A.- A._ travaillait depuis le mois de février 1985 comme magasinier et responsable technique au sein de la société X._. A ce titre, il était assuré auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après : CNA) contre les accidents non professionnels ainsi que les accidents et les maladies professionnels. A partir du début de l'année 1992, l'assuré a progressivement développé une pathologie respiratoire. Le docteur B._, spécialiste FMH en médecine interne et des maladies des poumons, a posé le diagnostic de syndrome paroxystique para-asthmatique, en rapport avec l'exposition professionnelle à des poussières. Après avoir fait examiner A._ par le docteur C._, de la division de médecine du travail, qui relevait chez l'assuré la présence d'autres affections sans relation avec la possible maladie professionnelle (rapport du 29 août 1995), la CNA lui a, par décision du 21 décembre 1995, refusé toute prestation en relation avec cette affection au motif que cette dernière n'apparaissait pas due, d'une manière nettement prépondérante, à son activité professionnelle. Ensuite de l'opposition formée par A._ contre cette décision, la CNA a rendu à son endroit, le 30 janvier 1996, une décision d'inaptitude à toutes les activités en contact avec les poussières de céréales avec effet immédiat et elle a, par ailleurs, repris l'instruction du cas par la mise en oeuvre d'une expertise. Dans un rapport du 29 mars 1999, les docteurs D._ et E._, de la Clinique Y._, ont confirmé l'origine professionnelle de l'affection pulmonaire. Dans l'intervalle, il est apparu, au mois de juin 1996, que l'assuré souffrait d'une grave affection intestinale (adénocarcinome du rectum), qui a été traitée par 30 séances de radiothérapie préopératoire suivies d'interventions chirurgicales en août et octobre 1996. La CNA a versé des indemnités journalières en cas de changement d'occupation pour la période du 31 janvier au 31 mai 1996. L'assuré a, en outre, bénéficié d'indemnités journalières versées par son assurance perte de gain en cas de maladie du 6 mars 1995 au 26 avril 1997. Il a, par ailleurs, été reconnu invalide à 100 % et mis au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité dès le 1er août 1997. Par décision du 14 janvier 2000, confirmée sur opposition le 17 avril de la même année, la CNA a refusé l'octroi d'indemnités pour changement d'occupation à l'échéance du droit à l'indemnité journalière pour changement d'occupation, soit dès le 31 mai 1996, au motif que l'incapacité de gain résultait, depuis le printemps 1996, d'une affection maladive, pour laquelle A._ avait été entièrement pris en charge par l'assurance-maladie puis par l'AI, et non de la décision d'inaptitude du 30 janvier 1996. B.- Par jugement du 10 octobre 2000, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé contre la décision sur opposition du 17 avril 2000 par l'assuré. C.- Ce dernier interjette recours de droit administratif contre ce jugement en concluant, avec dépens, à son annulation et à l'octroi de l'indemnité en cas de changement d'occupation. Il requiert par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale. La CNA a conclu au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé. 