Sachverhalt: A. Die Stimmberechtigten von Affoltern am Albis genehmigten anlässlich der Gemeindeversammlung der politischen Gemeinde vom 18. Juni 2012 als Geschäft Nr. 3 einen Objektkredit von Fr. 477'000.-- für den Bau einer Solarthermie- und Photovoltaikanlage auf den Gebäudedächern des Schwimmbades Stigeli. X._ gelangte am 16. Juli 2012 an den Bezirksrat Affoltern und beantragte mit seinem ′′Rekurs (Beschwerde) ′′, der genannte Gemeindeversammlungsbeschluss sei aufzuheben. Er rügte zum einen eine falsche Information der Stimmberechtigten durch den Gemeinderat, zum andern einen Verstoss gegen das kantonale Energiegesetz als übergeordnetem Recht. Der Bezirksrat behandelte die Rechtsmitteleingabe in Bezug auf die erste Rüge als Stimmrechtsrekurs und trat darauf mit Dispositiv-Ziff. 1 seines Beschlusses vom 20. September 2012 wegen Verspätung nicht ein. Die Rüge des Verstosses gegen übergeordnetes Recht behandelte der Bezirksrat als Gemeindebeschwerde und wies diese mangels Verstosses gegen übergeordnetes Recht mit Dispositiv-Ziff. 2 seines Beschlusses ab. Am 19. Oktober 2012 führte X._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde und beantragte die Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 2 des Bezirksratsentscheids. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde am 23. Januar 2013 ab (Verfahren VB.2012.00665). B. Gegen diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts hat X._ beim Bundesgericht am 18. Februar 2013 Beschwerde erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und erhebt verschiedene Verfahrensrügen. Der Gemeinderat Affoltern a.A. und das Verwaltungsgericht haben auf Vernehmlassung verzichtet. 