Sachverhalt: A. Die Crédit Suisse AG (CS), die Raiffeisen Schweiz Genossenschaft, die UBS AG und die Zürcher Kantonalbank planen, für inländische Maestro-Kartentransaktionen eine multilateral ausgehandelte Domestic Interchange Fee (DMIF) einzuführen. Dabei handelt es sich um ein Entgelt pro Debitkartentransaktion, das von den mit den Vertragsbeziehungen zu den einzelnen Händlern betrauten Unternehmen ("Acquirern") an die Bankinstitute ("Issuer") zu leisten wäre. Die Karteninhaber müssen für die Dienstleistungen der Kartenherausgeber weiterhin eine Jahresgebühr entrichten. Daneben bezahlt der Händler, der die Maestro-Karte zur Zahlung annimmt, dem jeweiligen "Acquirer" (vorab zurzeit der Telekurs Multipay AG) eine (fixe) Kommission ("merchant service charge", MSC). Die neue Abgabe bezweckt - so die Beteiligten -, die von den "Issuern" (Banken) gegenüber den "Acquirern" im Rahmen der Abwicklung der Geschäftstransaktion zwischen dem Händler und dessen Kunden erbrachten Leistungen (Zahlungsgarantie usw.) abzugelten; die Netzwerkexternalitäten der "Issuer", d.h. die von ihnen ausserhalb der eigenen Vertragsbeziehungen zu den Kartenkunden bewirkten Nutzen und Kosten, sollen damit im Gesamtsystem ausgeglichen (internalisiert) und ein angeblich diesbezüglich bestehendes Defizit beseitigt werden. Das neue System wäre nach seiner Einführung für alle in der Schweiz tätigen Maestro-"Issuer" und -"Acquirer" verbindlich. B. B.a Am 30. Juli 2004 meldeten die Crédit Suisse AG, die Raiffeisen Schweiz Genossenschaft, die UBS AG und die Zürcher Kantonalbank im Namen aller an der DMIF beteiligten "Issuer" die vorgesehene Absprache dem Sekretariat der Wettbewerbskommission (vgl. Art. 49a Abs. 3 lit. a des Bundesgesetzes über Kartelle und andere Wettbewerbsbeschränkungen [Kartellgesetz, KG; SR 251]). Dieses beschloss am 15. September 2004, eine Vorabklärung (Art. 26 KG) einzuleiten. Die meldenden Unternehmen teilten hierauf mit, dass sie ihr Vorhaben vorläufig nicht umsetzen würden. Am 5. Dezember 2005 bezeichnete die Wettbewerbskommission die zwischen den "Issuern" und "Acquirern" im sachlich verwandten Markt für VISA- und MasterCard-Kreditkarten getroffene Absprache als Preisabrede, die den Wettbewerb erheblich beeinträchtige und aus Effizienzgründen nur insoweit gerechtfertigt werden könne, als dabei ausschliesslich die funktionsnotwendigen Netzwerkkosten berücksichtigt würden; in diesem Sinn genehmigte sie für vier Jahre eine angepasste, zwischen ihrem Sekretariat, den Kreditkartenherausgebern und den "Acquiring"-Unternehmen am 29. März 2005 getroffene einvernehmliche Regelung (vgl. die Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Dezember 2005, in: Recht und Politik des Wettbewerbs [im Weitern: RPW] 2006/1, S. 65 ff.). B.b Am 6. April 2006 forderten die meldenden Unternehmen den Präsidenten der Wettbewerbskommission bzw. deren Sekretariat auf, die Vorabklärung bezüglich der DMIF für Maestro-Transaktionen weiterzuführen und baldmöglichst mit einer einvernehmlichen Regelung abzuschliessen, wie dies im "Kreditkartenverfahren" geschehen sei; eventuell sei das Verfahren durch eine Feststellungsverfügung der Kommission zu beenden. Am 10. Juli 2006 eröffnete das Sekretariat der Wettbewerbskommission ihnen den Schlussbericht seiner Vorabklärung (veröffentlicht in: RPW 2006/4, S. 601 ff.); es beschloss, "für den Fall, dass eine DMIF oder die internationale Fallback Interchange Fee für inländische Transaktionen eingeführt und das Gebührenmodell von Telekurs angepasst wird", eine Untersuchung gemäss Art. 27 KG zu eröffnen und zu gegebener Zeit hierfür um das Einverständnis eines Mitglieds des Präsidiums zu ersuchen. Das Sekretariat befand, dass es sich bei der geplanten DMIF um eine horizontale Preisabsprache handle, weshalb zu vermuten sei, dass der wirksame Wettbewerb auf dem relevanten schweizerischen "Issuing"-Markt