Sachverhalt: A. Der Bundesrat verlängerte am 28. Oktober 1998 die Betriebsbewilligung für das Kernkraftwerk Mühleberg bis zum 31. Oktober 2012. Nach dem Erlass des neuen Kernenergiegesetzes vom 21. März 2003 (KEG; SR 732.1) ersuchte die Betreiberin - die BKW FMB Energie AG - den Bundesrat um Aufhebung der Befristung. Dieser überwies das Gesuch an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK, im Folgenden: Departement). Letzteres wies am 13. Juni 2006 das Begehren um Feststellung, dass die Befristung der Betriebsbewilligung für das Kernkraftwerk Mühleberg dahingefallen bzw. nichtig sei, ab und trat auf das Eventualbegehren um Aufhebung der Befristung ohne Durchführung eines Verfahrens nach dem Kernenergiegesetz nicht ein. Das Bundesverwaltungsgericht wies am 8. März 2007 die Beschwerde, welche die BKW FMB Energie AG gegen die Verfügung des Departements erhob, mit Bezug auf den Hauptantrag ab. Hingegen hiess es das Rechtsmittel hinsichtlich des Eventualantrags gut und wies die Sache zur weiteren Behandlung im Sinne der Erwägungen an das Departement zurück. B. Das Departement beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, den genannten Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in dem Umfang aufzuheben, als er das Eventualbegehren der BKW FMB Energie AG betrifft. Die BKW FMB Energie AG ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Departement hat sich unaufgefordert zu einer Eintretensfrage geäussert, welche in der Beschwerdeantwort aufgeworfen wird. Die Beschwerdegegnerin sowie die Vorinstanz haben Gelegenheit erhalten, dazu Stellung zu nehmen. 