Fatti: A. Fino al 31 dicembre 2006 P._ è stato assicurato contro le malattie presso la Cassa malati Atupri. A seguito di un intervento chirurgico per ernia discale subito nel 2005, l'assicurato ha dovuto assumere del cortisone che gli ha provocato un notevole aumento di peso. Per ovviare a questa situazione, su consiglio del medico curante, l'interessato ha iniziato una cura dimagrante a base del farmaco Xenical. Dopo avere pagato al fornitore delle prestazioni (farmacia) diverse fatture relative all'acquisto di detto medicinale (fatture del 28 novembre 2005 per acquisti avvenuti il 28 settembre, il 3 e il 22 ottobre 2005, del 27 giugno 2006 per quelli del 2 e 10 maggio 2006, e del 4 settembre 2006 per gli acquisti del 6, 12 e 27 dicembre 2005), la Cassa malati ha interpellato, il 28 settembre 2006, il medico curante dell'assicurato per ricevere ragguagli in merito all'altezza, al peso e al Body Mass Index (BMI) del paziente. Ottenute le indicazioni richieste e raccolto il parere del proprio medico di fiducia, Atupri ha chiesto in data 23 ottobre 2006 il rimborso dall'assicurato di fr. 717.60, relativi al trattamento di Xenical dispensato dal 6 al 27 dicembre 2005. Contestando il conteggio, il 26 ottobre 2006 l'assicurato ha chiesto l'emanazione di una decisione che la Cassa ha reso il 28 novembre seguente. Con essa, Atupri ha rifiutato l'assunzione dei costi per lo Xenical per il fatto che non erano adempiute le condizioni prescritte dall'elenco delle specialità, quali un BMI 28 con diabete di tipo 2 o un BMI 35. Statuendo su opposizione e osservando di avere erroneamente pagato le forniture di Xenical, la Cassa ha ribadito la propria posizione il 29 gennaio 2007. Nel frattempo, Atupri aveva saldato una fattura del 6 dicembre 2006 riguardante tra l'altro la fornitura di Xenical, avvenuta il 10 ottobre 2006. B. Patrocinato dall'avv. Willy Pedrioli, P._ è insorto al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, statuendo per giudice unico, ne ha accolto il gravame sulla base di considerazioni legate alla tutela della buona fede (pronuncia del 20 novembre 2007). La Corte cantonale ha di conseguenza rinviato gli atti all'assicuratore malattia per determinare con esattezza i trattamenti che dovevano essere rimborsati per essere stati effettuati prima della conoscenza, da parte dell'assicurato, della modificata prassi della Cassa. C. Patrocinata dall'avv. Andrea Lanz Müller, Atupri ha deferito il giudizio cantonale al Tribunale federale, al quale chiede, in via principale, di annullarlo e di condannare l'assicurato al pagamento di fr. 717.60 oltre a interessi del 5% dal 23 ottobre 2006; in via subordinata domanda di rinviare gli atti alla precedente istanza per nuova pronuncia. Sempre assistito dall'avv. Pedrioli, l'assicurato propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi. 