Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt ein Verwaltungsstrafverfahren gegen Unbekannt wegen des Verdachts von Abgabebetrug, eventuell Hinterziehung von Verrechnungssteuern im Umfang von ca. Fr. 21,3 Mio., begangen im Geschäftsbereich der X._ SA (nachfolgend: Gesellschaft). Im Rahmen der Untersuchung fand am 4. April 2012 in den Geschäftsräumen der Firma B._ eine Hausdurchsuchung statt, bei der Unterlagen und elektronische Datenträger sichergestellt wurden. Auf Einsprache von B._ hin, dem Inhaber dieser Firma und Co-Geschäftsführer bzw. Buchhalter der oben genannten Gesellschaft, wurde ein Teil der sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenstände versiegelt. B. Mit Gesuch vom 16. Mai 2012 beantragte die ESTV beim Bundesstrafgericht die Entsiegelung der sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenstände bzw. deren Freigabe zur Durchsuchung. Mit Beschluss vom 21. September 2012 hiess das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, das Entsiegelungsgesuch gut. C. Gegen den Entsiegelungsentscheid der Beschwerdekammer gelangte B._ mit Beschwerde vom 24. Oktober 2012 an das Bundesgericht. Er beantragt im Hauptstandpunkt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die ESTV beantragt mit Stellungnahme vom 20. November 2012 die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht liess sich inhaltlich nicht vernehmen. Mit prozessleitender Verfügung vom 23. November 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Der Beschwerdeführer replizierte am 17. Dezember 2012. 