Faits: A. Par contrat du 9 décembre 1996, X._, né en 1952, a été engagé par Y._SA - société dont A._ a été la présidente et la directrice jusqu'au 30 juin 2006, et qui est également le siège européen de la société-mère Y.Y._ Corporation - en tant que directeur financier pour l'international, avec un salaire annuel de 264'000 fr. Auparavant, X._ avait travaillé pour Y.Y.Y._ Europe GmbH du 1er janvier 1996 au 31 octobre 1996. Le 18 avril 2000, le contrat de travail liant les parties a été résilié d'un commun accord, avec effet au 31 décembre 2001. Par lettre du 9 octobre 2001, les parties ont convenu de reconduire le contrat de travail initial pour une durée indéterminée. A cette occasion, X._ a été promu au poste de directeur administratif, soit une position de numéro deux dans le groupe pour l'Europe. Son salaire annuel brut s'est alors élevé à 324'000 fr. Il devait en outre bénéficier d'un bonus de 20 % et il disposait d'une voiture de fonction haut de gamme. Le dernier salaire mensuel brut de X._ était de 28'133 fr. 35, sans la participation au bonus. Dès 2001, X._, en tant que directeur, a assumé la fonction d'organe au sein de plusieurs sociétés du groupe. Par contrat du 25 août 2003, il a été nommé directeur général administratif, subordonné à A._. Il ressort des lettres de démission que X._ a dû signer à la suite de son licenciement survenu au début 2004 qu'il était engagé dans douze sociétés du groupe. A ce titre, il voyageait fréquemment. En 2001, Y.Y._ Corporation a connu des difficultés conjoncturelles qui ont nécessité plusieurs restructurations et engendré une importante réduction des effectifs. Dans ce contexte, Y._ SA a élaboré son propre plan social devant s'appliquer à près d'un quart du personnel en Suisse pour des licenciements intervenant entre le 30 juillet et le 31 décembre 2001. La mise en oeuvre du plan social a été confiée à B._, lui-même touché par la restructuration. Pour éviter tout conflit d'intérêt, Y._ SA a conclu avec ce collaborateur une convention particulière le 31 juillet 2001, soumettant son licenciement à des conditions spécifiques. Aux termes de l'évaluation de ses performances pour l'année 2002, effectuée par A._, X._ a reçu la note générale de 3.3 sur 5, celle de 3 étant considérée comme suffisante. Il a reçu une appréciation négative (note de 2.8) pour les résultats du département "installations" dont il était en charge, principalement en raison de son incapacité à trouver un repreneur pour les locaux de Dublin. Sa communication a également été critiquée (note de 2.5). Sinon, sa notation en tant que responsable des "ressources humaines", des "opérations" et de l'"administration générale" était plutôt bonne, puisqu'elle oscillait entre 3.5 et 4. Compte tenu de sa position hiérarchique, il est admis que X._ était une personne très importante dans la société, et était impliqué dans un grand nombre de décisions. Les divers bonus et récompenses reçus jusqu'en mars 2003 démontrent que ses performances donnaient pleinement satisfaction. Les difficultés conjoncturelles rencontrées par Y.Y._ Corporation en 2003 ont à nouveau nécessité une réduction drastique des effectifs. Un nouveau plan social a été élaboré en juin 2003 par X._ et A._, sur la base de celui de 2001 et d'une étude comparative effectuée par deux collaboratrices du département des ressources humaines. Aucune convention particulière n'a été conclue entre les parties pour l'occasion, dans la mesure où il n'était nullement question que X._ soit touché par la restructuration. Le plan spécifiait être applicable à chaque employé recevant un salaire de Y._ SA, sur une base permanente, et étant licencié pour des raisons de restructuration d'août au 31 décembre 2003. La finalisation du projet a été conduite par X._, sous le contrôle hiérarchique de A._. Retenue pour des raisons familiales, celle-ci a chargé celui-là de se coordonner directement avec C._, responsable des ressources