Sachverhalt: A. Das Berner Gesetz vom 6. Juni 1982 über See- und Flussufer (SFG; BSG 704.1) verpflichtet die Gemeinden, u.a. für den Thunersee Uferschutzpläne zu erstellen (Art. 2 Abs. 1 lit. a SFG) und darin neben einer Uferschutzzone einen Uferweg vorzusehen (Art. 3 Abs. 1 lit. b SFG). Die Einwohnergemeinde Hilterfingen legte verschiedene Varianten eines Uferschutzplans Seegarten vor, die jedoch entweder von der Stimmbevölkerung verworfen oder vom kantonalen Amt für Gemeinden und Raumordnung (AGR) nicht genehmigt wurden. Am 27. Februar 2006 teilte die Gemeinde dem AGR mit, dass sie keine weiteren Planungsschritte unternehmen werden. Der Regierungsrat des Kantons Bern erarbeitete daraufhin ersatzweise einen Uferschutzplan. Nach Durchführung eines Mitwirkungs- und Einspracheverfahrens erliess er am 15. September 2010 die Uferschutzplanung Seegarten. Diese sieht u.a. einen 730 m langen Fussweg am Ufer des Thunersees vor, von der Ländte Hünibach bis zum Hafen Eichbühl. Auf der Parzelle Nr. zzz der A._ AG verläuft der Uferweg zunächst in rund 25 m Abstand zum See hinter den bestehenden Boots- und Sommerhäusern (Gebäude Nrn. 119a, 119b und 119). Anschliessend führt er direkt dem Ufer entlang zur Parzelle Nr. yyy. B. Gegen den Regierungsratsbeschluss vom 15. September 2010 erhoben sowohl die A._ AG als auch die Eigentümer der benachbarten Parzellen Nrn. yyy und xxx Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Der Instruktionsrichter forderte die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK) auf, zu einer allfälligen Wegführung über die Parzellen Nrn. www und vvv Stellung zu nehmen und die denkbaren Varianten planerisch darzustellen. Die Eigentümer dieser Parzellen, C._, D._ und B._, wurden in das Verfahren einbezogen. Untersucht wurden überdies verschiedene Wegvarianten mit Stegkonstruktionen in der südwestlichen Ecke der Parzelle Nr. zzz. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) wurde ersucht, zum Vogelschutz Stellung zu nehmen. Am 5. Dezember 2012 führte das Verwaltungsgericht einen Augenschein durch. Mit Urteil vom 18. September 2013 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde betreffend die Wegführung auf Parzelle Nr. xxx gut und wies die Sache zur Planung dieses Teilstücks im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat zurück. Die Beschwerde der A._ AG hiess es lediglich im Hinblick auf die Einsprachekosten gut und im Übrigen ab. C. Dagegen hat die A._ AG am 6. November 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei (bis auf die Neufestlegung der Parteikosten im Einspracheverfahren gemäss Ziff. 2 des Dipositivs) aufzuheben und die kantonale Überbauungsordnung "USP Seegarten Hilterfingen" (Ersatzvornahme) und das Baugesuch seien nicht zu genehmigen. Es sei festzustellen, dass Ziff. 2 des Dispositivs des Urteils vom 18. September 2013 in Rechtskraft erwachsen sei. Eventualiter sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. D. Die JGK beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht und B._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde. C._ und D._ haben auf eine Beteiligung am bundesgerichtlichen Verfahren verzichtet. Das BAFU geht in seiner Vernehmlassung davon aus, dass der genehmigte Uferweg nur indirekt und sehr geringfügig in das Wasser- und Zugvögelreservat bzw. in dessen Schutzziele eingreife. Es hält daher eine Wegführung unmittelbar am Ufer für vertretbar. Eine Stellungnahme des BAFU schon im erstinstanzlichen Verfahren sei nicht notwendig gewesen. In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest. E. Mit Verfügung vom 16. Dezember 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt. 