Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 18. Juni 1999 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem 1959 geborenen C._ bei einem Invaliditätsgrad von 100 % rückwirkend eine vom 1. Juli bis 30. November 1998 befristete ganze Rente zu. Gestützt auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 24. Juni 2002 erkannte die Verwaltung dem Versicherten mit Verfügungen vom 25. Juli 2003 ab dem 1. August 2000 eine halbe Rente zu. Sie stützte sich dabei insbesondere auf das psychologische Teilgutachten der Frau Dr. med. S._, Fachärztin FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 18. Juni 2002. Der dies bestätigende Einspracheentscheid vom 11. Januar 2005 wurde nicht an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich weitergezogen, sondern C._ beantragte am 11. Februar 2005 bei der IV-Stelle eine ganze Rente. Diese nahm die Eingabe als Wiederanmeldung entgegen und veranlasste eine neue psychiatrische Begutachtung durch Dr. med. B._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie (Gutachten vom 11. November 2005). Mit Verfügung vom 5. Dezember 2005 und Einspracheentscheid vom 6. September 2006 lehnte sie das Erhöhungsgesuch ab. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 25. März 2008 ab. C. C._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und erneuert die vorinstanzlich gestellten Begehren auf Aufhebung des Einspracheentscheides vom 6. September 2006 und Zusprechung einer ganzen Rente; eventualiter sei ein umfassendes medizinisches Gutachten in Auftrag zu geben; ferner beantragt er unentgeltliche Rechtspflege. 