Sachverhalt: A. X._ befindet sich im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung im Psychiatriezentrum Y._. Am 14. November 2008 ersuchte der Verein Psychex im Namen von X._ um dessen Entlassung aus der Klinik. Dieses Gesuch wies der Regierungsstatthalter von Aarberg mit Verfügung vom 20. November 2008 ab. B. X._, nunmehr vertreten durch Rechtsanwalt Burges, gelangte mit Eingabe vom 24. November 2008 an die kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen des Kantons Bern mit dem Begehren um sofortige Entlassung. Die kantonale Rekurskommission stellte in der Verfügung vom 1. Dezember 2008 die Nichtigkeit des Entscheides des Regierungsstatthalters mangels genügenden Entlassungsgesuchs fest und trat auf den Rekurs nicht ein. C. X._, vertreten durch Rechtsanwalt Burges, gelangt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. Dezember 2008 an das Bundesgericht. Er beantragt, die Verfügung der Rekurskommission vom 1. Dezember 2008 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, auf den Rekurs einzutreten. Eventuell sei festzustellen, dass das Nichteintreten auf das von einem mit entsprechendem statutarischem Zweck ausgestatteten und bevollmächtigten Verein eingereichte Gesuch um Entlassung Art. 397d Abs. 1 ZGB, Art. 397f Abs. 1 ZGB, Art. 29 Abs. 1 und Art. 31 Abs. 4 BV sowie Art. 5 Ziff. 4 und Art. 6 Ziff. 1, Art. 11 und Art. 14 EMRK verletze. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege. Die Rekurskommission hat sich am 22. Dezember 2008 vernehmen lassen, ohne indes einen Antrag zu stellen. Der Beschwerdeführer hat am 23. März 2009 zur Vernehmlassung des Obergerichts Stellung genommen. 