Sachverhalt: A. Das Statthalteramt des Bezirks Bülach verurteilte X._ am 25. Januar 1999 zu einer verwaltungsrechtlichen Busse von Fr. 20'000.--, da er als Architekt bei der Erstellung von zwei Mehrfamilienhäusern in Oberembrach von den bewilligten Plänen abgewichen sei. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Bülach sprach X._ am 29. Dezember 1999 auf dessen Einsprache hin der vorsätzlichen Zuwiderhandlung gegen § 340 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich (PBG/ZH) i.V.m. § 309 lit. a und b PBG/ZH sowie § 326 PBG/ZH und der fahrlässigen Zuwiderhandlung gegen § 340 Abs. 2 PBG/ZH i.V.m. § 250 PBG/ZH sowie Art. 14 der Bau- und Zonenordnung (BZO) der Gemeinde Oberembrach schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 11'000.--. X._ focht diesen Entscheid mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Zürich an. Darin wendete er sich gegen seine Verurteilung wegen fahrlässiger Zuwiderhandlung gegen das Planungs- und Baugesetz und beanstandete die Strafzumessung. Ausserdem beantragte er eine Wiederaufnahme des Verfahrens im Sinne von § 449 Ziff. 3 StPO/ZH wegen neuer Tatsachen und Beweismittel, die dem Einzelrichter nicht bekannt gewesen seien. Das Obergericht des Kantons Zürich wies die Nichtigkeitsbeschwerde mit Beschluss vom 5. Dezember 2001 ab, soweit es darauf eintrat, und auferlegte X._ die Verfahrenskosten (Dispositiv-Ziffern 1 und 4). Das von X._ ergänzend gestellte Gesuch um Wiederaufnahme des Verfahrens, welches sich gegen den Schuldspruch wegen vorsätzlicher Zuwiderhandlung gegen das Planungs- und Baugesetz richtete, wies es ab (Dispositiv-Ziffer 2). X._ focht die Dispositiv-Ziffern 1 und 4 dieses obergerichtlichen Beschlusses mit staatsrechtlicher Beschwerde beim Bundesgericht (vgl. nachfolgend Bst. B.) und die Dispositiv-Ziffer 2 mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht des Kantons Zürich an (vgl. nachfolgend Bst. C.). B. Das Bundesgericht hiess am 4. April 2002 die staatsrechtliche Beschwerde gut und hob die Dispositiv-Ziffern 1 und 4 des Beschlusses des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. Dezember 2001 auf. Es erwog, die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen fahrlässiger Zuwiderhandlung gegen das Planungs- und Baugesetz sei sachlich offensichtlich nicht haltbar. Mit Beschluss vom 7. Januar 2003 hob das Obergericht des Kantons Zürich den Entscheid des Einzelrichters in Strafsachen des Bezirks Bülach vom 29. Dezember 1999 teilweise auf und wies die Sache zur Freisprechung von X._ vom Vorwurf der fahrlässigen Zuwiderhandlung gegen das Planungs- und Baugesetz an das Einzelgericht zurück. C. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich trat auf die von X._ gegen den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. Dezember 2001 geführte Nichtigkeitsbeschwerde am 25. März 2003 nicht ein. Die von X._ hiergegen eingereichte staatsrechtliche Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 1. Oktober 2003 gut und hob den Entscheid des Kassationsgerichts wegen formeller Rechtsverweigerung auf. Als Folge hob das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 17. Januar 2004 Dispositiv-Ziffer 2 des Beschlusses des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. Dezember 2001 auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung über das Revisionsgesuch an das Obergericht zurück. Dieses hiess das Revisionsgesuch von X._ am 30. August 2005 gut und hob das Urteil des Einzelrichters in Strafsachen des Bezirks Bülach vom 29. Dezember 1999 insoweit auf. D. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirks Bülach vereinigte die beiden Verfahren (vgl. Bst. B. und C. hiervor jeweils am Ende) und trat mit Verfügung vom 23. Dezember 2005 auf die Vorwürfe wegen vorsätzlicher Zuwiderhandlung gegen § 340 Abs. 1 PBG/ZH i.V.m. § 309 lit. a und b PBG/ZH sowie § 326 PBG/ZH und wegen fahrlässiger Zuwiderhandlung gegen § 340 Abs. 2 PBG/ZH i.V.m. § 250 PBG/ZH sowie Art. 14 BZO der Gemeinde Oberembrach zufolge Verfolgungsverjährung nicht ein. Die Gerichtskosten auferlegte der Einzelrichter X._ (Dispositiv-Ziffer 4) mit der Begründung, dieser habe gegen § 326 PBG/ZH verstossen, und dieses Verhalten sei adäquat kausal für die Einleitung des Strafverfahrens gewesen. Den von X._ gegen diese einzelrichterliche Verfügung im Kosten- und Entschädigungspunkt erhobenen Rekurs wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 6. Dezember 2007 ab. Die Kosten des Rekursverfahrens auferlegte es X._. X._ führt Beschwerde in Strafsachen insbesondere mit den Anträgen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 6. Dezember 2007 sowie Dispositiv-Ziffer 4 der Verfügung des Einzelrichters in Strafsachen des Bezirks Bülach vom 23. Dezember 2005 seien aufzuheben. Des Weiteren ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet. 