Faits : Faits : A. La société EMS X._ SA (ci-après: la Société), dont le siège est à A._, a pour but l'exploitation d'un établissement médico-social (EMS). Y._ en est l'actionnaire et l'administrateur unique avec signature individuelle. Il est aussi propriétaire de l'immeuble dans lequel se trouve l'EMS qu'il dirige. La Société est au bénéfice d'un contrat de bail. Le 29 avril 1991, le Service cantonal des assurances sociales et de l'hospitalisation du canton de Vaud a constaté des défauts d'ordre architectural, structurel et des problèmes de sécurité en matière d'incendie. Tout en prenant note de l'existence d'un projet de nouvelle construction, il invitait le directeur de la Société à réfléchir à l'avenir de l'établissement. Un devis de transformations établi le 4 décembre 1991 par le bureau d'architectes B._ SA pour rendre l'établissement conforme aux exigences légales s'élevait à 440'000 fr. auxquels s'ajoutaient des aménagements extérieurs pour un montant de 20'000 fr. Une deuxième partie du devis concernait la création d'un éventuel jardin d'hiver et d'une terrasse couverte pour un montant de 250'000 fr. Le 16 juin 1992, le Service cantonal de la santé publique signalait à Y._ que l'autorisation d'exploitation arrivait à échéance le 31 mars 1993 et qu'en raison de la situation éloignée de l'EMS, des investissements importants que nécessiterait son adaptation et des contraintes budgétaires, un plan de transformation était exclu et l'établissement démobilisé. Il pouvait toutefois présenter un projet personnel dans les locaux existants nécessitant peu de transformations (moins d'un million de francs). Un devis daté du 1er septembre 1992 concernant l'achat de 30 lits de gériatrie s'élevait à 235'000 fr. Par décision du 19 octobre 1998, le Département de la santé et de l'action sociale du canton de Vaud a ordonné la fermeture définitive de l'EMS. Par arrêt du 10 juin 1999 statuant sur le recours dirigé contre la décision du 19 octobre 1998, le Tribunal administratif du canton de Vaud a accordé un délai supplémentaire de deux ans. Le 23 septembre 1999, le Département a prolongé l'autorisation d'exploiter jusqu'au 30 juin 2001. Une demande de réexamen de cette décision a été rejetée par arrêt du Tribunal administratif du 7 août 2001, lui-même confirmé par arrêt 2P.241/2001 du Tribunal fédéral du 18 février 2002. Par décision du 19 octobre 1998, le Département de la santé et de l'action sociale du canton de Vaud a ordonné la fermeture définitive de l'EMS. Par arrêt du 10 juin 1999 statuant sur le recours dirigé contre la décision du 19 octobre 1998, le Tribunal administratif du canton de Vaud a accordé un délai supplémentaire de deux ans. Le 23 septembre 1999, le Département a prolongé l'autorisation d'exploiter jusqu'au 30 juin 2001. Une demande de réexamen de cette décision a été rejetée par arrêt du Tribunal administratif du 7 août 2001, lui-même confirmé par arrêt 2P.241/2001 du Tribunal fédéral du 18 février 2002. B. Par décision de taxation du 20 janvier 1994 pour la période fiscale 1993/1994, l'Administration cantonale des impôts a imposé la Société sur un bénéfice moyen de 58'100 fr. et un capital de 289'000 fr. Cette décision n'a pas fait l'objet d'une réclamation. Par décision de taxation du 12 mars 1996 pour la période fiscale 1995 (praenumerando; années de calcul 1993/1994), l'Administration cantonale des impôts a imposé la Société sur un bénéfice moyen de 65'400 fr. et un capital de 420'000 fr. Cette décision n'a pas fait l'objet d'une réclamation. Par décision de taxation du 4 novembre 1996 pour la même période fiscale (postnumerando, année de calcul 1995), l'Administration cantonale des impôts a imposé la Société sur un bénéfice de 87'100 fr. et un capital de 507'000 fr. Cette décision n'a pas fait l'objet d'une réclamation. Pour la période fiscale 1996, la société a déclaré un bénéfice imposable de 1'600 fr. et un capital de 509'000 fr. Pour la période fiscale 1996, la société a déclaré un bénéfice imposable de 1'600 fr. et un capital de 509'000 fr. C. Les 8 et 9 septembre 1998, l'Administration cantonale des impôts a procédé à un contrôle portant sur les exercices comptables des années 1991 à 1996. Le 29 septembre 1998, elle a requis la production de fiches comptables, du contrat de bail de l'immeuble, de diverses factures justificatives ainsi qu'une explication nantie de justificatifs de la provision de 359'430 fr. pour transformations. Le 10 novembre 1998, la Société a produit le contrat de bail du 28 novembre 1988. Le 9 décembre 1998, l'Administration cantonale des impôts a notifié à la Société un avis d'ouverture de procédure pour soustraction fiscale concernant les périodes fiscales 1993/1994, 1995, 1996 et 1997. Le même