Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 20. Oktober 2006 hob die IV-Stelle des Kantons St. Gallen die E._ seit 1. Januar 2006 ausgerichtete ganze Invalidenrente auf. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 3. April 2008 teilweise gut, hob die Verfügung vom 20. Oktober 2006 auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung und zur neuen Verfügung im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurück. Am Entscheid wirkte Gerichtsschreiber X._ mit. B. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das kantonale Gericht anzuweisen, über die Sache in anderer Besetzung neu zu entscheiden. Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. E._ lässt den Antrag auf Abweisung der Beschwerde stellen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 