Faits: A. X._, née en 1974, célibataire, a grandi à Delémont, dans une famille de quatre enfants. Elle y a effectué sa scolarité et obtenu son diplôme d'employée de commerce et d'assistance médicale. Elle a successivement travaillé et logé à Zurich puis à Genève, tout en conservant son domicile à Delémont. Depuis le 1er février 2006, X._ travaille en qualité de gestionnaire en assurances à Ecublens. De juin 2006 à février 2009, elle habitait à l'avenue xxx, à Lausanne. Depuis février 2009, elle loue un appartement de deux pièces à l'avenue yyy, toujours à Lausanne, au loyer mensuel de CHF 1'060.-. Le 11 avril 2011, à la requête de la commune de Lausanne, X._ a rempli un questionnaire aux fins de déterminer son domicile fiscal. Le 6 mai 2011, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après l'Administration vaudoise) a invité son homologue jurassienne à renoncer à l'assujettissement de la contribuable au 1er janvier 2011. X._ ne s'est pas déterminée sur ce courrier dans le délai imparti. Le 8 juin 2011, les autorités jurassiennes ont donné leur accord de principe relatif à la fixation du domicile fiscal de la contribuable dans le canton de Vaud, mais souhaité que l'assujettissement débute lors de la période fiscale 2012. B. Par décision du 24 juin 2011, l'Administration vaudoise a arrêté le domicile fiscal de X._ à Lausanne dès le 1er janvier 2011. Par arrêt du 29 juin 2012, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ contre la décision du 24 juin 2011. Le Tribunal cantonal a retenu en substance que la contribuable travaillait à Ecublens et louait un appartement à Lausanne, de sorte qu'il convenait de présumer que son domicile fiscal se trouvait dans cette ville. Il a ajouté qu'aucune des considérations sur les relations personnelles et sociales que X._ exposait entretenir à Delémont n'était suffisante pour renverser cette présomption. Elle retournait certes fréquemment auprès de sa famille à Delémont, logeant alors dans l'appartement de ses parents, et y entretenait une vie associative. Elle travaillait cependant à 100 %, était indépendante de ses parents d'un point de vue personnel et économique et disposait de son propre logement de deux pièces à Lausanne, de sorte que son âge - supérieur à trente ans - et la durée de ses relations de travail - supérieure à cinq ans - plaidaient en faveur d'un assujettissement au lieu de travail. C. Par acte du 24 juillet 2012, X._ dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 29 juin 2012 et à ce qu'il soit déclaré qu'elle est domiciliée à Delémont, le canton du Jura étant seul compétent pour imposer ses revenus. Invité à se déterminer, le Service des contributions du canton du Jura (ci-après l'Administration jurassienne) retient que le domicile fiscal de la recourante se trouve dans le canton du Jura. L'Administration vaudoise conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le Tribunal cantonal se réfère à l'arrêt attaqué et l'Administration fédérale des contributions renonce à se déterminer, s'en remettant à l'appréciation du Tribunal fédéral. Le 30 octobre 2012, la recourante a déposé une ultime détermination. 