Sachverhalt: A. Der nigerianische Staatsangehörige X._ (geb. 1965) reiste am 18. Februar 1998 ohne Visum in die Schweiz ein und stellte gleichentags ein Asylgesuch. Am 3. Juni 1998 zog er das Asylgesuch zurück und verliess die Schweiz am 14. Juni 1998. Am 11. November 2001 reiste X._ erneut ohne Visum in die Schweiz und stellte wiederum ein Asylgesuch, das mit Entscheid vom 25. Januar 2002 abgewiesen wurde. Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat die Asylrekurskommission am 26. März 2002 nicht ein, worauf das Bundesamt für Flüchtlinge (heute Bundesamt für Migration) X._ aufforderte, die Schweiz bis zum 16. April 2002 zu verlassen. Nach Vorliegen des Reisepasses wies das Migrationsamt des Kantons Aargau X._ an, die Schweiz am 19. August 2005 zu verlassen und via Nairobi nach Lagos auszureisen. X._ trat den gebuchten Rückflug nicht an und tauchte unter. B. Am 31. August 2006 reichte X._ beim Amt für Migration des Kantons Zug ein Gesuch um Erteilung einer Einreisebewilligung zwecks Vorbereitung der Heirat bzw. betreffend Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei der schweizerischen Ehefrau ein. Am 15. Oktober 2006 reiste X._ sodann von Frankreich in die Schweiz ein und heiratete am 3. November 2006 in Cham die Schweizer Bürgerin Y._. Gestützt auf die Heirat wurde ihm rückwirkend ab 3. November 2006 eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei der Ehefrau erteilt. Am 4. Mai 2007 bestrafte das frühere Einzelrichteramt des Kantons Zug X._ mit Strafbefehl wegen Drohung und Tätlichkeiten gegen seine Ehefrau zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und einer Busse von Fr. 300.--. In der Folge erhielt das Amt für Migration Kenntnis von weiteren Verurteilungen wegen illegaler Einreise, geringfügigen Diebstahls, Grenzübertritts ohne gültige Ausweispapiere und Widerhandlung gegen das Transportgesetz. Mit Verfügung vom 28. Juni 2007 verwarnte das Amt für Migration X._ und drohte ihm die Ausweisung an, falls er erneut zu Klagen Anlass geben bzw. straffällig werden sollte. Nachdem die Ehefrau auf Anfrage hin am 13. November 2007 dem Amt für Migration des Kantons Zug telefonisch erklärt hatte, die eheliche Beziehung habe sich normalisiert und es gebe keine Probleme mehr, verlängerte dieses am 14. November 2007 die Aufenthaltsbewilligung von X._ bis zum 3. November 2008. Am 15. November 2007 erhielt das Amt für Migration Kenntnis vom Polizeirapport der Kantonspolizei Luzern vom 12. November 2007 betreffend am 31. Oktober 2007 durch X._ verübte häusliche Gewalt gegen seine Ehefrau, die deswegen gegen ihren Ehemann gleichentags Strafanzeige erstattet hatte. Bei der darauf erfolgten Befragung sagte die Ehefrau aus, seit dem Vorfall im Oktober habe ihr Ehemann sein Verhalten wirklich verändert. Am 14. Januar 2008 zog die Ehefrau aus der gemeinsamen Wohnung aus. Am 11. Juni 2008 sprach X._ beim Amt für Migration vor und teilte mit, seine Ehe sei definitiv gescheitert. Am 25. Juni 2008 verfügte das Kantonsgericht Zug die Aufhebung des gemeinsamen Haushalt per 14. Januar 2008. C. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs widerrief das Amt für Migration am 5. August 2008 die Aufenthaltsbewilligung von X._ und verpflichtete den Betroffenen, die Schweiz bis zum 30. Oktober 2008 zu verlassen. Dagegen beschwerte sich X._ ohne Erfolg beim Regierungsrat und darauf beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. September 2009 beantragt X._, die Verfügung vom 5. August 2008 aufzuheben, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 6. August 2009 "nicht zu bestätigen und zurückzuweisen" und die Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung zu prüfen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zug beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zug und das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 