Sachverhalt: A. A._ (geboren 1972) war seit August 1993 bei der F._ AG in der Lehre und bei der "Zürich" Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. Januar 1994 erlitt sie einen Autounfall. Die Zürich erbrachte die gesetzlichen Leistungen. In der Folge absolvierte A._ im Rahmen einer Umschulung zu Lasten der Invalidenversicherung die KV-Lehre, welche sie 1999 abschloss. Mit Verfügung vom 22. September 2000 sprach ihr die Zürich eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 20 % zu. Ab Januar 2001 arbeitete A._ als Wertschriftensachbearbeiterin. Am 10. September 2002 meldete sie der Zürich einen Rückfall. A._ erlitt am 18. Juni 2004 sowie am 30. Januar 2006 erneut Autounfälle. Die Zürich stellte am 28. Juni 2005 ihre Leistungen in Zusammenhang mit dem Unfall von 2004 ein. In der Folge sistierte sie das Einspracheverfahren wegen Einholung eines medizinischen Gutachtens und lehnte am 18. Januar 2006 die Leistung von Taggeldern während des Einspracheverfahrens ab; dies wurde vom Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 17. März 2006 sowie vom damaligen Eidgenössischen Versicherungsgericht mit Urteil U 190/06 vom 13. Juni 2006 bestätigt. Mit Verfügung vom 23. Januar 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 28. März 2007, stellte die Zürich ihre Leistungen für den Unfall von 2006 auf den 31. Januar 2007 ein. Am 12. April 2007 verfügte die Zürich die Einstellung der bisher erbrachten Taggelder und Heilbehandlungen für den Unfall von 1994 per 31. Januar 2007 und sprach A._ ab 1. Februar 2007 eine Invalidenrente von 10 % zu; dies bestätigte die Zürich mit Einspracheentscheid vom 29. August 2007. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vereinigte die beiden gegen die Einspracheentscheide vom 28. März 2007 und vom 29. August 2007 erhobenen Beschwerden und wies diese mit Entscheid vom 12. Februar 2009 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der kantonale Entscheid aufzuheben, ihr auch nach dem 31. Januar 2007 Taggelder und Heilbehandlungen zu bezahlen und die Sache bezüglich der Rente zu neuem Entscheid an die Zürich zurückzuweisen. Zudem sei die Zürich zu verpflichten, ihr die Kosten für das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 von Fr. 14'890.-, eventualiter von Fr. 7445.-, zu erstatten. Die Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Stellungnahme. 