Sachverhalt: A. Am 7. April 1995 ersteigerte die X._ Bank (als einzige Grundpfandgläubigerin) im Rahmen einer Betreibung auf Grundpfandverwertung gegen die liechtensteinische Anstalt Y._ die beiden Liegenschaften A._strasse xx und yy in Basel zum Preis von insgesamt Fr. 6'100'000.--. Der Preis wurde durch Übernahme von Grundpfandschulden im selben Umfang beglichen. Für ihre diesen Betrag übersteigende grundpfandgesicherte Forderung wurde der Beschwerdeführerin ein Pfandausfall von Fr. 1'017'320.-- bescheinigt. Die Grundstückgewinnsteuer wurde im Rahmen der Grundpfandverwertung nicht berücksichtigt und auch nicht aus dem Verwertungserlös bezahlt. Der Eigentumsübergang wurde am 15. Mai 1995 im Grundbuch eingetragen. Mit Veranlagungsverfügung vom 5. September 1995 stellte die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt der bereits am 3. Mai 1995 im Handelsregister des Fürstentums Liechtenstein gelöschten Anstalt Y._ die Grundstücksgewinnsteuer im Betrag von Fr. 427'950.-- nebst Zins von Fr. 1'307.60 in Rechnung; am 11. September 1995 beantragte sie beim Grundbuchamt Basel-Stadt zudem die Eintragung eines entsprechenden Steuerpfandrechts. Gegen die Eintragung bzw. Veranlagung erhob die X._ Bank am 6. Oktober 1995 Einsprache. Da sie bereits einen Käufer für die Liegenschaften gefunden hatte, verpflichtete sie sich jedoch unwiderruflich zur Zahlung der Grundstückgewinnsteuer, falls sich die Eintragung des Steuerpfandrechts im Rechtsmittelverfahren als berechtigt erweisen sollte; in der Folge wurde das inzwischen eingetragene Steuerpfandrecht gelöscht. Die Einsprache wurde - wie der nachfolgende Rekurs vom 26. März 1996 an die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt - abgewiesen. Der Entscheid der Steuerrekurskommission vom 27. August 1998 wurde im Dispositiv erst am 11. Juni 2004 eröffnet. Die begründete Ausfertigung ging den Parteien am 14. Dezember 2005 zu. Die X._ Bank rekurrierte gegen diesen Entscheid an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht, welches mit Zwischenentscheid vom 23. August 2006 feststellte, der Grundstückgewinnsteueranspruch sei nicht verjährt. Auf eine von der X._ Bank gegen dieses Urteil gerichtete staatsrechtliche Beschwerde trat das Bundesgericht am 22. Dezember 2006 nicht ein. Am 29. Mai 2007 wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht den Rekurs ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ Bank dem Bundesgericht, die Urteile des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht vom 23. August 2006 und 29. Mai 2007 aufzuheben und festzustellen, dass die in Frage stehende Grundstückgewinnsteuer verjährt sei, eventuell, dass das Grundpfandrecht zu Unrecht eingetragen worden sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt und das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet. 