Sachverhalt: A. Die 1959 geborene A._ bezieht seit 1. Oktober 2001 bei einem Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Rente der Invalidenversicherung. Ihrem Ehemann B._ (geboren 1956) sprach die Invalidenversicherung ab 1. Januar bis 30. September 1995 eine Invalidenrente zu. Nachdem er sich im April 2002 erneut zum Leistungsbezug anmeldete, verneinte die IV-Stelle Bern bei einem Invaliditätsgrad von 34 % dessen Anspruch auf eine Rente, was das Bundesgericht mit Urteil I 18/06 vom 1. Februar 2007 letztinstanzlich bestätigte. Im Dezember 2007 stellte B._ wiederum ein Rentengesuch, welches noch nicht rechtskräftig beurteilt ist (vgl. Urteil 9C_199/2009 vom 9. Juni 2009). A._ meldete sich im Oktober 2005 bei der Ausgleichskasse des Kantons Bern zum Bezug von Ergänzungsleistungen an. Diese sprach ihr mit Verfügung vom 16. Oktober 2007 ab 1. September 2002 bis 31. Mai 2003 und ab 1. Mai bis 30. November 2005 Ergänzungsleistungen zu, wobei sie u.a. ab 1. Juni 2003 ein hypothetisches jährliches Erwerbseinkommen des Ehemannes von Fr. 36'000.- anrechnete. Mit Einspracheentscheid vom 9. Juli 2008 reduzierte sie die angerechneten Beträge auf jeweils Fr. 18'000.- und setzte die Ergänzungsleistungen ab 1. Juni 2003 neu fest. B. Die Beschwerde der A._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 20. Januar 2009 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Ausgleichskasse anzuweisen, die Ergänzungsleistungen ohne Berücksichtigung eines Verzichtseinkommens festzulegen; eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung und neuen Verfügung an die Verwaltung zurückzuweisen. 