Sachverhalt: A. Die 1952 geborene, zuletzt als Verkäuferin erwerbstätig gewesene R._ meldete sich wegen beidseitiger Taubheit erstmals im November 1989 und erneut im September 1990 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug. Die IV-Stelle Bern gewährte nebst verschiedenen Hilfsmitteln mit Verfügung vom 14. Februar 1991 als medizinische Eingliederungsmassnahme eine Cochlea-Implantation mit Sprachprozessor mit mehreren Nachbehandlungen. Im Juni 1994 beantragte die Versicherte eine Invalidenrente. Mit Verfügung vom 12. Juni 2002 sprach ihr die IV-Stelle rückwirkend ab 1. Juni 1993 bei einem Invaliditätsgrad von 59 % eine bis 30. April 1996 befristete halbe Invalidenrente zu. Die Verwaltung stützte sich dabei u.a. auf den BEFAS-Bericht vom 15. Juni 2001. Sie gewährte R._ zudem mit Verfügung vom 13. September 2002 Stellenvermittlung, welche gut ein Jahr später erfolglos abgebrochen werden musste. Im Juli 2004 meldete sich R._ unter Hinweis auf die Gehörproblematik und zusätzliche gesundheitliche Beschwerden erneut für eine Invalidenrente an. Die IV-Stelle holte nebst weiteren Abklärungen ein MEDAS-Gutachten vom 24. April 2007 ein und nahm eine Abklärung im Haushalt vor, worüber am 23. Oktober 2007 Bericht erstattet wurde. Mit Verfügung vom 8. Februar 2008 verneinte sie einen erneuten Rentenanspruch, da der Invaliditätsgrad lediglich 32 % betrage. B. Die von R._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 21. August 2008 ab. C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei eine halbe Invalidenrente zuzusprechen. Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde, ohne sich weiter zur Sache zu äussern. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Das Bundesgericht hat am 18. Juni 2009 eine publikumsöffentliche Beratung durchgeführt. 