A.- H._ est assurée pour les soins médicaux et pharmaceutiques en cas de maladie auprès de la caisse- maladie ASSURA. Au mois de juin 2000, elle a transmis à cette caisse une facture de la pharmacie X._ d'un montant de 4703 fr. 55. ASSURA a accepté de prendre en charge le montant facturé après déduction de la franchise annuelle de 400 fr. et d'une participation aux coûts (quote-part) de 430 fr. 30. Le montant en faveur de l'assurée s'élevait ainsi à 3873 fr. 25. Le 26 juin 2000, au cours d'un entretien téléphonique, H._ a informé la caisse qu'elle avait obtenu de la pharmacie X._, sur présentation du décompte de prestations établi par son assureur, le remboursement de la participation aux coûts de 10 pour cent. Par lettre du 30 juin 2000, ASSURA a informé son assurée qu'elle renonçait exceptionnellement à lui demander la restitution de la somme remboursée par la pharmacie X._. Cependant, à l'avenir, elle déduirait 10 pour cent des frais pharmaceutiques facturés par cette pharmacie. Après un échange de correspondance avec son assurée, la caisse a rendu une décision, le 2 octobre 2000, par laquelle elle a confirmé sa position. Saisie d'une opposition, elle l'a rejetée, par une nouvelle décision, du 3 janvier 2001. Cette décision précisait que dans le système mis en place par le groupe des "Pharmaciens solidaires" (auquel semble appartenir la pharmacie X._), l'assuré ne supportait plus la quote-part de 10 pour cent, ce qui était de nature à contourner la volonté du législateur de mettre à la charge de l'assuré cette participation aux coûts. Par conséquent, il se justifiait d'opérer une réduction de 10 pour cent sur les futurs remboursements de médicaments facturés à l'assurée par la pharmacie en question. B.- H._ a recouru contre cette décision. Statuant le 12 juillet 2001, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a admis le recours et a annulé les décisions précédentes. Il a considéré que le procédé mis en place par les "Pharmaciens solidaires" était contraire à la loi dans la mesure où il éludait les dispositions légales relatives à la participation aux coûts à la charge des assurés. Cependant, aucune disposition légale n'autorisait la caisse à déduire 10 pour cent des frais facturés par les "Pharmaciens solidaires" avant de calculer le montant de ses prestations. C.- ASSURA interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut à l'annulation du jugement cantonal et demande au Tribunal fédéral des assurances de constater que c'est à juste titre "que l'assureur déclare déduire, à l'avenir, de ses prestations, le montant de la quote-part de 10 % lorsqu'il est établi que l'assurée en obtient le remboursement sur présentation du décompte par la pharmacie X._". H._ ne s'est pas déterminée sur le recours. Quant à l'Office fédéral des assurances sociales, il propose de l'admettre. 