Sachverhalt: A. Die Eheleute X._ sind Eigentümer eines Zweifamilienhauses an der A._strasse auf der Forch, Gemeinde Küsnacht/ZH. Die eine Wohnung wird von den Eigentümern genutzt, die andere ist vermietet. Die Liegenschaft befindet sich in der Anflugschneise der Piste 34 des Flughafens Zürich-Kloten. In der Steuererklärung 2003 deklarierten die Eheleute X._ gegenüber den Formelwerten von Fr. 50'316.-- bzw. Fr. 1'757'000.-- gemäss der im Jahr 2003 erfolgten Neubewertung einen um 30 % verminderten (Brutto-)Eigenmietwert von Fr. 31'640.-- und einen im gleichen Umfang herabgesetzten Vermögenssteuerwert von Fr. 1'229'000.--. Zur Begründung führten sie Lärmimmissionen an, welchen ihre Liegenschaft wegen verstärkter Flugbewegungen (Südanflüge) seit Ende Oktober 2003 ausgesetzt sei. Analoge Abzüge von 30 % nahmen die Steuerpflichtigen in der Steuerklärung 2004 vor. Mit Einschätzungs- bzw. Einspracheentscheiden vom 16. Oktober 2006 bzw. 3. Mai 2007 hielt das Kantonale Steueramt an den Formelwerten fest und schätzte die Steuerpflichtigen entsprechend ein. Gegen den Einspracheentscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gelangten die Steuerpflichtigen an die Steuerrekurskommission des Kantons Zürich, welche - nach Beizug sämtlicher Handänderungsanzeigen an unüberbauten Grundstücken in den Jahren 2002-2004, der Grundlagen zur Weisung des Regierungsrates 2003 an die Steuerbehörden über die Bewertung von Liegenschaften und die Festsetzung der Eigenmietwerte ab Steuerperiode 2003, Durchführung eines Augenscheins sowie Beizug des Lageklassenplans der Gemeinde Maur/ZH - den Rekurs wegen Verletzung des Gebotes der rechtsgleichen Behandlung (Art. 8 BV) guthiess und die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an das kantonale Steueramt zurückwies. Das daraufhin vom Kantonalen Steueramt angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess dessen Beschwerde gut, hob den Entscheid der Steuerrekurskommission auf und bestätigte die Einschätzung gemäss Einspracheentscheiden. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Eheleute X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den Entscheid der Steuerrekurskommission wiederherzustellen. Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 