Sachverhalt: A. Die 1977 geborene B._ war zuletzt als kaufmännische Angestellte der Firma H._ AG erwerbstätig gewesen, als sie sich am 14. August 2007 unter Hinweis auf eine am 5. Oktober 2006 erlittene HWS-Distorsion bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau zum Leistungsbezug anmeldete. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 5. März 2009 einen Leistungsanspruch der Versicherten, da diese in der Lage sei, ihre angestammte Tätigkeit ohne Einschränkungen auszuüben. B. Die von B._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 30. September 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt B._, die IV-Stelle sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen zu erbringen; eventuell sei die Streitsache zu weiteren Abklärungen an die Beschwerdegegnerin oder an die Vorinstanz zurückzuweisen. Während die IV-Stelle des Kantons Thurgau und die Vorinstanz auf Abweisung der Beschwerde schliessen, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 