Sachverhalt: A. Die X._ AG reichte am 4. August 2005 bei der Einwohnergemeinde (EG) Frutigen ein generelles Baugesuch ein für den Abbruch der Gebäude Nrn. 212, 213 und eines Teils der Garage zum Haus Nr. 204, den Umbau des Gebäudes Nr. 209A sowie den Neubau von drei Mehrfamilienhäusern auf den Parzellen Frutigen Gbbl. Nrn. 543 (Kernzone B) und 2932 (Wohnzone W3 und Kernzone B). Die Bauparzellen liegen im Perimeter der Überbauungsordnung "Kern" vom 2. Juni 2002. Gegen das Vorhaben erhob Y._ Einsprache. Die EG Frutigen holte beim Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) einen Fachbericht ein und erteilte mit Gesamtentscheid vom 21. Juni 2006 die nachgesuchte generelle Baubewilligung mit Bezug auf die Nutzung, Erschliessung, Lage, Gestaltung und Einordnung in die Umgebung sowie die baupolizeilichen Masse. B. Gegen diesen Entscheid der EG Frutigen erhob Y._ Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs-, und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Mit Entscheid vom 22. Dezember 2006 hiess die BVE die Beschwerde teilweise gut. Sie beschränkte die generelle Baubewilligung auf den Abbruch der Gebäude Nrn. 212, 213 und Teile der Garage zum Gebäude Nr. 204, den Umbau (Umnutzung zu Wohnraum) des Gebäudes Nr. 209A sowie den Neubau eines Mehrfamilienhauses mit sechs Wohnungen (Haus C). Die generelle Baubewilligung für den Neubau der beiden anderen Mehrfamilienhäuser mit je acht Wohnungen (Häuser A und B) hob sie auf und wies das Baugesuch ab (Bauabschlag). Die X._ AG zog diesen Entscheid der BVE an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern weiter, welches die Beschwerde mit Urteil vom 5. Mai 2008 abwies. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Baubewilligung für die Häuser A und B sei entsprechend der generellen Baubewilligung der Einwohnergemeinde Frutigen vom 21. Juni 2006 zu bestätigen. Eventualiter sei das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen zur Erteilung der generellen Baubewilligung für die Häuser A und B entsprechend der generellen Baubewilligung der Einwohnergemeinde Frutigen vom 21. Juni 2006. D. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Einwohnergemeinde Frutigen stellt den Antrag, die Beschwerde sei gutzuheissen. Der private Beschwerdegegner Y._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In weiteren Eingaben halten die Beschwerdeführerin sowie die Einwohnergemeinde Frutigen an ihren Standpunkten fest. Der private Beschwerdegegner und das Verwaltungsgericht haben auf die Einreichung weiterer Stellungnahmen ausdrücklich verzichtet. 