Sachverhalt: A. X. und Y._ halten sämtliche Aktien der A._ AG. Diese Wertpapiere sind nicht kotiert und werden auch ausserbörslich nicht regelmässig gehandelt. Die A._ AG hat gemäss ihren Statuten folgenden Zweck: "Führung eines Hoch- und Tiefbauunternehmens; Handel mit Baumaterialien, Kies und Baumaschinen sowie Ausführung von Transporten; Erwerb und Veräusserung von Liegenschaften; Beteiligungen". Aufgrund eines Lieferstopps der B._ AG befindet sich die A._ AG jedoch in einem Liquiditätsengpass. Sie musste ihre operative Tätigkeit per September 2001 sistieren und hat diese seither nicht wieder aufgenommen. Mit ihren Gläubigern schloss die A._ AG einen Nachlassvertrag mit Stundungsvergleich, welcher am 2. März 2004 genehmigt wurde. Dieser Vertrag sieht u.a. vor, dass die Forderungen der Gläubiger der 3. Klasse solange als gestundet gelten, bis der eingeleitete Forderungsprozess gegen die B._ AG abgeschlossen ist, beziehungsweise - bei einem positivem Ausgang des Prozesses - bis die erstrittenen Erlöse eingegangen sind. B. Am 7. Juli 2006 wurden X. und Y._ für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2004 für ein steuerbares Einkommen von Fr. 14'635.-- und, in Abweichung von der Selbstdeklaration, für ein steuerbares Vermögen von insgesamt Fr. 2'482'955.-- veranlagt. Die Differenz zur Selbstschatzung ist im Wesentlichen auf die Bewertung der Aktien der A._ AG zurückzuführen: Während die Veranlagungsbehörde hierzu auf den reinen Substanzwert der Unternehmung (Fr. 1'579'027.--) abstellte, wollten die Steuerpflichtigen den steuerbaren Wert der Papiere unter Berücksichtigung des zweifachen Ertragswertes und des einfachen Substanzwertes der Gesellschaft ermittelt haben und gingen so von einem steuerbaren Gesamtwert der Aktien von Fr. 526'342.-- aus. Eine von den Steuerpflichtigen erhobene Einsprache wies die zuständige Steuerkommission mit Entscheid vom 17. Juli 2007 ab, worauf sich X. und Y._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern beschwerten. Mit Urteil vom 24. September 2008 wies dieses die Beschwerde ab. C. Mit Eingabe vom 29. Oktober 2008 führen die Steuerpflichtigen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 24. September 2008. Sodann seien die kantonalen Instanzen anzuweisen, bei der Veranlagung des Vermögens der Beschwerdeführer den Aktienwert der A._ AG mittels zweimaliger Gewichtung des Ertragswertes und einmaliger Gewichtung des Substanzwertes zu berechnen. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 12. Juni 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten. 