Faits: A. Le 23 octobre 1992, les sociétés X._ SA d'une part, en tant que locataire, et Y._ SA d'autre part, en qualité de bailleresse, ont conclu un bail à loyer indexé sur l'indice suisse des prix à la consommation (ci-après: IPC). Le contrat prenait effet le 1er janvier 1993 pour une durée initiale de cinq ans; il était ensuite reconductible de cinq ans en cinq ans, sauf préavis de résiliation donné six mois avant l'échéance. Le loyer a été adapté par deux fois à l'IPC, la dernière fois le 19 octobre 2006 au montant mensuel de 17'709 fr., avec effet au 1er janvier 2007. Le 21 mars 2007, la locataire a demandé une réduction de loyer de 5'059 fr. par mois pour la prochaine échéance contractuelle (1er janvier 2008); elle se prévalait de la baisse du taux hypothécaire intervenue depuis la signature du contrat. La bailleresse a refusé d'entrer en matière. La locataire a saisi l'autorité régionale de conciliation du canton de Neuchâtel, qui a rendu le 2 novembre 2007 une ordonnance de non-conciliation, sans frais ni dépens. Le 20 novembre 2007, la locataire a déposé une demande auprès du Tribunal civil du district de Neuchâtel dans laquelle elle requérait une réduction de loyer de 4'783 fr. par mois. Par jugement du 4 septembre 2009, le Tribunal civil a débouté la locataire au motif que le taux hypothécaire de référence n'avait pas varié entre octobre 2006, date de la dernière augmentation de loyer, et mars 2007, date de la demande en réduction de loyer. La locataire a recouru devant la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, concluant à une baisse de loyer mensuelle de 4'456 fr. dès le 1er janvier 2008. La bailleresse a conclu au rejet du recours. Par arrêt du 29 juillet 2010, la cour cantonale a partiellement admis le recours, fixant le loyer à 14'298 fr. dès le 1er janvier 2008. Elle a considéré en substance que l'évolution du taux hypothécaire devait être mesurée à compter du dernier moment où la locataire avait eu la possibilité de demander une réduction de loyer fondée sur la baisse du taux hypothécaire, soit en juin 2002, à l'échéance du délai de résiliation de six mois avant la reconduction tacite du 1er janvier 2003. Les deux parties ont formé un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Par arrêt du 6 janvier 2011 (4A_489/ et 4A_531/2010), la Cour de céans a partiellement admis le recours de la locataire, en ce sens que la date déterminante pour apprécier l'évolution du taux hypothécaire est celle de la fixation du loyer initial, soit octobre 1992. Les motifs peuvent succinctement être résumés comme il suit: le locataire peut demander une diminution du dernier loyer indexé pour le prochain terme de résiliation. En cas d'application de la méthode relative, le point de référence pour mesurer l'évolution des critères de fixation du loyer est en principe le début du bail à loyers indexés ou, s'il est prorogé comme en l'espèce, le dernier renouvellement, soit en l'occurrence juin 2002. S'agissant toutefois du critère du taux hypothécaire, ce principe est battu en brèche par la règle spéciale de l'art. 13 al. 4 OBLF (RS 221.213.11) qui permet, avec certaines réserves, de se placer même avant la dernière fixation de loyer. En l'espèce, le loyer initial fixé en 1992 est déterminant dès lors qu'il n'a jamais été adapté à l'évolution du taux hypothécaire et n'a pas fait l'objet d'une modification consensuelle, d'une transaction tenant compte du taux hypothécaire ou d'une fixation selon la méthode absolue. La cause a été renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. B. Statuant à nouveau par arrêt du 9 mai 2011, la Cour de cassation civile neuchâteloise a fixé la diminution de loyer à 4'456 fr. dès le 1er janvier 2008 et arrêté le loyer à 13'253 fr. net par mois à partir de cette date. Elle a mis les frais de première et deuxième instances, par 2'480 fr., à la charge de la bailleresse et l'a condamnée à verser à la locataire une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour les deux instances. C. La locataire (ci-après: la recourante) forme un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'allocation d'une indemnité de dépens de 26'000 fr., subsidiairement 18'200 fr., pour les deux instances cantonales. La bailleresse (ci-après: l'intimée) conclut au rejet du recours. L'autorité précédente se réfère à son arrêt. 