Sachverhalt: A. Im Jahr 2001 praktizierte X._ als Anwalt in Bern, wo er auch wohnte. Seit 1979 ist er zudem Eigentümer des Schlosses S._ (Baujahr 1748) in A._. Das Schloss und der dazugehörende Park unterstehen dem Gesetz über den Schutz der Kulturgüter des Kantons Freiburg. Mit Verfügungen vom 11. August 2004 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern X._ und seine Ehefrau Y._ für die Steuerperiode 2001 in Abweichung der Selbstschatzung für ein steuerbares Einkommen von Fr. 717'019.-- bei den Kantons- und Gemeindesteuern bzw. von Fr. 732'169.-- bei der direkten Bundessteuer. B. Eine gegen die Veranlagungsverfügungen gerichtete Einsprache der Steuerpflichtigen wurde am 10. August 2006 (nur) teilweise gutgeheissen und das steuerbare Einkommen auf Fr. 564'591.-- bei den Kantons- und Gemeindesteuern bzw. auf Fr. 582'141.-- bei der direkten Bundessteuer herabgesetzt. Hiergegen rekurrierten die Steuerpflichtigen bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese wies den Rekurs am 10. Juni 2008 unter Vornahme einer "reformatio in peius" ab und erhöhte das steuerbare Einkommen auf Fr. 609'600.-- bei den Kantons- und Gemeindesteuern bzw. auf Fr. 625'500.-- bei der direkten Bundessteuer. Gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission beschwerten sich die Steuerpflichtigen beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 4. Juni 2009 teilweise gut, hob den angefochtenen Entscheid der Steuerrekurskommission auf und wies die Sache zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurück. C. Mit Eingabe vom 9. Juli 2009 führen die Ehegatten X._ und Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 und die Zulassung weiterer Abzüge vom steuerbaren Einkommen. Eventualiter sei die Sache zwecks Neuveranlagung unter Zulassung der beantragten Abzüge an die Vorinstanz bzw. an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurückzuweisen. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Mit Eingabe vom 4. Januar 2010 nehmen die Steuerpflichtigen unaufgefordert zum Vernehmlassungsergebnis Stellung. Mit Verfügung vom 17. Juli 2009 lehnte es der Präsident der Il. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ab, der Beschwerde die beantragte aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. 