Faits: A. Le 7 mai 1912, la Confédération et le canton de Genève ont signé une convention prévoyant notamment l'établissement et l'exploitation par les Chemins de fer fédéraux d'une ligne de raccordement entre la gare de Cornavin et celle des Eaux-Vives et la remise aux Chemins de fer fédéraux par le canton de Genève de la ligne de chemin de fer des Eaux-Vives à la frontière nationale, près d'Annemasse. Le 10 juillet 1912, l'Assemblée fédérale a adopté une loi fédérale qui autorise le Conseil fédéral à ratifier cette convention. Le 26 avril 2002, la Confédération, le canton de Genève et les Chemins de fer fédéraux ont passé un protocole d'accord relatif à l'interprétation et à l'actualisation de la convention du 7 mai 1912. Ce protocole confie aux Chemins de fer fédéraux la qualité de maître d'ouvrage. Il les charge, en collaboration avec le canton, d'acquérir par voie d'expropriation, dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, les droits qui n'ont pu l'être de gré à gré auparavant. La construction de la liaison ferroviaire est cofinancée par les Chemins de fer fédéraux et par le canton de Genève, les moyens nécessaires aux Chemins de fer fédéraux à cette fin leur étant alloués par la Confédération. Celle-ci s'engage à soumettre la construction de la liaison ferroviaire à l'approbation de l'Assemblée fédérale. Le canton de Genève s'engage à solliciter de son Grand Conseil les crédits nécessaires au financement de sa part dès la signature du présent protocole. Les parties conviennent de mener à chef les travaux d'adaptation et de construction de la liaison ferroviaire dans les cinq ans suivant l'approbation définitive des plans. Le 6 mars 2006, le canton de Genève et les Chemins de fer fédéraux ont requis de l'Office fédéral des transports l'approbation des plans de la nouvelle ligne ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA). Ce projet consiste en substance à construire une ligne de chemin de fer à double voie de 14 kilomètres environ entre la gare de Cornavin et la frontière franco-suisse, avec une nouvelle gare aux Eaux-Vives, quatre stations et plusieurs ouvrages d'art. Ce projet a été mis à l'enquête publique dans les communes concernées du 11 septembre au 10 octobre 2006 selon la procédure ordinaire d'approbation des plans prévue aux art. 18 ss de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Dans le même temps, les autorités spécialisées, cantonales et fédérales, ont été invitées à se prononcer à ce sujet. B. Par arrêté du 29 août 2007, publié dans la Feuille d'avis officielle du 3 septembre 2007, le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève a constaté l'aboutissement de l'initiative populaire cantonale intitulée «Pour une meilleure mobilité franco-genevoise» (IN 139). Cette initiative porte sur l'introduction, dans la Constitution genevoise, d'un nouvel article libellé en ces termes: "Art. 160C bis (nouveau) 1 L'Etat prend les mesures nécessaires pour réaliser une liaison ferroviaire reliant la gare Cornavin au réseau des chemins de fer français de la Haute-Savoie en lieu et place du projet de liaison CEVA. 2 Il établit le tracé de cette ligne entre le réseau des CFF et celui de la SNCF par une liaison passant par le sud du territoire du canton, en évitant les zones ordinaires ou de développement 1 à 3. Il veille à ce que celle-ci soit efficace, sûre, respectueuse de l'environnement, favorisant l'utilisation du réseau des lignes de transports publics existant ou à développer en complémentarité avec le tracé ferroviaire, de manière à optimiser l'offre de transports publics. 3 La loi fixant le tracé de la liaison et ouvrant le crédit nécessaire à sa réalisation sera soumise obligatoirement à l'approbation du Conseil général (corps électoral)." Selon l'exposé des motifs, les initiants souhaitent permettre l'établissement d'une ligne ferroviaire entre les réseaux des Chemins de fer fédéraux et de la Société nationale des chemins de fer français, créant moins de nuisances que le projet CEVA et ce pour un prix largement inférieur. La nouvelle ligne devrait favoriser l'accès des frontaliers, notamment de la Haute-Savoie, améliorer efficacement la desserte des communes de la rive gauche du Rhône en optimisant les flux de trafic genevois et transfrontaliers et assurer des raccordements efficaces aux trolleybus. Au terme de son rapport du 8 novembre 2007, le Conseil d'Etat a invité les membres du parlement cantonal à constater que l'initiative IN 139 est entièrement invalide et à prononcer son irrecevabilité totale, sans proposer de contre-projet. La Commission législative du Grand Conseil chargée d'étudier la validité de l'initiative est parvenue au même constat dans sa majorité, une minorité soutenant l'avis contraire. Lors de sa séance du 13 mars 2008, le Grand Conseil de la République et canton de Genève a déclaré l'initiative populaire IN 139 invalide en raison de sa non-conformité au droit supérieur et de son inexécutabilité. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Wolfgang Peter, Marietta Bieri, Caroline Stemberger Duri, Denise Fuchser, François Moser et Mauro Poggia demandent au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et de constater la validité de l'initiative populaire IN 139 «Pour une meilleure mobilité franco-genevoise». Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. Les recourants ont déposé un mémoire complétif au terme duquel ils persistent dans leurs conclusions. Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication a formulé de brèves déterminations à propos desquelles les parties ont pu prendre position. 