Faits: A. A._, né en 1951, a été engagé par la Ville de Genève au mois de décembre 1985 comme Chef du Service des écoles et institutions pour la jeunesse. Le 7 septembre 1994, il a été nommé Directeur à la Direction des systèmes d'information de la ville (DSI). Dès le 8 mai 2002, il a été Directeur de la nouvelle Division de l'administration générale (DAG), à laquelle la DSI était subordonnée. Les 16 et 25 mai 2007 ainsi que le 1er juin 2007, le Conseil administratif de la Ville de Genève, nouvellement élu, décida de la répartition des départements municipaux, ainsi que de leur restructuration. Sandrine Salerno se voyait attribuer le Département des finances et du logement (DFL); la DAG était supprimée et le Service des ressources humaines (SRH) était subordonné au DFL. La DSI était transférée au Département de l'environnement urbain et de la sécurité (DEUS), dirigé par Pierre Maudet. A._ a été informé par courrier électronique puis lors d'un entretien, le 1er juin 2007, de la suppression de la DAG; il a été invité à proposer une nouvelle affectation. Cette mesure a été confirmée par lettre du 4 juin 2007. Aucun poste équivalant n'avait été trouvé au sein du DFL; des recherches étaient menées auprès des autres départements. Le même jour, A._ proposa la création d'une direction stratégique du DFL, au sein de laquelle il pourrait être réincorporé. Le 29 juin 2007, lors d'un entretien avec le Directeur général, A._ fut invité à rechercher un nouveau poste auprès des Directeurs de départements, et à proposer une autre affectation; les places vacantes dans l'administration genevoise seraient passées en revue avec le SRH. Le 2 juillet 2007, A._ proposa notamment son transfert à la DSI en tant que directeur adjoint ou chargé de missions, proposition qui fut écartée le 4 juillet 2007. Le 10 juillet 2007, le Directeur général fit savoir que la recherche de postes vacants n'avait pas abouti et qu'un rapport serait transmis au Conseil administratif. Le 19 juillet 2007, A._ proposa de reprendre les postes, récemment libérés, de directeur du DFL et de responsable du SRH; il soumit également, au mois d'août 2007, sa candidature aux postes d'administrateur à la direction du DEUS et de directeur des ressources humaines au Grand-Théâtre de Genève, candidatures qui ne furent finalement pas retenues. Par décision du 24 août 2007, le Conseil administratif a licencié A._ pour le 30 novembre 2007 en application de l'art. 96 du statut du personnel de la Ville de Genève (ci-après: le statut), qui permet le licenciement en cas de suppression de fonction. Cette décision, déclarée exécutoire nonobstant recours, prévoit le versement d'une indemnité de trois mois de traitement. B. A._ a saisi le Tribunal administratif du canton de Genève. Il estimait que la suppression de poste, décidée sans consultation préalable de la Commission du personnel, était arbitraire. Le Conseil administratif n'avait pas entrepris toutes les recherches afin de trouver un emploi correspondant à ses aptitudes professionnelles. Intervenant après des dizaines d'années de services, à quelques mois de la retraite, le licenciement était abusif. Il se prévalait d'une incapacité de travail pour maladie survenue le 30 août 2007, ce qui justifiait une suspension, pour 24 mois au maximum, du délai de congé. Plusieurs autres hauts fonctionnaires, dont le poste avait été supprimé dans des circonstances analogues, avaient bénéficié d'un "pont retraite", d'une nouvelle affectation ou d'une retraite anticipée. C. Par arrêt du 27 mai 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours, dans la mesure où il était recevable. Le recourant ayant été en incapacité de travail de longue durée - soit jusqu'au 31 mai 2008 selon le dernier certificat médical -, son intérêt au recours était douteux car même si un nouveau poste lui était proposé, il ne pourrait l'occuper. Sur le fond, la suppression de poste était justifiée par des motifs objectifs, soit la réorganisation des départements et des services: après le transfert de la DSI au DEUS, seuls subsistaient au sein de la DAG l'unité du contrôle de gestion et le service des achats, soit des services d'importance réduite; le maintien de la division ne se justifiait donc plus. La suppression de fonction n'avait pas pour but de l'évincer. Les recherches menées tant par le recourant que par l'administration n'avaient pas permis de trouver un poste correspondant aux capacités, au traitement et, si possible, au rang de l'intéressé. Celui-ci avait été dûment entendu. L'omission d'informer le SRH et la Commission du personnel était sans conséquence, ces organes n'ayant qu'un rôle consultatif. Il n'y avait pas d'analogie avec le cas d'un employé privé subissant un congé-représailles après 45 années de services, à quatre mois de la retraite (ATF 132 III 115), ni avec les autres fonctionnaires dont le départ - excepté pour l'un d'entre eux qui avait pris une retraite anticipée à 60 ans - n'était pas lié à une suppression de poste. Compte tenu de l'incapacité de travail survenue depuis le 30 août 2007, le délai de résiliation était suspendu pendant 180 jours au maximum (art. 336c CO), soit jusqu'au 26 février 2008; le licenciement prendrait effet le 31 mai 2008. D. A._ forme un recours en matière de droit public. Il demande l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif, la constatation de la nullité ou de l'absence de licenciement, pour violation des conditions posées à l'art. 96 du statut. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause au Tribunal administratif pour complément d'instruction et nouvelle décision. La Ville de Genève conclut au rejet du recours, en tant qu'il est recevable. A l'issue d'un deuxième échange d'écritures, le recourant a maintenu ses conclusions. L'intimée a relevé que le recourant avait pris sa retraite anticipée dès le 31 octobre 2008, de sorte que le recours serait devenu sans objet. Le recourant s'est encore déterminé à ce sujet. 