Sachverhalt: A. A.a. Mit Vertrag vom 1. April 2011 verkaufte die A._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) der C._ SA 1'000 Tonnen Mahlweizen. Die A._ AG sollte den Mahlweizen in der Zeit vom 1. bis 30. April 2011 der C._ SA in U._ liefern. Die Einfuhr in die Schweiz sollte im Rahmen des zu dieser Zeit verfügbaren Zollkontingentes für Mahlweizen erfolgen. Für den Fall, dass dieses Kontingent zwischenzeitlich aufgebraucht sein sollte, vereinbarten die Parteien, dass der Mahlweizen bis zur Freigabe des nächsten Zollkontingentes durch die Schweizerische Eidgenossenschaft per 1. Juli 2011 in die Silos des offenen Zolllagers xxx der C._ SA in U._ zu bringen sei. A.b. Zur Erfüllung ihrer Verpflichtung beauftragte die A._ AG einerseits die Spedition D._ mit dem Transport des Mahlweizens von V._ (F) zum offenen Zolllager und andererseits die B._ SA (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit der Verzollung. A.c. Der Mahlweizen wurde auf 38 Lastwagen verteilt und zeitlich gestaffelt in die Schweiz eingeführt. Der mit den ersten 32 Lastwagen transportierte Mahlweizen konnte im Rahmen des Zollkontingentes eingeführt werden. Den mit den sechs verbleibenden Lastwagen transportierten Mahlweizen meldete die B._ SA aufgrund der Ausschöpfung des Zollkontingentes für Mahlweizen beim Grenzübertritt in W._ zum Transitverfahren an. Sie stellte hierfür sechs Transitscheine aus: einen mit Ausstelldatum vom 19. April 2011 und Verfalldatum vom 27. April 2011 sowie fünf mit jeweils Ausstelldatum vom 20. April 2011 und Verfalldatum vom 28. April 2011. Die Transitscheine übergab sie den jeweiligen Chauffeuren. Daraufhin wurden die sechs Lastwagen in das offene Zolllager xxx gefahren, wo der Mahlweizen in den Silos des offenen Zolllagers abgeladen wurde. A.d. Die Zollverwaltung wurde über die Ankunft der Fahrzeuge im Zolllager nicht informiert. Da das Transitverfahren nicht innert der festgesetzten Frist ordnungsgemäss abgeschlossen worden war, wurde der Mahlweizen wie eine Ware behandelt, die in den zollrechtlich freien Verkehr übergeführt wurde, was die Erhebung von Einfuhrzollabgaben nach sich zog. Da das Zollkontingent für Mahlweizen bereits aufgebraucht war, erhob die Zollverwaltung auf dem Mahlweizen den Zoll nicht zum Kontingentszollansatz von Fr. 10.30 pro 100 kg brutto, sondern zum Ausserkontingentszollansatz von Fr. 76.-- pro 100 kg brutto. Dem Konto der A._ AG wurden Zollabgaben von Fr. 122'278.70 (160'893 kg brutto Mahlweizen zu Fr. 76.-- pro 100 kg brutto), Verzugszinsen von Fr. 142.35 und ein Mehrwertsteuerbetrag von Fr. 4'250.35 belastet, ausmachend insgesamt Fr. 126'671.40. B. B.a. Am 19. Juni 2012 reichte die A._ AG beim Bezirksgericht Liestal Klage ein und beantragte, die B._ SA sei zur Zahlung von Fr. 126'671.40 nebst Zins zu verurteilen. An der bezirksgerichtlichen Instruktionsverhandlung vom 18. Dezember 2012 reduzierte die A._ AG ihre Forderung auf Fr. 93'539.95 nebst Zins. Mit Urteil vom 11. April 2013 verpflichtete das Bezirksgericht Liestal die B._ SA zur Zahlung von Fr. 93'539.95 nebst Zins. Es kam zum Schluss, die B._ SA habe ihre vertragliche Aufsichts- und Sorgfaltspflicht verletzt, da sie nicht innert Frist das Transitverfahren korrekt beendet und so die Verzollung des Mahlweizens zum Ausserkontingentszollansatz verursacht habe. B.b. Dagegen erhob die B._ SA Berufung beim Kantonsgericht Basel-Landschaft und beantragte, das Urteil des Bezirksgerichts sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen. Mit Entscheid vom 14. Januar 2014 hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft die Berufung gut, hob das Urteil des Bezirksgerichts Liestal auf und wies die Klage ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. März 2014 beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft aufzuheben und die Beschwerdegegnerin sei zur Zahlung von Fr. 93'539.95 nebst Zins zu verurteilen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. 