Faits: A. La commune d'Epalinges a mis à l'enquête, du 2 au 25 juin 2006, un projet portant sur la création d'un giratoire avec place de rebroussement, au croisement du chemin des Ormeaux et du chemin du Grand-Pré, sur la parcelle n° 22 propriété de la commune. Le projet comporte la création d'un arrêt de bus au sud du préau du Collège de Bois-Murat, ainsi qu'un giratoire de 12,5 m de rayon pour permettre le rebroussement des bus des transports publics lausannois (TL), ainsi que la modification du préau du collège et la création d'un couvert de 140 m2 en bordure de celui-ci. Le 21 juin 2007, la Municipalité a accordé le permis de construire et levé les oppositions formées, notamment, par la copropriété X._ ainsi que les copropriétaires concernés. Ceux-ci ont alors saisi le Tribunal administratif vaudois, en relevant préalablement que le projet ne constituait pas un aménagement de peu d'importance et devait faire l'objet d'une procédure d'adoption d'un plan d'affectation communal. Le 15 décembre 2007, la Municipalité a mis à l'enquête le même projet, sous la forme d'un plan d'affectation. La zone couverte était remplacée par un abri bus de taille réduite. Le projet a suscité l'opposition des mêmes propriétaires, qui invoquaient les nuisances sonores, les problèmes de trafic et de pollution de l'air, ainsi qu'un engagement qui aurait été pris par la Municipalité, en 2002, de renoncer à la dépose d'élèves du Collège de Bois-Murat du côté du chemin des Ormeaux. Le 26 février 2008, le Conseil communal d'Epalinges a adopté le projet, ainsi que les réponses aux opposants. Le projet permettait d'une part de supprimer le trafic aux abords et sur le site du collège, et d'autre part d'organiser les transports publics desservant le territoire communal et assurant la jonction avec le terminus du Métro M2. L'augmentation du trafic serait minime, selon l'étude Transitec du 21 janvier 2008; ses effets seraient compatibles avec les exigences de l'OPB. La Municipalité n'avait donné aucune assurance et les circonstances avaient changé depuis 2002, notamment par la réalisation du M2. Le 12 mars 2008, le Département cantonal vaudois des infrastructures (DINF) a approuvé préalablement le projet. Les opposants ont à nouveau saisi le Tribunal administratif, devenu la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP). B. Par arrêt du 31 octobre 2008, cette dernière a admis partiellement le recours; le projet permettait d'éviter les risques actuels liés à la traversée de l'établissement scolaire par les bus des transports publics. Le giratoire était conçu de telle manière que l'écoulement du trafic soit assuré malgré le stationnement des bus. La note technique produite par la Municipalité, sur la base de comptages repris dans l'étude acoustique, tenait compte du trafic supplémentaire résultant des lignes de bus 45 et 46, ainsi que de la dépose et de la prise en charge des élèves. Il n'y avait pas lieu d'ordonner une expertise supplémentaire. Les déclarations de la Municipalité, en mars 2002, selon laquelle "elle n'envisage[ait] plus la dépose des élèves, soit par un bus, soit par les parents, du côté du chemin des Ormeaux", ne liaient pas le Conseil communal et le DINF, autorités d'adoption, respectivement d'approbation du plan. Les circonstances avaient d'ailleurs changé (réalisation du M2, augmentation de la cadence et de la dimension des bus). Selon l'étude acoustique produite par la Municipalité, les valeurs limites d'immission (VLI) étaient respectées - s'agissant d'une modification notable d'une installation existante - à l'exception du bâtiment situé sur la parcelle n° 29, pour lequel le projet entraînerait une aggravation du dépassement des VLI. Sur ce point, les décisions du 26 février et 12 mars 2008 ont été réformées en ce sens que des mesures permettant d'assurer le respect des VLI sur la façade nord du bâtiment sis au chemin des Tuileries devraient être prises à l'achèvement des travaux. Les décisions attaquées étaient maintenues pour le surplus. C. Les copropriétaires X._ ainsi que la communauté elle-même forment un recours en matière de droit public avec une demande d'effet suspensif. Ils demandent la réforme de l'arrêt cantonal et des décisions des 26 février et 12 mars 2008 dans le sens d'un refus du projet. Subsidiairement, ils concluent au renvoi de la cause à l'autorité de première instance. La CDAP se réfère à son arrêt. La Commune d'Epalinges et le Service cantonal des routes concluent au rejet du recours. Les Transports publics de la région lausannoise SA, tiers intéressé, relèvent l'importance du giratoire litigieux pour leur exploitation. L'effet suspensif a été refusé par ordonnance du 15 janvier 2009. 