Faits: A. Le vendredi 5 septembre 2003, vers 15 heures 20, Y._ circulait au guidon de son scooter à la route de la Fonderie, à Fribourg, en direction de Marly. Devant lui, l'automobiliste X._ circulait au ralenti dans le but de stationner son véhicule à proximité de la Chocolaterie Villars. A un moment donné, une violente collision se produisit entre le flanc droit du scooter et l'avant gauche de la voiture. Suite à cet accident, Y._ fut très gravement blessé. B. Par jugement du 13 mars 2007, le Juge de police de l'arrondissement de la Sarine a acquitté X._ du chef de prévention de lésions corporelles graves par négligence et l'a condamné, en application des art. 34 al. 3 et 90 ch. 1 LCR, à une amende de 200 fr. C. Par arrêt du 29 janvier 2008 et statuant sur appel de la victime, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a condamné X._, pour lésions corporelles graves par négligence, à une peine pécuniaire de 10 jours-amende avec sursis pendant 2 ans, fixant le montant du jour-amende à 30 fr., ainsi qu'à une amende de 400 fr. Pour le surplus, elle a écarté le recours. Par arrêt du 15 juillet 2008, la Cour de céans a partiellement admis le recours de X._, annulé la décision précitée et renvoyé la cause à l'autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants. D. Par arrêt du 1er octobre 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a modifié le jugement de première instance en ce sens qu'elle a condamné X._, pour lésions corporelles graves par négligence et contravention à la LCR, à une peine pécuniaire de 10 jours-amende à 30 fr./j., avec sursis pendant deux ans et à une amende de 400 fr., la peine de substitution en cas de non-paiement fautif étant fixée à 4 jours de peine privative de liberté. E. X._ a formé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral pour violation du principe "in dubio pro reo" et de l'art. 125 CP. Il a conclu, principalement, à son acquittement de l'infraction de lésions corporelles graves par négligence et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué. La Cour d'appel pénal et le Ministère public fribourgeois n'ont pas déposé d'observations. Y._ a conclu au rejet du recours. 