Sachverhalt: A. In der Betreibung Nr. 1 des Betreibungs- und Konkursamtes B._ stellte A._ am 23. Februar 2010 gegen die X._ GmbH das Konkursbegehren. Das Kreisgericht C._ setzte den Termin für die Konkursverhandlung auf den 6. Mai 2010 an. B. In der betreffenden Betreibung leitete die X._ ein Verfahren im Sinn von Art. 85a SchKG ein, indem sie am 5. März 2010 zum Aussöhnungsversuch lud. Das Kreisgericht C._ setzte den Termin für den Aussöhnungsversuch betreffend die negative Feststellungsklage auf den 7. Mai 2010 fest. Mit Schreiben vom 12. April 2010 machte die X._ das Kreisgericht darauf aufmerksam, dass die Konkursverhandlung bereits am 6. Mai 2010 stattfinde, und sie bat um Vorverlegung des Termins für den Aussöhnungsversuch betreffend die negative Feststellungsklage. Mit Verfügung vom 13. März 2010 wurde dieser auf den 5. Mai 2010 vorverlegt. Nachdem der Aussöhnungsversuch am 5. Mai 2010 fruchtlos verlaufen war, übergab die X._ dem Kreisgericht noch gleichentags die vollständig ausformulierte negative Feststellungsklage, in welcher sie u.a. um Einstellung der Betreibung ersuchte. Mit am frühen Morgen des 6. Mai 2010 erlassener Verfügung nahm das Kreisgericht C._ (a.o. Gerichtspräsident 1) vom Eingang der negativen Feststellungsklage Kenntnis (Ziff. 1) und wies den Antrag auf vorläufige Einstellung der Betreibung Nr. 1 ab (Ziff. 2) mit der Begründung, die Verhandlung für die Konkurseröffnung sei auf 09h15 angesetzt und es bleibe keine Zeit mehr, um im Verfahren der negativen Feststellungsklage vorgängig die Gegenpartei anzuhören; die Beschwerdeführerin hätte die Klage so rechtzeitig anhängig machen müssen, dass die Parteianhörung noch vor der Konkurseröffnung hätte stattfinden können. Im Anschluss eröffnete das Kreisgericht C._ (Gerichtspräsident 3) über die X._ den Konkurs mit der Begründung, im Verfahren der negativen Feststellungsklage sei keine Einstellung der Betreibung verfügt worden. C. Gegen den Gerichtspräsidenten Y., der die Einstellung der Betreibung verweigert hatte, erhob die X._ beim Obergericht des Kantons Bern am 17. Mai 2010 eine Beschwerde im Sinn von Art. 374 ZPO/BE; gegen die Konkurseröffnung ergriff sie die Appellation. Mit Entscheid vom 25. Juni 2010 schrieb das Obergericht (2. Zivilkammer) die Beschwerde als gegenstandslos vom Protokoll ab mit der Begründung, zufolge Konkurseröffnung mache die Einstellung der Betreibung keinen Sinn mehr (APH 10/270). Mit Entscheid gleichen Datums bestätigte das Obergericht (in identischer personeller Besetzung, jedoch als 1. Zivilkammer) die Konkurseröffnung mit der Begründung, die obere Instanz dürfe nur gerade die in Art. 174 Abs. 2 SchKG genannten Aufhebungsgründe berücksichtigen (APH 10/274). D. Gegen den Entscheid APH 10/270 hat die X._ am 25. September 2010 die vorliegend zu beurteilende Beschwerde in Zivilsachen eingereicht. Sodann hat sie am 27. September 2010 eine weitere Beschwerde in Zivilsachen gegen den Entscheid APH 10/274 eingereicht, welche Gegenstand des parallelen Verfahrens 5A_540/2010 bildet. Mit Präsidialverfügung vom 8. September 2010 wurde die aufschiebende Wirkung erteilt. In seiner Vernehmlassung vom 28. September 2010 verlangt der Gläubiger die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die kantonalen Instanzen haben sich nicht vernehmen lassen bzw. auf eine Vernehmlassung verzichtet. 