Faits: A. A._ est propriétaire des parcelles nos ***, *** et *** de la Commune de Y._, son fils B._ de la parcelle no *** sise sur cette même commune. Ces biens-fonds ont une surface respective de **** m2, ***** m2, **** m2 et **** m2. Entre 1987 et 1997, la société Z._ a obtenu, moyennant le versement de redevances annuelles, la constitution d'un droit de superficie en sa faveur sur chacune de ces parcelles en vue d'y construire un centre commercial, un parking ainsi qu'une station-service. Ce droit est d'une durée de 99 ans dès son inscription au registre foncier pour les parcelles nos *** et ***, et de 40 ans dès son inscription au registre foncier pour les parcelles nos *** et ***. Les redevances annuelles, indexées aux variations de l'indice suisse des prix à la consommation, ont été fixées à 14 fr./m2 pour les parcelles nos *** et ***, à 300'000 fr. pour la parcelle no *** et à 250'000 fr. pour la parcelle no ***. En octobre 1999, les travaux de terrassement entrepris par Z._ pour construire son centre commercial ont révélé que le site, anciennement utilisé comme décharge communale, était pollué par des déchets. Les travaux ont été suspendus, puis repris une fois connues et approuvées par le service cantonal compétent les précautions à respecter et les mesures à mettre en oeuvre pour assainir le site et éviter une pollution (cf. rapport d'expertise du 15 janvier 2000 du bureau d'ingénieurs C._ SA; décision du 20 janvier 2000 du Service cantonal des eaux, sols et assainissement [SESA]). La construction du centre commercial s'est terminée en octobre 2001. B. Par décision du 13 mars 2007, faisant suite à une première décision du 4 février 2003 annulée sur recours, la Commission d'estimation fiscale des immeubles du district de Lausanne (ci-après citée: la Commission ou la Commission d'estimation) a estimé la valeur fiscale des parcelles nos ***, ***, *** et *** de la Commune de Z._ de la manière suivante: Parcelles Nom local Surface en m2 Estimation en Fr ancienne nouvelle *** *** *** *** --- --- --- --- **** ***** **** **** 1'395'000 4'788'000 6'000'000 2'018'000 3'056'000 10'252'000 2'121'000 2'522'000 Les nouvelles estimations correspondent, selon le détail des calculs annexé à la décision d'estimation, à la moyenne entre la valeur de rendement des parcelles, fixée en fonction des redevances encaissées, et leur valeur vénale, fixée par l'autorité à 500 fr./m2 pour chacun des biens-fonds. Pour les parcelles nos *** et ***, l'estimation retient comme valeur fiscale déterminante la valeur vénale, car celle-ci est inférieure à la valeur de rendement. A._ a formé réclamation contre la décision précitée du 13 mars 2007, en contestant la valeur vénale retenue pour l'estimation des parcelles nos *** et ***. Par décision du 3 juillet 2007, la Commission d'estimation a rejeté la réclamation dont elle était saisie, en exposant que le prix du terrain industriel dans la région de Y._ était élevé en raison d'une forte demande et que le montant de 500 fr./m2 pris en considération à ce titre était "conforme aux prix pratiqués sur le marché pour ce genre d'immeuble"; elle a confirmé l'estimation des valeurs fiscales des parcelles nos ***, ***, *** et *** appartenant à A._ et B._. C. A._ et B._ ont recouru contre la décision sur réclamation de la Commission d'estimation. Ils ont fait valoir que des "parcelles similaires" aux leurs avaient été vendues "dans le courant 2005-2006" à des prix inférieurs à la valeur vénale retenue dans l'estimation litigieuse, et que celle-ci ne tenait pas compte des importants problèmes de pollution constatés en 1999 qui n'avaient été que partiellement résolus. La Commission a maintenu son estimation, en relevant que les frais d'assainissement des parcelles avaient été assumés jusqu'ici par le seul superficiaire (soit la société Z._), et que les problèmes résiduels de pollution n'étaient pour l'heure pas d'actualité, mais ne seraient pris en compte qu'ultérieurement, en cas de démolition du centre commercial et d'élévation de nouvelles constructions. Par arrêt du 30 décembre 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation de la Commission d'estimation. D. A._ et B._ forment un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité du Tribunal cantonal dont ils requièrent à titre principal la réforme, en ce sens que la cause soit renvoyée à la Commission d'estimation pour nouvelle décision; subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision. Ils se plaignent d'une constatation "lacunaire" des faits et d'abus du pouvoir d'appréciation, et invoquent la violation de l'art. 14 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) ainsi que des art. 8 et 9 Cst. Pour l'essentiel, ils soutiennent que le Tribunal cantonal n'a pas tenu compte des problèmes de pollution résiduelle qui affectent leurs biens-fonds et en diminueraient la valeur vénale. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur le recours et se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt, tandis que la Commission confirme son estimation et renvoie à ses différentes prises de positions ainsi qu'à l'arrêt attaqué. Par ordonnance du 12 février 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif formée à l'appui du recours. 