Faits: A. La société X._, dont le siège est à A._ dans le canton de Neuchâtel, est membre de la Fédération X._ (ci-après: la Fédération), dont le siège est à Zurich. Cette dernière est propriétaire de deux immeubles à B._ et à C._ dans le canton de Neuchâtel qu'elle loue principalement à la société X._ sans y exercer elle-même une activité. Dans sa déclaration d'impôt à l'intention du canton de Neuchâtel pour la période fiscale 2004, la Fédération a déclaré un capital de 9'080'310 fr. et un bénéfice de 42'596 fr. résultant d'une répartition proportionnelle en fonction du chiffre d'affaires réalisé dans chacun des cantons, les immeubles neuchâtelois étant considérés comme immeubles d'exploitation. Elle y a également mentionné les estimations cadastrales de ces derniers d'un montant de 51'755'000 fr. pour l'un et de 5'590'000 fr. pour l'autre. Elle déclare enfin un bénéfice global de 56'094'915 fr. et un capital de 1'591'209'221 fr. réparti entre les cantons de Zurich et de Neuchâtel. Il ressort des comptes qu'elle a obtenu un rendement de participations de 75'327'127 fr. Dans la décision de taxation du 4 mars 2008, le Service cantonal des contributions du canton de Neuchâtel a imposé un capital de 9'080'000 fr. tel que déclaré et un bénéfice (rendement immobilier) corrigé de 3'287'600 fr. L'impôt cantonal sur le bénéfice a été fixé à 328'760 fr. et l'impôt communal sur le bénéfice à 328'760 fr. L'impôt cantonal et communal sur le capital a été arrêté pour chacun des deux impôts à 22'700 fr. et n'a pas été contesté. Par décision sur réclamation du 10 juillet 2008, le Service cantonal des contributions a confirmé sur le principe la répartition directe et ramené le bénéfice imposable dans le canton de Neuchâtel à 2'470'100 fr. après correction de la provision pour impôts. B. Par arrêt du 3 mai 2011, le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté le recours déposé par la Fédération contre l'arrêt rendu le 9 septembre 2009 par le Tribunal fiscal de La Chaux-de-Fonds qui confirmait la décision sur réclamation du 10 juillet 2008 et la décision de taxation du 4 mars 2008. Il a jugé en substance que les deux immeubles de la Fédération constituaient des immeubles de placement du moment qu'ils étaient effectivement loués à la société X._. Aucune réduction pour participations ne pouvait être accordée en relation avec le revenu immobilier qui ne constituait précisément pas un revenu de participations dans le canton de situation de l'immeuble. Enfin, il n'existait en l'espèce aucune perte de répartition à mettre à charge du canton de Neuchâtel. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Fédération demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 3 mai 2011 par le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se plaint de la violation de l'interdiction de la double imposition intercantonale et du principe de l'imposition selon la capacité contributive. Elle sollicite à titre subsidiaire l'application d'un mode de répartition par quotes-parts et une réduction pour participations dans tous les cantons dont Neuchâtel. Le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel se réfère aux motifs de l'arrêt attaqué. L'Office cantonal des impôts du canton de Zurich, le Département de la justice, de la sécurité et des finances du canton de Neuchâtel ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. 