Sachverhalt: A. Am 16. September 2007 wurde in Wetzikon/ZH der Taxichauffeur B.X._ von C._ erstochen. Der Täter befand sich auf freiem Fuss, obwohl Oberrichter Z._ mit Präsidialverfügung der III. Strafkammer des Zürcher Obergerichts am 23. August 2007 Sicherheitshaft gegen ihn angeordnet hatte. Am 23. Januar 2008 übermittelte die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich dem Kantonsrat des Eidgenössischen Standes Zürich das Gesuch der Staatsanwaltschaft IV vom 15. Januar 2008 um Ermächtigung zur Einleitung einer Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Tötung gegen den Präsidenten der III. Strafkammer des Obergerichts, Z._. Am 28. Januar 2008 überwies die Geschäftsleitung des Kantonsrates das Gesuch seiner Justizkommission zur Behandlung. Diese lud Oberrichter Z._ "gestützt auf den verfassungsrechtlichen Grundsatz des rechtlichen Gehörs" am 31. Januar 2008 ein, zum Gesuch Stellung zu nehmen. In seiner Stellungnahme vom 7. Februar 2008 hielt Oberrichter Z._ fest, dass er "nicht gegen eine Ermächtigung zur Eröffnung einer Strafuntersuchung" gegen seine Person opponiere, wenngleich er der Meinung sei, die Voraussetzungen dafür seien klarerweise nicht gegeben. Am 10. März 2008 beantragte die Justizkommission der Geschäftsleitung, das Gesuch um Ermächtigung einer Strafuntersuchung gegen Oberrichter Z._ von der Hand zu weisen. Am 21. April 2008 beschloss der Kantonsrat, dem Gesuch nicht stattzugeben. Der Beschluss wurde im Amtsblatt vom 25. April 2008 publiziert. B. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragen A.X._ und Y._, die Mutter bzw. der Stiefvater des Opfers, diesen Beschluss des Kantonsrats aufzuheben und ihm die Sache zu neuer Beurteilung zurückzuweisen. Ausserdem ersuchen sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Oberrichter Z._ nimmt in seiner Vernehmlassung eingehend zur Sache Stellung, verzichtet indessen auf einen formellen Antrag. Der Kantonsrat beantragt unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. 