Faits: A. X._, ressortissant portugais né en 1977, est arrivé en Suisse le 23 janvier 2004 et a été mis au bénéfice d'une autorisation de séjour CE/AELE. Après avoir exercé quelques années une activité lucrative indépendante en qualité de restaurateur à A._ (BE), il s'est installé le 1er novembre 2007 dans le canton de Vaud. Le 4 novembre 2007, il a déposé une demande d'autorisation de séjour CE/AELE pour l'exercice d'une activité salariée de longue durée en tant que serveur dans un bar-restaurant de B._, commune dans laquelle il a également pris domicile. Cette autorisation a été accordée puis renouvelée jusqu'au 22 janvier 2009. Le 23 février 2009, il a annoncé son arrivée auprès de la police des étrangers de la commune de C._. Ce faisant, il a également sollicité l'octroi d'un permis d'établissement CE/AELE. Par décision du 15 mai 2009, le Service de la population du canton de Vaud a refusé de transformer l'autorisation de séjour en autorisation d'établissement au motif que X._ avait fait l'objet de plusieurs condamnations pénales en Suisse depuis 2006, notamment une condamnation prononcée le 10 mars 2008 par l'arrondissement judiciaire I Courtelary-Moutier-La Neuveville à une peine pécuniaire de 40 jours-amende, dont 20 fermes, pour usage abusif de permis et de plaques et abus de confiance. Interpellé par le Service de la population sur le fait que l'autorisation de séjour de l'intéressé avait pris fin le 22 janvier 2009, le Contrôle des habitants de C._ a informé cette autorité le 26 août 2009 que ce dernier avait quitté la commune sans laisser d'adresse. Entre-temps, le 28 juin 2010, l'intéressé a déposé une demande de prolongation de son autorisation de séjour CE/AELE pour activité lucrative salariée auprès de la commune de D._, commune dans laquelle il a également annoncé son arrivée le même jour. Durant la procédure de renouvellement de l'autorisation de séjour, le Service de la population, rappelant l'obligation de collaboration des administrés, a sollicité par lettre du 17 août 2010 de X._ la production de justificatifs précis à propos de sa présence en Suisse entre le 1er août 2009 et le 28 juin 2010 et de ses ressources financières actuelles. L'intéressé n'a pas donné suite à cette requête. Le 6 janvier 2011, le Service de la population lui a adressé une seconde lettre à son nouveau domicile de E._. Il y sollicitait à nouveau la production de tout justificatif prouvant son séjour en Suisse ainsi que ses ressources financières. A cette occasion l'autorité intimée a attiré son attention sur le fait qu'elle serait probablement amenée à refuser l'autorisation sollicitée si elle n'était pas en mesure de déterminer si les conditions de son octroi étaient remplies en l'espèce. L'intéressé n'a pas donné suite à cette requête. Par décision du 14 mars 2011, le Service de la population a constaté qu'en l'absence des informations requises en date du 17 août 2010 et du 6 janvier 2011, il n'était pas en mesure de déterminer si les conditions du renouvellement de l'autorisation de séjour de l'intéressé étaient réunies en l'espèce. En conséquence, cette autorité a refusé la prolongation de l'autorisation de séjour sollicitée et a prononcé son renvoi de Suisse dans un délai de trois mois. B. Par acte du 12 mai 2011, X._ a saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud d'un recours contre la décision précitée en concluant principalement à son annulation, subsidiairement à ce que le dossier soit renvoyé à l'autorité inférieure pour nouvelle décision. En substance, il a fait valoir que le rejet de sa demande constituait une sanction disproportionnée eu égard au manque de collaboration qui lui était reproché. Il estimait que l'autorité, dans le cadre du pouvoir d'appréciation qui lui est conféré par l'art. 96 al. 1 LEtr, devait tenir compte du fait que, depuis son arrivée, il avait toujours exercé une activité lucrative, d'abord à titre indépendant, puis en tant que salarié, qu'il maîtrisait parfaitement le français et qu'il était pleinement intégré en Suisse. Il a en outre exposé avoir décidé de se réorienter et être au bénéficie d'un contrat de durée indéterminée en tant que déménageur auprès de la société Y._ AG. De plus, il a expliqué n'avoir pas donné suite aux deux demandes du Service de la population en raison des difficultés personnelles qu'il rencontrait à cette période et a précisé ne pas être certain d'avoir reçu le rappel du 6 janvier 2011 du fait de son déménagement à E._. A l'appui de sa requête, il a notamment produit les éléments suivants en vue d'attester de sa domiciliation et de ses diverses activités lucratives: - Un contrat de travail conclu avec Z._ Sàrl pour une activité en tant que chef de cuisine à compter du 21 novembre 2009; - Un contrat de travail conclu avec Y._ AG en tant que chauffeur et aide-monteur dès le 7 mars 2011; - Un contrat de bail portant jusqu'au 1er octobre 2012 pour un appartement d'une pièce et demie sur le domaine de F._ à E._ ainsi qu'une attestation d'établissement dans cette commune fixant son arrivée au 1er octobre 2010. Le 19 mai 2011, l'intéressé a encore produit un bordereau de pièces complémentaires. Y figurent notamment: - Un certificat de salaire pour le deuxième semestre 2008 de la société G._ Sàrl à H._; - Une attestation selon laquelle une chambre a été louée pour la période du 11 février au 31 octobre 2009 à l'auberge "I._" à C._; - Un contrat de travail pour une activité à temps partiel auprès de J._ SA à K._ en tant que cuisinier depuis le 1er septembre 2009; - Une attestation datée du 22 août 2010 selon laquelle il est employé auprès du Z._ à Lausanne, ainsi que deux attestations de salaire de cet établissement pour les années 2009 et 2010, - Une attestation de salaire émise par L._ SA pour la période du 29 juillet 2010 au 24 décembre 2010. Invité à se déterminer, le Service de la population a sollicité en date du 20 juin 2011 la production de tous justificatifs démontrant le séjour continu en Suisse de l'intéressé entre août 2009 et juin 2010 ainsi que des copies de ses trois dernières fiches de salaires avant de se prononcer sur le recours. Par lettre du 25 juillet 2011, celui-ci a indiqué qu'il n'était pas en mesure de présenter les documents exigés par le Service de la population. Il a toutefois estimé que les pièces déjà produites dans ses bordereaux des 12 et 19 mai 2011 permettaient de prouver son séjour continu en Suisse. Le Service de la population a indiqué par lettre du 29 juillet 2011 avoir tenté, en vain, de joindre les employeurs actuels du recourant, soit la société J._ SA à K._ ainsi que Y._ AG à M._. En l'absence de renseignements et de fiches de salaire actuelles, le Service de la population a exposé ne pas être en mesure d'examiner si les conditions relatives au renouvellement de l'autorisation litigieuse étaient remplies et a conclu au rejet du recours. Le 9 août 2011, l'intéressé a encore produit une attestation selon laquelle il a séjourné à D._ de novembre 2009 à septembre 2010 ainsi qu'un contrat de bail correspondant. Invité à se prononcer sur les documents fournis dans le cadre de la procédure, le Service de la population a indiqué, en date du 11 août 2011, que, compte tenu du fait qu'aucune fiche de salaire actuelle ne lui avait été transmise à ce jour, il maintenait sa décision. C. Le 7 novembre 2011, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. D. Par mémoire du recours du 8 décembre 2011, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 7 novembre 2011 et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Il requiert aussi le bénéfice de l'assistance judiciaire. L'Office fédéral des migrations conclut au rejet du recours alors que le Service de la population et le Tribunal cantonal du canton de Vaud renoncent à se déterminer. 