Sachverhalt: A. X._ befindet sich seit dem 17. Juli 2009 in Untersuchungshaft, nachdem bei ihm mehrere Hundert Gramm Kokaingemisch (Reinheitsgrad 25-32%) sowie rund Fr. 8'500.-- Bargeld gefunden worden waren. Nebst dem dringenden Tatverdacht des qualifizierten Drogenhandels hielt der Haftrichter in seiner Verfügung vom 17. Juli 2009 auch Kollusionsgefahr für gegeben. Am 12. Oktober 2009 beantragte die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat eine Verlängerung der bis 17. Oktober 2009 bewilligten Untersuchungshaft um drei Monate. Der amtliche Verteidiger von X._ verlangte, der Antrag auf Haftverlängerung sei abzuweisen und der Angeschuldigte auf freien Fuss zu setzen. Es lägen keine besonderen Haftgründe vor. Mit Verfügung vom 14. Oktober 2009 ordnete der Haftrichter am Bezirksgericht Zürich die Fortsetzung der Untersuchungshaft bis zum 17. Januar 2010 an. Er bejahte sowohl den dringenden Tatverdacht als auch die Kollusionsgefahr und bezeichnete die Haftverlängerung um drei Monate angesichts der Schwere des vorgeworfenen Delikts und der zu erwartenden mindestens einjährigen Freiheitsstrafe als verhältnismässig. B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 16. November 2009 beantragt X._ im Wesentlichen, die Verfügung des Haftrichters vom 14. Oktober 2009 sei aufzuheben und er sei mit sofortiger Wirkung aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Der Haftrichter verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hält am Bestehen von Kollusionsgefahr fest und macht zudem Fluchtgefahr geltend. Mit Eingabe vom 30. November 2009 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest. Er macht zudem geltend, die Angaben der Staatsanwaltschaft zu den zu befragenden Personen seien nicht ausreichend. 