Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer der mit einem Wohnhaus überbauten Parzelle Kat.-Nr. 1554 in Bubikon, deren Südwest-Grenze an die Kämmoosstrasse stösst. Am 6. Juni 2002 setzte die Baudirektion des Kantons Zürich das Projekt für die Erstellung eines Rad- und Gehwegs entlang dem talseitigen bzw. nordöstlichen Rand der Kämmossstrasse für den Teilbereich zwischen der Ritterhausstrasse und der Wolfhauserstrasse fest. Dort liegt auch die Parzelle Kat.-Nr. 1554. In der Folge wurde der Rad- und Gehweg teilweise erstellt, nicht aber im Bereich der Parzelle von X._, mit dem keine gütliche Einigung zustande kam. Im Juni 2008 wurde ein separates Planauflageverfahren nach §§ 15 ff. des kantonalen Strassengesetzes vom 27. September 1981 (StrG; LS 722.1) eröffnet. X._ erhob Einsprache. Mit Entscheid vom 23. November 2009 hielt die Baudirektion an ihrem mit Verfügung vom 6. Juni 2002 festgesetzten Projekt fest und wies die Einsprache von X._ ab, soweit sie darauf eintrat. Sie lud zudem das Immobilienamt ein, den Landerwerb gemäss §§ 18 ff. StrG durchzuführen, nötigenfalls auf dem Wege der Expropriation, und die Anstösserbeiträge zu erheben. Die von X._ dagegen beim Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie letztinstanzlich beim Bundesgericht eingelegten Rechtsmittel blieben erfolglos (Urteil des Bundesgerichts 1C_277/2011 vom 26. September 2011). Nachdem eine am 2. November 2011 durchgeführte Einigungsverhandlung gescheitert war, wurde ein Schätzungsverfahren eingeleitet. Die Schätzungskommission in Abtretungsstreitigkeiten des Kantons Zürich, 3. Kreis, führte am 29. Juni 2012 beim Grundstück von X._ eine Schätzungsverhandlung mit Augenschein durch. X._ nahm nicht daran teil. Der Kanton Zürich beantragte an der Verhandlung, es sei für die Landabtretung im Umfang von ca. 120 m2 ein Landpreis von Fr. 405.--/m2 festzusetzen und es sei X._ zu verpflichten, dem Kanton Trottoirbeiträge im Umfang von Fr. 8'625.-- zu bezahlen. Die Schätzungskommission hiess am 29. Juni 2012 die Klage des Kantons gut, verpflichtete diesen zu einer Abtretungsentschädigung von insgesamt Fr. 48'600.-- und X._ zu einem Trottoirbeitrag von Fr. 8'625.--. Das Verwaltungsgericht hiess einen dagegen von X._ erhobenen Rekurs mit Urteil vom 7. Februar 2013 teilweise gut und hob die Pflicht zur Zahlung eines Trottoirbeitrags auf. Im Übrigen wies es den Rekurs ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 8. April 2013 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache sei an die Schätzungskommission zurückzuweisen. Er macht geltend, die Abtretungsentschädigung von Fr. 48'600.-- sei zu tief. Das Verwaltungsgericht und die Schätzungskommission beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. 