Faits: A. C._, née le 17 décembre 1997, est l'enfant hors mariage de dame B._ et de A._; mère et fille sont de nationalité polonaise. Depuis la naissance, l'autorité parentale sur l'enfant appartient exclusivement à la mère. Depuis 2002, les parents entretiennent des relations conflictuelles quant à leur fille; ils ont déposé plusieurs requêtes devant les autorités tutélaires du canton de Genève; une curatelle d'assistance éducative, exercée par le Service de protection des mineurs (ci-après: SPMi), a été mise en place. B. Par décision du 6 avril 2006, l'Autorité de surveillance des tutelles du canton de Genève a retiré à dame B._ la garde de l'enfant et l'a attribuée au père, réservé à la prénommée un droit de visite à exercer un week-end sur deux et durant la moitié des vacances scolaires, confirmé la curatelle de surveillance des relations personnelles, étendu le mandat du tuteur au choix de l'école et du pédopsychiatre de l'enfant et restreint dans cette mesure l'autorité parentale de la mère. Le 29 septembre 2006, le Tribunal fédéral a rejeté les recours formés par dame B._ contre cette décision. C. C.a Le 24 décembre 2007, la mère s'est établie officiellement à D._ dans le canton de Berne, où elle avait déjà précédemment vécu. C.b Le 26 janvier 2008, à la suite d'une fugue, C._, qui était scolarisée depuis le début de l'année à l'Institut E._ à F._ (Vaud), a été accueillie dans le foyer d'urgence X._, situé près de D._. Saisi la veille d'une requête de mesures de protection urgentes de la mère, l'Autorité tutélaire de D._ a, le 28 janvier suivant, transmis la cause aux autorités tutélaires genevoises; elle a exposé qu'elle n'avait aucune connaissance du dossier relatif à l'enfant concerné et que, vu la nature des mesures à prendre, la complexité de l'affaire et l'intervention préalable des autorités tutélaires genevoises, ces dernières pouvaient prendre rapidement les mesures de protection nécessaires. C.c Par "clause péril" du 8 février 2008, le SPMi genevois a provisoirement retiré au père le droit de garde et décidé de maintenir le placement de la fillette au foyer X._. Il a considéré que l'enfant avait besoin d'être préservée des incessants conflits parentaux et que seule cette structure pouvait lui offrir la protection requise, ce qui excluait qu'elle le quitte pour passer des vacances avec son père, comme celui-ci en avait manifesté l'intention. Le 26 février 2008, ce service a rendu un rapport circonstancié faisant état de nombreux incidents survenus au cours de l'année 2007, qui attestaient la persistance du conflit aigu existant entre les parents, lesquels utilisaient leur fille l'un contre l'autre; il a conclu à la ratification de la clause péril ainsi qu'à la confirmation du placement dans le foyer et, au fond, à ce qu'une expertise soit ordonnée pour déterminer le lieu de vie adéquat pour l'enfant et les modalités des relations avec les parents. Le 1er mars 2008, les responsables de l'établissement X._ ont indiqué que la fillette était gravement mise en danger par le conflit de loyauté et les conflits permanents auxquels elle était exposée depuis des années au sein du système familial; ils ont estimé qu'un retour chez l'un ou l'autre des parents n'était pas envisageable. Par ordonnance du 10 mars 2008, le Tribunal tutélaire a ratifié la décision de clause péril du 8 février précédent, maintenu le placement provisoire dans l'établissement précité jusqu'à nouvelle décision de l'autorité compétente, fixé provisoirement le droit de visite du père et de la mère, à l'exclusion de toute autre personne, à raison de deux heures par semaine chacun, dans le cadre du foyer et s'est, pour le surplus, déclaré incompétent à raison du lieu pour statuer au fond. C.d Par la suite, les autorités tutélaires genevoise et bernoise ont échangé une correspondance soutenue au sujet de la gestion du dossier. En particulier, par courrier du 15 juillet 2008, l'Autorité tutélaire de D._ a évoqué ses doutes sur la question de la titularité de l'autorité parentale et qualifié la situation de trop complexe pour une reprise immédiate du dossier; elle a toutefois approuvé les diverses décisions urgentes prises par le Tribunal tutélaire, respectivement par le SPMi, genevois. Le 30 juillet 2008, puis le 14 