Faits: A. A._ a acquis en 2001 la parcelle 26 de la commune de Versoix classée en zone agricole et de bois et forêts et située à proximité de la rivière "La Versoix". Le bien-fonds a fait l'objet d'une décision de non-assujettissement à la loi fédérale sur le droit foncier rural (LDFR). Deux habitations (n°s 2954 et 498), respectivement de 48 et de 41 m2, ainsi qu'une dépendance (n° 2955) de 39 m2 étaient érigées sur ce terrain de 8'561 m2. Ce dernier a été morcelé en deux parcelles de 4'330 m2 et de 4'231 m2: la première (n. 6083) comprenant l'immeuble n° 2954 et la seconde (n. 6084), les bâtiments nos 2955 et 498. B. Au cours de l'année 2002, A._ a agrandi le bâtiment n° 2955. Le 29 juin 2006, il a déposé une demande d'autorisation auprès du Département des constructions et des technologies de l'information de la République et canton de Genève (ci-après: DCTI) pour régulariser ces travaux. Le 7 novembre 2006, un inspecteur du DCTI a constaté que la transformation du bâtiment n° 2955 avait été réalisée sans autorisation. Au surplus, elle était contraire à l'affection de la zone (art. 24c LAT, 42 OAT, 27C LaLAT) et ne respectait pas la distance de 30 mètres par rapport à la Versoix et à la lisière de la forêt, de sorte qu'elle violait les lois cantonales sur les eaux et les forêts (art. 15 LEaux et 11 LFo). C. Par décision du 23 novembre 2006, le DCTI a rejeté la requête. Une autorisation ordinaire n'était pas envisageable car le requérant n'exerçait pas la profession d'agriculteur et la transformation en cause n'était pas destinée à une activité agricole. En outre, la modification réalisée excédait les possibilités d'agrandissement admises par l'art. 42 OAT. Enfin, le DCTI faisait siens les préavis défavorables de la direction de l'aménagement du territoire, de la commune de Versoix, de la commission des monuments, de la nature et des sites (CMNS) ainsi que de la commission consultative de la diversité biologique. A._ n'a pas recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions (CCRC), de sorte qu'elle est devenue définitive et exécutoire. D. Par décision du 5 avril 2007, le DCTI a ordonné à A._ de remettre le bâtiment n° 2955 en son état d'origine dans un délai de 90 jours. La mesure était assortie d'une amende administrative de 10'000 francs. A._ s'est pourvu contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: Tribunal administratif). Il faisait valoir que les transformations effectuées respectaient les art. 24c LAT, 42 OAT et 27C LaLAT. On ne pouvait pas non plus lui reprocher une violation des art. 11 LFo et 15 LEaux, puisque les travaux n'avaient pas affecté les parties du bâtiment protégées par ces dispositions. Se fondant sur les explications reçues oralement par l'administration et la pratique observée dans son voisinage, il avait procédé aux travaux avant de déposer une demande d'autorisation. Le fait qu'il avait spontanément souhaité régulariser la situation auprès du DCTI devait plaider en faveur de sa bonne foi. L'ordre de remise en état violait le principe de la proportionnalité. Le raccordement des égouts au réseau de canalisation et la suppression du toit en amiante correspondaient à un intérêt public de santé et de salubrité. L'identité du bâtiment n'avait pas non plus été affectée par les travaux litigieux car la maison avait, depuis toujours, été conçue pour être habitée. Aucune activité agricole n'avait en effet été exercée par l'ancien propriétaire, ni par le voisinage dans les dernières années. Le déclassement en zone résidentielle était par ailleurs envisagé par les autorités dans un proche avenir et une révision de la LAT tendant à faciliter les transformations des constructions en zone agricole, qui n'étaient plus destinées à l'agriculture, était actuellement en cours. La mesure infligée ne répondait par conséquent à aucun intérêt public. L'ordre de démolition avait pour conséquence de priver sa femme de son logement. Celle-ci y accueillait également sa mère et son petit-fils en cas de besoin. La violation de la loi commise devait être qualifiée de mineure. Les transformations avaient en effet permis la création d'une surface habitable de 41 m2 seulement. Quant à l'amende, elle ne tenait pas compte de la gravité tant objective que subjective des faits. E. Dans sa réponse, le DCTI a notamment précisé qu'il n'était pas question de classer la parcelle litigieuse en zone résidentielle. Au contraire, la protection de la zone où se trouvait la parcelle 6084 avait été renforcée en 2003 par l'adoption de la loi sur la protection générale et l'aménagement des rives de la Versoix. De surcroît, se situant également en zone de bois et forêts, le terrain ne saurait être classé en zone résidentielle en contradiction avec les objectifs de la LFo. F. Le 5 juillet 2007, le juge délégué a procédé à un transport sur place en présence des parties. Par arrêt du 5 février 2008, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours. Il a jugé que le refus d'autorisation prononcé par le DCTI le 23 novembre 2006 était devenu définitif et exécutoire, de sorte que le caractère illicite des aménagements effectués ne pouvait plus être remis en cause. Il a pour le surplus estimé que l'intérêt public au respect de la zone agricole l'emportait sur l'intérêt privé de A._ de continuer à profiter des aménagements qu'il avait effectués illicitement. Contrairement à ce que laissait entendre ce dernier, aucun élément probant ne permettait de conclure à une pratique illégale de l'autorité dans le secteur, de sorte le principe de l'égalité de traitement n'avait pas été violé. Enfin, relevant que le DCTI avait omis de prendre en compte le dépôt spontané d'une demande de régularisation de même que l'absence d'antécédents, il a ramené l'amende à 5'000 francs. G. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision prise par le DCTI le 5 avril 2007, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se prévaut d'une constatation manifestement inexacte des faits. Il se plaint également d'un défaut de motivation de l'arrêt attaqué et invoque l'interdiction de l'arbitraire ainsi qu'un déni de justice formel. Il sollicite en outre l'octroi de l'effet suspensif. Par ordonnance du 30 avril 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif formée par A._ au motif que l'autorité compétente en matière de construction ne s'y opposait pas et ne prétendait dès lors pas que l'intérêt public commanderait une exécution immédiate de la décision attaquée. Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DCTI s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et conclut au rejet de ce dernier. L'Office fédéral du développement territorial ARE a indiqué que l'affaire ne soulevait pas, au regard du droit fédéral de l'aménagement du territoire et de la planification, des questions de principe nécessitant des observations de sa part. 