Faits: A. A.a Y._ est propriétaire des parcelles nos 5683 et 6883 de la commune de Z._. Le bien-fonds no 7967, sis sur le territoire de la même commune, appartient à X._. Les parcelles nos 7672 et 2714 de la Commune de Z._ constituent le chemin F._. Ledit chemin prend naissance perpendiculairement à la route G._, en formant un coude entre les propriétés de Y._ et X._. Le chemin F._ a fait l'objet d'une attribution de propriété en faveur de plusieurs parcelles, dont les biens-fonds nos 5683 et 6883. A.b Y._ a fait construire un trottoir en galets de 15 centimètres de hauteur sur le bord de la parcelle no 6883, le long du chemin F._. Le chemin F._ étant très étroit, X._ a allégué que la présence de ce trottoir rendait difficile le passage d'un véhicule dans le virage et qu'il était obligé de manoeuvrer à plusieurs reprises afin de pouvoir tourner. Le 23 mars 2007, il a dès lors introduit une demande en cession d'un passage nécessaire au sens de l'art. 694 CC sur les parcelles nos 5683 et 6883 appartenant à Y._. La procédure a été jointe à une action en cessation de trouble intentée par ce dernier le 21 novembre 2006. Ladite procédure est actuellement pendante devant les instances cantonales genevoises. A.c Le 25 octobre 2006, Y._ a déposé au Département des constructions du canton de Genève une demande portant sur l'édification d'une bordure de 25 centimètres, le long de la parcelle no 5683, à l'angle formé par les parcelles nos 2714 et 7672. Cet ouvrage devait permettre de protéger un mur ainsi que la végétation située à l'arrière de celui-ci. Y._ a obtenu l'autorisation de construire le 19 janvier 2007, malgré l'opposition de X._. Le recours interjeté par ce dernier contre la décision d'autorisation a été rejeté par la Commission cantonale de recours en matière de construction, puis par le Tribunal administratif le 9 décembre 2008. Cette dernière juridiction a réservé la question des éventuels droits de passage, jugeant que la question relevait des tribunaux civils. Y._ a entrepris la construction de la bordure litigieuse le 26 janvier 2009. B. Par requête de mesures provisionnelles du 27 janvier 2009, X._ a sollicité le Tribunal de première instance du canton de Genève qu'il ordonne à Y._ la suspension des travaux de construction entrepris, ce conformément à l'art. 322 de la loi de procédure civile genevoise (ci-après LPC/GE; RS GE E 3 05) et sous la menace de la peine prévue par l'art. 292 CP. Parallèlement, il a demandé que la mesure requise soit autorisée provisoirement au sens de l'art. 327 LPC/GE. Par ordonnance pré-provisionnelle du même jour, puis par ordonnance de mesures provisionnelles du 19 mars 2009, le Tribunal de première instance a fait droit à la requête de X._. Statuant sur appel de Y._, la Cour de justice a annulé l'ordonnance du 27 mars 2009 (recte: 19 mars 2009) et rejeté la requête de mesures provisionnelles déposée par X._ le 27 janvier 2009. L'arrêt, rendu le 3 septembre 2009, a été notifié aux parties le 7 septembre suivant. C. Par acte du 17 septembre 2009, X._ (ci-après le recourant) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il invoque la violation de l'art. 9 Cst., concluant principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la confirmation de l'ordonnance rendue le 19 mars 2009 par le Tribunal de première instance, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale. Y._ (ci-après l'intimé) conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à la confirmation de l'arrêt cantonal. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt. D. Par ordonnance présidentielle du 13 octobre 2009, le recourant a obtenu l'effet suspensif, l'intimé se voyant empêché de poursuivre la construction litigieuse durant la procédure fédérale. 