Faits: A. Par décision du 27 janvier 2012, le Tribunal de l'application des peines et des mesures du canton du Valais a refusé à X._ la libération conditionnelle après l'exécution de la moitié de la peine (art. 86 al. 4 CP). B. Par ordonnance du 15 mars 2012, la Chambre pénale du Tribunal cantonal valaisan a rejeté le recours formé par X._ et confirmé la décision de première instance. En résumé, elle a retenu les faits suivants: B.a Par jugement du 1er février 2006, X._ a été reconnu coupable de meurtre intentionnel (art. 111 CP) pour avoir tué son épouse dans la nuit du 3 au 4 février 2002. Pour ces faits, il a été condamné à une peine privative de liberté d'une durée de onze ans, sous déduction de 218 jours de détention préventive, et a été astreint à suivre un traitement psychiatrique ambulatoire (art. 43 al. 1 aCP). B.b Le 2 novembre 2010, X._ a requis une suspension de l'exécution de sa peine afin de pouvoir se transformer légalement en femme et pouvoir ensuite poursuivre l'exécution de sa peine dans un pénitencier pour femmes. Dans cette procédure, le Département de la sécurité, des affaires sociales et de l'intégration du canton du Valais (ci-après: le Département) a désigné, en mars 2011, en qualité d'expert, le Prof. Y._, psychiatre auprès du service de psychiatrie de liaison et d'accueil du CHUV. Dans son rapport, l'expert a posé le diagnostic de transsexualisme et a estimé que le traitement hormonal ne devait plus être différé étant donné la souffrance psychique et la pression que subissait l'expertisé du fait que son transsexualisme était resté sans traitement depuis des années et que la structure de sa personnalité ne lui permettait pas de contenir cette souffrance psychique et de tolérer la frustration associée. Il a ajouté qu'un suivi psychothérapeutique et médical approprié incluant un traitement hormonal pouvait être administré à l'intérieur des structures carcérales, mais qu'il s'avérerait difficile de réaliser les différentes étapes du traitement dans les conditions de la détention, notamment la dernière consistant en " l'expérience de vie réelle ". Sans cette phase primordiale, qui devait durer de un à deux ans et permettre au patient de vivre son identité sexuelle désirée en assumant un rôle social en accord avec cette identité, tout traitement opératif ultérieur ne pouvait être entamé. Du point de vue de l'expert, les conditions de vie dans les structures carcérales représentaient un obstacle au traitement du transsexualisme de X._. En conclusion, l'expert a suggéré que la peine soit interrompue le temps d'achever le processus et que le solde soit ensuite effectué dans une prison pour femmes. En avril 2011, X._ a demandé à pouvoir débuter immédiatement un traitement hormonal auprès d'un endocrinologue. Son plan d'exécution de la sanction a été adapté afin de tenir compte de son transsexualisme. Il a été décidé qu'il serait transféré dans un établissement d'exécution de peine acceptant une prise en charge spécifique liée à la volonté de changement de sexe dès que possible et que, dans l'éventualité d'un transfert à la prison de Lonay, les mêmes facilités dans le suivi médical seraient offertes, qu'un travail en atelier avec des femmes serait organisé, ce qui permettrait de procurer au détenu " l'expérience de vie réelle " préconisée par l'expert et que des permissions seraient octroyées pour la recherche d'emploi. Il a toutefois été impossible de placer X._ dans un environnement carcéral réservé aux femmes. Le 13 décembre 2011, le Département a rejeté la demande d'interruption de peine de X._, estimant qu'il n'était pas possible de constater la présence d'un motif grave au sens de l'art. 92 CP. Cette décision fait actuellement l'objet d'un recours devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal valaisan. B.c Ayant atteint la moitié de sa peine le 12 septembre 2011, X._ a déposé une demande de libération conditionnelle à mi-peine auprès des établissements pénitentiaires valaisans le 26 octobre 2011. Le 12 décembre 2011, la Commission pour l'examen de la dangerosité du canton du Valais a préavisé défavorablement à la requête de libération conditionnelle anticipée. Le 22 décembre 2011, le directeur des Etablissements pénitentiaires valaisans a également donné un préavis négatif. C. Contre l'ordonnance du 15 mars 2012, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Dénonçant une violation de l'art. 86 al. 4 CP, il conclut à la réforme de l'ordonnance attaquée, en ce sens que la libération conditionnelle à mi-peine lui est accordée et qu'il est immédiatement libéré. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 