Sachverhalt: A. Die A._ AG ist der Ausgleichskasse der Schweizer Maschinenindustrie, Zürich (im Folgenden: Ausgleichskasse), angeschlossen. Die Revisionsstelle der Ausgleichskasse führte bei der A._ AG am 13. September und 19. November 2004 sowie am 8. Juni 2005 eine Arbeitgeberkontrolle durch. Dabei gelangte sie zur Auffassung, dass es sich bei gewissen Einlagen der A._ AG in die Pensionskasse X._ AG im Jahre 2001 bzw. (seit einem am 1. Januar 2002 erfolgten Namenswechsel) in die Pensionskasse Y._ AG in den Jahren 2002 bis 2004 um massgebenden Lohn handle. Mit Verfügung vom 7. August 2006, bestätigt durch Einspracheentscheid vom 20. November 2006, forderte die Ausgleichskasse von der A._ AG die Nachzahlung paritätischer Beiträge in der Höhe von Fr. 392'719.85 zuzüglich Verwaltungskosten und Verzugszinsen. B. Die A._ AG erhob hiegegen Beschwerde beim Obergericht des Kantons Schaffhausen. Dieses hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 30. November 2007 gut und hob die Verfügung sowie den Einspracheentscheid auf. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) erhebt Beschwerde mit dem Antrag, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache sei an die Ausgleichskasse zurückzuweisen, damit sie die Beiträge unter Berücksichtigung von aArt. 8ter Abs. 1 lit. c AHVV neu festsetze. Die A._ AG beantragt Abweisung der Beschwerde, die Ausgleichskasse schliesst sich dem Antrag des BSV an. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 