Sachverhalt: A. Die seit Februar 2006 als V._ AG im Handelsregister eingetragene Gesellschaft war bereits seit 1995 unter verschiedenen Namen (u.a. X._ AG) tätig und rechnete über die paritätischen Beiträge mit der Ausgleichskasse des Kantons Zürich ab. Gemäss Vereinbarung vom 4. Januar 1999 hatte die Y._/USA, als Muttergesellschaft der X._ AG Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern auch der Schweizerischen Gesellschaft per 1. April 1999 Optionen zugeteilt, die auf einem 1997 errichteten "Stock Option Plan" basierten. Das Bezugsrecht war in dem Sinne aufgeschoben und beschränkt, dass ein erstes Drittel der Optionen ab dem 1. Januar 2000, ein weiteres Drittel ab 1. Januar 2001 und das restliche Drittel ab 1. Januar 2002 ausgeübt werden konnten, wobei für die bis 31. März 2009 befristete Ausübung ein fortbestehendes Arbeitsverhältnis vorausgesetzt war. Gestützt auf die Deklarationen in der Jahresrechnung 1999, den dazu gehörenden Nachtrag sowie die Bewertungen der ausgegebenen Optionen stellte die Ausgleichskasse der X._ AG am 6. April 2000 paritätische Beiträge von insgesamt Fr. 3'335'367.30 in Rechnung. Mit Schreiben vom 5. Oktober 2001 ersuchte die X._ AG die Ausgleichskasse um Rückerstattung derjenigen Beiträge, die auf den 1999 zugewiesenen Optionen an die im Kanton Z._ wohnhaften Mitarbeiter erhoben worden waren. Die Ausgleichskasse lehnte dieses Begehren ab. Mit Schreiben vom 22. Dezember 2004 ersuchte die X._ AG die Ausgleichskasse um Rückerstattung von paritätischen Beiträgen im Gesamtbetrag von Fr. 1'025'350.-, entsprechend sämtlichen Beiträgen, die auf den 1999 ausgegebenen Optionen entrichtet und noch nicht infolge vorzeitigen Ausscheidens von Mitarbeitern zurückbezahlt worden waren. Nach Durchführung einer Arbeitgeberkontrolle lehnte die Ausgleichskasse das Rückerstattungsgesuch mit Verfügung vom 28. Juni 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 22. Januar 2007, ab. B. Die V._ AG liess Beschwerde führen mit den Anträgen, unter Aufhebung des Einspracheentscheides sei die Ausgleichskasse zu verpflichten, ihr die paritätischen Beiträge von insgesamt Fr. 1'025'350.- zurückzuerstatten; eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Ausgleichskasse zurückzuweisen. Mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die V._ AG die vorinstanzlich gestellten Rechtsbegehren erneuern. Die Ausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 