Faits: A. En 1979, X._ SA et une société dont les actifs et les passifs ont été ultérieurement repris par Y._ SA ont conclu un "contrat de prêt de main-d'oeuvre et de machines etc" ainsi que divers avenants, au sens desquels la première mettait à disposition de la seconde du personnel contre le paiement d'indemnités pour des travaux d'entretien et de nettoyage, et lui louait aussi du matériel, des équipements et des machines; une annexe n° I disposait en particulier que la main-d'oeuvre "sera facturée selon le tarif (...), franc d'impôt sur le chiffre d'affaires". De 1989 à 1994, X._ SA a fourni en conformité à ces contrats des prestations qu'elle a facturées plus de huit millions de francs, dont une bonne part était "exempt d'IChA"; en effet, selon le droit alors en vigueur, si les travaux effectués sur des terrains et des bâtiments à demeure étaient soumis à l'IChA lorsqu'ils étaient exécutés en vertu d'un contrat d'entreprise, la simple location de main-d'oeuvre était en revanche franche d'impôt, tout comme la mise à disposition de machines avec conducteur. En automne 1993, X._ SA a fait l'objet d'un contrôle fiscal; le 21 janvier 1998, l'administration concernée lui a réclamé 352'826 fr. d'impôt de livraison de travaux pour la période du 1er janvier 1989 au 31 décembre 1994, au motif que ladite société "n'avait pas imposé des travaux immobiliers effectués pour le compte d'autrui (...), parce qu'il s'agissait soi-disant de simples mises à disposition de main-d'oeuvre", alors qu'en réalité il était question de contrats d'entreprise ordinaires soumis à l'impôt. X._ SA a vainement contesté cette décision devant les autorités compétentes, qui ont statué en dernier lieu le 2 juin 2004; le 25 novembre 2002, elle avait dénoncé la procédure à Y._ SA, sur laquelle elle entendait répercuter les montants d'IChA réclamés, qui auraient selon elle dû lui être facturés à l'époque; celle-ci a répondu qu'elle considérait qu'il était de la seule responsabilité de son adverse partie de décider de facturer une prestation de service avec ou sans IChA, choix dont elle-même n'avait pas à assumer les conséquences. B. Le 26 avril 2005, X._ SA a assigné Y._ SA en paiement de la somme de 410'330 fr. avec intérêts, à savoir 352'826 fr. réclamés à titre de reprise d'impôt à transférer, 8'550 fr. en remboursement de ses frais de procédure devant l'administration fiscale, 41'380 en remboursement des honoraires de son conseil fiscal et 7'574 fr. à titre de remboursement des frais avant procès de son avocat. Par jugement du 13 avril 2010, la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté la demande. En résumé, elle a considéré que comme l'impôt ne pouvait être qu'incorporé dans le prix de la livraison, le droit de X._ SA de le répercuter sur l'acquéreuse se prescrivait de la même façon que la créance en paiement du prix, à savoir après un délai de dix ans dès la dernière livraison, en 1994; la prescription était acquise avant l'introduction de l'action le 26 avril 2005, d'où le rejet de la demande en ce qu'elle visait le paiement des 352'826 fr. d'impôts. En revanche, la créance en remboursement des frais de procédure devant l'administration fiscale, de conseil fiscal et d'avocat avant procès n'était pas prescrite; les parties s'étaient clairement entendues pour dire que leur contrat de prêt de personnel ne donnerait pas lieu à la facturation de l'IChA, parce que l'une et l'autre méconnaissaient le droit fiscal; par ailleurs, le rapport contractuel entre les parties avait pris fin avec l'exécution de leurs prestations trait pour trait, de sorte que X._ SA ne pouvait plus rien réclamer à Y._ SA sur la base du contrat de 1979; en refusant de payer les 352'826 fr. d'impôts en relation avec des prestations facturées "exemptes d'IChA", Y._ SA ne pouvait se voir reprocher aucune inexécution fautive du contrat ni aucun acte illicite engageant sa responsabilité vis-à-vis de X._ SA; la demande devait donc être rejetée dans toutes ses conclusions. C. X._ SA (la recourante) forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral; elle conclut à l'annulation du jugement du 13 avril 2010 et principalement à la condamnation de son adverse partie à lui payer 410'330 fr. avec intérêts, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Y._ SA (l'intimée) propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable. 