Faits: A. Z._, né en 1938, a été engagé en 1979 par l'Etat de Genève pour travailler comme ouvrier d'exploitation au Centre de traitement des déchets spéciaux de l'Usine des Cheneviers, à Genève. A partir de 1995, il a eu la charge de réceptionner, manutentionner et préparer des déchets spéciaux en vue de leur traitement, notamment des substances chimiques dangereuses. Pour ce motif, il était astreint, à la demande de l'assureur obligatoire de l'employeur, soit la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA), à un contrôle médical annuel destiné à détecter l'éventuelle apparition d'une maladie professionnelle. Cet examen était pratiqué par le médecin du travail de l'Etat de Genève (ci-après: le médecin du travail) qui devait remplir un formulaire à l'attention de la CNA. Sur les formulaires remis à la CNA de 1993 à 1996, le médecin du travail de l'époque, soit la doctoresse E._, a mentionné que Z._ fumait en moyenne 20 cigarettes par jour et souffrait d'une toux matinale chronique ainsi que d'expectorations. Le 3 décembre 1996, elle lui a fait subir un examen radiologique du thorax à la requête de la CNA. Le rapport établi à cette occasion par l'Institut de radiologie de Florissant a posé la conclusion suivante: "Suspicion d'une bronchopathie obstructive et d'un emphysème. A vérifier par des examens adéquats." Ce diagnostic n'a pas été communiqué au médecin traitant du patient. Sur le formulaire destiné à la CNA pour le contrôle annuel de 1999, le médecin du travail a confirmé le tabagisme et la toux chronique matinale de Z._ et attesté son aptitude au travail, en ajoutant l'interrogation suivante: "Fumeur: BPCO ?" (ces trois lettres forment l'acronyme de bronchopathique chronique obstructive). Lors du contrôle effectué l'année suivante (le 5 mai 2000), le médecin du travail a constaté une discrète anémie chez Z._ et en a informé son médecin traitant, le docteur F._, par lettre du 9 mai 2000. Consulté le 6 octobre 2000, ce praticien a diagnostiqué et traité une gastrite à hélicobacter, mais l'état général de son patient a continué à se dégrader. Il a par la suite sollicité des examens radiographiques des poumons qui lui ont révélé - ce qu'il ignorait jusque là - la présence d'une bronchopathie obstructive chronique et d'un emphysème diagnostiqués en 1996; ces examens ont également mis en évidence quelques petites densités pouvant être séquellaires, mais devant faire l'objet d'investigations complémentaires (rapport du 23 juillet 2002 de l'Institut radiologique de Florissant). Le 25 septembre 2002, Z._ a subi, à la demande de son médecin traitant, un scanner thoraco-abdominal, qui a révélé un cancer du poumon. Il est décédé le 13 juillet 2003 des suites de cette maladie. Se fondant sur le dossier médical (cf. notamment rapport du 24 mai 2004 du docteur G._, spécialiste FMH en maladies des poumons), ainsi que sur l'opinion de son médecin conseil (cf. rapport du 2 février 2005 du docteur H._, spécialiste FMH en médecine du travail), la CNA a estimé, par décision du 5 janvier 2005, que le décès de Z._ n'était pas la conséquence d'une maladie professionnelle et a refusé toute prestation à sa veuve, X._. Le 26 avril 2006, celle-ci a retiré l'opposition qu'elle avait, dans un premier temps, formée contre la décision (précitée) de la CNA. B. B.a X._ et sa fille, Y._, ont introduit, par assignation du 11 mai 2006, une action en responsabilité contre l'Etat de Genève, et réclamé pour chacune d'elles le paiement d'une indemnité pour tort moral d'un montant respectivement de 40'000 fr. pour la première, et de 30'000 fr. pour la seconde. Elles ont soutenu qu'en ne communiquant pas au médecin traitant de Z._ le résultat des examens radiographiques réalisés le 3 décembre 1996, le médecin du travail avait violé ses obligations, notamment d'information, et causé, sinon le décès, du moins le décès prématuré de leur proche. L'Etat de Genève a réfuté sa responsabilité et conclu au rejet de la demande. Il a notamment nié l'existence d'un lien de causalité entre les manquements reprochés au médecin du travail et le décès de son ancien employé, en se référant aux pièces médicales, notamment à un rapport (du 2 octobre 2006) du docteur I._, médecin conseil de la Winterthur Assurances. Après avoir instruit le cas et, en particulier auditionné certains témoins (notamment les docteurs F._ et E._) et recueilli une déclaration écrite d'un médecin de la CNA (cf. appréciations médicales des 9 octobre et 4 décembre 2007 du docteur Jean-Jacques Chevalier, spécialiste FMH en médecine du travail), le Tribunal de première instance du canton de Genève a rejeté, par jugement du 3 avril 2008, la demande en paiement dont il était saisi. En bref, il a considéré que le médecin du travail mis en cause n'avait pas commis de manquement et qu'il n'y avait de toute façon pas de rapport de causalité entre un éventuel acte illicite de sa part, consistant en un défaut d'information au médecin traitant, et le décès du patient. B.b Saisi d'un appel de la veuve et de la fille de Z._, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté celui-ci, par arrêt du 14 novembre 2008, et a confirmé le jugement attaqué. C. X._ et Y._ forment un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité de la Cour de justice, dont elles requièrent l'annulation, sous suite de frais et dépens. Elles concluent principalement au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision et, à titre subsidiaire, à la condamnation de l'Etat de Genève au versement des montants réclamés à titre de tort moral dans leur assignation du 11 mai 2006. Elles se plaignent d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits et de violation de leur droit d'être entendues (art. 29 al. 1 Cst.). L'Etat de Genève conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué sous suite de frais et dépens, tandis que la Cour de justice se réfère aux considérants de son prononcé. 