Fatti: A. Con decreto legislativo del 1° febbraio 1999 il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha approvato il progetto di A._ per la costruzione dell'albergo B._ a X._ e, quale aiuto cantonale agli investimenti nelle regioni montane, gli ha accordato "un prestito massimo di fr. 585'000.--, pari al 25 % della spesa computabile preventivata di fr. 2'340'000.--". Il decreto legislativo precisava pure che le condizioni, gli oneri e le modalità di versamento sarebbero stati stabiliti dalla Sezione del promovimento economico e del lavoro. In effetti il 30 marzo 1999 quest'unità amministrativa ha sottoscritto con A._ un "contratto di mutuo di diritto pubblico" che attuava la decisione del parlamento. L'albergo B._ è poi stato costruito e l'importo mutuato è stato versato. B. Il 26 settembre 2007 il Consiglio di Stato ticinese ha aperto un'inchiesta amministrativa in merito ai sussidi pubblici concessi negli anni 1996-2006 ai progetti di sviluppo delle stazioni invernali di X._ e di Y._. La commissione incaricata ha rassegnato il proprio rapporto finale il 25 gennaio 2008. Essa ha tra l'altro accertato che il 7 ottobre 1999 A._ aveva venduto l'inventario dell'albergo B._ e che la relativa spesa, preventivata in fr. 405'000.--, era comunque stata conteggiata nella domanda di rimborso ancora in sede di liquidazione. La commissione ne ha concluso che la vendita a terzi dell'inventario, non autorizzata dall'autorità cantonale, avrebbe potuto giustificare una richiesta di rimborso proporzionale del sussidio. C. Richiamato il rapporto della commissione d'inchiesta amministrativa nonché ulteriori verifiche effettuate, con risoluzione del 17 giugno 2008 il Consiglio di Stato ha imposto a A._ la restituzione di fr. 101'250.--, pari al 25 % della spesa di fr. 405'000.-- riconosciuta a suo tempo quale valore dell'inventario. D. Il 17 luglio 2008 A._ è insorto davanti al Tribunale federale mediante un ricorso sussidiario in materia costituzionale con cui, lamentando la violazione degli art. 6 n. 1 CEDU nonché 9, 29 e 36 Cost., chiede l'annullamento della decisione governativa. Chiamato ad esprimersi, il Consiglio di Stato propone di respingere il ricorso. E. Con decreto presidenziale del 4 settembre 2008 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame. 