Faits: A. A._ et B._, nés respectivement le 19 octobre 1944 et le 20 juin 1949, sont les fils de feu X._, né le 16 juillet 1917. Tous de nationalité suédoise, ils ont vécu en Suède jusqu'en janvier 1958, époque à laquelle la famille s'est installée en Suisse. B. A une date indéterminée, X._ a obtenu de son épouse, dame X._, une procuration générale lui permettant d'effectuer seul les affaires relatives à la gestion des biens de leurs enfants. Ces derniers disposaient en effet d'une fortune personnelle, composée notamment d'actions reçues de leur grand-père maternel, dont l'administration incombait aux parents. C. Le 3 mars 1997, A._ et B._ ont déposé plainte pénale contre leur père qu'ils accusaient d'avoir commis des manipulations à son profit dans le cadre de la gestion de leurs biens pendant leur minorité ainsi que par la suite. Dans ce contexte, par demande du 3 juillet 2000 adressée à la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois, ils ont ouvert action contre X._, lui réclamant 6'500'000 fr., avec intérêts à 5 % dès le 3 mars 1997. Le défendeur a conclu au rejet de l'action, en excipant de la prescription. Le 13 février 2008, l'autorité cantonale a rejeté les conclusions des demandeurs, pour le motif que leurs prétentions étaient prescrites quel que fût leur fondement juridique. D. Par écriture du 12 janvier 2009, A._ et B._ exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi pour nouvelle instruction et nouveau jugement et, subsidiairement, à la condamnation du défendeur à verser à chacun d'eux 1'009'284 fr., plus intérêts à 5 % dès le 3 juillet 2000. Parallèlement, ils ont déposé un recours en nullité cantonal. La présente cause a été suspendue le 14 janvier 2009 par ordonnance de la Présidente de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral jusqu'à droit connu sur ce moyen. Elle a été reprise à la suite de l'arrêt du 28 avril 2009 de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois rejetant le recours en nullité. L'intimé a proposé le rejet du recours. L'autorité cantonale s'est référée à ses considérants. E. X._ est décédé le 16 septembre 2010. Par ordonnance du Juge instructeur du 6 octobre 2010, la procédure de recours a été suspendue jusqu'à droit connu sur l'acceptation de la succession. Les héritiers ont par ailleurs été invités à produire une attestation officielle précisant leur identité et s'ils ont accepté la succession et, en cas de désignation d'un représentant commun de l'hoirie, leurs procurations en sa faveur ou, le cas échéant, de leur(s) représentant(s) léga (l/aux). Le 6 mai 2011, Me C._, notaire, a déposé une attestation d'exécuteur testamentaire délivrée par la justice de paix. En cette qualité, il a demandé la reprise anticipée du procès, soutenant que, eu égard aux délais d'acceptation ou de répudiation, le sort de l'instance en cours était important pour la procédure en liquidation de la succession, ainsi que pour l'établissement de l'inventaire civil qui en dépendait. Il était par ailleurs primordial de connaître la composition de la masse successorale, une héritière, à savoir la seconde épouse du défunt, étant sous curatelle. Par ordonnance du 11 mai 2011, constatant que les documents requis le 6 octobre 2010 n'avaient pas encore été produits, le Juge instructeur a fixé aux mandataires des recourants et du défunt un délai au 14 juin 2011 pour les fournir, à défaut de quoi il serait fait application de l'art. 6 al. 4 PCF. Le 12 mai suivant, le conseil de feu X._ a versé en cause une déclaration de décès ainsi qu'une copie du testament homologué. Agissant par ailleurs pour le compte de l'héritier, D._ (troisième fils de X._), il a déclaré se joindre à la requête de l'exécuteur testamentaire tendant à la reprise anticipée de la procédure. Par courrier du 14 juin 2011, les recourants ont également remis à la Cour de céans une copie de la déclaration de décès. Par ordonnance du 19 juillet 2011, le Juge instructeur a considéré que le caractère urgent de la présente procédure n'était pas démontré. Il a fixé au mandataire de feu X._ et à l'exécuteur testamentaire un ultime délai au 20 août 2011 pour qu'ils fournissent les renseignements et pièces requis dans l'ordonnance du 6 octobre 2010, sous la menace de la sanction de l'art. 6 al. 4 PCF. Dans un courrier du 2 août 2011, le conseil de feu X._ a justifié la reprise de la procédure en déposant la décision de la Justice de paix du district de Morges du 14 juin 2010 informant le mandataire du défunt et l'exécuteur testamentaire de la suspension de la procédure de rectification de l'inventaire et du délai d'acceptation de la succession jusqu'à droit connu sur le sort du recours pendant devant le Tribunal fédéral. 