Faits: A. X._, unique associé gérant de A._ a reçu, de la section « main-d'oeuvre étrangère » du Service de la population et des migrants (SPoMi), une décision du 1er juin 2006 permettant l'engagement de B._ dès l'obtention de son autorisation de séjour. X._ a employé le prénommé en qualité de ferrailleur une première fois du 5 au 30 juin 2006, puis une seconde fois du 30 octobre au 3 novembre 2006. B. Par jugement du 20 novembre 2007, le Juge de police de l'arrondissement de la Sarine a condamné X._, pour violation de la LSEE, à une amende de 500 fr. et à une peine pécuniaire de 10 jours-amende à 50 fr. sans sursis. Il a renoncé à révoquer le sursis qui lui avait été accordé le 15 avril 2002 lorsqu'il l'avait condamné pour des faits similaires remontant à l'année 2000. C. Par arrêt du 9 janvier 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a réformé le jugement précité en ce sens qu'elle a condamné X._, pour délit à la LSEE, à une amende de 500 fr., la peine privative de liberté de substitution étant fixée à 5 jours. D. X._ a déposé un recours en matière pénale. Invoquant l'arbitraire et une violation des art. 2 al. 2, 12, 13 CP, 23 al. 5 LSEE et 117 LEtr., il a conclu à son acquittement. Le Tribunal cantonal et le Ministère public ont renoncé à déposer des observations. 