Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer des in der Landwirtschaftszone gelegenen Grundstücks Gbbl. Nr. 53 in der Gemeinde Horrenbach-Buchen. Am 15. Juni 2007 erliess der Gemeinderat der Einwohnergemeinde Horrenbach-Buchen folgende Verfügung: Er stellte fest, X._ unterhalte auf dem Grundstück neben dem Landwirtschaftsbetrieb einen Gewerbebetrieb (Handel mit Altwaren und Ersatzteilen); auf der Parzelle befänden sich ohne Bewilligung ausgediente Fahrzeuge, Maschinen, Geräte sowie diverse Materialien. Der Gemeinderat verpflichtete ihn, den Gewerbebetrieb vollständig einzustellen. Gleichzeitig traf der Gemeinderat für verschiedene Teile des Geländes (Sektoren Nrn. I bis VIII) Räumungs- und Wiederherstellungsanordnungen sowie Vorgaben für die zukünftige Nutzung. Der Räumungsbefehl bezog sich auf alle Fahrzeuge, Geräte und Materialien gemäss der Inventarliste vom 12. Dezember 2005, die nicht für die Land- und Forstwirtschaft benötigt würden. In der Verfügung wurden Wiederherstellungsfristen festgelegt, die sich - je nach Anordnung und Sektor - auf zwei bis zehn Monate ab Rechtskraft der Verfügung beliefen. Ausserdem wurde die Ersatzvornahme angedroht. Die Verfügung vom 15. Juni 2007 erwuchs unangefochten in Rechtskraft. X._ verzichtete auch auf die Einreichung eines nachträglichen Baugesuchs. B. Mit Schreiben vom 16. Juni 2008 teilte der Gemeinderat X._ mit, dass ab dem 15. Juli 2008 mit der Ersatzvornahme begonnen werde. Gegen dieses Schreiben erhob X._, mit zwei Eingaben, aufsichtsrechtliche Anzeige bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Die BVE nahm die beiden Eingaben als Beschwerde entgegen und wies sie am 8. August 2008 ab, soweit sie darauf eintrat. Das von X._ hierauf angerufene Verwaltungsgericht hob mit Urteil vom 16. Dezember 2008 den Entscheid der BVE von Amtes wegen auf. In den Erwägungen legte das Verwaltungsgericht dar, das Schreiben des Gemeinderats vom 16. Juni 2008 stelle keine anfechtbare Verfügung dar. Hiergegen stehe bloss der Rechtsbehelf der Aufsichtsanzeige zur Verfügung. Die Zuständigkeit bezüglich einer solchen Aufsichtsanzeige liege beim Regierungsstatthalteramt Thun. Das Verwaltungsgericht erachtete es aber sachlich nicht als gerechtfertigt, die erfolgte Aufsichtsanzeige an die genannte Stelle zu überweisen. Mit Blick auf die Vorbringen des Beschwerdeführers anerkannte es auch keine nachträgliche erhebliche Änderung der Verhältnisse, die eine Wiedererwägung gebieten würden. Deshalb sah es von einer Weiterleitung der Aufsichtsanzeige an die Gemeinde zur Behandlung als Wiedererwägungsgesuch ab. C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts führt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, seine Aufsichtsanzeige sei an das Regierungsstatthalteramt Thun weiterzuleiten. Ausserdem sei die Verfügung vom 15. Juni 2007 aufzuheben, eventuell zu berichtigen. Der Gemeinderat ersucht darum, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das Verwaltungsgericht spricht sich für eine Abweisung der Beschwerde aus, soweit darauf einzutreten sei. Die BVE hat Verzicht auf eine Vernehmlassung erklärt. In der Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Rechtsbegehren fest. 