Faits: A. G._, née en 1959, a travaillé depuis le 26 février 2002 en qualité d'assistante d'un responsable de la clientèle auprès de X._ En 2005, son salaire annuel était de 96'060 fr. Le 7 décembre 2005, l'intéressée a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité en raison de problèmes lombaires. Il ressort d'un rapport du docteur R._, spécialiste FMH en neurochirurgie, du 21 juin 2005, que l'assurée est en incapacité de travail totale depuis le 11 juin 2004 en raison d'une instabilité lombaire de L3 à S1. Dans un rapport ultérieur, du 31 janvier 2006, le docteur R._ a fait état d'une hernie discale L5-S1 avec décompensation et instabilité lombaire secondaire. L'incapacité de travail était toujours totale à cette date. En juin 2006, l'assurée a présenté un carcinome canalaire invasif avec composante de carcinome canalaire in situ nécessitant la mise en place d'un traitement de chimiothérapie puis de radiothérapie. L'incapacité de travail était totale depuis la mi-juin 2006 (rapport de la doctoresse T._, spécialiste FMH en médecine interne, oncologie et hématologie, du 14 septembre 2006). Le 16 janvier 2007, le docteur R._ a mentionné la persistance d'un syndrome vertébral chronique lombaire, en sus du carcinome du sein droit opéré et conclu qu'en l'état des choses, une reprise du travail était impossible. Le même jour, la doctoresse T._ a indiqué que l'assurée était désormais en fin de traitement adjuvant de chimiothérapie et radiothérapie mais que le pronostic était toujours réservé dans le cadre d'un carcinome du sein. L'assurée a été soumise à une expertise rhumatologique par le docteur M._, spécialiste FMH en rhumatologie, médecine interne et médecine du sport. Dans son rapport du 18 avril 2007, ce dernier a posé le diagnostic de lombalgies chroniques et de status après cure de hernie discale L5-S1 le 18 novembre 2002, status après stabilisation inter-épineuse L4-L5 et L5-S1 par appareillage DIAM le 16 juin 2004 et status après ablation des deux DIAM L4-L5 et L5-S1 et mise en place de deux X-stop L3-L4 et L4-L5 le 25 février 2005. Sur le plan rhumatologique, l'expert a conclu à une capacité de travail de 70 % dans une activité légère, excluant le port de charges au-delà de 10 kg et les mouvements répétitifs en porte-à-faux du rachis mais permettant l'alternance des positions assise et debout, compte tenu de sa diminution de rendement. Il précisait qu'aucun élément objectif ne lui permettait de se prononcer sur une capacité de travail exigible antérieure à la date de son expertise et ajoutait que d'un point de vue professionnel, c'était vraisemblablement dans son activité d'employée de bureau que l'assurée était le plus à même de mettre en valeur sa capacité de travail résiduelle. Dans un rapport du 19 septembre 2007, la doctoresse S._, médecin-conseil auprès du Service médical régional de l'AI, a estimé que l'assurée avait présenté une incapacité de travail totale de longue durée, d'abord en raison de problèmes lombaires puis en raison d'un problème oncologique. Néanmoins, depuis le 16 janvier 2007, une capacité de travail était exigible tant sur le plan somatique que rhumatologique. La reprise de l'activité habituelle à 70 % devait se faire progressivement, sur quelques semaines. Par décision du 18 mars 2008, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'OAI) a alloué à l'assurée une rente entière d'invalidité du 1er juin 2005 au 30 avril 2007. Pour la période postérieure à cette date, l'OAI a supprimé le droit à la rente, motif pris qu'à partir du 16 janvier 2007, la capacité de travail exigible était de 70 % dans toute activité légère. B. G._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal des assurances sociales de la République et canton de Genève, en concluant à son annulation et à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité au moins. Par jugement du 14 janvier 2009, la juridiction cantonale a admis le recours formé par l'assurée et réformé la décision du 18 mars 2008, en ce sens que l'assurée avait droit à une demi-rente d'invalidité à compter du 1er mai 2007. C. L'OAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation, en ce sens que l'assurée est mise au bénéfice d'un quart de rente d'invalidité à partir du 1er mai 2007. G._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 