Sachverhalt: A. Der 1952 geborene B._ meldete sich im Mai 1998 bei der Invalidenversicherung an und beantragte u.a. Umschulung und eine Rente. Mit Verfügung vom 26. Oktober 1998 wies die IV-Stelle Bern das Leistungsbegehren ab. Ab 1. September 1999 arbeitete B._ bei der Firma H._ AG. Ab 25. Mai 2006 war er infolge eines 1995 erlittenen Unfalles zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Mit Schreiben vom 26. Februar 2007 löste die Firma das Arbeitsverhältnis auf Ende Mai 2007 auf. Anfang März 2007 meldete sich B._ erneut bei der Invalidenversicherung an und beantragte besondere medizinische Eingliederungsmassnahmen und eine Rente. Die IV-Stelle klärte die gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse ab. U.a. liess sie den Versicherten psychiatrisch und rheumatologisch begutachten. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 28. Juli 2008 den Anspruch auf eine Invalidenrente. B. Die Beschwerde des B._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 3. Juni 2009 ab. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, der Entscheid vom 3. Juni 2009 sei aufzuheben und ihm eine ganze Rente zuzusprechen, eventualiter eine polydisziplinäre medizinische Begutachtung anzuordnen und dann zu entscheiden, eventualiter den Fall an die IV-Stelle zwecks weiterer Abklärungen in einer Eingliederungsstätte zurückzuweisen, unter Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. 