août suivant, elle a maintenu sa position, considérant qu'au vu de la situation juridique peu claire de l'enfant, le Tribunal tutélaire genevois devait assumer la gestion du dossier. Le 22 août 2008, elle a refusé de donner suite à une requête de placement de l'enfant au foyer X._ que lui adressait le SPMi de Genève. D. D.a Par décision du 22 août 2008, faisant à nouveau application de la clause péril dans l'attente d'une décision judiciaire du tribunal compétent sur le futur lieu de vie de l'enfant, le SPMi genevois a réitéré le retrait de la garde au père et confirmé le placement au foyer X._ au terme des vacances d'été, ainsi que les modalités du droit de visite précédemment prévues. Le 4 septembre suivant, toujours dans le cadre de la clause péril, il a modifié le lieu de placement en désignant l'internat G._ à D._. D.b Par ordonnance du 27 octobre 2008, le Tribunal tutélaire du canton de Genève a ratifié la décision de clause péril du 4 septembre 2008 (celle du 22 août qui portait sur une durée limitée, soit jusqu'à la rentrée scolaire, étant devenue sans objet), maintenant ainsi la mesure de retrait du droit de garde et le placement à G._, et réservé aux parents un droit de visite d'une journée par quinzaine chacun de 10 heures à 18 heures ainsi que pendant la moitié des vacances scolaires. Il a en outre invité l'Autorité tutélaire de D._ à accepter en son for les mesures ainsi prises. D.c Le 3 novembre 2008, le SPMi a informé le tribunal tutélaire d'une détérioration de la situation de la jeune fille, laquelle refusait de rencontrer son père en raison des pressions exercées par celui-ci, des propos inadéquats qu'il lui tenait et de la tension qui en découlait pour elle. Il a également mentionné que le directeur de l'internat avait tenté d'intervenir comme médiateur, mais sans succès, le père cherchant par tous les moyens à entrer en contact avec sa fille. Il a enfin demandé qu'une décision soit prise en vue d'un placement de cette dernière pendant la fermeture de l'établissement scolaire. Considérant qu'aucun fait nouveau n'était intervenu depuis son ordonnance du 27 octobre précédent, le tribunal a invité le service à recourir contre son prononcé. D.d Statuant le 4 décembre 2008 sur les recours de A._ et du SPMi, l'Autorité de surveillance du canton de Genève a annulé l'ordonnance du Tribunal tutélaire du 27 octobre précédant. Elle lui a renvoyé la cause pour complément d'instruction et nouvelle décision. Elle a jugé en bref qu'il fallait entendre l'enfant, qui était manifestement prise dans un conflit de loyauté particulièrement aigu et persistant, et organiser sa prise en charge durant les fêtes de fin d'année. D.e Le 18 décembre 2008, après audition de la fillette, statuant à nouveau sur l'ensemble des points concernés, le Tribunal tutélaire a ratifié la décision de clause péril du 4 septembre précédent et maintenu le retrait du droit de garde du père ainsi que le placement à G._. Il a par ailleurs suspendu provisoirement le droit de visite du père, réservé celui de la mère à raison d'une journée par quinzaine de 10 heures à 18 heures ainsi que pendant les vacances de fin d'année, soit du 5 décembre 2008 au 4 janvier 2009, invité l'Autorité tutélaire de D._ à accepter en son for la mesure de retrait de la garde ainsi que les mesures de curatelle instaurées et déclaré exécutoires nonobstant recours les chiffres du dispositif relatifs au droit de visite des parents. D.f Sur recours de A._, l'Autorité de surveillance des tutelles a, le 27 février 2009, confirmé cette ordonnance et décidé de la gratuité de la procédure. En bref, elle a jugé douteuse la recevabilité des conclusions du recourant tendant à une instruction complémentaire, notamment à l'établissement d'une nouvelle expertise psychiatrique. En effet, il apparaissait que le Tribunal tutélaire et partant, elle-même, n'étaient intervenus que pour pallier l'inaction de l'autorité compétente à raison du lieu, quand bien même la compétence de cette dernière était manifeste; il n'était dès lors plus question de retarder encore plus la reprise du dossier par l'Autorité tutélaire de D._. S'agissant de la garde, l'autorité cantonale a considéré que, depuis de nombreuses années, la fillette était l'otage d'un conflit parental aigu, dont