Sachverhalt: A. Das Kreisgericht V Burgdorf-Frauenbrunnen bestrafte X._ am 19. Januar 2005 wegen sexueller Handlungen mit Kindern, sexueller Belästigung und Pornographie mit einer bedingten Gefängnisstrafe von zwölf Monaten und erteilte ihm die Weisung, die begonnene Gesprächstherapie fortzusetzen. Am 22. Mai 2008 sprach das Kreisgericht V Burgdorf-Fraubunnen X._ der mehrfachen, teils versuchten sexueller Handlungen mit Kindern und Pornographie schuldig. Die sexuellen Übergriffe erfolgten zum Nachteil zahlreicher Mädchen zwischen 8 und 15 Jahren. Nach Widerruf des bedingten Vollzugs für die vorerwähnte zwölfmonatige Gefängnisstrafe verurteilte es ihn zu einer Gesamtfreiheitsstrafe von 4 1⁄2 Jahren, welche es zu Gunsten einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB aufschob. X._ trat die stationäre Massnahme am 28. August 2007 vorzeitig in der geschlossenen Abteilung des Massnahmezentrums St. Johannsen an. Am 6. März 2008 wechselte er in die offene Abteilung. Am 17. Oktober 2008 ergriff er während eines begleiteten Beziehungsurlaubs die Flucht. Am 28. Januar 2010 konnte er aufgrund der internationalen Ausschreibung in Barcelona verhaftet werden. Die Überstellung in die Schweiz erfolgte am 16. September 2010. Am 2. November 2010 wurde X._ für den weiteren Vollzug der Massnahme in die Anstalten Thorberg eingewiesen. Die Konkordatliche Fachkommission zur Beurteilung der Gemeingefährlichkeit von Straftätern (KoFako) erachtete X._ am 21. September 2011 als gemeingefährlich und eine Versetzung ins offene Massnahmezentrum St. Johannsen als verfrüht. B. Die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug (ASMV) wies das Gesuch von X._ um bedingte Entlassung aus der Massnahme und um Versetzung in das Massnahmezentrum St. Johannsen oder in eine andere Massnahmeeinrichtung am 10. Februar 2012 ab. Eine Beschwerde gegen diesen Entscheid wies die Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern (POM) am 15. Juni 2012 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ wies das Obergericht des Kantons Bern am 30. August 2012 ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, er sei bedingt aus der Strafanstalt zu entlassen. Eventuell sei er ins Massnahmezentrum St. Johannsen oder in ein anderes, ähnliches Massnahmezentrum einzuweisen. 