Fatti: A. A._ ha venduto a C._ e D._ due fondi situati nel Comune di X._ per il prezzo di fr. 1'600'000.--. Il contratto è stato firmato il 29 agosto 2002 davanti al notaio B._ di Y._, il quale ha fatto iscrivere il trapasso di proprietà nel registro fondiario il 20 settembre 2002. Del prezzo pattuito la venditrice ha ricevuto soltanto fr. 200'000.-- il 31 dicembre 2002, fr. 30'000.-- il 17 luglio 2003 e fr. 15'312.50 il 16 dicembre 2005. Le procedure esecutive promosse contro gli acquirenti sono sfociate in attestati di carenza beni per fr. 1'593'590.65 nei confronti di D._ e fr. 1'563'916.70 verso C._. Questi, di professione avvocato, era stato arrestato il 5 maggio 2003 e in seguito condannato per appropriazione indebita e amministrazione infedele commesse ai danni di diversi suoi clienti. B. Ritenendo responsabile il notaio B._ dell'accaduto, A._ gli ha fatto notificare un precetto esecutivo, al quale il debitore si è opposto, e con petizione del 14 maggio 2008 ha chiesto al Pretore di Lugano di condannarlo a pagarle fr. 1'383'742.50 e di rigettare in via definitiva l'opposizione. L'attrice rimproverava al notaio di avere fatto iscrivere il trapasso di proprietà nel registro fondiario senza verificare che il prezzo fosse stato pagato o che fossero state fornite garanzie, di non avere indagato sulla volontà delle parti a tale riguardo e di non averla informata sui rischi che comportava un'operazione immobiliare del genere. Il convenuto ha eccepito la prescrizione e negato ogni sua responsabilità. Il Pretore ha respinto l'azione con sentenza del 7 febbraio 2012. L'appello che ne è seguito è stato respinto dalla II Camera civile del Tribunale di appello ticinese il 4 luglio 2013. C. A._ insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile dell'11 settembre 2013. Chiede l'annullamento della sentenza cantonale, la condanna del notaio B._ a pagarle fr. 1'383'742.50, oltre agli interessi, il rigetto definitivo dell'opposizione al precetto esecutivo nonché il carico alla parte soccombente di spese e ripetibili d'appello e della procedura federale. Il convenuto propone di respingere il ricorso con risposta del 17 ottobre 2013. Le parti hanno confermato le rispettive posizioni con un secondo scambio di scritti, nell'ambito del quale il convenuto ha ritirato la richiesta di garanzia per le ripetibili che aveva formulato con la risposta. 