Sachverhalt: A. Der 1958 geborene L._ war als EDV-Konsulent der Firma X._ bei der Helsana Unfall AG (nachstehend: die Helsana) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er sich am 12. Juni 2002 bei einem Badminton-Spiel einen Riss der Achillessehne zuzog. Nach Stilllegen des betroffenen Beines erlitt der Versicherte eine Venenthrombose mit anschliessender Lungenembolie. Die Helsana anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses. Am 7. Mai 2003 konnte die Behandlung abgeschlossen werden. Am 4. Oktober 2006 erlitt L._ bei einem Flug eine Thrombose im linken Knie. Die Helsana lehnte es mit Verfügung vom 14. Februar 2007 zunächst ab, dieses Leiden als Rückfall zu betrachten; auf Einsprache des Versicherten hin anerkannte sie aber mit Einspracheentscheid vom 3. März 2008 ihre Leistungspflicht. Mit Verfügung vom 14. April 2009 und Einspracheentscheid vom 2. Juni 2009 stellte die Helsana ihre Heilbehandlungsleistungen ein, da von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten war. Gleichzeitig verneinte die Helsana einen Anspruch des Versicherten auf eine Invalidenrente oder eine Integritätsentschädigung. B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. April 2011 ab. C. Mit Beschwerde beantragt L._, die Helsana sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihre Heilbehandlungsleistungen auch über den 14. April 2009 hinaus zu erbringen. Die Helsana und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung. 