Sachverhalt: A. Mit Kaufvertrag vom 14. Februar 1970 erwarben C._ und vier weitere Personen das Grundstück Nr. xxx, GB Sursee, zu Miteigentum. C._ bezahlte für seinen Anteil (6/15) Fr. 218'000.--, wovon er Fr. 109'000.-- von seinem Bruder B._ (Beschwerdegegner) erhielt. In der Folge bezahlte der Beschwerdegegner seinem Bruder C._ jeweils die Hälfte verschiedener dieses Miteigentumsgrundstück betreffende Rechnungen. Am 10. August 1992 verstarb C._. Sein Anteil am Grundstück Nr. xxx, GB Sursee, ging ins Eigentum seiner Ehefrau A._ (Beschwerdeführerin) über. Im Rahmen eines Landabtauschverfahrens wurde der Beschwerdeführerin anstelle ihres Miteigentumsanteils das Grundstück Nr. yyy, GB Sursee, zu Eigentum und 27/70 am Grundstück Nr. zzz, GB Sursee, zu unselbständigem Miteigentum zugesprochen. Mit Schreiben vom 2. Dezember 1999 kündigte der Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin das seinem Bruder C._ "gewährte Darlehen von ursprünglich Fr. 100'000.--". B. Nachdem die Beschwerdeführerin die geforderte Zahlung nicht geleistet hatte, reichte der Beschwerdegegner gegen sie Klage auf Auflösung einer einfachen Gesellschaft ein. Das Amtsgericht Sursee verpflichtete die Beschwerdeführerin am 20. April 2004, dem Beschwerdegegner Fr. 938'000.-- aus partiarischem Darlehen zu bezahlen. Die dagegen von der Beschwerdeführerin erhobene Appellation hiess das Obergericht des Kantons Luzern am 11. April 2005 insofern gut, als es das Rechtsverhältnis zwischen C._ und dem Beschwerdegegner nicht als partiarisches Darlehensverhältnis sondern als einfache Gesellschaft qualifizierte und folglich die Sache zur Neubeurteilung an das Amtsgericht zurückwies. Im Urteil vom 30. November 2007 erwog das Amtsgericht, die einfache Gesellschaft werde mangels anderweitiger Abreden mit dem Tod eines Gesellschafters aufgelöst. Um den Anspruch des Beschwerdegegners gegen die Beschwerdeführerin ermitteln zu können, sei deshalb der Wert des Grundstücks Nr. xxx, GB Sursee, zum Zeitpunkt des Todes von C._ im August 1992 zu bestimmen. Auf Antrag des Beschwerdegegners ordnete es eine gerichtliche Expertise zum Verkehrswert per 10. August 1992 an. Aufgrund dieses Gutachtens ging es von einem massgebenden Verkehrswert des Grundstücks Nr. xxx, GB Sursee, von Fr. 5'932'100.-- aus. Nach Abzug diverser Beträge (Erwerbspreis von Fr. 218'000.--, vom Beschwerdegegner übernommene Kosten von Fr. 17'500.--, latente Beurkundungs- und Grundbuchkosten von Fr. 13'000.--, von C._ übernommene Kosten von Fr. 17'500.--, latente Grundstückgewinnsteuern von Fr. 474'781.--) gelangte das Amtsgericht zu einem Liquidationsanteil des Beschwerdegegners von Fr. 942'529.50. Es hiess die Klage deshalb in der beantragten Höhe gut und verpflichtete die Beschwerdeführerin zur Bezahlung von Fr. 938'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 11. April 2002 an den Beschwerdegegner. Dagegen appellierte die Beschwerdeführerin an das Obergericht und beantragte anlässlich der Appellationsverhandlung, die Begehren des Beschwerdegegners abzuweisen, soweit damit mehr als Fr. 560'605.25 nebst 5 % Zins ab 11. April 2002 sowie der gemäss Appellationsantwort geforderte Restverzugszins von Fr. 844.75 verlangt werde. Der Beschwerdegegner beantragte die Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils. Die Beschwerdeführerin habe ihm noch Fr. 487'475.10 nebst Zins zu 5 % seit 22. Januar 2008 zu bezahlen, nachdem diese per 22. Januar 2008 den Betrag von Fr. 721'779.30 überwiesen habe. Mit Urteil vom 16. Juli 2008 verpflichtete das Obergericht die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner Fr. 487'475.10 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 377'394.75 seit 22. Januar 2008 zu bezahlen. Das Obergericht verwarf insbesondere die Einwendungen gegen das Gerichtsgutachten und lehnte die beantragte Anordnung eines weiteren Gutachtens ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 16. Juli 2008 aufzuheben. Die Sache sei gemäss den Erwägungen des Bundesgerichts zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell seien die Begehren des Beschwerdegegners abzuweisen, soweit damit mehr als Fr. 560'605.25 nebst Zins zu 5 % seit 11. April 2002 sowie Fr. 844.75 Restverzugszins verlangt werde. Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung soweit Eintreten. Mit Schreiben vom 4. November 2008 hat die Beschwerdeführerin zu den Vernehmlassungen des Beschwerdegegners und der Vorinstanz eine Replik eingereicht. 