Sachverhalt: A. A._ (Kläger, Beschwerdeführer) war vom 13. August 2007 bis zum 31. März 2008 bei der X._ AG mit Sitz in Liechtenstein (Beklagte, Beschwerdegegnerin) bei der Zweigniederlassung Y._ Oberriet SG als technischer Leiter angestellt. Am 7. April 2008 mahnte er die Arbeitgeberin, ihm innerhalb von sieben Tagen den ausstehenden Lohn inkl. Überzeit, eine korrekte Abrechnung inkl. Überstunden und ein unkodiertes Arbeitszeugnis zukommen zu lassen. Als die Zweigniederlassung diesen Forderungen nicht nachkam, gelangte er an die Schlichtungsstelle für Arbeitsverhältnisse. Der Vorstand blieb unvermittelt. B. Am 23. Dezember 2009 reichte der Kläger beim Kreisgericht Rheintal Klage ein. Er verlangte im Wesentlichen, die Beklagte zu verpflichten, ihm eine nach Durchführung des Beweisverfahrens zu beziffernde Forderung zu bezahlen und ein textmässig vorgegebenes Zeugnis auszustellen. Die Beklagte beantragte, das Verfahren gemäss Art. 207 SchKG einzustellen, die Klage auf Lohnforderung abzuweisen und das vom Kläger vorgeschlagene Zeugnis hinsichtlich eines Abschnittes anzupassen. Widerklageweise verlangte sie eine Entschädigung im Sinne von Art. 337d OR von Fr. 5'725.-- sowie die Rückzahlung zu Unrecht bezahlten Lohns für den Monat März 2008 von Fr. 2'451.35. In der Duplik stellte sie zudem ein Sistierungsbegehren, bis über die Verfahrenseinstellung nach Art. 207 SchKG rechtskräftig entschieden sei. In der Folge wurde das Verfahren betreffend die Widerklage am 4. Oktober 2010 gestützt auf Art. 207 SchKG bis auf weiteres sistiert und getrennt vom hier zu beurteilenden Klageverfahren durchgeführt. Mit Eingabe vom 12. September 2011 bezifferte der Kläger seine Klageforderung auf Fr. 35'848.50. Am 11. Januar 2012 sprach das Kreisgericht dem Kläger Fr. 22'742.65 nebst Zins zu und verpflichtete die Beklagte, binnen 10 Tagen nach Eintritt der Rechtskraft des Entscheides das vom Kläger beantragte Zeugnis auszustellen. Die Entscheidgebühr von Fr. 6'000.-- auferlegte es der Beklagten, erstattete dem Kläger die Einschreibgebühr von Fr. 1'300.-- zurück und sprach ihm eine Entschädigung für seine Parteikosten von Fr. 14'990.65 zu. C. Die Beklagte erhob gegen das Urteil des Kreisgerichts beim Kantonsgericht des Kantons St. Gallen Berufung und beantragte, den Entscheid des Kreisgerichts aufzuheben und die Klage kostenfällig abzuweisen. Die Kosten sollten zu Lasten des Klägers gehen. Der Kläger schloss im Wesentlichen auf Abweisung der Berufung. Mit Entscheid vom 4. Dezember 2012 sprach das Kantonsgericht dem Kläger lediglich Fr. 20'917.40 nebst Zins zu und wies im Übrigen die Berufung ab (Dispositivziffer 1). Die erstinstanzliche Entscheidgebühr von Fr. 6'000.-- auferlegte es zu 3/5 der Beklagten und zu 2/5 dem Kläger (Dispositivziffer 2), die zweitinstanzliche von Fr. 4'000.-- der Beklagten zu 9/10 und dem Kläger zu 1/10 (Dispositivziffer 3). Dabei rechnete es die Einschreibgebühr und den geleisteten Kostenvorschuss an. Sodann hatte die Beklagte den Kläger für dessen Parteikosten im Verfahren vor beiden Instanzen mit Fr. 4'678.55 zu entschädigen (Dispositivziffer 4). D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Dispositivziffern 2, 3 und 4 des kantonsgerichtlichen Entscheides aufzuheben, die Beschwerdegegnerin zur Tragung der erst- und zweitinstanzlichen Entscheidgebühren zu verpflichten und ihn für das kantonale Verfahren insgesamt mit Fr. 17'197.80 (eventuell nach richterlichem Ermessen) zu entschädigen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Kantonsgericht auf Vernehmlassung verzichtet. Obwohl kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Replik und eine Duplik eingereicht. 