Sachverhalt: A. Das Strafdreiergericht Basel-Stadt erklärte Y._ mit Urteil vom 14. September 2005 der Veruntreuung, der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung, der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung, der mehrfachen Urkundenfälschung, der mehrfachen Urkundenunterdrückung sowie der Misswirtschaft schuldig und verurteilte ihn zu 2 1⁄2 Jahren Gefängnis. Ferner erklärte es die am 4. Juni 1996 vom Strafdreiergericht Basel-Stadt gegen ihn mit einer Probezeit von 3 Jahren bedingt ausgesprochene Strafe von 18 Monaten Gefängnis für vollziehbar. Auf Appellation von Y._ hin, bestätigte der Ausschuss des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt das erstinstanzliche Urteil im Schuldpunkt und verurteilte Y._ zu 2 1⁄2 Jahren Freiheitsstrafe. Von der Vollstreckung der am 4. Juni 1996 vom Strafdreiergericht Basel-Stadt bedingt ausgesprochenen Vorstrafe sah es in Abänderung des erstinstanzlichen Urteils ab. B. Y._ führt Beschwerde beim Bundesgericht, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei er von der Anklage der Misswirtschaft sowie der ungetreuen Geschäftsbesorgung zu Lasten der A._ Group AG freizusprechen. In den übrigen Punkten sei er schuldig zu erklären und zu einer Freiheitsstrafe von maximal 24 Monaten unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs bei einer Probezeit von 5 Jahren zu verurteilen. Bezüglich der Nichtvollziehbarkeitserklärung der Vorstrafe sei das angefochtene Urteil zu bestätigen. Ferner ersucht Y._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. C. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen. 