Faits: A. Par jugement du 3 mars 2011, le Tribunal correctionnel de la République et canton de Genève (ci-après : le Tribunal correctionnel) a acquitté X._ de la prévention de lésions corporelles graves au détriment de la partie plaignante, B._. En revanche, il l'a reconnu coupable de menaces au préjudice de C._, ainsi que d'infraction à l'art. 116 al. 1 let. a LEtr, l'a condamné à une peine pécuniaire de 360 jours-amende à 20 fr. le jour et a ordonné sa libération. Par ce même jugement, le Tribunal correctionnel a également condamné quatre coprévenus. B. B._, X._ et ses quatre coprévenus ont chacun formé appel de ce jugement. Le Ministère public du canton de Genève (ci-après : le Ministère public) a quant à lui renoncé à faire appel et à déposer un appel joint. B.a Agissant en qualité de direction de la procédure, le Président A._ a, par ordonnance du 10 août 2011, notamment communiqué la composition de la juridiction d'appel, ordonné l'ouverture d'une procédure orale et cité les cinq coprévenus, la partie plaignante ainsi que le Ministère public à comparaître aux débats d'appel appointés aux 28 et 29 septembre 2011. B.b Au cours de la première journée d'audience, le Président A._ a constaté la présence de toutes les parties, procédé à l'ouverture de la procédure probatoire, auditionné les cinq prévenus et la partie plaignante. Après la clôture de la procédure probatoire, les conseils des quatre coprévenus de X._ ont plaidé. B.c Au cours des débats du 29 septembre 2011, le conseil de la partie plaignante a plaidé le premier, concluant à ce que X._ soit reconnu coupable de lésions corporelles graves. L'avocat de X._ a pris la parole immédiatement après, concluant à l'acquittement de son client de ce chef d'accusation. Le Ministère public, qui a plaidé ensuite, a repris à son compte les conclusions de la partie plaignante tendant à la condamnation de X._ pour lésions corporelles graves et requis contre lui une peine privative de liberté de 5 ans. Les conseils des quatre coprévenus de X._ ont ensuite répliqué, la partie plaignante y renonçant. Le Président A._ a alors informé les parties qu'il entendait faire application de l'art. 232 al. 1 CPP en faisant amener devant lui X._ «au motif de l'apparition de motif de détention nouveau en lien avec des charges qui se sont alourdies durant l'instruction du jugement d'appel, le risque de fuite étant accru par la peine risquant d'être prononcée. Un mandat d'amener sera décerné dans ce sens ». Le Ministère public a été appelé à préciser sa position en lien avec l'application éventuelle de l'art. 232 al. 2 CPP. Invité à se déterminer également sur l'éventuel placement en détention pour des motifs de sûreté de son client de même qu'à répliquer sur le fond, le mandataire de X._ a sollicité la récusation du Président A._ pour apparence de prévention. Il a présenté ses arguments et exposé que les conditions d'application de l'art. 232 al. 2 CPP n'étaient pas réunies. Le Ministère public a dupliqué, puis X._ s'est personnellement exprimé au sujet de la détention pour des motifs de sûreté, ensuite de quoi la direction de la procédure a décerné un mandat d'amener contre lui. B.d Le lendemain 30 septembre 2011, la Chambre pénale d'appel - présidée par A._ - a ouvert en séance publique le dispositif de l'arrêt au fond. D'une part, elle a rejeté les appels des cinq coprévenus. D'autre part, elle a partiellement admis celui de la partie plaignante, reconnaissant X._ coupable de lésions corporelles graves en sus des chefs de condamnation retenus en première instance, a révoqué un précédent sursis, l'a condamné à une peine privative de liberté de quatre ans et ordonné sa mise en détention pour des motifs de sûreté. B.e Statuant le 7 novembre 2011 sans le concours du Président A._, la Chambre pénale d'appel a rejeté la requête de récusation formée par X._ lors des débats tenus le 29 septembre 2011. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre la décision sur récusation du 7 novembre 2011 dont il réclame la réforme en concluant, sous suite de dépens, à l'admission de la demande de récusation, à l'annulation de l'arrêt du 30 septembre 2011 et à la répétition des débats. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire. Invités à se déterminer sur le recours, la Chambre pénale d'appel s'est référée à son arrêt, tandis que le Ministère public et B._ ont conclu au rejet. Des déterminations sur déterminations ont été déposées. D. Le Tribunal fédéral a rendu son jugement en séance publique. 