Sachverhalt: A. Am 14. November 2012 erhob X._ u.a. gegen die beim Amt für Jugend und Berufsberatung des Kantons Zürich tätigen A._, B._, C._ und D._ sowie gegen den Ombudsmann des Kantons Zürich, E._, und dessen Stellvertreterin, F._, Strafanzeige wegen "Nötigung, Drohung, Erpressung, Amtsmissbrauch, schwerer oder einfacher Körperverletzung, Urkundenfälschung (Falschbeurkundung) im Amt, Verletzung des Amtsgeheimnisses, Begünstigung, arglistiger Vermögensschädigung". B. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl stellte die Strafanzeige der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich zu. Sie beantragte, es sei ein Verfahren betreffend Ermächtigung zur Strafuntersuchung gegen die genannten Personen einzuleiten, wobei nach summarischer Prüfung kein deliktsrelevanter Verdacht vorliege. Die Oberstaatsanwaltschaft verfügte am 27. März 2013 die Überweisung an das Obergericht des Kantons Zürich. Dieses gab X._ Gelegenheit zur Stellungnahme, wovon dieser mit Eingabe vom 20. April 2013 Gebrauch machte. Mit Beschluss vom 29. Mai 2013 erteilte die III. Strafkammer des Obergerichts der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Strafuntersuchung nicht. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, in Aufhebung des Beschlusses des Obergerichts sei dieses anzuweisen, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl die Ermächtigung zu erteilen, eine Strafuntersuchung gegen die genannten Personen an die Hand zu nehmen; eventuell sei die Oberstaatsanwaltschaft resp. die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl direkt anzuweisen, eine solche Strafuntersuchung an die Hand zu nehmen. Weiter wird um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung und Prozessführung ersucht. A._, B._, C._, D._, E._, F._, das Obergericht, die Oberstaatsanwaltschaft und die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl verzichten auf eine Vernehmlassung. 