Faits: A. Dans le cadre d'une enquête pénale dirigée notamment contre X._, pour blanchiment d'argent et gestion déloyale des intérêts publics, le Ministère public de la Confédération a requis et obtenu, le 11 juillet 2007, l'accès au dossier de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) relatif au contrôle fiscal de la société Z._ SA, à Fribourg (laquelle a été radiée du registre du commerce en 2005, à la suite de la reprise de ses actifs et passifs [fusion par absorption] par la société Y._ SA, à Fribourg). Le 15 juillet 2008, l'Administration fédérale a à son tour demandé au Ministère public l'accès au dossier de l'enquête pénale concernant X._. B. Par décision du 18 août 2008, le Ministère public a autorisé l'accès au dossier pour "tous documents en lien avec X._ et Z._ SA". Le 25 août 2008, X._ et Z._ SA ont formé une plainte à l'encontre de cette décision, auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral. Dans sa réponse à la plainte, le Ministère public a admis que seules les pièces auxquelles les plaignants ont accès pourraient être consultées par l'Administration fédérale et que seules les pièces saisies en Suisse lui seraient communiquées. Par arrêt du 4 novembre 2008, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a partiellement admis la plainte, dans la mesure proposée par le Ministère public, en limitant la consultation du dossier pénal par l'Administration fédérale aux pièces auxquelles les plaignants avaient accès et à celles saisies en Suisse. Elle a considéré que le contrôle fiscal dont Z._ SA avait fait l'objet en 2005 portait, selon l'Administration fédérale, "sur le résultat dégagé par ladite société dans le cadre de l'opération d'achat et de vente des titres de la société M._". Or, l'enquête de police judiciaire portait précisément sur le blanchiment par le biais de Z._ SA de fonds qui étaient censés provenir d'un détournement des actifs de la société M._ dans le but d'acquérir les actions de cette dernière. Par conséquent, l'Administration fédérale avait indéniablement un intérêt légitime à s'assurer, en consultant le dossier de l'enquête, que tous les éléments utiles à l'appréciation de la situation financière de Y._ SA avaient été produits dans le cadre du contrôle fiscal. Dans cette mesure, le Ministère public n'avait pas outrepassé ses compétences en autorisant l'accès au dossier. En revanche, c'était seulement à la suite de la plainte qu'il en avait limité l'accès aux pièces précitées. En ne tenant pas compte dans sa décision initiale "de ces éléments essentiels du point de vue de la proportionnalité", il avait outrepassé les limites de son pouvoir d'appréciation. A cet égard, la plainte était donc fondée. L'arrêt mentionnait par ailleurs qu'aucune voie de droit ordinaire n'était ouverte à son encontre. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et Y._ SA demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 4 novembre 2008 en tant qu'il autorise l'accès au dossier pénal par l'Administration fédérale et de le confirmer pour le surplus, sous suite de frais et dépens. A titre préalable, ils requièrent que leur recours soit doté de l'effet suspensif. Le Ministère public s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et propose de le rejeter sur le fond, sous suite de frais. L'autorité précédente se réfère à son arrêt. Par ordonnance présidentielle du 12 janvier 2009, la requête d'effet suspensif a été admise. Invitée à se déterminer par le Tribunal de céans, l'Administration fédérale observe qu'elle a été exclue de la procédure devant le Tribunal pénal fédéral, ce qui constituerait une violation manifeste de son droit d'être entendue. En outre, elle met en doute la compétence de cette autorité pour rendre la décision attaquée. 