Faits: A. Le 1er juin 2004, Y._ a été engagé, en qualité de cuisinier à 100%, par la société X._ SA, pour un salaire mensuel brut de 5'525 fr., payé douze fois l'an. L'horaire hebdomadaire de travail convenu était de 43 heures et la durée des vacances annuelles de quatre semaines. Les rapports de travail ont pris fin le 30 septembre 2005. Du 22 juillet au 30 septembre 2005, l'employé a été en incapacité de travail totale pour cause de maladie. B. B.a Le 23 juin 2006, Y._ a ouvert action contre X._ SA devant la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine. Il requérait le paiement de 30'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2005, à titre de treizième salaire, de dommages-intérêts pour des heures supplémentaires, de jours de repos et de vacances non prises et de solde d'indemnités journalières, le tout sous déduction de 7'612 fr.10 représentant deux mois de salaire reçus en trop. Le demandeur fondait ses prétentions sur la Convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés, conclue le 6 juillet 1998, et ci-après la convention ou CCNT. La défenderesse a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, au paiement de deux salaires versés en trop et au remboursement de 3'455 fr.70 correspondant au dommage causé fautivement par l'employé au véhicule de l'entreprise. B.b Le 27 août 2007, la Chambre des prud'hommes a rendu un jugement par défaut. Statuant le 21 février 2008, sur demande de relief présentée par la défenderesse, la Chambre des prud'hommes a condamné celle-ci à verser au demandeur le montant net de 1'231 fr.40 et le montant brut de 35'407 fr.30, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2005, sous déduction du montant net de 7'612 fr.10 plus intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005. La Chambre des prud'hommes a considéré que les relations contractuelles des parties étaient régies par la CCNT et a fait application de cette convention pour trancher le litige. B.c La défenderesse a appelé de ce jugement, concluant à son annulation et au versement, par le demandeur, de la somme de 6'933 fr.20, avec intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005. Statuant par arrêt du 26 septembre 2008, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a confirmé le jugement attaqué. Les magistrats cantonaux ont tout d'abord jugé que la convention était applicable aux parties et ont, sur cette base, rejeté les griefs fondés sur la non-application de la CCNT. Ils ont ensuite considéré que le grief se rapportant à l'établissement du nombre d'heures de travail effectuées par l'employé était irrecevable, à défaut d'être suffisamment motivé. Les juges ont enfin rejeté le moyen relatif à l'art. 8 CC, estimant qu'il remettait en cause l'appréciation des preuves et non pas l'application par les premiers juges des règles sur le fardeau de la preuve. C. La défenderesse exerce un recours en matière civile. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et à ce que la partie adverse soit astreinte à lui verser le montant de 6'933 fr.20, avec intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005, sous suite de frais et dépens. Le demandeur conclut au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité. 