Sachverhalt: A. In den Jahren 1997 und 1998 realisierte Architekt B._ die Überbauung "C._" in X._(BE), bestehend aus zwei Mehrfamilienhäusern mit je fünf Wohnungen im Stockwerkeigentum. Ein Teil der Arbeiten im Zusammenhang mit dieser Überbauung wurde von der ebenfalls in der Immobilienbranche tätigen A.F._ ausgeführt, die damals bei der D._ AG Zug, angestellt war. Mit Vertrag vom 20. Januar 1999 räumte B._ A.F._ ein Kaufsrecht an seiner zur erwähnten Überbauung gehörenden Stockwerkeinheit Z._ Gbbl. Nr. ****-* ein. Der Kaufpreis wurde auf Fr. 980'000.-- festgesetzt, wobei A.F._ innert fünf Tagen ab Verurkundung des Vertrags eine Anzahlung von Fr. 380'000.-- zu leisten hatte. Am gleichen Tag schlossen B._, A.F._ und die D._ AG eine Vereinbarung, worin festgehalten wurde, dass der D._ AG und A.F._ gegenüber B._ aus dem Projekt "C._" eine Restforderung von Fr. 380'000.-- zustehe; zudem wurde A.F._ für berechtigt erklärt, die Kaufpreisanzahlung gemäss dem erwähnten Vertrag durch Verrechnung mit der Forderung von Fr. 380'000.-- zu tilgen. Am 25. August 2000 verkaufte B._ die Eigentumswohnung Nr. ****-* zum Preise von Fr. 980'000.-- an die von A.F._ beherrschte E._ AG, wobei Fr. 600'000.-- bar zu bezahlen waren, während der Restbetrag von Fr. 380'000.-- "mit Forderungen von Frau F._ gegenüber der Verkäuferschaft verrechnet" wurde. B. Mit Veranlagungsverfügungen vom 21. November 2000 wurde A.F._ von der Steuerverwaltung des Kantons Bern, Kreis Oberland, pro 1999/2000 bei der Staats- und Gemeindesteuer auf ein Einkommen von Fr. 231'416.-- und bei der direkten Bundessteuer auf ein solches von Fr. 237'416.-- veranlagt. Dabei wurde der Betrag von Fr. 380'000.-- (bzw. Fr. 190'000.-- im Durchschnitt der zwei Jahre) in Abweichung von der Selbstschatzung der Pflichtigen als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit erfasst. Ferner wurde der Pflichtigen bei der Kantons- und Gemeindesteuer eine Busse wegen Steuergefährdung in der Höhe von Fr. 15'000.-- auferlegt. Die dagegen erhobene Einsprache wurde mit Entscheid vom 22. Januar 2001 abgewiesen. A.F._ focht den Einspracheentscheid bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern an. Diese gewährte der Beschwerdeführerin von Amtes wegen den AHV-Abzug auf dem Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und setzte mit Entscheid vom 12. Juni 2007 das steuerbare Einkommen für die Staats- und Gemeindesteuer neu auf Fr. 213'300.--, dasjenige für die direkte Bundessteuer auf Fr. 219'300.-- fest; die Busse wegen Steuergefährdung im Betrag von Fr. 15'000.-- bestätigte sie, auferlegte der Beschwerdeführerin bei der direkten Bundessteuer aber zusätzlich eine Busse von Fr. 36'247.-- wegen versuchter Steuerhinterziehung. C. Gegen diesen Entscheid erhob A.F._ entsprechend der darin enthaltenen Rechtsmittelbelehrung mit getrennten Eingaben vom 10. Juli 2007 Beschwerden beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Mit Verfügung vom 12. Juli 2007 überwies der zuständige Abteilungspräsident dieses Gerichts die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer an das Bundesgericht; das Verfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sistierte er bis zum Entscheid des Bundesgerichts über diese Beschwerde. Mit ihrer Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer beantragt A.F._, die entsprechenden Entscheide der Vorinstanzen seien aufzuheben und sie sei pro 1999/2000 bei dieser Steuer nach ihrer Selbstschatzung zu veranlagen. Die Steuerrekurskommission sowie die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Den gleichen Antrag stellt die Eidgenössische Steuerverwaltung. 