Sachverhalt: A. A X._ betrieb im Jahr 2005 in C._ eine Zahnarztpraxis. Seine Ehefrau, ebenfalls Zahnärztin, arbeitete in der Praxis mit, wofür ihr gemäss Jahresrechnung 2005 ein Lohn von Fr. 16'800.-- ausgerichtet wurde. Diesen Betrag deklarierte das Ehepaar auch als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit der Ehefrau. Bei der Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern 2005 setzte die Steuerverwaltung den Sonderabzug aufgrund Erwerbstätigkeit beider Ehegatten (sog. Zweitverdienerabzug) auf Fr. 1'680.-- (10 Prozent des Einkommens der Ehefrau) fest, während sie in den Jahren zuvor jeweils einen Abzug von Fr. 5'000.-- zugelassen hatte. Die Einsprache, die das Ehepaar X._ gegen die Veranlagung 2005 erhob, wurde am 30. Oktober 2006 bezüglich des Zweitverdienerabzugs abgewiesen. Gleich entschied am 25. Juni 2007 die Steuerrekurskommission des Kantons Glarus. Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus hiess dagegen am 29. Oktober 2008 die Beschwerde der Eheleute X._ gut und liess als Zweitverdienerabzug bei den Staats- und Gemeindesteuern 2005 den Betrag von Fr. 5'000.-- zu. Es wies die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung zurück. B. Die Steuerverwaltung des Kantons Glarus beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 24. November 2008, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. Oktober 2008 aufzuheben und die Veranlagung gemäss Einspracheentscheid vom 5. September 2007 (recte: 30. Oktober 2006) vorzunehmen. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde. Denselben Antrag stellen sinngemäss die Beschwerdegegner. Die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet. 