Sachverhalt: A. M._, geboren 1954, war seit März 1981 als Bauarbeiter bei der Firma D._ AG angestellt. Am 5. Juni 2000 fiel ihm bei der Arbeit eine Betonplatte auf den rechten Fuss, wobei er eine mehrfragmentäre Fraktur des Metatarsale I am rechten Fuss sowie eine medial gelegene Fissur basisnah der Grundphalanx D I erlitt und gleichentags im Spital X._, operiert wurde. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher M._ obligatorisch versichert war, erbrachte die gesetzlichen Leistungen. In der Folge stellte sich ein protrahierter Heilungsverlauf ein. Am 16. Mai 2001 meldete sich M._ unter Hinweis auf Knieschmerzen rechts, Fussschmerzen links und Rückenschmerzen, bestehend seit 5. Juni 2000, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Arbeitsvermittlung) an. Die IV-Stelle Basel-Landschaft führte erwerbliche Abklärungen durch. Am 29. September 2001 unterzog sich M._ einer Spongiosa-Plastik, welche indessen das Beschwerdebild nicht wesentlich zu verbessern vermochte; es entwickelte sich ein chronisches Schmerzsyndrom des rechten Fusses. Die IV-Stelle holte einen Bericht des behandelnden Dr. med. N._, FMH für Allgemeine Medizin, vom 26. März 2003 ein (dem zahlreiche weitere Berichte beilagen). Mit Verfügung vom 16. Mai 2003 teilte sie M._ mit, die beruflichen Massnahmen seien abgeschlossen. Am 6. November 2003 teilte die SUVA M._ mit, sie stelle die Heilkosten- und Taggeldleistungen per 29. Februar 2004 ein. Nach Beizug der Akten der SUVA veranlasste die IV-Stelle eine Abklärung im Ärztlichen Begutachtungsinstitut GmbH (im Folgenden ABI). Am 23. Februar 2004 verfügte die SUVA die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 18 % und einer Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 5 %. Das Gutachten des ABI (in der endgültigen, dritten korrigierten Version) erging am 15. April 2005. Mit Verfügung vom 1. September 2005 verneinte die IV-Stelle einen Rentenanspruch mangels rentenbegründendem Invaliditätsgrad und bestätigte diese mit Einspracheentscheid vom 29. Juni 2006. B. Hiegegen liess M._ Beschwerde erheben und die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zur Neubeurteilung des IV-Grades beantragen. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies die Beschwerde mit Entscheid vom 14. Februar 2007 ab. C. Mit als "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichneter Eingabe beantragt M._ die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, eventuell dessen Rückweisung zur Verbesserung an die Vorinstanz. Gleichzeitig lässt er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen. Mit Zwischenentscheid vom 5. September 2007 verfügt der Instruktionsrichter die Rücksendung der Akten an die Vorinstanz zur Verbesserung des Entscheides im Sinne der Erwägungen. Gleichzeitig gewährt er M._ die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Am 24. Oktober 2007 reicht die Vorinstanz einen verbesserten Entscheid (Rektifikat vom 19. Oktober 2007) ein. Bundesamt für Sozialversicherungen, Vorinstanz, IV-Stelle und M._ verzichten auf eine Vernehmlassung. 