Faits: A. Le 22 septembre 2006, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le département) a refusé à A._ l'autorisation de construire un hangar agricole sur une parcelle de la commune de Presinge, en raison de l'atteinte au paysage. A._ a saisi la Commission cantonale de recours en matière de constructions (ci-après: la commission) qui, par décision du 10 avril 2007, a admis le recours: la parcelle était située en zone agricole et ne faisait pas l'objet d'un plan de site; la cause était renvoyée au département afin de définir si et dans quelle mesure la construction répondait aux besoins de l'exploitation. Par lettre du 13 août 2007, le Chef du département a informé la commune de Presinge que, compte tenu de la décision de la commission et des préavis favorables, l'autorisation était accordée. L'autorisation de construire, datée du même jour, a été publiée dans la feuille d'avis officielle du 17 août 2007, avec la mention qu'il s'agissait d'une décision d'exécution non susceptible de recours. B. Le 3 septembre 2007, la Mairie de Presinge s'est adressée au Chef du département. Elle relevait notamment qu'après avoir été informée du recours devant la commission et après avoir déposé des remarques initiales, elle n'avait pas été entendue et n'avait eu connaissance de sa décision qu'à réception de la lettre du 13 août 2007. Elle désirait être informée des possibilités de recours à ce stade de la procédure. Le Chef du département répondit, le 27 septembre 2007, que l'autorisation avait été délivrée sur le vu du préavis favorable du service de l'agriculture. C. Le 8 novembre 2007, la commune a saisi la commission d'un recours contre la décision du 10 avril 2007, subsidiairement d'une demande de révision. Le recours a été transmis au Tribunal administratif genevois, auquel la commune a adressé un recours semblable le 13 novembre 2007. Le même jour, la commune a formé une nouvelle demande de révision remplaçant la première, valant également recours contre l'autorisation de construire du 13 août 2007. Le 20 novembre 2007, la commission a rejeté la demande de révision, en considérant que la décision du 10 avril 2007 tenait compte, matériellement, de la position exprimée par la commune. Celle-ci a recouru au Tribunal administratif contre ce prononcé. Le 3 mars 2008, la commission a déclaré irrecevable le recours formé contre l'autorisation de construire du 13 août 2007, cette décision n'étant qu'une mesure d'exécution. La commune a également recouru au Tribunal administratif. D. Par arrêt du 29 juillet 2008, après avoir écarté diverses requêtes d'effet suspensif, le Tribunal administratif a déclaré irrecevables les recours dirigés contre la décision de la commission du 10 avril 2007; la commune en avait eu connaissance par le courrier du département du 13 août 2007 et s'était ensuite limitée à un échange de correspondance avec le département; le recours, formé trois mois plus tard, était tardif. Le recours dirigé contre la décision de la commission du 20 novembre 2007, irrecevable en tant qu'il tendait à l'annulation de l'autorisation de construire, était mal fondé pour le surplus car la commune ne faisait valoir aucun fait nouveau à l'appui de sa demande de révision. Le recours formé contre la décision du 3 mars 2008 a également été rejeté: l'autorisation de construire du 13 août 2007 constituait effectivement une mesure d'exécution. E. La Commune de Presinge forme un recours en matière de droit public par lequel elle demande l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif, ainsi que de la décision de la commission du 10 avril 2007 et de l'autorisation de construire du 13 août 2007. La recourante ne remet pas en cause l'arrêt cantonal en tant qu'il concerne la demande de révision adressée à la commission. Elle conteste en revanche l'irrecevabilité pour tardiveté de son recours cantonal contre la décision du 10 avril 2007 de la commission, et le rejet du recours formé contre la décision du 3 mars 2008 constatant que l'autorisation de construire n'était qu'une décision d'exécution non susceptible de recours. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le département s'en rapporte à justice. A._ conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. 