Faits: A. Depuis 1961, un atelier de carrosserie et de réparation d'automobiles est exploité dans des locaux sis sur un bien-fonds de Genève, où se trouve également la gare des Eaux-Vives qui est la tête de ligne du chemin de fer Genève - Annemasse. Les locaux sont actuellement pris en location par X._, celui-ci ayant conclu, le 29 septembre 1994, un contrat de bail à loyer avec l'Etat de Genève qui est propriétaire du fonds et du chemin de fer. Le locataire acquitte un loyer annuel au montant de 12'720 fr., charges en sus. Le 24 février 2004, le bailleur a résilié ce contrat avec effet au 31 décembre suivant, en raison de l'avancement d'un projet de liaison ferroviaire Genève-Cornavin - Genève-Eaux-Vives - Annemasse (ci-après: la liaison CEVA) destiné à remplacer l'infrastructure actuelle. Le tracé et les aménagements prévus empiètent sur les surfaces louées et nécessitent la démolition des bâtiments. B. Le 25 mars 2004, devant la commission de conciliation compétente puis devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, le locataire a ouvert action contre le bailleur. Sa demande tendait principalement à l'annulation du congé, qu'il tenait pour abusif; subsidiairement, la demande tendait à la prolongation du bail. L'Etat défendeur a pris des conclusions selon lesquelles il acquiesçait à une prolongation unique, qui arriverait à échéance le jour où la décision d'approbation des plans de la liaison CEVA, à prendre par l'autorité administrative fédérale, acquerrait force exécutoire. Le tribunal s'est prononcé le 17 octobre 2007; il a reconnu la validité du congé et accordé au demandeur une unique prolongation du contrat, jusqu'à l'entrée en force exécutoire de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard jusqu'au 31 décembre 2010. Le demandeur ayant appelé de ce jugement, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers a statué le 16 juin 2008. Elle a réformé la décision en ce sens que le demandeur bénéficie d'une prolongation de son bail jusqu'au 31décembre 2010. C. Agissant par la voie du recours en matière civile, le défendeur requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Chambre d'appel en ce sens que le demandeur soit reconnu au bénéfice d'une unique prolongation de son bail, qui expirera six mois après l'entrée en force exécutoire de la décision d'approbation des plans de la liaison CEVA. Le demandeur conclut au rejet du recours. D. Le 6 mai 2008, l'Office fédéral des transports a pris une décision d'approbation des plans de la liaison CEVA; contre ce prononcé, des recours sont actuellement pendants devant le Tribunal administratif fédéral. 