Faits: A. La Société X._, détenue par le Groupe Y._ SA et inscrite au Registre du commerce de Genève, avait pour but l'exploitation d'une entreprise générale dans les domaines des constructions et ouvrages. Elle était affiliée notamment à la Caisse de compensation de la société suisse des entrepreneurs (ci-après : la caisse SSE), caisse de compensation professionnelle autorisée à appliquer l'assurance-vieillesse et survivants. Confrontée à des difficultés financières dès 1994, la Société X._ a déposé une demande de sursis concordataire le 16 mars 1998, qui a abouti à l'homologation d'un concordat par abandon d'actifs le 22 juin 1999. Par trois décisions du 29 octobre 1999, la caisse SSE a réclamé à A._, administrateur de Société X._, B._, directeur, et F._, fondé de pouvoir, le paiement d'un montant de 523'429 fr. 50 à titre de réparation du dommage résultant du non-paiement de cotisations AVS/AI/APG par la société. Les prénommés ont tous formé opposition à la décision de réparation du dommage. B. B.a Le 23 décembre 1999, la caisse a assigné A._, B._ et F._ en paiement de la somme de 523'429 fr. 50 devant la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'AVS/AI (devenue, du 1er août 2003 au 31 décembre 2010, Tribunal cantonal genevois des assurances sociales, aujourd'hui: Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales). Le jugement rendu le 16 avril 2003 par la Commission a fait l'objet d'une demande d'interprétation qui a été admise par le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales (jugement du 21 octobre 2004). Sur recours de A._, B._ et la caisse SSE, le Tribunal fédéral a, par arrêt du 17 octobre 2006, annulé les deux jugements cantonaux et renvoyé la cause à la juridiction cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision. B.b Reprenant l'instruction de la cause, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales a procédé à l'audition des parties et de témoins. En cours d'instance, la caisse SSE a retiré la demande de paiement dirigée contre B._. Statuant le 12 octobre 2010, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales a rejeté la demande dirigée contre A._. C. La caisse SSE interjette un recours en matière de droit public contre le jugement cantonal, dont elle demande l'annulation; sous suite de frais et dépens, elle conclut au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants de l'arrêt du Tribunal fédéral. Sous suite de frais et dépens, A._ conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 