A.- Donnant suite à une dénonciation des autorités communales de Vermes, le Procureur général du canton du Jura a ordonné, le 23 décembre 1997, l'ouverture d'une instruction contre les époux X._ pour violation de leur devoir d'assistance ou d'éducation, dont il a confié la conduite au Juge d'instruction du district de Porrentruy, Henri-Joseph Theubet (ci-après, le Juge d'instruction). Le 6 janvier 1998, A._ a été entendue en qualité de personne appelée à fournir des renseignements dans le cadre de cette affaire. A cette occasion, elle a été inculpée de gestion déloyale commise au préjudice des époux X._, arrêtée et placée en détention préventive jusqu'au 4 février 1998. Par la suite, le Juge d'instruction a étendu les poursuites aux préventions de complicité, respectivement d'instigation à obtention frauduleuse d'une constatation fausse, puis d'escroquerie, éventuellement abus de confiance. Il a également ouvert une instruction contre la fille de A._, prévenue d'abus de confiance et éventuellement de gestion déloyale, contre le mari de celle-ci, B._, pour escroquerie, éventuellement abus de confiance, ainsi que contre C._ et X._ pour obtention frauduleuse d'une constatation fausse. B.- Le 29 octobre 1999, A._ a déposé une prise à partie contre le Juge d'instruction et a sollicité sa récusation. Elle se plaignait des conditions de son arrestation, de son audition et de son incarcération, qu'elle jugeait illégales et arbitraires. Elle dénonçait en outre le comportement tour à tour grossier, vulgaire, agressif, insultant, manipulateur et menaçant du magistrat, qui l'aurait empêchée de présenter sa version des faits et instruirait exclusivement à charge. Elle lui reprochait d'avoir violé la présomption d'innocence en donnant l'ordre de préparer une cellule à son intention avant même de l'avoir entendue et d'avoir menti en n'avertissant pas son mari de son arrestation et en refusant de débloquer ses comptes bancaires malgré les assurances données à cet égard lors de la convention signée entre les parties le 28 janvier 1998. Elle lui faisait également grief de ne pas avoir inventorié les documents saisis à son domicile et de ne pas s'être récusé d'office alors qu'il serait personnellement impliqué dans l'affaire X._. Elle se plaignait enfin de la saisie de pièces concernant une personne non impliquée dans la procédure et couvertes par le secret professionnel. Statuant par arrêt du 14 mars 2000, la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après, la cour cantonale) n'est pas entrée en matière sur la prise à partie en tant qu'elle se fondait sur des faits survenus une année et demie avant son dépôt, précisant au surplus que, supposée recevable, celle-ci aurait de toute façon dû être rejetée. Elle a par ailleurs rejeté la demande de récusation en tant qu'elle était recevable, après avoir constaté qu'il n'y avait aucun motif d'incapacité au sens de l'art. 34 du Code de procédure pénale jurassien (CPP jur.) et que le droit de la requérante à la récusation était périmé s'agissant des divers griefs formulés à l'encontre du juge afin de démontrer la prévention de celui-ci à son égard. C.- Agissant par la voie du recours de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt qui violerait, selon elle, son droit d'être entendue et résulterait d'une appréciation arbitraire, voire erronée des pièces du dossier. A titre de moyen de preuve, elle sollicite l'audition du juge incriminé ainsi que des policiers et du personnel de la prison impliqués dans les faits dénoncés. Elle requiert l'assistance judiciaire. La cour cantonale conclut au rejet du recours. Le Procureur général du canton du Jura propose également son rejet, dans la mesure où il est recevable. Le Juge d'instruction se réfère à la prise de position qu'il a formulée dans le cadre de la procédure de recours cantonale. 