Faits: A. A._ SA (précédemment B._ SA, (ci-après: B._) est propriétaire de divers immeubles d'une valeur cadastrale globale de 36'416'898 fr. sur le territoire de la commune de Y._ en Valais et était détenue par C._ SA à raison de 73,62 %, par la Fondation pour la participation du personnel de B._ SA (ci-après: la Fondation) à raison de 25% ainsi que par divers particuliers pour le solde. En septembre 2005, X._ BV a acquis l'ensemble des actions de Sir Holding SA ainsi que les actions de B._ détenues par la Fondation. Par décision du 25 septembre 2007, le Service des registres fonciers et de la géomatique du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a assujetti le transfert du capital-actions au droit de timbre proportionnel et réclamé à X._ BV, B._ et la Fondation le paiement d'un droit de 437'002 (12 o/oo de la valeur cadastrale) à quoi s'ajoutaient 20 fr. de timbre "tuberculose" et 15 fr. de frais d'envoi. Le 23 octobre 2007, B._, agissant pour elle-même ainsi que pour la Fondation et X._ BV, a recouru contre la décision de taxation du 25 septembre 2007 auprès du Conseil d'Etat du canton du Valais, concluant à son annulation. Par décision du 8 avril 2009, le Conseil d'Etat a admis le recours de B._ uniquement en ce qui concernait la décision "du 22 août 2007" (sic), parce qu'elle n'était pas partie au transfert d'actions. Il a rejeté le recours pour le surplus. Le 20 mai 2009, la Fondation, X._ BV et B._ ont recouru auprès du Tribunal cantonal du canton du Valais contre la décision rendue le 8 avril 2009 par le Conseil d'Etat. B._ se plaignait de la désignation inexacte de la décision annulée à son égard. Les autres se plaignaient notamment de ce que B._ était une société d'exploitation et non pas une société immobilière. B. Par arrêt du 21 août 2009, le Tribunal cantonal a donné acte à B._ que la décision annulée à son égard était celle du Service cantonal du 25 septembre 2007, annulé la décision du 8 avril 2009 en tant qu'elle reconnaissait la Fondation débitrice solidaire du droit de timbre de 437'037 fr. et rejeté le recours formé par X._ BV, confirmant la qualité de cette dernière de débitrice de ce droit de timbre. A l'appui de son arrêt, il a jugé que la cession du pouvoir de disposition économique sur les immeubles de B._, qui résultait du transfert des actions à X._ BV, tombait dans le champ d'application de l'art. 12 let. a de la loi cantonale du 14 novembre 1953 sur le timbre (LT/VS; RSVS 643.1). L'assimilation du transfert économique au transfert juridique était générale en droit valaisan, contrairement à la solution limitative du droit fribourgeois, dont se prévalait X._ BV. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle du recours constitutionnel subsidiaire, X._ BV demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 21 août 2009 par le Tribunal cantonal du canton du Valais et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se plaint de la violation des art. 9 et 29 Cst. Le Tribunal cantonal et le Conseil d'Etat du canton du Valais proposent le rejet du recours sous suite de frais et dépens. Le Service cantonal renonce à déposer des observations. D. Par ordonnance du 3 novembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par X._ BV. 