Sachverhalt: A. Die 1962 geborene K._ leidet seit ihrer Kindheit an progredienten Gangstörungen (spastische Paraparese), welche sich 1998/99 deutlich verschlechterten. Nach einer mehrmonatigen Arbeitslosigkeit trat sie am 1. Juni 2000 beim Unternehmen C._ eine Stelle an und war damit bei der Vorsorgestiftung S._ berufsvorsorgeversichert. Vom 5. bis 10. Juli und 17. bis 24. August 2000 war sie vollständig arbeitsunfähig. Mit Wirkung auf Ende August 2000 wurde das Arbeitsverhältnis mit dem Unternehmen C._ aus gesundheitlichen Gründen aufgelöst. Vom 4. September bis 1. Dezember 2000 absolvierte K._ einen Bürofachkurs als arbeitsmarktliche Massnahme der Arbeitslosenversicherung. In der zweiten Septemberhälfte 2000 meldete sie sich unter Hinweis auf spastische Spinalparalyse bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an und beantragte Arbeitsvermittlung. Am 19. März 2001 trat K._ in der Firma T._ eine Vollzeitstelle als Telefonistin an und war fortan bei der Personalvorsorgestiftung M._ berufsvorsorgeversichert. Mit Schreiben vom 13. und 27. Juni 2001 teilte sie der IV-Stelle mit, dass sie mit einem Vollpensum aus gesundheitlichen Gründen überfordert sei. Gestützt auf die ärztlicherseits attestierte Arbeitsunfähigkeit von 50 % sprach die IV-Stelle K._ mit Wirkung ab 1. November 2002 eine halbe Invalidenrente zu (Verfügung vom 11. September 2002). Sowohl die Vorsorgestiftung S._ als auch die Personalvorsorgestiftung M._ verneinten einen Anspruch auf Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge. Erstere machte geltend, es bestehe kein zeitlicher Zusammenhang zwischen der Kündigung aus gesundheitlichen Gründen im August 2000 und dem Eintritt der Arbeitsunfähigkeit im November 2001. Letztere brachte vor, die Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt habe, habe bereits vor Eintritt in die Vorsorgeeinrichtung bestanden. B. Am 18. September 2007 erhob K._ sowohl gegen die Vorsorgestiftung S._ (Beklagte 1) als auch gegen die Personalvorsorgestiftung M._ (Beklagte 2) Klage mit dem Rechtsbegehren, die Beklagte 1, eventualiter die Beklagte 2, sei zu verpflichten, ihr aus dem Vorsorgeverhältnis spätestens ab 1. November 2002 eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 50 % gemäss den gesetzlichen und reglementarischen Bestimmungen auszurichten. Die Beklagte 1, eventualiter die Beklagte 2, sei zu verpflichten, sie auf den frühestmöglichen Zeitpunkt von der Beitragspflicht zu befreien. Die Beklagte 1, eventualiter die Beklagte 2, sei zu verpflichten, auf den Invalidenleistungen einen Verzugszins von 5 % spätestens ab dem Zeitpunkt der Klageeinreichung zu bezahlen. Mit Entscheid vom 15. Januar 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Klage gegen die Vorsorgestiftung S._ (zufolge Unterbrechung des zeitlichen Zusammenhanges) ab und verpflichtete die Personalvorsorgestiftung M._, unter Vorbehalt eines allfälligen Rentenaufschubes im Sinne von Art. 26 Abs. 2 BVG, ab 1. November 2002 eine halbe BVG-Invalidenrente auszurichten und die nachzuzahlenden Rentenbetreffnisse seit 18. September 2007 ab dem jeweiligen Fälligkeitstermin mit 5 % zu verzinsen. Soweit weitergehend wies es die Klage ab. C. Die Personalvorsorgestiftung M._ führt Beschwerde mit dem Rechtsbegehren, es sei in Aufhebung des kantonalen Entscheides die Klage der K._ gegen sie abzuweisen. 