Faits: A. A._ est au bénéfice d'une rente de l'assurance-vieillesse et survivants et de prestations complémentaires. Il s'est marié en février 2007 avec B._, ressortissante étrangère née en 1956 et arrivée en Suisse en février 2007. Informé du nouvel état civil de l'intéressé, l'Office cantonal genevois des personnes âgées (OCPA; depuis le 1er mai 2008, Service des prestations complémentaires du canton de Genève, ci-après: SPC) a, par décision du 5 septembre 2007, fixé à 19'032 fr. les prestations complémentaires du 1er mars au 30 septembre 2007 (dont à déduire le montant de 18'102 fr. perçu en trop) et à 2110 fr. les prestations complémentaires mensuelles à partir du 1er octobre 2007. Dans son calcul, l'OCPA a tenu compte à partir du 1er mai 2007 d'un revenu potentiel de 39'856 fr. brut par an que l'épouse de A._ serait apte à réaliser si elle exerçait une activité lucrative. Saisi d'une opposition de l'intéressé, il l'a écartée dans une nouvelle décision du 10 décembre 2007. B. A._ a déféré cette décision au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales qui, après avoir tenu des audiences d'instruction, les 27 mai, 24 juin et 30 septembre 2008, a partiellement admis le recours. Par jugement du 25 novembre 2008, le Tribunal a annulé les décisions des 5 septembre et 10 décembre 2007, puis confirmé qu'un gain potentiel devait être pris en considération dans le calcul des prestations du recourant dès le 1er mars 2008 (ch. 3 du dispositif). C. Le SPC interjette un recours en matière de droit public contre le jugement cantonal, dont il demande l'annulation. A titre principal, il conclut à la confirmation de ses décisions des 5 septembre et 10 décembre 2007 en tant qu'elles prennent en considération un gain potentiel de l'épouse dans le calcul des prestations complémentaires fédérales dues à l'assuré à partir du 1er mai 2007. A titre subsidiaire, il conclut au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle détermine à nouveau le "montant du gain potentiel de l'épouse sur la base d'un revenu plus élevé que celui retenu par le SPC dans ses décisions des 5 septembre 2007 et 10 décembre 2007, compte tenu de la situation professionnelle de B._, si le délai de formation complémentaire au 1er mars 2008 octroyé par le TCAS à l'épouse de l'assuré devait être confirmé". De son côté, l'intimé conclut au rejet du recours sous suite de dépens et requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire. Pour sa part, l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 