Sachverhalt: A. Der 1952 geborene V._ arbeitete seit 1979 als Maurer bei der Firma K._ AG. Am 14. Februar 2006 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Luzern zog Berichte des Hausarztes Dr. med. H._, FMH Allgemeine Medizin vom 21. März 2006 und des Chiropraktors SCG/ECU Dr. R._ vom 13. Mai 2005 bei. Ersterer stellte folgende Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit: Lumbospondylogenes, teils radikuläres Schmerzsyndrom bei Diskusprotrusion L4/5 sowie L5/S1; chronisches cervico-vertebrales Syndrom bei degenerativen Veränderungen. Weiter holte die IV-Stelle Stellungnahmen des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 8. Mai 2006 und des Fachdienstes berufliche Eingliederung vom 23. Juni 2006 ein. Mit Verfügung vom 27. November 2007 verneinte sie einen Rentenanspruch des Versicherten (Invaliditätsgrad 31 %). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 3. Februar 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm eine behinderungangepasste Leistung im Sinne der Erwägungen zuzusprechen. Eventuell seien ihm berufliche Massnahmen im Sinne von Stellenvermittlung zuzusprechen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. 