Sachverhalt: A. Am 4. Oktober 1994 trat § 42 Abs. 5 KV/AG (SR 131.227) in Kraft. Demnach hat der Kanton Aargau innert zwanzig Jahren nach Inkrafttreten dieser Bestimmung zum Schutz des bedrohten Lebensraums der Flussauen und zur Erhaltung der landschaftlich und biologisch einzigartigen, national bedeutsamen Reste der ehemaligen Auengebiete einen Auen-Schutzpark zu schaffen. Dieser setzt sich, ausgehend vom Wassertor der Schweiz, aus Teilflächen längs der Flüsse Aare und Reuss und ihrer Zuflüsse zusammen. Er weist eine Gesamtfläche von mindestens einem Prozent der Kantonsfläche auf. Im Jahr 2001 wurde das Gebiet "Reussegger Schachen" bei Sins per Richtplan-Beschluss in den Auen-Schutzpark Aargau aufgenommen. In der Folge wurde die Bodenverbesserungsgenossenschaft Sins-Reussegg gegründet zwecks Durchführung einer Güterzusammenlegung (Moderne Melioration) nach Landwirtschaftsrecht (§ 9 ff. des Gesetzes des Kantons Aargau vom 11. November 1980 über die Erhaltung und Förderung der Landwirtschaft [aLwG/AG; SAR 910.100; in Kraft bis am 31. Juli 2012]). Vom 10. August bis zum 8. September 2009 legte die Gemeinde Sins das generelle Projekt der Modernen Melioration Sins-Reussegg öffentlich auf. Im Perimeter der gemäss generellem Projekt geplanten Auenlandschaft befinden sich zwei Grundwasserpumpwerke, nämlich Reussegg I und Reussegg II, welche beide im Eigentum der Wasserversorgungsgenossenschaft Auw stehen. Deren Grundwassernutzungskonzession für die beiden Pumpwerke läuft noch bis Ende 2013. Das generelle Projekt sieht vor, in einer ersten Etappe das Pumpwerk Reussegg II aufzuheben. Um die Trinkwasserversorgung sicherzustellen, ist die Errichtung eines Ersatzpumpwerks Reussegg Süd ausserhalb des Auenschutzgebiets geplant. Mittelfristig soll alsdann auch das Pumpwerk Reussegg I stillgelegt werden. Gegen dieses generelle Projekt erhoben die Wasserversorgungsgenossenschaft Auw und die Gemeinde Auw Einsprache an den Regierungsrat des Kantons Aargau. Sie beantragten in der Hauptsache, die Pumpwerke Reussegg I und II seien unverändert beizubehalten und mit einem genügenden Hochwasserschutz gegen die geplante Auenlandschaft abzugrenzen. Mit Beschluss vom 11. Januar 2011 hiess der Regierungsrat die Einsprache teilweise gut und verpflichtete den Kanton Aargau, als Ersatz für die Pumpwerke Reussegg I und II ausserhalb des neu zu gestaltenden Auenregenerationsgebiets für die Wasserversorgungsgenossenschaft Auw ohne deren Kostenbeteiligung ein neues Pumpwerk zu erstellen und den Fassungsbereich des Pumpwerks Reussegg I mit einem temporären Wall so lange vor oberirdischen Überflutungen bei Hochwasser zu schützen, bis auf dieses Pumpwerk verzichtet werden könne. Die entsprechende Übergangsfrist sei in der neuen Konzession festzuhalten. Im Übrigen wies der Regierungsrat die Einsprache ab. Die von der Wasserversorgungsgenossenschaft Auw und der Gemeinde Auw gegen diesen Beschluss geführte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 18. Juni 2012 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 29. August 2012 beantragen die Wasserversorgungsgenossenschaft Auw und die Gemeinde Auw, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 18. Juni 2012 sei aufzuheben, und die Sache sei an den Regierungsrat zurückzuweisen, um für die Pumpwerke Reussegg I und II definitive Hochwasserschutzmassnahmen festzulegen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur weiteren Sachverhaltsabklärung an die Vorinstanzen zurückzuweisen. Mit Verfügung vom 18. September 2012 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat eine Stellungnahme zur Beschwerde eingereicht, ohne ausdrücklich Anträge zu stellen. In ihrer Replik vom 25. Januar 2013 halten die Beschwerdeführerinnen an ihren Anträgen fest. 