Faits: A. A.a La Fondation "Hôpital B._" (ci-après la Fondation) à C._ était propriétaire de l'article 2609 du cadastre de ladite commune. Cet article a fait l'objet d'une division cadastrale le 20 novembre 2006 pour devenir les parcelles nos 2868, 2870 et 2871 du même cadastre, avec report des servitudes et gages sur les nouveaux biens-fonds. Par acte du même jour, un droit de superficie distinct et permanent a été constitué sur l'article 2868 et immatriculé sous la désignation D2869, au profit de l'Etablissement Hospitalier Multisite Cantonal (ci-après EHM), avec report sur ce dernier article des servitudes et titres grevant l'article 2869 (recte: 2868), notamment de différents droits de gage immobiliers au profit de la Banque Cantonale Neuchâteloise (ci-après BCN). A.b Auparavant, le 7 avril 2006, la Fondation avait passé avec D._ SA un contrat d'entreprise générale pour l'agrandissement ouest de "l'Hôpital B._ (Centre de réadaptation)". Le 19 septembre 2006, D._ SA a conclu avec E._ AG un contrat d'entreprise portant sur les travaux de façade. E._ AG a, à son tour, confié à A._ AG (ci-après A._) une partie de ces travaux de façade pour le montant forfaitaire de 143'000 fr. A._ n'a pas été intégralement payée pour les travaux effectués. B. Suite à la faillite de E._ AG (devenue "E._ AG in Liquidation"), A._ a requis, le 19 avril 2007, l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur l'article D2869 pour un montant de 80'635 fr. 55. Le Président du Tribunal du Locle a fait droit à sa requête le 20 avril 2007. Statuant sur opposition de l'EHM, le même juge a confirmé sa décision par ordonnance du 5 juin 2007. C. Par mémoire déposé le 19 juin 2007 devant le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, A._ a conclu à l'inscription définitive de l'hypothèque inscrite provisoirement. La cour cantonale a rejeté ladite demande par jugement du 23 décembre 2010, considérant qu'il était impossible de constituer une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur le droit distinct et permanent formant l'article D2869, ce dernier relevant du patrimoine administratif cantonal. D. Le 26 janvier 2011, A._ (ci-après la recourante) exerce, contre cette décision, un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral, demandant son annulation. A titre principal, elle conclut à l'inscription définitive de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs à concurrence de 80'635 fr. 55 plus 5% d'intérêt l'an dès le 20 avril 2007; subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Des observations n'ont pas été requises. E. Par ordonnance présidentielle du 9 février 2011, la recourante a obtenu l'effet suspensif. 