Sachverhalt: A. Am 9. April 2009 meldete die X._ Ltd. (Beschwerdeführerin) beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) mit dem Gesuch Nr. yyy._ die Bildmarke [Doppelhelix] (fig.) zur Eintragung in das schweizerische Markenregister an. Die Marke sieht wie folgt aus: Sie wurde für die folgenden Waren und Dienstleistungen hinterlegt: "Klasse 9: Ton-, Musik-, Bild-, Daten- und Videoaufnahmen; Geräte für Telekommunikation; Kinofilme; Fernsehfilme und -programme; Radioprogramme; Datenträger für die Speicherung und Übertragung von digitalen und analogen Daten, Bildern, Tönen und Aufzeichnungen; bespielte Datenträger; Geräte für die Aufnahme, Übertragung oder Wiedergabe von Ton oder Bild; bespielte Ton- und/oder Videodatenträger, CDs, DVDs, Minidiscs, Schallplatten, Bänder, Kassetten und Disketten; mit Laser lesbare Disketten für das Aufzeichnen und Abspielen von Ton, Bild, Musik, Daten und Video; Computerhardware und Firmware; Computersoftware; vom Internet herunterladbare Software; magnetische Datenträger, Aufnahmedisketten; interaktive Spiele zu Ausbildungszwecken; Videospiele; für die Benutzung mit einem externen Bildschirm oder Monitor geeignetes Zubehör für Computerspiele; Mausmatten; herunterladbare elektronische Testergebnisse, herunterladbare elektronische Publikationen; (herunterladbare) digitale Musikdateien aus dem Internet; auf MP3 Webseiten auf dem Internet zur Verfügung gestellte (herunterladbare) digitale Musikdateien; (herunterladbare) digitale Video-, Film- und Fernsehprogramme aus dem Internet; auf MP4 Webseiten auf dem Internet zur Verfügung gestellte (herunterladbare) digitale Video-, Film- und Fernsehprogramme; Booklets (Begleitbüchlein) und Einlageblätter (Inlays) für bespielte Schallplatten, Tonbänder, Kassetten, CDs und DVDs; magnetische Datenträger, Geräte für die Aufnahme, Übertragung oder Wiedergabe von Ton, Bild oder Daten; Computerschnittstellen für den klinischen Gebrauch; Laborgeräte; Teile und Ersatzteile für die oben genannten Waren. Klasse 10: Chirurgische, medizinische, zahn ärztliche und tierärztliche Geräte und Instrumente, künstliche Gliedmassen, Augen und Zähne; orthopädische Artikel; chirurgisches Nahtmaterial; Massagegeräte; Stützverbände; Möbel für den medizinischen Gebrauch. Klasse 16: Druckerzeugnisse; Publikationen, Newsletter; Bücher; Zeitschriften; Schulungshandbücher; Handbücher; Photographien; Büromaterial; Lehr-und Unterrichtsmittel (ausgenommen Apparate); Waren dieser Klasse einschliesslich Büromaterial, Rundschreiben, Magazine, Zeitschriften, Newsletter und Handzettel, Broschüren, Prospekte betreffend die Interessensgebiete der human- und veterinärmedizinischen klinischen Pathologie und Entwicklungen in der medizinischen Technologie in Bezug auf das Testen und die Analyse von human- und veterinärmedizinischen Pathologieproben, Publikationen für Mediziner und überweisende Ärzte in Bezug auf die Ausübung der Pathologie und verwandte wissenschaftliche Gebiete; Schreibwaren und Dokumente für die Mitteilung von Resultaten von Tests und Analysen von human- und veterinärmedizinischen Pathologieproben. Klasse 39: Transport von Pathologieproben von mikrobiologischen, serologischen, hämatologischen, zytologischen, immunologischen, histopathologischen und biochemischen Tests und Analysen, Kuriertransport von medizinischen Proben von Arztpraxen, Kliniken und Spitälern an Testlabors, Kuriertransporte von Test- und Analyseresultaten von Proben von Pathologie-Labors an Kliniken, Spitäler und Arztpraxen, Kuriertransporte für die und bei der Sammlung von medizinischen Proben verwendeten Geräte, Kuriertransport von Blut, Blutderivativen und Produkten für chirurgische Operationen an und von Spitälern und Operationssälen, Transport von Patienten zu Pathologiezentren. Klasse 41: Erziehung; Ausbildung; Unterhaltung; sportliche und kulturelle