Sachverhalt: A. X._ verbüsste zwischen 1974 und April 1981 mehrere Strafen wegen Diebstahls. Am 14. Februar 1986 wurde er wegen vorsätzlicher schwerer Körperverletzung zu zwölf Monaten Gefängnis verurteilt, weil er einer Prostituierten mit einem Messer in den Bauch gestochen hatte. Aus diesem Strafvollzug wurde er im Dezember 1987 entlassen. Am 4. November 1989 tötete er eine neunzehnjährige Prostituierte durch insgesamt 37 Stich- und Schnittverletzungen (BGE 123 IV 1, Sachverhalt). In der Folge einer zweiten bundesgerichtlichen Rückweisung zur Neubeurteilung (Urteil 6S.325/1992 vom 22. Sept. 1993 und BGE 123 IV 1) verurteilte ihn das Obergericht des Kantons Zürich am 7. Mai 1998 wegen Mordes zu 12 Jahren Zuchthaus, ordnete die Verwahrung gemäss Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe auf. B. Vom Juni 2000 bis April 2006 nahm X._ in der Strafanstalt an einem durch den Psychiatrisch-Psychologischen Dienst des Amtes für Justizvollzug des Kantons Zürich (PPD) durchgeführten Ambulanten Intensivprogramm für Sexual- und Gewaltstraftäter teil. Er befand sich in der hochfrequenten Gruppe der Sexualstraftäter (AIP 2000), welche wöchentlich mehrere Stunden deliktorientierte Gruppenpsychotherapie, Einzeltherapie sowie Sozialtraining absolvierte. Anschliessend wechselte er im Zusammenhang der Überführung des AIP in die therapeutische Regelversorgung in ein ergänzendes Gruppenangebot mit deutlich reduziertem Setting, d.h. einer wöchentlichen Gruppentherapie, ergänzt durch eine Einzeltherapie und sporadisch durchgeführte begleitete therapeutische Ausgänge. Mit Verfügung des Sonderdienstes des Amtes für Justizvollzug (Sonderdienst) vom 4. Dezember 2003 wurde ihm gestützt auf eine positive Stellungnahme der Fachkommission des Ostschweizer Strafvollzugskonkordats (Fachkommission) ein erster Vollzugslockerungsschritt in Form von therapeutischen Einzelausgängen gemäss Stufe I des AIP-Konzepts vom 26. Juli 2001 mit Auflagen bewilligt. Dazu hält die Präsidentin der Fachkommission in ihrem Schreiben vom 30. November 2007 an den Justizvollzug des Kantons Zürich fest, dass die Fachkommission in ihrer Stellungnahme vom 7. Mai 2003 begleitete Ausgänge der Stufe I befürwortet und weitergehende Vollzugslockerungen für nicht vertretbar gehalten habe. Mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligte der Sonderdienst therapeutische Ausgänge gemäss den Stufen II und III des AIP-Konzepts mit Auflagen. Die Fachkommission hatte am 14. Dezember 2005 indessen auf eine Empfehlung zur Gemeingefährlichkeit verzichtet, weil eine zuverlässige Beurteilung ohne Information zu Art, Inhalt und Intensität der tatrelevanten Fantasien, allfälligen Ersatzhandlungen sowie Kontrollfähigkeit nicht möglich sei. Nach dem "Konzept der therapeutischen Ausgänge im Rahmen des Ambulanten Intensiv-Programms (AIP)" vom 26. Juli 2001 handelt es sich bei Stufe I um einen "Einzelausgang" mit zwei Begleitpersonen von anfänglich 3 Stunden und in der Folge 5 Stunden Dauer. Stufe II betrifft den "Zweierausgang" mit zwei Begleitpersonen bis maximal 8 Stunden Dauer. Stufe III berechtigt zum "Dreierausgang" mit zwei Begleitpersonen bis maximal 8 Stunden Dauer. Bei den Begleitpersonen handelt es sich um erfahrenes forensisches Fachpersonal. C. Nach einer Vollzugsunregelmässigkeit bei einem Verwahrten im Jahre 2006 wurden die amtsinternen Abläufe eingehend untersucht und einzelne Fälle überprüft. Die neue Amtsleitung hielt die Gewährung von therapeutischen Ausgängen gemäss den Stufen II und III des AIP-Konzepts ohne entsprechende materielle Empfehlung der Fachkommission für nicht verantwortbar. Das Amt für Justizvollzug verfügte daher am 15. Oktober 2007, die X._ betreffenden Akten hinsichtlich der Gewährung von therapeutischen Ausgängen der Stufen II und III erneut der Fachkommission vorzulegen, sobald das vom Obergericht in Auftrag gegebene Gutachten vorliege und das Gericht über die Verwahrung (gemäss Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002 des Strafgesetzbuches) Beschluss gefasst habe. Die mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligten therapeutischen Ausgänge der Stufen II und III würden bis zum Vorliegen dieser Stellungnahme der Fachkommission sistiert. D. Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich wies mit Verfügung vom 26. März 2008 den von X._ gegen die Verfügung vom 15. Oktober 2007 geführten Rekurs ab. Zur Begründung führte sie aus: Nach dem Strafurteil von 1998 gefährde X._ infolge seines Geisteszustandes die öffentliche Sicherheit in schwerwiegender Weise. Er habe im Tatzeitpunkt unter einer ausgeprägten Störung der Sexualpräferenz im Sinne eines Sadomasochismus mit fetischistischer Komponente und deutlicher Progredienz sowie einer Tendenz zur ausgeprägten Ritualisierung gelitten. Ausserdem habe als Grundstörung eine ausgeprägte kombinierte Persönlichkeitsstörung mit dissozialen, schizoiden, ängstlich-asthenischen sowie narzistischen Elementen bestanden. Dieses Störungsbild sei in seiner Gesamtheit als ursächlich für das Tötungsdelikt angesehen worden, in welchem er vor allem seine seit Jahren bestehenden und immer mehr ausgebauten paraphilen Fantasien in die Tat umgesetzt habe. Das Störungsbild sei generell als sehr schwer behandelbar beurteilt worden. Nach dem letzten über ihn erstellten externen ergänzenden psychiatrischen Gutachten vom 7. April 2003 falle er statistisch gesehen in die Gruppe der Gewalttäter mit einem erheblich erhöhten Rückfallrisiko. Der PPD gehe in seiner jüngsten Beurteilung der Legalprognose von einer sehr hohen bzw. deutlichen bis sehr hohen strukturellen Rückfallgefahr aus, deren Beeinflussbarkeit generell als sehr gering bezeichnet werde. Verglichen mit dieser Ausgangssituation hätten durch die Teilnahme am AIP therapeutische Fortschritte erzielt werden können, so dass derzeit ein geringes bis moderates Rückfallrisiko bestehe. Die Überprüfung der Verwahrung sei zurzeit beim Obergericht hängig (oben E. C). Gemäss § 56 Abs. 1 der Justizvollzugsverordnung (JVV) vom 6. Dezember 2006 würden Urlaub und Ausgang gemäss den Richtlinien der Ostschweizerischen Strafvollzugskommission über die Ausgangs- und Urlaubsgewährung bewilligt. Gemäss diesen Richtlinien vom 7. April 2006 über die Ausgangs- und Urlaubsgewährung seien im geschlossenen Vollzug Ausgänge nur als Bestandteil therapeutischer Programme zulässig. Gemäss § 70 Abs. 2 JVV würden Urlaub und andere Vollzugslockerungen gemeingefährlichen Straftätern nur gewährt, wenn davon ausgegangen werden könne, dass sie nicht mehr gemeingefährlich sind oder Dritte vor einer verbleibenden Gefahr durch begleitende Massnahmen ausreichend geschützt werden können. Die Richtlinien vom 27. Oktober 2006 über den Vollzug von Freiheitsstrafen und freiheitsentziehenden Massnahmen bei gemeingefährlichen Straftätern und Straftäterinnen schrieben vor, dass die Stellungnahme der Fachkommission eingeholt werde, wenn trotz Gemeingefährlichkeit eine Vollzugsöffnung erwogen werde. In der Verfügung vom 10. Februar 2006 sei die Gemeingefährlichkeit nicht verneint, aber angenommen worden, Dritte könnten bei begleiteten Ausgängen ausreichend geschützt werden. Die Vollzugslockerung sei jedoch ohne Stellungnahme der Fachkommission bewilligt worden (oben E. B). Die einstweilige Sistierung der therapeutischen Ausgänge der Stufen II und III sei angesichts des besonders hohen öffentlichen Interesses am Schutz vor besonderer Gewaltdelinquenz geradezu geboten. Das bestellte Gutachten werde auch die Fragen der begleiteten Ausgänge beurteilen. Es sei nicht zu beanstanden, dass das Gutachten und der Entscheid des Obergerichts abgewartet würden. E. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt: 1. die Verfügung der Direktion der Justiz und des Innern vom 26. März 2008 (Ziff. 1 des Dispositivs) aufzuheben, 2. die Vollzugsbehörden anzuweisen, die mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligten Ausgänge der Stufen II und III durchzuführen, 3. eventualiter die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen mit der Anweisung, die Durchführung der mit Verfügung vom 10. Februar 2006 bewilligten Ausgänge zu prüfen bzw. prüfen zu lassen, sobald das im Rahmen der Verwahrungsüberprüfung in Auftrag gegebene Gutachten vorliege und diesfalls die Akten sobald als möglich der Fachkommission vorzulegen, 4. die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. F. In der Vernehmlassung verweisen die Direktion der Justiz und des Innern sowie der Justizvollzug des Kanton Zürichs auf die angefochtene Verfügung und beantragen die Abweisung der Beschwerde. 