Sachverhalt: A. Am 7. März 2006 erliess das Bezirksamt Zurzach gegen X._ einen Strafbefehl wegen Hinderung einer Amtshandlung und Führens eines Fahrzeuges in nicht vorschriftsgemässem Zustand mit folgendem Wortlaut: "Durch zwei Beamte der Mobilen Einsatzpolizei wurde festgestellt, dass am Personenwagen des Beschuldigten die Fahrer- und die Beifahrerscheibe stark abgedunkelt waren. Als der Beschuldigte in der Folge angehalten wurde, senkte er die zuvor hochgefahrene Fahrer- und Beifahrerscheibe. Anlässlich der Kontrolle verhielt sich der Beschuldigte äusserst unkooperativ, jähzornig und erbost. Er weigerte sich zudem die Fensterscheibe hochzufahren, damit durch die Polizei eine Fotografie hätte erstellt werden können. Mit einer Mängelkarte wurde der Beschuldigte aufgefordert, sein Fahrzeug in vorschriftsgemässen Zustand zu versetzen. Die Mängelkarte wurde bei der Weiterfahrt aus dem Fenster geworfen. Der Beschuldigte war bereits mit Strafbefehl vom 4. Juli 2005 wegen mit Folie getönter Seitenscheiben, vorne links und rechts, mit Busse bestraft worden." Gegen diesen Strafbefehl erhob X._ Einsprache. B. Das Bezirksgericht Zurzach erklärte X._ mit Urteil vom 8. Juni 2006 wegen Hinderung einer Amtshandlung (Art. 286 StGB) sowie Führens eines Fahrzeuges in nicht vorschriftsgemässem Zustand (Art. 29 SVG, Art. 57 Abs. 1 VRV und Art. 71 Abs. 4 VTS i.V.m. Art. 93 Ziff. 2 Abs. 1 SVG) schuldig und bestrafte ihn mit einer Busse von 1'000 Franken als Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksamtes Zurzach vom 15. November 2005. C. Das Obergericht des Kantons Aargau sprach X._ - in teilweiser Gutheissung einer von ihm erhobenen Berufung - vom Vorwurf des Führens eines Fahrzeuges in einem nicht vorschriftsgemässem Zustand frei, verurteilte ihn hingegen nach Art. 286 StGB wegen Hinderung einer Amtshandlung zu einer Busse von 800 Franken als Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksamtes Zurzach vom 15. November 2005. D. X._ führt gegen das Urteil des Obergerichts vom 20. Oktober 2006 eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. E. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau verzichten auf Gegenbemerkungen zur Beschwerde unter Hinweis auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid. 