Faits: A. Dès 1994, SA X._ (ci-après: la bailleresse) a entrepris des démarches en vue de faire procéder à des travaux de rénovation d'un groupe d'immeubles formant un complexe commercial et administratif dont elle est propriétaire. Une autorisation de construire a été délivrée en 1997, mais la bailleresse n'a pas engagé immédiatement les travaux. C'est dans ce contexte que Y._ SA (ci-après: la locataire) s'est intéressée à déplacer son activité dans le complexe susmentionné. En 1999, elle a mandaté l'architecte A._ pour qu'il examine si l'immeuble se prêtait à l'aménagement et à l'exploitation de sa permanence médicale; ce mandataire, qui avait reçu copie du dossier d'autorisation de construire de 1997, était averti de la nécessité de monter une paroi intérieure de protection lors du changement des éléments de façade, ce d'autant qu'il s'agissait d'un procédé usuel dans ce cas. Il en a informé sa mandante, soit pour elle son administrateur B._, qui était du reste en mesure de s'en rendre compte par lui-même, car bien que médecin de formation, il avait étudié l'architecture pendant plusieurs semestres et animait depuis 1995 une société C._ SA qui avait notamment pour but l'achat et la vente d'immeubles. A._ et B._ ont eu l'occasion de visiter les locaux à louer en 1999, avant de conclure des baux. Entre le 4 octobre 1999 et le 1er juillet 2001, les parties ont signé six baux portant sur différents locaux, pour un loyer annuel hors charges total de 422'724 fr. Les contrats nos 1 et 2 prévoyaient que le bailleur avait fixé le loyer en tenant compte des travaux que la locataire allait entreprendre pour aménager les locaux en vue de l'exploitation de sa permanence médicale (art. 38); ils disposaient également que "le locataire est informé que d'importants travaux de rénovation vont être probablement entrepris, notamment concernant la façade, le chauffage et la ventilation. Les parties conviennent qu'en cas de réalisation de ces travaux, ceux-ci n'entraîneront pas de répercussion sur les loyers" (art. 35); ils prévoyaient par ailleurs que "le locataire déclare connaître les locaux et les accepter en l'état, sous réserve d'acceptation de l'état des lieux d'entrée. A titre de participation aux travaux de rénovation effectués par le locataire, il est accordé à ce dernier une gratuité du loyer du 1er novembre 1999 au 29 février 2000" (art. 39). Quant aux baux nos 3, 4 et 5, ils disposaient que "le locataire est informé que d'importants travaux de rénovation vont être probablement entrepris, notamment concernant la façade, le chauffage et la ventilation. Le propriétaire se réserve le droit d'adapter le loyer en cours de bail, dès l'achèvement des travaux, moyennant un préavis de 3 mois pour la fin d'un mois, ceci en conformité avec les art. 14 al. 3 OBLF et 269a let. b CO. Le locataire en cas de travaux s'engage à ne pas demander au bailleur une quelconque indemnité pour perte de jouissance résultant de ces travaux et déclare les accepter" (art. 37); ils prévoyaient en outre que "le locataire déclare connaître les lieux et les accepter en l'état, sous réserve d'acceptation de l'état des lieux d'entrée. A titre de participation aux travaux de rénovation effectués par le locataire, il est accordé à ce dernier une gratuité du loyer du 1er avril au 30 juin 2000 (pour le bail n° 3, respectivement du 1er mai au 31 juillet 2000 pour le bail n° 4 et du 1er juin au 31 octobre 2000 pour le bail n° 5)" (art. 38); il était encore précisé que le bailleur avait tenu compte du montant des travaux dans la fixation du loyer (art. 39). Le détail des travaux envisagés - dont l'exécution a été retardée du fait que l'immeuble faisait l'objet d'une procédure de classement - a été précisé par un courrier du 9 avril 2003 de l'entreprise générale mandatée par la bailleresse; aucune explication quant au déroulement du chantier, ni aucun planning n'ont été communiqués à cette occasion. Le 27 février 2004, les locataires ont en substance été avisés que les travaux devaient commencer le 8 mars 2004; il n'a été fait aucune mention de la durée des travaux, ni du planning des interventions. Le 8 mars 2004, il y a été indiqué que les travaux devraient durer huit mois et que les locaux de la locataire, qui s'étendaient sur toutes les façades, seraient affectés ici et là, pendant toute cette période. A fin mars 2004, puis par courrier du 19 avril 2004 de la