Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 5. August 2008 stellte das Amt für die Aufsicht über die Stiftungen und die berufliche Vorsorge des Kantons Freiburg (ab 1. Januar 2012 im Zuständigkeitsbereich der Bernischen BVG- und Stiftungsaufsicht, nachfolgend: Aufsichtsbehörde) fest, dass die Personalfürsorgestiftung der Firma X._ AG (kurz: Personalfürsorgestiftung) in Verletzung der gesetzlichen Bestimmungen der Arbeitgeberfirma, der X._ AG, ein Darlehen gewährt und Arbeitgeberbeiträge aus ihren freien Mitteln finanziert habe (Dispositiv-Ziff. III). Sie wies die Personalfürsorgestiftung an - gegebenenfalls in Erstellung eines Rückzahlungsplans - bis zum 30. September 2008 die notwendigen Schritte zu unternehmen, um Fr. 214'740.90 per 31. Dezember 2004 von der X._ AG zurückzuerhalten, zuzüglich eines marktkonformen Zinses und abzüglich der Rückzahlung von Fr. 45'000.- mit Valuta vom 28. Dezember 2006. In der selben Frist sei die Jahresrechnung 2007 gemäss den Fachempfehlungen zur Rechnungslegung von Personalvorsorgeeinrichtungen Swiss GAAP FER 26 zu erstellen und einzureichen (Dispositiv-Ziff. IV); der Rückforderungsbetrag von Fr. 214'740.90 setzte sich aus einem der Arbeitgeberfirma gewährten Darlehen von Fr. 171'576.80 per 31. Dezember 2004 und der Begleichung von Arbeitgeberbeiträgen im Jahr 2004 in der Höhe von Fr. 43'164.10 zusammen. Im Weiteren stattete die Aufsichtsbehörde die Verfügung mit dem Hinweis auf die Strafdrohung gemäss Art. 292 StGB und Art. 79 BVG aus (Dispositiv-Ziff. V). Ferner rief sie den Organen der Personalfürsorgestiftung Art. 158 StGB und die Strafbestimmungen des BVG wie auch die Verantwortlichkeit gemäss Art. 52 BVG in Erinnerung (Dispositiv-Ziff. VI). B. Am 25. Oktober 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde der Personalfürsorgestiftung teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es änderte Dispositiv-Ziff. IV der Verfügung vom 5. August 2008 dahingehend ab, als es die Personalfürsorgestiftung verpflichtete, "die nötigen Schritte zu unternehmen, gegebenenfalls in der Erstellung eines Rückzahlungsplanes, damit ihr der Betrag von Fr. 166'439.35, zuzüglich marktkonformen Zins ab 31. Dezember 2006, nötigenfalls unter Ansetzung einer neuen Frist, von der Arbeitgeberfirma X._ AG zurückbezahlt wird". Im Übrigen bestätigte das Bundesverwaltungsgericht die angefochtene Verfügung. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, die Aufsichtsbehörde habe den Rückzahlungsbetrag per 31. Dezember 2006 auf netto Fr. 169'740.90 beziffert, nämlich Fr. 214'740.90 per 31. Dezember 2004 abzüglich der Rückzahlung von Fr. 45'000.- mit Valuta 28. Dezember 2006. Ausserdem habe sie in E. 13 ihrer Verfügung die zurückzuverlangenden Darlehen und Arbeitgeberbeiträge per 31. Dezember 2006 moniert. Aufgrund der Jahresrechnungen per 31. Dezember 2004-2006 sowie der Kontrollstellenberichte ergebe sich per 31. Dezember 2006 jedoch ein Total von Fr. 117'322.- an ausgerichteten und zurückzufordernden Arbeitgeberbeiträgen sowie eine zurückzufordernde Überschreitung aus Darlehensgewährung an die X._ AG von Fr. 49'117.35, zusammen also Fr. 166'439.35. C. Die Personalfürsorgestiftung reicht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein und beantragt in materieller Hinsicht, es seien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 25. Oktober 2011 sowie Dispositiv-Ziff. III, IV (ausgenommen letzter Satz), V und VI der Verfügung vom 5. August 2008 aufzuheben. Zudem sei festzustellen, dass sie berechtigt sei, Arbeitgeberbeiträge der Stifterfirma X._ AG mit dem freien Stiftungsvermögen zu bezahlen. In formeller Hinsicht stellt die Personalfürsorgestiftung Antrag auf Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Die Aufsichtsbehörde und das Bundesverwaltungsgericht schliessen in ihren Stellungnahmen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) äussert sich ausschliesslich zu dem der X._ AG gewährten Darlehen und beantragt diesbezüglich die Abweisung der Beschwerde im Sinne der Ausführungen, wobei der Umfang der Rückzahlungspflicht neu zu überprüfen sei. 