Faits: A. X._, ressortissant mauricien, né en 1960, est entré en Suisse le 28 juillet 2001, au bénéfice d'un visa touristique. Après le rejet définitif de son autorisation de travail et de séjour par arrêt du Tribunal administratif du canton de Fribourg du 23 mai 2002, il a dû retourner à l'Ile Maurice, où son épouse est décédée le 8 juin 2002, peu après la naissance de leur troisième enfant. Revenu en Suisse au mois d'août 2002, il a épousé, en 2002, une ressortissante suisse, Y._ née en 1947, et a bénéficié d'une autorisation de séjour, régulièrement renouvelée par la suite. Statuant le 28 août 2007 sur la requête de mesures protectrices de l'union conjugale déposée par l'épouse, le Président du Tribunal civil de la Glâne a pris acte que les parties vivaient séparées depuis le 28 janvier 2007 et les a autorisées à le demeurer jusqu'au 31 janvier 2009. B. Par décision du 17 janvier 2008, le Service de la population et des migrants du canton de Fribourg a rejeté la demande de renouvellement de l'autorisation de séjour, respectivement d'octroi d'une autorisation d'établissement, présentée par X._. Le Tribunal cantonal (Ière Cour administrative) a rejeté le recours contre cette décision, par arrêt du 9 octobre 2008. La juridiction cantonale a retenu en substance qu'il n'existait aucun indice d'une possible reprise de la vie commune des époux, de sorte que le recourant commettait un abus de droit en se prévalant de son mariage, vidé de toute substance, qui ne lui servait qu'à pouvoir demeurer en Suisse. Les circonstances ne permettaient pas non plus à l'intéressé de bénéficier d'une autorisation de séjour indépendante du regroupement familial. C. X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à la réformation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 9 octobre 2008, en ce sens que la décision du Service de la population et des migrants du 17 janvier 2008 est annulée et qu'une autorisation d'établissement lui est octroyée, subsidiairement, au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal renvoie aux considérants de son arrêt et conclut au rejet du recours, en relevant que le recourant n'avait toujours pas repris la vie commune, ce qui confirmait clairement le pronostic de l'autorité administrative. Le Service de la population et des migrations a renoncé à déposer des observations. Quant à l'Office fédéral des migrations, il propose de rejeter le recours. D. Par ordonnance du 20 novembre 2008, la demande d'effet suspensif contenue dans le recours a été admise. 