Faits: A. A._ est employé auprès de la police judiciaire genevoise. Dans la nuit du 7 au 8 août 2004, alors qu'il patrouillait lors d'une manifestation, il est intervenu dans le cadre d'une bagarre opposant plusieurs individus, parmi lesquels se trouvait B._. A._ était accompagné d'un collègue, C._. Portant au bras droit le brassard de police, il s'est approché de deux individus qui se battaient pour tenter de les séparer. B._ lui a alors asséné un violent coup de poing sur la partie gauche du visage. Ce coup a entraîné une fracture complète ouverte de la mandibule au niveau du menton, une fracture de l'articulation de la mandibule du côté gauche, ainsi que le descellement d'une dent. B._ Islami a été conduit au « PC de la manifestation », constitué d'un container métallique situé à l'angle de la rue X._ et de la rue Y._. Peu après, C._ et A._ sont entrés dans le container. Le premier a commencé à injurier et frapper B._, qui était alors menotté dans le dos, couché au sol sur le ventre, le visage tourné. A._ l'a également frappé, notamment avec un bâton tactique. En raison des lésions subies au visage, A._ a par la suite subi une intervention chirurgicale sous narcose, d'une durée de six heures, et a présenté une incapacité de travail totale pendant un mois. Une procédure pénale a été ouverte contre B._ Islami et A._. Une enquête administrative a également été ouverte contre ce dernier, qui a été provisoirement suspendu de ses fonctions jusqu'au 20 octobre 2004. Dès cette dernière date, A._ a pu reprendre son travail, mais n'a été autorisé qu'à exercer des tâches administratives jusqu'à droit connu sur l'enquête administrative. Le 4 mai 2007, le Procureur général du canton de Genève a rendu deux ordonnances de condamnation contre B._ et A._. Le premier a été condamné à nonante jours-amende avec sursis jusqu'au 31 octobre 2010, pour lésions corporelles simples. Le second a été condamné à soixante jours de travail d'intérêt général, avec sursis pendant deux ans, pour abus d'autorité et lésions corporelles simples aggravées. Le Procureur général a également condamné A._ au paiement du tiers des frais de justice, soit 4'047 francs. Il a réservé les droits de la partie civile. Les parties ne se sont pas opposées à ces ordonnances pénales. L'enquête administrative, qui avait été suspendue pendant la durée de la procédure pénale, a repris le 21 juin 2007. Le 10 septembre 2007, A._ a demandé au Conseiller d'Etat en charge du Département des institutions la prise en charge, par l'Etat de Genève, de ses frais de défense par un avocat pendant la procédure pénale, ainsi que des frais de procédure mis à sa charge et d'éventuels dépens que pourrait faire valoir la partie civile. Ce soutien lui était dû, dès lors qu'il avait été impliqué dans la procédure pénale à la suite de son intervention, dans le cadre de son travail de policier, pour tenter d'interrompre la bagarre dans laquelle B._ était impliqué. Le 9 juin 2008, le Conseiller d'Etat a rejeté la demande présentée par A._. B. Par acte du 14 juillet 2008, A._ a saisi le Tribunal administratif du canton de Genève d'un recours contre la décision du 9 juin 2008, subsidiairement d'une action pécuniaire contre l'Etat de Genève, en concluant à la condamnation de l'intimé au paiement de 48'756 francs 20, correspondant à la note d'honoraire de son avocat pour la procédure pénale. Le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable et a rejeté l'action pécuniaire. Il a condamné A._ au paiement d'un émolument de 1'000 fr. et ne lui a pas alloué de dépens. C. A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Il conclut, en substance, à la réforme du jugement entrepris en ce sens que l'Etat de Genève soit condamné à prendre en charge ses « frais de procédure et de défense » ainsi qu'à lui payer la somme de 48'756 francs 20 correspondant à la note d'honoraire de son mandataire relative à la procédure pénale. A titre subsidiaire, il demande l'annulation du jugement entrepris et le renvoi de la cause à l'instance cantonale pour qu'elle statue à nouveau. L'intimé conclut au rejet du recours. 