Faits: A. B._, né en 1949, est assuré pour l'assurance obligatoire des soins auprès de la Caisse-maladie et accidents de la société suisse des hôteliers (Hotela). Alors qu'il était domicilié à O._ (Chablais valaisan), il a consulté son médecin traitant, le docteur P._, après avoir été saisi d'un malaise. Le 2 avril 2004, ce médecin l'a adressé à son confrère V._, cardiologue, qui a diagnostiqué le jour suivant un angor d'effort et lui a prodigué un traitement médicamenteux. A la suite d'une deuxième consultation, du 20 avril 2004, le docteur V._ a adressé son patient à la Clinique X._, à Lausanne, afin d'y subir un cathétérisme cardiaque. L'assuré s'y est rendu par ses propres moyens, le 23 avril 2004, où l'opération a été pratiquée au cours d'une hospitalisation d'un jour (23-24 avril 2004). La Clinique X._ a établi une facture de 21'959 fr. 50, le 27 mai 2004, que la caisse Hotela a payée intégralement. B._ a transféré son domicile à V._ (VD). Par écriture du 23 novembre 2005, Hotela a invité son assuré à lui restituer la somme de 1'708 fr. représentant la différence entre les tarifs vaudois et valaisan applicables. B._ a opposé un refus par lettre du 6 avril 2006. Par décision du 12 mai 2006, confirmée sur opposition le 6 juillet 2006, Hotela a demandé formellement la restitution de 1'708 fr. B. B._ a déféré cette décision au Tribunal des assurances du canton de Vaud en concluant implicitement à son annulation. Il a produit une prise de position du docteur V._ (du 28 septembre 2006). Hotela a conclu au rejet du recours. La juridiction cantonale a interpellé le docteur V._, qui s'est déterminé dans un rapport complémentaire du 31 octobre 2006. Par jugement du 14 novembre 2006, elle a réformé la décision litigieuse, en ce sens que la différence de coûts entre les deux tarifs vaudois et valaisan pour les prestations en cause devait être entièrement prise en charge par l'assureur-maladie. C. Hotela a interjeté un recours de droit administratif contre ce jugement dont elle a demandé l'annulation en concluant à la confirmation de sa décision sur opposition du 6 juillet 2006. L'intimé a conclu implicitement au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 