Sachverhalt: A. Am 3. Juli 2009 beantragte X._ die Gesamtbaubewilligung für den Abbruch der bestehenden Bauten und den Neubau eines Wohn- und Geschäftshauskomplexes mit Einstellhalle auf den Parzellen Bern Gbbl. Nrn. 162, 164, 171, 174, 198 und 201. Am 28. September 2010 erteilte die Einwohnergemeinde (EG) Bern die anbegehrte Bewilligung. Auf Beschwerde hin hob die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) die Gesamtbaubewilligung mit Entscheid vom 8. Februar 2011 auf und erteilte den Bauabschlag. Hierauf erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern, wobei sie mit der Beschwerde ein Projektänderungsgesuch einreichte. Nach Durchführung einer Verhandlung hob das Verwaltungsgericht den Entscheid der BVE im Einvernehmen mit allen Verfahrensbeteiligten auf und wies die Sache zu neuem Entscheid unter Berücksichtigung des Projektänderungsgesuchs an die BVE zurück (Urteil vom 6. Juni 2011). B. Aufgrund einer Stellungnahme des kantonalen Amts für Gemeinden und Raumordnung, welches Zweifel an der Bewilligungsfähigkeit des geänderten Projekts geäussert hatte, forderte die BVE die Bauherrschaft auf, ihr mitzuteilen, ob sie am Projektänderungsgesuch festhalte (Verfügung vom 2. August 2011). In der Folge zogen die ehemaligen Projektgegner ihre vormals bei der BVE eingereichte Beschwerde am 15. August 2011 "aufgrund anderweitiger Einigung mit der Bauherrschaft" zurück, worauf die BVE das Beschwerdeverfahren mit Entscheid vom 29. August 2011 als erledigt vom Geschäftsverzeichnis abschrieb, den Gesamtbauentscheid vom 28. September 2010 aufhob und die Sache zu neuem Entscheid unter Berücksichtigung des Projektänderungsgesuchs an die EG Bern zurückwies. Hiergegen erhob X._ wiederum Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern, wobei sie namentlich beantragte, es sei festzustellen, dass der Gesamtbauentscheid in Rechtskraft erwachsen sei. Mit Urteil vom 16. Januar 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. C. Am 3. April 2012 hat X._ gegen dieses Urteil Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und das Beschwerdeverfahren vor der BVE abzuschreiben, eventuell die Sache an die BVE zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin rügt namentlich die Verletzung des Willkürverbots, des Prinzips der Gewaltentrennung, der Eigentumsgarantie und des Rechtsgleichheitsgebots. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die EG Bern und die BVE haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 