Faits: A. Le 28 novembre 2007, Y._ a été opérée par le Dr. X._, chirurgien orthopédiste à l'Hôpital A._. Sur recommandation du chirurgien, elle s'est engagée à suivre la physiothérapie au Centre de physiothérapie B._ SA, attenant à l'hôpital A._ et dont X._ est administrateur. Après deux séances, la patiente a préféré recourir aux services d'un praticien de C._, Z._. En consultation du 26 mars 2008, X._ a exprimé à sa patiente sa surprise et sa déception, voire son inquiétude. Y._ n'est pas revenue sur son choix. Par courrier du 9 avril 2008, Z._, physiothérapeute, a informé la Commission de surveillance des professions de la santé et des droits des patients et des patientes du canton de Fribourg (ci-après: la Commission) du "désarroi" que plusieurs de ses patients lui avaient exprimé quant à l'attitude de certains chirurgiens exerçant à l'Hôpital A._, en particulier X._. Par courrier du 30 octobre 2008, Y._ s'est également plainte auprès de la Commission du comportement de X._ à son égard. Par courrier du 9 janvier 2009, X._ s'est déterminé sur la dénonciation du physiothérapeute et la plainte de Y._. Il a nié avoir fait preuve d'une attitude menaçante à l'égard de sa patiente et avoir été guidé par d'autres intérêts que ceux médicaux de celle-ci. Il a ajouté que, pour éviter tout malentendu à l'avenir, un formulaire relatif au consentement éclairé du patient allait être établi. Après avoir procédé à l'instruction de l'affaire, englobant l'audition des parties, la Commission a émis, le 26 janvier 2010, un préavis invitant la Direction de la santé et des affaires sociales du canton de Fribourg (ci-après: la Direction) à classer la dénonciation et la plainte, au bénéfice du doute. Le préavis soulignait néanmoins les problèmes déontologiques que pouvait poser la recommandation appuyée, par un médecin en activité au sein de l'hôpital public, d'une institution de santé de droit privé dans laquelle il a des intérêts. B. Par décision du 5 juillet 2010, la Direction a prononcé un avertissement à l'encontre de X._, au sens des art. 125 al. 1 let. a de la loi fribourgeoise du 16 novembre 1999 sur la santé (LSan; RSF 821.0.1) et 43 de la loi fédérale du 23 juin 2006 sur les professions médicales universitaires (Loi sur les professions médicales; LPMéd; RS 811.11). Il était suffisamment prouvé que X._ n'entendait pas collaborer avec le physiothérapeute indépendant choisi par sa patiente, qu'il était intervenu auprès d'elle pour restreindre son libre choix et que cette prise d'influence ne semblait pas motivée par des intérêts médicaux en tant que médecin traitant et administrateur du Centre B._. La fonction d'administrateur d'une société qui traite des patients n'était pas compatible avec l'indépendance du médecin qui recommande à ses patients de se faire soigner dans cette même institution. En utilisant son pouvoir de conseil de manière inhabituellement intense et sans justifications claires et objectives pour obtenir de son patient une décision qui avantageait la société dont il était administrateur, le médecin avait enfreint ses devoirs envers le patient et ses obligations légales. Par mémoire du 6 septembre 2010, X._ a recouru auprès du Tribunal cantonal du canton de Fribourg contre la décision du 5 juillet 2010. C. Le 27 septembre 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé les motifs pour lesquels la Commission a prononcé la sanction. L'intéressé avait affirmé lors de l'instruction que s'il avait su que la patiente ne suivrait pas la physiothérapie postopératoire comme elle avait été discutée et prévue au Centre B._, il aurait considéré qu'il était trop dangereux de l'opérer. Il importait peu que la patiente n'ait pas obtempéré à la volonté de l'intéressé. Il suffisait que ce dernier ait exercé une pression sur la patiente pour influencer son choix d'une manière, en outre, qui tendait à favoriser l'établissement de soins dont il était administrateur, au détriment d'autres solutions thérapeutiques, ce qui était contraire aux obligations légales des médecins. L'avertissement prononcé étant la mesure disciplinaire la moins incisive, elle devait être confirmée. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral sous suite de frais et dépens, d'annuler sa condamnation, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour reprise de la procédure au sens des considérants. La Commission de surveillance a déclaré ne pas avoir d'observations à formuler sur le recours. La Direction de la santé et des affaires sociales ainsi que le Tribunal cantonal ont conclu à son rejet. 