Fatti: A. I fatti all'origine della presente controversia risalgono all'inizio del 2003. A quell'epoca A._SA si occupava della coltivazione di canapa su di un terreno a X._ e su di un altro a Y._, di proprietà di C._. L'attività è cessata nel maggio 2003, in seguito all'avvio dell'inchiesta "Indoor" del Ministero pubblico ticinese. B. Con petizione 9 settembre 2003 B._, titolare di una ditta di impianti sanitari, ha convenuto A._SA dinanzi alla Pretura di Bellinzona onde ottenere il pagamento di fr. 45'483.75, oltre interessi, pari alla mercede dovutagli per vari lavori da idraulico effettuati tra il 20 febbraio e il 26 aprile 2003 sui due fondi citati. Con il medesimo atto egli ha pure convenuto in giudizio C._, chiedendo l'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale già iscritta in via provvisoria per il medesimo importo a carico del suo fondo di Y._. Non essendo possibile procedere all'audizione del dipendente di A._SA che aveva - a dire dell'attore - sorvegliato l'esecuzione dei lavori né all'interrogatorio formale del direttore della società, la Segretaria assessora della Pretura adita, considerato anche il fatto che l'intervento della magistratura penale ha comportato lo smantellamento di buona parte delle infrastrutture presenti sui terreni, ha dato seguito alla richiesta tendente all'allestimento di una perizia giudiziaria. Sulla scorta delle conclusioni del perito, la giudice ha quindi stabilito che i lavori di cui agli scritti 20 e 22 febbraio così come 14 e 24 aprile 2003 (doc. A, B, C, E), relativi al fondo di Y._, sono stati eseguiti con il consenso della convenuta, mentre sono rimaste senza il necessario riscontro probatorio le opere asseritamente effettuate a X._, indicate nella fattura 18 aprile 2003 (doc. D). Con sentenza 20 marzo 2006 A._SA è stata dunque condannata al pagamento di fr. 34'033.05, oltre interessi. Per questo medesimo importo è stata inoltre ordinata l'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale a carico del fondo di Y._, di proprietà di C._. C. L'impugnativa interposta da A._SA contro questo giudizio è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 31 maggio 2007. Nel suo giudizio la Corte ticinese ha fra l'altro osservato come in corso di causa la proprietà del fondo di Y._ sia passata da C._ ad D._SA. D. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato perlopiù sulla violazione degli art. 368 e 373 CO nonché degli art. 8 e 839 cpv. 2 CC, A._SA postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza dell'ultima istanza cantonale nel senso di accogliere il suo appello e, di conseguenza, respingere integralmente la petizione 9 settembre 2003, sia in punto all'azione creditoria sia in punto all'iscrizione definitiva dell'ipoteca legale. In via subordinata ha invece chiesto il rinvio della causa all'autorità ticinese per nuovo giudizio. La domanda tendente alla concessione dell'effetto sospensivo è stata accolta in via supercautelare il 17 luglio 2007. Nelle osservazioni 20 agosto 2007 B._ ha proposto la reiezione del gravame, mentre la massima istanza ticinese ha rinunciato a pronunciarsi. 