Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 27. September 2007 lehnte die IV-Stelle Bern den Anspruch der S._, geboren 1971, auf Versicherungsleistungen ab. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 14. August 2008 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihr eine "Rente auf der Basis von 100 %" zuzusprechen, eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. 