Sachverhalt: A. A.a Die 1960 geborene J._ war als Aerobic- und Fitnessinstruktorin tätig und leitete zuletzt ein eigenes Fitness Center. Nachdem im Juli 2003 gesundheitliche Probleme in Form von Muskel- und Skelettschmerzen sowie einer Erschöpfungsdepression aufgetreten waren, meldete sie sich im Juni 2004 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Bern zog verschiedene ärztliche Berichte bei und veranlasste beim Psychiatrischen Abklärungszentrum X._ das am 24. Juni 2005 erstellte Gutachten. Mit Verfügung vom 29. August 2005 wies sie das Leistungsbegehren ab. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 1. Juni 2006 fest. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die von der Versicherten dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 10. Januar 2008 gut und wies die Sache an die Verwaltung zurück, damit diese mittels Rückfrage bei den Ärzten des Psychiatrischen Abklärungszentrum abkläre, ob die Somatisierungsstörung überwindbar sei und bei Dr. med. K._ den Zustand nach im Januar 2006 erlittener Humerusfraktur und Rotatorenmanschettenruptur erfrage. A.b Die IV-Stelle holte daraufhin bei Dr. med. K._ den ärztlichen Bericht vom 3. Mai 2008 ein. Weil das psychiatrische Gutachten des Zentrums X._ bereits drei Jahre zurück lag und die Versicherte auf in der Zwischenzeit hinzugekommene somatische Beschwerden hingewiesen hatte, gab sie auf Anraten des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) zudem beim medizinischen Abklärungszentrum Y._ ein interdisziplinäres Gutachten in Auftrag, welches am 12. Mai 2009 erstellt wurde. Am 19. Januar 2010 lehnte die IV-Stelle das Leistungsgesuch erneut ab, da kein Krankheitsbild mit invalidisierender Arbeitsunfähigkeit vorliege. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 3. März 2011 ab. In jenem Verfahren hatte die Versicherte ein Kurzgutachten des Dr. med. A._ vom 20. Mai 2010, einen Bericht der Zahnmedizinischen Kliniken B._ vom 28. April 2010 sowie einen Austrittsbericht der Klinik T._ vom 22. April 2010 nachgereicht. C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihr ab 1. Juli 2004 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventualiter seien ergänzende medizinische Abklärungen durchzuführen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen und das kantonale Gericht verzichten auf eine Vernehmlassung. 