Faits: A. A.a La société V._ SNC (ci-après: V._) a élaboré un logiciel informatique intitulé .... Celui-ci comprend un noyau d'applications usuelles destiné à tous les clients, sur lequel peuvent se greffer des développements spécifiques à chaque client. Le groupe Z._ est composé de plusieurs sociétés qui exploitent des laboratoires d'analyses et de recherches scientifiques et médicales. En font notamment partie A.Z._ SA, B.Z._ SA, C.Z._ SA et D.Z._ AG. A.b Par offre écrite du 1er avril 1999, V._ a proposé à A.Z._ de développer un programme informatique sur mesure intitulé "...", destiné à l'exploitation de laboratoires d'analyses médicales. Le coût pour le développement d'un tel programme était estimé à 25'000 ou 30'000 fr. Il était précisé que ce prix n'incluait pas les éventuelles adaptations spécifiques à certains sites autres que .... Ces deux parties ont ensuite conclu un "mandat de projet" daté du 21 avril 1999, qui portait sur la commande d'un logiciel correspondant à l'offre précitée pour un prix d'environ 30'000 fr. Elles ont en outre signé un "contrat de support logiciels: ..." daté des 17 avril et 6 mai 1999, dont l'objectif déclaré était de régler les modalités de maintenance des programmes du client. Cette convention conclue pour une durée indéterminée prévoyait une rémunération selon une base horaire en fonction des prestations fournies, les frais effectifs étant facturés après chaque intervention. Elle comportait notamment la clause suivante: "9. Protection intellectuelle Seul [sic] les modules faisant partie du noyau de base d'... (par exemple la comptabilité, Gestion fournisseurs, etc.) sont soumis à un droit de licence pour une utilisation multi-postes. Les modules développés spécialement sur mesure pour le client ne sont pas soumis à un droit de licence si ceux-ci sont utilisés sur plusieurs postes de travail différents au sein de l'entreprise, seul l'achat d'un run-time Magic supplémentaire est nécessaire. Les programmes développés restent, en tout temps, la propriété totale de V._. V._ facture au client le développement souhaité et concède de ce fait un droit d'utilisation valable sur un seul ordinateur. Le client ne peut en aucun cas disposer de ce programme pour le revendre ou le transmettre de quelque manière que ce soit à des tiers, ou pour le faire modifier par une autre personne. V._ reste libre, dans tous les cas, d'utiliser les sources des produits développés comme bon lui semble et se réserve le droit de poursuivre pour dédommagement les personnes ou sociétés ne respectant pas ces conditions." Un avenant ayant la teneur suivante a été signé les 23 et 28 avril 1999: "11. Développement pour un concurrent Dans l'éventualité ou [sic] un autre laboratoire d'analyse s'intéresse à un programme identique à celui livré au client, V._ le signalera afin que les deux parties puissent convenir des conditions éventuelles pour la revente de ce programme." Entre avril 1999 et fin juillet 2007, V._ (devenue en janvier 2005 X._ Sàrl) a développé un programme spécifique destiné à l'exploitation des laboratoires d'analyses médicales, en se fondant sur une partie des modules de base des logiciels ... dans leur version originale de 1999; elle a aussi fourni des prestations de maintenance. Le logiciel développé pour le compte de A.Z._ a été utilisé, au vu et au su de X._, dans les laboratoires des sociétés du groupe Z._ à Vevey, Bulle, Davos, Montreux, Lausanne, Yverdon, Morges et Neuchâtel. X._ a participé aux travaux de traduction concernant l'utilisation du programme dans le laboratoire de D.Z._. Elle a en outre accepté, à l'occasion de la fondation de B.Z._, de délivrer une attestation sur la valeur du programme informatique qui devait être apporté en nature à la nouvelle société. Pour la période précitée, le programme a coûté 393'693 fr., TVA non comprise. Cette somme a été payée par A.Z._, B.Z._, C.Z._ et D.Z._. A.c Au début de l'été 2007, X._ a connu d'importantes difficultés financières. Les associés gérants I._ et J._ ont informé les collaborateurs de la société que d'un commun accord, il avait été décidé que le premier quitterait la société au 1er août 2007 pour intégrer l'équipe de A.Z._, solution qui permettait à l'associé sortant d'"assurer ses arrières" et à la société informatique de réduire ses charges. Le 9 juillet 2007, X._ a adressé à I._ une lettre que celui-ci a contresignée, dont la teneur était notamment la suivante: "(...) Au vu des difficultés financières importantes de X._ à ce jour, le préavis de sortie de six mois est abandonné. (...) 2. (...) Les droits et obligations découlant du fait que vous partez chez un de nos meilleurs clients, pour y assurer, entre autres, la maintenance et le suivi du programme ... (...) seront réglés dans un document séparé. (...) (...) 