Sachverhalt: A.a S._, geboren 1948, erlitt im Laufe der Zeit mehrere, traumatisch bedingte Schädigungen seiner beiden Kniegelenke. Nachdem er sich als Lastwagen-Chauffeur obligatorisch bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) versichert am 12. Dezember 1972 eine Verletzung des rechten Knies zugezogen hatte, welche anschliessend folgenlos abgeheilt war, traten nach einem Sprung aus zwei Metern Höhe bei gleichzeitigem Verdrehen des rechten Knies während eines militärischen Wiederholungskurses (WK) im Oktober 1974 wiederholt Beschwerden auf. Am 18. Juni 1975 führte Dr. med. L._ im Spital M._ bei einer diagnostizierten älteren Ruptur des Meniskus medialis rechts mit leichter Gonarthrose am rechten Knie eine Meniscectomie durch. "Für die Knieaffektion rechts" anerkannte das Bundesamt für Militärversicherung (BAMV, heute: Schweizerische Unfallversicherungsanstalt [SUVA], Abteilung Militärversicherung; nachfolgend: SUVA-MV oder Beschwerdeführerin) am 23. Juli 1975 ihre Leistungspflicht. Angesichts der sich im rechten Kniegelenk entwickelnden Gonarthrose empfahl Dr. med. L._ bereits am 17. November 1975 einen Berufswechsel, weil die angestammte Tätigkeit des Versicherten als LKW-Chauffeur mit häufigen, für ihn ungünstigen Sprüngen aus der Führerkabine beim jeweiligen Aussteigen auf Baustellen verbunden sei. Seit 1. Juli 1990 war S._ vollzeitlich als Handwerker für die Firma X._ AG (nachfolgend: Arbeitgeberin) tätig und in dieser Eigenschaft wiederum bei der SUVA obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert. Bei einem Sturz auf das linke Knie mit Kontusion beider Kniegelenke zog sich der Versicherte am 1. Februar 2000 eine Meniskusläsion links zu. Die SUVA übernahm die Heilbehandlung und richtete ein Taggeld aus. Trotz aktenkundig verstärkter Beschwerden auch am rechten Knie verwertete S._ seine Restarbeitsfähigkeit im angestammten Betrieb. Für den am linken Knie dauerhaft verbleibenden Gesundheitsschaden sprach die SUVA dem Versicherten mit Wirkung ab 1. Januar 2002 eine Invalidenrente bei einer unfallbedingten Erwerbsunfähigkeit von 25% sowie eine Integritätsentschädigung auf Grund einer Integritätseinbusse von 5% zu (Verfügung vom 21. Dezember 2001) und hielt daran mit Einspracheentscheid vom 30. Juli 2002 fest. Der behandelnde Arzt Dr. med. M._, meldete die zwischenzeitlich erneut aufgetretenen Beschwerden im rechten Knie am 22. Februar 2002 bei der SUVA-MV zu Übernahme der weiteren Abklärung und Heilbehandlung an. Am 20. September 2002 anerkannte die SUVA-MV hiefür ihre Leistungspflicht. Wegen Umstrukturierung verlor der Versicherte per 31. Dezember 2002 seine angestammte Arbeitsstelle und nahm in der Folge keine neue (Teil-) Erwerbstätigkeit mehr auf. Im Rahmen des Sozialplanes richtete die Arbeitgeberin S._ ab Januar 2003 während 12,2 Monaten den um die SUVA-Rente gekürzten Lohn als Abgangsentschädigung aus, soweit er keine andere Stelle mehr antreten würde. Diese Zahlungen endeten anfangs Januar 2004. Die gegen den Einspracheentscheid der SUVA vom 30. Juli 2002 erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz am 6. Mai 2004 teilweise gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung unter Miteinbezug der SUVA-MV an die SUVA zurück. A.b Im März/April 2005 einigte sich S._ vergleichsweise mit der SUVA und der SUVA-MV darüber, dass ihm mit Wirkung ab 1. Januar 2002 eine Invalidenrente bei einer Gesamtinvalidität von 40% (wovon der auf die SUVA entfallende Anteil für das linke Knie 