Faits: A. X._, né en 1973, originaire de la République démocratique du Congo (ci-après : RDC), est arrivé à Genève le 18 septembre 2012 en provenance du Kenya via l'Egypte. A son arrivée à Genève, il s'est légitimé au moyen de documents d'identité falsifiés, établis au nom de A._, né en 1965 et originaire de RDC. Sous cette dernière identité, il a déposé une demande d'asile en Suisse. X._ a été auditionné par l'office fédéral des migrations les 26 septembre et 2 octobre 2012. Il demandait l'asile en Suisse parce qu'il fuyait la guerre. Il avait principalement vécu à Kinshasa et s'était rendu en 2007 à Goma. Il n'avait pas eu d'activité politique, si ce n'était qu'il avait été engagé par un parti de l'opposition, l'Union pour la démocratie et le progrès social (UDPS) pour fonctionner comme juré électoral dans un bureau de vote lors des élections de novembre 2011. Il avait quitté la RDC à cause de la guerre entre les Rwandais et les Congolais. Il s'était rendu au Kenya avant de venir en Suisse. Il avait été menacé par les membres d'une faction opposée, liée au président Kabila. Il craignait les massacres que ceux-ci perpétraient. Il ne voulait pas retourner en RDC, même à Kinshasa car il ne savait pas où aller. Par décision du 5 octobre 2012, l'Office fédéral des migrations a refusé d'entrer en matière sur la demande d'asile, les documents d'identité ou de voyage (art. 32 al. 2 let. a de la loi sur l'asile du 26 juin 1998; LAsi; RS 142.31) n'ayant pas été produits, et ordonné le renvoi de l'intéressé vers la RDC. Par arrêt du 22 octobre 2012, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de l'intéressé et confirmé la décision de l'Office fédéral des migrations du 5 octobre 2012 (ATAF D-5356/2012). Depuis, X._ n'a cessé de déclarer qu'il s'opposerait à son renvoi, que ce soit en RDC ou en Egypte. Le 10 novembre 2012, il a refusé d'embarquer à bord d'un avion devant le ramener en RDC via l'Egypte. B. Le 13 novembre 2012, l'officier de police a ordonné la mise en détention administrative de X._ pour trois mois. Par jugement du 15 novembre 2012, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a confirmé l'ordre de mise en détention administrative pour trois mois, soit jusqu'au 13 février 2013. Le 22 novembre 2012, l'Office fédéral des migrations a informé l'office cantonal de la population qu'il accordait son soutien au renvoi de l'intéressé et qu'il organiserait, vraisemblablement au cours du premier trimestre 2013, une audition centralisée. Par arrêt du 4 décembre 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours que l'intéressé avait dirigé contre le jugement du 15 novembre 2012. La détention a été régulièrement prolongée et confirmée jusqu'au 8 septembre 2013 par arrêts de la Cour de justice du 1er mars 2013, du 28 mai 2013 et en dernier lieu par jugement du 4 juillet 2013 du Tribunal administratif de première instance a prolongé la détention administrative de X._ jusqu'au 8 septembre 2013. Le 6 juin 2013, l'Office fédéral des migrations a confirmé être en possession du document de voyage de X._. Le 24 juin 2013, l'intéressé a refusé de sortir du dortoir. Le 25 juin 2013, une nouvelle réservation pour le prochain vol spécial à destination du Congo/Kinshasa a été effectuée par les services de police. Le 2 août 2013, l'intéressé a déposé une demande de réexamen de la décision de l'Office fédéral des migrations du 5 octobre 2012 devant le Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 14 août 2013, le Tribunal administratif fédéral a déclaré la demande de révision irrecevable. Par attestation du 15 août 2013, le service médical de B._ a indiqué que X._ effectuait, depuis le 30 juillet 2013, un jeûne de protestation contre sa détention. Par certificat médical du 1er septembre 2013, le service médical de B._ a confirmé que l'intéressé refusait la nutrition parentérale, semblait déterminé dans sa démarche malgré les risques pour sa santé, était toujours capable de discernement et présentait un état clinique très affaibli. C. Le 2 septembre 2013, l'Office cantonal de la population a sollicité auprès du Tribunal administratif de première instance la prolongation de la détention administrative de X._ jusqu'au 8 décembre 2013. A l'audience du 4 septembre 2013 devant le Tribunal administratif de première instance, durant laquelle l'intéressé était assisté de Me C._, défenseur d'office, le Dr D._ a été entendu en qualité de témoin. L'intéressé poursuivait son jeûne et n'était pas en mesure de voyager. Son état clinique déciderait d'une hospitalisation. Il était probable que l'unité carcérale des Hôpitaux universitaires de Genève ne garderait pas X._ sur le long terme. A la connaissance du témoin, les Hôpitaux universitaires refusaient la nutrition forcée. Si l'intéressé décidait de s'alimenter, il faudrait quelques semaines, voire quelques mois, pour qu'il retrouve ses capacités. Par jugement du 4 septembre 2013, le Tribunal administratif de première instance a ordonné la mise en liberté de X._ au 16 septembre 2013 à 12h00, pour tenir compte que l'état de santé de l'intéressé rendait inenvisageable un refoulement à brève échéance, de sa détermination affichée depuis plus de cinq semaines à poursuivre son jeûne et de la position du corps médical genevois s'agissant de la nutrition forcée. Selon un document signé par X._ le 12 septembre 2013 et faxé le même jour par le centre de détention à