Fatti: A. Dal 1983 al mese di marzo del 2006 C.C._ e la sua famiglia hanno gestito il bar-pizzeria X._ in via V._ a Bellinzona. A seguito della disdetta del contratto di locazione hanno poi continuato l'attività presso il ristorante Y._, ubicato in piazza W._, sempre a Bellinzona, in uno stabile di proprietà della A._. La gerenza del nuovo locale è stata assunta dal figlio di C.C._, D.C._, e la gestione affidata alla B._Sagl, di cui il medesimo risulta socio assieme alla madre. Con effetto dal 6 aprile 2006 la B._Sagl ha fatto iscrivere nel registro dei marchi svizzeri il logo con la dicitura X._ che caratterizzava l'esercizio pubblico gestito in precedenza dalla famiglia. Successivamente ha pure registrato la denominazione X._ in quanto tale. Il 27 giugno 2006 ha poi chiesto di modificare il nome del nuovo ristorante da Y._ a X._. B. Dopo alcune prese di posizione interlocutorie in cui ha indicato di non poter accogliere la richiesta, con pronuncia del 2 febbraio 2007 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione del Cantone Ticino ha formalmente sancito tale diniego ed ha di conseguenza intimato alla B._Sagl di rimuovere le insegne con l'indicazione X._ affisse nel locale. L'autorità ha in particolare rilevato che non erano ammesse denominazioni identiche in uno stesso comune e che a Bellinzona il diritto di utilizzare il nome richiesto era riservato al ritrovo pubblico di via V._, nel frattempo riaperto sotto la medesima insegna. C. Contro la suddetta pronuncia, la A._ e la B._Sagl si sono aggravate dinanzi al Consiglio di Stato, che il 6 giugno 2007 ha dichiarato l'impugnativa tardiva in quanto diretta contro uno scritto meramente confermativo di una precedente decisione. Su successivo ricorso dinanzi al Tribunale federale, il 22 gennaio 2008 la risoluzione governativa di intempestività è tuttavia stata giudicata arbitraria e quindi annullata (sentenza 2C_338/2007). Nuovamente chiamato a pronunciarsi, il 16 aprile 2008 il Consiglio di Stato ha respinto il ricorso, osservando che l'insegna sullo stabile deve corrispondere a quella riportata nella patente d'esercizio pubblico e che la questione della registrazione del marchio esula dalla propria competenza. D. Il 15 maggio 2008 la A._ e la B._Sagl hanno interposto un nuovo ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale con cui chiedono di annullare la decisione del Consiglio di Stato e di autorizzarle a disporre del nome di "Ristorante Bar Pizzeria X._". Ravvisano in particolare la violazione della legge sulla protezione dei marchi (LPM; RS 232.11) e del principio della forza derogatoria del diritto federale. Chiamato ad esprimersi, il Consiglio di Stato non formula osservazioni e si rimette al giudizio del Tribunale federale. 