Faits: A. Par jugement du 17 mars 2006, le Tribunal de police de Genève a condamné Z._ pour infraction à l'art. 11f al. 1 de la loi fédérale encourageant la gymnastique et les sports (LGS; RS 415.0), faux dans les titres (art. 251 CP), délit manqué d'escroquerie et escroquerie par métier (art. 22 et 146 CP) à la peine de huit mois d'emprisonnement, cette peine étant complémentaire à celle de quatre mois d'emprisonnement avec sursis prononcée le 30 mai 2005 par le Procureur général de Genève pour escroquerie et infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants. Le Tribunal de police a retenu les faits suivants en relation avec l'infraction d'escroquerie (jugement p. 31): A.a De concert avec le pharmacien Y._, Z._ a souscrit une assurance-maladie au nom d'une personne inexistante, à savoir A._, dans le but de se faire rembourser par ladite assurance des produits anabolisants et dopants qui lui avaient été prescrits à des fins de culturisme. Il a obtenu les produits en question auprès du pharmacien Y._, qui a adressé les ordonnances avec les factures à la coopérative professionnelle des pharmaciens suisses, puis à l'assurance-maladie, dans le but d'obtenir le remboursement de ces produits. L'assurance n'en a pas remboursé le prix (environ 170'000 fr.), car Z._ avait omis de payer les primes de l'assurance à la suite d'une inadvertance. Pour ces faits, le Tribunal de police a retenu, à l'encontre de Z._, le délit manqué d'escroquerie. A.b En outre, Z._ a utilisé l'assurance de E._ pour obtenir des produits anabolisants et dopants. Le médecin X._ avait établi des ordonnances au nom de E._ et les avait remises à Z._ qui s'était procuré ces substances anabolisantes et dopantes auprès du pharmacien Y._. Celles-ci avaient été remboursées par l'assurance-maladie de E._ dans les limites du contrat. Pour ces faits, le Tribunal de police a condamné Z._ pour escroquerie consommée. A.c Le Tribunal de police a retenu que, grâce au « système A._ » notamment, Z._ avait obtenu, pendant une période relativement longue, des quantités importantes de produits dopants (pour près de 200'000 francs), sans bourse délier. Une partie de ces substances avait été vendue à des tiers, et le produit avait été restitué en espèces au pharmacien Y._. Compte tenu des quantités et des montants en cause ainsi que de la période de l'activité délictueuse, le Tribunal de police a retenu, à l'encontre de Z._, la circonstance aggravante du métier. B. Statuant le 13 décembre 2006, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a admis partiellement l'appel de Z._ et modifié le jugement de première instance en ce sens qu'elle l'a « libéré des fins de la poursuite pénale s'agissant de l'escroquerie par métier ». Pour le surplus, elle a confirmé le jugement du Tribunal de police (arrêt p. 38). Dans les motifs, elle a expliqué que le recourant avait réalisé les éléments constitutifs de l'escroquerie en s'affiliant à une caisse-maladie sous un nom d'emprunt (A._) et en tentant de se faire rembourser le prix de produits dopants qui lui avaient été prescrits à des fins de culturisme. Comme la tromperie avait échoué et que l'assurance n'avait finalement pas eu à rembourser à l'assuré le prix des produits délivrés, seul le délit manqué devait être retenu. Les juges cantonaux ont ajouté que la circonstance aggravante du métier était réalisée tant pour Z._ que pour le pharmacien vu le montant sur lequel avait porté le trafic (arrêt attaqué p. 33 s.). En revanche, la Chambre pénale a considéré que Z._ et le pharmacien devaient être acquittés pour les faits relatifs à E._, puisque ceux-ci ne figuraient pas dans la feuille d'envoi (arrêt p. 34). C. Dans son arrêt du 4 mai 2007, la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral a admis partiellement le pourvoi en nullité, en application de l'ancien art. 277 PPF, annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à la cour cantonale, à charge pour celle-ci de se prononcer à nouveau sur la peine. En effet, à la lecture de l'arrêt cantonal, il était impossible de savoir pour quels faits le recourant avait été condamné et pour lesquels il avait été libéré, de sorte que la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral ne pouvait juger si la peine prononcée était adéquate. Dans le dispositif de son arrêt, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève avait libéré le recourant des fins de la poursuite pénale s'agissant de l'escroquerie par métier et maintenu le jugement de première instance pour le surplus. Dans la motivation de son arrêt, elle avait confirmé la condamnation du recourant du chef du délit manqué d'escroquerie par métier, mais l'avait acquitté des chefs d'accusation d'escroquerie consommée et de faux dans les titres pour les faits relatifs à E._. D. Dans son arrêt du 3 mars 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a confirmé l'arrêt du 13 décembre 2006, notamment du point de vue de la peine de huit mois d'emprisonnement et du sort des frais et dépens. En relation avec les faits concernant E._, elle a expliqué ce qui suit (arrêt attqué p. 9): « Dans la mesure où la libération de Z._ de ce chef [condamnation pour escroquerie consommée en relation avec E._] n'a pas été mentionnée dans le dispositif de l'arrêt du 13 décembre 2006, il ne se justifie pas d'examiner plus avant les faits concernant E._. En effet, par rapport à l'autorité de la chose jugée et au principe « ne bis in idem », c'est le dispositif de la décision définitive rendue en premier lieu qui est déterminant (ATF 120 IV 10 consid. 2b). » « En conséquence, sur la base de ces éléments, il n'est pas possible d'en arriver à la détermination d'un montant précis, de sorte qu'il faudrait reprendre l'examen du dossier ab ovo, ce qui n'est donc plus possible, la Chambre pénale étant liée par son état de fait antérieur. » « Comme seule la peine est en cause, la Cour, par rapport à cette question, se limitera à considérer que, du point de vue des actes constitutifs d'escroquerie et de délit manqué de cette infraction, l'intention délictueuse de l'appelant a été de causer un dommage d'au moins 170'000 fr., l'appelant étant mis au bénéfice du principe « in dubio pro reo ». En ce qui concerne la fixation de la peine, elle a déclaré, après avoir mentionné les éléments relatifs à l'infraction et à l'auteur, ce qui suit (arrêt attaqué, p. 11): « Face à de tels éléments, le fait que Z._ a été libéré des fins de la poursuite pénale du chef d'escroquerie par métier fondée sur l'art. 68 ch. 2 aCP ne doit pas entraîner une diminution de peine». E. Contre cet arrêt cantonal, Z._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce que la cour de céans ordonne à la cour cantonale (1) de réduire la peine qui lui a été infligée compte tenu de la libération des préventions d'escroquerie par métier et (2) de ne pas le condamner au tiers des frais d'appel. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif. F. Le Ministère public a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens alors que la Cour de Justice a renoncé à des observations. 