Faits: A. A.a M. A.A._, né en 1967, originaire de Genève, et Mme B.A._, née en 1971, de nationalité autrichienne, se sont mariés à Cologny (Genève) le 8 janvier 1996, sans conclure de contrat de mariage. De cette union est issu un enfant, C._, né en 2002. Les époux vivent séparés depuis le mois de juillet 2007, Mme B.A._ ayant quitté avec son fils le domicile conjugal, lequel avait été acquis en PPE à raison d'une moitié par chacun des époux. Le prix d'achat de 600'000 fr. de l'immeuble acquis en 2001 avait toutefois entièrement été financé par le père de M. A.A._; sa valeur vénale a été estimée à 1'440'000 fr. par expertise judiciaire du 31 janvier 2011. Des travaux d'une valeur de 50'000 fr. financés par des économies réalisées au moyen de revenus professionnels du couple ont été effectués sur l'immeuble en 2001. A.b M. A.A._ vit depuis trois ans en concubinage avec son compagnon actuel. M. A.A._ a démissionné pour la fin du mois de décembre 2011 de son emploi dans les ressources humaines auprès d'une banque. Il réalisait jusqu'alors un revenu mensuel net de 9'400 fr., indemnité de repas, participation à l'assurance maladie et bonus inclus. Depuis le mois d'avril 2012, il perçoit des indemnités de chômage arrêtées à 6'500 fr., correspondant aux 80% de son dernier salaire. Il ne justifie d'aucune recherche d'emploi depuis sa démission intervenue à la fin du mois de septembre 2011. Ses charges mensuelles ont été arrêtées à 2'500 fr. A.c Mme B.A._ est directrice d'une société active dans le conseil en matière de ressources humaines ainsi que la sélection et le placement de personnel. Elle perçoit à ce titre un revenu mensuel net de 6'157 fr. Les charges mensuelles retenues pour Mme B.A._ s'élèvent à 6'129 fr.; celles de C._ ont été arrêtées à 2'880 fr. jusqu'au 31 juillet 2012 et à 3'080 fr. depuis lors. B. Les modalités de la vie séparée ont été réglées par un jugement du Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après Tribunal de première instance) sur mesures protectrices de l'union conjugale du 19 juin 2008, partiellement modifié par un arrêt du 5 décembre 2008 de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après Cour de justice ou Cour). Les époux ont ainsi été autorisés à vivre séparés, la jouissance exclusive du domicile conjugal a été attribuée au mari et la garde de l'enfant a été confiée à sa mère, un droit de visite en faveur du père étant réservé. La contribution mensuelle de M. A.A._ à l'entretien de sa famille a été arrêtée à 1'400 fr. tant que Mme B.A._ n'aurait pas pris d'appartement à bail et à 3'400 fr. par la suite. C. C.a Le 28 octobre 2009, Mme B.A._ a déposé une demande unilatérale en divorce, au prononcé duquel M. A.A._ a adhéré. Statuant sur mesures provisoires, le Tribunal de première instance a, par jugement du 14 octobre 2010, modifié les modalités du droit de visite du père et confirmé pour le surplus les mesures protectrices de l'union conjugale précédemment instaurées. Par jugement du 26 mai 2011, le Tribunal de première instance a statué sur le fond, prononçant notamment le divorce des époux (chiffre 2) après les avoir déboutés de leur requête respective tendant au prononcé de nouvelles mesures provisoires (chiffre 1). C.b M. A.A._ a fait appel de cette décision par acte déposé le 27 juin 2011, contestant la quotité de la contribution due à l'entretien de son fils (chiffre 5), le montant de la soulte de 694'486 fr. due à son ex-épouse à titre d'indemnité pour l'attribution en sa faveur de la pleine propriété de l'immeuble (chiffre 12), le nombre de bijoux devant être restitués à cette dernière (chiffre 13) et la répartition de l'émolument de mise au rôle (chiffre 15). Mme B.A._ a conclu au rejet de l'appel principal et formé un appel joint réclamant une soulte de 700'000 fr. et sollicitant de la Cour qu'elle ordonne un avis aux débiteurs de son ex-époux. C.c Statuant sur mesures provisionnelles, la Cour de justice a, par arrêt du 23 mars 2012, réduit la contribution mensuelle due par M. A.A._ à son fils et ordonné l'avis aux débiteurs sollicité par Mme B.A._. Par arrêt du 11 mai 2012, la Cour de justice a notamment annulé le chiffre 12 du jugement entrepris et condamné M. A.A._ à payer à son ex-épouse la somme de 700'000 fr. Elle a en outre ordonné à la Caisse de chômage et/ou à tout futur employeur de M. A.A._ de verser mensuellement à Mme B.A._ toute somme supérieure à 2'500 fr. à prélever sur les indemnités et/ou le salaire de M. A.A._, sur toute commission, treizième salaire ou gratifications éventuelles, à titre de paiement des contributions courantes et futures de l'enfant C._, contributions fixées à 2'400 fr. par mois jusqu'à l'âge de 12 ans, 2'600 fr. par mois de 12 ans à 16 ans et à 2'800 fr. par mois de 16 ans à la majorité, voire au-delà, mais jusqu'à 25 ans au plus en cas d'études sérieuses et régulières. La Cour a finalement condamné Mme B.A._ à verser 5'500 fr. à son ex-mari au titre de remboursement des frais judiciaires avancés par ce dernier et confirmé le jugement entrepris pour le surplus. D. Le 18 juin 2012, M. A.A._ forme un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre cette décision. Il conclut principalement à ce que l'arrêt entrepris soit partiellement annulé et qu'il lui soit donné acte de son engagement à s'acquitter d'un montant de 1'200 fr. par mois à titre de contribution à l'entretien de son fils jusqu'à ce que ce dernier atteigne l'âge de 12 ans révolus, puis un montant de 1'400 fr. de l'âge de 13 ans à l'âge de 16 ans révolus et finalement de 1'600 fr. de l'âge de 16 ans à l'âge de 18 ans révolus, voire au-delà en cas d'études régulières et sérieuses mais au maximum jusqu'à l'âge de 25 ans révolus. Il sollicite en outre que la somme due à Mme B.A._ à titre de participation à la plus-value résultant de la participation de cette dernière à l'amélioration du bien immobilier sis à l'avenue ... à X._ soit arrêtée à 28'800 fr., à ce que Mme B.A._ soit condamnée à lui restituer une bague en or gris et à ce que l'avis aux débiteurs soit supprimé. Il conclut subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. A l'appui de ses conclusions, le recourant invoque la violation des art. 9, 132, 177, 276, 291 et 937 al. 1 CC ainsi que de l'art. 317 al. 1 let. b CPC. Il soulève en outre l'arbitraire dans l'application de l'art. 394 al. 2 de l'ancienne loi de procédure civile genevoise (aLPC) et dans l'attribution à son ex-épouse d'une bague lui appartenant. Invitées à se déterminer sur le recours, l'intimée conclut à son rejet, tandis que l'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. 