Sachverhalt: A. Mit Entscheid des Leitenden Ausschusses für die eidgenössischen Medizinalprüfungen (nachfolgend: Leitender Ausschuss) vom 20. Oktober 2006 wurde X._ (geb. 1956 in Tunesien) gestützt auf sein in Frankreich abgeschlossenes Medizinstudium zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen zugelassen, worauf er sich für Juli 2007 zu den Prüfungen in Zürich anmeldete und von der Ortspräsidentin Humanmedizin die Zutrittsbewilligung erhielt. B. Das Amtsstatthalteramt Luzern führt gegen X._ eine Strafuntersuchung u.a. wegen Urkundenfälschung und Fälschung von Ausweisen. Ihm wird vorgeworfen, Ausweise und Zeugnisse gefälscht zu haben und sich unter Vorlage der gefälschten Dokumente jeweils an der medizinischen Fakultät von in- und ausländischen Universitäten immatrikuliert zu haben. Das Verfahren wurde mit einer Strafanzeige der Universität Genf vom 9. Dezember 2004 eingeleitet. Am 27. März 2006 folgte eine weitere Strafanzeige der gleichen Institution. Mit Eingabe vom 4. Januar 2008 reichte X._ bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern eine Beschwerde ein. Dabei warf er der für die Strafuntersuchung zuständigen Amtsstatthalterin namentlich eine unrechtmässige Verfahrensverzögerung vor. Gleichzeitig stellte er gegen sie ein Ausstandsgesuch. Die Staatsanwaltschaft wies die Beschwerde und das Ausstandsgesuch am 27. März 2008 ab, soweit sie darauf eintrat. Eine hiergegen gerichtete Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 6. Mai 2008 ab, soweit es darauf eintrat. Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde von X._ am 13. November 2008 abgewiesen. C. Nachdem er vom Amtsstatthalteramt Luzern im Rahmen eines Auskunftsbegehrens in der von diesem Amt geführten Untersuchung über eine am 28. Juni 2000 erfolgte Namensänderung informiert worden war, widerrief der Leitende Ausschuss am 19. Juni 2007 die Zulassung vom 20. Oktober 2006 mit der Begründung, X._ sei seit dem 24. Mai 1996 endgültig von den eidgenössischen Medizinalprüfungen (Berufsarten Human- und Zahnmedizin) ausgeschlossen, nachdem er beim ersten Teil der Schlussprüfungen für Ärzte an der Universität Genf - damals noch unter dem Namen Y._ - dreimal gescheitert war. Gegen diesen Widerruf gelangte X._ ans Bundesverwaltungsgericht, welches seine Beschwerde am 21. Juli 2008 abwies. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und die Vorinstanzen anzuweisen, ihm Zutritt zu den eidgenössischen Medizinalprüfungen zu gewähren. Die an die Stelle des Leitenden Ausschusses getretene Eidgenössische Medizinalberufekommission beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Eidgenössische Departement des Innern und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 