Sachverhalt: A. Die 1972 geborene Z._ war ab Juli 1998 als Kunststoffverarbeiterin bei der X._ AG tätig. Ab Oktober 2006 wurde von ärztlicher Seite eine volle Arbeitsunfähigkeit aufgrund von Rückenproblemen bestätigt. Die Arbeitgeberin kündigte das Anstellungsverhältnis auf den 30. Juni 2007. Im August 2007 meldete sich Z._ bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau holte nebst weiteren erwerblichen und medizinischen Abklärungen eine Expertise der MEDAS A._ vom 22. Oktober 2008 (mit Ergänzung vom 25. November 2008) ein. In der Folge sah sie sich sodann veranlasst, die MEDAS Y._ mit einem Verlaufsgutachten zu beauftragen. Dieses wurde am 4. Juni 2010 (mit Ergänzungen vom 1. und 6. Juli 2010) erstattet. Mit Verfügungen vom 13. Februar 2012 sprach die IV-Stelle der Versicherten rückwirkend ab 1. Oktober 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 47 % eine bis 31. März 2010 befristete Viertelsrente zu. Danach bestehe bei einem Invaliditätsgrad von nur noch 27 % kein Rentenanspruch mehr. B. Beschwerdeweise beantragte Z._, in Aufhebung der Verfügungen vom 13. Februar 2012 sei ab 1. Oktober 2007 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Verwaltung zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 11. Juli 2012 in dem Sinne gut, dass es den Anspruch auf die ab 1. Oktober 2007 laufende Viertelsrente bis 30. Juni 2010 statt bis 31. März 2010 bejahte. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt Z._ die Aufhebung des kantonalen Entscheids beantragen und ihr vorinstanzliches Rentenbegehren erneuern; eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Vorinstanz resp. an die Verwaltung zurückzuweisen. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 