Faits: A. En 1988, A._, B._ et C._ SA ont acquis en copropriété, à raison respectivement de 1⁄4, 1⁄4 et 1⁄2, les parcelles 1'741 et 1'742 de la commune de Genève-Eaux-Vives. Sur ces bien-fonds est érigé principalement un bâtiment d'habitation comportant plusieurs logements, à l'adresse route xxx. C._ SA a pour actionnaires B._ et son frère, D._, qui est également l'administrateur de cette société. B. Le 31 janvier 1990, le département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement, devenu depuis lors le département des constructions et des technologies de l'information, puis le département de l'urbanisme (ci-après : le département), a accordé une autorisation de construire DD 84'408/2, autorisant les copropriétaires à transformer le bâtiment par une surélévation et par l'aménagement des combles en créant six appartements nouveaux, des garages et des locaux commerciaux. La transformation de l'immeuble conformément à l'autorisation précitée ayant été bloquée par la survenance de problèmes de statique de l'immeuble, le département a délivré aux copropriétaires, le 14 décembre 1998, une autorisation de construire DD 84'408/5, complémentaire à la précédente. Le nombre d'appartements nouveaux construits en attique était réduit à trois et le nombre total des appartements dans le bâtiment passait à 23. Il était notamment prévu que les trois logements créés en attique par la surélévation étaient destinés soit à la location soit à la vente, sans restriction quant aux loyers ou aux prix, et que les vingt appartements existants étaient également destinés soit à la location soit à la vente, sous réserve des huit appartements occupés, mis au bénéfice de baux dont la prochaine échéance était fixée au 30 juin 2010. C. Par actes authentiques des 26 août et 9 octobre 2009, A._, B._ et C._ SA ont réuni les parcelles 1'741 et 1'742 en une parcelle 3'303 et ont soumis celle-ci au régime de la propriété par étages (PPE), en créant des parts de copropriété par étages au nom des trois copropriétaires, à concurrence de leurs droits respectifs. Ceux-là étaient désormais, à concurrence respective de 1⁄4, 1⁄4 et 1⁄2, copropriétaires pour 1000/1000èmes de la parcelle 3'303. Le 3 novembre 2009, les copropriétaires ont adressé au département une requête en autorisation d'aliéner, fondée sur la loi cantonale du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (ci-après: la LDTR). Ils désiraient liquider le régime de copropriété existant entre eux et attribuer à titre de partage les unités d'étages immatriculées au registre foncier. Dans le dossier déposé figurait un projet d'acte de partage-attribution par lequel les unités d'étages immatriculées au feuillet 3'303, qui constituaient les parts de copropriété par étages, le droit d'usage de places de stationnement et de box du garage souterrain, étaient réparties et attribuées en pleine propriété entre les différents copropriétaires, dans une proportion respectant celle de leurs droits de copropriété. L'opération ne donnait lieu au versement d'aucune soulte. B._ recevait notamment les lots nos 4.02, 4.04, 5.03, 5.04, 7.02, et 8.04-9.04, correspondant aux appartements liés aux unités d'étages 110, 112, 115, 116, 122, et 128 du feuillet 3303. A._ recevait notamment les lots nos 3.01, 3.03, 3.04, 6.01, 7.03 et 8.02-9.02, correspondant aux appartements liés aux unités d'étages 105, 107, 108, 117, 123, et 126 du feuillet 3'303. C._ SA recevait notamment les lots nos 3.02, 4.01, 4.03, 6.01, 6.03, 6.04, 7.01, 7.04 et 8.01-9.01, correspondant aux appartements liés aux unités d'étages 106, 109, 111, 117, 119, 120, 121, 124 et 125 du feuillet 3'303. Selon un état locatif au 31 octobre 2009, tous les appartements précités, sauf un qui était annoncé vacant, étaient loués. Selon ce document, le lot n° 8.04-9.04 constituait un appartement de 11,5 pièces et les lots nos 3.01, 8.01-9.01 et 8.02-9.02 des appartements de 8,5 pièces. D. Par arrêté du 26 mai 2010, le département a autorisé le partage-attribution en question qui portait sur la délivrance de 23 autorisations d'aliéner. Il était notamment mentionné que les droits et obligations découlant des contrats de bail en cours et conclus au bénéfice de divers locataires seraient repris par les attributaires et que l'autorisation ne saurait être invoquée ultérieurement pour justifier une aliénation individualisée des vingt-trois appartements en application de l'art. 39 al. 4 let. d LDTR. L'ASLOCA a recouru contre cette autorisation auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI), qui, après avoir procédé à l'audition des parties, a rejeté le recours le 2 novembre 2011. Par arrêt du 30 octobre 2012, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a admis le recours de l'ASLOCA contre le jugement précité du TAPI. Elle a considéré en substance que le partage-attribution conduisait à une diminution de la protection du parc locatif en accentuant le risque que, par une vente ultérieure, l'un ou l'autre des appartements perde son affectation locative. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._ et C._ SA demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 30 octobre 2012 et de confirmer l'arrêté du département du 26 mai 2010 ainsi que le jugement du TAPI du 2 novembre 2011. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les recourantes reprochent pour l'essentiel à la cour cantonale d'avoir appliqué arbitrairement le droit cantonal et d'avoir violé les principes de l'égalité, de la proportionnalité, de la garantie de la propriété, de la primauté du droit fédéral et de la bonne foi. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département propose l'admission du recours et l'ASLOCA conclut à son rejet. Dans leur réplique, les recourantes ont indiqué persister dans leurs conclusions. 