Faits: A. Par décision du 3 octobre 2008, l'office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève (ci-après: l'OCAI) a alloué à C._ une rente d'invalidité de 853 fr. par mois à partir du 1er novembre 2008, fondée sur un taux d'invalidité de 60%. Par lettre du 10 novembre 2008, adressée par fax à l'OCAI, l'assuré a contesté la décision du 3 octobre 2008. Par courrier du 11 novembre 2008, l'OCAI a transmis cette correspondance au Tribunal cantonal des assurances sociales de Genève comme objet de sa compétence. B. Ainsi saisi, le tribunal des assurances a constaté que l'écriture du recourant n'était pas signée en original et lui a imparti un délai au 24 novembre 2008 pour qu'il retourne l'acte de recours dûment signé. Par jugement du 10 décembre 2008, le tribunal des assurances a déclaré irrecevable le recours de l'assuré, au motif que ce dernier n'avait pas retourné l'acte de recours signé en original dans le délai fixé. C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert implicitement l'annulation. Dans son recours, il prétend avoir envoyé à l'OCAI l'acte de recours cantonal signé en original le 20 novembre 2008. En outre, il demande à être dispensé de l'avance de frais. Invité à se déterminer sur le recours, l'OCAI conclut à son rejet, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas prononcé. Interpellé par le Tribunal fédéral, l'OCAI a produit l'acte de recours de C._ contre sa décision du 3 octobre 2008 signé en original ainsi que l'enveloppe dans laquelle il avait été envoyé, munie du sceau de la poste attestant de sa remise à l'office postal le 20 novembre 2008. 