Faits: A. Depuis le 1er janvier 2006, X._ a perçu le revenu d'insertion introduit par la loi du 2 décembre 2003 sur l'action sociale vaudoise (LASV; RSV 850.051). Le 11 avril 2008, son compte bancaire a été crédité d'un montant de quelque 121'000 francs. X._ n'a indiqué la perception de ce montant ni dans le formulaire annonçant ses revenus et sa situation de fortune à l'attention du Centre social régional signé le 15 avril 2008, ni dans celui signé le 15 mai 2008. Interpellé, il a déclaré, le 23 août 2009, renoncer au revenu d'insertion pour l'avenir. B. Le 11 août 2011, le Préfet du district de Morges a rendu une ordonnance de classement, estimant que la faute n'était pas prouvée. Par courrier du 29 août 2011, le Ministère public a déclaré ne pas approuver cette décision et requis la condamnation de X._ pour contravention au sens de l'art. 75 LASV. Par ordonnance pénale du 6 septembre 2011, le Préfet du district de Morges a condamné X._ à une amende de 1'000 fr. pour infraction à la LASV. Sur opposition de X._, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Côte a, par jugement du 27 février 2012, libéré ce dernier de l'accusation de contravention à la LASV. Cette autorité a laissé les frais à la charge de l'Etat, mais refusé d'allouer une indemnité au sens de l'art. 429 CPP à X._. C. Par jugement du 4 avril 2012, le Président de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._, confirmé le dispositif du jugement du 27 février 2012 et mis les frais d'appel à la charge de X._. D. Ce dernier forme un recours en matière pénale. Il conclut à la réforme des jugements des instances précédentes en ce sens qu'une indemnité et des dépens d'appel lui sont accordés et les frais d'appel laissés à la charge de l'Etat. Subsidiairement, il requiert la réforme de ces jugements en ce sens que son avocat est désigné comme défenseur d'office et se voit accorder une indemnité fondée sur ses listes d'opérations. A titre plus subsidiaire, il conclut à l'annulation du jugement du 4 avril 2012 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. Enfin, il sollicite l'assistance judiciaire pour la procédure auprès du Tribunal fédéral. Aucun échange d'écritures n'a été ordonné. 