Faits: A. Le 25 août 2011, A._, B._ et C._ se sont constituées parties plaignantes, à la suite du décès de leur époux et père. E._ est décédé le 19 juillet 2011, à l'âge de 69 ans, au Service des soins intensifs des Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG) en raison d'un manque d'oxygénation du cerveau consécutif à une perte de connaissance. Trois jours plus tôt, il avait été admis aux HUG après qu'un véhicule de marque Fiat qu'il réparait en compagnie de D._ lui était tombé sur la tête et l'avait plongé dans le coma. Entendu par la police le jour même du décès, D._ a expliqué qu'il avait endommagé le véhicule de sa fille au début du mois de juillet 2011. Il en avait parlé incidemment avec E._, un voisin qui bricolait régulièrement des voitures dans son parking et qui lui avait proposé son aide. Une semaine après l'accident, ils avaient démonté ensemble le pare-chocs de la voiture afin d'envoyer la pièce en réparation. Lors de cette opération, ils avaient utilisé le cric de la voiture en question et un autre cric, apporté par E._. Ils avaient également placé deux chandelles rouges sous la voiture. Une fois le pare-chocs réparé, ils s'étaient entendus pour le remonter le 16 juillet au matin. Ce jour-là, E._ avait pris la direction des travaux, s'était procuré deux crics qu'ils avaient placés de part et d'autre du véhicule; au moment où ils commençaient à les déployer, la voiture avait failli tomber, car E._ avait actionné son cric trop rapidement, déséquilibrant la Fiat. Ils avaient alors recommencé et surélevé simultanément les deux côtés de la voiture. E._ avait ensuite disposé, sous chaque cric, deux plaquettes en bois de deux centimètres d'épaisseur chacune, afin que le véhicule soit plus élevé. Ils avaient ensuite, chacun de leur coté, enlevé les roues avant du véhicule. D._ avait demandé à E._ de mettre les trépieds, mais ce dernier avait refusé car "cela irait vite". D._ s'était couché sous la voiture pour remonter le pare-chocs, E._ lui passant les vis depuis l'extérieur. Environ dix minutes plus tard, il s'était souvenu que sa propre voiture était stationnée en zone bleue. Il avait alors pris le trousseau de clés se trouvant sur le contact et était sorti du parking. Lorsqu'il était revenu, E._ était couché sur le dos, sous la voiture. Il avait alors ouvert la portière et remis les clés sur le contact et refermé doucement la porte. Il s'était ensuite dirigé vers son voisin qui vissait le pare-chocs. A ce moment là, E._ se trouvait sur le côté droit. Soudain, le véhicule avait basculé du côté conducteur et avait heurté l'épaule de D._. Celui-ci avait vu son voisin sous la voiture et avait tenté de soulever le véhicule à la main puis à l'aide d'un cric. N'y parvenant pas, il était sorti pour appeler les secours mais avait oublié son téléphone portable et ses clés. Arrivé devant l'immeuble, il avait croisé deux jeunes gens qui avaient appelé les secours. Sur demande du Ministère public, la Brigade de police technique et scientifique a rendu un rapport photographique le 10 août 2011. Par lettre du 1er septembre 2011, A._, B._ et C._ ont contesté que le défunt se rendait dans son parking souterrain pour réparer des voitures et indiqué qu'il n'avait jamais eu de crics en métal gris dans son box. Elles estimaient qu'il était nécessaire qu'une inspection des lieux et une reconstitution des faits soient conduites. Elles ont aussi demandé que le véhicule, les deux crics métalliques de couleur grise, le cric métallique de couleur noire ainsi que deux trépieds métalliques de couleur rouge soient séquestrés. Elles ont également requis d'identifier les deux jeunes gens qui avaient appelé les secours et d'investiguer sur le déroulement des faits entre l'appel et l'arrivée des secours. Elles ont réitéré leurs demandes les 19 septembre, 10 octobre et 9 décembre 2011. Le 13 janvier 2012, le Ministère public a ordonné la mise sous séquestre des crics ayant servi à soulever le véhicule Fiat, les plaquettes en bois disposées sous les crics, les deux chandelles rouges utilisées pour le démontage du pare-chocs, ainsi que les outils utilisés. Par ordonnance du 28 juin 2012, le Ministère public du canton de Genève a classé la procédure ouverte contre inconnu du chef d'homicide par négligence. B. Par arrêt du 23 octobre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours de A._, B._ et C._ contre l'ordonnance de classement. La Cour de justice a considéré que les recourantes n'avaient pas rendu vraisemblable que l'intimé ait eu une quelconque responsabilité pénale, ni qu'il ait eu une position de garant, que ce soit en vertu d'un contrat de mandat gratuit, d'une communauté de risques ou de la création d'un risque. Elle a déclaré irrecevable le grief d'omission de prêter secours, les recourantes n'ayant pas porté plainte de ce chef. Enfin, elle a écarté le grief de violation du principe de célérité au motif que, compte tenu de la complexité du cas, les délais dans lesquels sont intervenus les actes d'instruction n'étaient pas excessifs. C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._, B._ et C._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt cantonal, d'ordonner au Ministère public genevois la reprise de la procédure, en particulier de procéder à une reconstitution des faits, d'auditionner des témoins et de recueillir le rapport d'intervention des secours; de mettre en prévention D._ et de dire que le Ministère public du canton de Genève a violé le principe de célérité. Elles invoquent une violation du principe in dubio pro duriore (art. 310 al. 1 CPP) en lien avec l'art. 117 CP, des art. 29 al. 1 Cst. et 5 CPP ainsi que l'arbitraire dans la constatation des faits. Dans ses observations, l'intimé conteste partiellement les faits tels que rapportés par la Cour de justice et soutient qu'une reconstitution ne permettrait pas d'apporter de réponses fiables; il conteste pour le surplus qu'il ait eu une position de garant. Les recourantes précisent dans leur réplique que les faits nouveaux présentés par l'intimé sont irrecevables pour défaut de motivation, que le dépôt de pièces nouvelles est également irrecevable et qu'enfin seule une reconstitution des faits aurait permis de vérifier si la version de faits donnée par l'intimé, après qu'il eut appris le décès de E._, était soutenable. Le Ministère public indique ne pas avoir d'observations à formuler. La Cour de justice se réfère à son arrêt. 