Sachverhalt: A. Mit Kaufvertrag vom 30. Mai 2006 und Grundbucheintrag vom 6. Juni 2006 erwarben die Eheleute A.X._ und B.X._ geb. Y._ im Miteigentum je zur Hälfte ein in der Gemeinde R._/GR gelegenes Grundstück, auf dem sich ein Einfamilienhaus befindet. Der Kaufpreis betrug Fr. 1 Mio.; er wurde aufgebracht durch Eigenkapital von Fr. 350'000.--, im Übrigen durch einen Bankkredit. A.X._ war zu dieser Zeit als CEO und Delegierter des Verwaltungsrats der C._ AG tätig. Diese Beschäftigung fand noch im selben Jahr ein Ende. Ab Mitte 2007 wirkte er als Mitglied des Verwaltungsrates der D._ AG. Deren Zweck besteht statutengemäss im Kauf und Verkauf sowie dem Handel, der Bewirtschaftung und dem Halten von Immobilien. Am 17. Februar 2007 gingen die Eheleute X.-Y._ mit einer Drittperson einen Maklervertrag ein, um das im Vorjahr erworbene Grundstück in R._/GR zu veräussern. Gleichzeitig trieben sie die Umbaupläne voran, reichten in diesen Wochen das Baugesuch ein und erhielten am 26. März 2007 die Baubewilligung. Zur Verwirklichung des bewilligten Vorhabens schlossen sie am 1. Mai 2007 mit der hypothezierenden Bank einen "Rahmenvertrag für Baukredit", dem sie einen Kostenvoranschlag von Fr. 3'510'000.-- zugrunde legten. Mit Blick auf die Anlagekosten von insgesamt Fr. 4'510'000.-- gewährte die Bank einen Baukredit von Fr. 3'600'000.--, worin der ursprüngliche Grundpfandkredit von Fr. 650'000.-- enthalten war. Einer Beurteilung der E._ AG zufolge, die diese am 8. Februar 2012 abgab und auf Anfrage der Eheleute X.-Y._ erfolgte, belief sich der Wert des zwar baubewilligten, aber noch nicht realisierten Projekts "inkl. Businessplan und Offertausschreibung" im Frühjahr 2007 bereits auf Fr. 4 Mio. In der Folge konnten die Eheleute X.-Y._ am 3. März 2008 mit einer Drittperson einen Kaufrechts- und am 9. Juni 2008 einen Kaufvertrag abschliessen. Der Kaufpreis für das Grundstück mit dem umgebauten Haus, ohne Berücksichtigung des Hausrats, belief sich auf Fr. 8,7 Mio. B. Die Eheleute X.-Y._ verfügten der Reihe nach über selbst bewohntes Wohneigentum in S._/ZH (veräussert am 13. Januar 2005), in T._/SZ (erworben am 15. Januar 2004, verkauft am 30. Januar 2007) und in U._/ZH (gekauft am 26. Dezember 2006). Von Anfang 2007 bis März 2010 bewohnten sie eine Mietwohnung. Die in U._/ZH erworbene Liegenschaft liessen die Eheleute X.-Y._ durch einen Neubau ersetzen, von dem sie am 23. April 2010 einen Anteil von 437/1000 veräusserten und den verbleibenden Teil selber nutzten. Neben dem Einfamilienhaus in R._/GR, dessen Eigentümer sie von Juni 2006 bis Juni 2008 waren, besitzen die Eheleute X.- Y._ gleichenorts seit dem Jahr 2001 eine Ferienwohnung. Schliesslich hielten sie in der interessierenden Steuerperiode 2008 ein weiteres, in V._/GR gelegenes Haus. Am 11. September 2006 hatten sie eine Kaufofferte eingereicht, worauf sie das Objekt am 1. November 2006 für Fr. 1,2 Mio. erwerben konnten, es für Fr. 4,2 Mio. umbauten und es Anfang 2011 für Fr. 13 Mio. veräusserten. C. Mit Veranlagungsverfügung vom 17. Dezember 2009 erhob der Kanton Graubünden die Grundstückgewinnsteuer. Für die Zwecke der direkten Bundessteuer wiesen die Eheleute X.