Sachverhalt: A. Am 16. April 2008 beendete die deutsche Staatsangehörige A._ in den Räumen einer Sterbehilfeorganisation ihr Leben. Dabei hatte sich nach der Darstellung von X._ eine "Komplikation" ergeben. Frau A._ sei nach der Einnahme einer geringen Menge des Medikaments Natrium-Pentobarbital (NaP) mittels eines Trinkhalms unvermittelt eingeschlafen. Nach ihrem Aufwachen habe sie ihren Sterbewillen bestätigt. Der Arzt, der das Rezept für das Medikament ausgestellt hatte, sei herbeigerufen worden und habe eine Magensonde gelegt, damit A._ "auf diese Weise in die Lage versetzt wurde, sich das für ihr Ableben notwendige NaP mittels der von ihr selbst betätigten Medikamentenspritze in den Magen zu befördern". Nach dem Legen der Magensonde habe er (X._, der wegen der Komplikation herbeigeeilt war) den Raum verlassen und sei nach Hause gefahren. B. Die beim Sterbevorgang anwesenden vier Personen, nämlich der aus Deutschland mitgereiste Betreuer, der Arzt und zwei Sterbebegleiterinnen, wurden in der Nacht vom 16. auf den 17. April 2008 polizeilich als Auskunftspersonen befragt. X._ weigerte sich, zu dieser üblichen Abklärung bei aussergewöhnlichen Todesfällen zur Einvernahme bei der Polizei zu erscheinen. Am 13. Juni 2008 erschien er aber auf Vorladung hin zur Befragung als Auskunftsperson bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Die Oberstaatsanwaltschaft stellt in ihrem Entscheid vom 23. Oktober 2008 zum Verlauf dieser Einvernahme fest, X._ sei auf seine Rechte als Auskunftsperson hingewiesen worden, unter anderem auch darauf, dass er die Aussage ohne Gründe verweigern könne. Dieser habe erklärt: "Wir können es gleich kurz machen: Ich werde keine Aussage machen." Der Staatsanwalt habe ihm entgegnet, selbstverständlich müsse er keine Aussagen machen. Er (der Staatsanwalt) werde ihm seine Fragen stellen, und er könne sie so beantworten, wie er wolle. X._ habe erwidert, dass er sich die Fragen nicht anhöre. Er sei nicht bereit, an einem Verfahren mitzuwirken, welches überflüssig sei. Er werde jetzt gleich gehen. Der Staatsanwalt habe ihn zum Bleiben und Anhören der Fragen aufgefordert, worauf dieser abgelehnt, die Urteilsfähigkeit des Staatsanwalts bestritten und den Raum verlassen habe. Das Protokoll sei fünf Minuten nach der Eröffnung geschlossen worden. Mit Schreiben vom 15. Juli 2008 orientierte der Staatsanwalt X._ darüber, dass er ihn "[f]ür Ihr Betragen anlässlich der Einvernahme" vom 13. Juni 2008 mit einer Ordnungsbusse zu belegen gedenke, weshalb er ihm vorab das rechtliche Gehör gewähre und ihm deshalb Gelegenheit zur Stellungnahme einräume. X._ nahm Stellung. In der Folge belegte ihn die Staatsanwaltschaft See/Oberland mit Verfügung vom 8. September 2008 gestützt auf §§ 1, 2 lit. a-d und § 4 Abs. 1 Ziff. 2 des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen vom 30. Oktober 1866 (LS 312) sowie § 354 StPO/ZH mit einer Ordnungsbusse von Fr. 300.-- und auferlegte ihm die Kosten von Fr. 100.--. X._ rekurrierte gegen diese Verfügung bei der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Die Staatsanwaltschaft wurde zur Vernehmlassung eingeladen, und X._ äusserte sich dazu. Die Oberstaatsanwaltschaft wies am 23. Oktober 2008 den Rekurs ab. Sie hielt zusammenfassend fest, der Rekurrent habe "durch sein eigenmächtiges Verlassen der Einvernahme den ordnungsgemässen formellen Gang des Verfahrens gestört und gegen die vorgeschriebene Verfahrensordnung im Sinne von § 2 lit. c des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen verstossen". Die Ordnungsbusse sei angemessen. Sie auferlegte ihm die Kosten von Fr. 800.--. C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den Entscheid der Oberstaatsanwaltschaft unter Kosten- und Entschädigungsfolgen aufzuheben. In der Vernehmlassung betrachtet die Oberstaatsanwaltschaft Art. 6 Ziff. 1 EMRK vorliegend nicht als anwendbar. In der Replik hält X._ an seinem in der Beschwerde vertretenen Standpunkt fest, dass die Sache unter den Begriff der strafrechtlichen Anklage im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK falle. Ausserdem sei angezeigt, dass das Bundesgericht dafür sorge, dass im Kanton Zürich endlich auch derartige Verfahren aufgrund von Gesetzen aus dem 19. Jahrhundert von dessen Gerichten beurteilt werden könnten. 