Faits: A. A._, né le 18 juin 1987, est titulaire du permis de conduire à l'essai pour les véhicules de catégorie B depuis le 6 juillet 2009. Le fichier des mesures administratives (ADMAS) fait état d'un retrait du permis de conduire de trois mois prononcé le 21 septembre 2010 et exécuté du 3 janvier au 2 avril 2011. Le 27 janvier 2012 vers 13h05, A._ est entré en collision avec un bus des Transports publics lausannois (TL). Il circulait derrière ce bus, lorsque celui-ci s'est arrêté, au vu de la configuration des lieux (chicane formée par des véhicules en stationnement sur la droite de la chaussée), pour laisser passer un véhicule qui arrivait en sens inverse. A._ a alors entrepris le dépassement par la gauche du bus TL. Ce faisant, il a contraint l'automobiliste arrivant en face à un freinage d'urgence pour éviter une collision. Avec l'avant droit de son véhicule, il a heurté l'avant gauche du bus TL qui venait de redémarrer en se déportant sur la gauche pour contourner la chicane et poursuivre sa route. Par ordonnance pénale du 23 mars 2012, le Préfet de l'Ouest lausannois a constaté que A._ s'était rendu coupable d'infraction simple à la LCR et à l'OCR et l'a condamné à une amende de 500 francs. L'intéressé n'a pas fait opposition à ce prononcé. B. Par décision du 19 avril 2012, le Service des automobiles et de la navigation (SAN) a annulé le permis de conduire à l'essai de A._ pour avoir commis une infraction légère au sens de l'art. 16a al. 1 LCR. Celui-ci a formé une réclamation contre cette décision, qui a été écartée par le SAN par décision du 22 mai 2012. A._ s'est pourvu contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal qui, par arrêt du 5 novembre 2012, a rejeté le recours. Elle a en substance considéré que A._ avait commis une infraction légère, et non "particulièrement légère", et que, son permis lui ayant déjà été retiré au cours des deux années précédentes, il devait être annulé. C. A._ recourt contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à la révocation de l'annulation de son permis de conduire à l'essai. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, le SAN à sa décision. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours. Par ordonnance du 16 janvier 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif déposée par le recourant. 