Sachverhalt: A. V._, geboren 1957, erhielt mit Verfügung vom 3. September 1997 bei einem Invaliditätsgrad von 57 % ab 1. November 1995 eine halbe Invalidenrente zugesprochen (bestätigt durch EVG-Urteil I 467/97 vom 29. Oktober 1998). Die IV-Stelle des Kantons Zürich bestätigte dies im Rahmen von Rentenrevisionsverfahren in den Jahren 1999, 2003, 2004 und 2007. Im Rahmen dieser Revisionsverfahren holte die IV-Stelle Berichte beim behandelnden Arzt ein (vgl. etwa Bericht des Dr. med. E._, Facharzt für Innere Medizin, vom 1. Mai 2007), liess V._ jedoch nicht polydisziplinär abklären. 2011 leitete die IV-Stelle ein weiteres Revisionsverfahren ein, in dessen Verlauf Dr. med. E._ in seinem Bericht vom 29. August 2011 ausführte, V._ habe eine Teilzeitstelle als Hauswart angenommen und sei bei einer leidensangepassten Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig. In der Folge holte die IV-Stelle einen Arbeitgeberbericht bei der X._ GmbH vom 31. August 2011 ein, aus welchem sich die erzielten Einkommen für die Zeit von 2008 bis Juli 2011 ergaben. Gestützt auf diese Angaben, namentlich die geleistete Arbeitszeit von Januar bis Juli 2011, hob die IV-Stelle die laufende Invalidenrente mit Verfügung vom 20. Januar 2012 auf und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. B. Mit Entscheid vom 5. Dezember 2012 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut und wies die Sache unter Aufhebung der Verfügung vom 20. Januar 2012 an die IV-Stelle zu Abklärungen im Sinne der Erwägungen und erneuter Verfügung über den Rentenanspruch zurück. Weiter lehnte sie die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ab und verpflichtete die IV-Stelle zur Übernahme der Gerichtskosten von Fr. 800.- sowie zur Zahlung einer Parteientschädigung von Fr. 2'500.-. C. V._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm eine Dreiviertelsrente zuzusprechen. Eventualiter sei die Vorinstanz zu verpflichten, seine Beschwerde in der Sache zu entscheiden. Subeventualiter seien die Anordnung einer medizinischen Beurteilung aufzuheben, seiner Beschwerde vor Vorinstanz resp. vor Bundesgericht die aufschiebende Wirkung zu erteilen und die gekürzte Parteientschädigung angemessen zu erhöhen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. 