Sachverhalt: A. Am 26. November 2008 erteilte der Gemeinderat Baar dem X._ die Baubewilligung für die Einzäunung eines Hunde-Ausbildungsplatzes auf der in der Landwirtschaftszone gelegenen Parzelle GS Nr. 2251, Schachen, Blickensdorfer-Allmig. Gleichzeitig eröffnete er die folgende Verfügung des kantonalen Amtes für Raumplanung (ARP) vom 13. November 2008: "1.1 Das Wiesland steht dem X._ als Hundeausbildungsplatz zur Verfügung. Eine entsprechende Betriebsbewilligung erteilt die Gemeinde zusammen mit ihrer Baubewilligung. 1.2 Die Gesuchsunterlagen sind massgeblich. 1.3 Jede Nutzungs- bzw. bauliche Änderung bedarf einer Bewilligung. 1.4 Abbruch- und Aushubmaterial ist vorschriftsgemäss zu entsorgen. 1.5 Die östliche Abgrenzung des Hundeausbildungsplatzes hat eine Distanz von 6 m zum Waldrand bzw. Zufahrtsweg einzuhalten. 1.6 Auf eine Beleuchtung des Hundeausbildungsplatzes ist zu verzichten. 1.7 Das Gebäude auf dem Areal des Hundeausbildungsplatzes ist bis spätestens 31. Dezember 2008 entfernt. 1.8 Ausserhalb der Kurstage dürfen auf dem ganzen Areal keine Gerätschaften stehen. Die Geräte sind unmittelbar vor Kursbeginn aufzustellen, und sämtliche Geräte sind nach dem jeweiligen Kurs/Anlass unverzüglich wieder abzubauen. 1.9 Die Emissionsbegrenzungen nach Art. 7 LSV sind einzuhalten. 1.10 Auf dem Hundeausbildungsplatz hat Ordnung und Sauberkeit zu gelten. Es ist der Gemeinde Baar bis zum 31. Dezember 2008 ein Plan mit Angabe über einen Versäuberungsplatz einzureichen. 1.11 Die Nichtbefolgung der Auflagen und das nicht-professionelle Führen der Hundeausbildungskurse führt zum Entzug der Betriebsbewilligung. 2. Die Erteilung der gemeindlichen Baubewilligung bleibt ausdrücklich vorbehalten. Die Gemeinde wird diesen Entscheid mit der Bau- und Betriebsbewilligung der Bauherrschaft zustellen und eine Kopie ihrer Vertretung bzw. dem Grundeigentümer übermitteln." B. Gegen diese Verfügung des ARP reichte X._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug Beschwerde ein und beantragte, die Punkte der Auflagen und Bedingungen Nrn. 1.6, 1.8 und 1.9 (recte 1.10) seien zu streichen. Mit Urteil vom 28. April 2009 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und hob die Ziff. 1.8 und 1.10 der Auflagen und Bedingungen der angefochtenen Verfügung des ARP auf. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts. Zudem verlangt es, das Baugesuch des Beschwerdegegners vom 16. September 2008 sei abzuweisen. Eventualiter sei die Verfügung des Amtes für Raumplanung vom 13. November 2008 zu bestätigen, mit Ausnahme des vom Verwaltungsgericht aufgehobenen zweiten Satzes der Auflage 1.10 ("Es sei der Gemeinde Baar bis zum 31. Dezember 2008 ein Plan mit Angabe über einen Versäuberungsplatz einzureichen."). D. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Einwohnergemeinde Baar verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Amt für Raumplanung des Kantons Zug stellt im Namen des Kantons Zug den Antrag, die Beschwerde sei unter Kostenfolge für den Beschwerdeführer abzuweisen. X._ verlangt die Abweisung der Beschwerde und die Übernahme der Verfahrenskosten durch das Bundesamt. 