Sachverhalt: A. A.a M._, geboren 1960, meldete sich am 23. Mai 2002 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Er gab an, an Morbus Crohn zu leiden. Die IV-Stelle des Kantons Luzern untersuchte den medizinischen Sachverhalt sowie die beruflich-erwerblichen Verhältnisse und ermittelte einen Invaliditätsgrad von 100 %. Mit Verfügung vom 13. November 2003 sprach sie dem Versicherten ab 1. November 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Mit Schreiben vom 24. November 2003 liess M._ der IV-Stelle mitteilen, seit 1. Juli 2003 habe er versuchsweise zu 30 % gearbeitet. Auf den 1. Dezember 2003 trat er die Stelle unbefristet an (Arbeitsvertrag Betriebsleiter vom 23. November 2003). Die IV-Stelle sprach M._ mit Verfügung vom 8. Januar 2004 die ganze Rente weiterhin zu (Invaliditätsgrad von 75 %). A.b Der Versicherte zog auf den 1. April 2004 in den Kanton Aargau um. Die IV-Stelle des Kantons Aargau überprüfte im Februar 2009 den Rentenanspruch. Sie erhielt davon Kenntnis, dass M._ inzwischen in mehreren Stellen gearbeitet hatte (Auszug aus dem individuellen Konto vom 26. Februar 2009). Seit Oktober 2007 war er in Vollzeit als Buschauffeur im Busbetrieb Aarau angestellt (Fragebogen für Arbeitgebende vom 2. März 2009). Mit Verfügung vom 11. März 2009 sistierte die IV-Stelle die Rente wegen Verletzung der Meldepflicht und stellte mit Vorbescheid vom 25. Mai 2009 die rückwirkende Aufhebung der Rente auf den 31. Dezember 2005 in Aussicht. Sie wies darauf hin, es liege eine Verletzung der Meldepflicht vor, weshalb zu Unrecht bezogene Leistungen im Betrag von insgesamt Fr. 77'248.- zurückzuerstatten seien. Sie bestätigte dies mit Verfügung vom 2. September 2009. Mit Verfügung vom 24. September 2009 forderte sie vom Versicherten Fr. 77'248.- zurück. B. Die gegen die Verfügung vom 2. September 2009 gerichtete Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid 15. November 2011 teilweise gut. Es hob die Rente rückwirkend auf den 31. März 2006 auf und verpflichtete den Versicherten zur Rückerstattung vom 1. April 2006 bis 31. Mai 2009 bezogener Leistungen von insgesamt Fr. 71'728.-. C. M._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der Entscheid des Versicherungsgerichts sei aufzuheben; die vorinstanzliche Beschwerde vom 28. September 2009 sei gutzuheissen; eventualiter sei die Sache zu erneuter Prüfung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die kantonalen Akten wurden eingeholt. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet. 