Sachverhalt: A. Nach dem von der Gemeinde Boniswil am 18. Dezember 1981 beschlossenen Zonenplan war die Parzelle Nr. 139 keiner Bauzone zugewiesen. Dieser Plan wurde am 26. März 1985 vom Grossen Rat des Kantons Aargau genehmigt. Im Rahmen der Gesamtrevision der kommunalen Nutzungsplanung beschloss die Gemeindeversammlung am 5. Juni 1998 zusammen mit der Bau- und Nutzungsordnung (BNO) einen Bauzonen- und Kulturlandplan. Danach war für die Parzelle Nr. 139 eine Zuweisung zur Wohn- und Gewerbezone WG 2 vorgesehen. In der Folge genehmigte der Grosse Rat am 18. Dezember 2001 diese Zonenzuweisung der Parzelle Nr. 139 nicht und wies die Gemeinde an, im betreffenden Gebiet die Zonierung neu festzulegen. In der vom 28. März bis zum 27. April 2006 öffentlich aufgelegten Teiländerung des Bauzonen- und Kulturplans Weid war eine Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zur Landwirtschaftszone mit überlagerter Landschaftsschutzzone vorgesehen. Dagegen erhob X._, Eigentümer der Parzelle Nr. 139, Einsprache beim Gemeinderat Boniswil und verlangte eine Zuweisung zur Bauzone WG 2. Mit Entscheid vom 30. Mai 2006 wies der Gemeinderat die Einsprache ab. Am 2. Juni 2006 beschloss die Gemeindeversammlung die Ortsplanungs-Teilrevision gemäss der öffentlichen Auflage. Dieser Beschluss wurde am 17. Juli 2006 publiziert. B. In der Folge reichte X._ Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Aargau ein und beantragte die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zur Zone WG 2. Der Regierungsrat wies die Beschwerde mit Beschluss vom 25. April 2007 ab. Gestützt auf die Botschaft des Regierungsrats vom 25. April 2007 behandelte der Grosse Rat die Vorlage "Gemeinde Boniswil, Nutzungsplanung Siedlung, Teiländerung Bauzonenplan, Teiländerung Bau- und Nutzungsordnung (Vorlage GR.07.102-1)" und fällte am 28. August 2007 den entsprechenden Genehmigungsbeschluss. Dieser Beschluss wurde am 10. September 2007 im kantonalen Amtsblatt publiziert. X._ erhob gegen den Genehmigungsbeschluss Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und beantragte die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 in eine Bauzone. Mit Urteil vom 17. Dezember 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. Es erwog, die Zuweisung der Parzelle Nr. 139 zu einer Landwirtschaftszone mit überlagerter Landschaftsschutzzone beruhe auf sachgerechten planerischen Erwägungen, weshalb der angefochtene Genehmigungsentscheid die Gemeinde Boniswil in ihrem Planungsermessen zu Recht schütze. Ferner könne auf die beantragte Durchführung eines Augenscheins verzichtet werden, da sich der Sachverhalt mit genügender Klarheit aus den Akten ergebe. C. Mit Eingabe vom 9. Februar 2009 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG). Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Vorinstanz sei anzuweisen, einen Augenschein durchzuführen und ein Lärmgutachten zu erstellen; gestützt darauf sei die Parzelle Nr. 139 der Bauzone WG 2 zuzuweisen. Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG und eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV). D. Der Gemeinderat Boniswil stellt in seiner Vernehmlassung keinen Antrag. Das Departement Bau, Verkehr und Umwelt stellt für den Regierungsrat den Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst in seiner Vernehmlassung ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Vom Grossen Rat ist keine Stellungnahme eingegangen. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit eine Replik einzureichen Gebrauch gemacht. In seiner Eingabe vom 20. April 2009 stellt er keine neuen Anträge. Das Departement hat zur Replik Stellung genommen und abermals den Antrag auf Abweisung der Beschwerde gestellt. Das Verwaltungsgericht hat auf eine erneute Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit, sich nochmals äussern zu können, mit einer kurzgehaltenen Eingabe Gebrauch gemacht, in der er wiederum keine neuen Anträge stellt. 