Sachverhalt: A. A.a Der 1966 geborene P._ war seit September 1991 bei der Firma Y._ als Lokomotivmechaniker/Handwerksmeister/ Teamleiter tätig. Am 12. Februar 2002 meldete er sich wegen eines Bandscheibenvorfalls mit Lähmungen im rechten Bein bei der Invalidenversicherung an. Mit Verfügung vom 20. Juni 2003 gewährte ihm die IV-Stelle Nidwalden berufliche Massnahmen (Deutschstützkurs und berufsbegleitende Umschulung zum kaufmännischen Angestellten). Diese Umschulung brach P._ im Frühsommer 2004 vorzeitig ab, ohne einen Abschluss erlangt zu haben. Mit Verfügung vom 14. September 2005 verneinte die IV-Stelle einen Rentenanspruch mangels invaliditätsbedingter Erwerbseinbusse. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 5. Dezember 2005 fest. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 6. November 2006 ab. Die dagegen geführte Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil I 142/07 vom 20. November 2007 teilweise gut; es hob den kantonalen Entscheid und den Einspracheentscheid der IV-Stelle auf und wies die Sache an diese zurück, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Rentenanspruch neu verfüge; im Übrigen wies es die Beschwerde ab. A.b In der Folge holte die IV-Stelle diverse Arztberichte und ein Gutachten des medizinischen Instituts X._ vom 8. Februar 2010 ein. Mit Verfügung vom 20. April 2010 sprach sie dem Versicherten ab 1. Juli 2004 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 53 %) zu. In der Abrechnung zu dieser Verfügung wurde u.a. ein Verrechnungsanspruch der SBB von Fr. 79'098.35 berücksichtigt. B. Hiegegen erhob der Versicherte beim kantonalen Gericht Beschwerde. Dieses führte am 26. März 2011 eine mündliche Verhandlung durch. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde hob es die Abrechnung zur Verfügung vom 20. April 2010 auf. Es wies die IV-Stelle an, im Sinne der Erwägungen neu zu verfügen. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 29. März 2011). C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm ab 1. Juli 2004 eine ganze Rente zuzusprechen. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt. 