Faits: A. Au bénéfice d'une autorisation de type A délivrée par la ville de Lausanne lui conférant le droit de stationner sur le domaine public, X._ exploite, sous forme de raison individuelle, une entreprise de taxis de deux véhicules. L'intéressée conduit le véhicule portant le numéro d'immatriculation VD ** et sa fille, Y._, celui portant le numéro d'immatriculation VD ** (respectivement VD ** pour la période courant du 18 mai 1998 au 8 avril 1999). A la suite d'un contrôle fiscal, intervenu les 8 et 9 juillet 2003, X._ a été inscrite au registre des contribuables obligatoirement assujettis à la TVA, avec effet rétroactif au 1er janvier 1998. A teneur de deux décomptes du 9 juillet 2003, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, (ci-après: l'Administration fédérale) a arrêté le montant de l'impôt à 17'333 fr. avec intérêts pour la période du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000, soumise à l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) et à 16'884 fr. avec intérêts pour la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2003, soumise à la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20). Ces montants ont été fixés sur la base d'une estimation du chiffre d'affaires réalisé pendant les périodes considérées, compte tenu des lacunes de la comptabilité présentée. B. Par décisions sur réclamation du 30 août 2007, l'Administration fédérale a confirmé l'inscription de X._ sur le registre des assujettis à la TVA et a persisté à réclamer les impôts résultant des décomptes du 9 juillet 2003. Elle a exposé qu'elle avait procédé à l'évaluation du chiffre d'affaires réalisé par l'intéressée sur la base des kilomètres parcourus ressortant des disques tachygraphes pour deux périodes représentatives en raison d'un meilleur suivi. Après déduction des kilomètres privés, qu'elle avait dû estimer en l'absence de documents justificatifs appropriés, elle avait valorisé les kilomètres professionnels retenus selon un rendement kilométrique moyen pour une activité de chauffeur de taxi dans la région lausannoise. Le 30 septembre 2007, X._ a déposé deux recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions précitées de l'Administration fédérale. Elle a fait valoir que sa comptabilité avait été tenue de manière probante, que les exigences de l'Administration fédérale n'étaient pas appropriées, que le calcul du chiffre d'affaires par estimation, notamment l'utilisation des coefficients retenus, n'était pas justifiée et était contestable et que le résultat obtenu était sans lien avec la réalité économique. Dans ses dupliques du 10 avril 2008, l'Administration fédérale, sur la base des pièces nouvelles produites par X._ à teneur de ses répliques du 4 février 2008, a corrigé le rendement kilométrique applicable aux courses effectuées par l'intéressée pour le compte de la commune de A._ et a indiqué qu'elle établirait, dès l'entrée en force de la décision du Tribunal administratif fédéral, deux avis de crédit, l'un de 3'563 fr. pour la période du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000, l'autre de 3'741 fr. pour la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2003. Dans son arrêt du 19 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral, après avoir joint les deux causes, a partiellement admis le recours en ce sens que les montants devant faire l'objet de la reprise fiscale ont été fixés respectivement à 13'770 fr. et 13'413 fr., conformément aux conclusions formulées par l'Administration fédérale dans ses dupliques du 10 avril 2008. Il a considéré, en substance, que l'autorité fiscale avait procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité de X._ en l'absence d'une comptabilité tenue régulièrement, que le calcul du nombre de kilomètres professionnels déterminant, le recours à des coefficients expérimentaux pour établir le rendement kilométrique moyen et la fixation de la date de l'immatriculation rétroactive de l'intéressée ne prêtaient pas le flanc à la critique. C. Le 29 juin 2009, X._ a déposé un recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 19 mai 2009. Elle conclut, sous suite de dépens, principalement, à la modification de l'arrêt entrepris en ce sens que les montants réclamés ne sont pas dus, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi du dossier "à l'autorité inférieure que Justice dira pour complément d'informations". Pour l'essentiel, elle conteste la fixation du nombre de kilomètres professionnels retenu par l'Administration fédérale et fait valoir que les coefficients expérimentaux appliqués ne tiennent pas compte de la différence de statut et de la manière de travailler existant entre un chauffeur dépendant et un chauffeur indépendant. X._ requiert la mise en oeuvre d'une enquête ou d'une expertise aux fins de déterminer le rendement kilométrique moyen des chauffeurs de taxis indépendants par rapport aux chauffeurs de taxis salariés. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer une réponse. L'Administration fédérale conclut, sous suite de frais, au rejet du recours. 