Faits: A. X._ Sàrl, dont le siège est à Genève, est une société à responsabilité limitée qui a notamment pour but le commerce et la fourniture de pétrole brut et de produits dérivés du pétrole. N'ayant pas communiqué tous les renseignements nécessaires à l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après l'Administration cantonale), X._ Sàrl a fait l'objet d'une procédure de taxation d'office portant sur l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) pour les années 2001 et 2002. Comme X._ Sàrl tenait sa comptabilité en dollars américains, ses états financiers devaient être convertis en francs suisses à la fin de l'année. Selon le compte de pertes et profits 2001 produit par X._ Sàrl, la rubrique désignée "translation of monetary balance sheet items" mentionnait un gain de 4'709'227 fr., alors qu'aucun montant n'était indiqué dans cette rubrique en dollars américains. Pour l'année 2002, la même rubrique faisait état d'une perte de 24'956'670 fr. Dans la traduction de ce compte demandée par l'Administration cantonale, la rubrique était intitulée "gain de change" en 2001 et "gain/perte de conversion" en 2002. Par décisions sur réclamation du 10 février 2005, l'Administration cantonale a maintenu le principe de la taxation d'office, mais a tenu entièrement compte, pour l'IFD 2001, des chiffres communiqués par X._ Sàrl et fixé l'impôt total dû à 8'571'481 fr. Pour l'IFD 2002, elle a fixé l'impôt dû à 3'592'627,50 fr. Ce montant incluait le poste "perte de conversion" de 24'956'670 fr. au résultat net de l'exercice. En d'autres termes, l'autorité a considéré que le gain de 4'709'227 fr. réalisé en 2001 augmentait le bénéfice de X._ Sàrl, alors que les pertes comptabilisées en 2002 ne diminuaient pas celui-ci. Statuant sur recours de X._ Sàrl, la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct (ci-après: la Commission cantonale de recours) a, par décision du 26 septembre 2007, admis le recours s'agissant de la taxation 2002. Elle a considéré que les écarts de conversion ne se distinguaient pas des pertes ou gains de change, de sorte qu'il fallait aussi les prendre en considération dans les comptes de profits et pertes 2002. Pour ce même motif, la taxation de 2001 était confirmée. B. L'Administration cantonale a déposé un recours contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, en concluant à la confirmation de ses décisions sur réclamation du 10 février 2005. De son côté, X._ Sàrl a conclu à la confirmation de la décision de la Commission cantonale de recours. Par arrêt du 4 novembre 2008, le Tribunal administratif a admis partiellement le recours, annulé la décision de la Commission cantonale de recours du 26 septembre 2007, ainsi que la décision sur réclamation pour l'année fiscale 2001, rétabli le bordereau 2002 annexé à la décision sur réclamation et renvoyé le dossier à l'Administration cantonale pour qu'elle notifie un nouveau bordereau d'impôts 2001 ne tenant pas compte du gain lié à la conversion. Les juges ont retenu en substance que la notion d'écart de conversion n'était pas équivalente à celle de gain ou de perte de change, de sorte qu'elle ne devait pas être traitée de manière identique à cette dernière. Dès lors que l'écart de conversion indiquait un risque qui n'était que potentiel, celui-ci, qu'il soit positif ou négatif, ne devait pas être pris en compte dans le résultat de l'exercice annuel. C. X._ Sàrl forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral et conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du 4 novembre 2008. A titre principal, elle demande que la décision sur réclamation pour l'année fiscale 2002 soit annulée et que les écarts de conversion négatifs soient pris en compte dans l'exercice commercial annuel et dans le bénéfice net imposable, de sorte que X._ Sàrl soit imposée, pour l'IFD 2002, sur une base de 17'304'833 fr.; elle propose ainsi le renvoi du dossier à l'autorité de première instance pour qu'elle rende une décision dans le sens des considérants. A titre subsidiaire, pour le cas où la perte de conversion de 24'956'670 fr. ne serait pas prise en compte dans le cadre du bénéfice imposable pour 2002, elle conclut à l'annulation de la décision sur réclamation pour l'année fiscale 2001 et demande que l'écart de conversion positif 2001 de 4'709'227 fr. ne soit pas assimilé à un rendement imposable, de sorte qu'elle soit imposée pour l'IFD 2001 sur une base de 96'129'464 fr., le dossier étant renvoyé à l'autorité de première instance pour qu'elle rende une décision dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif n'a pas formulé d'observations et a déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours, à l'instar de l'Administration fédérale des contributions, qui se rallie aux observations de l'Administration cantonale. Le 2 mai 2009, la recourante a remis au Tribunal fédéral un extrait d'une nouvelle édition du Manuel suisse d'audit, en cours d'impression. 