Faits: A. X._, née en 1954 et médecin de formation, exploite un cabinet médical à A._. Respectivement les 8 novembre 2005, 31 décembre 2006 et 28 octobre 2007, X._ a déposé sa déclaration d'impôt pour les périodes fiscales 2004, 2005 et 2006. Des taxations provisoires ont d'abord été émises. Le 1er avril 2008, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a mis en oeuvre une expertise des comptes du cabinet médical de X._ pour les exercices 2004 à 2006. Selon le rapport d'expertise du 18 avril 2008, il y avait lieu de procéder à des reprises de respectivement 25'007, 17'932 et 9'544 fr. pour les périodes 2004, 2005 et 2006. La Commission d'impôt de district pour la commune de B._ a procédé aux taxations définitives de l'impôt fédéral direct et de l'impôt cantonal et communal des périodes en cause en suivant les conclusions de l'expertise. Sur réclamation de la contribuable, les reprises ont été partiellement annulées et confirmées pour le surplus. Le 17 novembre 2008, le Service cantonal des contributions a informé la contribuable de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction fiscale en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal. Celle-ci portait sur une partie des montants repris, selon le détail suivant: 2004 2005 2006 Recettes non comptabilisées 9'100 1'800 4'300 Cotisations AVS déduites à double 3'412 Intérêts passifs déduits à double 10'666 10'000 4'497 Total du revenu soustrait 23'178 11'800 8'797 Les recettes non comptabilisées concernaient le cabinet médical. Les cotisations AVS de 3'412 fr. avaient été, d'une part, comptabilisées dans les charges du cabinet et, d'autre part, déduites du revenu de l'activité indépendante sur la déclaration d'impôt. De même, les intérêts passifs de 4'497 fr. figuraient dans les charges du cabinet et avaient été en outre indiqués sous la rubrique "Intérêts passifs" de la déclaration d'impôt. Les intérêts passifs de 10'666 (2004) et 10'000 fr. (2005) se rapportaient à un immeuble locatif sis à C._, dont X._ était copropriétaire. La contribuable avait indiqué sous la rubrique "Revenu de la fortune immobilière/immeubles sis dans un canton confédéré" de sa déclaration d'impôt le rendement net (après déduction des frais d'entretien et des intérêts passifs) de l'immeuble en question et avait de plus mentionné les montants en cause sous la rubrique "Déductions/intérêts passifs privés". Par décision du 23 septembre 2009, le Service cantonal des contributions a prononcé contre X._ une amende de 1'330 fr. pour tentative de soustraction de l'impôt fédéral direct relatif aux périodes 2004 à 2006. Le même jour, deux autres amendes ont été prononcées à son endroit en relation avec les mêmes périodes fiscales, l'une de 2'966 fr. pour tentative de soustraction de l'impôt cantonal et l'autre, de 3'048 fr., pour tentative de soustraction de l'impôt communal. B. A l'encontre de ces prononcés, la contribuable a formé une réclamation qui a été partiellement admise par décisions du 23 septembre 2010 rendues respectivement par le Chef de l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par le Chef du Département des finances, des institutions et de la santé du canton du Valais. L'autorité de réclamation a estimé que la non-comptabilisation des recettes était seulement imputable à une négligence de la contribuable et les montants des amendes ont été ramenés à 1'140 (impôt fédéral direct), 1'958 (impôt cantonal) et 2'135 fr. (impôt communal). X._ a déféré ces prononcés à la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours), qui a rejeté le recours par décision du 16 février 2011. Cette autorité a considéré que la double déduction de cotisations AVS et des intérêts passifs "se remarque facilement et ne passe pas inaperçu". Force était ainsi d'admettre que la contribuable avait intentionnellement tenté de se soustraire à l'impôt. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler la décision du 16 février 2011. La Commission de recours renonce à se déterminer en renvoyant à la décision entreprise. L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose de rejeter le recours. 