Faits: A. M._ était employé au service des Chemins de fer fédéraux suisses SA (CFF). Le 27 décembre 1999, il a été victime d'un accident professionnel pris en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Par décision du 11 mars 2003, la CNA lui a alloué une rente d'invalidité à partir du 1er novembre 2001, fondée sur un taux d'incapacité de gain de 31 %. Les CFF ont formé opposition à cette décision. Ils ont conclu au versement d'une rente de la CNA de 56 %. Ils ont fait valoir que selon l'art. 97 al. 1 de la convention collective de travail avec les associations du personnel des CFF du 27 juin 2000, le personnel de la société avait droit au paiement du salaire à cent pour cent pendant deux ans en cas d'accident professionnel. Leur qualité pour former opposition se déduisait, selon eux, de l'art. 100 de la convention collective, selon lequel les indemnités journalières et les rentes d'assurances sociales nationales et étrangères, y compris le supplément de réadaptation, étaient imputées sur le droit au salaire pour autant qu'elles ne fussent pas supérieures à celui-ci. Le 15 avril 2003, M._ a signé une «procuration» autorisant les CFF à prendre connaissance du dossier et à «faire valoir leurs droits» dans une procédure indépendante, sans préjudice du droit du travailleur à défendre ses propres intérêts. Statuant sur l'opposition le 29 mars 2004, la CNA l'a déclarée irrecevable, motif pris que les CFF ne pouvaient se prévaloir d'un intérêt digne de protection suffisant à la modification de la décision. B. Les CFF ont recouru contre cette décision. Par jugement du 25 novembre 2004, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a admis le recours. Il a annulé la décision sur opposition et renvoyé la cause à la CNA pour décision au fond. C. La CNA interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut à l'annulation de ce jugement et au rétablissement de sa décision sur opposition du 29 mars 2004. Les CFF concluent au rejet du recours. M._ ne s'est pas déterminé à son sujet. Quant à l'Office fédéral de la santé publique, il propose d'admettre le recours. 