Sachverhalt: A. B._, geboren 1947, war seit dem 1. Mai 1974 bei der Firma S._ AG als Ingenieur tätig und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert. Am 27. Juni 1998 erlitt er einen Unfall, als sein Motorrad von einem rückwärts auf die Strasse einbiegenden Fahrzeug gerammt und er dabei zu Fall gebracht wurde. Im Spital X._ wurden eine offene proximale Tibiakopf-Trümmerfraktur, eine proximale Fibulaköpfchenfraktur sowie ein ossärer Abriss des Patellaunterpols diagnostiziert und ein operativer Eingriff vorgenommen. Gemäss Zwischenbericht des Hausarztes Dr. med. Z._, Allgemeine Medizin FMH, vom 29. Dezember 1999 konnte B._ die Arbeit am 1. Februar 1999 wieder zu 50 % aufnehmen und am 1. Mai 1999 auf 60 % steigern. Dr. med. D._, leitender Arzt Orthopädie der Klinik C._, hielt am 8. Juni 2000 fest, dass dem Patienten in der Zwischenzeit eine 40%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert worden sei, welche Einschätzung der Situation auch seiner Auffassung nach gerecht werde. Gemäss Bericht über die Abschlussuntersuchung von SUVA-Kreisarzt Dr. med. A._ vom 14. Juli 2000 verblieben als Unfallfolgen eine verminderte Belastbarkeit des rechten Knies, ein Streckdefizit von 14 Grad, ein Muskeldefizit sowie eine verminderte Kraft und es bestand ein erhöhtes Arthroserisiko. Tätigkeiten mit Schlägen und Fibrationen auf die rechte Beinachse, Tätigkeiten in hockender oder kniender Stellung sowie häufiges Begehen von Leitern, Treppen und unebenem Gelände seien nicht mehr zumutbar. Günstig seien Wechselbelastungen. Das Tragen von Lasten sei auf maximal 10 bis 12 kg reduziert. Rein repetitive Arbeiten seien für dieses Gelenk nur ausnahmsweise zumutbar. Andere Einschränkungen, insbesondere zeitlicher Art, würden nicht bestehen. Am 21. Dezember 2000 sprach die SUVA B._ mit Wirkung ab 1. Januar 2001 eine Invalidenrente basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 20 % zu. Im Rahmen des von der SUVA gegenüber der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft als Haftpflichtversicherin des Unfallverursachers geltend gemachten Regresses führte diese am 8. Juli 2002 an, es sei lediglich eine Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit von 25 % ausgewiesen. Nach weiteren Abklärungen reduzierte die SUVA die Invalidenrente am 7. Juni 2005 mit Wirkung ab dem 1. Mai 2004 unter Annahme einer Erwerbsunfähigkeit von 23 %. Gleichzeitig forderte sie die seither zu viel bezahlten Rentenleistungen in der Höhe von Fr. 14'962.- zurück und verrechnete sie mit Rentenzahlungen bis zum 31. Juli 2007. Mit Einspracheentscheid vom 30. November 2006 legte sie die Erwerbsunfähigkeit ab dem 1. Juni 2004 auf 26 % fest. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 25. November 2008 ab. Das Gericht verneinte das Vorliegen eines Revisionstatbestandes, stellte jedoch eine zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Verfügung (soweit sie die Rentenzusprechung betraf) fest und schützte den angefochtenen Einspracheentscheid mit der substituierten Begründung der Wiedererwägung. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm auch weiterhin eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 40 % auszurichten; eventualiter sei die Sache zur ergänzenden Abklärung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 