Faits: A. A.a. D._, né en 1971, est affilié en tant que personne sans activité lucrative auprès de la Caisse cantonale genevoise de compensation (ci-après: la caisse) et perçoit depuis 1995 une rente de l'assurance-invalidité. Par décision du 16 décembre 2003, la caisse a fixé le montant des cotisations AVS/AI/APG dues pour l'année 2002 à 400 fr. 80, en précisant qu'un décompte indiquant les sommes restant dues ou versées en trop serait envoyé prochainement à l'assuré. A.b. Ce n'est que le 14 septembre 2011 que la caisse a fait parvenir à l'assuré un décompte faisant état d'un montant de 335 fr. 60 restant dû à titre de cotisations pour la période du 1 er janvier au 31 décembre 2002, lequel était payable jusqu'au 14 octobre 2011. Compte tenu d'un solde impayé de 135 fr. 60, la caisse a informé l'assuré, par décision du 5 décembre 2011, que ce solde serait compensé avec sa rente d'invalidité comme suit: 50 fr. au 2 janvier 2012, 50 fr. au 2 février 2012 et 35 fr. 60 au 2 mars 2012. Par décision du 5 mars 2012, confirmée sur opposition le 27 juin 2012, la caisse a réclamé à l'assuré le paiement d'intérêts moratoires de 159 fr. 55 portant sur la période du 1 er janvier 2003 au 2 mars 2012. B. Saisie d'un recours contre la décision sur opposition, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, l'a partiellement admis; elle a renvoyé la cause à la caisse pour nouveau calcul des intérêts moratoires conformément aux considérants et nouveau décompte (jugement du 29 novembre 2012). C. La caisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut en substance au maintien de sa décision sur opposition du 27 juin 2012. D._ a présenté des observations, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 