Faits: A. A la suite d'une plainte pénale déposée par D._, le juge d'instruction du canton du Valais a ouvert une instruction à l'encontre de E._, pour abus de confiance, voire gestion déloyale. Le 17 novembre 2010, le juge d'instruction a ordonné le séquestre de plusieurs comptes bancaires ouverts au nom de E._, A._, B._, C._ auprès de la banque X._. B. Par jugement du 28 novembre 2011, le Tribunal du IIe Arrondissement pour le district de Sierre (ci-après: le Tribunal d'arrondissement ou les juges du fond) a condamné E._ à une peine privative de liberté de 28 mois, assortie d'un sursis partiel, pour abus de confiance (art. 138 ch. 1 CP). Il l'a en outre condamné à verser à D._ la somme de 600'000 fr. avec intérêts au taux de 6% dès le 31 décembre 2008, sous déduction de l'acompte de 18'000 fr. versé le 6 septembre 2010. Selon le jugement, E._ n'avait en effet pas restitué à la prénommée les valeurs patrimoniales qu'elle lui avait confiées. Celle-ci avait, entre 2008 et 2009, versé à titre de prêt, pour une durée d'une année et moyennant intérêts, un montant de 600'000 fr. sur des comptes bancaires ouverts au nom de la société C._; cette société, domiciliée aux Iles Vierges britanniques, dont l'unique actionnaire est la société B._, est dirigée par E._, lequel détenait des actions de C._ jusqu'au 4 mai 2009. A titre de garantie, la plaignante a reçu de la part de C._ des obligations au porteur garanties par C._ et B._ dont E._ est le président (cf. jugement consid. 1.2.1, 1.2.2 et 2.1). Le Tribunal d'arrondissement a également ordonné le séquestre conservatoire sur des comptes ouverts auprès de la banque X._ au nom de E._, A._, B._ et C._ en garantie d'une créance compensatrice de 100'000 fr. E._ a formé appel contre ce jugement auprès du Tribunal cantonal le 24 janvier 2012. C. Les mandataires de E._, A._, B._ et C._ ont déposé une requête tendant à la levée des séquestres opérés sur les comptes de la banque X._ ouverts à leur nom. Le 3 septembre 2012, la Présidente de la Cour pénale du Tribunal cantonal a levé le séquestre ordonné sur les comptes xxx et yyy ouverts au nom de E._ afin de préserver le minimum vital de celui-ci. L'instance précédente a en revanche refusé les requêtes de levée de séquestre formées par les autres requérantes. Elle a estimé qu'au vu des constatations de fait contenues dans l'acte d'accusation et le jugement, il n'est pas manifestement erroné de maintenir le blocage des comptes ouverts au nom des trois entités requérantes, soit les comptes aaa, bbb, ccc et ddd. D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._, B._ et C._ demandent au Tribunal fédéral de réformer la décision entreprise et d'ordonner la levée des séquestres frappant les comptes ouverts à leur nom (aaa; bbb; ccc; ddd). La Présidente de la Cour pénale se réfère aux considérants de sa décision. Le Ministère public ne s'est pas prononcé. L'intimée renonce à se déterminer. 