Fatti: A. A.a. In virtù di specifiche convenzioni di affiliazione passate a suo tempo con la Cassa pensioni dei dipendenti dello Stato del Cantone Ticino, i dipendenti dei Comuni di Contone e di Magadino come pure quelli del Consorzio Centro scolastico del Gambarogno e del Consorzio per il piano regolatore dei comuni del Gambarogno sono stati assicurati per la previdenza professionale, tramite i loro datori di lavoro, presso detto istituto di previdenza. A seguito dell'aggregazione dei Comuni di Caviano, Contone, Gerra Gambarogno, Indemini, Magadino, Piazzogna, San Nazzaro, Sant'Abbondio e Vira Gambarogno in un unico Comune denominato Gambarogno, il 17 agosto 2010 la Cassa pensioni ha informato quest'ultimo in merito alle ripercussioni previdenziali della fusione. Premesso che le convenzioni passate con gli ex Comuni e Consorzi andavano considerate decadute e che sulla base delle norme vigenti il nuovo Comune per garantire la copertura previdenziale ai suoi dipendenti poteva scegliere fra diverse soluzioni, l'amministrazione della Cassa pensioni le ha così riassunte: " a) continuazione del rapporto assicurativo da parte del nuovo Comune del Gambarogno (per tutti i dipendenti) con la Cassa pensioni dei dipendenti dello Stato (CPDS); b) affiliazione ad altra Istituzione di previdenza del Comune del Gambarogno; c) affiliazione del Comune del Gambarogno a più Istituti di previdenza ". Con riferimento a quest'ultima ipotesi, l'amministrazione della Cassa ha quindi precisato che il Comune, in applicazione dell'art. 7 cpv. 2 OPP 2, poteva decidere di affiliarsi a più istituti, a condizione che definisse preventivamente ogni gruppo di assicurati. In questo caso si sarebbero dovute esaminare le diverse fattispecie che sarebbero poi state disciplinate, per quanto riguarda la CPDS, con uno specifico allegato alla eventuale nuova convenzione. Al fine di poter sottoporre al Comitato " per le decisioni di sua competenza - indipendentemente dalle scelte che farete - ", l'amministrazione ha invitato il Municipio del Gambarogno a comunicare le sue decisioni. A.b. Il 1° dicembre 2010 la T._ SA, incaricata dal nuovo Comune di trovare una soluzione previdenziale che andasse incontro alle esigenze dei dipendenti (già affiliati alla CPDS) e che fosse al tempo stesso finanziariamente sostenibile per l'ente pubblico, ha comunicato che il Municipio aveva deciso di permettere a un determinato gruppo di dipendenti (composto di otto persone) affiliatisi prima del 1995 - ad eccezione di uno solo che aveva chiesto di uscire e di affiliarsi all'istituto (privato) di previdenza scelto dal nuovo Comune - di rimanere assicurati, previo accordo della stessa, alla CPDS con una nuova convenzione e di dare invece la possibilità a nove dipendenti, a suo tempo affiliati presso la CPDS, di concludere un nuovo rapporto previdenziale con il nuovo istituto previdenziale del Comune. L'amministrazione della Cassa, osservando tra l'altro che la proposta dei gruppi non era congruente con la sua stessa definizione poiché nel gruppo di otto persone che sarebbero rimaste presso la CPDS ve ne erano due affiliate dopo il 1995, mentre un altro entrato prima di tale anno non ne era compreso, ha risposto il 18 febbraio 2011 di non potere dare seguito alla richiesta del Comune - che inoltre in quanto ente esterno non poteva rivendicare un diritto - perché contraria agli interessi della CPDS, aggiungendo che qualora il nuovo Comune avesse optato per l'adesione a un altro istituto di previdenza, tutti gli affiliati degli ex Comuni vi sarebbero dovuti essere trasferiti. Per tale evenienza la CPDS garantiva a tutti i dipendenti uscenti la prestazione di libero passaggio integrale, con conseguente addebito al Comune - in applicazione del Regolamento interno concernente la liquidazione parziale - della differenza, pari a circa fr. 860'000.-, fra il grado di copertura effettivo della Cassa pensioni al 31 dicembre 2010 e quello al 100%. A.c. Mediante nuova presa di posizione del 28 febbraio 2011 il Municipio si diceva sorpreso del rifiuto opposto dalla Cassa per una soluzione che, oltre a essere stata preventivamente discussa con il suo vicedirettore, appariva equa e teneva in debita considerazione le aspettative e i diritti dei dipendenti. Quindi contestava, data l'esiguità del numero dei partenti, l'adempimento degli estremi per una liquidazione parziale oltre che l'onere finanziario a suo carico per la differenza rispetto al grado di copertura totale. Nel domandare di pronunciarsi nuovamente sulla questione, il Comune si diceva disposto a rinunciare al trasferimento di P._, unica eccezione di affiliazione avvenuta prima del 1995, e di rimettersi al giudizio della Cassa in relazione ai casi dei signori D._ e S._ - la cui posizione si è tuttavia poi risolta poiché la Cassa ne ha incondizionatamente assunto il pensionamento - che avevano espresso il desiderio di rimanere affiliati alla CPDS nonostante la loro affiliazione