Sachverhalt: A. Das Kreisgericht VII Konolfingen sprach X._ am 18. Oktober 2007 der mehrfachen, mengenmässig qualifizierten, gewerbsmässigen und teilweise bandenmässigen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, des Fahrens unter Drogeneinfluss sowie der gewerbsmässigen und bandenmässigen Geldwäscherei schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 4 1⁄2 Jahren unter Anrechnung der Untersuchungshaft und des vorzeitigen Strafantritts, als Zusatzstrafe zum Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern vom 7. Februar 2006, und zu einer Busse von Fr. 600.--. Dagegen appellierte die Generalprokuratur in Bezug auf den Betäubungsmittelhandel mit P._ und Q._ sowie die Strafzumessung. B. Das Obergericht des Kantons Bern sprach X._ am 20. Januar 2009 in Abänderung des erstinstanzlichen Urteils der mengenmässig qualifizierten und gewerbsmässigen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz durch Kauf von ca. 71'000 Thaipillen bei P._ und Q._ schuldig. Darüber hinaus stellte es fest, dass die weiteren erstinstanzlichen Schuldsprüche in Rechtskraft erwachsen sind. Es verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 7 1⁄2 Jahren und zu einer Busse von Fr. 600.--, als Zusatzstrafe zum Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern vom 7. Februar 2006. Die Untersuchungshaft und den vorzeitigen Strafantritt rechnete es auf die Freiheitsstrafe an. C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht des Kantons Bern zurückzuweisen. Er stellt ein Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. D. Das Obergericht des Kantons Bern hat mit Schreiben vom 15. Mai 2009 auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die a.o. Generalprokuratorin des Kantons Bern beantragt mit Eingabe vom 9. September 2009 die Abweisung der Beschwerde. 