Sachverhalt: A. C._ (geboren 1944) und S._ (geboren 1968) heirateten am 20. Oktober 1992. Mit Urteil des Amtsgerichts vom 3. Juli 2007 wurde die Ehe geschieden (Dispositiv-Ziffer 1) und u.a. die hälftige Aufteilung der während der Ehe angesparten Austrittsleistungen der beruflichen Vorsorge angeordnet (Dispositiv-Ziffer 6). Nach Eintritt der Rechtskraft des Erkenntnisses am 11. September 2007 überwies das Amtsgericht die Sache zu diesem Zweck an das kantonale Berufsvorsorgegericht. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zog die Zivilakten bei und holte bei der Vorsorgestiftung E._, bei welcher S._ seit 1. Juni 2001 berufsvorsorgerechtlich versichert ist, sowie bei der CREDIT SUISSE, Freizügigkeitsstiftung 2. Säule (nachfolgend: CS Freizügigkeitsstiftung), welche für C._ die zwei Freizügigkeitskonten Nr. x und Nr. y führt, Stellungnahmen ein. Mit Entscheid vom 22. Dezember 2008 verpflichtete es die CS Freizügigkeitsstiftung, ab einem Freizügigkeitskonto des C._ den Betrag von Fr. 8'337.- samt Zins von 3,5 % ab 11. September 2007 und 3,75 % ab 1. Januar 2008 auf ein von S._ zu bezeichnendes Vorsorgekonto zu überweisen. C. C._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben (Antrag 1). Die Vorsorgestiftung E._ sei anzuweisen, vom Freizügigkeitskonto der S._ den Betrag von Fr. 674.87 samt Zins von 3,5 % ab 11. September 2007 und 3,75 % ab 1. Januar 2008 auf ein von ihm zu bezeichnendes Konto zu überweisen (Antrag 2). Während das kantonale Gericht auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichten S._, die CS Freizügigkeitsstiftung, die Vorsorgestiftung E._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Stellungnahme. 