Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Baden sprach X._ mit Urteil vom 4. Dezember 2008 der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie der einfachen Körperverletzung schuldig. Es verurteilte ihn - unter Berücksichtigung einer Rückversetzung im Sinne von Art. 89 StGB - zu einer Freiheitsstrafe von 5 Jahren unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 205 Tagen. Zudem verpflichtete es ihn, den Geschädigten A._ und B._ eine Genugtuung in der Höhe von je Fr. 1'000.-- zu bezahlen. Eine von X._ dagegen erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 10. September 2009 ab. B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau sei aufzuheben, und er sei vom Vorwurf der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie der einfachen Körperverletzung freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei er milder zu bestrafen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege, um Erteilung der aufschiebenden Wirkung sowie um Entlassung aus der Strafanstalt Lenzburg. C. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau hält zum Gesuch um aufschiebende Wirkung fest, dieses könne gutgeheissen werden, solange der Beschwerdeführer nicht aus der Haft entlassen werde. Das Obergericht des Kantons Aargau beantragt, das Haftentlassungsgesuch sei abzuweisen. Der Präsident der strafrechtlichen Abteilung ist mit Verfügung vom 10. November 2009 auf das Gesuch um Haftentlassung nicht eingetreten. Weitere Vernehmlassungen in der Sache wurden nicht eingeholt. 