Erfindungspatent, hat sich ergeben: A.- Sowohl die Ferag-Gruppe als auch die Müller Martini-Gruppe sind weltweit tätige Anbieter von Systemen zur Verarbeitung von gefalteten Druckbogen zu Druckerzeugnissen wie Zeitungen, Zeitschriften, Broschüren usw. Die zur Ferag-Gruppe gehörende Ferag AG (Klägerin) ist Inhaberin des europäischen Patents Nr. 0 095 603, das eine Einrichtung zum Sammeln von gefalteten Druckbogen schützt. Das Patent ist am 7. Mai 1983 angemeldet worden; Prioritätsdatum ist der 1. Juni 1982. Zur Müller Martini-Gruppe, die unter dem Dach der Grapha-Holding AG, Hergiswil, zusammengefasst ist, gehören insbesondere die Müller Martini Maschinenfabrik AG als Produktionsgesellschaft und die Müller Martini Marketing AG als Vertriebs- und Servicegesellschaft (beides Beklagte). Im Jahre 1994 kündigten die Beklagten mit Interviews und Pressemitteilungen in Fachorganen, mit Präsentationen und Referaten an Fachseminarien und Messen im Ausland und mit Werbeunterlagen die Vermarktung eines neuen Sammelhefters mit der Bezeichnung "Ultra" an, der in der Lage sein sollte, 40'000 geheftete Endprodukte pro Stunde herzustellen. Der Sammelhefter "Ultra" wurde als Vertreter einer neuen Maschinengeneration im Hochleistungsbereich präsentiert und den bisher angebotenen Sammelheftern mit Verarbeitungskapazitäten von zwischen 8'000 und 18'000 Endprodukten pro Stunde gegenübergestellt. B.- Mit Klage vom 27. Dezember 1994 an das Handelsgericht des Kantons Aargau verlangte die Klägerin gestützt auf ihr europäisches Patent Nr. 0 095 603 ein an die Beklagten gerichtetes Verbot, den Sammelhefter "Ultra" in der Schweiz herzustellen und in der Schweiz oder von der Schweiz aus feilzuhalten, zu verkaufen, in Verkehr zu bringen oder sonst gewerblich zu benutzen bzw. an solchen Handlungen mitzuwirken, solange die Sammlung der Druckbogen so ausgestaltet ist, dass sie den Merkmalen des Klagpatents entspricht. Die Beklagten beantragten Abweisung der Klage und erhoben Widerklage auf Feststellung, dass der Anspruch 1 des europäischen Patents Nr. 0 095 603 mit Wirkung für die Schweiz nichtig sei. Am 10. Dezember 1998 wies das Handelsgericht die Hauptklage ab und hiess die Widerklage teilweise gut. Dieses Urteil wurde vom Bundesgericht auf staatsrechtliche Beschwerde der Klägerin hin mit Urteil vom 1. Oktober 1999 aufgehoben. Das hierauf wiederum mit der Sache befasste Handelsgericht des Kantons Aargau hiess die Hauptklage mit Urteil vom 21. Dezember 1999 gut und verbot den Beklagten, den unter der Bezeichnung "Ultra" angebotenen Sammelhefter in der Schweiz herzustellen und in der Schweiz oder von der Schweiz aus feilzuhalten, zu verkaufen, in Verkehr zu bringen und/oder sonst gewerblich zu benutzen, bzw. an solchen Handlungen mitzuwirken, solange die Sammlung der Druckbogen folgendermassen ausgestaltet ist: Einrichtung zum Sammeln von gefalteten Druckbogen mit einem endlos umlaufenden, zur rittlingsweisen Aufnahme von Druckbogen bestimmten Sammelförderer, entlang welchem eine Anzahl Zuförderer für die Druckbogen angeordnet sind, welche Zuförderer mit ihrem Abgabebereich auf den Sammelförderer ausmünden, wobei - als Zuförderer über dem Sammelförderer angebrachte, um eine Achse endlos umlaufende, nach aussen hin geöffnete Aufnahmetaschen, je mit einer stationären und mit einer schwenkbaren in Offen- und in Schliessstellung des Abteils steuerbaren Seitenwand, vorgesehen sind, wobei an den radial äusseren Enden der Seitenwände pro Aufnahmetasche miteinander zusammenwirkende Klemmorgane angebracht sind, so dass die Aufnahmetaschen dazu eingerichtet sind, die Druckbogen am Falz zu erfassen und durch Loslassen dem Sammelförderer zu übergeben, -die Abgabebereiche der Aufnahmetaschen im Wesentlichen gleichsinnig wie die Förderrichtung des Sammelförderers verlaufen, und -der Sammelförderer seinerseits mit einer Anzahl im Abstand hintereinander und quer zu seiner Förderrichtung angeordneter Aufnahmesättel zu Aufnahme der Druckbogen bestückt ist. Für den Fall der Widerhandlung gegen das Verbot wurde den geschäftsführenden Personen und verantwortlichen Organen der Beklagten die Bestrafung mit Haft oder Busse gemäss Art. 292 StGB angedroht. In teilweiser Gutheissung der Widerklage wurde überdies festgestellt, dass Anspruch 1 des europäischen Patents Nr. 0 095 603 mit Wirkung für das Gebiet der Schweiz im Sinne der Erwägungen teilweise nichtig ist. Dort wird festgehalten, dass der Anspruch 1 des Streitpatentes nur im Umfang der folgenden Merkmale rechtsbeständig ist: A Einrichtung zum Sammeln von gefalteten Druckbogen; B mit einem endlos umlaufenden, zur rittlingsweisen Aufnahme der Druckbogen bestimmten Sammelförderer; C entlang welchem eine Anzahl Zuförderer für die Druckbogen angeordnet sind; D welche Zuförderer in ihrem Abgabebereich auf den Sammelförderer ausmünden; wobei E die Zuförderer E1 im Abstand voneinander umlaufende Greifer aufweisen, E2'die Greifer dazu eingerichtet sind, die Druckbogen jeweils hängend an ihrem Falz zu erfassen und in frei herabhängendem Zustand auf den Sammelförderer zu übertragen, E3 die Greifer gesteuert sind, E4 die Greifer an einem endlos umlaufenden Zugorgan befestigt sind, F zumindest die Abgabebereiche der Zuförderer im Wesentlichen gleichsinnig wie die Förderrichtung des Sammelförderers verlaufen, G und der Sammelförderer seinerseits mit einer Anzahl im Abstand hintereinander und quer zu seiner Fördereinrichtung angeordneten Aufnahmesätteln zur Aufnahme der Druckbogen bestückt ist. Die formelle Neufassung des eingeschränkten Anspruchs 1 des europäischen Patents Nr. 0 095 603 verwies das Handelsgericht dabei in ein separates, nach Rechtskraft des Urteils durchzuführendes Verfahren. C.- Die Beklagten haben gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau eidgenössische Berufung erhoben. Darin beantragen sie dem Bundesgericht im Wesentlichen, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und es sei die Widerklage gutzuheissen und die Klage abzuweisen; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen zu erneuter Beurteilung nach Durchführung eines Beweisverfahrens und unter Anwendung von Art. 27 Abs. 2 PatG. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung. 