Sachverhalt: A. Der 1980 geborene mazedonische Staatsangehörige X._ ist 1996 im Rahmen des Familiennachzugs in die Schweiz eingereist. Er erhielt hier eine Aufenthaltsbewilligung, welche letztmals bis 31. März 2007 verlängert wurde. Am 12. März 1999 heiratete er die 1977 geborene Schweizerin Y._. Aus dieser Beziehung gingen die Töchter A._ (geb. 1999) und B._ (geb. 2005) hervor. X._ wurde in der Schweiz wiederholt straffällig: Am 3. Oktober 2001 wurde er vom Amtsstatthalteramt Luzern wegen Nichtabgabe des entzogenen Fahrzeugausweises und der Kontrollschilder trotz behördlicher Aufforderung zu einer Busse von Fr. 100.-- verurteilt; Am 11. Oktober 2001 wurde er vom Amtsstatthalteramt Luzern wegen Führens eines Personenwagens in nicht betriebssicherem und nicht vorschriftsgemässem Zustand zu einer Busse von Fr. 200.-- verurteilt; Am 28. Februar 2002 wurde er vom Amtsstatthalteramt Luzern wegen Überschreitens der signalisierten Höchstgeschwindigkeit zu einer Busse von Fr. 400.-- verurteilt; Das Bezirksgericht Zürich sprach ihn am 22. Oktober 2002 des mehrfachen Inumlaufsetzens falschen Geldes schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von 4 Monaten, bei einer Probezeit von 2 Jahren; Am 23. Juli 2004 wurde er vom Amtsstatthalteramt Luzern wegen Überschreitens der signalisierten Höchstgeschwindigkeit zu einer Busse von Fr. 1'800.-- verurteilt; Am 11. November 2005 wurde er vom Amtsstatthalteramt Luzern wegen Stellenantritts ohne fremdenpolizeiliche Bewilligung zu einer Busse von Fr. 100.-- verurteilt; Am 16. November 2005 wurde er vom Amtsstatthalteramt Luzern wegen Führens eines Personenwagens in nicht betriebssicherem bzw. nicht vorschriftsgemässem Zustand zu einer Busse von Fr. 100.-- verurteilt; Das Kriminalgericht des Kantons Luzern verurteilte ihn am 30. August 2007 zu einer Freiheitsstrafe von 5 1⁄2 Jahren wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Bundesgesetz vom 3. Oktober 1951 über die Betäubungsmittel und die psychotropen Stoffe (Betäubungsmittelgesetz, BetmG; SR 812.121) sowie wegen Erleichterns des rechtswidrigen Aufenthalts in der Schweiz und fahrlässiger Verursachung einer Feuersbrunst. Hinsichtlich der Betäubungsmitteldelinquenz ging das Kriminalgericht von einem schweren Fall i.S.v. Art. 19 Ziff. 2 lit. a BetmG und teilweise auch i.S.v. Art. 19 Ziff. 2 lit. b und lit. c BetmG aus. Vom 12. Mai 2006 bis zum 29. Juni 2006 befand sich X._ in Untersuchungshaft. Am 29. Juni 2006 nutzte er eine Besprechung mit seinem damaligen Rechtsvertreter, um aus dem Gefängnis H._ zu entkommen. Erst am 14. September 2006 konnte X._ wieder aufgefunden und verhaftet werden. Am 12. September 2007 ergriff er erneut die Flucht. Am 28. November 2007 wurde er wieder verhaftet und befindet sich seither im Strafvollzug. B. Am 3. Mai 2007 ersuchte X._ um Verlängerung seiner Aufenthaltsbewilligung. Mit Verfügung vom 26. Juni 2008 lehnte das Amt für Migration des Kantons Luzern das Gesuch von X._ unter Hinweis auf dessen Delinquenz ab und verweigerte auch die Erteilung der Niederlassungsbewilligung. Überdies wies es X._ für unbestimmte Zeit aus der Schweiz aus. Eine hiergegen eingereichte Beschwerde wurde vom Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 1. April 2009 abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde. C. Mit Eingabe vom 15. Mai 2009 führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Er beantragt im Wesentlichen die Erteilung bzw. Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung sowie den Verzicht auf seine "Wegweisung" (recte: Ausweisung). Eventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei lediglich eine Ausweisung für die beschränkte Dauer von einem Jahr auszusprechen. Das Bundesamt für Migration sowie das Verwaltungsgericht und das Amt für Migration des Kantons Luzern schliessen auf Abweisung der Beschwerde. D. Mit Eingabe vom 1. September 2009 lässt das Amt für Migration des Kantons Luzern dem Bundesgericht eine am 27. Juli 2009 ergangene, in Rechtskraft erwachsene Strafverfügung des Amtsstatthalteramtes Luzern zukommen. Aus dieser geht hervor, dass X._ wegen Sachbeschädigung und mehrfachen betrügerischen Missbrauchs einer Datenverarbeitungsanlage sowie des Versuchs hierzu zu einer Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu je Fr. 30.-- verurteilt wurde. Der betrügerische Missbrauch einer Datenverarbeitungsanlage ereignete sich zwischen dem 27. September 2007 und dem 17. Oktober 2007, also innerhalb jener Zeitspanne, in der X._ das zweite Mal auf der Flucht war. 