Sachverhalt: A. Die Kantonspolizei Obwalden begleitete in den frühen Morgenstunden des 11. August 2011 einen Ausnahmetransport von Lungern in Richtung Luzern. Der Konvoi von drei Sattelschleppern wurde von einem Polizeifahrzeug angeführt und von einem Begleitfahrzeug abgeschlossen. X._ fuhr mit seinem Personenwagen auf der A 8 hinter dieser mit ca. 60 km/h fahrenden Fahrzeugkolonne her. Dabei schloss er wiederholt bis auf ca. 4 - 5 m auf das hintere Begleitfahrzeug auf. Um ca. 02.52 Uhr wechselte er bei Alpnach über eine doppelte Sicherheitslinie auf die Gegenfahrbahn, überholte das Begleitfahrzeug sowie die Sattelschlepper und bog hinter dem Polizeifahrzeug wieder auf seine Fahrspur ein. Am 7. November 2011 verurteilte die Staatsanwaltschaft des Kantons Obwalden X._ wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln in Anwendung von Art. 90 Ziff. 2 SVG i.V.m. Art. 27 Abs. 1, Art. 34 Abs. 2 und 4 SVG, Art. 12 Abs. 1 VRV sowie Art. 26 Abs. 1 und Art. 73 Abs. 6 SSV zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen und einer Busse von Fr. 1'200.--. Der Strafbefehl blieb unangefochten. Am 28. Dezember 2011 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Luzern X._ den Führerausweis wegen schwerer Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften im Sinn von Art. 16c Abs. 1 lit. a SVG für drei Monate. Am 20. Juli 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die Beschwerde von X._ gegen diese Entzugsverfügung ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und in Anwendung des Grundsatzes "ne bis in idem" von einem Führerausweisentzug abzusehen oder allenfalls eine Verwarnung auszusprechen. C. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verweis auf seinen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Denselben Antrag stellt das Bundesamt für Strassen. 