Sachverhalt: A. Der 1965 geborene Z._ war als Logistik-Leiter bei der Firma A._ tätig und damit bei den Winterthur Versicherungen (heute AXA Versicherungen AG [AXA]) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 12. März 2005 zog sich Z._ eine stark blutende Rissquetschwunde und eine commotio cerebri zu, als ihm die Zugstange eines Trainingsgeräts auf den Kopf schlug, weil das Zugseil riss. Die Erstbehandlung erfolgte im Spital X._. Ein Schädel-CT ergab einen unauffälligen Befund ohne intracranielle Blutungen, eine Magnetresonanzuntersuchung vom 2. Juni 2005 zeigte eine Diskushernie am Forameneingang C6/7 sowie eine deutliche generelle Degeneration im Sinne von Osteochondrosen, Spondylosen und Unkarthrosen. Der Neurologe Dr. med. R._ stellte in seinem Bericht vom 9. Juni 2005 die Diagnosen eines wahrscheinlich posttraumatischen cervicoradiculären Reizsyndroms rechts, mit sensomotorischen Ausfällen C6/7 rechts, bei Status nach einem axialen HWS-Trauma am 12. März 2005 mit einer Diskushernie C6/7 rechts. Die AXA erbrachte Versicherungsleistungen. Mit Schreiben vom 7. September 2005 informierte sie Z._, sie gedenke ihre Leistungen auf den 11. September 2005 einzustellen, da sechs Monate nach dem Unfallereignis der Status quo sine eingetreten sei. Die weiterhin bestehenden Beschwerden seien auf die unfallfremde Unkarthrose zurückzuführen. Nachdem der Versicherte gegen die beabsichtigte Leistungseinstellung opponierte, liess die AXA am medizinischen Begutachtungsinstitut Y._ ein Gutachten erstellen. PD Dr. med. S._, Facharzt für Neurologie FMH, und Frau Dr. phil. B._, Fachpsychologin für Neuropsychologie und Psychotherapie FSP, kamen zum Schluss, von den geklagten Beschwerden und erhobenen Befunden seien einzig die Kopfschmerzen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit Folge des Unfalls. Das cervicobrachiale Syndrom, das Verschwommensehen und der Tinnitus stünden nur möglicherweise beziehungsweise unwahrscheinlich in einem natürlichen Kausalzusammenhang mit dem versicherten Ereignis. Neuropsychologische Defizite hätten sich nicht objektivieren lassen (Gutachten vom 6. Juli 2006). Mit Verfügung vom 11. Juni 2007 stellte die AXA ihre Leistungen auf den 30. April 2007 ein, da nur noch ein fraglicher natürlicher Kausalzusammenhang zwischen den geklagten Kopfschmerzen und dem versicherten Unfall bestehe, der adäquate Kausalzusammenhang aber sicher zu verneinen sei. Die Unfallversicherung hielt auf Einsprache hin an ihrer Beurteilung fest (Entscheid vom 23. Januar 2008). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 29. April 2008 ab. C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der kantonale Entscheid aufzuheben und die AXA zu verpflichten, auch nach dem 30. April 2007 die gesetzlichen Leistungen zu erbringen. Eventualiter sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und Neubeurteilung an die AXA zurückzuweisen. Die AXA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 