Sachverhalt: A. Am 23. Juli 2007 bewilligte der Gemeinderat der Einwohnergemeinde Wohlen ein Baugesuch der Z._ AG für eine Arealüberbauung auf der Parzelle Nr. 607 in Wohlen. Der Regierungsrat des Kantons Aargau hiess eine von X._ und Y._ gegen das Projekt erhobene Beschwerde am 2. April 2008 gut und hob die Baubewilligung auf. Auf Beschwerden der Einwohnergemeinde Wohlen und der Z._ AG hin hob das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau den Entscheid des Regierungsrats am 16. Juni 2009 auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an ihn zurück. In der Folge befasste sich der Regierungsrat erneut mit der von X._ und Y._ gegen die Baubewilligung erhobenen Beschwerde. Am 30. Juni 2010 wies er die Beschwerde ab und bestätigte die vom Gemeinderat erteilte Baubewilligung. Gegen den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 erhoben X._ und Y._ Beschwerde, welche vom Verwaltungsgericht am 16. November 2011 abgewiesen wurde. B. Eine von X._ und Y._ gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 16. November 2011 erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht am 7. August 2012 teilweise gut. Das Bundesgericht erwog, das Verwaltungsgericht habe bei der Auferlegung der Verfahrens- und Parteikosten zu Unrecht überhaupt nicht berücksichtigt, dass X._ und Y._ nur deshalb (vollständig) unterlagen, weil das Verwaltungsgericht einen Verfahrensfehler des Regierungsrats geheilt habe. Das Verwaltungsgericht hätte zudem den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 insoweit anpassen müssen, als damit X._ und Y._ ihr Anteil an den Verfahrenskosten und der Entschädigung an die Gegenpartei (neben dem Anteil einer weiteren Beschwerdeführerin) voll auferlegt worden sei. Das Bundesgericht hob die entsprechenden Ziffern des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 16. November 2011 sowie des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat sowie dem Verwaltungsgericht an das Verwaltungsgericht zurück. Im Übrigen wies das Bundesgericht die Beschwerde von X._ und Y._ ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 1C_98/2012). C. Das Verwaltungsgericht entschied am 30. Oktober 2012: "1. 1.1. Dispositiv-Ziffer 2 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird bezüglich dem X._ und Y._ auferlegten Verfahrenskostenanteil von Fr. 1'947.50 wie folgt angepasst: X._ und Y._ haben unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 1'298.35 zu bezahlen. Die restlichen Fr. 649.15 gehen zu Lasten des Staates. 1.2. Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird bezüglich dem X._ und Y._ auferlegten Parteikostenanteil in Höhe von Fr. 8'568.70 wie folgt angepasst: X._ und Y._ haben unter solidarischer Haftbarkeit der Z._ AG, Muri, Fr. 5'712.45 an die Parteikosten zu ersetzen. Die restlichen Fr. 2'856.25 werden der Z._ AG aus der Staatskasse (Regierungsrat) entschädigt. Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird bezüglich dem X._ und Y._ auferlegten Parteikostenanteil in Höhe von Fr. 8'568.70 wie folgt angepasst: X._ und Y._ haben unter solidarischer Haftbarkeit der Z._ AG, Muri, Fr. 5'712.45 an die Parteikosten zu ersetzen. Die restlichen Fr. 2'856.25 werden der Z._ AG aus der Staatskasse (Regierungsrat) entschädigt. 2. Die verwaltungsgerichtlichen Verfahrenskosten, bestehend aus einer Staatsgebühr von Fr. 10'000.-- sowie der Kanzleigebühr und den Auslagen von Fr. 786.--, gesamthaft Fr. 10'786.--, sind von den Beschwerdeführern zu 2/3, d.h. mit Fr. 7'190.65, und vom Regierungsrat zu 1/3, d.h. mit Fr. 3'595.35, zu bezahlen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch. 2. Die verwaltungsgerichtlichen Verfahrenskosten, bestehend aus einer Staatsgebühr von Fr. 10'000.-- sowie der Kanzleigebühr und den Auslagen von Fr. 786.--, gesamthaft Fr. 10'786.--, sind von den Beschwerdeführern zu 2/3, d.h. mit Fr. 7'190.65, und vom Regierungsrat zu 1/3, d.h. mit Fr. 3'595.35, zu bezahlen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch. 3. 3.1. Die der Beschwerdegegnerin 1 vor Verwaltungsgericht entstandenen Parteikosten in Höhe von Fr. 11'162.90 (inkl. Auslagen und MWSt) sind zu 2/3, d.h. zu Fr. 7'441.95, von den Beschwerdeführern und zu 1/3, d.h. zu Fr. 3'720.95, vom Regierungsrat zu ersetzen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch. 3.2. Die der Beschwerdegegnerin 2 vor Verwaltungsgericht entstandenen Parteikosten in Höhe von Fr. 14'811.80 (inkl. Auslagen und MWSt) sind zu 2/3, d.h. zu Fr. 9'874.55, von den Beschwerdeführern und zu 1/3, d.h. zu Fr. 4'937.25, vom Regierungsrat zu ersetzen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch." D. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 30. Oktober 2012 haben X._ und Y._ am 10. Dezember 2012 gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, die Dispositiv-Ziffern 1.2 sowie 3.1 und 3.2 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben bzw. durch eine Regelung der ihnen in den kantonalen Verfahren vor Regierungsrat und Verwaltungsgericht entstandenen Parteikosten zu ergänzen. Eventualiter sei die Regelung der Kosten für alle Parteien vorzunehmen. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerinnen und der Regierungsrat haben sich nicht vernehmen lassen. 