Faits: A. A.a A partir des années 1970, la Société des Produits Nestlé S.A. (ci-après: Nestlé), active dans le secteur alimentaire et ayant son siège à Vevey, a mis au point une capsule en aluminium enfermant une dose de café moulu qui, une fois insérée dans une machine à café, permet de réaliser une tasse de café sans manipuler la poudre. Nestlé a fait breveter cet objet. La société Nestlé Nespresso SA (ci-après: Nespresso), sise à Lausanne, a reçu la licence pour fabriquer et distribuer ces capsules (ci-après: les capsules Nespresso), qui connaissent un grand succès commercial. Le brevet délivré par le Bureau fédéral de la propriété intellectuelle a été radié le 16 décembre 1996, à l'issue de la durée maximale de protection. Quant au brevet européen, il a été radié le 31 janvier 2005 après treize annuités. A.b Le 28 juin 2000, Nestlé a déposé auprès de l'IFPI (Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle) une demande d'enregistrement de marque tridimensionnelle pour sa capsule. Cette marque a été inscrite le 15 juillet 2001 comme marque imposée dans le commerce. L'inscription a été renouvelée pour une nouvelle période de dix ans à partir du 29 juin 2010. L'inscription de cette marque tridimensionnelle a été acceptée dans certains pays étrangers, mais refusée dans d'autres. Une demande de protection à titre de marque communautaire présentée devant l'Office européen d'harmonisation dans le marché intérieur s'est heurtée à un refus pour le motif que la marque n'avait pas acquis de caractère distinctif. A.c Dès le 15 décembre 2010, la chaîne de magasins Denner SA a mis sur le marché des capsules de café concurrentes, produites par la société Alice Allison SA, et utilisables dans les machines destinées aux capsules Nespresso. Invoquant leur droit exclusif à la marque ainsi qu'une violation de la loi sur la concurrence déloyale, Nestlé et Nespresso ont saisi le Président du Tribunal de commerce de Saint-Gall d'une requête de mesures provisionnelles et superprovisionnelles. Par ordonnance superprovisionnelle du 10 janvier 2011, interdiction a été faite à Alice Allison SA et à Denner SA de distribuer ou commercialiser ces capsules concurrentes. Cette décision a été partiellement rapportée par ordonnance de mesures provisionnelles du 4 mars 2011; le Président du Tribunal de commerce saint-gallois a alors considéré que la marque ne pouvait pas être protégée, parce que la forme du produit était techniquement nécessaire. Nestlé et Nespresso ont recouru au Tribunal fédéral. Par arrêt du 28 juin 2011, la cour de céans a annulé la décision attaquée et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle mette en ?uvre une expertise sommaire (arrêt 4A_178/2011, publié in ATF 137 III 324). A.d Au mois de février 2011, les sociétés Ethical Coffee Company SA et Ethical Coffee Company (Suisse) SA, toutes deux sises à Fribourg (ci-après : les sociétés ECC), ont mis en vente en Suisse d'autres capsules concurrentes, par l'intermédiaire de certains commerces appartenant au groupe Casino. Ces capsules ont cependant été retirées des magasins quelques jours après leur mise sur le marché. En septembre 2011, le groupe Media Markt a annoncé qu'il allait commercialiser les capsules des sociétés ECC, qui sont compatibles avec les machines à café utilisées pour les capsules Nespresso. Le 28 septembre 2011, ces capsules étaient en vente dans le magasin Media Markt de Crissier. B. B.a Par requête de mesures provisionnelles et superprovisionnelles du 30 septembre 2011, Nestlé et Nespresso ont demandé au Juge délégué de la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois d'interdire aux sociétés ECC et aux sociétés du groupe Media Markt de commercialiser les capsules des sociétés ECC. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles rendue le même jour, soit le 30 septembre 2011, le Juge délégué a fait droit à la requête en interdisant aux sociétés intimées d'offrir, commercialiser, distribuer, vendre, promouvoir, exporter, entreposer ou utiliser de quelque autre manière dans le commerce les capsules de café des sociétés ECC correspondant à la forme des capsules Nespresso (chiffre I du dispositif), sous menace de la peine d'amende prévue par l'art. 292 CP (ch. II); il a par ailleurs astreint Nestlé et Nespresso à déposer des sûretés de 30'000 fr. pour assurer le paiement d'éventuels dommages-intérêts pouvant résulter des mesures ordonnées (ch. III). Les sociétés ECC ont produit une expertise privée concluant que la forme des capsules répondait à une nécessité technique. Les parties requérantes ont fait entendre un de leurs employés qui a affirmé le contraire; elles ont également sollicité, à titre subsidiaire, la mise en ?uvre d'une expertise. Par ordonnance sur mesures provisionnelles du 11 novembre 2011, envoyée pour notification le 16 décembre 2011, le Juge délégué de la Cour civile a confirmé les mesures ordonnées à titre superprovisionnel, tout en augmentant à deux millions de francs le montant des sûretés à fournir. Il a fixé aux parties requérantes un délai au 29 février 2012 pour déposer une demande au fond, sous peine de caducité des mesures provisionnelles. L'écriture en question a été déposée en temps utile. B.b Les sociétés ECC ont interjeté un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Les sociétés du groupe Media Markt ont fait savoir qu'elles renonçaient à participer à la procédure de recours; elles avaient déjà informé Nestlé et Nespresso qu'elles renonçaient à commercialiser les capsules des sociétés ECC jusqu'à la fin de la procédure provisionnelle. Statuant par arrêt du 26 juin 2012, la cour de céans a admis le recours et renvoyé la cause au Juge délégué de la Cour civile vaudoise. Elle a en particulier considéré que le Juge délégué se devait de demander une expertise sommaire à un technicien indépendant avant de trancher la question controversée et décisive de savoir si la forme des capsules est techniquement nécessaire et, partant, si l'absence de validité de la marque est vraisemblable (arrêt 4A_36/2012, publié in sic! 2012 p. 627). B.c Le 18 juillet 2012, les sociétés ECC ont requis le Juge délégué de lever avec effet immédiat l'ordonnance superprovisionnelle du 30 septembre 2011. Le Juge délégué a rendu le 21 août 2012 une nouvelle ordonnance, qualifiée d'"ordonnance de mesures superprovisionnelles", dans la cause divisant désormais Nestlé et Nespresso d'une part, et les sociétés ECC d'autre part. Il a confirmé sa précédente décision de mesures superprovisionnelles du 30 septembre 2011 en tant qu'elle prononçait l'interdiction, sous menace de sanction pénale, de commercialiser les capsules des sociétés ECC (confirmation des ch. I et II du dispositif du 30 septembre 2011); en revanche, il a augmenté de 30'000 fr. à deux millions de francs le montant des sûretés à fournir par Nestlé et Nespresso. C. Les sociétés ECC (les recourantes) interjettent un recours en matière civile, dans lequel elles concluent en toutes hypothèses à l'annulation de l'ordonnance du 21 août 2012. A titre principal, elles entendent faire constater que la décision superprovisionnelle du 30 septembre 2011 a définitivement cessé de déployer ses effets au plus tard le 16 décembre 2011, en raison de la décision sur mesures provisionnelles consécutive à l'audience du 11 novembre 2011. Subsidiairement, elles requièrent la levée de l'ordonnance superprovisionnelle du 30 septembre 2011, avec effet immédiat. Nestlé et Nespresso (les intimées) concluent au rejet du recours dans la mesure où il n'est pas irrecevable. Les deux parties ont par la suite déposé des observations supplémentaires. 