Fatti: A. Il 12 aprile 2011 il Procuratore pubblico (PP) ha aperto l'istruzione penale nei confronti del dr. med. A._ e del dr. med. C._ per il titolo di lesioni colpose gravi in relazione a pretesi errori diagnostici e di tecnica operatoria che avrebbero causato a D._ una zoppia cronica al piede sinistro e una perdita dell'uso funzionale dell'arto. B. Ritenendo necessaria l'esecuzione di una perizia volta a stabilire un'eventuale violazione delle regole dell'arte medica nell'ambito delle cure prestate al paziente, il 29 luglio 2011 il PP ha nominato quale perito il dott. B._, attivo presso l'Università dell'Insubria di Varese. Il 22 novembre 2011 ha inoltre nominato il dott. E._ quale perito ausiliario. Il 10 febbraio 2012 gli esperti hanno reso il loro rapporto, che ravvisava carenze nella procedura operatoria. Il referto peritale è stato intimato alle parti il 16 marzo 2012. C. Il 6 luglio 2012 A._ ha presentato un'istanza di ricusa del dott. B._ invocando gli intensi rapporti professionali del perito con le autorità penali del Cantone Ticino, che renderebbero parziale il rapporto peritale. Il perito si è espresso sull'istanza di ricusa dinanzi alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) con osservazioni del 18 luglio 2012, reputando in particolare "stupefacente ed offensiva" l'asserzione di parzialità e riservandosi "di adire le vie formali per rispetto alla propria integrità professionale e alla propria onorabilità". Ha inoltre precisato che non avrebbe più tollerato "illegittime accuse di parzialità e corruttibilità". D. Il 27 luglio 2012 A._ ha presentato un'ulteriore istanza di ricusa nei confronti del perito in relazione al tenore delle osservazioni da questi formulate alla prima domanda di ricusa. In pratica, ha addotto che la reazione del perito sarebbe stata eccessiva e tale da fare dedurre un manifesto rapporto di inimicizia. E. Con distinte sentenze del 18 ottobre 2012 la CRP ha dichiarato irricevibile, siccome tardiva, la prima istanza di ricusa ed ha respinto la seconda, negando che il tenore delle osservazioni palesasse un sentimento di inimicizia nei confronti dell'imputato o del suo legale, trattandosi di una reazione riconducibile alle inadeguate conclusioni della prima istanza di ricusa. F. A._ impugna la sentenza della CRP, che respinge la sua seconda istanza di ricusa, con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullare il giudizio della Corte cantonale e di accogliere la sua domanda. Il ricorrente lamenta sostanzialmente l'accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dell'art. 56 lett. f CPP. G. Non sono state chieste osservazioni nel merito del gravame. Con decreto presidenziale del 19 dicembre 2012 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo. 