Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 3. November 2008 entzog die Vormundschaftsbehörde A._ der Kindsmutter Z._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) die ihr mit Eheschutzurteil des Gerichtspräsidiums Laufenburg vom 14. November 2007 zugewiesene elterliche Obhut über ihren aus der Ehe mit X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) stammenden Sohn Y._, geb. 2004, und platzierte Y._ durch die Institution "S._" bei der Familie T._ in B._. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. B. Dagegen führte die Beschwerdegegnerin mit Eingabe vom 5. November 2008 an das Bezirksamt Rheinfelden Beschwerde mit dem prozessualen Antrag, die aufschiebende Wirkung wieder herzustellen. Mit Zwischenentscheid vom 7. November 2008 wurde dieser Antrag abgewiesen. C. Dagegen erhob die Beschwerdegegnerin mit Postaufgabe vom 21. November 2008 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Aargau. Mit Verfügung vom 27. November 2008 hiess der Präsident der Kammer für Vormundschaftswesen des Obergerichts vorsorglich das Gesuch gut und erteilte der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Das Obergericht bestätigte diese Präsidialverfügung mit Entscheid vom 18. Dezember 2008 und erkannte der Beschwerde mit Bezug auf den Obhutsentzug und die Fremdplatzierung die aufschiebende Wirkung zu. D. Mit Beschwerde vom 14. Januar 2009 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheids, den Entzug der aufschiebenden Wirkung in Bezug auf jegliche Beschwerde und die umgehende sowie bis auf Weiteres andauernde Fremdplatzierung des Sohnes Y._ bei der bisherigen Pflegefamilie, eventualiter die Zurückweisung an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung. Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung vom 2. Februar 2009 auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 