Faits: A. A.a X._SA, société active dans le domaine du multi-média, d'internet, des arts graphiques, de l'impression numérique, de toutes formes d'impression et d'édition, ainsi que dans l'import-export en ces domaines, a également exploité, jusqu'au 31 décembre 2007, à son adresse, un magasin d'articles pour animaux domestiques à l'enseigne de V._. Dans le cadre de cette dernière activité, X._SA a commandé de la marchandise à Y._ SA de septembre à décembre 2007. C'est ainsi que des articles pour animaux ont été livrés à V._, les 28 septembre 2007, 21 novembre 2007 et 7 décembre 2007. Trois factures ont été adressées par Y._ SA à X._SA en lien avec ces livraisons, la première, le 28 septembre 2007, à concurrence de 2'700 fr.75, la deuxième, le 20 novembre, à concurrence de 1'134 fr.95, et la troisième, le 6 décembre 2007, à concurrence de 1'242 fr.40. Les deux dernières factures comprenaient une déduction de 4%. A la suite d'une erreur d'enregistrement de la commande, les quantités livrées en septembre 2007 se sont avérées être supérieures à celles commandées, ce qui a motivé l'envoi par X._SA d'une première facture de 591 fr.80 au titre de "location, surface en magasin, marchandise à enlever" pour la période du 28 septembre au 28 octobre 2007, puis d'une seconde facture de 414 fr.26 pour la période du 29 octobre au 19 novembre 2007. De son côté, le 21 novembre 2007, Y._ SA a fait parvenir à X._SA une note de crédit de 1'259 fr.10 en relation avec la facture erronée du 28 septembre 2007. Une seconde note de crédit a été expédiée le 12 décembre 2007, à concurrence de 155 fr.55. A.b Le 10 janvier 2008, sur demande de X._SA, Y._ SA a fait parvenir une liste des postes ouverts, d'où résultait un solde de 5'348 fr.20 en faveur de Y._ SA. Le 18 janvier 2008, X._SA prenait acte dudit montant, duquel elle déduisait la somme de 2'222 fr.50, composée de 160 fr.45 (réduction de 3% pour paiements groupés), de 1'056 fr. (réduction de 4% à titre de bonus annuel), de 591 fr.80 et de 414 fr.25 (indemnisation pour l'entreposage de la marchandise livrée par erreur). Le 21 janvier 2008, X._SA a versé à Y._ SA la somme de 3'125 fr.70 (5'348 fr.20 - 2'222 fr.50). Un commandement de payer, poursuite ..., a été notifié à X._SA le 2 septembre 2008, à concurrence de 2'221 fr.80, avec intérêts à 6% à partir du 27 novembre 2007, de 325 fr. à titre de dommage de retard et de 16 fr.15 pour les frais accumulés. La débitrice a formé opposition au commandement de payer. B. Après avoir saisi la justice de paix, Y._ SA, une fois l'acte de non-conciliation délivré, a déposé, le 2 octobre 2009, devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, une action en paiement contre X._SA d'un montant de 1'134 fr.95 avec intérêts à 5% dès le 20 décembre 2007, sous déduction de la note de crédit de 155 fr.55 du 12 décembre 2007, et d'un montant de 1'242 fr.40 avec intérêts à 5% dès le 5 janvier 2008. La demanderesse requérait également la mainlevée de l'opposition faite au commandement de payer susmentionné. A l'appui de ses conclusions, la demanderesse faisait valoir que la facture du 20 novembre 2007 et celle du 6 décembre 2007, sous déduction de la note de crédit, par 155 fr.55, n'avaient pas été payées, ce qui a été contesté par la partie adverse pour qui les deux factures litigieuses ont été acquittées le 21 janvier 2008, selon décompte du 18 janvier 2008. Par jugement rendu le 27 mai 2010, le Tribunal de première instance a condamné X._SA à payer à Y._ SA 2'221 fr.80 avec intérêts à 5% l'an dès le 11 janvier 2008. Il a déclaré non fondée, à concurrence dudit montant, l'opposition formée par X._SA au commandement de payer, poursuite ..., condamné cette dernière au dépens de la procédure et débouté les parties de toutes autres conclusions. En substance, l'autorité de première instance a considéré que les déductions opérées par X._SA au titre des paiements groupés (3%), du bonus annuel (4%) et de l'entreposage de la marchandise livrée par erreur étaient infondées. Statuant le 21 janvier 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel extraordinaire interjeté le 30 juin 2010 par X._SA et condamné celle-ci aux dépens d'appel comprenant une indemnité de procédure de 800 fr. à titre de participation aux honoraires d'avocat de la partie adverse. Les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions. L'autorité cantonale a considéré que le premier juge n'a pas fait preuve d'arbitraire, en ayant nié la conclusion d'un contrat de gardiennage entre les parties et en ayant refusé de compenser les créances de l'intimée avec les prétendues créances invoquées par l'appelante. Les juges cantonaux ont réfuté la thèse selon laquelle Y._ SA avait accepté le versement de 3'125 fr.70 pour solde de tout compte et ont rejeté toute violation des art. 102 et 120 CO. Enfin, l'autorité cantonale a écarté le grief d'arbitraire en lien avec l'appréciation des preuves effectuée par le premier magistrat, en particulier s'agissant des déclarations du témoin A._ et du refus d'ordonner un transport sur place aux fins d'établir le montant du dommage lié à l'entreposage de la marchandise livrée par erreur. C. X._SA (la recourante) exerce un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt de la Cour de justice du 21 janvier 2011. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt entrepris, à ce qu'il soit dit que l'opposition formée le 2 septembre 2008 au commandement de payer, poursuite ..., est fondée et que ladite poursuite n'ira pas sa voie et, enfin, au déboutement de la partie adverse de toutes autres ou contraires conclusions. A titre subsidiaire, elle demande l'annulation de l'arrêt entrepris, le renvoi de la cause à la Cour de justice pour qu'elle tranche à nouveau dans le sens des considérants et le déboutement de la partie adverse de toutes autres ou contraires conclusions. Y._ SA (l'intimée) sollicite le rejet du recours, avec suite de frais et dépens. 