Sachverhalt: A. K._ war vom 1. Februar 2002 bis 30. November 2007 als Arbeitnehmer der X._ AG im Rahmen der obligatorischen beruflichen Vorsorge bei der Pensionskasse Y._ versichert. Ab 1. Februar 2008 bezog er Arbeitslosentaggelder und war dadurch der Stiftung Auffangeinrichtung BVG angeschlossen. Mit Verfügungen vom 24. Juli und 7. August 2009 erhielt er mit Wirkung ab 1. April 2009 eine ganze Rente der Invalidenversicherung. B. Mit Eingabe vom 4. Mai 2011 liess K._ Klage gegen die Pensionskasse Y._ und die Stiftung Auffangeinrichtung BVG beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich einleiten mit den Anträgen, ihm sei rückwirkend ab 1. November 2008 eine Invalidenrente aus der beruflichen Vorsorge der Pensionskasse Y._ samt Verzugszinsen auszurichten. Eventuell sei ihm rückwirkend ab 1. April 2009 eine Invalidenrente aus der beruflichen Vorsorge der Stiftung Auffangeinrichtung BVG samt Verzugszinsen auszurichten. Das Gericht trennte die beiden Klagen und trat mit Entscheid vom 30. Mai 2011 auf die Klage gegen die Stiftung Auffangeinrichtung BVG mangels örtlicher Zuständigkeit nicht ein. C. Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Mai 2011 aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. K._ lässt auf Gutheissung der Beschwerde schliessen. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 