Sachverhalt: A. Mit Baugesuch vom 1. Oktober 2012 beantragten X._ und Y._ die Erteilung einer Baubewilligung für den Neubau eines Mehrfamilienhauses auf Parzelle 1449 in Flims Dorf. Dagegen erhob die Helvetia Nostra Einsprache. Der Gemeindevorstand Flims trat auf die Einsprache am 13. November 2012 mangels Legitimation nicht ein und erteilte gleichentags die Baubewilligung. Diese enthält eine Auflage zur Lenkung des Zweitwohnungsbaus. Danach beträgt die geplante Bruttogeschossfläche (BGF) des Neubaus 640 m2, der Anteil der altrechtlichen Wohnung 140 m2 und der Anteil der deklarierten Erstwohnung (im Erdgeschoss) 117 m2. Somit ergibt sich eine restliche BGF (Zweitwohnung) von 393 m2, welche dem Kontingent unterstellt sei. Mit dem Neubau dürfe im Jahr 2015 begonnen werden. B. Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mangels Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra am 11. Dezember 2012 nicht ein. Im Übrigen ging es davon aus, dass Art. 75b BV erst auf Baubewilligungen anwendbar sei, die nach dem 1. Januar 2013 erteilt würden. Daraus ergebe sich, dass auch in Gemeinden wie Flims, in denen die kritische Grenze von 20 % Zweitwohnungen überschritten sei, im Jahr 2012 noch Baubewilligungen für Zweitwohnungen nach bisherigem Recht erteilt werden durften. C. Dagegen erhob die Helvetia Nostra am 28. Januar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter sei die dem Projekt von X._ und Y._ in Flims erteilte Baubewilligung aufzuheben. D. Mit Verfügung vom 25. Februar 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt und das Verfahren bis zum Vorliegen eines Grundsatzentscheids des Bundesgerichts zur Frage der Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra und der Anwendbarkeit von Art. 75b BV und Art. 197 Ziff. 9 BV sistiert. E. Am 22. Mai 2013 fällte das Bundesgericht die ersten Leitentscheide: Es bejahte die Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra (BGE 139 II 271) sowie die direkte Anwendbarkeit von Art. 75b BV und Art. 197 Ziff. 9 BV ab dem 11. März 2012 (BGE 139 II 243 und 263). Mit Verfügung vom 1. Juli 2013 wurde das Verfahren wieder aufgenommen. F. Die Beschwerdegegner beantragen, die Sache sei zu materieller Prüfung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie gehen davon aus, dass ihr Bauvorhaben bewilligungsfähig sei, weil es sich um den Ersatz einer bestehenden Zweitwohnung handle und die Erweiterung des Baus als Erstwohnung genutzt werde. Hinzu komme, dass eine touristische Bewirtschaftung des "Überschusses" der erweiterten Zweitwohnung im Baubewilligungsverfahren als Auflageoption zur Erteilung der Bewilligung geltend gemacht worden sei. Die Gemeinde und das Verwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 