Faits: A. A.a C._ travaille dans le domaine de la construction, en qualité de poseur de revêtements de sols. En 2005, il a demandé à la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) d'être reconnu comme une personne de condition indépendante. Après que l'intéressé lui eut transmis un certain nombre de documents relatifs à son activité (inventaire d'outillage, factures pour travaux effectués, confirmation de mandat pour le compte de la société X._ SA), la CNA a informé celui-ci, le 17 janvier 2006, qu'elle le considérait comme une personne exerçant une activité lucrative indépendante à compter du 4 décembre 2005 pour les travaux effectués en son nom et à son compte (mandats directs) et comme une personne exerçant une activité lucrative dépendante pour les travaux effectués pour le compte d'entreprises tierces (travaux de sous-traitance). C._ a contesté ce point de vue en faisant valoir qu'il avait effectué d'autres travaux en sous-traitance pour deux autres sociétés. En outre, il avait préparé des papillons publicitaires qu'il comptait distribuer ainsi qu'un site internet pas encore en fonction. Il a par ailleurs demandé à la CNA une attestation de son statut mixte, laquelle lui a été délivrée le 7 avril 2006. A.b A la suite d'une révision de la société X._ SA portant sur les années 2006 à 2008, la CNA a constaté que celle-ci avait, au cours de cette période, rémunéré C._ à hauteur respectivement de 36'718 fr. (2006), 97'347 fr. (2007) et 63'580 fr. (2008). Le 8 septembre 2009, la CNA a notifié à la société une facture de primes (d'un montant total de 5'330 fr. 40) pour les accidents professionnels et non professionnels calculées sur les rémunérations versées à C._ de 2006 à 2008, sous réserve d'une déduction forfaitaire pour frais généraux de 10 %. Après que la société eut formé opposition contre cette décision de primes, la CNA a également informé C._, par décision du 6 novembre 2009, qu'elle le considérait comme une personne de condition salariée pour l'activité exercée au service de la société X._ SA. C._ a formé opposition contre la facture de primes ainsi que contre la décision du 6 novembre 2009. La CNA a écarté cette opposition dans une nouvelle décision du 2 juin 2010. Elle a cependant admis, en ce qui concerne le gain assuré, que la déduction pour frais généraux soit portée à 20 %. B. Saisie d'un recours de C._, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a admis et annulé la décision sur opposition du 2 juin 2010, par jugement du 10 février 2011. C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation en tant qu'il reconnaît à C._ le statut d'indépendant pour les activités réalisées pour l'entreprise X._ SA et conclut à la confirmation de sa décision sur opposition du 2 juin 2010. L'intimé conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 