Sachverhalt: A. A.a Die Y._ AG erhielt am 5. Oktober 1993 nach damaligem Recht von der Gemeinde Stäfa die baurechtliche Bewilligung und am 29. Dezember 1993 von der Baudirektion des Kantons Zürich die zusätzlich erforderliche, insbesondere gewässerschutzrechtliche kantonale Bewilligung für einen Lager- und Umschlagplatz für Industrieabfälle in Stäfa (Uerikon). Allerdings durften auf dem Umschlagplatz keine Metallspäne, Altautos, Batterien und Kühlschränke entgegengenommen werden. A.b Am 18. April 2007 erteilte das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft des Kantons Zürich (AWEL) der Y._ AG eine befristete provisorische Bewilligung zur Entgegennahme bestimmter näher bezeichneter Sonderabfälle und anderer kontrollpflichtiger Abfälle. Mit Verfügung vom 13. Juli 2010 erteilte dasselbe Amt der Y._ AG unter Auflagen und Bedingungen eine bis zum 31. Juli 2015 befristete umweltschutzrechtliche Bewilligung zur Entgegennahme zusätzlicher, im Einzelnen aufgeführter Abfälle wie Autos und gebrauchte Geräte. B. Gegen die Bewilligung vom 13. Juli 2010 erhob X._, Nachbar des Recyclingbetriebes, Rekurs bei der Baudirektion des Kantons Zürich. Diese hiess den Rekurs am 10. März 2011 teilweise gut, hob eine Auflage der kantonalen Bewilligung vom 29. Dezember 1993 widerrufsweise auf, wies den Rekurs im Übrigen aber ab. C. Mit Urteil vom 10. Mai 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde ab. Im Wesentlichen begründete es dies damit, die neue Bewilligung vom 13. Juli 2010 widerspreche nicht den früheren Bewilligungen aus dem Jahr 1993, ein umweltschutzrechtlicher Bedarf nach weiterer Koordination der Verfahren bestehe nicht, die betroffene Abfallmenge erfordere keine Umweltverträglichkeitsprüfung und abgesehen davon lägen keine Anhaltspunkte dafür vor, dass die Y._ AG ihre Abfälle nicht umweltverträglich entsorgen könne. D. Mit als Beschwerde bezeichneter Eingabe vom 28. Juni 2012 an das Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts, den Entscheid der Baudirektion und die erstinstanzliche Verfügung des kantonalen Amtes (AWEL) aufzuheben; eventuell sei die Sache zu ergänzender Sachverhaltsermittlung und neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Zur Begründung wird im Wesentlichen die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere des Umweltschutzgesetzes und namentlich der Koordinationspflicht, sowie die Verletzung verfassungsmässiger Rechte bei der Sachverhaltsfeststellung (Willkür nach Art. 9 BV sowie Verstoss gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör und auf ein faires Verfahren gemäss Art. 29 Abs. 2 BV) geltend gemacht. Namentlich sei die betroffene Abfallmenge deutlich höher als vom Verwaltungsgericht festgestellt, und erreiche einen Umfang, der eine Umweltverträglichkeitsprüfung erfordere. E. Die Y._ AG reicht in ihrer Vernehmlassung ergänzende Unterlagen ein und schliesst gleich wie das kantonale Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) auf Abweisung der Beschwerde. Die Baudirektion hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Verwaltungsgericht stellt ohne weitere Ausführungen den Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. F. In seiner Vernehmlassung vom 9. Oktober 2012 hält das Bundesamt für Umwelt BAFU, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen, fest, dass die nötige Koordination der verschiedenen Bewilligungen stattgefunden und insbesondere die Ausweitung der umweltrechtlichen Bewilligung auf die Entgegennahme weiterer Abfälle keine rechtlich massgeblichen Auswirkungen auf die Baubewilligung gehabt habe; zudem könne davon ausgegangen werden, die Y._ AG sei in der Lage, die entgegengenommenen Sonderabfälle umweltverträglich zu entsorgen. G. Mit Replik und Duplik halten X._, die Y._ AG sowie das kantonale Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) im Wesentlichen an ihren Standpunkten fest. Weitere Eingaben sind beim Bundesgericht innert Frist nicht eingegangen. 