Faits: A. La société X._ SA (ci-après: la société), dont le but est l'exploitation d'une entreprise de nettoyage, de désinfection ainsi que tous services s'y rapportant, a été affiliée en tant qu'employeur à la Caisse cantonale vaudoise de compensation AVS (ci-après: la caisse) depuis 1997. U._ en était l'administrateur unique depuis 1999. Rapidement, la société a rencontré des difficultés à faire face à ses obligations en matière d'AVS et autres assurances sociales, de sorte que sommations, plans de paiement et poursuites sont intervenus dès 1999. Par décision du 30 août 2006, la caisse a réclamé à U._, par l'intermédiaire de son conseil, l'avocat Hervé Crausaz, la réparation du dommage qu'elle encourait en raison de l'insolvabilité de la société - la caisse détenait dix actes de défaut de biens pour un montant total de 65'175 fr. 15 -, soit un montant de 52'307 fr. 85, correspondant aux cotisations sociales restées impayées sur les salaires versés par la société pendant les années 2002 à 2004 (y compris les frais de sommation, de poursuite et les intérêts moratoires). Selon la caisse, la créance en réparation comprenait la part pénale des années 2002 et 2003, à concurrence de 14'964 fr. 65. Elle acceptait de surseoir momentanément au dépôt d'une plainte pénale, à condition que ce montant fût réglé dans les plus brefs délais. U._, par son conseil, a formé opposition contre cette décision le 6 octobre 2006. Il a fait valoir qu'il n'était pas en mesure, dès l'origine et sans sa faute, d'acquitter les cotisations AVS, car il avait été mal conseillé et renseigné et avait mis en place un système d'ordre permanent insuffisant. Il a précisé que, sans reconnaissance de responsabilité, il s'était acquitté de la part pénale des cotisations, soit 14'964 fr. 65. B. Par une nouvelle décision du 14 décembre 2006, la caisse a rejeté l'opposition précitée. Elle a indiqué qu'en sa qualité d'administrateur unique de la société, U._ avait des devoirs inaliénables et ne pouvait se retrancher derrière le fait qu'il avait reçu des renseignements erronés. Concernant le montant du dommage, la caisse a ramené ses prétentions à 37'343 fr. 45, compte tenu du paiement de la part pénale. Le 30 janvier 2007, U._, représenté par son conseil, a recouru contre cette décision devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud en concluant, sous suite de dépens, à son annulation. Dans sa réponse du 2 mars 2007, la caisse a conclu au rejet du recours. Elle a relevé qu'il ressortait clairement de la correspondance échangée à partir de 2001 avec les époux U._ que le recourant avait été constamment informé du fait que ses paiements étaient insuffisants. Elle renvoyait à ses lettres des 22 mars 2002, 24 juillet et 5 août 2003. A titre subsidiaire, la caisse a demandé la suspension de la cause afin d'établir - sur la base de la comptabilité de la société dont elle demandait la production - son dommage définitif par une décision complémentaire. Par lettre du 13 juin 2007, la caisse a indiqué, en se fondant sur un rapport de révision du 7 mai 2007 et un décompte des années 2005 et 2006, que le montant du dommage s'élevait en définitive à 48'720 fr. 55. Dans sa réplique, U._ a renoncé à de nouvelles observations pour la période jusqu'au 31 décembre 2004. Pour la période du 1er janvier 2005 au 31 décembre 2006, il a renvoyé aux arguments développés dans son recours pour la période précédente. Dans sa duplique, la caisse a confirmé ses conclusions visant au rejet du recours et demandé la réparation du dommage à hauteur de 48'720 fr. 55. U._ a produit la comptabilité de la société relative aux années 2001 à 2006. Par jugement du 9 novembre 2007, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours. Il a circonscrit le litige à la réparation du dommage afférent aux années 2002 à 2004, les nouvelles conclusions de la caisse relatives aux années 2005 et 2006 devant faire l'objet d'une nouvelle décision. C. U._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement en concluant principalement à son annulation, subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants et ordonne la mise en oeuvre d'une expertise comptable pour les années 2000 à 2004. 