Sachverhalt: A. Zwischen X._ e.K. (Einzelkaufmann nach deutschem Handelsrecht; Beschwerdeführer) als Unternehmer und der Politischen Gemeinde I._ (Beschwerdegegnerin) als Bestellerin besteht ein Werkvertrag vom 13./21. März 2006 betreffend die Herstellung, Lieferung und den Einbau einer Ultrafiltrationsanlage im Reservoir N._ zur Trinkwasseraufbereitung. Der Werkvertrag wurde basierend auf dem Normenwerk der SIA-Norm 118 (Allgemeine Bedingungen für Bauarbeiten) verfasst; vereinbart wurde ein Werklohn von Fr. 215'404.00 (zzgl. MwSt) und als Gerichtsstand wurden die für I._ örtlich zuständigen Gerichte vereinbart. Die Anlage wurde im Juli 2006 in Betrieb genommen. Es kam zu Beanstandungen, über deren Ursache die Parteien uneins sind. Das Abnahmeprotokoll vom 8. August 2007 wurde nicht unterschrieben. Am 15. Oktober 2008 erklärte die Beschwerdegegnerin gegenüber dem Beschwerdeführer den Rücktritt vom Vertrag und forderte die Rückerstattung der geleisteten Zahlungen nebst Zins sowie die Rücknahme der gelieferten Anlage. B. B.a Am 23. April 2009 wandte sich die Beschwerdegegnerin an das Kreisgerichtspräsidium Rheintal und ersuchte um vorsorgliche Beweissicherung durch Anordnung einer Expertise auf Feststellung von namentlich genannten und allfälligen weiteren Mängeln an der Ultrafiltrationsanlage im Reservoir N._ sowie um Feststellung von deren Ursachen und Umfang. Der Beschwerdeführer beantragte die Abweisung des Gesuchs. B.b Durch Vermittlung des Gerichts wurde am 21./22. Juli 2009 eine Prozessvereinbarung geschlossen, in der sich die Parteien auf die Durchführung einer Expertise und die Beauftragung der Experten Dr. Pronk und Prof. Dr. Ing. Dr. h.c. Kottke sowie auf einen vorläufigen Fragenkatalog einigten. Im Laufe der Begutachtung stellte der inzwischen zuständige Einzelrichter fest, dass das Konzept der Doppelbegutachtung mangels Einigkeit der Gutachter als gescheitert anzusehen sei, und teilte nach Vorliegen zweier getrennter Stellungnahmen der genannten Gutachter den Parteien schliesslich den Abbruch der Begutachtung mit. Am 4. Juni 2010 fanden Vergleichsverhandlungen statt, die indessen scheiterten. B.c Daraufhin schlug die Beschwerdegegnerin Dr. Ing. Stefan Panglisch als Experten vor. Der Beschwerdeführer lehnte diesen ab, weil er einerseits fachlich nur bedingt kompetent, vor allem aber befangen sei, da er (1.) durch eine auf Seiten der Beschwerdegegnerin stark involvierte Person bereits über den Sachverhalt orientiert worden sei, (2.) Koordinator eines Projektes sei, an dem eine Mitbewerberin des Beschwerdeführers (Z._ AG) massgeblich beteiligt sei und (3.) er in der Vergangenheit Informationen vom Beschwerdeführer ausdrücklich abgelehnt habe; Der Beschwerdeführer schlug Dr. Ing. Carsten Gollnisch als Experten vor. Mit Verfügung vom 20. Juli 2010 ernannte das Kreisgericht Dr. Panglisch zum Experten. B.d Am 2. August 2010 stellte der Beschwerdeführer ein Wiedererwägungsgesuch mit dem Antrag, die Ernennung zu widerrufen und Dr. Gollnisch oder eine Drittperson als Gutachterin oder Gutachter einzusetzen; zur Begründung wurde wiederum hauptsächlich die Konkurrenzsituation zur Unternehmung Z._ AG ins Feld geführt, mit der Dr. Panglisch eng zusammenarbeite. Am 7. September 2010 wies das Kreisgericht das Wiedererwägungsgesuch ab. B.e Dr. Panglisch übermittelte sein vom März 2011 datiertes Gutachten am 17. März 2011. Im Rahmen der Bereinigung der beidseits vorgebrachten Ergänzungsfragen stellte der Beschwerdeführer am 5. September 2011 die Anträge, es sei das Gutachten aus den Akten zu weisen, ein neuer Gutachter einzusetzen und der Kostenvorschuss bei der Beschwerdegegnerin zu erheben. Eventualiter sei der Einsetzungsentscheid in Wiedererwägung zu ziehen, das Gutachten aus dem Recht zu weisen und ein unabhängiger Gutachter einzusetzen, und subeventualiter sei der vorgebrachte Fragenkatalog zu unterbreiten. Das Kreisgericht wies die Anträge und das Wiedererwägungsgesuch am 13. Oktober 2011 ab und unterbreitete Dr. Panglisch einen umfangreichen Katalog an Ergänzungsfragen. B.f Am 22. Dezember 2011 legte Dr. Panglisch das Ergänzungsgutachten vom November 2011 vor. Im Begleitbrief teilte er mit, er werde per 15. April 2012 die Leitung der Entwicklung der Z._ AG übernehmen, was aber seine Gutachtertätigkeit nicht beeinflusst habe. Am 22. Dezember 2011 übermittelte