Sachverhalt: A. B.A._ betreibt als selbständig erwerbstätige Tagesmutter einen Kinderhort. Sie ist verheiratet mit A.A._, der einer unselbständigen Haupterwerbstätigkeit nachgeht. Mit Verfügung vom 24. November 2008 veranlagte die Steuerkommission der Gemeinde X._ die Eheleute für die Kantons- und Gemeindesteuern 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 95'300.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 302'000.--. Das Einkommen aus selbständiger Tätigkeit der Ehefrau wurde darin mit Fr. 39'087.-- festgelegt. Die dagegen erhobene Einsprache blieb erfolglos. Mit Urteil vom 25. März 2010 hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau einen Rekurs der Eheleute teilweise gut, hob den Einspracheentscheid vom 20. Mai 2009 auf und wies die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Steuerkommission zurück. Nach Durchführung ergänzender Sachverhaltsabklärungen hiess die Steuerkommission der Gemeinde X._ mit Entscheid vom 24. November 2010 die Einsprache teilweise gut und reduzierte das Einkommen der steuerpflichtigen Ehefrau aus selbständiger Tätigkeit um Fr. 1'889.-- auf Fr. 37'198.--. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel waren erfolglos. B. Vor Bundesgericht beantragen B.A._ und A.A._ implizit, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 12. September 2012 aufzuheben und das Einkommen von B.A._ aus selbständiger Erwerbstätigkeit auf Fr. 17'915.-- festzulegen. C. Das kantonale Steueramt Aargau stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verzichten auf eine Vernehmlassung. 