Sachverhalt: A. Nach der Anklageschrift wurde auf dem Landwirtschaftsbetrieb von X._ am 8. September 2008 ein Hanffeld entdeckt. Die Pflanzen mit einem THC-Gehalt von 2,9 bis 4,2 % wurden am 24. September 2008 beschlagnahmt. X._ hatte im Juni 2008 mit der A._ AG einen Anbau- und Abnahmevertrag abgeschlossen, gemäss welchem diese die Pflanzen zu Nahrungsmitteln, Salben usw. verarbeitet. B. Das Kreisgericht Obertoggenburg-Neutoggenburg sprach am 22. April 2009 X._ mangels rechtsgenüglichen Nachweises des subjektiven Tatbestands vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das BetmG frei und entschied, die ca. 2'400 Hanfpflanzen einzuziehen und zu vernichten. X._ erhob gegen die Einziehung Berufung. Das Kantonsgericht St. Gallen hob am 17. November 2009 die Beschlagnahmeverfügung vom 24. September 2008 auf. C. Die Staatsanwaltschaft St. Gallen erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben, die Betäubungsmittel (die ca. 2'400 Hanfpflanzen) einzuziehen und die ersatzlose Vernichtung anzuordnen. In der Vernehmlassung hält das Kantonsgericht fest, die nicht weiter belegten Vermutungen eines strafbaren Verhaltens des Geschäftsführers der A._ AG im kreisgerichtlichen Urteil verletzten die Unschuldsvermutung und die Parteirechte des Beschwerdegegners. Ferner sei Art. 69 StGB nicht verletzt, da der Hanfanbau weder zur Begehung einer Straftat gedient habe noch dazu bestimmt gewesen sei und der Anbau auch nicht verboten gewesen sei. Der Beschwerdegegner führt aus, die erste Analyse mit einem THC-Gehalt von 4,2 % sei wegen Fehlerhaftigkeit annulliert worden. Es gelte nur die zweite Analyse "mit 2,9 %, mit Marge nur 2,4 %". Der 0,3 %-Grenzwert sei wissenschaftlich nicht haltbar. Richtig seien 3 %. Da die legale Verwendung seiner Hanfpflanzen erwiesen sei, spiele der Grenzwert hier aber keine Rolle. Weiter sei die (nicht rechtskräftige) Verurteilung von B._ nicht gegen den Geschäftsführer der A._ AG erfolgt. Diese Firma betreibe ein rechtmässiges Gewerbe. Ferner sei sein Hanffeld nicht "entdeckt" worden. Dieses sei, wie jedes Jahr, beim kantonalen Landwirtschaftsamt angemeldet worden. 