Sachverhalt: A. Der 1954 geborene K._ arbeitete zuletzt als Metzger und Geschäftsführer bei der Firma X._ GmbH. Im Juni 2001 wurde diese Firma aufgelöst. Seither ist er nicht mehr erwerbstätig. Mit Verfügung vom 26. September 2001 sprach ihm die IV-Stelle Basel-Landschaft ab 1. Januar 2000 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 50 %) zu. Am 30. August 2004 teilte sie ihm im Rahmen eines Revisionsverfahrens mit, sie habe keine rentenbeeinflussende Änderung des Invaliditätsgrades festgestellt. Nach Einleitung eines weiteren Revisionsverfahrens im Jahre 2007 hob sie die Invalidenrente per Ende Mai 2009 auf, da der Invaliditätsgrad 3 % betrage (Verfügung vom 16. April 2009). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheid vom 16. Oktober 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihm auch nach dem 31. Mai 2009 eine halbe Invalidenrente auszurichten. Er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 