Sachverhalt: A. Für den Bau der vom Bundesamt für Verkehr am 27. Januar 2004 bewilligten Stadtbahn Glattal beanspruchen die Verkehrsbetriebe Glattal (VBG) unter anderem Teile des Grundstücks Kat.-Nr. 4818, Plan Nr. 49, Blatt 230, Grundbuch Seebach-Zürich. Zu Lasten dieses Grundstücks war am 20. Dezember 1993 ein selbständiges und dauerndes Baurecht zu Gunsten der Aral (Schweiz AG) begründet worden. Dieses Recht wurde am 12. Dezember 1996, nachdem die Baubewilligung für einen Tankstellenneubau erteilt worden war, im Grundbuch als selbständiges und dauerndes Baurecht eingetragen und in der Folge an die Migrol Genossenschaft (heute Migros AG) verkauft (GB Blatt 3108). Das Baurecht gilt für eine Tankstellenanlage und dauert bis 31. Dezember 2026. B. Auf dem Grundstück Kat.-Nr. 4818 bestehen verschiedene öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen. So wurde im Rahmen einer Baubewilligung zur Änderung der Tankstellenüberdachung und des Zapfsäulensockels vom 24. Dezember 1971 in Ziff. 2 festgehalten: - Bei einem allfälligen Ausbau der Thurgauerstrasse bis zur Baulinie, oder wenn andere öffentliche Interessen dies erfordern, ist der jeweilige Eigentümer des Grundstücks Kat.-Nr. 4818 verpflichtet, die am 24. Dezember 1971 von der Bausektion II des Stadtrates bewilligten Bauten (Zapfsäulensockel und Vordach) auf erstes Verlangen des Vorstandes des Bauamtes I auf eigene Kosten und ohne Entschädigungsansprüche gegenüber der Stadt zu beseitigen." Die Aral Schweiz AG erhielt am 3. September 1996 die Baubewilligung zum Neubau einer Tankstelle mit Selbstbedienungsshop und Waschportal sowie für fünf zum Teil im Vorgartengebiet liegende Parkplätze. Ziff. 2 des Beschlusses lautete: - Die jeweilige Eigentümerschaft der Parzelle Kat.-Nr. 4818 ist verpflichtet, bei einer Verbreiterung der Schärenmoos- und/oder Thurgauerstrasse bzw. einer Inanspruchnahme des Baulinienbereichs entlang des Katzenbachs die vor der Baulinie erstellten Anlagen (Ein- und Ausfahrten, Parkplätze, Versorgungsleitungen, Zapfstellen, Serviceeinrichtungen, Dachvorsprünge, Beleuchtungsmast usw.) auf eigene Kosten und ohne Anspruch auf Minderwertsentschädigung zu beseitigen bzw. den neuen Verhältnissen anzupassen (§ 100 PBG). Sofern aufgrund solcher Massnahmen die beiden Pflichtparkplätze ganz oder teilweise aufgehoben werden müssen, ist die Abstellplatzverpflichtung anderweitig zu erfüllen bzw. eine entsprechende Ersatzabgabe zu bezahlen (§§ 244 ff. PBG)." Dieser Revers wurde am 4. Oktober 1996 im Grundbuch als neue Ziff. 9 angemerkt. C. Für den Bau der Glattalbahn wird vom Grundstück Kat.-Nr. 4818 eine Teilfläche von 232 m2 für die Erstellung des neuen Fuss- und Radweges entlang der Thurgauerstrasse benötigt. Die Pläne lagen in den Standortgemeinden vom 2. Mai 2002 bis 5. Juni 2002 öffentlich auf. Im Rahmen der Plangenehmigung des Projektes "Stadtbahn Glattal" vom 27. Januar 2004 hiess das Bundesamt für Verkehr (BAV) die Einsprachen des Grundeigentümers und der Baurechtsnehmerin im Sinne der Erwägungen teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es erteilte der VBG das Enteignungsrecht "für die Realisierung einer ebenerdigen Stadtbahn" im Bereich der Parzelle Kat.-Nr. 4818. Die VBG wurde verpflichtet, im Rahmen der Ausführungsprojektierung im Einvernehmen mit den Einsprechern ein Zu- und Wegfahrtsregime vorzusehen, welches die Interessen der Einsprecher so gut als möglich berücksichtige. Im Streitfall sei der Streitgegenstand dem BAV zum Entscheid vorzulegen. Im Übrigen wurden die Einsprachen abgewiesen. D. Nachdem Vergleichsverhandlungen zwischen den Parteien gescheitert waren, übermittelte das BAV der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, am 8. März 2005 die Unterlagen zur Durchführung des Schätzungsverfahrens. Vor den Schranken erklärten die Migrol Genossenschaft und die VBG am 29. August 2006, sie hätten sich über die Entschädigung für den vorübergehenden Ertragsausfall und die Beanspruchung während der Bauphase, insbesondere bezüglich der vorübergehenden Strassensperrung und Inanspruchnahme einer Installationsfläche, bereits aussergerichtlich geeinigt, respektive ständen kurz davor. Im Übrigen beantragte die Migrol Genossenschaft als Enteignete, die VBG als Enteignerin sei zu einer vollen Entschädigung zu verpflichten. Demgegenüber schloss die VBG auf Abweisung sämtlicher Entschädigungsforderungen. Mit Entscheid vom 29. August 2006 wies die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, die Entschädigungsbegehren der Enteigneten ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden waren. Die Verfahrenskosten wurden der VBG auferlegt. E. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 6. September 2007 beantragt die Migros AG (vormals Migrol Genossenschaft) dem Bundesgericht, den Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, vom 29. August 2006 aufzuheben und die VBG zu einer vollen Entschädigung von Fr. 966'687.-- an die Enteignete zu verpflichten. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die VBG als Beschwerdegegnerin stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat in ihrer Replik zu den Ausführungen der Beschwerdegegnerin Stellung genommen und sinngemäss an ihren Anträgen festgehalten. 