Sachverhalt: A. Die Kantonale Staatsanwaltschaft Aargau führt ein Strafverfahren gegen A._. Mit Verfügung vom 26. September 2011 ordnete sie die Beschlagnahme eines Personenwagens des Typs Audi RS6 an, weil der Verdacht bestand, dieses Fahrzeug stamme aus deliktischen Handlungen des Beschuldigten. Dieser Verdacht liess sich nicht erhärten, weshalb die Kantonale Staatsanwaltschaft mit Verfügung vom 20. Januar 2012 die Beschlagnahme aufhob (Ziffer 1), das Fahrzeug der X._ SA zusprach (Ziffer 2) und der Y._ AG in Liquidation, vertreten durch das Konkursamt Aargau, eine Frist von 20 Tagen zur Geltendmachung ihrer Ansprüche im Zivilverfahren ansetzte (Ziffer 3); die Aufhebung der Beschlagnahme im Sinne von Art. 267 Abs. 5 StPO (SR 312.0) gelte erst nach Eintritt der Rechtskraft bzw. nach Ablauf der Frist zur Anhebung einer Zivilklage (Ziffer 4). Gegen diese Verfügung erhob die Y._ AG in Liquidation Beschwerde ans Obergericht des Kantons Aargau. Mit Entscheid vom 4. April 2012 hiess das Obergericht die Beschwerde gut und hob die Ziffern 2 und 3 der angefochtenen Verfügung der Kantonalen Staatsanwaltschaft vom 20. Januar 2012 auf, sprach das Fahrzeug der Y._ AG in Liquidation zu und setzte der X._ SA eine Frist von 20 Tagen zur Geltendmachung ihrer Ansprüche im Zivilverfahren an. B. Gegen diesen Entscheid führt die X._ SA mit Eingabe vom 10. Mai 2012 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht mit den Anträgen, der Entscheid des Obergerichts vom 4. April 2012 sei aufzuheben, und die Sache sei zur neuen Beurteilung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Obergericht und die Kantonale Staatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassungen zur Beschwerde. Die Y._ AG in Liquidation beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hält an ihrem Standpunkt fest. 