Sachverhalt: A. Der 1956 geborene H._ war seit 1979 in verschiedenen Anstellungen in der Schweiz tätig, zuletzt bei der Firma I._ AG als Mitarbeiter Produktion im Ressort Betriebswäsche. Am 12. September 2002 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht, insbesondere einem Gutachten des Instituts X._ vom 18. März 2004, wies die IV-Stelle Bern mit Verfügung vom 6. April 2004 den Anspruch auf eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 25% ab. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Am 5. August 2005 meldete sich H._ erneut zum Bezug einer IV-Rente an. Nach weiteren Abklärungen und einem neuen Gutachten des Instituts X._ vom 18. Januar 2007 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 17. April 2007 wiederum ab, diesmal gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 20%. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 18. März 2008 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm ab 5. August 2005 eine ganze Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von mindestens 70% auszurichten. Eventualiter sei ihm eine halbe Rente auszurichten, subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem beantragt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) und die IV-Stelle schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 