Faits: A. B._ est au bénéfice d'un CFC d'électronicien en audio et vidéo et d'un diplôme d'ingénieur HES en électricité. Il a travaillé dès le 1er juillet 2004 au service de l'Institut X._ en qualité d'ingénieur de système. Selon un questionnaire pour l'employeur du 29 mars 2006, son salaire annuel brut était de 55'000 fr. Souffrant d'une décompensation maniaque dans le cadre d'un trouble bipolaire de type I et de syndrome de dépendance à l'alcool et au THC, B._ a été hospitalisé auprès du Centre hospitalier Y._, Institution Z._, du 23 février au 5 avril, du 12 au 25 avril et du 8 au 12 mai 2005. Il a été mis en arrêt de travail à 100 % jusqu'au 22 mai 2005. L'intéressé a pu reprendre son travail au sein de X._ du 23 mai au 24 juillet 2005. Dès le 25 juillet 2005, il a été durablement mis en incapacité de travail totale. Le 17 novembre 2005, X._ a résilié le contrat de travail de B._, avec effet au 31 janvier 2006 en raison de longue absence. Le 16 février 2006, B._ a déposé une demande de prestations auprès de l'Office cantonal de l'assurance-invalidité du Valais (ci-après: l'OCAI). Plusieurs rapports médicaux ont été versés au dossier, dont un rapport final du Service médical régional de l'assurance-invalidité (SMR), du 20 septembre 2007. Il ressort de ce dernier que l'assuré souffrait de psychose maniaco-dépressive en rémission partielle (ou, selon une nouvelle terminologie, de trouble affectif bipolaire, épisode actuel de dépression légère [sous traitement]). Sa capacité de travail était nulle dans son activité habituelle dès le 25 juillet 2005 et de 50 % dans une activité adaptée, sans stress et sans responsabilité. Dans son appréciation du cas, le SMR a indiqué que l'assuré souffrait d'une maladie mentale cyclique, ce qui lui permettait, dans les périodes d'amélioration, de travailler dans des postes sans responsabilité, n'exigeant pas de continuité, soit des travaux occasionnels. Dès lors que la maladie de l'assuré était insuffisamment sous contrôle, il ne pouvait travailler dans un emploi où la présence continue pendant toute l'année était exigée, parce qu'il devait s'attendre à au moins deux rechutes par année. Pour la même raison, des mesures professionnelles avec apprentissage dans une nouvelle profession n'étaient pas envisageables. Par décision du 14 janvier 2008, l'OCAI a octroyé à l'assuré une demi-rente d'invalidité à partir du 1er juillet 2006. Se fondant sur les données statistiques, telles qu'elles résultent de l'Enquête suisse sur la structure des salaires, l'OCAI a fixé le revenu annuel d'invalide (adapté à l'évolution des salaires) à 26'336 fr. 15, compte tenu d'une capacité résiduelle de travail de 50 % et d'une déduction de 10 %. En comparant ce gain avec le revenu sans invalidité de 55'466 fr. 90 réalisable par l'assuré dans son ancienne activité d'ingénieur, l'OCAI a fixé le taux d'invalidité à 52 %. B. L'assuré a recouru contre cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances du Valais, contestant les montants retenus par l'OCAI au titre des revenus sans invalidité et d'invalide. Il n'a en revanche pas contesté le taux d'incapacité de travail de 50 % lui ayant été reconnu dans une activité adaptée, ni le recours aux données statistiques pour calculer le revenu d'invalide. Par jugement du 24 octobre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à l'octroi d'un trois-quarts de rente, le tout sous suite de frais et dépens. L'OCAI conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 