Faits: A. Par contrat oral, la société X._ SA (ci-après: l'employeuse), avec siège à Genève, a engagé Y._ (ci-après: l'employé), domicilié en France, en qualité de second de cuisine d'un restaurant exploité à ... (Genève) à compter du 23 janvier 2006. Le salaire mensuel brut de l'employé a été initialement arrêté à 4'000 fr., porté à 4'700 fr. en mai 2006, puis à 5'000 fr. dès le 1er janvier 2008. Par lettre du 31 juillet 2008 remise en main propre, A._, agissant au nom de l'employeuse, a licencié Y._ pour le 31 août 2008, en le libérant avec effet immédiat de son obligation de travailler. L'employé a réclamé sans succès le règlement du solde de ses vacances, la délivrance d'un certificat de travail, le versement d'heures supplémentaires et d'un complément de treizième salaire. B. Le 11 janvier 2010, l'employé a ouvert action devant le Tribunal des prud'hommes de Genève, concluant à ce que l'employeuse soit condamnée à lui verser le montant de 7'911 fr. correspondant à 40 jours de vacances, 11'166 fr. au titre de complément de treizième salaire et 22'751 fr. pour 2'182 heures supplémentaires, prétention ultérieurement portée à 56'877 fr. 50 pour 1'527,5 heures. Il a également conclu à la délivrance d'un certificat de travail. L'employeuse s'est opposée à la demande, sous réserve d'un montant chiffré reconnu au titre de treizième salaire. Des témoins ont été entendus principalement sur les horaires du personnel du restaurant. Par jugement du 16 novembre 2010, le Tribunal des prud'hommes a condamné l'employeuse à verser à l'employé divers montants en lien avec les postes réclamés pour une somme totale de 41'652 fr. 02, dont 33'148 fr. pour des heures supplémentaires accomplies de fin janvier 2006 à août 2008. La première instance a estimé que l'employé avait effectué une moyenne de dix heures supplémentaires par semaine. Par arrêt du 9 août 2011, la Chambre des prud'hommes de la Cour d'appel du canton de Genève a annulé le jugement et, statuant à nouveau, condamné l'employeuse à payer à sa partie adverse la somme de 38'807 fr. 30, plus intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2008, et invité la partie qui en a la charge à opérer les déductions sociales et légales. La cour cantonale a examiné les divers calculs opérés par la première instance et apporté diverses corrections. S'agissant des heures supplémentaires, elle a retenu, fondée sur l'art. 42 al. 2 CO appliqué par analogie, que l'employé avait effectué huit heures supplémentaires par semaine; sur la base des déclarations des témoins, elle a établi qu'il avait pris en moyenne son service le matin à 8h30 jusqu'à 14h00, puis à 17h30 jusqu'à 23h00, avec deux pauses de 30 minutes pour les repas, pour un total quotidien de 10h00, cinq jours par semaine; en moyenne, l'employé a donc travaillé 50 heures par semaine, au lieu de la durée hebdomadaire de travail de 42 heures prévue par l'art. 15 ch. 1 de la convention collective nationale de travail (CCNT) sur l'hôtellerie et la restauration. C. L'employeuse exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 9 août 2011. Sous suite de frais et dépens, elle conclut, principalement, à son annulation et à ce que l'employé soit débouté de ses conclusions portant sur les heures supplémentaires (seul point encore litigieux en procédure fédérale), subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. La recourante invoque une violation des art. 42 al. 2, 321 [recte: 321c CO], de l'art. 8 CC et elle reproche à l'autorité précédente d'avoir fait preuve d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits (art. 9 Cst.). 