Sachverhalt: A. Der 1973 geborene P._, von Beruf Maschinenschlosser, arbeitete als Gebäudereiniger, Raumpfleger und Hauswart für die A._ GmbH. Diese Anstellung kündigte er auf den 31. August 2000. Am 29. August 2000 wurde P._ vom Geschoss einer Schrotflinte am Ellbogengelenk und an den Weichteilen des linken Armes verletzt. Ab September 2000 hätte er als Lagerist in einem Engrosmarkt arbeiten können. Aus gesundheitlichen Gründen war er ausser Stande, diese Stelle anzutreten. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher P._ obligatorisch gegen Unfälle versichert war, erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Im Rahmen einer von der Invalidenversicherung übernommenen Umschulung absolvierte der Versicherte eine 3-jährige Lehre als Elektropraktiker. Mit Verfügung vom 24. Oktober 2007 hielt die IV-Stelle des Kantons Zürich fest, die beruflichen Massnahmen seien erfolgreich abgeschlossen und lehnte das Invalidenrentengesuch mangels eines Invaliditätsgrades von mindestens 40 % ab. Die hiegegen am 28. November 2007 eingereichte Beschwerde zog P._ am 12. Juni 2008 zurück. Ab 10. Januar 2008 arbeitete der Versicherte als Wickler bei der B._ AG musste das Arbeitspensum jedoch ab 7. April 2008 aus gesundheitlichen Gründen auf 75 % reduzieren. Auf Ende November 2008 wurde er von der Arbeitgeberfirma entlassen. Am 22./23. Januar 2009 wurde der Versicherte im Auftrag der SUVA im arbeitsmedizinischen Zentrum X._ mittels Funktionsorientierter Medizinischer Abklärung (FOMA) untersucht. Diese Abklärung umfasste u.a. eine angepasste Form der Evaluation der arbeitsbezogenen funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL). Mit Verfügung vom 1. Oktober 2009 sprach die SUVA P._ auf der Basis eines Vergleichs ab 1. September 2009 eine Invalidenrente auf der Grundlage einer Erwerbsunfähigkeit von 50 % zu. Aufgrund einer Neuanmeldung gewährte die IV-Stelle dem Versicherten gemäss Verfügung vom 16. September 2010 bei einem Invaliditätsgrad von 40 % ab 1. Dezember 2008 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher P._ hatte beantragen lassen, unter Aufhebung der Verwaltungsverfügung sei ihm bei einem Invaliditätsgrad von 68 % eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen, eventuell sei ein interdisziplinäres Gutachten anzuordnen, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 31. Mai 2012). C. Der Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und es sei ihm mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen; ferner sei eine interdisziplinäre medizinische Expertise zu veranlassen. 