Sachverhalt: A. Der 1962 geborene M._ war zuletzt als Produktionsmitarbeiter der G._ AG erwerbstätig gewesen, als er sich am 2. April 2007 unter Hinweis auf einen am 27. Juli 2006 erlittenen Unfall bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau zum Leistungsbezug anmeldete. Nach beruflichen und medizinischen Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 29. November 2011 einen Umschulungsanspruch des Versicherten. Mit Verfügung vom 20. Januar 2012 sprach sie ihm für die Zeit vom 1. Dezember 2006 bis 30. November 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Rente und vom 1. Dezember 2007 bis zum 31. Mai 2010 bei einem Invaliditätsgrad von 62 % eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zu. Gleichzeitig verneinte sie bei einem Invaliditätsgrad von 38 % einen Rentenanspruch des Versicherten für die Zeit ab 1. Juni 2010. B. Die von M._ gegen diese Verfügungen erhobenen Beschwerden wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 12. Dezember 2012 ab. C. Mit Beschwerde beantragt M._, ihm seien unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides und der Verfügung vom 29. November 2011 Massnahmen beruflicher Art zuzusprechen. Zudem sei ihm unter Anpassung der Verfügung vom 20. Januar 2012 auch für die Zeit über den 1. Dezember 2007 hinaus eine ganze Rente der Invalidenversicherung auszuzahlen. Während die IV-Stelle des Kantons Thurgau auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 