Sachverhalt: A. Der 1961 geborene S._ meldete sich am 6. Dezember 2007 zum Bezug von Ergänzungsleistungen zu seiner Invalidenrente an. Mit Verfügungen vom 8. und 9. April 2008 setzte die Gemeinde X._, Verwaltungsstelle für Zusatzleistungen zur AHV und IV für Y._ (nachfolgend: Verwaltungsstelle), die Ergänzungsleistungen für Januar bis März 2008 und ab April 2008 auf Fr. 633.- monatlich fest. Die hiegegen von S._ erhobene Einsprache wies die Verwaltungsstelle mit Entscheid vom 20. Juni 2008 teilweise gut; gleichzeitig wurde in Umsetzung dieses Entscheides mit Verfügung vom gleichen Tag der Anspruch neu auf Fr. 639.- monatlich festgesetzt. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Februar 2009 teilweise gut und wies die Sache an die Verwaltungsstelle zurück, damit sie über den Anspruch auf Ergänzungsleistungen neu verfüge. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt S._ beantragen, der vorinstanzliche Entscheid sei betreffend den als Erwerbseinkommen der Mutter anzurechnenden Betrag aus der Haushaltführung für den erwachsenen Sohn I._ teilweise aufzuheben. Es sei der von der Vorinstanz als Erwerbseinkommen der Mutter festgesetzte Betrag aus der Haushaltführung von Fr. 2'910.- auf Fr. 1'815.- zu reduzieren und festzustellen, dass dieses Erwerbseinkommen in der EL-Berechnung qualifiziert, d.h. lediglich zu 2/3 anzurechnen sei. Während das BSV auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragt die Verwaltungsstelle, die Beschwerde abzuweisen und "den Betrag für die Haushaltführung auf Fr. 8'400.- zu belassen". 