Faits: A. Le 17 mai 2009 a eu lieu la votation fédérale relative d'une part à l'arrêté fédéral du 3 octobre 2008 "Pour la prise en compte des médecines complémentaires" (article constitutionnel), et d'autre part à l'arrêté fédéral du 13 juin 2008 concernant la reprise du Règlement relatif aux passeports biométriques et aux documents de voyage. Les résultats de cette votation sont, pour le canton de Vaud, les suivants: arrêté du 3 octobre 2008: bulletins valables: 164'778 oui: 129'312 non: 35'466 arrêté du 13 juin 2008: bulletins valables: 163'006 oui: 74'098 non: 88'908 Au niveau fédéral, le premier objet a été accepté par 1'283'838 oui contre 631'908 non, ainsi que par l'unanimité des cantons; le second a été accepté par 953'136 oui contre 947'632 non. B. Le 20 mai 2009, le Mouvement Citoyen Suisse et François von Siebenthal ont saisi le Conseil d'Etat vaudois. Ils évoquaient le cas de trois communes vaudoises n'ayant pas reçu le matériel de vote. D'autres communes auraient connu des irrégularités, rendues possibles par la procédure de vote par correspondance. Ils se plaignaient de l'absence de publication des données du scrutin par bureau de vote. Selon eux, les 40'000 bulletins de vote et enveloppes supplémentaires pouvaient permettre des fraudes, de même que la transparence de l'enveloppe de vote. Les recourants demandaient de nouvelles votations, au moins dans les communes concernées, ainsi que des contrôles par sondages dans tout le canton. Ils concluaient également à la publication d'une décision rendue précédemment, sur recours, par le Conseil d'Etat. C. Par décision du 29 mai 2009, le Conseil d'Etat a rejeté le recours, laissant indécise la question de la qualité pour recourir du Mouvement Citoyen Suisse. En raison d'une erreur d'envoi, les 54 électeurs de la commune de Pizy ainsi que plusieurs habitants de Gimel et d'Avenches n'avaient pas reçu le matériel de vote. Un nouvel envoi avait été effectué pour la commune de Pizy et les habitants des autres communes concernées avaient pu demander du matériel de remplacement. La boîte aux lettres pour le vote anticipé dans la commune de Penthalaz avait été vandalisée, mais la population en avait été informée et les votants concernés avaient pu s'annoncer. Les informations sur le scrutin pour chaque commune étaient disponibles sur le site Internet de l'Etat de Vaud. La loi n'exigeait pas la diffusion des résultats des différents bureaux de section. Il n'y avait pas d'indice d'utilisation abusive du matériel de vote de réserve; il n'était pas possible de lire le contenu de l'enveloppe de vote, ce d'autant que le bulletin était sur papier gris. Les soupçons de fraude ne reposaient sur aucun élément concret. D. François von Siebenthal forme un recours "de droit public" contre cette dernière décision. Il demande l'organisation d'un nouveau vote dans tous les cantons où le matériel de vote ne satisfait pas aux exigences légales, ainsi qu'une enquête dans d'autres cantons. Il demande que le Tribunal fédéral ordonne diverses mesures afin de prévenir les fraudes, notamment l'abandon du vote électronique. Le Conseil d'Etat se réfère à sa décision. La Chancellerie fédérale ne s'est pas déterminée. 