Faits: A. R._ exploite depuis 1994 un garage sous la forme d'une entreprise individuelle. Souffrant de problèmes lombaires (canal lombaire étroit), il a déposé le 22 décembre 2004 une demande de prestations de l'assurance-invalidité auprès de l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI). L'instruction du dossier a permis d'établir sur le plan médical que la capacité de travail de l'assuré dans l'exercice de son activité habituelle était nulle s'agissant de la part consacrée aux travaux de mécanique et de 50 % s'agissant de la part consacrée aux tâches administratives et de direction. La capacité de travail était également de 50 % dans toute autre activité adaptée. L'office AI a également fait verser au dossier les bilans et comptes d'exploitation de l'entreprise relatifs aux années 2000 à 2006 et réaliser une enquête pour activité professionnelle indépendante (rapport du 21 novembre 2007). Par décision du 6 juin 2008, l'office AI a mis l'assuré au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité à compter du 1er novembre 2004. B. Par jugement du 3 février 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a admis le recours formé par l'assuré, annulé la décision litigieuse et mis l'assuré au bénéfice d'une rente entière d'invalidité à compter du 1er novembre 2004. C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, concluant à la confirmation de sa décision du 6 juin 2008. Il assortit son recours d'une requête d'effet suspensif. R._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales en propose l'admission. D. Par ordonnance du 11 mai 2009, le juge instructeur a accordé l'effet suspensif au recours. 