Sachverhalt: A. Der Gemeinderat Oberembrach erteilte der Y._ AG, am 4. Juli 2008 die baurechtliche Bewilligung für den teilweisen Rückbau des Wohnhauses Assek.-Nr. 458 sowie den Neubau von vier Mehrfamilienhäusern und sechs Reiheneinfamilienhäusern mit Tiefgarage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1019 an der Embracherstrasse .. in Oberembrach. Gleichzeitig wurde die Verfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 16. Juni 2008, mit welcher die strassenpolizeiliche Bewilligung und die Genehmigung in denkmalpflegerischer Hinsicht erteilt worden war, eröffnet. Den hiergegen von X._ erhobenen Rekurs wies die Baurekurskommission IV des Kantons Zürich am 5. März 2009 ab. Gegen den Entscheid der Baurekurskommission gelangte X._ mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Er beantragte unter anderem, die Baubewilligung sei aufzuheben. In prozessualer Hinsicht verlangte er, es sei ein Gutachten der kantonalen Kommission für Natur- und Heimatschutz (KNHK) einzuholen sowie ein Augenschein durchzuführen. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Entscheid vom 7. Oktober 2009 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. November 2009 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben. Allenfalls sei ein Augenschein durchzuführen. Der Beschwerdeführer rügt in verschiedener Hinsicht eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie die willkürliche Handhabung des behördlichen Ermessens. Zudem macht er geltend, ihm seien im kantonalen Verfahren zu Unrecht Kosten für Abklärungen betreffend die Wahrung der Rechtsmittelfrist auferlegt worden. Die Y._ AG, beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Oberembrach stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Eventuell sei sie abzuweisen. Zudem sei ihr eine angemessene Prozessentschädigung zuzusprechen. Die Baudirektion des Kantons Zürich und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. 