Faits: A. Mme A.X._, née en 1956, et M. B.X._, né en 1973, se sont mariés le 18 janvier 2008 à Genève. Aucun enfant n'est issu de cette union. L'épouse est cependant la mère de deux enfants actuellement majeurs, nés d'une précédente union. Les époux ont cessé la vie commune au mois d'octobre 2010. L'épouse est restée au domicile conjugal avec le cadet de ses enfants. B. Le 30 septembre 2011, l'épouse a requis du Tribunal de première instance des mesures protectrices de l'union conjugale, renonçant au versement d'une contribution d'entretien pour elle-même et concluant à ce qu'elle ne soit pas astreinte à contribuer à l'entretien de son mari. Celui-ci a conclu au versement d'une contribution d'entretien pour lui-même de 3'800 fr. par mois, dès le 1er août 2011, à la charge de son épouse. B.a Par jugement du 20 mars 2012, le Tribunal de première instance a condamné l'épouse à contribuer à l'entretien de son mari à hauteur de 920 fr. par mois, dès le 1er août 2011. Le 10 avril 2012, l'épouse a formé appel, concluant à ce que le jugement attaqué soit réformé en ce sens qu'il est constaté qu'elle n'est redevable d'aucune contribution d'entretien en faveur de son mari. B.b Statuant par arrêt du 14 septembre 2012 notifié aux parties le 20 septembre 2012, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté l'appel et confirmé le jugement de première instance. C. Par acte du 17 octobre 2012, l'épouse interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et à sa réforme en ce sens que les époux ne se doivent aucune contribution d'entretien. Invités à se déterminer, l'intimé conclut à l'irrecevabilité et au rejet du recours, la Cour de justice déclare se référer aux considérants de son arrêt. 