Faits: A. Le 7 décembre 1998, B._ (née en 1948), veuve et mère de deux enfants, a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité tendant à l'octroi de mesures médicales de réadaptation spéciales, en raison d'une cataracte diagnostiquée en 1996. L'assurée a subi une double opération de la cataracte les 30 mars 1999 (oeil droit) et 26 mai 1999 (oeil gauche), ensuite de laquelle l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) lui a alloué des mesures médicales pour une durée de deux fois quatre mois à compter du 30 mars 1999 (communication du 27 octobre 1999). L'assurée a également bénéficié d'indemnités journalières durant son hospitalisation (les 30 et 31 mars, 26 et 27 mai 1999), la période de convalescence (du 22 juin au 9 août 1999; décision du 16 décembre 1999), puis la période consécutive jusqu'au 11 février 2000 (décision du 6 mars 2000), pendant laquelle elle était incapable de travailler dans les deux professions qu'elle exerçait jusqu'alors (pharmacienne assistante et enseignante de musique). A la demande de l'office AI, B._ a complété le 5 février 2001 un questionnaire relatif à un nouvel examen du droit aux prestations de l'assurance-invalidité. Elle a sollicité des mesures médicales à cause d'une cataracte secondaire, des mesures professionnelles et des indemnités journalières. Elle a précisé ne plus exercer d'activité professionnelle depuis le 4 septembre 2000, en raison des problèmes de vue. L'assurée a été opérée les 7 février 2001 (capsulotomie de l'oeil gauche en raison de la cataracte secondaire) et 2 mai 2001 (en raison d'un oedème sur la rétine). Après que le docteur S._, spécialiste en ophtalmologie auprès de la Clinique X._, a fait état d'une amélioration de l'état de santé de sa patiente (rapport du 7 juin 2001), l'office AI a soumis l'assurée à un examen auprès des docteurs A._ et U._, médecins auprès de son Service médical régional AI (SMR; rapports des 21 décembre 2001 et 10 janvier 2002). Entre autres décisions rendues entre 2002 et 2009, l'office AI a octroyé à B._ des moyens auxiliaires et des mesures professionnelles sous la forme d'un cours en médiation de base, puis de spécialisation et de supervision, auprès de l'école Y._ , ainsi que des indemnités journalières correspondantes. Le 28 août 2008, l'assurée a obtenu le diplôme de médiatrice de la Fédération suisse des associations de médiations ("Médiatrice SDM-FSM"). Faisant suite à une communication du 3 février 2010, l'office AI a, par décisions du 8 mars 2010, alloué à B._ des indemnités journalières durant le délai d'attente courant du 5 juin 2001 au 13 février 2005, sous déduction des indemnités journalières versées du 19 au 26 janvier 2004. Après que l'assurée a fait valoir qu'elle avait droit à une indemnité journalière du 12 février 2000 au 13 février 2005, l'administration l'a informée qu'elle allait bénéficier d'une rente entière d'invalidité du 1er mars 2000 au 31 mai 2001, soit jusqu'au moment où elle avait perçu des indemnités journalières d'attente (projet d'acceptation de rente du 25 août 2010), en sus d'une demi-rente d'invalidité déjà accordée, de juin 2008 à février 2010 (décision du 22 mars 2010), puis dès le 1er mars 2010 (décision du 22 février 2010). Bien que B._ ait maintenu son point de vue sur son droit à des indemnités journalières du 12 février 2000 au 31 mai 2001, l'office AI lui a, par décision du 31 mars 2011, alloué une rente entière d'invalidité, fondée sur un degré d'invalidité de 100%, du 1er mars 2000 au 31 mai 2001. Le montant de la rente versé à titre rétroactif était réduit en fonction des prestations déjà perçues par l'assurée durant la période litigieuse (décision du 31 mars 2011). Le 29 avril 2011, l'office AI a reconnu le droit de B._ à deux rentes pour enfant du 1er mars 2000 au 31 mai 2001, pour un montant total de 16'300 fr., dont il a déduit la somme de 4140 fr. compte tenu des rentes d'orphelin déjà versées (compensation des rentes d'orphelins de l'assurance-vieillesse et survivants [AVS] déjà versées, réduites en raison du plafonnement des prestations; cf. décision de l'AVS du 29 avril 2011). B. Statuant le 25 février 2013 sur le recours formé par l'assurée contre les décisions des 31 mars et 29 avril 2011, la juridiction cantonale l'a rejeté. C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut principalement à la réforme de la décision de l'office AI du 31 mars 2011 en ce sens qu'elle a droit à des indemnités journalières d'attente du 12 février 2000 au 31 mai 2001 avec des intérêts moratoires, ainsi qu'à l'annulation de la décision du 29 avril 2011. A titre subsidiaire, elle conclut à ce que la décision du 31 mars 2011 soit annulée et la cause renvoyée à la juridiction cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. 