Faits: A. B.X._, domicilié à Verbier, a effectué du courtage et de la promotion immobilière en raison individuelle depuis 1966. En 1979, il a constitué la société Agence immobilière X._ SA, société anonyme active dans le domaine de l'immobilier. Il a poursuivi son activité immobilière tant en raison individuelle que par le biais de la société anonyme jusqu'à son décès, survenu le 30 août 2004. A.X._ est l'une des héritières de B.X._, et ce à raison de 26/64ème. B. Après le décès de B.X._, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) a entreprise de procéder à la taxation du bénéfice de liquidation concernant la raison individuelle du de cujus. Par décision du 3 décembre 2010, le Service cantonal arrêté à CHF 2'877'801.- le bénéfice de liquidation résultant du passage des actifs commerciaux de B.X._ de la fortune commerciale à la fortune privée. La part relative à A.X._ a été fixée à CHF 1'058'042.-. Pour l'année 2004, ce montant était soumis à un impôt spécial en matière d'impôts cantonal et communal et ajouté à la taxation ordinaire en matière d'impôt fédéral direct. La réclamation déposée par A.X._ à l'encontre de cette taxation a été rejetée par la Commission d'impôt des personnes physiques du canton du Valais le 5 décembre 2011. A.X._ a recouru contre le prononcé du 5 décembre 2011, contestant principalement le fait que soient pris en compte, dans le calcul du bénéfice de liquidation, les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._, ces immeubles ayant selon elle toujours eu un caractère privé et non commercial. A titre complémentaire, elle requérait une déduction forfaitaire de 20 % sur les recettes locatives de ces immeubles. Le 25 avril 2012, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission de recours) a rejeté le recours de A.X._. La Commission de recours a considéré, en substance, que B.X._ était un professionnel de l'immobilier, de sorte que la totalité de ses actifs immobiliers devait être considérée comme étant de nature commerciale, à moins qu'une utilisation privée ne soit clairement établie, ce qui n'était pas le cas des immeubles en cause, loués à la société Z._. On n'avait par ailleurs pas affaire à l'affermage d'une exploitation commerciale, mais à deux immeubles de nature commerciale, de sorte que l'art. 14 al. 3 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LF/VS; RS-VS 642.1) n'était pas applicable. Enfin, s'agissant de la déduction des frais d'entretien des immeubles, la Commission de recours s'est référée à une précédente décision du 25 janvier 2012 concernant la même contribuable et les mêmes immeubles pour retenir le caractère fondé du refus de la déduction forfaitaire. C. Par acte du 5 octobre 2012, A.X._ dépose un "recours de droit public" au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la taxation 2004, à l'annulation de la taxation d'un bénéfice de liquidation, et à ce qu'en tout état de cause, il soit dit que les immeubles n° ** et ** ont fait dès leur acquisition partie de la fortune privée de B.X._ et que la déduction forfaitaire leur est due, les dispositions des art. 4 de l'ordonnance du 24 août 1992 sur la déduction des frais relatifs aux immeubles privés dans le cadre de l'impôt fédéral direct (RS 642.116) et art. 14 ch. 3 (recte: art. 16 ch. 5) du règlement d'application de la loi fiscale valaisanne du 25 août 1976 (RS-VS 642.100) étant anticonstitutionnelles. La Commission de recours, le Service cantonal et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. 