Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 2. Juli 2003 lehnte die IV-Stelle Bern das Gesuch der 1963 geborenen B._ um Zusprechung einer Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 35 % ab. Sie ging davon aus, dass die Versicherte ohne Invalidität zu 60 % erwerbstätig wäre und zu 40 % im Haushalt arbeiten würde. Diese Verfügung blieb unangefochten. Am 4. Dezember 2006 meldete sich B._ unter Hinweis auf eine erhebliche Verschlechterung des Gesundheitszustandes erneut bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle holte einen Bericht des Regionalen Ärztlichen Dienstes vom 26. Februar 2007 ein und führte eine Abklärung im Haushalt durch (Bericht vom 16. Juli 2007). B._ reichte ein neurologisches Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 8. April 2008 ein. Die IV-Stelle ermittelte bei Anteilen von 60 % Erwerbstätigkeit und 40 % Haushaltsarbeiten einen Invaliditätsgrad von 25 %. Dementsprechend lehnte sie den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 16. September 2008 wiederum ab. B. In teilweiser Gutheissung der von B._ hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die angefochtene Verfügung vom 16. September 2008 auf und sprach der Versicherten rückwirkend ab 1. Dezember 2005 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 43 % eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 2. Juli 2009). C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verwaltungsverfügung sei ihr rückwirkend ab 1. Dezember 2005 mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 