A.- S._, geboren 1939, arbeitete für das Geschäft F._ und war im Rahmen dieses Arbeitsverhältnisses bis zum 31. Dezember 1997 über einen KollektivTaggeldversicherungsvertrag bei der SKBH Kranken- und Unfallversicherung (nachfolgend: SKBH) versichert. Ab dem 26. November 1996 erkrankte er und die SKBH richtete ihm über die Arbeitgeberin ein Krankentaggeld von Fr. 133. 65 pro Tag aus. Diese wechselte auf den 1. Januar 1998 den Kollektivversicherer und löste auf den 31. Januar 1998 das Arbeitsverhältnis mit S._ auf. Am 22. Dezember 1997 erklärte S._ gegenüber der SKBH schriftlich seinen Willen, auf den 1. Januar 1998 zu den bisherigen Bedingungen in die Einzel-Taggeldversicherung überzutreten und den Leistungsbeginn ab dem 1. Februar 1998 auf den 31. Tag festzusetzen. Die SKBH wies dieses Begehren mit Verfügung vom 16. April 1998 und Einspracheentscheid vom 31. Juli 1998 zurück. Sie wurde aber vom Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. Januar 1999 dazu verhalten, S._ per 1. Januar 1998 den Übertritt in die Einzeltaggeldversicherung zu gewähren. Ab Februar 1998 bezog S._ Leistungen der Arbeitslosenversicherung im Umfang der ärztlich bescheinigten Arbeitsfähigkeit von 50 %. Mit Verfügung vom 24. November 1999 sprach ihm die Invalidenversicherung ab 1. November 1997 eine ganze Invalidenrente zu und verrechnete bei dieser Gelegenheit die ausgerichteten Taggelder der Arbeitslosenversicherung im Gesamtbetrag von Fr. 23'665. 75 und Leistungen der SKBH von Fr. 1'560. 00 mit den aufgelaufenen Rentenbetreffnissen. Die SKBH begründete die gegenüber der Invalidenversicherung geltend gemachte Rückforderung damit, durch die rückwirkende Zusprechung der IV-Rente sei S._ in den Monaten November und Dezember 1997 überentschädigt worden. Zudem verweigerte sie ihm die Umwandlung der Versicherung in eine solche mit Leistungsbeginn ab dem 31. Tag und erliess am 15. Dezember 1999 eine entsprechende Verfügung. Mit Einspracheentscheid vom 15. September 2000 erklärte sie sich bereit, das Taggeld bis zu einer Höhe von Fr. 22.70 in ein Taggeld mit Leistungsbeginn ab 31. Tag umzuwandeln. Im Umfang von Fr. 110. 95 bis zur bisherigen Deckung von Fr. 133. 65 verweigerte sie die Einräumung einer Wartefrist. Zudem beschränkte sie die Leistungen auf 83 % des versicherten Taggeldes, mit der Begründung, die restlichen 17 % würden durch die Arbeitslosenversicherung gedeckt. B.- Gegen diesen Entscheid erhob S._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau Beschwerde und beantragte, die SKBH sei zur Bezahlung eines Betrages von Fr. 44'328.- nebst Zins zu 5 % zu verpflichten. Die SKBH sei für berechtigt zu erklären, für den Monat Januar 1998 noch eine Monatsprämie von Fr. 1'069. 20 mit den zugesprochenen Leistungen zu verrechnen, für die Monate Februar 1998 bis Januar 1999 aber nur noch eine solche für ein Taggeld von Fr. 133. 65 bei einem Eintrittsalter von 57 Jahren und einer Wartefrist von 30 Tagen. Mit Entscheid vom 11. Juli 2001 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Beschwerde in dem Sinne gut, dass es die SKBH zur Bezahlung des beantragten Betrages verpflichtete und hinsichtlich der Verrechnung mit ausstehenden Versicherungsprämien die nachgesuchte Feststellung traf, die Verrechnung aber auf Ende Dezember 1998 begrenzte. Das Begehren um die Verzinsung wies es ab. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die SKBH, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und die Verfügung und der Einspracheentscheid seien zu schützen. S._ stellt den Antrag auf teilweise Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dem Sinne, dass die SKBH für berechtigt zu erklären sei, die noch festzusetzende Prämie bis Ende Januar 1999 verrechnungsweise abzuziehen. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung. 