A.- Mit Verfügung vom 3. Mai 1996 legte das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) die Einrichtungs- und Betriebsbeiträge der Invalidenversicherung für die Wohngemeinschaft C._ und die Wohngruppe D._ für das Jahr 1994 fest. Die für dieses Jahr gewährten Betriebsbeiträge machten mit Fr. 35'887. - für die Wohngemeinschaft C._ 98,57 % und mit Fr. 62'943. - für die Wohngruppe D._ 95,30 % des jeweiligen Betriebsdefizites aus. AufeinvomVereinX. _ gestelltes Wiedererwägungsgesuch trat das BSV mit Wiedererwägungsverfügung vom 15. Juli 1997 zwar ein, lehnte jedoch das unter anderem gestellte Begehren, wonach die Beiträge für 1994 das gesamte Betriebsdefizit zu decken hätten, ab. B.- Die gegen die verfügte Beitragsgewährung für das Jahr1994vomVereinX. _ erhobene Beschwerde wies das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) mit Entscheid vom 15. Juni 1998 kostenfällig ab, soweit es darauf eintrat. Insbesondere lehnte es das Departement auch ab, die erst mit Verfügung vom 1. Dezember 1997 zugesprochenen und im Laufe des Beschwerdeverfahrens ebenfalls beanstandeten Betriebsbeiträge für die Jahre 1995 und 1996 in die Beurteilung mit einzubeziehen. C.-DerVereinX. _ erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Begehren, die Verfügungen des BSV vom 3. Mai 1996 und 15. Juli 1997 sowie der Beschwerdeentscheid des EDI vom 15. Juni 1998 seien aufzuheben und die Invalidenversicherung sei zu verpflichten, für das Rechnungsjahr 1994 ungekürzte Betriebsbeiträge, nämlich zu Gunsten der Wohngemeinschaft C._ Fr. 36'409. - und zu Gunsten der Wohngruppe D._ Fr. 66'049. - auszurichten. Sowohl das EDI als auch das BSV schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. 