Faits: A. Le 9 juillet 2008, Y._ Sàrl a fait notifier à X._ Sàrl un commandement de payer la somme de 49'380 fr. 50 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er mai 2008. La poursuivie n'ayant pas fait opposition, la poursuivante a requis la continuation de la poursuite le 18 août 2008. Après que la commination de faillite a été notifiée à la poursuivie le 21 août 2008, la poursuivante a requis sa faillite. Par avis du 18 septembre 2008, l'audience de faillite a été fixée au 21 octobre 2008. B. Le 7 octobre 2008, X._ Sàrl a déposé devant le Tribunal d'arrondissement de La Côte une action en annulation de la poursuite, assortie d'une requête de mesures préprovisionnelles et provisionnelles tendant à la suspension de la poursuite. Par avis du 8 octobre 2008, l'audience de mesures provisionnelles a été fixée au 29 octobre 2008. La demanderesse a alors réitéré sa requête de mesures d'extrême urgence, demandant principalement que la poursuite soit suspendue et l'audience de faillite annulée, et subsidiairement que l'audience soit renvoyée sans réappointement. La Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte a rejeté cette requête le 14 octobre 2008. Contre cette décision, la demanderesse a formé un appel auprès du Tribunal d'arrondissement de La Côte, assortissant sa procédure d'une requête d'effet suspensif et de mesures préprovisionnelles. Statuant le 17 octobre 2008, la Présidente a rejeté celle-ci. C. Le 17 octobre 2008, la demanderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à la réforme de la décision attaquée en ce sens que la poursuite est suspendue à titre préprovisoire et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. A titre préprovisionnel et provisionnel, elle a requis la suspension de la poursuite jusqu'à droit connu sur le recours ou la requête de mesures provisionnelles, l'audience de faillite du 21 octobre 2008 étant renvoyée sans réappointement. L'intimée a proposé le refus de ces mesures préprovisionnelles et provisionnelles. Par ordonnance du 20 octobre 2008, le Président de la IIe Cour de droit civil a annulé l'audience de faillite du 21 octobre 2008 et ordonné à titre superprovisoire qu'aucun acte d'exécution ne soit entrepris dans la poursuite litigieuse jusqu'à droit connu sur la requête d'effet suspensif et de mesures provisionnelles. Le 18 novembre 2008, il a admis la requête de mesures provisionnelles et suspendu la poursuite, sans fixation d'une nouvelle audience de faillite, jusqu'à droit connu sur le présent recours. Dans l'intervalle, l'audience de mesures provisionnelles de première instance s'est tenue le 29 octobre 2008 devant la Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte. Par ordonnance du même jour, notifiée le 13 novembre 2008, celle-ci a rejeté la requête de la demanderesse, les parties pouvant requérir la motivation dans un délai de dix jours. L'intimée propose le rejet du recours. 