Sachverhalt: A. X._ wurde mit Verfügung des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich vom 7. Mai 2008 in Untersuchungshaft gesetzt. Mittlerweile befindet er sich in Sicherheitshaft. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte ihn am 25. März 2009 wegen gewerbsmässigen Betrugs und Nötigung zu einer Freiheitsstrafe von 24 Monaten, wobei 12 Monate als unbedingt und 12 Monate als bedingt vollziehbar ausgesprochen wurden. Vom Vorwurf der mehrfachen Urkundenfälschung wurde er freigesprochen. Gleichentags wurde mit Präsidialverfügung die Fortführung der Sicherheitshaft bis zum möglichen Strafantritt, längstens jedoch bis zum 5. Mai 2009 angeordnet. Am 26. März 2009 legte die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat Berufung gegen das Urteil des Bezirksgerichts ein. Am 5. Mai 2009 verfügte sie, dass der Angeschuldigte vorläufig festgenommen bleibe und beantragte dem Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich die Fortführung der Sicherheitshaft. Mit Verfügung vom 7. Mai 2009 leistete der Haftrichter dem Antrag der Staatsanwaltschaft Folge. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 14. Mai 2009 beantragt die Rechtsvertreterin von X._ im Wesentlichen, die Verfügung des Haftrichters vom 7. Mai 2009 sei aufzuheben und X._ sei aus der Haft zu entlassen. Eventualiter seien Ersatzmassnahmen anzuordnen. Mit Schreiben vom 13. Mai 2009 hatte X._ selbst Beschwerde erhoben, diese jedoch für den Fall, dass seine Rechtsvertreterin in seinem Namen ein Rechtsmittel einlegen würde, als unbeachtlich bezeichnet. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat beantragt die Abweisung der Beschwerde. Mit Schreiben vom 21. und 27. Mai 2009 nahmen der Beschwerdeführer und in seinem Namen seine Rechtsvertreterin erneut Stellung. 