Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 7. Mai 2009 hob die IV-Stelle des Kantons Aargau die A._ seit 1. Februar 2002 ausgerichtete ganze Invalidenrente auf. B. Hiegegen erhob A._ mit Eingabe vom 19. Mai 2009 Beschwerde. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau forderte die Beschwerdeführerin am 20. Mai 2009 innert einer Frist von zehn Tagen unter Androhung des Nichteintretens auf, die angefochtene Verfügung einzureichen und die Beschwerde hinsichtlich Antrag und Begründung zu verbessern. Mit Eingabe vom 25. Mai 2009 reichte A._ die Verfügung vom 7. Mai 2009 ein und schrieb Folgendes: "hiermit erhebe ich Einspruch gegen die Verfügung, die Rentenzahlung einzustellen. Die ärztliche Dokumentation wird eingereicht. Wir bitten um eine Verlängerung der Einreichefrist bis Ende Juni 09. Wir bitten um Ihre Bestätigung." Mit Entscheid vom 3. Juni 2009 trat das Versicherungsgericht des Kantons Aargau auf die Beschwerde nicht ein. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei das kantonale Gericht zu verpflichten, auf die Beschwerde vom 19. Mai 2009 samt Verbesserung vom 25. Mai 2009 einzutreten. 