Faits: A. Y._ travaille dans la communication depuis 1997. Il propose une large palette de prestations allant de la conception à la réalisation de matériel imprimé, de vidéos ou de projets interactifs pour toutes stratégies de communication, publicité et marketing. Le 30 septembre 1997, il a inscrit auprès du registre du commerce du canton de Vaud sa raison de commerce " Z._ communication visuelle, Y._ ". De 1997 à 2002, il s'est constitué une importante clientèle et employait jusqu'à six personnes pour l'assister. Il disposait d'une solide réputation sur le marché de la communication et du graphique. Entre fin 2001 et début 2002, Y._ a dû cesser son activité pour des raisons de santé. Le 5 décembre 2002, il a procédé à la radiation de sa raison de commerce. Lorsqu'il a repris son activité, il n'a pas réinscrit sa raison individuelle au registre du commerce, mais il a continué à utiliser le nom " xxx " pour les activités de son entreprise. Y._ est titulaire du nom de domaine " ....net " depuis le 24 février 1999 et de " ....com " depuis le 2 juillet 2004. Il n'a pas déposé de marque. X._ Sàrl a été fondée le 10 avril 2006 et inscrite au registre du commerce du canton de Vaud le 20 avril suivant. La société a pour but la fourniture de services dans les domaines de l'informatique et du multimédia, notamment la conception, la création et le développement de solutions informatiques et de sites internet, ainsi que les conseils et le commerce dans ce domaine. X._ Sàrl a enregistré le nom de domaine " ...studios.com " le 8 mai 2006. Elle a déposé une marque combinée, soit l'élément verbal " xxx " combiné avec un élément figuratif, constitué d'une représentation graphique stylisée des initiales des mots " ... " et " ... ". Elle a fait enregistrer le nom de domaine " ...studios.ch " durant la même période. Par courrier du 4 décembre 2008, X._ Sàrl a indiqué à Y._ qu'elle subissait un préjudice résultant de l'utilisation de la raison sociale " xxx " pour l'entreprise qu'il exploitait, ainsi que pour le nom de domaine qu'il utilisait. Elle lui a demandé de cesser d'utiliser ce nom et de modifier en conséquence son site internet. Dans une lettre du 22 décembre 2008, Y._ a répondu en donnant quelques informations sur son activité sans se déterminer précisément sur la requête de X._ Sàrl. Le 6 février 2009, Y._ a fait inscrire son entreprise individuelle au registre du commerce du canton de Vaud sous la raison de commerce " Z._ communication créative, Y._ ", dont le but est " toutes activités dans le domaine du graphisme, de la publicité et du marketing ". Début octobre 2009, X._ Sàrl a modifié son but social en " toutes activités en rapport avec la communication, la gestion d'affaires commerciales, le marketing et la publicité ", alors même qu'elle n'exerçait pas d'activité en marketing ou en communication. Il a été constaté que les prestations offertes par X._ Sàrl au public correspondaient toujours, à cette date, au précédent but social. B. Le 1er mai 2009, X._ Sàrl a ouvert action contre Y._ concluant à ce qu'il lui soit ordonné de cesser d'utiliser avec effet immédiat la marque " xxx " pour promouvoir l'activité de son entreprise, et qu'en conséquence il supprime l'expression " xxx " de sa raison de commerce et qu'il la retire de son nom de domaine; elle requiert également une indemnisation de 15'000 fr. pour le dommage subi. Le défendeur a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à ce qu'il soit ordonné à sa partie adverse de cesser avec effet immédiat d'utiliser le signe " xxx " dans le cadre de ses activités et qu'instruction soit donnée au préposé du registre du commerce de radier la raison de commerce " X._ Sàrl "; il demande également à ce qu'il soit constaté que la marque combinée de la demanderesse est nulle et qu'elle soit radiée du registre des marques, qu'ordre lui soit donné de radier ses noms de domaine, et qu'elle soit condamnée à lui verser un montant de 25'000 fr. à titre de dommages-intérêts. Le défendeur plaide au bénéfice de l'assistance judiciaire depuis le 29 juin 2010. Par arrêt du 4 décembre 2012, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a (I.) donné l'ordre à la demanderesse de requérir du registre du commerce la modification de sa raison de commerce de telle manière que les termes " xxx " n'y apparaissent plus, (II.) donné l'ordre à la demanderesse de procéder à la radiation des noms de domaine " ...studios.com " et " ...studios.ch ", (III.), signifié les injonctions précédentes aux associés gérants de la demanderesse, sous la commination de l'art. 292 CP, (IV.) constaté la nullité de la marque combinée de la demanderesse, (V.) indiqué que le jugement définitif et exécutoire sera transmis à l'Institut fédéral de la propriété intellectuelle, et rejeté toutes autres conclusions. C. X._ Sàrl exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 4 décembre 2012. Demandant son annulation, elle reprend devant la Cour de céans les conclusions prises dans sa demande (excepté celle visant l'indemnisation) ; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure. L'intimé sollicite préalablement l'octroi de l'assistance judiciaire et, principalement, le rejet des conclusions prises par la recourante. L'effet suspensif sollicité par la recourante a été accordé par ordonnance présidentielle du 10 juin 2013. 