Sachverhalt: A. Gegen X._ wurde mit Anklageschrift vom 6. Juni 2006 beim Bezirksgericht Meilen Anklage erhoben. Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich wirft ihm Urkundenfälschung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 StGB vor. X._ sei Revisor verschiedener von Y._ beherrschten Gesellschaften gewesen, darunter die Société de Gestions Financières Monetar SA (am 18. Februar 1999 umgewandelt in die Société de Gestions Financières Monetar S.à.r.l., im Folgenden: Monetar). Er habe "auf dem Gebiet des Kantons Zürich, dabei vornehmlich handelnd in den Büroräumlichkeiten der Firma Betschon Treuhand AG an der Aargauerstrasse 250 in 8048 Zürich" Revisionsberichte für die Monetar verfasst und dabei für die Geschäftsjahre 1992 bis 1999 bestätigt, dass die Jahresrechnung Gesetz und Statuten entspreche. Er habe es indessen unterlassen, Bestand und Bonität aller Debitoren und Kreditoren zu prüfen. Es sei deshalb unentdeckt geblieben, dass das Guthaben der Monetar gegenüber einem ihrer Debitoren nicht wie ausgewiesen Fr. 11 Mio., sondern lediglich Fr. 3 Mio. betragen habe. Gegen Y._ selbst hatte die Staatsanwaltschaft wegen Veruntreuung, Betrug und Urkundenfälschung ermittelt. Mit Verfügung vom 6. Juni 2006 stellte sie die Untersuchung wegen fehlender Vernehmungs- und Verhandlungsfähigkeit ein. Y._ verstarb am 3. Dezember 2006. Der Präsident des Bezirksgerichts Meilen setzte den Entscheid über die Zulassung der Anklage gegen X._ aus und forderte von der Anklägerin eine Begründung für den Gerichtsstand. Die Staatsanwaltschaft legte dar, im relevanten Zeitraum hätten sich sowohl der Sitz der Monetar wie auch der Wohnsitz von Y._ in Küsnacht befunden. Bei Einleitung der Strafuntersuchung sei deshalb vom (Haupt-)Handlungsort Küsnacht und damit vom Gerichtsstand Meilen auszugehen gewesen, zumal die Y._ und X._ vorgeworfenen Taten sachlich zusammenhingen. Weil der Gerichtsstand von der Einstellung der Untersuchung nicht berührt werde, sei weiterhin das Bezirksgericht Meilen örtlich zuständig. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Meilen hielt diese Einschätzung für unzutreffend und überwies das Verfahren an das Bezirksgericht Zürich. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich überwies das Verfahren an das Bezirksgericht Meilen zurück, wo der Einzelrichter in Strafsachen die Anklage wegen fehlender örtlicher Zuständigkeit definitiv nicht zuliess. Auf einen gegen die Nichtzulassung der Anklage gerichteten Rekurs von X._ trat das Obergericht des Kantons Zürich nicht ein. Mit Präsidialverfügung vom 30. Mai 2008 liess schliesslich der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich die Anklage zu. X._ erhob gegen diese Verfügung Rekurs. Mit Beschluss vom 28. Juli 2008 wies das Obergericht des Kantons Zürich das Rechtsmittel ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 12. September 2008 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und es sei die örtliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts Meilen festzustellen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Obergericht des Kantons Zürich und die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung. 