Sachverhalt: A. X._ und Y._ wurden am 11. August 2005 von der Steuerverwaltung des Kantons Bern für das Steuerjahr 2003 abweichend von ihrer Selbstdeklaration auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 192'700.-- (Kantons- und Gemeindesteuern) bzw. Fr. 200'300.-- (direkte Bundessteuer) veranlagt. Die Aufrechnungen erfolgten gestützt auf die Steuerveranlagungen 2003 der A._ AG, Thun; Verwaltungsratspräsident dieser Gesellschaft sowie Anteilsinhaber zu mindestens 50% war bis zur deren Auflösung am 20. April 2007 X._. Neben diversen Spesen qualifizierte die Steuerverwaltung eine Investition in den Umbau einer Privatliegenschaft von X._ in der Höhe von Fr. 69'099.-- als geldwerte Leistung der AG an X._ und Y._ und somit als steuerbares Einkommen. B. X._ und Y._ erhoben hiergegen erfolglos Einsprache bei der Steuerverwaltung des Kantons Bern, welche die Veranlagungsverfügungen mit Entscheid von 20. Dezember 2005 bestätigte. Gegen diesen Einspracheentscheid gelangten X._ und Y._ mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern; diese wies am 17. April 2007 Rekurs und Beschwerde in Sachen Kantonssteuer wie auch in Sachen direkter Bundessteuer ab. Mit Urteil vom 12. Juni 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die gegen den Entscheid der Rekurskommission erhobenen Beschwerden ab. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern erheben X._ und Y._ mit Eingabe vom 16. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des Entscheides der Vorinstanz "in Bezug auf die direkte Bundessteuer 2003" und machen geltend, die getätigte Investition in der Höhe von Fr. 69'099.-- könne nicht als geldwerte Leistung beim Einkommen des Beschwerdeführers angerechnet werden. D. Die Steuerverwaltung sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern verzichtet auf eine Stellungnahme. 