Faits: A. Le 22 juillet/9 août 2005, Y._ et A._ ont déposé auprès de la Police cantonale du commerce vaudoise (ci-après: la Police du commerce) une demande de licence d'établissement en vue d'exploiter une discothèque. Ils ont d'abord bénéficié d'une autorisation d'exploiter à titre provisoire dès le 2 septembre 2005. Par décision du 20 juin 2006, la Police du commerce leur a ensuite délivré une licence d'établissement pour "discothèque sans restauration". Aux termes de la licence, l'autorisation d'exercer était accordée à A._ et l'autorisation d'exploiter à Y._; en outre, l'exploitant était tenu de mandater à ses frais un service d'ordre pour assurer la sécurité de l'établissement selon certaines modalités définies dans la licence; il était en particulier prévu que le personnel de sécurité devait être "présent en permanence dans, devant, ainsi qu'à proximité immédiate des établissements lors de son exploitation, et [être] plus particulièrement renforcé lors de la fermeture, les vendredis et samedis soirs entre 04h00 et 05h30" (cf. ch. 2 de la licence ad "réserves"). L'exploitant a passé un contrat avec une société de sécurité privée prévoyant la présence sur place de deux agents les samedis et dimanches entre minuit et cinq heures du matin. L'exploitation de la discothèque a donné lieu à de régulières et nombreuses interventions de la police, surtout après que l'exploitant eut mandaté, à fin novembre 2005, une nouvelle entreprise de sécurité, et qu'un seul agent eut depuis lors été affecté au maintien de l'ordre en fin de semaine; à partir de l'été 2006, la situation s'est encore détériorée et la police municipale a dû, entre les mois d'août et novembre 2006, intervenir à vingt-et-une reprises, dont dix fois pour des bagarres et onze fois pour des nuisances diverses, notamment à la suite de plaintes du voisinage (cf. rapport du 15 novembre 2006). Le 15 décembre 2006, la Police du commerce a mis en demeure A._ et Y._ de prendre les mesures nécessaires pour régulariser la situation et, en particulier, s'assurer les services d'une entreprise de sécurité garantissant la présence de deux agents au minimum durant les heures d'exploitation normales et "de manière renforcée lors de la fermeture, les vendredis et samedis soirs entre 04h00 et 05h30"; la mise en demeure avait valeur de "sévère avertissement" au sens de la législation applicable. A la suite d'une nouvelle intervention des forces de l'ordre le 24 décembre 2006, l'exploitant s'est engagé, par accord passé avec la police le 29 janvier 2007, à louer les services de trois agents de sécurité les vendredis et samedis soirs de 23h00 à 05h30, dont "un agent au minimum serait en permanence présent au niveau de la rue [pour veiller] au respect de la tranquillité publique" (points I et III de l'accord précité). Ces points de l'accord ont été intégrés dans la nouvelle licence d'établissement délivrée pour la discothèque le 29 juin 2007 aux noms de Z._ (autorisation d'exercer remplaçant celle accordée à A._) et de Y._ (autorisation d'exploiter). En dépit de ces changements et des engagements pris, les problèmes liés à l'exploitation de la discothèque ont continué. Les services de police ont dû intervenir pour des incidents de toutes sortes (bagarres, nuisances sonores, clients indésirables, fermetures tardives, vente d'alcool à un mineur, opposition d'un responsable de la discothèque à l'intervention des forces de l'ordre, etc...) à vingt-neuf reprises entre le 1er janvier et le 18 décembre 2007 (cf. rapport de police du 20 décembre 2007) et à dix-huit reprises entre le 1er janvier et le 22 août 2008 (rapport de police du 26 août 2008). Ces faits ont donné lieu à deux nouveaux avertissements (les 23 mai et 1er novembre 2007) ainsi qu'à une amende préfectorale. B. Le 17 mars 2008, la Police du commerce a informé Y._ et Z._ qu'au vu des manquements constatés, elle envisageait de leur retirer la licence d'établissement et de prononcer la fermeture définitive de la discothèque. Les intéressés ont contesté les faits reprochés et demandé le bénéfice d'une "mise à l'épreuve" de quelques mois. Le 29 août suivant, ils ont par ailleurs déposé - Y._ agissant par le truchement de la société Cabaret X._ SA dont il était récemment devenu administrateur - une demande de licence d'établissement pour exploiter un night-club attenant et relié à leur discothèque par une porte communicante; cet établissement venait de faire l'objet d'une décision de fermeture administrative définitive en raison de violation de la législation cantonale réglementant l'exercice de la prostitution. Par décision du 20 octobre 2008, la Police du commerce a retiré la licence accordée à Z._ et Y._ pour exploiter la discothèque et ordonné la fermeture immédiate de l'établissement en raison des troubles répétés constatés à l'ordre et à la sécurité publics. Afin de prévenir la survenance de troubles comparables, elle a également rejeté, par le même acte, la demande de licence déposée par les prénommés - par le truchement de la Société Cabaret X._ SA pour le second nommé - pour exploiter le night-club, et confirmé le maintien de sa fermeture administrative "tant qu'une nouvelle licence n'aura pas été délivrée." C. Z._, Y._ et la Société Cabaret X._ SA ont recouru contre la décision précitée du 20 octobre 2008, en concluant à son annulation. La Police du commerce a produit en cause le dossier, complété par un rapport de police (du 7 novembre 2008) faisant état de l'absence d'amélioration tangible de la situation depuis son précédent rapport du 26 août 2008. Par arrêt du 2 décembre 2008, le Tribunal cantonal, Cour de droit administratif et public (ci-après: le Tribunal cantonal), a rejeté le recours dont il était saisi et confirmé la décision attaquée. D. Z._, Y._ et la Société X._ SA forment un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité du Tribunal cantonal dont ils requièrent l'annulation, sous suite de frais et dépens. A titre principal, ils concluent au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour instruction complémentaire et nouvelle décision et, subsidiairement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que les autorisations sollicitées pour la discothèque et le night-club leur soient accordées. Ils se plaignent d'établissement inexact des faits et de la violation du principe de la liberté économique (art. 27 Cst.) en relation avec l'art. 60 de la loi cantonale sur les auberges et les débits de boissons du 26 mars 2002 (LADB; RS 935.31). Ils se prévalent aussi du principe de la proportionnalité (art. 36 Cst.). E. La Police du commerce conclut, sous suite de frais, à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Par ordonnance du 13 février 2009, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a fait droit à la demande d'effet suspensif contenue dans le recours et portant sur le droit poursuivre l'exploitation de la discothèque pendant la durée de la procédure. 