Sachverhalt: A. Das Kreisgericht X Thun sprach X._ mit Urteil vom 16. Juli 1999 des mittäterschaftlich begangenen mehrfachen Mordes, des mehrfachen Diebstahls, der Hehlerei, der versuchten Freiheitsberaubung, der Meuterei von Gefangenen sowie der Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu 16 Jahren Zuchthaus. Es ordnete eine vollzugsbegleitende ambulante Massnahme im Sinne von Art. 44 Ziff. 1 aStGB an. Gegen dieses Urteil erklärte X._ die Appellation, beschränkt auf den Schuldspruch wegen Mordes sowie das Strafmass. Die Anordnung der vollzugsbegleitenden Massnahme im Sinne von Art. 44 Ziff. 1 aStGB focht er nicht an. Mit Urteil vom 11. August 2000 bestätigte das Obergericht des Kantons Bern die Verurteilung wegen Mordes sowie die Strafe von 16 Jahren Zuchthaus. Es stellte überdies die Rechtskraft der übrigen erstinstanzlichen Schuldsprüche sowie der Anordnung der ambulanten Massnahme fest. B. X._ trat nach 435 Tagen Untersuchungshaft seine Strafe am 17. Februar 1998 (vorzeitig) in der Strafanstalt Lenzburg an und wurde am 21. August 2001 in die Strafanstalt La Stampa versetzt. Am 28. März 2004 trat er in das Massnahmezentrum St. Johannsen über. Wegen illegalen Drogenkonsums wurde er vom 27. August bis 30. September 2005 in der geschlossenen Beobachtungs- und Triagestation untergebracht. Am 22. September 2006 entwich er aus St. Johannsen, kehrte am folgenden Tag jedoch selbständig wieder zurück. Am 28. September 2006 wurde er ins Regionalgefängnis Thun überführt. Am 9. Januar 2007 konnte er in die Strafanstalt Bostadel übertreten, wo er sich noch heute befindet. Im Laufe des Vollzugs wurde X._ verschiedentlich durch die Kommission zur Überprüfung der Gemeingefährlichkeit von Straftätern (KGS) beurteilt und mehrfach als gemeingefährlich eingestuft. Mit Verfügung der Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug vom 15. Februar 2007 wurde ihm die bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug verweigert. Am 17. Dezember 2007 stellte er ein erneutes Gesuch um bedingte Entlassung. Die Direktion der Strafanstalt Bostadel teilte am 7. Mai 2008 mit, dass die Urinkontrollen von X._ am 25. April und 5. Mai 2008 erneut einen positiven Befund auf Opiate ergeben hätten. Am 14. Mai 2008 wurde er durch die KGS wiederum als gemeingefährlich beurteilt. Eine bedingte Entlassung wurde nicht empfohlen, hingegen wurde eine Prüfung der Umwandlung der ambulanten in eine stationäre Massnahme im Sinne von Art. 59 Abs. 3 StGB angeregt. C. Auf Antrag der Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug vom 1. Juli 2008 und nach Eingang des in Auftrag gegebenen psychiatrischen Gutachtens vom 28. Februar 2009 ordnete das Obergericht des Kantons Bern mit Urteil vom 7. Juli 2009 über X._ eine stationäre Suchtbehandlung im Sinne von Art. 60 StGB an, unter Aufschub des Vollzugs der verbleibenden noch zu verbüssenden Strafe gemäss Art. 65 Abs. 1 StGB. D. Dagegen wendet sich X._ mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben. Eventuell sei die Angelegenheit zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventuell sei die Angelegenheit an das Kreisgericht X Thun zur Beurteilung zurückzuweisen. E. Die Generalprokuratur des Kantons Bern verzichtet am 20. Mai 2010 auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Bern schliesst in seiner Vernehmlassung vom 25. Mai 2010 betreffend die Frage seiner Zuständigkeit auf Abweisung der Beschwerde und verweist im Übrigen auf die Ausführungen im angefochtenen Urteil. 