Fatti: A. A.a S._ è stato assunto nel 1987 alle dipendenze della Banca X._, appartenente al gruppo Y._. Quale dipendente dell'istituto era assicurato presso la previdenza professionale del gruppo, che era strutturata in un fondo di previdenza per il personale (Personalvorsorgestiftung der Y._, in seguito: PVS) e in un fondo di previdenza padronale a carattere assistenziale, finanziato esclusivamente dal datore di lavoro (Arbeitgebervorsorgefonds der Y._, in seguito: AGVF). Nel 1998, a seguito di una ristrutturazione del gruppo Y._, l'istituto X._ venne rilevato dal gruppo Z._, sotto la ragione sociale W._ SA. L'interessato ha continuato a lavorare presso quest'ultima società fino al 30 novembre 1999, data per la quale ha disdetto il contratto di lavoro. In seguito alla ristrutturazione, il fondo di previdenza per il personale della Banca X._ si è staccato dalla PVS per aderire - con effetto al 1° gennaio 1999 - al nuovo istituto di previdenza della W._ SA, ossia alla Servisa, fondazione collettiva per la previdenza del personale (ora: Servisa, fondazione collettiva delle Banche Cantonali). A.b Da parte sua, il Consiglio di fondazione dell'AGVF ha deciso il 1°/ 2 settembre 1999 di liquidare - in funzione della sua fusione con la PVS - il fondo padronale con effetto dal 30 settembre 1999 secondo le seguenti modalità: per gli assicurati rimasti nel gruppo Y._ è stato allestito un piano di riparto individuale dei fondi liberi, mentre per gli assicurati delle società vendute (la W._ SA e la P._) i fondi liberi sarebbero stati trasferiti collettivamente alle nuove fondazioni indicate da dette società prendendo come base di ripartizione il capitale di risparmio esistente presso PVS il 31 dicembre 1998. Per il personale di W._ SA i fondi in questione sono stati trasferiti in parte alla Servisa (per un importo di fr. 2'000'000.-) e in parte al neocostituito fondo padronale della W._ SA, denominato Fondazione padronale della W._ SA (per un importo di fr. 866'110.65). A.c L'8 novembre 1999 la Commissione per la previdenza della W._ SA ha deciso, con effetto al 1° gennaio 2000, la ripartizione individuale dei fondi liberi accreditati a Servisa, nel senso che ha preso in considerazione tutti i dipendenti entrati a fare parte dell'istituto prima del 31 dicembre 1998, a condizione che il rapporto di lavoro non fosse stato disdetto entro la fine del 1999. Il 30 dicembre 1999 e il 21 gennaio 2000 S._ ha chiesto delucidazioni alla Servisa, rispettivamente alla Commissione per la previdenza della W._ SA, in merito alle distribuzioni effettuate, facendo valere il diritto di partecipare a tutte le distribuzioni, da qualunque parte esse provenissero. Il 25 gennaio 2000 l'adita Commissione ha comunicato all'interessato ch'egli non poteva vantare alcun diritto sugli importi derivanti dal fondo padronale. B. Con decisione del 6 luglio 2000 l'autorità di vigilanza sulle fondazioni del Cantone A._ ha ratificato la ripresa, da parte di PVS, di tutti i diritti e i doveri dell'AGVF, ordinando per il resto la radiazione dal registro di commercio di quest'ultimo fondo. Con comunicazione di stessa data all'AGVF, preso atto che i diritti acquisiti dei beneficiari non erano stati intaccati e che il competente organo di controllo aveva confermato l'avvenuta esecuzione della fusione (parziale) per il 30 settembre 1999, l'autorità di vigilanza ha inoltre dato il suo consenso all'avvenuto trasferimento dei fondi liberi di quest'ultimo alla Servisa, da una parte, e al fondo padronale della W._ SA, dall'altra. C. Dopo vari scambi di corrispondenza e su indicazione della stessa autorità federale di vigilanza, il 23 gennaio 2001 S._ ha interposto reclamo all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) contro il piano di