Faits: A. Le 19 mai 2011, A._ et B._ circulaient, respectivement avec son vélo et avec son automobile, sur l'avenue du Mail en direction du carrefour des Ving-Trois-Cantons à Genève. Après le passage pour piétons situé à la hauteur de la rue du Vieux-Billard, la cycliste s'est fait heurter la roue arrière par le véhicule de B._ qui conduisait alors sur la troisième voie de circulation, soit celle la plus à gauche de l'avenue. Le conducteur a été auditionné immédiatement sur les lieux par la police, tandis que A._, grièvement blessée, a été transportée à l'hôpital, où elle a été entendue le 6 juin 2011 par la police. Par courrier du 5 septembre 2011, A._ a contesté le rapport établi par la police le 22 juin 2011, produisant à l'appui de son argumentation un croquis avec des commentaires. Sur réquisition de la plaignante, une audition en confrontation a eu lieu le 18 juin 2012 devant le Ministère public genevois. A l'issue de celle-ci, les parties ont été informées que le procès-verbal de ladite séance valait avis de clôture et qu'un délai au 30 juin 2012 leur était imparti pour présenter des réquisitions de preuve complémentaire. Seul un certificat médical a été versé au dossier. Le 12 septembre 2012, le Procureur a classé la procédure ouverte contre B._, constatant que le comportement de A._ apparaissait comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'accident du 19 mai 2011, reléguant à l'arrière plan tous les autres facteurs qui avaient contribué à sa survenance, notamment le comportement de B._. B. Par arrêt du 15 novembre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et du canton de Genève a rejeté le recours intenté par A._. L'autorité cantonale a estimé qu'au vu des déclarations contradictoires des parties, l'analyse des preuves matérielles revêtait une importance capitale. Celles-ci - notamment la trajectoire oblique des traces de ripage, la manière dont la roue arrière du vélo était courbée et les dégâts du véhicule de B._ - permettaient de retenir que la plaignante ne circulait pas parallèlement aux voies de circulation, de sorte que, par son comportement, elle avait gêné les autres usagers, forçant B._ à effectuer un freinage d'urgence. C. Par mémoire du 11 décembre 2012, A._ forme recours en matière pénale contre cette décision. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal, au prononcé d'instructions à donner au Ministère public quant à la suite à donner à la procédure et, subsidiairement, au renvoi de la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Invités à se déterminer, la Chambre pénale s'est référée à son arrêt, tandis que le Procureur a renoncé à formuler des observations. Quant à B._, il n'a pas déposé de réponse. 