Faits: A. Par contrat de travail du 1er septembre 2005, Y._ SA (ci-après: Y._) a engagé X._ en qualité de directeur général, pour un salaire mensuel brut de 11'000 fr. versé treize fois l'an, auquel s'ajoutaient 1'000 fr. au titre de frais de représentation. X._ disposait de la signature sociale ainsi que d'une signature sur le compte bancaire de la société et avait à sa disposition une carte EC lui permettant d'effectuer des retraits et des paiements. En revanche, seul A._, directeur et actionnaire, disposait de la clé permettant d'effectuer des paiements par télé-banking. En cours d'instance, les parties ont évoqué l'existence d'un rapport de compte-courant entre elles. X._ a ainsi allégué que les montants qu'il lui était arrivé de prélever sur le compte de la société au moyen de sa carte bancaire étaient portés audit compte. Y._ a expliqué qu'elle y comptabilisait les montants prélevés en espèces par son collaborateur et ceux qui lui étaient versés au débit, et les montants qui lui étaient dus au titre de remboursement de frais au crédit. Ce compte-courant était débiteur de 16'333 fr. 86 au 10 mai 2006, montant dont Y._ a demandé la restitution et que X._ a contesté, affirmant n'avoir jamais eu accès aux justificatifs et n'avoir jamais reconnu le solde du compte, à quelque moment que ce soit. Le 16 février 2006, Y._ a décidé de retirer à X._ sa signature sociale et bancaire, décision qui n'a toutefois été effective qu'à fin mai 2006. Le 29 mai 2006, celle-là a signifié à celui-ci sa décision de résilier le contrat de travail pour le 30 juin 2006. B. Le 12 juillet 2006, X._ a saisi la juridiction des prud'hommes du canton de Genève d'une demande dirigée contre Y._, tendant au paiement de 27'625 fr. 29 et 1'768 euros 38 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2006. Y._ a conclu au rejet, invoquant en tant que de besoin la compensation et, reconventionnellement, à la condamnation de son adverse partie à lui verser 80'000 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2006, comprenant notamment 17'457 fr. 80 - somme ultérieurement ramenée à 16'333 fr. 86 - en remboursement de montants prélevés en espèces et de notes de frais indûment remboursées. Par jugement du 4 juin 2007, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné Y._ à payer à X._ 542 fr. 20 bruts, 2'985 fr. 30 nets ainsi que 1'740 euros 38 nets, le tout avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2006. Il a admis que l'employé pouvait prétendre à 18'000 fr., créance qui devait néanmoins être compensée avec les prétentions que Y._ faisait valoir au titre de remboursement de montants prélevés sans justification sur ses comptes, et qui étaient fondés à hauteur de 17'457 fr. 80; après compensation, le solde restant dû à X._ représentait dès lors 542 fr. 20, auxquels s'ajoutaient les deux montants susmentionnés en francs et en euros au titre de remboursement de notes de frais. X._ a interjeté appel contre le jugement susmentionné, contestant sa condamnation à verser à Y._ 17'457 fr. 80 et concluant à sa confirmation pour le surplus. Agissant par la voie de l'appel incident, celle-ci a réclamé l'annulation de la décision attaquée et la condamnation de celui-là à lui verser 80'000 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2006. Statuant par arrêt du 12 juin 2008, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a annulé le jugement du 4 juin 2007. Sur demande principale, elle a condamné Y._ à payer à X._ 18'000 fr. bruts, 3'025 fr. 29 nets et 1'768 euros 38 nets, le tout avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2006; sur demande reconventionnelle, elle a condamné celui-ci à payer à celle-là le montant de 16'530 fr. 80 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2006; cela fait, elle a autorisé la compensation. En bref, elle a en particulier reconstitué un compte-courant corrigé faisant apparaître un solde de 15'031 fr. 80 en faveur de l'employeuse; pour le surplus, elle a considéré que seul un montant de 3'901 fr. des 5'300 fr. reçus par l'employé pour payer la facture d'un consultant avait été justifié, de sorte que l'employeuse pouvait prétendre au remboursement de la différence, de 1'499 francs. C. X._ (le recourant) a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant au fond à l'annulation de l'arrêt du 12 juin 2008 en tant qu'il le condamne à payer à son adverse partie 16'530 fr. 80 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 juin 2006 et autorise la compensation, et à la confirmation de la décision pour le surplus, avec suite de frais et dépens. Il demandait préalablement la suspension de l'instruction du recours jusqu'à droit connu sur la demande en correction d'erreur matérielle et de révision déposée devant la cour cantonale, ce à quoi il a été fait droit par ordonnance présidentielle du 21 août 2008. Par arrêt du 2 octobre 2008, la Présidente de la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a déclaré irrecevables tant la demande de rectification d'erreur matérielle que de révision. Y._ (l'intimée) ne s'est pas déterminée dans le délai qui lui avait été imparti à cet effet. 