Faits: A. Par arrêt du 14 octobre 2011, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a admis partiellement un recours formé par A._ en matière de détention provisoire, en constatant que le Ministère public n'avait pas respecté le délai de quatre jours prévu à l'art. 227 al. 2 CPP. Cette irrégularité était toutefois sans incidence sur la légalité de la détention, de sorte que les frais de première et de seconde instances ont été mis à la charge du recourant. Ce dernier n'a pas obtenu de dépens. Par arrêt du 19 décembre 2011, le Tribunal fédéral a admis le recours formé par A._ et réformé l'arrêt cantonal en ce sens que les frais ont été laissés à la charge de l'Etat. La cause était renvoyée à la Chambre pénale afin qu'elle statue sur les dépens, l'arrêt attaqué étant muet sur ce point. B. Par arrêt du 13 février 2012, la Chambre pénale a considéré qu'il n'y avait pas lieu de fixer de manière anticipée l'indemnité due au défenseur d'office. L'octroi de l'assistance judiciaire dispensait le recourant de rémunérer son défenseur, de sorte qu'il n'avait pas droit à une indemnité pour la procédure de recours. L'indemnité due au conseil d'office serait fixée de manière globale par l'autorité compétente selon l'art. 135 al. 2 CPP. C. Par acte du 7 mars 2012, A._ forme un recours en matière pénale par lequel il demande la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'une indemnité de 1'500 fr. lui est allouée à titre de dépens. Il demande l'assistance judiciaire. La Chambre pénale estime que le recours est irrecevable car il porte sur les frais et dépens relatifs à une décision incidente et qu'il n'y a pas de préjudice irréparable. Sur le fond, la cour cantonale relève que le recourant ne subit aucun préjudice financier et que son conseil peut demander au service de l'assistance juridique une avance sur la taxation de ses honoraires. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Dans ses dernières observations, le recourant a maintenu ses conclusions. 