Faits: A. A.a. X._ SA - actuellement en liquidation concordataire -, société ayant son siège à ... et active dans le commerce international de céréales, a vendu, par contrat du 23 juin 1997, 15'000 tonnes métriques, plus ou moins 10%, de blé canadien au prix unitaire de 196,50 USD à A._ Corporation (ci-après: A._). Par un second contrat du 15 juillet 1997, X._ SA a vendu à la même société une quantité supplémentaire de 5'000 tonnes métriques de blé canadien au prix unitaire de 185,75 USD, selon les mêmes conditions. La marchandise devait être livrée à V._ (Russie), puis transportée en train à W._ (Russie), où elle devait être stockée dans un entrepôt sous douane appartenant à B._, où elle demeurerait la propriété de X._ SA jusqu'au paiement du prix convenu. X._ SA a chargé la société de surveillance française C._ de contrôler le déchargement à V._, le transport jusqu'à W._ et l'entreposage sous scellés. A destination, C._ devait assurer la garde et la conservation du blé, lequel ne pouvait quitter l'entrepôt que moyennant une autorisation écrite de X._ SA. Le 21 juillet 1997, X._ SA, C._ et A._ ont conclu un " contrat de surveillance " prévoyant notamment que A._, désignée comme propriétaire des magasins d'entreposage, s'engageait à les mettre à disposition de C._ pour la durée du contrat, avec la précision que les employés de C._ devaient être les seuls à y avoir accès. Il était également indiqué que X._ SA était tenue d'assurer à ses frais la marchandise. Conformément au contrat de vente, 16'500 et 5'000 tonnes métriques ont été déchargées à V._ dans la première quinzaine de septembre 1997, puis acheminées à leur destination finale. 16'100 tonnes métriques ont ensuite été revendues et distribuées dans la Fédération russe entre le 12 septembre 1997 et le 27 avril 1998. Le solde, soit un peu plus de 5'400 tonnes métriques, est resté dans l'entrepôt de B._ à W._. Par courrier du 23 décembre 1998, C._ a résilié le contrat de surveillance. A.b. Pour remplacer C._, X._ SA est entrée en contact avec la société Y._ SA (ci-après: Y._) qui a son siège à Genève et pour but social des opérations de contrôle, d'inspection, d'évaluation et d'études techniques sur toutes matières, équipements, machines ou installations, de même que des tests et des analyses physiques ou chimiques. X._ SA a demandé à Y._ de reprendre la surveillance du blé conservé à W._; le 8 janvier 1999, la première a accepté de payer la rémunération mensuelle de 2'500 USD demandée par la seconde pour cette prestation. Egalement le 8 janvier 1999, X._ SA a adressé à Y._ et à A._ un projet de contrat intitulé " supervision and storage contract " (ci-après: SSC), qui devait lier ces trois sociétés. Il n'est pas établi que ce texte ait été signé par l'une des trois sociétés, ni que A._ en ait jamais accepté les termes. Ce projet de contrat prévoyait que Y._ aurait l'accès libre et exclusif aux lieux d'entreposage, que X._ SA devait assurer à ses frais la marchandise et que Y._ répondait uniquement des pertes et des dommages résultant de sa propre négligence ou de celle de ses employés ou auxiliaires. Le 25 janvier 1999, des représentants de Y._, de C._ et de B._ ont procédé à un contrôle du stock; les scellés de Y._ ont été apposés sur les silos. Il a été attesté l'existence de 5'400,7 tonnes métriques de blé. Le 2 mars 1999, Y._ a établi un " warehouse receipt " au nom de X._ SA, dans lequel elle certifiait avoir reçu 5'400,7 tonnes métriques de blé apparemment en bon état et conservées dans les silos de W._. Toujours le 2 mars 1999, X._ SA a relancé A._ en l'invitant à retourner signé le SSC. Cette démarche est restée vaine. Par la suite, Y._ a envoyé régulièrement à X._ SA des rapports sur son activité de surveillance. Si certains d'entre eux étaient de nature à rassurer X._ SA, d'autres faisaient état de difficultés à accéder à la marchandise. Déjà en janvier 1999, Y._ avait avisé X._ SA qu'elle n'avait pas eu la possibilité de mesurer ou de peser le grain et que le chiffre de 5'400,7 tonnes métriques était arrêté sur la base de documents. En mars 1999, X._ SA a été avisée que l'inspecteur de Y._ s'était vu refuser l'accès à l'entrepôt alors qu'il voulait procéder à un prélèvement d'échantillons. Ces difficultés ont encore été évoquées les 6 avril et 26 juillet 1999, avant que les échantillons n'aient pu être