Sachverhalt: A. B._ (geboren 1946) ist gelernter Landschaftsgärtner. Er war seit der Gründung im Jahr 1988 als Leiter der Firma G._ AG tätig und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (nachfolgend: Mobiliar) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 9. Juni 2000 vertrat er sich den rechten Fuss. Die Mobiliar erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Infolge andauernder Beschwerden musste B._ sich verschiedenen Eingriffen unterziehen. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen sprach ihm am 27. November 2003 ab 1. Dezember 2001 eine halbe und ab 1. März 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Nach verschiedenen medizinischen Abklärungen verfügte die Mobiliar am 30. Oktober 2007 eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 15 % und verneinte mangels einer Erwerbseinbusse den Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung. Mit Einspracheentscheid vom 7. März 2008 bestätigte die Mobiliar ihre Verfügung vom 30. Oktober 2007. B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 21. April 2009 gut und wies die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheids zur Abklärung im Sinne der Erwägungen sowie neuer Verfügung über den Anspruch auf eine Invalidenrente an die Mobiliar zurück. C. Die Mobiliar führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 7. März 2008 zu bestätigen. B._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 