Sachverhalt: A. Mit Mietvertrag vom 17. Juli 2004 vermietete die X._ AG (nachstehend: Vermieterin) das Hotel/Restaurant Y._ inklusive einer Wohnung in Engelberg an A._ und B._ (nachstehend: Mieter). Am 15. Dezember 2005 kündigte die Vermieterin, handelnd durch ihren Alleinaktionär und Vertreter C._, mit den amtlichen Formularen die Mietverträge betreffend das Hotel/Restaurant und die Wohnung auf den 15. Juli 2006. Die Kündigungsschreiben waren gemeinsam an beide Mieter gerichtet und nannten Eigenbedarf als Kündigungsgrund. Am 21. Dezember 2005 wiederholte die Vermieterin die Kündigungen auf den selben Kündigungstermin und adressierte eine Kündigung für die Wohnung bzw. das Hotel/Restaurant jeweils einzeln an jeden der Mieter. Mit Schreiben vom 11. Januar 2006 fochten die Mieter die Kündigung bei der Schlichtungsbehörde für Miet- und Pachtverhältnisse des Kantons Obwalden (nachstehend: Schlichtungsbehörde) an und verlangten eventualiter die Erstreckung des Mietverhältnisses um vier Jahre. Mit Eingabe vom 24. Januar 2006 erweiterten die Mieter ihre Rechtsbegehren und verlangten eine Reduzierung des Mietzinses für die Zeit des Umbaus im Oktober und November 2005, die Übernahme von Strom-, Wasser- und Heizkosten durch die Vermieterin, sowie weitere Entschädigungen für den Betriebsausfall während dieser Zeit. Die Schlichtungsbehörde stellte mit Beschluss vom 14. bzw. 21. März 2006 fest, dass das Miet-/Pachtverhältnis bis zum 30. Juni 2010 daure, wobei der Mietzins in dieser Zeit vertragsgemäss verändert werden könne. Die Behandlung des Gesuchs um Erstreckung der Miet- und Pachtverhältnisse sistierte die Schlichtungsbehörde bis Ende Januar 2010 mit dem Hinweis, dass die Mieterschaft das Gesuch dannzumal zu bestätigen und zu begründen habe. Schliesslich wies die Schlichtungsbehörde die Vermieterin an, die von den Mietern geleisteten Sicherheitszahlungen bis Ende 2006 gesetzeskonform bei einer Bank zu hinterlegen. B. Am 11. April 2006 erhob die Vermieterin (nachstehend: Klägerin) beim Kantonsgerichtspräsidenten II Klage mit den Begehren, es sei der Beschluss der Schlichtungsbehörde vom 14./21. März 2006 aufzuheben und die Wirksamkeit der Kündigung des Miet-/Pachtverhältnisses per 30. Juni 2007 festzustellen. Die Mieter (nachstehend: Beklagte) stellten die Begehren, die Klage sei abzuweisen und die Unwirksamkeit der Kündigung festzustellen. Eventuell sei festzustellen, dass die Kündigung frühestens per 30. Juni 2010 Wirkung entfalten könne, und es sei die Beurteilung des Erstreckungsbegehrens bis Ende Januar 2010 zu sistieren. Subeventualiter sei das Mietverhältnis um sechs Jahre zu erstrecken. Mit Entscheid vom 30. Oktober 2006 hiess der Kantonsgerichtspräsident II die Klage gut, stellte fest, dass das Miet-/Pachtverhältnis zwischen den Parteien auf den 30. Juni 2007 gültig gekündigt wurde und wies die Sache zur Durchführung des Schlichtungsverfahrens betreffend das Erstreckungsbegehren an die Schlichtungsbehörde zurück. Auf Rekurs der Beklagten hin hob die Obergerichtskommission des Kantons Obwalden den Entscheid des Kantonsgerichtspräsidenten am 5. Juli 2007 auf und erklärte die Kündigung vom 21. Dezember 2005 betreffend das Miet-/Pachtverhältnis zwischen den Parteien als unwirksam. C. Die Klägerin erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil der Obergerichtskommission vom 5. Juli 2007 sei aufzuheben und die Verfügung des Kantonsgerichtspräsidenten vom 30. Oktober 2007 sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beklagten und die Obergerichtskommission schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Für den Fall der Gutheissung der Beschwerde verlangen die Beklagten, die Angelegenheit sei zur weiteren Beurteilung an die Schlichtungsbehörde zurückzuweisen, eventualiter sei das Mietverhältnis um sechs Jahre zu erstrecken. 