Faits: A. E._ et F._ (ci-après: les époux E._) sont copropriétaires des parcelles contiguës n° 460 et 339 du Registre foncier de Crans-près-Céligny (VD). Située au bord du lac Léman, la parcelle n° 339, d'une surface de 1'133 m2, supporte un bâtiment d'habitation (immeuble n° 179), un hangar à bateaux (immeuble n° 247) et des bureaux (immeuble n° 178). A._, B._, C._ et D._ (ci-après: A._ et consorts) sont copropriétaires des parcelles voisines n° 461, 462 et 463. Ces deux dernières parcelles jouxtent la propriété des époux E._. La parcelle n° 462 supporte l'immeuble n° 177, érigé quasiment en limite de propriété, très proche de l'immeuble n° 178. En 1969, le Conseil d'Etat du canton de Vaud avait établi un acte de concession pour usage d'eau en faveur de feu G._, en vue de la création d'un port privé de plaisance. Le 27 septembre 1995, cette concession a été renouvelée pour une durée de trente ans. Selon un avenant du 9 octobre 2000, elle a été transférée à B._ (fils de feu G._). Les parcelles n° 460 et 339 sont grevées par une servitude de passage à pied et pour tous véhicules, inscrite au registre foncier le 16 mars 1987. L'acte constitutif de cette servitude prévoit notamment que "la servitude permet l'accès aux places de port et autres installations de service" et que "le bénéficiaire de la servitude ou son (ses) successeur(s) comme titulaire(s) de la concession pour usage d'eau est en droit d'autoriser l'utilisation du passage par l'exploitant du chantier naval situé au bord du lac, ainsi que par le personnel et les clients dudit chantier, de même que par tous les usagers des places de port et d'amarrage pour bateaux aménagées à proximité". B. B.a Le 18 mars 2005, les époux E._ ont requis une autorisation de construire pour la transformation de l'immeuble n° 178. Leur projet visait notamment à créer un "atelier-bureau" au rez inférieur et à aménager un appartement en duplex au rez supérieur et au 1er étage. L'enveloppe du bâtiment et sa structure ne devaient pas être modifiées, le toit, les murs extérieurs et les dalles étant maintenus. A._ et consorts se sont opposés à ce projet. Par décision du 10 mai 2005, la Municipalité de Crans-près-Céligny (ci-après: la municipalité) a levé les oppositions et délivré le permis de construire. Par arrêt du 8 juin 2006, Tribunal administratif du canton de Vaud (devenu la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud; ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours formé par A._ et consorts contre cette décision. Il a notamment considéré que le projet litigieux se cantonnait pour l'essentiel à des transformations intérieures et que le gabarit de l'immeuble n° 178 n'était pas modifié, de sorte que les travaux pouvaient être autorisés dans les volumes existants sur la base du principe de la protection de la situation acquise consacré par l'art. 80 al. 2 de la loi cantonale du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11). Le 6 mars 2007, ayant constaté que le bâtiment n° 178 avait été en grande partie démoli, la municipalité a ordonné l'arrêt immédiat des travaux. Se fondant sur les explications de l'architecte des époux E._, la municipalité a autorisé la reprise des travaux par décision du 20 mars 2007. Le Tribunal cantonal a annulé cette décision par arrêt du 13 août 2007, considérant que les travaux devaient être soumis à une enquête complémentaire. Du 5 octobre au 4 novembre 2007, la municipalité a mis à l'enquête publique complémentaire le "réaménagement de la partie supérieure après intervention pour sécurisation" de l'immeuble n° 178. A._ et consorts ont à nouveau formé une opposition, qui a été levée par décision de la municipalité du 19 décembre 2007, délivrant le permis de construire. A._ et consorts ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal, qui a rejeté le recours par arrêt du 4 novembre 2008. En substance, le Tribunal cantonal a considéré que les travaux soumis à l'enquête complémentaire pouvaient encore être qualifiés de travaux de transformation au sens de l'art. 80 LATC. B.b En juillet 2007, les époux E._ ont requis une autorisation de construire pour un projet consistant à réunir les parcelles n° 339 et 460, à démolir les bâtiments n° 247 et n° 179, à construire deux habitations individuelles nouvelles (bâtiments A et C) ainsi qu'un couvert à voitures et à aménager des places de parc ouvertes, un emplacement à poubelle et un mur anti-bruit. A._ et consorts se sont également opposés à ce projet. Par décision du 24 octobre 2007, la municipalité a levé les oppositions et délivré le permis de construire. Cette décision a elle aussi fait l'objet d'un recours de A._ et consorts auprès du Tribunal cantonal. Les intéressés alléguaient que le projet ne respectait pas les règles des art. 5.2 et 5.4 du règlement de la Commune de Crans-près-Céligny sur les constructions et l'aménagement du territoire - approuvé le 12 mai 1989 par le Conseil d'Etat du canton de Vaud - (ci-après: le règlement communal), relatives aux distances et à l'ordre non contigu. Le Tribunal cantonal a rejeté le recours par arrêt du 10 novembre 2008. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler les arrêts du Tribunal cantonal des 4 et 10 novembre 2008 (recours 1C_556/ 2008 et 1C_570/2008). Ils se plaignent d'une application arbitraire (art. 9 Cst.) des règles sur la transformation et la rénovation des bâtiments ainsi que des art. 5.2 et 5.4 du règlement communal. Ils requièrent en outre l'octroi de l'effet suspensif et réclament, dans le cadre de leur recours contre l'arrêt du 10 novembre 2008, la mise en oeuvre d'une inspection locale. Les époux E._ se sont déterminés; ils concluent au rejet des recours, dans la mesure de leur recevabilité. Le Tribunal cantonal et la Municipalité de Crans-près-Céligny n'ont pas présenté d'observations. D. Par ordonnances du 29 janvier 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté les requêtes d'effet suspensif. 