Sachverhalt: A. X._ und Y._ wohnen mit zwei Kindern in G._ AG. X._ gründete im Jahre 1994 die Einzelfirma "X._ Informatik-Beratung", die im Handelsregister des Kantons Zug zunächst mit Geschäftssitz in H._ und ab 1995 in I._ eingetragen ist. Dort mietete X._ ab dem 1. Juli 1997 einen "Büroarbeitsplatz mit Pult und Schränken mit Sekretariatsdienstleistungen, Mitbenutzung Computer, Fax, Fotokopierer" für Fr. 500.-- pro Monat. Die Ehefrau arbeitet als Teilzeitbeschäftigte je zu einem Drittel in G._ und in I._ sowie unterwegs bei Kunden. B. Die Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit der Einzelfirma wurden bis Ende 1998 am Geschäftsort im Kanton Zug besteuert. Für die Steuerperiode 1999/2000 anerkannte die Steuerkommission G._ die Geschäftsniederlassung in I._ nicht mehr als Nebensteuerdomizil und wies die Erwerbseinkünfte vollumfänglich dem Hauptsteuerdomizil zu. Dagegen erhoben die Eheleute X._ - Y._ erfolglos Einsprache und danach Rekurs an das kantonale Steuerrekursgericht sowie Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. C. Am 15. September 2008 haben X._ und Y._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragen, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. Mai 2008 aufzuheben und das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit dem Kanton Zug zur Besteuerung zuzuweisen; eventuell sei die Sache an das Verwaltungsgericht zur nochmaligen Sachverhaltsabklärung zurückzuweisen; subeventuell sei das Besteuerungsrecht des Kantons Zug ab der Periode 1999/2000 für das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit aufzuheben. D. Das Kantonale Steueramt Aargau schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug, das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 