Sachverhalt: A. Aufgrund von Arbeiten an eigenen Bauwerken im Zeitraum vom ersten Quartal 1995 bis zum vierten Quartal 1996, die noch nicht der Mehrwertsteuer unterstellt worden waren, erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) am 15. Dezember 1998 gegenüber der X._ die Ergänzungsabrechnung Nr. 7'370'645 über Fr. ... Gegen den Entscheid der ESTV vom selben Tag erhob die Steuerpflichtige am 29. Januar 1999 Einsprache, worauf die ESTV eine Betriebskontrolle vornahm. Am 22. Oktober 2001 erliess sie die Ergänzungsabrechnungen Nr. 260'518 über Fr. ... (Fr. ... abzüglich des gemäss der Ergänzungsabrechnung Nr. 7'370'645 geschuldeten Betrags) für den Zeitraum vom ersten Quartal 1995 bis und mit dem vierten Quartal 2000 und Nr. 260'522 über Fr. ... für die beiden ersten Quartale 2001. B. Im Anschluss an eine Besprechung und Korrespondenzen anerkannte die Steuerpflichtige mit Schreiben vom 21. Dezember 2001 die von der ESTV gewählte Berechnungsmethode und die Schätzung des baugewerblichen Eigenverbrauchs. Sie erklärte, sie müsse "einzig zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage einen Vorbehalt anbringen". Die Frage, ob auch Eigenkapitalzinsen in die Bemessungsgrundlage des baugewerblichen Eigenverbrauchs flössen, sei zu sistieren, bis in einem Parallelverfahren ein Entscheid vorliege. Noch im Dezember 2001 beglich die Steuerpflichtige die Ergänzungsabrechnungen Nr. 260'518 und 260'522. Zuletzt am 18. Juni 2002 kam es zu weiteren Gesprächen. Die ESTV erstellte tags darauf eine "Kurznotiz für interne Zwecke", worin sie zum baugewerblichen Eigenverbrauch die Bemerkung "akzeptiert, Rechtsverfahren einstellen" anbrachte. Die Steuerpflichtige ersuchte am 12. Juli 2002 in Bezug auf drei Aspekte um Erlass einer Verfügung, nicht jedoch hinsichtlich der Arbeiten an eigenen Bauten. Mit Beschluss vom 27. Februar 2003, ohne Rechtsmittelbelehrung versehen, schrieb die ESTV die Einsprache vom 29. Januar 1999 als erledigt ab. C. Nach der Praxisänderung der ESTV vom 1. Januar 2005, wonach die Bauzinsen nicht mehr in die Anlagekosten einzurechnen waren, ersuchte die Steuerpflichtige am 13. April 2005 und 23. August 2005 um Rückvergütung der zu viel entrichteten (Eigenverbrauchs-) Steuern der Jahre 1995 bis 2004. Die ESTV nahm das Rückerstattungsgesuch als Revisionsgesuch gegen den Abschreibungsbeschluss vom 27. Februar 2003 entgegen und erliess am 29. November 2005 einen Nichteintretensentscheid. Sie führte aus, d ie Steuerpflichtige habe am 12. Juli 2002 "implizit" auf die Weiterführung des Einspracheverfahrens verzichtet, weswegen der Entscheid vom 15. Dezember 1998 in Rechtskraft erwachsen und das Verfahren abzuschreiben gewesen sei. Revisionsgründe würden weder geltend gemacht noch lägen sie vor. Dagegen erhob die Steuerpflichtige am 13. Januar 2006 Einsprache, die von der ESTV antragsgemäss als Sprungbeschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission weitergeleitet wurde. Das Bundesverwaltungsgericht, nunmehr zuständig, hiess die Beschwerde mit Urteil A-1625/2006 vom 15. Dezember 2008 im Sinne der Erwägungen teilweise gut, soweit darauf einzutreten war, und wies die Sache unangefochten zur Fällung eines "Erstentscheids" an die ESTV zurück. Das Bundesverwaltungsgericht erwog, der Rückzug einer Einsprache habe klar, ausdrücklich und unbedingt zu erfolgen. Ein bloss "impliziter" Rückzug, wie ihn die ESTV dem Schreiben vom 12. Juli 2002 glaube entnehmen zu können, lasse keine Abschreibung eines Einspracheverfahrens zu. Ebenso wenig sei das Schreiben vom 21. Dezember 2001 als Rückzug der Einsprache zu betrachten, habe die Steuerpflichtige darin doch einen klaren Vorbehalt bezüglich des Einbezugs der Bauzinsen angebracht (Entscheid, E. 7.1). Der rechtsgrundlose Abschreibungsbeschluss sei freilich nicht nichtig, sondern bloss anfechtbar. Mit ungenutztem Ablauf der 30-tägigen Rechtsmittelfrist des Abschreibungsbeschlusses sei der Entscheid vom 15. Dezember 1998 (Fr. ...) in Rechtskraft erwachsen (E. 7.2). Was diesen