Sachverhalt: A. A.a Mit Verfügung vom 30. September 2003 genehmigte das Schweizerische Heilmittelinstitut Swissmedic (im Weitern auch: Swissmedic oder Heilmittelinstitut) der X._ AG (früher: A._ SA) eine Änderung der Fach- und Patienteninformation für die Arzneimittel Spedifen® Granulat und Filmtabletten. Am 13. Dezember 2004 erteilte es ihr in Ablösung der IKS-Registrierung für Spedifen® die Swissmedic-Zulassung (gültig bis 12. Dezember 2009). Es verband diese mit der Auflage, dass die Fachinformation gemäss seiner Textprüfung anzupassen sei; die am 30. September 2003 bewilligten Passagen beanstandete es hierbei nicht. A.b Am 27. April 2005 teilte das Heilmittelinstitut der X._ AG mit, dass zusätzliche Korrekturen am Text nötig seien; es habe sich gezeigt, dass das Gesuch, welches der Verfügung vom 30. September 2003 zugrunde gelegen habe, "ohne detaillierte Prüfung" der Daten genehmigt worden sei. Die X._ AG widersetzte sich den vorgeschlagenen Anpassungen, soweit sie einen vergleichenden Hinweis auf die höhere Wirkgeschwindigkeit von Spedifen® als Ibuprofen in Form von Arginat-Salz gegenüber anderen ibuprofenhaltigen Arzneimitteln ausschlossen. Sie habe mit konsolidierten Ergebnissen aus einem anerkannten und allgemeingültigen Schmerzmodell gezeigt, "dass Ibuprofenarginat innert 30 Minuten (Median)" von Schmerzen befreie und damit "signifikant schneller" als Ibuprofen wirke. A.c Am 6. Juli 2007 hielt die Swissmedic an ihrer Auffassung fest und forderte die X._ AG auf, die umstrittene Arzneimittelfachinformation wie folgt zu ändern (die durchgestrichenen Texte entfielen bzw. seien durch die neu aufgeführten Texte zu ersetzen): "Eigenschaften/Wirkungen: ...Pharmakodynamik Pharmakokinetische und klinische Studien zeigen, dass 15 - 30 Minuten nach Verabreichung von Spedifen (Ibuprofenarginat) maximale Plasmaspiegel an Ibuprofen erreicht werden (statt 60 -90 Minuten bei Ibuprofen aus anderen Arzneiformen). ...Klinische Wirksamkeit Klinische Studien erfolgten bei Schmerzen nach Zahnextraktion. Hier zeigt sich, dass Schmerzbefreiung durch Ibuprofenarginat innert 30 Minuten und signifikant schneller als durch Ibuprofen erreicht wird. Spedifen eignet sich zur Behandlung akuter Schmerz- und Entzündungszustände wie auch von schubweise wiederkehrenden Schmerzzuständen rheumatischer Erkrankungen degenerativer und entzündlicher Natur. Placebo-kontrollierte, klinische Studien mit 200 mg und 400 mg (Film-)Tabletten zeigten eine Wirkung bei Schmerzen nach Zahnextraktion, Spannungskopfschmerzen und Dysmenorrhoe. Die Wirkung in Form einer eindeutig spürbaren Verminderung der Schmerzen war dosisabhängig und setzte im Mittel (Median) nach 57 bzw. 45 Minuten ein (Bereich 29-76 bzw. 24-76 Minuten). Oder alternativ zu diesem Absatz: Die Wirkung tritt etwa nach 30 Minuten ein. Pharmakokinetik: Absorption Durch die Salzbildung mit der Aminosäure Arginin wird die Löslichkeit von Ibuprofen erhöht, welches dadurch schneller absorbiert wird. Granulat: Maximale Wirkstoffkonzentration von durchschnittlich 25 bzw. 57 mg/l werden im Serum 15-30 Minuten nach oraler Zufuhr von 200 bzw. 400 mg Ibuprofen erreicht (statt 16 bzw. 43 mg/l nach 60-90 Minuten bei Ibuprofen aus anderen Arzneiformen). Filmtabletten: Maximale Wirkstoffkonzentrationen von durchschnittlich 40,1 μg/ml werden im Serum ca. 30 Minuten nach oraler Zufuhr von 400 mg Ibuprofen (1 Filmtablette) erreicht (statt 43 μg/ml nach 60-90 Minuten bei Ibuprofen aus anderen Arzneiformen. Der Wirkungseintritt erfolgt bei ca. 30 