Sachverhalt: A. X._, geboren 1973, arbeitet seit April 2005 als Systemspezialist IT in Solothurn. Er zog im Mai 2005 von Wyssachen/BE in eine 1-Zimmerwohnung in der Stadt Solothurn und meldete sich als Wochenaufenthalter an. Seinen polizeilichen Wohnsitz behielt er in Wyssachen/BE bei. B. Nachdem der Steuerpflichtige einen Fragebogen zur Klärung des Steuerdomizils ausgefüllt hatte, verfügte die Veranlagungsbehörde Solothurn am 13. Dezember 2006, dass das Steuerdomizil von X._ in Solothurn liege und für die Steuerperiode 2006 das ordentliche Veranlagungsverfahren durchgeführt werde, sofern die Voraussetzungen Ende 2006 noch erfüllt seien; diese Verfügung blieb unangefochten. Im Februar 2007 stellte das Steueramt des Kantons Solothurn X._ die Steuererklärung 2006 zu. Dieser reichte in der Folge das Hauptformular mit Kopien der bernischen Steuererklärung ein und wies darauf hin, dass er seiner Meinung nach im Kanton Solothurn nicht steuerpflichtig sei. Die Veranlagungsbehörde eröffnete jedoch am 26. November 2007 die definitive Veranlagung für die Staatssteuer und direkte Bundessteuer 2006. Eine dagegen erhobene Einsprache wies die Veranlagungsbehörde Solothurn mit Entscheid vom 28. Februar 2008 ab. Den gegen diesen Entscheid (nur betreffend Staatssteuer) erhobenen Rekurs wies das Steuergericht des Kantons Solothurn mit Urteil vom 8. September 2008 ab und stellte fest, dass X._ in der Steuerperiode 2006 seinen steuerrechtlichen Wohnsitz in Solothurn hatte. Mit Datum vom 19. Februar 2008 eröffnete auch die Steuerverwaltung des Kantons Bern X._ die definitive Veranlagung 2006 für die Kantons- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer. Diese Veranlagungsverfügung blieb unangefochten. C. Gegen das Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn hat X._ mit Eingabe vom 6. November 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, das Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 8. September 2008 "und somit die Eröffnungsverfügung der Veranlagungsbehörde Solothurn betreffend die Staatssteuer 2006" sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass der Beschwerdeführer sein Steuerdomizil in Wyssachen/BE habe. Eventualiter beantragt X._, die rechtskräftige Veranlagung des Kantons Bern für das Jahr 2006 aufzuheben und den Kanton Bern zu verpflichten, dem Beschwerdeführer die bezahlten Steuern für die Steuerperiode 2006 zuzüglich Zins zu 5% zurückzuerstatten. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere des interkantonalen Doppelbesteuerungsverbots. D. Das Steueramt des Kantons Solothurn beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragt sinngemäss die Gutheissung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme. Mit verspäteter Eingabe beantragt das Steuergericht des Kantons Solothurn die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. 