Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner 1) ist selbständiger Bauingenieur. Die S._ Bauservice AG (Beschwerdegegnerin 2) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Y._, die in der Baudienstleistungsbranche tätig ist. Im Rahmen der Errichtung des Schulhauses Q._ übertrug die Stadt X._ (Beschwerdeführerin) als Bauherrin dem Beschwerdegegner 1 die Bauingenieurarbeiten. Zu diesem Zweck wurde im Januar 2006 ein Ingenieurvertrag geschlossen, worin sich der Beschwerdegegner 1 zur ingenieurtechnischen Bearbeitung der Tragkonstruktion, zur Ausführungsplanung und zur Überwachung der Realisierung des Bauvorhabens verpflichtete. Als Vertragsgrundlage wurde die SIA-Ordnung 103 (Ausgabe 2003) mit Ausnahme der Bestimmungen über Tarifanpassungen bezeichnet. Das Honorar betrug pauschal Fr. 100'000.-- zuzüglich Mehrwertsteuer. Zur Vergabe der Baumeisterarbeiten wurde ein Submissionsverfahren durchgeführt. Im Leistungsverzeichnis für die offerierenden Baumeister war unter anderem die Erbringung eines Abdichtungssystems "U._" des Produzenten V._ oder ein gleichwertiges System zur Gewährleistung der Wasserdichtigkeit der Bodenplatte und der Wände des UG des Schulhauses gefordert. Die offerierenden Unternehmer sollten ferner eine zehnjährige Garantie für die Wasserdichtigkeit des Systems abgeben. Schliesslich wurde vorgeschrieben, dass die Bauunternehmung die ingenieurtechnische Beratung und die bauleitende Betreuung durch erfahrene Fachingenieure zu leisten und die Übernahme der Haftung und Gewährleistungen zuzusichern habe für den nach den Positionen R 91.000 und R 095.00 des Leistungsverzeichnisses zu verarbeitenden wasserdichten Beton. Für die Erstellung der Submissionsunterlagen (Leistungsverzeichnis) war der Beschwerdegegner 1 zuständig. Die Beschwerdegegnerin 2 erhielt aufgrund ihres Angebots vom 20. März 2006 den Zuschlag. In der Folge schloss die Beschwerdegegnerin 2 im August 2006 mit der Firma W._ als Subunternehmerin für das System der Wasserdichtigkeit einen Vertrag. Das Produkt von W._ war ein Alternativprodukt zur "U._" von V._. Die W._ gewährte der Beschwerdegegnerin 2 eine zehnjährige Systemgarantie für ihr Produkt unter der Bedingung, dass die Bewehrung der Bodenbetonplatte den hohen Anforderungen nach SIA-Norm 262 genüge. Im Oktober 2006 mahnte die Beschwerdegegnerin 2 die Beschwerdeführerin ab, weil sie der Auffassung war, der Beschwerdegegner 1 habe bei der Berechnung der Statik des Schulhauses Fehler gemacht. Aufgrund verschiedener Abklärungen, gutachterlicher Prüfungen etc. wurde in der Folge ein Baustopp verhängt und dem Beschwerdegegner 1 der Auftrag entzogen. Die Ergebnisse eines für die Beschwerdeführerin massgebenden Gutachtens der Prüfingenieure der R._ AG vom Dezember 2006 liess die Beschwerdeführerin in einen Bericht des Departementes Bau vom 12. Januar 2007 einfliessen. Am 23. Januar 2007 teilte die Beschwerdegegnerin 2 der Beschwerdeführerin mit, der Bericht vom 12. Januar 2007 habe ihr zur Kenntnis gebracht, dass die Armierungsanforderungen an die Bodenplatte nicht erfüllt seien, weshalb die zehnjährige Systemgarantie der W._ nicht mehr aufrecht erhalten werden könne. Die Beschwerdeführerin wollte an der Systemgarantie festhalten. Nach Besprechungen am 1. und 8. März 2007, aufgrund einer Bestätigung der W._ und nach Eingang der Stellungnahmen der Parteien vom 14. März 2007 entschied sie deshalb, die von der Beschwerdegegnerin 2 am 26. März 2007 offerierten Massnahmen zur Aufrechterhaltung der Systemgarantie in Auftrag zu geben mit dem Vorbehalt der Rückforderung (der damit verbundenen Kosten) allenfalls auf dem Klageweg. Obschon der Kontakt zwischen den Parteien in den folgenden Monaten rege fortbestand, konnten sie sich nicht über die Kostenübernahme einigen. B. Am 20. November 2008 reichte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein. Gemäss in der Replik modifiziertem Rechtsbegehren beantragte sie die solidarische Verpflichtung des Beschwerdegegners 1 und der Beschwerdegegnerin 2, der Beschwerdeführerin den Betrag von Fr. 806'597.15 nebst Verzugszinsen zu 5 % seit 25. Juli 2008 zu bezahlen. Eventualiter verlangte sie die entsprechende Zahlungsverpflichtung für die Beschwerdegegnerin 2 allein, subeventualiter für den Beschwerdegegner 1 allein. Der Beschwerdegegner 1 erhob Widerklage, wonach die Beschwerdeführerin ihm Fr. 27'418.70 nebst Zins zu 5 % seit 9. März 2009 für Expertisekosten zu bezahlen habe. Mit Urteil vom 17. November 2011 wies das Handelsgericht die Klage und ebenso die Widerklage ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Handelsgerichts sei mit Bezug auf die Ziffern 1 (Klageabweisung) sowie 3 bis 6 (Kosten und Parteientschädigungen) des Dispositivs aufzuheben, und es seien die Rechtsbegehren vor Vorinstanz gutzuheissen, nämlich: 1. Der Beschwerdegegner 1 und die Beschwerdegegnerin 2 seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, der Beschwerdeführerin den Betrag von Fr. 806'597.15 nebst Verzugszinsen zu 5 % seit 25. Juli 2008 zu bezahlen. 2. Eventualiter sei die Beschwerdegegnerin 2 allein zu verpflichten, der Beschwerdeführerin den Betrag von Fr. 806'597.15 nebst Verzugszinsen zu 5 % seit 25. Juli 2008 zu bezahlen. 3. Subeventualiter zu Ziffer 1 sei der Beschwerdegegner 1 allein zu verpflichten, der Beschwerdeführerin den Betrag von Fr. 806'597.15 nebst Verzugszinsen zu 5 % seit 25. Juli 2008 zu bezahlen. Eventualiter sei das Urteil des Handelsgerichts mit Bezug auf die angefochtenen Ziffern 1 sowie 3-6 des Dispositivs aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner 1 beantragt, die Anträge der Beschwerdeführerin abzuweisen und das Urteil des Handelsgerichts vollumfänglich zu bestätigen. Die Beschwerdegegnerin 2 beantragt, die Beschwerde und die Klage seien abzuweisen, soweit sie sich gegen die Beschwerdegegnerin 2 richten. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Beschwerdeführerin nahm in seiner Replik zu einem Vorbringen der Beschwerdegegnerin 2 Stellung, worauf die Beschwerdegegner duplizierten. 