Sachverhalt: A. Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 16. Mai 2008 lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen ein Gesuch um berufliche Eingliederungsmassnahmen des1963 geborenen T._ mit der Begründung ab, er sei am konkreten Arbeitsplatz angemessen eingegliedert. Mit Vorbescheid vom 15. Januar 2010 kündigte die IV-Stelle dem Versicherten die Zusprache einer Viertelsrente ab 1. September 2008 an. Dagegen liess der Versicherte einwenden, vom Durchschnittseinkommen hätten zusätzlich 10 % abgezogen werden müssen, weil er nur noch leichte, wechselbelastende Arbeiten ausführen könne, und weitere 10 %, weil er nur noch teilzeitlich arbeiten könne, was zu einem Invaliditätsgrad von 57 % führe mit Anspruch auf eine halbe Rente. Mit Verfügung vom 24. März 2010 sprach die IV-Stelle dem Versicherten ab 1. März 2010 eine Viertelsrente zu, und mit Verfügung vom 7. Mai 2010 folgte die Zusprache einer Viertelsrente für die Zeit von September 2008 bis Februar 2010. Die Verwaltung hielt u.a. fest, ein Teilzeitabzug sei ausgeschlossen, weil die Restarbeitsfähigkeit ganztägig umgesetzt werde. B. Die Beschwerde des T._, wonach bei einem Gesamtabzug vom Durchschnittseinkommen von 25 % ein Invaliditätsgrad von 60 % bestehe mit Anspruch auf eine Dreiviertelsrente, hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 3. Juli 2012 in dem Sinne gut, dass es dem Beschwerdeführer - unter Berücksichtigung eines zusätzlichen Abzugs von 10 % vom anwendbaren Tabellenlohn - mit Wirkung ab 1. September 2007 eine halbe Invalidenrente zusprach. C. Die IV-Stelle erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, nach Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde sei der Entscheid vom 3. Juli 2012 aufzuheben, soweit er ab 1. September 2007 einen Anspruch auf eine halbe Rente bejaht, und es sei festzustellen, dass der Beschwerdegegner ab jenem Datum Anspruch auf eine Viertelsrente habe. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, sofern darauf einzutreten sei, und beantragt, dieser sei keine aufschiebende Wirkung zu erteilen. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 