Fatti: A. Il 28 settembre 2009, nel quadro della sua attività di vigilanza, l'Ufficio federale dell'aviazione civile (UFAC) ha revocato parzialmente una sua precedente decisione del 28 luglio 2004, introducendo due nuove condizioni, più restrittive, per l'avvicinamento all'aeroporto di Lugano-Agno, relative alla cosiddetta procedura "Circling Charlie RWY 19", concernenti le quote minime delle nuvole di giorno e di notte. Le modifiche sono state adottate in via transitoria a partire dal 25 ottobre 2009 e sono applicabili fino alla messa in esercizio di ausili ottici all'orientamento e all'avvicinamento. L'UFAC ha tolto l'effetto sospensivo a eventuali ricorsi. B. Con decisioni del 19 e del 21 ottobre 2009, il Tribunale amministrativo federale (TAF) ha restituito in via supercautelare l'effetto sospensivo ai ricorsi sottopostigli da Darwin Airline SA, da Lugano Airport SA e dal Comune di Lugano. Mediante decisione incidentale del 16 novembre 2009, il TAF ha respinto le domande di restituzione dell'effetto sospensivo presentate dai ricorrenti, nonché ulteriori domande cautelari formulate in seguito. C. Avverso questa decisione Lugano Airport SA (1C_553/2009), Darwin Airline SA (1C_554/2009) e il Comune di Lugano (1C_555/2009) presentano tre ricorsi in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di concedere, in via superprovvisionale e provvisionale, l'effetto sospensivo ai gravami e, nel merito, di annullare la decisione impugnata, di ristabilire l'effetto sospensivo ai ricorsi inoltrati all'istanza precedente e di annullare il cosiddetto NOTAM ("avviso ai piloti") n. B1169/09, misura contenuta nella decisione 28 settembre 2009 dell'UFAC. Darwin Airline SA postula inoltre di restituire l'effetto sospensivo relativamente ai voli effettuati da equipaggi composti di due piloti qualificati per l'avvicinamento notturno a Lugano o che abbiano effettuato almeno cinque atterraggi notturni durante gli ultimi tre mesi. D. Il Tribunale amministrativo federale ha rinunciato a esprimersi sui ricorsi, mentre l'UFAC, pronunciandosi soltanto sulle istanze provvisionali, chiede di respingerle. Il 22 dicembre 2009 la domanda di effetto sospensivo in via superprovvisionale è stata respinta. 