Faits: A. Y._ est titulaire d'un certificat fédéral de capacité d'horloger rhabilleur délivré le 3 juillet 2000 par le Centre A._. Il a été engagé le 12 décembre 2000 par X._ SA, avec effet dès le 8 janvier 2001. Une clause de non-concurrence était prévue à l'art. 10 du contrat, dont le chiffre 1er disposait qu'« après la fin du contrat, l'employé n'exercera pas pour son compte personnel / ni pour le compte d'autrui, à titre lucratif ou gratuit, une activité dans le domaine des montres mécaniques à répétition ou dans un domaine équivalent à l'expérience acquise au sein de notre société ». Le 11 décembre 2003, l'employé a résilié le contrat de travail, avec effet au 29 février 2004. Le 1er mars suivant, il est entré au service de B._ SA, selon contrat du 11 décembre 2003. L'ancien et le nouvel employeur sont des concurrents directs dans le domaine des mouvements horlogers à haute complication, comportant notamment un mécanisme de répétition minute et/ou un échappement à tourbillon. X._ SA a réclamé le paiement du montant de la clause pénale, chiffrée à 50'000 fr., la prohibition de concurrence ayant, de son point de vue, été violée. L'ex-employé a fait opposition totale au commandement de payer qui lui a été notifié le 13 janvier 2005. B. Le 2 février 2005, X._ SA a ouvert action en paiement contre Y._ devant la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, en concluant à la condamnation du défendeur à lui payer le montant de 50'000 fr., avec intérêts à 5% l'an dès la notification de la poursuite, soit dès le 13 janvier 2005. Le défendeur a conclu à libération. Par jugement du 11 août 2008, la IIème Cour civile du Tribunal cantonal a rejeté la demande. En résumé, la cour cantonale a considéré que la prohibition de concurrence visait, de manière claire, l'activité personnelle du travailleur, à son compte ou pour le compte d'autrui. Pour les magistrats cantonaux, la preuve que l'employé ait exercé une activité dans le domaine des montres à répétition minute, dans le semestre couru dès le 1er mars 2004, n'a pas été apportée; ils ont donc jugé que la demande visant cette forme d'activité concurrente était mal fondée. S'agissant des autres activités momentanément prohibées, les juges neuchâtelois se sont livrés à une interprétation objective de la clause de prohibition de concurrence et ont admis que le montage de mouvements à tourbillon « équivalait à l'expérience acquise » dans l'entreprise demanderesse. Ils ont toutefois indiqué que la validité de la clause invoquée ne pouvait pas être reconnue, à défaut d'allégation suffisante en lien avec l'accès par l'ex-employé à des secrets de fabrication. C. La demanderesse exerce un recours en matière civile contre le jugement du 11 août 2008. Elle requiert que le défendeur soit condamné à lui payer le montant de la peine conventionnelle de 50'000 fr. plus intérêts à 5 % l'an dès le 13 janvier 2005. A titre subsidiaire, la demanderesse requiert le renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nomination d'un expert et nouvelle décision dans le sens des considérants. Le défendeur propose le rejet du recours. 