Sachverhalt: A. Die Gemeinde Unterlunkhofen legte vom 9. August bis 7. September 1999 den revidierten Bauzonen- und Kulturlandplan sowie eine neue Bau- und Nutzungsordnung öffentlich auf. Die letzte Revision dieser Unterlagen war vom Grossen Rat des Kantons Aargau am 22. September 1987 genehmigt worden. Eine gegen die aktuelle Revision erhobene Einsprache der Erbengemeinschaft B.X._ als Eigentümerin der Parzelle Nr. 431 wurde vom Gemeinderat am 18. Oktober 1999 abgewiesen. Am 23. Juni 2000 beschloss die Einwohnergemeindeversammlung Unterlunkhofen den revidierten Bauzonen- und Kulturlandplan sowie die revidierte Bau- und Nutzungsordnung. B. Eine dagegen gerichtete Beschwerde der Erbengemeinschaft X._ wies der Regierungsrat des Kantons Aargau am 14. März 2001 ab. In der Folge nahm der Grosse Rat gewisse Gebiete im Kulturlandplan von der Genehmigung aus, die im noch rechtskräftigen Zonenplan von 1986 als Wohnzone W2 ausgeschieden waren, im neuen Bauzonenplan aber nicht mehr enthalten sein sollten. Der Grosse Rat ersuchte die zuständigen kommunalen und kantonalen Organe, diese Flächen der Bauzone zuzuweisen. Im Übrigen genehmigte er die revidierte Planung. Die Erbengemeinschaft X._ verzichtete auf die Ergreifung eines Rechtsmittels. C. Mit Urteil vom 1. November 2002 hiess das Verwaltungsgericht eine Beschwerde von Grundeigentümern teilweise gut; es hob den Genehmigungsbeschluss des Grossen Rats vom 21. August 2001 aus formellen Gründen auf, soweit er die Zonierung des Gebiets "Mühlegg" betraf, und wies die Sache an die Gemeinde zurück mit der Anweisung, über die Zonenplanung "Mühlegg" unter Einhaltung der Ausstandsvorschriften neu zu beschliessen (vgl. dazu das Urteil des Bundesgerichts 1P.316/2003 vom 14. Oktober 2003, publ. in ZBl 106/2005 S. 634). D. Der Gemeinderat Unterlunkhofen legte hierauf einen Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg" vom 22. März bis 20. April 2004 öffentlich auf. Dagegen erhob u.a. wiederum die Erbengemeinschaft des B.X._ Einsprache, welche der Gemeinderat am 1. Juni 2004 abwies. Am 11. Juni 2004 beschloss die Gemeindeversammlung Unterlunkhofen den Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg", wobei gegenüber der öffentlichen Auflage keine Änderungen erfolgten. Dagegen erhob die Erbengemeinschaft X._ Beschwerde beim Regierungsrat. Sie verlangte im Wesentlichen für ihre Parzelle Nr. 431 eine integrale Zuweisung zur Wohnzone Hang. Ein allfälliger Grüngürtel entlang der Kantonsstrasse solle zudem entlang ihrem Grundstück die Breite von 4 m nicht übersteigen. Eventualiter stellte sie den Antrag, im Falle einer Nichtzuweisung zur Bauzone sei ihr wegen eines enteignungsähnlichen Eingriffs eine Entschädigung von Fr. 1'010'000.-- zu bezahlen. Nach Abschluss der Erbteilung wurde A.X._ zur Alleineigentümerin der Parzelle Nr. 431. E. Der Regierungsrat wies die Beschwerde am 30. August 2006 ab, woraufhin der Grosse Rat am 16. Januar 2007 den Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg" genehmigte. A.X._ gelangte dagegen ans kantonale Verwaltungsgericht. Im Wesentlichen stellte sie gleichlautende Anträge wie vor dem Regierungsrat, einzig von einer genauen Bezifferung der Entschädigungsforderung sah sie ab. Mit Urteil vom 23. Dezember 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde ab. F. A.X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. Januar 2009, es seien die Beschlüsse der Einwohnergemeinde Unterlunkhofen vom 11. Juni 2004 und des Grossen Rates des Kantons Aargau vom 16. Januar 2007 betreffen Bauzonenplan "Neuauflage Mühlegg" in Bezug auf die Parzelle Nr. 431 aufzuheben. Die genannte Parzelle sei integral der Wohnzone Hang (WH) zuzuweisen, bzw. die zuständigen Instanzen seien anzuweisen, dementsprechend zu entscheiden. Weiter fordert die Beschwerdeführerin wie schon im kantonalen Verfahren, ein allfälliger Grüngürtel entlang der Kantonsstrasse solle entlang ihrer Parzelle die Breite von 4 m nicht überschreiten. In prozessualer Hinsicht beantragt sie u.a. einen Augenschein. Eventualiter stellt sie Antrag, der Gemeinde keine Parteientschädigung zuzusprechen für den Fall, dass die Beschwerde wider Erwarten abgewiesen oder durch Nichteintreten erledigt werden sollte. Die Gemeinde Unterlunkhofen schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Desgleichen beantragt das Departement Bau, Verkehr und Umwelt namens des Regierungsrats des Kantons Aargau, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Verwaltungsgericht verzichtet unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung. In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest. 