Faits: A. Arguant souffrir de troubles affectant la colonne vertébrale (hernie discale, arthrose), partiellement incapacitants dès le 1er mars 1999, totalement incapacitants dès le 1er septembre suivant, F._, né en 1953, qui travaillait d'ordinaire comme chauffeur poids lourds et comme machiniste, a requis des prestations de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) le 19 avril 2000. Se référant notamment aux informations recueillies auprès du médecin traitant (rapports du docteur V._, chirurgien, des 9 mai et 31 octobre 2000), de son service médical régional (rapport d'examen des docteurs G._, interniste et rhumatologue, et A._, psychiatre, du 25 février 2003) ainsi que de l'employeur (questionnaire du 6 juin 2000) et de son service de réadaptation (rapport du 21 novembre 2003), l'office AI a refusé de prester (décision du 9 février 2004). Ayant constaté que les affections mises en évidence pendant la procédure diminuaient de moitié la capacité de travail dans l'activité habituelle mais permettaient la pratique d'une activité adaptée (semi-sédentaire, sans port répétitif de charges de plus de 15 ou 20 kg ni travail sur engins instables, avec alternance des positions) à plein temps avec une baisse de rendement de 20 % et que l'intéressé avait affirmé ne pas pouvoir exercer un quelconque métier, il a comparé un revenu sans invalidité de 65'000 fr. à un revenu d'invalide de 39'130 fr. (basé sur 5 descriptions de postes de travail [DPT]), en a déduit un taux d'invalidité de 39,78 % n'ouvrant pas droit à une rente et a refusé l'octroi de mesures d'ordre professionnel. Malgré les griefs soulevés par F._ dans son opposition (les douleurs aux bras auraient été ignorées; il aurait toujours consenti à suivre des mesures de réinsertion), qui ont cependant justifié la réalisation d'un examen psychiatrique duquel ressortait notamment que la baisse de rendement de 20 % retenue auparavant ne se légitimait plus (rapport de la doctoresse L._, psychiatre, du 15 juin 2005 en relation avec le rapport du service médical de l'administration du 1er juillet 2005), l'office AI a confirmé sa position (décision sur opposition du 29 septembre 2005). Le taux d'invalidité, déterminé par comparaison d'un revenu sans invalidité de 64'805 fr. réalisé en 2000 (selon le questionnaire pour l'employeur) et d'un revenu d'invalide de 50'075 fr. (tiré de l'Enquête suisse sur la structure des salaires 2000 [ESS], TA1, niveau de qualification 4, rapporté à un horaire hebdomadaire de 41,8 heures, réduit de 10 % pour tenir compte des circonstances particulières), a été arrêté à 23 %. Le refus des mesures d'ordre professionnel était motivé par le fait que l'assuré ne remplissait pas la condition subjective indispensable à l'octroi de ce droit. B. L'intéressé a recouru contre cette décision au Tribunal des assurances du canton de Vaud (aujourd'hui, Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois). Considérant qu'il remplissait la condition subjective du droit à des mesures d'ordre professionnel et contestant l'estimation de sa capacité résiduelle de travail dans une activité adaptée (désormais totale au lieu d'être diminuée de 20 %) ainsi que le changement de méthode d'évaluation de l'invalidité en cours de procédure, il concluait à l'octroi d'une rente entière ou d'une demi-rente d'invalidité tant que des mesures de réadaptation n'avaient pas été réalisées. La juridiction cantonale a partiellement admis le recours par jugement du 30 octobre 2008. Elle a réformé la décision entreprise, accordant à F._ un quart de rente depuis le 1er février 2000, et renvoyé la cause à l'administration afin qu'elle examine le droit à des mesures de reclassement. Elle a confirmé l'appréciation médicale du cas par l'office AI, écartant cependant le rapport de la doctoresse L._, qui avait justifié de retenir une pleine capacité de travail dans une activité adaptée, et non de 80 %, au moment de la décision sur opposition, ainsi que les conclusions des docteurs P._, interniste, E._, rhumatologue, et O._, psychiatre, Clinique X._ (rapport du 30 août 2007) qu'elle avait mandatés en cours de procédure, repris la comparaison des revenu en y intégrant ces paramètres et abouti à un degré d'invalidité de 40,8 %. C. L'administration interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation, concluant à la confirmation de sa décision. L'assuré et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. 