Faits: A. K._ travaille depuis le 1er juillet 2003 en qualité d'assistante sociale à raison d'un horaire de travail de 40 % au service de X._. Dès le 1er mai 2004, elle a complété cette activité par un emploi d'assistante sociale à 30 % au service de Y._. Par courrier du 24 octobre 2006, elle a résilié avec effet au 31 janvier 2007 le contrat de travail la liant à Y._, en indiquant qu'elle désirait consacrer plus de temps à sa famille. Elle a présenté une demande d'indemnité de chômage à partir du 1er février 2007, en indiquant rechercher un emploi correspondant à 70 % d'une activité à plein temps. Par décision du 5 avril 2007, la caisse cantonale de chômage du canton de Vaud (ci-après: la caisse) a suspendu le droit de l'assurée à l'indemnité de chômage pour une durée de 31 jours à compter du 1er février 2007, au motif que l'intéressée avait résilié les rapports de travail sans être assurée de trouver un autre emploi. Selon des décomptes d'indemnité de chômage du 5 avril 2007 concernant les mois de février et mars 2007, les 31 jours de suspension du droit à l'indemnité de chômage ont été imputés à raison de 2,4 jours au mois de février et de 9,4 jours au mois de mars, le solde étant reporté aux mois suivants. L'assurée a fait opposition à cette décision. Elle ne contestait pas la suspension du droit dans son principe mais s'opposait au mode d'imputation du délai d'attente, ainsi que des jours de suspension, dans la mesure où ils avaient été portés en compte sous la forme d'indemnités pleines et entières et non pas au prorata de l'activité à 30 % pour laquelle elle percevait une indemnité de chômage. La caisse a rejeté l'opposition par décision du 12 septembre 2007. B. Saisie d'un recours contre cette décision sur opposition, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté par jugement du 17 juin 2008. C. K._ interjette un recours en matière de droit public, en concluant à l'annulation du jugement cantonal et de la décision sur opposition de la caisse « en ce qui concerne le montant du revenu pris en compte pour calculer la suspension ». La caisse intimée s'en remet à justice, tandis que le Secrétariat d'Etat à l'économie (seco) propose le rejet du recours. 