Sachverhalt: A. X._ wurde am 18. Juni 2009 von der Kantonspolizei Zürich festgenommen und mit Verfügung vom 19. Juni 2009 des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich in Untersuchungshaft gesetzt. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich verdächtigt X._ der schweren Körperverletzung (Art. 122 StGB). Sie wirft ihm vor, am 17. Juni 2009 im Hauptbahnhof Zürich versucht zu haben, Y._ in den Kopf zu treten, während sein Bruder diesen festhielt. X._ habe Y._ in der Folge seinerseits festgehalten und zweimal mit dem Fuss in Richtung von dessen Kopf getreten, jedoch ohne zu treffen. Gleichzeitig habe sein Bruder zweimal mit einem ca. 4.3 kg schweren Eisenrohr auf Y._ eingeschlagen und ihn dabei einmal in der Nähe des Kopfes und einmal im Bereich von Nacken und Schulter getroffen. Mit Eingabe vom 16. September 2009 beantragte die Staatsanwaltschaft die Fortsetzung der Untersuchungshaft. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich folgte dem Antrag und verfügte am 23. September 2009, die Untersuchungshaft sei bis zum 19. Dezember 2009 fortzusetzen. Zur Begründung führte er an, es bestehe neben dringendem Tatverdacht sowohl Kollusions- als auch Wiederholungsgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 2 und 3 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321). B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 15. Oktober 2009 beantragt X._ im Wesentlichen, die Verfügung des Haftrichters vom 23. September 2009 sei aufzuheben und er selbst sei aus der Haft zu entlassen. Er bestreitet den dringenden Tatverdacht der Körperverletzung wie auch das Vorliegen von Kollusions- und Wiederholungsgefahr. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft schliesst in ihrer Stellungnahme auf Abweisung der Beschwerde. Sie legt dar, neben dem Haftgrund der Wiederholungsgefahr gemäss § 58 Abs. 1 Ziff. 3 StPO/ZH sei auch jener der qualifizierten Wiederholungsgefahr gemäss Ziff. 4 dieser Bestimmung gegeben. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Er hält das Abstellen auf den Haftgrund der qualifizierten Wiederholungsgefahr für verfahrensrechtlich unzulässig und inhaltlich verfehlt. 