Faits: A. B._ travaillait comme conducteur de machines au service de l'entreprise X._ & Cie SA. A titre accessoire, il exerçait une activité de nettoyeur pour le compte de la société Y._ SA. Dans le cadre de son activité professionnelle principale, il était assuré contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA); il bénéficiait également d'une assurance pour une indemnité journalière en cas d'incapacité de travail conclue par son employeur auprès de Helsana Assurances SA (ci-après : Helsana). Le 8 septembre 2000, alors qu'il se trouvait sur une pelleteuse à une hauteur de 1,6 mètres du sol pour en nettoyer les vitres, B._ a glissé et est tombé en se réceptionnant sur les pieds; dans sa chute, il a heurté sa tête (côté gauche) contre un poteau métallique et s'est cassé les lunettes. Il a continué à travailler jusqu'en janvier 2001, date à partir de laquelle il a présenté des périodes d'incapacité de travail variables. Dès le 14 janvier 2002, il a cessé toute activité lucrative. La CNA a pris en charge le cas et versé des prestations jusqu'au 31 août 2006 (décision sur opposition du 5 janvier 2007, confirmée par jugement du 27 août 2008 du Tribunal administratif du canton de Berne). Parallèlement, l'assuré a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Par décision du 5 octobre 2007, l'Office AI du canton de Berne a refusé de lui octroyer une rente, son degré d'invalidité atteignant 38 % (voir également l'arrêt de ce jour rendu par la Ière Cour de droit social du Tribunal fédéral dans la cause 8C_936/2008 opposant l'assuré à l'office AI précité). Helsana, de son côté, a alloué des indemnités journalières à partir du 1er septembre 2006 sur la base d'une incapacité de travail de 100 % attestée par les médecins traitants de l'assuré, les docteurs R._ et E._. Par la suite, elle a mis en oeuvre deux expertises, l'une auprès du Centre Z._ SA, l'autre auprès de l'Institut W._ (rapports des 3 et 15 avril 2007). Par décision du 30 avril 2007, confirmée sur opposition le 9 août 2007, Helsana a mis un terme au versement de ses prestations avec effet au 1er août 2007, considérant que l'assuré était en mesure d'exercer à 100 % une activité appropriée à son état de santé; un délai de trois mois lui était accordé pour qu'il change de profession. B. Saisi d'un recours de l'assuré contre la décision sur opposition du 9 août 2007 de Helsana, le Tribunal administratif du canton de Berne l'a partiellement admis. Il a annulé la décision litigieuse et "renvoyé la cause à l'intimée afin qu'elle procède au calcul des indemnités journalières partielles auxquels le recourant a droit dès le 1er août 2007, au sens des considérants, et au versement de celles-ci". C. Helsana interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut implicitement à la confirmation de sa décision sur opposition. B._ conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à présenter une détermination. 