Fatti: A. Con decisione del 7 dicembre 2007, l'Ufficio giuridico della Sezione della circolazione del Cantone Ticino ha riconosciuto A._ colpevole di infrazione alle norme della circolazione stradale e gli ha inflitto una multa di fr. 200.--. Veniva rimproverato per aver autorizzato, il 30 agosto 2007 in territorio di Lugano, un proprio dipendente a eseguire il trasporto professionale di persone con il veicolo targato xxx non immatricolato a tale scopo e, conseguentemente, sprovvisto dell'odocronografo. Il conducente non era inoltre in possesso della richiesta licenza di condurre. B. Adito dal condannato, il Presidente della Pretura penale ha respinto il ricorso e confermato la risoluzione dell'autorità di prima istanza con decisione del 5 giugno 2009. C. Avverso quest'ultima decisione, A._ inoltra un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Postula l'annullamento della sentenza impugnata e il suo proscioglimento da ogni imputazione. Il Presidente della Pretura penale e la Sezione della circolazione sono stati invitati a esprimersi sul gravame. Delle osservazioni del primo si dirà nei considerandi. La seconda afferma di non avere particolari osservazioni da presentare, precisando tuttavia di condividere pienamente le conclusioni della decisione contrastata. 