Sachverhalt: A. Die 1950 geborene M._ meldete sich am 14. Mai 2002 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Graubünden holte Auskünfte beim Arbeitgeber und medizinische Berichte ein. Mit Verfügung vom 22. Juli 2003 wies sie das Leistungsbegehren bei einem Invaliditätsgrad von 28 % ab und bestätigte dies mit Einspracheentscheid vom 1. April 2004. Die von M._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Entscheid vom 19. August 2004 gut und wies die Sache zur Neubeurteilung unter Wahrung des rechtlichen Gehörs an die IV-Stelle zurück. Nach zusätzlichen medizinischen Abklärungen und Einholung eines Gutachtens des Dr. H._, Facharzt FMH für Rheumatologie und Innere Medizin vom 23. März 2007 sprach diese M._ mit Verfügung vom 25. September 2007 ab 1. Juni 2004 eine Viertelsrente zu. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Entscheid vom 11. Dezember 2007 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ beantragen, der Entscheid der Vorinstanz sei aufzuheben; es sei ihr rückwirkend ab 26. Mai 2002 mindestens eine Viertels- und spätestens ab 1. Juni 2004 eine ganze Rente, eventuell eine Dreiviertelsrente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zur erneuten Abklärung und Beurteilung an die Vorinstanz oder die IV-Stelle zurückzuweisen; ferner beantragt sie die unentgeltliche Rechtspflege. IV-Stelle und Vorinstanz beantragen Abweisung der Beschwerde, das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung. 