Fatti: A. A.a In seguito alla nascita delle due figlie, B._, di professione consulente per l'alimentazione, ha beneficiato di un congedo maternità non pagato dal 1999 all'agosto 2003. Al rientro dal congedo e dopo avere subito, a causa di un malessere, un incidente stradale (senza traumi importanti), l'interessata è stata dichiarata inabile al lavoro dal 1° ottobre 2003. Il 12 novembre 2004 ha presentato una domanda di prestazioni AI. A.b Allo scopo di chiarire la situazione, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha disposto due perizie a cura del dott. E._, neurologo, e del dott. T._, specialista in psichiatria e psicoterapia presso l'Istituto X._. Dal punto di vista neurologico, l'interessata è stata ritenuta pienamente abile al lavoro, senza alcuna riduzione di rendimento, nella sua precedente attività professionale come pure in ogni altra attività. Dal profilo psichiatrico, il dott. T._, dopo avere posto la diagnosi di distimia (ICD10-F34.1), nel suo referto del 6 dicembre 2005 ha rilevato una diminuzione del rendimento del 30% nell'attività di casalinga e un'incapacità lavorativa dell'80% in qualsiasi occupazione lucrativa, osservando che la ripresa dell'attività lucrativa avrebbe determinato un sovraccarico dell'assicurata nel suo doppio ruolo di madre e di impiegata con influsso negativo sulla situazione psichica. Per l'ipotesi di una ripresa dell'attività lucrativa, il perito ha precisato che l'assicurata avrebbe comunque dovuto essere sgravata da un aiuto domestico. 