9. Les travaux effectués dans l'exercice de votre activité au service de notre société restent notre propriété totale, sans limite dans le temps et dans la zone géographique. La seule exception, qui reste à préciser, concerne le programme de gestion sur mesure développé pour notre client Z._ qui est votre nouvel employeur. Le noyau standard du logiciel ...: comptabilité financière, gestion des contacts, gestion des débiteurs, gestion des créanciers, gestions salaires, comptabilité analytique, timbreuse, ainsi que toutes les sources des programmes sur mesure développés pour nos clients jusqu'à ce jour, restent notre propriété totale sans limite dans le temps et dans la zone géographique. (...)" Toujours en juillet 2007, X._ a adressé à A.Z._ un document intitulé "Résiliation du contrat de support logiciels '...' et de son avenant, datés du 17 avril 1999". Ce document comportait un article 9 consacré à la propriété intellectuelle. I._ et J._, lequel craignait qu'un nouveau composant ... ne soit installé dans le logiciel de Z._, ont échangé des courriels sur ce document, perçu comme peu clair. I._ était d'avis qu'il "devrait être écrit plus clairement que le programme utilisé par Z._ actuellement [était] leur propriété ou que X._ renon[çait] à toute prétention", cas échéant que J._ "demand[ait] qqch pour que tel soit le cas". X._ a alors rédigé une seconde version du document, dont l'art. 9 avait la teneur suivante: "Article 9 Protection intellectuelle (...) Les modules faisant partie du noyau de base d'..., dont la liste exhaustive est annexée, reste [sic] et resteront la propriété totale de X._, sans limite dans le temps et la zone géographique. Cela concerne aussi bien les sources de ces modules, l'usage et la modification de ces sources pour un usage ou une adaptation future propre à Z._, que pour leur utilisation en tant que telle au sein du ou des programmes sur mesure ... de Z._. (...) (...) Le programme sur mesure de Z._ comportant certains anciens modules du noyau qui n'ont pas été réactualisés, tels que (liste exhaustive): (...) Ceux-ci sont considérés comme étant spécifiques à Z._, et de ce fait, X._ abandonne toute prétention sur ces modules, dans le cadre de l'usage qui en est fait au sein du groupe Z._. X._ concède donc le droit à Z._ de modifier, et faire modifier, les programmes spécifiquement développé[s] pour le groupe Z._. (...) En d'autres termes: - X._ abandonne toutes prétentions sur les logiciels ... développés jusqu'à ce jour et installés au sein du groupe Z._. - Les prétentions de X._ sur les quelques anciens modules du noyau, faisant partie de la liste ci-dessus, et qui font partie intégrante du programme Z._, sont également abandonnés [sic]. Pour autant que soit déposé chez X._, la dernière version du programme Z._, qui doit servir de logiciel témoin. - Les autres versions du noyau ..., dont la liste est annexée, resteront toujours la propriété totale de X._ et ne pourront être utilisés, modifiés et adaptés [sic] pour Z._, sans l'accord explicite du fournisseur. - En contrepartie, X._, pourra utiliser tout ou partie des sources du programme Z._ comme bon lui semble." Les parties ont continué à discuter de la problématique abordée dans le document précité. Elles se sont rencontrées le 28 novembre 2007 sans parvenir à trouver un accord. A.d Des mots de passe sont nécessaires pour modifier les modules d'un programme. La demanderesse n'utilisait qu'un seul mot de passe, connu de I._, pour l'ensemble de ses développements (module du noyau et module spécifique). Elle n'a pas modifié ce mot de passe. Les sociétés du groupe Z._ sont ainsi devenues totalement autonomes pour effectuer des modifications sur l'application .... Elles n'ont plus eu besoin des services de X._, laquelle a de fait perdu le contrôle de la diffusion des sources du logiciel "... Z._". A compter du mois d'août 2007, les sociétés du groupe Z._ ont apporté des modifications ou développements extrêmement minimes sur le noyau, et faibles sur le spécifique. Ainsi, un module spécifique permettant la liaison entre l'ordinateur et un automate à étiquettes, dont la mise en place avait été achevée en juin 2007, a été très légèrement modifié en août 2007. Quant aux opérations de maintenance, elles ont été très probablement faibles à compter du mois d'août 2007. B. B.a Le 31 mars 2008, X._ a actionné les quatre sociétés A.Z._, B.Z._, C.Z._ et D.Z._ par-devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois. La demanderesse prétendait au montant total de 655'000 fr. Les quatre défenderesses ont conclu au rejet et ont pris des conclusions reconventionnelles en paiement de 19'520 fr. En cours de procès, la demanderesse a encore augmenté ses conclusions de 94'000 fr. Par jugement du 5 mai 2011, la Cour civile a rejeté tant l'action principale que l'action reconventionnelle. En substance, elle a considéré que A.Z._ n'avait pas contrevenu à ses obligations contractuelles en mettant le programme informatique à disposition des autres sociétés du groupe, respectivement en continuant à l'utiliser et en le modifiant de façon autonome après la fin des relations contractuelles. B.b X._ a déféré cette décision à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal. A titre principal, elle a émis des prétentions de 125'000 fr. pour l'appropriation illégitime du noyau du logiciel, de 83'333 fr. pour la cession indue de la partie spécifique du logiciel à B.Z._, et de 167'210 fr. 95 pour la perte du gain qui aurait pu être réalisé avec les quatre intimées. Celles-ci n'ont pas été invitées à déposer une réponse. L'autorité précitée a rejeté l'appel par arrêt du 3 janvier 2012. C. Par-devant le Tribunal fédéral, X._ (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile, dans lequel elle reprend les conclusions formulées dans son appel. A.Z._, B.Z._, C.Z._ et D.Z._ (ci-après: les intimées) concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'autorité précédente se réfère à son arrêt. 