Faits: A. X._ (ci-après: l'intéressé ou le recourant), ressortissant colombien, né en 1967, est entré en Suisse en juin 1998 en qualité de touriste. Par la suite, il a bénéficié d'une autorisation de séjour de courte durée, puis d'autorisations de séjour pour études, lui permettant de parfaire sa formation. Il a ainsi obtenu un diplôme d'oenologue puis un diplôme de commerce des vins, tous deux délivrés par l'Ecole d'ingénieurs de A._. Le 1er février 2007, l'Office cantonal de la population du canton de Genève a refusé à l'intéressé le renouvellement de son autorisation de séjour pour études, constatant que sa formation avait été ponctuée de divers échecs successifs et que le but du séjour initialement annoncé, à savoir l'obtention d'un titre d'oenologue, avait été atteint. B. Après avoir cohabité depuis 2004, X._ et Y._, ressortissante suisse, se sont mariés le 16 février 2007. L'intéressé a depuis lors bénéficié d'une autorisation de séjour au titre du regroupement familial délivrée par le canton de Vaud, canton où il avait précédemment déménagé. Environ cinq mois après le mariage, soit le 15 juillet 2007, les époux se sont séparés. Il ressort d'un rapport de renseignements du 23 juillet 2008 de la police municipale de la ville de B._ que Y._ a déclaré qu'elle souhaitait divorcer. Ce document mentionne également que X._ a un oncle qui vit en Suisse, ainsi qu'un frère et une soeur qui vivent en Colombie en compagnie de leur père, sa mère vivant aux Etats-Unis. Le 22 août 2008, X._ a requis la prolongation de son autorisation de séjour. A la même date, l'employeur de l'intéressé a déposé une demande d'autorisation de séjour avec activité lucrative. Depuis 2007, il travaille en effet en tant qu'oenologue auprès de la société D._. C. Le 12 février 2009, le Service de la population du canton de Vaud (ci-après: le Service de la population) a refusé la prolongation de l'autorisation de séjour. Par lettre du 20 juillet 2009 au Service de la population, Y._ a confirmé qu'elle n'avait pas l'intention de reprendre la vie commune avec son époux et qu'elle s'apprêtait à déposer une demande en divorce, les deux ans de séparation étant atteints. D. Par arrêt du 17 septembre 2009, le Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._. Appliquant le nouveau droit des étrangers, les juges cantonaux ont retenu en substance que, comme la vie commune avait cessé en juillet 2007, X._ ne pouvait prétendre au renouvellement de son autorisation de séjour sur la base des dispositions sur le regroupement familial, ni sur les droits accordés par la loi lorsque l'union conjugale a duré au moins trois ans. Le Tribunal cantonal n'a pas non plus admis l'existence d'une situation d'une extrême gravité permettant de déroger aux conditions d'admission. Finalement, il a jugé que l'intéressé, qui travaille dans un grand magasin, ne remplissait pas les conditions pour l'obtention d'un permis de séjour avec activité lucrative. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, d'octroyer l'effet suspensif à son recours, d'annuler l'arrêt du 17 septembre 2009 du Tribunal cantonal et de le mettre au bénéfice d'une autorisation de séjour. Invité à se prononcer sur cette écriture, le Service de la population a renoncé à se déterminer. Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral des migrations se réfèrent aux considérants de l'arrêt attaqué et concluent au rejet du recours. Par ordonnance du 30 octobre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours. 