Sachverhalt: A. Die Strafverfolgungsbehörden des Kantons Bern führen gegen den Algerier X._ eine Strafuntersuchung wegen Körperverletzung, evtl. versuchter vorsätzlicher Tötung. Sie verdächtigen ihn, am 4. Dezember 2012 an der Genfergasse in Bern den Libyer Y._ mit einem Sackmesser verletzt zu haben. Aufgrund des N-Ausweises von X._ gingen sie davon aus, dass er volljährig sei, weshalb die Untersuchung zunächst von der für erwachsene Beschuldigte zuständigen regionalen Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland geführt wurde. An der staatsanwaltschaftlichen Einvernahme vom 5. Dezember 2012 behauptete X._, am 15. Dezember 1994 geboren worden und damit noch minderjährig zu sein. Das Verfahren wurde daraufhin der Jugendanwaltschaft, Dienststelle Bern-Mittelland, überwiesen. Das Gutachten zur Altersschätzung des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich (IRMZ) vom 18. Dezember 2012 kam zum Schluss, es sei zwar nicht gänzlich auszuschliessen, dass X._ im Zeitpunkt der Tat 17 Jahre und 11 Monate alt gewesen sei; mit überwiegender Wahrscheinlichkeit sei er aber über 18 Jahre alt gewesen. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2012 übernahm die regionale Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland das Verfahren erneut. Mit Beschwerde an die Generalstaatsanwaltschaft beantragte X._, diese Verfügung aufzuheben und die Jugendanwaltschaft, Dienststelle Bern-Mittelland, zu verpflichten, das Verfahren gegen ihn zu führen. Der stellvertretende Generalstaatsanwalt wies die Beschwerde am 7. Januar 2013 ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid der Generalstaatsanwaltschaft aufzuheben und die Jugendanwaltschaft zu verpflichten, das Verfahren zu übernehmen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Die Staatsanwaltschaft und die Jugendanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung. Letztere wies im Zusammenhang mit der örtlichen Zuständigkeit lediglich daraufhin, dass sich der gewöhnliche Aufenthalt von X._ im Sinn von Art. 10 Abs. 1 der Schweizerischen Jugendstrafprozessordnung in A._/FR (Centre B._) befinde. Der stellvertretende Generalstaatsanwalt beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest. 