Faits: A. X._ fut dès 1989 l'actionnaire unique, puis, dès 1992, l'actionnaire principal de la société Z._ SA. En juin 1998, celle-ci devint la Société immobilière Z._ SA. Dans ses livres, elle tenait un compte qui était débité ou bonifié des sommes respectivement à verser ou à percevoir par son actionnaire. Dès 1994, à la clôture de chaque exercice annuel, ce compte présenta toujours un solde débiteur variant de 450'000 fr. à 650'000 fr. environ. La faillite de Z._ SA est survenue le 12 août 1999; le compte de X._ présentait alors un solde débiteur au montant de 597'610 fr.40. B. Le 12 avril 2001, la masse en faillite Z._ SA a ouvert action contre X._ devant le Tribunal cantonal du canton de Vaud; le défendeur devait être condamné à payer ce dernier montant, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 1er janvier 1997. Le défendeur a conclu au rejet de l'action. Un expert fut désigné par le juge instructeur pour élucider la nature de la prétention comptabilisée par la société. Son rapport, remis le 30 septembre 2003, comporte un préambule cité comme suit dans le jugement de la Cour civile du Tribunal cantonal: 