Sachverhalt: A. Der 1955 geborene A._ war als Hauswart der H._ AG bei der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (nachstehend: die Mobiliar) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als am 20. März 2001 ein Lastwagen in das Heck des Lieferwagens, in dem sich der Versicherte befand, auffuhr. Im Spital X._ wurde in der Folge eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der Brustwirbelsäule (BWS) diagnostiziert. Die Mobiliar anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese jedoch mit Verfügung vom 24. Mai 2006 und Einspracheentscheid vom 24. September 2007 per 14. September 2005 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien. Gleichzeitig verzichtete die Mobiliar auf eine Rückforderung bereits ausbezahlter Leistungen; betreffend Integritätsentschädigung wurde auf eine noch zu erlassende Verfügung verwiesen. B. Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 3. Februar 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt A._, ihm sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides ab 1. Juni 2006 eine Rente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 77 % auszurichten. Die Mobiliar und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung. 