A.- Die 1945 geborene, von ihrem Ehemann getrennt lebende W._ bezog seit 1. Oktober 1994 als Teilinvalide (Invaliditätsgrad 50 %) eine halbe Ehepaar-Altersrente. Am 14. August 1998 meldete sie sich zum Bezug einer Ergänzungsleistung an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen ermittelte unter Anrechnung u.a. eines hypothetischen Erwerbseinkommens von Fr. 16 290. - einen Einnahmenüberschuss von Fr. 6965. - im Jahr, weshalb sie das Gesuch um Ausrichtung einer Ergänzungsleistung mit Wirkung ab 1. August 1998 ablehnte (Verfügung vom 29. Oktober 1998). B.- W._ liess beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen Beschwerde führen mit dem sinngemässen Antrag auf Aufhebung der Kassenverfügung und Zusprechung einer Ergänzungsleistung. Mit der Replik reichte sie ein Arztzeugnis des Dr. med. S._ vom 1. März 1999 ein. Mit Entscheid vom 30. September 1999 hiess das Versicherungsgericht die Beschwerde in dem Sinne gut, dass es die angefochtene Verfügung aufhob und die Sache an die Verwaltung zurückwies, damit diese, nach ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen, über den Ergänzungsleistungsanspruch neu verfüge. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die Sozialversicherungsanstalt, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben. Während W._ dem Sinne nach auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherung auf eine Vernehmlassung. 