Faits: A. X._ et dame X._ se sont mariés le 27 juin 1992. Trois enfants sont issus de cette union : A._, née le 22 janvier 1996, B._ et C._, nées le 6 août 1997. A la suite de la séparation des parties, le Tribunal de première instance du canton de Genève a, par jugement de mesures protectrices de l'union conjugale du 4 septembre 2003, maintenu l'autorité parentale commune sur les enfants, dont il a confié la garde à la mère. S'agissant du droit de visite du père, il l'a fixé à une semaine sur deux, du jeudi à 16h30 au mardi à 8h30, ainsi que la moitié des vacances scolaires. La Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement le 13 février 2004. B. Le 5 avril 2006, le Tribunal de première instance a prononcé le divorce des époux. Il a attribué l'autorité parentale sur les trois enfants à la mère et fixé le droit de visite du père à un week-end sur deux, du vendredi soir au lundi matin, ainsi que la moitié des vacances scolaires. Un appel portant sur l'autorité parentale, la garde et, partant, le droit de visite est pendant devant la Cour de justice. Au début de l'année 2007, dame X._ a déménagé à Y._, dans le canton de Fribourg, où elle réside avec ses trois enfants. C. Le 25 avril 2007, X._ a déposé devant le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine une requête tendant à l'exécution de l'arrêt rendu par la Cour de justice le 13 février 2004. Cette requête a été rejetée le 20 juin 2007. Par arrêt du 29 août 2007, la Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté la réclamation déposée par X._ contre la décision du 20 juin 2007. Elle a considéré que le déménagement de la mère rendait impossible pratiquement l'exercice du droit de visite impliquant que les enfants passent quatre jours successifs chez leur père, vu la distance séparant les domiciles des parents et les horaires scolaires des enfants. En outre, dans le cadre de la procédure de divorce, la Cour de justice du canton de Genève allait prochainement statuer sur le droit de visite qui serait adapté aux circonstances nouvelles. Il y avait donc lieu, selon les juges cantonaux, de refuser l'exécution de la décision de mesures protectrices. D. X._ forme un recours en matière civile. Principalement, il sollicite l'annulation de l'arrêt cantonal, l'exécution de l'arrêt sur mesures protectrices rendu par la Cour de justice du canton de Genève le 13 février 2004. Il demande également qu'il soit donné ordre à dame X._, sous menace des sanctions pénales prévues par l'art. 292 CP, de ne pas s'opposer et de permettre l'exercice du droit de visite tel que prévu dans cet arrêt. A titre subsidiaire, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. L'intimée a conclu au rejet du recours. 