Faits: A. Le divorce de dame Y._, née en 1968, et de X._, né en 1964, a été prononcé le 8 décembre 2010. La mère a obtenu l'autorité parentale et la garde des enfants A._ et B._, nés respectivement en 1999 et en 2000. B. Le 9 juillet 2012, X._ a introduit une procédure de modification du jugement de divorce, réclamant que l'autorité parentale et la garde de A._ lui soient transférées. Il a également requis le transfert de la garde à titre provisionnel. Statuant le 17 août 2012, après détermination écrite de la mère sur la requête de mesures provisoires et audition de l'enfant A._, le Président du Tribunal civil de la Broye a fait droit à la requête du père, attribuant ainsi immédiatement à celui-ci la garde de A._. Les motifs de cette décision ont été communiqués à dame Y._ le 14 septembre 2012. Celle-ci a formé appel le 24 septembre 2012, requérant le bénéfice de l'effet suspensif. Le Tribunal cantonal a octroyé l'effet suspensif à l'appel par arrêt du 18 octobre 2012. C. Agissant par la voie du recours en matière civile le 23 octobre 2012, X._ conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal du 18 octobre 2012 et, principalement, au maintien du caractère exécutoire de la décision de mesures provisionnelles rendue le 17 août 2012 par le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye; subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. D. Le recourant requiert que l'effet suspensif soit octroyé à son recours, requête à laquelle s'oppose l'intimée. Par ordonnance du 24 octobre 2012, la Présidente de la Cour de céans a accordé l'effet suspensif à titre superprovisoire. 