Sachverhalt: A. X._ veräusserte am 13. Juli 2006 ein Wohnhaus mit Bootshaus und 627 m2 Land in E._ zum Preis von Fr. 3'500'000.--. Den Verkauf vermittelte lic. iur. Y._. Sie erhielt hierfür eine erfolgsabhängige Provision von Fr. 152'000.--, die 4,34% des Verkaufspreises entsprach. Nebst der eigentlichen Vermittlungstätigkeit erarbeitete sie den Kaufvertrag, vertrat X._ beim Notariat und nahm in dessen Auftrag an der öffentlichen Beurkundung teil. B. Am 20. August 2007 veranlagte der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde E._ einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 886'400.-- und auferlegte dem Veräusserer eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 343'960.--. Auf die hiergegen erhobene Einsprache hin berichtigte der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde E._ am 28. September 2007 einen Schreibfehler von Fr. 600.-- für zusätzlich abziehbare Aufwendungen. Er setzte den steuerbaren Grundstückgewinn neu auf Fr. 885'800.-- und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 343'720.-- fest. Dabei rechnete er die Mäklerprovision nur im Ausmass von 2%, d.h. Fr. 75'320.--, an (statt Fr. 152'000.--). Den dagegen erhobenen Rekurs wies die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich am 20. März 2008 ab; auch sie erachtete den über dem üblichen Satz von 2% liegenden Anteil der Mäklerprovision als nicht abzugsfähig. X._ gelangte hiergegen erfolglos an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. C. Gegen dessen Entscheid vom 10. Dezember 2008 (versandt am 15. Januar 2009) hat X._ am 17. Februar 2007 beim Bundesgericht Beschwerde eingereicht. Er beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die restliche Mäklerprovision von Fr. 76'680.-- voll als abzugsfähige Anlagekosten (recte: Aufwendung) anzuerkennen. Er rügt eine Verletzung von Bundesrecht (Bundesverfassungsmässigkeit bzw. Harmonisierungskonformität von § 221 Abs. 1 lit. c StG ZH [OS 631.1] sowie der Vertragsfreiheit), des Legalitäts- (Art. 127 Abs. 1 BV) und Leistungsfähigkeitsprinzips (Art. 127 Abs. 2 BV), des Doppelbesteuerungsverbots (Art. 127 Abs. 3 BV) sowie sinngemäss des Willkürverbots und des Vertrauensprinzips (Art. 9 BV). Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) beantragen, die Beschwerde abzuweisen, während der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde E._ auf einen Antrag und eine Vernehmlassung verzichtet hat. 