Sachverhalt: A. M._, geboren 1950, war bis zum Stellenverlust wegen Umstrukturierungen des Betriebs auf Ende Oktober 2004 während neun Jahren als System-Controller bei der X._ AG tätig. Am 10. August 2005 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an und beantragte Rente sowie Umschulung auf eine neue Tätigkeit. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte den Arbeitgeberbericht und diverse Arztberichte ein. Des Weiteren beauftragte sie Dr. med. W._, Facharzt FMH für Rheumatologie und Physikalische Medizin, Interventionelle Schmerztherapie, mit der Erstellung eines Administrativgutachtens (vom 1. Juni 2006). Dieser befand den Versicherten für schwere und mittelschwere körperliche Arbeiten als voll arbeitsunfähig; für leichtere körperliche Arbeiten, darunter auch die angestammte Tätigkeit als System-Controller, wurde ihm eine Arbeitsfähigkeit von 80 % attestiert. Mit Bericht vom 13. September 2006 nahm der behandelnde Arzt Dr. med. B._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, Sportmedizin SGSM, Stellung zu dem Gutachten und dem darauf abgestützten ablehnenden Vorbescheid (vom 8. August 2006), in welchem der Invaliditätsgrad auf 20 % festgesetzt worden war. Er bezeichnete den Versicherten auch für leichtere körperliche Arbeiten zu mindestens 40 % arbeitsunfähig. Am 14. September 2006 wies M._ in Ergänzung zu seinem Einwand vom 23. August 2006 insbesondere auf die Notwendigkeit von Umschulungsmassnahmen hin. Mit Verfügung vom 28. Dezember 2006 verneinte die IV-Stelle den Anspruch auf Rente und berufliche Massnahmen. B. M._ erhob dagegen Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich; er beantragte Umschulung und soweit erforderlich Rente. In der Vernehmlassung schloss die IV-Stelle auf teilweise Gutheissung der Beschwerde und Zusprechung einer Viertelsrente bei einem Invaliditätsgrad von 47 %. Replicando schränkte der Versicherte seinen Antrag ein auf die Zusprechung einer angemessenen Invalidenrente ab Januar 2005. Mit Entscheid vom 28. April 2008 wies das Sozialversicherungsgericht die Beschwerde bei einem auf 32 % bemessenen Invaliditätsgrad ab. C. M._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und Zusprechung mindestens einer Dreiviertelsrente ab dem 1. Januar 2005. Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Beschwerde, Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung. 