Sachverhalt: A. Y._ wurde vorgeworfen, zwischen Januar und Dezember 1998 zusammen mit weiteren Personen die Kunden der A._ AG als potentielle Investoren dazu veranlasst zu haben, Gelder zur Vornahme von Börsengeschäften anzulegen. Die von den Kunden einbezahlten Geldbeträge seien nicht zur Anlage in Börsen- oder anderen Geschäften verwendet worden und dies sei auch nie beabsichtigt gewesen. B. Das Strafgericht des Kantons Zug sprach Y._ mit Urteil vom 7. November 2007 vom Vorwurf des gewerbsmässigen Betruges mangels Erfüllung des subjektiven Tatbestandes frei, auferlegte ihm aber die Verfahrenskosten. Gegen dieses Urteil erhob die Staatsanwaltschaft Berufung. Y._ beantragte in seiner Berufungsantwort, die Verfahrenskosten seien auf die Staatskasse zu nehmen und er sei für das erstinstanzliche Verfahren zu entschädigen. Das Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, wies die Berufung mit Urteil vom 16. Dezember 2008 ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt Y._, die Kostenauflage des Urteils des Obergerichts sei aufzuheben. Die Kosten des Untersuchungs- und des erstinstanzlichen Verfahrens seien auf die Staatskasse zu nehmen, und es sei ihm eine Entschädigung zulasten der Staatskasse von Fr. 44'305.60 für die Kosten der Verteidigung zuzusprechen. 