Faits: A. Le Journal Agri Sàrl (ci-après: Agri Sàrl) est une société à responsabilité limitée créée en 1994, dont le siège est à Lausanne. Conformément à son but statutaire d'"informer la population paysanne romande des questions liées à l'Agriculture; faciliter la communication entre les organisations paysannes existant à l'échelon fédéral et régional et leurs membres de langue française", elle publie le journal Agri auquel les lecteurs s'abonnent. Le 25 septembre 2007, Agri Sàrl a fait parvenir à la Poste Suisse (ci-après: la Poste), sur demande de cette dernière, le formulaire "Presse associative" dûment rempli et signé pour le titre "Agri", hebdomadaire professionnel Agricole de la Suisse romande. Le 14 décembre 2007, la Poste a indiqué à Agri Sàrl que le journal ne remplissait pas tous les critères fixés par l'art. 15 de la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste (LPO; RS 783.0) et que le tarif normal, autrement dit sans le rabais accordé au titre d'aide indirecte à la presse, lui serait désormais applicable. Le 21 décembre 2007, Agri Sàrl a répondu à la Poste qu'elle contestait ce point de vue. Par décision du 8 août 2008, la Poste a constaté que le titre Agri ne remplissait pas les conditions d'octroi des tarifs préférentiels pour le transport des journaux et périodiques prévus par l'art. 15 LPO, dans sa teneur au 1er janvier 2008. Par mémoire du 28 août 2008, Agri Sàrl a recouru contre la décision du 8 août 2008 au Tribunal administratif fédéral en concluant à l'octroi du rabais pour le transport du titre Agri. B. Par arrêt du 2 juillet 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours. Les conditions de l'art. 15 al. 3 LPO n'étaient pas remplies. L'octroi du rabais au "Bauerzeitung" édité par une société anonyme ne fondait pas un droit à l'égalité dans l'illégalité. C. Agissant par mémoire du 7 septembre 2009, Agri Sàrl demande au Tribunal fédéral de mettre "Agri" au bénéfice de l'aide indirecte à la presse en sa qualité de journal associatif. Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. La Poste conclut au rejet du recours. Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication renonce à prendre position. 