Sachverhalt: A. X._, geb. 1925, fuhr am 2. August 2011, um ca. 15.30 Uhr, in Weinfelden mit einem Personenwagen auf der Schlossgasse in Richtung Schlosshaldenstrasse. Laut Rapport der Kantonspolizei vom 28. September 2011 kam sie dabei auf die Gegenfahrbahn, worauf es zur Frontalkollision mit einem korrekt entgegenkommenden Lieferwagen kam. X._ wurde beim Unfall leicht verletzt. Am 29. September 2011 verpflichtete das Strassenverkehrsamt des Kantons Thurgau X._ zu einer vertrauensärztlichen Untersuchung ihrer Fahreignung. Dr. Q._ führte diese am 4. Oktober 2011 durch und kam zum Schluss, die kognitiven Defizite von X._ würden das Führen eines Personenwagens nicht mehr erlauben. Am 7. Oktober 2011 entzog das Strassenverkehrsamt X._ gestützt auf Art. 16d Abs. 1 lit. a SVG den Führerausweis aller Kategorien mit Wirkung ab Erhalt der Verfügung und verpflichtete sie, den Ausweis innert 5 Tagen abzugeben. Am 10. Oktober 2011 rekurrierte X._ gegen diese Verfügung mit dem Antrag, sie ersatzlos aufzuheben. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragte sie, dem Rekurs aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Mit Zwischenentscheid vom 18. November 2011 wies die Rekurskommission für Strassenverkehrssachen das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab. X._ erhob dagegen Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit den Anträgen, es sei festzustellen, dass der hängige Rekurs aufschiebende Wirkung habe. Eventuell sei ihm aufschiebende Wirkung zu erteilen. Am 30. Mai 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts und die Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 7. Oktober 2011 aufzuheben. Eventuell sei festzustellen, dass diese Verfügung zu keinem Zeitpunkt vollstreckbar gewesen sei. C. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Es weist die von X._ gegen die beruflichen Fähigkeiten von Dr. Q._ erhobenen Einwände zurück. Dieser sei als Vertrauensarzt des Bundesamts für Zivilluftfahrt für die Beurteilung der Flugtauglichkeit von Piloten auch bestens qualifiziert, die Fahrtauglichkeit von Autolenkern zu beurteilen. X._ teilt im Sinn eines Novums mit, die Rekurskommission habe eine ergänzende Untersuchung ihrer Fahreignung angeordnet. Solange Abklärungsbedarf bestehe, sei die vorinstanzliche Feststellung unzutreffend, es sei bei ihr eine eingeschränkte Fahrtüchtigkeit festgestellt worden. Die Rekurskommission weist darauf hin, dass die in der Beschwerde gestellten Anträge den Rahmen des Streitgegenstands sprengen würden, und verzichtet im Übrigen auf Vernehmlassung. In ihrer Replik hält X._ an der Beschwerde fest. 