ripartizione deciso l'8 novembre 1999 dalla Commissione per la previdenza della W._ SA e avente per oggetto la distribuzione del patrimonio proveniente dalla liquidazione dell'AGVF. Con il reclamo ha postulato l'annullamento di questo piano di ripartizione poiché ritenuto in contrasto con la decisione del Consiglio di fondazione dell'AGVF. Secondo questa decisione, tutti i dipendenti attivi al 31 dicembre 1998 avrebbero dovuto infatti partecipare al piano di ripartizione. Egli ha quindi chiesto l'elaborazione di un nuovo piano di riparto che lo comprendesse fra i beneficiari. Infine ha ugualmente chiesto la ripartizione dell'importo di fr. 866'110.65 trattenuto (a suo modo di vedere illegittimamente) per la costituzione del fondo padronale della W._ SA. D. L'interessato ha pure inoltrato, il 29 gennaio 2001, cinque petizioni al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo in sostanza di essere ammesso a partecipare alla ripartizione dei fondi liberati con lo scioglimento e la liquidazione dell'AGVF. Mediante giudizio del 25 marzo 2002 i giudici cantonali hanno constatato la loro incompetenza a pronunciarsi sulla ripartizione dei fondi liberi in oggetto ed hanno pertanto dichiarato irricevibili le petizioni. Contro tale pronuncia l'interessato si è aggravato al Tribunale federale delle assicurazioni. E. Con decisione del 2 ottobre 2001 l'UFAS ha respinto il reclamo nella misura in cui lo ha ritenuto ricevibile. In via preliminare ha osservato di essere competente, in qualità di autorità di vigilanza della Servisa, unicamente per esaminare il piano di ripartizione deciso dalla Commissione per la previdenza della W._.SA Ha inoltre ricordato che né l'autorità di vigilanza sulle fondazioni del Cantone A._ né il Consiglio di fondazione di AGVF avevano imposto particolari obblighi di ripartizione individuale per il gruppo degli assicurati della W._ SA, sicché la Commissione per la previdenza della W._ SA poteva di massima decidere liberamente in merito alla distribuzione dei fondi liberi dell'opera di previdenza W._ SA, anche perché tale ripartizione non era legata a una liquidazione (parziale o totale) del fondo di previdenza W._ SA. Ha quindi ritenuto non censurabili i criteri fissati nel piano di ripartizione. Per quanto riguarda la sua data (1° gennaio 2000), l'UFAS ha ricordato che di regola gli assicurati già usciti di loro spontanea volontà dall'istituto di previdenza sono esclusi dalla distribuzione facoltativa dei fondi liberi. Quanto all'obiezione dell'interessato secondo cui, conformemente alla decisione del 1° settembre 1999 del Consiglio di fondazione dell'AGVF, avrebbero dovuto essere presi in considerazione tutti gli assicurati affiliati al 31 dicembre 1998, l'UFAS, oltre a evidenziare che il piano di riparto previsto il 1° settembre 1999 non era valido per i dipendenti della W._ SA- per essi essendo stato previsto un altro modo di procedere (cfr. cifra 5 del verbale relativo alla seduta straordinaria del Consiglio di fondazione AGVF di stessa data in relazione con lo scritto 2 settembre 1999 della sua consigliera L._) -, ha precisato che la data del 31 dicembre 1998 era stata fissata affinché anche i collettivi di assicurati che erano usciti dall'opera di previdenza del personale della Y._ potessero ricevere la loro parte. Con la decisione di ripartizione dei fondi dell'AGVF nessun obbligo sarebbe però stato imposto alla Servisa in merito ad un'eventuale ripartizione individuale e nemmeno in merito ad un termine per effettuarla. F. Contro tale decisione S._ si è aggravato alla Commissione federale di ricorso in materia di previdenza professionale per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità. Oltre a riproporre le domande formulate con il reclamo, ha chiesto la