Sachverhalt: A. Die Y._ AG bezweckt gemäss ihrem Handelsregistereintrag die Fabrikation und den Handel mit keramischen Erzeugnissen. Sie wird vollumfänglich durch die X._ AG gehalten, deren Zweck im Erwerb, Halten und Verkaufen von Beteiligungen an Unternehmen aller Art des In- und Auslandes, insbesondere der keramischen Industrie, besteht. Die beiden Gesellschaften waren vom 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 1997 im Register für Mehrwertsteuerpflichtige eingetragen. Mit Wirkung ab 1. Januar 1998 unterstellten sich die Konzerngesellschaften der Gruppenbesteuerung. B. Gestützt auf das Ergebnis einer Kontrolle erhob die Eidgenössische Steuerverwaltung (im Folgenden: ESTV) für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 1997 mit Ergänzungsabrechnung (EA Nr. 28'404) vom 5. Juni 1998 von der Y._ AG eine Steuernachforderung in der Höhe von Fr. 715'300.-- wegen zu tief fakturierten Leistungen gegenüber ihrer Muttergesellschaft. Mit gleichem Datum stellte die ESTV zu Gunsten der X._ AG für die nämlichen Steuerperioden eine Gutschriftsanzeige (Nr. 75'808) über Fr. 735'591.-- für die dieser Gesellschaft zustehenden Vorsteuerabzüge aus. Daneben nahm die ESTV im Rahmen ihrer Steuerberechnung Vorsteuerkürzungen bzw. Vorsteuerausschlüsse vor, weil sie davon ausging, dass die X._ AG die von ihr bezogenen Aufwendungen nicht vollumfänglich zur Erzielung steuerbarer Umsätze verwendete. Sowohl die Ergänzungsabrechnung als auch die Gutschriftsanzeige wurden mit Entscheid der ESTV vom 29. Juni 2001 bestätigt. Mit Entscheid vom 8. Juli 2004 wies die ESTV die seitens der Y._ AG sowie der X._ AG erhobene Einsprache ab. C. Mit Urteil vom 20. November 2007 hiess das Bundesverwaltungsgericht, welches das Verfahren von der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, die von der Y._ AG und der X._ AG erhobene Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut, hob den Einspracheentscheid bezüglich der Gutschriftsanzeige gegenüber der X._ AG (Ziff. 3 des Entscheids) auf und wies die Sache zur erneuten Berechnung der Höhe des Vorsteuerabzugs an die Vorinstanz zurück. D. Mit Eingabe vom 11. Januar 2008 erhebt die X._ AG beim Bundesgericht gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, es sei ihr der Vorsteuerabzug auf den Projektkosten von Fr. 626'526.-- für das Jahr 1996 sowie von Fr. 2'511'954.-- für das Jahr 1997 zuzüglich Zins in der Höhe von 5 % pro Jahr seit dem 5. Juni 1998 zu gewähren. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst mit Vernehmlassung vom 26. Februar 2008 auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. E. Mit als "Replik" bezeichneter Eingabe vom 14. März 2008 nimmt die X._ AG zu verschiedenen Punkten der von der ESTV eingereichten Vernehmlassung Stellung. Mit Verfügung vom 19. März 2008 lässt das Präsidium der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung einen zweiten Schriftenwechsel anordnen. Mit Stellungnahme vom 22. April 2008 beantragt die ESTV, die unaufgefordert eingereichte Replik aus dem Recht zu weisen; im Übrigen hält sie an ihrem Antrag auf Abweisung der Beschwerde fest. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme. 