Sachverhalt: A. U._, geboren 1994, erlitt am 30. Dezember 2009 bei einem Skiunfall eine Paraplegie sub Th2, initial komplett, im Verlauf inkomplett. Seit dem Unfalltag bis am 21. Mai 2010 war er zur Rehabilitation im Paraplegikerzentrum X._ hospitalisiert. Mit Schreiben vom 1. März 2011 meldete die Innova Krankenversicherung AG U._, welcher bei ihr für Krankenpflege versichert ist, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Am 7. Juni 2011 bestätigte die Mutter von U._ das Gesuch um Übernahme medizinischer Massnahmen durch die Invalidenversicherung. Mit Verfügung vom 22. Dezember 2011 lehnte die IV-Stelle des Kantons Thurgau das Gesuch um Kostengutsprache für medizinische Massnahmen ab. Zur Begründung führte sie aus, die Lähmungen von U._ seien regredient und bei Austritt aus dem Paraplegikerzentrum habe er sich wieder selbstständig ohne Rollstuhl fortbewegen können. Damit habe eine Leidensbehandlung vorgelegen, für welche die Invalidenversicherung nicht aufzukommen habe. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher die Innova Krankenversicherung AG die Übernahme des Rehabilitationsaufenthalts von U._ im Paraplegikerzentrum X._ als medizinische Massnahme der Invalidenversicherung beantragt hatte, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 28. März 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erneuert die Innova Krankenversicherung AG den Antrag auf Übernahme der Kosten des Aufenthalts von U._ im Paraplegikerzentrum X._ vom 30. Dezember 2009 bis 21. Mai 2010 als medizinische Massnahme durch die Invalidenversicherung. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, lässt sich die Mutter des Versicherten nicht vernehmen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 