Sachverhalt: A. X._ geriet am 3. Juni 2011 am Steuer eines Personenwagens in Hombrechtikon in eine Polizeikontrolle. Den Polizisten fiel auf, dass er gerötete Augen hatte und ein verlangsamtes Verhalten zeigte. Der Drogenschnelltest fiel positiv aus. X._ sagte aus, am Vorabend eine Linie Kokain konsumiert zu haben. Das chemisch-toxikologische Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich vom 24. Juni 2011 ergab, dass X._ zwar Kokain konsumiert hatte, seine Fahrfähigkeit dadurch aber nicht vermindert war, da unter Berücksichtigung der vom Bundesamt für Strassen (ASTRA) festgelegten Nachweisgrenze und nach Abzug der Messunsicherheit keine Stoffe gemäss Art. 2 Abs. 2 VRV in seinem Blut nachgewiesen werden konnten. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland bestrafte X._ am 19. Juli 2011 wegen mehrfacher Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes im Sinn von dessen Art. 19a Ziff. 1 mit einer Busse von Fr. 300.--. Gleichentags stellte sie das Verfahren wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand ein, auferlegte X._ jedoch die Verfahrenskosten von Fr. 1'008.25 mit der Begründung, er habe sich leichtfertig verhalten, indem er verbotenerweise Kokain konsumiert und dadurch das positive Ergebnis des Drogenschnelltests bewirkt habe. Am 21. Februar 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen die Kostenauflage der Einstellungsverfügung ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diese Verfügung des Obergerichts aufzuheben, und die Kosten der Strafuntersuchung wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand auf die Staatskasse zu nehmen. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen und ihm unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren. C. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung. 