Faits: A. A.X._, de nationalité suisse, a été domicilié en France, dans la commune de Habère-Lullin, jusqu'au 30 novembre 2003, avec son épouse et leurs deux enfants. En 2003, il a réalisé un revenu d'activité dépendante de 93'069 fr. 80 sur lequel un montant de 9'772 fr. 30 a été retenu au titre de l'impôt à la source. Le 1er décembre 2003, A.X._ a pris un nouveau domicile à Genève pour des raisons professionnelles sans se séparer de son épouse. Le 11 avril 2004, il a demandé à l'Administration fiscale cantonale la rectification de la retenue à la source effectuée par son employeur en 2003. Le 5 juillet 2004, le contribuable a été taxé en imposition ordinaire pour le mois de décembre 2003. L'impôt dû s'élevait à 206 fr. 95 pour le canton et la commune et à 27 fr. 85 pour la Confédération, soit un total de 234 fr. 80. Par décision du 4 octobre 2004, l'Administration fiscale cantonale a rectifié l'impôt à la source 2003 en défaveur du contribuable. L'impôt à la source était fixé du 1er janvier au 30 novembre 2003. Aucune charge de famille n'était admise. L'impôt dû était porté à 15'428 fr. 50, soit un solde en défaveur du contribuable de 5'681 fr. 20. Le 1er novembre 2004, A.X._ a déposé une réclamation contre cette décision auprès de l'Administration fiscale cantonale. Le 18 août 2005, l'Administration fiscale cantonale a statué sur la réclamation du 1er novembre 2004 dirigée contre l'impôt à la source pour la période du 1er janvier au 30 novembre 2003 et réduit l'impôt dû à 8'232 fr. 55. Le 14 septembre 2005, A.X._ a interjeté recours contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis lors la commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la Commission de recours). Par décision du 28 janvier 2008, la Commission de recours a déclaré irrecevables les conclusions relatives à la reconnaissance d'un domicile alternant et rejeté le recours pour le surplus. Elle a en outre condamné A.X._ à un émolument de 500 fr. Le 6 mars 2008, A.X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif. B. Par arrêt du 1er décembre 2009, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours dans la mesure où il était recevable et annulé les décisions de la Commission de recours du 28 janvier 2008, de l'Administration fiscale cantonale rendue sur réclamation le 18 août 2005 et de taxation du 4 octobre 2004. Il a renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a retenu qu'en annualisant l'impôt fixé pour la période du 1er janvier au 30 novembre 2003 (8'232 fr. 55), l'impôt à la source s'élevait à 8'981 fr. et qu'en effectuant la même démarche pour l'imposition ordinaire de décembre 2003 (234 fr. 80), l'impôt ordinaire total s'élevait à 2'817 fr. 60, soit une différence entre les deux modes d'imposition, pour la même année et les mêmes revenus, de 6'163 fr.40. L'impôt à la source était, selon son calcul, trois fois supérieur à celui fixé sur la base d'un régime d'imposition ordinaire uniquement en raison du changement de résidence, ce qui était arbitraire et violait l'art. 9 Cst. La cause devait être renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle adapte la taxation à la capacité contributive de A.X._. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 1er décembre 2009 par le Tribunal administratif du canton de Genève fondé sur des faits établis de façon manifestement inexacte et en violation du droit. Le Tribunal administratif et la Commission de recours ont renoncé à déposer des observations sur recours. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours. A.X._, par la voie de son mandataire, expose ne pas pouvoir s'opposer à ce recours et souhaite ne pas avoir à supporter les frais de justice. 