Faits: A. X._ est administrateur unique de la société Y._, qui a pour but l'importation, l'exportation, la distribution et l'exploitation d'appareils électroniques. Cette société place des machines à sous dans divers établissements publics. En tant que directeur et administrateur de Y._, X._ a exploité deux appareils de jeux de hasard de type poker Royal Card, l'un, de septembre 2000 au 10 avril 2001, au café A._ et, l'autre, de septembre à novembre 2000, au café-restaurant B._. Ces appareils n'avaient pas fait l'objet d'un examen, d'une évaluation de conformité ou d'une homologation, et les exploitants convertissaient en consommations les points gagnés par les joueurs. B. B.a Le 30 avril 2004, la Commission fédérale des maisons de jeu (ci-après: CFMJ) a rendu un mandat de répression à l'encontre de X._, le condamnant, pour violation de l'art. 56 al. 1 let. a et c de la loi fédérale sur les jeux de hasard et les maisons de jeu (LMJ; RS 935.52), à une amende de 4000 fr. Le même jour, elle a ordonné la confiscation et la destruction de l'appareil Royal Card saisi au café A._, de même que la confiscation de la somme de 920 fr. trouvée dans cet appareil. Sur opposition de X._ et de Y._, la CFMJ les a renvoyés en jugement, en application des art. 71 et 72 de la loi fédérale sur le droit pénal administratif (DPA; RS 313.0). B.b Par jugement du 9 octobre 2006, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._, pour infraction à l'art. 56 al. 1 let. a et c LMJ, à une amende de 1000 fr. et au paiement à la Confédération d'une créance compensatrice de 1700 fr. Par jugement du même jour, il a ordonné, à l'encontre de Y._, la confiscation et la destruction de l'appareil Royal Card saisi au café A._, de même que la confiscation de la somme de 920 fr. trouvée dans cet appareil. B.c Statuant le 19 mars 2007 sur appel de X._, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a considéré que les deux jugements formaient un tout et devaient être traités comme tel. Elle a a acquitté X._ au bénéfice du doute et constaté la nullité absolue du jugement en tant qu'il concernait Y._, au motif que cette dernière n'avait pas été citée à l'audience. B.d Statuant le 9 novembre 2007, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis le recours formé par la CFMJ, a annulé l'arrêt attaqué et a renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. En substance, elle a considéré que la cour cantonale avait procédé à une interprétation extensive du principe « in dubio por reo », dès lors qu'une jurisprudence fédérale claire reconnaissait au Magic Card, appelé aussi Royal Card, le caractère de jeu de hasard et qu'au demeurant, ce fait n'avait jamais été litigieux durant la procédure. En outre, elle a estimé que Y._ s'identifiait pratiquement à X._, de sorte que le tribunal de police était fondé à ne convoquer que ce dernier et à considérer que celui-ci comparaissait tant pour lui-même que pour Y._; par conséquent, la constatation de nullité concernant la confiscation relevait du formalisme excessif. C. Par arrêt du 14 avril 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice de Genève a « annulé le jugement rendu le 9 octobre 2006 sauf en tant qu'il ordonne la confiscation de l'appareil Royal Card saisi en date du 10 avril 2001 au café A._ à Carouge et de la somme de 920 francs retrouvée dans l'appareil ». Statuant à nouveau, elle a ordonné la réalisation de l'appareil Royal Card au bénéfice de X._, a constaté la prescription de l'action pénale et dit qu'il n'y avait plus matière à fixer une créance compensatrice. D. Contre cet arrêt cantonal, la CFMJ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut que celui-ci condamne X._ au paiement d'une amende et d'une créance compensatrice et ordonne la confiscation et la destruction de l'appareil Royal Card saisi au café A._, de même que la confiscation de la somme trouvée dans ledit appareil. E. Le Procureur général genevois a conclu à l'admission du recours, alors que l'intimé n'a pas déposé d'observations. 