003 fr. pour celle exercée en France. Sous la rubrique «déductions», le contribuable a mentionné au titre de l'impôt cantonal et communal et de l'impôt fédéral direct une déduction de 8'000 fr. au titre de cotisations pour une assurance 3e pilier A et produit deux attestations émises par Y._. Le 6 octobre 2008, l'Administration fiscale du canton de Genève a émis un bordereau d'impôt cantonal et communal 2007 d'un montant de 3'838 fr. 70 calculé sur un bénéfice net de l'activité indépendante réalisée en Suisse de 22'940 fr., le montant des cotisations au 3e pilier A pour un total de 8'000 fr. faisant l'objet d'une répartition internationale à raison de 2'174 fr. pour la Suisse et de 5'826 fr. pour la France. Le 20 octobre 2008, X._ a déposé une réclamation, demandant que les cotisations du 3e pilier A soient déduites dans leur intégralité du revenu réalisé à Genève et que les charges hypothécaires et les frais d'entretien relatifs à son bien immobilier en France soient pris en considération. Par deux décisions du 29 juin 2009 en matière d'impôt fédéral direct d'une part et des impôts cantonal et communal d'autre part, l'Administration fiscale cantonale a admis la réclamation au sujet des frais d'entretien et des intérêts hypothécaires. En revanche, elle l'a rejetée concernant la déduction des cotisations au 3e pilier A. Elle a émis le 29 juin 2009 des bordereaux rectificatifs. Le 28 juillet 2009, X._ a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative, devenue, depuis le 1er janvier 2011, le Tribunal administratif de première instance, contre les deux décisions sur réclamation, en concluant à leur annulation. Le 26 février 2010, l'Administration fiscale cantonale a conclu au rejet du recours. Seules pouvaient conclure un contrat de 3e pilier A les personnes assujetties obligatoirement ou facultativement à l'assurance-vieillesse et survivants (art. 5 al. 1 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité; [LPP; RS 831.40]) et qui payaient effectivement des cotisations AVS sur le produit de leur travail, ce qui n'était pas le cas du contribuable qui était obligatoirement soumis à la sécurité sociale française, selon les accords bilatéraux (art. 14 bis § 2 du règlement CEE R 1408/71). Elle concluait à la reformatio in pejus de ses décisions de taxation 2007, en ce sens que les cotisations versées indûment au 3e pilier lié A, et qui devaient être remboursées, n'étaient pas déductibles. Bien qu'invité à se déterminer, X._ n'a pas réagi. Par décision du 11 octobre 2010, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours de X._ et renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelles taxations en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2007 refusant toute déduction au titre des cotisations au 3e pilier A. Par mémoire du 22 novembre 2010, X._ a saisi la Cour de justice du canton de Genève. B. Par arrêt du 22 novembre 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. Comme la loi sur la prévoyance professionnelle ne s'applique qu'aux personnes qui sont assurées à l'assurance-vieillesse et survivants fédérale, selon le texte clair de l'art. 5 al. 1 LPP, tout le régime de déductions des cotisations versées au titre de la prévoyance professionnelle institué par le titre 2 de cette loi était inapplicable à l'intéressé. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 22 novembre 2011 par la Cour de justice du canton de Genève, de déclarer que les cotisations versées au titre du 3e pilier A sont déductibles dans la limite de 20% du revenu net perçu en Suisse équivalant à un montant de 4'572 fr. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. D. Le Tribunal fédéral a rendu son jugement en séance publique le 3 mai 2013. 