Sachverhalt: A. Der 1975 geborene H._ war seit August 1992 zuerst als Lehrling und nach Abschluss der Automechaniker-Lehre als Angestellter bei der R._ AG tätig, als er am 30. August 2002 einen Verkehrsunfall (Auffahrkollision) erlitt. Am 12. August 2003 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung und Rente) an. Nach Beizug der Akten der SUVA sowie ergänzenden medizinischen und beruflichen Abklärungen sprach die IV-Stelle dem Versicherten mit Verfügung vom 20. Januar 2004 berufliche Massnahmen im Sinne einer Umschulung auf den kaufmännischen Bereich vom 20. Januar bis 2. Juli 2004 zu, welche dieser erfolgreich absolvierte. Nach einem durch den Versicherten abgebrochenen zusätzlichen Umschulungsversuch zum Technischen Kaufmann schloss die IV-Stelle mit Verfügung vom 28. Februar 2006 die beruflichen Massnahmen ab unter Hinweis, dass der Versicherte eine teilzeitliche Festanstellung als Disponent bei der Garage M._ AG habe finden können. Nach weiteren Abklärungen wies die IV-Stelle sodann mit Verfügung vom 3. April 2007 das Rentenbegehren des Versicherten ab, da aufgrund der objektiven medizinischen Befunde kein invalidisierender Gesundheitsschaden bestehe. B. Die dagegen erhobene Beschwerde, in deren Folge der Versicherte ein Gutachten des Instituts für Versicherungsmedizin X._ vom 13. November 2007 zuhanden des Haftpflichtversicherers (AXA Winterthur) eingereicht hatte, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei dem Versicherten eine Rente von mindestens 50 % zuzusprechen. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. D. Mit Schreiben vom 20. Mai 2009 reichte die IV-Stelle Kopien des Observierungsmaterials der AXA Winterthur zur Arbeitstätigkeit des Versicherten ein. 