obtenus le 19 août 1999. Les 2 février et 2 août 2000, le prélèvement d'échantillons a de nouveau été refusé, avant d'être obtenu dans la première semaine de septembre 2000. Au mois de décembre 2000, un inspecteur de Y._ n'a pas pu procéder à de nouveaux prélèvements; les rapports indiquaient alors qu'une fraction du blé serait endommagée. Le 2 mars 2001, Y._ a relevé dans ses rapports destinés à X._ SA que son inspecteur n'avait " toujours " pas la permission de pénétrer dans l'entrepôt, ni celle de prélever des échantillons ou encore de relever les niveaux des silos. Les rapports établis à partir de cette date précisaient que les quantités de blé étaient communiquées sur la base de documents. Toujours le 2 mars 2001, X._ s'est plainte de cette situation auprès de Y._, de sorte que des prélèvement ont pu être effectués le 20 mars 2001. A.c. Dès le début d'avril 2001, il a été constaté que les scellés apposés par Y._ avaient été progressivement enlevés. En juin 2001, X._ SA a appris que le blé ne se trouvait plus dans les silos. X._ SA a obtenu d'un tribunal arbitral, le 22 novembre 2002, une sentence rendue à l'encontre de A._ confirmant que X._ SA était propriétaire exclusif des 5'400 tonnes métriques de blé précédemment entreposées à W._. En définitive, X._ SA n'a jamais pu récupérer ce blé. A.d. Agissant sur instruction de X._ SA, Y._ avait assuré le blé, à partir du 29 janvier 1999, pour une valeur de 1'500'000 USD, contre divers risques comprenant le vol, le détournement et les possessions illicites, au moyen d'une police conclue par l'entremise des courtiers genevois D._ SA avec E._ à Londres. Cette police a par la suite été renouvelée. Dans l'attestation d'assurance établie le 5 décembre 2000 pour Y._ et transmise à X._ SA, les courtiers précités ont indiqué que le blé était conservé sur la base d'un CMA, soit d'un " collateral management agreement ". Selon un témoin, un " collateral management agreement " correspondait au SSC mentionné ci-dessus. qui n'a jamais été signé. Au dire d'une collaboratrice de Y._, un CMA aurait supposé que le blé soit sous la maîtrise exclusive de ladite société; comme cela n'était pas le cas, il s'agissait, selon les dénominations de ce secteur professionnel, d'un " stock monitoring agreement ". Il a été retenu que ni les courtiers ni l'assureur n'ont été informés de cette situation. Le 14 février 2003, les assureurs E._ ont signifié à X._ SA leur refus de couvrir la disparition des céréales. B. Par demande du 7 mai 2007 déposée au Tribunal de première instance de Genève, X._ SA a ouvert une action en paiement contre Y._, lui réclamant les sommes de 1'080'000 USD et 123'562,36 USD, avec intérêts. Par la suite, elle a réduit ses conclusions à 1'100'000 USD avec intérêts. Elle a soutenu avoir conclu avec sa partie adverse le SSC, équivalant à un contrat de dépôt, et que cette dernière lui devait la contre-valeur de la marchandise qu'elle était incapable de lui restituer; par ailleurs, elle a reproché à Y._ de ne pas avoir exécuté correctement son obligation d'assurer la marchandise, de sorte qu'elle lui devait le montant que l'assureur aurait dû payer. Y._ s'est opposée à la demande en totalité. Elle a formé une demande reconventionnelle pour le montant de 24'633,48 GBP en raison de frais d'avocat qu'elle a assumés pour des démarches auprès de l'assureur à Londres. Par jugement du 1er juin 2011, le Tribunal de première instance a rejeté aussi bien la demande principale que la demande reconventionnelle. X._ SA a appelé de ce jugement et Y._ a formé un appel joint, chacune des parties reprenant ses conclusions de première instance. Par arrêt du 17 septembre 2012, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement attaqué, sous réserve de l'indemnité de procédure allouée à Y._ qui a été portée à 50'000 fr. C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Invoquant une violation des art. 919 ss CC, 16, 398 al. 2 et 472 ss CO, elle conclut à la condamnation de sa partie adverse à lui payer la somme de 1'100'000 USD avec intérêts à 5% dès le 31 mars 2002 sur 681'000 USD et dès le 15 mai 2004 pour le surplus; subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants. L'intimée - qui n'a pas formé de recours pour le rejet de sa demande reconventionnelle - a conclu au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. 