Sachverhalt: A. X._ fuhr am 27. Juli 2007 mit seinem Personenwagen um ca. 16.20 Uhr in Zürich auf der Toblerstrasse stadtauswärts. Beim Toblerplatz wollte er nach links in die Krähbühlstrasse abbiegen. Dazu überquerte er zunächst die Tramgeleise und bog dann um eine Traminsel herum in den Toblerplatz ein. Dabei übersah er A._ (Jg. 1919), welche auf oder neben dem Fussgängerstreifen die Fahrbahn überquerte. Es kam zur Kollision, bei welcher sich A._ tödliche Verletzungen zuzog. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl verurteilte X._ am 2. Juli 2008 wegen fahrlässiger Tötung im Sinn von Art. 117 StGB zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen à 150 Franken und einer unbedingten Busse von 300 Franken. Der Strafbefehl blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. B. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich entzog X._ am 4. Dezember 2008 wegen schwerer Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz den Führerausweis für 6 Monate. Mit zugleich als Rekurs bezeichnetem Wiedererwägungsgesuch beantragte X._, ihm den Führerausweis wegen einer mittelschweren Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz für nicht mehr als zwei Monate zu entziehen. Der Regierungsrat des Kantons Zürich behandelte die Eingabe als Rekurs und wies ihn am 11. März 2009 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde von X._, mit welchem er wiederum einen Führerausweisentzug von nicht mehr als zwei Monaten beantragte, am 17. Juni 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlichrechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Führerausweisentzug in Anwendung von Art. 16b Abs. 2 lit. a SVG auf zwei Monate, eventuell in Anwendung von Art. 16c Abs. 2 lit. a SVG auf 3 Monate zu reduzieren. Die Kosten der Verfahren vor Regierungsrat, Verwaltungsgericht und Bundesgericht seien auf die Staatskasse zu nehmen, und dem Beschwerdeführer sei eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Die Sicherheitsdirektion und das Verwaltungsgericht verzichten auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde teilweise gutzuheissen und X._ den Führerausweis drei Monate zu entziehen. X._ nimmt in seiner Replik mit Genugtuung von der Eingabe des ASTRA Kenntnis und verzichtet auf weitere Stellungnahme. 