Sachverhalt: A. A.a Die X._ Kft mit Sitz in Ungarn (Beschwerdeführerin) und die Y._ AG mit Sitz in Schaffhausen (Beschwerdegegnerin) schlossen am 1. Oktober 2005 einen Werkvertrag über die Modernisierung des Elektrostahlwerkes der Beschwerdeführerin in Ungarn. Die Beschwerdegegnerin verpflichtete sich darin gegen Bezahlung eines Werklohnes von EUR 4'100'000.--, ein sogenanntes COSS-Chargiersystem zu liefern und im Elektrostahlwerk zu installieren. Der Gesamtpreis sollte durch zwei Anzahlungen von je EUR 205'000.-- und durch 37 monatliche Raten beglichen werden. Nach Art. 4.2.2 des Vertrages ist die erste Rate auf Ende des Monats zu überweisen, der auf die Inbetriebnahme gemäss Art. 16 des Vertrages folgt. Art. 16.3 lautet wie folgt: "Die Abnahme wird durch ein von beiden PARTEIEN unterzeichnetes Abnahmezertifikat bestätigt. In jedem der folgenden Fälle gilt die Abnahme als erfolgt: (...) - [Lemma 4] der Inbetriebnahmezeitraum laut Artikel 16.1 ist abgelaufen, wobei der AUFTRAGNEHMER nicht die Möglichkeit hatte, die Leistungstests laut Annex III durchzuführen oder zu wiederholen, oder wenn aus Gründen, für die der AUFTRAGNEHMER nicht verantwortlich ist, die Leistungstests bis zum Ende der geplanten Inbetriebnahme oder innerhalb von 3 Monaten nach Inkrafttreten dieses Vertrages nicht erfolgreich abgeschlossen werden konnten, je nachdem, was früher eintritt, (...)" Weiter enthält der Vertrag folgende Bestimmungen (Art. 32 - "Beendigung"): "[Abs. 1] Jede PARTEI kann diesen Vertrag nur im Falle von - wesentlichen Vertragsverletzungen durch die andere PARTEI, die trotz schriftlicher Aufforderungen nicht zeitgerecht wiedergutgemacht wurden, oder - Konkurs oder Insolvenz der anderen PARTEI beenden.(...) [Abs. 7] Vor einer gerechtfertigten Beendigung aufgrund wesentlicher Nichterfüllung der Leistungsgarantien, haben der AUFTRAGGEBER und der AUFTRAGNEHMER eine eventuelle weitere Entschädigung für die Nichterreichung der Leistungsgarantien zu vereinbaren, die über die vereinbarte Konventionalstrafe hinausgeht, wobei die aktuellen Ergebnisse des letzten Leistungstests zu berücksichtigen sind" Art. 33 Abs. 1 lautet sodann wie folgt: "Der AUFTRAGGEBER kann gegen den AUFTRAGNEHMER keine Forderungen erheben, ausser den in diesem Vertrag ausdrücklich geregelten." A.b Die beiden Anzahlungen wurden von der Beschwerdeführerin vertragsgemäss geleistet. Die Beschwerdegegnerin lieferte das COSS-Chargiersystem und installierte es im Elektrostahlwerk der Beschwerdeführerin. Ein erster Versuch der Inbetriebnahme scheiterte jedoch, worauf im Juli 2006 ein zweiter Inbetriebnahmeversuch erfolgte. Am 18. Dezember 2006 beglich die Beschwerdeführerin eine erste monatliche Rate von EUR 100'000.--. Im Januar 2007 wurde schliesslich ein dritter Inbetriebnahmeversuch unternommen. Über den Erfolg des zweiten und dritten Versuches sind sich die Parteien nicht einig. A.c Anlässlich einer Besprechung am 9. Februar 2007 teilte die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin mit, sie wolle den Vertrag nicht mehr aufrecht erhalten. Mit Schreiben vom 16. April 2007 erklärte sie die Beendigung des Vertrages, verlangte die Rückzahlung der geleisteten Raten des Gesamtvertragspreises und lud die Beschwerdegegnerin ein, das bereits demontierte COSS-Chargiersystem abzuholen. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin hat das System wegen grundlegender konzeptioneller Mängel nie funktioniert. B. B.a Am 20. April 2007 leitete die Beschwerdegegnerin ein Schiedsverfahren vor dem Internationalen Schiedsgerichtshof der Internationalen Handelskammer (ICC) ein. Auf Vorschlag der Parteien wurden A._ und B._ als Schiedsrichter bestätigt, als Vorsitzender wurde C._ eingesetzt. In ihrer Schiedsklage beantragte die Beschwerdegegnerin, die Beschwerdeführerin sei zur Zahlung der verbleibenden Raten in der Höhe von insgesamt EUR 3'590'000.