Sachverhalt: A. Mit Strafverfügungen vom 29. Mai 2009 büsste das Statthalteramt des Bezirkes Horgen A._, B._ und C._ wegen Störung der öffentlichen Sicherheit durch Abbrennen von Feuerwerk ohne Bewilligung im Sinne von Art. 12 Abs. 2 und Art. 60 der Polizeiverordnung der Gemeinde Horgen, in Anwendung von Art. 61 der Polizeiverordnung und § 334 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO), mit je 800.-- Franken. Ausserdem auferlegte es ihnen Verfahrenskosten von je 1'238.-- Franken. Am 9. Juni 2009 erhoben A._, B._ und C._ Einsprachen gegen die Strafbefehle und verlangten deren gerichtliche Beurteilung. Mit gleicher Eingabe beschwerten sie sich zudem darüber, dass ihnen die Akteneinsicht verweigert worden sei. Mit Schreiben vom 16. Juni 2009 teilte das Statthalteramt dem Vertreter von A._, B._ und C._, D._, mit, sie gewähre gestützt auf § 17 StPO vorerst keine Akteneinsicht. Diese Verfügung erfolgte ohne Rechtsmittelbelehrung. Mit Eingaben vom 19. und vom 21. Juni 2009 erhoben A._, B._ und C._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich gegen die Verweigerung von Akteneinsicht. Am 22. Juni 2009 teilten A._, B._ und C._ dem Statthalteramt mit, dass sie gegen seine Verfügung vom 16. Juni 2009 beim Verwaltungsgericht Beschwerde erhoben hätten und ersuchten es, die zwischenzeitlich an sie ergangenen Vorladungen aufgrund der aufschiebenden Wirkung der Verwaltungsgerichtsbeschwerden zu sistieren. Mit Verfügung vom 25. Juni 2009 lehnte es das Statthalteramt ab, die Vorladungen zu sistieren und wies A._, B._ und C._ daraufhin, dass gegen die Verweigerung von Akteneinsicht durch das Statthalteramt gemäss § 402 Ziff. 10 StPO der Rekurs an die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich zur Verfügung stehe. Diesem Rechtsmittel komme aufschiebende Wirkung nur zu, wenn die Rekursinstanz dies anordne. Am 28. Juni 2009 zogen A._, B._ und C._ die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zurück mit der Begründung, sie hätten es wegen der unterbliebenen Rechtsmittelbelehrung versäumt, zunächst an die Sicherheitsdirektion zu rekurrieren. Mit Verfügung vom 30. Juni 2009 schrieb der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts das Verfahren als durch Rückzug der Beschwerde erledigt ab. Er setzte die Gerichtsgebühr auf 560.-- Franken fest und auferlegte sie A._, B._ und C._ "unter subsidiärer Haftung füreinander zu je einem Drittel". In der Rechtsmittelbelehrung verwies er auf die Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. B. Mit Beschwerde "in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten oder Strafsachen" beantragen A._, B._ und C._ im Wesentlichen, diese Verfügung des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit ihnen Kosten auferlegt worden seien. Ausserdem ersuchen sie um unentgeltliche Rechtspflege. C. Das Statthalteramt beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. A._, B._ und C._ halten in ihrer Stellungnahme zur Vernehmlassung des Statthalteramtes an der Beschwerde fest. 