Sachverhalt: A. X._ ist Inhaber der nicht im Handelsregister eingetragenen Einzelfirma E._, welche Softwareleistungen produziert, vermittelt und verkauft. Er entwickelte zusammen mit seinem ausländischen Geschäftspartner A._ eine diesem gehörende Software weiter. Von den Lizenzgebühren des europäischen Marktes behielt X._ einen Drittel für sich und hatte die übrigen zwei Drittel auf ein Bankkonto in Dänemark zugunsten der B._ LLC (in Folgenden: B._) seines Geschäftspartners zu überweisen. B. In ihrer Steuererklärung 2001 deklarierten X._ und Y._ Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit in der Höhe von Fr. 81'551.-- (steuerbares Vermögen Fr. 0.--). Nach Vornahme einer Buchprüfung veranlagte die Steuerkommission Böttstein am 12. August 2004 die Steuerpflichtigen nach Ermessen auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 970'583.-- und ein steuerbares Vermögen von Fr. 182'539.--. Im Einspracheverfahren reichten X._ und Y._ - nach mehrfacher Mahnung - die Buchhaltungen der Jahre 1999 bis 2002 inklusive Rechnungskopien ein. Mit Entscheid vom 24. Februar 2005 nahm die Steuerkommission Böttstein eine reformatio in peius vor und setzte das steuerbare Einkommen auf Fr. 979'074.-- fest (Vermögen unverändert). Ein gegen die Einkommensfestsetzung erhobener Rekurs wurde vom Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 31. Mai 2006 teilweise gutgeheissen und das steuerbare Einkommen auf Fr. 953'500.-- festgesetzt. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hiess eine hiergegen erhobene Beschwerde am 20. Oktober 2008 teilweise gut und setzte das steuerbare Einkommen auf Fr. 547'425.-- fest. Das Gericht hielt es für erwiesen, dass X._ zwei Drittel der Lizenzeinnahmen an die B._ weiterleiten musste. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 20. Oktober 2008 führen X._ und Y._ mit Eingabe vom 27. November 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie stellen sinngemäss den Antrag, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und das steuerbare Einkommen auf Fr. 203'402.-- herabzusetzen. Sie wehren sich gegen die Aufrechnung von Fr. 339'440.-- (für das Jahr 2000 betreffenden und falsch verbuchten Lizenzaufwand) und erklären, dass sie sich vor dem Steuerrekurs- und dem Verwaltungsgericht auf den nunmehr bereinigten "Anklagepunkt" konzentrieren mussten. Zudem beantragen sie die "Rückvergütung aller aufgelaufenen Kosten an die verschiedenen Instanzen und Rechtsvertretung" sowie eine angemessene Entschädigung der Kantonalen Steuerverwaltung resp. der Gemeinde Böttstein "für die wirtschaftlichen und psychischen Schäden", welche aus dem "ungerechtfertigten Vorgehen" dieser Behörden entstanden sei. D. Das Kantonale Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme, weil sie sich dem angefochtenen Entscheid anschliessen kann. 