Sachverhalt: A. Ab dem Frühjahr 2002 führte ein aus Nigerianern bestehender, über ein internationales Netzwerk verfügender Drogenhändlerring mehrmals Drogen aus dem Ausland zwecks Verkaufs in den Raum Bern ein. Der Transport erfolgte durch Kuriere. Y._ nahm jeweils den Geldbetrag entgegen, den ihm X._ für die Bezahlung der Drogenlieferung zukommen liess, wechselte ihn in Euro, nahm den Kurier in Empfang und fuhr mit ihm zu Z._, wo der Kurier die Drogen ausschied und direkt bezahlt wurde. Die Drogen wurden an Zwischen- und Unterhändler weitergegeben. X._ war - jedenfalls unter den ermittelten Mitgliedern - der Kopf der Bande und als solcher verantwortlich für die Organisation der Lieferungen und damit auch für die Y._ vorgeworfenen Tathandlungen. Am 8. Juli 2002 wurde gegen Y._ und unbekannte Täterschaft eine Telefonkontrolle angeordnet, welche bis am 4. Oktober 2002 andauerte. B. X._ wurde am 26. August 2005 erstinstanzlich wegen qualifizierten Drogenhandels und Geldwäscherei zu 75 Monaten Zuchthaus, einer Busse von Fr. 2'500.-- und 20 Jahren Landesverweisung verurteilt. Das Obergericht Bern, an welches X._ appellierte, bestätigte mit Urteil vom 21. August 2007 in Anwendung des neuen Rechts das erstinstanzliche Urteil vollumfänglich, soweit angefochten. Gegen dieses Urteil erhob X._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde, soweit es darauf eintrat, gut und wies die Sache im Sinne der Erwägungen ans Obergericht zu neuem Entscheid zurück (Urteil 6B_50/2008 vom 20. Juni 2008). C. Das Obergericht des Kantons Bern wies mit Kammerbeschluss vom 13. Oktober 2008 den Antrag der Generalprokuratur des Kantons Bern auf Einholung der Zustimmung im Sinne von Art. 9 Abs. 2 BÜPF ab. Es sprach X._ mit Urteil vom 28. Oktober 2008 der (zugestandenen) Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz im Umfang vom 1'768 Gramm Kokaingemisch sowie der einfachen Geldwäscherei (Deliktsbetrag Fr. 25'200.--) schuldig und verurteilte ihn zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 36 Monaten. Das Obergericht sprach ihm für die Überhaft eine Genugtuung sowie Schadenersatz für Lohn- und Verdienstausfall zu. D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Generalprokuratur des Kantons Bern, X._ sei schuldig zu erklären der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und der qualifizierten Geldwäscherei. Er sei zu einer Freiheitsstrafe von 75 Monaten sowie zu einer Busse von Fr. 2'500.-- zu verurteilen. Eventualiter sei der Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. 