Architekturvertrag; Honorar, hat sich ergeben: A.- Die Kommanditgesellschaft X._ & Partner (Klägerin) schloss unter Verwendung des SIA-Formulares Nr. 102 (1984) mit der Y._ (Beklagte) einen Vertrag über verschiedene Architekturleistungen. Die vereinbarten Leistungen umfassten: - den Kostenvoranschlag 7%- die Submissionen und Vergebungsanträge 6%- die Terminplanung und Termineinhaltung 1%- die Unternehmer- und Lieferantenverträge 50 % von 1 % 0,5 %- die Bauleitung 90 % von 27 % 24.3 %- die Garantiearbeiten 1% T o t a l 39,8 % Die Prozentzahlen beziehen sich auf den Gesamtvertrag (100 %). Die Parteien hielten im Vertrag fest, das Honorar von pauschal Fr. 355'000.-- entspräche gemäss Offerte einer honorarberechtigten Bausumme von 12 Mio. Franken. Anderseits hielten sie fest, dass die honorarberechtigte Bausumme bei Fr. 10'570'000.-- liege und beliessen das Pauschalhonorar bei Fr. 355'000.--. Zusätzlich wurde ein Bonus von Fr. 30'000.-- für die Einhaltung von Termin und Kostenrahmen vereinbart. Im Laufe der Zeit traten verschiedene Unstimmigkeiten zwischen den Parteien auf, die schliesslich in der Kündigung des Vertrages durch die Klägerin mündeten. Die Beklagte weigerte sich in der Folge, die von der Klägerin erstellte Schlussrechnung zu bezahlen. Die Klägerin berechnete ihr Honorar basierend auf einer honorarberechtigten Bausumme von Fr. 11'530'000.-- auf Fr. 387'000.-- bei Erfüllung aller vertraglichen Teilleistungen. Sie anerkannte zwar eine Reduktion auf Fr. 353'223. 65, rechnete aber den Bonus von Fr. 30'000.--, die Mehrwertsteuer von Fr. 20'743. 05 und eine Spesenentschädigung von Fr. 246. 80 hinzu. Vom Gesamtbetrag von Fr. 404'213. 50 brachte sie die geleisteten Akontozahlungen von Fr. 246'852. 65 in Abzug und ermittelte ein Resthonorar von Fr. 147'756. 65 (recte: Fr. 157'213. 50) zuzüglich Mehrwertsteuer von Fr. 9'604. 20. B.- Mit Klage beim Handelsgericht des Kantons Zürich vom 12. März 1999 belangte die Klägerin die Beklagte auf Zahlung von Fr. 157'360. 85 nebst Zins. Mit Urteil vom 25. September 2000 wies das Handelsgericht die Klage ab. Es begründete seinen Entscheid in erster Linie damit, die Klägerin habe es unterlassen, ihre geltend gemachten Ansprüche ausreichend zu substanziieren. Es erachtete nur gerade 18 % der insgesamt eingeklagten Architekturleistungen von 39,3 % als hinreichend ausgewiesen. Da die von der Beklagten bereits geleisteten Akontozahlungen den gerichtlich anerkannten klägerischen Anspruch übersteigen, stehe der Klägerin keine weitere Forderung zu. C.- Die Klägerin führt gegen dieses Urteil eidgenössische Berufung und verlangt dessen Aufhebung sowie die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung der Klage. Die Beklagte beantragt, auf die Berufung nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Das Handelsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. 