Sachverhalt: A. Die Baubehörde der Gemeinde St. Moritz erteilte der X._ AG am 1. April 1980 die Bewilligung für eine Überbauung der Parzelle Nr. 2216. Das Bauprojekt sah gewisse sog. disponible Räume vor, die mit einer Nutzungsbeschränkung belegt waren (nicht als Wohn- oder Schlafräume etc. benutzbar). In Folge einer Änderung des kommunalen Baugesetzes bewilligte die Baubehörde der X._ AG am 7. August 1985 die Nutzung der genannten Räume als Gewerbeflächen. Am 8. Juni 1990 erwarben die Eheleute A._ und B._ einen Teil dieser Gewerbefläche (Stockwerkeinheit Nr. 52407). Mit Abtretungsvertrag vom 8. Februar 1992 übernahm Frau B._ den Miteigentumsanteil ihres Ex-Ehegatten und erwarb Alleineigentum an der Stockwerkeinheit. B. Im Herbst 2011 stellte die Baubehörde fest, dass die Stockwerkeinheit zu Wohnzwecken genutzt wird. Nach einem mehrfachen Schriftenwechsel verfügte der Gemeindevorstand: 1. "Die Nutzung der StWE-Einheit Nr. 52407 zu Wohnzwecken wird bis 31.12.2014 geduldet. 2. Ab 1.1.2015 ist es der Eigentümerin der StWE-Einheit Nr. 52407 untersagt, die Räumlichkeiten zu Wohnzwecken zu nutzen. Sie dürften nurmehr im Sinne der Baubewilligungsauflage genutzt werden 3. B._ wird verpflichtet, der Gemeinde innert 30 Tagen seit Rechtskraft der vorliegenden Verfügung die mit dem Verfahren verbundenen Kosten im Betrage von Fr. 2'200.-- zu bezahlen. ..." B._ gelangte mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerde am 30. Oktober 2012 ab. Es führte im Wesentlichen aus, dass der Durchsetzung des materiellen Baurechts in Anbetracht der gesamten Umstände Vorrang zukomme. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts hat B._ beim Bundesgericht am 7. Dezember 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils und der Verfügung des Gemeindevorstands und ersucht um Bewilligung für eine dauernde und unbegrenzte Nutzung der besagten Räumlichkeiten zu Wohn- und Ferienzwecken. Sie macht im Wesentlichen geltend, ihr guter Glaube und die allgemeine Verwirkungsfrist stünden dem Verbot der Nutzung zu Wohnzwecken ab dem 1. Januar 2015 entgegen. Die Gemeinde St. Moritz und das Verwaltungsgericht haben auf Vernehmlassung verzichtet. 