Faits: Faits: A. Le 26 novembre 1998, Y._ S.A. (ci-après: Y._) a demandé l'autorisation de construire un entrepôt, sur les parcelles n° 3798 et 4055 de la commune de Vernier, en zone de développement industriel. La société X._ S.A. (ci-après: la société) était désignée comme entreprise générale. Le 3 mars 1999, le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: DAEL) a accordé l'autorisation de construire, sous diverses charges et conditions. Le 14 janvier 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que les mesures de sécurité prévues par l'art. 94 du règlement cantonal sur les chantiers (ci-après: RCh) n'étaient pas respectées. A raison de ces faits, une nouvelle amende de 10'000 fr. a été infligée le 8 février 2000 à la société, laquelle a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la commission). Le 14 janvier 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que les mesures de sécurité prévues par l'art. 94 du règlement cantonal sur les chantiers (ci-après: RCh) n'étaient pas respectées. A raison de ces faits, une nouvelle amende de 10'000 fr. a été infligée le 8 février 2000 à la société, laquelle a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la commission). B. Le 1er février 2000, Y._ a décidé de suspendre les travaux sur le chantier. Elle en a informé la société, en lui demandant de lui remettre le double des clés correspondant aux serrures installées sur le bâtiment. Simultanément, Y._ a averti le DAEL de l'interruption des travaux, qui devait se prolonger durant "quelques semaines", en vue de la réorganisation de la direction du chantier. Le 23 février 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que des matériaux avaient été entreposés dans une partie de la halle (soit 19'000 m2 pour une superficie totale de 26'000 m2), notamment pour le compte de A._; d'autre part, toute une série de mesures techniques, liées à la construction et à la sécurité du bâtiment, telles qu'elles avaient été définies dans l'autorisation de construire, n'avaient pas été prises ou ne fonctionnaient pas. Par deux décisions séparées du 6 mars 2000, le DAEL a ordonné à Y._ et à la société de prendre des mesures immédiates de sécurité; il leur a infligé en outre, solidairement entre elles, une amende de 60'000 fr. Contre ces décisions, Y._ et la société ont recouru séparément auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, la seconde en faisant notamment valoir que le contrat d'entreprise générale avait été transféré à la société Z._ SA (ci-après: Z._), dès le mois de février 1999. Le 23 février 2000, l'inspecteur du DAEL a constaté que des matériaux avaient été entreposés dans une partie de la halle (soit 19'000 m2 pour une superficie totale de 26'000 m2), notamment pour le compte de A._; d'autre part, toute une série de mesures techniques, liées à la construction et à la sécurité du bâtiment, telles qu'elles avaient été définies dans l'autorisation de construire, n'avaient pas été prises ou ne fonctionnaient pas. Par deux décisions séparées du 6 mars 2000, le DAEL a ordonné à Y._ et à la société de prendre des mesures immédiates de sécurité; il leur a infligé en outre, solidairement entre elles, une amende de 60'000 fr. Contre ces décisions, Y._ et la société ont recouru séparément auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, la seconde en faisant notamment valoir que le contrat d'entreprise générale avait été transféré à la société Z._ SA (ci-après: Z._), dès le mois de février 1999. C. Le 21 novembre 2000, la commission a rejeté le recours dirigé contre l'amende du 8 février 2000. Cette décision a également fait l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif. C. Le 21 novembre 2000, la commission a rejeté le recours dirigé contre l'amende du 8 février 2000. Cette décision a également fait l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif. D. Par arrêt du 3 avril 2001, le Tribunal administratif, après avoir joint les trois causes, a rejeté le recours formé contre la décision du 21 novembre 2000 concernant l'amende du 8 février 2000. La société était désignée comme entreprise générale durant la phase d'étude, ainsi que lors de la réalisation du projet, durant laquelle elle assurait la coordination entre les sous-traitants; elle devait être considérée comme perturbateur par situation, et le montant de l'amende apparaissait proportionné. Le Tribunal administratif a en revanche admis les recours formés directement contre les décisions du 6 mars 2000, l'amende ne pouvant être infligée aux différents perturbateurs pris conjointement et solidairement entre eux. Après avoir déterminé leur responsabilité