Sachverhalt: A. Ab dem 1. Juli 1989 erhielt X._ für sein Grundstück in Zweisimmen Grundverbilligungsvorschüsse nach dem Wohnbau- und Eigentumsförderungsgesetz vom 4. Oktober 1974 (WEG; SR 843). Zur Sicherung ihrer Ansprüche liess sich die Schweizerische Eidgenossenschaft ein Zweckentfremdungsverbot, eine Veräusserungsbeschränkung sowie ein Kaufs- und Vorkaufsrecht einräumen, welche als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen im Grundbuch angemerkt wurden. Der Grundeigentümer verpflichtete sich seinerseits zur Einhaltung eines bestimmten Mietzins- und Finanzierungsplanes. Schliesslich wurde die Grundverbilligungsbevorschussung durch einen Schuldbrief über Fr. 604'000.-- im 6. Rang sichergestellt. 1994 wurde über X._ der Konkurs eröffnet. Am 17. August 1995 ersteigerte die Bank B._ die Liegenschaft für Fr. 1'850'000.--. Weil sich die Erwerberin betreffend die Übernahme des Mietzins- und Finanzierungsplanes mit dem Bundesamt für Wohnungswesen nicht einigen konnte, verkaufte sie das Grundstück (inkl. Anteil an einem weiteren Grundstück in Zweisimmen) am 28. Oktober 1999 für Fr. 1'670'000.-- der A._ AG. Im Kaufvertrag wurde bestimmt: "Die von der Verkäuferin nicht übernommene Schuld wird nunmehr von der Käuferin im Verhältnis zum Bund neu begründet. Die Käuferin schliesst hierzu mit dem Bundesamt für Wohnungswesen neu einen öffentlich-rechtlichen Vertrag ab, in welchem sie sich gegenüber dem Bund verpflichtet, den Mietzins- und Finanzierungsplan einzuhalten". Am 29. Oktober 2002 leistete die neue Eigentümerin dem Bundesamt für Wohnungswesen eine Zahlung von Fr. 540'797.--, mit welcher sie die vom Bund an den ehemaligen Eigentümer geleisteten Grundverbilligungsvorschüsse samt Zins zurückzahlte. Mit Grundbucheintrag vom 28. Januar 2003 parzellierte die A._ AG eine Parzelle vom Grundstück ab und begründete auf letzterem Stockwerkeigentum (10 Einheiten). Im Laufe des Jahres 2003 verkaufte sie sechs der zehn Stockwerkeinheiten. B. Mit Verfügung vom 5. August 2004 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern (nachfolgend Steuerverwaltung) die A._ AG auf einen pro 2003 steuerbaren Grundstückgewinn von insgesamt Fr. 576'900.--. Auf eine hiergegen erhobene Einsprache setzte die Steuerverwaltung den steuerbaren Grundstückgewinn neu auf insgesamt Fr. 606'500.-- fest. Den dagegen gerichteten Rekurs hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 13. Dezember 2005 insofern teilweise gut, als sie auf den Spekulationszuschlag verzichtete; hingegen lehnte sie es ab, die Rückzahlung von Grundverbilligungsvorschüssen als Anlagekosten zu berücksichtigen. Eine Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies dieses - soweit hier von Interesse - mit Urteil vom 27. November 2007 ebenfalls ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Januar 2008 beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 27. November 2007 aufzuheben und die fünf streitigen Grundstückgewinne unter Abzug der geleisteten Rückzahlung neu festzusetzen. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf einen Antrag verzichtet. 