Sachverhalt: A. Der 1961 geborene A._ arbeitete als Koch im Restaurant X._ und war in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen National-Versicherungs-Gesellschaft (National) obligatorisch gegen Unfälle versichert. Am 26. Oktober 2002 drangen nachts um 2.45 Uhr zwei maskierte Unbekannte in die Wohnung oberhalb des Restaurants ein, welche der Versicherte mit seinem Bruder bewohnte. A._ erwachte und versuchte, die Eindringlinge durch Geräusche zu vertreiben, was ihm nicht gelang. Die vermummten Einbrecher schlugen ihn mit einem unbekannten, harten, länglichen Gegenstand auf den Kopf und bedrängten ihn. Schliesslich konnte der Bruder des Versicherten die Täter mit Gläsern und Aschenbechern als Wurfgeschosse aus der Wohnung vertreiben. Im Spital Y._ stellte man beim sofort eingelieferten Versicherten multiple Rissquetschwunden und Prellungen am Schädel und am linken Arm fest. Der Hausarzt Dr. med. H._ berichtete der National, welche Versicherungsleistungen ausrichtete, sein Patient habe ein schweres psychisches Trauma erlitten und müsse Antidepressiva einnehmen. Am 4. November 2002, eine Woche nach dem Vorfall, nahm A._ seine Arbeit als Koch wieder vollumfänglich auf. Am 30. Juni 2003 berichtete Dr. med. H._ von andauernden Rücken- und Nackenschmerzen und nächtlichen Angstzuständen, welche immer noch medikamentös und mittels psychologischer Betreuung behandelt würden. Der wegen der starken Schmerzen konsultierte Dr. med. E._, Facharzt FMH für Neurologie, erhob am 20. Oktober 2003 in somatischer Hinsicht keine Befunde und stellte die Diagnose einer posttraumatischen Belastungsstörung. Diese wurde vom Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, Dr. med. R._ in seinem Bericht vom 25. Januar 2004 bestätigt. Ab 5. April 2004 wurde dem Versicherten eine volle Arbeitsunfähigkeit attestiert. Die National liess in der Folge die (ehemalige) Arbeitgeberin des A._ durch ihren Schadeninspektor ohne Anwesenheit des Betroffenen über den Gesundheitszustand und ihren persönlichen Eindruck in Bezug auf die Kausalität zwischen den Gesundheitsschäden des Versicherten und dem Ereignis vom 26. Oktober 2002 befragen. Auf Grund des Berichts vom 28. Mai 2004 teilte die Unfallversicherung A._ mit, seine psychischen Beschwerden und die daraus resultierende Arbeitsunfähigkeit seien nicht auf den Unfall, sondern auf Unstimmigkeiten am Arbeitsplatz zurückzuführen, weshalb sie ihre Leistungen wegen fehlender natürlicher Kausalität einstelle (Verfügung vom 2. September 2004). Im daraufhin folgenden Einspracheverfahren liess sie den Versicherten bei der Psychiatrie Z._ fachärztlich begutachten. In der Expertise vom 28. April 2005 stellten Dr. med. L._, Assistenzarzt, und med. pract. K._, leitender Arzt, die Diagnose einer posttraumatischen Belastungsstörung (ICD-10 F43.1) in mild- bis mässiggradiger Ausprägung mit protrahiertem Verlauf. Sie bejahten einen ursächlichen Zusammenhang zwischen dem Unfall und ihrem Befund. Im Einspracheentscheid vom 5. August 2005 zog die National einen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Gesundheitsschaden und dem Überfall vom 26. Oktober 2002 nach wie vor in Zweifel, lehnte ihre Leistungspflicht aber auch wegen eines fehlenden adäquaten Kausalzusammenhanges ab. B. Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau am 7. Juni 2006 gut. C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die National, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid sei zu bestätigen. A._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen und stellt das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Stellungnahme. 