Faits: A. Par jugement du 1er juin 2012, le Tribunal d'application des peines et des mesures genevois (ci-après: TAPEM) a rejeté les requêtes en allocation au lésé de X._ et de Y._. B. Le 25 septembre 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel formé par X._ et Y._ contre ce jugement. En substance, il ressort les éléments suivants de cet arrêt. Le 25 juin 2010, la Cour correctionnelle genevoise a condamné A._ à une peine privative de liberté de trois ans, onze mois et douze jours, pour abus de confiance aggravés, faux dans les titres et gestion déloyale aggravée commis en sa qualité de gérant de fortune au détriment de nombreux clients dont X._ et Y._, constitués parties civiles dans la procédure qui en comptait trente-sept. La cour correctionnelle a fait droit aux conclusions civiles déposées par un grand nombre de parties civiles ayant fait constater leurs créances par le biais de conclusions en condamnation ou moyennant des conclusions d'accord résultant de transactions passées avec le condamné. La cour correctionnelle a procédé à l'allocation aux lésés en ayant fait la demande et remplissant les conditions de l'art. 73 CP, d'un montant de 10'204'835 fr., (correspondant à une créance compensatrice à concurrence de la valeur des biens connus de l'accusé de 600'000 fr. d'une part et, d'autre part, aux avoirs bancaires confisqués) lequel a été réparti au marc le franc. La cour correctionnelle a constaté que X._ et Y._ n'avaient pas pris de conclusion en allocation moyennant cession de leur créance à l'Etat à due concurrence, de sorte qu'ils n'ont pas fait partie des allocataires. Le dispositif de l'arrêt a en revanche donné acte à A._ de ce qu'il reconnaissait devoir à chacun d'entre eux la somme de 564'735 fr. 45, plus intérêts à 5% l'an du 16 décembre 1999 au 25 septembre 2007, conformément aux conclusions d'accord du 31 mai 2010 produites par leur conseil lors de l'audience de jugement. Après le rejet des recours déposés par le condamné, un tiers saisi et deux parties civiles autre que X._ et Y._, l'arrêt du 25 juin 2010 est devenu définitif et exécutoire. C. X._ et Y._ forment un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral contre l'arrêt du 25 septembre 2012. Ils concluent, principalement, à sa réforme en ce sens qu'une allocation au lésé leur est attribuée à concurrence chacun d'un montant de 564'735 fr. 45 sur la base des biens et avoirs saisis et de la créance compensatrice prononcée contre A._ ou à charge de l'Etat de Genève, en due proportion des allocations prononcées en faveur des autres parties lésées, acte leur étant donné qu'ils cèdent à l'Etat de Genève une part correspondante de leur créance pour tout montant effectivement recouvré. Subsidiairement, ils concluent à la constatation de la violation du principe de célérité et à l'allocation d'une indemnité de 10'000 fr. à la charge de l'Etat de Genève, réservant une action en responsabilité subséquente. Plus subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Ils requièrent par ailleurs l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures. 