jour, un courrier identique a été adressé à Y._. Le 29 septembre 1998, l'Administration cantonale des impôts a requis de la Société la production de pièces comptables. Ayant refusé de fournir les pièces malgré une sommation du 16 décembre 1998 lui fixant un délai au 11 janvier 1999, la Société a été condamnée à payer deux amendes de 500 et 200 fr.; ces dernières ont été confirmées par arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 26 août 1999. Un nouveau délai lui a été fixé au 22 février 2000. Par courrier du 12 juin 2001 annonçant la clôture prochaine de la procédure, l'Administration cantonale des impôts a invité la Société à déposer des observations sur les reprises effectuées dans les comptes de résultat et qui portaient sur des distributions dissimulées en faveur de Y._, notamment des salaires excessifs, une pendule neuchâteloise, une chaîne Hi-fi, les primes d'une assurance ménage et une part privée sur les honoraires de la fiduciaire. Elles portaient aussi sur des provisions pour transformation d'immeuble de 359'430 fr. et pour achat de lits de 236'220 fr. Par courrier du 12 juin 2001 annonçant la clôture prochaine de la procédure, l'Administration cantonale des impôts a invité la Société à déposer des observations sur les reprises effectuées dans les comptes de résultat et qui portaient sur des distributions dissimulées en faveur de Y._, notamment des salaires excessifs, une pendule neuchâteloise, une chaîne Hi-fi, les primes d'une assurance ménage et une part privée sur les honoraires de la fiduciaire. Elles portaient aussi sur des provisions pour transformation d'immeuble de 359'430 fr. et pour achat de lits de 236'220 fr. D. Le 20 septembre 2002, l'Administration cantonale des impôts a notifié à la Société deux décisions ̈de rappel d'impôts, de taxation définitive et de prononcé d'amende pour soustraction fiscale ̈, l'une en matière d'impôt fédéral direct, l'autre en matière d'impôt cantonal. S'agissant de l'impôt fédéral direct, pour la période fiscale 1993/1994, elle a fixé le bénéfice imposable à 59'700 fr. (au lieu de 58'100 fr.), l'impôt soustrait à 313 fr. 60 et l'amende à 300 fr. Pour la période fiscale 1995 (prae), elle a fixé le bénéfice imposable à 168'300 fr. (au lieu de 65'400 fr.) et, pour la période fiscale 1995 (post), à 247'100 fr. (au lieu de 87'100 fr.), l'impôt soustrait à 16'146 fr. 60, et l'amende à 16'100 fr. Le capital imposable de ces périodes n'a pas été modifié. Pour la période fiscale 1996, elle a fixé le bénéfice imposable à 700'300 fr. (au lieu du montant déclaré de 1'600 fr.) et le capital imposable à 1'104'000 fr (au lieu du montant déclaré de 509'000 fr.), les impôts soustraits à 68'571 fr. 35 et 476 fr., et l'amende à 100 fr. S'agissant de l'impôt cantonal, pour la période fiscale 1993/1994, elle a fixé le bénéfice imposable à 59'700 fr. (au lieu de 58'100 fr.), l'impôt soustrait à 1'103 fr. 70 et l'amende de droit cantonal à 700 fr. et de droit communal à 400 fr. Pour la période fiscale 1995 (prae), elle a fixé le bénéfice imposable à 168'300 fr. (au lieu de 65'400 fr.) et pour la période fiscale 1995 (post), à 247'100 fr. (au lieu de 87'100 fr.), l'impôt soustrait à 41'113 fr. 25, et l'amende de droit cantonal à 25'400 fr. et de droit communal à 15'700 fr. Le capital imposable de ces périodes n'a pas été modifié. Pour la période fiscale 1996, elle a fixé le bénéfice imposable à 700'600 fr. (au lieu du montant déclaré de 1'600 fr.) et le capital imposable à 1'104'000 fr (au lieu du montant déclaré de 509'000 fr.), les impôts soustraits à 204'861 fr. 80 et 476 fr., comprenant une majoration de 10% des éléments dont la soustraction avait été tentée. Le 11 octobre 2002, la Société a interjeté deux réclamations, l'une en matière d'impôt fédéral direct et l'autre en matière d'impôts cantonal et communal. Par décision unique du 3 janvier 2006, l'Administration cantonale des impôts a partiellement admis les réclamations pour les motifs suivants: Les salaires versés à l'administrateur étaient certes excessifs mais les attestations de salaire figuraient dans les déclarations d'impôt de sorte qu'il n'était pas possible de prononcer d'amende pour cette raison. