Faits: A. Le 15 avril 2011, vers 4 heures 48, B.X._, né en 1988, conduisait son motocycle sur l'avenue des Portes-Rouges à Neuchâtel. Il remontait une colonne de véhicules sur la voie de circulation ordinaire lorsque, arrivé à la hauteur d'un îlot pour passage piéton, il l'a contourné par la gauche, empiétant sur la voie de circulation en sens inverse. Après cette man?uvre, il a été surpris par un véhicule automobile, circulant dans le même sens que lui, qui bifurquait depuis la voie de droite vers une place de parc située à l'opposé de la chaussée. Le motocycle a heurté le flanc gauche de la voiture, a été déséquilibré, puis a perdu la maîtrise de son engin avant d'être projeté contre un pylône. Il est décédé sur les lieux. Sur les lieux de l'accident, une trace de freinage d'une longueur de 15,55 mètres laissée par la roue arrière de la moto a été relevée sur la chaussée, sur la voie de gauche dans le sens de direction de l'avenue des Portes-Rouges. L'instruction a permis d'établir que le motard roulait à une vitesse estimée entre 73 et 89 km/h au moment du freinage d'urgence. Elle a également démontré que B.X._ était sous l'influence de l'alcool, à raison d'un taux de 2,00 pour mille dans le sang. Le conducteur de l'automobile qui bifurquait, Y._, a été contrôlé négatif au test à l'éthylomètre, résultat confirmé par les analyses de sang et d'urine. B. Le 21 décembre 2011, le Ministère public du canton de Neuchâtel a ordonné le classement de la procédure pénale dirigée contre inconnu (art. 319 ss CPP). Il a, en substance, retenu que la collision entre le véhicule de Y._ et la moto de B.X._ était due exclusivement à la situation de danger créée par le comportement du motard lui-même. En particulier, rien dans les déclarations de Y._, confirmées par le témoin C._ et par l'expert, ne permettait de conclure que le conducteur du véhicule aurait commis une faute ou à tout le moins n'aurait pas pris les mesures élémentaires de prudence en vue d'écarter le danger créé par sa décision d'obliquer à gauche. C. Par arrêt du 13 mars 2012, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: la cour cantonale) a confirmé cette décision, sur recours de A.X._, mère de B.X._. Elle a considéré que Y._ avait respecté toutes les obligations en matière de changement de direction. Elle a également admis, dans une argumentation subsidiaire, que le comportement du motard, qui avait commis plusieurs infractions à la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR, RS 741.01), était de nature à rompre le lien de causalité entre le décès du motocycliste et une éventuelle faute de l'automobiliste. D. Par acte du 5 avril 2012, A.X._ a formé un recours en matière pénale par lequel elle demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 13 mars 2012, de prononcer des instructions à donner au Ministère public quant à la suite à donner à la procédure et, subsidiairement, de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. La cour cantonale a renoncé à formuler des observations. Le procureur s'est déterminé et a conclu au rejet du recours dans la mesures de sa recevabilité. 