Sachverhalt: A. D._ (geboren 1948) und M._ (geboren 1948) arbeiteten bei der Einwohnergemeinde S._. Bis 31. Dezember 2007 waren die Angestellten der Einwohnergemeinde für die berufliche Vorsorge bei der Aargauischen Pensionskasse, seit 1. Januar 2008 bei der Transparenta Sammelstiftung für berufliche Vorsorge (im Folgenden: Transparenta) versichert. Da mit dem Wechsel der Vorsorgeeinrichtung ein Systemwechsel vom Leistungs- zum Beitragsprimat verbunden war, wurde von der Einwohnergemeinde S._ eine teilweise Besitzstandsgarantie beschlossen. D._ und M._ liessen sich per 30. April 2010 vorzeitig pensionieren. Gestützt auf die Besitzstandsgarantie erhielten D._ und M._ Zusatzgutschriften, über deren Höhe die Versicherten und die Einwohnergemeinde S._ nicht einig waren. Am 17. März 2010 liessen D._ und M._ Klage beim Personalrekursgericht des Kantons Aargau einreichen mit dem Antrag, die Einwohnergemeinde S._ sei zu verpflichten, diejenigen Zusatzgutschriften in die Pensionskasse einzuzahlen, welche notwendig sind, um ihren Besitzstand zu wahren. Am 21. August 2010 verstarb M._, worauf seine Witwe S._ in den Prozess eintrat. Mit Entscheid vom 25. März 2011 wies das Personalrekursgericht die Klage ab. B. D._ und S._ liessen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen, mit welcher sie den vorinstanzlich gestellten Antrag erneuerten. Nach Durchführung eines doppelten Schriftenwechsels hiess das Bundesgericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen gut und hob den Entscheid der Personalrekurskommission des Kantons Aargau vom 25. März 2011 auf. Es gelangte zum Schluss, dass es sich bei der Streitigkeit zwischen (ehemaligen) Arbeitnehmern und Arbeitgeberin um eine spezifisch vorsorgerechtliche Frage handle; zur Beurteilung sei daher nicht das kantonale Personalrekursgericht, sondern das kantonale Versicherungsgericht sachlich zuständig (Urteil vom 22. Februar 2012, 9C_815/2011). Mit Verfügung vom 12. März 2012 überwies das Personalrekursgericht das Verfahren zur weiteren Behandlung an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau. Dieses sah von der Durchführung eines weiteren Schriftenwechsels ab, worauf D._ und S._ am 15. Mai 2012 eine ergänzende Stellungnahme einreichten, zu welcher sich die Einwohnergemeinde S._ mit Schreiben vom 30. Mai 2012 vernehmen liess. Mit Entscheid vom 19. Juni 2012 wies das Versicherungsgericht die Klage ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lassen D._ und S._ beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Einwohnergemeinde S._ zu verpflichten, für sie die zur Wahrung ihres Besitzstandes notwendigen Zusatzgutschriften an die Pensionskasse zu entrichten. Während die Einwohnergemeinde S._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 