Faits: A. Les parcelles contiguës nos 8288 et 8294 de la commune de Vully-les-Lacs (VD) bordent le lac de Morat au lieu-dit "Les Garinettes" et supportent chacune une maison utilisée comme résidence secondaire. Elles sont traversées par le ruisseau des Ferrages qui, à cet endroit - soit en sa partie avale -, est actuellement sous terre et passe dans un tuyau de 600 mm de diamètre. La capacité hydraulique de ce tuyau est de 0,9 m3, ce qui correspond à un temps de retour d'une année; ce calcul est attesté par des débordements très fréquents à cet endroit. Dans le cadre d'une procédure d'adoption de deux plans partiels d'affectation, le Service vaudois des eaux, sols et assainissements (SESA) - actuellement Direction générale de l'environnement (DGE) - a délivré l'autorisation spéciale pour la remise à ciel ouvert du tronçon aval du ruisseau des Ferrages, et levé l'opposition formée conjointement par C._ et D._, propriétaires jusqu'en 2013 de la parcelle n° 8288, ainsi que B._, propriétaire de la parcelle n° 8294. Par décision du même jour, le Département vaudois de l'intérieur a approuvé les deux plans partiels d'affectation auxquels les propriétaires précités s'étaient également opposés. B. Par arrêt du 9 avril 2013, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours formé par les opposants contre la décision du SESA et l'a réformée en ce sens qu'y est ajoutée la condition que l'accès au garage sis sur la parcelle n° 8288 est garanti. Pour le surplus, elle a confirmé cette décision ainsi que les plans partiels d'affectation. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, C._, D._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Leurs griefs sont tous dirigés contre la décision du SESA. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et conclut au rejet du recours. La DGE et la commune de Vully-les-Lacs déposent leurs observations et concluent au rejet du recours. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) conclut lui aussi au rejet du recours. B._ et A._ SA, qui indique avoir nouvellement acquis la parcelle n° 8288, répliquent et persistent dans les conclusions prises lors du dépôt du recours. La DGE se détermine encore et le Service cantonal du développement territorial indique, après le délai qui lui avait été imparti, que les plans d'affectation concernés sont entrés en vigueur le 17 janvier 2014. 