Sachverhalt: A. Am 28. Januar 2008 erteilte die Baukommission Uetikon am See der Y._ AG die baurechtliche Bewilligung für die Arealüberbauung "Holländer" auf den Grundstück Kat.-Nrn. 3864 und 3865. Auf dem östlichen Teil des Grundstücks Kat.-Nr. 3864 steht bereits die Altersklinik "Bergheim". Westlich daran anschliessend sollen 6 Reiheneinfamilienhäuser und 7 Mehrfamilienhäuser mit insgesamt 40 Wohnungen sowie eine Tiefgarage gebaut werden. Insgesamt wurden 178 Abstellplätze bewilligt. Am 28. Januar 2008 erteilte die Baudirektion die strassenpolizeiliche, die forstrechtliche und die wasserpolizeiliche Bewilligung; diese wurden zusammen mit der Baubewilligung eröffnet. Am 11. August 2008 bewilligte die Baukommission eine Projektänderung; diese wurde zusammen mit der hierfür erforderlichen forst- und wasserpolizeilichen Bewilligung vom 28. Juli 2008 eröffnet. Mit Verfügung vom 15. August 2008 erteilte die Baukommission Uetikon am See die baurechtliche Bewilligung für eine Erweiterung der Parkierungsfläche. B. Gegen alle fünf Verfügungen rekurrierte X._ an die Baurekurskommission II des Kantons Zürich. Diese führte einen Augenschein durch. Am 27. Januar 2009 hiess sie die Rekurse in einem Nebenpunkt gut (Aufhebung der Gebühr für die Zustellung der baurechtlichen Entscheide) und wies sie im Übrigen ab, soweit sie darauf eintrat. C. Dagegen erhob X._ am 2. März 2009 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 6. Mai 2009 im Kostenpunkt teilweise gut und setzte die Spruchgebühr im Rekursverfahren von Fr. 9'000.-- auf Fr. 5'000.-- herab. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, weil der Beschwerdeführer zum Rekurs gegen die Baubewilligung nicht legitimiert gewesen sei, und die Baukommission deshalb auf den Rekurs nicht hätte eintreten dürfen. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 3. Juli 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu formeller und materieller Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter seien die vom Verwaltungsgericht und der Baurekurskommission festgesetzten Spruchgebühren und Parteientschädigungen angemessen zu reduzieren bzw. vollumfänglich der Gemeinde Uetikon am See zu belasten oder gegebenenfalls aufzuheben. E. Die Y._ AG (im Folgenden: Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Baudirektion des Kantons Zürich weist darauf hin, dass die Erschliessung des Bauvorhabens östlich über die Holländerstrasse unstreitig ausreiche, und damit einzig zu klären bleibe, ob der aus dem Bauvorhaben resultierende Verkehr weitere (nebenbestimmungsweise zu verfügende) Massnahmen im westlichen Bereich der Holländerstrasse erforderlich mache oder nicht. In seiner Replik hielt der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest. F. Mit Verfügung vom 7. September 2009 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. 