Faits: A. X._, né en 1954, est titulaire des brevets d'avocat et de notaire. Il exerce notamment à S._. A.a A la fin de l'année 1994, la société D._ AG, qui était une entreprise générale de construction et de travaux publics, se trouvait en difficulté. Par contrat de vente du 9 juin 1995, la société anonyme en formation A._ SA (ci-après: A._ Construction), à S._, a repris l'ensemble des activités valaisannes de D._ AG, alors en sursis concordataire. A._ Construction était représentée par ses fondateurs E._, F._ et G._ Construction SA. A._ Construction a, de la sorte, acquis certaines participations. Elle reprenait les biens, notamment le matériel et les machines, de la société venderesse. Le prix de vente était de 983'000 fr., dont en particulier 529'000 fr. à verser en espèces et 104'000 fr. par reprise de dettes. La vente portait également sur un droit d'emption permettant l'acquisition d'immeubles à V._, à l'époque en location, au prix de 1'800'000 fr. En date du 14 juin 1995, A._ Construction, encore en formation, a acquis les actions de H._ SA, propriété de la succursale sise à S._ de D._ AG, au prix de 753'000 fr. Le même jour, X._ a instrumenté une obligation hypothécaire au porteur de 700'000 fr. souscrite par A._ Construction. Cette obligation hypothécaire grevait des actifs mobiliers et immobiliers propriété de H._ SA. Les opérations précitées ont été financées par la Banque I._ sous la forme d'un prêt de 1'200'000 fr. concédé à G._ Construction SA, la banque ouvrant en outre une ligne de crédit de 3'000'000 fr. à A._ Construction en vue de son exploitation future. A.b Le 21 juin 1995, par acte notarié de X._, E._ et F._, lequel agissait à titre personnel et pour le compte de G._ Construction SA, ont fondé A._ Construction à S._. Le capital-actions a été entièrement libéré en espèces par 500'000 fr. Le même jour, X._ instrumentait le droit d'emption prévu par le contrat de vente du 9 juin 1995. L'acte de fondation et les statuts ne mentionnaient ni apport en nature, ni reprise de biens, ni aucun autre avantage particulier. Selon la déclaration I, ou déclaration « Stampa », signée par les fondateurs, la société n'avait repris aucun bien et n'avait pas l'intention de reprendre des biens déterminés d'une certaine importance. Selon la déclaration II, dite aussi déclaration relative à la LFAIE, qui porte les mêmes signatures, la société n'avait pas l'intention d'acquérir des immeubles en Suisse dans un avenir prévisible. Ces deux déclarations, qui sont des annexes à l'acte constitutif, passaient ainsi sous silence la reprise de l'entreprise en sursis concordataire à S._, l'achat de H._ SA et le pacte d'emption permettant l'acquisition d'immeubles à V._. L'acte de fondation et ses différentes annexes ont été transmis au Registre du Commerce le 26 juin 1995, accompagnés de la réquisition adressée à cet office. L'extrait du Registre du commerce du bureau de S._ date du 27 juin 1995. Il en ressort que l'article 3 des statuts de A._ Construction stipulait : « la société a pour but l'exploitation d'une entreprise générale de construction et de travaux publics. Dans le cadre de son activité, la société peut exécuter, tant en Suisse qu'à l'étranger, tous travaux de construction, de routes et de génie civil. Elle peut aussi acquérir, mettre en valeur ou administrer et aliéner des immeubles de toute nature. Pour atteindre son but, la société peut [...] de manière générale, faire toute opération et conclure tous contrats qui sont en rapport direct ou indirect avec son but. » A.c Par jugement du 4 septembre 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a libéré X._ du chef d'accusation de faux dans les titres commis dans l'exercice de fonctions publiques. Il a donné acte aux parties civiles de leur réserves et alloué, à titre de dépens pénaux, 6500 fr. à la masse en faillite de A._ Construction ainsi que 5000 fr. à la Banque C._ et B._ SA (en liquidation), solidairement entre ces dernières. 5000 fr. de frais ont été mis à la charge de X._, le solde étant laissé à celle de l'Etat. B. Par arrêt du 31 octobre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté les recours formés contre ce jugement par le Ministère public du canton de Vaud, d'une part, et X._, de l'autre. Une partie des frais a été mise à la charge de ce dernier. En substance, la cour cantonale a considéré que les acquisitions de D._ AG et de H._ SA constituaient des reprises de biens soumises aux exigences de forme des art. 635 et 635a CO, et non des transactions courantes faisant partie de la marche normale de la société A._ Construction. L'omission de mentionner ces transactions dans l'acte constitutif de cette société ainsi que ses annexes, tous documents ayant valeur de titres, constituait un faux intellectuel, dont répondait le recourant en sa qualité de notaire instrumentant. En revanche, l'intention de tromper faisait défaut et la prescription était largement acquise quant à une éventuelle négligence. Le comportement répréhensible du recourant était bel et bien à l'origine de l'enquête et il ne se voyait acquitter qu'en raison de la prescription en ce qui concernait une éventuelle négligence, de sorte que la mise à sa charge de frais et de dépens en faveur des parties civiles, dont l'intervention était motivée par un intérêt civil suffisant, était pleinement justifiée. C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut avec suite de frais à sa réforme en ce sens qu'il ne soit pas alloué de dépens de première instance en faveur des parties civiles et que les frais de première instance soient laissés entièrement à la charge de l'Etat. Invitée à déposer des observations, la cour cantonale y a renoncé en renvoyant aux considérants de son arrêt. Le Ministère public du canton de Vaud, la Banque C._, B._ SA en liquidation ainsi que la masse en faillite de A._ Construction SA ont conclu au rejet du recours, cette dernière, sous réserve de la recevabilité, qu'elle conteste, des griefs du recourant relatifs à l'insuffisance de l'intérêt de la partie civile au procès pénal. 