Sachverhalt: Sachverhalt: A. A.a Der 1969 geborene Z._ reiste 1991 aus dem Kosovo in die Schweiz ein und arbeitete seit 2. April 1992 als Officebursche beim Hotel R._; in dieser Eigenschaft war er bei der Basler Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Basler) obligatorisch gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfall versichert. Am Abend des 24. Oktober 1998 war er als Mitfahrer auf dem Rücksitz des von seinem Bruder korrekt gelenkten Personenwagens in eine Frontalkollision verwickelt, wobei sein Bruder noch auf der Unfallstelle verstarb. Die Dres. med. T._ und M._, interdiziplinäre Notfallstation, Departement Chirurgie, Kantonsspital Y._, auf welcher Z._ vom 24. bis 26. Oktober 1998 hospitalisiert war, diagnostizierten eine Commotio cerebri, eine Thorax- sowie eine Nierenkontusion (Berichte vom 27. Oktober und 23. November 1998). Z._ war anfangs 1999 von Frau Dr. med. U._, Psychiatrische Universitätspoliklinik C._, wo er gemäss Krankengeschichte in Behandlung stand, an Dr. phil. H._, Psychologe und Psychotherapeut FSP, zwecks psychotherapeutischer Behandlung überwiesen worden. Dieser hielt im Bericht vom 6. März 1999 fest, im Anschluss an das traumatische Erlebnis seien im Verlauf typische Anzeichen einer posttraumatischen Belastungsstörung aufgetreten, welche bis zum Zeitpunkt der Berichterstattung anhalten würden. Vom 15. November bis 14. Dezember 1999 war Z._ zur stationären Physiotherapie in der Rheumatologischen Universitätsklinik, Spital F._, hospitalisiert. A.b Am 3. Februar 2000 meldete sich Z._ unter Hinweis auf "Schmerzen und schnellem Verlust der Konzentration" bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Gemäss Bericht des Dr. med. P._, Spezialarzt FMH für Innere Medizin, vom 1. April 2000 war Z._ vom 24. Oktober 1998 bis 4. Januar 1999 100 %, vom 5. Januar bis 14. November 1999 50 %, vom 15. November bis 28. Dezember 1999 100 % sowie ab 29. Dezember 1999 50 % arbeitsunfähig. Dr. med. J._, Spezialarzt FMH für Innere Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, betrachtete Z._ nur zu 50 % arbeitsfähig. Er hoffe, es gelinge, durch den stationären Therapieversuch die Arbeitsfähigkeit zu steigern (Bericht vom 26. Oktober 1999). Die IV-Stelle Basel-Stadt beauftragte Dr. med. E._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, mit einer psychiatrischen Expertise (Gutachten vom 22. August 2001). Dr. med. E._ diagnostizierte eine Anpassungsstörung mit längerer depressiver Reaktion bei Status nach Verkehrsunfall am 24. Oktober 1998 mit wahrscheinlichem HWS-Distorsionstrauma, Commotio cerebri und posttraumatischer Belastungsstörung sowie somatoformer Schmerzstörung. Es bestehe immer noch eine relevante depressive Symptomatik und Symptome einer sich in Remission befindenden posttraumatischen Belastungsstörung. Daneben habe sich zunehmend eine psychosomatische Entwicklung angebahnt, welche die Hauptursache der empfundenen Schmerzen sei. Dr. med. E._ kommt zum Schluss, die depressive Symptomatik habe Krankheitswert. Aus psychiatrischer Sicht schränke dies Z._ um 50 % in seiner zuletzt ausgeübten Tätigkeit ein. A.c Mit Vorbescheid vom 25. September 2001 hielt die IV-Stelle ab 24. Oktober 1999 einen Invaliditätsgrad von 100 % und ab 1. Januar 2000 einen solchen von 50 % fest. Die Basler als Unfallversicherer holte am 21. Mai 2002 bei der neurologischen Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals I._ ein neurologisches Gutachten vom 17. Dezember 2002 ein. Dabei wurde aus somatischer und neurologischer Sicht keine wesentliche Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit festgestellt. Am 15. April 2003 wurde Dr. E._ mit einer weiteren psychiatrischen Begutachtung beauftragt. Am 26. Oktober 2003 hielt Dr. E._ fest, die Diagnosen der anhaltenden somatoformen Schmerzstörung und einer depressiven Störung müssten in den Vordergrund gerückt werden. Wie 2001 beurteile er den