Sachverhalt: A. Die W._ GmbH (Beschwerdeführerin) mit Sitz in Paderborn (Deutschland) hat am 9. Februar 2009 beim Kantonsgericht des Kantons Freiburg Klage gegen die dort domizilierte X._ SA (Beschwerdegegnerin) eingereicht mit dem Antrag auf Feststellung, dass sie Mitinhaberin an der internationalen Patentanmeldung WO 2005/018848 A1 und an allen aus dieser hervorgegangenen Patentanmeldungen sei. Mit Massnahmenentscheid vom 1. April 2009 verbot der Instruktionsrichter des II. Zivilappellationshofs der Beschwerdegegnerin, während der Dauer des Verfahrens den Streitgegenstand - die Anmeldung EP 1 646 458 sowie allfällige weitere aus WO 2005/018848 A1 abgeleitete Patentanmeldungen - an einen Dritten zu übertragen oder sonstwie ohne vorherige schriftliche Zustimmung der Beschwerdeführerin darüber zu verfügen. B. Am 29. Mai 2009 hat die Beschwerdegegnerin die Klageantwort eingereicht und gleichzeitig Widerklage erhoben, mit der sie beantragt, der Beschwerdeführerin gestützt auf das UWG (SR 241) zu verbieten, die den Patentanmeldungen WO 2005/018848 A1 und allen aus diesen hervorgegangenen Patentanmeldungen zugrunde liegenden Erfindungen und Verfahren (Warmformen mit anschliessender Thermodiffusionsbehandlung bzw. Thermodiffusionsverfahren) zu benützen oder das entsprechende Know-how zu verbreiten oder Dritten zur Verfügung zu stellen. Gleichzeitig beantragte die Beschwerdegegnerin provisorische und superprovisorische Massnahmen. Der Instruktionsrichter gelangte gestützt auf die Akten zum Schluss, es sei glaubhaft, dass das Zinkbeschichtungsverfahren mit Thermodiffusionsbehandlung von der Y._ SA entwickelt wurde und dieser das geistige Eigentum daran zustehe. Die Beschwerdeführerin habe namentlich im Rahmen des von der Z._ AG gestarteten Projekts "GuT Kostengünstiger Einsatz hochfester warmumgeformter Stähle" Kenntnis von der fraglichen Lehre erhalten. In zwei Vereinbarungen vom Juni/Juli 2003 und vom Oktober 2004 mit der Z._ AG und der Y._ SA habe sie sich zu Vertraulichkeit in Bezug auf diese Lehre verpflichtet. Trotzdem habe die Beschwerdeführerin am 13. Oktober 2003, d.h. wenige Tage nachdem eine ihrer Mitarbeiterinnen der Forschungs- und Entwicklungsabteilung die Y._ SA drei Mal um Mitteilung von Details zum Beschichtungsprozess ersucht habe, ein Patent beim Deutschen Patent- und Markenamt angemeldet, das sich unter anderem auf eine Korrosionsbeschichtung beziehe, die "aus einer in einem Festdiffusionsverfahren erzeugten Zink/Eisenlegierung besteht". Die Verletzung der Vertraulichkeitsvereinbarung vom Oktober 2004 sei durch einen Schiedsspruch festgestellt. Die Beschwerdegegnerin habe glaubhaft gemacht, dass die Beschwerdeführerin das ihr anvertraute Arbeitsergebnis der Y._ SA verwerte, womit auch die Anspruchsvoraussetzungen nach Art. 5 lit. a UWG glaubhaft gemacht seien. Gestützt auf diese Norm i.V.m. Art. 14 UWG und Art. 28 Abs. 1 ZGB fällte der Instruktionsrichter am 15. Juli 2009 den folgenden Massnahmenentscheid: "I. Das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen wird gutgeheissen. II. Für die Dauer des vorliegenden Verfahrens und bis zum rechtskräftigen Urteil wird der W._ GmbH als vorsorgliche Massnahme unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Busse wegen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen im Sinne von Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall verboten, die den Patentanmeldungen, also den streitgegenständlichen Patentanmeldungen WO 2005/018848 A1 und allen aus diesen hervorgegangenen Patentanmeldungen, zugrunde liegenden Erfindungen und Verfahren, also das