Aktivitäten; Bereitstellung von Ausbildungsmaterialien für Mediziner; Handbücher, Zeitschriften, Informationsrundschreiben, Newsletter mit Bezug auf den Bereich der human- und veterinärmedizinischen Pathologie und verwandte Fachrichtungen für die Ausbildung von Tierärzten und Medizinern; Publikationsdienstleistungen; Bereitstellung von elektronischen online Publikationen; Publikation von Drucksachen und regelmässig erscheinenden online Publikationen; Organisation, Veranstaltung und Durchführung von Shows, Konferenzen, Ausstellungen, Seminaren, Preisverleihungen und Wettbewerben. Klasse 42: Forschungsdienstleistungen; Forschungsdienstleistungen für medizinische Laboratorien und Pathologien; biologische, klinische und medizinische Forschungen; medizinische Labordienstleistungen; Beratung betreffend die Organisation und Durchführung von klinischen Studien; Durchführung von Forschung und Entwicklung im Bereich medizinischer Geräte, Apparate und Instrumente; Design, zur Verfügung stellen und Implementierung von Laborinformations- und Managementunterstützungssystemen; Einrichtung und Implementierung von Informationsgewinnungssystemen; Bluttransfusionsdienstleistungen; Beratung in Bezug auf Qualitätskontrolle; Qualitätskontrolle für Dritte; wissenschaftliche Forschung im Bereich der Genetik und der Gentechnik; Web-basierte Dienstleistungen für medizinische Informationen und Ressourcen, einschliesslich die Bereitstellung von medizinischen Testresultaten und Hilfsinformationen; Designdienstleistungen in Bezug auf das oben genannte. Klasse 44: Medizinische Dienstleistungen; human- und veterinärmedizinische Pathologiedienstleistungen einschliesslich von klinischen Pathologen zur Verfügung gestellte professionelle Beratungsdienstleistungen, von Pathologielaboratorien erbrachte Dienstleistungen für die Öffentlichkeit, Veterinär- und Humanmedizinern, Informationen und Labordienstleistungen im Bereich der human- und veterinärmedizinischen Pathologie und verwandter Fachrichtungen einschliesslich Hämatologie, Serologie, Biochemie, Mikrobiologie, Zytologie, Histologie, Histopathologie; Dienstleistungen der Gesundheitsüberprüfung; medizinische Dienstleistungen für die Diagnose von Krankheitszuständen des menschlichen Körpers; Informationsdienstleistungen bezüglich Gesundheit und Medizin, Dienstleistungen für die Beurteilung des medizinischen Gesundheitszustandes und der Fitness; Empfehlungs-, Beratungs- und Konsultationsdienstleistungen, alle in Bezug auf Medizin und Pathologie." In einem Schreiben vom 31. August 2009 beanstandete das IGE, das beanspruchte Waren- und Dienstleistungsverzeichnis entspreche teilweise nicht den Anforderungen von Art. 11 der Markenschutzverordnung vom 23. Dezember 1992 (MSchV, SR 232.111). Die Formulierung für die beanspruchten Waren und Dienstleistungen sei unklar, gewisse Waren und Dienstleistungen seien in einer falschen Klasse des Nizzaer Klassifikationsabkommens eingeordnet und bestimmte Waren seien fälschlicherweise als Dienstleistungen kategorisiert worden. Am 10. Dezember 2009 antwortete die Beschwerdeführerin, sie könne das Waren- und Dienstleistungsverzeichnis nicht anpassen. Sie habe am 9. April 2009 nicht nur die strittige Marke hinterlegt, sondern auch zwei weitere Marken mit demselben Waren- und Dienstleistungsverzeichnis. Es sei aber zu keiner analogen Beanstandung der entsprechenden Verzeichnisse seitens des IGE gekommen. Die drei Anmeldungen seien am 9. April 2009 innerhalb weniger Minuten eingereicht worden, weshalb die Beschwerdeführerin nicht einsehe, dass die Waren- und Dienstleistungsverzeichnisse der drei Marken nicht einheitlich formuliert werden könnten. Mit Antwortschreiben vom 9. März 2010 hielt das IGE im Wesentlichen an seiner bisherigen Auffassung fest. Neu führte es aus, im Rahmen der Markenprüfung seien Sachverhalte, die ohne weiteres vergleichbar seien und