Sachverhalt: A. A.a. Die Société des Produits Nestlé SA, Vevey, (Beschwerdeführerin 1) und die Nestlé Nespresso SA mit Sitz in Lausanne (Beschwerdeführerin 2) sind Gesellschaften des Nestlé-Konzerns. Die Beschwerdeführerin 2 ist unter anderem für die Herstellung und den Vertrieb der Nespresso-Kaffeekapseln verantwortlich. Sie ist unbestrittenermassen Marktführerin für portionierten Kaffee in der Schweiz, wobei sie gemäss eigenen Angaben in der Schweiz jährlich mehrere Millionen Franken für Werbung aufwendet. Gemäss Angaben der Beschwerdeführerinnen bedurfte es jahrelanger Forschung, um die Nespresso-Maschinen und Nespresso-Kapseln zu entwickeln. Das Nespresso-System besteht somit aus den Nespresso-Maschinen und -Kapseln, wobei die Nespresso-Maschinen von mehreren Herstellern produziert und über die verschiedensten Absatzkanäle vertrieben werden. Hingegen erfolgt der Vertrieb der Nespresso-Kapseln ausschliesslich im Selbstvertrieb, d.h. durch die Beschwerdeführerin 2, einerseits über das Internet und andererseits über die Nespresso-Boutiquen. Die Denner AG, Zürich, (Beschwerdegegnerin 1) bot ab 15. Dezember 2010 Kaffeekapseln im Rahmen einer Einführungswerbung an. Die Alice Allison SA mit Sitz in Grono (Beschwerdegegnerin 2) stellt diese Kapseln her. A.b. Die Beschwerdeführerin 1 ist Inhaberin der folgenden dreidimensionalen CH-Marke Nr. P-486889: Die Formmarke der Beschwerdeführerin 1 verfügt über eine Priorität vom 29. Juni 2000 und ist insbesondere für "café, extraits de café et préparation à base de café" mit dem Vermerk "Marque imposée"eingetragen. Die Beschwerdeführerin 1 ist zudem Inhaberin der CH-Marke Nr. 609901 WHAT ELSE- für "café". Diese Wortmarke verfügt über eine Priorität vom 9. Juni 2010 und wurde am 29. Dezember 2010 registriert. A.c. Mitte Dezember 2010 lancierte die Beschwerdegegnerin 1 ein Einführungsangebot für Kaffeekapseln, wobei sie zu diesem Zweck verschieden gestaltete Inserate mit der Abbildung von Kapseln und vier 12er-Packungen schweizweit (in drei Landessprachen) in Tageszeitungen und Zeitschriften publizierte. Ein Inserat enthält in grossen Lettern den Text: "Kompatibel zu Ihrer Nespresso-Maschine* - und ihrem Budget." In einem Text mit sehr kleinen Buchstaben wird am unteren Rand des Inserats auf Folgendes hingewiesen: "*Nespresso ist eine eingetragene Marke der Société des Produits Nestlé S.A. und hat keinerlei Verbindung mit Denner AG". Auf einem roten Balken steht "Denner - was suscht-". In einem weiteren Inserat werden ebenfalls Kapseln und 12er-Packungen abgebildet, wobei in grossen Lettern der Slogan steht "Denner - was suscht-" bzw. "bei Denner - wo suscht-". B. B.a. Am 6. Januar 2011 reichten die Beschwerdeführerinnen beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen ein Massnahmegesuch gegen die Beschwerdegegnerinnen ein mit den folgenden Rechtsbegehren: "1. Es sei den Gesuchsgegnerinnen, unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe und geschäftsführenden Personen wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung im Sinne von Art. 292 StGB für den Zuwiderhandlungsfall, mit sofortiger Wirkung vorsorglich zu untersagen, a) Kaffeekapseln mit einer Form gemäss den nachfolgenden Abbildungen, b) insbesondere die Kapseln Denner Espresso Milano, Denner Ethiopian Dream, Denner Indian Summer und Denner Dolce Vita, anzubieten, zu vertreiben, zu verkaufen, zu bewerben, zu exportieren oder sonstwie in Verkehr zu bringen oder zu diesem Zweck zu lagern und/oder zu solchen Handlungen Dritter anzustiften, bei ihnen mitzuwirken oder ihre Begehung zu begünstigen oder zu erleichtern. 