Sachverhalt: A. Der 1959 geborene selbstständig erwerbstätige G._ betreibt seit 1993 als gelernter Koch ein Cafe/Restaurant. Er meldete sich am 19. August 2002 unter Hinweis auf einen seit Jahren bestehenden juvenilen Diabetes mellitus sowie Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Bern klärte die medizinischen und beruflich-erwerblichen Verhältnisse ab und verneinte einen Leistungsanspruch (Verfügung vom 17. November 2003). Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ab (Entscheid vom 9. August 2004). In Gutheissung der dagegen eingereichten Verwaltungsgerichtsbeschwerde hob das Eidgenössische Versicherungsgericht den kantonalen Gerichtsentscheid sowie die Verwaltungsverfügung auf und wies die Sache zu weiterer Abklärung und Feststellung des Invaliditätsgrades mittels ausserordentlicher Bemessungsmethode an die IV-Stelle zurück (Urteil vom 28. Februar 2005, Dispositiv-Ziffer 1). Diese holte einen neuen Arztbericht ein und liess von ihrem Abklärungsdienst für Selbstständigerwerbende einen weiteren Bericht erstellen. Nach Ermittlung eines Invaliditätsgrades von 36 % wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 17. März 2006 wiederum ab. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 9. Juni 2006). B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 29. November 2006 ab. C. G._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, es sei ihm in Aufhebung des kantonalen Entscheides eine halbe Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 