Faits: A. V._, domicilié à Y._, a un kératocône bilatéral. Il a été hospitalisé entre les 20 et 24 octobre 2008 dans le Service d'ophtalmologie de l'Hôpital X._ à cause d'un abcès cornéen de l'oeil gauche à germe indéterminé nécessitant une antibiothérapie intensive. Le Service vaudois de la santé publique (ci-après : le service) a refusé d'octroyer sa garantie de paiement au traitement entrepris auprès de l'Hôpital X._ dans la mesure où celui-ci était réalisable dans le canton de résidence du patient et ne présentait pas un caractère urgent (décision du 22 octobre 2008, confirmée sur opposition du docteur B._, Service d'ophtalmologie de l'Hôpital X._, le 4 décembre suivant). B. Le docteur B._ a adressé un recours contre la décision sur opposition au Tribunal des assurances du canton de Vaud (aujourd'hui, Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois), qui l'a déclaré irrecevable faute de qualité pour recourir et de procuration attestant de pouvoirs de représentation (jugement du 27 mars 2009) malgré l'octroi d'un délai échéant le 26 janvier 2009 pour présenter le document mentionné (ordonnance du 12 décembre 2008). C. V._, dûment représenté par le docteur B._, interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement, dont il requiert l'annulation, concluant au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle entre en matière et statue sur le fond du litige. Prenant position uniquement sur le fond du litige, le service a conclu à la confirmation de sa décision sur opposition, sous suite de frais et dépens. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 