Faits: A. S._, née en 1960, travaille pour le compte de la société X._. A ce titre, elle est assurée contre le risque d'accidents auprès de la société Generali Assurances Générales SA (ci-après: Generali). A la suite d'un accident de la circulation routière survenu le 14 mars 2011, elle a souffert de douleurs post-traumatiques cervicales, cervicobrachiales et lombaires ainsi que de douleurs au poignet droit. Une IRM du rachis cervical effectuée le 18 mars 2011 a révélé un aspect de processus de discopathie et discarthrose étagée en particulier C3-C4, C4-C5 et petite saillie discale C6-C7. Dans un rapport du 2 juillet 2011, le docteur G._, spécialiste en médecine générale et médecin traitant de l'assurée, a fait état d'une persistance des douleurs cervicales avec céphalées et, en fin d'après-midi, des douleurs lombaires. La durée du traitement, consistant en séances de physiothérapie et d'ostéopathie ainsi que la prise d'anti-inflammatoires à la demande, a été estimée par ce praticien entre 3 et 6 mois. S._ a repris son travail à plein temps dès le 26 juin 2011. La Generali a pris en charge le cas. Par décision du 13 janvier 2012, la Generali a mis un terme au versement de ses prestations avec effet au 1 er janvier 2012, motif pris qu'il n'existait plus de lien de causalité entre l'accident et les affections présentées par l'assurée au-delà de cette date. L'assurée ayant formé opposition à cette décision, Generali a requis l'avis de son médecin-conseil, la doctoresse P._ (spécialiste FMH en chirurgie orthopédique). Dans un rapport du 2 mars 2012, cette dernière a confirmé que le dossier médical de l'assurée ne permettait pas d'étayer des lésions traumatiques mais bien des troubles dégénératifs sans signe de contusion osseuse ou de lésion ligamentaire. Elle a par ailleurs précisé que l'assurée était déjà connue pour une arthrose cervicale dégénérative traitée depuis le mois de juillet 2010. Dès lors, les lésions objectivées sur l'IRM du 18 mars 2011, soit des pincements de l'espace intersomatique étagé à localisation C3-C4, C4-C5, C6-C7, n'étaient pas d'origine traumatique. L'absence de compression de la moelle épinière plaidait également en faveur d'un état antérieur. L'établissement d'un statu quo six mois après l'accident était tout à fait raisonnable. Le 18 avril 2012, le docteur G._ a posé le diagnostic de troubles post-traumatiques étagés de la colonne et a noté la persistance d'une raideur cervicale et des troubles de l'attention et de la concentration. Depuis l'accident, l'assurée présentait également une baisse des fonctions cognitives. Le retour au statu quo nécessitait encore plusieurs mois de traitement. S'agissant des antécédents médicaux, ils avaient une certaine influence sur l'état de santé de l'assurée, caractérisée par une fragilisation. Celle-ci était cependant asymptomatique avant l'accident du 14 mars 2011. Le médecin a par ailleurs estimé que dans son activité professionnelle, l'assurée subissait une baisse de rendement de l'ordre de 25 %. Le 20 avril 2012, le docteur O._, spécialiste FMH en neurologie, a posé le diagnostic de syndrome post-traumatique après coup du lapin avec répercussions physiques et neuropsychologiques. S'agissant de ces dernières, il a indiqué qu'elles étaient en cours d'évaluation mais il pouvait confirmer la présence de troubles de la concentration et de la mémoire, d'une fatigabilité, d'une difficulté type dyslexie, de troubles de l'expression orale modérés et de l'accomodation, d'une intolérance au bruit et à la lumière. Le traitement ne pouvait pas être considéré comme terminé, les troubles étant encore patents. En ce qui concernait d'éventuels antécédents traumatiques de la colonne cervicale, il n'en avait pas connaissance. L'IRM du rachis cervical pratiquée le 18 mars 2011 montrait quelques discopathies ou discarthroses banales, telles qu'on pouvait les rencontrer chez une personne de 50 ans. Ceci ne pouvait toutefois influencer l'état de santé de sa patiente étant considéré qu'à sa connaissance, il n'y avait, avant l'accident, aucune plainte analogue à celles formulées à ce jour. Par une nouvelle décision du 24 mai 2012, la Generali a rejeté l'opposition. B. S._ a déféré la cause à la Cour des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève, qui a rejeté le recours par jugement du 25 septembre 2012. C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut, principalement, à ce que la Generali lui verse des prestations d'assurance au-delà du 31 décembre 2011, subsidiairement, au renvoi de la cause à la juridiction précédente pour instruction complémentaire sous la forme d'une expertise judiciaire. La Generali conclut au rejet du recours. 