A.- J._ a travaillé en qualité de machiniste au service de la société Z._ et Cie. A ce titre, il était assuré contre les accidents professionnels et non professionnels et contre les maladies professionnelles auprès de la Caisse nationale suisse en cas d'accidents (CNA). Il était par ailleurs au bénéfice d'une assurance d'indemnités journalières de la Caisse-maladie suisse pour les industries du bois et du bâtiment et branches annexes (CMBB). Le 31 octobre 1995, J._ a ressenti des douleurs au bras droit en raison de mouvements répétés exécutés dans le cadre de son travail. Le 18 novembre 1995, le docteur G._, médecin traitant, a diagnostiqué une tendinite crépitante des tendons extenseurs due uniquement à l'accident. Le cas a été pris en charge par la CNA. Le 5 janvier 1996, le docteur F._, spécialiste en chirurgie de la main, médecin-chef de la Policlinique de chirurgie de l'Hôpital X._, a procédé à une arthroscopie du poignet droit de J._. Il a diagnostiqué une lésion traumatique du disque triangulaire. Les radiographies révélaient une pseudarthrose de la styloïde cubitale ainsi qu'une anomalie de la partie radiale du semi-lunaire. Le 11 janvier 1996, le docteur P._, médecin d'arrondissement de la CNA, a confirmé l'existence d'une tendinite crépitante de l'avant-bras droit d'origine professionnelle. Le 30 janvier 1996, le docteur F._ a procédé à un évidement du semi-lunaire, une greffe osseuse, une résection d'une pseudarthrose de la styloïde cubitale et une synovectomie du poignet. Le 23 mai 1996, le professeur T._, spécialiste en chirurgie de la main à l'Hôpital X._, a diagnostiqué une importante sclérose du semi-lunaire. Il a proposé une nouvelle intervention chirurgicale. Dans un rapport du 4 juillet 1996, la doctoresse B._, spécialiste en chirurgie de la main à la Clinique chirurgicale et permanence de W._ a constaté que J._ souffrait d'une maladie de Kienböck avancée, avec sclérose complète du semi-lunaire qui est fracturé. Elle a proposé une arthrodèse du poignet. Le docteur S._, spécialiste en chirurgie du service médical de la CNA, a considéré que les troubles ressentis par l'assuré n'avaient plus rien à voir avec les premiers diagnostics de tendinite crépitante; les nouveaux faits justifiaient un réexamen du dossier (rapport du 22 juillet 1996). Par décision du 31 juillet 1996, la CNA a signifié à son assuré qu'elle ne prendrait plus son cas en charge, au motif qu'il ne présentait pas une tendinite crépitante - comme l'indiquaient les premiers diagnostics - mais une maladie de Kienböck, non assimilable à une maladie professionnelle. La CNA renonçait toutefois à lui réclamer les prestations versées à tort, mais s'adresserait directement à la CMBB à cette fin. Par lettre du 20 août 1996, J._ a formé opposition contre cette décision. Par courrier du 4 octobre 1996, la CMBB s'est elle aussi opposée à la décision et a invité la CNA à revoir sa position. Le 23 septembre 1996, le docteur B._ a procédé à une arthrodèse du poignet droit de l'assuré. Le protocole opératoire faisait état d'une maladie de Kienböck avec une nécrose complète du semi-lunaire et d'un début d'arthrose entre le semi-lunaire et le grand os. Par décision sur opposition du 24 avril 1997, la CNA a rejeté l'opposition de la CMBB, au motif que les (nouveaux) troubles ressentis par J._ n'avaient pas d'origine traumatique et que les affections dont il souffrait ne pouvaient pas être considérées comme résultant d'une maladie professionnelle. B.- La CMBB a recouru contre cette décision devant le Tribunal cantonal de la République et du canton du Jura, Chambre des assurances, en concluant, notamment, à ce que celle-ci soit annulée et à ce que la CNA soit tenue à prendre en charge le cas. Dans le cadre d'une instruction médicale complémentaire, la CMBB a produit un rapport d'expertise du 1er septembre 1997 du docteur Y._, spécialiste en médecine interne et rhumatologie. Ce praticien met l'accent sur l'étiologie multifactorielle de la maladie de Kienböck. Selon lui, l'assuré n'a pas subi de choc au travail et la fracture du semi-lunaire ne signifie pas que celle-ci soit d'origine post-traumatique, «car dans tout os nécrosé les fractures pathologiques non-traumatiques sont fréquentes». Quant à l'existence d'une maladie professionnelle, il estime qu'elle a été écartée sans argument valable par le docteur S._. Selon lui, on doit au contraire retenir, dans le cas particulier, la présence d'une telle maladie. Par jugement du 3 août 1999, la Cour cantonale a admis le recours, considérant que l'affection dont souffre l'assuré était une maladie professionnelle au sens de la loi. C.- La CNA interjette recours de droit administratif contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut au rétablissement de sa décision sur opposition du 24 avril 1997. Elle a produit, en dehors du délai légal de recours, un rapport du docteur S._ du 15 septembre 1999, dont il ressort qu'il est tout au plus possible que la maladie de Kienböck soit due à l'activité professionnelle de l'assuré. Est joint à cet avis médical un article relatif à l'étiologie de la maladie de Kienböck. La CMBB conclut au rejet du recours. J._ en fait de même, en invoquant la valeur probante du rapport du docteur Y._. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé sur le recours. 