Fatti: A. Nel luglio del 2007 la A._SA ha presentato al Municipio di Paradiso una domanda di costruzione per un piano di quartiere e per l'edificazione di sei edifici contigui, con un'autorimessa comune, destinati ad appartamenti, uffici e negozi sul fondo part. n. 132 di Paradiso, su cui sorgeva un tempo una fabbrica di birra, demolita dopo la cessazione dell'attività. La proprietà, di complessivi 11'117 m2, è ubicata nella zona residenziale intensiva RI 7 del piano regolatore comunale, in un comparto soggetto a piano di quartiere. B. Alla domanda si sono tra gli altri opposti D.C._, C.C._, E.C._ e F.C._, G._ e la B._SA, proprietari di fondi confinanti o immediatamente vicini a quello dedotto in edificazione. Acquisito il preavviso favorevole dell'Autorità cantonale, con decisione del 12 dicembre 2007 il Municipio di Paradiso ha rilasciato la licenza edilizia per il piano di quartiere e per l'edificazione delle opere progettate, respingendo nel contempo le opposizioni dei vicini. Adito dagli opponenti, con risoluzione del 24 giugno 2008 il Consiglio di Stato del Cantone ha confermato la licenza edilizia alle condizioni che eventuali camini fossero ulteriormente approvati come piani speciali, che i locali esposti al rumore interessati dal superamento dei valori limite d'immissione fossero dotati di finestre insonorizzanti e che la parte bassa del blocco A fosse arretrata fino a 7 m dal confine. C. Con sentenza del 7 gennaio 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto i ricorsi degli opponenti ed ha annullato sia la risoluzione governativa che confermava il permesso di piano di quartiere e la licenza edilizia sia la licenza edilizia comunale. Ha rilevato che a torto il piano di quartiere era stato elaborato solo per il fondo part. n. 132, mentre avrebbe dovuto obbligatoriamente coinvolgere anche i proprietari dei fondi confinanti part. n. 143, 148 e 149. Ha poi ritenuto che, tenendo conto dei camini, l'altezza massima era superata di 0,15 m. Ha per contro considerato infondate le censure relative alla misurazione dell'altezza sotto il profilo della sistemazione del terreno e della sporgenza dell'autorimessa sotterranea. La Corte cantonale ha per finire pure respinto le critiche in materia di distanze, posteggi e immissioni foniche. D. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di confermare la licenza edilizia all'ulteriore condizione che la quota del tetto sia abbassata di 0,15 m. In via subordinata postula il rinvio degli atti alla precedente istanza per una nuova decisione. La ricorrente fa valere la violazione della garanzia della proprietà, del divieto dell'arbitrio e dell'autonomia comunale. E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza, mentre il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Pure il Municipio di Paradiso si rimette al giudizio di questa Corte, precisando comunque di condividere il punto di vista della ricorrente riguardo all'estensione del piano di quartiere. Gli opponenti postulano la reiezione del gravame. La ricorrente ha in seguito presentato una replica, alla quale ha duplicato l'opponente G._. Gli opponenti C._ si sono per contro espressi sulla risposta del Municipio. 