Fatti: A. Costituita nel 1978, la A._SA è una società anonima con sede a X._. Suo azionista ed amministratore unico è B._, di formazione montatore di impianti di riscaldamento e con diploma federale in materia di idrocarburi, ma parimenti artista ed inventore, con una ventina di brevetti depositati. Fino all'inizio degli anni '90, la società è stata attiva esclusivamente nel settore degli idrocarburi, occupandosi in particolare del risanamento di cisterne e del controllo dei relativi apparecchi d'allarme. Nel 1994, per far fronte ad una crisi di questa attività, essa ha assunto parallelamente la rappresentanza di due prodotti non legati agli idrocarburi. Uno di questi era un pallone aerostatico luminoso della ditta francese C._SA, notato da B._ al salone degli inventori di Ginevra. Il prodotto presentava tuttavia dei difetti, per cui l'operazione non ha avuto successo e il rapporto di rappresentanza esclusiva per la Svizzera e l'Italia è presto stato interrotto. B. B._ è però riuscito a rielaborare il pallone luminoso, rendendolo funzionante ed affidabile, ed il 13 novembre 1994 ha perciò fatto brevettare una propria versione modificata del prodotto. Questo ha attirato l'attenzione di un esperto zurighese nell'individuazione e nella commercializzazione di idee innovative (start up), che ha proposto una complessa struttura societaria per svilupparlo. I diritti di sfruttamento del brevetto sono così stati ceduti ad una società offshore (la D._Ltd) la quale a sua volta li ha ceduti alla società americana E._ in cambio di 3'000'000 di azioni della stessa E._ e di USD 3'000'000 nonché di 2'100'000 azioni ad una seconda società offshore (la F._Ltd). Per il tramite di questa seconda società ad A._SA è stato riconosciuto il diritto di produrre a livello europeo i palloni luminosi, dietro un compenso iniziale di USD 2'000'000 per portare l'invenzione dalla fase concettuale alla produzione in serie. Nella realizzazione del progetto sono tuttavia sorti conflitti tra le parti e l'operazione non ha avuto il successo sperato né ha portato gli introiti previsti. Ad ogni modo, il provento della cessione del brevetto da parte della D._Ltd (USD 3'000'000) è stato integralmente incassato ed accreditato sul conto di una nuova società offshore (la G._Ltd di Nassau), di cui B._ è avente diritto economico. C. Sulla base di un'indagine preliminare avviata a seguito di una denuncia, il 27 settembre 2001 l'Amministrazione federale delle contribuzioni è stata incaricata di svolgere un'inchiesta nei confronti di A._SA per grave sottrazione fiscale. Il 5 giugno 2003, la Divisione inchieste fiscali speciali (DIF) ha consegnato il proprio rapporto. Essa è giunta alla conclusione che alla contribuente, tassata sulla base di un utile netto mai superiore a fr. 30'000.-- nel corso degli anni 1993-1996, andavano imputati anche il guadagno derivante dalla cessione del brevetto per i palloni luminosi ed il controvalore delle azioni della E._; conseguiti nel 1996, questi ricavi sono stati valutati in fr. 3'849'900.--, rispettivamente fr. 684'680.--. Secondo la DIF, le tassazioni già cresciute in giudicato risultavano inoltre insufficienti anche sotto altri aspetti, per cui andavano in particolare computate ulteriori riprese per fr. 108'650.-- nel 1995 e per fr. 89'650.-- nel 1996. D. Fondandosi su detto rapporto, il 12 giugno 2003 l'Ufficio delle procedure speciali della Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino ha notificato ad A._SA l'apertura di un procedimento per recupero e per sottrazione di imposta. Raccolte le osservazione della contribuente, con decisione del 20 novembre 2003 l'autorità di tassazione ha confermato le risultanze dell'inchiesta ed ha quindi stabilito che, per l'imposta cantonale e comunale relativa agli anni 1993-1996, a titolo di recupero d'imposte, interessi di ritardo e multe tributarie (di importo identico a quello dell'imposta sottratta) era dovuta la somma totale di fr. 1'350'506.90 per il Cantone, di fr. 666'767.65 per il Comune di Y._ e di fr. 648'645.65 per il Comune di X._. Con parallela decisione ha pure determinato le imposte suppletorie e le multe (pari anche in questo caso all'imposta sottratta) in relazione all'imposta federale diretta per gli anni 1995 e 1996, fissandone l'importo complessivo a fr. 1'009'818.50. E. Contro entrambe le decisioni A._SA ha presentato reclamo, che il 10 marzo 2004 l'Ufficio procedure speciali ha però sostanzialmente respinto, modificando in misura assai contenuta gli importi pretesi. La contribuente si è allora aggravata dinanzi alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello, dove ha sollevato soprattutto critiche di ordine formale. Dopo aver esperito vari atti istruttori, con sentenza del 6 marzo 2006 la Corte cantonale ha respinto il ricorso ed ha quindi in particolare confermato l'attribuzione dei guadagni derivanti dall'invenzione alla società anziché al suo amministratore personalmente. F. Il 4 aprile 2006 A._SA ha presentato un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale, con cui chiede di annullare la sentenza della Camera di diritto tributario e le decisioni adottate nella procedura di contravvenzione e di rinviare la causa all'istanza precedente per nuovo giudizio. Oltre a sollevare la questione della titolarità del brevetto, critica pure le ulteriori riprese effettuate dalle autorità fiscali. La Divisione delle contribuzioni del Canton Ticino e l'Amministrazione federale delle contribuzioni (Divisione principale imposta federale diretta, imposta preventiva, tasse di bollo) propongono la reiezione del gravame, mentre la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello rinvia alla motivazione contenuta nella sentenza impugnata, limitandosi a rilevare che dinanzi ad essa il litigio verteva unicamente sull'imputazione dei guadagni legati al brevetto per i palloni luminosi. In sede di replica, rispettivamente duplica, le parti hanno precisato e sviluppato le loro tesi, riconfermandosi nelle precedenti conclusioni. 