Sachverhalt: A. Der 1946 geborene A._ war von 1989 bis Ende 2001 als Schlossereimitarbeiter/Schleifer bei der B._ AG tätig. Mit Verfügung vom 26. September 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 14. Dezember 2005, lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen das von ihm am 17. Februar 2004 eingereichte Rentengesuch ab. Am 3. Oktober 2006 meldete sich A._ wiederum bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Gestützt auf die beigezogenen Arztberichte, worunter eine Expertise des Medizinischen Gutachtenzentrums X._ vom 20. Juni 2007, lehnte die IV-Stelle nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 24. September 2007 erneut ab. B. In teilweiser Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die angefochtene Verfügung auf und sprach A._ rückwirkend ab 1. Januar 2006 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu (Entscheid vom 19. Februar 2009). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben. A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 