Sachverhalt: A. X._ ist Inhaber eines Einzelunternehmens. Dessen Geschäftstätigkeit besteht im Anbieten von Werbekonzepten und anderen Dienstleistungen im Bereich Werbung, Design und Kommunikation. Über die Vermögensverwaltungsgesellschaft A._ investierte X._ in verschiedene Titel im Bereich "New Economy", in Call-Options und in Gold. Auf diesen Beteiligungen nahm er in den Jahren 2001 und 2002 ausserordentliche Abschreibungen von Fr. 181'933.49 bzw. Fr. 96'218.71 vor. B. X._ deklarierte im Hilfsblatt A der Steuererklärung 2001 einen Reingewinn von Fr. 51'695.-- und nahm die erwähnte ausserordentliche Abschreibung vor. Für die Steuerperiode 2002 wies das Hilfsblatt A einen Geschäftsverlust von Fr. 34'520.-- aus, und die Erfolgsrechnung 2002 enthielt die erwähnte ausserordentliche Abschreibung, wodurch deren Bilanzwert nur noch Null Franken betrug. Das kantonale Steueramt Zürich schätzte X._ und Y._ am 2. Juni 2005 für die Steuerperioden 2001 bzw. 2002 mit steuerbaren Einkommen von Fr. 261'500.-- bzw. Fr. 125'000.-- und steuerbaren Vermögen von Fr. 530'000.-- (zum Satz von Fr. 569'000.--) bzw. Fr. 408'000.-- (zum Satz von Fr. 438'000.--) ein. Dabei liess sie die ausserordentlichen Abschreibungen nicht zum Abzug zu. Die hiergegen erhobene Einsprache wurde am 24. Juli 2009, der Rekurs von der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich am 18. November 2009 und die Beschwerde vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 2. Juni 2010 abgewiesen. C. Vor Bundesgericht beantragen X._ und Y._ mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 2. Juni 2010 aufzuheben, die steuerbaren Einkommen auf Fr. 79'567.-- bzw. auf Fr. 28'781.-- (Vermögen unverändert) festzusetzen sowie die Verrechnungssteueransprüche auf Fr. 545.05 bzw. auf Fr. 49.95 zu bestimmen. D. Das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. 