Faits: A. A.a Le 24 octobre 1997, la société H._ a déposé plainte pour gestion déloyale, diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et gestion fautive. A l'appui de cette dénonciation, elle a invoqué l'existence de nombreux indices permettant de soupçonner un transfert illicite d'actifs entre les sociétés A._ SA et B._ SA. A.b Après avoir procédé à de nombreuses mesures d'instruction et ordonné l'établissement d'expertises, le juge d'instruction, par ordonnance du 20 décembre 2004, a renvoyé X._ et Y._, devant le Tribunal pénal économique, pour diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers, éventuellement gestion déloyale ou gestion fautive, avantages accordés à certains créanciers, et également faux dans les titres pour ce qui concerne X._. B. Par jugement du 13 février 2007, le Tribunal pénal économique du canton de Fribourg a notamment reconnu Y._ coupable de complicité de gestion fautive, l'a acquitté des chefs de prévention de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et de gestion déloyale. Il l'a ainsi condamné à une peine pécuniaire de 90 jours-amende, le jour-amende étant fixé à 250 fr., avec sursis pendant deux ans. C. Par arrêt du 4 juin 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a notamment admis le recours de Y._ en ce sens qu'elle l'a acquitté des chefs de prévention de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers, de gestion fautive et de gestion déloyale. D. Le Ministère public de l'Etat de Fribourg a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu, principalement, à ce que l'arrêt cantonal soit annulé en tant qu'il consacre une violation du principe d'accusation au détriment de Y._ et qu'il prononce son acquittement et au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision sur les autres griefs invoqués dans le mémoire d'appel du prénommé. La Cour d'appel n'a pas formulé d'observations. L'intimé a conclu, principalement, à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet. 