Fatti: A. A._SA è proprietaria nel Comune di Losone del fondo part. n. 1773, situato nella frazione di Arcegno, in località Bedruscio. La particella, di complessivi 91'373 m2, presenta secondo l'estratto del registro fondiario una superficie boschiva di 58'242 m2 e prativa di 30'549 m2. Il 27 giugno 2001 il Consiglio comunale di Losone ha adottato la revisione generale del piano regolatore, che prevedeva tra l'altro l'attribuzione alla zona residenziale estensiva R2 di una superficie prativa ampia circa 4'200 m2 ubicata nella parte est del fondo. B. Con risoluzione del 28 giugno 2005 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato il piano regolatore, negando tuttavia l'approvazione all'ampliamento, rispetto al previgente piano regolatore, della zona edificabile ad Arcegno e rinviando gli atti al Comune per l'elaborazione di una nuova destinazione mediante l'adozione di una variante. C. A._SA ha impugnato la risoluzione governativa dinanzi all'allora Tribunale della pianificazione del territorio, postulando in via principale l'approvazione del parziale inserimento della sua particella nella zona residenziale estensiva come stabilito dal Comune. La Corte cantonale ha statuito sull'impugnativa con sentenza del 9 giugno 2006. Ha ritenuto che la superficie litigiosa non rientrava nel comprensorio già largamente edificato né rispondeva a una prevedibile necessità di terreni edificabili urbanizzati entro quindici anni, ma rivestiva anzi un'utilità agricola. Ha quindi respinto il gravame, ritenendo il diniego dell'attribuzione alla zona edificabile conforme al diritto federale e rispettoso dell'autonomia comunale. Con sentenza del 31 maggio 2007 il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile un ricorso di diritto amministrativo e ha respinto in quanto ammissibile un ricorso di diritto pubblico presentati dalla proprietaria contro la decisione della Corte cantonale (sentenza 1A.160/2006 e 1P.502/2006 del 31 maggio 2007). D. Nella seduta del 30 marzo 2009, il Consiglio comunale di Losone ha adottato alcune varianti del piano regolatore, dando in particolare seguito a quanto disposto nella decisione governativa del 28 giugno 2005. Una variante prevedeva l'attribuzione alla zona agricola anche della citata parte est del fondo part. n. 1173, oggetto del diniego dell'approvazione. Con risoluzione del 12 ottobre 2010 il Consiglio di Stato ha approvato la variante, respingendo nel contempo un ricorso di A._SA, che si era aggravata contro il provvedimento pianificatorio. E. La proprietaria ha allora adito il Tribunale cantonale amministrativo che, con sentenza del 26 marzo 2012, ha respinto il ricorso. I giudici cantonali hanno rilevato che l'oggetto del litigio era circoscritto alla funzione agricola attribuita al terreno, partendo dal presupposto che un'attribuzione alla zona edificabile era in ogni caso esclusa. Fatta questa premessa, hanno confermato, siccome pertinente, la destinazione agricola. F. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare gli atti all'autorità cantonale per una nuova decisione dopo l'assunzione di ulteriori prove, segnatamente dopo un aggiornamento del compendio dello stato dell'urbanizzazione e del rapporto di pianificazione. La ricorrente fa essenzialmente valere la violazione del divieto dell'arbitrio, dell'art. 21 cpv. 2 LPT, dell'autonomia comunale e del diritto di essere sentita. G. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato condivide il giudizio impugnato e comunica di non formulare ulteriori osservazioni. Il Comune di Losone aderisce alla domanda della ricorrente di rinviare gli atti all'autorità inferiore al fine di riesaminare la situazione pianificatoria. Con una replica del 16 agosto 2012, la ricorrente chiede di dichiarare inammissibili le risposte del Governo e della Corte cantonale e ribadisce le sue conclusioni. 