Sachverhalt: A. Am 22. Januar 2001 stellte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine besoldungsmässige Diskriminierung der beim Kanton Zürich angestellten Krankenpflegenden gegenüber den kantonalen Polizisten fest. Daraufhin gelangten verschiedene Berufsorganisationen aus dem Gesundheitsbereich an die Stadt Zürich. Sie machten geltend, auch die Einreihung der städtischen Krankenpflegenden und weiterer Berufe im Gesundheitswesen sei diskriminierend und verlangten Lohnnachzahlungen für die letzten fünf Jahre. Nachdem die Stadt Zürich die Begehren abgewiesen hatte, gelangten die Berufsorganisationen an den Bezirksrat Zürich. Dieser hiess den Rekurs teilweise gut und stellte fest, dass die Entlöhnung der Krankenpflegenden, Unterrichtsassistenten und Kliniklehrer in der Zeit vom 1. Januar 1997 bis zum 30. Juni 2002 gegen Art. 8 Abs. 3 BV und Art. 3 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Gleichstellung von Frau und Mann (Gleichstellungsgesetz [GlG; SR 151.1]) verstossen habe. Er hielt eine Anhebung um je zwei Besoldungsklassen für geboten, um eine diskriminierende Entlöhnung zu vermeiden. Mit Entscheid vom 20. Dezember 2006 bestätigte das Verwaltungsgericht den bezirksrätlichen Entscheid im Wesentlichen. Es hielt allerdings fest, dass die Lohndiskriminierung in dem Umfang beseitigt worden sei, als den Betroffenen vom 1. Juli 2001 bis 30. Juni 2002 Zulagen ausbezahlt worden seien. Das Bundesgericht wies die dagegen erhobenen Beschwerden ab (Urteil 2A.97 und 98/2007 vom 20. November 2007). B. Auf den 1. Juli 2002 setzte der Stadtrat von Zürich die Verordnung über das Arbeitsverhältnis des städtischen Personals vom 28. November 2001 (Personalrecht; PR) sowie die entsprechenden Ausführungsbestimmungen vom 27. März 2002 (AB PR) in Kraft. Damit führte die Stadt Zürich ein neues Lohnsystem ein, das unter anderem im Pflegebereich zu besser entlöhnten Einreihungen führte. Nach dem neuen Besoldungssystem richtet sich der Lohn der städtischen Angestellten im Wesentlichen nach dem Schwierigkeitsgrad der Funktion, der nutzbaren Erfahrung und dem Leistungsbeitrag (Art. 47 PR). Jede Stelle ist aufgrund der betreffenden Funktionsumschreibung einer von 18 Funktionsstufen (FS 1-18) zuzuordnen (Art. 48 ff. PR). Jeder Funktionsstufe wird gemäss einer Lohnskala ein Jahreslohn als Mittelwert zugeordnet, wobei sich die konkreten Löhne der Angestellten innerhalb eines von diesem Mittelwert abhängigen Lohnbands bewegen. Die Bandbreite des Lohnbands beträgt +/-5 %, ausgehend vom Mittelwert (Art. 52 PR). Die Zunahme an nutzbarer Erfahrung führt innerhalb einer Funktionsstufe in 15 Schritten zu einem Lohnanstieg von höchstens 22.5 % (Art. 52 Abs. 3 PR). C. X._ arbeitet seit 1973 im Stadtspital Triemli, zunächst als Krankenschwester und seit 1990 als Stationsleiterin. Bis zum 30. Juni 2002 erzielte sie ein monatliches Einkommen von Fr. 7'033.55 (Grundlohn Fr. 6'479.70 + Zulage Fr. 553.85; alle Angaben zum Monatslohn sind in 13tel des Jahresgehalts angegeben). Mit Schreiben vom 10. Juni 2002 wurde ihr mitgeteilt, dass sie in die Funktionskette 305, Funktionsstufe 9, angerechnete nutzbare Erfahrung 12 Jahre, Lage im Lohnband 95 % eingereiht werde, was einem Monatslohn von Fr. 7'805.45 und einer Lohnerhöhung von 10.97 % entspreche. Nach Durchführung eines Abklärungs- und Überprüfungsgesprächs verfügte der Direktor des Stadtspitals Triemli am 14. April 2003 die Einreihung in die Funktionsstufe 10, angerechnete nutzbare Erfahrung 4 Jahre, Lage im Lohnband 96.84 %. Dies entsprach einem Monatslohn von Fr. 7999.45. X._ verlangte fristgemäss eine Begründung, welche mit Verfügung vom 23. Juli 2003 erfolgte. Darin wurde die nutzbare Erfahrung auf 5 Jahre und die Lage im Lohnband auf 95 % korrigiert. Daraus resultierte eine Lohnerhöhung von 12.98 % auf monatlich Fr. 7'946.30. Eine dagegen erhobene Einsprache wies der Stadtrat von Zürich am 8. Februar 2006 ab. D. Mit Rekurs an den Bezirksrat Zürich verlangte X._ per 1. Juli 2002 die Einreihung in Funktionsstufe 11, unter Anrechnung einer nutzbaren Erfahrung von 12 Jahren; zudem sei die Lage im Lohnband auf 100 % festzulegen. Am 30. August 2007 hiess der Bezirksrat den Rekurs teilweise gut und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Stadt Zürich zurück, um X._ nach Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids bezüglich ihres Lohns im alten Lohnsystem nochmals per 1. Juli 2002 ins neue Lohnsystem überzuleiten. Aus den Erwägungen ergibt sich, dass die Anträge auf Einreihung in Funktionsstufe 11 und eine höhere Platzierung im Lohnband abgewiesen wurden; die Rückweisung erfolgte zur Neufestsetzung der anrechenbaren Erfahrung. E. Gegen diesen Beschluss gelangte X._ am 4. Oktober 2007 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie wandte sich gegen die Rückweisung der Angelegenheit durch den Bezirksrat und beantragte, sie sei in die Funktionsstufe 10, nutzbare Erfahrung 11 Jahre, Lage im Lohnband 100 %, einzureihen. Am 11. Juni 2008 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde insoweit gut, als die angeordnete Rückweisung an die Stadt Zürich aufgehoben wurde. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Es wies den Rekurs auch bezüglich der angerechneten nutzbaren Erfahrung ab und bestätigte die Verfügung des Direktors des Stadtspitals Triemli vom 23. Juli 2003 betreffend die Einreihung der Beschwerdeführerin per 1. Juli 2002. F. Dagegen hat X._ am 25. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und eventualiter subsidiäre Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, Ziff. 1 und 4 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben und sie sei ab dem 1. Juli 2002 in die Funktionsstufe 10, nutzbare Erfahrung 11 Jahre, Lage im Lohnband 100 %, einzureihen. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Stadt Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Eidgenössische Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann (EBG) schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Mit Eingaben vom 10. und 11. Dezember 2008 haben sich die Parteien zur Vernehmlassung des EBG geäussert. Die Beschwerdeführerin hat gleichzeitig auf die Vernehmlassung der Stadt Zürich repliziert. 