Sachverhalt: A. X._ lenkte am 22. Januar 2008 um etwa 20.00 Uhr seinen Personenwagen auf der Burgdorfstrasse in Langnau von Zollbrück herkommend in Richtung Ilfiskreisel. Er fuhr dabei nach seinen eigenen Angaben mit einer Geschwindigkeit von 40 bis 45 km/h. Unmittelbar vor dem auf der Höhe des Stämpfli-Areals befindlichen Fussgängerstreifen wurde er durch ein entgegenkommendes Fahrzeug geblendet. Er erkannte daher einen Fussgänger zu spät, der den Fussgängerstreifen von links nach rechts überquerte und noch etwa einen Meter vom gegenüberliegenden Trottoir entfernt war. X._ bremste sofort brüsk ab, konnte aber eine Kollision nicht mehr verhindern. Er prallte mit seiner Fahrzeugfront gegen den Fussgänger, der in der Folge zu Fall kam. Der Fussgänger zog sich schwere Prellungen zu und begab sich deswegen schliesslich zu einer ärztlichen Untersuchung im Spital Langnau. Im fraglichen Zeitpunkt war die Burgdorfstrasse feucht und es war Nacht. Der betreffende Streckenabschnitt verlief gerade und er war durchgehend künstlich beleuchtet. Die Übersichtsverhältnisse beim Fussgängerstreifen waren gut. Wegen des Vorfalls vom 22. Januar 2008 wurde X._ vom Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau mit Strafmandat vom 5. März 2008 wegen Nichtgewährens des Vortritts gegenüber Fussgängern auf Fussgängerstreifen gestützt auf Art. 90 Ziff. 1 SVG zu einer Busse von Fr. 700.-- verurteilt. Der Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen. In der Folge entzog das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern mit Verfügung vom 6. Mai 2008 X._ den Führerausweis für die Dauer von vier Monaten und verpflichtete ihn zum Besuch von einem Tag Verkehrsunterricht. B. Gegen diesen Entscheid erhob X._ Beschwerde bei der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und verlangte die Reduktion der Dauer des Ausweisentzugs auf einen Monat. Mit Entscheid vom 2. Juli 2008 wies die Rekurskommission die Beschwerde ab. Sie erwog, X._ habe eine mittelschwere Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften begangen. Da ihm der Führerausweis in den vorangegangenen zwei Jahren einmal wegen einer schweren Verkehrsregelverletzung habe entzogen werden müssen, werde die Entzugsdauer gestützt auf Art. 16b Abs. 2 lit. b SVG auf vier Monate festgesetzt. C. Mit Eingabe vom 30. Dezember 2008 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG). Er beantragt die Aufhebung des am 2. Juli 2008 ergangenen Entscheids der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und die Festsetzung der Dauer des Führerausweisentzugs auf einen Monat. Er ersucht ferner um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss eine Verletzung von Bestimmungen des Strassenverkehrsgesetzes. D. Mit Präsidialverfügung vom 2. Februar 2009 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt. E. Die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und das Bundesamt für Strassen beantragen in ihren Vernehmlassungen Abweisung der Beschwerde. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Beschwerdeführer verweist in seiner Replik vollumfänglich auf die Eingabe vom 30. Dezember 2008. 