Faits: A. A.a X._ SA (ci-après: X._) a principalement pour but de construire, rénover et transformer des chalets et maisons individuelles. De 2005 à 2009, A._ occupait la fonction de président du conseil d'administration de X._, B._ celle de directeur. Tous deux possédaient la signature collective à deux. Le travail du premier nommé consistait à participer à trois conseils d'administration par année. En juillet 2009, B._ a quitté la société et son nom a été radié du registre du commerce. C._ a alors été inscrit comme directeur avec signature collective à deux. Quant à A._, il est devenu administrateur unique avec signature collective à deux. Depuis août 2010, C._ et A._ possèdent la signature unique. A.b Le 6 juin 2005, X._ a conclu avec D._ (ci-après: le maître de l'ouvrage) un "contrat de construction". Cette convention portait sur l'édification d'un chalet et d'un garage au lieu-dit "...", sur la commune de .... Les parties ont convenu que X._ se chargeait de l'étude puis de la réalisation de l'ouvrage, et qu'elle choisirait toutes les entreprises pour l'exécution des travaux et les fournisseurs pour les matériaux nécessaires. Le coût forfaitaire du chalet a été fixé à 1'084'000 fr. X._ a adjugé divers travaux (terrassements, fouilles en rigole, canalisations, etc.) à Y._ SA (ci-après: Y._). Auparavant, X._ avait attribué à cette société des travaux de construction pour trois autres chalets ("E._", "F._", "G._") situés dans le même secteur. X._ a également exécuté diverses prestations, toujours en collaboration avec Y._, non inclues dans le montant forfaitaire convenu initialement entre les parties. Ces prestations, qui ont fait l'objet d'un devis établi par X._, appelaient un complément de paiement de la part du maître de l'ouvrage. Le 6 juillet 2007, Y._, "suite aux instructions (...) reçues de X._ SA", a adressé directement au maître de l'ouvrage, pour les travaux complémentaires exécutés, sa facture finale d'un montant de 92'220 fr. Le 28 novembre 2007, B._ (pour X._), H._ et I._ (tous deux de Y._) ont signé la convention suivante: " [...] 1. Reconnaissance du montant total selon relevé de compte du 28.11.2007 de Fr. 345'682.40 comprenant part X._ SA et propriétaires (E._ - G._ - F._ - C. D._). 2. Paiement X._ SA de Fr. 107'245.-- + Fr. 16'237.70 (part E._) en début de semaine 49. 3. Accord et reconnaissance des travaux pour le paiement du solde E._ et des factures G._, F._ et D._ d'ici fin de l'année 2007 au plus tard. 4. En cas de non-respect du point 3, paiement du solde des propriétaires par X._ SA sur la base d'un plan de paiement échelonné d'ici la fin de l'année 2007, mais au plus tard le 30 avril 2008. [...]" Le ch. 3 de la convention fait implicitement référence aux sommes dues pour les travaux complémentaires. Concernant D._ ce montant est de 92'220 fr. (cf. supra, facture du 6 juillet 2007). A.c Par commandement de payer établi par l'Office des poursuites de Sion, Y._ a réclamé à X._ le paiement de 92'220 fr., avec intérêts à 5% dès le 5 août 2007. Cette dernière société y a fait opposition totale le 4 décembre 2008 et la mainlevée provisoire a été prononcée le 9 février 2009 par la juge suppléante du district de Sion. B. Le 30 mars 2009, X._ a introduit une action en libération de dette devant le juge de district de Sion; la demanderesse soutient n'être pas débitrice du montant litigieux, seul le maître de l'ouvrage s'étant engagé vis-à-vis de Y._. Après instruction, le juge de district a transmis les actes de la cause au Tribunal cantonal valaisan pour jugement. Par jugement du 10 décembre 2010 expédié le 16 décembre 2010, la Cour civile II du Tribunal cantonal a rejeté l'action. En substance, elle a considéré qu'il n'existait pas de relations contractuelles entre le maître de l'ouvrage et Y._ s'agissant des travaux complémentaires, à l'instar de ce qui prévalait pour les prestations englobées dans le forfait. La cour cantonale a conclu que seule la société X._ pouvait être tenue d'honorer la facture litigieuse de 92'200 fr. Sur la base de ce constat, elle a apprécié la convention du 28 novembre 2007, jugeant que X._ avait reconnu le montant litigieux et que la société s'était simplement réservée la possibilité que le maître de l'ouvrage paie directement le montant encore ouvert. Selon l'autorité précédente, X._ avait trouvé un avantage à signer la convention puisqu'elle lui permettait un paiement échelonné, ce qui était appréciable pour la société compte tenu de ses difficultés financières. La cour cantonale a jugé que, même si l'on devait admettre l'hypothèse selon laquelle le maître de l'ouvrage était tenu de s'acquitter directement du montant, il fallait retenir qu'en signant la convention du 28 novembre 2007 la société entendait garantir le versement; la garantie promise devait être considérée comme indépendante (et non accessoire). Enfin, s'agissant de la critique selon laquelle la convention signée par B._ ne pouvait engager la société, faute par ce dernier d'avoir possédé la signature individuelle, l'autorité précédente a considéré que l'acte accompli par l'ancien directeur a été ratifié par la société lors de la procédure menée à l'encontre de Y._. C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement cantonal du 10 décembre 2010. La société conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce qu'elle soit libérée du paiement de la somme de 92'220 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mai 2008. La recourante invoque une violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), la transgression de l'art. 718a al. 2 CO et elle reproche à la cour cantonale d'avoir admis qu'elle officiait comme entrepreneur total pour les travaux complémentaires alors qu'elle n'était que la représentante de D._. L'intimée conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. 