Sachverhalt: A. Die 1956 geborene F._ war seit August 2001 mit einem Pensum von 70 % als Sachbearbeiterin in der Buchhaltung der M._ AG tätig. Daneben arbeitete sie zu 30 % als selbstständige Buchhalterin. Am 8. Februar 2003 erlitt sie auf einem Betriebsausflug in Grindelwald einen Unfall mit einem Velogemel (Veloschlitten). Nachdem sich F._ im Dezember 2004 unter Hinweis auf eine Distorsion der Halswirbelsäule bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug angemeldet hatte, traf die IV-Stelle Nidwalden Abklärungen in erwerblicher sowie medizinischer Hinsicht und zog die Akten des Unfallversicherers Allianz Suisse bei. Mit Verfügung vom 15. Dezember 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 27. März 2006, lehnte die IV-Stelle das Rentengesuch ab. Das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden bestätigte auf Beschwerde hin mit Entscheid vom 30. April 2007 die ablehnende Betrachtungsweise der Verwaltung, worauf F._ mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangte. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 30. Juli 2009 in dem Sinne gut, dass es den vorinstanzlichen Entscheid vom 30. April 2007 und den Einspracheentscheid vom 27. März 2006 aufhob und die Sache an die IV-Stelle zurückwies, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf eine Invalidenrente neu verfüge (8C_437/2008). In Nachachtung dieses Rückweisungsurteils beauftragte die IV-Stelle die Medizinische Abklärungsstelle am Spital X._, ein interdisziplinäres Gutachten zu erstatten. Dieses datiert vom 30. März 2010. Gestützt auf die Erkenntnisse der Experten gelangte die IV-Stelle erneut zum Schluss, dass keine Invalidität vorliege. Demgemäss lehnte sie das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 6. Juli 2010 wiederum ab. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher die Versicherte zur Hauptsache die Zusprechung mindestens einer Viertelsrente beantragen liess und mit der sie ein Gutachten der Klinik für Neurologie, Spital Y._, vom 13. Juli 2010 ins Recht legte, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 28. März 2011 ab. C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zu neuer Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen; eventuell sei ihr mindestens eine Viertelsrente zuzusprechen. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 