Faits: A. Par jugement du 15 décembre 2011, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._ pour vol en bande et par métier, dommages à la propriété, violation de domicile, conduite d'un véhicule non couvert par une assurance RC et usage abusif de plaques à 2 ans et demi de privation de liberté sous déduction de 150 jours de détention préventive, à 3 jours-amende à 50 fr. et au paiement d'une part des frais par 33'062 fr. 55, montant comprenant l'indemnité du défenseur d'office par 7884 francs. Il a également prononcé une créance compensatrice de 20'000 fr. à la charge de X._ en faveur de l'Etat de Vaud, révoqué le sursis accordé le 12 mars 2007 et ordonné l'exécution de la peine de 12 jours-amende. B. Par jugement du 18 juin 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._ et l'appel joint formé par le Ministère public. En bref, il ressort les éléments suivants de ce jugement. Le 28 juin 2009, X._ a été interpellé au volant de son véhicule portant des plaques de contrôle qui n'étaient pas authentiques mais dont le numéro d'immatriculation correspondait bien au véhicule. X._ les avait fait fabriquer en Serbie alors qu'il avait déposé les plaques authentiques auprès du Service des automobiles du canton de Vaud. Le véhicule n'était plus couvert par une assurance responsabilité civile. Entre le 25 octobre 2008 et le 11 mars 2009, sur l'arc lémanique, A._ et B._, parfois accompagnés d'autres comparses, ont volé au moins trente-neuf moteurs de bateau pour le compte de X._ et, dans une moindre mesure, de C._. X._ leur indiquait les lieux qu'ils pouvaient visiter. Après les vols, il prenait immédiatement en charge les moteurs ou venait les chercher ultérieurement dans une cache indiquée par A._ et B._. Ces derniers étaient rémunérés pour leur service. X._ prenait ensuite les dispositions nécessaires pour écouler le butin sur le marché parallèle, en Serbie et en Croatie, après exportation clandestine dans ces pays. Les moteurs n'ont jamais été retrouvés. Les gains réalisés ont notamment servi à X._ pour financer la construction de deux maisons en Serbie. C. X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à la réforme du jugement entrepris en ce sens qu'il est libéré des circonstances aggravantes de la bande et du métier ainsi que de l'accusation d'avoir conduit un véhicule non couvert par l'assurance responsabilité civile, qu'il est condamné à une peine privative de liberté n'excédant pas 150 jours, sous déduction de la détention préventive, avec sursis pendant deux ans et au paiement d'une part des frais de justice n'excédant pas 10'000 fr., montant comprenant l'indemnité allouée au défenseur d'office, qu'il est libéré de toute créance compensatrice et que le remboursement de l'indemnité allouée au défenseur d'office ne sera exigible que si sa situation financière le permet. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouveau jugement. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 