Faits: A. A.X._, B.X._ et C.X._ exploitent des piscicultures sur les territoires respectifs des communes de Haut-Intyamon, Autafond et Chésopelloz, ainsi que Tavel. Ils élèvent des truites, truitelles et alevins à tous les stades de développement. En janvier 2007, ils ont tous les trois demandé au Service des forêts et de la faune du canton de Fribourg (ci-après: le Service cantonal) une nouvelle autorisation de tirer (ou faire tirer) des oiseaux, notamment des hérons cendrés, causant des dommages dans leurs piscicultures. Le 24 janvier 2007, le Service cantonal a délivré les trois autorisations requises, permettant de tirer (ou faire tirer) des hérons cendrés, des grands cormorans et, pour A.X._, également des corneilles noires ainsi que des grands corbeaux. Il est admis que le nombre moyen de hérons abattus chaque année dans les trois piscicultures concernées est de 36 pour A.X._, 59 pour B.X._ et 31 pour C.X._. B. L'Association suisse pour la protection des oiseaux (ASPO) et Pro Natura (Section de Fribourg) ont déposé trois recours à l'encontre des autorisations précitées dans la mesure où elles concernaient les hérons cendrés. La Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts du canton de Fribourg (ci-après: la Direction cantonale) a admis les recours par décisions des 13 juillet 2007 (cause A.X._), 30 juillet 2007 (cause B.X._) et 13 août 2007 (cause C.X._). Elle a annulé les décisions du Service cantonal parce qu'elles autorisaient une mesure individuelle de tir qui était exclue dès lors que le héron cendré était une espèce protégée et que seules des mesures exceptionnelles de tir pouvaient être prononcées, en application de la législation sur la chasse. Elle a ainsi remplacé les autorisations contestées par des "ordres de tir" adressés à A.X._, pour la "Pisciculture de la Gruyère", à B.X._ et D.X._pour la "Pisciculture B.X._" et enfin, à E.X._ et F.X._ pour la "Pisciculture du Gottéron". Elle a par ailleurs soumis ces tirs à des conditions. Ainsi, seuls les hérons se trouvant dans le périmètre des piscicultures, à proximité immédiate des bassins et à terre pouvaient être tirés au moyen d'une arme à feu et pour autant que des mesures d'effarouchement aient été exécutées au préalable, afin d'individualiser les oiseaux non craintifs susceptibles d'être tirés; chaque oiseau tiré devait être annoncé immédiatement au Service cantonal. Les ordres de tir étaient valables en principe jusqu'au 31 janvier 2009, mais pouvaient être annulés en tout temps par le Service cantonal. C. L'ASPO et Pro Natura ont recouru contre les trois décisions précitées de la Direction cantonale. Ayant joint les causes, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a, par arrêt du 30 octobre 2008, rejeté les recours, tout en ajoutant aux décisions contestées l'indication qu'afin d'individualiser les oiseaux non craintifs, susceptibles d'être tirés, les exploitants devaient mettre en fonction sur le site un épouvantail gonflable automatique. D. Le 5 décembre 2008, l'ASPO et Pro Natura ont déposé un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 30 octobre 2008. Elles concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et des "décisions des autorités autorisant les tirs de hérons cendrés". Elles se plaignent de constatation manifestement incorrecte des faits et de violation du droit fédéral (interprétation et application fausses de la législation fédérale, violation du principe de la proportionnalité, arbitraire notamment dans l'interprétation et l'application du droit cantonal). Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours. La Direction cantonale conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours ainsi qu'à la confirmation de l'arrêt attaqué et des décisions autorisant les tirs de hérons cendrés. Les intimés A.X._, B.X._ et C.X._ contestent l'argumentation des recourantes, sans toutefois conclure expressément au rejet du recours. L'Office fédéral de l'environnement a déposé des déterminations dans lesquelles il fait valoir que l'arrêt attaqué n'est pas conforme au droit fédéral. Les parties et le Tribunal cantonal ont encore été invités à se prononcer sur ces déterminations. E. Par ordonnance présidentielle du 2 février 2009, la requête d'effet suspensif contenue dans le recours a été déclarée sans objet, les autorisations de tir étant en principe valables jusqu'au 31 janvier 2009. 