Faits: A. A.a S._ a travaillé au service de l'entreprise X._ SA, du 1er septembre 1985 au 29 février 2004. Il a résilié son contrat de travail pour s'installer à son compte comme titulaire de la raison individuelle « Z._ ». Il a été inscrit en cette qualité au Registre du commerce du canton de Vaud du 19 janvier au 13 décembre 2004. Depuis cette date, son épouse, A._, figure dans ledit registre en tant que titulaire de la raison individuelle «Y._», avec signature individuelle. S._ a requis l'indemnité journalière de chômage à partir du 25 novembre 2004. Par décision du 1er février 2005, la Caisse cantonale vaudoise de chômage (ci-après: la caisse) a reporté la demande d'indemnité au 10 décembre 2004 (recte: 13 décembre 2004), date à laquelle le commerce a été remis à l'épouse. Un délai-cadre d'indemnisation a été ouvert en faveur de S._ du 13 décembre 2004 au 12 décembre 2006. Aux termes d'un contrat de travail du 14 janvier 2005, S._ a été engagé en qualité de serveur par l'entreprise «Y._», à raison de 6 heures de travail hebdomadaire pour un salaire mensuel de 300 fr. Son taux d'activité a passé à 50 % dès novembre 2005. Appelé à statuer sur l'aptitude au placement de S._, l'Office régional de placement de W._ a avisé la caisse que l'épouse du prénommé était responsable de l'établissement dans lequel il travaillait, de sorte qu'il y avait lieu d'examiner le dossier sous l'angle du contournement des dispositions relatives à la réduction de l'horaire de travail (lettre du 11 janvier 2006). Par décision du 17 février 2006, la caisse a rejeté la demande de prestations dès le 2 janvier 2006, au motif que l'épouse de S._ avait un pouvoir décisionnel dans l'entreprise «Y._». Le prénommé a fait opposition à cette décision en alléguant que son droit aux prestations de chômage résultait non pas de son activité auprès de «Y._», où il réalisait un gain intermédiaire, mais de son occupation en qualité de salarié pour le compte de X._ SA. Par décision du 24 avril 2006, la Caisse cantonale de chômage, division technique et juridique, a rejeté l'opposition et confirmé partiellement la décision attaquée, en ce sens que le droit aux indemnités était nié à partir du 13 décembre 2004, la cause étant renvoyée à la caisse afin qu'elle rende une décision de restitution. S._ a déféré la cause au Tribunal administratif du canton de Vaud, qui a rejeté le recours par jugement du 17 août 2006. A.b Par arrêt du 3 août 2007, le Tribunal fédéral, saisi d'un recours de l'intéressé, a considéré que la Caisse cantonale de chômage n'avait pas donné au prénommé l'occasion de retirer son opposition avant de modifier à son détriment la décision du 17 février 2006 à laquelle il s'était opposé. Aussi a-t-il partiellement admis le recours de droit administratif interjeté par l'assuré, annulé (sans examen sur le fond) le jugement entrepris ainsi que la décision sur opposition du 24 avril 2006 et renvoyé la cause à la caisse pour qu'elle procède conformément à l'art. 12 al 2 OPGA (cause C 200/06). A.c Le 16 novembre 2007, la caisse a donné à S._ l'occasion de retirer son opposition à la décision du 17 février 2006. Par lettre du 26 novembre 2007, ce dernier a déclaré qu'il maintenait son opposition. Par décision sur opposition du 3 décembre 2007, la caisse a rejeté l'opposition formée par l'assuré et modifié la décision du 17 février 2006, en ce sens que son droit aux indemnités était nié à partir du 13 décembre 2004. B. S._ a déféré la cause au Tribunal administratif du canton de Vaud, devenu entre-temps Tribunal cantonal, Cour de droit administratif et public, qui a rejeté le recours par jugement du 18 novembre 2008. C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert l'annulation en concluant à l'octroi de l'indemnité de chômage dès le 13 décembre 2004. Il demande également que son activité professionnelle au snack «Y._» soit considérée comme générant un gain intermédiaire en qualité d'indépendant. La Caisse cantonale de chômage, division juridique, a déclaré s'en remettre au jugement du Tribunal fédéral, tandis que le Secrétariat d'Etat à l'économie a renoncé à se déterminer. 