Sachverhalt: A. Der 1967 geborene S._ meldete sich am 14. April 2005 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Bis Ende Juni 2005 war er als Produktionsmitarbeiter bei der Firma M._ angestellt. Die IV-Stelle des Kantons Luzern klärte den Sachverhalt ab und verneinte mit Verfügung vom 18. September 2007 einen Leistungsanspruch. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern hob mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 diese Verfügung auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück. Dr. med. A._ erstattete im Auftrag der IV-Stelle am 7. Mai 2009 ein medizinisches Gutachten. In der Folge wies diese mit Verfügung vom 18. Mai 2010 das Leistungsbegehren erneut ab. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 22. September 2011 ab. C. Mit Beschwerde lässt S._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung von Leistungen der Invalidenversicherung beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht. 