Faits: A. Le 22, le 28 et le 29 février 2012, en trois lots successifs, la société de transport public TRN SA a adressé au Ministère public du canton de Neuchâtel de nombreuses plaintes pénales pour infractions à l'art. 150 CP. Chacune des personnes incriminées était un voyageur que le personnel de contrôle avait trouvé sans titre de transport dans un véhicule de l'entreprise, au cours des mois de novembre ou décembre 2011, ou janvier 2012. Chaque plainte était accompagnée d'un constat établi sur une formule ad hoc par un agent de l'entreprise, signé par cet agent et par le voyageur, et de la copie d'une injonction à verser divers montants que l'entreprise avait ensuite adressée au voyageur par courrier postal. Pour l'ensemble de ces plaintes, le Ministère public a rendu une unique ordonnance de non-entrée en matière le 5 mars 2012. Dans la mesure où les voyageurs en cause n'avaient pas tenté de déjouer un contrôle des titres de transport, ils n'avaient pas agi frauduleusement et tous les éléments constitutifs de l'infraction réprimée par l'art. 150 CP n'étaient donc pas réalisés. Par ailleurs, en raison d'une lacune dans les règles à appliquer, ces voyageurs échappaient aux clauses pénales de la loi fédérale sur le transport de voyageurs. L'ordonnance ne leur a pas été notifiée et leurs identités n'y sont pas consignées. B. Par arrêt du 10 juillet 2012, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté le recours exercé par TRN SA. L'Autorité n'a pas non plus établi la liste des voyageurs visés par les plaintes; elle ne les a pas invités à prendre position sur le recours et elle ne leur a pas notifié son prononcé. Entre-temps, par suite d'une fusion de sociétés, Transports Publics Neuchâtelois SA s'était substituée à TRN SA. C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, Transports Publics Neuchâtelois SA requiert le Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de l'Autorité de recours et de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision. Invités à répondre, le Ministère public et l'Autorité de recours n'ont pas présenté d'observations. 