Faits: A. La société X._ SA (ci-après : la société), dont le siège est à Y._, a pour but la fabrication et la commercialisation d'appareils médicaux. Le conseil d'administration est composé de sept membres. A._ et B._ en sont respectivement président et secrétaire avec signature collective à deux. Le 6 mars 2006, la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes (ci-après : la caisse), à laquelle la société est affiliée, a procédé à un contrôle d'employeur. Le 20 mars 2006, la caisse a soumis à la société un projet de taxation, faisant état d'une reprise de cotisations en relation avec des rémunérations versées durant les années 2001 à 2004 à trois administrateurs, soit A._, B._ et C._, ainsi qu'à trois employés E._, F._ et D._. Par décision du 6 avril 2006, la caisse a fixé les cotisations AVS/AI/APG/AC arriérées dues à ce titre pour la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2004 à 82'140 fr. 80 (y compris les frais d'administration) et à 19'619 fr. 15 pour l'assurance-chômage (y compris la cotisation de solidarité pour 2001). Elle a également réclamé les intérêts moratoires dus jusqu'au 6 avril 2006 par 14'269 fr. 60 soit au total 116'029 fr. 55. Le même jour, la caisse a rendu une autre décision par laquelle elle a exigé de la part de la société le versement de 16'196 fr. pour les cotisations au régime d'allocations familiales (y compris les frais d'administration et de contrôle). La société a formé une opposition que la caisse a rejetée par décision du 12 juin 2006. B. Le 14 juillet 2006, la société X._ SA a recouru auprès du Tribunal des assurances sociales de la République et Canton de Genève contre la décision sur opposition en concluant à son annulation dans la mesure où elle concerne A._, B._ et C._. S'agissant de D._, E._ et F._, la société s'en est remise à l'appréciation du Tribunal. Elle a motivé ses conclusions en alléguant que les trois premiers étaient bien administrateurs de la société mais qu'ils ne touchaient aucune rémunération à ce titre. Les montants versés représentaient des honoraires d'avocat ou de consultant, car la société avait recours à leurs services en qualité de mandataires qualifiés. Par jugement du 30 avril 2007, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a rejeté le recours. La juridiction cantonale a considéré que la société n'avait pas rapporté la preuve que les administrateurs exerçaient des activités indépendantes dans le cadre de la société et partant que leurs rémunérations devaient être exclues du salaire déterminant. C. X._ SA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. A titre principal, elle conclut à ce que la décision de taxation de l'intimée soit annulé en tant qu'elle concerne A._ et B._; elle admet en revanche la taxation de D._, ainsi que de E._, F._ et C._. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause au Tribunal cantonal. La caisse conclut au rejet du recours et à la confirmation du jugement cantonal. A._ et B._ concluent à l'annulation du jugement cantonal et de la décision administrative dans la mesure où elle les concerne, avec suite de frais et dépens. C._, D._ et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. 