Fatti: A. Nell'ambito del progetto della nuova linea ferroviaria transalpina concernente l'asse del San Gottardo, il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) ha approvato il 13 febbraio 2003 i piani relativi alla gestione del materiale riguardante la zona del portale di Bodio della galleria di base. Il progetto contemplava in particolare la formazione di un deposito intermedio per il materiale grezzo denominato "Pollegio 1". B. A._ è proprietario del fondo part. www di Pollegio, situato nelle vicinanze del cantiere e su cui sorge una casa di abitazione. In seguito all'avvio dei lavori e dopo essersi rivolto a più riprese ad AlpTransit San Gottardo SA (AlpTransit) per lamentarsi dei disagi causati dai lavori, con istanza del 24 luglio 2003 ha chiesto alla Commissione federale di stima (CFS) l'apertura di una procedura espropriativa e ha notificato una pretesa di indennità di fr. 700'000.--, oltre interessi. C. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, a dipendenza delle aumentate esigenze di deposito di materiale, nel 2004 l'impresa ferroviaria ha sottoposto per approvazione all'autorità federale la modifica di progetto "Deposito intermedio Pollegio 2", che prevedeva la realizzazione di un'ulteriore area di stoccaggio di 215'000 t sui fondi part. xxx, yyy e zzz di Pollegio. A._ si è opposto al progetto di pubblicazione, notificando pretese per le immissioni eccessive provocate dal nuovo deposito. Con decisione del 7 marzo 2006, il DATEC ha approvato i piani, imponendo ad AlpTransit una serie di oneri. D. Dopo ulteriori atti e dopo avere ammesso con decisione parziale del 14 giugno 2010 la tempestività delle pretese notificate il 24 luglio 2003, con decisione del 28 giugno 2011 la CFS ha riconosciuto ad A._ un'indennità di fr. 62'801.--, oltre interessi, per le immissioni eccessive provocate dal cantiere di Bodio sul fondo part. www di Pollegio dal 1° ottobre 2002 al 31 dicembre 2010. Gli ha inoltre riconosciuto un indennizzo di fr. 9'652.-- per le future immissioni eccessive per il periodo dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2012. E. Con sentenza del 23 maggio 2013, la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF) ha respinto un ricorso presentato da AlpTransit contro la decisione della CFS, confermando sia il carattere eccessivo delle immissioni, e quindi il riconoscimento di principio di un'indennità, sia l'ammontare di quest'ultima. F. AlpTransit impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di riformarla nel senso di negare al proprietario un'indennità espropriativa. In via subordinata, chiede che l'ammontare dell'indennità sia stabilito dal Tribunale federale secondo il suo libero apprezzamento, rispettivamente che la causa sia rinviata all'istanza inferiore per un nuovo giudizio. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 8 cpv. 1, 9 e 29 cpv. 2 Cost. G. Il TAF comunica di rinunciare a presentare osservazioni. Pure la CFS comunica di non presentare una risposta, osservando nondimeno, con riferimento alla censura di violazione del principio della parità di trattamento, che in materia di immissioni di cantiere confronti con altri casi sarebbero problematici. L'opponente chiede di respingere il gravame e di confermare la sentenza impugnata. 