Faits: A. Le jugement prononçant la dissolution par divorce du mariage contracté par B._ et par A._ le 3 avril 1992 a été rendu le 2 mai 2011 et est entré en force le 4 juin suivant. Il prenait acte de l'accord intervenu entre les époux quant au principe du partage - par moitié - des avoirs de prévoyance professionnelle accumulés pendant la durée du mariage et excluait le rapport du versement anticipé de 180'000 fr. prélevés sur les avoirs du mari pour l'achat d'un bien immobilier dès lors que ce bien avait été partagé également entre les époux. La cause a été transmise à la Cour de justice de la République et canton de Genève pour instruction et exécution du partage convenu. B. Le tribunal cantonal a recueilli des informations auprès des institutions de prévoyance des époux. Sur cette base, il a constaté que les prestations de sortie devant être partagées s'élevaient à 607'532 fr. 90 (comprenant le rapport des 180'000 fr. mentionnés et un montant de 27'254 fr. correspondant à un rachat d'années d'assurance effectué peu après le mariage) pour A._ et 40'951 fr. 75 pour B._, puis a invité la Fondation de prévoyance du Groupe BNP PARIBAS en Suisse à transférer du compte du mari la somme de 283'290 fr. 55, avec intérêts compensatoires, à la Caisse de prévoyance du personnel enseignant de l'instruction publique et des fonctionnaires de l'administration du canton de Genève en faveur de l'épouse (jugement du 27 mars 2012). C. A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement; il en requiert l'annulation et conclut sous suite de frais et dépens à la détermination de sa prestation de sortie sans qu'il ne soit tenu compte des montants de 180'000 fr. et 27'254 fr. ou au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants. Les institutions de prévoyance s'en remettent à justice quant à l'issue du recours. B._ conclut au rejet de celui-ci. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 