Sachverhalt: A. Die X._ AG, eine Immobiliengesellschaft mit Sitz in Luzern, ist eine Tochtergesellschaft der börsenkotierten Y._ Holding AG. Mangels einer eigenen Infrastruktur in Luzern erledigte die in A._/ZH (ab 18. September 2006 in B._/ZH) domizilierte Gruppengesellschaft Z._ Verwaltungs AG das Tagesgeschäft und stellte der X._ AG als Schwestergesellschaft hierfür lückenlos Rechnung. Die X._ AG ist in den Bereichen Immobilienanlagen und -promotionen tätig. Im Anlagebereich nimmt sie die Aufgaben einer klassischen Immobiliengesellschaft wahr, indem sie Renditeobjekte zwecks Erzielung nachhaltiger Mieterträge erwirbt, langfristig hält und im Anlagevermögen bilanziert. Im Bereich Immobilienpromotionen werden Liegenschaften gekauft, (neu) überbaut und in der Regel in Form von Stockwerkeinheiten wieder verkauft. Die betreffenden Liegenschaften werden weniger lang gehalten und entsprechend im Umlaufvermögen bilanziert. In den Jahren 2001 bis 2004 veräusserte die X._ AG im Geschäftsbereich Immobilienpromotionen Objekte im Wert von rund CHF 387 Mio. (2001: CHF 64.8 Mio.; 2002: CHF 92.8 Mio.; 2003: CHF 129.6 Mio.; 2004: CHF 100 Mio.). Ein Grossteil dieser Objekte befindet sich in verschiedenen Gemeinden des Kantons Zürich. Zu den in der Stadt Zürich verkauften Objekten gehörten u.a. die Liegenschaften Q._strasse 44 (diverse Handänderungen 2001), R._strasse 48-52 (Verkauf am 22. Dezember 2002), S._strasse 15 (Handänderungen 2002 bis 2003) und T._strasse 6 (Handänderungen 2003 bis 2004). B. Am 22. August 2006 veranlagte die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich die X._ AG betreffend die folgenden Grundstückgewinne: Liegenschaft Grundstückgewinn CHF Steuerbetrag CHF Q._strasse 44 697'624.-- 213'050.-- R._strasse 48-52 469'568.-- 177'200.-- S._strasse 15 779'395.-- 227'615.-- T._strasse 6 584'126.-- 217'666.-- Total 2'530'713.-- 835'531.-- Die hiergegen erhobenen Einsprachen der X._ AG wies die Kommission mit Beschlüssen vom 8. Mai 2007 im Wesentlichen ab. Einzig bei der Liegenschaft R._strasse 48-52 berücksichtige sie die Grundstückgewinnsteuer anlagekostenmindernd und reduzierte die Steuerforderung von CHF 177'200.-- auf CHF 126'560.--. Mittels Rekurs vom 13. Juni 2007 beantragte die X._ AG u.a., es sei zusätzlich eine Händlerpauschale in Höhe von 3 % der Verkaufspreise zu berücksichtigen und es seien die in anderen Zürcher Gemeinden erlittenen Verluste mit den vorliegend interessierenden Gewinnen zu verrechnen. Mit Entscheid vom 11. November 2009 hiess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich das Rechtsmittel insoweit teilweise gut, als sie u.a. eine Händlerpauschale von 1 % der Verkaufspreise berücksichtigte, an die Gewinne der Liegenschaft T._strasse 6 ausserkommunale Verluste anrechnete und die zu entrichtenden Grundstückgewinnsteuern neu wie folgt festsetzte: Liegenschaft Steuerbetrag CHF Q._strasse 44 196'100.-- R._strasse 48-52 113'000.-- S._strasse 15 215'625.-- T._strasse 6 196'001.-- Total 720'726.-- Gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission III beschwerte sich die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragte die Erhöhung der berücksichtigten Händlerpauschale auf 2 % sowie die Anrechnung von Betriebsverlusten und von Verlusten aus der Veräusserung von anderen Liegenschaften. Mit Entscheid vom 2. Juni 2010 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab: Die Steuerrekurskommission III habe die Händlerpauschale zutreffend festgesetzt, weitere ausserkommunale Verluste seien ausschliesslich revisionsweise zu berücksichtigen und Betriebsverluste seien nach dem Grundsatz des Vorranges der sog. "Verlustverrechnung in der Zeit" zunächst mit künftigen Betriebsgewinnen zu verrechnen. C. Mit Eingabe vom 7. September 2010 führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt sinngemäss, es sei das Urteil der Vorinstanz aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuern seien unter Berücksichtigung einer Händlerpauschale von 2 % sowie unter Verrechnung von Betriebsverlusten und von Verlusten aus der Veräusserung von anderen Liegenschaften wie folgt festzusetzen: Liegenschaft Steuerbetrag CHF Q._strasse 44 0.-- R._strasse 48-52 20'195.-- S._strasse 15 30'240.-- T._strasse 6 0.-- Total 50'435.-- Die Steuerpflichtige rügt im Wesentlichen eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von Bundesrecht, insbesondere einen Verstoss gegen das Doppelbesteuerungsverbot von Art. 127 Abs. 3 BV. D. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Abweisung der Beschwerde beantragt, soweit darauf einzutreten ist, verzichten die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich, die Eidgenössische Steuerverwaltung sowie die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Finanzdepartement des Kantons Luzern auf eine Stellungnahme. 