Faits: A. Par arrêt du 13 décembre 2007, la Cour correctionnelle genevoise siégeant sans le concours du jury a reconnu X._ coupable d'infraction à l'art. 19 ch. 2 let. a de la loi fédérale sur les stupéfiants (LStup) et de faux dans les certificats (art. 252 et 255 CP). X._ a été condamné à une peine privative de liberté de six ans. Les sursis prononcés le 27 janvier 2004 et le 12 janvier 2005 ont été révoqués. La Cour a ordonné la confiscation et la destruction de la drogue, du faux passeport et des téléphones portables saisis, ainsi que la confiscation et la dévolution à l'Etat de l'argent saisi. B. Statuant le 3 septembre 2008, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi formé par X._. Cet arrêt retient pour l'essentiel les faits suivants: B.a Le 6 novembre 2006, X._ a été arrêté à l'office postal de Balexert, alors qu'il prenait livraison d'un colis en provenance de Sao Paulo, au Brésil; ce colis était adressé à un nommé A._ et contenait 1,938 kg de cocaïne. X._ avait présenté une pièce d'identité au nom de B._ et avait indiqué avoir à plusieurs reprises récupéré des colis pour le compte de A._. La suite de l'enquête pénale a permis d'établir que B._, identité utilisée par X._, était le destinataire désigné de trois autres paquets expédiés à Genève, à savoir: - un paquet provenant de Chine, d'un poids d'env. 1 kg, censé contenir des fermetures éclair et réceptionné le 13 septembre 2006, - un colis provenant du Nigéria et reçu le 12 octobre 2006, - un paquet provenant de Trinidad et Tobago, contenant 500 grammes de cocaïne dissimulée dans des amortisseurs de voiture. Par ailleurs, une dame F._ était l'expéditrice mentionnée sur un paquet à destination de Bienne, contenant un kilo de cocaïne, ainsi que sur un paquet à destination de la République Tchèque contenant 1,4 kg de cocaïne dissimulée dans des pieds de lampe. Le numéro usuel du téléphone portable de X._ était inscrit sur le premier paquet expédié à Bienne. Le numéro de référence du second colis était mentionné dans un message SMS relevé sur le téléphone portable en possession de X._ lors de son arrestation. B.b Le 18 janvier 2007, le Juge d'instruction genevois a ordonné une commission rogatoire, confiée aux inspecteurs de police C._ et D._, à mener à Trinidad et Tobago. Dans sa commission rogatoire, le juge d'instruction exposait les divers éléments recueillis au sujet d'un envoi de Trinidad et Tobago adressé à B._ à Genève, expédié par E._ et finalement réceptionné par G._, dans le canton des Grisons. Cette dernière avait été arrêtée et elle était détenue. La commission rogatoire s'est déroulée du 9 au 26 mars 2007. Les renseignements recueillis sur place à l'occasion d'une investigation secrète ont été retirés du dossier au motif qu'ils l'avaient été en violation de la loi fédérale sur l'investigation secrète (LFIS) et de la loi sur l'entraide internationale en matière pénale (EIMP). C. Contre l'arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il dénonce la violation de l'art. 18 al. 5 LFIS; il se plaint de la violation du droit à un procès équitable, du principe de l'égalité des armes et du droit à une défense effective (art. 29 et 32 Cst.; art. 6 CEDH) et s'en prend à la peine qui lui a été infligée (art. 47 CP). Il conclut à ce que la Tribunal fédéral renvoie le dossier à l'autorité cantonale et dise qu'il doit être jugé à nouveau pour les faits qui lui sont reprochés et être assisté d'un avocat inscrit à un registre cantonal. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire. 