Faits: A. La société D._ est propriétaire de la parcelle n° 4279 de la commune de Vernier, sise au chemin J.-Ph.-De-Sauvage, en zone industrielle et artisanale. Une station de service, une station de lavage et une aire de stationnement de véhicules neufs et d'occasion occupent actuellement cette parcelle. La société anonyme A._ est propriétaire des parcelles contiguës n°s 382, 2059 et 2060. Dix-sept citernes, dans lesquelles sont stockés du diesel et des huiles de chauffage, et une station service avec un magasin s'y trouvent. Le 2 juillet 2003, les sociétés C._ et B._, toutes deux liées à D._ par des relations contractuelles, ont requis une autorisation de construire. Le projet prévoyait le déplacement des stations de lavage et de service existantes. Tous les préavis requis ont été favorables, avec des réserves ou sans observations, à l'exception de celui de la commune, laquelle a relevé que le projet prévoyait des places de travail dans le rayon de létalité de 40 mètres, fixé par une directive du Conseil d'Etat du 5 mars 2003, des dépôts d'hydrocarbures de A._. B. Le 26 octobre 2004, le département des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le département) a délivré l'autorisation définitive de construire sollicitée. A._ a recouru auprès de la commission cantonale de recours en matière de constructions (ci-après: la commission) contre cette décision, en faisant valoir une violation de l'ordonnance fédérale sur la protection contre les accidents majeurs (OPAM), au motif qu'une partie de l'installation prévue, destinée à abriter des postes de travail permanents, se trouverait dans le rayon de létalité. A._ s'est également plainte d'une violation de l'art. 14 LCI. Enfin, elle a soutenu que l'autorité administrative aurait de toute façon dû, sur la base de mesures de police, interdire la construction de nouveaux bâtiments à proximité des dépôts d'hydrocarbures qu'elle exploite. Par arrêt du 29 juillet 2005, la commission a rejeté le recours déposé par A._. Elle a considéré que l'art. 14 LCI ne s'appliquait pas au cas d'espèce, puisque la source du danger provenait des installations de A._ et non des constructions faisant l'objet de l'autorisation litigieuse. S'agissant des dispositions de l'OPAM, elle a rappelé qu'il appartenait au détenteur et exploitant d'une entreprise au sens de l'OPAM de prendre des mesures pour éviter les risques et que si des mesures supplémentaires devaient être ordonnées, elles le seraient à la charge de A._ et non de C._ et de B._. Elle a cependant jugé que tous les préavis techniques et sécuritaires avaient de toute façon été favorables. Il ressortait en particulier du dossier du département que si la station de lavage se trouvait certes dans le rayon de létalité, aucune place permanente de travail n'y était prévue. Le shop, destiné à abriter des employés, n'était quant à lui que partiellement situé dans le rayon de létalité et sa façade, en raison de son orientation, répondait aux exigences du service de sécurité. Vu l'issue du litige sur le fond, elle n'a pas tranché la question de la qualité pour recourir de A._. A._ a recouru au Tribunal administratif contre la décision de la commission. Par arrêt du 30 mai 2006, le Tribunal administratif a déclaré son recours irrecevable en raison du défaut de qualité pour recourir. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 30 mai 2006, de déclarer recevable le recours qu'elle a interjeté le 6 septembre 2005 contre la décision de la commission du 29 juillet 2005 et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision. Elle se plaint d'une mauvaise application de l'art. 103 let. a OJ. Le Tribunal administratif se rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département se rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et conclut au rejet de ce dernier. B._ et C._ ont conclu au rejet du recours. 