Faits: A. A.a La Banque X._ (ci-après: la Banque) prétend être créancière de Y._ en raison d'agissements pénaux commis par celui-ci entre 1997 et 2005; elle ajoute que le Tribunal civil de Lodi a ordonné le séquestre des biens de son débiteur et qu'elle a déposé une action au fond en Italie le 15 février 2007. A.b Donnant suite le 13 novembre 2007 à la réquisition de la Banque, le Tribunal de première instance de Genève a ordonné le séquestre de tous avoirs au nom du prénommé, ou dont il est l'ayant droit économique, à hauteur de 173'105'779 fr.90 auprès de la Banque Z._ à Genève. Cette ordonnance a été transmise à l'Office des poursuites de Genève (ci-après: l'Office), qui l'a immédiatement exécutée (sous n° xxx); le procès-verbal de séquestre a été communiqué à la créancière le 18 décembre suivant. A.c Le 5 juin 2008, la Banque a déposé une réquisition de poursuite, en indiquant sous la rubrique «Autres observations»: «Réquisition de poursuite ensuite du séquestre n° xxx du 13 novembre 2007, en vue de l'exequatur du jugement italien qui sera rendu à l'encontre de M. Y._». Le 11 juin suivant, l'Office a informé l'avocat de la Banque que, aussi longtemps qu'une action au fond est en cours, celle-ci vaut validation du séquestre, et l'a invité à lui transmettre le jugement étranger afin de vérifier le respect du délai de 10 jours de l'art. 279 al. 4 LP. Le 23 juin 2008, l'avocat a répondu que la procédure était toujours pendante en Italie, indiquant que sa réquisition du 5 juin 2008 était destinée à être notifiée en Italie au débiteur avec les autres actes relatifs au séquestre; il a précisé que, en cas d'opposition au commandement de payer, la mainlevée de l'opposition serait requise simultanément à l'exequatur du jugement italien. Par décision du 18 novembre 2008, l'Office a refusé de donner suite à la réquisition de poursuite parce qu'elle était prématurée et devait être présentée dans les dix jours à compter de la notification du jugement italien; il a maintenu sa position le 25 novembre 2008. B. Le 28 novembre 2008, la Banque a déposé plainte contre le refus de donner suite à sa réquisition de poursuite; en outre, elle a dénoncé un retard injustifié de l'Office, le procès-verbal de séquestre n'ayant pas encore été notifié au débiteur conformément à l'art. 276 al. 2 LP. Dans son rapport du 23 décembre 2008, l'Office a conclu au rejet de la plainte. Statuant le 12 mars 2009, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève a partiellement admis la plainte, en ce sens qu'elle a ordonné à l'Office de procéder sans délai à la communication du procès-verbal de séquestre au domicile du débiteur en Italie, dès que la créancière aura effectué l'avance de frais arrêtée par l'Office en vertu de l'art. 68 LP ou que son mandataire se sera porté fort de ces frais; en revanche, elle a confirmé le refus de l'Office de donner suite à la réquisition de poursuite. C. Agissant par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, la Banque conclut à ce que la décision de la juridiction précédente soit annulée et à ce qu'il soit ordonné à l'Office d'établir immédiatement le commandement de payer sur la base de la réquisition de poursuite du 5 juin 2008 et de procéder à la notification de cet acte au débiteur. L'autorité cantonale se réfère aux considérants de sa décision, tandis que l'Office propose le rejet du recours. 