Entscheid betreffe, habe die ESTV die Eingabe vom 13. April 2005 richtigerweise als Revisionsgesuch entgegengenommen und mit einem Nichteintretensentscheid erledigt. Für die darüber hinausgehende Forderung für die Jahre 1995 und 1996 sowie für die Jahre 1997 bis 2004 stehe ein Leistungsentscheid freilich noch aus, weshalb die ESTV zunächst einen "Erstentscheid" zu fällen haben werde (E. 7.3). D. In der Folge verfügte die ESTV am 25. Juni 2009 die Abweisung des (Rückerstattungs-) Gesuchs der Steuerpflichtigen vom 13. April 2005 bzw. 23. August 2005, soweit dazu nicht bereits ein rechtskräftiger Entscheid vorliege. Sie führte im Wesentlichen aus, die Steuerpflichtige habe die Ergänzungsabrechnungen Nr. 260'518 und 260'522, alsdann die Quartalsabrechnungen jeweils ohne Vorbehalt beglichen. In ihrer dagegen gerichteten Einsprache vom 25. August 2009 entgegnete die Steuerpflichtige, sie habe den Vorbehalt nie zurückgezogen, weswegen die Praxisänderung rückwirkende Anwendung finde und ihr die zu viel bezahlte Mehrwertsteuer der Jahre 1995 bis und mit 2004, nunmehr Fr. ..., nebst Vergütungszins zu erstatten sei. Am 4. April 2011 ergänzte sie, den Vorbehalt habe sie anlässlich einer allgemeinen Diskussion angebracht und nicht im Hinblick auf eine bestimmte Quartalsabrechnung ausgesprochen. Mit Einspracheentscheid vom 13. April 2011 wies die ESTV die Einsprache ab. Zur Hauptsache führte sie aus, die Steuerpflichtige habe im Jahr 2002 den Vorbehalt an Gesprächen mit der ESTV zurückgenommen und alsdann die Quartalsabrechnungen der Jahre 2002 bis 2004 vorbehaltlos eingereicht und bezahlt. Der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, den die Steuerpflichtige habe abwarten wollen, sei am 12. August 2002 ergangen [CRC 2001-051, in: VPB 67.18]. Darin habe die Steuerrekurskommission erkannt, es sei nicht gesetzeswidrig, die Finanzierungskosten in die Berechnungsgrundlage des baugewerblichen Eigenverbrauchs einzubeziehen. E. Am 27. Mai 2011 erhob die Steuerpflichtige beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde, welche dieses mit Urteil A-3075/2011 vom 30. Mai 2012 im Sinne der Erwägungen guthiess, den Einspracheentscheid vom 13. April 2011 aufhob und die Sache zur Fällung eines neuen Einspracheentscheids im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückwies. Das Bundesverwaltungsgericht erwog, die Steuerpflichtige habe mit Schreiben vom 21. Dezember 2001 einen Vorbehalt angebracht und die Eigenverbrauchssteuer nur unter diesem Vorbehalt entrichtet (Entscheid, E. 5.2). Vorbehalt und Rückzug des Vorbehalts könnten einzig in Schriftform erklärt werden. Ein expliziter schriftlicher Rückzug sei nie erfolgt (E. 5.3). Nach Treu und Glauben habe für die ESTV klar sein müssen, dass sich der Vorbehalt auf den gesamten Zeitraum (1995 bis und mit 2004) beziehe (E. 5.4). Der beanspruchte Betrag von Fr. ... lasse sich allerdings nicht nachvollziehen. Infolge dessen sei die Sache zur Ermittlung des Rückforderungsanspruchs an die ESTV zurückzuweisen (E. 5.5). F. Die ESTV erhebt mit Eingabe vom 9. Juli 2012 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, es seien der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 30. Mai 2012 aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 13. April 2011 zu bestätigen. Eventualiter sei festzustellen, dass der Anspruch der Steuerpflichtigen auf Rückvergütung der Mehrwertsteuer nur für die Jahre bis 2001 bestehe und dass sich der Vorbehalt ausschliesslich auf die Einrechnung der Eigenkapitalzinsen in die Bemessungsgrundlage beziehe. Während das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, auf eine Vernehmlassung verzichtet, nimmt die Steuerpflichtige ausführlich Stellung. Sie beantragt die Abweisung der Beschwerde und die Rückvergütung des Betrags von Fr. ..., nebst Zins seit dem 21. Dezember 2001, eventualiter von Fr. ..., nebst Zins seit dem 21. Dezember 2001. Dies veranlasst die ESTV und hierauf die Steuerpflichtige zur Einreichung abschliessender Bemerkungen. 