Abparzellierung nach BGBB, hat sich ergeben: A.- E.K._ ist Eigentümer der Parzelle Appenzell Nr. 0 von ca. 3,4 ha. Das Grundstück gehört zur Landwirtschaftszone und umfasst ca. 249 a Wiesland, 47 a Wald, 44 a Streue und ein Wohnhaus mit angebautem Stall. E.K._ übernahm die Liegenschaft im Jahre 1990 aus der Verwandtschaft und bewirtschaftete sie bis 1996 von G._ aus. Danach gab er die landwirtschaftliche Tätigkeit auf und verpachtete das Land und den Stallteil an einen ortsansässigen Landwirt. Am 17. Mai 1999 erhielt er die Bauerlaubnis zum Abbruch und Neubau des Wohnhauses. In der Folge führte er das Bauvorhaben aus. Mit Eingabe vom 30. August 1999 ersuchte E.K._ um eine Ausnahmebewilligung zur Abparzellierung des Wohnhauses mit ca. 1'000 m2 Umschwung. Am 6. September 1999 wies der Präsident der Bodenrechtskommission Appenzell I.Rh. das Gesuch ab. B.- Hiergegen beschwerte sich E.K._ beim Kantonsgericht Appenzell I.Rh. Nachdem der Präsident der Bodenrechtskommission das Ausnahmebegehren nachträglich der kantonalen Raumplanungsbehörde zugestellt hatte und das Beschwerdeverfahren zwischenzeitlich sistiert worden war, erteilte das kantonale Bau- und Umweltdepartement (Raumplanungsamt) am 17. März 2000 die Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 des Raumplanungsgesetzes (RPG; SR 700) zur Umnutzung des Wohnhauses zu zonenfremden Wohnzwecken. Mit Urteil vom 30. Mai 2000 wies das Kantonsgericht Appenzell I.Rh. (Abteilung Verwaltungsgericht) die Beschwerde ab. C.- E.K._ führt mit Eingabe vom 29. August 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die anbegehrte Ausnahmebewilligung vom Realteilungs- und Zerstückelungsverbot zu erteilen, eventuell die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Kantonsgericht Appenzell I.Rh. schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Justiz beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. 