Faits: A. A.a. X._, domicilié dans le canton de Genève, exerce une activité lucrative indépendante dans l'immobilier, notamment dans le canton du Valais. Il a réalisé la promotion immobilière "xxx", à A._, dont il a dégagé un bénéfice de 1'161'151 fr., soit 524'341 fr. sur l'exercice commercial 2002 et 636'810 fr. sur l'exercice commercial 2003. Le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) n'a pas adressé de déclaration 2003-A (revenus extraordinaires 2001/2002) aux contribuables domiciliés hors du canton du Valais et donc pas à X._. Le 20 décembre 2004, X._ a déposé la déclaration d'impôt des personnes physiques avec domicile hors canton 2003-B (revenus ordinaires 2003) remplie par sa fiduciaire. Les seuls chiffres figurant dans cette déclaration sont ceux mentionnés sous la rubrique "Renseignements sur la fortune immobilière", qui donnent la valeur fiscale des bâtiments et biens-fonds privés sis sur la commune de taxation au 31 décembre 2002 et 2003. Sous "Annexes", est mentionné "Photocopie de la déclaration genevoise 2003". Etaient joints à la déclaration, les comptes annuels 2003 de "XR._". Le compte de pertes et profits indiquait sous "Bénéfice sur promotion", un montant de 524'341 fr. pour 2002 et de 636'810 fr. pour 2003. Le 24 juin 2005, le Service cantonal des contributions a fait parvenir à X._ le calcul du bénéfice net de la promotion "xxx" qu'il avait établi sur la base d'un décompte de construction du 29 septembre 2004. Le bénéfice net total était fixé à 1'297'366 fr. réparti à raison de 1'167'630 fr. pour l'intéressé et de 129'736 fr. pour son associé. Ce courrier mentionnait en gras "Nous prions les partenaires d'annoncer ces résultats dans leur déclaration d'impôt respective". A.b. Par décision de taxation du 29 juin 2005 pour les impôts cantonaux de la période fiscale 2003 (revenus ordinaires 2003), le Service des contributions a fixé le revenu net imposable de X._ à 1'056'705 fr. (bénéfice résultant de la promotion "xxx": 1'167'630 fr. ./. cotisations AVS 110'925 fr.); l'impôt sur le revenu se montait à 147'938 fr. L'intéressé a élevé réclamation à l'encontre de cette décision, demandant qu'il soit tenu compte de la répartition intercantonale de tous les éléments; il précisait: "s'agissant du bénéfice de l'opération 'xxx', nous approuvons le chiffre". Le Service des contributions a alors demandé à X._ de lui faire parvenir ladite répartition intercantonale 2003 établie par le fisc genevois. Celui-ci a répondu que ledit fisc ne l'avait pas encore émis et qu'il pensait que tel ne serait pas le cas avant fin 2006. A la suite d'un rappel du 17 septembre 2007 dudit Service, X._ lui a fait parvenir ladite répartition. A.c. Le Service des contributions a notifié une nouvelle décision de taxation du 23 octobre 2007 pour les impôts cantonaux de la période fiscale 2003 qui retenait un revenu brut provenant de l'activité indépendante de 1'132'630 fr. pour un revenu imposable de 1'021'705 fr.; l'impôt sur le revenu se montait à 143'038 fr. X._ a élevé réclamation à l'encontre de cette décision en demandant que l'impôt dû pour la période fiscale 2003 soit calculé sur un revenu de 588'802 fr. Par courrier du 27 juin 2009, le Service des contributions a communiqué le calcul par lequel il était parvenu, à partir du bénéfice de 1'167'630 fr. ressortant du courrier du 29 septembre 2004, à un bénéfice imposable de 1'021'705 fr. Le 7 juillet 2009, X._ a déclaré maintenir sa réclamation au motif que sur un bénéfice total de 1'161'151 fr., tel que ressortant des comptes de "XR._", 524'341 fr. relevaient de l'exercice 2002 et seuls 636'810 fr. avaient été réalisés en 2003. Il joignait la répartition intercantonale 2002, datée du 13 octobre 2006, établie par le fisc genevois et qui mentionnait un revenu brut de l'activité lucrative indépendante réalisé en Valais de 524'341 fr. A.d. Le Service des contributions a informé X._, par lettre du 13 août 2009, qu'il ouvrait une procédure en rappel d'impôt concernant le bénéfice tiré de la promotion immobilière en 2002. Après divers échanges de correspondance, ledit Service a, le 8 juin 2010, émis deux bordereaux pour le revenu extraordinaire 2002 qui fixaient le revenu imposable provenant du bénéfice de la promotion à 480'300 fr. Le premier concernait l'impôt fédéral direct qui se montait à 67'242 fr.; le second avait trait aux impôts cantonal et communal qui s'élevaient à 67'242 fr. Une troisième décision du 8 juin 2010 rectifiait la taxation ordinaire de la période fiscale 2003 en ramenant le revenu brut de l'activité lucrative indépendante à 636'810 fr. A.e. Par décision sur réclamation du 6 décembre 2011, le Service des contributions a partiellement admis la réclamation à l'encontre des décisions du 8 juin 2010. Il a annulé la décision de taxation du revenu extraordinaire 2002 concernant l'impôt fédéral direct, le canton du Valais n'étant pas compétent pour émettre une telle décision. Il a réduit le revenu extraordinaire 2002 imposable à 463'900 fr., ceci à la suite d'une décision judiciaire genevoise qui modifiait la taxation ordinaire genevoise de la période fiscale 2002 et qui avait donc une incidence sur la répartition intercantonale et le montant imposable en Valais. Pour le surplus, ledit Service a rejeté la réclamation. B. Par arrêt du 25 avril 2012, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours) a rejeté le recours de X._. Elle a en substance considéré que celui-ci n'avait pas rempli les obligations de procédure lui incombant puisqu'il n'avait pas déposé la déclaration d'impôt 2003-A. Ce n'était que dans l'écriture du 7 juillet 2009 que l'intéressé avait signalé au fisc qu'un partie du bénéfice de promotion avait été réalisé en 2002 et qu'il lui transmettait la répartition intercantonale 2002 établie par l'autorité de taxation genevoise. Ces éléments constituaient des faits nouveaux. Partant, la voie de la procédure de rappel d'impôt était ouverte. De plus, X._ n'avait pas collaboré de façon diligente à l'établissement des faits pertinents pour la détermination des années d'imposition des revenus de la promotion "xxx"; il ne pouvait ainsi bénéficier de l'exception excluant le rappel d'impôt. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral de dire que la taxation 2003-A (revenus extraordinaires 2002) doit être annulée et que l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt est exclue. Le Service des contributions et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais. La Commission de recours demande le rejet du recours, sous suite de frais, dans la mesure où il est recevable. X._ s'est encore prononcé par écriture du 19 novembre 2012. 