Sachverhalt: Sachverhalt: A. Der 1950 geborene X._ stürzte am 8. Januar 1996 bei der Arbeit als Maurer vom Gerüst. Dabei verletzte er sich am unteren Sprunggelenk rechts. Unter anderem gestützt auf das Gutachten des Prof. Dr. med. O._, Chefarzt Orthopädie und Traumatologie des Bewegungsapparates Kantonsspital Y._, vom 30. Juni 2003 sprach die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) mit Verfügung vom 14. November 2003 X._ ab 1. August 1999 aufgrund einer Erwerbsunfähigkeit von 30 % eine Invalidenrente der Unfallversicherung zu. Mit Bericht vom 23. Oktober 2003 nahm der Regionale Ärztliche Dienst der IV-Stelle des Kantons Aargau, bei welcher sich X._ im Juni 1997 zum Leistungsbezug angemeldet hatte, zur Expertise des Prof. O._ Stellung. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2004 sprach sie dem Versicherten für die Zeit vom 1. Januar 1997 bis 31. Mai 1999 eine ganze und vom 1. Juni bis 31. Juli 1999 eine halbe Rente samt Zusatzrente für die Ehefrau und fünf Kinderrenten zu. Für die Zeit ab 1. August 1999 verneinte sie die Anspruchsberechtigung. Mit Einspracheentscheid vom 27. September 2005 bestätigte die IV-Stelle den Umfang des Rentenanspruchs sowie Beginn und Dauer der Leistung. A. Der 1950 geborene X._ stürzte am 8. Januar 1996 bei der Arbeit als Maurer vom Gerüst. Dabei verletzte er sich am unteren Sprunggelenk rechts. Unter anderem gestützt auf das Gutachten des Prof. Dr. med. O._, Chefarzt Orthopädie und Traumatologie des Bewegungsapparates Kantonsspital Y._, vom 30. Juni 2003 sprach die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) mit Verfügung vom 14. November 2003 X._ ab 1. August 1999 aufgrund einer Erwerbsunfähigkeit von 30 % eine Invalidenrente der Unfallversicherung zu. Mit Bericht vom 23. Oktober 2003 nahm der Regionale Ärztliche Dienst der IV-Stelle des Kantons Aargau, bei welcher sich X._ im Juni 1997 zum Leistungsbezug angemeldet hatte, zur Expertise des Prof. O._ Stellung. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2004 sprach sie dem Versicherten für die Zeit vom 1. Januar 1997 bis 31. Mai 1999 eine ganze und vom 1. Juni bis 31. Juli 1999 eine halbe Rente samt Zusatzrente für die Ehefrau und fünf Kinderrenten zu. Für die Zeit ab 1. August 1999 verneinte sie die Anspruchsberechtigung. Mit Einspracheentscheid vom 27. September 2005 bestätigte die IV-Stelle den Umfang des Rentenanspruchs sowie Beginn und Dauer der Leistung. B. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde des X._ hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. Juni 2006 den Einspracheentscheid auf und wies die Sache an die IV-Stelle zur Vornahme weiterer Abklärungen im Sinne der Erwägungen sowie zum anschliessenden Erlass einer neuer Verfügung zurück. B. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde des X._ hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. Juni 2006 den Einspracheentscheid auf und wies die Sache an die IV-Stelle zur Vornahme weiterer Abklärungen im Sinne der Erwägungen sowie zum anschliessenden Erlass einer neuer Verfügung zurück. C. Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, der kantonale Gerichtsentscheid sei aufzuheben. X._ lässt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege beantragen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 