Faits: A. C.Y._ est décédé le 13 juin 1977 en Corse. Il a laissé, comme héritières, sa fille D.Y._ et sa femme A.X._, qui a par la suite épousé B.X._. B. Le 5 juin 2003, A.X._ a ouvert une action successorale contre D.Y._. Dans sa réponse du 27 avril 2004, cette dernière a notamment allégué ce qui suit: "2.13 La mort soudaine de C.Y._ donna lieu à de nombreuses rumeurs et fit sensation dans le canton de Fribourg, d'une part, parce que le de cujus était l'un des habitants les plus fortunés du canton et, d'autre part, parce que, malgré l'ouverture d'une enquête pénale, les circonstances du drame n'ont jamais pu être totalement élucidées. A cela s'ajoutait le fait que la demanderesse entretenait, déjà avant le décès de son premier mari, une liaison extraconjugale avec B.X._, son mari actuel, à l'époque vendeur de véhicules d'occasion. 2.15 La défenderesse est ressortissante allemande. Elle est domiciliée à Darmstadt, en Allemagne, ville dans laquelle est également établi le groupe Wella. En raison des circonstances restées toujours très mystérieuses de la mort de son père, la défenderesse évite, dans toute la mesure du possible, tout contact personnel avec la demanderesse. En d'autres termes, ce n'est pas uniquement en raison de la présente procédure que les relations de la défenderesse avec sa "belle-mère" sont tendues." C. Le 28 juillet 2004, A.X._ a déposé une plainte pénale pour diffamation contre D.Y._, représentée par les avocats E._ et F._, estimant que les allégués précités étaient attentatoires à son honneur. C.a Le 30 décembre 2004, le Juge d'instruction du canton de Fribourg a clos par un non-lieu la procédure ouverte contre D.Y._. Par arrêt du 30 mai 2005 et statuant sur recours de la plaignante, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a annulé cette décision et renvoyé l'affaire à l'instruction. Le 15 septembre 2006, le Juge d'instruction a clos par un non-lieu la procédure pénale dirigée contre D.Y._ et ses mandataires, la plainte ayant également été dirigée contre ces derniers. Par arrêt du 2 mai 2007, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a admis le recours de A.X._, annulé la décision précitée et renvoyé la cause au Juge d'instruction. C.b Le 9 novembre 2007, le Juge d'instruction a rendu une ordonnance de renvoi à l'encontre de D.Y._, E._ et F._. Par jugement du 22 février 2008, le Juge de police de la Sarine a admis l'exception d'irrecevabilité de la plainte pénale soulevée par les prévenus et les a par conséquent acquittés. Par arrêt du 15 avril 2008, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a admis le recours de A.X._, annulé le jugement précité et renvoyé la cause au Juge de police pour nouvelle décision. C.c Par jugement du 28 août 2008, ce magistrat a classé la procédure pénale instruite à la charge de D.Y._, E._ et F._, la plainte déposée par A.X._ étant prescrite depuis le 28 avril 2008. Il a rejeté les conclusions civiles prises par la plaignante et les prévenus et mis les frais de justice à la charge de l'Etat. Par arrêt du 19 décembre 2008, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis le recours de A.X._ en ce sens qu'elle l'a renvoyée à faire valoir ses conclusions civiles devant le juge civil. Elle a mis les frais pénaux de l'instance de recours, fixés à 1'334 fr., à la charge de cette dernière. D. A.X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 29 et 9 Cst., elle conteste sa condamnation au paiement des frais pénaux de l'instance de recours. Le Tribunal cantonal n'a pas formulé d'observations au recours. Le Ministère public a en revanche conclu à son admission. 