Faits: A. Par jugement du 20 septembre 2012, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a pris acte du retrait des plaintes déposées contre X._ et ordonné la cessation des poursuites pénales dirigées contre ce dernier pour vol d'importance mineure. B. Par jugement du 7 janvier 2013, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis l'appel formé par le ministère public et condamné X._ pour vol à 60 jours-amende à 80 fr. avec sursis pendant 2 ans. En bref, la cour cantonale a retenu que X._, employé des différentes structures qui se sont succédées à la gestion du parc informatique de l'Etat de Vaud, a, entre 2008 et 2010, dérobé sept ordinateurs appartenant à l'Etat de Vaud. Ces appareils étaient soit en attente de réparation, soit encore sous garantie. Lors de l'audience de première instance, X._ et L'Etat de Vaud ont passé une convention aux termes de laquelle le premier nommé s'est engagé à verser au second un montant de 2675 fr. en contrepartie du retrait de plainte de ce dernier. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut, sous suite de dépens, principalement à son acquittement, subsidiairement à l'annulation de la décision entreprise et à la confirmation du jugement de première instance, plus subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il requiert par ailleurs l'effet suspensif. 