Faits: A. Le Consortage des alpages réunis de X._ (ci-après : le Consortage) a été constitué en 1950. Il a alors été décidé de construire sur les alpages dix étables, une porcherie, une fromagerie, des logements pour les employés et une étable de 220 m2 à Z._, munie d'un local annexe pour le personnel. Le 14 novembre 1997, lors d'une assemblée générale du Consortage, l'alpage a été remis en location à D.Y._ pour une période allant de 1998 à 2003. Par contrat de bail à ferme du 31 décembre 2003, le Consortage, d'une part, ainsi que C.Y._ et D.Y._, d'autre part, ont conclu un nouveau contrat de bail à ferme portant sur l'exploitation agricole des alpages réunis de X._ du 1er juin 2004 au 30 septembre 2009. Le montant du fermage annuel a été fixé à 9'000 fr. Le Consortage se voyait attribuer les 50 % des contributions d'estivage, notamment pour l'amortissement des immeubles. Le contrat disposait en outre que les locataires s'engageaient à effectuer divers travaux (carrelage à la fromagerie et aménagement de la cave pour répondre aux besoins "actuels" de l'exploitation) dont les coûts étaient estimés à 12'000 fr. au total. Les parties, qualifiant ces travaux d'impératifs, ont indiqué que les investissements y relatifs seraient répartis sur les six ans de la durée du contrat et augmenteraient le loyer de 2'000 fr. par année, le faisant passer à 11'000 fr. A une date indéterminée, les fermiers ont aménagé à leurs propres frais quatre écuries, afin d'exercer une activité agrotouristique annexe à leur activité agricole et de commercialiser leurs produits. En 2004, un montant de 26'450 fr. a été versé à D.Y._ à titre de contribution d'estivage; celui-ci en a rétrocédé la moitié (13'225 fr.) au Consortage. Il a reçu au même titre 32'449 fr. en 2005 et 33'440 fr. en 2006, dont il n'a rien reversé au Consortage. Le 20 septembre 2005, l'Office de consultation agricole du Département valaisan de l'économie et du territoire a établi une expertise fixant à 12'000 fr. la valeur licite du fermage. Le 26 novembre 2005, C.Y._ et D.Y._ ont informé la Chambre valaisanne d'agriculture qu'ils s'opposaient au contrat conclu. Celle-ci a fait opposition auprès du Service administratif et juridique du Département valaisan de l'économie et du territoire (ci-après: le Service cantonal) qui, par décision du 13 juin 2006, a fixé le montant du fermage à 12'000 fr. Le 13 juillet 2006, le Consortage a recouru contre la décision précitée du 13 juin 2006 auprès de la Commission cantonale de recours en matière de contributions agricoles, devenue depuis lors la Commission cantonale de recours en matière agricole et de remaniements parcellaires, du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours). Par décision du 19 avril 2007, notifiée le 27 avril 2007, la Commission cantonale de recours a admis partiellement le recours du Consortage. Au point 2 du dispositif, elle a fixé la valeur locative licite totale des alpages réunis de X._ à 12'350 fr., tout en précisant "montant auquel il y a lieu de rajouter de 2004 à 2009 le montant annuel de 2000 francs". Elle a aussi considéré comme partiellement licite la cession des contributions d'estivage, qu'elle a ramenée de 50 % à 15 %. Par lettre du 3 mai 2007, C.Y._ et D.Y._ ont indiqué à la Commission cantonale de recours qu'ils avaient eux-mêmes payé une facture du 29 novembre 2004 s'élevant à 12'628 fr. pour les travaux de carrelage à la fromagerie et d'aménagement de la cave, le Consortage n'ayant pas de liquidités. Il avait été convenu que ce montant serait déduit à raison de 2'000 fr. par année sur le loyer durant 6 ans, soit de 2004 à 2009. Partant, le montant annuel de 2'000 fr. devait être déduit durant cette période et non rajouté comme indiqué dans la décision précitée du 19 avril 2007. Le 21 mai 2007, le secrétaire de la Commission cantonale de recours a écrit au Consortage et aux époux Y._, en se référant à la lettre du 3 mai 2007 et à des entretiens téléphoniques avec les parties. Il a confirmé que le point 2 de la décision de la Commission cantonale de recours du 19 avril 2007 devait être rectifié dans le sens suivant : "La valeur locative licite totale des alpages réunis de X._ est arrêtée à 12'350 francs, montant duquel il y a lieu de retrancher de 2004 à 2009 le montant annuel de 2'000 francs". Il était précisé que cette modification était effectuée en accord avec les parties, afin d'éviter une procédure de recours de la part des époux Y._. Le 25 mai 2007, le Consortage s'est opposé formellement à ce projet de modification. B. Par décision du 30 mai 2007, notifiée le 5 juin 2007, la Commission cantonale de recours a statué à nouveau. Elle a repris le contenu de son prononcé du 19 avril 2007, sous réserve de l'adjonction d'un montant annuel de 2'000 fr. à celui du fermage. A ce propos, elle a estimé que le point de savoir si le montant de 2'000 fr. devait être ajouté ou retranché du loyer découlait d'un accord distinct du montant du bail et relevait du juge civil ordinaire. Elle a ainsi supprimé toute référence à cette question dans son dispositif, le point 2 indiquant uniquement: "La valeur locative licite totale des alpages réunis de X._ est arrêtée à 12'350 francs". C. Le Consortage a déposé un recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision de la Commission cantonale de recours du 30 mai 2007, qui indiquait expressément cette voie de droit. Invoquant l'arbitraire ainsi que la violation des principes de la bonne foi et de l'autorité de la chose jugée, il reproche en substance à la Commission cantonale de recours d'avoir outrepassé ses compétences, en entrant en discussion avec les parties par l'intermédiaire de son secrétaire et en modifiant sa décision du 19 avril 2007, à la place de renvoyer à la voie de recours qui y était mentionnée. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à ce qu'il soit constaté que la décision de la Commission cantonale de recours du 30 mai 2007 est nulle et que la décision "de cette même commission" du 19 avril 2007 est entrée en force. Par arrêt du 12 septembre 2007 (B_4528/2007), le Tribunal administratif fédéral, après avoir procédé à un échange de vues avec le Tribunal fédéral, a déclaré le recours irrecevable et transmis la cause à ce dernier. La Commission cantonale de recours ainsi que le Service cantonal ont expressément renoncé à déposer des déterminations. Les époux Y._ n'ont pas répondu au recours. Le Département fédéral de l'économie (ci-après: le Département fédéral ou DFE) propose de ne pas entrer en matière sur le recours. A la demande du Tribunal fédéral, le Consortage a fourni un exemplaire de ses statuts et la décision d'homologation de ceux-ci. 