Sachverhalt: A. X._ betreibt in K._ den Schweinezucht- und -maststall "A._". Gleichzeitig ist er Verwaltungsratspräsident der Y._ AG mit Produktionsstätten in L._ und M._ sowie der Z._ AG mit Produktionsstätte in N._. Mit Schreiben vom 7. Dezember 2006 teilte das Bundesamt für Landwirtschaft X._ mit, es habe bei der Kontrolle seiner Tierbestände festgestellt, dass der zulässige Höchstbestand nach Massgabe der Höchstbestandesverordnung um 91 % überschritten worden sei, und stellte in Aussicht, für die zuviel gehaltenen Tiere allenfalls eine Abgabe zu erheben. Das Bundesamt führte nebst dem Stall "A._" auch die zwei Stallungen der Y._ AG sowie jene der Z._ AG auf und zählte den Tierbestand unter dem Titel "Gesamtbetrieb X._" zusammen. Mit Schreiben vom 6. Februar 2007 liess X._ vorbringen, dass sich die genannten Aktiengesellschaften nicht mehr in seinem Eigentum befänden. B. Mit Verfügung vom 15. März 2007 auferlegte das Bundesamt für Landwirtschaft X._ wegen Zuwiderhandlung gegen die Höchstbestandesvorschriften für das Jahr 2006 eine Abgabe von Fr. 102'150.-- für 227 zuviel gehaltene Zuchtsauen à Fr. 450.--. Es erwog, massgebend sei nicht, wer als Eigentümer der beiden Aktiengesellschaften auftrete, sondern wer die strategischen Entscheidungen in der Tierhaltung treffe; als Verwaltungsratspräsident habe X._ die Verantwortung übernommen. 