Sachverhalt: A. A.a Der 1976 geborene N._ arbeitete im Bereich Organisation und Auslieferung bei der Firma P._ GmbH und war in dieser Eigenschaft bei den Winterthur Versicherungen (nunmehr AXA Versicherungen AG; nachfolgend AXA) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 26. Februar 2007 rutschte er beim Tragen eines Kartons mit Getränken auf einer Rampenkante aus und setzte stehend stark auf die schräge Bodenkonsole auf. Er verspürte sofort einen starken Schmerz im unteren Teil des Rückens. Der am 14. März 2007 aufgesuchte Dr. med. H._, Facharzt für Neurologie FMH, stellte nach Konsultation eines Computertomogramms, welches eine kleine, flache, mediane, subligamentäre Discushernie L4/L5 mit lokaler Impression des Duralsacks, jedoch ohne Nachweis einer Neurokompression zeigte, die Diagnose einer posttraumatischen Lumbago bei einer Diskushernie ohne Nervenkompression. In der Folge bestand eine Arbeitsunfähigkeit in wechselnden Graden. Mit Verfügung vom 23. Juli 2007 verneinte die AXA ihre Leistungspflicht mit der Begründung, die Beschwerden in Form einer Lumbago und die diagnostizierte Diskushernie seien nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf das Ereignis vom 26. Februar 2007 zurückzuführen. Auf Einsprache hin bejahte die Unfallversicherung ihre Leistungspflicht mit Entscheid vom 28. November 2007 für die Zeit vom 26. Februar bis 31. Mai 2007; dies mit der Begründung, die Diskushernie sei zwar nicht durch den Unfall verursacht, indessen symptomatisch geworden. Diese Symptomatik sei nach Ablauf von längstens drei Monaten als verselbständigt zu betrachten, womit der Status quo sine erreicht sei und der natürliche Kausalzusammenhang entfalle. Der Einspracheentscheid wurde rechtskräftig. A.b Mit Eingabe vom 4. Februar 2008 ersuchte N._ um prozessuale Revision des Einspracheentscheides vom 28. November 2007. Er berief sich auf einen Arztbericht des Dr. med. E._, Facharzt für orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates FMH, vom 1. Februar 2008, worin dieser die Diagnose einer interspinalen Traumatisierung L4/5 bei Kontusion in Hyperextension am 26. Februar 2007 stellte. Die ursprüngliche Diagnose der behandelnden Ärzte und damit auch die angewendeten Therapien seien nicht richtig gewesen. Die AXA trat auf das Revisionsgesuch mit Verfügung vom 19. Februar 2008 nicht ein, da ihres Erachtens keine neuen erheblichen Tatsachen vorlägen. B. Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt hiess die gegen die Verfügung vom 19. Februar 2008 erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 26. März 2009 in dem Sinne gut, als es die Unfallversicherung anwies, auf das Gesuch um prozessuale Revision einzutreten und die Sache im Sinne der Erwägungen weiter abzuklären. C. Die AXA führt gegen den kantonalen Entscheid Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt dessen Aufhebung. N._ und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf Vernehmlassung. 