Sachverhalt: A. Die 1980 geborene S._ war bis zum 31. Oktober 2006 bei der B._ AG zu einem Pensum von 80 % als Assistentin eines Kadermitarbeiters angestellt. Im 2006 gebar sie ihr erstes Kind, wobei ein Dammschnitt durchgeführt wurde. Die Heilung der Wunde verursachte in der Folge persistierende Beschwerden. Am 9. Dezember 2008 reichte sie bei der Invalidenversicherung ein Leistungsgesuch zur Gewährung von beruflichen Massnahmen und Ausrichtung einer Invalidenrente ein. Im Rahmen der Durchführung einer polydisziplinären Untersuchung im Institut X._ wurde im Gutachten vom 12. Januar 2011 festgestellt, als Diagnose mit Auswirkung auf die Arbeits- und Leistungsfähigkeit liege eine Neuropathie des Nervus pudendum und N. cutaneus femoris posterior nach Episiotomie im 2006 vor. In der angestammten sowie in einer adaptierten Tätigkeit sei die Versicherte vollzeitig arbeitsfähig, wobei die Leistungsfähigkeit um maximal 30 % herabgesetzt sei. Mit Verfügungen vom 27. Mai 2011 verneinte die IV-Stelle des Kantons Thurgau einerseits einen Anspruch auf berufliche Eingliederungsmassnahmen (Umschulung und Berufsberatung) und andererseits einen solchen auf eine Invalidenrente, indem sie dies im Wesentlichen damit begründete, S._ sei in der angestammten Tätigkeit als kaufmännische Angestellte nie für eine längere Zeit zu mehr als 20 % eingeschränkt gewesen. Das bisher ausgeübte 80 %-ige Pensum sei somit weiterhin zumutbar, während die restlichen 20 % in den Aufgabenbereich entfallen würden, wobei im Bereich Haushalt keine Einschränkung bestehe. B. S._ liess hiegegen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau einreichen und beantragen, die Sache sei zu einer Entscheidung betreffend Gewährung von beruflichen Massnahmen und Ausrichtung einer Invalidenrente an die Verwaltung zurückzuweisen. Das angerufene Gericht wies die Beschwerde mit Entscheid vom 16. Mai 2012 ab. C. Die Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, der kantonale Gerichtsentscheid sei aufzuheben und die Sache sei zur Anordnung eines fachärztlichen Gutachtens an die Verwaltung zurückzuweisen, eventualiter sei das Kostendispositiv der Vorinstanz aufzuheben und der Beschwerdeführerin höchstens eine Gebühr von Fr. 600.- aufzuerlegen. Auf die Begründung der Beschwerde wird, soweit erforderlich, in den Erwägungen eingegangen. 