Sachverhalt: A. Z._, geboren 1953, unterrichtete seit August 2001 als Primarlehrer in der Mittelstufe der Schulgemeinde X._. Nach gewissen Beanstandungen des Schulstils durch einzelne Eltern von Schülern des Z._ sowie nach mehreren Gesprächen zwischen ihm und Vertretern der Schulbehörde fand am 25. April 2007 ein Standortgespräch in Begleitung einer Vertrauensperson von Z._ statt. Nachdem er es abgelehnt hatte, eine vorbereitete, ihm am 25. April 2007 präsentierte Zielvereinbarung innert 24 Stunden zu unterzeichnen, eröffnete ihm die Schulpräsidentin in einer Anhörung vom 27. April 2007 die Kündigung des Arbeitsverhältnisses per 31. Juli 2007 wegen eines stark gestörten Vertrauensverhältnisses. Z._ erhob gegen die Kündigung Rekurs, welchen die Personalrekurskommission des Kantons Thurgau (nachfolgend: Personalrekurskommission) mit Entscheid vom 14. Dezember 2007 abwies. Die hiegegen erhobene Beschwerde des Z._ vom 14. März 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau aus formellen Gründen gut und wies die Sache zur Neubeurteilung unter Wahrung des Ausstandes des mitwirkenden Kommissionsmitgliedes A._ an die Personalrekurskommission zurück. Letztere wies den Rekurs mit Entscheid vom 25. November 2008 erneut ab. B. Hiegegen liess Z._ wiederum Beschwerde führen, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau abwies (Entscheid vom 18. März 2009). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt Z._ letztinstanzlich ohne Rechtsvertretung, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid über sein vorinstanzliches Rechtsbegehren an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Die Schulgemeinde X._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde. 