Sachverhalt: A. R._ arbeitete bis Ende November 2000 bei der Firma I._ AG, seit ... in einem 30 %-Pensum. Ab 1. Januar 2001 war sie bei der Anstalt M._ mit einem Pensum von 40 % bzw. 50 % ab 1. Oktober 2001 angestellt. In dieser Eigenschaft war sie bei der Pensionskasse des Bundes PKB (seit 1. Juni 2003: Pensionskasse des Bundes PUBLICA) berufsvorsorgeversichert. Mit Verfügungen vom 13. Oktober 2004 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Zürich ab 1. Januar bis 30. September 2002 eine halbe Rente, vom 1. Oktober 2002 bis 31. März 2004 eine ganze und ab 1. April 2004 wiederum eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu. Ihr Gesuch um Ausrichtung von Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge lehnte die Pensionskasse des Bundes PUBLICA ab. B. Die Klage der R._ mit dem Rechtsbegehren, die PUBLICA sei zu verpflichten, ihr ab 1. Mai 2005 aufgrund der massgeblichen Bestimmungen und unter Berücksichtigung der Rentenfestsetzungen durch die Invalidenversicherung eine Invalidenrente auszurichten, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach zweifachem Schriftenwechsel mit Entscheid vom 18. April 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt R._ die vorinstanzlichen Rechtsbegehren erneuern; eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen und zur Neubeurteilung an das kantonale Sozialversicherungsgericht oder an die Pensionskasse des Bundes PUBLICA zurückzuweisen. 