Sachverhalt: A. Die 1954 geborene D._, Mutter eines 1976 geborenen Sohnes, ist seit 1979 verwitwet. Seit 1. April 2003 ist sie bei der Migros als Reinigungsmitarbeiterin angestellt. Im Oktober 2009 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau klärte die medizinischen und erwerblichen Verhältnisse ab und führte eine Haushaltabklärung durch (Bericht vom 30. Juli 2010). Mit Vorbescheid vom 2. Februar 2011 stellte sie die Verneinung des Rentenanspruchs in Aussicht. Daran hielt sie mit Verfügung vom 4. Oktober 2011 fest (ermittelter Invaliditätsgrad: 26 %). B. Mit Entscheid vom 25. September 2012 wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau die hiegegen erhobene Beschwerde ab und überband D._ die Gerichtskosten. C. D._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag auf Aufhebung des kantonalen Entscheides und Zusprechung einer Invalidenrente oder Rückweisung an das kantonale Gericht zu weiteren medizinischen Abklärungen und neuem Entscheid. Während die Vorinstanz und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf Vernehmlassung verzichten, schliesst die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde. 