Fatti: A. Con sentenza del 18 febbraio 2003 il Tribunale di Roma condannava X._ ad una pena di 12 anni di reclusione e EUR 150'000.-- di multa, ritenendolo colpevole di associazione con altre persone, anche residenti all'estero, finalizzata al traffico illecito di stupefacenti sul territorio italiano e estero, nonché di acquisto e importazione in Italia di 246 kg di cocaina cloridrato pura; fatti relativi al periodo compreso tra il marzo 2001 ed il 21 gennaio 2002. B. Già in precedenza, il 27 febbraio 2002, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) aveva ordinato l'apertura di un'inchiesta di polizia giudiziaria federale nei confronti dello stesso X._ per sospetto di riciclaggio di denaro (art. 305bis CP). In seguito alle indagini preliminari condotte in Svizzera è emerso che questi è titolare di una relazione bancaria accesa il 9 agosto 2000 presso la Banca A._ di Lugano, il cui saldo, attualmente sotto sequestro conservatorio, è di fr. 1'377'873.--. Secondo l'Ufficio dei giudici istruttori federali (UGI), che il 19 agosto 2003 su richiesta del MPC ordinava l'apertura dell'istruzione preparatoria, tale importo sarebbe stato trasferito dall'Italia in Svizzera e versato sulla relazione citata in tre fasi: dapprima il 18 agosto 2000 tramite una ditta di trasporto di valuta per un ammontare di EUR 870'307.-- ed in seguito, il 24 agosto e il 14 settembre 2000, direttamente dall'imputato in banconote da 500'000 lire italiane, contenute in una scatola vuota di un telefonino, per un controvalore di EUR 438'988.-- e di EUR 325'367.--. Sempre secondo l'UGI gli averi in questione potrebbero costituire il provento di traffici illeciti di stupefacenti. Per quanto riguarda gli atti istruttori finora svolti dall'UGI si segnalano l'interrogatorio dell'imputato mediante commissione rogatoria internazionale, avvenuto il 2 dicembre 2003, nonché l'interrogatorio di due testi il 22 ed il 23 gennaio 2004. C. Il 27 novembre 2003 la Corte di appello di Roma riformava la sentenza 18 febbraio 2003 del Tribunale di Roma ed assolveva X._ dal reato associativo perché il reato non sussiste, eliminando quindi la relativa pena. La pena per il reato restante, relativo all'acquisto ed all'importazione di stupefacente, veniva fissata a 10 anni di reclusione e EUR 100'000.-- di multa. D. Il patrocinatore in Svizzera di X._, dopo essere stato ammesso il 19 dicembre 2003 a consultare per la prima volta gli atti del procedimento, ha subito espresso all'UGI i suoi dubbi sull'esistenza di una competenza federale in merito, mediante corrispondenza epistolare del 23 dicembre 2003 e 15 gennaio 2004. Il 19 gennaio 2004 ha quindi presentato istanza di designazione del foro presso la Camera d'accusa del Tribunale federale. In essa viene contestata la competenza federale nel procedimento penale pendente e domandata la designazione del Ministero pubblico del Cantone Ticino quale autorità competente, in quanto non sarebbero dati i presupposti giurisdizionali dell'art. 340bis cpv. 1 lett. a CP. Nell'istanza vengono prima di tutto formulate delle riflessioni di tipo costituzionale: "Preliminarmente è d'uopo sottolineare che nella misura in cui deroga significativamente al nostro ordinamento costituzionale istituendo una nuova competenza federale in un ambito che da sempre è stato l'appannaggio dei Cantoni in ossequio alla tradizionale distribuzione delle competenze nel nostro Paese federalista, l'art. 340bis CP deve essere interpretato in modo conforme alla Costituzione, quindi restrittivamente" (istanza pag. 5 e seg.). Poste queste premesse, l'instante enuclea due quesiti fondamentali da prendere in esame, segnatamente se sussistano elementi indiziari tali da permettere di ipotizzare la punibilità in Svizzera di X._ per il reato di organizzazione criminale ex art. 260ter CP (istanza pag. 6 e segg.) oppure per il reato di riciclaggio di denaro ex art. 305bis CP (istanza pag. 8 e seg.). Per quanto riguarda il reato di organizzazione criminale, l'esistenza di indizi in merito viene negata con richiamo alla sentenza della Corte d'appello di Roma, che lo ha prosciolto dal reato associativo, ed in considerazione del fatto che neppure l'UGI sostiene esplicitamente tale ipotesi nella sua ordinanza di apertura. Per quanto concerne il reato di riciclaggio, l'instante rileva come in simili casi la competenza federale presuppone che tale reato sia stato commesso prevalentemente all'estero (art. 340bis cpv. 1 lett. a CP), circostanza non adempiuta nella fattispecie visto che "nell'ipotesi (denegata e proprio per questo oggetto di istruttoria) in cui vi sia stato riciclaggio di denaro, il reato si sarebbe interamente consumato nel territorio del Cantone Ticino ove l'accusato ha importato e depositato su dei conti bancari gli importi di cui l'accusa ipotizza che provengano da attività penalmente reprensibili" (istanza pag. 8). Egli conclude quindi, dopo avere ricordato anche tutta una serie di inconvenienti pratici derivanti dal fatto che l'istruzione avvenga a livello federale e non cantonale, che non sono dati in alcun modo i presupposti dell'art. 340bis cpv. 1 lett. a CP per cui non vi è competenza giurisdizionale federale bensì cantonale. E. Nelle sue osservazioni del 29 gennaio 2004 l'UGI premette che l'istruzione preparatoria concerne esclusivamente e allo stadio attuale il reato di riciclaggio di denaro. Dopo una sintetica esposizione delle coordinate fondamentali dell'inchiesta ed alcune considerazioni di natura interpretativa sulle norme di pertinenza, sottolinea quanto segue: "Al momento dell'apertura dell'istruzione preparatoria l'ipotesi di riciclaggio a carico dell'imputato si inscriveva nell'ambito di elementi indiziari, descritti tra l'altro nella sentenza di condanna italiana di prima istanza del 18 febbraio 2003, secondo i quali l'interessato avrebbe avuto contatti con persone, in particolare cittadini colombiani, presumibilmente implicati in un traffico internazionale di stupefacenti. Tali contatti, sempre secondo la sentenza citata, avrebbero potuto risalire già al 1999. Vi era quindi ancora spazio, rispettando il principio ne bis in idem, per istruire a livello federale su questi elementi di aspetto prevalentemente estero ed indagare sull'ipotesi di riciclaggio antecedente al periodo penale oggetto della condanna, ipotesi congiunta con la possibile estensione dell'istruzione a un contesto di organizzazione criminale" (osservazioni pag. 3). 