Faits: A. Jusqu'en été 1998, le champ d'aviation de Payerne était exclusivement affecté à un usage militaire. Le 30 juin 1998, la Confédération a signé avec la Communauté régionale de la Broye (ci-après: la COREB) - une association de promotion régionale représentant les intérêts des districts vaudois et fribourgeois de la Broye - une convention prévoyant d'ouvrir l'aérodrome militaire de Payerne à l'aviation civile d'affaire et au transport de marchandises. Le 14 juillet 2000, cet accord a été remplacé par une convention d'une durée indéterminée. Celle-ci faisait de la COREB l'exploitant civil autorisé de certaines parties de l'aérodrome militaire; elle limitait en outre l'utilisation civile de l'aérodrome à huit cents mouvements annuels, plafonnés à seize mouvements par jour. Par décision du 18 octobre 2000, le Conseil fédéral a intégré l'aérodrome militaire de Payerne dans le réseau des aérodromes militaires avec utilisation civile relevant du Plan sectoriel de l'infrastructure aéronautique (ci-après: PSIA). Cette décision prévoyait notamment que lorsque les valeurs limites d'immission fixées par les annexes 5 et 8 de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41) étaient déjà dépassées du fait de l'utilisation militaire de l'aérodrome, le bruit dû à l'utilisation civile ne devait pas entraîner une augmentation perceptible des émissions sonores totales. B. Le 1er mai 2007, la COREB a soumis pour approbation à l'Office fédéral de l'aviation civile (ci-après: l'OFAC) les plans relatifs à la création de trois nouvelles infrastructures sur l'aérodrome de Payerne. La première construction prévue est une halle destinée aux activités de la compagnie A._. Cette construction comprendrait un bâtiment administratif avec un restaurant d'entreprise, des logements et des salles de repos, ainsi qu'un hangar permettant d'installer des ateliers de maintenance et de stationner des avions. L'emprise au sol serait de 4'860 m2. Les aménagements extérieurs comprendraient plus de cent places de stationnement, une surface de manoeuvre pour l'accès au hangar, une surface de stationnement pour essais moteurs avec écrans paraphones ainsi que 4'800 m2 de surface réservée pour de nouveaux hangars. La deuxième infrastructure projetée est un tarmac pour l'aviation civile accompagné d'une voie de roulage; l'emprise au sol de ce projet atteindrait 18'000 m2. Le tarmac permettrait le transbordement de passagers et de marchandises du trafic aérien civil à l'écart des infrastructures militaires et le stationnement temporaire des avions. La fonction de la voie de roulage serait essentiellement d'assurer le passage des avions entre la partie militaire de l'aérodrome et le tarmac civil. Quant au troisième projet, il s'agit d'un bâtiment administratif comprenant un hangar réservé au Bureau fédéral d'enquêtes sur les accidents d'avions. Simultanément au dépôt des plans, la COREB a soumis à l'OFAC une demande d'approbation d'un nouveau règlement d'exploitation destiné à permettre le développement des vols civils sur l'aérodrome de Payerne. Les plans des constructions susmentionnées et le règlement d'exploitation ont été mis à l'enquête publique conjointement par avis publiés dans la Feuille fédérale du 8 mai 2007 et dans les organes de publication officiels des cantons de Vaud et Fribourg les 8 et 11 mai 2007. Diverses autorités fédérales ainsi que les cantons concernés ont été consultés par l'OFAC. Le projet a en outre fait l'objet d'une étude d'impact sur l'environnement. Cet impact a été jugé supportable à condition que les mesures intégrées aux projets soient mises en oeuvre. C. Le 7 décembre 2007, le Conseil fédéral a adopté la fiche par installation "Payerne" du PSIA. Il a en particulier envisagé l'hypothèse d'un dépassement des valeurs limites d'immission en raison des opérations militaires dans le cadre d'une co-utilisation civile de l'aérodrome. Il a décidé que, dans ce cas, l'exploitation civile devait se dérouler du lundi au vendredi de 7h00 à 19h00; en dehors de ces heures, le nombre d'aéronefs civils devait être contingenté. Le 18 décembre 2007, la COREB et la Confédération ont conclu une nouvelle convention relative à la co-utilisation de l'aérodrome militaire de Payerne par l'aviation civile. Cette convention prévoit notamment une utilisation civile limitée à dix mille mouvements par an. D. Les 31 janvier et 2 avril 2008, l'OFAC a rendu trois décisions par lesquelles il a approuvé les plans relatifs aux trois ouvrages envisagés sur l'aérodrome de Payerne, écartant ainsi les oppositions formulées à l'encontre de ces projets, dont celle de la Commune de Morens. L'Office fédéral n'a en revanche pas statué sur le règlement d'exploitation, la COREB devant encore fournir un complément relatif à la sécurité. La Commune de Morens a recouru auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions du 2 avril 2008 portant approbation des plans de la halle pour la société A._ et de ceux du nouveau tarmac. En revanche, elle ne contestait pas l'approbation des plans relatifs au troisième projet. La Commune de Morens se plaignait en substance d'un défaut de coordination des procédures et d'une violation de la législation fédérale sur la protection de l'environnement. Par arrêt du 16 juin 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté ce recours. Il a considéré qu'aucune règle de coordination n'avait été violée. Quant aux griefs relatifs à la protection de l'environnement, ils se rapportaient à l'exploitation de l'aérodrome de sorte qu'ils apparaissaient prématurés dans le cadre de la procédure d'approbation des plans. Le Tribunal administratif fédéral a néanmoins décidé de "les écarter comme mal fondés". L'arrêt attaqué précise encore que les ouvrages litigieux "respectent les prescriptions en matière de protection de l'environnement, sous réserve des questions relatives aux nuisances sonores qui sont l'objet de la procédure d'approbation du règlement d'exploitation" si bien que les griefs y relatifs doivent être rejetés. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Commune de Morens demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de prononcer le refus de l'approbation des plans, subsidiairement de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour complément d'instruction et nouvelle décision. La Communauté régionale de la Broye et l'Office fédéral de l'aviation civile concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'Office fédéral de l'environnement a présenté des observations alors que le Tribunal administratif fédéral a renoncé à se déterminer. Au terme d'un second échange d'écritures, les parties persistent dans leurs conclusions. 