Sachverhalt: A. Der 1962 geborene A._ war zuletzt als selbstständiger Automechaniker erwerbstätig gewesen, als er sich am 4. Dezember 2002 unter Hinweis auf einen am 3. August 2001 erlittenen Autounfall bei der IV-Stelle des Kantons Aargau zum Leistungsbezug anmeldete. Die IV-Stelle sprach dem Versicherten mit Verfügung vom 11. Februar 2004 ab 1. August 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Zwei Revisionsverfahren in den Jahren 2005 und 2006 ergaben eine unveränderte Invalidenrente. In einem weiteren Revisionsverfahren holte die IV-Stelle eine Expertise beim Institut X._, (Gutachten vom 2. November 2009) ein. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens stellte die IV-Stelle die laufende Rente mit Verfügung vom 26. Mai 2011 auf Ende des der Zustellung der Verfügung folgenden Monats ein. B. Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 1. November 2011 ab. C. Mit Beschwerde beantragt A._, ihm sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides weiterhin eine Rente auszurichten; eventuell sei das angemessene Honorar des unentgeltlichen Rechtsvertreters des vorinstanzlichen Verfahrens per Ablauf der Rechtsmittelfrist des vorinstanzlichen Entscheides fällig zu erklären. In prozessualer Hinsicht beantragt der Versicherte einerseits die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung. Zudem stellt er ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Schliesslich sei die Beschwerdegegnerin anzuweisen, ein Register mit den compatibeln Dok-Nummern der dem Versicherungsgericht und dem unterzeichnenden Anwalt kopierten Akten zu edieren. 