Faits: A. En raison d'un retard global du développement et de troubles psychotiques, F._ a bénéficié dès son enfance de mesures de réadaptation de l'assurance-invalidité. Il a notamment été mis au bénéfice d'une formation scolaire spéciale, de mesures pédago-thérapeutiques, ainsi que d'une formation professionnelle initiale en tant que monteur électricien qui s'est soldée par l'obtention d'un certificat fédéral de capacité dans cette profession le 23 septembre 2003. Du 19 au 21 mai 2009, F._ a été hospitalisé auprès de l'Hôpitaux H._ en raison d'une dépendance physique à l'alcool. Il a ensuite séjourné à la Clinique Y._ du 8 au 24 juin 2009. Alors qu'il était en train d'effectuer un stage d'aide-X._ mis en place par le Service de la jeunesse et de l'emploi de la Commune de Z._, l'intéressé a déposé, le 14 mars 2011, une demande de prestations auprès de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'office AI) tendant à l'octroi de mesures de réadaptation professionnelle en invoquant une surconsommation d'alcool consécutive à une dépression. Dans le cadre de l'instruction de cette demande, l'office AI a confié la réalisation d'une expertise au docteur M._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapeute pour enfants et jeunes adultes. Dans son rapport du 12 juillet 2011, l'expert a retenu les diagnostics, sans répercussion sur la capacité de travail, de psychose infantile à évolution déficitaire stabilisée et de troubles mentaux, troubles du comportement liés à l'utilisation d'alcool, syndrome de dépendance, en rémission complète. L'activité de X._ exercée par l'assuré était exigible à 100%. Sur la base de cette expertise et de l'avis du 30 septembre 2011 de son Service médical régional (SMR), l'office AI a, par décision du 25 novembre 2011, nié le droit de l'assuré à des prestations de l'assurance-invalidité. Il a notamment considéré que dès lors que l'assuré disposait d'une pleine capacité de travail que ce soit dans l'activité de X._ ou dans celle de monteur électricien, des mesures professionnelles n'entraient pas en ligne de compte. B. Saisie d'un recours formé par l'assuré, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a tenu une audience d'enquêtes le 25 octobre 2012, au cours de laquelle elle a entendu en qualité de témoin A._, conseillère en insertion professionnelle auprès de la Commune de Z._. La Cour de justice de la République et canton de Genève a alors soumis des questions complémentaires au docteur M._ pour savoir s'il maintenait son appréciation de la capacité de travail compte tenu du fait que l'activité d'aide-X._ s'apparentait à une activité s'exerçant en atelier protégé; l'expert y a répondu par courrier du 17 novembre 2012. Statuant le 31 janvier 2013, le tribunal cantonal a reconnu que l'assuré était dans l'incapacité totale d'exercer la moindre activité lucrative sur le marché du travail (ch. 1 du dispositif). Il a, par ailleurs, renvoyé la cause à l'office AI pour qu'il se prononce sur le droit de l'assuré à une rente d'invalidité (ch. 2). C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Il conclut à la confirmation de sa décision du 25 novembre 2011. F._ conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens, et demande à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire en ce qui concerne les frais de justice. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 