Sachverhalt: A. Auf dem in der Landwirtschaftszone liegenden Grundstück Kat.-Nr. 162 in der Gemeinde Hüttikon steht das Wohn- und Ökonomiegebäude Oetwilerstrasse 61. Darin wohnen A und B X._ (Letzterer mit Familie), welche auf der Parzelle einen landwirtschaftlichen Nebenerwerbsbetrieb führen. Das Gebäude wurde als räumlich verschobener Ersatzbau für das frühere Wohn- und Ökonomiegebäude gemäss Baubewilligung vom 17. November 1997 bzw. Ergänzungsbewilligung vom 3. August 1998 erstellt. Auf Aufforderung der Gemeinde Hüttikon hin ersuchten A und B X._ am 29. März 2006 um die nachträgliche Baubewilligung für sechs Dachflächenfenster. Mit Verfügung vom 25. Februar 2008 verweigerte die Baudirektion des Kantons Zürich die Bewilligung für den bereits vorgenommenen Ausbau des Dachgeschosses und den Einbau der Dachflächenfenster. Gleichzeitig lud sie die Baubehörde Hüttikon ein, innert drei Monaten nach Eintritt der Rechtskraft dieser Verfügung gegenüber den Pflichtigen die erforderlichen Massnahmen zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzuordnen, dies unter Einräumung einer angemessenen Frist. Mit Beschluss vom 25. März 2008 verweigerte daraufhin die Gemeinde Hüttikon die nachträgliche Baubewilligung und forderte die Bauherren unter Androhung der Ersatzvornahme auf, den rechtmässigen Zustand bis spätestens 30. September 2008 wieder herzustellen. Zusammen mit diesem Beschluss wurde den Adressaten auch die Verfügung der Baudirektion vom 25. Februar 2008 eröffnet, die ihnen schon vorher zugestellt worden war. B. A und B X._ gelangten sowohl gegen die kommunale Verfügung auch als gegen diejenige der Baudirektion an die Baurekurskommission I des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 8. August 2008 vereinigte die Baurekurskommission I die beiden Verfahren, wies den Rekurs ab und setzte die Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands neu auf drei Monate ab Rechtskraft ihres Entscheids an. C. Dagegen erhoben die Gebrüder X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 5. Februar 2009 ab. Es erachtete weder die Voraussetzungen von Art. 34 Abs. 4 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) noch diejenigen der Art. 24 ff. des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700) als erfüllt. D. A und B X._ beantragen mit ihrer als "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichneten Eingabe vom 23. März 2009 die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 5. Februar 2009, des Rekursentscheids der Baurekurskommission I vom 8. August 2008 sowie der Entscheide der kantonalen Baudirektion (25. Februar 2008) und der Gemeinde Hüttikon (25. März 2008). Eventualiter sei die Sache an die Bewilligungsbehörden zurückzuweisen mit der Einladung, die nachgesuchte Ausnahmebewilligung zu erteilen, eventualiter, von der Anordnung des Rückbaus abzusehen. Subeventualiter sei die Sache an die Bewilligungsbehörden zurückzuweisen mit der Einladung, das Vorliegen der übrigen Voraussetzungen zu prüfen, von denen die Zonenkonformität der Wohnnutzung in der Landwirtschaftszone abhängt. In prozessualer Hinsicht stellen die Beschwerdeführer Antrag auf Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Der Gemeinderat Hüttikon schliesst auf Abweisung der Beschwerde, ebenso wie die Baudirektion des Kantons Zürich. Auch das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) verzichtet auf eine Stellungnahme, da die Beschwerde keine grundsätzlichen planerischen oder planungsrechtlichen Fragen aufwerfe. Mit Verfügung vom 8. Mai 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Die beiden Beschwerdeführer nehmen - ohne anwaltliche Vertretung - in einem Schreiben vom 10. August 2009 Stellung zur Vernehmlassung des Gemeinderates Hüttikon. 