Sachverhalt: A. Der nigerianische Staatsangehörige X._ (geb. 1985) reiste im Jahre 2002 illegal in die Schweiz ein und stellte ein Asylgesuch. Dieses wurde mit Entscheid des damaligen Bundesamtes für Flüchtlinge (heute Bundesamt für Migration) vom 1. Mai 2003 abgewiesen, wobei der Betroffene jedoch vorläufig aufgenommen wurde. Am 12. Februar 2005 heiratete X._ in Basel eine Schweizer Bürgerin (geb. 1983), worauf ihm eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei der Ehefrau erteilt wurde. X._ ist Vater einer ausserehelichen schweizerischen Tochter (geb. 2004), die er am 11. August 2006 anerkannt hat. Mit Urteil vom 9. September 2008 wurde X._ vom Strafgericht Basel-Stadt der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, der versuchten Geldwäscherei, der mehrfachen einfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und der Hinderung einer Amtshandlung schuldig erklärt und zu vier Jahren Freiheitsstrafe verurteilt. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt sowie das Bundesgericht (Urteil 6B_1009/2009 vom 11. März 2010) bestätigten das Urteil des Strafgerichtes. Am 25. Juli 2011 wurde X._ bedingt aus dem Strafvollzug entlassen. B. Das Migrationsamt des Kantons Basel-Stadt verfügte am 17. August 2010 die Nichtverlängerung der Aufenthaltsbewilligung sowie die Wegweisung von X._. Dagegen erhob X._ ohne Erfolg Rekurs an das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Basel-Stadt und sodann Beschwerde an das Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. Oktober 2012 beantragt X._, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht vom 14. September 2012 aufzuheben, ihm die Aufenthaltsbewilligung zu verlängern und auf eine Wegweisung zu verzichten. Zudem stellt er die Begehren, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren und das Verfahren bis zum Entscheid des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte betreffend strafrechtliche Verurteilung zu sistieren. Das Migrationsamt des Kantons Basel-Stadt hat auf Vernehmlassung verzichtet. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht hat keinen Antrag gestellt. Das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Basel-Stadt sowie das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde. D. Mit Verfügung vom 7. November 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt; eine Verfahrenssistierung lehnte er ab. 