Fatti: A. Il 3 ottobre 2006 la Commissione federale delle case da gioco ha chiesto alla Casinò Locarno SA, titolare di una concessione di tipo B, di abbandonare l'utilizzo della locuzione "Grand Casinò Locarno" nella propria denominazione corrente. Secondo l'autorità tale modifica s'imponeva in virtù della sentenza del 29 marzo precedente con cui il Tribunale federale aveva ordinato ad una società che pure gestiva una casa da gioco con concessione B di tralasciare l'aggettivo "Grand" nella propria ragione sociale (DTF 132 III 532). Il 15 febbraio 2007 la Casinò Locarno SA ha risposto di non essere intenzionata ad adottare alcun provvedimento, rilevando in particolare che la sentenza del Tribunale federale non riguardava l'uso del termine controverso in un semplice logo o marchio aziendale. B. Con decisione del 13 settembre 2007 la Commissione federale delle case da gioco ha allora vietato alla Casinò Locarno SA di usare la denominazione "Grand Casinò Locarno" e le ha concesso un termine di tre mesi dalla crescita in giudicato per eliminare ogni apparenza di questa dicitura. Su ricorso dell'interessata, con sentenza del 29 settembre 2008 il Tribunale amministrativo federale, Corte II, ha confermato la pronuncia di prima istanza. C. Il 30 ottobre 2008 la Casinò Locarno SA ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale con cui, oltre all'annullamento del giudizio del Tribunale amministrativo federale, chiede, in via principale, di constatare la nullità della decisione emanata dalla Commissione federale delle case da gioco e, in via subordinata, di annullare pure questa decisione. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi. La Commissione federale delle case da gioco propone di respingere il ricorso. Il Tribunale amministrativo federale ha invece comunicato di rinunciare a pronunciarsi. D. Con decreto presidenziale del 24 novembre 2008 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame. 