Sachverhalt: A. Der 1957 geborene J._ war über seine letzte Arbeitgeberin, welche ihn vom 1. Juli 2003 bis 30. Juni 2004 beschäftigte, bei der Pensionskasse der Firma X._ (nachfolgend: Pensionskasse) für die berufliche Vorsorge versichert. Im November 2004 meldete er sich wegen Kniebeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Graubünden mit Verfügung vom 29. Februar 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 70 % ab 1. Juni 2005 eine ganze Invalidenrente zu. B. Die Beschwerde der Pensionskasse wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Entscheid vom 28. August 2008 ab. C. Die Pensionskasse lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der Entscheid vom 28. August 2008 sei aufzuheben und es sei als Hauptstandpunkt festzustellen, dass der Anspruchsbeginn auf Oktober 2005 festzulegen sei. J._ und das kantonale Gericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme. 