Faits: A. La société Société X._ SA (ci-après: la Société), dont le siège social est à A._, a pour but l'exploitation d'un café-restaurant, d'un casino à gain, d'un dancing et d'une discothèque. B._ (ci-après: l'administrateur) en est l'actionnaire et l'administrateur unique. La Société est propriétaire d'un bâtiment abritant une discothèque, le C._, qu'elle loue à B._. Ce dernier sous-loue à son tour le local à un exploitant. B. En septembre 2010, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a procédé à un contrôle des comptes des exercices 2006 à 2009 de la Société. Le rapport d'expertise du 7 février 2011 établi à la suite de ce contrôle préconisait d'effectuer des reprises pour un montant total de 415'000 fr. Les reprises effectuées correspondaient à la différence entre les revenus locatifs nets perçus par B._ pour la sous-location de l'immeuble et les locations versées par ce dernier à la Société. Dans ses bordereaux du 11 mai 2011 portant sur l'IFD et l'ICC, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais (ci-après: la Commission d'impôt) a suivi les conclusions du rapport d'expertise. Elle a fixé les reprises à 47'000 fr. pour 2006, 68'000 fr. pour 2007, 108'000 fr. pour 2008 et 192'000 fr. pour 2009, sur la base des calculs suivants: 2006 2007 2008 2009 Locations encaissées de l'exploitation 162'354 fr. 166'465 fr. 166'500 fr. 251'202 fr. à déduire: Conciergerie - 3'000 fr. Réparation - 14'545 fr. - 11'560 fr. - 2'169 fr. - 4'318 fr. Achats matériels - 2'118 fr. - 4'911 fr. Assurance - 159 fr. - 1'442 fr. ESR A._ - 34'807 fr. - 10'295 fr. - 10'777 fr. - 12'877 fr. Honoraires juridiques - 16'000 fr. Part aux frais généraux et mise à disposition de l'immobilier - 5'884 fr. - 5'610 fr. - 5'484 fr. - 5'566 fr. Revenu locatif net de B._ 102'000 fr. 123'000 fr. 143'000 fr. 227'000 fr. Locations versées à Société X._ SA 55'000 fr. 55'000 fr. 35'000 fr. 35'000 fr. Différence 47'000 fr. 68'000 fr. 108'000 fr. 192'000 fr. Par décision du 28 octobre 2011, la Commission d'impôt a partiellement admis la réclamation de la Société, en ce sens qu'elle a accepté une réduction annuelle de 6'000 fr. sur les reprises pour tenir compte des honoraires d'administrateur de B._. Elle a calculé le bénéfice imposable sur cette base. La Société a recouru contre cette décision auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours), en concluant à l'annulation des reprises à l'exception d'un montant de 20'000 fr. pour les années 2008 et 2009. Par décision du 26 septembre 2012, la Commission de recours a partiellement admis le recours tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal. Elle a confirmé l'existence d'un cas de distribution dissimulée de bénéfices. Les juges ont en revanche considéré qu'il convenait de tenir compte du fait que la location de B._ à l'exploitant comprenait aussi bien des objets mobiliers que des places de parc appartenant à l'administrateur. Pour ce faire, la Commission de recours a diminué les reprises retenues dans le rapport d'expertise d'un montant équivalant au 25 % du loyer global. Tenant compte en outre des honoraires de l'administrateur fixés à 6'000 fr. par année, la Commission de recours a arrêté le montant des reprises à 400 fr. pour 2006, 20'400 fr. pour 2007, 60'400 fr. pour 2008 et 117'800 fr. pour 2009. Ensuite de ces nouveaux calculs, le bénéfice net imposable de la Société au titre de l'impôt fédéral direct et de l'impôt cantonal et communal a été fixé à - 89'647 fr. pour 2006, - 64'007 fr. pour 2007, 6'582 fr. pour 2008 et 126'446 fr. pour 2009. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Société X._ SA demande au Tribunal fédéral de réformer partiellement l'arrêt attaqué en ce sens que les prestations à l'actionnaire sont réduites à 0 fr. pour les exercices 2006 et 2007 et se montent à 20'000 fr. pour les exercices 2008 et 2009. La Société conclut à ce que les décisions de taxation soient revues en conséquence. Subsidiairement, elle demande l'annulation de la décision et le renvoi à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens de ses conclusions. Le Service cantonal propose de rejeter le recours sous suite de frais. La Commission de recours renonce à déposer des observations et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie à la décision attaquée. La recourante a déposé des observations complémentaires. 