Fatti: A. Con conferma d'ordine 17 giugno 2002 X._ SA, rappresentata dalla direzione dei lavori A._ AG e da B._, quest'ultima firmataria del relativo documento, ha commissionato ad Y._ AG la fornitura di un impianto ausiliario d'illuminazione nell'ambito della ristrutturazione del complesso alberghiero C._ a D._. L'opera in questione, regolarmente fornita, è stata istallata da E._ SA e messa in funzione da F._ SA. B. Il 6 maggio 2004 Y._ AG ha promosso causa dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano chiedendo alla X._ SA il pagamento di fr. 41'820.55.-- oltre agli interessi e alle spese esecutive. La convenuta si è opposta alla petizione sostenendo da una parte di non essere vincolata dal contratto firmato da B._, dall'altra che la fornitura era difettosa e che non erano state adempiute le condizioni contrattuali di pagamento e cioè l'esecuzione del collaudo finale dell'opera nonché il deposito di una garanzia assicurativa o bancaria pari al 10% della liquidazione finale. C. Statuendo il 24 luglio 2007 il Pretore ha respinto le eccezioni della convenuta e ha accolto la petizione, tranne che per le spese esecutive e con una lieve modifica della data di decorrenza degli interessi. L'impugnativa interposta dalla convenuta contro la decisione pretorile è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello il 29 settembre 2008. D. Il 31 ottobre 2008 la convenuta è insorta davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile. Chiede che il suo appello sia accolto parzialmente e, di conseguenza, che la petizione sia accolta limitatamente a fr. 10'400.-- oltre agli interessi al 5% dal 30 settembre 2002. Con osservazioni dell'11 dicembre 2008 l'attrice ha proposto di respingere il ricorso. L'autorità cantonale non ha invece presentato osservazioni. 