Sachverhalt: A. X._ wohnt in A._ (BE) und war als Generalagent einer Versicherungsgesellschaft in B._ (BE) tätig. Im Jahr 1996 übernahm er die Führung der Generalagentur C._ (SO). Auf sein Gesuch hin überliess die Steuerverwaltung des Kantons Bern seine gesamten, von 1996 bis 2000 erzielten Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit dem Kanton Solothurn zur Besteuerung. B. Nachdem sich herausgestellt hatte, dass gewisse Aktivitäten der Generalagentur C._ weiterhin in B._ abgewickelt wurden, leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern mit Schreiben vom 26. Juli 2002 ein Nachsteuerverfahren gegen X._ ein, das es am 28. Februar 2006 mit einer Nachsteuer-, Zins- und Bussenverfügung abschloss. Kantonal letztinstanzlich bestätigte das Verwaltungsgericht am 1. Dezember 2008 einen Besteuerungsanspruch des Kantons Bern für 30% der Geschäftseinkünfte 1997-2000 von X._. C. Am 16. Januar 2009 hat X._ beim Bundesgericht eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die Kantone Bern und Solothurn wegen interkantonaler Doppelbesteuerung eingereicht. Er beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 1. Dezember 2008 aufzuheben; es sei festzustellen, dass er dem Kanton Bern keine Nachsteuer schulde. Eventuell seien die rechtskräftigen Veranlagungsverfügungen des Kantons Solothurn für die Steuerjahre 1997 bis 2000 aufzuheben; dort zuviel bezahlte Steuern seien mit Zins zurückzuerstatten. D. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern stellt den Antrag, auf die Beschwerde wegen Verwirkung des Beschwerderechts nicht einzutreten; eventuell sei sie abzuweisen, soweit sie sich gegen den Kanton Bern richte. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt die Abweisung des Haupt- und die Gutheissung des Eventualbegehrens. Die Steuerverwaltung des Kantons Solothurn schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit sie zulässig sei und sich gegen den Kanton Solothurn richte. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 