Sachverhalt: A. Der als selbständiger Augenarzt tätige X._ reichte für die Steuerperioden 1989/90 bis 1997/98 keine Steuererklärungen ein und wurde nach Ermessen veranlagt. Gegen die Veranlagungen für die Perioden 1995/96 und 1997/98, mit denen sein steuerbares Einkommen auf 3,7 bzw. 3,4 Mio Franken festgelegt wurde, sprach er ein und reichte dazu Geschäftsabschlüsse für die Jahre 1993 bis 1996 ein. In der Folge schöpften die Steuerbehörden Verdacht, die früheren Ermessensveranlagungen seien möglicherweise zu tief ausgefallen. Am 17. Dezember 1999 eröffneten sie ein Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren gegen X._. Am 22. April 2005 wurden die Nachsteuerverfügung und die Bussenverfügung eröffnet. X._ sprach dagegen ein, worauf am 8. Juli 2005 die Einspracheverfügungen ergingen. X._ rekurrierte dagegen; in Bezug auf die Steuerhinterziehung verlangte er die gerichtliche Beurteilung. Am 7. Februar 2006 eröffnete der Kantonale Untersuchungsrichter 5 die gerichtliche Strafverfolgung gegen X._ wegen Steuerhinterziehung und -betrugs. Am 20. Dezember 2007 wurde die Strafverfolgung gegen X._ teilweise aufgehoben. Wegen Steuerhinterziehung zwischen 1989 und 1994 wurde er indessen ans Einzelgericht Bern überwiesen. Am 13. Januar 2011 gab der Gerichtspräsident dem Verfahren gegen X._ wegen Verjährung keine weitere Folge. Er wies den Antrag der Steuerverwaltung um Zusprechung einer Parteientschädigung ab und auferlegte die gesamten Verfahrenskosten von Fr. 50'822.35 X._. Dieser focht den Entscheid an. In der Folge berichtigte der Gerichtspräsident seinen Entscheid, indem er das Urteilsdispositiv um eine Ziffer ergänzte, mit welcher er den Antrag von X._ um Zusprechung einer Parteientschädigung abwies. Am 23. Mai 2011 wies die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern die Beschwerde von X._ ab, mit welcher er im Wesentlichen beantragt hatte, die Verfahrenskosten der Voruntersuchung und der Hauptverhandlung auf die Staatskasse zu nehmen und ihm eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen obergerichtlichen Beschluss aufzuheben, die Verfahrenskosten der Voruntersuchung und der Hauptverhandlung auf die Staatskasse zu nehmen und ihm für die Voruntersuchung sowie die Hauptverhandlung des Steuerstrafverfahrens eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen. Eventuell sei der obergerichtliche Beschluss aufzuheben und die Sache zur richtigen Feststellung des Sachverhalts im Sinne der Erwägungen und zu neuem Beschluss über den Beschwerdegegenstand an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Das Obergericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft beantragt, die Beschwerde abzuweisen. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest. 