Faits: A. A._, né en 1951, dispose d'un CFC de boulanger-pâtissier acquis en 1969. Dès 1980, il a travaillé en qualité de maître d'atelier protégé auprès de Y._. Souffrant de troubles psychiques invalidants, il a été mis au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité à partir du 1er avril 1999, puis d'une rente entière à compter du 1er juillet 1999, fondées sur un degré d'invalidité de 64 %, respectivement de 100 %. Depuis lors, il a travaillé à temps partiel (50 à 60 %) à titre bénévole comme aide de cuisine et aide de maison auprès d'un foyer (centre de conférences). Dans le cadre d'une révision du droit à la rente, initiée en 2002, l'assuré a été soumis à une expertise psychiatrique effectuée par le docteur K._, chef de clinique au Service de psychiatrie pour adultes à l'Hôpital X._. Ce médecin a attesté, dans un rapport du 14 février 2008, que l'assuré n'était plus atteint dans sa santé psychique et que sa capacité de travail était entière sur ce plan. Pour ce motif, sans procéder à une comparaison de revenus, l'Office cantonal de l'assurance-invalidité du canton de Genève a supprimé la rente par décision du 14 mai 2008. B. A._ a déféré cette décision au Tribunal des assurances sociales de la République et canton de Genève. Par jugement du 17 décembre 2008, la juridiction cantonale a admis partiellement le recours et lui a alloué un quart de rente d'invalidité à partir du 1er juillet 2008, fondé sur un degré d'invalidité de 46 %. C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à la confirmation de sa décision du 14 mai 2008. L'assuré intimé conclut implicitement au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. Par ordonnance du 23 mars 2009, le Juge instructeur a admis la requête d'effet suspensif au recours présentée par l'office AI. 