Faits: A. Le 6 mars 2006, le canton de Genève et les Chemins de fer fédéraux (ci-après: les CFF) ont requis de l'Office fédéral des transports l'approbation des plans de la nouvelle ligne ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA). Ce projet consiste en substance à construire une ligne de chemin de fer à double voie de 14 kilomètres environ entre la gare de Cornavin et la frontière franco-suisse, avec une nouvelle gare aux Eaux-Vives, quatre stations et plusieurs ouvrages d'art. Les CFF ont la qualité de maître d'ouvrage. Ce projet a été mis à l'enquête publique dans les communes concernées du 11 septembre au 10 octobre 2006 selon la procédure ordinaire d'approbation des plans prévue aux art. 18 ss de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Le projet a suscité plus de 1'700 oppositions. Le 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports a rendu une décision d'approbation des plans au sens des art. 18 ss LCdF pour la construction de la liaison ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA) et elle a déclaré irrecevables, rejeté ou partiellement admis les oppositions suscitées par le projet. La décision d'approbation des plans est assortie de très nombreuses charges, dont certaines exigent la production de documents (études, projets de détail, etc.) à l'Office fédéral des transports, pour approbation ou pour information, dans des délais de six à douze mois avant le début des travaux. B. Des opposants, parmi lesquels figurent les intimés mentionnés en en-tête du présent arrêt, ont recouru contre la décision d'approbation des plans auprès du Tribunal administratif fédéral. Le 24 juillet 2008, les CFF et l'Etat de Genève ont requis la levée partielle de l'effet suspensif des recours. Ils demandent la levée de l'effet suspensif pour les projets partiels nos 12 (km 60.630 - 63.720), 22 (km 63.720 - 65.535), 23 (km 65.535 - 65.800), 24 (km 67.887 - 68.393), 26 (km 70.050 - 70.750), 27 (km 70.750 - 72.260) et 37 (km 72.260 - 74.390). Par décision du 23 janvier 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté la requête de retrait de l'effet suspensif. En substance, il a considéré que les charges assortissant la décision d'approbation du 5 mai 2008 subsistaient malgré les recours formés contre cette décision et qu'elles devaient par conséquent être exécutées, ce qui relativisait nettement l'urgence invoquée par les CFF et l'Etat de Genève. De manière générale, le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'urgence n'était pas établie dans les cas où les documents demandés par l'Office fédéral des transports étaient susceptibles de concerner des travaux invoqués à l'appui de la requête de retrait de l'effet suspensif. Il a également relevé que les CFF et l'Etat de Genève n'avaient pas présenté les éléments nécessaires pour apprécier l'urgence invoquée, qu'ils avaient omis de préciser quels travaux étaient urgents et qu'ils n'avaient pas tenu compte des charges et des délais imposés par celles-ci. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les CFF et l'Etat de Genève demandent au Tribunal fédéral d'annuler cette décision, de retirer partiellement l'effet suspensif et de les autoriser à entreprendre les travaux afférents aux projets partiels susmentionnés, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision. C._ et D._ ont présenté des observations. II._, JJ._ et KK._ en ont fait de même; ils concluent au rejet de la requête de retrait de l'effet suspensif du 24 juillet 2008. La Communauté des copropriétaires par étages HHH._, JJJ._ et consorts, la Fondation de prévoyance III._ et KKK._ "s'en rapportent à justice tant en ce qui concerne la recevabilité du recours [...] que par rapport à la confirmation de la décision incidente [...]". BBB._, CCC._, DDD._, EEE._, FFF._, GGG._ ont présenté des observations; ils concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Au terme de leurs déterminations, les Copropriétaires QQ._, les Copropriétaires RR._, les Copropriétaires SS._, YY._, MM._ et consorts, NN._ et consorts, OO._, PP._ et consorts, TT._, UU._, WW._, XX._, ZZ._, LLL._ et EE._ prennent les mêmes conclusions. Les Copropriétaires F._ la Succession G._, H._, l'Association I._, J._, l'Hoirie K._, L._, M._ SA, les Copropriétaires N._, O._, la Masse en faillite P._, R._, S._, T._, U._, V._, W._, X._, Y._, Z._ et AA._, la Société Immobilière BB._, CC._, la Société immobilière DD._, EE._, FF._ et GG._ se sont déterminés; ils concluent à la confirmation de la décision attaquée. Au terme de ses observations, la Société Immobilière HH._ prend la même conclusion. LL._ "s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours [...]" et "quant à l'octroi d'une levée partielle de l'effet suspensif [...]". A._ et consorts concluent à la confirmation de la décision attaquée. L'Office fédéral des transports, les Copropriétaires E._, B._, VV._ ont expressément renoncé à se déterminer. 