Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner) arbeitete seit 2002 als Hilfsmonteur/Chauffeur für die X._ AG (Beschwerdeführerin) mit Sitz in Zürich. Sein Monatslohn betrug Fr. 4'400.-- brutto ab April 2006 bzw. Fr. 4'435.-- brutto ab April 2007. Nach dem 3. November 2006 erschien der Beschwerdegegner nicht mehr zur Arbeit. Am 12. Februar 2007 unterzog er sich in Indien einer Operation der Diskushernie und kehrte am 23. April 2007 in die Schweiz zurück. Die Beschwerdeführerin bezahlte dem Beschwerdegegner für das Jahr 2007 keinen Lohn. Am 24. August 2007 kündigte sie das Arbeitsverhältnis per 31. Oktober 2007. B. B.a Der Beschwerdegegner erhob beim Arbeitsgericht Zürich Klage mit dem Antrag, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihm den Krankenlohn für die Monate März - Mai 2007 in der Höhe von insgesamt Fr. 10'616.-- nebst Zins zu bezahlen. Mit Urteil vom 26. Juni 2008 hiess das Arbeitsgericht die Klage gut. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, die Parteien seien davon ausgegangen, der Beschwerdegegner würde die Arbeit Ende Februar/Anfang März 2007 wieder aufnehmen. Der Arbeitsvertrag sei somit nur sistiert gewesen, weshalb der Beschwerdegegner gemäss Art. 324a Abs. 1 OR und Art. 18 Abs. 1 und 3 i.V.m. Art. 8 Anhang 2 des Gesamtarbeitsvertrags für den schweizerischen Gerüstbau (GAV Gerüstbau) Anspruch auf den geltend gemachten Krankenlohn habe. B.b Die Beschwerdeführerin erhob Berufung und beantragte beim Obergericht des Kantons Zürich, das Urteil des Arbeitsgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen. Das Obergericht hiess die Klage mit Beschluss vom 2. Dezember 2008 im Umfang von Fr. 4'494.15 netto zuzüglich Zins gut und wies sie im Mehrbetrag ab mit der Begründung, die Leistungspflicht der Beschwerdeführerin sei erst wieder mit der Rückkehr des Beschwerdegegners in die Schweiz am 23. April 2007 eingetreten. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 2. Dezember 2008 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Mit Präsidialverfügung vom 26. Januar 2009 wurde ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung gutgeheissen. Der Beschwerdegegner beantragt in seiner Vernehmlassung, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Er beantragt für das Verfahren vor Bundesgericht zudem die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege unter Beiordnung von Rechtsanwalt Willy Bolliger-Kunz als unentgeltlichen Rechtsbeistand. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 