Faits: A. La société anonyme ISDS Oulens SA (ci-après la Société ou la recourante), sise à Oulens-sous-Echallens, inscrite au registre du commerce le 4 mars 1997, a pour but la construction, l'exploitation et la gestion d'une installation de mise en dépôt définitif de déchets stabilisés. Son capital-actions de 200'000 fr. est détenu principalement par des collectivités publiques et par des sociétés et organismes actifs dans le domaine du traitement des déchets. La plupart des actionnaires de la Société en sont également clients. La Société gère un site d'assainissement pour déchets stabilisés qui est le seul en Suisse romande à appliquer la technique du lavage neutre. Elle a été créée dans le cadre d'un programme mis sur pied par la Confédération dans les années 1980, tendant à la construction de cinq décharges, dont une en Romandie, permettant de traiter et de stocker les cendres volantes issues de l'incinération des déchets ménagers. Le choix du site d'Oulens résulte d'une collaboration intercantonale engagée sous le patronage de la Confédération, dans le but de trouver l'emplacement géologiquement le plus adéquat en Suisse romande. Les déchets traités par la Société proviennent à raison de 8% du canton de Vaud et pour le reste des cantons de Genève, Neuchâtel, Fribourg et Valais. Par décision du 10 avril 2007, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud a exonéré la Société de l'impôt sur le bénéfice et le capital, au motif que celle-ci poursuivait un but de service public au sens de l'art. 90 al. 1 lettre g de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11). B. Par décision du 15 mai 2007, le Service des eaux, sols et assainissement du canton de Vaud (ci-après: le Service cantonal) a facturé à la Société un montant de ***** fr. à titre de taxe sur la mise en décharge des déchets et matériaux d'excavation, destinée au financement de l'assainissement des sites contaminés, pour les matériaux mis en décharge du 1er juillet au 31 décembre 2006. Ladite taxe était fondée sur la loi vaudoise du 17 janvier 2006 sur l'assainissement des sites pollués (LASP; RS/VD 814.68). La Société a interjeté un recours à l'encontre de cette décision. Par décision du 26 mai 2008, le Service cantonal a facturé à la Société un montant de ***** fr. au titre de la taxe précitée, pour les matériaux mis en décharge durant l'année 2007. La Société a également recouru à l'encontre de ce prononcé. C. Après avoir joint les causes, le Tribunal cantonal vaudois a rejeté les recours par arrêt du 26 janvier 2009. Il a estimé que la taxe litigieuse constituait un impôt d'attribution des coûts et non une taxe d'orientation. Il a considéré que, contrairement à ce que prétendait la recourante, le prélèvement de cette taxe était justifié par un intérêt public et n'était pas disproportionné. Les juges ont également rejeté le grief de violation du principe de la force dérogatoire du droit fédéral: à leur avis, le fait que la loi vaudoise sur l'assainissement des sites pollués soumette à la taxe le stockage de déchets dans le canton mais non leur exportation n'était pas contraire à la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01). Le Tribunal cantonal a au surplus considéré que la taxe litigieuse reposait sur une base légale valable. Il a en particulier estimé que la loi cantonale avait été dûment approuvée par la Confédération. Le projet de loi avait en effet été soumis à l'Office fédéral de l'environnement et les observations de celui-ci avaient été intégrées dans la loi. Dans ces conditions, il paraissait superflu de soumettre - à nouveau - le texte final aux autorités fédérales pour approbation et il aurait été formaliste à l'excès de considérer que le défaut de cette formalité entraînait l'invalidation de la loi cantonale. Au demeurant, les juges ont estimé que l'assujettissement de la recourante à la taxe litigieuse ne portait pas atteinte à sa liberté économique, ni aux principes de l'égalité de traitement et de l'imposition selon la capacité contributive. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens pour l'instance fédérale, principalement, d'annuler l'arrêt du 26 janvier 2009 en tant qu'il met à sa charge les taxes litigieuses et de le réformer en ce sens que les frais de l'instance cantonale ainsi que les indemnités accordées aux témoins sont supportés par le canton de Vaud et que des dépens lui sont alloués pour cette procédure; à titre subsidiaire, elle conclut à ce que l'arrêt en cause soit annulé et le dossier renvoyé à l'autorité précédente pour qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. A titre préalable, elle requiert que son recours ait effet suspensif. Le Service cantonal conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de l'environnement s'est déterminé sur certains aspects du litige, sans prendre toutefois de conclusions formelles. L'autorité précédente ne s'est pas déterminée. Par ordonnance présidentielle du 25 mars 2009, la requête d'effet suspensif a été admise. 