Sachverhalt: A. A und B W._ meldeten sich zum Jahreswechsel 1997/98 in X._ BE ab und in Y._ ZH an, wo sie bis und mit 2001 unangefochten besteuert wurden. Für 2002 nahm die Steuerverwaltung des Kantons Bern an, das Hauptsteuerdomizil der Eheleute W._ befinde sich wieder in X._ und beanspruchte ihnen gegenüber mit Verfügung vom 29. November 2002 die Besteuerungshoheit. Diese wurde vom Kanton Zürich anerkannt, von den Pflichtigen aber bestritten und vom Verwaltungsgericht des Kantons Bern kantonal letztinstanzlich bestätigt. B. A und B W._ haben am 10. November 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 13. Oktober 2008 aufzuheben; es sei festzustellen, dass sich ihr Steuerwohnsitz im Jahr 2002 in Y._ befunden habe. Eventuell sei die Sache zur Sachverhaltsergänzung oder zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventuell an die Steuerverwaltung des Kantons Bern. Alle betroffenen kantonalen Behörden und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 