Fatti: A. Con sentenza del 5 giugno 2008, la Corte delle assise criminali di Locarno, presieduta dal Giudice C._, ha ritenuto A._ colpevole di ripetuta appropriazione indebita e falsità in documenti. Lo ha quindi condannato alla pena detentiva di tre anni, sospesa condizionalmente in ragione di diciotto mesi, per un periodo di prova di tre anni. L'accusato è stato contestualmente prosciolto dalle imputazioni di truffa, amministrazione infedele, riciclaggio semplice, rispettivamente aggravato, e falsità in atti formati da pubblici ufficiali o funzionari. B. Adita dall'accusato, la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello (CCRP) ne ha parzialmente accolto il gravame con giudizio del 29 dicembre 2008. Ha in particolare annullato, limitatamente alla condanna per appropriazione indebita riferita all'operazione di addebito di due determinati conti bancari, il dispositivo 1.1 della sentenza di primo grado ed ha rinviato la causa a una nuova Corte di assise, affinché procedesse alla prospettazione di nuove imputazioni e, in caso di opposizione dell'interessato, alla sospensione del dibattimento per la presentazione di un nuovo atto di accusa che contempli le nuove imputazioni. C. Il 31 marzo 2009 la Presidente della Corte delle assise criminali Giudice B._ ha trasmesso alle parti una "bozza di rinvio a giudizio che tiene luogo di atto d'accusa", allestita in esecuzione del giudizio della CCRP. Ha nel contempo assegnato alle parti un termine per pronunciarsi al riguardo, rilevando in particolare che in caso di dissenso gli atti sarebbero stati ritornati al Procuratore pubblico (PP) per la presentazione di un nuovo atto d'accusa. Siccome le parti non hanno aderito al rinvio a giudizio dinanzi alla nuova Corte, gli atti sono stati trasmessi al PP, che il 23 giugno 2009 ha messo A._ in stato di accusa dinanzi alla Corte delle assise correzionali di Locarno per i reati di truffa, alternativamente appropriazione indebita, tentata e consumata estorsione. D. L'accusato ha presentato il 30 giugno 2009 dinanzi alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP) un'istanza di ricusa nei confronti della Giudice B._, che avrebbe presieduto la nuova Corte. Statuendo l'11 agosto 2009, la CRP ha ritenuto tardiva l'istanza, siccome l'accusato avrebbe dovuto avvedersi già all'atto della trasmissione della "bozza di rinvio a giudizio" che la nuova Corte sarebbe stata presieduta dalla giudice ricusata. Ha nondimeno negato che gli atti svolti dalla stessa in vista del nuovo dibattimento, segnatamente l'allestimento della "bozza", potessero giustificare un suo sospetto di prevenzione. E. A._ impugna questa sentenza dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia penale del 15 settembre 2009. Chiede di annullarla e di riformarla nel senso di accogliere l'istanza di ricusa. Fa valere la violazione della garanzia di un giudice indipendente e imparziale e del divieto dell'arbitrio. Il ricorrente postula inoltre di essere ammesso al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio. F. La Corte cantonale si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre la Presidente della Corte delle assise correzionali contesta l'esistenza di motivi per dubitare della sua imparzialità. 