Sachverhalt: A. Im Rahmen einer Strafuntersuchung wegen Diebstahls, Verbreitens menschlicher Krankheiten (eventuell Versuch), schwerer Körperverletzung (eventuell Versuch), einfacher Körperverletzung und Tätlichkeiten wurde X._ am 26. August 2011 inhaftiert. Am 29. August 2011 ordnete das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Aargau für X._ Untersuchungshaft bis am 5. September 2011 an. Mit Verfügung vom 7. September 2011 verlängerte das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft bis am 5. Dezember 2011. B. Eine von X._ gegen die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 7. September 2011 erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau am 22. September 2011 ab. C. Gegen den Entscheid des Obergerichts gelangt X._ mit Beschwerde in Strafsachen vom 10. Oktober 2011 ans Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids sowie der Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 7. September 2011. Er sei sofort aus der Haft zu entlassen. Eventualiter seien geeignete mildere Ersatzmassnahmen anzuordnen. D. Unter Hinweis auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid verzichten die Vorinstanz und die Staatsanwaltschaft auf eine Vernehmlassung. Das Zwangsmassnahmengericht liess sich nicht vernehmen. 