Sachverhalt: A. In einer gegen A._ (Beschwerdeführer) eingeleiteten Betreibung wurde der V._ Genossenschaft vom Bezirksgerichtspräsidium Plessur am 6. Februar 2008 für den Betrag von Fr. 2'123'666.75 nebst Zins zu 10 % provisorische Rechtsöffnung erteilt. Der Beschwerdeführer erhob beim Zivilgericht Basel-Stadt Aberkennungsklage. Dieses verpflichtete ihn zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 36'000.-- und lehnte sein Begehren, den Vorschuss in 9 Raten zu begleichen, wegen ungenügender Glaubhaftmachung der behaupteten Zahlungsschwierigkeiten ab. Mit Verfügung vom 12. September 2008 wies der Instruktionsrichter des Zivilgerichts auch das hierauf gestellte Gesuch um Kostenerlass ab. Die hiergegen eingereichte Beschwerde wies der Ausschuss des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt am 23. April 2009 ab, und zwar mangels hinreichender Substanziierung seiner und seiner Familie Einkommens- und Unterhaltssituation. B. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, es sei ihm der Kostenerlass gemäss kantonalem Recht und Art. 29 Abs. 3 BV zu bewilligen, und der unterzeichnende Rechtsvertreter sei zum Armenanwalt zu bestellen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die erste oder an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner verlangt er auch für das Verfahren vor Bundesgericht die unentgeltliche Rechtspflege. Seinem Begehren um Gewährung der aufschiebenden Wirkung entsprach das Bundesgericht am 9. Oktober 2009. 