Sachverhalt: A. Bei Z._, geboren 2005, war seit der Geburt der linke Hoden nicht palpabel und es wurde die Verdachtsdiagnose Hodenhochstand (Kryptorchismus) links gestellt, weswegen ihn sein Vater am 17. März 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug anmeldete. Mit Verfügung vom 31. Oktober 2007 verneinte die IV-Stelle Schaffhausen einen Anspruch auf medizinische Massnahmen, da die am 5. Juni 2007 durchgeführte Laparoskopie (Bauchspiegelung) keinen Hodenhochstand, sondern einen fehlenden Hoden (Monorchie) ergeben hat, womit das Geburtsgebrechen Nr. 355 (Kryptorchismus) nicht vorliege. B. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hiess die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 25. Januar 2008 teilweise gut und verpflichtete die IV-Stelle, Z._ die Kosten für die Laparoskopie zu erstattten. C. Die IV-Stelle führt Beschwerde mit dem Antrag, der angefochten Entscheid sei aufzuheben und ihre Verfügung vom 31. Oktober 2007 sei zu bestätigen. Während der Vater von Z._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, beantragt das Bundesamt für Sozialversicherungen deren Gutheissung. 