Faits : Faits : A. Y._ est propriétaire de la parcelle no xxx, de la Commune de Chêne-Bougeries, au lieu-dit "La Garance", comprise entre le chemin de la Chevillarde, le chemin Castoldi et la route de Malagnou. Cette parcelle, d'une surface de 36'316 m2, est située en cinquième zone de construction, développement 3, au sens de l'art. 19 al. 3 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT). Une maison de maître datant de 1897 est érigée sur cette parcelle. Elle a reçu une valeur de classement lors du recensement architectural de la périphérie urbaine en 1991. Une maison de maître datant de 1897 est érigée sur cette parcelle. Elle a reçu une valeur de classement lors du recensement architectural de la périphérie urbaine en 1991. B. D'après le plan établi par le Service des forêts le 15 juillet 2000, complété le 20 février 2006, différents peuplements boisés se trouvent sur la parcelle. Ceux-ci se divisent en quatre secteurs: Le secteur n° 1 comprend un cordon boisé long de 150 mètres situé en bordure de la route de Malagnou, au sud de la parcelle. Marquant l'entrée de la ville, il revêt un grande signification paysagère. Composée d'essences indigènes (tilleul, frêne, pin, érable et épicéa), sa structure est complète et l'ambiance forestière du sous-bois et de l'étage intermédiaire est bien marquée. La largeur du cordon boisé varie entre 10 et 25 mètres et représente une surface d'un peu plus de 23 ares (2'339 m2). Le peuplement est âgé de plus de 50 ans et la lisière date de 30 ans; Le secteur n° 2, d'une surface boisée de 429 m2, constitue un boqueteau développé naturellement autour de deux gros chênes. Il est traversé par un cheminement de parc. Également âgé de plus de 50 ans, le peuplement s'étend au maximum sur une largeur et une longueur de 30 mètres et se compose à 70 % d'érables, de frênes, de cerisiers, de tilleuls et de chênes et à 30 % d'ifs et de buis. Selon l'appréciation de l'inspecteur des forêts, il présente un intérêt significatif de structure paysagère (2/3), mais peu d'intérêt s'agissant des autres fonctions forestières (1/3). Le secteur n° 3 se trouve au nord de la parcelle et représente une surface boisée totale de 2'076 m2. Il s'agit d'une lignée d'arbres, parfois double, d'une largeur de 9 à 14 mètres, qui évolue sur une longueur de 170 mètres. Composé pour 60 % de chênes et de frênes et de 40 % de marronniers, le peuplement est âgé de plus de 50 ans. Il ne comporte ni étage intermédiaire, ni sous-bois, mais sa structure paysagère est intéressante (2/3). Ses autres fonctions forestières sont de peu d'intérêt (1/3). Le secteur n° 4 est constitué d'un cordon de chênes, de charmes et de frênes, d'une surface totale de 822 m2. Il est peuplé d'arbres de plus de 80 ans. D'une largeur de 4 à 6 mètres, il s'étend sur une longueur de 120 mètres. De même que le secteur n° 3, il ne comporte ni étage intermédiaire, ni sous-bois, mais sa structure paysagère est intéressante (2/3). Le secteur n° 4 est constitué d'un cordon de chênes, de charmes et de frênes, d'une surface totale de 822 m2. Il est peuplé d'arbres de plus de 80 ans. D'une largeur de 4 à 6 mètres, il s'étend sur une longueur de 120 mètres. De même que le secteur n° 3, il ne comporte ni étage intermédiaire, ni sous-bois, mais sa structure paysagère est intéressante (2/3). C. En mai 1999, Y._ a procédé à des coupes de bois sur sa parcelle, qui ont conduit l'association Pro-Ermitage (ci-après: Pro-Ermitage) à requérir l'intervention du département du territoire (ci-après: le département). Ce dernier a toutefois considéré que les coupes en question relevaient du simple entretien. Ces interventions ont néanmoins donné lieu à une sanction, au motif qu'elles avaient été effectuées à une période inopportune (période de nidification des oiseaux). Le 22 juin 2000, le WWF Genève a sollicité de l'inspecteur cantonal des forêts l'ouverture d'une procédure de constatation forestière. Le 22 juin 2000, le WWF Genève a sollicité de l'inspecteur cantonal des forêts l'ouverture d'une procédure de constatation forestière. D. Le 3 avril 2001, Y._ a déposé auprès du département une demande de renseignements portant sur la construction de plusieurs immeubles de logements, d'un immeuble administratif, d'un garage souterrain de 373 places et d'un parking sur sa parcelle. Un projet de plan localisé de quartier (ci-après: PLQ) a alors été élaboré. Celui-ci prévoit la construction d'un grand bâtiment administratif au sud de la parcelle, le long de la route de Malagnou. Ce bâtiment, à toiture partiellement végétalisée, a pour fonction