Faits: A. La bourgeoisie de Collombey-Muraz est propriétaire de la parcelle 2670 du cadastre municipal, sise au Rideau des Îles, en zone industrielle. D'entente avec la bourgeoisie qui s'était engagée à lui concéder un droit de superficie sur cette parcelle, B._ a sollicité, le 5 juin 2007, l'autorisation d'y construire des hangars et dépôts à bois ainsi qu'un accès depuis la route de Tabac-Rhône. Ce projet a suscité l'opposition de A._, qui exploite une raffinerie sur une parcelle adjacente. Elle arguait de l'insuffisance du dossier notamment sur les questions liées au danger d'incendie, à l'émission de poussières et aux effets des extensions futures envisagées. Pour répondre à ces questions, B._ s'est exprimée, dans un rapport complémentaire du 13 octobre 2007, sur les deux activités auxquelles devait servir son projet: la transformation de bois naturel en plaquettes et en bois de feu d'une quantité annuelle de 6'000 stères, ainsi que la production de bois de récupération à concurrence de 800 tonnes par année. Elle niait un danger élevé d'incendie, détaillait les mesures d'intervention prévues en cas de départ de feu et évaluait le rayon de dispersion des poussières de bois à 100 m. A._ a maintenu ses craintes tirées de la proximité entre, d'une part, la torche et la turbine à gaz de la raffinerie et, d'autre part, la manutention d'importantes quantités de bois. Consulté par l'administration communale, le Service cantonal de la protection de l'environnement a souhaité que B._ élabore une notice d'impact sur l'environnement. Déposée le 1er février 2008, cette étude n'a pas levé les doutes de A._ qui a maintenu son opposition. Par décision du 18 février 2008 notifiée aux parties le 28 juillet 2008, le Conseil communal a accordé à B._ l'autorisation de construire sollicitée et rejeté l'opposition de A._. B. A._ a porté sa cause devant le Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après: le Conseil d'Etat), qui a rejeté son recours par décision du 18 février 2009. Par arrêt du 10 juillet 2009, le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ contre la décision précitée. Il a considéré en substance que le projet se limitait aux plans approuvés par le Conseil municipal le 18 février 2008 et qu'il n'y avait pas lieu d'étendre l'objet du litige aux éventuelles extensions qui n'avaient pas été incluses dans la demande d'autorisation de construire; vu son ampleur, le projet n'était donc pas soumis à l'étude de l'impact sur l'environnement (ci-après: l'EIE). Par ailleurs, l'ordonnance fédérale du 27 février 1991 sur la protection contre les accidents majeurs (OPAM: RS 814.012) ne s'appliquait en principe pas aux installations de l'intimée. Comme le périmètre maximal de sécurité de l'entreprise de raffinage était de toute façon respecté (200 m), il n'était nullement rendu vraisemblable que l'exploitation du site de bois puisse présenter un risque d'incendie. Il apparaissait que A._ proposait un transfert de responsabilité du détenteur d'une entreprise selon l'OPAM, alors qu'il lui appartenait en réalité de présenter des mesures de sécurité de ses installations adaptées au caractère du voisinage. Il n'y avait au surplus pas eu de violation du droit d'être entendu. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 juillet 2009 et de rejeter la demande d'autorisation de construire du 5 juin 2007, le dossier étant retourné à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. Subsidiairement, elle conclut au renvoi du dossier à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue, d'un établissement inexact des faits ainsi que d'une mauvaise application du droit fédéral. 