Sachverhalt: A. Die Y.A._ AG mit Sitz in L._ (nachfolgend: Beklagte, Beschwerdegegnerin) war Bauherrin der Überbauung "W._" in M._. Die X._ AG (nachfolgend: Klägerin, Beschwerdeführerin), eine Bauunternehmung, wurde mit Werkvertrag vom 14. März 2008 mit Baumeisterarbeiten beauftragt. Nach Ausführung dieser Arbeiten blieben Unstimmigkeiten zwischen den Parteien hinsichtlich der Vergütung und der Mängelhaftigkeit der erbrachten Leistungen. B.a Mit Eingabe vom 15. März 2010 reichte die Klägerin beim Kantonsgericht Zug gegen die Beklagte Klage auf Zahlung von Fr. 481'842.75 nebst 5 % Zins seit 24. Juli 2009 ein, wobei sie sich auf den Werkvertrag vom 14. März 2008 und Zusatzbestellungen stützte. Die Beklagte beantragte Abweisung der Klage, sofern darauf eingetreten werde, und erhob Widerklage. Mit dieser verlangte sie für den Fall, dass auf die Klage eingetreten und diese nicht mangels Passivlegitimation abgewiesen werden sollte, den allenfalls zu ihren Gunsten lautenden Saldo der von ihr zur Verrechnung gestellten Forderungen heraus und die Lieferung der vertraglich vereinbarten Garantiescheine. Sie bestritt vorweg die örtliche Zuständigkeit des Kantonsgerichts Zug und ihre Passivlegitimation. Sie sei zwar Bauherrin der Überbauung "W._" gewesen. Für die Ausführung des Bauvorhabens habe sie jedoch die Y.B._ AG mit Sitz in N._ als Generalunternehmerin beauftragt. Diese habe in der Folge die Verträge als Bestellerin mit den Subunternehmern, u.a. mit der Klägerin, abgeschlossen. Folgerichtig sei der Werkvertrag mit der Klägerin vom 14. März 2008 nicht von ihr, der Beklagten (mit Sitz in L._), sondern von der Y.B._ AG mit Sitz in N._ unterzeichnet worden. Zwischen den Parteien bestünde demnach kein Vertrag und sie sei daher nicht passivlegitimiert. Der Gerichtsstand befinde sich am Sitz der Y.B._ AG als der einzuklagenden Partei. Am 19. Oktober 2011 schützte das Kantonsgericht die Klage und die Widerklage teilweise. Es verpflichtete die Beklagte, der Klägerin Fr. 287'732.70 zu bezahlen, und die Klägerin (und Widerbeklagte), den vertraglich geschuldeten Garantieschein zu liefern. Im Übrigen wies es Klage und Widerklage ab. B.b Gegen dieses Urteil reichte die Beklagte am 21. November 2001 beim Obergericht des Kantons Zug Berufung ein mit dem Begehren, das Urteil des Kantonsgerichts sei aufzuheben. In ihrer Eingabe vom 26. Dezember 2011 schloss die Klägerin auf Abweisung der Berufung und erhob Anschlussberufung, mit der sie im Wesentlichen beantragte, die Beklagte sei zu verpflichten, den ihr vom Kantonsgericht zugesprochenen Betrag von Fr. 287'732.70 mit 5 % seit dem 24. Juli 2009 zu verzinsen. Das Obergericht schützte die Berufung mit Urteil vom 28. August 2012, hob das Urteil des Kantonsgerichts Zug vom 19. Oktober 2011 auf und wies die Klage ab. Ebenso wies es die Anschlussberufung ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zug aufzuheben, die Berufung der Beklagten ans Obergericht abzuweisen und ihre Anschlussberufung gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Beurteilung der Anschlussberufung an das Obergericht zurückzuweisen. Die Beklagte und das Obergericht schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Obwohl kein weiterer Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Replik und eine Duplik eingereicht. 