Sachverhalt: A. Der 1960 geborene A._ arbeitete seit Juni 1996 als Disponent in der Firma X._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 7. Oktober 1999 zog er sich bei einer Wanderung eine Meniskusläsion am linken Knie zu. Nach der Tibiavalgisationsosteotomie vom 7. April 2000 und Metallentfernung vom 20. Oktober 2000 bestand wieder eine volle Arbeitsfähigkeit für eine vorwiegend sitzende Tätigkeit. Wegen Zunahme der Beschwerden wurde am 4. September 2001 eine Kniearthroskopie durchgeführt und bei fortgeschrittener Gonarthrose am 1. Juli 2003 schliesslich eine Knietotalprothese eingesetzt. In der Folge stellte sich eine Tibialis- und Peroneuslähmung des linken Fusses ein. Wegen eines Ischämiesyndroms des linken Unterschenkels bei partiellem Verschluss der linken Arteria poplitea und Aneurysma wurde am 10. Juli 2003 ein erneuter chirurgischer Eingriff notwendig. Vom 28. Juli bis 24. September 2003 fand alsdann eine stationäre Behandlung in der Klinik Y._ statt. Die SUVA kam für die Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus. Im Anschluss an die kreisärztliche Untersuchung durch Dr. med. V._ vom 23. August 2005 wurde am linken Bein eine Behandlung in der Schmerzsprechstunde des Spitals Z._ durchgeführt. Mit Verfügung vom 19. Januar 2006 lehnte die SUVA eine Leistungspflicht für am rechten Bein aufgetretene Beschwerden mangels Unfallkausalität ab. Mit Schreiben vom 24. August 2006 stellte sie die Heilkosten- und Taggeldleistungen mit Wirkung ab 30. September 2006 ein und hob gleichzeitig die Verfügung vom 19. Januar 2006 auf. Am 15. September 2006 sprach sie A._ für die verbliebenen Unfallrestfolgen eine Entschädigung für eine 23.3%ige Integritätseinbusse zu. Mit derselben Verfügung gewährte sie ihm ab 1. Oktober 2006 eine Invalidenrente auf Grund einer 58%igen Erwerbsunfähigkeit. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 22. Mai 2007 fest. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 23. April 2008 ab. Dem Rechtsvertreter von A._ sprach es zufolge Bewilligung der unentgeltlichen Verbeiständung aus der Gerichtskasse ein Honorar von Fr. 2500.-, zuzüglich Mehrwertsteuer von Fr. 190.- zu. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, es seien ihm die gesetzlichen Leistungen und insbesondere eine auf einer mindestens 60%igen Invalidität basierende Rente zuzusprechen. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren und um Zusprechung einer Parteientschädigung von Fr. 4247.30 für das erstinstanzliche Verfahren. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Sozialversicherungsgericht nimmt zur Höhe der Parteientschädigung Stellung. 