Sachverhalt: A. Die Stiftung X._ Pensionskasse mit Sitz in A._/ZH bezweckt statutengemäss die berufliche Vorsorge im Rahmen des BVG und seiner Ausführungsbestimmungen für die Arbeitnehmer der X._-Gruppe sowie für deren Angehörige und Hinterlassenen gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Invalidität und Tod. Die Y._ AG mit Sitz am selben Ort ist eine hundertprozentige Tochtergesellschaft der Stiftung. Ihr Zweck liegt in der Verwaltung und gegebenenfalls auch der umfassenden Betreuung von einzelnen Immobilien oder ganzen Immobilienportfolios für Kunden im Auftragsverhältnis, insbesondere auch für institutionelle Anleger. Die Stiftung und die Aktiengesellschaft bilden zusammen die Mehrwertsteuergruppe "X._ Pensionskasse", die auf den 1. Januar 1995 ins Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen wurde. Gruppenträgerin ist die Stiftung. B. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) orientierte am 10. Juni 2011 die beiden Mitglieder über die bevorstehende Löschung der Gruppe aus dem Register der Mehrwertsteuerpflichtigen. Sie begründete dies damit, dass Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Art. 16 Abs. 3 der Anfang 2010 in Kraft getretenen Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 von der Teilhabe an einer Mehrwertsteuergruppe ausgeschlossen seien. Mit Verfügung vom 21. November 2011 löschte die ESTV die Gruppe per Ende 2011. Einer möglichen Einsprache entzog sie die aufschiebende Wirkung. Im Einspracheentscheid vom 25. Mai 2012 bestätigte sie die Anordnung und ordnete den Entzug der aufschiebenden Wirkung einer möglichen Beschwerde an. Die hierauf von den Gruppenmitgliedern erhobene Beschwerde hiess das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, mit Urteil A-3479/2012 vom 8. Januar 2013 gut, soweit es darauf eintrat, hob den angefochtenen Einspracheentscheid auf und versagte der streitbetroffenen Verordnungsbestimmung im konkreten Fall die Anwendung. C. Die ESTV erhebt mit Eingabe vom 8. Februar 2013 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, es seien der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 8. Januar 2013 aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 25. Mai 2012 zu bestätigen. Während das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, auf eine Vernehmlassung verzichtet, nimmt die Stiftung X._ Pensionskasse in eigenem Namen und jenem der Y._ AG zur Beschwerde Stellung. 