Sachverhalt: A. Der 1975 geborene M._ arbeitet seit 1. Januar 1993 als Automechaniker bei der Firma A._ an deren Kapital er zur Hälfte beteiligt und deren Geschäftsführer er ist. Am 14. Dezember 2006 und am 23. Januar 2007 erlitt er je einen Auffahrunfall. Am 17. Oktober 2007 teilte die SUVA dem Versicherten mit, sie komme für die Kosten dieser Unfälle auf. Mit Verfügung vom 31. Oktober 2007 eröffnete sie M._, der versicherte Jahreslohn für die Taggeldbemessung liege bei Fr. 11'464.75, was ein Taggeld von Fr. 25.15 pro Tag ergebe. Die aufgrund des erheblich höher angegebenen Jahreslohnes zuviel bezahlten Taggelder würden mit der dem Versicherten zustehenden Prämienrückzahlung verrechnet. An ihrem Standpunkt hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 11. Dezember 2007 fest. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. August 2008 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ beantragen, es seien ihm die gesetzlichen Leistungen zu erbringen und die Taggelder gestützt auf den versicherten Verdienst zu bezahlen. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 