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient une anticipation de dépenses futures et devaient par conséquent être dissoutes. L'achat d'une pendule neuchâteloise et d'une chaîne Hi-fi ainsi que le financement d'une assurance par la Société constituaient des prestations à l'actionnaire. Elle a réduit les amendes pour la période fiscale 1995 à 770 fr. pour l'impôt cantonal, à 480 fr. pour l'impôt communal et à 1'250 fr. pour l'impôt fédéral direct. La Société a interjeté recours contre la décision sur réclamation. Son recours invoquait la prescription des créances et des amendes fiscales et portait sur la dissolution des provisions et sur les reprises de salaires excessifs et des parts privées effectuées par l'Administration cantonale des impôts. La Société a interjeté recours contre la décision sur réclamation. Son recours invoquait la prescription des créances et des amendes fiscales et portait sur la dissolution des provisions et sur les reprises de salaires excessifs et des parts privées effectuées par l'Administration cantonale des impôts. E. Par arrêt du 28 novembre 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a partiellement admis le recours de la Société contre la décision sur réclamation du 3 janvier 2006 et renvoyé la cause à l'Administration cantonale des impôts pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a jugé que la prescription avait été dûment interrompue par l'avis d'ouverture d'enquête adressé à la Société le 9 décembre 1998. La Société se prévalait tardivement de n'avoir pas reçu cet avis. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient des réserves pour charges futures qui ne pouvaient grever le compte de résultat. Elles devaient être reprises dans l'exercice comptable 1996. Les reprises sur les salaires excessifs du directeur n'étaient pas justifiées pour les années 1993, 1994 et 1996. Les primes d'assurance payées par la Société pour les années 1992 à 1995 concernant une assurance en faveur de l'actionnaire, les honoraires de la fiduciaire payés par la Société concernant des travaux en relation avec le divorce de ce dernier devaient également être repris. L'Administration cantonale des impôts n'avait en revanche pas pu prouver que l'achat de la pendule neuchâteloise et celui de la chaîne Hi-fi constituait une dépense en faveur de l'actionnaire; la reprise ne pouvait par conséquent être confirmée. E. Par arrêt du 28 novembre 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a partiellement admis le recours de la Société contre la décision sur réclamation du 3 janvier 2006 et renvoyé la cause à l'Administration cantonale des impôts pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a jugé que la prescription avait été dûment interrompue par l'avis d'ouverture d'enquête adressé à la Société le 9 décembre 1998. La Société se prévalait tardivement de n'avoir pas reçu cet avis. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient des réserves pour charges futures qui ne pouvaient grever le compte de résultat. Elles devaient être reprises dans l'exercice comptable 1996. Les reprises sur les salaires excessifs du directeur n'étaient pas justifiées pour les années 1993, 1994 et 1996. Les primes d'assurance payées par la Société pour les années 1992 à 1995 concernant une assurance en faveur de l'actionnaire, les honoraires de la fiduciaire payés par la Société concernant des travaux en relation avec le divorce de ce dernier devaient également être repris. L'Administration cantonale des impôts n'avait en revanche pas pu prouver que l'achat de la pendule neuchâteloise et celui de la chaîne Hi-fi constituait une dépense en faveur de l'actionnaire; la reprise ne pouvait par conséquent être confirmée. F. Par la voie du recours de droit administratif 2A.35/2007 pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 novembre 2006 par le Tribunal administratif ainsi que les décisions de rappels d'impôt et d'amendes de l'Administration cantonale des impôts du 3 janvier 2006. A l'appui de son recours de droit administratif, elle se plaint de la violation de l'art. 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101), de son droit d'être entendue ainsi que du droit fédéral en matière de preuves, de prescription et de déduction des provisions. Par la voie du recours de droit public 2P.17/2007 pour ce qui concerne les impôts cantonaux et communaux, la Société demande d'annuler l'arrêt rendu le 28 novembre 2006 par le Tribunal administratif ainsi que les décisions de rappel d'impôt et d'amendes de l'Administration cantonale des impôts du 3 janvier 2006. A l'appui de son recours de droit public, elle fait valoir les mêmes griefs que dans son recours de droit administratif auxquels s'ajoutent l'application arbitraire du droit cantonal et la violation des art. 5 al. 1 et 49 al. 2 Cst. Le Tribunal administratif a renoncé à déposer une réponse. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet des recours. Le Tribunal administratif a renoncé à déposer une réponse. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet des recours. G. Par ordonnances du 9 février 2007, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté les requêtes d'effet suspensif formulées dans le recours de droit administratif et le recours de droit public. 