Sachverhalt: A. Die 1966 geborene L._ arbeitete in einem Teilzeitpensum als Mitarbeiterin Warenausgang bei der Firma A._ AG und war bei der Gerling Allgemeine Versicherungs-AG (nunmehr HDI-Gerling Industrie Versicherung AG, nachfolgend: HDI-Gerling) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 27. Juni 2003 erlitt sie als Beifahrerin einen Auffahrunfall. Der am Unfalltag konsultierte Dr. med. G._, allgemeine Medizin FMH, stellte die Diagnose einer HWS-Distorsion. Zum Unfallzeitpunkt war die Versicherte krankheitsbedingt arbeitsunfähig. In der Folge weilte sie während drei Wochen in Campingferien und nahm danach für weitere drei Wochen ihre angestammte Arbeit wieder auf. Da diese auch Überkopfbewegungen beinhaltete, kam es zu einer Verschlechterung der Cervicalbeschwerden, weshalb L._ ab 23. August 2003 wieder zu 100 % arbeitsunfähig war. Am 23. Oktober 2003 berichtete der behandelnde Hausarzt Dr. med. U._ von neu aufgetretenen lumbalen Schmerzen und dem Umstand, dass seine Patientin schon vor dem Unfall an degenerativen Veränderungen der HWS gelitten habe. Nachdem die HDI-Gerling auf Einsprache hin eine verfügte Einstellung der Versicherungsleistungen widerrufen hatte (Einspracheentscheid vom 23. Dezember 2005), liess sie die Versicherte an der Klinik C._ begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 22. März 2006 der Prof. med. D._, Chefarzt Neurologie, und R._, Leitender Arzt des Schmerz-/Gutachtenzentrums, hielt die Unfallversicherung mit Verfügung vom 3. Mai 2006 fest, es bestehe mangels eines natürlichen Kausalzusammenhanges kein Leistungsanspruch mehr. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 8. September 2006). B. Die dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher ein zusätzliches Gutachten des Dr. med. H._, Facharzt FMH für Neurologie, vom 3. Januar 2007 eingereicht wurde, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 4. Juli 2008 ab. C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ein polydisziplinäres Gutachten anzuordnen und ihre Leistungsfähigkeit zu prüfen; eventuell sei ihr eine Rente von mindestens 10 % und eine Integritätsentschädigung von mindestens 5 % nebst Verzugszins zu gewähren. In prozessualer Hinsicht ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. Die HDI-Gerling schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung. 