Fatti: A. Con decreto legislativo del 6 novembre 2001 il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha approvato il progetto della C._SA per la costruzione di un impianto di innevamento programmato a X._ e, quale aiuto cantonale agli investimenti nelle regioni montane, le ha accordato "un sussidio massimo di fr. 530'000.--, pari al 24,9 % della spesa computabile preventivata di fr. 2'125'000.--". Il decreto legislativo precisava pure che le modalità di versamento degli aiuti sarebbero state stabilite dalla Sezione del promovimento economico e del lavoro. Dagli atti non risulta che ciò sia avvenuto. L'impianto di innevamento è comunque stato costruito e l'intero sussidio è stato versato. B. Il 26 settembre 2007 il Consiglio di Stato ticinese ha aperto un'inchiesta amministrativa in merito ai sussidi pubblici concessi negli anni 1996-2006 ai progetti di sviluppo delle stazioni invernali di X._ e di Y._. La commissione incaricata ha rassegnato il proprio rapporto finale il 25 gennaio 2008. Riferendosi anche ad una perizia contabile allestita nell'ambito di un procedimento penale contro l'amministratore delegato A._, essa ha tra l'altro accertato che dalla spesa computabile ai fini del calcolo del sussidio la C._SA non aveva dedotto uno sconto di fr. 100'000.--. Si trattava di uno sconto concesso con modalità piuttosto intricate da un fornitore, il quale aveva ricevuto azioni dalla società per quell'importo, impegnandosi tuttavia a retrocederle a A._ dopo tre anni. C. Richiamato il rapporto della commissione d'inchiesta amministrativa nonché ulteriori verifiche effettuate, con risoluzione del 17 giugno 2008 il Consiglio di Stato ha quantificato in fr. 25'337.-- la somma versata in eccesso e ha ordinato alla C._SA di rimborsarla. D. Il 18 luglio 2008 la C._SA è insorta davanti al Tribunale federale mediante un ricorso sussidiario in materia costituzionale con cui, lamentando la violazione degli art. 6 n. 1 CEDU nonché 9, 29 e 36 Cost., chiede l'annullamento della decisione governativa. Chiamato ad esprimersi, il Consiglio di Stato propone di respingere il ricorso. E. Con decreto presidenziale del 4 settembre 2008 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame. 