Faits: A. A.a Y._, né le 3 juillet 1961, a été victime d'un accident de circulation le 24 janvier 1995. Il circulait normalement en moto quand A._, arrivant en sens inverse au volant de son camion et voulant obliquer à gauche, lui a coupé la route, ce qui a provoqué la collision, puis la chute du motard. Y._ a été blessé à la jambe gauche et au dos, mais a pu rentrer chez lui par ses propres moyens. Les douleurs vertébrales persistant, Y._ a été hospitalisé du 29 janvier 1995 au 23 mars suivant, date à laquelle il a pu regagner son domicile en portant un corset jour et nuit. A.b Les médecins l'ayant examiné lors de l'hospitalisation, puis ceux qui se sont succédés entre 1995 et 2001 (à la demande du lésé, puis de son assurance-accidents) ont conclu à l'existence, chez Y._, d'un syndrome vertébral concordant avec son spondylolisthésis, anomalie constitutionnelle préexistante. Selon leurs rapports respectifs, Y._ était en parfaite santé avant l'accident, il n'était limité ni dans ses activités sportives ni professionnelles et il ne présentait pas de pathologie psychiatrique. Les troubles du lésé devaient être recherchés essentiellement dans l'anomalie constitutionnelle, jusque-là muette, mais déstabilisée par l'accident, ainsi que dans une anxiété pathologique découlant du traumatisme psychique parallèlement subi par le lésé. Sans l'accident, le spondylolisthésis aurait pu rester muet ou à peu près muet, toute la vie. Selon les déclarations du Dr B._, rhumatologue ayant examiné le lésé, qui s'est exprimé en audience sur un rapport d'expertise du 8 mars 1999, l'accident a révélé à 95% quelque chose qui était présent avant l'accident. Un examen IRM a confirmé le diagnostic de spondylolisthésis avec spondylolyse bilatérale de L5 et un phénomène de dessication de L5-S1 et L4-L5. Les médecins consultés ont déclaré que la situation du lésé était dépourvue de toute évolutivité, même s'ils ont constaté la rééquilibration du spondylolisthésis. Selon les orthopédistes, le statu quo sine (soit l'état de santé qui serait celui du lésé s'il n'avait pas subi l'accident) était atteint, au niveau vertébral, en octobre 1997. Sur le plan psychiatrique, le lésé était cependant atteint d'un processus d'invalidation et l'incapacité de travail de Y._ restait totale même dans une activité sédentaire. A.c Concernant la perception du déroulement de l'accident, Y._ a déclaré, à plusieurs reprises, avoir eu l'impression d'avoir eu son corps qui explose, comme coupé en deux au niveau de la ceinture, sans perte de connaissance toutefois et sans amnésie circonstancielle. La perception du lésé des circonstances de l'accident a été confirmée par les expertises établies par le Dr C._, chirurgien orthopédiste, puis par les spécialistes consultés du Centre Multidisciplinaire de R._. B. B.a Le 17 novembre 2004, Y._ a ouvert une action en paiement contre la compagnie Assurance X._ ci-après: X._), l'assureur responsabilité civile de A._, en vertu de l'action directe découlant de l'art. 65 al. 1 LCR. Il a réclamé, principalement, 102'867 fr. à titre de perte de gain, 460'187 fr. 30 à titre d'atteinte à l'avenir économique, et 50'000 fr. à titre de réparation du tort moral. X._ s'est opposée à la demande motif pris, principalement, de l'absence de lien de causalité entre l'accident de Y._ et ses problèmes de santé. B.b Par ordonnances du 6 février 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a confié une expertise judiciaire au Dr D._, chirurgien orthopédiste, ainsi qu'au Dr E._, médecin-adjoint dans un service de psychiatrie des adultes. Le 10 juin 2007, le Dr D._ a rendu son rapport. Il en ressort que, vu le processus d'invalidation résultant de l'accident, il y a peu de chances de voir la situation du lésé évoluer favorablement. Relevant qu'avant l'accident le patient était en excellente santé, le Dr D._ a expliqué que la spondylolyse peut rester méconnue la vie durant. En cas de décompensation, elle se manifeste par une symptomatologie douloureuse, de durée variable. Un patient présentant la même problématique médicale que Y._ aurait pu retrouver une capacité de travail complète, moyennant certaines adaptations sur le plan professionnel. En effet, au niveau vertébral, le statu quo sine a été retrouvé en octobre 1997. Y._ présentait cependant un cas de chronicisation des douleurs, phénomène psychique souvent rencontré dans l'évolution d'une affection rhumatismale ou orthopédique. Le 20 août 2007, le Dr E._ a rendu son rapport. On peut y lire que l'accident a profondément altéré l'état de santé psychique de Y._, qu'il est ainsi incapable de