Faits: A. B.X._ est propriétaire d'un quadricycle à moteur Polaris Sportsmann 700 avec lequel son fils, A.X._, a commis diverses infractions. B. Par décision du 27 février 2004, le juge d'instruction du Bas-Valais a ordonné le séquestre du véhicule susmentionné. Le 2 mars 2004, B.X._ a été informé téléphoniquement par la police de la décision précitée. Il a toutefois indiqué à son interlocuteur qu'il ne signerait rien dans cette affaire et qu'il n'en avait rien à faire. C. Par jugement du 5 avril 2006, le juge II du district de Monthey a notamment condamné A.X._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, entrave à la circulation publique, contrainte et violations à la LCR, à vingt-cinq jours d'emprisonnement, avec sursis. Il a également confisqué et dévolu à l'Etat le quadricycle Polaris Sportsman 700, immatriculé au nom de B.X._, qui n'a pas reçu notification de cette décision. D. Par jugement du 4 juillet 2008, la Juge de la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a notamment condamné A.X._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, dommages à la propriété, contrainte, entrave à la circulation publique et violations à la LCR, à une peine pécuniaire de 20 jours-amende, à 15 fr./j., et à une amende de 300 fr., respectivement à une peine privative de liberté de substitution de 20 jours. Elle a également confisqué le quadricycle à moteur Polaris Sportsman 700, immatriculé au nom de B.X._, précisant que le produit de réalisation dudit véhicule devait, sous déduction des frais y relatifs, être alloué à ce dernier. La partie relative à la confiscation du jugement précité a été correctement notifiée à B.X._. E. B.X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de son droit d'être entendu, de ses garanties fondamentales de procédure, de son droit à la propriété et une application arbitraire de l'art. 18 CPP/VS, il conclut à l'annulation de la décision cantonale dans la mesure où celle-ci vise la confiscation de son quadricycle. Le Tribunal cantonal et le Ministère public valaisan ont renoncé à déposer des observations. 