Faits: A. Le 24 janvier 1996, X._ et Y._, en tant que maîtres de l'ouvrage, ont conclu un contrat d'entreprise avec Z._ SA, en tant qu'entrepreneur général, portant sur la construction de huit villas-terrasse en propriété par étage, pour le prix forfaitaire de 4'700'000 fr., à verser selon un plan de paiement préétabli. Les relations entre parties ont rapidement pris un tour conflictuel. Au mois de décembre 1996, l'entrepreneur général a pris la décision de se retirer du chantier et a annoncé aux maître de l'ouvrage la venue, le 9 décembre 1996, d'un expert-architecte mandaté pour établir un rapport des travaux exécutés en vue de la réception de l'ouvrage. Bien qu'ayant signalé qu'ils ne participeraient pas à la rencontre agendée au 9 décembre 1996, les maîtres de l'ouvrage ont pris possession de la construction en l'état où elle se trouvait alors et ont confié la direction des travaux d'achèvement de l'ouvrage à une autre entreprise. B. Le 9 mars 1999, Z._ SA a ouvert une action tendant au paiement par X._ et Y._ du montant de 987'175 fr. 05 avec intérêt. Le 30 juillet 1999, X._ et Y._ ont conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à la condamnation de leur adverse partie à leur payer la somme de 1'155'830 fr. avec intérêt. Par jugement du 25 septembre 2006, la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a condamné X._ et Y._ à verser solidairement à Z._ SA le montant de 938'009 fr. 55 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er mai 1999. En substance, elle a considéré que dans une annexe au contrat intitulée "budget des équipements et finitions aux frais des acquéreurs" signée le 19 février 1996, les parties avaient prévu que "les plus-values seront facturées au maître de l'ouvrage et versées à Z._ SA avant envoi de la commande aux fournisseurs"; or, X._ et Y._ ne s'étaient pas acquittés du paiement des acomptes et plus-values selon leurs engagements contractuels; par ailleurs, certains travaux de finitions dans certaines unités d'étage n'avaient pas pu être terminés, étant donné que Z._ SA n'avait pas reçu du maître de l'ouvrage ou des acquéreurs le choix de ces finitions; dans plusieurs lettres, Z._ SA avait fixé une série de délais pour le choix des équipements, qui n'avaient manifestement pas été respectés par les maîtres de l'ouvrage; il ressortait d'une lettre du 29 octobre 1996 que Z._ SA avait mis X._ et Y._ en demeure de verser jusqu'au 31 octobre 1996 un montant de 131'566 fr. correspondant aux plus-values; les maîtres de l'ouvrage ne s'étaient pas exécutés; c'était donc ces derniers qui se trouvaient en demeure et Z._ SA était en droit de se départir du contrat; X._ et Y._ pensaient donc à tort que par suite de son retrait du chantier intervenu le 9 décembre 1996, Z._ SA répondait du dommage correspondant à la différence entre le coût effectif de la construction et le prix forfaitaire selon contrat, révisé en fonction des plus ou moins-values; se fondant sur le tableau n° 1 établi par l'expert, auquel elle a apporté divers correctifs, la cour cantonale a considéré que le montant dû en définitive par X._ et Y._ à Z._ SA était de 4'938'277 fr. 50 (montant forfaitaire révisé de l'ouvrage), dont à déduire 710'585 fr. (coût des travaux pour terminer l'ouvrage et réparer les défauts), 3'354'234 fr. 70 (acomptes versés), 46'864 fr. 25 (réclamations justifiées relatives aux unités d'étages), 47'837 fr. 80 (intérêts intercalaires) et 30'696 fr. 20 (frais judiciaires et conseil juridique), soit un solde de 748'009 fr. 55; il convenait d'ajouter à ce montant le remboursement des acomptes payés selon les promesses de vente, soit 190'000 fr.; le montant total dû par X._ et Y._ à Z._ SA était dès lors de 938'009 fr. 55. Statuant par arrêts du 19 décembre 2007 sur le recours de droit public et le recours en réforme interjetés par X._ et Y._, la Cour de céans a partiellement admis le premier dans la mesure de sa recevabilité et annulé le jugement du 25 septembre 2006, puis prononcé que le second était sans objet (arrêts 4P.287/2006 et 4C.391/2006). En bref, elle a considéré que le jugement susmentionné ne résistait pas à deux griefs d'arbitraire; d'une part, la cour cantonale n'avait pas expliqué pourquoi elle n'avait pas inclus dans le décompte un montant de 794'948 fr. 55 correspondant aux travaux des maîtres d'état payés directement par X._ et Y._; d'autre part, elle n'avait pas discuté la question du fondement d'une créance de 100'000 fr. que ceux-ci prétendaient détenir à l'encontre de Z._ SA du chef d'une cession de créance intervenue avec A._. Par nouveau jugement du 28 octobre 2009, la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a condamné X._ et Y._ à verser solidairement à Z._ SA le montant de 322'592 fr. 10 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er mai 1999. S'agissant du premier point ayant fait l'objet du renvoi, elle a admis l'existence de montants versés directement par X._ et Y._ aux corps de métier auxquels Z._ SA avait sous-traité des travaux et cédé sa créance en paiement desdits travaux une fois qu'elle s'était retirée du contrat; il ressortait de la liste établie par l'expert que X._ et Y._ avaient payé à ce titre un total de 744'351 fr. 25, mais certains versements excédaient, parfois de beaucoup, les factures émises par les entreprises concernées, sans que l'on sache si d'autres travaux étaient censés être couverts par les versements excédentaires; si le paiement de montants inférieurs à la facture pouvait s'expliquer par des ristournes qui auraient pu être obtenues, on ne s'expliquait pas la raison de versements portant sur des montants supérieurs à ceux facturés; dans cette optique, les juges cantonaux ont retenu les paiements effectifs, sous déduction des versements excédentaires par rapport à chaque facture, soit un total de 615'417 fr. 45; concernant le second point ayant fait l'objet du renvoi, la cour cantonale a considéré qu'ainsi qu'elle l'avait retenu dans son jugement - définitif et exécutoire - du 17 janvier 2005 rendu dans la cause opposant A._ à X._, Y._ et Z._ SA, il n'avait pas été établi que le montant de 100'000 fr. viré le 10 mars 1996 sur le compte de construction ouvert au nom de X._ et Y._ avait été transféré à A._; celui-ci n'assumait dès lors aucune obligation de restitution; X._ et Y._ n'étant pas titulaires d'une créance envers A._, ils ne disposaient pas non plus d'une créance envers Z._ SA après la cession de celle-ci par A._ de ses droits issus de la promesse de vente liant X._ et Y._ d'une part et A._ d'autre part, cession que dite promesse de vente autorisait; pour le surplus, la cour cantonale a repris la teneur de son premier jugement; en définitive, compte tenu du poste susmentionné nouvellement pris en compte de 615'417 fr. 45, le montant désormais retenu pour l'achèvement de l'ouvrage et la réparation des défauts était de 1'326'002 fr. 45, d'où la réduction du montant dû par X._ et Y._ à Z._ SA de 938'009 fr. 55 à 322'592 fr. 10. C. X._ et Y._ (les recourants) ont derechef interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à la réforme du jugement du 28 octobre 2009 dans le sens du rejet des conclusions de leur adverse partie et de la condamnation de celle-ci à leur payer la somme de 263'927 fr. 30 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er octobre 1998, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision; Z._ SA (l'intimée) a proposé le rejet du recours; les recourants ont déposé une réplique. 