Fatti: A. Con accordo fiduciario del 31 gennaio 2003 X._ ha incaricato A._ SA di "amministrare a titolo fiduciario, a suo nome ma per conto e rischio del mandante, [...] la partecipazione del 3% del capitale azionario di fr. 1'560'000.-- della società B._ SA, [divenuta in seguito C._ SA]". Sempre nel medesimo documento le parti hanno specificato che l'"amministrazione" era limitata all'intestazione dei beni alla fiduciaria, mentre "tutt'altro atto di amministrazione e gestione, rappresentanza in assemblea, incasso di interessi e dividendi" doveva essere "richiesto esplicitamente dal mandante". A.a A seguito della disdetta del contratto, il 27 luglio 2005 A._ SA ha consegnato a X._ il certificato azionario di sua spettanza. A.b Il 3 ottobre 2005 X._ si è rivolto alla fiduciaria chiedendo che gli venisse trasmessa tutta la documentazione relativa alla gestione della società durante il periodo del mandato. A._ SA ha dato seguito a tale richiesta il 12 ottobre seguente, inviando a X._ copia dell'accordo fiduciario del 31 gennaio 2003, copia dei verbali delle assemblee ordinarie e straordinarie di C._ SA (tenutesi l'8 luglio 2004, l'11 gennaio 2005 e il 19 maggio 2005), così come i rapporti di revisione sui conti annuali chiusi il 31 dicembre 2003 e il 31 dicembre 2004. B. Non soddisfatto, il 23 gennaio 2006 X._ ha promosso contro A._ SA un'azione di rendiconto giusta l'art. 400 CO, facendo capo alla procedura prevista dall'art. 488a CPC/TI, volta a ottenere la consegna dei seguenti documenti: 1. Resoconto scritto su tutta l'attività fiduciaria svolta per conto del sig. X._, con indicazione di ogni atto compiuto da A._ SA come titolare del 70% del pacchetto azionario della C._ SA e quindi anche della quota del sig. X._, dal 31.1.2003 al 26.7.2005; 2. Copia di ogni contratto di acquisto, vendita, cessione e/o pegno concluso da A._ SA e relativo al pacchetto azionario della C._ SA, dal 31.1.2003 al 26.7.2005; 3. Copia di ogni corrispondenza o altro documento sottoscritto da A._ come azionista della C._ SA, dal 31.1.2003 al 26.7.2005; 4. Resoconto scritto su come, quando e con la sottoscrizione di quale documento sia avvenuto il deposito, e poi ogni prelievo, del pacchetto azionario della C._ SA presso l'avv. Y._ dal 31.1.2003 al 26.7.2005, con allegata copia della relativa documentazione; 5. Resoconto scritto su come i nuovi soci siano venuti in possesso delle quote azionarie, a quale prezzo e come si sia ovviato al diritto di prelazione previsto dal patto parasociale tra A._ SA e D._ SA del 31.1.2003; 6. Resoconto scritto su come e quando A._ SA sia tornata in possesso del 15% messo a disposizione dei nuovi investitori; 7. Resoconto scritto su come e quando A._ SA abbia acquistato un ulteriore 25% rispetto al citato patto parasociale; 8. Resoconto scritto sui termini della transazione con E._ SA ed il sig. Z._." Il 2 febbraio 2006 A._ SA si è formalmente opposta a tale domanda, a norma dell'art. 493 CPC/TI, asserendo di aver già eseguito la prestazione, per quanto dovuta. Udite le parti all'udienza di discussione del 7 aprile 2006 ed esaminati i documenti versati agli atti, il Segretario assessore della Pretura del Distretto di Lugano, sezione 1, ha stabilito che, contrariamente a quanto asserito in causa da A._ SA, il suo ruolo non si era limitato alla sola intestazione fiduciaria. Quale detentrice del 70% delle azioni B._ (fra cui vi era il 3% detenuto per conto di X._) essa ha infatti concluso un patto sociale con D._ SA (detentore del restante 30% delle azioni), ha depositato in custodia le azioni presso il notaio avv. Y._ e ha preso parte alle assemblee degli azionisti. Dagli atti è pure emerso che durante il periodo del mandato la compagine degli azionisti è mutata, la partecipazione di D._ essendo in un primo tempo diminuita e poi completamente cessata con contestuale subentro di nuovi azionisti (per un complessivo 5% del capitale azionario) e aumento di partecipazione di A._ SA al 95%. Il giudice ha poi constatato come l'affermazione di A._ SA, secondo la quale X._ aveva partecipato alle assemblee o alle trattative concernenti la cessione delle azioni ed era al corrente di tali operazioni, non abbia trovato alcun riscontro nelle tavole processuali. In siffatte circostanze egli ha quindi ammesso l'"immediata accertabilità" richiesta dall'art. 488a CPC/TI per le domande di resoconto n. 1, 4, 5 e 7 e per quelle concernenti la consegna di documenti formulate ai punti n. 2 prima parte e n. 3. 