Fatti: A. La A._SA, con sede a X._, è una casa di spedizioni e di trasporti internazionali. In seguito ad un'inchiesta penale condotta dalla sezione inquirente della Direzione di circondario delle dogane di Lugano (DCD) è stato accertato che, tra il mese di dicembre 2003 e il mese di maggio del 2004, diversi collaboratori della società, al fine di ottenere lo sdoganamento preferenziale, hanno apposto illecitamente su 189 fatture un timbro recante la dicitura d'origine, falsificando pure in alcuni casi la firma dell'esportatore. Inoltre, in più di 300 casi sono state evidenziate carenze formali nelle dichiarazioni d'origine della merce importata. Infine, benché richieste, non sono state consegnate 43 pratiche doganali. Il 25 gennaio 2006 la DCD ha quindi emanato nei confronti della società una decisione di esazione posticipata di tributi doganali per complessivi fr. 69'936.-- (fr. 65'033.95 a titolo di dazio doganale e fr. 4'902.02 per l'imposta sul valore aggiunto; IVA). B. Adita dalla A._SA il 24 febbraio 2006 la Direzione generale delle dogane (DGD) ne ha parzialmente accolto il gravame il 24 luglio seguente e ridotto l'importo chiesto a fr. 64'769.50 (fr. 60'232.10 per il dazio doganale e fr. 4'537.40 per l'IVA). Il successivo gravame presentato il 14 settembre 2006 alla Commissione federale di ricorso in materia doganale sostituita, in seguito alla riforma dell'organizzazione giudiziaria federale, dal Tribunale amministrativo federale il 1° gennaio 2007, è stato da quest'ultimo accolto il 22 novembre 2007 per violazione del diritto di essere sentiti con susseguente rinvio degli atti all'autorità inferiore per nuovo giudizio. Il ricorso esperito il 9 gennaio 2008 dalla DGD dinanzi al Tribunale federale contro quest'ultimo giudizio è stato dichiarato inammissibile il 16 gennaio 2008 (causa 2C_27/2008). C. Dopo aver concesso alla A._SA la facoltà di esprimersi, ciò che essa ha fatto il 23 giugno 2008 formulando nel contempo una proposta transattiva, la DGD ha emanato il 17 novembre 2008 una nuova decisione di riscossione posticipata di dazi doganali con la quale ha parzialmente accolto le censure della società e confermato l'ammontare dei tributi esatti, pari a fr. 64'769.50. L'ulteriore ricorso presentato il 29 dicembre 2008 dalla A._SA contro quest'ultima decisione è stato respinto dal Tribunale amministrativo federale con sentenza del 15 dicembre 2010. D. Il 31 gennaio 2011 la A._SA ha inoltrato al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che il giudizio impugnato sia annullato e riformato nel senso che è tenuta a pagare dazi doganali (IVA inclusa) solo per le pratiche non presentate. Adduce una violazione del diritto di essere sentiti, dell'art. 12 cpv. 1 lett. a della legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo (DPA; RS 313.0) nonché del Protocollo n. 3 del 28 aprile 2004 relativo alla definizione della nozione di «prodotti originari» e ai metodi di cooperazione amministrativa (di seguito: Protocollo; RS 0.632.401.3). Chiamati ad esprimersi il Tribunale amministrativo federale ha comunicato che rinunciava ad esprimersi, mentre la DGD ha chiesto, con risposta del 9 marzo 2011, la reiezione del ricorso. 