Faits: A. J._, né en 1951, était employé en qualité d'infirmier en soins intensifs par l'Hôpital X._. A ce titre, il était assuré contre le risque d'accident auprès de la Vaudoise Assurances. Le 19 janvier 1999, alors qu'il rentrait du travail au guidon de son scooter, l'assuré a été surpris par une voiture qui s'est engagée dans un carrefour où il bénéficiait de la priorité, avant de s'arrêter à un mètre au-delà de la marque au sol "cédez le passage". J._ a freiné énergiquement tout en faisant un écart à gauche, ce qui l'a déséquilibré et fait chuter. Tandis que le scooter se couchait sur le côté gauche, glissant sur la chaussée jusqu'à heurter la roue avant gauche de la voiture en question, son conducteur, qui portait un casque, a fait plusieurs culbutes sur le sol avant de s'immobiliser sous le pare-choc avant de ce dernier véhicule . L‘assuré a été conduit par la police à l'Hôpital X._ où il a été traité ambulatoirement pour une légère tuméfaction et des douleurs en regard des 2ème et 3ème métacarpiens de la main droite, sans fracture, une dermabrasion et plaie peu profonde à bords contus au coude gauche, qui a nécessité deux points de suture, ainsi qu'un hématome à la cuisse latérale gauche (rapport de la doctoresse M._ du 4 février 1999). Le cas a été pris en charge par l'assureur-accidents. Le 3 février 1999, J._, se plaignant de douleurs résiduelles du coude gauche, du genou gauche et du bassin, a consulté le docteur E._ qui lui a prescrit un anti-inflammatoire non stéroïdien et de la physiothérapie. L'intéressé a repris le travail le 21 février 1999. Dans le rapport du 30 juin 1999 adressé à la Vaudoise Assurances, le docteur Y._, chirurgien orthopédique également consulté par l'assuré, a posé le diagnostic de chondropathie fémoro-patellaire externe sur contusion de la rotule gauche, n'occasionnant toutefois aucun arrêt de travail. Cependant, après un examen d'image par résonance magnétique (IRM) ayant mis en évidence une déchirure du ménisque interne du genou gauche chez son patient, le docteur Y._ a procédé, le 9 septembre 1999, à l'Hôpital Z._, à une arthroscopie et méniscectomie interne. L'assuré n'a plus travaillé depuis le 3 septembre 1999, une tentative de reprise à mi-temps le 15 novembre 1999 ayant échoué. Le docteur P._, médecin-conseil de la Vaudoise Assurances, a examiné J._ le 19 janvier 2000. Dans son rapport du 14 février suivant, ce spécialiste en chirurgie orthopédique a estimé que l'assuré souffrait de séquelles de l'accident du 19 janvier 1999 qui expliquaient qu'il ne puisse pas travailler, savoir des gonalgies bilatérales, surtout gauches. Le docteur P._ a en revanche exclu que les lombalgies dont se plaignait l'intéressé fussent en lien de causalité avec cet événement. Malgré divers traitements dont une cure au Centre de réhabilitation W._, J._ n'a pas pu reprendre le travail et s'est vu congédier par son employeur avec effet au 31 août 2000. L'assureur-accidents a soumis le prénommé à l'expertise du docteur B._, spécialiste en chirurgie orthopédique, qui a examiné l'assuré le 23 avril 2001. Dans son rapport du 8 mai 2001, cet expert a conclu que parmi les plaintes de ce dernier, concernant le genou gauche, le genou droit, l'épaule gauche, la colonne lombaire, le coude gauche et la cheville droite, seule la première se trouvait en rapport de causalité tout au plus possible avec l'accident du 19 janvier 1999. Il a en outre retenu le diagnostic de troubles somatoformes douloureux persistants sans corrélation naturelle avec ledit accident. Dans un bref rapport complémentaire, le docteur B._ a précisé que l'incapacité de travail imputable à l'accident et les soins nécessités par les suites de celui-ci pouvaient avoir duré jusqu'à la date de son expertise. Se fondant sur ces conclusions d'expert, la Vaudoise Assurances a informé J._ qu'elle refusait ses prestations à compter du 1er mai 2001. Par décision formelle du 21 août 2001, l'assureur-accidents a confirmé ce refus. L'assuré ayant formé opposition contre cette décision, il a été soumis à l'expertise du docteur R._, médecin-chef du Centre V._. Ce dernier a estimé qu'il y aurait lieu de procéder à un examen complémentaire par IRM des genoux de l'intéressé. Il a conclu, dans un premier temps, qu'on pouvait reconnaître à l'expertisé une incapacité de travail de l'ordre de 50 %, imputable à des lombalgies basses, à des douleurs au coude gauche, à des scapulalgies gauches et à un syndrome somatoforme douloureux. L'expert a relevé que les douleurs au genou et au coude gauches ainsi que le syndrome somatoforme douloureux étaient à rattacher à l'accident. Il a indiqué que cette dernière affection était vraisemblablement l'expression d'un syndrome post-contusionnel que l'on rencontre dans des accidents vécus comme graves avec imminence de la mort, ce qui avait été le cas chez J._ (rapport du 13 septembre 2001). De sa propre initiative, l'assuré s'est soumis à des IRM du genou gauche, du coude gauche, de la colonne lombaire, des hanches et de la cheville droite. Les résultats de ces investigations ont été soumis au docteur R._, lequel a déposé deux rapports d'expertise complémentaires, le 29 octobre 2001 et le 26 mars 2002. Dans cette dernière appréciation, le médecin précité a estimé qu'aucune affection ostéoarticulaire ne justifiait une incapacité de travail, en relevant que les effets des troubles