Sachverhalt: A. Das Landwirtschaftsamt des Kantons Schaffhausen verweigerte X._ mit Verfügung vom 28. November 2006 die Ausrichtung von landwirtschaftlichen Direktzahlungen für das Jahr 2000. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, es sei nicht erstellt, dass der Betrieb des Beschwerdeführers einen Arbeitsbedarf für mindestens 0.3 Standardarbeitskräfte aufweise, was jedoch Anspruchsvoraussetzung für landwirtschaftliche Direktzahlungen des Bundes sei. Insbesondere seien Unstimmigkeiten bezüglich drei Pachtgrundstücken ersichtlich, welche sowohl vom Pächter X._ als auch vom Verpächter als eigene landwirtschaftliche Nutzfläche deklariert worden seien. In diesem Zusammenhang sei X._ auch eine Verletzung seiner Mitwirkungspflichten vorzuhalten, weswegen ihm keine Direktzahlungen zu entrichten seien. B. Hiergegen beschwerte sich X._ erfolglos beim Regierungsrat des Kantons Schaffhausen. Die anschliessend von ihm erhobene Beschwerde an das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies dieses mit Urteil vom 28. Dezember 2007 ab. Regierungsrat und Obergericht hielten im Wesentlichen an der Begründung des Landwirtschaftsamtes fest und präzisierten, dass die drei fraglichen Pachtgrundstücke X._ nicht ganzjährig zur Verfügung gestanden seien, zumal auf diesen Flächen auch Schafe des Verpächters geweidet hätten. Bei der Aufklärung dieser doppelten Nutzung habe X._ nicht mitgewirkt. Gegen das Urteil des Obergerichtes des Kantons Schaffhausen gelangte X._ mit Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 18. September 2008 ab. C. Mit Eingabe vom 23. Oktober 2008 (Postaufgabe am 27. Oktober 2008) führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht und stellt die folgenden Anträge: "1. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichtes vom 18. September 2008 ist aufzuheben. 2. Ich beantrage zu meinen Anliegen von den zuständigen Richtern persönlich angehört zu werden. 3. Das BLW ist anzuweisen, Abklärungen bzw. Entscheide rechtzeitig mitzuteilen, dass der Gesuchsteller mögliche Beanstandungen im laufenden Landwirtschaftsjahr korrigieren kann. Verzögerungen gehen nicht zu Lasten des Gesuchstellers. 4. Das Landwirtschaftsamt ist anzuweisen, gewünschte zusätzliche Aufzeichnungen sofort anzufordern und nicht Rückwirkend nach dem Abschluss. 5. Das Landwirtschaftsamt ist aufzufordern, keine nachträglich rückwirkenden Änderungen zwischen der Auskunft / Beratung, Kontrolle und dem Vollzug vorzunehmen. 6. Das Landwirtschaftsamt ist anzuweisen, die vom Vermessungsamt ermittelten tatsächlichen Ist-Flächen anzuerkennen. (Die Ist-Flächenerhebungskosten vom Vermessungsamt gehen zu Lasten vom Bewirtschafter) 7. Das Landwirtschaftsamt ist anzuweisen, die Direktzahlungen für das Beitragsjahr 2000 Aufgrund meiner eingereichten Gesuchsformulare, einschliesslich der dabei gemeldeten Flächenmasse, auszurichten. Dabei ist die vom Vermessungsamt erhobene Ist-Fläche massgebend. 8. Das Landwirtschaftsamt ist anzuweisen, alle Gesuchsteller / Beitragsanträger gleich zu behandeln. 9. Das Landwirtschaftsamt ist anzuweisen, alle Gesuchsteller / Beitragsanträger auch im Unrecht gleich zu behandeln. 10. Alles unter Kostenfolge zu Lasten der Gegenpartei." Während das Obergericht des Kantons Schaffhausen auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragen das Bundesverwaltungsgericht sowie der Regierungsrat und das Landwirtschaftsamt des Kantons Schaffhausen die Abweisung der Beschwerde. 