Sachverhalt: A. A._ (Gesuchsteller, Beschwerdegegner) hinterlegte am 10. Juli 2004 für die Dienstleistung "Erzeugung von Energie", Klasse 40, eine Bildmarke mit dem Farbanspruch rot, schwarz, gelb, die er am 14. November 2005 etwas abänderte, so dass sie wie folgt aussieht: Das Institut für Geistiges Eigentum (IGE) beanstandete das Gesuch mit der Begründung, das Bundesgesetz vom 5. Juni 1931 zum Schutz öffentlicher Wappen und anderer öffentlicher Zeichen (SR 232.21, im Folgenden WSchG) werde verletzt, weil die Marke namentlich mit dem Staatswappen von Albanien verwechselt werde könne, das wie folgt aussieht: Mit Verfügung vom 2. Mai 2006 wies das IGE das Markeneintragungsgesuch 02461/2004 (fig.) für die beanspruchte Dienstleistung "Erzeugung von Energie" zurück. B. Mit Urteil vom 7. März 2007 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde des Gesuchstellers gut, hob die Verfügung des IGE vom 2. Mai 2006 auf und wies das IGE an, die Marke in der Fassung vom 14. November 2005 in das Schweizerische Markenregister einzutragen. Das Verwaltungsgericht ging zwar mit dem IGE davon aus, dass sich Art. 10 WSchG auch auf Dienstleistungsmarken bezieht, hielt jedoch dafür, diese Bestimmung sei nicht anwendbar, da nicht nachgewiesen sei, dass Albanien einen entsprechenden Schutz gewähre. Eine Täuschung im Sinne von Art. 11 WSchG verneinte das Gericht. Es liess sodann offen, ob sich der Gesuchsteller auf den Grundsatz des Vertrauensschutzes berufen könnte. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 20. April 2007 stellt das IGE dem Bundesgericht den Antrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 7. März 2007 betreffend die Gutheissung der Beschwerde gegen die Zurückweisung des Markeneintragungsgesuchs Nr. 02461/2004 fig. (Doppeladlerwappen) sei aufzuheben und das Markeneintragungsgesuch Nr. 02461/2004 vollumfänglich zurückzuweisen. Das IGE rügt eine Verletzung von Art. 2 lit. d des Bundesgesetzes vom 28. August 1992 über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben (Markenschutzgesetz, MschG; SR 232.11) in Verbindung mit Art. 10 Abs. 1 WSchG; es vertritt die Ansicht, die hinterlegte Marke sei mit dem albanischen Staatswappen verwechselbar, da der im strittigen Zeichen enthaltene Doppeladler in der gleichen Stellung und in den gleichen Proportionen abgebildet sei; das Gegenrecht sei im Sinne von Art. 10 Abs. 3 WSchG staatsvertraglich gewährleistet, da Albanien der Pariser Übereinkunft zum Schutz des gewerblichen Eigentums, revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967 (SR 0.232.04; im Folgenden PVÜ) angehöre, ausserdem enthalte das albanische Recht Bestimmungen zum Schutze von Staatswappen. Das IGE bestreitet schliesslich, dass sich der Beschwerdegegner auf eine Vertrauensgrundlage berufen könne. D. Der Beschwerdegegner stellt in der Antwort das Rechtsbegehren, die Beschwerde sei abzuweisen und das Markeintragungsgesuch Nr. 02461/2004 sei gutzuheissen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. 