Sachverhalt: A. Der 1973 geborene T._ erlitt am 27. Januar 1998 als Mitfahrer einen Autounfall, bei dem er sich eine inkomplette Berstungsfraktur Th11 und Th12 zuzog, welche operativ mittels dorsaler Stabilisation Th10 - L1 versorgt wurde. Anlässlich desselben Unfalls wurde seine Ehefrau tödlich verletzt. Am 12. Juni 2001 meldete sich T._, welcher in seiner Heimat den Beruf eines Zahntechnikers erlernt hatte und in der Schweiz als Hilfsarbeiter tätig war, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug, insbesondere in Form von beruflichen Massnahmen, an. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen holte Berichte von verschiedenen behandelnden Ärzten ein und liess bei der Abklärungs- und Ausbildungsstätte X._ in der Zeit vom 26. August bis 4. Oktober 2002 eine berufliche Abklärung durchführen. Gemäss deren Abschlussbericht vom 17. Dezember 2002 bestand für eine leichtere und behinderungsadaptierte Tätigkeit, mit der Möglichkeit des Einnehmens von Wechselpositionen, bei ganztägiger Verwertung eine Arbeitsfähigkeit von 80 %. Die Invalidenversicherung gewährte Leistungen zur Einarbeitung, welche T._ am 3. Januar 2003 aufnahm. Ab Mitte August 2003 attestierte der Hausarzt des Versicherten wegen vermehrten Rückenbeschwerden wiederum eine volle Arbeitsunfähigkeit. Hinzu kamen zunehmende psychische Probleme. Die IV-Stelle ordnete eine polydisziplinäre Begutachtung an. Gemäss Gutachten vom 15. September 2005 des Zentrums für Medizinische Begutachtung, (ZMB), leide der Versicherte im Wesentlichen an einem Status nach inkompletter Berstungsfraktur Th11 und Th12 und einer Metallentfernung im Oktober 1998, einer posttraumatischen Hyperkyphose der BWS, einem Status nach Anpassungsstörung mit längerer depressiver Reaktion, einer Unfallverarbeitung bei histrionisch akzentuierten Persönlichkeitszügen mit vorwiegend depressiver Symptomatik und einem panvertebralen Schmerzsyndrom bei anhaltender Schmerzstörung. Die Kyphosierung der Brustwirbelsäule und die kompensatorische Lordosierung der Lendenwirbelsäule erkläre teilweise die Schmerzsymptomatik, nicht aber deren ausserordentliche Intensität. Rein somatisch sei er in einer den körperlichen Beschwerden angepassten wechselbelastenden Tätigkeit voll arbeitsfähig. Hingegen schränke die psychische und psychosomatische Symptomatik die Leistung zu 30 % ein. Mit Verfügungen vom 11. November 2005 wurde die Arbeitsvermittlung abgeschlossen und ein Anspruch auf eine Invalidenrente verneint. Im daraufhin angehobenen Einspracheverfahren liess T._ ein Gutachten des Dr. med. R._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. Mai 2006 und ein solches der Dr. med. H._, Fachärztin FMH für Orthopädie, vom 5. September 2006 auflegen. Während ersterer eine vollständige Arbeitsunfähigkeit attestierte, ging die Orthopädin von einer Arbeitsfähigkeit von 30 % in einer adaptierten Tätigkeit aus, die bei gutem Muskelaufbau auf eine solche von 50 %, bei optimalem Verlauf bis zu 75 % gesteigert werden könne. Nachdem die IV-Stelle ihre Verfügungen vom 11. November 2005 widerrufen hatte, liess sie den Versicherten erneut am ZMB begutachten. Gemäss Expertise vom 6. Dezember 2007 habe sich ab Frühling 2006 eine relevante Verschlechterung in psychischer Hinsicht eingestellt. Seither liege für eine rückenadaptierte Tätigkeit eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % vor. Mit Verfügung vom 8. Januar 2009 sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen (Verfügungsteil 2) beziehungsweise die IV-Stelle des Kantons Thurgau (Verfügungsteil 1) T._ bei einem Invaliditätsgrad von 50 % eine halbe Rente ab April 2007 zu. Vorgängig hatte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen die Arbeitsvermittlung als abgeschlossen erklärt (Schreiben vom 27. Mai 2008). B. Die gegen die Rentenverfügung erhobene Beschwerde, mit welcher eine ganze Rente ab 1. Juni 2001, eventuell die Rückweisung zu weiterer Abklärung, beantragt worden war, hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen in dem Sinne teilweise gut, als es den Beginn des Anspruchs auf eine halbe Rente auf den 1. April 2006 ansetzte. C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Anträgen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides und der Verfügung vom 8. Januar 2009 sei ihm ab 1. Oktober 1999 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur Vornahme zusätzlicher Abklärungen und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventualiter sei ihm ab 1. August 2003 eine halbe, mindestens jedoch eine Viertelsrente, und ab 1. April 2006 eine Dreiviertelsrente zuzusprechen. Gleichzeitig legt er neu zwei Zeugnisse des Psychiaters Dr. med. P._ vom 17. August und vom 29. November 1999 ins Recht. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 