Faits: A. A.a Par jugement du 17 mars 2006, le Tribunal de police de Genève a condamné X._ pour infraction à l'art. 11f al. 1 de la loi fédérale encourageant la gymnastique et les sports (LGS; RS 415.0), faux dans les titres (art. 251 aCP), délit manqué d'escroquerie et escroquerie par métier (art. 22 et 146 aCP) à la peine de huit mois d'emprisonnement, cette peine étant complémentaire à celle de quatre mois d'emprisonnement avec sursis prononcée le 30 mai 2005 par le Procureur général de Genève pour escroquerie et infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants. Les escroqueries reprochées à X._ se fondent sur le fait que ce dernier a, de 2001 au premier semestre 2003, agissant de concert avec le pharmacien A._, usé de divers stratagèmes pour se faire rembourser par des caisses d'assurances-maladie des produits dopants qui lui avait été prescrits à des fins de culturisme, et non thérapeutiques. A l'initiative de A._, X._ a souscrit une assurance-maladie au nom d'une personne fictive, à savoir D._. Sur la base de certificats de complaisance rédigés par le médecin B._, le pharmacien A._ a fourni à X._ des produits anabolisants, puis a adressé les ordonnances et les factures à la coopérative professionnelle des pharmaciens suisses, puis à l'assurance-maladie, dans le but d'obtenir le remboursement de ces produits. L'assurance n'en a pas remboursé le prix (environ 170'000 fr.), car X._ avait omis de payer les primes de l'assurance à la suite d'une inadvertance. Pour ces faits, le Tribunal de police a retenu, à l'encontre de X._, le délit manqué d'escroquerie. En outre, X._ a utilisé l'assurance de C._ pour obtenir des produits anabolisants et dopants. Le médecin B._ avait établi des ordonnances au nom de C._ et les avait remises à X._ qui s'était procuré ces substances anabolisantes et dopantes auprès du pharmacien A._. Celles-ci avaient été remboursées par l'assurance-maladie de C._ dans les limites du contrat. Pour ces faits, le Tribunal de police a condamné X._ pour escroquerie consommée. A.b Statuant le 13 décembre 2006, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a admis partiellement l'appel de X._ et modifié le jugement de première instance en ce sens qu'elle l'a « libéré des fins de la poursuite pénale s'agissant de l'escroquerie par métier ». Pour le surplus, elle a confirmé le jugement du Tribunal de police. A.c Statuant le 4 mai 2007 sur le pourvoi en nullité de X._, la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral l'a admis partiellement, en application de l'ancien art. 277 PPF, annulé l'arrêt cantonal du 13 décembre 2006 et renvoyé la cause à la cour cantonale, à charge pour celle-ci de se prononcer à nouveau sur la peine. En effet, à la lecture de l'arrêt cantonal, il était impossible de savoir pour quels faits le recourant avait été condamné et pour lesquels il avait été libéré, de sorte que la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral ne pouvait juger si la peine prononcée était adéquate (arrêt du 4 mai 2007 6S.23/2007). B. B.a Saisie à nouveau de l'affaire à la suite de l'arrêt fédéral, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a, par arrêt du 3 mars 2008, confirmé l'arrêt du 13 décembre 2006, notamment du point de vue de la peine de huit mois d'emprisonnement et du sort des frais et dépens. B.b X._ a recouru une nouvelle fois devant le Tribunal fédéral. Par arrêt du 7 août 2008, celui-ci a admis son recours en matière pénale, a annulé l'arrêt de la Chambre pénale du 3 mars 2008 et renvoyé la cause pour qu'il soit statué à nouveau sur la peine. En effet, l'infraction par métier étant punissable, selon l'ancien droit, de dix ans au plus ou de l'emprisonnement pour trois mois au moins, il incombait à la cour cantonale de mieux exposer sur quelles circonstances elle se fondait pour justifier le maintien de la peine à son niveau initial malgré l'abandon de cette infraction (arrêt du 7 août 2008 6B_291/2008). C. Par arrêt du 23 février 2009, la Chambre pénale de la Cour de justice de Genève a confirmé l'arrêt du 3 mars 2008 et maintenu la peine de huit mois d'emprisonnement. En bref, elle a considéré que le premier juge n'avait pas tenu compte de manière adéquate de l'ensemble des critères de l'ancien art. 63 CP et qu'il avait en conséquence fixé une peine trop clémente; celui-ci n'avait notamment pas pris suffisamment en considération le concours d'infractions, la gravité de la faute et les nombreux antécédents. Si, conformément au principe de l'interdiction in pejus, la Chambre pénale genevoise ne pouvait pas condamner le recourant à une peine plus lourde, elle était en revanche autorisée à maintenir la peine fixée en première instance malgré l'abandon de la circonstance aggravante du métier. D. Contre ce dernier arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il soit prononcé en sa faveur une peine réduite et, à titre subsidiaire, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 