Faits: A. A.a Z._, de nationalité slovaque et suisse, a exercé la profession d'enseignant en Suisse jusqu'en 1989. Par prononcé du 10 février 1993, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'OAI) lui a octroyé une rente entière d'invalidité à compter du 1er novembre 1990 en raison de divers troubles neurologiques et psychiques. A la suite d'une dénonciation de l'ex-épouse de l'assuré, l'OAI a entrepris successivement trois procédures de révision, en juin 1994, en mars 1996 et en octobre 2002. Dans le cadre de l'instruction de la deuxième, il a été établi que Z._ avait été employé par la bibliothèque X._ depuis le mois de juillet 1993 jusqu'en juin 1996. Au cours de cette période, il avait perçu un salaire mensuel moyen de 7'288.60 couronnes slovaques (SK), soit un montant de 241.94 euros selon le taux de conversion fixé au 1er janvier 2009 (date à partir de laquelle l'euro a eu cours légal en Slovaquie). Nonobstant les faits mis en lumière au cours de ces trois procédures de révision, le droit à la rente entière d'invalidité a été confirmé par l'OAI. A.b Le 17 juin 2006, Z._ a été élu en qualité de député du Conseil national de la République slovaque. Il a également été nommé vice-président de la Commission du Conseil national de la République slovaque pour les affaires étrangères. Pour la première de ces charges, l'assuré percevait en 2006 un montant de 51'900 SK (soit 1'722.76 euros), auquel il y a lieu d'ajouter 2'500 SK (soit 82.98 euros) pour la vice-présidence d'une commission et 80 % du salaire de base au titre d'indemnités pour frais, ce qui représente un revenu total mensuel de 95'920 SK (soit 3'183.96 euros). Le 19 septembre 2007, l'OAI a suspendu, au titre de mesures provisionnelles, le versement de la rente entière d'invalidité dont bénéficiait l'assuré et l'a informé de l'ouverture d'une procédure de révision de son droit à la rente. Considérant l'assuré comme étant domicilié en République slovaque au plus tard depuis son élection au parlement en juin 2006, l'OAI a transmis le dossier à l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger (ci-après: l'OAIE) pour compétence. A.c Par projet de décision du 17 décembre 2007, confirmé par décision du 3 avril 2008, l'OAIE a supprimé la rente d'invalidité dont bénéficiait Z._ avec effet rétroactif au 1er juillet 2006. B. Saisi d'un recours de Z._ contre cette décision, le Tribunal administratif fédéral l'a rejeté par arrêt du 17 février 2009. C. Z._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en concluant, sous suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que la rente entière d'invalidité est maintenue et que la reprise du versement soit ordonné dès le mois de septembre 2007. L'OAIE conclut au rejet du recours. Au terme d'un préavis circonstancié, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) propose de rejeter le recours. 