Sachverhalt: A.a X._ und Y._ schlossen 1998 die Ehe. Sie haben einen gemeinsamen Sohn, A._, geb. 1999. Im Juni 2006 hoben die Ehegatten ihren gemeinsamen Haushalt auf. Das Getrenntleben wurde gerichtlich geregelt, wobei A._ unter die Obhut der Mutter gestellt und der persönliche Verkehr mit dem Vater festgelegt wurde. A.b Mit Entscheid vom 9. Januar 2008 schied das Kreisgericht St. Gallen die Ehe der Parteien. Unter anderem wies es der Mutter die elterliche Sorge zu und räumte dem Vater das Recht ein, jedes zweite Wochenende, jeden zweiten Mittwochnachmittag und vier Wochen Ferien im Jahr mit A._ Kontakt zu halten. Weiter verpflichtete es den Vater, an den Unterhalt seines Sohnes Fr. 450.-- im Monat zu bezahlen, bis zu dessen vollendetem zwölften Altersjahr und Fr. 550.-- danach, jeweils zuzüglich einer allenfalls bezogenen Kinderzulage. Zudem nahm es die güterrechtliche Auseinandersetzung vor, teilte das Vorsorgeguthaben und stellte fest, dass sich die Ehegatten keine nachehelichen Unterhaltsbeiträge schulden. A.c Gegen diesen Entscheid erhoben beide Parteien Berufung beim Kantonsgericht St. Gallen. X._ beantragte, A._ unter seine elterliche Sorge zu stellen und Y._ zur Leistung von nachehelichen Unterhaltsbeiträgen und Kinderunterhaltsbeiträgen zu verpflichten. Für den Entscheid über die Kinderzuteilung ersuchte er um Anordnung eines kinderpsychologischen Gutachtens und um erneute Anhörung des Kindes. Y._ hingegen beantragte die Erhöhung der Kinderunterhaltsbeiträge und im Übrigen die Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils. Mit Entscheid vom 5. November 2008 stellte das Kantonsgericht St. Gallen A._ unter die elterliche Sorge der Mutter und verpflichtete den Vater, an den Unterhalt des Kindes bis zu dessen vollendetem zwölften Altersjahr Fr. 600.-- im Monat und anschliessend Fr. 800.-- zu bezahlen, jeweils zuzüglich einer allfällig bezogenen Kinderzulage. Im Übrigen bestätigte es das erstinstanzliche Urteil und gewährte X._ die unentgeltliche Rechtspflege. B. Mit Eingabe vom 5. Dezember 2008 (Postaufgabe) ist X._ (fortan: Beschwerdeführer) mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht gelangt. Er beantragt unter teilweiser Aufhebung des kantonsgerichtlichen Urteils die Unterstellung des Sohnes A._ unter seine elterliche Sorge. Y._ (fortan: Beschwerdegegnerin) sei ein grosszügiges Besuchs- und Ferienrecht einzuräumen und diese sei zu verpflichten, an den Unterhalt des Kindes Fr. 1'000.-- bis zu dessen vollendetem 10. Altersjahr, Fr. 1'200.-- bis zum 14. Altersjahr und Fr. 1'400.-- danach zu bezahlen. Eventualiter beantragt er die teilweise Aufhebung des kantonsgerichtlichen Urteils und Rückweisung der Angelegenheit zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz. Weiter verlangt er die Kostentragung des kantonalen und des bundesgerichtlichen Verfahrens durch die Beschwerdegegnerin und die Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde sowie die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. Mit Mitteilung vom 9. Dezember 2008 ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung mangels genügender Begründung abgewiesen worden. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden. 