Faits: A. La Caisse Inter-Entreprises de Prévoyance Professionnelle (la caisse) s'est vu délivrer le 10 août 2005 un acte de défaut de biens d'un montant de 17'742 fr. 80 correspondant aux cotisations LPP impayées de mars à décembre 1997 par la société X._ déclarée en faillite par prononcé du 24 mars 1998. En qualité d'administrateur unique avec signature individuelle de la société prénommée du 26 mars 1997 au 24 mars 1998, M._ était assuré en prévoyance professionnelle auprès de la caisse. Le 28 juin 2005, il a sollicité de celle-ci, le paiement en espèces de sa prestation de sortie, au motif qu'il entendait s'établir à son compte. Par courrier du 7 septembre 2005, la caisse a accepté de libérer la somme de 14'718 fr. 95 correspondant à la prestation de libre passage résiduelle, valeur au 30 septembre 2005, après déduction de 17'742 fr. 80 correspondant à l'arriéré des cotisations LPP de X._. B. Contestant la compensation ainsi opérée, M._ a actionné la caisse en paiement d'un montant de 17'742 fr. 80 sous suite d'intérêts à 5% dès le 5 octobre 2005. Par jugement du 15 mars 2007, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève a rejeté la demande. C. M._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert l'annulation en renouvelant, sous suite de frais et dépens, les conclusions formées en première instance. La caisse conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 