Fatti: A. L'8 gennaio 1965 la Commissione di I.a istanza del Distretto di Leventina per l'applicazione del Decreto federale del 23 marzo 1961 concernente l'autorizzazione per l'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (ora: Autorità di I.a istanza del Distretto di Leventina per l'applicazione della legge federale 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero [LAFE]) ha autorizzato i cittadini italiani B.A._ e A.A._ ad acquistare i fondi ccc, ddd ed eee del Comune di Bedretto, aventi una superficie complessiva di 3'465 m2. Essa ha inoltre imposto loro l'obbligo di costruire una casa di vacanza entro due anni e il divieto di vendere o locare fino al 31 dicembre 1972. Il trapasso è stato iscritto nel registro fondiario il 6 luglio 1965. La casa non è mai stata costruita. Nel giugno 1974, nell'ambito della procedura di raggruppamento terreni (RT) del Comune di Bedretto, sono state assegnate ai coniugi A._ le particelle fff, ggg e hhh, per una superficie totale di 24'991 m2. Con l'impianto del registro fondiario definitivo questi mappali hanno ricevuto i n. iii, jjj e kkk. B. In considerazione della mancata edificazione della casa di vacanza, dell'assenza di un'autorizzazione per la maggior superficie acquisita nel 1974 e del fatto che il piano regolatore del Comune di Bedretto, in fase di approvazione, stava per rendere edificabile l'intera proprietà, l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Leventina per l'applicazione della LAFE ha avviato, il 6 ottobre 2005, una procedura di accertamento. Contemporaneamente ha ordinato il blocco cautelativo delle particelle n. iii, jjj e kkk. La procedura è sfociata nella decisione del 19 gennaio 2006 con cui la citata autorità ha diffidato B.A._ e A.A._ ad edificare sul fondo kkk una casa di vacanza della superficie massima di 200 m2 entro tre mesi dall'entrata in vigore del piano regolatore, con la comminatoria della revoca dell'autorizzazione iniziale e della rimozione dello stato illecito per l'intera proprietà di 24'991 m2 (cifra 1 del dispositivo). Ha poi predisposto la revoca del blocco cautelativo alla crescita in giudicato della propria decisione (cifra 2) nonché imposto diversi oneri e condizioni riguardanti le modalità concrete della costruzione e la destinazione della casa di vacanza (cifra 3). C. Adita tempestivamente dai coniugi A._, la Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE si è pronunciata il 6 dicembre 2006 e ha riformato nel modo seguente le cifre 1 e 3 del dispositivo del giudizio di primo grado: "1. I signori A.A._ e B.A._, sono diffidati a voler frazionare per una superficie di mq 3465 la part. kkk di Bedretto, entro il termine di 3 mesi dall'entrata in vigore del piano regolatore e a edificare sul fondo frazionato entro due anni dall'iscrizione a registro fondiario del frazionamento un'abitazione di vacanza con una superficie massima abitabile di 200mq, con le seguenti comminatorie: a) la revoca dell'autorizzazione iniziale giusta l'art. 25 cpv.1 LAFE; b) la rimozione dello stato illecito per la particella frazionata di cui sopra giusta l'art. 26 cpv. 2 lett. b e 27 cpv. 2 e 4 lett. a LAFE. 3. Sono imposti i seguenti oneri, da menzionare d'ufficio a registro fondiario, e condizioni: a) obbligo di procedere, entro 3 mesi dall'entrata in vigore del piano regolatore, al frazionamento del mappale kkk di Bedretto di una superficie di mq 3465 su cui è imposto l'onere di edificazione della casa di vacanza, con la comminatoria della revoca dell'autorizzazione per tutta la part. kkk in caso di inadempienza, con l'obbligo di inviare all'Autorità di I.a istanza copia dell'iscrizione del frazionamento a registro fondiario, debitamente timbrata; b) obbligo di presentare, entro 3 mesi dall'iscrizione a registro fondiario del frazionamento di cui sopra, la domanda di costruzione dell'abitazione di vacanza, con copia all'autorità di I.a istanza, con la comminatoria della revoca dell'autorizzazione sulla particella frazionata in caso di inadempienza; c) obbligo d'iniziare la costruzione dell'abitazione di vacanza, entro 3 mesi dal rilascio dell'autorizzazione a costruire e di portarla a termine entro due anni. Il tutto da comprovare tramite la produzione del permesso di abitabilità; d) divieto di alienazione per 5 anni a contare dal rilascio del permesso di abitabilità; e) divieto di alienazione della superficie residua di mq 2685 della part. kkk fino all'iscrizione a registro fondiario del frazionamento; f) divieto permanente di affittare con contratti di locazione di lunga durata per l'abitazione di vacanza (locazione massima consentita: 10 mesi all'anno); g) obbligo di occupazione annuale dell'abitazione di vacanza per almeno 2 settimane." D. Il 16 gennaio 2007 B.A._ e A.A._ hanno presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso di diritto pubblico, da trattare eventualmente quale ricorso di diritto amministrativo, con cui chiedono che la decisione cantonale sia annullata e che venga revocato il blocco cautelativo della loro proprietà. Adducono in sostanza la violazione degli art. 7 e 27 cpv. 4 lett. b LAFE nonché degli art. 9 (buona fede) e 27 (garanzia della proprietà) Cost. Chiamati ad esprimersi, la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE e l'Ufficio federale di giustizia propongono la reiezione del gravame, mentre l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Leventina ha rinunciato a formulare osservazioni. E. Con decreto presidenziale del 16 febbraio 2007 è stato concesso l'effetto sospensivo al ricorso. 