Sachverhalt: A. B._, geboren 1955, war seit dem 1. Oktober 1971 in der Firma C._ beschäftigt, zuletzt als Geschäftsführer Administration/Finanzen, und bei der Branchen Versicherung Schweiz (vormals Metzger Versicherungen) für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert. Am 10. Oktober 2006 erlitt er einen Autounfall. Es kam morgens um 05.30 Uhr auf einer Kreuzung zu einer Kollision mit einem anderen, nicht vortrittsberechtigten Verkehrsteilnehmer, welcher, wie sich aus den Strafakten ergibt, mit übersetzter Geschwindigkeit ungebremst über die Verzweigung gefahren war. B._ nahm seine Arbeit nach dem Unfall zunächst wieder auf, litt jedoch unter Kniebeschwerden, vorbestehende Schwindelbeschwerden beziehungsweise Gleichgewichtsstörungen mit Gangunsicherheit wurden verstärkt und es traten psychische Beschwerden auf, die seine Leistungsfähigkeit einschränkten. Es kam zu wiederholten, ärztlich attestierten Arbeitsunfähigkeiten. Per 31. Dezember 2007 wurde ihm seine Arbeitsstelle gekündigt. Die Branchen Versicherung Schweiz anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach. Mit Verfügung vom 13. August 2007 stellte sie ihre Versicherungsleistungen indessen für die psychischen Unfallfolgen per 11. Juni 2007 ein mit der Begründung, dass es an der adäquaten Kausalität fehle, während sie für die somatischen Beschwerden weiterhin Versicherungsschutz gewährte; mit Einspracheentscheid vom 27. September 2007 stellte sie fest, dass eine unfallbedingte Arbeitsfähigkeit nicht mehr bestehe, weshalb einzig noch Heilbehandlung für die unfallkausale Fusshebeparese erbracht werde. B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 22. Oktober 2009 teilweise gut. Dem Beschwerdeführer wurden ab dem 12. Juni 2007 weiterhin Leistungen der Unfallversicherung (Heilbehandlung und Taggeld) zugesprochen und die Sache wurde an die Branchen Versicherung Schweiz zurückgewiesen zur Vornahme des Fallabschlusses im richtigen Zeitpunkt. Das Gericht holte bei der Gutachterstelle Y._, welche B._ im Auftrag der Invalidenversicherung untersucht hatte (Gutachten vom 17. Juni 2008), ein Ergänzungsgutachten vom 2. Juni 2009 ein und kam gestützt darauf zum Schluss, dass der Beschwerdeführer zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung zufolge somatischer Beschwerden noch in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt und eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mit überwiegender Wahrscheinlichkeit noch möglich gewesen sei. Erst zu gegebener Zeit werde die Beschwerdegegnerin den Fall abzuschliessen und die adäquate Kausalität der psychischen beziehungsweise organisch nicht objektivierbaren Beschwerden zu prüfen haben. C. Die Branchen Versicherung Schweiz führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Bestätigung des Einspracheentscheides vom 27. September 2007 sei festzustellen, dass der Versicherte ab dem 12. Juni 2007 keinen Anspruch auf Versicherungsleistungen mehr hat. Während B._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung. 