Sachverhalt: A. E._, geboren 1989, bezog für die Folgen von Geburtsgebrechen verschiedentlich Leistungen der Invalidenversicherung. Insbesondere übernahm die IV-Stelle des Kantons Aargau die Kosten für ambulanten Sprachheilunterricht, richtete Pflegebeiträge aus und kam für Sonderschulmassnahmen auf. Mit Verfügung vom 26. Januar 2001 sprach die IV-Stelle E._ eine ambulante Psychotherapie vom 1. Oktober 2000 bis 31. März 2001 wegen Verhaltensstörung zu. Eine weitere Kostengutsprache für ambulante Psychotherapie für die Zeit vom 12. März 2002 bis 28. Februar 2005 verfügte die IV-Stelle am 6. Juni 2003. Am 1. August 2006 begann E._ eine erstmalige berufliche Ausbildung zur hauswirtschaftlichen Mitarbeiterin in der hauswirtschaftlichen Ausbildungsstätte H._, für welche die IV-Stelle am 1. Mai 2006 Kostengutsprache erteilt hatte. Am 18. August 2006 liess E._, vertreten durch ihre Mutter, auf Grund ihrer "sehr labilen psychischen Verfassung" um erneute Kostenübernahme für eine ambulante Psychotherapie ersuchen. Die IV-Stelle holte Berichte ein bei der Stiftung Y._ vom 25. September 2006, sowie beim Kinder- und Jugendpsychiatrischen Dienst (im Folgenden: KJPD; Dr. med. W._ und Psychologin R._), vom 26. Januar 2007. Zudem veranlasste sie eine Stellungnahme ihres RAD (Dr. med. G._) vom 14. Februar 2007. Mit Vorbescheid vom 21. Februar 2007 stellte die IV-Stelle die Ablehnung des Leistungsbegehrens in Aussicht und verfügte am 18. April 2007 entsprechend. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der durch den KJPD vertretenen E._ hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 11. März 2008 gut, hob die Verfügung vom 18. April 2007 auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit diese im Sinne der Erwägungen den Umfang des Anspruchs auf die Psychotherapie verfügungsweise festsetze. C. Die Sozialversicherungsanstalt Aargau (im Folgenden: SVA) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Das Bundesamt für Sozialversicherungen schliesst sich dem Antrag der SVA an. Vorinstanz und E._ verzichten auf eine Vernehmlassung. 