Sachverhalt: A. Am 1. Juli 1999 wählte der Universitätsrat der Universität Basel A._ zum Ordinarius an der Fakultät X._, mit Antritt per 1. Oktober 1999. Am 9. September 2003 ordnete das Rektorat eine Untersuchung über das Funktionieren des Seminars Y._ der Fakultät X._ an, die von Obergerichtspräsident Dr. B._ durchgeführt wurde. Am 24. August 2005 wurde A._ vom Rektorat der Universität anlässlich eines Mitarbeitergespräches formell abgemahnt, in verschiedenen Punkten bis Ende März 2006 eine Verbesserung seiner Leistungen bzw. seiner Pflichterfüllung zu erzielen. Auf Antrag der Fakultät sprach das Rektorat am 27. November 2007 die Kündigung des Arbeitsverhältnisses mit A._ per Ende Herbstsemester 2009/2010 aus. Am 17. Dezember 2007 wurde A._ zudem von seinen Arbeitspflichten teilweise freigestellt. B. Den von A._ hiegegen erhobenen Rekurs hiess die Rekurskommission der Universität Basel mit Entscheid vom 12. Juni 2008 gut und hob die Verfügung der Universität Basel vom 27. November 2007 betreffend Kündigung sowie die Verfügung vom 17. Dezember 2007 betreffend Teilfreistellung auf. C. Die von der Universität Basel hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht mit Entscheid vom 2. Juni 2010 betreffend Kündigung gut und hob den Entscheid der Rekurskommission der Universität Basel vom 12. Juni 2008 auf. Soweit die Teilfreistellung betreffend, trat das kantonale Gericht auf die Beschwerde nicht ein. D. Mit Beschwerde beantragt A._, es sei unter Aufhebung des Entscheides des Appellationsgerichtes des Kantons Basel-Stadt die Kündigung der Universität Basel vom 27. November 2007 für ungültig zu erklären und es sei seine Weiterbeschäftigung anzuordnen. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt und die Universität Basel schliessen auf Abweisung der Beschwerde. In ihren weiteren Eingaben hielten die Parteien an ihren Begehren fest. E. Mit Verfügung vom 27. Oktober 2010 erkannte die Instruktionsrichterin der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. 