Fatti: A. A.a In data 9 marzo 2005 E._, nata nel 1980, di professione impiegata di commercio, è rimasta vittima di un incidente della circolazione in territorio di B._; segnatamente il veicolo da lei guidato è entrato in collisione con un'autovettura che, uscendo da un parcheggio, non ha rispettato la precedenza. I medici dell'ospedale X._, presso cui l'interessata è stata trasportata d'urgenza, hanno diagnosticato un trauma da accelerazione della colonna cervicale con dolori al capo di origine posttraumatica e contusioni al ginocchio sinistro. Al momento dell'infortunio l'interessata era impiegata presso la ditta Y._, e, in quanto tale, era assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Generali Assicurazioni, la quale ha assunto il caso, corrispondendo le relative prestazioni di legge. E._, che nel frattempo aveva conseguito il diploma federale di economista aziendale, ha ripreso la propria attività lavorativa al 30% dal 10 ottobre 2005. A.b Dopo aver accordato due soggiorni riabilitativi presso le cliniche di Z._ e C._ e aver fatto allestire una perizia medica presso il Centro D._, con decisione del 28 luglio 2008, confermata in data 15 gennaio 2009, in seguito all'opposizione presentata dall'assicurata, la Generali ha decretato che il diritto a prestazioni assicurative riconducibile all'infortunio del 9 marzo 2005 si era estinto per carenza di nesso di causalità naturale sei settimane dopo l'infortunio e meglio a partire dal 20 aprile 2005. B. Patrocinata dall'avv. Husmann, E._ si è quindi aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo l'annullamento della decisione su opposizione impugnata con conseguente assegnazione delle prestazioni di legge anche dopo il 25 aprile 2005 (recte 20 aprile 2005), così come l'allestimento di una nuova perizia specialistica. Per pronuncia del 22 aprile 2009 il Presidente del Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto il gravame. C. Ancora assistita dall'avv. Husmann l'assicurata interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale chiedendo l'annullamento del giudizio impugnato e l'assegnazione delle prestazioni di legge anche a far tempo dal 20 aprile 2005, in particolare di una rendita, di un'indennità per menomazione dell'integrità e di spese di cura. L'interessata postula pure l'allestimento di una perizia medica pluridisciplinare ed eventualmente di un referto analitico-infortunistico. Delle motivazioni si dirà, se necessario, nei considerandi. Chiamati a pronunciarsi sul ricorso la Generali ne propone la reiezione, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi. 