Sachverhalt: A. Y._ (Klägerin und Beschwerdegegnerin) hat ihren Wohnsitz in der Gemeinde Z._, Kanton Luzern. X._ (Beklagter und Beschwerdeführer) betreibt in Zürich ein Einzelunternehmen mit dem Zweck der Vermögensverwaltung. Er ist im Handelsregister unter der Firma X._ eingetragen. Am 16. Oktober 2003 unterzeichneten die Parteien einen Vermögensverwaltungsvertrag, in dem die Klägerin den Beklagten mit der Verwaltung ihrer bei der Bank A._ deponierten Vermögenswerte betraute. Sie behauptet, der Beklagte habe ihr durch Kommissionsreiterei - sog. Churning - Schaden verursacht. Sie verlangt den Ersatz dieses Schadens sowie die Herausgabe der vom Beklagten im Rahmen der Vermögensverwaltung erlangten Retrozessionen. B. Mit Klage vom 2. September 2011 beantragte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Zürich, der Beklagte sei zu verurteilen, ihr Fr. 261'876.19 nebst 5% Zins mit unterschiedlichen Fälligkeiten zu bezahlen (Ziffer 1), und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. bbb._ vom 11. August 2011 in der Höhe der genannten Summe aufzuheben (Ziffer 2). Das Handelsgericht des Kantons Zürich beschränkte das Verfahren auf Antrag des Beklagten mit Verfügung vom 21. November 2011 auf die Frage der sachlichen Zuständigkeit. Mit Beschluss vom 30. März 2012 wies das Handelsgericht die Unzuständigkeitseinrede des Beklagten ab und trat auf die Klage ein (Ziffer 1); dem Beklagten wurde Frist zur Klageantwort gesetzt (Ziffer 2). Zwei Gerichtsmitglieder hielten in einem Minderheitsantrag gemäss § 124 des kantonalen Gerichtsorganisationsgesetzes dafür, auf die Klage sei nicht einzutreten. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beklagte dem Bundesgericht, es sei der Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 30. März 2012, insbesondere dessen Ziff. 1 und 2, aufzuheben (Ziffer 1); es sei festzustellen, dass das Handelsgericht des Kantons Zürich für die am 2. September 2011 eingereichte Forderungsklage sachlich nicht zuständig ist (Ziffer 2); es sei die Unzuständigkeitseinrede gutzuheissen und auf die Klage nicht einzutreten (Ziffer 3). Die Klägerin beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien reichten Replik und Duplik ein. Mit Präsidialverfügung vom 14. Mai 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. 