Faits: A. Par une déclaration d'accident du 13 novembre 2000, l'entreprise X._, employeur de M._, née en 1954, a informé la Compagnie d'assurances Z._ que le 4 novembre précédent, celle-ci avait heurté son pied gauche contre un chariot de fleurs. Le 29 août 2001, la prénommée a subi une opération à la cheville droite pour une déchirure du court péroné latéral avec ténosynovite associée. Depuis lors, elle s'est trouvée en incapacité de travail totale. Une seconde intervention a été pratiquée le 30 janvier 2002 pour exciser un névrome pré-malléolaire. En mars 2002, après avoir pris connaissance des pièces médicales, la Compagnie d'assurances Z._ a transmis le dossier à la Caisse nationale suisse en cas d'accidents (CNA), en lui indiquant que les interventions subies ne la concernaient pas car il s'agissait des suites d'un accident survenu à la "cheville droite en 1999", soit à un moment où l'intéressée était au chômage. A la requête de la CNA, M._ a expliqué que dans le courant du mois d'octobre 1998, alors qu'elle travaillait à l'atelier P._ à B._ dans le cadre d'un programme d'occupation temporaire, elle avait fait une chute et s'était cognée le pied droit contre une table. Comme sa cheville avait enflé, elle avait consulté son médecin traitant, le docteur C._, qui lui avait prescrit des pommades mais ses douleurs n'avait jamais complètement disparu. En 1999, elle avait subi plusieurs infiltrations, puis s'était adressée à un orthopédiste qui avait posé l'indication d'une opération. Interpellé par la CNA, le docteur C._ a déclaré que d'après ses notes internes, une consultation avait eu lieu le 2 septembre 1998 pour un problème à la cheville. Par décision du 26 juillet 2002, confirmée sur opposition le 18 septembre 2002, la CNA a refusé d'allouer des prestations pour les troubles à la cheville droite, au motif que ceux-ci n'avaient pas de relation probable avec l'événement annoncé du mois d'octobre 1998, ni avec aucun autre événement assuré, et qu'ils ne constituaient pas non plus une lésion assimilée à un accident. B. B.a Saisi d'un recours de M._, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a ordonné une expertise, qu'il a confiée aux docteurs L._, R._ et O._, du service d'orthopédie de l'Hôpital Y._. Au vu de leur rapport d'expertise (du 26 mars 2004) et de ses compléments (des 29 juillet et 22 décembre 2004), la CNA s'est déclarée d'accord de prendre en charge les suites de l'événement de 1998. Le tribunal a rayé la cause du rôle et condamné l'assureur-accidents aux dépens (jugement du 8 février 2005). B.b La CNA a versé des indemnités journalières fondées sur une incapacité de travail totale, et poursuivi l'instruction du cas. Selon un rapport d'examen final (du 23 août 2005) du docteur T._, médecin d'arrondissement de la CNA, les constatations cliniques objectives permettaient de retenir une capacité de travail entière dans une activité légère et assise, et laissaient supposer une surcharge psychogène importante. Sur cette base, l'assureur-accidents a rendu le 4 octobre 2005 deux décisions, par lesquelles il a respectivement mis fin à ses versements au 14 octobre suivant et alloué une indemnité pour atteinte à l'intégrité d'un taux de 5%. A la suite de l'opposition de l'assurée, la CNA a annulé la décision mettant un terme aux prestations. Dans une nouvelle décision du 21 mars 2007, elle a octroyé à M._ une rente fondée sur un degré d'invalidité de 15% dès le 1er octobre 2005. La prénommée a derechef formé opposition contre cette décision et produit un rapport (du 5 avril 2007) de son médecin traitant, le docteur C._. Le 27 juin 2007, après avoir demandé un nouvel examen de l'intéressée par le docteur T._ (rapport du 20 juin 2007), la CNA a écarté l'opposition. B.c Par jugement du 30 avril 2008, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours de l'assurée contre la décision sur opposition de la CNA du 27 juin 2007. C. M._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation, en concluant, principalement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision et, subsidiairement, à l'allocation d'une rente entière d'invalidité. La CNA conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 