Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2010 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ gestützt auf das Gutachten des Verkehrsinstituts Solothurn vom 30. August 2010 den Führerausweis ab sofort auf unbestimmte Zeit. Gleichzeitig wurde als Bedingung für die Wiedererteilung des Führerausweises unter anderem eine Verkehrstherapie im Einzelsetting bei einem Psychotherapeuten angeordnet (letztinstanzlich mit Urteil 1C_280/2011 der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 7. Oktober 2011 bestätigt). Nach Eingang des verkehrspsychologischen Gutachtens der Dres. phil A._ und B._ vom 25. Januar 2012 samt ergänzender Stellungnahme vom 20. Februar 2012 erteilte das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau mit Verfügung vom 20. April 2012 X._ ab sofort wieder den Führerausweis verbunden mit der Auflage, sich während mindestens sechs Monaten regelmässig in psychiatrische Behandlung bei Dr. med. Y._ in Baden zu begeben und sich einer eingehenden verkehrspsychiatrischen Begutachtung bei den Psychiatrischen Diensten Aargau, Klinik Königsfelden, in Brugg zu unterziehen. B. Gegen die Auflage einer erneuten verkehrspsychiatrischen Begutachtung liess X._ Beschwerde einreichen. Am 6. Juni 2012 teilte Dr. med. Y._ dem Strassenverkehrsamt mit, X._ sei heute erstmals in einer Sitzung von 90 Minuten bei ihm gewesen und sehe den Sinn der Auflage nicht ein, da er sich nicht als therapiebedürftig erlebe. Daher sei eine Behandlung gegenwärtig weder sinnvoll noch indiziert. Er schlage vor, die Frage der Therapiebedürftigkeit im Rahmen des verkehrspsychiatrischen Gutachtens abklären zu lassen. Mit Entscheid vom 29. August 2012 wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau die Beschwerde ab. C. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. April 2013 ab. D. X._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung von Ziff. 1 bis 3 des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zu neuer Entscheidung an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, sofern das Verfahren nicht ohnehin gegenstandslos geworden sei. Das Strassenverkehrsamt beantragt ebenfalls die Abweisung der Beschwerde, während das Departement Volkswirtschaft und Inneres auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Eingabe vom 2. August 2013 lässt X._ eine Replik einreichen. 