Sachverhalt: A. X._ erwarb am 28. Oktober 2005 in St-Blaise/NE ein landwirtschaftliches Gewerbe samt Inventar zum Preis von Fr. 3'175'000.--, wobei die Hofübernahme auf den 1. Januar 2007 festgelegt wurde. Am 26. Januar 2006 erhielt X._ von seinem Vater als Erbvorbezug das in der Gemeinde Rümlang/ZH gelegene Grundstück Kat.-Nr. ... (2'350 m2 Kulturland mit Scheune), welches er am 24. Februar 2006 an eine Immobilienfirma zum Preis von Fr. 1'527'500.-- verkaufte (Grundbucheintrag am 26. September 2006). B. Mit der Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer beantragte X._ am 26. September 2006, die Steuer sei wegen Reinvestition des Erlöses in das Ersatzgrundstück in St-Blaise/NE aufzuschieben. Am 19. Juni 2007 veranlagte die Kommission für Grundsteuern der Gemeinde Rümlang einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 903'900.-- und auferlegte dem Veräusserer eine Grundstückgewinnsteuer in der Höhe von Fr. 175'480.--. Sie lehnte den Steueraufschub wegen mangelnder Funktionsgleichheit von veräussertem Grundstück und Ersatzobjekt ab und hielt daran in ihrem Einspracheentscheid vom 30. Oktober 2007 fest. Den hiergegen erhobenen Rekurs wies die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich mit Entscheid vom 6. August 2008 ab, indem sie gleichfalls die zur Annahme einer Ersatzbeschaffung erforderliche funktionelle Gleichwertigkeit beider Liegenschaften verneinte. X._ gelangte hiergegen erfolglos an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2009 führt X._ mit Eingabe vom 13. Mai 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer sei mit Fr. 0.-- festzusetzen, eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zwecks Festsetzung der Grundstückgewinnsteuer zurückzuweisen. Er rügt eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 12 Abs. 3 lit. d des Steuerharmonisierungsgesetzes), weil diese Bestimmung das Erfordernis der "funktionellen Gleichwertigkeit" des Ersatzobjekts nicht verlange. D. Die Gemeinde Rümlang, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde. 