Sachverhalt: A. S._, geboren 1954, war seit 1. Mai 2003 für die M._ GmbH zu einem 50 % Pensum tätig und in dieser Eigenschaft bei der La Suisse, Unfall-Versicherungs-Gesellschaft (seit 13. Juli 2005: Helsana Unfall AG; nachfolgend: Helsana), gegen die Folgen von Unfällen versichert. Während ihrer Ferien in Südfrankreich war sie am 7. Oktober 2003 als Mitfahrerin in einem Personenwagen in einen Verkehrsunfall mit einem Lastwagen verwickelt; dabei zog sie sich eine HWS-Distorsion sowie eine commotio cerebri zu. Am 9. Januar 2005 stürzte sie eine Treppe hinunter und brach sich den linken Ellenbogen. Bei einem erneuten Sturz am 21. Oktober 2005 verletzte sie sich am linken Knie. Die Helsana erbrachte die gesetzlichen Leistungen für die drei Unfälle. Gestützt auf das Gutachten des Instituts X._ vom 14. Dezember 2007 sprach die Helsana S._ ab 1. Juli 2008 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 45 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 % zu; dabei legte sie dem versicherten Verdienst ein Arbeitspensum von 50 % zugrunde (Verfügung vom 29. Mai 2008, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 27. Juli 2010). B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich teilweise gut, hob den Einspracheentscheid vom 27. Juli 2010 auf und wies die Sache mit Entscheid vom 25. Juni 2012 an die Helsana zurück, damit diese nach Abklärung im Sinne der Erwägungen (versicherter Verdienst bei einem vollen Arbeitspensum) über den Rentenanspruch bei einem Invaliditätsgrad von 45 % neu verfüge. C. Die Helsana führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben. S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 