Sachverhalt: A. Die X._ SA (Beschwerdeführerin) akquirierte seit 1999 für die AAY._ (vorerst für die AAY._ Frankreich, später für die neu gegründete AAY._ Schweiz) Unternehmen für Kinoreklame. Die Beschwerdeführerin war selbst für das Inkasso zuständig und hatte der AAY._ SA die eingezogenen Gelder abzüglich ihrer Provision innert 90 Tagen nach der Fakturierung weiterzuleiten. Per 1. Januar 2004 wurde die AAY._ Schweiz von der AY._ AG (heute Y._ AG; Beschwerdegegnerin) übernommen. In diesem Zusammenhang wurde das Abrechnungssystem umgestellt. Die Beschwerdegegnerin übernahm das Inkasso und verpflichtete sich zur Bezahlung von Provisionen an die Beschwerdeführerin. Zudem wurden neue Verträge abgeschlossen und die Beschwerdeführerin zusätzlich mit der Vermarktung von TV T._-Werbung betraut. Im Zeitpunkt der Übernahme schuldete die Beschwerdeführerin erhebliche Beträge zur Ablieferung. Infolge Verrechnung von Provisionsansprüchen, welche die Beschwerdegegnerin seit der Umstellung der Abrechnungsmodalitäten der Beschwerdeführerin auszurichten hatte, verringerte sich dieser Saldo. Im Herbst 2004 beendete die Beschwerdegegnerin die Zusammenarbeit mit der Beschwerdeführerin im Bereich der TV T._-Werbung fristlos. Im Frühling 2005 kündigte die Beschwerdeführerin ihrerseits die übrigen Verträge per 30. Juni 2005. B. Im Dezember 2005 erhob die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage. Mit dem Hauptklagebegehren 1 forderte sie Provisionsansprüche von Fr. 228'267.-- nebst Zins, da ihre Provisionsforderungen die Ablieferungsschuld überstiegen. Mit dem Hauptklagebegehren 2 verlangte sie Schadenersatz infolge ungerechtfertigter Beendigung der Zusammenarbeit im Bereich der TV T._-Werbung. Die Beschwerdegegnerin ihrerseits machte widerklageweise einen Saldo zu ihren Gunsten von Fr. 177'702.47 nebst Zins sowie einen Schadenersatzanspruch für die Auflösung der übrigen Verträge durch die Beschwerdeführerin geltend. Mit Urteil vom 16. Oktober 2008 hiess das Handelsgericht das Hauptklagebegehren 1 teilweise gut und verpflichtete die Beschwerdegegnerin zur Bezahlung von Fr. 97'531.50 nebst Zins an die Beschwerdeführerin. Im Übrigen wies es die Klage und die Widerklage ab. Die von der Beschwerdeführerin erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 13. November 2009 ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, zusätzlich zu den bereits zugesprochenen Fr. 97'531.40 (recte Fr. 97'531.50) insgesamt noch Fr. 237'302.60 nebst Zins zu bezahlen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und das Verfahren zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Den Beschluss des Kassationsgerichts ficht die Beschwerdeführerin nicht an. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 