Faits: A. Le 8 janvier 2008, les époux X._ ont formé un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire contre un arrêt rendu le 16 novembre 2007 par la Cour de justice du canton de Genève dans la cause qui les oppose à Y._. Invitée à se déterminer sur la requête d'effet suspensif déposée par les recourants, celle-ci a conclu à son rejet. En revanche, elle ne s'est pas déterminée sur le fond. B. Par arrêt du 3 octobre 2008, la IIe Cour de droit civil a déclaré le recours en matière civile irrecevable, admis partiellement le recours constitutionnel subsidiaire, annulé l'arrêt attaqué et mis à la charge des recourants 9/10èmes des frais judiciaires (ch. 3) ainsi qu'une indemnité de 2'400 fr. à payer à l'intimée à titre de dépens (ch. 4). C. Les époux X._ présentent une demande de révision. Ils concluent à l'annulation du chiffre 4 du dispositif de l'arrêt fédéral et à ce qu'il soit prononcé que Y._ leur verse une indemnité de dépens de 1'000 fr. L'autorité cantonale a renoncé à se déterminer. Quant à l'intimée, elle conclut au rejet de la demande de révision. 