Sachverhalt: A. Die X._ AG ist eine Vollgrossistin, die den im Gesundheitswesen tätigen Akteuren (insb. Apotheken, Drogisten, Ärzte, Spitäler und Heimen) Arzneimittel anbietet und liefert. Das Schweizerische Heilmittelinstitut (im Folgenden: Swissmedic) leitete im August 2004 aufgrund einer Strafanzeige ein Verfahren gegen sie ein wegen möglicher Widerhandlung gegen Art. 33 des Bundesgesetzes vom 15. Dezember 2000 über Arzneimittel und Medizinprodukte (Heilmittelgesetz, HMG; SR 812.21). Untersucht wurde insbesondere, ob die X._ AG gegen das Verbot des Versprechens oder Anbietens geldwerter Vorteile für die Verschreibung oder Abgabe von Arzneimitteln verstosse. Insoweit verlangte Swissmedic von der X._ AG verschiedene Auskünfte. Nach Durchführung von Schriftenwechseln erliess Swissmedic am 19. Dezember 2007 eine Verfügung mit folgendem Dispositiv: "1. Die X._ AG wird verpflichtet, innert dreier Monate ab Eintritt der Rechtskraft dieser Verfügung a) sämtliche von ihr verfassten oder herausgegebenen und/oder verbreiteten Informationsangebote über Kunden(spezifische) Konditionen (KUKO) für Arzneimittel (wie insbesondere Informationsbroschüren, Auftragsformular zur Erfassung von KUKO) oder ähnliche Angebote mit einem Hinweis auf die Pflicht zur Weitergabe der daraus hervorgehenden Vergünstigungen (wie insbesondere Reduktion oder Erlass des Basispreisaufschlags, Warenboni, Erlass der zeilenabhängigen Logistikkosten) zu versehen; b) diesen Hinweis auch in die Präparate- bzw. Kunden-spezifischen Informationen (insbesondere Bestellplattform www.e-X._.com, Lieferscheine, Rechnungen, personalisierte Verkaufsstatistiken) aufzunehmen, soweit darin Arzneimittel aufgeführt sind, bei denen die aus den KUKO (oder ähnlichen Angeboten) hervorgehenden Vergünstigungen in weitgehend selbem Umfang nicht auch für den Bezug einer deutlichen Mehrheit aller übrigen Arzneimittel angeboten werden, die in der Schweiz in derselben Wirkstoffgruppe zugelassen sind. 2. Die X._ AG wird verpflichtet, dem Institut innert dreier Monate ab Eintritt der Rechtskraft dieser Verfügung den Nachweis über die Erfüllung dieser Anordnung zu erbringen. 3. Widerhandlungen gegen Ziff. 1 oder 2 dieser Verfügung können gemäss Art. 87 Abs. 1 Bst. g HMG mit Busse bis zu CHF 50'000.-- bestraft werden." B. Darauf gelangte die X._ AG an das Bundesverwaltungsgericht mit dem Antrag, die erwähnte Verfügung vollumfänglich aufzuheben. Dieses hat die Beschwerde mit Urteil vom 17. Dezember 2010 teilweise gutgeheissen. Es hat Ziffer 1b des Dispositivs der Verfügung der Swissmedic "im Sinne der Erwägung 6.3.7.2" aufgehoben und dementsprechend die von Swissmedic geforderte Verwaltungsgebühr reduziert. Im Übrigen hat es die Beschwerde abgewiesen. In der Erwägung 6.3.7.2 seines Urteils hat es ausgeführt, die Umsetzung der in Ziffer 1b der Verfügung der Swissmedic angeordneten Massnahme sei - mit Blick auf die in dieser Ziffer vorgesehene Beschränkung der Massnahme auf bestimmte Fälle - ungeeignet und unverhältnismässig. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. Januar 2011 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. Dezember 2010 insoweit aufzuheben, als damit die Verfügung der Swissmedic vom 19. Dezember 2007 bestätigt und die dagegen erhobene Beschwerde abgewiesen wurde. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen. Swissmedic beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Eidgenössische Departement des Innern schliesst sich ohne weitere Ausführungen den Erwägungen des Bundesverwaltungsgerichts und der Vernehmlassung der Swissmedic an, ohne einen Antrag zu stellen. 