Sachverhalt: A. Die A._ AB (Gesuchstellerin, Beschwerdeführerin) beantragte dem Bundespatentgericht mit Eingabe vom 25. April 2013, es seien gegenüber der B._ AG (Gesuchsgegnerin, Beschwerdegegnerin) vorsorgliche Massnahmen anzuordnen (Verbot nach Antrags-Ziff. 1 und Verpflichtung zum Rückruf in Verkehr gebrachter Arzneimittel nach Antrags-Ziff. 2); über das Gesuch sei zudem "unter Kosten- und Entschädigungsfolgen [...] zu Lasten der Gesuchsgegnerin" (Antrags-Ziff. 3) zu entscheiden. B. Mit Urteil vom 12. Mai 2014 schrieb das Bundespatentgericht das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen in Bezug auf Antrags-Ziff. 1 wegen Gegenstandslosigkeit als erledigt ab und wies Antrags-Ziff. 2 ab (Dispositiv-Ziff. 1). Es setzte die Gerichtskosten auf Fr. 25'000.-- fest (Dispositiv-Ziff. 2), die es der Gesuchstellerin zu 15 % (Fr. 3'750.--) und der Gesuchsgegnerin zu 85 % (Fr. 21'250.--) auferlegte und mit dem von der Gesuchstellerin geleisteten Kostenvorschuss verrechnete, wobei es die Gesuchsgegnerin im Betrag von Fr. 21'250.-- zum Ersatz verpflichtete (Dispositiv-Ziff. 3). Zudem verpflichtete das Bundespatentgericht die Gesuchsgegnerin, der Gesuchstellerin eine auf 70 % reduzierte Parteientschädigung von Fr. 13'040.-- zu bezahlen (Dispositiv-Ziff. 4). C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Gesuchstellerin dem Bundesgericht, die Gesuchsgegnerin sei - sinngemäss unter Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 4 des angefochtenen Entscheids - zu verpflichten, ihr die Auslagen für den beigezogenen Patentanwalt in der Höhe von Fr. 35'645.80.-- zu bezahlen. Zudem sei Dispositiv-Ziff. 3 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und es seien der Beschwerdegegnerin 100 % der Gerichtskosten des Vorverfahrens, d.h. Fr. 25'000.--, aufzuerlegen; ausserdem sei diese zum Ersatz des von der Beschwerdeführerin geleisteten Kostenvorschusses in der Höhe von Fr. 25'000.-- zu verpflichten. Eventualiter sei der Kostenentscheid aufzuheben und die Sache zur Neuverlegung der Gerichtskosten und zur Festlegung der Entschädigung für den beigezogenen Patentanwalt an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde; eventualiter sei die von der Beschwerdeführerin beantragte Entschädigung von Fr. 35'645.80 für den patentanwaltlichen Aufwand angemessen - mindestens jedoch um 2/3 - zu reduzieren und die Beschwerde sei im Übrigen abzuweisen. Die Vorinstanz äusserte sich mit Eingabe vom 7. Juli 2014 zum Antrag auf Ersatz der Patentanwaltskosten und verzichtete im Übrigen auf eine Vernehmlassung. Die Beschwerdeführerin reichte dem Bundesgericht eine Replik, die Beschwerdegegnerin eine Duplik ein. 