Sachverhalt: A. A._ beabsichtigte im Frühling 1981 die Realisierung einer Überbauung mit einem Bauvolumen von ca. Fr. 15 Mio. Zu diesem Zwecke gründete er die X._ AG (Beschwerdeführerin), in deren Verwaltungsrat er Einsitz nahm. Die Beschwerdeführerin wirkte im Hinblick auf Planung und Bauleitung des Projekts mit der Y._ AG (Beschwerdegegnerin) zusammen. Die Beschwerdegegnerin wurde mit der Bauleitung beauftragt und die Beschwerdeführerin trat als Bauherrin auf. Mit Vertrag vom 16. April 1981 verkaufte A._ eine Beteiligung an der Beschwerdeführerin an B._. Dieser ist heute Alleinaktionär der Beschwerdeführerin. Nachdem das Projekt im Jahr 1989 fertig gestellt und sämtliche Stockwerkeigentumseinheiten verkauft worden waren, legte die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin die provisorische Bauabrechnung zur Genehmigung vor. Bei der Überprüfung der Bauabrechnung hegte B._ den Verdacht, dass es im Laufe ihrer Erstellung zu Unregelmässigkeiten gekommen sei, die Verantwortlichkeitsansprüche begründen könnten, weil die Bauabrechnung gegenüber dem bereinigten Kostenvoranschlag vom 6. Dezember 1986 Mehrkosten von Fr. 890'000.-- aufwies. B. Da die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin ursprünglich am selben Ort domiziliert waren, wurden die Dokumente im Zusammenhang mit der Überbauung nur einfach ausgefertigt und verblieben nach der räumlichen Trennung der beiden Unternehmungen bei der Beschwerdegegnerin. Auf mehrfaches Verlangen der Beschwerdeführerin, ihr die Akten herauszugeben, liess die Beschwerdegegnerin die Akten kopieren und die Kopien und zum Teil Originalakten in acht Archivschachteln aushändigen, was die Beschwerdeführerin am 12. Februar 1997 quittierte. C. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, ob und in welchem Ausmass ihr Ansprüche gegen die Beschwerdegegnerin oder A._ zustehen, lasse sich nur anhand der Originalbauakten abschätzen, da keine Gewähr dafür bestehe, dass die ausgehändigten Kopien mit den Originalen übereinstimmten. Dem Versuch, die Herausgabe der Originale in einem Verfahren auf vorzeitige Aktenedition zu erwirken, war indessen kein Erfolg beschieden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4P.46/2004 vom 13. Mai 2004). Nachdem die Beschwerdegegnerin zusammen mit A._ am 21. Januar 2005 Klage erhoben hatte, um feststellen zu lassen, der Beschwerdeführerin stünden keinerlei Ansprüche zu, reichte diese am 18. November 2005 ihrerseits Klage ein mit dem Begehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr unverzüglich sämtliche Dokumente und Bauabrechnungsunterlagen im Original auszuhändigen, welche die Beschwerdegegnerin im Zusammenhang mit der Überbauung entweder selbst geschaffen habe, oder die ihr bei der Ausführung des Auftrags von Dritten zugekommen seien. Sie stützte den Herausgabeanspruch auf ihre Stellung als Eigentümerin der Akten sowie auf ihren Herausgabeanspruch als Auftraggeberin nach Art. 400 Abs. 1 OR. D. Das Kantonsgericht des Kantons Nidwalden wies die Klage ab. Dieses Urteil bestätigte das Obergericht des Kantons Nidwalden am 14. Februar 2008. Mit Beschwerde in Zivilsachen hält die Beschwerdeführerin im Wesentlichen an ihren im kantonalen Verfahren gestellten Begehren fest. Ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht am 2. Februar 2009 ab. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf Vernehmlassung verzichtet. E. Mit Eingabe vom 19. Februar 2009 beantragt die Beschwerdeführerin, es sei ihr vorsorglich zu bewilligen, die für das kantonale Verfahren geschuldete Parteientschädigung auf ein Sperrkonto einzuzahlen. Die Beschwerdegegnerin habe ihre Geschäftstätigkeit aufgegeben, was die Rückforderung des Betrages bei Gutheissung der Beschwerde gefährde. Die Beschwerdeführerin hat sich am 27. Januar 2009 zudem an die Präsidentenkonferenz gewandt, damit diese bei Gutheissung der Beschwerde den Nidwaldner Gerichten eine scharfe Rüge erteile. F. Die kantonalen Instanzen haben die gegen die Beschwerdeführerin angestrengte negative Feststellungsklage im Wesentlichen geschützt. Mit Urteil vom heutigen Tage hat das Bundesgericht die hiergegen erhobene Beschwerde abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist (Urteil des Bundesgerichts 4A_36/2009 vom 27. Februar 2009). 