Sachverhalt: A. Der 1948 geborene B._ bezieht seit 1. Juli 2002 bei einem Invaliditätsgrad von 95 % eine ganze Rente der Invalidenversicherung (IV). Mit Verfügungen vom 6. Juli 2006 sprach ihm die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen mit Wirkung ab 1. Juli 2005 monatliche Ergänzungsleistungen (EL) zu, wobei sie ein hypothetisches Einkommen seiner 1956 geborenen Ehefrau von jährlich Fr. 11'746.- anrechnete. Hiebei ging sie gestützt auf einen Bericht der Hausärztin Frau Dr. med. M._, Spezialärztin FMH für Innere Krankheiten, davon aus, die Ehefrau des Versicherten sei aus gesundheitlichen Gründen zu 70 % arbeitsunfähig. Die hiegegen erhobene Einsprache wies die Sozialversicherungsanstalt mit Entscheid vom 14. September 2006 ab. B. In teilweiser Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung und zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Sozialversicherungsanstalt zurück (Entscheid vom 20. März 2007). C. Mit Beschwerde beantragt die Sozialversicherungsanstalt die Aufhebung des kantonalen Entscheides und die Rückweisung der Sache an sie zwecks Abklärung der tatsächlichen Erwerbsmöglichkeiten der Ehefrau des Versicherten. Das kantonale Gericht und der Versicherte schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet. 