Sachverhalt: A. A._ führte nach dem Ableben ihres Ehemannes, G._ (gest. 30. November 1974), den bisher gemeinsam bewirtschafteten Landwirtschaftsbetrieb auf eigene Rechnung weiter. Dabei wurde keine Buchhaltung geführt. Mit öffentlich beurkundetem (partiellem) Erbteilungsvertrag der Erbengemeinschaft des G._ vom 8. April 2006 wurde die Liegenschaft Y._ mit Wohnhaus, Scheune, Schopfanbauten und Wagenschopf rückwirkend per 1. Januar 2006 zum Anrechnungswert von 1 Mio. Franken in das Alleineigentum von D._ übergeführt. B. Im Rahmen der Veranlagung für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 vom 26. November 2007 unterbreitete die Steuerkommission Y._ zugleich die am 26. September 2007 ermittelten Bilanzwerte per 1. Januar 2001. Diese Feststellung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. C. Am 24. August 2009 veranlagte die Steuerkommission Y._ A._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 71'700.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 155'000.--. Im steuerbaren Einkommen waren Fr. 46'850.-- Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit gemäss folgender Berechnung enthalten: kumulierte Abschreibungen gemäss Berechnung vom 26.9.2007 Kumulierte Abschreibungen Fr. 50'850.-- Abzüglich AHV Fr. 4'000.-- Total Fr. 46'850.-- Anlagekosten per 31. Dezember 2006 Fr. 310'350.-- Eine gegen die Erfassung von Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit gerichtete Einsprache wies die Steuerkommission Y._ ab, und dagegen erhobene Rechtsmittel wiesen das Steuergericht bzw. das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau ab. D. Vor Bundesgericht beantragen die Erben der A._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 30. März 2011 aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen zur "Vornahme der Besteuerung nach Gesetz, insbesondere nach Erbrecht und Güterrecht". E. Das Kantonale Steueramt des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Vernehmlassung verzichten. 