Sachverhalt: A. Die X._ AG reichte am 9. Mai 2005 ein Baugesuch für die Erstellung eines Erweiterungsbaus auf ihrem Werkgelände in Rümlang ein, welches bei einer etwaigen Verlängerung der Piste 10/28 des Flughafens Zürich-Kloten in den neuen Flughafenperimeter zu liegen käme. Auf Gesuch der Flughafenbetreiberin Unique (Flughafen Zürich AG) hin erliess die Baudirektion des Kantons Zürich in der Folge am 12. Oktober 2005 auf den Grundstücken der X._ AG ein vorsorgliches Bauverbot gemäss der kantonalen Planungs- und Baugesetzgebung. Nachdem der Regierungsrat des Kantons Zürich dieses Vorgehen der Baudirektion geschützt hatte, hob das Verwaltungsgericht das Bauverbot auf Beschwerde der Bauherrin hin am 12. September 2007 auf. B. Parallel zum kantonalen Verfahren beantragte Unique am 23. Februar 2006 beim Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) die Festlegung einer Projektierungszone für eine mögliche Verlängerung der Piste 10/28 des Flughafens Zürich-Kloten nach Westen (inkl. die dazugehörigen Rollwege, die Sicherheitszone am Pistenende sowie die Flughafenumzäunung mit Umfahrungsstrasse). Zur Begründung führte Unique aus, im Rahmen des Prozesses Sachplan Infrastruktur der Luftfahrt (SIL) seien sämtliche Betriebsvarianten zu prüfen, die eine sichere Abwicklung des Flugbetriebs gewährleisteten. Einige dieser möglichen Varianten beinhalteten eine Nutzung der Piste 28 als Landepiste für alle Flugzeugtypen auch bei nasser Witterung und bedingten eine Verlängerung der Piste 10/28 nach Westen. Mit der Projektierungszone solle das betroffene Gebiet (eine Fläche westlich des bestehenden Flughafenperimeters am Ende der Piste 28 bis und mit Teile der Industriezone "Meinbreiten" der Gemeinde Rümlang umfassend) bis zum Entscheid über die Realisierung dieses Vorhabens frei von Neubauten oder baulichen Veränderungen an bestehenden Bauten gehalten werden. C. Nachdem das BAZL eine direkte Anhörung der Gemeinde Rümlang und der betroffenen Grundeigentümer durchgeführt und bei verschiedenen kantonalen Fachstellen Stellungnahmen eingeholt hatte, entsprach es am 15. Oktober 2007 dem Ersuchen der Unique und legte die beantragte Projektierungszone fest. Es begründete seinen Entscheid u.a. damit, dass die Projektierungszone nicht nur dazu diene, Land für die Realisierung künftiger resp. die Erweiterung bestehender Flughafenanlagen freizuhalten, sondern auch deren Planung zu sichern. Der Bund habe anlässlich des Koordinationsgesprächs 2 vier Grundsätze für die weiteren Arbeiten am SIL-Prozess des Flughafens Zürich festgelegt und sich darunter unter anderem auch für eine Weiterverfolgung der Variante Pistenverlängerung 10/28 ausgesprochen. Die Planungsabsicht sei damit hinreichend konkretisiert und die Festlegung der Projektierungszone im öffentlichen Interesse. D. Gegen diese Verfügung reichten die Gemeinde Rümlang und die X._ AG beim Bundesverwaltungsgericht je Beschwerde ein. Das Bundesverwaltungsgericht hiess die Beschwerden am 8. August 2008 gut und hob die Verfügung des BAZL vom 15. Oktober 2007 auf. E. Die Flughafen Zürich AG erhebt mit Eingabe vom 29. September 2008 beim Bundesgericht Beschwerde gegen das vorerwähnte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts und verlangt dessen Aufhebung. Die mit Verfügung des BAZL vom 15. Oktober 2007 festgelegte Projektierungszone sei vollumfänglich zu bestätigen. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils unter Rückweisung an die Vorinstanz zum Neuentscheid. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Die Gemeinde Rümlang schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Desgleichen beantragt die X._ AG als private Beschwerdegegnerin, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das BAZL dagegen stellt Antrag auf Gutheissung der Beschwerde und Bestätigung seiner Verfügung vom 15. Oktober 2007. Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich und das Bundesverwaltungsgericht verzichten auf eine Stellungnahme. In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin an ihrer Sichtweise und ihren Anträgen fest. Die Gemeinde Rümlang hat dupliziert und nochmals ihren Standpunkt bekräftigt. Mit Verfügung vom 11. November 2008 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 