Sachverhalt: Sachverhalt: A. Die X._ GmbH ist Eigentümerin der Grundstücke GB Nrn. 2069 und 2342 in Gümligen auf dem Gemeindegebiet Muri bei Bern. Die Parzellen liegen unmittelbar beim Bahnareal, zwischen diesem und dem Dennigkofenweg. GB Nr. 2069 ist mit einem Lagergebäude überbaut, während auf GB Nr. 2342 ein asphaltierter Vorplatz mit Zufahrt und Abstellplätzen für Motorfahrzeuge besteht. Im Rahmen der NEAT müssen die SBB das heute zweigleisige Bahntrassee zwischen Ostermundigen und Gümligen auf drei Gleise erweitern. Zu diesem Zweck sollen von den angrenzenden Grundstücken Landstreifen dauernd (für das dritte Geleise) respektive vorübergehend (für die Bauarbeiten) enteignet werden. Im ursprünglich aufgelegten Projekt war vorgesehen, ab GB Nr. 2069 einen Streifen von 207 m2 dauernd und einen von 113 m2 vorübergehend zu enteignen. Bei der Parzelle Nr. 2432 sollten 75 m2 dauernd und ein Streifen von 112 m2 vorübergehend enteignet werden. Am 21. Dezember 2001 schlossen die Landeigentümerin und die SBB eine entsprechende Landerwerbsvereinbarung. Die Gültigkeit dieser Vereinbarung stand ausdrücklich unter der Bedingung, dass die wesentlichen Projektbestandteile eingehalten würden und es nicht zu erheblichen Abänderungen komme, welche sich auf die Liegenschaften der Grundeigentümerin auswirken würden. Im Rahmen der NEAT müssen die SBB das heute zweigleisige Bahntrassee zwischen Ostermundigen und Gümligen auf drei Gleise erweitern. Zu diesem Zweck sollen von den angrenzenden Grundstücken Landstreifen dauernd (für das dritte Geleise) respektive vorübergehend (für die Bauarbeiten) enteignet werden. Im ursprünglich aufgelegten Projekt war vorgesehen, ab GB Nr. 2069 einen Streifen von 207 m2 dauernd und einen von 113 m2 vorübergehend zu enteignen. Bei der Parzelle Nr. 2432 sollten 75 m2 dauernd und ein Streifen von 112 m2 vorübergehend enteignet werden. Am 21. Dezember 2001 schlossen die Landeigentümerin und die SBB eine entsprechende Landerwerbsvereinbarung. Die Gültigkeit dieser Vereinbarung stand ausdrücklich unter der Bedingung, dass die wesentlichen Projektbestandteile eingehalten würden und es nicht zu erheblichen Abänderungen komme, welche sich auf die Liegenschaften der Grundeigentümerin auswirken würden. B. Auf Gesuch der SBB vom 19. Dezember 2001 hin, leitete das Bundesamt für Verkehr (BAV) am 6./7. Februar 2002 das ordentliche eisenbahnrechtliche Plangenehmigungsverfahren ein. Wegen der gemeinsamen Vereinbarung erhob die X._ GmbH während der öffentlichen Planauflage keine Einsprache. Indessen gingen 65 Einsprachen ein, die sich vornehmlich gegen die Erschliessung der Baustelle mitten durch Wohnquartiere wandten. Infolge der Einsprachen verweigerte das BAV in seiner Plangenehmigungsverfügung vom 28. November 2002 dem Transportrouten-Konzept der SBB die Zustimmung. Um die Wohnbevölkerung vor möglichen Immissionen zu verschonen, wurden für verschiedene Streckenabschnitte abweichende LKW-Erschliessungen verfügt. Auch für den Streckenabschnitt, in welchem die Grundstücke der X._ GmbH liegen, wurden Änderungen beschlossen: Auf die im aufgelegten Projekt vorgesehene Zufahrt ab Dennigkofenweg zur Gleisbaustelle Ost über die Parzellen Nrn. 1560 und 1765 sei zu verzichten und als Ersatz sei eine Erschliessung weiter südlich über die Parzelle Nr. 2342 zu prüfen. Weil die X._ GmbH im Plangenehmigungsverfahren keine Einsprache erhoben hatte, konnte sie gegen diese Neuerungen keine Beschwerde einreichen. Eine öffentliche Planauflage der Änderungen erfolgte nicht. Infolge der Einsprachen verweigerte das BAV in seiner Plangenehmigungsverfügung vom 28. November 2002 dem Transportrouten-Konzept der SBB die Zustimmung. Um die Wohnbevölkerung vor möglichen Immissionen zu verschonen, wurden für verschiedene Streckenabschnitte abweichende LKW-Erschliessungen verfügt. Auch für den Streckenabschnitt, in welchem die Grundstücke der X._ GmbH liegen, wurden Änderungen beschlossen: Auf die im aufgelegten Projekt vorgesehene Zufahrt ab Dennigkofenweg zur Gleisbaustelle Ost über die Parzellen Nrn. 1560 und 1765 sei zu verzichten und als Ersatz sei eine Erschliessung weiter südlich über die Parzelle Nr. 2342 zu prüfen. Weil die X._ GmbH im Plangenehmigungsverfahren keine Einsprache erhoben hatte, konnte sie gegen diese Neuerungen keine Beschwerde einreichen. Eine öffentliche Planauflage der Änderungen erfolgte nicht. C. Im Laufe des Jahres 2003 wurden Verhandlungen für eine