Faits: A. Par jugement du 16 décembre 2011, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._ pour blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 1 et 2 let. c CP) à une peine pécuniaire de 360 jours-amende, à 300 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans. X._ a également été astreint à payer à l'État une créance compensatrice de 193'938 fr. et à supporter les frais de la procédure. B. Par arrêt du 29 octobre 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé par X._. Il ressort en bref de cet arrêt les éléments suivants: B.a. A._ SA est une société anonyme de droit suisse, dont le but statutaire est le conseil, l'analyse et l'étude en matière de produits financiers, ainsi que la gestion de fortune. En qualité de gérant externe, A._ SA avait conclu avec plusieurs banques, dont B._ et C._, un accord de délégation l'autorisant notamment à procéder à toutes les obligations en matière de "due diligence". Entre 2002 et fin 2005, X._ était l'administrateur président directeur et l'unique actionnaire de A._ SA. B.b. D._ est d'origine colombienne. Entre 2002 et 2005, il était domicilié au Brésil. Dans le courant de l'année 2002, il a été présenté à X._ par E._, apporteur d'affaires de A._ SA. Il est devenu client de cette société. A la demande de D._ et A._ SA, F._ SA a constitué le 23 août 2002 la structure G._ limited incorporée aux Iles Vierges britanniques et H._ SA a constitué le 7 janvier 2005 I._ Inc, également incorporée aux Iles Vierges britanniques. Le 18 septembre 2002, G._ limited a ouvert un compte auprès de la banque B._ (compte J._). D._ en était l'ayant droit économique. Une entrée de 5'000'000 USD était attendue en cours de relation, d'au moins 1'000'000 USD par an, sous forme d'espèces et de bonifications bancaires en provenance de la banque K._ à Rotterdam. L'origine déclarée de l'argent était l'épargne constituée par les bénéfices réalisés sur différentes activités, à savoir l'exportation de fruits et de meubles et l'importation de voitures d'occasion. Le 12 avril 2005, I._ Inc a ouvert un compte auprès de la banque B._ (compte L._). D._ en était l'ayant droit économique. Une entrée de 10'000'000 EUR était prévue sur douze mois, puis des apports annuels entre 4'000'000 et 5'000'000 EUR, censés provenir de bénéfices non déclarés. Le 22 avril 2005, I._ Inc a ouvert un compte auprès de la banque C._ (compte M._). D._ en était l'ayant droit économique. Une entrée de 15'000'000 EUR était attendue durant la relation. L'origine déclarée de l'argent était l'exploitation d'une société d'importation fruitière depuis le Brésil vers l'Espagne, la France et la Hollande. B.c. Entre le 28 novembre 2002 et le 5 mars 2003, le compte J._ a été exclusivement alimenté par des apports en espèces sous forme de petites coupures d'euros placées dans des valises et amenées depuis l'étranger directement dans les locaux de A._ SA par une dénommée "N._", dont personne ne connaissait l'identité réelle. Six apports ont été effectués de cette manière pour un montant total de 5'745'800 EUR. Le 16 novembre 2004, E._ a effectué un apport en espèces de 400'000 EUR sur ce compte. Par la suite, des espèces en petites coupures d'euros ont été transportées de Rotterdam en Espagne, ce à quatre ou cinq reprises, pour un montant total oscillant entre 8'000'000 EUR et 10'000'000 EUR, et versés à des tiers. Ceux-ci transféraient ensuite un montant proche de celui reçu de leur compte principalement ouvert en Suisse sur le compte J._, L._ ou M._. Par le biais de ce système de compensation, connu de X._, ces derniers comptes ont été crédités d'un montant total de 7'830'000 EUR. Les comptes J._ et M._ ont enregistrés plusieurs importants mouvements de débit en faveur de comptes dont les bénéficiaires économiques n'étaient pas D._. Le solde du compte J._ a en outre été crédité en faveur du compte L._, dont le solde a ensuite été transféré sur le compte M._. Fin décembre 2005, les avoirs sur ce dernier compte, de 5'678'681 USD fin octobre 2005, ont été transférés sur un compte ouvert auprès de la banque O._, sise au Canada. A._ SA s'occupait de la gestion des différents transferts de fonds. B.d. Entre 2002 et 2005, les honoraires touchés par A._ SA en rapport avec les comptes J._, L._ et M._ se sont élevés à 172'702 USD et 14'456 EUR. B.e. Le 18 août 2007, la police uruguayenne a interpellé D._ qui prenait livraison de 495 kg de cocaïne. L'enquête a mis en évidence que ce dernier était à la tête d'une organisation criminelle internationale active dans le commerce de stupéfiants et le blanchiment d'importantes sommes d'argent. Il se procurait la drogue auprès des FARC en Colombie pour l'importer notamment au Brésil, d'où il l'exportait aux Pays-bas sous le couvert de sociétés fruitières. C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt du 29 octobre 2012 et à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Plus subsidiairement, il sollicite la réforme de cet arrêt en ce sens que la circonstance aggravante du métier n'est pas retenue, qu'il est constaté que l'action pénale est prescrite pour les faits antérieurs au 16 décembre 2004 et qu'aucune créance compensatrice n'est prononcée. En outre, il requiert que les frais de procédure et une indemnité en sa faveur soient mis à la charge de l'Etat de Genève. Par ordonnance du 21 janvier 2013, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif au recours. Aucun échange d'écritures n'a été ordonné sur le fond du recours. 