Fatti: A. Con licenze edilizie del 12 aprile 2000, del 4 settembre 2000 e del 2 maggio 2001 il Municipio di Porza ha rilasciato a A._, B._, C._ e D._ il permesso di costruire, sul fondo part. n. 730 ubicato in località Pian Gallina, due ville bifamiliari collegate da un corpo sotterraneo e suddivise in quattro quote di proprietà per piani. La volumetria degli edifici sarebbe stata di complessivi 8'700 m3 e i costi di costruzione erano preventivati in fr. 6'815'000.--. I lavori di costruzione, iniziati nel 2000, sono stati interrotti nell'aprile del 2002 e non sono più ripresi a seguito del mancato pagamento delle prestazioni dell'impresa costruttrice E._SA, che ha quindi abbandonato il cantiere. La prima villa è rimasta allo stato grezzo e la seconda ferma al livello del terreno circostante. Nella costruzione sarebbero già stati investiti oltre fr. 7'000'000.--. B. Dopo una serie di atti, che non occorre qui evocare, il 9 dicembre 2004 il Municipio ha imposto ai proprietari del fondo di riprendere i lavori entro il 30 gennaio 2005, avvertendoli che in caso di mancato adempimento di tale obbligo avrebbe avviato la procedura volta al ripristino della situazione precedente. Poiché il termine impartito era trascorso infruttuosamente, il 23 febbraio 2005 l'esecutivo comunale ha revocato le licenze edilizie e ordinato il ripristino dell'area di cantiere nello stato in cui si trovava prima dell'inizio dei lavori, con la conseguente demolizione delle opere realizzate parzialmente e la rimozione di tutti i materiali e i detriti depositati. C. Con decisione del 21 giugno 2005, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha accolto i ricorsi presentati dai proprietari e dall'impresa di costruzione, annullando la decisione municipale. Il Governo ha sostanzialmente ritenuto che il termine assegnato dal Municipio per riprendere i lavori fosse troppo breve e che l'ordine di demolizione e di ripristino violasse il principio della proporzionalità. D. Contro la risoluzione governativa il Comune di Porza si è aggravato dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che, dopo l'esperimento di un sopralluogo, con sentenza del 30 giugno 2006, ha parzialmente accolto il ricorso. Ha disposto la revoca delle licenze edilizie e ordinato ai proprietari di demolire la costruzione grezza della villa sud sino al livello della soletta del pianterreno, di colmare con materiale inerte lo scavo circostante il complesso, le trincee e i cavedi, ricoprendo con uno strato di terra vegetale le parti d'opera non sporgenti oltre il livello preesistente del terreno, demolendo eventuali sporgenze, di smantellare completamente il cantiere, rimuovendo anche i materiali depositati sui fondi circostanti e di eliminare una condotta per le acque meteoritiche. La Corte cantonale ha sostanzialmente considerato giustificate la revoca delle licenze edilizie e il ripristino della situazione conforme al diritto, ritenendo nondimeno, che, sotto il profilo del principio della proporzionalità, non si imponeva di demolire anche le opere situate sotto il livello del terreno naturale preesistente. E. I proprietari impugnano questo giudizio con un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarlo e di concedere al gravame l'effetto sospensivo. I ricorrenti fanno sostanzialmente valere la violazione del divieto dell'arbitrio riguardo in particolare alla diffida a riprendere i lavori e alla conformità delle costruzioni alle licenze edilizie rilasciate, oltre a una lesione del principio della proporzionalità. Fino all'evasione dell'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo, alle parti è stato imposto di non prendere alcuna misura di esecuzione. F. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza, rilevando che nemmeno in questa sede i ricorrenti sarebbero in grado di indicare quando potrebbero riprendere i lavori. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. L'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio rinuncia a presentare osservazioni, mentre il Municipio di Porza e la E._SA postulano la reiezione del ricorso. 