Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 29. Juni 2007 lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen das Rentengesuch der A._ mangels rentenbegründender Invalidität ab. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess die Präsidentin der Abteilung I des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 27. März 2008 teilweise gut, hob die Verfügung vom 29. Juni 2007 auf und wies die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen im Sinne der Erwägungen und zur neuen Verfügung an die IV-Stelle zurück. Am Entscheid wirkte Gerichtsschreiber X._ mit. B. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das kantonale Gericht anzuweisen, über die Sache in anderer Besetzung neu zu entscheiden. Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. A._ lässt den Antrag auf Abweisung der Beschwerde stellen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 