Faits: A. Par ordonnance du 12 juin 2008, le Ministère public du canton de Neuchâtel a ordonné le renvoi de A._ devant le Tribunal de police du district de Boudry (ci-après: le Tribunal de police) pour détournement de valeurs patrimoniales mises sous main de justice (art. 169 CP), en requérant contre lui 120 jours-amende avec sursis pendant deux ans et 400 francs d'amende comme peine additionnelle. Par ordonnance du 23 décembre 2008, le Tribunal de police a rejeté la requête d'assistance judiciaire présentée par le prénommé, au motif que la cause ne présentait pas de difficulté particulière pour celui-ci, au bénéfice d'une formation d'expert-comptable, et qu'aucune peine privative de liberté n'était requise. B. Par arrêt du 17 août 2009, le Tribunal administratif du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours formé par A._ contre le refus d'assistance judiciaire. Il a considéré que le Ministère public n'avait pas requis de peine privative de liberté et que tant l'établissement des faits au moyen de pièces comptables que l'application de l'art. 169 CP ne présentaient pas de difficultés particulières pour un expert-comptable. Enfin, l'intéressé, au bénéfice d'une formation professionnelle supérieure, était à même de se défendre seul face au Tribunal de police, lequel est peu formaliste avec un plaideur en personne. C. A._ forme un recours auprès du Tribunal fédéral. Il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et l'octroi de l'assistance judiciaire pour la procédure engagée par la justice neuchâteloise. Il requiert également de faire stopper toute procédure pénale en raison d'une requête qu'il a déposée à la Cour européenne des droits de l'homme en lien avec le procès civil relatif à une saisie sur salaire. Le Tribunal administratif se réfère aux motifs de l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours. 