Sachverhalt: A. Die X._ AG mit damaligem Sitz im Kanton Luzern ist in der Liegenschaftsverwaltung und im Liegenschaftshandel tätig. An ihr beteiligt sind der im Kanton Luzern ansässige Liegenschaftshändler Y._ (Mehrheitsaktionär) und der im Kanton Bern wohnhafte Z._ (Minderheitsaktionär) sowie je eine von Y._ und Z._ beherrschte Gesellschaft. Y._ ist Präsident, Z._ Mitglied des Verwaltungsrats; beide unterschreiben kollektiv zu zweien. Z._ betreibt an der _strasse in Bern zudem eine Immobilien-Treuhandgesellschaft und verfügt über mehrere Verwaltungsgesellschaften, wovon eine davon die Buchhaltung der Gesellschaft führt. Die X._ AG übernahm durch Fusion rückwirkend per 1. Januar 2001 die im Kanton Bern domizilierte A._ AG mit Aktiven und Passiven. Die A._ AG hatte ihrerseits am 2. März 2000 die Liegenschaft "A._" mit einem noch nicht fertigerstellten Hotel- und Restaurationsbetrieb erworben. Diese Liegenschaft musste ab dem Zeitpunkt des Erwerbs einer umfangreichen Sanierung unterzogen werden. Im Januar 2001 veräusserte die X._ AG zudem eine Liegenschaft in Luzern mit einem Rohgewinn von Fr._. Zudem erwarb die Gesellschaft bis Ende 2001 zwei ausschliesslich mit Fremdkapital finanzierte Liegenschaften im Kanton Bern. Der Sanierungsaufwand für die Liegenschaft "A._" belief sich auf rund Fr. 2,3 Mio. Auf diesem Betrag nahm die X._ AG ordentliche und ausserordentliche Abschreibungen vor und holte rund Fr. 300'000.-- an Abschreibungen nach, womit der Gewinn aus dem Verkauf der Liegenschaft im Kanton Luzern weitgehend absorbiert wurde. B. Für die Steuerperiode 2001 behandelte die Veranlagungsbehörde des Kantons Luzern, Abteilung juristische Personen der Dienststelle Steuern, die X._ AG als interkantonale Liegenschaftshändlerin und verlegte die Erträge objektmässig und die Schuldzinsen proportional nach Lage der Aktiven. Eine Verrechnung des im Kanton Bern resultierenden Aufwandüberschusses mit dem Grundstückgewinn im Kanton Luzern lehnte sie ab. Die steuerpflichtige Gesellschaft bestritt ihre Liegenschaftshändlereigenschaft. Sie betrachtete sich als ein interkantonales Unternehmen mit Betriebsstätte im Kanton Bern und verlangte eine quotenmässige Steuerausscheidung nach Massgabe der Brutto-Umsätze. Die Veranlagungsbehörde hielt an ihrer Beurteilung fest und veranlagte die Gesellschaft am 3. Mai 2006 für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2001 wie folgt: Total Luzern Bern Betrag Steuersatz Betrag Steuerbares Kapital _.00 _.00 0,1 % _.00 100% 13,11 % 86,89 % Reingewinn _.00 _.00 4% 0 Eine Einsprache wies die Steuerkommission juristische Personen am 4. September 2006 ab. C. Am 17. Mai 2006 unterbreitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung für juristische Personen, einen Taxationsvorschlag mit dem Hinweis, die Taxation erfolge "unter Vorbehalt der definitiven Steuerteilung des Sitzkantons". Sie behandelte die X._ AG als interkantonales Unternehmen und schied den Reingewinn quotenmässig nach Umsatz aus. Die Kapitalausscheidung nahm sie gleich wie der Kanton Luzern vor, nur dass die Prozentzahlen verwechselt wurden (Bern 13,11 % statt 86,89%): Total Luzern Bern Steuerbares Kapital _.00 _.00 _.00 100% 86,89% 13,11% Reingewinn _.00 _.00 _.00 100% 74,48% 25,52% Am 10. August 2006 sodann wurde die Steuerpflichtige von der Steuerverwaltung des Kantons Bern für die Steuerperiode 2001 definitiv veranlagt "gemäss Teilungsplan" (Gesamttotal Staats- und Gemeindesteuern: Fr. 4'656.20) unter Beilage der Gemeindesteuerteilung. D. Die X._ AG führte gegen den Einspracheentscheid der Steuerkommission juristische Personen der Dienststelle Steuern des Kantons Luzern vom 4. September 2006 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, mit der sie eine der bernischen Einschätzung entsprechende Veranlagung als interkantonale Unternehmung beantragte. Mit Entscheid vom 11. April 2007 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut, wies die Sache zum Neuentscheid zwecks Berücksichtigung des Ausscheidungsverlusts an die Vorinstanz zurück, auferlegte der Beschwerdeführerin eine Gerichtsgebühr von Fr. 1'740.-- und sprach ihr keine Parteientschädigung zu. Auf eine gegen diesen Rückweisungsentscheid erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten trat das Bundesgericht am 15. Oktober 2007 nicht ein (Urteil 2C_222/2007). Nachdem die Luzerner Steuerbehörden am 20. November 2008 an der _strasse in Bern eine Buchprüfung vorgenommen hatten, erliess die Steuerkommission juristische Personen am 18. November 2009 einen neuen Einspracheentscheid für die Staats- und Gemeindesteuern 2001, indem sie die neuen Ausscheidungsgrundsätze für interkantonale Liegenschaftshändler berücksichtigte und die vorgenommenen Abschreibungen neu würdigte. Von den geltend gemachten Abschreibungen von Fr. 1'290'067.-- (inkl. pauschalierte Unterhaltsumbuchungen) auf der Hotelliegenschaft anerkannte sie nur solche von Fr. 345'505.-- als geschäftsmässig begründet und periodengerecht. Sie schied demgemäss wie folgt aus: Total Luzern Bern Betrag Steuersatz Betrag Steuerbares Kapital _.00 _.00 0,1% _.00 100% 13,11% 86,89% Reingewinn _.00 _.00 4% 0 Eine hiergegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern am 28. Januar 2011 ab. E. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 28. Januar 2011 führt die X._ AG mit Eingabe vom 2. März 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern sowie der Einspracheentscheid der Steuerkommission juristische Personen des Kantons Luzern vom 18. November 2009 seien aufzuheben und die Beschwerdeführerin sei gemäss Deklaration und der durch den Kanton Bern vorgenommenen Ausscheidung im Jahr 2001 zu veranlagen, eventuell sei die Sache zu neuer Veranlagung an die Vorinstanzen zurückzuweisen; die Beschwerdeführerin seien für sämtliche Verfahren angemessene Parteientschädigungen zuzusprechen, eventuell sie die Sache diesbezüglich an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zurückzuweisen. Sie rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie die Verletzung von Art. 9 und 127 Abs. 3 BV sowie Art. 21 StHG. F. Die Steuerverwaltung des Kanton Luzern beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann, und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten darauf, einen konkreten Antrag zu stellen. Die ebenfalls zur Stellungnahme aufgeforderte Steuerverwaltung des Kantons Bern schliesst auf Gutheissung der sich gegen den Kanton Luzern richtenden Beschwerde. Mit Eingabe vom 8. August 2011 nimmt die Beschwerdeführerin Stellung zu dem vom Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung zitierten, nicht publizierten Entscheid 2P.465/1998 des Bundesgerichts, wonach es keinen bundesrechtlichen Anspruch auf Parteientschädigung gebe. Mit Eingaben vom 11. Juli und 26. Oktober 2011 äusserte sie sich zudem zu Fragen der Kostenverlegung. 