Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) stellte am 30. August 2007 fest, dass die X._ AG sowie die an ihr berechtigten A. und B.Y._ gegen das Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Börsenhandel (Börsengesetz [BEHG; SR 954.1]) verstossen hätten. Sie eröffnete über die X._ AG den bankenrechtlichen Konkurs und verbot den Eheleuten A. und B.Y._, eine bewilligungspflichtige Effektenhändlertätigkeit auszuüben oder hierfür zu werben. B. A.Y._ gelangte hiergegen am 3. Oktober 2007 für die X._ AG an das Bundesverwaltungsgericht. Er beantragte, die Eingabe mit jener seiner Gattin "zu verbinden", deren Beschwerde "ergänzend zum eigenen Sachvortrag" erfolge. Der Instruktionsrichter forderte die X._ AG am 10. Oktober 2007 auf, bis zum 12. November 2007 einen Kostenvorschuss von Fr. 4'000.-- zu leisten. Da dieser nicht fristgerecht bezahlt wurde, trat das Bundesverwaltungsgericht am 30. November 2007 auf ihre Beschwerde nicht ein. C. Die X._ AG beantragt mit Eingabe vom 22. Januar 2008 vor Bundesgericht, den Nichteintretensentscheid aufzuheben und das Bundesverwaltungsgericht anzuhalten, auf ihre Eingabe einzutreten sowie die "Kautionsfrist" neu anzusetzen. Sie macht geltend, die Zahlungsaufforderung nie rechtsgültig erhalten zu haben; sie bzw. ihr Organ A.Y._ hätten ohne eigenes Verschulden ihre Rechte nicht wahren können, woraus ihnen kein Nachteil erwachsen dürfe. Das Bundesverwaltungsgericht erklärt in seiner Vernehmlassung vom 12. März 2008 die erhobenen Vorwürfe als "in jeder Hinsicht ungerechtfertigt", verzichtet indessen darauf, konkrete Anträge zu stellen. Die Eidgenössische Bankenkommission beantragt mit Eingabe vom 3. April 2008, die Beschwerde abzuweisen. 