Sachverhalt: A. Die 1959 geborene P._ arbeitete seit April 1993 als Mitarbeiterin in der Cafeteria/Küche der X._. Am 6. April 2009 meldete sie sich wegen eines Diabetes, einer Osteoporose und eines verengten Nervenkanals C5-C6 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Einholung der medizinischen und beruflichen Unterlagen führte die IV-Stelle des Kantons Thurgau arbeitsplatzerhaltende Massnahmen durch und liess die Versicherte an der MEDAS des Spitals Y._ polydisziplinär abklären (Gutachten vom 28. Februar 2011). Mit Verfügung vom 22. September 2011 sprach sie ihr eine befristete halbe Invalidenrente vom 1. November 2009 bis 31. Mai 2011 zu. B. Die von P._ dagegen erhobene Beschwerde mit Einreichung ergänzender medizinischer Unterlagen und mit einem Antrag, es sei eine unbefristete halbe Invalidenrente über den 31. Mai 2011 hinaus auszurichten, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 18. April 2012 in dem Sinne ab, dass die angefochtene Verfügung nach Gewährung des rechtlichen Gehörs zu einer allfälligen reformatio in peius ersatzlos aufgehoben und festgestellt wurde, der Beschwerdeführerin stehe keine Invalidenrente zu. C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sowie unter Kosten- und Entschädigungsfolgen, auch für das erstinstanzliche Gerichtsverfahren, sei ihr für die Zeitspanne vom 1. November 2009 bis 31. Mai 2011 eine befristete halbe Rente zuzusprechen und für die Zeit ab 1. Juni 2011 die Sache zur neuerlichen Abklärung an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen. 