Sachverhalt: A. Der am 12. Juni 1942 geborene Q._ war ab 1. September 1999 als Lagermitarbeiter für die Unternehmung C._ tätig und in dieser Eigenschaft bei SWICA Versicherungen (nachfolgend: SWICA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 2. Juni 2003 erlitt er bei einem Arbeitsunfall eine Prellung der bereits durch einen früheren Unfall vorgeschädigten rechten Schulter. Da er seine Arbeit in der Folge nicht mehr aufnehmen konnte, löste die Unternehmung C._ das Anstellungsverhältnis mit schriftlicher Kündigung vom 8. Januar 2004 per 31. März 2004 auf. Die SWICA kam für die Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus. Mit Verfügung vom 30. Juli 2007 sprach sie Q._ ab 1. April 2007 eine Invalidenrente, basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 20 %, und eine Integritätsentschädigung, entsprechend einer 15%igen Integritätseinbusse, zu. Die gegen die Rentenhöhe erhobene Einsprache wies sie ab (Einspracheentscheid vom 5. November 2007). B. In Gutheissung der dagegen geführten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau den Einspracheentscheid auf und sprach Q._ ab 1. April 2007 eine Invalidenrente, basierend auf einer 100%igen Erwerbsunfähigkeit, zu (Entscheid vom 29. Januar 2009). C. Die SWICA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der kantonale Gerichtsentscheid sei aufzuheben; eventualiter sei Q._ eine Invalidenrente, entsprechend einer Erwerbsunfähigkeit von 30 %, zuzusprechen. Q._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit (BAG) stellt das Rechtsbegehren, die Beschwerde sei gutzuheissen. 