fosse intervenuta dopo il 1995. Da parte sua, il Comitato della Cassa ha ribadito il 21 aprile 2011 di non potere mantenere l'assicurazione presso la CPDS per solo una parte dei dipendenti degli ex Comuni poiché la proposta non tutelava sufficientemente dal profilo finanziario la Cassa. Il Comitato si dichiarava tuttavia disposto a stipulare una nuova convenzione con il Comune a condizione che tutti i dipendenti degli ex Comuni rimanessero affiliati alla CPDS. In caso contrario, essi sarebbero dovuti uscire dalla CPDS. Vista la mancata adesione del Municipio a detta proposta, il Comitato ha segnalato con scritto del 30 novembre 2011 di avviare la procedura di liquidazione parziale in relazione a tali (tutti) assicurati per disdetta delle convenzioni di affiliazione con effetto al 31 dicembre 2010. Contestualmente ha indicato, in un'allegata tabella, l'importo delle prestazioni di libero passaggio dei 16 assicurati interessati e l'onere a carico del Comune, quantificato in fr. 873'778.90. Con scritto di stessa data ha inoltre informato anche gli interessati dell'avvio di questa procedura. B. Mediante petizione del 7 dicembre 2011 il Comune del Gambarogno, rappresentato dal suo Municipio, e i dipendenti degli ex enti comunali affiliati alla CPDS (A._, B._, C._, D._, E._, F._, G._, H._, I._, L._, M._, N._, O._, P._, Q._ e R._) hanno chiesto, in via preliminare, di sospendere la procedura di liquidazione parziale e, nel merito, di accertare la nascita/modifica di un contratto di adesione, con effetto dal 1° gennaio 2011, tra la Cassa e il Comune del Gambarogno riguardante i dipendenti - affiliati prima del 1995 - A._, B._, C._, D._, E._, F._ ed G._. Inoltre gli attori hanno domandato di condannare la Cassa al trasferimento della prestazione d'uscita integrale (valuta al 31 dicembre 2010) dei dipendenti H._, I._, L._, M._, N._, O._, P._, Q._ e R._ al nuovo istituto di previdenza del Comune, Cassa pensioni Basilese Vita SA, contestando gli estremi di una liquidazione parziale e l'obbligo di fare assumere al Comune il disavanzo tecnico. Per pronuncia del 26 settembre 2012 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha respinto la petizione nella misura in cui l'ha dichiarata ricevibile. Rilevato come la richiesta di misure cautelari (domanda "di effetto sospensivo") fosse divenuta priva di oggetto dopo che l'autorità di vigilanza sulle fondazioni e sugli istituti di previdenza aveva sospeso la procedura di verifica della liquidazione parziale sino a conclusione della presente vertenza - che deve esaminare il motivo (disdetta della convenzione) per il quale è stata avviata la stessa procedura di liquidazione -, la Corte cantonale ha negato l'esistenza di una proposta definitiva e vincolante da parte della Cassa riguardo all'ipotesi - scelta dal Comune - di un frazionamento degli assicurati affiliati alla CPDS. In particolare, i giudici cantonali, che hanno rilevato non sussistere alcun obbligo da parte dell'ente previdenziale di accettare la suddivisione dei gruppi - a maggior ragione se riferita ad assicurati provenienti, come in concreto, da enti esterni allo Stato per i quali la legge cantonale in materia concede alla Cassa una semplice facoltà di ammissione -, hanno escluso un consenso fra le parti sui criteri di tale definizione che oltretutto nemmeno prendeva in considerazione diverse tipologie di professione. Quanto alla contestazione dell'apertura della procedura di liquidazione parziale conseguente all'uscita degli assicurati interessati, i giudici di prime cure l'hanno ritenuta irricevibile (oltre che irrilevante), posto che spetta all'autorità di vigilanza, una volta definita la questione dell'affiliazione dei dipendenti degli ex Comuni, determinarsi in merito con decisione impugnabile al Tribunale amministrativo federale. C. Gli attori hanno presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiedono di annullare il giudizio cantonale e di accogliere la petizione. Oltre a ribadire la richiesta di accertamento della nascita/modifica di un contratto di adesione, con effetto dal 1° gennaio 2011, tra la Cassa e il Comune del Gambarogno riguardante i dipendenti - affiliati prima del 1995- A._, B._, C._, D._, E._, F._ ed G._, i ricorrenti domandano di rinviare gli atti al Tribunale cantonale delle assicurazioni affinché entri nel merito della petizione "quo alla questione pregiudiziale concernente l'inesistenza di una liquidazione parziale" legata al passaggio del secondo gruppo di assicurati al nuovo istituto di previdenza scelto dal Comune del Gambarogno. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. La Cassa (dal 1° gennaio 2013 diventata Istituto di previdenza del Cantone Ticino) propone di respingere il gravame nei limiti della sua ammissibilità, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) ha rinunciato a determinarsi. Con osservazioni del 14 marzo 2013 i ricorrenti hanno preso posizione sulla risposta della Cassa. 