Faits: A. La société coopérative X._, à A._, avait pour but d'assurer à ses membres, selon les principes de la mutualité et conformément à ses statuts, les prestations d'assurances LAMal, en cas de maladie, d'accident, dans la mesure où aucune assurance-accident n'en assumait la prise en charge, et de maternité. Par décision de l'assemblée générale du 9 juin 2000, la société coopérative a été dissoute et est entrée en liquidation. Dès le 1er janvier 2001, l'activité de la société coopérative a été reprise par la Fondation X._, dont le siège est à A._ et le but identique à celui de la société coopérative. Depuis le 1er janvier 1996, X._ a également offert à ses assurés la palette intégrale des branches d'assurances complémentaires de la Y._, fonctionnant comme agence de cette dernière. A ce titre, X._ a perçu de la Y._ annuellement, dès le 1er janvier 1997 et jusqu'au 31 décembre 2003, un montant équivalant à 15% des cotisations encaissées, à titre d'indemnité couvrant les frais liés à la gestion des assurés, et un montant supplémentaire équivalant au 40% puis au 50%, dès le 1er janvier 2001, du résultat net des assurances complémentaires vendues par X._, soit: Année 15% des primes 40%-50% du résultat net 1997 242'539.15 220'587.10 1998 214'768.20 120.386.20 1999 217'962.55 113'560.50 2000 214'367.40 57'857.05 2001 233'374.- 244'778.- 2002 242'537.- 339'318.- 2003 256'411.- 269'741.- Par courrier du 7 octobre 2004, le Service cantonal des contributions a considéré que l'activité d'intermédiaire de X._ était assimilable à une prestation de service dont le bénéfice était imposable. Considérant qu'il fallait affecter 90% des prestations totales versées par la Y._ à la couverture des frais de fonctionnement liés à l'assurance complémentaire et retenir une marge bénéficiaire minimale de 10% des frais administratifs, il a fixé le bénéfice imposable de cette activité à 42'102 fr. pour 1997, 30'468 fr. pour 1998, 30'138 fr. pour 1999 et 24'747 fr. pour 2000. X._ s'est opposée cette prise de position et a réclamé l'exonération totale des montants versés par la Y._. Par décision du 9 mai 2005, la Commission d'impôt des personnes morales a confirmé le contenu du courrier du 7 octobre 2004. Cette décision a été complétée par l'envoi de bordereaux datés du 20 mai 2005 fixant les montants d'impôts fédéral, cantonal et communal pour les années 1997 à 2003. Pour les trois dernières années, le montant repris a été fixé à 43'464 fr. pour 2001, à 52'890 fr. pour 2002 et à 47'827 fr. pour 2003. Le 31 mai 2005, X._ a interjeté recours contre cette décision et les bordereaux auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton du Valais. Elle concluait à leur annulation. Durant l'instruction du recours, la Commission cantonale de recours a avisé X._ qu'elle envisageait de modifier les bordereaux en défaveur de cette dernière, en soumettant la totalité de la part au bénéfice net à imposition. X._ a maintenu son recours. B. Par décision du 22 octobre 2008, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours en matière d'impôt fédéral direct ainsi qu'en matière d'impôts cantonal et communal et procédé à une modification du prononcé attaqué en défaveur de X._, les bénéfices nets imposables en matière d'impôt fédéral direct et d'impôts cantonaux et communaux étant arrêtés à 220'500 fr. pour 1997, 120'300 fr. pour 1998, 113'500 fr. pour 1999, 57'800 pour 2000, 244'700 fr. pour 2001, 339'300 fr. pour 2002 et 269'700 fr. pour 2003. Elle a jugé que les caisses-maladie sont exonérées pour ce qui a trait au domaine de l'assurance-maladie de base, à l'exclusion de l'assurance-maladie complémentaire. Lorsqu'elles pratiquaient les deux domaines, elles devaient tenir des comptabilités séparées pour chaque domaine. Les bénéfices en cause concernaient à l'évidence l'assurance-maladie complémentaire. X._ n'avait en outre pas prouvé que ces bénéfices étaient exclusivement affectés à l'assurance-maladie sociale. Ces bénéfices ne pouvaient par conséquent pas être exonérés. Enfin, la part de 15% des cotisations encaissées, versée par Y._, était destinée, en vertu des contrats, à couvrir les frais de gestion des assurés et représentait 69% voire plus de 100% des frais d'administration et de gestion totaux pour les deux types d'assurance (assurance obligatoire et assurance complémentaire) de sorte qu'il fallait imposer intégrale- ment la part versée par la Y._ au titre de répartition du bénéfice net. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ a déposé deux mémoires auprès du Tribunal fédéral. En matière d'impôt fédéral direct (recours 2C_71/2009), elle demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 22 octobre 2008 par la Commission cantonale de recours, de dire que les revenus versés par Y._ à X._ sont entièrement exonérés, subsidiairement de dire que l'imposition de ces revenus viole sa capacité contributive. En matière d'impôt cantonal et communal (recours 2C_73/2009), elle demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 22 octobre 2008 par la Commission cantonale de recours, de dire que les revenus versés par Y._ à X._ sont entièrement exonérés, subsidiairement de dire que l'imposition de ces revenus viole sa capacité contributive. Elle se plaint de la violation des art. 8 et 9, 127 Cst., de l'art. 58 LIFD ainsi que des art. 17 al. 1 LAMal et 80 LPGA. L'Administration fédérale des contributions, le Service cantonal des contributions et la Commission cantonale de recours concluent au rejet du recours. 