Sachverhalt: A. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft hiess am 1. Dezember 2008 eine Appellation von X._ teilweise gut, hob das Urteil des Strafgerichts vom 11. April 2008 in den Dispositiv-Ziff. 1, 2 und 3 auf und sprach ihn in mehreren Anklagepunkten frei. Es fand ihn des mehrfachen Pfändungsbetrugs, der Bevorzugung eines Gläubigers sowie der ordnungswidrigen Führung der Geschäftsbücher schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 10 Monaten. Es schob den Vollzug mit einer Probezeit von 3 Jahren auf. Weiter bestrafte es ihn mit einer Busse von Fr. 1'500.-- und setzte eine Ersatzfreiheitsstrafe bei schuldhaftem Nichtbezahlen von 15 Tagen fest. Im Übrigen wies es die Appellation ab. B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts in den Ziff. 1 und 2 des Dispositivs teilweise aufzuheben und das Verfahren gegen ihn einzustellen. Eventuell sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. In der Vernehmlassung beantragt das Kantonsgericht die Abweisung der Beschwerde. Das Besondere Untersuchungsrichteramt (BUR) verzichtet auf eine Stellungnahme "zum haltlosen Vorwurf der Befangenheit bzw. Voreingenommenheit". 