A.- Par avis du 28 février 1997, le Service des contributions du canton du Jura (ci-après: Service des contributions) a notifié, selon ses déclarations, à BC._ et AC._ leur taxation pour la période fiscale 1995/1996, fixant un revenu déterminant pour l'impôt fédéral direct à zéro, BC._ n'ayant obtenu aucun revenu durant la période de calcul. La perte de 42'377 fr. 65 subie par son épouse AC._ dans l'exploitation d'une boutique d'habits (1er exercice commercial de septembre 1994 à décembre 1995) n'a pas été prise en considération. Cet avis de taxation n'a pas été contesté. BC._ ayant dûment annoncé dans les déclarations d'impôt ultérieures l'obtention d'indemnités de chômage dès le 30 octobre 1995 et la reprise d'une activité indépendante dès le 8 juillet 1996, le Service des contributions a procédé à l'établissement de taxations intermédiaires et nouvellement fixé le revenu imposable des époux C._ par avis du 23 avril 1999 à 0 fr. pour 302 jours de 1995, à 41'017 fr. pour 63 jours de 1995 et 188 jours de 1996 et à 17'299 fr. pour 177 jours de 1996, sans tenir compte de la perte commerciale résultant de la comptabilité de AC._. B.- Par réclamation du 21 mai 1999, les intéressés ont demandé la prise en considération dans l'établissement des taxations intermédiaires de la perte commerciale de AC._. Considérant qu'elle concernait un point de la taxation du 28 février 1997 déjà entré en force, le Service des contributions a déclaré la réclamation irrecevable pour tardiveté. Cette dernière décision ayant été annulée par la Commission cantonale des recours du canton du Jura (ci-après: Commission des recours) le 14 août 2000 et la cause renvoyée au Service des contributions afin qu'il entre en matière, le Service des contributions a rejeté la réclamation du 21 mai 1999 par décision du 29 septembre 2000. Il a considéré en substance que la taxation du 28 février 1997 était entrée en force, qu'une réclamation contre une taxation intermédiaire ne pouvait viser que les facteurs touchés par la taxation intermédiaire et que les taxations intermédiaires concernaient uniquement le versement d'une indemnité de chômage et la reprise d'une activité indépendante. C.- Par décision du 31 août 2001, la Commission des recours a admis le recours de BC._ et AC._ contre la décision du Service des contributions du 29 septembre 2000 et lui a une nouvelle fois renvoyé la cause afin qu'il entre en matière sur la réclamation formée le 21 mai 1999. Le fait que les recourants n'aient pas recouru contre la décision de taxation du 30 mai (recte 28 février) 1997 ne les privait pas du droit de recourir et de faire valoir leurs arguments contre l'ensemble de la taxation du 23 avril 1999, d'autant que la taxation antérieure avait fixé à zéro le revenu déterminant pour l'impôt fédéral direct. D.- Agissant par la voie du recours de droit administratif pour constatation inexacte et incomplète des faits pertinents et violation de l'art. 46 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642. 11), le Service des contributions demande au Tribunal fédéral, avec suite de frais, d'annuler la décision de la Commission des recours du 31 août 2001 et de confirmer la décision sur réclamation du 29 septembre 2000. La Commission des recours ainsi que BC._ et AC._ concluent au rejet du recours sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions s'en remet à justice. Le 21 décembre 2001, le Service des contributions a déposé, sans y avoir été invité, des observations sur les déterminations de l'Administration fédérale des contributions. 