Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 21. Januar 2009 wies die BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ (Stiftungsaufsicht) den Antrag der Patronalen Stiftung E._ (nachfolgend: Stiftung) auf Genehmigung der Art. 12 und 13 ihres Anlage-, Organisations- und Teilliquidationsreglements (kurz: Reglement), welche Artikel die Voraussetzungen und das Verfahren zur Teilliquidation regeln, ab. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, es mangle an einer hinreichenden Konkretisierung der einzelnen Tatbestände von Art. 53b Abs. 1 BVG; es genüge nicht, diese, wie in Art. 12 Reglement geschehen, bloss abzuschreiben. B. Am 17. November 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde der Stiftung teilweise gut, weil eine Begründung betreffend die Nichtgenehmigung von Art. 13 Reglement (Verfahren zur Teilliquidation) fehle, wodurch das rechtliche Gehör der Stiftung verletzt worden sei. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Die Stiftung habe mit der Formulierung von Art. 12 Reglement auch nicht ansatzweise das Konkretisierungsgebot beachtet, weshalb die Stiftungsaufsicht die Genehmigung dieser Reglementsbestimmung zu Recht verweigert habe. In der Folge wies das Bundesverwaltungsgericht die Sache an die Stiftungsaufsicht zurück, damit sich diese erneut mit der Genehmigung von Art. 13 Reglement befasse. C. Die Stiftung reicht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein und beantragt, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. November 2011 sei aufzuheben, soweit er Art. 12 Reglement betrifft, und es sei die Sache zu dessen Genehmigung an die Stiftungsaufsicht zurückzuweisen. Die Stiftungsaufsicht schliesst auf Abweisung der Beschwerde und vollumfängliche Bestätigung ihrer Verfügung vom 21. Januar 2009 unter entsprechender Anpassung des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Stellungnahme. Am 24. Februar 2012 gelangte die Stiftung mit einer weiteren Eingabe an das Bundesgericht. 