Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 11. August 2011 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich W._ eine ganze Invalidenrente für die Zeit vom 1. Oktober 2010 bis 30. Juni 2011 zu. Gleichzeitig wies sie darauf hin, der Anspruch ab 1. Juli 2011 sei Gegenstand weiterer Abklärungen. Mit Schreiben vom 5. April 2012 teilte die IV-Stelle der Versicherten mit, dass die notwendige polydisziplinäre medizinische Untersuchung durch das medizinische Zentrum Z._ durchgeführt werde, und gab die Namen der Experten bekannt. Da sich W._ damit nicht einverstanden erklärte, insbesondere den Chefarzt der Gutachtenstelle (Dr. med. E._) als befangen ablehnte, erliess die IV-Stelle am 10. Mai 2012 eine Zwischenverfügung, mit welcher sie an der Begutachtung durch das medizinische Zentrum Z._ festhielt. B. Dagegen liess W._ Beschwerde erheben, welche das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 26. September 2012 in dem Sinne teilweise guthiess, als es feststellte, dass Dr. med. E._ im Hinblick auf die in Aussicht genommene Begutachtung im medizinischen Zentrum Z._ als befangen zu gelten habe und ihm die Mitwirkung an der Begutachtung versagt sei. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV), der Entscheid vom 26. September 2012 sei aufzuheben. W._ stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das kantonale Sozialversicherungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. 