l'Office cantonal de la population, celui-là avait cessé sa grève de la faim et de la soif le 4 septembre 2013. Par mail du 12 septembre 2013, l'Office fédéral des migrations a confirmé qu'un vol spécial était planifié fin novembre 2013 et que la date était déjà fixée. D. Le 16 septembre 2013, l'Office cantonal de la population a recouru auprès de la Cour de justice contre le jugement du 4 septembre 2013, concluant sur le fond à son annulation et à la prolongation de la détention jusqu'au 8 décembre 2013 et, à titre préalable, à l'octroi de l'effet suspensif, subsidiairement au prononcé de mesures provisionnelles. Le renvoi était possible, l'intéressé ayant, de surcroît, mis un terme à son jeûne. Les autorités cantonales avaient obtenu la confirmation qu'un vol spécial en direction de Kinshasa était prévu avant la fin du mois de novembre 2013. Le recours de l'office cantonal et ses annexes ont été transmis à Me C._ le 16 septembre 2013. Par décision du 16 septembre 2013, la Cour de justice a, à titre provisionnel, prolongé la détention administrative de X._ jusqu'à ce qu'elle ait statué sur le recours de l'Office cantonal de la population, imparti un délai au jeudi 19 septembre à 16 heures pour se déterminer et réservé le sort des frais de la procédure jusqu'à droit jugé au fond. Le 17 septembre 2013, Me Magali Buser a été nommée défenseur d'office. Dans ses observations sur recours du 19 septembre 2013, l'intéressé, par sa nouvelle mandataire, a exposé qu'il n'avait jamais reçu copie du recours de l'Office cantonal de la population. Son conseil avait eu moins de deux heures entre la prise de connaissance du recours et le délai pour répondre et n'avait pas eu le temps de rencontrer son client alors que cela aurait été nécessaire. Son droit d'être entendu était violé, ce d'autant plus que le conseil n'avait jamais reçu les pièces annexées au recours. Pour le surplus, il contestait le courrier du 12 septembre 2013, signé de sa main ainsi que le courriel de l'Office fédéral des migrations dont il n'avait pas eu connaissance. Enfin, l'Office cantonal de la population avait commis un abus de droit, en saisissant la chambre administrative le 16 septembre 2013 en matinée, soit quelques heures avant la libération de l'intéressé. E. Par arrêt du 24 septembre 2013, la Cour de justice a admis le recours de l'Office cantonal de la population et annulé le jugement du 4 septembre 2013. L'art. 8 de la Convention du 27 janvier 2011 entre la Confédération suisse et la RDC sur la gestion concertée des migrations irrégulières, entrée en vigueur le 24 février 2011 (RS 0.142.112.739), prévoyait qu'en cas d'opposition de la personne, un vol spécial ou un accompagnement par des policiers jusqu'à la porte de l'avion ou jusqu'en RDC pouvait être organisé. Un jeûne de protestation ne constituait pas, en soi, un motif susceptible de conduire à la libération, à condition toutefois que ce jeûne soit encadré médicalement, ce qui était la situation de l'intéressé qui bénéficiait d'un suivi médical au sein de l'établissement de détention administrative. L'Office fédéral des migrations avait par ailleurs confirmé le 12 septembre 2013 qu'un vol était fixé et devait intervenir avant la fin du mois de novembre 2013, ce qui laissait ainsi plus de deux mois à l'intéressé pour récupérer physiquement des conséquences de la grève de la faim et de la soif, grâce notamment au suivi médical. Enfin, l'intéressé avait été placé en détention administrative le 13 novembre 2012 et, dès lors que la détention était due à son absence de coopération avec les autorités chargées de l'exécution de son renvoi, la décision de prolonger la détention administrative s'inscrivait encore dans le durée légale maximale de dix-huit mois. Le grief de la violation du droit d'être entendu ne résistait pas à l'examen compte tenu du fait que tous les actes de la procédure avaient dûment été transmis à l'avocat nommé d'office, le 16 septembre 2013, date de la réception du recours. Le changement de mandataire étant intervenu ultérieurement, la chambre de céans n'avait pas violé le droit d'être entendu de l'intéressé. Un abus de droit ne pouvait être retenu contre l'Office cantonal de la population, celui-ci n'étant pas responsable de la coïncidence des dates entre l'échéance du délai de recours et la date prévue de la mise en liberté de l'intéressé. F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, l'annulation de l'arrêt rendu le 24 septembre 2013 par la Cour de justice du canton de Genève, sa libération immédiate ainsi qu'une indemnité pour tort moral de 200 fr. par jour dès le 16 septembre 2013 à 12h00. Il sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire et requiert le prononcé de mesures provisionnelles tendant à interdire l'exécution du renvoi. Il se plaint de la violation de son droit d'être entendu, de la violation de l'interdiction de l'abus de droit ainsi que de celle du droit fédéral et du principe de proportionnalité. Par ordonnance du 22 octobre 2013, le Président de la IIe cour de droit public a rejeté la demande de mesures provisionnelles. La Cour de justice et l'Office cantonal de la population du canton de Genève ainsi que l'Office fédéral des migrations ont renoncé à déposer des observations sur recours. Invité à se déterminer sur les prises de positions des autorités administrative et de juridiction administrative, le recourant y a renoncé. 