Sachverhalt: A. Die X._ AG mit Sitz in Baden (Beschwerdeführerin) und die Y._ mit Sitz in Taipei City, Taiwan, (Beschwerdegegnerin) schlossen am 12. Februar 1997 einen Beratungsvertrag im Hinblick auf den Abschluss einer Vereinbarung zwischen der Beschwerdeführerin und der Z._ Ltd. über den Betrieb und Unterhalt eines Elektrizitätswerks. Die Beschwerdeführerin lehnte es in der Folge ab, die Beschwerdegegnerin für ihre erbrachten Beratungsdienstleistungen zu entschädigen. B. B.a Am 15. September 2004 leitete die Beschwerdegegnerin ein Schiedsverfahren vor der Zürcher Handelskammer ein mit dem Antrag, die Beschwerdeführerin sei zur Zahlung von 10 % des von der Z._ Ltd. an die Beschwerdeführerin bezahlten Betrages, mindestens jedoch von Fr. 5'400'000.-- zu verurteilen. Die Beschwerdeführerin bestritt die Zuständigkeit des Einzelschiedsrichters und beantragte im Übrigen die Abweisung der Klage. Sie erhob dabei diverse Einwände gegen die Gültigkeit des Beratungsvertrages. B.b Mit Zwischenentscheid vom 28. Juni 2005 bejahte der Einzelschiedsrichter seine Zuständigkeit. Mit einem weiteren Zwischenentscheid vom 23. Februar 2007 stellte er zudem fest, dass der Beratungsvertrag vom 12. Februar 1997 gültig und wirksam sei. B.c In der Folge entdeckte die Beschwerdeführerin neue Beweismittel. Sie glaubte, damit beweisen zu können, dass es sich beim Beratungsvertrag um ein Schmiergeldversprechen handle und dieser daher nichtig sei. Am 28. Januar 2008 gelangte die Beschwerdeführerin diesbezüglich mit einem Revisionsgesuch an das Bundesgericht. Mit Urteil 4A_42/2008 vom 14. März 2008 wies das Bundesgericht das Revisionsgesuch ab, soweit es darauf eintrat. B.d Am 17. Juni 2008 erliess der Einzelschiedsrichter einen Zwischen- und Teilentscheid, in dem er unter anderem entschied, welche Zahlungen der Z._ Ltd. an die Beschwerdeführerin für die Berechnung der prozentmässigen Beteiligung der Beschwerdegegnerin berücksichtigt werden müssen. B.e Mit Endentscheid ("Final Award") vom 19. Dezember 2008 verurteilte der Einzelschiedsrichter die Beschwerdeführerin schliesslich zur Zahlung von Fr. 14'168'385.30 nebst Zins mit unterschiedlichen Fälligkeiten. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 2. Februar 2009 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei der Endentscheid des Schiedsgerichts aufzuheben und die Schiedssache zur Abweisung der Schiedsklage und zur neuen Kostenverlegung, eventuell zur neuen Entscheidung an das Schiedsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Nichteintreten auf die Beschwerde, eventualiter auf deren Abweisung. Der Einzelschiedsrichter schliesst sinngemäss auf Abweisung der Beschwerde. 