Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland, Zweigstelle Flughafen, führte gegen X._ und sechs weitere Personen (Y1._, Y2._, Y3._, Y4._, Y5._ und Y6._) eine Strafuntersuchung wegen Widerhandlungen gegen das BetmG (SR 812.121). Sie warf ihnen vor, durch ein Firmenkonglomerat, namentlich die Genossenschaft Q._ (im Folgenden: Q._), Hanfpflanzen mit einem THC-Gehalt zwischen 1.5 und 8.5 % angebaut, gezüchtet und geerntet zu haben. Die erzeugten Produkte sollen sie in verschiedenen Hanfläden verkauft haben. Mit Verfügung vom 16. September 2008 stellte die Staatsanwaltschaft das Verfahren ein (Dispositiv Ziff. 1). Sie zog die im Laufe der Untersuchung bei Y1._, Y4._, X._, Y2._, Z._ und der Q._ sichergestellten Beträge von insgesamt Fr. 62'828.30 sowie die bei X._ und Y5._ sichergestellten Beträge von insgesamt Fr. 20'465.-- zuhanden der Staatskasse ein (Ziff. 2). Von im Untersuchungsverfahren gesperrten Bankkonten zog die Staatsanwaltschaft insgesamt Fr. 55'662.86 zur (teilweisen) Deckung der Kosten ein (Ziff. 3). Die übrigen Konten gab sie frei (Ziff. 4). Die Kosten des Strafverfahrens auferlegte sie den Angeschuldigten zu je einem Siebtel unter solidarischer Haftung (Ziff. 5). Die Kosten der amtlichen Verteidigung auferlegte sie ebenfalls den Angeschuldigten, wobei sie die Festlegung der Höhe dieser Kosten dem Entscheid des Präsidenten des Bezirksgerichts Andelfingen vorbehielt (Ziff. 6). In der Folge gelangten Y2._, X._ und Y5._ an den Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Andelfingen. Mit Verfügung vom 27. Oktober 2010 vereinigte dieser die drei Verfahren und ordnete an, dass die sichergestellten Beträge von Fr. 62'828.30 und Fr. 20'465.-- ebenfalls zur Kostendeckung zu verwenden seien. Weitere von X._ gestellte Anträge wies der Einzelrichter in Strafsachen ab, soweit er darauf eintrat. Die Verfahrenskosten und die Kosten für die amtliche Verteidigung auferlegte er den Gesuchstellern. Einen dagegen von X._ eingelegten Rekurs hiess das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 10. August 2011 teilweise gut. Es ordnete an, dass X._ für ein Rekursverfahren während der Strafuntersuchung, in welchem er obsiegt hatte und in welchem die Entschädigung dem Hauptverfahren vorbehalten worden war, eine Entschädigung von Fr. 400.-- auszurichten sei. Ebenfalls ordnete es an, dass ein Zehntel der X._ im Verfahren vor dem Einzelrichter auferlegten Gerichtsgebühren und Kosten der amtlichen Verteidigung auf die Gerichtskasse genommen würden. Im Übrigen wies das Obergericht den Rekurs ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 19. September 2011 beantragt X._ die Aufhebung des Beschlusses des Obergerichts. Die Kosten des Strafverfahrens, einschliesslich der Kosten der amtlichen Verteidigung, seien auf die Staatskasse zu nehmen. Sämtliche von ihm sichergestellten Vermögenswerte seien herauszugeben. Für die Folgen des Strafverfahrens sei ihm eine angemessene Entschädigung auszurichten. Ebenfalls sei er für die verschiedenen Rekursverfahren im Zusammenhang mit dem Strafverfahren angemessen zu entschädigen. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirks Andelfingen und das Obergericht des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland beantragt die Bestätigung des angefochtenen Entscheids. 