angepasste Landerwerbsvereinbarung zwischen der X._ GmbH und den SBB aufgenommen. Dabei zeigte sich, dass aufgrund des abgeänderten Transportkonzeptes von Parzelle Nr. 2342 neu 325 m2 anstelle der ursprünglich vorgesehenen 112 m2 vorübergehend beansprucht werden sollen. Bei GB Nr. 2069 sollen neu 240 m2 statt 207 m2 definitiv in Anspruch genommen werden. Bei beiden Grundstücken verlängert sich zudem die vorübergehende Beanspruchung auf 30 Monate statt der einstigen 6 Monate. Über die Höhe der Enteignungsentschädigung und das Ausmass der zu beanspruchenden Flächen konnten sich die Parteien bis anhin nicht einigen. C. Im Laufe des Jahres 2003 wurden Verhandlungen für eine angepasste Landerwerbsvereinbarung zwischen der X._ GmbH und den SBB aufgenommen. Dabei zeigte sich, dass aufgrund des abgeänderten Transportkonzeptes von Parzelle Nr. 2342 neu 325 m2 anstelle der ursprünglich vorgesehenen 112 m2 vorübergehend beansprucht werden sollen. Bei GB Nr. 2069 sollen neu 240 m2 statt 207 m2 definitiv in Anspruch genommen werden. Bei beiden Grundstücken verlängert sich zudem die vorübergehende Beanspruchung auf 30 Monate statt der einstigen 6 Monate. Über die Höhe der Enteignungsentschädigung und das Ausmass der zu beanspruchenden Flächen konnten sich die Parteien bis anhin nicht einigen. D. Am 14. Januar 2004 stellten die SBB bei der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, ein Gesuch um vorzeitige Besitzeseinweisung. Zusätzlich ersuchten sie am 20. Januar 2004 bei der nämlichen Instanz um den Erlass von Beweissicherungsmassnahmen bezüglich der betroffenen Liegenschaften. Die X._ GmbH beantragte die Abweisung der beiden Gesuche, da einem Baubeginn bau- und planungsrechtliche Hindernisse entgegen stünden. Zudem sei eine gestaffelte Planauflage für dieselben Grundstücke im gleichen Streckenabschnitt unzulässig. Inzwischen hatten die SBB mit Plangenehmigungsgesuch vom 21. Januar 2004 beim BAV ein neues Plangenehmigungsverfahren für das Transportrouten-Konzept mit Zufahrt für LKWs über die Parzelle Nr. 2432 eröffnet. Sie beantragten die Durchführung des vereinfachten Plangenehmigungsverfahrens. Das BAV entsprach diesem Begehren am 27. Januar 2004 und stellte der betroffenen Grundeigentümerin eine persönliche Anzeige im Sinn von Art. 34 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (EntG; SR 711) zu. Auf Rüge der X._ GmbH wegen Unvollständigkeit der Anzeige hin, erliess das BAV am 5. Februar 2004 eine neue. Die X._ GmbH bemängelte diese Anzeige erneut, weil nach ihrer Meinung unzutreffende Pläne beigelegt worden waren. Inzwischen hatten die SBB mit Plangenehmigungsgesuch vom 21. Januar 2004 beim BAV ein neues Plangenehmigungsverfahren für das Transportrouten-Konzept mit Zufahrt für LKWs über die Parzelle Nr. 2432 eröffnet. Sie beantragten die Durchführung des vereinfachten Plangenehmigungsverfahrens. Das BAV entsprach diesem Begehren am 27. Januar 2004 und stellte der betroffenen Grundeigentümerin eine persönliche Anzeige im Sinn von Art. 34 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (EntG; SR 711) zu. Auf Rüge der X._ GmbH wegen Unvollständigkeit der Anzeige hin, erliess das BAV am 5. Februar 2004 eine neue. Die X._ GmbH bemängelte diese Anzeige erneut, weil nach ihrer Meinung unzutreffende Pläne beigelegt worden waren. E. Mit Entscheid vom 11. Februar 2004 verfügte die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 6, die vorzeitige Besitzeseinweisung der SBB in die Grundstücke der X._ GmbH sowie die damit zusammenhängende Beweissicherung. Dagegen erhebt die X._ GmbH mit Eingabe vom 17. Februar 2004 Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Sie beantragt die vollumfängliche Aufhebung des Entscheides vom 11. Februar 2004 und die Abweisung der Gesuche vom 14. respektive 20. Januar 2004 um vorzeitige Besitzeinweisung und Durchführung von Beweissicherungsmassnahmen. Gleichzeitig wird um die Gewährung der aufschiebenden Wirkung ersucht. Den SBB und der Vorinstanz sei zu verbieten, während der Dauer des Beschwerdeverfahrens die Grundstücke Muri GB Nrn. 2069 und 2342 für Bauarbeiten im Zusammenhang mit der Erstellung des dritten Gleises Ostermundigen-Gümligen zu betreten oder anderweitig in Anspruch zu nehmen beziehungsweise Beweissicherungsmassnahmen an diesen Grundstücken durchzuführen. Die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 6, und die SBB schliessen in ihren Vernehmlassungen auf Abweisung der Beschwerde. 