Faits: A. Y._ SA a une activité principalement axée sur l'exploitation d'une invention en relation avec les lasers, faite par son président dans le cadre de sa thèse de doctorat au sein de l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (ci-après: EPFL). Celle-ci, un établissement autonome de droit public de la Confédération bénéficiant de la personnalité juridique (art. 5 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales [Loi sur les EPF; RS 414.110]), a cédé ses droits de propriété intellectuelle à l'inventeur. En contrepartie, elle reçoit des royalties pour chaque machine vendue. Y._ SA loue des locaux de la Confédération, sis dans les bâtiments de l'EPFL, ainsi que de la Fondation du parc scientifique sur le site de l'EPFL. Le 6 janvier 2000, Y._ SA a adressé à une société taïwanaise une offre portant sur une machine laser-microjet et différentes options. Le 25 janvier 2000, celle-ci a confirmé la commande de la machine, valant 661'862 fr., et de différents accessoires. La livraison devait intervenir fin janvier 2002. Dès début janvier 2002, Y._ SA a préparé la livraison de trois machines, dont celle destinée au client taïwanais, qui ont été emballées et positionnées sur des palettes. Le 31 janvier 2002, un employé de Y._ SA a fait appel à A._, ébéniste de formation et employé auprès de l'EPFL en tant que concierge, pour le chargement des trois machines. Celui-ci avait déjà effectué sans aucun incident de tels chargements en présence de représentants de Y._ SA. Le camion devant chercher les palettes est arrivé en retard. Afin d'activer le travail, A._ a entrepris le chargement avec son élévateur à fourche, sans solliciter l'assistance des employés de Y._ SA qui se trouvaient dans le bâtiment attenant. A._ a commencé par soulever chaque palette, mesurant à peu près 120 cm x 100 cm x 190 cm et pesant environ 1'000 kg, de quelques centimètres pour contrôler si le matériel restait à l'horizontale. Puis il a pris en charge les palettes sans écarter les fourches de l'élévateur, au motif qu'il craignait que les palettes ne se brisent en leur milieu à cause du poids de la machine. Au moment où il a amorcé un virage en direction du camion avec la deuxième palette sur laquelle était la machine destinée au client taïwanais, la force centrifuge a déséquilibré le chargement, qui a basculé et est tombé au sol d'une hauteur de plus de 50 cm. La machine n'était plus utilisable et à sa place, Y._ SA a dû fournir à son client sa machine de démonstration. Y._ SA a demandé réparation à l'EPFL. Le 15 février 2002, celle-ci a versé 200'000 fr. à celle-là, qui était confrontée à des difficultés financières suite à l'accident, "à bien plaire, sans reconnaissance de responsabilité de l'EPFL et en attendant que la discussion ait lieu sur le fond". Les discussions ultérieures n'ont pas abouti et l'EPFL a mis Y._ SA en demeure de lui rembourser les 200'000 fr. Les parties se sont alors fait notifier des commandements de payer, frappés d'opposition, portant sur les sommes de 200'000 fr., respectivement 542'250 fr. 05. B. Le 28 avril 2004, l'EPFL (la demanderesse) a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal de canton de Vaud d'une demande tendant au paiement par Y._ SA (la défenderesse) de la somme de 200'000 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 20 mars 2002 et à la mainlevée définitive de l'opposition y relative. La défenderesse a conclut au rejet et, reconventionnellement, au paiement par son adverse partie d'une somme finalement ramenée à 304'089 fr. 45 avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er février 2002 et à la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de ce montant. Par jugement du 28 janvier 2008, la Cour civile a rejeté les conclusions des deux parties. En substance, elle a considéré que A._ était intervenu à bien plaire pour rendre service et qu'il n'existait aucun lien contractuel entre la demanderesse et la défenderesse, que celle-là répondait toutefois du dommage causé par son employé en vertu de l'art. 55 CO, mais que la créance de celle-ci en dommages-intérêts, de 474'241 fr., était devenue inexigible pour cause de prescription. Le 12 juin 2008, la demanderesse a interjeté un recours en nullité cantonal, qu'elle a retiré le 2 juillet 2008. Par arrêt du 4 juillet 2008, le Président de la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud en a pris acte et a rayé la cause du rôle. C. La défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à la réforme du jugement du 28 janvier 2008 en ce sens que: "La demanderesse Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne est la débitrice de Y._ SA et lui doit immédiat paiement de la somme de FR. 304'089 fr. 45, avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er février 2002; l'opposition totale (...) est levée à titre définitif, libre cours étant laissé à dite poursuite; les conclusions de la demanderesse Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne sont rejetées". En bref, elle soutenait que les règles de la responsabilité contractuelle ou quasi-contractuelle s'appliquaient et que ses prétentions en réparation du dommage n'étaient donc pas prescrites. La demanderesse a proposé le rejet du recours. La demanderesse a également déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant, sous suite de frais et dépens, principalement à la réforme du jugement attaqué en ce sens que: "Y._ SA doit à l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) la somme de CHF 200'000.- (deux cent mille francs), avec intérêt à 5 % l'an dès le 20 mars 2002; l'opposition formée par Y._ SA au commandement de payer (...) est définitivement levée à concurrence de CHF 200'000.- (deux cent mille francs), avec intérêt à 5 % l'an dès le 20 mars 2002". En résumé, elle contestait toute responsabilité et soutenait en outre que son adverse partie n'avait pas subi de dommage dès lors que l'accident était survenu à un moment où le risque avait déjà passé à l'acheteur. La défenderesse a proposé le rejet du recours. 