Sachverhalt: A. Am 15. Dezember 2008 stellte X._ ein Gesuch um baurechtliche Bewilligung für die Änderung der Nutzung der bisherigen Werkstatt- und Büroräume im Erdgeschoss der Liegenschaft Talstrasse 9 in Wetzikon. Die Liegenschaft befindet sich in der Wohnzone mit Gewerbeerleichterung "WG/2.9". Laut Baugesuch sollen die Räume neu durch den Verein "Y._" zur Durchführung von Freitodbegleitungen für seine Mitglieder genutzt werden. Mit Beschluss vom 11. März 2009 verweigerte die Baukommission Wetzikon die Bewilligung mit der Begründung, die vorgesehene Nutzung sei nicht zonenkonform. Einen gegen diesen Beschluss eingelegten Rekurs wies die Baurekurskommission III des Kantons Zürich am 8. Juli 2009 ab. Daraufhin erhob X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess das Rechtsmittel teilweise gut und lud die Baukommission Wetzikon ein, die Bewilligung der beantragten Nutzung unter Erlass der gebotenen Nebenbestimmungen zu erteilen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 29. Januar 2010, ergänzt durch eine Eingabe vom 1. Februar 2010, beantragt die politische Gemeinde Wetzikon, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Bewilligungsverweigerung sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache an die Baukommission Wetzikon zur Beurteilung des Ausmasses der Einwirkung des streitbetroffenen Betriebs zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht schliesst in seiner Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Im Rahmen eines zweiten Schriftenwechsels halten die Beschwerdeführerin wie auch das Verwaltungsgericht an ihren Anträgen fest, während der Beschwerdegegner neu im Hauptstandpunkt die Abweisung der Beschwerde verlangt. Mit Präsidialverfügung vom 26. Februar 2010 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 