Faits: A. T._, né en 1957, technicien en informatique, s'est annoncé le 16 décembre 2003 à l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI). Il arguait souffrir d'une dépression totalement incapacitante. Les médecins traitants interrogés ont diagnostiqué un épisode dépressif moyen avec syndrome somatique, une somatisation, des événements difficiles ayant une incidence sur la famille et une organisation limite de la personnalité engendrant une incapacité totale de travail depuis le 12 novembre 2002 (rapport du docteur U._, spécialiste FMH en psychiatrie, du 4 avril 2004) ainsi que des cervico-dorsalgies/brachialgies et une hernie discale C4/C5 (rapports des docteurs S._ et M._, Hôpital orthopédique Y._, des 15 septembre et 19 octobre 2004). L'administration a également complété l'instruction du dossier en confiant la réalisation d'un examen clinique bidisciplinaire à son Service médical régional (SMR). Les docteurs P._, spécialiste FMH en rhumatologie, et C._, spécialiste FMH en psychiatrie, ont estimé que les cervico-brachialgies gauches chroniques sur petite hernie discale C4/C5, le trouble de l'adaptation avec réaction dépressive prolongée, les possibles traits de personnalité narcissique et l'hypercholestérolémie observés autorisaient l'exercice à 80 % de n'importe quelle activité n'exigeant pas le maintien de la tête et de la nuque dans une position immobile extrême prolongée ni le déploiement de force avec le bras gauche à plus de 60° de flexion et/ou d'abduction de l'épaule dans un milieu peu stimulant et peu compétitif en raison de symptômes cognitifs tels que le manque de concentration ou la diminution de la mémoire (rapport du 13 septembre 2005). Selon la division administrative de l'office AI, le métier d'informaticien n'était pas compatible avec les limitations fonctionnelles retenues (rapport du 12 mai 2006). L'administration a informé l'assuré que, vu les éléments récoltés, elle envisageait de rejeter sa demande de prestations (projet de décision du 17 juillet 2006). Les observations de l'intéressé ayant été écartées (courrier du 15 novembre 2006), l'office AI a confirmé le rejet de la demande (décision du 15 novembre 2006). Cette décision a été annulée par le Tribunal des assurances du canton de Vaud (désormais: la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud) qui a renvoyé la cause à l'administration pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision (jugement du 17 juin 2007). L'office AI a mandaté le Centre d'expertise médicale (CEMed) afin qu'il mette en oeuvre une expertise pluridisciplinaire. Les docteurs A._, spécialiste FMH en rhumatologie, L._, spécialiste FMH en psychiatrie, et N._, spécialiste FMH en neurologie, ainsi que la neuropsychologue E._ ont conclu à une capacité totale de travail dans toute activité avec toutefois une baisse de rendement de 30 % due au trouble de la personnalité émotionnellement labile de type borderline diagnostiqué; ils ont en outre signalé des plaintes et des troubles pseudo-neurologiques sans substrat somatique évident, de discrètes altérations disco-vertébrales cervico-lombaires sans expression clinique objectivable, des troubles statiques du rachis, des troubles du sommeil (insomnie) sans dyssomnie organique, une somatisation, une dysthymie et un trouble panique sans influence sur la capacité de travail (rapport du 9 mai 2008). Sur la base des conclusions de l'expertise, l'administration a une nouvelle fois annoncé à T._ qu'elle avait l'intention de rejeter sa requête (projet de décision du 23 juillet 2008) et, malgré les observations de ce dernier ainsi que les critiques du docteur U._ (rapport du 18 septembre 2008), a maintenu le refus de toute prestation (courrier et décision du 5 mars 2009). B. L'assuré a saisi le tribunal cantonal d'un nouveau recours, concluant à la reconnaissance de son droit à au moins un quart de rente et au renvoi du dossier à l'office AI pour détermination concrète du taux d'invalidité après organisation d'un stage d'observation. L'administration a proposé le rejet du recours. Les parties ont maintenu leurs positions dans leurs écritures ultérieures. L'intéressé a en outre déposé un nouvel avis du docteur U._ critiquant les conclusions de l'expertise (rapport du 26 juin 2009). La Pensionskasse X._ AG (ci-après: la caisse) a été autorisée à se déterminer; elle a conclu au rejet du recours. L'autorité judiciaire de première instance a rejeté le recours (jugement du 29 août 2011). Elle a estimé qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter du rapport d'expertise CEMed, les critiques formulées ne le remettant pas en question; elle a en revanche invité l'office AI à statuer sur la question des mesures d'ordre professionnel. C. T._ recourt contre ce jugement, dont il requiert l'annulation, concluant sous suite de frais et dépens à l'allocation de prestations ou au renvoi de la cause à l'administration pour instruction complémentaire et nouvelle décision. Il sollicite en outre l'octroi de l'assistance judiciaire limitée aux frais de justice. La caisse et l'office AI concluent au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 