Sachverhalt: A. X._ war von 2000 bis 2007 bei der Farnair Switzerland AG (im Weiteren: Farnair) als Fachbereichsleiter Flugbetrieb ("Postholder Flight Operations") tätig. Nach einem gesundheitlich bedingten Unterbruch nahm er diese Funktion am 5. Januar 2009 wieder auf, was die Farnair dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) am 14. Januar 2009 anzeigte. Am 19. Januar 2009 bestätigte das BAZL den Eingang des entsprechenden Schreibens und wies darauf hin, dass X._ für das erforderliche "Assessment" kontaktiert werde; dieses fand am 25. Mai 2009 statt und bestand aus einer Analyse seines Dossiers, einem Interview und zwei schriftlichen Prüfungen ("Postholder General Knowledge" und "Postholder Field Competence"). B. Am 3. Juni 2009 teilte das Bundesamt für Zivilluftfahrt der Farnair mit, dass "das Gesuch um Zustimmung zur Nominierung von Herrn X._ als Postholder Flight Operations [...] zurzeit abgewiesen werde". X._ habe anlässlich des routinemässigen Assessments 68 Punkte erreicht; um als Postholder akzeptiert werden zu können, seien mindestens 80 Punkte erforderlich; zwischen 70 und 80 Punkten sei eine provisorische Funktionsausübung unter strengen Auflagen möglich. Aufgrund seines "derzeitigen Wissensstands" erfülle X._ die Anforderungen an die Funktion eines Postholders nicht. C. C.a Gegen die Verfügung des BAZL gelangte die Farnair an das Bundesverwaltungsgericht, welches ihre Beschwerde - soweit darauf einzutreten war - am 29. September 2010 im Sinne der Erwägungen guthiess und feststellte, dass X._ Postholder innerhalb der Betriebsorganisation der Farnair sei. Verfahrensgegenstand bilde die Frage, ob die Aberkennung der Zulassung von X._ als Postholder rechtens sei oder nicht; am entsprechenden Entscheid habe die Farnair ein eigenes, schutzwürdiges Interesse, da es dabei (auch) darum gehe, ob ihre Betriebsorganisation den Normen entspreche und ihr Luftverkehrsbetreiberzeugnis mit der bestehenden Postholderbesetzung aufrechterhalten werden könne. In materieller Hinsicht hielt das Bundesverwaltungsgericht fest, dass der mit dem Assessment verbundene Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit gestützt auf die staatsvertragliche Normstufe den Anforderungen von Art. 36 Abs. 1 BV genüge, hingegen nicht bezüglich der Normdichte. Die angerufenen europäischen und internationalen Normen seien sehr offen formuliert; es werde daraus nicht ersichtlich, welchen Anforderungen ein Postholder genügen bzw. welche Voraussetzungen er erfüllen müsse, damit seine Ernennung vom BAZL anerkannt werde. Bei den von diesem berücksichtigten JAR ("Joint Aviation Requirements") der JAA ("Joint Aviation Authorities") handle es sich nicht um Rechtsnormen, sondern lediglich um Vorschläge und Empfehlungen, welche in das nationale Recht überführt werden müssten; auch bestehe im vorliegenden Zusammenhang kein unmittelbar verbindliches Recht im Rahmen der Anhänge des Chicago-Übereinkommens (ICAO Doc 8335 als Guidance für Annex 6 Part I Attachement F.). C.b Am 1. Oktober 2010 teilte die Farnair mit, dass der am 3. Juni 2009 durch das BAZL nicht als Postholder akzeptierte X._ aus ihren Diensten ausgeschieden und pensioniert worden sei. D. D.a Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. September 2010 aufzuheben und die Verfügung des Bundesamts für Zivilluftfahrt vom 3. Juni 2009 zu bestätigen. Der angefochtene Entscheid basiere auf einer rechtswidrigen Auslegung der gestützt auf das Luftverkehrsabkommen mit der EG verbindlichen Verordnung (EWG) Nr. 3922/91 des Rates vom 16. Dezember 1991 zur Harmonisierung der technischen Vorschriften und der Verwaltungsverfahren in der Zivilluftfahrt inklusive Anhängen (EU OPS 1); zudem verkenne die Vorinstanz die direkte Anwendbarkeit von Bestimmungen, die sich auf das Internationale Abkommen über die Zivilluftfahrt stützten (Übereinkommen vom 7. Dezember 1944 über die internationale Zivilluftfahrt, "Chicago"-Abkommen; SR 0.748.0). D.b Das Bundesverwaltungsgericht und das Bundesamt für Zivilluftfahrt haben darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Die Farnair beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Sie macht geltend, dass die Postholdernomination ohne behördliche Zulassung ("Postholderassessment") zu erfolgen habe und nur ein Einwandverfahren seitens des Bundesamts zulässig sei. Der Gesetzgeber habe die entsprechende Entscheidungskompetenz ausdrücklich dem Luftfahrtunternehmen zugewiesen und der Aufsichtsbehörde lediglich ein Vetorecht eingeräumt. 