Faits : A. Employé dès 1973 au sein de la société anonyme Y._ SA à ..., X._ y exerçait depuis 1996 conjointement les fonctions de directeur et d'administrateur délégué; il avait signature collective à deux avec A._, président et seul autre membre du conseil d'administration. Selon la mise à jour de son contrat de travail datée du 16 avril 1998, il recevait une rétribution mensuelle de 14'200 fr., une prime en fonction des résultats de l'entreprise et une voiture de fonction; le délai de résiliation était fixé à douze mois. Le 17 juin 2002 ont eu lieu une séance du conseil d'administration puis l'assemblée générale ordinaire de Y._ SA. Au cours de cette dernière, X._ a été révoqué de sa fonction d'administrateur délégué. Le même jour, son contrat de travail a été résilié avec effet au 30 juin 2003; la lettre de résiliation, écrite au nom de Y._ SA à ..., porte la signature de A._, seul membre restant du conseil d'administration. X._ a été libéré avec effet immédiat de l'obligation de travailler. Le 18 juin 2002, la signature de X._ a été radiée au registre de commerce, et trois semaines plus tard, le 10 juillet 2002, A._ y a été inscrit en qualité d'administrateur unique avec signature individuelle. X._ a par la suite contesté la régularité de la résiliation du 17 juin 2002. Il soutient que son licenciement ne lui a été communiqué valablement que par l'envoi du certificat de travail du 30 juin 2003. B. Le 13 mai 2005, X._ a saisi le Conseil de prud'hommes jurassien d'une demande en paiement de 267'696 fr. 50 dirigée contre Y._ SA. Par jugement du 28 mars 2006, cette autorité a rejeté l'action. Statuant sur appel de X._ - qui reprenait ses conclusions de première instance, avec intérêt à 5 % dès le 1er juillet 2004 - par arrêt du 5 septembre 2006, la Cour civile du Tribunal cantonal jurassien a débouté celui-ci de toutes ses conclusions et confirmé le jugement attaqué. C. X._ (le demandeur) interjette le présent recours en réforme au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à ce que Y._ SA soit condamnée à lui verser la somme de 181'028 fr. 50 avec intérêt à 5 % dès le 1er juillet 2004, montant correspondant au salaire pour la période du 1er juillet 2002 (recte: 2003) au 30 juin 2004 ainsi qu'au bonus pour l'année 2003, subsidiairement à ce que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale, chaque fois avec suite de frais et dépens pour toutes les instances. Y._ SA (la défenderesse) conclut à ce que son adverse partie soit déboutée de toutes ses conclusions, sous suite de frais et dépens. 