Sachverhalt: A. Die 1951 geborene A._ war seit dem 10. April 2000 bei B._ angestellt und als Receptionistin tätig. In dieser Eigenschaft war sie bei der Swica Versicherungen AG (nachfolgend; Swica) unter anderem gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 31. Mai 2005 stürzte A._ eine Treppe hinunter und zog sich dabei eine Pilon-tibiale-Fraktur (Trümmerfraktur) des linken oberen Sprunggelenks zu. Die Erstbehandlung erfolgte im Spital C._. Die Swica anerkannte ihre Leistungspflicht, gewährte Heilbehandlung und richtete Taggeld aus. Infolge eines protrahierten Verlaufes liess die Unfallversicherung A._ beim Schweizerischen Institut für Versicherungsmedizin (SIVM) polydisziplinär begutachten. Gemäss Expertise vom 14. Oktober 2009 litt die Versicherte in neurologischer Hinsicht an chronischen Schmerzen im linken Bein, in der linken Hüfte, im Rücken und im Kopf, teilweise bedingt durch eine zentralnervöse Schmerzsensibilisierung, und an einer Hyposensibilität am distalen medialen Unterschenkel sowie am medialen Fuss. Aus chirurgisch-traumatologischer Sicht bestand ein Status nach Trimalleolarluxationsfrakur links mit einer vermehrten lateralen Vorfussbelastung links, einer Verkalkung im Syndesmosenbereich und einer Fehlhaltung bei verkürzter Muskulatur. Der begutachtende Psychiater stellte die Diagnosen einer chronischen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10: F45.41) und einer mittelschweren depressiven Störung (ICD-10: F32.1). Sowohl eine somatoforme Schmerzstörung als auch eine Psychogenese der chronischen Schmerzen wurden ausdrücklich verneint. Da der Endzustand nach Ansicht der Gutachter noch nicht erreicht war, richtete die Swica weiterhin vorübergehende Leistungen aus. In einem weiteren Gutachten des SIVM vom 8. August 2011 stellten die Experten wiederum dieselben Diagnosen. Sie schätzten den Integritätsschaden des bleibenden somatischen Gesundheitsdefizits auf 25 %. Eine vornehmlich sitzende, wechselbelastende Tätigkeit, bei der das linke Bein hochgelagert werden könne und bei der keine Lasten über 2,5 kg getragen werden müssten, sei aus chirurgisch-traumatologischen Gründen während 2 x 3 Stunden pro Tag zumutbar. Der psychiatrische Gutachter legte die zumutbare Arbeitsfähigkeit in einer den somatischen Behinderungen angepassten Tätigkeit auf 50 % fest, wobei die Explorandin nicht in der Lage sei, diese ohne fremde Hilfe zu realisieren. Formal sei von einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit auszugehen. Gestützt auf das Gutachten sprach die Unfallversicherung A._ mit Verfügung vom 28. November 2011 eine Integritätsentschädigung von 25 % zu. Diese wurde rechtskräftig. In einer weiteren Verfügung vom 12. Oktober 2012 gewährte die Swica der Versicherten eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 46 %. Zusätzlich würden weiterhin die Kosten für eine Schmerztherapie übernommen. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest. B. Beschwerdeweise beantragte A._, es sei ihr in Aufhebung des Einspracheentscheides eine ganze Invalidenrente zuzusprechen und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr weiterhin Heilbehandlung zu gewähren. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hiess die Beschwerde in dem Sinne teilweise gut, als es die Sache in Bezug auf die beantragte Heilbehandlung zu weiterer Abklärung und neuer Verfügung an die Unfallversicherung zurückwies. Hinsichtlich der Invalidenrente wies es die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, der vorinstanzliche Entscheid sei bezüglich des Rentenbegehrens aufzuheben und es sei ihr eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100 % zuzusprechen; eventualiter sei ihr eine solche von 73 % auszurichten. Die Swica schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 