Sachverhalt: A. Die X._ AG ist seit dem 27. Februar 2004 Eigentümerin der Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 in der Gemeinde Raron. Die beiden Grundstücke liegen im Gebiet "..." in der Rhoneebene. Das Grundstück Nr. 5'006 grenzt im Norden unmittelbar an die Bahntrasse, die zwischen Visp und Leuk entlang des linken Ufers der Rhone verläuft. Im Süden schliesst das Grundstück Nr. 5'007 an, auf dem sich ein Baggersee befindet. Die weiteren im Gebiet "..." liegenden Grundstücke sind bis auf ein Flugfeld landwirtschaftlich genutzt. Gleiches gilt für das Grundstück Nr. 5'006, dies jedenfalls bis zur nachfolgend beschriebenen Inanspruchnahme durch die Y._ AG (vormals Y._ Transit AG). Nach dem Nutzungsplan der Gemeinde Raron sind die Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 der Zone "Sondernutzungsplan Baggersee" zugewiesen. Das Bau- und Zonenreglement der Gemeinde Raron (GBR/Raron) vom 3. April 1996 hält hierzu in Art. 86 fest: Die definitive Nutzung in den Perimetern "Baggersee" und "Blasbiel" sowie deren Nutzungsbestimmungen sind über Sondernutzungspläne festzulegen (vgl. Art. 29). Das Verfahren richtet sich nach Art. 33 ff. kRPG [Gesetz vom 23. Januar 1987 zur Ausführung des Bundesgesetzes über die Raumplanung, Gesetzessammlung des Kantons Wallis Nr. 701.1]. B. Am 25. Juni 1999 erteilte das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) der Y._ AG die Plangenehmigung für den Bau des Lötschberg-Basistunnels (Auflageprojekt 1996, einschliesslich Projektänderung 1998). Nach dem Enteignungsplan für die Gemeinde Raron beansprucht die Y._ AG während der Bauzeit unter anderem eine Teilfläche von Grundstück Nr. 5'007. Im zwischenzeitlich eingeleiteten Enteignungsverfahren fand am 24. August 1999 an Ort und Stelle eine Einigungsverhandlung statt. Gegenstand der Einigungsverhandlung waren die von der Y._ AG anbegehrte vorzeitige Besitzeinweisung der Teilfläche auf Grundstück Nr. 5'007 und die Höhe der Entschädigung für die vorübergehende Eigentumsbeschränkung. Eine Einigung konnte nicht erzielt werden. Mit Entscheid vom 16. September 1999 bewilligte die Eidgenössische Schätzungskommission das Gesuch der Y._ AG um vorzeitige Besitzeinweisung einer Teilfläche von Grundstück Nr. 5'007 als vorübergehende Enteignung. Den Entscheid über die Höhe der Enteignungsentschädigung schob die Eidgenössische Schätzungskommission bis zum Endentscheid auf. Der Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen. C. Am 29. Juni 2000 erteilte das UVEK der Y._ AG eine weitere Plangenehmigung für den Bau des Lötschberg-Basistunnels (Auflageprojekt 1999, einschliesslich Projektänderung 2000). Für die Ausführung des Projekts beanspruchte die Y._ AG nun auch Teile des Grundstücks Nr. 5'006. Am 3. Juli 2000 fand vor Ort eine Einigungsverhandlung statt, an welcher die damaligen Grundeigentümer einer vorzeitigen Besitzeinweisung der benötigten Teilflächen von Grundstück Nr. 5'006 zustimmten. Eine Einigung über die Enteignungsentschädigung kam hingegen nicht zu Stande. D. Nachdem zwischenzeitlich die X._ AG die Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 erworben hatte, stellte die BLS Netz AG dieser einen Vereinbarungsentwurf zu. Darin sind die folgenden Enteignungstatbestände mit entsprechenden Entschädigungsangeboten aufgeführt: Enteignungstatbestand 1: Dauerhafte Beanspruchung von 2'440 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für den Bau einer neuen Schienentrasse. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 26'352.--. Enteignungstatbestand 2: Dauerhafte Errichtung einer Dienstbarkeit für die Durchleitung einer 132 kV-Freileitung der Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) über Grundstück Nr. 5'006 sowie eines Baurechts für einen Betonmast. Angebotene Enteignungsentschädigungen: Durchleitungsdienstbarkeit: Fr. 2'030.