Sachverhalt: A. Die Geschwister A.X._, B.X._ und C.X._ bekamen von ihrer Grossmutter Y._ und von ihrer Mutter Z._ am 19. Dezember 1995 je einen Miteigentumsanteil von 56/720 an den Parzellen S._ Nr. _4 und _5 geschenkt. Die Schenkungssteuer wurde am 22. Januar 1996 auf der Basis des amtlichen Werts von Fr. _ veranlagt. Die restlichen Miteigentumsanteile standen im Eigentum weiterer Verwandter. Mit Vertrag vom 24. Juni 1998 erfolgte unter den Verwandten eine Parzellierung und Realteilung der ererbten Grundstücke Nr. _4 und _5. Dabei wurde den Geschwistern X._ die Parzelle Nr. _5 als Ganzes zu je 1/3 Miteigentum zugewiesen. In der Folge wurde die Parzelle Nr. _5 von den Geschwistern X._ in fünf Parzellen aufgeteilt. Die neuen Parzellen Nr. _6 - _9 überbauten sie mit vier Mehrfamilienhäusern, die sie in je 15 Stockwerkeinheiten aufteilten. Auf der Parzelle Nr. _5 (Restparzelle) wurde eine Einstellhalle errichtet. Für die Überbauung schlossen die Geschwister X._ einen Werkvertrag mit der Genossenschaft O._ ab, an der sie ebenfalls als Genossenschafter beteiligt waren. Der Verkehrswert des Grundeigentums belief sich im Jahre 2000 auf Fr. _. Die ersten Stockwerkeinheiten wurden im Jahre 2001 veräussert. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern qualifizierte die Geschwister X._ als gewerbsmässige Liegenschaftenhändler und erfasste die im Jahre 2001 realisierten Veräusserungsgewinne aus dem Verkauf der Stockwerkeinheiten in der Höhe von insgesamt Fr. _ bei den Geschwistern zu je einem Drittel (Fr. _) mit der Einkommenssteuer. Die drei Geschwister X._ erhoben je Einsprache. Sie verlangten, der bis 2000 entstandene Wertzuwachs sei der Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen. Die Einsprachen wurden am 11. August 2005 abgewiesen. Die Rekurse der Geschwister X._ wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern je mit Entscheid vom 25. April 2006 ab. B. A.X._, B.X._ und C.X._ führten in getrennten Eingaben Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses vereinigte die Verfahren. Mit Entscheid vom 20. September 2007 hiess es die Beschwerden gut, hob die angefochtenen Entscheide der Steuerrekurskommission auf und wies die Sache zur Festsetzung des steuerbaren Einkommens und zur Durchführung eines Grundstückgewinnsteuerverfahrens an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurück. Das Gericht hielt in seinen Erwägungen fest, die Steuerverwaltung dürfe über die Einkommenssteuer nur den seit der Privateinlage der Grundstücke entstandenen Wertzuwachs erfassen. C. Hiergegen führt die Steuerverwaltung des Kantons Bern Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts vom 20. September 2007 aufzuheben und der Entscheid (recte: die Entscheide) der Steuerrekurskommission vom 25. April 2006 zu bestätigen. Die Steuerpflichtigen und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 