Sachverhalt: A. A._ fuhr am 12. Februar 2013 in Bäretswil mit einem Arbeitskarren auf der Engelsteinstrasse rückwärts und wollte nach links in die Alte Engelsteinstrasse einbiegen, um weiter hinten eine Baggerschaufel voll Schnee zu entsorgen. Gleichzeitig fuhr X._ mit seinem Personenwagen auf der Alten Engelsteinstrasse in Richtung Adetswil. Bei der Kreuzung Alte Engelsteinstrasse/Engelsteinstrasse kollidierten die Beiden. Die Polizeibeamten B._ und Y._ rückten zum Unfallort aus, wobei ersterer den Unfall fotografisch dokumentierte und letztere den Rapport erstellte. Sie rapportierte gegen A._ wegen Rückwärtsfahrens auf der falschen Strassenseite und gegen X._ wegen mangelnder Aufmerksamkeit. Am Arbeitskarren entstand ein geringer, am Personenwagen ein grosser Sachschaden. Mit Verfügungen vom 27. Februar 2013 stellte das Statthalteramt des Bezirks Hinwil das Verfahren wegen Verletzung von Verkehrsregeln gegen A._ und X._ ein. Es erwog, die Aussagen der Beteiligten widersprächen sich in wesentlichen Punkten, und der Beweis, wer sich gesetzwidrig verhalten bzw. die Kollision letztlich verursacht habe, könne weder spurenkundlich noch durch Zeugenaussagen erbracht werden, weshalb das Verfahren im Zweifel zu Gunsten der Beschuldigten einzustellen sei. Am 6. Mai 2013 erstattete X._ bei der Staatsanwaltschaft See/Oberland Strafanzeige gegen Y._ wegen Amtsmissbrauchs. Er macht im Wesentlichen geltend, sie habe zu Gunsten ihres Jugendfreundes A._ und zu seinen Lasten einen irreführenden Rapport erstellt und es abgelehnt, die Spuren fotografisch zu dokumentieren, die beweisen würden, dass die Kollision allein A._ anzulasten sei. Am 21. Mai 2013 überwies die Staatsanwaltschaft die Sache ans Obergericht des Kantons Zürich mit dem Ersuchen, über die Erteilung bzw. Nichterteilung der Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen Y._ zu entscheiden. Sie beantragte, die Ermächtigung mangels eines deliktsrelevanten Verdachts nicht zu erteilen. Am 10. Juli 2013 erteilte das Obergericht die Ermächtigung nicht. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, die Staatsanwaltschaft See/Oberland zu ermächtigen, gegen Y._ eine Strafuntersuchung zu eröffnen. Er ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege. C. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland, die Oberstaatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung. 