Fatti: A. Nel 2003 il Consiglio comunale di Cavigliano ha adottato la revisione generale del piano regolatore. In tale ambito, un vasto comparto residenziale è stato ampliato e attribuito a una zona residenziale. Con risoluzione del 20 giugno 2006, il Consiglio di Stato aveva approvato la revisione, negata nondimeno l'approvazione di alcune proposte pianificatorie, modificate altre e sospeso la decisione su altre ancora: esso aveva pure anticipato l'intenzione di non approvare l'estensione di una zona residenziale e della relativa strada di servizio, invitando il Comune e i proprietari interessati a esprimersi in merito. B. Preso atto delle osservazioni, il 19 settembre 2007, il Governo non ha approvato la menzionata estensione né la strada di servizio. La decisione è stata comunicata per invio semplice all'avv. X._, patrocinatore di proprietari toccati da queste misure e per i quali aveva formulato osservazioni, che l'ha ricevuta il 24 settembre successivo. La decisione è stata poi pubblicata presso la cancelleria comunale dal 10 ottobre all'8 novembre 2007, con l'indicazione della possibilità di ricorrere al Tribunale cantonale amministrativo entro il termine di pubblicazione. Con ricorso dell'8 novembre 2007, i menzionati proprietari sono insorti alla Corte cantonale, chiedendo l'approvazione sia dell'estensione della zona edificabile sia della strada di servizio. Con giudizio del 18 settembre 2008 il Tribunale amministrativo ha dichiarato il ricorso irricevibile, siccome tardivo. C. Avverso questa pronunzia A._, B._, C._, D._, E._, F._, G._, H._, I._ e J._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di rinviare gli atti alla Corte cantonale affinché esamini il loro gravame nel merito. La Corte cantonale si riconferma nell'impugnato giudizio, il Governo rinvia alle osservazioni presentate nella sede cantonale, mentre il Comune di Cavigliano si rimette al giudizio del Tribunale federale. 