Sachverhalt: A. Der 1959 geborene F._ ist seit dem Jahre 1990 an verschiedenen Volksschulen im Kanton Aargau als Lehrperson Instrumentalunterricht angestellt. Mit Verfügung vom 23. November 2004 reihte die Schulpflege der Stadt X._ F._ per 1. Januar 2005 in die Lohnstufe 5 gemäss Anhang I und IIA des aargauischen Dekretes über die Löhne der Lehrpersonen vom 24. August 2004 (LDLP) ein. Daran hielt sie nach Durchführung des Schlichtungsverfahrens mit Verfügung vom 22. November 2007 fest. B. Die von F._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Personalrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 5. Dezember 2008 ab. C. Mit Beschwerde beantragt F._, die Sache sei unter Aufhebung des Entscheides des Personalrekursgerichtes an dieses zurückzuweisen, eventuell sei unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides festzustellen, dass er ab 1. Januar 2005 in die Lohnstufe 6 einzureihen sei. Während das Personalrekursgericht des Kantons Aargau auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet die Schulpflege der Stadt X._ auf eine Vernehmlassung. 