Sachverhalt: A. Am 16. April 2008 reichte Rechtsanwalt X._ gegen A._, B._, C._ und D._ eine Strafanzeige ein wegen des Verdachts insbesondere der Urkundenfälschung, des Betrugs und der Veruntreuung. Der Anzeige liegt im Wesentlichen folgender Sachverhalt zugrunde: X._ habe zwischen dem 1. April 1996 und dem 30. Juni 2000 mit A._, B._ und C._ eine Anwaltssozietät auf der Basis einer "Voll-Partnerschaft" geführt, d.h. sämtliche Honorareinnahmen der einzelnen Partner hätten der Gesellschaft gehört (mit späterer Gewinnverteilung nach einem vereinbarten Schlüssel) und seien über die gemeinsamen Bürokonti abzurechnen gewesen. D._ habe in der Anwaltssozietät die Buchhaltung geführt. Im Dezember 1999/Mai 2000 sei X._ durch A._, B._ und C._ unter massiver Druckausübung dazu veranlasst worden, einer rückwirkenden Umwandlung der "Voll-Partnerschaft" in eine blosse Bürogemeinschaft per 30. Juni 1999 zuzustimmen. Am 30. Juni 2000 habe X._ die Anwaltskanzlei verlassen. Im Nachhinein habe er erfahren müssen, dass er in den Jahren der gemeinsamen Partnerschaft von A._, B._ und C._ hintergangen worden sei. X._ sei in den Besitz von Unterlagen gelangt, die bewiesen, dass A._ jedenfalls in den Jahren 1999 und 2000 Honorareinnahmen in der Höhe von vielen Hunderttausend Franken über ein Privatkonto abdisponiert bzw. an den gemeinsamen Bürokonti "vorbeigeschleust" habe. Diese Honorareinnahmen figurierten auch nicht in der unter der Aufsicht von B._ geführten Buchhaltung der Anwaltssozietät. X._ sei somit bei den jeweiligen Gewinnverteilungen mit einer entsprechend zu seinem Nachteil gefälschten Buchhaltung irregeführt worden. Nach "Auffliegen" dieser Machenschaften hätten B._ und C._ versucht, A._ zu decken bzw. den Eindruck zu erwecken, dieser habe korrekt gehandelt. Dies zeige, dass sie von den Machenschaften A._s gewusst und - was sie inzwischen zugegeben hätten - gebilligt hätten, dass X._ durch eine gefälschte Buchhaltung bzw. gefälschte Jahresabschlüsse hinters Licht geführt worden sei. Dass A._ mit einem äusserst lukrativen Mandat beschäftigt gewesen sei, sei X._ bei den Verhandlungen bezüglich rückwirkender Auflösung des Partnerschaftsvertrages per 30. Juni 1999 verschwiegen worden. Hätte X._ davon gewusst bzw. wäre ihm bewusst gewesen, dass weitere Honorareinnahmen in Höhe von vielen Hunderttausend Franken unmittelbar bevorgestanden seien (mit entsprechender Gewinnbeteiligung seinerseits), hätte er dem Drängen seiner Partner, die Partnerschaft aufzulösen, nicht nachgegeben. Insoweit sei er betrogen worden. Am 7. April 2008 hatte X._ beim Bezirksgericht Meilen gegen A._, B._ und C._ in der gleichen Sache eine Zivilklage eingereicht. B. Am 28. Oktober 2008 sistierte die Staatsanwaltschaft See/Oberland (im Folgenden: Staatsanwaltschaft) die Strafuntersuchung bis zur rechtskräftigen Erledigung der Zivilklage. Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich am 29. Januar 2009 ab. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, der Entscheid der Oberstaatsanwaltschaft sei aufzuheben; die Vorinstanzen seien anzuweisen, die Strafuntersuchung unverzüglich fortzusetzen. D. Die Staatsanwaltschaft und die Oberstaatsanwaltschaft haben auf Vernehmlassung verzichtet. 