Sachverhalt: A. A._ erwarb im Jahr 2002 zwei in der Gemeinde Küssnacht/SZ gelegene Grundstücke und übernahm diese in ihr Privatvermögen. Zugunsten dieser beiden Parzellen lastete auf drei benachbarten Parzellen seit dem Jahr 1896 ein im Grundbuch eingetragenes Bauverbot. Es diente der langfristigen Sicherstellung einer unbeeinträchtigten Seesicht. Im Jahr 2006 willigte A._ in die Löschung dieser Grunddienstbarkeiten ein, wofür sie von der Gegenpartei mit einer noch zu erstellenden Attikawohnung (im Stockwerkeigentum) und drei Einstellhallenplätzen (im Miteigentum) abgefunden wurde. B. Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer ermittelte einen Wert der Abfindung von Fr. 2'335'000.-- und erfasste diesen in der Veranlagungsverfügung 2006 vom 26. Januar 2010 als Einkommen. A._ erhob dagegen Einsprache, welche die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer mit Einspracheentscheid vom 6. Juni 2012 teilweise guthiess. Die Einsprachebehörde ging nunmehr von einem Wert der Abfindung von noch Fr. 2'135'000.-- aus, wovon sie die im Jahr 1896 mutmasslich angefallenen Gestehungskosten des Bauverbots, annäherungsweise festgesetzt auf Fr. 10'000.--, abzog. Den Restbetrag unterstellte sie weiterhin der direkten Bundessteuer. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, wies die dagegen gerichtete Beschwerde mit Entscheid vom 25. September 2012 im Sinne der Erwägungen ab. C. Mit Eingabe vom 20. November 2012 erhebt A._ (hiernach: die Steuerpflichtige) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 25. September 2012 sei aufzuheben und die Veranlagungsverfügung 2006 sei dahingehend zu bereinigen, dass der Betrag von Fr. 2'335'000.-- beseitigt werde. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz auf eine Stellungnahme verzichtet, beantragen die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz und die Eidgenössische Steuerverwaltung die Abweisung der Beschwerde. 