Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdeführerin) war bei der C._ Ltd. in Baar erwerbstätig und bei der B._ Versicherung (vormals G._ Versicherung; Beschwerdegegnerin) für Krankentaggelder kollektivversichert. Am 16. Dezember 2004 wurde die Beschwerdeführerin am rechten Knie operiert (Tibiavalgisationsosteotomie) und war bis 27. Februar 2005 vollständig arbeitsunfähig. Die Beschwerdegegnerin entrichtete aus der Kollektivversicherung für den Zeitraum vom 14. Januar 2005 bis zum 27. Februar 2005 45 Taggelder à je Fr. 128.22 bzw. insgesamt Fr. 5'770.--. Die C._ Ltd. kündigte das Arbeitsverhältnis mit der Beschwerdeführerin per 31. Januar 2005, wobei die Kündigung infolge der eingetretenen Arbeitsunfähigkeit erst per 30. April 2005 wirksam wurde. Nach Beendigung des Arbeitsverhältnisses wechselte die Beschwerdeführerin in die Einzelversicherung und vereinbarte mit der Beschwerdegegnerin rückwirkend per 1. Mai 2005 eine Freizügigkeitspolice mit Vertragsablauf am 31. Dezember 2008. Die Allgemeinen Vertragsbedingungen der Krankentaggeldversicherung für das Personal, Freizügigkeitspolice, Ausgabe 05.2001 (AVB Freizügigkeitspolice), wurden als Vertragsgrundlage bezeichnet. In der Folge war die Beschwerdeführerin arbeitslos und bezog Leistungen der Arbeitslosenversicherung. Im August 2005 schloss sie mit der D._ AG einen Vertrag als temporäre Mitarbeiterin mit Arbeitseinsatz ab 16. August 2005 bei der E._ SA und wurde anschliessend auf unbestimmte Zeit weiter beschäftigt. Die D._ AG hatte mit der F._ Versicherung eine Kollektiv-Krankentaggeldversicherung abgeschlossen. Ab 6. Oktober 2005 war die Beschwerdeführerin wieder arbeitsunfähig, wofür eine Krankheitsentschädigung von Fr. 1'142.76 (bis 19. Dezember [recte: Oktober] 2005) bzw. von Fr. 857.07 (vom 20. bis 28. Oktober 2005) abgerechnet wurde. Im Dezember 2005 erklärte die Beschwerdeführerin gegenüber der Beschwerdegegnerin mittels einer schriftlichen Krankenmeldung, ab 5. Oktober 2005 wegen "Knie Operation/Arthrose" wieder in ärztlicher Behandlung und ab 6. Oktober 2005 vollständig arbeitsunfähig zu sein. Die Beschwerdegegnerin lehnte eine Leistungspflicht für Krankentaggelder ab mit der sinngemässen Begründung, die Beschwerdeführerin habe am 16. August 2005 bei der D._ AG eine Arbeitsstelle angetreten und diese Arbeitgeberin führe ebenfalls eine Kollektiv-Krankentaggeldversicherung, weshalb gestützt auf die Allgemeinen Vertragsbedingungen der Versicherungsschutz bei der Beschwerdegegnerin erloschen sei. B. Die Beschwerdeführerin erhob beim Bezirksgericht Schwyz Klage mit dem Antrag, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ab 6. Oktober 2005 bis 8. August 2006 Fr. 42'395.-- (277 Krankentaggelder à je Fr. 160.27 abzüglich der von der F._ Versicherung erbrachten Taggeldleistung von Fr. 1'999.80 für den Zeitraum vom 6. bis 28. Oktober 2005) zuzüglich Zins von 5 % seit 8. August 2006 zu bezahlen. Das Bezirksgericht Schwyz wies die von der Beschwerdegegnerin erhobene Einrede der Unzuständigkeit mit Beschluss vom 5. September 2007 ab. Die Beschwerdegegnerin erhob dagegen Rekurs beim Kantonsgericht Schwyz und beantragte die Überweisung an das Verwaltungsgericht. Mit Verfügung vom 3. Juli 2008 hob der Kantonsgerichtspräsident den angefochtenen Beschluss vom 5. September 2007 auf, überwies die Sache dem Verwaltungsgericht zur Beurteilung und schrieb den Rekurs als dadurch erledigt ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die Klage mit Urteil vom 20. November 2008 ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihr Fr. 42'395.-- zuzüglich Zins von 5 % seit 8. August 2006 zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz schliesst unter Hinweis auf ihre Urteilsbegründung auf Abweisung der Beschwerde. 