Fatti: A. Il 28 novembre 2005 le Ferrovie Federali Svizzere (FFS) hanno presentato all'Ufficio federale dei trasporti (UFT) una domanda di approvazione dei piani per l'ampliamento del piazzale di carico presso la stazione di Cadenazzo. Il progetto prevede, nei Comuni di Contone e Cadenazzo, la posa di nuovi binari, la formazione di due piazzali per la circolazione e la sosta dei mezzi pesanti, la costruzione di un edificio di servizio e la delimitazione di un'area di deposito non asfaltata di 500 m2. Per la realizzazione dell'impianto è in particolare prevista l'espropriazione di un binario di raccordo di proprietà del Consorzio D._, composto da C._ AG, E.E._, F.E._ e B._ A._, proprietario di fondi situati nelle vicinanze, B._, C._ AG e il Consorzio D._ si sono opposti al progetto e alla prevista espropriazione. B. Con decisione del 14 settembre 2009 l'UFT ha approvato i piani, respingendo nel contempo le opposizioni. Contro la decisione di approvazione dei piani gli opponenti hanno allora adito il Tribunale amministrativo federale (TAF) con un ricorso del 19 ottobre 2009. Entro il termine assegnato dal TAF per presentare una risposta al gravame, le FFS hanno chiesto il 4 dicembre 2009 di revocare l'effetto sospensivo al ricorso. C. Dopo avere sentito l'UFT, che ha appoggiato la richiesta delle FFS, e gli opponenti, che l'hanno contestata, con decisione incidentale del 20 gennaio 2010, il TAF ha accolto la domanda cautelare. Ha ritenuto che allo stadio attuale non poteva essere formulata una prognosi sull'esito probabile della lite ed ha considerato l'interesse pubblico invocato dalle FFS alla sistemazione anticipata della zona di carico prevalente rispetto alle possibili difficoltà di circolazione dei mezzi pesanti prospettate dagli opponenti. D. Gli stessi impugnano questa decisione incidentale con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di confermare l'effetto sospensivo del ricorso presentato al TAF. Postulano inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo al presente gravame. I ricorrenti fanno essenzialmente valere la violazione del diritto di essere sentito, del divieto dell'arbitrio e del principio della proporzionalità. E. Il TAF e l'UFT comunicano di non avere osservazioni da formulare al ricorso, mentre le FFS chiedono di respingerlo, ribadendo i motivi che giustificherebbero il provvedimento litigioso. 