Sachverhalt: A. Die 1959 geborene C._ war ab 1. Dezember 1999 bis 11. Mai 2007 (letzter effektiver Arbeitstag) bei der Firma X._ tätig, in den letzten Jahren als Fachleiterin Kasse im Teilpensum von 85%. Am 12. Februar 2008 meldete sie sich unter Hinweis auf eine Depression bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich C._ mit Verfügung vom 5. August 2010 ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 88% ab 1. Mai bis 31. Oktober 2008 eine befristete ganze Invalidenrente zu. Sie stützte sich dabei namentlich auf das eingeholte Gutachten des Instituts Y._ vom 11. Dezember 2008 und die ergänzende Stellungnahme vom 27. Mai 2009. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher C._ die Ausrichtung der Rente auch nach dem 31. Oktober 2008, eventualiter die Rückweisung der Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle beantragen liess, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 21. Juni 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt C._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids seien ihr die gesetzlichen Leistungen auszurichten, eventualiter sei die Angelegenheit zur ergänzenden medizinischen Sachverhaltsabklärung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 