Sachverhalt: A. Die 1975 geborene H._ arbeitete seit 2003 als Isoleurin bei der Firma S._ AG. Wegen Rückenbeschwerden meldete sie sich am 8. Februar 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Seit dem 6. Juni 2005 hatte sie die Arbeit nicht wieder aufgenommen. Die IV-Stelle Zürich klärte die gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse ab und liess die Versicherte durch das Zentrum X._ untersuchen. Gestützt auf die Expertise des Zentrums X._ vom 14. August 2008 lehnte sie mit Verfügung vom 28. November 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 37 % den Rentenanspruch ab. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die gegen die Verfügung erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 29. Oktober 2010 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihr ab 6. Juni 2005 eine volle (recte wohl ganze) Rente zuzusprechen, zuzüglich 5 % Zins ab 7. Juni 2007. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im weiteren lässt sie um die unentgeltliche Prozessführung ersuchen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme. 