Faits: A. Le 7 avril 2011, un gendarme a saisi la somme de 9 fr. sur la personne de A._, qui se livrait à la mendicité dans les rues de Genève. Il ressort du reçu délivré à cette occasion que la saisie avait pour objet le paiement immédiat d'une amende. Interpellée par la prénommée, la Cheffe de la police du canton de Genève a précisé que la saisie se fondait sur l'art. 263 al. 1 let. b du code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0). Par "ordonnance pénale" du 20 juin 2011, le Service des contraventions du canton de Genève (ci-après: le Service des contraventions) a condamné A._ à une amende de 100 fr. pour mendicité, en ordonnant le séquestre et la confiscation des 9 fr. saisis, alloués au paiement de l'amende. Un émolument de 30 fr. était en outre mis à la charge de l'intéressée. Statuant sur recours de celle-ci, la direction de la procédure de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé partiellement cette ordonnance en raison d'un défaut de motivation. Statuant à nouveau par "ordonnance de séquestre" du 5 décembre 2011, le Service des contraventions a déclaré A._ coupable de mendicité au sens de l'art. 11A de la loi pénale genevoise (LPG; RSG E 4 05) et il l'a condamnée à une amende de 100 fr. et au paiement d'un émolument de 30 fr., tout en ordonnant "le séquestre, la confiscation et la dévolution à l'Etat de la somme de 9 fr." saisie par la police. Cette décision se fondait sur les art. 70 al. 1 CP et 263 al. 1 let. d CPP. B. A._ a recouru contre cette ordonnance auprès de la Cour de justice. La direction de la procédure de cette autorité a rejeté le recours par ordonnance du 24 janvier 2012. Elle a estimé que le recours était irrecevable en tant qu'il portait sur la confiscation et la dévolution à l'Etat de la somme de 9 fr. ainsi que le prononcé de l'amende de 100 fr., la voie de l'opposition (art. 354 CPP) étant ouverte contre ces décisions. Elle a donc limité son examen aux questions de forme et au bien-fondé du séquestre, considérant notamment que le séquestre était justifié au regard de l'art. 263 al. 1 let. d CPP. C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cette ordonnance et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision, subsidiairement d'ordonner immédiatement la levée du séquestre et la restitution de la somme saisie. Elle se plaint d'une violation du principe de la bonne foi, du droit d'être entendu, des art. 263 ss CPP et de la présomption d'innocence. Elle requiert en outre l'octroi de l'assistance judiciaire. La direction de la procédure de la Cour de justice et le Service des contraventions ont présenté des observations, concluant à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. A._ a formulé des observations complémentaires. 