Faits: A. A._, originaire de X._ (Fribourg), et dame A._, de nationalité française, tous les deux nés en 1972, se sont mariés le 2 décembre 1994 à B._ (Genève). Ils ont eu un enfant, prénommé C._, né en 1996 à Y._ (Genève). Dame A._ a été reçue dans le droit de cité de son mari le 25 août 1999. B. En novembre 2003, les époux se sont domiciliés à D._, dans le département de l'Ain (France), où ils avaient acquis une maison. A._ a quitté le domicile conjugal le 1er septembre 2008 et a pris à bail un appartement à B._ (Genève) dès le 1er octobre suivant. Dans l'intervalle, le 25 juillet 2008, il avait saisi le Tribunal de Grande instance de Bourg-en-Bresse d'une requête en divorce. Dans le cadre de cette procédure, le juge français aux affaires familiales a rendu, le 4 novembre 2008, une ordonnance de non-conciliation, déclarée exécutoire par provision, nonobstant appel, par laquelle il a statué sur mesures provisoires. Il a notamment attribué le logement familial à l'épouse, constaté l'exercice en commun de l'autorité parentale, fixé la résidence habituelle de l'enfant chez sa mère, à D._, et réglé le droit de visite du père, dont il a arrêté la part contributive à l'entretien et l'éducation de son fils à 400 euros. C. En juin 2009, dame A._ s'est installée, avec l'enfant, à Genève. Le 6 juillet 2009, elle y a requis des mesures protectrices de l'union conjugale, que le Tribunal de première instance de Genève a traitées comme des mesures provisoires qu'il a rejetées par jugement du 14 janvier 2010. Le 18 juin 2010, sur appel de dame A._, la Chambre civile de la Cour de justice a annulé ce prononcé et, statuant à nouveau, a attribué la garde de l'enfant à la mère, réservé un droit de visite en faveur du père qu'elle a par ailleurs condamné au versement, dès le 6 juillet 2009, d'une contribution mensuelle à l'entretien de sa famille de 2'200 fr., allocations familiales non comprises. D. Le 17 mai 2011, la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a admis le recours en matière civile interjeté par A._ contre ce jugement pour violation du droit d'être entendu, plus précisément pour défaut de motivation. Elle a annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à l'autorité cantonale afin que celle-ci indique les motifs l'ayant conduite à admettre la compétence des tribunaux genevois pour traiter de la contribution d'entretien en faveur de l'épouse et de l'enfant - seul point contesté - sur la base de l'art. 10 LDIP, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010 (arrêt 5A_528/2010). Statuant sur renvoi le 23 septembre 2011, la Chambre civile de la Cour de justice a annulé le jugement de première instance du 14 janvier 2010 et, statuant à nouveau, a attribué la garde de l'enfant à la mère, fixé les relations personnelles et s'est déclarée incompétente pour traiter des conclusions de l'épouse relative à l'entretien de la famille. Elle a par ailleurs réglé le sort des émoluments de première instance et d'appel et compensé tous les dépens. E. Par écriture du 31 octobre 2011, dame A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal en tant qu'il prononce l'incompétence des tribunaux genevois pour statuer sur l'entretien de la famille et met la moitié de l'émolument de première instance à sa charge et à sa confirmation pour le surplus, puis à la condamnation du mari à payer, d'une part, 3'800 fr. par mois dès le 24 juin 2009, allocations familiales non comprises, à titre de contribution en faveur de la famille, avec clause d'indexation, et, d'autre part, les dépens de toutes les instances successives. L'intimé propose le rejet du recours. L'autorité cantonale se réfère à ses considérants. La recourante a répliqué de sa propre initiative le 31 juillet 2012 après que la réponse lui a été communiquée. F. Par ordonnance du 22 novembre 2011, la Présidente de la IIe Cour de droit civil a rejeté la demande d'effet suspensif. 