Faits: A. A.a. S._, née en 1967, a obtenu en 1986 un diplôme d'enseignement du violoncelle du Conservatoire X._ avec mentions spéciales en pédagogie, analyse et harmonie, puis, en 1987, un diplôme de perfectionnement en violoncelle et une virtuosité de musique de chambre. Elle possède également un certificat d'études supérieures de solfège et une équivalence du brevet de musique. De 1987 à 2000, elle a enseigné dans divers conservatoires et écoles de musique. A.b. Le 1er août 1999, S._ a été engagée par l'Etat de Vaud en qualité d'enseignante de musique temporaire à l'établissement primaire et secondaire Y._. A partir du 1er août 2003, elle a été mise au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée dans la fonction de maître de musique en classes de traitement 20-24 avec un taux d'occupation de 100% (28 périodes). Dès le 1er août 2005, un avenant a été ajouté à son contrat. Sa fonction était nouvellement intitulée "maître-sse de disciplines spéciales". Elle a été colloquée en classes 20-25. Son salaire annuel brut s'élevait à 78'139 fr. 30 (84% de 93'023 fr.) pour un taux d'occupation de 22 périodes sur 25. A.c. Dans le cadre de la nouvelle politique salariale de l'Etat de Vaud entrée en vigueur le 1er décembre 2008, les employés ont été informés de la chaîne et du niveau de fonction qui leur seraient attribués dans le nouveau système (connu sous la désignation DECFO-SYSREM). Le contrat liant S._ a fait l'objet d'un nouvel avenant selon lequel, pour un emploi-type de "maître-sse de disciplines académiques" de la chaîne 142, elle était colloquée dans le niveau de fonction 11B. La lettre B signifiait que le taux de rétribution était réduit de deux classes de salaire en raison de l'absence de titre pédagogique. A titre d'exemple, en janvier 2009, elle a perçu un salaire annuel brut de 81'206 fr. 85 pour un taux d'activité inchangé de 84%. B. Par écriture du 5 mars 2009, S._ a ouvert action contre l'Etat de Vaud devant le Tribunal de Prud'hommes de l'administration cantonale (TriPAC). Elle demandait que ses diplômes soient reconnus comme étant équivalents aux titres nécessaires pour enseigner en qualité de "maître-sse de disciplines académiques" de la chaîne 142 et concluait à ce que son niveau de fonction soit fixé à 11, subsidiairement à 11A, dès le 1er décembre 2008. Le TriPAC a procédé à deux audiences d'enquêtes au cours desquelles il a entendu les témoins D._, doyenne de l'établissement primaire et secondaire Y._, L._, directeur général du Conservatoire et Haute école de musique X._, R._, directeur du Conservatoire de musique et école Z._, C._, directeur général de l'enseignement obligatoire vaudois et P._, directeur de la formation à la Haute école pédagogique (HEP). Statuant le 22 mars 2010, il a débouté la prénommée de toutes ses conclusions. C. Par arrêt du 15 juin 2012, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par S._ contre le jugement du Tribunal de Prud'hommes. D. S._ interjette un recours en matière de droit public contre cet arrêt dont elle demande la réforme. Elle conclut principalement à ce que l'avenant à son contrat de travail du 29 décembre 2008 soit modifié en ce sens que son niveau de fonction est fixé à 11A dès le 1er décembre 2008, et à ce que l'Etat de Vaud soit condamné en conséquence à lui verser, conformément à ses conclusions subsidiaires devant l'instance précédente, les montants de 2'197 fr., 2'665 fr., 9'555 fr. et 12'045 fr. à titre d'arriérés de salaire, respectivement pour les années 2008, 2009, 2010 et 2011. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause au tribunal cantonal pour nouvelle décision au sens des considérants. L'Etat de Vaud conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens. 