Sachverhalt: A. Die A._ GmbH, gegründet im Jahr 2000, hat Sitz in U._/BE. Statutengemäss bezweckt sie hauptsächlich das Halten von Liegenschaften und das Erbringen von betriebswirtschaftlichen Beratungsdienstleistungen. Im hier interessierenden Jahr 2006 war sie Eigentümerin von bebauten Grundstücken in den Kantonen Bern, Basel-Landschaft und Basel-Stadt. In V._/BS hielt sie während eines knappen Monats zwei Grundstücke mit Wohnhaus und Garagengebäude (Strasse W._ ... und ...). Erworben am 5. Mai 2006, veräusserte sie die beiden Objekte mit Kaufvertrag vom 30. Mai 2006 und Grundbucheintrag vom 30. Mai 2006/1. Juni 2006. Dabei ergaben sich Grundstückgewinne von Fr. 173'451.-- und Fr. 80'120.--, gesamthaft Fr. 253'571.--. Beim Verkauf liess sich die A._ GmbH durch B._ vertreten. Zur selben Zeit, am 1. Juni 2006, erwarb die A._ GmbH ein bebautes Grundstück in der Strasse X._ ... in Y._/BS. Dieses hielt sie rund sieben Monate, ehe sie es mit Kaufvertrag vom 20. Dezember 2006 und Grundbucheintrag vom 3. Januar 2007 veräusserte. Hierzu hatte die A._ GmbH mit der C._ Immobilien AG, Z._/BE, einen Mäklervertrag geschlossen. Die Mäklerin handelte durch den einzelzeichnungsberechtigten Verwaltungsrat B._. Aus der Veräusserung entstand ein Grundstückverlust von Fr. 117'990.--. In der Bilanz der A._ GmbH per Ende 2006 erschien das Objekt in der Strasse X._ ... in Y._/BS nicht mehr. Die Erfolgsrechnung 2006 wies einen Reingewinn von Fr. 101'513.-- aus. Zum insgesamt positiven Ergebnis trug der ausserordentliche Ertrag von Fr. 135'581.-- bei, der sich aufgrund der drei Geschäfte ergab (Fr. 253'571.-- [Strasse W._ ... und ...] abzüglich Fr. 117'990.-- [Strasse X._ ...]). Separat ausgewiesen wurde ein Verwaltungsaufwand in Höhe von Fr. 4'800.--. B. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern veranlagte die A._ GmbH für das Jahr 2006 mit Veranlagungsverfügung vom 16. März 2009. Sie setzte die Steuerrückstellung um Fr. 62'923.-- herab, weswegen sich ein massgebender Reingewinn von Fr. 160'032.-- ergab. In der interkantonalen Steuerausscheidung wies sie den ausserordentlichen Ertrag von Fr. 135'581.-- insgesamt dem Kanton Basel-Stadt zu und berücksichtigte sie zugunsten des Hauptsteuerdomizils (Bern) und zulasten des Spezialsteuerdomizils (Basel-Stadt) Verwaltungskosten von Fr. 288'000.-- (fünf Prozent der kumulierten Veräusserungserlöse von Fr. 5'760'000.--). Die Veranlagungsverfügung rief Einwände der Steuerpflichtigen und des Spezialsteuerdomizils hervor. Auf Einsprache der Steuerpflichtigen hin kürzte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Aufrechnung wegen überhöhter Steuerrückstellung um Fr. 8'000.-- (Taxationsberechnung vom 6. November 2009). Nach einer weiteren Korrektur führte dies zu einem massgebenden Reingewinn von noch Fr. 156'436.--. In der interkantonalen Steuerausscheidung wies die Steuerverwaltung des Kantons Bern den ausserordentlichen Ertrag von Fr. 135'581.-- unverändert dem Kanton Basel-Stadt zu. Demgegenüber brachte sie unter dem Titel Verwaltungskosten zugunsten des Kantons Bern und zulasten des Kantons Basel-Stadt noch zwei Prozent der Verkaufserlöse, mithin Fr. 115'200.--, in Anschlag. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern begründete die Korrektur damit, es rechtfertige sich ein niedriger Ansatz, da die Steuerpflichtige nicht als Liegenschaftshändlerin gelte. Unter Berücksichtigung dieser Korrekturen ergab sich folgende interkantonale Verlegung des steuerlich massgebenden Gewinns von Fr. 156'436.