Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 4. Juni 2003 sprach die IV-Stelle Basel-Stadt der 1956 geborenen L._, die sich am 10. März 2003 unter Hinweis auf eine zervikale Diskushernie zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung angemeldet hatte, nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse ab 1. April 2002 eine ganze Rente der Invalidenversicherung bei einem Invaliditätsgrad von 69 % zu. Am 4. August 2004 teilte die IV-Stelle der Versicherten verfügungsweise mit, eine Überprüfung des Invaliditätsgrades habe keine rentenbeeinflussende Änderung ergeben, aufgrund der 4. IV-Revision werde die ganze Rente jedoch auf eine Dreiviertelsrente herabgesetzt. Daran hielt sie mit rechtskräftigem Einspracheentscheid vom 20. Februar 2006 fest. Im Rahmen des im August 2006 angehobenen Revisionsverfahrens veranlasste die Verwaltung eine polydisziplinäre Begutachtung. Gestützt auf die diesbezüglichen Ergebnisse des Zentrums Y._ (vom 20. Dezember 2007) verfügte die IV-Stelle am 28. Mai 2008 - ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 46 % - die Herabsetzung der Dreiviertelsrente auf eine Viertelsrente per Ende Juni 2008. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 2. Februar 2009 ab. C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihr, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids, weiterhin eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen; eventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zur Durchführung weiterer medizinischer Abklärungen zurückzuweisen. Sodann sei ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme. 