Sachverhalt: A. X._ soll am 2. April 2011 mit seinem Ducati-Motorrad, Kennzeichen A._, eine grobe Verkehrsregelverletzung begangen haben, indem er die zulässige Höchstgeschwindigkeit ausserorts von 80 km/h um 43 km/h überschritt. B. Die Staatsanwaltschaft Obwalden verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 4. Juli 2011 wegen grober Verkehrsregelverletzung zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 150.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren sowie zu einer Busse von Fr. 600.--. Auf Einsprache hin erhob die Staatsanwaltschaft Obwalden weitere Beweise und verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 2. Dezember 2011 erneut wegen grober Verkehrsregelverletzung zur gleichen Strafe. Dagegen reichte X._ wiederum Einsprache ein. Das Kantonsgerichtspräsidium des Kantons Obwalden bestätigte am 12. April 2012 den Schuldspruch ebenso wie das Strafmass. Die Berufung von X._ wies das Obergericht des Kantons Obwalden am 11. April 2013 ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, er sei vom Vorwurf der groben Verletzung von Verkehrsregeln freizusprechen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Obwalden vom 11. April 2013 aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es seien keine Gerichtskosten zu erheben und der Kanton Obwalden sei zu verpflichten, ihm eine angemessene Entschädigung zu bezahlen. In seiner Vernehmlassung vom 23. Oktober 2013 beantragt das Obergericht des Kantons Obwalden die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Obwalden verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Stellungnahme vom 15. November 2013 hält X._ an seinen Anträgen fest. 