sich in rechtlicher Hinsicht nicht wesentlich unterschieden, aufgrund der in Art. 8 BV statuierten Gleichbehandlungspflicht gleich zu behandeln. Gemäss der bestätigten Praxis des Bundesgerichts sei jedoch festzuhalten, dass eine Markenhinterlegerin gegenüber sich selbst von vornherein keinen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht geltend machen könne. Daraufhin ersuchte die Beschwerdeführer in das IGE am 6. M ai 2010 schriftlich um Erlass einer beschwerdefähigen Verfügung. In der Folge ging das IGE mit Schreiben vom 4. August 2010 nochmals auf die von der Beschwerdeführerin herangezogenen Voreintragungen ein. Es argumentierte, dass es sich bei den beiden Voreintragungen um Fehleintragungen handle und dass es einen Anspruch auf Gleichbehandlung nur gebe, sofern das Recht im Präzendenzfall richtig angewendet worden sei. Im Übrigen hielt das IGE an seinen bisherigen Beanstandungen fest. Am 7. September 2010 ersuchte die Beschwerdeführerin erneut um Erlass einer beschwerdefähigen Verfügung. Mit Verfügung vom 8. Dezember 2010 wies das IGE das Markeneintragungsgesuch teilweise, nämlich für die folgenden Waren und Dienstleistungen, zurück: - für die in Kla sse 9 beanspruchten Booklets (Begleitbüchlein) und Einlageblätter (Inlays) für bespielte Schallplatten, Tonbänder, Kassetten, CDs und DVDs, - für die in Klasse 16 beantragten "Waren dieser Klasse einschliesslich", - für die in Klasse 41 beanspruchten Handbücher, Zeitschriften, Informationsrundschreiben, Newsletter mit Bezug auf den Bereich der human- und veterinärmedizinischen Pathologie und verwandten Fachrichtungen für die Ausbildung von Tierärzten und Medizinern, - für die in Klasse 42 beanspruchten medizinischen Labordienstleistungen; zur Verfügung stellen und Implementierung von Laborinformations- und Managementunterstützungssystemen; Einrichtung und Implementierung von Informationsgewinnungssystemen; Bluttransfusionsdienstleistungen; Web-basierte Dienstleistungen für medizinische Informationen und Ressourcen, einschliesslich die Bereitstellung von medizinischen Testresultaten und Hilfsinformationen sowie - für die in Klasse 44 beanspruchten Informationen und Labordienstleistungen im Bereich verwandter Fachrichtungen einschliesslich Biochemie, Mikrobiologie. Bezüglich der übrigen beanspruchten Waren und Dienstleistungen wurde das Markeneintragungsgesuch Nr. yyy._ zugelassen. B. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht und beantragte, die Bildmarke "Doppelhelix" für das gemäss Gesuch beanspruchte Waren- und Dienstleistungsverzeichnis in das Schweizer Markenregister einzutragen.Subeventualiter [recte: eventualiter] stellte die Beschwerdeführerin folgenden Antrag: "Sollte die Beschwerdeführerin (i) mit ihrem Antrag auf Registrierung derselben WDL wie für die Marken "X._" und "XQ._" aus den dargelegten grundsätzlichen und rechtsstaatlichen Überlegungen nicht durchdringen, und (ii) sollte sie auch mit ihren sachlichen Argumenten betreffend die Beanstandungen (gemäss Beilage 13) nicht durchdringen, beantragt die Beschwerdeführerin im Sinne eines Subeventualantrags die Übernahme der WDL der Bildmarke "Doppelhelix" für die bereits registrierten WDLs der Marken "X._" und "XQ._". Dies ohne Verschiebung des Hinterlegungsdatums (9. April 2009), und unter Kostenfolgen zulasten des Staats (Instituts)." Den Eventualantrag begründete sie damit, es sei ihr daran gelegen, dass für alle drei Zeichen ein identisches Waren- und Dienstleistungsverzeichnis registriert sei. Am 19. Dezember 2011 fällte das Bundesverwaltungsgericht folgendes Urteil: "1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist. 2. Die Verzichtserklärung der Beschwerdeführerin auf die Eintragung ihrer Marken X._ und XQ._ betreffend nachstehend genannte Waren und Dienstleistungen wird an die Vorinstanz überwiesen. In Klasse 9: Booklets (Begleitbüchlein) und