Faits: A. X._ Sàrl (ci-après: la Société), société à responsabilité limitée sise à A._, a pour but, selon l'inscription au registre du commerce, l'exploitation et la construction d'installations de sports et de loisirs, toutes affaires mobilières et immobilières ainsi que l'importation et l'exportation d'installations. Elle est détenue à parts égales par Y._ et Z._, associés gérants avec signature individuelle. La Société a été inscrite au registre du commerce le 11 août 1999. Sur le questionnaire pour l'assujettissement comme contribuable TVA qu'elle a rempli le 26 novembre 1999, la Société a déclaré avoir commencé son activité en mars de la même année. A la demande de l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale), elle a établi une "déclaration de responsabilité" qu'elle a fait parvenir à cette dernière le 7 décembre 1999 et dans laquelle elle a déclaré "assumer les obligations contractées en son nom avant son inscription dans le registre du commerce". La Société a été immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) avec effet au 1er mars 1999. B. Les 18 et 19 novembre 2002, l'Administration fédérale a effectué auprès de la Société un contrôle fiscal portant sur la période allant du 1er mars 1999 au 30 juin 2002. A la suite de ce contrôle, elle a établi notamment le décompte complémentaire no 287'633 du 12 février 2003, d'un montant de 18'399 fr., se rapportant aux périodes fiscales allant du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000. Cette reprise portait sur la vente d'une catapulte géante à la société D._ SA le 1er mars 2000 pour un prix de 200'000 fr., lequel n'avait pas été comptabilisé dans les comptes de la Société, mais partagé entre Y._ et Z._, les deux associés de cette dernière. La reprise concernait également les recettes tirées de l'exploitation de ladite catapulte, qui avaient été enregistrées dans les comptes de l'entreprise individuelle de Y._. L'Administration fédérale a justifié les reprises par le principe de l'unité de l'entreprise. Le décompte complémentaire a été confirmé par décision formelle du 10 janvier 2005. Sur la base de plusieurs documents que la Société lui avait adressés à sa demande, l'Administration fédérale a établi le décompte complémentaire no 287'937 du 9 février 2006, d'un montant de 4'445 fr., qui concernait les mêmes périodes fiscales que celui du 12 février 2003. Cette reprise portait sur la part des recettes provenant de l'exploitation de la catapulte qui était revenue à Z._. La Société a contesté également cette reprise. Par décision sur réclamation du 1er mars 2006, l'Administration fédérale a confirmé les montants des deux décomptes complémentaires précités. Le recours interjeté par la Société à l'encontre de cette décision a été rejeté par arrêt du Tribunal administratif fédéral du 13 septembre 2008. Cette autorité a considéré que, d'un point de vue juridique, les opérations relatives à la catapulte avaient été effectuées non pas par la recourante, mais par une société simple composée de Y._ et Z._. Toutefois, la recourante présentait trop de points communs avec cette société simple (les associés étaient les mêmes, l'adresse de la recourante se trouvait au domicile privé de l'un d'eux, les opérations effectuées par la société simple entraient dans le but de la recourante, les élastiques nécessaires à l'exploitation de la catapulte étaient fabriqués par cette dernière) pour que l'on puisse, sous l'angle du principe de l'unité de l'entreprise et plus largement du principe de l'appréciation économique, admettre l'existence de deux sujets fiscaux distincts. Les opérations en cause devaient donc être attribuées à la recourante. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt entrepris et de renvoyer le dossier à l'autorité compétente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. 