Faits: A. Fondée en 1994, X._ est une entreprise qui fabrique et commercialise des produits cosmétiques faits à la main et dont le siège se situe au Royaume-Uni. Elle compte aujourd'hui plus de 600 magasins dans 46 pays. X._ AG (ci-après: la Société) est inscrite au registre du commerce du canton de Zoug depuis le 10 janvier 2002. Elle a notamment pour but l'importation, la fabrication et la vente des produits cosmétiques de la marque X._en Suisse. La Société exploite plusieurs magasins en Suisse, dont l'un à Lausanne. B. B.a. Le 11 janvier 2012, le contrôleur à l'inspection des denrées alimentaires du Service de la consommation et des affaires vétérinaires du canton de Vaud (ci-après: le Service cantonal) a prélevé dans le magasin de Lausanne cinq échantillons des produits suivants : - article de bain : petit gâteau de marshmallow; - article de bain : fondant décoré; - article de bain : gâteau "comme par magie"; - savon : miel en tranche; - savon : gâteau de canne à sucre. Le solde de ces produits, disponible au magasin, a été séquestré à titre préventif (rapport n° RT1709 du 11 janvier 2012). Le 12 janvier 2012, le Chimiste cantonal adjoint a constaté que ces produits ne respectaient pas les exigences posées par l'ordonnance fédérale sur les denrées alimentaires. Le même jour, X._ AG a fait opposition au séquestre préventif. B.b. Le 18 janvier 2012, le Service cantonal, par l'intermédiaire du Chimiste cantonal, a rendu, sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP, une décision sur opposition dont le dispositif a la teneur suivante : I. L'opposition à la décision du Service cantonal relativement au rapport n° RT1709 est rejetée et la décision de séquestre confirmée. II. Ces produits ne pourront plus être mis dans le commerce et devront être retournés au fournisseur. III. L'ensemble des autres produits similaires et qui n'ont pas fait l'objet d'une évaluation seront prélevés à fins d'examen et il sera statué ultérieurement sur leur licéité. IV. (...) un émolument de 490 fr. est perçu pour le réexamen de la décision entreprise. B.c. La Société a recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal vaudois, qui, par arrêt du 18 octobre 2012, a rejeté le recours et confirmé la décision du 18 janvier 2012. Les juges cantonaux ont considéré en substance que les produits cosmétiques en cause faisaient partie des objets usuels au sens de la législation fédérale sur les produits alimentaires. Sur la base de cette loi, les organes de contrôle cantonaux pouvaient séquestrer les marchandises contestées. A l'encontre de cette mesure provisionnelle, la loi prévoyait la voie de l'opposition auprès du Chimiste cantonal, de sorte que la décision du 18 janvier 2012 entrait bien dans la sphère de compétence de celui-ci. Sur le fond, l'arrêt attaqué a confirmé que les conditions posées par la législation pour ordonner la mesure provisionnelle en cause étaient réalisées : les produits cosmétiques séquestrés pouvaient, en raison de leur forme et de leur arôme, être confondus avec des denrées alimentaires et être mis à la bouche, notamment par des enfants en bas âge; de plus, ces produits étaient de nature à présenter un risque pour la sécurité des enfants. La circonstance que ces produits n'avaient jusqu'à présent fait l'objet d'aucune mesure du genre de celle ordonnée dans le canton de Vaud n'y changeait rien et était liée au principe selon lequel le contrôle des denrées alimentaires était avant tout de la responsabilité des cantons. La décision était en outre conforme au principe du Cassis-de-Dijon, car, selon la législation sur les entraves techniques au commerce, il peut être dérogé à ce principe si des intérêts publics prépondérants l'exigent, parmi lesquels figurent précisément la protection de la santé publique. Enfin, la décision entreprise était conforme au principe de la proportionnalité, car aucune mesure provisionnelle autre que le séquestre et le retrait de la vente n'était envisageable pour atteindre le but recherché. C. A l'encontre de l'arrêt du 18 octobre 2012, X._ AG forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. La Société conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué, à la levée de la décision de séquestre du 11 janvier 2012 et à ce qu'il soit dit que les cinq produits concernés peuvent continuer à être mis dans le commerce, sous suite de dépens. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et renonce à formuler des observations, à l'instar du Chimiste cantonal. X._ AG présente des observations volontaires, confirmant sa position et les conclusions prises dans son mémoire de recours. 