Sachverhalt: A. X._ betrieb 2001/2002 das Erotiketablissement A._. Im Januar 2002 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der Betreiberin eine Kontrolle durch. Gestützt auf deren Ergebnis wurde sie für den Betrieb des Etablissements rückwirkend für die Zeit ab 1. Juli 2000 ins Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Zudem erhob die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Ergänzungsabrechnungen vom 31. Januar 2002 Steuernachforderungen von Fr. 40'807.--, zuzüglich Verzugszins (3. und 4. Quartal 2000), und Fr. 57'367.--, zuzüglich Verzugszins (1.-3. Quartal 2001). Die Nachforderungen umfassten einerseits die bislang nicht entrichtete Mehrwertsteuer auf den verbuchten Umsätzen im Betrag von Fr. 18'363.50 (2000) bzw. Fr. 25'815.3 (2001) und andererseits einen ermessensweise ermittelten Steuerbetrag von Fr. 22'444.25 (2000) bzw. Fr. 31'552.--. Letzterer wurde damit begründet, dass der formelle Zustand der Geschäftsbücher mangelhaft sei und X._ Erlöse, welche in indirekter Stellvertretung erzielt worden seien, nur teilweise verbucht habe. Die Ergänzungsabrechnungen wurden wegen eines Berechnungsfehlers mit Gutschriftsanzeigen vom 11. April 2002 im Betrag von Fr. 862.-- bzw. Fr. 1'980.-- korrigiert. Am 10. Oktober 2002 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung die korrigierten Nachforderungen im Betrag von Fr. 39'945.-- bzw. Fr. 55'387.--. Betreffend die schätzungsweise festgelegten Erlöse hielt sie indessen dafür, die im Etablissement tätigen Frauen seien als unselbständig und nicht als selbständig erwerbend zu qualifizieren. Diese "formelle Ergänzung" habe auf den Steuerbetrag jedoch keinen Einfluss. Die von X._ dagegen gerichteten Einsprachen wurden am 4. Januar 2006 vereinigt und abgewiesen. Ihre gegen diesen Einspracheentscheid bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission erhobene Beschwerde wurde am 7. Februar 2007 vom Bundesverwaltungsgericht übernommen. Dieses wies die Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die inzwischen geschiedene X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 30. April 2008 aufzuheben und festzustellen, dass sie für das von den Prostituierten vereinnahmte Entgelt nicht mehrwertsteuerpflichtig sei. Eventuell sei die Steuer auf Fr. 32'057.-- festzusetzen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Beschwerde abzuweisen. C. Mit Verfügung vom 10. Juli 2008 erkannte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. 