Faits: A. Y._ est né le 4 décembre 1948; marié, il est le père de deux enfants nés en 1977 et 1979. Dès 1973, il a travaillé pour V._ SA, à ..., successivement en qualité de monteur d'échafaudages, de chef d'équipe et, dès janvier 1989, de directeur technique. Au mois de janvier 1993, Y._ a réalisé un revenu brut de 5'120 fr. Le 8 février 1993, alors qu'il circulait au volant d'un véhicule appartenant à son employeur, Y._ a été victime d'un accident de la route, heurté à l'avant gauche de son automobile par R._, qui circulait en sens inverse en faisant preuve d'inattention et qui a dévié à gauche. A la suite de l'accident, Y._ a été admis d'urgence à l'Hôpital de ... pour une fracture ouverte comminutive de la facette externe de la rotule droite sans rupture de l'appareil extenseur. Par la suite, les douleurs antéro-internes du genou droit ressenties par le lésé ont persisté malgré la rééducation entreprise. Le 26 mai 1993, le Dr A._, chirurgien chef du service d'orthopédie de l'hôpital a pratiqué une arthroscopie du genou droit, laquelle a mis en évidence une lésion chondritique sévère de la rotule et condyle interne. L'assureur en responsabilité civile de R._ était la compagnie Z._, depuis lors reprise par X._ SA. Il résulte d'un décompte de V._ SA que Y._ a perçu un salaire de 5'520 fr. brut en juin 1993. Début juillet 1993, Y._ a pu reprendre à 100% son emploi chez V._ SA. Le 21 juillet 1993, il a été examiné par le Dr B._, médecin d'arrondissement de la CNA (Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents, aujourd'hui SUVA) qui lui a reconnu une capacité de travail réduite; le médecin a précisé qu'après "3 à 4 semaines, cette capacité pourra être augmentée à 75%". Le 26 août 1994, le Dr C._ a établi un rapport au terme duquel il reconnaît au lésé une capacité de travail de 75% dans son activité actuelle. Le 30 décembre 1994, Y._ a perdu son emploi au sein de V._ SA, soit quelques mois avant la faillite de cette société. Dès le 1er janvier 1995, il a été engagé à 100% en qualité de responsable technique par l'entreprise W._ SA. Il avait la responsabilité de neuf à dix équipes. Son salaire mensuel, déterminé en tenant compte de ses compétences professionnelles reconnues dans le milieu, s'élevait à 7'500 fr. brut (soit 6'500 fr. net), servis treize fois l'an. Le salaire a été fixé, d'entente entre les parties, en tenant compte d'une diminution de rendement de l'employé de l'ordre de 15% en raison des séquelles de l'accident du 8 février 1993. Il a été constaté que, sans cette déduction, le salaire net de Y._ se serait élevé à 7'475 fr. Le 9 janvier 1995, la CNA a rendu une décision dans laquelle elle admettait une diminution de la capacité de gain du lésé de 10%. Le 29 mai 1996, W._ SA a licencié Y._, avec effet au 31 juillet 1996. La société a informé la CNA de l'aggravation des douleurs ressenties par Y._. Il a été retenu que le licenciement a été donné en raison du rendement insuffisant du lésé dû aux séquelles de l'accident. Y._ a alors perçu des prestations de l'assurance chômage. Le 4 juillet 1996, il a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité (AI). Il a été hospitalisé, pour diverses interventions, du 23 au 26 juillet 1996 dans le Service d'orthopédie et de traumatologie de l'appareil moteur de l'Hôpital orthopédique de .... Le 19 septembre 1996, le Prof. C._, chef de ce service, a établi un rapport faisant état d'une incapacité de travail du lésé à 100% depuis le 23 juillet 1996 et à 50% dès le 30 août 1996. Y._ a été hospitalisé, pour une nouvelle intervention, dans le même service du 15 au 20 janvier 1997. Dans un nouveau rapport daté du 21 mars 1997, le Prof. C._ a indiqué que son patient serait capable de reprendre son ancienne activité, d'abord à 50% pour un mois, puis ensuite à 100%. En octobre 1998, Y._ a retrouvé du travail en tant que chauffeur dans l'entreprise U._ (activité adaptée à 50% préconisée par les médecins et l'AI). Par décision du 1er décembre 1998, la SUVA a indiqué à Y._ qu'elle admettait un taux d'incapacité de gain de 50% depuis le 1er octobre 1998. Elle lui a en outre alloué un complément d'indemnité pour atteinte à l'intégrité de 10%. L'Office d'assurance-invalidité pour le canton de Vaud ayant rejeté sa demande, Y._ a recouru auprès du Tribunal des assurances. Celui-ci, par jugement du 17 novembre 1999, a admis le recours. Il a reconnu au lésé un taux d'invalidité de 54% et lui a octroyé une demi-rente d'invalidité depuis le 1er mai 1998. B. Par demande du 1er décembre 2003, Y._ a conclu, avec suite de frais et dépens, à ce que X._ SA soit condamnée à lui verser la somme de 653'213 fr. 80, intérêts en sus, laquelle se décompose en divers postes de dommages consécutifs à l'accident. Dans sa réponse du 19 mai 2004, la défenderesse a conclu au rejet de la demande. En cours d'instruction, une expertise médicale a été confiée au Dr D._ qui a déposé son rapport le 25 août 2006. Il en ressort que l'intimé, dans la profession de chauffeur de taxi (activité adaptée préconisée par le Tribunal des assurances), a une capacité de travail de 50%. Il précise que l'invalidité du lésé est due pour moitié à une mauvaise fonction de l'articulation fémoro-rotulienne (due à l'accident) et pour moitié à l'existence d'une lésion fémoro-tibiale préexistante (qui se serait développée indépendamment de l'accident). Une expertise comptable a été confiée à S._, expert-comptable. Il a déposé son rapport le 11 septembre 2006 et un rapport complémentaire le 8 août 2007. Par jugement du 15 janvier 2010, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a condamné X._ SA à payer au demandeur, sous déduction d'un montant de 60'000 fr. déjà versé, les sommes suivantes, assorties de différents intérêts: 396'461 fr. 50 comme perte de gain subie du 1er novembre 1996 au 15 janvier 2010, 86'993 fr. 30 pour la perte de gain future, 10'280 fr. au titre du tort moral éprouvé, et 18'000 fr. s'agissant du dommage encouru en raison des frais d'avocat. C. La compagnie d'assurances a exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement de la Cour civile du 15 janvier 2010. Elle a conclu, principalement, à sa réforme en ce sens que les conclusions de Y._ sont rejetées et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle fait grief à la Cour civile d'avoir violé le droit fédéral dans la détermination du dommage en cas de prédisposition constitutionnelle (art. 42 et 44 CO), dans l'application du principe du droit préférentiel du lésé et dans le calcul des honoraires avant procès. Elle lui reproche aussi une appréciation arbitraire des preuves. Parallèlement, la recourante a interjeté un recours, prenant des conclusions en réforme et en nullité, auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal, qui l'a rejeté par arrêt du 19 avril 2011. Elle a alors formé un recours complémentaire en matière civile au Tribunal fédéral, reprenant les conclusions déjà formulées dans son recours contre le jugement de la Cour civile. La recourante, qui estime que la Chambre des recours aurait dû se prononcer sur sa conclusion en réforme, lui reproche également, dans son recours en nullité, une appréciation arbitraire des preuves. Dans ses réponses, l'intimé conclut au rejet des recours. 