Sachverhalt: A. A._ (Kläger und Beschwerdegegner) war seit 1999 bis zur Geschäftsaufgabe am 31. März 2011 als selbständig erwerbender Schneider mit eigenem Atelier tätig. Er hatte mit der Versicherung X._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin) mit Beginn ab 1. Januar 2010 eine Krankentaggeldversicherung für Kleinunternehmen abgeschlossen. A.a Am 22. September 2010 ging bei der Beklagten ein Arztbericht der Hausärztin des Klägers ein, wonach dieser seit ca. einem Jahr an Schlafstörungen und seit ca. zwei Monaten an zunehmenden Angstzuständen, Antriebslosigkeit etc. beziehungsweise einer depressiven Entwicklung leide. Seit 1. August 2010 wurde ihm bis auf Weiteres eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % attestiert. Die Beklagte anerkannte zunächst ihre Leistungspflicht auf der Basis einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % beziehungsweise vorübergehend von 50 %. Vom 16. September 2010 bis 24. November 2010 war der Kläger in einer psychiatrischen Privatklinik hospitalisiert. Er meldete sich zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an und liess Einwände gegen deren negativen Vorbescheid erheben. A.b Am 9. Juni 2011 erstatteten ein Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie und eine Psychologin im Auftrag der Beklagten ein versicherungspsychiatrisches Gutachten. Gestützt auf dieses und die Einschätzung der beratenden Gesellschaftsärztin kam die Beklagte zum Schluss, im angestammten Beruf als Schneider sei eine uneingeschränkte Arbeitsfähigkeit anzunehmen. Das versicherte Taggeld werde bis maximal 24. Juni 2011 ausgerichtet. Zudem könne aufgrund des Schadensverlaufes die Krankentaggeldversicherung nicht mehr zu den bisherigen Konditionen angeboten werden. Dem Kläger wurde eine Frist angesetzt, um eine höhere Prämie zu akzeptieren, mit der Androhung, ansonsten erlösche die vertragliche Deckung am 31. Dezember 2011. B. Am 20. Januar 2012 reichte der Kläger beim Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz Klage ein. Er verlangte im Wesentlichen, ihm sei weiterhin das ganze Krankentaggeld auszurichten und es sei festzustellen, dass die Kündigung des Versicherungsvertrages ungültig sei. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung liess das Verwaltungsgericht unbeurteilt, da es in seinem Urteil vom 26. September 2012 keine Kosten erhob und dem Kläger eine Parteientschädigung zusprach. Es hiess dessen Klage in dem Sinne gut, dass die Beklagte über den 25. Juni 2011 hinaus weiterhin leistungspflichtig sei, dass für diesen Zeitpunkt eine Herabsetzung der vereinbarten Taggeldleistungen nicht hinreichend ausgewiesen sei und dass die Kündigung des Versicherungsvertrages für die im Kündigungszeitpunkt diagnostizierten Beeinträchtigungen keine Wirkung entfalte. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Er ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht. Das Verwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. 