Sachverhalt: A. X._ erwarb im Jahre 2000 durch Erbteilung den Landwirtschaftsbetrieb seines Vaters in P._. Er deklarierte in seiner Steuererklärung für das Jahr 2003 Unterhaltskosten von Fr. 102'202.35 für das über hundertjährige Wohnhaus. Die Veranlagungsbehörde liess jedoch sowohl bei den Staats- und Gemeindesteuern als auch bei der direkten Bundessteuer nur Fr. 26'745.-- zum Abzug zu. Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau bestätigte am 12. Dezember 2006 auf Rekurs bzw. Beschwerde hin diese Haltung. Das darauf angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau trat am 11. Juli 2007 auf die Beschwerde gegen den Rekursentscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern nicht ein, weil das Rechtsmittel nicht innert Frist begründet worden war. Die Beschwerde gegen den Entscheid betreffend die direkte Bundessteuer wies es im gleichen Urteil ab, soweit sich dieser auf die Unterhaltskosten bezog. B. X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts, soweit dieses seinen Begehren nicht entsprochen hat. Er verlangt weiter, es sei festzustellen, dass die von ihm übernommene Liegenschaft nicht vernachlässigt war, und es sei vom ursprünglich deklarierten Liegenschaftsaufwand der Betrag von Fr. 74'447.73 zum Abzug zuzulassen. Schliesslich sei auf sein Rechtsmittel betreffend die Staats- und Gemeindesteuern einzutreten. Das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung stellen den Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau hat sich nicht vernehmen lassen. C. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde am 7. Januar 2008 die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 