Sachverhalt: Sachverhalt: A. A.a Die A._ AG (Klägerin) ist eine im Effektenhandel tätige Aktiengesellschaft. Sie betreibt ausser der Vermögensverwaltung für Dritte aufgrund von Vollmachten insbesondere den Eigenhandel im Sinne von Art. 3 Abs. 1 der Verordnung vom 2. Dezember 1996 über die Börsen und den Effektenhandel (Börsenverordnung, BEHV; SR 954.11), d.h. sie handelt gewerbsmässig für eigene Rechnung kurzfristig mit Effekten. Die Klägerin arbeitete bezüglich Emission und Handel mit Basket-Zertifikaten mit der Bank X._ (Beklagte) zusammen. Dabei trat die Beklagte als Emittentin auf sowie als Market Maker gemäss Art. 3 Abs. 4 BEHV, d.h. als Effektenhändlerin, die gewerbsmässig für eigene Rechnung kurzfristig mit Effekten handelt und öffentlich dauernd oder auf Anfrage Kurse für einzelne Effekten stellt. Die Parteien führten Emissionen bezüglich vier verschiedener Basket-Zertifikate durch (PROPER T._-Basket, PROPER E._-Basket, PROPER G._-Basket und PROPER P._-Basket; im Folgenden: T._-Basket, E._-Basket, P._-Basket, G._-Basket). Ein PROPER (Performance Participation Certificate) ist ein Wertpapier mit beschränkter Laufzeit, dem als Basiswert ein Aktienindex, ein bestimmter Aktienkorb (sog. Basket) oder eine Anlagestrategie zugrunde liegt. Ein PROPER-Zertifikat widerspiegelt den Kurs des entsprechenden Basiswertes 1:1. Per Verfall wird der Schlusskurs des Index (des Aktienkorbes) ausbezahlt. PROPERS sind dividendenbereinigt, d.h. dass auf dem Ausgabepreis ein sogenannter Dividendendiskont erfolgt, falls die im Basket enthaltenen Titel Dividenden ausschütten, was zur Folge hat, dass der Ausgabepreis unter 100% zu liegen kommt. Die Rückzahlung der Zertifikate sollte im vorliegenden Fall jeweils rund zwei Jahre nach der Emission erfolgen. A.b Die Klägerin beabsichtigte, selber in massgeblichem Umfang von der Beklagten Zertifikate dieser Baskets zu erwerben. Sie wollte in diesem Zusammenhang eine Vereinbarung für Grossaufträge betreffend Rück-Verkäufe von Zertifikaten an die Beklagte vor den in den Emissionsinseraten ("Termsheets") enthaltenen Rückzahlungsdaten, eine sog. "Exit-Klausel". Nachdem die Parteien am 2. Februar 2001 eine Besprechung abgehalten hatten schlossen sie gleichentags eine diesbezügliche Vereinbarung. A.c Am 24. Juni 2002 erteilte die Klägerin der Beklagten drei Grossaufträge über den Verkauf von 130'000 P._-Basket Zertifikaten, 130'000 T._-Basket Zertifikaten und 250'000 E._-Basket Zertifikaten. Die Beklagte führte diese Aufträge aus. Sie berechnete in der Folge den Kaufpreis nach ihrem Berechnungsmodell. Danach bestimmt sich der Wert der Zertifikate nach den Börsenkursen der einzelnen in den Baskets enthaltenen Aktien per Verkaufstag, wovon 98.5%, 97.9% bzw. 97.5% gutgeschrieben und davon eine Ausführungsgebühr von 0.3% abgezogen werden. Die prozentualen Differenzen zum vollen Basketwert von 1.5%, 2.1% bzw. von 2.5% werden als Dividendendiskont ("discounted dividends") bezeichnet. Die Klägerin wehrte sich gegen den Abzug dieses Dividendendiskonts und machte geltend, dass ein Kunde nach der Exit-Klausel im Termsheet das Recht habe, bei einem Grossverkaufsauftrag von der Beklagten mindestens 99.50% netto der Ausführungskurse der Aktien zu erhalten, d.h. 100% abzüglich einer Ausführungsgebühr von 0.5%, ohne jede Dividendenkorrektur. A.c Am 24. Juni 