Faits: A. A.a X._ SA (ci-après: X._), avec siège à ..., dont la raison sociale était A._ SA (ci-après: A._) jusqu'au 23 mai 2003, est une société anonyme faisant partie du groupe B._, issu de la fusion des groupes C._ et D._. Elle est active, notamment, dans le commerce de produits pétroliers et emploie, à ..., une cinquantaine de traders, répartis en groupes en fonction de la nature du produit pétrolier ou d'une zone géographique déterminée. A.b Par contrat du 6 février 1997, prenant effet le 1er avril 1997, X._ a engagé Y._ pour travailler à ... au sein du groupe "E._", composé de quatre traders. Le contrat a été conclu pour une durée indéterminée avec un préavis mutuel de résiliation de trente jours. Le salaire brut initial, payable douze fois l'an, a été fixé à 150'000 fr. Régulièrement augmenté, il a été porté à 263'000 fr. dès le 1er janvier 2006. A.c Au début de l'année 2001, A._ a adopté un "règlement concernant le plan de rémunération et d'épargne-retraite des traders". Cette démarche était motivée par les conditions particulièrement stressantes et exigeantes dans lesquelles s'exerçait l'activité de trader en produits pétroliers, conditions qui conduisaient à des démissions avant l'âge de 45 ans. Il s'agissait de permettre aux traders de se constituer plus rapidement une épargne de prévoyance. En substance, ce plan de rémunération prévoit le versement, par l'employeur, d'une "rémunération complémentaire en espèces (prime complémentaire au salaire)", d'une part, ainsi qu'une contribution à un plan d'épargne-retraite et d'assurance décès-invalidité, d'autre part. Le montant brut de la rémunération complémentaire et la date de son versement faisaient l'objet d'une décision prise chaque année par le président ou l'administrateur délégué de A._ en fonction des performances de chaque bénéficiaire. Le versement de la prime complémentaire devait être opéré "après déductions légales". A cette prime venait s'ajouter un versement, au titre de l'épargne-retraite, sous la forme du paiement, par l'employeur, des primes relatives à un contrat d'assurance conclu avec une société tierce. Le montant de la prime annuelle d'épargne-retraite devait correspondre à 12% au moins du salaire annuel brut du bénéficiaire concerné; il était communiqué chaque année à l'intéressé et versé à la compagnie d'assurance au plus tard le 31 mars de l'année suivante, une fois les déductions légales effectuées. En présentant le plan en question, le conseil d'administration de la société l'a qualifié de "complément de salaire arrêté en fonction [des] performances", versé pour partie au titre de rémunération périodique et pour partie au titre de complément de retraite. A.d Pour l'année 2000, Y._ a perçu, le 31 mars 2001, une "prime exceptionnelle" de 275'000 fr. brut, versée en partie à titre de "supplément de salaire" et en partie "à titre de contribution au Fonds de pension". S'y ajoutait une somme de 334'000 USD, versée par A._ à une compagnie d'assurance dans le cadre du plan d'épargne-retraite des traders. Pour les années 2001, 2002 et 2003, l'employé a touché, le 31 mars de l'année suivante, des primes exceptionnelles brutes de 849'000 fr., 712'480 fr. et 1'002'110 fr. Quant aux versements opérés par l'employeur durant la même période, au titre du complément d'épargne-retraite, ils se sont élevés, respectivement, à 255'000 USD, 262'000 USD et 19'600 USD. La société a expliqué que les montants attribués aux traders dépendaient de différents facteurs, à savoir ses propres résultats, ceux de l'équipe à laquelle appartenait le trader en question, la "valeur individuelle" de ce dernier et l'évolution de la rémunération des traders sur le marché. En 2004, X._ a décidé d'introduire, à partir du 1er janvier 2005, un élément de fidélisation dans le versement de la rémunération complémentaire. Selon elle, cette décision était la conséquence de la concurrence acharnée que se livraient, à ..., les différents opérateurs du marché pour engager les traders les plus expérimentés. Ainsi a-t-elle décidé que, dorénavant, le complément de rémunération serait versé en deux fois et que l'employé n'y aurait droit que si les rapports de travail existaient toujours à la date du versement. Cette décision n'a pas été concrétisée dans un document écrit et les personnes concernées n'ont pas été invitées à confirmer par écrit leur accord avec la modification décidée. Par courrier du 4 février 2005, X._ a informé Y._ qu'il recevrait une prime exceptionnelle de 1'171'200 fr. "en témoignage de satisfaction pour sa contribution dans l'obtention des résultats de l'année 2004". Ce montant serait versé en partie