Sachverhalt: A. Am 9. März 2007 verweigerte das Amt für Städtebau der Stadt Zürich der X._ AG die Baubewilligung für fünf Plakatwerbestellen an der Bergstrasse (Kat.-Nr. HO 3829), mangels genügender Einordnung und wegen Beeinträchtigung der Verkehrssicherheit. B. Gegen die Bauverweigerung erhob die X._ AG Rekurs bei der Baurekurskommission I. Diese führte am 16. August 2007 einen Augenschein durch, an dem die X._ AG auf drei der fünf Plakatstellen verzichtete. Am 14. Dezember 2007 hiess die Baurekurskommission den Rekurs teilweise gut und lud das Amt für Städtebau ein, die Baubewilligung für zwei Plakatwerbestellen im Sinne der Erwägungen und mit den allenfalls erforderlichen Nebenbestimmungen zu erteilen. C. Dagegen erhob das Amt für Städtebau der Stadt Zürich Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 21. Mai 2008 gut, soweit sie nicht wegen Gegenstandslosigkeit abgeschrieben wurde. Es hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und stellte die Bauverweigerung des Amts für Städtebau wieder her. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ AG am 1. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Entscheid der Baurekurskommission vom 14. Dezember 2007 sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid nach Durchführung eines Augenscheins an die Vorinstanz zurückzuweisen. E. Das Amt für Städtebau beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. In ihrer Replik hielt die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest. 