Sachverhalt: A. Am 27. Dezember 2007 nahm der Bezirksrat Meilen Vormerk von der Jahresrechnung 2006 der Gemeinde Herrliberg/ZH und wies sie an, die interne Verzinsung im Bereich der Spezialfinanzierungen und Sonderrechnungen zum rechtmässigen Satz von 3,75 % (anstelle von generell 2 % [effektiver Durchschnittssatz der eigenen Schulden]) im Jahr 2007 nachzubuchen. Die von der Gemeinde gegen die Nachbuchungsanweisung gerichteten Rechtsmittel wurden vom Regierungsrat und vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich abgewiesen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Gemeinde Herrliberg dem Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Februar 2009 aufzuheben und festzustellen, dass die Jahresrechnung 2006 formell und materiell korrekt sei und sie auch bei den Jahresrechnungen nach 2006 die interne Verzinsung mit dem effektiven Durchschnittszinssatz der eigenen Schulden vornehmen könne. Das Verwaltungsgericht und der Regierungsrat des Kantons Zürich, dieser mit dem Antrag auf Abweisung der Beschwerde, sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 