Faits: A. Le docteur L._, exploite un cabinet d'oncologie à N._. L'association Santésuisse, organisation faîtière des assureurs-maladie (ci-après: santésuisse), a averti le praticien - après l'avoir entendu - que l'indice de ses coûts directs, de ses coûts de médicaments et de ses coûts totaux dépassait sensiblement celui de ses confrères exerçant la même spécialité. Elle l'a en outre informé, par l'intermédiaire de son conseil, qu'elle s'apprêtait à lui réclamer la somme de 553'254 fr. 55 à titre d'honoraires facturés en trop pour l'année 2004. B. Par groupes de trente-neuf, trente-deux et vingt-deux, agissant par santésuisse Genève, quarante caisses-maladie ont saisi le Tribunal arbitral des assurances du canton de Genève (ci-après: le tribunal arbitral). Le premier groupe a demandé le remboursement de 553'254 fr. pour 2004 (demande du 28 juillet 2006), le deuxième le remboursement de 697'300 fr. pour 2005 (demande du 2 juillet 2007) et le troisième le remboursement de 1'451'158 fr. pour 2006 (demande du 23 juillet 2008). Après les avoir jointes en une seule cause, le tribunal arbitral a rejeté les demandes et a condamné les demanderesses, prises conjointement, à verser au défendeur la somme de 10'000 fr. à titre de dépens (arrêt du 11 décembre 2009). C. Les quarante caisses-maladie interjettent un recours en matière de droit public contre cette sentence, dont elles requièrent l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elles concluent au renvoi de la cause au tribunal arbitral pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le docteur L._ conclut à l'irrecevabilité de certains griefs des recourantes, respectivement au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué, sous suite de dépens. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 