Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer der in der Landwirtschaftszone gelegenen Grundstücke KTN 781 und 800, Untere Flüelen, Muotathal. Am 10. Dezember 1993 erteilten ihm das damalige Meliorationsamt und am 13. April 1994 der Gemeinderat Muotathal die Bewilligung für einen Anbau an das Gadenhaus, den Umbau des Stallteils, den Abbruch und den Neubau einer Remise sowie Geländeanpassungen. Anlässlich einer Baukontrolle am 13. Juni 2007 wurden verschiedene Abweichungen von der 1994 erteilten Bewilligung festgestellt. X._ reichte daraufhin am 28. August 2007 ein nachträgliches Baugesuch für die bereits ausgeführten Projektänderungen ein. Innert Auflagefrist gingen keine Einsprachen ein. Das kantonale Amt für Landwirtschaft, Abteilung Strukturverbesserungen, erteilte am 15. Juli 2010 eine Ausnahmebewilligung für gewisse baulichen Arbeiten, etwa für die veränderte Fenstereinteilung im Wohnteil des Gadenhauses, den Anbau eines Windfangs, die Erhöhung des Firsts der 1993 bewilligten Remise, die Änderungen an den Stichwegen ausserhalb des Waldareals und die Rekultivierung der Geländeauffüllung nördlich der Hofzufahrt (Disp.-Ziff. 2). Auch die Ausnahmebewilligung für "die stille Lagernutzung des Ökonomieteils des Gadenhauses (Lagerung von Sanitärmaterial vom stillgelegten Sanitärgeschäft)" wurde unter Vorbehalt später veränderter Verhältnisse erteilt. Hingegen befand das Amt den Anbau des Holzschopfs auf der Südseite des Gadenhauses, den Einbau der Dachflächenfenster im Ökonomieteil, den Anbau eines Abstellraums auf der Westseite der 1993 bewilligten Remise, den Neubau des Hundezwingers und den bereits erstellten Stichweg im Waldareal für nicht bewilligungsfähig (Disp.-Ziff. 4). Auf den Rückbau des Hundezwingers wurde vorläufig verzichtet. Indes wurde der Rückbau des erwähnten Holzschopfs, des Abstellraums sowie der Dachflächenfenster innerhalb von sechs Monaten nach Rechtskraft der Verfügung verlangt (Disp.-Ziff. 7). Hinsichtlich des Stichwegs im Wald entschied das Amt, der Gesuchsteller habe innert drei Monaten ein Gesuch für den fachgerechten Ausbau einzureichen oder die Weganlage innert der gleichen Frist vollständig rückzubauen (Disp.-Ziff. 8). Sollten die erwähnten Disp.-Ziff. 7 und 8 nicht fristgemäss befolgt werden, wurde dem Gesuchsteller eine Anzeige nach Art. 292 StGB und eine entsprechende Busse angedroht, ebenso wie eine Ordnungsbusse für jeden Tag der Nichterfüllung von Fr. 150.-- bis Fr. 250.--. Zudem wurde die Ersatzvornahme auf Kosten der Bauherrschaft in Aussicht gestellt (Disp.-Ziff. 9). Der Gemeinderat von Muotathal erklärte die kantonale Ausnahmebewilligung mit Beschluss vom 18. August 2010 zum integrierenden Bestandteil der von ihm gleichentags erteilten Bewilligung. B. Gegen diesen Gemeinderatsbeschluss und die Ausnahmebewilligung des Amts für Landwirtschaft gelangte X._ an den Regierungsrat des Kantons Schwyz. Er berief sich insbesondere darauf, dass sein Betrieb nach wie vor landwirtschaftlich genutzt werde. Der Regierungsrat hiess die Beschwerde am 19. April 2011 insoweit gut, als er die Sache hinsichtlich des Stichwegs im Waldareal im Sinne der Erwägungen zur ergänzenden Sachverhaltsabklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanzen zurückwies. Im Übrigen wurde das Rechtsmittel abgewiesen. C. Hierauf erhob X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde. U.a. ersuchte er um Bewilligung für den Anbau des Holzschopfs ans Gadenhaus, den Einbau der Dachflächenfenster und den Anbau des Abstellraums an die Remise. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die Beschwerde am 26. Oktober 2011 ab. D. In seiner als "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichneten Eingabe vom 4. Dezember 2011 beantragt X._ dem Bundesgericht die Aufhebung von Disp.-Ziff. 1, letzter Satz, und Disp.-Ziff. 2 des Regierungsratsbeschlusses vom 19. April 2011. Zudem seien Disp.-Ziff. 4, 7 und 9 der Ausnahmebewilligung des Amts für Landwirtschaft vom 15. Juli 2010 aufzuheben. Wie schon vor dem Verwaltungsgericht ersucht der Beschwerdeführer um Bewilligung für den Anbau des Schopfs an der Südseite des Gadenhauses, den Einbau der Dachflächenfenster im Ökonomieteil und den Abstellraum an der Westseite der Remise. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In einer Eingabe vom 27. Dezember 2011 macht der Beschwerdeführer das Bundesgericht auf eine vorgesehene Lockerung des eidgenössischen Raumplanungsgesetzes aufmerksam. Der Gemeinderat von Muotathal hat sich nicht vernehmen lassen. Das Amt für Landwirtschaft des Kantons Schwyz verzichtet unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid und seine Vernehmlassungen im kantonalen Verfahren auf eine Stellungnahme, während der Regierungsrat auf Abweisung der Beschwerde schliesst, soweit darauf eingetreten werden könne. Das kantonale Verwaltungsgericht beantragt ebenfalls, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) weist in seiner Stellungnahme auf die grundsätzliche Bedeutung hin, die der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands ausserhalb der Bauzonen zukommt. In seiner weiteren Eingabe vom 2. März 2012 hält der Beschwerdeführer sinngemäss an seinen Anträgen fest. 