Faits: A. X._ a été domicilié à Conthey jusqu'à fin 2008. Durant l'année 2006, il a travaillé en qualité de directeur auprès de la société X._ SA à Fribourg. Il a effectué les déplacements entre son domicile et son lieu de travail en voiture privée. Dans sa déclaration pour l'impôt fédéral direct, l'impôt cantonal et communal de la période 2006, il a demandé la déduction de 31'159 fr. soit 25'625 fr. de frais de voiture (soit 220 j. x 250 km x 47 ct.), 3'000 fr. de frais de repas hors domicile et 2'534 fr. pour les autres dépenses professionnelles. Par décision de taxation du 9 mai 2008, la Commission d'impôt de district de Conthey n'a admis que 17'524 fr. de dépenses professionnelles, soit 2'990 fr. de frais de transports publics, 3'000 fr. de frais de repas hors domicile, 3'000 fr. de frais de deuxième repas principal hors domicile, 6'000 fr. de frais de logement et 2'534 fr. pour les autres dépenses professionnelles. Le revenu imposable a été arrêté à 55'109 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 54'959 fr. pour l'impôt fédéral direct. Par décision du 24 septembre 2008, la Commission d'impôt de district de Conthey a rejeté la réclamation déposée par l'intéressé, par laquelle il demandait derechef la déduction intégrale des frais exposés dans la déclaration. L'intéressé a interjeté recours contre cette décision auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). B. Par décision du 20 mai 2009, la Commission de recours a partiellement admis le recours et fixé le revenu imposable à 51'787 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 51'637 fr. pour l'impôt fédéral direct. La distance séparant le domicile du contribuable de son lieu de travail était trop grande pour que des déplacements journaliers puissent être considérés comme appropriés. Par conséquent, il fallait admettre la déduction des frais de logement et de deux repas principaux à Fribourg ainsi que les frais de transports pour les trajets hebdomadaires entre Conthey et Fribourg. Les horaires de transports publics le lundi matin et le vendredi soir étant défavorables entre Conthey et Fribourg, on ne pouvait exiger du contribuable qu'il emprunte les transports publics entre son domicile et son lieu de travail. Il n'avait en outre pas prouvé qu'il devait utiliser son véhicule privé sur son lieu de travail, de sorte que l'on pouvait exiger de lui qu'il se rende en véhicule privé de Conthey à Sion, puis de Sion à Fribourg en train, ce qui conduisait à lui accorder une déduction pour les déplacements hebdomadaires en voiture entre Conthey et Sion (5 km x 2 j. x 48 sem. x 65 ct. soit 312 fr.), pour l'abonnement général entre Sion et Fribourg (3'100 fr.) et pour la location d'une place de parc à la Gare de Sion. Constatant que la déduction des frais de véhicule privé entre Conthey et Sion s'élevait à 312 fr. et ne couvrait pas les 600 fr. annuels de location de la place de parc de Sion, la Commission de recours a spontanément accordé une déduction, "tout bien considéré", de 500 fr. pour dite location en sus des 312 fr. de frais kilométriques forfaitaires. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral d'annuler le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct et de fixer le revenu imposable à 52'137 fr. Elle conteste la déduction de 500 fr. accordée spontanément par la Commission de recours. Selon elle, pareille déduction viole le système des forfaits de l'art. 26 LIFD, parce qu'elle revient à l'admettre une fois en frais effectifs et une fois en frais forfaitaires. La Commission de recours conclut au rejet du recours sous suite de frais. L'intéressé fait observer que ses frais effectifs en 2006 ont été plus élevés que les frais forfaitaires acceptés. Le Service cantonal des contributions conclut à l'admission du recours. 