Faits: A. Le 16 mars 2004, C._, alors propriétaire de l'immeuble, a donné à bail à B._ et A._ une arcade d'environ 80 m2 au rez-de-chaussée d'un bâtiment sis XX, rue D._ à Genève. Le contrat indiquait que les locaux étaient destinés exclusivement à l'exploitation d'un laboratoire et qu'il était interdit de les utiliser pour faire de la cuisine. Le bail a été conclu pour une durée initiale de cinq ans, du 1er avril 2004 au 31 mars 2009, étant précisé qu'il était ensuite renouvelable tacitement d'année en année. Le loyer annuel, charges non comprises, a été fixé à 16'800 francs. Par lettre du 21 avril 2004, les locataires ont été informés que l'immeuble avait été acquis par X._, Y._ et Z._. En date des 11 et 26 octobre 2004, les acquéreurs de l'immeuble ont signé avec B._ et A._ un "avenant" prévoyant que l'affectation des locaux était modifiée en café-restaurant et que le loyer serait porté à 20'400 fr. par an dès le 1er janvier 2005, tous les travaux étant à la charge des locataires, lesquels renonçaient à toute indemnité de plus-value. B. Par requête du 16 novembre 2004, les locataires ont déclaré contester le loyer initial, demandant que le loyer soit ramené à 16'800 fr. conformément au contrat précédent (sous réserve de l'indexation convenue) et que le trop-perçu soit restitué. Par jugement du 22 août 2006, le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève a fait droit à la demande, en considérant qu'il se trouvait en présence d'une augmentation de loyer qui était nulle pour n'avoir pas été notifiée sur la formule officielle. Statuant sur recours des bailleurs le 22 juin 2007, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers a considéré que l'avenant donnait lieu à un loyer initial et elle a renvoyé la cause au Tribunal des baux et loyers pour examiner le problème sous cet angle. Statuant à nouveau le 13 mars 2008, le Tribunal des baux et loyers a constaté que les bailleurs ont refusé de produire les pièces utiles permettant un calcul de rendement dont le Tribunal avait pourtant ordonné l'apport, ce dont on pouvait déduire qu'ils cachaient un rendement abusif. Estimant que rien ne justifiait que le loyer soit fixé à un montant différent de celui convenu dans le bail du 16 mars 2004, il a, pour la seconde fois, fait droit aux conclusions des locataires. Par arrêt du 3 novembre 2008, la Chambre d'appel a rejeté le recours formé contre cette décision par les bailleurs. Tout en relevant que la surface louée avait été augmentée d'une manière négligeable (de 1 m2 selon les locataires ou de 2,7 m2 selon les bailleurs), la cour cantonale, en soulignant que les bailleurs avaient refusé de produire les documents requis permettant un calcul de rendement, a estimé que rien n'avait été apporté qui puisse justifier un changement de loyer de 21,43 % entre le contrat du 16 mars 2004 et l'avenant des 11 et 26 octobre 2004. C. Ayant reçu cet arrêt le 6 novembre 2008, les bailleurs ont déposé dans un bureau de poste suisse, le lundi 8 décembre 2008, un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Invoquant un état de fait manifestement inexact, une appréciation arbitraire des preuves, une qualification juridique inexacte de l'avenant, un renversement du fardeau de la preuve, ainsi qu'une violation des règles en matière de contestation du loyer initial et de loyer abusif, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué, à l'irrecevabilité de la requête en contestation du loyer initial et à la constatation de la validité de l'avenant, sous suite de dépens. Les locataires intimés ont conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité avec suite de dépens. 