Faits: A. Le 22 janvier 2000, B._, né en 1964, auxiliaire auprès de Z._, a été victime d'un accident alors qu'il circulait à vélomoteur. Le diagnostic de contusion/entorse du genou gauche avec éraflure pré-rotulienne et suspicion de lésion du ligament croisé antérieur a été posé (cf. rapport du docteur F._ du 14 mars 2000). Le cas a été pris en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 9 avril 2003, lors de son examen clinique, le docteur C._, médecin d'arrondissement, a indiqué que l'assuré avait développé un syndrome douloureux subjectif qui semblait se chronifier. Une IRM du genou gauche (du 22 avril 2003) n'a montré aucun argument en faveur d'une lésion ligamentaire ou méniscale, aucune anomalie osseuse décelable et pas d'épanchement intra-articulaire, ni kyste de Baker. Par décision du 21 juillet 2011, confirmée sur opposition le 14 septembre 2011, la CNA a refusé de prendre en charge l'atteinte au niveau du genou gauche signalée comme un cas de rechute en décembre 2010, par B._. Elle a estimé que cette atteinte était d'origine maladive et ne constituait pas une suite de la chute à vélomoteur du 22 janvier 2000. B. B._ a déféré la décision sur opposition de la CNA à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal fribourgeois. Statuant par jugement du 24 avril 2013, la juridiction cantonale a admis le recours, annulé la décision entreprise et renvoyé la cause à l'assurance-accidents pour « la prise en charge de tous les traitements en relation avec la déchirure méniscale située au genou gauche ». C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement en concluant à son annulation ainsi qu'au rétablissement de sa décision sur opposition du 14 septembre 2011. Tant l'assuré que l'Office fédéral de la santé publique ont renoncé à se déterminer. 