Fatti: A. Il mattino del 26 novembre 2006, mentre si trovavano al loro domicilio, C._ e sua figlia A._, nata il 16 marzo 2000, hanno notato quattro cavalli pascolare nel prato circostante la casa. Constatato che gli animali erano verosimilmente fuggiti da un recinto situato nelle vicinanze, li hanno adescati con del pane e, precedendoli, li hanno ricondotti nella recinzione da cui provenivano. Giunti all'interno del recinto, costituito da paletti in plastica alti circa un metro e collegati da nastri elettrici, C._ e A._ sono stati sorpassati dai cavalli: uno di essi ha allora scalciato colpendo la bambina al viso con uno zoccolo, procurandole gravi ferite alla testa, con fratture del cranio e lesioni all'occhio sinistro. B. Il 14 dicembre 2006 la madre della vittima sporgeva querela per le lesioni personali subite dalla figlia A._. Con decreto dell'11 gennaio 2007, la Procura pubblica dei Grigioni ha aperto un procedimento penale, abbandonato con successivo decreto del 4 settembre 2007. Il magistrato inquirente ha in particolare ritenuto che non potevano essere rimproverati ad B._, proprietario dei cavalli, omissioni penalmente rilevanti nella loro custodia. Con sentenza del 16 gennaio 2008, la Camera di gravame del Tribunale cantonale dei Grigioni ha accolto un'impugnativa presentata da A._ contro il decreto d'abbandono, annullandolo e rinviando la causa alla Procura pubblica perché completasse l'istruttoria. Il 18 febbraio 2008 il procuratore pubblico ha riaperto il procedimento penale contro B._ per il reato di lesioni colpose gravi. Dopo ulteriori atti d'inchiesta, segnatamente l'interrogatorio delle parti nonché l'esperimento di un sopralluogo da parte del giudice istruttore, il 14 luglio 2008 la Procura pubblica ha nuovamente decretato l'abbandono del procedimento penale. C. Adita dalla vittima, la Camera di gravame del Tribunale cantonale dei Grigioni, con sentenza del 24 settembre 2008 comunicata il 15 dicembre 2008, ha respinto l'impugnativa. La Corte cantonale ha accertato che B._ aveva disatteso il proprio dovere di diligenza erigendo una recinzione non conforme alle raccomandazioni del Servizio per la prevenzione degli infortuni nell'agricoltura (SPIA) e rilevato che se l'impianto fosse stato costruito correttamente, con ogni probabilità la bambina non sarebbe stata ferita. Ha nondimeno ritenuto che il nesso causale era stato interrotto dal comportamento gravemente imprudente del padre della vittima, che aveva preceduto i cavalli invece di seguirli. D. A._ impugna la sentenza della Camera di gravame con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre l'annullamento del decreto di abbandono e il rinvio degli atti alla Procura pubblica per il proseguimento del procedimento penale. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 11, 12, 125 e 237 CP e degli art. 9 e 30 cpv. 1 Cost.. E. La Corte cantonale chiede di respingere il ricorso, rinunciando tuttavia a formulare una risposta al ricorso. Pure la Procura pubblica comunica di rinunciare a presentare osservazioni. B._ postula la reiezione del gravame. 