Faits: A. A.a X._ et Y._ sont les parents, non mariés, des enfants A._ et B._ nées, respectivement, les 25 août 2007 et 4 juin 2009. Le 30 mars 2011, Y._ a quitté la maison dans laquelle le couple habitait à Douvaine (France) et s'est installée avec les deux fillettes dans un foyer d'urgence à Genève. A.b Par jugement du 5 juillet 2011, le Tribunal de grande instance de Thonon-les-Bains a déclaré que l'autorité parentale était exercée en commun par les deux parents, a fixé la résidence des enfants chez leur père à Douvaine et a octroyé à la mère un droit de visite et d'hébergement libre et, à défaut, d'accord, les fins de semaine paires ainsi que la moitié des vacances scolaires, notamment. Ce jugement a bénéficié d'une exécution provisoire et a été confirmé le 20 mars 2012 par la Cour d'appel de Chambéry. Par déclaration du 28 mars 2012, Y._ a expressément renoncé à tout recours, de sorte que cette décision est devenue définitive et exécutoire. Le jugement du 5 juillet 2011 a été reconnu et déclaré exécutoire en Suisse par jugement du Tribunal de première instance de la République et canton de Genève du 11 octobre 2011, lequel a été confirmé par arrêt du 13 avril 2012 de la Chambre civile de la Cour de Justice. A.c Les parents avaient vraisemblablement convenu que les fillettes retourneraient chez leur père pour la rentrée scolaire de septembre 2011. Y._ a toutefois refusé de les remettre à ce dernier, qui a porté plainte le 5 septembre 2011 pour enlèvement de mineur. A.d Le 15 septembre 2011, X._ s'est rendu, accompagné de sa mère, à l'école des enfants pour les emmener avec lui en France. Y._ a tenté de l'en empêcher, sans succès. X._ a déposé plainte pénale le 16 septembre 2011 contre cette dernière, expliquant qu'elle lui avait envoyé un message d'insultes et de menace de mort, qu'elle avait déchiré son t-shirt et tenté de l'étrangler. A l'appui de ses dires, il a produit un constat médical de la Permanence de Cornavin faisant état d'une griffure sur le cou gauche d'une longueur de 4 centimètres ainsi que d'une griffure de même longueur sur le bras droit. A.d Le 15 septembre 2011, X._ s'est rendu, accompagné de sa mère, à l'école des enfants pour les emmener avec lui en France. Y._ a tenté de l'en empêcher, sans succès. X._ a déposé plainte pénale le 16 septembre 2011 contre cette dernière, expliquant qu'elle lui avait envoyé un message d'insultes et de menace de mort, qu'elle avait déchiré son t-shirt et tenté de l'étrangler. A l'appui de ses dires, il a produit un constat médical de la Permanence de Cornavin faisant état d'une griffure sur le cou gauche d'une longueur de 4 centimètres ainsi que d'une griffure de même longueur sur le bras droit. A.e Par décision du 25 juin 2012, le Ministère public a refusé d'entrer en matière sur les plaintes de X._ des 5 et 16 septembre 2011. B. Par arrêt du 27 novembre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de Justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé par X._ contre la décision de non-entrée en matière du 25 juin 2012. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut à ce que le Ministère public soit invité à entrer en matière et à reconnaître Y._ coupable des infractions de lésions corporelles simples, dommage à la propriété, injures, menaces, séquestration, enlèvement et enlèvement de mineurs et à ce que ses prétentions civiles soient réservées. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 