Faits: A. Par contrat du 14 octobre 1975, Y._ Compagnie d'Assurances SA (ci-après: Y._) a cédé à H.X._, moyennant le paiement d'un loyer mensuel, l'usage d'un appartement de cinq pièces sis 31 chemin ..., à Genève. Le loyer a été fixé initialement à 11'040 fr. par an, charges non comprises, et porté en dernier lieu à 17'880 fr. par an, sans les charges, à compter du 1er octobre 1992. Ayant été transféré par son employeur au Kenya en 1977, H.X._ a laissé la jouissance de son appartement à ses parents jusqu'à leur entrée en EMS. A son retour en Suisse en 1981, il a tout d'abord logé dans un studio sous-loué à un ami, puis il a pris en location un appartement de sept pièces, sis 8 chemin ..., à Genève, où il vit encore actuellement. Par contrat du 27 novembre 1998, Y._ a remis à bail à H.X._ un garage dans le sous-sol de l'immeuble 29-31 chemin .... Le loyer a été fixé à 1'320 fr. par année. Par contrat du 26 août 1999, établi au nom de F.X._ et H.X._, mais signé par ce dernier uniquement, l'appartement, sis 31 chemin ..., a été sous-loué à la Mission permanente de A._ auprès des Nations-Unies. Le sous-loyer a été fixé à 5'500 fr. par mois, soit 66'000 fr. par année, charges comprises. Il a par la suite été porté à 5'800 fr. par mois, soit 69'600 fr. par année, charges comprises, dès le 1er septembre 2003, puis à 5'954 fr. par mois, soit 71'448 fr. par année, charges comprises, dès le 1er septembre 2005. Le 4 février 2000, H.X._ et F.X._ sont devenus locataires d'un autre garage dans l'immeuble sis 29-31 chemin .... Le 8 janvier 2001, le gérant de l'immeuble du 31 chemin ..., a demandé à H.X._ de lui faire parvenir le contrat de sous-location et de lui indiquer le loyer de sous-location actuel ainsi que le nom du sous-locataire. En réponse à ce pli, H.X._ a envoyé un faux contrat de bail qui faisait apparaître un sous-loyer mensuel de 2'200 fr. par mois, soit 26'400 fr. par année, charges comprises. En 2006, de manière fortuite, la bailleresse a eu connaissance du fait que le sous-loyer de l'appartement et du garage litigieux pratiqué par H.X._ était en réalité largement supérieur au montant ressortant du contrat communiqué. Par lettre de son avocat du 17 mars 2006, Y._, invoquant une tromperie, a résilié le bail de l'appartement et du garage pour le 30 avril 2006 et demandé la remise du gain obtenu frauduleusement par la sous-location. B. Seule est actuellement litigieuse devant le Tribunal fédéral la question de la remise du profit réalisé frauduleusement. Par demande en paiement du 18 janvier 2007, déclarée non conciliée et portée devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, Y._ a conclu à la condamnation des époux X._ à lui verser la somme de 274'832 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 31 mars 2003 (date moyenne), à titre de gain illicite perçu par eux du 1er septembre 1999 (début de la sous-location à la Mission permanente de A._ auprès des Nations-Unies) au 30 avril 2006 (fin de cette sous-location), ainsi qu'à la mainlevée définitive de l'opposition formée le 10 octobre 2006 au commandement de payer qui avait été notifié. Par jugement du 16 juin 2009, le Tribunal des baux et loyers a notamment débouté Y._ de ses conclusions en paiement. Saisie d'un appel, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice, par arrêt du 11 octobre 2010, a réformé le jugement attaqué. Elle a considéré que Y._ était fondée à réclamer, sur la base de l'art. 423 al. 1 CO, la différence entre le sous-loyer admissible et le sous-loyer pratiqué pendant la période allant du 1er novembre 2001 au 30 avril 2006. Elle a cependant renvoyé l'affaire au Tribunal des baux et loyers, afin qu'il statue sur le montant du sous-loyer admissible, compte tenu des prestations supplémentaires que H.X._ prétendaient avoir fournies au sous-locataire. La cause ayant été renvoyée au Tribunal des baux et loyers, Y._ a alors conclu devant cette juridiction au paiement, en capital, de la somme de 189'032 fr., prétention à laquelle le locataire s'est opposé en totalité. Par jugement du 20 mai 2011, le Tribunal des baux et loyers a condamné H.X._ à payer à Y._ la somme de 189'032 fr. avec intérêts à 5% dès le 31 janvier 2004, avec mainlevée de l'opposition à due concurrence. H.X._ ayant fait appel de cet arrêt, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice, par arrêt du 30 août 2012, a confirmé le jugement attaqué. C. H.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant la violation de nombreuses dispositions du droit fédéral, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au rejet de la demande en paiement dirigée contre lui, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale et plus subsidiairement à la constatation qu'il ne doit pas d'intérêts moratoires sur la somme allouée. Sa requête d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 29 octobre 2012. L'intimée propose le rejet du recours en tant qu'il est recevable. 