Sachverhalt: A. Die Firma S._ GmbH war seit 1. Januar 2000 für die Durchführung der beruflichen Vorsorge mit Vertrag Nr. ... an die Winterthur-Columna, Stiftung für die berufliche Vorsorge (heute: AXA Stiftung Berufliche Vorsorge, Winterthur; nachfolgend: AXA) angeschlossen. Mit Zahlungsbefehl Nr. ... vom Februar 2007 des Betreibungsamtes X._ leitete die Vorsorgeeinrichtung für ausstehende Prämien, Beiträge und Zinsen die Betreibung ein, worauf die S._ GmbH ohne Begründung Rechtsvorschlag erhob. Nachdem die daraufhin von der S._ GmbH zugesagte Bezahlung der Ausstände nicht erfolgte, wurde mit Zahlungsbefehl Nr. ... vom April 2008 des Betreibungsamtes X._ erneut die Betreibung für Forderungen im Betrag von Fr. 3'782.80 (nebst Zins) eingeleitet. Auch dagegen erhob die Arbeitgeberin unbegründeten Rechtsvorschlag. B. Am 13. Mai 2008 machte die Vorsorgeeinrichtung ihre Ausstände klageweise geltend. Nachdem sich die S._ GmbH trotz zweimaliger Aufforderung nicht vernehmen liess, hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau die Klage mit Entscheid vom 10. Februar 2009 gut, verpflichtete die S._ GmbH, der AXA den Betrag von Fr. 3'969.20 nebst Zins zu 5 % ab 2. April 2008 zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 1) und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. ... des Betreibungsamtes X._ auf (Dispositiv-Ziffer 2). Wegen mutwilliger Prozessverursachung auferlegte es der unterlegenen Beklagten Gerichtskosten von Fr. 403.- (Dispositiv-Ziffer 3), hingegen sprach es der AXA als Sozialversicherungsträgerin keine Parteientschädigung zu (Dispositiv-Ziffer 4). C. Die AXA lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei Dispositiv-Ziffer 4 des angefochtenen Entscheides aufzuheben und ihr eine Prozessentschädigung für das erstinstanzliche Verfahren in der Höhe von Fr. 963.45 zuzusprechen; unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Beschwerdegegnerin, eventuell des Versicherungsgerichtes. Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während die S._ GmbH und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichten. 