Faits: A. A.X._, ressortissant colombien né en 1983, est entré en Suisse le 28 mars 1998 avec sa mère. Par décision du 29 octobre 1999, la demande d'asile déposée par la mère en son nom et aux noms de ses enfants a été rejetée par l'Office fédéral des migration. Cette décision a été confirmée par la Commission suisse de recours en matière d'asile (actuellement le Tribunal administratif fédéral) le 15 septembre 2000. Par décision du 22 juillet 2002, I'Office fédéral des migrations a rejeté une demande de reconsidération déposée le 7 décembre 2000 par la mère de l'intéressé, qui a recouru contre cette décision le 22 août 2002. B. Le 14 février 2003, A.X._ a épousé B._, ressortissante suisse, et a obtenu une autorisation de séjour au titre du regroupement familial le 4 avril 2003. L'intéressé a renoncé à la procédure d'asile, respectivement à la procédure de réexamen introduite par sa mère. Une enfant de nationalité suisse, née le 18 août 2003, est issue de cette union. Durant la procédure de renouvellement du permis de séjour de l'intéressé, B.X._ a notamment déclaré le 28 avril 2004 être séparée de son époux depuis environ deux mois et avoir la garde de l'enfant. Elle a toutefois précisé que son conjoint s'occupait régulièrement de sa fille, en particulier lorsqu'elle-même était au travail. L'autorisation de séjour a été renouvelée le 25 octobre 2004, valable jusqu'au 13 octobre 2006. C. Le 16 septembre 2004 A.X._ a été condamné par le Tribunal correctionnel de Lausanne à une peine de 15 mois d'emprisonnement avec sursis durant cinq ans et à une expulsion du territoire suisse durant cinq ans avec sursis pendant cinq ans, pour lésions corporelles simples qualifiées, rixe, vol, menaces et délit contre la loi fédérale sur les armes, délits commis entre avril et août 2001. Le 5 novembre 2004, le Service de la population a rendu l'intéressé attentif au fait que sa condamnation par une autorité judiciaire pour crime ou délit pouvait entraîner l'expulsion du territoire suisse. Il l'a en conséquence mis en garde et l'a invité à faire en sorte que son comportement ne donne plus lieu à de nouvelles condamnations. Le 31 janvier 2005 les époux ont déclaré vivre séparés officiellement depuis le 14 février 2004. L'intéressé avait un droit de visite de sa fille un week end sur deux et la semaine sur demande. L'épouse a en outre déclaré que la présence du père lui paraissait nécessaire au bon équilibre de sa fille. L'autorisation de séjour a été renouvelée le 12 octobre 2006, valable jusqu'au 13 octobre 2008. A.X._ a eu une fille le 9 novembre 2006 avec sa nouvelle compagne, ressortissante espagnole dont la demande d'autorisation de séjour est pendante. Le 2 mai 2007, A.X._ a été condamné à une peine privative de liberté de trente mois dont dix-huit mois avec sursis pendant cinq ans, sous déduction de dix jours de détention avant jugement, peine partiellement complémentaire à celle du 16 septembre 2004, pour lésions corporelles simples qualifiées, brigandage qualifié et infraction à la loi fédérale sur les armes, infractions commises les 28 août 2004, 9 et 22 janvier 2005. Le Tribunal correctionnel a renoncé à révoquer le sursis accordé le 16 septembre 2004, mais en a prolongé la durée de deux ans et demi. Tout en considérant que l'intéressé était une personne violente, le tribunal a retenu à sa décharge qu'il semblait être dorénavant sur le droit chemin et a par conséquent émis un pronostic favorable en ce qui concerne sa réinsertion sociale. Le 17 octobre 2007, le Service de la population a informé l'intéressé de son intention de révoquer son autorisation de séjour et lui a octroyé un délai pour se déterminer. Le 4 décembre 2007, l'intéressé a déposé ses observations et indiqué qu'il était employé comme aide menuisier depuis le 3 février 2006. D. Par décision du 8 janvier 2008, le Service de la population a révoqué l'autorisation de séjour de l'intéressé et lui a imparti un délai d'un mois pour quitter le territoire. II a considéré que les condamnations pénales de celui-ci justifiaient la mesure, l'intérêt public à son éloignement l'emportant largement sur son intérêt privé à demeurer dans le pays. Le 4 février 2008, A.X._ a interjeté recours contre cette décision. E. Par arrêt du 15 février 2008, le Tribunal administratif fédéral a admis la demande de révision présentée le 7 décembre 2000 par la mère et les frères et soeur l'intéressé, annulé la décision de la Commission de recours en matière d'asile du 15 septembre 2000, admis le recours formé le 15 novembre 1999 contre la décision de refus d'asile et de renvoi de Suisse du 29 octobre 1999 et invité l'Office fédéral des migrations à octroyer l'asile. Par décision du 12 mars 2008, ce dernier a annulé sa décision du 29 octobre 1999 et a accordé l'asile à la mère et aux frères et soeur de l'intéressé. Le 29 mai 2008, le Service de la population a indiqué qu'il considérait justifiée sa décision de révocation de l'autorisation de séjour de A.X._ mais qu'il était disposé à rapporter sa décision concernant le renvoi et à proposer l'admission provisoire en faveur de l'intéressé auprès de l'Office fédéral des migrations. Le recourant a maintenu son recours par lettre du 13 juin 2008 en relevant que l'admission provisoire constitue un statut plus précaire que l'autorisation de séjour, notamment sous l'angle des recherches d'emploi. F. Par arrêt du 1er septembre 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours déposé contre la décision de révocation rendue le 8 janvier 2008 par le Service de la population. G. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 1er septembre 2008 en ce sens que son autorisation de séjour n'est pas révoquée, subsidiairement de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint d'une mauvaise application de l'art. 62 de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) ainsi que de l'art. 8 CEDH. Le recourant dépose une demande d'assistance judiciaire. Le Tribunal cantonal et le Service de la population ont renoncé à déposer des observation sur le recours. H. Par ordonnance du 15 octobre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours. 