Sachverhalt: A. Im Jahre 1997 erwarb die X._AG mit Sitz in Basel die Gesamtheit der Aktien der im Hoch- und Tiefbau tätigen, in Zürich domizilierten Y._AG. Die Y._AG war Eigentümerin der Liegenschaft A._Strasse in Zürich, wo sich ihr Sitz und ihre Verwaltung befanden. Im Rahmen der strategischen Neuausrichtung des Konzerns und damit zusammenhängend der Standortwahl wurde im Jahre 1998 beschlossen, diese Liegenschaft zu veräussern. Der Verkauf erfolgte durch die Y._AG am 10. Mai 1999 zum Preis von Fr._. Mit Fusionsvertrag, genehmigt von der Generalversammlung am 7. Juni 1999, übernahm die X._AG die Y._AG rückwirkend ab 1. Januar 1999 mit Aktiven und Passiven. Für die Zeit nach der Fusion bis zum Verkauf führte die X._AG die Liegenschaft A._Strasse in ihrem Handelsbestand. Die X._AG erzielte im Jahre 1999 einen Gesamtreinertrag von Fr._, dem Verlustvorträge aus früheren Jahren von Fr._ gegenüberstanden. B. Der Kanton Basel-Stadt veranlagte die X._AG aufgrund des Geschäftsergebnisses 1999 und der Verlustvorträge mit einem Reinertrag von Null. Die Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich veranlagte aus der Veräusserung der Liegenschaft in Zürich einen im Jahre 1999 steuerbaren Grundstückgewinn von Fr._ und eine Grundstückgewinnsteuer von Fr._, die sie der X._AG als Rechtsnachfolgerin der Y._AG auferlegte. Für die Berechnung des Grundstückgewinns brachte die Kommission vom Verkaufspreis die Anlagekosten (Verkehrswert vor 20 Jahren), die wertvermehrenden Aufwendungen, die Mäklerprovision sowie die Handänderungskosten in Abzug (Beschluss vom 5. März 2002). Eine Einsprache der X._AG wies die Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich mit Entscheid vom 20. August 2002 ab. Sie ging davon aus, dass eine interkantonale Unternehmung eine Betriebsliegenschaft gewinnbringend veräussert habe und der Belegenheitskanton den Veräusserungsgewinn (Wertzuwachsgewinn) objektmässig besteuern dürfe. C. Gegen den Einspracheentscheid der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich führt die X._AG staatsrechtliche Beschwerde wegen interkantonaler Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV). Sie beantragt, der Einspracheentscheid sei aufzuheben und die Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich anzuweisen, den Grundstückgewinn entsprechend der für Liegenschaftenhändler und Generalbauunternehmer geltenden Regel quotenmässig auszuscheiden, was aufgrund der Verluste zu keinem steuerbaren Gewinnanteil für die Stadt Zürich führe. Des Weiteren stellt sie das Begehren, die auf dem Sperrkonto bei der Zürcher Kantonalbank sichergestellte Grundstückgewinnsteuer und die von der UBS AG abgegebene Zahlungsgarantie seien freizugeben. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersucht die Beschwerdeführerin, der Kanton Basel-Stadt sei als Nebenpartei am Verfahren zu beteiligen. Das Steueramt der Stadt Zürich und das Kantonale Steueramt Zürich beantragen, die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen. Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt befürwortet ebenfalls die von der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich vorgenommene Besteuerung. 