Faits: A. La société X._ GmbH (Sàrl), inscrite au registre du commerce du canton de Berne, a pour but social, notamment, les activités de nettoyage de toute sorte, de maintenance et d'entretien des bâtiments. Elle est affiliée à la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) pour l'assurance-accidents obligatoire. V._ faisait partie des salariés de cette entreprise jusqu'au 30 septembre 2004, date à laquelle il a résilié son contrat de travail pour se mettre à son compte comme indépendant. A la suite d'un contrôle des salaires portant sur les années 2005 à 2009, la CNA a constaté que X._ GmbH avait, au cours de cette période, rémunéré V._ pour exécuter diverses missions de nettoyage. Le 19 février 2010, la CNA a notifié à la société une facture de primes (d'un montant total de 4'902 fr. 50) pour les accidents professionnels et non professionnels calculées sur les rémunérations versées à V._ de 2005 à 2009. Par décision du 31 mars 2010, elle a également informé le prénommé qu'elle le considérait comme une personne de condition salariée pour l'activité exercée au service de X._ GmbH. Alors que V._ ne s'est pas opposé à cette décision, la société a formé opposition contre la facture de primes du 19 février 2010. La CNA a écarté cette opposition dans une nouvelle décision du 20 juillet 2010. B. X._ GmbH a déféré cette décision sur opposition au Tribunal administratif du canton de Berne, qui a rejeté le recours (jugement du juge unique du 29 mars 2011). C. X._ GmbH interjette un recours en matière de droit public. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à l'annulation du jugement cantonal. La CNA conclut au rejet du recours, cependant que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 