Sachverhalt: A. Der 1978 geborene S._ war als Monteur der Genossenschaft M._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 29. September 2005 als Beifahrer eines Autos einen Auffahrunfall erlitt. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 15. Juni 2007 ein, da die anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Ereignis verursacht worden seien. Mit Einspracheentscheid vom 28. Oktober 2008 bestätigte sie ihre Verfügung. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus mit Entscheid vom 31. März 2010 ab. C. Mit Beschwerde lässt S._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Ergänzung des Sachverhalts bzw. zur Leistungsfestsetzung beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 