Faits: A. Par jugement du 7 octobre 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._ pour gestion déloyale aggravée (art. 158 ch. 1 al. 1 et 3 CP) à une peine pécuniaire de 360 jours-amende, à 100 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de 4 ans. X._ a également été astreint à verser à Y._ SA 117'409 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2004 et 13'409 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2005 ainsi qu'à l'Etat de Genève une créance compensatrice de 130'818 fr., créance que le Tribunal a allouée à Y._ SA. Cette autorité a également ordonné le séquestre du compte n° *** dont X._ est titulaire auprès de la banque A._ et de l'immeuble n° ** sis en la commune de B._ dont il est propriétaire, ce en garantie de la créance compensatrice. B. Par arrêt du 4 juillet 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a annulé ce jugement. Statuant à nouveau, elle a condamné X._ pour gestion déloyale aggravée (art. 158 ch. 1 al. 1 et 3 CP) à une peine privative de liberté de 15 mois assortie du sursis et d'un délai d'épreuve de 3 ans. Elle l'a en outre astreint à verser à l'Etat de Genève une créance compensatrice de 521'304 fr. et a ordonné, en garantie de cette créance, le séquestre du compte et de l'immeuble précités. Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants: B.a La société anonyme de droit français C._, à la tête d'un groupe de sociétés actives dans la production et la distribution de meubles, notamment de cuisine, a constitué une société de commercialisation de ses produits en Suisse, sous la raison sociale D._ SA, le **** 1985. B.b En 1996, à la suite d'une procédure de redressement judiciaire, C._ a cédé ses actifs, dont les titres de D._ SA, à une société dont la raison sociale est devenue Y._ SA. Y._ SA détenait 75% des actions de D._ SA. Elle ne pouvait toutefois exercer les droits sociaux attachés à ses actions, faute d'avoir obtenu de D._ SA l'approbation prévue par ses statuts du transfert à elle-même des titres. Y._ SA était également la principale créancière de D._ SA. Elle assurait la cession, la production et la commercialisation de meubles de cuisine de plusieurs marques et à ce titre fournissait D._ SA. Elle tenait également sa comptabilité. X._ détenait quant à lui 25% des actions de D._ SA. Il en était le directeur puis, dès le 10 août 1994, l'administrateur unique avec signature individuelle. B.c A la suite de plusieurs agissements de X._ au nom de D._ SA - agissements pour lesquels ce dernier a été poursuivi mais non condamné -, Y._ SA a cessé d'approvisionner D._ SA à la fin de l'année 2002. Le 27 février 2003, elle a précisé aux clients de D._ SA que cette dernière n'était plus autorisée à livrer ses produits et qu'ils devaient s'acquitter de leurs paiements sur les comptes bancaires de Y._ SA. Les activités commerciales de D._ SA ont progressivement diminué pour totalement cesser depuis l'exercice 2003. Pour l'année 2003, D._ SA a toutefois réalisé un chiffre d'affaires de 187'422 francs, bien moins important que celui réalisé entre 1999 et 2001 qui oscillait entre 3'500'000 fr. et 4'200'000 francs. Elle n'a réalisé aucun chiffre d'affaires en 2004 ou 2005. B.d Des montants ont continué à être prélevés des comptes de D._ SA pour les années 2003, 2004 et 2005, à savoir des frais de personnel, comprenant notamment la rémunération de X._, des loyers, des frais de déplacement, administratifs et de représentation, notamment la prise en charge du véhicule de X._, pour un total de 521'304 francs. La Chambre d'appel a estimé que la distraction de ces montants était injustifiée et avait porté atteinte aux intérêts pécuniaires de D._ SA, sur lesquels X._ avait l'obligation de veiller. Elle l'a par conséquent jugé coupable de gestion déloyale aggravée du fait de ces prélèvements, ce alors que l'autorité de première instance n'avait retenu comme constitutifs d'infractions que les prélèvements opérés pour les années 2004 et 2005. Considérant que Y._ SA n'avait pas établi son dommage, elle a débouté cette dernière de ses conclusions civiles. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à son acquittement ainsi qu'à l'annulation de la créance compensatrice et du séquestre prononcés, subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision. D. Y._ SA forme également un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut à ce que X._ soit condamné à lui verser 521'304 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 30 juin 2006, à ce que la créance compensatrice prononcée lui soit allouée et à ce qu'il lui soit donné acte qu'elle a déclaré céder à l'Etat de Genève sa créance en dommages et intérêts à l'encontre de X._ à concurrence de la créance allouée. Subsidiairement, Y._ SA conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle sollicite également l'octroi de l'effet suspensif. E. Interpellés sur le recours de X._, l'autorité précédente s'est référée à l'arrêt attaqué, le Ministère public et Y._ SA ont conclu à son rejet. X._ puis Y._ SA ont déposé des observations. 