Sachverhalt: A. X._ wird vorgeworfen, er habe in den Jahren 1998 bis November 2001, zusammen mit A._ aus München und teilweise unter Mithilfe seiner Mutter Y._ (Verfahren 6B_682/2012), zahlreiche Kapitalsuchende angeworben. Zu diesem Zweck habe er verschiedene Chiffre-Inserate in der Neuen Zürcher Zeitung und der Frankfurter Allgemeinen Zeitung veröffentlicht, in welchen angebliche Investoren nach Anlagemöglichkeiten suchten. Die Interessenten für insgesamt sechs Projekte, welche sich auf diese Inserate meldeten, habe X._ jeweils zu Gesprächen an seinen damaligen Wohnort eingeladen, wo das weitere Vorgehen besprochen wurde. Dabei habe er diese - nach Absprache mit A._ - wahrheitswidrig darauf hingewiesen, bei den potentiellen Investoren handle es sich unter anderem um 976 Mitglieder des B._ Sport Club Ltd., welche um äusserste Diskretion bemüht seien. Ein direkter Kontakt zwischen Kapitalsucher und Investor sei daher nicht möglich. Seine Aufgabe sei es, attraktive Projekte zu suchen und diese den Mitgliedern des Clubs vorzustellen. Um das Vertrauen der Kapitalsuchenden zu gewinnen, habe er sich als Direktor des B._ Sport Club Ltd. im Companies House (UK) eintragen lassen und sich als Doktor phil. ausgegeben. X._ habe die Kapitalsuchenden in der Folge aufgefordert, Projektbeschreibungen einzureichen, die per Mailing an sämtliche Clubmitglieder zur Vorstellung versandt würden. Zur Deckung der angeblich anfallenden Versandkosten habe er jeweils Vorauszahlungen verlangt. Nach Erhalt der Projektbeschreibungen, Businesspläne etc. hätten X._ und A._ verschiedene Memoranden erstellt, worin sie jeweils Kritik am Projekt geäussert und Änderungswünsche angebracht hätten. Jede Änderung am Projekt habe angeblich wiederum einen Versand der überarbeiteten Unterlagen erfordert, was zu neuen Kosten geführt habe. In Wirklichkeit habe A._ die Unterlagen jedoch nie an Mitglieder des B._ Sport Club Ltd. versandt, was X._ spätestens ab Ende des Jahres 1997 bekannt gewesen sei. Von diesem Zeitpunkt an habe dieser die Versandkosten vollumfänglich unter den Beteiligten aufgeteilt, da weder er noch A._ in der Lage oder willens gewesen seien, entsprechende Kapitalgeber zu finden. X._ habe einzelnen Kapitalsuchenden weiter vorgegeben, die potentiellen Investoren des Clubs wollten ihre Investitionen aus steuertechnischen Gründen (Erzielung eines steuerfreien Kapitalgewinns) über eine britische Aktiengesellschaft mit Verlustvortrag einbringen. Soweit jene im Vertrauen auf die Richtigkeit der Angaben die angebotenen Beteiligungen erworben hätten, hätten sie lediglich einen praktisch wertlosen Aktienmantel einer englischen Gesellschaft erhalten, zumal die Investoren ausblieben und die Aktien kaum veräusserbar waren. In zwei Fällen habe X._ den Kapitalsuchenden schliesslich vorgespiegelt, eine vermeintliche australische Investorin, D._, sei mit ihrer Investorengruppe bereit, deren Projekte innert kürzester Zeit zu finanzieren bzw. mitzufinanzieren. Dazu habe er an die Kapitalsuchenden diverse Schreiben versandt, die angeblich von der in Australien wohnhaften Investorin verfasst worden seien. Die Schreiben hätten in Wirklichkeit jedoch von X._ gestammt, der sie lediglich von der in Geldnöten steckenden D._ gegen eine Entschädigung von CHF 5'000.-- habe unterzeichnen und zurückfaxen lassen. B. Aufgrund dieses Sachverhalts erklärte das Kantonsgericht Schaffhausen X._ mit Urteil vom 17. Mai 2011 des gewerbsmässigen Betrugs schuldig und verurteilte ihn zu 18 Monaten Freiheitsstrafe, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft und mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren. Ferner entschied es über die Einziehung der beschlagnahmten Unterlagen und über die Zivilforderungen. Eine von X._ gegen diesen Entscheid erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen am 7. September 2012 ab, wobei es ihn in einem Punkt von der Anklage des gewerbsmässigen Betruges freisprach. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und die Sache sei zur Durchführung einer neuen Hauptverhandlung und zur Ausfällung eines neuen Entscheides an das Kantonsgericht Schaffhausen, eventualiter an das Obergericht des Kantons Schaffhausen zurückzuweisen. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. 