Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 13. Dezember 2006 setzte der Stadtrat Bischofszell den "Quartierplan Bruggwiesen" ausser Kraft. Dieser Plan beruhte auf einer gemeinsamen Planung der Gemeinde Bischofszell mit der Gemeinde Sitterdorf für ein regionales Sportzentrum auf dem in den beiden Gemeinden gelegenen Areal Bruggwiesen. Die sich ergänzenden Quartierpläne Bruggwiesen der beiden Gemeinden waren vom Regierungsrat des Kantons Thurgau mit Beschluss vom 15. Juni 1976 nicht als Sondernutzungspläne, sondern lediglich "im Sinne einer Richtplanung" genehmigt worden, da sie Elemente enthielten, für die im entsprechenden Baureglement die erforderlichen Bestimmungen fehlten. Der Stadtrat Bischofszell führt zur Begründung des Entscheids vom 13. Dezember 2006 aus, der "Quartierplan Bruggwiesen" sei wegen der Ortsplan-Revisionen der Gemeinden Bischofszell und Zihlschlacht-Sitterdorf sowie wegen des Gestaltungsrichtplans für die Sportanlage Bruggwiesen gegenstandslos geworden. Der Gemeinderat Zihlschlacht-Sitterdorf hatte bereits am 11. Oktober 2006 die Ausserkraftsetzung des "Quartierplans Bruggwiesen" beschlossen. Vom 6. bis zum 25. Juli 2007 erfolgte sowohl in der Gemeinde Bischofszell als auch der Gemeinde Zihlschlacht-Sitterdorf die öffentliche Auflage der Ausserkraftsetzung des "Quartierplans Bruggwiesen". B. Gegen die öffentlich aufgelegte Ausserkraftsetzung des "Quartierplans Bruggwiesen" erhob die X._ AG am 23. Juli 2007 "Beschwerde" beim Stadtrat Bischofszell. Dieser nahm die Eingabe als Einsprache entgegen und trat darauf mit Entscheid vom 22. November 2007 nicht ein. Mit Rekurs an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau verlangte die X._ AG die Aufhebung des Einspracheentscheids und die Nichtgenehmigung der Ausserkraftsetzung des "Quartierplans Bruggwiesen" der Politischen Gemeinden Bischofszell und Zihlschlacht-Sitterdorf. Das Departement wies den Rekurs mit Entscheid vom 4. September 2008 ab. Auf die Erhebung von Verfahrenskosten wurde aufgrund einer falschen Rechtsmittelbelehrung durch den Stadtrat Bischofszell verzichtet. Gegen diesen Rekursentscheid erhob die X._ AG Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Sie beantragte im Wesentlichen erneut die Nichtgenehmigung der Ausserkraftsetzung des "Quartierplans Bruggwiesen" der Politischen Gemeinden Bischofszell und Zihlschlacht-Sitterdorf. Ausserdem verlangte sie, die Politische Gemeinde Bischofszell, insbesondere das Bauamt, sei zu verpflichten, den Bürgern stets rechtsgültige Baureglemente und Zonenpläne abzugeben, d.h. vom Regierungsrat genehmigte Unterlagen zu präsentieren. Mit Entscheid vom 26. November 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eingetreten war. Es erwog, dem "Quartierplan Bruggwiesen" komme bloss Richtplancharakter zu und er sei daher lediglich behördenverbindlich. Seine Ausserkraftsetzung könne deshalb von einem privaten Grundeigentümer nicht angefochten werden. Der Rekursentscheid, mit welchem der Nichteintretensentscheid des Stadtrats Bischofszell geschützt worden sei, sei daher zu Recht erfolgt. Des Weitern könne auf die in der Beschwerde beantragte Behördenanweisung an die Politische Gemeinde Bischofszell betreffend Abgabe von rechtsgültigen Baureglementen und Zonenplänen nicht eingetreten werden. Eine solche Anordnung würde die Durchführung eines Aufsichts- oder Anzeigeverfahrens erfordern, wozu das Verwaltungsgericht vorliegendenfalls jedoch nicht zuständig sei. C. Mit Eingabe vom 23. Januar 2009 erhebt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 26. November 2008 und die Nichtgenehmigung der Ausserkraftsetzung des "Quartierplans Bruggwiesen" der Politischen Gemeinden Bischofszell und Zihlschlacht-Sitterdorf. Zudem verlangt sie erneut, die Politische Gemeinde Bischofszell, insbesondere das Bauamt, sei zu verpflichten, den Bürgern stets rechtsgültige Baureglemente und rechtsgültige Zonenpläne abzugeben, d.h. vom Regierungsrat genehmigte Unterlagen zu präsentieren. Die Beschwerdeführerin rügt sinngemäss eine Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV) sowie ihrer Ansprüche auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) und auf ein verfassungsmässiges Gericht (Art. 30 Abs. 1 BV). D. Der Stadtrat Bischofszell, das Departement für Bau und Umwelt sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schliessen in ihren Vernehmlassungen auf Abweisung der Beschwerde. 