Faits: A. Un litige portant sur la réparation du dommage résultant du non-paiement de cotisations sociales par la société X._ SA opposait B._, A._ et C._, anciens administrateurs de la société, à la Caisse interprofessionnelle d'assurance-vieillesse et survivants de la Fédération romande des syndicats patronaux (aujourd'hui, la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes; ci-après: la caisse) devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève. A l'occasion d'une audience de comparution personnelle des parties tenue le 11 juin 2009, la caisse a accepté que B._ et A._ lui paient solidairement, pour solde de tout compte et de toute prétention en relation avec leur responsabilité comme administrateurs de X._ SA et au plus tard le 19 juin 2009, un montant de 6'000 fr. Après avoir disjoint la procédure dirigée par la caisse contre C._, le tribunal cantonal a, par jugement du 2 juillet 2009, ratifié les termes de l'accord ainsi passé entre la caisse, B._ et A._. B. L'Office fédéral des assurances sociales interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert l'annulation, en concluant au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle rende un nouveau jugement motivé. La caisse s'est exprimée sur le déroulement de l'audience du 11 juin 2009, tandis que B._ et A._ s'en remettent à justice. De son côté, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève s'est déterminé par écriture du 7 septembre 2009. 