Faits: A. Par jugement du 8 juin 2009, le Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné en faveur de A._ SA, l'inscription définitive de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs inscrite provisoirement sur la parcelle n° 7023 de la commune de X._, propriété de B._, à concurrence de 61'882 fr. 51 avec intérêt à 5 % l'an dès le 5 juillet 2007. La Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement le 12 février 2010. B. Le 3 juin 2010, A._ SA a introduit une poursuite en réalisation de gage immobilier tendant au paiement de la somme de 44'000 fr. (61'882 fr. 51 sous déduction de 17'882 fr. 51), avec intérêts à 5% l'an dès le 5 juillet 2007; elle a invoqué, comme cause de l'obligation, le jugement du 8 juin 2009 ordonnant l'inscription définitive d'une hypothèque légale sur l'immeuble du poursuivi. Celui-ci a formé opposition totale au commandement de payer. Statuant le 17 novembre 2010 sur la requête de mainlevée définitive formée par la poursuivante, le Tribunal de première instance a levé définitivement l'opposition au commandement de payer, à hauteur de 44'000 fr., plus intérêts à 5 % l'an dès le 5 juillet 2007. Sur appel du poursuivi, la Cour de justice a, par arrêt du 10 février 2011, expédié aux parties le 14 février 2011, annulé le jugement du 17 novembre 2010 et rejeté la requête de mainlevée définitive. C. Par acte du 17 mars 2011, la poursuivante interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et, principalement, à la confirmation du jugement rendu le 17 novembre 2010 par le Tribunal de première instance, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente. A l'appui de son recours, elle se plaint de la violation de l'art. 80 al. 1 LP. Invités à se déterminer, l'intimé a conclu au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité et l'autorité précédente a renvoyé aux considérants de son arrêt. La poursuivie a encore déposé des observations sur la réponse, confirmant les conclusions de son recours. 