Sachverhalt: A. Das Kreisgericht VIII Bern-Laupen verurteilte Y._ am 3. Dezember 2007 wegen Totschlags, begangen am 1. Juli 2005 zum Nachteil von A._, zu einer Freiheitsstrafe von 7 Jahren. B. Das Obergericht des Kantons Bern sprach Y._ am 29. August 2008 auf Appellation des Prokurators 4 der Staatsanwaltschaft III Bern-Mittelland der vorsätzlichen Tötung schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 10 Jahren. C. Gegen dieses Urteil erhebt der Generalprokurator des Kantons Bern Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 29. August 2008 aufzuheben. Y._ sei des Mordes schuldig zu sprechen und mit 14 Jahren Zuchthaus zu bestrafen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Das Obergericht des Kantons Bern reichte eine Vernehmlassung ein, worin es unter anderem auf seine Erwägungen im angefochtenen Urteil verweist. In seiner Vernehmlassung beantragt Y._, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Eventualiter sei sie abzuweisen. Überdies ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. 