Sachverhalt: A. A.a. D._ (geboren 1957), gelernter Schlosser, erwarb im Jahre 1999 das Wirtepatent und führte bis zu einem Auffahrunfall im 2003 selbstständig erwerbend ein Restaurant. Am 3. August 2004 meldete er sich unter Hinweis auf die Folgen des bei der Kollision erlittenen Schleudertraumas der Halswirbelsäule (HWS) bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen holte diverse Arztberichte ein und gab bei der ärztlichen Abklärungsstelle X._ ein polydisziplinäres Gutachten in Auftrag, welches am 24. Januar 2007 erstellt wurde. Daraus ging hervor, dass beim Versicherten seit spätestens Februar 2005 polydisziplinär eine Arbeitsunfähigkeit von rund 50% bestanden habe. Mit Verfügungen vom 29. und 30. November 2007 verneinte die IV-Stelle den Anspruch auf berufliche Massnahmen sowie eine Rente und lehnte das Leistungsbegehren des Versicherten ab. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 17. August 2009 gut, hob die Verfügungen vom 29. und 30. November 2007 auf und wies die Sache zur ergänzenden Abklärung an die IV-Stelle zurück. Das Gericht ging gestützt auf das Gutachten der ärztlichen Abklärungsstelle X._ von einer Arbeitsfähigkeit von 50% aus und errechnete mittels der Durchschnittslöhne gemäss der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung 2006 des Bundesamtes für Statistik (LSE) einen Invaliditätsgrad von 54% bzw. 55%. Gegen diesen Entscheid erhob die IV-Stelle Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Mit Urteil vom 30. Oktober 2009 (9C_703/2009) trat das Bundesgericht auf die Beschwerde nicht ein. A.b. Nach weiteren Abklärungen hielt der Regionale Ärztliche Dienst (RAD) in seiner Stellungnahme vom 8. Juni 2010 fest, dass aus medizinischer Sicht nach wie vor eine Arbeitsunfähigkeit von 50% adaptiert bestehe. Mit Verfügung vom 28. September 2010 lehnte die IV-Stelle das Rentengesuch erneut ab. Gemäss Urteil 9C_703/2009 des Bundesgerichts vom 30. Oktober 2009 sei die IV-Stelle nicht an die Erwägungen des kantonalen Entscheids vom 17. August 2009 gebunden. Aus rechtlichen Gründen gehe sie bei D._ von einer vollen Arbeitsfähigkeit für behinderungsangepasste Tätigkeiten aus. B. Hiegegen erhob D._ Beschwerde beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen. Dieses hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 8. November 2012 gut, hob die Verfügung vom 28. September 2010 auf und sprach dem Versicherten mit Wirkung ab 1. August 2004 eine halbe Invalidenrente zu. C. Die IV-Stelle beantragt mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Aufhebung des kantonalen Entscheids; zudem sei ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen. Während D._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 