Faits: A. M._ est né en 1941. Il a travaillé comme adjoint-responsable du service des ventes pour le compte de la société X._ du 10 septembre 1990 au 28 février 2003. Il a demandé à bénéficier de l'indemnité de chômage à partir du 1er mars 2003. Un délai-cadre (prolongé) d'indemnisation lui a été ouvert du 3 mars 2003 au 28 février 2006, soit jusqu'à la fin du mois précédant l'âge donnant droit à une rente ordinaire de l'AVS. Son gain assuré a été fixé à 8'900 fr. L'indemnité de chômage lui a été allouée sur cette base pour la période du 3 mars 2003 au 31 juillet 2005. Elle a été calculée en tenant compte de gains intermédiaires que l'intéressé a obtenus durant les périodes d'avril à octobre 2003 et d'avril à septembre 2004. A l'occasion d'un contrôle interne pratiqué lors de l'examen du droit à l'indemnité pour le mois d'août 2005, la Caisse publique cantonale valaisanne de chômage (ci-après : la caisse) a constaté que l'assuré avait acquis durant le délai-cadre d'indemnisation ordinaire (du 3 mars 2003 au 2 mars 2005) une période de cotisation suffisante (12,26 mois), justifiant l'ouverture d'un nouveau délai-cadre d'indemnisation au 3 mars 2005. Le nouveau gain assuré devait être fixé à 7'607 fr. Sur la base de ces éléments, la caisse a rendu une décision le 9 septembre 2005, confirmée sur opposition le 17 janvier 2006, par laquelle elle a fixé un nouveau délai-cadre d'indemnisation dès le 9 mars 2005 (une période de vacances du 4 au 8 mars n'étant selon elle pas indemnisable). En outre, elle a exigé la restitution de la somme de 5'813 fr. 25 représentant les indemnités compensatoires versées en trop pour la période du 9 mars au 31 juillet 2005. B. Par jugement du 28 septembre 2006, la Commission cantonale de recours en matière de chômage du canton du Valais a très partiellement admis le recours formé par M._. Elle a annulé les décisions des 9 septembre 2005 et 17 janvier 2006 et a renvoyé la cause à la caisse pour nouvelle décision au sens des motifs. Selon la commission, la caisse avait retenu à tort que le nouveau délai-cadre ne pouvait pas s'ouvrir avant le 9 mars 2005 en raison de vacances que l'assuré avait prises en toute bonne foi alors qu'elle n'avait fait aucune réserve. C. M._ interjette un recours de droit administratif contre ce jugement, en concluant à son annulation, au versement par la caisse d'indemnités sur la base d'un gain assuré de 8'900 fr., et, en conséquence, à la suppression de toute obligation de restituer des prestations. Le Secrétariat d'Etat à l'économie (Seco) a renoncé à se déterminer sur le recours. 