Sachverhalt: A. X._ wird vorgeworfen, an seiner Stieftochter über einen Zeitraum von 2 1⁄2 Jahren unzählige Male sexuelle Handlungen vorgenommen zu haben. Die ihm zur Last gelegten Übergriffe reichen vom Anfassen der Scheide über orale Praktiken und Onanie bis hin zum mehrmaligen Geschlechtsverkehr. Seine Stieftochter stand zu Beginn der sexuellen Handlungen kurz vor ihrem zwölften Geburtstag. B. Das Bezirksgericht Baden sprach X._ am 13. September 2007 schuldig der mehrfachen sexuellen Handlung mit einem Kind im Sinne von Art. 187 Ziff. 1 StGB (Dispositiv-Ziffer 1) und verurteilte ihn hierfür in Anwendung von Art. 47 ff. StGB zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren (Dispositiv-Ziffer 2). Ferner beurteilte es die Zivilforderungen der Privatklägerschaft (Dispositiv-Ziffer 3). C. Gegen dieses Urteil erhoben X._ und die Geschädigte - beschränkt auf den Straf- und den Zivilpunkt - Berufung bzw. Anschlussberufung, welche das Obergericht des Kantons Aargau am 16. September 2008 im Berufungsverfahren teilweise guthiess bzw. abwies. In Aufhebung und Neufassung der Dispositiv-Ziffern 1 und 2 des vorinstanzlichen Urteils hielt es fest, dass X._ der mehrfachen sexuellen Handlung mit einem Kind im Sinne von Art. 187 Ziff. 1 aStGB schuldig zu sprechen und in Anwendung von Art. 63 ff. aStGB mit einer Zuchthausstrafe von vier Jahren zu bestrafen sei. Die obergerichtlichen Verfahrenskosten von insgesamt Fr. 2'112.-- auferlegte es zu zwei Dritteln X._und zu einem Drittel der Geschädigten. D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, er sei wegen mehrfacher sexueller Handlung mit einem Kind in Anwendung des neuen Rechts zu einer im Umfang von sechs Monaten vollziehbaren Freiheitsstrafe von maximal drei Jahren bei einer Probezeit von fünf Jahren zu verurteilen. Die Verfahrenskosten vor Obergericht seien im Falle der Gutheissung der Beschwerde neu zu verlegen. Eventuell sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die vorliegende Sache ans Obergericht zur neuen Beurteilung zurückzuweisen. E. Vernehmlassungen wurde keine eingeholt. 