Sachverhalt: A. Die Bausektion der Stadt Zürich erteilte der X._ AG mit Beschluss vom 21. Januar 2009 die baurechtliche Bewilligung für den Umbau des Mehrfamilienhauses auf dem Grundstück Kat.-Nr. RI2032 an der Seefeldstrasse 204 in Zürich-Riesbach. Das betreffende Grundstück ist einer Quartiererhaltungszone zugewiesen. Gegen diesen Beschluss erhob die Zürcherische Vereinigung für Heimatschutz (ZHV) Rekurs bei der Baurekurskommission I. Diese trat mit Entscheid vom 8. Mai 2009 auf den Rekurs mangels Beschwerdelegitimation nicht ein. Mit Entscheid vom 26. August 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die von der ZHV gegen den Nichteintretensentscheid der Baurekurskommission erhobene Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die ZHV, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei die Sache materiell im Sinne der von der Beschwerdeführerin vor der Baurekurskommission erhobenen Beschwerdegründe zu entscheiden. C. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und verzichtet im Übrigen auf Vernehmlassung. Die X._ AG schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und ersucht um Zusprechung einer angemessenen Parteientschädigung. Die Bausektion beantragt Beschwerdeabweisung und Befreiung von allfälligen Gerichtskosten. Die ZHV, die X._ AG sowie die Bausektion nahmen je nochmals Stellung. 