Faits: A. En 2007, les autorités jurassiennes ont lancé un appel d'offres en vue de l'attribution d'un marché de construction portant sur des travaux à réaliser dans le cadre de la Transjurane. La société X._ SA a présenté une offre de même que l'"Association Y._ SA/ Z._ SA". Par décision du 10 décembre 2007, le Gouvernement jurassien a adjugé les travaux à ces deux dernières sociétés pour un montant de 5'564'720,70 fr. Contre cette décision, X._ SA a recouru auprès de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal), en demandant la restitution de l'effet suspensif. Le Tribunal cantonal a rejeté la demande de restitution de l'effet suspensif par arrêt du 25 mars 2008, notifié le 28 mars 2008. Le 24 avril 2008, X._ SA a recouru contre cet arrêt au Tribunal fédéral (cause 2D_42/2008). La cause a été rayée du rôle par ordonnance du 20 mai 2008, en raison du retrait du recours. Par lettre du 18 août 2008 au Tribunal cantonal, X._ SA a déclaré retirer son recours contre la décision d'adjudication du 10 décembre 2007 et demandé une réduction des frais de justice. Par décision du 12 janvier 2009, le Tribunal cantonal a notamment pris acte du retrait du recours, constaté que la procédure était devenue sans objet et mis à la charge de X._ SA les frais de procédure par 2'345 fr. ainsi qu'une indemnité de 23'137,85 fr. à titre de dépens à verser aux deux sociétés appelées en cause, Y._ SA et Z._ SA. B. Le 12 février 2009, X._ SA a formé un recours constitutionnel subsidiaire contre la décision du Tribunal cantonal du 12 janvier 2009. Elle demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision attaquée et soit de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants, soit d'ordonner la compensation des dépens, subsidiairement, d'ordonner la réduction des dépens et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée. Y._ SA et Z._ SA concluent, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le Gouvernement jurassien n'a pas répondu au recours dans le délai imparti. 