Sachverhalt: A. Am 25. Februar 2009 unterzeichneten X._ (Gläubiger, Beklagter, Beschwerdeführer) als Kreditgeber und Y._ (Schuldner, Kläger, Beschwerdegegner) als Kreditnehmer einen mit "Private Abmachung" überschriebenen schriftlichen Darlehensvertrag über Fr. 500'000.--. Gestützt auf diesen Darlehensvertrag erteilte der Einzelrichter des Kantonsgerichts Schaffhausen dem Gläubiger mit Verfügung vom 15. Dezember 2010 in der Betreibung Nr. qqq des Betreibungsamts Schaffhausen (Zahlungsbefehl vom 8. Juli 2010) provisorische Rechtsöffnung für Fr. 500'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 29. Juni 2010, Fr. 200.-- Zahlungsbefehlskosten und die weiteren Kosten der Betreibung sowie die Kosten und Entschädigung gemäss Ziffer 2 der Verfügung. B. B.a. Mit Klage vom 28. Juni 2011 beim Kantonsgericht Schaffhausen beantragte der Schuldner, es sei festzustellen, dass die vom Beklagten in Betreibung gesetzte Forderung nicht bestehe, unter Kosten- und Entschädigungsfolge. Am 27. Juni 2013 hiess das Kantonsgericht die Klage gut und stellte fest, dass die vom Beklagten in Betreibung gesetzte Forderung nicht besteht. B.b. Dagegen erhob der Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit den Anträgen, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, die Aberkennungsklage abzuweisen und ihm in der angehobenen Betreibung die definitive Rechtsöffnung zu erteilen. Mit Urteil vom 5. Juli 2013 wies das Obergericht die Berufung ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 5. Juli 2013 sei aufzuheben, die Aberkennungsklage abzuweisen und definitive Rechtsöffnung zu erteilen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei und die Gutheissung der Aberkennungsklage. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 