Faits: A. Depuis 1993, durant l'année 1999 ici en cause et jusqu'en 2007, X._, née en 1949, a exercé une activité indépendante de psychologue et de psychothérapeute dans son domicile privé de Genève. Dans sa déclaration fiscale 2000, l'intéressée a fait état d'un revenu provenant de sa fortune mobilière et immobilière de 102'640 fr. et d'une perte commerciale de 8'809 fr. 50, le produit brut de son activité indépendante s'élevant à 12'517 fr. 50 pour des charges de 21'337 fr. Par décision de taxation du 9 janvier 2002 pour les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2000, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le revenu imposable à 63'193 fr. et une fortune imposable de 3'983'221 fr. Elle n'a admis les charges commerciales qu'à concurrence des gains réalisés. Par décision sur réclamation du 19 juillet 2005, l'Administration fiscale cantonale a admis deux corrections de la taxation mais a refusé de prendre en considération la perte commerciale, l'activité de l'intéressée s'apparentant plus à une activité accessoire relevant du hobby qu'à une activité lucrative indépendante, comme cela avait déjà été jugé dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 15 décembre 2004 (cause 2P.304/2004) pour les périodes fiscales 1997, 1998 et 1999. Le revenu imposable a été arrêté à 71'175 fr. et la fortune imposable à 3'870'221 fr. Par décision du 24 septembre 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (ci-après: la Commission de recours) a rejeté le recours déposé par l'intéressée contre la décision sur réclamation du 19 juillet 2005 et, jugeant le recours abusif, lui a infligé une amende de 500 fr. B. Par arrêt du 4 novembre 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'intéressée contre la décision rendue le 24 septembre 2007 par la Commission de recours. Il a confirmé l'absence de caractère lucratif de l'activité de la recourante pour l'exercice 1999 ainsi que le prononcé de l'amende de 500 fr. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral sous suite de frais et dépens d'annuler l'arrêt rendu le 4 novembre 2008 par le Tribunal administratif, de dire que les charges de l'activité indépendante sont déductibles de son revenu imposable pour la période fiscale 2000 ainsi que pour les périodes fiscales 2001 à 2007. Le Tribunal administratif n'a pas déposé d'observations sur recours. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. D. Par ordonnance du 5 janvier 2009, le Juge présidant la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif formulée par l'intéressée. 