Sachverhalt: A. Am 21. Dezember 2008 begab sich X._ in die Wohnung, in der sich seine damalige Ehefrau mit drei gemeinsamen Kindern aufhielt. Er verlangte, dass sie nach Hause komme. Im Verlauf der folgenden Diskussion legte X._ ein von ihm mitgebrachtes Küchenmesser mit einer Klingenlänge von 10.5 cm auf den Wohnzimmertisch. Seine Ehefrau bekam Angst und fühlte sich bedroht, weshalb sie Anzeige bei der Polizei erstattete. X._ wurde gleichentags in Untersuchungshaft versetzt und am 3. Februar 2009 unter Auferlegung von Ersatzmassnahmen wieder entlassen. B. Mit Strafbefehl vom 16. Februar 2011 verurteilte die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft X._ wegen Drohung zu einer bedingten Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu Fr. 50.-- und einer Busse von Fr. 750.--. Nach Einsprache von X._ hielt die Staatsanwaltschaft am Strafbefehl fest und überwies den Fall am 21. Februar 2012 an das Strafgericht Basel-Landschaft. Dieses wies die Anklage am 15. Mai 2012 zur Ergänzung an die Staatsanwaltschaft zurück. C. Die Staatsanwaltschaft sistierte das Verfahren auf Gesuch der ehemaligen Ehefrau am 20. November 2012 und stellte es am 22. August 2013 gestützt auf Art. 55a StGB i.V.m. Art. 319 Abs. 1 lit. e StPO ein. Sie auferlegte X._ die Verfahrenskosten von Fr. 10'088.-- und verweigerte ihm eine Entschädigung oder Genugtuung. Die Beschwerde von X._ gegen diesen Entscheid wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft am 26. November 2013 ab. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt im Hauptpunkt, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben, und die Verfahrenskosten seien dem Staat aufzuerlegen. Ihm seien eine angemessene Entschädigung für die entstandenen Anwaltskosten und eine Genugtuung von Fr. 9'000.-- für die zu Unrecht erlittene Untersuchungshaft zuzusprechen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. E. Das Kantonsgericht und die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft verzichten auf eine Stellungnahme und beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. 