Fatti: A. A.a. Il 30 dicembre 2006 B._ ha locato a A._Sagl la parte adibita a ristorante di uno stabile sito a Bellinzona. Il contratto, di durata indeterminata, prevede la prima possibilità di disdetta per il 31 dicembre 2016 e un canone di locazione mensile di fr. 8000.--. Con istanze del 2 febbraio 2009 e 3 marzo 2010 la conduttrice ha adito il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, chiedendo in sostanza l'eliminazione dei difetti dell'ente locato e una riduzione della pigione. A.b. Le decisioni dell'Ufficio di conciliazione sono state portate innanzi al Pretore del distretto di Bellinzona con istanza del 24 giugno 2009 da B._ e con istanze del 10 luglio 2009 e 27 maggio 2010 dalla A._Sagl. Il Pretore ha deciso tali domande nella sentenza del 27 febbraio 2012. Egli ha considerato che i difetti dell'ente locato giustificavano una riduzione complessiva della pigione del 20 % (fr. 1'600.-- mensili) dal mese di febbraio 2009 fino al mese della loro eliminazione e ha liberato le pigioni depositate in ragione dell'80 % a favore della locatrice e la rimanenza a favore della conduttrice. A.c. L'11 gennaio 2013 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha accertato la validità della disdetta straordinaria del 20 maggio 2010 con effetto per il 30 giugno 2010 data da B._. B. Con sentenza 11 gennaio 2013 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha parzialmente accolto l'appello principale di B._ e ha modificato la sentenza pretorile del 27 febbraio 2012 come segue. Ha ridotto la pigione dell'8 % (fr. 640.-- mensili) a partire dal mese di febbraio 2009 compreso e del 13 % (fr. 1040.-- mensili) dal 24 febbraio 2010 fino al 30 giugno 2010. Ha liberato in favore della locatrice le pigioni depositate dal febbraio 2009 in ragione del 92 %, percentuale ridotta all'87 % dal 24 febbraio 2010 fino al 30 giugno 2010 e aumentata al 100 % dopo tale data, sbloccando nel contempo la rimanenza di tali pigioni a favore della conduttrice. La Corte cantonale ha poi respinto l'appello incidentale di quest'ultima. I Giudici di appello hanno considerato che i difetti per i serramenti di facciata sono stati notificati unicamente il 23 febbraio 2010 e hanno per tale motivo fatto decorrere la relativa riduzione della pigione a partire dal giorno seguente. Hanno poi osservato che le tracce di umidità nel bagno degli uomini sono state indicate per la prima volta dopo la disdetta, motivo per cui esse non potevano entrare in linea di conto nella riduzione della pigione accordata dal Pretore, che hanno decurtato del 2 %. La Corte di appello ha anche ritenuto che non vi sono prove dell'infiltrazione d'acqua nella sala da pranzo lamentata dalla conduttrice e ha reputato giustificato dedurre il 5 % della pigione dalla riduzione di quest'ultima riconosciuta dal Pretore. C. Con ricorso in materia civile del 15 febbraio 2013 la A._Sagl postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, l'annullamento della sentenza di appello e la conferma del giudizio pretorile. La ricorrente premette che il Pretore ha stabilito in equità sia la data di inizio della riduzione della pigione sia la percentuale complessiva per tutti i difetti accertati. Riferendosi alle tracce di umidità riscontrate nel bagno degli uomini e alle lamentate infiltrazioni nella sala da pranzo, afferma che la seconda istanza cantonale non poteva riformare la decisione di primo grado, perché si ignora la percentuale attribuita dal Pretore ai singoli difetti e perché essa non avrebbe spiegato per quale motivo sarebbe stato necessario intervenire per correggere una decisione che rientrava nel potere di apprezzamento del giudice di primo grado. B._ propone con risposta 14 marzo 2013 la reiezione del ricorso. La Presidente della Corte adita ha respinto con decreto del 2 maggio 2013 la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso. D. Con sentenza di data odierna il Tribunale federale ha respinto, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia civile presentato dalla conduttrice contro la sentenza 11 gennaio 2013 della II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino che ha accertato la validità della disdetta straordinaria del contratto di locazione. 