Sachverhalt: A. Am 10. Oktober 1974 schloss die Firma X._ & Co., Heizöle und Benzin (heute X._ AG) mit den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) eine Vereinbarung über den Bau und die Benützung eines Ladegleises mit Anschluss an die Haltestelle Wiesendangen. Die mit Brenn- und Treibstoffen handelnde X._ AG unterhält an diesem Standort einen Umschlagplatz. B. Am 3. Juli 1998 fassten die SBB ein Gespräch mit der X._ AG vom 29. Juni 1998 schriftlich zusammen und hielten fest, das Anschlussgleis in Wiesendangen sei nach wie vor für den Umschlag von sieben Wagen vorgesehen. Seit 1995 seien aber keine Wagen mehr über das Anschlussgleis transportiert worden. Die Transporte tätige die X._ AG vorwiegend über die schienenerschlossenen Tanklager Rümlang, Niederhasli und Mellingen. Aus diesem Grunde habe die X._ AG der SBB mitgeteilt, ihre Versicherung für die Ersthaftung bei der Zustellung von Kesselwagen per sofort aufzuheben. Mit der einseitigen Änderung einer Vertragsbestimmung seien aber die SBB nicht einverstanden. Weiter gaben die SBB in diesem Schreiben zu bedenken, dass die Weiche 61 zum Anschlussgleis im Jahre 2002 total erneuert werden müsse. Im Zuge dieser Erneuerung könne anstelle der Weiche 62 eine "Entgleisvorrichtung" eingebaut werden. Die Kosten dafür würden auf rund Fr. 270'000.-- geschätzt. Als Alternative für die Erneuerung der beiden Weichen könne auch deren Rückbau in Betracht gezogen werden, was Kosten in der Höhe von etwa Fr. 290'000.-- mit sich bringen werde. Dies bedeute aber, dass das Anschlussgleis nicht mehr am Schienennetz angeschlossen wäre. C. In der Folge scheiterten die Versuche, den Anschlussgleisvertrag aus dem Jahr 1974 einvernehmlich aufzulösen. Die X._ AG erklärte sich im März 2002 allerdings bereit, den Ausbau der Weiche 61 als Notmassnahme unter dem Vorbehalt zu tolerieren, dass der Ausbau auf Kosten der SBB erfolge und diese die Verbindung zum Anschlussgleis auf eigene Kosten wieder herstellten, sobald die X._ AG das Gleis wieder benötige. Die SBB vertraten in ihrem Schreiben vom 27. März 2002 zu den Kosten für die zukünftigen Arbeiten hingegen die Auffassung, es werde diesbezüglich der gemäss Vereinbarung gültige Kostenverteiler zur Anwendung gelangen. Die Kosten für den Ausbau der Weiche werde sie jedoch letztmals in eigener Rechnung übernehmen. In der Nacht vom 21. auf den 22. März 2002 wurde eine Notsanierung der Weiche 61 vorgenommen. D. Mit Schreiben vom 14. April 2003 teilten die SBB der X._ AG mit, dass sie, wie bereits mündlich angekündigt, den Anschlussgleisvertrag nicht weiterführen und diesen per 31. Dezember 2004 auflösen würden. Es seien bereits Weichenteile mit Zustimmung der X._ AG entfernt worden. Zudem sei das Gleis 1994 letztmals für die Zustellung von Güterwagen benutzt worden. Die restlichen Weichenteile hätten nun das Ende ihrer Lebensdauer erreicht und müssten zwingend ersetzt werden. Anstelle einer Oberbauerneuerung würden die SBB die restlichen Weichenteile entfernen und durch gerade Schienen ersetzen. Dies geschah im Juni 2003. Seither besteht zwischen dem Ladegleis und dem SBB-Netz keine Verbindung mehr. Nachdem sich die SBB mit der X._ AG nicht über den Rückbau des Reststücks des Anschlussgleises einigen konnten, gelangten sie am 6. November 2006 an das Bundesamt für Verkehr (BAV) und beantragten im Wesentlichen, die X._ AG sei zu verpflichten, das Anschlussgleis auf eigene Kosten zurückzubauen. E. Mit Verfügung vom 2. Mai 2007 hiess das BAV die Anträge der SBB vollumfänglich gut und verpflichtete die X._ AG, das Anschlussgleis auf der Parzelle Nr. 3420, Blattnr. 115/1002 Grundbuch Wiesendangen, bis zum Ende des Jahres auf eigene Kosten zurückzubauen. Vom Rückbau betroffen sind 180 m Gleisanlage mit Anschlussweiche und Prellbock, Entladeeinrichtungen für flüssige Brenn- und Treibstoffe und eine Schutzwanne unter dem Gleis aus Beton. Der Rückbau soll gemäss BAV soweit erfolgen, als dies ohne Beeinträchtigung der Schutzwanne als Fundament für die Abstützung des auf dem Areal befindlichen und von der X._ AG gemieteten Schuppens technisch möglich ist. Gleichzeitig verlangte das BAV, dass etwaige auf die Nutzung des Anschlussgleises zurückführende Altlasten oder Verschmutzungen des Bodens zu beheben seien. Falls die Anlagen nicht bis Ende des Jahres 2007 entfernt würden, wurden die SBB ermächtigt, die entsprechenden Arbeiten auf Kosten der X._ AG auszuführen. F. Gegen diese Verfügung reichte die X._ AG beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde ein, welche dieses mit Urteil vom 19. Februar 2008 abwies, soweit es darauf eintrat. G. Mit Eingabe vom 25. März 2008 erhebt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils sowie die Abweisung der Begehren der SBB. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Das BAV verweist auf das angefochtene Urteil und verzichtet auf eine ausführliche Stellungnahme. Desgleichen sieht das Bundesverwaltungsgericht von einer Vernehmlassung ab. Die SBB als Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Mit Verfügung vom 17. April 2008 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Am 6. Juni 2008 stellt die Beschwerdeführerin ein Sistierungsbegehren, weil sie mit Vertretern der SBB Gespräche über eine aussergerichtliche Lösung aufgenommen habe. Die SBB stellen am 3. Juli 2008 Antrag auf Abweisung des Sistierungsbegehrens, da es an einer Grundlage für Vergleichsgespräche fehle. Die Beschwerdeführerin hält demgegenüber mit Schreiben vom 14. Juli 2008 an ihrem Sistierungsgesuch fest, während die SBB am 26. September 2008 nochmals um dessen Abweisung ersuchen. 