Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau führt eine Strafuntersuchung gegen Y._, insbesondere wegen des Verdachts von Steuerbetrug und Urkundenfälschung. In diesem Zusammenhang stellte die Staatsanwaltschaft im Februar/März 2012 in den Räumlichkeiten von X._, dem ehemaligen Revisor der Z._ AG, diverse Aufzeichnungen und Gegenstände sicher, welche versiegelt wurden. Am 2. April 2012 stellte die Staatsanwaltschaft ein Entsiegelungsgesuch. Mit Entscheid vom 20. August 2012 wies das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau das Entsiegelungsgesuch (mangels hinreichenden Tatverdachtes) ab. B. Mit Verfügung vom 19. September 2012 wies das Zwangsmassnahmengericht ein Gesuch des Revisors vom 29. August 2012 um förmliche Berichtigung des Entscheides des Zwangsmassnahmengerichtes vom 20. August 2012 ab. C. Gegen den (Nichtentsiegelungs-)Entscheid des Zwangsmassnahmengerichtes vom 20. August 2012 gelangte die Staatsanwaltschaft mit Beschwerde vom 12. September 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Gutheissung ihres Entsiegelungsgesuches. Der vom angefochtenen Entscheid betroffene Revisor beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Das Zwangsmassnahmengericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft nahm die ihr eingeräumte Gelegenheit zur Replik wahr. Der private Beschwerdegegner liess sich dazu am 18. Februar 2013 nochmals vernehmen. 