Faits: A. Par contrat du 17 août 1998, Y._, né le 25 avril 1947, a été engagé en qualité d'agent d'exploitation par une entreprise qui est devenue ultérieurement X._ SA. Par lettre du 13 janvier 2011, l'employeuse a résilié le contrat de travail pour le 30 avril 2011. L'employé était alors âgé de 64 ans et avait accompli un peu plus de douze années de service; il a fait opposition au congé. B. B.a Le 29 septembre 2011, l'employé a actionné l'employeuse en paiement de 47'385 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif. Par jugement du 30 mars 2012, le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers a retenu que le congé était abusif; il a condamné l'employeuse à verser une indemnité de 31'590 fr., correspondant à quatre mois de salaire. B.b L'employeuse a déféré cette décision à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois. Dite autorité a confirmé le jugement attaqué par arrêt du 21 août 2012. Son raisonnement peut se résumer comme il suit: l'employé manquait de motivation. Toutefois, ses évaluations pour les années 2008, 2009 et même 2010, à l'instar des années précédentes, retenaient une moyenne de 3, soit des résultats correspondant aux attentes de l'employeuse. Lorsqu'elle avait fixé les objectifs pour 2011 quelque deux mois avant le licenciement, l'employeuse avait précisé qu'il ne fallait pas décrocher, qu'elle avait toujours besoin de l'employé, si bien que l'intéressé ne pouvait objectivement pas en déduire un risque de licenciement. Les offres de l'employé étaient faites aussi bien et aussi vite que celles de son collègue; son rendement par rapport à un autre collègue était inférieur d'un cinquième environ, mais ce collègue était nettement plus jeune et particulièrement performant. Dans ces circonstances, le licenciement une année avant la retraite était abusif. C. L'employeuse (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile; invoquant uniquement une violation de l'art. 336 CO, elle conclut au rejet de l'ensemble des conclusions en paiement prises par l'employé (ci-après: l'intimé). Ce dernier conclut au rejet du recours. L'autorité précédente se réfère à son arrêt. 