Sachverhalt: A. Die AHV Ausgleichskasse X._ (im Folgenden: Ausgleichskasse) ist eine Verbandsausgleichskasse im Sinne von Art. 53 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1946 über die Alters- und Hinterlassenenversicherung (AHVG; SR 831.10). Sie ist für verschiedene kantonale Gastro-Verbände tätig, die ihr u.a. das Inkasso für die 2. Säule, für die Kranken- und Unfallversicherung sowie für die Berufsbildung übertragen haben. Sie wurde 1999 rückwirkend auf den 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Am 12. Mai 2000 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der Ausgleichskasse eine Steuerkontrolle durch. Geprüft wurde der Zeitraum vom 1. Januar 1995 bis zum 31. Dezember 1999. Aufgrund dieser Prüfung wurde ein Mehrwertsteuerbetrag von Fr. 948'669.-- nebst Verzugszins von 5 % ab dem mittleren Verfall nachbelastet. Damit wurden Umsätze ausserhalb der eigentlichen Ausgleichskassentätigkeit erfasst (u.a. Berufsbildungsfonds, Kranken- und Unfallversicherung, betriebliche Altersvorsorge). Mit Entscheid vom 30. Oktober 2000 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Ergänzungsabrechnung. Dagegen erhob die Ausgleichskasse Einsprache. Aufgrund von zwischenzeitlich ergangenen Urteilen der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, welche vom Bundesgericht bestätigt wurden (Urteile 2A.305/2002 und 2A.291/2002), anerkannte die Ausgleichskasse am 9. Mai 2003 einige der in Rechnung gestellten Beträge. Bestritten blieb ihre Steuerpflicht bezüglich der Umsätze der Krankenversicherung und Unfallversicherung, der betrieblichen Altersvorsorge und des jeweils in der Position "übrige Einnahmen" enthaltenen Umsatzanteils aus Kurstätigkeit. Am 22. Januar 2004 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung die in Rechtskraft erwachsenen Umsätze fest (insgesamt Fr. 64'194.45) und wies die Einsprache im Übrigen vollumfänglich ab. Eine von der Ausgleichskasse gegen diesen Einspracheentscheid gerichtete Beschwerde wies die Eidgenössische Steuerrekurskommission am 17. November 2006 (mit Ausnahme der Kosten für das Einspracheverfahren) ab. B. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 3. Januar 2007 beantragt die Ausgleichskasse dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheides der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 17. November 2006. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht, als Nachfolgeorganisation der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 