A.- Pierre-Hugo Baillod, propriétaire d'une parcelle aux Brenets, chargea Michel Gobat, dessinateur en bâtiment, de réaliser des plans de canalisations pour remplacer son système d'épuration et d'épandage des égouts, qui ne correspondait plus aux normes en vigueur. Jeanine Jeanmaire, propriétaire de la parcelle voisine et utilisant la même fosse d'aisances en vertu d'une servitude, décida de se relier au nouveau système, en payant sa part des frais. Pierre-Hugo Baillod et Jeanine Jeanmaire chargèrent conjointement Michel Gobat de conduire les travaux, qui furent adjugés à l'entreprise Nigito et Strahm le 28 juin 1996. La parcelle de Jeanine Jeanmaire fut raccordée à la nouvelle installation probablement à fin juin 1997. Le 19 août 1997, elle paya 4600 fr. à Michel Gobat, lequel lui réclama encore un solde de 1226 fr. La qualité de l'eau paraissant avoir changé après le raccordement, la famille Jeanmaire la fit analyser par le laboratoire des services industriels de la Ville de La Chaux-de-Fonds; le résultat de l'analyse démontra que l'eau n'était pas potable. Deux expertises privées et une expertise judiciaire ont établi une liaison hydraulique entre la nouvelle installation et la source qui alimente en eau potable les deux parcelles voisines. Les problèmes subsistant, l'immeuble de Jeanine Jeanmaire fut débranché de l'installation d'épandage le 4 juin 1998. Les analyses effectuées depuis lors et jusqu'au 22 mars 1999 donnèrent toujours le même résultat, à savoir que l'eau devait être considérée comme non potable. B.- Invoquant une mauvaise exécution du mandat, Jeanine Jeanmaire a déposé devant le Tribunal cantonal neuchâtelois, le 30 juin 1998, une demande tendant notamment à l'allocation de dommages-intérêts par Michel Gobat. Celui-ci, tout en contestant la prétention de sa partie adverse, a formé une demande reconventionnelle pour le solde des honoraires qu'il estimait lui être dû. Par jugement du 31 janvier 2000, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a condamné Michel Gobat à payer à Jeanine Jeanmaire la somme de 9945 fr.10 avec intérêts à 5% l'an dès le 30 juin 1998. Sur la base de l'expertise judiciaire, la cour cantonale a estimé que Michel Gobat, compte tenu de la nature du sol et de la proximité de la source en aval, aurait dû procéder à un essai d'infiltration; faute de l'avoir fait, il devait être tenu pour responsable de la pollution de la source; la cour cantonale en a conclu qu'il n'avait pas droit à des honoraires et devait réparer le préjudice subi par Jeanine Jeanmaire. C.- Michel Gobat recourt en réforme au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 530 ss et 398 ss CO, il conclut principalement au rejet de la demande, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale. L'intimée conclut au rejet du recours. 