Faits: A. La société X._ SA, sise à B._, a pour but la gérance et l'administration de tous biens immobiliers et mobiliers. Le 2 juillet 2004, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a notifié à la société un bordereau d'impôt cantonal pour la période fiscale 2001 qui fixait le bénéfice imposable à 79'726 fr., montant correspondant au bénéfice net selon le compte de pertes et profits. Le capital imposable s'élevait à 200'000 fr. Les impôts totaux dus étaient de 6'223 fr. 95. X._ SA a déposé une réclamation à l'encontre de cette taxation. Elle reprochait au Service des contributions de n'avoir pas tenu compte d'une perte de 91'322 fr. résultant de l'exercice 1994. L'autorité de taxation l'avait pourtant prise en considération pour calculer la perte déduite lors de la taxation de la période fiscale 2000 dont il résultait un solde à reporter sur 2001 de 84'792 fr., indiqué sur le bordereau de la période fiscale 2000 (cf. infra point B). Refusant de déduire ce montant du bénéfice 2001, le Service des contributions a confirmé la taxation du 2 juillet 2004 pour l'impôt cantonal 2001 dans une décision sur réclamation du 6 décembre 2004. La Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de X._ SA relatif à l'impôt fédéral direct et à l'impôt cantonal et communal 2001 en date du 25 mai 2005. B. Par arrêt du 3 février 2006, le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ SA. Il a constaté que, dans la décision de taxation de la période fiscale 2000, l'autorité de taxation avait effectivement admis une perte reportée de 136'157 fr. qui incluait la perte de 91'322 fr. de 1994, apparemment en se basant sur la déclaration d'impôt 2000 de la recourante, avec le résultat suivant: Période fiscale Bénéfice/perte selon PP (fr.) Perte reportée des exercices précédents (fr.) Bénéfice imposable/perte à reporter (fr.) 1993 (49'494)* (49'494) 1994 (91'322) (49'494) (140'816) 1995 4'524 (140'816) (136'292) 1996 135 (136'292) (136'157) 1997 0 (136'157) 1998 0 (136'157) 1999 0 (136'157) 2000 51'365 (136'157) (84'792) * (69'494 fr.) + reprise de 20'000 fr. Dans le cadre de la taxation 2001, l'autorité de taxation avait modifié son appréciation: c'était à tort qu'elle avait retenu les chiffres susmentionnés; elle aurait dû se baser sur ses décisions de taxations de 1994 à 1999 (dont aucune ne mentionnait de perte) plutôt que de reprendre, sans les vérifier, les chiffres donnés dans la déclaration 2000 de la recourante. Or, le solde de 84'792 fr. retenu pour 2001 provenait de la perte subie en 1994, année pour laquelle la société n'avait remis ni sa déclaration d'impôt ni ses comptes, de sorte qu'elle ne pouvait se prévaloir d'une perte reportée. Seules pouvaient être prises en compte les pertes reconnues par des taxations entrées en force. Or, les décisions de taxation des années 1994 à 1999, dont certaines étaient des taxations d'office, ne mentionnaient que l'imposition du capital et ne constataient ni bénéfice ni perte à faire valoir ultérieurement. Dès lors, aucune perte subie ces années-là n'aurait dû être reportée sur 2000 et, partant, ne devait l'être sur la période fiscale 2001. Pour faire valoir ses pertes, la recourante aurait dû déposer des déclarations d'impôt à temps et attaquer les décisions de taxation qu'elle contestait. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal et les décisions des autorités inférieures, et de dire que le bénéfice imposable pour l'impôt fédéral direct, l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001 est réduit de 79'726 fr. à 0 fr. Elle invoque une mauvaise application du droit fédéral et cantonal. Le Service cantonal des contributions renonce à déposer des observations, tout en renvoyant à l'arrêt attaqué. La Commission cantonale de recours conclut au rejet du recours. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours et renvoie à l'arrêt du Tribunal cantonal. 