Faits: A. Par contrat de bail du 27 septembre 2001, A._ a loué un appartement de 3 pièces, situé au 5e étage d'un immeuble à Genève, propriété de l'assurance X._ (ci-après : la bailleresse). Le bail, conclu pour une durée de onze mois à compter du 1er novembre 2001, est renouvelable ensuite de six mois en six mois. Le loyer initial, charges non comprises, a été fixé à 877 fr. par mois, soit 10'524 fr. par année. Le bail a été transféré au nom de A._ et Y._ puis, le 27 janvier 2004, ce dernier est devenu le seul locataire de l'appartement. Par avis officiel du 2 mars 2007, la bailleresse a résilié le bail pour le 30 septembre 2007, sans indiquer les motifs. Suite à la demande de Y._, la bailleresse lui a expliqué, par courrier du 26 mars 2007, que des motifs économiques étaient à l'origine de la résiliation; celle-ci lui permettait de relouer à un tiers l'appartement à un loyer sensiblement supérieur à celui alors perçu. B. B.a Suite à l'opposition du locataire, la Commission de conciliation en matière de baux et loyers a annulé le congé par décision du 21 novembre 2007. B.b Le 21 décembre 2007, la bailleresse a saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève d'une demande en validation du congé. Elle a notamment exposé que les motifs économiques invoqués à l'appui de la résiliation se fondaient sur les loyers usuels du quartier. Pour le démontrer, elle a spontanément produit une fiche descriptive de l'appartement occupé par Y._; il en ressort qu'il s'agit d'un appartement qualifié d'ancien, dans un "état moyen" d'une surface de 80 m2. La bailleresse a également fournit treize fiches descriptives d'appartements dont les loyers seraient, selon elle, comparables. Contestant que les exemples présentés par la bailleresse soient comparables au logement qu'il occupe, le locataire a indiqué que l'état de son appartement est vétuste, que ce dernier est affecté de plusieurs défauts, que les salles d'eau et les installations sont anciennes et qu'à l'exception d'un petit et vieux frigo, la cuisine n'est ni équipée, ni agencée. Dans une de ses écritures, la bailleresse a sollicité l'octroi d'un délai supplémentaire pour produire des pièces complémentaires, entendre des témoins et effectuer un transport sur place dans l'appartement concerné, ainsi que dans les immeubles où sont situés les appartements comparatifs et pour lesquels les fiches descriptives ont été produites. Elle a encore remis neuf exemples supplémentaires de loyers comparatifs. Par jugement du 1er septembre 2008, le Tribunal des baux et loyers a annulé le congé notifié le 2 mars 2007 et débouté les parties de toutes autres conclusions. B.c La bailleresse a formé appel contre ce jugement. A l'appui de son mémoire, elle a produit de nouvelles fiches descriptives d'appartements, citées comme exemples de loyers comparatifs, non soumises aux premiers juges. Par arrêt du 15 juin 2009, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement du tribunal de première instance. Admettant la recevabilité des fiches produites devant elle, l'autorité cantonale a examiné une par une toutes les fiches remises par la bailleresse au cours de la procédure cantonale (soit 42 fiches au total). Elle a alors considéré que, même en se fondant sur la description de l'appartement litigieux donnée par la bailleresse (description qui lui est plus favorable que celle effectuée par le locataire), seuls trois appartements pouvaient être considérés comme comparables (soit ceux décrits dans les fiches nos 27, 30 et 39) et que le minimum de cinq exigé par la loi et la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 123 III 317 consid. 4a p. 319) n'était pas atteint. Elle a jugé qu'il n'y avait pas lieu d'administrer les mesures d'instruction requises par la bailleresse, celles-ci étant inutiles ou visant uniquement à apporter des précisions, voire des renseignements supplémentaires, aux informations déjà données par la bailleresse à qui il incombait de fournir des données complètes. C. La bailleresse exerce un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 15 juin 2009. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 8 CC, 274d al. 3 CO et 269a CO. La recourante conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour instruction complémentaire et, subsidiairement, à ce que la validité du congé du 2 mars 2007 soit constatée et qu'aucune prolongation de bail ne soit accordée au locataire. L'intimé conclut à la confirmation de l'arrêt entrepris. 