Faits: A. Par jugement du 4 décembre 2008, le Tribunal correctionnel du district de Boudry, composé du président et de deux jurés, a condamné pénalement X._, Y._ et Z._ (les auteurs) pour actes d'ordre sexuel avec un enfant, commis le 3 septembre 2007 sur la personne de A._, née le 10 février 1992 (la victime). Cette dernière avait pris des conclusions civiles tendant à la condamnation solidaire des trois auteurs au paiement de 87'830 fr. Le Tribunal correctionnel a dit que les débats et le jugement sur ces conclusions interviendraient à la requête de la partie la plus diligente, une fois le jugement pénal devenu définitif; les prétentions à des dépens seraient jugées en même temps. Saisi par la victime le 11 février 2009, et après avoir tenu audience le 21 avril 2009, le Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers, composé d'un juge unique, a statué sur les conclusions civiles par jugement du 7 juin 2011. Il a condamné l'auteur X._ à payer à la victime les montants de 11'080 fr. (remboursement de frais médicaux et tort moral) en vertu des art. 41 ss CO et de 3'000 fr. (indemnité de dépens) en vertu de l'art. 152 CPC/NE (section 4: de la répartition des frais et dépens). Pour le surplus, le tribunal a rejeté les conclusions civiles prises contre les deux autres auteurs. A la fin du jugement rédigé, il a précisé, en citant les art. 227 CPP/NE, art. 311, 321 et 405 CPC, que le jugement pouvait faire l'objet, selon la valeur litigieuse, d'un appel ou d'un recours, à introduire dans les trente jours auprès du greffe du Tribunal cantonal. Le jugement a été envoyé pour notification le 8 juin 2011. B. La victime a interjeté appel civil par acte du 11 juillet 2011, concluant à ce que les trois auteurs soient solidairement condamnés à lui payer 87'830 fr. La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal, après avoir procédé à un échange de vues avec la Cour pénale du Tribunal cantonal, a déclaré l'appel irrecevable par arrêt du 31 mai 2012. Son analyse peut se résumer comme il suit : le jugement attaqué a été prononcé par le juge pénal. Il n'a donc pas été rendu dans le cadre d'une affaire civile contentieuse (au sens de l'art. 1 let. a CPC). Un jugement sur les conclusions civiles rendu par adhésion peut uniquement faire l'objet d'un appel pénal (art. 398 al. 5 CPP). Il n'y a pas d'obligation pour une cour civile de transmettre d'office un appel à une cour pénale. De toute façon, l'acte de recours a été déposé après l'échéance du délai d'appel pénal de vingt jours à compter de la notification du jugement motivé (art. 399 al. 3 CPP). La victime ne saurait se prévaloir de l'indication inexacte des voies de droit dès lors qu'elle était assistée d'un avocat qui pouvait s'apercevoir du vice en consultant les dispositions légales pertinentes. C. La victime (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile. Elle conclut principalement à ce que les trois auteurs (ci-après: les intimés) soient condamnés solidairement à lui payer 87'830 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 2 septembre 2007, subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à la Cour d'appel civile. L'auteur X._ a expressément renoncé à déposer une réponse; il a néanmoins conclu au rejet du recours. L'auteur Z._ a déclaré s'en rapporter à justice. Enfin, l'auteur Y._ a conclu à l'irrecevabilité de la conclusion principale de la recourante et au rejet du recours pour le surplus. 