Sachverhalt: A. Die 1967 geborene B._ meldete sich am 1. Oktober 2003 wegen Rücken- und Fussbeschwerden zum Bezug von Leistungen bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle Bern anerkannte zunächst einen Anspruch auf Berufsberatung und auf Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten (Verfügung vom 16. Juli 2004). Hienach sprach sie der Gesuchstellerin mit Verfügung vom 19. Juni 2007 ab 1. April 2004 bis 31. Januar 2007 eine ganze und ab 1. Februar 2007 unbefristet eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu. Sie stützte sich dabei unter anderem auf das polydisziplinäre Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 5. Februar 2007. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 24. März 2009 in der Weise ab, als es nach Androhung einer refomatio in peius die Rentenverfügung vom 19. Juni 2007 zu Ungunsten der Versicherten abänderte und einen Anspruch auf eine ganze Rente verneinte sowie denjenigen auf eine halbe Invalidenrente erst ab 1. Juni 2005 bejahte. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihr, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids, ab 1. April 2004 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, allenfalls sei die Sache zu weiterer Prüfung an die Verwaltung zurückzuweisen. Eventuell sei die IV-Stelle zu verhalten, vor Erlass eines Rentenbescheids berufliche Eingliederungsmassnahmen zu prüfen, subeventualiter sei ihr ab 1. April 2004 eine ganze und ab 1. Februar 2007 eine halbe Invalidenrente auszuzahlen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) enthält sich der Stellungnahme. 