Sachverhalt: A. Die Genossenschaft Migros Aare ist Eigentümerin des Einkaufszentrums Gäu-Park in Egerkingen. Dieses besteht aus einem nördlichen und einem südlichen Komplex. Mit dem Gäu-Park verbunden ist das ehemalige Einkaufszentrum der Waro, das heute von der Coop genutzt wird. Unmittelbar an den südlichen Teil des Gäu-Parks grenzt das ehemalige Gebäude der Kaffeefilterproduzentin Melitta an. Es wurde nach Stilllegung des Betriebs gestützt auf eine Baubewilligung vom 17. Mai 2004 mit dem südlichen Teil des Gäu-Parks verbunden und dient seither als Verkaufsfläche für Non Food-Artikel. Im Februar 2007 legte der Gemeinderat Egerkingen eine Änderung der Gestaltungspläne "Gäu Park und Waro Egerkingen" und "Gäu-Park 2" öffentlich auf. Die Änderung sollte den Bau eines zweiten Verbindungsgangs zwischen dem nördlichen und dem südlichen Gebäudekomplex ermöglichen. Der Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) erhob dagegen Einsprache. Zugleich machte er geltend, die bereits früher erfolgte Umnutzung des Melitta-Gebäudes sei nicht korrekt erfolgt; er verlangte deshalb von der Gemeinde Egerkingen, dafür nachträglich ein Gestaltungsplanverfahren mit Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) durchzuführen. Auf die erwähnten Gestaltungsplanänderungen wurde in der Folge verzichtet. Am 12. November 2009 lehnte die Baukommission der Gemeinde Egerkingen das Gesuch des VCS, für die Umnutzung des ehemaligen Melitta-Gebäudes ein neues Verfahren durchzuführen, ab, soweit sie darauf eintrat. Das Bau- und Justizdepartement des Kantons Solothurn hiess am 29. Juni 2010 die Beschwerde des VCS gegen diesen Entscheid gut; es hob den Entscheid der Baukommission vom 12. November 2009 und die am 17. Mai 2004 erteilte Baubewilligung für die Umnutzung des Melitta-Gebäudes auf. Die dagegen erhobene Beschwerde der Genossenschaft Migros Aare wies das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn am 7. Februar 2012 ab. B. Die Genossenschaft Migros Aare beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, die erwähnten Entscheide des Verwaltungsgerichts sowie des Bau- und Justizdepartements aufzuheben und die Verfügung der Baukommission vom 12. November 2009 zu bestätigen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der VCS, das Bau- und Justizdepartement und das Verwaltungsgericht ersuchen um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt hat sich zur Beschwerde geäussert, ohne einen Antrag zu stellen. Die Beschwerdeführerin und der VCS halten in weiteren Eingaben an ihren Anträgen fest. Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat der Beschwerde am 13. April 2012 mit Ausnahme des Parteientschädigungspunkts die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 