Sachverhalt: A. X._ fuhr am frühen Morgen des 14. Juni 2011 am Steuer eines Personenwagens von Flims nach Chur. Zwischen Flims und Trin kollidierte er frontal mit einer auf der Mittellinie aufgestellten Leitbake. Mit beschädigter Frontscheibe und Fahrzeugfront setzte er seine Fahrt fort und wurde in Chur um 03.24 Uhr von der Stadtpolizei angehalten. X._ hatte diese Fahrt mit einem Blutalkoholgehalt von mind. 2,45 und max. 2.94 Promillen unternommen. Die Polizei nahm ihm den Führerausweis an Ort und Stelle vorläufig ab. Am 8. August 2011 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden X._ den Führerausweis vorsorglich auf unbestimmte Zeit. Es verpflichtete ihn zudem, seine Fahreignung beim Psychiatrischen Dienst Graubünden (PDGR) spezialärztlich abklären zu lassen. Am 23. November 2011 entzog das Strassenverkehrsamt X._ den Führerausweis gestützt auf das forensisch-psychiatrische Gutachten des PDGR vom 24. Oktober 2011 auf unbestimmte Zeit. Die Wiedererteilung des Führerausweises machte es von einer kontrollierten Alkoholabstinenz von sechs Monaten, der Teilnahme an mindestens acht therapeutischen Beratungsgesprächen bei einer Fachstelle für Suchtberatung und einem positiv lautenden neurologischen Zeugnis (Verlaufsbericht Epilepsie) abhängig. Am 3. Februar 2012 wies das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit des Kantons Graubünden (im Folgenden: Departement) die Beschwerde von X._ gegen diese Entzugsverfügung im Wesentlichen ab; es verzichtete einzig darauf, die Wiedererteilung des Ausweises von einem neurologischen Zeugnis abhängig zu machen. Am 11. September 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben, ihm den Führerausweis im Sinn eines Warnungsentzugs für 6 Monate, eventuell nach Ermessen des Gerichts, zu entziehen, unter Anrechnung der bisherigen Entzugsdauer, oder die Sache zu neuem Entscheid ans Departement zurückzuweisen. Dieses sei zu verpflichten, ihn für das Verfahren vor dem Departement mit Fr. 3'664.20 und für dasjenige vor dem Verwaltungsgericht mit Fr. 3'337.20, eventuell nach Ermessen des Gerichts, zu entschädigen. Zudem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. C. Mit Verfügung vom 16. November 2012 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. D. Das Departement, das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragen, die Beschwerde abzuweisen. 