Sachverhalt: A. Am 15. Dezember 2010, circa 17.25 Uhr, fuhr X._ mit dem Personenwagen auf der Autostrasse A4 von Winterthur in Richtung Schaffhausen. Kurz vor der Überführung Lotterbuck bei Henggart reduzierte er seine Geschwindigkeit aufgrund einer Kolonnenbildung auf circa 20-30 km/h. In der Folge kam es (trotz eingeleiteter Vollbremsung) zu einer Auffahrkollision mit dem vor ihm fahrenden Personenwagen. An beiden Fahrzeugen entstand Sachschaden. Zudem erlitt der Fahrer des vorderen Fahrzeugs Verletzungen. B. Mit rechtskräftigem Strafbefehl vom 7. Februar 2011 des Statthalteramtes des Bezirks Andelfingen wurde X._ (nachfolgend: Lenker) der einfachen Verkehrsregelverletzung für schuldig befunden und (gestützt auf Art. 90 Ziff. 1 SVG) mit einer Busse von Fr. 220.-- bestraft. C. Am 18. Mai 2011 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich dem Lenker (wegen eines mittelschweren Falles einer SVG-Widerhandlung) den Führerausweis für die Dauer von vier Monaten. Einen dagegen gerichteten Rekurs wies die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. Mai 2012 ab. Eine vom Lenker erhobene Beschwerde entschied das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, Einzelrichter, am 25. September 2012 ebenfalls abschlägig. D. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts gelangte X._ mit Beschwerde vom 7. November 2012 an das Bundesgericht. Er beantragt (neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheides) die Ausfällung einer Verwarnung, eventualiter eines einmonatigen Führerausweisentzuges (wegen einer leichten SVG-Widerhandlung). Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die kantonale Sicherheitsdirektion und das Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen je auf Abweisung der Beschwerde. Mit Verfügung vom 3. Dezember 2012 erkannte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu. 