Sachverhalt: A. Die A._ AG (Vermieterin, Beschwerdeführerin), vertreten durch die C._ AG, und die B._ AG (Mieterin, Beschwerdegegnerin) unterzeichneten am 21. September 2011 bzw. 19. Oktober 2011 einen Mietvertrag für gewerbliche Räume im Wohn- und Geschäftshaus D._ in St. Gallen. Die Mieterin mietete ab dem 1. Januar 2012 ein Büro mit einer Fläche von ca. 86 m2 im 2. OG und ein Archiv/Lager mit einer Fläche von ca. 43 m2 im 4. UG für einen monatlichen Bruttomietzins von Fr. 2'544.15. Vor der Vertragsunterzeichnung fanden zwei Besichtigungen statt. Anlässlich jener vom 22. September 2011 stellte die Mieterin ein lautes Geräusch vorne rechts im Raum fest, das sie beim ersten Mal nicht gehört hatte. Die Mieterin erklärte in ihrem E-Mail vom 22. September 2011, dass dieses Geräusch auf die Dauer "nicht so erträglich" für ihre Mitarbeiter sei. Die C._ AG antwortete mit E-Mail vom 30. September 2011, es habe sich herausgestellt, dass das Geräusch von der Lüftung stamme. Deren Einstellung werde überprüft, sodass die Geräusche entsprechend gedämmt würden. Mit E-Mail vom 3. Oktober 2011 erkundigte sich die Mieterin, was man machen werde, falls die Geräuschentwicklung nicht gedämmt werden könne, und wer allfällige Kosten für Zusatzmassnahmen übernehme. In der Antwort wurde ausgeführt, dass die Geräusche das Mietobjekt respektive dessen Nutzung nicht beeinträchtigen sollten. Allfällige Zusatzmassnahmen bei effektiv zu lauten Geräuschen würden von der Vermieterin getragen. Das Problem sollte jedoch in den nächsten Tagen gelöst werden. Am 15. Dezember 2011 übergab die Vermieterin der Mieterin die Mieträumlichkeiten. Am 19. Dezember erfolgte der Umzug. 