Sachverhalt: A. B._, geboren 1951, meldete sich am 25. Januar 2008 unter Hinweis auf einen am 24. Februar 2003 erlittenen Unfall bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Schwyz holte die Akten des Unfallversicherers sowie Berichte des Spitals Y._ ein, wo B._ behandelt wurde. Am 29. September 2008 teilte die IV-Stelle der Versicherten mit, dass eine Abklärung notwendig sei, welche in der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) erfolgen werde. Die am Gutachten beteiligten Fachärzte seien zurzeit noch nicht bekannt, würden jedoch direkt von der Abklärungsstelle mitgeteilt. Triftige Einwendungen gegen die begutachtenden Personen könnten danach geltend gemacht werden. Mit Schreiben vom 7. Oktober 2008 lehnte der Rechtsvertreter von B._ die Gutachterstelle MEDAS ab wegen Zugehörigkeit des Chefarztes Dr. med. X._ zur sogenannten Vineyard-Bewegung; diesbezüglich berief er sich auf einen Zeitungsartikel des "Langenthaler-Tagblattes vom 02.03.2003". Mit Zwischenverfügung vom 20. November 2008 hielt die IV-Stelle an der Abklärungsstelle fest und nahm zum Vorwurf der Befangenheit wie folgt Stellung: Bei den bisher durchgeführten gutachterlichen Beurteilungen des Dr. med. X._ und den entsprechenden Gutachten der MEDAS fänden sich keine Hinweise für einen Einfluss durch dessen Glaubensüberzeugung. Die Unterstellung, dass Dr. med. X._ auf die Beurteilung der übrigen Teilgutachten Einfluss nehme, sei nicht belegt. Die Gutachten der MEDAS erfüllten die internationalen Standards und seien jeweils fundiert, nachvollziehbar und schlüssig. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 19. Mai 2009 ab. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei das Ausstands- beziehungsweise Ablehnungsbegehren gegen Dr. med. X._ und die MEDAS sowie das Ablehnungsbegehren wegen mangelnder fachlicher Voraussetzungen gutzuheissen. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Der als Mitinteressierter beigeladene Chefarzt der MEDAS Dr. med. X._ sowie das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliessen auf Abweisung der Beschwerde; die IV-Stelle verzichtet auf eine Vernehmlassung. 