Faits: A. Par contrat du 26 janvier 2000, SI X._ SA a cédé à A._ et B._, moyennant paiement d'un loyer, l'usage d'un appartement de quatre pièces et demie dans l'immeuble sis à C._. Conclu initialement pour la période du 1er février 2000 au 31 janvier 2001, le bail s'est ensuite renouvelé tacitement. En dernier lieu, le loyer a été fixé à 17'400 fr. par année, charges non comprises. Par contrat séparé conclu simultanément, SI X._ SA a remis à bail à A._ et B._ un emplacement de parking à la même adresse, dont le loyer a été fixé en dernier lieu à 1'500 fr. par année. Par un avenant non daté, B._ a été libérée de ses obligations contractuelles et les baux se sont poursuivis avec A._ comme unique locataire. Dès le 3 avril 2006, SI X._ SA a entrepris dans l'immeuble d'importants travaux concernant les installations sanitaires, la distribution générale d'eau chaude et d'eau froide, ainsi que l'évacuation des eaux usées. Pendant le déroulement des travaux, différents incidents se sont produits. Le 15 mai 2006, une entreprise est intervenue dans le logement de A._ et a démoli trois murs; A._ a mis à la porte le représentant de cette entreprise et a refusé d'ouvrir aux ouvriers pendant plusieurs jours. Il a expliqué à la régie que les travaux avaient commencé chez lui alors qu'il n'en avait pas été informé préalablement, que le représentant de l'entreprise était entré dans son logement sans sa permission et avait refusé de sortir malgré les injonctions qu'il lui avait adressées. Lorsque les travaux ont pu reprendre dans cet appartement, A._, toujours en mai 2006, a adopté un comportement agressif et menaçant à l'égard des ouvriers. Le 19 mai 2006, l'administratrice de SI X._ SA s'est rendue dans l'immeuble et a constaté l'importance des nuisances causées aux locataires; elle a donné l'ordre d'arrêter les travaux et a annoncé aux locataires, le 30 mai 2006, qu'elle envisageait de les indemniser. Les travaux ont repris dans de meilleures conditions et se sont achevés le 30 novembre 2006. Par courrier du 8 janvier 2007 adressé au conseil de A._, l'administratrice de SI X._ SA l'informait que l'offre de réduction de loyer présentée par la bailleresse ne serait pas maintenue s'il décidait d'agir en justice. Par courrier du 23 février 2007, l'administratrice notait que dès l'instant où elle n'avait pas reçu une acceptation de la réduction de loyer pour solde de tout compte, elle prenait acte du fait que le locataire souhaitait poursuivre la question en procédure et qu'elle décidait, dans ces conditions, de ne pas procéder à des réparations dans l'appartement de A._. Peu après, en mars 2007, A._ a affiché un avis dans l'immeuble exprimant notamment l'opinion que les indemnités reçues des entreprises ne devaient pas aller dans la poche de la gérance, mais dans celle des locataires. Estimant que ce passage était attentatoire à l'honneur, l'administratrice, par lettre du 14 mars 2007, a exigé des excuses sous menace de résiliation de bail. Dans sa réponse du 16 mars 2007, A._ a expliqué qu'il n'avait pas accusé la régie de se "remplir les poches". Par lettre du 21 mars 2007, l'administratrice a demandé à A._ de venir la trouver à bref délai, soit jusqu'au 27 mars 2007, afin de tenter de régler tous les problèmes en suspens. Par un seul avis du 2 avril 2007, SI X._ SA a résilié les contrats conclus avec A._ principalement pour le 31 juillet 2007 en vertu de l'art. 266g CO (congé extraordinaire pour de justes motifs) et, subsidiairement, pour le 31 janvier 2008 en application des art. 266c et 266e CO (congé ordinaire). B. Par requête adressée le 2 mai 2007 à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève, A._ a conclu à l'inefficacité du congé extraordinaire et à l'annulation du congé ordinaire; subsidiairement, il a sollicité une prolongation du bail. Non conciliée, la cause fut portée devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève, lequel, par jugement du 4 mars 2009, a déclaré inefficace le congé extraordinaire et annulé le congé ordinaire, tant en ce qui concerne l'appartement que la place de stationnement. Saisie par la bailleresse, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers de Genève, par arrêt du 5 octobre 2009, a confirmé ce jugement. En substance, la cour cantonale a retenu que le locataire avait certes adopté par le passé des comportements inacceptables, mais que la bailleresse, en ne résiliant pas immédiatement les baux, avait montré que ceux-ci ne lui rendaient pas insupportable la continuation des relations contractuelles; elle a donc dénié l'existence d'un motif de résiliation extraordinaire selon les art. 266g et 257f CO; un grief concernant l'endroit où le locataire déposait sa poubelle a été considéré comme non prouvé. Quant au congé ordinaire, la cour cantonale a déduit de la chronologie des événements qu'il avait été donné parce que le locataire entendait soumettre de bonne foi aux tribunaux la question de la réduction de loyer, de sorte qu'il s'agissait d'un congé de représailles qui devait être annulé en vertu de l'art. 271a al. 1 let. a CO. C. SI X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Se plaignant de l'établissement des faits et présentant sa propre chronologie des événements, elle soutient qu'il y a eu violation des art. 266g et 266c CO. Elle conclut à ce que les résiliations soient déclarées valables et à ce que le locataire soit condamné à évacuer l'appartement et la place de stationnement. L'intimé propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable. 