Sachverhalt: A. X._ (Ehemann) und Y._ (Ehefrau) heirateten im Jahr 1972. Sie haben drei heute erwachsene Töchter. Seit Mitte 1994 leben sie getrennt. B. Mit Urteil vom 14. Oktober 2004 schied das Zivilgericht Basel-Stadt die Ehe der Parteien. Es sprach der Klägerin bis zu ihrem Eintritt ins Rentenalter eine monatliche Rente von Fr. 1'400.--, die hälftige Differenz der BVG-Guthaben, ausmachend Fr. 311'114.85, sowie aus Güterrecht Fr. 80'500.-- und den hälftigen Betrag auf dem Z._-Vorsorgekonto zu. Mit Urteil vom 31. März 2006 verurteilte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt den Beklagten wiederum zu nachehelichem Unterhalt von Fr. 1'400.-- bis zum Eintritt der Klägerin ins Rentenalter sowie zur Überweisung von Fr. 311'114.85 auf deren Vorsorgekonto, freilich zufolge des inzwischen eingetretenen Vorsorgefalles nicht mehr gestützt auf Art. 122 ZGB, sondern als angemessene Entschädigung gemäss Art. 124 ZGB. In güterechtlicher Hinsicht verurteilte es den Beklagten zur Bezahlung von Fr. 50'500.-- und zur hälftigen Überweisung des Guthabens auf dem Z._-Vorsorgekonto. C. Mit Berufung vom 18. September 2006 stellt der Beklagte die Begehren, es sei das Urteil des Appellationsgerichts bezüglich der Regelung des Vorsorgeausgleichs aufzuheben und er sei bei seiner Bereitschaft zu behaften, der Klägerin in Anwendung von Art. 124 ZGB eine lebenslängliche Rente von Fr. 1'500.-- pro Monat zu bezahlen, die eventualiter zu Fr. 500.-- als Unterhaltsrente im Sinn von Art. 125 ZGB und zu Fr. 1'000.-- als Entschädigung nach Art. 124 ZGB auszuzahlen sei, subeventualiter sei er bei seiner Bereitschaft zu behaften, der Klägerin in Anwendung von Art. 124 ZGB eine Entschädigung von Fr. 207'405.-- zu bezahlen. In ihrer Berufungsantwort vom 5. April 2007 verlangt die Klägerin, auf das Eventualbegehren sei nicht einzutreten, eventuell sei es abzuweisen, und im Übrigen sei die Berufung abzuweisen. 