Fatti: A. Il 6 aprile 2001 il dott. med. A._, radiologo, ha sottoposto B._, nato nel 1939, a un intervento ambulatoriale di embolizzazione di un "endoleak tipo II" con il mezzo embolizzante ethibloc. Sebbene l'intervento sia riuscito (chiusura della sacca contenente l'endoleak), il paziente ha riportato una lesione del plesso lombosacrale di natura ischemica (ischemia bilaterale) con relative paresi causate da un accumulo in quest'area del prodotto embolizzante. Il 18 giugno successivo, il paziente ha denunciato il radiologo per lesioni colpose gravi, subordinatamente per lesioni semplici. B. Con decreto di accusa del 10 maggio 2005 il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha ritenuto il radiologo autore colpevole di lesioni semplici, per avere intenzionalmente cagionato un danno al corpo o alla salute del paziente. Il PP gli ha rimproverato d'aver eseguito presso l'Ospedale civico di Lugano il citato intervento di embolizzazione transarteriale percutanea sotto fluoroscopia senza il valido consenso del paziente, in particolare di aver omesso d'informarlo adeguatamente sui possibili effetti e sulle possibili complicazioni dell'operazione, segnatamente riguardo al carattere controverso nella letteratura scientifica del trattamento dell'endoleak tipo II, sulla complessità, sulla difficoltà e sul carattere "nuovo" dell'intervento proposto con la citata sostanza embolizzante e quindi sulla scarsa esperienza generale maturata in questo campo, sulla scarsa esperienza personale del medico per questo specifico intervento, sui dolori che il paziente avrebbe potuto avvertire, sull'usuale associazione all'intervento di fenomeni ischemici transitori e, infine, sul rischio di embolizzazioni indirette, non volute e imprevedibili contestuali all'intervento. Il medico avrebbe inoltre proseguito l'intervento nonostante i forti dolori manifestati dal paziente e il fatto ch'egli abbia lasciato intendere di non volerlo continuare. Il PP ha inoltre ritenuto il medico autore colpevole di lesioni colpose gravi per avere, per negligenza, impiegato un mezzo embolizzante (ethibloc) non abbastanza sperimentato per il menzionato trattamento, per avere proceduto a una cateterizzazione non abbastanza superselettiva dei soli rami che contribuivano alla formazione dell'endoleak, determinando quindi un'embolizzazione diffusa dei rami periferici delle arterie lombari, e per aver proseguito nell'operazione anche dopo che il paziente, terminata la procedura di embolizzazione della parte sinistra, aveva manifestato forti dolori, nonché per non avere considerato, per imprevidenza colpevole, la possibilità di un'ischemia nervosa, provocando al paziente una lesione del plesso lombare di natura ischemica con relativa paresi. Egli ne ha proposto la condanna a 20 giorni di detenzione sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, al pagamento di una multa di fr. 3'000.-- e delle spese giudiziarie, compresi i costi della perizia, di fr. 22'500.--. Contro il decreto d'accusa A._ ha sollevato opposizione. C. Dinanzi alla Pretura penale, autorità alla quale l'opposizione era stata trasmessa per competenza, il PP ha integrato l'atto di accusa con l'aggiunta, all'accusa di lesioni semplici, di una subordinata di lesioni semplici colpose, in relazione all'ottenimento del consenso del paziente, mentre l'accusa di lesioni colpose gravi è stata precisata nel senso che la cateterizzazione non fu abbastanza superselettiva dei soli rami che contribuivano alla formazione dell'endoleak e/o preparando in modo inadeguato il mezzo embolizzante (troppo liquido/troppo fluido) e/o attuando una pressione troppo elevata nell'iniettarlo. Sempre durante il dibattimento, il PP ha poi proposto la condanna del medico, oltre al pagamento della multa, a una pena pecuniaria di 20 aliquote sospese condizionalmente per due anni. D. Il giudice della Pretura penale, con sentenza del 15 marzo 2007, ha prosciolto l'accusato da ogni capo di imputazione e ha respinto le pretese di risarcimento avanzate dalla parte civile, ponendo le tasse e le spese a carico dello Stato. E. Contro questo giudizio sia il PP sia B._ sono insorti dinanzi alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP). Il PP riproponeva, in via principale, le predette richieste e, subordinatamente, il rinvio degli atti a un altro giudice per un nuovo giudizio di merito. La parte civile chiedeva inoltre la condanna alla rifusione delle ripetibili di prima istanza e al pagamento delle tasse e spese di giustizia. F. Con sentenza del 24 giugno 2008, la CCRP ha respinto, in quanto ammissibili, entrambi i ricorsi, dichiarando gran parte delle censure proposte irricevibili per carenza di motivazione. G. Il PP impugna questa decisione al Tribunale federale con un ricorso in materia penale del 4 agosto 2008. Rilevato che il termine di prescrizione di 7 1⁄2 anni secondo il diritto previgente scadrebbe il 6 ottobre 2008, egli chiede, in via principale, di annullare la sentenza impugnata e di riconoscere il medico autore colpevole di lesioni semplici, eventualmente di lesioni colpose semplici e di lesioni colpose gravi, in sostanza nella formulazione adottata in sede di dibattimento davanti alla Pretura penale, e, in via subordinata, di trasmettere gli atti alla CCRP per nuovo giudizio. Con lettera del 6 agosto 2008 B._, richiamando la giurisprudenza (DTF 133 IV 228; sentenza 6B_697/2007 del 30 novembre 2007), rileva di non ricorrere per carenza di legittimazione, le sue pretese di risarcimento essendo oggetto della responsabilità primaria dell'Ente Ospedaliero Cantonale. A._ propone, in via principale, di dichiarare inammissibile il ricorso per carenza di motivazione e, in via subordinata, di respingerlo in quanto ammissibile. Egli accenna pure alla parallela causa civile promossa dal paziente contro l'Ente Ospedaliero Cantonale, con la quale sarebbe stata formulata una richiesta per danni e torto morale di fr. 3'814'343.--. 