Sachverhalt: A. Aufgrund eines Hinweises der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend SUVA) über mögliche Unregelmässigkeiten ihres Angestellten Y._ eröffnete die Bundesanwaltschaft ein Verfahren wegen Verdachts auf passive Bestechung. Y._ war in der Zeit vom 1. April 2002 bis 18. April 2006 bei der SUVA im Bereich Portfoliomanagement als sogenannter "Recovery-Manager" angestellt; zunächst als Kreditsachbearbeiter, vom 1. April 2003 bis 1. Mai 2005 als Teamleiter und anschliessend wieder als Kreditsachbearbeiter. Seine Aufgabe bestand darin, im Rahmen der ihm zustehenden Kreditlimiten Hypothekarkredite an juristische und natürliche Personen zu gewähren bzw. Anträge zur Kreditvergabe an die nächst höhere Kompetenzstufe zu stellen sowie notleidende Kredite zu erkennen, zu überwachen und abzulösen (Recovery-Funktion). Gemäss Anklage erwarb Y._ am 4. Dezember 2003 die Aktien der damaligen A._ AG (später umfirmiert in B._ AG) für einen Buchwert von Fr. 6'500.--. Da das nominale und vollständig liberierte Aktienkapital Fr. 100'000.-- betrug, habe er diese Gesellschaft unter Vermittlung von C._ "geschenkt" erhalten. Weitere nicht gebührende Vorteile seien darin zu erblicken, dass Y._ für die B._ AG ohne Einsatz eigener Mittel zwei Liegenschaften in Tafers und Givisiez zu einem unter dem vermuteten Marktwert liegenden Preis habe erwerben können. B. Das Bundesstrafgericht sprach Y._ am 30. November 2010 von den Anklagevorwürfen des Sich bestechen Lassens (Art. 322quater StGB), der Vorteilsannahme (Art. 322sexies StGB), der ungetreuen Amtsführung (Art. 314 StGB) und der ungetreuen Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 StGB) frei. C. Die Bundesanwaltschaft erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt sinngemäss, den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. November 2010 bezüglich der Freisprüche von den Anklagevorwürfen des Sich bestechen Lassens und der Vorteilsannahme aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an dieses zurückzuweisen. Eventualiter sei die Sache durch das Bundesgericht selber zu entscheiden. Y._ sei unter Kosten- und Entschädigungsfolge schuldig zu sprechen des Sich bestechen Lassens, eventualiter der Vorteilsannahme, und entsprechend zu bestrafen. Ferner sei die Beschlagnahme der Vermögenswerte weiterhin aufrecht zu erhalten. D. Das Bundesstrafgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Y._ beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Er sei in Bestätigung des vorinstanzlichen Entscheids unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten des Staates freizusprechen. Ausserdem sei die bestehende Beschlagnahme von Bankkonten aufzuheben. 