--; Baurecht: Fr. 2'550.--. Enteignungstatbestand 3: Vorübergehende Beanspruchung von rund 472 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für die Verknüpfung der Bahnlinien. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 1'300.--. Enteignungstatbestand 4: Vorübergehende Beanspruchung von rund 198 m2 von Grundstück Nr. 5'007 für die Entnahme von Wasser. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 545.--. Enteignungstatbestand 5: Vorübergehende Beanspruchung von rund 3'227 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für das Erstellen der 132 kV-Freileitung der SBB. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 1'600.--. Bei der Berechnung der Enteignungsentschädigungen ging die Y._ AG davon aus, die beiden Grundstücke Nrn. 5'006 und 5'007 würden landwirtschaftlich genutzt und es bestünden keine weitergehenden Nutzungsmöglichkeiten. Die Vereinbarung wurde von der X._ AG nicht unterzeichnet. E. Die weitere Detailplanung zum Bau des Lötschberg-Basistunnels machte im Jahr 2007 zwei weitere Projektanpassungen notwendig, die beide eine zusätzliche Inanspruchnahme von Grundstück Nr. 5'006 zur Folge hatten. Die Y._ AG stellte der X._ AG in der Folge zwei Vereinbarungsentwürfe zu. Darin sind die folgenden Enteignungstatbestände mit entsprechenden Entschädigungsangeboten aufgeführt: Enteignungstatbestand 6: Vorübergehende Errichtung eines Fahrwegrechts über Grundstück Nr. 5'006 auf einer Fläche von rund 945 m2, um eine Zufahrtsstrasse zur Versickerungsmulde für die Brückenentwässerung zu erstellen. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 1'140.--. Enteignungstatbestand 7: Vorübergehende Beanspruchung von rund 1'465 m2 von Grundstück Nr. 5'006 für den Bau der Brückenentwässerung. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 340.--. Enteignungstatbestand 8: Vorübergehendes Baurecht, um auf Grundstück Nr. 5'006 auf einer Fläche von rund 693 m2 eine Plattform für Wasserpumpen zu errichten. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 2'000.--. Enteignungstatbestand 9: Vorübergehendes Fahrwegrecht mit Aufstellfläche für Interventionsfahrzeuge auf Grundstück Nr. 5'006 auf einer Fläche von rund 1'450 m2. Angebotene Enteignungsentschädigung: Fr. 4'200.--. Die Vereinbarungen wurden von der X._ AG nicht unterzeichnet. F. Mit Schreiben vom 7. Januar 2008 teilte die Y._ AG der Eidgenössischen Schätzungskommission mit, dass sich der Enteignungstatbestand 1 insofern verändert habe, als von Grundstück Nr. 5'006 lediglich 1'650 m2 und nicht wie bisher geplant 2'440 m2 definitiv beansprucht würden. Am 1. Juni 2010 fand an Ort und Stelle eine Parteiverhandlung statt. Grundlage der Parteiverhandlung bildete eine von der Y._ AG erstellte Zusammenfassung über die beanspruchten Grundstücksflächen und Rechte mitsamt den dafür angebotenen Entschädigungen. Über die Parteiverhandlung wurde kein Protokoll geführt. Eine Einigung über die Enteignungsentschädigungen wurde nicht erzielt. Mit Schreiben vom 12. August 2010 stellten die SBB der X._ AG den Entwurf eines Dienstbarkeitsvertrags zu im Bestreben, die für die Verlegung der 132 kV-Freileitung auf Grundstück Nr. 5'006 erforderlichen Rechte freihändig erwerben zu können. Der Dienstbarkeitsvertrag wurde von der X._ AG nicht unterzeichnet. Mit Schreiben vom 16. Juni 2011 ersuchte die Y._ AG die Eidgenössische Schätzungskommission die offenen Schätzungsverfahren durch Entscheid abzuschliessen. G. Mit Schätzungsentscheid vom 10. August 2011 stimmte die Eidgenössische Schätzungskommission der beantragten formellen Enteignung von 1'650 m2 von Grundstück Nr. 5'006 zu und setzte die Entschädigung auf Fr. 23'100.-- (Fr. 14.