Sachverhalt: A. Die X._ AG war für die obligatorische berufliche Vorsorge mit Anschlussvertrag Nr. y_ seit dem 1. Januar 1999 an die Servisa Sammelstiftung für Personalvorsorge (heute: Swisscanto Sammelstiftung der Kantonalbanken; nachfolgend: Sammelstiftung) und für die überobligatorische Vorsorge mit Anschlussvertrag Nr. z_ seit 1. November 1999 an die Servisa Supra Sammelstiftung für berufliche Vorsorge (heute: Swisscanto Supra Sammelstiftung der Kantonalbanken; nachfolgend: Supra Sammelstiftung) gebunden. Mit Schreiben vom 10. Juli 2003 machte die Sammelstiftung eine Korrektur von Doppelbuchungen im Betrag von insgesamt Fr. 130'190.50 geltend, die sie 1999 bei der Übernahme von der vorangehenden Vorsorgeeinrichtung vorgenommen habe. Nachdem auf Anfang 2004 Prämienerhöhungen angekündigt und ein ausserordentliches Kündigungsrecht auf Ende 2003 eingeräumt worden waren, kündigte die X._ AG am 30. Oktober 2003 die beiden Verträge Nr. y_ und z_ auf 31. Dezember 2003 und schloss sich ab 1. Januar 2004 an die PV-Promea an. In der Folge errechneten die Sammelstiftungen per 31. Dezember 2003 für den Vertrag Nr. y_ einen Deckungsgrad von 98,5 % und einen Verlustanteil von Fr. 188'914.60 sowie für den Vertrag Nr. z_ einen Deckungsgrad von 96 % und einen Verlustanteil von Fr. 7'018.60. Bei der Berechnung des Auflösungswertes der Anschlussverträge brachten die Sammelstiftungen die Beträge von Fr. 130'190.50, 188'914.60 und 7'018.60 in Abzug. B. Die X._ AG erhob am 16. Juni 2005 beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern Klage gegen die Sammelstiftung und die Supra Sammelstiftung mit dem Begehren, die jeweilige Beklagte sei zu verpflichten, der PV-Promea folgende zusätzliche Beträge zu überweisen: - Fr. 188'914.60 aus Vertrag Nr. y_, - Fr. 7'018.60 aus Vertrag Nr. z_, - Fr. 130'190.50 aus Korrektur Depotkonten, jeweils zuzüglich Verzugszins zu 5 % ab 1. August 2004. Das Verwaltungsgericht führte einen doppelten Schriftenwechsel durch, lud die PV-Promea zum Verfahren bei, holte eine Beweisauskunft der Beratungsfirma A._ ein und gab den Parteien Gelegenheit zur Stellungnahme. Mit Urteil vom 29. Oktober 2008 wies es die Klage ab. C. Die X._ AG lässt Beschwerde in öffentlichrechtlichen Angelegenheiten erheben und das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren erneuern. Die Sammelstiftung, die Supra Sammelstiftung und das kantonale Gericht beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die PV-Promea und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Stellungnahme. 