Sachverhalt: A. Am 30. Juli 2001 reichte der Architekt X._ bei der Baupolizei St. Gallen ein Baugesuch für ein Einfamilienhaus auf dem Grundstück Nr. C3356 ein. Dagegen erhob der Nachbar und Eigentümer der Parzelle Nr. C3511, Y._, Einsprache, weil aufgrund des massgebenden Überbauungsplans eine Überbauung von Grundstück Nr. C3356 unzulässig sei. Nach verschiedenen Besprechungen zwischen den Parteien und Behörden zog Y._ seine Einsprache am 17. Juni 2002 zurück. B. In der Folge bewilligte die Baupolizeikommission der Stadt St. Gallen mit Beschluss vom 1. Juli 2002 das Baugesuch unter Bedingungen und Auflagen. Im Bewilligungsentscheid wurde unter anderem festgehalten, der Überbauungsplan schliesse grundsätzlich eine weitere Überbauung der Parzelle aus, weshalb das Vorhaben baurechtswidrig sei. Es sei eigentlich angezeigt, den Plan aufzuheben. Weil der Perimeter aber viele Parzellen umfasse und der Ausgang eines Aufhebungsverfahrens ungewiss sei, komme die Baupolizeikommission zum Schluss, die im öffentlichen Interesse liegende Verdichtung bzw. bauliche Ausnützung eines eingezonten Grundstückes sei über eine Ausnahmebewilligung zu ermöglichen. Da der Überbauungsplan keine Vorschriften über die Bauweise enthalte, würden ergänzend die Regelbauvorschriften für die Wohnzone 3a gelten. In dieser Zone seien dreigeschossige Bauten mit einer maximalen Gebäudehöhe von 11 m zugelassen. Die Aufnahmen des Vermessungsamtes zeigten, dass mit dem Projekt die maximal zulässige Gebäudehöhe von 11 m ab Niveaupunkt exakt eingehalten werde. C. Am 7. Juli 2003 reichte der Architekt X._ ein Korrekturgesuch ein. Dieses sah den Einbau eines Lifts mit einer entsprechenden Dachaufbaute sowie zwei gedeckte Parkplätze und eine Grundrissänderung vor. Die Baupolizeibehörde bewilligte den Lifteinbau und die Erweiterung des Autounterstands am 7. August 2003. Am 4. September 2003 ging das Eigentum an der Parzelle Nr. C3356 auf die Ehegatten A._ über. Am 23. August bzw. 4. September 2003 schlossen die Eigentümer der Liegenschaften Zwinglistrasse 45 und 49 einen Dienstbarkeitsvertrag ab. Zugunsten der Parzelle Nr. C3511 von Y._ und zulasten des Baugrundstücks Nr. C3356 wurde eine Baubeschränkung vereinbart und im Grundbuch eingetragen. Danach ist auf dem Grundstück Nr. C3356 eine maximale Bauhöhe (Dachrand) von 735.5 m ü.M., eine maximale Baubreite von 7.8 m und eine maximale Baulänge von 11.5 m erlaubt. Die im Rahmen eines weiteren Korrekturgesuchs eingereichten Begehren um Änderung der Umgebung, Fällung eines Baumes und Erstellung eines zusätzlichen Sitzplatzes bewilligte die Baupolizeibehörde am 16. Januar 2004. D. Anlässlich einer Rohbaukontrolle vom 6. Dezember 2004 stellte die Baupolizeibehörde fest, dass die Konstruktion der Decke über dem zweiten Obergeschoss respektive das Flachdach um ca. 30 cm erhöht worden war. Eine Kontrolle des Ausführungsplans ergab, dass der Dachrand neu auf einer Kote von 735.77 m ü.M. lag, womit die zulässige Gebäudehöhe ohne Bewilligung ca. 30 cm überschritten war. Bei der Rohbaukontrolle war das Dach mit Dachpappe abgedeckt und auf diese Weise vor eindringendem Wasser geschützt. Der Innenraum war im Rohbau fertig erstellt. Hierauf stellte die Baupolizei die Bauarbeiten mit Verfügung vom 10. Dezember 2004 ein. Sie hielt u.a. fest, die Fortsetzung der Bauarbeiten an und im Bereich der Decke über dem zweiten Obergeschoss sei in Bestätigung der bereits mündlich ausgesprochenen Baueinstellung vom 9. Dezember 2004 ausdrücklich untersagt. Bis spätestens 24. Dezember 2004 sei der Baupolizei ein Korrekturgesuch einzureichen. Die Baueinstellung gelte bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Baubewilligung. E. Am 20. Dezember 2004 reichten X._ und die Grundstückseigentümer ein Korrekturgesuch für die bereits ausgeführte Erhöhung des Gebäudes um 36 cm ein. Dagegen erhoben zwei Nachbarn Einsprache. Die Baupolizeikommission entschied am 21. Januar 2005, es lägen keine Gründe vor, welche die Erteilung einer Ausnahmebewilligung rechtfertigen würden. Die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei allerdings unverhältnismässig. Dagegen gelangten beide Einsprecher sowie der Architekt mit Rekurs ans Baudepartement des Kantons St. Gallen. Das Baudepartement wies sämtliche Rekurse mit Entscheid vom 13. Februar 2006 ab, soweit diese nicht gegenstandslos geworden waren. F. Die Parteien erhoben hierauf Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Letzteres hiess die Beschwerde der Nachbarn mit Urteil vom 14. September 2006 gut, wohingegen es diejenige von X._ abwies. Die Ehegatten A._ als Grundstückseigentümer wies es an, die Höhe des Wohnhauses auf dem Grundstück Nr. C3356 auf das in der Baubewilligung vom 1. Juli 2002 festgelegte Mass zu reduzieren. Das Bundesgericht schützte dieses Urteil mit Entscheid vom 13. April 2007 (Verfahren 1P.708/2006 und 1P.710/2006). G. Mit Eingabe vom 7. April 2009 erhebt der Architekt X._ Revision gegen das bundesgerichtliche Urteil vom 13. April 2007. Zugleich ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. 