Sachverhalt: A. Der von Einsiedeln Richtung Süden nach Alpthal-Haggenegg-Schwyz weiterführende Jakobsweg ist kantonaler Hauptwanderweg Nr. 1 des Kantons Schwyz (§ 6 und Anhang der kantonalen Verordnung vom 18. Mai 2004 zum Bundesgesetz über Fuss- und Wanderwege [KVzFWG, SRSZ 443.210). Der ca. 1.5 km lange Abschnitt Chriegmatt (Bezirksgrenze Einsiedeln/Schwyz) bis zum Gämschtobelbach verläuft seit ca. 10 Jahren auf dem asphaltierten Trottoir entlang der Hauptstrasse. Gegen die Nutzung des bestehenden Forstwegs auf der rechten Uferseite der Alp als Wanderweg widersetzten sich Xa._ und Xb._. Diese sind Eigentümer der Parzelle Kat.-Nr. 407, über die der bestehende Forstweg südlich und nördlich auf einer Länge von ca. 7 m bzw. 17 m führt. B. Das Umweltdepartement des Kantons Schwyz legte vom 29. Oktober bis 29. November 2010 den kantonalen Nutzungsplan Hauptwanderweg Nr. 1, Jakobsweg, Teil "Chli Schnüerlismatt" öffentlich auf. Dagegen erhoben Xa._ und Xb._ Einsprache und - nach deren Abweisung - Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Schwyz. Dieser wies die Beschwerde am 31. Mai 2011 ab. C. Dagegen gelangten die Einsprecher an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses wies die Beschwerde am 21. September 2011 im Sinne der Erwägungen ab. Es hielt das Umweltdepartement an, das Erlass- und Genehmigungsverfahren durchzuführen und seinen Entscheid umgehend zur allfälligen inhaltlichen Koordination dem Verwaltungsgericht zuzustellen. Am 14. November 2011 genehmigte das Umweltdepartement den Nutzungsplan Hauptwanderweg Nr. 1, Jakobsweg, Teil "Chli Schnüerlismatt", setzte ihn sofort in Kraft und ordnete die Publikation im Amtsblatt an. Nachdem der Genehmigungsbeschluss am 17. November 2011 beim Verwaltungsgericht eingegangen war, teilte der instruierende Richter dem Umweltdepartement mit, die sofortige Inkraftsetzung sei nicht zulässig, da das Beschwerdeverfahren noch nicht rechtskräftig erledigt sei. Zudem sei der Genehmigungsbeschluss mit dem Erlass der Nutzungsplanung zu ergänzen. Am 18. November 2011 erliess und genehmigte das Umweltdepartement den Nutzungsplan Hauptwanderweg Nr. 1, Jakobsweg, Teil "Chli Schnüerlismatt". Am 23. November 2011 eröffnete das Gericht Xa._ und Xb._ den Erlass- und Genehmigungsbeschluss des Umweltdepartements und stellte fest, dass dieser keinen Anlass zur inhaltlichen Koordination mit dem Urteil vom 21. September 2011 gebe. Es eröffnete dessen Dispositiv den Beschwerdeführern nochmals, diesmal fristauslösend mit Rechtsmittelbelehrung. D. Gegen die verwaltungsgerichtlichen Entscheide vom 23. November 2011 und vom 21. September 2011 erhoben Xa._ und Xb._ am 31. Januar 2012 Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragen, die angefochtenen Entscheide des Verwaltungsgerichts seien aufzuheben. Verfahrensrechtlich ersuchen sie um den Beizug sämtlicher Akten der Baubewilligungen betreffend den bestehenden Wegabschnitt zwischen der Chriegmatt und der Chli Schnüerlismatt sowie den Ausbau der Alp und den Bau des neuen Forstweges entlang der Alp zwischen Chriegmatt bis zum Gämschtobelbach im Jahre 1984. E. Das Verwaltungsgericht und der Regierungsrat schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass die Linienführung des Hauptwanderweges Nr. 1 auf dem umstrittenen Streckenabschnitt das Flachmoorobjekt von nationaler Bedeutung Chlösterliweid (Nr. 3154 des Bundesinventars der Flachmoore von nationaler Bedeutung) nicht beeinträchtige und das Bundesrecht über den Moorschutz nicht verletze. F. In ihrer Replik vom 18. Juni 2012 äussern sich die Beschwerdeführer zur Vernehmlassung des BAFU und halten an ihren Anträgen fest. 