Sachverhalt: A. M._, geboren 1978, verfügt über eine Ausbildung als Zimmermann. Zuletzt war er ab 2. April 2007 als Dachdecker in der Firma P._ AG tätig. Am 30. April 2007 stürzte M._ bei der Arbeit auf einem Baugerüst auf den Boden, als das Gerüst wegkippte, und prallte auf den Rücken. Dabei zog er sich Kontusionen am ganzen Körper, insbesondere an der Hals-, Brust- und Lendenwirbelsäule (HWS, BWS, LWS) zu. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher M._ obligatorisch versichert war, kam für die Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus. Am 20. Dezember 2007 meldete sich M._ unter Hinweis auf ein lumboradikuläres, zervikocephales und brachiales Syndrom nach Unfall mit Sturz aus vier Metern, Kontusionen der HWS, BWS und LWS, Kniekontusion rechts, Rissquetschwunde am Schädel frontotemporal, muskuläre Dysbalance der HWS und LWS sowie muskuläre Haltungsinsuffizienz, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit, Arbeitsvermittlung, Rente). Die IV-Stelle des Kantons Graubünden zog die Akten der SUVA bei und führte erwerbliche Abklärungen durch. Nachdem M._ Aufforderungen der IV-Stelle, sich zu melden, mehrfach nicht nachgekommen war und Termine nicht eingehalten hatte, insbesondere auch nicht mit den Arbeits- und Beschäftigungsstätten der psychiatrischen Dienste, bei welchen die IV-Stelle eine berufliche Abklärung veranlasste (Bericht vom 12. November 2008), führte die IV-Stelle erfolglos ein Mahn- und Bedenkzeitverfahren durch (Schreiben vom 7. Januar 2009). Mit Vorbescheid vom 28. Januar 2009 stellte die IV-Stelle den Abschluss der beruflichen Massnahmen in Aussicht. Auch darauf reagierte M._ nicht. Am 4. März 2009 erliess sie eine dem Vorbescheid entsprechende Verfügung. Am 20. März 2009 hielt Rechtsanwalt Fryberg, den M._ bereits am 6. Juni 2008 mit der Wahrung seiner Interessen beauftragt hatte, unter anderem fest, M._ befinde sich seit Januar 2009 in psychiatrischer Behandlung bei Dr. med. K._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, weshalb er nicht in der Lage gewesen sei, auf das Schreiben vom 7. Januar 2009 zu reagieren. In der Zwischenzeit habe er sich erfolgreich um ein Praktikum für die angestrebte Umschulung zum Tontechniker bemüht. Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung sei daher ausgewiesen, weshalb er um Erlass einer entsprechenden Verfügung ersuche. Mit Schreiben vom 25. März 2009 führte die IV-Stelle aus, M._ könne gegen die Verfügung vom 4. März 2009 Beschwerde erheben. B. Daraufhin liess M._ Beschwerde führen beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, welches diese mit Entscheid vom 29. September 2009 im Sinne der Erwägungen guthiess, indem es die IV-Stelle verpflichtete, die beruflichen Massnahmen wieder aufzunehmen und zu prüfen, inwiefern eine Fortführung derselben angezeigt sei. C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Bestätigung der Verfügung vom 4. März 2009. Die Vorinstanz und M._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Gleichzeitig ersucht M._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 