Sachverhalt: A. Die X._ AG (Klägerin) hat Sitz in B._ und betreibt eine Seilfabrik. A._ (Beklagter) ist Inhaber der vorliegend im Streit stehenden Immaterialgüterrechte. So lautet die Registrierung der Marke "Comcord" auf seinen Namen. Der Beklagte führte seine Geschäftstätigkeit über die Einzelfirma Y._ und gründete im September 1999 für die Herstellung sowie den Handel mit Kommunikationssystemen die Z._ AG, über die zwischenzeitlich der Konkurs durchgeführt wurde. Von 1998 bis am 22. Januar 2001 bestand zwischen den Parteien eine Zusammenarbeit im Hinblick auf die Entwicklung, die Herstellung und den Vertrieb eines mobilen Kommunikationssystems für Personengruppen, wie z.B. für Feuerwehren. B. B.a Die Klägerin stellte mit Klage vom 11. April 2001 an das Handelsgericht des Kantons St. Gallen folgende Rechtsbegehren: 1. Das schweizerische Patent Nr. xxx sei als ungültig zu erklären. 2. Der Beklagte sei zu verpflichten, die schweizerische Marke 468'882 "Comcord" auf die Klägerin zu übertragen. 3. Eventuell, für den Fall der Abweisung des Rechtsbegehrens 2, sei festzustellen, dass die Klägerin an der schweizerischen Marke 468'882 "Comcord" ein Weiterbenützungsrecht gemäss Art. 14 MSchG besitzt. Der Beklagte anerkannte das Klagebegehren 1. Im Übrigen schloss er auf Abweisung der Klage und erhob Widerklage mit folgenden Anträgen: 1. Es sei der Widerbeklagten, unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Haft oder Busse wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung i.S.v. Art. 292 StGB im Widerhandlungsfalle und unter Androhung der Zwangsvollstreckung zu verbieten, (a) das Zeichen "Comcord" zur Kennzeichnung von mobilen Kommunikationssystemen, Rettungsapparaten oder -instrumenten, elektronischen Schaltungen oder auf andere Weise im Geschäftsverkehr, insbesondere in Werbung auf Geschäftspapier oder im Zusammenhang mit elektrotechnischen Beratungen bzw. Wartungs- und Reparaturdienstleistungen für die vorgenannten Gegenstände, zu nutzen oder nutzen zu lassen; (b) unter der Bezeichnung "Comcord" mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen in die Schweiz einzuführen, hier in Verkehr zu bringen oder anzubieten oder zu diesem Zwecke zu lagern. 2. Es seien mit der Bezeichnung "Comcord" versehene mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen, die sich im Besitz der Widerbeklagten befinden, gemäss Art. 57 MSchG einzuziehen und die unzulässige Kennzeichnung unkenntlich zu machen oder die Gegenstände zu vernichten. 3. Die Widerbeklagte sei zu verpflichten, dem Widerkläger darüber Auskunft zu erstatten, in welchem Umfang (Anzahl Gegenstände, Liefermengen, Preise, Rabatte) und an welche Personen widerrechtlich mit der Bezeichnung "Comcord" versehene mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen, deren Zubehör und Prospekte in der Zeitperiode seit dem 1. Januar 2001 in Verkehr gebracht oder angeboten wurden. 4. Die Widerbeklagte sei, nach Wahl des Widerklägers und aufgrund des Beweisverfahrens, zu verpflichten, (a) entweder dem Widerkläger den mit dem Vertrieb von widerrechtlich mit dem Zeichen "Comcord" gekennzeichneten Gegenständen oder dem Erbringen von Dienstleistungen unter dem Zeichen "Comcord" gemachten Gewinn, mindestens jedoch Fr. 30'000.--, herauszugeben oder (b) dem Widerkläger den aufgrund des Vertriebs von widerrechtlich mit dem Zeichen "Comcord" gekennzeichneten Gegenständen oder der Erbringung von Dienstleistungen unter dem Zeichen "Comcord" entstandenen Schaden zu ersetzen. 5. Die Widerbeklagte habe dem Widerkläger den diesem entstandenen Marktverwirrungsschaden in der Höhe von Fr. 50'000.-- zu erstatten. 6. Es sei der Widerbeklagten, unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Haft oder Busse wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung i.S.v. Art. 292 StGB im Widerhandlungsfalle und unter Androhung der Zwangsvollstreckung zu verbieten, (a) ohne Zustimmung des Widerklägers Kommunikationsboxen, Hörsprechgarnituren oder mobile Kommunikationssysteme für Personengruppen gemäss Widerklagebeilage 15 zu vertreiben, herzustellen, herstellen zu lassen oder Dritten an solchen Rechte einzuräumen, wobei sich diese Produkte insbesondere durch folgende Merkmale kennzeichnen: (i) gegenseitige Batteriespeisung und -unterstützung; (ii) optische Anzeige des Batterieladezustandes mittels Leuchtdioden (LED), kombiniert mit einem Lageschalter, der die Messschaltung aktiviert, wenn die Combox umgekehrt (auf den Kopf) gestellt wird; (iii) besonders einfache und störungssichere Schaltungstechnik insbesondere für die Messschaltung der Batterieanzeige, für die Kompensationsschaltung in Bezug auf die Anzahl angeschlossener Teilnehmer, die gegenseitige Batteriespeisung, die Schaltung für das Rückhören des eigenen Sprachsignals, (iv) spezielles Y-Anschlusssystem, d.h. ein Gerätestecker auf Combox und zwei parallele Kupplungen (Dosen) für den Seilanschluss; (v) Stecksystem analog Fabrikat Fischer bzw. ODU; (vi) Gehäusesystem Typ Bopla, (b) eventualiter sei die Widerbeklagte, nach Wahl des Widerklägers und aufgrund des Beweisverfahrens, zu verpflichten: (i) entweder dem Widerkläger den mit dem Vertrieb in Begehren 6a genannten Gegenständen gemachten Gewinn, mindestens jedoch Fr. 150'000.--, an den Widerkläger herauszugeben oder (ii) dem Widerkläger den aufgrund des Vertriebs von solchen Gegenständen entstandenen Schaden, mindestens jedoch Fr. 150'000.--, zu ersetzen oder (iii) dem Widerkläger eine angemessene Lizenzgebühr für die Nutzung der Entwicklung des Beklagten zu bezahlen. Die Klägerin beantragte die Abweisung der Widerklage. Mit Teilentscheid vom 25. Juni 2003 entschied das Handelsgericht Folgendes: 1. Das schweizerische Patent Nr. xxx für eine mobile Kommunikationsanlage für Personengruppen wird als ungültig erklärt. 2. Die Klage auf Übertragung der schweizerischen Marke Nr. 468'882 "Comcord" auf die Klägerin wird abgewiesen. Die Klage auf Feststellung, dass die Klägerin an der schweizerischen Marke Nr. 468'882 "Comcord" ein Weiterbenützungsrecht gemäss Art. 14 MSchG besitze, wird abgewiesen. 3. Der Klägerin wird untersagt, das Zeichen "Comcord" zur Kennzeichnung von mobilen Kommunikationssystemen, Rettungsapparaten oder -instrumenten, elektronischen Schaltungen oder auf andere Weise im Geschäftsverkehr zu nutzen oder nutzen zu lassen sowie unter der Bezeichnung "Comcord" mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektrische Schaltungen in die Schweiz einzuführen, hier in Verkehr zu bringen oder anzubieten oder zu diesem Zweck zu lagern. Die Klägerin wird verpflichtet, auf den in ihrem Besitz befindlichen mobilen Kommunikationssystemen (einschliesslich Seilen, Taschen, Verpackungen, Gebrauchsanweisungen, Prospekten und sonstigen Gegenständen, auf welchen das Zeichen "Comcord" angebracht ist) das Zeichen "Comcord" zu entfernen oder - falls eine Entfernung des Zeichens nicht möglich sein sollte - das Zeichen "Comcord" darauf unkenntlich zu machen. Für den Fall der Missachtung dieser richterlichen Anordnungen wird der Klägerin bzw. ihren Organen die Überweisung an den Strafrichter zur Bestrafung mit Haft oder Busse wegen Ungehorsams im Sinne von Art. 292 StGB angedroht. 4. Die Klägerin wird verpflichtet, dem Handelsgericht innert 20 Tagen darüber Auskunft zu erstatten, in welchem Umfang (Anzahl der Gegenstände, Liefermengen, Preise, Rabatte) und an welche Personen mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen nebst Zubehör mit der Bezeichnung "Comcord" seit dem 1. Januar 2001 geliefert oder angeboten wurden. 5. Es wird eine Expertise über die Entwicklung der mobilen Kommunikationssysteme der Parteien eingeholt, insbesondere über die Frage, ob und allenfalls inwieweit bei der Kommunikationsbox der Klägerin technische Merkmale der Kommunikationsbox des Beklagten Verwendung fanden. Der Beklagte hat innert 20 Tagen einen Kostenvorschuss von Fr. 8'000.-- zu leisten. Innert gleicher Frist können die Parteien Expertenvorschläge einreichen. Die Klägerin und der Beklagte werden verpflichtet, dem Handelsgericht innert 20 Tagen je ein vollständiges Exemplar ihrer mobilen Kommunikationssysteme (einschliesslich den Konstruktions- und Schaltplänen) einzureichen sowie ihren Entwicklungsaufwand im Zusammenhang mit der Entwicklung ihrer Kommunikationssysteme schriftlich auszuweisen. Nach Durchführung der Expertise und der durch Ergänzungsfragen der Klägerin bedingten Einholung eines Ergänzungsgutachtens entschied das Handelsgericht an der Schlussverhandlung vom 29. November 2005 wie folgt: 1. Ziffer 6.a des Widerklagebegehrens wird abgewiesen. 