Sachverhalt: A. A.X._ hat sein bisher in der Rechtsform einer Einzelfirma betriebenes Innendekorationsgeschäft per 1. Januar 1997 in eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung (GmbH) umgewandelt. In diesem Zusammenhang erfasste die Steuerverwaltung des Kantons Bern die aus der Überführung von Geschäftsliegenschaften ins Privatvermögen sowie aus der Auflösung von stillen Reserven/privilegierten Warenreserven resultierenden Liquidationsgewinne für die der Zwischenveranlagung vorangehenden, in die Bemessungslücke fallenden Jahre 1995 und 1996 mit Jahressteuern und veranlagte diese sowohl hinsichtlich der kantonalen Staats- und Gemeindesteuer als auch der direkten Bundessteuer mit Einspracheentscheiden vom 20. Dezember 2004. Dagegen erhoben die Eheleute A.X._ und B.X._ Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Sie wehrten sich unter anderem gegen die der Veranlagung für das Jahr 1996 zugrunde liegende Annahme, die Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ sei anlässlich der Umwandlung der Einzelfirma in die GmbH vom Geschäfts- ins Privatvermögen überführt worden, und stellten sich auf den Standpunkt, es habe sich dabei bereits seit dem 1. Januar 1995 um Privatvermögen gehandelt. B. Mit Entscheid vom 8. April 2008 hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern Rekurs und Beschwerde betreffend das Jahr 1995 vollumfänglich und betreffend das Jahr 1996 teilweise gut, reduzierte die steuerbaren Einkommen und sandte die Akten zur Vornahme der Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die kantonale Steuerverwaltung zurück. Das für die direkte Bundessteuer massgebliche steuerbare Einkommen (Jahressteuer) für 1996 reduzierte die Steuerrekurskommission dabei auf Fr. 741'900.-- (Ziff. 4 des Entscheiddispositivs). Unverändert in diesem Betrag enthalten blieben jedoch der die Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ betreffende Wertzuwachsgewinn in der Höhe von Fr. 323'453.-- und die darauf entfallenden wiedereingebrachten Abschreibungen im Betrag von Fr. 142'247.--, da die Rekurskommission übereinstimmend mit der Steuerverwaltung zum Ergebnis kam, dass die Liegenschaft (erst) anlässlich der Firmenumwandlung vom Geschäfts- ins Privatvermögen überführt worden sei. C. Mit Eingabe vom 30. Juni 2008 erheben A.X._ und B.X._ beim Bundesgericht Beschwerde mit dem Antrag, den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 8. April 2008 bezüglich Ziffer 4 des Dispositivs aufzuheben und das steuerbare Einkommen (Jahressteuer 1996) im Sinne der Erwägungen zu reduzieren. Inhaltlich wird geltend gemacht, die Liegenschaft Lenk Gbbl. Nr. _ sei zu Unrecht als im Zeitpunkt der Umwandlung vom Geschäfts- ins Privatvermögen überführt betrachtet worden. D. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schliessen auf Abweisung der Beschwerde, die Steuerverwaltung des Kantons Bern (Recht und Gesetzgebung) auf Abweisung, soweit darauf einzutreten sei. 