Faits: A. Par contrat du 5 mars 1992, la Société immobilière A._ a cédé à H.X._, moyennant le paiement d'un loyer mensuel, l'usage d'un appartement de huit pièces, comprenant comme dépendances deux caves et un grenier, sis avenue ... à Genève. Ce contrat remplaçait celui que les parties avaient conclu le 27 juin 1988. En février 1998, Y._ est devenu le propriétaire de l'immeuble en cause et, par voie de conséquence, le bailleur. Le 6 février 2002, Y._ a notifié à H.X._ et à son épouse F.X._ une résiliation du bail pour le 31 mars 2002 en application de l'art. 257f al. 3 CO. Ce congé a été déclaré valable par jugement du Tribunal des baux et loyers du canton de Genève du 22 février 2007, confirmé par un arrêt de la Cour de justice du 5 novembre 2007, puis par un arrêt du Tribunal fédéral du 6 mars 2008 (cause 4A_516/2007). En substance, il a été constaté que l'appartement avait été régulièrement sous-loué, la plupart du temps sans en informer le bailleur et à des conditions abusives. Le locataire n'ayant ni restitué les clés, ni libéré les locaux loués des objets qui s'y trouvaient encore, Y._ a sollicité l'exécution forcée. Par jugement du 3 novembre 2008, le Tribunal des baux et loyers a condamné les époux X._ à évacuer de leur personne et de leurs biens l'appartement concerné. Un recours ayant été interjeté par le locataire contre cette décision, celle-ci fut confirmée par arrêt de la Cour de justice du 20 avril 2009. Le 5 juin 2009, H.X._ a envoyé au procureur général les clés en sa possession, dont deux étaient cassées et certaines ne permettaient pas d'ouvrir la porte d'entrée de l'appartement. Il a été constaté, lors d'un état des lieux effectué le 21 juillet 2009, qu'il subsistait divers meubles et objets dans les locaux. Finalement, les locaux loués ont été évacués et nettoyés aux frais du bailleur (avec l'accord du locataire) et ces opérations se sont terminées par des travaux de nettoyage effectués les 8 et 9 septembre 2009. B. Par demande déposée le 15 octobre 2010 devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, Y._ a conclu à ce que H.X._ et son épouse F.X._ soient condamnés solidairement à lui payer la somme de 66'923 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er avril 2008 à titre d'indemnités pour occupation illicite du 1er avril 2008 au 31 juillet 2009 (somme déterminée sur la base du loyer précédemment fixé, soit 4'398 fr. par mois), sous déduction d'un montant qu'il a reconnu devoir à l'ancien locataire, 4'287 fr.10 avec intérêts à 5% dès le 23 septembre 2009 pour les frais de changement de serrure, de nettoyage et de déménagement encourus par lui, ainsi qu'une somme de 2'036 fr.20 correspondant aux frais d'huissier lors de l'état des lieux de sortie. H.X._ s'est opposé à la demande en totalité. Il a produit des procès-verbaux d'huissiers judiciaires qu'il avait fait dresser en vue de constater l'état de l'appartement et de ses dépendances. En particulier, il a mandaté, les 3 et 30 octobre 2008 (soit après l'arrêt du Tribunal fédéral du 6 mars 2008) une société spécialisée pour examiner l'éventuelle présence d'amiante dans l'appartement. Selon le rapport établi le 5 décembre 2008 par l'expert mandaté, un panneau situé à l'arrière du radiateur du salon contenait de l'amiante; un assainissement devrait être réalisé à court terme, soit d'ici au 5 décembre 2013. H.X._ en tire l'essentiel de son argumentation dans la présente procédure. La cause n'ayant pas été conciliée, Y._ a saisi le Tribunal des baux et loyers, lequel, par jugement du 11 novembre 2011, a condamné H.X._ à payer à Y._ la somme de 66'923 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 15 novembre 2008 et de 6'323 fr.30 avec intérêts à 5% l'an dès le 3 juillet 2010. Par ailleurs, le tribunal a constaté que l'épouse du locataire, F.X._, n'était pas partie au contrat de bail et qu'elle n'était donc pas la débitrice de Y._; ce point n'est plus contesté. Le tribunal a rejeté une demande reconventionnelle formée par H.X._ qui tendait au remboursement de frais d'huissier ou d'expert en relation avec le déroulement de la procédure. H.X._ a appelé de ce jugement, concluant au rejet des prétentions pécuniaires de sa partie adverse et à la condamnation de celle-ci à lui payer les sommes réclamées sur demande reconventionnelle. Y._ a conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet de l'appel. Statuant par arrêt du 18 juin 2012, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a réformé le jugement attaqué, d'une part en faisant partir l'intérêt moratoire à compter d'une date moyenne et, d'autre part, en écartant les conclusions de Y._ concernant les frais d'huissier et de remplacement des serrures. Partant, il a condamné H.X._ à payer à Y._ la somme de 66'923 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er décembre 2008 et de 3'372 fr.50 avec intérêts à 5% l'an dès le 3 juillet 2010. Il a confirmé le jugement pour le surplus. C. H.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 18 juin 2012. Invoquant une violation des art. 8 CC, 274d al. 3 aCO, de l'art. 2 de l'annexe 1.6 de l'ordonnance sur la réduction des risques liés à l'utilisation de substances, de préparations et d'objets particulièrement dangereux du 18 mai 2005 (ORRChim, RS 814.81), de l'art. 20 CO, des art. 97 et 41 CO, de l'art. 91 CO et de l'art. 939 al. 1 CC, il conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué, au déboutement de sa partie adverse et à l'admission de sa demande reconventionnelle réduite à 2'022 fr. en capital. Sa requête d'effet suspensif a été acceptée par ordonnance présidentielle du 10 septembre 2012. L'intimé a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens. Les parties ont répliqué et dupliqué. 