Sachverhalt: A. A.a Die Bezirksanwaltschaft II für den Kanton Zürich (heute: Staatsanwaltschaft II für den Kanton Zürich, nachfolgend Staatsanwaltschaft) eröffnete unter anderem aufgrund der Ermittlungsergebnisse im Zusammenhang mit einem Rechtshilfeersuchen aus Belgien gegen B.X._ und weitere Personen eine Strafuntersuchung wegen Verdachts auf Geldwäscherei, Betrug, ungetreue Geschäftsführung und weitere Vermögensdelikte. Nach einer umfangreichen Untersuchung und diversen Verfahrenseinstellungen erhob die Staatsanwaltschaft am 30. September 2003 beim Bezirksgericht Zürich gegen B.X._ Anklage wegen mehrfachen Betrugs, mehrfacher Veruntreuung, mehrfacher ungetreuer Geschäftsbesorgung, mehrfacher Urkundenfälschung etc. B.X._ wurde unter anderem zur Last gelegt, er habe in der Zeit von März 1991 bis März 1994 von der Bank A._ unter Mitwirkung von Y._ (Direktor der Bank A._) und Z._ (Inhaber des als bankrechtliche Revisionsstelle der Bank A._ fungierenden Treuhandbüros) Kredite von mehreren Millionen Franken auf betrügerische Art und Weise für sich und seine Firmengruppe erlangt, indem er die Mitglieder des für die Kreditvergaben zuständigen Verwaltungsrats der Bank A._ arglistig unter anderem über das Bestehen eines Klumpenrisikos und über den Wert von Sicherheiten getäuscht habe, wodurch die Kreditforderungen der Bank A._ zumindest vorübergehend erheblich gefährdet und in ihrem Wert herabgesetzt gewesen seien, was letztlich zum Untergang der Bank A._ beigetragen habe. Die auf den 11. bis 13. Mai 2005 angesetzte Hauptverhandlung vor dem Bezirksgericht Zürich konnte jedoch nicht mehr vollumfänglich durchgeführt werden, da B.X._ am 12. Mai 2005 an den Folgen eines am 11. Mai 2005 begangenen Suizidversuchs verstarb. A.b Das Bezirksgericht Zürich trat mit Beschluss vom 7. Juli 2005 auf die Anklage gegen +B.X._ wegen Eintritts eines Prozesshindernisses (Tod) nicht ein. Die Untersuchungs- und Verfahrenskosten wurden zu vier Fünfteln dem Nachlass des Angeklagten auferlegt und zu einem Fünftel von der Gerichtskasse übernommen. Dem Nachlass des Angeklagten wurde eine - der Kostenauflage entsprechend - auf einen Fünftel reduzierte Prozessentschädigung in der Höhe von Fr. 50'000.-- zugesprochen. Mit Eingaben vom 8. und 26. September 2005 erhob einer der beiden Verteidiger "namens und auftrags der Ehefrau des Verstorbenen" gegen den Beschluss des Bezirksgerichts Zürich im Kosten- und Entschädigungspunkt Rekurs beim Obergericht des Kantons Zürich. Er beantragte, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben, die Kosten der Untersuchung und des gerichtlichen Verfahrens seien vollumfänglich auf die Gerichtskasse zu nehmen und den beiden Verteidigern seien Prozessentschädigungen von Fr. 497'695.-- respektive Fr. 157'528.55 zuzusprechen. Eventualiter sei das Rekursverfahren zu sistieren, bis in den parallelen Strafverfahren gegen Z._ und Y._ rechtskräftig entschieden worden sei. A.c Die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich wies den Rekurs mit Beschluss vom 7. Mai 2008 ab. Dagegen erhob die Witwe von +B.X._, A.X._, Beschwerde in Strafsachen. A.d Das Bundesgericht hiess mit Urteil vom 8. Oktober 2008 die Beschwerde gut, hob den angefochtenen Beschluss auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_476/2008). B. Die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich hiess im neuen Verfahren mit Beschluss vom 9. Juni 2009 den von A.X._ gegen den Beschluss des Bezirksgerichts erhobenen Rekurs teilweise, nämlich im Kostenpunkt, gut, indem die Kosten der Untersuchung und des gerichtlichen Verfahrens in Sachen +B.X._ auf die Gerichtskasse genommen wurden. Im Übrigen, mithin unter anderem in Bezug auf die Entschädigungsfolgen, wurde der Rekurs abgewiesen. C. A.X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 9. Juni 2009 sei aufzuheben, der Kanton Zürich sei zu verpflichten, ihr aus der Staatskasse eine Prozessentschädigung für die Kosten der Verteidigung von +B.X._ in der Höhe von Fr. 655'223.55 (entsprechend den Honorarnoten der beiden Anwälte über Fr. 497'695.-- und Fr. 157'528.55) zu zahlen, und die Vorinstanz sei zu verpflichten, ihr für die Rekursverfahren eine Entschädigung von insgesamt Fr. 32'000.-- auszurichten. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. 