Sachverhalt: A. A.a Der 1957 geborene R._ meldete sich wegen "Berufskrankheit, Erkrankung Lunge und Atmungsorgane" im November 2007 bei der Invalidenversicherung an und beantragte eine Rente. Mit Vorbescheid vom 8. Januar 2009 stellte die IV-Stelle Bern u.a. gestützt auf das Gutachten des Centre X._, vom 3. Dezember 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens in Aussicht. Dagegen erhob der Versicherte am 26. Januar 2009 Einwand. Am 16. Februar 2009 erliess die IV-Stelle eine im Sinne des Vorbescheids lautende Verfügung. A.b Im Dezember 2009 meldete sich R._ erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Rücksprache mit dem regionalen ärztlichen Dienst veranlasste die IV-Stelle eine medizinische Abklärung (Expertise des ABI [Ärztliches Begutachtungsinstitut,] vom 20. Dezember 2010). Mit Vorbescheid vom 24. Januar 2011 teilte die IV-Stelle dem Versicherten mit, mangels eines Gesundheitsschadens mit invalidisierender Wirkung bestehe kein Rentenanspruch. Dagegen liess R._ durch Rechtsanwalt Claude Wyssmann Einwand erheben, wobei er unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das Vorbescheidverfahren beantragte. Mit Verfügung vom 7. Juni 2011 wies die IV-Stelle das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung im Verwaltungsverfahren ab. B. Die Beschwerde des R._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 29. Oktober 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt R._, der Entscheid vom 29. Oktober 2012 sei aufzuheben und ihm für das Vorbescheidverfahren die unentgeltliche Rechtsverbeiständung zuzusprechen; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen, unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat sich nicht vernehmen lassen. Der Rechtsvertreter von R._ hat sich in einer weiteren Eingabe zur Sache geäussert. 