Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts der Veruntreuung und Geldwäscherei. Mit Verfügungen vom 22., 24. und 30. Juni 2009 sperrte das Kantonale Untersuchungsrichteramt Bankverbindungen der Beschuldigten und weiterer Personen. Eine von den Betroffenen dagegen erhobene Beschwerde wies die Anklagekammer des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. Oktober 2009 ab. Dieser Entscheid wurde vom Bundesgericht (auf Beschwerde der Beschuldigten hin) mit Urteil vom 2. März 2010 aufgehoben und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen (Verfahren 1B_359/2009). B. Die Anklagekammer fällte am 1. Juni 2010 ihren neuen Entscheid, in dem sie die hängige Beschwerde wiederum abwies. Die von der Beschuldigten dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 8. Oktober 2010 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs erneut gut. Es hob den Entscheid vom 1. Juni 2010 auf und wies das Verfahren nochmals an die zuständige Vorinstanz zurück (Verfahren 1B_229/2010). C. Mit neuem Entscheid vom 14. März 2011 wies das Obergericht des Kantons Thurgau die hängige Beschwerde ab. Die von der Beschuldigten dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 14. September 2011 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs erneut gut. Es hob den Entscheid vom 14. März 2011 auf und wies das Verfahren nochmals an die Vorinstanz zurück (Verfahren 1B_293/2011). D. Das Obergericht fällte am 9. August 2012 seinen neuen Entscheid, in dem es die hängige Beschwerde wiederum abwies. E. Gegen den Entscheid des Obergerichtes vom 9. August 2012 gelangte die Beschuldigte mit Beschwerde vom 21. November 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt in der Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die (vollständige bzw. partielle) Aufhebung von Depot- bzw. Kontensperren bei drei Banken. Am 23. November 2012 lud das Bundesgericht die Beschwerdeführerin ein, zur Frage der Rechtzeitigkeit der Beschwerdeerhebung Stellung zu nehmen. Mit Eingabe vom 4. Dezember 2012 machte sie davon Gebrauch. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft beantragen mit Stellungnahmen vom 17. Dezember 2012 bzw. 3. Januar 2013 je die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin replizierte am 24. Januar 2013. Auf eine Duplik der Staatsanwaltschaft vom 31. Januar 2013 liess sich die Beschwerdeführerin am 4. März 2013 nochmals vernehmen. 