Sachverhalt: A. Der 1944 geborene N._, welcher als Einrahmer/Restaurator/ Gallerist durch seine Arbeitgeberin, die B._ AG, bei der Berner Allgemeine Versicherungs-Gesellschaft (nunmehr Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft AG, nachfolgend: Allianz) u.a. obligatorisch gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert war, erlitt bei einem Auffahrunfall am 25. Juni 1999 ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule und ein Knalltrauma. Die Unfallversicherung erbrachte Heilbehandlung und richtete Taggelder aus. Bereits am 29. Juni 1999 stellte Dr. med. D._, Facharzt FMH für Hals-, Nasen- und Ohrenkrankheiten, einen nach dem Unfall aufgetretenen störenden Tinnitus fest. In der Folge wurde N._ insbesondere durch Neurologen und ORL-Fachärzte mehrfach untersucht und begutachtet. Letztere stellten übereinstimmend einen Tinnitus und eine möglicherweise traumatisch ausgelöste sensorineurale Hochtonschwerhörigkeit fest. Eine psychiatrische Begutachtung durch Dr. med. H._ ergab keine relevanten Befunde. Schliesslich wurde im Auftrag der Allianz eine Schlussbegutachtung durch die Dres. med. S._, Leitender Arzt der Klinik für Ohren-, Nasen-, Hals- und Gesichtschirurgie am Spital R._ (Teilgutachten vom 17. November 2004), und M._, Leitender Arzt Neurologie an der Klinik C._ (Gutachten vom 28. Oktober 2005), vorgenommen. Mit Verfügung vom 5. September 2007 teilte die Allianz N._ mit, er habe mangels Kausalität zwischen den geltend gemachten Beschwerden und dem Unfall vom 25. Juni 1999 über den 31. Dezember 2003 hinaus keinen weiteren Anspruch auf Versicherungsleistungen. Daran hielt die Unfallversicherung auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 15. Mai 2008). B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die gegen den Einspracheentscheid geführte Beschwerde in dem Sinne gut, als es diesen aufhob, den Kausalzusammenhang zwischen dem Tinnitus und dem Unfall vom 25. Juni 1999 bejahte und die Sache an die Allianz zurückwies, damit diese nach Vornahme eines Einkommensvergleichs über den Leistungsanspruch in Form einer Rente und einer Integritätsentschädigung neu verfüge. C. Die Allianz führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, es sei der kantonale Entscheid aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 14. Mai 2008 zu bestätigen. N._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung. 