Faits: A. A.a G._ a sollicité le 6 août 1999 l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI). Au terme de la procédure d'instruction, l'office AI a alloué à l'assuré un quart de rente d'invalidité à partir du 1er juin 1999 (décision du 12 août 2003 confirmée sur opposition le 21 juillet 2004). Saisi d'un recours, le Président du Tribunal des assurances du canton de Vaud (aujourd'hui, Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois) l'a finalement déclaré sans objet, dès lors que l'administration s'était ralliée à la conclusion principale de l'intéressé, qui tendait à l'annulation de la décision sur opposition du 21 juillet 2004, au renvoi de la cause à l'office AI en vue de poursuivre l'examen des possibilités de réadaptation et nouvelle décision sur le droit à la rente, et a rayé l'affaire du rôle (jugement du 18 avril 2006). A.b Après instruction médicale complémentaire et mise en oeuvre des mesures mentionnées, l'administration a en définitive rejeté la requête de prestations (projet de décision du 20 janvier 2009 entériné par la décision du 11 juin suivant). B. G._ a déféré la décision à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois. Les premiers juges ont admis son recours, annulé la décision litigieuse et renvoyé le dossier à l'office AI pour qu'il procède conformément aux considérants (jugement du 13 janvier 2010). Ils ont considéré que l'administration avait l'obligation d'informer l'assuré de la possibilité de retirer son opposition dans la mesure où le jugement de radiation du rôle avait replacé les parties au stade de cette procédure et où la nouvelle décision constituait une reformatio in pejus. C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il requiert l'annulation, concluant au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement sur le fond. L'intéressé conclut au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 