Sachverhalt: A. Der 1943 geborene B._ ist gelernter Metzger und war seit 1984 als selbstständigerwerbender Metzger und nebenerwerblich als Landwirt tätig. Am 22. Mai 1992 erlitt er bei einem Arbeitsunfall eine Schnittverletzung am Ringfinger der linken Hand, weshalb er in der Folge den eigenen Schlachthausbetrieb aufgab. Im Januar 1994 meldete sich B._ bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Mit Verfügung vom 25. September 1997 lehnte die IV-Stelle Luzern den Anspruch auf eine Rente ab. Diese Verfügung hob das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 31. Mai 2000 auf und wies die Sache an die Verwaltung zurück. Mit Verfügung vom 3. April 2001 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren bei einem Invaliditätsgrad von 10 % erneut ab und teilte B._ mit, dass über die Zeit ab 25. September 1997 nach Abschluss der BEFAS-Abklärung entschieden werde. Gestützt auf den BEFAS-Abklärungsbericht vom 2. November 2001 und verschiedene Arztberichte sprach die IV-Stelle dem Versicherten mit Verfügung vom 17. Juli 2003, bestätigt durch den Einspracheentscheid vom 13. April 2004, ab 1. Oktober 2000 eine Viertelsrente zu. Auf Beschwerde hin hob das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 23. März 2005 den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zur polydisziplinären Begutachtung und anschliessenden Neuverfügung an die IV-Stelle zurück. Gestützt auf das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 28. April 2006 teilte die IV-Stelle B._ mit Vorbescheid vom 29. September 2006 mit, er habe ab 1. Oktober 2000 Anspruch auf eine halbe Rente, ab 1. März 2002 Anspruch auf eine ganze Rente, ab 1. Oktober 2002 Anspruch auf eine halbe Rente und ab 1. Juli 2005 Anspruch auf eine halbe Rente. Mit Verfügung vom 5. März 2007 sprach sie dem Versicherten ab 1. März 2007 eine halbe Rente zu und bestätigte die im Vorbescheid mitgeteilten Rentenansprüche. Am 16. Mai 2007 erfolgte die Verfügung über die rückwirkende Zusprache einer halben Rente ab 1. Oktober 2000, einer ganzen Rente ab 1. März 2002, einer halben Rente ab 1. Oktober 2002 und einer halben Rente ab 1. Juli 2005. B. Beschwerdeweise liess B._ die Aufhebung der Verfügungen vom 5. März und 16. Mai 2007 sowie die Zusprechung mindestens einer halben Rente für die Zeit zwischen 1. Oktober 1999 und 28. Februar 2002, einer ganzen Rente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % für die Zeit zwischen 1. März und 30. September 2002 und einer unbefristeten ganzen Rente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 70 % ab 1. Oktober 2002 beantragen. Eventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie die Prozentwerte der Arbeitsfähigkeiten für körperlich leichte, angepasste Tätigkeiten und die Zahlen der Valideneinkommen für die Jahre 1999 bis heute entsprechend neu festlege und gestützt darauf die Werte der Invaliditätsgrade neu berechne. Mit Entscheid vom 11. Juni 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die Beschwerden teilweise gut, hob die Verfügungen vom 5. März und 16. Mai 2007 auf und verpflichtete die IV-Stelle, B._ ab 1. Oktober 2000 eine halbe IV-Rente, ab 1. März 2002 eine ganze IV-Rente, ab 1. Oktober 2002 wiederum eine halbe IV- Rente und ab 1. Juli 2005 eine ganze IV-Rente auszurichten. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle die Aufhebung des kantonalen Entscheids und die Bestätigung ihrer Verfügungen vom 5. März und 16. Mai 2007. Eventuell sei dem Versicherten ab 1. Oktober 2000 eine Viertelsrente, ab 1. März 2002 eine ganze Rente, ab 1. Oktober 2002 eine Viertelsrente und ab 1. Juli 2005 eine Dreiviertelsrente auszurichten. B._ verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt Gutheissung der Beschwerde und schliesst sich den Begehren der IV-Stelle an. 