Faits: A. X._ a été condamné le 7 juillet 2006 par le Juge d'instruction de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois à la peine d'un mois d'emprisonnement pour violation d'une obligation d'entretien. A.a Par lettre du 28 février 2007, l'Office d'exécution des peines du canton de Vaud l'a informé qu'il était autorisé à exécuter cette peine sous la forme d'un travail d'intérêt général, qu'il avait sollicité. X._ n'ayant pas respecté le programme d'exécution de sa peine, l'office lui a adressé un avertissement formel par lettre du 5 février 2008. Un délai de détermination de cinq jours, lui a encore été fixé par lettre du 6 mai 2008. L'intéressé a répondu le 9 mai suivant qu'il n'avait pu obtenir de son employeur les disponibilités nécessaires, car il n'avait pas osé l'informer de l'exécution de sa peine. A.b Par décision du 20 juin 2008, l'Office d'exécution des peines a ordonné l'interruption du travail d'intérêt général et a informé X._ qu'il serait prochainement convoqué pour exécuter le solde de sa peine, soit dix-sept jours d'emprisonnement en milieu carcéral. B. Saisie par X._, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté son recours et confirmé la décision entreprise par arrêt du 1er octobre 2008. C. X._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut principalement à sa réforme en ce sens que la décision de l'Office d'exécution des peines, du 20 juin 2008, soit annulée et qu'un nouvel avertissement lui soit donné. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert en outre que l'exécution de la décision attaquée soit suspendue jusqu'à droit connu sur son recours et d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 