Faits: A. Le 14 février 2012, la société Y._ SA (ci-après: Y._), active dans les conseils et les services financiers en rapport avec la gestion de patrimoine, a déposé plainte pénale auprès du Procureur général du canton de Genève contre X._ pour escroquerie et gestion déloyale. Elle a exposé qu'elle avait engagé X._ - alors employé de la société « Z._ » (ci-après: Z._) - en qualité de directeur exécutif qui apporterait avec lui des clients et des affaires génératrices de revenus pour la société; un contrat de travail avait été signé le 1er octobre 2010, contrat accompagné d'un business plan indiquant que le prénommé gérait personnellement 2 milliards de francs générant un revenu annuel de l'ordre de 5 millions de francs; le salaire annuel brut avait été fixé à 350'000 francs auquel s'ajoutait un bonus équivalent à la moitié du revenu net (i.e. diminué des frais); le contrat prévoyait également que X._ travaillerait exclusivement pour son employeur; il était toutefois silencieux sur un volume d'affaire déterminé à apporter par l'employé. Au cours de l'année 2011, Y._ a reproché à X._ de ne pas avoir transféré, après son engagement, ses clients de son ancien employeur Z._. Puis, elle s'est aperçue que son employé menait des affaires parallèles avec des clients pour un montant de 522'929 USD au premier trimestre 2011 et que ce montant aurait dû lui revenir. Or, elle n'avait perçu que 1'429.49 USD. Elle a également découvert que X._ avait procédé à plusieurs ouvertures de comptes de clients sans avertir Y._ et sans lui verser les honoraires y relatifs. Ensuite des dissensions intervenues, X._ a mis un terme à son contrat le 19 juin 2011 alors que Y._ lui notifiait la résiliation immédiate du contrat de travail le 22 juin 2011. Le Ministère public du canton de Genève a décidé, par ordonnance du 24 février 2012, de ne pas entrer en matière sur cette plainte. Par arrêt du 6 juin 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice (ci-après: le Cour de justice) a rejeté le recours de Y._ contre cette décision. B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, Y._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt cantonal, d'inviter le Ministère public genevois à ouvrir une enquête sur la base des faits dénoncés dans la plainte pénale. Elle invoque une violation de l'art. 310 al. 1 CPP dans la mesure où, selon ses dires, les conditions des art. 146 et 158 CP sont réalisées, une violation de l'art. 9 Cst ainsi que de l'art. 29 al. 1 Cst. féd. pour violation de son droit de réplique. La Cour de justice a précisé qu'il n'y avait pas, en l'espèce, de violation du droit d'être entendu et que, pour le reste, elle se référait aux considérants de sa décision. Le Ministère public conclut au rejet du recours. L'intimé conclut principalement à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours avec suite de frais et dépens. 