Faits: A. Par jugement du 26 mai 2011, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a reconnu X._ coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, de contrainte sexuelle et de viol. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de six ans et demi, sous déduction de la détention avant jugement, et au paiement en faveur de Y._ d'une indemnité pour tort moral de 35'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 30 novembre 1997. B. Par arrêt du 14 novembre 2011, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève a estimé que l'appel formé par Y._ était réputé retiré (art. 407 al. 1 let. a CPP), ce dernier ayant fait défaut à l'audience d'appel. Par arrêt 6B_37/2012 du 1er novembre 2012, le Tribunal fédéral a infirmé cette appréciation, annulé l'arrêt du 14 novembre 2011 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Par arrêt du 18 décembre 2012, cette autorité a annulé le jugement du 26 mai 2011. Statuant à nouveau, elle a dit que l'action pénale était prescrite s'agissant des faits commis, selon l'acte d'accusation, entre mai et août 2006 à Rome et que la peine privative de liberté à laquelle était condamné X._ était fixée à six ans. Elle a pour le surplus repris le dispositif du jugement de première instance. C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. 