Sachverhalt: A. Am 9. Mai 2008 wurde auf der Umfahrungsstrasse in Teufen beim Personenwagen VW, Kontrollschild A._, eine Überschreitung der zulässigen Höchstgeschwindigkeit von 13 km/h (nach Abzug der Toleranz) ermittelt. Formeller Halter dieses Fahrzeugs ist der B._ in Wien. Es steht Y._ für private und berufliche Zwecke zur Verfügung. B. Das Verhöramt Appenzell Ausserrhoden verurteilte Y._ mit Strafverfügung vom 8. Juni 2009 wegen Überschreitens der Höchstgeschwindigkeit zu einer Busse von Fr. 160.--. Auf Einsprache von Y._ hin sprach ihn der Einzelrichter des Kantonsgerichts von Appenzell Ausserrhoden mit Abwesenheitsurteil vom 17. Dezember 2010 vom Vorwurf der Missachtung der Höchstgeschwindigkeit frei. Das Obergericht von Appenzell Ausserrhoden wies die Appellation der Staatsanwaltschaft des Kantons Appenzell Ausserrhoden mit Urteil vom 28. Juni 2011 ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Staatsanwaltschaft, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und die Sache sei zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Das Obergericht von Appenzell Ausserrhoden verzichtet auf eine Vernehmlassung. Y._ stellt den Antrag, die Beschwerde sei unter Kostenfolgen abzuweisen. 