Faits: A. Par arrêt du 26 août 2008, la Cour correctionnelle genevoise siégeant avec jury a condamné X._, pour viol, lésions corporelles simples aggravées, séquestration, menace aggravée, à une peine privative de liberté de trois ans. Elle a ordonné la suspension de cette peine à raison de 18 mois, impartissant un délai d'épreuve de cinq ans. B. Par arrêt du 30 janvier 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le recours de X._. Les faits à la base de cette décision sont les suivants: Alors que Y._ et X._ étaient mariés, des tensions se sont développées au sein du couple. En novembre 2005, Y._ a demandé à son époux de quitter le domicile conjugal. A la suite de cette demande, une dispute a éclaté. Au cours de celle-ci, X._ a brandi un couteau et l'a mis sous la gorge de son épouse. Il lui a dit que si elle ne se calmait pas, il la tuerait. Lors d'une nouvelle dispute à fin novembre 2005, X._ a injurié Y._, la traitant de « pute, chienne et malade mentale ». Les époux en venant aux mains, X._ a jeté Y._ à terre, l'a prise par les oreilles, lui a tapé la tête par terre, lui a marché sur la tête et l'a rouée de coups. Alors que Y._ tentait de quitter les lieux et d'appeler au secours, X._ lui a pris les clés et l'a empêchée de quitter l'appartement. Il l'a ensuite suivie dans sa chambre, l'a couchée sur le lit, l'a déshabillée et l'a contrainte à subir un acte sexuel. Le Dr A._ a examiné Y._ le lendemain. Il a constaté que celle-ci était bouleversée, que son visage était tuméfié et présentait des hématomes. Il a ajouté que sa patiente, qui se trouvait dans un stress post-traumatique, lui a indiqué avoir subi des relations sexuelles non consenties. Le gendarme B._ qui a enregistré la plainte a déclaré que Y._ était dans un état lamentable sur les plans physique et psychologique. Son visage, son cou et sa nuque étaient tuméfiés et Y._ était en pleurs. S'agissant des viols dont il a été déclaré coupable, X._ a confirmé avoir entretenu plusieurs relations sexuelles avec son épouse. Il a toutefois contesté tout élément de contrainte, prétendant qu'il s'était réconcilié avec son épouse dans leur chambre à coucher et que celle-ci avait librement consenti à des relations sexuelles. C. Contre l'arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à son acquittement de l'infraction de viol et de menace aggravée et au renvoi de la cause pour nouvelle décision sur la peine et les prétentions civiles. Il dénonce une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. (défaut de motivation) et des art. 9, 32 Cst. et 6 CEDH (arbitraire). En outre, il sollicite l'assistance judiciaire. 