Faits: A. Par acte notarié du 1er février 2006, les sociétés anonymes A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA (ci-après: les contribuables ou les recourantes) ont constitué une cédule hypothécaire au porteur de 16 millions fr. et ont augmenté une cédule hypothécaire au porteur de 3 à 6 millions fr. La première grevait en deuxième rang la parcelle no **** située sur la commune de X._, alors que celle de 6 millions grevait en premier rang la parcelle no **** sise sur la même commune. Ces cédules étaient destinées à garantir un prêt accordé par la banque Y._ en relation avec un projet de construction sur la parcelle no ****. B. Le 8 février 2006, le Service de l'enregistrement de l'Administration fiscale du canton de Genève a émis un bordereau de taxation de 259'366 fr. 80 en relation avec la création et l'augmentation des cédules précitées. Ce prononcé a été confirmé par décision sur réclamation du 20 mars 2006 et par décision de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts - à laquelle a succédé la Commission cantonale de recours en matière administrative - du 29 septembre 2008. Saisi d'un recours à l'encontre de cette dernière décision, le Tribunal administratif du canton de Genève l'a rejeté par arrêt du 28 juillet 2009. Il n'a pas suivi l'argumentation des recourantes selon laquelle les droits d'enregistrement litigieux constitueraient des contributions causales soumises au principe d'équivalence, en estimant qu'il s'agissait d'un impôt. Par ailleurs, le canton de Genève était compétent pour percevoir un tel impôt, nonobstant la compétence de la Confédération en matière de droit de timbre. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les contribuables demandent au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler l'arrêt du 28 juillet 2009, de dire que les droits d'enregistrement perçus lors de la création ou de la modification d'une cédule hypothécaire sont des taxes causales soumises au principe de l'équivalence, de dire que le bordereau du 8 février 2006 est "hors de proportion" et doit par conséquent être considéré comme nul et non avenu et d'inviter le Département des finances du canton de Genève à émettre un nouveau bordereau "tenant compte des avantages économiques et juridiques objectifs dont ont bénéficié les contribuables d'une part et fixé dans des limites raisonnables d'autre part", sous suite de dépens; à titre subsidiaire, elles concluent à ce que le Tribunal de céans dise que le bordereau en question "consacre une surimposition des recourantes" prohibée par la garantie de la propriété et qu'il est par conséquent nul et non avenu et à ce qu'il invite le Département des finances à émettre un nouveau bordereau "respectant les principes généraux fixant la quotité des impôts au sens strict". L'autorité précédente s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale s'en remet à justice pour ce qui est de la recevabilité du recours et propose de le rejeter sur le fond. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours. 