Sachverhalt: A. X._ wurde ab Februar 2000 mit einem Pensum von 70 % als Pflegeexpertin im Zentrum für Entwicklung und Forschung Pflege am Universitätsspital Zürich (USZ) angestellt und in der Lohnklasse 18 eingereiht. Per 1. Juli 2001 wurde sie in die Lohnklasse 19 gehoben. B. Am 28. Mai 2002 ersuchte X._ um eine Neueinreihung in die Lohnklasse 20 und um entsprechende Lohnnachzahlungen, die sie für den Zeitraum von Februar 2000 bis und mit April 2002 auf Fr. 25'420 berechnete. Sie begründete das Gesuch zum einen mit dem die Einreihung von Krankenschwestern betreffenden Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. Januar 2001, gemäss welchem die Anhebung der Funktion einer Diplomierten Krankenschwester zu einer entsprechenden Aufwärtsbewegung der gesamten Hierarchie im Pflegebereich führen müsste, und zum andern mit ihrem pflegewissenschaftlichen Studium. Mit Verfügung vom 8. Juli 2003 stellten die Gesundheits- und die Finanzdirektion des Kantons Zürich fest, dass die Einreihung von X._ nicht diskriminierend sei, und wiesen das Begehren um Lohnnachzahlung ab. Nach Massgabe der sogenannten Vereinfachten Funktionsanalyse (abgekürzt VFA) wurde für X._ ein Arbeitswert von 454 Punkten ermittelt, was dem mittleren Bereich der Lohnklasse 18 entspreche. Als Referenzfunktionen seien jene der Oberschwester und der Berufsschullehrerin für Spitalberufe heranzuziehen, die in die Lohnklassen 17 bis 19 bzw. 18 und 19 einzureihen seien. Mit der Lohnklasse 19 sei X._ korrekt eingereiht. C. Mit Rekurs vom 15. September 2003 an den Regierungsrat beantragte X._ eine reduzierte Lohnnachzahlung von Fr. 10'541.65 mit Zins zu 5 % ab 28. Mai 2002. Sie beharrte nicht mehr auf einer Einreihung in die Lohnklasse 20, erachtete aber die von Februar 2000 bis Ende Juni 2001 dauernde Einreihung in die Lohnklasse 18 - unter Verweis auf das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2001 - als diskriminierend und stützte die Nachzahlungsforderung darauf ab. Mit Beschluss vom 7. März 2007 wies der Regierungsrat den Rekurs von X._ ab. Dabei erwog er unter anderem, bereits mit Beschluss vom 15. November 2000 die Departemente aus Marktüberlegungen dazu ermächtigt zu haben, Neueinreihungen des Pflegepersonals in Aussicht zu stellen. Hauptgrund für die Neueinreihung per 1. Juli 2001 sei denn auch die Personalknappheit gewesen. Das danach ergangene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2001 habe sodann angeordnet, zur Behebung der Diskriminierung die Einreihung Diplomierter Krankenpflegerinnen und -pfleger um zwei Lohnklassen und jene der Stationsschwester um eine Lohnklasse anzuheben. Gleichzeitig habe das Verwaltungsgericht das Verfahren der Vereinfachten Funktionsanalyse (VFA) als massgeblich und grundsätzlich nicht diskrimierend erklärt. Beim oberen Kader sei es nicht um Fragen der Gleichstellung, sondern darum gegangen, die bewährte Hierarchie in den Spitälern zu erhalten. Auch wenn der Regierungsratsbeschluss vom 16. Mai 2001 bezweckt habe, die aufgrund des Urteils des Verwaltungsgerichts erforderlichen Anpassungen vorzunehmen, habe der Kanton bei dieser Gelegenheit auch Lohnerhöhungen vorgenommen, die sich nicht zwingend aus dem Urteil des Verwaltungsgerichts ergeben hätten, weshalb von der per 1. Juli 2001 erfolgten Einreihung in der Lohnklasse 19 nicht einfach auf den diskriminierenden Charakter der früheren Einreihung in der Lohnklasse 18 geschlossen werden dürfe. lm Übrigen werde die nicht diskriminierende Einreihung von X._ auch aufgrund der VFA gestützt, zumal die beiden Referenzfunktionen in den Lohnklassen 17 bis 20 eingestuft seien. Der aus der VFA resultierende Arbeitswert von 454 Punkten entspreche dem mittleren Bereich der Lohnklasse 18. D. Am 11. April 2007 erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches das Rechtsmittel mit Entscheid vom 20. August 2008 abwies. Dabei erwog es unter anderem, die kon-krete Bewertung der einzelnen Kriterien im Rahmen der VFA werde nicht beanstandet, jedoch die Berechnung der korrespondierenden Arbeitswerte. Diese seien in der ursprünglichen Verfügung mit 454 Punkten ermittelt, dann aber von der Finanzdirektion in ihrer Vernehmlassung auf 462 Punkte korrigiert worden. Nach Auffassung von X._ würden die Arbeitswerte 468 bzw. 479.25 Punkte betragen. Aus den früheren Urteilen des Verwaltungsgerichts lasse sich hinsichtlich der Funktion einer Pflegeexpertin keine geschlechtsspezifische Lohnbenachteiligung ableiten, zumal diese Tätigkeit mit 3,5 Punkten bezüglich des Kriteriums 1 deutlich über der Bewertung von Polizeisoldaten mit 2,5 Punkten Iiege. Die Höhereinreihung der oberen Kader sei weniger aus Gleichstellungsüberlegungen, sondern vielmehr aus einem Quervergleich mit den übrigen Funktionen der Pflegekette erfolgt, um die bewährten Hierarchien in den Spitälern zu erhalten. Eine im Vergleich zur in der Klinik tätigen Pflegeexpertin höhere Einstufung sei keine Frage der geschlechtsspezifischen Diskriminierung, sondern des allgemeinen Rechtsgleichheitsgebotes, dessen Verletzung keinen Anspruch auf rückwirkende Lohnzahlungen begründe. Angesichts des in der Ausgestaltung von Besoldungsordnungen zwangsläufigen Spielraums liege eine Ungleichbehandlung von knapp 7 %, wie sie die Beschwerdeführerin behaupte, noch im Rahmen des Zulässigen. E. X._ hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, eventuell Verfassungsbeschwerde erhoben. Neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheids beantragt sie, der Kanton Zürich sei zu verpflichten, ihr Lohnnachzahlungen im Betrag von CHF 10'541.65 zuzüglich 5 % Zins seit dem 28. Mai 2002 zu leisten. F. Das Verwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Gesundheits- und die Finanzdirektion schliessen auf Beschwerdeabweisung. Das Eidgenössische Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde beantragt die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz, damit diese ein Gutachten zur Klärung des Arbeitswerts anordnet. Die Beschwerdeführerin nahm zur Vernehmlassung der Gesundheitsdirektion nochmals Stellung. 