Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 14. Dezember 2009 verweigerte die Baubehörde Wangen-Brüttisellen dem Atelier "A._" als Bauherrschaft die sexgewerbliche Nutzung einer Wohnung in einem Mehrfamilienhaus an der B._strasse in Brüttisellen. Als Vertreterin der Bauherrschaft wurde X._ aufgeführt. Zugleich verpflichtete die Baubehörde den (damaligen) Wohnungseigentümer Z._ dazu, innert 60 Tagen die sexgewerbliche Nutzung endgültig einzustellen und die Räumlichkeiten der Wohnnutzung oder einer anderen zonenkonformen Nutzung zuzuführen; für den Unterlassungsfall drohte sie dem Eigentümer die Ersatzvornahme an. Die Verfügung wurde X._ als Vertreterin der Bauherrschaft und Z._ als Eigentümer per Einschreiben eröffnet. Z._ veräusserte in der Folge die Wohnung an Y._, woraufhin die Baubehörde die Verfügung vom 14. Dezember 2009 diesem ebenfalls eröffnete. B. X._ erhob gegen die Verfügung vom 14. Dezember 2009 Rekurs an die Baurekurskommission III des Kantons Zürich. Diese trat mit Entscheid vom 5. Mai 2010 auf den Rekurs nicht ein. Die von X._ gegen diesen Nichteintretensentscheid eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 3. November 2010 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. Dezember 2010 beantragt X._ die Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts. Eventuell sei die Sache zu neuer Entscheidung ans Verwaltungsgericht oder an die Baurekurskommission III zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Baubehörde Wangen-Brüttisellen stellt Antrag auf Beschwerdeabweisung. Y._ ersucht um Gutheissung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hält an ihren Anträgen fest. 