Sachverhalt: A. Die X._ Corp. mit Sitz in Taipei (Beschwerdeführerin 1) vertreibt spezielle kleine und leichte Notebooks. Für diese hinterlegte sie in verschiedenen Ländern und in der EU die Marke "A._". Zudem liess sie die Domainnamen "www.A._.com", "www.A._.biz", "www.A._.info" und "www.A._.de" registrieren. Die Y._ AG mit Sitz in Bern (Beschwerdeführerin 2) ist für den Vertrieb der Notebooks der Beschwerdeführerin 1 in der Schweiz zuständig. Die Z._ & Co. (Beschwerdegegnerin) ist eine in Luzern ansässige Design-Firma. Sie liess die Marke "A._" in der Schweiz für verschiedene Waren hinterlegen und den Domainnamen "www.A._.ch" registrieren. B. B.a Am 3. Juni 2008 reichten die Beschwerdeführerinnen beim Amtsgericht Luzern-Stadt gegen die Beschwerdegegnerin Klage ein mit folgenden Rechtsbegehren: "1. Es sei festzustellen, dass die CH-Marke Nr. 536 520 A._ für 'Datenverarbeitungsgeräte und Computer' (Klasse 9) nichtig ist. 2. Es sei der Beklagten unter Androhung der Straffolgen von Art. 292 StGB zu verbieten, die Bezeichnung A._ für Datenverarbeitungsgeräte und Computer sowie Computerzubehör, insbesondere Notebook-Halter zu verwenden. 3. Es sei die Beklagte unter Androhung der Straffolgen von Art. 292 StGB zu verurteilen, den Domainnamen www.A._.ch innert 20 Tagen auf die Klägerin 2 zu übertragen. 4. Eventualiter: Es sei der Beklagten unter Androhung der Straffolgen von Art. 292 StGB zu verbieten, unter der Webadresse www.A._.ch Datenverarbeitungsgeräte und Computer sowie Computerzubehör, insbesondere Notebook-Halter anzubieten." Mit Entscheid vom 12. November 2008 trat das Amtsgericht Luzern-Stadt auf die Klage mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein und überwies das Verfahren an das Obergericht des Kantons Luzern. B.b Gegen diesen Entscheid rekurrierten die Beschwerdeführerinnen an das Obergericht des Kantons Luzern mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Amtsgericht Luzern-Stadt sei anzuweisen, auf die Klage einzutreten. Mit Entscheid vom 17. März 2009 hob das Obergericht den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Amtsgericht Luzern-Stadt zurück. B.c In seinen Erwägungen hielt das Obergericht fest, dass das Bundesrecht für Zivilstreitigkeiten betreffend Immaterialgüterrechte für das ganze Kantonsgebiet die Beurteilung durch eine einzige Instanz vorschreibe und im Kanton Luzern dafür das Obergericht sachlich zuständig sei. Für Streitigkeiten betreffend unlauteren Wettbewerb seien dagegen die ordentlichen Gerichte sachlich zuständig. Art. 12 Abs. 2 des Bundesgesetzes gegen den unlauteren Wettbewerb (UWG; SR 241) ermögliche dabei der klagenden Partei, auch lauterkeitsrechtliche Ansprüche bei dem für die immaterialgüterrechtlichen Ansprüche zuständigen Gericht geltend zu machen, sofern die gehäuften Ansprüche in einem Zusammenhang stünden. Nach Ansicht des Obergerichts machen die Beschwerdeführerinnen im Rechtsbegehren Ziff. 1 einen Anspruch markenrechtlicher Natur geltend, da die Löschung einer Marke weder gestützt auf das UWG noch auf das Persönlichkeitsrecht vorgenommen werden könne, sondern nur gemäss Art. 52 des Bundesgesetzes über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben (MSchG; SR 232.11). Den Beschwerdeführerinnen gehe es jedoch ungeachtet des Klageantrags Ziff. 1 einzig um die Beurteilung, ob ein Behinderungswettbewerb vorliege, und nicht darum, ob die Marke der Beschwerdegegnerin infolge eines absoluten oder relativen Ausschlussgrundes von Anfang an nichtig und deshalb aus dem Markenregister zu löschen sei. Darauf seien sie zu behaften. Erfolge eine Beurteilung des vorgetragenen Sachverhalts lediglich unter dem Blickwinkel des unlauteren Wettbewerbs, sei das Amtsgericht sachlich zuständig. Dieses werde daher im Rahmen seiner sachlichen Zuständigkeit darüber zu befinden haben, ob der Klageantrag Ziff. 1 abzuweisen oder ob darauf nicht einzutreten sein werde. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. Mai 2009 beantragen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung zurückzuweisen. Dabei sei das Obergericht anzuweisen, in den Erwägungen des neu zu fällenden Entscheids keine Vorgaben an das Amtsgericht Luzern-Stadt zu machen oder Rechtsauffassungen zu äussern, wie das Klagebegehren Ziff. 1 vom 3. Juni 2008 lauterkeitsrechtlich und prozessual zu beurteilen sei. Eventualiter beantragen die Beschwerdeführerinnen, das Obergericht sei anzuweisen, jene Erwägungen nicht mehr in den neu zu fällenden Entscheid aufzunehmen, die sich zur rechtlichen Beurteilung von Ziff. 1 des Klagebegehrens äussern, bzw. die Wendung der Rückweisung "im Sinne der Erwägungen" in Dispositiv-Ziff. 1 zu streichen. Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde und beantragt, das Obergericht sei anzuweisen, die Sache als einzige kantonale Instanz materiell zu beurteilen, bzw. es sei das Obergericht als einzige kantonale Instanz für sachlich zuständig zu erklären. Das Obergericht schliesst in seiner Vernehmlassung ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde und bekräftigt im Übrigen seine Auffassung, dass es dem Amtsgericht verwehrt sei, die Klage gestützt auf Markenrecht zu beurteilen. 