Sachverhalt: A. Am 14. Februar 2007 reichte die X._ AG beim Gemeinderat Seon ein Gesuch ein für die Bewilligung der bereits bestehenden Wohnnutzung im Ostteil des Erdgeschosses des Gebäudes Nr. 1613, Brauereiweg 6. Dieses Gebäude wurde anfangs der neunziger Jahre des 20. Jahrhunderts errichtet. Es befindet sich nach der geltenden Bauordnung der Gemeinde Seon vom 23. November 2001 (BO 2001) in der Wohn- und Gewerbezone 3. Zuvor lag es gemäss Bauordnung vom 6. Dezember 1985 (BO 1985) in der Wohn- und Gewerbezone. Der Gemeinderat Seon verpflichtete die X._ AG mit Beschluss vom 26. Februar 2007, die fraglichen Räumlichkeiten nicht zu Wohnzwecken zu verwenden. Er wies darauf hin, dass diese nur als Büro usw. genutzt werden dürfen, und auferlegte der X._ AG eine Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands bis zum 30. September 2007. B. Gegen diesen Beschluss erhob (unter anderem) die X._ AG Verwaltungsbeschwerde beim Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau. Dieses setzte die Frist für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes neu fest (31. März 2008), wies die Beschwerde im Übrigen aber mit Entscheid vom 12. September 2007 ab. Gegen diesen Entscheid erhob die X._ AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses setzte mit Urteil vom 29. April 2008 die Frist für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands neu fest (31. März 2009) und wies die Beschwerde im Übrigen ab. C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 29. April 2008 erhebt die X._ AG mit Eingabe vom 28. Juli 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und rügt eine Verletzung der Eigentumsgarantie (Art. 26 BV), des Willkürverbots (Art. 9 BV), des Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 9 BV) sowie des Verhältnismässigkeitsprinzips (Art. 5 Abs. 2 und Art. 36 Abs. 3 BV). D. Das Verwaltungsgericht und der Gemeinderat haben je eine Stellungnahme eingereicht, jedoch keinen Antrag gestellt. Das Departement liess sich nicht vernehmen. 