Sachverhalt: A. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau bestellte X._ am 18. März 2011 in einem schweren Betäubungsmittelfall als amtlichen Verteidiger. Seine Kostennote belief sich auf Fr. 10'124.35. Das Bezirksgericht Aarau genehmigte am 22. Juli 2012 Fr. 8'175.60, wobei ohne ausdrücklichen Gegenbericht innert fünf Tagen davon ausgegangen werde, dass die Korrektur der Kostennote akzeptiert werde. Am 26. Juli 2012 hielt X._ am ursprünglichen Betrag fest. B. Das Bezirksgericht beharrte am 2. August 2012 auf seinem Kostenentscheid vom 22. Juli 2012 und schrieb in der Rechtsmittelbelehrung, dass die Verfügung innert 20 Tagen mit Beschwerde im Sinne von § 94 Gerichtsorganisationsgesetz (GOG) beim Obergericht angefochten werden könne. X._ erhob am 19. August 2012 Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Aargau trat am 2. Dezember 2011 auf die Beschwerde nicht ein, weil die 10-tägige Frist des Art. 396 Abs. 1 StPO nicht eingehalten sei. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 