Sachverhalt: A. Der 1963 geborene H._, gelernter Velo- und Motorradmechaniker, ist seit einem Unfall am 26. Oktober 1985 Paraplegiker. Nach einer von der Invalidenversicherung finanzierten Umschulung zum Maschinenzeichner trat er im Mai 1991 eine Stelle als Lehrlingsausbildner im Schulungs- und Arbeitszentrum B._ mit einem Pensum von 60 % an, welche er noch heute versieht. Seit Mai 1991 bezieht er auf Grund eines Invaliditätsgrades von 40 % eine Viertelsrente der Invalidenversicherung. Zwei in den Jahren 1994 und 1998 vorgenommene Überprüfungen des Rentenanspruchs ergaben keine rentenbeeinflussende Änderung des Invaliditätsgrades. Im Rahmen eines weiteren Revisionsverfahrens hob die IV-Stelle Bern die bisher ausgerichtete Viertelsrente mit Verfügung vom 7. Dezember 2001 auf Ende Januar 2002 auf, bestätigt mit Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 5. April 2002. Auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde hin hob das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 14. April 2003 (I 345/02) den kantonalen Entscheid und die Verwaltungsverfügung mit der Feststellung auf, dass der Versicherte weiterhin Anspruch auf eine Viertelsrente habe. Im Rahmen eines im Mai 2006 eingeleiteten Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle einen Bericht des Paraplegiker-Zentrums X._ vom 26. Juni 2006 sowie einen Bericht des Arbeitgebers vom 29. Mai 2006 ein. Mit Verfügung vom 25. September 2006 hob die IV-Stelle die bisher ausgerichtete Viertelsrente per Ende Oktober 2006 auf. Zur Begründung führte sie an, bei einem Valideneinkommen von Fr. 74'569.- und einem Invalideneinkommen von Fr. 49'166.- resultiere ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad von 34 %. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 28. November 2008 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag auf Aufhebung der Verwaltungsverfügung und des vorinstanzlichen Entscheides. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 