Faits: A. Le 28 juin 2005, au vu de l'art. 168 Cst./VD, qui prévoit notamment que la charge fiscale ne doit pas présenter des écarts excessifs entre les communes (al. 1) et que la péréquation financière atténue les inégalités de charge fiscale consécutives aux différences de capacité contributive entre les communes (al. 2), le Grand Conseil du canton de Vaud a adopté la loi sur les péréquations intercommunales (LPIC; RS/VD 175.51) et le décret du 28 juin 2005 fixant pour les années 2006, 2007, 2008 et 2009 les modalités d'application de la loi sur les péréquations intercommunales (DLPIC ou Décret du 28 juin 2005; RS/VD 175.515). Le Conseil d'Etat du canton de Vaud a adopté le 11 janvier 2006 un "arrêté fixant les critères applicables pour la classification provisoire des communes pour 2006 (péréquation intercommunale et facture sociale)". Plusieurs communes, ainsi que des particuliers, ont adressé à la Cour constitutionnelle des requêtes, tendant à l'annulation de l'arrêté. Ces requêtes ont été rejetées, en tant qu'elles étaient recevables, par arrêt du 30 mai 2006 (cause CCST.2006.0002). Par arrêt du 7 novembre 2006, le Tribunal fédéral a rejeté le recours de droit public formé par six communes contre cet arrêt (causes 2P.170/171/172.2006). Le 9 juillet 2007, le Conseil d'Etat a adopté un arrêté fixant les critères applicables à la classification définitive des communes pour 2006, valables pour la péréquation intercommunale et la facture sociale (ci-après: l'arrêté de 2007). Le 31 juillet 2007, l'Autorité de surveillance des finances communales, dépendant du Département des institutions et des relations extérieures (remplacé depuis par le Département de l'intérieur, ci-après: le Département), a notifié aux communes, notamment de Lonay et de Givrins, le décompte définitif concernant la péréquation pour 2006. Le 27 août 2008, le Conseil d'Etat a adopté un arrêté fixant les critères applicables à la classification définitive des communes pour 2007, valables pour la péréquation intercommunale et la facture sociale (ci-après: l'arrêté de 2008). Le 29 août 2008, l'Autorité de surveillance des finances communales, dépendant du Département, a notifié aux communes, notamment de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully, le décompte définitif concernant la péréquation pour 2007. B. Les communes de Lonay et de Givrins ont recouru auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Tribunal cantonal) contre les décisions les concernant, dont elles ont demandé principalement l'annulation et subsidiairement la réforme. Le 23 juillet 2008, le Tribunal cantonal a rendu un arrêt dans des causes parallèles (GE.2006.0065 et GE.2007.0163). Copie de cet arrêt a été communiquée aux communes de Lonay et de Givrins, lesquelles ont, le 17 novembre 2008, maintenu leur recours et demandé la tenue d'une audience. A l'audience du 1er avril 2009 du Tribunal cantonal, les communes ont réitéré la demande d'expertise déjà formulée à l'appui de leurs conclusions dans leur mémoire de recours. Par décision incidente du 8 avril 2009, le juge instructeur du Tribunal cantonal a rejeté la demande d'expertise. C. Les communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully ont également recouru auprès du tribunal cantonal contre les décisions les concernant, dont elles ont demandé l'annulation dans la mesure où elles mettaient à leur charge des montants péréquatifs supplémentaires par rapport aux acomptes déjà versés pour l'année 2007. A l'audience du 30 mars 2009 devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, les communes ont réitéré la demande d'expertise déjà formulée à l'appui de leurs conclusions dans leur mémoire de recours. Par décision incidente du 8 avril 2009, le juge instructeur du Tribunal cantonal a rejeté le demande d'expertise. D. Par deux arrêts du 1er mai 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours des communes de Lonay et de Givrins dans la mesure où il était recevable et rejeté celui des communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully. A l'appui du refus d'administrer une expertise, il a exposé que le Tribunal et les parties maîtrisaient suffisamment la matière complexe de la péréquation, que les communes avaient pu s'appuyer sur les compétences précises et étendues de Mme Andrea Arn, boursière de Crans-près-Céligny, syndique de Buchillon et membre de la Commission paritaire instituée par l'art. 10 LPIC et que le Département était représenté par ses trois spécialistes, MM. Golaz, Weber et Equey, dont les deux premiers sont également membres de la Commission paritaire. Siégeant régulièrement dans la même composition pour toutes les affaires de péréquation, fort de l'expérience accumulée et renseigné amplement par les écritures jointes au dossier et les débats de l'audience du 1er avril 2009, le Tribunal s'estimait en mesure de statuer en connaissance de cause, sans autre complètement de l'instruction. Se fondant sur le principe de l'autorité de la chose jugée, le Tribunal cantonal a décidé qu'il n'avait pas de raison de s'écarter des principes fixés dans l'arrêt rendu le 30 mai 2006 par la Cour constitutionnelle cantonale et le 23 juillet 2008 par lui-même, dans la mesure où l'argumentation présentée par les communes n'était pas différente ou nouvelle par rapport aux griefs déjà examinés. Cela valait en particulier pour le mécanisme des plafonds et des planchers institué par l'arrêté de 2007 ainsi que pour l'application des critères de l'effort fiscal et de la population qui conduirait, selon les communes, à un résultat arbitraire. Compte tenu de la très grande marge de man?uvre concédée au Conseil d'Etat par l'art. 13 LPIC, l'arrêté de 2007 produisait des résultats conformes à l'art. 168 al. 2 Cst./VD et reposait sur une base légale suffisante. Il en allait de même des décisions attaquées qui appliquaient correctement cet arrêté. Enfin, le droit à l'égalité de traitement n'était pas violé du moment qu'aucune des communes citées pour comparaison ne se trouvait dans une situation identique à celles des recourantes, s'agissant des éléments déterminant la charge péréquative. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public (2C_366/2009), la commune de Lonay demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt entrepris en ce sens que le montant dû au titre de péréquation pour 2006 soit réduit de 4'784'635 à 2'700'271 fr., ou à 2'863'752 fr., ou à 3'174'735 fr., ou à 4'013'505 fr., ou encore à 4'516'977 fr. ou enfin à 4'763'382 fr. Celle de Givrins demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt entreprise en ce sens que le montant dû au titre de péréquation pour 2006 soit réduit de 2'808'304 fr. à 1'447'440 fr., ou à 1'633'652 fr., ou à 2'204'840 fr., ou encore à 2'535'145 fr., ou enfin à 2'796'539 fr. Elles demandent subsidiairement que l'arrêt entrepris soit annulé. Elles se plaignent de la violation des art. 5 al. 1 et 2, 8, 9 et 29 al. 2 Cst. Agissant par la voie du recours en matière de droit public (2C_368/2009), les communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully demandent au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt entrepris en ce sens qu'aucun montant péréquatif supplémentaire par rapport aux acomptes déjà versés pour l'année 2007 ne soit mis à leur charge. Elles demandent subsidiairement que l'arrêt entrepris soit annulé. Elles se plaignent de la violation des art. 5 al. 1 et 2, 8, 9 et 29 al. 2 Cst. Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations dans les deux causes. Le Département de l'intérieur conclut au rejet du recours et propose leur jonction. F. Le 29 janvier 2010, la IIe Cour de droit public a tenu audience publique. La délibération a été limitée à la question de la recevabilité des recours, singulièrement à la qualité pour recourir des communes en matière de péréquation financière intercommunale. 