Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer des Grundstücks Parzelle 8379 in der Industriezone IA der Gemeinde Wetzikon/ZH, auf welchem er eine Karosseriewerkstatt betreibt und das er von der SBB mitsamt dem Miteigentumsanteil an der Zufahrtsparzelle 8255 erworben hatte. Das Grundstück grenzt nördlich an das Grundstück Parzelle 8253, östlich an den Fuss- und Radweg Parzelle 8380, südlich an die Grubenstrasse und westlich an die in seinem Miteigentum stehende Zufahrtsparzelle 8255. Der Verlauf des Fuss- und Radweges (Parzelle 8380) beruht auf dem Entscheid der Baukommission Wetzikon vom 18. Mai 2005. Dieser Entscheid wurde vom Beschwerdeführer durch alle Instanzen weitergezogen; das Bundesgericht wies eine staatsrechtliche Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war (vgl. Urteil 1P.157/2006 vom 4. Dezember 2006). In der Folge wurde der Fuss- und Radweg auf der Parzelle 8380 erstellt, wobei an den Enden des Weges als Abschrankung Mittelpfosten gesetzt wurden. Nachdem die Abschrankung und der Zaun bei der Einmündung des Weges in die Grubenstrasse entfernt worden waren, nützte X._ den Fuss- und Radweg als Zufahrt zu seinem Grundstück Parzelle 8379. Ferner wurde darauf eine Aufschüttung vorgenommen. In einem zivilrechtlichen Verfahren wurde X._ untersagt, die Parzelle 8380 als Zufahrt zu seiner Parzelle 8379 zu benützen. B. Mit Beschluss vom 5. November 2008 befahl die Baukommission Wetzikon X._ unter Androhung von Straffolgen, die normaliengerechte Zugänglichkeit seines Grundstücks Parzelle 8379 ab der Parzelle 8255 zu ermöglichen und diesen Zustand bestehen zu lassen. Zugleich befahl sie ihm unter Androhung der Ersatzvornahme die Beseitigung der Aufschüttungen auf seinem Grundstück und die Wiederherstellung des ursprünglichen Geländeverlaufs innert drei Monaten. C. Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Baurekurskommission III des Kantons Zürich ab. Hiergegen reichte X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ein. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2009 wies dieses die Beschwerde ab. Es erwog im Wesentlichen, der Wiederherstellungsbefehl stütze sich auf § 341 des Gesetzes vom 7. September 1975 über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht des Kantons Zürich (PBG; LS 700.1), wonach der rechtmässige Zustand wieder herzustellen sei. Massgebend seien die am 18. Mai 2005 bewilligten und vergeblich angefochtenen Erschliessungsverhältnisse. Im zivilrechtlichen Befehlsverfahren sei dem Beschwerdeführer die Zufahrt über die Parzelle 8380 untersagt worden, während die rechtlich gesicherte Zufahrt über die Parzelle 8255 infolge der Aufschüttungen auf der Parzelle 8379 verunmöglicht werde. Der Wiederherstellungsbefehl sei verhältnismässig. Angesichts der krass baurechtswidrigen Verhältnisse und der Gefährdung von Fussgängern und Radfahrern sei die Wiederherstellungsfrist nicht zu beanstanden. D. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung der Entscheide des Verwaltungsgerichts, der Baurekurskommission sowie der Baukommission. Die Baukommission hat sich vernehmen lassen. Sie beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verzicht auf eine Stellungnahme die Abweisung der Beschwerde. E. Mit Verfügung vom 20. April 2010 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt. 