Sachverhalt: A. Der 1972 geborene W._, gelernter Landmaschinenmechaniker, war seit anfangs 1996 als Landwirt bei dem von seinem Bruder geführten Landwirtschaftsbetrieb angestellt und dadurch bei der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Allianz) u.a. gegen die Folgen von Berufsunfällen versichert. Am 29. September 2003 wollte er die äussere Felge des Rades eines Ladewagens wechseln, als diese sich abrupt von der Nabe löste und ihn mit grosser Wucht am Kopf traf, was zu einem schweren offenen Schädelhirntrauma mit erheblichen Frakturen im Gesichts- und Kieferbereich führte. Der operativen Versorgung im Spital X._ schloss sich am 4. November 2003 ein bis Ende Februar 2004 dauernder stationärer Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik Z._ an. Zur Ermittlung der beruflich-erwerblichen Verhältnisse zog die Allianz in der Folge eine vom Schweizerischen Bauernverband (SBV) verfasste Expertise vom 12. Juli 2004 und einen Abklärungsbericht Landwirtschaft der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 15. Dezember 2006 bei. Ferner veranlasste sie ein Gutachten des Zentrums Y._ AG (samt neurologischen, neuropsychologischen sowie psychiatrischen Abklärungen durch das Institut V._), welches am 5. Oktober 2007 erstellt wurde. Gestützt darauf sprach der Unfallversicherer W._ - unter gleichzeitiger Einstellung der bisher erbrachten Versicherungsleistungen (Heilbehandlung, Taggeld) - mit Verfügung vom 5. Mai 2008 rückwirkend ab 1. Januar 2008 eine Invalidenrente auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % und eine Integritätsentschädigung entsprechend einer Integritätseinbusse von 75 % zu, woran er auf Einsprache hin festhielt (Einspracheentscheid vom 18. August 2008). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 11. März 2009 gut und wies die Sache an die Allianz zurück, damit diese den Invaliditätsgrad basierend auf einem Einkommen, welches W._ ohne Gesundheitsschädigung hätte erzielen können (Valideneinkommen), von Fr. 65'000.- (und nicht, wie vom Unfallversicherer veranschlagt, Fr. 42'000.-) bestimme. C. Die Allianz führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids. Während W._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 