humaines pour le groupe, afin d'obtenir sa confirmation. Conformément à ces instructions, X._ a envoyé le 26 juin 2003 un courrier électronique à C._, avec copie à A._, afin de lui transmettre les détails du plan social. Il y exposait également les motifs et les caractéristiques, sans toutefois mentionner que les personnes ayant son profil bénéficieraient d'une augmentation sensible de leurs prestations par rapport à 2001. Une feuille de calcul permettant de procéder à des simulations était annexée au plan, au demeurant simple et parfaitement lisible. X._ n'a reçu aucun commentaire. Le 11 juillet 2003, A._ a informé X._ que C._, pour Y.Y._ Corporation, avait donné son accord formel à la mise en oeuvre du plan social tel que présenté dans sa version finale. Par courrier électronique du 23 juillet 2003, X._ a adressé à C._, avec copie à A._, la liste des employés susceptibles d'être licenciés. Le surlendemain, C._ a remercié X._ pour le travail accompli et lui a demandé une liste réactualisée des employés de Y._ SA, afin de mettre à jour l'organigramme de la société. Ce dernier s'est exécuté le 22 septembre 2003, en lui transmettant la liste définitive des personnes incluses dans le plan social 2003. Le plan finalisé en juillet 2003 prévoyait trente-huit licenciements pour une réduction de la masse salariale de l'ordre de 3,9 millions US$. La majorité des résiliations a été annoncée fin août-début septembre 2003. D._, née en 1955, responsable des services "informatique" et "relation avec la clientèle", a été licenciée en août 2003, dans le cadre de cette restructuration, alors qu'elle travaillait au service de Y._ SA depuis 1997. Il était prévu qu'elle reste en place jusqu'au 31 décembre 2003. Ses fonctions ont alors été attribuées à X._, qui devenait ainsi directeur de deux départements supplémentaires, en sus de ses autres responsabilités. A la mi-octobre 2003, X._ a été élu au conseil d'administration de Y._ SA, sur proposition de A._. Par courrier électronique du 26 octobre 2003, soit plus de trois mois après l'élaboration du plan social, A._ a reproché à X._ de ne pas s'être coordonné avec C._ pour la finalisation du projet de plan social et de ne pas s'être assuré de l'approbation de cette dernière sur les spécificités du plan 2003, par rapport à la version 2001. Elle concluait en qualifiant le problème de sérieux, car en cas d'application du plan à X._, les modifications apportées engendreraient une augmentation substantielle de ses prestations, puisqu'elles s'élèveraient alors à 13.6 mois de salaire. Le 10 novembre 2003, X._ a reçu un avertissement écrit de A._, lui reprochant formellement premièrement d'avoir omis de mentionner expressément qu'une application du plan social 2003 à son cas lui serait particulièrement favorable, compte tenu des changements opérés par rapport à la version 2001, deuxièmement d'avoir fait croire que le plan était comparable à celui de 2001 et à l'offre d'entreprises similaires, alors qu'il accordait des bénéfices particulièrement généreux pour une personne de son profil, et troisièmement de n'avoir pas eu une relation constructive, interactive et confiante avec C._ et, plus généralement, d'avoir une communication déficiente, comme l'avait déjà d'ailleurs souligné son évaluation en 2002. Par courrier électronique du 7 janvier 2004, A._ a convié les cadres de Y._ SA, dont X._, à un séjour festif à la montagne prévu du 20 janvier au soir au 22 janvier 2004 vers 15h30-16h00. Le 14 janvier 2004, soit huit jours ouvrables après l'expiration du plan social 2003 et deux jours après son retour du siège mondial, A._ a licencié X._ avec effet au 30 avril 2004; les documents relatifs au licenciement avaient été préparés et rédigés aux USA. Lors de cet entretien, A._ a informé oralement X._ des raisons justifiant une telle décision et l'a libéré de son obligation de venir travailler. Les fonctions de X._ ont alors été réparties entre trois