Faits : A. A._ SA est une société inscrite au registre du commerce du canton de Genève. Elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA), avec effet dès le 25 juillet 2008. Lors d'un contrôle, l'Administration fédérale a constaté que la comptabilité de l'assujettie pour l'année 2009 comportait d'importantes lacunes. Selon l'Administration fédérale, A._ SA avait en particulier omis de déclarer et de comptabiliser certaines factures. Dans une notification d'estimation du 4 avril 2011, l'Administration fédérale a opéré une correction d'un montant de 10'719 fr, plus intérêt moratoire, en raison du solde négatif qu'accusait le compte caisse de l'assujettie au 31 décembre 2009. Celle-ci a partiellement contesté cette notification. L'Administration fédérale, par décision du 4 janvier 2012, et après avoir transmis à A._ SA les factures prétendument non comptabilisées et lui avoir donné la possibilité de se prononcer à leur sujet, a rejeté cette réclamation. A._ SA a formé recours le 6 février 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, Cour I (ci-après: Tribunal administratif fédéral), contre la décision de l'Administration fédérale précitée. B. Après avoir rejeté la requête de suspension de la procédure jusqu'à droit connu dans la procédure pénale intentée contre l'ancien administrateur de l'assujettie par décision incidente du 14 août 2013, le Tribunal administratif fédéral, par arrêt du 27 novembre 2013, a rejeté le recours, dans la mesure de sa recevabilité. Il a en particulier considéré que l'Administration fédérale avait respecté le droit d'être entendue de l'assujettie et que cette dernière n'avait produit aucun élément de preuve permettant de douter du caractère authentique des factures litigieuses, si bien que la reprise fiscale opérée apparaissait bien fondée. Le Tribunal administratif fédéral a encore relevé qu'en raison des soldes négatifs présentés par le compte caisse de A._ SA, l'Administration fédérale n'était pas en mesure de déterminer précisément le chiffre d'affaires réalisé par cette société. Dans un tel cas de taxation par estimation, l'assujettie n'avait pas réussi à démontrer le caractère manifestement inexact de l'estimation. Le Tribunal administratif fédéral a procédé à une appréciation anticipée des preuves et refusé de verser au dossier les éléments du procès pénal ainsi que les autres moyens de preuve proposés par la société. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre la restitution de l'effet suspensif au recours, l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 27 novembre 2013 et le renvoi de la cause à celui-ci pour qu'il statue dans le sens des considérants. Elle se plaint d'établissement inexact des faits par l'instance précédente et de violation de son droit d'être entendue. Par ordonnance du 29 janvier 2014, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif. Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours, alors que l'Administration fédérale conclut au rejet de celui-ci. 