2. Es sei der Gesuchsgegnerin 1, unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe und geschäftsführenden Personen wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung im Sinne von Art. 292 StGB für den Zuwiderhandlungsfall, mit sofortiger Wirkung vorsorglich zu untersagen, unter dem Slogan "Denner - was suscht-", "Denner - quoi d'autre-" bzw. "Denner - cosa sennò-", und/oder mit der Behauptung "Kompatibel zu lhrer Nespresso-Maschine", insbesondere wie folgt Kaffee anzubieten, zu vertreiben, zu verkaufen, zu bewerben oder sonstwie in Verkehr zu bringen, zu exportieren oder zu diesem Zweck zu lagern und/oder zu solchen Handlungen Dritter anzustiften, bei ihnen mitzuwirken oder ihre Begehung zu begünstigen oder zu erleichtern. 3. Es seien die Massnahmen gemäss Rechtsbegehren Ziff. 1 und 2 ohne weitere vorherige Anhörung der Gesuchsgegnerinnen superprovisorisch anzuordnen. 4. Unter solidarischer Kosten- und Entschädigungsfolge zulasten der Gesuchsgegnerinnen." Mit superprovisorischer Verfügung vom 10. Januar 2011 untersagte der Handelsgerichtspräsident des Kantons St. Gallen den Beschwerdegegnerinnen mit sofortiger Wirkung vorsorglich, Kaffeekapseln mit einer Form gemäss den Abbildungen in Ziffer 1 des Rechtsbegehrens unter anderem zu verkaufen und zu bewerben. Ferner untersagte er der Beschwerdegegnerin 1 mit sofortiger Wirkung vorsorglich, unter dem Slogan "Denner - was suscht-", "Denner - quoi d'autre-" und "Denner - cosa sennò-", und/oder mit der Behauptung "Kompatibel zu Ihrer Nespresso-Maschine", insbesondere gemäss den Abbildungen gemäss Ziffer 2 des Rechtsbegehrens, Kaffee unter anderem zu verkaufen und zu bewerben. B.b. Mit Entscheid vom 4. März 2011 hob der Handelsgerichtspräsident des Kantons St. Gallen das superprovisorisch angeordnete Vertriebsverbot vom 10. Januar 2011 auf und wies Ziffer 1 des Massnahmebegehrens ab (Dispositiv-Ziffer 1). Im Weiteren bestätigte er weitgehend das in der superprovisorischen Verfügung vom 10. Januar 2011 ausgesprochene Verbot der Verwendung der erwähnten Slogans, hingegen erlaubte er der Beschwerdegegnerin 1 den Hinweis "Kompatibel zu Nespresso-Maschinen" in der Werbung und auf den Produkten bzw. der Verpackung, sofern der Schriftzug klein ist, insbesondere wie er auf den im Dezember 2010 verwendeten Verpackungen angebracht war (Dispositiv-Ziffer 2). Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- auferlegte der Handelsgerichtspräsident zu zwei Dritteln den Beschwerdeführerinnen und zu einem Drittel der Beschwerdegegnerin 1 (Dispositiv-Ziffer 5). Den Beschwerdeführerinnen wurde ferner eine Parteientschädigung von Fr. 14'000.-- auferlegt (Dispositiv-Ziffer 6). C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht, es seien die Ziffern 1, 5 und 6 des Entscheids des Handelsgerichtspräsidenten vom 4. März 2011 aufzuheben und es sei das beantragte Verbot gemäss Ziffer 1 ihres Massnahmegesuchs auszusprechen. Eventualiter seien die Ziffern 1, 5 und 6 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Eventualiter sei die Sache zur Vervollständigung des Schriftenwechsels und neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Mit Verfügung vom 22. März 2011 wies das Bundesgericht das Gesuch um superprovisorische Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab. Mit Verfügung vom 19. April 2011 wies es das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ebenfalls ab. E. Am 28. Juni 2011 führte das Bundesgericht eine öffentliche Urteilsberatung durch. 