Faits: A. Dans le cadre d'une enquête pénale dirigée notamment contre X._, pour blanchiment d'argent et gestion déloyale des intérêts publics, le Ministère public de la Confédération (ci-après le Ministère public) a requis et obtenu, le 11 juillet 2007, l'accès au dossier de l'Administration fédérale des contributions (ci-après l'Administration fédérale) relatif au contrôle fiscal de la société Z._ SA, à Fribourg. Cette dernière a été radiée du registre du commerce le 21 décembre 2005, à la suite de la reprise de ses actifs et passifs par la société Y._ SA, avec siège à Fribourg, dont X._ est administrateur président. Le 3 juin 2008, l'Administration fédérale a, à son tour, demandé au Ministère public l'accès au dossier de l'enquête pénale concernant X._. Par décision du 18 août 2008, le Ministère public a autorisé l'accès au dossier pour "tous documents en lien avec X._ et Z._ SA". Le 25 août 2008, X._ et Z._ SA ont formé une plainte à l'encontre de cette décision auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral et demandé que la décision rendue le 18 août 2008 par le Ministère public soit annulée. Par arrêt du 4 novembre 2008, la Ière Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a partiellement admis la plainte, dans la mesure proposée par le Ministère public, en limitant la consultation du dossier pénal par l'Administration fédérale aux pièces auxquelles les plaignants avaient accès et à celles saisies en Suisse. Le 1er décembre 2008, X._ et Y._ SA ont déposé un recours en matière de droit public contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Par arrêt du 2 novembre 2009 (ATF 136 II 23), le Tribunal fédéral a annulé l'arrêt du Tribunal pénal fédéral pour cause d'incompétence dudit tribunal et transmis la cause au Tribunal administratif fédéral comme objet de sa compétence. B. Par arrêt du 22 août 2011, le Tribunal administratif fédéral a admis partiellement le recours et corrigé la décision entreprise en ce sens que la consultation du dossier pénal relatif à X._ et Y._ SA par l'Administration fédérale est autorisée, mais elle exclut les documents et renseignements spécifiés aux considérants 4.7.2 et 4.7.3, à charge du Ministère public d'enlever ces données du dossier avant de le transmettre à l'Administration fédérale. Le Tribunal administratif fédéral a considéré, d'une part, que le dossier pénal comportait une série de documents spécifiés "confidentiels" par l'autorité inférieure, regroupés dans cinq classeurs numérotés de 75 à 80. En procédure pénale, la consultation de ces documents avait été restreinte aux seuls mandataires des parties, la levée de copies étant proscrite, restriction qui perdurait et justifiait que ces dossiers ne soient pas transmis à l'Administration fédérale. Le Tribunal administratif fédéral a retenu, d'autre part, que le principe de spécialité s'opposait à toute transmission à l'Administration fédérale des données obtenues par le biais de l'entraide judiciaire internationale de la part de l'Île de Man, de Chypre, de la France et du Liechtenstein, et qu'il empêchait également toute consultation par l'Administration fédérale des données transmises par la République tchèque en exécution des demandes d'entraide judiciaire internationale du 16 août 2007 et du 24 juin 2008. Les données reçues de la République tchèque en exécution des autres demandes d'entraide judiciaire pouvaient en revanche être consultées puisque celles-ci n'avaient pas fait l'objet d'une réserve de spécialité. C. X._ et Y._ SA déposent un recours en matière de droit public à l'encontre de l'arrêt du 22 août 2011. Ils concluent à l'admission du recours et requièrent de: Réformer et compléter le dispositif de l'arrêt rendu par le Tribunal administratif fédéral le 22 août 2011 en tant que l'arrêt querellé admet implicitement que les rapports et les expertises établis par le Ministère public de la Confédération à l'aide des documents provenant de l'exécution des entraides judiciaires par les autorités judiciaires étrangères dans la procédure EAII.04.0336-FAL seront mis à la disposition de l'Administration fédérale des contributions. Annuler l'arrêt rendu le 22 août 2011 par le Tribunal administratif fédéral dès lors que l'arrêt querellé accepte que les documents obtenus de la part des autorités judiciaires tchèques en exécution des demandes d'entraide complémentaires à partir du 24 juin 2008 puissent être mis à disposition de l'Administration fédérale des contributions. Confirmer, pour le surplus, l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 22 août 2011. Par ordonnance présidentielle du 26 octobre 2011, la requête d'effet suspensif également formée par les recourants a été admise. Le Ministère public s'en remet à justice quant au sort du recours. L'autorité précédente a renoncé à prendre position. L'Administration fédérale se réfère aux considérants de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 22 août 2011 et conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Elle conteste en particulier la qualité des recourants pour invoquer la violation du principe de la spécialité. 