Faits: A. N._ a été engagé par la société Y._ SA (aujourd'hui: X._ SA) en qualité de directeur du département financier international, avec entrée en fonction le 1er avril 1987. Le contrat de travail prévoyait le versement d'un salaire mensuel brut de 12'000 fr. ainsi que le droit à une gratification dont les modalités de versement seraient fixées ultérieurement. Les rapports de travail ont pris fin le 30 avril 1988 pour des raisons médicales. B. Y._ SA était détenue à 85 % par la société Z._. Le 8 janvier 1987, N._ a conclu avec cette société les conventions suivantes: - un contrat d'option (intitulé « droit d'emption ») pour l'achat de 500 actions au porteur - libérées alors à 40 % - de Y._ SA d'une valeur nominale de 100 fr. Le droit pouvait être exercé, en tout ou en partie, au cours de la période courant du 1er avril 1987 au 31 mars 1990, au prix de 40 fr. par action; - une convention d'actionnaires (« contrat de pool »), par laquelle N._ s'engageait à vendre ses actions de Y._ SA aux cosignataires de la convention, dans l'éventualité où il quitterait définitivement son emploi auprès de Y._ SA; - une « convention sur actions », par laquelle N._ accordait à Z._ un droit de préemption sur les actions de Y._ SA, au cas où il aurait l'intention d'aliéner, à titre gratuit ou onéreux, tout ou partie d'entre elles, et un droit d'emption sur lesdites actions, en cas de cessation des fonctions au sein de Y._ SA pour quelque motif que ce soit, y compris la retraite, l'invalidité ou le décès. Le 6 avril 1987, N._ a également conclu avec la société fiduciaire W._ - laquelle agissait « à titre fiduciaire et pour le compte de l'un de ses clients » - un contrat d'option pour l'achat de 15 actions au porteur de Z._ d'une valeur nominale de 100 fr. Le droit pouvait être exercé, en tout ou en partie, au cours de la période courant du 1er avril 1987 au 31 mars 1990, au prix de 1'420 fr. par action. Le 29 avril 1988, N._ a signifié à Z._ qu'il exerçait son droit d'option sur les 500 actions de Y._ SA. Simultanément, il a notifié à W._ qu'il exerçait son droit d'option sur les 15 actions de Z._. C. L'exécution des contrats d'option des 8 janvier et 6 avril 1987 a donné lieu à litige, Z._ et W._ considérant que le contrat de travail et toutes les conventions annexes étaient nuls, dès lors qu'ils avaient été conclus sous l'emprise de vices de volonté (dol et erreur essentielle), N._ ayant caché à Y._ SA l'existence de problèmes de santé. Le litige a alors été soumis à l'arbitrage. Par sentence arbitrale du 19 août 1991, confirmée le 10 mars 1992 par la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Z._ et W._ ont été condamnées à remettre à N._, contre le versement du prix convenu, respectivement les 500 actions de Y._ SA et les 15 actions de Z._. D. Z._ et W._ ont déclaré ne pas être en mesure d'exécuter le jugement arbitral du 19 août 1991, pour le motif que les actions litigieuses n'avaient pas d'existence matérielle. Elles ont également rappelé à N._ que la fin des rapports de travail entraînait ex contractu la restitution - contre indemnité équitable - des actions qu'il avait acquises. Ce dernier point à donné lieu à une nouvelle procédure arbitrale. Par sentence partielle du 8 mai 1995, confirmée le 10 janvier 1996 par la Chambre des recours du Tribunal cantonal, le Tribunal arbitral a constaté que le droit pour N._ de devenir actionnaire était lié à sa qualité de travailleur au sein de Y._ SA et qu'il était tenu de rendre toutes les actions acquises pendant les rapports de travail à Z._, respectivement W._, à la fin de ceux-ci. A la suite de cette première décision, le Tribunal arbitral a fait réaliser deux expertises comptables aux fins de déterminer la valeur économique des actions au 30 avril 1988. Par sentence arbitrale du 19 septembre 2003, confirmée le 22 janvier 2004 par la Chambre des recours du Tribunal cantonal, le Tribunal arbitral a condamné Z._ et W._ à payer à N._ respectivement les sommes de 570'000 fr. (sous déduction de la somme de 50'000 fr.) et 240'000 fr. (sous déduction de la somme de 21'300 fr.), avec intérêts à 5 % l'an dès le 19 juin 1992. E. Par courrier du 2 octobre 2003 adressé à la Caisse AVS de la Fédération patronale vaudoise (ci-après: la caisse de compensation), X._ SA s'est enquise de savoir si les indemnités qu'il y avait lieu de verser à N._ étaient soumises à cotisations sociales. Par décision du 9 mars 2004, la caisse a réclamé la somme de 88'126 fr. 90 - dont 37'304 fr. 35 pour la « part employé » - au titre de cotisations à payer sur la valeur des actions remises à N._. L'opposition formée par N._ contre cette décision a été rejetée le 5 mai 2004. F. Par jugement du 6 juillet 2007, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a admis le recours formé le 7 juin 2004 par N._ et annulé la décision attaquée, motif pris que la créance de cotisations était prescrite. G. La caisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. N._ conclut au rejet du recours, tandis que X._ SA et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. 