Fatti: A. A.a Il 7 luglio 1999 la società semplice composta da B.B._ e C.B._ (opponenti), D._ e E._AG, ha acquistato il fondo xxx di Y._, sito fuori dalla zona edificabile, sul quale sorgeva un rustico classificato dal Comune tra quelli "meritevoli di conservazione", suscettibile pertanto di essere riattato e destinato ad abitazione secondaria. Il 23 gennaio 2001, a seguito dello scioglimento della proprietà comune, il fondo è stato intestato alla sola C.B._. A.b L'acquisto del fondo era stato deciso dopo l'accoglimento da parte delle competenti autorità comunali e cantonali, il 18 maggio 1999, di una domanda di costruzione volta alla riattazione e trasformazione del rustico. Il progetto approvato prevedeva in sostanza la pressoché integrale conservazione dei muri perimetrali, ad eccezione di una parziale demolizione di quello a est, necessaria per far spazio a un nuovo locale, realizzato in calcestruzzo e rifinito con vecchio pietrame a facciavista, in cui avrebbero trovato spazio una nuova cucina e un deposito, quest'ultimo - contrariamente a quanto previsto in un primo tempo - accessibile solo dall'esterno. Gli opponenti hanno in seguito chiesto di essere autorizzati a sostituire la copertura del tetto con la posa di tegole in cemento grigio al posto delle piode ancora presenti in loco. La richiesta, elaborata sulla base degli atti della prima proposta e non del progetto approvato, è stata accettata dal Comune il 2 maggio 2000, dopo aver ottenuto il benestare dalla Commissione delle bellezze naturali e del paesaggio. Con domanda di costruzione in variante, il 28 ottobre 2000 gli opponenti hanno quindi domandato di poter demolire l'intero rustico e ricostruirlo in calcestruzzo con vecchio pietrame in facciavista, il tutto per mantenerne le caratteristiche. Preso atto del preavviso negativo del Dipartimento del territorio, la nuova domanda, che come la precedente era stata allestita sulla base degli atti della prima proposta e che oltretutto prevedeva lo spostamento della doccia laddove in precedenza era previsto il deposito, ora eliminato, è stata respinta l'11 gennaio 2001. A.c I lavori di costruzione sono stati affidati all'impresa A._ (ricorrente) e hanno preso avvio nell'aprile 2001. In corso d'opera, il 9 maggio 2001, la ricorrente ha notificato al Comune il crollo del timpano nord durante la rimozione della trave del colmo del tetto, l'intenzione di procedere al rifacimento in calcestruzzo del muro sul lato ovest, a causa delle sue pessime condizioni, per una lunghezza di circa 2 metri, e la necessità, per eseguire le nuove finestre al pianterreno e al primo piano sui lati sud e est, di rimuovere parzialmente le relative murature e il timpano sud. Il 17 maggio 2001 il Comune ha autorizzato la ricostruzione delle parti crollate e in particolare di parte del muro sul lato nord nonché degli interventi parziali sulla facciata sud ed est, a condizione che il tutto fosse ricostruito nel pieno rispetto della costruzione originale per quanto attiene alla struttura e delle dimensioni dei piani approvati. La ricorrente ha quindi proceduto alla ricostruzione in calcestruzzo di 2.80 metri di muro crollato sul lato ovest, rivestendolo poi con vecchio pietrame a facciavista, ha rimosso il timpano sud e la muratura su questo lato e sul lato est fino all'altezza di 1.60 metri e ha costruito completamente in calcestruzzo il muro sul lato nord, ivi compresa la parte relativa al nuovo locale. Constatata l'effettuazione di demolizioni e ampliamenti non conformi ai piani approvati, il 3 luglio 2001 il Comune ha ordinato il blocco dei lavori e, oltre ad aver avviato una procedura di contravvenzione nei confronti dei proprietari del fondo, li ha invitati a presentare una domanda di costruzione a posteriori. Una prima domanda di costruzione in sanatoria è stata respinta per motivi formali. La successiva domanda, presentata il 14 novembre 2001, è stata respinta dal Comune l'8 aprile 2002, a seguito del preavviso sfavorevole del Dipartimento del territorio, che aveva evidenziato come gli elementi caratteristici del rustico, degni di protezione, fossero stati in gran parte eliminati con la sua demolizione. La decisione comunale è stata confermata il 3 settembre 2002 dal Consiglio di Stato, che ha nel contempo accertato la nullità della licenza edilizia rilasciata il 2 maggio 2000, siccome non preventivamente sottoposta al Dipartimento del territorio. La procedura ricorsuale avviata innanzi al Tribunale Cantonale amministrativo il 25 settembre 2002, tuttora in corso, risulta attualmente sospesa. B. Il 30 ottobre 2003 la ricorrente ha convenuto gli opponenti dinanzi alla Pretura del Distretto di Locarno-Campagna con un'azione volta a ottenere il pagamento di fr. 98'486.