Faits: A. A.a Le 3 février 2001, B._, né en 1956, à l'époque employé en qualité de manoeuvre par l'entreprise X._ SA, a subi un accident de la circulation. La voiture dans laquelle il avait pris place comme passager et qui se trouvait à l'arrêt a été percutée à l'arrière par un autre conducteur. Le soir même, il a ressenti des douleurs cervicales, des vertiges et des céphalées. Le lendemain, il s'est rendu à la permanence de Y._, où le diagnostic de traumatisme cervical de type whiplash a été posé. La Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA), auprès de laquelle il était assuré, a pris en charge le cas. Une tentative de reprise de travail à 50 % le 28 mai 2001 s'est soldée par un échec. Depuis, B._ n'a plus retravaillé. Se fondant sur l'avis de son médecin d'arrondissement, le docteur G._, d'après lequel l'assuré ne présentait plus de séquelles consécutives à l'accident du 3 février 2001, la CNA a rendu le 12 juillet 2002 une décision mettant fin à ses prestations au 31 juillet 2002. Saisie d'une opposition, elle a requis une seconde appréciation du cas au docteur S._, de sa division de médecine des accidents, et confirmé sa prise de position initiale dans une nouvelle décision du 27 mai 2003. A.b Par jugement du 21 septembre 2004, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales a rejeté le recours formé par l'assuré contre la décision sur opposition de la CNA (du 27 mai 2003). B._ a interjeté un recours de droit administratif contre ce jugement. Par arrêt du 27 octobre 2005, le Tribunal fédéral des assurances a admis ce recours et renvoyé la cause à la CNA pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision (cause U 389/04). A.c A la suite de cet arrêt, la CNA a confié une expertise neurologique et psychiatrique au Centre d'expertise médicale Z._. Sur la base du rapport de Z._ du 27 juin 2006, elle a rendu le 13 septembre 2006 une nouvelle décision, confirmée par décision sur opposition du 2 novembre 2006, par laquelle elle a derechef nié le droit de l'assuré à des prestations au-delà du 31 juillet 2002. B. Saisi d'un recours de B._, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales a partiellement admis ses conclusions en ce sens qu'il a renvoyé la cause à la CNA pour instruction complémentaire (jugement du 5 juin 2007). C. La CNA interjette un recours en matière de droit public dans lequel elle conclut à l'annulation du jugement cantonal et au rétablissement de sa décision sur opposition du 2 novembre 2006. B._ conclut, sous suite de dépens, à ce que le recours soit déclaré irrecevable ou rejeté. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 