Sachverhalt: A. M._, geboren 1964, verfügt über eine abgeschlossene Ausbildung als Elektromonteur. Am 7. Juli 2008 meldete er sich zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle Basel-Stadt (nachfolgend: IV-Stelle) führte erwerbliche und medizinische Abklärungen durch und verfügte nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren am 19. März 2012 die Abweisung des Leistungsbegehrens bei einem rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 34 %. B. In Gutheissung der hiegegen von M._ erhobenen Beschwerde sprach ihm das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 17. Oktober 2012 ab 1. Januar 2009 eine Viertelsrente zu. C. Die IV-Stelle erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie die Feststellung, dass M._ keinen Rentenanspruch habe. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersucht die IV-Stelle, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren. Kantonales Gericht und M._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde, das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Mit Verfügung vom 24. April 2013 hat die Instruktionsrichterin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 