Sachverhalt: A._ (geboren 1957) bezog ab 1. Februar 1997 zunächst eine halbe Härtefallrente und ab 1. Mai 1997 eine ganze Invalidenrente (Verfügungen der IV-Stelle Luzern vom 26. November 1998 und 19. Februar 1999). Im Rahmen eines im Sommer 2005 eingeleiteten Revisionsverfahrens, in welchem u.a. ein polydisziplinäres Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 7. März/ 17. April 2007 eingeholt worden war, setzte die IV-Stelle Luzern nach Ermittlung eines Invaliditätsgrades von 56 % mit Verfügung vom 25. September 2007 die ganze Rente auf eine halbe herab. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 4. März 2009 teilweise gut und änderte die Verfügung vom 25. September 2007 in dem Sinne ab, als die Herabsetzung auf eine halbe Rente erst auf den 1. November 2007 erfolgt. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihr auch nach dem 1. Oktober 2007 eine ganze Invalidenrente auszurichten. Eventuell sei die Angelegenheit zur weiteren Sachverhaltsabklärung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Ferner beantragt sie die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. Die IV-Stelle Luzern schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 