Sachverhalt: A. Am 6. April 2004 stimmte die Gemeindeversammlung Zumikon dem privaten Gestaltungsplan "Ankenbüel" zu. Dieser erwuchs unangefochten in Rechtskraft und wurde von der Baudirektion des Kantons Zürich am 30. November 2004 genehmigt. B. Der Gemeinderat Zumikon erteilte der Swiss Life Property Management AG am 20. Oktober 2008 die baurechtliche Bewilligung für die Erstellung der Wohnüberbauung "Ankenbüel" auf dem Grundstück Kat. Nr. 4783, Ankenbüel 1-26 . Das Bauvorhaben umfasst eine obere Wohnzeile, die aus sieben Mehrfamilienhäusern mit insgesamt 70 Wohnungen besteht, und eine untere Wohnzeile mit insgesamt 48 Wohnungen. Zuvor hatte die Baudirektion am 19. September 2008 das Projekt unter den Aspekten der Lage an einer Staatsstrasse, der Einhaltung der Lärm-Belastungsgrenzwerte sowie von Bauten im Waldabstandsbereich geprüft und die Bewilligung insoweit erteilt. C. Gegen die Baubewilligung sowie die Verfügung der Baudirektion erhoben A._, B._, C._ und D._ am 5. Dezember 2008 Rekurs bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich. Diese wies den Rekurs am 8. Dezember 2009 ab, soweit sie darauf eintrat. Auch die E._ hatte verschiedene Nebenbestimmungen bei der Baurekurskommission II angefochten. Diesen Rekurs hiess die Baurekurskommission am 8. Dezember 2009 teilweise gut und korrigierte einzelne Auflagen. Gegen die Abweisung ihres Rekurses erhoben A._, B._, C._ und D._ am 1. Februar 2010 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 8. September 2010 ab, soweit es darauf eintrat. Auf die dagegen gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht am 29. März 2011 nicht ein (1C_515/2010), weil es sich um einen Zwischenentscheid i.S.v. Art. 93 BGG handle, der zusammen mit dem Endentscheid angefochten werden könne. D. Am 19. September 2011 erteilte der Gemeinderat Zumikon der E._ die baurechtliche Bewilligung für Projektänderungen. Gleichzeitig eröffnete er die Verfügung der Baudirektion vom 31. August 2011, mit der das Bauvorhaben in strassenpolizeilicher Hinsicht bewilligt wurde. Dagegen rekurrierten A._, B._, C._ und D._ an das Baurekursgericht des Kantons Zürich. E. Am 24. November 2011 erteilte die Baudirektion die forstrechtliche Bewilligung für die Unterschreitung des gesetzlichen Waldabstands und genehmigte die Projektänderungen in lärmrechtlicher Hinsicht. Dies wurde mit Verfügung der Baubehörde vom 5. Dezember 2011 eröffnet und nicht angefochten. F. Der Gemeinderat Zumikon erteilte mit Beschluss vom 23. Januar 2012 die Ausnahmebewilligungen für die teilweise Einhausung der Zufahrt zur Tiefgarage, für die Überstellung der Waldabstandslinien A und B sowie für die Überschreitung des im Gestaltungsplan Ankenbüel festgelegten Baubereichs. Gegen diesen Beschluss erhoben A._, B._, C._ und D._ wiederum Rekurs an das Baurekursgericht. G. Das Baurekursgericht vereinigte beide Verfahren und wies die Rekurse am 7. August 2012 im Sinne der Erwägungen ab, soweit es darauf eintrat und das Verfahren nicht als durch Wiedererwägung bzw. Ergänzung der angefochtenen Entscheide gegenstandslos geworden war. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 27. März 2013 ab. H. Gegen die verwaltungsgerichtlichen Entscheide vom 8. September 2010 und vom 27. März 2013 haben A._, B._, C._ und D._ (im Folgenden: die Beschwerdeführer) am 17. Mai 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, die angefochtenen Entscheide seien aufzuheben und die baurechtliche Bewilligung für das Bauvorhaben sei zu verweigern. Bei Abweisung der Beschwerde sei bei der Kostenverteilung zu berücksichtigen, dass Zusatzbewilligungen aufgrund der Rekurse nötig gewesen seien und teilweise zu deren Gegenstandslosigkeit geführt hätten. I. Die E._ (im Folgenden: die Beschwerdegegnerin), der Gemeinderat Zumikon und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion schliesst auf Beschwerdeabweisung. Der Gemeinderat Küsnacht hat sich nicht vernehmen lassen. In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest. 