Sachverhalt: A. A.a. Die B._ AG (heute in Nachlassliquidation, Klägerin und Beschwerdegegnerin) war in den Konzern der C._ AG integriert. Sie war bis Ende 2000 eine 100%-ige Tochtergesellschaft der D._ AG. Gemäss Fusionsvertrag vom 26. Juni 2001 übernahm die E._ AG die D._ AG rückwirkend per 1. Januar 2001 mit Aktiven und Passiven. Die A._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin) war für das Jahr 2000 die Revisionsstelle der B._ AG und des C._-Konzerns. A.b. Mit Wirkung per 1. August 1991 wurde zwischen der Bank F._ AG als der den Pool verwaltenden Bank und der C._ ein Zero Balancing Cash Pooling eingerichtet. Der vom C._-Konzern praktizierte Cash Pool umfasste je einen Pool für die Währungen Fr., EUR und USD, an welchen zwischen 28 und 50 Gruppengesellschaften teilnahmen. Die B._ war sowohl am Fr.-, EUR- wie auch am USD-Pool beteiligt. Als Pool-Führerin figurierte die zu diesem Zweck gegründete G._ BV, eine Tochtergesellschaft der C._ mit Sitz in den Niederlanden. Jede Pool-Teilnehmerin schloss mit der G._ BV ein "Reciprocal Framework Agreement" ab, gemäss welchem sich die G._ BV und die Konzerngesellschaften zur gegenseitigen Darlehensgewährung verpflichteten. Die Pool-Teilnehmerinnen unterhielten bei der Bank F._ je ein Konto in der betreffenden Geldwährung, auf welches Zahlungen von Dritten eingingen und von welchem aus sie Zahlungen an Dritte tätigten. So wickelte auch die B._ ihren gesamten Zahlungsverkehr über die drei Konten ab. Die G._ BV als Pool-Führerin verfügte bei der Bank F._ ebenfalls über drei Konten in den Währungen Fr., EUR und USD (Master Accounts), welche ausschliesslich der Durchführung des Cash Pooling dienten. Am Ende eines jeden Buchungstags glich die Bank F._ sämtliche Teilnehmerkonten zu Gunsten bzw. zu Lasten des Master Accounts der G._ BV derart aus, dass die Teilnehmerkonten täglich einen Null-Valutasaldo aufwiesen. Dies geschah, indem ein positiver Tagessaldo des Teilnehmerkontos auf den Master Account überführt und umgekehrt ein negativer Tagessaldo des Teilnehmerkontos durch eine Gutschrift vom Master Account auf Null gestellt wurde. Die Transaktionen zwischen dem Master Account und dem Teilnehmerkonto begründeten entsprechende Forderungen der übertragenden an die empfangende Gesellschaft. Zwischen der B._ und der G._ BV bestand ein Kontokorrentverhältnis, in dessen Rahmen die gegenseitigen Forderungen verrechnet wurden. A.c. Die B._ schrieb im Jahr 2000 einen Gewinn von Fr. 43.67 Mio. Nach Abzug des Verlustvortrags von rund Fr. 14.5 Mio. aus dem Jahre 1999 verblieb ein Bilanzgewinn von rund Fr. 29.17 Mio. Weiter wies sie ein Eigenkapital von insgesamt Fr. 35.35 Mio. auf, welches sich wie folgt zusammensetzte: Aktienkapital ("Share capital") Fr. Mio. 2.50 Agio ("Additional paid-in capital") Fr. Mio. 2.43 Allgemeine Reserve ("General reserve") Fr. Mio. 1.25 Bilanzgewinn Fr. Mio. 29.17 Total Fr. Mio. 35.35 Die Aktivseite der Abschlussbilanz der B._ wies per Ende 2000 eine Position "Loans to fully-cons. companies " (Darlehen an vollkonsolidierte Unternehmen) in der Höhe von Fr. 23.65 Mio. auf. Dieser Betrag umfasste eine Forderung der B._ gegenüber der G._ BV aus dem Zero Balancing Cash Pooling in der Höhe von rund Fr. 16.5 Mio. sowie eine Forderung gegenüber der C._ aus Festgeld-Anlagen in der Höhe von rund Fr. 7.2 Mio. Bei den Festgeld-Anlagen der überschüssigen Liquidität handelte es sich um kurzfristige Darlehen von mehr als 30 aber weniger als 365 Tagen Dauer an die C._; diese erfolgten nicht über den Cash Pool. Die beiden Darlehen waren mithin solche, welche die B._ innerhalb des C._-Konzerns einer Schwestergesellschaft (G._ BV als direkte Tochtergesellschaft der C._; sog. " cross-stream ") und der Konzern-Muttergesellschaft bzw. der Grossmuttergesellschaft (die C._ hielt 100 % der Aktien der D._ und diese wiederum 100 % der Aktien der B._; sog. " up-stream ") ausgerichtet hatte. Gestützt auf den Bilanzgewinn von Fr. 29.17 Mio. beantragte der Verwaltungsrat der Generalversammlung die