Sachverhalt: A. Der 1963 geborene C._, zuletzt vom 1. Januar 2005 bis 31. Dezember 2006 als Schweisser bei der Firma L._ AG angestellt, meldete sich am 30. März 2007 unter Hinweis auf Beschwerden an der Halswirbelsäule und Schulter bei der IV-Stelle des Kantons St. Gallen zum Bezug einer Invalidenrente an. Gestützt auf Abklärungen in erwerblicher und medizinischer Hinsicht, worunter eine Begutachtung des Versicherten in der Klinik X._ (Expertise vom 8. Mai 2009), ermittelte die IV-Stelle einen Invaliditätsgrad von 32 %. Dementsprechend lehnte sie das Rentengesuch am 13. Januar 2010 verfügungsweise ab. B. C._ liess Beschwerde führen mit den Anträgen, unter Aufhebung der Verfügung der IV-Stelle sei ihm ab 1. April 2008 mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Verwaltung zurückzuweisen. Mit Entscheid vom 19. Januar 2012 hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde in dem Sinne gut, dass es die Verfügung vom 13. Januar 2010 aufhob und die Sache zu ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen und neuer Verfügung an die IV-Stelle zurückwies. C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben, soweit festgestellt wird, dass das Invalideneinkommen unter Berücksichtigung einer Leistungsfähigkeit von 70 % und eines Abzuges von 15 % festzusetzen sei. Das kantonale Gericht äussert sich in ablehnendem Sinne zur Beschwerde. C._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen und um die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet. 