A.- Der 1956 geborene, aus dem Kosovo stammende B._ war ab 7. April 1988 als Bauarbeiter in der Firma X._ tätig. Wegen Beschwerden im Rücken, in der rechten Leistengegend und am rechten Handgelenk arbeitete er ab 15. September 1993 nicht mehr und bezog ab diesem Zeitpunkt Krankentaggelder. Am 26. Juli 1994 ersuchte B._ die Invalidenversicherung um berufliche Massnahmen, u.a. Umschulung auf eine neue Tätigkeit und Arbeitsvermittlung. Mit Verfügung vom 24. Mai 1996 lehnte die IV-Stelle Bern das Leistungsbegehren ab, da lediglich geringfügige nicht invalidisierende körperliche Beeinträchtigungen bestünden. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, soweit den Anspruch auf eine Rente, Umschulung oder Berufsberatung betreffend, mit Entscheid vom 10. April 1997 ab. In der Begründung verneinte es u.a. die Relevanz des nach Abschluss des Schriftenwechsels eingereichten Berichts des Spitals Y._ vom 23. Oktober 1996, wo der Versicherte am 18. des Monats auf der Medizinischen Abteilung zur Abklärung der Therapiemöglichkeiten untersucht worden war, für die Beurteilung der Anspruchsberechtigung bis zum Verfügungszeitpunkt. Dieser Entscheid blieb unangefochten. Am 20. Juni 1997 wurde B._ ein weiteres Mal auf der Medizinischen Abteilung und am 13. November 1997 - nachdem die IV-Stelle den Anspruch auf Arbeitsvermittlung verneint hatte, da sich der Versicherte selbst nicht für arbeitsfähig halte (Verfügung vom 22. Oktober 1997) - auch in der Poliklinik für Viszerale und Transplantationschirurgie des Spitals Y._ untersucht. Ab Mitte April 1998 wurde er wegen Depressionen durch Frau Dr. med. A._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, behandelt. Kurz zuvor, am 3. März 1998, hatte die Fremdenpolizei der Stadt E._ die Aufenthaltsbewilligung bis 13. Dezember 1998 verlängert, wobei mit einer weiteren Verlängerung nicht gerechnet werden könne, sollten bis zu diesem Zeitpunkt die Arbeitssituation und die finanzielle Lage nicht eine grundlegende Änderung erfahren haben. Mit Schreiben vom 3. November 1998 liess B._ die erneute Überprüfung des Anspruchs auf Leistungen der Invalidenversicherung beantragen. Zur Stützung seines Gesuchs reichte sein Rechtsvertreter nachträglich zwei Berichte der Frau Dr. med. A._ vom 4. Dezember 1998 und des Hausarztes Dr. med. R._, FMH für Innere Medizin, vom 16. Dezember 1998 ein. Mit Vorbescheid vom 11. Januar 1999 teilte die IV-Stelle dem Versicherten mit, dass auf sein Leistungsbegehren nicht eingetreten werde, da auf Grund der eingereichten Unterlagen keine Verschlechterung des Gesundheitszustandes erkennbar sei. Am 15. Februar 1999 erliess die IV-Stelle eine auf Nichteintreten lautende Verfügung. B.- Die von B._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit der Begründung ab, die Verwaltung habe das Gesuch vom 3. November 1998 zwar formell durch Nichteintreten erledigt, nach Lage der Akten jedoch den Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung gleichwohl neu geprüft und zu Recht verneint (Entscheid vom 28. Oktober 1999). C.- B._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, es seien der kantonale Entscheid und die Verfügung vom 15. Februar 1999 aufzuheben und die IV-Stelle anzuweisen, auf das Gesuch vom 3. November 1998 einzutreten und darüber nach durchgeführtem Beweisverfahren materiell zu entscheiden; im Weitern sei ihm die unentgeltliche Verbeiständung zu bewilligen. Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen. D.- Am 5. Oktober 2001 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht eine parteiöffentliche Verhandlung durchgeführt. 