Sachverhalt: A. Vom 27. November bis zum 28. Dezember 2009 wurde ein revidierter Zonenplan und ein revidiertes Baureglement der Gemeinde Muotathal öffentlich aufgelegt. Vorgesehen war, im Gebiet "Aport" Teile der Parzellen Nrn. 16 und 17 von der Landwirtschaftszone in die Wohnzone W2 umzuzonen (Objekt Nr. 44 im Umfang von 1'323 m2 auf Parzelle Nr. 16 und Objekt Nr. 45 im Umfang von 9'785 m2 auf Parzelle Nr. 17, gesamthaft somit 11'108 m2). A._, Eigentümer der an Objekt Nr. 45 angrenzenden Parzelle Nr. 34, erhob mit zwei verschiedenen Eingaben Einsprache. Er beantragte, die Objekte Nrn. 44 und 45 seien in der Landwirtschaftszone zu belassen und der Randbereich seines eigenen Grundstücks sei ebenfalls der Landwirtschaftszone zuzuweisen. Der Gemeinderat Muotathal hiess die erste der beiden Einsprachen teilweise gut und teilte den Zufahrtsbereich zum Gebiet Aport der Wohn- und Gewerbezone WG2 zu. Die zweite Einsprache hiess er vollumfänglich gut und wies die Parzelle Nr. 34 mit Ausnahme des darauf stehenden Wohnhauses der Landwirtschaftszone zu. Vom 27. Mai bis zum 27. Juni 2011 legte der Gemeinderat eine überarbeitete Fassung des revidierten Zonenplans und des revidierten Baureglements öffentlich auf. Im Unterschied zur ersten Fassung sieht diese vor, vom südöstlichen Teil der Parzelle Nr. 17 2'646 m2 als Objekt Nr. 45a der Wohn- und Gewerbezone WG2 zuzuweisen. Am 7. Juni 2011 erhob A._ erneut Einsprache. Mit Beschluss vom 15. Juni 2011 trat der Gemeinderat auf das Vorbringen nicht ein. In der Folge reichte mit Eingabe vom 23. Juni 2011 auch der Sohn und Mitbewohner von A._, X._, Einsprache ein. Diese Einsprache wurde vom Gemeinderat mit Beschluss vom 29. Juni 2011 abgewiesen. Auf eine von X._ dagegen erhobene Verwaltungsbeschwerde trat der Regierungsrat des Kantons Schwyz mit Beschluss vom 20. Dezember 2011 nicht ein. Daraufhin gelangte X._ ans Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses wies seine Beschwerde mit Entscheid vom 23. Februar 2012 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. April 2012 beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Dieses sei anzuweisen, das Objekt Nr. 45a in der Landwirtschaftszone zu belassen. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Gemeinderat Muotathal hat sich nicht vernehmen lassen. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. In seiner Stellungnahme dazu hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest. 