Faits: A. A.a C._ a exercé diverses activités professionnelles, en Suisse et à l'étranger, notamment celles d'agent de sécurité et de portier de nuit. Du 1er septembre 2000 au 6 janvier 2001, il a travaillé comme chauffeur-livreur de nuit pour le compte de la X._ SA. Le 16 novembre 2001, C._ a présenté une demande de rente de l'assurance-invalidité auprès de l'Office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève (ci-après: l'OCAI). Dans un rapport du 31 janvier 2002, son médecin traitant, le docteur U._ (spécialiste FMH en Oto-Rhino-Laryngologie) a posé le diagnostic de maladie de Ménière à gauche depuis décembre 2000, laquelle rendait impossible le travail effectué par l'assuré. Il précisait qu'une activité dans un milieu ambiant silencieux était envisageable éventuellement à plein temps. Se fondant sur le rapport précité, le Service médical régional de l'assurance-invalidité (SMR) a conclu que l'assuré présentait une capacité de travail nulle dans son activité habituelle mais de 100 % dans une activité adaptée (cf. rapport d'examen de la doctoresse M._ du 22 juillet 2002). A.b Dans un rapport d'expertise du 8 avril 2003 diligentée par l'OCAI, le docteur A._ (spécialiste FMH en psychiatrie) a posé le diagnostic d'atteinte auditive, de maladie de Ménière, de trouble de l'humeur de type dépressif, réactionnel depuis décembre 2000. Il a attesté une incapacité de travail de 100 % dans toutes les activités exercées précédemment. En revanche, une activité de conciergerie paraissait encore possible à plein temps. L'OCAI a en outre confié une expertise au docteur I._ (spécialiste FMH en Oto-Rhino-Laryngologie) lequel a retenu, dans un rapport du 30 août 2004, un déficit cochléo-vestibulaire à gauche, une possible maladie de Ménière de l'oreille gauche et un probable état dépressif réactionnel. Seule une activité au sol, dans une ambiance calme pouvait être envisagée. L'expert indiquait que pour autant que l'on retînt le diagnostic de maladie de Ménière, il était très difficile de fixer une capacité de travail résiduelle. Il ajoutait qu'il était curieux que l'assuré n'ait jamais pu reprendre la moindre activité depuis le début de la maladie alors qu'il affirmait être resté jusqu'à un mois sans crises de vertiges. Se fondant sur l'expertise du docteur I._, le SMR a conclu qu'un travail sans exposition au bruit, qui puisse se faire avec une certaine liberté était envisageable à 50 % (cf. avis du docteur L._ du 5 octobre 2004). A.c Du 7 février au 6 mars 2005, l'assuré a effectué un stage au Centre d'intégration professionnelle de l'assurance-invalidité. Les maîtres de stage du COPAI ont indiqué que la capacité médicalement attestée de 50 % pouvait être mise en valeur dans divers domaines professionnels tels que le magasinage léger, le nettoyage en milieu hospitalier, en tant qu'employé dans la mise en rayon, aide-magasinier, agent des pompes funèbres, employé de station-service ainsi que dans le secteur administratif (saisie informatique, classement). Le docteur E._, interniste et médecin consultant du COPAI, a précisé pour sa part que l'assuré pouvait travailler à plein temps dans un environnement silencieux, mais de manière intermittente et aléatoire compte tenu des crises imprévisibles. Il devait ainsi avoir un employeur averti et parfaitement tolérant pour mettre pleinement en valeur sa capacité de travail (rapport du 19 mars 2005). Dans un avis du 10 mai 2006, le SMR a indiqué que les crises de vertiges occasionnelles et l'aggravation des tests (lesquels étaient normaux auparavant) dont faisait état l'expertise ORL du docteur I._ du 30 août 2004, pouvaient justifier une baisse de la capacité de travail estimée alors à 50 %. Lors du stage COPAI en 2005, il n'y avait pas eu de crise de vertiges, de sorte que dans un poste adapté (peu bruyant et sans travail en hauteur), la capacité de travail était estimée à 100 % par le docteur E._. Selon le SMR, la situation s'était donc améliorée entre 2004 et 2005 avec une aggravation transitoire entre août 2004 et février 2005). A.d Dans un projet d'acceptation de rente du 7 juin 2006, l'OCAI a constaté que l'assuré subissait une perte de gain de 2,7 % à l'issue du délai de carence en décembre 2001. A partir d'août 2004, une aggravation temporaire de son état de santé avait entraîné une perte de gain de 51 %. L'amélioration de sa capacité de travail dans un poste adapté, retenue à l'issue du stage COPAI en février 2005, avait ramené son taux d'invalidité à 2,7 %. Par conséquent, l'assuré avait droit à une demi-rente du 1er août 2004 au 1er mai 2005. Par décision du 18 janvier 2007, l'OCAI a accordé à l'assuré une demi-rente d'invalidité du 1er août 2004 au 30 avril 2005, assortie d'une rente complémentaire pour enfant. B. Par jugement du 20 juin 2007, le Tribunal des assurances sociales du canton de Genève a rejeté le recours interjeté par C._ contre la décision de l'OCAI du 18 janvier 2007. C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Sous suite de dépens, il conclut principalement à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité au-delà du 30 avril 2005; à titre subsidiaire, il requiert le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision ou nouvelle instruction. Il sollicite par ailleurs l'octroi de l'assistance judiciaire gratuite. L'OCAI a conclu au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé. 