Fatti: A. A.a O._ svolge l'attività di fisioterapista indipendente dal 1° settembre 2000. Con decisione definitiva del 25 aprile 2005 la Cassa di compensazione del Cantone Ticino (in seguito Cassa) ha fissato i contributi AVS/AI/IPG dovuti dall'assicurata per l'attività svolta nel 2002 sulla base di un reddito aziendale annuo di fr. 76'761.-. In data 22 giugno 2005 l'interessata ha comunicato all'amministrazione che, in vista della prossima sospensione dell'attività per gravidanza e congedo maternità, il reddito da lei presumibilmente percepito nel 2005 sarebbe ammontato a circa fr. 40'000.-. Con decisione provvisoria del 27 giugno 2005 la Cassa ha così fissato i contributi per il 2005 in base al reddito presumibile di fr. 40'000.-. A.b Con la nascita della figlia A._ il 26 luglio 2005, O._ ha chiesto alla Cassa il versamento di indennità di maternità. Mediante decisione del 28 settembre 2005, confermata il 2 novembre 2005 anche in seguito all'opposizione dell'assicurata, l'amministrazione, dopo aver assunto alcune informazioni presso l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS), ha stabilito in fr. 89.60 l'importo dell'indennità giornaliera dovuta all'interessata dal 26 luglio fino al 31 ottobre 2005. Per il calcolo dell'indennità, la Cassa si è fondata sul reddito aziendale presumibilmente realizzabile nel 2005, pari a fr. 40'000.-, notificatole dall'assicurata stessa. B. O._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino. Opponendosi a che il calcolo per l'indennità potesse (anche) tener conto di entrate percepite successivamente al parto, come sarebbe stato se ci si fosse basati sul reddito conseguibile nel 2005, l'assicurata ha sostanzialmente chiesto che le indennità di maternità fossero fissate sulla base del reddito di riferimento considerato per l'ultima decisione definitiva di fissazione dei contributi cresciuta in giudicato, rispettivamente sulla base di quello conseguito negli ultimi nove mesi prima del parto. Per giudizio del 12 aprile 2006 il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto il gravame rilevando essenzialmente che la soluzione adottata dalla Cassa era conforme alla legge. C. O._ ha interposto ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale). Facendo segnatamente valere una ingiustificata disparità di trattamento per rapporto alla situazione prevista per legge e ordinanza per le madri salariate, le cui indennità sarebbero esclusivamente determinate sulla base del salario conseguito prima del parto, la ricorrente chiede che anche le indennità di maternità a lei spettanti vengano stabilite in questo modo, e più precisamente sulla base dei redditi effettivamente realizzati nei nove mesi precedenti il parto oppure di quello di riferimento per l'ultima decisione definitiva di fissazione dei contributi. Chiamati a pronunciarsi sul gravame, la Cassa e l'UFAS hanno proposto di respingerlo. 