Faits: A. A.a Le 19 mai 1992, D._ a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité auprès du Secrétariat de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud. Par prononcé du 30 décembre 1992, la Commission AI du canton de Vaud a constaté que l'assurée était invalide à 88 % dès le 14 mars 1992. D._ souffrait de troubles vertébraux mineurs, de polyinsertionite, d'un syndrome bilatéral du tunnel carpien et d'une composante dépressive importante dans le diagnostic de la polyinsertionite. Par décision du 21 mai 1993, la Caisse de compensation des banques suisses a octroyé à l'assurée une rente entière d'invalidité basée sur un taux d'invalidité de 88 % dès le 1er mars 1992. Une révision de rente a été initiée le 14 décembre 1993. Le Secrétariat de l'assurance-invalidité a requis, dans ce cadre, une expertise auprès de la Clinique X._, fonctionnant comme Centre médical d'observation de l'assurance-invalidité (COMAI). Dans leur expertise du 28 février 1995, les docteurs M._ et J._ ont diagnostiqué des troubles somatoformes douloureux, des fibromyalgies et rachialgies sur troubles statiques et dégénératifs (dorsaux et lombaires), un status après résection du ménisque externe gauche en 1973, un status après laparoscopie pour douleurs abdominales chroniques en 1980, un status après incision de thrombose hémorroïdaire en 1989, un status après cure de hernie inguinale droite en 1989, un status après cure de tunnel carpien droit en 1991 et un status après cure de tunnel carpien gauche avec neurolyse du nerf cubital au coude gauche et épitrochlectomie en 1993. Pour les experts, la capacité de travail de l'assurée était nulle en raison du trouble somatoforme douloureux et d'un état dépressif, tant comme lingère que dans toute autre activité. Des mesures de réadaptation professionnelle n'étaient pas nécessaires vu le peu d'importance des troubles statiques et dégénératifs du rachis dorso-lombaire. Sur la base de cette expertise, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) a communiqué à l'assurée que son taux d'invalidité n'avait pas subi de modification et qu'en conséquence elle toucherait les mêmes prestations (communication du 27 mars 1995). Lors d'une deuxième révision de rente, initiée le 6 mars 1997, D._ a signalé que son état de santé s'était aggravé. Le docteur B._, médecin généraliste et médecin traitant, a diagnostiqué des troubles fonctionnels multiples, une polyinsertionite chronique, des douleurs lombaires sur troubles statiques, des discopathies surtout L5/S1, une acrocyanose des extrémités supérieures, un status douloureux après opération du tunnel carpien à gauche puis neurolyse et transposition du nerf cubital au coude droit, des douleurs abdominales et un état anxieux chronique. Il a retenu un état de santé stationnaire et a confirmé l'incapacité totale de travail dans l'activité de lingère (rapport du 21 juin 1997). Par communication du 16 juillet 1997, l'office AI a constaté l'absence de modification du taux d'invalidité et a maintenu le versement de ses prestations. D._ ayant quitté la Suisse pour le Portugal en 1999, l'office AI pour les assurés résidant à l'étranger (ci-après: l'OAIE) a initié une troisième révision de rente le 1er février 2001. Le docteur R._, neurologue, a diagnostiqué des cervico-brachialgies par hernie discale cervicale, une discopathie L5/S1, un syndrome du tunnel carpien bilatéral et une périarthrite scapulo-humérale (rapport du 26 avril 2001). Pour sa part, le docteur S._, psychiatre, a posé le diagnostic de troubles somatoformes douloureux persistant (F 45.4 selon CIM-10) et a retenu une incapacité de travail de 25 % sur le plan psychiatrique uniquement selon le tableau national portugais des incapacités (rapport du 7 mai 2001). Sur la base de ces avis, le Centre de sécurité sociale de Y._ a admis une incapacité de travail supérieure à 50 % avec une incapacité d'exercer une activité rémunérée (rapport du 4 juin 2001). Par communication du 19 octobre 2001, l'OAIE a informé l'assurée que son taux d'invalidité n'avait subi aucune modification et que les prestations restaient inchangées. L'OAIE a initié une quatrième révision de rente le 25 juillet 2005. Dans un rapport du 12 septembre 2005, le docteur S._ a modifié son diagnostic pour retenir un syndrome d'anxiété généralisée (F 41.1 selon CIM 10) avec une incapacité de travail psychiatrique de 15 % selon le même tableau portugais. Il a précisé que l'assurée ne bénéficiait d'aucun suivi psychiatrique régulier et qu'elle ne suivait pas de traitements médicamenteux psychotropes. Un formulaire E 213 a été rempli le 20 octobre 2005 sur la base d'un rapport du docteur I._, orthopédiste, qui a diagnostiqué une hernie discale cervicale, une périarthrite des épaules, un syndrome bilatéral du tunnel carpien opéré, une discopathie L5/S1 et une anxiété. L'assurée ne pouvait plus exercer l'activité de lingère ou toute autre activité adaptée. L'incapacité de travail était entière et aucune amélioration de l'état de santé n'était possible. Par projet de décision du 12 juillet 2006, confirmé par décision du 14 novembre 2006, l'OAIE a informé l'assurée qu'il envisageait de supprimer son droit à une rente car sa capacité de travail était supérieure à 60 %. En procédure de recours, l'assurée a produit des rapports médicaux émanant des docteurs I._ et P._, des rapports IRM concernant le genou gauche ainsi que les colonnes cervicale et lombaire. Par jugement du 11 août 2008, le Tribunal administratif fédéral (TAF) a admis le recours, annulé la décision de l'OAIE et renvoyé la cause à l'administration pour effectuer une expertise pluridisciplinaire (orthopédique, rhumatologique et psychiatrique). A.b Reprenant l'instruction de l'affaire, l'OAIE a demandé une expertise à la Clinique Z._, qui l'a confiée aux docteurs E._, chirurgien orthopédiste, U._, spécialiste en médecine interne et rhumatologie, et A._, psychiatre. Dans leur rapport du 23 mars 2009, les experts ont diagnostiqué, avec répercussion sur la capacité de travail, des lombalgies chroniques sur discarthrose L5/S1 (M 54.5) et des cervicalgies chroniques avec discopathie protrusive C4/C5 (M 54.2), ainsi que, sans répercussion sur la capacité de travail, un syndrome somatoforme douloureux persistant (F 45.4 selon CIM-10). Les experts ont retenu une capacité entière de travail dans une activité exercée en position alternée (assis-debout), sans ports de charges de plus de 10 kg et sans travaux lourds. Dans un rapport du 20 avril 2009, la doctoresse N._, médecin à l'OAIE, a confirmé les diagnostics et les incapacités de travail retenus par l'expertise. Elle a également précisé quelques activités de substitution exigibles. Suite au projet de décision du 13 mai 2009, par lequel l'OAIE informait l'assurée de la suppression de sa rente dès le 1er janvier 2007, celle-ci a pris position et a produit des rapports médicaux du docteur O._, psychiatre, du 18 juin 2009, du docteur I._, orthopédiste, du 26 juin 2009 et de la doctoresse F._, rhumatologue, du 18 juin 2009. Par décision du 18 août 2009, l'OAIE a supprimé à l'assurée sa rente dès le 1er janvier 2007. B. D._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral, qui, par jugement du 12 septembre 2012, a admis partiellement le recours en ce sens que le droit à la rente n'était supprimé qu'à partir du 1er octobre 2009. C. D._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Elle demande, principalement, que son droit à une rente entière d'invalidité soit reconnu au-delà du 30 septembre 2009. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de l'affaire à l'OAIE pour complément d'instruction et nouvelle décision. 