Sachverhalt: A. Beim am 10. April 1998 geborenen S._ wurde Ende des Jahres 2009 eine Autismus-Spektrum-Störung (Asperger-Syndrom) diagnostiziert. Die IV-Stelle des Kantons Aargau lehnte das Gesuch um medizinische Massnahmen ab. Die Anspruchsvoraussetzung, wonach spezifische Symptome bis zum vollendeten 5. Lebensjahr erkennbar gewesen sein mussten, sei nicht erfüllt (Verfügung vom 15. November 2011). B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hiess die Beschwerde des obligatorischen Krankenversicherers (CSS Kranken-Versicherung AG) teilweise gut und wies die Sache zu weiteren Abklärungen sowie zur neuen Verfügung im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurück. Es hielt fest, die Asperger-Symptomatik habe sich bei S._ vor Vollendung des 5. Lebensjahrs bemerkbar gemacht; daher bestehe gegenüber der Invalidenversicherung grundsätzlich Anspruch auf medizinische Massnahmen (Entscheid vom 29. Mai 2012). C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Der Krankenversicherer beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde. Der Versicherte, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme. 