Fatti: A. M._ ha lavorato come operaio-minatore presso la X._ SA. Il 20 gennaio 2009 è rimasto vittima di un infortunio sul posto di lavoro a seguito del quale ha riportato una distorsione del ginocchio destro con lesione del menisco mediale e lesione parziale del legamento crociato anteriore. Il 12 febbraio 2009 è stato sottoposto a un intervento di meniscectomia in artroscopia. Per le conseguenze di questo infortunio gli è stata attestata un'inabilità al lavoro del 100% fino al 19 aprile 2009. Alla ripresa dell'attività, il 20 aprile 2009, il datore di lavoro gli ha disdetto il rapporto di lavoro che è terminato il 31 luglio 2009. Dal 1° agosto 2009 M._ si è annunciato all'assicurazione contro la disoccupazione. Il 15 febbraio 2010 l'interessato ha subito un secondo infortunio al ginocchio destro che gli ha provocato una nuova lesione del menisco nonché la rottura completa del legamento crociato anteriore rendendo necessario un (nuovo) intervento di meniscectomia oltre che di ricostruzione legamentare. Il 26 gennaio 2012 la Suva, nella procedura infortunistica, ha assegnato una rendita d'invalidità LAINF per un grado di incapacità lucrativa del 47%, stanti un reddito da valido di fr. 97'682.- e uno da invalido di fr. 51'909.-. Da parte sua, l'Ufficio AI del Canton Ticino (UAI) ha attribuito, nella parallela procedura AI promossa nel settembre 2010, una rendita intera limitatamente al periodo dal 1° marzo 2011 al 31 gennaio 2012 (dopo il raggiungimento, il mese di novembre 2011, della piena capacità lavorativa in attività sostitutiva). Per il periodo successivo, riferendosi (per entrambi i valori) ai dati statistici, l'UAI ha accertato un reddito da valido di fr. 71'982.- e uno da invalido di fr. 58'666.- (comprensivo di una riduzione del 5% per tenere conto delle particolarità personali e professionali del caso), ottenendo così un grado di invalidità del 19% (decisione del 15 agosto 2012). B. L'assicurato si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino al quale ha chiesto di annullare la decisione dell'UAI e di riconoscergli pure un quarto di rendita dal 1° febbraio 2012. Per pronuncia del 17 giugno 2013 la Corte cantonale ha accolto il ricorso. Fondandosi in particolare, per il reddito senza invalidità, sul salario che l'assicurato avrebbe potuto conseguire nel 2012 presso la X._ SA (fr. 98'658.82, corrispondente al dato ritenuto dalla Suva e adeguato all'anno 2012), anziché sui dati statistici come aveva invece fatto l'UAI, il giudice di prime cure ha accertato un grado d'invalidità del 40% dopo avere raffrontato questo dato al reddito da invalido di fr. 59'252.60. C. L'UAI ha presentato ricorso al Tribunale federale al quale chiede di annullare il giudizio cantonale e di confermare la propria decisione amministrativa. M._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi. 