Sachverhalt: A. A.a Am 24. Juli 2006 eröffnete das Sekretariat der Wettbewerbskommission gegen die Telekurs Multipay AG wegen des Verdachts des Missbrauchs einer marktbeherrschenden Stellung im Zusammenhang mit der Währungsumrechnungsfunktion in Kreditkartenterminals ("Dynamic Currency Conversion, DCC") eine Vorabklärung. Gestützt auf den Schlussbericht vom 10. Januar 2007 leitete sie am 17. Januar 2007 im Einverständnis mit dem Präsidenten der Wettbewerbskommission (WEKO) eine kartellrechtliche Untersuchung gegen die Telekurs Multipay AG und die Telekurs Card Solutions AG ein (Verfahren 32-0205). Die Verfahrensaufsicht oblag Olivier Schaller als zuständigem Vizedirektor. A.b Am 14. Mai 2007 orientierte der gemeinsame Rechtsvertreter der SWX Group (SWX), der SIS Swiss Financial Services Group (SIS) und der Telekurs Holding AG das Sekretariat der WEKO telefonisch darüber, dass die drei Unternehmen einen Zusammenschluss planten. Am 11. Juni 2007 präsentierten Vertreter der Fusionspartner an einer Besprechung in Bern ihr Projekt. Bei dieser Gelegenheit legte Vizedirektor Schaller dem General Counsel der Telekurs Holding AG einen Vorschlag für eine einvernehmliche Lösung in Sachen "Telekurs/Terminals mit DCC" vor, wogegen sich dieser verwahrte. Am 14. Juni 2007 beschwerte sich der Rechtsvertreter der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG beim Kommissionspräsidenten der WEKO über dieses Vorgehen: Olivier Schaller erscheine als befangen, weil er versucht habe, zwei Verfahren, die nichts miteinander zu tun hätten, in einen Zusammenhang zu rücken. A.c Mit Schreiben vom 15. Juni 2007 an den Rechtsvertreter der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG teilte Vizedirektor Schaller mit, in Sachen "Telekurs/Terminals DCC" sowie "Zusammenschluss SWX, SIS und Telekurs Holding AG" in den Ausstand zu treten; an der Sitzung vom 11. Juni 2007 habe der missverständliche Eindruck entstehen können, dass zwischen den beiden Verfahren ein Sachzusammenhang bestehe, was nicht der Fall sei. Gleichentags informierte der Direktor des Sekretariats der WEKO darüber, dass die beiden umstrittenen Geschäfte ab sofort von ihm in Zusammenarbeit mit den bisher zuständigen Dossierverantwortlichen weitergeführt würden. B. B.a Mit Schreiben vom 19. Juni 2007 forderte der Rechtsvertreter der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG das Sekretariat der WEKO auf, alle Verfahrenshandlungen in Sachen "Telekurs/ Terminals mit DCC" zu wiederholen, an denen Olivier Schaller mitgewirkt habe, was dieses am 12. Juli 2007 ablehnte. Auf Gesuch der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG hin bestätigte das Sekretariat zusammen mit einem Mitglied des Präsidiums der WEKO am 5. November 2007 seine Auffassung im Rahmen einer Zwischenverfügung. B.b Das Bundesverwaltungsgericht hiess die gegen diesen Entscheid gerichtete Beschwerde der Telekurs Multipay AG und der Telekurs Card Solutions AG am 1. September 2008 im Sinne der Erwägungen teilweise gut: Im Verfahren "Telekurs/Terminals mit DCC" sei Olivier Schaller frühstens am 14. Mai 2007 ausstandspflichtig geworden, weshalb die Verfahrenshandlungen, an denen er ab diesem Zeitpunkt mitgewirkt habe, aufgehoben werden müssten; sein Vorschlag für eine einvernehmliche Lösung vom 11. Juni 2007 sei deshalb aus den Akten zu entfernen. Ergänzend hielt es allgemein fest, dass die WEKO bzw. ihr Sekretariat bei der Weiterführung der Untersuchung werde "sicherstellen müssen, dass darauf keine Personen Einfluss nehmen, welche bereits an der Formulierung des umstrittenen Vorschlags mitwirkten". C. C.a Hiergegen sind die SIX Multipay AG und die SIX Card Solutions AG als Rechtsnachfolgerinnen der Telekurs Multipay AG bzw. der Telekurs Card Solutions AG am 6. Oktober 2008 mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, die Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. November 2007 aufzuheben und diese anzuweisen, "alle Verfahrenshandlungen des Verfahrens 32-0205, an denen Vizedirektor Dr. Olivier Schaller bis zum 14. Mai 2007 formell oder materiell mitgewirkt" habe, "zu wiederholen und die diesen Verfahrensschritten zugehörigen Akten aus dem Recht zu weisen". Die SIX Multipay AG und die SIX Card Solutions AG machen geltend, es bestehe die Möglichkeit, dass Vizedirektor Schaller bereits zu Beginn des Verfahrens befangen gewesen sei, weshalb die vor dem 14. Mai 2007 vorgenommenen Verfahrenshandlungen an einem Mangel litten, welcher sich "mit grosser Wahrscheinlichkeit" auf den Endentscheid auswirke. C.b Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich zur Beschwerde zu äussern. Die Wettbewerbskommission beantragt, diese abzuweisen; sie regt an, klarzustellen, dass der Ausstand nicht "ansteckend" wirke, d.h. nicht die blosse Mitarbeit in einem Team, aus dessen Kreis eine Person in den Ausstand trete, per se zum Anschein der Befangenheit aller Teammitglieder führen müsse, wie dies die Begründung des Bundesverwaltungsgerichts nahelegen könnte. C.c Mit Verfügung vom 4. November 2008 hat der Abteilungspräsident der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung beigelegt. 