Sachverhalt: A. A.a Am 14. Oktober 2008 wurde über X._ auf eigenen Antrag (nach Art. 191 SchKG) vom Konkursrichter beim Gerichtskreis III Aarberg-Büren-Erlach der Konkurs eröffnet, welcher vom Konkursamt Seeland im summarischen Verfahren durchgeführt wird. A.b Mit Eingabe vom 19. Juli 2010 gelangte X._ an das Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, gegen im Konkursprotokoll vom 2. Juni 2010 aufgeführte Kosten. Nach Aufhebung der Sistierung des Beschwerdeverfahrens am 8. März 2011 (vgl. Urteil 5A_524/2010 des Bundesgerichts vom 9. Februar 2011 E. 1.3) hielt X._ mit ihrer Eingabe vom 21. März 2011 an ihren Begehren fest. B. Die Aufsichtsbehörde wies die Beschwerde gegen die im Einzelnen gerügten Gebührenpositionen mit Entscheid vom 5. Oktober 2011 ab, soweit darauf eingetreten wurde. C. Mit Eingabe 24. Oktober 2011 (Postaufgabe) hat X._ Beschwerde "nach Art. 19 SchKG" erhoben. Die Beschwerdeführerin verlangt im Wesentlichen, der Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde vom 5. Oktober 2011 sei aufzuheben. In der Sache beantragt sie im Wesentlichen die Aufhebung bzw. Herabsetzung von Positionen in der Kostenrechnung. Weiter verlangt sie die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die Aufsichtsbehörde und das Konkursamt haben auf eine Stellungnahme verzichtet. 