Sachverhalt: A. Der 1976 geborene B._ war im Rahmen eines befristeten Arbeitsvertrages vom 1. Januar 2005 bis 31. Dezember 2007 als Zeitmilitär tätig. Am 1. Januar 2008 meldete er sich beim Regionalen Arbeitsvermittlungszentrum (RAV) zur Arbeitsvermittlung an und stellte bei der Unia Arbeitslosenkasse am 10. Januar 2008 Antrag auf Arbeitslosenentschädigung ab 1. Januar 2008. Dabei stellte er sich im Verlauf der Zeit der Stellenvermittlung zu unterschiedlichen Arbeitszeiten und Pensen zur Verfügung. Das RAV überwies die Sache am 25. Februar 2009 dem Amt für Wirtschaft und Arbeit (AWA) des Kantons Zürich zur Überprüfung der Vermittlungsfähigkeit. Mit Verfügung vom 3. April 2009 bejahte das AWA die Vermittlungsfähigkeit von B._ und bezifferte das Ausmass des anrechenbaren Arbeitsausfalls vom 1. bis 28. Februar 2009 mit 40 % und ab 1. März 2009 mit 60 %. Daran hielt es mit Einspracheentscheid vom 9. Juni 2009 fest. B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 26. August 2009 teilweise gut, soweit darauf einzutreten war, und stellte fest, dass B._ ab 1. Februar 2009 einen Arbeitsausfall von 50 % und ab 1. März 2009 einen solchen von 70 % erleide und er - sofern die übrigen Voraussetzungen erfüllt seien - Anrecht auf entsprechende Leistungen der Arbeitslosenversicherung habe. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt B._, der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich sei teilweise aufzuheben und sein anrechenbarer Arbeitsausfall sei im Umfang von 90 % ab 1. Februar 2009 resp. von 100 % ab 1. März 2009, eventualiter von 70 % ab 1. Februar 2009 resp. 90 % ab 1. März 2009, subeventualiter von 60 % ab 1. Februar 2009 resp. 80 % ab 1. März 2009 zu bejahen. Er gibt diverse neue Antwortschreiben auf Bewerbungen zu den Akten. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. 