Sachverhalt: A. Mit Urteil vom 30. Januar 2007 befand das Obergericht des Kantons Thurgau X._ zweitinstanzlich der eventualvorsätzlichen schweren Körperverletzung (Art. 122 StGB), der fahrlässigen Tötung (Art. 117 StGB), der mehrfachen Gefährdung des Lebens (Art. 129 StGB), der mehrfachen Nötigung (Art. 181 StGB), der Körperverletzung (Art. 123 Ziff. 1 StGB), der Tätlichkeit (Art. 126 StGB), der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 und Art. 19a Ziff. 1 BetmG) sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz (Art. 33 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 27 f. WG) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren (unter Anrechnung von 568 Tagen Untersuchungs- und Sicherheitshaft). B. Mit Urteil 6B_806/2007 vom 13. Juni 2008 hiess die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts die von X._ erhobene Beschwerde teilweise gut, soweit es darauf eintrat, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht des Kantons Thurgau zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Das Bundesgericht bestätigte dabei die Schuldsprüche (E. 3). Weiter erwog es, das Strafmass von vier Jahren erscheine "keineswegs als auffallend hoch" (E. 4.1). Hingegen betonte das Bundesgericht, Art. 117, 122, 123 Ziff. 1, 129 und 181 StGB sowie Art. 19 Ziff. 1 BetmG drohten Freiheitsstrafe und Geldstrafe, der Vergehenstatbestand von Art. 33 Abs. 1 lit. a WG Gefängnis oder Busse und Art. 126 Abs. 1 StGB sowie Art. 19a Ziff. 1 BetmG Busse an (E. 4.2). X._ wende insoweit mit Recht ein, dass Bussen keine "gleichartigen Strafen" im Sinne von Art. 49 Abs. 1 StGB und daher gesondert neben einer Freiheitsstrafe auszusprechen seien. Ausserdem begründe die Vorinstanz nicht, weshalb sie bei den Straftaten, die alternativ mit Freiheitsstrafe oder Geldstrafe zu ahnden seien, auf eine Freiheitsstrafe erkenne. Die Strafzumessung erweise sich damit als bundesrechtswidrig. Bei der Neubeurteilung werde die Vorinstanz die Wahl der Strafart zu begründen, die Strafen entsprechend festzusetzen und jedenfalls für die beiden reinen Übertretungstatbestände (Art. 126 Abs. 1 StGB und Art. 19a Ziff. 1 BetmG) eine Busse auszufällen haben (E. 4.3). C. Am 9. Dezember 2008 erklärte das Obergericht des Kantons Thurgau X._ erneut der eventualvorsätzlichen schweren Körperverletzung (Art. 122 StGB), der fahrlässigen Tötung (Art. 117 StGB), der mehrfachen Gefährdung des Lebens (Art. 129 StGB), der mehrfachen Nötigung (Art. 181 StGB), der Körperverletzung (Art. 123 Ziff. 1 StGB), der Tätlichkeit (Art. 126 StGB), der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 und Art. 19a Ziff. 1 BetmG) sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz (Art. 33 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 27 f. WG) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und elf Monaten (unter Anrechnung von 568 Tagen Untersuchungs- und Sicherheitshaft) sowie zu einer Busse von Fr. 1'500.--. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, er sei in Abänderung des angefochtenen Urteils mit einer Geldstrafe von 330 bis 360 Tagessätzen à Fr. 50.--, einer Freiheitsstrafe von maximal 35 Monaten (unter Anrechnung von 568 Tagen Untersuchungs- und Sicherheitshaft) sowie einer Busse von Fr. 1'200.-- zu bestrafen. Die Geldstrafe sei bedingt und die Freiheitsstrafe im Ausmass von 18 Monaten teilbedingt zu vollziehen, je bei einer Probezeit von vier Jahren. Eventualiter sei die Sache zur Neuregelung der Strafen und ihres Vollzugs an die Vorinstanz zurückzuweisen. E. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht des Kantons Thurgau stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde. 