Sachverhalt: A. Die X._ AG - ein Kleinbetrieb mit drei Personen (der allein zeichnungsberechtigte Verwaltungsrat Y._, ein Bauzeichner und eine Teilzeitsekretärin) - wurde am 2. Juni 2009 für den Kanton und den Bund für das Steuerjahr 2007 ermessensweise veranlagt. Dagegen erhob sie am 8. Juli 2009 Einsprache und reichte gleichzeitig ihre Steuererklärung ein. In der Folge hat die kantonale Steuerverwaltung die X._ AG informiert, dass auf die Einsprache nicht eingetreten werden könne; diese sei verspätet erfolgt. Trotz Einwendungen der X._ AG, die im Wesentlichen geltend machte, dass die Verfügung zu Unrecht ihr und nicht ihrer Vertreterin, der Z._ AG (nachfolgend: Vertreterin), zugestellt worden sei, trat die Steuerkommission/Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz nicht auf die an sie überwiesene Einsprache ein. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz ab. B. Vor Bundesgericht beantragt die X._ AG, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 16. September 2010 sowie den zugrundeliegenden Entscheid der Steuerrekurskommission (recte: Steuerkommission/Verwaltung für die direkte Bundessteuer) des Kantons Schwyz und die Ermessenseinschätzung der kantonalen Verwaltung aufzuheben sowie sie für die Staats- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer für die Steuerperiode 2007 mit einem steuerbaren Reinertrag von Fr. 3'500.-- und mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 200'000.-- zu veranlagen. C. Die Steuerkommission/Verwaltung für die direkte Bundessteuer und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz sowie die eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen. 