Sachverhalt: A. Die Bundesanwaltschaft führt gegen X._ eine Untersuchung wegen qualifizierter Geldwäscherei (Art. 305bis Ziff. 2 lit. b StGB), Veruntreuung (Art. 138 StGB) und qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 3 und Ziff. 2 StGB). X._ wurde am 27. Juni 2011 verhaftet und mit Verfügung vom 30. Juni 2011 des Zwangsmassnahmengerichts Zürich in Untersuchungshaft versetzt. In der Folge ordnete das Zwangsmassnahmengericht wiederholt die Verlängerung der Untersuchungshaft an, letztmals mit Verfügung vom 4. Juli 2012 bis zum 28. Dezember 2012. Daraufhin gelangte X._ an die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts. Diese wies mit Beschluss vom 27. August 2012 seine Beschwerde ab (Dispositiv-Ziff. 1), wies das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ebenfalls ab (Dispositiv-Ziff. 2), auferlegte ihm die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- (Dispositiv-Ziff. 3), entschädigte seinen amtlichen Verteidiger mit Fr. 1'500.-- und forderte von ihm gleichzeitig die Rückerstattung dieses Betrags (Dispositiv-Ziff. 4). B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 27. September 2012 beantragt X._, der Beschluss des Bundesstrafgerichts sei aufzuheben und er selbst sei umgehend auf freien Fuss zu setzen. Zudem seien ihm für das vorinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und seinem amtlichen Verteidiger unter Absehen von einer Rückerstattungspflicht Fr. 5'377.85 (inkl. MwSt.) als Entschädigung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Bundesstrafgericht zurückzuweisen. Das Bundesstrafgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Bundesanwaltschaft beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest. 