Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 15. Juli 2003 und Einspracheentscheid vom 22. Januar 2004 stellte die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) ihre Leistungen für einen am 21. Februar 2002 erlittenen Auffahrunfall des D._, geboren 1964, ein. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 22. November 2004 ab. Das Eidgenössische Versicherungsgericht hob diesen Entscheid mit Urteil vom 2. Dezember 2005 auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit sie die Berichte des Prof. Dr. med. S._ vom 24. März 2003 und vom 14. September 2004 beiziehe und unter allfälliger Berücksichtigung dieser Stellungnahmen erneut über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 22. Januar 2004 entscheide. B. Das kantonale Gericht hat in der Folge die genannten Berichte eingeholt, der SUVA Gelegenheit zur Stellungnahme dazu eingeräumt und die Beschwerde des D._ mit Entscheid vom 29. März 2007 erneut abgewiesen. C. D._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihm die gesetzlichen Leistungen (Taggeld auf der Basis einer Arbeitsunfähigkeit von 100 %, Heilbehandlung, Invalidenrente, Integritätsentschädigung) zuzusprechen und es sei ein neutrales polydisziplinäres medizinisches und psychologisches Gutachten betreffend die Unfallfolgen und die Unfallkausalität einzuholen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. Mit Eingabe vom 25. März 2008 nimmt der Unfallversicherer Stellung hinsichtlich der präzisierten Schleudertrauma-Praxis. 