Fatti: A. M._, in data 13 marzo 2003, è rimasto vittima di un incidente della circolazione, a seguito del quale ha riportato un trauma distorsivo alla colonna cervicale. Il caso è stato assunto dall'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), il quale, dopo avere regolarmente corrisposto le prestazioni assicurative, con decisione 19 maggio 2006, confermata il successivo 26 giugno anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessato, ha disposto la sospensione del suo obbligo prestativo a partire dal 30 giugno 2006 per assenza, a tale data, di postumi organici oggettivabili riconducibili all'evento infortunistico. M._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, per pronuncia del 17 gennaio 2007, ha respinto il ricorso e confermato l'operato dell'assicuratore infortuni. Adito dall'assicurato, il Tribunale federale, per sentenza del 7 maggio 2008, ne ha invece parzialmente accolto il gravame nel senso che, annullato il giudizio cantonale, ha rinviato gli atti all'istanza di primo grado per allestimento di una perizia medica giudiziaria intesa a stabilire, con la necessaria verosimiglianza, l'esistenza o meno di un rapporto causale naturale tra i tremori al braccio sinistro lamentati dall'interessato e l'incidente del marzo 2003. B. A seguito della sentenza di rinvio, l'autorità giudiziaria cantonale ha affidato l'incarico di compiere i necessari accertamenti al prof. dott. A._, specialista FMH in neurologia. Preso atto delle conclusioni del perito, i giudici cantonali hanno accolto il ricorso, annullato la decisione su opposizione querelata e rinviato gli atti all'INSAI per definire il proprio obbligo di prestazioni dal profilo materiale e temporale (pronuncia del 23 febbraio 2009). C. L'INSAI ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico con cui, protestate spese e ripetibili di sede cantonale e federale, chiede, in accoglimento del gravame, l'annullamento del giudizio impugnato, in quanto fondato su un referto peritale contraddittorio e apodittico nelle sue conclusioni. Postula quindi che l'istanza precedente venga invitata a procedere al complemento istruttorio ordinato dalla sentenza federale del 7 maggio 2008 facendo capo ad un altro perito, preferibilmente ad un professore universitario. Protestate spese e ripetibili, M._, patrocinato dall'avv. Athos Mecca, propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi. 