Sachverhalt: A. Y._ (Ehefrau) und X._ (Ehemann) heirateten im Mai 1986. Aus ihrer Ehe sind die drei Kinder S._, geb. 1986, T._, geb. 1992, und U._, geb. 1995, hervorgegangen. Seit dem 1. Oktober 2008 leben die Parteien getrennt. B. B.a Mit Eheschutzbegehren vom 18. September 2008 gelangte Y._ an das Bezirksgericht Muri. Sie beantragte unter anderem, die noch minderjährigen Söhne T._ und U._ seien unter ihre Obhut zu stellen und X._ sei zu verpflichten, ab Oktober 2008 für T._ und U._ Kinderunterhaltsbeiträge von je Fr. 900.-- zuzüglich allfällig bezogener Kinderzulagen zu bezahlen. Zudem verlangte sie ab Oktober 2008 einen persönlichen Unterhaltsbeitrag von Fr. 1'600.--. X._ stellte in der Antwort vom 7. Oktober 2008 unter anderem den Antrag, die Kinderunterhaltsbeiträge seien auf je Fr. 600.-- zuzüglich Kinderzulagen festzusetzen sowie der persönliche Unterhaltsbeitrag auf Fr. 190.--. An der Verhandlung vom 6. November 2008 änderte Y._ ihr persönliches Unterhaltsbegehren dahingehend, dass für die Monate Oktober und November 2008 monatlich Fr. 1'899.-- und danach Fr. 1'757.-- zu bezahlen seien. X._ hielt an seinen Begehren fest. Das Bezirksgericht Muri stellte mit Urteil vom 2. Dezember 2008 die beiden Söhne T._ und U._ unter die elterliche Obhut von Y._ und verpflichtete X._, ab Oktober 2008 für T._ und U._ Kinderunterhaltsbeiträge von je Fr. 800.-- zuzüglich allfälliger Kinderzulagen zu bezahlen. Den persönlichen Unterhaltsbeitrag setzte es ab Oktober 2008 auf Fr. 740.-- fest. B.b Mit Beschwerde vom 9. Januar 2009 verlangte X._ die Reduktion der festgesetzten Kinderunterhaltsbeiträge auf Fr. 650.-- zuzüglich allfälliger Kinderzulagen sowie die Festsetzung des persönlichen Unterhaltsbeitrages auf Fr. 750.-- für die Zeit vom 1. Oktober 2008 bis 31. Januar 2009.-- sowie die Reduktion bzw. Befristung auf Fr. 590.-- vom 1. Februar 2009 bis 28. Februar 2011. Eventualiter beantragte er, der persönliche Unterhaltsbeitrag sei vom 1. Oktober 2008 bis 31. Januar 2009 auf Fr. 450.-- und vom 1. Februar 2009 bis 28. Februar 2011 auf Fr. 290.-- festzusetzen. Mit Anschlussbeschwerde vom 23. Januar 2009 verlangte Y._ die Erhöhung des festgesetzten Kinderunterhaltsbeitrages auf je Fr. 800.-- zuzüglich Kinderzulagen sowie die Erhöhung des persönlichen Unterhaltsbeitrages auf Fr. 1'857.20 für Oktober bis November 2008 und auf Fr. 1'715.-- ab Dezember 2008. Das Obergericht wies mit Urteil vom 6. April 2009 die Beschwerde von X._ ab und setzte in teilweiser Gutheissung der Anschlussbeschwerde von Y._ und von Amtes wegen den Kinderunterhaltsbeitrag für T._ ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 auf Fr. 800.-- und ab 1. Januar 2009 auf Fr. 1'000.-- zuzüglich bezogener Kinderzulage und für U._ ab 1. Oktober 2008 auf Fr. 800.-- zuzüglich Kinderzulage fest. Der persönliche Unterhaltsbeitrag für Y._ wurde ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 auf Fr. 940.-- und ab 1. Januar 2009 auf Fr. 760.-- festgesetzt. X._ wurde zudem die unentgeltliche Rechtspflege gewährt. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen und eventueller subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 18. Mai 2009 (Postaufgabe) ist X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) an das Bundesgericht gelangt. Betreffend die Kinderunterhaltsbeiträge verlangt er eine Abänderung und Neuformulierung des obergerichtlichen Urteils dahingehend, dass die Beiträge für T._ ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 auf Fr. 800.-- und ab 1. Januar 2009 auf Fr. 750.-- festgesetzt werden sollen, dies zuzüglich der gesetzlichen oder vertraglichen Kinderzulage. Dieser Unterhaltsbeitrag sei auf Fr. 1'000.-- zu erhöhen, sofern und solange für T._ keine Kinder- bzw. Ausbildungszulage bezogen werden könne. Für den Sohn U._ sei der Unterhaltsbeitrag ab 1. Oktober 2008 auf Fr. 800.-- zuzüglich Kinderzulage festzusetzen. Betreffend den persönlichen Unterhaltsbeitrag für Y._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) beantragt er eine Festsetzung auf Fr. 940.-- ab 1. Oktober bis 31. Dezember 2008 und die Reduktion sowie Befristung auf Fr. 625.-- ab 1. Januar 2009 bis längstens 28. Februar 2011. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden. 