Sachverhalt: A. Der 1962 geborene T._ war vom Oktober 2003 bis Oktober 2006 als Call Center Agent bei der Firma B._ AG in X._ angestellt. Am 7. Juli 2007 meldete er sich wegen eines Bandscheibenschadens bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Vom 13. August 2007 bis Juli 2008 war er zwischenzeitlich bei der Firma S._ AG in Y._ arbeitstätig. Am 2. August 2010 erstattete die Medizinische Begutachtungsstelle Z._ im Auftrag der IV-Stelle des Kantons Thurgau ein interdisziplinäres Gutachten. Mit Verfügung vom 24. März 2011 verneinte diese bei einem Invaliditätsgrad von 4 % einen Rentenanspruch. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Juli 2011 ab. C. Mit Beschwerde lässt T._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Zusprache einer Rente beantragen. Eventualiter sei ihm eine befristete Rente von März 2009 bis September 2010 zuzusprechen. Die IV-Stelle und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Eingabe vom 24. Oktober 2011 lässt der Beschwerdeführer ein medizinisches Gutachten des Dr. med. F._, vom 13. Juli 2011 zuhanden der Deutschen Rentenversicherung, nachreichen. 