s'adapter à une quelconque activité professionnelle et qu'il n'existe aucun traitement médical susceptible d'améliorer significativement son état de santé et donc sa capacité de travail. Le Dr E._ relève que le statu quo sine n'a jamais été atteint en ce qui concerne le fonctionnement psychique. Il a encore noté ce qui suit (extraits repris de l'arrêt de la cour cantonale) : "(?), il paraît néanmoins très probable que l'accident a joué un rôle déclencheur dans l'apparition d'un syndrome douloureux qui a d'emblée présenté des caractéristiques atypiques, évocatrices d'un trouble somatoforme. L'accident ne saurait être tenu pour la cause unique des troubles actuels et le lien de causalité doit être considéré comme seulement possible. (?) Il faut ainsi admettre que l'accident a contribué à la survenance de ce trouble, mais d'autres facteurs ont certainement joué un rôle important, rendant compte de son apparition comme de sa pérennisation. Toutefois, aucun élément de vulnérabilité n'a pu être mis en évidence chez l'expertisé: ni trouble antérieur de la personnalité, ni événement particulier de son histoire personnelle. (?) Par ailleurs, rien ne permet d'affirmer que l'anxiété aujourd'hui perceptible préexistait à l'accident. (?) Ni l'anamnèse médicale et psychiatrique ni l'examen clinique n'apportent d'arguments permettant de soutenir que l'état antérieur ou des circonstances indépendantes de l'accident ont joué un rôle dans la persistance des troubles et de l'incapacité de travail. Dans le cas de l'expertisé, l'intervention de facteurs étrangers à l'accident ne constitue qu'une pétition de principe, qu'aucun élément concret ne vient étayer, mais que l'état des connaissances et des recherches en ce domaine nous pousse cependant à admettre." B.c Par arrêt du 15 novembre 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné X._ à payer 28'750 fr. à titre de réparation de l'atteinte à l'avenir économique, 5'320 fr. à titre d'indemnité pour tort moral et débouté les parties de toutes autres conclusions. Concernant l'atteinte à l'intégrité physique, le tribunal a nié l'existence aussi bien du lien de causalité naturelle que du lien de causalité adéquate, en raison du statu quo sine atteint au mois d'octobre 1997. Il a admis les rapports de causalité naturelle et adéquate pour l'atteinte à la santé psychique, l'accident ayant non seulement joué un rôle déclencheur, mais aucun élément ne permettant de retenir que ces troubles persistants se seraient manifestés sans l'accident. En application de l'art. 44 CO, il a réduit de 80% le montant global de l'indemnité due au lésé en raison d'une prédisposition constitutionnelle de Y._, soit une certaine composante psychologique, et de facteurs étrangers, qui justifient de retenir que l'accident n'était ni la cause principale ni unique des troubles actuels du lésé. B.d Par arrêt du 5 décembre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement du Tribunal de première instance et condamné X._ a verser à Y._ 84'624 fr. à titre de perte de gain actuelle, 228'584 fr. à titre de perte de gain future, 36'256 fr. au titre de réparation pour tort moral et débouté les parties de toutes autres conclusions. La Cour de justice a reconnu les liens de causalité naturelle et adéquate entre l'accident et les séquelles permanentes sur le psychisme de Y._. Il a néanmoins réduit de 20% le montant global de l'indemnité, tenant compte de la prédisposition constitutionnelle d'ordre physique et de l'absence d'autre facteur étranger à l'origine du dommage. C. X._ recourt en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 5 décembre 2008. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire dans la constatation et l'appréciation des faits et des preuves (art. 9 Cst.), d'avoir violé son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), de ne pas avoir appliqué correctement les règles quant à l'exigence de la preuve (art. 8 CC), d'avoir violé le droit fédéral en retenant le lien de causalité adéquate et d'avoir violé l'art. 42 CO en considérant que l'état préexistant du lésé n'était à prendre en compte dans le calcul du dommage qu'à hauteur de 20%. La recourante conclut, préalablement, à l'octroi de l'effet suspensif et, sur le fond, à l'annulation de la décision attaquée et au déboutement de Y._ de toutes ses conclusions. Y._ s'en rapporte à justice concernant l'effet suspensif et, sur le fond, conclut, principalement, au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt cantonal. Par ordonnance présidentielle du 5 février 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours. 