Fatti: A. Il 31 maggio 2005 B._SA, in qualità di locatrice, e A._Sagl, in qualità di conduttrice, hanno concluso un contratto di locazione avente per oggetto un capannone, un box e quattro posteggi, con effetto a partire dal 1° luglio 2005. Il contratto, di durata indeterminata e disdicibile con un preavviso di 6 mesi per la scadenza del 30 giugno di ogni anno, la prima volta per il 30 giugno 2010, prevedeva una pigione annuale di fr. 29'400.--, pagabile in rate mensili anticipate di fr. 2'450.--. B. Nonostante i dissapori immediatamente sorti fra le parti in merito ad asseriti difetti dell'ente locato, al mancato versamento del deposito di garanzia e al pagamento irregolare delle pigioni mensili, il rapporto di locazione è continuato sino ai fatti all'origine dell'attuale controversia, risalenti all'aprile 2007. B.a Il 6 aprile 2007 A._Sagl ha segnalato alla locatrice che in occasione del temporale del 3 aprile precedente si erano verificate abbondanti infiltrazioni d'acqua, precisando che non avrebbe provveduto al pagamento delle pigioni sino all'eliminazione dei difetti dell'ente locato. Il 16 aprile 2007 essa ha ribadito la richiesta tendente alla riparazione del tetto e comunicato alla locatrice di ritenerla responsabile dei danni da lei subiti, quantificati in fr. 60'000.--, visto il rifiuto opposto dall'assicurazione alla sua richiesta d'indennizzo. B._SA ha risposto il 20 aprile 2007, contestando il contenuto delle citate missive e sollecitando il versamento del deposito di garanzia. Il 26 aprile 2007 essa ha inoltre fissato a A._Sagl un termine di 30 giorni per il pagamento delle pigioni arretrate di febbraio, marzo e aprile 2007, con la comminatoria della disdetta anticipata ai sensi dell'art. 257d CO in caso di mancato pagamento. Con scritto del 22 maggio 2007 A._Sagl ha spiegato di non aver pagato il canone di locazione a causa della mancata eliminazione dei difetti all'origine delle infiltrazioni d'acqua, che le hanno causato un pregiudizio di fr. 60'000.--, e ha dichiarato che a partire dal mese di giugno avrebbe depositato la pigione presso l'Ufficio di conciliazione. Il 29 maggio 2007 B._SA ha notificato la disdetta del contratto di locazione con effetto al 30 giugno 2007, su modulo ufficiale. B.b A._Sagl si è quindi rivolta al competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, il 4 giugno 2007, chiedendo l'invalidazione della disdetta o, in subordine, la concessione di una protrazione della locazione di almeno due anni, nonché la condanna della locatrice al risarcimento dei danni subiti a causa dei difetti dell'ente locato. All'udienza del 26 giugno le parti hanno concordato la liberazione a favore della locatrice del canone depositato per il mese di giugno 2007, così come la competenza della Pretura a decidere sulla contestazione della disdetta e sulla domanda di protrazione della locazione presentata dalla conduttrice, avendo la locatrice preannunciato l'inoltro di un'istanza di sfratto. B.c Con istanza del 2 luglio 2007 B._SA ha in effetti domandato alla Pretura di Lugano di ordinare lo sfratto di A._Sagl, poiché l'ente locato non era stato riconsegnato entro il termine previsto dalla disdetta. La conduttrice si è opposta all'istanza di sfratto e ha ribadito le richieste già formulate dinanzi all'Ufficio di conciliazione. Essa ha pure specificato che nella lettera del 22 maggio 2007 aveva espresso la volontà di depositare le pigioni future e compensare le pigioni scadute con la sua pretesa di risarcimento danni, quantificata in fr. 60'000.--. La disdetta notificata immediatamente dopo tale comunicazione sarebbe abusiva e quindi annullabile giusta l'art. 271 segg. CO, siccome data per il motivo ch'essa faceva valere in buona fede pretese derivanti dalla locazione. In via riconvenzionale la conduttrice ha inoltre postulato il risarcimento del pregiudizio patito a causa dell'inadempienza contrattuale della locatrice, la quale non ha mai provveduto a riparare il tetto difettoso, composto da fr. 108'434.85, quale risarcimento per il materiale ferroso e d'acciaio danneggiato dalle infiltrazioni d'acqua, e da fr. 173'300.90, a titolo di risarcimento per l'interruzione dell'attività a seguito della contestata disdetta. In sede di duplica ha poi comunicato la rinuncia alla domanda riconvenzionale - visto che l'art. 406 cpv. 1 CPC esclude una simile domanda nel quadro della procedura speciale per le controversie in materia di locazione di locali di abitazione e commerciali e di affitto - e l'avvenuta introduzione, presso la medesima Pretura, di un'azione tendente al risarcimento danni e alla riduzione della pigione. Statuendo il 15 luglio 2008, la Pretora, premesso che la sua competenza e il suo potere d'esame si fondano sull'art. 274g cpv. 1 lett. a CO, ha accertato la validità della disdetta notificata il 29 maggio 2007 con effetto a decorrere dal 30 giugno 2007 e ha accolto l'istanza di sfratto, respingendo la domanda di protrazione. In breve, la giudice di prima istanza è giunta alla conclusione che in concreto non sono riunite le condizioni per ammettere l'asserita estinzione del debito per compensazione: l'affermazione della conduttrice secondo la quale essa avrebbe subito un danno di fr. 60'000.-- a causa dei difetti è infatti una mera allegazione di parte, contestata dalla locatrice, che non può dirsi incontestabile. In queste circostanze, non avendo A._Sagl fatto uso della facoltà concessale dall'art. 259g CO di depositare le pigioni in attesa dell'eliminazione degli asseriti difetti dell'ente locato, la disdetta per mora nel pagamento delle pigioni appariva giustificata. La giudice ha poi disatteso l'argomento secondo il quale la disdetta sarebbe abusiva e quindi annullabile giusta l'art. 271 e 271a CO, poiché dalla documentazione prodotta non è emerso alcun elemento a sostegno di tale asserzione. Da ultimo, la giudice ha respinto la domanda di protrazione della locazione, l'art. 272a cpv. 1 lett. a CO escludendo espressamente ogni proroga del contratto in caso di disdetta per mora del conduttore. B.d L'impugnativa interposta dalla soccombente contro questo giudizio è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 15 settembre 2008. La massima istanza ticinese non solo ha integralmente condiviso le considerazioni formulate dalla prima giudice, ma ha pure aggiunto che la domanda volta all'accertamento dell'abusività della disdetta risulta in ogni caso irricevibile, siccome formulata per la prima volta nel procedimento di sfratto, e non già davanti all'Ufficio di conciliazione. C. Il 20 ottobre 2008 A._Sagl è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza impugnata nel senso dell'accoglimento del suo appello e, pertanto, dell'accoglimento della contestazione della disdetta con conseguente reiezione dell'istanza di sfratto. La richiesta tendente al conferimento dell'effetto sospensivo è stata accolta in via supercautelare il 22 ottobre 2008. Nella risposta del 5 novembre 2008 B._SA ha proposto di respingere sia la domanda di effetto sospensivo sia il ricorso. Contestualmente alla presentazione del suo allegato ha pure chiesto di ordinare alla controparte il versamento di un'adeguata garanzia per spese ripetibili giusta l'art. 62 LTF, pena il decadimento dell'intera procedura. L'autorità cantonale ha invece rinunciato a presentare osservazioni. 