Sachverhalt: A. X._ wurde mit Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 9. März 2004 des Fahrens in angetrunkenem Zustand verurteilt und mit einer Gefängnisstrafe von 41⁄2 Monaten bestraft. Der Vollzug der Gefängnisstrafe wurde zugunsten einer Verwahrung aufgeschoben. Das Bundesgericht wies die von X._ erhobene eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6S.196/2004 vom 27. Oktober 2004). Seit dem 30. November 2004 befindet sich X._ im Verwahrungsvollzug. Das Obergericht des Kantons Zürich trat am 1. Oktober 2008 auf ein von X._ gestelltes Haftentlassungsgesuch mangels Zuständigkeit nicht ein. Es beschloss, die Verwahrung nach neuem Recht weiterzuführen. Das Bundesgericht wies eine von X._ erhobene Beschwerde in Strafsachen ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6B_33/2009 vom 25. Februar 2009). B. Der Justizvollzug des Kantons Zürich lehnte im Rahmen der jährlichen Prüfung von Amtes wegen mit Verfügung vom 7. Oktober 2008 die bedingte Entlassung aus der Verwahrung ab. Dagegen rekurrierte X._. Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich (nachfolgend Justizdirektion) wies am 22. Januar 2009 den Rekurs ab. X._ ersuchte am 21. August 2008 um Aufhebung der Verwahrung, eventualiter um bedingte Entlassung aus der Verwahrung, sowie um Gewährung von Vollzugslockerungen. Der Justizvollzug wies am 5. Dezember 2008 die Anträge ab. Der von X._ erhobene Rekurs wurde am 5. März 2009 von der Justizdirektion abgewiesen. X._ führte gegen die Verfügungen der Justizdirektion Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches mit Urteil vom 15. Juli 2009 die beiden Rekursverfahren vereinigte. Die Beschwerde gegen die Verfügung vom 22. Januar 2009 wies es ab. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde gegen die Verfügung vom 5. März 2009 hob es die Dispositiv-Ziffer I Abs. 2 der Verfügung insofern auf, als sie den Rekurs gegen die Verweigerung von Vollzugslockerungen abwies. Das Verwaltungsgericht wies die Sache zum Neuentscheid an den Justizvollzug zurück. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und er sei auf einen vom Gericht zu bestimmenden Zeitpunkt bedingt zu entlassen. Eventualiter sei die Sache zur bedingten Entlassung, subeventualiter zur weiteren Abklärung des Sachverhalts zurückzuweisen. Es sei festzustellen, dass Art. 5 Ziff. 4 EMRK verletzt worden sei. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. 