Sachverhalt: A. A.a Y._ ist hälftiger Miteigentümer der Liegenschaft A._-Gbbl. 3419. Zugunsten dieser Parzelle und zulasten der südöstlich gelegenen Parzelle A._-Gbbl. 2356 wurde im Grundbuch eine als "Bau- und Anpflanzungsverbot" bezeichnete Dienstbarkeit eingetragen. Die Parzelle 2356 sowie die östlich daran anschliessende Parzelle 2355 wurden am 28. Juni 2007 von der X._ AG erworben. In der Folge wurden beide Parzellen vereinigt. Die neu gebildete Parzelle trägt die Nummer 2355, auf welcher die erwähnte Dienstbarkeit eingetragen ist. Die X._ AG erhielt am 13. März 2008 die Baubewilligung für drei auf Gbbl. Nr. 2355 geplante Mehrfamilienhäuser (Häuser A, B und C). Das auf der Fläche der ursprünglichen Parzelle 2356 geplante Haus A befindet sich im Bau. Es umfasst die Stockwerkeinheiten 2355-2, 2355-3 und 2355-4. A.b Vor dem Gericht des Gerichtskreises XI Interlaken-Oberhasli ist zwischen den Parteien ein Verfahren betreffend Feststellung des Umfangs der eingangs erwähnten Dienstbarkeit hängig. A.c Mit Eingabe vom 6. April 2009 beantragte Y._ bei der a.o. Gerichtspräsidentin 3 des Gesichtskreises XI Interlaken-Oberhasli (nachfolgend: die Gerichtspräsidentin), der X._ AG sei unter Strafandrohung gemäss Art. 403 ZPO/BE zu verbieten, über die Stockwerkeinheiten A._-Gbbl. Nrn. 2355-2, 2355-3, 2355-4 zu verfügen (1); der Grundbuchverwalter des Kreisgrundbuchamtes XI Interlaken-Oberhasli sei anzuweisen, auf den Grundstückblättern der Stockwerkeinheiten A._-Gbbl. Nrn. 2355-2, 2355-3, 2355-4 gemäss Art. 961 Abs. 1 Ziff. 1 ZGB folgende vorläufige Eintragung vorzumerken: "Bau und Anpflanzungsverbot zugunsten A._-Gbbl. Nr. 3419 gemäss Errichtungsakt vom 26.6.1953 V3030, analog Eintragung auf dem Stammgrundstück 2355" (2). B. Mit Entscheid vom 11. Juni 2009 verbot die Gerichtspräsidentin der X._ AG bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Erledigung in der Hauptsache unter Androhung der Straffolgen von Art. 403 ZPO, über die Stockwerkeinheiten A._-Gbbl. Nrn. 2355-2, 2355-3, 2355-4 zu verfügen (Ziff. 1). Im Übrigen wurde das Gesuch abgewiesen, soweit darauf einzutreten war (Ziff. 2). Y._ wurde aufgefordert, bis zum 10. Juli 2009 eine Sicherheitsleistung von Fr. 200'000.-- auf das Postkonto des Gesichtskreises XI Interlaken-Oberhasli zu leisten, mit dem Hinweis, dass die Verfügungsbeschränkung dahin falle, wenn die Sicherheit nicht fristgerecht geleistet werde (Ziff. 3). C. Die X._ AG gelangt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. Juli 2009 an das Bundesgericht. Sie beantragt, Ziff. 1 der Verfügung der Gerichtspräsidentin vom 11. Juni 2009 aufzuheben und das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei; eventuell sei Ziff. 3 der Verfügung bezüglich der Höhe der Sicherheitsleistung aufzuheben und die Sache zur ergänzenden Sachverhaltsfeststellung und Neufestsetzung der Sicherheitsleistung an die Gerichtspräsidentin zurückzuweisen; eventuell sei die Sicherheitsleistung auf Fr. 448'260.-- festzusetzen. Die Gerichtspräsidentin hat sich am 21. September 2009 vernehmen lassen, ohne einen Antrag zu stellen. Y._ beantragt in seiner Vernehmlassung vom 1. Oktober 2009, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. 