Faits: A. La société anonyme Hôtel X._ SA (ci-après: la Société) exploite un hôtel à Genève, dont elle est propriétaire des murs et du fonds de commerce. Elle est détenue à 50% par la société anonyme Y._ (Suisse) SA. Il ressort du bilan de l'exercice 2009 de la Société que l'actif comprend des actifs immobilisés pour 6'331'821 fr., dont 653'478 fr. d'avances à des sociétés actionnaires. Au passif, le total des fonds étrangers s'élève à 2'011'970 fr. et inclut notamment les postes "emprunts hypothécaires à court terme" (250'000 fr.) et "emprunts hypothécaires à long terme" (1'200'000 fr.). Les fonds propres de la Société se montent à 4'527'510 fr. et sont constitués de 250'000 fr. de capital-actions, de 126'900 fr. de réserve générale et de 4'150'610 fr. de bénéfice, y compris les bénéfices reportés des exercices précédents. Dans sa déclaration fiscale 2010 [recte: 2009], la Société a déclaré un bénéfice imposable de 685'413 fr. Elle a précisé que le montant de 653'478 fr. d'avances à des sociétés actionnaires représentait un prêt accordé à Y._ (Suisse) SA et que l'intérêt de 17'471 fr. comptabilisé sur ce prêt avait été calculé sur la base de la créance moyenne des exercices 2008 et 2009, à un taux de 2,5%. La Société a par ailleurs indiqué avoir payé un montant de 57'802 fr. d'intérêts sur ses emprunts hypothécaires bancaires. B. Dans deux décisions de taxation du 23 décembre 2010 concernant l'impôt cantonal et communal 2009 et l'impôt fédéral direct 2009, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration fiscale) a procédé à une reprise sur le bénéfice déclaré de la Société pour un montant de 5'850 fr. Selon l'Administration fiscale, la Société aurait dû appliquer un taux d'intérêt de 3.941% sur le prêt accordé à Y._ (Suisse) SA. Calculé sur une créance moyenne de 591'743 fr., un intérêt de 23'321 fr. aurait donc dû être pris en considération. Partant, la différence entre ce dernier montant et l'intérêt comptabilisé par la Société (17'471 fr.), soit 5'850 fr., devait être rajoutée à son bénéfice imposable pour l'année fiscale 2009. Le 23 décembre 2010, la Société a élevé réclamation contre cette reprise, que l'Administration fiscale a rejetée le 20 janvier 2011 dans deux décisions sur réclamation, indiquant que le mode de calcul du taux d'intérêt qu'elle avait appliqué était conforme à la lettre-circulaire du 3 février 2009 de l'Administration fédérale des contributions concernant les taux d'intérêt 2009 déterminants pour le calcul des prestations appréciables en argent. La Société a recouru contre ces deux décisions sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif), qui a rejeté le recours par jugement du 23 avril 2012. Le 31 mai 2012, la Société a déposé un recours contre ce jugement auprès de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Elle a conclu à son annulation et à celle des deux bordereaux d'impôt notifiés pour l'année 2009, le bénéfice imposable 2009 devant être arrêté au montant déclaré, soit à 685'413 fr. Subsidiairement, la reprise du bénéfice imposable devait être limitée à 26,202% du montant de la reprise totale, soit à 1'533'000 fr. (recte: 1'533 fr.). La Cour de justice a rejeté le recours par arrêt du 19 février 2013. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Hôtel X._ SA conclut, avec suite de frais et dépens, à ce que le Tribunal fédéral constate que ses "placements de trésorerie" auprès d'un actionnaire sont financés au moyen de fonds propres et qu'en conséquence, la reprise querellée n'est pas justifiée. Elle conclut également à ce que le Tribunal fédéral demande à l'Administration fiscale d'annuler sa reprise et d'arrêter le bénéfice imposable pour l'année 2009 à 685'413 fr., soit au montant déclaré, en matière d'impôt cantonal et communal comme en matière d'impôt fédéral direct, subsidiairement à ce que l'Administration fiscale limite la reprise à 26.202% de son montant total, soit à 1'533 fr. La Cour de justice n'a formulé aucune observation sur le recours. Le Tribunal administratif s'en est rapporté à justice quant à sa recevabilité et a maintenu ses considérants et le dispositif de son jugement. L'Administration fiscale a pris position le 7 juin 2013 et a conclu au rejet du recours. Par courrier du 16 août 2013, l'Administration fédérale des contributions s'est également déterminée pour conclure au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt de la Cour de justice. Le 23 août 2013, la Société a fait parvenir à la Cour de céans des observations finales. D. Le Tribunal fédéral a statué en audience publique le 26 novembre 2013. 