Sachverhalt: A. Am 10. August 2009 erhob X._ gegen einen am 9. Juli 2009 ergangenen Entscheid der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern betreffend eine baupolizeiliche Verfügung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Am 12. August 2009 verfügte der Abteilungspräsident, dass X._ bis zum 26. August 2009 einen Gerichtskostenvorschuss von CHF 3'000.-- zu leisten habe. Am 26. August 2009 ersuchte X._ um Fristverlängerung für die Bezahlung des Gerichtskostenvorschusses, da er "diverse sonstige Zahlungen gehabt" habe. Am 27. August 2009 verlängerte der stellvertretende Abteilungspräsident die Zahlungsfrist bis zum 16. September 2009 unter Hinweis darauf, dass im Falle nicht fristgerechter Bezahlung des Vorschusses auf die Beschwerde nicht eingetreten werde. Am 15. September 2009 ersuchte X._ darum, das Verfahren sei mit Blick auf das von ihm bei der Gemeinde eingereichte Baugesuch zu sistieren. Falls der Sistierungsantrag abgewiesen werde, sei die Frist zur Bezahlung des Gerichtskostenvorschusses um weitere 21 Tage zu erstrecken. Mit Urteil vom 22. September 2009 trat der Einzelrichter der Verwaltungsgerichtlichen Abteilung des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von X._ nicht ein. Er begründete seinen Entscheid damit, dass der Sistierungsantrag auf die Pflicht zur Leistung des Gerichtskostenvorschusses keinen Einfluss habe. Der Beschwerdeführer habe davon ausgehen müssen, dass bei Nichtleisten des Kostenvorschusses androhungsgemäss auf die Beschwerde nicht eingetreten werde. Damit bestehe kein Grund, die Frist zur Leistung des Kostenvorschusses ein weiteres Mal zu erstrecken, zumal dem Beschwerdeführer die Rechtsfolgen bei Nichtleisten des Kostenvorschusses bekannt seien. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, das Urteil des Einzelrichters des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, dem Beschwerdeführer sei Fristerstreckung zur Leistung des Kostenvorschusses zu gewähren. Ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren. C. Der Abteilungspräsident der Verwaltungsrechtlichen Abteilung des Verwaltungsgerichts schliesst auf Beschwerdeabweisung. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und die Einwohnergemeinde Roggwil verzichten auf Vernehmlassung. 