personnes. D._ a été réengagée pour prendre la direction de la "relation avec la clientèle" et de la "chaîne des fournisseurs", qui englobait la logistique et les opérations. Cette collaboratrice prenait également en charge la sous-traitance du processus informatique; son salaire annuel était fixé à 306'000 fr. Quant à la responsabilité du département juridique, elle était désormais confiée à E._, tandis que A._ prenait la tête des ressources humaines. Il n'est pas allégué que ces deux dernières personnes auraient connu une modification de leur rémunération du fait de ces affectations complémentaires. X._ ayant été en incapacité de travail, son contrat a pris fin le 31 octobre 2004. Par courrier du 11 mars 2004, Y._ SA a transmis à X._ les motifs de son licenciement, qui résidaient globalement dans la baisse de son engagement pour les tâches managériales, dans ses déficiences en matière de suivi des subordonnés et de communication interne, ainsi que dans son manque de disponibilité aux périodes critiques. A titre exemplatif, il avait été introuvable le 12 décembre 2003 pour l'approbation des commandes. Ont également été relevés ses résultats insuffisants dans la gestion de plusieurs dossiers. Le 10 mai 2004, X._ s'est opposé à son congé. B. Par demande du 7 décembre 2004, X._ a assigné Y._ SA devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève en paiement de 706'065 fr. 40 nets et 80'631 fr. 75 bruts à titre d'application du plan social 2003, d'indemnités pour licenciement abusif, pour tort moral et pour vacances non prises en nature, de salaire pour les mois de novembre et décembre 2004 et de remboursement de ses frais de fiduciaire. Il alléguait en particulier que son licenciement avait été dicté par des impératifs essentiellement économiques et décidé dès novembre 2003, mais donné après l'expiration du plan social 2003, pour éviter le paiement d'une indemnité, de sorte qu'en vertu des principes de l'égalité de traitement et de la bonne foi, il réclamait l'application du plan social à son cas; en outre, le procédé de Y._ SA violant l'interdiction de l'abus de droit, son licenciement devait être qualifié d'abusif; il exigeait également une indemnité pour tort moral, dans la mesure où les circonstances entourant son licenciement l'avaient plongé dans une profonde dépression. Par jugement du 7 août 2006, le Tribunal des prud'hommes a condamné Y._ SA à payer à X._ 35'570 fr. 90 bruts avec intérêt à 5 % l'an dès le 7 décembre 2004 à titre d'indemnité pour vacances non prises en nature. Le 10 novembre 2006, la Caisse Z._ de Chômage (ci-après: la caisse de chômage) a déclaré intervenir à la procédure en vertu de sa subrogation légale dans les droits de X._ pour une somme totale de 54'863 fr. 45 correspondant aux indemnités versées à celui-ci de janvier à novembre 2005. Saisie par X._ et statuant par arrêt du 14 mars 2007, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé le jugement du 7 août 2006 et condamné Y._ SA à verser à X._ 382'613 fr. 55 bruts avec intérêt à 5 % dès le 31 décembre 2003 à titre d'indemnité de 13.6 mois de salaire à titre d'application du plan social 2003, sous déduction de la somme de 54'863 fr. 45 due à l'intervenante, avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2005. Au contraire du Tribunal des prud'hommes, elle a en particulier considéré que les motifs économiques de licenciement devaient à l'évidence être considérés comme prépondérants; en outre, Y._ SA avait indûment attendu l'expiration du plan social pour se séparer de X._; par conséquent, il y avait lieu d'accorder à ce dernier les indemnités auxquelles il aurait eu droit si le plan social lui avait été appliqué; le licenciement revêtait un caractère abusif résultant de la manière dont Y._ SA avait exercé son droit de donner le congé, mais ne donnait toutefois pas lieu à l'allocation d'une indemnité fondée sur l'art. 336a CO, dont la double finalité avait déjà été