Faits: A. A.X._, ressortissant algérien, né en 1977 (ci-après: l'intéressé), est entré en Suisse le 1er octobre 2001 et y a déposé une demande d'asile, qui a été rejetée par l'Office fédéral des migrations le 29 novembre 2002. Le 27 mars 2003, l'intéressé a épousé B._, ressortissante suisse née en 1956 et a obtenu le 22 janvier 2004 une autorisation de séjour pour regroupement familial, renouvelée jusqu'au 26 mars 2007. Le 12 mars 2007, B._ SA a déposé une demande de permis de séjour avec activité lucrative pour l'intéressé. Cette demande a été acceptée par le Service de l'emploi du canton de Vaud, qui l'a transmise au Service de la population pour décision. Le 19 juin 2006, B.X._ a déposé plainte contre son époux. Ce dernier a été condamné pour voies de faits qualifiées à dix jours d'arrêts avec sursis pendant un an, selon l'ordonnance du 24 novembre 2006 du juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne, qui a retenu qu'à la fin de l'année 2003 et le 19 juin 2006, l'intéressé avait à plusieurs reprises poussé son épouse, la faisant ainsi tomber au sol, et l'avait en outre giflée à cette dernière date. Le 24 août 2006, B.X._ a déposé une demande en divorce. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 28 septembre 2006, elle s'est vue attribuer le domicile conjugal. Lors de l'audience du 10 décembre 2007 devant le Tribunal d'arrondissement, elle a renoncé à demander le divorce, se réservant le droit d'ouvrir action après deux ans de séparation. B. Durant la procédure de renouvellement du permis de séjour de l'intéressé conduite par le Service de la population du canton de Vaud, la police cantonale a entendu les époux en date du 26 mars 2007. Aux dires de l'intéressé, les difficultés de couple provenaient des proches de son épouse, notamment de la mère de celle-ci qui l'aurait poussée à demander le divorce. Selon l'épouse, qui souffre d'un handicap auditif, l'intéressé s'était à plusieurs reprises montré violent à son encontre, la faisant tomber par terre, lui tirant les cheveux, lui crachant à la figure, lui tordant le bras et la forçant à avoir des relations sexuelles non consenties. Elle avait alors consulté un médecin, qui avait attesté des blessures infligées, puis elle avait déposé plainte pénale. La procédure de divorce était en cours, mais elle était difficile, son mari faisant tout pour s'y opposer. Il lui promettait de changer de comportement, ce qu'elle ne pouvait plus croire en raison des actes passés. Un rapport de la police cantonale daté du 3 avril 2007 relatait diverses interventions au domicile des époux (4 juillet 2003, 11 mai et 13 novembre 2004) en raison des violences exercées à l'encontre de l'épouse par l'intéressé. C. Par décision du 6 mars 2008, le Service de la population a refusé de renouveler l'autorisation de séjour de l'intéressé et lui a imparti un délai d'un mois dès notification de la décision pour quitter le territoire. Il a considéré que le motif initial du séjour n'existait plus, les époux étant séparés depuis décembre 2006, et jugé que le mariage était vidé de sa substance. Par mémoire du 26 mars 2008, l'intéressé a interjeté recours contre la décision du 6 mars 2008 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). D. Par arrêt du 24 février 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a jugé que l'intéressé se prévalait abusivement de son mariage pour obtenir le renouvellement de son autorisation de séjour. Il ne pouvait pas non plus invoquer l'art. 8 CEDH pour en obtenir le renouvellement ni se voir délivrer une autorisation pour cas de rigueur. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt rendu le 24 février 2009 en ce sens que la décision rendue le 6 mars 2008 par le Service de la population est annulée et que son autorisation de séjour est renouvelée, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il dépose une requête d'assistance judiciaire arguant de son très faible revenu mensuel net (2'876 fr. 95). Il se plaint de la constatation des faits et invoque les art. 9 et 29 al. 2 Cst. et 7 de la loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE). Le Service de la population et l'Office fédéral des migrations concluent au rejet du recours. Le Tribunal cantonal a produit le dossier de la cause. F. Par ordonnance du 2 avril 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif de l'intéressé. 