Faits : A. A.a. La société D._ SA, qui a pour administrateur B._, était locataire d'une surface commerciale de 525 m2, au 1er étage de l'immeuble sis avenue xxx 12b, à X._ (NE), ainsi que de huit places de parc non couvertes et d'une place de parc couverte, appartenant à A._, à Zurich. Le 14 novembre 2008, la bailleresse A._ a mise la locataire en demeure de s'acquitter dans un délai de trente jours d'un arriéré de loyer de 123'080 fr.80, sous menace de résiliation du contrat en application de l'art. 257d al. 2 CO. Le 28 janvier 2009, la bailleresse a résilié le bail avec effet au 28 février 2009, au motif que la sommation était demeurée vaine. La faillite de la locataire est survenue dans l'intervalle; elle prenait effet au 16 février 2009. A.b. Le 27 février 2009, D._ SA en liquidation (ci-après: D._), C._ SA (ci-après C._) et B._ ont conjointement ouvert action en annulation du congé devant l'autorité de conciliation compétente, puis devant le Tribunal civil du district de Neuchâtel; selon leurs conclusions, le bail devait être « repris » par C._. Le Tribunal civil s'est prononcé le 15 mars 2012, rejetant l'action dans la mesure où elle était recevable. Il a jugé que C._ et B._, faute d'être parties au contrat de bail à loyer, n'avaient pas qualité pour agir; D._ en liquidation ne pouvait pas non plus intenter une action en annulation du congé car cette démarche était étrangère aux opérations de liquidation d'une société; l'action en annulation du congé ne pouvait pas non plus tendre à imposer un autre partenaire contractuel à la bailleresse; par ailleurs, le tribunal a constaté que cette partie était créancière d'un montant de 146'074 fr. au jour de la sommation, de sorte que le congé était valable au regard de l'art. 257d CO et qu'il n'existait pas de motif d'annulation. Par arrêt du 18 décembre 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, saisie d'un appel des demandeurs, l'a rejeté dans la mesure où il était recevable. Comme D._ était seule locataire des locaux sis avenue xxx 12b, qu'il n'a pas été prouvé que C._ soit sous-locataire (ce qui n'aurait pas été suffisant pour lui permettre de contester la validité du congé), ni que le bail lui ait été transféré, la cour cantonale a confirmé que C._ et B._ n'avaient pas qualité pour agir en contestation du congé. Quant à D._, puisqu'elle se trouvait en liquidation, elle n'était pas autorisée à agir. Subsidiairement, la cour cantonale a examiné la question de la validité du congé et confirmé « un retard considérable dans le paiement du loyer et des charges », quoiqu'il ne lui fût « pas possible d'affirmer avec certitude et totale précision le montant du retard ». Par arrêt du Tribunal fédéral rendu le 13 mars 2013 (cause 4A_63/2013), le recours en matière civile déposé conjointement par D._, C._ et B._ a été déclaré irrecevable, pour défaut de motivation suffisante au sens de l'art. 42 al. 2 LTF. Pour la juridiction fédérale, en tant que les recourants critiquaient le rejet de leur qualité pour agir, ils semblaient surtout faire valoir qu'un changement de locataire se serait produit après que D._ eut pris les locaux à bail; dès lors que leur argumentation divergeait des constatations de fait déterminantes et ne comportait pas de critiques suffisamment motivées de celles-ci, elle était irrecevable; quant aux griefs concernant l'existence d'un arriéré de loyer au 14 novembre 2008 et l'application de l'art. 257d CO, la motivation du recours était en tous points insuffisante; enfin, la requête d'assistance judiciaire devait être rejetée. La validité du congé donné le 28 janvier 2009 pour le 28 févier 2009 est donc en force et exécutoire, de sorte qu'elle ne peut pas être remise en question au cours de la procédure d'expulsion du locataire. A.c. Dans l'intervalle, la faillite de D._ a été suspendue faute d'actif par le Tribunal civil du district de Neuchâtel le 27 août 2009 et clôturée par le même tribunal le 2 novembre 2009. La société est néanmoins restée inscrite au registre du commerce avec la mention " en liquidation " en raison d'une opposition à sa radiation au sens de l'art. 159 al. 5 let. a ORC. B. Le 17 avril 2013, A._ a requis l'expulsion de D._ selon la procédure de protection dans les cas clairs de l'art. 257 CPC. Par décision du 23 mai 2013, la Juge du Tribunal civil de Neuchâtel a ordonné l'expulsion de l'ex-locataire, en lui fixant un délai au 3 juin 2013 pour quitter volontairement les lieux; elle a également pris les mesures d'exécution nécessaires conformément à l'art. 236 al. 3 CPC (cf. art. 219 CPC) pour