Sachverhalt: A. Die Eheleute X._ und Y._ geb. A._ bewirtschaften in B._/LU einen Landwirtschaftsbetrieb. Zu ihm gehörte eine Parzelle in der Landwirtschaftszone, auf der sich ein Ökonomiegebäude mit Wagenschuppen befand. Am 19. November 2004 veräusserten die Eheleute X._ und Y._ die Parzelle, die inzwischen der Bauzone zugewiesen worden war, zum Preis von Fr. 430'000.-- an einen Dritten. Der Verkauf führte zu einem Veräusserungsgewinn von Fr. 405'644.--. Den Erlös verwendeten die Eheleute X._ und Y._ zum Bau einer neuen Schweinescheune. Deren Gestehungskosten beliefen sich auf Fr. 584'663.--. Für steuerliche Zwecke wurde der Vorgang als Ersatzbeschaffung qualifiziert, die zu einem Steueraufschub bezüglich des Wertzuwachsgewinns und der wiedereingebrachten Abschreibungen führte. B. Im Rahmen der Veranlagung der direkten Bundessteuer 2007 und 2008 vertraten die Eheleute X._ und Y._ (hiernach: die Steuerpflichtigen) die Auffassung, anders als im Fall der Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Luzern seien die Abschreibungen auf der Schweinescheune für die Zwecke der direkten Bundessteuer anfänglich auf der Grundlage der Gestehungskosten (Fr. 584'663.--) vorzunehmen. Im Bereich der direkten Bundessteuer dürfe damit auch die Wertzuwachskomponente von Fr. 405'644.-- abgeschrieben werden. Entsprechend nahmen sie gegenüber den Staats- und Gemeindesteuern bei einem unveränderten Abschreibungssatz von 10 % "Mehrabschreibungen" von Fr. 40'564.-- (2007) bzw. Fr. 36'508.-- (2008) vor. Die Steuerbehörde rechnete die "Mehrabschreibungen" auf. Daran hielt die Steuerkommission für Landwirte/ Landwirtinnen auch in den Einspracheentscheiden vom 25. November 2010 fest. Beschwerden an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern hiess dieses mit Entscheid vom 29. März 2012 gut, hob die Einspracheentscheide auf und wies die Sache zur Neuveranlagung der direkten Bundessteuer 2007 und 2008 an die Veranlagungsbehörde zurück. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern erwog, für die direkte Bundessteuer sei bezüglich der realisierten stillen Reserven die Steuer nicht aufgeschoben, sondern von Gesetzes wegen (Art. 18 Abs. 4 DBG) nicht erfasst worden. Deswegen könne nicht verlangt werden, den Buchwert wie bei der Staats- und Gemeindesteuer um den aufgeschobenen Grundstückgewinn herabzusetzen. Dass auf diese Weise zwei Steuerbilanzen geführten werden müssen, nämlich eine für die Kantons- und eine für die Bundessteuer, sei durch die gesetzliche Ordnung vorgegeben und damit hinzunehmen. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 29. März 2012 erhebt die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern mit Eingabe vom 1. Mai 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das steuerbare Einkommen sei entsprechend den Einspracheentscheiden festzulegen. Sie rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts sowie eine Verletzung von Bundesrecht. D. Die Steuerpflichtigen und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Abgaberechtliche Abteilung, schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag verzichtet. 