Faits: A. A._, ressortissante brésilienne née en 1978, a séjourné en Suisse de décembre 1995 à janvier 1998, puis dès le mois de juin 2000 au bénéfice d'une autorisation de séjour pour étude qui a été renouvelée jusqu'au 10 octobre 2008. Le 1er septembre 2008, elle a demandé sa naturalisation auprès du service cantonal des naturalisations du canton de Genève (SCN). Le 28 août 2009, l'Office fédéral des migrations (ODM) a, malgré le préavis cantonal positif, refusé d'accorder à l'intéressée une autorisation de séjour fondée sur l'art. 31 al. 1 OASA, considérant que les conditions d'un cas d'extrême gravité n'étaient pas réunies. Un délai de départ a été imparti, au 31 octobre 2009. A._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF). Le 22 octobre 2009, le SCN fit savoir à A._ qu'en l'absence d'un permis de séjour valable, la procédure de naturalisation était suspendue. Cette décision a été confirmée le 19 janvier 2010: le règlement genevois d'application de la loi genevoise sur la nationalité (RNat, RS/GE A 4 05.01) exigeait un permis de séjour valable tout au long de la procédure de naturalisation. Les 7, 26 et 27 janvier, puis le 23 juin et le 20 juillet 2010, A._ a requis la reprise de la procédure en se prévalant d'un arrêt récent selon lequel l'octroi de l'autorisation fédérale de naturalisation ne dépendait pas de l'existence d'une autorisation de séjour durant toute la durée de la procédure. Par décision du 16 août 2010, le SCN confirma la suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur le recours au TAF. B. Par arrêt du 26 juillet 2011, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a déclaré irrecevable le recours formé contre cette dernière décision. Il s'agissait d'une décision incidente qui ne causait pas à l'intéressée de préjudice irréparable. C. Par acte du 14 septembre 2011, A._ forme un recours constitutionnel subsidiaire. Elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à la Chambre administrative afin qu'elle statue sur le fond, subsidiairement le renvoi de la cause au SCN afin qu'il reprenne l'instruction de la demande de naturalisation. La Chambre administrative persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département cantonal de la sécurité, de la police et de l'environnement conclut à l'irrecevabilité du recours et à son rejet sur le fond. La recourante a répliqué, persistant dans ses conclusions. 