Sachverhalt: A. Der 1955 geborene Z._ war als Hilfsheizungsmonteur bei Firma S._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er sich am 2. April 1995 beim Fussballspielen am linken Knie verletzte. Am 6. Mai 1996 fiel er zudem bei der Montage eines Rohrs von einer Leiter und verletzte sich am rechten Knie. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieser beiden Ereignisse. Der Versicherte konnte zunächst seine angestammte Tätigkeit wieder vollumfänglich aufnehmen. Am 2. April 2004 meldete er jedoch der Anstalt einen Rückfall zu diesen Unfällen. Die SUVA anerkannte die Kausalität der geklagten Beschwerden und erbrachte weitere Leistungen. Für die verbleibenden Folgen der Ereignisse sprach sie dem Versicherten mit Verfügung vom 20. Oktober 2005 und Einspracheentscheid vom 25. Juli 2006 ab 1. Juli 2005 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 29 % sowie eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 25 % zu. Auf Beschwerde des Versicherten hin hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. Februar 2008 diesen Einspracheentscheid auf und wies die Sache zu weiteren Abklärungen an die SUVA zurück. Die SUVA holte daraufhin bei Dr. med. E._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, eine Expertise ein (Gutachten vom 30. Oktober 2009). Daraufhin sprach sie dem Versicherten mit Verfügung vom 1. April 2010 abermals ab 1. Juli 2005 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 29 % zu; anerkannte aber gleichzeitig eine Integritätseinbusse von 30 %. Im Einspracheverfahren reichte der Versicherte das von der IV-Stelle des Kantons Aargau bei der MEDAS, Spital X._, eingeholte interdisziplinäre Gutachten vom 15. September 2010 ein. Daraufhin erhöhte die SUVA mit Einspracheentscheid vom 16. Februar 2011 den der Rente zugrunde liegende Invaliditätsgrad auf 39 % und wies weitergehende Begehren des Versicherten ab. B. Die von Z._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 3. November 2011 ab. C. Mit Beschwerde beantragt Z._, ihm sei unter Anpassung des Einsprache- und Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides eine Rente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 57 % - eventuell von 44 % - zuzusprechen. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 