Faits: A. X._ est avocat à Genève, associé au sein de l'étude A._, B._, C._ X._ et Associés (ci-après: l'étude ABCX). Le 13 décembre 2001, il a reçu de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) un bordereau rectificatif d'impôts cantonal et communal pour la période fiscale 2000. Sa réclamation à l'encontre de ce bordereau ayant été rejetée, puis son recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (ci-après: la Commission cantonale de recours) n'ayant été que partiellement admis, X._, représenté par un avocat de l'étude ABCX, a interjeté recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) par acte daté du 14 juin 2006. Le 31 août 2006, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable pour tardiveté. Le délai arrivait à échéance le 14 juin 2006. Or le timbre humide de la Poste figurant sur l'enveloppe portait la date du 16 juin 2006. Par arrêt du 18 avril 2007, le Tribunal fédéral a admis le recours de X._ et annulé l'arrêt du 31 août 2006 du Tribunal administratif. Il a jugé que le droit d'être entendu de ce dernier avait été violé, le recourant n'ayant pas eu l'opportunité de se prononcer sur une erreur d'acheminement du courrier en cause. En effet, la Poste avait fait parvenir par erreur l'enveloppe du recourant dans la case postale de la librairie Y._ sise à Z._. Après avoir procédé à une instruction complémentaire de la cause, le Tribunal administratif a, par arrêt du 23 septembre 2008, déclaré le recours irrecevable car tardif. Il a entendu l'employée de la librairie Y._ qui relevait la case postale tous les matins. Cette personne avait ramené le soir même la lettre au guichet de la Poste, laquelle avait finalement été distribuée au Tribunal administratif. Ledit Tribunal a également entendu deux collaboratrices de l'étude ABCX. Un de ces témoins a notamment fait mention du rôle de l'étude sur lequel tout courrier quittant l'étude était inscrit. Or, le recours en cause figurait sur la liste des courriers expédiés le 14 juin 2006. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 23 septembre 2008, de déclarer recevable le recours interjeté le 14 juin 2006 à l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours et de renvoyer la cause au Tribunal administratif afin qu'il statue sur le fond, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il statue à nouveau dans le sens des considérants. Il invoque une constatation et appréciation arbitraire des faits et des preuves. Il soutient, en outre, que le Tribunal administratif a violé son droit d'être entendu, le principe de la bonne foi et a fait preuve de formalisme excessif. Il n'a pas été procédé à un échange d'écritures. 