Faits: A. Domicilié à A._, X._ exploite à titre indépendant une menuiserie sur cette commune. Il a confié la comptabilité de son entreprise à la fiduciaire Y._ à A._. Les exercices comptables de la menuiserie courent du 1er juillet au 30 juin de chaque année. La fiduciaire Y._ s'occupait également des déclarations d'impôt de X._. B. Du 10 février 2008 au 14 octobre 2008, X._ a été incapable de travailler et a touché de son assurance privée des indemnités pour perte de gain d'un montant de 24'310 fr. Le 31 mars 2009, X._ a déposé sa déclaration en matière d'impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) pour l'année 2008, accompagnée des comptes de sa menuiserie pour l'exercice 2007/2008. Le contribuable n'a déclaré aucun montant d'allocations pour perte de gain. Toutefois, le montant des indemnités touchées à ce titre jusqu'au 30 juin 2008, était porté au bilan de la menuiserie par 10'765 fr. 45. Le 23 juillet 2009, lors de la taxation 2008 en matière d'ICC et d'IFD, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a informé X._ qu'il avait constaté que des prestations d'assurance pour un montant de 10'765 fr. 45 figuraient dans le compte privé de la comptabilité de la menuiserie et lui a demandé des renseignements et pièces justificatives à ce sujet. Le 17 septembre 2009, X._, représenté par la fiduciaire Y._, a adressé une attestation de l'assurance concernant les indemnités pour perte de gain, la fiduciaire précisant que ces indemnités lui avaient échappé lors de l'établissement de la déclaration. Avisé en octobre 2009 de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction fiscale en matière d'ICC et d'IFD, X._, par l'intermédiaire de sa fiduciaire, a reconnu qu'il n'avait pas déclaré les indemnités journalières perçues en 2008 à hauteur de 24'310 fr., ajoutant qu'il s'agissait d'une simple omission et non d'une volonté de tromper l'autorité. C. Par décision du 28 janvier 2010, l'Administration cantonale de l'IFD a infligé une amende fiscale à X._ de 938 fr. pour tentative de soustraction fiscale relative à l'année 2008; ce montant équivalait aux deux tiers de l'impôt fédéral direct éludé. Le même jour, deux autres décisions émanant du Service cantonal ont été rendues prononçant à l'encontre de X._ des amendes pour tentative de soustraction fiscale, l'une de 2'214 fr. pour l'impôt cantonal, l'autre de 1'975 fr. pour l'impôt communal, ce qui représentait également les deux tiers du montant des impôts éludés. Le 10 février 2010, les autorités cantonales, rejetant la réclamation de X._, ont confirmé ces amendes par deux décisions, l'une pour l'IFD, l'autre pour l'ICC. X._ a recouru contre ces deux décisions auprès du Tribunal cantonal du canton du Valais. Son mandataire, soit la fiduciaire Y._, a exposé en substance qu'il s'agissait d'une simple omission de sa part, qui n'était pas imputable à son client; d'ailleurs une fois les comptes examinés avec le client, la déclaration fiscale était souvent signée en blanc, à charge pour la fiduciaire de l'envoyer au Service des contributions. Le Tribunal cantonal a transmis la cause à la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours) comme objet de sa compétence. Cette dernière a, par décision du 20 avril 2011, notifiée le 5 octobre 2011, admis le recours et annulé les amendes fiscales prononcées tant en matière d'ICC que d'IFD, niant que X._ ait agi intentionnellement, même par dol éventuel. D. A l'encontre de la décision du 20 avril 2011, le Service cantonal interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. S'agissant de l'IFD, il conclut, sous suite de frais à la charge de X._, à l'admission du recours et, principalement à la confirmation de la décision sur réclamation du 23 septembre 2010, subsidiairement au renvoi de la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants (cause 2C_909/2011). Il prend les mêmes conclusions en matière d'ICC (cause 2C_908/2011). Parallèlement au Service cantonal, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) forme aussi un recours en matière de droit public contre la décision du 20 avril 2011 s'agissant de l'IFD, en concluant, en relation avec cet impôt, à l'admission du recours, à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants (cause 2C_912/2011). Invitée à se prononcer dans les trois procédures précitées, la Commission de recours a renoncé à déposer des observations, tout en proposant le rejet du recours et en renvoyant à sa décision du 20 avril 2011. X._ (ci-après: l'intimé) n'a pas pris position. L'AFC a conclu à l'admission du recours du Service cantonal et a renvoyé aux considérants et conclusions figurant dans son propre recours. 