--, oltre interessi, composti da fr. 88'486.--, ancora dovutile per le opere effettuate, la cui conclusione non era a quel momento possibile, e dalle spese legali da lei anticipate di fr. 10'000.--. Gli opponenti si sono integralmente opposti alla petizione e in via riconvenzionale hanno chiesto la condanna della ricorrente al pagamento di fr. 332'329.40 oltre interessi. A loro avviso la ricorrente non solo non poteva pretendere alcunché ma anzi era debitrice nei loro confronti, sia perché non aveva portato a termine l'opera appaltata sia perché responsabile della perdita totale della stessa, essendo all'origine dei crolli e avendo effettuato, di sua iniziativa o comunque senza avvisare la committenza dell'erroneità del modo di procedere, ampliamenti e demolizioni non previsti dai piani approvati, ciò che li legittimava a rescindere il contratto. Statuendo il 4 giugno 2007 il Pretore ha parzialmente accolto la petizione, per fr. 90'657.30 oltre interessi, e respinto la domanda riconvenzionale. Premesso che i committenti avevano sostenuto da una parte di essere receduti dal contratto e dall'altra che l'esecuzione dell'opera era divenuta impossibile, il Pretore ha stabilito che l'appaltatrice avrebbe avuto in ogni caso diritto al pagamento della mercede: nella prima evenienza in forza dell'art. 377 CO e nella seconda dell'art. 378 CO, a meno di doverla ritenere responsabile della situazione venutasi a creare. A prescindere dalla questione dell'esistenza di un caso d'impossibilità, il giudice ha escluso ogni responsabilità della ricorrente, non potendo essere imputato a lei il blocco dei lavori. Da qui la condanna dei committenti, in solido, al pagamento della mercede residua per le opere eseguite, pari a fr. 75'135.80, a cui andavano aggiunti fr. 6'000.-- per il fermo cantiere e fr. 9'521.50 per i costi preprocessuali e per le spese della prova a futura memoria. C. Di diverso avviso è stata la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, adita dai soccombenti, la quale con sentenza del 17 settembre 2008 ha modificato il giudizio di primo grado respingendo integralmente (anche) la petizione. Secondo i giudici della massima istanza cantonale, diversamente da quanto considerato dal Pretore, nulla permette di ritenere che gli opponenti abbiano rescisso il contratto secondo l'art. 377 CO e la fattispecie andava esaminata sotto il profilo dell'art. 378 CO. Essi si sono quindi chinati sulla questione dell'impossibilità della realizzazione dell'opera, giungendo alla conclusione che, contrariamente a quanto preteso dalle parti, questa non è stabilita in modo definitivo, il Tribunale cantonale amministrativo dovendo ancora pronunciarsi sulla domanda di costruzione in sanatoria. In presenza di una semplice impossibilità temporanea - hanno terminato i giudici ticinesi - le prestazioni delle parti rimangono sospese: la ricorrente non può dunque pretendere il saldo della mercede e i committenti non possono far valere nei suoi confronti alcuna pretesa risarcitoria. Per questo motivo sia la petizione sia la domanda riconvenzionale sono state per il momento respinte, riservata la possibilità di riproporle, se del caso, in futuro. D. Il 22 ottobre 2008 la ricorrente è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere la modifica della sentenza cantonale nel senso della reiezione dell'appello dei committenti e, di conseguenza, dell'accoglimento della petizione. Nelle osservazioni del 4 dicembre 2008 gli opponenti hanno proposto la reiezione del gravame, mentre la massima istanza ticinese ha rinunciato a pronunciarsi. 