Sachverhalt: A. Dr. med. X._ ist im Kanton Graubünden, wo er eine ärztliche Praxis betreibt, unbeschränkt steuerpflichtig. In der Steuererklärung 2001A für die Übergangsperiode 1999-2000, die X._ durch seinen langjährigen Treuhänder und Steuerberater ausfüllen liess und die er selber unterzeichnete, wurden verschiedene Einkünfte nicht aufgeführt. In Frage steht der Überschussanteil im Jahre 1999 im Betrag von Fr. 1'285'742.-- aus der Liquidation der Y._ Immobilien AG, Zug, einer Immobiliengesellschaft, an welcher der Steuerpflichtige beteiligt war. Sodann geht es um die Bezüge (Verwaltungsratshonorar und Lohn) des Steuerpflichtigen von der Z._ AG in der Höhe von Fr. 5'000.-- (1999) und Fr. 97'000.-- (2000), die ebenfalls nicht deklariert wurden. Aufgrund einer steueramtlichen Meldung des Kantons Zug vom 13. Februar 2004 leitete die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden am 10. Mai 2004 das Nach- und Strafsteuerverfahren gegen X._ ein. Mit Schreiben vom 8. Juni 2004 anerkannte dessen Treuhänder und Steuerberater, dass die ausserordentlichen Einkünfte zu Unrecht nicht deklariert worden seien. Beim Liquidationsüberschuss von Fr. 1'285'742.-- sei man von einer Steuerpflicht im Kanton Zug ausgegangen. Die Bezüge von der Z._ AG seien infolge eines Versehens nicht angegeben worden. Mit Verfügungen vom 31. März 2005 setzte die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden die Nachsteuern für ausserordentliche Einkünfte 1999 und 2000 bei der Kantonssteuer auf Fr. 77'730.-- und bei der direkten Bundessteuer auf Fr. 40'282.-- fest. Die Steuerbussen beliefen sich auf je 100 % der Nachsteuern. Eine Einsprache wies die Steuerverwaltung am 11. Juli 2005 ab. B. Mit Rekurs bzw. Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden machte der Steuerpflichtige geltend, er könne nur wegen fahrlässiger vollendeter Hinterziehung der Kantonssteuern bestraft werden. Die direkte Bundessteuer (Jahressteuer) sei noch nicht rechtskräftig veranlagt worden. Für die Bestrafung wegen versuchter Hinterziehung der direkten Bundessteuer gebreche es am Vorsatz. Die kantonale Steuerverwaltung anerkannte, dass hinsichtlich der direkten Bundessteuer lediglich eine versuchte Steuerhinterziehung vorliegt, und beantragte, die Busse auf zwei Drittel der Nachsteuer festzusetzen. Mit Urteil vom 17. Januar 2006 wies das Verwaltungsgericht Rekurs und Beschwerde des Steuerpflichtigen ab, soweit die Beschwerde nicht durch Anerkennung gegenstandslos geworden ist. Das Gericht befand, X._ habe die Steuerhinterziehungen zumindest eventualvorsätzlich begangen. C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt der Steuerpflichtige, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Die Kantonale Steuerverwaltung Graubünden, die Eidgenössische Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Im zweiten Schriftenwechsel hielten die Beteiligten an ihren Anträgen fest. 