Sachverhalt: A. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) sprach T._ mit Verfügung vom 14. Mai 2004 aufgrund einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % eine Invalidenrente mit Wirkung ab 1. November 1996 sowie eine Integritätsentschädigung zu und setzte dabei für die Zeit bis Ende Mai 2004 einen Verzugszins von Fr. 7405.- fest, später korrigiert auf Fr. 7708.-. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 30. November 2004 fest. B. T._ erhob dagegen Beschwerde an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess mit Urteil vom 5. April 2006 die Beschwerde gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache an die SUVA zurück, damit sie die Verzugszinsberechnung im Sinne der Erwägungen vornehme und neu verfüge. C. Die SUVA erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts sei aufzuheben und der Einspracheentscheid sei zu bestätigen. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Stellungnahme verzichtet. 