Sachverhalt: A. Das Sozialamt des Kantons Zürich plant, die kantonseigenen, leer stehenden Gebäulichkeiten auf dem Grundstück Kat.-Nr. 483 im Weiler Sonnenbühl, Gemeinde Oberembrach, als Durchgangsheim für Asylsuchende umzunutzen. Auf dieser Parzelle stehen die Gebäude Nrn. 162 und 158; Nr. 162 liegt in der Landwirtschaftszone und Nr. 158 in der kommunalen Kernzone B (Weiler). Die beiden Gebäude dienten zusammen bis 2003 als Drogenklinik. Die Drogenklinik war für 25 Patienten bestimmt. Im Durchgangszentrum sollen bis zu 145 Asylsuchende untergebracht werden. Dabei sind rund 20 Schlafplätze im Gebäude Nr. 162 und rund 120 Schlafplätze im Gebäude Nr. 158 vorgesehen. Das für den Staat Zürich als Bauherrschaft auftretende Sozialamt reichte am 23. Dezember 2004 ein entsprechendes Baugesuch ein. Die Baudirektion des Kantons Zürich erteilte am 22. März 2005 die Ausnahmebewilligung im Sinne von Art. 24c RPG (SR 700) für den Projektteil, der Gebäude Nr. 162 betrifft. Unter gleichzeitiger Eröffnung dieser Verfügung verweigerte der Gemeinderat Oberembrach am 21. April 2005 dem Bauvorhaben die Bewilligung. B. Mehrere Anwohner rekurrierten gegen die Erteilung der kantonalen Ausnahmebewilligung; der Staat Zürich focht seinerseits die Bauverweigerung der Gemeinde an. Mit Entscheid vom 9. März 2006 vereinigte die Baurekurskommission IV des Kantons Zürich die Rechtsmittelverfahren; sie hiess den Rekurs der Bauherrschaft gut und wies den Rekurs der Anwohner ab, soweit sie darauf eintrat. Entsprechend lud sie den Gemeinderat zur Erteilung der Baubewilligung ein. Die Gemeinde Oberembrach zog den Rekursentscheid an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich weiter. Am 28. Juni 2006 hiess dieses die Beschwerde teilweise gut. Es hob den Rekursentscheid insoweit auf, als damit die Gemeinde zur Erteilung der Baubewilligung eingeladen worden war, und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Baurekurskommission zurück. Das Gericht erwog, streitig sei lediglich noch die Bauverweigerung durch den Gemeinderat. Insofern habe die Baurekurskommission zu Unrecht die Zonenkonformität des Bauvorhabens in der Weilerkernzone B bejaht. Das Bauvorhaben sei jedoch daraufhin zu prüfen, ob es gestützt auf § 357 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes (PBG/ZH; LS 700.1) bewilligt werden könne. Das Bundesgericht trat mit Urteil vom 1. Februar 2007 auf die staatsrechtliche Beschwerde des Staats Zürich gegen den Zwischenentscheid des Verwaltungsgerichts vom 28. Juni 2006 nicht ein (Verfahren 1P.564/2006). C. Im zweiten Rechtsgang wies die Baurekurskommission den Rekurs des Staats Zürich am 27. September 2007 ab. Sie hielt die frühere Nutzung der in der Kernzone gelegenen Gebäulichkeiten als Drogenklinik für zonenkonform. Deshalb könne sich die Bauherrschaft nicht auf § 357 PBG/ZH stützen. Gegen diesen Rekursentscheid gelangte der Staat Zürich an das Verwaltungsgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 4. Juni 2008 gut. Es stufte das Bauvorhaben unter dem Gesichtswinkel von § 357 Abs. 1 PBG/ZH als zulässig ein und erachtete die weiteren, vom Gemeinderat geltend gemachten Bauhinderungsgründe als nicht stichhaltig. Demzufolge hob es den Rekursentscheid vom 27. September 2007 und die Bauverweigerung des Gemeinderats vom 21. April 2005 auf und lud den letzteren ein, die Baubewilligung für das Durchgangszentrum unter den allenfalls notwendigen Nebenbestimmungen zu erteilen. D. Mit Eingabe vom 17. Juli 2008 erhebt die Gemeinde Oberembrach beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids vom 4. Juni 2008 und die Bestätigung des Entscheids der Baurekurskommission, der im zweiten Rechtsgang erging. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Der Staat Zürich und das Verwaltungsgericht ersuchen um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die soeben genannten Eingaben sind der Gemeinde Oberembrach zur Kenntnisnahme zugestellt worden. Mit Schreiben vom 23. September 2008 äussert sich die Gemeinde Oberembrach dazu; gleichzeitig stellt sie das Gesuch, es sei ihr Frist für eine Replik anzusetzen. Mit Verfügung vom 29. September 2008 hat der Instruktionsrichter dieses Gesuch, unter Hinweis auf das ihr unbenommene Äusserungsrecht, abgewiesen. Mit Eingabe vom 17. Oktober 2008 reicht die Gemeinde Oberembrach eine zusätzliche Stellungnahme ein und hält darin an ihren Begehren fest. 