Sachverhalt: A. Am 13. Juli 2009 eröffnete der Einzelrichter des Kreisgerichts Rheintal auf Begehren der Y._ AG den Konkurs über die X._ AG. Mit Entscheid vom 17. Juli 2009 stellte der Einzelrichter auf Antrag des Konkursamtes des Kantons St. Gallen das Konkursverfahren mangels Aktiven ein. Nach Publikation der Einstellung im Amtsblatt verlangte die Y._ AG die Durchführung des Konkursverfahrens und bezahlte am 27. Juli 2009 den entsprechenden Kostenvorschuss. Am 6. August 2009 ordnete der Einzelrichter auf Antrag des Konkursamtes die Durchführung des summarischen Konkursverfahrens an. Mit Eingabe vom 22. September 2009 beantragte das Konkursamt, die Anordnung des summarischen Konkursverfahrens zu widerrufen und erneut die Einstellung des Verfahrens zu verfügen. Zur Begründung führte das Amt an, die Schuldnerin habe der Y._ AG gestützt auf einen Vergleich vom 26. Juni 2009 am 7. August 2009 einen Betrag von Fr. 80'000.-- überwiesen, weshalb Letztere ihren Antrag spätestens an diesem Tag hätte zurückziehen müssen. Der Einzelrichter wies dieses Begehren mit Entscheid vom 25. September 2009 ab. B. Dagegen erhob die X._ AG am 8. Oktober 2009 Rekurs an das Kantonsgericht St. Gallen mit den Begehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Konkursamt St. Gallen anzuweisen, das Verfahren mangels Aktiven einzustellen. Der Einzelrichter für Rekurse SchKG am Kantonsgericht St. Gallen wies den Rekurs mit Entscheid vom 6. November 2009 ab. C. Gegen diesen Entscheid hat die X._ AG (fortan: Beschwerdeführerin) am 10. Dezember 2009 Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung. Nachdem das Kantonsgericht auf eine Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung verzichtet hat und sich das Konkursamt nicht hat vernehmen lassen, ist der Beschwerde mit Präsidialverfügung vom 13. Januar 2010 die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden. In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden. 