Sachverhalt: A. X._ trat am 1. Oktober 1996 die Stelle als Chefapothekerin am Kantonsspital Freiburg an. In dieser Funktion war sie Vorgesetzte von drei Stationsapothekern, die mit ihr zusammen die Apothekerleitung bildeten. X._ präsidierte die Arzneimittelkommission, die darüber zu entscheiden hatte, welche Arzneimittel in die Medikamentenliste des Spitals aufgenommen und somit regelmässig bestellt wurden. Am 11. August 1997 eröffnete X._ bei der Postfinance ein Postkonto. Über dieses Konto war X._ einzelzeichnungsberechtigt und hatten ihre jeweiligen Stellvertreter eine Vollmacht, wovon sie allerdings keinen Gebrauch machten. In der Zeit von Juni 1998 bis April 2006 wurden Gelder im Gesamtbetrag von Fr. 164'784.35 auf das Konto überwiesen und Zahlungen von total Fr. 159'321.45 ab dem Konto getätigt. Das Konto wurde hauptsächlich aus Zahlungen von Pharmaunternehmen gespiesen. Grundlage hiefür bildeten in der Regel Vereinbarungen, die X._ - ohne Absprache mit der Direktion des Spitals - im Namen der Spitalapotheke mit den Pharmaunternehmen abgeschlossen hatte. Die Zahlungen ab dem fraglichen Konto bestanden zu einem erheblichen Teil in Aufwendungen für Aus- und Weiterbildung sowie Informatik. Zudem tätigte X._ ab dem Konto erstens Zahlungen im Betrag von insgesamt Fr. 10'612.-- als Pikettentschädigungen an sich selbst und zweitens Zahlungen von total Fr. 2'500.-- als Lohnausgleich beziehungsweise Spesenentschädigungen an eine Mitarbeiterin. X._ wird zur Last gelegt, sie habe durch diese Zahlungen von Fr. 10'612.-- und Fr. 2'500.-- den Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung im Sinne von Art. 158 Ziff. 1 StGB erfüllt. B. Das Bezirksstrafgericht der Saane sprach X._ mit Urteil vom 20. November 2009 der ungetreuen Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 StGB) schuldig, begangen in der Zeit vom 20. November 2002 bis April 2006, und bestrafte sie deswegen mit einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 100.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren. Es stellte fest, dass die X._ zur Last gelegten ungetreuen Geschäftsbesorgungen, angeblich begangen vor dem 20. November 2002, verjährt sind. Das Bezirksstrafgericht der Saane sprach X._ frei von den Vorwürfen der ungetreuen Amtsführung (Art. 314 StGB), der qualifizierten Veruntreuung (Art. 138 Ziff. 2 StGB), des Sich bestechen lassens (Art. 322quarter StGB), der Vorteilsannahme (Art. 322sexies StGB) sowie der Übertretung gegen das Heilmittelgesetz (Art. 87 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 33 Abs. 2 HMG). Gegen dieses Urteil reichten sowohl X._ als auch die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg und das Schweizerische Heilmittelinstitut (Swissmedic) Berufung ein. Der Strafappellationshof des Kantonsgerichts Freiburg wies mit Urteil vom 16. September 2011 die Berufungen von X._ und der Swissmedic ab. Er hiess die Berufung der Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg teilweise gut. Er sprach X._ der ungetreuen Geschäftsbesorgung im Sinne von Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 StGB, begangen im Jahr 2003, sowie der ungetreuen Geschäftsbesorgung im Sinne von Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 StGB (mit Bereicherungsabsicht), begangen in der Zeit von Ende 1996 bis April 2006, schuldig und verurteilte sie deswegen zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 100.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren. Zudem verpflichtete er X._ gestützt auf Art. 71 StGB zur Zahlung einer Ersatzforderung von Fr. 10'612.-- an den Kanton Freiburg. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg sei aufzuheben und sie sei freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. 