Sachverhalt: A. Die am ... gegründete Firma H._ war der Ausgleichskasse des Kantons Bern als beitragspflichtige Arbeitgeberin angeschlossen. G._ war bis 8. Juni 2005 als Gesellschafterin und Geschäftsführerin mit einem Stammanteil von Fr. 7'000.- und Einzelunterschrift im Handelsregister eingetragen, ebenso L._, allerdings mit einem Stammanteil von Fr. 13'000.-, wobei er ab 8. Juni 2005 die Stammanteile von G._ übernahm. Am ... wurde über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet und am ... mangels Aktiven eingestellt. Mit Verfügung vom 18. Januar 2008 verpflichtete die Ausgleichskasse G._ zur Bezahlung von Schadenersatz für unbezahlt gebliebene Sozialversicherungsbeiträge für das 1. Quartal 2005 in der Höhe von Fr. 1'431.45. Die dagegen von G._ erhobene Einsprache wies die Ausgleichskasse mit Einspracheentscheid vom 21. April 2008 ab. B. Die hiegegen von G._ erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 2. September 2008 ab. C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 2. September 2008 und der Einspracheentscheid vom 21. April 2008 seien aufzuheben. Die Ausgleichskasse schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Vernehmlassung. 