Sachverhalt: A. Die X._ AG verkaufte am 19. Dezember 2000 eine Liegenschaft in Basel. Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt veranlagte hierauf am 15. Februar 2002 eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 111'784.10 (inkl. Zins). Die X._ AG wehrte sich dagegen und machte Verrechnung mit früheren Verlusten geltend. Die kantonalen Instanzen verwarfen eine solche Verrechnungsmöglichkeit. Bei den zur Verrechnung gestellten Positionen handle es sich um Betriebs- und nicht um Grundstückverluste. Ausserdem hätten die Behörden der X._ AG nie zugesichert, eine solche Verrechnung vornehmen zu können. Das als letzte kantonale Instanz in dieser Sache entscheidende Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt befasste sich in seinem Urteil vom 1. Juni 2007 materiell nur mit der Frage der angeblichen Zusicherung. Auf die zusätzlich erhobene Rüge, das Steuergesetz ermögliche eine Verrechnung mit früheren Verlusten, trat es ausdrücklich nicht ein. B. Die X._ AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 3. September 2007, das Urteil des Appellationsgerichts vom 1. Juni 2007 aufzuheben und diese Instanz anzuweisen, auf den bei ihr eingereichten Rekurs "vollumfänglich einzutreten und die Streitsache nach materieller Prüfung aller darin erhobenen Rügen neu zu entscheiden". C. Das Appellationsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. 