Sachverhalt: A. X._ ist geschieden und Mutter zweier Töchter. In der Steuererklärung 2006 gab sie an, dass Tochter Y._ (geb. 1987) und Tochter Z._ (geb. 1988) in beruflicher Ausbildung stünden und in ihrem Haushalt lebten. Entsprechend machte sie Kinderabzüge (zweimal Fr. 8'000.--) und den pauschalen Abzug für Versicherungsprämien und Sparzinsen (zweimal Fr. 800.--) für ihre beiden Töchter geltend. Im Veranlagungsentscheid vom 12. September 2007 betreffend Staats- und Gemeindesteuern wurden ihr die Abzüge lediglich für Tochter Y._, nicht jedoch für Tochter Z._ gewährt. B. Eine hiergegen erhobene Einsprache blieb erfolglos. Mit Entscheid vom 18. Dezember 2007 wurden die Abzüge für beide Töchter sowie die Anwendung des sogenannten Teilsplittings nicht gewährt. Die Veranlagungsbehörde führte aus, X._ komme mehrheitlich nicht für den Unterhalt ihrer Töchter auf. Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau wies mit Entscheid vom 14. Oktober 2008 den dagegen erhobenen Rekurs ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess die gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission erhobene Beschwerde mit Urteil vom 22. April 2009 gut und stellte fest, dass der Beschwerdeführerin die umstrittenen Kinderabzüge sowie der Abzug für Versicherungsprämien und Sparzinsen zustünden. Zudem kam das Verwaltungsgericht zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin Anspruch auf Anwendung des Teilsplittingfaktors habe. C. Mit Eingabe vom 5. Juni 2009 erhebt die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Bestätigung des Entscheids der Steuerrekurskommission. Gerügt wird, die Vorinstanz habe das kantonale Recht willkürlich ausgelegt und angewendet. D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und die Beschwerdegegnerin beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Vernehmlassung. 