Sachverhalt: A. Der 1962 geborene K._ arbeitete als Assistenzarzt am Spital X._ und war auf Grund dieses Arbeitsverhältnisses obligatorisch bei den Elvia Versicherungen (heute: Allianz Suisse Versicherungen; nachfolgend: Allianz) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 29. Juni 2000 meldete die Arbeitgeberin einen Unfall vom 24. Juni 2000. Demnach war K._ beim Tischtennisspielen in Rotationsbewegung auf den Rücken gestürzt. Er habe sich nicht mehr bewegen und aufstehen können und einen überschiessenden Schmerz im Lendenbereich mit Ausstrahlung in den rechten Oberschenkel verspührt. Er habe nach Hause getragen werden müssen. Eine Computertomographie der LWS vom 3. Juli 2000 ergab eine Osteochondrose L5/S1 mit einer grossen mediolateralen Diskushernie mit Kompression der Nervenwurzel S1 und des Duralsacks rechtsseitig sowie eine kleine mediolaterale Diskushernie L4/L5 rechtsseitig ohne Kompression der Nervenwurzeln. Nach einer erfolglosen konservativen Therapie wurde am 15. August 2000 eine mikrochirurgische Dekompression vorgenommen. Der Versicherte konnte seine Arbeit als Assistenzarzt in der Anästhesie bereits vier Wochen nach dem Eingriff wieder aufnehmen. Es kam jedoch zu einem Rezidiv, weshalb am 17. November 2000 erneut operiert werden musste. Ab 9. April 2001 konnte der inzwischen zum Oberarzt ernannte Versicherte seine Arbeit wieder zu 50 % aufnehmen. Er wurde in der Folge mehrfach dazu begutachtet, ob seine Rückenbeschwerden in einem natürlichen Kausalzusammenhang zum Ereignis vom 24. Juni 2000 stehen würden (Prof. Dr. med. B._, Facharzt für Wirbelsäulen- und Rückenmarkschirurgie, Klinik H._, vom 23. Oktober 2002; Aktengutachten des PD Dr. med. A._, Facharzt für Chirurgie FMH, vom 22. November 2004; Prof. Dr. med. S._, Direktor der Klinik Neurochirurgie, Spital Y._, vom 13. Februar 2006; Aktengutachten des Dr. med. R._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, vom 5. Juli und 27. Dezember 2006). Mit Verfügung vom 16. Januar 2007 teilte die Allianz dem Versicherten mit, unter Würdigung aller zur Verfügung stehender Unterlagen sei das Ereignis vom 24. Juni 2000 geeignet gewesen, die Diskushernien auszulösen, nicht aber sie zu verursachen. Die Dauer des unfallbedingten Beschwerdeschubes werde mit längstens zwei Jahren veranschlagt, womit die aktuellen Beschwerden nicht mehr unfallkausal seien. Leistungen aus der Unfallversicherung seien daher bis zum 24. Juni 2002 geschuldet. Auf eine Rückforderung der darüber hinaus gewährten Leistungen werde verzichtet. Die dagegen erhobene Einsprache lehnte die Allianz mit Entscheid vom 23. Oktober 2007 ab, wobei nunmehr auch in Frage gestellt wurde, ob sich am 24. Juni 2000 überhaupt ein Unfall im Rechtssinne ereignet habe. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies eine gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 9. April 2008 ab. C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es seien ihm in Aufhebung des Einspracheentscheides und des vorinstanzlichen Entscheides auch über den 25. Juni 2002 hinaus Versicherungsleistungen zu erbringen. Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 