Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 29. August 2012 wegen mehrfacher Beschimpfung zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 145.-- und einer Busse von Fr. 800.--. Hiergegen erhob X._ Einsprache. Am 1. Oktober 2012 ging ihm die Vorladung für die auf den 25. Oktober 2012 terminierte Hauptverhandlung vor dem Bezirksgericht Bremgarten mit dem Hinweis zu, die Einsprache gelte bei unentschuldigtem Nichterscheinen als zurückgezogen. B. Am 11. Oktober 2012 konstituierte sich Rechtsanwalt Y._ als Verteidiger von X._ und ersuchte um Verschiebung der Hauptverhandlung, da er am Verhandlungstermin anderweitig besetzt sei. Er erwarte von der Gerichtskanzlei einen Terminvorschlag und die Gerichtsakten zur Einsicht mit der Möglichkeit, gegebenenfalls Anträge und Beweisergänzungen stellen zu können. Am 15. Oktober 2012 wies der Gerichtspräsident des Bezirksgerichts Bremgarten das Verschiebungsgesuch mit der Begründung ab, der Verhandlungstermin stehe bereits seit zwei Wochen fest. Sofern sich X._ nun kurzfristig entschlossen habe einen Verteidiger beizuziehen, sei er gehalten, einen solchen zu nehmen, der am Verhandlungstermin teilnehmen könne. X._ teilte dem Bezirksgericht am 21. Oktober 2012 mit, dass er sich aufgrund des abgelehnten Verschiebungsgesuchs gezwungen sehe, der Hauptverhandlung fernzubleiben, und ersuchte erneut um Verschiebung des Verhandlungstermins. C. Anlässlich der Hauptverhandlung vom 25. Oktober 2012 stellte der Gerichtspräsident das Nichterscheinen von X._ und dessen Verteidigers fest und verfügte die Verfahrensabschreibung infolge Rückzugs der Einsprache. Die hiergegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau am 28. Februar 2013 ab. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der obergerichtliche Entscheid und die Verfügung des Gerichtspräsidiums Bremgarten seien aufzuheben und letzteres anzuweisen, das Strafverfahren wieder aufzunehmen. Dem Gerichtspräsidenten des Bezirksgerichts Bremgarten sei der Fall wegen Befangenheit zu entziehen. Seiner Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. E. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassungen. 