Faits : A. Les 4, 6, 11 et 18 juin 2005, la société de transport Y._ AG a déclaré auprès du bureau de douane Bâle/St-Louis Autoroute (ci-après: le bureau de douane) quatre envois de tomates, expédiés par la société belge Z._. Sur les quatre déclarations de douane, la société X._ SA figurait comme importateur et destinataire des marchandises, le permis général d'importation (PGI; ci-après: le permis) n° 300'315 indiqué étant le sien (voir toutefois consid. 3 ci-dessous). Les certificats de dédouanement et de TVA ont été établis respectivement les 8, 9, 17 et 27 juin 2005 sur la base des données transmises par la société de transport Y._ AG. Le 1er août 2005, cette dernière a déposé une demande de rectification des certificats précités auprès du bureau de douane, sollicitant l'imputation des marchandises importées sur le compte de W._, titulaire du permis no 300'317, en lieu et place du compte de X._ SA. Elle invoquait que W._ disposait encore de parts de contingent susceptibles de permettre le dédouanement au taux du contingent tarifaire. Le 8 décembre 2005, l'Office fédéral de l'agriculture a notifié à X._ SA une facture de 45'121 fr. 20 pour le recouvrement des droits de douane relatifs aux quatre importations susmentionnées. Le montant de la facture correspondait à la différence de droits entre le taux du contingent tarifaire et le taux hors contingent tarifaire résultant du dépassement des parts du contingent tarifaire de l'intéressée. Le 30 décembre 2005, la Direction d'arrondissement des douanes, à laquelle le Bureau des douanes avait transmis le dossier, a rendu quatre décisions négatives relatives à la demande de rectification des certificats de dédouanement. Il apparaissait, sur la base des dossiers de dédouanement ainsi que des bulletins de livraison présentés ultérieurement par la société de transport Y._ AG, que, lors de leur importation, les marchandises avaient été livrées par la société Z._ directement chez X._ SA. La livraison des marchandises à W._ s'était faite dans une deuxième phase par X._ SA ou par un tiers mandaté par elle, et non par le fournisseur étranger. Ainsi, W._ n'était ni l'importatrice ni même la destinataire de la marchandise et son permis ne pouvait valablement être utilisé. Le 4 octobre 2006, la Direction générale des douanes a rejeté le recours de X._ SA contre la décision précitée. Le 4 octobre 2006, la Direction générale des douanes a rejeté le recours de X._ SA contre la décision précitée. B. X._ SA a interjeté recours contre la décision de la Direction générale des douanes du 4 octobre 2006 auprès de la Commission fédérale de recours en matière de douanes. En tant que successeur de ladite commission, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours par arrêt du 27 juin 2007. Il a estimé que l'intéressée n'avait pas réussi à prouver qu'elle n'était pas la destinataire de la marchandise, elle-même ayant expressément déclaré l'avoir commandée auprès du fournisseur étranger. Les tomates avaient été transmises à W._ dans un deuxième temps, après avoir passé la frontière. En commandant et achetant les tomates auprès du fournisseur étranger, l'intéressée remplissait clairement les conditions du mandant au sens du droit douanier et était donc la débitrice des redevances dues. B. X._ SA a interjeté recours contre la décision de la Direction générale des douanes du 4 octobre 2006 auprès de la Commission fédérale de recours en matière de douanes. En tant que successeur de ladite commission, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours par arrêt du 27 juin 2007. Il a estimé que l'intéressée n'avait pas réussi à prouver qu'elle n'était pas la destinataire de la marchandise, elle-même ayant expressément déclaré l'avoir commandée auprès du fournisseur étranger. Les tomates avaient été transmises à W._ dans un deuxième temps, après avoir passé la frontière. En commandant et achetant les tomates auprès du fournisseur étranger, l'intéressée remplissait clairement les conditions du mandant au sens du droit douanier et était donc la débitrice des redevances dues. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, que les certificats de dédouanement litigieux, établis les 8, 9, 17 et 27 juin 2005, soient rectifiés en ce sens que les marchandises importées sont attribuées au permis n° 300'317 de W._ et non au sien et que, en conséquence, la facture de l'Office fédéral de l'agriculture du 8 décembre 2005 soit annulée. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 27 juin 2007 et au renvoi de la cause à "l'autorité inférieure" pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante fait valoir que l'autorité intimée a constaté les faits de façon manifestement inexacte et a violé le droit fédéral. Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. La Direction générale des douanes conclut au rejet du recours avec suite de frais. 