hat sich ergeben: A.- Die X._ AG betreibt in Unterengstringen ein Kieswerk, eine Bauschutt-Wiederaufbereitungsanlage sowie eine Bausperrgut-Sortieranlage. Nach zahlreichen früheren Interventionen verfügte die Baudirektion am 7. September 1999: "I. Der X._ AG, ..............., wird verboten, ab dem 1. November 1999 Bausperrgut auf dem Werkreal A._ in Unterengstringen zu lagern oder zu verarbeiten. Bereits auf dem Werkareal liegendes Bausperrgut ist bis zu diesem Datum umweltschutz- und gewässerschutzrechtskonform zu entsorgen (...). II. Bei Missachtung des Verbots gemäss Dispositiv Ziffer I erfolgt Verzeigung zur Bestrafung. Die Übertretung dieses Verbotes ist gemäss Art. 61 Abs. 1 lit. i USG sowie Art. 71 Abs. 1 lit. b GSchG mit Haft oder Busse bedroht. III. Die X._ AG wird aufgefordert, mit Bezug auf die Lagerung von Bauschutt auf dem Werkareal A._ dem AWEL bis 30. April 2000 ein Sanierungsprojekt vorzulegen. IV. Die X._ AG wird aufgefordert, bis 31. Dezember 1999 das gesamte Kanalisationsnetz auf dem Werkareal A._ aufnehmen zu lassen und dem AWEL Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft nachgeführte Kanalisationspläne sowie einen technischen Bericht über den Zustand des Kanalisationsnetzes fünffach einzureichen. V. Die X._ AG wird aufgefordert, mit Bezug auf das ganze betriebliche Kanalisationsnetz auf dem Werkareal A._ eine fundierte Gefährdungsabschätzung durchzuführen und die technisch möglichen Massnahmen zur Minimierung des Risikos von Gewässerverunreinigungen detailliert bis zum 30. April 2000 aufzuzeigen. VI. Die X._ AG wird aufgefordert, die Altlastenverdachtsflächen Nrn. I.522 und D.2 Unterengstringen einer altlastenrechtlichen Voruntersuchung unterziehen zu lassen und dem AWEL Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft bis 28. Februar 2000 einen entsprechenden Untersuchungsbericht fünffach einzureichen. ..." B.- Am 22. März 2000 wies der Regierungsrat des Kantons Zürich den Rekurs der X._ AG gegen diese Verfügung ab (Disp.-Ziff. I). Er untersagte der X._ AG unter Ansetzung einer Frist von 30 Tagen ab Zustellung des Beschlusses, auf dem Werkareal A._ Bausperrgut zu lagern oder zu verarbeiten; bereits dort befindliches Bausperrgut sei umwelt- und gewässerschutzkonform zu entsorgen (Disp.-Ziff. II und III). Die Frist für die Erfüllung der übrigen Anordnungen gemäss angefochtener Verfügung legte er auf vier Monate nach Eintritt der Rechtskraft fest (Disp.-Ziff. IV). C.- Hiergegen erhob die X._ AG Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht erteilte der Beschwerde die aufschiebende Wirkung und führte einen Augenschein durch. Am 28. September 2000 hiess es die Beschwerde insofern teilweise gut, als die Anordnungen gemäss Dispositiv Ziff. I der Verfügung der Baudirektion vom 7. September 1999 neu ab dem 1. Januar 2001 gelten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war. D.- Hiergegen erhob die X._ AG am 13. November 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei bezüglich der Betriebsstilllegung der Bausperrgut-Sortieranlage aufzuheben, soweit die Beschwerde abgewiesen worden sei. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, so dass die per 1. Januar 2001 verfügte Betriebseinstellung aufzuheben sei. E.- Das Verwaltungsgericht Zürich, die Baudirektion des Kantons Zürich und der Gemeinderat Unterengstringen beantragen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen. Das BUWAL hält in seiner Vernehmlassung fest, dass die kantonalen Behörden mit der Anordnung, die Anlage stillzulegen, ihr Ermessen nicht überschritten hätten und der Entscheid des Verwaltungsgerichts Zürich im Einklang mit dem Umweltschutzrecht des Bundes stehe. F.- Am 18. Dezember 2000 wies der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. 