Faits: A. T._ a travaillé dès le 1er janvier 1984 pour la Fondation X._, exploitante de Y._, en dernier lieu en tant que concierge. Celle-ci est affiliée en tant qu'employeur auprès de la Caisse interprofessionnelle AVS de la fédération des entreprises romandes (ci-après: FER CIAM). Le 2 septembre 2004, l'intéressé a été victime d'un accident qui a entraîné une incapacité totale de travail. Par communication d'un extrait de son compte individuel AVS du 24 janvier 2008, valant décision formelle, la FER CIAM a considéré qu'aucune prestation en nature ne devait être prise en considération dans son compte individuel, bien que, sur le marché genevois du logement, le loyer annuel de T._, établi à 13'056 fr., était inférieur d'environ 50 % à la valeur estimée de l'appartement occupé par l'assuré dès 1984 et jusqu'au 30 octobre 2005. LA FER CIAM a confirmé son point de vue en rejetant l'opposition de l'assuré par décision du 17 mars 2008. B. Saisi d'un recours contre cette dernière décision, dans lequel l'assuré a conclu, principalement, à la correction de l'extrait de son compte individuel AVS par l'inclusion d'une somme annuelle supplémentaire de 16'708 fr. depuis 1984 dans son revenu déterminant AVS, subsidiairement, à la mise en oeuvre d'une expertise sur la valeur locative réelle sur le marché dudit appartement, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève l'a partiellement admis par jugement du 30 juin 2008, annulé les décisions des 24 janvier et 17 mars 2008 et renvoyé la cause à l'intimée pour nouvelle décision au sens des considérants. En particulier, la juridiction cantonale a jugé que la FER CIAM devait rectifier les décisions de cotisations pour les années 2003 à 2005 ainsi que le compte individuel du recourant pour ces années, en tenant compte de prestations en nature à raison de 5'328 fr. pour les années 2003 et 2004 ainsi que de 4'440 fr. pour l'année 2005. C. T._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Il conclut, sous suite de dépens, principalement à la condamnation de la FER CIAM à inclure dans son revenu déterminant AVS une somme annuelle supplémentaire de 5'328 fr. pour les années 1984 à 2002 comprise, et à corriger l'extrait de son compte individuel AVS en conséquence. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause au Tribunal cantonal, respectivement à l'intimée, pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La FER CIAM et l'Office fédéral des assurances sociales (ci-après: OFAS) concluent au rejet du recours. 