Sachverhalt: A. Die Arbeitsgemeinschaft Y._ AG fabrizierte und montierte gestützt auf einen mit dem Kanton Uri (Beklagter) und dem Kanton Tessin abgeschlossenen Werkvertrag Niederspannungs- und Schwachstromverteilungen in den Schutzräumen des Gotthard-Strassentunnels. Da an den Verteilungen verschiedene Mängel auftraten, mussten Sanierungsarbeiten durchgeführt werden, zu denen die Y._ AG die X._ AG als Subunternehmerin beizog. A._ (Kläger) ist in Bezug auf die eingeklagte Forderung der Rechtsnachfolger der X._ AG. B. Am 31. Dezember 1993 erhob die X._ AG gegen den Kanton Uri Klage mit dem Rechtsbegehren, der Beklagte sei zu verurteilen, der Klägerin Fr. 955'911.-- zuzüglich gerichtlich festzulegendem Zins seit 31. Dezember 1993 zu bezahlen. Sie verlangte damit die Differenz zwischen den ausbezahlten Monatslöhnen und den höheren Stundenlöhnen, die ihr zugesagt worden seien, nachdem sie wegen der zu tiefen Ansätze die Einstellung der Sanierungsarbeiten angedroht habe. Das Landgericht Uri wies die Klage der X._ AG bzw. des Klägers als deren Rechtsnachfolger am 7. September 2000 ab. Auf Berufung des Klägers wies das Obergericht des Kantons Uri die Sache an das Landgericht zurück, damit dieses in vollständig neuer Besetzung über die Klage neu entscheide. Die dagegen erhobene staatsrechtliche Beschwerde des Kantons Uri wies das Bundesgericht am 14. April 2003 ab, soweit es darauf eintrat. Mit Urteil vom 11. Juli 2005 verpflichtete das Landgericht Uri den Beklagten, dem Kläger Fr. 587'139.90 nebst Zins zu 6.77 % für die Zeit vom 31. Dezember 1993 bis zum 1. April 2003 und zu 6.25 % seit dem 2. April 2003 zu bezahlen. Es kam zum Schluss, dass die vom Kläger behauptete Krisensitzung in der Bauamtsbaracke "Winterberg" stattgefunden haben müsse und dass anlässlich dieser Besprechung auch höhere Stundenansätze ausgehandelt worden seien. Es verneinte, dass zwischen der Bauherrschaft und der Arbeitsgemeinschaft Y._ AG im Sinn eines Vertrags zugunsten eines Dritten ein direktes Forderungsrecht der X._ AG gegen die Bauherrschaft vereinbart worden sei, weshalb dem Kläger eine vertragliche Grundlage für die geltend gemachten Forderungen fehle. Es bejahte hingegen, dass dem Kläger gegenüber dem Beklagten Schadenersatzansprüche aus erwecktem und enttäuschtem Vertrauen zuständen. Es sprach dem Kläger die Differenz zwischen den in der Zeit vom 1. November 1983 bis zur Beendigung der Sanierungsarbeiten bezahlten Monatslöhnen und den vereinbarten höheren Stundenlöhnen zu. C. Der Beklagte erhob am 5. Oktober 2005 Berufung und beantragte dem Obergericht des Kantons Uri, das angefochtene Urteil des Landgerichts Uri sei aufzuheben und es seien die klägerischen Rechtsbegehren vollumfänglich abzuweisen. Das Obergericht hiess die Berufung mit Entscheid vom 22. Juni 2006 gut. Es hielt fest, der Beklagte habe gewusst, dass die Y._ AG nicht bereit gewesen sei, der X._ AG höhere Entschädigungen auszurichten. Der Kläger habe umgekehrt davon ausgehen können, dass die Y._ AG der X._ AG höhere Entschädigungen nicht vorenthalten könne, wenn der Beklagte bereit sei, der Y._ AG ebenfalls angepasste Regieansätze zu vergüten. Insofern habe der Beklagte zur X._ AG in einer garantenähnlichen Stellung gestanden. Der Beklagte, der die Sanierung durch die X._ AG gewollt und darauf gedrängt habe, dass die Sanierungsarbeiten fortgesetzt würden, wäre verpflichtet gewesen, die X._ AG über die interne Kostenregelung aufzuklären. Durch die höheren Regieansätze und das gleichzeitig vereinbarte Kostendach sei das Risiko allfälliger Mehrkosten auf die Y._ AG verlagert worden. Diese Risikoverteilung habe sich für den Beklagten erkennbar negativ auf die X._ AG ausgewirkt. Der Beklagte habe sich treuwidrig verhalten, als er mit der Schlussrechnung vom 7. November 1986 die Angelegenheit erledigt habe, ohne dafür besorgt zu sein, dass die Arbeiten der X._ AG entsprechend den vereinbarten Regieansätzen vergütet würden. Die Vorinstanz kam gestützt darauf zum Schluss, die Voraussetzungen der Vertrauenshaftung seien im vorliegenden Fall erfüllt. Die vorinstanzliche Schadensberechnung beruhe aber zu Unrecht auf dem Erfüllungsinteresse, da sich der Schadenersatzanspruch auf das negative Interesse beschränke. Die Schadenspositionen, die unter dem Gesichtspunkt des negativen Interesses geschuldet seien, habe der Kläger jedoch weder vor der Vorinstanz noch vor dem Obergericht substanziiert dargelegt und unter Beweis gestellt, weshalb die Klage abzuweisen sei. D. Mit Berufung vom 13. Januar 2007 beantragt der Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts Uri vom 22. Juni 2006 sei vollumfänglich aufzuheben und die Klage in Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils gutzuheissen (Ziff. 1). Eventualiter sei die Streitsache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Ziff. 2). Der Beklagte beantragt die Abweisung der Berufung. Am 10. Mai 2007 wies das Bundesgericht eine gleichzeitig eingereichte staatsrechtliche Beschwerde des Klägers ab, soweit es darauf eintrat. 