Faits : A. A.a. A.A._, né en 1962, et B.A._, née B._ le 4 novembre 1964, tous deux de nationalité française, se sont mariés à Carouge (Genève) le 1er décembre 1995. Ils sont soumis au régime matrimonial de la participation aux acquêts. Les époux se sont séparés en 2008. Deux enfants sont issus de leur union: C._, née en 1996, et D._, née en 1998. A la suite d'un rapport du Service de protection des mineurs du 12 janvier 2012, que les parents ont approuvé, l'autorité parentale et la garde de C._ ont été attribuées à sa mère et celles de D._ à son père. A.b. L'époux travaille en qualité de gestionnaire d'une banque à 80% depuis septembre 2008, soit à un taux qui a été réduit d'entente entre les époux. Le montant de son salaire est litigieux. L'épouse, qui avait travaillé comme employée de banque jusqu'à la naissance de son aînée en 1996, a repris une activité professionnelle à 50% en 2003 en qualité d'assistante médicale, après avoir suivi une formation à cet effet. Depuis novembre 2012, elle travaille à 70% pour un salaire mensuel net de 3'311 fr. A.c. En 2001, les époux ont acquis, en copropriété, une villa à U._. L'achat de ce bien et les travaux entrepris sur celui-ci, soit au total un montant de 687'000 fr., ont été financés au moyen de biens appartenant à l'époux, soit 140'000 fr. provenant de ses biens propres et 42'000 fr. provenant de ses acquêts, et d'un crédit hypothécaire de 505'000 fr. contracté par les époux. B. Le 22 décembre 2010, l'époux a formé une demande unilatérale en divorce. Le Tribunal de première instance a, par jugement du 7 janvier 2013, prononcé le divorce des époux et, compte tenu de l'accord des parties et conformément à l'intérêt des enfants, confié l'autorité parentale et la garde de C._ à sa mère et celle de D._ à son père, réservant à chaque parent un large droit de visite. Il a notamment dispensé la mère de verser une contribution à l'entretien de D._ (ch. 6), ordonné la vente de la villa à partir du 1er juillet 2013, l'épouse devant la quitter au plus tard le 31 janvier 2014 (ch. 7), et ordonné le partage des avoirs de prévoyance professionnelle, invitant la caisse de pension du mari à verser à celle de l'épouse le montant de 278'840 fr. 95 (ch. 12). Sur les points encore litigieux entre les parties, il a fixé la contribution due par le père à l'entretien de C._ à 1'500 fr. par mois, allocations familiales en sus, jusqu'à la fin de la formation ou des études de celle-ci, sérieusement et régulièrement menées, mais au maximum jusqu'à 25 ans (ch. 5), arrêté la contribution due par le mari à l'épouse à 500 fr. tant qu'elle reste dans la villa (ch. 9), les frais de celle-ci étant à la charge du mari, et à 3'000 fr. dès qu'elle aura quitté la villa et jusqu'à ce que le mari atteigne l'âge légal de la retraite (ch. 11) et dit que le prix de vente de la villa sera réparti entre les époux par moitié, après payement des frais liés à la vente et remboursement de l'hypothèque ainsi que d'un montant de 182'000 fr. investi par le mari (ch. 8). Statuant le 28 juin 2013 sur appels des époux, la Cour de justice a augmenté le montant de la pension de C._ à 1'730 fr., allocations familiales en sus, jusqu'à la fin de la formation ou des études de celle-ci, sérieusement et régulièrement menées, mais au maximum jusqu'à 25 ans, et celui de la pension de l'épouse à 1'500 fr. jusqu'au 31 janvier 2014 et à 3'300 fr. du 1er février 2014 au 30 juin 2017 (l'épouse ayant limité ses conclusions à cette date), et réduit de 182'000 fr. à 140'000 fr. le montant devant être restitué au mari lors de la vente de la villa. C. Contre cet arrêt, A.A._ interjette le 28 août 2013 un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que le montant de la pension de sa fille et celui qui doit lui être remboursé lors de la vente de la villa soient fixés comme l'avait fait le Tribunal de première instance (ch. 5 et 8) et que la contribution à l'entretien de sa femme soit réduite à 500 fr. et limitée dans sa durée jusqu'au 31 janvier 2014 (ch. 9 et 11). Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la Cour de justice. Il invoque une violation de l'art. 97 LTF s'agissant de la fixation de son revenu, de l'art. 125 al. 2 ch. 7 CC quant à sa capacité de travail, augmentée de 80% à 100 % dès le 1er février 2014, de l'art. 125 al. 2 ch. 5 et 8 CC en tant qu'il estime ne devoir aucune contribution à l'entretien de son épouse et de l'art. 206 CC en ce qui concerne le montant devant lui être restitué lors de la vente de la villa. 