Faits: A. B._ est propriétaire de la parcelle n° 6141 du registre foncier de la commune d'Anières (GE). De ce bien-fonds, d'une surface de 524 m2, dépend la copropriété pour un quart de la parcelle contiguë n° 6120, d'une surface de 140 m2. Le 27 juillet 2006, B._ a vendu aux époux C._ et D._ la parcelle voisine n° 6140, qui supporte une villa (bâtiment n° 847). De ce bien-fonds d'une surface de 780 m2 dépend la copropriété pour un autre quart de la parcelle n° 6120. L'acte de vente prévoyait notamment ce qui suit: "les acquéreurs déclarent expressément accepter que les droits à bâtir de la parcelle 6140, non utilisés selon les normes actuelles, soient transférés au profit de la parcelle 6141, restant propriété du vendeur, sous réserve d'une surface de quinze mètres carrés" et "les acquéreurs feront leur affaire personnelle de la construction sur la parcelle 6140 de l'élément permettant au futur immeuble à construire sur la parcelle 6141 de se jumeler au bâtiment n° 847". Le 12 janvier 2007, B._ a requis l'autorisation de construire sur la parcelle n° 6141 une villa contiguë à celle des époux C._ et D._. Par décision du 28 septembre 2007, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le département) a délivré l'autorisation de construire requise. A._, propriétaire de la parcelle voisine n° 5351 a recouru contre cette autorisation auprès de la Commission cantonale de recours en matière de construction, qui a rejeté le recours par décision du 9 mai 2008. B. A._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Il se plaignait de violations des art. 15, 58, 59 al. 4, 61 et 69 à 73 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05) ainsi que de l'art. 243 du règlement d'application de cette loi (RCI; RSG L 5 05.01). Le Tribunal administratif a rejeté ce recours par arrêt du 17 février 2009, notifié le 3 mars 2009. Il a notamment considéré que la villa projetée était bien une construction en ordre contigu au sens de l'art. 58 LCI et que le taux d'utilisation du sol de 25% prévu à l'art. 59 al. 4 LCI était respecté, de même que les règles sur les jours ouvrant sur l'extérieur. C. Par écriture datée du 2 avril 2009, A._ a formé un recours en matière de droit public contre cet arrêt. Il demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué, ainsi que l'autorisation de construire du 28 septembre 2007. Il se plaint d'un établissement inexact des faits au sens de l'art. 97 LTF ainsi que d'une application arbitraire (art. 9 Cst.) de diverses dispositions de droit cantonal. Il requiert également l'octroi de l'effet suspensif. Le 3 avril 2009, le recourant a corrigé et complété son recours. Le Tribunal administratif se réfère aux considérants de son arrêt. Les époux C._ et D._ n'ont pas présenté d'observations. Le département s'est déterminé; il conclut au rejet du recours. B._ s'est également déterminé, concluant à l'irrecevabilité du recours. D. Par ordonnance du 8 mai 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif. 