Sachverhalt: A. Die Stiftung Y._ GmbH und Z._ (Beschwerdegegnerinnen) führten je eine Ausstellung mit Werken des amerikanischen Künstlers A._ durch. Zu diesem Zwecke schlossen sie im November 2000 bzw. Januar 2001 als "Leihnehmer" mit der X._ AG (Beschwerdeführerin) als "Leihgeber" je einen im Wesentlichen gleich lautenden Leihvertrag für die Dauer vom 8. Dezember 2000 bis zum 27. Mai 2001 über 44 Werke des Künstlers. Die Beschwerdeführerin hatte die Werke ihrerseits von den Eigentümern ausgeliehen. A.a Im Ingress des Leihvertrages wurde festgehalten, der Leihgeber verleihe die Werke im Einverständnis mit ihren Eigentümern. Die Parteien unterstellten den Vertrag schweizerischem Recht und einigten sich auf das zuständige Gericht im Kanton Schaffhausen als ausschliesslichen Gerichtsstand. Ziff. 8 des Vertrages lautet unter dem Titel "Umfang der Haftung" wie folgt: "Die Leihnehmer haften für jede Beeinträchtigung der Werke einschliesslich ihrer Bestandteile ab Beginn der ersten für den Versand notwendigen Handlung bis zur letzten zur Rückführung an den Lager- oder Installationsort notwendigen Handlung, von Nagel zu Nagel (nail to nail). Die Leihnehmer stehen für diese Zeit für sämtliche Beeinträchtigungen der Werke ein, selbst solche, die nicht von ihnen verschuldet oder von Dritten verursacht wurden, wie zum Beispiel Vandalismus, Transportschäden oder höhere Gewalt. Die Leihnehmer haften im gleichen Umfang auch für Beeinträchtigungen der Werke, die während der Leihdauer entstanden sind, aber erst nach der Rückgabe festgestellt werden. Bei der Bemessung der Werke ist vom in Annex 1 festgestellten Wert auszugehen. Die Leihnehmer haften solidarisch." A.b Unter dem Titel "Versicherung (all risk's, von Nagel zu Nagel)" verpflichteten sich sodann die Entlehner, die Werke auf ihre Kosten für die gesamte Leihdauer inklusive aller Transporte "von Nagel zu Nagel", gegebenenfalls "pairs and sets" gegen alle Gefahren und sämtliche Schäden zu versichern (Ziff. 9 des Vertrages). Deren Absatz 4 trägt folgenden Wortlaut: "Versicherter und Anspruchsberechtigter ist der Leihgeber. Dieser hat das Recht, die diesbezüglichen Ansprüche an die Eigentümer der Werke abzutreten." B. Nachdem die Friedensrichterin die Weisung ans Kantonsgericht Schaffhausen ausgestellt hatte, verlangte die Beschwerdeführerin in ihrer Klageschrift vom 20. Oktober 2003 von den Beschwerdegegnerinnen im Rahmen einer Teilklage unter solidarischer Haftung Fr. 1'300'000.-- nebst Zins, weil 17 Werke bei der Rückkehr beschädigt gewesen seien. Auf gerichtliche Aufforderung hin reichte die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 10. November 2004 verschiedene Abtretungserklärungen der Eigentümer der in Frage stehenden Kunstwerke ein. Am 17. März 2009 wies das Kantonsgericht die Klage ab, auferlegte die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin und verpflichtete diese, die Beschwerdegegnerinnen mit Fr. 60'000.-- zu entschädigen. Beide Parteien haben dieses Urteil angefochten, die Beschwerdeführerin mit Berufung, die Beschwerdegegnerinnen mit Rekurs gegen die Höhe der Parteientschädigung. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat am 16. Dezember 2011 die Berufung und die Klage abgewiesen, den Rekurs jedoch teilweise gutgeheissen und die Beschwerdeführerin verpflichtet, die Beschwerdegegnerinnen für das erstinstanzliche Verfahren mit Fr. 100'000.-- zu entschädigen. C. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht gegen das die Klage abweisende Urteil eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht. Sie wiederholt im Wesentlichen ihr erstinstanzliches Klagebegehren und beantragt eventuell die Rückweisung der Sache an das Obergericht zu neuer Beurteilung. Ihr Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 5. März 2012 ab. Die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und auf Bestätigung des angefochtenen Urteils. Das Obergericht hält in seiner Vernehmlassung am angefochtenen Urteil fest. Obwohl kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Replik und eine Duplik eingereicht. Das Bundesgericht hat die Angelegenheit an einer Sitzung beraten. 