Sachverhalt: A. Der 1975 geborene H._ war seit 1993, vorerst als Bauarbeiter, in den letzten Jahren als Lastwagenchauffeur, bei der Firma X._ AG angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 19. Juli 2009 wurde er als Lenker eines Personenwagens beim Linksabbiegen von einem in gleicher Richtung fahrenden überholenden Personenwagen hinten links gerammt. Die behandelnden Ärzte am Spital Y._ stellten die Diagnosen einer HWS-(Halswirbelsäulen)Distorsion, einer Claviculaschaftfraktur, einer Thoraxkontusion und einer Hüftkontusion links. Das Schlüsselbein wurde osteosynthetisch versorgt und musste zwei Mal operiert werden. Der Versicherte weilte zudem vom 27. Mai bis 1. Juli 2010 in der Rehabilitationsklinik Z._ und absolvierte ab 28. März 2011 ein Aufbautraining im Rahmen einer Frühinterventionsmassnahme der Invalidenversicherung, welches er am 20. Mai 2011 vorzeitig abbrach. Mit Verfügung vom 17. Juni 2011 stellte die SUVA ihre Versicherungsleistungen ab 1. Juli 2011 mit der Begründung ein, zwischen den weiterhin bestehenden Beschwerden und dem versicherten Unfall fehle es an einem adäquaten Kausalzusammenhang. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 3. November 2011). B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. Juni 2012 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides auch ab dem 1. Juli 2011 weiterhin Taggeld auszurichten, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung und zur Prüfung eines Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung an die SUVA zurückzuweisen. Im Weiteren ersucht er um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. 