Sachverhalt: A. A._ (nachfolgend: der Steuerpflichtige ) ist in U._/TG wohnhaft. Von Anfang 2001 bis Ende 2010 war er bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (nachfolgend: ESTV ) unter der Nummer xxx'xxx im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Anlass zur Eintragung gab sein Handel (ohne eigene Produktion) mit Honig, Imkereiprodukten und Blumen. Der Steuerpflichtige rechnete mit der ESTV nach der Methode der Saldosteuersätze ab. Im November 2010 unterzog die ESTV den Betrieb einer externen Kontrolle, wobei sie neben altrechtlichen Abrechnungsperioden auch das neurechtliche Steuerjahr 2010 prüfte. Die Kontrolle wurde im Januar 2011 und Februar 2012 fortgesetzt. Dabei zeigte sich, dass der Steuerpflichtige teilweise Leistungen zum Normalsatz anstatt zum reduzierten Steuersatz fakturiert hatte. In der Folge setzte die ESTV mit der "Einschätzungsmitteilung / Verfügung Nr. yyy'yyy" vom 14. März 2012 die geschuldete Steuer für das Jahr 2010 auf Fr. 4'136.-- fest und machte sie nach Anrechnung der schon bezahlten Steuern (Fr. 1'587.--) einen Betrag von noch Fr. 2'549.-- nebst Verzugszinsen geltend. Dabei wendete die ESTV - entgegen der Selbstveranlagung - zwei Saldosteuersätze an (Handel mit Blumen und Honig sowie Handel mit Imkereiprodukten). Die ESTV erwog, wenn eine steuerpflichtige Person, die mit der Methode der Saldosteuersätze abrechne, einen zu hohen Steuersatz anwende, sei gemäss Art. 27 Abs. 2 MWSTG 2009 sowie Art. 96 MWSTV 2009 - zusätzlich zu der mit dem Saldosteuersatz berechneten Mehrwertsteuer - die Differenz zwischen dem ausgewiesenen Steuersatz und dem gesetzlich geschuldeten Steuersatz nachzuversteuern. Im vorliegenden Fall wiesen die Rechnungen zwar den Normalsatz aus, die Abrechnung mit der ESTV sei aber mit dem reduzierten Satz vorgenommen worden. Dementsprechend sei die Steuersatzdifferenz nachzubelasten. B. Gegen die "Einschätzungsmitteilung / Verfügung" gelangte der Steuerpflichtige am 30. April 2012 an die ESTV, die das Schreiben als Einsprache entgegennahm und worin der Steuerpflichtige sinngemäss die Aufhebung der Einschätzungsmitteilung verlangte. Mit einem als "Einspracheentscheid" ausgestalteten Entscheid vom 2. Juli 2013 hiess die ESTV die Einsprache teilweise gut und setzte sie die geschuldete Steuer für das Jahr 2010 auf Fr. 731.35 zuzüglich Verzugszinsen fest. Dagegen erhob der Steuerpflichtige mit Eingabe vom 3. September 2013 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Er verlangte die Aufhebung des Einspracheentscheids oder eine Korrektur zu seinen Gunsten. Mit Urteil A-4949/2013 vom 12. März 2014 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen gut, hob es den "Einspracheentscheid" vom 2. Juli 2013 auf und wies es die Sache zur Neuberechnung der nachzubelastenden Steuer im Sinne der Erwägungen an die ESTV zurück. Das Bundesverwaltungsgericht kam im Wesentlichen zum Schluss, dem beweisbelasteten Steuerpflichtigen sei der strikte Beweis dafür gelungen, dass dem Bund trotz Angabe des (zu hohen) ordentlichen Steuersatzes kein Steuerausfall entstanden sei. C. Mit Eingabe vom 2. Mai 2014 erhebt die ESTV beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie ersucht um Aufhebung des angefochtenen Urteils A-4949/2013 vom 12. März 2014 und Bestätigung des Einspracheentscheides vom 2. Juli 2013. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Der Steuerpflichtige sieht von einer Beschwerdeantwort ab. 