Sachverhalt: A. A.a U._, geboren 1968, war bis Oktober 2002 als Raumpflegerin bei der Firma D._ angestellt. Am 29. Oktober 2003 meldete sie sich unter Hinweis auf psychische Probleme bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach der Durchführung medizinischer Abklärungen wies die IV-Stelle Schaffhausen das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 26. Juli 2005 ab. Eine dagegen erhobene Einsprache hiess die IV-Stelle mit Entscheid vom 31. August 2006 gut und führte weitere medizinische Abklärungen durch. Dabei holte sie insbesondere das Gutachten des Instituts X._ vom 14. November 2006 ein. Mit Vorbescheid vom 12. April 2007 hielt sie fest, der Invaliditätsgrad betrage 6,37 %, weshalb kein Rentenanspruch bestehe. Nach Einwänden von U._ stellte die IV-Stelle mit Verfügung vom 17. August 2007 einen Invaliditätsgrad von 25 % fest und wies das Leistungsbegehren erneut ab. Am 19. September 2007 wandte sich U._ mit einer Neuanmeldung an die IV-Stelle und verlangte berufliche Massnahmen und eine Invalidenrente. Mit in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 30. April 2008 eröffnete ihr die IV-Stelle gestützt auf die eigenen Abklärungen und eine Beurteilung durch den Regionalen ärztlichen Dienst (RAD) vom 31. März 2008, dass keine IV-relevante wesentliche Veränderung des Gesundheitszustandes vorliege und das neue Leistungsbegehren daher abgewiesen werde. A.b Am 10. August 2009 meldete sich U._ erneut zum Leistungsbezug an. Mit Vorbescheid vom 21. August 2009 stellte die IV-Stelle Nichteintreten auf das Leistungsbegehren in Aussicht. Daraufhin reichte die Versicherte den Bericht des Psychiaters Dr. med. E._ vom 3. September 2009 ein, welchem der Bericht der von Frau Dr. phil. G._ im Psychiatriezentrum Y._ durchgeführten testpsychologischen Untersuchung vom 13. August 2009 beilag. Nach Eingang der Stellungnahme des RAD vom 3. November 2009 trat die IV-Stelle mit Verfügung vom 23. November 2009 auf das neue Begehren nicht ein, da nicht glaubhaft dargelegt werde, dass sich die tatsächlichen Verhältnisse seit der letzten ablehnenden Verfügung vom 30. April 2008 in einer für den Leistungsanspruch erheblichen Weise verändert hätten. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, welcher U._ weitere Berichte des Dr. med. E._ nachfolgen liess, wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 12. November 2010 ab. C. U._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 12. November 2010 sowie die Verfügung der IV-Stelle vom 23. November 2009 seien aufzuheben, und die Sache sei an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese auf das Leistungsbegehren eintrete und dieses prüfe. Gleichzeitig wird um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt. 