Sachverhalt: A. Der 1963 geborene O._ war von 1993 bis 2004 als selbstständiger Bergbauer tätig. Nachdem er sich nach Knieverletzungen in den Jahren 1985, 2000 und 2005 Kniearthroskopien hatte unterziehen lassen müssen, schlug er am 6. Dezember 2005 bei der Arbeit in der Küche das linke Knie an einer Schublade an, was im April 2006 zu einer weiteren Knieoperation führte. Die Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft kam für die Behandlungskosten auf und richtete bis Ende November 2006 Taggelder aus (Verfügung vom 24. April 2007). Diese Leistungseinstellung wurde vom Bundesgericht mit Urteil 8C_837/2008 vom 26. Juni 2009 bestätigt. Am 4. Januar 2007 meldete sich O._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an und beantragte Berufsberatung, Umschulung und Zusprechung einer Rente. Zu jenem Zeitpunkt war der gelernte Konditor und Koch mit einem Pensum von 50 Prozent als Koch bei der Firma A._ GmbH, angestellt. Gleichzeitig betrieb er über die eigene Firma B._ einen Handel mit Bergprodukten. Die IV-Stelle Schwyz sprach dem Versicherten am 9. Juli 2007 Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten und am 19. September 2007 überdies auch Arbeitsvermittlung zu. Am 21. November 2007 erteilte sie ihm Kostengutsprache für die Umschulung zum technischen Kaufmann vom 10. März bis 18. August 2008. Mit Verfügungen vom 15. Januar 2008 setzte sie für die Zeit vom 1. November 2007 bis 9. März 2008 das Wartetaggeld und für die Dauer der beruflichen Massnahme das IV-Taggeld fest. Mit Eingabe vom 8. Februar 2008 verlangte O._ die Prüfung des Anspruchs auf Invalidenrente, da er seit dem Unfallereignis vom 6. Dezember 2005 in rentenrelevantem Ausmass in seiner Leistungsfähigkeit beeinträchtigt sei. Nachdem sich die IV-Stelle am 20. Februar 2008 auf den Standpunkt gestellt hatte, der Rentenanspruch werde erst nach Durchführung der Eingliederungsmassnahmen geprüft, verneinte sie mit Verfügung vom 14. Juli 2008 den Anspruch auf Invalidenrente mit der Begründung, gemäss Gutachten des Dr. med. S._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, vom 23. November 2006, sei dem Versicherten eine Tätigkeit mit Wechselbelastung und ohne Tragen und Heben von schweren Lasten zumutbar. B. Gegen die Verfügung vom 14. Juli 2008 liess O._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz einreichen und die Ausrichtung einer ganzen befristeten Invalidenrente ab dem Zeitpunkt nach Ablauf der gesetzlichen Wartefrist bis zum Beginn der Taggeldleistungen für die Umschulung beantragen. Das kantonale Gericht wies die Beschwerde mit Entscheid vom 16. Februar 2009 ab. C. O._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihm die gesetzlichen Leistungen zu erbringen und mit Wirkung ab 1. November 2006 eine Rente zuzusprechen. Die IV-Stelle und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Mit Eingabe vom 28. Mai 2009 nimmt O._ zu den Vernehmlassungen vom 16. April und 14. Mai 2009 Stellung. 