Sachverhalt: A. Am 31. März 2011 annullierte das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau per sofort den Führerausweis auf Probe der Kategorie B und den Lernfahrausweis der Kategorie C1 von X._. Anlass bildete die Feststellung anlässlich einer Polizeikontrolle, dass dieser beim Führen eines Fahrzeugs der Kategorie B keine Brille bzw. keine Kontaktschalen trug. X._ erhob beim Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI) Beschwerde. Ein Obergutachten kam zum Schluss, dass X._ auch ohne Brille oder Kontaktschalen die erforderliche Sehschärfe für das Führen von Fahrzeugen der Kategorie B (nicht hingegen von solchen der Kategorie C1) habe. Daraufhin hob das Strassenverkehrsamt seine Verfügung vom 31. März 2011 am 22. Juli 2011 wiedererwägungsweise auf. Am 12. September 2011 schrieb das DVI das Beschwerdeverfahren wegen Gegenstandslosigkeit ab, auferlegte die Verfahrenskosten der Staatskasse und verweigerte X._ eine Parteientschädigung. Gegen die Verweigerung einer Parteientschädigung erhob X._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau Beschwerde. Diese wurde am 26. September 2012 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht führte im Wesentlichen aus, im erstinstanzlichen Verfahren würden keine Parteikosten ersetzt (§ 32 Abs. 1 VRPG/AG) und im Beschwerdeverfahren habe kein für Parteikostenersatz berechtigter Vertreter mitgewirkt (§ 29 VRPG/AG). Diese gesetzliche Ordnung möge zwar inkonsistent erscheinen, halte indes vor dem Willkürverbot gemäss Art. 9 BV stand. B. Gegen diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts hat X._ beim Bundesgericht am 19. November 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er stellt den Antrag, es sei ihm unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids eine Parteientschädigung von Fr. 621.-- zuzusprechen. Er rügt Verletzungen von Art. 5 Abs. 2, Art. 8 Abs. 1, Art. 9 und Art. 29 Abs. 2 BV. Das Departement Volkswirtschaft und Inneres und das Verwaltungsgericht haben auf Vernehmlassung verzichtet. 