Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Alttoggenburg verurteilte X._ am 18. August 2000 wegen mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern sowie mehrfacher Pornographie zu 30 Monaten Freiheitsstrafe. Gleichzeitig ordnete es eine vollzugsbegleitende ambulante Massnahme an. Am 22. März 2002 wies es ihn stationär in eine Heil- oder Pflegeanstalt ein (Art. 43 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB). X._ trat den Massnahmenvollzug direkt nach der Strafverbüssung am 13. Februar 2002 vorzeitig an. Am 20. Dezember 2004 ordnete das Kreisgericht Alttoggenburg-Wil die Weiterführung der stationären Behandlung an. Am 7. November 2007 verlängerte es die Massnahme nach neuem Recht um fünf Jahre (Art. 59 Abs. 4 StGB). Das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen lehnte es wiederholt ab, X._ bedingt aus dem Massnahmenvollzug zu entlassen, letztmals am 7. Juli 2011 und 7. Mai 2012. Am 4. Oktober 2012 beantragte es die Verlängerung der Massnahme um längstens fünf Jahre, eventualiter die Massnahmeaufhebung und die Anordnung der Verwahrung. Das Kreisgericht Toggenburg verlängerte die stationäre therapeutische Massnahme am 12. Februar 2013 um drei Jahre. Es stützte sich auf das durch das Amt für Justizvollzug in Auftrag gegebene forensisch-psychologische Gutachten des Instituts für Forensisch-Psychologische Begutachtung, St. Gallen, vom 7. September 2012. Das Kantonsgericht St. Gallen wies das dagegen erhobene Rechtsmittel von X._ am 7. Juni 2013 ab und bestätigte den Entscheid des Kreisgerichts insofern, als es die Massnahme um zwei Jahre bis am 30. Juni 2015 verlängerte. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Entscheids vom 7. Juni 2013. Er sei unter Ansetzung einer Probezeit von vier Jahren bedingt aus dem stationären Massnahmenvollzug zu entlassen. Es sei eine ambulante Massnahme anzuordnen, eine Bewährungshilfe zu bestellen und ihm die Auflage zu erteilen, gemeinschaftlich mit Erwachsenen zu wohnen und keine Kontakte mit Minderjährigen zu unterhalten. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Das Kantonsgericht St. Gallen beantragt in seiner Stellungnahme die Gutheissung der Beschwerde insofern, als ein rechtsgenügendes Gutachten einzuholen sei. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen hat sich nicht vernehmen lassen. 