Aufenthaltsbewilligung, hat sich ergeben: A.- Die 1972 geborene jugoslawische Staatsangehörige X.Z._ heiratete am 25. Dezember 1994 im Kosovo Y.Z._, welcher über eine Niederlassungsbewilligung für den Kanton Zürich verfügt. Am 15. Januar 1995 reiste sie in die Schweiz ein. Am 22. Mai 1996 wurde die Tochter C.Z._ und am 20. September 1997 die Tochter D.Z._ geboren. Beide Töchter verfügen über die Niederlassungsbewilligung. Anfangs Juli 1999 verliess X.Z._ die eheliche Wohnung und zog zu ihrem Bruder in M._/AG, angeblich weil sie sich vor den Gewalttätigkeiten ihres Ehemannes fürchtete. Die Kinder liess sie bei diesem zurück. Am 5. Juli 1999 meldete sie sich in der Gemeinde M._/AG an. B.- Mit Gesuch vom 8. Juli 1999 beantragte X.Z._ bei der Fremdenpolizei des Kantons Aargau (im Folgenden: Fremdenpolizei) eine Aufenthaltsbewilligung. Mit Verfügung vom 8. September 1999 lehnte diese das Gesuch ab und forderte X.Z._ auf, den Kanton Aargau bis zum 30. Oktober 1999 zu verlassen. Mit Eheschutzklage vom 29. September 1999 beantragte X.Z._ beim Gerichtspräsidium O._ die Obhut über ihre beiden Töchter. Mit Verfügung vom 5. Oktober 1999 gewährte der Gerichtspräsident des Bezirksgerichts O._ X.Z._ im Sinne einer vorläufigen Massnahme ein Besuchsrecht gegenüber ihren beiden Kindern von zwei Wochenenden pro Monat. Am 16. November 1999 wies die Fremdenpolizei die gegen ihre Verfügung vom 8. September 1999 erhobene Einsprache ab. Dagegen führte X.Z._ erfolglos Beschwerde beim Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau (im Folgenden: Rekursgericht). C.- Mit Präliminarentscheid vom 6. Februar 2000 stellte der Präsident des Bezirksgerichts O._ die beiden Kinder unter die Obhut von Y.Z._, errichtete eine Erziehungsbeistandschaft und gewährte X.Z._ ein Besuchsrecht von zwei Wochenenden pro Monat sowie ein Ferienrecht von 14 Tagen jährlich ab Besuch des Kindergartens der jüngeren Tochter. D.- Gegen den Entscheid des Rekursgerichts vom 28. Januar 2000 hat X.Z._ am 1. März 2000 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Sie beantragt, den Entscheid des Rekursgerichts sowie die beiden Entscheide der Fremdenpolizei vom 8. September 1999 und vom 16. November 1999 aufzuheben und die Fremdenpolizei anzuweisen, ihr eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Rekursgericht zurückzuweisen. Sie ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Die Fremdenpolizei beantragt sinngemäss, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten. Das Rekursgericht hat unter Verweis auf seinen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Ausländerfragen schliesst auf Abweisung der Beschwerde. E.- Mit Verfügung vom 22. März 2000 gestattete der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung der Beschwerdeführerin vorsorglich, sich bis zum Abschluss des bundesgerichtlichen Verfahrens im Kanton Aargau aufzuhalten. F.- Mit Schreiben vom 14. Juni 2000 gab der Instruktionsrichter der Fremdenpolizei des Kantons Zürich Gelegenheit, zu der Beschwerde aus ihrer Sicht Stellung zu nehmen, und forderte sie auf, dem Bundesgericht die zürcherischen Akten betreffend die Familie Z._ zur Verfügung zu stellen. Mit Eingabe vom 12. Juni (recte: Juli) 2000 führte die Fremdenpolizei des Kantons Zürich aus, die beiden Mädchen C.Z._ und D.Z._ seien, wie ihr Vater Y.Z._, an der A._strasse in N._ wohnhaft; dort wohnten auch die Eltern von Y.Z._, welche die beiden Kinder betreuten. Zurzeit bestehe kein Anlass, gegenüber dem Ehemann der Beschwerdeführerin fremdenpolizeiliche Massnahmen zu ergreifen. In ihren Bemerkungen vom 16. August 2000 zu dieser Stellungnahme führte die Beschwerdeführerin aus, es treffe nach ihren Kenntnissen zu, dass ihre Kinder von den Grosseltern väterlicherseits betreut würden, hingegen wohne ihr Ehemann schon lange nicht mehr in N._. Sie habe ihn betreiben müssen, da er seinen Unterhaltspflichten nicht nachkomme, und auf dem Betreibungsamt habe er eine Adresse in L._ angegeben. 