Sachverhalt: A. E._ (geboren 1956) arbeitete seit September 1979 bei der Genossenschaft Migros als Bereichsleiter Gastronomie. Im Dezember 2008 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in beruflicher und medizinischer Hinsicht und beruflichen Massnahmen (Arbeitstraining, Arbeitsversuch in der Küche des Altersheims X._) holte die IV-Stelle des Kantons Zürich bei Dr. med. An B._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, ein psychiatrisches Gutachten vom 30. November 2010 ein. Mit Vorbescheid vom 31. Januar 2011 stellte sie die Zusprache einer Viertelsrente ab 1. Juni 2011 in Aussicht und wies den Versicherten im Sinne seiner Schadenminderungspflicht an, eine Psychotherapie zu besuchen. Nach erfolgtem Einwand sprach sie ihm mit Verfügung vom 16. Mai 2011 ab 1. Juni 2011 eine Viertelsrente zu. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, nachdem es E._ unter Androhung einer reformatio in peius Gelegenheit zur Stellungnahme zur möglichen Schlechterstellung und zum Beschwerderückzug gegeben hatte, mit Entscheid vom 14. November 2012 ab und hob die Verfügung der IV-Stelle vom 16. Mai 2011 auf mit der Feststellung, dass der Beschwerdeführer keinen Rentenanspruch hat. C. E._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das Verfahren an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit dieses nach Einholung eines psychiatrischen Obergutachtens einen Einkommensvergleich durchführe und über seinen Rentenanspruch neu entscheide. Die IV-Stelle und Migros-Pensionskasse schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 