Sachverhalt: A. Der 1991 geborene C._ ist seit einem Unfall am 17. April 2003 Paraplegiker. Er wohnt bei der seit 2001 vom Vater A._ geschiedenen Mutter L._ in M._ wo er auch die Schule besucht. Der Vater und die 1987 geborene Schwester J._ wohnen in S._. Am 14. August 2003 wurde C._ von der Mutter zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung angemeldet. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen klärte die Notwendigkeit baulicher Änderungen am Wohnhaus der Mutter in M._, am Schulhaus in M._ und am Wohnhaus des Vaters in S._ ab. Sie übernahm die Kosten der Anpassungen am Wohnhaus der Mutter und am Schulhaus. Das Schweizer Paraplegiker-Zentrum veranschlagte die Kosten für diverse behinderungsgerechte Anpassungen am Wohnhaus des Vaters auf insgesamt Fr. 91'152.60 (Stellungnahme vom 13. August 2003). Im Bericht vom 6. Dezember 2004 befand das SAHB Hilfsmittel-Zentrum gegenüber der IV-Stelle, die vom Paraplegiker Zentrum vorgeschlagenen Anpassungen am Wohnhaus in S._ seien zum Teil überdimensioniert und bei Abstellen auf Erfahrungswerte der SAHB wäre ein einfacher und zweckmässiger Umbau auf Fr. 40'856.75 zu stehen gekommen. Mit Verfügung vom 28. April 2005 verweigerte die IV-Stelle die Übernahme der Kosten der baulichen Änderungen am Haus des Vaters, weil sich die Aufenthalte des Versicherten auf Ferien und Besuche beschränkten. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 26. September 2005 ab. B. Die gegen den Einspracheentscheid eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen ab (Entscheid vom 20. Juni 2006). C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt C._ beantragen, es sei unter Aufhebung des kantonalen und des Einspracheentscheides Kostengutsprache für die baulichen Änderungen des Hauses in S._ zu erteilen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung. 