Faits: A. H._ a travaillé à l'Ecole Y._; à la fin des rapports de travail (en 1999), l'avoir de prévoyance de l'intéressé a été transféré sur un compte de libre passage auprès de l'Institution X._. Au mois de juin 2000, H._ a signé un contrat de travail avec la société Z._ SA, où il a travaillé du 1er août 2000 jusqu'au mois de novembre 2002. Le 25 juillet 2000, il a signé un formulaire intitulé « Demande de transfert du capital de libre passage », sans remplir la rubrique « Raison sociale et adresse de la nouvelle institution de prévoyance ». La demande était accompagnée d'un bulletin de versement au nom de S._, administrateur de Z._ SA, avec l'indication manuscrite « pour le compte » suivi du timbre de « Z._ SA ». L'avoir de libre passage a été versé par l'Institution X._ sur le compte indiqué par le bulletin de versement. S._ n'a jamais fait suivre cet avoir à une institution de prévoyance reconnue et a utilisé l'argent pour procéder à divers investissements. Les tentatives de H._ en vue de recouvrer le montant de sa prestation de libre passage auprès de celui-ci se sont avérées par la suite infructueuses. B. Le 25 août 2005, H._ a ouvert action contre l'Institution X._ devant la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Il a conclu à ce que l'institution de libre passage soit condamnée à payer la somme de 394'580 fr. 60, subsidiairement 318'219 fr. 20, avec intérêt à 5 % dès le 1er juillet 2004, sur le compte de prévoyance ouvert auprès de l'institution de prévoyance de son employeur actuel. Par jugement du 23 mars 2009, la juridiction cantonale a condamné l'Institution X._ à verser sur le compte de l'assuré auprès de la Caisse de pensions V._ la somme de 318'219 fr. 20 avec intérêt à 4 % l'an du 4 août 2000 au 31 décembre 2002, 3,25 % du 1er janvier au 31 décembre 2003, 2,25 % du 1er janvier au 31 décembre 2004, 2,5 % du 1er janvier au 24 août 2005, 3,5 % du 25 août 2005 au 31 décembre 2007, 3,75 % du 1er janvier au 31 décembre 2008 et 3 % à compter du 1er janvier 2009. C. L'Institution X._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement au rejet de la demande, subsidiairement à l'admission partielle de la demande à concurrence d'un montant à fixer à dire de justice et très subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants. H._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 