le cas où l'ex-locataire ne s'exécuterait pas, en ordonnant que l'exécution forcée pourra être mise en oeuvre par le greffe du tribunal sur simple demande écrite de la bailleresse, le cas échéant avec l'aide de la force publique (art. 343 al. 3 CPC; art. 36-37 de la loi neuchâteloise d'introduction du code de procédure civile [LI-CPC; RS/NE 251.1]), ce qui rend superflue toute procédure d'exécution ultérieure au sens des art. 335 ss CPC (art. 337 al. 1 CPC). Par arrêt du 3 février 2014, le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté l'appel de l'ex-locataire dans la mesure de sa recevabilité et confirmé la décision du premier juge. C. C.a. Le 16 avril 2013, D._, C._, dont l'administrateur est également B._, et ce dernier à titre privé ont déposé une requête de preuve à futur devant le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers, aux fins de faire constater les dommages subis par les appareils se trouvant dans les locaux de l'avenue xxx 12b. Ils faisaient valoir l'impossibilité dans laquelle A._ les avait mis d'emporter dans de bonnes conditions le matériel technique particulièrement délicat et de très grande valeur - se référant au montant de 2'300'000 fr. figurant dans les comptes de C._ - qui se trouve dans les locaux anciennement loués par D._, l'important préjudice commercial qui résulte de l'immobilisation forcée de ce matériel et l'imminence du danger que " les agents du propriétaire procèdent au déménagement de ces équipements ", envisageant une future demande de dédommagement contre le propriétaire des locaux. C.b. Par ordonnance du 6 juin 2013, le Juge du Tribunal civil de Boudry a déclaré la requête irrecevable en tant qu'elle a été formée par D._ et l'a rejetée en tant qu'elle a été déposée par C._ et B._. Il a retenu que D._ SA en liquidation ne peut pas valablement solliciter une preuve à futur, les activités de celle-ci devant se limiter aux actes nécessaires à sa liquidation. Quant à C._ et B._, bien qu'ils n'aient pas eu qualité pour contester la résiliation du bail, il apparaît vraisemblable qu'ils soient - à tout le moins partiellement - propriétaires des équipements se trouvant dans les locaux précédemment remis à bail à D._. Le juge a toutefois rejeté leur requête de preuve à futur, considérant que la validité du congé était en force et exécutoire, que le principe d'une expulsion et donc un déplacement des équipements était acquis, seuls les modalités et le délai dans lequel celui-ci devait intervenir restant incertains; les requérants supportaient donc le risque d'un déménagement, de sorte qu'il leur appartiendra de tout mettre en oeuvre pour que l'opération se déroule bien. En tant qu'elle visait à faire effectuer des tests de fonctionnement des appareils pour prouver des dommages censés survenus depuis 2009, la requête était inutile dès lors que le fonctionnement antérieur de ceux-ci était inconnu. La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a, par arrêt du 3 février 2014, confirmé l'irrecevabilité de la requête déposée par D._. En revanche, la cour cantonale a admis celle de C._ et de B._: elle a considéré que la bailleresse soutenait qu'il s'agissait d'un déménagement ordinaire alors que ce n'était pas le cas, que la bailleresse se plaignait de leur refus d'évacuer les locaux alors que C._ et B._ affirmaient ne pas pouvoir accéder aux locaux car la bailleresse leur interdirait ou limiterait à l'excès l'accès auxdits locaux; elle en a déduit que l'hypothèse de la responsabilité de la bailleresse ne pouvait pas être écartée d'un revers de main et qu'une preuve à futur visant à déterminer l'état et la valeur actuels des équipements se trouvant dans les locaux paraissait légitime; en outre, vu la procédure d'expulsion engagée contre la seule D._, il n'était pas exclu que l'exécution de l'expulsion se déroule dans des conditions ne garantissant pas à C._ et à B._ que leurs biens allaient être traités avec le soin prétendument nécessaire, vu que la bailleresse n'avait pas manifesté jusque-là de grande considération pour leurs intérêts. La cour cantonale a enfin admis, contrairement au premier juge, que le moyen de preuve proposé était adéquat. D. Contre cet arrêt, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, le dirigeant uniquement contre C._ et B._ et concluant à la réforme de l'arrêt du 3 février 2014 en ce sens que la requête de preuve à futur des deux prénommés est rejetée. Elle se plaint d'appréciation arbitraire des faits et de fausse application de l'art. 158 CPC. C._ et B._ proposent le rejet du recours. 