Faits: A. A.a Au cours de l'année 2000, les A._ SA , de siège social à B._, ont planifié la construction d'un accès hivernal à la chambre des vannes du barrage W._. Cet accès consistait en la pose d'un tube en acier ondulé (sur une distance d'environ 200 mètres), enterré et permettant le passage des employés des A._ SA. Les travaux ont été confiés à l'entreprise de construction Y._. A.b X._, spécialisée dans les constructions métalliques, a oeuvré en qualité de sous-traitante d'Y._. Le 20 juin 2001, X._ a adressé aux A._ SA, à titre confidentiel, une offre pour un montant de 123'500 fr., TVA non comprise, pour la construction métallique. Le 23 juillet 2001, elle présentait à Y._ une offre modifiée (no 10'987/01), réduite à 99'301 fr.55, qui a été confirmée le 17 août 2001. Y._ a contresigné la confirmation de l'offre. Le 22 août suivant, des modifications ont encore été apportées à la confirmation. Ainsi, Y._ précisait à X._ que « la livraison, le transport et le montage étaient à votre charge (mise à disposition par notre entreprise d'une aide de 12 jours), le déchargement et la pose des parties de l'ouvrage en métal incombe à notre entreprise et non comme mentionné sous point 4 de vos conditions générales (transport) et ceci pour le prix de fr. 92'297 fr.70 HT. De plus le point 8 des conditions générales concernant la réception et le contrôle de l'intégralité de la marchandise n'est pas de notre ressort ». A.c Le 28 septembre 2001, X._ a adressé à Y._ une facture de 99'301 fr.55. Le 23 novembre 2001, celle-là recevait à son tour de celui-ci une facture de 11'313 fr.60 pour l'exécution, en béton, du raccordement des tubes d'acier - fournis par X._ - aux ouvrages existants; il était précisé que la facture serait compensée avec une partie de celle de X._. B. B.a X._ a ouvert action contre Y._, afin d'obtenir le solde du paiement de la prestation fournie, conformément à ce qui avait été convenu. Après modification de ses conclusions initiales sur le seul montant du taux d'intérêt, X._ a conclu à la condamnation de la partie adverse à lui payer le montant de 13'101 fr.55, avec intérêts à 9% dès le 28 octobre 2001. A ce montant s'ajoutaient « les frais de retard et divers », à concurrence de 1'331 francs. Y._ a conclu, pour sa part, au rejet de la demande, avec suite de frais et dépens. En cours de procédure, les parties ont renoncé à faire administrer une expertise et arrêté à 13'100 fr. la valeur des travaux effectués par Y._ et celle des travaux non exécutés par X._ du fait de « l'abandon de la solution des raccordements métalliques prévus ». Ce montant correspond au solde réclamé par X._ à l'appui de son action en justice. B.b Par jugement rendu le 24 février 2009, le Tribunal cantonal valaisan a rejeté la demande de X._. Le Juge de la Cour civile I du Tribunal cantonal a retenu que les parties ont, d'un commun accord, renoncé à certaines prestations que devait fournir initialement X._: il s'agit du raccord métallique entre le tube que X._ a livré et les ouvrages existants. Ce raccord a finalement été réalisé - en béton - par le maître d'oeuvre. L'autorité cantonale a ensuite posé qu'une prestation à laquelle les parties ont renoncé en cours de chantier ne saurait être facturée et relevé que, dans le cas d'espèce, rien au dossier ne permet de retenir que la modification convenue a été intégrée, d'un point de vue des répercussions financières, dans l'offre de X._ voire, par la suite, dans sa facture du 28 septembre 2001. Elle en a conclu que la demanderesse avait échoué à démontrer le bien-fondé de la créance invoquée. C. La demanderesse exerce un recours constitutionnel subsidiaire. Invoquant l'arbitraire dans l'établissement des faits, dans l'appréciation des preuves, dans l'application des art. 8 CC et 18 CO et une violation du droit d'être entendue par le non-respect de l'obligation de motiver, la demanderesse conclut à l'admission du recours et réitère les conclusions prises devant l'autorité valaisanne, en fixant le taux des intérêts à 5%, et non plus à 9%. Le défendeur propose l'irrecevabilité du recours, subsidiairement le rejet. L'autorité cantonale ne formule aucune observation et se réfère aux considérants de son jugement. 