Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) war im Jahre 1983 unter der Firma Y._ AG gegründet worden, deren einziger Aktionär im Jahr 2001 B.Z._ war. Dieser verkaufte alle Aktien an seine Tochter sowie an B._. Der Aktienkaufvertrag verweist auf einen bestehenden Mietvertrag, der zum integrierenden Vertragsbestandteil erklärt wird. Am 1. Januar 2002 unterzeichneten die Tochter für die Beschwerdeführerin als Mieterin und A.Z._ (Beschwerdegegnerin), die Ehefrau von B.Z._, für die Vermieterschaft einen Mietvertrag, mit welchem das Mietobjekt neu umschrieben wurde. Der Mietzins war im Vertrag mit insgesamt Fr. 1'250.-- pro Monat angegeben, bis auf Weiteres inkl. Nebenkosten. B. Die Beschwerdeführerin beanstandete im Mai 2005 eine mangelhafte Heizung und Feuchtigkeit in den unteren Räumen. Zum offenen Streit kam es nach einem Wassereinbruch im Sommer 2005. Die Beschwerdeführerin hinterlegte für die Monate Oktober bis Dezember 2005 insgesamt Fr. 3'450.--. Per 31. Dezember 2005 wurde das Mietverhältnis einvernehmlich aufgehoben. Nach dem Verfahren vor der Schlichtungsbehörde, in welchem der Beschwerdeführerin eine Mietzinsreduktion zugestanden worden war, gelangten beide Parteien an das Mietgericht des Bezirkes Meilen. Die Beschwerdegegnerin verlangte im Wesentlichen ausstehende Mietzinse unter Anrechnung des hinterlegten Betrages sowie Schadenersatz, während sich die Beschwerdeführerin diesen Forderungen widersetzte und beantragte, die Mietzinsreduktion gutzuheissen. C. Das Mietgericht hiess die Klage im Wesentlichen im Umfang von Fr. 12'715.15 für ausstehende Mietzinse und von Fr. 11'130.-- als Schadenersatz gut. Mit kantonaler Berufung beantragte die Beschwerdeführerin sinngemäss, ihr Fr. 2'758.95 des hinterlegten Betrages herauszugeben und die Mietzinsforderung, soweit diese den Restbetrag der hinterlegten Summe überschreitet, sowie die Schadenersatzforderung abzuweisen. Daraufhin verpflichtete das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerdeführerin mit Beschluss vom 18. Februar 2008, der Beschwerdegegnerin Fr. 8'965.15 (Mietzinse) und Fr. 3'600.-- Schadenersatz zu zahlen, und wies die Gerichtskasse an, den hinterlegten Betrag der Beschwerdegegnerin auszuzahlen. Die hiergegen von der Beschwerdeführerin erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 23. Dezember 2008 ab, soweit es darauf eintrat. D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, sowohl den Entscheid des Kassationsgerichts als auch denjenigen des Obergerichts aufzuheben und ihre Rechtsbegehren gemäss Eingabe an das Obergericht des Kantons Zürich vom 3. Dezember 2007 (act. 21 [sic]) gutzuheissen. Die Beschwerdegegnerin schliesst im Wesentlichen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht und das Kassationsgericht auf Vernehmlassung verzichten. 