Sachverhalt: A. Mit Urteil 2C_375/2010 vom 22. März 2011 hiess das Bundesgericht die Beschwerde der Eheleute A. und B.X._ (nachfolgend die Steuerpflichtigen) wegen interkantonaler Doppelbesteuerung gegenüber dem Kanton Solothurn gut, hob das Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 22. März 2010 auf und wies die Sache zur Abklärung des Sachverhalts und zu neuem Entscheid an das Steuergericht zurück. Gegenüber dem Kanton Bern wies es die Beschwerde "zur Zeit" ab. Umstritten war, ob die Steuerpflichtigen den Verlust von Fr. ..., den sie aus der Veräusserung eines Grundstücks im Kanton Tessin im Jahr 2002 erlitten hatten, mit dem im gleichen Jahr aus der Veräusserung von insgesamt fünf Grundstücken im Kanton Bern erzielten Grundstückgewinn von Fr. ... verrechnen können. Der Kanton Bern (Liegenschaftskanton) erhob die Grundstückgewinnsteuer auf den im Kanton Bern veräusserten Liegenschaften für das Jahr 2003 mit Veranlagungsverfügung vom 9. Dezember 2004 ohne Berücksichtigung eines ausserkantonalen Verlustes. Der Kanton Solothurn (Wohnsitzkanton) behandelte A.X._ als (nebenberuflichen) Liegenschaftenhändler. Dementsprechend verrechnete er mangels steuerbarem Einkommen den Tessiner Liegenschaftsverlust mit dem im Kanton Bern erzielten Grundstückgewinn. In den Jahren 2003 bis 2006 konnten die Steuerveranlagungen des Kantons Solothurn und die Verlustvorträge gerichtlich nicht geprüft werden (steuerbares Einkommen Fr. 0.--). Erst mit der Veranlagung 2007 ergab sich erstmals wieder ein steuerbares Einkommen und konnten die Steuerpflichtigen die aktuelle Doppelbesteuerung beim Kantonalen Steuergericht Solothurn und sodann beim Bundesgericht geltend machen. Gemäss den bundesgerichtlichen Vorgaben im genannten Urteil war noch abzuklären, ob es sich beim Beschwerdeführer um einen (nebenberuflichen) gewerbsmässigen Liegenschaftenhändler im Sinne der Rechtsprechung handle und ob die im Kanton Bern veräusserten Grundstücke zum Geschäfts- oder Privatvermögen gehörten. Das Bundesgericht legte auch bereits die massgebenden Ausscheidungsgrundsätze fest. B. Das Steuergericht des Kantons Solothurn wies in der Folge die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts an die Veranlagungsbehörde Thal-Gäu zurück. Diese nahm weitere Abklärungen vor. Mit Einspracheentscheid vom 30. November 2011 hielt sie an der Veranlagung fest. Auf Rekurs hin bestätigte das Steuergericht des Kantons Solothurn das Vorhandensein eines Liegenschaftenhandels und die Möglichkeit der Verrechnung des Verlustes mit den bernischen Grundstückgewinnen und wies das Rechtsmittel ab (Urteil vom 4. Juni 2012). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Steuerpflichtigen, die Veranlagungsverfügung betreffend die Grundstückgewinnsteuer des Kantons Bern vom 9. Dezember 2004 und der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 20. Juni 2008 seien wegen interkantonaler Doppelbesteuerung aufzuheben, der im Kanton Bern steuerbare Grundstückgewinn sei auf Fr. 0.-- festzusetzen und der Kanton Bern sei zu verpflichten, die bereits bezahlten Grundstückgewinnsteuern samt Zins zurückzuerstatten; eventualiter seien die Urteile des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 4. Juni 2012 und vom 22. März 2010 sowie die Veranlagungsverfügung der Veranlagungsbehörde Thal-Gäu vom 20. März 2009 und deren Einspracheentscheide vom 30. November 2011 und 1. Juni 2009 aufzuheben und das steuerbare Einkommen auf Fr. 0.-- (Verlustvortrag Fr. ...) festzusetzen. Das Steueramt des Kantons Solothurn beantragt, die Beschwerde sei gegenüber dem Kanton Bern gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern schliesst auf Abweisung der Beschwerde gegenüber dem Kanton Bern und Gutheissung der Beschwerde gegenüber dem Kanton Solothurn. Das Steuergericht des Kantons Solothurn beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. 