Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich eröffnete Ende 2003 im Zuge des Zusammenbruchs der X._-Gruppe gegen die Gebrüder B.X._ und A.X._ eine Strafuntersuchung wegen Betrugs, Urkundenfälschung und weiterer Straftaten. Sie warf den Beschuldigten unter anderem vor, sie seien in den Jahren 1998 bis 2002 an der Erstellung inhaltlich unwahrer beziehungsweise geschönter Jahresrechnungen der Gesellschaften der X._-Gruppe beteiligt gewesen und hätten die Jahresabschlüsse verschiedenen Banken vorgelegt, die dadurch zur Aufrechterhaltung bestehender und Gewährung neuer Kredite verleitet worden seien. B. Am 16. Dezember 2010 erhob die Staatsanwaltschaft gegen B.X._ Anklage wegen gewerbsmässigen Betrugs, Urkundenfälschung sowie Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung. Das Bezirksgericht Winterthur sprach B.X._ mit Urteil vom 22. März 2012 des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen Urkundenfälschung und der mehrfachen Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von acht Jahren. Mit ergänzendem Urteil vom 9. Mai 2012 entschied das Bezirksgericht über die von der Staatsanwaltschaft sichergestellten und gesperrten Gegenstände und Vermögenswerte. Gegen dieses Urteil erhoben B.X._ und weitere Personen Berufung. C. C.a. Am 16. Dezember 2010, also zeitgleich mit der Erhebung der Anklage gegen B.X._, stellte die Staatsanwaltschaft die Untersuchung gegen A.X._ ein. Sie auferlegte ihm die Untersuchungskosten anteilsmässig zu einem Viertel sowie die Kosten seiner amtlichen Verteidigung und verweigerte ihm die Zahlung einer Umtriebsentschädigung respektive Genugtuung. Sie entschied über die Herausgabe beziehungsweise Verwendung verschiedener Vermögenswerte. In Bezug auf fünf Inhaberschuldbriefe, die im Haus von A.X._ sichergestellt worden waren, ordnete sie die Beschlagnahme zuhanden der gegen B.X._ geführten Strafuntersuchung an. A.X._ stellte ein Begehren um gerichtliche Beurteilung. C.b. Mit Verfügung vom 9. Mai 2012 bestätigte der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirkes Winterthur im Wesentlichen die Verfügung der Staatsanwaltschaft betreffend die Auferlegung eines Teils der Untersuchungskosten und der Kosten der amtlichen Verteidigung, die Verweigerung einer Entschädigung sowie die Beschlagnahme von fünf Inhaberschuldbriefen zuhanden des Strafverfahrens gegen B.X._. C.c. Das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, wies die von A.X._ erhobene Beschwerde mit Beschluss vom 17. Januar 2013 ab, soweit es darauf eintrat. D. A.X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er stellt die Anträge, in Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses seien ihm keine Untersuchungskosten aufzuerlegen, die Kosten der amtlichen Verteidigung auf die Staatskasse zu nehmen und ihm eine Genugtuung/Entschädigung aus der Staatskasse zu zahlen. Zudem beantragt er die Herausgabe von drei näher bezeichneten Inhaberschuldbriefen. 