Sachverhalt: A. Die 1979 geborene S._ ist bei der Helsana Versicherungen AG für die obligatorische Krankenpflege versichert. Sie leidet an verschiedenen Augenkrankheiten (Aniridie, Nystagmus und Sekundärglaukom). Für deren Behandlung erbrachte die Helsana Leistungen. Gestützt auf eine Prüfung der Medikamentenbezüge des Jahres 2007 teilte die Helsana S._ mit Schreiben vom 6. März 2008 mit, sie werde sich ab 1. April 2008 nur noch mit einem Höchstbetrag pro Monat an den Medikamentenkosten beteiligen. Im gleichen Sinn verfügte die Helsana am 1. April 2008. Überdies stelle sie fest, dass ab 1. Juni 2008 für das Medizinprodukt Fermavisc keine Vergütung mehr erfolge; es sei auf keiner der massgebenden Listen aufgeführt und stelle daher keine Pflichtleistung dar. Auf Einsprache hin hielt die Helsana mit Entscheid vom 29. April 2008 an ihrem Standpunkt fest. B. S._ führte Beschwerde mit dem Antrag, unter Aufhebung des Einspracheentscheides sei die Helsana zu verpflichten, ihr die vollen Leistungen zur Behandlung ihres Augenleidens zu vergüten. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die Beschwerde mit Entscheid vom 3. Juni 2009 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen, insbesondere sämtliche ausgewiesenen Heilungskosten; des Weiteren sei ein interdisziplinäres medizinisches Gutachten zu veranlassen. In einer nachträglichen Eingabe ersucht die Versicherte um die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die Helsana schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet. 