27% [= 67,5% von 40] und der auf die SUVA-MV für das rechte Knie entfallende Anteil 13% [= 32,5% von 40] betrug) auszurichten sei. Gleichzeitig erkundigte er sich bei der SUVA-MV wiederholt danach, ab wann er zusätzlich mit einer Integritätsschadenrente rechnen könne. A.c Nach einer zwischenzeitlichen Zunahme der Beschwerden trat S._ am 1. Februar 2006 zur operativen Knietotalprothese rechts in die Klinik Y._ in Zürich ein. Er ersuchte die SUVA-MV unter anderem um Übernahme der Heilbehandlung sowie um Ausrichtung eines Taggeldes. Bereits im Sommer 2006 zeichnete sich ein unbefriedigendes Heilbehandlungsergebnis ab, weshalb sich die Orthopäden der Klinik Y._ anlässlich der Konsultation vom 11. Januar 2007 für einen Knietotalprothesen-Wechsel rechts mit Patellarückflächenersatz entschieden. Diese Operation wurde am 14. Mai 2007 in der besagten Klinik durchgeführt und wiederum von der SUVA-MV übernommen. Es folgte erneut eine mehrmonatige Phase vollständiger Arbeitsunfähigkeit. Die Invalidenversicherung sprach S._ für die Dauer vom 1. April bis 31. Juli 2001 eine ganze Invalidenrente sowie laut Einspracheentscheid vom 16. April 2007 ab 1. August 2001 bis 31. Januar 2006 eine Viertelsrente und mit Wirkung ab 1. Februar 2006 wiederum eine ganze Rente zu. A.d Nachdem die SUVA-MV für die Dauer vom 1. Februar bis 31. August 2006 ein wegen Überversicherung infolge Rentenleistungen der SUVA und der SUVA-MV gekürztes Taggeld im Umfang von Fr. 30'452.80 ausbezahlt hatte, forderte sie dieses mit Verfügung vom 5. März 2007 zurück. Hiegegen beantragte S._ einspracheweise, ihm sei ab 1. Februar 2006 ein Taggeld auszurichten, eventualiter sei ihm ab 1. Februar 2006 eine höhere Invalidenrente zuzusprechen. Mit Einspracheentscheid vom 10. März 2008 hielt die SUVA-MV im Dispositiv unter anderem fest, die Einsprache werde abgewiesen (Ziff. 1), ein Anspruch auf Taggeld ab 1. Februar 2006 (Ziff. 2) sowie ein Anspruch auf eine zusätzliche Invalidenrente (Ziff. 3) würden abgelehnt und S._ habe die empfangenen Taggelder in der Höhe von total Fr. 30'452.80 der SUVA-MV zurückzuerstatten (Ziff. 4). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des S._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 31. Juli 2008 einerseits insoweit teilweise ab (Dispositiv-Ziffer 1.1), "als die Vorinstanz einen Anspruch des Versicherten auf MVG-Taggeld ab dem 1. Februar 2006 abgelehnt und den Versicherten zur Rückzahlung von erbrachten Taggeldleistungen im Umfange von Fr. 30'452.80 verpflichtet hat, wobei vor der Rückzahlung der Anspruch des Versicherten auf höhere Invalidenrentenleistungen zu ermitteln ist (vgl. nachfolgend Ziffer 1.2)." Andererseits hiess das kantonale Sozialversicherungsgericht die Beschwerde des Versicherten insoweit teilweise gut (Dispositiv-Ziffer 1.2), als es "die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz [zurück wies], damit diese über den Anspruch auf höhere Rentenleistungen befinden, die Höhe der Nachzahlungsbeträge festlegen und hernach über die Verrechnung mit den zurückzuzahlenden Taggeldleistungen verfügen kann." Für das Teilobsiegen sprach das kantonale Gericht dem Versicherten eine reduzierte Parteientschädigung zu Lasten der SUVA-MV zu (Dispositiv-Ziffer 3). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die SUVA-MV die Aufhebung der Dispositiv-Ziffern 1.2 und 3 des angefochtenen Entscheids. S._ stellt das Rechtsbegehren, die Beschwerde der SUVA-MV sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 