Sachverhalt: A. Der 1968 geborene H._ arbeitete seit März 1999 als Gerüstbauer bei der Firma R._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 10. September 2001 wurde er während der Arbeit von einem umkippenden Gerüstelement am Kopf getroffen; er zog sich eine Rissquetschwunde am Kopf zu und litt danach an Schwindel und einem Zervikalsyndrom (Berichte des Spitals X._ vom 10. September 2001 und des Kreisarztes Dr. med. L._, FMH für Orthopädische Chirurgie, vom 7. November 2001). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Ab 20. Oktober 2001 arbeitete der Versicherte wieder vollzeitig, aber nur noch im Lager in obiger Firma. Am 29. November 2001 prallte vor einer Verzweigung ein nachfolgender Personenwagen (PW) ins Heck seines Autos, wobei dieses in einen anderen PW geschoben wurde. Das Spital X._ diagnostizierte gleichentags ein Schleudertrauma sowie Prellungen des linken Schultergelenks und des linken oberen Sprunggelenks. Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Vom 17. April bis 22. Mai 2002 war der Versicherte in der Rehabilitationsklinik Y._ hospitalisiert (Austrittsbericht vom 19. Juni 2002). Die SUVA zog diverse Arztberichte, eine biomechanische Kurzbeurteilung des Unfalls vom 29. November 2001 der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik vom 16. September 2002, Gutachten des Psychiaters Dr. med. S._ vom 26. April 2004 sowie der Neurologin Frau Dr. med. O._ vom 4. Juni 2004, einen Bericht der Beruflichen Abklärungsstelle vom 14. Dezember 2004 sowie Aktenbeurteilungen der Psychiaterin Frau Dr. med. K._, SUVA Versicherungsmedizin, vom 31. Mai und 13. Oktober 2005 bei. Mit Verfügung vom 25. November 2005 stellte die SUVA die Leistungen für die Unfälle vom 10. September und 29. November 2001 auf den 31. Dezember 2005 ein. Dagegen erhob der Versicherte Einsprache. Am 6. November 2005 prallte vor einem Fussgängerstreifen der nachfolgende PW ins Heck seines Fahrzeugs. Dr. med. G._, FMH Chirurgie Schwerpunkt Allg.- und Unfallchirurgie, Rehabilitationsklinik Y._, diagnostizierte als Folge dieses Unfalls eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) bei vorbestehendem chronifiziertem Schmerzsyndrom, eine Verschlimmerung des Schmerzsyndroms sowie eine schwere depressive Episode (Bericht vom 31. Januar 2006). Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Sie holte bei der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik zum letztgenannten Unfall eine biomechanische Kurzbeurteilung und eine technische Unfallanalyse vom 28. März bzw. 9. Mai 2006, diverse Arztberichte sowie ein Gutachten des Neurologen Dr. med. C._ vom 6. Februar 2007, ein. Mit Verfügung vom 27. Februar 2007 stellte sie die Leistungen für den Unfall vom 6. November 2005 auf den 31. März 2007 ein. Auch dagegen erhob der Versicherte Einsprache. Mit Entscheid vom 12. September 2007 vereinigte die SUVA die beiden Verfahren und wies die Einsprachen gegen die Verfügungen vom 25. November 2005 sowie 27. Februar 2007 ab. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 20. Januar 2009). C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte die Aufhebung des kantonalen Entscheides und der Leistungseinstellung in sämtlichen Fällen; die SUVA habe ihm weiterhin sämtliche Leistungen wie z.B. Taggelder, medizinische Kosten, Transportkosten etc. und ab dem frühstmöglichen Zeitpunkt eine Invalidenrente sowie eine angemessene Integritätsentschädigung zu leisten. Er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet. 