Faits: A. A.a Le 31 mars 2008, X._ a requis l'Office des poursuites de Genève de notifier à la Caisse suisse de compensation à Genève (ci-après: la Caisse) un commandement de payer le montant de 167'334 fr. avec intérêts, au titre de rentes extraordinaires d'invalidité du 1er avril 1998 au 31 mars 2008 (acte interruptif de la prescription) et pour 1'000 fr. au titre de dommage supplémentaire fondé sur l'art. 106 CO. A.b Le commandement de payer (n° xxx) est daté du 9 avril 2008. Le 18 avril 2008, suite à un entretien téléphonique avec l'office, la Caisse lui a retourné cet acte, qui n'avait pas été notifié selon les formes, et a déclaré former opposition par précaution. L'exemplaire du commandement de payer destiné au créancier indique que la notification a été effectuée le 24 avril 2008 et que le débiteur a fait opposition. Le créancier a requis la mainlevée définitive de l'opposition dans un recours adressé le 19 mai 2008 au Tribunal cantonal des assurances du canton de Vaud. B. Le 20 mai 2008, l'office a annulé la poursuite, après avoir constaté que la Caisse suisse de compensation ne pouvait être poursuivie en tant que telle, puisque la Confédération était le véritable débiteur; il a alors transmis la réquisition de poursuite à l'Office des poursuites de Bern-Mittelland. La plainte formée par le créancier contre cette décision a été rejetée par décision de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève du 4 juillet 2008, notifiée le 16 du même mois au créancier. C. Le 25 août 2008, ce dernier a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, indiquant comme partie adverse la Confédération suisse, Caisse suisse de compensation, à Genève. Il conclut principalement à l'annulation des décisions de la Commission cantonale de surveillance et de l'office, et à ce qu'il soit dit que le commandement de payer notifié le 24 avril 2008 est valable. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à la Commission de surveillance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Confédération, par le Département fédéral des finances, Centrale de compensation, Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger, a renoncé à prendre position. L'autorité précédente se réfère aux considérants de sa décision. L'office conclut au rejet du recours. 