Fatti: A. Il 29 luglio 1983 il Municipio di X._ aveva rilasciato a una società immobiliare una licenza edilizia per l'edificazione di un aparthotel, condizionata alla sottoscrizione di una convenzione volta a garantire questa destinazione. In seguito, sul relativo fondo xxx, è stato iscritto un vincolo di destinazione, nel senso che le costruzioni e le attrezzature annesse non potevano essere adibite a uso diverso da quello alberghiero. Il 22 novembre 2006, l'autorità di Ia istanza per l'applicazione della legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero, adita dai condomini, ha revocato il vincolo di aparthotel. B. Preso atto che detto vincolo non era più rispettato e che pertanto la licenza edilizia risultava violata, con decisione del 26 luglio 2007 il Municipio ha inflitto ai comproprietari una sanzione pecuniaria di fr. 626'250.--. Per quanto qui interessa, il Municipio, fatta eccezione per la trasformazione di tre vani, ha poi negato il rilascio di una domanda di costruzione in sanatoria, e in particolare il cambiamento di destinazione, poiché la superficie utile lorda (SUL) massima era superata, concedendo nondimeno il permesso relativo ai lavori di conversione dell'immobile. Ritenendo sproporzionato un ordine di ripristino, il Municipio ha quindi inflitto ai comproprietari una sanzione pecuniaria di fr. 590'250.--, riferita in particolare al vantaggio economico tratto dal superamento della SUL: decisione confermata dal Consiglio di Stato. Adito dai comproprietari, con giudizio del 14 aprile 2011 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha parzialmente accolto il ricorso, annullando la decisione governativa e rinviando gli atti al Governo, affinché, completati gli accertamenti, si pronunci di nuovo nel senso dei considerandi. C. La Comunità dei comproprietari della particella xxx di X._ impugna questa pronunzia con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in sostanza, in via preliminare e nel merito, di annullarla unitamente alla sanzione pecuniaria, di concedere la licenza edilizia e di non comminare alcuna sanzione per il superamento della SUL e, in via subordinata, di ritornare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio. Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale. 