Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt ein Verwaltungsstrafverfahren gegen Unbekannt wegen des Verdachts von Abgabebetrug, eventuell Hinterziehung von Verrechnungssteuern im Umfang von ca. Fr. 21,3 Mio., begangen im Geschäftsbereich der X._ SA (nachfolgend: Gesellschaft). Im Rahmen der Untersuchung fand am 4. April 2012 am Wohnort des Co-Geschäftsführers der Gesellschaft, A._, eine Hausdurchsuchung statt, bei der Unterlagen und elektronische Datenträger sichergestellt und auf Einsprache des Betroffenen hin versiegelt wurden. Im Einverständnis mit dem Betroffenen wurden die Dateien eines sichergestellten Laptops elektronisch kopiert (gespiegelt), der Laptop an den Betroffenen retourniert und die Kopien versiegelt. B. Mit Gesuch vom 7. Mai 2012 beantragte die ESTV beim Bundesstrafgericht die Entsiegelung der sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenstände bzw. deren Freigabe zur Durchsuchung. Mit Beschluss vom 19./21. September 2012 hiess das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, das Entsiegelungsgesuch gut. C. Gegen den Entsiegelungsentscheid der Beschwerdekammer gelangte A._ mit Beschwerde vom 24. Oktober 2012 an das Bundesgericht. Er beantragt im Hauptstandpunkt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die ESTV beantragt mit Stellungnahme vom 20. November 2012 die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht liess sich inhaltlich nicht vernehmen. Mit prozessleitender Verfügung vom 23. November 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Der Beschwerdeführer replizierte am 17. Dezember 2012. 