Faits: A. Y._, né en 1950, a travaillé dès 1970 comme rédacteur dans divers journaux neuchâtelois. Son contrat de travail a ultérieurement été repris par X._ SA (ci-après: X._). En 2003, Y._ assumait la fonction d'éditeur de l'hebdomadaire local «Z._», laquelle comprenait la gestion du journal et du courrier, la publicité et le programme de parution. En août 2003, l'adjoint de l'éditeur du quotidien «W._» a été chargé d'élaborer un projet de relance de «Z._». Y._ n'a pas été associé à ces travaux. Alors que Y._ était en vacances, le projet de restructuration a été présenté aux deux autres personnes travaillant pour «Z._»; il prévoyait que l'adjoint susmentionné était nommé éditeur du journal et que Y._ devenait rédacteur à mi-temps. Ce dernier a été informé officiellement du projet lors d'une séance de travail tenue le 2 septembre 2003; un délai de 48 heures lui a été fixé pour se déterminer. Sa demande d'éclaircissements sur son statut futur n'a pas reçu de réponse. Y._ s'est trouvé en incapacité de travail totale dès le 8 septembre 2003. Environ un mois plus tard, il a été victime d'une chute dans les escaliers. Par la suite, il a été mis au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité accordée rétroactivement dès le 1er septembre 2004. Par lettre du 28 juillet 2004, X._ a résilié le contrat de travail de Y._ pour le 30 novembre 2004; elle invoquait l'absence pour cause de maladie. L'employé a formé opposition à son licenciement, qu'il considérait comme abusif. B. Le 18 avril 2005, Y._ a ouvert action contre X._ en paiement de 55'896 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif et de 1'458'781 fr. en réparation du dommage et du tort moral subis, le tout plus intérêts. X._ a conclu au rejet de la demande. Une expertise portant sur l'état de santé du demandeur a été ordonnée; le Dr A._, psychiatre, a rendu son rapport le 27 septembre 2007. Statuant le 29 octobre 2008 en instance cantonale unique, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a condamné X._ à payer à Y._ 208'132 fr. avec intérêts à 5 % dès le 18 avril 2005. La cour cantonale a jugé que la manière d'agir de X._ avait eu des répercussions particulièrement graves sur l'état de santé de Y._, qui a sombré dans une profonde dépression et subi une incapacité de travail durable. Elle en a déduit que le licenciement, bien qu'il soit intervenu après l'écoulement de la période de protection en cas de maladie, était abusif dès lors que X._ avait fautivement provoqué l'incapacité de travail; en application de l'art. 336a CO, elle a alloué au demandeur une indemnité de 50'514 fr. correspondant à six mois de salaire. En outre, la cour cantonale a retenu que X._ avait commis un acte illicite en licenciant Y._ de manière abusive. Sur la base de l'art. 41 CO, elle a condamné l'employeur à payer au travailleur, après imputation des prestations sociales, les montants de 61'922 fr. pour perte de gain du 1er octobre 2004 au 31 octobre 2007 et de 92'175 fr. pour perte de gain future; elle a également accordé au demandeur 3'521 fr. à titre de remboursement de frais médicaux. C. X._ interjette un recours en matière civile. A titre principal, elle conclut au rejet de la «conclusion de la demande tendant au versement d'une indemnité pour licenciement abusif et d'une indemnité pour perte de gain et perte de gain future»; elle demande subsidiairement le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants. Y._ propose le rejet du recours. Le 8 mai 2009, le mandataire de la recourante a déposé copie d'une «annonce de recours contre le tiers responsable AI/AVS» et de divers documents émanant des autorités AI. La cour de céans a délibéré sur le recours en séance publique. 