Sachverhalt: A. F._, geboren 1978, meldete sich am 10. Oktober 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung und Rente) an. Seit seiner Jugend konsumierte er Drogen. Von 1997 bis 1999 befand er sich im Rahmen einer stationären Massnahme im Zentrum L._. Danach absolvierte er von August 1999 bis August 2002 eine Lehre als Drucktechnologe und war nach derem Abschluss noch während eines Monats im Lehrbetrieb beschäftigt. Nachher war er nicht mehr erwerbstätig. Zwischen September 2003 und April 2006 hielt sich F._ viermal zur stationären Drogenentzugstherapie in der Klinik W._ auf. Im Anschluss an die letzte Behandlung mit vollständigem Entzug der Benzodiazepine und einer Reduktion der Methadon-Substitution auf Null trat er am 12. April 2006 (bis 30. Juni 2007) in das Zentrum X._ zur stationären Entwöhnungstherapie ein. Am 1. November 2006 begann er in diesem Rahmen ein vorerst bis 30. Juni 2007 dauerndes Praktikum in der Kinderkrippe Y._ mit einem Arbeitspensum von 80 %. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen holte Auskünfte des Lehrbetriebs sowie Berichte behandelnder Ärzte und des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) ein. Mit Vorbescheiden vom 16. und 17. Mai 2007 und Verfügungen vom 1. und 2. Oktober 2007 verweigerte sie F._ je den Anspruch auf Umschulung und Rente. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde mit dem Antrag auf Zusprechung einer ganzen Rente ab 1. September 2004 und Feststellung des Anspruchs auf berufliche Massnahmen hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 26. Februar 2009 teilweise gut; es hob die Verfügungen auf und sprach F._ ab 1. Oktober 2005 (im Sinne der Erwägungen) eine ganze IV-Rente zu. Im Übrigen wies es die Sache zur weiteren Abklärung (im Sinne der Erwägungen) und Neuverfügung an die IV-Stelle zurück. In der Begründung des Entscheides stellte es fest, der Anspruch auf die ganze Rente bestehe auch für den Zeitraum des vom Versicherten bis 31. Oktober 2008 im Werkheim U._ mit einem Beschäftigungsgrad von 80 % absolvierten Praktikums. Sie wies die Verwaltung an, für den Zeitraum nach Beendigung dieser Anstellung ein fachärztliches Gutachten in Auftrag zu geben, welches sich insbesondere zur Frage äussere, welche Tätigkeiten (und in welchem Umfang) vom Versicherten aus medizinisch-theoretischer Sicht ausgeführt werden können. Es sei insbesondere auch zur Frage Stellung zu nehmen, ob Wiedereingliederungsbemühungen ins Druckereigewerbe aus gesundheitlicher Sicht möglich und längerfristig zweckmässig sind, oder ob eine berufliche Neuorientierung in eine Betreuungstätigkeit im sozialen Bereich medizinisch begründet und notwendig erscheint (und welche Richtung aus medizinischer Sicht Erfolg versprechend in Frage kommt). Gestützt auf die Ergebnisse habe die IV-Berufsberatung Abklärungen zu treffen. Danach sei zu entscheiden, ob weiterhin eine Invalidität mit allfälligen Ansprüchen auf berufliche Massnahmen oder fürderhin ein Rentenanspruch besteht. Mit der Begutachtung sei eine Fachperson zu beauftragen, welche über Erfahrung im Zusammenhang mit den medizinischen und praktischen Rahmenbedingungen bei der Wiedereingliederung von Drogenabhängigen verfügt. C. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der kantonale Entscheid sei soweit aufzuheben, als er über Oktober 2006 hinaus eine Rente zuspricht; die Sache sei zu weiteren Abklärungen an sie zurückzuweisen. Der Beschwerdeführer schliesst auf Abweisung der Beschwerde; Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung. 