Faits: A. Depuis le début des années quatre-vingt, Y._ SA, devenue entre-temps X._ SA, collaborait avec les Etablissements Hospitaliers du Nord Vaudois (ci-après: EHNV). Le 10 octobre 2006, les EHNV ont résilié la convention du 25 février 2003, qui les liait à Y._ SA, avec effet au 31 janvier 2007. Les 14 novembre 2006 et 17 février 2007 par contrat de cinq ans tacitement tacitement d'année en année, les EHNV ont confié leurs analyses médicales externes à Z._ SA. Sur recours de X._ SA, le Tribunal cantonal, par arrêt du 6 novembre 2009 dans la cause GE.2007.0013, a constaté que la décision des EHNV d'adjuger de gré à gré le marché des analyses médicales litigieux à Z._ SA était illicite. Injonction a été faite aux EHNV de lancer un appel d'offres public, en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 du règlement d'application du 7 juillet 2004 de la loi vaudoise sur les marchés publics (RLMP/VD; RSV 726.01.1), dans un délai échéant au 31 mars 2010. Cet arrêt est définitif et exécutoire. B. Le 30 mars 2010, les EHNV ont fait publier un appel d'offres portant sur un partenariat de laboratoire sur les différents sites des EHNV. Par arrêt MPU.2010.0008 du 6 décembre 2010, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours formé par X._ SA et annulé l'appel d'offres du 30 mars 2010 considérant notamment qu'il y avait un problème de préimplication et que la pondération du critère du prix était trop faible. Il a enjoint aux EHNV de lancer un nouvel appel d'offres public, en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 RLMP/VD. Par arrêt 2C_66/2011 du 1er septembre 2011, le Tribunal fédéral a rejeté le recours interjeté contre cet arrêt par les EHNV. C. Le 21 septembre 2011, le juge instructeur de la cause MPU.2010.0008 a enjoint aux EHNV de lancer un appel d'offres public, en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 RLMP-VD dans un délai échéant au 31 décembre 2011. Le 27 septembre 2011, les EHNV ont informé le juge instructeur de ce que les analyses faisant l'objet du marché seraient internalisées et traitées désormais par son personnel. Les EHNV ont en conséquence déclaré la procédure d'appel d'offres sans objet, dès lors que le marché à l'origine de la procédure n'existait plus. Le 10 octobre 2011, le Tribunal cantonal a indiqué qu'il n'entendait prendre aucune mesure d'exécution forcée. X._ SA a recouru contre la décision du 27 septembre 2011, auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Elle en a demandé l'annulation, injonction étant faite aux EHNV de lancer un appel d'offres public en faisant procéder à la publication prescrite à l'art. 13 RLMP/VD dans un délai échéant au 31 décembre 2011. Après avoir entendu les parties en audience, le Tribunal cantonal a retenu que, dans un premier temps, l'externalisation devait être confinée aux analyses bactériologiques. Un nouveau directeur ayant pris ses fonctions, les EHNV avaient finalement opté pour une internalisation plus étendue et renoncé ainsi à sous-traiter pour environ 200'000 fr. par an d'analyses à Z._ SA. L'objectif pour l'autorité intimée était, désormais, d'achever les travaux du bâtiment destiné à abriter le nouveau laboratoire, d'exploiter celui-ci et, par conséquent, de cesser tout lien avec Z._ SA d'ici au 31 juillet 2012. Les EHNV gardaient la possibilité de confier les analyses spécialisées aux laboratoires du CHUV ou des HUG, c'est-à-dire à d'autres entités publiques. Par arrêt du 16 mars 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. D. Le 21 novembre 2011, X._ SA a dénoncé les EHNV au Département des infrastructures (ci-après: DINF), autorité cantonale chargée de la surveillance pour l'application de la loi cantonale du 24 juin 1996 sur les marchés publics du 24 juin 1996 (LMP-VD; RSV 726.01), vu son article 14 al. 2. E. Le 8 février 2012, X._ SA a requis du Tribunal fédéral l'interprétation de l'arrêt 2C_66/2011 du 1er septembre 2011 dans la cause 2G_1/2012. Cette demande a été rejetée dans la mesure où elle était recevable par arrêt de ce jour. F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 mars 2012 et de donner l'ordre aux EHNV, sous la menace des sanctions de l'art. 292 CPS, de lancer un appel d'offres public à bref délai en faisant procéder à la publication prescrite par la règlementation cantonale sur les marchés publics. Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le recours. Les EHNV ont conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet des recours sous suite de frais et dépens. 