Sachverhalt: A. Der Gemeinderat Menzingen erklärte mit Beschluss vom 12. Februar 2001 die Strasse Mühlebachrank-Mangeli-Innerblack für öffentlich. X._ focht diesen Entscheid an. Mit Urteil vom 21. August 2003 (1A.198/2002) hiess das Bundesgericht letztinstanzlich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gut. Es führte aus, die vollständige Öffnung der Strasse verstosse gegen die eidgenössischen Vorschriften über die Waldstrassen. Die Gemeinde Menzingen werde sich überlegen müssen, ob sie die umstrittene Strassenverbindung als Waldstrasse beibehalten und allenfalls einzelne Zufahrtsrechte gewähren will oder ob sie die Strasse oder Teile davon aus dem Waldstrassen- in das übrige Strassennetz überführen will. Ob für eine solche Umwidmung der Strasse eine Rodungsbewilligung nötig sei, müsse in diesem Verfahren nicht entschieden werden. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2007 erteilte die Direktion des Innern der Gemeinde Menzingen eine Rodungsbewilligung für 13'220 m2 Waldfläche unter der Bedingung der rechtskräftigen Öffentlicherklärung der Black-Mangeli-Mühlebachrank-Strasse und wies die von X._ dagegen erhobene Einsprache ab. Mit Beschluss vom 5. November 2007 erteilte der Gemeinderat Menzingen die Baubewilligung für die Umnutzung der Black-Mangeli-Strasse von einer Waldstrasse zu einer öffentlichen Durchgangsstrasse, beschloss den Strassenplan "Erschliessung Mangeli" und wies die von X._ erhobenen Einsprachen gegen die Baubewilligung, den Strassenplan und die Öffentlicherklärung der Black-Mangeli-Strasse ab. X._ erhob gegen die Erteilung der Rodungs- und der Baubewilligung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug. Gegen die Öffentlicherklärung der Black-Mangeli-Strasse und die Änderung des Strassenplans beschwerte sich X._ beim Regierungsrat des Kantons Zug. Am 21. August 2008 genehmigte dieser den Strassenplan "Erschliessung Mangeli, Plan Nr. 92.033.003-001A vom 5. Januar 2007, geändert am 15. Januar 2007" und wies die Beschwerde von X._ gegen den Strassenplan und die Öffentlicherklärung der Black-Mangeli-Strasse ab. Gegen den Entscheid des Regierungsrates wandte sich X._ erneut an das Verwaltungsgericht. Mit Urteil vom 26. Februar 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerden ab. B. X._ hat gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ergriffen. Er beantragt, Ziff. 1 bis 3 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben, und es seien die Bewilligung für den Strassenplan der Black-Mangeli-Strasse, die Rodungsbewilligung und die Öffentlicherklärung der Black-Mangeli-Strasse aufzuheben. C. Das Verwaltungsgericht und der Gemeinderat Menzingen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Direktion des Innern schliesst ebenfalls auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde liess sich ohne Antrag vernehmen. 