Faits: A. La société X._ SA, précédemment Y._ SA (ci-après la contribuable), a pour but l'exploitation d'un bureau d'architectes et de services dans les domaines des projets, de l'exécution, de l'assistance et de la conduite des projets, des systèmes informatiques du bâtiment et de l'immobilier, ainsi que dans les domaines de l'aménagement du territoire, de la recherche et des études générales, des expertises et des conseils. Elle a son siège à A._, dans le canton de Genève. Selon la déclaration fiscale de la contribuable du 10 août 2006 et le compte de pertes et profits 2005 qui y était annexé, les honoraires encaissés en 2005 s'étaient élevés à CHF 3'046'681.- et le chiffre d'affaires à CHF 2'926'448.-, pour un bénéfice de CHF 108'937.-. Le 5 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après l'Administration cantonale) a établi le bordereau pour l'impôt cantonal et communal 2005 de la société en se fondant sur les montants déclarés. L'impôt dû à ce titre se montait à CHF 28'300.-. Quant à l'impôt fédéral direct pour 2005, il s'élevait à CHF 9'256.50 selon bordereau du 12 septembre 2006. B. Le 20 février 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure de contrôle à l'encontre de la contribuable pour l'année fiscale 2005. A l'issue de la procédure et par courrier du 29 août 2008, elle l'a informée qu'elle envisageait de procéder à une reprise pour 2005 en raison des factures et travaux en cours suivants: Date de la facture Dates des travaux Montant facturé 08.05.2006 01.05.-31.10.2005 790'860.- 02.02.2006 01.06.-31.12.2005 167'303.- 06.02.2006 01.08.-31.12.2005 15'352.- 06.02.2006 01.01.-31.12.2005 428'688.- 06.02.2006 01.01.-31.12.2005 102'222.- 24.02.2006 01.01.2005-31.03.2006 326'465.- dont 258'743.- pour travaux en 2005 Selon l'Administration cantonale, la première facture, comptabilisée en 2006, permettait une économie d'impôt en 2005. Les deux factures suivantes entraînaient une double économie d'impôt, car elles n'étaient comptabilisées ni en 2005 ni en 2006 alors que les charges y relatives l'étaient. Les dernières factures permettaient quant à elles de réaliser une économie d'impôt en 2005, puisque leur produit était réparti entre 2005 et 2006, alors qu'elles n'étaient comptabilisées qu'en 2006. La contribuable a accepté la reprise globale envisagée de CHF 700'000.- environ pour l'exercice 2005, tout en contestant l'accusation de soustraction d'impôt. Le 23 décembre 2008, l'Administration cantonale a notifié à la contribuable un supplément d'impôt cantonal et communal 2005 de CHF 171'443.35 avec des intérêts de retard de CHF 12'023.90 et une amende de CHF 57'147.-, équivalant au tiers de l'impôt soustrait. Le supplément pour l'impôt fédéral direct 2005 était de CHF 61'098.- avec des intérêts de retard de CHF 5'356.-, et une amende de CHF 20'366.-. L'Administration cantonale se fondait sur les factures émises les 2 et 6 février, ainsi que le 8 mai 2006, pour un total de CHF 1'546'945.-, prises en compte à bien plaire à raison de 50 %, de sorte que le total de la reprise s'élevait à CHF 718'840.-. Ne contestant pas la reprise, la contribuable a élevé réclamation contre les amendes relatives aux impôts cantonal et communal et à l'impôt fédéral direct, ainsi que contre le décompte des intérêts effectué pour les impôts cantonal et communal. Cette réclamation a été rejetée le 4 février 2009. Par deux recours du 5 mars 2009, concernant l'un l'amende et les intérêts relatifs à l'impôt cantonal et communal 2005 et l'autre l'amende relative à l'impôt fédéral direct 2005, la contribuable a porté l'affaire devant les commissions cantonales de recours en matière d'impôts, devenues la Commission cantonale de recours en matière administrative, à laquelle a succédé le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après le TAPI). Celui-ci a admis les recours par jugement du 14 juin 2011 et annulé le deux bordereaux d'amende. Sur la base consolidée des exercices fiscaux 2005 et 2006, le TAPI a considéré qu'il n'y avait pas eu d'atteinte aux intérêts patrimoniaux de la collectivité publique, de sorte qu'une des conditions à la réalisation d'une soustraction d'impôt faisait défaut. Il a également renvoyé le dossier à l'Administration cantonale, afin qu'elle procède à un nouveau calcul des intérêts s'agissant des impôts cantonal et communal. L'Administration cantonale a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après la Cour de justice). Par arrêt du 31 juillet 2012, cette dernière a admis le recours, annulé le jugement du TAPI du 14 juin 2011, rétabli les décisions sur réclamation du 4 février 2009, et donné acte à l'Administration cantonale de ce qu'elle acceptait de corriger le calcul des intérêts dus au titre de l'impôt cantonal et communal 2005 et de rembourser à la contribuable la somme de CHF 12'262.80 selon un décompte établi le 26 juillet 2011. La Cour de justice a considéré, en substance, qu'il n'était pas admissible, sans violer le principe de l'étanchéité des exercices fiscaux, de prendre en considération la base consolidée de deux périodes. La contribuable avait par ailleurs indiqué elle-même que les factures litigieuses n'avaient pas été comptabilisées en 2005 en raison "de la volonté de son conseil d'administration de ne pas chiffrer les travaux en cours à la fin d'exercice et de considérer ces derniers comme des réserves latentes", ce qui démontrait l'intention de diminuer artificiellement le bénéfice déclaré en 2005. Selon la Cour de justice, la soustraction intentionnelle était par conséquent avérée. La quotité de l'amende ayant été fixée au minimum prévu par les dispositions applicables, le principe de proportionnalité avait en outre été respecté. C. Par acte du 14 septembre 2012, la contribuable dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 31 juillet 2012. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de l'arrêt attaqué. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contribution se rallie aux observations de l'Administration cantonale et conclut au rejet du recours. 