Sachverhalt: A. Der 1963 geborene P._ war seit seiner Einreise in die Schweiz im Jahre 1985 bei verschiedenen Arbeitgebern als Bauführer, Vorarbeiter in der Kunststoffverarbeitung sowie als Maschinen- und Anlageführer tätig und gründete im Jahre 2003 eine eigene GmbH im Bereiche Immobilienhandel. Am 28. Dezember 2007 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an, da er seit März/April 2006 an einem Schleudertrauma, Kopfschmerzen, Rückenschmerzen, Brustschmerzen und weiterem mehr leide. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau klärte in der Folge die medizinischen Verhältnisse ab, indem sie u.a. die entsprechenden Akten der Unfallversicherung beizog und den Versicherten durch das medizinische Begutachtungsinstitut X._ begutachten liess. Nach Vorliegen der Expertise vom 11. November 2008 verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 12. März 2009 den Anspruch auf eine Invalidenrente, da P._ nicht während eines Jahres mindestens im Umfang von 40 % arbeitsunfähig gewesen sei. B. Die dagegen erhobene Beschwerde des P._ mit dem Antrag, es sei ihm eine ganze Rente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen seines psychischen Gesundheitszustandes zurückzuweisen, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 16. September 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt P._ beantragen, die Sache sei in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides zur weiteren Abklärung und neuen Festsetzung des Rentenanspruchs an die IV-Stelle zurückzuweisen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen und - unter Verweis auf das vorinstanzliche Urteil - die IV-Stelle haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 