Sachverhalt: A. Am 18. März 2005 erlitt X._, Polier, einen Arbeitsunfall. Er baute mit einem Raupenbagger (Gewicht 1200 kg) Kies auf dem Flachdach eines Abbruchobjektes ab, worauf die Dachplatten unter dem Bagger durchbrachen und er mit dem Bagger durch die Bruchstelle auf den ca. 6 Meter tiefer liegenden Boden stürzte. Dabei zog er sich ein schweres Schädel-Hirntrauma, Beckenfrakturen und Luxationen am Handgelenk bzw. der Handwurzel zu und er war in unmittelbarer Lebensgefahr. B. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland eröffnete gegen den Bauführer Y._ und den verletzten Polier X._ ein Ermittlungsverfahren. Mit Verfügung vom 4. Dezember 2007 stellte die Staatsanwaltschaft die Strafuntersuchung gegen Y._ wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung, Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde und Vergehen gegen das Unfallversicherungsgesetz sowie gegen X._ wegen Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde und Vergehen gegen das Unfallversicherungsgesetz ein. C. Das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, wies den Rekurs von X._ gegen die Einstellung der Strafuntersuchung gegen Y._ mit Beschluss vom 12. November 2008 ab. D. X._ erhebt gegen diesen Beschluss Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, das Verfahren gegen Y._ sei dem Strafrichter zur Beurteilung der Delikte der fahrlässigen schweren Körperverletzung nach Art. 125 Abs. 2 StGB, der Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde nach Art. 229 Abs. 2 StGB und der Verletzung von Art. 112 Abs. 4 UVG zu überweisen. 