Faits: A. X._, né en 1948, marié, domicilié à Genève, a reçu, le 1er juin 2009, une prestation en capital de 67'891 fr et le 1er juillet 2009, une prestation en capital de 518'854 fr., provenant de la prévoyance professionnelle ou de la prévoyance individuelle liée. Par décision de taxation du 4 septembre 2009, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a arrêté l'impôt cantonal et communal sur ces deux prestations à 35'276 fr. 10. Elle a appliqué le barème «célibataire» de l'art. 11 de la loi sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid du 22 septembre 2000 (aLIPP-V - RSGE D 3 16), maintenant abrogée. Une réclamation du 1er octobre a été rejetée par décision du 15 octobre 2009 et un recours contre cette dernière décision également rejeté par jugement du 21 mars 2011 du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Le 10 mai 2011, l'intéressé a interjeté recours auprès de la Cour de justice du canton de Genève qui a suspendu la cause jusqu'à droit connu dans une affaire similaire pendante devant le Tribunal fédéral. Par arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2011, le Tribunal fédéral a jugé qu'une imposition séparée de chacun des époux, comme le prévoyait l'aLIPP-V pour les prestations en capital de la prévoyance, était contraire à l'art. 11 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). L'impôt des personnes mariées et vivant en ménage commun devait être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivant seules, et cela même si l'art. 11 al. 3 LHID imposait une taxation séparée des prestations de la prévoyance professionnelle. La question du rabais d'impôt prévu par le droit cantonal ne pouvait être examinée par le Tribunal fédéral que si la mauvaise application du droit cantonal constituait une violation du droit fédéral. Un tel grief n'avait pas été invoqué ou motivé suffisamment. B. Par arrêt du 28 août 2012, la Cour de justice a partiellement admis le recours en ce sens que le barème applicable à l'intéressé devait être celui pour couple marié en ménage indépendant de l'art. 12 aLIPP-V; il l'a rejeté pour le surplus. L'intéressé ne pouvait pas bénéficier du rabais d'impôt prévu aux art. 10 et 14 aLIPP-V. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 août 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et dire que le rabais d'impôt de l'art. 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V lui est applicable. Il soutient que l'instance précédente a interprété et appliqué les art. 10 et 14 al. 1 let. a 1ère phrase aLIPP-V de manière arbitraire. La Cour de justice et l'Administration fédérale des contributions ne formulent aucune observation. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. 