Faits: A. Par contrat de travail du 15 mars 2001, Y._ SA a engagé X._ en qualité de consultant à compter du 1er avril 2001. Le même jour, les parties ont signé un premier avenant au contrat, intitulé « fixation de la rémunération et des objectifs pour 2001 », fixant le salaire visé (« target salary ») pour 2001 à 185'000 fr., composé d'une part fixe de 148'000 fr. et d'une part variable de 37'000 fr., qui dépendait de la réalisation d'objectifs. L'évaluation des objectifs et le calcul de la part variable étaient définis par des dispositions spécifiques du contrat. Celles-ci prévoyaient d'une part un quotient « d'efficacité » appelé « ... », qui représentait le rapport entre les heures de travail consacrées par l'employé à un projet et pouvant être facturées à un tiers et le temps de travail net, soit les heures de travail totales moins les heures de vacation payées, et d'autre part des objectifs qualitatifs (« qualitative targets »). 70 % du salaire variable, soit 25'900 fr., étaient attribués au quotient « ... » et 30 %, soit 11'100 fr., aux objectifs qualitatifs. Les objectifs qualitatifs (non supérieurs à 5) devaient être discutés et convenus entre le collaborateur et son supérieur et pondérés sur un total de cent points. Ce n'était qu'à partir de septante-et-un points qu'un employé avait droit, pro rata, au paiement d'une somme à ce titre, selon un tableau graphique reproduit dans l'avenant. Le quotient « ... » et le détail des objectifs ne figuraient pas dans l'avenant. Il avait été convenu que les buts et objectifs à atteindre par X._ seraient discutés pendant le temps d'essai. Conformément aux dispositions contractuelles, la partie variable du salaire annuel devait être calculée en mars ou avril de l'année suivante selon la disponibilité des résultats de la société, étant précisé qu'un acompte de 30 % du salaire variable devait être versé mensuellement sous réserve d'un décompte final. Après deux mois de service auprès de Y._ SA, X._ a été informé des buts qu'il devait atteindre, ainsi que des éléments qui seraient pris en compte dans le calcul de sa part variable. Selon un deuxième avenant non daté mais signé par les parties, la totalité du salaire variable a été attribuée à cinq objectifs (rétablir la confiance du marché pour devenir un acteur-clé dans le domaine « A._ » en Suisse romande, développer des affaires, réaliser un revenu attribuable au groupe de consultants de 1,4 millions d'avril à décembre 2001, rétablir de bonnes relations de travail entre Y._ et A._, augmenter le taux moyen d'utilisation du groupe « Suisse romande » à 75 % d'ici décembre 2001), chaque but atteint correspondant à 20 % de la part variable. Aucun quotient « ... » n'a été fixé à X._ en raison de l'activité qu'il occupait. Y._ SA a conclu une assurance collective perte de gain maladie pour tout son personnel. Il en découle en particulier que l'assurance s'engage à rembourser le 80 % du salaire assuré pendant sept cent trente jours dès la survenance de l'événement, sous déduction d'un délai d'attente de nonante jours. L'assurance réserve à l'employé dont le contrat de travail prend fin un droit de passage sans examen de l'état de santé. Le 24 février 2002, X._ a annulé l'entretien d'évaluation de ses performances fixé le 27 février 2002, qui a dès lors été avancé au 26 février 2002. Ce jour-là, X._ a derechef annulé l'entrevue, déclarant avoir un problème de dos et devoir rester allongé. A partir de cette date, il ne s'est plus présenté à son poste de travail en raison de sa maladie. Y._ SA n'a pu joindre que difficilement son collaborateur. Par lettre datée de « mars 2002 », Y._ SA a informé X._ que la part variable de son salaire pour l'année 2001 s'élevait à 2'775 fr. L'employé s'est plaint de cette évaluation qui lui paraissait incorrecte. Y._ SA a refusé de revenir sur le calcul du salaire variable et X._ a dit que dans ces conditions, il ferait valoir ses droits. Le 28 mars 2002, Y._ SA a licencié X._ par téléphone, en lui lisant la lettre qui allait lui être adressée. Par courrier du même jour, reçue le 2 avril 2002, l'employeuse a confirmé sa décision de licencier son collaborateur avec effet au 30 avril 2002. Sur ce point, qui n'est plus litigieux devant le Tribunal fédéral, la cour cantonale a considéré que le congé, intervenu durant la deuxième année de service et pendant une période de protection, était