2. Da die Klägerin und Widerbeklagte unlauter gehandelt hat, wird sie verpflichtet, dem Gericht innert 30 Tagen nach unbenutztem Ablauf der Frist für eine Berufung an das Bundesgericht für den Zeitraum bis Ende Juni 2001 nachfolgende Auskünfte bezüglich den Gestehungskosten und dem Vertrieb ihres Kommunikationssystems detailliert zu erteilen: a) Anzahl und Zeitpunkt der Herstellung, Anzahl der Aufträge sowie Namen und Adressen der Hersteller, Lieferanten und Vorbesitzer; Die einzelnen Lieferungen unter Angabe sämtlicher Lieferdaten (Menge, Zeiten/Daten, Preise, Rabatte und genaue Bezeichnungen sowie Namen und Adressen der gewerblichen Abnehmer); b) Die einzelnen Angebote unter Angabe sämtlicher Angaben (Mengen, Zeiten/Daten, Preise, Rabatte und genaue Bezeichnungen sowie Namen und Adressen der Empfänger); c) Werbeaufwand unter Angabe der Werbeträger, der Höhe der Auflage, Zeitraum und Gebiet der Verbreitung; d) Gestehungskosten unter Angabe der einzelnen Kostenfaktoren (Anteil Combox und Anteil übrige Komponenten des Gesamtsystems) sowie erzielter Gewinn vor Abzug der Fixkosten oder variablen Gemeinkosten. 3. Zum gleichen Zeitpunkt (vgl. Ziff. 2 dieses Dispositivs) hat die Klägerin in Präzisierung ihres Schreibens vom 27. Oktober 2003 separat detailliert mit Datum auszuweisen, welche der Aufträge, Lieferungen, Angebote und Werbeaktionen bis heute gemäss vorstehenden Ziff. 2 lit. a-d des Dispositivs unter Verwendung der Marke "Comcord" erfolgt sind. Weder der Entscheid vom 25. Juni 2003 noch derjenige vom 29. November 2005 wurde angefochten. B.b Das Handelsgericht hatte schliesslich noch die Rechtsbegehren Ziffer 4, 5 und 6b der Widerklage des Beklagten zu beurteilen, nachdem die übrigen Rechtsbegehren bereits mit den Entscheiden vom 25. Juni 2003 bzw. 29. November 2005 erledigt worden waren. Der Beklagte übte sein Wahlrecht gemäss Ziffer 4 und 6b der Widerklagebegehren mit Eingabe vom 17. August 2006 aus und wählte die Berechnung des Schadenersatzes basierend auf dem ihm entgangenen Gewinn, wobei er beantragte, der gesamte Schadensbetrag sei vom Handelsgericht nach dessen Ermessen festzusetzen. Eventuell sei ihm der aufgrund der erteilten Auskünfte bezifferbare Schaden in der Höhe von Fr. 142'598.-- zu ersetzen, zuzüglich eines durch das Gericht ex aequo et bono zu bestimmenden Schadensbetrags (entgangener Gewinn für entgangene Aufträge sowie Marktverwirrungsschaden und verlorene Investitionen). Die Klägerin beantragte in ihrer Eingabe vom 22. September 2006, die noch hängigen Rechtsbegehren der Widerklage abzuweisen. Das Handelsgericht verpflichtete die Klägerin am 14. Dezember 2006, dem Beklagten Fr. 25'000.-- zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Widerklagebegehren Ziffer 4, 5 und 6b ab. Es verneinte den Kausalzusammenhang zwischen dem vom Beklagten geltend gemachten entgangenen Gewinn und den widerrechtlichen Handlungen der Klägerin. Zudem hielt es fest, es bestünden keine genügenden Hinweise dafür, dass dem Beklagten ein Schaden in Form eines entgangenen Gewinns entstanden sei. Die diesbezüglichen Schadenersatzforderungen seien mithin auch aus diesem Grund abzuweisen. Hingegen bejahte es einen Marktverwirrungsschaden des Beklagten und den diesbezüglichen Kausalzusammenhang. Es sprach dem Beklagten unter diesem Titel Fr. 25'000.-- zu, wie er es in seiner Eingabe vom 17. August 2006 als Minimum gefordert hatte. C. Der Beklagte beantragt mit eidgenössischer Berufung, den Entscheid vom 14. Dezember 2006 aufzuheben, soweit das Handelsgericht die Widerklagebegehren Ziff. 4 und 6b abgewiesen habe. Die Klägerin sei zu verpflichten, ihm den aufgrund des Vertriebs der widerrechtlich mit dem Zeichen "Comcord" gekennzeichneten Gegenstände entstandenen Schaden, mindestens jedoch Fr. 125'732.--, zu ersetzen. Eventuell sei ihm der gesamte ihm entstandene Schadensbetrag vom Bundesgericht nach Ermessen festzusetzen und zuzusprechen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung. Sie erhebt Anschlussberufung mit dem Antrag, das Widerklagebegehren 5 sei abzuweisen, soweit es über den Betrag von Fr. 5'000.-- hinausgehe. Die Widerklagebegehren 4 und 6b seien vollständig abzuweisen. Der Beklagte beantragt, die Anschlussberufung in vollem Umfang abzuweisen. 