A.- Der 1948 geborene T._ war ab 28. Juli 1994 für die Firma X._ AG als Geschäftsführer der einen Nachtclub sowie ein Bistro betreibenden Restaurationsbetriebe Y._ beschäftigt. Ende Januar 1995 wurde das Arbeitsverhältnis mit sofortiger Wirkung aufgelöst, wobei in einer Aufhebungsvereinbarung vom 3. Februar 1995 zu Gunsten des Arbeitnehmers ein 'Abgeltungsbetrag' von brutto Fr. 30'000.- resp. - nach Abzug der Beiträge an die Alters- und Hinterlassenen-, die Invaliden- sowie die Arbeitslosenversicherung - netto Fr. 29'591. 50 zugesichert wurde. Ab 13. Februar 1995 unterzog sich T._ der Stempelkontrolle und beanspruchte Taggelder der Arbeitslosenversicherung. Im Hinblick auf die ihr erst auf Grund einer Arbeitgeberbescheinigung vom 1. März 1995 bekannt gewordene Aufhebungsvereinbarung vom 3. Februar 1995 forderte die Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 21. September 1995 die für die Monate Februar bis und mit April 1995 ausgerichteten Taggelder in Höhe von - nach erfolgter Verrechnung mit noch ausstehenden Leistungen - Fr. 9125. 35 als unrechtmässig bezogen zurück. Ein am 4. Mai 1996 gestelltes Gesuch um Erlass der Rückerstattungsschuld lehnte das damalige Amt für Industrie, Gewerbe und Arbeit des Kantons Zürich (heute: Amt für Wirtschaft und Arbeit [AWA]) mit Verfügung vom 29. Oktober 1997 mangels Gutgläubigkeit beim Leistungsbezug ab. B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Januar 2000 ab. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt T._ erneut den Erlass der - nunmehr zufolge weiterer Verrechnungen mit Leistungen der Arbeitslosenversicherung auf Fr. 6083. 55 reduzierten - Rückerstattungsschuld beantragen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das AWA sowie das Staatssekretariat für Wirtschaft verzichten auf eine Stellungnahme. 