Sachverhalt: A. A.a X._ (Auftraggeberin, Beklagte, Beschwerdeführerin) beauftragte die Y._ GmbH (Beauftragte, Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit der Erbringung von Architekturleistungen für den Bau ihres Einfamilienhauses in Spiez. A.b Die Beauftragte erstellte am 15. März 2007 eine erste Kostenschätzung für den Bau: "Total Investitionskosten" Fr. 1'557'623.--, "Anteil Baukosten" Fr. 911'279.--, Gebäudegrundfläche 100 m2, Rauminhalt 939 m3, Kubikmeterpreis Fr. 750.--/m3. Am 4. Juli 2007 erfolgte eine zweite Kostenschätzung: "Total Investitionskosten" Fr. 1'556'168.--, "Anteil Baukosten" Fr. 960'342.--, Gebäudegrundfläche neu 90 m2, Rauminhalt neu 1'002 m3, Kubikmeterpreis unverändert Fr. 750.--/m3. Daraufhin unterzeichneten die Parteien am 10. Juli / 14. September 2007 einen ersten Honorarvertrag für "voraussichtliches Honorar und Spesen" für Leistungen bis und mit Baueingabe in der Höhe von Fr. 49'853.-- (inkl. MwSt.), basierend auf einem anhand der aufwandbestimmenden Baukosten von Fr. 638'000.-- ermittelten durchschnittlichen Zeitaufwand von 349 Stunden. Am 26. Januar / 17. Februar 2008 unterzeichneten die Parteien einen zweiten Honorarvertrag, welcher den ersten Honorarvertrag ersetzte. Darin wurde ein voraussichtliches Honorar in der Höhe von Fr. 149'700.-- vereinbart, basierend auf einem Zeitaufwand von nunmehr 1'074 Stunden, bei gleichbleibenden aufwandbestimmenden Baukosten von Fr. 638'000.--. Am 12. März 2008 erstellte die Beauftragte eine dritte Kostenschätzung (nachfolgend: Schockofferte): "Total Investitionskosten" Fr. 1'712'214.--, "Anteil Baukosten" Fr. 1'116'388.--, Gebäudegrundfläche unverändert 90 m2, Rauminhalt unverändert 1'002 m3, Kubikmeterpreis neu Fr. 989.--/m3. Diese Kostenschätzung wurde am 5. April 2008 revidiert: "Total Investitionskosten" von Fr. 1'616'787.--, "Anteil Baukosten" Fr. 1'020'961.--, Gebäudegrundfläche unverändert 90 m2, Rauminhalt unverändert 1'002 m3, Kubikmeterpreis neu Fr. 881.--/m3. A.c Mit Schreiben vom 28. April 2008 teilte die Auftraggeberin der Beauftragten mit, dass ihr Vertrauen erloschen ist und bat sie um "Kenntnisnahme der Vertragsauflösung mit allen Folgen, rückwirkend ab 26. Januar 2008". B. B.a Am 29. April 2009 reichte die Beauftragte beim Regionalgericht Oberland Klage gegen die Auftraggeberin ein mit dem Begehren, die Auftraggeberin sei zu verurteilen, ihr einen Betrag von Fr. 51'178.-- nebst 5 % Zins seit dem 17. Juni 2008 zu bezahlen und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon in diesem Umfang aufzuheben. Mit Entscheid vom 21. November 2011 hiess das Regionalgericht Oberland die Klage teilweise gut und verurteilte die Beklagte, der Klägerin Fr. 46'093.90 nebst 5 % Zins seit dem 17. Juni 2008 zu bezahlen und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon in diesem Umfang. B.b Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 19. Juni 2012 verurteilte das Obergericht die Beklagte, der Klägerin Fr. 46'093.90 nebst 5 % Zins seit dem 18. Juni 2008 zu bezahlen und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon in diesem Umfang. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. Juni 2012 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Sodann sei die Klägerin anzuweisen, die Betreibung Nr. 38497 des Betreibungsamtes Pfäffikon zurückzuziehen. Eventuell sei der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. Juni 2012 aufzuheben und die Sache zwecks Sachverhaltsergänzung/-klärung mittels Ergänzungsfragen an den Erstgutachter und/oder mittels Obergutachten zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Klägerin beantragt, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 19. Juni 2012 zu bestätigen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht. 