Sachverhalt: A. Y._ erstattete am 9. Mai 2008 Strafanzeige und Strafantrag gegen seine Ehefrau, X._, woraufhin die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland gegen diese eine Strafuntersuchung wegen Drohung, Tätlichkeiten und Missbrauchs einer Fernmeldeanlage einleitete. Y._ erklärte am 9. August 2008 im Rahmen einer Eheschutzkonvention sein Desinteresse an der Weiterführung des Strafverfahrens gegen seine Ehefrau. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland stellte das Verfahren gegen X._ daher in Anwendung von Art. 55a StGB am 17. September 2008 provisorisch und am 1. April 2009 definitiv ein. Die Verfahrenskosten von Fr. 500.-- auferlegte sie X._. Die Einzelrichterin in Strafsachen des Bezirks Bülach wies das Gesuch von X._ um gerichtliche Beurteilung der Kostenfolge am 11. August 2009 ab und auferlegte ihr die Gerichtskosten von Fr. 400.--. Auf das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege von X._ trat sie nicht ein. B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 24. September 2009 beantragt X._, die Verfügung vom 11. August 2009 aufzuheben und ihr für das vorinstanzliche Verfahren eine angemessene Prozessentschädigung zuzusprechen, eventualiter die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung auch im bundesgerichtlichen Verfahren. C. Die Einzelrichterin in Strafsachen des Bezirks Bülach und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 