Faits: A. X._, domicilié dans le canton de Genève, exerçait une activité salariée auprès de la société A._ SA en 2003. A la même période, il était actionnaire unique, administrateur unique avec signature individuelle et directeur de la société B._ SA, dont le but, selon le registre du commerce, était le commerce, l'importation, l'exportation et la distribution de matériel de télécommunication, informatique, électronique et accessoires divers. Il était par ailleurs actif dans le domaine immobilier sous la raison individuelle C._, X._. X._ disposait d'un droit d'emption sur la parcelle n° xxx de la commune de D._, propriété de Y._. Le 22 avril 2003, il a donné à la société B._ SA le mandat de vendre deux villas sur plans situées sur cette parcelle. Il s'engageait à payer au mandataire une commission de CHF 25'000.- par villa vendue. Après la division de la parcelle susmentionnée en deux parcelles distinctes, X._ a cédé le 8 décembre 2003 son droit d'emption sur la première parcelle pour un montant de CHF 44'000.- à un couple qui, par le même acte, a acquis la parcelle, sur laquelle avait été érigée une habitation, pour le prix de CHF 871'000.-. Par acte du même jour, X._ a cédé son droit d'emption sur la seconde parcelle pour un montant de CHF 40'000.- à un autre couple, qui a acquis ladite parcelle pour la somme de CHF 200'000.-. Dans sa déclaration fiscale 2003, X._ n'a pas fait état de ces opérations immobilières. Les bordereaux de taxation relatifs à la période fiscale 2003 ont été établis le 26 mai 2005. B. Le 24 octobre 2005, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après l'Administration cantonale) a informé X._ de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt pour la période fiscale 2003, tant pour les impôts cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct, en relation avec les opérations immobilières précitées. X._ a produit un décompte relatif à ces opérations d'où il ressortait que son bénéfice net se montait à CHF 5'664.05. Parmi les frais qu'il faisait valoir figuraient les deux commissions de CHF 25'000.- en faveur de B._ SA. Le 20 février 2006, l'Administration cantonale a établi deux bordereaux rectificatifs. Les commissions en faveur de B._ SA étaient limitées à 5 % de CHF 44'000.- et de CHF 40'000.-, soit CHF 4'200.- en lieu et place du montant de CHF 50'000.- indiqué par le contribuable. X._ était par ailleurs astreint à verser un supplément d'impôt de CHF 14'866.20 et des intérêts de retard de CHF 273.40 pour les impôts cantonal et communal, et un supplément d'impôt de CHF 6'205.15 et des intérêts de retard de CHF 133.95 pour l'impôt fédéral direct, ainsi que des amendes de CHF 14'800.- pour les impôts cantonal et communal et de CHF 6'200.- pour l'impôt fédéral direct. Le 5 septembre 2006, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation déposée par le contribuable. X._ a recouru contre cette décision auprès des Commissions cantonales de recours en matière fiscale du canton de Genève, remplacées dès le 1er janvier 2009 par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après la Commission de recours), devenue dès le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI). Par décision du 19 mai 2009, la Commission de recours a rejeté le recours de X._ en ce qui concernait les impôts cantonal et communal. Le recours formé par le contribuable auprès du Tribunal administratif, devenu la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève le 1er janvier 2011 (ci-après : la Cour de justice), a été déclaré irrecevable le 16 novembre 2010. Par jugement du 28 février 2011, le TAPI a rejeté le recours de X._ en ce qui concernait l'impôt fédéral direct. Le recours du contribuable a été rejeté par la Cour de justice par arrêt du 31 juillet 2012. Celle-ci a considéré, en substance, que les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées et que la commission de CHF 50'000.- n'était pas conforme aux usages professionnels et réalisait également les conditions de l'évasion fiscale. C. Par acte du 15 septembre 2012 adressé au Tribunal administratif fédéral, X._ recourt contre l'arrêt précité. Il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle rectifie les bordereaux, afin de tenir compte de la commission de CHF 50'000.- versée et qu'elle annule les amendes. Il demande également qu'il soit constaté que le jugement du 31 juillet 2012 viole le principe de la maxime inquisitoire et l'interdiction de l'arbitraire, que la société B._ SA avait la capacité légale de mener des affaires immobilières, et que les commissions versées n'étaient pas insolites et ne constituaient pas une évasion fiscale. Le 18 septembre 2012, le Tribunal administratif fédéral a transmis le recours de X._ au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence. La Cour de justice a renoncé à formuler des observations, s'en est rapportée à justice quant à la recevabilité du recours et a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours, avec suite de frais. Quant à l'Administration fédérale des contributions, elle s'est ralliée aux observations de l'Administration cantonale et a conclu au rejet du recours. 