Faits: A. N._ travaillait comme femme de chambre pour l'hôtel X._ et comme caissière dans une station d'essence Y._. A ce titre, elle était assurée contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 17 août 2001, la prénommée a subi un grave accident de la circulation sur une route nationale en France en tant que passagère avant d'une automobile. Les médecins ont constaté les lésions suivantes : fracture diaphysaire des deux os de l'avant-bras; fracture spiroïde du tiers inférieur du fémur droit; fracture malléolaire interne de la cheville gauche; fracas du bassin (disjonction de la symphyse pubienne, fracture des deux ailerons sacrés avec disjonction des articulations sacro-iliaques, fracture du cadre obturateur gauche); fracture de l'apophyse transverse L5 gauche; fracture hépatique et sous-capsulaire au niveau des segments 6 et 7; multiples plaies (notamment plaie du scalp et plaie vulvaire); plexopathie lombaire sacrée à prédominance inférieure avec une prépondérance de l'atteinte dans les territoires L5 et S1 et troubles sphinctériens d'allure périphérique. N._ a d'abord été hospitalisée à l'Hôpital de Z._ (du 17 août au 2 octobre 2001), où elle a subi différentes interventions, puis transférée à l'Hôpital de W._ (du 3 octobre au 31 octobre 2001). La convalescence a été longue. La CNA a pris en charge le cas. Elle a versé des indemnités journalières jusqu'au 30 juin 2004 et reconnu à l'assurée le droit à une rente complémentaire LAA, fondée sur une incapacité de gain de 100%, à partir du 1er juillet 2004 (décision du 6 décembre 2005 remplaçant, à la suite de l'opposition de l'assurée, la décision rendue le 20 mai 2005); le montant de la rente était fixé à 0 fr. pour cause de surindemnisation dès lors que l'assurance-invalidité servait des prestations dépassant le 90% gain assuré. En vue d'évaluer l'atteinte à l'intégrité de l'assurée résultant de l'accident du 17 août 2001, la CNA a requis les avis des docteurs O._, spécialiste en psychiatrie, et E._, spécialiste en chirurgie orthopédique, tous deux médecins auprès de sa division de médecine des accidents. A l'issue d'un examen personnel de N._, le médecin-psychiatre a estimé qu'il subsistait des troubles psychiques minimes et que ceux-ci ne présentaient pas une gravité suffisante pour ouvrir le droit à une indemnité pour atteinte à l'intégrité (appréciation médicale du 4 août 2006). Quant au docteur E._, qui s'est prononcé sur la base du dossier médical, il a évalué l'atteinte à l'intégrité globale de l'assurée à 40%. Ce taux prenait en considération : a) la paralysie [au membre inférieur gauche], b) les troubles de la vidange vésicale, c) les séquelles liés à l'atteinte de la symphyse, et englobait également toutes les autres suites de l'accident touchant l'appareil locomoteur, y compris la fracture de l'apophyse en L5 (appréciation médicale du 18 octobre 2006). Par décision du 30 octobre 2006, la CNA a alloué une indemnité pour atteinte à l'intégrité basée sur un taux de 40%. L'assurée a formé opposition contre cette décision en produisant une expertise établie le 27 juin 2005 par le docteur A._, expert auprès des tribunaux français, selon laquelle son taux d'incapacité permanente partielle était de 55%, ainsi que le compte-rendu d'un bilan urodynamique réalisé le 9 décembre 2003 par le docteur B._ de la Clinique V._. Appelé à se prononcer sur ces documents, le docteur E._ a maintenu à 40% le taux global des différentes atteintes à l'intégrité, soit 10% pour les séquelles résiduelles du bassin (y compris la fracture de l'apophyse transverse en L5), 20% pour la paralysie, et 10% pour les troubles de la vidange vésicale (appréciation médicale du 29 janvier 2007). La CNA a écarté l'opposition dans une nouvelle décision du 1er février 2007. B. N._ a déféré cette dernière décision à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal valaisan. Elle faisait valoir que l'évaluation du docteur E._ sous-estimait l'importance de son incontinence féco-urinaire et qu'elle omettait d'indemniser les troubles de nature sexuelle entraînés par ses séquelles physiques. A l'appui de ses conclusions, elle a versé un rapport d'expertise privée émanant du docteur U._ (du 26 février 2007), qui a retenu un taux de 30% pour les troubles de la marche et ceux neurologiques du membre inférieur gauche, de 10% pour les troubles sphinctériens ano-vésicaux, et de 10% pour atteinte à la vie sexuelle, en précisant que pour le reste, l'on pouvait discuter d'une marge de 5% à raison des troubles psychiques induits par l'accident. Le tribunal cantonal a rejeté le recours, par jugement du 9 juillet 2008. C. N._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation. Elle conclut à ce que le taux de son atteinte à l'intégrité soit fixé à 55% et à ce que "tous les frais de procédure et de jugement soient mis à la charge de qui de droit"; subsidiarement, à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour expertise et nouveau jugement. La CNA conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 