Sachverhalt: A. Die in Zürich wohnhafte X._ ist Eigentümerin einer Liegenschaft in Luzern, die ihr im Jahr 2006 einen Mietertrag von Fr. 92'436.-- verschaffte, wovon Fr. 50'400.-- aus gewerblicher und Fr. 42'036.-- aus privater Nutzung. In der Steuererklärung 2006 deklarierte X._ Liegenschaftsunterhaltskosten von Fr. 18'487.--, was der Pauschale von 20 % des gesamten Mietertrags entsprach. Davon abweichend gewährte das Kantonale Steueramt Zürich (wie danach die kantonale Steuerrekurskommission III) nur einen Abzug von Fr. 10'000.-- entsprechend den effektiven Aufwendungen, weil die Liegenschaft sich wohl im Privatvermögen befinde, aber überwiegend geschäftlich genutzt werde. Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen gegen den Entscheid der Rekurskommission hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 10. Juni 2009 teilweise gut und wies die Sache zum Neuentscheid an die Kommission zurück, weil es aufgrund des klaren Gesetzeswortlauts willkürlich sei, die Pauschale bei Privatliegenschaften, die von Dritten überwiegend geschäftlich genutzt werden, zu verweigern. B. Das Kantonale Steueramt Zürich hat am 4. August 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Es beantragt, den verwaltungsgerichtlichen Entscheid aufzuheben und den Entscheid der Steuerrekurskommission vom 15. Januar 2009 zu bestätigen. C. X._ und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, die Eidgenössische Steuerverwaltung auf Gutheissung. 