Faits: A. A.a Le docteur C._, spécialiste en psychiatrie, a travaillé dès le 1er octobre 1997 en qualité de chef de clinique adjoint auprès du service de l'Hospice Y._. A ce titre, il était affilié auprès de la Fondation de prévoyance de l'Association suisse des médecins-assistant(e)s et chef(fe)s de clinique/ASMAC (ci-après: Fondation de prévoyance ASMAC). Par décision du 25 novembre 2002, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: OAI) a alloué à C._ une rente entière de l'assurance-invalidité avec effet au 1er mai 2002. Auparavant, soit le 30 août 2002, la Fondation de prévoyance ASMAC lui a indiqué qu'il avait droit à une rente entière d'invalidité de la prévoyance professionnelle avec effet dès le 1er août 2002, qui s'élevait à un montant mensuel de 4'380 fr. La prestation lui a été versée sans modification durant les années suivantes. A.b Par courrier du 18 octobre 2005, la Fondation de prévoyance ASMAC s'est renseignée auprès de l'OAI et a requis une copie du dossier de l'assurance-invalidité. Des documents transmis alors par cet office, il ressortait que l'assuré avait repris son activité en tant que psychiatre (à temps partiel et à titre indépendant). Le 24 février 2006, la Fondation de prévoyance ASMAC a pris contact avec son assuré par téléphone et par écrit; par courrier du 6 avril 2006, elle l'a invité à fournir les bilans pour les années 2003 à 2005. Par décision du 1er mai 2006 (qui n'a pas fait l'objet d'un recours), l'OAI a supprimé la rente entière d'invalidité octroyée jusqu'alors à l'assuré, avec effet au 1er juillet 2006, au motif que son incapacité de travail n'était plus que de 20 % dans son activité de psychiatre exercée à titre indépendant. Après avoir reçu une copie de cette décision, la Fondation de prévoyance ASMAC a invité, par courrier du 24 octobre 2006, l'assuré, respectivement son conseil, à lui faire parvenir les bilans pour les années 2003 à 2005, afin de lui permettre de vérifier le droit à la rente versée et de soumettre le décompte final à l'intéressé. Sur nouvelle requête de la Fondation de prévoyance ASMAC du 21 novembre 2006, l'OAI lui a transmis le 27 novembre 2006 des pièces du dossier de la procédure de révision de l'assurance-invalidité. B. Après avoir sommé en vain par courrier du 26 février 2007 C._ de lui verser la somme de 103'233 fr. (plus intérêts moratoires), correspondant au montant d'une demi-rente pour la période du 1er janvier au 31 décembre 2004, ainsi que d'une rente entière pour la période du 1er janvier 2005 au 30 avril 2006, la Fondation de prévoyance ASMAC a requis une poursuite le 29 mars 2007 contre l'intéressé qui a fait opposition. Elle a, par ailleurs, déposé devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud (aujourd'hui, Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud) une demande en restitution des prestations versées à tort pour les périodes susmentionnées. C._ a conclu au rejet de la demande, invoquant notamment la prescription. Après avoir ordonné un nouvel échange d'écritures, puis la production du dossier AI, sur lequel les parties ont pu se prononcer, le Tribunal les informa qu'il comptait rendre un jugement partiel sur la question de la prescription. Par jugement partiel du 10 juin 2010, le Tribunal a constaté que les créances nées avant le 29 mars 2006 dont la Fondation de prévoyance ASMAC réclamait le remboursement à C._ étaient prescrites. C. La Fondation de prévoyance ASMAC interjette un recours de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut à ce qu'il soit constaté que les créances en restitution des prestations versées à tort n'étaient pas prescrites et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale, afin qu'elle statue sur le fond. C._ conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. Le Tribunal cantonal renvoie à la décision attaquée, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales renonce à se déterminer. 