Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 27. Januar 2000 sprach die IV-Stelle Basel-Stadt der 1967 geborenen L._ rückwirkend ab 1. Mai 1998 eine halbe Invalidenrente zu. Am 25. Mai 2001 teilte sie der Versicherten mit, eine Überprüfung des Invaliditätsgrades habe keine rentenbeeinflussende Änderung ergeben. Im Rahmen des im Mai 2004 angehobenen Revisionsverfahrens veranlasste die Verwaltung eine rheumatologische und eine psychiatrische Begutachtung. Gestützt auf die diesbezüglichen Ergebnisse verfügte die IV-Stelle am 2. Februar 2006 ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 27% die Aufhebung der Invalidenrente per Ende März 2006. Daran hielt sie nach Einholung einer Stellungnahme des RAD vom 6. Juli 2007 mit Einspracheentscheid vom 13. Juli 2007 fest. B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 16. Juli 2008 gut, hob den Einspracheentscheid vom 13. Juli 2007 auf und sprach der Versicherten ab 1. April 2006 eine Viertelsrente zu. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle Basel-Stadt die Aufhebung des Entscheids des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 16. Juli 2008 und ersucht um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Das kantonale Gericht und L._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde, das Bundesamt für Sozialversicherungen auf deren Gutheissung. Die Pensionskasse Basel-Stadt verzichtet auf eine Stellungnahme. D. Mit Verfügung der Instruktionsrichterin vom 30. Januar 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 