Fatti: A. Il 18 dicembre 2007 la A._Sagl, società attiva tra l'altro nel campo della gestione di prodotti pubblicitari, ha presentato al Municipio di Sant'Antonino una domanda di costruzione a posteriori per lo stazionamento di due rimorchi pubblicitari mobili sui fondi part. n. 230 e 232 di Sant'Antonino, situati fuori della zona edificabile. Gli impianti, esposti a lato della strada cantonale che conduce a Cadenazzo, sono costituiti da un telaio in metallo di circa 3 per 4 metri, su cui sono fissati i teli con i messaggi pubblicitari, installato su un carrello mobile munito di targhe d'immatricolazione. I Servizi generali del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino si sono opposti alla domanda, ritenendo non adempiute le condizioni per il rilascio di un'autorizzazione eccezionale. Preso atto di tale preavviso negativo, con risoluzione del 19 febbraio 2008 il Municipio di Sant'Antonino ha negato il rilascio della licenza edilizia in sanatoria. Questa decisione è stata confermata il 9 luglio 2008 dal Consiglio di Stato su ricorso dell'istante. B. Con sentenza del 7 gennaio 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso presentato dall'istante contro la risoluzione governativa. La Corte cantonale ha in particolare negato che gli impianti in questione potessero beneficiare di un'autorizzazione eccezionale, non essendo adempiuto il requisito dell'ubicazione vincolata. C. La A._Sagl impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rilasciarle l'autorizzazione richiesta. In via subordinata postula il rinvio degli atti al Consiglio di Stato per una nuova decisione nel senso dei considerandi. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 2, 5, 8, 9, 27, 29 e 96 Cost.. D. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di Sant'Antonino richiama il preavviso negativo vincolante espresso dall'autorità cantonale. Con decreto presidenziale del 27 marzo 2009 è stato conferito l'effetto sospensivo al gravame. 