Sachverhalt: A. A.a Z._ war bei der seit dem 25. Februar 1985 im Handelsregister eingetragenen X._ AG Delegierter des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift. Nach dem 2. Oktober 2002 war er als Präsident und Delegierter des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift eingetragen. Am 30. November 2004 schied er aus dem Verwaltungsrat aus, blieb jedoch einzelzeichnungsberechtigt und in der Geschäftsleitung. Am 2. Mai 2005 wurde Z._ per 31. August 2005 gekündigt und gleichzeitig freigestellt. A.b Am 31. August 2005 wurde über die X._ AG der Konkurs eröffnet. Im Konkursverfahren machte Z._ eine Lohnforderung von Fr. 16'000.-- für den Monat August 2005 sowie einen Entschädigungsanspruch von Fr. 112'500.-- für nicht bezogene Ferien im Umfang von 148 Tagen geltend. Mit Verfügung des Konkursamtes Aargau, Amtsstelle Brugg, vom 16. März 2006 wurde die ganze Lohnforderung und die Ferienentschädigung im Umfang von Fr. 54'725.-- in der dritten Klasse kolloziert; im Übrigen wurde die Forderung abgewiesen mit der Begründung, dass insoweit das Ferienguthaben während der Freistellungszeit kompensiert sei. B. Am 10. April 2006 klagte Z._ beim Bezirksgericht Brugg gegen die Konkursmasse X._ AG und verlangte die Kollokation der eingegebenen Forderungen in der ersten Klasse und im gesamten Umfang. Mit Urteil vom 22. Mai 2007 hiess das Bezirksgericht die Kollokationsklage teilweise gut und ordnete an, dass die gesamte Lohnforderung (Fr. 16'000.--) und die Ferienentschädigung im Umfang von Fr. 54'725.-- in der ersten Klasse zu kollozieren sind. Gegen dieses Urteil appellierte die Konkursmasse X._ AG beim Obergericht des Kantons Aargau und verlangte die Kollokation der Forderungen in der dritten Klasse. Das Obergericht wies die Appellation mit Urteil vom 16. Oktober 2008 ab. C. Die Konkursmasse der X._ AG führt mit Eingabe vom 28. November 2008 Beschwerde in Zivilsachen. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht, es seien die Urteile des Obergerichts und des Bezirksgerichts aufzuheben, und es sei die Klage auf Zulassung der von Z._ (Beschwerdegegner) eingegebenen Forderungen von Fr. 16'000.-- und Fr. 54'725.-- in der ersten Klasse abzuweisen. Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Präsidialverfügung vom 12. Dezember 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt. 