Sachverhalt: A. D._, geboren 1974, arbeitete bis April 2000 in verschiedenen Bereichen, zuletzt als Serviceangestellter im Gastgewerbe. Am 31. Oktober 2002 meldete er sich zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an und beantragte berufliche Massnahmen. Mit Verfügung vom 4. September 2003 lehnte die IV-Stelle Basel-Stadt das Gesuch wegen Verletzung der Mitwirkungspflicht ab. Am 5. Oktober 2006 reichte D._ ein neues Leistungsgesuch ein und suchte um berufliche Massnahmen sowie Rente nach. Für das Begehren machte er psychische Gründe geltend. Die IV-Stelle holte ein Gutachten des Dr. med. A._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 21. Dezember 2007 ein. Mit Vorbescheid vom 12. Februar 2008 teilte sie D._ mit, es werde ihm rückwirkend ab Oktober 2005 eine auf Ende März 2007 befristete ganze Rente ausgerichtet. Auf Einwände des Versicherten hin erliess sie am 3. Juni 2008 eine dem Vorbescheid entsprechende Verfügung. B. Die dagegen erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf Zusprechung der ganzen Invalidenrente bis zum 31. März 2008 und einer Viertelsrente ab 1. April 2008 wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 18. November 2008 ab. C. D._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, es sei ihm vom 1. Oktober 2005 bis 29. Februar 2008 eine ganze Rente zuzusprechen; ferner beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege. Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung. 