Faits : A. A._, née hors mariage le 12 octobre 2007, est la fille de Y._ (1974) et de X._ (1974). Les parents se sont séparés en janvier 2008; l'enfant est restée avec sa mère. A.a. Par décisions des 26 novembre 2008 et 29 juin 2009, le Tribunal tutélaire a octroyé et réglementé le droit de visite du père sur sa fille, prévu de manière progressive. Une curatelle d'organisation et de surveillance, confiée au Service de protection des mineurs (ci-après : SPMi), a été instaurée le 26 novembre 2008 et levée le 19 avril 2011, la curatrice ne faisant état d'aucun problème en relation avec l'exercice du droit de visite. A.b. Le 17 octobre 2011, la mère a saisi le Tribunal tutélaire d'une requête en suspension immédiate des relations personnelles entre l'enfant et son père, exposant que sa fille était rentrée de chez celui-ci le 9 octobre 2011, avec le sexe irrité et rouge et que ses déclarations laissaient penser qu'elle avait subi des attouchements de la part de son père. Par ordonnance de mesures provisoires du 3 novembre 2011, le Tribunal tutélaire a suspendu le droit de visite du père, jusqu'à la mise en place d'un droit de visite au Point rencontre, à raison de deux heures chaque deux semaines, en la présence d'un collaborateur de l'institution. Sur opposition du père, le Tribunal tutélaire a, par décision de mesures provisionnelles du 2 mars 2012, confirmé ce dispositif, mais renoncé à exiger la présence permanente d'un collaborateur de l'institution. Par décisions des 6 décembre 2011 et 5 mars 2012, le Tribunal tutélaire a instauré une curatelle de surveillance et d'organisation du droit de visite, confiée au SPMi, ainsi qu'une curatelle d'assistance éducative. Dès le 15 juin 2012, le père a exercé son droit de visite à quinzaine, au Point rencontre. 