Faits: A. X._ a été condamné le 24 janvier 2006 par le Tribunal correctionnel d'arrondissement de la Côte à une peine privative de liberté de douze mois d'emprisonnement, sous déduction de 149 jours de détention préventive. A cette occasion, le tribunal a révoqué le sursis accordé le 6 décembre 2002 par le Juge d'instruction d'arrondissement de Lausanne et ordonné l'exécution de la peine de cinq jours d'emprisonnement. Par courrier du 20 février 2008, le condamné a requis de pouvoir exécuter ses peines sous la forme des arrêts domiciliaires. Par décision du 21 février 2008, l'Office vaudois d'exécution des peines a rejeté cette requête. B. Saisi d'un recours du condamné, le Juge d'application des peines du canton de Vaud l'a rejeté, par arrêt du 26 août 2008. C. X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, à titre principal, à sa réforme en ce sens qu'il est autorisé à exécuter le solde de sa peine sous forme d'arrêts domiciliaires et, à titre secondaire, à l'annulation de l'arrêt attaqué. En outre, il sollicite l'effet suspensif et l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 