Sachverhalt: A. A.a Der 1968 geborene X._ war seit 1. Januar 1998 als Eishockeyprofi bei der Sport AG Y._ angestellt und damit bei der Gerling-Konzern Allgemeine Versicherungs-Aktiengesellschaft (nachfolgend Gerling) obligatorisch unfallversichert. Am 15. Februar 1999 ging bei der Gerling eine Unfallmeldung ein, wonach der Versicherte während eines Eishockeyspiels am 7. Februar 1999 auf Grund eines Schlages in den Rücken eine Stauchung der Brustwirbelsäule (BWS) erlitten habe. Der erstbehandelnde Dr. med. S._, Facharzt FMH für allg. Medizin diagnostizierte im Bericht vom 15. Februar 1999 einen Status nach axialer Stauchung der BWS mit Verdacht auf Contusio spinalis. Der Neurochirurg FMH Dr. med. M._ stellte im Bericht vom 12. März 1999 die Diagnose eines Status nach Halswirbelsäulen(HWS)-Trauma ohne Frakturnachweis. Gemäss Eintragungen des Dr. med. S._ im Unfallschein war der Versicherte bis 9. März 1999 zu 100 % und danach nicht mehr arbeitsunfähig. Die Gerling erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggelder) bis 8. März 1999. Dr. med. S._ schloss die Behandlung am 1. April 1999 ab. Am 8. März 2000 ging bei der Gerling eine Rückfallmeldung zum Unfall vom 7. Februar 1999 ein. Zur Abklärung der Verhältnisse holte sie diverse Arztberichte sowie Gutachten des Dr. med. W._, Facharzt für Chirurgie, Institut für Medizinische Begutachtung (IMB) vom 19. Januar und 17. April 2001 ein. Mit Verfügung vom 12. Februar 2002 stellte die Gerling fest, dass die neuerliche Arbeitsunfähigkeit auf eine Diskushernie zurückzuführen und nicht eine natürlich-kausale Folge des Unfalls vom 7. Februar 1999 sei. Die mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erlittene Rückenmarkerschütterung sei abgeheilt und nicht entscheidend für die neuerliche Arbeitsunfähigkeit. Demnach könne ungeprüft bleiben, ob bezüglich der körperlich nicht objektivierbaren Beschwerden die adäquate Kausalität gegeben sei; die hiefür erforderlichen Kriterien seien aber nicht erfüllt. Am 19. März 2002 wurde der Versicherte von Prof. C._, M. D., operiert (zervikale Dissektomie auf dem Level C4/5 und C5/6). Gegen die Verfügung der Gerling vom 12. Februar 2002 erhob der Versicherte Einsprache und reichte unter anderem ein Aktengutachten des Neurologen Dr. med. O._ vom 8. Juli 2002 ein. Mit Entscheid vom 15. August 2002 wies die Gerling die Einsprache ab. A.b Hiegegen reichte der Versicherte beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug Beschwerde ein. Dieses holte ein Akten-Gutachten des Prof. Dr. med. A._, Chefarzt-Stellvertreter, Leiter der Neurologischen Poliklinik, Spital I._, vom 12. Januar 2006 ein. Die Gerling legte eine Stellungnahme des Dr. med. W._ (IMB) vom 28. Januar 2006 auf. Das kantonale Gericht hiess die Beschwerde insofern gut, als es feststellte, dass die geklagten Beschwerden unfallkausal seien und der Versicherte über den 8. März 1999 hinaus Anspruch auf die gesetzlichen Leistungen aus UVG habe; zur Festsetzung des weitergehenden Leistungsanspruchs werde die Sache an die Gerling zurückgewiesen (Entscheid vom 4. Mai 2006). Hiegegen erhob die Gerling beim Eidgenössischen Versicherungsgericht (seit 1. Januar 2007 Bundesgericht) Verwaltungsgerichtsbeschwerde, womit sie ein Akten-Gutachten des Dr. med. Z._, Facharzt für Neurochirurgie FMH, vom 12. Juni 2006 auflegte. Das Eidgenössische Versicherungsgericht hiess die Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dem Sinne gut, dass es den kantonalen Entscheid aufhob und die Sache an die Vorinstanz zurückwies, damit sie im Sinne der Erwägung 5.2 vorgehe; hierin wurde sie angewiesen, durch weitere Beweisvorkehren (beispielsweise durch Konfrontation des Gerichtsgutachters Prof. Dr. med. A._ mit dem Gutachten des Dr. med. Z._ oder durch Anordnung eines Obergutachtens) abzuklären, ob der Unfall tatsächlich als auslösender Faktor für die Diskushernie in Frage komme und ob gegebenenfalls eindeutige Brückensymptome gegeben seien, so dass spätere Rezidive auf das Unfallereignis zurückgeführt werden könnten (Urteil U 314/06 vom 6. Dezember 2006). B. In der Folge reichte der Versicherte vorinstanzlich einen Bericht des Prof. C._ vom 4. Mai 2007 ein. Die Gerling legte eine Stellungnahme des Dr. med. Z._ vom 25. Juni 2007 auf. Die Vorinstanz holte bei Prof. Dr. med. A._ eine Ergänzung vom 9. Juli 2007 zu seinem Akten-Gutachten vom 12. Januar 2006 und zum Akten-Gutachten sowie zur Stellungnahme des Dr. med. Z._ vom 12. Juni 2006 und 25. Juni 2007 ein. Mit Entscheid vom 26. Juni 2008 hiess die Vorinstanz die Beschwerde insofern gut, als sie feststellte, dass die geklagten Beschwerden unfallkausal seien und der Versicherte über den 8. März 1999 hinaus Anspruch auf die gesetzlichen Leistungen aus UVG habe; zur Feststellung des weitergehenden Leistungsanspruchs wies sie die Sache an die Gerling zurück und sprach dem Versicherten eine Parteientschädigung von Fr. 9500.- (inkl. Gutachterkosten, Mehrwertsteuer und Auslagen) zu. C. Mit Beschwerde beantragt die Gerling die Aufhebung des kantonalen Entscheides; eventuell sei er insofern aufzuheben, als festgestellt werde, dass die geklagten Beschwerden des Versicherten länger als sechs Monate, d.h. über den 7. August 1999 hinaus, unfallkausal seien. Sie reicht neu eine Stellungnahme des Dr. med. Z._ vom 9. Juli 2008 ein. Die Vorinstanz und der Versicherte schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Letzterer legt neu ein E-Mail des Prof. Dr. med. K._ vom 21. Oktober 2007, einen Auszug aus dem Product Liability Update von Dickie/McCamey vom Sommer 2008, ein in der Imamed Radiologie Nordwest erstelltes MRT seiner HWS vom 11. November 2008 sowie ein Gutachten des Prof. Dr. med. G._, Emeritierter Ordinarius und Chefarzt der Neurochirurgischen Universitätsklinik E._, vom 24. November 2008 auf. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 