Sachverhalt: A. Die X._ AG emittierte am 28. Oktober 2009 eine Anleihe von Fr. 400 Mio., unterteilt in Obligationen zu je Fr. 5'000.-- Nominalwert. Es handelte sich dabei um eine Hybridanleihe ("Undated Fixed to Floating Rate Subordinated Bonds"), die durch die X._ AG, nicht jedoch durch die Gläubiger, vierteljährlich ordentlich kündbar ist, erstmals per 28. Oktober 2016, d.h. nach sieben Jahren seit der Ausgabe. Die X._ AG stellte sich in der Korrespondenz mit der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) auf den Standpunkt, sie habe für die Anleihe eine Emissionsabgabe für sieben Jahre zu entrichten. Nach Ablauf von sieben Jahren habe sie ein Kündigungsrecht. Dies bewirke, dass bei Fehlen einer solchen Kündigung jeweils eine Verlängerung der Laufzeit eintrete, die gemäss Art. 5a Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 27. Juni 1973 über die Stempelabgaben (StG, SR 641.10) als Erneuerung gelte, mit der Folge, dass bis auf Weiteres die Emissionsabgabe nur für sieben Jahre geschuldet sei. Die ESTV vertrat demgegenüber die Auffassung, es liege eine zeitlich unbefristete Laufzeit vor, weshalb sich die Emissionsabgabe gestützt auf Art. 17a Abs. 3 der Verordnung vom 3. Dezember 1973 über die Stempelabgaben (StV, SR 641.101) vorderhand für eine Frist von zehn Jahren berechne. B. Gestützt auf das Abrechnungsformular vom 5. November 2009 bezahlte die X._ AG eine Emissionsabgabe von Fr. 4'800'000.--, mit Valuta vom 9. November 2009. Dabei erklärte die X._ AG, im Umfange von Fr. 1'440'000.--, d.h. für drei von zehn Jahren, erfolge die Überweisung unter Vorbehalt, da die Laufzeit der Obligation emissionsabgaberechtlich sieben Jahre nicht übersteige. Mit Entscheid vom 26. Januar 2010 bestätigte die ESTV ihre Auffassung und stellte eine Abgabeschuld von Fr. 4'800'000.-- fest. Die von der X._ AG dagegen erhobene Einsprache wies sie am 3. Juni 2010 ab. Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, mit Urteil vom 21. Oktober 2011 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. November 2011 beantragt die X._ AG, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 21. Oktober 2011 aufzuheben, die Emissionsabgabe auf Fr. 3'360'000.-- festzusetzen und der Beschwerdeführerin den zu viel bezahlten Betrag von Fr. 1'440'000.-- nebst Zins zu 5% zurückzuerstatten. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Eingabe vom 24. Februar 2012 hält die X._ AG an den gestellten Rechtsbegehren fest. 