A.- Le 1er juin 1995, C._ a commencé à travailler comme sommelière au service de R._ au restaurant X._. Le salaire convenu contractuellement était de 3500 fr. par mois. A partir du 15 août 1995, C._ s'est trouvée en incapacité de travail pour cause de maladie. Son employeur l'a licenciée pour le 31 octobre 1995. Pendant la durée des rapports detravail, C._ a été affiliée à la Caisse-Maladie Suisse d'Entreprises (CMSE), une caisse-maladie de la SWICA Organisation de santé (ci-après : la SWICA), dans le cadre d'un contrat d'assurance collective conclu par son employeur, notamment pour une indemnité journalière en cas d'incapacité de travail couvrant 80 pour cent du gain assuré (après un délai d'attente de 4 jours). Après la résiliation de ses rapports de travail, C._ a été transférée dans l'assurance individuelle de la SWICA à compter du 1er novembre 1995, pour une indemnité journalière de 92 fr. dès le quatrième jour. Au total, la SWICA lui a versé 720 indemnités journalières, du 18 août 1995 au 31 octobre 1997. Dans l'intervalle, C._ a passé une transaction judiciaire avec son ex-employeur, aux termes de laquelle ce dernier a reconnu lui devoir la somme de 4500 fr. (procès-verbal du 26 février 1996 du Tribunal civil du district de Lausanne). A la suite de la conclusion de cette transaction, C._ a demandé à la SWICA de recalculer son indemnité journalière en prenant comme salaire assuré, le salaire mensuel contractuellement convenu (3500 fr.), augmenté d'un montant de 900 fr. qui correspond, rapporté sur un moisd'activité, aucomplémentquesonex-employeuratransactionnellementreconnuluidevoirpourladuréedesrapportsdetravail(4500fr. : 5 mois d'activité). Elle indiquait par ailleurs que des cotisations paritaires AVS avaient été prélevées sur cette somme (cf. relevé de compte complémentaire établi le 5 août 1997 par la Caisse de compensation AVS Gastrosuisse). Par décision du 11 décembre 1997, la SWICA a refusé de donner suite à la demande de l'assurée, motif pris que le montant reconnu transactionnellement par l'ex-employeur n'avait pas la qualité de revenu du travail, mais "correspondait à un versement unique, solde de tout compte". Saisie d'une opposition, la SWICA l'a rejetée par décision du 3 juillet 1998. Reprenant l'argumentation développée dans sa première décision, elle a en outre ajouté que, selon ses conditions générales d'assurance, elle était de toute façon libérée de ses obligationsàl'égarddel'assurée, carcelle-ciavaitconcluunarrangementavecuntierssansavoiraupréalablerequissonconsentement. B.- Par jugement du 25 mars 1999, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'assurée contre la décision sur opposition de la SWICA. C.- C._ interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont elle requiert l'annulation, en concluant derechef, sous suite de dépens, à l'octroi d'indemnités journalières fondées sur un salaire assuré de 4400 fr. (3500 fr. + 900 fr.). Elle demande par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite. La SWICA conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé. 