Faits: A. Le 10 décembre 2008, la banque D._ et trois membres du comité de direction ont déposé plainte pénale contre l'ancien directeur E._ pour atteinte à l'honneur et violation du secret d'affaires notamment. Après le licenciement de la directrice qui lui avait succédé, E._ avait adressé par E-mail, le 12 septembre 2008, un "billet d'humeur" à diverses entités du groupe D._, dans lequel il critiquait vivement le conseil d'administration, décrit notamment comme suspicieux, tatillon et "peu respectueux des règlements et orientations stratégiques" du groupe; il se serait en outre "littéralement débarrassé de sa directrice d'une manière peu digne de dirigeants civilisés, pour des motifs que la justice se chargera probablement de confirmer comme infondés et abusifs". Un premier refus de suivre prononcé le 5 janvier 2009 par le Juge d'instruction de l'arrondissement du Nord vaudois a été annulé le 23 janvier 2009 par le Tribunal d'accusation vaudois, ce dernier considérant qu'une atteinte à l'honneur n'était pas exclue et qu'il y avait lieu d'instruire sur la violation de la LCD. B. Le 25 avril 2012, le Ministère public vaudois a classé la procédure. Au terme de l'instruction, le prévenu avait apporté la preuve de sa bonne foi, voire même de la vérité de ses allégations, les témoignages étant venus confirmer les problèmes dénoncés. Il n'y avait pas d'acte de concurrence déloyale, le message litigieux n'ayant été envoyé qu'à des responsables de banques D._. Considérant que la plainte était téméraire, le Procureur a mis les frais de procédure (1'650 fr.) et les frais de défense du prévenu (1'500 fr.) à la charge solidaire des plaignants. C. Par arrêt du 15 juin 2012, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis partiellement le recours formé par les plaignants. Le classement a été confirmé, mais les frais de procédure et les frais de défense du prévenu ont été mis à la charge de l'Etat. Rien ne permettait de penser que les plaignants avait agi de manière téméraire. D. Par acte du 12 septembre 2012, le Procureur général du canton de Vaud forme un recours en matière pénale par lequel il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et la confirmation de son ordonnance de classement, y compris sur les frais et indemnités. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Chambre pénale de recours se réfère aux considérants de sa décision. Les plaignants intimés concluent au rejet du recours, ou à une substitution de motifs dans le sens d'une application du principe "in dubio pro duriore". E._ a renoncé à répondre au recours. 