Sachverhalt: A. A._ und weitere Miteigentümer der Parzelle Nr. hhh an der Seestrasse in Rüschlikon wollen auf ihrem Grundstück ein Einfamilienhaus mit Garage errichten. Die bestehende Baute Vers.-Nr. iii soll abgerissen werden, das Badehaus am Ufer des Zürichsees (Vers.-Nr. jjj) dagegen bestehen bleiben. Rund die Hälfte des Baugrundstücks liegt auf sogenanntem Konzessionsland (konzessionierte Landanlage). Für ein erstes Projekt verweigerte die Baudirektion (Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft [AWEL]) des Kantons Zürich die konzessionsrechtliche Bewilligung, weil das Bauvorhaben den in der Richtlinie für bauliche Veränderungen auf Landanlagen und für Seebauten vom 7. Juli 1995 vorgesehenen Gewässerabstand nicht einhalte. Danach müssen neue Gebäude auf Landanlagen einen Gewässerabstand von 18 m einhalten; eine Reduktion des Abstands (bis auf 8 m) ist nur für maximal zweigeschossige Bauten zulässig. Diese Verfügung wurde vom Bundesgericht mit Urteil vom 28. März 2013 aufgehoben (BGE 139 II 470). Es entschied, das Seeufer sei mit den Mitteln der Raumplanung und des Natur- und Heimatschutzes zu schützen; dies gelte auch für die Beurteilung von Baugesuchen auf konzessionierten Landanlagen. Es wies die Sache zur Prüfung einer Ausnahmebewilligung gemäss Art. 41c Abs. 1 Satz 2 der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814.201) an die Baudirektion zurück. B. Während des laufenden Rechtsmittelverfahrens für das erste Projekt reichte die Bauherrschaft ein alternatives Bauprojekt ein. Hierfür erteilte die Baukommission Rüschlikon am 12. April 2012 die baurechtliche Bewilligung. Zusammen mit dem baurechtlichen Entscheid wurde die konzessions- und gewässerschutzrechtliche Bewilligung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 24. April 2012 eröffnet. Gemäss Disp.-Ziff. III.2 ist der Kanton berechtigt, das für die Realisierung eines öffentlichen Seewegs benötigte Land (bis zu 3.5 m Breite) auf dem Baugrundstück unentgeltlich zu beanspruchen. C. Dagegen rekurrierten der Schweizer Heimatschutz (SHS) und die Zürcherische Vereinigung für Heimatschutz (ZVH) an das Baurekursgericht. Auch die Bauherrschaft erhob Rekurs mit dem Antrag, Disp.-Ziff. III.2 der Baudirektionsverfügung (betr. Seeuferweg) sei ersatzlos aufzuheben. Das Baurekursgericht führte einen Augenschein durch. Am 26. März 2013 trat es auf den Rekurs der ZVH nicht ein. Den Rekurs des SHS hiess es gut und hob den Beschluss der Baukommission Rüschlikon und die Verfügung der Baudirektion auf. Den Rekurs der Bauherrschaft schrieb es als gegenstandslos geworden ab. Gegen den Rekursentscheid erhoben A._ und Konsorten Beschwerde beim Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 5. September 2013 ab. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid haben A._ und die übrigen, im Rubrum genannten Personen am 21. Oktober 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Ergänzung und Neuentscheidung sowie zur materiellen Behandlung des Bauherrenrekurses an die Vorinstanz zurückzuweisen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragen sie einen Augenschein des Bundesgerichts. E. SHS und ZVH (im Folgenden: die Beschwerdegegner) beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden könne. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur materiellen Behandlung der bisher nicht behandelten Eventualstandpunkte der Beschwerdegegner zurückzuweisen. Die Baukommission Rüschlikon hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass es sich um dicht überbautes Land handle. Allerdings liege es im Ermessen der kantonalen Behörde, die Ausnahmebewilligung zu verweigern, beispielsweise wenn längerfristig die Absicht bestehe, einen Grünraum frei von Gebäuden zu schaffen, unter Rückbau der bestehenden Anlagen unmittelbar am Ufer. Die Baudirektion (AWEL) weist in ihrer Stellungnahme darauf hin, dass sich die Ausgangslage für die Beurteilung des Baugesuchs erheblich verändert habe, nachdem das Bundesgericht die Richtlinie für bauliche Veränderungen auf Landanlagen und für Seebauten vom 7. Juli 1995 für nicht mehr anwendbar erklärt habe (BGE 139 II 470). Sie geht nunmehr davon aus, dass es sich nicht um dicht überbautes Gebiet handle, weshalb keine Ausnahmebewilligung hätte erteilt werden dürfen. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik vom 5. Mai 2014 an ihren Anträgen fest. 