Fatti: A. A._ è promotore di un complesso immobiliare sito a Minusio, denominato X._, composto di quattro stabili: A, formato di due blocchi, B, C e D. Dopo l'approvazione dei progetti fra il 1974 e il 1975, autorizzate alcune modifiche, sono stati costruiti i blocchi B, C e D. In seguito, il piano attico dello stabile D è stato oggetto di un ordine di demolizione, cresciuto in giudicato (sentenza 1P.368/1992 e 1P.526 e 552/1993 del 3 febbraio 1994). B. Riguardo allo stabile A, sito sulla particella yyy, il promotore ha realizzato solo la struttura portante dell'edificio, l'autorimessa sotterranea e i muri di ancoraggio. Il cantiere si è fermato all'inizio del 1991. Nel 2004 il Municipio ha revocato la licenza edilizia rilasciata nel 1975, ordinando il ripristino del fondo. Con risoluzione del 9 novembre 2004 il Consiglio di Stato ha annullato l'ordine di ripristino, siccome formulato in termini troppo generici, mentre gli altri provvedimenti, segnatamente la revoca della licenza edilizia e l'ordine di allontanare le infrastrutture di cantiere, sono stati confermati anche dal Tribunale cantonale amministrativo. Un ricorso del promotore avverso quel giudizio è stato dichiarato inammissibile dal Tribunale federale, poiché rivolto contro un ordine di ripristino parziale che non poneva fine alla procedura (sentenza 1P.206/2006 del 25 luglio 2007). C. Con decisione del 31 gennaio 2008 il Municipio ha ordinato al promotore di sistemare la particella yyy conformemente a determinati piani approvati nel 1998 e nel 1989/1990, indicando dettagliatamente i provvedimenti necessari. Contro questa decisione il promotore e B._ sono insorti al Consiglio di Stato, chiedendo di accertare la nullità di tutte le decisioni dipendenti dalla sentenza 3 febbraio 1994 del Tribunale federale, gravame respinto il 16 dicembre 2008. Adito dai soccombenti, con giudizio del 14 aprile 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto, in quanto ammissibile, l'impugnativa. D. Avverso questa decisione A._ e B._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono di concedere effetto sospensivo ai gravami, di annullare, in via principale, l'impugnata decisione e, in via subordinata, di rinviare gli atti alla Corte cantonale. Non sono state chieste osservazioni. 