Faits: A. A.a Le 11 mars 2008, X._ a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une requête tendant à la saisie-revendication provisionnelle (art. 321 LPC/GE), en mains soit de la Banque Z._ SA (ci-après: Z._ SA), soit de Y._, du certificat d'actions n° 1040 de B._ Inc., incorporant 400'000 actions de cette société. Il a sollicité que cette mesure fût ordonnée à titre provisoire, avant audition des parties (art. 327 LPC/GE). A.b À l'appui de sa requête, X._ a exposé en substance qu'à la recherche d'un financement pour un procédé médical appelé « cavitation » qu'il avait développé, il était parvenu à un accord avec la Société A._ SA (animée par R._, S._ et T._), à laquelle il avait vendu le capital-actions de sa société B._ SA, pour laquelle il devait toutefois continuer à travailler pendant cinq ans. Le prix à payer pour l'achat du capital-actions de B._ SA était la délivrance de 375'000 actions de B._ Inc., société qui était en mains de la Société A._ SA et qui était devenue la maison-mère de B._ SA. Ces 375'000 actions devaient toutefois rester en dépôt auprès de la Société A._ Ltd, Dublin, jusqu'au 31 décembre 2001. X._ a allégué avoir été victime d'une véritable spoliation de ses droits et n'avoir jamais reçu les 375'000 actions qui lui avaient été promises et qui étaient comprises dans le certificat d'actions n° 1040. Expliquant avoir déposé plainte pénale, il a produit le procès-verbal d'une audition de T._ du 10 janvier 2006, lors de laquelle celui-ci a déclaré que le certificat d'actions litigieux se trouvait sous le contrôle de Y._. X._ a contesté la déclaration de T._ au Juge d'instruction selon laquelle une condition supplémentaire à celle de l'expiration de la date du 31 décembre 2001 avait été convenue, à savoir que B._ Inc. réalise « un résultat de USD 1 million audité », cette condition n'ayant selon lui jamais existé. X._ a enfin exposé qu'il venait d'apprendre que Y._ avait donné instruction à Z._ SA, dont il était le président, de vendre le certificat d'actions litigieux, lequel se trouvait à cette fin en mains de Z._ SA à Genève. B. B.a Statuant le 11 mars 2008 à titre provisoire, le Tribunal de première instance a autorisé la saisie-revendication provisionnelle du certificat d'actions n° 1040 de B._ SA en mains de Z._ SA, respectivement de Y._. Ni Z._ SA ni Y._ ne détenaient ce certificat d'actions et, le 19 mars 2008, l'huissier de justice a informé l'avocat de X._ que la saisie-revendication provisionnelle n'avait pas porté. B.b X._ a persisté dans sa requête, quand bien même il avait appris que le certificat d'actions avait été vendu en février 2008. Z._ SA s'en est rapportée à justice. Y._ a déposé des notes de plaidoiries le 18 avril 2008 ainsi qu'un chargé de cinq pièces, dont l'ordonnance de classement du 13 février 2006 de la plainte pénale de X._ contre S._ et T._ et l'ordonnance de la Chambre d'accusation du 10 mai 2006 qui avait confirmé le classement. B.c De l'état de fait établi par Y._, complété des éléments de l'ordonnance de la Chambre d'accusation, il résulte ce qui suit : À la recherche d'un financement pour développer et commercialiser son procédé médical appelé « cavitation », X._ est parvenu à un accord avec la Société A._ SA. Il a été convenu que la filiale de celle-ci, la Société A._ Ltd, rachetait pour CHF 2.- symboliques le capital-actions de la société B._ SA à ses deux actionnaires, soit X._ et U._, tandis que B._ SA se faisait céder par la société B._ Srl, contrôlée par X._ et U._, des brevets et un important contrat de licence au prix de 750'000 fr., montant sur lequel X._ a perçu CHF 400'000.-. B._ Inc. a ensuite racheté les brevets et le contrat de licence à B._ SA, dont elle a ultérieurement acquis l'intégralité du capital-actions pour le prix de CHF 400'000.-. Le certificat d'actions n° 1040, incorporant 400'000 actions, a été émis par B._ Inc. au nom de la Société A._ Ltd. De ce certificat, 375'000 actions devaient être remises à X._ au 31 décembre 2001, à la condition - que X._ connaissait par ses fonctions d'administrateur de B._ Inc. et pour l'avoir lui-même imposée à certains collaborateurs méritants de l'entreprise dans le cadre de stock options agreements qu'il avait signés dans la période d'octobre 1999 à avril 2002 - que B._ Inc. réalise un bénéfice net audité de USD 1'000'000.-. Le 12 novembre 1999, T._ a signé un courrier par lequel la Société A._ Ltd confirmait détenir 375'000 actions de B._ Inc. pour le compte de X._, sans que le courrier mentionnât la condition suspensive car les perspectives économiques esquissées en octobre 1999 laissaient augurer que B._ Inc. atteindrait USD 1'000'000.- de bénéfice au 31 décembre 2001. Ces perspectives ayant toutefois été largement déçues, la condition n'a pas été réalisée au 31 décembre 2001 et les actions destinées à X._ sont restées inscrites au nom de la Société A._ Ltd. B.d Par ordonnance du 22 avril 2008, le Tribunal de première instance a rejeté la requête de X._ et a condamné celui-ci aux dépens; il a en outre condamné X._ et son avocat à des amendes de procédure de 400 fr. chacun. Le Tribunal a notamment retenu, sous l'angle de la vraisemblance, le défaut d'apparence du droit de propriété invoqué. Il a fait sienne sur ce point la motivation de la Chambre d'accusation, fondée sur plusieurs témoignages concordants, et a retenu l'existence d'une condition supplémentaire à celle évoquée dans le courrier du 12 novembre 1999 pour la remise des 375'000 actions, à savoir la réalisation par B._ Inc. d'un bénéfice net audité de USD 1'000'000.-. B.e Statuant par arrêt du 7 août 2008 sur recours de X._, la Cour de justice du canton de Genève, première Section, a confirmé l'ordonnance du 22 avril 2008 et a condamné le recourant aux dépens de deuxième instance. C. Agissant par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, X._ conclut avec suite de frais et dépens à l'annulation de cet arrêt et au renvoi de la cause au Tribunal de première instance pour nouvelle décision. Y._ conclut avec suite de dépens au rejet du recours. Z._ SA a indiqué qu'elle n'entendait pas déposer formellement des observations et a invité le Tribunal fédéral à rejeter le recours avec suite de frais. X._ a encore déposé des observations sur la réponse de Y._. 