Fatti: A. Con scritto del 10 luglio 2006 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione del Cantone Ticino (SPI) ha dichiarato di non poter accogliere la richiesta di modificare la denominazione di un esercizio pubblico di Bellinzona, gestito dalla B._Sagl, da C._ a D._. L'autorità ha rilevato che non erano ammesse denominazioni identiche in uno stesso comune e che a Bellinzona era già in vigore una patente d'esercizio pubblico con il nome richiesto. Lo scritto, indirizzato alla A._, titolare della patente per l'esercizio pubblico, invitava la destinataria a comunicare se intendeva ottenere una decisione formale con i mezzi e i termini di ricorso. Il 2 agosto 2006 la società immobiliare ha ribattuto che la B._Sagl aveva provveduto a far iscrivere nel registro dei marchi svizzeri l'indicazione D._. In risposta, con lettera del 14 agosto, l'autorità dipartimentale ha confermato il contenuto del suo primo scritto. In maniera analoga ha evaso, il 28 agosto seguente, una missiva ulteriore della società che aveva in gestione il locale. B. Il 5 ottobre 2006 la SPI ha diffidato la B._Sagl a voler rimuovere le insegne indicanti D._ e ad esporre insegne consone alla denominazione autorizzata del ritrovo pubblico. Il 16 ottobre l'interessata ha risposto che non avrebbe dato seguito alla diffida ed ha chiesto di volerle formalmente concedere l'autorizzazione ad usufruire dell'insegna, da essa fatta registrare. La richiesta è stata ribadita il 29 gennaio 2007. C. Con scritto del 2 febbraio 2007, inviato per raccomandata e munito dell'indicazione dei rimedi di diritto, la SPI ha statuito che il ritrovo gestito dalla B._Sagl non poteva esporre insegne con l'indicazione D._ in quanto tale facoltà era riservata ad un altro esercizio pubblico. D. Adito congiuntamente dalla A._ e dalla B._Sagl, con decisione del 6 giugno 2007 il Consiglio di Stato ticinese ha giudicato irricevibile il ricorso interposto contro la pronuncia dipartimentale del 2 febbraio 2007. Il Governo cantonale ha considerato che il gravame era tardivo in quanto diretto contro uno scritto meramente confermativo della decisione emanata il 5 ottobre 2006 e cresciuta in giudicato. A maggior ragione non poteva inoltre venir rimessa in discussione la determinazione alla base del provvedimento del 5 ottobre, ovvero il diniego espresso il 10 luglio 2006, confermato il 14 ed il 28 agosto seguenti e pure mai impugnato. E. Il 5 luglio 2007 la A._ e la B._Sagl hanno presentato un ricorso al Tribunale federale con cui chiedono di annullare la decisione emessa il 6 giugno precedente dal Consiglio di Stato, con conseguente rinvio degli atti a tale autorità affinché si pronunci nel merito. Lamentano la violazione dell'art. 6 CEDU e degli art. 9 e 29 cpv. 2 Cost. Chiamato ad esprimersi, il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. 