Sachverhalt: A. Im Grundpfandverwertungsverfahren der Betreibungen Nrn. 1._ und 2._ des Betreibungs- und Konkursamtes Berner Oberland, Dienststelle Thun (BAKA), lagen die Steigerungsbedingungen und die Lastenverzeichnisse vom 3. bis 13. November 2008 auf und erwuchsen danach in Rechtskraft. Am 22. Januar 2009 versteigerte das BAKA im betreffenden Verfahren die Grundstücke Sigriswil-GBB-Nrn. A._ bis M._. X._ ersteigerte für Fr. 2'594'000.-- verschiedene Grundstücke, darunter u.a. die Stockwerkeinheit Nr. F._. Am 23. Januar 2009 forderte ihn das BAKA auf, den verbleibenden Betrag von Fr. 2'509'500.-- zu bezahlen. B. Mit Beschwerde vom 30. Januar 2009 machte X._ geltend, infolge fehlender Bewohnbarkeit der Stockwerkeinheit Nr. F._ sei er einem Grundlagenirrtum erlegen, weshalb der Zuschlag für alle von ihm ersteigerten Grundstücke aufzuheben und diesbezüglich eine neue Steigerung durchzuführen sei. Mit Entscheid vom 16. März 2009 wies die kantonale Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen die Beschwerde ab. C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 1. April 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und um Anweisung des BAKA, die Steigerung der ihm zugeschlagenen Grundstücke erneut durchzuführen. Mit Präsidialverfügung vom 5. Mai 2009 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt. 