Faits: A. Au 31 décembre 2005, X._, domicilié dans le canton de Genève était célibataire, mais vivait en concubinage avec sa partenaire, Y._, ressortissante kenyane et leur enfant commun, Z._, né en 2003. Y._ était déjà mère de deux autres enfants d'un premier lit, A._ née en 1993 et B._ né en 1997. Les intéressés se sont mariés le 3 mai 2006. B. Par arrêt du 30 août 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours de l'intéressé contre le jugement de Tribunal administratif de première instance du 4 avril 2011 portant sur l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2005. Il a jugé qu'en droit fiscal genevois, l'intéressé ne pouvait pas bénéficier de déductions pour charges de famille en faveur de A._ et B._. Il ne pouvait pas non plus déduire les frais liés à l'entretien de Y._, c'est-à-dire les primes d'assurance-maladie, les cotisations sociales et les frais de cours (2'832 fr, 437 fr. et 80 fr.) ni les frais de garde effectifs pour Z._ de 4'032 fr. C. Par mémoire du 3 octobre 2011, X._ demande au Tribunal fédéral sous suite de dépens, de déclarer recevable son recours et de renvoyer la dossier à l'autorité de taxation pour une décision conforme aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. 