Faits: A. Par jugement du 21 octobre 2005, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a condamné X._, pour lésions corporelles simples, lésions corporelles simples de peu de gravité, appropriation illégitime, vol par métier, dommages à la propriété, utilisation frauduleuse d'un ordinateur, contrainte, tentative de contrainte, violation de domicile, violence ou menace contre les fonctionnaires, dénonciation calomnieuse, infractions à la LCR, délit contre la LArm, contraventions à la LTP, à la LStup et à la LACP, à une peine de 3 ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive subie, et à une amende de 200 fr. La fin de l'exécution de cette peine aurait dû intervenir le 7 avril 2008. X._ a exécuté sa peine dans divers établissements. Sa libération conditionnelle ayant été refusée par décision du 10 janvier 2007, il a cependant bénéficié dès le 23 avril 2007 d'un régime de travail externe qui a toutefois été révoqué le 29 novembre suivant. Du 26 octobre au 4 novembre 2007, il a séjourné à l'unité psychiatrique du HUG à Genève, avant d'être réincarcéré. B. Le 30 novembre 2007, le Service de l'application des sanctions pénales et des prisons (ci-après: SASPP) a requis du Tribunal un changement de sanction pour X._, celui-ci devant faire l'objet d'un traitement à long terme en application de l'art. 59 CP. Dans son rapport du 25 janvier 2008, le Dr Y._, expert mandaté par le Tribunal, a préconisé à l'encontre de X._ une mesure institutionnelle à long terme au sens de l'art. 59 CP, dans un premier temps dans un milieu fermé tel que l'Etablissement de la Sapinière, puis dans un second temps, et en cas d'évolution favorable, dans une institution spécialisée pour adultes. C. Par jugement du 13 mars 2008, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a prononcé une mesure institutionnelle au sens de l'art. 59 CP à l'encontre de X._ et suspendu l'exécution du solde de la peine privative de liberté. Par arrêt du 6 mai 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours de X._. D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 59 et 61 CP, il conclut principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'un placement dans un établissement pour jeunes adultes au sens de l'art. 61 CP est prononcé à son encontre. Il requiert également l'assistance judiciaire. 