Faits: A. Mme A.X._, née en 1961, et M. B.X._, né en 1958, se sont mariés le 4 juin 1997 à Genève sans conclure de contrat de mariage. Les époux, qui ont deux enfants encore mineurs, ont mis un terme à leur vie commune en septembre 2009. Les modalités de leur séparation sont réglées par le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale. B. Le 2 septembre 2011, Mme A.X._ a introduit par-devant le Tribunal de première instance une procédure de protection dans les cas clairs, fondée sur l'art. 170 CC, concluant à ce qu'il soit ordonné à son époux, ainsi qu'à divers établissements (bancaires et publics notamment), assurances ou régies immobilières entre autres, de produire une série de documents permettant de déterminer la situation financière de son mari ainsi que les objets garnissant l'ancien domicile conjugal. La liste des renseignements dont la production est requise comporte près de 90 pages. Par jugement du 10 mai 2012, le Tribunal de première instance a déclaré la requête irrecevable. Cette décision a été confirmée par arrêt de la Cour de justice du 14 septembre 2012. C. Agissant par la voie du recours en matière civile, Mme A.X._ conclut à l'annulation de ce dernier arrêt et sollicite la production des documents qui font l'objet de la requête déposée devant la première instance. Elle invoque la violation des art. 257 CPC et 170 CC, celle de l'interdiction de discrimination (art. 8 Cst.), en relation avec une violation de son droit d'être entendue, du droit d'accès à la justice (art. 29 Cst.) et du droit au mariage (art. 14 Cst.), ainsi qu'enfin la violation de sa liberté personnelle (10 Cst.). Invités à se déterminer, l'intimé a conclu au rejet du recours, tandis que la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. 