Sachverhalt: A. L._ (geb. 1940) wurden infolge einer Pneumokokken-Sepsis beide Hände sowie ein Fuss amputiert. Mit Schreiben vom 13. Januar 2011 garantierte die EGK-Gesundheitskasse die Kostenübernahme für verschiedene Prothesen gemäss Mittel- und Gegenstände-Liste (MiGeL) Ziff. 24.03, lehnte hingegen eine Kostenübernahme für zwei i-Limb-Handprothesen ab, da für diese Prothesen nicht der SVOT-Tarif verwendet worden sei. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 6. September 2011 fest. B. Hiegegen liess L._ Beschwerde erheben mit dem Antrag, in Aufhebung des Einspracheentscheids seien ihr die Kosten für das beanspruchte Hilfsmittel in Form von zwei i-Limb-Handprothesen zu vergüten. Eventuell seien ihr zumindest diejenigen Kosten für die i- Limb-Handprothesen zu vergüten, die ohnehin anfallen würden. Mit Entscheid vom 1. Februar 2012 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Beschwerde im Sinne des Eventualantrags teilweise gut. C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei insofern teilweise aufzuheben, als die Krankenkasse zu verpflichten sei, ihr das beanspruchte Hilfsmittel in Form von zwei i-Limb-Handprothesen zu vergüten. Eventuell sei eine Rückweisung an die Vorinstanz vorzunehmen zum erneuten Entscheid bezüglich der Austauschbefugnis. Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Krankenkasse und Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung. 