Sachverhalt: A. Der 1963 geborene V._ verunfallte am 4. Mai 2002 als Lenker eines vor einem Rotlicht angehaltenen Personenwagens bei einer Auffahrkollision. Am 29. Januar 2003 meldete er sich unter Hinweis auf ein bei dem Unfall erlittenes Schleudertrauma der Halswirbelsäule bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich klärte den medizinischen und erwerblichen Sachverhalt ab. Nach Einholung eines Gutachtens der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) des Spitals X._ (vom 18. Juli 2006) und nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren verneinte sie mit Verfügung vom 3. März 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 30 % den Anspruch auf eine Invalidenrente. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 26. Januar 2009 ab. C. V._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten; er beantragt Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie Zusprechung einer Invalidenrente auf der Grundlage eines Invaliditätsgrades von mindestens 40 %; zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung. 