Faits: A. C._, née en 1955, a travaillé auprès de la société X._ de novembre 1979 au 31 janvier 1994, date à laquelle elle a été licenciée pour des raisons économiques. Après une période de chômage, elle a travaillé à nouveau de novembre 1996 à novembre 1997, avant de se retrouver derechef sans emploi. Le 17 mars 1999, alors qu'elle occupait un poste au service de Y._, dont les employés étaient assurés au titre de la prévoyance professionnelle auprès de la Fondation collective LPP de Coop Assurance, puis de la Nationale Suisse Assurances, Fondation collective LPP (ci-après: la Fondation), C._ a été victime d'un accident. Dans les suites de celui-ci, elle a été mise au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité fondée sur un taux d'incapacité de 50% à partir du 1er mars 2000, par décision du 26 août 2002 de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud. Cette décision ayant été annulée sur recours successifs par le Tribunal fédéral des assurances (arrêt I 465/04 du 9 mai 2005), l'organe de l'assurance-invalidité a rendu une nouvelle décision, par laquelle il a alloué à son assurée une demi-rente d'invalidité dès le 1er mars 2000, puis une rente entière à partir du 1er octobre 2003 (décision du 16 août 2006). Entre-temps, par courrier du 13 novembre 2002, C._ a requis de la Fondation qu'elle se détermine sur son droit à une rente d'invalidité, fondée en tout cas sur une invalidité de 50%, et "incorpore" à ses avoirs de prévoyance une police de libre passage antérieure, liée à l'emploi qu'elle avait occupé au service de X._. Le 5 février 2003, la Fondation a informé l'intéressée - dont l'affiliation avait débuté le 15 mars 1999 (cf. proposition d'affiliation relative à la prénommée signée par Y._) - qu'elle lui accordait dès le 17 mars 2000 une rente d'invalidité de 50%, d'un montant de 1416 fr. par an et versée trimestriellement à hauteur de 354 fr. Elle indiquait par ailleurs qu'elle n'acceptait plus le versement de prestations de libre passage une fois le cas d'invalidité survenu, de sorte que la prestation de libre passage de l'ancien employeur (X._) ne pouvait plus être "incorporée rétroactivement". B. Après un nouvel échange de correspondances, C._ a assigné la Fondation en paiement d'une rente d'invalidité indexée d'au mois 3243 fr. par année à partir du 17 mars 2000 (calculée en tenant compte d'une prestation de libre passage alléguée de 60'768 fr. au 1er avril 1999 [dont 22'748 fr. de prestation de libre passage LPP; cf. attestation fictive de prévoyance du 18 juin 2003]). Statuant le 18 juin 2007, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté la demande. C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre le jugement cantonal, dont elle demande l'annulation en réitérant les conclusions formulées en première instance. La Fondation conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 