Faits: A. A.a Le 1er avril 2003, Y._ a été engagé par X._ SA en qualité d'ingénieur-conseil et de vente. Son salaire mensuel brut s'élevait à 10'750 fr., payable au plus tard le 5ème jour du mois suivant. S'y ajoutait une indemnité forfaitaire mensuelle de 1'500 fr. pour les frais relatifs au bureau que l'employé louait à A._ (500 fr.) et à son véhicule privé (1'000 fr.). Le contrat pouvait être résilié de part et d'autre pour la fin d'un mois moyennant un délai de congé de trois mois, courant dès la réception de la déclaration de résiliation par son destinataire. Le 15 juillet 2003, X._ SA a constaté que la société n'avait toujours pas réussi à pénétrer le marché de la Suisse alémanique et a enjoint son employé de réagir au plus vite. Les 5 et 18 septembre 2003, la société a fait part à Y._ de certains griefs concernant son rythme de travail qui n'était pas suffisamment soutenu. Le 22 du même mois, l'employeur rappelait à son employé qu'il n'avait encore apporté aucun client à la société et relevait l'existence de « graves manquements ». A.b Par lettre datée du 29 septembre 2003, expédiée le lendemain, Y._ a été licencié pour « raisons économiques » avec effet au 30 novembre 2003. Le 3 octobre 2003, celui-ci indiquait à son employeur que le délai de résiliation était de trois mois. De nombreux échanges de correspondances ont fait suite. Y._ a perçu son salaire jusqu'au 13 novembre 2003. Le 15 de ce mois, un décompte récapitulatif des heures supplémentaires, des vacances non prises et des frais a été communiqué à X._ SA. A.c Le 18 mars 2004, Y._ a fait notifier à X._ SA - qui s'y est opposée - un commandement de payer la somme de 70'039 fr.75 fr., avec intérêts à 5% dès le 29 février 2004. B. Le 21 mars 2005, Y._ a ouvert action devant le juge des districts de Martigny et St-Maurice à l'encontre de X._ SA en vue d'obtenir le paiement de 6'155 fr.50, avec intérêts à 5% dès le 1er décembre 2003, sous déduction des charges sociales légales et contractuelles, à titre de salaire pour le mois de novembre 2003, de 10'750 fr., avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2004, sous déduction des charges sociales légales et contractuelles, à titre de salaire pour le mois de décembre 2003, de 33'928 fr.80 (9'000 fr. + 4'500 fr. + 14'124 fr.75 + 964 fr.25 + 2'030 fr.50 + 3'309 fr.30), avec intérêts à 5% dès le 15 août 2003, à titre de frais professionnels, et, enfin, de 3'830 fr.45, avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2004, à titre de salaire afférent aux vacances et aux heures supplémentaires non compensées. Le demandeur requérait aussi la mainlevée définitive de l'opposition faite au commandement de payer et réclamait la délivrance d'un certificat de travail attestant de la durée de son engagement, de la nature des activités exercées et de l'appréciation portée sur la qualité du travail fourni. Après clôture de l'instruction devant le juge de district, la Cour civile II du Tribunal cantonal a statué par jugement du 13 mars 2008. Les juges cantonaux ont prononcé que la défenderesse versera au demandeur un montant net de 37'525 fr.45 avec intérêts à 5%, dès le 6 décembre 2003 sur 5'484 fr.05 et dès le 15 août 2003 sur 32'041 fr.40. Les magistrats ont levé à due concurrence l'opposition formée au commandement de payer et prononcé que la défenderesse acquittera aux organes concernés les charges sociales sur le montant brut de 6'155 fr.50. Les motifs du jugement seront exposés ci-après dans la mesure utile à l'examen des griefs soulevés. C. C.a Contre ce prononcé, la défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle requiert la réforme du jugement du 13 mars 2008 en ce sens que les prétentions du demandeur sont intégralement rejetées et, à titre subsidiaire, qu'elles sont intégralement compensées par la créance en dommages-intérêts reconnue à la défenderesse. A titre plus subsidiaire, la défenderesse conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'il soit statué à nouveau dans le sens des considérants. Le demandeur propose le rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Quant à l'autorité cantonale, elle se réfère aux considérants de son jugement. C.b Par ordonnance présidentielle du 23 mai 2008, l'effet suspensif au recours a été rejeté. 