Fatti: A. Il 18 marzo 2013 A._, al suo dire azionista unico della B._SA, ha denunciato il Procuratore generale (PG) John Noseda, in relazione a uno scritto del 20 febbraio 2013 con il quale il magistrato, richiamando un rapporto di polizia, chiedeva tra l'altro al Municipio di X._ di trasmettergli una relazione scritta allo scopo di poter identificare eventuali responsabilità penali per titolo di promovimento della prostituzione ed esercizio illecito della stessa: ciò ai fini della cessazione immediata dell'attività di prostituzione svolta presso la citata B._SA. Il denunciante ritiene che il tenore dello scritto configurerebbe i reati di minaccia, di coazione, di favoreggiamento e di abuso di autorità. Ha poi chiesto che la querela fosse trattata da un Procuratore pubblico (PP) terzo o straordinario, ricusando nel contempo l'intero Ministero pubblico. B. Il PP Andrea Pagani, nella veste di PG sostituto, ha trasmesso per competenza l'istanza di ricusazione alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), chiedendo di respingerla. Dopo aver sentito le parti, con giudizio del 16 aprile 2013, la Corte cantonale ha respinto l'istanza, in quanto ricevibile. C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare gli atti al Ministero pubblico, affinché avvii la procedura relativa alla nomina di un PP straordinario. Non sono state chieste osservazioni al gravame. 