Sachverhalt: A. A.a Mit Entscheid vom 18. August 2011 wies das Regionalgericht Bern-Mittelland die von A._ und B._ gegen D._ erhobene Klage betreffend Grunddienstbarkeit ab und verpflichtete die Klägerinnen bzw. Widerbeklagten im Wesentlichen, die Zuleitung von Wasser auf die Liegenschaft des Beklagten zu unterlassen. Nach Zustellung des begründeten Entscheides am 25. November 2011 erhoben die Klägerinnen mit Eingabe vom 10. Januar 2012 Berufung. Die Berufungsschrift wurde von "E._ in Vertretung" von Rechtsanwalt C._ unterzeichnet. A.b Der Instruktionsrichter am Obergericht des Kantons Bern stellte mit Verfügung vom 23. Januar 2012 fest, dass in den Akten keine Vollmacht von Rechtsanwalt C._ vorliege, und forderte diesen auf, eine solche innert zehn Tagen nachzureichen. Sodann wurde Rechtsanwalt C._ aufgefordert, innert gleicher Frist die Voraussetzungen zur Parteivertretung (gemäss Art. 7 des kantonalen Anwaltsgesetzes vom 28. März 2006; KAG/BE, BSG 168.11) für E._ nachzuweisen. Zur Begründung hielt der Instruktionsrichter fest, dass sich weder in den Akten, noch auf der Webseite der Rechtsanwaltskanzlei Hinweise zur Person und Tätigkeit von E._ finden liessen; sodann sei sie nicht im Anwaltsregister des Kantons Bern eingetragen. A.c Am 2. Februar 2012 teilte Rechtsanwältin und Notarin E._ in Vertretung von Rechtsanwalt C._ mit, dass sie bei diesem angestellt und durch diesen gehörig bevollmächtigt sei. Aufgrund des Anstellungsverhältnisses bestehe kein Eintrag im Anwaltsregister des Kantons Bern. Weiter wurde eine Haupt- und Substitutionsvollmacht eingereicht. B. Der Instruktionsrichter beschränkte am 16. Februar 2012 das Verfahren auf die Frage, ob Rechtsanwältin E._ zur Parteivertretung befugt bzw. die Erhebung der Berufung wirksam sei. D._ als Gegenpartei hielt an seiner Auffassung, dass das Rechtsmittel unbeachtlich sei, unverändert fest, nachdem A._ und B._ am 2. März 2012 eine von Rechtsanwalt C._ unterzeichnete Berufung eingereicht hatten. Mit Entscheid vom 7. Mai 2012 trat das Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 1. Zivilkammer, auf die Berufung von A._ und B._ mangels wirksamer Parteivertretung nicht ein. C. A._ und B._ haben am 15. Juni 2012 Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Die Beschwerdeführerinnen beantragen, der Entscheid des Obergerichts vom 7. Mai 2012 sei aufzuheben und die Vorinstanz habe die Berufung materiell zu beurteilen. Das Obergericht verweist in der Vernehmlassung auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid. D._ als Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde. 