Faits: A. Le 25 mars 2011 vers 14 heures, X._ circulait au volant de son véhicule sur l'autoroute A9, de Lausanne en direction de l'échangeur de Villars-Ste-Croix, sur la voie de gauche permettant de prendre la direction d'Yverdon-les-Bains. Alors qu'elle s'approchait d'un poids lourd circulant sur la même voie, la prénommée s'est déplacée sur la voie de droite, marquant la présélection pour prendre la direction de Genève; après avoir devancé le poids lourd par la droite, elle s'est rabattue sur la voie de gauche en direction d'Yverdon-les-Bains. Il ressort du procès-verbal établi par les gendarmes ayant intercepté X._ que celle-ci a reconnu le bien-fondé de leur intervention. Par ordonnance du 21 avril 2011, le Préfet de l'Ouest lausannois a reconnu X._ coupable l'infraction simple à la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR, 741.01), à raison des faits survenus le 25 mars 2011 et l'a condamnée à une amende de 200 fr. Il a retenu que l'intéressée avait "devancé un camion par la droite sur un tronçon servant à la présélection", violant ainsi les art. 35 al. 1 LCR et 36 al. 5 let. b de l'ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière [OCR, RS 741.11]). Le Service vaudois des automobiles et de la navigation (SAN) a avisé l'intéressée de l'ouverture d'une procédure administrative à son encontre. Dans ses observations, X._ a expliqué que peu avant les faits, elle avait reçu un appel téléphonique lui apprenant le décès d'une très grande amie. Elle a indiqué avoir d'abord envisagé de sortir de l'autoroute pour se rendre à Epalinges où reposait son amie défunte, puis s'est ravisée pour reprendre la route initialement choisie; en effectuant cette manoeuvre, elle aurait incidemment dépassé un poids lourd. Le 28 juillet 2011, le SAN a retiré le permis de conduire de l'intéressée pour trois mois, considérant que l'infraction devait être qualifiée de grave au sens de l'art. 16c LCR. Cette décision a été maintenue le 15 décembre 2011, sur réclamation. B. Par arrêt du 26 avril 2012, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: la CDAP) a confirmé cette dernière décision. Selon l'instance précédente, l'autorité administrative n'était pas liée par le prononcé du Préfet, celui-ci n'ayant pas examiné de manière approfondie la qualification juridique des faits. La faute et la mise en danger étaient qualifiées de graves. Enfin, la durée du retrait de permis correspondait au minimum légal. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral principalement de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal en ce sens qu'aucune mesure ne soit prise à son encontre, subsidiairement qu'une mesure moins sévère soit prononcée. Elle conclut à titre encore plus subsidiaire à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La CDAP et l'Office fédéral des routes concluent au rejet du recours en se référant à l'arrêt attaqué. Le SAN renonce à se déterminer 