Sachverhalt: A. Am 1. Mai 2005 verliess die seit dem 21. Mai 1993 mit Y.Z._ verheiratete X.Z._ den gemeinsamen Haushalt. Am 15. Juli 2005 fand eine Eheschutzverhandlung statt, in welcher vorsorgliche Massnahmen erlassen wurden. Am 26. April 2007 reichten die Eheleute Z._ ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein und am 15. Juni 2007 eine von beiden Ehegatten unterzeichnete Scheidungskonvention. An der Hauptverhandlung vom 26. Juni 2007 wurde den Eheleuten die Genehmigung der Konvention in Aussicht gestellt und Frist angesetzt, sie zu bestätigen. Am 2. Oktober 2007 teilte X.Z._ dem Bezirksgericht mit, dass sie am gemeinsamen Scheidungsbegehren festhalte, hingegen die Scheidungskonvention widerrufe. B. Am 16. Juli 2008 reichte X.Z._ gegen Y.Z._ eine Strafanzeige ein wegen "Betrugs, Körperverletzung etc.", in welcher sie ihn beschuldigte, sie während der Ehe wiederholt geschlagen und verletzt sowie in der Steuererklärung unwahre Angaben über sein Einkommen gemacht zu haben. Staatsanwalt Carlo Blatter von der Staatsanwaltschaft See/Oberland sistierte die aufgrund dieser Strafanzeige eingeleitete Strafuntersuchung am 12. November 2008 mit der Begründung, um Doppelspurigkeiten bei der Sachverhaltsabklärung zu vermeiden, sei zunächst das hängige Revisionsverfahren bzw. die rechtskräftige Erledigung des Scheidungsverfahrens abzuwarten. X.Z._ rekurrierte gegen die Sistierung mit den Anträgen, sie aufzuheben, die Strafuntersuchung wieder aufzunehmen und die besondere Staatsanwaltschaft IV mit der weiteren Führung des Verfahrens zu betrauen. Eventuell sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, eine Einstellungsverfügung zu erlassen. Mit Verfügung vom 12. Juni 2009 hiess die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich den Rekurs, soweit sie darauf eintrat, teilweise gut und hob die Sistierung hinsichtlich der Delikte gegen Leib und Leben auf und wies die Staatsanwaltschaft See/Oberland an, das Verfahren insoweit weiterzuführen (Dispositiv-Ziff. 1). Das Ausstandsbegehren gegen Staatsanwalt Blatter wies sie ab (Dispositiv-Ziff. 2). Sie auferlegte die Kosten des Rekursverfahrens von 600 Franken zu 2/3 und diejenigen des Ausstandsverfahren von 600 Franken vollumfänglich X.Z._ (Dispositiv-Ziff. 3). Für das Rekursverfahren sprach sie X.Z._ eine Parteientschädigung von 400 Franken zu. Für die Beurteilung des Gesuchs, Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin von X.Z._ einzusetzen, erklärte sich die Oberstaatsanwaltschaft als unzuständig und überwies es an die zuständige Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil. C. Am 8. Juli 2009 wies die Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil das Gesuch von X.Z._ ab, ihr im Strafverfahren gegen Y.Z._ Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin zu bestellen. Das Obergericht des Kantons Zürich wies den Rekurs von X.Z._ gegen die bezirksgerichtliche Verfügung am 16. September 2009 ab (Dispositiv-Ziff. 1). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtsverbeiständung für das Rekursverfahren wies es ab (Dispositiv-Ziff. 2) und erhob für das obergerichtliche Verfahren keine Kosten (Dispositiv-Ziff. 3). D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X.Z._ in der Sache, Dispositiv-Ziff. 1 des obergerichtlichen Beschlusses aufzuheben und den Rekurs gegen die Ablehnung der unentgeltlichen Verbeiständung gutzuheissen. Dispositiv-Ziff. 2 sei aufzuheben und ihr die unentgeltli-che Rechtspflege für das bezirks- und das obergerichtliche Verfahren zu gewähren; das Obergericht sei anzuweisen, ihr unter diesem Titel für das erstinstanzliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'035.40 und für das zweitinstanzliche eine solche von Fr. 4'779.45 auszurichten. Das Bezirksgericht Hinwil sei anzuweisen, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten. Für das bundesgerichtliche Verfahren beantragt X.Z._ unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung; ihre Rechtsvertreterin sei mit mindestens Fr. 3'000.-- zu entschädigen. Weiter beantragt X.Z._ verschiedene vorsorgliche Massnahmen (Kontensperrungen gegen Y.Z._, Beweissicherungsmassnahmen). E. Das Obergericht verzichtet auf Stellungnahme zur Sache. Y.Z._ beantragt, sowohl das Begehren um Erlass vorsorglicher Massnahmen als auch die Beschwerde abzuweisen. Mit Eingabe vom 23. November 2009 reicht X.Z._ den Auszug eines UBS-Kontos von Y.Z._ ein und beantragt, verschiedene auf seinen Namen lautende Konti superprovisorisch sperren zu lassen. 