Fatti: A. Con istanza del 30 settembre 2010, la società anonima B._ SA si è rivolta alla Pretura del distretto di Lugano per ottenere il rigetto in via definitiva dell'opposizione interposta dalla società anonima A._ SA al precetto esecutivo xxx dell'Ufficio esecuzione e fallimenti di Lugano, relativo ad un importo di fr. 6'324.85 oltre accessori. A sostegno dell'istanza, l'escutente ha prodotto i seguenti documenti: la fattura del 12 febbraio 2010 riferita alla fornitura di elettricità per il periodo dal 17.10.2009 al 26.01.2010 di fr. 3'700.70; la fattura del 19 aprile 2010 riferita alla fornitura di elettricità per il periodo dal 27.01.2010 al 13.04.2010 di fr. 2'564.16; la comminatoria di pagamento "con interruzione della fornitura di energia elettrica" del 9 luglio 2010, mediante la quale la procedente fissava all'escussa un ultimo termine di pagamento di 15 giorni, avvertendola che in caso di mancato reclamo al Consiglio di Stato la comminatoria sarebbe stata equiparata ad una decisione giudiziale definitiva ex art. 80 cpv. 2 LEF; la dichiarazione del 6 settembre 2010 del Servizio dei ricorsi del Consiglio di Stato attestante che, nei termini di legge, non era stato interposto alcun reclamo contro la comminatoria menzionata. Con decisione del 18 maggio 2011, il Pretore del Distretto di Lugano ha accolto l'istanza e respinto l'opposizione in via definitiva. B. L'impugnativa interposta dalla A._ SA contro detta decisione è stata respinta dalla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello con sentenza del 29 luglio 2011. B.a Così come il Pretore, la Corte cantonale ha ritenuto dati gli estremi per applicare l'art. 80 cpv. 2 n. 3 vLEF, norma in vigore al momento dell'inoltro dell'istanza di rigetto e che - nella misura prevista dal diritto cantonale - parificava decisioni di autorità amministrative cantonali riguardanti obbligazioni fondate sul diritto pubblico a sentenze esecutive. B.b Constatato come l'art. 28 della legge ticinese di applicazione della LEF (LALEF; RL/TI 3.5.1.1) - pure in vigore al momento dell'inoltro dell'istanza - prevedesse un simile riconoscimento per tutte le decisioni definitive di autorità amministrative cantonali, comunali o d'altra natura riguardanti obbligazioni fondate sul diritto pubblico, ha considerato che ciò dovesse essere il caso anche nella fattispecie. Richiamandosi agli art. 2a e 40 della legge ticinese sulla municipalizzazione dei servizi pubblici (LMSP; RL/TI 2.1.3.1) - che si riferiscono alle aziende municipalizzate distributrici di energia e deferiscono le contestazioni tra le stesse o eventuali concessionarie e i loro utenti alla via del reclamo davanti al Consiglio di Stato - essa ha in effetti ritenuto che il rapporto tra la B._ SA e la A._ SA fosse retto dal diritto pubblico e che, in qualità di prestatore di un servizio di utilità pubblica, la B._ SA fosse pure legittimata a richiamarsi al carattere di decisione amministrativa della comminatoria, non ulteriormente impugnata, fatta intimare alla A._ SA. B.c Contrariamente a quanto sostenuto dalla A._ SA, ha infine osservato che il giudizio del Pretore non contrastava nemmeno con la legge federale del 23 marzo 2007 sull'approvvigionamento elettrico (LAEl; RS 734.7), in vigore dal 1° gennaio 2008. C. Con ricorso in materia civile del 6 settembre 2011, la A._ SA (nel seguito: ricorrente) chiede al Tribunale federale l'annullamento della decisione della Camera di esecuzione e fallimenti e la sua riforma nel senso che l'istanza di rigetto in via definitiva dell'opposizione sia respinta. Sostiene infatti che in base alla legge federale sull'approvvigionamento elettrico, che prevede la liberalizzazione del mercato dell'elettricità, i rapporti tra fornitori e consumatori di energia elettrica sarebbero oggi sottoposti esclusivamente al diritto privato, motivo per cui il richiamo alle menzionate norme, segnatamente della legge ticinese sulla municipalizzazione dei servizi pubblici, contrasterebbe con la legge federale sull'approvvigionamento elettrico e quindi con il principio della preminenza del diritto federale. In data 8 settembre 2011, l'effetto sospensivo richiesto è stato negato. Chiamata ad esprimersi, la B._ SA (nel seguito: opponente) ha domandato che il ricorso venga respinto. La Camera di esecuzione e fallimenti si è per contro rimessa al giudizio di questa Corte. 