Einlageblätter (Inlays) für bespielte Schallplatten, Tonbänder, Kassetten, CDs und DVDs; in Klasse 16: "Waren dieser Klasse einschliesslich"; in Klasse 41: Handbücher, Zeitschriften, Informationsrundschreiben, Newsletter mit Bezug auf den Bereich der human- und veterinärmedizinischen Pathologie und verwandten Fachrichtungen für die Ausbildung von Tierärzten und Medizinern; in Klasse 42: medizinische Labordienstleistungen; zur Verfügung stellen und Implementierung von Laborinformations- und Managementunterstützungssystemen; Einrichtung und Implementierung von Informationsgewinnungssystemen; Bluttransfusionsdienstleistungen; Web-basierte Dienstleistungen für medizinische Informationen und Ressourcen, einschliesslich die Bereitstellung von medizinischen Testresultaten und Hilfsinformationen; in Klasse 44: Informationen und Labordienstleistungen im Bereich verwandter Fachrichtungen einschliesslich Biochemie, Mikrobiologie." C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 19. Dezember 2011 sei aufzuheben und es sei die Bildmarke "Doppelhelix" gemäss Markeneintragungsgesuch Nr. yyy._ für folgende Waren und Dienstleistungen ("WDL") ins Schweizer Markenregister einzutragen (identische WDL wie Marken "X._" und "XQ._") : "Klasse 9: Ton-, Musik-, Bild-, Daten- und Videoaufnahmen; Geräte für Telekommunikation; Kinofilme; Fernsehfilme und -programme; Radioprogramme; Datenträger für die Speicherung und Übertragung von digitalen und analogen Daten, Bildern, Tönen und Aufzeichnungen; bespielte Datenträger; Geräte für die Aufnahme, Übertragung oder Wiedergabe von Ton oder Bild; bespielte Ton- und/oder Videodatenträger, CDs, DVDs, Minidiscs, Schallplatten, Bänder, Kassetten und Disketten; mit Laser lesbare Disketten für das Aufzeichnen und Abspielen von Ton, Bild, Musik, Daten und Video; Computerhardware und Firmware; Computersoftware; vom Internet herunterladbare Software; magnetische Datenträger, Aufnahmedisketten; interaktive Spiele zu Ausbildungszwecken; Videospiele; für die Benutzung mit einem externen Bildschirm oder Monitor geeignetes Zubehör für Computerspiele; Mausmatten; herunterladbare elektronische Testergebnisse, herunterladbare elektronische Publikationen; (herunterladbare) digitale Musikdateien aus dem Internet; auf MP3 Webseiten auf dem Internet zur Verfügung gestellte (herunterladbare) digitale Musikdateien; (herunterladbare) digitale Video-, Film- und Fernsehprogramme aus dem Internet; auf MP4 Webseiten auf dem Internet zur Verfügung gestellte (herunterladbare) digitale Video-, Film- und Fernsehprogramme; Booklets (Begleitbüchlein) und Einlageblätter (Inlays) für bespielte Schallplatten, Tonbänder, Kassetten, CDs und DVDs; magnetische Datenträger, Geräte für die Aufnahme, Übertragung oder Wiedergabe von Ton, Bild oder Daten; Computerschnittstellen für den klinischen Gebrauch; Laborgeräte; Teile und Ersatzteile für die oben genannten Waren; Klasse 10: Chirurgische, medizinische, zahnärztliche und tierärztliche Geräte und Instrumente, künstliche Gliedmassen, Augen und Zähne; orthopädische Artikel; chirurgisches Nahtmaterial; Massagegeräte; Stützverbände; Möbel für den medizinischen Gebrauch; Klasse 16: Druckerzeugnisse; Publikationen, Newsletter; Bücher; Zeitschriften; Schulungshandbücher; Handbücher; Photographien; Büromaterial; Lehr-und Unterrichtsmittel (ausgenommen Apparate); Waren dieser Klasse einschliesslich Büromaterial, Rundschreiben, Magazine, Zeitschriften, Newsletter und Handzettel, Broschüren, Prospekte betreffend die Interessensgebiete der human- und veterinärmedizinischen klinischen Pathologie und Entwicklungen in der medizinischen Technologie in Bezug auf das Testen und die Analyse von human- und veterinärmedizinischen Pathologieproben, Publikationen für Mediziner und überweisende Ärzte in Bezug auf die Ausübung der Pathologie und verwandte wissenschaftliche