Sachverhalt: A. Der Quartierplan "Via dal Bagn" war am 14. November 1994 erlassen worden. Die erste Auflage des Revisionsentwurfs erfolgte vom 4. Januar bis 2. Februar 2010. Im Rahmen des Einspracheverfahrens erkannte der Gemeindevorstand, dass zur Erreichung des Planungsziels auch eine Landumlegung bzw. Grenzbereinigung sowie eine Bereinigung der beschränkten dinglichen Rechte unerlässlich sein würde und erliess am 28. Juni 2010 eine entsprechende Änderung des Einleitungsbeschlusses. B. Die zweite Auflage des anschliessend erarbeiteten neuen Revisionsentwurfs erfolgte vom 20. Dezember 2010 bis 18. Januar 2011. Dagegen wurden mehrere Einsprachen erhoben. U.a. verlangte Z._ die Beibehaltung der anfangs des letzten Jahrhunderts zu Gunsten seiner Parzellen 309 und 1194 in Form von Grunddienstbarkeiten begründeten Höherbaubeschränkungen zulasten von Parzelle 1206 der X._ SA und forderte eine entsprechende Verschiebung der Baustandorte hangabwärts. Die X._ SA war mit der Beibehaltung der Höherbaubeschränkung einverstanden. Um beurteilen zu können, inwieweit sich eine allfällige Aufhebung der Höherbaubeschränkung wertmässig auf die Grundstücke auswirke, holte die Gemeinde eine Schätzung ein. Der Schätzer erstattete seinen Bericht am 29. April 2011. Er ging davon aus, dass ein zusätzliches Stockwerk auf Parzelle 1206 die Aussicht eines Geschosses der jetzigen Überbauung oder einer künftig möglichen Überbauung auf Parzellen 309 und 1194 beeinträchtigen würde. Er schätzte den daraus resultierenden Minderwert in einer Bandbreite von Fr. 600'000.-- bis Fr. 1'200'000.--; dies sei eine Zukunftsbetrachtung, die von verschiedenen variablen Faktoren abhänge. Im Sinne einer pragmatischen Lösung sei ein Mittelwert von Fr. 900'000 als Verhandlungsbasis realistisch. C. Vom 28. Juni bis 28. Juli 2011 legte der Gemeindevorstand den Revisionsentwurf zusammen mit einem Planungs- und einem Erläuterungsbericht zum dritten Mal auf. Art. 7a der Quartierplanbestimmungen (QPB) lautet wie folgt: Art. 7a 1 Der Eigentümer des Grundstücks 1206 wird verpflichtet, den Eigentümern der Grundstücke 309 und 1194 für die Aufhebung der zu Gunsten dieser Parzellen bestehenden Höherbaubeschränkung eine Entschädigung zu bezahlen. 2 Diese Entschädigung beläuft sich auf insgesamt Fr. 900'000.00 (Franken neunhunderttausend) und ist vom Eigentümer des Grundstücks 1206 im Verhältnis zu den Grundstücksflächen den Eigentümern der Grundstücke 309 und 1194 zu bezahlen. Massgebend für die Zahlungspflicht ist der Zeitpunkt des Eigentums im Zeitpunkt der Fälligkeit der Entschädigungspflicht. Die Entschädigung ist auf den Zeitpunkt zur Zahlung fällig, da eine rechtskräftige Baubewilligung für ein Gebäude vorliegt, welches den Rahmen der Höherbaubeschränkung sprengt. Liegt ein solcher Fall vor, dann darf mit dem Bau erst begonnen werden, wenn die Bezahlung der Entschädigung nachgewiesen ist. Zur Sicherung dieser Zahlungspflicht wird in der Baubewilligung eine entsprechende Auflage gemacht. Gegen die dritte öffentliche Auflage erhoben Z._ und die X._ SA Einsprache. Z._ verlangte die Beibehaltung der Höherbaubeschränkung zu Gunsten seiner Parzellen; eventualiter sei die Entschädigungssumme gemäss Art. 7a Abs. 2 QPB auf Fr. 2 Mio. zu erhöhen. Die X._ SA beantragte, es seien zwei Häuser auf Parzellen 1206 und 1207 vorzusehen und es sei von einem Nutzungstransport von Parzelle 1207 auf Parzelle 1206 abzusehen. Am 22. August 2011, wies der Gemeindevorstand die Einsprachen im Wesentlichen ab und genehmigte die Quartierplanrevision. D. Dagegen erhoben sowohl Z._ als auch die X._ SA am 3. und 6. Oktober 2011 Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Z._ verlangte die Erhöhung der in Art. 7a QPB vorgesehene