Sachverhalt: A. Am frühen Morgen des 28. März 2010 fuhr X._ am Steuer eines Personenwagens auf der Stadtautobahn St. Gallen zu der Stelle, an der seine Ex-Freundin in einen Unfall verwickelt war. Der mit der Aufnahme des Unfalls beschäftigte Polizeibeamte stellte bei X._ gerötete Augen und Alkoholmundgeruch fest und wies ihn an, kurz hinter dem Patrouillenwagen zu warten. X._ fuhr weg und begab sich zum Kantonsspital St. Gallen, wo er wieder auf die Polizeibeamten traf, welche die Unfallbeteiligte dorthin begleitet hatten. Die Urin- und Blutprobe ergab, dass X._ unter dem Einfluss von Alkohol (Blutalkoholgehalt von mindestens 0,77 Promillen) und Cannabis (THC-Gehalt im Blut von 2,3 Mikrogramm/l bei einem Grenzwert von 1,5 Mikrogramm/l gemäss Art. 34 der Verordnung des ASTRA zur Strassenverkehrskontrollverordnung vom 22. Mai 2008, SR 741.013.1, VSKV-ASTRA) gefahren war. Am 22. April 2010 verbot das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen X._ vorsorglich das Führen eines Motorfahrzeugs und zog seinen Führerausweis ein. Es teilte ihm weiter mit, dass es beabsichtige, ihn zu einer verkehrspsychologischen Untersuchung aufzubieten. Die Verfügung blieb unangefochten. A.a Mit Strafbescheid vom 17. Mai 2010 verurteilte das Untersuchungsamt St. Gallen X._ wegen Führens eines Motorfahrzeugs in fahrunfähigem Zustand und Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer bedingten Geldstrafe von 15 Tagessätzen und einer Busse von Fr. 1'500.--. A.b Am 19. Mai 2010 teilte das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt X._ mit, sein automobilistischer Leumund sei erheblich belastet, sodass Zweifel an seiner Fahreignung bestünden. Es forderte ihn in Anwendung von Art. 11b Abs. 1 lit. b VZV auf, sich einer verkehrspsychologischen Untersuchung zu unterziehen mit der Androhung, dass der Ausweis vorsorglich entzogen bleibe, wenn er dies unterlasse. A.c Am 1. Juni 2010 erhob X._ Einsprache gegen den Strafbescheid vom 17. Mai 2010. A.d Am 4. Juni 2010 ersuchte X._ das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, seine Verfügungen vom 22. April und vom 19. Mai 2010 in Wiedererwägung zu ziehen und das Verfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des Strafverfahrens zu sistieren. Am 8. Juni 2010 rekurrierte X._ gegen die Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 19. Mai 2010 bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Am 9. Juni 2010 wies das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt die Wiedererwägungsgesuche und das Sistierungsgesuch ab. Mit Eingabe vom 9. Juli 2010 hielt X._ am Wiedererwägungsgesuch fest, worauf das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt auf das Wiedererwägungsgesuch gegen die Verfügung vom 22. April 2010 vermutlich am 14. Juli 2010 - die Verfügung ist irrtümlich mit 19. Mai 2010 datiert - nicht eintrat. Mit Rekurs vom 30. August 2010 an die Verwaltungsrekurskommission beantragte X._ u.a., es sei die Nichtigkeit der Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 22. April 2010 festzustellen und diejenigen vom 19. Mai 2010 und vom 14. Juli 2010 aufzuheben. Ausserdem ersuchte er, dem Rekurs die aufschiebende Wirkung zu erteilen. A.e Am 29. November 2010 hob das Untersuchungsamt St. Gallen das Strafverfahren gegen X._ wegen Führens eines Motorfahrzeugs in fahrunfähigem Zustand auf. Es hielt ihm einen Sachverhaltsirrtum über seine Fahrunfähigkeit zufolge des rund 10 Stunden zurückliegenden Cannabis-Konsums zugute. Mit Strafbescheid vom gleichen Tag verurteilte es ihn wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand und Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Busse von Fr. 600.--. A.f Am 8. April 2011 wies der Abteilungspräsident der Verwaltungsrekurskommission den Rekurs ab, soweit er darauf eintrat und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Die Behandlung des Rekurses gegen die Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 19. Mai 2010 stellte er zurück. Am 11. August 2011 wies der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen die Beschwerde von X._ gegen diesen Rekursentscheid ab. Er erwog, der am 22. April 2010 verfügte vorsorgliche Führerausweisentzug habe lediglich provisorischen Charakter. Daraus folge, dass diese Verfügung während des Verfahrens jederzeit von Amtes wegen oder auf Antrag abänderbar sei. Daraus ergebe sich, dass das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt die Wiedererwägung materiell hätte behandeln müssen und nicht durch Nichteintreten formell hätte erledigen dürfen. Allerdings habe es in der Sache geprüft, ob veränderte Verhältnisse vorlägen, die eine Aufhebung des vorsorglichen Führerausweisentzugs rechtfertigen würden, und auch die Rekursinstanz habe sich damit auseinandergesetzt und mit voller Kognition die Voraussetzungen des vorsorglichen Führerausweisentzugs geprüft. Eine allfällige formelle Rechtsverweigerung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts sei damit geheilt. In der Sache ging der Präsident davon aus, dass der vorsorgliche Führerausweisentzug vom 22. April 2010 in Rechtskraft erwachsen war und prüfte, ob veränderte Umstände vorlägen, die eine Aufhebung der Massnahme rechtfertigen könnten. Er kam zum Schluss, das sei nicht der Fall. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. September 2011 beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung und Neuregelung der Kosten an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der vorsorgliche Führerausweisentzug sei per sofort aufzuheben. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verteidigung. C. Der Abteilungspräsident der Verwaltungsrekurskommission verzichtet auf Vernehmlassung. Der Verwaltungsgerichtspräsident verweist auf seinen Entscheid. Das ASTRA beantragt, die Beschwerde abzuweisen. 