das Kreisgericht das Gutachten den Parteien zur allfälligen Stellung von weiteren Ergänzungsfragen, wobei es vorab darauf hinwies, dass der berufliche Wechsel des Experten keinen Ausstandsgrund darstelle. Der Beschwerdeführer stellte daraufhin am 16. Januar 2012 erneut ein Wiedererwägungsgesuch betreffend die Einsetzung von Dr. Panglisch als Experten. Das Kreisgericht wies das Gesuch am 3. Februar 2012 wiederum ab und unterbreitete dem Experten gleichzeitig diverse Ergänzungsfragen. B.g Mit Eingabe vom 16. Februar 2012 erhob der Beschwerdeführer Beschwerde beim Kantonsgericht St. Gallen mit den Anträgen, es sei die prozessleitende Verfügung des Einzelrichters vom 3. Februar 2012 aufzuheben; es sei Dr. Panglisch der Auftrag zur Ausarbeitung eines Gutachtens zu entziehen, das in den Akten liegende Gutachten vom März 2011 und das Ergänzungsgutachten vom November 2011 seien aus dem Recht zu weisen und die Vorinstanz zur Einsetzung einer unabhängigen Drittperson als Gutachter oder Gutachterin anzuweisen. Noch während laufender Frist zur Beschwerdeantwort, am 20. März 2012, hatte das Kreisgericht den Parteien das zwischenzeitlich am 2. März 2012 eingegangene, vom Februar 2012 datierte zweite Ergänzungsgutachten zugehen lassen. Der Beschwerdeführer stellte darauf am 26. März 2012, unter Berufung auf die Entdeckung neuer Tatsachen, beim Kreisgericht ein viertes Wiedererwägungsgesuch. In der Folge wurde das Beschwerdeverfahren vor Kantonsgericht bis zum Entscheid über das neuerliche Wiedererwägungsgesuch sistiert. Am 23. Mai 2012 wies das Kreisgericht auch dieses Wiedererwägungsgesuch ab. Mit Eingabe vom 4. Juni 2012 erhob der Beschwerdeführer auch gegen den Entscheid vom 23. Mai 2012 Beschwerde beim Kantonsgericht. Er beantragte, es sei die prozessleitende Verfügung des Einzelrichters vom 23. Mai 2012 aufzuheben und Dr. Panglisch der Auftrag zur Ausarbeitung eines Gutachtens zu entziehen, es seien das in den Akten liegende Gutachten vom März 2011 sowie die Ergänzungsgutachten vom November 2011 und vom Februar 2012 aus dem Recht zu weisen und das Kreisgericht sei anzuweisen, eine unabhängige Drittperson als Gutachter oder Gutachterin einzusetzen. Mit Entscheid vom 17. September 2012 stellte der Einzelrichter im Obligationenrecht des Kantonsgerichts fest, dass die beiden Ergänzungsgutachten von Dr. Ing. Stefan Panglisch vom November 2011 und vom Februar 2012 nicht verwertbar sind. Im Übrigen wies er die Beschwerde ab. Er erkannte, zwischen der Z._ AG und dem Beschwerdeführer bestehe kein direktes Konkurrenzverhältnis. Die Ernennung von Dr. Panglisch, der damals Bereichsleiter Wassertechnologie des Instituts Q._, einer gemeinnützigen GmbH, gewesen sei, zum Experten sei nicht zu beanstanden, und die vom Beschwerdeführer angeführten anderen Aspekte begründeten keinen Anschein der Befangenheit. Anders beurteile sich die Expertenstellung von Dr. Panglisch als nunmehriger Entwicklungsleiter der Z._ AG, Herstellerin von Membranen und Modulen, die der Beschwerdeführer, dessen Anlage zu begutachten sei, nicht von der Z._ AG beziehe, sondern bei deren Konkurrenz, der Firma R._. In dieser Situation erscheine ein gewisses Misstrauen in die Unvoreingenommenheit des Entwicklungsleiters der Z._ AG als Experte objektiv als begründet. Deshalb erachtete der Einzelrichter die beiden Ergänzungsgutachten vom November 2011 und Februar 2012 als nicht verwertbar. Hingegen erachtete der Einzelrichter die heutige Position des Gutachters bei der Z._ AG bei objektiver Betrachtung nicht als hinderlich für die Verwertung des Hauptgutachtens vom März 2011, da keinerlei Anhaltspunkte dafür bestünden, dass Dr. Panglisch bereits im Frühjahr 2011 in Vertragsverhandlungen mit der Z._ AG gestanden hätte. C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Einzelrichters im Obligationenrecht des Kantonsgerichts St. Gallen vom 17. September 2012 aufzuheben, soweit damit seine Beschwerden abgewiesen worden seien. Es sei festzustellen, dass das in den Akten liegende Gutachten von Dr. Panglisch vom März 2011 nicht verwertbar sei. Der Einzelrichter des Kreisgerichts, eventuell des Kantonsgerichts sei anzuweisen, eine unabhängige Drittperson als Gutachter für die Beantwortung des Fragenkatalogs einzusetzen. Subeventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Parteien reichten Replik und Duplik ein. 