Sachverhalt: A. Die Eheleute X._ und Y._ wurden für die Steuerperiode 1997/98 auf Antrag des Ehemanns getrennt veranlagt. Die Veranlagungsverfügungen erwuchsen unangefochten in Rechtskraft. Im Zusammenhang mit einem Gesuch des Ehemannes vom 21. Februar 2001, es sei bereits für die Veranlagungsperiode 1995/96 (Vorperiode) ab Ende Dezember 1995 für den Rest der Veranlagungsperiode eine Zwischenveranlagung durchzuführen, klärte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Verhältnisse der Steuerpflichtigen näher ab. Sie gelangte zur Ansicht, dass die Ehe nie getrennt gewesen sei und wies das Gesuch um Vornahme einer Zwischenveranlagung ab (Verfügung vom 21. August 2001). Einsprache, Rekurs und Beschwerde blieben erfolglos. Eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wies das Bundesgericht ab (Urteil 2A.432/2004 vom 16. Dezember 2004). Am 17. Februar 2006 leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern gegen X._ und Y._ ein Nachsteuerverfahren für die Steuerperiode 1997/98 ein. Sie wies darauf hin, dass eine tatsächliche Trennung der Ehe nie stattgefunden habe, und die Steuerpflichtigen zu Unrecht getrennt veranlagt worden seien. Sie forderte die Steuerpflichtigen auf, innert dreissig Tagen Stellung zu nehmen. Nach mehrmals erstreckter Frist ersuchte der Ehemann am 21. Dezember 2006 (per Telefax), die Frist zur Stellungnahme sei bis Ende Juni 2007 zu erstrecken. Er bezog sich auf die bisher eingereichten Arztzeugnisse, die ihm posttraumatisch und postoperativ (unfallbedingt) eine hundertprozentige Arbeitsunfähigkeit vom 26. Februar 2006 bis 1. Januar 2007 bescheinigten. Sollte dem nicht stattgegeben werden, verlangte er "eine anfechtbare Verfügung mit Rechtsmittelbelehrung, wie bereits erwähnt an meine Kanzleiadresse, auszustellen". Am 30. Mai 2007 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Bern eine an beide Ehegatten gerichtete Nachsteuerverfügung und gegenüber dem Ehemann eine Bussenverfügung. Nachsteuer- und Bussenverfügung wurden am 30. Mai 2007 mit eingeschriebener Post an die Privatadresse der Eheleute sowie in Kopie mit Begleitschreiben an die Kanzleiadresse des Ehemannes zugestellt. Die Sendung an die Kanzleiadresse wurde am 31. Mai 2007, diejenige an die Privatadresse am 7. Juni 2007 abgeholt. Mit gemeinsam unterzeichneter Eingabe vom 9. Juli 2007 erhoben die Steuerpflichtigen Einsprache. Mit Entscheid vom 22. August 2007 trat die Steuerverwaltung auf die Einsprache sowohl hinsichtlich der Nachsteuer- wie auch der Bussenverfügung nicht ein, weil die Verfügungen bereits am 31. Mai 2007 in Empfang genommen worden seien und die Einsprache vom 9. Juli 2007 verspätet sei. B. Rekurs und Beschwerde gegen den Nichteintretensentscheid wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern mit Entscheid vom 12. August 2008 ab. Sie erwog, fristauslösend sei die Abholung der an die Kanzleiadresse zugestellten Sendung am 31. Mai 2007 gewesen. Die Einsprache vom 9. Juli 2007 erweise sich als verspätet. Auf verspätete Einsprachen werde nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweise, dass er aus erheblichen Gründen an der Einhaltung der Frist objektiv gehindert gewesen sei. Ein solcher Grund liege nicht vor. C. X._ und Y._ führen hinsichtlich der direkten Bundessteuer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragen, der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 12. August 2008 sowie die Nichteintretensverfügung der Steuerverwaltung vom 22. August 2007 seien aufzuheben; die Sache sei zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Steuerverwaltung und Steuerrekurskommission des Kantons Bern beantragen, die Beschwerde abzuweisen, ebenso die Eidgenössische Steuerverwaltung. Dem Gesuch, es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung beizulegen, gab der Abteilungspräsident nicht statt. 