Sachverhalt: A. A.a A._ wurde 1972 in Kolumbien geboren und reiste 1981 zur Adoption in die Schweiz ein. Von Mai 1982 bis Juni 1989 besuchte er die Kleinklasse im Schulheim C._. Ab August 1989 absolvierte er in der Ausbildungsstätte D._ die Schreiner-Anlehre (nach der Einbürgerung 1990 im Rahmen einer Eingliederungsmassnahme der Invalidenversicherung). Im August 1992 trat A._ eine Stelle als Hilfsschreiner in der Möbelfabrik E._ AG an. Mit Verfügung vom 10. September 1992 sprach ihm die Ausgleichskasse des Kantons Bern ab 1. August 1992 bei einem Invaliditätsgrad von 42 % eine Viertelsrente zu; mit Verfügung vom 8. Februar 1993 hob sie diese auf Ende März 1993 auf, weil der Versicherte ab 1. Januar 1993 ein höheres Einkommen erzielte. Mit Schreiben vom 3. Februar 2000 wurde A._ die Stelle in der Möbelfabrik fristlos auf Ende Januar 2000 gekündigt. Im IV-Fragebogen für den Arbeitgeber (vom 10. Januar 2003) wurden als Gründe für die Entlassung "psychische Probleme" und "Arbeitsverweigerung" angegeben. A._ arbeitete danach als Officemitarbeiter bei der M._ AG (vom 1. bis 30. November 2001) und dann in befristeter Anstellung als Betriebsmitarbeiter in der Abwaschküche des Betriebes U._ (vom 11. März bis 31. Mai 2002 mit vollem Pensum und vom 29. Oktober 2002 bis 7. Februar 2003 drei Stunden täglich). A.b Am 13. Dezember 2002 stellte A._ Antrag auf Ausrichtung einer Invalidenrente. Die IV-Stelle Bern lehnte dies mit Verfügung vom 16. April 2003 ab, weil eine Invalidität nicht ausgewiesen sei. Mit Einspracheentscheid vom 17. November 2003 beschloss sie weitere Abklärungen. Sie beauftragte Dr. phil. S._, Neuropsychologie und Psychotherapie FSP, mit einer neuropsychologischen Untersuchung und Beurteilung (Gutachten und Ergänzung vom 15. März 2004 und 11. Mai 2004). A.c Mit Verfügung vom 19. Mai 2004 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren bei einem Invaliditätsgrad von 20 % erneut ab, beschloss jedoch mit Einspracheentscheid vom 10. August 2004 weitere Abklärungen über die berufliche Kompetenz und Eingliederungsmassnahmen. A.d Vom 4. Juli 2005 bis 3. Oktober 2005 fand in der Stiftung G._ eine berufliche Abklärung statt. Aufgrund einer Empfehlung der Stiftung G._ und auf entsprechenden Antrag der IV-Abteilung für berufliche Eingliederung schloss sich ein 3-monatiges Arbeitstraining mit externem Praktikum in der Kantine des Pflegezentrums I._ an (Berichte Stiftung G._ vom 14. September 2005 und 15. Dezember 2005). Am 6. Februar 2006 trat A._ in der Arbeits- und Wohngemeinschaft K._ eine 70 %-Stelle mit Wirkungsfeld "Reinigungsarbeiten in und ums Haus, Abwaschen und Mitarbeit beim Kochen" an. Die IV-Stelle ermittelte nun einen Invaliditätsgrad von 32 % und wies das Rentenbegehren mit Verfügung vom 7. April 2006 und Einspracheentscheid vom 25. April 2007 erneut ab. B. Die von A._ erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf Rückweisung der Sache zur Vornahme medizinischer Abklärungen und zum Neuentscheid über den Rentenanspruch wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 11. Juli 2008 ab. C. A._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und ersucht um Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab Dezember 2001; ferner beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege. Die Verwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde; Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung. 