Sachverhalt: A. Die A._ AG mit Sitz in U._/OW hatte noch unter ihrer alten Firma von der B._ SA verschiedene Räumlichkeiten an der V._strasse xx in W._/AG gemietet, wobei die Mietverträge erstmals auf den 31. März 2018 kündbar sind. Nach anfänglicher Eigennutzung hat sie die Räumlichkeiten in Tief-, Erd-, 1. und 10. Obergeschoss an die X._ AG sowie diejenigen im 9. Obergeschoss an die C._ AG und an D._ untervermietet. Am 15. Januar 2009 eröffnete das Kantonsgerichtspräsidium des Kantons Obwalden über die A._ AG den Konkurs und betraute das Konkursamt Obwalden mit der Durchführung des Konkursverfahrens. Nachdem dieses das Konkursamt Aargau, Amtsstelle Brugg, zur rechtshilfeweise Inventaraufnahme und Sicherstellung gemäss Art. 221 SchKG betreffend die Mieträumlichkeiten an der V._strasse xx beauftragt hatte, wurden diese am 16. Februar 2009 versiegelt und die Amtsstelle Brugg nahm ein Inventar auf. Am 2./4. Juni 2009 machten die drei Untermieter diverse Eigentumsansprachen an verschiedenen Inventarpositionen. Mit Verfügung des Kantonsgerichtspräsidiums vom 6. Juli 2009 wurde der Konkurs über die A._ AG mangels Aktiven eingestellt. Am 4. August 2009 wurde diese Verfügung widerrufen, nachdem der Kostenvorschuss für die Durchführung des Verfahrens geleistet worden war. Mit Verfügung vom 2. Oktober 2009 wies das Konkursamt Obwalden sämtliche Eigentumsansprachen der X._ AG ab und setzte dieser gemäss Art. 242 Abs. 2 SchKG eine Frist von 20 Tagen zur Anhebung einer Aussonderungsklage mit der Begründung, die eingereichten Beweismittel seien unzureichend und die Zuordnung zu den einzelnen Inventarpositionen unmöglich; zusätzlich sei an bestimmten Positionen aufgrund ihres Bestandteilcharakters vom Eigentum der Gebäudeeigentümerin/Vermieterin auszugehen und für bestimmte Positionen sei ein Eigentumsvorbehalt zugunsten der E._ AG eingetragen. B. Mit Beschwerde vom 13. Oktober 2009 verlangte die X._ AG die Anerkennung ihrer Eigentumsansprache betreffend die Inventarpositionen Nrn. 1-53, 55-66, 68-91, 92, 92a, 93-96, 101-106, 110-112, 113-120, 126-139, 142, 143, 147-154, 156-166, 168, 174, 179-227, 230-238 und 240. Mit Entscheid vom 9. März 2010 hob die Obergerichtskommission des Kantons Obwalden als Aufsichtsbehörde in SchKG-Sachen (nachfolgend Aufsichtsbehörde) die Verfügung des Konkursamtes vom 2. Oktober 2009 mit Bezug auf die Inventarpositionen Nrn. 1-53, 55-66, 68-75, 77-91, 92, 92a, 93-96, 101-106, 110-112, 113-120, 132, 147-154, 156-166, 168, 174, 179-227, 230-236, 238 und 240 auf. Es führte aus, diesbezüglich habe die X._ AG zwar nicht ihr Eigentum, wohl aber ihren Mitgewahrsam aufgrund des Untermietverhältnisses bewiesen. Bei Mitgewahrsam sei nicht Frist zur Aussonderungsklage anzusetzen; vielmehr seien die betreffenden Vermögenswerte zu admassieren. Für die anderen Positionen sei von einem Alleingewahrsam der A._ AG auszugehen, weshalb diesbezüglich die Beschwerde abzuweisen sei. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. März 2010 verlangt die X._ AG, über den kantonalen Entscheid hinaus sei ihre Eigentumsansprache an allen Inventarpositionen gemäss den kantonalen Begehren anzuerkennen, d.h. auch an den Nrn. 126-131, 133-139, 142 und 143. Sodann sei das Konkursamt anzuweisen, die Anordnung der Siegelung der Geschäftsräumlichkeiten an der V._strasse xx in W._/AG aufzuheben. Eventualiter sei die Sache weisungsgebunden an die Obergerichtskommission oder an das Konkursamt zurückzuweisen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt. 