Faits: A. Sise à Z._, X._ SA est une société dont le but est la conception et la réalisation d'éléments préfabriqués en béton pour la construction. Elle a pour unique actionnaire Y._, ingénieur EPFL de formation, qui assume la fonction de directeur de la société. Hormis celui-ci, cinq employés travaillent en moyenne pour X._ SA. Selon la déclaration de X._ SA pour les impôts cantonal et communal (ci-après ICC) ainsi que pour l'impôt fédéral direct (ci-après IFD) de la période 2004, le bénéfice net de la société s'élevait à 15'807 fr., pour un chiffre d'affaires brut de 2'072'461 fr. Le salaire brut comptabilisé de Y._ se montait à 288'000 fr. S'agissant de la période 2005, X._ SA a déclaré pour l'ICC et l'IFD un bénéfice net de 26'780 fr. Le chiffre d'affaires brut s'élevait à 2'371'026 fr. et le salaire du directeur à 295'957 fr. En avril 2007, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a procédé à une expertise portant sur les exercices 2003 à 2005 de X._ SA. B. Par bordereaux du 9 novembre 2007, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais, suivant l'expert, a procédé à des reprises de 48'000 fr. pour 2004 et de 40'000 fr. pour 2005 sur les salaires versés à Y._, arrêtant le bénéfice net imposable de X._ SA à 77'742 fr. pour 2004 et à 101'148 fr. pour 2005. Le 28 janvier 2008, la réclamation formée par X._ SA a été rejetée, la Commission cantonale précitée confirmant que les salaires de Y._ qui avaient été admis fiscalement, à savoir 240'000 fr. pour 2004 et 255'000 fr. pour 2005, étaient conformes au marché de l'emploi. Le 25 mars 2009, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais a rejeté le recours interjeté par X._ SA à l'encontre de la décision sur réclamation du 28 janvier 2008. Rendant une seule décision valant tant pour l'ICC que pour l'IFD, les juges ont considéré en substance que les salaires versés au directeur n'étaient pas admissibles fiscalement et constituaient une distribution dissimulée de bénéfice. Sur la base d'une enquête sur les salaires 2006 de la Société suisse des ingénieurs et des architectes (ci-après SIA), ils ont retenu comme salaire de base le montant de 180'000 fr., qui correspondait au revenu annuel moyen supérieur des ingénieurs en chef dans le domaine de la construction, auquel ont été ajoutés un supplément pour chiffre d'affaires de 20'284 fr. pour 2004 et 22'680 fr. pour 2005, ainsi qu'un montant à titre de participation au bénéfice d'un peu plus de 39'000 fr. pour 2004 et de 51'000 fr. pour 2005. C. Contre la décision du 25 mars 2009, X._ SA a déposé un recours au Tribunal fédéral, dans lequel elle conclut à l'annulation des reprises fiscales pour les années 2004-2005 et à l'acceptation des salaires versés durant ces périodes comme des charges justifiées par l'usage commercial. La Commission cantonale de recours a renoncé à présenter des observations, renvoyant au prononcé attaqué. Le Service cantonal des contributions, tout en se référant à ses observations devant l'instance cantonale et à la décision attaquée, conclut au rejet du recours sous suite de frais, à l'instar de l'Administration fédérale des contributions. 