Sachverhalt: A. Am 14. September 2008 stürzte X._ auf einer Autobahnraststätte beim Zurücksetzen seines Motorrades und klemmte sich den Fuss ein. Auf die herbeigerufene Polizei machte X._ einen müden und schläfrigen Eindruck. Die angeordnete Blut- und Urinanalyse durch das Institut für Rechtsmedizin der Universität Bern ergab Rückstände von Zolpidem, Wirkstoff des Schlafmittels Stilnox, im mittleren pharmakologischen Wirkungsbereich. Das Institut für Rechtsmedizin schloss daraus, es bestehe die Möglichkeit des Medikamentenmissbrauchs und empfahl die Überprüfung der Fahreignung. Die Motorfahrzeugkontrolle des Kantons Solothurn, Abteilung Administrativmassnahmen, verfügte am 24. Dezember 2008 den vorsorglichen Führerausweisentzug für alle Kategorien, Unterkategorien und Spezialkategorien und gewährte X._ das rechtliche Gehör bezüglich der vorgesehenen verkehrsmedizinischen Überprüfung. Das Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich führte in der Folge die angeordnete verkehrsmedizinische Begutachtung durch und hielt mit Bericht vom 10. März 2009 fest, die Fahreignung könne nur bejaht werden, wenn eine noch durchzuführende verkehrspsychologische Untersuchung positiv verlaufe und X._ sich weiterhin einer ambulanten psychiatrischen Betreuung unterziehe sowie während sechs Monaten zwei Mal wöchentlich Urinproben abgebe zur Überprüfung seines Schlafmittelkonsums. Die Motorfahrzeugkontrolle verfügte am 16. April 2009 den Sicherungsentzug auf unbestimmte Zeit. Sie teilte X._ mit, er werde mit einem Gesuch um Wiedererteilung des Führerausweises (frühestens ab September 2009) nur Aussicht auf Erfolg haben, wenn er die regelmässige ambulante psychiatrische Behandlung beibehalte und den Nachweis einer mindestens sechsmonatigen Schlafmittel-Abstinenz erbringe. Zum gegebenen Zeitpunkt müsse dann eine verkehrspsychologische Eignungsuntersuchung durchgeführt und die Schlafmittel-Abstinenz mittels Haaranalyse überprüft werden. Diese Verfügung erwuchs in Rechtskraft. B. Nach Ablauf der einjährigen Sperrfrist ersuchte X._ mit Schreiben vom 17. November 2009 um Wiedererteilung des Führerausweises. Die Motorfahrzeugkontrolle verfügte am 18. November 2009 die Erstellung einer verkehrspsychologischen Eignungsuntersuchung inklusive Haaranalyse beim Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich. Das Institut für Rechtsmedizin gab bei der Intersection Forschung & Diagnostik eine verkehrspsychologische Abklärung der kognitiven Fahreignung von X._ in Auftrag. Die Untersuchung wurde am 25. Januar 2010 durchgeführt und das erstellte Gutachten datiert vom 5. März 2010. Mit Bericht vom 10. März 2010 hielt das Institut für Rechtsmedizin unter Bezugnahme auf die Untersuchungsergebnisse der Intersection Forschung & Diagnostik fest, unter Berücksichtigung der Gesamtsituation könne aus verkehrsmedizinischer und verkehrspsychologischer Sicht die Fahreignung aktuell nicht bejaht werden. Mit Verfügung vom 23. April 2010 wies die Motorfahrzeugkontrolle das Gesuch um Wiedererteilung des Führerausweises ab, ordnete gleichzeitig aber in Gutheissung eines Antrags von X._ die Einholung eines Obergutachtens beim Institut für forensische Psychiatrie und Psychotherapie (IFPP) in Langenthal an. Mit Gutachten vom 17. September 2010 verneinte das IFPP die Fahreignung von X._. Es kam zum Schluss, die Hauptproblematik liege in der psychischen Grunderkrankung begründet. Ein weiterer Faktor, der die Fahreignung negativ beeinflusse, sei der bisherige Krankheitsverlauf mit fehlender Krankheitseinsicht. lm Weiteren lägen keine aktuellen Laborbefunde vor, die eine anhaltende Abstinenz von psychotropen Substanzen belegen würden. Es empfahl, vor einer allfälligen Wiederbeurteilung müsse eine vollumfängliche Remission (Rückgang der Krankheitserscheinungen) während mindestens einem Jahr bestehen. Eine Fortsetzung der psychiatrischen und psychopharmakologischen Behandlung sei zwingend notwendig. Zusätzlich sollte eine Abstinenz von Schlafmitteln und von Alkohol mittels Haaranalyse belegt werden. C. Das Departement des Innern des Kantons Solothurn folgte den Empfehlungen des IFPP und verfügte am 29. November 2010 die Abweisung des Gesuchs von X._ um Wiedererteilung des Führerausweises. Das Departement des Innern führte aus, es mangle in medizinischer und verkehrspsychologischer (kognitiver) Hinsicht an der Fahreignung. Diese könne neu überprüft werden, wenn eine vollumfängliche Remission der Erkrankung während mindestens einem Jahr vorliege, die psychiatrische und psychopharmakologische Behandlung fortgesetzt werde, eine Abstinenz von Schlafmitteln und Alkohol mittels im Abstand von sechs Monaten durchgeführten Haaranalysen nachgewiesen sei und eine verkehrsmedizinische und verkehrspsychologische Untersuchung die Fahreignung bejahe. D. Gegen die Verfügung des Departements des Innern erhob X._ am 9. Dezember 2010 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn und beantragte die sofortige Wiedererteilung des Führerausweises. Mit Urteil vom 11. April 2011 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. E. Mit Eingabe vom 19. Mai 2011 führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht mit dem Antrag, ihm den Führerausweis per sofort wieder zu erteilen. Eventualiter sei ihm der Führerausweis unter den Auflagen des regelmässigen Nachweises der Schlafmittel-Abstinenz und der fachärztlichen Bestätigung der Fahrtauglichkeit per sofort zurückzuerstatten. Das Departement des Innern stellt Antrag auf Beschwerdeabweisung. Den gleichen Antrag stellt das Bundesamt für Strassen ASTRA. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Stellungnahmen wurden dem Beschwerdeführer zur Kenntnisnahme zugestellt. 