Sachverhalt: A. X._, geb. 1930, ist eidgenössisch diplomierter Buchhalter und arbeitete als unselbständig erwerbstätiger Immobilienverwalter und -vermittler. Daneben übte er bis ins Jahr 1990 auch eine selbständige Erwerbstätigkeit u.a. als Vermittler von Liegenschaften aus. In der Zeit zwischen 1969 und 1996 erwarb er insgesamt fünf Mehrfamilienhäuser und acht Stockwerkseigentumseinheiten. 1990 und 1995 veräusserte er je zwei Stockwerkseigentumseinheiten. Am 26. Februar 2001 übertrug X._ das Mehrfamilienhaus _ in Winterthur zum Übernahmepreis von Fr. 1'000'000.-- an die Tochter A._ (ohne Übernahme von Grundpfandschulden) und das Mehrfamilienhaus _ in Winterthur zum Übernahmepreis von Fr. 1'300'000.-- an die Tochter B._ (mit Übernahme von Grundpfandschulden von Fr. 500'000.--). Die jeweiligen Übernahmepreise waren nicht zu bezahlen, sondern galten im Umfang von Fr. 1'000'000.-- bzw. Fr. 800'000.-- als Erbvorbezug. Für die Steuerperiode 2001 wurden X._ und Y._ am 13. Februar 2006 entgegen ihrer auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 338'000.-- lautenden Selbstschatzung für die direkte Bundessteuer für ein steuerbares Einkommen von Fr. 800'000.-- veranlagt. Die Differenz von Fr. 462'000.-- resultierte daraus, dass das Steueramt des Kantons Zürich die Gewinne aus der Übertragung der beiden erwähnten Liegenschaften auf die Töchter von X._ als Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit betrachtete und der Besteuerung unterwarf. Das Steueramt begründete dies damit, dass X._ unter steuerlichen Gesichtspunkten als Liegenschaftshändler zu qualifizieren sei. B. Gegen die Veranlagungsverfügung erhoben X._ und Y._ erfolglos Einsprache. Eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich am 12. November 2007 ab. Hiergegen beschwerten sich X._ und Y._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 22. Oktober 2008 gut und veranlagte X._ und Y._ für die direkte Bundessteuer 2001 für ein steuerbares Einkommen in Höhe der Selbstschatzung von Fr. 338'000.--. C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts führt das Steueramt des Kantons Zürich mit Eingabe vom 2. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Oktober 2008 sei aufzuheben und der Entscheid der Steuerrekurskommission II vom 12. November 2007 sei zu bestätigen. Das Steueramt rügt eine unrichtige Anwendung von Bundesrecht. X._ und Y._ sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, wogegen die Eidgenössische Steuerverwaltung auf deren Gutheissung schliesst. 