A.- E._ (geboren 1943) ist gelernter Sanitärinstallateur und arbeitete seit 1980 als Selbständigerwerbender. Mit Anmeldung vom 12. April 1995 ersuchte er um berufliche Eingliederungsmassnahmen, da er infolge Rückenbeschwerden nicht mehr in seinem angestammten Beruf tätig sein könne. Vom 1. Juli 1995 bis 29. Februar 1996 erhielt er eine ganze Invalidenrente (Verfügung vom 5. Juli 1996). Ab 5. Februar 1996 bewilligte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen eine Umschulung (samt Taggelder) bei der Computerschule Z._ zum PC-Supporter (Verfügungen vom 15. Februar und 14. Mai 1996), welche der Versicherte jedoch am 6. Juli 1996 aufgab, da er mit der laufenden Ausbildung nicht Schritt halten konnte. Für die Zeit vom 1. August 1996 bis 31. März 1997 erhielt E._ erneut eine ganze Invalidenrente (Verfügung vom 4. Juli 1997). Vom 10. März 1997 bis 31. Juli 1997 absolvierte er eine berufliche Abklärung im EDV/CAD-Bereich in der Eingliederungsstätte der Rheuma- und Rehabilitationsklinik V._ (X._). Während dieser Zeit richtete die Invalidenversicherung wieder Taggelder aus (Verfügungen vom 21. März 1997). Im Schlussbericht vom 31. Juli 1997 hielt die X._ fest, dass auch eine Umschulung zum Informatik-Anwender nicht realistisch sei, E._ für einfache Büroarbeiten (Datatypist) zu 100 % belastet werden könne, eine Anstellung in dieser oder einer leichten industriellen Tätigkeit jedoch schwierig sei. Mit Verfügung vom 5. November 1997 verneinte die IV-Stelle bei einem Invaliditätsgrad von 21 % den Anspruch auf eine Rente. Trotz Abbruch der beruflichen Massnahmen könne mit einfacheren Arbeiten als PC-Anwender ein rentenausschliessendes Erwerbseinkommen erzielt werden. Die Möglichkeit von beruflichen Massnahmen sei weiterhin gegeben. B.- Die hiegegen mit dem Antrag auf Zusprechung einer Rente, eventualiter von beruflichen Massnahmen eingereichte Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 13. Januar 2000 gut und wies die Sache zur weiteren Abklärung bezüglich Umschulung und Rente an die IV-Stelle zurück. C.- Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur polydisziplinären medizinischen Untersuchung an sie zurückzuweisen; eventualiter sei die Verfügung vom 5. November 1997 zu bestätigen. Sowohl E._ als auch das Bundesamt für Sozialversicherung verzichten auf eine Stellungnahme. 