Sachverhalt: A. A.a Die X._ SA stellte am 12. Juli 2007 bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) ein Beitragsgesuch für die Finanzierung einer Pilot- und Demonstrationsanlage zur Erzeugung von Strom und Wärme. Projektinhalt bildete ein modulares Dachsystem, welches gleichzeitig die kombinierte Gewinnung von Strom und Wärme, die alleinige Gewinnung von Strom oder Wärme (Warmwasser), die Oberlichtfunktion und die konventionelle Dachfunktion ermöglicht. Das Projekt sollte in zwei zeitlich aufeinanderfolgenden Abschnitten an zwei verschiedenen Standorten in A._ und B._ realisiert werden. Mit Verfügung vom 12. August 2007 sicherte die BVE einen Kantonsbeitrag von insgesamt Fr. 400'000.-- zu. In der Verfügung wurde u.a. die ratenweise Ausbezahlung des Gesamtbetrages im Einzelnen definiert. Dabei sollten Fr. 150'000.-- im Zusammenhang mit dem ersten Projektabschnitt, Anlage in A._, und Fr. 250'000.-- im Zusammenhang mit dem zweiten Projektabschnitt, Anlage in B._, zur Auszahlung kommen. In Ziff. 5.4 der Verfügung wurde festgehalten: "Wenn die Anlage B._ ohne triftige Gründe nicht bis Ende 2009 vollständig fertig gestellt ist, müssen alle ausbezahlten Beiträge mit Ausnahme der ersten Rate von Fr. 50'000.-- zurückbezahlt werden." Bis zum 25. Oktober 2007 wurden der X._ SA drei Raten von insgesamt Fr. 150'000.-- ausbezahlt. A.b Am 12. Januar 2010 reichte die X._ SA bei der BVE ein Projektänderungsgesuch ein, welches einen Standortwechsel und die Neudimensionierung der Anlage für den zweiten Abschnitt des Projektes beinhaltete. Gleichzeitig ersuchte sie um Anpassung der Auszahlungsmodalitäten. B. Mit Verfügung vom 27. April 2010 hielt die BVE fest, die Gesuchstellerin habe die Anlage in B._ ohne triftige Gründe bis Ende 2009 nicht vollständig fertiggestellt (Ziff. 1). Gestützt auf Ziffer 5.4 der Verfügung vom 12. August 2007 habe sie dem Kanton Fr. 100'000.-- bis spätestens 28. Juni 2010 zurückzuerstatten (Ziff. 2). Auf das Gesuch um Genehmigung des Standortwechsels und Festlegung neuer Zahlungsmodalitäten werde nicht eingetreten (Ziff. 3). Gegen die Ziff. 1 und 2 dieser Verfügung erhob die X._ SA am 28. Mai 2010 Einsprache bei der BVE. In Bezug auf die Nichteintretensverfügung (Ziff. 3) stellte sie am 14. Juni 2010 ein Wiedererwägungsgesuch. Mit Entscheid vom 9. August 2010 trat die BVE auf das Wiedererwägungsgesuch ein, vereinigte die beiden Verfahren und wies sowohl die Einsprache wie auch das Gesuch um Änderung der Subventionsbedingungen ab. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil vom 6. Dezember 2011 ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 24. Januar 2012 beantragt die X._ SA, in Aufhebung des Urteils der Vorinstanz vom 6. Dezember 2011 und von Ziff. 1 lit. a des Einspracheentscheides vom 9. August 2010 sowie Ziff. 1 und 2 der Verfügung vom 27. April 2010 des Beschwerdegegners sei die dort angeordnete Rückerstattungspflicht von Fr. 100'000.-- der Beschwerdeführerin betreffend den Kantonsbeitrag an deren Pilot- und Demonstrations-Projekt zur Gewinnung von Solarstrom und Wärme vollumfänglich und ersatzlos aufzuheben. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Mit Verfügung vom 10. Februar 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt. 