Sachverhalt: A. Der 1953 geborene J._ war ab 1. April 1985 als Lagermitarbeiter in einem Transportunternehmen erwerbstätig. Ab 14. Dezember 2002 arbeitete er krankheitsbedingt nicht mehr. Auf Ende Juni 2003 wurde das Arbeitsverhältnis aufgrund der schlechten Wirtschaftslage aufgelöst. Im Januar 2004 meldete sich J._ bei der Invalidenversicherung an und beantragte u.a. eine Rente. Nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse und nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen den Anspruch auf eine Invalidenrente (Verfügung vom 14. November 2007). B. In Gutheissung der Beschwerde des J._ hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Verfügung vom 14. November 2007 auf und sprach dem Versicherten im Sinne der Erwägungen mit Wirkung ab 1. April 2006 eine Viertelsrente zu (Entscheid vom 13. August 2009). C. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 13. August 2009 sei aufzuheben. J._ beantragt die Abweisung, das Bundesamt für Sozialversicherungen Gutheissung der Beschwerde, welcher aufschiebende Wirkung zuzuerkennen sei. Das kantonale Versicherungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. 