Sachverhalt: A. Am 16./17. April 2007 schloss die Stadt Y._ als Bauherrin mit A._ (Beschwerdeführer, Kläger) einen Planervertrag betreffend das Sanierungsprojekt Z._ wobei sie ihm die Fachplanung der Rutschbahnanlage, der Beckensanierung und des Energiedachs übertrug. In der Folge beauftragte die Stadt Y._ die X._ AG (Beschwerdegegnerin, Beklagte) als Totalunternehmerin mit der Ausführung des Projekts. Am 22. August 2007 offerierte der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin die Ausführungsplanung für die Bäder- und Sanitärtechnik, Duschen und Energiedach sowie die Fachbauleitung und Baubegleitung inklusive Überwachung der Schlussabnahmen und Beratung bei der Inbetriebnahme. Diese Offerte nahm die Beschwerdegegnerin an. Am 19. Januar 2008 stellte der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin Rechnung in der Höhe von Fr. 45'207.40, worauf die Beschwerdegegnerin eine Teilzahlung von Fr. 30'000.-- erbrachte. Am 11. März 2008 folgte eine Rechnung des Beschwerdeführers über Fr. 39'662.70, worin der Restbetrag gemäss Abrechnung vom 19. Januar 2008 enthalten war, und am 3. April 2008 eine weitere Rechnung über Fr. 3'928.70. Alsdann liess der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin für die ausstehenden Beträge von Fr. 39'662.70 sowie Fr. 3'928.70 nebst Zins betreiben, worauf diese Rechtsvorschlag erhob. Daraufhin liess der Beschwerdeführer auf dem Grundstück Nr. B. Z._ im Grundbuch Y._ ein Bauhandwerkerpfandrecht im Betrag von Fr. 43'591.40 nebst Zins zu 8 % seit 29. Mai 2008 vorläufig eintragen. B. Am 6. Mai 2008 erhob der Beschwerdeführer Klage gegen die Beschwerdegegnerin. Er beantragte vor dem Kantonsgericht Schaffhausen, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm Fr. 43'591.40 zuzüglich Zins zu bezahlen (Ziff. 1) und es sei der Rechtsvorschlag zu beseitigen sowie ihr in dieser Höhe der Forderung definitive Rechtsöffnung zu erteilen (Ziff. 2) und der Beschwerdegegnerin seien die Kosten, u.a. für die provisorische Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts, aufzuerlegen (Ziff. 3). Das Kantonsgericht wies die Klage am 14. Dezember 2009 ab. Der Beschwerdeführer appellierte an das Obergericht des Kantons Schaffhausen und beantragte Folgendes: "1. Es seien die Ziff. 1 bis 3 des Urteils des Kantonsgerichts Schaffhausen vom 14. Dezember 2009 aufzuheben. 2. Es sei das Verfahren i.S.v. Art. 352 Abs. 2 ZPO zur Ausfällung eines neuen Entscheids an das Kantonsgericht Schaffhausen zurückzuweisen, wonach a) die Beklagte zu verpflichten sei, dem Kläger Fr. 43'591.40 zuzüglich Zins zu 8 % seit 29. April 2008, eventualiter zu 5 % seit 4. April 2008, zu bezahlen; b) der von der Beklagten in der Betreibung Nr. 111._ des Betreibungsamtes Schaffhausen (Zahlungsbefehl vom 28. April 2008) erhobene Rechtsvorschlag zu beseitigen und dem Kläger gemäss Ziff. 1 hiervor definitive Rechtsöffnung zu erteilen sei; c) die Kosten des Verfahrens betreffend Eintragung eines provisorischen Bauhandwerkerpfandrechts gemäss Verfügung des Vizepräsidenten des Bezirksgerichts Kreuzlingen vom 29. März 2008, Ziff. 3, von Fr. 250.-- sowie die Kosten des Friedensrichteramtes Y._ von Fr. 280.-- für den Sühnevorstand vom 26. August 2008 der Beklagten aufzuerlegen seien und es sei die Beklagte zu verpflichten, den Kläger für jene Verfahren angemessen, mindestens aber mit Fr. 1'500.-- zuzüglich 7,6 % MWST, zu entschädigen. 3. Eventualiter: Es sei für den Fall, dass das Verfahren nicht zur Ausfällung eines neuen Entscheids an das Kantonsgericht Schaffhausen zurückgewiesen wird a) die Beklagte zu verpflichten, dem Kläger Fr. 43'591.40 zuzüglich Zins zu 8 % seit 29. April 2008, eventualiter zu 5 % seit 4. April 2008, zu bezahlen;" [es folgt eine Wiederholung der Lit. b-c von Ziff. 2 und 4. Kosten- und Entschädigungsfolgen]. Mit Urteil vom 4. Februar 2011 wies das Obergericht die Berufung und die Klage ab. C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und das Verfahren zur Ausfällung eines neuen Entscheids an das Kantonsgericht, eventualiter an das Obergericht zurückzuweisen, wobei diese wiederum gemäss den vorinstanzlichen Rechtsbegehren Ziff. 2 lit. a-c zu entscheiden hätten; eventualiter habe das Bundesgericht selbst im Sinne der vorgenannten vorinstanzlichen Rechtsbegehren zu entscheiden. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung. 