Sachverhalt: A. Am 18. Oktober 2006 reichte X._ Strafanzeige gegen A._ u.a. wegen vorsätzlicher Körperverletzung gemäss Art. 122 StGB, Betrug und Urkundenfälschung ein. Gleichzeitig stellte sie vorsorglich Strafantrag, falls das Körperverletzungsdelikt als einfache Körperverletzung qualifiziert werden sollte, da diese nur auf Antrag hin verfolgt wird. B. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich übernahm am 6. November 2006 die Strafverfolgung und leitete ein Untersuchungsverfahren ein, erliess am 14. August 2008 jedoch eine Einstellungsverfügung, weil sich keinerlei strafrechtlich relevantes Verhalten nachweisen liesse. C. Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 24. Oktober 2008 Rekurs beim Obergericht des Kantons Zürich, welches diesen am 5. Januar 2009 abwies. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen, in welcher sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich anzuweisen, die Untersuchung gegen A._ weiterzuführen. E. Beide Beschwerdegegnerinnen sowie die Vorinstanz verzichten auf eine Stellungnahme. Die Staatsanwaltschaft beantragt ferner die Bestätigung des vorinstanzlichen Beschlusses. 