Fatti: A. Il 7 giugno 2012, la FINMA ha emesso una decisione concernente le società A._SA ed B._SA, entrambe con sede a X._, il cui dispositivo prevede quanto segue: A. Constatazioni 1. È constatato che A._SA, X._, ha esercitato a titolo professionale l'attività di commerciante di valori mobiliari senza avere la necessaria autorizzazione dell'Autorità di vigilanza sui mercati finanziari FINMA. 2. È constatato che A._SA non soddisfa le condizioni di autorizzazione. 3. È constatato che B._SA non soddisfa le condizioni di autorizzazione. B. Rifiuto dell'autorizzazione 4. La richiesta di autorizzazione di A._SA, X._, è respinta. 5. La richiesta di autorizzazione di B._SA, X._, è respinta. C. Liquidazione 6. È ordinata la liquidazione di A._SA, X._. 7. Gli avvocati C._ e D._, X._, sono nominati liquidatori di A._SA. I liquidatori sono autorizzati a richiedere un anticipo spese a A._SA, X._. 8. È fatto ordine al registro di commercio [...] di procedere, ad avvenuta crescita in giudicato della presente decisione, alla seguente comunicazione e di provvedere alle modifiche di sorta: "Con decisione della FINMA del 7 giugno 2012 è stata ordinata la liquidazione di A._SA. La società è diretta unicamente con lo scopo della liquidazione sotto la ditta A._SA. I poteri di rappresentanza sino ad ora iscritti sono radiati. Gli avvocati C._ e D._, vengono iscritti come liquidatori e rappresentano con firma individuale A._SA." D. Misure cautelari 9. È ordinata, sotto comminatoria dell'art. 48 LFINMA, la dismissione immediata delle attività di A._SA, X._. 10. Gli avvocati C._ e D._ sono nominati incaricati della FINMA ex art. 36 LFINMA con il compito di mettere in atto le misure della FINMA. Essi devono assicurare che le attività di A._SA, X._, vengano dismesse e che nessun nuovo negozio sia avviato, allestire uno stato finanziario della società, prendere ogni misura atta a conservare il patrimonio della stessa ed impedirne la diminuzione. Per garantire tale funzione essi sono autorizzati a prelevare congrui acconti. 11. Gli incaricati dell'inchiesta dovranno comunicare senza indugio alla FINMA ogni fatto che possa mettere in pericolo gli interessi dei creditori, degli investitori o che possa essere in contrasto con quanto disposto dalla presente decisione. 12. Gli incaricati della FINMA sono autorizzati ad agire per A._SA, X._, con diritto di firma individuale. Tale potere di agire si estende a tutte le attività di A._SA, X._, e comprende in particolare il potere di disporre sugli averi in Svizzera ed all'estero, di cui la società è avente diritto economico. 13. A A._SA, X._, è ordinato, sotto comminatoria dell'art. 48 LFINMA: il divieto di intraprendere qualsiasi atto per la società senza il consenso degli incaricati della FINMA; l'obbligo di fornire tutte le informazioni ed i documenti richiesti dagli incaricati della FINMA, nonché di consentire loro libero accesso nei locali della società. 14. È fatto ordine al registro di commercio [...] di procedere alla seguente comunicazione e di provvedere alle modifiche di sorta: "Con decisione della FINMA del 7 giugno 2012 la FINMA ha nominato gli avvocati C._ e D._, entrambi in X._, in qualità di incaricati della FINMA. Gli avvocati C._ e D._ sono autorizzati ad agire individualmente per conto della società. Agli organi della società è fatto divieto di agire senza il consenso degli incaricati della FINMA." 15. I costi degli incaricati della FINMA sono posti a carico di A._SA, X._. 16. Le cifre 9-14 del presente dispositivo sono immediatamente esecutive. E. Costi [...] B. Con ricorso del 12 giugno 2012 e con complemento del 22 giugno successivo, la A._SA ha impugnato la decisione della FINMA davanti al Tribunale amministrativo federale. In tale contesto ha pure chiesto la restituzione dell'effetto sospensivo al gravame, con effetto sulle cifre da 9 a 14 del dispositivo e, di conseguenza, l'immediata sospensione delle misure cautelari decise. L'istanza di restituzione dell'effetto sospensivo è stata respinta con decisione incidentale del 26 luglio 2012 (dispositivo n. 1). C. Il 9 agosto 2012, la decisione incidentale citata è stata impugnata con un ricorso in materia di diritto pubblico davanti al Tribunale federale. In via principale, la A._SA (ricorrente) chiede che il dispositivo n. 1 di detta decisione incidentale sia annullato e che il Tribunale federale restituisca l'effetto sospensivo al ricorso introdotto contro la decisione del 7 giugno 2012 della FINMA. In via subordinata, postula invece che il dispositivo n. 1 di detta decisione incidentale sia annullato, che il Tribunale federale restituisca l'effetto sospensivo al ricorso introdotto contro la decisione del 7 giugno 2012 della FINMA, e inoltre che ingiunga al Giudice dell'istruzione del Tribunale amministrativo federale di esaminare le misure elencate nel paragrafo n. 49 del ricorso, ordinando poi alla ricorrente quelle idonee e atte a garantire la sua attività quale commerciante di valori mobiliari. Il 12 settembre 2012, il Tribunale amministrativo federale, Corte II, ha comunicato di rinunciare a formulare osservazioni al ricorso. Rilevato come - con decisione del 24 agosto 2012, recapitata per conoscenza anche al Tribunale federale - la FINMA aveva nel frattempo constatato che la ricorrente si trovava in stato di eccedenza di debiti e ne aveva ordinato il fallimento, il 13 settembre 2012 la FINMA stessa ha invece contestato la sussistenza di un interesse a ricorrere e quindi chiesto che il Tribunale federale non entri in materia rispettivamente giudichi il ricorso siccome privo di oggetto. Al 1° ottobre 2011 risalgono infine le ulteriori osservazioni depositate dalla ricorrente. Con tale atto, essa comunica di avere interposto un ricorso davanti al Tribunale amministrativo federale anche contro la decisione di apertura del fallimento, accludendone copia, e quindi sostiene che l'interesse a ricorrere contro la decisione incidentale del 26 luglio 2012 sia invece rimasto intatto. 