Sachverhalt: Mit Verfügungen vom 2. Februar 2007 sprach die IV-Stelle Luzern nach medizinischen und beruflichen Abklärungen, insbesondere nach Einholung eines Berichts der Beruflichen Abklärungsstelle (BEFAS) vom 30. Juni 2006, S._ (geboren 1961) ab 1. September 2004 eine ganze und ab 1. Juli 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 51 % eine halbe Invalidenrente zu. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 21. August 2008 ab. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihr ab 1. April 2006 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet. 