Faits: A. Par jugement du 4 mars 2008, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a reconnu X._ coupable de viol et l'a condamné à une peine privative de liberté de trois ans avec sursis pendant dix-huit mois et délai d'épreuve de cinq ans. La condamnation repose en substance sur les faits suivants. A.a Le 28 décembre 2005, X._ et A._ se sont retrouvés dans un café de Genève, avant de passer une partie de la nuit en discothèque jusqu'aux environs de 4h30 du matin suivant. A._ a alors exprimé le désir de rentrer chez elle. Se trouvant à cours d'argent, elle a partagé un taxi avec X._ qui a spontanément indiqué son adresse personnelle au chauffeur. Arrivé à destination, le couple est monté à l'appartement pour un dernier verre. X._ a conduit A._ jusqu'à une pièce meublée d'un simple matelas où il lui a proposé de s'asseoir avant de fermer la porte. Il lui a alors demandé de se dénuder, ce qu'elle a refusé. Anéantissant la résistance de la jeune femme, X._ l'a dévêtue de force et giflée avant de lui imposer deux rapports sexuels complets ainsi qu'une fellation. A._ a regagné ensuite son domicile avant de se rendre chez son beau-frère plus tard dans la journée. A.b Le 4 janvier 2006, A._ s'est rendue à l'hôpital cantonal pour une visite médicale. Selon le rapport établi consécutivement le 13 janvier suivant, elle avait souffert de diverses douleurs dans les jours suivant son agression et présentait une ecchymose sur la face interne de la cuisse droite. L'examen gynécologique n'avait en revanche mis en évidence aucune lésion. Au cours de la consultation, A._ avait signalé qu'au moment des faits, elle portait un tampon hygiénique qu'en raison de l'agression, elle n'avait pu retirer que quelques jours plus tard. B. Saisie d'un pourvoi du condamné, la Cour de cassation l'a rejeté par arrêt du 16 octobre 2008. C. X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement dont il requiert l'annulation en concluant principalement à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire gratuite. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 