Kostenvorschuss, hat sich ergeben: A.- Mit Eingabe vom 14. September 2000 focht S._ (dipl. phys. , Patentanwalt) eine ihn verpflichtende Verfügung der Stiftung Auffangeinrichtung BVG (Zweigstelle Winterthur) bei der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (nachfolgend "Beschwerdekommission BVG") an. B.- Am 12. Dezember 2000 erwog der Präsident der Beschwerdekommission BVG, die gesetzlichen Voraussetzungen für die Einforderung eines Kostenvorschusses seien erfüllt, und erliess folgende Verfügung: "1.Der Beschwerdeführer wird verhalten, der Eidg. Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge bis zum 3. Januar 2001 den Betrag von Fr. 900.-- auf das Postcheckkonto 10-8004-9, Eidgenössische Rekurskommissionen, 1007 Lausanne, zu überweisen. Sofern dieser Kostenvorschuss nicht innert der angesetzten Frist einbezahlt wird, wird die Beschwerde vom 15. September 2000 durch einen Nichteintretensentscheid erledigt. 2. Diese Zwischenverfügung wird dem Beschwerdeführer zugestellt; sie kann innert 10 Tagen seit Eröffnung beim Schweizerischen Bundesgericht in Lausanne angefochten werden.. " C.- Am 4. Januar 2001 wurde der fragliche Kostenvorschuss dem entsprechenden Konto gutgeschrieben (vgl. Kontoauszug des "Postfinance Centre de traitement", Bulle, vom 4. Januar 2001). Daraufhin gelangte der Präsident der Beschwerdekommission BVG an den Kundendienst der Postfinance und erkundigte sich, wann die Gutschrift eingegangen sei bzw. "im Falle der Benützung des elektronischen Zahlungsauftrages (EZAG), wann der entsprechende Datenträger bei Ihrem Rechenzentrum eingetroffen ist (genaues Datum und Uhrzeit) und welches Fälligkeitsdatum darin angegeben war. " Am 24. Januar 2001 antwortete der Kundendienst Postfinance, die Daten seien am 29. Dezember 2001 (recte: 2000) abends per Leitung im Rechenzentrum eingetroffen. Als Fälligkeitsdatum für die Zahlung sei der 4. Januar 2001 eingesetzt gewesen. D.- Mit Urteil vom 30. Januar 2001 trat die Beschwerdekommission BVG auf die Beschwerde von S._ nicht ein. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, nach der neuesten Rechtsprechung genüge es - bei der Benützung des elektronischen Zahlungsauftrags - für die rechtzeitige Bezahlung des Kostenvorschusses, wenn einerseits spätestens der letzte Tag der vom Gericht festgesetzten Frist als Fälligkeitsdatum eingesetzt sei und anderseits der Datenträger innert dieser Frist der Post übergeben werde. Vorliegend habe die mit der Überweisung des Kostenvorschusses beauftragte Bank zwar den Datenträger am 29. Dezember 2000 der Post übermittelt; indes sei für die Zahlung als Fälligkeitsdatum der 4. Januar 2001 eingesetzt gewesen, weshalb der Kostenvorschuss nicht rechtzeitig geleistet worden sei. E.- S._ führt mit Eingabe vom 27. März 2001 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit den Anträgen, den Entscheid der Rekurskommission BVG vom 30. Januar 2001 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, das Beschwerdeverfahren fortzusetzen; eventuell sei die bis zum 3. Januar 2001 gesetzte Frist "als unangemessen zu erklären" und um mindestens drei Tage zu verlängern, subeventuell sei die Verfügung der Stiftung Auffangeinrichtung BVG "als unrechtmässig zu erklären". Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG (Zweigstelle Winterthur) hat sich vernehmen lassen, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen. Die Beschwerdekommission BVG sowie das Bundesamt für Sozialversicherung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. 