Sachverhalt: A. Das Bundesstrafgericht verurteilte Y._ am 1. Dezember 2011 wegen mehrfacher Förderung der Prostitution, mehrfachen Menschenhandels, mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, mehrfacher Geldwäscherei und mehrfacher Widerhandlung gegen das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG). Vom Vorwurf der mehrfachen qualifizierten Freiheitsberaubung, der Pornografie und (in drei Punkten) der mehrfachen Förderung der Prostitution sprach es ihn frei. Zudem stellte es das Verfahren in drei Anklagepunkten ein (betreffend Anstiftung zur Geldfälschung, mehrfache Geldwäscherei und mehrfache Widerhandlung gegen das ANAG). Das Bundesstrafgericht auferlegte Y._ eine Freiheitsstrafe von 41⁄2 Jahren, teilweise als Zusatzstrafe zu einem Urteil des Obergerichts des Kantons Solothurn aus dem Jahre 2005, sowie eine Busse von Fr. 10'000.--. Gleichzeitig sprach das Bundesstrafgericht Z._ der mehrfachen Förderung der Prostitution und des mehrfachen Menschenhandels schuldig. In zwei Anklagepunkten betreffend mehrfache Förderung der Prostitution erfolgten Freisprüche. Das Bundesstrafgericht auferlegte Z._ eine bedingte Freiheitsstrafe von einem Jahr und zehn Monaten bei einer Probezeit von zwei Jahren sowie eine Busse von Fr. 1'000.--. Das Bundesstrafgericht verpflichtete Y._, teilweise solidarisch mit Z._, neun Privatklägerinnen Schadenersatz von insgesamt rund Fr. 127'000.-- nebst Zins und acht Privatklägerinnen Genugtuung im Totalbetrag von Fr. 51'000.-- nebst Zins zu leisten. Schliesslich wurden Y._ und Z._ dem Grundsatz nach verpflichtet, den Privatklägerinnen weitere Genugtuung zu leisten. Das Bundesstrafgericht setzte zu Gunsten der Eidgenossenschaft eine Ersatzforderung von Fr. 600'000.-- (zu Lasten Y._s) respektive Fr. 2'500.-- (zu Lasten Z._s) fest. Die Schuldsprüche der mehrfachen Förderung der Prostitution und des mehrfachen Menschenhandels stützen sich zusammengefasst auf folgenden Sachverhalt ab: Y._ führte in der Schweiz drei Massagesalons. Er liess in den Jahren 2003 - 2006 zahlreiche Frauen aus Brasilien rekrutieren, welche in armen respektive wirtschaftlich sehr schwierigen Verhältnissen lebten. Diese Frauen, die sich aus einer wirtschaftlichen Notlage zur Prostitution bereit erklärten, verfügten über keine Deutschkenntnisse. Der Beschwerdegegner ermöglichte ihnen die Reise in die Schweiz, insbesondere organisierte er die Flugtickets und das Reisegeld. Dafür setzte er einen Schuldenbetrag von Fr. 10'000.-- bis Fr. 16'000.-- fest, was ein Mehrfaches seiner effektiven Aufwendungen darstellte. Die Schulden mussten die Frauen durch Prostitution in seinen Studios abverdienen. Arbeitsbewilligungen waren keine vorhanden. Die Preise der verschiedenen Dienstleistungen wurden vorgegeben und waren in allen Massagesalons identisch. Sämtliche Einnahmen gingen an den Beschwerdegegner und wurden nach einem bestimmten Abrechnungsschema teilweise an die Schuld angerechnet. Der Bereich, in dem die Prostituierten von den Kunden das Geld entgegennahmen, wurde mit Videokameras überwacht. Die Studios, wo die Frauen gleichzeitig wohnten und arbeiteten, waren sieben Tage pro Woche offen. Innerhalb der festgelegten Öffnungszeiten waren die Frauen grundsätzlich gehalten, Kunden zu bedienen. Der Beschwerdegegner war die Hauptperson, welche letztlich die Kontrolle über das Gesamte ausübte. Z._ war in der Reiseorganisation der neu angeworbenen Frauen und in den gesamten Abläufen in den Studios involviert. Sie sorgte dafür, dass die Vorgaben des Beschwerdegegners durchgesetzt wurden, war als Dolmetscherin tätig und überwachte die Frauen, damit diese ihre gesamten Einnahmen abgaben. B. Zwölf Privatklägerinnen (vgl. Rubrum) führen Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragen, das Urteil des Bundesstrafgerichts sei in Bezug auf die Dispositiv-Ziffern VII.1. - VII.3. aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei Y._, teilweise zusammen mit Z._, zu verpflichten, sämtlichen zwölf Privatklägerinnen Genugtuungszahlungen zwischen Fr. 6'000.-- und Fr. 25'000.-- nebst Zins zu leisten. Weiter sei festzustellen, dass das Bundesstrafgericht über den Antrag betreffend die grundsätzliche Verpflichtung zur Leistung weiteren Schadenersatzes nicht entschieden habe. Die Sache sei diesbezüglich an die Vorinstanz zurückzuweisen. Über die Verwendung der eingezogenen Vermögenswerte sei bereits im Sachurteil zu entscheiden. Die Privatklägerinnen ersuchen schliesslich um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. C. Das Bundesstrafgericht lässt sich betreffend die Verwendung der eingezogenen Vermögenswerte vernehmen und verweist im Übrigen auf den angefochtenen Entscheid. Y._, Z._ und die Schweizerische Bundesanwaltschaft haben auf Vernehmlassung verzichtet. 