Faits: A. A._ S.A. a pour but statutaire la dispense de toutes prestations médicales au chevet du patient. Cette structure privée emploie des médecins appelés à intervenir auprès de patients au moyen de véhicules automobiles immatriculés à son nom. Elle bénéficie de sa propre centrale téléphonique d'appels. Sur demande du patient, elle mobilise un médecin et le dirige vers le lieu d'intervention. En application d'une circulaire du Département fédéral de justice et police de 1974 et d'une directive concernant la médecine d'urgence et l'attribution des avertisseurs spéciaux émise par le Département de justice et police du canton de Genève en 1992, A._ a pu immatriculer ses véhicules avec l'autorisation de les équiper de signaux prioritaires. La directive cantonale précisait revêtir un caractère provisoire: elle pouvait être abrogée en tout temps sans que le bénéficiaire d'une autorisation délivrée à titre précaire soit en mesure de faire valoir un droit acquis ou toute autre prétention. Le 6 juin 2005, le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC) a émis de nouvelles instructions afin de fixer les conditions-cadre sur le plan national en matière d'autorisations d'équiper les véhicules de signaux prioritaires. Le 14 novembre 2006, la Direction générale de la santé du Département genevois des affaires régionales, de l'économie et de la santé (DGS) a adopté, en application des instructions fédérales, une directive concernant l'équipement des véhicules au moyen de feux bleus-sirènes. B. Par décision du 28 janvier 2011, au vu des nouvelles directives fédérale et cantonale, l'Office cantonal genevois des automobiles et de la navigation (OCAN) a retiré à A._ l'autorisation d'équiper ses 15 véhicules de signaux prioritaires. Après avoir appelé en cause la DGS, le Tribunal administratif de première instance a confirmé cette décision par jugement du 26 mars 2012. Le recours interjeté par l'intéressée auprès de la Chambre administrative de la Cour de Justice de la République et canton de Genève a été rejeté par arrêt du 27 novembre 2012. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ S.A. demande au Tribunal fédéral de constater, sous suite de frais et dépens, que l'équipement de ses véhicules de feux bleus et d'avertisseurs à deux sons alternés est conforme à la loi et d'annuler en conséquence l'arrêt de la Cour de justice. L'OCAN et la DGS, par l'intermédiaire du Département cantonal des affaires régionales de l'économie et de la santé (DARES), se déterminent et concluent au rejet du recours. Consulté, l'Office fédéral des routes conclut également au rejet du recours en se référant à l'arrêt attaqué. La recourante a répliqué et persiste dans ses conclusions. Par ordonnance du 8 février 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours. 