Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 7. Oktober 2010 erteilte die Baukommission Rüschlikon der Erbengemeinschaft X._, nämlich G._, A._ und B._, sowie C._ die baurechtliche Bewilligung für die Erstellung eines Einfamilienhauses mit Garagengebäude auf dem Grundstück Kat.-Nr. 2'615 an der Seestrasse in Rüschlikon; das Grundstück steht je zu 50 % im Miteigentum der Erbengemeinschaft X._ und von C._. Zusammen mit dem baurechtlichen Entscheid wurde die im koordinierten Verfahren ergangene konzessionsrechtliche Verweigerung der Baudirektion (Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft [AWEL]) des Kantons Zürich vom 1. November 2010 eröffnet. Gegen diese konzessionsrechtliche Verweigerung der Baudirektion reichten die Erbengemeinschaft X._ und C._ Rekurs beim Baurekursgericht des Kantons Zürich ein. Mit Entscheid vom 21. Juni 2011 wies dieses den Rekurs ab. Die gegen diesen Entscheid von der Erbengemeinschaft X._ und C._ erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 23. November 2011 ab. B. Mit Eingabe vom 20. Januar 2012 führen die Erbengemeinschaft X._ - noch bestehend aus A._ und B._ - sowie C._ und dessen drei Söhne D._, E._ und F._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid der Vorinstanz sei aufzuheben und die Baudirektion einzuladen, ihnen die nachgesuchte Bewilligung für die Erstellung eines Einfamilienhauses auf dem Grundstück Kat.-Nr. 2'615 zu erteilen. Eventualiter sei die Bewilligung mit der Auflage zu verknüpfen, dass das Attikageschoss vollständig ausserhalb des Landanlagegebiets erstellt werde. Subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Auf Antrag der Beschwerdeführer ist das bundesgerichtliche Verfahren mit Präsidialverfügung vom 15. Februar 2012 bis zum 1. August 2012 sistiert und alsdann mit Präsidialverfügung vom 31. Juli 2012 wieder aufgenommen worden. Das Verwaltungsgericht, die Baudirektion und die Baukommission Rüschlikon haben auf Vernehmlassungen zur Beschwerde verzichtet. 