Sachverhalt: A. Die 1946 geborene Dr. med. dent. D._ war bis September 2005 als selbständige Zahnärztin tätig. Im März 2006 meldete sie sich unter Hinweis auf Fibromyalgie und Wirbelsäulendefekte bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach diversen Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle des Kantons Thurgau mit Verfügung vom 17. Juli 2008 einen Rentenanspruch mit der Begründung, es bestehe lediglich eine 30%-ige Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 18. Februar 2009 ab. C. Dr. med. dent. D._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids und der Verfügung vom 17. Juli 2008 sei ihr ab frühestmöglichem Zeitpunkt eine ganze IV-Rente zuzusprechen; eventualiter sei ein Obergutachten bei einem Facharzt der Orthopädie/ orthopädischen Chirurgie zur Frage der Arbeitsfähigkeit einzuholen und anschliessend der Rentenanspruch durch die Verwaltung neu zu verfügen. Sowohl die IV-Stelle als auch das kantonale Gericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet. 