Sachverhalt: A. A.a Der 1962 geborene K._ war als Angestellter der D._ AG bei der SWICA Versicherungen AG (nachstehend: SWICA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als am 3. September 2005 das Fahrzeug, in dem sich der Versicherte als Beifahrer befand, auf ein voraus fahrendes Fahrzeug auffuhr. Der Versicherte wurde noch am Unfalltag in das Krankenhaus X._ verbracht; dort wurde eine Prellung des linken Thorax und eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SWICA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Per 1. Februar 2007 kürzte sie die Taggeldleistungen um 50 % und stellte mit Verfügung vom 27. Juni 2007 per Ende Juni 2007 sämtliche Leistungen ein, da K._ seinen Mitwirkungs- und Schadenminderungspflichten nicht genügend nachgekommen sei. Nachdem der Versicherte gegen diese Verfügung Einsprache erhoben hatte, gab die Versicherung ihm mit Schreiben vom 30. Oktober 2007 Gelegenheit, sich auch zur adäquaten Kausalität zwischen dem Ereignis und den geklagten Beschwerden zu äussern. Mit Einspracheentscheid vom 8. Januar 2008 stellte die SWICA daraufhin ihre Leistungen per 12. Dezember 2006 ein, da die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zu verneinen sei. A.b Bereits am 12. Dezember 2007 erhob K._ Rechtsverzögerungsbeschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich betreffend der Kürzung der Taggeldleistungen. Das kantonale Gericht wies die SWICA mit Entscheid vom 26. Februar 2008 an, über diese unverzüglich eine anfechtbare Verfügung zu erlassen. Mit Verfügung vom 18. März 2008 und Einspracheentscheid vom 24. Juni 2008 hielt die SWICA fest, ein Entscheid über die Kürzung der Taggeldleistungen sei obsolet geworden, da die Adäquanz des Kausalzusammenhanges bereits per 12. Dezember 2006 zu verneinen sei. B. Die von der Helsana Versicherungen AG (nachstehend: die Helsana) gegen den Einspracheentscheid vom 8. Januar 2008 erhobenen Beschwerden wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Oktober 2009 ab. Mit gleichem Entscheid hiess das kantonale Gericht die Beschwerden des K._ gegen die Einspracheentscheide vom 8. Januar 2008 und vom 24. Juni 2008 in dem Sinne teilweise gut, als die Sache unter teilweiser Aufhebung der Einspracheentscheide zur Prüfung des Anspruches auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung an die SWICA zurückgewiesen wurde. C. Mit Beschwerde beantragt die SWICA sinngemäss, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihre Leistungseinstellung per 12. Dezember 2006 zu bestätigten. K._ erhebt seinerseits Beschwerde und beantragt, die SWICA sei unter Abänderung der Ziffer 1 des Dispositivs des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ab 1. September 2007 Taggeld-Leistungen zu erbringen. Während K._ die Abweisung der Beschwerde der SWICA, soweit auf diese einzutreten ist, beantragt, schliesst die SWICA ihrerseits auf Abweisung der Beschwerde des K._. K._ stellt in beiden Verfahren ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Die Helsana und das Bundesamt für Gesundheit verzichten in beiden Verfahren auf eine Vernehmlassung. D. Auf Aufforderung des Intruktionsrichters hin bestätigte K._ mit Schreiben vom 28. April 2010, für die bundesgerichtlichen Verfahren nicht rechtsschutzversichert zu sein. 