Faits: A. Le 29 mars 2003, s'est tenue à Genève une manifestation autorisée devant le siège de l'Organisation Mondiale du Commerce, à l'initiative de différents mouvements associatifs de gauche. La police genevoise a dû intervenir à la suite de débordements survenus à l'issue de la manifestation à laquelle participait notamment B._. Cette dernière a été blessée à la tempe par un projectile provenant d'un lanceur semi-automatique à air comprimé de type FN 303. Elle a déposé plainte pénale le 31 mars 2003 et s'est constituée partie civile le 29 avril 2003. La procédure ouverte contre le policier ayant fait usage de l'arme a été classée. En revanche, A._ a été inculpé, le 2 décembre 2003, de lésions corporelles par négligence pour avoir autorisé, en qualité de remplaçant du Commandant de la gendarmerie, l'utilisation du lanceur à l'origine des blessures subies par la partie civile, lors de la manifestation du 29 mars 2003. Par ordonnance du 4 mai 2007, le Procureur général de la République et canton de Genève a déclaré A._ coupable de lésions corporelles par négligence et l'a condamné à une peine de dix jours-amende avec sursis durant deux ans. A._ a formé opposition. La cause a été attribuée à la sixième chambre du Tribunal de police de la République et canton de Genève, composée des juges X._, Président, Y._ et Z._, assesseurs. Le président et le premier assesseur sont membres du parti socialiste alors que le second assesseur est membre du parti écologiste. Lors de l'audience de jugement du 16 octobre 2007, A._ a requis la récusation in corpore de la sixième Chambre du Tribunal de police. Il relevait que l'intervention de la police lors de la manifestation du 29 mars 2003 avait été largement médiatisée et politisée, suscitant de vifs débats au sein du Grand Conseil genevois, plusieurs députés de gauche parlant de bavure ou de dérapage, alors même qu'aucune enquête n'avait encore été ouverte. B._ était engagée politiquement en tant que membre du parti socialiste fribourgeois, secrétaire syndicale et ancienne députée. Les juges appelés à siéger n'offraient pas les garanties requises pour statuer en toute impartialité et indépendance dès lors qu'ils appartenaient à des partis politiques ayant condamné l'intervention de la police et que deux d'entre eux étaient affiliés au même parti politique que la plaignante. A._ voyait un motif de prévention supplémentaire du juge assesseur Z._ dans le fait que celui-ci avait pris position dans la presse sur la demande de récusation. Par décision du 10 janvier 2008, le Tribunal de première instance de la République et canton de Genève, siégeant en séance plénière, a rejeté la requête en tant qu'elle porte sur la récusation de la sixième Chambre du Tribunal de police in corpore et celle du juge assesseur Y._. Il l'a en revanche admise en ce qui concerne le juge assesseur Z._, car ce dernier avait manqué à son devoir de réserve en s'exprimant dans la presse sur la demande de récusation. B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et de prononcer la récusation de la sixième Chambre du Tribunal de police, respectivement du juge assesseur Y._. A titre subsidiaire, il conclut au renvoi du dossier à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Il dénonce une violation de son droit d'être entendu ancré à l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que des garanties d'impartialité découlant des art. 6 § 1 CEDH et 30 al. 1 Cst. Le Tribunal de première instance se réfère à sa décision. Le Président du Tribunal de police et le Procureur général concluent au rejet du recours. Y._ en a fait de même, en précisant qu'à partir du 31 mars 2008, il ne serait plus juge assesseur au Tribunal de police, étant atteint par la limite d'âge, et qu'il ne ferait donc plus partie de la composition du tribunal appelé à siéger dans la cause litigieuse. 