Sachverhalt: A. Der Staat Zürich ist Eigentümer des unüberbauten Grundstücks Kat.-Nr. WO5849 mit einer Fläche von rund 16'500 m2 an der Morgentalstrasse in Zürich-Wollishofen. An der südöstlichen Flanke weist Kat.-Nr. WO5849 einen langen Einschnitt auf. Dort befindet sich die überbaute Liegenschaft Kat.-Nr. WO6054. Nach der Bau- und Zonenordnung der Stadt Zürich von 1963 (BZO 1963) lag Kat.-Nr. WO5849 überwiegend, d.h. mit rund 12'700 m2, in der Freihaltezone; insgesamt knapp 3'800 m2 entlang der Morgentalstrasse - westlich und östlich anschliessend an Kat.-Nr. WO6054 - befanden sich hingegen in der Wohnzone D. Mit der vom Volk am 17. Mai 1992 angenommenen Bau- und Zonenordnung (BZO 1992) wurde bloss eine Teilfläche von ca. 595 m2 entlang der Westseite von Kat.-Nr. WO6054 der neuen Bauzone W2 zugeteilt; die Restfläche von Kat.-Nr. WO5849 wurde zur Freihaltezone geschlagen. Die Zuweisung zur Freihaltezone galt mit anderen Worten ebenfalls für die beiden übrigen Teilflächen, die zur altrechtlichen Wohnzone D gehört hatten; dabei handelt es sich um den weiter westlich gelegenen Bereich an der Morgentalstrasse (ca. 3'060 m2) und eine kleine, östlich an Kat.-Nr. WO6054 angrenzende Teilfläche (ca. 141,8 m2). Nachdem der Regierungsrat eine Teilgenehmigung der BZO 1992 im Bereich der neuen Freihaltezonen beschlossen hatte, traten diese Festlegungen am 11. Oktober 1997 in Kraft. B. Am 5. Mai 1998 meldete der Staat Zürich gegenüber der Stadt Zürich eine Entschädigungsforderung aus materieller Enteignung an; in der Folge wurde das Schätzungsverfahren durchgeführt. Die Schätzungskommission I des Kantons Zürich stellte mit Entscheid vom 18. August 2005 fest, dass die Umteilung der ca. 3'060 m2 und ca. 141,8 m2 messenden Teilflächen von der altrechtlichen Wohnzone D zur Freihaltezone keine materielle Enteignung bewirkt habe. Weiter anerkannte die Schätzungskommission das Heimschlagsrecht des Grundstückseigentümers für die genannten beiden Teilflächen und den ca. 595 m2 grossen Streifen in der neuen Bauzone; die Behörde verweigerte aber das Heimschlagsrecht für die restliche Grundstücksfläche. Für die heimgeschlagenen Flächen setzte die Schätzungskommission unter Vorbehalt des genauen Nachmasses folgende Beträge fest: für die ca. 595 m2 Bauland je Fr. 1'100.--/m2, für die daran westlich anschliessenden ca. 210 m2 je Fr. 150.--/m2 und für die übrigen ca. 2'850 m2 im westlichen Bereich je Fr. 30.--/m2 sowie für die ca. 141,8 m2 im östlichen Parzellenbereich je Fr. 15.--/m2. C. Der Staat Zürich rekurrierte gegen den Entscheid der Schätzungskommission an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dabei wandte er sich gegen die Feststellung, dass keine materielle Enteignung vorliege, und verlangte höhere Heimschlagsentschädigungen. Den Umfang des Heimschlagsrechts focht er jedoch nicht an. Das Verwaltungsgericht wies den Rekurs am 7. Dezember 2006 ab. Den Entscheid des Verwaltungsgerichts zog der Staat Zürich mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht weiter. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 14. August 2007 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gut und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurück (Verfahren 1A.36/2007). Daraufhin nahm das Verwaltungsgericht das Verfahren wieder auf. Am 6. Dezember 2007 fällte es seinen neuen Entscheid. Dabei hielt es fest, dass der Staat Zürich inzwischen die Höhe des Entschädigungsbegehrens bezüglich Bauland von Fr. 1'372.--/m2 auf Fr. 1'100.--/m2 reduziert habe. Insofern ging das Verwaltungsgericht von einem Teilrückzug des Rekurses aus. Im Übrigen wies es das Rechtsmittel wiederum ab. D. Mit Eingabe vom 6. Februar 2008 erhebt der Staat Zürich gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er verlangt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Es sei festzustellen, dass die Zuweisung von total ca. 3'201,8 m2 zur Freihaltezone eine materielle Enteignung darstelle; die Stadt Zürich sei zu verpflichten, dafür eine Entschädigung von Fr. 1'100.--/m2 zu bezahlen. Für den Fall, dass dieser Hauptantrag nicht gutgeheissen werde, sei eventualiter die Heimschlagsentschädigung für die beiden Teilflächen von ca. 2'850 m2 und von ca. 141,8 m2 auf je Fr. 50.--/m2 zu erhöhen. In der Folge ist das Beschwerdeverfahren beim Bundesgericht antragsgemäss bis Ende 2008 sistiert worden, weil zwischen den Parteien Vergleichsverhandlungen geführt wurden. Nach Mitteilung der Parteien, dass die zwischen ihnen geführten Verhandlungen zu keinem Ergebnis geführt hätten, ist das Verfahren mit Verfügung vom 13. Januar 2009 wieder aufgenommen worden. Mit Vernehmlassung vom 18. Februar 2009 beantragt die Stadt Zürich die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat sich innert gesetzter Frist nicht vernehmen lassen. 