Faits: A. X._, ancien cambiste auprès de la Société de Banque Suisse à Genève, domicilié depuis le 1er janvier 2001 aux Bermudes, a travaillé pour les sociétés Y._ SA puis Z._ SA. Pour les périodes fiscales 1985-1986 et 1987-1988, X._ a été taxé sur des revenus estimés sur la base de ses dépenses, faute d'avoir donné les renseignements demandés à l'autorité de taxation. Pour la période litigieuse, soit la période fiscale 1989-1990, X._ a déclaré un revenu imposable de 81'000 fr. et une fortune imposable dans le canton de Vaud de 1'531'000 fr. (la fortune totale s'élevant à 2'652'000 fr.). Considérant que le contribuable n'avait pas déclaré l'ensemble de ses revenus car l'évolution de sa fortune était disproportionnée au regard du revenu annoncé, la Commission d'impôt et recette de district d'Aubonne (ci-après: la Commission d'impôt) a, par décision du 18 juin 1991, fixé le revenu imposable à 760'000 fr. et la fortune imposable dans le canton pour les impôts cantonal et communal à 1'546'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, une décision du 18 juin 1991 a arrêté le revenu imposable à 750'000 fr. Pour déterminer les montants en question, l'autorité de taxation a inclus dans le revenu imposable les gains réalisés sur un compte ouvert à la Banque A._ à Genève et géré par l'intermédiaire de la société B._ SA. Statuant le 17 août 1994, la Commission d'impôt a rejeté la réclamation de X._ en matière d'impôt fédéral direct et a prononcé une amende de 2'000 fr. pour violation de l'obligation de produire des pièces justificatives. L'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a rejeté la réclamation de l'intéressé pour l'impôt cantonal et communal par décision du 29 août 1994 et également prononcé une amende se montant à 3'000 fr. L'évolution de fortune faisait apparaître des dépenses dépassant le revenu déclaré pour un montant de 599'309 fr. par an. Ces autorités ont donc conclu que des gains boursiers obtenus dans une activité orientée vers le profit constituaient des revenus imposables et devaient être ajoutés au revenu déclaré. B. Les deux décisions sur réclamation précitées ont fait l'objet de recours auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif). Alors que la procédure devant cette instance était pendante, la Division d'enquêtes spéciales de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: la Division d'enquêtes), qui soupçonnait X._ de s'être soustrait à ses obligations fiscales, a ouvert une enquête. Dans ce cadre, un mandat de perquisition a été décerné le 3 mars 1999 mentionnant que "le séquestre des papiers susmentionnés concerne particulièrement les années 1989 à 1998, mais également tout document notable antérieur à 1989 ou postérieur à 1998". De nombreuses perquisitions ont été effectuées, au domicile de X._, à son lieu de travail, ainsi qu'auprès de fiduciaires, sociétés de gestion de fortune, de banques et de cabinets d'avocats. L'Administration cantonale des impôts a alors informé le recourant par lettre du 15 mars 1999, qu'elle ouvrait une enquête pour soustraction fiscale car, selon des renseignements en sa possession, la déclaration d'impôt 1999-2000 et celles des années antérieures n'auraient pas été exactes. Le 16 février 2000, l'Administration cantonale a demandé la suspension de la procédure dans l'attente du résultat de l'enquête pour soustraction d'impôts, puis, le 7 février 2002, sa reprise. Invoquant les éléments nouveaux mis à jour par les contrôles de la Division d'enquêtes, elle a fait part au Tribunal administratif de sa décision de réformer la décision de taxation définitive de l'impôt cantonal et communal du 18 juin 1991 en fixant le revenu et la fortune imposables pour les années de taxation 1989-1990 à 1'580'200 fr. (au taux de 564'340 fr.), respectivement à 7'375'000 fr. (au taux de 7'394'000 fr.), ainsi que celle de l'impôt fédéral direct du 18 juin 1991 en fixant le revenu imposable pour les années de taxation 1989-1990 à 1'570'200 fr. et de confirmer pour le surplus, les décisions précitées. Ladite administration a rappelé que X._ est un commerçant professionnel de titres. Ainsi, les bénéfices réalisés sur différents comptes appartenant aux sociétés C._ et