Faits: A. D._, né en 1955, travaillait comme soudeur. Il a été licencié à cause de la restructuration de son entreprise pour le 31 août 1999. Il a aussitôt bénéficié d'indemnités journalières de l'assurance-chômage, puis, souffrant de douleurs au genou et à la cheville gauches, de lombalgies et d'un syndrome dépressif, il s'est annoncé à l'assurance militaire et à l'assurance-invalidité les 10 octobre et 13 décembre 2000. Se référant aux informations fournies par le docteur K._, chirurgien orthopédique rattaché au service médical de l'armée (rapport du 5 décembre 2000), l'Office fédéral de l'assurance militaire a refusé l'octroi de toutes prestations en relation avec les troubles diagnostiqués dans la mesure où ils ne constituaient pas des séquelles tardives de la fracture du tibia dont l'assuré avait été victime durant son école de recrues en avril 1975 (préavis du 8 février 2001). L'Office de l'assurance-invalidité du canton de Fribourg (ci-après: l'office AI) a recueilli l'avis du docteur E._, médecin traitant (rapport du 30 août 2000), et mandaté l'un de ses Centres d'observation médicale (COMAI; rapport d'expertise des docteurs P._ et M._ du 18 juin 2002). Se fondant sur leurs conclusions, il a accédé à la demande de l'intéressé en lui allouant une rente entière, basée sur un taux d'invalidité de 75%, à compter du 1er septembre 2000 (décision du 27 novembre 2002). La Fondation commune Banque Cantonale Vaudoise deuxième pilier, FONDATION BANQUE CANTONALE VAUDOISE DEUXIEME PILIER depuis le 20 septembre 2007 (ci-après: la fondation), a refusé d'entrer en matière sur l'octroi de prestations d'invalidité de la prévoyance professionnelle au motif qu'elle n'était pas liée par la décision mentionnée et que l'analyse du dossier médical ne permettait pas de conclure au degré de vraisemblance requis à la survenance de l'incapacité de travail déterminante avant la fin des rapports d'activité (lettres des 20 décembre 2005 et 10 mars 2006). B. D._ a ouvert action contre la fondation devant la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif du canton de Fribourg. Il concluait au versement d'une rente de 8'429 fr. dès le 1er septembre 2000 et au paiement d'intérêts sur les arrérages. La juridiction cantonale a débouté l'assuré de ses conclusions par jugement du 21 juin 2007. Elle estimait que l'incapacité de travail déterminante n'était pas survenue durant l'affiliation à la fondation. C. L'intéressé interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement. Il en requiert la réforme et conclut, sous suite de frais et dépens, à la reconnaissance du droit à une rente entière d'invalidité de la prévoyance professionnelle à partir du 1er septembre 2000, puis au renvoi de la cause aux premiers juges pour calcul du montant de la rente. Il sollicite en outre l'octroi de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale. La fondation conclut au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 