Sachverhalt: A. Das Bezirksamt Baden führt gegen X._ eine Strafuntersuchung u.a. wegen Drohung, Nötigung, Gewalt und Drohung gegen Beamte, Beschimpfung von Polizisten und mehrfachem falschen Alarm. X._ wird vorgeworfen, er habe am 8. April 2009 den Wohnort seines früheren Anwalts, A._, in Würenlos aufgesucht und habe der dort angetroffenen Ehefrau C._ des Anwalts gedroht, dass etwas passieren würde, sollte ihr Ehemann nochmals ein Mahnungsschreiben (wegen eines ausstehenden Resthonorars) an den Arbeitsort seiner Ehefrau, B._, zustellen. Daraufhin habe Rechtsanwalt A._ darauf verzichtet, eine Betreibung gegen B._ anzuheben, die solidarisch für das Resthonorar hafte. Bei der am 4. Mai 2009 erfolgten Hafteröffnung sei X._ gegenüber Kantonspolizisten handgreiflich geworden und habe diese als "Arschlöcher" etc. bezeichnet. Zudem habe er im Bezirksgefängnis Baden grundlos den Zellenalarm betätigt. Mit Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau vom 11. Mai 2009 wurde die Untersuchungshaft wegen Fortsetzungs- respektive Ausführungsgefahr bis zum Eingang der Anklage bei Gericht verlängert. B. Mit Eingabe vom 8. Juni 2009 beantragte X._ die Entlassung aus der Untersuchungshaft und die Durchführung einer persönlichen Anhörung. Mit Verfügung vom 8. Juni 2009 wies das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts beide Gesuche ab. C. Dagegen hat X._ am 11. Juni 2009 Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Bezirksamt Baden sei anzuweisen, ihn sofort aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Allenfalls sei die Sache zur persönlichen Anhörung des Beschwerdeführers an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht X._ um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. D. Das Präsidium der Beschwerdekammer beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bezirksamt Baden hat sich nicht vernehmen lassen. E. Mit Verfügung vom 10. Juni 2009 erteilte das Bezirksamt Baden Dr. med. D._ von der Psychiatrischen Klinik Königsfelden den Auftrag, über X._ ein Teilgutachten u.a. zur Frage der Fremdgefährdung zu erstellen. 