Fatti: A. La A._AG è proprietaria del fondo part. n. 313 di Gambarogno (Vira). Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 18 dicembre 2006 il Consiglio comunale di Vira Gambarogno ha adottato una variante di piano regolatore che, in particolare, assegnava la maggior parte del fondo alla zona agricola e la parte rimanente a quella forestale. Con sentenza del 23 maggio 2011, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto, in quanto ricevibile, un ricorso presentato dalla proprietaria contro la decisione di approvazione della variante da parte del Consiglio di Stato. Essa ha in seguito impugnato la sentenza della Corte cantonale con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, tuttora pendente (causa 1C_296/2011). B. Frattanto, il 18 febbraio 2009, il Consiglio consortile del consorzio per il piano regolatore dei Comuni del Gambarogno ha adottato la revisione del piano regolatore di Gambarogno, nell'ambito della quale il fondo part. n. 313 è stato inserito nel perimetro del piano particolareggiato di Vira (PP2). Contro la decisione governativa di approvazione del piano, del 21 luglio 2011, la A._AG ha adito il Tribunale cantonale amministrativo con un ricorso del 13 settembre 2011, chiedendo contestualmente la ricusa dei giudici e del vicecancelliere che avevano partecipato al precedente giudizio del 23 maggio 2011. C. Con sentenza del 9 novembre 2011, il Tribunale cantonale amministrativo, nella stessa composizione che aveva statuito il 23 maggio 2011, si è pronunciato sull'istanza di ricusa, ritenendola manifestamente infondata e dichiarandola irricevibile. D. La A._AG impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di dichiarare nullo il giudizio impugnato e di rinviare la causa alla Corte cantonale, affinché, sull'istanza di ricusa, statuisca l'autorità prevista dalla legge. In via subordinata, chiede di accogliere l'istanza di ricusa e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché l'istruzione e la decisione della causa di merito siano affidate a un'autorità regolarmente costituita. La ricorrente, che postula pure di conferire al gravame l'effetto sospensivo, fa essenzialmente valere la violazione degli art. 6 n. 1 CEDU, 29 cpv. 1 e 30 cpv. 1 Cost. Non sono state chieste osservazioni al ricorso. 