Sachverhalt: A. Die 1961 geborene B._ ist gelernte Verkäuferin und war bis Ende Juli 2005 in diversen Anstellungen überwiegend als Kundenberaterin tätig. Von September 2005 bis Juli 2007 bezog sie Taggelder der Arbeitslosenversicherung und anschliessend Leistungen der Sozialhilfe. Unter Angabe einer mittelschweren Depression sowie von Panikattacken seit dem 8. Januar 2008 meldete sie sich am 1. April 2008 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich klärte die medizinischen und beruflich-erwerblichen Verhältnisse ab. Mit Verfügung vom 2. Februar 2009 wies sie den Anspruch der Versicherten auf berufliche Massnahmen ab. Sie beauftragte lic. phil. D._, Fachpsychologe für Neuropsychologie FSP mit einer neuropsychologischen und Dr. med. K._, FMH Psychiatrie und Psychotherapie, psychosomatische und psychosoziale Medizin (SAPPM), zertifizierter medizinischer Gutachter (SIM), mit einer psychiatrischen Expertise (vom 17. und 19. Dezember 2009). Mit Vorbescheid vom 16. April 2010 und Verfügung vom 13. September 2010 lehnte die IV-Stelle einen Rentenanspruch ab, was sie damit begründete, es habe keine durchschnittliche Arbeitsunfähigkeit von mindestens 40 % während eines Jahres vorgelegen. B. Die von B._ erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 13. März 2012 ab. C. B._ lässt hiegegen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen. Sie beantragt die Aufhebung der Verfügung vom 13. September 2010 und des angefochtenen Entscheides; die IV-Stelle sei zu verpflichten, ab 1. Januar 2009 eine Dreiviertelsrente zu gewähren; eventualiter sei sie zur Vornahme zusätzlicher Abklärungen zu verpflichten. 