Faits: A. X._, domicilié à A._, exerce une activité indépendante de promoteur immobilier sous la raison individuelle Agence immobilière et commerciale X._. Il exerce aussi une activité salariée pour la société B._ SA, dont le siège social est à A._ et dont il est l'actionnaire. Par contrat du 16 octobre 1989 passé avec un "Anstalt" au Liechtenstein, X._ avait acquis pour le prix de 850'000 fr. la société C._, active dans le domaine de la promotion de vacances sur le plan international. X._ avait comptabilisé cet achat au bilan de l'exercice commercial 1991 de son activité d'indépendant pour son prix d'acquisition. Selon une attestation du 19 octobre 1994 et un document du registre du commerce de D._ du 30 novembre 1994, la société C._ a été dissoute en 1994. X._ a comptabilisé un amortissement de 400'000 fr. sur cet actif dans les comptes de l'exercice commercial bisannuel clos en 1994. Un nouvel amortissement de cet actif pour un montant de 450'000 fr. a été comptabilisé dans les comptes de l'exercice commercial 1999. Par contrat de vente du 14 juin 1999, X._ a vendu à la société E._ SA, dont il est l'un des actionnaires et administrateurs, du terrain sis au Mayen de F._ pour le prix de 9'350'000 fr. Une première tranche de 5'000'000 fr. a été versée immédiatement; le solde de 4'350'000 fr. devait être versé au 31 août 1999. Ce solde a fait l'objet d'une provision de 3'350'000 fr. dans les comptes de l'exercice 1999/2000. B. Par décision de taxation du 27 juin 2001 en matière d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour la période fiscale 1995/1996, la Commission d'impôt de district de D._ (ci-après: la Commission d'impôt) a taxé X._ sur un revenu nul, le bénéfice imposable étant négatif. Il ressort de l'expertise de la comptabilité qu'elle a refusé un amortissement de 450'000 fr. sur la participation dans la société C._. Le 17 juillet 2001, X._ a déposé une réclamation contre cette décision en concluant à l'admission de l'amortissement comptabilisé. Les périodes 1997/1998 et 1999/2000 ont aussi été taxées sur un revenu nul. Par décision de taxation pour la période fiscale 2001/2002, la Commission d'impôt a refusé d'admettre l'amortissement de 450'000 fr. comptabilisé en 1999 et n'a admis la provision sur la créance de E._ SA qu'à concurrence de 350'000 fr. X._ a déposé une réclamation contre la décision de taxation 2001/2002, en concluant à l'admission d'une provision de 1'000'000 fr. Par décision sur réclamation du 13 février 2008, la Commission d'impôt a statué sur les taxations de X._ en matière d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales allant de 1995/1996 à 2003. Elle a notamment considéré que les périodes fiscales 1995/1996 à 1999/2000 avaient fait l'objet de taxations entrées en force sur lesquelles il n'était par conséquent plus possible de revenir. Elle a confirmé le refus d'admettre l'amortissement de 450'000 fr. lié à la participation C._ dans la taxation de la période fiscale 2001/2002. Elle a en revanche partiellement admis une augmentation de la provision sur la créance de E._ SA jusqu'à concurrence de 1'000'000 fr. Par mémoire du 10 mars 2008, X._ a interjeté recours auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours) contre la décision sur réclamation rendue le 13 février 2008. Il a conclu à la déduction de la perte de 850'000 fr. liée à la société C._ et à l'admission de la provision sur la créance E._ SA de 3'350'000 fr. conformément à sa comptabilité. C. Par décision du 19 novembre 2008, la Commission de recours a partiellement admis le recours en matière d'impôt fédéral direct et fixé le revenu net imposable pour la période fiscale 1995/1996 à - 801'411 fr. et pour la période fiscale 2001/2002 à 906'104 fr. Elle l'a rejeté en tant qu'il concernait les impôts cantonaux et communaux. En matière d'impôt fédéral direct, pour la période fiscale 1995/1996, elle a considéré en substance que la procédure de réclamation concernant la période de taxation 1995/1996 était encore ouverte. Elle a décidé que la participation C._ était liée à une affaire commerciale, que la perte de la valeur totale de cette participation avait eu lieu en 1994 et par conséquent admis l'amortissement de 400'000 fr. comptabilisé en 1994. Elle a considéré que les périodes fiscales 1997/1998 et 1999/2000 n'avaient pas fait l'objet de conclusions et ne faisaient pas l'objet de sa décision. Pour la période fiscale 2001/2002, elle a refusé d'admettre le solde de l'amortissement de la participation C._ pour un montant de 450'000 fr., parce que l'amortissement de la perte survenue en 1994 durant l'exercice 1999 était contraire au principe de périodicité et d'étanchéité des exercices comptables. La provision de 3'350'000 fr. sur la créance E._ SA n'était pas justifiée. En effet, si le bouclement de l'exercice comptable 1999 était certes fixé au 30 avril 2000, la clôture effective des comptes n'avait eu lieu qu'en octobre 2001. A cette date une partie du solde de la créance avait été remboursée. A cela s'ajoutait que X._, en sa qualité d'administrateur de la débitrice, connaissait bien la situation de cette dernière et savait qu'elle était solvable. Le caractère limité du risque ne justifiait une provision qu'à concurrence de 1'000'000 fr. La Commission de recours a en outre décidé que l'admission de l'amortissement modifiait le montant des pertes reportées admises pour la période fiscale 2001/2002 et qu'une réduction de 200'000 fr. du revenu annuel moyen devait être admise. En matière d'impôts cantonaux et communaux, elle a considéré que le droit cantonal posait les mêmes règles en matière d'amortissement et de provision qu'en droit fédéral, mais que la prescription absolue du droit de taxer de dix ans l'empêchait de statuer sur la taxation concernant la période fiscale 1995/1996 et partant d'admettre l'amortissement de 400'000 fr., de sorte que le montant des pertes reportées demeurait inchangé pour la période fiscale 2001/2002. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 19 novembre 2008 par la Commission de recours et de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants, subsidiairement de réformer la décision du 19 novembre 2008 en ce sens que l'amortissement de 400'000 fr. comptabilisé durant l'exercice commercial couvrant les années 1992/1994 (ci-après: exercice commercial 1992/1994) est admis en déduction du revenu imposable cantonal et communal pour la période fiscale 2001/2002, que l'amortissement de 450'000 fr. comptabilisé durant l'exercice 1998/1999 est admis en déduction du revenu imposable de la période fiscale 1998/1999 et que la provision de 3'350'000 fr. est admise pour la période fiscale 2001/2002. Il se plaint de la violation des art. 28 et 29 de la loi fédérale du 12 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct et de l'application arbitraire des art. 24, 25 et 129 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LF/VS; RSVS 642.1). La Commission de recours en matière d'impôt et le Service cantonal des contributions du canton du Valais ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. 