Faits: A. Le 26 juillet 2007, A._ a déposé plainte contre X._ à la suite de l'accident dont il avait été victime le 9 mai précédent à la route de Vernier, à Genève, à la hauteur du chemin de la Croisette. Selon le rapport de police établi à cette occasion, la voie de circulation empruntée par X._ portait des flèches de présélection qui obligeaient les usagers à continuer tout droit en direction de la route du Nant-d'Avril. Lorsque la signalisation lumineuse était devenue verte, X._ avait obliqué à gauche, au volant de son camion, en se déplaçant à faible allure. Alors qu'il jouissait d'une bonne visibilité et que l'éclairage public fonctionnait correctement, il n'avait pas vu A._ qui arrivait normalement en sens inverse, au guidon de sa moto. Ce dernier a subi différentes lésions, à savoir plusieurs fractures, des contusions, des déchirures de ligaments et une contusion abdominale. B. Par jugement du 3 novembre 2008, le Tribunal de police du canton de Genève, statuant sur opposition, a condamné X._, pour lésions corporelles par négligence, à une peine pécuniaire de 120 jours-amende à 30 fr. le jour, avec sursis pendant trois ans. Il l'a également condamné à une amende de 1'200 fr. et a prononcé une peine de substitution de 12 jours. Par arrêt du 23 mars 2009, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a confirmé le jugement précité. C. X._ a déposé un recours en matière pénale contre l'arrêt précité. Il conteste sa condamnation et requiert l'assistance judiciaire. La Chambre pénale et le Procureur général n'ont pas déposé d'observations au recours. A._ a conclu à son rejet dans la mesure de sa recevabilité. 