Faits: A. La fondation "Stiftung X._" (ci-après la Fondation) est la fondation de prévoyance des entreprises du groupe A._ AG. Elle détenait l'ensemble des actions de la société immobilière B._ SA (ci-après la Société immobilière), propriétaire de cinq parcelles sises à C._ dont l'estimation fiscale était de CHF 14'843'000.-. Par expertise du 31 octobre 2009, la valeur vénale de ces immeubles a été fixée à CHF 17'400'000.-. Par acte notarié du 6 mai 2010, la Société immobilière a transféré à la Fondation des actifs comprenant les cinq parcelles précitées pour CHF 17'451'842 et des passifs, à savoir une dette hypothécaire de CHF 16'091'354.60, soit un transfert net d'actifs de CHF 1'360'487.40. Il ressort du registre du commerce que la Société immobilière a fusionné avec effet au 31 décembre 2011 avec la société D._ AG et lui a transféré ses actifs et passifs restants, soit respectivement CHF 519'921.84 et CHF 0.00. B. Par décision de taxation du 15 juillet 2010, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après l'Administration cantonale) a fixé le montant du droit de mutation en matière cantonale et communale découlant du transfert du 6 mai 2010 à CHF 574'000.-, sur la base d'éléments imposables arrêtés à CHF 17'400'000.-. La Fondation a déposé une réclamation contre la décision de taxation du 15 juillet 2010, rejetée par l'Administration cantonale par décision du 10 février 2011. Le 11 mars 2011, la Fondation a recouru contre la décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal). Par arrêt du 27 janvier 2012, le Tribunal cantonal a rejeté ce recours. Il a considéré en substance que le transfert de patrimoine entre la Société immobilière et la Fondation ne remplissait pas les conditions légales pour pouvoir bénéficier d'une exonération du droit de mutation, qui devait être calculé sur la base de la valeur vénale et non fiscale des immeubles. C. Par acte du 28 février 2012, la Fondation dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du 27 janvier 2012. Elle conclut, principalement, à l'annulation de cet arrêt et à ce qu'il soit déclaré qu'elle est exonérée du droit de mutation fixé par décision de l'Administration cantonale du 15 juillet 2010, le tout sous suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle requiert le renvoi de l'affaire à l'autorité de taxation pour qu'elle procède au dégrèvement des droits de mutation fixés dans la décision de taxation du 15 juillet 2010. Le Tribunal cantonal s'est référé aux conclusions et au dispositif de l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours. L'Administration cantonale, aux termes d'une détermination substantielle, requiert le rejet du recours, à l'instar de l'Administration fédérale des contributions. Le 23 novembre 2012, la Cour de céans a délibéré sur le présent recours en séance publique. 