Sachverhalt: A. Die Eheleute X._ führten bis 2001 einen Bäckereibetrieb in der eigenen Liegenschaft an der W._strasse in V._/NW. Im Erdgeschoss der Liegenschaft befand sich der Bäckereibetrieb mit Backstube, VerkaufsIaden und Nebenräumen. Die Obergeschosse umfassen drei Wohnungen: eine 7 1/2-Zimmer-Maisonette-Wohnung, die vom Eigentümer selbst bewohnt wird, sowie eine 2 1/2-Zimmer- und eine 3-Zimmerwohnung, die an Dritte vermietet sind. Im Jahr 2001 stellten die Eheleute X._ den Bäckereibetrieb ein und vermieteten auch die Geschäftslokalitäten. Das Kantonale Steueramt Nidwalden veranlagte in der Folge die Eheleute X._ für die direkte Bundessteuer 2001 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 481'100.--. Darin enthalten ist ein Kapitalgewinn von Fr. 411'000.-- aus der Überführung der Liegenschaft W._strasse in V._ vom Geschäfts- in das Privatvermögen im Zuge der Betriebsaufgabe (Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2004; Einspracheentscheid vom 31. Oktober 2004). B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden bestätigte die grundsätzliche Steuerbarkeit des Überführungsgewinns, erkannte aber, dass dieser um 10 % für AHV-Beiträge zu kürzen sei. Dem entsprechend hiess es die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde teilweise gut und wies die Sache an das Kantonale Steueramt Nidwalden zurück (Urteil vom 17. Oktober 2005). C. Die Eheleute X._ haben am 6. Dezember 2005 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 17. Oktober 2005 sei aufzuheben, und das steuerbare Einkommen bei der direkten Bundessteuer 2001 sei um Fr. 411'000.-- zu reduzieren. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Steuerbehörden und das Verwaltungsgericht hätten die betreffende Liegenschaft zu Unrecht dem Geschäftsvermögen zugeordnet; richtigerweise liege Privatvermögen vor, weshalb die Besteuerung eines Überführungsgewinns unzulässig sei. Sie rügen damit sinngemäss eine Verletzung von Bundesrecht (vgl. Art. 104 lit. a OG). D. Das Kantonale Steueramt Nidwalden beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. 