-- pro m2) fest (Enteignungstatbestand 1). In ihrer Begründung führte sie aus, das Grundstück Nr. 5'006 befinde sich nach dem Nutzungsplan der Gemeinde Raron in einer Zone mit unbestimmter Nutzung. Ein Sondernutzungsplan, der nach Art. 86 GBR/Raron die Nutzungsordnung festlege, sei bisher nicht erlassen und genehmigt worden. Das Grundstück Nr. 5'006 sei daher als ausserhalb der Bauzonen liegendes, lediglich landwirtschaftlich nutzbares Grundstück anzusehen. Gestützt auf die preisvergleichende Methode sei ein Preis von Fr. 14.-- pro m2 angemessen, was bei 1'650 m2 einen Gesamtbetrag von Fr. 23'100.-- ergebe. Des Weiteren erhob die Eidgenössische Schätzungskommission den Entwurf des Dienstbarkeitsvertrags vom 12. August 2010 betreffend die 132 kV-Freileitung der SBB zum integrierenden Bestandteil des Entscheids und setzte die Entschädigungen für eine Durchleitungsdienstbarkeit und ein Baurecht auf Fr. 2'030.-- und auf Fr. 2'550.-- fest (Enteignungstatbestand 2). Auch hinsichtlich der Enteignungstatbestände 8 und 9 erklärte die Eidgenössische Schätzungskommission den entsprechenden Vereinbarungsentwurf zum integrierenden Bestandteil des Entscheids und setzte alsdann die Entschädigungen auf Fr. 2'000.-- und auf Fr. 4'200.-- fest. Betreffend die Enteignungstatbestände 6 und 7 erhöhte sie die von der Y._ AG angebotenen Entschädigungen von Fr. 1'140.-- auf Fr. 4'500.-- respektive von Fr. 340.-- auf Fr. 2'000.--. Im Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission nicht beurteilt wurden die Enteignungstatbestände 3, 4 und 5. H. Diesen Entscheid focht die X._ AG mit Beschwerde vom 14. September 2011 beim Bundesverwaltungsgericht an mit den Anträgen auf Entscheidaufhebung und auf Rückweisung der Sache an die Eidgenössische Schätzungskommission zur Neubeurteilung. In ihrer Beschwerde rügte die X._ AG die Nichtbehandlung der Enteignungstatbestände 3, 4 und 5. In materieller Hinsicht machte sie geltend, die Eidgenössische Schätzungskommission sei zu Unrecht von einer lediglich landwirtschaftlichen Nutzungsmöglichkeit ausgegangen. Die Entschädigung für die formelle Enteignung von 1'650 m2 von Grundstück Nr. 5'006 sei daher mit insgesamt Fr. 23'100.-- (Fr. 14.--pro m2) deutlich zu tief bemessen (Enteignungstatbestand 1). Ebenso seien die Entschädigungen für die Einräumung einer Durchleitungsdienstbarkeit und eines Baurechts mit Fr. 2'030.-- respektive mit Fr. 2'550.-- zu tief festgesetzt worden (Enteignungstatbestand 2). Mit Urteil vom 5. März 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es auf diese eintrat. In Bezug auf die Enteignungstatbestände 3, 4 und 5 erwog das Gericht, die Eidgenössische Schätzungskommission habe diese im angefochtenen Entscheid nicht beurteilt, weshalb diese auch nicht Gegenstand der materiellen Beurteilung der Beschwerdeinstanz bilden könnten. Vorliegend hätten weder prozessökonomische Gründe noch die Vermeidung von Widersprüchen zwingend eine gemeinsame Beurteilung aller neun Enteignungstatbestände verlangt. Auf die Beschwerde sei deshalb insoweit nicht einzutreten. Anzumerken sei, dass die Eidgenössische Schätzungskommission die Enteignungstatbestände 3, 4 und 5 von Amtes wegen zu beurteilen haben werde. Betreffend die von der X._ AG angefochtenen Enteignungstatbestände 1 und 2 schützte das Bundesverwaltungsgericht den Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission. I. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. April 2012 ans Bundesgericht beantragt die X._ AG die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 5. März 2012 und des Entscheids der Eidgenössischen Schätzungskommission vom 10. August 2011. Die Vorinstanz und die Eidgenössische Schätzungskommission haben auf Vernehmlassungen verzichtet. Die Y._ AG beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu an ihrem Standpunkt fest. 