Sachverhalt: A. Mit Schreiben vom 19. Januar und 17. April 2009 teilte die Ausgleichskasse Grosshandel + Transithandel der ihr angeschlossenen Firma P._ AG mit, sie könne dem Gesuch um Rückerstattung zuviel bezahlter Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 613'850.55 und um Wiedererwägung der diesbezüglichen rechtskräftigen Beitragsverfügungen nicht nachkommen. B. Auf die Beschwerde der Firma P._ AG mit dem hauptsächlichen Antrag, die Ausgleichskasse sei zu verpflichten, ihr Fr. 613'850.55 zuzüglich Vergütungszins von 5 % auf Fr. 401'547.50 ab 29. Dezember 2006 und auf Fr. 212'303.05 ab 20. April 2007 zu bezahlen, trat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. Juni 2009 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein und überwies die Akten an die Verwaltung zum Erlass einer Verfügung im Sinne der Erwägungen. Ein Erläuterungsgesuch zu diesem Erkenntnis wies das Gericht mit Beschluss vom 2. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat. C. Die Firma P._ AG lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 24. Juni 2009 sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz, eventualiter an die Ausgleichskasse zurückzuweisen. Das kantonale Sozialversicherungsgericht, die Verbandsausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 