Sachverhalt: A. Die X._ AG bezweckt den An- und Verkauf sowie die Verwaltung von Liegenschaften und die Beratung im Architektur- und Baubereich. Sie ist unter anderem Eigentümerin der Liegenschaft an der A._strasse bzw. B._strasse in V._. Hauptaktionär und einziger Verwaltungsrat ist Z._. Im Geschäftsjahr 1.7.2005 bis 30.6.2006 resultierte bei der Gesellschaft ein Gewinn von Fr. 195'698.--, und sie wies Verlustvorträge aus früheren Geschäftsjahren aus. B. Für die Steuerperiode vom 1. Juli 2005 bis 30. Juni 2006 deklarierte die X._ AG einen steuerbaren Gewinn von Fr. 0. Der Steuerkommissär übernahm zwar den ausgewiesenen Gewinn von Fr. 195'698.--, liess jedoch nur Vorjahresverluste von insgesamt Fr. 104'369.-- zur Verrechnung zu, was einen steuerbaren Gewinn von Fr. 91'300.-- (abgerundet) ergab. Eine Einsprache hiergegen wurde vom kantonalen Steueramt am 12. März 2009, eine Beschwerde von der Steuerrekurskommission I am 17. Juni 2009 und schliesslich eine Beschwerde vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 3. März 2010 abgewiesen. Eine hiergegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht am 18. Februar 2011 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück (Urteil 2C_356/2010, in: StE 2011 A 21.13 Nr. 9). Mit Urteil vom 30. November 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde erneut ab. C. Vor Bundesgericht beantragt die X._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. November 2011 aufzuheben, den ausgewiesenen Reingewinn um eine nachträgliche Abschreibung von Fr. 100'000.-- zu reduzieren und im verbleibenden Umfang mit dem Verlustvortrag zu verrechnen, so dass ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0 resultiere, eventuell die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie rügt eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von Bundesrecht. D. Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf deren Abweisung. 