Faits: A. A.a La société X._ SA, en liquidation depuis janvier 2007 (ci-après citée: la Société), a notamment pour but l'acquisition et la vente de tous immeubles ainsi que la participation à des sociétés de même genre. Entre 2001 et 2003, elle a acquis dans le canton de Vaud la propriété de six immeubles appartenant à des sociétés immobilières en liquidation dont elle était actionnaire (apparemment unique). A ce titre, elle a bénéficié des dispositions transitoires prévues par le droit fiscal cantonal pour faciliter la liquidation des sociétés immobilières en cas de transfert des immeubles à l'actionnaire et de dissolution de la société avant le 1er janvier 2004; ces dispositions prévoient diverses réductions d'impôts en faveur de la société immobilière et/ou de l'actionnaire ainsi que l'exonération des droits de mutation normalement perçus sur les transferts immobiliers. Dès l'année suivant l'acquisition des immeubles, la Société s'est acquittée annuellement sur ceux-ci, comme auparavant les sociétés immobilières qui en étaient propriétaires, d'un impôt complémentaire correspondant à 1,5 o/oo de leur estimation fiscale (1 o/oo pour le taux fixe cantonal + 0,5 o/oo pour le taux variable communal). Le 31 mars 2006, elle a revendu ses six immeubles à un tiers acheteur. A.b Par six décisions de taxation du 30 août 2007, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a réclamé à la Société, en application du régime transitoire prévu pour les sociétés immobilières, la reprise des droits de mutation dont elle avait été exonérée lors de l'acquisition des immeubles, sous déduction d'une réduction de 20 % par année entière de possession de ces derniers depuis leur transfert à l'actionnaire. Parallèlement à la reprise des droits de mutation, l'Administration cantonale a également fixé les montants dus à la Société, selon le droit cantonal, à titre de remboursement de l'impôt complémentaire en cas d'aliénation d'un immeuble entraînant pour la personne morale le paiement d'un droit de mutation; le fisc a cependant réduit les montants remboursés à ce titre dans la même proportion que l'abattement consenti à la Société sur la reprise des droits de mutation, à savoir à raison de 20 % par année entière de possession des immeubles. A.c La Société a formé réclamation contre les décisions de taxation précitées. Elle s'en est prise au calcul du remboursement de l'impôt complémentaire, en contestant la réduction opérée par le fisc sur son montant. Elle estimait qu'une telle réduction ne trouvait aucun fondement légal et concluait à ce que les impôts complémentaires prélevés avant le transfert des immeubles à l'actionnaire lui fussent entièrement remboursés, jusqu'à concurrence de quinze fois le montant annuel de l'impôt ainsi que des droits de mutation effectivement repris. L'Administration cantonale a rejeté la réclamation dont elle était saisie par décision du 7 avril 2009. B. La Société a recouru contre la décision sur réclamation précitée. Par arrêt du 9 novembre 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation. En bref, elle a estimé que l'interprétation téléologique et systématique de la loi conduisait à la constatation d'une lacune proprement dite devant être comblée par le juge. C. La Société forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal cantonal dont elle requiert principalement la réforme, sous suite de frais et dépens, en ce sens que les impôts complémentaires lui soient remboursés conformément à ses conclusions prises en instance cantonale, soit jusqu'à concurrence des montants suivants: 70'620 fr. pour l'immeuble no 1; 59'287 fr. 50 pour l'immeuble no 2; 188'100 fr. pour l'immeuble no 3; 33'505 fr. 50 pour l'immeuble no 4; 26'590 fr. 50 pour l'immeuble no 5 et 87'300 fr. pour l'immeuble no 6. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle soutient que le Tribunal cantonal a interprété le droit cantonal en violation des principes constitutionnels de la légalité et de l'interdiction de l'arbitraire. L'Administration cantonale et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. 