Sachverhalt: A. Gemäss einer Meldung des kantonalen Steueramtes vom 19. September 2006 zuhanden der Ausgleichskasse hatte Z._ als Mitglied der Konzernleitung der Unternehmung X._ in den Jahren 2001 und 2002 als Teilhaber der Y._ AG mit dem Verkauf seiner Aktien an die Unternehmung X._ erhebliche Gewinne erzielt. Mit zwei Verfügungen vom 24. November 2006 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Zürich Z._ zur Bezahlung persönlicher AHV/IV/EO-Beiträge von Fr. 147'926.40 für das Jahr 2001 sowie von Fr. 66'133.80 für das Jahr 2002 (je einschliesslich Verwaltungskosten) auf den in den entsprechenden Jahren erzielten Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit in der Höhe von Fr. 1'534'100.- (2001) und Fr. 682'500.- (2002). Auf Einsprache hin hielt die Ausgleichskasse mit Entscheid vom 13. Februar 2007 an ihrem Standpunkt fest, dass es sich beim Gewinn aus dem Verkauf der Aktien der Y._ AG um Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit handle. B. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich den angefochtenen Einspracheentscheid auf mit der Feststellung, dass Z._ auf den aus dem Verkauf der Aktien der Y._ AG erzielten Kapitalgewinnen keine persönlichen Beiträge bezahlen müsse (Entscheid vom 25. November 2008). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Ausgleichskasse, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das beitragspflichtige Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit von Z._ für das Jahr 2001 auf Fr. 1'513'600.- und für das Jahr 2002 auf Fr. 675'000.- festzusetzen. Während Z._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 