Sachverhalt: A. Am 31. März 2005 stellten die R._ AG und die S._ AG als Baukonsortium "A._" bei der Gemeinde Niederrohrdorf ein Baugesuch für eine Wohnüberbauung mit sechs Mehrfamilienhäusern und einer Tiefgarage. Mit Teilverfügung vom 8. September 2005 stimmte das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau (BVU; im Folgenden auch: Baudepartement), Koordinationsstelle Baugesuche, dem Bauvorhaben unter Auflagen zu. Der Gemeinderat Niederrohrdorf erteilte die Baubewilligung am 23. Januar 2006 unter Auflagen und wies die Einsprachen ab. Mit Gebührenverfügung vom 8. September 2005 eröffnete das Baudepartement der R._ AG und der S._ AG: "Die Gebühr für die kantonale Beurteilung des Gesuchs setzt sich wie folgt zusammen: Behandlungsgebühr1, reduziert um 25 % Fr. 15'000.-- Unkostenpauschale2 (Porti, Telefonspesen und Kopien) Fr. 0.-- Total Fr. 15'000.-- Zahlungsfrist: 30 Tage netto nach Rechtskraft dieser Gebührenverfügung. 1Verordnung über die vom Departement Bau, Verkehr und Umwelt für Entscheide über Baugesuche zu erhebenden Gebühren vom 17. August 1994 mit Änderungen zuletzt vom 5. November 2003. 2Verordnung über die Kanzleigebühren vom 14. Oktober 1991" B. Gegen diese Gebührenverfügung erhoben die R._ AG und die S._ AG beim Regierungsrat des Kantons Aargau Beschwerde. Nachdem dieser eine entsprechende Beschwerde in einem Parallelverfahren gutgeheissen hatte, reduzierte das Baudepartement die streitige Behandlungsgebühr mit Verfügung vom 12. Januar 2006 wiedererwägungsweise auf Fr. 13'333.35. Eine gegen diese neue Gebührenverfügung eingereichte Beschwerde beim Regierungsrat blieb ohne Erfolg (Entscheid vom 16. August 2006). C. Mit Urteil vom 9. August 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, die von der R._ AG und der S._ AG gegen den regierungsrätlichen Entscheid gerichtete Beschwerde ab. D. Mit Eingabe vom 19. September 2007 erheben die R._ AG und die S._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Beschwerdesache an dieses "zu neuem Entscheid nach Gewährung des rechtlichen Gehörs" zurückzuweisen. Eventuell sei eine "angemessene Gebühr" festzusetzen. Im Weiteren wird beantragt, die Kosten des Verfahrens vor den Vorinstanzen der Staatskasse des Kantons Aargau aufzuerlegen bzw. den Beschwerdeführerinnen für das Verfahren vor den Vorinstanzen zulasten des Kantons eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen. Schliesslich wird die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels beantragt. E. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau schliesst in seiner Vernehmlassung vom 16. November 2007 auf Abweisung der Beschwerde. Der Regierungsrat des Kantons Aargau hat sich nicht vernehmen lassen. F. Mit Verfügung vom 28. September 2007 wies das präsidierende Mitglied der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das von den Beschwerdeführerinnen gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. G. Mit Eingabe vom 29. Februar 2008 nehmen die Beschwerdeführerinnen Stellung zur Vernehmlassung des Verwaltungsgerichts vom 16. November 2007. Das Verwaltungsgericht verzichtete auf eine nochmalige Stellungnahme. 