Sachverhalt: A. Y._ bestritt bei der Naturheilpraktikerin P._ mit Gesundheitspraxis in A._ eine sogenannte Cranio-Sacral-Therapie. Dabei sollen mit sanften manuellen Impulsen Blockaden des craniosacralen Systems (Schädel, Kreuzbein, Hirnhaut, Hirn- und Rückenmarksflüssigkeit) gelöst und die Selbstheilungskräfte des Körpers angeregt werden. Für diese Therapie erwuchsen der Steuerpflichtigen im Jahr 2006 Auslagen in Höhe von Fr. 3'625.--. B. Mit Veranlagungsverfügung vom 16. Oktober 2007 betreffend die Steuerperiode 2006 liess die Steuerbehörde die geltend gemachten Krankheitskosten, darunter die Fr. 3'625.-- für die Cranio-Sacral-Therapie, nicht zum Abzug zu. Eine Einsprache von X._ und Y._ wurde mit Entscheid vom 26. Februar 2008 zwar teilweise gutgeheissen, aber die Fr. 3'625.-- wurden nach wie vor nicht als abzugsfähig anerkannt. Die hiergegen gerichtete Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 5. Januar 2009 ab. Es qualifizierte die Auslagen für die Cranio-Sacral-Therapie nicht als abziehbare Krankheitskosten, weil einerseits die ärztliche Verordnung der Massnahme nicht nachgewiesen und damit deren medizinische Notwendigkeit für das Kalenderjahr 2006 nicht erstellt sei, und die Behandlung andererseits nicht von einer "anerkannten" Therapeutin durchgeführt worden sei. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts führen X._ und Y._ mit Eingabe vom 6. Februar 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen sinngemäss die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Rückweisung der Angelegenheit zur neuerlichen Veranlagung, wobei die Auslagen für die Cranio-Sacral-Therapie als abzugsfähige Krankheitskosten zu anerkennen seien. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichten auf eine eingehende Stellungnahme und schliessen auf Abweisung der Beschwerde. 