Sachverhalt: A. X._ wird unter anderem vorgeworfen, bis im Herbst 2001 einen gewissen A._ mit grossen Mengen Kokain beliefert zu haben. Er befindet sich seit dem 30. August 2008 in Untersuchungshaft. Am 20. November 2008 stellte X._ ein Haftentlassungsgesuch. Der zuständige Staatsanwalt der Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich beantragte am 21. November 2008 dessen Abweisung und die Verlängerung der am 30. November 2008 auslaufenden Haftdauer. Mit Verfügung vom 26. November 2008 wies die Haftrichterin am Bezirksgericht Zürich das Haftentlassungsgesuch ab, unterliess es aber, den Antrag auf Fortsetzung der Haft zu behandeln. Am 5. Dezember 2008 ersuchte der Beschwerdeführer bei der Staatsanwaltschaft erneut um Haftentlassung und begründete dies damit, dass mangels Verlängerung der Untersuchungshaft in der Haftverfügung vom 26. November 2008 keine Rechtsgrundlage für die Inhaftierung mehr bestehe. Der Staatsanwalt übermittelte die Eingabe per Kurier an die zuständige Haftrichterin. Im Übermittlungsschreiben wies er darauf hin, dass die Staatsanwaltschaft am 21. November 2008 ausdrücklich eine Verlängerung der Untersuchungshaft beantragt habe. Der Beschwerdeführer erhielt von der Übermittlung seiner Eingabe an die Haftrichterin keine Kenntnis. Mit Verfügung vom 6. Dezember 2008 ordnete die Haftrichterin am Bezirksgericht Zürich die Verlängerung der Untersuchungshaft bis zum 27. Februar 2009 an. Zur Begründung führte sie aus, dem Angeschuldigten sei zwar beizupflichten, dass er sich seit dem 1. Dezember 2008 ohne gesetzliche Grundlage in Haft befinde. Es handle sich aber um ein offensichtliches Versehen, dass im Entscheid vom 26. November 2008 nur über das Haftentlassungsgesuch, nicht auch über die Haftverlängerung entschieden worden sei. Infolge dieses Versehens, der relativ kurzen Zeitdauer seit dem Eingang der Stellungnahmen zum Haftentlassungsgesuch und der zeitlichen Dringlichkeit rechtfertige es sich, den Entscheid gestützt auf die vorliegenden Anträge und Begründungen der Parteien zu fällen. Zum Vorliegen der Haftvoraussetzungen könne vollumfänglich auf die Erwägungen in der Haftverfügung vom 26. November 2008 verwiesen werden. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung der haftrichterlichen Verfügung vom 6. Dezember 2008 und seine sofortige Haftentlassung. Ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren. C. Der Staatsanwalt beantragt Beschwerdeabweisung. Die Haftrichterin hat auf Vernehmlassung verzichtet. 