Faits: A. A.a M._, né le 23 décembre 1974, a travaillé en qualité de boulanger au service de N._ SA, à partir du 1er septembre 1997. A ce titre, il était assuré auprès de la Suisse Assurances contre les maladies et les accidents professionnels, ainsi que contre les accidents non professionnels. Le 25 août 1999, le docteur R._ a posé le diagnostic de rhinite du boulanger et préconisé un changement d'activité professionnelle. Le 1er février 2000, la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) a examiné l'assuré et, par décision du 10 février 2000, l'a déclaré avec effet immédiat inapte à tous les travaux comportant une exposition aux poussières de farine de froment et de seigle. L'employeur l'a licencié pour le 1er février 2000. M._ s'est annoncé à l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Fribourg (l'office) et à la Caisse de chômage SYNA (la caisse). L'office lui a reconnu le droit à des mesures professionnelles à partir du 25 septembre 2000; le versement des indemnités journalières a cependant été suspendu entre le 1er janvier et le 5 mars 2001, suite à la décision de l'assuré de changer d'orientation; le 1er juillet 2001, il est entré en apprentissage. De son côté, la caisse a versé des indemnités de chômage pour la période du 21 février au 24 septembre 2000 et du 2 janvier au 27 février 2001. A.b La Suisse Assurances a versé des indemnités journalières pour changement d'occupation pour la période du 2 au 20 février 2000; pour la période du 21 février 2000 au 30 septembre 2001, elle a versé des indemnités pour changement d'occupation équivalant aux 80 pour cent de la différence entre le salaire annuel et le montant des indemnités des assurances chômage et invalidité, selon décomptes des 13 décembre 2000, 20 juillet 2001 et 12 septembre 2001. Par décision du 30 novembre 2001 confirmée sur opposition le 12 février 2002, la Suisse Assurances a nié le droit de M._ à des indemnités journalières et des indemnités pour changement d'occupation. Les versements effectués en 2001 et 2002 au titre des suites de la décision d'inaptitude devaient être considérés comme un effet de sa générosité. B. Par jugement du 18 juin 2003, le Tribunal administratif du canton de Fribourg a admis partiellement le recours formé par M._ contre la décision sur opposition et renvoyé le dossier à l'assureur pour nouvelle décision au sens des considérants. C. M._ interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont il demande l'annulation et conclut à l'octroi, sous réserve de surindemnisation, de la totalité des indemnités journalières et des indemnités pour changement d'occupation. La Suisse Assurances conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales en propose l'admission. 