Sachverhalt: A. S._ ist einziges Mitglied und war bis Februar 2004 Präsident des Verwaltungsrates der Firma Q._ AG. Laut dem Handelsregister ist die Firma im Bereich ... tätig und kann über Liegenschaften verfügen. S._ ist unter anderem (Mit-)Eigentümer der Liegenschaften X._ sowie Y._ und Z._. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen erkannte mit rechtskräftigem Entscheid vom 21. März 1996, diese drei Liegenschaften stellten Geschäftsvermögen dar; der daraus fliessende Ertrag sei beitragspflichtiges Einkommen. Während eines weiteren Beschwerdeverfahrens um AHV-Beiträge teilte S._ der Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen am 15. März 2000 mit, er habe die selbständige Erwerbstätigkeit auf Ende Dezember 1999 altershalber aufgegeben. Die Sozialversicherungsanstalt hob die Registrierung als Selbständigerwerbender zu diesem Termin auf (Verfügungen vom 3. und 19. April 2000). Gestützt auf Steuermeldungen des Steueramtes sowie eigene Abklärungen qualifizierte die Sozialversicherungsanstalt S._ mit Bezug auf die Beitragsjahre 2001 und 2002 wiederum als Selbständigerwerbenden. Mit Beitragsverfügungen vom 27. November 2007 erhob die Verwaltung ausgehend von Einkommen über Fr. 32'600.- und Fr. 51'600.- Beiträge für Selbständigerwerbende (einschliesslich Verwaltungskosten) von Fr. 2'237.40 (2001) und Fr. 4'999.80 (2002). S._ machte einspracheweise geltend, er habe drei Anlageliegenschaften zum Zweck des Vermögensertrags zur Altersvorsorge erworben. Die Liegenschaft X._ diene zugleich als Geschäftsliegenschaft der Q._ AG, welche hierfür einen Mietzins bezahle. Die Firma verwalte die Anlageliegenschaften im Auftragsverhältnis. Das Miteigentum an den betreffenden Liegenschaften sei seinem Privatvermögen zuzurechnen. Die Sozialversicherungsanstalt wies die Einsprache ab. Zur Begründung führte sie aus, vor Aufgabe der selbständigen Erwerbstätigkeit sei der Liegenschaftsertrag beitragsrechtlich als Erwerbseinkommen eingestuft worden. Die Liegenschaften seien nie aus dem Geschäftsvermögen in das Privatvermögen übertragen worden (Entscheid vom 6. Februar 2008). B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hiess die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde gut und hob diesen auf (Entscheid vom 28. November 2008). C. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Verfügungen vom 27. November 2007 (recte: der Einspracheentscheid vom 6. Februar 2008) seien zu bestätigen. S._ schliesst sinngemäss auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme. 