Sachverhalt: A. Mit Vertrag vom 24. Juni 1997 erwarb A.X._ für 1,4 Millionen Franken sämtliche Aktien der Y._ AG mit einem Nennwert von Fr. 100'000.--; am 16. August 1997 übertrug er 25 % derselben an Z._. Seither ist A.X._ Präsident der Gesellschaft, die Produkte im EDV-Bereich vertreibt und ihren Sitz per 23. Juni 1998 von Thalwil ZH nach Wollerau SZ verlegte. B.X._ zeichnet als Mitglied des Verwaltungsrates. Im Geschäftsabschluss 1998 verbuchte die Y._ AG unter der Bezeichnung "Lohnnachträge, Bonus" den Betrag von Fr. 191'500.-- erfolgswirksam (Gegenkonto: Transitorische Passiven), zahlte hingegen A.X._ den Betrag von brutto Fr. 105'600.-- und B.X._ denjenigen von brutto Fr. 85'600.-- erst am 31. März 1999 aus. B. Mit Veranlagungsverfügung 1999/2000 vom 16. Oktober 2001 wurde bei der direkten Bundessteuer das steuerbare Einkommen von A._ und B.X._ auf Fr. 205'700.-- (satzbestimmend Fr. 204'000.--) festgesetzt. Diese Verfügung, welche die erwähnten Zahlungen nicht berücksichtigt, ist in Rechtskraft erwachsen. Die Y._ AG ihrerseits wurde für die Steuerperiode 1998 mit Verfügung vom 21. Mai 2002 bzw. mit berichtigter Verfügung vom 10. Dezember 2002 rechtskräftig veranlagt. C. Am 16. Dezember 2002 leitete die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz gegen A._ und B.X._ eine Strafuntersuchung wegen vollendeter Steuerhinterziehung bezüglich der Veranlagungsperiode 1999/2000 ein. Am 18. März 2004 erliess sie folgende Verfügung: Steuerjahr Steuerbares Einkommen Nachsteuer Verzugszinsen Busse 80 % Total(Nachsteuer,Zinsen und Busse) 1999 Fr. 297'200.--* Fr. 11'920.15 Fr. 1'951.75 Fr. 9'536.10 Fr. 23'408.-- 2000 Fr. 297'200.--* Fr. 11'920.15 Fr. 1'459.90 Fr. 9'536.10 Fr. 22'916.15 Total Fr. 46'324.15 * Satzbestimmendes Einkommen je Fr. 295'500.-- Die von den Angeschuldigten dagegen erhobene Einsprache wies die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz mit Entscheid vom 30. Mai 2007 ab. Eine Beschwerde von A._ und B.X._ hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 18. Dezember 2007 insoweit teilweise gut, als es die Sache "unter Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheides" an die Vorinstanz zu neuem Entscheid betreffend Nach- und Strafsteuern ausschliesslich für den Autoprivatanteil von Fr. 3'000.-- zurückwies. Es ging davon aus, dass A._ und B.X._ die fraglichen Zahlungen erst im Jahre 1999 realisiert hatten und damit ihre Deklaration für die Steuerperiode 1999/2000 nicht unvollständig war. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Februar 2008 stellt die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz dem Bundesgericht den Hauptantrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 18. Dezember 2007 insoweit aufzuheben, als damit ihre Nach- und Strafsteuerverfügung vom 18. März 2004 nicht bestätigt worden ist. Die Steuerpflichtigen beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hat auf einen Antrag verzichtet. 