Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern wirft X._ vor, A.Y._ Ende September 2009 im Untergeschoss eines Mehrfamilienhauses in Unterseen vergewaltigt zu haben. B. Das Kollegialgericht Oberland sprach X._ am 11. Mai 2012 vom Vorwurf der Vergewaltigung frei. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern und A.Y._ legten Berufung ein. Das Obergericht des Kantons Bern erkannte X._ am 15. März 2013 der Vergewaltigung schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten unter Anrechnung der Haft von sechs Tagen bei einer Probezeit von zwei Jahren. Das Obergericht verpflichtete X._, A.Y._ eine Genugtuung von Fr. 7'000.-- zu bezahlen, im Mehrbetrag wies es die Schadenersatzansprüche ab. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern sei aufzuheben, und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung sowie um Erteilung der aufschiebenden Wirkung. 