Sachverhalt: A. T._, geboren 1956, absolvierte eine Anlehre als Metzger und übte diese Tätigkeit bis 1998 aus. Vom 1. Januar 1999 bis 16. August 2001 war er in der Firma D._ AG als Lagerist angestellt und führte - daneben und in der Folge - als selbstständig Erwerbender einen Kebab-Stand. Am 7. Februar 2006 meldete er sich unter Hinweis auf Rückenschmerzen, Beinschwäche links und Depression bei diversen belastenden Problemen, begonnen im April 2001, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an (Berufsberatung, Arbeitsvermittlung, Rente). Die IV-Stelle des Kantons Thurgau führte erwerbliche Abklärungen durch und holte Berichte ein des Dr. med. S._, Allgemeine Medizin FMH, vom 16. Februar 2006, sowie des Dr. med. B._, FMH für Rheumatologie, vom 9. März 2006, welchem ein von der Krankenversicherung veranlasstes Gutachten beim arbeitsmedizinischen Zentrums Z._ vom 25. Januar 2006 beilag. Weiter ersuchte die IV-Stelle den behandelnden Dr. med. E._, Spezialarzt für Neurologie, um einen Bericht vom 14. Februar 2007. Diesem lagen eine fachvertrauensärztliche Beurteilung der Arbeitsfähigkeit durch Dr. med. R._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 29. März 2006, sowie zwei Schreiben des Dr. med. E._ vom 6. Februar 2006 und 9. Juli 2001 bei. Am 19. Februar 2007 führte die um eine Stellungnahme angefragte Ärztin des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD), Dr. med. I._, aus, die psychische Komponente des Gesundheitszustandes imponiere offenbar unterschiedlich, so dass eine abschliessende bidisziplinäre orthopädisch-psychiatrische Begutachtung notwendig sei. Die IV-Stelle beauftragte die Klinik X._ mit der Erstellung eines Gutachtens vom 28. März 2007. Auf Anraten des RAD (Stellungnahme vom 20. November 2007) veranlasste die IV-Stelle ein weiteres Gutachten beim medizinischen Begutachtungsinstitut Y._ vom 13. Juni 2008, und unterbreitete auch dieses dem RAD zur Stellungnahme vom 26. Juni 2008. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren, in dessen Rahmen T._ ein Schreiben des Dr. med. E._ vom 18. August 2008 zu den Akten reichte, und nochmaliger Beurteilung durch den RAD vom 7. Oktober 2008, erliess die IV-Stelle am 30. April 2009 eine dem Vorbescheid entsprechende Verfügung, wonach T._ bei einem Invaliditätsgrad von 40 % eine vom 1. März 2007 bis 31. Mai 2008 befristete Viertelsrente zustehe. Ab 1. Juni 2008 sei bei einem Invaliditätsgrad von 20 % keine Rentenberechtigung mehr gegeben. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des T._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau als Versicherungsgericht mit Entscheid vom 29. Juli 2009 ab. C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer halben Rente ab 1. März 2007 nebst Kinderrente, auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 50 %, beantragen. Eventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zur Einholung eines neuen interdisziplinären Gutachtens und erneutem Entscheid über den Rentenanspruch zurückzuweisen. Zudem ersucht T._ um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. 