Sachverhalt: A. I._, geboren 1959, war seit 20. Juli 1989 bei der Firma X._ angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. Oktober 2002 war er in einen Auffahrunfall verwickelt. Die anfänglich beigezogene Polizei erstellte keinen Unfallrapport. Nach zwei bis drei Stunden suchte I._ wegen auftretender Nacken- und Kopfschmerzen die Klinik A._, auf, welche eine HWS-Distorsion diagnostizierte (Bericht vom 21. Oktober 2002). Dr. med. B._, Facharzt für Innere Medizin, schloss am 18. Oktober 2002 ebenfalls auf eine HWS-Distorsion und attestierte volle Arbeitsunfähigkeit ab 3. Oktober 2002 und eine voraussichtliche Behandlung von vier bis acht Wochen. Im Zwischenbericht vom 10. Februar 2003 hielt er fest, unfallfremde Faktoren würden beim Heilungsverlauf keine Rolle spielen. Die Klinik C._, wo sich I._ vom 26. März bis 17. April 2003 stationär aufhielt, führte im Austrittsbericht vom 8. Mai 2003 als aktuelle Probleme ein zervikozephales und zervikobrachiales Schmerzsyndrom links, ein unfallfremdes lumbospondylogenes Schmerzsyndrom rechts sowie eine Anpassungsstörung mit Schmerzsymptomatik (IDC-10: F 43.25) an und bescheinigte eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % ab 9. Juni 2003 und von 0 % ab 7. Juli 2003. Demgegenüber hielt Dr. med. D._, Facharzt für Neurologie, eine volle Arbeitsunfähigkeit ab 30. April 2003 für gegeben (Bericht vom 28. Juli 2003). Von Oktober 2003 bis März 2004 wurde I._ in der Klinik E._ behandelt. Am 9. September 2004 diagnostizierte die Klinik F._ eine Partialruptur der Supraspinatussehne am linken Schultergelenk. Nach Einholen eines Berichts des Dr. med. G._, Facharzt für Neurologie, vom 18. März 2005 stellte die SUVA am 10. Mai 2005 ihre Leistungen mangels behandlungsbedürftiger Unfallfolgen per sofort ein. Dies bestätigte sie mit Einspracheentscheid vom 6. Oktober 2005. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 13. September 2006 ab. Das Bundesgericht wies die Sache in teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde am 10. April 2007 (U 488/06) an die SUVA zurück, damit diese nach Abklärung im Sinne der Erwägungen erneut über die Leistungseinstellung entscheide. Die MEDAS Zentralschweiz erstattete am 28. Juli 2008 ein interdisziplinäres Gutachten. Mit Verfügung vom 11. Dezember 2008, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 13. Mai 2009, stellte die SUVA erneut ihre Leistungen per 10. Mai 2005 ein. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 5. November 2009 ab. C. I._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sowie des Einspracheentscheids vom 13. Mai 2009 und der Verfügung vom 11. Dezember 2008 sei die Sache zur weiteren Abklärung und Berechnung der Invalidenrente sowie der Festsetzung einer Integritätsentschädigung an die SUVA zurückzuweisen. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Das Bundesgericht zog die Akten der IV-Stelle Basel-Stadt bei. 