Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 537 in Lengnau/AG ("Bleiwiese"). Diese wies ursprünglich eine Fläche von 16'625 m2 auf, wobei 4'000 m2 mit einem Kaufrecht belegt waren. Gemäss der Bauordnung Lengnau mit Zonenplan vom 27. Juni 1980 (genehmigt am 20. Oktober 1981; im Folgenden: BO 1980/81) lag die Parzelle in der Wohnzone 2 (W2), 2. Etappe. Ein ca. 10 m breiter Streifen entlang der Surb lag im Nichtbaugebiet. B. Am 25. März 1994 beschloss die Gemeindeversammlung Lengnau den neuen Bauzonenplan und die Bau- und Nutzungsordnung; diese wurden vom Grossen Rat des Kantons Aargau am 5. März 1996 genehmigt (BNO 1994/96). Entlang der Surb wurde eine 6 m breite Uferschutzzone ausgeschieden. Die Parzelle Nr. 537 wurde überwiegend der Wohnzone 3 (W3), 2. Erschliessungsetappe, mit Gestaltungsplanpflicht zugewiesen. Der südwestliche Teil der Parzelle (3'000 m2) wurde der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen (OE) zugeteilt. C. Mit Eingabe vom 19. März 2004 verlangte X._ bei der Schätzungskommission nach Baugesetz des Kantons Aargau eine Entschädigung u.a. für Nutzungsbeschränkungen infolge der BNO 1994/96. Die Schätzungskommission führte einen Augenschein durch und wies das Begehren ab, soweit die Parzelle der Wohnzone mit Gestaltungsplanpflicht zugewiesen worden war. Das Begehren um Entschädigung wegen materieller Enteignung infolge Zuweisung eines Teils der Parzelle 537 zur Zone OE wurde "zurzeit" abgewiesen, soweit darauf einzutreten sei. Die Schätzungskommission vertrat die Auffassung, über dieses Gesuch sei erst im Verfahren der formellen Enteignung zu entscheiden, falls die Gemeinde das ihr zustehende Enteignungsrecht ausübe. Am 16. August 2007 wies das Verwaltungsgericht die dagegen gerichtete Beschwerde von X._ ab, soweit es darauf eintrat. D. Dagegen erhob X._ Beschwerde ans Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde am 14. März 2008 teilweise gut, soweit die Vorinstanzen die Frage, ob die Zuweisung von 3'000 m2 der Parzelle Nr. 537 zur Zone OE eine materielle Enteignung dargestellt habe, offen gelassen hatten. Insoweit wies es die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Urteil 1C_317/2007). E. Am 19. Januar 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. F. Dagegen hat X._ am 5. März 2009 erneut Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Kanton Aargau sei zu verpflichten, ihn zufolge materieller Enteignung zu entschädigen. Zudem beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege. G. Die Gemeinde Lengnau beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht, die Schätzungskommission und das Bundesamt für Raumplanung (ARE) haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 