Sachverhalt: A. X._ fuhr am 27. Juni 2010 mit seinem Personenwagen von Mönchaltorf nach Oetwil am See, wo er von der Polizei kontrolliert wurde. Die Blutanalyse ergab für die Zeit der Fahrt eine Blutalkoholkonzentration von mindestens 2,05 Gewichtspromillen. Im ärztlichen Bericht dazu wurde zudem festgehalten, es bestehe der medizinisch begründete Verdacht auf einen chronischen Alkoholüberkonsum. X._ wurde der Führerausweis von der Polizei abgenommen. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 23. August 2010 zu einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen und einer Busse von Fr. 2'200.--. Am 19. November 2010 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit, mindestens aber für drei Monate und machte die Wiedererteilung des Ausweises von einem günstigen verkehrsmedizinischen Gutachten abhängig. Die Sicherheitsdirektion wies den Rekurs von X._ am 28. März 2011 ab. B. Am 13. April 2011 unterzog sich X._ beim Institut für Rechtsmedizin (IRMZ) einer verkehrsmedizinischen Untersuchung. Gestützt auf dessen Gutachten vom 3. Mai 2011 hob das Strassenverkehrsamt am 23. Mai 2011 den Sicherungsentzug unter Anordnung der empfohlenen Massnahmen - Alkoholabstinenz, regelmässige Besprechung mit einer Fachperson für Alkoholprobleme, Bestimmung der Laborwerte im Juli 2011, Kontrolluntersuchung inklusive Haaranalyse am IRMZ im November 2011 - auf. C. Am 27. Juni 2011 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde X._s ab, mit der er beantragt hatte, den Entscheid der Sicherheitsdirektion aufzuheben und festzustellen, anstelle des verfügten Sicherungsentzugs hätte ein Warnungsentzug angeordnet werden müssen, der bereits vollzogen sei. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Verwaltungsgerichtsurteil aufzuheben und festzustellen, dass anstelle des am 19. November 2010 gegen ihn verhängten Sicherungsentzugs ein Warnungsentzug hätte erfolgen müssen, der bereits vollzogen sei. Der Führerausweis sei ihm bedingungs- und auflagenlos wieder zu erteilen, und er sei rückwirkend aus der verkehrsmedizinischen Kontrolle zu entlassen. D. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Strassenverkehrsamt beantragt, sie abzuweisen. Das ASTRA beantragt, die Beschwerde abzuweisen. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest. 