Faits: A. Fondée en 1931, La Nation est publié par l'association du journal du même nom (ci-après: l'Association), qui est, selon son libellé, le bimensuel de la Ligue vaudoise, "mouvement politique hors partis voué au bien commun du Pays de Vaud". Le 1er octobre 2007, l'Association a fait parvenir à la Poste Suisse (ci-après: la Poste), sur demande de cette dernière, le formulaire "Presse associative" dûment rempli et signé pour le titre La Nation. Par courrier du 7 décembre 2007, la Poste a refusé à l'Association l'octroi de l'aide indirecte à la presse. Par décision du 15 septembre 2008, la Poste a confirmé qu'à compter du 1er janvier 2008, aucun rabais au sens de l'art. 15 al. 3 de la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste (LPO; RS 783.0) ne serait accordé au titre La Nation. Par mémoire du 16 octobre 2008, l'Association a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre cette décision. Elle a conclu à la modification de la décision attaquée, en ce sens que le périodique La Nation restait au bénéfice du rabais octroyé par la Poste B. Par arrêt du 2 juillet 2009, le Tribunal administratif fédéral a jugé que le journal La Nation dépendait bien d'une association, mais qu'il n'y avait en revanche aucun rapport corporatif entre cette dernière et les destinataires du journal distribué sur abonnement, la souscription d'un abonnement n'impliquant pas la qualité de membre. Il n'y avait en outre pas lieu de fournir à l'Association la liste des bénéficiaires de rabais au sens de l'art. 15 al. 3 LPO, du moment que celle-ci ne pouvait pas se prévaloir du droit à l'égalité dans l'illégalité. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Association demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 2 juillet 2009 par le Tribunal administratif fédéral en ce sens que le périodique La Nation reste au bénéfice du rabais octroyé par La Poste dès le 1er janvier 2008. Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. La Poste conclut au rejet du recours. Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication renonce à prendre position. 