Faits: A. X._, domicilié dans le canton de Vaud, a acheté en janvier 2002 une part de copropriété de 2,5o/oo de l'immeuble "Y._" (ci-après: Y._), soit un immeuble commercial locatif situé dans le canton de Genève, pour le prix de 2'525'000 fr. Il est assujetti à l'impôt dans les cantons de Vaud, Berne et Genève. Le 3 février 2004, l'Administration fiscale cantonale genevoise lui a notifié un bordereau d'impôt cantonal et communal 2002 de 28'986 fr. 25. Le rendement de l'immeuble genevois était celui annoncé par le contribuable, soit 131'717 fr. La valeur de cet immeuble était de 3'433'253 fr., soit la valeur brute des loyers encaissés, capitalisés avec un taux de 6,67 %. Une répartition intercantonale, impliquant les cantons de Genève, Berne et Vaud, était annexée. Le 24 février 2004, X._ a déposé une réclamation contre la taxation du 3 février 2004, demandant à ce que la valeur fiscale soit arrêtée au prix d'acquisition de 2'525'000 fr. Le 2 février 2006, l'Administration fiscale cantonale genevoise a décidé de maintenir la taxation. Le 3 mars 2006, X._ a recouru contre la décision du 2 février 2006 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission de recours). Par décision du 19 mai 2008, la Commission de recours a rejeté le recours et procédé à une reformatio in pejus du rendement net de la part de copropriété en supprimant la déduction de la contre-prestation liée au droit de superficie. Le 27 juin 2008, X._ a saisi le Tribunal administratif d'un recours contre la décision du 19 mai 2008. Il invoquait la violation de l'art. 127 al. 3 Cst. et de l'art. 14 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID; RS 642.14). Il soutenait aussi que les loyers encaissés n'étaient pas uniquement constitués de loyers au sens strict, mais intégraient aussi des services, tels que la sécurité, le service de parking, le nettoyage et d'autres prestations offertes dans un immeuble commercial, dont le détail ressortait de la page internet xxx. Enfin, les frais d'entretien dépassaient de loin la moyenne et devaient être pris en compte pour déterminer la fortune imposable. Selon le Tribunal administratif du canton de Genève, il ressort de la consultation de la page internet xxx que la société gérante de Y._ propose à ses locataires la possibilité de se connecter à une plateforme de télécommunications commune et de bénéficier d'avantages substantiels. Les clients de cette plateforme versent un forfait mensuel qui couvre les coûts d'infrastructure et permet de bénéficier de la gratuité de tous les appels locaux. Enfin, la consultation en ligne du registre foncier genevois montre que, au cours de l'année 2002, dix-neuf parts de copropriété de Y._ variant entre 0,7 o/oo et 90 o/oo ont été vendues par la société Z._ Sàrl le 25 janvier 2002 (dont celle de X._), et deux parts de copropriété de 50,8 o/oo et 1,2 o/oo le 13 mai 2002 par deux autres sociétés. Le prix d'un millième de copropriété était à une reprise de 100'800 fr., à une autre reprise de 100'857 fr. et dans tous les autres cas de 101'000 fr. Aucune transaction n'a eu lieu en 2001 et en 2003. B. Par arrêt du 9 mars 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours. Il a déclaré irrecevable les conclusions relatives à la répartition intercantonale de la fortune formulées pour la première fois devant lui. La valeur fiscale de la part de copropriété avait été fixée conformément aux dispositions cantonales en la matière, elles-mêmes conformes aux dispositions de l'art. 14 LHID. Pour le surplus, X._ n'avait pas démontré que des prestations de services inhabituelles étaient intégrées dans les loyers perçus: La référence internet démontrait l'inverse, les prestations de la plateforme téléphonique étaient facturées par un forfait mensuel qui n'était pas intégré dans le loyer. Les ventes effectuées dans l'immeuble Y._ en 2002 n'offraient pas de valeur de comparaison car elles étaient principalement le fait du même vendeur. Enfin, telle que définie, la "dette de capitalisation" ne pouvait exister puisque la valeur fiscale de la fortune résultant de l'application du droit cantonal était conforme à celle déterminée par les règles de la loi sur l'harmonisation fiscale. C. Agissant en langue allemande par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 9 mars 2010 par le Tribunal administratif du canton de Genève et d'obliger l'Administration fiscale cantonale genevoise à établir une décision de taxation 2002 fondée sur une valeur fiscale de 2'525'000 fr. pour sa part de copropriété. Il se plaint de déni de justice, d'appréciation arbitraire des preuves et de l'établissement des faits contraire au droit fédéral. Le Tribunal administratif et la Commission de recours renoncent à déposer des observations. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. 