Faits: A. Le 16 avril 2007, A._, citoyen français né en 1952, a déposé une demande de naturalisation facilitée. Le 31 octobre 1981, il avait épousé B._, citoyenne suisse née en 1954. Le couple avait eu deux enfants nés en 1984 et 1987. Depuis 1991, la famille vivait à Neuchâtel. Après un grave accident en juin 1995, il avait été déclaré invalide à 100% et bénéficiait d'une rente AI complète. Le 7 juin 2007, l'Office fédéral des migrations (ODM) a relevé que l'intéressé vivait séparé de son épouse. Le 18 juin 2007, A._ a expliqué que cette situation était due à des problèmes de santé: depuis son accident, il souffrait d'asthme et d'apnées du sommeil aggravés par la pollution de l'air dans le quartier de la gare où se trouvait le domicile familial. L'intéressé devait aussi dormir avec un appareil respiratoire, ce que le couple supportait mal. B. Par décision du 18 juillet 2008, l'ODM a refusé la naturalisation facilitée. Depuis 1997 (selon le registre du contrôle des habitants de Neuchâtel) ou depuis 2004 (selon ses déclarations), le requérant s'était constitué un domicile séparé. Entendue le 21 mai 2008, l'épouse du requérant avait déclaré que les problèmes de santé n'étaient pas un facteur déterminant dans la séparation. Elle rencontrait son mari "parfois chaque semaine et parfois tous les deux mois", au gré des évènements familiaux, les époux n'ayant pas d'occupations communes. Le requérant n'avait mentionné que trois personnes de référence dans sa demande (dont son épouse et sa mandataire avec laquelle il cohabitait), et avait refusé de communiquer les coordonnées d'autres personnes. L'épouse de l'intéressé ne pouvait contester le contenu des procès-verbaux de ses auditions, car elle les avait signés et n'avait pas formulé de remarques lorsqu'elle en avait eu l'occasion. C. Par arrêt du 13 novembre 2009, le Tribunal administratif fédéral (TAF) a rejeté le recours formé par A._. L'ODM avait statué dans un délai raisonnable. Sur le fond, la naturalisation facilitée supposait une union conjugale stable et orientée vers l'avenir. La création de domiciles séparés devait reposer sur des raisons plausibles et n'avoir pas d'incidence sur la stabilité du mariage. Selon les déclarations de son épouse, les problèmes de santé du recourant ne paraissaient pas la cause principale de la séparation. Les époux ne partageaient pas la même "philosophie de vie" et ne se rencontraient que sporadiquement. Les conditions posées à l'art. 27 al. 1 let. c LN n'étaient donc pas réalisées. D. Par acte du 26 novembre 2009, A._ forme un recours contre l'arrêt précité. Il en demande l'annulation et conclut à l'octroi de la naturalisation facilitée. Il demande la dispense ou tout au moins la réduction de l'avance de frais. Le TAF et l'ODM ont renoncé à déposer des observations. 