Sachverhalt: A. X._ wurde am 18. April 2001 vom Bezirksgericht Zürich wegen mehrfacher Brandstiftung und weiterer Delikte zu zwei Jahren Gefängnis verurteilt. Der Vollzug der Freiheitsstrafe wurde zugunsten einer stationären Massnahme (nach Art. 43 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB) aufgeschoben. Am 5. Juni 2001 wurde die Verurteilte zum Vollzug der stationären Massnahme in die Klinik Oberwil eingewiesen. Am 25. Februar 2002 wurde sie in die Psychiatrische Klinik Rheinau versetzt und am 1. Juni 2004 aus dem stationären Massnahmenvollzug probeweise entlassen. B. Am 25. Oktober 2005 wurde die probeweise Entlassung widerrufen und X._ (gestützt auf Art. 45 Ziff. 3 Abs. 3 aStGB) in den stationären Massnahmenvollzug zurückversetzt. Am 25. August 2005 bzw. 24. März 2006 wurde sie erneut strafrechtlich schuldig gesprochen (wegen Gewalt und Drohung gegen Beamte, Widerhandlung gegen das Waffengesetz und weiterer Straftaten). Am 17. November 2005 wurde X._ aus der Klinik Schlosstal/Winterthur ein weiteres Mal in die Klinik Rheinau eingewiesen. Am 19. September 2006 wurde sie aus einer sozialtherapeutischen Wohngruppe in A._ (nach wie vor im Rahmen des stationären Massnahmenvollzuges) ins Psychiatriezentrum Hard/Embrach versetzt, nachdem sie zum wiederholten Mal gegen Vollzugsvorschriften verstossen hatte (eigenmächtiges Absetzen der Medikamente, Entweichen aus dem Massnahmenvollzug, Fremd- und Autoaggressionen etc.). Am 1. Januar 2007 erfolgte erneut eine notfallmässige Einweisung ins Psychiatriezentrum Hard, am 15. Januar 2007 eine weitere Verlegung in die geschlossene Abteilung der Klinik Rheinau. C. Gemäss Vollzugsakten wurde die Verurteilte letztmals am 20. Juni 2007 ins Psychiatriezentrum Hard zurückverlegt. Am 21. November 2007 verfügte das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich ihre erneute Versetzung von der Rehabilitationsabteilung des Psychiatriezentrums Hard in die geschlossene Massnahmestation (Abteilung B._) des Psychiatriezentrums Rheinau. Die Verlegung dränge sich angesichts des nach wie vor äusserst schwierigen Massnahmenvollzuges (Tablettenschmuggel, Drogenmissbrauch, Aufbrechen von Behältnissen, Zertrümmern von Einrichtungsgegenständen, unerlaubte Entfernungen, akute Suizidalität, massive Auto- und Fremdaggressionen, Persönlichkeitsstörung vom sog. Borderline-Typus, Dissozialität, fehlende Therapiebereitschaft, akute Gefahr weiterer Straftaten etc.) als Notfallmassnahme auf. Am 22. November 2007 wurde die Verurteilte durch die Kantonspolizei Zürich in die geschlossene Abteilung B._ der Klinik Rheinau eingeliefert. D. Gegen die Einweisungsverfügung vom 21. November 2007 rekurrierte X._ am 3. Dezember 2007 bei der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich (JD). Sie beantragte die Aufhebung der erfolgten Einweisung in die geschlossene Abteilung B._ der Klinik Rheinau, die sofortige Rückversetzung ins Psychiatriezentrum Hard sowie die Wiederherstellung der aufschiebenden Rechtsmittelwirkung. Letzteres lehnte die JD mit prozessleitender Verfügung vom 12. Dezember 2007 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen blieb ohne Erfolg (Urteil des Bundesgerichts 1B_305/2007 vom 22. Januar 2008). Am 20. März wurde die Versetzung von X._ in die geschlossene Massnahmestation (Abteilung C._) des Psychiatriezentrums Rheinau verfügt. Am 1. April 2008 wies die JD den bei ihr erhobenen Rekurs in der Sache ab, soweit er - aufgrund der zwischenzeitlich verfügten Versetzung in eine andere (geschlossene) Abteilung des Psychiatriezentrums Rheinau - nicht gegenstandslos geworden sei. X._ gelangte dagegen mit Eingabe vom 7. Mai 2008 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches auf die bei ihm eingereichte Beschwerde am 4. Juli 2008 mangels (derzeitiger) Zuständigkeit nicht eintrat und das Rechtsmittel an das Bundesgericht zur Behandlung weiterleitete. Dieses hat am 17. Juli 2008 das Verfahren betreffend Versetzung in die geschlossene Massnahmestation eröffnet. X._ hat hierzu am 9. September 2008 unaufgefordert eine Beschwerdeergänzung eingereicht. Gleichzeitig hat sie mit separater Eingabe Beschwerde gegen die Nichteintretensverfügung des Verwaltungsgerichts erhoben. Am 30. Oktober 2008 hat die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht eine weitere Eingabe einschliesslich Unterlagen, u.a. den Jahresbericht des Psychiatriezentrums Rheinau vom 2. Oktober 2008 betreffend Prüfung der bedingten Entlassung, eingereicht. E. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, die JD und das Amt für Justizvollzug haben mit Eingaben vom 11., 20. und 26. November 2008 auf eine Stellungnahme zur Beschwerde gegen die verwaltungsgerichtliche Nichteintretensverfügung vom 4. Juli 2008 verzichtet. 