Sachverhalt: A. Der 1949 geborene S._ war vom Sommer 2001 bis Ende Juli 2005 als Sekundarlehrer in der Gemeinde M._ tätig, als sein befristeter Anstellungsvertrag nicht mehr erneuert wurde. In der Folge kam es zu einer reaktiven Depression bei psychosozialer Belastungssituation, weswegen er unter anderem in stationärer Behandlung an der Klinik N._ (vom 5. bis 21. Dezember 2005) sowie in der Psychiatrischen Klinik H._ (vom 23. Mai bis 11. Juni 2007) und in Therapie bei Dr. med. U._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, stand. S._ meldete sich am 13. Februar 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nachdem er auf eine mit Vorbescheid in Aussicht gestellte Dreiviertelsrente ab 1. Juli 2006 Einwände erhoben hatte, liess ihn die IV-Stelle Luzern am Zentrum B._ untersuchen. Gestützt auf die Expertise vom 1. Juli 2008 gewährte sie S._ mit Verfügung vom 3. Oktober 2008 vom 1. Juli 2006 bis 30. September 2007 eine ganze und ab 1. Oktober 2007 eine halbe Rente. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, bei welchem gegen die Verfügung mit dem Antrag Beschwerde erhoben wurde, die ganze Rente sei ab 1. Juli 2006 unbefristet auszurichten, eventuell bestehe ab 1. Oktober 2007 Anspruch auf eine Dreiviertelsrente, hiess diese insofern teilweise gut, als es den Zeitpunkt der Reduktion auf eine halbe Rente auf den 1. April 2008 festsetzte. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm ab 1. Juli 2006 eine ganze und ab 1. April 2008 eine Dreiviertelsrente auszurichten. Die IV-Stelle Luzern und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern lassen auf Abweisung der Beschwerde schliessen; das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung 