Fatti: A. Il progetto di galleria di base del San Gottardo per una linea delle Ferrovie federali svizzere (FFS) tra l'area di Altdorf/Erstfeld e quella di Bodio/Biasca fa parte dei grandi progetti disciplinati dal decreto federale del 4 ottobre 1991 concernente la costruzione di una ferrovia transalpina (decreto sul transito alpino;2,1 RS 742.104; cfr. art. 5bis lett. a di tale decreto). Per l'attuazione dell'attacco intermedio di Faido è stata ordinata dal Dipartimento federale dei trasporti, delle telecomunicazioni e dell'energia (ora: Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni, DATEC) una procedura di approvazione dei piani combinata con una procedura di espropriazione, aperta il 25 ottobre 1995 dalla Commissione federale di stima del 13° circondario (CFS). La società AlpTransit San Gottardo SA (in seguito: AlpTransit), costituita nel 1998, è nel frattempo subentrata alle FFS nell'attuazione dell'intero progetto ed i piani sono stati approvati dal DATEC il 4 maggio 1999. In seguito alle opposizioni presentate contro il progetto originale, il 6 marzo 1998 è stata aperta un'ulteriore procedura combinata relativa a modifiche dei piani riguardanti il trasporto e la gestione del materiale, nonché la realizzazione a Polmengo dell'impianto per la lavorazione degli inerti per il calcestruzzo, compresa la creazione di un deposito intermedio e una diversa disposizione delle installazioni di cantiere. Con decisioni del 30 giugno e del 2 novembre 2000, il DATEC ha approvato i piani modificati e, con decisione del 17 gennaio 2001, ha approvato i progetti di dettaglio concernenti l'accompagnamento ambientale e la protezione del suolo. B. A._ è proprietario a Mairengo, nella frazione di Polmengo di sopra, accanto alla linea ferroviaria, del fondo part. n. 341, inserito nella zona residenziale primaria del piano regolatore comunale con grado II di sensibilità al rumore. Sul fondo, di complessivi 1826 m2, sorgono una casa di abitazione bifamiliare, edificata nel 1986, ed un'autorimessa. Dirimpetto alla particella, separato dalla strada cantonale, è ubicato il cantiere AlpTransit dell'attacco intermedio di Faido, un vasto comprensorio confinante per una lunghezza di oltre 800 m con il tracciato stradale, costituito da sette aree adibite all'accesso alla discenderia, al deposito intermedio, alla gestione, alla lavorazione e al trasporto del materiale di scavo della galleria. Durante l'udienza di discussione e di sopralluogo del 28 settembre 1998 dinanzi alla CFS A._ ha rinunciato a fare valere le pretese notificate cautelativamente il 17 febbraio 1993 riguardo ai lavori preparatori per la galleria di base (cunicolo di sondaggio di Piora), che sarebbero state considerate come tempestiva notifica per le immissioni causate dalla realizzazione delle opere oggetto delle procedure espropriative aperte il 25 ottobre 1995 ed il 6 marzo 1998. Dal canto suo AlpTransit ha esplicitamente rinunciato ad invocare la prescrizione o la perenzione. C. I lavori di costruzione, che si protrarranno per più di un decennio, sono iniziati il 1° novembre 1999. Il 28 dicembre 2000 A._ si è aggravato dinanzi alla CFS, chiedendo il versamento di un'indennità per gli inconvenienti causati dalle immissioni eccessive di rumore e polvere provocate dal cantiere di Polmengo. All'udienza di conciliazione del 17 aprile 2001, le parti si sono dichiarate disposte a risolvere consensualmente la vertenza e, nel contempo, hanno preso atto dell'eventuale designazione da parte della CFS di uno o più periti incaricati di verificare le misurazioni effettuate da AlpTransit sull'inquinamento fonico ed atmosferico. Nel seguito, la CFS ha fatto capo, per la questione fonica, alla consulenza del fisico acustico dott. B._ e, per l'aspetto delle polveri, a quella del dott. C._, funzionario dell'Ufficio della protezione dell'aria del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino. Dopo lo stralcio dai ruoli di tre analoghe procedure concernenti fondi vicini per intervenuta transazione sulle indennità, la CFS ha proposto, durante l'udienza per incombenti del 14 novembre 2003, di liquidare la controversia con il versamento da parte di AlpTransit di un'indennità fr. 50'000.