Sachverhalt: A. Die X._ AG erwarb am 24. März 1987 für Fr. 2'689'400.-- das Grundstück Kat.-Nr._ in der Gemeinde M._, welches 11'900 m2 Bauland umfasste. Zwischen dem 1. April 1998 und dem 26. Juni 2001 verkaufte sie elf Baulandparzellen (Wohnüberbauung "A._") an verschiedene Erwerber. Letztere schlossen mit der X._ AG jeweils auch einen Werkvertrag betreffend die Erstellung eines Einfamilienhauses inklusive Garage ab. In der Folge realisierte die X._ AG diese Bauten. Weil sie trotz Mahnung keine Steuererklärung eingereicht hatte, veranlagte der Gemeinderat von M._ die X._ AG mit Verfügung vom 6. Februar 2007 nach pflichtgemässem Ermessen für einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 2'081'500.--, resultierend in einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 481'434.--. Hierbei ging der Gemeinderat von M._ von einem angeblich marktüblichen Gewinn von 20 % auf den Baukosten aus. Von den vertraglich vereinbarten Werkpreisen berücksichtigte er daher nur 80 % als abzugsfähige Anlagekosten. B. Gegen diese Verfügung erhob die X._ AG Einsprache, welche vom Gemeinderat am 2. September 2008 abgewiesen wurde. Zur Begründung führte der Gemeinderat aus, die X._ AG habe zwar zusammen mit der Einsprache die Grundstückgewinnsteuererklärungen nachgereicht, jedoch habe sie mangels Substantiierung ihrer Eigenleistungen den Nachweis der Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung nicht erbracht. Gegen den Einspracheentscheid rekurrierte die X._ AG bei der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich. Diese wies den Rekurs mit Entscheid vom 18. Mai 2009 ab. Hiergegen beschwerte sich die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses stellte in seinem Urteil vom 3. Februar 2010 fest, dass bezüglich der Handänderung GR- Nr. _ (Steuerbetrag Fr. 72'981.--) die Verjährung eingetreten sei und hiess die Beschwerde in diesem Umfang teilweise gut. Bezüglich der Grundstückgewinnsteuern aus den übrigen zehn Handänderungen (Steuerbetrag Fr. 408'453.--) bestätigte das Verwaltungsgericht jedoch den Entscheid der Steuerrekurskommission. C. Mit Eingabe vom 14. April 2010 führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie stellt den Antrag, es sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Gemeindesteueramt M._ sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten grundsätzlich auf eine Vernehmlassung. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt jedoch insoweit die Abweisung der Beschwerde, als damit eine Verletzung der Bundesverfassung gerügt wird. Mit Verfügung vom 4. Mai 2010 wies der Präsident der Il. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch der X._ AG um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab. 