Sachverhalt: A. Der 1956 geborene P._ war zuletzt für die Jugendherberge Y._ erwerbstätig. Am 9. Januar 2002 meldete er sich unter Hinweis auf eine seit Oktober 2000 bestehende Herzkrankheit bei der IV-Stelle Obwalden zum Leistungsbezug an und beantragte eine Rente. Nach medizinischen Abklärungen und nach Einsicht in ein Gutachten der MEDAS Zentralschweiz vom 28. Oktober 2004 sprach die IV-Stelle dem Versicherten mit Verfügung vom 18. August 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 55 % eine halbe Invalidenrente ab 1. Januar 2002 zu. Mit Einspracheentscheid vom 19. September 2006 hielt die IV-Stelle an ihrer Verfügung fest und wies das Gesuch des Versicherten um unentgeltliche Prozessführung ab. B. Die von P._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden mit Entscheid vom 20. Dezember 2007 ab. C. Mit Beschwerde beantragt P._, ihm sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides eine ganze IV-Rente zuzusprechen und für das Einspracheverfahren die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren; eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen. Überdies beantragt er die unentgeltliche Prozessführung für das Verfahren vor Bundesgericht. Während die IV-Stelle Obwalden auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 