Markenrecht; UWG, hat sich ergeben: A.- Die Kuoni Reisen Holding AG (im Folgenden: Kuoni) ist Inhaberin der schweizerischen Wortmarke Nr. 413519 sowie der schweizerischen Wort-/Bildmarke Nr. 411262 "HELVETIC TOURS" mit Gebrauchspriorität seit 1982. Beide Marken sind in den Klassen 39 (Transport und Reiseveranstaltungen etc.) und 42 (Bewirtung, Unterkunft etc.) eingetragen. Bei der Wortmarke Nr. 413519 handelt es sich gemäss Amtsvermerk um eine durchgesetzte Marke. Die Kuoni bietet unter diesen Marken "Dienstleistungen eines Reisebüros, nämlich Organisation, Reservierung, Veranstaltung und Vermittlung von Reisen, Vermittlung von Verkehrsleistungen, Reisebegleitung, Vermittlung von Reservierungen von Unterkunft und Verpflegung" an. Die Helvetia Airlines AG (nachfolgend: Helvetia) ist seit 12. Juni 1998 im Handelsregister eingetragen. Sie bezweckt den "Transport von Passagieren und Fracht auf dem Luftweg im nationalen und internationalen Bereich [und] kann sich an anderen Unternehmen beteiligen". B.- Mit Klage vom 3. Dezember 1998 beantragte die Kuoni dem Handelsgericht des Kantons Zürich, die Helvetia unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe gemäss Art. 292 StGB zu verpflichten, ihre Firma innert 30 Tagen nach Rechtskraft des Urteils zu ändern. Das Handelsgericht wies die Klage ab. C.- Die Klägerin führt gegen das Urteil des Handelsgerichts Berufung mit dem Antrag, dieses aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung. 