Sachverhalt: A. Mit Schadenmeldung UVG vom 7. September 2005 teilten die Firma V._ der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) mit, der seit 1976 als Fachspezialist in der Schlosserei angestellte R._ (Jahrgang 1946) habe wegen eines Ereignisses vom 15. Juni 2005 ab 11. August 2005 die Arbeit aussetzen müssen. Die am 10. August 2005 erstmals konsultierten Dres. med. K._, Allgemeinpraxis, diagnostizierten eine Frozen shoulder rechts bei Fraktur des Tuberculum maius und Ruptur der Supraspinatussehne (Berichte vom 26. und 27. Oktober 2005; vgl. auch Bericht des Spitals X._, Institut für Radiologie, vom 30. August 2005). Auf Anfrage der SUVA hielt der Versicherte am 21. September 2005 schriftlich fest, er habe am 15. Juni 2005 mit einem fünf Kilogramm schweren Vorschlaghammer mit voller Kraft gegen eine Haltestange geschlagen, die er anlässlich einer Tramreparatur herausbrechen musste; danach habe er starke Schmerzen verspürt, die sich trotz Anwendung diverser Salben nicht lindern liessen. Nach zusätzlichen medizinischen Abklärungen (Berichte der Klinik Y._ vom 1. November und 15. Dezember 2005, der Klinik Z._, Gelenkzentrum, vom 20. Juli 2006, sowie des Dr. med. O._, Orthopäd. Chirurgie FMH, Kreisarzt SUVA, vom 26. März 2007) verneinte die SUVA mit Verfügung vom 12. April 2007 eine Leistungspflicht, weil weder ein Unfall noch eine unfallähnliche Körperschädigung nachgewiesen sei. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 5. Juni 2007). B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit der Feststellung gut, dass der Versicherte für die Folgen des Ereignisses vom 15. Juni 2005 Anspruch auf die versicherten Leistungen hat (Entscheid vom 16. Dezember 2008). C. Die SUVA beantragt mit Beschwerde die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids. R._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 