Fatti: A. Il 24 febbraio 1998, nell'ambito di un'operazione di risanamento, l'impresa svizzera A._AG (con sede prima a Mels e ora a Bissone) e la società italiana C._S.p.A., debitrice della prima di fr. 30'000'000.-- circa, hanno stipulato una convenzione con il consorzio delle banche creditrici, tra le quali vi era B._AG. La convenzione regolava non solo i rapporti delle banche consorziate con le due società ma anche la relazione particolare esistente tra A._AG e B._AG; quest'ultima aveva infatti concesso all'impresa svizzera un mutuo ipotecario garantito da una cartella ipotecaria in primo rango di fr. 17'500'000.-- e da un'ipoteca in secondo rango di fr. 2'500'000.--, gravanti cinque fondi di proprietà di A._AG nel Comune di Mels. Nell'accordo appena menzionato C._S.p.A. s'impegnava a pagare al consorzio fr. 5'000'000.-- in quattro rate, da computarsi sul debito di A._AG, la quale autorizzava altresì le banche a vendere gli attivi, elencati separatamente, entro il 31 marzo 2000; dopo questa data il consorzio avrebbe avuto tre mesi di tempo per decidere se acquisire la proprietà dei beni oppure portarli all'asta, ritenuto che il diritto di realizzarli sarebbe decaduto il 31 dicembre 2000. Dal canto loro, le banche rinunciavano a tutti i crediti che sarebbero sussistiti dopo la fase di vendita, a condizione che l'accordo fosse stato rispettato e che C._S.p.A. avesse fatto fronte tempestivamente ai propri impegni di pagamento. In particolare, B._AG rinunciava all'importo del credito ipotecario che sarebbe rimasto scoperto dopo l'alienazione dei pegni; un'eventuale eccedenza sarebbe invece andata a favore del consorzio. B. B.a Asseverando che il termine per la realizzazione degli attivi era trascorso e che le condizioni stabilite per la rinuncia dei crediti da parte del consorzio e di B._AG erano state adempiute, il 10 settembre 2001 A._AG ha promosso davanti al Tribunale commerciale del Canton San Gallo un'azione volta all'accertamento dell'inesistenza dei debiti nei confronti di B._AG derivanti dalla cartella ipotecaria e dall'ipoteca, delle quali ha peraltro chiesto la restituzione rispettivamente la cancellazione. L'azione è stata respinta il 24 novembre 2003 siccome prematura (zur Zeit abgewiesen), non essendo ancora intervenuta l'alienazione dei pegni prevista nella convenzione. Contro questa decisione A._AG si è aggravata sino al Tribunale federale, senza successo (cfr. sentenza 4C.108/2004 del 29 agosto 2005). B.b Parallelamente a quella appena descritta, il 22 marzo 2004 A._AG ha promosso una seconda causa davanti al Tribunale commerciale del Canton San Gallo, chiedendo, in via principale, di accertare che la procedura avviata il 10 settembre 2001 costituiva un'azione di disconoscimento giusta l'art. 83 cpv. 2 LEF, riferita al rigetto provvisorio dell'opposizione al precetto esecutivo fattole nel frattempo notificare da B._AG per fr. 17'500'000.--, e, subordinatamente, di disconoscere tale debito. Questa causa è poi stata ritirata il 18 ottobre 2005. B.c Gli immobili gravati da pegno sono stati per finire realizzati dall'Ufficio di esecuzione di Mels il 15 giugno 2007, con un ricavo netto di fr. 9'862'133.65. Per la somma scoperta di fr. 16'429'738.67 è stato rilasciato un attestato d'insufficienza di pegno a favore di B._AG, la quale poche settimane dopo ha chiesto il proseguimento della procedura esecutiva. Si è così giunti alla comminatoria di fallimento notificata a A._AG il 2 novembre 2007 dall'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Mendrisio, all'origine dell'attuale vertenza. C. Richiamandosi all'art. 85a cpv. 1 LEF il 26 novembre 2007 A._AG ha adito la Pretura del Distretto di Lugano onde ottenere l'accertamento dell'inesistenza del debito nei confronti di B._AG e l'annullamento dell'esecuzione; in via cautelare ha chiesto di sospendere provvisoriamente la procedura esecutiva, giusta l'art. 85a cpv. 2 n. 2 LEF. Dinanzi all'autorità giudiziaria ticinese A._AG ha in sostanza riproposto le argomentazioni già fatte valere davanti al Tribunale commerciale del Canton San Gallo, rilevando che gli immobili erano stati nel frattempo realizzati, per cui era venuto a cadere il motivo che aveva indotto quell'autorità a giudicare l'azione prematura. B._AG si è opposta all'azione. Il Pretore si è pronunciato sulla domanda cautelare il 27 marzo 2008, respingendola. L'impugnativa presentata dalla soccombente contro il decreto pretorile è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino con sentenza del 2 febbraio 2009. D. Il 9 marzo 2009 A._AG è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, in via principale, la modifica della sentenza cantonale nel senso dell'accoglimento del suo appello e, di conseguenza, della sospensione provvisoria dell'esecuzione; in via subordinata ha postulato il semplice annullamento della pronunzia impugnata. Nella risposta del 19 maggio 2009 B._AG ha proposto di dichiarare il ricorso irricevibile, in subordine di respingerlo. Ambedue le parti hanno inoltrato un ulteriore allegato nel quale hanno in sostanza confermato le rispettive posizioni, mentre la Corte cantonale non si è determinata. 