Sachverhalt: A. Die Eheleute X._ und Y._ erwarben im Dezember 2002 eine unter Denkmalschutz stehende, aus dem 19. Jahrhundert stammende Liegenschaft in R._ zum Preis von Fr. 863'400.--. Sie liessen das Gebäude in den Jahren 2003 (für Fr. 726'939.--) und 2004 (für Fr. 142'051.--) umfassend sanieren. B. Nach Überprüfung durch das Kantonale Steueramt Aargau wurden den Eheleuten X._-Y._ für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 Fr. 172'785.-- als abziehbare Liegenschaftsunterhaltskosten anerkannt, im Einspracheverfahren aber - aufgrund einer neuen Praxis des kantonalen Verwaltungsgerichts - nur noch Fr. 36'240.--. Dagegen gelangten die Betroffenen erfolglos an das Steuerrekursgericht und danach an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. C. X._ und Y._ haben am 10. September 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragen sinngemäss, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 15. Juli 2009 aufzuheben und Unterhaltskosten von Fr. 172'785.-- zum Abzug zuzulassen. D. Das Kantonale Steueramt Aargau schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Stellungnahme verzichtet. 