Sachverhalt: A. Die X._ ist Detailhändlerin im food- und non-food-Bereich. Sie ist als Mehrwertsteuerpflichtige im Register der Eidgenössischen Steuerverwaltung eingetragen. Mit Ergänzungsabrechnung Nr. 167'514 nahm die Eidgenössische Steuerverwaltung u.a. eine Nachbelastung für Personalrabatte vor. Es geht um Preisvergünstigungen, welche die X._ ihren Angestellten in den Jahren 1996, 1997 und 1998 auf diversen von ihr verkauften Produkten nach Massgabe des Rabattreglements vom 15. April 1981 für X._ Genossenschaften in der Höhe von 10 Prozent gewährte. Die X._ bestritt die Rechtmässigkeit der Aufrechnung. Mit förmlichem Entscheid vom 10. April 2003 und Einspracheentscheid vom 26. März 2007 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Aufrechnung. B. Die X._ führte Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie machte u.a. geltend, für die Aufrechnung gäbe es keine gesetzliche Grundlage. Der Begriff der nahestehenden Person werde in der Mehrwertsteuerverordnung nicht erläutert. Was unter dem Selbstkostenpreis abgegeben werde, könne als Eigenverbrauch besteuert werden. Eine entsprechende Praxis habe bereits unter dem Beschluss über die Warenumsatzsteuer bestanden und sei jetzt auch ins Mehrwertsteuergesetz überführt worden. Mit Urteil vom 22. September 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 22. September 2008 vollumfänglich aufzuheben und die Eidgenössische Steuerverwaltung anzuweisen, ihr eine Gutschrift in der Höhe von Fr. _ zu erteilen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. 