Sachverhalt: A. Der 1958 geborene E._ war zuletzt als Plattenleger bei der L._ SA erwerbstätig gewesen, als er sich am 28. November 2005 bei der IV-Stelle Bern zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung anmeldete und eine Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit beantragte. Die IV-Stelle Bern traf medizinische Abklärungen; insbesondere veranlasste sie eine Begutachtung des Versicherten durch Ärzte des Spitals X._ (Gutachten vom 16. März 2007). Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach sie dem Versicherten mit Verfügung vom 2. Oktober 2007 für die Zeit von September bis Oktober 2006 eine ganze Rente und für die Zeit von November 2006 bis Juni 2007 eine Dreiviertelsrente zu. Für die Zeit ab Juli 2007 verneinte sei einen Rentenanspruch. B. Die von E._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 20. Juni 2008 nach Androhung einer Reformatio in peius ab, hob die angefochtene Verfügung auf und verneinte einen Rentenanspruch des Versicherten. C. Mit Beschwerde beantragt E._, es sei ihm unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides für die Zeit vom 1. September bis 31. Oktober 2006 eine ganze Rente und für die Zeit vom 1. November 2006 bis zum 30. Juni 2007 eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Für die Zeit ab dem 1. Juli 2007 sei ihm unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides eine Dreiviertels-, eventuell mindestens eine Viertelsrente zuzusprechen; subeventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Während die IV-Stelle Bern auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 