Faits: A. Après le décès de son époux en 2006, Y._ est devenue propriétaire d'une porcherie. Ayant besoin d'un tiers pour la gérer, elle a demandé de l'aide à sa soeur, qui a contacté X._, ingénieur ETS en agriculture et gérant de la société Z._ GmbH (ci-après: la société). Un contrat d'engraissement de porcs a été conclu, aux termes duquel la société fournissait les aliments et s'occupait de la gestion de la porcherie, alors que les animaux étaient commercialisés sous le nom de Y._. Le 22 septembre 2007, un gendarme a constaté qu'une coulisse d'eau claire située en aval de la porcherie était tapissée de bactéries à certains endroits. Le 25 septembre 2007, le gendarme et le garde-pêche ont recherché la source de la pollution, en vain, car les traces de celle-ci dans la coulisse avaient disparu. Ils ont toutefois remarqué que la fosse à purin, pleine à ras bord, laissait échapper du lisier au travers de fissures de ses murs, qui dépassaient le niveau du sol de quelques centimètres. Le transfert du lisier dans une autre fosse n'avait pas été effectué. X._ avait interdit à son collaborateur d'utiliser une pompe électrique trop coûteuse, mais lui avait ordonné d'actionner la pompe mécanique d'un tracteur, ce que l'employé n'avait pas fait. B. Par prononcé du 27 novembre 2007, le Préfet d'Orbe a condamné X._, pour infraction à l'art. 70 de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20), à 10 jours-amende avec sursis pendant 2 ans, le montant du jour-amende étant fixé à 50 fr., ainsi qu'à une amende de 500 fr. C. Sur appel du condamné, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois, par jugement du 30 juin 2008, a réformé ce prononcé. Retenant que X._ avait commis l'infraction litigieuse par négligence, il l'a condamné, en application de l'art. 70 al. 1 let. a et al. 2 LEaux, à 5 jours-amende d'un montant de 50 fr. chacun, avec sursis pendant 2 ans, ainsi qu'à 500 fr. d'amende, la peine privative de liberté de substitution étant fixée à 5 jours. Le tribunal a relevé que le volume exact du lisier qui s'était écoulé n'était pas connu, mais qu'il s'agissait "vraisemblablement de plusieurs dizaines de litres". Il a considéré que cet écoulement était déjà constitutif de l'infraction retenue, en raison du risque concret de pollution qu'il générait. Il importait peu que l'eau de la coulisse ait été contaminée par ce lisier ou par une autre source de pollution. Il était toutefois "vraisemblable" que le lisier avait suivi les rigoles naturellement creusées par l'eau de pluie pour atteindre la conduite enterrée qui capte le trop-plein d'une fontaine et qu'il s'était alors mélangé à l'eau pour se concentrer plus bas dans la coulisse où les traces de pollution avaient été vues. D. X._ forme un recours au Tribunal fédéral. Il conteste pouvoir être personnellement mis en cause, faisant valoir que le contrat d'engraissement de porcs a été passé entre la propriétaire de la porcherie et la société. Au fond, il allègue qu'un maximum de 50 litres de lisier se sont écoulés et que ceux-ci ne pouvaient atteindre l'exutoire de la fontaine et, par lui, la coulisse où les traces de pollution ont été observées. Il soutient en outre qu'un rapport de causalité entre les fissures du haut de la citerne et la pollution n'est pas établi et que toute l'affaire a été amplifiée par les autorités. Il conclut à l'annulation du jugement attaqué. L'autorité cantonale et le Ministère public ont renoncé à formuler des observations. 