Faits: A. X._, ressortissant kosovar né en 1981, est arrivé en Suisse avec ses parents et ses trois frères et soeur en juillet 1991 pour y demander l'asile. Cette requête a été définitivement rejetée le 3 août 1993. L'intéressé a séjourné en Allemagne de 1994 à 1997, avant de retourner dans sa patrie. Il est revenu en Suisse en novembre 1998 afin d'y déposer une seconde demande d'asile, qui a été rejetée le 4 octobre 1999; un délai au 31 mai 2000 lui a été imparti pour quitter le pays. Le 22 avril 2000, il a contracté mariage avec Y._, ressortissante espagnole née en 1980 et titulaire d'une autorisation d'établissement. Il a ainsi obtenu une autorisation de séjour aux fins de regroupement familial. Le couple s'est séparé en décembre 2001 ou janvier 2002; une fille, C._, est née en 2002. Le 3 décembre 2002, l'intéressé s'est vu délivrer une autorisation de séjour CE/AELE valable jusqu'au 27 octobre 2007. B. Entre 2001 et 2007, X._ a été condamné à plusieurs re-prises, soit en particulier: - à vingt-cinq jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans et à 1'400 fr. d'amende, pour violation grave des règles de la circulation routière (ordonnance pénale du 25 juin 2001); - à trente jours d'emprisonnement et à une amende de 200 fr. avec sursis pendant trois ans, pour lésions corporelles simples et contravention au règlement général de police de la commune de D._; le sursis prononcé le 25 juin 2001 n'a pas été révoqué (ordonnance du 7 mai 2002); - à une peine ferme de quinze jours d'emprisonnement pour ivresse au volant, les sursis prononcés les 25 juin 2001 et 7 mai 2002 étant main-tenus (ordonnance du 25 septembre 2003); - à une peine ferme de trente jours d'emprisonnement pour diverses violations des règles de la circulation routière (ordonnance du 8 décembre 2005); - à une peine ferme de soixante jours-amende, pour violation simple et grave des règles de la circulation, les faits remontant à septembre 2006 (ordonnance pénale du 18 avril 2007). Au cours de son séjour en Suisse, l'intéressé a occupé divers emplois, notamment en tant que manoeuvre et dans le domaine de la vente. Il a été licencié une première fois en raison de ses absences répétées. Par la suite, il a occupé différents postes peu qualifiés. A deux reprises, il a bénéficié d'indemnités de chômage sur plusieurs mois. Du 1er septembre 2004 au 31 janvier 2007 il est resté au service de la même entreprise, au sein de laquelle il a été promu au poste d'instructeur régional spécialisé. Il a ensuite trouvé un nouvel emploi de durée déterminée, de mai à fin août 2007. C. Auditionné le 31 octobre 2005 dans le cadre de l'examen de ses conditions de séjour, X._ a déclaré n'avoir jamais repris la vie commune avec sa femme depuis leur séparation. Il a indiqué que les démarches en vue du divorce n'avaient été entreprises que depuis peu, dans la mesure où il s'entendait bien avec son épouse. Cette dernière avait la garde de C._; il voyait la petite une fois par semaine et ne payait aucune pension en faveur de sa femme ou de sa fille mais versait néanmoins 200 fr. par mois lorsque la situation le permettait. Divers membres de sa famille séjournaient en territoire helvétique, à savoir une tante, deux oncles et quatre cousins, alors que ses parents et ses trois frères et sa soeur résidaient "à l'étranger". Entendue à son tour le 6 mars 2006, Y._ a confirmé n'avoir jamais plus cohabité avec son époux depuis leur séparation, tout en expliquant qu'une procédure de divorce n'avait pu être engagée que récemment en raison de difficultés financières. Elle a déclaré que sa fille était heureuse de voir son père un jour par semaine, tout en préci-sant qu'elle ne souhaitait pas reprendre la vie commune. Pour le surplus, elle a corroboré les dires de son mari. Le divorce des époux X._-Y._ a été prononcé le 28 juin 2006. La garde de C._ a été confiée à sa mère, l'intéressé disposant d'un libre droit de visite tout en étant astreint au versement de contributions d'entretien mensuelles de 600 fr. jusqu'aux six ans de sa fille, 650 fr. jusqu'à l'âge de douze ans révolus, puis de 700 fr. jusqu'à la majorité et/ou l'indépendance financière. D. Le 2 juin 2006, le Service cantonal a révoqué l'autorisation de séjour CE/AELE de l'intéressé dans la mesure où son mariage n'existait plus que formellement, mais a déclaré être favorable à la délivrance d'une autorisation de séjour annuelle en sa faveur, sous réserve de l'approbation de l'Office fédéral des migrations (ci-après: l'Office fédéral). Il l'a toutefois rendu attentif au fait que ses condamnations pouvaient motiver une expulsion et l'a invité à modifier son comportement. Le 7 février 2007, l'Office fédéral a refusé son approbation à la prolongation de l'autorisation de séjour de l'intéressé et prononcé son renvoi de Suisse. Par arrêt du 18 septembre 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de X._ contre la décision de l'Office fédéral du 7 février 2007. Il a considéré en substance que l'intéressé et sa fille n'avaient jamais vécu sous le même toit et que leurs liens affectifs et économiques ne pouvaient être considérés comme particulièrement forts. L'intéressé n'avait par ailleurs pas adopté un comportement irréprochable au cours de son séjour en Suisse. Dans ces conditions, la décision querellée ne violait pas l'art. 8 CEDH et X._ ne pouvait en tirer aucun droit à la prolongation de son autorisation de séjour. L'Office fédéral n'avait au surplus ni excédé ni abusé de son pouvoir d'appréciation. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 18 septembre 2009 et de dire qu'il a droit à la délivrance d'une autorisation de séjour et de travail. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint pour l'essentiel d'une application arbitraire de l'art. 8 CEDH et reproche à l'Office fédéral d'avoir exercé son pouvoir d'appréciation de façon arbitraire. Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours et l'Office fédéral propose son rejet. 