Faits: A. X._ S.à.r.l (ci-après: X._), société ayant son siège à Genève, rue ****, a pour but social l'exploitation de commerces de détails, plus particulièrement de stations-service avec magasins, conseils et assistance en matière d'exploitation de commerces de détails, activités dans le domaine du graphisme, y compris conseil. Selon le registre du commerce, A._ est associé président de la société avec signature individuelle. A ses côtés figurent quatre associés gérants avec signature collective à deux, soit B._, C._, D._ et E._. Le 17 septembre 2009, X._ a conclu avec Y._ S.à.r.l un contrat de sous-gérance concernant deux stations-service, sises l'une à **** à Genève, et l'autre à **** à Chêne-Bougeries. Aux termes de ce contrat, X._ reprenait à son compte, les dimanches et jours fériés, les obligations contractées par Y._ S.à.r.l vis-à-vis de Z._ Switzerland dans le contrat de partenariat que celle-ci avait signé, sous réserve de certaines modalités particulières énoncées dans la convention du 17 septembre 2009. Ainsi, au début de chaque journée d'exploitation, X._ reprenait les stocks à disposition, tant en essence qu'en marchandises se trouvant dans la station-service. En fin de journée ou de période de gérance, X._ remettait à l'exploitant les mêmes stocks moins les ventes effectuées pendant la période de gestion. Ces dernières étaient faites en consignation. X._ s'engageait à ne conclure que des contrats de travail avec ses gérants associés et leurs familles ou concubins. X._ était rémunérée par une participation au chiffre d'affaires réalisé, et devait participer aux charges d'exploitation, conformément aux décomptes que Y._ S.à.r.l. lui transmettait. Le 17 mai 2011, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail (ci-après: l'Office cantonal) a adressé à X._ deux courriers recommandés, par lesquels il rappelait qu'à l'occasion d'une précédente procédure (ATA/28/2008), le Tribunal administratif du canton de Genève (depuis le 1er janvier 2011, Chambre administrative de la Cour de justice) avait confirmé que les deux stations-service susmentionnées ne se trouvaient pas sur un axe de circulation important. Dès lors, elles n'étaient pas autorisées à employer du personnel le dimanche et les jours fériés, sauf pour la distribution et la vente de carburant, de petits accessoires pour l'entretien courant et l'équipement des automobiles, ainsi que d'accessoires saisonniers pour automobiles, à l'exclusion de tout autre article. Un inspecteur de l'Office cantonal avait constaté, lors d'une visite effectuée le 27 mars 2011, la vente de marchandises ne faisant pas partie des exceptions en question. Par conséquent, l'emploi du personnel le dimanche pour la vente de l'assortiment proposé était constitutif d'une infraction à la loi fédérale sur le travail dans l'industrie, l'artisanat et le commerce du 13 mars 1964 (LTr; RS 822.11), ainsi qu'à l'ordonnance 2 du 10 mai 2000 relative à la loi sur le travail (Dispositions spéciales pour certaines catégories d'entreprises ou de travailleurs, OLT 2; RS 822.112). L'art. 4 LTr prévoyait certes que la loi ne s'appliquait pas aux entreprises familiales, mais l'Office cantonal attirait l'attention de la société sur le fait qu'une personne morale ne pouvait revêtir la qualité d'entreprise familiale, si bien que la LTr lui était pleinement applicable. Lors du contrôle opéré, l'inspecteur avait constaté que travaillaient à la station-service de **** F._, fille d'un associé gérant, et à la station-service sise à ****, G._, et H._, respectivement l'époux et le fils de l'une des associés. Le lien de parenté entre les employés et les associés était dénué de pertinence, X._ n'étant pas une entreprise familiale. L'art. 59 LTr était violé. Cette société était invitée à se conformer immédiatement à la loi et à la jurisprudence précitée. Le 9 juin 2011, X._ a contesté cette interprétation de la LTr. B. Le 6 juillet 2011, l'Office cantonal a adressé un courrier recommandé à X._ valant décision d'interdiction d'employer du personnel le dimanche et les jours fériés dans les deux stations-service et constat d'une infraction à la LTr, ainsi qu'à l'OLT 2. La société était également enjointe, sous la menace des peines prévues à l'art. 292 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP; RS 311.0), de cesser d'employer du personnel les dimanches et jours fériés pour la vente de marchandises non autorisées. Le recours interjeté contre cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice a été rejeté par arrêt du 18 septembre 2012. C. X._ forme un "recours de droit public" contre l'arrêt de la Cour de justice du 18 septembre 2012. Elle conclut à l'annulation de cet arrêt et de la décision de l'Office cantonal du 6 juillet 2001, ainsi qu'à la constatation de l'autorisation d'employer du personnel le dimanche et les jours fériés "dans tous les secteurs de leur activité, y compris dans les magasins ("shops") qu'ils exploitent, sans restriction quant à la nature des produits proposés à la vente". L'Office cantonal conclut au rejet du recours et la Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Par ordonnance du 20 novembre 2012, le Président de la IIème Cour de droit public a refusé d'octroyer l'effet suspensif au recours. 