respective de manière séparée, il a infligé à la société une amende de 40'000 fr. et à Y._ une amende de 20'000 fr. D. Par arrêt du 3 avril 2001, le Tribunal administratif, après avoir joint les trois causes, a rejeté le recours formé contre la décision du 21 novembre 2000 concernant l'amende du 8 février 2000. La société était désignée comme entreprise générale durant la phase d'étude, ainsi que lors de la réalisation du projet, durant laquelle elle assurait la coordination entre les sous-traitants; elle devait être considérée comme perturbateur par situation, et le montant de l'amende apparaissait proportionné. Le Tribunal administratif a en revanche admis les recours formés directement contre les décisions du 6 mars 2000, l'amende ne pouvant être infligée aux différents perturbateurs pris conjointement et solidairement entre eux. Après avoir déterminé leur responsabilité respective de manière séparée, il a infligé à la société une amende de 40'000 fr. et à Y._ une amende de 20'000 fr. E. Par arrêt du 30 août 2001, le Tribunal fédéral, saisi d'un recours de droit public formé par la société, a annulé cet arrêt en tant qu'il portait sur l'amende du 6 mars 2000, celle du 8 février 2000 n'étant pas remise en cause. La société prétendait que la direction générale des travaux était assuré par Z._, elle-même n'étant que sous-traitant. Le Tribunal administratif avait rejeté les offres de preuve sur ce point, considéré comme non déterminant. Cette appréciation anticipée des preuves, certes discutable, n'était pas arbitraire car, sur le vu des autres moyens de preuve disponibles, l'on pouvait considérer que le rôle effectif de la recourante dépassait celui défini par contrat. La société faisait aussi valoir que les travaux étaient suspendus dès le 1er février 2000, et qu'elle ne pouvait être tenue pour responsable des faits constatés le 23 février 2000. Cette question n'avait pas été explicitement examinée, alors qu'elle pouvait avoir une influence sur la responsabilité de la société; la cause a été renvoyée au Tribunal administratif afin qu'il procède aux investigations nécessaires. E. Par arrêt du 30 août 2001, le Tribunal fédéral, saisi d'un recours de droit public formé par la société, a annulé cet arrêt en tant qu'il portait sur l'amende du 6 mars 2000, celle du 8 février 2000 n'étant pas remise en cause. La société prétendait que la direction générale des travaux était assuré par Z._, elle-même n'étant que sous-traitant. Le Tribunal administratif avait rejeté les offres de preuve sur ce point, considéré comme non déterminant. Cette appréciation anticipée des preuves, certes discutable, n'était pas arbitraire car, sur le vu des autres moyens de preuve disponibles, l'on pouvait considérer que le rôle effectif de la recourante dépassait celui défini par contrat. La société faisait aussi valoir que les travaux étaient suspendus dès le 1er février 2000, et qu'elle ne pouvait être tenue pour responsable des faits constatés le 23 février 2000. Cette question n'avait pas été explicitement examinée, alors qu'elle pouvait avoir une influence sur la responsabilité de la société; la cause a été renvoyée au Tribunal administratif afin qu'il procède aux investigations nécessaires. F. Après avoir invité les parties à se déterminer et appelé Y._ en cause, le Tribunal administratif a, par arrêt du 18 novembre 2003, repris le dispositif de son arrêt du 3 avril 2001, en infligeant à la société une amende de 40'000 fr. Les pièces du dossier faisaient ressortir la présence de la société après le 1er février 2000, et sa volonté de poursuivre la direction et l'exploitation de ce chantier. Il n'y avait donc pas lieu de réduire le montant de l'amende. F. Après avoir invité les parties à se déterminer et appelé Y._ en cause, le Tribunal administratif a, par arrêt du 18 novembre 2003, repris le dispositif de son arrêt du 3 avril 2001, en infligeant à la société une amende de 40'000 fr. Les pièces du dossier faisaient ressortir la présence de la société après le 1er février 2000, et sa volonté de poursuivre la direction et l'exploitation de ce chantier. Il n'y avait donc pas lieu de réduire le montant de l'amende. G. X._ SA forme un recours de droit public, avec demande d'effet suspensif, contre ce dernier arrêt. Elle conclut à son annulation, en tant qu'il porte sur l'amende qui lui a été infligée le 6 mars 2000. Le Tribunal administratif persiste dans les termes et conclusions de son arrêt. Le DAEL conclut au rejet du recours. Y._ SA conclut à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet. Par ordonnance présidentielle du 4 février 2004, l'effet suspensif a été accordé. 