Sachverhalt: A. X._ lenkte am 4. September 2004 um etwa 07.30 Uhr ihren Personenwagen von der Autobahn A1 herkommend auf der Murtenstrasse (Gemeindegebiet Frauenkappelen BE) in Richtung Heggidorn. Mit der Absicht zu wenden fuhr sie zunächst in die rechts neben der Fahrbahn befindliche Haltebucht der Bushaltestelle "Längägerten" und führte dann unter Querung einer Sicherheitslinie das Wendemanöver durch. Ein in der Gegenrichtung fahrender Motorradlenker kollidierte alsdann mit der rechten Seite des im Wenden begriffenen Personenwagens. Dabei erlitt er schwere Verletzungen, an welchen er später verstarb. Am Motorrad und am Personenwagen der Beschwerdeführerin entstand Sachschaden. Wegen des Vorfalls vom 4. September 2004 wurde X._ am 12. April 2005 von der Strafabteilung des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen wegen fahrlässiger Tötung im Sinne von Art. 117 StGB zu einer Gefängnisstrafe von 15 Tagen verurteilt. Es wurde ihr der bedingte Strafvollzug gewährt unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren. Das Urteil ist in Rechtskraft erwachsen. In der Folge verfügte die Direktion für Soziales und Sicherheit, heute Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich (Strassenverkehrsamt, Abteilung Administrativmassnahmen), gegen X._ am 27. Januar 2006 einen Entzug des Führerausweises für die Dauer von sechs Monaten. B. Gegen diesen Entscheid reichte X._ Rekurs beim Regierungsrat des Kantons Zürich ein. Sie verlangte eine Herabsetzung des Ausweisentzugs auf zwei Monate. Der Regierungsrat wies den Rekurs mit Entscheid vom 27. Februar 2008 ab. Gegen diesen Rekursentscheid erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragte erneut die Reduktion der Dauer des Ausweisentzugs auf zwei Monate. Mit Entscheid vom 21. Mai 2008 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und legte die Entzugsdauer auf vier Monate fest. Es erwog, das Verschulden von X._ sei als ausgesprochen schwer zu beurteilen. Indessen rechtfertige es sich die Dauer des Führerausweisentzugs um einen Monat zu reduzieren, da die Vorinstanz den Umstand des langjährigen ungetrübten automobilistischen Leumunds der Fahrzeugführerin nicht angemessen berücksichtigt habe. Das Verwaltungsgericht reduzierte die Dauer der Massnahme zudem um einen weiteren Monat, weil der Regierungsrat im Rekursverfahren die Pflicht zur Verfahrensbeschleunigung verletzt habe. C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 21. Mai 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 4. Juli 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Herabsetzung der Dauer des Entzugs des Führerausweises auf zwei Monate. Sie rügt sinngemäss eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts, eine Verletzung des Gleichbehandlungsgebots, da eine Auseinandersetzung mit ähnlich gelagerten Fällen unterblieben sei, sowie eine bundesrechtswidrige Missachtung der beruflichen Massnahmeempfindlichkeit. D. Mit Präsidialverfügung vom 3. September 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt. E. Das Verwaltungsgericht und die Sicherheitsdirektion beantragen in ihren Vernehmlassungen Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Den Parteien ist Gelegenheit gegeben worden, sich zur Stellungnahme des Bundesamts zu äussern. 