Sachverhalt: A. X._ war seit 1981 in der Abteilung Sicherheit der Eidgenössischen Technischen Hochschule (ETH) Zürich tätig. Am 8. April 2003 ordnete der Präsident der ETH Zürich eine Administrativuntersuchung über die Abteilung an. Mit der Untersuchung wurde ein externer Rechtsanwalt beauftragt. Aufgrund der Ergebnisse des Untersuchungsberichts vom 16. Juli 2003 erstattete die ETH Zürich am 9. September 2003 Strafanzeige gegen X._. Tags darauf stellte der Präsident der ETH X._ frei und mit Verfügung vom 27. Oktober 2003 kündigte der Präsident der ETH Zürich das Arbeitsverhältnis mit X._ auf den 30. April 2004. Die Kündigung stützte sich auf Art. 12 Abs. 6 lit. a des Bundespersonalgesetzes vom 24. März 2000 (BPG; SR 172.220.1), wonach die Verletzung wichtiger gesetzlicher oder vertraglicher Pflichten die ordentliche Kündigung durch den Arbeitgeber gestattet. X._ wurde vorgeworfen, er habe während des Dienstes unerlaubt eine Waffe getragen, bei falsch parkierten Autos die Ventile entfernt und für das Abschleppenlassen von Fahrzeugen durch einen Abschleppdienst jeweils Fr. 20.-- entgegengenommen, wobei es keine Rolle spiele, dass er das Geld in eine gemeinsame Kasse gelegt habe. Weiter habe er Mitarbeiter zur Aussage bei der Polizei aufgefordert, Strafanzeige gegen ETH-Angehörige erstattet, mutwillig Gegenstände angezündet, Mitarbeiter angewiesen, einer Aufforderung des Leiters der Sicherheitsabteilung keine Folge zu leisten, während der Nacht ETH-Material zu Dritten transportiert und unverhältnismässige Gewalt angewendet. Mit Urteil vom 13. Juli 2004 bestätigte die ETH-Beschwerdekommission die Gültigkeit der Kündigung. Das Urteil wurde nicht angefochten und erwuchs in Rechtskraft. B. Mit Gesuch vom 2. November 2006 beantragte X._ die Revision des Urteils vom 13. Juli 2004. Er begründete seinen Antrag insbesondere mit der Einstellung des gegen ihn eingeleiteten Strafverfahrens und mit das Kündigungsverfahren betreffenden Informationen, von welchen er im Strafverfahren erfahren habe. Die ETH-Beschwerdekommission wies das Revisionsgesuch ab, soweit sie darauf eintrat. Das in der Folge von X._ angerufene Bundesverwaltungsgericht hiess die gegen diesen Entscheid gerichtete Beschwerde wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtmässige Zusammensetzung der Entscheidbehörde im Wesentlichen gut und wies die Angelegenheit an die ETH-Beschwerdekommission zurück. Mit Urteil vom 22. April 2008 wies die ETH-Beschwerdekommission das Revisionsgesuch vom 2. November 2006 erneut ab, soweit sie darauf eintrat. Ein dagegen erhobenes Rechtsmittel wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 29. September 2008 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 3. November 2008 beantragt X._, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Revisionsgesuch sei gutzuheissen. Sinngemäss beantragt er weiter, eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese die Nichtigkeit der Kündigung feststelle. Sodann sei festzustellen, dass das Arbeitsverhältnis weiterhin bestehe. Eventuell habe die ETH Zürich das Kündigungsverfahren aufgrund von unparteilichen und unverfälschten Aussagen nochmals einzuleiten. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die ETH-Beschwerdekommission beantragt die Abweisung der Beschwerde. Mit Schreiben vom 10. Januar 2009 reichte der Beschwerdeführer dem Bundesgericht unaufgefordert eine weitere Stellungnahme ein. 