Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt ein Verwaltungsstrafverfahren gegen Unbekannt wegen des Verdachts von Abgabebetrug, eventuell Hinterziehung von Verrechnungssteuern im Umfang von ca. Fr. 21,3 Mio., begangen im Geschäftsbereich der X._ SA (nachfolgend: Gesellschaft). Im Rahmen der Untersuchung fand am 4. April 2012 (nach Hinweisen der Geschäftsführer der Gesellschaft) im Lager der E._ SA, welche per 30. März 2012 aufgrund der erfolgten Fusion mit der D._ AG im Handelsregister gelöscht wurde, eine Hausdurchsuchung statt. Dabei wurden Unterlagen und elektronische Datenträger sichergestellt und auf Einsprache der D._ AG hin versiegelt. B. Mit Gesuch vom 16. Mai 2012 beantragte die ESTV beim Bundesstrafgericht die Entsiegelung der sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenstände bzw. deren Freigabe zur Durchsuchung. Mit Beschluss vom 4./5. Oktober 2012 hiess das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, das Entsiegelungsgesuch gut. C. Gegen den Entsiegelungsentscheid der Beschwerdekammer gelangte die D._ AG mit Beschwerde vom 5. November 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt im Hauptstandpunkt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die ESTV beantragt mit Stellungnahme vom 3. Dezember 2012 die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht liess sich inhaltlich nicht vernehmen. Mit prozessleitender Verfügung vom 4. Dezember 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Die Beschwerdeführerin replizierte am 21. Januar 2013. Zur Duplik der ESTV vom 14. Februar 2013 nahm die Beschwerdeführerin innert der auf 8. März 2013 angesetzten Frist keine Stellung. 