Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich führt gegen X._, Jahrgang 1983, eine Strafuntersuchung. In diesem Verfahren ist am 18. Dezember 2008 gegen ihn Anklage erhoben worden. Vorgeworfen werden ihm unter anderem versuchte schwere Körperverletzung, mehrfache einfache Körperverletzung, mehrfacher Angriff, Gewaltdarstellung, Drohung, Nötigung, Rassendiskriminierung, mehrfache Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte. Die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich hat die Anklage am 20. Januar 2009 zugelassen und dem Obergericht zur Beurteilung überwiesen. B. Am 22. Januar 2009 ersuchte X._ um Bewilligung des vorzeitigen Massnahmenantritts in einer Einrichtung für junge Erwachsene. Er war damals bereits im vorzeitigen Strafvollzug. Die Präsidentin der Anklagekammer wies das Gesuch mit Verfügung vom 29. Januar 2009 ab. C. Mit Eingabe vom 11. März 2009 legt X._ gegen die Verfügung vom 29. Januar 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen ein. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Bewilligung des gewünschten vorzeitigen Massnahmenantritts. Ausserdem stellt er ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung im bundesgerichtlichen Verfahren. Die Staatsanwaltschaft und die Präsidentin der Anklagekammer haben Verzicht auf eine Vernehmlassung erklärt. 