atteinte par le biais du versement de l'indemnité découlant du plan social; X._ n'avait pas démontré avoir été victime d'une atteinte suffisamment grave pour justifier une indemnité pour tort moral en supplément de celle octroyée par le plan social. Par ailleurs, il convenait de réformer le jugement de première instance en ce sens que X._ ne pouvait prétendre à aucune indemnité pour vacances non prises en nature, dès lors qu'il avait pu prendre ses jours pendant le délai de congé. Saisie par les deux parties et jugeant par arrêt du 13 septembre 2007, la Cour de céans a partiellement admis les deux recours, annulé l'arrêt du 14 mars 2007 dans cette mesure, renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants et confirmé l'arrêt attaqué pour le surplus. Elle a en particulier considéré que la cour cantonale avait négligé de discuter la question du rapport entre le salaire annuel brut précédemment versé à X._, par (28'133 fr. 35 x 12 =) 337'600 fr. 20, et celui pour lequel D._ avait été réengagée, dont il résultait effectivement du dossier qu'il s'élevait à 306'000 fr.; le fait que la diminution de la masse salariale ainsi obtenue apparaisse, à première vue, très modeste, était un argument sérieux permettant de mettre en doute la qualification du licenciement de X._ comme économique; en tout état, la cour cantonale se devait de discuter cette question; en ne le faisant pas, elle avait omis de prendre en compte un élément de preuve susceptible de modifier sa décision, procédant ainsi à une appréciation arbitraire des preuves. Répondant, sur injonction de la cour cantonale, aux questions restées en suspens après la décision de renvoi du Tribunal fédéral, X._ a en particulier soutenu, s'agissant de l'application du plan social, que Y._ SA, en le licenciant en dehors de l'application de ce plan et en réengageant D._, qui devait en bénéficier, économisait en réalité environ 900'000 fr., en tenant compte notamment des bonus contractuels et des charges sociales; ainsi, la deuxième condition d'application du plan était réalisée et le licenciement était abusif, de sorte qu'il avait bien droit à la somme arrêtée par la cour cantonale dans son arrêt du 14 mars 2007. En raison du caractère abusif du licenciement, il avait aussi droit à une indemnité que le plan social ne pouvait satisfaire; il sollicitait pour ce poste 56'266 fr. 70 nets correspondant à deux mois de salaire. Pour sa part, Y._ SA, se fondant sur deux certificats de salaire nouvellement produits dans la procédure après renvoi, a considéré que le salaire de X._ correspondait à 255 fr. près à celui de D._, de sorte qu'elle n'avait réalisé aucune économie en le licenciant, ce qui entraînait l'inapplicabilité du plan social et l'absence de licenciement abusif. Par arrêt du 8 avril 2008, la cour cantonale a condamné Y._ SA a payer à X._ 382'613 fr. 55 bruts avec intérêt à 5 % dès le 31 octobre 2003 à titre d'indemnité de 13.6 mois de salaire à titre d'application du plan social 2003, sous déduction de la somme de 41'764 fr. 40 due à la caisse de chômage, avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2005, et 37'731 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 octobre 2004 à titre d'indemnité pour vacances non prises en nature. C. Y._ SA (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 8 avril 2008 et à la confirmation du jugement du 7 août 2006 sous réserve d'augmenter de 35'570 fr. 90 à 37'731 fr. sa condamnation à payer à X._ les vacances non prises, avec suite de dépens. X._ (l'intimé) propose le déboutement de Y._ SA de toutes ses conclusions, sous suite de frais et dépens. La caisse de chômage (l'intervenante) confirme que sa production pour les montants subrogés s'élève à 41'764 fr. 40 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2005 si la date retenue par le Tribunal fédéral pour le terme du contrat de X._ est le 31 octobre 2004 et renonce à se déterminer pour le surplus. 