Faits : A. X._ SA, dont le siège est à B._, a pour but l'administration de participations dans des sociétés ou entités, l'achat, la vente et le placement d'actions, d'obligations cotées et de prêts obligataires, ainsi que la coordination sur le plan financier, technique et administratif de sociétés filles et liées. Son capital-actions était de 2'000'000'000 fr., divisé en 2'000'000 actions au porteur de 1'000 fr. En juin 2004, il a été réduit à 100'000'000 fr., soit 100'000 actions de 1'000 fr. au porteur, lesquelles ont été transformées en actions nominatives en juillet 2005. X._ SA est détenue majoritairement par la société italienne Y._ SpA. Au moment des faits relevants, soit en 2002, Y._ SpA détenait 1'999'995 actions, les cinq actions restantes appartenant respectivement aux cinq administrateurs. B. Lors de l'assemblée générale des actionnaires de X._ SA du 8 avril 2002, les comptes de l'exercice clos au 31 décembre 2001 ont été approuvés. Il a été décidé de distribuer un dividende de 22'000'000 fr. payable le 4 décembre 2002. X._ SA a alors annoncé ce dividende à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) au moyen de la formule 103 datée du 8 avril 2002. Il en résultait un impôt anticipé de 7'700'000 fr. En novembre 2002, les actionnaires de X._ SA ont été convoqués à une assemblée générale extraordinaire. Lors de cette assemblée tenue le 11 décembre 2002, les actionnaires ont décidé de révoquer la distribution du dividende de 22'000'000 fr. Une nouvelle formule 103 a été envoyée à l'Administration fédérale indiquant qu'aucun dividende ne serait distribué pour l'exercice 2001. Par courrier du 14 février 2003, l'Administration fédérale a fait savoir à X._ SA que la créance d'impôt anticipé avait pris naissance à l'échéance du dividende fixée au 4 décembre 2002 et que l'annulation du dividende du 11 décembre 2002 était sans effet à cet égard. X._ SA devait dès lors s'acquitter de l'impôt anticipé de 7'700'000 fr. Ladite Administration ajoutait dans sa lettre que la renonciation à un dividende échu constituait un versement supplémentaire soumis au droit de timbre. En l'espèce, il en résultait un droit de timbre de 220'000 fr., soit le 1% du dividende de 22'000'000 fr. A la suite d'un échange de correspondance au terme duquel chaque partie a maintenu sa position, l'Administration fédérale a notifié à X._ SA une décision du 30 juillet 2003 sommant la société de verser l'impôt anticipé de 7'700'000 fr. et le droit de timbre de 220'000 fr. Un entretien a eu lieu le 25 août 2003 entre l'Administration fédérale et les représentants de X._ SA au cours duquel ceux-ci ont expliqué que la renonciation de Y._ SpA, d'entente avec X._ SA, au dividende en cause était intervenue en novembre 2002, soit avant l'assemblée générale du 11 décembre 2002 et avant l'échéance du dividende le 4 décembre 2002. X._ SA a déposé une réclamation le 15 septembre 2003. Elle invoquait une remise de dette du 18 novembre 2002 passée entre Y._ SpA, représentée par C._, et X._ SA, représentée par D._. L'Administration fédérale a rejeté la réclamation de X._ SA le 7 avril 2004. C. Par arrêt du 1er mars 2007, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis le recours et réformé la décision attaquée en ce sens que le droit de timbre s'élevait à 143'000 fr. et non à 220'000 fr. Il l'a rejeté pour le surplus. Il a estimé en substance qu'en ne donnant pas suite à la requête de X._ SA d'entendre des témoins, soit C._, responsable des affaires sociétaires de Y._ SpA, et D._, administrateur délégué de X._ SA, l'Administration fédérale n'avait pas violé le droit d'être entendu de l'intéressée. En outre, il renonçait lui-même à entendre ces personnes estimant, d'une part, qu'il était à même de se forger une conviction sur la base des éléments figurant au dossier et que, d'autre part, une audition de proches de la société n'amènerait rien de probant. Il a ensuite jugé que la créance fiscale avait effectivement pris naissance lors de l'échéance du dividende le 4 décembre 2002. La renonciation des actionnaires, entérinée par l'assemblée générale du 11 décembre 2002, n'avait aucun effet sur la créance, celle-ci étant née avant cette date. Quant à une remise de dette antérieure au 4 décembre 2002 invoquée par X._ SA, son existence n'était pas prouvée. En effet, la volonté de la société de conclure le contrat que représentait la remise de dette ne pouvait s'exprimer que par ses organes, respectivement par son assemblée générale. Or, aucun document n'attestait qu'une assemblée générale se serait tenue avant le 4 décembre 2002. L'application du droit italien n'aboutissait pas à une solution différente: en tant qu'acte unilatéral soumis à réception, la remise de dette ne produisait ses effets qu'à partir du moment où elle parvenait à la connaissance de la personne à laquelle elle était destinée. Tel n'avait été le cas que le 11 décembre 2002. Finalement, selon le Tribunal administratif fédéral, l'application de la "Stornopraxis" au dividende en cause n'était pas possible. Cette pratique n'était valable que pour les prestations appréciables en argent au sens strict et non pour les dividendes. En effet, les prestations appréciables en argent, soit les distributions dissimulées de bénéfice et les dividendes décidés par une assemblée générale, ne prenaient pas naissance au même moment. Le Tribunal administratif fédéral en a dès lors conclu que l'impôt anticipé de 35% du dividende distribué, soit 7'700'000 fr., était dû. En renonçant au dividende échu, les actionnaires avaient ainsi abandonné leur créance envers X._ SA, effectuant ainsi un versement supplémentaire à la société soumis au droit de timbre. D'après le Tribunal administratif fédéral, celui-ci devait être calculé sur le montant net du dividende, soit 14'300'000 fr. (22'000'000 fr. ./. 7'700'000 fr.), et non sur le montant brut comme l'avait retenu l'Administration fédérale. Le droit de timbre se montait donc à 143'000 fr. (14'300'000 fr. x 1%). D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 1er mars 2007 du Tribunal administratif fédéral, et de dire que le dividende décidé lors de l'assemblée générale du 8 avril 2002 et sa révocation en novembre 2002 n'entraînent ni le paiement d'un impôt anticipé ni celui d'un droit de timbre, subsidiairement, d'annuler l'arrêt du 1er mars 2007 du Tribunal administratif fédéral et de retourner la cause audit Tribunal ou à l'Administration fédérale afin qu'il soit procédé à l'audition, en qualité de témoin, de C._. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à se déterminer sur le recours. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours. E. Par ordonnance du 9 mai 2007, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif. 