Faits: A. P._, né en 1980, domicilié en France, travaillait comme cuisinier à l'hôtel X._ SA à N._. Suite à un accident ayant nécessité la pose d'une prothèse totale de la hanche gauche, il a déposé, le 1er mars 2005, une demande de prestations auprès de l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'OAI). Dans le cadre de l'instruction de la demande, l'OAI a chargé le docteur R._, spécialiste en neurologie, de réaliser une expertise. S'étant adjoint les services des docteurs H._, spécialiste en neurologie et B._, spécialiste en chirurgie orthopédique, ce médecin a conclu à une capacité de travail nulle dans l'activité de cuisinier, mais qui pourrait atteindre 80 % dans une activité adaptée (rapport du 12 juillet 2005). Par décision du 17 août 2006, l'OAI a mis l'assuré au bénéfice d'un reclassement professionnel dans le domaine de l'hygiène alimentaire du 1er septembre 2006 au 31 août 2007. A partir du 1er septembre 2007, P._ a été engagé par la société Y._ à 50 % en tant qu'employé de bureau. L'OAI a avalisé ce nouvel emploi et a prolongé les mesures professionnelles jusqu'au 31 mars 2008. Mandaté par l'OAI, le docteur K._, spécialiste en chirurgie orthopédique, a conclu à une incapacité totale de travail du 9 octobre 2003 à janvier 2004 et du 3 janvier 2005 au 31 août 2007, puis à une capacité de travail de 50 % à compter du 1er septembre 2007 (rapport d'expertise du 6 mars 2008). Par décisions du 6 octobre 2008, l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger a alloué à P._ une rente d'invalidité entière, du 1er octobre 2004 au 30 septembre 2005, suivie d'une demi-rente, fondée sur un taux d'invalidité de 57 %, du 1er octobre 2005 au 31 août 2006, et à partir du 1er avril 2008. B. L'assuré a déféré cette décision au Tribunal administratif fédéral, concluant à l'octroi d'une rente entière d'invalidité du 9 octobre 2004 au 31 août 2007, puis d'un trois quarts de rente dès le 1er septembre 2007. Il contestait qu'une amélioration de sa capacité de travail fût intervenue dans le courant de l'année 2005 et, se référant à un plan de carrière établi par son ancien employeur, il estimait que le montant du revenu sans invalidité devait être calculé en fonction de l'avancement professionnel qu'il aurait pu obtenir sans atteinte à sa santé auprès de celui-ci. Par jugement du 11 mai 2011, le recours a été partiellement admis en ce sens que l'assuré s'est vu octroyer une rente entière du 1er octobre 2005 au 31 août 2006. C. P._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, concluant à l'octroi d'un trois quarts de rente de l'assurance-invalidité à partir du 1er avril 2008. Il produit en procédure fédérale un courrier de l'hôtel X._ SA du 31 mai 2011. Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures. 