Faits: A. Le 15 mars 2012, A._ a été intercepté à la douane de Genève. L'examen de son abdomen a révélé qu'il était porteur de 909.09 g de cocaïne, d'un taux de pureté moyen de 64.85 %. Une note a été trouvée sur lui indiquant "manor" "5" et "xxx". La surveillance rétroactive du raccordement téléphonique correspondant à ce dernier numéro a été ordonnée et une perquisition effectuée le 4 juin 2012. Celle-ci a en particulier permis de découvrir, dans la chambre occupée notamment par X.Y._, la carte SIM du raccordement xxx, le téléphone utilisé avec cette carte le 15 mars 2012 et un autre téléphone dans lequel cette carte avait été insérée et qui comportait un message destiné à "X._". Des quantités importantes de drogues et une note indiquant une série de noms et des chiffres ont également été saisies à cette occasion. B. Par jugement du 10 janvier 2013, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a condamné X.Y._ à une peine privative de liberté de cinq ans, sous déduction de la détention avant jugement, pour infraction grave à LStup (art. 19 al. 1 et 2 LStup) et séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b LEtr). Divers objets et valeurs ont été confisqués. C. Par arrêt du 15 avril 2013, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé par X.Y._. D. Ce dernier interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt du 15 avril 2013, au constat de la nullité de la perquisition effectuée le 4 juin 2012, à son acquittement et à sa mise en liberté immédiate. Subsidiairement, il requiert l'annulation de l'arrêt du 15 avril 2013 et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision, après constat de l'établissement arbitraire des faits, plus subsidiairement du caractère illégal de la peine. Il sollicite l'assistance judiciaire. 