A.- M._ (geb. 1970) zog sich am 11. August 1986 bei einem Verkehrsunfall eine Schädel-Hirn-Verletzung mit akut aufgetretener Einblutung in motorisch bedeutsame Hirnstrukturen zu. Als Unfallfolgen blieben eine Behinderung durch ein leichtes, linksseitiges, armbetontes Hemisyndrom, eine neurogene Schulterinstabilität links sowie eine organisch-affektive Störung bestehen (Bericht des Instituts X._ vom 27. April 1992). Die Invalidenversicherung kam für verschiedene medizinische und berufliche Massnahmen auf. Nachdem M._ eine im April 1988 begonnene Ausbildung zur Technischen Zeichnerin bei der Firma Y._ im Juni 1988 bereits wieder abgebrochen hatte, beendete sie die anschliessende Ausbildung als Teleoperatrice Ende 1990 erfolgreich. Daraufhin wurde das Lehrverhältnis bei der Fernmeldekreisdirektion auf den 1. Januar 1991 in ein Arbeitsverhältnis umgewandelt, am 4. September 1991 jedoch per sofort aufgelöst. Am 9. August 1993 begann M._ die von der Invalidenversicherung übernommene Umschulung zur kaufmännischen Angestellten bei der S._. Infolge massiver Konzentrationsstörungen und der zu grossen Belastung im schulischen Bereich erfolgte nach einem Jahr der Wechsel zur Ausbildung als Büroangestellte. Mit Schreiben vom 10. August 1995 informierte der Rechtsvertreter von M._ die IV-Stelle des Kantons St. Gallen über den erfolgreichen Lehrabschluss und ersuchte um Prüfung der Rentenfrage. M._ blieb weiterhin mit einem bis Ende 1995 befristeten Arbeitsvertrag bei der S._ beschäftigt, wobei sich die Arbeitgeberin im November 1995 definitiv über den Abschluss eines unbefristeten Arbeitsverhältnisses entscheiden wollte. Mit Verfügung vom 4. Oktober 1995 wies die IV-Stelle das Rentengesuch ab, da M._ infolge der Umschulung ein rentenausschliessendes Einkommen erzielen könne und die invaliditätsbedingte Erwerbseinbusse lediglich 20 % betrage. Am 27. November 1995 stellte der Rechtsvertreter von M._ erneut ein Rentengesuch, da eine dauerhafte berufliche Integration auf Grund der Behinderungen nicht möglich sei. Insbesondere habe die Firma S._ den bis Ende 1995 befristeten Arbeitsvertrag nicht verlängert. Nach Gewährung von Arbeitsvermittlung teilte die IV-Stelle der Versicherten mit Vorbescheid vom 19. August 1996 mit, dass auf ihr Leistungsbegehren nicht eingetreten werde, da nicht glaubhaft gemacht worden sei, dass sich die tatsächlichen Verhältnisse seit der Verfügung vom 4. Oktober 1995 in einer für den Anspruch erheblichen Weise verändert hätten. Daran hielt sie mit Verfügung vom 9. September 1996 fest. B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 27. April 1998 teilweise gut und wies die Streitsache zur materiellen Prüfung der Neuanmeldung an die IV-Stelle des Kantons St. Gallen zurück. C.- Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihre Verfügung vom 9. September 1996 zu bestätigen. M._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen unter Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung. Das Bundesamt für Sozialversicherung beantragt die Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. 