Sachverhalt: A. Die nationale Netzgesellschaft swissgrid ag veröffentlichte am 23. Mai 2008 die Kosten und Tarife für die Netzebene 1 für das Jahr 2009. Darin war u.a. ein Tarif für allgemeine Systemdienstleistungen (SDL) von 0.90 Rp./kWh vorgesehen. Nachdem verschiedene Netzbetreiber und Endverbraucher bei der ElCom die Überprüfung dieser Tarife verlangt hatten, gab die ElCom am 26. Juni 2008 bekannt, sie überprüfe die Tarife des Übertragungsnetzes von Amtes wegen. Mit Verfügung vom 6. März 2009 erkannte die ElCom, soweit hier von Interesse, wie folgt: "1. (...) 2. Der Tarif 2009 für allgemeine Systemdienstleistungen wird ab 1. Januar 2009 auf 0.77 Rappen/kWh festgelegt. Davon werden 0.40 Rappen/kWh den Endverbrauchern [recte: den Netzbetreibern und den direkt am Übertragungsnetz angeschlossenen Endverbrauchern] entsprechend der bezogenen elektrischen Energie angelastet. 3. Der Tarif 2009 für Systemdienstleistungen für Kraftwerke mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW gemäss Anhang 2 dieser Verfügung beträgt ab 1. Januar 2009 0.45 Rappen/kWh. Die swissgrid ag hat bei diesen Kraftwerken eine Erhebung der effektiv erzeugten Bruttoenergie durchzuführen. Sie hat nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen. Die swissgrid ag hat die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben. Diese Abrechnung kann unterjährig erfolgen. 4. - 6. (...) 7. Die swissgrid ag hat die Ausschreibungsmodalitäten für Systemdienstleistungen laufend zu optimieren. Sie hat der ElCom hierzu alle zwei Monate Bericht zu erstatten, erstmals am 30. April 2009. 8. Die swissgrid ag hat den Stand des Projektes zur Einführung eines neuen Netzreglers für die Sekundärregelung der Regelzone Schweiz alle zwei Monate mittels eines Fortschrittsberichts an die ElCom zu dokumentieren, erstmals am 30. Juni 2009. 9. Die swissgrid ag hat die kombinierte Ausschreibung von Primär- und Sekundärregelleistung zu prüfen und der ElCom die Vor- und Nachteile in einem Bericht mit Frist bis am 30. Juni 2009 darzulegen. Dabei ist insbesondere auf die Auswirkungen einer kombinierten Ausschreibung auf die Markt-Liquidität einzugehen. 10. Die swissgrid ag hat der ElCom bis am 31. Juli 2009 einen Bericht mit Angaben zu der pro Monat vergüteten Blindenergie in den ersten 6 Monaten 2009 (aufgeschlüsselt nach Kraftwerken, die einen Spannungsplan erhalten), zur Vorhaltung überobligatorischer Blindleistung (und deren Inanspruchnahme), sowie zur Einhaltung der Vorgaben bezüglich Spannungshaltung vorzulegen. 11. Die swissgrid ag hat der ElCom bis am 30. Juni 2009 eine technische und wirtschaftliche Machbarkeitsstudie zur Vorhaltung von Sekundärleistung im Ausland vorzulegen. 12. Einer allfälligen Beschwerde gegen Ziffern 1 bis 5 wird die aufschiebende Wirkung entzogen." In dieser Verfügung deckte die ElCom einzelne Teile als Geschäftsgeheimnisse ab. B. Die swissgrid ag erhob dagegen Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, es sei festzustellen, dass sie legitimiert sei, allfällige Nachforderungen, die durch die Korrektur der Tarife in Ziffer 1 zurückzuführen seien, rückwirkend in Rechnung zu stellen oder gutzuschreiben (Ziffer 1 des Rechtsbegehrens). Weiter sei Ziffer 2 der Verfügung aufzuheben (Ziffer 2 des Rechtsbegehrens) und Ziffer 3 der Verfügung durch eine andere Fassung zu ersetzen (Ziffer 3 des Rechtsbegehrens). Die Vorinstanz sei anzuweisen, die Verfügung dergestalt zu eröffnen, dass die Spalte 9 von Tabelle 9 vollständig einsehbar sei (Ziffer 4 des Rechtsbegehrens). Die Ziffern 7 bis 11 der Verfügung seien aufzuheben (Ziffer 5 des Rechtsbegehrens). Schliesslich beantragte sie Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung (Ziffer 6 des Rechtsbegehrens). Mit Zwischenverfügung vom 15. Juni 2009 wies der Instruktionsrichter des Bundesverwaltungsgerichts den Antrag auf Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ab. Mit Urteil vom 29. Februar 2012 schrieb das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde, soweit Ziffer 2 Satz 2 und Ziffer 3 der Verfügung vom 6. März 2009 betreffend, als gegenstandslos ab (Ziffer 1). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Ziffer 2) und auferlegte der swissgrid ag die Verfahrenskosten (Ziffer 3). C. Mit Eingabe vom 23. April 2012 erhebt die swissgrid ag Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, die Ziffern 2 und 3 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben und es sei festzuhalten, dass der Tarif 2009 für allgemeine Systemdienstleistungen 0.9 Rp./kWh betrage und die ElCom nicht berechtigt sei, bei der Tariffestsetzung ihr Ermessen an Stelle desjenigen der swissgrid ag zu setzen. Das Bundesverwaltungsgericht und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation verzichten auf eine Vernehmlassung. Die ElCom beantragt die Abweisung der Beschwerde. Mit Eingabe vom 9. Juli 2012 äussert sich die swissgrid ag zur Vernehmlassung der ElCom. 