Departements für auswärtige Angelegenheiten (EDA), hat sich ergeben: A.- Der Bundesrat entschied am 13. August 1997, die Aufwendungen für die Auslandszulagen der Bediensteten des Eidgenössischen Departements für auswärtige Angelegenheiten (EDA) um 7,2 Millionen Franken zu kürzen. Am 29. September 1997 beschloss er, das entsprechende Zulagensystem mit ei-ner Änderung der Beamtenordnung (3) vom 29. Dezember 1964 (BO [3]; SR 172. 221.103) neu zu ordnen und auf den 1. Januar 1998 in Kraft zu setzen. B.- Insgesamt 153 Bedienstete im Ausland ersuchten in der Folge um Erlass anfechtbarer Verfügungen. Das Generalsekretariat EDA erliess am 5. Juni 1998, in einzelnen Fällen zu einem späteren Zeitpunkt, Lohnverfügungen für den Monat Februar 1998. Die dagegen an die Eidgenössische Personalrekurskommission vom Personalverband der Bundesverwaltung (PVB) und den 153 Bediensteten erhobenen Beschwerden wur-den mit Zwischenentscheid der Personalrekurskommission vom 7. Oktober 1998 im Einvernehmen mit den Parteien vereinigt. Mit Entscheid vom 9. Oktober 2000 trat die Eidgenössische Personalrekurskommission auf die Beschwerde nicht ein, soweit sie vom Personalverband der Bundesverwaltung erhoben wurde. Mit Bezug auf die individuellen Beschwerdeführer wurden die Beschwerden in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als den Bediensteten der Nachweis offenstehe, wonach der Abzug gemäss Art. 55 Abs. 3 (recte: Art. 54 Abs. 3) BO (3) die aufgrund des gesamten Reineinkommens in Kanton und Stadt Bern geschuldeten Kantons- und Gemeindesteuern übersteige; der Nachweis sei im Einzelfall von den Bediensteten zu führen und der Abzug gegebenenfalls durch die Verwaltung zu korrigieren. In einem Fall (A._) wurde die Beschwerde darüber hinaus in dem Sinne gutgeheissen, dass der auf ihrer Besoldung vorgenommene Abzug unter die (nominelle) Besoldung rückgängig zu machen ist. Im Übrigen aber wurden die Beschwerden abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 13. November 2000 beantragen der Personalverband der Bundesverwaltung und 133 Mitbeteiligte, der Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission vom 9. Oktober 2000 sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, die angefochtenen Lohnverfügungen seien aufzuheben und das EDA zu verhalten, den Beschwerdeführern rückwirkend ab 1.1.1998 Besoldung und Zulagen nach altem Recht auszurichten, nebst 5% Zins auf den Differenzbeträgen; eventuell sei festzustellen, dass die gestützt auf die Bundesratsbeschlüsse vom 13.8.1997 und 29.9.1997 erfolgte Neuordnung des Zulagensystems der Beamtenordnung (3) widerrechtlich sei. Am 15. Januar 2001 hat der Anwalt der Beschwerdeführer mitgeteilt, dass sich elf der in der Beschwerdeschrift aufgeführten Personen entschieden hätten, auf die Erhebung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu verzichten. D.- Das Eidgenössische Departement für auswärtige Angelegenheiten beantragt in seiner Vernehmlassung vom 22. Februar 2001, es sei festzustellen, der Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission vom 9. Oktober 2000 sei hinsichtlich der Nebenpunkte "Ferienanspruch des Lokalpersonals" und "vorzeitige Pensionierung" in Rechtskraft erwachsen. Weiter ersucht es um die Feststellung, der angefochtene Entscheid sei betreffend 31 einzeln genannte Personen in Rechtskraft erwachsen, und beantragt, die Begehren des Personalverbandes der Bundesverwaltung sowie der weiteren Beschwerdeführer abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Personalrekurskommission hat auf Vernehmlassung verzichtet. 