Sachverhalt: A. Die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) überwies der X._ Consulting AG (Beschwerdeführerin) am 25. Mai 2009 einen Betrag von Fr. 640'000.--. Am 3. Juli 2009 unterzeichneten die Parteien einen ausdrücklich als Darlehensvertrag bezeichneten Vertrag über Fr. 640'000.--. In den Vertragsbestimmungen wurde als Zweck des Darlehens erwähnt, dass der Beschwerdeführerin damit ermöglicht werden sollte, einen Bau in Z._ fertigzustellen. Weiter wurde bestimmt, dass die Rückzahlung je nach Verkauf der Liegenschaften, jedoch spätestens Ende 2009 zu erfolgen habe. Als Sicherheit sollten "100 % der Inhaberaktien" dienen. Im Sommer 2010 verhandelten A._ von der Beschwerdegegnerin und der damalige Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin über eine vergleichsweise Erledigung der Darlehensrückzahlung. B. Die Beschwerdegegnerin beantragte mit Klage vom 6. April 2011 beim Richteramt Solothurn-Lebern, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 659'375.35, namentlich Fr. 640'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % vom 25. Mai bis 31. Dezember 2009, zuzüglich 5 % Verzugszins von Fr. 659'375.35 seit 1. Januar 2010 zu bezahlen. Am 20. Juni 2011 richtete die Beschwerdeführerin ein Schreiben an die Beschwerdegegnerin mit der Mitteilung, dass sie den Darlehensvertrag wegen Willensmängeln (Irrtum, arglistige Täuschung, Übervorteilung etc.) anfechte und den Darlehensvertrag rückwirkend per Vertragsschluss als nichtig erachte. Sie machte im Prozess geltend, es handle sich beim Vertrag um ein reines Scheingeschäft bzw. sie sei infolge Täuschung von einem solchen ausgegangen. Der Darlehensvertrag sei demzufolge ex tunc nichtig. Ein Anspruch auf Rückforderung des streitbetroffenen Betrages aus ungerechtfertigter Bereicherung sei verjährt und die Rückforderung dementsprechend verwirkt. Das Richteramt hiess die Klage mit Urteil vom 1. Dezember 2011 gut. Es verneinte mit einlässlicher Begründung, dass es sich beim Vertrag um ein Scheingeschäft gehandelt habe und die Beschwerdeführerin Grund gehabt habe, von einem solchen auszugehen. Die kaufmännisch nicht unbedarfte B._ habe als Vertreterin der Beschwerdeführerin genau gewusst, um was es beim Darlehensgeschäft ging. Zudem sei nicht klar geworden, worin der Irrtum vorliegend bestanden haben solle. Ferner betrachtete es das Gericht nicht als erstellt, dass B._ von A._ zum Vertragsschluss "gedrängt" oder absichtlich getäuscht worden sei. Schliesslich habe die Beschwerdeführerin die Anfechtungsfrist nach Art. 31 OR nicht gewahrt. Mit Urteil vom 10. September 2012 wies das Obergericht des Kantons Solothurn eine gegen diesen Entscheid gerichtete Berufung der Beschwerdeführerin ab. C. Die Beschwerdeführerin erhob gegen dieses Urteil mit Eingabe vom 15. Oktober 2012 Beschwerde beim Bundesgericht. Auf die Einholung von Vernehmlassungen zur Beschwerde wurde im vorliegenden Fall verzichtet. Am 12. November 2012 wurde ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. 