Faits: A. Le 4 mai 2003, S._, né en 1980, à cette époque informaticien au service de X._, a été victime d'une chute à moto lui ayant occasionné une contusion du flanc droit. Il a été soigné à l'Hôpital Y._ qui a constaté un hématome et une dermabrasion du flanc droit. Dès le 9 mai 2003, l'assuré s'est plaint de lombalgies pour lesquelles son médecin traitant, le docteur B._, a attesté une incapacité de travail totale à partir du 4 mai 2003. Avertie le 14 mai suivant de cet accident par l'employeur de S._, la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) en a accepté la prise en charge. Après avoir préconisé une reprise du travail à 50 % dès le 27 mai 2003, le docteur B._ a prescrit un nouvel arrêt de travail à 100 %, dès le 19 septembre 2003, en raison d'une recrudescence de la problématique lombaire. Un examen IRM pratiqué le 25 septembre 2003 par le docteur P._ n'a révélé aucune anomalie osseuse pathologique décelable; l'aspect des interlignes articulaires était également normal, mais de petits débords discaux postérieurs étaient présents au niveau de L4-L5 et de L5-S1, modifiant légèrement l'environnement en avant du fourreau dural; il n'y avait ni signe en faveur d'une hernie discale, ni canal lombaire étroit, ni rehaussement pathologique après injection de Gadolinium. Du 3 au 21 février 2004, S._ a séjourné à la Clinique de réadaptation de L._. Selon les conclusions des médecins de cette institution, il présentait, sous l'angle rheumatologique, une capacité de travail de 50 % dans sa profession d'informaticien (susceptible de passer à 100%). Déjà en possession de l'avis de son médecin d'arrondissement, le docteur C._ (rapports des 8 juillet 2003 et 22 mars 2004), la CNA a requis l'appréciation du docteur K._, spécialiste en chirurgie orthopédique de la Division Médecine des assurances (rapport du 26 mai 2004). Se fondant sur les conclusions de ce dernier, la CNA a mis un terme au versement de ses prestations avec effet au 26 mai 2004, au motif que les plaintes résiduelles étaient, à partir de cette date, d'origine exclusivement maladive (décision du 19 juillet 2004). L'assuré ayant fait opposition à cette décision, la CNA a demandé une nouvelle appréciation au docteur K._ (rapport du 8 février 2005). Par décision du 11 février 2005, la CNA a rejeté l'opposition de l'assuré. B. Par jugement du 9 décembre 2005, le Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française a rejeté pour les même motifs le recours formé par S._ contre la décision sur opposition de la CNA du 11 février 2005. C. S._ a formé un recours contre ce jugement dont il requiert l'annulation ainsi que celle de la décision sur opposition de la CNA, sous suite de frais et dépens. Par la suite, il s'est plaint de ce que la CNA ne lui a pas versé l'intégralité du dédommagement prévu et a demandé que l'intimée soit condamnée à lui payer 14'595 fr. (lettre du 30 janvier 2006). La CNA conclut au rejet du recours. Invitée à s'exprimer, Helsana Assurances, assureur maladie a indiqué qu'elle avait retiré, le 26 août 2004, l'opposition qu'elle avait formée contre la première décision de la CNA. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer. 