Sachverhalt: A. Im Gebiet Carlag in der Gemeinde Vals wird seit 1930 Stein abgebaut und gespalten. Bis 2002 belief sich das Abbauvolumen auf ca. 300 m3 pro Jahr. Seit 2003 wurde mit der Erstellung einer neuen Strasse die Voraussetzung für den Abtransport grösserer Abbaumengen geschaffen. Am 15. März 2004 stimmte das Departement des Innern und der Volkswirtschaft Graubünden der Installation einer Steinfräse und dem Neubau eines Unterstands im Abbaugebiet zu, wobei die Zustimmung mit verschiedenen Auflagen verbunden wurde. Zudem wurde die Gemeinde beauftragt, von der Y._ AG ein Gesuch für den Gesteinsabbau ausserhalb der Bauzone zu verlangen und dem Departement zur Zustimmung zu unterbreiten. Im Hinblick auf die Erweiterung des Abbaus und eine planerische Abgrenzung des Abbaugebiets stimmten die Stimmberechtigten der Gemeinde Vals am 17. Juni 2007 einer projektbezogenen Nutzungsplanrevision zu. Damit sollten die Voraussetzungen geschaffen werden, um der Y._ AG eine baurechtliche Bewilligung für den Abbau von maximal ca. 25'000 m3 Stein in den nächsten ca. 25 Jahren, d.h. 1'000 m3 pro Jahr, im Steinbruch Carlag zu erteilen. Die Regierung des Kantons Graubünden genehmigte diese Nutzungsplanung samt Generellem Gestaltungsplan am 19. August 2008 unter Abweisung verschiedener Beschwerden. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Urteil vom 28. April 2009 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gut. B. Am 6. März 2008 gelangte X._ im Zusammenhang mit dem Betrieb des Steinbruchs an die Gemeinde und verlangte die unverzügliche Einstellung des Abbaus. Sie kritisierte, dass der Gesteinsabbau erfolge, obwohl keine Baubewilligung dafür vorliege. Mit Verfügung vom 25. September 2008 forderte die Gemeinde die Y._ AG auf, innert 30 Tagen ein Baugesuch für den Abbau von Steinen im Gebiet Carlag mit den entsprechenden Unterlagen einzureichen (Ziff. 1). Zudem ordnete sie in Ziff. 2 der Verfügung für die Dauer des Verfahrens vorsorgliche Massnahmen an, die insbesondere die Begrenzung von Lärm- und Staubemissionen betrafen. Dagegen erhob X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht mit dem Antrag um Aufhebung von Ziff. 2 der angefochtenen Verfügung. Die Y._ AG sei zu verpflichten, die Abbautätigkeit vollständig einzustellen, bis eine rechtskräftige Baubewilligung vorliege. Gegen die Verfügung der Gemeinde erhob auch die Y._ AG Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Sie beantragte die Aufhebung der angefochtenen Verfügung. Es sei festzustellen, dass für den derzeitigen Abbau im Steinbruch keine Bewilligung erforderlich sei und dass ein Baugesuch erst nach rechtskräftiger Genehmigung der hängigen Ortsplanungsrevision "Abbauzone Carlag" einzureichen sei. Die in Ziff. 2 der angefochtenen Verfügung angeordneten Massnahmen seien bis zur rechtskräftigen Genehmigung der hängigen Ortsplanungsrevision und für die Dauer des anschliessend durchzuführenden Baubewilligungsverfahrens anzuordnen. C. Mit Urteil vom 28. April 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ ab. Die Beschwerde der Y._ AG hiess es gut und änderte die Ziff. 1 des angefochtenen Entscheids im Sinne der Erwägungen insoweit ab, als das Gesuch für das Bauen ausserhalb der Bauzone erst nach Rechtskraft des Nutzungsplanungsverfahrens gestellt werden müsse. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. Dezember 2009 beantragt X._, die Ziff. 1, 2 und 3 des Urteils des Verwaltungsgerichts seien aufzuheben und die Y._ AG sei zu verpflichten, die Abbautätigkeit vollständig einzustellen, bis eine formell und materiell rechtskräftige Bewilligung für das Bauen ausserhalb der Bauzone vorliege. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde. Denselben Antrag stellt die Y._ AG (seit 29. Februar 2009 umbenannt in Z._ AG). Das Amt für Raumentwicklung Graubünden und die Gemeinde Vals schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) verzichtet auf eine Vernehmlassung. In einer weiteren Stellungnahme bekräftigt die Beschwerdeführerin ihren Standpunkt. E. Mit Präsidialverfügung vom 22. Juli 2009 wurde ein Gesuch der Beschwerdeführerin um vorsorgliche Massnahmen abgewiesen. 