Faits: A. Le 5 mai 2004, lors la remise de sa déclaration d'impôts 2003, la société X._ SA, avec siège social à Neuchâtel (ci-après: la société ou la recourante), a informé le Service des contributions du canton de Neuchâtel (ci-après: le Service des contributions) qu'elle avait cédé le 30 novembre 2003 à sa filiale Y._ BV, sise aux Pays-Bas et dont elle détient l'entier du capital, un certain nombre d'actifs. Parmi ceux-ci figurait notamment la participation (100 %) qu'elle détenait dans la société Z._ SA, sise à Neuchâtel, transférée à sa valeur vénale de 1'066'236 fr. 30 (valeur comptable de 100'000 fr.). La société avait ainsi comptabilisé, dans ses produits, 966'236 fr. 30 à titre de réévaluation de participations cédées et créé, dans les charges, une réserve du même montant. L'intéressée a ensuite précisé que la société Z._ SA était entrée en liquidation le 8 mai 2003 et que sa radiation au registre du commerce avait eu lieu le 18 octobre 2004. Le gain sur cession de participation de 966'236 fr. 30 devait donc être qualifié d'excédent de liquidation et bénéficier de la réduction pour participation. Le 21 décembre 2004, le Service des contributions a notifié à X._ SA la taxation pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2003. Il a notamment inclus dans le bénéfice imposable le montant de la réévaluation de la participation cédée, non réduite. Le 26 janvier 2005, ledit Service a rejeté la réclamation de l'intéressée contre la décision précitée. Par jugement du 30 avril 2007, le Tribunal fiscal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal fiscal) a très partiellement admis le recours de X._ SA contre la décision du Service des contributions du 21 décembre 2004. Il a retenu en substance que l'intéressée détenait l'intégralité du capital-actions de Z._ SA avant le 1er janvier 1997 et qu'elle avait cédé cette participation avant le 1er janvier 2007. Le bénéfice en capital généré par cette opération était devenu imposable dès le moment où Z._ SA avait été liquidée. L'intéressée ne pouvait au demeurant tirer aucun avantage de la théorie du manteau d'actions. B. Saisi d'un recours de X._ SA contre le jugement du Tribunal fiscal du 30 avril 2007, le Tribunal administratif du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal administratif) l'a rejeté par arrêt du 24 janvier 2008. Il a considéré pour l'essentiel que l'une des conditions permettant d'admettre l'existence de la vente d'un manteau d'actions n'était pas réalisée en l'espèce. Il n'y avait en effet pas eu un véritable changement du détenteur des actions en cause: si la société X._ SA avait bien cédé à Y._ BV l'entier de ses actifs d'exploitation, qui comprenaient notamment sa participation à Z._ SA, elle était devenue parallèlement actionnaire unique de la cessionnaire, conservant ainsi entre ses mains la participation cédée. Par ailleurs, l'art. 207a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), respectivement l'art. 288 de la loi neuchâteloise du 21 mars 2000 sur les contributions directes (ci-après: LCdir/NE; RSN 631.0), s'appliquaient au cas d'espèce, dans la mesure où l'intéressée détenait la participation litigieuse avant le 1er janvier 1997, respectivement le 1er janvier 2000, et avait réalisé son bénéfice avant le 1er janvier 2007. Le recours était donc mal fondé. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 24 janvier 2008, de dire que le revenu de 966'236 fr. 30, réalisé en 2003, est qualifié d'excédent de liquidation en application de la théorie du manteau d'actions et bénéficie ainsi de la réduction pour participation, et de renvoyer le dossier à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante fait valoir que l'autorité intimée a violé le droit fédéral en refusant l'application de la réduction pour participations, ce qui entraînait une charge fiscale indue de 200'000 fr. A l'appui de ses griefs, elle invoque les art. 69 et 207a LIFD ainsi que 28 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale d'harmonisation; RS 642.14). Le Tribunal administratif n'a formulé aucune observation sur le recours, dont il demande le rejet, et le Service cantonal ne s'est pas prononcé. L'Administration fédérale des contributions propose le rejet du recours, sous suite de frais. 