Faits: A. Par courrier du 24 avril 2007, la Société d'assurance Y._ a résilié avec effet au 31 mai 2007 le contrat d'adhésion la liant à X._ Sàrl (ci-après: X._). Par courrier du 2 juillet 2007, la Société d'assurance Y._ a avisé la Fondation institution supplétive LPP, Contrôle de la réaffiliation, sise à Zürich (ci-après: la Fondation institution supplétive à Zürich) de cette résiliation d'un contrat d'affiliation. Par lettre recommandée du 8 août 2007, la Fondation institution supplétive à Zürich a sommé X._ de se réaffilier à une institution inscrite au registre de la prévoyance professionnelle et de lui adresser une copie de la convention d'affiliation portant les signatures valides, sous peine de se voir affilier d'office auprès d'elle et facturer des frais. Un délai au 20 octobre 2007 a été imparti à X._ pour se conformer à l'injonction précitée. Par lettre du 18 octobre 2007, la Fondation institution supplétive à Zürich a dénoncé le défaut de réaffiliation de X._ à la Fondation institution supplétive LPP, Agence régionale de la Suisse romande, sise à Lausanne (ci-après: Fondation institution supplétive à Lausanne). Cette dernière a à son tour sommé X._, par lettre recommandée du 12 novembre 2007, de se réaffilier à une institution de prévoyance en lui fixant un ultime délai au 12 décembre 2007. Le 17 décembre 2007, agissant au nom de X._, F._ a demandé à la Société d'assurance Y._ de maintenir son contrat d'affiliation. Par lettre du 21 décembre 2007, la Société d'assurance Y._ lui a répondu qu'elle maintenait l'annulation du contrat d'affiliation. X._ n'ayant pas apporté la preuve de son affiliation auprès d'une nouvelle institution de prévoyance dans les délais impartis, la Fondation institution supplétive à Lausanne l'a réaffilié d'office avec effet rétroactif au 1er juin 2007, par décision du 13 février 2008. Le coût de cette décision, s'élevant à 825 fr., a été mis à la charge de l'employeur. B. X._ a recouru contre cette décision, contestant la partie de son dispositif (point 2) mettant 825 fr. de taxes et frais à sa charge. Par arrêt du 24 février 2009, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours interjeté par X._, en ce sens qu'il a mis les frais de la décision litigieuse à la charge de la Fondation institution supplétive à Lausanne. C. La Fondation institution supplétive à Lausanne interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à la confirmation du point 2 de sa décision du 13 février 2008 concernant le prise en charge des frais. X._ n'a pas répondu au recours bien qu'il y ait été invité. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas non plus déterminé. 