Sachverhalt: A. Die im Konkubinat lebenden Y._ und X._ mit Tochter Z._ meldeten sich per 28. März 2008 auf der Einwohnerkontrolle Pieterlen/BE zwecks Wohnsitznahme in Grenchen/SO ab. Die Einwohnerkontrolle der Stadt Grenchen weigerte sich in der Folge, die Anmeldung entgegenzunehmen; zur Begründung brachte sie vor, es liege eine Abschiebung durch das Sozialamt Pieterlen vor. Am 29. April 2008 verfügte die Einwohnerkontrolle der Stadt Grenchen die Ablehnung des "Gesuchs um Wohnsitznahme". Y._ und X._ gaben an, diese Verfügung bei der Stadt Grenchen angefochten zu haben, konnten diesen Nachweis aber nicht erbringen. B. Mit Schreiben vom 24. April 2008 erhob die Vormundschafts- und Sozialkommission Pieterlen beim Regierungsrat des Kantons Solothurn eine Aufsichtsbeschwerde gegen die Stadt Grenchen und stellte sinngemäss die Anträge, der rechtswidrige Zustand sei festzustellen und die Stadt Grenchen sei aufzufordern, die entsprechenden Mängel zu beheben. Mit Beschluss des Regierungsrats des Kantons Solothurn vom 29. September 2008 wurde der Aufsichtsbeschwerde Folge gegeben. Der Regierungsrat forderte die Stadt Grenchen auf, X._ mit Tochter Z._ und Y._ ins Einwohnerregister aufzunehmen, sowie bei der Beurteilung der Anmeldungen zur Wohnsitznahme die Niederlassungsfreiheit zu beachten und namentlich keine Anmeldungen unter Berufung auf eine allfällige Abschiebung abzulehnen. C. Gegen diesen Beschluss erhebt die Stadt Grenchen, handelnd durch den Stadtpräsidenten und den Stadtschreiber, mit Eingabe vom 5. November 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, den Regierungsratsbeschluss vom 29. September 2008 aufzuheben und die Aufsichtsbeschwerde der Vormundschafts- und Sozialkommission Pieterlen an den Gemeinderat der Stadt Grenchen zu überweisen. Gerügt wird die Verletzung der Gemeindeautonomie (Art. 50 BV), des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) und des Willkürverbots (Art. 9 BV). D. Der Regierungsrat des Kantons Solothurn, vertreten durch das kantonale Amt für Gemeinden, schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vormundschafts- und Sozialkommission Pieterlen verzichtet auf eine Vernehmlassung. 