Faits: Faits: A. R._, né en 1952, a exploité du 1er août 1999 au 31 octobre 2001 la boulangerie-pâtisserie-confiserie X._. A ce titre, il était assuré en qualité de personne exerçant une activité indépendante à la Caisse de compensation AVS-AI-APG de la Fédération des artisans et commerçants (FACO), à Genève. Selon les bilans et comptes d'exploitation de la boulangerie, R._ a réalisé un bénéfice de 72'084 fr. 08 pendant le premier exercice social (période du 1er août 1999 au 31 juillet 2000), un bénéfice de 45'866 fr. 19 pendant le deuxième exercice social (période du 1er août 2000 au 31 juillet 2001) et un bénéfice de 6'990 fr. 07 pendant le troisième exercice social (période du 1er août 2001 au 31 octobre 2001). Sur cette base, la caisse a rendu le 8 avril 2002 quatre décisions provisoires en ce qui concerne les cotisations AVS/AI/APG dues par R._ pour 1999, 2000 et 2001. Dans une décision concernant la période du 1er août au 31 décembre 1999, elle a estimé le revenu net de celui-ci à 72'084 fr. et fixé à 570 fr. par mois les cotisations personnelles dues pendant cette période. Dans une autre décision concernant l'année 2000, elle a estimé le revenu net de l'assuré à 70'894 fr. et fixé à 6'726 fr. les cotisations personnelles dues pour cette année-là. Dans deux autres décisions concernant les périodes du 1er janvier au 30 juin 2001 et du 1er juillet au 31 octobre 2001, elle a estimé le revenu net de R._ à 52'856 fr. (45'866 fr. + 6'990 fr.) et fixé à 418 fr. par mois les cotisations personnelles dues pendant ces périodes. Le 30 avril 2002, R._ a contesté auprès de la caisse le calcul des cotisations dues pour 2000 et 2001. Il lui reprochait d'avoir reconduit pour l'année 2000 le résultat du premier exercice et d'avoir cumulé pour l'année 2001 des résultats qui couvraient une période de quinze mois, ce qui avait amené la caisse à un cumul de 197'024 fr. alors que le total du revenu réalisé était en réalité de 124'940 fr. (72'084 fr. 08 + 45'866 fr. 19 + 6'990 fr. 07). Invoquant une perte de 60'000 fr. lors de la remise de son commerce, il demandait qu'elle soit portée en déduction du revenu soumis à cotisations. Dans une communication du 6 mai 2002, la caisse a avisé R._ que les décisions de cotisations pour 1999 et 2000 avaient été établies conformément aux directives applicables jusqu'au 31 décembre 2000, qui prévoyaient d'annualiser le revenu, et que les cotisations avaient été calculées au prorata des mois concernés. En revanche, en ce qui concerne les décisions de cotisations pour 2001, elles devaient être corrigées, dans la mesure où les cotisations auraient dû être perçues sur un revenu qui était de 33'745 fr. sur une période de 10 mois. La caisse refusait toutefois de porter en déduction du revenu 2001 la perte invoquée de 60'000 fr., étant donné qu'il s'agissait d'une perte au bilan et non d'une perte d'exploitation. Dans deux décisions provisoires du 7 mai 2002, rendues en lieu et place des décisions du 8 avril 2002 relatives aux cotisations pour 2001, elle a estimé le revenu net de R._ à 33'745 fr. et fixé à 2'257 fr. 20 (1'128 fr. 60 + 1'128 fr. 60) les cotisations AVS/AI/APG dues par celui-ci pour l'année 2001. Dans une communication du 6 mai 2002, la caisse a avisé R._ que les décisions de cotisations pour 1999 et 2000 avaient été établies conformément aux directives applicables jusqu'au 31 décembre 2000, qui prévoyaient d'annualiser le revenu, et que les cotisations avaient été calculées au prorata des mois concernés. En revanche, en ce qui concerne les décisions de cotisations pour 2001, elles devaient être corrigées, dans la mesure où les cotisations auraient dû être perçues sur un revenu qui était de 33'745 fr. sur une période de 10 mois. La caisse refusait toutefois de porter en déduction du revenu 2001 la perte invoquée de 60'000 fr., étant donné qu'il s'agissait d'une perte au bilan et non d'une perte d'exploitation. Dans deux décisions provisoires du 7 mai 2002, rendues en lieu et place des décisions du 8 avril 2002 relatives aux cotisations pour 2001, elle a estimé le revenu net de R._ à 33'745 fr. et fixé à 2'257 fr. 20 (1'128 fr. 60 + 1'128 fr. 60) les cotisations AVS/AI/APG dues par celui-ci pour l'année 2001. B. Par lettre du 3 mai 2002, R._ a formé recours contre les quatre décisions du 8 avril 2002 devant la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'AVS/AI, en demandant que les cotisations dues pour 1999, 2000 et 2001 soient calculées sur la base d'un revenu annuel moyen de 28'862 fr. Dans sa réponse du 15 mai 2002, la caisse a produit les deux décisions provisoires du 7 mai 2002 fixant les cotisations dues par R._ pour l'année 2001. Le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, entré en fonction le 1er août 2003, a repris les compétences exercées jusque-là par la Commission de recours. Par jugement du 6 avril 2004, la 6ème Chambre du tribunal, admettant partiellement le recours (ch. 2 du dispositif), a constaté que les cotisations personnelles pour l'année 2001 s'élevaient à 1'881 fr. 30 (ch. 3 du dispositif), tout en confirmant pour le surplus les décisions de la caisse du 7 mai 2002 (ch. 4 du dispositif). Elle a également confirmé les décisions de la caisse du 8 avril 2002 concernant les cotisations personnelles afférentes aux années 1999 et 2000 (ch. 5 du dispositif). Elle a condamné la caisse à verser à R._ une indemnité de dépens de 500 fr. (ch. 6 du dispositif). Le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, entré en fonction le 1er août 2003, a repris les compétences exercées jusque-là par la Commission de recours. Par jugement du 6 avril 2004, la 6ème Chambre du tribunal, admettant partiellement le recours (ch. 2 du dispositif), a constaté que les cotisations personnelles pour l'année 2001 s'élevaient à 1'881 fr. 30 (ch. 3 du dispositif), tout en confirmant pour le surplus les décisions de la caisse du 7 mai 2002 (ch. 4 du dispositif). Elle a également confirmé les décisions de la caisse du 8 avril 2002 concernant les cotisations personnelles afférentes aux années 1999 et 2000 (ch. 5 du dispositif). Elle a condamné la caisse à verser à R._ une indemnité de dépens de 500 fr. (ch. 6 du dispositif). C. La Caisse de compensation AVS-AI-APG de la Fédération des artisans et commerçants interjette recours de droit administratif contre ce jugement, en concluant à l'annulation de celui-ci. R._ n'a pas répondu au recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 