Faits: A. A._, née en 1948, et sa soeur, B._, née en 1952, ont formé une communauté héréditaire à laquelle appartenait l'Hôtel C._, à U._. Celui-ci était constitué de deux immeubles, l'hôtel proprement dit et la maison du personnel. La communauté héréditaire a affermé, dès le 1er janvier 1974, l'exploitation de l'Hôtel C._ à un tiers. Les deux héritières ont demandé à l'Administration fiscale du canton de Zurich des informations sur les conséquences fiscales qui en découlaient. Elles ont déclaré par écrit, le 7 avril 1977, qu'elles se réservaient la possibilité de reprendre ultérieurement la direction de l'exploitation de l'hôtel à leur propre compte, et que, dès lors que cet affermage n'avait qu'un caractère provisoire, les biens mobiliers et immobiliers de l'exploitation devaient être maintenus dans leur fortune commerciale tant qu'elles ne porteraient pas spontanément à la connaissance de l'autorité fiscale une intention contraire, ce qu'elles s'engageaient, le cas échéant, à faire. Conformément à cette déclaration, l'Administration fiscale du canton de Zurich a considéré les biens mobiliers et immobiliers de l'exploitation comme appartenant à la fortune commerciale des intéressées. La masse successorale dont avaient hérité A._ et sa soeur a été partagée par transaction judiciaire du 26 septembre 2001. Aux termes de la transaction, A._ s'est vue attribuer l'immeuble abritant le personnel. Quant à l'immeuble abritant l'hôtel, il a été attribué à sa soeur moyennant le paiement d'une soulte par celle-ci. Cette transaction judiciaire a été complétée par une convention de partage successoral du 27 février 2002. Par décision de taxation du 24 juin 2004, en tant qu'autorité du canton du lieu de situation de l'immeuble, l'Administration fiscale du canton de Zurich a imposé au titre d'un impôt spécial sur le bénéfice de liquidation (système moniste) communal et cantonal pour la période fiscale 2001 le produit provenant de la réalisation immobilière à raison du transfert de la fortune commerciale à la fortune privée provoqué par le partage successoral, soit les amortissements cumulés relatifs à l'immeuble abritant le personnel. Le 26 août 2004, l'Administration fiscale du canton de Zurich a informé l'Administration fiscale du canton de Vaud - autorité fiscale du lieu de domicile de A._, compétente pour prélever l'impôt fédéral direct - que l'intéressée était, ensuite du partage, sortie de l'exploitation de l'Hôtel C._ et qu'elle et sa soeur avaient fait, le 7 avril 1977, une " déclaration d'appartenance à la fortune commerciale ". Le 15 décembre 2006, l'Office d'impôt du district de la Riviera-Pays d'Enhaut (ci-après: l'Office) a rendu une décision de taxation définitive de A._ pour l'impôt fédéral direct sur les revenus extraordinaires (en application de l'art. 218 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]) relatifs à l'année 2001. L'Office a arrêté les éléments imposables à 14'717'800 fr.; il en résultait un montant d'impôt de 1'692'547 francs. Durant la procédure de réclamation formée le 9 janvier 2007 par l'intéressée, le revenu imposable a été réduit à 12'770'800 fr. (barème célibataire), suite à la déduction des cotisations AVS - augmentées de leurs intérêts - totalisant 1'850'430 francs. Le 3 juin 2008, A._ a maintenu sa réclamation. Par décision sur réclamation du 24 mai 2012, l'Administration fiscale du canton de Vaud a confirmé que, à la suite de la dissolution de la communauté héréditaire intervenue lors du partage du 26 septembre 2001, A._ et sa soeur avaient chacune repris un immeuble, qu'il en était résulté un transfert de la fortune commerciale à la fortune privée, qui avait engendré la dissolution des réserves latentes, que le montant de réserves équivalait, pour chaque immeuble, à la différence entre le prix de transfert et la valeur comptable du bien, que le total des réserves latentes relatives à la part de A._ s'élevait à 14'717'800 francs, dont il fallait déduire les cotisations AVS de 1'850'430 francs. En conséquence, le revenu imposable devait être arrêté à 12'770'800 fr. Le 27 juin 2012, A._ a interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal cantonal, en concluant, avec suite de frais et dépens, à son annulation au motif que la créance fiscale invoquée par l'Administration fiscale du canton de Vaud était prescrite. B. Par arrêt du 18 septembre 2013, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation du 24 mai 2012. Il a jugé que, dans la mesure où l'intéressée avait renoncé définitivement à la perspective de reprendre l'exploitation, elle devait en informer l'autorité fiscale ainsi qu'elle s'y était engagée par écrit, ce qu'elle n'avait pas fait. Il apparaissait dès lors que le partage successoral intervenu le 26 septembre 2001 devait être tenu comme déterminant pour le dies a quo (période de taxation) du délai de prescription du droit de taxer la réalisation des réserves latentes issues de l'immeuble au titre de revenu extraordinaire provenant du passage de celui-ci de la fortune commerciale dans la fortune privée. Le délai de prescription du droit de taxer avait ainsi expiré le 31 décembre 2006, soit après la décision de taxation définitive du 15 décembre 2006. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 18 septembre 2013 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud en ce sens que la décision de taxation du 15 décembre 2006 est annulée, subsidiairement d'annuler l'arrêt du 18 septembre 2013 et de renvoyer la cause pour nouvelle décision. Elle se plaint de la violation des art. 21 al. 1 et 43 AIFD ainsi que des art. 18 al. 2, 120, 124 et 125 LIFD. Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations sur recours. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'intéressée a dupliqué. 