Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 27. September 1999 sprach die IV-Stelle Basel-Stadt dem 1951 geborenen A._ bei einem Invaliditätsgrad von 70 % eine ganze Invalidenrente zu. Sie stützte sich dabei auf das polydisziplinäre Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 16. Februar 1999 (Diagnose: anhaltende somatoforme Schmerzstörung, zervikobrachiales und lumbales Schmerzsyndrom). Im Rahmen einer Rentenrevision beauftragte die IV-Stelle die Medizinische Poliklinik des Spitals Y._ mit der Erstellung einer Expertise (Rheumatologie und Psychosomatik). Das Gutachten vom 26. September 2005 bestätigt u.a. die Diagnose einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung, wobei das Ausmass der Symptomatik in einer dem Leiden angepassten Beschäftigung eine Arbeitsfähigkeit von 70 % erlaube. Die IV-Stelle ermittelte in der Folge einen Invaliditätsgrad von 41 % und reduzierte mit Wirkung ab 1. Mai 2006 die ganze auf eine Viertelsrente (Verfügung vom 20. März 2006). Die erhobene Einsprache wies die Verwaltung mit Entscheid vom 11. Mai 2007 ab. B. Die von A._ dagegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 18. Juni 2008 gut, wobei es in den Erwägungen den Einspracheentscheid vom 11. Mai 2007 aufhob und dem Versicherten die ganze Invalidenrente über den 30. April 2006 hinaus zusprach. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Die IV-Stelle schliesst sich den Anträgen des BSV an. Kantonales Gericht und Versicherter äussern sich in abweisendem Sinne. Die Pensionskasse Basel-Stadt verzichtet auf eine Vernehmlassung. 