Sachverhalt: A. G._, geboren 2000, leidet an juveniler idiopathischer Oligoarthritis (nachfolgend kurz Arthritis genannt) mit Befall unter anderem der Knie- und Fussgelenke sowie Augenbeteiligung (Uveitis [Regenbogenhautentzündung]). Mit zwei Verfügungen vom 19. September 2005 übernahm die IV-Stelle des Kantons St. Gallen die im Zusammenhang mit der Arthritisbehandlung stehende Physiotherapie für die Dauer vom 1. Februar 2005 bis 31. Januar 2007, lehnte im Übrigen jedoch das Gesuch um Übernahme der (medikamentösen) Behandlung von Arthritis und Uveitis als medizinische Massnahme (einschliesslich Brillenversorgung) zu Lasten der Invalidenversicherung ab. Daran hielt die IV-Stelle mit Einspracheentscheid vom 21. November 2005 fest. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 7. Dezember 2006 teilweise gut, hob den Einspracheentscheid vom 21. November 2005 auf, sprach G._ medizinische Eingliederungsmassnahmen im Sinne der Erwägungen (Übernahme der [medikamentösen] Behandlung von Arthritis und Uveitis durch die Invalidenversicherung) zu und wies die Sache zur weiteren Abklärung des Anspruchs auf Hilfsmittelversorgung mit einer Brille im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurück. C. Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 7. Dezember 2006 sei aufzuheben. Während G._ die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen lässt, schliesst das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf deren Gutheissung. 