Faits: A. La société X._ Sàrl est propriétaire à Martigny de l'immeuble sis au xxx. Destiné à l'habitation, celui-ci comprend sept studios. Lors d'un contrôle effectué au mois d'août 2010, il fut constaté que les locaux étaient utilisés comme "salons de massage". Le 9 août 2010, la commune de Martigny ordonna à la propriétaire de réaffecter les lieux à l'habitation ou de déposer une demande d'autorisation pour un changement d'affectation. L'intéressée n'ayant pas obtempéré, le Conseil communal de Martigny impartit, par décision du 22 septembre 2010, un délai de 60 jours pour procéder à une remise en état des lieux (sous réserve d'une demande de changement d'affectation), faute de quoi les salons de massage seraient fermés aux frais de la propriétaire. B. Cette décision fut confirmée, sur recours de l'intéressée, successivement par le Conseil d'Etat du canton du Valais (par décision du 22 juin 2011 prévoyant en outre la suspension de la décision de remise en état en cas de dépôt d'une demande de changement d'affectation), puis par arrêt du 30 mars 2012 de la Cour de droit public du Tribunal cantonal valaisan. Selon ce dernier arrêt, l'ordre de remise en état devait être adressé au propriétaire, perturbateur par situation; même si les hôtesses vivaient sur place, elles exerçaient une activité commerciale distincte de la simple habitation, et pouvant avoir des incidences sur le quartier alentour. Cela nécessitait une autorisation au sens de l'art. 22 al. 1 LAT. Il n'y avait pas d'inégalité de traitement, la commune ayant affirmé avoir agi de même à l'encontre des propriétaires se trouvant dans une situation semblable. C. Par acte du 10 mai 2012, X._ Sàrl forme un recours en matière de droit public par lequel elle conclut à la réforme de l'arrêt cantonal. La cour cantonale et le Conseil d'Etat ont renoncé à se déterminer. La Commune de Martigny conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. 