Sachverhalt: A. Die Gemeinde Rudolfstetten schloss sich 1962 zur Durchführung der beruflichen Vorsorge ihres Personals der Aargauischen Beamtenpensionskasse (heute: Aargauische Pensionskasse [APK]) an. Mit Anschlussvereinbarung vom 22. August/3. Oktober 1994 regelten die Parteien "die Versicherung des anschliessenden Personals des Arbeitgebers im Rahmen der beruflichen Vorsorge" für die Zeit ab 1. Januar 1995 neu. Mit Schreiben vom 26. September 2007 kündigte die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg das Anschlussverhältnis auf den 31. Dezember 2007. Mit Schreiben vom 30. Juni 2009 informierte die Aargauische Pensionskasse die Gemeinde u.a. über ihre Nachschusspflicht. Ausgehend vom versicherungstechnischen Fehlbetrag, berechnet mit dem APK-Deckungsgrad von 73,9 % (Fr. 1'637'352.70), abzüglich der zur Verrechnung gebrachten Arbeitgeberreserve (Fr. 522'035.-) zuzüglich Zins von 5 % (Fr. 83'648.80) ergab sich der Betrag von Fr. 1'198'966.50. Mit Zahlungserinnerung vom 24. Februar 2010 ersuchte die Pensionskasse um Begleichung der Forderung. B. Am 6. Dezember 2010 erhob die Aargauische Pensionskasse beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau Klage gegen die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg mit dem Rechtsbegehren, die Beklagte sei zu verurteilen, ihr den Betrag von Fr. 1'115'317.70 nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2008 zu bezahlen, unter Kosten und Entschädigungsfolge. Das kantonale Berufsvorsorgegericht holte die Klageantwort ein, führte einen zweiten Schriftenwechsel und - nach Sistierung des Verfahrens bis zum Urteil des Bundesgerichts 9C_500/2012 vom 28. Februar 2013 (BGE 139 V 72) - am 29. Oktober 2013 eine öffentliche Verhandlung durch. Mit Entscheid vom 29. Oktober 2013 verpflichtete das kantonale Gericht in teilweiser Gutheissung der Klage die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg, der Aargauischen Pensionskasse Fr. 103'483.90 zu bezahlen zuzüglich Zins zu 2,75 % vom 1. bis 30. Januar 2008, 3,75 % vom 31. Januar bis 31. Dezember 2008, 3 % vom 1. Januar bis 27. Februar 2009 sowie 5 % ab 28. Februar 2009. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Aargauische Pensionskasse, der Entscheid vom 29. Oktober 2013 sei aufzuheben und in vollumfänglicher Gutheissung der Klage die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg zu verpflichten, die Differenz zwischen der eingeklagten Forderung von Fr. 1'115'317.70 nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2008 und der von der Vorinstanz zugesprochenen Summe zu bezahlen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Gemeinde Rudolfstetten-Friedlisberg ersucht um Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 