Faits: A. A.a E._ a été engagé le 1er avril 1995 par la commune de X._ (ci-après: la commune) comme chef technique de la salle de spectacles Y._. Il a été confirmé dans sa fonction le 1er avril 1998. Ses bonnes prestations lui ont valu d'être promu chef de section dès le 1er janvier 2005. A.b Le 14 octobre 2009, a eu lieu une séance de travail réunissant I._, directeur administratif de Y._, E._, et les trois régisseurs A._, L._ et O._. Au cours de la discussion, les trois prénommés ont remis un document dans lequel ils formulaient quantité de reproches à E._, en particulier sur sa gestion et planification défaillantes, ainsi que sur le mauvais climat de travail qu'il avait instauré par ses propos dénigrants à l'égard de certains collaborateurs. A.c Le 10 novembre 2009, E._ a été convoqué à la mairie de la commune. A cette occasion, il a été informé qu'en raison des faits rapportés dans le "Cahier des doléances de l'équipe technique", le conseil administratif avait décidé d'ouvrir une enquête administrative contre lui et de le suspendre de façon temporaire de son activité pendant toute la durée de cette enquête, qui était confiée au maire, N._, et au secrétaire général, M._. A.d Les enquêteurs ont auditionné 12 personnes. E._ n'a pas été autorisé à assister aux auditions des témoins mais tous les procès-verbaux lui ont été communiqués. Dans une lettre du 19 février 2010, le secrétaire général a avisé l'intéressé que l'enquête administrative était close et que la commune envisageait sa "révocation [...] sur la base de l'art. 100 du Statut du personnel". En annexe, figurait un projet de décision contenant seulement un état de fait. E._ a présenté ses déterminations le 4 mars 2010. Il a été entendu par le conseil administratif le 14 avril suivant, à sa demande. A.e Par décision du 6 mai 2010, le conseil administratif, après avoir pris acte de la récusation du maire N._, a prononcé le licenciement de E._ pour le 31 août 2010 en application de l'art. 100 du Statut du personnel de la commune de X._. Il a déclaré la décision exécutoire nonobstant recours. A.f A la fin mai 2010, E._ a informé son employeur qu'il se trouvait en arrêt maladie depuis le 3 mai 2010. B. B.a E._ a recouru devant le Tribunal administratif (à partir du 1er janvier 2011: la Chambre administrative de la Cour de Justice) du canton de Genève contre la décision du 6 mai 2010. Il a conclu, principalement, à l'annulation de cette décision en raison d'une violation de son droit d'être entendu et au renvoi de la cause à la commune pour complément d'instruction; subsidiairement, à ce que cette dernière soit tenue de le réintégrer au sein de l'une de ses administrations communales; plus subsidiairement encore, à ce que ladite décision soit déclarée contraire au droit et la commune condamnée à lui verser une indemnité équivalent à douze mois de traitement, dont six mois à titre de tort moral. B.b En cours de procédure, soit le 25 novembre 2010, la commune a rendu une nouvelle décision de licenciement pour le 28 février 2011, tout en précisant que cette décision avait été prise à titre préventif pour le cas où le tribunal annulerait la décision du 6 mai 2010 compte tenu de l'arrêt maladie de E._ intervenu durant le délai de congé. B.c Le tribunal administratif a tenu plusieurs audiences de comparution personnelle et d'enquêtes. Par jugement du 21 juin 2011, il a partiellement admis le recours dans la mesure de sa recevabilité, annulé la décision attaquée en tant qu'elle prononce la révocation de E._, et renvoyé le dossier à la commune pour nouvelle décision au sens des considérants. C. La commune interjette un recours en matière de droit public. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à l'annulation du jugement cantonal et à la confirmation de sa décision de licenciement. Elle invite également le Tribunal fédéral à dire que E._ ne fait plus partie du personnel de la commune de X._. E._ conclut au rejet du recours. D. Par ordonnance du 1er juin 2010, le juge instructeur a admis la requête d'attribution de l'effet suspensif au recours présentée par la commune. 