Faits: A. A.a L'association X._ et "Winterthur" Société suisse d'assurances (ci-après : la Winterthur) sont liés par un contrat d'assurance-accidents obligatoire. Celui-ci a pris effet le 1er janvier 2001 pour une période de trois ans, échéant le 31 décembre 2003. Il déclare applicables les conditions d'assurance émises par la Winterthur, édition 08.1997. L'art. 1.1 de ces conditions générales prévoit que les contrats dont la durée est limitée à une ou à plusieurs années sont reconduits d'un an, tant qu'aucune des parties n'a reçu de résiliation au plus tard trois mois avant l'expiration. Selon la police d'assurance, datée du 15 janvier 2001, la prime annuelle provisoire est fixée à 563'800 fr., les modifications de tarif conformément aux conditions d'assurance ainsi que les modifications des suppléments légaux étant réservées. Les clauses suivantes sont par ailleurs prévues : «Genre d'entreprise ou de profession assurée : Risque no : Hôpitaux (non psychiatrique) 8521 Lieu où se trouve l'entreprise : M._ Entreprise ou partie d'entreprise de même genre incluse dans l'assurance, se trouvant dans un autre lieu : Divers lieux de risque Personnes assurées : Tous les travailleurs assurés à titre obligatoire en vertu des art. 1 et 2 de la LAA et des art. 1 à 6 de l'ordonnance sur l'assurance-accidents. Classement dans le tarif des primes : Accidents professionnels (AP) non professionnels (ANP) Classe 61 Classe 13 Degré 8 Sous-classe 7 Les taux de prime sont actuellement composés comme suit (en ‰ du salaire LAA) : Accidents professionnels (AP) non professionnels (ANP) Taux de prime net[tte] 1.74 ‰10.29 ‰ Taux pour les frais d'administration 0.12 ‰0.72 ‰ (7.00 % du taux de prime net[te]) Contribution pour la prévention des accidents 0.11 ‰ 0.08 ‰(5.50 % du taux de prime net[te] pour AP) (0.75 % du taux de prime net[te] pour ANP) Taux de prime final[e] 1.97 ‰ 11.09 ‰» A.b Par lettre du 24 septembre 2003, la Winterthur a exposé à l'association X._ avoir procédé à certaines vérifications. Il en ressortait que l'association figurait désormais en classe 61, degré 8 du tarif des primes, pour les accidents professionnels, et en classe 12, sous-classe 8, pour les accidents non professionnels; elle bénéficiait par ailleurs d'un taux de prime réduit pour les frais administratifs (7 % du taux de la prime nette, au lieu de 22.5 %). La Winterthur ajoutait qu'en raison du nombre élevé de sinistres annoncés par l'association X._, ce taux préférentiel ne pouvait pas être maintenu, de sorte que les conditions suivantes seraient applicables dès le 1er janvier 2004 : «[...] Accidents professionnels[...] Taux de prime net[te] 1.74 ‰ Taux de prime finale 2.24 ‰ (avant 1.97 ‰) (y compris frais d'administration[, soit 22.5 % du taux de prime nette,] et contribution à la prévention des accidents[,] soit 6.50 % du taux de prime net[te]). [...] Accidents non professionnels [...] Taux de prime net[te] 9.98 ‰ Taux de prime finale 12.30 ‰ (avant 10.75 ‰) (y compris frais d'administration[,] soit 22.5 % du taux de prime net[te,] et contribution à la prévention des accidents[,] soit 0.75 % du taux de prime net[te])» La Winterthur précisait que cette communication avait valeur de décision et pouvait faire l'objet d'une opposition dans un délai de 30 jours dès sa notification. Le 20 octobre 2003, l'association X._ a contesté l'augmentation du taux de prime pour les frais administratifs, au motif qu'elle ne reposait sur aucune base légale et qu'elle modifiait un contrat tacitement reconduit pour l'année 2004. Par décision sur opposition du 31 octobre 2003, la Winterthur a confirmé l'augmentation litigieuse. Elle s'est cependant déclarée prête a accepter une résiliation du contrat présentée dans un délai prolongé, à titre exceptionnel, jusqu'au 30 novembre 2003. B. L'association X._ a déféré cette décision sur opposition au Tribunal des assurances du canton de Vaud, qui a rejeté le recours par jugement du 23 décembre 2004. C. L'association X._ interjette un recours de droit administratif contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à la constatation de la nullité de la décision du 31 octobre 2003, subsidiairement à son annulation; elle conclut également à ce que soit déclaré applicable un taux de 7 % du taux de la prime nette, pour le calcul des frais administratifs qui lui seront facturés par l'intimée en 2004. La Winterthur a renoncé à se déterminer sur le recours, de même que l'Office fédéral de la santé publique. 