Faits: A. La société A._ SA, fondée en 1993 et ayant son siège social à B._, avait pour but l'exploitation d'un commerce de quincaillerie, d'articles ménagers, d'articles de loisir, de vente d'armes et d'explosifs ainsi que de tous autres articles à usage domestique et de consommation courante. Son capital-actions, entièrement libéré, était de CHF 300'000.- et ses actionnaires étaient C._ pour 245 actions et D._ pour 55 actions. A fin 2003, le montant des pertes reportées liées à l'exploitation de A._ SA et admises par le fisc vaudois s'élevait à CHF 1'092'436.-. Le principal créancier de la société A._ SA était son actionnaire principal C._. Selon modification de ses statuts du 1er décembre 2003, A._ SA a changé sa raison sociale en X._ SA, transféré son siège social de B._ à E._, commune de E._, et transformé son but qui est devenu l'exploitation d'une pharmacie à E._. La société a par ailleurs repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la raison individuelle Z._, propriété de C._. Le montant du capital-actions et sa répartition n'ont pas été modifiés. Dans ses déclarations d'impôts cantonal et communal ainsi que d'impôt fédéral direct 2004 et 2005, X._ SA a indiqué un bénéfice d'exploitation de CHF 285'411.- pour 2004 et de CHF 289'992.- pour 2005. Elle a aussi fait valoir des pertes fiscales reportées à concurrence de CHF 1'092'436.- et déclaré un résultat négatif de respectivement CHF 807'025.- en 2004 et CHF 517'033.- en 2005. Par décisions de taxation du 15 décembre 2006, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) a refusé la déduction des pertes reportées et fixé le bénéfice imposable à CHF 285'411.- pour l'année 2004 et à CHF 289'992.- pour l'année 2005. A la suite des réclamations élevées le 11 janvier 2007 par X._ SA, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais a confirmé, par décisions du 6 février 2007, les taxations litigieuses. Elle a considéré que les pertes reportées découlant de l'activité de la quincaillerie, exploitée jusqu'au printemps 2003, ne pouvaient pas être reportées sur les résultats provenant de l'activité de X._ SA. En effet, A._ SA était liquidée de fait, ou économiquement, lorsqu'elle avait repris l'exploitation de la pharmacie, de sorte que la reprise de ses dettes était constitutive d'évasion fiscale. B. X._ SA a recouru contre les décisions du 6 février 2007. Statuant par décision unique du 23 septembre 2009, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission cantonale de recours) a partiellement admis les recours. Autorisant le report des pertes des exercices 1997 à 2003 à concurrence de CHF 1'092'436.- en 2004 et CHF 807'025.- en 2005, elle a fixé le bénéfice net imposable à zéro franc pour chacune des années fiscales considérées. Elle a retenu, en substance, qu'à l'occasion d'un entretien téléphonique du 22 mai 2003 entre D._ et un collaborateur du Service cantonal, celui-ci avait donné l'assurance à son interlocuteur que les pertes reportées pouvaient être prises en considération, de sorte que toutes les conditions du droit à la protection de la bonne foi étaient réalisées. Le Service cantonal et l'Administration fédérale des contributions ont recouru au Tribunal fédéral contre la décision du 23 septembre 2009 de la Commission cantonale de recours. Par arrêt du 6 septembre 2010 (causes 2C_99/2010 et 2C_107/2010), le Tribunal fédéral a annulé partiellement la décision attaquée, les conditions liées à l'exercice du droit à la protection de la bonne foi n'étant pas réunies, et renvoyé la cause à la Commission cantonale de recours afin qu'elle se prononce sur la déductibilité des pertes invoquées par X._ SA pour les périodes fiscales 2004 et 2005 en relation avec l'éventuelle existence d'un cas d'évasion fiscale. Par décision complémentaire du 19 janvier 2011, notifiée le 9 novembre 2011, la Commission cantonale de recours a admis partiellement le recours de X._ SA et fixé le bénéfice net imposable en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct à CHF 225'411.- pour l'année 2004 et à CHF 229'992.- pour l'année 2005. Elle a retenu en substance l'existence d'un cas d'évasion fiscale, mais a admis à titre de provisions pour impôt la déduction des charges fiscales générées par les bénéfices. C. Par acte du 12 décembre 2011, X._ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours du 19 janvier 2011. Elle requiert l'annulation de la décision précitée et le renvoi de la cause à la Commission cantonale de recours pour qu'elle réforme sa décision dans le sens des considérants, subsidiairement au Service cantonal pour qu'il établisse de nouveaux bordereaux de taxation dans le sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens. La Commission cantonale de recours a renoncé à déposer des observations et conclu au rejet du recours. Le Service cantonal ne s'est pas déterminé sur le recours. L'Administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours. La recourante a déposé d'ultimes observations le 21 mai 2012. 