Faits: A. Le Ministère public de la Confédération (ci-après: le MPC) a ouvert le 12 juillet 2011 une enquête pénale à l'encontre de C._ pour blanchiment d'argent (art. 305 bis CP), à la suite d'une annonce du Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent/MROS faisant état de l'existence d'une procédure pénale en Russie; l'enquête a été étendue à D._ le 10 octobre 2011. D._ et C._ étaient soupçonnés d'avoir commis des actes d'escroquerie et d'abus de confiance, au préjudice de la banque H._ dont ils occupaient une fonction dirigeante. Le MPC a ordonné diverses mesures d'instruction, dont des saisies de relations bancaires auprès d'établissements de la place zurichoise. Le 20 janvier 2012, le MPC a ainsi adressé à la banque I._ une ordonnance d'obligation de dépôt et blocage de comptes prescrivant le séquestre immédiat de deux comptes ouverts respectivement au nom de A._ à X._ et à celui de B._ à Y._, dont certains des actuels ayants droit économiques sont des membres de la famille de D._. Les montants saisis sur ces comptes s'élèveraient à environ USD 139 millions au 31 janvier 2012. B. Par décision du 6 juin 2012, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (ci-après: le TPF) a confirmé, sur recours, la mesure de séquestre sur les deux comptes. Le 28 août 2012, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours interjeté par A._ et B._ contre cette décision. Le Tribunal fédéral relevait que le MPC ne soutenait plus que les valeurs saisies sur les comptes des prénommées étaient le produit des infractions reprochées à D._ en Russie; la possibilité d'un séquestre en vue de garantir le paiement d'une créance compensatrice (art. 71 CP) n'était en revanche pas exclue en l'espèce. La décision entreprise ne comprenait toutefois pas tous les éléments de fait nécessaires à l'examen du bien-fondé du séquestre prononcé en vue d'assurer le paiement d'une créance compensatrice, raison pour laquelle le Tribunal fédéral a renvoyé la cause au TPF pour nouvelle décision. La mesure de séquestre litigieuse était maintenue. C. Par décision du 10 mai 2013, le TPF a rejeté le recours des intéressées. Il était vraisemblable que D._ demeurait le véritable ayant droit des fonds actuellement déposés au nom des recourantes. Les autorités suisses étaient compétentes pour prononcer une éventuelle confiscation, respectivement une créance compensatrice. Par ailleurs, des indices suffisants permettaient de suspecter, sous l'angle de la vraisemblance, qu'une partie du produit des infractions poursuivies en Russie avait été blanchie en Suisse. Enfin, la mesure de séquestre n'était pas disproportionnée. D. Par acte du 14 juin 2013, A._ et B._ forment un recours en matière pénale par lequel elles demandent l'annulation de l'arrêt du TPF et la levée du séquestre opéré sur les deux comptes, ainsi que subsidiairement le renvoi de la cause au TPF pour nouvelle décision. Le TPF se réfère à son arrêt. Le Ministère public se réfère également à l'arrêt entrepris, ainsi qu'à ses observations du 5 octobre 2012 et 19 novembre 2012. 