Sachverhalt: A. A.a B._, geboren 1946, ist bei der CONCORDIA, Schweizerische Kranken- und Unfallversicherung AG (nachfolgend: Concordia), gesetzlich für Krankenpflege versichert. Diese setzte mit Zahlungsbefehl vom .... den Betrag von Fr. 1'848.85 (bestehend aus einer Kostenbeteiligung von Fr. 549.65 und den Versicherungsprämien Januar-April 2006 von Fr. 1'299.20) zuzüglich Mahnkosten von Fr. 20.- in Betreibung. Den am .... erhobenen Rechtsvorschlag hob die Concordia mit Verfügung vom 7. Juni 2006 auf und verpflichtete B._ zur Bezahlung der in Betreibung gestellten Forderung zuzüglich der Betreibungskosten von Fr. 70.-. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 30. August 2006 ab. Die von B._ eingereichten Beschwerden wiesen das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. Oktober 2007 und das Bundesgericht mit Urteil 9C_887/2007 vom 14. Februar 2008 ab, soweit sie darauf eintraten. A.b Am 20. März 2008 stellte die Concordia beim Betreibungsamt das Fortsetzungsbegehren. Mit Pfändungsbericht vom .... beschied man ihr, B._ sei an einen unbekannten Ort weggezogen. Nach Ermittlung des neuen Wohnorts des Versicherten setzte die Concordia mit Zahlungsbefehl vom .... den Betrag von Fr. 1'848.85 zuzüglich Mahnkosten von Fr. 20.- erneut in Betreibung. Den von B._ erhobenen Rechtsvorschlag hob die Concordia mit Verfügung vom 30. April 2009 und Einspracheentscheid vom 17. Juni 2009 auf. B. Auf Beschwerde hin hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich den Einspracheentscheid und die ihm zugrunde liegende Verfügung als unzulässig auf, da nach einer rechtskräftigen Beurteilung über dasselbe Rechtsverhältnis nicht eine neue, gleichlautende Verfügung erlassen und so der Rechtsmittelweg erneut eröffnet werden könne (Entscheid vom 17. September 2009). C. Die Concordia erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten; sie beantragt, die Sache sei unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen, damit es auf die Beschwerde eintrete. 