Faits: A. Le 13 novembre 2008, X._ a porté plainte contre Y._. Elle lui reprochait de lui avoir transmis le papillomavirus humain (HPV), maladie qu'elle avait contractée lors de leurs relations sexuelles. Ils auraient notamment entretenu un rapport non protégé le 25 octobre 2007 alors que son partenaire l'avait préalablement assurée qu'il n'était porteur d'aucune maladie sexuellement transmissible. B. Par ordonnance du 19 août 2010, le juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne a refusé de donner suite à la requête de X._ tendant à l'administration de nouvelles mesures d'instruction et a rendu une ordonnance de non-lieu dans l'enquête ouverte pour lésions corporelles simples par négligence et propagation d'une maladie de l'homme. C. Par arrêt du 28 septembre 2010, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a confirmé cette ordonnance. D. X._ forme un recours en matière pénale. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour complètement de l'instruction et nouvelle décision. Elle demande également l'assistance judiciaire. Invitée à se déterminer, l'autorité cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. Le Ministère public et l'intimé ont conclu au rejet du recours. 