Faits: A. Par jugement du 12 août 2012, le Tribunal de police du canton de Genève a ordonné la confiscation et la vente de l'immeuble, district de la Glâne, Registre foncier de la commune de E._, art. fol. xxxx, chemin Z._, champ de 886 m2, l'affectation du prix de vente à l'hoirie de feu B.Y._ à hauteur de 50'000 fr., avec intérêt à 5 % dès le 21 septembre 2006, et donné acte à l'hoirie qu'elle cédait sa créance à l'Etat. B. Statuant sur l'appel de X._ contre le jugement précité, la Chambre pénale d'appel et de révision genevoise l'a rejeté par arrêt du 30 mai 2013. En bref, il en ressort que le 21 septembre 2006, X._ a acquis une parcelle sise sur la commune de E._ pour 88'600 francs. Il avait reçu 50'000 fr. de sa mère C._, laquelle les avait obtenus de B.Y._. Ce montant était censé couvrir la part de ce dernier à une opération immobilière. Selon un arrêt sur appel du 6 septembre 2011, C._ a été condamnée pour abus de confiance pour s'être appropriée sans droit les 50'000 fr. remis par B.Y._. Pour la Chambre pénale d'appel et de révision, rien ne permettait de douter des déclarations de B.Y._ selon lesquelles X._ savait que celui-ci prévoyait de participer à l'opération immobilière par le biais des 50'000 fr. remis. Il se justifiait ainsi de confisquer la parcelle acquise au moyen du produit de l'infraction (l'abus de confiance commis par C._). C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de dépens, à son annulation et à la levée de la confiscation. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire et l'effet suspensif. A.Y._ conclut au rejet du recours. La cour cantonale s'est référée à son arrêt et le ministère public ne s'est pas déterminé. 