Faits: A. Dans la nuit du 23 au 24 février 2010, un incendie est survenu dans le magasin A._ de Saint-Blaise. X._ en était la gérante, B._ y travaillait. Vers 7 h, le 24 février 2010, six hommes du Service d'incendie et de secours sont intervenus au moyen de trois véhicules. Le sinistre, parti de six foyers distincts, a été rapidement circonscrit au moyen d'eau. Des ventilateurs ont toutefois été nécessaires pour rendre le local "viable". Les locaux adjacents au magasin ont dû être longuement aérés. L'incendie a détruit une partie des stocks du magasin A._, causé des dégâts importants au bâtiment pour un montant de 888'405 fr., et endommagé à hauteur de 300'000 fr. le stock du magasin C._. Par jugement du 8 juin 2012, le Tribunal criminel du Littoral et du Val-de-Travers a condamné X._ pour incendie intentionnel à une peine privative de liberté de deux ans et demi, dont six mois fermes, le solde étant assorti du sursis pendant deux ans, dont à déduire vingt-six jours de détention subie avant jugement. B. Par jugement du 27 mai 2013, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté l'appel formé par X._ et confirmé le jugement du 8 juin 2012. C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 27 mai 2013. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à son acquittement, à l'allocation d'une indemnité équitable de partie pour les procédures cantonales et à ce que les frais de ces procédures soient mis à la charge de l'Etat. Subsidiairement, elle sollicite que sa peine soit réduite à une durée de deux ans, totalement assortie du sursis pendant deux ans, sous déduction de la détention subie avant jugement, et les frais des procédures cantonales mis à sa charge par moitié seulement. Elle requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire. 