Faits: A. X._ SA (ci-après: X._) est une société anonyme, qui a son siège à Genève et ses bureaux à ... (France), dont le but social est l'organisation de training, séminaires, cycles de formation, notamment dans le développement des ressources humaines de l'entreprise, les conseils et l'assistance dans la direction et le management d'entreprise. Par contrat du 23 février 2000, X._ a engagé Y._, domicilié dans le canton de Genève, en qualité de "training coach senior" dès le 1er mars 2000. Le contrat contient une clause de prohibition de concurrence, interdisant à l'employé, en cas de démission après la première année de service, d'exercer une activité concurrente dans un délai de deux ans et dans l'espace de la Suisse romande et de la région frontalière de Genève; la clause est assortie d'une amende conventionnelle fixée au montant total de la rémunération de la dernière année d'activité, qu'elle soit complète ou partielle. Par lettre du 28 août 2006, X._ a engagé Z._, domicilié dans le canton de Genève, en qualité de "training coach senior" dès le 1er septembre 2006. La lettre contient également une clause de prohibition de concurrence pour une durée de deux ans limitée à l'espace de la Suisse romande; cette clause est assortie d'une amende conventionnelle d'un montant correspondant à la rémunération de la dernière année d'activité. Au cours de leur emploi, Y._ et Z._ ont animé des journées de cours dans diverses entreprises. Par lettre du 22 octobre 2007, Y._, Z._ ainsi qu'un consultant externe, U._, ont exprimé l'intention de changer leur statut. Par lettre du même jour, Y._ et Z._ ont résilié le contrat de travail avec effet au 31 janvier 2008. Les discussions avec l'employeur n'ayant pas évolué dans le sens souhaité, Y._ et Z._ ont décidé de poursuivre leur activité dans le domaine de la formation en qualité d'indépendants. Le 12 décembre 2007, U._ a inscrit au registre du commerce une société en nom collectif, dont la raison sociale est V._ & Associés et l'enseigne xxx, dans laquelle il est le seul associé avec son épouse et dont le but est analogue à celui de X._. Y._ et Z._ ont conçu le projet de rejoindre cette société dès la fin de leur travail au sein de X._. Après le 31 janvier 2008 et jusqu'à fin mai 2008, Y._ a encore dispensé des formations pour X._ en faveur de A._ et de B._. Après le 31 janvier 2008, Z._ a assuré des animations pour le compte de X._, notamment chez C._ SA. Le 8 avril 2008, Y._ et Z._ sont devenus associés de la société en nom collectif fondée par U._. Celle-ci a pris le nom W._ & Associés. Y._ a réclamé à X._ un salaire pour les vacances de 2000 à 2008. X._ reproche à ses deux anciens employés, soit Y._ et Z._, d'avoir violé la clause de prohibition de concurrence et leur réclame la pénalité convenue. X._ reproche également à ses deux anciens employés d'avoir violé leur devoir de fidélité en détournant de la clientèle avant la fin du rapport de travail, soit - selon ce qui reste litigieux devant le Tribunal fédéral - les clients B._ et A._ dans le cas de Y._ et les clients D._ et E._ dans le cas de Z._. B. B.a Par demande déposée au greffe de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève le 6 janvier 2009, X._ a réclamé à Y._ la somme de 266'281 fr.75 avec intérêts. Y._ s'est opposé à la demande en totalité et a conclu reconventionnellement au paiement de 76'460 fr.32 avec intérêts à titre d'indemnités de vacances, sous déduction de 7'649 fr.75. X._ s'est opposée à la demande reconventionnelle et a amplifié ses conclusions à 190'110 fr, 134'650 fr. et deux fois 27'000 fr., avec intérêts. Par jugement du 27 mai 2010, le Tribunal des prud'hommes a déclaré irrecevable une des conclusions de X._ tendant au paiement de 27'000 fr.; il a condamné Y._ à payer à X._ le montant net de 263'698 fr. avec intérêts moratoires à 5 % dès le 31 janvier 2008; il a condamné X._ à payer à Y._ le montant brut de 76'360 fr.30 sous déduction de 7'649 fr.75 bruts, prononçant par ailleurs la mainlevée de l'opposition faite à un commandement de payer à due concurrence et invitant les parties à opérer les déductions sociales et légales usuelles. Y._ a appelé de ce jugement et X._ a formé un appel incident. Par arrêt du 21 juin 2011, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève a réformé le jugement attaqué. Elle a considéré que la clause de prohibition de concurrence et la peine conventionnelle qui lui était liée n'étaient pas valables. Elle a conclu également qu'il n'était pas prouvé que l'employé ait détourné des clients par des déclarations faites avant la fin du rapport de travail. Elle a donc rejeté la demande principale, mais confirmé le jugement attaqué sur la demande reconventionnelle (le paiement des jours de vacances), en allouant toutefois des intérêts moratoires, contrairement aux premiers juges. B.b Par demande déposée au greffe de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève, X._ a réclamé à Z._ le paiement de 160'770 fr. avec intérêts, à titre de pénalité pour violation de la clause de non-concurrence. Z._ s'est opposé à la demande et a formé une demande reconventionnelle, pour la rémunération de ses vacances, de 16'554 fr.20 avec intérêts. X._ a amplifié ses conclusions d'une prétention de 212'520 fr. Par jugement du 20 août 2010, le Tribunal des prud'hommes a condamné Z._ à payer à X._ la somme nette de 59'500 fr. avec intérêts et le montant net de 106'770 fr. avec intérêts; il a condamné X._ à payer à Z._ la somme brute de 11'303 fr. avec intérêts, invitant la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles. Z._ a appelé de cette décision, concluant au déboutement de X._ de toutes ses conclusions et à la confirmation du jugement attaqué pour le surplus. X._ a conclu à la confirmation du jugement entrepris. La Chambre des prud'hommes de la Cour de justice genevoise, par arrêt du 21 juin 2011, a réformé le jugement attaqué en rejetant la demande formée par X._ et en confirmant le jugement pour le surplus. La cour cantonale a estimé que la clause de prohibition de concurrence et la peine conventionnelle qui lui était liée n'étaient pas valables. Elle a conclu également qu'il n'était pas prouvé que l'employé ait violé son devoir de fidélité. C. X._ a déposé deux actes de recours en matière civile au Tribunal fédéral contre les deux arrêts du 21 juin 2011. Invoquant un état de fait manifestement inexact, la violation du droit fédéral pour l'admission de l'invalidité de la clause de prohibition de concurrence et de l'inexistence d'une violation du devoir de fidélité, la recourante conclut à l'annulation des arrêts attaqués et à ce que le Tribunal fédéral rende un arrêt conforme aux décisions de première instance. Le recours dirigé contre Y._ a été enregistré sous la cote 4A_489/2011 et celui concernant Z._ sous la cote 4A_491/2011. L'intimé Y._ propose le rejet du recours. L'intimé Z._ propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable. 