Faits: A. Le 16 janvier 1997, le Tribunal du IIème arrondissement pour les districts de Martigny et St-Maurice a condamné X._ à trois mois d'emprisonnement avec sursis, lequel a été révoqué par jugement du 27 novembre 2000. B. Par décision du 25 juillet 2003, le Service de l'exécution des peines du canton de Fribourg (le SEP devenu depuis le SASPP, soit le Service de l'application des sanctions pénales et des prisons) a autorisé X._ à exécuter sa peine sous la forme d'un travail d'intérêt général (TIG). Par décisions des 3 juillet et 2 novembre 2005, le SASPP et la Direction de la sécurité et de la justice du canton de Fribourg lui ont retiré l'autorisation d'effectuer un TIG. Par arrêt du 10 mai 2007, confirmé ultérieurement par l'autorité de céans, le Tribunal administratif a rejeté le recours dirigé contre le retrait du TIG et ordonné que la peine de 45 jours d'emprisonnement encore à subir soit exécutée en régime de semi-détention. C. X._ a été convoqué pour exécuter le solde de sa peine au mois de février 2008. Par décision du 29 janvier 2008, la Direction de la sécurité et de la justice du canton de Fribourg a déclaré irrecevable le recours dirigé contre l'ordre d'écrou dans la mesure où il s'agissait d'une décision d'exécution non sujette à recours. Par arrêt du 8 avril 2008, la Ière Cour administrative du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours interjeté par X._ contre la décision précitée. D. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 99 et 100 CP, il conclut au renvoi de l'affaire à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Invitée à se déterminer, la Ière Cour administrative conclut au rejet du recours, expliquant que le délai de prescription n'est plus applicable, l'intéressé ayant commencé l'exécution de sa peine. Il relève également que ce dernier n'a pas fait valoir la prescription en instance cantonale et que l'autorité de céans ne l'a pas constatée dans sa précédente décision. 