Sachverhalt: A. Der 1957 geborene M._ arbeitete als Mechanikermeister bei der Firma S._ und war bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 17. November 2004 wurde er als Velofahrer von einem Auto angefahren. Er erlitt ein schweres Schädelhirntrauma mit Oberrandfraktur der Orbita links und Fraktur der Kieferhöhlenwand links, eine AC-Gelenksdistorsion links und eine Prellung der linken Thoraxseite (Bericht der Klinik X._ vom 25. November 2004). Die SUVA erbrachte Versicherungsleistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeld. Sie zog diverse Arztberichte und das für die IV-Stelle des Kantons Basel-Landschaft erstattete polydisziplinäre Gutachten des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 bei. Mit Verfügung vom 7. Dezember 2009 stellte die SUVA die Versicherungsleistungen auf den 31. Dezember 2009 ein. Auf Einsprache des Versicherten hin konsultierte sie weitere Arztberichte und ein für die IV-Stelle erstelltes polydisziplinäres Verlaufsgutachten des Instituts Y._ vom 16. Mai 2011. Mit Entscheid vom 22. September 2011 wies sie die Einsprache ab; sie führte aus, die noch geklagten gesundheitlichen Beschwerden seien organisch nicht hinreichend nachweisbar; deren adäquate Unfallkausalität sei zu verneinen. B. In Gutheissung der Beschwerde des Versicherten stellte das Kantonsgericht Basel-Landschaft fest, er habe ab 1. Januar 2010 Anspruch auf eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von 54 %; im Übrigen wies es die Sache zur Prüfung der Integritätsentschädigung an die SUVA zurück (Entscheid vom 26. November 2012). C. Mit Beschwerde beantragt die SUVA die Aufhebung des kantonalen Entscheides, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. Der Versicherte schliesst auf Abweisung der Beschwerde; er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 