Sachverhalt: A. Das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt verurteilte den wegen Schändung, mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern, Freiheitsberaubung, Kindesentführung, mehrfacher sexueller Nötigung und Pornographie vorbestraften X._ am 30. Juni 2011 wegen mehrfach versuchter und vollendeter sexueller Handlungen mit Kindern zu einer Freiheitsstrafe von 15 Monaten. X._ hatte mit Kindern via Internet Kontakt aufgenommen und vor laufender Webcam onaniert, wobei in den Versuchsfällen das Kind die Übertragung vorzeitig beendete oder er irrtümlich davon ausging, sich einem Kind im Schutzalter zu präsentieren. Das Strafgericht ordnete eine ambulante psychiatrische Behandlung an und erteilte die Weisung, dass X._ die freiwillig begonnene ambulante Therapie bei Einnahme triebdämpfender Medikamente fortführe. B. Die Staatsanwaltschaft erhob Berufung und beantragte die Verwahrung gemäss Art. 64 Abs. 1 StGB. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt ordnete am 14. November 2012 eine stationäre therapeutische Massnahme gemäss Art. 59 Abs. 1 und 2 StGB an. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, soweit eine stationäre therapeutische Massnahme angeordnet wurde. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. 