restituzione in intero del termine per impugnare la decisione del 6 luglio 2000 dell'autorità di vigilanza del Cantone A._ facendo valere di non essere stato coinvolto nella procedura dinanzi a detta autorità. La Commissione di ricorso (dal 1° gennaio 2007: Tribunale amministrativo federale) ha quindi sospeso la procedura in attesa che il Tribunale federale delle assicurazioni si pronunciasse sui ricorsi pendenti presso tale Corte. G. Facendo notare che il tema di sapere se una persona soddisfi i criteri indicati da un piano di ripartizione cresciuto in giudicato è una questione che riguarda l'esecuzione del piano stesso e in quanto tale dev'essere esaminata nell'ambito di competenza dell'art. 73 LPP, con sentenza del 31 gennaio 2006 il Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale) ha annullato il giudizio cantonale 25 marzo 2002 e rinviato la causa al Tribunale cantonale delle assicurazioni affinché si determinasse sulle petizioni di S._. H. Dopo avere riattivato la procedura, il Tribunale amministrativo federale, nella misura in cui lo ha ritenuto ricevibile, ha respinto il ricorso di S._ contro la decisione su reclamo dell'UFAS (pronuncia del 18 dicembre 2007). In particolare ha osservato che la decisione 6 luglio 2000 dell'autorità di sorveglianza del Cantone A._, correttamente pubblicata nel registro di commercio e cresciuta in giudicato, non poteva - unitamente a quanto stabilito per le modalità di trasferimento collettivo dei fondi liberi a favore della Servisa e del neocostituito fondo padronale - essere rimessa in discussione dall'UFAS, non da ultimo per ragioni di competenza, visto che i due fondi padronali erano sottoposti a un'autorità di vigilanza cantonale. Ha quindi respinto la domanda di restituzione in intero per l'impugnazione della decisione del 6 luglio 2000 osservando tra l'altro che a fine 1999 l'interessato era verosimilmente già a conoscenza delle decisioni relative allo scioglimento dell'AGVF. Riguardo alla conformità alla legge del piano di ripartizione dell'8 novembre 1999, il Tribunale amministrativo federale ha confermato la valutazione dell'UFAS. Ha ricordato che il trasferimento della quota parte dei fondi provenienti dall'AGVF a favore della Servisa era avvenuto collettivamente e che solo in un secondo tempo si era proceduto alla ripartizione dei fondi accreditandoli individualmente agli assicurati della Servisa secondo la chiave adottata l'8 novembre 1999. Per il resto ha ritenuto che i criteri di ripartizione non erano di per sé arbitrari e non giustificavano pertanto un intervento dell'autorità di vigilanza. I. Patrocinato dall'avv. Sandro Patuzzo, S._ si è aggravato al Tribunale federale, al quale chiede che il giudizio 18 dicembre 2007 del Tribunale amministrativo federale sia annullato e modificato nel senso che il suo ricorso contro la decisione 2 ottobre 2001 dell'UFAS venga accolto. Di conseguenza postula l'annullamento di quest'ultima decisione come pure di quella del 6 luglio 2000 dell'autorità di vigilanza sulle fondazioni del Cantone A._- nella misura in cui autorizza l'utilizzazione del "patrimonio liberato" dall'AGVF diversamente da quanto disposto dal Consiglio di fondazione di AGVF -, e del piano di ripartizione dell'8 novembre 1999 adottato dalla Commissione per la previdenza della W._ SA. Infine chiede che sia fatto obbligo a quest'ultima di allestire un nuovo piano di riparto che lo comprenda fra i beneficiari aventi diritto e di procedere alla ripartizione dell'intero importo ricevuto dalla liquidazione dell'AGVF, compreso l'importo di fr. 866'110.65 trattenuto per la costituzione del fondo padronale della W._ SA. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. L'UFAS come pure la Servisa hanno rinunciato a determinarsi. 