Sachverhalt: A. Auf ihrer Gratiskapitalerhöhung über Fr. 300'000.-- vom 14. Dezember 2006 überwies die Y._ AG am 17. Juli 2009 der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eine Verrechnungssteuer von 35 %, ausmachend Fr. 105'000.--. Mit Schreiben vom 22. Juli 2009 ersuchte X._, Alleinaktionär der Y._ AG, die ESTV gestützt auf das DBA-Thailand vom 12. Februar 1996 um vollständige Rückerstattung der Verrechnungssteuer. Auf die Aufforderung der ESTV, das Rückerstattungsbegehren auf amtlichem Formular mit einer Bestätigung der thailändischen Steuerbehörde zu stellen, reichte X._ am 5. September 2009 das Formular Nr. 60 nach und verlangte eine Rückerstattung von Fr. 60'000.-- (Rückerstattung von 20% statt 35%, d.h. 15% bilden eine definitive Belastung). Auf die Abweisung des Rückerstattungsbegehrens durch die ESTV verlangte X._ einen einsprachefähigen Entscheid. B. Am 27. Juli 2010 wies die ESTV den Antrag auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer durch anfechtbaren Entscheid ab, weil X._ den Nachweis seiner Ansässigkeit in Thailand für den Zeitpunkt der Fälligkeit der betroffenen Erträge nicht rechtsgenügend erbracht habe. Mit Einspracheentscheid vom 22. Februar 2011 wies die ESTV die dagegen erhobene Einsprache ab. Dabei führte sie zusätzlich an, X._ könne aus dem Rundschreiben der ESTV vom 1. September 2005, wo für die Rückforderung von Quellensteuern auf Kapitalleistungen aus privatrechtlicher beruflicher Vorsorge insbesondere für Personen mit Wohnsitz in Thailand erleichterte Wohnsitzbescheinigungen zugelassen werden, nichts zu seinen Gunsten ableiten, weil es sich hier nicht um solche Quellensteuern handle. Das Bundesverwaltungsgericht hiess am 29. August 2011 die Beschwerde dagegen gut, hob den Einspracheentscheid vom 22. Februar 2011 auf und wies die Sache zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an die ESTV zurück. Es befand, das erwähnte Rundschreiben müsse ebenso auf Wohnsitzbescheinigungen betreffend die Verrechnungssteuer angewendet werden. Allerdings sei es Sache der ESTV, noch näher abzuklären, ob X._ über eine Wohnsitzbescheinigung gemäss Ziffer 4 des Rundschreibens vom 1. September 2005 verfüge. Falls dessen Ansässigkeit in Thailand zum massgebenden Zeitpunkt (14. Dezember 2006) zu bejahen sei, habe die ESTV X._ Verrechnungssteuern im Umfang von Fr. 60'000.-- zurückzuerstatten. C. Die ESTV beantragt vor Bundesgericht, das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. August 2011 aufzuheben und den von X._ am 5. September 2009 gestellten Antrag auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer in Bestätigung des Einsprachenentscheids vom 22. Februar 2011 vollumfänglich abzuweisen. D. X._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. E. Mit Eingabe vom 24. November 2011 nimmt die ESTV auf die Beschwerdeantwort von X._ Bezug und macht geltend, bei der beigebrachten Seite 2 des Formulars 60 in deutscher Übersetzung handle es sich um ein unzulässiges Novum. 