Faits: A. Y._ et X._ ne se sont pas présentés à l'audience du 27 mai 2008, alors qu'ils avaient été dûment convoqués par le greffe de la Cour correctionnelle. Leurs avocats ont demandé, en vain, le renvoi des débats. Le conseil de Y._ avait été constitué en qualité d'avocat nommé d'office, par décision de l'assistance juridique du 18 septembre 2006. Les mandataires de Y._ et X._ ont alors sollicité une suspension d'audience aux fins de demander l'intervention du Bâtonnier de l'Ordre des avocats. A l'issue de cette suspension, ils ont remis à la Présidente de la Cour correctionnelle deux décisions du Bâtonnier constatant l'existence d'un motif légitime pour qu'ils fussent relevés de leurs nominations d'office. Sur ce, les deux avocats ont quitté la salle. Les débats se sont alors poursuivis en l'absence des intéressés et de leurs conseils. B. Par arrêt du 29 mai 2008, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a notamment reconnu Y._, défaillant, coupable d'abus de confiance aggravés et d'instigation à abus de confiance aggravés et l'a condamné à quatre ans de réclusion. Elle a également reconnu X._, défaillant lui aussi, coupable des mêmes infractions et l'a condamné à six ans de réclusion. C. Par arrêt du 24 novembre 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice a rejeté l'opposition à défaut formée par Y._ contre la décision précitée. Par arrêt du 6 mars 2009, la Cour de cassation a annulé ce jugement, pour violation du droit d'être entendu, et renvoyé la cause à la Chambre pénale pour nouvelle décision. Par arrêt du 23 janvier 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le recours interjeté par Y._ contre l'arrêt de la Cour correctionnelle du 29 mai 2008. D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de son droit d'être entendu, de son droit à un procès équitable et de son droit à l'égalité des armes, il conclut à l'annulation des arrêts genevois des 29 mai 2008 et 23 janvier 2009. La Cour de cassation a renoncé à déposer des observations. Le Ministère public a conclu au rejet du recours. 