A.- Der 1970 geborene B._ erlitt im Kleinkindalter einen Unfall, in dessen Folge ihm der linke Unterschenkel amputiert werden musste. Die Invalidenversicherung erbrachte Leistungen und kam insbesondere für die erforderliche Unterschenkelprothese auf. Auf ein im Januar 1999 eingereichtes Gesuch hin sprach die IV-Stelle Luzern dem Versicherten eine neue Prothese als Hilfsmittel zu. Mit Verfügung vom 5. Mai 1999 verneinte sie den Anspruch auf eine Invalidenrente und lehnte das Begehren um Kostengutsprache für physiotherapeutische Massnahmen ab. B.- Die von B._ mit dem Antrag auf Übernahme der Kosten für Physiotherapie erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 5. Januar 2000 in dem Sinne gut, als es die Verwaltungsverfügung, soweit sie die Physiotherapie betrifft, aufhob und die Sache an die IV-Stelle zurückwies, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt die IV-Stelle die Aufhebung des kantonalen Entscheides beantragen. Während B._ auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, beantragt das Bundesamt für Sozialversicherung deren Gutheissung. 