Sachverhalt: A. Gemäss einer Meldung des kantonalen Steueramtes vom 19. September 2006 zuhanden der Ausgleichskasse hatte M._ als Mitglied der Konzernleitung der Unternehmung X._ in den Jahren 2001 und 2002 als Teilhaber der Y._ AG mit dem Verkauf seiner Aktien an die Unternehmung X._ erhebliche Gewinne erzielt. Mit zwei Verfügungen vom 24. November 2006 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Zürich M._ zur Bezahlung persönlicher AHV/IV/EO-Beiträge von Fr. 165'889.20 für das Jahr 2001 sowie von Fr. 177'306.- für das Jahr 2002 auf den in den entsprechenden Jahren erzielten Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit in der Höhe von Fr. 1'720'472.- (2001) und Fr. 1'847'921.- (2002). Auf Einsprache hin setzte die Ausgleichskasse die Beiträge auf Grund der vom kantonalen Steueramt am 3. November 2007 für die Jahre 2001 und 2002 gemeldeten Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit mit Entscheid vom 3. Dezember 2007 neu auf Fr. 162'944.- (2001) und Fr. 175'541.- (2002), je zuzüglich Verwaltungskosten, fest. Sie ging weiterhin davon aus, dass es sich bei den gemeldeten Einkünften aus dem Aktienverkauf um Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit handle. B. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich den angefochtenen Einspracheentscheid auf mit der Feststellung, dass M._ auf den aus dem Verkauf der Aktien der Y._ AG erzielten Kapitalgewinnen keine persönlichen Beiträge bezahlen müsse (Entscheid vom 16. Februar 2009). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Ausgleichskasse, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das beitragspflichtige Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit von M._ für das Jahr 2001 auf Fr. 1'715'200.- und für das Jahr 2002 auf Fr. 1'847'800.- festzusetzen. 