Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 3. März 2008 entzog das Kommissariat Polizeibewilligungen der Stadtpolizei Zürich X._ das Gastwirtschaftspatent zur Führung des Restaurants A._ in Zürich mit sofortiger Wirkung. Zugleich wurde einer allfälligen Einsprache die aufschiebende Wirkung entzogen. Am 16. April 2008 wies der Stadtrat von Zürich eine dagegen gerichtete Einsprache ab und entzog wiederum einem allfälligen Rekurs die aufschiebende Wirkung. Mit Schreiben vom 22. Mai 2008 teilte X._ dem Kommissariat Polizeibewilligungen unter anderem mit, einstweilen bis zur rechtskräftigen Erledigung des Verfahrens betreffend Patententzug auf das Patent zu verzichten, damit Y._ ein Patent zur Führung der Gastwirtschaft A._ erteilt und der Betrieb bis zum rechtskräftigen Entscheid über den Patententzug weitergeführt werden könne. Am 24. Mai 2008 reichte X._ bei der Volkswirtschaftsdirektion Rekurs gegen den Beschluss des Stadtrats von Zürich vom 16. April 2008 ein. Am 2. Juni 2008 erhielt Y._ das ersuchte Patent. Am 17. Juni 2008 schrieb die Volkswirtschaftsdirektion den bei ihr erhobenen Rekurs wegen Gegenstandslosigkeit ab. Mit Urteil vom 17. September 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine dagegen gerichtete Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 24. Oktober 2008 an das Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache an dieses zurückzuweisen. Im Wesentlichen macht sie eine Verletzung von Art. 13 in Verbindung mit Art. 6 EMRK sowie von Art. 9, 27, 29 Abs. 1 und 2 und Art. 29a BV geltend. Die Stadt Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Volkswirtschaftsdirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 