Sachverhalt: A. Am Abend des 25. Mai 2009 kam es zwischen X._ und seiner Ehefrau in ihrer gemeinsamen Wohnung zu einem Streit, nach welchem sich die Ehefrau zu einer Nachbarin begab und von dort um 19.15 Uhr die Polizei alarmierte. Am darauf folgenden Polizeieinsatz, bei welchem zunächst die Regional- und dann die Kantonspolizei Aargau ausrückte, war auch die Sondereinheit "Argus" beteiligt, welche um 21.48 Uhr gewaltsam in die Wohnung von X._ und seiner Ehefrau eindrang. Dort gab der Kantonspolizist Nr. 5 der Sondereinheit "Argus" zwei Schüsse in den Bauch von X._ ab. Dieser musste in der Folge längere Zeit in Spitalpflege verbringen. Das aufgrund dieses Vorfalles eröffnete Strafverfahren führt der Bezirksamtmann-Stellvertreter von Bremgarten. B. Mit Eingabe vom 6. August 2009 beantragte X._ beim Präsidium der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau, mit den Funktionen eines Untersuchungsrichters bzw. eines Staatsanwalts seien Personen zu betrauen, die in keinem öffentlichrechtlichen Dienstverhältnis mit dem Kanton Aargau stehen. Mit Verfügung vom 20. August 2009 wies das Präsidium der Beschwerdekammer das Ablehnungsbegehren ab. Das Präsidium erwog, mit seinem Antrag lehne X._ sinngemäss sämtliche Untersuchungsrichter und Staatsanwälte des Kantons Aargau ab. Er mache eine grundsätzliche Befangenheit der Aargauer Strafverfolgungsbehörden aufgrund der beträchtlichen professionellen und oft auch persönlichen Verflechtungen zwischen ihren Angehörigen und jenen der kantonalen Polizeibehörden geltend. Dieses Ablehnungsbegehren habe X._ nicht unverzüglich gestellt. Es sei damit verspätet, weshalb X._ insoweit nicht gehört werden könne (E. 3.1.1.). Der geltend gemachte Ablehnungsgrund der grundsätzlichen Befangenheit der Aargauer Strafverfolgungsbehörden wäre im Übrigen ohnehin zu verneinen gewesen (E. 3.1.2). Das Präsidium erwog weiter, über die angebliche grundsätzliche Befangenheit hinaus werfe X._ dem Bezirksamtmann-Stellvertreter vor, in mehrfacher Hinsicht in fragwürdiger Weise vorgegangen zu sein, weshalb der Anschein der Befangenheit bestehe. Dazu führte das Präsidium aus, dieser Vorwurf sei zwar nicht als verspätet zu betrachten, doch würden mit den angeblichen Ungereimtheiten Verfahrensmassnahmen gerügt, die keinen Grund für die Annahme einer Befangenheit darstellen könnten (E. 3.2.1). C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer sei aufzuheben und der Ausstand des Bezirksamtmann-Stellvertreters anzuordnen. D. Das Präsidium der Beschwerdekammer hat auf Vernehmlassung verzichtet. Es beantragt unter Hinweis auf die Erwägungen in seinem Entscheid die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau beantragt unter Verzicht auf Gegenbemerkungen die Abweisung der Beschwerde. Der Bezirksamtmann-Stellvertreter hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen. 