Sachverhalt: A. Am 18. Mai 2012 erstattete die A._ AG (zusammen mit diversen Tochtergesellschaften) Strafanzeige gegen X._ (und weitere beteiligte Personen und Gesellschaften) wegen Ausnützens der Kenntnis vertraulicher Tatsachen (Art. 161 StGB), Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses (Art. 162 StGB), unbefugter Datenbeschaffung (Art. 143 StGB), Nötigung (Art. 181 StGB), Widerhandlungen gegen das UWG und weiteren Delikten. In der Folge eröffnete die Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern, Abteilung 3, Sursee, eine Strafuntersuchung gegen X._. Am 18. September 2012 erfolgten Hausdurchsuchungen in den Geschäftsräumlichkeiten der Y._ AG und der Firma Z._ sowie am Wohnort des Beschuldigten. Dabei wurden diverse Unterlagen, EDV-Anlagen und elektronische Datenträger vorläufig sichergestellt. Auf Antrag eines Verwaltungsratsmitglieds der von der Zwangsmassnahme betroffenen Aktiengesellschaft wurden sämtliche in den Geschäftsräumlichkeiten behändigten Gegenstände versiegelt, auf Antrag des Beschuldigten ein an seinem Wohnort sichergestellter Bundesordner. B. Am 27. September 2012 stellte die Staatsanwaltschaft das Entsiegelungsgesuch. Mit Entscheid vom 26. Oktober 2012 verfügte das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Luzern, dass sämtliche versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände zu entsiegeln und der Staatsanwaltschaft zur Durchsuchung freizugeben seien. C. Gegen den Entsiegelungsentscheid gelangten der Beschuldigte sowie die Y._ AG und die Firma Z._ mit Beschwerde vom 2. November 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung des Verfahrens an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. Das Zwangsmassnahmengericht beantragt mit Stellungnahme vom 16. November 2012 die Abweisung der Beschwerde, während die Staatsanwaltschaft, vertreten durch die kantonale Oberstaatsanwaltschaft, auf eine Vernehmlassung verzichtete. Zur Replik der Beschwerdeführer vom 28. Januar 2013 nahm das Zwangsmassnahmengericht am 14. März 2013 nochmals Stellung. Die Oberstaatsanwaltschaft beantragt mit Vernehmlassung vom 21. März 2013 die Abweisung der Beschwerde. Am 24. April 2013 reichten die Beschwerdeführer eine weitere Stellungnahme ein. 