Faits: A. Le 19 janvier 2007, B._ et A._ ont déposé plainte pénale contre inconnu pour diffamation. Ils exposaient avoir fait l'objet d'une dénonciation anonyme auprès de l'Office cantonal genevois de l'inspection et des relations du travail (OCIRT). Il s'en était suivi une visite d'un collaborateur de l'OCIRT (ci-après: le collaborateur), lequel aurait proféré des reproches sur l'état des locaux, ainsi que des accusations infondées de mobbing. La plainte a été classée le 29 janvier 2007 par le Ministère public genevois. Par ordonnance du 2 mai 2007, la Chambre d'accusation genevoise a partiellement admis le recours formé par les plaignants: les termes de la dénonciation anonyme étaient diffamatoires, s'agissant de l'accusation de mobbing; la cause était renvoyée au Parquet afin notamment que soit identifié, par tous les moyens nécessaires et adéquats, l'auteur de cette dénonciation. Le collaborateur ayant été convoqué pour une audition par la police judiciaire, le Chef du Département de la solidarité et de l'emploi (ci-après: le chef du département) a fait savoir, par décisions du 6 juin puis du 3 juillet 2007, qu'il acceptait de lever le secret de fonction, mais qu'en vertu de la loi sur le travail (LTr, RS 822.11) et des conventions du BIT, le collaborateur ne pourrait répondre à aucune question visant à identifier les personnes ayant fourni des informations à l'OCIRT, ces dernières ayant droit à une protection absolue de leur anonymat. Cette décision a été confirmée en substance par le Conseil d'Etat genevois, et le Tribunal fédéral a rejeté le recours constitutionnel interjeté à ce sujet (arrêt 1D_7/2008 du 15 décembre 2008). B. Le 23 juillet 2007, le Procureur général prononça un nouveau classement, faute de pouvoir instruire. Par ordonnance du 25 février 2009, la Chambre d'accusation lui a renvoyé la cause afin qu'il ordonne d'autres mesures permettant d'identifier le dénonciateur, en particulier la saisie du dossier de l'OCIRT. Le 23 mars 2009, le Procureur général ordonna la saisie du dossier constitué par l'OCIRT à propos de A._, en particulier les pièces permettant d'identifier le dénonciateur. Par ordonnance du 26 août 2009, la Chambre d'accusation a partiellement admis un recours formé par l'OCIRT. L'art. 44 LTr instituait un secret de fonction absolu en matière de droit du travail. Compte tenu de la décision du chef du département, les documents permettant d'identifier le dénonciateur devaient demeurer secrets. L'intérêt public à protéger ses sources pour s'assurer le concours des employés dans l'accomplissement de sa mission l'emportait sur l'intérêt à l'identification et à la poursuite des auteurs de dénonciations diffamatoires, voire calomnieuses. Le dossier de l'OCIRT concernant A._ devait être remis au Procureur général, à l'exception des documents permettant d'identifier le dénonciateur. C. Par acte du 2 octobre 2009, l'OCIRT forme un recours en matière pénale assorti d'une demande de restitution de l'effet suspensif. Il conclut à l'annulation de la décision de saisie du Procureur général du 23 mars 2009. A._ et B._ concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à la confirmation de l'ordonnance de la Chambre d'accusation et à son complément sur certains points. La requête d'effet suspensif a été admise par ordonnance du 16 octobre 2009. 