Sachverhalt: A. Die Nordostschweizerische Kraftwerke AG (NOK; seit 21. September 2009: Axpo AG; seit 31. August 2012: Axpo Power AG) reichte dem Eidgenössischen Starkstrominspektorat (ESTI) am 22. April 2008 das Plangenehmigungsgesuch für den Umbau und die Verlegung einer Teilstrecke der bestehenden 50 kV-Leitung von Altgass bzw. Horgen bis Obfelden ein. Die bestehende Leitung zwischen Mast Nr. 35 in Knonau und Mast Nr. 60 in Obfelden soll abgebrochen und durch eine neue, rund 4 km lange 110 kV-Betonmastleitung entlang der Nationalstrasse N4 ersetzt werden. In der Gemeinde Mettmenstetten weicht das neue Leitungstrassee um höchstens 300 m vom ursprünglichen ab und verläuft um diese Distanz näher zum Siedlungsgebiet. B. Im Rahmen der öffentlichen Auflage erhoben u.a. A._, B._, D._, E._, F._ und die Katholische Kirchgemeinde Mettmenstetten (im Folgenden: die Einsprecher) Einsprache gegen das Projekt. Sie sprachen sich für die Beibehaltung der bisherigen Linienführung der Masten Nrn. 36-58 aus ("Variante blau"). C. Am 27. Oktober 2009 genehmigte das Bundesamt für Energie (im Folgenden: BFE) die Planvorlage der Axpo AG. Dagegen erhoben die Einsprecher am 25. November 2009 Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht mit dem Antrag auf Aufhebung der Plangenehmigungsverfügung. Sie verlangten in erster Linie die Beibehaltung des bisherigen Trassees im Sinne der "Variante blau"; eventualiter sei die Leitung an kritischen Stellen, namentlich im Bereich der Autobahnüberdeckung, zu verkabeln. Das Bundesverwaltungsgericht führte am 14. Juli 2010 einen Augenschein durch und wies die Beschwerde am 9. November 2010 ab. D. Am 14. Juli 2011 wies das Bundesgericht die dagegen gerichtete Beschwerde der Einsprecher ab, soweit die Beschwerdeführer eine Linienführung abseits der Nationalstrasse ("Variante blau") verlangten. Dagegen hiess es die Beschwerde hinsichtlich der Prüfung der Teilverkabelung im Bereich der Überdeckung Rüteli gut: Es ging davon aus, dass die diesbezügliche Interessenabwägung wesentliche Lücken und Mängel aufweise, und wies die Sache daher zu neuer Prüfung an das Bundesverwaltungsgericht zurück (Urteil 1C_560/2010, in: URP 2012 S. 27, E. 8). Am 12. Juni 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab. E. Dagegen erhoben die Einsprecher am 23. August 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache sei an das BFE, eventualiter an das Bundesverwaltungsgericht, zurückzuweisen. F. Die Axpo Power AG (im Folgenden: die Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das BFE hält an seinem Plangenehmigungsentscheid vom 27. Oktober 2009 fest und verweist auf seine bisherigen Eingaben. Das Bundesamt für Raumentwicklung (im Folgenden: ARE) verweist auf seinen Fachbericht vom 22. November 2011 zuhanden des Bundesverwaltungsgerichts. Das Bundesamt für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (im Folgenden: BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass die landschaftlichen Vorteile der Verkabelung durch die beiden Kabelendmasten empfindlich verringert werden; angesichts ihrer beachtlichen Mehrkosten vermöchten sie die landschaftlichen Nachteile der Freileitung mit den drei Masten 40 bis 43 nicht aufzuwiegen. G. Im weiteren Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Anträgen fest. H. Mit Verfügung vom 18. September 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. 