-Y._ in ihrer Steuererklärung 2008, Jahr des Verkaufs des Einfamilienhauses in R._/GR, ein steuerbares und satzbestimmendes Einkommen von je Fr. 0.-- aus. Nach Vornahme von Abklärungen veranlagte das Steueramt des Kantons Zürich die Eheleute mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 3'894'000.--. Es verwarf einen steuerfreien Kapitalgewinn, ging von selbständiger Erwerbstätigkeit aus und erfasste den Veräusserungsgewinn als steuerbares Einkommen. Die hiergegen erhobene Einsprache hiess das Steueramt des Kantons Zürich am 10. Juni 2012 teilweise gut und verminderte das steuerbare Einkommen, namentlich aufgrund einer zusätzlichen Rückstellung für AHV-Beiträge und unter Berücksichtigung angepasster Anlagekosten, auf Fr. 3'771'000.--. Die Eheleute X.-Y._ erhoben Beschwerde an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich, das diese mit Entscheid vom 25. Mai 2012 ebenfalls teilweise guthiess und das steuerbare Einkommen - unter Berücksichtigung zusätzlicher Baukreditzinsen und Verkaufsnebenkosten - abermals herabsetzte, nunmehr auf Fr. 3'048'700.--. Das Steuerrekursgericht ging von einer Aufnahme der selbständigen Nebenerwerbstätigkeit im September 2006 aus und leitete diesen Zeitpunkt aus der Kaufofferte für das Objekt in V._/GR ab. Als Einbuchungswert übernahm das Steuerrekursgericht den Kaufpreis des streitbetroffenen Hauses, d. h. Fr. 1 Mio. Das von den Eheleute X.-Y._ kantonal letztinstanzlich angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer der 2. Abteilung, erkannte am 31. Oktober 2012 auf Abweisung der Beschwerde. D. Mit Eingabe vom 21. Dezember 2012 erheben die Eheleute X.- Y._ (hiernach: die Steuerpflichtigen) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen, es sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Oktober 2012 aufzuheben, auf die Aufrechnung eines Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 3'079'503.-- sei zu verzichten und das steuerbare Einkommen für die direkte Bundessteuer 2008 sei auf Fr. 0.-- festzusetzen. Eventualiter - falls auf steuerbaren Liegenschaftenhandel geschlossen werde - sei der Zeitpunkt der Aufnahme der selbständigen Erwerbstätigkeit auf den Frühling 2007 (nach Erteilung der Baubewilligung) festzulegen, und der steuerbare Kapitalgewinn aus Liegenschaftenhandel sei nach allen Abzügen auf Fr. 379'502.-- festzusetzen. Subeventualiter sei der Zeitpunkt der Aufnahme der selbstständigen Erwerbstätigkeit mit dem Abschluss des Mäklervertrags am 17. Februar 2007 oder frühestens mit der Eingabe des Baugesuches im Januar 2007 anzunehmen, und es sei der steuerbare Kapitalgewinn aus Liegenschaftenhandel nach allen Abzügen auf Fr. 1'279'502.-- festzusetzen. Subsubeventualiter sei der Zeitpunkt der Aufnahme der selbständigen Erwerbstätigkeit mit dem Abschluss des Kaufvertrages betreffend die Liegenschaft in V._/GR am 1. November 2006 anzunehmen, und es sei der steuerbare Kapitalgewinn aus Liegenschaftenhandel nach allen Abzügen auf Fr. 1'989'988.-- festzusetzen. Mit Präsidialverfügung vom 4. Januar 2013 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um Zuerkennung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, das Steueramt des Kantons Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung DVS, beantragen die Abweisung der Beschwerde. 