Faits: A. X._, né en 1981, d'origine macédonienne, est arrivé en Suisse le 17 novembre 2004. Il a été mis au bénéfice d'une autorisation de séjour à la suite de son mariage célébré en 2004 avec Y._, laquelle a la nationalité suisse. Le couple a eu un garçon, Z._, né en 2006. Les époux X-Y._ se sont séparés définitivement en novembre 2007. Par jugement du 26 février 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ à une amende de 1'500.- fr. pour voies de fait qualifiées à l'encontre de son épouse. Le 4 février 2008, le Service de la population du canton de Vaud (ci-après: le Service de la population) a refusé de renouveler l'autorisation de séjour de X._. Le recours de l'intéressé a été rejeté en dernière instance par arrêt du 1er décembre 2009 du Tribunal fédéral (cause 2C_436/2009). La Cour de céans a jugé que X._ commettait un abus de droit en se prévalant de son mariage, vidé de toute substance, pour obtenir le renouvellement de son autorisation de séjour; en outre, celui-ci ne pouvait tirer aucun droit de l'art. 8 CEDH puisque, même en examinant la relation père-fils sous son jour le plus favorable, soit en tant que relation vécue sous la surveillance du personnel d'un "point-rencontre", celle-ci ne pouvait être qualifiée d'étroite et effective; sans compter que le comportement de X._ n'était pas irréprochable car il avait fait l'objet d'une condamnation pénale pour voies de faits qualifiées. B. Invité à se déterminer sur la question d'un éventuel renvoi, l'intéressé a demandé, le 12 février 2010, le réexamen de la décision du 4 février 2008 du Service de la population, lequel a rejeté cette demande, par décision du 7 septembre 2010 et a fixé à X._ un délai au 30 septembre 2010 pour quitter la Suisse. C. Par arrêt du 29 avril 2011, le Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de l'intéressé à l'encontre de la décision du 7 septembre 2010. Il a conclu que les conditions du réexamen n'étaient pas remplies. Le fait nouveau invoqué, soit l'exercice du droit de visite de X._ sur son fils, n'était pas déterminant; en effet, la situation ne s'était pas sensiblement modifiée depuis la décision refusant le renouvellement de l'autorisation de séjour de l'intéressé, l'exercice du droit de visite, limité à une demi-journée tous les quinze jours avec un accompagnement par l'organisation Trait-d'union, étant toujours problématique et encore sous contrôle étatique. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 29 avril 2011 du Tribunal cantonal et de renouveler son autorisation de séjour, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour une nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Service de la population a renoncé à déposer des observations. Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral des migrations concluent au rejet du recours. X._ s'est encore prononcé par écriture du 25 octobre 2011. Par ordonnance du 7 juin 2011, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif. 