Sachverhalt: A. Der ausserordentliche Untersuchungsrichter des Bezirksamts Schwyz, André Rüegsegger, führt gegen X._ ein Strafverfahren wegen Sachbeschädigung und Verstosses gegen die Hundeleinenpflicht. Am 14. September 2009 wies die Staatsanwaltschaft das von X._ gegen Untersuchungsrichter André Rüegsegger gestellte Ablehnungsgesuch ab. Am 8. Oktober 2009 erhob X._ gegen diese Verfügung der Staatsanwaltschaft Beschwerde ans Kantonsgericht, wobei er zusätzlich den Ausstand des Staatsanwaltes verlangte. Am 8. Oktober 2009 erhob Untersuchungsrichter André Rüegsegger gegen X._ Anklage beim Bezirksgericht Schwyz. Dieser reichte auch dagegen Beschwerde ans Kantonsgericht Schwyz ein. Am 23. Oktober 2009 trat der Präsident des Kantonsgerichts Schwyz auf beide Beschwerden nicht ein. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diese Verfügung des Kantonsgerichtspräsidenten aufzuheben, André Rüegsegger abzulehnen und die Anklageschrift zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Der Staatsanwalt und das Kantonsgericht verzichten auf Vernehmlassung. André Rüegsegger liess sich nicht vernehmen. 