Fatti: A. B._ ha lavorato alle dipendenze della succursale luganese di A._ dal 1° gennaio 2000 al 30 giugno 2005, in qualità di responsabile del traffico dei pagamenti e della cassa. A.a In tale veste, agli inizi del 2005 ha riscontrato delle irregolarità in alcuni ordini di pagamento effettuati dall'allora direttore della succursale C._, con riferimento a un'operazione finanziaria denominata xxx. Egli ha confidato la sua scoperta all'avv. D._, incaricato dalla banca di tutelare i suoi interessi nell'ambito della citata operazione finanziaria. L'avv. D._ ha immediatamente comunicato le informazioni ricevute da B._ ad alcuni membri della direzione generale, i quali le hanno a loro volta riferite al direttore della succursale C._. Dalle verifiche effettuate dai servizi interni dell'istituto bancario non è emerso alcun elemento suscettibile di confortare i sospetti di B._; i clienti contattati si sono infatti detti "contenti degli investimenti fatti". A.b Confrontata con una fuga di notizie e lettere anonime, all'inizio del mese di marzo la banca ha convocato alcuni dipendenti per interrogatorio. Fra questi B._, al quale, il 3 marzo 2005, è stato in particolare chiesto se aveva parlato con persone esterne alla banca di questioni coperte dal segreto bancario; egli ha risposto negativamente. A.c Il 7 marzo 2005 C._ ha comunicato a B._ la decisione della banca di licenziarlo con effetto al 30 giugno 2005, esonerandolo immediatamente dall'obbligo di presenza in banca. Per il tramite del proprio patrocinatore il giorno seguente B._ ha contestato il licenziamento. A.d Il 23 novembre 2005 la stampa ticinese ha pubblicato la notizia dell'arresto del responsabile della succursale luganese di A._, C._, perché sospettato di malversazioni ai danni della banca e dei suoi clienti. B. Il 23 dicembre 2005 B._ ha convenuto A._ dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano postulando il versamento di fr. 30'000.--, oltre interessi, a titolo di indennità per licenziamento ingiustificato o, in via subordinata, per licenziamento abusivo. Contestata la tesi del licenziamento con effetto immediato, la banca si è comunque opposta alla richiesta dell'ex dipendente, precisando di averlo licenziato perché il rapporto di fiducia nei suoi confronti era venuto meno: egli non solo aveva confidato a terzi - l'avv. D._ - fatti coperti dal segreto bancario, ma nel corso delle indagini interne ha pure negato di averlo fatto. Esperita l'istruttoria, con sentenza del 12 dicembre 2006 il Pretore ha accolto l'istanza e condannato la banca al pagamento di fr. 30'000.--, oltre interessi al 5 % dal 30 giugno 2005, a titolo d'indennità per licenziamento abusivo. Il Pretore ha stabilito che, rivelando in buona fede e nell'interesse della banca i sospetti concernenti le malversazioni perpetrate dal direttore della succursale all'avv. D._ - al quale la banca aveva conferito il mandato di tutelare i suoi interessi proprio in relazione ai clienti che avevano investito i loro fondi nell'operazione denominata xxx - B._ ha agito nel rispetto della proporzionalità, specie se si considera che la sua segnalazione è poi risultata fondata. Il Pretore ha proseguito osservando che B._ non ha mentito nel corso dell'indagine interna, dato che si è limitato a dichiarare di non aver fornito informazioni a terzi, ciò che corrisponde al vero se si considera la speciale posizione dell'avv. D._ nella vicenda. Tenuto conto di quanto appena esposto, il giudice ha concluso che la banca non solo ha licenziato B._ senza alcuna motivazione di spessore, ma lo ha anche fatto con modalità censurabili: lo ha licenziato con l'obbligo di lasciare con effetto immediato il suo posto di lavoro e ha messo in atto il licenziamento facendo capo proprio a C._, che doveva esser al centro delle indagini e che, più tardi, si è scoperto essere effettivamente responsabile delle malversazioni. C. L'impugnativa presentata dalla banca contro la pronunzia pretorile è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 12 novembre 2007. Come il primo giudice, anche la Corte d'appello ha ritenuto che, in assenza di direttive concernenti i cosiddetti "whistleblowing" e di un canale sicuro interno, la decisione di B._ di confidarsi con l'avv. D._ era adeguata alle circostanze e per nulla pregiudizievole degli interessi della banca. Le informazioni da lui fornite sono infatti rimaste nella cerchia di persone che per legge avevano l'obbligo di serbare il segreto bancario e professionale; nessuna informazione è stata diramata al pubblico. La Corte cantonale ha quindi criticato duramente l'atteggiamento assunto dalla banca. Invece di verificare in maniera approfondita e con il massimo della riservatezza le informazioni ricevute, essa ha coinvolto nelle indagini proprio l'unico sospettato, C._, creando una situazione di notevole imbarazzo per il lavoratore. E non appena scartata la fondatezza della segnalazione ricevuta, la banca - invece di chiedersi se la segnalazione fosse stata presentata con eccessiva leggerezza o intendimenti strumentali - ha attuato procedure ritorsive nei confronti del lavoratore, volte unicamente a determinare se questi doveva essere licenziato o ammonito, in base a quanto avrebbe risposto nel corso dell'interrogatorio del 3 marzo 2005. In breve - ha concluso la massima istanza ticinese - "la banca, che ha gestito con superficialità i controlli e le verifiche, che ha sottoposto il suo dipendente a un interrogatorio vessatorio, anziché proteggerlo sino alla fine delle indagini, e che lo ha licenziato sollevandolo immediatamente dall'obbligo di prestare lavoro, benché le notizie che egli aveva confidato all'avv. D._ potessero tornare utili per fronteggiare le malversazioni messe in atto da C._ e preservare la reputazione dell'istituto bancario, è venuta meno ai propri obblighi." Avuto riguardo ai motivi e alle modalità con cui è stato messo in atto, il licenziamento di B._ è pertanto stato dichiarato abusivo. D. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione dell'art. 336 CO, riconducibile a un accertamento dei fatti manifestamente inesatto (art. 97 LTF), A._ postula la modifica della sentenza cantonale nel senso di accogliere l'appello e, di conseguenza, respingere integralmente le richieste formulate da B._. Con risposta dell'11 febbraio 2008 quest'ultimo ha proposto la reiezione del gravame, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni. 