Sachverhalt: A. S._, geboren 1944, arbeitete seit 13. Juni 1995 im Containerbau bei der Firma T._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherung (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Im Januar 1997 hatte er sich bei einem Arbeitsunfall eine Verletzung der rechten Schulter zugezogen. Nach einem ersten Rückfall im März 2000 mit entsprechenden Versicherungsleistungen wurde im Dezember 2006 ein erneuter Rückfall zum Unfallereignis aus dem Jahre 1997 gemeldet. Der Versicherte war wegen Schulterbeschwerden seit April 2006 erneut arbeitsunfähig. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht und richtete Heilkosten und Taggeldleistungen bis 31. Juli 2007 aus. Mit Verfügung vom 13. August 2007 sprach sie S._ in der Folge ab 1. August 2007 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 29 % sowie eine Integritätsentschädigung von 20 % zu. Auf Einsprache hin erhöhte sie die Integritätsentschädigung auf 25 %, hielt jedoch am Rentenentscheid fest (Einspracheentscheid vom 13. März 2008). B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 5. November 2008 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die SUVA zu verpflichten, ihm auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von mindestens 60 % ab 1. August 2007 die entsprechende Rente zu bezahlen, eventuell sei sie zu verhalten, ein polydisziplinäres Gutachten in Auftrag zu geben. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 