Faits: A. En septembre 2004, Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques (ci-après : Swissmedic), a ouvert une enquête à l'encontre de X._, soupçonné d'infractions aux art. 86 et 87 de la loi fédérale sur les médicaments et les dispositifs médicaux (loi sur les produits thérapeutiques; ci-après : LPTh; RS 812.21). B. Après transmission de l'affaire au Ministère public neuchâtelois, X._ a été renvoyé pour jugement devant le Tribunal correctionnel du district du Locle. Le 18 septembre 2009, cette autorité l'a reconnu coupable de violation des art. 87 al. 2 LPTh et 6 al. 1 de la loi sur le droit pénal administratif pour avoir notamment importé et commercialisé en Suisse, sans autorisation, des compléments alimentaires présentés comme des produits thérapeutiques. Il l'a condamné à 180 jours-amende à 100 fr. le jour avec sursis pendant trois ans. Il l'a en outre condamné à une créance compensatrice de 300'000 francs. Par arrêt du 26 mai 2010, la Cour de cassation pénale neuchâteloise a admis partiellement le pourvoi formé contre ce jugement par Swissmedic. Elle l'a annulé en tant qu'il condamnait X._ pour violation de l'art. 87 al. 2 LPTh et non de l'art. 86 al. 2 LPTh et a renvoyé la cause au Tribunal correctionnel pour nouveau jugement. C. Statuant à nouveau le 11 novembre 2010, le Tribunal correctionnel a condamné X._ pour violation des art. 86 al. 1 let. b et 2 LPTh et 87 LPTh à une peine privative de liberté de 15 mois avec sursis pendant quatre ans. D. Le condamné a formé contre cet arrêt un pourvoi en cassation qui a été rejeté par la Cour de cassation neuchâteloise le 15 mars 2011. E. X._ dépose un recours en matière pénale contre les arrêts de la Cour de cassation des 26 mai 2010 et 15 mars 2011. Il conclut à leur annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau. La Cour de cassation pénale a renoncé à formuler des observations. Le Ministère public et Swissmedic ont conclu au rejet du recours. 