Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner 2) beabsichtigte im Frühling 1981 die Realisierung einer Überbauung mit einem Bauvolumen von ca. Fr. 15 Mio. Zu diesem Zwecke gründete er die X._ AG (Beschwerdeführerin), in deren Verwaltungsrat er Einsitz nahm. Die Beschwerdeführerin wirkte im Hinblick auf Planung und Bauleitung des Projekts mit der Y._ AG (Beschwerdegegnerin 1) zusammen. Die Beschwerdegegnerin 1 wurde mit der Bauleitung beauftragt und die Beschwerdeführerin trat als Bauherrin auf. Mit Vertrag vom 16. April 1981 verkaufte der Beschwerdegegner 2 eine Beteiligung an der Beschwerdeführerin an B._. Dieser ist heute Alleinaktionär der Beschwerdeführerin. Nachdem das Projekt im Jahr 1989 fertig gestellt und sämtliche Stockwerkeigentumseinheiten verkauft worden waren, legte die Beschwerdegegnerin 1 der Beschwerdeführerin die provisorische Bauabrechnung zur Genehmigung vor. Bei der Überprüfung der Bauabrechnung hegte B._ den Verdacht, dass es im Laufe ihrer Erstellung zu Unregelmässigkeiten gekommen sei, die Verantwortlichkeitsansprüche begründen könnten, weil die Bauabrechnung gegenüber dem bereinigten Kostenvoranschlag vom 6. Dezember 1986 Mehrkosten von Fr. 890'000.-- aufwies. B. Da die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin 1 ursprünglich am selben Ort domiziliert waren, wurden die Dokumente im Zusammenhang mit der Überbauung nur einfach ausgefertigt und verblieben nach der räumlichen Trennung der beiden Unternehmungen bei der Beschwerdegegnerin 1. Auf mehrfaches Verlangen der Beschwerdeführerin, ihr die Akten herauszugeben, liessen die Beschwerdegegner die Akten kopieren und die Kopien und zum Teil Originalakten in acht Archivschachteln aushändigen, was die Beschwerdeführerin am 12. Februar 1997 quittierte. C. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, ob und in welchem Ausmass ihr Ansprüche gegen die Beschwerdegegnerin 1 und den Beschwerdegegner 2 zustehen, lasse sich nur anhand der Originalbauakten abschätzen, da keine Gewähr dafür bestehe, dass die ausgehändigten Kopien mit den Originalen übereinstimmten. Dem Versuch, die Herausgabe der Originale in einem Verfahren auf vorzeitige Aktenedition zu erwirken, war indessen kein Erfolg beschieden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4P.46/2004 vom 13. Mai 2004). Zwecks Unterbrechung der Verjährung liess die Beschwerdeführerin die Beschwerdegegner seit 1999 zum Sühneversuch laden, wobei sie je Fr. 1'000'000.-- bzw. Fr. 1'250'000.-- verlangte. Eine Leistungsklage reichte sie aber nicht ein, weil ihr die Einreichung der Klage nicht zugemutet werden könne, solange die Originale nicht ausgehändigt worden seien. D. Am 21. Januar 2005 erhoben die Beschwerdegegner Klage, mit der sie im Wesentlichen feststellen lassen wollten, dass die mit Sühneversuch erhobene Forderung nebst Zins nicht bestehe. Das Kantonsgericht Nidwalden und das Obergericht des Kantons Nidwalden hiessen die negative Feststellungsklage im Wesentlichen gut. Die einzige Differenz zwischen den beiden Urteilen betrifft einen Punkt, der vor Bundesgericht nicht mehr umstritten ist. E. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, auf die negative Feststellungsklage mangels Feststellungsinteresses nicht einzutreten. Ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht am 2. Februar 2009 ab. Die Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht unter Hinweis auf seine Erwägungen auf Vernehmlassung verzichtet. Mit Eingabe vom 19. Februar 2009 beantragt die Beschwerdeführerin, es sei ihr vorsorglich zu bewilligen, die für das kantonale Verfahren geschuldete Parteientschädigung auf ein Sperrkonto einzuzahlen. Die Beschwerdegegnerin 1 habe ihre Geschäftstätigkeit aufgegeben, was die Rückforderung des Betrages bei Gutheissung der Beschwerde gefährde. Die Beschwerdeführerin hat sich am 27. Januar 2009 zudem an die Präsidentenkonferenz gewandt, damit diese bei Gutheissung der Beschwerde den Nidwaldner Gerichten eine scharfe Rüge erteile. 