Sachverhalt: A. Am 20. Februar 2012 wurde X._ verhaftet aufgrund des Verdachts, am Tötungsdelikt zum Nachteil von Y._ beteiligt gewesen zu sein. Am 8. März 2012 wurde sie aus der Untersuchungshaft entlassen. Mit Verfügung vom 7. März 2013 stellte die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich die Strafuntersuchung gegen X._ ein und sprach ihr eine Genugtuung von Fr. 5'600.--, hingegen keine Entschädigung, zu. Die Beschwerde von X._ wies das Obergericht des Kantons Zürich am 12. Juli 2013 ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, es seien ihr eine Genugtuung von Fr. 8'600.-- sowie eine Entschädigung von Fr. 1'230.-- auszurichten. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die vorinstanzlichen Gerichtskosten und Kosten der amtlichen Verteidigung seien auch im Falle des Unterliegens vom Staat zu bezahlen. X._ ersucht um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung. 