Fatti: A. C._, loca ai coniugi B.A._ e A.A._ un appartamento di sei locali a Lugano. II contratto originario, firmato dal marito, risale al gennaio 1963 ma è stato rinnovato nell'agosto 1997; in tale occasione il canone di locazione annuo è stato fissato in fr. 20'400.--, oltre all'acconto per le spese accessorie, ed è stata pattuita la possibilità di disdire il contratto a scadenze trimestrali, la prima volta il 30 giugno 2002. A.a La locatrice ha disdetto il contratto di locazione il 9 ottobre 2002, con effetto al 30 giugno 2003, inviando un solo modulo ufficiale ai coniugi A.A._ e B.A._. Il 6 novembre 2002 questi hanno contestato la disdetta davanti all'Ufficio di conciliazione in materia di locazione di Lugano per l'assenza di notificazione separata. L'8 novembre 2002 i conduttori hanno inoltre chiesto alla locatrice una riduzione della pigione. Di fronte al suo rifiuto, il 2 dicembre 2002 hanno presentato l'istanza di riduzione all'Ufficio di conciliazione. Le due procedure sono state riunite e sospese consensualmente, in vista di un accordo, durante l'udienza svoltasi il 16 dicembre 2002. A.b II 7 luglio 2003 la locatrice ha notificato, questa volta con modulo ufficiale separato per ogni coniuge, una nuova disdetta del contratto di locazione per il 31 dicembre 2003. Anche questo atto è stato contestato davanti all'Ufficio di conciliazione. AII'udienza del 15 settembre 2003 le tre procedure sono state riunite e la locatrice ha ritirato la prima disdetta, quella del 9 ottobre 2002, riconoscendone la nullità. L'Ufficio di conciliazione in materia di locazione si è pronunciato con decisione del 22 aprile 2005: ha stralciato dai ruoli la procedura di contestazione della prima disdetta del 9 ottobre 2002, ha accertato la validità della seconda disdetta del 7 luglio 2003, ha concesso una proroga del contratto di locazione fino al 30 giugno 2005 e ha costatato la mancata conciliazione sulla domanda di riduzione della pigione. B. Con istanze separate del 1° giugno 2005 A.A._ e B.A._ hanno riproposto al Pretore del Distretto di Lugano la domanda di riduzione della pigione e di accertamento della nullità della disdetta del 7 luglio 2003; in subordine hanno chiesto la protrazione del contratto per la durata massima possibile. La locatrice ha avversato tutte le loro richieste. Statuendo il 18 dicembre 2007, la giudice adita ha accertato la validità della disdetta, ha protratto il contratto fino al 31 dicembre 2007 e ha accolto parzialmente la domanda di riduzione della pigione, fissando in fr. 1'756.45 annui l'importo della riduzione. Questo giudizio è stato confermato dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino con sentenza del 6 agosto 2008. C. Prevalendosi della violazione dell'art. 271a cpv. 1 lett. d CO, il 17 settembre 2008 A.A._ e B.A._ sono insorti davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, l'annullamento della sentenza cantonale. Nelle osservazioni del 20 ottobre 2008 la locatrice propone di respingere il ricorso, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a determinarsi. Al ricorso è stato riconosciuto l'effetto sospensivo con decreto del 22 ottobre 2008. 