Sachverhalt: A. Der in Deutschland ansässige X._ besass gemäss Vermögensausweis vom 12. Januar 1999 ein Wertschriftenportefeuille von DM 797'201.11 bei der Bank Z._, das im Umfang von DM 280'300.-- über einen Lombardkredit finanziert war. Nachdem er am 4. Dezember 1998 eine Depot-/Kontobeziehung mit der Y._ AG eingegangen war, wurde das Portefeuille einschliesslich des Lombardkredites im Februar 1999 unter Ablösung der Bank Z._ auf die Y._ AG übertragen. Mit Schreiben vom 5. Februar 1999 bestätigte ihm diese eine Kreditlinie von Fr. 350'000.--, die später durch einen Lombardkredit-Vertrag ersetzt wurde. Gemäss dem ersten von der Y._ AG ausgestellten Vermögensausweis vom 3. März 1999 betrug das Bruttovermögen von X._ DM 1'081'295.--, das Nettovermögen nach Abzug des Lombardkredites DM 730'021.--. Nachdem sich das an der Börse in Aktien angelegte Vermögen zunächst vermehrt hatte, kam es im Herbst 2001 zu massiven Verlusten, die dazu führten, dass die Bank am 21. September 2001 nach erfolgter Kontaktnahme mit dem Kunden die im Depot befindlichen Aktien zur Deckung des sich noch auf Fr. 54'504.95 belaufenden Lombardkredites veräusserte, woraus sich ein Saldo zu Gunsten des Kunden von USD 40'389.97 ergab. B. X._ betrachtete die Bank als haftbar für die Verluste. Er klagte am 2. Dezember 2003 beim Kreisgericht St. Gallen auf Zahlung von Fr. 600'000.--. Die Beklagte widersetzte sich der Klage. In der Replik reduzierte der Kläger die eingeklagte Forderung auf Fr. 544'300.--. Mit Urteil vom 9. Dezember 2004 wies das Kreisgericht die Klage ab. Es kam zum Ergebnis, dass zwischen den Parteien nicht bloss eine Konto-/Depotbeziehung bestanden habe, sondern die Bank auch als Anlageberaterin gehandelt habe. Es verneinte jedoch die Verletzung einer sich daraus ergebenden Sorgfaltspflicht der Beklagten, weil sie den - nicht offensichtlich unerfahrenen - Kläger auf die Risiken seiner hoch spekulativen Aktien-Anlagen hingewiesen habe und dieser sich nicht davon habe abhalten lassen. C. Der Kläger erhob Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen. Er verminderte im Laufe des Verfahrens die eingeklagte Forderung auf Fr. 532'300.-- nebst 5 % Zins seit 1. Oktober 2001. Die Beklagte beantragte die Abweisung der Berufung und erhob Anschlussberufung, mit der sie den erstinstanzlichen Kostenspruch in Bezug auf die Parteientschädigung anfocht. Mit Entscheid vom 25. April 2006 wies das Kantonsgericht die Berufung ab und hiess die Anschlussberufung teilweise gut. Das Kantonsgericht nahm ebenfalls an, dass die Beklagte als Anlageberaterin tätig gewesen sei, verneinte jedoch in Übereinstimmung mit der ersten Instanz eine Verletzung der sich sowohl aus der vertraglichen Bindung wie dem Börsengesetz ergebenden Informations- und Sorgfaltspflicht der Bank. D. Der Kläger beantragt dem Bundesgericht mit Berufung, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 25. April/3. Juli 2006 aufzuheben und die Beklagte zur Zahlung von Fr. 380'000.-- nebst 5 % Zins seit 1. Oktober 2001 zu verpflichten, eventuell die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In ihrer Berufungsantwort stellt die Beklagte den Antrag, die Berufung abzuweisen, soweit auf sie einzutreten sei. 