Faits: A. X._, née en 1968, ressortissante haïtienne, a contracté mariage le 9 juillet 1996 à Port-au-Prince (Haïti) avec A._, ressortissant suisse né en 1944. Elle a connu son futur époux au mois de février 1996 alors qu'il travaillait en Haïti. X._ était avant son mariage mère de deux filles nées respectivement en 1987 et 1992. En février 1998, X._ a donné naissance à un troisième enfant, dénommée B._, dont le père biologique est un ressortissant haïtien. En automne 1998, A._ est rentré en Suisse, suivi un an plus tard par son épouse et ses trois enfants. Le 3 novembre 1999, X._ a bénéficié d'une autorisation de séjour annuelle dans le canton de Genève pour vivre auprès de son époux et, le 18 octobre 2004, elle a obtenu une autorisation d'établissement. Le 6 novembre 2003, X._ a introduit une demande de naturalisation facilitée fondée sur son mariage. Par arrêt du 25 avril 2005, la Cour correctionnelle du canton de Genève a condamné un ressortissant haïtien, domicilié dans le canton de Genève, à 18 mois de réclusion pour viol et actes d'ordre sexuel avec un enfant, commis sur la fille aînée de X._. Il ressort dudit jugement que la prénommée entretenait une liaison avec le condamné depuis de nombreux mois. Dans le cadre de l'instruction de la demande de naturalisation facilitée, la requérante et son époux ont contresigné, le 5 décembre 2007, une déclaration écrite par laquelle ils confirmaient vivre en communauté conjugale effective et stable, résider à la même adresse et n'avoir aucune intention de se séparer ou de divorcer. Cette "déclaration concernant la communauté conjugale" attirait clairement l'attention des signataires sur le fait que la naturalisation facilitée ne pouvait être octroyée lorsque, avant ou pendant la procédure de naturalisation, l'un des conjoints demandait le divorce ou la séparation ou que la communauté conjugale effective n'existait plus. Ce document précisait également que si cet état de fait était dissimulé, la naturalisation facilitée pouvait être ultérieurement annulée, conformément à l'art. 41 de la loi fédérale du 29 septembre 1952 sur l'acquisition et la perte de la nationalité suisse (LN; RS 141.0). Par décision du 27 décembre 2007, l'Office fédéral des migrations (ci-après: ODM) a accordé la naturalisation facilitée à X._, lui conférant ainsi le droit de cité du canton de Berne, dont son mari était titulaire. B. Neuf mois plus tard, soit le 23 septembre 2008, X._ et son époux ont déposé une requête commune en divorce, lequel a été prononcé le 31 mars 2009 par le Tribunal de première instance du canton de Genève. Le 25 novembre 2009, l'ODM a informé X._ qu'au vu du récent prononcé du divorce, il lui appartenait d'examiner si la naturalisation ne devait pas être annulée. L'intéressée a fait part de ses observations le 4 décembre 2009. Sur réquisition de l'ODM, l'autorité cantonale a auditionné A._ qui a expliqué que les problèmes conjugaux étaient dus au fait qu'il était momentanément au chômage, qu'il avait subi l'adultère de son épouse, qu'il avait été question d'une séparation ou d'un divorce au printemps 2005, que les intéressés avaient vécu dans des appartements séparés dès 2003 et qu'ils n'entretenaient plus de relations maritales depuis 2000 déjà. Il a précisé que la grande différence d'âge n'avait pas été, en soi, un obstacle mais que pour son épouse il jouait aussi un rôle de père. Il a également déclaré qu'au moment de la naturalisation facilitée, le couple s'entendait bien. Il a enfin indiqué que son ex-épouse avait entretenu des relations extraconjugales dès 2002/2003 et que le troisième enfant n'était pas le sien. Le 1er mars 2010, X._ s'est déterminée sur les déclarations de son ex-époux, mentionnant la séropositivité et l'alcoolisme de celui-ci comme cause de la désunion. Durant le mois de mars 2010, l'ODM a instruit la cause notamment sur les questions suivantes : l'identité du père biologique de B._, la séropositivité de A._ ainsi que les circonstances ayant entouré la condamnation pénale de l'auteur de l'abus sexuel sur la fille aînée de l'intéressée. X._ s'est expliquée par écrit sur l'identité du père biologique de B._ (lettre du 10 mars 2010) ainsi que sur les circonstances entourant le viol dont sa fille avait été victime (lettre du 20 mars 2010). Elle a par ailleurs fourni à l'autorité une copie du jugement condamnant l'auteur de l'abus sexuel. Le 13 avril 2010, l'autorité compétente du canton de Berne a, au vu du dossier, donné son assentiment à l'annulation de la nationalité suisse conférée à X._ sans émettre aucune remarque. C. Par décision du 27 avril 2010, l'ODM a prononcé l'annulation de la nationalité suisse. X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral en concluant à son annulation. Elle a invoqué que son droit d'être entendue avait été doublement violé. Premièrement, l'ODM ne lui aurait pas communiqué la pièce relative à l'assentiment du canton de Berne. Secondement, l'ODM n'aurait pas suffisamment instruit sur la séropositivité de son époux et sur son alcoolisme qui seraient, selon elle, les causes de la détérioration de leur rapport. Sur le fond, elle fait valoir pour l'essentiel qu'elle et son époux avaient formé une communauté conjugale stable et effective. D. Le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de l'intéressée par arrêt du 15 septembre 2011. Il a en premier lieu estimé que le grief tiré de la violation du droit d'être entendue de la recourante devait être écarté puisque celle-ci avait pu prendre connaissance de l'assentiment de l'autorité bernoise durant la procédure de recours et s'exprimer de manière complète et détaillée à ce sujet. Il a également relevé, toujours sous l'angle du droit d'être entendu que les faits, dont elle allègue qu'ils n'ont pas été retenus, ne sont pas déterminants dans le présent litige et qu'au demeurant, l'ODM a instruit ces questions. Il mentionne également que le principe de la libre appréciation des preuves, l'autorisait à renoncer à une mesure d'instruction, les preuves administrées lui permettant de former sa conviction. Sur le fond, l'instance précédente a considéré que l'enchaînement des événements fondait la présomption que la communauté conjugale des intéressés n'était plus stable et effective au moment de la signature de la déclaration commune, les éléments avancés par X._ n'étant pas suffisants pour renverser cette présomption. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral. Elle se plaint d'une double violation de son droit d'être entendue ainsi que de l'art. 41 LN. L'ODM a déposé des observations. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à se déterminer. Par ordonnance du 17 novembre 2011, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif de la recourante. 