Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 31. August 2004 verneinte die IV-Stelle Basel-Landschaft den Anspruch des 1965 geborenen B._ auf eine Rente der Invalidenversicherung. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 22. Dezember 2004 fest, was das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, mit Entscheid vom 13. Juli 2005 bestätigte. Mit Urteil vom 15. März 2006 hob das Eidg. Versicherungsgericht Gerichtsentscheid und Einspracheentscheid auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie nach ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen über den Rentenanspruch neu verfüge (Verfahren I 689/05). In der Folge liess die IV-Stelle den Versicherten durch die Rheumatologische Klinik des Spitals Y._ sowie das Ärztliche Zentrum X._ untersuchen und begutachten. Mit Verfügung vom 30. Juli 2008 verneinte sie bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 37 % erneut den Anspruch auf eine Rente. B. Die Beschwerde des B._ wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, mit Entscheid vom 25. März 2009 ab. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 25. März 2009 sei aufzuheben und ihm eine Invalidenrente zuzusprechen und nachzuzahlen, eventualiter die Sache an das kantonale Gericht oder die IV-Stelle zwecks weiterer medizinischer Abklärungen und neuer Verfügung zurückzuweisen, unter Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. 