Faits: A. La société à responsabilité limitée de droit néerlandais X._ (ci-après: X._ ou la Société), dont le but est l'achat, la vente, la commercialisation et le courtage de matières premières, en particulier le pétrole brut, le gaz naturel et leurs dérivés, a son siège social à Rotterdam, aux Pays-Bas. Depuis le 23 mai 2003, elle a transféré ses bureaux à Curaçao. X._ est détenue par la société X._ Trading Group (Curaçao), elle-même détenue par le groupe X._, dont le siège social se trouve à Tortola (Îles Vierges britanniques) et qui comprend quelque 120 sociétés actives sur trois continents. En juin 1989, X._ a fait inscrire au registre du commerce de Genève une succursale sous le nom de "X._, Rotterdam, succursale de Genève" (ci-après: X._, succursale de Genève ou la Succursale), dont le but était d'acheter, vendre, échanger dans le domaine des matières premières, en particulier en rapport avec l'énergie, notamment du pétrole brut, du gaz et tous les produits dérivés. Jusqu'en 1999, X._, succursale de Genève a fourni en fait des services aux sociétés membres du groupe X._. En mai 2003, elle a changé sa raison sociale en "X._, Curaçao, succursale de Genève". Conformément au courrier de l'Administration fiscale genevoise du 26 février 2001, depuis la période fiscale 2001 et pour une durée de cinq ans, X._, succursale de Genève est au bénéfice des règles d'imposition cantonales relatives aux sociétés auxiliaires, de sorte que les dividendes et autres produits de participations qui ont nature de distribution de bénéfices sont exemptés de l'impôt sur le bénéfice. La société U._ SA à Genève a été créée en 1986. En 1988, elle a été achetée par X._, grâce à un prêt du groupe X._, pour le prix - correspondant aux fonds propres de U._ SA à l'époque - de 1'324'514 fr.; elle a été inscrite au registre du commerce sous le nom de S._ SA (ci-après: S._ ou la Filiale). Par décision du 4 mars 1997, le conseil d'administration de X._ a attribué l'entier du capital-actions de S._ à X._, succursale de Genève. La participation apparaît dans les bilans de X._, succursale de Genève depuis cette date. De 1989 à 1999, ayant transféré ses activités de services et son personnel à X._, succursale de Genève, S._ a eu pour seule activité l'octroi d'un prêt à celle-ci, qui s'élevait au 31 décembre 1999 au moment de son remboursement à 2'789'425 fr. Les intérêts de ce prêt s'élevaient à 76'260 fr. en 1996, 65'570 fr. en 1997, à 72'180 fr. en 1998 et à 61'065 fr. en 1999. Elle a ainsi réalisé un chiffre d'affaires de 77'810 fr. en 1997, de 82'421 fr. en 1998 et de 91'065 fr. en 1999. Son bénéfice reporté s'élevait à 2'059'701 fr. au 31 décembre 1997, à 2'119'676 fr. au 31 décembre 1998, à 2'155'718 fr. au 31 décembre 1999, à 2'512'324 fr. au 31 décembre 2000. X._, succursale de Genève a été assujettie aux impôts directs cantonal et communal. Par convention du 31 décembre 1999, S._ a repris une partie des activités et du personnel de X._, succursale de Genève. Depuis cette date, S._, qui s'est installée dans les locaux de X._, succursale de Genève, qu'elle lui loue, rend des prestations de services internes (en matière comptable, fiscale, informatique, légale, d'audit et de gestion des ressources humaines) aux sociétés membres du groupe X._ (selon nouvelle inscription au registre du commerce), en particulier à X._, succursale de Genève. B. Par décision du 23 décembre 2002, l'Assemblée générale de S._ a distribué à X._, succursale de Genève un dividende brut de 2'155'000 fr., échu à la même date, qu'elle a déclaré le 10 janvier 2003 à l'Administration fédérale des contributions au moyen du formulaire n° 103. Le montant de l'impôt anticipé s'élevait à 754'250 fr. Le solde de 1'400'750 fr. a été versé sur le compte de X._, succursale de Genève. Le 15 janvier 2003, X._, succursale de Genève a adressé à l'Administration fédérale des contributions le formulaire n° 25 sollicitant le remboursement de l'impôt anticipé de 754'250 fr. Par courrier du 12 mai 2003, l'Administration fédérale des contributions a refusé le remboursement. Il appartenait à X._ d'exercer le droit au remboursement, la participation dans S._ n'étant pas objectivement attribuable à la succursale de Genève. Par décision du 6 avril 2004, après un important échange de correspondances avec X._, succursale de Genève, l'Administration fédérale des contributions a rejeté la demande de remboursement de l'impôt anticipé; les conditions de l'art. 24 al. 2 et 3 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21) n'étaient remplies. Le 14 mai 2004, X._, succursale de Genève a déposé une réclamation contre la décision rendue le 6 avril 2004. Elle fondait son