Sachverhalt: A. A.a Die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) erstellt als Unternehmen des Baugewerbes Wintergärten, Balkonverglasungen, Oberlichter und weitere Glaskonstruktionen an Gebäuden. Sie schloss als Mieterin mit der Y._ AG an verschiedenen Daten Mietverträge ab über eine Werkstatt mit Büro und Keller, einen Büropavillon, mehrere Lagerschuppen und Parkplätze. Sämtliche Mietobjekte befinden sich an der C._-Strasse in D._ auf dem ehemaligen Areal der Y._ AG. Die Mietverträge sind unbefristet. In den einen ist aber eine Mindestvertragsdauer bis zum 31. März 2007 und in den anderen bis am 30. September 2006 vorgesehen. Zudem enthalten die Mietverträge betreffend die Werkstatt "alte Banderei", den Büropavillon und die Lagerschöpfe Nrn. 27-29 mit Garage Nr. 1 Optionsklauseln mit folgendem Wortlaut: "Die Vermieterin räumt dem Mieter eine Option zur Verlängerung dieses Mietvertrages um 3 Jahre ein. Dieses Optionsrecht fällt dahin, wenn es vom Mieter nicht bis spätestens 6 Monate vor Ablauf des Mietvertrages schriftlich geltend gemacht wird. Bei Geltendmachung der Option wird der Mietzins neu für weitere drei Jahre den dannzumaligen Marktverhältnissen angepasst, der Anfangsmietzins darf jedoch nicht unterschritten werden. Macht der Mieter von diesem Optionsrecht keinen Gebrauch, besteht nach Ablauf der festen Vertragsdauer ein normales Mietverhältnis, welches jeweils unter Berücksichtigung der 6-monatigen Kündigungsfrist auf Ende März und Ende September gekündigt werden kann." A.b A._ und B._ (Beschwerdegegner) sind Immobilienentwickler. Sie erwarben von der Y._ AG die von der Beschwerdeführerin gemieteten Grundstücke an der C._-Strasse. Der für die erworbenen Grundstücke erstellte private Gestaltungsplan E._ wurde am 31. Oktober 2005 von der Gemeindeversammlung D._ gutgeheissen und am 23. Februar 2006 von der Baudirektion genehmigt. Er ist rechtskräftig. Auf dem Teil des Areals, wo die Beschwerdeführerin heute ihr Unternehmen betreibt, sollen Einfamilienhäuser und ein Mehrzweckgebäude (Gemeinschaftsräume, Kinderhort etc.) entstehen. Je mit amtlichen Formularen vom 29. September 2006 kündigten die Beschwerdegegner die Mietverhältnisse mit der Beschwerdeführerin "auf das nächstmögliche Datum". Die Beschwerdeführerin rief in der Folge die Schlichtungsstelle für Mietsachen des Bezirks Dielsdorf an. Je mit Entscheid vom 21. März 2007 stellte die Schlichtungsbehörde fest, die Kündigungen seien per 30. September 2007 gültig, da sie der Beschwerdeführerin erst anfangs Oktober 2006 zugegangen seien. Zudem erstreckte die Schlichtungsbehörde die Mietverhältnisse einmalig bis zum 30. September 2008. B. Je mit Klage vom 14. Juli 2007 beantragte die Beschwerdeführerin bezüglich des jeweiligen Mietverhältnisses, die Kündigung vom 29. September 2006 für ungültig zu erklären, eventualiter das Mietverhältnis um drei Jahre, bis 31. März 2010, zu erstrecken. Das Mietgericht Dielsdorf vereinigte die neun Verfahren und wies die Klage mit Urteil vom 28. Februar 2008 vollumfänglich ab. Dagegen gelangte die Beschwerdeführerin an das Obergericht des Kantons Zürich und beantragte weiterhin, die Kündigungen für ungültig zu erklären, eventualiter die Mietverhältnisse für drei Jahre, bis 31. März 2010, zu erstrecken. Mit Beschluss vom 29. Januar 2009 erstreckte das Obergericht die Mietverhältnisse letztmals bis zum 30. Juni 2009. Im Übrigen wies es die Berufung und Klage ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Beschluss des Obergerichts vom 29. Januar 2009 aufzuheben. Es seien die mit Formular vom 29. September 2006 mitgeteilten Kündigungen betreffend die Mietverhältnisse an der C._-Strasse in D._ für ungültig zu erklären. Eventualiter seien die vorgenannten Mietverhältnisse bis zum 31. März 2010 zu erstrecken. Die Beschwerdegegner schliessen in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. D. Mit Präsidialverfügung vom 28. April 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. 