de protéger du bruit les immeubles de logement prévus à l'arrière. Il est implanté en grande partie sur le secteur boisé n° 1, mais la lignée d'arbres se trouvant tout au bord de la route est conservée. La maison de maître est maintenue dans son gabarit. La construction de sept immeubles de logement de trois à cinq étages sur rez-de-chaussée, représentant un potentiel d'environ 130 appartements, est également prévue. L'emprise au sol des constructions projetées s'élève à 6'046 m2, pour la réalisation de 34'151 m2 de surface brute de plancher (dont plus de 20'000 m2 de logement), soit un indice d'utilisation du sol de 0,94. Des places de parc, essentiellement situées en sous-sol, sont prévues à raison de 1,3 places pour 100 m2 de logement (423 places). La réalisation de ces constructions implique la destruction des secteurs nos 1 et 2, ainsi que l'abattage d'arbres isolés, l'essentiel des arbres se trouvant à l'intérieur du parc, ainsi que l'intégralité des secteurs nos 3 et 4 étant néanmoins sauvegardés. Au nord de la parcelle, des plantations compensatoires d'une surface de 3'290 m2 sont projetées. Une étude d'impact a simultanément été réalisée à ce projet. Les 31 octobre 2002 et 5 août 2003, le service cantonal de l'étude d'impact sur l'environnement a délivré un préavis favorable au projet. Le 8 octobre 2003, Y._ a déposé une demande de défrichement du secteur n° 1 auprès du département. A la même période, ce dernier a requis l'examen de la constatation forestière des secteurs boisés. Le 8 octobre 2003, Y._ a déposé une demande de défrichement du secteur n° 1 auprès du département. A la même période, ce dernier a requis l'examen de la constatation forestière des secteurs boisés. E. Le PLQ a été mis à l'enquête publique du 28 novembre 2003 au 9 janvier 2004. Il a été adopté par le Conseil d'Etat le 2 février 2005. Le 2 février 2005, le service des forêts a constaté la nature forestière du secteur no 1. Il l'a par contre niée s'agissant des autres secteurs. Par décision du même jour, le service des forêts a autorisé le défrichement du secteur n° 1. Le 2 février 2005, le service des forêts a constaté la nature forestière du secteur no 1. Il l'a par contre niée s'agissant des autres secteurs. Par décision du même jour, le service des forêts a autorisé le défrichement du secteur n° 1. F. Le 7 mars 2005, Pro-Ermitage, E._ et X._ ont recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre l'arrêté d'adoption du PLQ. Par acte séparé, ils ont également recouru contre les décisions du Service des forêts auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions (ci-après: la Commission). Le 5 avril 2005, le Tribunal administratif a suspendu la procédure relative à l'adoption du PLQ jusqu'à droit jugé sur la procédure pendante devant la Commission. Cette dernière a ordonné, par décision du 25 avril 2005, l'appel en cause de Y._ dans la procédure. Par décision du 12 septembre 2005, la Commission a rejeté le recours. Le 26 octobre 2005, Pro-Ermitage, E._ et X._ ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif. Par arrêt sur partie rendu le 17 janvier 2006, le Tribunal administratif a déclaré le recours recevable et ordonné la reprise de l'instruction de la cause suspendue le 5 avril 2005, après avoir joint les procédures. Par arrêt du 19 septembre 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Par arrêt du 19 septembre 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours. G. Agissant par la voie du recours de droit administratif, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 19 septembre 2006 et cela fait, statuant à nouveau, de constater la nature forestière des secteurs n°s 1, 2, 3 et 4 situés sur la parcelle n° xxx de la Commune de Chêne-Bougeries, d'annuler l'autorisation de défrichement et l'arrêté du Conseil d'Etat statuant sur opposition au PLQ. Subsidiairement, elle demande de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle requiert en outre l'effet suspensif. Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseiller d'Etat et le département concluent au rejet du recours. Y._ s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et à la demande d'effet suspensif. Elle conclut préalablement à ce que la pièce n° 5 produite par X._ soit écartée du dossier. Au fond, elle conclut à la confirmation de l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 19 septembre 2006. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a déposé ses observations. Le Tribunal administratif ne s'est pas prononcé. Y._ a admis intégralement la détermination de l'OFEV. 