--. Ritenuta la mancata adesione dell'espropriante, la CFS ha statuito sulla causa con decisione del 10 marzo 2004, riconoscendo all'espropriato e a carico di AlpTransit un'indennità di fr. 70'000.--, oltre interessi, per le immissioni provocate dal cantiere dell'attacco intermedio di Faido-Polmengo. D. Con sentenza del 31 gennaio 2005 il Tribunale federale ha accolto un ricorso di diritto amministrativo di AlpTransit contro la decisione della CFS e dichiarato privo di oggetto un ricorso adesivo dell'espropriato. Ravvisata una violazione del diritto di essere sentito dell'espropriante, questa Corte ha annullato il giudizio della CFS e le ha rinviato gli atti per una nuova decisione dopo avere garantito all'interessata il diritto di di esprimersi (causa 1E.8/2004, parzialmente pubblicata in: RtiD II 2005, n. 32, pag. 168 segg.). E. Riassunta la causa e concesso alle parti il diritto di essere sentito, la CFS ha nuovamente statuito sulla vertenza con decisione dell'11 aprile 2005, ribadendo l'indennità a favore dell'espropriato di fr. 70'000.--, oltre interessi. Viste la portata e l'importanza dell'opera ferroviaria, la CFS ha ritenuto inevitabili le immissioni dovute ai lavori di costruzione ed eccessive, nonché oggettivamente eccezionali, le molestie causate dal cantiere, per il quale è prevista una durata di dodici anni. In considerazione della situazione dei luoghi e dell'ubicazione della particella interessata, ha poi rilevato che la natura, l'intensità e la varietà delle immissioni risultavano straordinarie e incompatibili con la zona residenziale destinata ad abitazioni primarie. Secondo la CFS, il proprietario aveva quindi diritto a un'indennità che doveva essere corrisposta in denaro: accertato per il terreno e le costruzioni un valore complessivo, senza immissioni, di fr. 690'000.--, la CFS ha riconosciuto - tenuto conto della durata del cantiere - una svalutazione del fondo del 10 %, pari quindi a fr. 69'000.--. Tale importo risultava inoltre confermato dalla stima a reddito, tenendo conto di una perdita di reddito dovuta alle immissioni del 40 % nei primi tre anni e del 20 % nei nove anni successivi, corrispondente a complessivi fr. 71'000.--. Ponderando i due valori la CFS ha quindi fissato l'indennizzo in fr. 70'000.--. F. AlpTransit impugna questa decisione con un ricorso di diritto amministrativo dell'11 maggio 2005 al Tribunale federale, chiedendo di constatare che le emissioni del cantiere non sarebbero, sin dall'inizio, eccessive e non comporterebbero quindi il versamento di indennità espropriative. La ricorrente contesta pure l'ammontare dell'indennizzo e degli interessi stabiliti dalla CFS. Essa fa valere la violazione del diritto federale, l'eccesso e l'abuso del potere di apprezzamento, l'accertamento inesatto e incompleto di fatti giuridicamente rilevanti e l'inadeguatezza della decisione impugnata. Postula altresì l'esperimento di un sopralluogo. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi. G. Il 2 giugno 2005 l'espropriato ha introdotto un ricorso adesivo con il quale ha postulato di aumentare l'indennità a fr. 140'000.--. Con la risposta al ricorso principale egli ha chiesto di respingerlo. Nelle osservazioni al ricorso adesivo, l'espropriante ha contestato le allegazioni dell'espropriato chiedendone la reiezione. La CFS, preso atto del ricorso principale e di quello adesivo, ha comunicato di riconfermarsi nella propria decisione. H. Con decreti del 9 novembre e del 14 dicembre 2005 il giudice delegato ha designato l'arch. D._ e l'ing. E._, membri della Commissione superiore di stima, a fungere da periti. Il 28 aprile 2006 una delegazione del Tribunale federale ha esperito, con i periti e alla presenza delle parti, un sopralluogo presso il cantiere di Polmengo e la proprietà A._. Al termine dello stesso si è inoltre tenuta un'udienza di istruzione. Le parti si sono in seguito espresse sul verbale del sopralluogo e dell'udienza. 