Sachverhalt: A. Die 1986 geborene M._ absolvierte seit 2001 eine Lehre als Pharmaassistentin in der Apotheke K._. Am 17. November 2001 erlitt sie als Beifahrerin in einem Kleinbus bei einem Unfall ein Polytrauma. Nach mehrmonatiger Behandlung konnte sie die Lehre fortsetzen. Nach dem Abschluss ihrer Ausbildung arbeitete sie in der Apotheke im Zentrum X._ und seit August 2006 bei der Apotheke Z._. Am 30. Januar 2008 meldete sich M._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an, wobei sie unter Hinweis darauf, dass sie seit 1. Februar 2007 zu 20 % arbeitsunfähig sei, um Berufsberatung und Umschulung auf eine Tätigkeit ersuchte. Die IV-Stelle Bern zog die Akten der Zürich Versicherungs-Gesellschaft bei, welche für die Folgen des Unfalls die gesetzlichen Leistungen, worunter eine Entschädigung für eine Integritätseinbusse von 81 %, ausgerichtet hatte, und gewährte Unterstützung durch die Berufsberatung sowie Hilfe bei der Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten. Gestützt auf die Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes der IV-Stellen Bern/Freiburg/Solothurn vom 9. September 2008, wonach eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als Pharmaassistentin nicht nachvollziehbar sei, wurde der Versicherten mit Vorbescheid vom 19. September 2008 die Ablehnung des Leistungsgesuchs in Aussicht gestellt; mit Verfügung vom 6. November 2008 lehnte die IV-Stelle den Anspruch von M._ auf Leistungen der Invalidenversicherung ab. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher M._ beantragen liess, unter Aufhebung der Verfügung sei die IV-Stelle zu verpflichten, weitere Abklärungen vorzunehmen und hernach über den Anspruch auf berufliche Eingliederungsmassnahmen neu zu verfügen, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ab (Entscheid vom 20. Mai 2009). C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verwaltungsverfügung sei ihr zu Lasten der Invalidenversicherung eine Umschulung zu gewähren; evtl. sei die IV-Stelle anzuweisen, zusätzliche Abklärungen vorzunehmen und hernach über den Umschulungsanspruch neu zu verfügen. Nachträglich reicht sie eine Stellungnahme der Rehabilitationsklinik Y._ vom 30. Juni 2009 ein. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 