Sachverhalt: A. Der mit Y._ verheiratete X._ ist mit 24 Aktien à nominal Fr. 1'000.-- am Aktienkapital von Fr. 50'000.-- der S._ (heute S._, nachfolgend S._) mit Sitz in A._/SO beteiligt. Daneben hält er 25 Aktien à nominal Fr. 1'000.-- der Immobiliengesellschaft T._ mit Sitz in B._/LU mit einem Aktienkapital von Fr. 50'000.--. In den Bilanzen der beiden Gesellschaften figurierte per Ende 2004 ein von der S._ der T._ gewährtes Darlehen von Fr. 502'300.55. Per Ende 2005 war die Darlehensschuld bei der T._ auf Fr. 525'329.05 angewachsen, weil die um jährlich Fr. 3'000.-- verringerte Hypothekarschuld sowie der ganze Betriebsaufwand von Fr. 20'028.50 (keine Erträge) hinzu geschlagen wurden. Bei der S._ hingegen wurde das Darlehen Ende 2005 nur noch mit Fr. 100'000.-- ausgewiesen, indem die Differenz von Fr. 425'329.05 unter dem Titel "Wertberichtigung" direkt dem Eigenkapital belastet, d.h. erfolgsneutral verbucht wurde. B. Für die Kantons- und Gemeindesteuern 2005 rechnete die Steuerkommission Aarau den Eheleuten X._ und Y._ am 23. August 2010 eine geldwerte Leistung seitens der S._ von Fr. 204'158.-- (= 48% von Fr. 425'329.05) auf. Die Steuerkommission Aarau bestätigte mit Einspracheentscheid vom 10. Januar 2011 die Aufrechnung der geldwerten Leistung. Die nachfolgenden Rechtsmittel waren erfolglos. C. Vor Bundesgericht beantragen X._ und Y._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 13. Juli 2012 aufzuheben "und zurückzuweisen", eventuell das Einkommen um den Betrag von Fr. 204'158.-- zu reduzieren. Sie rügen eine Verletzung von Bundesrecht, namentlich des Willkürverbots (Art. 9 BV), sowie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV). D. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Stellungnahme verzichten, beantragt das Kantonale Steueramt Aargau die Abweisung der Beschwerde. 