Faits: A. Par prononcé du 25 mars 2008, le Préfet de Lausanne a condamné X._ à 500 fr. d'amende pour infraction simple à la LCR (violation des art. 31 al. 2 et 37 al. 2 LCR). Selon le rapport de la gendarmerie lausannoise, le 2 janvier 2008 au matin, l'intéressé s'était trouvé endormi au volant de son automobile à un carrefour, alors que la signalisation lumineuse était passée au vert. Après avoir affirmé qu'il avait été victime d'un malaise, X._ avait déclaré qu'il s'était endormi en raison d'une importante fatigue. Par décision du 14 avril 2008, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a retiré à X._ son permis de conduire pour six mois en application de l'art. 16c al. 1 let. c et al. 2 let. b LCR, retenant que l'intéressé avait conduit en état de fatigue ou de surmenage et qu'il avait déjà fait l'objet d'un retrait de permis d'un mois en 2006. B. Par arrêt du 3 novembre 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP) a confirmé cette décision. Ne s'estimant pas liée par la qualification juridique retenue au pénal (le Préfet ayant appliqué les dispositions relatives aux conducteurs pris de boissons et au stationnement gênant), la CDAP a retenu que le fait de s'assoupir au volant constituait en principe une faute grave. L'intéressé avait connu des signes avant-coureurs de fatigue, et avait effectué une sieste d'une demi-heure dans son véhicule peu avant les faits. Il se prétendait victime d'un malaise subit, dû à une légère hypothermie durant sa sieste suivie du réchauffement de l'habitacle, mais ces affirmations n'étaient pas vraisemblables. C. X._ forme un recours en matière de droit public. Il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et de la décision du SAN et l'exemption de toute mesure, subsidiairement un retrait de permis d'un mois, plus subsidiairement le renvoi de la cause à la CDAP pour nouvelle décision au sens des considérants, éventuellement après nouvelle expertise. Il demande l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance du 19 janvier 2009. La CDAP, le SAN et l'Office fédéral des routes se réfèrent à l'arrêt attaqué. 