Sachverhalt: A. Die Einwohnergemeinde Münchenbuchsee errichtete in den 1990er-Jahren auf der ihr gehörenden Parzelle Nr. 69 in Münchenbuchsee einen Dreikammerglascontainer. Im Jahr 2004 reichte sie dafür ein nachträgliches Baugesuch ein. Die Parzelle liegt in der Wohnzone W3 mit Lärmempfindlichkeitsstufe II. Mit Entscheid vom 21. Dezember 2004 verweigerte der Regierungsstatthalter von Fraubrunnen die Baubewilligung und ordnete an, der Glascontainer müsse entfernt werden. Dagegen führte die Einwohnergemeinde Münchenbuchsee Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Im anschliessenden Verfahren reichte sie zwei Projektänderungen ein. Mit Entscheid vom 3. November 2005 hob die BVE die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung an den Regierungsstatthalter von Fraubrunnen zurück. Dieser bewilligte mit Gesamtbauentscheid vom 6. Juli 2006 das Vorhaben gemäss der zweiten Projektänderung unter Bedingungen und Auflagen. X._, Eigentümer der Nachbarparzelle Nr. 726, erhob gegen diesen Entscheid Beschwerde bei der BVE, welche das Rechtsmittel guthiess und das Baugesuch ablehnte. Dagegen führte die Einwohnergemeinde Münchenbuchsee Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Mit Urteil vom 13. Februar 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Beschwerde gut, hob den Entscheid der BVE auf und wies die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Auf eine gegen dieses Urteil gerichtete Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten von X._ trat das Bundesgericht nicht ein (Urteil 1C_121/2008 vom 28. März 2008). Die BVE nahm das Verfahren in der Folge wieder auf und gab der Einwohnergemeinde Münchenbuchsee Gelegenheit, die formellen Mängel in ihrer Baueingabe zu verbessern. Mit Entscheid vom 19. Dezember 2008 bewilligte sie die dritte Projektänderung, wobei sie den Gesamtbauentscheid des Regierungsstatthalters von Fraubrunnen in zwei Punkten ergänzte und im Übrigen bestätigte. Ein gegen diesen Entscheid gerichtetes Rechtsmittel wies das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 3. Juni 2009 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. Juli 2009 beantragt X._ sinngemäss die Aufhebung der beiden Urteile des Verwaltungsgerichts vom 13. Februar 2008 und vom 3. Juni 2009 sowie die Verweigerung der Baubewilligung. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die BVE ist der Ansicht, die Beschwerdegegnerin hätte verpflichtet werden müssen, die Altglassammelcontainer unterirdisch zu errichten oder einzuhausen. Die Beschwerde sei deshalb gutzuheissen, soweit der Beschwerdeführer verlange, dass die beiden Urteile des Verwaltungsgerichts aufzuheben seien. Die Beschwerdegegnerin beantragt dagegen die Abweisung der Beschwerde. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält fest, der angefochtene Entscheid verletze das Lärmschutzrecht des Bundes nicht. Im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels halten das Verwaltungsgericht, die BVE, der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. 