Faits: A. En 1999, le gouvernement de l'Etat de Rio de Janeiro a constitué une nouvelle entité de contrôle fiscal des grandes sociétés sises sur son territoire, soit l'Inspectorat des grands contribuables, qui était dirigé par A._ et chargé du redressement fiscal desdites entreprises, comprenant tant l'encaissement des impôts soustraits que les amendes y relatives. Cette structure rapportait plus de 80 % de la recette fiscale de l'Etat précité. Bien que l'inspectorat des grands contribuables dépendît de la Surintendance de l'inspection, A._ rapportait directement à l'échelon hiérarchique supérieur, soit au Sous-secrétaire adjoint de l'Administration des finances de l'Etat de Rio de Janeiro, à savoir B._. A._ et B._, amis de longue date, ont mis en place un système pour obtenir des sociétés inspectées qu'elles versassent des pots-de-vin en échange d'arrangements sur les amendes et redressements à encaisser par l'administration. En bref, les deux hommes décidaient des sociétés à inspecter et le service de planification établissait un plan des inspections. Un inspecteur se rendait dans les locaux de l'entreprise et lui demandait de produire divers documents, à bref délai, sous peine d'amende. La brièveté du délai imparti avait pour but et conséquence de mettre l'entreprise dans l'impossibilité de l'observer, ce qui entraînait une série d'amendes et, avec la mise sous pression de la société, créait les conditions utiles au chantage. Apparaissait alors un intermédiaire étranger à l'administration fiscale, venant proposer à la société un accord de clôture d'inspection et/ou de remise finale d'amende contre paiement d'un pot-de-vin. Par l'acceptation de cet accord, l'entreprise voyait l'inspection clôturée, ce qui lui permettait, d'une part, d'éviter de payer de nouvelles amendes et, d'autre part, d'échapper à un redressement fiscal plus important. B._ a transféré, par le biais des services d'un changeur, l'argent issu du système de corruption exposé ci-dessus sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, dissoute sans liquidation le 26 juin 2002, la banque E._ en ayant repris l'actif et le passif. B. Par arrêt du 18 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné plusieurs employés de la banque D._, leur reprochant d'avoir blanchi l'argent de plusieurs fonctionnaires brésiliens dont B._. Elle a également prononcé la confiscation, au préjudice de ce dernier, des valeurs patrimoniales au crédit du compte n° xxx dont le prénommé est titulaire auprès de la banque E._. Elle l'a enfin condamné au paiement d'un dixième des frais de la cause arrêtés en totalité à 10'000 fr. C. B._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu à l'annulation de la confiscation prononcée à son encontre et de sa condamnation au paiement d'une partie des frais de la cause. A titre préalable, il a requis l'effet suspensif et demandé à ce qu'il soit constaté que la République fédérale du Brésil n'a pas la qualité de partie civile. 