Sachverhalt: Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen eines Tötungsdelikts. Dem Angeschuldigten wird vorgeworfen, zusammen mit seinem Bruder A._ ihren Schwager B._ am 14. August 2004 erschossen zu haben. A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen eines Tötungsdelikts. Dem Angeschuldigten wird vorgeworfen, zusammen mit seinem Bruder A._ ihren Schwager B._ am 14. August 2004 erschossen zu haben. B. Im Rahmen dieser Strafuntersuchung verfügte die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat am 14. Juli 2006 gestützt auf §§ 109 ff. der Justizvollzugsverordnung vom 24. Oktober 2001 (JVV/ZH; LS 331.1) haftverschärfende Massnahmen gegen den Angeschuldigten wegen Kollusionsgefahr, da im Bezirksgefängnis Zürich ein Mobiltelefon in einem dem mitangeschuldigten Bruder zugänglichen Bereich sichergestellt worden war. Die Auswertung des Telefonverkehrs hatte ergeben, dass A._ das Handy benutzt hatte, um mit Personen ausserhalb des Bezirksgefängnisses Zürich in Kontakt zu treten bzw. dass er von Personen ausserhalb des Gefängnisses kontaktiert wurde. Der Staatsanwalt verhängte deshalb gegenüber dem Angeschuldigten eine Besuchssperre, von welcher lediglich die Mitarbeiter des Psychiatrisch-Psychologischen Dienstes der Justizdirektion des Kantons Zürichs, die Mitarbeiter der Bewährungs- und Vollzugsdienste sowie Personen zur medizinischen Betreuung des Angeschuldigten ausgenommen wurden. Insbesondere wurde C._ nicht länger als Besucher zugelassen. Die geistliche Betreuung des Angeschuldigten sei durch den katholischen oder protestantischen Seelsorger des Bezirksgefängnisses Pfäffikon zu gewährleisten. Zudem wurde der Chef Insassenkoordination ersucht, den Angeschuldigten so rasch als möglich in die Sicherheitsabteilung des Bezirksgerichts Pfäffikon zu verlegen. Weiter verfügte der Staatsanwalt Einzelhaft und entschied, der Angeschuldigte dürfe nur alleine spazieren. Die beiden letztgenannten Regelungen gälten einstweilen, längstens bis zur Durchführung des geschworenengerichtlichen Verfahrens im ersten Quartal des Jahres 2007. B. Im Rahmen dieser Strafuntersuchung verfügte die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat am 14. Juli 2006 gestützt auf §§ 109 ff. der Justizvollzugsverordnung vom 24. Oktober 2001 (JVV/ZH; LS 331.1) haftverschärfende Massnahmen gegen den Angeschuldigten wegen Kollusionsgefahr, da im Bezirksgefängnis Zürich ein Mobiltelefon in einem dem mitangeschuldigten Bruder zugänglichen Bereich sichergestellt worden war. Die Auswertung des Telefonverkehrs hatte ergeben, dass A._ das Handy benutzt hatte, um mit Personen ausserhalb des Bezirksgefängnisses Zürich in Kontakt zu treten bzw. dass er von Personen ausserhalb des Gefängnisses kontaktiert wurde. Der Staatsanwalt verhängte deshalb gegenüber dem Angeschuldigten eine Besuchssperre, von welcher lediglich die Mitarbeiter des Psychiatrisch-Psychologischen Dienstes der Justizdirektion des Kantons Zürichs, die Mitarbeiter der Bewährungs- und Vollzugsdienste sowie Personen zur medizinischen Betreuung des Angeschuldigten ausgenommen wurden. Insbesondere wurde C._ nicht länger als Besucher zugelassen. Die geistliche Betreuung des Angeschuldigten sei durch den katholischen oder protestantischen Seelsorger des Bezirksgefängnisses Pfäffikon zu gewährleisten. Zudem wurde der Chef Insassenkoordination ersucht, den Angeschuldigten so rasch als möglich in die Sicherheitsabteilung des Bezirksgerichts Pfäffikon zu verlegen. Weiter verfügte der Staatsanwalt Einzelhaft und entschied, der Angeschuldigte dürfe nur alleine spazieren. Die beiden letztgenannten Regelungen gälten einstweilen, längstens bis zur Durchführung des geschworenengerichtlichen Verfahrens im ersten Quartal des Jahres 2007. C. Gegen diese Verfügung rekurrierte der Angeschuldigte. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich hiess den Rekurs am 20. September 2006 insoweit gut, als die geistliche Betreuung durch einen katholischen oder protestantischen Seelsorger angeordnet worden war. Ein muslimischer Geistlicher sei zur Betreuung des Angeschuldigten zuzulassen, sofern der Geistliche nicht beide Mitangeschuldigten betreue. Im Übrigen wies der Oberstaatsanwalt den Rekurs ab, soweit er darauf eintrat. C. Gegen diese Verfügung rekurrierte der Angeschuldigte. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich hiess den Rekurs am 20. September 2006 insoweit gut, als die geistliche Betreuung durch einen katholischen oder protestantischen Seelsorger angeordnet worden war. Ein muslimischer Geistlicher sei zur Betreuung des Angeschuldigten zuzulassen, sofern der Geistliche nicht beide Mitangeschuldigten betreue. Im Übrigen wies der Oberstaatsanwalt den Rekurs ab, soweit er darauf eintrat. D. Mit Eingabe vom 25. Oktober 2006 erhebt X._ staatsrechtliche Beschwerde gegen den Rekursentscheid vom 20. September 2006. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, soweit der Rekurs abgewiesen respektive nicht darauf eingetreten wurde und dem Beschwerdeführer Verfahrenskosten auferlegt wurden. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat verzichtet auf eine Vernehmlassung und schliesst wie die Oberstaatsanwaltschaft auch auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. In seiner Replik hält der Beschwerdeführer sinngemäss an seinen Anträgen fest. 