-- zu verurteilen. Eventualiter sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin verpflichtet sei, ihr die noch nicht fälligen Raten jeweils nach deren monatlichen Fälligkeit zu begleichen. B.b Mit der Antwort auf die Schiedsklage erhob die Beschwerdeführerin am 26. Juni 2007 Widerklage. Sie beantragte, die Schiedsklage sei abzuweisen und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr den Betrag von EUR 2'743'639.-- zu bezahlen. Dieser setzt sich aus den geleisteten Anzahlungen von EUR 410'000.--, der bezahlten ersten Rate von EUR 100'000.-- und Schadenersatz aus dem Dahinfallen des Vertrages von EUR 2'233'639.-- zusammen. Später erhöhte die Beschwerdeführerin den geforderten Gesamtbetrag auf EUR 3'257'052.--. B.c Mit Endschiedsspruch vom 29. Januar 2009 verurteilte das Schiedsgericht die Beschwerdeführerin zur Zahlung von EUR 1'900'000.--; im übersteigenden Betrag wies es die Leistungsklage ab (Dispositiv-Ziff. 1). Das Schiedsgericht stellte ferner fest, die Beschwerdeführerin sei verpflichtet, der Beschwerdegegnerin die noch nicht fälligen Raten jeweils Ende Monat zu bezahlen (Dispositiv-Ziff. 2). Die Widerklage wies es ab (Dispositiv-Ziff. 3). Das Schiedsgericht kam in Auslegung von Art. 33 Abs. 1 des Vertrages zum Schluss, das von den Parteien in Art. 32 vereinbarte Beendigungssystem sei abschliessend und könne nicht durch die in Art. 107 ff. und Art. 366 ff. OR vorgesehenen Beendigungsgründe ergänzt werden. Ein Rücktritt komme nach Art. 32 Abs. 1 des Vertrags somit nur wegen wesentlicher Vertragsverletzung in Frage, da die Parteien weder in Konkurs geraten noch zahlungsunfähig seien. Nach Art. 32 Abs. 7 des Vertrags setze ein Rücktritt wegen wesentlicher Vertragsverletzungen aber voraus, dass die Parteien vorher formale Leistungstests durchgeführt und diese ergeben hätten, dass die Anlage den Anforderungen von Annex III nicht genüge. Solche Leistungstests hätten die Parteien nicht durchgeführt, weshalb keine wesentliche Vertragsverletzung der Beschwerdegegnerin vorläge, welche die Beschwerdeführerin zum Rücktritt berechtigt hätte. Das Schiedsgericht führte ferner aus, dass selbst wenn sich die Beschwerdeführerin grundsätzlich auf gesetzliche Beendigungsgründe stützen könnte, die Voraussetzungen für einen Rücktritt vom Vertrag nicht erfüllt wären. Ein Rücktrittsrecht gemäss Art. 366 Abs. 1 OR entfalle, weil die Beschwerdegegnerin den vereinbarten Zeitplan eingehalten habe. Da die Beschwerdeführerin den Rücktritt vom Vertrag nicht unverzüglich erklärt habe, falle ein solcher auch gestützt auf Art. 366 Abs. 2 i.V.m. Art. 107 ff. OR ausser Betracht. Bei der Bestimmung der Fälligkeit der ersten Rate kam das Schiedsgericht zum Schluss, diese trete mit Abnahme der Anlage ein. Die Abnahme werde in Art. 16.3 des Vertrages geregelt. Mit dem ungerechtfertigt erklärten Vertragsrücktritt im April 2007 habe die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin die Möglichkeit genommen, Leistungstests vorzunehmen und damit die Abnahme zu bewirken. Gemäss Art. 16.3 Lemma 4 des Vertrages gelte die Anlage somit als im Zeitpunkt der Rücktrittserklärung abgenommen. Die erste Rate sei nach Art. 4.2.2 des Vertrages Ende Mai 2007 fällig geworden. Da die Beschwerdeführerin die erste Rate bereits bezahlt habe, sei sie erstmals Ende Juni 2007 in Verzug geraten. Damit waren bis im Urteilszeitpunkt 19 Raten in der Höhe von EUR 100'000.-- verfallen, was den Gesamtbetrag von 1'900'000.-- ergibt. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Endschiedsspruch vom 29. Januar 2009 sei aufzuheben und die Schiedssache sei zu erneuter Entscheidung an das Schiedsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Das Schiedsgericht liess sich nicht vernehmen. Mit Präsidialverfügung vom 3. April 2009 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung gewährt. 