Sachverhalt: A. Die Kantonspolizei Aargau stellte am frühen Morgen des 7. August 2009 fest, dass X._ in angetrunkenem Zustand ein Auto gelenkt hatte und nahm ihm, nach positivem Atemlufttest, den Führerausweis ab. Nach dem Bericht des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Bern vom 13. August 2009 betrug die Blutalkoholkonzentration im Zeitpunkt der Fahrt zwischen 0,84 und 1,37 Gewichtspromillen. Am 5. Oktober 2009 verfügte das Strassenverkehrsamt des Kantons Zug auf unbestimmte Zeit den vorsorglichen Entzug des Führerausweises aller Kategorien gegen X._. Zur Begründung führte es im Wesentlichen an, diesem sei der Führerausweis bereits zweimal wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand entzogen worden, nämlich am 18. Oktober 2000 für zwei Monate und am 25. Oktober 2002 für 14 Monate, wobei die ursprüngliche Entzugsdauer von 21 Monaten wegen der ärztlich kontrollierten Alkoholabstinenz verkürzt worden sei. Da er nun innert zehn Jahren ein drittes Mal in alkoholisiertem Zustand gefahren sei, bestehe der erhebliche Verdacht, dass bei ihm eine Alkoholproblematik vorliege, womit Zweifel an seiner Fahreignung bestünden. Diese sei vom Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich (IRMZ) abzuklären, worauf über einen allfälligen Sicherungsentzug zu entscheiden sei. B. Am 15. Januar 2010 wies der Vorsitzende der Verwaltungsrechtlichen Kammer des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug das Gesuch von X._ um sofortige Wiedererteilung des Führerausweises ab. Er erwog, einer Beschwerde gegen einen Sicherungsentzug sei, vorbehältlich besonderer, vorliegend nicht erfüllter Umstände, in der Regel die aufschiebende Wirkung zu verweigern. Es bestünden erhebliche Zweifel an der Fahreignung von X._, welche einer Wiedererteilung des Führerausweises diametral entgegenstünden. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen verwaltungsgerichtlichen Entscheid aufzuheben und ihm den Führerausweis unverzüglich wieder auszuhändigen. Die Sache sei an das Strassenverkehrsamt zurückzuweisen mit der Anweisung, das Administrativerfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Strafverfahrens zu sistieren. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. C. In seiner Vernehmlassung beantragt der Vorsitzende der Verwaltungsrechtlichen Kammer des Verwaltungsgerichts, die Beschwerde abzuweisen. Gegen die Sistierung des Administrativverfahrens sei nichts einzuwenden, nur könne dies nicht dazu führen, X._ den Führerausweis vor dessen Abschluss wieder auszuhändigen. Das Strassenverkehrsamt Zug und das ASTRA verzichten auf eigene Stellungnahmen und schliessen sich der verwaltungsgerichtlichen Vernehmlassung an. X._ hält in der Replik an der Beschwerde fest. 