Sachverhalt: A. X._ ist selbständiger Landwirt und IV-Rentner. Für das Bemessungsjahr 2001 führte er weder eine Buchhaltung noch Aufzeichnungen. In der Steuererklärung 2001 deklarierte er - gestützt auf einen Vermögensvergleich - ein Betriebseinkommen aus Landwirtschaft in der Höhe von Fr. _, was ein steuerbares Einkommen von Fr. _ ergab. Mit Verfügung vom 25. August 2005 veranlagte die Steuerkommission von E._/AG X._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. _. Das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit wurde nach Ermessen auf Fr. _ festgesetzt. B. Mit Entscheid vom 10. Januar 2007 hiess die Steuerkommission - nach Einholen einer Stellungnahme des Landwirtschaftsexperten des Steueramts - die Einsprache von X._ teilweise gut, welcher beantragt hatte, das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit sei auf Fr. 2'759.-- herabzusetzen. Die Steuerkommission reduzierte das steuerbare Vermögen leicht, am steuerbaren Einkommen von Fr. 94'490.-- wurde jedoch festgehalten. Den dagegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. September 2008 teilweise gut, indem es das steuerbare Vermögen auf Fr. 0.-- herabsetzte, am steuerbaren Einkommen von Fr. 94'490.-- aber festhielt. Die gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, mit Urteil vom 6. März 2009 ab, soweit es darauf eintrat. C. Dagegen führt X._ mit Eingabe vom 24. April 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 6. März 2009 sei aufzuheben und er sei grundsätzlich "nach Selbstdeklaration" zu veranlagen. Zudem beantragt er, es sei über die Einkommenssituation eine Expertise zu erstellen. D. Das Steueramt sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verzichten auf eine Vernehmlassung, während die Eidgenössische Steuerverwaltung die Abweisung der Beschwerde beantragt. 