Sachverhalt: A. X._ ist seit 1995 Eigentümer des Grundstücks Kat-Nr. xxx mit Seeanstoss in B._, Kanton Zürich. Vor diesem Grundstück, im Mündungsbereich des C._ bachs, hatte sich schon vor Jahrzehnten eine grössere Verlandung gebildet. Die Baudirektion des Kantons Zürich erteilte im Jahre 1967 dem damaligen Eigentümer des Grundstücks unter Festsetzung einer jährlichen Benützungsgebühr die Bewilligung, den Uferstrand als Grünanlage mit Bootssteg herzurichten. Diese Bewilligung wurde gegenüber den jeweiligen Grundeigentümern der Parzelle periodisch erneuert, letztmals gegenüber X._ mit Verfügung der Baudirektion vom 23. März 2007. Die Bewilligung (wasserrechtliche Konzession und fischereirechtliche Bewilligung) umfasst das Recht, die Auflandung auf öffentlichem Seegebiet einschliesslich Blockwurf (Natursteine zum Schutz vor Erosion und Wellenschlag), Podest mit Ufertreppe, Steg und Bootsrampe (Slipanlage) bis zum 31. Dezember 2021 fortbestehen zu lassen und die Auflandung im Sinne einer Gartenerweiterung zu nutzen. Gemäss den weiteren Bestimmungen kann die Konzession entschädigungslos ganz oder teilweise entzogen werden, falls im Deltabereich Massnahmen durch die öffentliche Hand getroffen werden. Allfällige Anpassungsarbeiten gehen zu Lasten des Konzessionsinhabers. Die jährliche Gebühr für die Benutzung von öffentlichem Seegebiet (251 m2) wurde auf Fr. 4'066.20 festgelegt, berechnet aufgrund des Verkehrswerts des Bodens (Basis 1992) und des Zinssatzes der Zürcher Kantonalbank (ZKB) für erste Hypotheken am 1. Januar 2007 (251 m2 x Fr. 540.--/m2 x 3 %). Die Gebühr für den Steg (5 m2) belief sich auf Fr. 83.25 (Fr. 16.65/m2). Massgebend war die damals geltende Fassung der Gebührenverordnung vom 21. Oktober 1992 zum kantonalen Wasserwirtschaftsgesetz (GebV WWG). Die Baudirektion behielt sich aber vor, die Gebühr bei einer künftigen Rechtsänderungen anzupassen. B. Infolge der Änderung von § 17 GebV WWG vom 14. April 2010 stellte das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) X._ für das Jahr 2010 neu eine Konzessionsgebühr von Fr. 11'533.60 in Rechnung. Auf dessen Widerspruch hin verfügte die Baudirektion am 26. April 2011 für 2010 eine Nutzungsgebühr (einschliesslich Steg) von Fr. 8'458.85 für 2010, ausgehend von einem Landwert von Fr. 540.--/m2 bis zum 31. Mai 2010 bzw. von Fr. 1'520.--/m2 ab 1. Juli 2010 und einem Referenzzinssatz von 3 %. Ab dem Jahr 2011 wurde die Gebühr aufgrund eines Referenzzinssatzes von 2.75 % bei sonst gleichbleibenden Grundlagen auf total Fr. 10'579.80 festgesetzt. C. Gegen diese Verfügung gelangte X._ mit Rekurs an den Regierungsrat des Kantons Zürich. Dieser wies mit Entscheid vom 21. November 2012 das Rechtsmittel ab. Mit Urteil vom 29. Mai 2013 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine Beschwerde von X._ ebenfalls ab. D. Hiergegen führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, es seien die Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kanton Zürich vom 29. Mai 2013 und des Regierungsrats des Kantons Zürich vom 21. November 2012 sowie die Verfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 26. April 2011 aufzuheben und es sei die Baudirektion anzuweisen, die Gebühr für die fragliche Auflandung aufzuheben. Der Beschwerdeführer rügt, dass der fraglichen Abgabe eine genügende gesetzliche Grundlage fehle und durch die Höhe der Abgabe das bei Kausalabgaben zu beachtende Äquivalenzprinzip verletzt werde. Der Regierungsrat, die Baudirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Baudirektion verweist zur Begründung ihres Antrags auf den Mitbericht des AWEL vom 18. September 2013. 