Sachverhalt: A. Am 13. Juli 2010 erhielt die A._ AG die Baubewilligung für ein Hochhaus mit 64 Wohnungen und ein Nebengebäude mit Laden, Gastrobetrieb und Tiefgarage auf den Grundstücken Kat.-Nrn. xxx1, xxx2. xxx3. xxx4, xxx5, xxx6, xxx7, xxx8, xxx9, xxx10 und xxx11 (zusammengefasst zu Kat.-Nr. xxx12) an der B.-Strasse yy1 und yy2/C.-Strasse yy3 und yy4 in Zürich. In den Erwägungen (E.c und E.d) wurde festgehalten, an die Maximalzahl zulässiger Parkplätze auf der Bauparzelle würden 13 bestehende Parkfelder der angrenzenden Miteigentumsparzelle Kat.-Nr. xxx20 angerechnet; diese seien grundbuchlich sicherzustellen. In den Bedingungen zum Baubeschluss (III.B.5 i.V.m. III.B.1a) wurde verfügt, auf der Bau- und der Miteigentumsparzelle seien die anzurechnenden Autoabstellplätze vor Baubeginn anzumerken. Ihre rechtliche oder tatsächliche Aufhebung bedürfe der Zustimmung der Baubehörde. Der Baubeschluss ist in Rechtskraft erwachsen. In der Folge änderte die A._ AG das Bauvorhaben ab und verzichtete namentlich auf den Bau eines Gastrobetriebes. Mit Bauentscheid vom 8. November 2011 bewilligte die Bausektion der Stadt Zürich die Abänderungspläne und passte die zulässige Maximalzahl von Parkfeldern nach unten an. Sie erwog und verfügte, die Auflagen und Bedingungen der Baubewilligung betreffend die Parkfelder auf Parzelle xxx20 gälten sinngemäss für das abgeänderte Vorhaben (E.f und Beschluss Ziff. I.8). B. Hiergegen erhob die A._ AG erfolglos Rekurs beim Baurekursgericht und hernach Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit dem Begehren, die Ziffer I.8 des Baubeschlusses vom 8. November 2011 insoweit aufzuheben, als darin die Anrechnung der 13 Parkplätze von Parzelle xxx20 angeordnet werde, eventuell festzustellen, dass die entsprechenden Anordnungen nichtig seien. Mit Urteil vom 11. Juli 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. C. Mit Eingabe vom 16. September 2013 führt die A._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, es sei festzustellen, dass die Anordnung betreffend die Anrechnung von 13 Parkplätzen auf Parzelle xxx20 mit Anmerkungspflicht im Bauentscheid vom 13. Juli 2010 nichtig sei; die Ziffer I.8 des Bauentscheids vom 8. November 2011 sei entsprechend zu korrigieren. Eventualiter sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Bausektion der Stadt Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst ebenfalls auf Abweisung, soweit auf die Beschwerde einzutreten sei. In abschliessenden Bemerkungen vom 16. Dezember 2013 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest. 