hat sich ergeben: A.- Die Parteien schlossen am 28. August 1985 einen Baurechtsvertrag über drei Grundstücke am Münsterhof in Zürich. Unter dem Titel "Gesetzliches Vorkaufsrecht" stipulierten sie in Ziffer V was folgt: "1. Das gemäss Art. 682 Abs. 2 ZGB dem Grundeigentümer zustehende gesetzliche Vor- kaufsrecht wird wie folgt abgeändert resp. teilweise aufgehoben: a) keinen Vorkaufsfall stellt der Verkauf von Aktien dar; b) die Frist für die Ausübung des Vorkaufsrechts beträgt zwei Monate, gerechnet vom Empfang der nach Art. 681 ZGB zu erlassenden Mitteilung an. Diese Bestimmungen sind im Sinne von Art. 682 Abs. 3 ZGB im Grundbuch vorzumerken. 2. Als obligatorische Bestimmung vereinbaren die Parteien, dass bei einem durch den Grundeigen- tümer nicht ausgeübten Vorkaufsfall der Baube- rechtigte dem Grundeigentümer 1/4 des Nettoge- winns laut rechtskräftiger Grundstückgewinn- steuereinschätzung, nach Abzug der Grundstück- gewinnsteuer und den mit der Veranlagung zusam- menhängenden Kosten abzuliefern hat. (...)" Mit Vertrag vom 28. November 1990 verkaufte die Klägerin die drei Liegenschaften am Münsterhof der Oerlikon-Bührle Immobilien AG (nachstehend: Bührle) für Fr. 25 Mio. Ziffer 9 des Vertrages berechtigte die Käuferin, an ihrer Stelle eine Drittpartei in den Kaufvertrag eintreten zu lassen. Eine solche Eintrittsklausel enthielt auch der am 29. November 1990 zwischen Bührle und der Beklagten abgeschlossene Kaufvertrag über das auf den MünsterhofGrundstücken lastende Baurecht. Die Verpflichtung der Bührle zur Erfüllung beider Verträge wurde unter den ausdrücklichen Vorbehalt der Genehmigung durch die Oerlikon-Bührle Holding AG gestellt. Mangels Genehmigung der beiden Kaufverträge durch die Oerlikon-Bührle Holding AG trat die Schweizerische Rückversicherungs-Gesellschaft (nachstehend: Rück) in die beiden Kaufverträge ein. Der Eigentumsübergang wurde am 2. April 1991 im Grundbuch eingetragen. In der Folge forderte die Klägerin von der Beklagten den gemäss Baurechtsvertrag vom 28. August 1985 vereinbarten Gewinnanteil. B.- Am 27. Oktober 1997 belangte die Klägerin die Beklagte im Wesentlichen auf Fr. 3'189'571.-- nebst Zins, zuzüglich Weisungskosten von Fr. 897.--. Mit Urteil vom 1. September 1999 hiess das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage im Betrag von Fr. 3'185'521.50 nebst Zins gut. Es kam zum Schluss, das Baurecht sei am 2. April 1991, 11.00 Uhr, auf die Rück übergegangen, das Eigentum an der Liegenschaft am 2. April 1991, 11.30 Uhr. Zum Zeitpunkt des Eintritts des Vorkaufsfalles sei die Klägerin somit noch Eigentümerin der Liegenschaften gewesen. Ihr Vorkaufsrecht habe sie bis zur Handänderung an der Liegenschaft nicht ausgeübt, weshalb der Anspruch auf Gewinnanteil ausgewiesen sei. Daran ändere der im Eintrittsvertrag zwischen der Rück und der Klägerin rückwirkend auf den 1. April 1991 vereinbarte Besitzesantritt in Rechten und Pflichten sowie Nutzen und Gefahr nichts. C.- Die Beklagte beantragt dem Bundesgericht mit eidgenössischer Berufung, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf eingetreten werden könne. Mit Anschlussberufung ersucht sie um Abänderung des vorinstanzlichen Dispositives, dahingehend, dass die Beklagte zu verpflichten sei, nebst der Prozessentschädigung auch die Weisungskosten zu bezahlen. 