Faits: A. La société X._ SA, à A._ (ci-après: la Société), a pour but la fabrication, la commercialisation, l'installation et le conseil dans le domaine du bois, de son imprégnation et des matériaux y relatifs. Elle est propriétaire d'une parcelle de 35'734 m2 en zone industrielle et artisanale sise sur la Commune de Y._ (ci-après: la Commune). Cette parcelle sert principalement au traitement et à l'entreposage de matériaux; en outre, un bâtiment administratif de 200 m2 y est construit. Le 15 novembre 2006, la Commune a fait parvenir à la Société une facture "eau et épuration" pour l'année 2006 d'un montant de 10'760 fr., se décomposant comme suit: - prix de l'eau (914m3 à 1 fr. 40/m3) 1'279 fr. 60 - location du compteur 120 fr. - abonnement 300 fr. - taxe de base (EU) (35'734 m2 à 0 fr. 25/m2) 8'933 fr. 50 - taxe d'épuration (forfait 100 m3 à 1 fr.30/m3) 130 fr. La Société a formé réclamation contre cette facture, en contestant le montant de la taxe de base mis à sa charge. La Commune a rejeté cette réclamation le 21 décembre 2006. Sur recours, cette décision a été confirmée le 21 août 2008 par la Préfecture de la Veveyse (ci-après: la Préfecture). B. Contre cette décision, la Société a recouru auprès de la Cour fiscale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal). Elle a fait valoir que la taxe de base mise à sa charge violait les principes de causalité (pollueur-payeur) et d'équivalence, car son montant était "sans rapport" aussi bien avec les coûts effectifs d'évacuation et d'épuration des eaux usées provoqués par sa faible consommation d'eau qu'avec la valeur objective des prestations fournies par la collectivité publique. Par arrêt du 6 novembre 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision attaquée. En bref, il a estimé que la taxe de base litigieuse, calculée selon la surface de la parcelle, était justifiée pour tenir compte des charges financières fixes (intérêts et amortissement) nécessaires pour maintenir la valeur des équipements existants et assurer leur remplacement. C. La Société forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité du Tribunal cantonal dont elle requiert l'annulation, sous suite de frais et dépens. A titre principal, elle demande que la facture "eau et épuration" soit réduite à hauteur du montant de la taxe de base. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la Commune pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation des principes de causalité, d'équivalence, d'égalité et d'interdiction de l'arbitraire. La Commune conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, sous suite de frais et dépens. La Préfecture renonce à déposer des observations. Le Tribunal cantonal préavise le rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais. Par ordonnance du 15 décembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif présentée à l'appui du recours. 