Sachverhalt: A. X._ führt als selbständig erwerbender Unternehmer in A._ ein Maurergeschäft in der Rechtsform einer Einzelunternehmung. In seiner Steuererklärung für die "Übergangsperiode 1999/ 2000" deklarierte er ein steuerbares Einkommen für die direkte Bundessteuer von Fr. 248'749.--. Mit Veranlagungsverfügung vom 20. September 2001 wurde X._ gestützt auf Art. 218 Abs. 2 und 3 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) mit einer Jahressteuer für ein steuerbares Einkommen von Fr. 206'000.-- veranlagt. Mit Einspracheentscheid vom 22. März 2000 wurde der der Jahressteuer unterliegende Betrag auf Fr. 181'000.-- reduziert. B. X._ erhob am 17. April 2002 Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern und beantragte, "die Auflösung Reserven auf dem Umlaufvermögen von Fr. 181'000.-- sei aufzuheben". Die Steuerrekurskommission wies die Beschwerde mit Entscheid vom 17. Dezember 2002 ab. Sie hielt fest, aufgrund der unvollständigen Buchhaltung sei zu Recht eine Ermessensveranlagung vorgenommen worden; das von der Steuerverwaltung gewählte Vorgehen zur Ermittlung der Auflösung der stillen Reserven müsse als korrekt und gesetzmässig bezeichnet werden. C. X._ hat am 6. Februar 2003 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, der Entscheid der Steuerrekurskommission sei aufzuheben und die Veranlagung der Jahressteuer für 2000 für ausserordentliche Einkommen in der Übergangsperiode gemäss Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG sei auf Franken null festzusetzen. Zur Begründung macht er im Wesentlichen geltend, er habe seine Buchhaltung und die Abschlüsse 1999 und 2000 einer gründlichen Nachprüfung unterzogen. Anhand der neu eingereichten Belege ergebe sich beim Konto "Angefangene Arbeiten" eine Verschiebung von rund Fr. 65'500.-- zu Gunsten des Geschäftsjahrs 1999, und im Konto "Reparaturen/Ersatz Schalungsmaterial" (neu) seien rund Fr. 30'000.-- statt im Konto "Wareneinkauf" zu verbuchen. Aufgrund dieser Änderung halte sich die Bruttogewinnmarge im Jahr 2000 in etwa im Bereich des Geschäftsjahrs 1996. Zur Begründung führt der Beschwerdeführer weiter aus, als kleine Bauunternehmung verfüge er grundsätzlich über kein Materiallager, weshalb auch keine stillen Reserven vorhanden seien. Sodann habe er im Jahr 2000 hauptsächlich Lohnarbeit ausgeführt, dies im Unterschied zum Beispiel zum Jahr 1999, als er im Wesentlichen Direktaufträge ausgeführt habe, was sich ebenfalls auf die Marge auswirke. Im Übrigen habe er verschiedentlich zusätzliche Abklärungen wie eine Bücheruntersuchung beantragt, was indessen abgelehnt worden sei. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern und die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Den gleichen Antrag stellt die Eidgenössische Steuerverwaltung. 