Entschädigung auf mindestens 2 Mio. Franken (indexiert gemäss LIK). Die X._ SA beantragte die Aufhebung des Quartierplans. Das Verwaltungsgericht sistierte das Beschwerdeverfahren für Vergleichsgespräche. E. Am 2. April 2012 beschloss der Gemeindevorstand St. Moritz eine Revision des Quartierplans "Via dal Bagn" und eine Abänderung des Einsprache- und Genehmigungsentscheids vom 22. August 2011. Darin wurde den Bedenken der X._ SA, im Baubereich auf Grundstück 1206 die 558,6 m2 BGF nicht unterbringen zu können, Rechnung getragen, indem die zulässige Gebäudehöhe für diese Parzelle von 10 m auf 12.5 m erhöht wurde, mit einer maximalen Höhenkote von 1'799.50 m.ü.M.. Die weitergehenden Anträge der X._ SA, insbesondere auf Zulassung eines Wiederaufbaus auf Grundstück 1207, wurden abgewiesen. Dieser Beschluss erwuchs in Rechtskraft. F. Mit Verfügung vom 24. August 2012 stellte der Instruktionsrichter fest, dass noch streitig und somit vom Gericht zu entscheiden sei, ob, und falls ja, in welcher Höhe die Eigentümerin von Parzelle 1206 oder allenfalls Dritteigentümer den Eigentümern von Parzellen 309 und 1194 eine Entschädigung für die Aufhebung der auf Parzelle 1206 lastenden Höherbaubeschränkung zu bezahlen habe (Art. 7a QPB). Im Übrigen seien die Beschwerden als gegenstandslos geworden abzuschreiben. Auch diese Teilabschreibungsverfügung erwuchs in Rechtskraft. Mit Eingabe vom 28. September 2012 zog Z._ seine Beschwerde zurück. Das Verwaltungsgericht führte am 4. Oktober 2012 einen Augenschein durch. Am 9. Oktober 2012 wies es die Beschwerde der X._ SA ab; die Beschwerde von Z._ wurde infolge Rückzugs als gegenstandslos abgeschrieben. G. Dagegen hat die X._ SA am 21. Januar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, Disp.-Ziff. 1a, 2 und 3 des angefochtenen Urteils sowie Art. 7a der Quartierplanbestimmungen des Quartierplans "Via dal Bagn" seien aufzuheben; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen. H. Die Gemeinde St. Moritz und das Verwaltungsgericht beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Z._ (im Folgenden: der Beschwerdegegner) schliesst auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Im weiteren Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Anträgen fest. I. Bereits am 18. Juli 2012 hatte die Beschwerdeführerin bei der Gemeinde St. Moritz ein Baugesuch für den Umbau des bestehenden Mehrfamilienhauses auf Parzelle 1207 (Haus A) und den Abbruch des auf Parzelle 1206 bestehenden Mehrfamilienhauses und die Bewilligung eines Ersatzbaus (Haus B) eingereicht. Am 17. Dezember 2012 erteilte die Gemeinde die Baubewilligungen für Haus A und B unter Bedingungen und Auflagen; dabei hiess es die Einsprache von Z._ gut und trat auf die Einsprache der Helvetia Nostra wegen Verletzung von Art. 75b BV (Zweitwohnungen) nicht ein. Die Entschädigung der Höherbaubeschränkung auf Parzelle 1206 wurde in ein separates Verfahren verwiesen. Dagegen erhoben sowohl die Helvetia Nostra als auch die X._ SA und Z._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde der Helvetia Nostra am 19. Februar 2013 ab; die übrigen Beschwerdeverfahren wurden bis zum Entscheid der Gemeinde über Erläuterungsgesuche der Parteien sistiert. Am 18. März 2013 hiess die Gemeinde St. Moritz die Erläuterungsgesuche beider Parteien teilweise gut. Es änderte das Dispositiv des Bau- und Einspracheentscheids vom 17. Dezember 2012 dahin ab, dass die gegen das Haus B gerichtete Einsprache von Z._ im Sinne der Erwägungen abgewiesen werde, und die X._ SA verpflichtet werde, Z._ eine Entschädigung über Fr. 900'000.-- zu bezahlen, sobald die Baubewilligung rechtskräftig geworden sei; vor Nachweis der Zahlung dürfe mit dem Bau nicht begonnen werden. 