régie, ont été communiquées les dates prévues pour la pose des parois de protection dans une première phase des travaux, dates s'échelonnant du 5 avril au 18 juin 2004, ainsi que les plans permettant de déterminer les locaux concernés. Par la suite, la locataire a été avisée, le plus souvent oralement, des plannings ultérieurs et de leurs modifications. Le 19 janvier 2005, la bailleresse a communiqué à la locataire un planning comportant le détail des interventions planifiées, qui s'étalaient jusqu'à fin février 2005. Par lettre du 19 avril 2005, la mandataire de la bailleresse a informé la locataire que tous les travaux relatifs à ses locaux seraient en principe terminés le 29 avril 2005. Il est avéré que le chantier a accusé globalement un retard d'environ trois mois par rapport au planning initial de huit mois. Pendant toute la durée du chantier, soit de mars 2004 à mars 2005, la locataire a été en mesure de poursuivre son activité, mais au prix de nombreux désagréments, tels que privation de certains locaux, diminution de la surface due à l'édification de la paroi intérieure, baisse de température, bruit, poussières incompatibles avec l'hygiène requise dans un établissement médical, déménagements successifs des meubles et du matériel, dégâts d'eau dans un local. B. Le 29 août 2003, la locataire a saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève d'une requête dans laquelle elle concluait notamment au paiement de la somme de 306'166 fr. à titre de réduction de loyer de 20 % dès la conclusion des baux. Ladite Commission ayant rejeté la requête, la locataire a porté l'affaire devant le Tribunal des baux et loyers le 10 mars 2004, fixant la réduction de loyer de 20 % demandée à 356'741 fr.; en prévision de l'exécution des travaux, elle a amplifié ses conclusions en sollicitant que le taux de réduction des loyers soit de 35 % durant toute la durée du chantier. Par jugement du 26 janvier 2005, le Tribunal a débouté la locataire de ses prétentions. Statuant par arrêt du 12 décembre 2005, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève a annulé le jugement du 26 janvier 2005 et en particulier invité le Tribunal à instruire la question des nuisances liées au chantier et celle de l'éventuelle réduction de loyer dû; elle a ajouté que s'il apparaissait, prima facie, que la locataire avait valablement renoncé à toute réduction de loyer en raison des nuisances ordinaires du chantier annoncées, compte tenu notamment du fait qu'elle avait constamment été conseillée par un architecte et un conseil juridique, il appartiendrait aux premiers juges de déterminer si la locataire n'avait aucune connaissance précise du projet de chantier, en particulier si le démontage complet des façades et l'amputation, sur un mètre vingt, des locaux loués, étaient annoncés; la cour cantonale a indiqué qu'une fois établie la validité ou la nullité de la clause de renonciation à toute réduction de loyer, le Tribunal devrait instruire les faits relatifs à l'intensité des nuisances subies et aux raisons du retard pris sur le chantier afin de déterminer si les nuisances avaient dépassé, dans une large mesure, l'intensité que l'on pouvait raisonnablement attendre d'un chantier correctement conduit. Par jugement du 10 septembre 2008, le Tribunal a réduit les loyers de 15 % pour la période du 1er avril 2004 au 31 mars 2005. Saisie par les deux parties et statuant par arrêt du 20 avril 2009, la Chambre d'appel a réduit les loyers de 20 % du 1er avril 2004 au 31 mars 2005 et de 10 % du 1er janvier au 31 mars 2006. En bref, elle a considéré que lorsque la locataire avait accepté de renoncer à des réductions de loyers dans la perspective, encore incertaine, des futurs travaux de rénovation (entrepris quatre ans plus tard), elle ne disposait pas objectivement de renseignements suffisamment précis pour mesurer l'impact que ces travaux pouvaient produire sur son exploitation future; il s'ensuivait que la validité des clauses litigieuses ne pouvait être admise. C. La bailleresse (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt du 20 avril 2009 et au déboutement de son adverse partie de toute prétention en réduction de loyer pour les travaux de rénovation de façade, chauffage et ventilation, avec suite de dépens. La locataire (l'intimée) propose le rejet du recours et la confirmation de la décision du 20 avril 2009, sous suite de frais et dépens. 