Sachverhalt: A. X._ ist Inhaber der Einzelfirma Y._, welche Dienstleistungen im Bereich R._ und S._ erbringt, sowie Kurse auf dem Gebiet T._ durchführt und mit diesbezüglichen Produkten handelt. Dieses Einzelunternehmen war ursprünglich in einem Shopping Center domiziliert, wo X._ auch selbst wohnte. Per 1. Dezember 2002 verlegte dieser das Geschäftsdomizil nach B._/SZ und liess die Einzelfirma Y._ unverzüglich im Handelsregister des Kantons Schwyz eintragen. Mit Vertrag vom 20. November 2002 hatte er von der Q._ AG in B._/SZ, Bürobasisdienstleistungen wie Sekretariats-, Sachbearbeitungs- und Buchhaltungsdienstleistungen für monatlich Fr. 690.-- erstanden. Bis am 30. November 2003 war er in A._/AG wohnhaft und zog danach nach B._/SZ (Gemeinde C._), wo er an der Strasse D._ eine 2-Zimmer-Wohnung für monatlich Fr. 1'040.-- (ohne Nebenkosten) mietete. B. B.a Mit (berichtigter) Veranlagungsverfügung vom 5. April 2005 hatte die kantonale Steuerverwaltung Schwyz X._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 258'500.-- (zugleich satzbestimmend) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 218'000.-- eingeschätzt (dazu direkte Bundessteuer von Fr. 263'700.--). Weil sich das Hauptsteuerdomizil von X._ am massgebenden Stichtag (31. Dezember 2003) im Kanton Schwyz befand, ging sie von einer unbeschränkten Steuerpflicht in diesem Kanton aus, ohne ein Nebensteuerdomizil im Kanton Aargau anzunehmen. Diese Veranlagung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. B.b Die Steuerkommission A._/AG veranlagte X._ am 26. März 2009 für die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 262'600.-- (satzbestimmend Fr. 264'000.--) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 104'000.-- (satzbestimmend Fr. 312'000.--). Dabei ging sie von einem in A._ weiter bestehenden Geschäftsdomizil aus und erfasste die Einkünfte und Vermögenswerte der Einzelfirma vollumfänglich. Die dagegen erhobene Einsprache hiess die Steuerkommission A._ am 6. Januar 2010 teilweise gut und setzte das steuerbare Einkommen auf Fr. 252'700.-- (zugleich satzbestimmend) und das steuerbare Vermögen auf Fr. 68'000.-- (satzbestimmend Fr. 215'000.--) herab, wobei sie am Geschäftsdomizil A._/AG festhielt. Rekurs an das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau und Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau waren erfolglos. C. Mit Beschwerde gegen die Kantone Aargau und Schwyz beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 28. Juli 2011, das Steuerrekursgerichtsurteil, den Einspracheentscheid und die entsprechenden Rechnungen des Kantons Aargau aufzuheben, sodann festzustellen, dass er in der Steuerperiode 2003 im Kanton Aargau keiner Besteuerung unterliege, eventuell die Angelegenheit an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau zurückzuweisen zwecks Abnahme der angebotenen Beweise. Er beantragt eventualiter, die Veranlagung vom 5. April 2005 betreffend die Steuerperiode 2003 im Kanton Schwyz aufzuheben und diesen anzuweisen, eine Steuerausscheidung mit dem Kanton Aargau bzw. der Gemeinde A._/AG vorzunehmen und die zuviel eingenommenen Steuern zurückzubezahlen. Er rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 127 Abs. 3 BV). D. Während das Kantonale Steueramt Aargau die Abweisung der Beschwerde beantragt, verzichten das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, die Eidgenössische Steuerverwaltung sowie die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz auf eine Vernehmlassung. 