Faits: A. Y._, propriétaire de deux parcelles au lieu-dit "R._" à ..., a décidé de construire, sur l'une d'elles, un chalet, avec un parking et un accès couverts. Pour ce faire, il s'est associé les services de l'atelier d'architecture V._ SA pour la conception du projet, et de l'ingénieur civil A._, pour la direction des travaux. B._ avait pour tâche de surveiller ceux-ci. Par contrat des 13/19 mai 2004, le maître de l'ouvrage a confié à X._ SA les travaux de maçonnerie pour un montant de 2'051'249 fr.55 net, TVA comprise. Le contrat renvoyait à diverses normes SIA, entre autres à la norme 118. Pour ces travaux en particulier, les parties ont décidé d'arrêter la rémunération de l'entrepreneur selon un système de prix unitaires fermes. Entre autres frais, le coût de l'installation du chantier a été arrêté en bloc à 100'000 fr. En cours de chantier, V._ SA et A._, qui étaient investis du pouvoir de commander des ouvrages, ont chargé X._ SA d'exécuter des travaux supplémentaires sans en arrêter le prix (travaux en régie). X._ SA a ?uvré pour la dernière fois sur le chantier au début du mois de décembre 2005. L'entrepreneur a adressé ses factures, en fonction de l'avancement des travaux, entre le 13 juillet 2004 et le 20 décembre 2005. A cette dernière date, il a présenté un récapitulatif des factures présentant un solde de 2'080'062 fr. 67, rectifié à 2'134'100 fr. 64 le 6 juin 2006, en sa faveur. Le maître de l'ouvrage s'est acquitté de divers acomptes, mais a contesté, partiellement ou totalement, plusieurs factures. En particulier, il a contesté celle du 24 mai 2005 relative à la maçonnerie, d'un montant total de 434'490 fr.95, en ce qui concerne le poste complément d'installation de chantier pour un montant de 50'000 fr., hors TVA. B. Le 2 mars 2006, X._ SA a saisi le juge du district de Sierre d'une requête tendant à l'annotation provisoire d'une hypothèque légale de l'entrepreneur d'un montant de 2'080'62 fr. 67 sur les deux immeubles du maître de l'ouvrage. Par décision du 2 mars 2006, le juge a admis à titre superprovisoire la requête. Le même jour, le registre foncier a inscrit l'hypothèque, conformément à la décision du juge. Le 28 mars 2006, le juge a confirmé l'annotation de l'inscription provisoire de l'hypothèque légale jusqu'à l'entrée en force du jugement au fond et fixé un délai de trois mois à X._ SA pour ouvrir action sur le fond. Le 20 juin 2006, X._ SA a ouvert action devant le juge du district de Sierre à l'encontre de Y._. Lors du débat final, l'entrepreneur a conclu à ce que le défendeur soit condamné à lui payer le montant total de 2'114'524 fr. 29, sous imputation de 1'699'517 fr. 75 déjà versé par le maître de l'ouvrage en date du 3 octobre 2007, et à ce que l'hypothèque légale soit inscrite définitivement à charge des deux parcelles à concurrence de 415'006 fr. 54. Le maître de l'ouvrage a conclu au rejet de la demande. Par jugement du 23 février 2010, la Cour civile II du Tribunal cantonal valaisan, après avoir examiné chacune des factures contestées, a condamné Y._ à payer à X._ SA 329'609 fr. 95 avec intérêts à 5% dès le 20 février 2006, ainsi que 137'358 fr. 30 (montant en capital représentant les intérêts, non encore acquittés, sur la somme de 1'699'517 fr. 75 déjà payée par le maître de l'ouvrage). Concernant le poste contesté de 50'000 fr. (seul restant litigieux devant le Tribunal fédéral), la cour cantonale a estimé que cette dépense supplémentaire, alléguée par l'entrepreneur, ne pouvait être mise à la charge du maître de l'ouvrage. L'autorité précédente a encore précisé que X._ SA pouvait requérir, sur présentation du jugement cantonal muni d'une attestation d'entrée en force, en sa faveur et à titre définitif, l'inscription d'une hypothèque au sens de l'art. 837 al. 1 ch. 3 CC d'un montant de 329'609 fr. 95, avec les intérêts correspondants, à charge d'une des parcelles. C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement du 23 février 2010. Elle conclut à l'admission du recours et, principalement, à ce que Y._ soit condamné à lui verser le montant de 379'259 fr. 95 (somme accordée par la cour cantonale + montant litigieux), ainsi que la somme de 137'358 fr.30 et à ce que l'inscription de l'hypothèque légale puisse porter sur le montant correspondant, subsidiairement, au renvoi du dossier à la cour cantonale, le tout sous suite de frais et dépens. L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, sous suite de frais et dépens. 