Sachverhalt: A. A.a. X._ gelangte im Frühjahr 1996 über ein Zeitungsinserat mit A._ in Kontakt. In der Folge arbeitete er zunächst bei der B._ Treuhand GmbH, dessen einziger Verwaltungsrat A._ war. Jene war am 6. Mai 1993 aus der im Jahre 1992 von diesem gegründeten B._ Treuhand AG hervorgegangen. Die B._ Treuhand GmbH pries sich als Finanzdienstleistungs-Unternehmen mit Schwerpunkt Kapitalanlagen an. Sie emittierte Obligationen mit Laufzeiten bis zu vier Jahren, welche über freiberuflich tätige Kundenberater überwiegend in Deutschland vertrieben wurden. Aufgrund einer Intervention der Eidgenössischen Bankenkommission (EBK) musste A._ die Emissionstätigkeit über die in der Schweiz domizilierte B._ Treuhand GmbH einstellen. Er liess daraufhin im Mai 1995 in Tortola/BVI die B._ Treuhand Ltd. (BVI) gründen, auf welche er die bisherige Emissionstätigkeit übertrug. In der Folge baute er ein von ihm beherrschtes, international tätiges und unübersichtliches Geflecht von rund 40 Gesellschaften und Scheingesellschaften auf (B._-Konglomerat), in deren Mittelpunkt die B._ Finanz AG stand. Über diese Gesellschaften betrieb A._ weiterhin Anlagegeschäfte, wobei er allerdings nur noch als Makler respektive Vermittler von Finanzprodukten in Erscheinung trat. Jeder Abwicklungsschritt (Kundenanwerbung, Anstellung und Schulung der Vermittler, Verkauf, Bargeldkurierdienst, Datenerfassung, Buchhaltung, Rückzahlung der Obligationen und Zinszahlungen sowie Geldabfluss) wurde von eigens hierfür gegründeten Gesellschaften mit eigenem Personal erledigt. Von Ende Juni 1995 bis Mitte Mai 1999 nahm das B._-Konglomerat über fiktive Banken, namentlich die B._ Bank ShPK (Tirana), die G._ Bank of London Ltd. (Dominion of Melchizedek) und die G._ Bank of London Inc. (Nauru), Spar- und Termingelder in der Höhe mehrerer Millionen DEM entgegen. Den Anlegern wurden zudem auf Wunsch (Sammel-) Versicherungs-Policen ausgehändigt, mit welchen ihnen vorgespiegelt wurde, ihre Einlagen seien abgesichert und völlig risikolos. Im Frühjahr 1997 wurde die Tätigkeit auf ein Projekt in Ecuador ausgedehnt. Insgesamt bezahlten weit über 1'000 Anleger rund DEM 150 Mio. zumeist in bar für Anlageprodukte des B._-Konglomerats. Die Rückzahlungen des angelegten Geldes und die Zinszahlungen an die Anleger in Deutschland erfolgten ebenfalls in bar durch persönliche Übergabe oder per Post. Die Deliktssumme beträgt DEM 90 Mio., nach Berücksichtigung der im zweitinstanzlichen Verfahren eingetretenen Verjährung eines Teils der Vorwürfe (Handlungen vor dem 29. August 1997) rund DEM 59 Mio. A.b. X._ gründete am 2. Juli 1996 auf Betreiben von A._ zusammen mit zwei anderen Personen die D._ Marketing AG. Ab dem 31. März 1998 war er alleiniger Aktionär der Gesellschaft. Die D._ Marketing AG war die "Büro- und Servicestelle" des B._-Konglomerats und sollte faktisch die gesamte Werbung und Vermarktung für die B._ Finanz AG übernehmen, wobei eine Drittgesellschaft (N._ Central Ltd.) zur Verschleierung dieses Auftragsverhältnisses dazwischen geschaltet wurde. Die Gesellschaften waren durch ein undurchsichtiges Vertragsgeflecht miteinander verbunden. Im Zuge der stärkeren Ausrichtung auf das Projekt Ecuador wurde die D._ Marketing AG am 10. März 1999 in G._ Invest AG umfirmiert. Die Gesellschaft hatte nunmehr die Werbung und den Verkauf von Grundstücken und Immobilien der im Februar 1998 auf Veranlassung von A._ gegründeten G._ Invest Ltd., BVI, zu organisieren, Geschäfte an diese zu vermitteln oder für diese abzuschliessen. X._ übernahm im Laufe der Zeit zunehmend auch die Funktion eines Geldkuriers, wobei er ein- bis zweimal wöchentlich von Kunden einbezahlte Anlagegelder von rund DEM 60'000.-- nach Basel transportierte bzw. den Vermittlern Bargeld für die Zins- und Kapitalrückzahlungen überbrachte. A.c. X._ und den weiteren Beteiligten wird vorgeworfen, die von den Kunden einbezahlten Gelder seien entgegen den bei ihnen erweckten Erwartungen grösstenteils nicht in gewinnbringende Anlageobjekte oder -projekte investiert, sondern zur Erhaltung der Infrastruktur und der Leistung der jeweils fällig werdenden Zins- oder Rückzahlungen verwendet worden. Damit hätten sie gemeinschaftlich ein betrügerisches Anlagesystem betrieben. B. Das Strafgericht Basel-Stadt erklärte X._ mit Urteil vom 18. November 2009 des gewerbsmässigen Betruges schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 3 Jahren und 9 Monaten, unter Einrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft. In einem Anklagepunkt (Komplex K._) sprach es ihn frei. Ferner verpflichtete es ihn in solidarischer Haftbarkeit mit den anderen Beteiligten zur Zahlung von Schadenersatz an eine Vielzahl von Geschädigten. Schliesslich entschied es über die Einziehung der beschlagnahmten Vermögenswerte und Bankguthaben. Auf Appellation des Beurteilten hin bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 29. August 2012 den erstinstanzlichen Schuldspruch und verurteilte X._ zu 2 Jahren Freiheitsstrafe, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft und mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren. Den Freispruch von der Anklage des gewerbsmässigen Betruges in einem Punkt bestätigte es. Bezüglich der Zeit vor dem 29. August 1997 stellte es das Strafverfahren gegen X._ zufolge Eintritts der Verjährung ein. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und er sei vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und um Bestätigung der aufschiebenden Wirkung. 