Faits: A. A l'issue d'une procédure de sélection, la Ville de Neuchâtel a autorisé le 23 octobre 2009 deux consortiums, l'un composé de A._, B._ AG, C._ et D._ (ci-après: X._), l'autre, composé de E._, F._, G._ SA et H._ SA (ci-après: Y._) à présenter une offre pour obtenir le marché de conservation et de restauration de l'enveloppe de la Collégiale. Le marché devait être adjugé en fonction des critères suivants: 1 Prix de l'offre 40.00% 40.00% 1.1 Montant total net TTC 35.00% 35.00% 1.2 Crédibilité de l'offre 5.00% 2 Organisation du consortium pour l'exécution du marché 15.00% 15.00% 2.1 Qualification des personnes clés pour l'exécution du marché 10.00% 10.00% 2.2 Ressources humaines mises à disposition pour l'exécution du marché 5.00% 3 Qualité technique et rendu des essais de faisabilité réalisés 40.00% 4 Crédibilité du programme des travaux 5.00% Par décision du 30 juin 2010, la Ville de Neuchâtel a adjugé le marché à Y._ dont l'offre a obtenu 446 points pour un prix de 2'779'376 fr. 35. L'offre de X._, d'un prix de 3'346'440 fr. 40 n'a reçu que 404.22 points. Le 12 juillet 2010, X._ a déposé un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel et demandé l'octroi de l'effet suspensif. Il a fait valoir que l'appel d'offres était de nature fonctionnelle et que le cahier des charges ne donnait, eu égard à cette circonstance, pas une description détaillée et complète des prestations à fournir. Faute de fixer l'étendue quantitative et qualitative des interventions qui faisaient l'objet du marché, l'appel d'offres litigieux violait le principe de la transparence. Il s'est aussi plaint de la violation du droit à l'égalité et des notes obtenues. B. Par arrêt du 24 février 2011, le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, qui a remplacé le Tribunal administratif depuis le 1er janvier 2011, a rejeté le recours. C. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision d'adjudication du 30 juin 2010 et d'ordonner la répétition de la procédure d'adjudication, subsidiairement de constater l'illicéité de la décision d'adjudication du 30 juin 2010. Il reproche à l'instance précédente d'avoir retenu de manière arbitraire que l'appel d'offres ne violait pas le principe de transparence. Il se plaint de la violation de son droit d'être entendu en relation avec l'établissement des faits et l'appréciation anticipée des preuves. Il sollicite l'octroi de l'effet suspensif. Par courrier du 11 avril 2011, la Ville de Neuchâtel a produit le contrat qu'elle a passé les 25 et 28 février 2011 avec le consortium Y._. Par ordonnance du 10 mai 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a déclaré la requête d'effet suspensif sans objet. La Ville de Neuchâtel conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Y._ conclut à son rejet sous suite de frais et dépens. X._ a déposé une réplique à laquelle les autres parties ont renoncé à répondre. 