Fatti: A. B._ è proprietaria di una casa d'abitazione sita nella zona residenziale di C._. Il fondo (xxx) è delimitato da un promontorio roccioso, sul quale sorge la casa di A._ (particella yyy). All'epoca, il confine tra i due fondi coincideva con la base della rupe. Nel 1992 B._ ha ceduto al vicino una striscia di terreno sita alla base del promontorio. Il confine è stato quindi spostato di un paio di metri verso l'interno del giardino di B._. B. Il 10 ottobre 2003, il comproprietario della particella xxx ha annunciato al Municipio l'intenzione di posare una casetta prefabbricata in legno, di m 2.37 x 2.43. Alla notifica, nella quale l'ubicazione esatta del manufatto non era precisata, era allegata una copia della mappa catastale riportante ancora il vecchio confine. Dopo aver accertato che la casetta era già stata posata ai piedi della roccia, il 10 dicembre 2003 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, omettendo di notificare la domanda di costruzione e la licenza ai vicini. Nel 2006, dopo che il geometra aveva constatato che la casetta era stata posata a cavallo del confine tra i fondi, il vicino ha chiesto che fosse spostata sul fondo della vicina, che si è opposta alla richiesta. Il 18 giugno 2008 il Municipio ha revocato la licenza, adducendo d'essere stato indotto in errore dalla planimetria non aggiornata. C. Il 10 settembre 2008 il Consiglio di Stato, accogliendo un ricorso di B._, ha annullato il provvedimento municipale. Adito da entrambi i vicini, con giudizio del 26 febbraio 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto l'impugnativa di A._ e accolto parzialmente quella di B._, rinviando gli atti al Governo cantonale affinché determini l'indennità per ripetibili dovuta a quest'ultima. D. Contro questa decisione A._ presenta al Tribunale federale un ricorso non meglio precisato, che fa riferimento agli art. 82 e 113 LTF. Chiede, in via principale, di annullarla e di confermare la revoca della licenza edilizia e, in via subordinata, di rinviare la causa alla Corte cantonale per nuovo giudizio. Non sono state chieste osservazioni al gravame. 