Sachverhalt: A. Mit Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen vom 23. März 2007 (Unternehmenssteuerreformgesetz II, UStRG II; BBl 2007 2321) wurde namentlich ein neuer Artikel 37b in das Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) aufgenommen und ein neuer Absatz 5 in Art. 11 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; 642.14) eingefügt. Die neuen Vorschriften betreffen die steuerliche Behandlung der realisierten stillen Reserven, wenn die selbstständige Erwerbstätigkeit nach dem vollendeten 55. Altersjahr oder wegen Unfähigkeit zur Weiterführung infolge Invalidität definitiv aufgegeben wird. Mit Gesetz vom 12. Juli 2010, Nachvollzug des Unternehmenssteuerreformgesetzes II des Bundes, erliess der Zürcher Kantonsrat die notwendigen Bestimmungen zur Anpassung des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1977 (StG) an die neuen Bestimmungen des Steuerharmonisierungsgesetzes. Da gegen dieses Gesetz das Referendum ergriffen wurde, konnten die kantonalen Vorschriften nicht wie vorgesehen auf den 1. Januar 2011 in Kraft gesetzt werden. Aus diesem Grund erliess der Regierungsrat des Kantons Zürich mit der "Verordnung über den Vollzug des Unternehmenssteuerreformgesetzes II des Bundes" vom 3. November 2010 (nachfolgend: "Verordnung") die vorläufig erforderlichen Vorschriften (Art. 72 Abs. 3 StHG). Die Verordnung übernimmt zwecks Umsetzung von Art. 11 Abs. 5 StHG im Wesentlichen die Regelung von § 37b StG gemäss Gesetz vom 12. Juli 2010. B. Gegen die Verordnung des Regierungsrats des Kantons Zürich vom 3. November 2010 führte X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, die Verordnung sei insoweit aufzuheben, als sie dem Steuerharmonisierungsgesetz widerspreche. Mit Urteil vom 5. Juli 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab. C. X._ erhob am 30. September 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (und subsidiäre Verfassungsbeschwerde), wobei sich die Beschwerde sowohl gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 5. Juli 2011 wie auch "aus Gründen der Prozessökonomie (...) gegen den noch nicht vorliegenden Publikations-/ Erwahrungsbeschluss des Kantonsrats/Regierungsrats (...) betreffend den StHG-widrige(n) § 37b StG-ZH" richtet. Gestützt auf diese Eingabe sind mithin zwei bundesgerichtliche Verfahren eröffnet worden, nämlich das Verfahren 2C_809/2011 (betreffend die regierungsrätliche Verordnung) und das Verfahren 2C_816/2011 (betreffend § 37b StG selbst). Das vorliegende Verfahren betrifft die regierungsrätliche Verordnung. Der Beschwerdeführer beantragt diesbezüglich, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 5. Juli 2011 sowie die Verordnung des Regierungsrats vom 3. November 2010 seien aufzuheben. Zudem verlangt er, die willkürlich hohe und prohibitive Kostenauflage sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass aufgrund des Harmonisierungsauftrags begründete Beschwerden zur Durchsetzung des Steuerharmonisierungsgesetzes mittels abstrakter Normenkontrolle kostenfrei sein müssten. Im Hinblick auf künftige weitere Fälle seien diese Anträge auch bei Gutheissung der Beschwerde zu behandeln. Während das Verfahren 2C_816/2011 betreffend § 37b StG im Hinblick auf die ausstehende Volksabstimmung sistiert wurde, ist das Sistierungsgesuch für das vorliegende Verfahren abgewiesen worden (Verfügung vom 17. Oktober 2011). D. Die Finanzdirektion des Kantons Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Sie macht zudem geltend, bei einer allfälligen Aufhebung von § 1 der Verordnung des Regierungsrats müsse Klarheit herrschen, wie Art. 11 Abs. 5 StHG bis zur definitiven rechtskräftigen Anpassung des Zürcher Steuergesetzes kantonal umzusetzen sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet. 