Fatti: A. Nel 2002, nei confronti dell'avv. dott. A._ è stato aperto un procedimento penale per ipotesi di violazione di domicilio (art. 186 CP). L'11 febbraio 2009, il Procuratore pubblico (PP) ha poi emanato un decreto di accusa proponendone la condanna a quindici aliquote giornaliere da fr. 2'160.-- ciascuna, sospese condizionalmente per un periodo di prova di due anni e al pagamento di una multa. B. In seguito all'opposizione presentata dall'interessato, il 23 febbraio 2009 l'incarto è stato trasmesso alla Pretura penale. Per quanto qui interessa, il presidente della Pretura penale, respinte numerose richieste di sospensione e di posticipazione del dibattimento, lo ha poi fissato per il 22 settembre 2009 alle ore 9.00. C. Il 21 settembre 2009, un nuovo, terzo patrocinatore dell'accusato ha comunicato d'averne assunto il mandato unitamente alla collega di studio, sorella del presidente della Pretura penale: in seguito ella ha annunciato che il mandante le avrebbe revocato il mandato. Preso atto di queste comunicazioni, dopo aver contattato telefonicamente la sorella, il presidente della Pretura penale, prima di aprire il dibattimento, ne ha comunicato la posticipazione alle ore 14.00 dello stesso giorno, precisando che sarebbe stato presieduto da un altro pretore. Con fax delle ore 13.39, il terzo patrocinatore ha eccepito la nullità del predetto verbale, sostenendo che il presidente della Pretura penale avrebbe dovuto escludersi il giorno precedente e non avrebbe potuto citare le parti al dibattimento per il pomeriggio. Adduceva una violazione dell'art. 42 CPP/TI, secondo cui il giudice della Pretura penale doveva notificare la sua esclusione alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP), la quale, verificata la causa di esclusione, doveva provvedere alla sostituzione. Il pomeriggio del 22 settembre 2009, l'altro pretore, procedendo in via contumaciale, ha ritenuto A._ colpevole di violazione di domicilio, condannandolo alla pena proposta nel decreto d'accusa. D. Contro questa decisione, il condannato ha presentato un'istanza di ricusa nei confronti del presidente della Pretura penale, perché invece di escludersi aveva rinviato il dibattimento, provveduto a farsi sostituire da un altro pretore e citato le parti per il pomeriggio, un ricorso alla CRP, nonché un ricorso per cassazione. Con giudizio del 26 agosto 2010, la CRP ha ritenuto l'istanza di ricusa irricevibile, poiché tardiva e ha inoltre respinto il ricorso in quanto ricevibile. In seguito, il 14 ottobre 2009, ha avuto luogo il dibattimento per lo spurgo della contumacia, conclusosi con la condanna del ricorrente. Con giudizio del 26 aprile 2011 (impugnato dinanzi al Tribunale federale, cause 6B_411-419-420/2011, attualmente in istruzione), la Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino lo ha invece prosciolto. E. Avverso la decisione della CRP, A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla, in via subordinata, relativamente all'istanza di ricusa, di rinviare gli atti alla CRP per nuovo giudizio; nel merito postula di accertare la sussistenza di un motivo di esclusione del presidente della Pretura penale e la nullità di tutti gli atti da lui compiuti dopo il 21 settembre 2009, ciò che in particolare comporterebbe la prescrizione del reato. F. La CRP ha ammesso che nel calcolo della tempestività/tardività dell'istanza di ricusa non è stata considerata, per inavvertenza, la scadenza del termine in un giorno festivo. Il presidente della Pretura penale, esprimendosi sulla portata degli atti da lui compiuti, non formula proposte di giudizio, come l'altro pretore. La causa, sospesa con decreto presidenziale del 15 novembre 2010, è stata riattivata il 16 giugno 2011, dopo l'emanazione del giudizio 26 aprile 2011 della Corte di appello e di revisione penale. Nel proseguimento dello scambio degli scritti, la CRP si rimette al giudizio del Tribunale federale, il ricorrente si riconferma nelle proprie motivazioni e conclusioni, mentre B._ chiede di respingere il ricorso in quanto ammissibile, subordinatamente di rimettersi al giudizio del Tribunale federale circa il postulato rinvio della causa alla CRP. Nelle ulteriori osservazioni le parti hanno ribadito le loro tesi. 