Sachverhalt: A. X._ betreibt auf der in der Landwirtschaftszone gelegenen Parzelle Nr. 1418 in Goldach einen Schweinemaststall. Er war in sei-ner ursprünglichen Form vor rund 45 Jahren gebaut worden. Im Jahr 2003 wurde er umgebaut und stark erweitert. Nach der Baubewilligung vom 28. März 2003 enthält der Stall Plätze für 480 Mastschweine und 150 Ferkel. Der Gemeinderat Goldach stellte am 8. Juli 2008 fest, dass X._ die Zahl der gehaltenen Mastschweine auf 800 erhöht und damit gegen die Baubewilligung vom 28. März 2003 verstossen hatte. Er verfügte deshalb, dass dieser ab sofort keine weiteren Schweine zur Haltung auf dem Grundstück Nr. 1418 annehmen und abgehende Tiere nicht ersetzen dürfe, bis der Bestand auf die maximal zulässige Tierzahl reduziert sei. Weiter forderte er X._ auf, innert 30 Tagen ein ordentliches Baugesuch zur Erhöhung des Tierbestands auf die angestrebte Anzahl einzureichen oder innert derselben Frist den Tierbestand dauerhaft auf die im Jahre 2003 bewilligte Zahl zu reduzieren. X._ reichte in der Folge ein Baugesuch um Erhöhung des Tierbestands ein. Der Gemeinderat Goldach stellte am 7. Juli 2009 fest, dass dieses Gesuch unvollständig sei und eine Bewilligung ohnehin nicht erteilt werden könne. Weiter hielt der Gemeinderat fest, dass ein ebenfalls eingereichtes Gesuch um Zuteilung der Parzelle Nr. 1418 in eine Intensiv-Landwirtschaftszone erst im Rahmen der Ortsplanungsrevision geprüft werden könne. Da eine Legalisierung des erhöhten Tierbestands in absehbarer Frist nicht möglich sei, ordnete der Gemeinderat an, den Tierbestand bis am 15. September 2009 auf 480 Mastschweine und 150 Ferkel zu reduzieren. Dieser Entscheid wurde rechtskräftig. Am 15. Januar 2010 reichte X._ ein neues Baugesuch um Erhöhung des Tierbestands auf 734 Mastplätze ein. Das Amt für Raumentwicklung und Geoinformation des Kantons St. Gallen verweigerte am 5. Mai 2010 die Zustimmung zum erwähnten Bauvorhaben. Der Gemeinderat Goldach wies deshalb das Gesuch am 1. Juni 2010 ab. Zugleich bestätigte er das am 7. Juli 2009 verfügte Annahmeverbot neuer Tiere sowie seine Anordnung zur Reduktion des Tierbestands. Zugleich setzte er X._ eine Frist bis zum 30. Juli 2010, um eine allfällige Ausnahmebewilligung für den höheren Tierbestand zu beantragen, bis eine Umzonung seiner Parzelle in die Intensiv-Landwirtschaftszone möglich sei. Die gegen diese Verfügung erhobenen kantonalen Rechtsmittel blieben ohne Erfolg. B. X._ erhebt gegen den in dieser Sache zuletzt ergangenen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 17. Januar 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt die Aufhebung des erwähnten Entscheids, eventualiter zusätzlich die Rückweisung der Sache an die kantonalen Instanzen zur neuen Beurteilung. Das Baudepartement des Kantons St. Gallen und das Verwaltungsgericht ersuchen um Abweisung der Beschwerde. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Raumentwicklung hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Die Gemeinde Goldach hat sich nicht vernehmen lassen. Der Beschwerdeführer hält in einer weiteren Eingabe an seinem Rechtsbegehren fest. 