Faits: A. Depuis le 24 juin 2005, le Ministère public de la Confédération (MPC) instruit une enquête pour blanchiment d'argent, gestion déloyale des intérêts publics et faux dans les titres. Dans ce cadre, il a ordonné le séquestre auprès de A._ (ci-après: la banque) de différents comptes bancaires, en particulier celui n o xxx de la société panaméenne X._ dont l'ayant droit économique était l'un des prévenus, B._. L'acte d'accusation a été déposé le 20 octobre 2011. Par requête du 8 mai 2013, A._ a sollicité son admission en tant que partie à la procédure; cette demande a été rejetée par la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (ci-après: la Cour des affaires pénales) - oralement le 13 mai 2013, puis par écrit le 21 suivant - en raison de sa tardiveté et de l'absence de pièce permettant d'attester de la vraisemblance de l'intérêt de la banque à se constituer participante dans cette cause. La Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (ci-après: la Cour des plaintes) a confirmé cette décision le 16 juillet 2013. Le 10 octobre 2013, la Cour des affaires pénales s'est prononcée sur les questions de la culpabilité et de la peine; en revanche, la partie du jugement relative aux confiscations devait intervenir vers fin novembre 2013. A._ a demandé le 10 septembre 2013 la levée partielle du séquestre touchant le compte n o xxx, requête qui a été déclarée irrecevable par la Cour des affaires pénales le 26 septembre 2013, faute pour le requérant d'être partie à la procédure et de fait nouveau commandant de réexaminer cette question. B. Par arrêt du 22 novembre 2013, la Cour des plaintes a déclaré irrecevable le recours intenté par la banque contre cette décision. Si cette autorité a rappelé que A._ bénéficiait d'un intérêt juridiquement protégé pour recourir, celui-ci ne présentait pas un caractère d'actualité dès lors que, d'une part, la Cour des affaires pénales n'avait pas encore rendu de jugement confisquant les fonds séquestrés et que, d'autre part, le risque - soit le défaut de paiement sur les prêts accordés - couvert par le nantissement dont se prévalait la banque sur le compte n o xxx ne s'était pas produit. C. Par mémoire du 23 décembre 2013, A._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement, concluant à son annulation et au renvoi de la cause pour nouvelle décision à l'autorité précédente. A l'appui de son recours, il s'est notamment référé au prononcé de la Cour des affaires pénales du 29 novembre 2013. Invitées à se déterminer, la Cour des plaintes a persisté dans les termes de sa décision les 8 et 28 janvier 2014, tandis que la Cour des affaires pénales a conclu au rejet du recours dans la mesure où il était recevable, renvoyant à ses arrêts des 21 mai et 26 septembre 2013. Quant au MPC, il a conclu en substance à l'irrecevabilité du recours en raison du prononcé du 29 novembre 2013 et, subsidiairement, à son rejet. Les 31 janvier et 6 février 2014, la banque recourante a persisté dans ses conclusions. 