Faits: Faits: A. A.a X._ a décidé en 2002 d'entreprendre des travaux de réfection du toit et des façades d'un immeuble dont il est propriétaire à à Neuchâtel, lequel est soumis à la protection des monuments et des sites. Pour ce faire, il s'est adjoint les services de l'architecte A._. Le 24 juillet 2002, l'entreprise générale Y._ SA a présenté une soumission pour les travaux de ferblanterie et de couverture de l'immeuble, qui prévoyait notamment la fourniture et la mise en place d'une sous-couverture de type Tyvec pour un prix de 10'742 fr. Le 3 septembre 2002, l'architecte a établi un document, intitulé « analyse prix - complément de choix des matériaux», concernant les trois étapes de réfection du toit comportant, entre autres postes, une moins-value pour la renonciation à la sous-couverture Tyvec de 10'472 fr. et une plus-value de 17'220 fr. pour un lambrissage complet. Compte tenu de différents rabais et d'un escompte, le montant total des trois étapes était fixé à 193'382 fr. 55, TVA comprise. Le 26 septembre 2002, X._, en qualité de maître d'ouvrage représenté par A._, et Y._ SA, en qualité d'entrepreneur, ont conclu un contrat d'entreprise par lequel le maître adjugeait à l'entrepreneur les travaux de ferblanterie, de démolition d'anciennes tuiles et de couverture, ainsi que divers travaux pour un montant total de 193'382 fr. 55. L'offre de l'entrepreneur du 24 juillet 2002, le document du 3 septembre 2002 ainsi que la Norme SIA 118 faisaient partie des éléments du contrat. L'art. 3 ch. 1 de l'accord indiquait en outre que l'adjudication des étapes 2 et 3 des travaux mentionnés dans la soumission serait confirmée par la direction des travaux à la fin de l'étape précédente. Les travaux prévus dans la première étape de la soumission ont été exécutés par Y._ SA conformément à ce qui avait été convenu par les parties. A.b Par courrier du 19 février 2003, A._ a informé Y._ SA de son intention de ne pas "renouveler le mandat pour la 2ème et 3ème étape des travaux". Il précisait que cette décision était prise "compte tenu des travaux effectués en étape 1" et se référait expressément à l'art. 3 ch. 1 du contrat d'entreprise. Le 27 mars 2003, Y._ SA a exposé que les travaux de la première étape avaient été réalisés dans les règles de l'art; elle attendait en conséquence la confirmation du maître pour l'exécution des étapes 2 et 3. En réponse à ce courrier, A._ a exposé qu'aucune confirmation de commande n'avait jamais été donnée; par ailleurs, il invoquait des pénétrations d'eau qui rendaient nécessaires des travaux de réparation. Par la suite, Y._ SA a effectué quelques travaux sur le toit de l'immeuble, mais les parties n'ont pas réussi à trouver un arrangement global. Le 7 octobre 2003, Y._ SA a fait notifier à X._ un commandement de payer les sommes de 52'000 fr. et de 4'000 fr. à titre d'inexécution du contrat d'entreprise (dommages-intérêts et solde de factures ouvertes; participation aux frais d'avocat). Cet acte de poursuite a été frappé d'opposition totale par le poursuivi. Le 7 octobre 2003, Y._ SA a fait notifier à X._ un commandement de payer les sommes de 52'000 fr. et de 4'000 fr. à titre d'inexécution du contrat d'entreprise (dommages-intérêts et solde de factures ouvertes; participation aux frais d'avocat). Cet acte de poursuite a été frappé d'opposition totale par le poursuivi. B. Le 19 juillet 2005, X._ a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel d'une demande dirigée contre Y._ SA. Les dernières conclusions prises par le demandeur à son encontre visent principalement à faire constater que la sous-couverture relative à l'étape 1 du contrat d'entreprise du 26 septembre 2002 est défectueuse, à dire que la réfection de l'ouvrage sera confiée à une entreprise neutre choisie d'un commun accord entre les parties et à dire que les frais nécessités pour la réfection de l'ouvrage seront mis à la charge de Y._ SA. Subsidiairement, le demandeur a conclu à la condamnation de la défenderesse à lui verser la somme de 40'000 fr. à titre de moins-value de l'ouvrage. Dans sa réponse, Y._ SA a conclu au rejet de la demande et pris des conclusions reconventionnelles tendant à la condamnation de X._ à lui verser la somme de 51'657 fr. 30 avec intérêts à 5% l'an dès le 19 février 2005 et au prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer précité. En cour d'instance, une expertise judiciaire a été confiée à l'architecte B._, qui a déposé un rapport le 4 septembre 2006 et un rapport complémentaire le 18 octobre 2006. Par jugement du 2 juillet 2007, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté la demande principale de X._ et fait droit à la demande reconventionnelle de Y._ SA à concurrence de 37'847 fr. 35 avec intérêts à 5% l'an dès le 16 septembre 2003. La cour cantonale a également prononcé, à concurrence de ce montant, la mainlevée définitive de l'opposition formée par le demandeur à la poursuite qui lui avait été notifiée. S'agissant de la demande principale, les juges cantonaux ont retenu que l'ouvrage avait été exécuté conformément à ce qui avait été convenu par les parties. En particulier, les parties s'étaient mises d'accord sur la suppression de la sous-couverture en Tyvec et il n'était pas établi que le demandeur, assisté d'un architecte, ait mis la priorité sur une étanchéité absolue de la sous-couverture. A ce propos, la cour cantonale s'est référée aux résultats de l'expertise judiciaire: il en ressortait que la sous-couverture posée par l'entrepreneur ne présentait pas de défaut d'exécution, même si elle n'était pas étanche à 100%. Du reste, l'expert, qui avait précisé que les risques d'infiltration d'eau étaient faibles, avait cité comme facteurs d'infiltrations d'eau l'accumulation sur le toit de neige soufflée ou de glace ainsi que la présence de tuiles cassées, non sans ajouter qu'aucun événement de ce genre n'avait été constaté depuis la fin des travaux. S'agissant de la demande reconventionnelle, la cour cantonale a posé que l'art. 3 ch. 1 du contrat d'entreprise reproduisait uniquement la faculté donnée au maître de se départir du contrat selon l'art. 377 CO. Il ne s'agissait donc pas d'une clause permettant de résilier le contrat sans verser d'indemnité à l'entrepreneur. Se fondant sur les appréciations de l'expert, la cour a ensuite fixé le dommage subi par l'entrepreneur à 37'847 fr. 35, TVA comprise. S'agissant de la demande reconventionnelle, la cour cantonale a posé que l'art. 3 ch. 1 du contrat d'entreprise reproduisait uniquement la faculté donnée au maître de se départir du contrat selon l'art. 377 CO. Il ne s'agissait donc pas d'une clause permettant de résilier le contrat sans verser d'indemnité à l'entrepreneur. Se fondant sur les appréciations de l'expert, la cour a ensuite fixé le dommage subi par l'entrepreneur à 37'847 fr. 35, TVA comprise. C. X._ interjette un recours en matière civile. Il conclut principalement à ce que le Tribunal fédéral condamne Y._ SA aux dernières conclusions qu'il a prises devant l'instance cantonale; il sollicite, subsidiairement, le renvoi de la cause devant l'autorité inférieure pour nouveau jugement. L'intimée propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable. 