Sachverhalt: A. Die Focus Magazin Verlag GmbH, München (Beklagte, Beschwerdegegnerin) ist Inhaberin der internationalen Marke (IR) Nr. 663 349 FOCUS für Waren der Klasse 3 (savons; parfumerie, huiles essentielles, savons, fards, cosmétiques, lotions pour les cheveux, produits de soins corporels et de beauté, eaux et crèmes de rasage, désodorisants à usage personnel; produits de toilette tels que produits de nettoyage et dentifrices) und der Klasse 5 (produits pharmaceutiques et hygiéniques; substances diététiques à base de vitamines, d'albumine et/ou à base d'hydrates de carbone en tant que denrées alimentaires pour l'alimentation fortifiante, ou substances diététiques réduites en substance nutritives, à valeur calorifique contrôlée, aliments fortifiants pour le sport, préparations fortifiantes contenant des vitamines, des minéraux ainsi que des oligoéléments et des préparations stimulantes, ou similaires; les produits précités à usage médical). Gegen die am 23. Mai 1996 registrierte deutsche Basismarke wurden in Deutschland verschiedene Widersprüche eingereicht. Die Lancôme Parfums et Beauté & Cie, Paris (Klägerin, Beschwerdeführerin) gelangte am 11. August 2006 an das Handelsgericht des Kantons Bern mit dem Begehren, der schweizerische Teil der IR-Marke Nr. 663 349 FOCUS der Beschwerdegegnerin sei nichtig zu erklären. Ausserdem beantragte sie, das rechtskräftige Urteil sei dem Institut für geistiges Eigentum (IGE) mitzuteilen. Die Beschwerdeführerin begründete ihr Begehren im Wesentlichen mit dem Nichtgebrauch der Marke durch die Beschwerdegegnerin während der Frist von Art. 12 MSchG (SR 232.11). B. Das Handelsgericht des Kantons Bern wies die Klage auf Nichtigerklärung des schweizerischen Teils der internationalen Registrierung Nr. 663 349 FOCUS für die Waren in den Klassen 3 und 5 mit Urteil vom 6. November 2007 ab. Das Gericht kam zum Schluss, die fünfjährige Benutzungsschonfrist sei bis zum 8. Oktober 2003 stillgestanden bzw. habe erst ab diesem Zeitpunkt zu laufen begonnen, da bis dahin ein wichtiger Grund für den Nichtgebrauch vorgelegen habe, denn im deutschen Widerspruchsverfahren habe noch die Möglichkeit eines "Zentralangriffs" bestanden, und es liege auch kein Rechtsmissbrauch vor. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beschwerdeführerin die Anträge, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 6. November 2007 sei aufzuheben, es sei der schweizerische Teil der internationalen Registrierung Nr. 663 349 FOCUS für Waren in der Klasse 3 und 5 nichtig zu erklären und das rechtskräftige Urteil sei dem IGE mitzuteilen. Sie rügt die Verletzung von Art. 12 Abs. 1 MSchG und von Art. 2 Abs. 2 ZGB sowie von Art. 6 Abs. 3 des Madrider Abkommens über die internationale Registrierung von Marken (MMA; SR 0.232.112.3; revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967). D. Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Antwort die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. 