Faits: Faits: A. La société X._ SA (ci-après: la Société ou la recourante) est une société anonyme, filiale à 100% de Y._ SA, qui a son siège à A._. Elle fournit surtout les prestations suivantes: transport de marchandises en Suisse et à l'étranger, déclaration en douane, mise à disposition d'engins de chantier, travaux de voirie pour des communes, entreposage, location de dépôts, travaux de manutention dans le cadre de foires ou d'expositions et déménagements. Elle emploie environ 160 collaborateurs à la Praille, Palexpo, Cointrin et A._. Elle a été immatriculée, du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA). Depuis le 1er janvier 2001, elle est intégrée dans le groupe d'imposition Y._ SA. Dans le courant du mois de septembre 1999, l'Administration fédérale des contributions, Division de la TVA, (ci-après: l'Administration fédérale) a procédé à un contrôle de la Société au sens de l'art. 50 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la TVA (OTVA; RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures). Le 15 septembre 1999, à la suite de ce contrôle portant sur des périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 30 juin 1999, l'Administration fédérale a établi un décompte complémentaire (n° 121416) pour un montant de 250'597 fr. avec intérêt de 5% dès l'échéance moyenne. Ce décompte complémentaire prenait en considération les points suivants: (1) des prestations non imposées de manutention et d'aménagement de stands fournies à des clients étrangers en dehors d'un mandat de transport dans le cadre de Palexpo, (2) la part privée à des frais de véhicules, (3) des déductions de l'impôt préalable non conformes aux art. 29 et 30 OTVA et (4) la correction de l'impôt préalable sur les frais administratifs occasionnés par la gestion d'immeubles. La Société a fait opposition à ce décompte complémentaire. Par décision du 6 décembre 2000, l'Administration fédérale a confirmé le décompte complémentaire et constaté que le montant de 250'597 fr. avec intérêt moratoire avait été réclamé à juste titre. La Société a fait opposition à ce décompte complémentaire. Par décision du 6 décembre 2000, l'Administration fédérale a confirmé le décompte complémentaire et constaté que le montant de 250'597 fr. avec intérêt moratoire avait été réclamé à juste titre. B. Par décision du 2 juillet 2001, l'Administration fédérale a complètement rejeté la réclamation de la Société et constaté, au demeurant, que sa décision du 6 décembre 2000 était entrée en force pour un montant de 6'538, 95 fr. B. Par décision du 2 juillet 2001, l'Administration fédérale a complètement rejeté la réclamation de la Société et constaté, au demeurant, que sa décision du 6 décembre 2000 était entrée en force pour un montant de 6'538, 95 fr. C. La Société a alors porté sa cause devant la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission fédérale de recours) qui, par décision du 15 janvier 2004, a partiellement admis le recours et annulé pour un montant de 42'557 fr. le chiffre 3 du dispositif de la décision de l'Administration fédérale du 2 juillet 2001. Cette admission partielle se rapportait à des prestations qu'il fallait considérer comme afférentes au transport au sens de l'art. 15 al. 2 lettre e OTVA et, par conséquent, comme exonérées de l'impôt sur territoire suisse. C. La Société a alors porté sa cause devant la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission fédérale de recours) qui, par décision du 15 janvier 2004, a partiellement admis le recours et annulé pour un montant de 42'557 fr. le chiffre 3 du dispositif de la décision de l'Administration fédérale du 2 juillet 2001. Cette admission partielle se rapportait à des prestations qu'il fallait considérer comme afférentes au transport au sens de l'art. 15 al. 2 lettre e OTVA et, par conséquent, comme exonérées de l'impôt sur territoire suisse. D. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision de la Commission fédérale de recours du 15 janvier 2004 de même que, par conséquent, celle de l'Administration fédérale du 2 juillet 2001, respectivement de la réformer en ce sens que le montant de l'impôt dû n'excède pas 6'538,95 fr.; en outre, elle demande d'annuler les frais de procédure mis à sa charge, soit 4'000 fr. pour les frais de procédure devant la Commission fédérale de recours, 570 fr. en relation avec la réclamation et 260 fr. pour les frais de première décision. La Société soutient que toutes les prestations fournies dans le cadre de Palexpo doivent être exonérées de la TVA conformément à l'art. 15 al. 2 lettre e OTVA. En outre, elle fait valoir que la déduction de l'impôt préalable concernant l'acquisition de véhicules et du goodwill de B._ SA (anciennement C._ SA) a été refusée à tort; elle prétend en particulier que la procédure de déclaration prévue à l'art. 5 al. 5 OTVA n'est pas obligatoire. Elle allègue enfin que c'est à tort que la Commission fédérale de recours a mis l'intégralité des frais de procédure à sa charge. La Commission fédérale de recours a expressément renoncé à présenter des observations. L'Administration fédérale conclut, sous suite de frais, au rejet du recours. 