Sachverhalt: A. Die Direktion für Soziales und Sicherheit (heute Sicherheitsdirektion) des Kantons Zürich entzog X._ mit Verfügung vom 17. Februar 2006 den Führerausweis für die Dauer von drei Monaten. Den dagegen von X._ erhobenen Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich mit Entscheid vom 12. Juli 2006 ab. Gegen den Rekursentscheid erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Die Sicherheitsdirektion und die Staatskanzlei beantragten am 13. September 2006 bzw. am 14. September 2006 Abweisung der Beschwerde. Mit Rücksicht auf das hängige Strafverfahren sistierte das Verwaltungsgericht das Verfahren vom 15. März 2007 bis 18. März 2008. Die Akten des Strafverfahrens wurden erstmals im Januar 2007 beigezogen und den Parteien Gelegenheit zur Stellungnahme dazu geboten. Die Sicherheitsdirektion verzichtete am 13. Februar 2007 auf eine Stellungnahme. X._ liess sich nicht vernehmen. Nach Abschluss des Strafverfahrens hob das Verwaltungsgericht die Sistierung auf. Mit Verfügung vom 18. März 2008 setzte es dem Beschwerdeführer eine Frist von 20 Tagen, um zu erklären, ob er an der Beschwerde festhalten wolle und gegebenenfalls zu den Vernehmlassungen der Vorinstanz sowie der Beschwerdegegnerin noch Stellung zu nehmen. Mit Entscheid vom 21. Mai 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab, wobei es u.a. ausführte, dass der Beschwerdeführer von der ihm mit Verfügung vom 18. März 2008 eingeräumten Gelegenheit zur Stellungnahme keinen Gebrauch gemacht habe. B. X._ führt mit Eingabe vom 27. August 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich. Er ersucht um Aufhebung des angefochtenen Entscheids. C. Die Sicherheitsdirektion hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Regierungsrat ersucht um Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht stellt keinen Antrag, führt jedoch aus, es treffe zu, dass die Eingabe des Beschwerdeführers vom 17. April 2008 im Entscheid nicht berücksichtigt worden sei. Es handle sich hierbei offensichtlich um ein Versehen. 