Sachverhalt: A. A.a Die X._ AG bezweckt den Handel mit ...-Waren und die Übernahme von Vertretungen in dieser Branche; sie kann sich an anderen Unternehmen beteiligen und Grundbesitz erwerben, verwalten und veräussern. Ihr Sitz befindet sich in Zürich. In S._, Kanton Schwyz, ist sie Eigentümerin einer Mietliegenschaft, die der Kapitalanlage dient. In den Jahren 1998 und 1999 wies die X._ AG insgesamt namhafte Verluste auf. Die Kapitalanlageliegenschaft selbst warf in dieser Zeit einen Ertrag ab. Nachdem die Gesellschaft im Jahre 2000 vorübergehend wieder die Gewinnzone erreicht hatte, erzielte sie ab dem Jahre 2001 erneut Verluste. Diese sind auf die Übernahme (Absorption) der beiden Tochtergesellschaften Y._ AG und Z._ AG, rückwirkend per 1. Januar 2001, zurückzuführen. A.b Mit Veranlagungsverfügungen vom 24. September 2002 wurde die X._ AG im Kanton Schwyz für das Steuerjahre 1999 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 15'400.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 648'000.-- (satzbestimmend Fr. 7'217'000.--) und für das Steuerjahr 2000 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 133'000.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 823'000.-- (satzbestimmend Fr. 7'426'000.--) veranlagt. Diese Veranlagungen berücksichtigten den Ertragsanteil der Kapitalanlageliegenschaft unabhängig vom Gesamtergebnis (Verlust). Eine Einsprache wies die Kantonale Steuerkommission Schwyz mit Entscheid vom 23. November 2004 ab. B. Die X._ AG gelangte mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses hiess mit Urteil vom 16. März 2005 die Beschwerde teilweise gut und setzte den steuerbaren Reingewinn für das Jahr 1999 auf Fr. 0.-- und für das Jahr 2000 auf Fr. 106'000.-- fest. Die übrigen Faktoren blieben unverändert. Die Änderung beim Reingewinn ergab sich aus der Berücksichtigung der Kosten der Verwaltung und des Steueraufwandes für die Liegenschaft im Kanton Schwyz. Eine Verlustübernahme durch den Kanton Schwyz lehnte das Verwaltungsgericht jedoch ab. C. Die X._ AG führt staatsrechtliche Beschwerde mit den Anträgen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 16. März 2005 sei hinsichtlich des Steuerjahres 2000 aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Verweigerung der Verlustverrechnung verfassungswidrig sei. Die Kantonale Steuerkommission Schwyz sei anzuweisen, die Besteuerung unter Berücksichtigung der betrieblichen Verlustvorträge so vorzunehmen, dass ein Ausscheidungsverlust vermieden werde; zu viel bezogene Steuern seien zurückzuerstatten. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf das verfassungsmässige Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV), auf das Prinzip der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV) und auf das Willkürverbot (Art. 9 BV). Die Kantonale Steuerkommission Schwyz und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz beantragen Abweisung der Beschwerde. Ebenso das Kantonale Steueramt Zürich. 