Faits: A. Lors de la construction de la N16, de nombreux nouveaux chemins forestiers ont dû être aménagés sur le territoire des communes bourgeoises de Sonceboz-Sombeval, La Heutte, Bienne et Péry. Ces chemins ont été financés et construits par la Confédération et le canton de Berne, puis cédés aux communes. Pour compenser les frais supplémentaires liés à l'entretien des nouveaux chemins forestiers, l'Office des ponts et chaussées du canton de Berne a alloué aux communes bourgeoises précitées une indemnité unique de CHF 500'000.- pour solde de tout compte. Ce montant avait été calculé par le bureau d'ingénieurs Agriforest SA sur la base d'une période de 40 ans. Il a été versé le 14 décembre 1998 sur un compte de la commune bourgeoise de Bienne et placé sur un fonds d'entretien des chemins géré par cette commune. Selon la clé de répartition établie par Agriforest SA sur la base des mètres courants de chemins forestiers à entretenir, le droit de la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval au fonds d'entretien s'élevait à CHF 160'450.-. B. La commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval n'a pas déclaré comme revenu sa part au fonds d'entretien précité. Le 1er octobre 2004, l'Intendance des impôts du canton de Berne (ci-après l'Intendance des impôts) a ouvert à ce sujet une procédure en rappel et en soustraction d'impôt. Par décision sur réclamation du 20 février 2007, l'Intendance des impôts a rejeté la réclamation de la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval du 5 octobre 2005 et condamné cette dernière à verser, au titre du rappel d'impôt 1998-1999, le montant de CHF 11'203.- et, à titre d'amende, CHF 3'697.-, plus CHF 2'678.70 d'intérêts moratoires pour l'impôt fédéral direct (ci-après IFD), ainsi que de CHF 18'843.85 de rappel d'impôt, CHF 6'218.55 d'amende et CHF 4'776.85 d'intérêts moratoires pour les impôts cantonaux. Par acte du 26 mars 2007, la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval a recouru contre cette décision devant la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne (ci-après la Commission des recours). Par décision du 6 décembre 2011, celle-ci a rejeté ce recours. C. Par acte du 9 janvier 2012, la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval a déposé un recours au Tribunal administratif du canton de Berne. En ce qui concerne l'IFD, elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision du 6 décembre 2011 soit annulée et à ce qu'il soit renoncé à une amende pour cet impôt, les conditions de la soustraction d'impôt n'étant pas réalisées. Subsidiairement, elle requiert la réduction du montant de l'amende. Le 29 mai 2012, le Tribunal administratif du canton de Berne a transmis le recours de la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence dans la mesure où il portait sur l'IFD pour les années 1998 et 1999. La Commission des recours propose le rejet du recours. L'Intendance des impôts a renoncé à se déterminer. L'Administration fédérale des contributions s'en est remise à justice quant aux suites à donner au recours. 