Sachverhalt: A. Mit Urteil vom 6. November 2007 änderte der Gerichtspräsident Bremgarten I das Eheschutzurteil vom 8. November 2006 zugunsten der Ehefrau Z._ ab und verpflichtete den Ehemann X._ als Folge verbesserter wirtschaftlicher Verhältnisse zur Bezahlung von Unterhaltsbeiträgen für die Ehefrau und das Kind. Im Rahmen der Prüfung, ob eine Rückkehr des in Spanien wohnhaften Ehemannes in die Schweiz zumutbar sei, führte der Gerichtspräsident zusammenfassend aus, der Ehemann sei gehalten, sich an den Kosten für seinen Sohn zu beteiligen, wozu in der Schweiz die besseren Voraussetzungen gegeben seien, "als an den Sandstränden von A._/ESP". Die Parteien haben inzwischen das Scheidungsverfahren eingeleitet. B. Der Ehemann reichte am 14. November 2007 bei der Inspektionskommission des Obergerichts des Kantons Aargau ein Ausstandsbegehren gegen den Gerichtspräsidenten ein und beantragte für dieses Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Entscheid vom 10. September 2008 erklärte die Kommission das Ausstandsbegehren bezüglich das Eheschutzverfahren als gegenstandslos, hiess es aber hinsichtlich des hängigen Scheidungsverfahrens gut und befahl dem Gerichtspräsidenten, in diesem Verfahren in den Ausstand zu treten. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wies sie ab mit der Begründung, praxisgemäss würden bei der Beurteilung von Ausstandsbegehren keine Verfahrenskosten erhoben und keine Parteientschädigungen gesprochen, womit sich auch die unentgeltliche Rechtspflege sowie die Geltendmachung von Entschädigungsansprüchen erübrigten. C. Mit Eingabe vom 17. Oktober 2008 erhebt der Ehemann Beschwerde in Zivilsachen, evtl. subsidiäre Verfassungsbeschwerde gegen die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege für das obergerichtliche Verfahren mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid insoweit aufzuheben und ihm die unentgeltliche Rechtspflege unter Beiordnung eines amtlichen Anwalts zu bewilligen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er ebenso um unentgeltliche Rechtspflege. D. Die Kommission hat in ihrer Vernehmlassung vom 10. November 2008 die Begründung hinsichtlich der Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege nachgeschoben. Der Beschwerdeführer hat am 12. Dezember 2008 der bundesgerichtlichen Einladung entsprechend auf die Vernehmlassung des Obergerichts repliziert. Das Obergericht hat auf Duplik verzichtet. 