Faits: A. Le 10 novembre 2010, A._ circulait au volant de son automobile dans la commune de Founex sur le chemin du Petit Truet. A l'intersection de cette route et du chemin du lac, le prénommé n'a pas accordé la priorité à une camionnette qui arrivait à sa gauche, en dépit de la présence d'un signal "stop". L'avant de son véhicule a heurté le flanc droit de la camionnette, conduite par B._. Entendu par la police, A._ a expliqué qu'après avoir regardé en vitesse des deux côtés de la route, il s'était engagé sur celle-ci et avait heurté un véhicule qu'il avait vu trop tard. B._ a, quant à lui, indiqué avoir remarqué le véhicule de A._ arriver sur sa droite et avoir tenté vainement d'éviter de le heurter en freinant et en donnant un coup de volant à gauche. Selon le rapport de police, le véhicule de A._ comportait des dégâts importants à l'avant et des dommages étaient également visibles sur la clôture et le parapet en béton d'une propriété voisine. Par ordonnance du 15 février 2011, le Préfet de Nyon a condamné A._, après avoir procédé à son audition, au paiement d'une amende de 150 francs pour violation simple des règles de la circulation routière (art. 90 ch. 1 LCR; RS 741.01); cette décision retient que l'intéressé a manqué d'attention et n'a pas accordé la priorité de passage en quittant une route déclassée par un signal "stop" en violation des art. 3 al. 1 et 14 al. 1 OCR et 16a LCR. Ce prononcé entré en force remplaçait celui rendu sans citation le 17 décembre 2010, condamnant l'intéressé à 300 francs d'amende également pour infraction simple à la LCR, à raison des mêmes faits, lesquels contrevenaient selon cette première décision aux art. 3 al. 1 et 14 al. 1 OCR, 36 al. 1 OSR, 27 al. 1 et 36 al. 2 LCR. Invité à prendre position sur la décision que le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (ci-après: le SAN) envisageait de prononcer, A._ a déposé des observations le 30 janvier 2012. Le SAN a, par décision du 24 février 2012, ordonné le retrait du permis de conduire pour une durée d'un mois, en application de l'art. 16b LCR, au motif d'"inattention et non respect de la priorité en quittant une route déclassée par un signal "stop". Il qualifiait cette infraction de moyennement grave. Le 2 avril 2012, le SAN a maintenu sa décision, sur réclamation. B. Par arrêt du 25 septembre 2012, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'intéressé contre la décision du SAN. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler les décisions précédentes et de renoncer à toute mesure administrative à son égard. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, tandis que le SAN renonce à formuler des observations. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours. 