Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 16. April 2007 lehnte die IV-Stelle des Kantons Zürich das Gesuch des 1961 geborenen R._ um Zusprechung einer Invalidenrente nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren ab. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Februar 2009 ab. C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm für die Zeit vom 1. Februar 2007 bis 31. Juli 2008 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen; eventuell sei die Sache zu neuer Entscheidung an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 