Minuten. Granulat: Maximale Wirkstoffkonzentrationen von durchschnittlich 25 bzw. 57 μg/ml Ibuprofen werden im Serum 17-24 Minuten nach oraler Zufuhr von 200 bzw. 400 mg Ibuprofen (als Ibuprofenarginat) erreicht. (Film-)Tabletten: Maximale Wirkstoffkonzentrationen von durchschnittlich 24 bzw. 40 μg/ml Ibuprofen werden im Serum 28-42 Minuten nach oraler Zufuhr von 200 bzw. 400 mg Ibuprofen (als Ibuprofenarginat) erreicht. Wird Spedifen nach Mahlzeiten eingenommen, erfolgt die Absorption langsamer und die maximalen Plasmakonzentrationen sind niedriger". In der Patienteninformation hielt Swissmedic die X._ AG an, unter der Rubrik "Was ist Spedifen und wann wird es angewendet" folgende Korrektur vorzunehmen: Bei Schmerzen nach Zahnextraktion wird Schmerzbefreiung durch Spedifen innert 30 Minuten erreicht. Die Wirkung tritt etwa nach 30 Minuten ein. B. Mit Urteil vom 7. Mai 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht die von der X._ AG hiergegen eingereichte Beschwerde ab. Es begründete seinen Entscheid im Wesentlichen damit, dass das Institut nicht die Verfügung vom 30. September 2003 widerrufen habe, sondern wegen einer ursprünglichen Fehlerhaftigkeit auf seinen Zulassungsentscheid vom 13. Dezember 2004 zurückgekommen sei. Swissmedic sei es nicht verwehrt gewesen, "im Interesse einer richtigen und einheitlichen Rechtsanwendung" eine nachträgliche Anpassung der Arzneimittelinformation zu verlangen. Das Institut habe die ursprünglich genehmigte Fachinformation "zu Recht" als fehlerhaft qualifiziert und belegt, dass eine Neubeurteilung erforderlich gewesen sei; es obliege jeweils der Zulassungsinhaberin, "nachzuweisen, dass der von ihr beantragte Text den Anforderungen entspricht [...], mithin aufgrund der beigebrachten Unterlagen bewiesen wurde". Die Beurteilung, wonach die von der X._ AG beantragten und ursprünglich bewilligten Änderungen der Fach- und Patienteninformation nicht hinreichend nachgewiesen seien, verletze kein Bundesrecht. C. Die X._ AG beantragt vor Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts - eventuell unter Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen - aufzuheben. Sie macht geltend, das Bundesverwaltungsgericht habe sich bei der Überprüfung der angefochtenen Verfügung eine "falsch verstandene Zurückhaltung" auferlegt, was dazu führte, dass es ihre Ausführungen in weiten Teilen nicht in seine Erwägungen miteinbezogen und damit ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt habe. Die Vorinstanz habe sich einseitig auf die Ausführungen von Swissmedic gestützt und - meist pauschal und teilweise mit blossem Hinweis auf die Fundstelle in den Akten - festgestellt, diese seien nachvollziehbar und nicht zu beanstanden. Ihre Entgegnungen seien keiner eigenständigen Würdigung unterzogen worden. Swissmedic beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Eidgenössische Departement des Innern hat unter Hinweis auf die Ausführungen von Swissmedic darauf verzichtet, eine eigene Stellungnahme einzureichen. D. Der Abteilungspräsident hat der Eingabe am 31. Juli 2009 aufschiebende Wirkung beigelegt. Mit Verfügung vom 15. September 2009 (Zulassungsnummer 50'063) bzw. vom 6. November 2009 (Zulassungsnummer 50'677) verlängerte Swissmedic die am 12. Dezember 2009 ausgelaufene Zulassung von Spedifen®; sie wies dabei daraufhin, dass die Problematik der vor Bundesgericht strittigen Formulierungen der Arzneimittelinformation nach Rechtskraft des bundesverwaltungsgerichtlichen Entscheids wieder aufgenommen werde. 