Sachverhalt: A. Die Gemeindeversammlung der Gemeinde Hergiswil beschloss am 20. Mai 2005, die Parzelle Klein Ledi (Nr. 275) und Teilgebiete der Parzellen Farnweidli (Nr. 273) und Rütholtern (Nr. 268), die sich in der Übrigen Zone befinden, der zweigeschossigen Wohnzone (W2D) zuzuweisen und diese Gebiete gemäss dem entsprechenden Verkehrsrichtplan über die Sonnenbergstrasse zu erschliessen. Zuvor hatte die Gemeindeversammlung eine gegen diese Einzonungen und den Verkehrsrichtplan gerichtete Einsprache von A._ abgewiesen. Gegen diese Beschlüsse der Gemeindeversammlung erhob A._ eine Verwaltungsbeschwerde, auf welche der Regierungsrat des Kantons Nidwalden mit Beschluss vom 14. März 2006 nicht eintrat. Er verneinte die Beschwerdelegitimation von A._, welche auch das von ihm angerufene Verwaltungsgericht Nidwalden mit Urteil vom 8. Januar 2007 als nicht gegeben erachtete. Das Bundesgericht bejahte jedoch die Beschwerdelegitimation von A._, hob daher am 28. Januar 2008 das Urteil des Verwaltungsgerichts auf und wies die Sache an dieses Gericht zurück (Urteil 1C_340/2007), welches sie seinerseits zum Entscheid an den Regierungsrat zurückwies. Dieser hiess die Beschwerde von A._ mit Beschluss Nr. 644 vom 14. Oktober 2008 insoweit gut, als er den Beschluss der Gemeindeversammlung Hergiswil vom 20. Mai 2005 betreffend die Einzonung der Gebiete Farnweidli und Rütholtern wegen einer unvollständigen öffentlichen Auflage aufhob. Im Übrigen wies der Regierungsrat die Beschwerde ab. A._ focht diesen Beschluss des Regierungsrats nicht an. B. In der Folge wurde erneut um die teilweise Zuordnung der Parzellen Farnweidli und Rütholtern zur zweigeschossigen Wohnzone ersucht und am 17. Februar 2010 eine entsprechende Teilrevision des Nutzungsplans publiziert und öffentlich aufgelegt. Am 26. November 2010 wies die Gemeindeversammlung die dagegen von A._ und X._ erhobenen Einsprachen ab und beschloss die beantragte Teilrevision. Am 18. Oktober 2011 wies der Regierungsrat eine dagegen von X._ gerichtete Verwaltungsbeschwerde mit Beschluss Nr. 757 ab und genehmigte mit Beschluss Nr. 747 den teilrevidierten Nutzungsplan. Gegen diese Beschlüsse erhob X._ zwei Verwaltungsgerichtsbeschwerden. Das Verwaltungsgericht vereinigte diese beiden Verfahren und wies die Beschwerde (n) mit Urteil vom 4. Juni 2012 ab, soweit es darauf eintrat. C. X._ (Beschwerdeführer) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2012 aufzuheben und den teilrevidierten Nutzungsplan nicht zu genehmigen oder eventuell die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Der Regierungsrat schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Miteigentümergemeinschaft Z._ und die Erbengemeinschaft Y._ (Beschwerdegegnerinnen) beantragen in ihrer gemeinsamen Stellungnahme, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Gleiche Anträge stellt auch die Politische Gemeinde Hergiswil. Das Bundesamt für Umwelt kommt in seiner Stellungnahme zum Ergebnis, es liege eine gültige Rodungsbewilligung vor. Der Beschwerdeführer bestätigt in seinen Repliken zu diesen Stellungnahmen seine bisherigen Anträge. Die Politische Gemeinde Hergiswil erneuert in ihrer Duplik ihre bisher gestellten Anträge. 