Fatti: A. Il 28 luglio 2004, alle 22.30 circa, sul lago Ceresio, all'altezza dell'abitato di Morcote, si è verificata una collisione tra il motoscafo Lambro Mariner 220 pilotato da A.A._ e il motoscafo Cranchi CSL 28 condotto da B._. In seguito all'urto, C.A._, che si trovava seduta sulla plancia di prua del natante guidato dal marito A.A._, è stata scaraventata nel lago e, ferita alla testa, è deceduta poche ore dopo. Gli ulteriori quattro passeggeri dell'imbarcazione A._ hanno subito alcune ferite, mentre gli occupanti dell'altro natante sono rimasti illesi. B. Il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha aperto nei confronti di A.A._ e di B._ un procedimento penale per il titolo di omicidio colposo. Con decisione del 18 luglio 2008 il magistrato inquirente ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo essenzialmente che difettava il nesso di causalità adeguata tra la condotta degli indagati e il decesso della vittima: il comportamento di quest'ultima, seduta sulla prua dell'imbarcazione, relegava in secondo piano la disattenzione di entrambi i conducenti e la velocità inadeguata di B._. C. Contro il decreto di non luogo a procedere A.A._ ha presentato un'istanza di promozione dell'accusa alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), che l'ha respinta in quanto ricevibile con sentenza del 23 marzo 2009. La Corte cantonale ha rimproverato a B._ di avere disatteso gli obblighi della navigazione, agendo con imprevidenza colpevole. Ha tuttavia negato un nesso di causalità adeguata tra il suo comportamento e la morte della vittima siccome, in base al principio dell'affidamento, non avrebbe dovuto attendersi che quest'ultima si trovasse sulla prua dell'imbarcazione. Ha comunque rilevato che, nell'ipotesi in cui si volesse ammettere l'esistenza di una causalità adeguata, il comportamento azzardato della vittima ne comportava l'interruzione. D. A.A._ impugna questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di promuovere l'accusa di omicidio colposo nei confronti di B._ e di completare le informazioni preliminari mediante l'assunzione di una perizia giudiziaria volta ad accertare la velocità del motoscafo B._ a 2800 giri/motore ed a determinare se una velocità più adeguata avrebbe permesso di evitare la collisione. Il ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nell'apprezzamento delle prove, l'applicazione arbitraria del principio "in dubio pro reo" e la violazione del diritto federale, segnatamente per quanto concerne gli art. 12 cpv. 3 e 117 CP, come pure con riferimento all'applicazione del principio dell'affidamento nell'ambito della navigazione. E. La Corte cantonale si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre l'opponente e il magistrato inquirente postulano la reiezione del ricorso. 