Faits: A. Y._ SA s'est occupée, en tant qu'entreprise générale, de la construction de la villa de A._, lequel administre et exploite l'entreprise de gypserie-peinture X._ SA. Le contrat portant sur cette construction, passé le 12 juillet 1993 sur formule préimprimée, prévoyait en particulier qu'étaient comprises dans le prix forfaitaire de 400'000 fr. toutes les prestations et fournitures de l'entrepreneur général et ses sous-traitants et fournisseurs nécessaires à l'exécution conforme au descriptif de l'ouvrage et aux plans contractuels, ce qui impliquait nécessairement pour Y._ SA le choix de ses sous-traitants et fournisseurs. Dans une deuxième version de ce contrat, signée le 25 octobre 1993, Y._ SA et A._ ont modifié l'échéancier de paiement, sans toutefois que le prix total convenu ne soit modifié. Aucun contrat d'entreprise écrit n'a jamais été conclu entre X._ SA et Y._ SA dans le cadre de la construction de la villa de A._. En outre, le témoin B._ - expert dans une procédure qui a précédemment opposé Y._ SA à A._ - a indiqué se souvenir qu'il n'avait pas vu de soumission pour les travaux de plâtrerie-peinture et que le maître de l'ouvrage était lui-même peintre. X._ SA n'a présenté aucune offre ni devis à Y._ SA et n'a pas rempli de document de soumission en relation avec ces travaux qui n'ont fait l'objet d'aucune adjudication de la part de Y._ SA; enfin, X._ SA n'a jamais adressé de facture à Y._ SA pour les travaux qu'elle a exécutés en relation avec la construction de la villa de A._. Le témoin B._ a rapporté que le devis des travaux excluait la plâtrerie et la peinture, ce qui avait pour conséquence logique que l'entrepreneur général ne s'en occupait pas. En outre, A._ a admis qu'il avait lui-même commandé à X._ SA les travaux de plâtrerie-peinture qui devaient être exécutés pour la construction de sa villa et même les avoir dirigés. Lors des rendez-vous de chantier, Y._ SA donnait des directives aux entreprises. L'administrateur de X._ SA figure sur les procès-verbaux de chantier, en sa qualité de maître de l'ouvrage. En revanche, X._ SA n'y est pas indiquée comme telle et les procès-verbaux sont pratiquement muets sur les travaux qu'elle a effectués. De même, il n'a pas été retenu que ces derniers ont été agréés, tout au long de leur évolution, par Y._ SA, étant précisé que selon le témoin C._, ils étaient pris en dehors du calcul du forfait. Dans le procès qui a opposé Y._ SA à A._, la Cour civile a retenu, dans les considérants en droit de sa décision, que l'estimation du coût de la construction ne comprenait pas les travaux de plâtrerie-peinture, et que Y._ SA avait donc droit au prix forfaitaire de 400'000 francs. Jusqu'au présent litige, X._ SA n'avait jamais réclamé un quelconque paiement à Y._ SA en relation avec les travaux de plâtrerie-peinture. Aucun versement n'a été effectué par celle-ci à celle-là pour ces travaux et aucune créance contre Y._ SA n'a jamais été inscrite dans les comptes de X._ SA. Celle-ci n'a pas non plus mentionné dans ses comptes une créance à l'encontre de A._ en relation avec les travaux effectués pour la construction de sa villa. B. Par demande du 7 septembre 2005, X._ SA a conclu à ce qu'il plaise à la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois dire que Y._ SA est sa débitrice d'un montant de 111'050 fr. - correspondant au total de trois factures datées du 16 octobre 1998 - avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er juin 1994. Par jugement du 24 novembre 2008, la Cour civile a rejeté l'action. En bref, elle a considéré que les conclusions de X._ SA ne pouvaient pas lui être allouées sur la base d'un contrat de sous-traitance; par ailleurs, celle-ci n'avait aucunement démontré être titulaire, directement ou à la suite d'une cession, d'une quelconque créance à l'égard de Y._ SA. C. X._ SA (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral; elle conclut, avec suite de frais et dépens des instances cantonale et fédérale, à la réforme, soit à la modification du jugement du 24 novembre 2008 en ce sens que ses conclusions prises en première instance sont admises, à savoir que son adverse partie est sa débitrice d'un montant de 111'050 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er juin 1994. Y._ SA (l'intimée) propose, sous suite de dépens, le rejet du recours et la confirmation du jugement entrepris. 