--: Kanton Bern Fr. 89'682.--, Kanton Basel-Landschaft Fr. 0.--, Kanton Basel-Stadt Fr. 66'754.--. C. Im Rahmen der Veranlagung der Grundstückgewinnsteuern 2006 stellte sich im Kanton Basel-Stadt die Frage nach der Berücksichtigung des erlittenen Grundstückverlusts. Mit Blick darauf, dass das dritte Geschäft (erst) am 3. Januar 2007 ins Grundbuch eingetragen worden war, und angesichts dessen, dass das kantonale Steuerrecht in der massgebenden Steuerperiode (noch) keinen Rücktrag von Grundstückverlusten zuliess, verwarf die Steuerverwaltung die Anrechnung des Verlusts. Für die Grundstückgewinnsteuer 2006 fielen nach einer Erstverfügung vom 20. Mai 2009 und einer Berichtigungsverfügung vom 10. Juni 2009 gemäss Einspracheentscheid vom 25. September 2009 Steuerbetreffnisse von Fr. 92'880.-- bzw. Fr. 42'876.-- (insgesamt Fr. 135'756.--) an. Rekurse der A._ GmbH an die Steuerrekurskommission (Entscheid vom 16. September 2010) und an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht (Urteil vom 6. März 2013) blieben erfolglos. D. Mit Eingabe vom 2. Mai 2013 erhebt die A._ GmbH (nachfolgend: die Steuerpflichtige) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt (als Verwaltungsgericht) vom 6. März 2013 zur Grundstückgewinnsteuer des Kantons Basel-Stadt sei aufzuheben (Rechtsbegehren Ziff. 1). Wie bereits vor den Vorinstanzen verlangt sie weiter, der Ausscheidungsverlust, den sie in der Steuerperiode 2006 bei den direkten Steuern erlitten habe, sei in Abweichung zur Berechnung der Vorinstanz neu zu berechnen. Dazu sei das Gesamtergebnis gemäss Jahresrechnung 2006 um die Abweichung der effektiven Steuerbelastung im Kanton Basel-Stadt von der verbuchten Steuerrückstellung zu korrigieren (= korrigiertes Gesamtergebnis) und anschliessend um die von der Grundstückgewinnsteuer in derselben Steuerperiode erfassten Roherträge der beiden ersten Objekte zu vermindern (= nach Gewinnausscheidung verbleibendes Ergebnis am Hauptsteuerdomizil). Das Ergebnis dieser Berechnung sei den in der Steuerperiode 2006 mit der Grundstückgewinnsteuer erfassten Roherträgen der beiden ersten Grundstücke gegenüberzustellen, und es sei ein Überhang der Roherträge über das Gesamtergebnis als Ausscheidungsverlust festzustellen (Rechtsbegehren Ziff. 2). Ferner sei die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer aus dem Verkauf der beiden ersten Objekte neu dergestalt vorzunehmen, dass ein Ausscheidungsverlust vermieden werde, und es sei damit die interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen (Rechtsbegehren Ziff. 3). Bei der neu vorzunehmenden Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer sei ein pauschaler Verwaltungskostenabzug in Höhe von zwei Prozent der Verkaufserlöse aus den Verkäufen der ersten beiden Objekte in Abzug zu bringen und dem Hauptsteuerdomizil zur Besteuerung zu überlassen (Rechtsbegehren Ziff. 4). Eventuell sei die Angelegenheit an die Vorinstanz resp. die Veranlagungsbehörde zurückzuweisen, mit der Anweisung, die Veranlagung im Sinne der gestellten Begehren 2 bis 4 neu vorzunehmen (Rechtsbegehren Ziff. 5). Während das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt und die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Abweisung der Beschwerde beantragen, verzichtet die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag. 