Faits: A. B._, née en 1954, a exercé divers emplois. Elle a bénéficié de la part de l'assurance-invalidité d'un reclassement professionnel dans la formation d'employée de bureau, dont elle est titulaire du certificat fédéral de capacité depuis 1994. Le 1er octobre 1994, elle a été engagée en cette qualité par la société X._ SA. Les rapports de travail avec l'employeur ayant pris fin le 31 août 2003, elle a émargé à l'assurance-chômage et suivi une formation de secrétaire médicale. Dès le 17 mai 2005, elle a travaillé à 50 % en qualité d'employée de secrétariat au service de Y._. Le 24 mars 2004, B._ a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité, en requérant l'octroi d'une rente d'invalidité. Dans un rapport du 27 juillet 2004, le docteur C._, spécialiste FMH en médecine générale, a posé les diagnostics ayant des répercussions sur la capacité de travail de dystrophie ostéochondrale à transmission autosomique dominante et de coxarthrose bilatérale. Il relevait que l'on pouvait exiger de la patiente, qui présentait une incapacité de travail de 50 % depuis le 1er septembre 2003, qu'elle exerce une activité professionnelle assise, avec des déplacements ponctuels sans port de charges, au maximum à 50 %. Le 20 mai 2005, le docteur S._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et médecin du Service médical régional AI, a effectué un examen clinique. Dans un rapport du 31 mai 2005, il a posé les diagnostics avec répercussion sur la capacité de travail de coxarthrose secondaire bilatérale (M16.6) et de dystrophie ostéochondrale à transmission autosomique dominante qui se manifestait au niveau des deux hanches, cheville gauche et épaule droite (M78.9). Il indiquait que la capacité de travail exigible était de 100 % dans l'activité habituelle - laquelle était une activité adaptée - et dans une activité adaptée aux limitations fonctionnelles, en relevant qu'une diminution de rendement de l'ordre de 20 % était due à la lenteur dans les déplacements. Le docteur N._ a conclu à une capacité de travail exigible de 80 % (plein temps avec diminution de rendement de 20 %) dans l'activité habituelle et dans une activité adaptée (rapport d'examen SMR du 15 juin 2005). Dans un préavis de refus de rente du 12 septembre 2007, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud a informé B._ qu'il était raisonnablement exigible de sa part qu'elle exerce à 80 % son activité actuelle, où elle pourrait réaliser un revenu annuel de 51'706 fr., et qu'elle ne subissait dès lors aucun préjudice économique. Le 22 octobre 2007, l'assurée a fait part à l'office AI de ses observations, en indiquant qu'elle avait consulté au mois d'août 2007 le docteur D._, chef de clinique de l'Hôpital Z._. Dans un rapport du 11 mars 2008, ce médecin a posé le diagnostic avec effet sur la capacité de travail de choriorétinopathie de type birdshot bilatérale. A la question de savoir si l'activité de secrétaire à Y._ était encore exigible d'un point de vue médical, il a répondu par l'affirmative, en précisant qu'elle pouvait être exercée à 50 %, sans que le rendement soit réduit. Dans un avis médical SMR du 9 avril 2008, le docteur N._, tout en relevant que l'assurée ne pouvait travailler qu'à 50 % dans son activité habituelle d'employée de secrétariat pour le compte de Y._, a maintenu ses conclusions du 15 juin 2005 selon lesquelles la capacité de travail exigible était de 80 % dans une activité adaptée. Par décision du 30 octobre 2008, l'office AI, rejetant la demande, a nié tout droit de B._ à une rente d'invalidité. B. Le 1er décembre 2008, B._ a formé recours contre cette décision devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud - aujourd'hui: la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois -, en concluant, sous suite de frais et dépens, à la réforme de celle-ci en ce sens qu'elle avait droit à une demi-rente d'invalidité dès le 1er septembre 2004. Elle a produit un certificat du 14 janvier 2009 du docteur L._, médecin adjoint du Service d'orthopédie et de traumatologie de l'Hôpital V._, indiquant que la patiente, en tant que secrétaire, supportait difficilement les positions assises prolongées, devait changer de position et ne pouvait pas travailler plus qu'à mi-temps "égale 50 %", ceci uniquement en raison du problème des hanches, et qu'un problème oculaire compliquait la situation. Dans sa réponse du 9 février 2009, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud a conclu au rejet du recours. Après discussion avec le Service de réadaptation et au vu de la situation, il était de l'avis que l'activité habituelle d'employée de bureau était la plus adaptée aux (deux) atteintes à la santé de l'assurée et proposait de mettre sur pied des mesures professionnelles et de l'accompagner en vue d'une éventuelle validation de ses acquis professionnels. Par arrêt du 1er février 2010, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours. C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation, la cause étant renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle apprécie la capacité résiduelle de travail après avoir pris en considération les rapports de ses médecins traitants, à titre subsidiaire pour qu'elle mette en oeuvre une expertise sur la question de sa capacité résiduelle de travail. L'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud déclare que le recours n'est pas de nature à remettre en cause le jugement entrepris. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. 