Fatti: A. Con atto del ..., iscritto a registro fondiario il ..., C.B._, comproprietario in ragione di 15/100, B.B._, comproprietario in ragione di 25/100, nonché A._ SA, comproprietaria in ragione di 60/100, su un determinato numero di fogli della proprietà per piani (PPP) insistente sulla particella lll RFD del Comune di X._, hanno proceduto allo scioglimento della comproprietà. In particolare, al termine dell'operazione la A._ SA si è vista attribuire le quote di PPP mmm, nnn, ooo, ppp, qqq, rrr, sss e ttt (diminuzione di 5,8 o/oo rispetto alla situazione precedente); B.B._ ha ricevuto le quote di PPP uuu, vvv e www (diminuzione di 8,5 o/oo rispetto alla situazione precedente); mentre a C.B._ sono state assegnate le quote di PPP yyy e xxx (aumento di 14,3 o/oo rispetto alla situazione precedente). Schematicamente, la situazione prima e dopo lo scioglimento può essere così riassunta: Quote PPP (numero e millesimi) A._ SA B.B._ C.B._ prima dopo prima dopo prima dopo mmm (27 o/oo) 60/100 100/100 25/100 - 15/100 - yyy (54 o/oo) 60/100 - 25/100 - 15/100 100/100 nnn (56 o/oo) 60/100 100/100 25/100 - 15/100 - ooo (36 o/oo) 60/100 100/100 25/100 - 15/100 - uuu (58 o/oo) 60/100 - 25/100 100/100 15/100 - ppp (41 o/oo) 60/100 100/100 25/100 - 15/100 - qqq (38 o/oo) 60/100 100/100 25/100 - 15/100 - xxx (38 o/oo) 60/100 - 25/100 - 15/100 100/100 vvv (43 o/oo) 60/100 - 25/100 100/100 15/100 - rrr (40 o/oo) 60/100 100/100 25/100 - 15/100 - www (20 o/oo) 60/100 - 25/100 100/100 15/100 - sss/ttt (67 o/oo) 60/100 100/100 25/100 - 15/100 - Nel contempo, la quota di PPP zzz (pari ad 82 millesimi), in comproprietà in ragione di 228/720 di A._ SA, di 95/720 di B.B._ e di 57/720 di C.B._, è stata riassegnata in ragione di 200/720 alla A._ SA (ulteriore diminuzione di 3,188 o/oo), di 120/720 a B.B._ (aumento di 2,847 o/oo) e di 60/720 a C.B._ (ulteriore aumento di 0,341 o/oo). B. La tassa d'iscrizione a Registro fondiario relativa all'operazione menzionata è stata notificata agli stessi con decisione del 19 agosto 2010 dell'Ufficio dei registri di X._. Per il calcolo del tributo dovuto in base alla legge ticinese del 16 ottobre 2006 sulle tariffe per le operazioni nel Registro fondiario (LTRF; RL/TI 4.1.3.1.2), quest'ultimo ha applicato due aliquote diverse: nella misura in cui ogni quota condominiale aveva cambiato proprietario, l'aliquota prevista per i trasferimenti a titolo oneroso (11 o/oo; art. 11 LTRF); nella misura in cui era rimasta dello stesso proprietario, l'aliquota ridotta (1,37 o/oo; art. 12 LTRF). Il calcolo dei millesimi passati di proprietà risulta dalla tabella che segue: Quote PPP (numero e millesimi) percentuale acquistata proprietario variazione mmm (27 o/oo) 40% A._ SA + 10.8 o/oo yyy (54 o/oo) 85% C.B._ + 45.9 o/oo nnn (56 o/oo) 40% A._ SA + 22.4 o/oo ooo (36 o/oo) 40% A._ SA + 14.4 o/oo uuu (58 o/oo) 75% B.B._ + 43.5 o/oo ppp (41 o/oo) 40% A._ SA + 16.4 o/oo qqq (38 o/oo) 40% A._ SA + 15.2 o/oo xxx (38 o/oo) 85% C.B._ + 32.3 o/oo vvv (43 o/oo) 75% B.B._ + 32.25 o/oo rrr (40 o/oo) 40% A._ SA + 16.0 o/oo www (20 o/oo) 75% B.B._ + 15.0 o/oo sss/ttt (67 o/oo) 40% A._ SA + 26.8 o/oo Come detto, nell'ambito della riassegnazione della quota di PPP n. zzz, di complessivi 82 o/oo e relativa all'autorimessa, B.B._ ha inoltre acquistato 2,847 o/oo (25/720 di 82 o/oo) mentre C.B._ ha da parte sua acquistato 0,341 o/oo (3/720 di 82 o/oo). Stabilito il totale dei millesimi acquistati 294.138, su un totale di complessivi 561.278 millesimi, e dato ad ogni millesimo un valore di fr. 25'000.-- - sulla base di un confronto con i prezzi di vendita degli altri appartamenti venduti, nel periodo da dicembre 2008 a luglio 2009 - ne è quindi risultato il seguente tributo: 11 o/oo (294,138 x 25'000.--) = fr. 80'888.-- 1,375 o/oo (267,140 x 25'000.--) = fr. 9'150.-- C. Il reclamo interposto dalla A._ SA, da B.B._ e da C.B._ contro la decisione dell'Ufficio dei registri è stato respinto il 29 dicembre 2010; la decisione resa su reclamo è stata quindi confermata sia dal Dipartimento delle istituzioni, con decisione del 26 aprile 2011, sia dalla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Canton Ticino, con sentenza del 26 settembre 2012. D. ll 23 ottobre 2012, A._ SA, B.B._ e C.B._ hanno impugnato il giudizio della Camera di diritto tributario con ricorso in materia di diritto pubblico davanti al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento dello stesso e il ricalcolo del tributo "tenuto conto che all'operazione si applica un'aliquota analoga a quella stabilita dall'art. 12 LTRF e che il valore da considerare per l'imposizione è quello di stima". Nel merito, fanno valere una violazione del principio dell'imposizione secondo la capacità economica (art. 127 Cost.), di quello dell'uguaglianza giuridica (art. 8 Cost.) e del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.). In corso di procedura, la Camera di diritto tributario e la Divisione della Giustizia hanno rinunciato a presentare osservazioni. Quest'ultima ha comunque domandato la conferma del giudizio impugnato. 