Sachverhalt: A. Der 1963 geborene F._ war seit 14. August 2000 als Postbote in der Briefzustellung tätig und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 20. Dezember 2002 stürzte er auf dem Weg zur Arbeit mit seinem Kleinmotorrad wegen eines quer über die Strasse gespannten Seils und zog sich dabei Verletzungen am linken Knie und an der linken Schulter zu. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 26. Januar 2005 stellte sie die Versicherungsleistungen per 31. Oktober 2004 ein, da ab diesem Zeitpunkt keine somatischen Unfallfolgen mehr vorgelegen hätten und die psychischen Beschwerden nicht in einem rechtsgenüglichen Zusammenhang zum Unfallereignis stünden. Eine Invalidenrente und/ oder eine Integritätsentschädigung wurde nicht zugesprochen. An ihrem Standpunkt hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 5. April 2005 fest. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 31. Oktober 2006 ab. C. F._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei die SUVA zu verpflichten, ihm Taggelder entsprechend einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit auszurichten, eventualiter sei ihm eine Unfallrente entsprechend einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit unter gleichzeitiger Ausrichtung einer Integritätsentschädigung von 100 % zuzusprechen, subeventualiter sei die Sache zur weiteren medizinischen und beruflichen Abklärung zurückzuweisen und ein Obergutachten einzuholen. Überdies ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 