Sachverhalt: A. Die X._ mit Sitz in Zürich ist die hiesige operative Aktiengesellschaft der gleichnamigen Unternehmensgruppe. Es handelt sich bei dieser um einen international tätigen ...konzern. Mit Kaufvertrag vom 8. November 2006 veräusserte sie mehrere Liegenschaften in verschiedenen Gemeinden des Kantons Zürich an eine Anlagestiftung. Für die veräusserte Liegenschaft in A._, Kanton Zürich, deklarierte die X._ in der Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer einen Grundstückgewinn von Fr. 166'809.--. Diesen verrechnete sie vollumfänglich mit dem Verlustvortrag aus dem Geschäftsabschluss per 31. Dezember 2005 von über ... Franken. Mit Veranlagungsentscheid vom 24. Januar 2007 anerkannte der Steuerausschuss der Stadt A._ die Verlustverrechnung nicht und setzte den Grundstückgewinn auf Fr. 277'745.-- fest (unter Vornahme einer Korrektur bei der Mäklerprovision). Auf Einsprache hin bestätigte der Steuerausschuss diese Veranlagung. Mit Entscheid vom 27. März 2008 hiess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich einen Rekurs der Steuerpflichtigen gegen den Einsprachebeschluss vom 13. September 2007 teilweise gut und setzte den Grundstückgewinn auf Fr. 166'809.-- und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 66'488.-- fest. Sie anerkannte die vertraglich vereinbarte Provision in vollem Umfang. Hingegen lehnte sie eine Verrechnung des Betriebsverlusts mit dem Grundstückgewinn ab. Das von den Steuerpflichtigen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess mit Urteil vom 10. Dezember 2008 ihre Beschwerde teilweise gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Steuerrekurskommission zurück. Es führte aus, dass § 221 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) keine Verrechnung von Betriebsverlusten mit Grundstückgewinnen vorsehe. Aus Art. 12 Abs. 4 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) ergebe sich weder eine Verpflichtung noch ein Verbot, Geschäftsverluste mit Grundstückgewinnen zu verrechnen. Die neuere bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Vermeidung von Ausscheidungsverlusten betreffe die interkantonale Doppelbesteuerung und könne auf einen rein innerkantonalen Sachverhalt, wie er hier vorliege, nicht direkt angewendet werden. Dennoch sei die kantonale gesetzliche Regelung einer Überprüfung auf ihre Verfassungsmässigkeit zugänglich, was die Rekurskommission nachzuholen habe. B. Im zweiten Rechtsgang (Entscheid vom 10. Juni 2009) gelangte die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich zum Schluss, dass sich die zürcherische Regelung der Grundstückgewinnbesteuerung, die keine Verrechnung von Betriebsverlusten mit Grundstückgewinnen erlaube, für den vorliegenden innerkantonalen Sachverhalt (Unternehmenssitz und veräusserte Liegenschaft im Kanton Zürich) nicht mehr als verfassungsmässig erweise und die Verlustverrechnung auch ohne gesetzliche Grundlage im kantonalen Recht im Grundsatz zuzulassen sei. Sie wies die Sache an die zuständige Behörde der Stadt A._ zurück, damit diese zusammen mit dem kantonalen Steueramt den verrechenbaren Betriebsverlust 2006 bestimme. Gegen diesen Entscheid führte die Stadt A._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess mit Urteil vom 25. August 2010 die Beschwerde gut und setzte die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 66'488.-- fest. Es pflichtete der Steuerrekurskommission zwar bei, dass die im kantonalen Recht fehlende Verlustverrechnungsmöglichkeit eine wesentlich stärkere Belastung und systematische Benachteiligung von Unternehmen bewirke, sofern sich ihr Sitz wie auch das veräusserte Grundstück im Kanton Zürich befänden. Insofern verletze die zürcherische Regelung den Grundsatz der Rechtsgleichheit und sei sie verfassungswidrig. Indessen bleibe es Aufgabe des Gesetzgebers, die von Art. 8 Abs. 1 BV gebotene rechtsgleiche Behandlung von inner- und ausserkantonalen Unternehmungen herbeizuführen. Demzufolge sei die Beschwerde ohne Aufhebung der angefochtenen Verfügung gutzuheissen. C. Die X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. August 2010 sei aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 0 festzusetzen. Der Steuerausschuss der Stadt A._ beantragt die Abweisung der Beschwerde, allerdings mit einer anderen Begründung als derjenigen, die das Verwaltungsgericht seinem Entscheid zugrunde gelegt hat. Das Kantonale Steueramt Zürich schliesst sich der Vernehmlassung der Stadt A._ an. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet, da keine Verletzung von harmonisiertem Recht drohe. 