on ne voyait pas l'issue. Ainsi, la solution adoptée le 6 avril 2006 ne s'était pas avérée concluante, le père se montrant incapable de tenir compte de la situation psychologique de sa fille. Si la fugue ne pouvait justifier à elle seule une mesure aussi radicale qu'un retrait de la garde, les différents rapports du foyer X._, où l'enfant avait résidé la première partie de l'année 2008, attestaient de manière indiscutable la nécessité absolue et urgente de protéger la fillette des tensions auxquelles elle était exposée en permanence au contact de ses parents, en particulier de son père. L'enfant, qui se trouvait maintenant en âge de préadolescence et qui avait déjà subi de nombreux bouleversements dans sa vie, devait impérativement pouvoir se concentrer, dans le calme et dans un milieu neutre, sur sa scolarité. L'expertise de famille entreprise en 2005 avait en effet déjà mis en évidence des troubles inquiétants chez cette fillette et il était à craindre que son développement ne soit encore plus gravement mis en danger si la pression familiale devait perdurer. L'autorité de surveillance a enfin retenu que les relations personnelles entre la mère et la fille n'étaient pas litigieuses. En effet, celle-là avait visiblement réussi à accepter, dans l'intérêt évident de son enfant, de ne voir celle-ci que selon des modalités extrêmement limitées, du moins durant les périodes de scolarité, ce qui devait être considéré comme très positif. Il n'en allait pas de même en ce qui concernait les relations entre le père et sa fille. L'audition de cette dernière par le tribunal tutélaire, de même que les rapports du SPMi, montraient qu'en l'état, même des contacts très espacés et brefs constituaient une source d'angoisse considérable pour la jeune fille qui se sentait mise sous pression et qui souffraient manifestement du fait que les rencontres avec son père ne lui procuraient aucune détente. Dès lors que C._, jusqu'à un passé récent avait su exprimer son attachement à ses deux parents, ce qui montrait que le conflit parental ne l'avait pas empêchée d'entretenir des relations avec l'un ou l'autre, il se justifiait de respecter dorénavant sa demande clairement exprimée de se préserver, en prenant ses distances, de toutes nouvelles contrariétés ou pressions de la part de son père. L'ordonnance entreprise était d'autant moins critiquable que le Tribunal tutélaire avait tout tenté pour préserver un minimum de relations entre le père et sa fille, mais avait dû se rendre à l'évidence que même quelques heures, deux fois par mois, étaient de trop, ce d'autant plus que l'appelant n'était même pas disposé à collaborer avec l'établissement scolaire, malgré les efforts entrepris afin de trouver un modus vivendi acceptable. La situation nécessitait, du moins provisoirement, dans l'intérêt supérieur de l'enfant, la suppression totale du droit de visite du père. L'autorité cantonale a enfin précisé que, la jeune fille étant scolarisée dans le canton de Berne depuis maintenant plus d'une année, il devenait urgent que l'autorité tutélaire compétente se saisisse du dossier et reprenne l'instruction de la cause, notamment en procédant à l'audition des deux parents, en s'assurant du suivi psychologique de la fillette, en s'enquérant de sa situation scolaire et en examinant si, et selon quelles modalités, des relations personnelles entre l'appelant et sa fille pouvaient être rétablies. E. Dans une même écriture qu'il intitule "recours constitutionnel et recours civil", A._ exerce un recours au Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à ce qu'il soit réintégré sans délai dans son droit de garde sur son enfant conformément à la décision de l'Autorité de surveillance des tutelles du 6 avril 2006, que sa fille soit inscrite immédiatement à l'école E._, à F._, au lieu de l'école G._, à D._, et à ce que l'intimée et le SPMi soient déboutés de toutes autres conclusions. Il demande, subsidiairement, l'inscription de l'enfant à l'école H._, à Z._, et l'octroi d'un droit de visite aux parents à exercer à raison d'un week-end par quinzaine chacun, de la fin des cours le vendredi à la reprise le lundi matin, ainsi que pendant la moitié des vacances scolaires. L'autorité cantonale et l'intimée n'ont pas été invitées à répondre. 