Faits: A. Le 16 août 2004, l'Administration fiscale cantonale a notifié à X._ (ci-après: l'intéressée) une décision de taxation pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2003. Le 25 août 2004, l'intéressée a déposé une réclamation contre la décision du 16 août 2004. Elle contestait faire ménage commun avec le père de ses deux enfants au 31 décembre 2003 et demandait la déduction des frais de garde de ces derniers. Par décision du 11 avril 2005, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation. Le 9 mai 2005, l'intéressée a interjeté recours contre la décision sur réclamation du 11 avril 2005 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt (devenue Commission cantonale de recours en matière administrative depuis le 1er janvier 2009; ci-après: la Commission de recours). Ce recours a été complété le 9 mai 2005 par l'intermédiaire d'un mandataire professionnel. L'intéressée a maintenu sa position et contesté en outre la déduction pour assurance-maladie, le montant du rabais d'impôt et l'application du barème A. Par décision du 22 janvier 2007, la Commission de recours a admis le recours. Elle a accordé à l'intéressée l'application du barème B, un rabais d'impôt de 27'500 fr. ainsi que la déduction des frais de garde effectifs et renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Cette décision n'a pas fait l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif. Le 17 avril 2007, l'Administration fiscale a envoyé un bordereau rectificatif pour l'impôt cantonal et communal 2003. Le 7 mai 2007, l'intéressée, par l'intermédiaire de son mandataire professionnel, a déposé une réclamation à l'encontre du bordereau du 17 avril 2007 au motif que l'Administration fiscale avait oublié de modifier les montants erronés d'assurance-maladie, des frais médicaux ainsi que les primes d'assurance-vie et intérêts d'épargne. Par courrier du 30 mai 2007, l'Administration fiscale a précisé qu'elle avait statué sur la réclamation le 11 avril 2005 et que le bordereau du 17 avril 2007 constituait une simple mesure d'exécution de la décision de la Commission de recours du 22 janvier 2007, qui était entrée en force. Elle a ajouté que la voie de la révision n'était pas ouverte. Par courrier du 4 juin 2007, l'intéressée a demandé à l'Administration fiscale que son courrier du 7 mai 2007 soit considéré comme une demande en révision de la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours et que le bordereau du 17 avril 2007 soit rectifié dans le sens de la réclamation du 7 mai 2007. B. Par décision du 25 août 2008, la Commission de recours, à qui la cause avait été transmise par l'Administration fiscale, a déclaré la demande en révision irrecevable. Le courrier du 7 mai se limitait à contester le bordereau rectificatif, sans mentionner la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours. Les manquements reprochés à la Commission de recours auraient dû être relevés dans le délai de recours contre la décision du 22 janvier 2007 notifiée le 5 février 2007. Le délai de nonante jours pour déposer une demande en révision avait couru du 6 février au 7 mai 2007. Postée le 5 juin 2007, la demande était irrecevable. Le 8 octobre 2008, l'intéressée a déposé un recours contre la décision d'irrecevabilité auprès du Tribunal administratif. C. Par arrêt du 13 janvier 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Le recours n'était pas recevable contre les décisions d'exécution comme l'était le bordereau rectificatif du 17 avril 2007. En raison de la qualité de mandataire professionnel en matière fiscale de son auteur, la réclamation du 7 mai 2007 dirigée contre le bordereau du 17 avril 2007 ne pouvait être considérée comme une demande en révision de la décision du 22 janvier 2007. Elle ne pouvait être considérée comme telle qu'au moment où la demande en révision a été formulée soit le 4 juin 2007, soit en dehors du délai de nonante jours. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens d'annuler l'arrêt rendu le 13 janvier 2009 par le Tribunal administratif et de renvoyer la cause à ce dernier pour qu'il statue sur le fond. Elle se plaint de la violation de l'art. 51 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), du principe de la légalité, de l'interdiction du formalisme excessif ainsi que de l'arbitraire. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Les Administrations fiscales cantonale et fédérale concluent au rejet du recours. 