Faits: A. Le 7 mars 2007, le Conseil d'Etat genevois a adopté un plan localisé de quartier n° 29237 (PLQa) couvrant un secteur situé entre l'avenue de l'Amandolier et le chemin de la Petite-Boissière, dans le quartier des Eaux-Vives, sur les parcelles privées n° 1751 à 1755, 1958 et 1960. Ce plan prévoit la construction d'un immeuble de six étages sur rez plus attique, situé parallèlement à l'avenue de l'Amandolier. Un tableau de répartition des droits à bâtir, par parcelle, indique un total de 7271 m2 de surface brute de plancher pour une superficie de terrains de 6026 m2, soit un indice d'utilisation du sol (IUS) de 1,2. Le plan prévoit également, la cession gratuite au domaine communal de deux bandes de terrain de cinq mètres de large afin de permettre le réaménagement de l'avenue de l'Amandolier (création d'une voie de bus en site propre et d'une piste cyclable) et de créer une voie communale rectifiant la liaison du chemin de la Petite-Boissière avec l'avenue précitée. Le 10 octobre 2007, le Conseil d'Etat a adopté un second plan localisé de quartier n° 29504 (PLQb), situé plus au sud le long de l'avenue de l'Amandolier, sur les parcelles n° 1088, 1153 à 1156, 2194, 2475, 2666 et 2667. Il prévoit la construction de cinq bâtiments de quatre étages sur rez plus attique, disposés perpendiculairement à l'avenue. Selon le tableau de répartition, la surface brute de plancher serait de 16700 m2, pour une superficie de 13595 m2, soit un IUS de 1,23 au maximum. Ce plan prévoit lui aussi la cession à titre gratuit d'une emprise du même type que le PLQa, le long de l'avenue de l'Amandolier. B. Par un seul arrêt rendu le 29 avril 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours formés contre le PLQa notamment par l'Association C._, ses membres agissant à titre individuel et l'Association B._, ainsi que le recours formé contre le PLQb par l'Association C._ et ses membres, à l'exception de l'un d'entre eux. Le Tribunal administratif a notamment retenu que le plan directeur cantonal prévoyait une densification différenciée permettant d'adopter un IUS plus élevée que la fourchette prévue (de 0,5 à 1) dans les secteurs qui, comme les périmètres concernés par les PLQ, ne présentaient pas de contraintes particulières. Le gabarit de l'immeuble prévu dans le PLQa respectait les normes de la zone de développement 3; il permettait une densification intermédiaire sur l'ensemble du site, y compris la zone sensible de la Boissière. Les cessions de terrains au domaine public avaient pour but la création d'une voie de bus et d'une piste cyclable ainsi que l'élargissement de la rue au profit principalement des piétons et des cycles, soit des aménagements suffisamment en lien avec les logements projetés par les PLQ. Les recourants ne contestaient pas que les droits à bâtir étaient répartis de manière équitable entre les différents propriétaires. C. A._ et 21 consorts, de même que l'Association B._ et l'Association C._ forment un recours en matière de droit public. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif, à l'annulation des décisions du Conseil d'Etat adoptant les PLQ et rejetant les oppositions, ainsi qu'à l'annulation des PLQ eux-mêmes. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. D._ et consorts, propriétaires et promoteurs immobiliers (PLQa), qui sont intervenus dans la procédure cantonale, concluent à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. E._ et F._, propriétaires et promoteurs immobiliers (PLQb) appelés en cause, concluent au rejet du recours. 