Sachverhalt: A. Nach seiner Frühpensionierung meldete sich der mit Y._ verheiratete X._ Ende 1998 nach langjähriger Tätigkeit in der Direktion der Firma A._ von F._ (ZH) nach Kuala Lumpur (Malaysia) ab. Dort beschäftigte er sich im Auftragsverhältnis mit der Expansion der A._ Gruppe in Malaysia. In den Steuererklärungen 1999-2002 gaben die Eheleute X._-Y._ an, freiwillig getrennt zu leben, und zwar die Ehefrau (weiterhin) in F._ und der Ehemann in Kuala Lumpur. Dementsprechend wiesen sie die Einkünfte von X._ aus selbständiger Erwerbstätigkeit, die Pensionskassen-Rente sowie die Hälfte der Wertschriften und Guthaben samt den entsprechenden Erträgen Malaysia zur Besteuerung zu, wogegen sie die Erwerbseinkünfte von Y._, das Grundeigentum mit den entsprechenden Erträgen sowie die andere Hälfte der Wertschriften und Guthaben samt den diesbezüglichen Erträgen als in der Schweiz steuerbar deklarierten. Mit Veranlagungsverfügung vom 5. April 2005 schätzte der Steuerkommissär die Eheleute X._-Y._ für die direkte Bundessteuer sowie für die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerjahre 1999-2002 ein. Seine Einschätzung basierte auf der Selbstdeklaration der Steuerpflichtigen, jedoch ging der Steuerkommissär davon aus, dass X._ unverändert in F._ ansässig sei, und lehnte es deshalb ab, ausländisches Einkommen und Vermögen auszuscheiden. An seiner Einschätzung hielt der Steuerkommissär auch im Einspracheentscheid vom 1. November 2005 fest. B. Eine Beschwerde hiergegen wurde von der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. März 2006 abgewiesen. Der Entscheid der Steuerrekurskommission betraf sowohl die direkte Bundessteuer als auch die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerjahre 1999-2002. Die Pflichtigen führten in der Folge betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999-2002 einerseits sowie die direkte Bundessteuer 2001-2002 andererseits Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welche mit zwei Entscheiden vom 20. Dezember 2006 abgelehnt wurde (vgl. BGE 130 II 65 zu den unterschiedlichen Rechtsmittelzügen für die kantonalen und kommunalen Steuern einerseits und die direkte Bundessteuer andererseits vor und nach Verbindlichkeit der Vorgaben des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden). Die Urteile des Verwaltungsgerichts wurden von den Steuerpflichtigen mittels Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten (Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007). Mit Urteil vom 13. August 2007 vereinigte das Bundesgericht die beiden Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007 und wies die Verwaltungsgerichtsbeschwerden kostenfällig ab. C. Betreffend die direkte Bundessteuer 1999-2000 sowie die Bundessteuer auf der Kapitalleistung aus Vorsorge 1999 fechten die Steuerpflichtigen den Entscheid der Steuerrekurskommission mit Eingabe vom 5. Mai 2006 direkt beim Bundesgericht an. Sie stellen sinngemäss den Antrag, der angefochtene Entscheid der Steuerrekurskommission sei aufzuheben, und die Faktoren seien, unter Berücksichtigung der in den Steuererklärungen vorgenommenen Ausscheidung von ausländischem Einkommen und Vermögen, neu festzusetzen. Von der Besteuerung der Kapitalleistung aus Vorsorge sei abzusehen. Sie rügen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von Bundesrecht. Das Kantonale Steueramt Zürich, die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) beantragen die Abweisung der Beschwerde. Während des Verfahrens betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999-2002 sowie die direkte Bundessteuer 2001-2002 blieb das vorliegende bundesgerichtliche Verfahren sistiert. Im Anschluss an die Eröffnung des bundesgerichtlichen Urteils vom 13. August 2007 betreffend die Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007 und in Beantwortung einer entsprechenden Anfrage des Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts haben die Beschwerdeführer mitgeteilt, dass sie an ihrer Beschwerde vollumfänglich festhalten. 