Sachverhalt: A. Am 20./24. Juni 2004 ersuchte die Stiftung X._ das Bundesamt für Sozialversicherung (nunmehr Bundesamt für Sozialversicherungen [BSV]) um Gewährung von Betriebsbeiträgen aus Mitteln der Invalidenversicherung für das Rehabilitationszentrum Y._ und das Institut Z._ für das Jahr 2003. Mit Verfügung vom 7. März 2006 beschied das Bundesamt dieses Gesuch abschlägig. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, dass in Änderung der bisherigen Praxis ab 2003 nur noch Personen mit einer zusprechenden Verfügung der Invalidenversicherung für eine Rente oder Eingliederungsmassnahme in die Berechnung der Betriebsbeiträge aufgenommen würden, während ein Arztzeugnis keine ausreichende Bescheinigung mehr darstelle. Die Voraussetzungen für die Ausrichtung eines Beitrages für das Jahr 2003, wonach mindestens die Hälfte der Aufenthaltstage auf Personen mit einer durch eine IV-Verfügung ausgewiesenen Behinderung entfallen müssen, sei nicht erfüllt. B. Die von der Stiftung X._ hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 5. März 2007 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Stiftung beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides seien die Betriebskosten für die Therapiezentren Y._ und Z._ zuzusprechen. Das BSV verzichtet auf eine Vernehmlassung. 