Faits: A. La société X._ SA à ... (Valais), dirigée alors par Z._ qui était président du conseil d'administration et engageait la société par sa signature individuelle, a pris à ferme de Y._ à ... (Valais) une vigne d'environ 10'000 m2 au lieu-dit ... sur la commune de Sion, moyennant un fermage de 10'000 fr. par année. La vigne était plantée de gamay et de pinot noir et il a été retenu qu'elle n'était ni épuisée, ni malade. En cours de fermage, X._ SA a décidé de planter du cornalin et du cabernet, parce que ces cépages permettent de réaliser un vin plus apprécié des consommateurs et qui peut donc être vendu pour un prix plus élevé. Il n'est pas établi que Y._ y ait consenti et encore moins qu'elle ait accepté de participer aux frais, sa volonté étant de recevoir chaque année 10'000 fr. pour l'affermage de sa vigne. Le remplacement des cépages s'est fait en deux étapes, de 2001 à 2003, par simple repiquage, sans défoncement complet de la parcelle. Il a été retenu que des vendanges provenant de cette vigne ont été encavées chaque année. X._ SA n'a pas fourni de moyens de preuve qui auraient permis d'observer les variations quantitatives. X._ SA a exploité la vigne en cause jusqu'à la fin de l'année 2003. Dès 2004, Y._ a affermé sa vigne à la société A._ Sàrl fondée le 11 août 2003. Au début de l'année 2004, B._ a acquis la totalité du capital-actions de X._ SA: le 9 février 2004, il a acheté les actions d'un actionnaire minoritaire, D._, et, le 18 février 2004, il a acquis les actions de Z._ lors de la vente aux enchères intervenue à la suite de la faillite de ce dernier. Le lendemain, le 19 février 2004, l'assemblée générale de X._ SA a désigné C._ en qualité d'administrateur délégué avec signature individuelle et E._ en qualité de président du conseil d'administration. Le 27 février 2004, ces deux administrateurs ont communiqué à Z._ la décision prise la veille de mettre fin, avec effet immédiat, aux rapports de travail. Entendu comme témoin, E._ a déclaré que les motifs de la résiliation du contrat avait été expliqués à Z._ dans un courrier du 16 mars 2004 et que l'un des motifs concernait les faits à la base du présent litige. B. Le 5 avril 2005, X._ SA a cité en conciliation Y._ devant le juge de commune. Elle a ensuite ouvert action contre Y._, lui réclamant la somme de 114'359 fr.60 avec intérêts. En raison du changement de cépage intervenu, la société réclamait à la propriétaire le remboursement des frais qu'elle avait engagés ainsi que la restitution des fermages versés entre 2001 et 2003. Y._ s'est opposée à la demande en totalité. Elle a dénoncé l'instance à son frère Z._. Par jugement du 1er avril 2011, le juge des districts d'Hérens et Conthey a condamné Y._ à payer à X._ SA 89'482 fr. (pour les travaux de repiquage) avec intérêts à 5% dès le 3 juin 2005, statuant par ailleurs sur les frais et dépens. Un appel et un appel joint ont été formés contre cette décision. Devant la cour cantonale, Z._ n'avait plus que le statut d'une partie accessoire. Par jugement du 17 octobre 2012, la Cour civile I du Tribunal cantonal valaisan a annulé la décision attaquée et rejeté la demande formée par X._ SA, statuant par ailleurs sur les frais et dépens. Après avoir relevé qu'une restitution des fermages ne se justifiait pas puisque l'exploitation n'avait pas été interrompue, la cour cantonale a estimé que la demanderesse n'avait pas droit au remboursement de ses frais parce que le remplacement des cépages, dans l'intérêt du fermier, ne constituait pas des travaux nécessaires. Il n'y avait pas lieu non plus d'allouer à la société une indemnité à fin de bail, parce que les travaux avaient été exécutés sans l'accord de la bailleresse. Quant à une prétention fondée sur la gestion d'affaires, l'art. 672 al. 1 CC ou l'enrichissement illégitime, elle doit être considérée comme prescrite, le délai d'un an prévu par l'art. 67 al. 1 CO n'ayant pas été respecté. C. La société X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.), une violation des art. 22 ss LBFA, ainsi qu'une transgression de l'art. 67 CO, elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement attaqué et à la condamnation de Y._ à lui payer la somme de 89'482 fr. avec intérêts à 5% dès le 3 juin 2005. Y._ a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens, de même que Z._. 