Faits: A. Le 1er décembre 2011, la Municipalité de Morrens a accordé à la Commune de Morrens un permis de construire portant sur la transformation d'un bâtiment (actuellement une ferme) situé sur la parcelle n° 1070 du Registre foncier communal. Le projet porte sur la création de six appartements; il implique notamment une modification des ouvertures en façades, la pose de huit velux, la surélévation de la toiture, la création et la modification de lucarnes et l'aménagement de places de stationnement. Le même jour, la Municipalité a levé l'opposition formée par A.X._ et B.X._, propriétaires d'appartements dans l'immeuble occupant la parcelle n° 54 situé au nord du projet et séparé de celui-ci par le chemin du Crochet. La Municipalité a considéré que si le bâtiment avait reçu la note 4 (bonne intégration) lors du recensement architectural, les modifications apportées au volets et fenêtres étaient nécessaires à la création des appartements. La façade sud-est s'intégrait dans le paysage et l'environnement bâti. Il en allait de même pour les façades nord-est et nord-ouest, la modification du toit étant par ailleurs licite. B. A.X._ et B.X._ ont saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: la CDAP) qui, par arrêt du 9 novembre 2012, a déclaré le recours irrecevable. Malgré la proximité des bâtiments, les recourants n'avaient pas qualité pour agir: A.X._ avait déclaré, lors de l'inspection locale du 22 août 2012, qu'il agissait essentiellement en tant que citoyen et dans l'intérêt de la loi, et qu'il retirait ses griefs relatifs aux façades nord-est et nord-ouest. Seuls demeuraient les griefs relatifs à la façade sud-est et aux places de stationnement, mais les recourants ne pouvaient apercevoir cette façade depuis leur immeuble et n'étaient dès lors pas touchés par ces aspects du projet. Par surabondance, la CDAP a examiné - et rejeté - les griefs relatifs au nombre de places de stationnement. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et de renvoyer la cause à la CDAP pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. La CDAP se réfère à son arrêt. La Commune de Morrens conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique a renoncé à déposer des observations. Par ordonnance du 23 janvier 2013, l'effet suspensif a été accordé. Le 13 février 2013, A.X._ et B.X._ ont déposé, en personne, des observations complémentaires. 