Sachverhalt: A. In der Nacht auf den 16. Juni 2010 fuhr X._ alkoholisiert einen Personenwagen. Gegenüber der Kantonspolizei Basel-Stadt gab er an, am Morgen des 15. Juni 2010 zudem je eine Tablette Dilzem, Co-Diovan, Aspirin Cardio und Metfin eingenommen sowie Insulin Novorapid gespritzt zu haben. Das Institut für Rechtsmedizin der Universität Basel (IRM) stellte für den Zeitpunkt der Verkehrskontrolle eine Blutalkoholkonzentration von zwischen 1.01 und 1.49 Promille fest. Die Polizei Basel-Landschaft, Administrativmassnahmen, (im Folgenden: Polizei) entzog daraufhin X._ mit Verfügung vom 23. August 2010 vorsorglich den Führerausweis und ordnete an, die Fahreignung sei abzuklären. Es wurde festgehalten, dass das Aktendossier zur Begutachtung an die Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) geschickt werde. Gestützt auf das Ergebnis würde entschieden werden, ob zusätzlich eine persönliche verkehrsmedizinische Eignungsabklärung notwendig sei. Am 31. August 2010 erhob X._ gegen die Verfügung der Polizei Beschwerde beim Regierungsrat. In der Folge reichte er zudem einen Bericht von Dr. med. A._, Facharzt für Gastroenterologie und innere Medizin FMH, ein. Am 28. September 2010 lieferten zudem die UPK das angeforderte Aktengutachten ab. Der Regierungsrat legte der Beschwerde gestützt auf diese neuen Unterlagen die aufschiebende Wirkung bei, nachdem er sie zuvor noch verweigert hatte. Mit Entscheid vom 25. Januar 2011 hiess der Regierungsrat die Beschwerde teilweise gut und hob den vorsorglichen Entzug des Führerausweises auf. Weiter ordnete er an, dass sich X._ einer medizinischen Fahreignungabklärung zu unterziehen habe, und wies die Polizei an, einer medizinischen Fachstelle einen klar umschriebenen Auftrag zu erteilen. Die von X._ gegen den Entscheid des Regierungsrats erhobene Beschwerde wies die Präsidentin der Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht des Kantonsgerichts Basel-Landschaft mit Urteil vom 30. Juni 2011 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. August 2011 beantragt X._, das Urteil des Kantonsgerichts sei aufzuheben und auf eine medizinische Fahreignungsabklärung sei zu verzichten. Eventualiter sei ein Aktengutachten durch einen unabhängigen Gutachter erstellen zu lassen, welches die Schlüssigkeit des Gutachtens von Dr. A._ beurteile. Das Kantonsgericht und die Polizei haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Strassen schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In seiner Stellungnahme dazu hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest. 