Faits: A. C._, né en 1941, est affilié à KPT/CPT caisse-maladie SA (ci-après : la caisse) pour l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie, risque d'accidents inclus, ainsi que pour l'assurance des soins complémentaires (Soin plus). En février 2009, il a subi une prostatectomie radicale et souffre depuis lors de troubles érectiles sévères. Par courrier du 24 mars 2009, le docteur R._, spécialiste en urologie et médecin-traitant de l'intéressé, a demandé à la caisse la prise en charge d'un médicament destiné à traiter les troubles de l'érection, le médicament X._®. Dans un courrier du 19 octobre 2009, l'assuré a précisé que le traitement au médicament Y._® qu'il suivait actuellement, entraînait des douleurs importantes, ce médicament étant administré par injection dans le corps caverneux du pénis. Par décision du 4 novembre 2009, confirmée sur opposition le 5 janvier 2010, la caisse a refusé la prise en charge sollicitée, au motif que le médicament ne figurait pas sur la liste des spécialités. B. L'assuré a déféré la décision sur opposition au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève (aujourd'hui : Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève). Par jugement du 7 octobre 2010, le Tribunal a admis le recours, annulé la décision entreprise et mis à la charge de la caisse le médicament X._® à concurrence de quatre comprimés par mois. C. La caisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut à la confirmation de sa décision sur opposition du 5 janvier 2010. L'intimé conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Il demande au Tribunal fédéral d'enjoindre l'Office fédéral de la santé publique (ci-après : OFSP) d'introduire le médicament X._® dans la liste des spécialités. L'OFSP conclut à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué. 