Sachverhalt: A. Der 1966 geborene W._ war seit dem 6. Juli 1998 als Dachdecker bei der Firma L._ tätig und damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 23. August 1998 stiess er mit seinem Motorroller gegen einen aus einem Parkplatz kommenden Personenwagen. Dabei zog er sich eine Verletzung des linken Fusses sowie eine Kniedistorsion rechts zu. Nach einer arthroskopischen Meniskus-Resektion bestand ab 21. Dezember 1998 wieder volle Arbeitsfähigkeit, worauf die SUVA den Fall abschloss. Am 25. September 1999 verunfallte W._ erneut mit dem Motorroller, indem er in einen entgegenkommenden, nach links abbiegenden und das Vortrittsrecht missachtenden Personenwagen stiess. Nebst verschiedenen Kontusionen und Schürfungen erlitt er wiederum eine Distorsion des rechten Knies. Einige Tage nach dem Unfall traten zudem Schwindelbeschwerden auf, welche die bisherige Tätigkeit verunmöglichten. Auf den 30. Juni 2001 wurde das Arbeitsverhältnis aufgelöst. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Zudem nahm sie Abklärungen vor. Mit Schreiben vom 28. Juni 2006 stellte die Anstalt die laufenden Leistungen per 31. Juli 2006 ein und sprach W._ am 19. Juli 2006 verfügungsweise ab 1. August 2006 eine Rente auf der Grundlage einer Erwerbsunfähigkeit von 20 % zu. Daran hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 3. November 2006 fest. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 16. Oktober 2008 ab. C. W._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, es sei die SUVA zu verpflichten, ihm eine Rente von mehr als 20 % und eine Integritätsentschädigung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zu ergänzenden Abklärungen zurückzuweisen. Ferner wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 