Faits: A. A.a. Le 22 mai 2001, A._ SA, personne morale de droit suisse, et la société marocaine B._ SA - qui s'est substituée à la société marocaine C._ - ont conclu une convention où la première s'est vu remettre la gestion et l'exploitation d'un hôtel à Marrakech au nom et pour le compte de la seconde. Cet accord a été résilié avec effet au 15 mai 2004 par A._ SA. Les 17 et 18 octobre 2002, deux lettres de change de 10, respectivement de 12 millions de dirhams marocains ont été émises en faveur de B._ SA à charge du tiré "D._", documents signés notamment par E._, directeur général du complexe hôtelier; les effets n'ont pas pu être encaissés dès lors que le compte bancaire visé n'était pas suffisamment approvisionné. Le 6 juillet 2004, la Cour de commerce de Marrakech a rejeté l'appel formé par A._ SA contre l'injonction de payer 22 millions de dirhams marocains rendue le 27 octobre 2003 sur la base des deux lettres de change; cette décision a été confirmée le 17 mai 2006 par la Cour suprême de Rabat. Ce même jour, A._ SA a déposé une requête de rétractation de sa condamnation, demande rejetée par la Cour d'appel de Marrakech le 6 juillet 2006. Le 8 juillet 2005, B._ SA a intenté une procédure de poursuite en Suisse contre A._ SA et le 17 janvier 2007, le Tribunal fédéral a confirmé le caractère exécutoire en Suisse du jugement marocain du 6 juillet 2004, ainsi que la mainlevée définitive de l'opposition (cause 5P.460/2006). Afin d'éviter sa mise en faillite, A._ SA a déposé le 3 mai 2007 à l'Office des poursuites de Genève un chèque bancaire de 3'945'068.85 fr. et le 2 mai 2008, elle a intenté une action en répétition de l'indu à l'encontre de B._ SA. Cette demande a été déclarée irrecevable par le Tribunal genevois de première instance en raison de l'autorité de force de chose jugée découlant des jugements marocains rendus dans cette cause, décision qui a été confirmée par la Cour de justice genevoise, puis par le Tribunal fédéral (arrêt 4A_241/2012 du 7 août 2012). A.b. Au Maroc, la société suisse a déposé plainte pénale le 20 septembre 2005 pour faux en écriture de commerce et de banque, ainsi que pour usage de faux, plainte réitérée le 17 mai 2006 notamment à l'encontre de E._; elle a soutenu en substance que les lettres de change à l'origine de son obligation de paiement seraient des faux. Le Tribunal de première instance de Marrakech a rejeté cette plainte, considérant qu'il n'avait pas été démontré que la plaignante n'avait pas habilité le susnommé à signer les effets de change incriminés, jugement confirmé en appel le 30 juin 2008. Le 3 mai 2007, A._ SA a déposé, en Suisse, une plainte pénale pour faux dans les titres et escroquerie, se constituant également partie civile. Elle a exposé que dans les deux lettres de change litigieuses, la désignation du "tiré" ne correspondait à aucune raison sociale ou société du groupe A._ et qu'elles avaient été signées par des personnes sans pouvoir de représentation; or B._ SA s'en était prévalue, tant dans les procédures marocaines que dans la poursuite pour dettes et faillite intentée en Suisse, pour obtenir des décisions judiciaires, faisant ainsi usage de faux. A._ SA a également demandé le séquestre des 3'945'068.85 fr. versés à l'Office des poursuites. Entre mai et décembre 2007, le Ministère public de la République et canton de Genève a procédé à l'audition de différentes personnes, mais les démarches en vue d'entendre E._ n'ont pas abouti à ce jour. Par décision du 8 mai 2007, le Procureur a prononcé le séquestre du compte fff ouvert au nom de l'Etat de Genève auprès de la Banque G._ en lien avec la poursuite n o hhh (3'945'068.85 fr.). Le 22 août 2007, B._ SA a demandé en vain la levée du séquestre, requêtes réitérées notamment les 19 mars et 6 mai 2013. Par ordonnance du 29 mai 2013, le Ministère public les a rejetées. Il a considéré que les avoirs saisis pouvaient être considérés comme la récompense d'une escroquerie ou d'actes corruptifs, estimant qu'il était invraisemblable d'obtenir d'une manière légitime d'un tribunal commercial la condamnation en paiement d'une entité qui ne figurait pas sur les titres présentés au paiement d'un effet de change et sur lesquels B._ SA figurait en outre en tant que "tireur" alors qu'elle en était la bénéficiaire. Il a également précisé qu'il examinerait l'opportunité d'engager une procédure de confiscation autonome si E._ ne devait pas pouvoir être atteint avant la fin de l'année. B. Le 7 octobre 2013, la Chambre pénale de la Cour de justice de la République et canton de Genève a admis le recours intenté par B._ SA contre cette décision et levé le séquestre. C. Par acte du 16 octobre 2013, A._ SA forme un recours en matière pénale contre ce jugement, concluant à son annulation. Elle demande le maintien du séquestre opéré le 8 mai 2007 sur un montant de 3'945'068.85 fr. appartenant à B._ SA crédité sur le compte fff ouvert au nom de l'Etat de Genève auprès de la Banque G._ en lien avec la poursuite n o hhh. Elle réitère en outre sa requête d'effet suspensif déposée le 10 octobre 2013. Le 8 novembre suivant, elle a complété son mémoire de recours. Le 4 novembre 2013, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours. Invitée à se déterminer, B._ SA a conclu à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet dans la mesure de sa recevabilité par actes du 28 octobre et du 11 décembre 2013; elle a persisté dans ses conclusions le 10 janvier 2014. Quant au Ministère public, il a demandé l'admission du recours, relevant en particulier dans ses secondes écritures que l'intimée n'expliquait pas comment elle avait pu obtenir d'une autorité judiciaire la condamnation au paiement d'effets de change d'une entité dont il était acquis qu'elle ne figurait sur aucun des titres. Les 23 décembre 2013 et 24 janvier 2014, la recourante a persisté dans ses conclusions, sans formuler de nouvelles observations. 