Faits: A. La société X._ Sàrl (ci-après: la Société), qui est active dans le commerce en gros et la distribution d'antennes, de matériel et d'accessoires s'y rapportant, est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 26 janvier 1999. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 20'000 fr. La Société comptait, comme associé gérant, Y._, pour une part de 10'000 fr., et deux autres associés gérants détenant chacun une part de 5'000 fr. Y._ exploite en outre une entreprise individuelle, dont le but est le commerce, la location et la réparation d'appareils de radio, de télévisions et de chaînes Hi-Fi. Le 21 août 2003, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a informé la Société de l'ouverture d'une procédure de vérification portant sur les périodes fiscales 1999 à 2001. Cette procédure a débouché sur la notification, le 15 avril 2004, de deux bordereaux « rappel d'impôt » s'élevant à 16'267 fr. 95 pour 2000 et à 21'623 fr. 15 pour 2001. Ces montants correspondaient à des reprises concernant le versement du salaire de Y._ et la prise en charge de frais privés d'un véhicule. Un bordereau d'amende de 17'229 fr., correspondant à la moitié de l'impôt soustrait, a également été notifié à la Société. Par décision du 18 juin 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt a admis le recours de la Société et annulé les bordereaux d'impôts précités, ainsi que l'amende. Statuant sur recours de l'Administration fiscale, le Tribunal administratif du canton de Genève l'a rejeté, par arrêt du 11 décembre 2007, en retenant que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réunies. B. Par arrêt du 20 juin 2008 (2C_104/2008), le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours de l'Administration fiscale cantonale ayant trait à l'année fiscale 2000, mais l'a admis en ce qui concernait l'année fiscale 2001 et a annulé l'arrêt du 11 décembre 2007 en tant qu'il portait sur cette année fiscale. Après avoir constaté que les conditions pour procéder à l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt en 2001 étaient remplies, il a renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il complète les faits, en particulier sur l'activité déployée par Y._ dans la Société, afin de déterminer si le poste contesté dans la procédure de rappel d'impôt représentait un salaire ou une distribution de bénéfices et de statuer sur le bien-fondé matériel de la reprise. Le Tribunal administratif a repris l'instruction de la cause et a invité les parties à se déterminer. Par arrêt du 2 décembre 2008, le Tribunal administratif a admis le recours de l'Administration fiscale en tant qu'il portait sur l'exercice fiscal 2001. Partant du fait qu'il était établi que Y._ était l'un des fondateurs de la Société et qu'il était à la tête de sa propre entreprise individuelle, la juridiction cantonale a retenu qu'aucune des pièces produites n'établissait que l'intéressé facturerait un loyer à la Société ou était au bénéfice d'un contrat de travail. Elle en a déduit que la reprise effectuée par l'Administration fiscale pour l'année 2001 était fondée, dès lors que la Société avait « échoué dans la preuve de démontrer que les sommes versées à Y._ étaient bel et bien un salaire et non pas une distribution de bénéfices dissimulée ». Le Tribunal administratif a également confirmé la quotité de l'amende fixée à la moitié de l'impôt soustrait. C. Agissant par la voie du recours de droit public (recte: recours en matière de droit public), X._ Sàrl conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 2 décembre 2008 et à l'annulation des décisions en rappel d'impôt portant sur l'exercice 2001, ainsi que du bordereau d'amende y relatif. Le Tribunal administratif persiste dans le dispositif et les considérants de son arrêt. L'Administration fiscale a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Il en va de même de l'Administration fédérale des contributions. 