beseitigt werde (Art. 5 Abs. 3 KG). Zwar lasse sich die gesetzliche Vermutung allenfalls umstossen, doch bestünden Indizien für einen fehlenden Intrabrand- und Interbrandwettbewerb, so dass die Absprache den Wettbewerb zumindest erheblich beeinträchtigen könnte (Art. 5 Abs. 1 KG). Es erscheine gestützt auf die vorliegenden Unterlagen zweifelhaft, ob sich die Preisabsprache aus Gründen der wirtschaftlichen Effizienz rechtfertigen lasse. Für eine definitive Beurteilung bedürfe es einer Untersuchung im Sinne von Art. 27 KG, sollte das Vorhaben in der angekündigten Form umgesetzt werden. B.c Die meldenden Unternehmen ersuchten das Sekretariat der Wettbewerbskommission am 8. Dezember 2006 darum, "es sei durch die Wettbewerbskommission eine Feststellungsverfügung zu erlassen, die feststellt, dass die am 30. Juli 2004 im Sinne von Art. 49a Abs. 3 KG gemeldete multilateral ausgehandelte Interchange Fee für inländische Maestro-Transaktionen in der Höhe von 0.4 % unter dem Kartellgesetz zulässig ist". Die Wettbewerbskommission trat mit Verfügung vom 7. Mai 2007 auf den Antrag nicht ein (veröffentlicht in: RPW 2007/3 S. 478 ff.): Nach Lehre und Rechtsprechung bestehe kein Anspruch auf Eröffnung einer Untersuchung, weshalb keine (anfechtbare) Verfügung im Sinne von Art. 5 Abs. 1 VwVG vorliege, wenn auf den Erlass einer solchen verzichtet werde. Die Wettbewerbsbehörden könnten im Untersuchungsverfahren nicht aufgrund eines hypothetischen Sachverhalts entscheiden; solche "bedingte" Verfügungen seien dem Verwaltungsverfahrensrecht fremd, weshalb auch der Erlass einer entsprechenden Feststellungsverfügung (Art. 25 VwVG) ausser Betracht falle. B.d Das Bundesverwaltungsgericht bestätigte diesen Entscheid auf Beschwerde hin am 29. Februar 2008: Zwar erweise sich das Bedürfnis der Betroffenen, von der Wettbewerbskommission über die kartellrechtliche Zulässigkeit ihres Vorhabens rechtsverbindlich aufgeklärt zu werden, wegen der empfindlichen direkten Sanktionen als "legitim und unabweisbar"; es sei ihm als Justizbehörde indessen verwehrt, sich über die Einschätzung der Wettbewerbskommission hinwegzusetzen, sie "sei aus objektiven Gründen nicht in der Lage, das von den Beschwerdeführerinnen eingeforderte unbedingte Urteil abzugeben [...]". Aufgrund der glaubwürdigen Angaben der Wettbewerbskommission liege "keine feststellungsfähige Rechtslage" vor, welche es erlaube, "die anbegehrte Feststellungsverfügung einzufordern". Die allgemeine Praxis zu den Feststellungsverfügungen lasse sich nicht auf wettbewerbliche Sachverhalte übertragen, da sich diese durch eine "komplexe und dynamische Natur" auszeichneten. C. Die Crédit Suisse AG, die Raiffeisen Schweiz Genossenschaft, die UBS AG und die Zürcher Kantonalbank sind hiergegen mit gemeinsamer Eingabe vom 16. April 2008 an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. Februar 2008 aufzuheben und die Wettbewerbskommission anzuweisen, "eine Untersuchung im Sinne von Art. 27 KG zu eröffnen und eine Feststellungsverfügung zu erlassen, die feststellt, dass die am 30. Juli 2004 im Sinne von Art. 49a Abs. 3 KG gemeldete multilateral ausgehandelte Interchange Fee für inländische Maestro-Transaktionen in der Höhe von 0.4% unter dem KG zulässig ist"; eventuell sei die Sache hierfür an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen. Die Crédit Suisse, die Raiffeisen Schweiz Genossenschaft, die UBS AG und die Zürcher Kantonalbank machen geltend, sie hätten in Anbetracht des "immensen Sanktionsrisikos in dreistelliger Millionen- bis Milliardenhöhe ein schutzwürdiges Interesse an der Feststellung der Zulässigkeit der MIF Maestro (bzw. dem Nichtbestehen der Pflicht, im Falle einer Einführung der MIF Maestro direkte Sanktionen leisten zu müssen)". Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich zur Beschwerde zu äussern. Die Wettbewerbskommission beantragt, diese abzuweisen. 