Sachverhalt: A. Am 4./20. Dezember 2007 schloss die Y._ Genossenschaft (Beschwerdegegnerin), die unter Anderem Schokoladenprodukte herstellt, mit der X._ AG (Beschwerdeführerin) einen mit "Handhabung von Chocolat-Formen" überschriebenen Werkvertrag. Darin verpflichtete sich diese, die bis anhin manuell gefertigte Produktion von Schokoladenhohlformen zu automatisieren. Sie entwickelte ein Konzept, welches den Einsatz von drei Robotern vorsah und versprach Produktionsbereitschaft beim Kunden auf den 30. April 2008. Diesen Termin konnte sie jedoch nicht einhalten, weshalb die Parteien die Vorabnahme auf den 19. Mai 2008 und die Endabnahme auf den 6. Juni 2008 vereinbarten. Auf Verlangen der Beschwerdeführerin wurde die Vorabnahme verschoben und fand am 21. Mai 2008 statt. Dabei stellte sich heraus, dass eine termingerechte Installation der Anlage in den Räumlichkeiten der Beschwerdegegnerin nicht möglich bzw. eine neue Frist zur Modifikation der Anlage notwendig war. In einer E-Mail vom 10. Juni 2008 schrieb die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin: "Bei 5 Formen pro Formenhalter können im Minimum 16 Formen pro Minute gehandhabt werden. Das gilt für folgende Typen: [...] Das Produkt Z._ kann nur mit 14 Formen pro Minute gefahren werden, da davon nur 4 Formen auf einem Formenhalter Platz haben. Um diese Taktzeiten zu erreichen, müssen die Führungsstangen der Formenhalter um 25mm verlängert werden, die Greifer der beiden Q._-Roboter umgebaut und bei beiden Entstapelplätzen Hubelemente von 30mm Hub angebaut werden. Dieser Umbau und Umprogrammierung dauert 3 Wochen. Die Vorabnahme müsste dann in KW 27 erfolgen. Mit unserem Konzept sehen wir leider zur Zeit keine Möglichkeit die Taktzeiten noch weiter zu erhöhen." Am 12. Juni 2008 hielt die Beschwerdegegnerin schriftlich fest, die Beschwerdeführerin habe weder die vereinbarten Fristen eingehalten noch die vertraglichen Leistungen erbracht. Mit Schreiben vom 9. Juli 2008 erklärte die Beschwerdegegnerin den Rücktritt vom Vertrag mit der Begründung, die vereinbarten Leistungen und Werke könnten nicht erfüllt resp. erbracht werden. B. Am 12. Februar 2009 klagte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Aargau mit dem Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihr Fr. 370'089.30 nebst Zins zu bezahlen. Sie hielt im Wesentlichen dafür, die Beschwerdegegnerin sei ohne Mahnung und Nachfristansetzung nicht zum Rücktritt vom Werkvertrag berechtigt gewesen. Für den bereits fertiggestellten Teil der Anlage verlangte die Beschwerdeführerin Werklohn. Das Handelsgericht des Kantons Aargau wies die Klage mit Urteil vom 23. Februar 2011 ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das handelsgerichtliche Urteil aufzuheben und wiederholt das im kantonalen Verfahren gestellte Klagbegehren. Das Handelsgericht hält in seiner Vernehmlassung am angefochtenen Urteil fest. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Bestätigung des angefochtenen Urteils und Abweisung der Klage. Darüber hinaus beantragt sie, die Beschwerdeführerin zur Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung zu verpflichten, da die Beschwerdeführerin selbst angeführt habe, vor dem Ruin zu stehen. 