A.- Le 16 mai 1989, les époux A._ ont pris à bail un appartement de cinq pièces au quatrième étage de l'immeuble M._, à Genève, dont la société Y._ est propriétaire. Le 20 novembre 1989, les parties ont signé un contrat de bail, avec effet rétroactif au 1er juin 1989, qui fixait des loyers mensuels échelonnés de 1'900 fr. à 2'050 fr. de juin 1989 au 31 mai 1992. Le même jour, les parties ont signé deux contrats de bail portant chacun sur une place de parc extérieure devant l'immeuble C._, à Genève, pour la même période, et prévoyant un loyer mensuel échelonné de 350 fr. à 400 fr. pour chaque place. La propriétaire était représentée par l'agence immobilière X._. Par décision du 30 mars 1990, la Commission cantonale de recours instituée par la loi sur les constructions et les installations diverses (ci-après: la Commission de recours) a autorisé la société Y._ à transformer l'appartement remis à bail aux époux A._ et fixé le loyer à 18'000 fr. par an, charges non comprises, soit 1'500 fr. par mois, pour une durée de cinq ans. Les travaux, déjà réalisés, consistaient dans la réfection complète de l'appartement. Le 3 décembre 1990, les époux A._ ont conclu un contrat de bail portant sur une place de parc double au sous-sol de l'immeuble C._, pour un loyer mensuel de 250 fr. Le 10 février 1992, la société Y._ a fait notifier aux époux A._ un avis de majoration de loyer portant ce dernier à 29'082 fr. par an, soit 2'423. 50 fr. par mois, dès le 1er juin 1992, l'échéance étant reportée au 1er juin 1993 d'entente avec la propriétaire. D'après les époux A._, les parkings extérieurs étaient fictifs et ils avaient résilié les baux les concernant le 29 novembre 1993. Selon la propriétaire, ils avaient été mis à disposition des locataires le 1er juin 1989; ceux-ci avaient résilié une première fois les baux en 1993, avant de retirer leur résiliation pour la renouveler en 1997 à l'échéance du 31 octobre, la "sortie" effective datant du 6 novembre 1997. B.- Par avis des 2 et 5 février 1999, X._ a avisé les époux A._ qu'elle résiliait le bail de l'appartement et du parking double en sous-sol en raison du non-paiement des loyers. Le 18 février 1999, les locataires ont saisi la Commission cantonale de conciliation en matière de baux et loyers d'une requête visant à la constatation de la nullité des baux portant sur les deux parkings extérieurs, d'une part, et de l'inefficacité du congé concernant l'appartement, d'autre part, ainsi qu'à la restitution des loyers payés en trop, pour un montant total de 137'515 fr.80. Le même jour, ils ont informé le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: le Département) des loyers qu'ils avaient payés, en partant de l'idée que les importantes rénovations avaient dû donner lieu à la fixation du loyer conformément à la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation, du 22 juin 1989 (aLDTR). C.- Par décision du 17 mai 1999, notifiée le 19 mai 1999, le Département a ordonné à la société Y._ et à X._, prises solidairement, de restituer aux époux A._ le trop-perçu de loyer pour la période allant du 1er juin 1989 au 31 mai 1994, soit un montant de 53'900 fr. avec intérêts à 5% dès la prise d'effet des différents loyers, composé de 30'800 fr. pour l'appartement de 5 pièces et de 23'100 fr. pour les "parkings extérieurs fictifs". Il leur a également infligé une amende administrative de 20'000 fr., solidairement entre elles. Le 16 juin 1999, X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève en invoquant la prescription de l'amende, l'illégalité de l'ordonnance de restitution du trop-perçu de loyer et l'incompétence matérielle de cette autorité au profit du Tribunal des baux et loyers. La société Y._ en a fait de même le 18 juin 1999. Par arrêt du 21 décembre 1999, le Tribunal administratif a partiellement admis les recours, après les avoir joints, et a annulé les décisions du Département en tant qu'elles infligeaient aux sociétés une amende de 20'000 fr. qu'il tenait pour prescrite. Il les a confirmées pour le surplus, après avoir considéré qu'un délai de prescription de dix ans était applicable à la restitution du trop-perçu de loyer ordonnée en vertu de l'art. 129 let. e de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses, du 14 avril 1988 (LCI), par analogie avec l'art. 67 al. 1 CO et la jurisprudence rendue dans des domaines parallèles. D.- Agissant par la voie du recours de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à l'autorité compétente pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants. Elle voit une application arbitraire des art. 129 let. e et 137 LCI, en relation avec le principe de la légalité, dans sa condamnation solidaire au remboursement des loyers perçus en trop et reproche au Tribunal administratif de s'être arrogé une compétence à son avis exclusivement reconnue au Tribunal des baux et loyers. Elle lui fait en outre grief d'avoir apprécié arbitrairement la situation de fait et les moyens de preuve en la condamnant à supporter conjointement avec la société Y._ la totalité des loyers perçus en trop alors que certains ont été encaissés par l'Office des poursuites directement, lorsque l'immeuble de la société Y._ avait été placé en gérance légale. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Département conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable et la société Y._ s'en rapporte à justice. E.- Par ordonnance du 15 mars 2000, le Président de la Ie Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par la recourante. 