Sachverhalt: A. Der 1958 geborene K._ arbeitete von Juni 1992 bis Oktober 1997 als Schiffsführer bei der M._ AG. Am 22. Oktober 1997 meldete er sich unter Hinweis auf einen Bandscheibenschaden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Am 28. Januar 1999 musste er sich einer Spondylodese L 4/5 unterziehen. Mit Verfügung vom 31. Mai 1999 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons St. Gallen rückwirkend ab 1. September 1998 bei einem Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Invalidenrente zu. Am 12. September 2001 verfügte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen den Widerruf einer Verfügung vom 6. August 2001, mit der sie die ganze Rente auf eine halbe herabgesetzt hatte, und traf in der Folge weitere Abklärungen. Am 22. Oktober 2001 eröffnete die IV-Stelle K._, er habe weiterhin Anspruch auf eine ganze Rente. Im Oktober 2004 erlitt der Versicherte bei einem Unfall multiple Verletzungen, welche lang dauernde ambulante und stationäre Behandlungen nach sich zogen. Gestützt auf umfangreiche Abklärungen, u.a. ein Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) am Spital X._ vom 31. Dezember 2005 und eine berufliche Abklärung in der BEFAS vom 2. bis 20. Juli 2007 (Schlussbericht vom 10. Oktober 2007) ermittelte die nunmehr zuständige IV-Stelle Schwyz einen Invaliditätsgrad von nur noch 63 %, worauf sie die ganze Invalidenrente nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 8. Februar 2008 ab 1. April 2008 revisionsweise auf eine Dreiviertelsrente herabsetzte. B. Die von K._ hiegegen mit dem Antrag auf Weitergewährung der ganzen Invalidenrente über den 31. März 2008 hinaus eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz ab (Entscheid vom 14. Juli 2008). C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese, eventuell nach zusätzlichen medizinischen Abklärungen, über den Rentenanspruch neu verfüge; es sei weiterhin eine ganze Invalidenrente zu gewähren. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 