Fatti: A. La A._, impresa d'impianti sanitari e di riscaldamenti, ha effettuato una serie di lavori per l'architetto B._, per i quali ha emesso, tra l'altro, 13 fatture, rimaste scoperte per un importo complessivo di fr. 210'143.95. B. Il 5 febbraio 2004 la A._ ha promosso causa dinanzi alla Pretura della giurisdizione di Mendrisio-Nord chiedendo a B._ il pagamento dell'importo di fr. 210'143.95 oltre accessori nonché il rigetto dell'opposizione interposta dal convenuto al precetto esecutivo n. 608296 dell'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Mendrisio. L'attrice sosteneva di aver eseguito correttamente i lavori commissionatile, che non avrebbero mai dato adito a contestazioni da parte del convenuto. Questi ha chiesto il rigetto della petizione sollevando l'eccezione di prescrizione, eccependo la difettosità dell'opera e contestando genericamente l'ammontare di tutte le fatture. Con le sue conclusioni l'attrice, dato atto dell'intervenuta prescrizione di alcune pretese, ha ridotto la propria domanda a fr. 158'886.55. C. C.a Statuendo il 5 maggio 2008 il Pretore ha accolto la petizione. Ritenute applicabili le norme sul contratto d'appalto, il primo giudice ha rilevato che la contestazione verteva sull'ammontare della mercede e sull'esistenza di difetti. In merito all'ammontare della remunerazione, rilevato che l'attrice non ne aveva fornito la prova diretta, il Pretore ha esaminato l'atteggiamento del convenuto alla luce delle regole della buona fede, evidenziando che prima dell'avvio della procedura giudiziaria egli non aveva mai sollevato contestazioni, riconoscendo quindi le pretese dell'attrice. Quanto ai difetti, il primo giudice ha constatato che gli stessi mai erano stati notificati. C.b Adita da B._, il 30 luglio 2009 la II Camera civile del Tribunale d'appello ha accolto l'appello contro la decisione pretorile e respinto la petizione. D. Il 7 settembre 2009 la A._ è insorta davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. Essa postula la riforma della sentenza impugnata nel senso di confermare la decisione emanata in prima istanza. Con osservazioni del 5 ottobre 2009 B._ ha proposto di respingere il ricorso. L'autorità cantonale non ha presentato osservazioni. La richiesta di concessione dell'effetto sospensivo al gravame formulata contestualmente al ricorso è stata accolta con decreto presidenziale del 12 ottobre 2009. 