Fatti: A. Il 12 dicembre 2011 il Procuratore pubblico (PP) ha emanato un ordine di perquisizione e sequestro ai sensi degli art. 246 segg. CPP nei confronti della RSI Radiotelevisione Svizzera di Lingua Italiana, allo scopo d'identificare il collegamento telefonico di provenienza di uno degli sms pubblicati sul forum di una trasmissione. La RSI, come da indicazione dei rimedi di diritto, ha impugnato questo ordine con un reclamo dinanzi alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), che con decisione del 22 marzo 2012 l'ha dichiarato irricevibile poiché l'insorgente avrebbe dovuto chiedere l'apposizione dei sigilli, ritenuto che invocava la libertà dei media e il diritto alla protezione della fonte. B. Il 28 marzo 2012 il PP ha quindi sollecitato la RSI a dare seguito al citato ordine. Con scritto del 12 aprile 2012 l'interessata, ora assistita da un patrocinatore, ha trasmesso quanto richiesto in busta chiusa, chiedendo formalmente l'apposizione dei sigilli giusta l'art. 248 CPP e l'avvio della relativa procedura di dissigillamento. Il 26 aprile seguente il PP ha presentato un'istanza di dissigillamento al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC). Con giudizio del 27 aprile 2012 questi, ritenuta tardiva la richiesta di apposizione dei sigilli, ha evaso l'istanza ai sensi dei considerandi, ritornando la busta sigillata al PP. C. Avverso questa decisione la RSI presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare l'incarto al GPC per nuovo giudizio, affinché si pronunci sull'istanza di levata dei sigilli. Il PP chiede la reiezione del ricorso e il GPC si conferma nella decisione impugnata. Nella replica la ricorrente ribadisce le proprie argomentazioni e conclusioni. 