Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin 1) ist Inhaberin des Schweizer Teils des EP 111._ und des gestützt darauf erteilten ergänzenden Schutzzertifikates 222._ (nachstehend "A._-SPC" [Supplementary Protection Certificate]) mit einer Schutzdauer vom 12. Februar 2011 bis 27. August 2011. Die Y._ AG (Beschwerdeführerin 2) ist bezüglich dieser Schutzrechte exklusive Lizenznehmerin der Beschwerdeführerin 1. Die Z._ AG (Beschwerdegegnerin) gehört zum Konzern des Unternehmens Z. Q._ Ltd., einem Generikaanbieter. Am 16. März 2010 erteilte Swissmedic der Beschwerdegegnerin die Marktzulassung für A._-IHCT-Z._ in den Dosierungen 80I12.5 mg, 160I12.5 mg und 160I25 mg. Dieses Medikament fällt nach Auffassung der Beschwerdeführerinnen in den Schutzbereich des A._-SPC. Die Beschwerdeführerinnen gingen davon aus, dass die Beschwerdegegnerin das Medikament vor Ablauf des A._-SPC auf den Markt bringen werde. Die vorprozessuale Korrespondenz erbrachte auf die Anfrage der Beschwerdeführerinnen keine Unterlassungserklärung der Beschwerdegegnerin. B. Die Beschwerdeführerinnen gelangten daher am 15. Oktober 2010 an das Handelsgericht des Kantons Zürich mit folgendem Massnahmebegehren: "1. Es sei der Gesuchsgegnerin unter Androhung der Bestrafung der verantwortlichen Organe im Widerhandlungsfall nach Art. 292 StGB (Busse) und der Zwangsvollstreckung vorsorglich zu verbieten, das von Swissmedic unter der Nummer 333._ zugelassene Arzneimittel mit dem Namen A._-IHCT-Z._ in den Dosierungen 80I12.5 mg, 160I12.5 mg und 160I25 mg in der Schweiz herzustellen, zu lagern, anzubieten, zu verkaufen oder auf andere Weise in Verkehr zu bringen, in die Schweiz einzuführen oder aus der Schweiz auszuführen oder bei einer dieser Handlungen mitzuwirken; 2. Es sei das Verbot gemäss Rechtsbegehren 1 in jedem Fall vor dem 12. Februar 2011 zu erlassen, falls nötig ohne vorgängige Anhörung der Gesuchsgegnerin; 3. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Gesuchsgegnerin." Die Beschwerdegegnerin beantragte in ihrer Antwort die Abweisung des Gesuchs, soweit darauf einzutreten sei. Der Einzelrichter des Handelsgerichts machte die Beschwerdegegnerin mit der Fristansetzung zur Duplik u.a. darauf aufmerksam, dass die Behauptung der Beschwerdeführerinnen, sie gingen davon aus, dass sich die Beschwerdegegnerin entschlossen habe, ihr Generikum zu B._® [d.h. A._-IHCT-Z._] vor dem Ablauf des A._-SPC auf dem Schweizer Markt zu lancieren, als anerkannt gelte, solange die Beschwerdegegnerin nicht konkret (will heissen, ohne um den Brei herumzureden) bestreite, diesen Entschluss gefasst zu haben. Daraufhin legte die Beschwerdegegnerin in der Duplik dar, sie habe nie die Absicht gehabt, A._-IHCT-Z._ vor Ablauf der Schutzdauer des A._-SPC in der Schweiz zu vermarkten. Vielmehr sei schon am 16. April 2010 als Launch Date der 28. August 2011 festgelegt worden. Gestützt auf diese Erklärung der Beschwerdegegnerin, dass sie A._-IHCT-Z._ erst am 28. August 2011, mithin nach Ablauf des ergänzenden Schutzzertifikates für A._-SPC, auf den Markt bringen wird, erachtete es die Vorinstanz für nicht glaubhaft gemacht, dass die Beschwerdegegnerin eine patentverletzende Handlung vorzunehmen beabsichtige. Sie wies daher das Massnahmebegehren mit Verfügung vom 7. Februar 2011 ab (Dispositiv-Ziffer 1). Die Gerichtsgebühr setzte sie auf Fr. 28'000.-- fest (Dispositiv-Ziffer 2). Die Kosten auferlegte sie den Parteien je zur Hälfte und sprach keine Parteientschädigungen zu (Dispositiv-Ziffern 3 und 4). C. Die Beschwerdeführerinnen beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, die Dispositiv-Ziffern 3 und 4 der angefochtenen Verfügung aufzuheben. Die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens in Höhe von Fr. 28'000.-- seien vollumfänglich der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, den Beschwerdeführerinnen für das vorinstanzliche Verfahren eine Prozessentschädigung in Höhe von insgesamt Fr. 27'600.-- (zuzüglich MwSt. von Fr. 2'098.--) zu bezahlen. Eventuell sei die Sache in Bezug auf Ziffern 3 und 4 des Dispositivs zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Mit Schreiben vom 18. bzw. 21. April 2011 reichten die Parteien Replik und Duplik ein. Am 28. April 2011 nahmen die Beschwerdeführerinnen Stellung zur Duplik. 