Ausschüttung einer Dividende in der Höhe von Fr. 28.5 Mio. Im Frühjahr 2001 prüfte die Beklagte den Jahresabschluss der B._ per Ende Dezember 2000 und bestätigte die Gesetzmässigkeit und Statutenkonformität des Antrags des Verwaltungsrates. Sie hielt in ihrem Revisionsbericht vom 12. April 2001 zuhanden der Generalversammlung der B._ abschliessend fest: " In our opinion, the accounting records and financial statements and the proposed appropriation of available earnings comply with Swiss law and the company's articles of incorporation. " In der Folge schlug der Verwaltungsratspräsident der B._ der Generalversammlung vom 20. April 2001 (Universalversammlung) vor, eine Dividende von Fr. 28.5 Mio. auszuschütten, was von der Generalversammlung genehmigt wurde. Am 28. Juni 2001 erfolgte zugunsten der einzigen Aktionärin, der D._, eine Gutschrift über den Cash Pool von Fr. 28.5 Mio. Aufgrund der anhaltenden Verschlechterung der Kreditwürdigkeit des C._-Konzerns kündigte die Bank F._ am 10. September 2001 gegenüber der C._ den Zero Balancing Cash Pooling-Vertrag per 31. Oktober 2001. Die Benachrichtigung der Pool-Teilnehmerinnen erfolgte am 1. Oktober 2001, nachdem am Vortag noch sämtliche Konten der Pool-Teilnehmerinnen auf Null ausgeglichen worden waren. Mit Schreiben vom 4. Oktober 2001 hielt die Bank F._ gegenüber der C._ fest, dass bei Tagesbeginn am 1. Oktober 2001 die Vereinbarung über das Zero Balancing Cash Pooling im gegenseitigen Einvernehmen rückwirkend per 30. September 2001 ausser Kraft gesetzt worden sei. Die H._, die E._ und die Konzernmutter C._ (sowie weitere Gesellschaften aus dem C._-Konzern) befinden sich heute in Nachlassliquidation. Der B._ wurde am 5. Dezember 2001 definitive Nachlassstundung gewährt. Über die G._ BV wurde am 27. März 2002 der Konkurs eröffnet. Das Prüfungsmandat der Beklagten endete mit der Prüfung der Jahresrechnung 2000. Vom Revisionsmandat im Hinblick auf die Jahresrechnung 2001 wurde sie im Juni 2001 entbunden. Die Klägerin macht geltend, die Dividende an ihre Alleinaktionärin hätte bei zutreffender Berücksichtigung der Darlehen an die Konzerngesellschaften als Eigenkapital nur Fr. 6.77 Mio. statt den ausgerichteten Fr. 28.5 Mio. betragen dürfen. Die Beklagte habe die Rechtmässigkeit der um Fr. 21.73 Mio. zu hohen Dividende pflichtwidrig bestätigt. Die Klägerin macht geltend, sie hätte im Konkurs der G._ BV eine um Fr. 4'068'330.50 höhere Konkursdividende erhalten, wenn der ihrer Alleinaktionärin rechtswidrig ausbezahlte Betrag von Fr. 21.73 Mio. im Cash Pool verblieben wäre. B. B.a. Mit Klage vom 18. Dezember 2008 beantragte die B._ AG in Nachlassliquidation dem Handelsgericht des Kantons Zürich, es sei die A._ AG zu verurteilen, ihr Fr. 4'519'500.--zuzüglich Zins zu 5 % seit 20. April 2001 zu bezahlen. Die Klägerin brachte im Wesentlichen vor, die Beklagte habe sich mit ihrer vorbehaltlosen Genehmigung der überhöhten Dividende aus aktienrechtlicher Verantwortung haftbar gemacht. Sie habe in ihrem Revisionsbericht nicht auf einen Verstoss gegen das Verbot der Einlagenrückgewähr gemäss Art. 680 OR und nicht auf die fehlende Liquidität sowie die Notwendigkeit von Wertberichtigungen auf den Konzernforderungen hingewiesen. Das Handelsgericht des Kantons Zürich wies die Klage mit Urteil vom 9. März 2012 ab. B.b. Das Bundesgericht hiess die von der Klägerin gegen das Urteil des Handelsgerichts eingereichte Beschwerde mit Urteil 4A_248/2012 vom 7. Januar 2013 teilweise gut und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück. B.c. Mit Urteil vom 20. Januar 2014 hiess das Handelsgericht die Klage teilweise gut und verurteilte die Beklagte zur Zahlung von Fr. 4'293'528.50 nebst Zins zu 5 % seit dem 28. Juni 2001 an die Klägerin. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 20. Januar 2014 aufzuheben und die Klage sei abzuweisen; eventualiter sei das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Klägerin beantragt in ihrer Vernehmlassung Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. 