Sachverhalt: A. Der 1977 geborene F._ war ab Mai 2000 als Chauffeur bei der Firma A._ GmbH tätig und damit bei den Winterthur Versicherungen (heute AXA Versicherungen AG [AXA]) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 6. November 2000 wurde er Opfer eines Verkehrsunfalles. Er kollidierte mit dem von ihm gelenkten Personenwagen frontal mit einem vortrittbelasteten Lieferwagen. Im Spital Z._ diagnostizierte man eine Absplitterungsfraktur dorsal links des Rippenkomplexes (Rippe 2 und 3) und eine Commotio cerebri. Der Patient sei leicht verwirrt und habe nur ein lückenhaftes Erinnerungsvermögen an den Unfall; Prellmarken oder Hämatome lägen nicht vor. Der behandelnde Hausarzt Dr. med. D._ stellte zusätzlich die Diagnose einer HWS-Kontusion. Die AXA erbrachte Heilbehandlung und richtete Taggelder auf der Basis eines versicherten Verdienstes von Fr. 33'600.- aus. Dr. med. D._ attestierte in der Folge ununterbrochen eine volle Arbeitsunfähigkeit. Am 8. Februar 2002 kam es zu einem weiteren Unfall (Auffahrunfall mit einer HWS-Distorsion Grad I). Dessen Folgen heilten aber innert Wochenfrist ab. Im Auftrag der AXA fand im Dezember 2004 an der medizinischen Begutachtungsstelle X._ eine multidisziplinäre Untersuchung statt. Gemäss Expertise vom 21. Januar 2005 liegen beim Versicherten aus rheumatologischer Sicht ein Cervikocranialsyndrom bei Status nach Autounfall mit fraglicher Commotio cerebri und einer muskulären Dysbalance sowie segmentalen Funktionsstörungen, ein Lumbovertebralsyndrom bei leichter Fehlhaltung und leichten segmentalen Bewegungsstörungen, in psychiatrischer Hinsicht eine Angst- und depressive Störung gemischt (ICD-10: F 41.2) und eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4) vor. Neurologische Befunde gebe es nicht. Für Arbeiten, bei denen keine Lasten über 20 kg gehoben werden und nicht repetitiv über Kopf gearbeitet werden muss, sei der Versicherte zu zwei Dritteln arbeitsfähig, wobei die Einschränkung ausschliesslich auf die psychiatrischen Befunde zurückzuführen sei. Er selbst betrachte sich als überhaupt nicht arbeitsfähig. Eine Verbesserung könnte in einer Rehabilitation mit arbeitstherapeutischem Schwerpunkt bestehen. Das Cervicalsyndrom sei möglicherweise eine Folge des Unfalls vom November 2000, die psychischen Probleme überwiegend wahrscheinlich. Mit Verfügung vom 15. November 2006 teilte die AXA F._ mit, gestützt auf die Erkenntnisse aus dem Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ bestehe ab 1. August 2005 kein Anspruch auf Taggeldleistungen mehr. Die Heilbehandlung werde bis 31. Januar 2005 übernommen. Weitere Leistungen, wie eine Invalidenrente oder eine Integritätsentschädigung, würden nicht ausgerichtet. Daran hielt die AXA auf Einsprache hin, mit welcher neben einer mindestens 50%igen Invalidenrente und einer Integritätsentschädigung auch beantragt wurde, das in der Zeit vom 6. November 2000 bis 31. Juli 2005 ausgerichtete Taggeld sei neu auf der Basis eines Bruttoeinkommens von Fr. 50'400.- auszurichten, mit Entscheid vom 29. Mai 2007 vollumfänglich fest. B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 14. Mai 2008 ab, wobei es unter anderem festhielt, es fehle am adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den geltend gemachten Gesundheitsschäden und dem versicherten Unfall. C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es seien der kantonale Entscheid und der Einspracheentscheid aufzuheben und die AXA zu verpflichten, ihm eine Rente von mindestens 50 % und eine Integritätsentschädigung von mindestens 20 % auszurichten; zudem seien die bereits ausgerichteten Taggelder neu auf der Basis eines versicherten Verdienstes von Fr. 50'400.- zu gewähren. Eventualiter seien weitere medizinische Gutachten einzuholen. Im weiteren ersucht er um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. Die AXA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 