Sachverhalt: A. Der Y._-Verband schrieb im Amtsblatt des Kantons Nidwalden vom 13. Juli 2011 im offenen Verfahren das Projekt "Erneuerung der Prozesssteuerungen und des Leitsystems" aus. Unter "Liefertermin" war angegeben: "Beginn 01.11.2011 und Ende 31.12.2012 Bemerkungen: Beginn Phase 1 01.11.2011 bis ca. Ende 2012 Weitere Phasen bis 2018." In den Ausschreibungsunterlagen war sodann aufgeführt: "Aktuell wird nur der Auftrag über den Umfang der 1. Etappe Phase 1 vergeben. Es wird jedoch der Lieferant für sämtliche Phasen festgelegt." Die X._ AG, A._, reichte ein Angebot ein zum Preis von Fr. 136'611.77 für die Phase 1 bzw. Fr. 362'632.01 für den Gesamtumfang, jeweils inkl MWSt, die B._ AG, C._, ein Angebot zum Preis von Fr. 205'456.30 für die Phase 1 bzw. Fr. 480'755.15 für den Gesamtumfang, jeweils inkl. MWSt. Mit Zuschlagsverfügung vom 3. Oktober 2011 vergab der Y._-Verband die Arbeiten an die B._ AG zum (revidierten) Preis von Fr. 151'702.24 exkl. MWSt, und stellte fest, dass später innerhalb des Schwellenwerts im freihändigen Verfahren an die berücksichtigte Firma zu denselben Konditionen Folgeaufträge erteilt werden könnten. B. Die X._ AG erhob dagegen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit dem Antrag, es sei ihr in Aufhebung des angefochtenen Entscheids der Zuschlag für die 1. Etappe zu erteilen. Das Verwaltungsgericht erteilte der Beschwerde vorläufig die aufschiebende Wirkung, gab der B._ AG die Gelegenheit, Parteistellung einzunehmen, wovon diese keinen Gebrauch machte, und wies am 22. November 2011 das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. In der Folge schloss der Y._-Verband mit der B._ AG den Vertrag. Mit Urteil vom 16. April 2012, versandt im Dispositiv am 13. Juni 2012 und mit vollständiger Begründung am 12. Dezember 2012, wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. C. Die X._ AG erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei die Rechtswidrigkeit der Zuschlagsverfügung vom 3. Oktober 2011 festzustellen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Der Y._-Verband beantragt Abweisung der Beschwerde. Die X._ AG repliziert mit Eingabe vom 8. April 2013. Sie revidiert und ergänzt darin ihr Rechtsbegehren dahin, dass die Rechtswidrigkeit der Ausschreibungsunterlagen und der Zuschlagsverfügung, eventualiter die Rechtswidrigkeit der Zuschlagsverfügung und subeventualiter die Rechtswidrigkeit der Ausschreibungsunterlagen festzustellen sei. Der Y._-Verband dupliziert. 