Faits: A. Le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève a adopté, le 7 décembre 1987, le plan localisé de quartier (PLQ) n° 27833-542 pour un périmètre "situé le long de la route de Veyrier entre la route de l'Uche et la route du Pas-de-l'Echelle", sur le territoire de la commune de Veyrier. Ce plan définit des périmètres d'implantation pour dix petits immeubles d'habitation (deux étages sur rez-de-chaussée + combles). Il précise en outre que "l'indice d'utilisation du sol est fixé à 1.0 déduction faite des surfaces destinées au parking visiteurs et aux équipements publics". Le plan indique un sous-périmètre pour un parking en surface de 40 places, pour les visiteurs; il figure également l'emplacement d'un garage en sous-sol, précisant qu'il doit comporter 1.4 place par logement. La partie sud-est du périmètre général est un "périmètre d'implantation d'équipements publics" (ce sous-périmètre représente environ 3'000 m2). Le plan localisé de quartier a été établi après que ce terrain avait été classé en 1985 par le Grand Conseil en zone de développement 4B (la zone ordinaire, ou zone primaire, étant à cet endroit la 5e zone). Les dix immeubles d'habitation prévus ont été construits entre 1988 et 1990, de même que le garage souterrain. Une partie de ce garage est utilisée par la Fondation des parkings comme parking-relais ("Park & Ride" ou "P+R"), en lien avec la ligne de bus TPG n° 8. Une autre partie du garage est à l'usage des habitants des logements (124 places). Le solde des places de stationnement est occupé occasionnellement par le public (lors de manifestations à la salle communale notamment) ou mis à disposition d'organismes divers (corps des sapeurs-pompiers, des gardes-frontière, police, etc.). Après la réalisation des bâtiments d'habitation et du parking, la commune de Veyrier est restée propriétaire de la partie sud-est du périmètre, réservée aux équipements publics; ce sous-périmètre n'a pas été construit. B. En 2004, la commune de Veyrier a pris la résolution de construire de nouveaux immeubles d'habitation dans le sous-périmètre réservé, selon le plan localisé de quartier, aux équipements publics. Le 30 juin 2005, elle a donc élaboré un avant-projet de nouveau plan localisé de quartier, avec le même périmètre général mais avec, dans cette partie sud-est, des sous-périmètres pour trois bâtiments: deux bâtiments d'habitation avec au rez-de-chaussée des activités commerciales (bâtiments A et B) et un bâtiment destiné à accueillir une crèche (bâtiment C), représentant au total 3'311 m2 de surface brute de plancher (SBP). Ce projet de nouveau plan localisé de quartier mentionne que "l'indice d'utilisation au sol sur l'ensemble du périmètre est fixé à 1.0 max.". Il ne prévoit pas de modification des parkings en surface et en sous-sol mais indique ce qui suit à propos du stationnement des véhicules: "Nouvelles constructions: - habitants: 34 places [...] - activités: 8 places [...] - visiteurs: 4 places [...] Le nombre de places de stationnement dans le périmètre demeure inchangé. Le nombre de places réservées au parking public communal est réduit en proportion du nombre de places attribuées aux nouvelles constructions." Des préavis de différents services cantonaux et autorités ont été ensuite recueillis. En particulier, le Conseil municipal de la commune de Veyrier a, dans sa séance du 20 juin 2006, formulé un préavis favorable. Le 26 septembre 2006, plusieurs propriétaires d'appartements dans le périmètre du plan localisé de quartier ont adressé au Conseil d'Etat une opposition au nouveau plan. Parmi les opposants figuraient A._ et B._, C._ et D._, E._ et F._, G._ et H._, I._ et J._, ainsi que K._ et L._ (ci-après: les consorts A._ et B._). Le 16 janvier 2007, après avoir pris connaissance des oppositions, le conseil administratif de la commune a adressé au Conseil d'Etat des observations présentées sous la forme d'un document faisant "en tant que de besoin [...] office de rapport au sens de l'art. 47 OAT". Par arrêté du 7 février 2007, le Conseil d'Etat a approuvé le plan localisé de quartier modifié, portant désormais le n° 29490-542. Par un arrêté distinct du même jour, le Conseil d'Etat a rejeté l'opposition des consorts A._ et B._. C. Les consorts A._ et B._ ont recouru au Tribunal administratif cantonal contre les deux arrêtés du Conseil d'Etat du 7 février 2007 concernant le PLQ n° 29490-542. Ils ont en particulier fait valoir que des documents avaient été ajoutés au dossier administratif après le délai d'opposition, notamment le rapport de la commune du 16 janvier 2007; que l'indice d'utilisation du sol était trop élevé, compte tenu des prescriptions du plan directeur cantonal en matière de densité des constructions; qu'une étude de l'impact sur l'environnement aurait dû être effectuée car le parking existant verrait son usage notablement accru, avec un nombre de places supérieur à 300; que les nuisances sonores provenant de l'utilisation des nouveaux bâtiments prévus seraient excessives au regard du droit fédéral de la protection de l'environnement. Le Tribunal administratif a rejeté le recours, en tant qu'il était recevable, par un arrêt rendu le 30 octobre 2007. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les consorts A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif ainsi que l'arrêté du Conseil d'Etat approuvant le PLQ n° 29490-542. Ils se plaignent d'une violation du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 Cst. parce qu'ils n'avaient pas pu consulter le rapport de la commune pendant le délai d'opposition, de violations de l'art. 9 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01) ainsi que des dispositions de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011) en relation avec une prétendue augmentation de capacité du parking, et en outre d'une violation de l'art. 9 LAT à cause du non-respect du plan directeur cantonal. Le Conseil d'Etat, représenté par le Département du territoire, et la Commune de Veyrier concluent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a communiqué son avis au sujet des griefs de violation du droit fédéral de la protection de l'environnement. Les parties ont pu déposer des déterminations finales; elles n'ont pas modifié leurs conclusions. E. Par ordonnance du 16 janvier 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif présentée par les recourants. 