(Art. 31 Abs. 1 BV) und Art. 9 BV; (Haftentlassung), hat sich ergeben: A.- Das Bezirksgericht Zürich verurteilte B._ am 19. Januar 2000 wegen mehrfacher Vergewaltigung im Sinne von Art. 190 Abs. 1 StGB zu zwei Jahren Zuchthaus. Es hielt für erwiesen, dass B._ seine Schwägerin A._ (Jhg. 1976) einmal an einem nicht genau bestimmbaren Tag ca. Ende Januar/Anfangs Februar 1991 und ein zweites Mal ca. im Juli 1991 gegen ihren Willen zum Geschlechtsverkehr gezwungen hatte. B._, der die Vergewaltigungsvorwürfe stets bestritten hatte, erklärte am 28. Januar 2000 Berufung ans Obergericht des Kantons Zürich. Mit Eingabe vom 17. März 2000 beantragte B._ dem Präsidenten des Obergerichts des Kantons Zürich, ihn umgehend aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Der dringende Tatverdacht sei nicht gegeben, da er vom Bezirksgericht unter klarer Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" verurteilt worden sei: in Bezug auf den ersten Tatvorwurf habe es sich über ein nachgewiesenes Alibi hinweggesetzt und die zweite Tat habe sich gar nicht in der ihm vorgeworfenen Weise abspielen können, weil ein erzwungener Geschlechtsverkehr in der von A._ geschilderten Bauchlage gar nicht möglich sei. Mit Verfügung vom 31. März 2000 wies der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts das Haftentlassungsgesuch von B._ ab und verfügte, er habe in Sicherheitshaft zu bleiben. Zur Begründung führte er an, der dringende Tatverdacht sei nach einer erstinstanzlichen Verurteilung regelmässig zu bejahen, und es könne im Übrigen auf die zutreffenden Erwägungen des erstinstanzlichen Urteils verwiesen werden. Fluchtgefahr sei gegeben, weil der Angeklagte erst rund die Hälfte der vorinstanzlichen Strafe abgesessen habe und sich schon früher einmal einer Strafverfolgung sowie einer Schutzaufsicht durch Flucht entzogen habe. Überhaft drohe noch nicht, die Verhältnismässigkeit der Haft sei gewahrt, wobei in diesem Zusammenhang zu beachten sei, dass die Staatsanwaltschaft angekündigt habe, ebenfalls Berufung einzulegen und eine höhere Strafe zu fordern. B.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 18. April 2000 wegen Verletzung der persönlichen Freiheit, von Art. 9 BV und Art. 5 EMRK beantragt B._, die Präsidialverfügung vom 31. März 2000 aufzuheben und ihn umgehend aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C.- Das Bezirksgericht und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft liess sich innert Frist nicht vernehmen. 