Sachverhalt: A. Die 1964 geborene T._ war als Reinigungsangestellte der Firma X._ und der Firma Y._, bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 25. Januar 2002 als Beifahrerin einen Auffahrunfall erlitt. Im Spital A._, in dem sich die Versicherte am Unfalltag ambulant behandeln liess, wurde eine Kopfkontusion hochfrontal und eine HWS-Distorsion diagnostiziert; der Versicherten wurde ein weicher Halskragen (Halskrause) verordnet. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 29. Dezember 2006 und Einspracheentscheid vom 6. Juni 2007 per 31. Januar 2007 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht seien. B. Die von T._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Oktober 2008 ab. C. Mit Beschwerde beantragt T._, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen auch über den 31. Januar 2007 hinaus zu erbringen. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 