Sachverhalt: A. A.a Das Amtsgericht Ludwigsburg/Deutschland eröffnete mit Beschluss vom 1. April 2004 über das Vermögen der Firma Z._ GmbH, in Pleidelsheim/Deutschland, das Insolvenzverfahren und ernannte Y._ in Stuttgart zum Insolvenzverwalter. Auf Gesuch des Insolvenzverwalters hin verfügte der Präsident des Zivilgerichts Seebezirk am 29. Mai 2006 gestützt auf Art. 166 IPRG die Anerkennung des Insolvenzbeschlusses vom 1. April 2004 und beauftragte das Konkursamt des Kantons Freiburg mit dem Vollzug. A.b Am 25. August 2006 erhob der Insolvenzverwalter beim Zivilgericht Seebezirk eine Anfechtungsklage gemäss Art. 285 ff. SchKG gegen die X._ GmbH in B._/FR und verlangte, die X._ GmbH sei zu verpflichten, Fr. 280'000.-- (nebst Zinsen) zu bezahlen und in die Insolvenzmasse zurückzuführen. Zur Begründung machte er im Wesentlichen geltend, die X._ GmbH habe sich Beratungshonorare auszahlen lassen, als die Z._ GmbH bereits überschuldet gewesen sei. A.c Das Zivilgericht Seebezirk beschränkte das Verfahren dahingehend, über die Rechtzeitigkeit der Anfechtungsklage und die Aktivlegitimation des Anfechtungsklägers zu entscheiden. Mit Urteil vom 4. Juli 2008 stellte das Zivilgericht fest, dass die Anfechtungsklage nicht verwirkt sei (Dispositiv-Ziff. 1), und wies die Einrede der fehlenden Aktivlegitimation ab (Dispositiv-Ziff. 2). B. Gegen diesen Entscheid erhob die X._ GmbH kantonale Berufung und focht (einzig) die Bejahung der Aktivlegitimation an. Mit Urteil vom 5. Januar 2009 wies das Kantonsgericht Freiburg (II. Zivilappellationshof) die Berufung ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil. C. Die X._ GmbH führt mit Eingabe vom 23. Februar 2009 Beschwerde in Zivilsachen. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und die Anfechtungsklage mangels Aktivlegitimation abzuweisen. Der Insolvenzverwalter als Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Kantonsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 