Sachverhalt: A. X._ ist seit Anfang 2005 Eigentümer einer 41⁄2-Zimmer-Wohnung an der A._-Strasse in P._. Die Wohnung hat er zu einem Jahresmietzins von Fr. 13'800.-- an seine Mutter vermietet. In der Steuererklärung 2005 deklarierte X._ Mietzinseinnahmen von Fr. 13'800.-- und Unterhaltskosten von Fr. 13'380.--, was einen Nettoertrag von Fr. 420.-- ergab. Das Steueramt der Stadt P._ setzte demgegenüber die Höhe der Mietzinseinnahmen bei den Staats- und Gemeindesteuern 2005 auf Fr. 21'420.-- fest und akzeptierte Unterhaltskosten im Betrag von Fr. 10'885.-- (Verfügung vom 8. März 2006; Einspracheentscheid vom 12. April 2006). B. Ein Rekurs des Steuerpflichtigen mit dem Antrag, es sei der effektiv vereinnahmte Mietzins von Fr. 13'800.-- und nicht der Eigenmietwert von Fr. 21'420.-- zu berücksichtigen, wurde von der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 13. Oktober 2006 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess eine Beschwerde von X._ gegen den Rekursentscheid am 14. März 2007 gut und wies die Sache zur Neuveranlagung an die Steuerverwaltung zurück. Das Gericht liess die Frage offen, ob bei einem Mietertrag von 64,5 % des Eigenmietwerts bereits von einer unterpreislichen Vermietung gesprochen werden könne. Auf jeden Fall habe der Grundeigentümer nach kantonalem Steuerrecht Anspruch auf den Abzug von 40 % vom Eigenmietwert. Solange der tatsächliche Mietertrag die Grenze von 60 % des Eigenmietwerts nicht unterschreite, sei dieser massgebend. Die Verweigerung des Selbstnutzungsabzugs bei Vorzugsmieten würde zu einer rechtsungleichen Behandlung führen. C. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau hat am 4. Mai 2007 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 14. März 2007 sei aufzuheben und der Entscheid der Steuerrekurskommission vom 13. Oktober 2006 sei zu bestätigen. Die Beschwerdeführerin rügt, aufgrund des klaren Gesetzeswortlauts sei der Selbstnutzungsabzug auf am Wohnsitz selbstgenutztes Wohneigentum beschränkt. Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, der Abzug müsse aus Gründen der Rechtsgleichheit auch bei Vorzugsmieten gewährt werden, widerspreche sowohl dem Steuerharmonisierungsrecht als auch dem kantonalen Steuerrecht und sei unhaltbar. D. Der Beschwerdegegner und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf einen Antrag verzichtet, weil die Problematik einzig die Auslegung von kantonalem Recht betreffe. 