Sachverhalt: A. Y._ (geb. 1974) stammt aus Algerien. Er hielt sich vom 14. Februar 2000 bis 6. Februar 2003 im Rahmen eines Asylverfahrens in der Schweiz auf. Am 10. März 2004 wurde ihm im Kanton Schwyz eine bis zum 17. Juni 2004 gültige Kurzaufenthaltsbewilligung zur Vorbereitung der Heirat mit einer als Flüchtling anerkannten, hier aufenthaltsberechtigten türkischen Staatsangehörigen erteilt. Seit März 2005 verfügt Y._ über eine Aufenthaltsbewilligung. Am 20. Mai 2008 wurde den Eheleuten gestattet, getrennt zu leben. Mit Urteil vom 24. Januar 2011 schied das Bezirksgericht Pfäffikon die Ehe und stellte die gemeinsame Tochter A._ (geb. 2003) unter die Sorge der Mutter. Dem Vater sprach es ein Besuchsrecht im üblichen Umfang zu. B. B.a Am 15. Juli 2011 heiratete Y._ seine Landsfrau X._ (geb. 1977), die sich mit einem für 90 Tage gültigen Besuchervisum ("Schengenvisum") ab dem 11. Juni 2011 in der Schweiz aufhielt. Am 18. Juli 2011 ersuchte X._ das Migrationsamt des Kantons Zürich darum, ihr eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei ihrem Gatten zu erteilen. Das Migrationsamt wies sie am 2. September 2011 aus dem Schengenraum weg: Entgegen dem ursprünglichen Aufenthaltszweck ("Visite familiale/amicale") strebe sie nunmehr eine dauerhafte Anwesenheit an, weshalb die Einreisevoraussetzungen nicht mehr erfüllt seien; sie habe das Land bzw. den Schengenraum zu verlassen und den Ausgang des Bewilligungsverfahrens im Ausland abzuwarten. Ihr Gesuch werde erst danach bearbeitet. B.b Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich bestätigte diese Verfügung am 19. September 2011. X._ müsse den Bewilligungsentscheid im Ausland abwarten, da nicht gesagt werden könne, dass sie die Zulassungsvoraussetzungen offensichtlich erfülle (vgl. Art. 17 Abs. 2 AuG [SR 142.20]). Ihr Partner sei zwar nun erwerbstätig, zuvor habe er aber oft die Stelle gewechselt und sei längere Zeit arbeitslos gewesen. Überdies habe seine Familie früher von der Sozialhilfe unterstützt werden müssen. B.c Y._ und X._ gelangten hiergegen an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Der Präsident von dessen 4. Abteilung wies am 4. Oktober 2011 das mit der Beschwerde verbundene Gesuch um aufschiebende Wirkung ab, da die Einreise unrechtmässig erfolgt sei (Bindung an den Visumszweck) und eine Anwesenheit während des Bewilligungsverfahrens nach der Praxis des Verwaltungsgerichts nur bei einer rechtmässigen Einreise infrage komme. B.d Mit Urteil vom 9. Januar 2012 wies das Bundesgericht die von Y._ und X._ hiergegen eingereichte Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 2D_58/2011). Es behandelte die Eingabe als subsidiäre Verfassungsbeschwerde, da von den Betroffenen nicht dargetan worden war, dass und inwiefern ein Anspruch auf die beantragte Bewilligung bestand (Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG). Ob die Auslegung des Abteilungspräsidenten des Verwaltungsgerichts inhaltlich richtig sei, woran gezweifelt werden könne, werde durch die Vorinstanz in ihrem Sachentscheid zu beurteilen sein, ebenso die Problematik, ob das Bewilligungsverfahren gestützt auf Art. 17 Abs. 1 AuG habe gestoppt werden dürfen, bis die gesuchstellende Person das Land den visumsrechtlichen Vorgaben entsprechend tatsächlich verlassen habe. B.e Am 25. Januar 2012 bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Auffassung seines Präsidenten: Da X._ die Behörden über den wahren Zweck ihres Aufenthalts getäuscht und mit falschen Angaben ein Visum erschlichen habe, sei ihre Einreise und ihr Aufenthalt rechtswidrig gewesen. Sie könne sich deshalb nicht darauf berufen, dass die zuständige Behörde bei offensichtlich erfüllten Zulassungsvoraussetzungen befugt sei, den Aufenthalt während des Bewilligungsverfahrens nach pflichtgemässem Ermessen provisorisch zu erlauben (Art. 17 Abs. 2 AuG). Im Übrigen erscheine der Entscheid der Sicherheitsdirektion auch bei einer Anwendung der entsprechenden Regelung nicht unhaltbar. C. X._ und Y._ beantragen vor Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und das Migrationsamt anzuweisen, die Sistierung des Bewilligungsverfahrens aufzuheben, das Gesuch von X._ zu behandeln und dieser zu gestatten, den Ausgang des Verfahrens in der Schweiz abzuwarten. Eventuell sei die Sistierung aufzuheben und das Migrationsamt anzuweisen, innert zwei Monaten zu entscheiden und X._ zu bewilligen, noch 55 Tage (Restzeit ihres Schengenvisums) in der Schweiz zu verbleiben. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich und das Bundesamt für Migration beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Rechtsvertreterin von X._ und Y._ hat am 4. Juli 2012 die Geburtsurkunde von deren Sohn Z._ (geb. ... 2012) nachgereicht. D. Der Abteilungspräsident legte der Eingabe am 1. März 2012 aufschiebende Wirkung bei. 