Sachverhalt: A. X._ wird mit Anklageschrift vom 9. Februar 2010 vorgeworfen, er habe am 4. März 2008 zusammen mit A._ ca. 10 kg Heroin und ca. 1 kg Kokain, portioniert in 20 Klötze Heroingemisch à je ca 500 g mit einem durchschnittlichen Reinheitsgehalt von 64 % und in 2 Klötze Kokaingemisch à je ca. 500 g mit einem durchschnittlichen Reinheitsgehalt von 27,5 %, eingebaut in vorgefertigten Hohlräumen in den Türschwellen seines Personenwagens, von Tschechien über Amsterdam in die Schweiz eingeführt. Zuvor habe er im Januar und Februar 2008 zwei weitere Drogentransporte nach Offenbach am Main/D ausgeführt. B. Das Bezirksgericht Weinfelden erklärte X._ mit Urteil vom 27. April 2010 der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 6 Jahren, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 104 Tagen. Die beschlagnahmten Drogen und übrigen Gegenstände zog es zur Vernichtung bzw. zur Verwertung zu Gunsten des Staates ein. In Bezug auf die angeklagten Drogentransporte nach Deutschland sprach es X._ vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 4 i.V.m. Art. 19 Ziff. 1 und 2 BetmG frei (erstinstanzliches Urteil S. 29, 38; angefochtenes Urteil S. 24). Eine hiegegen vom Beurteilten geführte Berufung erachtete das Obergericht des Kantons Thurgau mit Urteil vom 7. März 2011 als unbegründet, soweit es darauf eintrat. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, er sei der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig zu sprechen und in Anwendung von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3 und Ziff. 2 lit. a BetmG zu einer Freiheitsstrafe von höchstens 5 Jahren, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft bzw. des vorzeitigen Strafvollzuges zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Bemessung der Strafe an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ ersucht ferner um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. D. Das Obergericht des Kantons Thurgau beantragt unter Verweisung auf den angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf Stellungnahme verzichtet. 