Sachverhalt: A. A.a. Das Wasserkraftwerk Eglisau wurde zwischen 1915 und 1921 erstellt, gestützt auf eine Konzession, welche der Nordostschweizerischen Kraftwerke AG (NOK; heute: Axpo AG) für eine Dauer von 80 Jahren erteilt worden war. Am 16. Dezember 1998 erteilte die Schweizerische Eidgenossenschaft der NOK eine neue Konzession, die am 1. April 2002 in Kraft trat und bis 2046 befristet ist. Die Wasserkraft entfällt zu 61 % auf den Kanton Zürich, zu 31,8 % auf den Kanton Schaffhausen und zu 7,2 % auf das Land Baden-Württemberg. Am 30. September 2002 wurde die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG als 100%-ige Tochtergesellschaft der Axpo AG gegründet und es wurden ihr sämtliche Rechte und Pflichten aus der Konzession übertragen. A.b. Vom Oktober 2008 bis Juni 2012 wurde das Wasserkraftwerk Eglisau umfassend erneuert, um die Leistungsfähigkeit des Werks um 30 % zu steigern. Da während der Bauarbeiten nur eine reduzierte Wasserkraftnutzung möglich war, stellte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG am 28. Mai 2010 bei der Baudirektion des Kantons Zürich das Gesuch, den Wasserzins während der Bauzeit zu reduzieren. Die Baudirektion beantwortete dieses Begehren mit Schreiben vom 26. Juli 2010 abschlägig. Ein analoges Gesuch stellte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG an die Schaffhauser Behörden, welche darüber offenbar noch nicht rechtskräftig entschieden haben. A.c. Am 3. November 2010 gelangte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) und ersuchte um Meinungsäusserung über die sachliche Zuständigkeit zur Beurteilung ihres Reduktionsgesuchs. Mit Stellungnahme vom 14. Januar 2011 vertrat der Direktor des Bundesamtes für Energie (BFE) die Auffassung, das UVEK sei dafür nicht zuständig. B. Am 3. März 2011 ersuchte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG die Baudirektion des Kantons Zürich um Erlass einer rekursfähigen Verfügung betreffend Wasserzinsreduktion. Am 12. Juli 2011 wies die Baudirektion das Gesuch ab. Gegen diese Verfügung erhob die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG am 12. August 2011 Rekurs beim Regierungsrat des Kantons Zürich. Dieser hob mit Beschluss vom 23. Mai 2012 die Verfügung der Baudirektion vom 12. Juli 2011 auf und wies diese an, das Gesuch der Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG zuständigkeitshalber dem UVEK zur Behandlung zu überweisen. C. Dagegen gelangte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und beantragte, der Regierungsrat sei anzuweisen, den Rekurs vom 12. August 2011 materiell zu behandeln. Mit Urteil vom 28. Februar 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. D. Die Kraftwerke Eglisau-Glattfelden AG erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den Regierungsrat des Kantons Zürich anzuweisen, den Rekurs vom 12. August 2011 materiell zu behandeln. E. Das Verwaltungsgericht und die Staatskanzlei des Kantons Zürich beantragen Abweisung der Beschwerde, die Baudirektion deren Gutheissung. Das zur Vernehmlassung eingeladene UVEK bestätigt seine Ausführungen, die es zum einen durch das BFE in der vorliegenden Sache am 14. Januar 2011 gegenüber der Beschwerdeführerin und zum anderen in einem Schreiben vom 26. Juni 2012 an den Regierungsrat des Kantons Schaffhausen in der parallelen Angelegenheit vertreten hatte, wonach das UVEK für die Behandlung des Gesuchs nicht zuständig sei. 