Sachverhalt: A. A.a Z._, geboren 1993, bezog für die Geburtsgebrechen Nr. 390 (angeborene cerebrale Lähmungen) und Nr. 404 (kongenitale Hirnstörungen mit vorwiegend psychischen und kognitiven Symptomen bei normaler Intelligenz) ab 1. Februar bzw. 1. November 1998 Leistungen der Invalidenversicherung. A.b Unter Hinweis auf massive "X-Beine" wurde Z._ durch seine Mutter am 28. Juni 2004 wiederum zum Bezug von IV-Leistungen angemeldet. Die IV-Stelle Schwyz holte einen Bericht ein des Dr. med. V._, leitender Arzt Kinderorthopädie, Klinik X._, vom 16. August 2004, in welchem der Arzt ausgeprägte Genua valga beidseits ("X-Beine", verursacht durch das Geburtsgebrechen Nr. 177 [übrige angeborene Defekte und Missbildungen der Extremitäten, sofern Operation, Apparateversorgung oder Gipsverband notwendig sind]) diagnostizierte und eine Hemiepiphysiodese (Anbringen von Klammern über der Wachstumsfuge [Epiphyse]) als angezeigt erachtete. Überdies ersuchte die IV-Stelle Dr. med. R._, FMH für Allgemeine Medizin, um einen Bericht vom 1. Dezember 2004 und holte eine Stellungnahme ihres medizinischen Dienstes vom 11. Dezember 2004 ein. Mit Verfügung vom 17. Januar 2005 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren ab, da die Genua valga nicht in direktem Zusammenhang mit dem Geburtsgebrechen Nr. 177 stünden. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft. A.c Mit Schreiben vom 29. März 2005 ersuchte Dr. med. V._ die IV-Stelle (erneut) um Übernahme der Kosten für die Hemiepiphysiodese. Die IV-Stelle trat nach Rücksprache mit ihrem medizinischen Dienst am 20. April 2005 auf das Leistungsbegehren nicht ein, da keine neuen Tatsachen geltend gemacht würden. A.d Am 15. Februar 2006 begab sich Z._ wiederum zu Dr. med. V._ in Behandlung. Dieser diagnostizierte eine deutliche Instabilität des linken Kniegelenks bei bekannter vorderer Kreuzbandruptur (welche Z._ bei einem Sturz vom Rollbrett am 11. März 2003 erlitten hatte) sowie deutliche Genua valga rechts mehr als links. Dr. med. V._ erachtete die Vornahme einer Kreuzbandersatzplastik sowie der Hemiepiphysiodese unter derselben Narkose als indiziert. Die IV-Stelle holte eine Stellungnahme ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 25. April 2006 ein. Mit Verfügung vom 16. Mai 2006 anerkannte sie das Vorliegen des Geburtsgebrechens Nr. 177, verneinte indes ihre Leistungspflicht für den geplanten Eingriff, da die Kreuzbandersatzplastik als Haupteingriff zu betrachten sei und es sich dabei um eine Unfallfolge handle, weshalb die Krankenversicherung sowohl für die gesamten Operationskosten als auch für die anschliessende Rehabilitation aufzukommen habe. Hiegegen erhob die CSS Kranken-Versicherung AG, Luzern (im Folgenden: CSS), Einsprache. Die IV-Stelle bestätigte ihre Verfügung mit Einspracheentscheid vom 17. August 2006. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die Beschwerde der CSS mit Entscheid vom 15. November 2006 ab. C. Die CSS führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie die Verpflichtung der IV-Stelle, für die Kosten der gleichzeitig durchgeführten Kreuzbandersatzplastik und der Hemiepiphysiodese aufzukommen. Das kantonale Gericht wie auch die IV-Stelle schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen und der Mitbeteiligte Z._ verzichten auf eine Vernehmlassung. Mit Eingabe vom 27. März 2007 reicht die CSS eine Notiz (Empfehlung) ihres Vertrauensarztes Dr. med. A._ vom 8. Dezember 2006 zu den Akten. 