Sachverhalt: A. Im Dezember 2005 schlossen die X._ AG (Beschwerdeführerin) und die "Y._ Baumeister" für die Baumeisterarbeiten am Neubau Y._ einen Werkvertrag. Bei der Ausführung des Werkvertrags entstanden Differenzen über die Qualität und die vertragskonforme Ausführung des betonierten Hallenbodens. In der Folge weigerte sich die Beschwerdeführerin, die Schlussabrechnung der "Y._ Baumeister" vom 28. März 2007 in Höhe von Fr. 143'138.10 zu bezahlen. Am 21./24. September 2007 schlossen die Parteien vor dem Kreisgerichtspräsidenten Rheintal einen Vergleich ab, wonach die Beschwerdeführerin der Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts auf den Grundstücken der Y._ in Höhe von Fr. 143'138.10 nebst Zins zustimmte. Mit Entscheid vom 1. Oktober 2007 verfügte der Kreisgerichtspräsident, dass das vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht definitiv im Grundbuch eingetragen werde. Für die Einreichung der Forderungsklage wurde eine Frist von sechs Monaten vereinbart, andernfalls die Eintragung dahin fallen würde. B. Innert Frist reichten die A._ AG, die B._ AG, die C._ AG, die D._ AG und die Baugeschäft E._ AG (damals noch Einzelunternehmen "Baugeschäft E._" respektive dessen Inhaber, E._) (Beschwerdegegnerinnen) als Gesellschafter der "Y._ Baumeister" am 3. April 2008 beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen Klage ein, mit der sie beantragten, die Beschwerdeführerin sei zu verurteilen, ihnen Fr. 147'565.05 nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdeführerin beantragte Abweisung der Klage. In der Duplik anerkannte sie grundsätzlich die Forderung im Umfang von Fr. 40'753.40, erhob jedoch diesbezüglich Verrechnungseinrede. In den Jahren 2009 bis 2011 war das Verfahren infolge Konkurseröffnung über die Zweigniederlassung, welche die Beschwerdeführerin in W._ unterhielt, sistiert. An der Verhandlung vom 6. März 2012 machte die Beschwerdeführerin geltend, die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerinnen sei nicht gegeben, weil nicht alle Gesellschafter der einfachen Gesellschaft "Y._ Baumeister" als Kläger aufgetreten seien. Mit "Teilentscheid" vom 6. März 2012 beschränkte das Handelsgericht das Verfahren auf die Vorfrage der Aktivlegitimation und bejahte die Aktivlegitimation der Kläger. Es befand, die erstmals anlässlich der Verhandlung vorgebrachte Behauptung, die "Y._ Baumeister" bestehe noch aus weiteren Gesellschaftern, sei verspätet vorgebracht worden, weshalb sie aus dem Recht zu weisen sei. Entsprechend der Verhandlungsmaxime sei auf die bis zur Hauptverhandlung unbestritten gebliebene Tatsachenbehauptung abzustellen, die "Y._ Baumeister" bestehe aus den von der Klägerschaft erwähnten Gesellschaftern. Im Übrigen wäre der Einwand der fehlenden Aktivlegitimation rechtsmissbräuchlich. Die Beschwerdeführerin handle offensichtlich widersprüchlich, wenn sie einerseits die Aktivlegitimation der Kläger im Verfahren betreffend Bauhandwerkerpfandrecht im Jahre 2007 nicht bestritten und mit den Klägern sogar einen Vergleich geschlossen habe und andererseits nun im Forderungsprozess die fehlende Aktivlegitimation moniere. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 3. April 2012 und Ergänzung vom 20. April 2012, den Teilentscheid des Handelsgerichts vom 6. März 2012 betreffend Bejahung der Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerinnen aufzuheben. Ferner beantragt sie Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Beschwerdeführerin reichte eine Replik ein. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, diese aus dem Recht zu weisen. 