Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) und die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) schlossen im Oktober 2003 einen Vertrag über die Lieferung und Montage einer Aufbereitungsanlage für Strassensammlerschlämme sowie Wischgut und im Juni 2004 einen Vertrag über die Lieferung und Montage einer Sortieranlage für Baustellenabfälle. Die Beschwerdegegnerin lieferte und montierte beide Anlagen. Während die Beschwerdeführerin den Preis für die Aufbereitungsanlage vollständig bezahlte, entrichtete sie den Preis für die Sortieranlage nur teilweise und machte Mängel an beiden Anlagen geltend. B. Am 31. August 2005 erhob die Beschwerdegegnerin beim Amtsgericht Luzern-Land Klage mit dem Antrag, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 96'033.-- nebst 5 % Zins seit dem 16. November 2004 zu bezahlen, entsprechend dem Restbetrag des Preises für die Sortieranlage. Mit Urteil vom 6. August 2007 hiess das Amtsgericht Luzern-Land die Klage im Umfang von Fr. 96'033.-- nebst 5 % Zins seit 30. November 2004 gut mit der Begründung, dass weder hinsichtlich der Aufbereitungsanlage noch der Sortieranlage Mängel auszumachen seien. Die von der Beschwerdeführerin erhobene Widerklage wies es ab. Die Beschwerdeführerin erhob Appellation gegen den Entscheid des Amtsgerichts Luzern-Land vom 6. August 2007, die das Obergericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 24. April 2008 abwies, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 30. Mai 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Luzern vom 24. April 2008 aufzuheben und den Fall zur Sachverhaltsergänzung sowie zur Abnahme der dazu erforderlichen Beweismittel an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig stellte sie das Begehren, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zu erteilen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. 