Sachverhalt: Sachverhalt: A. Der 1945 geborene W._ meldete sich am 10. Februar 2000 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Vom 26. Februar 2001 bis 30. Juni 2002 gewährte ihm die Invalidenversicherung eine Umschulung im Informatik-Bereich einschliesslich Praktikum bei der Firma B._ GmbH, allerdings ohne erfolgreichen Abschluss. Ab 1. Januar 2003 übernahm er bei der gleichen Firma ein Arbeitspensum von 30 % als Schulhaus- und technischer Abwart. In der Folge prüfte die IV-Stelle des Kantons Thurgau (nachfolgend: IV-Stelle) den Rentenanspruch und lehnte diesen mit Verfügung vom 14. April 2005 ab. In der dagegen erhobenen Einsprache beanstandete W._ insbesondere den zur Festsetzung des Invaliditätsgrades angestellten Einkommensvergleich. Mit Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 wurde die Einsprache in dem Sinne gutgeheissen, dass die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen und anschliessender Neuverfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen wurde. Hinsichtlich der Berechnung des Invaliditätsgrades wurde das in der Verfügung festgelegte Valideneinkommen von Fr. 41'898.- bestätigt und gleichzeitig festgehalten, beim Invalideneinkommen sei keine Kürzung mit Blick auf invaliditätsfremde, lohnmindernde Faktoren vorzunehmen, da der Versicherte durch seine selbstständige Erwerbstätigkeit freiwillig ein unterdurchschnittliches Einkommen in Kauf genommen habe. A. Der 1945 geborene W._ meldete sich am 10. Februar 2000 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Vom 26. Februar 2001 bis 30. Juni 2002 gewährte ihm die Invalidenversicherung eine Umschulung im Informatik-Bereich einschliesslich Praktikum bei der Firma B._ GmbH, allerdings ohne erfolgreichen Abschluss. Ab 1. Januar 2003 übernahm er bei der gleichen Firma ein Arbeitspensum von 30 % als Schulhaus- und technischer Abwart. In der Folge prüfte die IV-Stelle des Kantons Thurgau (nachfolgend: IV-Stelle) den Rentenanspruch und lehnte diesen mit Verfügung vom 14. April 2005 ab. In der dagegen erhobenen Einsprache beanstandete W._ insbesondere den zur Festsetzung des Invaliditätsgrades angestellten Einkommensvergleich. Mit Einspracheentscheid vom 8. Juni 2005 wurde die Einsprache in dem Sinne gutgeheissen, dass die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen und anschliessender Neuverfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen wurde. Hinsichtlich der Berechnung des Invaliditätsgrades wurde das in der Verfügung festgelegte Valideneinkommen von Fr. 41'898.- bestätigt und gleichzeitig festgehalten, beim Invalideneinkommen sei keine Kürzung mit Blick auf invaliditätsfremde, lohnmindernde Faktoren vorzunehmen, da der Versicherte durch seine selbstständige Erwerbstätigkeit freiwillig ein unterdurchschnittliches Einkommen in Kauf genommen habe. B. Mit der hiegegen erhobenen Beschwerde beantragte W._ die Zusprechung einer Dreiviertelsrente spätestens ab 1. September 2000, eventualiter die Rückweisung der Streitsache an die Vorinstanz. Er beanstandete die Nichtanwendung der ausserordentlichen Bemessungsmethode sowie im Rahmen des von der Verwaltung vorgenommenen Einkommensvergleichs die Höhe des Valideneinkommens, den dabei massgebenden Zeitpunkt und machte geltend, invaliditätsfremde Gesichtspunkte seien bei beiden Vergleichsgrössen gleichmässig zu berücksichtigen. Zudem enthalte der Einspracheentscheid die Anweisung an die IV-Stelle, nur die in den Erwägungen aufgeführten Punkte neu zu beurteilen, was bedeute, dass die übrigen Punkte, insbesondere die Festlegung des Valideneinkommens und Kürzung des Invalideneinkommens ohne Beschwerdeerhebung in Rechtskraft erwachsen würden und deshalb der Rückweisungsentscheid anfechtbar sei, auch wenn er mit dem Eventualantrag auf Aufhebung der ursprünglichen Verfügung durchgedrungen sei. Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau hiess mit Entscheid vom 1. März 2006 die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Sie erwog, gestützt auf die Ergebnisse der von der IV-Stelle im Einspracheentscheid in Aussicht gestellten weiteren medizinischen Abklärungen werde diese die Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit, das zumutbare Invalideneinkommen sowie den Beginn des Rentenanspruchs neu festzusetzen haben. Damit sei im Beschwerdeverfahren lediglich die anwendbare Bemessungsmethode und die Höhe des Valideneinkommens zu prüfen. Dabei kam die Rekurskommission zum Ergebnis, es sei nicht die ausserordentliche Bemessungs-, sondern mit der IV-Stelle die Einkommensvergleichsmethode anzuwenden; dabei betrage das Valideneinkommen indes Fr. 55'100.-. Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau hiess mit Entscheid vom 1. März 2006 die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Sie erwog, gestützt auf die Ergebnisse der von der IV-Stelle im Einspracheentscheid in Aussicht gestellten weiteren medizinischen Abklärungen werde diese die Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit, das zumutbare Invalideneinkommen sowie den Beginn des Rentenanspruchs neu festzusetzen haben. Damit sei im Beschwerdeverfahren lediglich die anwendbare Bemessungsmethode und die Höhe des Valideneinkommens zu prüfen. Dabei kam die Rekurskommission zum Ergebnis, es sei nicht die ausserordentliche Bemessungs-, sondern mit der IV-Stelle die Einkommensvergleichsmethode anzuwenden; dabei betrage das Valideneinkommen indes Fr. 55'100.-. C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die IV-Stelle die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides, soweit er die Festsetzung des Valideneinkommens betrifft. W._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet. 