Sachverhalt: A. Mit Einspracheentscheid vom 4. Februar 2004 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich D._, geboren 1957, ab 1. März 2004 eine ganze Invalidenrente zu. Am 8. Mai 2006 bestätigte sie dies. Gestützt auf einen Auszug aus dem individuellen Konto (IK) sowie einen Bericht der behandelnden Ärztin, Frau Dr. med. S._, Fachärztin für Allgemeine Medizin, vom 6. Dezember 2011 und einer Beurteilung durch Frau Dr. med. T._, Fachärztin für Arbeitsmedizin und Allgemeine Medizin, RAD-Ärztin, vom 13. Februar 2012 stellte sie am 1. März 2012 die Aufhebung der Invalidenrente im Sinne der Übergangsbestimmungen der IV-Revision 6a in Aussicht. Nachdem D._ mit ihrer Stellungnahme den Austrittsbericht der Psychiatrischen Klinik X._ vom 11. April 2012 eingereicht hatte, bestätigte die IV-Stelle nach erneuter Stellungnahme der Frau Dr. med. T._ vom 6. Juni 2012 die Rentenaufhebung mit Verfügung vom 12. Juni 2012. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 16. Oktober 2012 gut, hob die Verfügung vom 12. Juni 2012 auf und wies die Sache unter Weiterausrichtung der bisherigen Rente zur weiteren Abklärung und neuem Entscheid an die IV-Stelle zurück. C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass kein Rentenanspruch mehr bestehe und die Weiterausrichtung der Rente während des Abklärungsverfahrens aufzuheben sei. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung ihrer Beschwerde. D._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf eingetreten werden könne, sowie auf Abweisung des Gesuchs um aufschiebende Wirkung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliesst sich den Anträgen der IV-Stelle an. D. Mit Eingabe vom 8. April 2013 äussert sich D._ zur Stellungnahme des BSV. 