Sachverhalt: A. Gestützt auf das Ergebnis einer ärztlichen Kontrolluntersuchung ordnete das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern am 7. Juli 2011 an, X._ habe sich einer Kontrollfahrt zur Abklärung seiner Fahreignung zu unterziehen. X._ absolvierte die Kontrollfahrt am 23. September 2011. Der Verkehrsexperte A._ beurteilte die Leistung von X._ als ungenügend. Er beanstandete insbesondere eine massiv übersetzte Geschwindigkeit im Quartier, diverse ungenügend vorbereitete Fahrstreifenwechsel und das Übersehen eines Rotlichts. Der Verkehrsexperte behielt den Führerausweis von X._ bei sich. Mit Verfügung vom gleichen Tag entzog das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt X._ den Führerausweis vorsorglich. Einer allfälligen Beschwerde entzog es die aufschiebende Wirkung. X._ reichte am 27. September 2011 Beschwerde gegen diese Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts ein. Am 12. Oktober 2011 bestätigte der Präsident der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern (im Folgenden: Rekurskommission) den vorsorglichen Führerausweisentzug und stellte die aufschiebende Wirkung der Beschwerde nicht wieder her. Am 21. Oktober 2011 reichte X._ eine zweite, nunmehr von einem Anwalt verfasste Beschwerde ein. Darauf trat der Präsident der Rekurskommission am 4. November 2011 nicht ein mit der Begründung, sein erster Entscheid in dieser Sache habe die Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 23. September 2011 ersetzt, weshalb kein Anfechtungsobjekt mehr bestehe. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, die beiden Präsidialentscheide der Rekurskommission aufzuheben und sie anzuweisen, auf die fristgerecht eingereichten Beschwerdeteile vom 27. September und vom 21. Oktober 2011 als einheitliche Beschwerde einzutreten. C. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, die Rekurskommission und das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragen, die Beschwerde abzuweisen. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest. 