Sachverhalt: A. S._ arbeitete seit Februar 1983 in unterschiedlichen Funktionen bei der Eidgenössischen Verwaltung X._, seit Juli 1999 im Bereich Aussendienst. Dort wurde er im Zusammenhang mit einer Reorganisation der Eidgenössischen Verwaltung X._ im August 2006 mit den Aufgaben als Aussendienstkoordinator betraut. Anfangs Dezember 2009 unterbreitete die Eidgenössische Verwaltung X._ als Arbeitgeberin S._ als Arbeitnehmer eine Vereinbarung im Sinne von Art. 4 Abs. 2 der Verordnung vom 10. Juni 2004 über die Stellen- und Personalbewirtschaftung im Rahmen von Entlastungsprogrammen und Reorganisationen (Reorganisationsverordnung, SR 172.220.111.5), welche Letzterer am 7. Dezember 2009 unterzeichnete. Ziff. 9 dieser Vereinbarung sah vor, dass der Arbeitsvertrag gestützt auf Art. 12 Abs. 6 lit. e BPG gekündigt werde, sofern der Arbeitnehmer nicht innerhalb von sechs Monaten nach Unterzeichnung eine andere zumutbare Arbeit finden werde. Mit Verfügung vom 29. Juni 2010 löste die Eidgenössische Verwaltung X._ das Arbeitsverhältnis mit S._ per 31. Dezember 2010 auf, da seine Stelle reorganisationsbedingt aufgehoben worden sei und ihm trotz Vermittlungsbemühungen keine andere zumutbare Stelle habe angeboten werden können. Am 20. Juli 2010 machte S._ einerseits bei der Eidgenössischen Verwaltung X._ die Nichtigkeit der Kündigungsverfügung vom 29. Juni 2010 geltend und erhob andererseits dagegen beim Eidgenössischen Finanzdepartement (EFD) Beschwerde. Das EFD wies am 20. Dezember 2010 die Beschwerde ab, stellte die Gültigkeit der Kündigung der Eidgenössischen Verwaltung X._ vom 29. Juni 2010 fest und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. B. Gegen diesen Entscheid erhob S._ am 27. Januar 2011 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess am 11. Juli 2011 die Beschwerde im Sinne der Erwägungen gut, hob den Entscheid des EFD vom 20. Dezember 2010 auf und stellte die Nichtigkeit der Kündigung vom 29. Juni 2010 fest. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Schweizerische Eidgenossenschaft (nachfolgend Beschwerdeführerin) Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Juli 2011 und Bestätigung des Entscheids des EFD vom 20. Dezember 2010, eventualiter Aufhebung der Kündigung vom 29. Juni 2010 und Rückweisung der Angelegenheit zur Berechnung einer allfälligen Entschädigung im Sinne von Art. 19 BPG. S._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. 