Sachverhalt: A. Das Betreibungsamt Laufenburg-Sulz erstellte in der gegen Y._ angehobenen Betreibung Nr. xxx im Hinblick auf die Verwertung seines Grundstückes GB B._ Nr. yyy am 19. November 2010 das Lastenverzeichnis. Es nahm unter die grundversicherten Forderungen die durch den Inhaberschuldbrief vom 19. Dezember 1996 im 1. Rang gesicherte Forderung von X._ im Umfang von Fr. 88'555.-- (per Steigerungstag vom 16. Dezember 2010) als vertragliches Pfandrecht auf. Die durch Grundbuchsperre gesicherte Ersatzforderung des Kantons Schaffhausen gemäss Strafurteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 20. Februar 2009 von Fr. 760'237.-- (ebenfalls per Steigerungstag vom 16. Dezember 2010) nahm es unter "Andere Pfandrechte" auf. Zudem legte das Betreibungsamt das Lastenverzeichnis samt Steigerungsbedingungen und Schatzung vom 24. November bis 4. Dezember 2010 öffentlich auf und informierte den Kanton Schaffhausen darüber. B. Am 3. Dezember 2010 bestritt der Kanton Schaffhausen das Pfandrecht von X._. Das Betreibungsamt leitete diese Eingabe als Beschwerde an das Gerichtspräsidium Laufenburg als untere Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen weiter. In Gutheissung dieser Beschwerde wurde das vertragliche Pfandrecht von X._ gelöscht. Das Obergericht des Kantons Aargau als obere Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen hob am 25. Januar 2013 diesen Entscheid auf. Es wies insbesondere darauf hin, dass im Falle der Bestreitung des Lastenverzeichnisses ein gerichtliches Verfahren und nicht ein Beschwerdeverfahren durchzuführen sei. Das Betreibungsamt wurde angewiesen, die Parteirollen zuzuteilen und Frist zur entsprechenden Klage anzusetzen. Das Bundesgericht trat auf die Beschwerde von X._ gegen diesen obergerichtlichen Entscheid nicht ein (Urteil 5A_157/2013 vom 21. Mai 2013). C. Mit Verfügung vom 24. Juni 2013 stellte das Betreibungsamt fest, dass der Kanton Schaffhausen das im Lastenverzeichnis aufgeführte Pfandrecht zu Gunsten von X._ verspätet angefochten habe und die Forderung daher als anerkannt gelte. Auf Beschwerde des Kantons Schaffhausen hob die untere Aufsichtsbehörde die Verfügung am 6. September 2013 auf und wies das Betreibungsamt an, die Parteirollen zuzuteilen und die Frist zur entsprechenden Klage anzusetzen. Dagegen gelangte X._ an das Obergericht als obere Aufsichtsbehörde, welche ihre Beschwerde am 20. Februar 2014 abwies. D. Mit Eingabe vom 13. März 2014 hat X._ Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheides und die Bestätigung der betreibungsamtlichen Verfügung. Weiter ersucht sie um aufschiebende Wirkung. Mit Verfügung vom 9. April 2014 ist der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden. Der Kanton Schaffhausen als Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die obere kantonale Aufsichtsbehörde hat auf eine Stellungnahme verzichtet. 