Sachverhalt: A. X._ realisierte ab 2001 auf den Parzellen Kat.-Nr. 573, 574 und 575 an der Kreuzung Püntstrasse/Schleinikonerstrasse in Oberweningen in drei Etappen eine Arealüberbauung mit insgesamt neun Mehrfamilienhäusern und Unterflursammelgaragen. Die Bauparzellen liegen über dem zur Trinkwassergewinnung genutzten Wehntalergrundwasserstrom im Gewässerschutzbereich A. Der Gemeinderat von Oberweningen bewilligte die erste Etappe am 12. Dezember 2000 und die zweite am 12. November 2002. Mit Verfügungen vom 22. Mai 2002 und vom 18. November 2002 erlaubte die Baudirektion des Kantons Zürich X._, Bauteile im Grundwasser bis auf die Kote 456.9 m ü. M., Liftschächte, Kanalisationen, Pumpenstümpfe und dergleichen etwas tiefer, zu erstellen, sowie den Grundwasserspiegel für die Dauer der Bauarbeiten abzusenken. Weiter wurden die von der Baudirektion des Kantons Zürich erlassenen "Bedingungen für Grundwasserabsenkungen vom April 1999" massgeblich erklärt mit Ausnahme der Hinterfüllungen unterhalb des Grundwasserspiegels betreffenden Ziff. 4, für die eine spezielle Regelung getroffen wurde. Die Verlegung von Sickerleitungen und die Verwendung von Sickerbeton unterhalb des Hochwasserspiegels (Verfügung vom 22. Mai 2002) bzw. die Verwendung von Sickerbeton im Bereich von wasserführenden Schichten (Verfügung vom 18. November 2002) wurden untersagt. B. Am 14. Dezember 2004 erteilte die Baudirektion X._ für die Realisierung der dritten Bauetappe die Bewilligung, Bauteile im Grundwasser bis zu einer bestimmten Kote zu erstellen und den Grundwasserspiegel für die Dauer der Bauzeit abzusenken. In Dispositiv-Ziff. III. ordnete es an: "Die heutige, widerrechtliche, permanente Begrenzung des Grundwasserspiegels mittels der bestehenden Sickerleitungen der Bauetappen 1 und 2 auf den Grundstücken Kat.-Nrn. 574 und 575, Püntstrasse, Oberweningen, ist umgehend zu beheben. Bis spätestens 28. Februar 2005 ist dem AWEL Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft des Kantons Zürich im Sinne der Erwägungen ein Sanierungskonzept zur Genehmigung einzureichen". Diese Verfügung wurde X._ von der Gemeinde Oberweningen am 25. Januar 2005 zusammen mit der Baubewilligung eröffnet und zu deren integrierendem Bestandteil erklärt. X._ focht diese Verfügung der Baudirektion bei der Baurekurskommission IV des Kantons Zürich an und beantragte, Dispositiv-Ziff. III. aufzuheben. Diese trat am 10. Juni 2005 auf den Rekurs mangels Zuständigkeit nicht ein und überwies die Sache dem Regierungsrat zur Beurteilung. Dieser wies den Rekurs am 11. Februar 2009 ab, soweit er nicht (in Bezug auf die Beschränkung der aufschiebenden Wirkung des Rekurses auf Dispositiv-Ziff. III. der angefochtenen Verfügung) gegenstandslos geworden war. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde von X._ gegen diesen regierungsrätlichen Entscheid am 26. August 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass er nicht verpflichtet sei, der Baudirektion ein Sanierungskonzept gemäss ihrer Verfügung vom 14. Dezember 2004 einzureichen. Eventualiter sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschie-bende Wirkung zuzuerkennen. D. Am 23. November 2009 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. E. Das AWEL beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Nach der Vernehmlassung des Bundesamts für Umwelt (BAFU) ist der angefochtene Entscheid bundesrechtskonform. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Das AWEL hält die Eingabe des BAFU für schlüssig und verzichtet auf weitere Ausführungen. X._ hält an der Beschwerde fest. 