Faits: A. X._, né en 1962, et dame X._, née en 1959, tous deux de nationalité portugaise, se sont mariés le 15 octobre 1991 à Genève. De cette union sont issues deux enfants: A._, née le 16 avril 1993, et B._, née le 2 avril 1997. B. Depuis de nombreuses années, les conjoints sont confrontés à de graves difficultés conjugales. La police a dû intervenir à plusieurs reprises. Le 7 juin 2008, dame X._ a quitté le domicile conjugal à la suite de violentes disputes avec son époux qui avaient nécessité l'intervention de la police. C. Le 19 juin 2008, dame X._ a déposé une requête de mesures protectrices de l'union conjugale, assortie de mesures préprovisoires urgentes. Par ordonnance du 16 juillet 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné X._ à verser 800 fr. par mois à titre de contribution à l'entretien de sa famille. Le 30 avril 2009, sur mesures protectrices, il a, pour une durée indéterminée, notamment autorisé la vie séparée, attribué la jouissance exclusive du domicile conjugal à l'épouse, confié la garde des enfants à la mère, réservé un droit de visite en faveur du père, à exercer, sauf accord contraire des parties, une demi-journée par semaine, condamné ce dernier à payer mensuellement à sa famille 400 fr. dès le 1er mai 2009, prononcé la séparation de biens et réservé la liquidation du régime matrimonial. Le 18 septembre 2009, la Chambre civile de la Cour de justice a annulé ce jugement sur les questions de l'attribution du domicile conjugal et de la contribution d'entretien. Statuant à nouveau, elle a attribué la jouissance de l'appartement familial au mari et fixé la contribution d'entretien due par celui-ci à 370 fr. dès le 1er décembre 2008 et à 1'150 fr. dès le 15 juillet 2009. Elle a en outre ordonné à la caisse de chômage et/ou à tout futur employeur de l'époux de verser mensuellement à l'épouse sur le compte bancaire ouvert au nom de celle-ci la somme de 1'150 fr. prélevée sur les indemnités et/ou le salaire du débirentier, sur toute commission, treizième salaire ou gratification, à titre de paiement des contributions courantes et futures à l'entretien de la famille. Elle a confirmé le jugement de première instance pour le surplus. D. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à l'annulation de l'arrêt cantonal en tant qu'il porte sur les aliments et l'avis aux débiteurs et au renvoi pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il demande, subsidiairement, à être libéré de son obligation d'entretien, qu'il soit donné acte de son engagement à payer les primes d'assurance-maladie de ses filles et la condamnation de sa femme au versement de 500 fr. par mois en sa faveur. Il requiert, plus subsidiairement, d'être astreint à payer à sa famille 200 fr. par mois et qu'il soit donné acte de son engagement à supporter les primes d'assurance-maladie de ses enfants. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire. Par courrier du 3 novembre 2009, le recourant déclare vouloir retirer son chef de conclusions formel tendant à la condamnation de son épouse à lui verser 500 fr. par mois. L'intimée propose le rejet du recours et demande l'assistance judiciaire. L'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. E. Par ordonnance du 12 novembre 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil a accordé l'effet suspensif au recours, limité toutefois à la question de l'avis aux débiteurs. 