Fatti: A. La A._SA è una società anonima di cui sono azionisti diversi Comuni della regione del Locarnese ed ha in particolare quale scopo la realizzazione, la gestione e l'amministrazione del centro balneare al Lido di Locarno. Essa è titolare di un diritto di superficie per sé stante e permanente intavolato nel registro fondiario quale fondo part. xxx, gravante la particella yyy di Locarno, ubicata in località Lido, nella zona per attrezzature ed edifici di interesse pubblico (zona AP-EP) destinata ad area di svago a lago. B. Il 14 settembre 2006 il Municipio di Locarno ha rilasciato alla A._SA la licenza edilizia per costruire sul fondo un nuovo centro balneare regionale. Il progetto prevedeva in particolare la parziale rimozione delle strutture preesistenti e la realizzazione all'aperto di una vasca olimpionica, di tre ulteriori piscine (per i tuffi, per i principianti e per i bambini), di attrezzature ludiche, di uno scivolo e di una piscina termale. All'interno erano previsti tre piscine (per i nuotatori, per i principianti e per i bambini), servizi vari (quali cassa, buvette, shop e spogliatoi), un settore wellness ed un'area benessere (sauna, idromassaggio). Nel corso della realizzazione, la progettata area benessere è stata modificata in una zona fitness mediante una domanda di costruzione in variante, accolta dal Municipio che ha rilasciato il permesso il 18 marzo 2010. Entrambe le licenze edilizie sono cresciute in giudicato e nel frattempo il progetto è stato realizzato. C. Il 20 maggio 2009 la A._SA ha presentato un'ulteriore domanda di costruzione per realizzare la seconda tappa del progetto, comprendente in particolare un'area wellness, due ristoranti (di cui uno self-service) e una discoteca. Alla domanda si è in particolare opposta la Comunione dei comproprietari del Condominio B._. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 25 giugno 2010 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo nel contempo l'opposizione della vicina. L'esecutivo comunale, in particolare per quanto riguarda la discoteca, ha nondimeno imposto una serie di condizioni quali il rispetto di determinate esigenze di isolazione fonica, l'obbligo di prevedere almeno quattro agenti di sicurezza per la gestione del traffico e della quiete pubblica, nonché l'obbligo per gli utenti di utilizzare unicamente determinate aree di posteggi. Adito dall'opponente, con risoluzione del 19 ottobre 2010 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ne ha parzialmente accolto il ricorso, confermando la licenza edilizia ad eccezione del corpo sopraelevato destinato a discoteca. Ha di conseguenza stralciato, siccome divenute prive di oggetto, le relative clausole accessorie. D. La A._SA e il Comune di Locarno hanno impugnato la risoluzione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che con sentenza del 4 aprile 2011 ha respinto entrambi i ricorsi. La Corte cantonale ha sostanzialmente confermato la decisione del Consiglio di Stato, secondo cui la prevista discoteca non era conforme alla funzione della zona AP-EP destinata ad area di svago a lago. E. La A._SA impugna questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarlo, di annullare pure la risoluzione governativa e di confermare integralmente la licenza edilizia rilasciata dal Municipio. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti alla Corte cantonale per un nuovo giudizio. La ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio e dell'autonomia comunale. F. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Municipio di Locarno si rimettono al giudizio del Tribunale federale. La Comunione dei comproprietari del Condominio B._ chiede di respingere il gravame nella misura della sua ammissibilità. La ricorrente ha replicato alla risposta dell'opponente. 