Sachverhalt: A. Der 1973 geborene G._ war seit 1994 als Versicherungsberater, zuletzt ab 1. Juni 2002 bei der Versicherungen X._ tätig. Am 23. Januar 2004 meldete er sich unter Hinweis auf zwei Verkehrsunfälle in den Jahren 2002 und 2003 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht, insbesondere einer vom Unfallversicherer in Auftrag gegebenen MEDAS-Begutachtung (Gutachten des Zentrums für Medizinische Begutachtung vom 2. Februar 2006) und einer beruflichen Abklärung im Arbeits- und Bildungszentrum vom 24. Oktober 2005 bis 13. April 2006 sowie der Unterstützung durch einen vom Unfallversicherer beauftragten Case Manager stellte die IV-Stelle G._ mit Vorbescheid vom 29. September 2006 ab 1. September 2003 rückwirkend die Ausrichtung einer ganzen und ab 1. Januar 2005 einer halbe Rente der Invalidenversicherung in Aussicht (gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100%, dann 50%), befristet bis zum 31. Juli 2005. Mit dagegen erhobenem Einwand vom 30. Oktober 2006 ersuchte G._ die IV-Stelle um Beizug der Berichte der behandelnden Ärzte Dr. med. A._ und Dr. med S._. Die Mitteilung des Beschlusses erfolgte am 20. November 2006. Am 13. Februar 2007 reichte G._ drei Berichte des Prof. Dr. med. L._, Facharzt FMH für Anästhesiologie, Praxis für Schmerztherapie, vom 9. und 29. Januar sowie 6. Februar 2007 ein, worauf die IV-Stelle am 19. Februar 2007 einen weiteren Bericht dieses Arztes vom 5. März 2007 einholte. Am 21. Dezember 2007 ergingen schliesslich zwei Verfügungen betreffend den in Aussicht gestellten Rentenanspruch (je eine für den Anspruch vom 1. September 2003 bis 31. Dezember 2004 und vom 1. Januar bis 31. Juli 2005). B. Die gegen die Verfügung betreffend den Rentenanspruch ab 1. Januar 2005 erhobene Beschwerde, mit welcher unter anderem Arztberichte des Dr. med. S._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, externer psychiatrischer Dienst, ins Recht gelegt wurden, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 3. Juli 2008 ab. C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zu neuer Entscheidung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem sei ihm für das Verfahren vor Vorinstanz eine Parteientschädigung zuzusprechen. Die IV-Stelle und das kantonale Gericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung verzichtet. 