Sachverhalt: A. Die 1953 geborene, verheiratete C._ war seit 1983 teilzeitlich als Mitarbeiterin in der Zeitungsabteilung bei der Firma A._ AG tätig. Auf Ende Januar 2005 kündigte die Arbeitgeberin das Anstellungsverhältnis. Das Gesuch der Versicherten um Zusprechung einer Invalidenrente lehnte die IV-Stelle des Kantons Zürich gestützt auf medizinische und erwerbliche Abklärungen mit Verfügung vom 31. Mai 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 20. September 2005, ab. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. November 2006 insoweit gut, dass es die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheides zu ergänzenden Abklärungen und neuer Verfügung an die IV-Stelle zurückwies. Diese führte eine ergänzende Haushaltabklärung bei der Versicherten durch, zog zwei neue Arztberichte bei und ordnete im Vorbescheidverfahren ein interdisziplinäres Gutachten an (Expertise der Dres. med. J._, Facharzt für Rheumatologie, und S._, Facharzt für Psychiatrie, vom 27. Oktober 2008). Mit Verfügung vom 25. November 2008 lehnte die IV-Stelle das Rentengesuch wiederum ab. B. C._ liess Beschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung der Verfügung vom 25. November 2008 sei ihr rückwirkend ab 1. Januar 2003 eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Mit Entscheid vom 2. März 2009 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte den vorinstanzlich gestellten Hauptantrag wiederholen; evtl. sei die Sache zu neuer Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet. 