Sachverhalt: A. Die 1967 geborene J._ war als Chauffeuse und Lageristin der Firma G._ AG, bei den Winterthur Versicherungen (heute: AXA Versicherungen AG, nachstehend: AXA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 8. Juni 2001 in M._ als Beifahrerin in einem Personenwagen eine Frontalkollision erlitt. Die Versicherung anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese jedoch mit Verfügung vom 3. April 2007 und Einspracheentscheid vom 12. September 2007 per 31. März 2007 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien. B. Die von J._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 3. Dezember 2008 ab. C. Mit Beschwerde beantragt J._ sinngemäss, die Sache sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides an die AXA zurückzuweisen, damit sie nach Gewährung des rechtlichen Gehörs einen neuen Entscheid fälle. Eventuell sei die AXA zu verpflichten, auch über den 31. März 2007 hinaus die gesetzlichen Leistungen zu erbringen. In formeller Hinsicht beantragt sie, die Gutachten des Zentrums X._ AG vom 20. Februar 2007 und jenes von Dr. med. B._ vom 18. Dezember 2006 seien aus dem Recht zu weisen. Während die AXA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 