Faits: A. A.a Le 6 avril 1993, S._, ressortissant étranger né en 1967, a été mis au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité à partir du 1er juillet 1992, en raison des séquelles d'un accident survenu le 3 octobre 1989. L'événement accidentel avait entraîné l'amputation de plusieurs orteils du pied droit, les deux dernières interventions chirurgicales ayant eu lieu en août 1992 et février 1993. Au début de l'année 1994, les organes de l'assurance-invalidité soumirent l'assuré à un stage de réadaptation professionnelle qui dut être interrompu en raison des douleurs ressenties par l'intéressé (rapport du 27 mai 1994 de l'Office régional de réadaptation professionnelle AI). Par une communication du 29 août 1994, ils confirmèrent à S._ que son droit à une rente entière d'invalidité était maintenu. Par la suite (le 19 mai 2000), l'assuré - qui était entre-temps retourné dans son pays d'origine - fut à nouveau informé du maintien de la prestation. A.b Initiant une procédure de révision en avril 2005, l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger (ci-après: l'office AI) a, entre autres mesures d'instruction, soumis l'assuré à un examen auprès du Centre X._. Dans un rapport du 4 avril 2006, les docteurs A._ et T._ ont conclu que l'assuré disposait d'une capacité entière de travail dans une activité sédentaire (avec changement de position de temps à autre et possibilité de surélever par moments le pied droit), mais que les limitations présentées pouvaient engendrer une légère diminution de rendement de 10% environ. Après avoir requis l'avis de son Service médical sur la documentation médicale produite par l'intéressé, l'office AI a rendu une décision le 19 janvier 2007, par laquelle il a supprimé le droit de S._ à une rente à partir du 1er mars 2007. En bref, il a considéré que celui-ci était en mesure de réaliser dans une activité adaptée un gain équivalant à 85% du revenu qu'il obtenait avant l'invalidité. B. Statuant le 11 septembre 2008 sur le recours formé par l'assuré contre la décision du 19 janvier 2007, le Tribunal administratif fédéral l'a rejeté. C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation en concluant, sous suite de frais, au maintien de son droit à une rente entière d'invalidité. L'office AI conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 