A.- Mit Verfügung vom 21. April 1994 kürzte das Bundesamt für Sozialversicherung (nachfolgend: BSV) die Bundesbeiträge an die Krankenkasse des Schweizerischen Betriebskrankenkassenverbandes (nachfolgend: KBV) für das Jahr 1992 um Fr. 1'206'253.-, weil ihre Verwaltungskosten im Jahre 1992 über das zulässige Mass hinaus angestiegen seien. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Eidgenössische Departement des Innern (nachfolgend: EDI) mit Entscheid vom 31. Oktober 1996 ab. Auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde der KBV hin setzte das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 24. April 1998 die Kürzung der Bundesbeiträge für das Jahr 1992 auf Fr. 996'972.- fest. In der Folge machte die KBV auf dem Differenzbetrag von Fr. 209'281.- Verzugszinse geltend, was das BSV mit Verfügung vom 3. Mai 1999 ablehnte. B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde der KBV wies das EDI mit Entscheid vom 13. Dezember 1999 ab unter Auferlegung der Verfahrenskosten von Fr. 1090.-. C.- Die KBV lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verfügung des BSV seien die Vorinstanzen anzuweisen, ihr noch Fr. 44'472. 20 als Verzugs-, Ausgleichs- oder Schadenszins für den verspätet ausgerichteten Teil des Bundesbeitrages für das Jahr 1992 auszubezahlen. Das EDI und das BSV schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. 