Sachverhalt: A. Die B._ AG (Beklagte) hält als wichtigste Beteiligung das Aktienkapital der C._ AG, die im Präzisions-Werkzeugmaschinenbau tätig ist. In der beklagten Gesellschaft steht sich je eine Gruppe von Mehrheits- und von Minderheitsaktionären gegenüber, wobei die Minderheitsgruppe im Verwaltungsrat nicht vertreten ist. Zur Minderheitsgruppe gehört die A._ AG (Klägerin), die etwa 47 % der Aktien hält. Die ordentliche Generalversammlung der B._ AG vom 7. Juli 1999 beschloss gegen die Stimmen der A._ AG die Ausschüttung einer Tantieme von Fr. 610'000.-- an den Verwaltungsrat und wählte ebenfalls gegen die Stimmen der A._ AG die E._ F._ & Partner_ AG für die statutarische Amtsdauer von einem Jahr als Revisionsstelle und Konzernprüferin. B. Am 19. Januar 2000 reichte die A._ AG beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die B._ AG Klage ein, in der sie die Aufhebung der vorstehend genannten Beschlüsse verlangte. Mit Urteil vom 29. Oktober 2002 wies das Handelsgericht die Klage ab. Gegen die Bemessung der Prozessentschädigung, die das Handelsgericht der Beklagten zugesprochen hatte, führte die Klägerin beim Kassationsgericht des Kantons Zürich Nichtigkeitsbeschwerde, die dieses mit Beschluss vom 24. Juli 2003 abwies. C. Die Klägerin führt gegen das Urteil des Handelsgerichts eidgenössische Berufung. Sie beantragt die Aufhebung der drei angefochtenen Beschlüsse der Generalversammlung; eventuell sei das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zur Sachverhaltsergänzung und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; subeventuell sei die vom Handelsgericht vorgenommene Kostenverteilung neu zu regeln. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf eingetreten werden kann. Eine von der Klägerin gegen den Beschluss des Kassationsgerichts vom 24. Juli 2003 erhobene staatsrechtliche Beschwerde, welche die Höhe der vom Handelsgericht auferlegten Prozessentschädigung beschlug, hat das Bundesgericht mit Urteil vom heutigen Tag unter Aufhebung des angefochtenen Beschlusses gutgeheissen, soweit es darauf eingetreten ist. 