Sachverhalt: A. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies den Rekurs und die Beschwerde von B._ und A.X._ betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer 2006 je mit Entscheid vom 25. Januar 2008 ab. Die hiergegen von den Steuerpflichtigen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht gut, hob die Entscheide des Obergerichts vom 25. Januar 2008 auf und wies die Sache zu neuer Veranlagung im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Schaffhausen und zur Neuverlegung der Kosten im kantonalen Rekurs- und Beschwerdeverfahren an das Obergericht des Kantons Schaffhausen zurück (Urteil 2C_180/2008 / 2C_181/2008 vom 16. Februar 2009) Mit Beschluss vom 30. April 2009 auferlegte das Obergericht des Kantons Schaffhausen die Kosten des Rekursverfahrens, bestehend aus einer reduzierten Staatsgebühr von Fr. 1'500.--, und diejenigen des Beschwerdeverfahrens, bestehend aus einer reduzierten Staatsgebühr von Fr. 750.--, B._ und A.X._. Zudem verpflichtete es die kantonale Steuerverwaltung, die Beschwerdeführer und Rekurrenten mit insgesamt Fr. 200.-- prozessual zu entschädigen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen B._ und A.X._, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 30. April 2009 sei aufzuheben, es seien ihnen keine Kosten aufzuerlegen und die Kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen sei zu verpflichten, ihnen für das kantonale Verfahren Fr. 500.-- als Prozessentschädigung zu bezahlen. Die Steuerkommission des Kantons Schaffhausen schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen und die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichteten auf Vernehmlassung. 