Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) plante im Jahr 2004 den Bau mehrerer Mehrfamilienhäuser auf ihren Grundstücken Nrn. 001, 002 und 003, alle Grundbuch B._. A._ (Beschwerdegegner) und seine Ehefrau sind Eigentümer des benachbarten Grundstücks Nr. 004, Grundbuch B._. Sie erhoben am 1. Juli 2005 Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Gestaltungsplan und am 26. August 2005 Einsprache gegen das Baugesuch der Beschwerdeführerin. Am 2. September 2005 verkaufte die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner einen Streifen Land von ca. 514 m2 ab Grundstück Nr. 003 zum Preis von Fr. 100.--/m2. Gleichzeitig zogen der Beschwerdegegner und seine Ehefrau die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sowie die Einsprache zurück. In der Folge wurden auf den Grundstücken Nrn. 001 und 002 die sieben Mehrfamilienhäuser gemäss Gestaltungsplan C._ vom 23. März 2005 erstellt. B. Mit Klage vom 11. Januar 2007 verlangte die Beschwerdeführerin die Nichtigerklärung und Rückabwicklung des Kaufvertrags vom 2. September 2005. Sie berief sich auf Übervorteilung im Sinne von Art. 21 OR, eventualiter auf Sittenwidrigkeit des Vertrags im Sinne von Art. 20 OR. Mit Urteil vom 15. Februar 2008 erklärte das Amtsgericht Luzern-Land den Vertrag vom 2. September 2005 für ungültig. Es ermächtigte die Beschwerdeführerin, den Grundbucheintrag gegen Nachweis der Zahlung von Fr. 46'400.-- an den Beschwerdegegner beim Grundbuchamt Luzern-Land löschen zu lassen. Den Antrag auf Bezahlung von Schadenersatz wies es ab. Das Amtsgericht bejahte das Vorliegen einer Übervorteilung. Gegen dieses Urteil appellierte der Beschwerdegegner an das Obergericht des Kantons Luzern und verlangte die Abweisung der Klage. Mit Urteil vom 4. Dezember 2008 hiess das Obergericht die Appellation gut und wies die Klage ab. Es erachtete zwar ein offenbares Missverhältnis zwischen den unter den Parteien ausgetauschten Leistungen als gegeben, kam jedoch zum Schluss, es sei nicht dargetan, dass die Beschwerdeführerin sich beim Abschluss des Kaufvertrags vom 2. September 2005 in einer Notlage im Sinne von Art. 21 OR befunden habe. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 4. Dezember 2008 aufzuheben und die Klage der Beschwerdeführerin vom 11. Januar 2007 gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, um die Nichtigkeit des Vertrags wegen Sittenwidrigkeit nach Art. 20 OR zu prüfen. Der Beschwerdegegner beantragt die Bestätigung des angefochtenen Urteils und die Abweisung der Klage. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Am 2. März 2009 ging eine vom 26. Februar 2009 datierte Replik der Beschwerdeführerin ein. Die Vorinstanz nahm zu dieser mit Duplikeingabe vom 3. März 2009 Stellung. 