Faits: A. Par arrêt du 24 septembre 2008, la Cour d'assises du canton de Genève a condamné Z._, pour infractions graves à la LStup, à 11 ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive. Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants. A.a Entre 2004 et 2005, agissant de concert avec B._, fournisseur de cocaïne résidant au Bénin, ainsi qu'avec Y._ et X._, vendeurs de drogue agissant sur le marché genevois, Z._ a participé à la mise en place d'un trafic important de cocaïne entre le Bénin et Genève. La drogue était livrée à Genève, dans l'appartement occupé par X._ et Y._, par deux mules, C._ et D._, qui ont amené, à chaque voyage, une quantité de l'ordre d'un kilo de cocaïne, qui leur était fournie à Cotonou par B._. Z._ est régulièrement venu à Genève, pendant deux ans, dans l'appartement occupé par ses complices. Il y a parfois réceptionné la marchandise, son rôle consistant par ailleurs à s'assurer que les livraisons étaient correctement effectuées et que la drogue était de bonne qualité, ce qui lui permettait de fixer le prix de vente de la cocaïne pour le compte de B._. Il se rémunérait en prélevant 2 euros sur la vente de chaque gramme de drogue importée. A.b Z._ a contesté avoir joué le rôle d'organisateur du trafic de drogue et avoir été impliqué dans certains des voyages visés dans les réquisitions, reconnaissant cependant que sa coactivité dans l'importation de la cocaïne avait porté sur onze kilos de drogue (dix kilos à Genève et un kilo à Hambourg). B. Par arrêt du 17 juillet 2009, la Cour de cassation du canton de Genève a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le pourvoi formé par Z._. C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et à son acquittement des infractions visées aux chiffres C/1, C/5 et C/7 de l'ordonnance de renvoi. Il requiert également l'assistance judiciaire. 