Sachverhalt: A. A.a Die 1977 geborene B._ leidet seit Geburt an einer schweren Behinderung. Sie wurde auf die Volljährigkeit hin gestützt auf Art. 369 ZGB entmündigt und es wurde die elterliche Gewalt im Sinne von Art. 385 ZGB verlängert. B._ wohnt bei ihren Eltern. Ab 1. August 1995 bezog sie eine ganze Invalidenrente sowie Ergänzungsleistungen. Nachdem B._ im Mai 1996 ein Vermögen geerbt hatte, wurden der Leistungsanspruch neu berechnet und zufolge eines Einnahmenüberschusses die Ergänzungsleistungen eingestellt. Die dagegen erhobene Beschwerde wies die damals zuständige AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Dezember 1997 ab. Auf eine erneute Anmeldung im Februar 2004 hin verneinte die EL-Stelle mit Verfügung vom 30. September 2005 und Einspracheentscheid vom 13. Januar 2006 den Anspruch auf Ergänzungsleistungen. A.b B._ meldete sich im Februar 2007 wieder zum Bezug von Ergänzungsleistungen an. Das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau sprach ihr mit Verfügung vom 23. März 2007 ab 1. Februar 2007 eine monatliche Ergänzungsleistung von Fr. 372.- zu, wobei es bei der Berechnung per 1. Januar 2007 einen Vermögensverzicht von Fr. 87'147.- berücksichtigte. Dagegen erhob B._ Einsprache. Mit Verfügung vom 20. Dezember 2007 setzte das Amt für AHV und IV den Ergänzungsleistungsanspruch ab 1. Januar 2008 - wiederum unter Anrechnung eines Vermögensverzichts - auf Fr. 425.- pro Monat fest. Auch dagegen erhob B._ Einsprache. Mit Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008 wies das Amt für AHV und IV beide Einsprachen ab. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher B._ die Zusprechung der gesetzlich geschuldeten Leistungen beantragen liess, hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. August 2008 teilweise gut, soweit darauf eingetreten wurde. Es hob den Einspracheentscheid vom 29. Januar 2008 auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an das Amt für AHV und IV zurück zur Neuberechnung des EL-Anspruchs ab Februar 2007 und ab Januar 2008. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheids sowie des Einspracheentscheids seien der Beschwerdeführerin für das Jahr 2007 (Februar bis Dezember) Ergänzungsleistungen von Fr. 863.- pro Monat auszurichten, unter Anrechnung der bereits geleisteten Ergänzungsleistungen. Für die Berechnung der Ergänzungsleistungen für das Jahr 2008 (Januar bis Dezember) sei die Streitsache zur Berechnung und Neuverfügung an das Amt für AHV und IV zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Amt für AHV und IV sowie das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung. 