Sachverhalt: A. Die im Detailhandel tätige X._ mit Sitz in A._ ist seit dem 1. Januar 1995 im Register für Mehrwertsteuerpflichtige bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung eingetragen. Mit zwei Ergänzungsabrechnungen vom 13. Mai 2004 (EA) erhob die Eidgenössische Steuerverwaltung folgende Mehrwertsteuern je zuzüglich Verzugszinsen ab mittlerem Verfall: a) 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000: Fr. .... (EA Nr. 114'659); b) 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2003: Fr. .... (EA Nr. 114'660); Die Eidgenössische Steuerverwaltung bestätigte mit zwei Entscheiden vom 15. Februar 2007 diese Ergänzungsabrechnungen. Mit diesen Entscheiden, die sich auf Teilaspekte einer umfassenden Prüfung bezogen, beurteilte die Eidgenössische Steuerverwaltung Fragen im Zusammenhang mit der Rücknahme von Staubsaugern (irgendeiner Marke) zu einem um Fr. 75.-- reduzierten Preis. Die X._ ging dabei davon aus, das es sich bei den gewährten Fr. 75.-- um einen Rabatt handelt und somit beim Verkauf von neuen Staubsaugern die Mehrwertsteuer nur auf dem um den Rabatt reduzierten Verkaufspreis abzurechnen sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, dass die Entgegennahme eines Gegenstandes an Zahlungs statt vorliege und demnach über denjenigen Betrag als Entgelt abzurechnen sei, der damit ausgeglichen werde. Die von der Steuerpflichtigen gegen die beiden Entscheide erhobene Einsprache wies die Eidgenössische Steuerverwaltung in zwei Entscheiden vom 30. November 2007 ab. B. Gegen die beiden Einspracheentscheide führte die X._ Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess mit Urteil vom 21. Dezember 2007 die Beschwerde gut und ordnete die Rückerstattung bzw. Gutschrift der nachbelasteten Beträge einschliesslich eines Vergütungszinses an. Das Gericht kam zum Schluss, dass im vorliegenden Fall nicht von Leistungen an Zahlungs statt, sondern von Rabatten auszugehen sei. C. Gegen diesen Entscheid führt die Eidgenössische Steuerverwaltung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 21. Dezember 2007 sei aufzuheben und die beiden Einspracheentscheide vom 30. November 2007 seien zu bestätigen. 