Sachverhalt: A. Die X._ AG betreibt unter der Bezeichnung "Z._" ein Kleidergeschäft in Zürich. Sie ist bei der Y._ AG gegen die Gefahr eines Einbruchdiebstahls mit einer Versicherungssumme für Waren und Einrichtungen im Gesamtwert von Fr. 700'000.-- versichert sowie als zusätzliche Deckung für Bruchschäden an der Gebäude- und Mobiliarverglasung auf erstes Risiko im Umfang von Fr. 4'000.--. Im Rahmen der Grundversicherung besteht ferner Deckung für die Folgen eines Betriebsunterbruchs bis Fr. 850'000.--. B. Am 21. Oktober 2005 belangte die X._ AG (Klägerin) die Y._ AG (Beklagte 1) und zwei weitere Personen (Beklagte 2 und 3) vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich auf Zahlung von Fr. 648'365.-- nebst Zins als Ersatz für den Wert von rund 2000 Kleidungsstücken, die in der Nacht vom 19. auf den 20. Oktober 2004 bei einem durch unbekannte Täterschaft verübten Einbruch in ihrem Geschäft entwendet worden sein sollen. Zudem verlangte die Klägerin von den Beklagten die Zahlung von Fr. 4'000.-- nebst Zins als Ersatz für weiteren Schaden und von Fr. 247'247.70 nebst Zins als Ersatz für Betriebsunterbrechungsschaden. In ihrer Replik reduzierte die Klägerin die letztgenannte Forderung auf Fr. 232'919.--. Das Handelsgericht wies die Klage gegen die Beklagten 2 und 3 mit Teilurteil vom 9. September 2008 ab. Mit Beschluss vom 29. April 2011 berichtigte das Handelsgericht das Protokoll in zwei Punkten und schrieb das Verfahren gegen die Beklagte 1 im Umfang von Fr. 14'328.70 nebst Zins als durch Klagerückzug erledigt ab. Mit Urteil vom gleichen Tag hiess das Handelsgericht die Klage gegenüber der Beklagten 1 im Umfang von Fr. 4'000.-- nebst 5 % Zins seit 1. Dezember 2004 gut und wies sie im Übrigen ab. Die Gerichtsgebühr von Fr. 58'000.-- auferlegte es der Klägerin und verpflichtete diese, der Beklagten 1 eine Prozessentschädigung von Fr. 60'000.-- zu bezahlen. C. Die Klägerin (Beschwerdeführerin) beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen im Wesentlichen, das Urteil des Handelsgerichts vom 29. April 2011 aufzuheben, soweit damit die Klage abgewiesen wurde, und die Klage gutzuheissen. Eventuell sei der Ersatzwert der abhanden gekommenen Waren nach Art. 42 Abs. 2 OR zu schätzen und die Beklagte 1 (Beschwerdegegnerin) zum Ersatz zu verpflichten, subeventuell sei die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Für den Fall der Abweisung der Beschwerde in der Sache beantragt die Beschwerdeführerin, die Gerichtsgebühr für das handelsgerichtliche Verfahren auf höchstens Fr. 25'000.-- und die Prozessentschädigung auf höchstens Fr. 30'000.-- festzusetzen, eventuell diesbezüglich die Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht äusserte sich einzig bezüglich der in der Beschwerde aufgestellten Behauptung, der Instruktionsrichter habe anlässlich der Referentenaudienz gesagt, er wolle keine weiteren Belege von der Beschwerdeführerin, insbesondere keine handschriftlichen. Im Übrigen verzichtete es auf Vernehmlassung. Obwohl das Bundesgericht keinen zweiten Schriftenwechsel angeordnet hatte, reichten die Beschwerdeführerin eine Replik und die Beschwerdegegnerin eine Duplik ein. 