Sachverhalt: A. Die X._ AG (nachfolgend X._ AG oder Steuerpflichtige) wurde am 4. März 2008 für die Staats- und Bundessteuern 2006 mit einem Reinertrag von Fr. 795'597.-- und einem Kapital von Fr. 666'461.-- eingeschätzt. Dabei nahm die Veranlagungsbehörde erhebliche Aufrechnungen u.a. aufgrund geldwerter Leistungen vor. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 wurde die hiegegen erhobene Einsprache teilweise gutgeheissen, indem der steuerbare Reinertrag auf Fr. 629'343.-- und das steuerbare Kapital auf Fr. 597'439.-- festgesetzt wurden. Der Einspracheentscheid basierte auf dem Einspracheprotokoll vom 19. November 2008. Zuvor, am 13. November 2008, hatte eine Einspracheverhandlung stattgefunden, worin ein Teil der Aufrechnungen akzeptiert und auf einen weiteren Teil der Aufrechnungen verzichtet wurde. Mit Urteil vom 17. August 2009 trat das Steuergericht des Kantons Solothurn auf Rekurs und Beschwerde nicht ein, was insbesondere damit begründet wurde, die Steuerpflichtige sei nicht beschwert, womit es an einer zwingenden Prozessvoraussetzung fehle. Mit Urteil vom 22. Juni 2010 im Verfahren 2C_769/2009 hiess das Bundesgericht die dagegen erhobene Beschwerde gut und wies die Sache zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurück. Das Bundesgericht erwog im Wesentlichen, die Anerkennung bloss einzelner Aufrechnungen im Rahmen der Einspracheverhandlung könne nicht als Teilrückzug des Rechtsmittels qualifiziert werden. Das heisse nicht, dass die Verständigung bedeutungslos wäre, sondern diese sei dem Einspracheentscheid durchaus zugrunde zu legen und alsdann im Rahmen eines allfällig nachfolgenden Rechtsmittelverfahrens sachgerecht zu würdigen. Fehle es an einem Teilrückzug der erhobenen Einsprache, so sei damit die vorliegende Anerkennung von Teilaspekten der Veranlagung auch nicht relevant bei der Prüfung der Frage, ob die Einsprecherin mit ihren Rechtsbegehren vor der Einspracheinstanz durchgedrungen sei. Dadurch ergebe sich ohne weiteres, dass die Beschwerdeführerin durch den Einspracheentscheid formell beschwert sei. Die Vorinstanz sei damit zu Unrecht auf die erhobene Beschwerde nicht eingetreten. B. Mit Urteil vom 17. Januar 2011 erkannte das Steuergericht Solothurn, die Akten würden an die Veranlagungsbehörde weitergewiesen zwecks materieller Beurteilung der Einsprache der Steuerpflichtigen nach Massgabe des Bundesgerichtsentscheides vom 22. Juni 2010. C. Das Steueramt des Kantons Solothurn beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde vom 25. März 2011, das Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 17. Januar 2011 aufzuheben und das Steuergericht anzuweisen, selbst einen Entscheid in der Sache zu fällen. Das Steuergericht Solothurn beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Die Steuerpflichtige liess sich nicht vernehmen. 