Faits: A. Par décision du 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports a approuvé, moyennant diverses charges et réserves, les plans portant sur la construction de la liaison ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse. Il a notamment rejeté l'opposition déposée contre ce projet par la Caisse d'assurance A._ en tant qu'il concernait les parcelles nos 3183, 1718 et 2996 de la commune de Genève-Plainpalais, propriété de la Ville de Genève, de l'Etat de Genève et des Services industriels de Genève. Le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours formé contre cette décision par la Caisse d'assurance A._ au terme d'un arrêt rendu le 20 octobre 2008. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Caisse d'assurance A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, de lui reconnaître la capacité d'ester en justice et la qualité pour recourir devant le Tribunal administratif fédéral contre la décision de l'Office fédéral des transports du 5 mai 2008 et de dire que les conclusions sur la transmission des demandes d'indemnisation à la Commission d'estimation fédérale sont recevables, respectivement de transmettre ces demandes à ladite commission. Elle conclut à titre subsidiaire au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral, respectivement à l'Office fédéral des transports pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif fédéral conclut au rejet du recours. Les Chemins de fer fédéraux suisses et l'Etat de Genève proposent de le déclarer irrecevable, subsidiairement de le rejeter dans la mesure où il est recevable. L'Office fédéral des transports n'a pas déposé d'observations. 