Sachverhalt: A. X._ erhob am 16. Mai 2004 Einsprache gegen die Veranlagungsverfügungen betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer 2001 und beantragte unter anderem, es sei ihr der Pauschalabzug für Ausbildungskosten ihres Sohnes (geb. 1980) zu gewähren. Mit Entscheiden vom 10. Mai 2005 wies die Steuerverwaltung des Kantons Bern (nachfolgend Steuerverwaltung) die Einsprachen ab und kam zum Nachteil von X._ auf weitere Punkte (Fahrkosten, Darlehenszinse) zurück. B. Dagegen gelangte X._ an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 21. April 2009 lehnte diese Rekurs und Beschwerde ab und wies die Sache zur Neuveranlagung im Sinn der Erwägungen an die Steuerverwaltung zurück. Sie verweigerte dabei nicht nur den streitigen Abzug für Ausbildungskosten, sondern auch den Kinderabzug und weitere damit zusammenhängende, zuvor zugelassene Abzüge. Einzig hinsichtlich der streitigen Fahrkosten entschied sie zu Gunsten der Steuerpflichtigen. X._ beschwerte sich dagegen ohne Erfolg beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. April 2010 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 2. März 2010 aufzuheben, betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen und betreffend die direkte Bundessteuer 2001 das steuerbare Einkommen auf Fr. 0.-- zu veranlagen. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 