Sachverhalt: A. A.a Der 1961 geborene B._ war seit 13. März 1991 bis 31. März 2001 als Gipser/Handlanger bei der Firma Y._ angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 19. Dezember 1998 erlitt er bei einem Autounfall eine Commotio cerebri, Zahnschäden, Schnittwunden sowie Kontusionen des Thorax beidseits und der linken Hand. Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Am 8. Dezember 2000 und 31. März 2001 erlitt der Versicherte mit seinem Auto Auffahrkollisionen. Seit 3. April 2001 war er zu 100 % als Gipser bei der Firma X._ angestellt und bei der SUVA obligatorisch unfallversichert. Am 1. November 2001 stürzte er von einer Leiter, wobei er sich Kontusionen der Lendenwirbelsäule (LWS) und des rechten Knies mit Bursitis präpatellaris rechts zuzog. Am 10. und 15. Dezember 2001 wurde er im Kreisspital F._ am rechten Knie operiert. Die SUVA kam für die Heilbehandlung und das Taggeld auf. Mit Verfügung vom 10. September 2004 sprach sie dem Versicherten für die Folgen des Unfalls vom 19. Dezember 1998 ab 1. August 2004 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 53 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 45 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 21. Februar 2005 ab, was das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2007 bestätigte. Das Bundesgericht hob diese Entscheide auf und wies die Sache an die SUVA zurück, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung neu verfüge (Urteil 8C_457/2007 vom 9. September 2008). A.b In der Folge zog die SUVA diverse Arztberichte und das für die IV-Stelle des Kantons Zürich erstellte interdisziplinäre Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle, Medizinisches Zentrum V._, vom 13. Juni 2009 bei. Zudem holte sie Beurteilungen des Dr. med. von P._, Facharzt FMH für Neurologie, SUVA Versicherungsmedizin, vom 20. Januar und 17. Februar 2011 ein. Mit Verfügung vom 2. März 2011 stellte sie die Leistungen per 1. August 2004 ein. Die aktuell laufende Invalidenrente müsse per 31. März 2011 eingestellt werden. Die vom 1. April 2006 bis 31. März 2011 zu Unrecht bezahlten Rentenleistungen von Fr. 143 ́809.50 müssten zurückgefordert werden. Auf die Rückforderung der nicht geschuldeten Integritätsentschädigung und der Invalidenrente vom 1. August 2004 bis 31. März 2006 sei aufgrund der Verjährungsfrist zu verzichten. Hiegegen erhoben der Versicherte und sein Krankenversicherer Einsprache; Letzterer zog sie in der Folge zurück. Die Einsprache des Versicherten wies die SUVA mit Entscheid vom 22. Juli 2011 ab. B. Die hiegegen geführte Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 28. September 2012 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 21. Februar 2005 unverändert zu übernehmen; die unentgeltliche Rechtspflege sei ihm zu gewähren. Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet. 