Sachverhalt: A. Am 3. März 2008 verurteilte das Bundesstrafgericht den von Rechtsanwalt X._ amtlich verteidigten Y._ wegen Drogenhandels zu einer Freiheitsstrafe von 2 Jahren und 5 Monaten. In Dispositiv-Ziffer II. 7 sprach es Rechtsanwalt X._ für die amtliche Verteidigung eine Entschädigung von 52'377.90 Franken zu. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt Rechtsanwalt X._, Dispositiv-Ziffer II. 7 dieses Entscheids aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, ihn für die amtliche Verteidigung von Y._ mit 63'123.85 Franken zu entschädigen oder die Sache eventuell an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Anweisung, sein Honorar unter Beachtung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör neu festzusetzen. C. Das Bundesstrafgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs teilweise gutzuheissen, die Anwaltsentschädigung sei vom Bundesgericht nach eigenem Ermessen festzusetzen oder die Sache sei eventualiter zu diesem Zweck ans Bundsstrafgericht zurückzuweisen. In der Sache sei die Beschwerde unbegründet, die Anwaltsentschädigung sei nach sachlichen Kriterien festgesetzt worden. In seiner unaufgefordert eingereichten Vernehmlassungsantwort hält Rechtsanwalt X._ an seiner Beschwerde fest. 