Faits: A. A.a Par jugement du 22 novembre 2005, le tribunal correctionnel du district de Lausanne a condamné X._ à la peine de quatre ans de réclusion, sous déduction de quarante-cinq jours de détention préventive, pour viol, abus de la détresse et tentative d'abus de la détresse. Le tribunal correctionnel a, en outre, prononcé une interdiction de pratiquer la profession de médecin pour une durée de cinq ans. Cette condamnation sanctionnait le comportement du recourant à l'égard de huit victimes. Le recours formé par l'intéressé a été rejeté le 4 mai 2006 par la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois. Par arrêt du 20 février 2007 (dossier 6P.200 + 6S.450/2006), la cour de céans a rejeté le recours de droit public du condamné mais admis partiellement son pourvoi en nullité. Après avoir constaté, en ce qui concerne la victime Y._, que l'état de fait de l'arrêt cantonal était trop sommaire pour fonder une condamnation pour viol, la cour de céans a renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants. Il s'agissait, en bref, de déterminer si les éléments constitutifs du viol, la contrainte en particulier, étaient réalisés. Si tel n'était pas le cas, il y avait lieu d'examiner si les faits retenus ne devaient pas plutôt être qualifiés comme des actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, les points du jugement sans relation avec la qualification de viol demeurant acquis. A.b La cause a été transmise par la cour cantonale au Tribunal correctionnel de l'arrondissement de La Côte. Ce dernier a repris l'instruction quant aux faits dénoncés par Y._ et les a qualifiés d'actes sexuels commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance. Par jugement du 10 avril 2008, ce tribunal a condamné X._ pour ce dernier délit ainsi que pour abus de la détresse et tentative d'abus de la détresse, à quatre ans de privation de liberté, sous déduction de quarante-cinq jours de détention préventive. Les sursis de trois ans assortissant deux condamnations prononcées respectivement par la Cour de justice de Genève le 21 septembre 1998 (deux mois d'emprisonnement pour perception indue d'indemnités de chômage) et par le Tribunal de police de Genève le 11 janvier 1999 (trente jours d'emprisonnement pour violation d'une obligation d'entretien) ont été révoqués et l'exécution de ces peines ordonnée. Une interdiction d'exercer la profession de médecin pendant la durée de cinq ans a également été prononcée. Enfin, X._ a été condamné à s'acquitter de 38'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 1er novembre 2002 en faveur de Y._ à titre de dommages-intérêts ainsi que du montant de 25'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 20 janvier 2002, à titre d'indemnité pour tort moral. B. Par arrêt du 6 octobre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours du condamné et a réformé le jugement de première instance en ce sens que la durée de la privation de liberté était réduite à trois ans et demi. Cet arrêt repose, en substance, sur l'état de fait suivant. B.a Y._ est née en 1981, en Bosnie. Elle est venue avec ses parents en Suisse alors qu'elle était encore enfant. Au moment des faits, elle était âgée de vingt et un ans. Elle a été élevée dans une famille décrite comme extrêmement stricte, par un père exigeant et peu souple sur les principes et les loisirs. Elle a connu son fiancé Z._, de nationalité française et de treize ans son aîné, alors qu'elle en avait dix-sept. Elle a commencé à entretenir des relations intimes avec lui un à deux ans plus tard. B.b Né en 1947 à Belgrade, X._ a obtenu son diplôme de médecin dans cette ville en 1970. Il a ensuite exercé son art pendant une année et demie, avant de s'établir en Suisse, d'abord à Lausanne où il a oeuvré pendant une année à l'hôpital cantonal. Dès 1976, il a commencé à pratiquer en qualité de généraliste dans différentes permanences de Genève. Non titulaire d'un FMH suisse, il a obtenu de la Faculté de médecine de l'Université de Belgrade un diplôme d'ORL en 1978. Dès le printemps 1999, il a été engagé comme médecin généraliste à la Policlinique Nord-Sud à Crissier. Son casier judiciaire comporte les deux condamnations évoquées ci-dessus (consid. A.b). B.c Le 19 janvier 2002, vers 17h30, la police de sûreté a été avisée par le poste de gendarmerie de Renens que Y._ voulait déposer plainte pour viol. Cette dernière a expliqué avoir consulté un médecin à la Policlinique Nord-Sud quelques heures auparavant. Ce praticien l'avait violée lors de la consultation. Selon les informations recueillies par