Sachverhalt: A. A.a Mit Quittung vom 21. Mai 1990 bestätigte B._ (Beklagte und Beschwerdegegnerin), dass sie von der X._ AG ein Darlehen von Fr. 85'000.-- erhalten hat. Am 23. Juni 1993 trat die X._ AG, handelnd durch A._ (Kläger und Beschwerdeführer) als einzelzeichnungs-berechtigtes Verwaltungsratsmitglied, das "Darlehen gemäss Bilanz per 31.12.1992 (...) sofort und unwiderruflich" an A._ ab; dies gegen "Verrechnung" mit einem Guthaben von A._ gegenüber der X._ AG. Am 31. Januar 1994 wurde die X._ AG von Amtes wegen als aufgelöst erklärt. Am 2. Juni 1994 wurde über sie der Konkurs eröffnet und das Verfahren am 16. Juni 1994 mangels Aktiven eingestellt. Am 12. Dezember 1995 wurde die Gesellschaft im Handelsregister gelöscht. A.b Am 4. Juli 2000 unterzeichneten der Kläger als Darlehensgeber und die Beklagte als Darlehensnehmerin einen Vertrag mit folgendem Wortlaut: "1. Der Geber gewährt dem Nehmer ein Darlehen im Total-Betrage von CHF 60'000.- (sechzig-tausend). Dieses Darlehen ersetzt dasjenige vom 21. Mai 1990. Beginn 1. Juli 2000. 2. Als Sicherheit erhält der Geber folgenden an ihn abgetretenen Inhaber-Schuldbrief: Ein Inhaber-Schuldbrief im Betrage von Fr. 50'000.- im 5. Rang auf Grundstück Nr. X Rest Y. Bei Verkauf des Unterpfandes wird dieses Darlehen inkl. Zinsen sofort zur Zahlung fällig. 3. Diese Sicherheit wird erst nach vollständiger Bezahlung des Darlehens inkl. Zinsen vom Geber zurückgegeben. 4. Der Jahreszins beträgt Basis 1. Hypothek Bank Y._, derzeit 4.5% und ist unaufgefordert, vierteljährlich in BAR fällig, erstmals per 30.9.2000. 5. Dieses Darlehen kann nicht mit event. Gegenforderungen verrechnet werden, und der Nehmer betrachtet dies als unwiderrufliche Schuldanerkennung. 6. Die Rückzahlung hat folgendermassen zu erfolgen (ausgenommen Punkt 2): Der Darlehensbetrag inkl. Rest-Zinsen bis spätestens 31.12.2005. Teil-Amortisationszahlungen mindestens CHF 1'000.-, pro Quartal. 7. Sollte der Nehmer mit dem Darlehen oder Zinsen, wenn auch nur teilweise, in Zahlungsverzug geraten, wird die gesamte Forderung sofort zur Zahlung fällig. 8. Der Gerichtsstand ist der Wohnsitz des Gebers. [...]" Die per 30. September und 31. Dezember 2000 in Rechnung gestellten Amortisationen und Zinsen wurden von der Beklagten bezahlt. In der Folge machte die Beklagte aber Liquiditätsschwierigkeiten geltend und bat um Stundung der Amortisationen und um Teilerlass der Forderung. Am 18. Februar 2009 liess die nunmehr anwaltlich vertretene Beklagte den Bestand der Darlehensforderung bestreiten. Im Rahmen der anschliessenden Korrespondenz zwischen den Rechtsvertretern der Parteien konnte keine Einigung erzielt werden. B. B.a Mit Klage vom 29. April 2010 beantragte der Kläger dem Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland, es sei die Beklagte zur Zahlung folgender Beträge zu verurteilen: Fr. 58'000.-- nebst Zins zu 5% seit 30. Juni 2009; Fr. 653.-- nebst Zins zu 5% seit 20. April 2009; Fr. 653.-- nebst Zins zu 5% seit 1. Juli 2009; Fr. 653.-- nebst Zins zu 5% seit 30. September 2009; Fr. 653.-- nebst Zins zu 5% seit 31. Dezember 2009; Fr. 653.-- nebst Zins zu 5% seit 31. März 2010 (ergänzt in Replik); Fr. 653.-- nebst Zins zu 5% seit 1. Juli 2010 (ergänzt in Replik); Fr. 653.-- nebst Zins zu 5% seit 30. September 2010 (ergänzt in Replik). Mit Entscheid vom 18. Januar 2011 hiess das Kreisgericht die Klage teilweise gut und verurteilte die Beklagte, dem Kläger Fr. 58'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 30. Juni 2009, Fr. 1'306.-- nebst Zins zu 5 % seit 14. August 2009 sowie Fr. 100.-- Zahlungsbefehlskosten zu bezahlen. B.b Mit Berufung vom 1. April 2011 beantragte die Beklagte dem Kantonsgericht St. Gallen, es sei der Entscheid des Kreisgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen. Mit Entscheid vom 29. August 2011 hiess das Kantonsgericht die Berufung gut, hob den Entscheid des Kreisgerichts auf und wies die Klage ab. Das Kantonsgericht kam zum Schluss, dass die Parteien mit dem Vertrag vom 4. Juli 2000 die Darlehensrückforderung novieren wollten, welche die X._ AG am 23. Juni 1993 an den Kläger abgetreten hat. Nach Auffassung der Vorinstanz ist das der Forderungsabtretung zugrunde liegende Verpflichtungsgeschäft (pactum de cedendo) ungültig, da der Kläger als Verwaltungsrat der Gesellschaft sich selbst als Vertragspartner gegenüberstand (Insichgeschäft). Daraus folgt nach Auffassung der Vorinstanz, dass auch das Verfügungsgeschäft ungültig ist, da die Zession als kausales Rechtsgeschäft vom Bestand eines gültigen Grundgeschäfts abhänge. Die Vorinstanz kam zum Schluss, der Kläger sei nie Gläubiger einer Darlehensrückforderung geworden; es liege somit keine Forderung vor, die noviert werden konnte, weshalb der Vertrag vom 4. Juli 2000, auf den der Kläger seine Klage stützt, unwirksam sei. Für die Vorinstanz ist zudem nicht rechtsmissbräuchlich, dass sich die Beklagte erst 18 Jahre nach der Forderungsabtretung auf deren Ungültigkeit beruft. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und es sei die Beschwerdegegnerin entsprechend dem Entscheid des Kreisgerichts Werdenberg-Sarganserland vom 18. Januar 2011 zu verurteilen, dem Kläger Fr. 58'000.-- nebst 5 % Zins seit 30. Juni 2009, Fr. 1'306.-- nebst 5 % Zins seit 14. August 2009 sowie Fr. 100.-- Zahlungsbefehlskosten zu bezahlen. Eventualiter sei die Streitsache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Präsidialverfügung vom 25. Oktober 2011 wurde das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. Am 22. Mai 2012 führte das Bundesgericht eine öffentliche Urteilsberatung durch. 