Fatti: A. Il 29 novembre 2006 A._, sedicente cittadino marocchino privo di documenti di legittimazione, è stato condannato alla pena di 6 mesi di detenzione. Dopo aver chiesto vanamente inizio dicembre 2006 all'Ambasciata del Regno del Marocco un lasciapassare per l'interessato, l'Ufficio federale della migrazione ha pronunciato nei suoi confronti un divieto d'entrata in Svizzera fino al 14 febbraio 2017; la decisione è cresciuta in giudicato incontestata. Malgrado l'emanazione del citato provvedimento, A._ è però entrato più volte illegalmente nel nostro Paese ove ha continuato a delinquere, venendo altresì condannato a più riprese (decreti d'accusa del 1° marzo 2007, 11 ottobre 2007, 8 aprile 2008 e 28 maggio 2008). B. Il 29 luglio 2008 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha disposto la carcerazione in vista di rinvio coatto di A._ per la durata di tre mesi in base all'art. 76 cpv. 1 lett. b numeri 3 e 4 LStr (RS 142.20), subordinatamente per la durata di un mese in applicazione dell'art. 78 LStr. La misura, attuata il giorno dopo, è stata confermata dal Giudice delle misure coercitive con giudizio del 31 luglio 2008. Ritenendo giustificato il provvedimento giusta l'art. 76 cpv. 1 lett. b numeri 3 e 4 LStr, questo non ha esaminato la fattispecie dal profilo dell'art. 78 LStr. Il 12 agosto, 10 settembre e 15 ottobre 2008 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione ha sollecitato l'Ufficio federale della migrazione per sapere se nel frattempo A._ fosse stato identificato oppure se fosse stato rilasciato un documento di viaggio per il suo rimpatrio. Un interrogatorio dello stesso previsto per il 15 ottobre 2008 non ha avuto luogo, dato che si è rifiutato di presenziare. C. Il 17 ottobre 2008 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione ha deciso di prorogare di ulteriori sei mesi la carcerazione di A._. Il 21 ottobre 2008 l'interessato si è determinato in proposito e il 22 ottobre 2008 è stato sentito in procedura orale dal Giudice delle misure coercitive il quale - lo stesso giorno - ha confermato la proroga della carcerazione. D. Il 18 novembre 2008 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la decisione del 22 ottobre 2008 sia annullata. Adduce, in sintesi, la violazione del principio della proporzionalità e del suo diritto di essere sentito. Chiamati ad esprimersi la Sezione dei permessi e dell'immigrazione ha postulato la reiezione del gravame, mentre il Giudice delle misure coercitive si è riconfermato nelle motivazioni e conclusioni della decisione impugnata. L'Ufficio federale della migrazione ha rinunciato a presentare osservazioni. 