Sachverhalt: A. Die Mediconsult AG (Beschwerdeführerin) mit Sitz im thurgauischen Roggwil wurde im Jahr 1999 ins Handelsregister eingetragen. Sie bezweckt den Vertrieb von augenärztlichen Verbrauchs- und Investitionsgütern. Die Gesellschaft Medical Consult AG, Kreuzlingen, (Beschwerdegegnerin) wurde im Jahr 2011 ins Handelsregister eingetragen und bezweckt im Bereich der Labordiagnostik die Konzeption, Entwicklung und Vermarktung diagnostischer und therapeutischer Konzepte sowie die Konzeption von Produkten mit orthomolekularer Ausrichtung und modularem Charakter; im Weiteren fördert sie Aus-, Weiter- und Fortbildung praktizierender Ärzte im In- und Ausland auf den Gebieten der Präventiv- und Anti-Aging-Medizin. B. Mit Eingabe vom 6. Juni 2011 klagte die Beschwerdeführerin beim Obergericht des Kantons Thurgau gegen die Beschwerdegegnerin mit dem Antrag, es sei dieser zu verbieten, mit "Medical Consult AG" zu firmieren. Ausserdem sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihre Firma innert 60 Tagen nach Rechtskraft des Urteils zu ändern, und es sei das Verbot für den Fall der Widerhandlung mit der Androhung der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 292 StGB zu verbinden. Mit Urteil vom 29. August 2011 wies das Obergericht des Kantons Thurgau die Klage der Beschwerdeführerin mangels Verwechslungsgefahr ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 29. August 2011 aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 