Sachverhalt: A. S._, geboren 1982, stürzte am 27. Februar 2000 mit ihrem Snowboard. Frau Dr. med. A._, Allgemeinmedizin FMH, diagnostizierte anlässlich der Erstkonsultation am 9. März 2000 ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) und attestierte S._, welche damals als Haushaltshilfe tätig war, bis zum 21. April 2000 eine 100%ige und bis zum 16. Mai 2000 eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit. Nachdem S._ von September 2000 bis September 2001 eine Ausbildung zur Kosmetikerin absolviert hatte, traten erneut Rücken- und Schulterbeschwerden auf. S._ war in der Folge an verschiedenen Arbeitsstellen tätig und machte sich im April 2004 selbstständig, konnte jedoch nur noch mit deutlich reduziertem Pensum arbeiten. Die Ersatzkasse UVG, bei welcher sie für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Nachdem sie die Versicherte durch Dr. med. B._, Orthopädische Chirurgie FMH, hatte abklären lassen (Gutachten vom 26. Juni 2003), das von der Invalidenversicherung in Auftrag gegebene interdisziplinäre Gutachten des Dr. med. L._, Psychiatrie und Psychotherapie sowie Kinder- und Jugendpsychiatrie FMH, vom 12. September 2003 (mit rheumatologischem Teilgutachten) beigezogen hatte, eine weitere Begutachtung in der Klinik X._ (Gutachten vom 3. April 2006) veranlasst und schliesslich ein Aktengutachten des Dr. med. E._, Orthopädische Chirurgie FMH (Gutachten vom 28. Oktober 2006) eingeholt hatte, schloss sie den Fall mit Verfügung vom 12. Juli 2006 und Einspracheentscheid vom 19. Juni 2007 ab und stellte ihre Leistungen per 30. Juni 2006 ein mit der Begründung, dass die noch geklagten Beschwerden nicht mehr in adäquatem Kausalzusammenhang mit dem Unfall stünden. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 27. März 2009 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Leistungen auch über den 30. Juni 2006 hinaus zuzusprechen, eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Ersatzkasse UVG zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. 