Sachverhalt: A. Am 1. März 1997 verursachte ein bei der X._ AG (Beschwerdegegnerin) versicherter Lenker einen Unfall, bei welchem D._ (Beschwerdeführerin) als Beifahrerin Verletzungen erlitt. Am 9. Mai 2007 erhob die Beschwerdeführerin Klage beim Handelsgericht Zürich. Sie verlangte zunächst Schadenersatz "nach dem freien richterlichen Ermessen", wobei sie den Streitwert mit Fr. 1'500'000.-- angab. Nachdem sie mit Verfügung vom 11. Mai 2007 aufgefordert worden war, ihr Rechtsbegehren zu beziffern, stellte sie mit Eingabe vom 15. Mai 2007 das Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 1'000'000.-- nebst Zins zu bezahlen, und es sei unter Vorbehalt der Klageänderung davon Vormerk zu nehmen, dass es sich um eine Teilklage handle. B. Das Verfahren wurde auf die Frage der Verjährung beschränkt. Mit Urteil vom 19. März 2008 wies das Handelsgericht die Klage infolge Verjährung ab. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht gut und wies die Sache zur materiellen Entscheidung an das Handelsgericht zurück (BGE 134 III 591). Daraufhin setzte der Instruktionsrichter der Beschwerdeführerin Frist zur Replik an und verband dies mit diversen Substanziierungshinweisen. So sei unter anderem genau anzugeben, wie sich der Klagebetrag rechne. Nachdem die Beschwerdeführerin die Replik erstattet hatte, verwies der Instruktionsrichter auf die genannten Substanziierungshinweise und setzte der Beschwerdeführerin Frist, ihr Rechtsbegehren zu beziffern, und zwar in einer Weise, dass klar aufscheint, welche konkreten Schadenselemente in welcher konkreten Höhe eingeklagt seien. Daraufhin beantragte die Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten ihr "vorläufig einmal" den Betrag von Fr. 1'500'000.-- nebst Zins seit dem 1. März 1997 zu bezahlen. C. Mit Urteil vom 28. September 2010 wies das Handelsgericht die Klage erneut ab. Die dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 27. Dezember 2011 ab, soweit darauf eingetreten werden konnte. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, den Entscheid des Handels- und jenen des Kassationsgerichts aufzuheben, festzustellen, dass das Handelsgericht des Kantons Zürich kein unabhängiges und unparteiisches Gericht und Handelsrichter Stephan Weber kein unparteiischer Richter sei, und die Sache zur Beurteilung der Schadenersatzansprüche an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, während die kantonalen Instanzen auf Vernehmlassung verzichten. 