Sachverhalt: A. A.a Das Kreisgericht Rorschach, 1. Abteilung, sprach X._ am 9. Dezember 2005 des gewerbsmässigen Vergehens und der gewerbsmässigen Übertretung gegen das Heilmittelgesetz, der gewerbsmässigen Widerhandlung gegen das Markenschutzgesetz, des mehrfachen Exhibitionismus, des mehrfachen Hausfriedensbruchs sowie der Hinderung einer Amtshandlung schuldig. Es verurteilte ihn, teilweise als Zusatzstrafe zum Entscheid des Bezirksgerichts Rorschach vom 14. November 1999, zu einer (unbedingt vollziehbaren) Gefängnisstrafe von 15 Monaten, unter Anrechnung der Untersuchungshaft von 30 Tagen, sowie zu einer Busse von 5000 Franken. Zudem ordnete es eine ambulante psychotherapeutische Behandlung während des Strafvollzugs an. Gegen dieses Urteil erhoben X._ Berufung und die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen Anschlussberufung. A.b Das Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, sprach X._ am 29. Oktober 2007 des gewerbsmässigen Vergehens gegen das Heilmittelgesetz (begangen durch Handel mit "Viagra" in der Zeit von Januar bis Oktober 2002), der gewerbsmässigen Widerhandlung gegen das Markenschutzgesetz, des mehrfachen Exhibitionismus, des mehrfachen Hausfriedensbruchs sowie der Hinderung einer Amtshandlung schuldig. Es sprach ihn in Abweichung vom erstinstanzlichen Urteil frei von den Anklagen des gewerbsmässigen Vergehens gegen das Heilmittelgesetz (angeblich begangen durch Handel mit anderen Arzneimitteln als "Viagra") und des Exhibitionismus betreffend vier Vorfälle. Es verurteilte ihn zu einer (unbedingt vollziehbaren) Freiheitsstrafe von 16 Monaten und zu einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 20.--, unter Anrechnung von 30 Tagen Untersuchungshaft, und ordnete in Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheids eine ambulante Massnahme an. B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, er sei vom Vorwurf des gewerbsmässigen Vergehens gegen das Heilmittelgesetz im Sinne von Art. 86 Abs. 2 HMG sowie vom Vorwurf der Hinderung einer Amtshandlung (Art. 286 StGB) freizusprechen und das Verfahren wegen mehrfachen Exhibitionismus sei gestützt auf Art. 194 Abs. 2 StGB einzustellen. Er sei der qualifizierten Übertretung des Heilmittelgesetzes gemäss Art. 87 Abs. 1 lit. f und Abs. 2 HMG, der Widerhandlung gegen das Markenschutzgesetz sowie des mehrfachen Hausfriedensbruchs schuldig zu sprechen und hiefür mit einer Geldstrafe von höchstens 180 Tagessätzen zu Fr. 20.--, eventualiter mit einer Freiheitsstrafe von höchstens 6 Monaten zu bestrafen, jeweils unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs mit einer angemessenen Probezeit. Im Falle der Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe von über einem Jahr sei ihm der teilbedingte Strafvollzug zu gewähren. Der Vollzug einer allfälligen unbedingten Freiheitsstrafe sei zugunsten der ambulanten psychotherapeutischen Behandlung aufzuschieben. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung im Sinne dieser Anträge an das Kantonsgericht St. Gallen zurückzuweisen. C. Das Kantonsgericht St. Gallen hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Schweizerische Heilmittelinstitut (Swissmedic) stellt den Antrag, die Beschwerde gegen die Verurteilung wegen Vergehens gegen das Heilmittelgesetz im Sinne von Art. 86 Abs. 1 HMG sei abzuweisen. 