Faits: A. Né en 1945, B._, titulaire d'un certificat fédéral de capacité de monteur en chauffage central, a été mis au bénéfice d'une mesure de réadaptation professionnelle de l'assurance-invalidité, sous la forme d'une formation de sous-ingénieur en agronomie tropicale qu'il a suivie de septembre 1981 à juin 1984. Depuis septembre 1977, le prénommé avait en effet présenté une incapacité totale de travail dans son activité d'installateur en chauffage en raison notamment d'un syndrome du sympathique cervical postérieur. Après avoir travaillé dans le domaine de la coopération (agronomie tropicale), d'abord à l'étranger (août 1984 - août 1986), puis en Suisse (février 1988 - août 1989), B._ a repris son ancienne activité salariée d'installateur de chauffage à partir du mois de décembre 1990. Près de dix ans plus tard, le 1er mai 2000, il s'est mis à son compte et a exploité une entreprise individuelle de dépannage et d'installation de chauffage. Le 21 septembre 2004, il a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité, invoquant souffrir de problèmes respiratoires. L'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI) a recueilli différents avis médicaux, dont celui du médecin traitant, le docteur M._ (généraliste), puis chargé le Centre X._ (ci-après: Centre X._) d'une expertise pluridisciplinaire (examens clinique, psychiatrique et pneumologique). Dans ce cadre (rapport du 22 juin 2006), les docteurs A._ et T._, en collaboration notamment avec le docteur G._, spécialiste FMH en médecine interne et pneumologie, ont fait état, au titre de diagnostic avec répercussion sur la capacité de travail, d'une bronchopneumonie chronique obstructive sévère avec hypoxémie; ils ont également diagnostiqué un syndrome douloureux cervical chronique et des séquelles d'une désarticulation traumatique du membre supérieur droit (en 1982), sans que ces affections n'aient cependant des répercussions sur la capacité de travail. A cet égard, l'assuré n'était pas apte à fournir des efforts physiques (ni avec les membres supérieurs, ni inférieurs [manipulation de charges avec les bras, marche, etc.]). Les médecins du Centre X._ ont conclu que l'assuré ne pouvait plus travailler comme chauffagiste depuis janvier 2004, mais était capable d'exercer sans restriction une activité sédentaire avec une sollicitation physique minimale (par exemple, une activité de gestion). L'office AI a également procédé à une enquête économique (rapport du 26 septembre 2006), dont il ressortait notamment que dès le mois de janvier 2006, B._ s'était associé avec C._ (sous la raison sociale "Y._"). Entre 2002 et 2005, il avait réalisé un revenu moyen de 113'240 fr en tant que chauffagiste indépendant; alors qu'il s'occupait de la direction de la société, il déléguait ou sous-traitait les travaux lourds. Le 8 février 2007 (reprenant un projet de décision du 27 septembre 2006), l'office AI a rendu une décision par laquelle il a rejeté la demande de prestations de l'intéressé, en considérant en substance que celui-ci était apte à exercer à plein temps l'activité adaptée d'ingénieur en agronomie tropicale (ou toute autre activité sédentaire de gestion). B. Statuant le 16 janvier 2008 sur le recours formé par B._ contre la décision administrative, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève l'a partiellement admis. Annulant la décision du 8 février 2007, il a renvoyé la cause à l'office AI pour instruction complémentaire "au sens des considérants et nouvelle décision" (ch. 4 du dispositif). C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à la confirmation de sa décision du 8 février 2007. Tant le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales que B._ et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. 