Faits: A. En mars et avril 2008, X._ s'est présenté pour la troisième fois aux examens d'avocat du canton de Vaud. Le rapport établi le 17 avril 2008 par la Commission d'examens à propos de la session mars et avril 2008 comprend notamment l'énoncé des questions, la présentation de ce que la Commission d'examens attendait des candidats ainsi que l'appréciation du travail de chacun d'eux. Après avoir commenté les réponses formulées par l'intéressé, la Commission d'examens lui a attribué la note 3 pour la rédaction de la requête en procédure civile, 7 pour la consultation de droit privé, 6.5 pour celle de droit public, 5.5 pour celle de droit pénal et 5 pour l'oral, et par conséquent, une moyenne de 5.4. Le seuil de suffisance étant fixé à 6, elle a proposé à la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Vaud de refuser le brevet d'avocat à l'intéressé. B. Par décision du 21 avril 2008, la Cour administrative a refusé de délivrer à X._ le brevet d'avocat. Par mémoire du 13 mai 2008, l'intéressé a déféré cette décision à la Cour plénière du Tribunal cantonal, concluant à l'octroi du brevet d'avocat. Il s'est plaint de l'appréciation portée par la Commission d'examens sur les réponses aux questions qui lui ont été posées dans les matières où il a obtenu une note insuffisante. Il n'a soulevé aucun grief d'ordre procédural. Par lettre du 18 juin 2008, la Cour administrative a renoncé à déposer une réponse formelle au recours se référant à la décision attaquée. Elle a conclu au rejet du recours. La Commission d'examens a produit son rapport complet et, sans se déterminer, a conclu au rejet du recours. A sa requête, le recourant a reçu le dossier en consultation. La Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal) a délibéré par voie de circulation. C. Par arrêt du 19 juin 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. L'art. 6 CEDH ne s'appliquait pas lorsqu'il s'agissait de juger des connaissances et de la pratique nécessaires à l'exercice de la profession d'avocat. Selon le droit cantonal, la procédure était en principe écrite, de sorte que les parties n'avaient pas de droit à être auditionnées. Il disposait d'un libre pouvoir d'examen de la légalité, incluant l'abus et l'excès du pouvoir d'examen, mais s'imposait une certaine retenue pour revoir l'appréciation de la Commission d'examens. Après un examen approfondi des motifs de la Commission d'examens et des griefs de l'intéressé, il a constaté que les notes attribuées ne relevaient pas d'un abus de pouvoir d'appréciation. D. Par ordonnance du 25 juin 2009, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a déclaré sans objet et classé un recours (2D_36/2009) déposé par l'intéressé le 14 mai 2009 se plaignant du retard à statuer du Tribunal cantonal. E. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, l'intéressé demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 19 juin 2009 et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision. Il se plaint de la violation des art. 9 et 29 Cst., ainsi que 6 et 13 CEDH. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire. La Cour de droit administratif et public expose que le dossier a circulé par deux fois entre les membres la composant pour cette cause et conclut au rejet du recours. La Commission d'examens s'en tient à son rapport. 