Sachverhalt: A. A.a Um die Osteopathie und deren berufliche Anerkennung einheitlich zu regeln, erliess die Schweizerische Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektoren, gestützt auf die interkantonale Vereinbarung vom 18. Februar 1993 über die Anerkennung von Ausbildungsabschlüssen, mit Beschluss vom 23. November 2006 ein Reglement für die interkantonale Prüfung von Osteopathinnen und Osteopathen in der Schweiz (nachfolgend: Prüfungsreglement). Es trat am 1. Januar 2007 in Kraft. A.b Die X._ mit Sitz in A._, Belgien, bietet einen Ausbildungslehrgang für Osteopathie an und führt einen Teil der Kurse auch in einem Kongresszentrum in B._/SZ durch. Am 27. April 2009 ersuchte sie die Interkantonale Prüfungskommission für Osteopathie um Feststellung, dass Ärzte und Physiotherapeuten mit dem erfolgreichen Abschluss des von ihr angebotenen (berufsbegleitenden) Lehrganges und dem Titel "Bachelor of Science with Honours in Osteopathy" die formellen Erfordernisse für die Zulassung zur interkantonalen Prüfung für Osteopathen im Sinne von Art. 11 Abs. 1 lit. c und Abs. 2 lit. b des Prüfungsreglements erfüllen. Mit Beschluss vom 7. Mai 2010 wies die Prüfungskommission das Gesuch ab. Die gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde an die Rekurskommission der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren und der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektoren (hiernach: Rekurskommission EDK/GDK) blieb erfolglos (Entscheid vom 11. April 2011). A.c Die X._ erhob dagegen Beschwerde an das Bundesgericht (Verfahren 2C_654/2011). Dieses hiess mit Urteil vom 2. Dezember 2011 die Beschwerde gut und wies die Sache zur neuen Beurteilung an die Rekurskommission EDK/GDK zurück. B. Mit Entscheid vom 28. September 2012 wies die Rekurskommission EDK/GDK die Beschwerde der X._ ab und bestätigte die Verfügung der Rekurskommission vom 7. Mai 2010. C. Die X._ erhebt Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragt, der Entscheid der Vorinstanz sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass Ärztinnen und Ärzte sowie Physiotherapeutinnen und Physiotherapeuten mit dem erfolgreichen Abschluss des I.A.O.-Lehrgangs und dem Titel Bachelor of Science with Honours in Osteopathy (BSc. [Hons.] Ost.) die formellen Erfordernisse für die Zulassung zur interkantonalen Prüfung von Osteopathinnen und Osteopathen im Sinne von Art. 11 Abs. 1 lit. c sowie Abs. 2 lit. b des Reglements der GDK vom 23. November 2006 für die interkantonale Prüfung von Osteopathinnen und Osteopathen in der Schweiz erfüllen. Die Rekurskommission EDK/GDK verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Interkantonale Prüfungskommission in Osteopathie beantragt die Abweisung der Beschwerde. 