Sachverhalt: A. Die X._ S.A. ist eine Gesellschaft mit Sitz in Panama und einer c/o-Adresse bei einem Finanzinstitut in Genf. Sie erstattete am 23. Juli 2010 Strafanzeige gegen A._, B._ und C._ wegen Betruges. Der Anzeige liegt ein Kaufgeschäft zwischen der X._ S.A. und der D._ Ltd., einer von den drei Beschuldigten kontrollierten Unternehmung, mit Sitz in Moskau, über 500,48 Gramm des stabilen Isotops SE-74 zugrunde. Die X._ S.A. bezahlte für das Isotop einen Preis von insgesamt USD 8'327'820.--, wobei die betragsmässig grösste Zahlung im Umfang von USD 7'502'500.-- von Zürich aus erfolgte. Die X._ S.A. warf den Beschuldigten vor, ihrem Direktor E._ in einem regelrechten Lügengebäude vorgetäuscht zu haben, für das Isotop SE-74 bestehe eine grosse Nachfrage und es sei gewinnbringend veräusserbar. In Wirklichkeit handele es sich um ein praktisch wertloses Produkt. B. Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich, Abteilung Wirtschaftsdelikte, nahm mit Verfügung vom 20. März 2012 die Strafuntersuchung gegen die drei Beschuldigten nicht an die Hand. Eine gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 20. Dezember 2012 ab. C. Die X._ S.A. führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich sei anzuweisen, ein Strafverfahren gegen A._, B._ und C._ zu eröffnen oder das Strafverfahren an die Staatsanwaltschaft des Kantons Genf abzutreten. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Das Obergericht des Kantons Zürich hat auf Stellungnahme verzichtet. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die X._ S.A. hat dazu Stellung genommen. 