Faits: A. A.a Par contrat de travail de durée indéterminée, Y._ SA (ci-après: l'employeuse) a engagé le médecin gynécologue X._ (ci-après: l'employée) à mi-temps dès le 1er juillet 2004, puis à plein temps dès le 1er octobre 2004. L'art. 4 du contrat avait la teneur suivante: "A titre d'honoraires, le médecin percevra un pourcentage de ses prestations médicales encaissées, payables à chaque fin de mois, selon le barème suivant: 40% jusqu'à fr. 120'000.- de chiffre d'affaires annuel global, 45% de fr. 121'000.- à fr. 200'000.- de chiffre d'affaires annuel global, 48% à partir de fr. 201'000.- de chiffre d'affaires annuel global. Par chiffre d'affaires annuel global, on entend le total encaissé des prestations médicales. Sont exclus, les prestations médicales effectuées par des tiers, le matériel et les produits utilisés." Les parties ont en outre convenu, sans le préciser dans le contrat, que l'employée avait droit à un pourcentage de 20% à l'encaissement sur les prestations que l'employeuse exécutait sur prescription de l'employée (laboratoire, radiologie). L'employeuse devait par ailleurs déduire les charges sociales et l'impôt à la source du salaire mensuel. A.b Le 28 novembre 2005, l'employée a résilié ce contrat avec effet au 31 janvier 2006. Elle a demandé à son employeuse de calculer sa rémunération conformément au contrat et de lui fournir la liste des facturations, des encaissements et des débiteurs. Un litige s'en est suivi. L'employeuse a indiqué à son ancienne employée qu'elle continuerait de toucher des revenus à raison des prestations exécutées jusqu'au 31 janvier 2006 et encaissées après cette date, mais sous déduction des avances de salaire consenties. L'employée s'est plainte d'erreurs dans les décomptes de salaire et a soutenu qu'au regard du nombre de consultations données, sa rémunération aurait dû être supérieure. L'employeuse lui a remis un décompte correctif sur le chiffre d'affaires réalisé de 2004 à 2006, dont il ressortait que l'employée lui devait encore 7'915 fr. à titre d'acomptes de salaire versés en trop; ultérieurement, elle a produit un nouveau décompte avec un solde de 7'383 fr. en sa faveur. L'employée a vainement requis l'autorisation de consulter avec son comptable les pièces justificatives relatives aux honoraires facturés, encaissés et à encaisser. B. B.a Le 9 mai 2007, l'employée a déposé une demande devant la Juridiction des prud'hommes du canton de Genève dans laquelle elle concluait au paiement de 70'000 fr. à titre de solde de salaires et de 4'000 fr. en remboursement de ses frais de fiduciaire. L'employeuse a conclu au rejet de l'action, sous réserve d'un solde de 136 fr. 80 brut qu'elle reconnaissait devoir à titre de salaire pour le mois de décembre 2006; à titre reconventionnel, elle a conclu au paiement de 7'363 fr. 65 net pour les avances de salaire versées en trop. A l'issue d'une longue instruction marquée par de nombreuses audiences, le Tribunal des prud'hommes, par jugement du 29 mars 2010, a condamné l'employeuse à verser à l'employée la somme de 18'816 fr. 20 plus intérêts et rejeté toutes autres conclusions. B.b L'employeuse a porté cette décision devant la Cour d'appel des prud'hommes, concluant au rejet de l'action principale, sous réserve d'un montant de 756 fr. 65 reconnu comme dû, et, reconven-tionnellement, au paiement de 7'363 fr. 65. Tout en concluant au rejet, l'employée a déposé un appel incident dans lequel elle réitérait ses conclusions en paiement de 70'000 fr. et de 4'000 fr. Par arrêt du 19 janvier 2011, la Cour d'appel a annulé le jugement précité en tant qu'il condamnait l'employeuse au paiement de 18'816 fr. 20, a condamné l'employée à rembourser à l'employeuse la somme de 4'956 fr. plus intérêts à titre de salaire net trop perçu et a rejeté toutes autres conclusions. C. L'employée (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour d'appel et à ce que l'employeuse (ci-après: l'intimée) soit condamnée au paiement des sommes de 70'000 fr. brut et 4'000 fr., intérêts en sus. L'intimée s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et conclut sur le fond à son rejet. L'autorité précédente se réfère à son arrêt. 