Sachverhalt: A. A._ ist selbständiger Sanitärinstallateur. Er ist Eigentümer zahlreicher Liegenschaften und betätigt sich nebenbei im Liegenschaftenhandel. Im Jahre 1999 erzielte er Liegenschaftsgewinne von Fr. 58'976.-- und im Jahre 2000 von Fr. 173'776.--. Die Aufstellung der Gewinne und Verluste aus Liegenschaftsverkäufen der Jahre 1993-2000 zeigt folgendes Bild: Jahr Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen (Fr.) Verlust aus Liegenschaftsverkäufen (Fr.) 1993 295'447 1994 0 1995 0 1996 63'127 1997 2'447 (Ø 1993-1997: 72'204) 1998 53'068 1999 58'976 2000 173'776 2001 289'000 2002 147'000 Am 9. Oktober 2002 veranlagte die Steuerbehörde aufgrund der Steuererklärung 2001a für die direkte Bundessteuer je eine separate Jahressteuer auf den ausserordentlichen Einkünften 1999 und 2000 (Wechsel von der zweijährigen Pränumerando- zur einjährigen Postnumerandobesteuerung per 1. Januar 2001). Die ausserordentlichen Gewinne aus Liegenschaftsverkäufen berechnete sie wie folgt: 1999 2000 Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen 58'976 173'776 abzüglich durchschnittlicher Gewinn 1993-1997 72'204 72'204 a.o. Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen 0 101'572 Hinzu kamen weitere ausserordentliche Einkünfte auf AHV-Beiträgen und aus der Auflösung stiller Reserven auf Delkredere von Fr. 30'000.-- (1999) und Fr. 8'100.-- (2000). Das ergab für die Jahressteuer 1999 und 2000 ausserordentliche Einkünfte von Fr. 30'000.-- (1999) und Fr. 109'600.-- (2000). Die Veranlagung der Jahressteuer 1999 erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Eine Einsprache gegen die Veranlagung der Jahressteuer 2000 wies die Verwaltung für die direkte Bundessteuer am 24. Januar 2003 ab. B. Hiergegen führte A._ Beschwerde bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Er beantragte, es seien für das Jahr 2000 allein die ausserordentlichen Einkünfte aus der Auflösung der Reserven auf dem Delkredere von Fr. 8'100.-- zu besteuern. Die Liegenschaftsgewinne seien ordentliches Einkommen. Die Verwaltungsrekurskommission behandelte zunächst den Rekurs für die kantonalen Steuern. Dieser Entscheid wurde beim kantonalen Verwaltungsgericht angefochten. Das Verfahren für die direkte Bundessteuer blieb vor der Verwaltungsrekurskommission bis zum Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 23. April 2004 über die kantonalen Steuern sistiert. Mit Entscheid vom 12. Januar 2005 befand die Verwaltungsrekurskommission über die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer. Sie erwog, nach der Veranlagungspraxis der st. gallischen Steuerbehörden seien Liegenschaftsgewinne insoweit als ordentlich zu qualifizieren, als sie das durchschnittliche Geschäftsergebnis der letzten fünf Jahre vor der Bemessungslücke nicht übersteigen würden. Ein quantitatives Kriterium dieser Art genüge in der Regel zwar nicht, um bei der Jahressteuer die ordentlichen von den ausserordentlichen Einkünften abzugrenzen. Beim Liegenschaftenhandel lägen jedoch besondere Umstände vor, weil die Handelsgewinne stärkeren Schwankungen unterworfen seien als bei anderen freiberuflichen Erwerbstätigen. Eine Pauschalierung im Sinne des Vergleichs mit den Vorjahren erscheine daher als zulässiger Behelf für die Unterscheidung von ordentlichen und ausserordentlichen Einkünften von Liegenschaftenhändlern. Im vorliegenden Fall rechtfertige es sich zudem, die Jahre nach dem Systemwechsel (2001 und 2002) ebenfalls zu berücksichtigen. Der durchschnittliche Gewinn dieser Jahre (Fr. 218'000.--) sei fast doppelt so hoch wie der durchschnittliche Gewinn in der Übergangsperiode 1999/2000 (Fr. 116'376.--) und deutlich höher als der durchschnittliche Gewinn der vorangegangenen Jahre. Das deute darauf hin, dass die in den Jahren 1999 und 2000 erzielten Gewinne vollumfänglich ordentliches Einkommen darstellen. Mit dieser Begründung hiess die Verwaltungsrekurskommission die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer gut, hob die Veranlagung auf und setzte die der Jahressteuer 2000 unterliegenden ausserordentlichen Einkünfte neu auf Fr. 8'100.-- (Auflösung stiller Reserven auf dem Delkredere) fest. C. Hiergegen führt die Verwaltung für die direkte Bundessteuer St. Gallen Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Sie beantragt eine reformatio in peius in dem Sinne, dass der gesamte Gewinn aus Liegenschaftsverkäufen im Jahre 2000 der Sonderveranlagung unterstellt werde. Eventualiter sei der durchschnittliche Gewinn der sechs vorhergehenden Jahre 1993-1998 (Fr. 51'325.--) als ordentliches Einkommen zu qualifizieren und der darüber hinausgehende Teil des Liegenschaftsgewinns der Jahressteuer zu unterstellen. Der Steuerpflichtige (Beschwerdegegner) hält, ohne einen ausdrücklichen Hauptantrag zu stellen, an den Ausführungen in seiner Vernehmlassung im kantonalen Verfahren fest. Im Eventualstandpunkt beantragt er, im Falle der Gutheissung der Beschwerde der Steuerverwaltung sei auf eine Schlechterstellung (reformatio in peius) zu verzichten. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei gutzuheissen. Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen schliesst auf Abweisung der Beschwerde. 