Sachverhalt: A. S._ arbeitet als Lehrerin. Am 12. Juli 2007 meldete sie sich unter Angabe eines Chronic Fatigue Syndroms nach Borreliose bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau klärte die medizinischen und wirtschaftlichen Verhältnisse ab und gab bei der MEDAS ein polydisziplinäres Gutachten (vom 30. Juni 2008) in Auftrag. Die Exploratoren diagnostizierten mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit eine chronische Müdigkeit mit geringen Konzentrationsstörungen. Sie erachteten der Versicherten die Tätigkeit einer Gymnasiallehrerin in einem Teilpensum von 75 % mit einer um 20 % verminderten Leistungsfähigkeit als zumutbar. Mit Vorbescheid vom 6. Januar 2009 stellte die IV-Stelle die Abweisung des Leistungsanspruchs in Aussicht. Aufgrund der Einwände der Versicherten führte die IV-Stelle am 15. Juni 2009 eine Abklärung im Haushalt durch (Bericht vom 16. Juni 2009). Zudem liess sie die MEDAS am 10. Mai 2010 ein Verlaufsgutachten erstatten. Deren Ärzte nannten nun als Diagnose mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit eine depressive Störung, leichte Episode (ICD-10 F32.0). Den Grad der Arbeitsfähigkeit setzten sie auf 50 % fest. Mit Verfügung vom 15. Juni 2011 verweigerte die IV-Stelle S._ den Anspruch auf eine Invalidenrente mangels eines erheblichen Invaliditätsgrades im von der Anmeldung erfassten Zeitraum ab Juli 2006. B. Die von der Versicherten eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 26. Oktober 2011 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides beantragen; es sei ihr rückwirkend spätestens ab 1. April 2006 und für die Zukunft mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, eventuell an die IV-Stelle zurückzuweisen. IV-Stelle und kantonales Gericht beantragen Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung. 