Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 20. Februar 2008 und Einspracheentscheid vom 3. April 2008 lehnte die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) ihre Leistungspflicht für die im Jahre 2007 beim 1935 geborenen M._ diagnostizierte Malleolarfraktur Typ Weber A rechts ab, da diese nicht überwiegend wahrscheinlich durch das Unfallereignis vom 21. Februar 1956 verursacht worden sei. B. Die von der SWICA Gesundheitsorganisation als Krankenversicherung des M._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 22. Januar 2009 im Sinne der Erwägungen gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zu ergänzenden Abklärungen und anschliessender Neuverfügung an die SUVA zurück. In den Erwägungen hielt das kantonale Gericht fest, die SUVA habe, sollten die angeordneten Abklärungen zu keinem Ergebnis führen, die Folgen einer Beweislosigkeit zu tragen. C. Mit Beschwerde beantragt die SUVA, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihr Einspracheentscheid zu bestätigen. Eventuell sei der kantonale Entscheid in Bezug auf die gerichtlichen Vorgaben zur Beweislastverteilung aufzuheben und festzustellen, dass die Folgen einer allfälligen Beweislosigkeit M._ bzw. seine Krankenversicherung zu tragen habe. Während die SWICA Gesundheitsorganisation beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, verzichten M._ und das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 