Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner) war alleiniger Verwaltungsrat der Y._ AG mit Sitz in D._. Der im Handelsregister aufgeführte Zweck der Gesellschaft lautete auf Erbringung von Dienstleistungen im Bereich der Baubranche. Am 26. November 2004 wurde über die Y._ AG der Konkurs eröffnet. Der unangefochten gebliebene Kollokationsplan des Konkursamtes Nidwalden beinhaltet Forderungen in der Höhe von Fr. 25'096'995.70. Die in Deutschland ansässige X._ Versicherungs-AG (Beschwerdeführerin) wurde mit einer Forderung von Fr. 24'980'955.18 kolloziert. Sie liess sich von der Konkursverwaltung mit Verfügung vom 10. Oktober 2005 die Schaden- und Verantwortlichkeitsansprüche gegenüber allen mit der Verwaltung, Geschäftsführung oder Kontrolle betrauten Personen abtreten. B. Die Beschwerdeführerin reichte am 13. Juni 2006 gegen den Beschwerdegegner beim Kantonsgericht Nidwalden eine aktienrechtliche Verantwortlichkeitsklage ein. Sie belangte ihn, unter Nachklagevorbehalt, auf Bezahlung von EUR 2'000'000.--. Zur Begründung führte sie aus, die Klage behandle einen zivilrechtlichen Teilaspekt eines grösseren Betrugsfalls im Zusammenhang mit einer Grundstücksüberfinanzierung. Es gehe vorliegend ausschliesslich um die zivilrechtliche Verantwortlichkeit des einzigen Verwaltungsrats der von B._ und C._ zu betrügerischen Machenschaften verwendeten schweizerischen Y._ AG. Hintergrund sei die Finanzierung bzw. der Erwerb eines Klinikkomplexes in E._. Mit Urteil vom 23. Mai 2007 bejahte das Kantonsgericht Nidwalden, Zivilabteilung, Grosse Kammer II, das Vorliegen einer Pflichtverletzung des Beschwerdegegners, wies die Verantwortlichkeitsklage jedoch infolge fehlenden Nachweises bzw. fehlender Substantiierung des Schadens ab. Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Appellation beim Obergericht des Kantons Nidwalden. Sie beantragte, das Urteil des Kantonsgerichts vom 23. Mai 2007 aufzuheben und den Beschwerdegegner zu verpflichten, ihr EUR 2'000'000.-- zu bezahlen. Vom Nachklagevorbehalt sei Vormerk zu nehmen. Mit Urteil vom 29. September 2008 wies das Obergericht die Appellation ab. Es kam zum Schluss, dass es bereits an einer durch den Beschwerdegegner begangenen Pflichtverletzung fehle. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts vom 29. September 2008 aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Eventuell sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner begehrt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung. 