Sachverhalt: A. S._, geboren 1964, Serviceangestellte und Mutter eines 1999 geborenen Sohnes, hatte drei Autounfälle (1983, 1985 und 1997) und, am 7. Mai 2000, als Beifahrerin auf dem Soziussitz des Motorrades ihres Ehemanns einen vierten Unfall erlitten. In der Folge konnte sie ihre Tätigkeit als Serviceangestellte nur noch teilzeitlich ausüben; ab dem 27. März 2003 wurde ihr vom Hausarzt eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert. Am 13. Mai 2003 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Luzern beziehungsweise die nach dem Umzug der Versicherten zuständige IV-Stelle Nidwalden zog die Akten der "Winterthur" Schweizerische Versicherungsgesellschaft, heute AXA Versicherungen AG, bei welcher S._ zum Zeitpunkt des letzten Unfalls für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, bei, holte einen Bericht des Hausarztes Dr. med. B._, Allgemeine Medizin FMH, vom 24. Juli 2003 ein, liess die Versicherte durch die Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS) untersuchen (Gutachten vom 2. März 2006) und klärte die erwerbliche Situation sowie die Einschränkung im Haushalt (Bericht vom 22. März 2006) ab. Mit Verfügung vom 20. Juni 2006 sprach die IV-Stelle Nidwalden S._ mit Wirkung ab 1. Juli 2006 eine Viertelsrente zu. Dabei ging sie davon aus, dass die Versicherte zu 80 % erwerbstätig und in diesem Bereich zu 50 % arbeitsfähig wäre, im Erwerbsbereich somit ein Teilinvaliditätsgrad von 38,38 % bestehe. Die Einschränkung im Haushalt betrage 23 %, somit ein Teilinvaliditätsgrad von 4,6 % in diesem Bereich. Dies führte insgesamt zu einem Invaliditätsgrad von 43 %. Diese Verfügung blieb unangefochten. Mit einer weiteren Verfügung vom 24. August 2006 wurde der Versicherten auf Basis der gleichen Grundlagen rückwirkend für die Zeit vom 1. März 2003 bis zum 30. Juni 2006 ebenfalls eine Viertelsrente zugesprochen. Diese Verfügung hob das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 30. April 2007 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs auf, weil das seit 1. Juli 2006 gesetzlich verankerte Vorbescheidverfahren nicht durchgeführt worden war. Dies holte die IV-Stelle Nidwalden in der Folge nach und sprach der Versicherten am 7. Mai 2008 für den Zeitraum vom 1. März 2003 bis zum 30. Juni 2006 wiederum eine Viertelsrente zu. Ein im Verfahren vor dem Versicherungsgericht eingereichtes Gutachten des Prof. Dr. med. E._, Physikalische Medizin und Rehabilitation FMH, vom 9. Juli 2007, welcher eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit in jeglicher beruflicher Tätigkeit bescheinigte, liess sie dabei unberücksichtigt. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 13. Oktober 2008 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache - entsprechend dem im Rechtsstreit gegen die AXA Versicherungen AG ergangenen Urteil des Bundesgerichts vom 16. Juni 2009 (8C_94/2009) - zur Ergänzung der medizinischen Akten und Neuverfügung an die IV-Stelle zurückzuweisen; eventualiter sei ihr eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Während die IV-Stelle unter Hinweis auf das erwähnte Urteil des Bundesgerichts rein vorsorglich auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 