Fatti: A. Nel quadro del dissesto finanziario del gruppo italiano X._, A._, cittadino italiano, è stato arrestato in Slovenia il 29 febbraio 2008, su ordine del Ministero pubblico della Confederazione (MPC), nell'ambito di due distinte inchieste di polizia giudiziaria promosse nei suoi confronti e contro altre persone. La prima, aperta il 24 marzo 2004, per titolo di truffa (art. 146 cpv. 2 CP), riciclaggio di denaro (art. 305bis CP), falsità in documenti (art. 251 n. 1 CP) e corruzione di pubblici ufficiali svizzeri (art. 322ter CP), l'altra, aperta il 19 settembre 2007, per gli stessi reati tranne quello di truffa. A._ è stato estradato alla Svizzera il 13 maggio 2008 ed è stato incarcerato il giorno successivo. In seguito, il MPC ha presentato all'Ufficio dei Giudici istruttori federali (UGIF) due domande di conferma dell'arresto, adducendo sia il pericolo di fuga sia il rischio di collusione. B. Con decisioni del 16 maggio 2008 l'UGIF, ritenuto superato il rischio di collusione ma ammesso il pericolo di fuga, ha respinto entrambe le istanze e ha ordinato la scarcerazione dell'arrestato, subordinandola al deposito di una cauzione di  100'000, all'obbligo di residenza a Lugano per trenta giorni a decorrere dalla scarcerazione, all'obbligo di ottemperare a ogni citazione e al divieto di rilasciare a terzi informazioni o atti relativi al procedimento federale. C. Il 21 maggio 2008 il MPC ha impugnato queste decisioni con due distinti reclami dinanzi alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (I CRP). Postulava, oltre alla concessione dell'effetto sospensivo, il mantenimento della detenzione preventiva dell'imputato, ribadendo sia il pericolo di fuga sia quello di collusione. L'esecuzione del citato provvedimento era stata sospesa a titolo superprovvisionale. D. Con un'unica decisione del 10 giugno 2008, la I CRP ha accolto i reclami e ha confermato l'arresto dell'imputato. Accertata l'esistenza di un concreto rischio di collusione, requisito ritenuto sufficiente per il mantenimento della detenzione preventiva, l'istanza precedente ha stabilito che le questioni della sussistenza di un pericolo di fuga, rispettivamente dell'adozione di eventuali misure sostitutive dell'arresto, potevano pertanto rimanere indecise. E. Con lettera del 25 giugno 2008 il MPC ha chiesto alla I CRP, se la decisione del 10 giugno 2008 dovesse essere interpretata nel senso che l'arresto dell'imputato sia stato confermato, oltre che per il pericolo di collusione secondo l'art. 44 n. 2 PP, anche per il pericolo di fuga ai sensi dell'art. 44 n. 1 PP. Qualora ciò non fosse il caso, chiedeva di considerare il suo scritto quale istanza di proroga del carcere preventivo giusta l'art. 51 cpv. 3 PP. Mediante decisione del 9 luglio 2008, la I CRP ha respinto, siccome infondata, l'istanza di interpretazione e dichiarato irricevibile l'istanza di proroga, poiché tardiva, non essendo stata inoltrata entro 14 giorni dalla pronuncia della decisione di conferma dell'arresto. F. Contro la decisione del 10 giugno 2008 il MPC, il 10 luglio 2008, aveva presentato al Tribunale federale una (inammissibile) "dichiarazione di ricorso" con domanda di conferimento dell'effetto sospensivo nel senso di mantenere l'arresto dell'indagato per i pericoli di fuga e di collusione. Con scritto del giorno seguente, ribadito il 14 luglio successivo, il MPC l'ha revocata. G. Con un unico ricorso in materia penale del 14 luglio 2008, il MPC impugna sia la decisione del 10 giugno sia quella del 9 luglio 2008. Chiede, riguardo alla prima, in via principale, di accogliere i reclami del 21 maggio 2008, di annullare le misure sostitutive dell'arresto pronunciate dall'UGIF e di confermare l'arresto dell'imputato sia per il pericolo di fuga sia per quello di collusione e, in via subordinata, di rinviare la causa all'istanza precedente affinchè si pronunci nuovamente sulla sussistenza del pericolo di fuga. Riguardo alla seconda sentenza, il MPC postula, in via principale, di riformarla nel senso di accogliere l'istanza di interpretazione e di confermare l'arresto per la sussistenza dei pericoli di fuga e di collusione e, in via subordinata, di accogliere l'istanza di proroga della carcerazione e di mantenere l'arresto dell'imputato per il pericolo di collusione. H. Il 17 luglio 2008 A._ ha precisato che il 12 luglio precedente l'UGIF aveva ordinato la sua scarcerazione, avvenuta due giorni dopo: a quella data egli si trovava in Italia. L'istanza precedente e A._ chiedono di respingere il ricorso in quanto ammissibile. L'UGIF si astiene dal formulare osservazioni, proponendo nondimeno di confermare le decisioni impugnate. 