Sachverhalt: A. Die 1950 geborene R._ stellte nach einer ersten Anmeldung im Oktober 1999 am 25. März 2004 erneut ein Gesuch zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung. Nach Einholung der Arztberichte, Erstellung eines Haushaltsabklärungsberichts sowie einer Begutachtung in der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) verneinte die IV-Stelle des Kantons Thurgau mit Verfügung vom 5. Januar 2006 den Anspruch auf eine Invalidenrente im Wesentlichen mit der Begründung, die Versicherte würde ohne Gesundheitsschaden weiterhin zu 50 % ihrer Tätigkeit als Telefonistin nachgehen und zu 50 % im Haushalt tätig sein. Während sie im erwerblichen Bereich keine Einbusse erleide, betrage die Einschränkung im Haushalt 32 %, was insgesamt einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 16 % ergebe. An ihrem Standpunkt hielt die IV-Stelle mit Einspracheentscheid vom 14. Januar 2008 fest. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher R._ die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zur Neubeurteilung beantragen liess, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 25. Juni 2008 ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt R._ beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Gerichtsentscheides sei die Streitsache in der Hauptsache an die IV-Stelle, eventualiter an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 