Faits: A. Dans le cadre d'une enquête pénale ouverte en mars 2007 contre A._ pour blanchiment d'argent, les comptes dont les ayants droit économiques étaient le prénommé ou son épouse B._, ont été bloqués. Par ordonnances du 8 mars 2007, le Juge d'instruction du canton de Genève (ci-après: le Juge d'instruction) a ainsi ordonné la saisie confiscatoire de deux comptes auprès des établissements bancaires Y._ et Z._. Le 29 juin 2007, il a confirmé la saisie confiscatoire de deux comptes auprès de la banque W._. L'origine des fonds bloqués pourrait être liée aux infractions de recel d'un trafic de drogue portant sur plus de 100 kilos de cocaïne, pour lesquelles A._ avait été condamné en dernière instance, le 12 juin 2000, par les autorités judiciaires espagnoles à sept ans d'emprisonnement ainsi qu'à une amende de 70 millions de pesetas. Ledit trafic était orchestré par C._, un ami d'enfance du prénommé. A._ avait purgé sa peine du 25 novembre 2002 au 25 octobre 2006. Il ressort d'un rapport établi par les autorités espagnoles et daté du 4 décembre 2007 que C._ s'adonnerait toujours au trafic de drogue et serait assisté par A._ dans le blanchiment du produit de cette activité. L'analyse des flux financiers enregistrés sur les comptes saisis a fait l'objet d'un rapport de synthèse établi par la brigade financière du canton de Genève le 19 février 2009. Il en ressort que les fonds saisis proviennent tous de versements en espèces ou de virements effectués entre 1994 et 2000 sur des comptes ouverts antérieurement auprès de la banque X._ ainsi qu'auprès des trois banques susmentionnées. En particulier, un compte de A._ auprès de la banque X._ a été alimenté en 1994 et 1995 par des versements en espèces à hauteur de trois millions de francs suisses. Un autre compte auprès de cette banque a été crédité des montants de 1'745'077 de dollars américains en mai 1998 et de 662'000 de dollars américains le 9 juin 1998 en provenance d'un compte ouvert, également chez X._, au nom de D._, relation elle-même créditée le 4 juin 1998 de la somme de 662'014 de dollars américains, débitée d'un compte Z._ appartenant à A._ et alimenté par un transfert de 100 millions de pesetas. Un autre versement en pesetas, d'un montant équivalent à 662'000 dollars américains, a été effectué en liquide le 10 juin 1998, sur un compte ouvert au nom de A._ auprès de la banque Y._. Plus de six millions de francs suisses ont ainsi été transférés, entre 1994 et 1998, sur les comptes visés, montant qui ne correspond pas aux chiffres annoncés par l'intéressé comme étant ses bénéfices non déclarés résultant de son activité d'entrepreneur. En outre, un compte actuellement saisi auprès de la banque W._ a été récipiendaire de deux versements enregistrés les 15 juin 1999 et 23 mars 2000 s'élevant respectivement à 661'113 de dollars américains et 1'020'978 de dollars américains, et provenant d'un établissement bancaire sis à Lisbonne pour le premier et aux îles Cayman pour le second. De plus, des virements ont été effectués à partir du compte n° xxx (banque X._) en faveur des sociétés E._ et F._. Or, selon des informations émanant de la Drug Enforcement Agency (DEA), E._ apparaissait dans le cadre d'une enquête ouverte pour blanchiment d'argent, précisément en 1998. Quant à F._, elle était également impliquée dans une enquête pour blanchiment d'argent en relation avec un trafic de stupéfiants afférent à l'Amérique du Sud. B. Par courrier du 9 février 2009, A._ a notamment demandé au Juge d'instruction de lever la saisie confiscatoire à concurrence d'un million de francs suisses, afin d'honorer ses charges et d'éviter la faillite de son entreprise. Il déplorait également de ne pas disposer des fonds nécessaires au paiement des frais de traduction ainsi que d'une provision pour son mandataire. Il affirmait enfin que les avoirs transférés en Suisse provenaient de l'activité professionnelle qu'il avait développée en Espagne depuis son jugement. Par décision du 5 mars 2009, le Juge d'instruction a rejeté sa demande, au motif que les fonds bloqués ne semblaient pas correspondre à de l'évasion fiscale liée à des profits commerciaux non déclarés, mais paraissaient plutôt liés aux infractions de recel de trafic de drogue pour lesquelles A._ avait été condamné. Ce magistrat observait à cet égard que le compte de l'intéressé ouvert auprès de la banque X._ le 8 août 1994 avait été alimenté le 13 septembre 1994 puis le 24 avril 1995 par quatre versements totalisant 300 millions de pesetas, provenant de G._, ces fonds ayant été préalablement déposés en espèces sur le compte de cette société par une personne non identifiée. La somme de 50 millions de pesetas avait aussi été virée le 19 juin 1995 d'un compte non identifié. Les comptes de A._ avaient ainsi été crédités de la contre-valeur de 3'150'000 de francs suisses à une période antérieure à la création de sa société de construction, intervenue en 1996, mais concomitante aux activités illégales qui lui avaient été imputées. Ces mêmes avoirs avaient ensuite été transférés sur un autre compte ouvert chez X._ et dont A._ était aussi titulaire, lequel a ensuite été alimenté, entre le 19 et le 26 mai 1998 par des apports en espèces des sommes de 2'028'797 de dollars américains et de 57'315'000 de pesetas. Le Juge d'instruction rappelait encore que le compte banque X._ n° xxx tout comme le compte de D._ avaient alimenté, entre mai et juin 1998, des relations ouvertes aux Etats-Unis et au Panama au nom de sociétés offshore, dont les ayants droit économiques n'avaient pas encore été identifiés. Le magistrat estimait en conséquence qu'avant d'ordonner une levée de saisie, la destination finale de ces fonds devait être déterminée. Il a en revanche indiqué qu'il était disposé à autoriser le paiement du solde de l'amende due aux autorités espagnoles, par le débit d'un des comptes séquestrés. C. Par ordonnance du 22 avril 2009, la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre d'accusation) a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision. D. Par actes du 24 mai 2009 intitulé "recours de droit pénal et recours de droit public" et "recours de droit public en arbitraire et inégalité de traitement", A._ demande au Tribunal fédéral principalement d'annuler l'ordonnance de la Chambre d'accusation et de lever le blocage des comptes à hauteur d'un million d'euros plus les montants nécessaires à la couverture des frais de traduction des pièces en espagnol et 30'000 francs à titre de provision pour son conseil, subsidiairement de renvoyer la cause à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision. Il requiert en outre l'assistance judiciaire. Le Procureur général du canton de Genève conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La Chambre d'accusation renonce à se déterminer. 