Faits: A. En 1990, F.X._ et feu son époux H.X._ ont acheté, pour le prix de 890'000 fr. payé entièrement en fonds propres, des actions de la Société Immobilière " A._ ", leur conférant l'usage d'un appartement au 6ème étage de l'immeuble sis ... à Genève. En 2002, F.X._ est devenue propriétaire de l'appartement sous la forme d'une propriété par étages, la société immobilière ayant été liquidée. Alors qu'elle s'apprêtait à entrer dans un EMS, F.X._ a décidé de rénover l'appartement - ce qui lui a coûté 140'533 fr. pour des travaux exécutés en 2008 et 2009 - en vue de le louer. Les premiers locataires ont été Y._ et Z._. Ils ont négocié le loyer parce qu'ils estimaient que le montant demandé était trop élevé. Le contrat a été signé le 1er juin 2009. Le loyer, indexé, a été fixé à 4'800 fr. par mois, soit 57'600 fr. par année, sans les frais de chauffage, d'eau chaude et de téléréseau. Il était indiqué, sur la formule officielle, qu'il était conforme aux loyers usuels. La durée du bail a été fixée à cinq ans, soit du 1er juin 2009 au 31 mai 2014, sans clause de reconduction. Une garantie de loyer de 14'400 fr. devait être fournie à la conclusion du bail. B. Par requête du 25 juin 2009, les locataires ont contesté le loyer initial auprès de la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève. Ils ont soutenu que le loyer était, d'une part, abusif et, d'autre part, excessif par rapport à celui d'un logement comparable. Non conciliée, la cause, enregistrée sous le no 1, a été portée devant le Tribunal des baux et loyers du même canton. Par lettre du 26 mars 2010, le mandataire des locataires a demandé au département compétent si les travaux de rénovation effectués par la propriétaire avaient fait l'objet d'une autorisation. Cette démarche a entraîné l'ouverture d'une procédure administrative. Estimant qu'elle avait été victime d'une délation, la bailleresse, par des avis séparés du 18 mai 2010 adressés aux locataires, a résilié le contrat de bail pour le 31 août 2010 en invoquant l'art. 266g al. 1 CO (congé extraordinaire pour de justes motifs). Par requête du 17 juin 2010 adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, les locataires ont demandé la constatation de l'inefficacité de la résiliation, subsidiairement son annulation. Non conciliée, la cause, enregistrée sous le n° 2, a été portée devant le Tribunal des baux et loyers. Par requête du 5 octobre 2010 adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, la bailleresse a demandé l'évacuation immédiate des locataires. Non conciliée, cette cause, enregistrée sous le n° 3, a été portée devant le Tribunal des baux et loyers. Les trois causes (1, 2 et 3) ont été jointes. Par jugement du 15 novembre 2011, le Tribunal des baux et loyers a fixé à 35'040 fr., charges non comprises, le loyer annuel de l'appartement dès le 1er juin 2009, réduit la garantie qui devait être fournie à trois mois du loyer ainsi fixé, ordonné la restitution du trop-perçu, annulé le congé donné le 18 mai 2010 et débouté les parties de toutes autres conclusions. La bailleresse a appelé de ce jugement auprès de la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice genevoise, concluant pour l'essentiel à la validité du loyer initial, à la validité du congé extraordinaire et à l'évacuation des locataires. Ces derniers ont conclu à la confirmation du jugement attaqué, demandant toutefois principalement que le congé soit déclaré inefficace et seulement subsidiairement qu'il soit annulé. Par arrêt du 8 octobre 2012, la Chambre des baux et loyers a confirmé le jugement attaqué, sauf qu'il a prononcé l'inefficacité du congé, au lieu de son annulation. C. F.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits ainsi qu'une violation des art. 2 CC, 8 CC, 266g CO et 270 CO, elle conclut à la réforme du jugement attaqué, à la validité du loyer initial convenu (57'600 fr. par an), à la validité du congé donné le 18 mai 2010, à l'évacuation des locataires, à leur condamnation à payer solidairement 4'800 fr. par mois, plus charges, à titre d'indemnité pour occupation illicite dès l'extinction du bail et tant qu'ils occuperont les lieux; subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'une des deux juridictions cantonales. Sa requête d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 15 novembre 2012. Les intimés proposent l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet du recours. La recourante a répliqué. 