Sachverhalt: A. Z._, geboren 1970, arbeitete seit 1. Dezember 2000 für die R._ AG, und war in dieser Eigenschaft bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft AG (nachfolgend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 6. September 2005 war er in einen Auffahrunfall verwickelt. Noch am Unfalltag wurde er im Spital V._ untersucht. In der Folge wurde ihm eine Arbeitsunfähigkeit von anfänglich 100 %, ab 26. Oktober 2005 von 90 %, ab 14. November 2005 von 80 % und ab 28. November 2005 von 75 % attestiert. Die Zürich erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Am 28. November 2005 ereignete sich an derselben Stelle erneut ein Auffahrunfall. Dr. med. O._, Facharzt für Allgemeine Medizin, bescheinigte eine Arbeitsfähigkeit von 33 1/3 % ab 25. Januar 2006. Vom 8. Mai bis 3. Juni 2006 hielt sich Z._ in der Klinik Y._ stationär auf. Seit 23. Juni 2006 befindet er sich in ambulanter psychotherapeutischer Behandlung bei Dr. med. E._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie. Ab 14. August 2006 erachtete Dr. med. O._ ihn als zu 50 % arbeitsfähig. Am 5. Oktober 2007 erstattete die Medizinische Abklärungsstelle X._ ein polydisziplinäres Gutachten. Gestützt darauf stellte die Zürich ihre Leistungen am 4. Dezember 2007 per 31. Oktober 2007 ein. Mit Einspracheentscheid vom 21. April 2008 hielt die Zürich nach weiteren Abklärungen an der Leistungseinstellung fest. In der Zwischenzeit hatte die IV-Stelle des Kantons Zürich mit Verfügung vom 3. April 2008 das Leistungsbegehren von Z._ abgewiesen. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die von Z._ gegen die Leistungseinstellung der Zürich erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 31. März 2010 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid vom 21. April 2008 aufhob und die Sache an die Zürich zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen und neuer Verfügung zurückwies. C. Die Zürich führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Z._ lässt auf Abweisung der Beschwerde, eventualiter auf Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs unter Anwendung der Schleudertraumapraxis, subeventualiter auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs unter Anwendung der Schleudertraumapraxis schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Das Bundesgericht gewährt mit Verfügung vom 16. August 2010 der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. 