Sachverhalt: A. K._ war im Restaurant Pizzeria X._ ab 1. Juni 2005 als Serviceangestellter und ab 1. Dezember 2006 als Co-Geschäftsführer angestellt; am 31. August 2007 endete das Arbeitsverhältnis. Am 30. Januar 2009 meldete sich der Versicherte bei der IV-Stelle Basel-Stadt zum Leistungsbezug an. Diese holte erwerbliche und medizinische Unterlagen ein. Mit Verfügung vom 23. Februar 2012 verneinte sie den Rentenanspruch (Invaliditätsgrad 35 %). B. Die hiegegen geführte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 18. September 2012 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache im Sinne der Erwägungen zwecks weiterer Abklärung sowie Verfügungserlasses an die IV-Stelle zurückzuweisen; ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet. 