Faits: A. Selon un rapport établi le 25 août 2010 par la Police cantonale genevoise, X._ circulait le 28 juillet 2010, vers 8h30, au volant d'un véhicule automobile sur la route de Meyrin en direction de Genève, à une vitesse approximative de 35 km/h. Arrivé à l'intersection entre la route de Meyrin et la sortie de l'autoroute A1 à Chatelaine, le prénommé, ébloui par le soleil qui lui faisait face, n'a pas porté attention à la signalisation lumineuse qui était à la phase rouge et a franchi le carrefour sans ralentir. Il a alors percuté violemment le flanc gauche de la voiture de Y._ qui circulait normalement depuis la droite. L'intéressé a déclaré qu'il avait été ébloui par le soleil et avait pensé que la signalisation lumineuse était à la phase verte pour lui. Témoin de l'accident, Z._ circulait au guidon d'un motocyle dans le même sens que l'intéressé, mais sur la voie de circulation centrale réservée aux usagers allant tout droit en direction de Genève. Celui-ci a indiqué s'être arrêté à la hauteur de la sortie d'autoroute, le feu étant rouge. Il a ajouté avoir klaxonné afin de prévenir X._ du danger lorsqu'il a constaté que celui-ci n'avait pas ralenti et allait franchir le carrefour. Il a enfin confirmé que le soleil était éblouissant pour les usagers qui circulait en direction de Genève. Par décision du 21 décembre 2010, le Service des contraventions du canton de Genève a infligé à X._ une amende de 750 francs pour inattention et inobservation de la signalisation lumineuse ayant causé un accident avec blessés. Le prononcé se référait aux art. 26, 27, 31 et 90 de la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR, RS 741.01), à l'art. 3 de l'ordonnance fédérale du 13 novembre 1962 sur la circulation routière (OCR, RS 741.11), ainsi qu'aux art. 68 et 69 de l'ordonnance fédérale du 5 septembre 1979 sur la signalisation routière (OSR, RS 741.21). B. Dans l'intervalle, le Service de la circulation routière et de la navigation du canton du Valais (ci-après: le SCN) a, par décision du 16 novembre 2010, ordonné le retrait du permis de conduire de X._ pour une durée de trois mois, l'infraction étant qualifiée de grave au sens de l'art. 16c LCR. Le Conseil d'Etat du canton du Valais a rejeté le recours interjeté par X._ contre cette décision au terme d'un prononcé rendu le 22 juin 2011. La Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais a confirmé le prononcé du Conseil d'Etat par arrêt du 25 novembre 2011. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal, le Conseil d'Etat et le SCN ont renoncé à déposer des observations. L'Office fédéral des routes propose le rejet du recours. Par ordonnance du 17 février 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif contenue dans le recours. 