Sachverhalt: A. Am 23. Februar 2006 verurteilte das Strafgericht Basel-Stadt X._ wegen mehrfacher einfacher Körperverletzung, Diebstahls und weiteren Delikten zu einer Gefängnisstrafe von 12 Monaten, unter Anrechnung des Polizeigewahrsams vom 17. November 2005 bis 18. November 2005 sowie der Untersuchungshaft vom 13. Juni 2004 bis 21. Juni 2004, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Strafgerichts Basel-Stadt vom 11. August 2004. Die mit dem letztgenannten Urteil ausgefällte bedingt vollziehbare Strafe von 75 Tagen Gefängnis erklärte es als vollziehbar. B. Auf Appellation von X._ und nach Einholung eines psychiatrischen Gutachtens bestätigte das Appellationsgericht Basel-Stadt mit Kontumaz-Urteil vom 19. November 2008 das erstinstanzliche Urteil im Schuld- und Strafpunkt vollumfänglich. C. X._ erhebt gegen dieses Urteil Beschwerde in Strafsachen. Er wendet sich gegen die unbedingt ausgesprochene Freiheitsstrafe und den Widerruf des bedingten Strafvollzugs und beantragt, den Vollzug der ausgesprochenen Freiheitsstrafe mit einer Probezeit von 2 Jahren aufzuschieben sowie auf die Vollziehbarerklärung der mit Urteil des Strafgerichts Basel-Stadt vom 11. August 2004 ausgesprochenen Gefängnisstrafe von 75 Tagen zu verzichten. Ausserdem stellt er ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. D. Die Staatsanwaltschaft beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 15. April 2009 die vollumfängliche Abweisung der Beschwerde. Das Appellationsgericht Basel-Stadt verweist in der Vernehmlassung vom 27. April 2009 auf seine Urteilsbegründung und führt zur Ergänzung aus, es sei gestützt auf das Gutachten der Universitären Psychiatrischen Kliniken sowie das andauernde deliktische Verhalten von X._ von einer ungünstigen Prognose ausgegangen. Das Gutachten sei nach wie vor aktuell. Deshalb fehle es an den Voraussetzungen für eine mildere Strafart, d.h. eine Geldstrafe, und für die Gewährung des bedingten Strafvollzugs. Es schliesst auf eine Abweisung der Beschwerde. 