Sachverhalt: A. Das Statthalteramt des Bezirks Bülach verurteilte X._ wegen SVG-Widerhandlungen mit Strafbefehl vom 21. Februar 2012 zu einer Busse von Fr. 400.--. X._ erhob dagegen fristgerecht Einsprache. Das Statthalteramt teilte X._ am 4. Mai 2012 mit, dass es am Strafbefehl festhalte und ohne Gegenbericht davon ausgehe, dass er diesen akzeptiere. X._ hielt mit Eingabe vom 14. Mai 2012 an seiner Einsprache fest, ersuchte um Erlass eines Einspracheentscheids und kündigte an, diesen weiterzuziehen. Der Vorladung des Statthalteramts zur Einvernahme auf den 25. Juli 2012 kam X._ nach. Nach der Einvernahme von zwei Polizeibeamten lud das Statthalteramt X._ zu einer weiteren Einvernahme auf den 11. September 2012 vor. X._ erschien unentschuldigt nicht. B. Das Statthalteramt stellte am 13. September 2012 die Rechtskraft des Strafbefehls fest. Das Obergericht des Kantons Zürich wies die von X._ dagegen erhobene Beschwerde am 27. Dezember 2012 ab. C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und das Statthalteramt sei anzuweisen, die Einsprache gegen den Strafbefehl materiell zu behandeln. Das Einspracheverfahren sei aufgrund der vorgefassten Meinung des Statthalteramts Bülach einem anderen Statthalteramt zur Beurteilung zuzuteilen. Schliesslich sei das Statthalteramt anzuweisen, die aufgrund des Strafbefehls eingeleitete Betreibung zurückzuziehen und die Betreibung im Register löschen zu lassen. D. Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Statthalteramt beantragt sinngemäss die Abweisung der Beschwerde und verzichtet im Übrigen auf eine Stellungnahme. 