Sachverhalt: A. Am 28. Februar 2001 genehmigte der Bundesrat das Objektblatt Sachplan Militär für den Militärflugplatz Meiringen, gestützt auf den Lärmbelastungskataster vom 17. Oktober 1997 (LBK 1997). Am 20. November 2000 wurde eine Sanierungsverfügung erlassen, in der Erleichterungen nach Art. 14 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) erteilt wurden. Da sich jedoch die Flugbewegungen wesentlich anders entwickelten als angenommen, hob das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) die Sanierungsverfügung auf und ordnete am 11. März 2002 die Einreichung eines neuen LBK an. Mit der Armeereform XXI wurde die Zahl der Militärflugplätze reduziert. Ab 1. Januar 2006 wurde die Fliegerstaffel 11, die F/A-18 Kampfflugzeuge fliegt, von Dübendorf nach Meiringen verlegt. Als Folge des neuen Stationierungskonzepts sollte der Sachplan Militär angepasst und die Betriebsänderung in einem militärischen Plangenehmigungsverfahren bewilligt werden. In Zusammenarbeit mit dem BAFU wurde eine Umweltverträglichkeitsprüfung durchgeführt. Aufgrund der Ungewissheit über die künftige Belegung des Militärflugplatzes Meiringen konnte das Sachplanverfahren jedoch bis heute nicht abgeschlossen werden; das Plangenehmigungsverfahren wurde noch nicht eingeleitet. B. Die A._, die B._AG und verschiedene natürliche Personen (im Folgenden: die Gesuchsteller) beantragten mit Schreiben vom 10. Mai 2010, das VBS möge festzustellen, dass die in den Jahren 2006-2009 durch Flugbewegungen der F/A-18 und Tiger-Kampfjets verursachten Lärm- und Schadstoffimmissionen im Gebiet von Meiringen und Umgebung widerrechtlich seien. Das VBS trat mit Verfügung vom 23. November 2010 nicht auf dieses Feststellungsbegehren ein, da es ein schutzwürdiges Interesse daran verneinte. C. Dagegen erhoben die Gesuchsteller am 6. Januar 2011 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Mit Urteil vom 7. September 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut, soweit es darauf eintrat, und wies die Sache mit der Aufforderung zur materiellen Beurteilung des Gesuchs an das VBS zurück. Es verneinte ein schutzwürdiges Feststellungsinteresse hinsichtlich der Beurteilung von Flugbewegungen in direktem Zusammenhang mit dem Flugplatz, weil die Gesuchsteller insoweit die Möglichkeit hätten, Einsprache gegen die Gewährung von Erleichterungen im hängigen Sanierungsverfahren zu erheben und eine anfechtbare Verfügung zu erlangen. Dagegen bejahte es ein solches Interesse hinsichtlich von Flügen im Trainingsraum, weil diese nicht Gegenstand des Lärmsanierungsverfahrens seien. Die Gesuchsteller seien als Anwohner vom Lärm und den Schadstoffimmissionen der Flüge mehr als jedermann betroffen. D. Dagegen hat das VBS am 13. Oktober 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Es beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben. Es sei festzustellen, dass dieses bezüglich der Flugbewegungen im Zusammenhang mit dem Flugplatz Meiringen zurecht ergangen sei. Weiter sei festzustellen, dass kein schutzwürdiges Interesse der Beschwerdegegner bestehe, die Rechtmässigkeit von Flugbewegungen der Schweizerischen Luftwaffe mit Kampfjets im Zeitraum von 2006-2009 im Schweizer Luftraum überprüfen zu lassen und dass das VBS zu Recht auf das Rechtsbegehren vom 10. Mai 2010 nicht eingetreten sei. E. Die Beschwerdegegner beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das BAFU legt in seiner Vernehmlassung dar, dass es sich bei den Trainingsräumen der Luftwaffe nicht um ortsfeste Anlagen im Sinne des USG handle, dass aber die Lärmbelastung, die von den darin verkehrenden Kampfjets verursacht werde, im Einzelfall zu beurteilen sei. Dabei könne Anh. 8 LSV als Wertungshilfe herangezogen werden. Das BAFU hält fest, dass die Lärmbelastung, die von F/A-18-Kampfjets in Trainingsräumen verursacht werde, in den darunter liegenden Gebieten wahrnehmbar sei. 