Faits: A. A.a Y._ SA, de siège à ..., a pour but social le commerce d'articles d'horlogerie, de bijouterie, de joaillerie, d'articles de luxe et autres marchandises s'y rattachant. La société a engagé X._ le 9 février 2004, avec effet dès le 1er mars 2004. Dans la lettre d'engagement, l'employeur insistait sur l'engagement total de la collaboratrice et la mise en valeur de ses connaissances acquises dans le domaine de la vente, dans la gestion de magasins, de la petite comptabilité, des contrats avec les clients, de l'entretien de stock, et du magasin. Le salaire mensuel de base s'élevait à 4'200 fr. et prévoyait le versement d'étrennes de fin d'année correspondant à 1/1 du salaire dès la deuxième année. Le dernier salaire mensuel brut s'est élevé à 4'700 francs. A.b Dans la matinée du 14 septembre 2006, le commerce exploité par Y._ SA a été la cible d'une attaque à main armée, alors que X._ et A._, stagiaire en formation, y travaillaient. Le voleur est parvenu à s'enfuir en emportant trois montres. Du 19 septembre 2006 au 31 janvier 2007, X._ s'est trouvée en incapacité totale de travailler. A.c Le 21 septembre 2006, le contrat de X._ a été résilié avec effet immédiat. Le lendemain, l'administrateur de la société anonyme, B._, a porté plainte pour le vol d'une montre de marque «...» contre son employée X._. Le 4 novembre 2006, il retirait la plainte. L'employée s'est opposée à son licenciement immédiat. B. Le 31 janvier 2007, X._ a ouvert action contre Y._ SA devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève, en concluant au paiement de 44'143 fr.20, plus intérêts à 5% dès le 31 janvier 2007, dont 15'040 fr. bruts à titre de paiement de 80% du salaire des mois d'octobre 2006 à janvier 2007, 9'400 fr. bruts à titre de salaire durant le délai de congé, 1'082 fr.95 bruts d'indemnité afférente aux vacances pour l'année 2005, 2'170 fr.25 bruts d'indemnité afférente aux vacances pour la période d'octobre 2006 à mars 2007, 4'700 fr. bruts de treizième salaire pour l'année 2006, 1'175 fr. bruts de paiement des heures supplémentaires et 9'400 fr. nets d'indemnité pour atteinte à la personnalité et résiliation injustifiée. La Caisse Z._ est intervenue à la procédure en réclamant le paiement de 7'794 fr.50, correspondant aux indemnités de chômage versées du 3 janvier au 30 mars 2007. B.a Par jugement du 26 octobre 2007, la juridiction des prud'hommes a condamné la défenderesse à verser à la demanderesse les sommes brute de 11'489 fr.15 et nette de 12'109 fr.75, le tout avec intérêts au taux de 5% l'an dès le 31 janvier 2007; la défenderesse a par ailleurs été condamnée à verser à l'intervenante la somme nette de 5'010 fr.75 et à délivrer le certificat de travail reproduit dans le dispositif du jugement. Le Tribunal a encore invité la partie qui en a la charge à opérer les déductions sociales, légales et usuelles. B.b Le 12 juin 2008, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a, sur appel de la défenderesse, annulé le jugement entrepris. Statuant à nouveau, la cour cantonale a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse la somme nette de 2'479 fr.55, avec intérêts moratoires à 5% l'an à compter du 22 septembre 2006, et à délivrer le certificat de travail reproduit dans le dispositif du jugement. La partie qui en a la charge a été invitée à procéder aux déductions sociales, légales et usuelles. Contrairement à la première instance, la cour cantonale a estimé que la résiliation immédiate était justifiée, motif pris que l'employée s'est appropriée de façon illégitime une montre de marque «...» et qu'elle n'a pas saisi l'occasion qui lui était offerte de restituer cette pièce. La juridiction cantonale a annulé le jugement sur ce point, relevant que « l'article 336 let. c CO » ne s'applique pas en cas de congé pour justes motifs. Elle s'est ensuite prononcée sur le trop-perçu de salaire pour le mois de septembre 2006 et a relevé que l'employeur était en droit de réclamer la restitution d'un indu de 1'445 fr., le salaire ayant été payé pour le mois entier alors que l'employée a travaillé jusqu'au 21. Les juges genevois ont ensuite statué sur les vacances non prises en nature en 2005 et sur le treizième salaire 2006 prorata temporis. Ils ont enfin rejeté les conclusions de l'intervenante, en tant qu'elles ont trait à des indemnités qui ne sont pas dues par l'employeur. C. La demanderesse exerce un recours en matière civile. Elle invite le Tribunal fédéral à annuler l'arrêt attaqué et à condamner la défenderesse à verser les sommes arrêtées par la juridiction des prud'hommes. La défenderesse conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. L'intervenante a renoncé à déposer une réponse; quant à l'autorité cantonale, elle a formulé des observations, au terme desquelles elle a estimé ne pas avoir agi arbitrairement en ayant retenu le témoignage sous serment de A._ comme fondant son intime conviction. 