Faits: A. Dans le cadre de poursuites exercées contre X._, notamment par B._ SA et A._, l'Office des poursuites de Genève a saisi en mains de Me C._, le 17 septembre 2004 (séries n° xxx), puis à nouveau le 28 juillet 2005 (séries n° yyy), le capital-actions de D._ SA, représentant 25'000 actions au porteur de 1'000 fr. chacune. Le 14 novembre 2005, l'épouse du débiteur, dame X._, a revendiqué la propriété de la moitié des actions (12'500). Après avoir vainement contesté auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève, puis auprès du Tribunal fédéral, la répartition par l'office du rôle des parties dans le procès en revendication (cf. arrêt 7B.105/2006 du 13 octobre 2006), elle a introduit ce procès devant le Tribunal de première instance de Genève le 6 décembre 2006. Déboutée des fins de son action par jugement du 13 septembre 2007, elle a fait appel auprès de la Cour de justice du canton de Genève qui, par arrêt du 14 novembre 2008, a confirmé le rejet de l'action. B. B.a La cour cantonale s'est fondée notamment sur les faits suivants: Les époux X._ se seraient mariés le 30 juin 1946 en Egypte. Leur régime matrimonial n'a pas été précisé. D._ SA a été constituée en 1957 avec un capital-actions initial de 300'000 fr., divisé en 600 actions au porteur de 500 fr. chacune, dont 242 avaient alors été souscrites par l'épouse et 6 par le mari. Par la suite, le capital-actions a été porté à 25'000'000 fr. Il est actuellement divisé en 25'000 actions au porteur de 1'000 fr. chacune, regroupées dans 7 certificats, dont 6 n'incorporent qu'une seule action et le 7ème 24'994 actions. En septembre 1995, X._ a remis les 7 certificats représentant la totalité du capital-actions à Me C._, désigné en qualité de curateur de D._ SA, qui les détient depuis lors pour le compte exclusif de X._. Dans un organigramme du groupe D._ établi en 1997, X._ apparaît seul tout en haut du tableau, avec la mention « Actionnaire principal ». S'ensuit une cascade de sociétés dont il est le plus souvent actionnaire à 100 %, dont notamment D._ SA. Son épouse n'apparaît pas comme actionnaire de l'une ou l'autre de ces sociétés. Dans leur déclaration d'impôts 2002, établie en novembre 2003, les époux X._, comme pour tous les exercices fiscaux des années précédentes, ont indiqué que la totalité du capital-actions de D._ SA appartenait à X._. Lors de l'exécution de la saisie des 7 certificats d'actions, en septembre 2004, ni le poursuivi X._ ni son épouse dame X._ n'en ont contesté le principe et n'ont fait valoir, de quelque manière que ce soit, que tout ou partie des biens saisis aurait appartenu à cette dernière. Dans leur déclaration d'impôts 2003, signée le 24 septembre 2004, les époux X._ ont indiqué, pour la première fois, que dame X._ était propriétaire de la moitié du capital-actions de D._ SA, soit de 12'500 actions. X._ n'apparaissait plus alors que comme propriétaire de 12'496 actions. Le 4 novembre 2004, X._ a formé une plainte LP contre le procès-verbal de la saisie précitée, dans le cadre de laquelle il s'est présenté comme « l'actionnaire principal de D._ SA », sans toutefois préciser que tout ou partie des actions de D._ SA serait propriété de son épouse. A cette occasion, il a contesté la saisie des actions de D._ SA, car « la réalisation forcée du capital [...] aurait un effet désastreux sur l'ensemble [de son] patrimoine [...] ». Lors de la notification d'un second procès-verbal dans le cadre de la même saisie, le 11 novembre 2004, X._ n'a pas non plus contesté la saisie pratiquée sur l'intégralité du capital-actions de D._ SA au motif que son épouse aurait été propriétaire de la moitié des actions saisies. B.b En droit, la cour cantonale a tout d'abord rejeté le grief de violation du droit d'être entendu formulé par l'appelante et considéré que c'était à juste titre que le juge de première instance avait, par appréciation anticipée des preuves, refusé d'ordonner des enquêtes, notamment des auditions de témoins. Quant au fond, elle a considéré que, faute pour l'appelante d'avoir apporté la preuve de son droit de propriété sur les biens saisis, les présomptions instituées par l'art. 930 CC demeuraient pleinement applicables, X._ étant le possesseur des certificats d'actions saisis au sens de l'art. 919 CC. C. Contre l'arrêt de la cour cantonale, qui lui a été notifié le 21 novembre 2008, dame X._ a interjeté, le 6 janvier 2009, un recours en matière civile avec requête préalable d'effet suspensif. Elle invoque la violation de son droit d'être entendue (refus de l'autorité cantonale de donner suite aux preuves régulièrement offertes) et du principe de la répartition du fardeau de la preuve (art. 8 CC). Le dépôt de réponses n'a pas été requis. L'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 23 janvier 2009. 