Sachverhalt: A. A.a. Die X._ AG in Liquidation (X._, Klägerin, Beschwerdeführerin), deren Konkursmasse im vorliegenden Verfahren klagte, war eine Aktiengesellschaft nach schweizerischem Recht mit Sitz in N._, über die am 30. Dezember 2002 der Konkurs eröffnet wurde. Die X._ war Teil der Z._ Gruppe, einem Konzern, der auf dem Gebiet der Bildverarbeitung (Imaging, Photofinishing) tätig und weltweit in über 20 Ländern präsent war. Y._ (Beklagter, Beschwerdegegner) war in der Zeit vom 11. Dezember 1998 bis 31. Oktober 2002 Verwaltungsrat der X._. B. Am 10. Februar 2010 beantragte die X._ AG in Liquidation dem Handelsgericht des Kantons Zürich im Sinne einer Teilklage, es sei der Beklagte zur Zahlung von Schadenersatz im Betrag von Fr. 30 Mio. nebst Zins zu 5 % seit dem 1. Januar 2002 zu verpflichten. Die Klägerin warf Y._ hauptsächlich Konkursverschleppung vor. Die X._ sei bereits am 31. Dezember 2001 sowohl zu Fortführungs- als auch zu Liquidationswerten massiv überschuldet gewesen. Der Verwaltungsrat habe die Überschuldungsanzeige jedoch erst am 24. Dezember 2002 beim Konkursrichter eingereicht. Im Zeitraum vom 1. Januar 2002 bis 24. Dezember 2002 habe sich die Überschuldung der X._ um rund Fr. 84 Mio. vergrössert. Der Beklagte bestritt den eingeklagten Anspruch. Mit Urteil vom 7. März 2013 wies das Handelsgericht die Klage ab. Es verneinte sowohl eine Pflichtverletzung seitens des Beklagten als auch den Eintritt des behaupteten Schadens: Das Handelsgericht erachtete zunächst den klägerischen Vorwurf als unzutreffend, der Beklagte bzw. der Verwaltungsrat der X._ habe über ein Jahr lang planlos einzelne Sanierungsbemühungen getroffen, die im Wesentlichen darauf ausgerichtet gewesen seien, die Liquidität zu erhöhen, was zu nichts weiter geführt habe, als dass der Konkurs hinausgezögert worden sei. Die Konzernleitung der Z._ Gruppe habe vielmehr ihr Möglichstes versucht, um den Konzern zu retten, und habe sehr wohl ein ernsthaftes und realistisches Sanierungskonzept verfolgt, das sich wie ein roter Faden durch die Sanierungsgeschichte ziehe. Die angestrebte Anpassung der Kostenstruktur sollte durch eine massive Personalreduktion (von ursprünglich 3'000 auf 1'200 Personen bei einer weiteren geplanten Reduktion auf 850 Personen), den Verkauf verschiedener Gesellschaften bzw. Gesellschaftsanteile, die Stilllegung von Produktionsstätten, den Abbau des Warenvorrats, die Konzentration von Forschungsaufgaben und die Umstrukturierung des Konzerns in vier Geschäftsbereiche erreicht werden. Zudem seien zur Umsatzsteigerung verschiedene neue Produkte auf dem Markt lanciert und Allianzen mit ehemaligen Konkurrenten gebildet sowie Forderungsverzichte in dreistelliger Millionenhöhe eingeholt worden. Unter anderem habe sich die Bank S._ noch am 18. November 2002 dazu bereit erklärt, mit den übrigen Mitgliedern des Bankenkonsortiums eine Verlängerung der unter dem bestehenden Konsortialkreditvertrag bis am 31. Januar 2003 der X._ zur Verfügung gestellten Kreditfazilität zu prüfen, wobei diese Bereitschaft selbst am 18. Dezember 2002 noch vorhanden gewesen sei. Das Handelsgericht erachtete die getroffenen Sanierungsmassnahmen als erfolgversprechend. Angesichts der realistischen Aussicht auf eine Sanierung des gesamten Konzerns und mit ihm der X._ habe der Verwaltungsrat der X._ mit der Bilanzdeponierung zuwarten dürfen. Bei der Beurteilung des behaupteten Fortführungsschadens wies das Handelsgericht darauf hin, dass als Teil der Sanierungsbemühungen unter anderem am 16. Dezember 2002 das Aktienkapital der X._ um Fr. 95 Mio. erhöht wurde. Gezeichnet wurden die Aktien durch ihre Muttergesellschaft Z._ Holding (Z._), wobei die Liberierung durch Verrechnung einer Darlehensforderung der Z._ gegenüber der X._ erfolgte. Das Handelsgericht erachtete das Argument der Klägerin für unzutreffend, die durch Verrechnung untergegangene Darlehensschuld der X._ über Fr. 95 Mio. sei bei der Berechnung des Fortführungsschadens dennoch zu berücksichtigen, weil die Verrechnungsliberierung eine nach Art. 286 bzw. Art. 288 SchKG anfechtbare Rechtshandlung darstelle (Schenkungs- bzw. Absichtsanfechtung). Entsprechend erwog das Gericht, die Darlehensschuld sei im Rahmen der Schadensberechnung nicht als Fremdkapitalposten der X._ zu berücksichtigen, weshalb der Fortführungsschaden um Fr. 95 Mio. geringer ausfalle als von der Klägerin behauptet. Daraus resultiere ein negativer Fortführungsschaden, indem die X._ im Zeitpunkt der Bilanzdeponierung am 24. Dezember 2002 weniger überschuldet war, als sie es per 31. Dezember 2001 gewesen wäre. Entsprechend wies das Handelsgericht die Klage auch mangels Schadenseintritts ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 7. März 2013 aufzuheben und der Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 30 Mio., zuzüglich 5 % seit dem 1. Januar 2002, zu verpflichten. Eventualiter sei das angefochtene Urteil zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin reichte dem Bundesgericht am 18. September 2013 eine Replik ein; der Beschwerdegegner verzichtete auf die Einreichung einer Duplik. D. Mit Verfügung vom 26. Juni 2013 hiess das Bundesgericht das Sicherstellungsgesuch des Beschwerdegegners gut und forderte die Beschwerdeführerin auf, bei der Bundesgerichtskasse als Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung an den Beschwerdegegner Fr. 95'000.-- in bar zu hinterlegen. Der Betrag ist fristgerecht bei der Bundesgerichtskasse eingegangen. 