Sachverhalt: A. Die am 29. Juni 1991 geborene A._ leidet an Geburtsgebrechen, weshalb ihr die Invalidenversicherung diverse Leistungen (medizinische und pädagogisch-therapeutische Massnahmen, Hilfsmittel, Sonderschulung, Pflegebeiträge) zusprach. Mit Verfügung vom 10. November 2003 hob die IV-Stelle Bern den Pflegebeitrag per 31. Dezember 2003 auf und gewährte der Versicherten ab 1. Januar 2004 bis 30. Juni 2004 eine Hilflosenentschädigung für mittelschwere Hilflosigkeit, was sie mit Verfügung vom 2. November 2004 bis 30. Juni 2007 (Revision; höchstens bis zur Vollendung des 18. Altersjahres) bestätigte. Mit Verfügung vom 26. November 2007 hob sie die Hilflosenentschädigung revisionsweise per 31. Dezember 2007 auf. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies die Einzelrichterin des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern ab (Entscheid vom 23. Februar 2009). C. Mit Beschwerde beantragt die Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache an die Vorinstanz, eventuell an die IV-Stelle, zur Neubeurteilung und nötigenfalls zur ergänzenden Sachverhaltsabklärung zurückzuweisen; eventuell sei ihr ab 1. Januar 2008 eine Hilflosenentschädigung für leichte Hilflosigkeit zuzusprechen; vor Bundesgericht sei ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf Vernehmlassung, wobei Erstere Beschwerdeabweisung verlangt. Am 7. Juli 2009 reicht die Versicherte eine Kopie ihrer gleichentags bei der IV-Stelle erfolgten Anmeldung (Hilflosenleistungen für Erwachsene) ein. 