Faits: A. S._ a travaillé de décembre 1993 à octobre 2002 comme serveuse pour le compte de divers établissements publics de X._. Du 1er décembre 2002 au 31 août 2003, elle a émargé à l'assurance-chômage, intervalle durant lequel elle a présenté une période d'incapacité de travail totale, puis partielle en raison principalement de troubles dépressifs. Le 1er janvier 2004, l'intéressée a commencé à travailler pour le restaurant Y._. Elle a été incapable de travailler à 50 % à compter du 5 janvier, puis à 100 % dès le 26 mai. Par décision du 7 septembre 2005. l'Office AI pour le canton de Vaud a alloué à l'assurée une rente entière d'invalidité à compter du 1er janvier 2005. Par courrier du 6 février 2006, GastroSocial Caisse de pension (ci-après: GastroSocial), institution de prévoyance à laquelle était affilié son dernier employeur, a informé S._ qu'elle refusait de lui allouer une rente d'invalidité, au motif que l'incapacité de travail à l'origine de l'invalidité était survenue en mars 2003, soit à une période où l'intéressée n'était pas affiliée auprès d'elle. B. Par demande du 17 août 2006, S._ a saisi le Tribunal des assurances du canton de Vaud d'une action à l'encontre de GastroSocial tendant au versement à compter du 1er janvier 2005 d'une rente d'invalidité pour elle et ses deux enfants. En cours de procédure, la juridiction cantonale a appelé en cause la Fondation institution supplétive LPP (ci-après: l'institution supplétive), auprès de laquelle l'assurée était affiliée lorsqu'elle émargeait à l'assurance-chômage. Le juge instructeur a également procédé à un complément d'instruction auprès du médecin traitant de l'assurée, le docteur M._, afin qu'il se détermine sur la capacité résiduelle de travail de sa patiente durant la période courant du mois d'août 2003 au mois de janvier 2004 (rapport du 23 mai 2008). Par jugement du 7 juillet 2008, le Tribunal des assurances a admis la demande et condamné l'institution supplétive à servir des prestations à partir du 1er janvier 2005, avec intérêts à 5 % l'an dès le 17 août 2006. C. La Fondation institution supplétive LPP interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement à ce qu'il soit constaté qu'elle ne doit servir aucune prestation à l'assurée et subsidiairement au renvoi de l'affaire au Tribunal des assurances pour nouvelle décision. S._ s'en remet à justice, tandis que GastroSocial conclut au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 