Faits: A. A.a X._, de nationalité suisse, est décédé à son domicile de Nice (France) le 12 juillet 1962, laissant pour héritiers sa veuve, dame X._, et leurs deux fils, C._, domicilié à Genève, et A._, domicilié à Nice. Les hoirs sont propriétaires communs d'un immeuble locatif sis à Genève, qui appartenait au défunt. Le 2 juillet 2003, A._ a saisi la Justice de paix du canton de Genève d'une requête en nomination d'un représentant de la communauté héréditaire au sens de l'art. 602 al. 3 CC, vu les divergences entre les héritiers concernant la gestion de l'immeuble. Le Juge de paix a donné suite à cette requête en désignant, le 7 septembre 2004, un représentant ayant pour mission de s'occuper des questions relatives à l'immeuble. Plusieurs représentants d'hoirie se sont succédé. L'actuel, Me B._, avocat à Genève, a été nommé le 22 février 2005. Dame X._ se trouvait sous curatelle renforcée, selon décision du Tribunal d'instance de Nice du 17 juillet 2006, levée le 17 décembre 2007 par la Justice de paix de Nyon. A.b Par décision du 3 octobre 2007, confirmant l'annulation, intervenue en août 2007, d'une précédente décision du 29 juin 2007, Me B._ a attribué deux logements vacants sis au deuxième étage de l'immeuble à de nouveaux locataires, écartant par là-même la candidature de C._, initialement retenue, et a relancé les héritiers au sujet de deux devis pour des travaux de remplacement de l'ascenseur. Le 8 novembre 2007, Me B._ a pris quatre décisions relatives à la gestion de l'immeuble, qui ne sont pas remises en cause dans la présente procédure. A.c Dès son entrée en fonction, Me B._ a sollicité des provisions sur honoraires à hauteur de 19'200 fr. en 2005 et de 16'000 fr. en novembre 2006, compte tenu des difficultés rencontrées dans l'accomplissement de sa mission. Le Juge de paix a fait droit à ces requêtes. Par courrier du 22 octobre 2007, le représentant de la communauté héréditaire a demandé une nouvelle provision d'honoraires de 14'300 fr., précisant qu'il avait accompli 165 heures d'activité depuis sa nomination et que son travail était particulièrement ardu en raison du conflit opposant les deux frères. A.d Invité à se déterminer, A._ s'est opposé à la demande de provision et a persisté à solliciter la destitution de Me B._, lui reprochant une collusion avec C._ pour avoir, dans un premier temps, attribué à celui-ci deux appartements de l'immeuble, malgré les procédures pénales ouvertes à son encontre, avant de revenir sur sa décision. C._ a pour sa part conclu à l'annulation des quatre décisions du 8 novembre 2007, considérant que l'exécution des différents travaux était prématurée, voire inutile. Quant à dame X._, dans un recours à la teneur identique à celui de son fils C._, elle a conclu à l'annulation de la décision du 3 octobre 2007. Me B._, dans ses observations aux différents recours, a expliqué, d'une part, que l'hostilité farouche entre les deux frères l'obligeait à déployer une activité quasi journalière pour la gestion de l'immeuble et, d'autre part, qu'il n'avait été informé de l'inculpation pénale de C._ qu'en juillet 2007, ce qui avait motivé le retrait de sa décision du 29 juin 2007. B. Par ordonnance du 28 février 2008, déclarée exécutoire nonobstant recours, le Juge de paix a confirmé les décisions de Me B._ des 3 octobre et 8 novembre 2007, déclaré irrecevable le recours de dame X._, fixé à 300 fr. le tarif horaire de l'avocat pour son activité de représentant de l'hoirie, admis le principe de provisions d'honoraires bisannuelles et débouté les parties de toutes autres conclusions. Par décision du 10 novembre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a, à la forme et préalablement, notamment ordonné la disjonction du recours interjeté par A._ de ceux formés par son frère et sa mère contre l'ordonnance de la Justice de paix du 28 février 2008. Sur le fond, la cour cantonale a rejeté le recours de A._, condamné celui-ci à payer un émolument de décision de 1'500 fr., les sûretés versées par lui étant affectées au paiement de cet émolument, mis les frais de Me B._, pour son activité liée audit recours, à la charge de la communauté héréditaire et débouté les parties de toutes autres conclusions. C. A._ interjette un recours en matière civile contre la décision du 10 novembre 2008, dont il demande l'annulation en tant qu'elle refuse de révoquer Me B._; il conclut en outre à ce qu'il soit constaté que la Cour de justice a omis de se prononcer sur le montant des honoraires de celui-ci. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire. Des observations sur le fond n'ont pas été requises. D. Par ordonnance du 5 mars 2009, la présidente de la cour de céans a admis la requête d'effet suspensif au sens des motifs. 