Sachverhalt: A. Die X._ AG, Schaffhausen, strebte als Mehrheitsaktionärin der Y._ AG, Zug, deren vollständige Übernahme an und unterbreitete daher deren Minderheitsaktionären am 31. August 2006 ein öffentliches Kaufangebot über Fr. 150.-- für jede Namenaktie mit Fr. 20.-- Nennwert. Nach Vollzug des Angebots hielt die X._ AG direkt und indirekt insgesamt 92,8 % des Aktienkapitals und der Stimmrechte der Y._ AG. Am 15. Dezember 2006 schloss die Z._, Schaffhausen, eine hundertprozentige Tochterfirma der X._ AG, einen Fusionsvertrag mit der Y._ AG. Darin wurde vereinbart, dass die Z._ im Rahmen einer Absorptionsfusion die Y._ AG übernimmt und deren Minderheitsaktionäre für jede Namenaktie mit Fr. 20.-- Nennwert eine Abfindung von Fr. 150.-- erhalten, welche die X._ AG bezahlt. Nachdem die Generalversammlungen der Vertragsparteien der Fusion zugestimmt hatten, wurde diese am 1. Februar 2007 im Schweizerischen Handelsamtsblatt veröffentlicht. B. B.a Am 27. März 2007 klagten A._ (Kläger 1), Stuttgart, B._ (Kläger 2), Mainbernheim, und weitere Personen beim Kantonsgericht Schaffhausen gegen die Z._ (Beklagte 1) und die X._ AG (Beklagte 2) auf eine angemessene Erhöhung der Abfindung für ausgeschiedene Minderheitsaktionäre der früheren Y._ AG gemäss Art. 105 Abs. 1 des Bundesgesetzes über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung vom 3. Oktober 2003 (Fusionsgesetz, FusG, SR 221.301). Als minimale Ausgleichszahlung verlangten die Kläger von den Beklagten pro entzogene Aktie Fr. 50.--, d.h. Fr. 44'600.-- für den Kläger 1 und Fr. 43'150.-- für den Kläger 2. Das Kantonsgericht überwies die Klage an das Friedensrichteramt der Stadt Schaffhausen, welches nach erfolglosem Sühneverfahren am 29. August 2007 die Weisung an das Kantonsgericht ausstellte. Mit Statutenänderung vom 30. März 2007 änderte die Z._ ihre Firma in X._ Finanz AG. B.b Mit Verfügung vom 26. November 2007 verpflichtete der Vorsitzende der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts die Kläger 1 und 2, je einen Gerichtskostenvorschuss von Fr. 4'000.--zu leisten. Einen gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs der Kläger 1 und 2 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 23. Januar 2009 ab. C. Die Kläger (Beschwerdeführer) erhoben Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, den Entscheid des Obergerichts vom 23. Januar 2009 aufzuheben und die Vorinstanzen anzuweisen, das Überprüfungsverfahren nach Art. 105 FusG fortzusetzen, ohne von den Klägern Kostenvorschüsse zu erheben. Die Beklagten (Beschwerdegegnerinnen) schlossen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Obergericht stellte bezüglich der Beschwerde keinen Antrag. Der Fall wurde in öffentlicher Sitzung beraten. 