Versicherten als zu 50 % in seiner Arbeitsfähigkeit eingeschränkt, wobei auch im Zeitpunkt des Gutachtens gelte, dass Z._ medizinisch gesehen eine Willensanstrengung zur Überwindung seines Leidens zugemutet werden könne. Mit Verfügung vom 21. April 2004 wurde Z._ ab 1. Oktober 1999 bis 31. März 2000 eine ganze und ab 1. April 2000 eine halbe Invalidenrente zugesprochen. Mit Einsprache liess Z._ beantragen, ihm sei auch über den 1. April 2000 hinaus eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, da die Ärzte der Rehabilitationsklinik X._ zum Schluss gekommen seien, dass bei ihm eine schwere Depression vorliege. Am 18. Juni 2004 fanden im Auftrag der Basler durch Dr. phil. H._ ein Aktenkonsilium und im November 2004 konsiliarische Untersuchungen statt, deren Erkenntnisse am 9. Dezember 2004 schriftlich vorgelegt wurden. Dabei wurde als Hauptdiagnose eine chronische posttraumatische Belastungsstörung gestellt. Zur Frage der Arbeitsfähigkeit führte Dr. phil. H._ aus, zu Beginn solle ein Arbeitsversuch mit zwei Stunden pro Tag unternommen und nach und nach auf 4.2 Stunden täglich gesteigert werden. Mit Entscheid vom 22. September 2005 wies die IV-Stelle die Einsprache ab. A.c Mit Vorbescheid vom 25. September 2001 hielt die IV-Stelle ab 24. Oktober 1999 einen Invaliditätsgrad von 100 % und ab 1. Januar 2000 einen solchen von 50 % fest. Die Basler als Unfallversicherer holte am 21. Mai 2002 bei der neurologischen Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals I._ ein neurologisches Gutachten vom 17. Dezember 2002 ein. Dabei wurde aus somatischer und neurologischer Sicht keine wesentliche Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit festgestellt. Am 15. April 2003 wurde Dr. E._ mit einer weiteren psychiatrischen Begutachtung beauftragt. Am 26. Oktober 2003 hielt Dr. E._ fest, die Diagnosen der anhaltenden somatoformen Schmerzstörung und einer depressiven Störung müssten in den Vordergrund gerückt werden. Wie 2001 beurteile er den Versicherten als zu 50 % in seiner Arbeitsfähigkeit eingeschränkt, wobei auch im Zeitpunkt des Gutachtens gelte, dass Z._ medizinisch gesehen eine Willensanstrengung zur Überwindung seines Leidens zugemutet werden könne. Mit Verfügung vom 21. April 2004 wurde Z._ ab 1. Oktober 1999 bis 31. März 2000 eine ganze und ab 1. April 2000 eine halbe Invalidenrente zugesprochen. Mit Einsprache liess Z._ beantragen, ihm sei auch über den 1. April 2000 hinaus eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, da die Ärzte der Rehabilitationsklinik X._ zum Schluss gekommen seien, dass bei ihm eine schwere Depression vorliege. Am 18. Juni 2004 fanden im Auftrag der Basler durch Dr. phil. H._ ein Aktenkonsilium und im November 2004 konsiliarische Untersuchungen statt, deren Erkenntnisse am 9. Dezember 2004 schriftlich vorgelegt wurden. Dabei wurde als Hauptdiagnose eine chronische posttraumatische Belastungsstörung gestellt. Zur Frage der Arbeitsfähigkeit führte Dr. phil. H._ aus, zu Beginn solle ein Arbeitsversuch mit zwei Stunden pro Tag unternommen und nach und nach auf 4.2 Stunden täglich gesteigert werden. Mit Entscheid vom 22. September 2005 wies die IV-Stelle die Einsprache ab. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf eine ganze Invalidenrente ab 1. April 2000 hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 28. März 2006 gut. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf eine ganze Invalidenrente ab 1. April 2000 hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 28. März 2006 gut. C. Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 28. März 2006 aufzuheben und die Richtigkeit des Einspracheentscheides vom 22. September 2005 zu bestätigen, wonach dem Versicherten ab 1. April 2000 lediglich eine halbe anstatt eine ganze Invalidenrente zustehe. Z._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen; gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 