Sachverhalt: A. Im Jahre 1988 bewilligte der Bundesrat das generelle Projekt "der zürcherischen N20/N4 mit Westumfahrung Birmensdorf und Üetlibergtunnel". Die befürchteten Verkehrszunahmen veranlassten den Kanton Aargau zur Planung von sogenannten Folgemassnahmen in der Region Mutschellen. Im November 2001 unterbreitete das Baudepartement des Kantons Aargau (Beschwerdegegner) dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) das nach Art. 27 des Bundesgesetzes vom 8. März 1960 über die Nationalstrassen (NSG; SR 725.11) ausgearbeitete Ausführungsprojekt zur Genehmigung. Betreffend Ausbau bzw. Umbau der Kantonsstrasse "NK 410", die als Zubringer zum Nationalstrassenanschluss der N20 bei Birmensdorf dienen sollte, sah das Projekt zur Umfahrung der Gemeinde Oberwil-Lieli im Bereich des im Eigentum von X._ (Beschwerdeführer) stehenden Grundstücks IR Oberwil-Lieli Nr. yyyy, einen (inzwischen erstellten und dem Verkehr übergebenen) Tunnel vor, der das Grundstück des Beschwerdeführers unterquert. Das UVEK forderte den Beschwerdegegner zur öffentlichen Auflage des Gesuchs auf. A.a Während das Gesuch vom 11. März bis 22. April 2002 im nationalstrassenrechtlichen Verfahren öffentlich auflag, reichte unter anderem auch der Beschwerdeführer Einsprache beim UVEK ein. Er forderte den Verzicht auf die vorgesehene Enteignung des vollen Eigentums an seinem Grundstück und verlangte stattdessen die Belastung seines Grundstücks mit einem beschränkten dinglichen Recht und damit die Einräumung einer "Tunnel-Dienstbarkeit". Im Februar 2004 erteilte das UVEK die Plangenehmigung, hiess die Einsprache des Beschwerdeführers "gegen die dauernde Enteignung" seines Grundeigentums gut und verfügte, "Für Bau und Betrieb des Werkes ist stattdessen die Einräumung der erforderlichen beschränkten dinglichen Rechte vorzusehen". Die Plangenehmigung erwuchs unangefochten in Rechtskraft. A.b Im August 2006 schlossen der Beschwerdeführer als Eigentümer des Grundstücks IR Oberwil-Lieli Nr. yyyy, und der Beschwerdegegner als Dienstbarkeitsberechtigter einen Dienstbarkeitsvertrag ab. Darin vereinbarten die Parteien, dass der jeweilige Eigentümer des Grundstücks des Beschwerdeführers dem Beschwerdegegner für die Erstellung, Beibehaltung und den Betrieb eines unterirdischen Tunnels inklusive Strasse ein Baurecht einräumt. Im Gegenzug verpflichtete sich der Beschwerdegegner einerseits für die Einräumung der Dienstbarkeit zur Leistung einer pauschalen Entschädigung von Fr. 241'310.-- sowie anderseits für die Anker und die vorübergehende Landbeanspruchung zu einer zusätzlichen Entschädigung von Fr. 440.-- pro Anker und Fr. 0.48 pro Quadratmeter und Jahr für die vorübergehende Landbeanspruchung ("Ankerentschädigung"). Die Parteien bestätigten, dass mit Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrags die Entschädigungsverhandlungen abgeschlossen seien. A.c Die Eidgenössische Schätzungskommission schrieb das zwischen den Parteien hängige Verfahren als durch ausseramtliche Verständigung erledigt ab. B. Im August 2008 erhob der Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Bremgarten Klage und verlangte rund Fr. 550'000.-- nebst Zins vom Beschwerdegegner, da dieser lediglich einen Teil der Ankerentschädigung bezahlt habe. Das Verfahren wurde gemäss Antrag des Beschwerdegegners auf die Frage der sachlichen Zuständigkeit beschränkt. Mit selbständig eröffnetem Vorentscheid trat das Bezirksgericht am 12. März 2009 auf die Klage ein. Die vom Beschwerdegegner dagegen erhobene Appellation hiess das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 17. Dezember 2009 gut und änderte das Urteil des Bezirksgerichts dahingehend ab, dass auf die Klage nicht eingetreten werde. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben. Eventualiter sei über die Tragung der vorinstanzlichen Verfahrens- und Parteikosten im Endentscheid zu befinden und dem Beschwerdeführer gestützt auf § 176 Abs. 1 ZPO/AG eine Frist von 30 Tagen anzusetzen, innert der er den aus seiner Sicht neu zuständigen Richter bezeichnen könne, dem die Akten - falls dieser sich als zuständig erkläre - ohne Unterbrechung der Rechtshängigkeit zu überweisen seien. Bezeichne der Beschwerdeführer keinen neuen Richter, sei in einem Zusatzentscheid über die Tragung der vorinstanzlichen Gerichts- und Parteikosten zu entscheiden. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. In ihrer Vernehmlassung beantragt die Vorinstanz unter Hinweis auf die Urteilsbegründung ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen. 