Faits: A. La société X._ SA (ci-après: la société), dont le but est le ramassage de voirie, l'élimination de déchets spéciaux et le lavage, la désinfection, la réparation et la vente de conteneurs a été constituée, le 3 janvier 1995, par Y._, qui a transféré à la société une partie de son activité et de sa clientèle, tout en conservant pour lui-même une activité semblable en raison individuelle. Y._ était détenteur de la totalité du capital-actions de X._ SA jusqu'au 31 décembre 2001, date à laquelle il a vendu l'intégralité de ses actions à Z._ SA. Pour l'année fiscale 1998, X._ SA a été taxée sur un bénéfice imposable de 116'432 fr. et un capital imposable de 540'538 fr. Pour l'année fiscale 1999, la taxation a porté sur un bénéfice imposable de 143'372 fr. et un capital imposable de 683'910 fr. Les bordereaux d'impôt pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) s'élevaient ainsi à 39'637.80 fr. en 1998 et à 35'469.15 fr. en 1999. Ces taxations n'ont pas été contestées et sont entrées en force. B. Le 6 septembre 2002, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a informé X._ SA de l'ouverture d'une procédure en soustraction d'impôt portant sur la période fiscale 1997-2000. La société était priée de mettre à disposition des personnes en charge du contrôle qui aurait lieu les 3 et 4 octobre 2002 tous ses documents comptables et pièces justificatives utiles. Ce contrôle était motivé par un document intitulé "résultats nets Voirie" portant sur les années fiscales 1998 et 1999, dont l'Administration fiscale était entrée en possession dans le cadre d'une procédure distincte. Outre les bénéfices déclarés de 116'432 et 143'372 fr., ce document faisait état de "Transfert de Ch. Aff." de 865'081 fr. pour 1998 et de 819'781 fr. pour 1999, ce qui portait les résultats de X._ SA à 981'153 fr. pour 1998 et à 963'153 fr. pour 1999. Au bas de ce document, Y._, administrateur de la société, avait indiqué de manière manuscrite: "Je soussigné certifie que les chiffres ci-dessus sont conformes à la réalité économique". Après avoir requis les explications de X._ SA, l'Administration fiscale a, sur la base de ce document, ajouté au bénéfice déclaré un montant de 865'081 fr. en 1998 et de 819'781 fr. en 1999. Partant, le 10 décembre 2003, elle a notifié à X._ SA un bordereau "rappel d'impôt" en matière d'ICC d'un montant de 276'981 fr. 55, avec intérêts moratoires de 48'702 fr. 60, pour 1998. Tout en instruisant la réclamation de la contribuable contre cette taxation, l'Administration a, le 15 décembre 2004, notifié un second bordereau "rappel d'impôt" en matière d'ICC pour l'année 1999 d'un montant 188'284 fr. 35, avec intérêts moratoires de 30'930 fr. 95, qui se fondait sur le bénéfice non déclaré de 819'781 fr. et des intérêts sur prêt à l'actionnaire de 3'500 fr. Le 29 mars 2005, l'Administration fiscale a rejeté les réclamations de X._ SA à l'encontre des bordereaux de rappel d'impôt précités, au motif que la contribuable n'avait donné aucune explication satisfaisante au sujet du document intitulé "résultats nets Voirie", dont Y._ avait certifié l'exactitude. Par décision du 19 avril 2005, l'Administration fiscale a clôturé la procédure de contrôle relative aux années fiscales 2000 et 2001, dont les résultats n'ont pas été contestés par la contribuable. Elle a également notifié à X._ SA un bordereau "amende" de 483'752 fr. correspondant au montant de l'impôt soustrait pour les années fiscales 1998 à 2001. C. Statuant sur le recours de X._ SA du 28 avril 2005, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton de Genève a très partiellement admis celui-ci, par décision du 28 avril 2008, et a annulé une reprise de 3'500 fr. relative à des intérêts sur prêt à l'actionnaire qui, selon elle, auraient dû être prise en compte lors de la taxation ordinaire de l'année 1999. Au surplus, la Commission a confirmé les rappels d'impôt pour les années fiscales 1998 et 1999, ainsi que les intérêts moratoires, et a renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour décision sur réclamation en ce qui concernait l'amende. X._ SA a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève. Elle faisait notamment valoir que le document "résultats nets Voirie" avait été établi dans le cadre de négociations en vue d'un transfert, au 1er janvier 2000, du chiffre d'affaires de l'activité individuelle de Y._ à X._ SA. Ainsi, pour 1998, le montant de 865'081 fr. représentait la différence entre le chiffre d'affaires total de X._ SA et Y._ (3'985'037 fr.) et le chiffre d'affaires réalisé par la contribuable (3'119'956 fr.). Il en allait de même en 1999, le montant de 819'781 fr. résultant de la différence entre le chiffre d'affaires total X._ SA et Y._ (4'116'192 fr.) et celui de la contribuable (3'296'411 fr.). La société en déduisait que le document en cause ne permettait pas d'opérer un renversement du fardeau de la preuve en sa défaveur. Le Tribunal administratif genevois a rejeté le recours, par arrêt du 16 juin 2009. Il a tout d'abord renoncé à la comparution personnelle des parties et à l'audition de témoins, en estimant que les pièces produites suffisaient à établir les éléments factuels pertinents pour trancher le litige. Considérant ensuite la procédure de rappel d'impôt justifiée dans son principe, il a retenu que la recourante n'était pas parvenue à infirmer les éléments établis par l'administration sur la base d'indices précis hautement vraisemblables, qui constituaient une preuve suffisante qu'il y avait eu soustraction d'impôt. Il a aussi constaté d'office que les créances en rappel d'impôt contestées n'étaient pas prescrites, les taxations étant intervenues dans les cinq ans suivant la fin de la période fiscale concernée. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 16 juin 2009, ainsi qu'à la décision sur réclamation de l'Administration fiscale du 29 mars 2005 et des bordereaux de rappel d'impôts des 10 décembre 2003 et 15 décembre 2004. A titre subsidiaire, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif déclare persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours. La Commission cantonale de recours en matière d'impôt, devenue Commission cantonale de recours en matière administrative depuis le 1er janvier 2009, a renoncé à se déterminer. X._ SA a encore répondu aux observations présentées par l'Administration fiscale dans le délai au 4 décembre 2009 qui lui a été imparti à cette fin. 