Sachverhalt: A. Am 20. Dezember 2005 verkaufte die Burgergemeinde Thun das Grundstück Heimberg Gbbl. Nr. 1818 im Halte von 980 m2 zum Preis von Fr. 360'000.--. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Grundstückgewinnsteuer, veranlagte die Burgergemeinde Thun daraufhin mit Verfügung vom 31. August 2006 für einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 107'100.-- und einen geschuldeten Steuerbetrag von Fr. 32'965.70. B. Nach erfolglos durchgeführtem Einsprache- und Rekursverfahren beschwerte sich die Burgergemeinde Thun beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern, welches die Beschwerde mit Urteil vom 28. August 2009 abwies, soweit es darauf eintrat. C. Gegen dieses Urteil führt die Burgergemeinde Thun mit Eingabe vom 2. Oktober 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin für den mit der Veräusserung des Grundstücks Heimberg Gbbl. Nr. 1818 erzielten Gewinn nicht steuerpflichtig sei. Sie rügt sinngemäss eine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts, eine rechtsungleiche Behandlung sowie eine Verletzung der Eigentumsgarantie und der im kantonalen Verfassungsrecht gewährleisteten Vermögensgarantie. Sodann beanstandet sie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag verzichtet, schliessen die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern auf Abweisung der Beschwerde. 