Sachverhalt: A. Y._ lenkte seinen Lastwagen am 13. November 2009 auf der Staffeleggstrasse von Densbüren nach Aarau. Z._ fuhr mit seinem Personenwagen in die Gegenrichtung. Die Fahrzeuge stiessen in einer Kurve zusammen. Z._ erlitt dabei schwere Verletzungen, denen er noch am Unfallort erlag. Die Staatsanwaltschaft Lenzburg-Aarau stellte das gegen Y._ wegen fahrlässiger Tötung eröffnete Verfahren am 26. April 2012 ein. Bei ihrem Entscheid stützte sie sich auf das Gutachten des Forensischen Instituts Zürich vom 1. Juli 2011 und dessen Ergänzung vom 12. Dezember 2011. Sie kam zum Schluss, Z._ sei mit seinem Fahrzeug gegen den Sattelschlepper gedriftet. Die Kollision habe sich auf der Fahrbahn von Y._ ereignet. Dieser habe seinen Wagen korrekt gelenkt. B. Der Sohn des Verstorbenen, X._, erhob dagegen Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Aargau wies diese am 13. September 2012 ab, soweit es darauf eintrat. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben; die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, weitere Abklärungen vorzunehmen "und/oder" den Fall an das Gericht zu überweisen; eventuell sei ein Obergutachten einzuholen. D. Y._ beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. X._ hält in der Replik an seinen Anträgen fest. Y._ hat hierzu Bemerkungen eingereicht. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Die Staatsanwaltschaft und die Oberstaatsanwaltschaft haben sich nicht vernehmen lassen. 