Sachverhalt: A. Der 1990 geborene R._ erlitt am 24. Mai 1997 einen Verkehrsunfall, bei welchem er sich schwere Hirnverletzungen mit invalidisierenden Folgen zuzog. Die IV-Stelle des Kantons Aargau erteilte am 12. Januar 2007 Kostengutsprache für die Vorbereitung und erstmalige berufliche Ausbildung vom 8. Januar 2007 bis 5. August 2009 zum Polypraktiker in der Ausbildungsstätte S._ für Behinderte. Hingegen lehnte sie das Begehren vom 29. Februar 2008 auf Übernahme der Kosten für die auswärtige Unterkunft in der Wohngemeinschaft F._ vom 19. März 2008 an ab, weil diese nicht invaliditätsbedingt sei (Verfügung vom 4. Juni 2008). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. Januar 2009 in dem Sinne teilweise gut, als es die Voraussetzungen für eine Unterbringung ausserhalb des Elternhauses vorerst in der Wohngemeinschaft F._ und später - bei freiem Platz - in der Ausbildungsstätte S._ bejahte. Das Versicherungsgericht verwies die Sache zur Festlegung von Beginn und Höhe des Anspruchs sowie zu neuer Verfügung an die Verwaltung. C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, es sei, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids, die Verfügung vom 4. Juni 2008 zu bestätigen. Während der Versicherte auf Abweisung der Beschwerde schliesst, folgt das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) den Anträgen der IV-Stelle. 