Sachverhalt: A. Die X._ AG mit Sitz in S._/ZH, bezweckt die Fabrikation von und den Handel mit Textilien und verwandten Produkten. Sie hat verschiedene Tochtergesellschaften, darunter die A._ AG mit Sitz in T._/TG. In dieser waren die gesamten Aktivitäten auf dem Gebiet der Weberei der A._-Gruppe zusammengefasst. Mit Fusionsvertrag vom 1. Dezember 2006 übernahm die X._ AG ihre Tochtergesellschaft A._ AG durch Absorption. Gemäss Fusionsbilanz vom 30. Juni 2006 bestanden die Aktiven der A._ AG zu 94,9 % aus (vermieteten) Immobilien. B. Im Rahmen der Veranlagung für die Steuerperiode 2006 (1. Januar-31. Dezember) machte die X._ AG u.a. Verlustvorträge der absorbierten A._ AG von Fr. ... geltend. Mit Veranlagungsverfügung vom 13. Januar 2010 rechnete das Kantonale Steueramt Zürich diesen Vorjahresverlust auf. Mit Einspracheentscheid vom 10. Januar 2011 hielt das kantonale Steueramt an dieser Aufrechnung fest. Der für die direkte Bundessteuer steuerbare Reingewinn belief sich auf Fr. ... Die von der Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid betreffend die direkte Bundessteuer erhobene Beschwerde wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 17. Mai 2011 ab. Hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern blieb der Einspracheentscheid unangefochten. Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 14. Dezember 2011 ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 14. Dezember 2011 sei aufzuheben und der Vorjahresverlust der fusionsweise übernommenen A._ AG sei im Umfang von Fr. ... mit dem steuerbaren Gewinn der Steuerperiode 2006 zu verrechnen. Das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten ist). Die Beschwerdeführerin hat von ihrem Recht auf Replik Gebrauch gemacht. 