Sachverhalt: A. Die X._AG ist seit dem 1. Januar 1995 mehrwertsteuerpflichtig. Nach einer Kontrolle bei der X._AG forderte die Eidgenössische Steuerverwaltung mit zwei Ergänzungsabrechnungen (EA) vom 9. Oktober 2003 die Nachzahlung von Mehrwertsteuern für die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 in der Höhe von Fr. ... (EA 170'621) und für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 2. Quartal 2003 in der Höhe von Fr. ... (EA 170'622), je zuzüglich Verzugszins ab mittlerem Verfall. Die folgenden Positionen sind vorliegend noch umstritten: EA 170'621 1. Umsatzsteuerkorrekturen a) (...) b) Nichtdeklaration der auf der Gutschrift der Y._AG vom 17.12.1998 ausgewiesenen Mehrwertsteuer Fr. ... 2. (...) 3. Steuersatzerhöhung Nichtdeklaration der Steuersatzerhöhung per 1.1.1999 von 6,5 % auf 7,5 % auf den Vorauszahlungen für den Transport von Energie (ab Schweizer Grenze) der Kernkraftwerke: a) Cattenom Fr. ... b) Bugey Fr. ... EA 170'622 1. (...) 2. (...) 3. Steuersatzerhöhung Nichtdeklaration der Steuersatzerhöhung per 1.1.2001 von 7,5 % auf 7,6 % auf der Vorauszahlung für den Transport von Energie (ab Schweizer Grenze) des Kernkraftwerks: a) Cattenom Fr. ... b) (...) Die X._AG bezahlte die Steuerforderungen zur Unterbrechung des Zinsenlaufes ohne Anerkennung einer Rechtspflicht. Am 15. Juni 2004 erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung zwei Entscheide, mit denen sie die Steuerforderungen - soweit bestritten - im Umfang von Fr. ... (EA 170'621) und Fr. ... (EA 170'622), je zuzüglich Verzugszins, bestätigte. Auf Einsprache hin setzte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Steuerforderung auf Fr. ... (EA 170'621) resp. Fr. ... (EA 170'622) herab. Gegen die Einspracheentscheide führte die Steuerpflichtige Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, welche zwei Verfahren eröffnete. Das Bundesverwaltungsgericht, welches die Verfahren von der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, erkannte mit Entscheid vom 9. Juli 2009: "1. Die Verfahren A-1612/2006 und A-1613/2006 werden vereinigt. 2. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, die angefochtenen Entscheide teilweise aufgehoben und die Sache zur allfälligen weiteren Untersuchung sowie zur Fällung eines neuen Einspracheentscheids im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen." B. Gegen diesen Entscheid führt die X._AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen: "1.1 Es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Juli 2009 vollumfänglich aufzuheben und festzustellen, dass die Beschwerdeführerin für die Zeit vom 1. Januar 1998 bis 31. Dezember 2000 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... und für die Zeit vom 1. Januar 2001 bis 30. Juni 2003 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... schuldet. 1.2 Es sei festzustellen, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung auf dem von der Beschwerdeführerin unter Vorbehalt bezahlten Betrag im Umfang von Fr. ... Vergütungszins in der Höhe von 5 % seit dem 19. November 2003 schuldet. 2. Eventualantrag: Es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der (rechnungsersetzenden) Gutschrift der Y._AG vom 17. Dezember 1998 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... geschuldet hätte, wenn darin keine Mehrwertsteuer ausgewiesen worden wäre, und somit die Gutschrift nachträglich berichtigt werden kann." C. Die Eidgenössischen Steuerverwaltung stellt Antrag, die Beschwerde sei teilweise - im Umfang von Fr. ... - gutzuheissen; im Übrigen sei sie abzuweisen. 