Sachverhalt: A. S._ (geboren 1990) wurde von seinen Eltern unter Hinweis auf psychische Leiden sowie eine geistige Behinderung am 3. Novem-ber 2004 zum Leistungsbezug in Form von Berufsberatung bei der Invalidenversicherung angemeldet. Nachdem der Versicherte die von der Invalidenversicherung als erstmalige beruflich Ausbildung übernommene Anlehre zum Gärtnereiarbeiter erfolgreich abgeschlossen hatte, absolvierte er ein Eingliederungspraktikum bei der Gärtnerei X._. Danach arbeitete er mit einem 50%-Pensum bis zu seiner Entlassung im Januar 2010 in demselben Betrieb weiter. Die IV-Stelle des Kantons Freiburg sprach S._ mit Verfügung vom 26. Februar 2010 rückwirkend vom 1. November 2008 bis 31. März 2009 sowie ab 1. Januar 2010 eine halbe Invalidenrente zu. Im Rahmen eines im November 2011 amtlich eingeleiteten Revisionsverfahrens durch die wegen Umzugs des Versicherten neu zuständigen IV-Stelle des Kantons Bern wurde festgestellt, dass S._ seit dem 25. Januar 2010 bei der A._ AG unselbstständig erwerbstätig war und in den Jahren 2010 und 2011 ein rentenausschliessendes Erwerbseinkommen erzielt hatte. Im Verhalten des Versicherten erblickte die IV-Stelle eine Meldepflicht-verletzung und verfügte am 26. April 2012 die Aufhebung der Invalidenrente per 1. Februar 2010. Darüber hinaus forderte sie mit Verfügung vom 1. Mai 2012 die Rückzahlung der zwischen 1. Februar 2010 und 29. Februar 2012 unrechtmässig bezogenen Renten. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des Versicherten hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 24. Oktober 2012 teilweise gut. Es änderte die Verfügung vom 26. April 2012 insofern ab, als es die halbe Rente per 1. Mai 2010 aufhob und den Rückforderungsbetrag entsprechend herabsetzte. C. Die IV-Stelle des Kantons Bern lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des angefochtenen Entscheides beantragen, soweit darin die Verfügungen vom 26. April 2012 und 1. Mai 2012 abgeändert wurden. Während S._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, teilt das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) die Auffassung der IV-Stelle. 