Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Baden führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts auf Raub, Diebstahl, Betrug, schwere Körperverletzung, Verbreiten menschlicher Krankheiten, Veruntreuung, einfache Körperverletzung, Drohung, Nötigung, grobe Verletzung der Verkehrsregeln, Fahren in fahrunfähigem Zustand sowie diverse weitere Delikte. X._ wurde am 26. August 2011 ein erstes Mal in Haft genommen. Auf Beschwerde gegen einen Haftverlängerungsentscheid hin entschied das Bundesgericht am 2. November 2011, X._ sei unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen (Verfahren 1B_570/2011). Nachdem die Staatsanwaltschaft Baden am 21. Dezember 2011 ein weiteres Untersuchungsverfahren von der Staatsanwaltschaft Bern- Seeland übernommen hatte und nachdem am 4. Februar 2012 von einer Frau bei der Stadtpolizei Zürich Strafanzeige gegen X._ wegen Vorkommnissen nach der Entlassung aus der Untersuchungshaft eingereicht worden war, wurde X._ am 27. März 2012 erneut festgenommen. Auf Beschwerde der Staatsanwaltschaft hin bestätigte das Obergericht des Kantons Aargau die Inhaftierung wegen Wiederholungsgefahr. Das Bundesgericht wies die von X._ hiergegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 24. Mai 2012 ab (1B_254/2012, teilweise publiziert in BGE 138 IV 148). B. In der Folge verlängerte das Zwangsmassnahmengericht die Haft, letztmals mit Verfügung vom 26. September 2012 bis zum 27. Dezember 2012. Dagegen erhob X._ Beschwerde beim Obergericht des Kantons Aargau. Mit Entscheid vom 15. November 2012 wies das Obergericht (Beschwerdekammer in Strafsachen) die Beschwerde ab. C. Mit Eingabe vom 6. Dezember 2012 führt X._ Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und die Haftentlassung zu verfügen, eventuell geeignete mildere Ersatzmassnahmen anzuordnen. Im Weiteren stellt er das Begehren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Die Staatsanwaltschaft Baden und das Obergericht des Kantons Aargau haben auf Vernehmlassung verzichtet. 