Faits: A. Dans le cadre d'une enquête dirigée contre X._, Y._, Z._ et autres pour blanchiment d'argent, faux dans les titres et les certificats notamment, le Ministère public de la Confédération (MPC) a procédé, le 9 juin 2011, au séquestre d'un compte bancaire détenu par A._ AG auprès de la banque B._ à Genève, qui présentait un solde de plus de 44 millions d'USD. X._ (administrateur et actionnaire de la fiduciaire A._ AG) est soupçonné d'avoir prêté son concours notamment à Z._ pour fournir de fausses identités à des bénéficiaires de comptes, et d'avoir dissimulé en Suisse des fonds provenant d'escroqueries commises aux Etats-Unis. Ce séquestre a été confirmé sur le principe par arrêt du 12 octobre 2011 de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF), mais son montant a été limité à l'équivalent de deux versements de 6 et 4 millions d'USD, effectués en 2007, avec intérêts. Par arrêt du 9 février 2012 (1B_640/2011), le Tribunal fédéral a confirmé cette dernière décision. Par décision du 3 avril 2012, le MPC a rejeté diverses requêtes tendant à la levée du séquestre. A._ AG a à nouveau saisi la Cour des plaintes. Le 17 août 2012, elle a aussi formé un recours pour déni de justice concluant également à la levée du séquestre ou à la libération des fonds excédant les montants fixés dans l'arrêt du 12 octobre 2011. B. Par arrêt du 6 novembre 2012, la Cour des plaintes a rejeté les deux recours. Les explications au sujet de la provenance des fonds (prêt ou investissement) étaient contradictoires. La personne désignée comme ayant droit économique du compte avait démenti les affirmations faites à son propos. Le recours pour déni de justice évoquait la récusation de certains juges de la Cour des plaintes, sans y conclure formellement. Une telle demande serait au demeurant tardive, voire abusive. Aucun élément nouveau n'imposait au MPC de rendre une nouvelle décision sur le séquestre. Les investigations s'étaient poursuivies, de sorte qu'il n'y avait pas de déni de justice. C. Par acte du 7 décembre 2012, A._ AG forme un recours en matière pénale par lequel elle demande, après que l'état fait a été complété, la réforme de l'arrêt de la Cour des plaintes en ce sens que le séquestre est levé. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la Cour des plaintes pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Cour des plaintes se réfère à son arrêt et le MPC conclut au rejet du recours. La recourante a répliqué et maintenu ses conclusions. 