Gebiete; Schreibwaren und Dokumente für die Mitteilung von Resultaten von Tests und Analysen von human- und veterinärmedizinischen Pathologieproben; Klasse 39: Transport von Pathologieproben von mikrobiologischen, serologischen, hämatologischen, zytologischen, immunologischen, histopathologischen und biochemischen Tests und Analysen, Kuriertransport von medizinischen Proben von Arztpraxen, Kliniken und Spitälern an Testlabors, Kuriertransporte von Test- und Analyseresultaten von Proben von Pathologie-Labors an Kliniken, Spitäler und Arztpraxen, Kuriertransporte für die und bei der Sammlung von medizinischen Proben verwendeten Geräte, Kuriertransport von Blut, Blutderivativen und Produkten für chirurgische Operationen an und von Spitälern und Operationssälen, Transport von Patienten zu Pathologiezent ren; Klasse 41: Erziehung; Ausbildung; Unterhaltung; sportliche und kulturelle Aktivitäten; Bereitstellung von Ausbildungsmaterialien für Mediziner; Handbücher, Zeitschriften, Informationsrundschreiben, Newsletter mit Bezug auf den Bereich der human- und veterinärmedizinischen Pathologie und verwandte Fachrichtungen für die Ausbildung von Tierärzten und Medizinern; Publikationsdienstleistungen; Bereitstellung von elektronischen online Publikationen; Publikation von Drucksachen und regelmässig erscheinenden online Publikationen; Organisation, Veranstaltung und Durchführung von Shows, Konferenzen, Ausstellungen, Seminaren, Preisverleihungen und Wettbewerben; Klasse 42: Forschungsdienstleistungen; Forschungsdienstleistungen für medizinische Laboratorien und Pathologien; biologische, klinische und medizinische Forschungen; medizinische Labordienstleistungen; Beratung betreffend die Organisation und Durchführung von klinischen Studien; Durchführung von Forschung und Entwicklung im Bereich medizinischer Geräte, Apparate und Instrumente; Design, zur Verfügung stellen und Implementierung von Laborinformations- und Managementunterstützungssystemen; Einrichtung und Implementierung von Informationsgewinnungssystemen; Bluttransfusionsdienstleistungen; Beratung in Bezug auf Qualitätskontrolle; Qualitätskontrolle für Dritte; wissenschaftliche Forschung im Bereich der Genetik und der Gentechnik; Web-basierte Dienstleistungen für medizinische Informationen und Ressourcen, einschliesslich die Bereitstellung von medizinischen Testresultaten und Hilfsinformationen; Designdienstleistungen in Bezug auf das oben genannte; Klasse 44: Medizinische Dienstleistungen; human- und veterinärmedizinische Pathologiedienstleistungen einschliesslich von klinischen Pathologen zur Verfügung gestellte professionelle Beratungsdienstleistungen, von Pathologielaboratorien erbrachte Dienstleistungen für die Öffentlichkeit, Veterinär- und Humanmedizinern, Informationen und Labordienstleistungen im Bereich der human- und veterinärmedizinischen Pathologie und verwandter Fachrichtungen einschliesslich Hämatologie, Serologie, Biochemie, Mikrobiologie, Zytologie, Histologie, Histopathologie; Dienstleistungen der Gesundheitsüberprüfung; medizinische Dienstleistungen für die Diagnose von Krankheitszuständen des menschlichen Körpers; Informationsdienstleistungen bezüglich Gesundheit und Medizin, Dienstleistungen für die Beurteilung des medizinischen Gesundheitszustandes und der Fitness; Empfehlungs-, Beratungs- und Konsultationsdienstleistungen, alle in Bezug auf Medizin und Pathologie;" Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin, die Bildmarke "Doppelhelix" mit der Waren- und Dienstleistungsliste der bereits im Markenregister eingetragenen Marke "X._" (gleichlautend wie "XQ._"), ohne Verschiebung des Hinterlegungsdatums (9. April 2009) einzutragen. Das IGE beantragt, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen, soweit auf sie einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Beschwerdeführerin reichte eine Replik ein. 