Sachverhalt: A. Am 3. Februar 2006 wurde die Gesellschaft Y._ GmbH mit Sitz in U._ (ZH) gegründet. Am 8. Juni 2007 wurde der Sitz nach V._ (SZ) und am 10. April 2008 nach W._ (NW) verlegt. Am 3. April 2012 wurde die Gesellschaft schliesslich in eine Aktiengesellschaft mit der Firma Z._ umgewandelt und der Sitz wurde in die Stadt X._ verlegt. Für die Periode 2007 beanspruchte der Kanton Zürich weiterhin die Steuerhoheit, da er die Sitzverlegung in den Kanton Schwyz als rein fiktiv erachtete, zumal die tatsächliche Geschäftsführung weiterhin im Kanton Zürich stattfand. Ein entsprechender Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich erwuchs in Rechtskraft. Für die Steuerperioden 2008 und 2009 beanspruchte der Kanton Nidwalden die Steuerhoheit. Für diese beiden Perioden wurde die Gesellschaft in Nidwalden mit Verfügungen vom 6. April 2009 (Steuerperiode 2008) und vom 19. April 2010 (Steuerperiode 2009) definitiv veranlagt. Für die Steuerperioden 2010 und 2011 wies der Kanton Nidwalden mit Verfügung vom 28. September 2012 die Steuerfaktoren gänzlich dem Kanton Zürich zu. B. Mit Verfügung vom 7. Mai 2013 beanspruchte auch das Kantonale Steueramt Zürich die Steuerhoheit betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperioden 2008 bis und mit 2011. Es begründete dies im Wesentlichen damit, auch die Sitzverlegung nach V._ sei rein fiktiv gewesen, da die tatsächliche Leitung der Gesellschaft nach wie vor in X._ erfolgt sei. Die gegen diese Verfügung von der Gesellschaft erhobenen kantonalen Rechtsmittel wurden vom Kantonalen Steueramt Zürich (Einspracheentscheid vom 5. Juli 2013), vom Steuerrekursgericht des Kantons Zürich (Rekursentscheid vom 30. September 2013) sowie vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (Urteil vom 2. April 2014) abgewiesen. C. Mit Eingabe vom 8. Mai 2014 führt die Z._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, die Steuerhoheit für die Jahre 2008 bis und mit 2011 sei dem Kanton Nidwalden zuzuweisen. Während das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürichs die Abweisung der Beschwerde beantragen, schliessen das Kantonale Steueramt Nidwalden und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) auf teilweise Gutheissung der Beschwerde: Letztere vertreten dabei im Wesentlichen die Auffassung, der Kanton Zürich habe sein Besteuerungsrecht für die Perioden 2008 und 2009 verwirkt. 