Sachverhalt: A. W._ (geboren 1949), ausgebildete Laborantin und Tänzerin, arbeitet seit 1991 als Herbar-Assistentin an der Universität X._. Im April 2005 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Ab 1. Juli 2005 reduzierte sie das Arbeitspensum von 80 % auf 50 %. Mit Verfügung vom 5. September 2005 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich der Versicherten nach Ermittlung eines Invaliditätsgrades von 50 % mit Wirkung ab 1. April 2004 eine halbe Invalidenrente zu. Im Rahmen eines im August 2007 eingeleiteten Rentenrevisionsverfahrens hob die IV-Stelle mit Verfügung vom 12. März 2008 die Rente wiedererwägungsweise auf Ende April 2008 auf. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 2. Februar 2010 ab. C. W._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Leistungen zu erbringen, insbesondere eine Rente. Eventuell sei die Sache an die IV-Stelle zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Ferner ersucht sie um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 