Warmformen mit anschliessender Thermodiffusionsbehandlung und/oder das Thermodiffusionsverfahren, zu benützen oder das entsprechende Knowhow zu verbreiten oder Dritten zur Verfügung zu stellen. Insbesondere wird der W._ GmbH als vorsorgliche Massnahme unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Busse wegen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen im Sinn von Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall verboten: Bauteile für Motorfahrräder durch Warmformen herzustellen und sie danach einer Thermodiffusionsbehandlung mit Zinkbeschichtung zu unterziehen, unabhängig davon, ob dies im gleichen Herstellungsprozess oder nach dem Transport dieser Teile an eine andere Betriebsstätte oder nach einer Zwischenlagerung der warmgeformten Bauteile geschieht, oder die Thermodiffusionsbehandlung mit Zinkbeschichtung auf andere Bauteile für Motorfahrzeuge anzuwenden, wobei als Warmformen von Bauteilen für Motorfahrzeuge das Verfahren zur Herstellung eines Bauteils zu verstehen ist, wonach ein Metallstück erhitzt, bei 780° bis 1000° mittels einer Presse zur gewünschten Form gebracht und sofort abgekühlt wird, und Thermodiffusionsverfahren mit Zinkbeschichtung das Verfahren zu verstehen ist, wonach bereits fertig geformte Motorfahrzeugteile (insbesondere durch Warmformen, aber auch durch eine andere Art des Formens) einzeln oder mit anderen Motorfahrzeugteilen zusammen in einer geschlossenen Trommel erhitzt, bei einer Temperatur zwischen 280° bis 380° mit einem Zinkpulvergemisch besprüht und beschichtet und danach wieder abgekühlt werden. Der W._ GmbH wird ausdrücklich nicht verboten, das Warmformverfahren auf Motorfahrzeugbauteile oder andere Teile anzuwenden. III. Die Kosten werden vorbehalten." C. Am 27. Juni 2009 gelangte die Beschwerdeführerin an den II. Zivilappellationshof des Kantonsgerichts Freiburg mit dem Antrag, der Massnahmenentscheid sei aufzuheben und auf das Massnahmengesuch vom 29. Mai 2009 nicht einzutreten. Eventuell sei das Massnahmengesuch vollumfänglich abzuweisen. Subeventuell sei eine Sicherheit in der Höhe von 5 bis 10 Mio. Franken zu bezahlen. Anlässlich der Verhandlung vom 27. Oktober 2009 ergänzte die Beschwerdeführerin ihre Rechtsbegehren und beantragte, für den Fall der Gutheissung des Massnahmengesuchs vom 29. Mai 2009 dessen Wirkung auf das Gebiet der Schweiz einzuschränken. Mit Urteil vom 2. November 2009 wies der II. Zivilappellationshof des Kantonsgerichts Freiburg die Beschwerde ab, soweit er darauf eintrat (Dispositiv-Ziffer I), und hiess das Gesuch um Sicherheitsleistung teilweise gut (Dispositiv-Ziffer II). In seiner Begründung schloss sich der Zivilappellationshof den Ausführungen des Massnahmenrichters im Wesentlichen an. Die Frage, ob das Eventualbegehren auf Beschränkung der Massnahmen auf das Gebiet der Schweiz rechtzeitig gestellt wurde, liess er offen, da es in der Sache ohnehin abzuweisen sei. D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 7. Dezember 2009 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei die Dispositiv-Ziffer I des Entscheids des Kantonsgerichts aufzuheben und auf das Massnahmengesuch vom 29. Mai 2009 nicht einzutreten. Eventualiter sei das Massnahmengesuch vom 29. Mai 2009 abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Subeventualiter sei das Massnahmengesuch auf das Gebiet der Schweiz zu beschränken. Subsubeventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet hat. Mit Präsidialverfügung vom 4. Februar 2010 wurde das gleichzeitig mit der Beschwerde eingereichte Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen. 