Sachverhalt: A. Mit Eingabe vom 6. April 2011 ersuchte X._ die Sozialbehörde Eglisau, ihm unter Anordnung vorsorglicher Massnahmen ein Besuchs- und Ferienrecht für seinen Sohn A._, geb. 23. März 2007, einzuräumen. Am 7. April 2011 sandte Z._, Sekretärin der Sozialbehörde Eglisau, diese Eingabe an X._ zurück mit der Begründung, B._ sei seit längerem nicht mehr in Eglisau wohnhaft, weshalb sie auf das Gesuch nicht eintreten könnten. Mit Eingabe vom 27. April 2011 hielt X._ der Sozialbehörde Eglisau u.a. vor, sie sei nicht befugt, ihm sein Gesuch zurückzusenden, sondern verpflichtet, es der zuständigen Behörde weiterzuleiten. Am 2. Mai 2011 teilte Z._ X._ mit, sie habe sein Gesuch nun an die zuständige Verwaltungsbehörde weitergeleitet. B. Am 22. August 2011 erstattete X._ bei der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland Strafanzeige wegen Amtsmissbrauchs und ungetreuer Amtsführung. Darin führt er aus, sein Gesuch sei nunmehr an die zuständige Sozialbehörde weitergeleitet worden. Er wisse nicht, um welche es sich handle, da sich die Sozialbehörde Eglisau unter Berufung auf eine ihm nie eröffnete und damit nicht rechtskräftige Adresssperre weigere, sie ihm zu nennen. Die Mitglieder der zuständigen, ihm nicht bekannten Verwaltungsbehörde - die Beschuldigten - seien nunmehr seit vier Monaten im Besitz seines Gesuchs, hätten ihm aber weder eine Eingangsbestätigung zugestellt, noch vorsorgliche Massnahmen angeordnet noch einen erstinstanzlichen Entscheid erlassen, was nach den §§ 4a und 10 Abs. 2 des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) zwingend gewesen wäre. Dadurch hätten sie sich des Amtsmissbrauchs und der ungetreuen Amtsführung schuldig gemacht. Am 30. April 2012 überwies die Staatsanwaltschaft die Sache ans Obergericht mit dem Antrag, über die Erteilung bzw. Nichterteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung zu entscheiden. Am 6. Juli 2012 beschloss das Obergericht, der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Strafverfolgung von Z._ und Unbekannt nicht zu erteilen. C. Mit Beschwerde vom 30. Juli 2012 beantragt X._, diesen obergerichtlichen Beschluss aufzuheben, die Sache an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen und diese anzuweisen, die unbekannte, geheime Vormundschaftsbehörde bekannt zugeben. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. D. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung. Z._ verzichtet in ihrer Vernehmlassung auf einen Antrag, weist aber daraufhin, dass das Obergericht des Kantons Zürich als Aufsichtsbehörde der Vormundschaftsbehörden am 28. Februar 2012 die Zuständigkeit zur Behandlung der Besuchsrechtsbegehren von X._ geregelt habe. Dabei habe es angeordnet, ihm die Wohnsitzgemeinde der früheren Ehefrau und des Sohnes A._ nicht bekannt zugeben; für die Behandlung des Gesuchs von X._ vom 6. April 2011 sei die Vormundschaftsbehörde einer Drittgemeinde eingesetzt worden. Vor dem Hintergrund des in Rechtskraft erwachsenen Obergerichtsentscheids vom 28. Februar 2012 sei die Behauptung X._s, ihm werde die für seine Familienrechtsangelegenheit zuständige Behörde widerrechtlich nicht bekannt gegeben, nicht nachvollziehbar. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest und weist erneut darauf hin, dass sich seine Strafanzeige nicht gegen Z._, sondern gegen die Mitglieder der "unbekannten" Sozialbehörde gerichtet habe. 