Sachverhalt: A. Der 1949 geborene W._ war als Vertreter im Aussendienst der Firma B._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 3. November 1999 am Steuer seines anfahrenden Personenwagens sass und ein anderes Fahrzeug gegen das Heck auffuhr. In der Klinik X._, welche der Versicherte am 17. November 1999 aufsuchte, wurde ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. W._ war weiterhin bei der SUVA gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 10. August 2002 in einer Parkhausgarage ausrutschte und auf das rechte Knie fiel. Auch für dieses Ereignis anerkannte die SUVA ihre Leistungspflicht. Am 7. Oktober 2006 kam es zu einem erneuten Verkehrsunfall, bei dem ein anderes Fahrzeug von hinten gegen die rechte Seite des Wagens des Versicherten fuhr. Mit drei separaten Verfügungen vom 12. Dezember 2007 stellte die SUVA ihre Leistungen per 31. Januar 2008 ein, da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch eines der versicherten Ereignisse verursacht worden seien. Auf Einsprache hin hielt sie an dieser Sichtweise fest (Einspracheentscheid vom 25. September 2008). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 17. Juni 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die SUVA zu verpflichten, ihre Leistungen über den 31. Januar 2008 hinaus zu erbringen. Gleichzeitig wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 