Fatti: A. A._ era proprietario di un'imbarcazione, denominata xxx, assicurata dalla società B._AG in rappresentanza anche di altre assicurazioni. Scontento della barca e dopo aver tentato invano di venderla, allo scopo di intascare il risarcimento assicurativo nel giugno 2004 si è rivolto a C._, affinché ne organizzasse la distruzione dietro un compenso di fr. 650'000.--, pari al 10 % del valore del natante. L'imbarcazione è stata incendiata il 24 novembre 2004 a Y._, in Spagna. Il medesimo giorno, informato telefonicamente dal responsabile del porto dell'accaduto, A._ ha immediatamente annunciato l'evento alla B._AG, dimostrando profondo avvilimento. Dopo ulteriori contatti, il 2 dicembre 2004 egli ha inoltrato un formale annuncio di sinistro. Al fine di delucidare le circostanze e l'origine dell'incendio, B._AG ha richiesto perizie a diversi esperti, con i quali A._ ha collaborato senza riserve. Pur evidenziando la natura dolosa del sinistro, il rapporto investigativo conclusivo rilevava l'assenza di indizi sul coinvolgimento dell'assicurato. Malgrado un "brutto presentimento" nei confronti di A._, dopo vari solleciti del suo patrocinatore del tempo, il 2 giugno 2005 B._AG, versato all'assicurato un anticipo di fr. 50'000.-- in data 12 gennaio 2005, ha pagato fr. 6'396'496.-- sul conto dello studio del legale, somma poi trasferita all'interessato. B. Con atto d'accusa del 28 giugno 2011, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha deferito A._ al Tribunale penale federale con le accuse di truffa, istigazione ad incendio intenzionale e riciclaggio di denaro. Con sentenza del 13 gennaio 2012, la Corte penale del Tribunale penale federale (TPF) ha riconosciuto A._ autore colpevole di truffa e di ripetuto riciclaggio di denaro, lo ha prosciolto da un capo d'imputazione concernente quest'ultimo reato, ha abbandonato il procedimento relativamente all'accusa di istigazione ad incendio intenzionale per intervenuta prescrizione e lo ha condannato a una pena detentiva di due anni, da dedursi il carcere preventivo sofferto, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, al pagamento di fr. 26'949.-- a titolo di spese procedurali, nonché al rimborso alla Confederazione di fr. 88'340.-- per l'indennità da questa dovuta al difensore d'ufficio. Il TPF ha infine svincolato la cauzione a suo tempo fornita, impiegandola a copertura delle spese procedurali, restituendo al condannato il saldo, comprensivo degli interessi maturati. C. Avverso questa sentenza A._ si aggrava al Tribunale federale con ricorso in materia penale, postulando il suo proscioglimento da ogni accusa. 