Fatti: A. Con contratto d'appalto del 10 dicembre 2002 B._ (committente) ha incaricato A._SA (appaltatrice) dell'esecuzione dei lavori d'impresa generale relativi alla ristrutturazione di una palazzina con annesso laboratorio di sua proprietà, sita sul fondo xxx di Chiasso. A.a Il contratto, che richiamava la Norma SIA 118, stabiliva tra l'altro che la retribuzione dell'impresa appaltatrice sarebbe avvenuta "a misura", sulla base dei relativi prezzi e quantità indicati nelle offerte dei vari artigiani, per un importo di offerta netto stimato in fr. 355'080.--. Le parti erano tuttavia consapevoli del fatto che in realtà la ristrutturazione avrebbe comportato spese ben più elevate, prova ne sia che nel marzo 2003 il committente ha accettato un preventivo di fr. 722'496.35 e ha versato acconti per un totale di fr. 699'400.--. A.b Ritenendo di avere praticamente terminato l'opera, nel luglio 2003 l'impresa ha quantificato in fr. 1'011'317.75 la propria mercede, con un saldo a suo favore di fr. 311'917.75, visto l'acconto già versatole dal committente. Successivamente ha ridotto a fr. 265'301.30 l'importo ancora dovutole, aggiungendovi però fr. 21'993.85 per la direzione lavori. Il committente ha contestato questi conteggi siccome eccessivi, adducendo anche che la ristrutturazione non solo era incompleta ma presentava pure dei difetti. B. Preso atto dell'impossibilità di raggiungere un accordo, il 1° febbraio 2005 B._ ha convenuto A._SA dinanzi alla Pretura della Giurisdizione di Mendrisio Nord onde ottenere il pagamento di fr. 245'031.15 (recte: 244'683.15) - con conseguente rigetto in via definitiva per la medesima somma dell'opposizione interposta dall'impresa contro il precetto esecutivo già fatto spiccare nei suoi confronti - e la restituzione della cartella ipotecaria al portatore di fr. 350'000.-- gravante in VI° rango la particella, che l'appaltatrice si era fatta consegnare. A._SA ha avversato ogni richiesta del committente. Statuendo l'11 giugno 2008, la Pretora ha parzialmente accolto la petizione, condannando l'impresa al pagamento di fr. 148'942.80, oltre interessi, e alla restituzione della cartella ipotecaria. In breve, sulla scorta della perizia giudiziaria la giudice di primo grado ha ritenuto che il valore complessivo dei lavori di ristrutturazione era di fr. 820'000.--, che il costo dei lavori rimasti ineseguiti ammontava a fr. 66'511.-- e che l'opera realizzata presentava difetti per fr. 143'885.--. La magistrata ha inoltre riconosciuto al committente il diritto al risarcimento dei seguenti danni: fr. 28'926.75 per il ripristino della superficie circostante lo stabile; fr. 15'000.-- per lo spostamento dei macchinari della tipografia in vista del rifacimento della pavimentazione difettosa e fr. 15'220.05 relativi alle spese delle perizie di parte. C. In parziale accoglimento dell'impugnativa inoltrata dall'appaltatrice, con sentenza del 2 febbraio 2010 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha riformato la pronunzia pretorile, riducendo l'importo a suo carico a fr. 121'435.75, oltre interessi. D. Insorta dinanzi al Tribunale federale, il 12 marzo 2010, con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione degli art. 97, 368 e 374 CO, dell'art. 8 CC nonché dell'art. 9 Cost., A._SA postula la modifica della sentenza impugnata nel senso dell'accoglimento integrale dell'appello e, di conseguenza, della reiezione della petizione di B._; in via subordinata chiede l'annullamento della pronunzia cantonale e il rinvio della causa al tribunale ticinese. Nelle osservazioni del 17 maggio 2010 B._ ha proposto di respingere il gravame, mentre l'autorità cantonale non si è determinata. 