Sachverhalt: A. Mit Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 22. Juni 2004 wurde die am 5. Dezember 1986 zwischen I._ und C._ geschlossene Ehe geschieden. In Dispositiv Ziffer 8 des Urteils stellte das Obergericht fest, dass jede Partei Anspruch auf die Hälfte der während der Ehedauer erworbenen, nach FZG zu ermittelnden Austrittsleistung des anderen Ehegatten habe; dabei sei der WEF-Vorbezug von I._ zu berücksichtigen. Nach Eintritt der Rechtskraft des Entscheides über das Teilungsverhältnis überwies das Obergericht die Streitsache am 18. Oktober 2004 dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zur Aufteilung der Guthaben aus der beruflichen Vorsorge. Das kantonale Verwaltungsgericht räumte den Parteien Gelegenheit ein, Anträge zu stellen und Unterlagen einzureichen, wovon diese mit Eingaben vom 1. Februar (I._) und 17. Februar sowie 11. März 2005 (C._) Gebrauch machten. Mit Entscheid vom 27. April 2005 stellte das Verwaltungsgericht fest, dass C._ gegenüber der Swisscanto Freizügigkeitsstiftung der Kantonalbanken (im Folgenden: Swisscanto) Anspruch auf eine Austrittsleistung im Betrag von Fr. 64'727.- habe. Ferner wies es die Swisscanto an, innert 30 Tagen nach Eintritt der Rechtskraft des Entscheides vom Freizügigkeitskonto von I._, Konto Nr. 690000.011194, den erwähnten Betrag auf das Freizügigkeitskonto von C._, Konto Nr. 690000.13143, zu überweisen, wobei der genannte Betrag für den Zeitraum vom 26. April 2004 bis 31. Dezember 2004 mit 2,25 % und ab 1. Januar 2005 mit 2,5 % zu verzinsen sei. Sodann verhielt es I._ zur Bezahlung einer Parteientschädigung von Fr. 1000.- an seine geschiedene Ehefrau. B. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt I._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Neuberechnung der seiner geschiedenen Ehegattin zustehenden Austrittsleistung. Er verlangt, dass nur ein Vorbezug für die Wohnung von Fr. 28'000.- statt Fr. 50'000.- angerechnet werde, sowie eine separate Aufteilung des Gewinnanteils von Fr. 37'746.- aus der Auflösung der Vorsorgeeinrichtung seiner früheren Arbeitgeberin, der Firma F._. Schliesslich sei der angefochtene Entscheid hinsichtlich der C._ zugesprochenen Parteientschädigung aufzuheben. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau nimmt in ablehnendem Sinne Stellung zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde. C._ lässt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen und um die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen, während die als Mitinteressierte beigeladene Swisscanto unter Beilage aktualisierter Berechnungen der zu teilenden Austrittsleistungen beider Parteien auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. 