Faits: A. Dans le cadre de l'affaire dite "de la Banque Cantonale de Genève", deux procédures pénales ont été ouvertes. La première a abouti à un jugement du Tribunal correctionnel du canton de Genève du 22 juillet 2011, déclarant B._ et C._ coupables de faux dans les titres - pour une partie des faits - et acquittant l'ensemble des prévenus de tous les autres chefs d'accusation, notamment de gestion déloyale. Ce jugement a fait l'objet de plusieurs appels encore pendants. La seconde procédure (P/12481/2001), dirigée contre A._, D._ et C._ est pendante devant le Tribunal de police du canton de Genève. Le 13 septembre 2011, A._ a requis la suspension de cette procédure jusqu'à droit jugé de manière définitive sur la première. Le Président du Tribunal de police (ci-après: le Président) a invité les parties à se déterminer sur cette requête jusqu'au 22 septembre 2011. Le 16 septembre 2011, le conseil de C._ a demandé un délai au 8 octobre 2011 pour se déterminer, en expliquant qu'il devait participer jusqu'au 30 septembre 2011 à la cession parlementaire fédérale d'automne. Le Président a refusé cette prolongation le 19 septembre 2011. Le conseil de C._ a demandé la reconsidération de cette décision. Par ordonnance du 21 septembre 2011, le Président a confirmé son refus, considérant que la procédure pénale devait se poursuivre sans retard. Il citait une décision de la Chambre pénale des recours du 29 avril 2011, selon laquelle "il apparaîtrait souhaitable, notamment pour que la question de la célérité ne se pose pas après cette date, que le recourant [C._] passe en jugement d'ici la fin de l'année 2011". B. Le 26 septembre 2011, A._ a demandé la récusation du Président, en lui reprochant d'avoir décidé de rejeter la demande de suspension avant même d'avoir entendu les autres parties. Par arrêt du 19 octobre 2011, la Chambre pénale de recours a rejeté la demande de récusation. La citation de l'arrêt de la décision du 29 avril 2011 ne faisait qu'illustrer le caractère urgent de la procédure, dans l'optique d'une mesure préparatoire. La prolongation de délai et la suspension de la procédure étaient deux questions différentes puisque la seconde dépendait aussi du rapport entre les deux procédures pénales, point sur lequel le Président ne s'était pas prononcé. C. Par acte du 8 novembre 2011, A._ forme un recours en matière pénale par lequel il demande l'annulation de l'arrêt cantonal ainsi que la récusation du Président dans la procédure P/12481/2001. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants. La Chambre pénale de recours et le Président concluent au rejet du recours. Par ordonnance du 29 novembre 2011, la demande d'effet suspensif formée par le recourant a été rejetée. Le recourant a déposé de nouvelles observations le 14 décembre 2011, persistant dans ses griefs et ses conclusions. 