Sachverhalt: A. Die 1965 geborene W._ arbeitete seit Oktober 1999 in der Firma O._ AG als kaufmännische Angestellte und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) unfallversichert. Am 11. September 2002 erlitt sie einen Autounfall, als sie mit dem von ihr gesteuerten Fahrzeug vor einem Fussgängerstreifen anhielt und die darauf folgende Lenkerin auf ihren Wagen auffuhr. Ab dem 12. September 2002 liess sie sich zunächst in einer Praxis für Atlaslogie behandeln. Der am 17. September 2002 konsultierte Dr. med. Z._ fand ein Verspannungssyndrom der ganzen Halswirbelsäule cervicocephal und cervicobrachial. Die Halswirbelsäule war verspannt, Kopfrotation, Seitneigung, Re- und Inklination waren vor allem endphasig schmerzhaft, jedoch weitgehend aktiv durchführbar. Zudem klagte die Versicherte über Kribbeln im Gesicht, eine auffallende Müdigkeit und Konzentrationsstörungen. Die Röntgenaufnahmen zeigten keine Frakturen oder prävertebrale Weichteilschwellungen. Anlässlich der kreisärztlichen Untersuchung vom 22. Oktober 2002 gab die Versicherte Dr. med. R._ an, am meisten sei sie durch eine vermehrte Ermüdbarkeit und Übelkeit gestört. Zudem würden Kribbelparästhesien im Gesicht und ein gelegentliches Stechen im linken Ohr auftreten. Die Beweglichkeit der Halswirbelsäule war nicht eingeschränkt. Bei der Reklination reagierte sie mit Übelkeit. Die SUVA liess durch Prof. Dr. med. A._ eine Biomechanische Kurzbeurteilung durchführen (Bericht vom 5. Dezember 2002). Vom 11. Dezember 2002 bis 29. Januar 2003 weilte W._ in der Klinik B._. Dort wurden laut Bericht vom 14. Februar 2003 ein Heckauffahrunfall mit HWS-Distorsion, ein linksbetontes Cervicothoracovertebralsyndrom, eine überwiegend durch Schmerzen und übermässige vegetative Reaktionen bedingte, leichte Hirnfunktionsstörung und ein leichtes Lumbovertebralsyndrom diagnostiziert. Bei der kreisärztlichen Untersuchung vom 22. Juli 2003 fand Dr. med. R._ eine höchstens geringe Druckdolenz an C6 und C7, während die Schulter- und Halswirbelsäulenfunktionen gut waren. Hingegen bestand weiterhin eine verminderte Belastbarkeit. Der Neurologe Dr. med. S._ konnte laut Bericht vom 23. Dezember 2003 kein organneurologisches Leiden zentraler oder peripherer Art erkennen oder diagnostizieren. Da die Versicherte das Arbeitspensum nicht über 50 % steigern und wegen den Konzentrationsschwierigkeiten die angestammte Arbeit nur noch teilweise erledigen konnte, wurde das Arbeitsverhältnis bei der Firma O._ AG auf den 31. Januar 2004 aufgelöst. In der Folge meldete sie sich bei der Arbeitslosenversicherung zum Leistungsbezug an. Die Schwindelabklärung bei Dr. med. D._, Facharzt FMH für Otorhinolaryngologie, ergab normale otoneurologische Befunde. Mit Verfügung vom 25. November 2004 teilte die SUVA der Versicherten die Einstellung der Taggeldleistungen auf den 29. November 2004 mit, da die Arbeitsfähigkeit nunmehr 75 % betrage und sie daher gestützt auf Art. 25 Abs. 3 UVV keine Leistungspflicht mehr treffe. Dagegen liess W._ Einsprache erheben. Mit Zwischenverfügung vom 28. April 2005 sistierte die SUVA das Einspracheverfahren bis zum Entscheid der Invalidenversicherung über die Arbeitsfähigkeit. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 13. September 2005 ab. Die Medizinische Abklärungsstelle (Medas) erstellte im Auftrag der Invalidenversicherung das interdisziplinäre Gutachten vom 5. Januar 2006, welches auch die Akten der SUVA und deren unfallspezifischen Fragenkatalog berücksichtigte. Die Hauptdiagnosen lauteten auf leichte depressive Episode ohne somatisches Syndrom (ICD-10 F 32.0), leichte bis mittelschwer reichende kognitive Funktionsstörungen (ICD-10 F0.67) und chronisches cerviko-cephales Schmerzsyndrom. Die Arbeitsfähigkeit als kaufmännische Angestellte wurde aufgrund der kognitiven Funktionsbeeinträchtigungen und der psychischen Störungen als zu 50 % eingeschränkt betrachtet. In einer anderen Tätigkeit betrage die Arbeitsunfähigkeit 30 %. Mit Eingabe an die SUVA vom 20. Februar 2006 nahm der Rechtsvertreter der Versicherten zum Gutachten Stellung und unterbreitete Zusatzfragen. Die SUVA wies die Einsprache gegen die Verfügung vom 25. November 2004 mit Einspracheentscheid vom 6. März 2006 ab, da auf jeden Fall die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfall vom 11. September 2002 und den noch bestehenden, nicht auf einem objektivierbaren organischen Substrat beruhenden Beschwerden zu verneinen sei. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 14. Februar 2007 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt W._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und eventuell die Rückweisung der Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz beantragen. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 