Sachverhalt: A. A._ wurde mit Urteil des Einzelrichters am Bezirksgericht Zürich vom 30. Januar 2007 des mehrfachen Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4) für schuldig befunden und mit einer Geldstrafe von 21 Tagessätzen zu Fr. 30.-- unter Aufschub des Vollzuges bestraft. Er legte gegen das Urteil des Einzelrichters Berufung ein. Die I. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich führte am 20. August 2007 die Berufungsverhandlung durch. Eingangs stellte A._ gegen Oberrichter Rolf Naef wegen Befangenheit resp. Anscheins der Befangenheit ein Ausstandsgesuch. Hintergrund des Ersuchens bildete der Umstand, dass Oberrichter Naef als Referent in der Berufungssache mit dem Rechtsvertreter des Beschuldigten anfangs Juli 2007 Kontakt aufgenommen und ihm mitgeteilt hatte, dass er gestützt auf die Akten wohl einen Antrag auf Abweisung der Berufung stellen werde. Durch dieses Vorgehen habe Oberrichter Naef den Anschein der Voreingenommenheit erweckt. Oberrichter Naef gab die gewissenhafte Erklärung im Sinne von § 100 Abs. 1 GVG ab, in der Sache nicht befangen zu sein. Mit Beschluss vom 10. Oktober 2007 wies die II. Strafkammer des Obergerichts das Ausstandsbegehren ab. Zur Begründung führt die Strafkammer aus, der Referent mache sich allein aufgrund der Akten ein vorläufiges Bild und dürfe diese Meinung kundtun. Der Ausgang des Verfahrens erscheine im Hinblick auf die spätere Berufungsverhandlung (mit der Anhörung des Beschuldigten und den Vorbringen des Rechtsvertreters) trotz der Meinungsäusserung noch als offen. Im vorliegenden Fall habe der Referent weder auf den Rechtsvertreter noch auf den Beschuldigten Druck ausgeübt. B. Gegen diesen Beschluss des Obergerichts hat A._ beim Bundesgericht am 29. Oktober 2007 Beschwerde in Strafsachen erhoben und die Aufhebung des angefochtenen Entscheides beantragt. Überdies ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Er rügt namentlich eine Verletzung von Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Zur Begründung macht er im Wesentlichen geltend, mit der Kontaktnahme und der entsprechenden Mitteilung habe Oberrichter Naef eine Haltung zum Ausdruck gebracht, die den Beschuldigten verunsichert, ihm den Rückzug der Berufung nahelegt und damit den Eindruck der Voreingenommenheit hinterlassen habe. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Oberrichter Naef beantragt mit ausführlicher Stellungnahme die Abweisung der Beschwerde und bestätigt seine gewissenhafte Erklärung. Der Beschwerdeführer hält in seiner Replik an Antrag und Begründung fest. 