Sachverhalt: A. K._ (geb. 1957) war seit 1997 bei der Schweizerischen Rückversicherungs-Gesellschaft (kurz: Swiss Re) tätig und bei der Pensionskasse Swiss Re (nachfolgend: Pensionskasse) berufsvorsorgeversichert. Diese stellte auf den 1. Januar 2007 vom Leistungsprimat auf einen neuen Vorsorgeplan mit Beitragsprimat um. Übergangsrechtlich wurde den Aktivversicherten ein Zuschuss zum Altersguthaben gewährt mit dem Ziel, die gleich hohe Alterspension mit Alter 60 zu erreichen wie gemäss altem Statut. Dabei sieht Art. 1415 Ziff. 3 des ab 1. Januar 2007 gültigen Reglements einen gestaffelten Rückbehalt des Zuschusses bei einem Austritt bis 31. Dezember 2011 vor. Ende 2008 kündigte die Swiss Re das Arbeitsverhältnis mit K._ wegen Umstrukturierung auf Ende November 2009. In der Folge reduzierte die Pensionskasse seine Austrittsleistung um 60 % des am 1. Januar 2007 gewährten Zuschusses (Austrittsabrechnung per 30. November 2009). B. Am 19. April 2010 reichte K._ Klage beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ein und beantragte, die Pensionskasse sei zu verurteilen, ihm die volle, ungekürzte Freizügigkeitsleistung unter Einrechnung der vollen Zusatzgutschrift vom 1. Januar 2007 auszurichten und den in Abzug gebrachten Betrag von Fr. 164'614.80 nebst 5 % Zins seit 1. Dezember 2009 auszuzahlen. Mit Entscheid vom 12. Juni 2012 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Klage gut. Es verpflichtete die Pensionskasse, K._ den bei der Austrittsleistung in Abzug gebrachten Rückbehalt von Fr. 164'614.80 nachzubezahlen, wobei der Betrag ab 1. Dezember 2009 im Sinne der Erwägungen zu verzinsen sei. C. Dagegen führt die Pensionskasse Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid vom 12. Juni 2012 sei aufzuheben und die Klage vom 19. April 2010 vollumfänglich abzuweisen. Ferner sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. K._ stellt in seiner Vernehmlassung Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme. D. Mit Verfügung vom 25. September 2012 erkannte die Instruktionsrichterin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu. 