Sachverhalt: A. A.a K._, geboren 1963, arbeitete als angelernter Zimmermann, bis er Ende Februar 1997 seine Stelle verlor und in der Folge arbeitslos wurde. Am 29. März 1997 erlitt er als Beifahrer eines Personenwagens bei einer Heckauffahrkollision ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS). Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher er obligatorisch gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert war, kam für die Kosten der Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus. A.b Am 15. Mai 1998 trat K._ eine neue Stelle als Zimmermann an, verletzte sich indessen bereits am 25. Mai 1998 bei einem Arbeitsunfall am rechten Fuss (Pilon tibial-Fraktur mit lateraler Malleolarfraktur Typ Weber B). Die SUVA erbrachte wiederum die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggelder). In der Folge entwickelte sich im rechten oberen Sprunggelenk (OSG) eine posttraumatische Arthrose. Mit Verfügung vom 23. Mai 2000 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich K._ eine ganze Rente vom 1. Mai bis 30. Juni 1999 zu. Die SUVA verfügte am 5. Juli 2001 die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 15 % sowie einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von ebenfalls 15 %. Nachdem K._ gegen die Festsetzung des Invaliditätsgrades Einsprache hatte erheben lassen, hob die SUVA ihre Verfügung vom 5. Juli 2001 auf und sprach ihm am 19. September 2001 nach weiteren erwerblichen Abklärungen - wiederum ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 15 % - eine Rente zu. Auch hiegegen liess K._ Einsprache erheben. A.c Bereits am 22. Juni 2001 hatte sich K._ bei einem weiteren Unfall eine HWS-Kontusion zugezogen. Die SUVA teilte ihm am 28. Februar 2002 mit, der Fallabschluss sei angesichts des dritten Unfalles verfrüht erfolgt, weshalb die Verfügung vom 19. September 2001 aufgehoben werde. Am 22. August 2002 verfügte die SUVA für die verbliebenen Beeinträchtigungen aus den Unfällen vom 25. Mai 1998 und 22. Juni 2001 die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 15 % und einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 %. Hiegegen liess K._ erneut Einsprache erheben, worauf die SUVA am 10. Januar 2003 die Verfügung - wiederum unter Hinweis auf einen verfrühten Fallabschluss - aufhob. In der Folge liess die SUVA K._ in der Rehaklinik X._ begutachten (Gutachten vom 1. Mai 2003) und verfügte am 12. Dezember 2003 die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 22 % und einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 %. Die hiegegen erhobene Einsprache des K._ wies sie am 10. März 2004 ab. B. Beschwerdeweise beantragte K._, es sei ihm eine Rente basierend auf einem "22 % deutlich übersteigenden" Invaliditätsgrad sowie eine 10 % "deutlich übersteigende" Integritätsentschädigung zuzusprechen und eine umfassende medizinische Begutachtung, unter Einschluss einer neuropsychologischen Abklärung, durchzuführen. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde am 16. September 2005 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid vom 10. März 2004 aufhob und die Sache zur nochmaligen Abklärung und Neuverfügung an die SUVA zurückwies. C. Die SUVA führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht zur materiellen Beurteilung. K._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung. 