Sachverhalt: A. Am 20. Juni 2006 um ca. 16.10 Uhr lenkte X._ einen Kombi Opel Astra in einer stockenden Fahrzeugkolonne auf der Hohlstrasse in Zürich stadteinwärts. Auf der Höhe der Liegenschaft Nr. 213 beabsichtigte er, über die doppelgleisige Tramspur zu wenden und auf die rechte Spur der Gegenfahrbahn zu fahren, um auf die nahegelegene Hardbrücke zu gelangen. Zu Beginn des Manövers kam es zu einer seitlichen Kollision mit dem Motorradlenker Y._, welcher links am Kombi Opel Astra stadteinwärts vorbeifuhr. Y._ erlitt eine Sprunggelenkfraktur am rechten Bein. B. Der Einzelrichter des Bezirksgerichts Zürich sprach X._ am 30. Januar 2008 vom Vorwurf der fahrlässigen Körperverletzung und der ungenügenden Rücksichtnahme auf nachfolgende Fahrzeuge beim Linksabbiegen frei. C. Die dagegen erhobene Berufung des Geschädigten Y._ hiess das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 28. Oktober 2008 gut. Es sprach X._ der fahrlässigen Körperverletzung im Sinne von Art. 125 Abs. 1 StGB schuldig, bestrafte ihn mit einer bedingt vollziehbaren Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 100.-- bei einer Probezeit 2 Jahren und verpflichtete ihn, Y._ die Hälfte des aus der Kollision resultierenden Schadens zu bezahlen. Für das Quantitativ verwies es den Geschädigten mit seinem Anspruch auf den Zivilweg. Weiter verpflichtete es X._, dem Geschädigten für die Kosten der anwaltlichen Vertretung in der Untersuchung und im erstinstanzlichen Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'700.-- zu bezahlen. D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Eventualiter wendet er sich gegen die Strafzumessung, die Haftungsquote betreffend den Zivilanspruch und die dem Geschädigten zugesprochene Parteientschädigung. Insoweit stellt er die An-träge, er sei lediglich mit einer Geldstrafe von 3 Tagessätzen zu Fr. 20.-- zu bestrafen, seine Haftungsquote sei auf 20% zu reduzieren und es sei dem Geschädigten mangels tatsächlicher anwaltlicher Vertretung keine Entschädigung für die Untersuchung und das erstinstanzliche Verfahren zuzusprechen. 