Faits: A. X._ SA (ci-après: la Société) est une société anonyme ayant pour but toutes opérations et affaires financières, commerciales ou immobilières sur les marchés internationaux; l'achat, la vente, l'échange, la compensation et la représentation de toutes matières premières, marchandises et articles manufacturés de toute nature et de toute provenance, ainsi que le financement de ces opérations; la participation financière à toutes entreprises industrielles, commerciales ou financières. Par décision du 27 janvier 2004, l'Administration fédérale des contributions a procédé à un rappel d'impôt anticipé de 324'100 fr. (35% de 926'000 fr.) pour les périodes fiscales 1994 à 1998, la société ayant fait figurer à tort des commissions versées à des tiers à l'étranger dans ses charges d'exploitation. Elle n'a en revanche pas ouvert de procédure en soustraction d'impôt anticipé. B. Par décisions des 14 et 15 décembre 2004, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé pour les mêmes faits à un rappel d'impôt fédéral direct pour les années 1998 et 1999 d'un montant de 6'298 fr. 50 (plus intérêts de 1'364 fr. 40) et de 72'403 fr. (plus intérêts de 11'509 fr. 05) et fixé la reprise de l'impôt cantonal et communal pour l'année 1999 à 40'095 fr. 10 (plus intérêts de 6'586 fr. 75). Deux amendes pour soustraction fiscale par négligence à concurrence de la moitié des impôts soustraits ont été infligées à la Société, soit 39'350 fr. pour l'impôt fédéral direct de 1998 et 1999 et 20'047 fr. pour l'impôt cantonal et communal 1999. La Société a interjeté une réclamation contre les décisions du 14 et du 15 décembre 2004. L'Administration fiscale cantonale a statué sur la réclamation et rendu deux décisions sur réclamation, notamment celle du 22 septembre 2005, par laquelle elle a rejeté la réclamation relative à l'impôt fédéral direct. La Société a recouru contre la décision du 22 septembre 2005 auprès de la Commission cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle a conclu à son annulation. Durant la procédure, elle a modifié ses conclusions pour ne demander plus que l'annulation de l'amende de 39'350 fr. d'impôt fédéral direct. Par décision du 26 septembre 2007, la Commission cantonale a rejeté le recours. La Société a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, concluant à son annulation. Le Tribunal administratif a entendu le directeur général de la Société, Z._. Ce dernier a décrit les opérations effectuées par la Société ainsi que ses relations d'affaires. C. Par arrêt du 29 juillet 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours. En comptabilisant comme charges des rétrocessions d'honoraires à des personnes physiques différentes des sociétés avec lesquelles elle était en relation contractuelle, la Société avait indûment diminué son bénéfice imposable. Compte tenu de sa connaissance du monde des affaires en raison des opérations compliquées et particulières qu'elle mettait sur pied et de l'importance des sommes en jeu, la Société ne pouvait ignorer que le versement de commissions à des tiers ne constituait pas des charges justifiées par l'usage commercial. A tout le moins, elle avait fait preuve d'imprévoyance coupable en ne s'assurant pas du régime fiscal de pareilles commissions. L'absence de procédure de soustraction de l'impôt anticipé ne constituait pas une promesse de l'autorité fiscale de ne pas poursuivre la soustraction en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal. Les éléments objectifs et subjectifs de la soustraction fiscale étaient réalisés et le montant de l'amende n'apparaissait pas disproportionné eu égard à la faute commise par la société. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève et de dire que l'amende de 39'350 fr. est annulée. Elle conteste que soient réalisées les conditions objectives et subjectives de la soustraction ainsi que la quotité de l'amende. Le Tribunal administratif et la Commission cantonale de l'impôt fédéral direct renoncent à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours. E. Par courrier du 6 février 2009, le dispositif de l'arrêt rendu le 4 février 2009 par la IIe Cour de droit public en la présente cause a été adressé aux parties dans la teneur suivante: E. Par courrier du 6 février 2009, le dispositif de l'arrêt rendu le 4 février 2009 par la IIe Cour de droit public en la présente cause a été adressé aux parties dans la teneur suivante: "1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé en tant qu'il porte sur l'examen de la négligence et le montant de l'amende. 2. L'affaire est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour nouvelle décision au sens des considérants. 3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante. 4. Une indemnité de dépens de 3'500 fr. à charge de l'Administration fiscale du canton de Genève est allouée à la recourante. 5. [Communications: ...]" 