2002 erteilte die Klägerin der Beklagten drei Grossaufträge über den Verkauf von 130'000 P._-Basket Zertifikaten, 130'000 T._-Basket Zertifikaten und 250'000 E._-Basket Zertifikaten. Die Beklagte führte diese Aufträge aus. Sie berechnete in der Folge den Kaufpreis nach ihrem Berechnungsmodell. Danach bestimmt sich der Wert der Zertifikate nach den Börsenkursen der einzelnen in den Baskets enthaltenen Aktien per Verkaufstag, wovon 98.5%, 97.9% bzw. 97.5% gutgeschrieben und davon eine Ausführungsgebühr von 0.3% abgezogen werden. Die prozentualen Differenzen zum vollen Basketwert von 1.5%, 2.1% bzw. von 2.5% werden als Dividendendiskont ("discounted dividends") bezeichnet. Die Klägerin wehrte sich gegen den Abzug dieses Dividendendiskonts und machte geltend, dass ein Kunde nach der Exit-Klausel im Termsheet das Recht habe, bei einem Grossverkaufsauftrag von der Beklagten mindestens 99.50% netto der Ausführungskurse der Aktien zu erhalten, d.h. 100% abzüglich einer Ausführungsgebühr von 0.5%, ohne jede Dividendenkorrektur. B. Die Klägerin beantragte dem Handelsgericht des Kantons Zürich am 6. Juni 2003, die Beklagte zu verpflichten, ihr USD 204'100.--, EUR 296'200.-- und EUR 74'100.--, jeweils nebst Zins zu bezahlen. Sie machte geltend, die eingeklagten Beträge entsprächen den von der Beklagten bei der Berechnung der Kaufpreise der Zertifikate zu Unrecht abgezogenen Dividendendiskonten. Die Beklagte schloss auf Abweisung der Klage und erklärte für den Fall einer Gutheissung derselben die Verrechnung der Klageforderung mit einer Gegenforderung von EUR 778'273.50 und USD 209'506.92. Zur Begründung der Gegenforderung machte sie geltend, die "Exit-Klausel" für Grossaufträge sei unmissverständlich zweiseitig formuliert und gelte sowohl für die Emission wie für Verkaufsaufträge. Daraus folge, dass der Klägerin nach der von ihr geltend gemachten Formel bei der Emission der Zertifikate zu Unrecht ein Dividendendiskont (Abschlag auf dem Emissionspreis, aus dem ein Emissionspreis von unter 100% resultiert) gewährt worden wäre bzw. dass der Klägerin bei der Emission zu Unrecht nicht 100.5% (d.h. 100% zuzüglich einer Ausführungsgebühr von 0.5%) der Nettopreise als Kaufpreis berechnet worden wäre. Das Handelsgericht verpflichtete die Beklagte mit Urteil vom 17. Mai 2005, der Klägerin USD 184'210.--, EUR 64'577.50 sowie EUR 271'971.--, jeweils nebst Zins zu bezahlen. Den Bestand einer Gegenforderung der Beklagten verneinte es. Die Beklagte gelangte gegen dieses Urteil mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich, welches das Rechtsmittel am 23. Mai 2006 abwies, soweit es darauf eintrat. Die Beklagte gelangte gegen dieses Urteil mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich, welches das Rechtsmittel am 23. Mai 2006 abwies, soweit es darauf eintrat. C. Die Beklagte hat das Urteil des Handelsgerichts ebenfalls mit eidgenössischer Berufung angefochten, mit der sie dessen Aufhebung und die Abweisung der Klage beantragt. Eventuell sei das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die eingeklagte Forderung mit der Gegenforderung der Beklagten von EUR 778'273.50 und USD 209'506.92 im Umfang der eingeklagten Forderung zu verrechnen. Allenfalls sei die Streitsache zur Ergänzung des Sachverhalts an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei. 