Sachverhalt: A. Die W._ AG war der Ausgleichskasse des Kantons Zürich als beitragspflichtige Arbeitgeberin angeschlossen und rechnete mit ihr die paritätischen Sozialversicherungsbeiträge ab. Mit Entscheid vom 23. September 2003 eröffnete der Konkursrichter des Bezirksgerichts X._ über die Gesellschaft den Konkurs. Am 11. November 2003 stellte er das Konkursverfahren mangels Aktiven ein. Mit Verfügungen vom 22. September 2004 verpflichtete die Ausgleichskasse die ehemalige Präsidentin des Verwaltungsrats und Geschäftsführerin der W._ AG, F._, und die ehemaligen Mitglieder des Verwaltungsrates, Dr. P._, Dr. R._, Dr. S._ und Dr. A._, je als solidarisch Haftpflichtige zur Bezahlung von Schadenersatz im Betrag von Fr. 50'928.55. Mit Ausnahme von F._ erhoben sämtliche ehemaligen Mitglieder des Verwaltungsrates Einsprache. In teilweiser Gutheissung der Einsprachen setzte die Ausgleichskasse die Schadenersatzforderung mit Entscheiden vom 25. Mai 2005 gegenüber Dr. P._ und Dr. R._ auf Fr. 26'390.90 sowie gegenüber Dr. A._ und Dr. S._ auf Fr. 50'480.65 herab. B. Die hiegegen erhobenen Beschwerden hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich in Bezug auf Dr. R._ und Dr. P._ gut und hob die entsprechenden Einspracheentscheide vom 25. Mai 2005 auf. Die Beschwerden von Dr. S._ und Dr. A._ hiess es in dem Sinne teilweise gut, als die Sache an die Ausgleichskasse des Kantons Zürich zurückgewiesen wurde, damit diese den von den beiden Beschwerdeführern geschuldeten Schadenersatz im Sinne der Erwägungen in betraglicher Hinsicht neu bemesse und anschliessend über die Höhe des Schadenersatzbetrages neu verfüge; im Übrigen wies es die Beschwerden von Dr. S._ und Dr. A._ ab (Entscheid vom 25. November 2008). C. Dr. A._ und Dr. S._ lassen mit einer gemeinsamen Eingabe Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass sie keinen Schadenersatz für entgangene Beiträge schulden. Eventuell sei der vorinstanzliche Entscheid, soweit von ihnen angefochten, aufzuheben und die Sache an das kantonale Gericht zur richtigen und vollständigen Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts zurückzuweisen. Die Ausgleichskasse des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die beigeladenen Dr. R._ und Dr. P._ reichen eine Vernehmlassung ein, ohne indessen einen Antrag zu stellen. Die beigeladene F._, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 