droit au remboursement de l'impôt anticipé sur les art. 9 al. 1, 24 al. 2 et 3 LIA, l'absence d'intention d'éluder l'impôt au sens de l'art. 21 al. 2 LIA et la clause de non discrimination de l'art. 10 § 3 de la convention du 12 novembre 1951 entre la Confédération suisse et le Royaume des Pays-Bas en vue d'éviter les doubles impositions dans le domaine des impôts sur le revenu et la fortune (convention de double imposition avec les Pays-bas ou CDI-NL; RS 0.672.963.61). Par décision du 28 octobre 2005, l'Administration fédérale des contributions a rejeté la réclamation. La question de l'existence d'une activité au siège de X._ aux Pays-Bas pouvait demeurer ouverte (décision sur réclamation, consid. 7.1). Dans l'application de l'art. 24 al. 3 LIA, il suffisait de constater que la participation dans S._ n'était pas objectivement attribuable à X._, succursale de Genève et que cette dernière voulait éluder l'impôt, ce qui justifiait le refus de remboursement. Le 30 novembre 2005, X._, succursale de Genève a interjeté recours contre la décision du 28 octobre 2005 auprès de la Commission fédérale de recours en matière d'impôts. Elle fondait à nouveau son droit au remboursement de l'impôt anticipé de 754'250 fr. sur les art. 24 al. 2 et 3 LIA et l'absence d'intention d'éluder l'impôt. C. Par arrêt du 5 juin 2007, le Tribunal administratif fédéral, qui a succédé à la Commission fédérale de recours en matière d'impôts dès le 1er janvier 2007, a jugé que "le recours formé par X._, Curaçao (anciennement X._, Rotterdam), représentée par la succursale X._, Curaçao, succursale de Genève (X._, Rotterdam, succursale de Genève) était partiellement admis au sens des considérants, la cause étant renvoyée à l'Administration fédérale des contributions pour nouvelle décision"; il a en outre mis 6'000 fr. de frais de procédure à la charge de la recourante et lui a alloué une indemnité à titre de dépens de 3'500 fr. à charge de l'Administration fédérale des contributions. Il a laissé ouverte la question de la qualité pour recourir de X._, succursale de Genève , considérant qu'elle pouvait recourir pour le compte de X._. Sur le fond, X._ ne pouvait être assimilée à une société ayant son siège en Suisse au sens de l'art. 24 al. 2 LIA. Les conditions du remboursement prévues par l'art. 24 al. 3 LIA n'étaient pas remplies. S._ ayant rendu des services non seulement à X._, succursale de Genève mais également à des tiers et aux sociétés membres du groupe X._, la participation dans S._ ne pouvait pas être considérée comme appartenant à la fortune d'exploitation de la Succursale. L'opération constituait en outre une évasion fiscale. Enfin, même si l'intéressée n'avait déposé que le formulaire n° 25 (pour requérants domiciliés en Suisse), l'Administration fédérale des contributions avait fait preuve de formalisme excessif en limitant son examen au droit interne. Elle aurait dû examiner d'office si le remboursement pouvait être accordé en application de la convention de double imposition avec les Pays-bas. Il convenait donc de renvoyer l'affaire à l'Administration fédérale des contributions afin qu'elle examine cet aspect et rende une nouvelle décision. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public (2C_333/2007) du 6 juillet 2007, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt du 5 juin 2007 en tant qu'il lui renvoie la cause pour nouvelle décision au sens des considérants et met une indemnité de partie de 3'500 fr. à sa charge. Elle se plaint de la constatation inexacte et incomplète des faits, ce qui aurait conduit le Tribunal administratif fédéral à considérer que X._ n'avait pas renoncé à se prévaloir de la convention de double imposition avec les Pays-bas pour obtenir le remboursement de l'impôt anticipé. Un renvoi du dossier ne se justifiait donc pas. Agissant également par la voie du recours en matière de droit public (2C_407/2007) du 16 août 2007, X._, représentée par sa succursale X._, succursale de Genève, demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, en premier lieu, d'annuler l'arrêt rendu le 5 juin 2007 par le Tribunal administratif fédéral en tant qu'il refuse le remboursement de l'impôt anticipé et constate l'intention d'éluder l'impôt puis d'ordonner le remboursement de 754'250 fr. Elle se plaint de la violation des art. 21 al. 2 et 24 al. 3 LIA ainsi que de l'art. 10 al. 3 CDI-NL. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours n° 2C_407/2007 sous suite de frais. X._, représentée par X._, succursale de Genève, conclut sous suite de frais et dépens, à la jonction des causes 2C_333/2007 et 2C_407/2007, au rejet du recours 2C_333/2007 et au remboursement de 754'250 fr. 