Fatti: A. Con sentenza del 17 luglio 2007 il giudice della Pretura penale del Cantone Ticino ha riconosciuto E._ autore colpevole di carente diligenza in operazioni finanziarie per avere, a Lugano, Melide e Minusio, nel periodo compreso tra il 12 ottobre 2000 e sino al 6 dicembre 2000, agendo a titolo professionale, nella sua qualità di fiduciario, accettato di amministrare, trasferire, prendere in custodia e collocare valori patrimoniali altrui senza accertarsi, con la diligenza richiesta dalle circostanze, dell'identità dell'avente economicamente diritto, in particolare per avere assunto l'amministrazione della società D._, titolare del conto xxx presso C._, senza avere personalmente e preventivamente accertato l'identità dell'avente economicamente diritto di tale relazione bancaria già prima del 6 dicembre 2000. Il giudice cantonale lo ha condannato al pagamento di una multa di fr. 1'000.--, fissando la pena detentiva in caso di mancato pagamento in 10 giorni. B. Adita dal condannato, la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello (CCRP) ha respinto in quanto ammissibile il ricorso con giudizio del 31 gennaio 2008. Ha tuttavia confermato la condanna sulla base di motivi diversi da quelli stabiliti dal primo giudice, rilevando che l'interessato, prima di assumere il mandato, avrebbe dovuto conoscere a fondo la situazione della D._, segnatamente per quanto concerneva la titolarità dei beni da amministrare, considerata in particolare un'incongruenza fra gli aventi economicamente diritto dei fondi originariamente trasferiti sul conto societario. La Corte cantonale ha inoltre considerato che la pena inflitta teneva conto del lungo tempo trascorso ed implicitamente della buona condotta dell'interessato, ritenendo per finire l'ammontare della multa proporzionato alle sue responsabilità. C. E._ impugna con un ricorso in materia penale al Tribunale federale questa sentenza, chiedendo in via principale di annullarla e di proscioglierlo dall'accusa di carente diligenza di operazioni finanziarie. In via subordinata, chiede di rinviare la causa alla Corte cantonale per un nuovo giudizio. Il ricorrente fa valere l'arbitrio nell'applicazione di disposizioni della procedura penale cantonale, l'accertamento arbitrario dei fatti, la violazione degli art. 305ter e 47 seg. CP, nonché di garanzie convenzionali. Il Procuratore pubblico e la Corte cantonale non formulano osservazioni e si rimettono al giudizio del Tribunale federale. 