Faits: A. Par décision du 29 février 2008, le Service vétérinaire du Canton du jura a refusé de renouveler la patente de marchand de bétail de X._ pour l'année 2008. Par arrêt du 6 octobre 2008, le Tribunal cantonal du canton du Jura a confirmé ce refus. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public le 13 novembre 2008, X._, assisté d'un mandataire professionnel, a demandé en substance au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 6 octobre 2008 par le Tribunal cantonal. Le 20 novembre 2008, la Chancellerie de la IIe Cour de droit public a fixé un délai au 11 décembre 2008 pour verser une avance de frais de 2'500 fr. Par courrier de son mandataire, X._ a requis une prolongation du délai jusqu'au 5 janvier 2009: Le Président de la IIe Cour de droit public a prolongé le délai et attiré l'attention de l'intéressé sur le fait que la prolongation accordée constituait un ultime délai et qu'à défaut de paiement dans ce second délai son recours serait déclaré irrecevable. Le versement n'ayant pas été effectué dans le délai imparti, le recours du 13 novembre 2008 a été déclaré irrecevable, par arrêt de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral du 19 janvier 2009 (2C_840/2008). Les frais judiciaires ont été mis à la charge du recourant. C. Par courrier du 23 janvier 2009, le mandataire de X._ a expliqué, pièces à l'appui, que l'avance de frais de 2'500 fr. avait été effectuée dans le délai imparti, mais que X._ s'était trompé de bulletin de versement. Il avait utilisé le bulletin destiné à verser une avance de frais de 1623 fr. dans la procédure de divorce qui était ouverte devant le juge civil de 1ère instance. Considérant qu'il s'agit d'une situation analogue à celle d'un justiciable qui adresserait un mémoire de recours à une autre autorité judiciaire, il a invité le juge civil à faire parvenir le montant de 2'500 fr. au Tribunal fédéral et conclut à l'annulation de l'arrêt du 19 janvier 2009 et à l'entrée en matière sur le recours. Par lettre du 28 janvier le juge civil a informé le mandataire de X._ que le montant de 2'500 fr. avait été restitué. Par courrier du 2 février 2009, le mandataire de l'intéressé a produit le récépissé postal pour preuve du versement de 2'500 fr. auprès de la Caisse du Tribunal fédéral. 