Sachverhalt: A. A. X._ führt seit vielen Jahren eine Apotheke in A._, Kanton Aargau, als Einzelfirma. Er beschäftigt in seinem Betrieb rund 15 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, darunter auch seine Ehefrau, B. X._. Sie ist zuständig für die Personalführung, das Bestellwesen, die Abrechnungen mit den Krankenkassen und führt die Buchhaltung. Erstmals im Jahre 2002 wurde ihr dafür ein Bruttolohn von Fr. 100'000.-- gutgeschrieben. Bis und mit dem Jahre 2001 gehörte A. X._ keiner beruflichen Vorsorgeeinrichtung der zweiten Säule an. Seinen Vorsorgebedarf deckte er über Einzahlungen in die Säule 3a. Im Jahre 2002 schloss er sich zusammen mit seiner Ehefrau der bereits für das Personal bestehenden BVG-Sammelstiftung der Rentenanstalt an, mit welcher der Lohn im obligatorischen Bereich versichert ist. Den überobligatorischen Teil versicherte er mit Anschlussvertrag vom 9. Juli 2003 rückwirkend per 1. Januar 2002 bei der Patria Prisma Sammelstiftung für Personalvorsorge (nachfolgend auch Kaderversicherung genannt). Daran angeschlossen sind gemäss Reglement der Firmeninhaber und alle bei ihm tätigen Arbeitnehmer, deren voraussichtliches AHV-beitragspflichtiges Jahresgehalt den dreifachen Betrag der maximalen einfachen AHV-Altersrente (Stand 1.1.2003: Fr. 75'960.--) übersteigt. Ausser A. und B. X._ erreicht keine der anderen Mitarbeiterinnen ein Einkommen in dieser Höhe. B. Bei der Veranlagung von A. und B. X._ für die Steuerperiode 2002 anerkannte die Veranlagungsbehörde die für die überobligatorische Vorsorge (Kaderversicherung) bezahlte Einkaufsumme (Fr. xxx) und die ordentlichen Beiträge (Fr. yyy) nicht als Geschäftsaufwand. Zudem rechnete sie das Vorsorgeguthaben bei der Kaderversicherung zum steuerbaren Vermögen hinzu. Sie erachtete die Grundsätze der Kollektivität und Solidarität mit dem Anschlussvertrag vom 9. Juli 2003 bei der Patria Prisma Sammelstiftung für Personalvorsorge nicht als erfüllt. Mit Einspracheentscheid vom 21. Juli 2005 bestätigte sie diese Veranlagung mit einer (angekündigten) reformatio in peius hinsichtlich der dem Geschäftsaufwand effektiv belasteten Beiträge an die Sammelstiftung. Einen Rekurs der Steuerpflichtigen hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 27. April 2002 hinsichtlich der Berufsunkostenpauschale teilweise gut. Im Übrigen wies es den Rekurs ab. C. Die Steuerpflichtigen gelangten mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses bestätigte mit Urteil vom 29. März 2007 die Veranlagung, berichtigte ein Kanzleiversehen im Urteil des Steuerrekursgerichts und wies im Übrigen die Beschwerde ab. D. Mit Beschwerde beantragen die Steuerpflichtigen dem Bundesgericht, die Prämien im Umfang von Fr. zzz und der Einkauf des Beschwerdeführers von Fr. aaa in die Kaderversicherung seien vom satzbestimmenden Einkommen im Steuerjahr 2002 in Abzug zu bringen und dieses sei auf Fr. bbb festzusetzen. Die Einzahlungen an die Kaderversicherung von Fr. ccc seien bei der Berechnung des satzbestimmenden Vermögens nicht zu berücksichtigen und dieses sei für das Steuerjahr 2002 auf Fr. ddd festzulegen. Eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Kantonale Steueramt Aargau und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtete auf eine Stellungnahme. 