Sachverhalt: A. Die Y._ AG (hienach: die Steuerpflichtige) wurde 1981 gegründet und konnte bis 2004 das Holdingprivileg gemäss Steuerrecht des Kantons Zürich beanspruchen. Nachdem sie nie über Grundeigentum verfügte, hatte sie keine Gewinnsteuer, sondern lediglich die ermässigte Kapitalsteuer für Holdinggesellschaften zu entrichten. Ab der Steuerperiode 2005 erfüllte sie die Voraussetzungen für die Gewährung des Holdingprivilegs nicht mehr. B. Für die Steuerperiode 2007 deklarierte die Steuerpflichtige einen Reingewinn von Fr. 559'098.-- sowie noch nicht verrechnete Vorjahresverluste in Höhe von Fr. 586'286.--. Dementsprechend wies sie in der Steuererklärung einen steuerbaren Reingewinn von null aus. Mit Einschätzungsentscheid vom 2. Dezember 2009 setzte das kantonale Steueramt Zürich den steuerbaren Reingewinn für die Staats- und Gemeindesteuern indessen auf Fr. 559'000.-- fest und liess mithin den geltend gemachten Verlustvortrag unberücksichtigt, anders als im Fall der direkten Bundessteuern, wo das Steueramt den steuerbaren Reingewinn unter Anrechnung des Verlustvortrages auf null festlegte. Das kantonale Steueramt Zürich hielt dafür, dass Vorjahresverluste, die unter dem Regime des Holdingstatus entstanden waren, nicht mit (steuerbarem) Gewinn, der nach Übergang zur ordentlichen Besteuerung angefallen ist, verrechenbar seien. C. Die hiegegen erhobene Einsprache wies das kantonale Steueramt am 30. Juni 2010 ab, worauf sich die Steuerpflichtige an die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich wandte, die deren Rekurs am 28. Oktober 2010 ebenso abwies. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die hiegegen erklärte Beschwerde mit Entscheid vom 29. Juni 2011, versandt am 22. Juli 2011, teilweise gut, hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an das kantonale Steueramt zurück. D. Gegen dieses Urteil erhebt das kantonale Steueramt mit Eingabe vom 25. August 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 30. Juni 2010 sei zu bestätigen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Steuerpflichtige schliessen auf Abweisung, während die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) die Gutheissung der Beschwerde beantragt. 