Sachverhalt: A. B._, geboren 1971, war nach ihrer kaufmännischen Ausbildung in verschiedenen Berufen tätig, zuletzt als Call Center Agent. Am 17. Dezember 2002 ersuchte sie um Leistungen der Invalidenversicherung. Nach Einholung verschiedener ärztlicher Berichte verneinte die IV-Stelle Bern einen Leistungsanspruch mit Verfügung vom 14. März 2003. Nach Einreichung einer Einsprache hob die IV-Stelle am 11. Juni 2003 ihre Verfügung auf und veranlasste weitere (medizinische) Abklärungen. Am 26. Juni 2009 lehnte die IV-Stelle das Leistungsgesuch erneut ab, da eine überwindbare somatoforme Schmerzstörung vorliege. B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 11. November 2009 teilweise gut und sprach ihr vom 1. Oktober 2002 bis 30. September 2005 eine ganze Invalidenrente zu. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid sowie die Verfügung vom 26. Juni 2009 aufzuheben und ihr ab 1. Oktober 2005 eine angemessene, gerichtlich zu bestimmende Invalidenrente zuzusprechen. Eventualiter seien der vorinstanzliche Entscheid sowie die Verfügung vom 26. Juni 2009 aufzuheben und die Sache mit verbindlichen Anweisungen zur Durchführung weiterer medizinischer Abklärungen und Festsetzung einer angemessenen Invalidenrente ab 1. Oktober 2005 an die Vorinstanz oder die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 