Sachverhalt: A. Der 1947 geborene F._ erlitt bei einem Arbeitsunfall am 4. März 1997 ein Quetschtrauma am rechten Fuss. Nachdem er seine Arbeit in der Firma H._ AG nach dem Unfall nicht mehr aufgenommen hatte, wurde das Anstellungsverhältnis zum 31. Januar 1999 aufgelöst. Die Ärzte in der Klinik X._ der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA), wo sich der Verunfallte vom 17. März bis 28. April 1999 aufgehalten hatte, hielten eine wechselbelastende oder vorwiegend sitzend auszuführende Tätigkeit ohne repetitives Heben und Tragen von Gewichten über 10 kg für ganztags möglich. Die SUVA sprach F._ eine Invalidenrente ab 1. Juli 1999 auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von 20 % und eine Integritätsentschädigung für eine Integritätseinbusse von 15 % zu (Verfügung vom 2. Juli 1999). Am 15. Dezember 1997 meldete sich F._ bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Aargau, IV-Stelle, holte die Akten der SUVA und - aufgrund der neu geltend gemachten Rückenbeschwerden - zwei Arztberichte vom 27. März 2001 und vom 22. Mai 2002 des Dr. med. S._, Facharzt FMH für Rheumatologie, ein. Sie liess den Versicherten durch den Externen Psychiatrischen Dienst, Stützpunkt Y._ (Expertise vom 4. Juli 2000) und die Klinik Z._ begutachten (Expertise vom 15. Juni 2001). In der Folge eröffnete sie F._, er habe ab 1. März bis 30. November 1998 Anspruch auf eine ganze Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % (Verfügung Nr. 3 vom 6. September 2002) und ab 1. Dezember 1998 auf eine bis 30. Juni 1999 terminierte halbe Rente bei einem Invaliditätsgrad von 50 % (Verfügung Nr. 4 vom 6. September 2002). B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die gegen die Verfügung Nr. 4 vom 6. September 2002 erhobene Beschwerde, mit der die Weiterausrichtung der ganzen Rente beantragt wurde, ab (Entscheid vom 26. Februar 2003). C. F._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verfügung Nr. 4 vom 6. September 2002 sei ihm ab 1. Dezember 1998 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung. Die IV-Stelle Aargau und das Bundesamt für Sozialversicherung verzichten auf eine Vernehmlassung. 