Sachverhalt: A. In der Nacht vom 11. auf den 12. November 2010 wurden in Erstfeld mehrere Schüsse auf Y._ abgegeben; sie wurde dabei verletzt und musste operiert werden. Die Strafverfolgungsbehörden des Kantons Uri führen gegen ihren Ehemann X._ eine Strafuntersuchung wegen Anstiftung zu Mord bzw. Mittäterschaft zu versuchtem Mord. Sie verdächtigen ihn, am Mordanschlag auf seine Frau beteiligt gewesen zu sein. X._ wurde am 12. November 2010 festgenommen und befindet sich seither in Haft. A.a Am 15. November 2011 stellte X._ ein Haftentlassungsgesuch. Die Staatsanwaltschaft Uri entsprach diesem nicht und leitete es dem Landgericht Uri weiter. Dessen Präsidentin kam am 25. November 2011 zum Schluss, der Tatverdacht sei nach wie vor gegeben. Kollusionsgefahr sei bis zum Abschluss der noch terminierten und allenfalls sich noch ergebenden Befragungen zu bejahen. In Bezug auf die Zeugen Z._ und W._ könne ihr hingegen mit einer Ersatzmassnahme wirksam begegnet werden. Wiederholungsgefahr bestehe nicht. Sie verfügte, X._ sei nach Abschluss sämtlicher Zeugenbefragungen, spätestens jedoch am 16. Dezember 2011, 14 Uhr, aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Sie verbot ihm, nach seiner Entlassung mit den Zeugen Z._ und W._ sowie mit Y._ persönlich in Kontakt zu treten. Am 2. Dezember 2011 focht die Staatsanwaltschaft diesen Entscheid beim Obergericht des Kantons Uri an. In der Sache beantragte sie, den Entscheid des Landgerichts aufzuheben und das Haftentlassungsgesuch von X._ abzuweisen. A.b Am 5. Dezember 2011 stellte die Staatsanwaltschaft ein Haftverlängerungsgesuch, welches vom Landgericht am 13. Dezember 2011 abgewiesen wurde. Die Staatsanwaltschaft focht diesen Entscheid beim Obergericht an und beantragte im Wesentlichen, die Haft gegen X._ um drei Monate, bis zum 15. März 2012, zu verlängern. A.c Das Obergericht vereinigte am 21. Dezember 2011 die beiden Verfahren. Am 3. Januar 2012 hiess es die Beschwerden gut und hob die Entscheide des Landgerichts vom 25. November 2011 und vom 13. Dezember 2011 auf. Es wies das Haftentlassungsgesuch vom 15. November 2011 ab, hiess das Haftverlängerungsgesuch vom 5. Dezember 2011 gut und entschied, X._ habe solange in Untersuchungshaft zu verbleiben, als die Voraussetzungen erfüllt seien, längstens jedoch bis zum 15. März 2012. Es erwog, der dringende Tatverdacht sei erstellt. Es bestehe eine mässige Kollusionsgefahr, die allerdings durch Kontaktverbote gebannt werden könne. In Anbetracht der Häufung von Straftaten gegen Leib und Leben durch X._ sei von einer erheblichen Rückfallgefahr auszugehen, womit Wiederholungsgefahr bestehe. Diese könne nur durch die Fortsetzung der Untersuchungshaft, nicht aber durch mildere Ersatzmassnahmen, gebannt werden. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Obergerichtsentscheid aufzuheben und ihn entsprechend dem erstinstanzlichen Entscheid aus der Haft zu entlassen, unter Anordnung der dabei verfügten Kontaktsperren. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Das Obergericht verzichtet auf Vernehmlassung. Der Oberstaatsanwalt beantragt unter Verweis auf das angefochtene Urteil, die Beschwerde abzuweisen. D. Das Bundesgericht teilte X._ mit, es behalte sich vor, die Untersuchungshaft auch unter dem Gesichtspunkt zu prüfen, ob sich die Kollusionsgefahr durch Ersatzmassnahmen wirksam bannen lasse, und räumte ihm die Gelegenheit ein, sich dazu vernehmen zu lassen. E. X._ hält in seiner Vernehmlassung im Wesentlichen dafür, die Vorinstanz habe in tatsächlicher Hinsicht für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass bei Erlass eines entsprechenden Kontaktverbots keine Kollusionsgefahr bestehe, welche eine Fortsetzung der Haft rechtfertigen könnte. Die Staatsanwaltschaft habe auf Vernehmlassung verzichtet und damit nicht dargetan, dass das Obergericht willkürliche Sachverhaltsannahmen getroffen habe, womit das Bundesgericht auch aus prozessualer Sicht an dessen Tatsachenfeststellungen gebunden sei. 