Sachverhalt: A. Z._ und X._ haben die gemeinsamen Kinder S._, geb. xxxx 2006, und T._, geb. xxxx 2003, welche mit Eheschutzurteil vom 17. November 2008 unter die Obhut der Mutter gestellt wurden. Mit Abänderungsklage vom 6. Februar bzw. 11. März 2009 verlangte sie, die Kinder seien unter ihre alleinige elterliche Sorge zu stellen und es sei ihr zu erlauben, für sich und die beiden Söhne den Wohnsitz nach Tschechien zu verlegen. Das Bezirksgericht Bremgarten stellte die beiden Kinder mit Urteil vom 8. Mai 2009 unter die alleinige Obhut und elterliche Sorge der Mutter. Das Obergericht des Kantons Aargau modifizierte dieses Urteil am 20. Oktober 2009 dahingehend, dass es die Kinder unter die Obhut der Mutter und (erst) ab dem Wegzug nach Tschechien unter ihre alleinige elterliche Sorge stellte. Das Bundesgericht hielt in seinem Urteil vom 1. Juni 2010 fest (Verfahren 5D_171/2009), dass die Mutter bereits aufgrund des Obhutsrechts über den Aufenthalt der Kinder bestimmen und mit diesen nach Tschechien ziehen könne, weshalb der (von den kantonalen Instanzen ausschliesslich mit dieser Zwecksetzung begründete) Entzug der elterlichen Sorge auf Seiten des Vaters hierfür nicht nötig sei; weil aber eventuell andere Gründe (mögliche Unfähigkeit der Eltern, zum Wohl der Kinder zusammenzuwirken) für die Alleinzuteilung der elterlichen Sorge sprechen könnten, wurde die Sache zur diesbezüglichen Abklärung und Neubeurteilung an das Obergericht zurückgewiesen. B. Ohne neue Sachverhaltserhebung befand das Obergericht mit Urteil vom 9. August 2010, dass keine (anderen) Gründe für einen Entzug der elterlichen Sorge zulasten des Vaters ersichtlich seien und das Urteil des Bezirksgerichts Bremgarten diesbezüglich ersatzlos aufgehoben werden müsse. C. Gegen dieses Urteil hat die Mutter am 7. September 2010 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung und um erneute Rückweisung der Sache an das Obergericht zur Abklärung des relevanten Sachverhalts; ausserdem verlangte sie die unentgeltliche Rechtspflege. In seiner Vernehmlassung vom 29. November 2010 stellte der Vater den Hauptantrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, dies mit der Begründung, infolge Wegzuges der Kinder nach Tschechien seien die schweizerischen Gerichte für den Entscheid über die elterliche Sorge nicht mehr zuständig; eventualiter verlangte er die Abweisung der Beschwerde. Im Rahmen des mit Blick auf die internationale Zuständigkeit eröffneten zweiten Schriftenwechsels verlangte die Mutter mit Replik vom 16. Dezember 2010, auf ihre Beschwerde sei einzutreten, das Urteil vom 9. August 2010 sei aufzuheben und die Sache sei zur Sachverhaltsfeststellung und neuen Entscheidung zurückzuweisen, eventualiter sei das Urteil vom 9. August 2010 wegen fehlender internationaler Zuständigkeit aufzuheben. Mit Duplik vom 17. Januar 2011 verlangte der Vater, auf die neuen Anträge der Gegenseite sei nicht einzutreten bzw. diese seien abzuweisen, und im Übrigen sei im Sinn der Anträge in der Vernehmlassung zu entscheiden. Am 25. Januar 2011 stellte die Beschwerdeführerin einen Sistierungsantrag, da zwischen den Parteien Vergleichsverhandlungen geführt würden. Mit Verfügung vom 28. Januar 2011 wurde das Verfahren bis zum 15. März 2011 sistiert, wobei festgehalten wurde, eine weitere Sistierung würde nur im Einverständnis mit der Gegenpartei gewährt. Am 27. April 2011 erneuerte die Beschwerdeführerin ihren Sistierungsantrag. Der Beschwerdegegner widersetzte sich diesem mit Schreiben vom 4. Mai 2011 und hielt fest, die Parteien würden keine Vergleichsgespräche führen. 