Faits : A. A.a. A la suite de différentes plaintes pénales déposée en 2007, le Ministère public de la République et canton de Genève instruit depuis le 27 novembre 2007 une enquête pénale contre B._, animateur du groupe C._, pour abus de confiance et gestion déloyale aggravée (procédure xxx). Dans le groupe C._ se trouvait notamment D._, fonds géré par une autre entité du groupe, CA._; en raison notamment de la crise des subprimes aux Etats-Unis en 2007, D._, puis CA._ sont tombés en faillite. A.b. Le 28 novembre 2007, A._ SA - filiale de C._ - a déposé une plainte pénale pour gestion déloyale à l'encontre de B._; ce dernier avait été son administrateur-président, avec signature individuelle, jusqu'en décembre 2007, puis son administrateur, sans signature, jusqu'en mai 2008. L'instruction de cette cause, sous référence yyy, a été jointe à la procédure xxx. A._ SA, relevant sa qualité de lésée dans cette seconde cause, a demandé au Ministère public à pouvoir y participer en tant que partie plaignante (cf. son courrier du 7 novembre 2011). Par décision du 17 novembre 2011, le Procureur a ordonné la disjonction de la plainte pénale déposée par A._ SA contre B._ de la procédure xxx, la cause disjointe étant dès lors référencée zzz. Le 29 décembre 2011, A._ SA a déposé un complément de plainte pénale en particulier à l'encontre de la banque E._ pour abus de confiance (art. 138 CP), escroquerie (art. 146 CP), atteinte astucieuse aux intérêts pécuniaires d'autrui (art. 151 CP), banqueroute frauduleuse et fraude dans la saisie (art. 163 CP), ainsi que pour diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers (art. 164 CP). La société y reprochait notamment à la banque E._ d'avoir profité des agissements de B._ en le contraignant à effectuer des transactions contraires aux intérêts des investisseurs du fonds D._, avec comme conséquence la perte de plus de USD 9 millions; cette créance a été produite par A._ SA dans le cadre de la faillite des époux B._. Au cours de l'instruction, notamment dans un courrier du 23 février 2012, la société a expliqué son dommage, se référant à l'acquisition le 16 décembre 2008 des parts de la banque F._ dans le fonds D._; la valeur de ces actifs était alors nulle, mais avait été estimée à USD 9 millions au 31 mars 2007. Quant au Ministère public, il a procédé à différentes auditions; en particulier, il ressort du procès-verbal de celle effectuée le 7 février 2012 que A._ SA avait acquis les parts susmentionnées pour un montant de USD 10'500.-. Différents échanges ont encore eu lieu entre le Procureur et la société, cette dernière ayant notamment été invitée à préciser son dommage et sa qualité de partie plaignante. Par décision du 7 janvier 2014, le Procureur a disjoint l'instruction de la plainte pénale de A._ SA contre B._ de celle zzz, la joignant à la cause xxx. Par ordonnance du 10 janvier 2014, le Ministère public a constaté que A._ SA n'avait pas la qualité de partie plaignante dans la procédure contre la banque E._ (cause zzz), dès lors que la première n'était pas titulaire du bien juridiquement protégé par les infractions alléguées commises par la seconde; en particulier A._ SA ne prétendait pas avoir été incitée par la banque à investir dans D._ et avait acquis les parts de ce fonds postérieurement à la faillite et la mise en liquidation de celui-ci, de sorte que le préjudice allégué était sans lien de causalité avec le comportement reproché à la banque. B. Le 9 avril 2014, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé contre cette ordonnance et a - conséquence de l'absence de qualité de partie plaignante de A._ SA - déclaré le recours de celle-ci pour retard injustifié, respectivement déni de justice, irrecevable. La cour cantonale a considéré que la société recourante n'avait acquis les parts dans le fonds D._ qu'ultérieurement à la commission des infractions examinées. De plus, A._ SA savait alors que la valeur desdites parts était estimée à USD 0.-, ne subissant ainsi pas un préjudice de USD 9 millions. Enfin, même si un dommage était retenu, celui-ci ne serait pas en lien de causalité avec le comportement reproché à la banque, mais serait imputable à la décision d'acquérir des fonds sans valeur. C. Par acte du 23 mai 2014, A._ SA forme un recours en matière pénale contre ce jugement, concluant à son annulation et à la constatation de sa qualité de plaignante. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Invité à se déterminer, le Procureur a conclu au rejet du recours. Quant à l'instance précédente, elle a renoncé à présenter des observations. Le 8 juillet 2014, la recourante a déposé des déterminations complémentaires, persistant dans ses conclusions. 