Bauhandwerkerpfandrecht, hat sich ergeben: A.- Nachdem am 1. April 1996 beim Umbau des Restaurants Schnipo in Frauenfeld die Lüftungsanlage fertig gestellt worden war, erwirkte die Klimavent AG als Unternehmerin die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts für den Betrag von Fr. 31'344. 10 nebst Zins auf der im Miteigentum der Siska Heuberger Holding AG und der BW Holding AG stehenden Stockwerkeinheit StWE-Blatt Nr. 387, Stammgrundstück E.Blatt 1824, Grundbuch Frauenfeld. Die Eintragung erfolgte am 28. Juni 1996. B.-In der gegen die beiden Miteigentümerinnen erhobenen Klage verlangte die Klimavent AG, es sei zu Lasten der hälftigen Miteigentumsanteile an der Stockwerkeinheit je ein Bauhandwerkerpfandrecht von Fr. 13'060. 04 nebst Zins definitiv einzutragen. Mit Urteil vom 16. Mai 1998 gab das Bezirksgericht Frauenfeld diesem Begehren statt. Die gegen dieses Urteil eingereichte kantonale Berufung der Beklagten wies das Obergericht des Kantons Thurgau am 3. Juni 1998 ab. C.- Die Beklagten haben eidgenössische Berufung erhoben, mit dem Begehren, die Ziffern 1 und 2 des obergerichtlichen Urteils aufzuheben und das Grundbuchamt Frauenfeld anzuweisen, die zu Lasten ihrer Miteigentumsanteile vorläufig eingetragenen Bauhandwerkerpfandrechte zu löschen. Klägerin und Obergericht beantragen Abweisung der Berufung. 