Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner) wurde von der X._ AG (Beschwerdeführerin) per 16. März 2001 als Verkaufsleiter und stellvertretender Geschäftsführer angestellt. Anlässlich des wöchentlichen Rapports der Geschäftsleitung vom 18. Oktober 2004 entzog ihm der CEO der Beschwerdeführerin die Befugnisse als Geschäftsleitungsmitglied. Nach einer vorzeitig abgebrochenen Aussprache am 23. Oktober 2004 erschien der Beschwerdegegner am folgenden Arbeitstag nicht mehr zur Arbeit. B. Im März 2005 reichte die Beschwerdeführerin beim Amtsgericht Luzern-Stadt Klage ein und forderte vom Beschwerdegegner Fr. 128'478.21 nebst Zins als Entschädigung für das fristlose Verlassen des Arbeitsplatzes sowie als Schadenersatz für weitere behauptete Vertragsverletzungen. Der Beschwerdegegner machte mit Widerklage Lohnansprüche bis zum Ablauf der ordentlichen Kündigungsfrist von Fr. 20'967.-- nebst Zins geltend. Am 18. Mai 2007 wies das Amtsgericht die Klage ab und hiess die Widerklage gut. Die Beschwerdeführerin erhob dagegen Appellation an das Obergericht des Kantons Luzern und beantragte im Wesentlichen, den Entscheid des Amtsgerichts aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Mit Urteil vom 27. April 2009 wies auch das Obergericht die Klage ab und hiess die Widerklage gut. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Beschwerdegegner wegen fristlosen Verlassens der Arbeitsstelle unter gleichzeitiger Abweisung der Widerklage zur Zahlung von Fr. 1'875.-- nebst Zins zu verpflichten, entsprechend einem Viertel eines Monatslohns (Art. 337d Abs. 1 OR). Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. 