Sachverhalt: A. Mit Verfügungen vom 21. Dezember 1999 sprach die IV-Stelle Basel-Stadt dem 1958 geborenen H._ ab 1. Juli 1992 bis 30. November 1992 eine ganze Rente der Invalidenversicherung, vom 1. Dezember 1992 bis 30. April 1994 eine halbe und schliesslich für die Zeit ab 1. Mai 1994 erneut eine ganze Invalidenrente zu. Sie stützte sich dabei auf das Gutachten des PD Dr. med. K._, Psychiatrische Klinik, Spital X._, vom 15. Dezember 1998, mit der Diagnose eines mittelgradigen depressiven Syndroms sowie einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung. Im Rahmen einer Rentenrevision beauftragte die IV-Stelle Dr. med. J._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie sowie für Rheumatologie und Rehabilitation, des regionalen ärztlichen Dienstes (RAD), mit der Untersuchung des Versicherten, welcher Arzt im Bericht vom 20. November 2006 in einer zumutbaren Verweistätigkeit auf eine Arbeitsfähigkeit von 70 % schloss. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte die IV-Stelle die Einstellung der Rentenleistungen auf Ende August 2007 (Verfügung vom 18. Juli 2007). B. Die von H._ dagegen angehobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 25. Juni 2008 gut, und es hob die Verfügung vom 18. Juli 2007 auf. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Sodann sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Die IV-Stelle schliesst sich der Antragstellung des BSV an. Das kantonale Gericht sowie der Versicherte äussern sich in abweisendem Sinne. Letzter beantragt überdies die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die beigeladene Winterthur-Columna Stiftung für die berufliche Vorsorge enthält sich der Stellungnahme und Antragstellung. D. Mit Verfügung vom 28. Oktober 2008 hat der Instruktionsrichter der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 