Sachverhalt: A. A._ (Klägerin; Beschwerdegegnerin 1) war seit dem 1. November 2009 zu 50 % bei der X._ AG (Beklagte; Beschwerdeführerin) als Vertriebsmitarbeiterin und Assistentin des Verlagsleiters des Bereichs Technik/Logistik/Transport angestellt. Mit Schreiben vom 8. Oktober 2010 wurde ihr fristlos gekündigt, weil sie über einen längeren Zeitraum mehrfach die Regelung bezüglich des Ausstempelns für die Mittagspause nicht eingehalten habe. Bereits am 5. Oktober 2010 hatte eine Besprechung stattgefunden. An dieser Besprechung wurde gemäss den Behauptungen der Beklagten mündlich die fristlose Kündigung bereits ausgesprochen und der Klägerin eine Auflösungsvereinbarung per 31. Oktober 2010 mit Freistellung nach Erledigung von Pendenzen angeboten. Nachdem diese Vereinbarung von der Klägerin abgelehnt worden war, erfolgte das Kündigungsschreiben. B. Die Klägerin beantragte dem Zivilgericht Basel-Stadt, die Beklagte zu verpflichten, ihr Fr. 26'038.35 zu bezahlen und ihr ein gutes Arbeitszeugnis auszustellen. Am 23. Februar 2011 teilte die Öffentliche Arbeitslosenkasse Y._ (Arbeitslosenkasse; Beschwerdegegnerin 2) dem Gericht mit, sie habe der Klägerin Fr. 2'933.05 Arbeitslosentaggelder geleistet. Sie verlangte die direkte Zusprechung des subrogierten Betrages. Am 15. Dezember 2011 verpflichtete das Zivilgericht die Beklagte, ein neues Arbeitszeugnis auszustellen, und sprach der Klägerin Fr. 13'412.25 und der Arbeitslosenkasse Fr. 2'933.05 zu. Diesen Entscheid bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 25. September 2012. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, den Entscheid des Appellationsgerichts unter a/o-Kostenfolge zu Lasten der Beschwerdegegnerinnen 1 und 2 aufzuheben. Eventualiter sei die Sache unter Kostenfolge an das Appellationsgericht zurückzuweisen, damit dieses eine von der Beschwerdeführerin angebotene Zeugin einvernehme. Die Beschwerdegegnerinnen und das Appellationsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Obwohl kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, hat die Beschwerdeführerin unaufgefordert eine Replik eingereicht. 