Sachverhalt: A. S._, geboren 1963, war vom 1. Januar 1986 bis 31. Mai 2006 bei der Firma B._ AG angestellt. Vom 26. Juni 2006 bis 25. Juni 2008 bezog S._ Leistungen der Arbeitslosenversicherung. Bereits am 26. März 2007 meldete sie sich unter Hinweis auf Schulter-, Arm-, Rücken- und Beinbeschwerden, bestehend seit ungefähr dreieinhalb Jahren, bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau führte erwerbliche Abklärungen durch und holte einen Bericht ein des Dr. med. E._, Allgemeine Medizin FMH, vom 9. Juli 2007. Auf entsprechende Anfrage der IV-Stelle legte Dr. med. E._ weitere medizinische Unterlagen ins Recht (Befunde des Instituts W._ [Dr. med. U._, FMH Radiologie], vom 14. Oktober 2005; Berichte des Zentrums X._ vom 19. Oktober und 7. Dezember 2005; rheumatologisches Gutachten des T._, Facharzt FMH für Rheumatologie und Innere Medizin, Institut Y._, vom 7. September/2. November 2006). Nach weiteren erwerblichen Abklärungen und durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte die IV-Stelle am 31. Januar 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens mangels rentenbegründenden Invaliditätsgrades. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der S._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 22. Oktober 2008 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung der Verfügung vom 31. Januar 2008 sowie des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente beantragen. Eventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen und diese anzuweisen, ein unabhängiges Gutachten und eine BEFAS-Begutachtung in die Wege zu leiten. Vorinstanz und Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 