Sachverhalt: A. Die 1954 geborene W._ war zuletzt von November 1998 bis Dezember 2005 als Betriebsmitarbeiterin in einem Personalrestaurant tätig. Am 22. November 2005 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Gestützt auf die beigezogenen Unterlagen, worunter eine Expertise des Instituts Y._ vom 14. November 2006, lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen das Rentengesuch aufgrund des von ihr ermittelten Invaliditätsgrades von 20 % mit Verfügung vom 12. September 2007 ab. Die von W._ hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 17. September 2008 dahin gehend gut, dass es die angefochtene Verfügung aufhob und die Sache zu weiterer Abklärung in medizinischer Hinsicht und neuer Entscheidung an die IV-Stelle zurückwies. Diese holte verschiedene ärztliche Stellungnahmen ein. U.a. richtete sie am 3. März 2009 eine Rückfrage an das Institut Y._, welche am 22. April 2009 beantwortet wurde. In der Folge ermittelte die IV-Stelle einen Invaliditätsgrad von 28 %, worauf sie das Rentengesuch am 2. Juli 2009 wiederum verfügungsweise ablehnte. B. Die von W._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 6. April 2011 ab. C. W._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verfügung der IV-Stelle sei ihr ab 1. April 2006 eine ganze Invalidenrente, zuzüglich Verzugszins, zuzusprechen; eventuell sei die Sache an die Verwaltung oder Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese nach ergänzender Abklärung der Arbeitsunfähigkeit über den Rentenanspruch neu verfüge. 