Sachverhalt: A. Am 28. März 2007 erteilte das Europäische Patentamt der Merck & Co., Inc., New Jersey, USA, (Beschwerdeführerin) das Streitpatent EP 1 175 904. Dieses betrifft die Verwendung des pharmazeutischen Wirkstoffs "Alendronsäure" zur Behandlung von Osteoporose. Alendronsäure ist zugleich der wirksame Bestandteil des Arzneimittels Fosamax® der Beschwerdeführerin. Dieses Arzneimittel wurde schon früher zur Behandlung von Osteoporose verwendet. Die Beschwerdeführerin hatte zunächst eine Form von Fosamax® vermarktet, bei welcher der Patient täglich 10 mg Alendronsäure zu sich nehmen musste. In der Zwischenzeit hat die Beschwerdeführerin eine neue Form von Fosamax® auf den Markt gebracht, bei welcher der Patient wöchentlich 70 mg Alendronsäure einzunehmen hat. Anspruch 1 des entsprechenden Streitpatents lautet wie folgt: "Verwendung von Alendronat bei der Herstellung eines Medikaments zur Behandlung von Osteoporose bei einem Menschen, der eine solche Behandlung benötigt, wobei das Medikament an den Menschen als eine Einheitsdosis, die etwa 70 mg der Alendronatverbindung auf Gewichtsbasis an aktiver Alendronsäure enthält, gemäss einem Dauertherapieplan mit einem Dosierungsintervall von einmal pro Woche oral verabreicht wird." B. B.a Am 29. März 2007 klagten die Mepha Pharma AG sowie die Mepha AG, beide mit Sitz in Aesch BL, (Beschwerdegegnerinnen) beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Beschwerdeführerin mit dem Rechtsbegehren, es sei der schweizerische Teil des europäischen Patents Nr. 1 175 904 für nichtig zu erklären. Mit Urteil vom 14. April 2009 hiess das Handelsgericht die Klage gut. Es gelangte im Wesentlichen zum Schluss, die beanspruchte Dosierung sei gemäss Art. 2 Abs. 2 lit. a PatG und Art. 52 Abs. 4 des EPÜ 1973 von der Patentierung ausgeschlossen. B.b Eine von der Beschwerdeführerin gegen das handelsgerichtliche Urteil vom 14. April 2009 erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Zirkulationsbeschluss vom 17. Juni 2010 ab, soweit es darauf eintreten konnte. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 14. April 2009 aufzuheben und die Klage vom 29. März 2007 abzuweisen. Eventualiter sei die Streitsache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Mit Verfügung vom 9. September 2010 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Mit Verfügung vom 22. September 2010 hiess es das Sicherstellungsgesuch der Beschwerdegegnerinnen gut und forderte die Beschwerdeführerin auf, zur Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerinnen den Betrag von Fr. 17'000.-- in bar zu hinterlegen. Der Betrag ging in der Folge fristgerecht bei der Gerichtskasse ein. 