D._, ayant toutes deux leur siège au Panama, dont X._ disposait pour son propre compte, devaient être considérés comme ses propres revenus et imposés chez lui. Lors d'une audience tenue le 13 juin 2002 devant le Tribunal administratif, un représentant de la Division d'enquêtes a été entendu et a produit, à cette occasion, de nouvelles pièces qui ont été transmises à X._. Son avocat n'a cependant pas eu accès aux autres documents que le représentant de l'administration avait amenés avec lui et n'a pas souhaité remettre au tribunal. L'Administration cantonale des impôts, dans une écriture du 1er juillet 2002 contenant de nouvelles pièces, a réformé une nouvelle fois la décision de taxation définitive de l'impôt cantonal et communal du 18 juin 1991 en réduisant le revenu et la fortune imposables pour les années de taxation 1989-1990 à 1'547'300 fr. (au taux de 552'600 fr.), respectivement à 7'375'000 fr. (au taux de 7'394'000 fr.) et la décision de taxation définitive de l'impôt fédéral direct du 18 juin 1991 en fixant le revenu imposable pour les années de taxation 1989-1990 à 1'537'300 fr. Les amendes prononcées les 17 et 29 août 1994 ont été maintenues. C. Par arrêt du 21 octobre 2002, le Tribunal administratif a rejeté les recours de X._ et a maintenu les décisions de taxation ainsi que les amendes prononcées. Il a notamment retenu que X._ n'avait pas déclaré tous ses comptes bancaires; de plus, il détenait la moitié du capital-actions des sociétés panaméennes C._ et D._ et il avait disposé, pour ses besoins personnels, des avoirs desdites sociétés. En conséquence, en application du principe de la transparence, la moitié des revenus réalisés par ces sociétés devait lui être attribuée. X._ a recouru au Tribunal fédéral qui a rejeté tant le recours de droit administratif que le recours de droit public formés par le contribuable par arrêt du 2 octobre 2003. D. Le 26 mars 2004, X._ a saisi la Cour européenne des droits de l'homme (ci-après: la CourEDH) d'une requête, alléguant des violations du droit au procès équitable tel que garanti par l'art. 6 CEDH. Par arrêt du 5 avril 2012, devenu définitif le 5 juillet suivant, la CourEDH a partiellement admis la requête dont elle était saisie, en ce sens qu'elle a constaté la violation du droit de ne pas être contraint à s'incriminer soi-même et du droit à l'égalité des armes, garantis par l'art. 6 par. 1 CEDH. Elle a de ce chef condamné la Confédération suisse à verser au requérant des sommes équivalant à 5'000 fr. à titre de préjudice matériel et 10'000 fr. pour ses frais et dépens, plus tous montants pouvant être dus par lui à titre d'impôt. Par écriture remise à la Poste le 3 octobre 2012, X._ a formé une demande de révision au Tribunal fédéral, en concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation des arrêts du 2 octobre 2003 dans les causes 2P.278/2002 et 2A.572/2002, ainsi qu'à l'annulation de l'arrêt précédemment rendu dans cette même affaire par le Tribunal administratif du canton de Vaud le 21 octobre 2002. Il a également conclu, quant au recours de droit public, au renvoi au Tribunal cantonal pour nouvelle décision, et quant au recours de droit administratif, à la constatation par le Tribunal fédéral de la prescription des créances fiscales pour la période en cause, ainsi qu'au remboursement de 40'231.80 fr. plus intérêts dès le 29 juin 2007 prélevés pour l'IFD 1989, et des frais de la poursuite pour gage. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision. Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer, tandis que l'administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet de la demande en révision. L'Office fédéral de la justice a pour sa part informé le Tribunal fédéral que les montants alloués par la CourEDH avaient été versés et le bilan d'action au sujet de la mise en oeuvre communiqué au Comité des ministres du Conseil de l'Europe. Ce bilan comprend l'introduction, avant la décision de la Cour, de l'art. 183 al. 1bis LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2008, destiné à garantir la conformité de la procédure pénale pour soustraction d'impôt en matière d'imposition directe avec le droit à un procès équitable en matière pénale. 