Fatti: A. Il 21 febbraio 2008 l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI) ha recapitato alla X._ SA una fattura di fr. 1'076.90 con cui chiedeva il pagamento del premio per infortuni professionali e non professionali per il collaboratore L._ per il 2006. Con separati provvedimenti del 25 giugno 2008, l'INSAI ha respinto le opposizioni della X._ SA e di L._ confermando la fattura litigiosa. B. La X._ SA, patrocinata dall'avv. Stefano Zanetti, e L._ si sono aggravati al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, statuendo per giudice unico, dopo avere congiunto le cause, ha respinto i ricorsi (pronuncia del 9 febbraio 2009). C. Sempre rappresentata dall'avv. Zanetti, la X._ SA ha interposto ricorso al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, chiede di annullare il giudizio impugnato. Come già in sede cantonale, la ricorrente contesta essenzialmente l'esistenza di un rapporto di dipendenza tra L._ e la X._ SA, facendo valere una violazione del suo diritto di essere sentita da parte dell'autorità precedente. L'INSAI propone la reiezione del gravame, mentre L._, interpellato in qualità di cointeressato, e l'Ufficio federale della sanità pubblica hanno rinunciato a determinarsi. 