Faits: A. X._ a été Commandant de la police cantonale jurassienne de 2002 au 31 août 2010. Par jugement du 23 mai 2012, le Juge pénal du Tribunal de première instance du canton du Jura l'a condamné à 20 jours-amende à 200 fr., avec sursis pendant 2 ans, pour abus d'autorité. Il lui a été reproché d'avoir annulé, entre le 9 juillet 2004 et le 28 août 2008, 55 amendes d'ordre délivrées par des gendarmes. B. Saisie par le condamné, par jugement sur appel du 16 janvier 2013, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien, après avoir refusé d'entrer en matière sur l'annulation de 6 amendes, l'a libéré dans 3 autres cas. Elle l'a déclaré coupable d'usurpation de fonction en relation avec l'annulation de 46 amendes et condamné à 15 jours-amende à 200 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans. C. X._ recourt contre ce jugement. Il conclut, avec suite de frais et dépens des instances cantonales et fédérale, principalement à sa réforme dans le sens de son acquittement, une indemnité supérieure à 68'350 fr. lui étant allouée pour son dommage économique. A titre subsidiaire, il demande l'annulation de la décision querellée et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle prononce son acquittement et statue sur les conséquences de celui-ci. 