Sachverhalt: A. Die internationale Marke IR Nr. 858'788, eine auf eine deutsche Basiseintragung gestützte Abfolge von sieben Tönen, wird von der X._ KG (Beschwerdeführerin) unter anderem auch für das Gebiet der Schweiz beansprucht. Die Eintragung der Marke wurde dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE; Beschwerdegegner) am 15. September 2005 mitgeteilt. Die Marke ist für die Waren "Confiserie, chocolat et produits de chocolat, pâtisserie" in Klasse 30 registriert und im internationalen Register wie folgt wiedergegeben: B. B.a. Mit "Notification de refus provisoire total (sur motifs absolus) " vom 15. September 2006 verweigerte das IGE der Marke den Schutz für das Gebiet der Schweiz. Zur Begründung führte es aus, dass Hörmarken ohne Text der Unterscheidungskraft grundsätzlich entbehrten, da darin beim ersten Hören kein Bezug zu einem Unternehmen wahrgenommen werde, sondern man sich musikalische Untermalung aus der Werbung vielmehr gewohnt sei. Mit Verfügung vom 11. Dezember 2007 verweigerte das IGE der Marke den Schutz in der Schweiz definitiv. B.b. Mit Urteil vom 27. Oktober 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht eine von der Beschwerdeführerin gegen die Verfügung des IGE vom 11. Dezember 2007 erhobene Beschwerde ab und bestätigte den angefochtenen Entscheid. Das Bundesverwaltungsgericht begründete seinen Entscheid damit, dass die Unterscheidungskraft von Hörzeichen zwar nicht allein aufgrund der Verwendung oder Nichtverwendung sprachlicher Elemente beurteilt werden könne, dass das fragliche Zeichen jedoch Gemeingut sei, da es bei den angesprochenen Abnehmerkreisen als Dekoration und Stimmungsmache wahrgenommen werde und weder in der Erinnerung haften bleibe noch zur Unterscheidung der damit versehenen Ware diene. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 27. Oktober 2008 sei aufzuheben und das IGE sei anzuweisen, der internationalen Registrierung Nr. 858'788 den Schutz in der Schweiz für sämtliche beanspruchten Waren zu erteilen. Das IGE schliesst in seiner Antwort auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. D. Mit Präsidialverfügung vom 23. Dezember 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt. 