Faits: A. Inscrite depuis 2006 au registre du commerce du canton de Genève, X._ Sàrl a pour but l'exploitation de A._ et l'organisation de diverses activités sportives, culturelles et sociales. Depuis le 1er janvier 2006, elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA). Avant la constitution de la société, la buvette avait été exploitée par une société simple également assujettie à la TVA. B. Lors d'un contrôle externe portant sur la période du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2008, et suivi d'un rapport du 16 février 2010, l'Administration fédérale a constaté que la comptabilité de l'assujettie était lacunaire. Par notification d'estimation du 9 septembre 2010, elle lui a réclamé un montant d'impôt TVA de 92'752 fr., pour la période du 1er janvier 2006 (1er trimestre 2006) au 31 décembre 2008 (4ème trimestre 2008), dont 26'760 fr. 65 en raison de chiffres d'affaires non comptabilisés et non décomptés pour les années 2006, 2007 et 2008. La réclamation par laquelle X._ Sàrl s'est contentée de contester la reprise précitée de 26'760 fr. 65, a été rejetée par décision sur réclamation de l'Administration fédérale du 16 septembre 2011. Par arrêt du 29 mai 2012, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours que X._ Sàrl a formé contre la décision sur réclamation susmentionnée. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ Sàrl demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 29 mai 2012 et, subsidiairement, d'annuler ledit arrêt et de renvoyer la cause auprès de l'Administration fédérale pour compléments d'instruction dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer sur le recours; l'Administration fédérale en propose le rejet, avec suite de frais. La recourante a répliqué par courrier du 17 septembre 2012. 