Sachverhalt: A. Die IV-Stelle des Kantons Luzern sprach W._ am 4. März 2009 eine ganze Invalidenrente ab 1. November 2006 zu. B. W._ reichte dagegen am 3. April 2009 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern ein. Dieses forderte sie am 8. April 2009 auf, bis 27. April 2009 einen Kostenvorschuss von Fr. 700.- zu leisten. W._ ersuchte am 28. April 2009 mittels persönlich überbrachtem Schreiben um Verlängerung der Frist zur Leistung eines Kostenvorschusses bis zum Entscheid über ihr gleichzeitig gestelltes Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Das Verwaltunsgericht trat mit Entscheid vom 1. Mai 2009 mangels Leistung des Kostenvorschusses resp. rechtzeitiger Einreichung eines Gesuches um unentgeltliche Rechtspflege auf die Beschwerde nicht ein. C. W._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Begehren, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und das Verwaltungsgericht anzuweisen, ihre Beschwerde unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege zu behandeln. Bei Befangenheit der kantonalen Richterin sei die Behandlung der Beschwerde durch eine andere Person anzuordnen. Zudem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren. 