Sachverhalt: A. Die X._ AG mit Sitz in Zug hat folgenden statutarischen Zweck: "Finanzierungen aller Art sowie Vermittlung von solchen, Durchführung und Vermittlung von Handelsgeschäften sowie Erwerb von Liegenschaften im Ausland; kann sich an anderen Unternehmen beteiligen." Sie verfügt über ein voll liberiertes Aktienkapital von Fr. 5'500'000.--, das von der Y._ Ltd. mit Sitz in Guernsey gehalten wird. Seit Mitte des Jahres 1997 verfolgt die X._ AG keine eigentliche Geschäftstätigkeit mehr, sondern beschränkt sich gemäss eigenen Angaben darauf, gewisse Dienstleistungen ("beschränkte Managementaufgaben") innerhalb des Y._-Konzerns zu erbringen. B. Mit Schreiben vom 18. Dezember 2003 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung (im Folgenden: ESTV) der X._ AG - aufgrund von geldwerten Leistungen von Fr. 1'406'800.-- in den Jahren 1998 bis 2001 - Verrechnungssteuern von Fr. 492'380.-- in Rechnung. Dabei behandelte sie die X._ AG als Dienstleistungsgesellschaft, deren Dienstleistungsentschädigung mindestens fünf Prozent über den gesamten Unkosten liegen müsse. Nachdem die Gesellschaft nur von einer geldwerten Leistung von Fr. 435'700.-- und die ESTV in einem Vergleichsvorschlag von einer solchen von Fr. 1'000'000.-- ausgehen wollten, die entsprechende Verrechnungssteuerschuld von Fr. 350'000.-- aber nicht fristgerecht bezahlt wurde, erliess die ESTV am 27. Mai 2005 einen förmlichen Entscheid. Sie auferlegte der X._ AG eine Verrechnungssteuer von Fr. 492'380.-- nebst Zinsen und beseitigte den von der Gesellschaft gegen die Betreibung erhobenen Rechtsvorschlag. Eine dagegen erhobene Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht wies dieses mit Entscheid vom 24. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat; zudem beseitigte es den Rechtsvorschlag. C. Gegen dieses Urteil des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I, vom 24. September 2009 führt die X._ AG mit Eingabe vom 2. November 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt sinngemäss die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts. Zudem sei festzustellen, dass sie im Geschäftsjahr 1998 als Finanzgesellschaft und nicht als Dienstleistungsgesellschaft zu besteuern sei. Weiter sei die Streitsache zwecks Einforderung revidierter Jahresrechnungen 2000 und 2001 und zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen und die Streitsache sei vergleichsweise zu erledigen. Gerügt wird sinngemäss eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung von Bundesrecht. D. Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde, währenddem das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit verfahrensleitender Verfügung vom 2. Dezember 2009 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 