Sachverhalt: A. Im September 2003 schloss die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) als Vermieterin mit A._ und B._ einen Mietvertrag über die Räumlichkeiten in der Liegenschaft C._strasse in Thun. Im Juni 2005 traten A._ und B._ den Mietvertrag an X._ (Beschwerdeführer) ab. Vom Zeitpunkt der Übernahme des Mietvertrags betrieb der Beschwerdeführer in den Mieträumlichkeiten den D._-Club und organisierte in diesem Rahmen Veranstaltungen. Am 15. August 2005 liess der Beschwerdeführer die E._ GmbH ins Handelsregister eintragen. Seit 2005 ist er deren einziger Gesellschafter. Im April 2006 und Januar 2007 schlossen die Beschwerdegegnerin und der Beschwerdeführer Zusatzvereinbarungen zum Mietvertrag. Im Juni 2007 ereignete sich ein Brandfall im F._-Club, der unmittelbar an den D._-Club des Beschwerdeführers angrenzte. Der D._-Club selbst wurde durch diesen Brand ebenfalls in Mitleidenschaft gezogen (Geruchsimmissionen und Unterbruch der Stromversorgung). Anfangs Juli 2007 fand eine Begehung des Schadensplatzes statt. Der Schaden wurde nicht behoben. Bis auf zwei Abschlussfeste Ende 2007 fanden keine Veranstaltungen im D._-Club statt. B. Im November 2009 reichte der Beschwerdeführer beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage ein und machte wegen Beeinträchtigung durch die Brandfolgen für die Zeit vom 1. September bis 31. Dezember 2007 einen Mangelfolgeschaden in Form von entgangenem Gewinn von mindestens Fr. 54'105.10 geltend. Das Handelsgericht gelangte zum Schluss, zur Zeit des Brandes habe nicht der Beschwerdeführer, sondern die E._ GmbH den D._-Club betrieben, weshalb der Schaden bei ihr und nicht beim Beschwerdeführer eingetreten sei. Eine allfällige Schadenersatzforderung sei auch nicht infolge Abtretung auf den Beschwerdeführer übergegangen. Dieser könne den Schaden weder gestützt auf die geltend gemachte Personalunion mit der E._ GmbH noch aufgrund eines Mietvertrags oder allfälligen Untermietvertrags bzw. einer allfälligen Gebrauchsleihe mit dieser in eigenem Namen geltend machen. Daher wies das Handelsgericht die Klage mit Urteil vom 12. Februar 2010 ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache zur Sachverhaltsergänzung und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, dem Beschwerdeführer Fr. 54'105.10 nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und weist darauf hin, im April 2010 sei der Konkurs über die E._ GmbH eröffnet und im Juni 2010 mangels Aktiven eingestellt worden. 