nul. N'ayant pas été renouvelé, il n'avait pris effet qu'au 26 février 2003, date à laquelle X._ avait obtenu une rente AI. X._ a fait opposition à son congé, qui lui paraissait abusif. Y._ SA a rémunéré X._ jusqu'à fin avril 2002. Celui-ci a touché en février 2002 le 100 % de son salaire fixe durant vingt-cinq jours puis le 80 % pour les cinq derniers jours. Il a perçu 80 % de son salaire pour les mois de mars et avril 2002. Plus aucun salaire ni indemnité ne lui ont été versés à partir du 1er mai 2002. Le 22 avril 2002, X._ a fait notifier à Y._ SA un commandement de payer pour un montant de 32'490 fr. 15 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er avril 2002, auquel celle-ci a fait opposition totale. Le même 22 avril 2002, Y._ SA a établi un nouveau décompte selon lequel X._ n'avait pas le droit à un salaire variable pour l'année 2001, comme il n'avait réalisé que le 65 % de ses objectifs personnels. X._ ayant touché en 2001 un montant de 8'325 fr. à titre d'acompte sur sa part variable, il devait rembourser ce montant à son employeuse. Une déduction de 5'500 fr. a été opérée sur son salaire de mars 2002 et le solde de 2'775 fr. a été soustraite de son salaire d'avril 2002. Le 23 mai 2002, Y._ SA a établi un décompte selon lequel X._ n'avait pas droit à un salaire variable pour l'année 2002. Ce décompte reprend le pourcentage (65 %) des objectifs réalisés en 2001. Le 20 juin 2002, X._ a conclu une assurance perte de gain individuelle valable dès le 1er mai 2002. Le salaire annuel assuré a été fixé à 128'240 fr., avec un délai d'attente de nonante jours. X._ a touché de l'assurance perte de gain un montant de 76'945 fr. 50 nets entre le 27 mai et le 31 décembre 2002, sur la base d'une indemnité journalière de 351 fr. 34. Le 9 octobre 2003, X._ a déposé une demande de prestations AI, qui lui a été accordée le 30 mars 2005 avec effet rétroactif au 26 février 2003. B. Le 23 octobre 2003, X._ a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois d'une demande tendant à ce que Y._ SA soit reconnue sa débitrice des sommes de 87'875 fr., 20'812 fr. 50, 4'933 fr. 35 et 8'941 fr. 65 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 avril 2002, ainsi que 18'253 fr. 50 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 octobre 2002. Le 3 avril 2006, il a modifié, respectivement amplifié les conclusions de sa demande en ce sens qu'il prétendait au paiement des sommes de 136'576 fr. 30 (solde de salaire et indemnité pour licenciement abusif) avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 avril 2002, 44'167 fr. 35 (montant supplémentaire à titre de complément d'indemnités journalières maladie, soit dommages-intérêts pour sous-assurance) avec intérêt à 5 % l'an dès le 15 janvier 2003 ainsi que 6'220 fr. (remboursement des primes d'assurance libre passage) avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er janvier 2003. Par jugement du 11 mai 2007, la Cour civile a prononcé que Y._ SA devait payer à X._ les sommes de 17'470 fr. 40 brut (soit 5'344 fr. 30 à titre de solde de salaire de base pour la période du 26 février au 30 avril 2002 et 10'688 fr. 60 pour la période du 1er au 26 mai 2002, ainsi que 924 fr. 10 à titre de salaire variable pour 2001 et 513 fr. 40 pour 2002) avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 avril 2002 sur le montant de 924 fr. 10 et dès le 6 novembre 2002 sur le solde de 16'546 fr. 30, ainsi que 5'557 fr. 50 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er avril 2003 (remboursement des primes d'assurance perte de gain individuelle). C. X._ (le recourant) interjette le présent recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à la réforme du jugement attaqué en ce sens que Y._ SA doit lui payer la somme de 185'262 fr. 40 (soit 25'220 fr. 80 à titre de solde de salaire jusqu'au 26 mai 2002, 34'662 fr. 40 à titre de dommages-intérêts pour la période du 27 mai 2002 au 25 février 2004, 31'946 fr. 70 à titre de salaire variable en 2001 et 2002, 5'557 fr. 50 à titre de remboursement des primes d'assurance libre passage et 87'875 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif et/ou réparation morale) avec intérêt à 5 % l'an dès le 3 avril 2002, subsidiairement à l'annulation de la décision entreprise, avec suite de dépens pour toutes les instances. Y._ SA (l'intimée) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens. 