la police, le seul médecin travaillant ce jour-là dans l'établissement était X._. La victime a été immédiatement accompagnée au CHUV où un contrôle gynécologique et des prélèvements ont été effectués. La police a constaté qu'au moment de son intervention, Y._ était sous le coup d'une très vive émotion. Elle se tenait prostrée, le regard abattu et répétait très souvent d'une voix à peine audible « mais pourquoi je n'ai rien fait? ». B.d En ce qui concerne plus précisément les faits survenus le 19 janvier 2002, la cour cantonale s'est référée au jugement du 10 avril 2008. Les premiers juges avaient écarté la version des faits de X._, jugée pour le moins invraisemblable, et retenu celle, claire et constante, de Y._. Cette dernière avait consulté la Policlinique Nord-Sud pour un mal de dos. Lors de la première consultation déjà, X._ avait remonté la culotte de la patiente pour en faire un string et il avait été question de rendez-vous de physiothérapie qui n'avaient jamais été pris. Lors de la deuxième consultation, X._ avait commencé à entretenir sa patiente sur l'âge de l'ami de cette dernière et sa famille. Il avait fait des commentaires étonnants sur le fait qu'elle « aimait bien les hommes mûrs ». Lors de cette même consultation (toujours motivée par un mal de dos), il avait invité Y._ à retirer sa culotte et avait touché son vagin en expliquant qu'il y avait un nerf entre les jambes, qui pouvait influer sur le mal de dos. La plaignante avait expliqué aux débats qu'elle n'avait alors pas compris qu'il s'agissait de caresses déplacées, croyant naïvement qu'il s'agissait bien de gestes à caractère médical. On avait encore parlé, ce jeudi-là, de séances de physiothérapie mais le cabinet du thérapeute était fermé. X._ avait dit qu'il en serait à nouveau question au rendez-vous suivant. Cette deuxième consultation avait été écourtée par la sonnerie du téléphone portable de la plaignante. Lors du troisième rendez-vous, le samedi 19 janvier 2002, X._ avait répondu d'emblée à Y._ que le problème de la physiothérapie allait être vu plus tard et qu'il fallait qu'elle se déshabille. La plaignante avait, dans un premier temps, gardé sa culotte, puis l'avait ôtée. X._ lui avait fait des caresses dans le dos, lui disant notamment qu'elle avait « le sang chaud comme lui » et qu'elle avait « un très joli anus ». La plaignante avait été surprise et submergée par un sentiment de honte tandis que l'accusé continuait à la caresser. Elle se trouvait alors à plat ventre. Elle avait ensuite constaté que X._ ne la caressait plus que d'une main, lui disant qu'il « se tripotait » de l'autre. Complètement sidérée, la plaignante avait demandé à X._ de répéter et, en essayant de se retourner, elle avait constaté que la blouse de ce dernier était entrouverte. Elle n'avait pas osé regarder ce qui s'y passait exactement. Il l'avait ensuite fait se retourner sur le dos et avait continué ses caresses sur la poitrine, le ventre et le bas-ventre. Y._ avait exprimé son incompréhension et X._, qui était en face d'elle, lui avait dit quelque chose comme « je vais te faire du bien, décontracte-toi ». Elle avait été surprise par ce tutoiement et lui avait demandé de répéter. Réalisant que X._ avait son sexe hors du pantalon, elle avait dit « non ». X._ l'avait fait se retourner sur le côté au moment où une infirmière avait frappé à la porte sans obtenir de réponse. Il avait soulevé la jambe droite de sa patiente, posé son sexe sur l'autre jambe et l'avait enfilé d'un coup dans le vagin de la victime. Cette dernière avait eu mal. Elle s'était accroupie et X._ avait éjaculé sur sa jambe. Il avait essuyé la jambe de sa patiente et en avait fait de même pour lui. Y._ était ensuite restée dans la salle d'attente. Elle avait expliqué qu'elle aurait dû partir mais qu'elle était restée parce qu'un autre rendez-vous devait être fixé. Après quelques minutes, X._ avait dit qu'il pouvait lui trouver une place, mais qu'elle ne devait pas parler de ce qui s'était passé et qu'il connaissait des gens haut placés. C. X._ interjette un recours en matière pénale. Il conclut principalement, avec suite de frais, à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'il soit libéré de l'accusation d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, condamné à une peine privative de liberté de deux ans au plus avec sursis, que l'interdiction d'exercer la profession de médecin ne soit pas prononcée et que l'indemnité pour tort moral soit fixée à un montant sensiblement inférieur à 25'000 fr. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 