Sachverhalt: A. Die Baugenossenschaft B._ ist Eigentümerin des selbstständigen und dauernden Baurechts GB G._ Nr. 8635 mit den Mehrfamilienhäusern an der S._strasse 55 - 65. Sie wollte ihre Häuser an der S._strasse 59/61 sanieren und erweitern lassen und übertrug mit Werkvertrag vom 25. März 2008 die Gerüstarbeiten für den Pauschalbetrag von Fr. 50'300.-- an die K._ AG. Das Gerüst wurde ab 4. Februar 2008 aufgebaut und musste in verschiedenen Bauetappen umgestellt bzw. dem Baufortschritt angepasst, d.h. teilweise abgebaut und in geänderter Form wieder aufgebaut werden. Verwendet wurde kein für das Bauvorhaben eigens hergestelltes Gerüst, sondern ein gängiges Element-/Systemgerüst. Dessen Abbau erfolgte ab 9. Juli 2008 und wurde am 7. August 2008 beendet. B. Die K._ AG (Beschwerdeführerin) und die Baugenossenschaft B._ (Beschwerdegegnerin) vereinbarten im März/April 2008 die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts zur Sicherstellung des Vergütungsanspruchs von Fr. 50'300.--. Die vorläufige Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts für Fr. 50'300.-- zugunsten der Beschwerdeführerin und zulasten von GB G._ Nr. 8635 im Eigentum der Beschwerdegegnerin wurde am 14. April 2008 im Grundbuch vorgemerkt. Die Beschwerdeführerin erhob am 3. Juli 2008 Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts für Fr. 50'300.-- nebst Zins. Die Beschwerdegegnerin schloss auf Abweisung. Die von der Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin inzwischen gestellten Rechnungen über insgesamt Fr. 51'300.-- blieben unbezahlt. Das Handelsgericht des Kantons Bern wies die Klage ab (Urteil vom 3. Februar 2009). C. Dem Bundesgericht beantragt die Beschwerdeführerin die Anweisung an das zuständige Grundbuchamt, das vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht für Fr. 50'300.-- nebst 5% Zins seit 11. September 2008 zulasten von GB G._ Nr. 8635 im Eigentum der Beschwerdegegnerin und zugunsten der Beschwerdeführerin definitiv im Grundbuch einzutragen. Eventuell sei die Sache zu weiteren Sachverhaltsabklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung. Das Handelsgericht hat die Akten zugestellt, auf Vernehmlassung aber verzichtet. 