Sachverhalt: A. Die X._ AG verfügte bei der Y._, heute Y._ AG, (Beschwerdegegnerin) seit 1986 über eine kollektive Krankentaggeldversicherung nach dem VVG. Per 1. Januar 2002 nahmen die X._ AG, handelnd durch ihren damaligen Verwaltungsratspräsidenten X._ (Beschwerdeführer), geboren 1932, und die Beschwerdegegnerin eine Versicherungsanpassung vor. Gemäss der ab 1. Januar 2002 bis 31. Dezember 2003 gültigen Police vom 20. März 2002 waren einerseits das gesamte Personal und andererseits in der Kategorie "Betriebsinhaber" X._ versichert. Im Versicherungsvertrag ab 1. Januar 2004 war für den Beschwerdeführer keine Versicherung mehr vorgesehen. Der Beschwerdeführer war ab dem 1. November 2003 arbeitsunfähig. Die Beschwerdegegnerin richtete nach Ablauf der Wartezeit ab 1. Dezember 2003 bis 28. Mai 2004 während 180 Tagen Taggelder aus. Am 18. Juni 2004 schrieb sie dem Beschwerdeführer, dass mit der Abrechnung per 28. Mai 2004 die maximale Leistungsdauer erreicht sei. Der Beschwerdeführer machte darauf geltend, es sei eine Leistungsdauer von 730 Tagen verabredet worden. Er sei weiterhin arbeitsunfähig, weshalb ihm zusätzliche Taggeldleistungen zustünden. B. Nach erfolglosem Sühnverfahren vor dem Friedensrichteramt der Stadt Dübendorf erhob der Beschwerdeführer am 12. Dezember 2005 Klage beim Bezirksgericht Uster, welches zufolge sachlicher Unzuständigkeit auf die Klage nicht eintrat und dieselbe dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich überwies. Dieses führte einen zweiten Schriftenwechsel durch. In der Replik beantragte der Beschwerdeführer, die Beschwerdegegnerin sei zu verurteilen, ihm Fr. 126'454.-- zuzüglich 5 % Verzugszins p.a. seit dem 15. Februar 2005 sowie Fr. 450.-- Friedensrichterkosten zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin beantragte die Abweisung der Klage. Mit Urteil vom 31. März 2009 wies das Sozialversicherungsgericht die Klage ab. C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts vom 13. März 2009 aufzuheben. Die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm Fr. 126'454.-- zuzüglich 5 % Verzugszins p.a. seit dem 15. Februar 2005 sowie Fr. 450.-- Friedensrichterkosten zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. 