Faits: A. Au mois de juin 2010, le Syndicat d'améliorations foncières de Z._ (ci-après: le Syndicat d'améliorations foncières) a fait une offre pour prestations de service en vue du remaniement parcellaire simplifié sur une grande partie du territoire de la commune fribourgeoise de Z._, avec quelques parcelles des commune voisines de A._, B._ et C._, tel qu'il résultait de l'étude préliminaire établie en mai 2009 par la société X._ SA, à D._. Le marché devait être adjugé en fonction des critères suivants: 1. montant de l'offre: 60 points (ou 60 %) pour l'offre la meilleure marché, la réduction étant ensuite opérée proportionnellement à la différence en %; 2. qualité: 25 points (ou 25 %), comprenant les sous-critères: - procédé et méthode: 7 points, soit qualité technique (3 points), conduite des opérations (2 points) et recherche de solutions (2 points); - qualité humaine: 5 points; - connaissance des procédures cantonales: 3 points; - capacités de collaboration: 3 points; - respect des délais: 3 points; - respect des règles d'éthique: 2 points, soit respect des directives (1 point) et revendications non justifiées (1 point); - disponibilité et rapidité d'intervention: 2 points; 3. expériences et qualifications du personnel affecté et des éventuels sous-traitants: 9 points, soit: - expérience durant les 5 dernières années: 4 points; - qualification: 3 points; - stabilité: 1 point; - formation: 1 point; 4. organisation générale: 6 points, soit: - organigramme: 3 points; - équipement: 3 points. Par décision du Syndicat d'améliorations foncières du 13 septembre 2010, le marché a été attribué à Y._ SA, à E._, pour un montant de 1'248'235 fr., entreprise qui avait obtenu un total de 94.3 points sur 100, soit le meilleur résultat des quatre soumissionnaires ayant déposé un dossier. La décision d'adjudication a été notifiée le lendemain à X._ SA, qui avait fait l'offre la plus basse, pour un montant de 1'140'208 fr., mais n'avait obtenu que 93 points sur 100. Cette dernière avait certes reçu la note maximale de 60 points du premier critère pour le montant de son offre, mais les points suivants lui avaient été retirés: - dans le deuxième critère " qualité ", 0,5 point pour conduite des opérations et 1,5 points pour " respect des délais "; - dans le troisième critère, 3 points pour " expérience " et - dans le quatrième critère " organisation générale ", 2 points pour l'organigramme. B. X._ SA a recouru contre la décision du Syndicat d'améliorations foncières du 13 septembre 2010 auprès du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, en contestant en particulier la pondération des sous-critères d'adjudication la concernant. A titre de mesures provisionnelles urgentes, le Juge délégué a fait interdiction, le 26 octobre 2010, au Syndicat d'améliorations foncières de passer contrat avec l'entreprise Y._ SA. Par arrêt du 8 août 2012, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours. Elle a retenu en bref que l'autorité adjudicatrice n'avait pas violé les principes de la transparence et de la bonne foi, ni excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation en choisissant l'entreprise soumissionnaire représentant l'offre économiquement la plus avantageuse, même si son prix n'était pas le plus bas. C. X._ SA forme auprès du Tribunal fédéral un recours constitutionnel subsidiaire et conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 8 août 2012 et de la décision d'adjudication du Syndicat d'améliorations foncières du 13 septembre 2010, le marché de remaniement parcellaire et des travaux de mensuration étant adjugé à la recourante. A titre subsidiaire, X._ SA conclut à l'annulation de la décision précitée, la cause étant renvoyée au Syndicat d'améliorations foncières pour nouvelle procédure d'appels d'offres " incluant la rédaction d'un nouvel appel d'offres complet et détaillé dans le sens des considérants " ou, plus subsidiairement, au constat que l'adjudication du marché litigieux est illicite. Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le recours. Le Syndicat d'améliorations foncières et l'entreprise intimée Y._ SA concluent, avec suite de frais et dépens, à l'irrecevabilité du recours et, à titre subsidiaire, à son rejet dans la mesure où il est recevable. D. Par ordonnance présidentielle du 8 octobre 2012, la demande d'effet suspensif présentée par la recourante a été admise. E. Sur requête du Juge délégué, le Syndicat d'améliorations foncières a produit le dossier d'appel d'offres, puis le procès-verbal de la séance de son Comité du 9 septembre 2010. 