Faits: A. Le 12 octobre 2012, le Grand Conseil du canton de Genève a adopté une modification de la loi sur les transports publics genevois (LTPG, RS/GE H 1 55) ajoutant notamment un alinéa 3 à l'art. 11 LTPG dont la teneur est la suivante: "les membres du conseil d'administration des TPG ne peuvent siéger dans un exécutif cantonal ou communal, à l'exception du membre visé à l'art. 9 al. 1 let. d de la loi" (soit le membre désigné par l'Association des communes genevoises). Cette modification tend à prévenir les conflits d'intérêts et à adapter le droit genevois à l'art. 29 al. 1 let. e de la loi fédérale sur le transport de voyageurs (LTV, RS 745.1), selon lequel le conseil d'administration de l'entreprise ne doit comprendre aucune personne qui participe directement au processus de commande ou est employée dans une unité administrative participant à ce processus. Cette modification est entrée en vigueur le 8 décembre 2012, sans recours ni référendum. B. Les 14 et 28 novembre 2012, Le Conseil d'Etat genevois a écrit au Conseil administratif de la Ville de Genève, considérant que le membre de cette autorité siégeant au sein du conseil d'administration des TPG (soit Rémy Pagani, alors Maire de la Ville de Genève) serait considéré comme démissionnaire en vertu de la nouvelle disposition de la LTPG. Le Conseil administratif fit savoir, par lettre du 6 décembre 2012, que Rémy Pagani ne démissionnerait ni du Conseil administratif, ni du conseil d'administration des TPG où il avait été nommé jusqu'au 31 mai 2014. Les motifs et la constitutionnalité de la nouvelle disposition étaient contestés. C. Par arrêté du 7 décembre 2012, le Conseil d'Etat a constaté que l'intéressé n'était plus membre du conseil d'administration des TPG dès le 8 octobre 2012. Un nouvel arrêté a été adopté le 12 décembre 2012, remplaçant le précédent et fixant au 8 décembre 2012 la date de l'incompatibilité. Rémy Pagani et le Conseil administratif ont recouru contre ce dernier arrêté auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise. Un recours formé contre l'arrêté précédent a été déclaré sans objet, et une demande d'effet suspensif a été rejetée le 21 décembre 2012. D. Par arrêt du 27 mars 2013, la Chambre administrative a rejeté le recours. Le droit d'être entendu avait été respecté, compte tenu des informations communiquées les 14 et 28 novembre 2012 et du délai accordé au 3 décembre 2012 à Rémy Pagani pour prendre position. L'art. 155 al. 6 de la Constitution genevoise (Cst./GE) permettait aux conseillers administratifs de siéger dans les conseils d'institutions, de sociétés ou de fondations de droit public auxquelles la Confédération, l'Etat ou les communes étaient intéressés; cela n'empêchait pas l'adoption de dispositions spéciales tel l'art. 11 al. 3 LTPG. Le Conseil administratif avait eu l'occasion de désigner un autre représentant, de sorte que l'autonomie communale était respectée. Le maire de la commune française de Chevrier, président de la Communauté des communes du Genevois, siégeait au sein du conseil d'administration des TPG. Toutefois, l'art. 11 al. 3 LTPG visait à assurer l'indépendance des TPG et à éviter les conflits d'intérêts. Un tel conflit n'était pas possible à l'égard d'un élu français. E. Le Conseil administratif et Rémy Pagani forment chacun un recours en matière de droit public. Ils demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et l'arrêté du Conseil d'Etat du 12 décembre 2012, et de constater que Rémy Pagani est encore membre du conseil d'administration des TPG. Subsidiairement, ils concluent au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Chambre administrative persiste dans les termes de son arrêt tout en s'en rapportant à justice. Le Conseil d'Etat conclut à l'irrecevabilité des recours, subsidiairement à leur rejet. Les recourants ont déposé de nouvelles observations. Le Conseil d'Etat a renoncé à se déterminer à nouveau. 