Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 11. August 2009 wies das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons Zürich (nachfolgend: Aufsichtsbehörde) die Stiftung N._ der Firma S._ AG (kurz: Stiftung N._) im Wesentlichen an, bestimmte Arbeitgeberbeitrags-Zahlungen für die Jahre 2006-2008 von der Arbeitgeberfirma S._ AG zurückzufordern (Dispositiv Ziff. I lit. a), ein Anlage- und ein Teilliquidationsreglement zu erstellen (lit. b und c), die seit 1999 bejahten bzw. verneinten Teilliquidationstatbestände zu begründen (lit. d) sowie den Umgang mit allfälligen Retrozessionen offen zu legen (lit. e). B. Am 22. Dezember 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde der Stiftung N._ teilweise gut, indem es Dispositiv Ziff. I lit. a, d und e der angefochtenen Verfügung aufhob. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. C. Die Stiftung N._ reicht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein und beantragt in materieller Hinsicht, es seien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 22. Dezember 2011, soweit die Beschwerde abgewiesen worden sei, sowie Dispositiv Ziff. I lit. b und c der Verfügung vom 11. August 2009 aufzuheben. In formeller Hinsicht stellt sie Antrag auf Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Die Aufsichtsbehörde beantragt in ihrer Stellungnahme, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesverwaltungsgericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Stellungnahme. D. Mit Verfügung vom 19. März 2012 hat die Instruktionsrichterin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. 