Sachverhalt: A. Der 1964 geborene J._ meldete sich im September 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle des Kantons Aargau mit Verfügung vom 12. Februar 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 38 % einen Rentenanspruch. B. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde des J._ hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 6. Mai 2009 die Verfügung vom 12. Februar 2008 auf und sprach ihm ab 1. September 2006 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu. C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des Entscheids vom 6. Mai 2009. J._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 