Sachverhalt: A. Die IV-Stelle des Kantons Basel-Stadt sprach der 1970 geborenen K._ mit Verfügung vom 19. Juni 2002 rückwirkend ab 1. August 1996 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu (Invaliditätsgrad von 60 %). Hiebei stützte sie sich auf eine rheumatologische und psychiatrische Expertise. Im Rahmen des im April 2006 angehobenen Revisionsverfahrens veranlasste die IV-Stelle erneut eine psychiatrische sowie rheumatologische Begutachtung. Gestützt auf die diesbezüglichen Ergebnisse verfügte sie nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren am 14. Januar 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 33 % die Aufhebung der Invalidenrente auf Ende Februar 2008. B. Die von K._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess der Präsident des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt mit Entscheid vom 6. Juni 2008 insoweit teilweise gut, als er der Versicherten vom 1. Januar 2004 bis 29. Februar 2008 eine Dreiviertelrente zusprach. Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen. C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei in Aufhebung des angefochtenen Entscheids die Sache an die IV-Stelle zur Durchführung einer rheumatologischen Begutachtung und Neubeurteilung des Invaliditätsgrades zurückzuweisen; sodann sei ihr die unentgeltliche Rechtspflege und Prozessführung zu bewilligen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme. 