Faits: A. La Chapelle du Vorbourg, propriété de la Bourgeoisie de Delémont, se situe sur le territoire de la commune de Delémont (parcelle n° 1600), implantée sur un éperon rocheux surplombant la Birse, hors zone à bâtir. Datant du XIème siècle, reconstruite en 1586 et agrandie au XVIIème siècle, elle constitue un lieu de pèlerinage traditionnel figurant en tant qu'élément individuel dans la fiche ISOS concernant Delémont. Son accès au public se fait actuellement depuis la route par un escalier d'une quinzaine de marches situé au sud entre l'enrochement où est installé un bougeoir, et un kiosque. Les sanitaires sont situés dans une annexe, au nord de la chapelle dont il faut sortir et descendre par un autre escalier. Le 1er avril 2004 (après un premier refus et au terme d'un concours), le Conseil communal de Delémont a accordé à la Bourgeoisie un permis de construire portant sur le réaménagement des accès sud et nord de la chapelle, destiné à faciliter l'accès aux personnes âgées et handicapées. Le projet, élaboré par le bureau Arches 2000, prévoyait le déplacement en oblique de l'escalier au sud et l'installation d'un monte-personnes face à l'entrée actuelle, la construction d'un nouvel escalier avec un monte-escalier au nord, ainsi que le réaménagement des WC. Les oppositions, formées par Patrimoine Suisse, section jurassienne, et par l'Association pour la sauvegarde du patrimoine rural jurassien (ASPRUJ), ont été rejetées. B. Les opposants ont recouru auprès de la Juge administrative du Tribunal de première instance du canton du Jura. Par jugement du 5 novembre 2004, cette dernière a rejeté les recours dans la mesure de leur recevabilité. C. Les opposants ont ensuite saisi la Chambre administrative du Tribunal cantonal jurassien. Par arrêt du 13 mai 2005, cette dernière a déclaré irrecevable le recours de l'ASPRUJ, prononcé qui a été confirmé par le Tribunal fédéral le 25 août 2005 (cause 1P.363/2005). Durant la procédure, Patrimoine Suisse a proposé un contre-projet établi par l'architecte Renato Salvi (ascenseur intérieur), puis une variante de celui-ci. Dans ses déterminations du 25 juin 2007, la Commission fédérale des monuments historiques (CFMH) considéra que le déplacement en diagonale de l'escalier sud banalisait l'accès principal de la chapelle et que l'installation mécanique de l'ascenseur était trop en évidence. La CFMH préconisait la création d'un ascenseur intérieur soit dans le logement (avec déplacement du confessionnal et réduction de la surface habitable pour les religieux), soit sous la tribune de la nef. Ayant pris connaissance de ces objections, la Bourgeoisie a renoncé au projet litigieux et a présenté un nouveau projet élaboré par le même bureau. L'accès au sud se fait par un ascenseur extérieur installé dans les rochers qui soutiennent la chapelle, à quelque 8 m de l'escalier actuel, qui est maintenu. L'escalier nord est modifié et muni d'un monte-personnes. Mis à l'enquête par la Cour administrative le 5 novembre 2008, le projet a fait l'objet d'une nouvelle opposition de Patrimoine Suisse ainsi que de l'Association suisse des paralysés (ASPr). La CFMH s'est à nouveau déterminée, en recommandant notamment qu'un soin particulier soit apporté au traitement des surfaces de la cage d'ascenseur, et qu'il soit renoncé à un avant-toit. De nouveaux plans ont été produits dans ce sens au mois de février 2010. D. Par arrêt du 15 juillet 2010, la Chambre administrative a annulé le permis de construire délivré le 1er avril 2004 et confirmé par la Juge administrative, et renvoyé le dossier au Conseil municipal afin qu'il délivre le permis de construire conformément aux plans du 1er février 2010. Le droit cantonal permettait une modification du projet en cours de procédure. Les nouveaux plans déposés par la Bourgeoisie tendaient, comme le projet initial, à garantir l'accès de la Chapelle aux personnes handicapées; la procédure durait depuis plus de huit ans et la question litigieuse devait, conformément à l'économie de procédure, être tranchée à ce stade; toutes les personnes et associations légitimées avaient pu faire valoir leurs points de vue devant une autorité disposant d'un plein pouvoir d'examen. La transformation projetée devait faire l'objet d'une pesée d'intérêts dans le cadre de l'application des art. 24c LAT et 42 OAT. Le nouvel accès par le sud portait nettement moins atteinte au site que celui autorisé par la Juge administrative puisqu'il permettait le maintien de l'escalier historique et que l'ascenseur était partiellement dissimulé dans le rocher. L'accès par l'intérieur préconisé par les opposants (projet "Salvi"), moins cher et ne portant pas atteinte au site, présentait toutefois plusieurs inconvénients (réduction de la surface de l'habitation des bénédictins, nécessité de réaménager le choeur et, surtout, suppression du confessionnal intime se trouvant dans la chapelle). La modification de l'escalier au nord et l'installation d'un monte-personnes ne portaient pas atteinte au site car le bâtiment n'avait, de ce côté, aucun cachet. L'accès indirect par les arcades et la terrasse côté sud et est, préconisé par la CFMH, n'était pas praticable pour les personnes handicapées. Le permis de construire pouvait être accordé, sous réserve des exigences concernant la structure, la texture et la couleur du béton utilisé, les raccords avec le bâtiment existant et la surveillance du projet par le Conservateur des monuments historiques du canton. E. Par acte du 13 septembre 2010, Patrimoine Suisse forme un recours en matière de droit public (cause 1C_394/2010) par lequel elle demande en substance l'annulation de l'arrêt cantonal dans la mesure où il ordonne la délivrance du permis de construire. Par acte du 14 septembre 2010, l'Association suisse des Paralysés forme elle aussi un recours en matière de droit public (cause 1C_404/2010) comportant la même conclusion. La Chambre administrative et la Bourgeoisie de Delémont concluent au rejet des recours dans la mesure où ils sont recevables. Le Conseil communal se rallie à l'arrêt cantonal. L'Office fédéral du développement territorial n'a pas déposé d'observations. Les recourantes ont demandé l'effet suspensif, qui a été refusé par ordonnances du 13 octobre 2010. 