somatoformes douloureux sur l'aptitude au travail devraient faire l'objet d'une évaluation par un spécialiste et que les lombalgies basses (sans rapport avec l'accident en cause) diminuaient en revanche cette capacité de plus de 50 %. Dans le cadre de l'instruction de l'opposition, la Vaudoise Assurances a encore recueilli divers éléments relatifs à la demande de prestations de l'assurance-invalidité déposée par J._ le 29 septembre 2000. A ainsi été ainsi versé au dossier en particulier un rapport du 8 janvier 2002 du docteur G._, du service de rhumatologie, médecine physique et réhabilitation du Centre T._. Ce médecin a retenu comme seul diagnostic ayant une répercussion sur la capacité de travail du prénommé un probable stress post-traumatique depuis son accident du 19 janvier 1999; les autres atteintes à la santé constatées (troubles statiques et modérément dégénératifs rachidiens lombaires, gonarthrose gauche post-traumatique et périarthrite scapulo-humérale gauche chronique récidivante) n'ayant pas d'effet sur cette capacité. Au vu de ce rapport, l'office AI a soumis l'assuré à l'expertise du docteur C._, psychiatre et psychothérapeute. Ce dernier a retenu les diagnostics de syndrome douloureux somatoforme persistant (F45.4, CIM-10), dysthymie (F34.1, CIM-10), majoration des symptômes physiques pour des raisons psychologiques (F68.0, CIM-10) et personnalité paranoïaque (F60.0, CIM-10). L'expert psychiatre a estimé que l'intéressé ne présentait pas d'incapacité de travail pour des motifs psychiatriques (rapport du 9 octobre 2002). J._ a encore déposé deux expertises privées émanant des docteurs N._, chirurgien orthopédique, et A._, interniste/rhumatologue. En résumé, le docteur N._ a estimé que les atteintes suivantes étaient imputables à l'accident du 19 janvier 1999 : état après contusion de l'épaule gauche, SLAP-lésion type I de l'épaule gauche, état après contusion-distorsion du coude gauche avec plaie et bursite olécrânienne gauche, état après contusion-distorsion lombaire, syndrome fémoro-rotulien post-traumatique bilatéral, état après distorsion-contusion antéro-interne des deux genoux, arthrose fémoro-tibiale interne débutante bilatérale, plus prononcée à gauche, état après méniscectomie partielle interne gauche, état après contusion-distorsion de la cheville droite, syndrome dépressivo-anxieux post-traumatique et état après choc psychique traumatique important. Selon le docteur N._, en raison des affections susmentionnées, son patient était totalement incapable de reprendre son ancienne activité d'infirmier et aucune perspective professionnelle ne pouvait être envisagée pour lui avant la stabilisation de son état psychique et une amélioration somatique (rapport du 11 novembre 2002). De son côté, le docteur A._ a considéré que les plaintes de l'assuré concernant les genoux, l'épaule gauche, la colonne lombaire, la cheville droite et le coude gauche étaient dues de façon certaine à l'accident du 19 janvier 1999. Il a également estimé que la capacité de travail de J._ était nulle dans sa profession d'infirmier, sans exclure la reprise à terme d'une activité à temps partiel (30 à 40 %) ne nécessitant pas le port de charges, ni de trop longues marches, avec variation des positions assis/debout (rapport du 9 janvier 2003). Au regard de cette documentation, la Vaudoise Assurances a voulu soumettre l'assuré à une nouvelle expertise médicale confiée au Centre U._. J._ a opposé un refus à cette démarche, malgré la sommation de l'assureur-accidents et l'avertissement qu'il pourrait être statué en l'état du dossier. Le 13 octobre 2003, la Vaudoise Assurances a rejeté l'opposition de l'assuré en considérant que les différentes évaluations médicales ne concordaient qu'en ce qui concerne l'affection lombaire de l'intéressé dont les médecins s'accordent à reconnaître qu'elle n'était plus en relation de causalité avec l'accident du 19 janvier 1999 douze mois après cet événement. Selon l'assureur-accidents, ces évaluations ne permettent pas de « trancher entre l'hypothèse d'un trouble somatoforme douloureux sans rapport avec l'accident et des séquelles de nature authentiquement somatique présentées comme totalement ou partiellement post-traumatiques par N._ et A._ ». La Vaudoise Assurances a estimé que, vu le refus de l'assuré de se soumettre à une nouvelle expertise médicale, elle était fondée à considérer que la preuve que le cas puisse encore la concerner postérieurement au 30 avril 2001 n'était pas rapportée à satisfaction. B. Par jugement du 27 juillet 2006, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé contre la décision sur opposition de l'assuré. En bref, les juges cantonaux ont retenu que le cas avait été suffisamment instruit par l'assureur, que les troubles de la santé physique de l'assuré n'étaient plus en relation de causalité naturelle avec l'accident, plus de deux ans après celui-ci, lequel n'avait pas entraîné d'incapacité de travail après le 30 avril 2001, et qu'il n'y avait pas de lien de causalité adéquate entre cet événement et les troubles psychiques de l'intéressé. C. J._ interjette recours contre ce jugement, dont il requiert l'annulation. Il conclut à l'octroi des prestations légales pour les suites de l'événement du 19 janvier 1999 postérieurement au 30 avril 2001. La Vaudoise Assurances propose le rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 