Sachverhalt: A. Am 25. Mai 1989 im Alter von vierzehn Monaten erlitt A._ (Klägerin; Beschwerdeführerin) auf den Bauernhof ihrer Eltern einen schweren Verkehrsunfall. Sie befand sich unter einem Lieferwagen, der bei der Versicherung B._ AG (Beklagte; Beschwerdegegnerin) haftpflichtversichert war, als dieser losfuhr. Sie wurde auf der Höhe des Kopfes von ein oder zwei Rädern überrollt. Sie erlitt schwerste Hirnverletzungen, bedarf der dauernden Pflege und wird nie eine Erwerbstätigkeit aufnehmen können. B. Mit Teilklage vom 31. Dezember 2010 gelangte die Klägerin an das Handelsgericht des Kantons Zürich und verlangte von der Beklagten zunächst Fr. 2'816'087.-- nebst Zins für den aufgelaufenen und künftigen Erwerbsschaden, den Rentenschaden, die als Nichterwerbstätige zu bezahlenden AHV-Beiträge, den Betreuungsschaden bis 31. Oktober 2010 und die bis zu diesem Zeitpunkt aufgelaufenen Kosten sowie einen Genugtuungsanspruch. B.a. Die Beklagte erhob Widerklage. Auf diese trat das Handelsgericht mit Beschluss vom 22. Juni 2011 nicht ein und überwies den Prozess hinsichtlich der Widerklage an das Bezirksgericht Zürich. Die von der Beklagten gegen den Nichteintretensbeschluss beim Bundesgericht erhobene Beschwerde blieb erfolglos (Urteil des Bundesgerichts 4A_504/2011 vom 24. Februar 2012). B.b. Am 6. Juli 2012 schlossen die Parteien einen Teilvergleich. Gestützt auf diesen schrieb das Handelsgericht das Verfahren bezüglich der Schadenspositionen bisheriger Betreuungs- und Pflegeschaden sowie aufgelaufene Kosten, beides bis 31. Dezember 2011, und Genugtuung ab, alles inklusive Zins und unter Berücksichtigung der geleisteten Akontozahlung von Fr. 205'000.-- sowie deren Verzinsung. Die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für den Teilvergleich wurde dem Endentscheid vorbehalten. 