Sachverhalt: A. A. X._ betreibt als Architekt eine Einzelfirma. Seine Frau B. X._ und die von ihm als Alleinaktionär beherrschte X._ AG schlossen sich im Jahr 1994 mit C. und D. Y._ zu einer Baugesellschaft zusammen, welche die Überbauung eines Grundstücks in Z._ bezweckte. A. X._ war mit der Planung und der Realisierung der Überbauung beauftragt. Nach diversen Meinungsverschiedenheiten zwischen den Seiten X._ und Y._ wurde die Baugesellschaft im Rahmen eines Schiedsgerichtsverfahrens mit Vereinbarung vom November 2003 aufgelöst und liquidiert. C. und D. Y._ verpflichteten sich zu einer Zahlung von Fr. 257'500.-- "für Rechnung von A. X._ bzw. der X._ AG", wobei A. X._ dafür verantwortlich erklärt wurde, "wie die Guthaben zwischen seiner Ehegattin, ihm und der X._ AG aufzuteilen sind". B. Für die Staats- und die direkte Bundessteuer 2003 rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Bern beim steuerbaren Einkommen von A. X._ aus selbständiger Erwerbstätigkeit einen Betrag von Fr. 134'500.-- auf. Dieser entspreche dem der Einzelfirma des Pflichtigen zukommenden Anteil aus der Liquidation der Baugesellschaft. Dagegen gerichtete Rechtsmittel wurden von sämtlichen kantonalen Instanzen abgewiesen, zuletzt vom Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil vom 9. Juni 2008. C. Am 8. Juli 2008 haben A. und B. X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und die Bundessteuer 2003 eingereicht. Sie beantragen, die Entscheide der kantonalen Instanzen aufzuheben, die Veranlagung um Fr. 134'500.-- zu reduzieren und die Verantwortlichen angemessen zur Rechenschaft zu ziehen bzw. zu bestrafen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern hat sich nicht vernehmen lassen. 