à titre de "supplément de salaire" et en partie à titre de "contribution au fonds de pension", le versement devant intervenir à hauteur de 600'000 fr. en février 2005 et de 571'200 fr. en septembre 2005, à condition que le contrat de travail n'ait pas été dénoncé au 31 août 2005. S'y ajoutait une somme de 18'460 EUR qui serait versée, sous la même condition, en septembre 2005 dans le cadre du plan d'épargne-retraite des traders. Y._ dit avoir reçu, à ce moment-là, l'assurance que les conditions mises au paiement ne le concernaient pas. Le 3 février 2006, X._ a adressé à Y._ une lettre de même contenu que la précédente au sujet de la prime afférente à l'exercice 2005. Fixée à 1'792'000 fr., celle-ci serait versée pour moitié en février 2006 et pour l'autre moitié en septembre 2006, à condition que le contrat de travail n'ait pas été dénoncé au 31 août 2006. Devait s'y ajouter la somme de 413'220 EUR qui serait versée en février 2007, dans le cadre du plan d'épargne-retraite des traders, pour autant que l'employé n'ait pas résilié son contrat de travail au préalable. Y._ allègue avoir reçu, à cette occasion, la même assurance que précédemment au sujet des conditions de paiement, plus précisément que ces conditions ne le concernaient que s'il quittait la société pour travailler pour une société concurrente. A.e Par courrier du 28 février 2006, Y._ a résilié les rapports de travail pour le 31 mai 2006, motif pris d'un désaccord persistant avec l'organisation mise en place. La société lui a fait savoir, le 31 mars 2006, qu'elle le libérait de son obligation de travailler à compter du 16 mars 2006 et qu'il toucherait son salaire jusqu'au 31 mai 2006. Le 19 juin 2006, X._ a informé Y._ qu'elle lui versait, à titre discrétionnaire, le montant de 1'993'125 fr. conformément au règlement du plan de rémunération des traders et qu'elle considérait, dès lors, les droits de l'employé en relation avec la prestation d'épargne-retraite comme définitivement éteints. A.f Y._ a, par la suite, été engagé par une autre société, également active dans le secteur des transactions pétrolières. B. B.a Le 18 avril 2007, Y._ a assigné X._ en paiement de 3'000'000 USD, intérêts en sus, à titre de solde de salaire pour les mois de décembre 2004 à novembre 2005 (1'900'000 USD brut), d'une part, sous déduction des 896'000 fr. déjà versés par l'employeur, et pour les mois de décembre 2005 à mai 2006 (1'100'000 USD brut), d'autre part. Invité à le faire, le demandeur a chiffré ses conclusions en francs suisses. Il a ainsi réclamé, pour la première période précitée, la somme de 1'546'738 fr. 85 brut et, pour la seconde période, 1'353'550 fr. brut, montant qu'il a ensuite porté à 1'402'770 fr. La défenderesse a conclu au rejet de la demande. Par jugement du 10 mars 2008, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève, après avoir déclaré irrecevables le dépôt de pièces complémentaires par la défenderesse et certains allégués figurant dans un mémoire du demandeur, a condamné la première à payer au second la somme brute de 2'564'546 fr. 70 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 et invité la partie en ayant la charge à opérer les déductions sociales, légales et usuelles. Il a rejeté la demande pour le surplus. B.b Statuant par arrêt du 3 octobre 2008, sur appel de la défenderesse, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a confirmé le jugement de première instance. A l'instar des juges précédents, les magistrats de la Cour d'appel ont admis que la rémunération complémentaire versée par la défenderesse à ses traders ne constituait pas une gratification aléatoire, au sens de l'art. 322d CO, mais un salaire variable. En décidant unilatéralement d'attribuer un caractère de fidélisation à la rémunération complémentaire versée au demandeur dès le 1er janvier 2005, la défenderesse avait péjoré les conditions salariales de cet employé, sans que ce dernier y eût consenti d'une manière ou d'une autre. Ce mode de faire n'étant pas admissible, elle était tenue de verser la rémunération complémentaire impayée, à savoir 1'546'738 fr. 85 pour 2005 et 1'017'807 fr. 85 pour l'année 2006 pro rata temporis, avec les intérêts y afférents et sous déduction des charges usuelles. C. La défenderesse a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au rejet intégral de la demande. L'intimé conclut à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, au rejet de celui-ci. La cour cantonale se réfère, quant à elle, aux motifs énoncés dans son arrêt. La requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été rejetée par ordonnance présidentielle du 9 décembre 2008. 