Sachverhalt: A. Der 1961 geborene M._ arbeitete seit 1. Oktober 1983 als Automechaniker bei der Garage K._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen Unfälle versichert. Am 9. Juli 1999 wurde er als Lenker eines Personenwagens in einen Auffahrunfall verwickelt, als er an der Einmündung zu einer Hauptstrasse wartend, von einem nachfolgenden Fahrzeug von hinten gerammt wurde. Er begab sich am 12. Juli 1999 in Behandlung zu seinem Hausarzt Dr. med. G._, Allgemeine Medizin FMH, der eine HWS-Distorsion diagnostizierte und ein Hartspann der Nackenmuskulatur und des Trapezius rechts bei Druckdolenz C5 rechts feststellte (Arztzeugnis vom 17. August 1999). Anlässlich der kreisärztlichen Untersuchung vom 16. September 1999 wurde eine fortdauernde Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit attestiert und eine stationäre Therapie in der Klinik X._ empfohlen, welche vom 17. November bis zum 1. Dezember 1999 stattfand (Austrittsbericht vom 23. Dezember 1999). In der Folge wurde der Versicherte weiterhin hausärztlich betreut und verschiedentlich medizinisch abgeklärt (so insbesondere in neuropsychologischer, augenärztlicher bzw. neuroophtalmologischer und psychiatrischer Hinsicht). Einen zweiten stationären Aufenthalt verbrachte der Versicherte vom 31. Mai bis zum 28. Juni 2000 in der Rehaklinik Y._. Am 9. August 2001 wurde im Spital Z._, bei diagnostizierter paramedianer Diskushernie C5/6 links und kleiner medianer/paramedianer Diskushernie C6/7 links mit Osteophyten in beiden Höhen eine Diskektomie C5/C6 und C6/C7 und eine Stabilisation mit Cage C5/C6 und C6/C7 durchgeführt (Operationsbericht und Bericht Spital Z._ vom 27. August 2001). Vom 2. bis zum 30. Januar 2002 erfolgte ein weiterer stationären Rehabilitationsaufenthalt in der Rehaklinik Y._. Im Auftrag der Sozialversicherungsanstalt Zürich wurde am 12. August 2004 über den Versicherten durch die MEDAS ein polydisziplinäres Gutachten erstellt, in dessen Rahmen auch ein zusätzlicher Fragenkatalog der SUVA beantwortet wurde. Die IV-Stelle des Kantons Zürich sprach dem Versicherten am 10. Februar 2005 für die Zeit vom 1. Juli 2000 bis zum 31. März 2002 bei einem Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Rente und mit Wirkung ab dem 1. April 2002 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 47 % eine Viertelsrente zu; wiedererwägungsweise wurde die Viertelsrente am 13. Oktober 2005 bei einem Invaliditätsgrad von nun 55 % auf eine halbe Rente erhöht. Mit Verfügung vom 18. November 2005 sprach die SUVA dem Versicherten in Anlehnung an die Invaliditätsbemessung der IV-Stelle eine Rente von 55 % zu, wobei sie gleichzeitig verfügte, dass die Rentenleistungen gemäss Art. 36 UVG um 50 % gekürzt würden; im Weitern wurde eine Integritätsentschädigung von Fr. 9'720.- basierend auf einer Integritätseinbusse von 10 % zuerkannt. Gegen diese Verfügung erhob der Versicherte Einsprache. Während des laufenden Einspracheverfahrens schlossen der Versicherte und die IV-Stelle am 14./20. März 2006 vor dem Sozialversicherungsgericht einen Vergleich ab, gemäss welchem dem Versicherten mit Wirkung ab 1. April 2002 eine Dreiviertel-Rente zusteht. In der Folge wurde die Einsprache durch die SUVA mit Entscheid vom 5. Februar 2007 insofern teilweise gutgeheissen, als der Grad der Erwerbsunfähigkeit von 55 auf 60 % erhöht wurde; die Kürzung der Rentenleistungen von 50 % wurde in Abweisung der Einsprache dagegen bestätigt. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 22. Dezember 2008 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, der vorinstanzliche Entscheid sei hinsichtlich der Leistungskürzung von 50 % aufzuheben und es sei die SUVA zu verpflichten, ihm auf der Basis einer Invalidität von 60 % eine Komplementärrente von Fr. 3'068.- zu bezahlen. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 