Faits: A. Le 8 juin 2005, Z._, informaticien domicilié en France, a été engagé en qualité de chercheur par B._ Group, Inc., société ayant son siège aux Etats-Unis. Le lieu de travail était à Genève. Il est exposé que A._ Inc., une autre société ayant son siège aux Etats-Unis, a pris le contrôle du groupe B._ le 1er juin 2010; cependant, aucune pièce n'a été produite à ce sujet. Vers la fin de l'année 2010, Z._ a remis à son employeur un nouvel outil informatique, appelé logiciel D._, dont il était l'architecte et pour lequel il avait assuré la direction du projet. Le 11 janvier 2011, Z._ a résilié son contrat de travail par courrier électronique adressé à A._ Inc. Cette résiliation a été acceptée. Z._ a été engagé, dès le 21 avril 2011, par Y._ (CH) Sàrl, une nouvelle société dont le siège se trouve à Genève, qui a été inscrite au registre du commerce ce même jour et qui est une filiale de Y._ Inc., une société ayant son siège aux Etats-Unis. L'ancien employeur soupçonne Z._, ainsi que deux autres employés, de lui avoir soustrait des données - des logiciels appelés E._, D._ et F._ - et de les utiliser au profit de Y._ (CH) Sàrl. B. Au mois de mai 2011, les sociétés A._ Inc., B._ Group, Inc., B._ Solutions, Inc., B._ (UK) Ltd et C._, Inc. ont déposé une demande de mesures provisionnelles devant les tribunaux londoniens. Durant ce même mois de mai 2011, une requête de mesures provisionnelles a également été déposée à New York. La cour londonienne a pris des mesures et elle a adressé à Y._ un ordre appelé "ordre de sauvegarde de preuves". Elle a ensuite pris acte de l'engagement de Y._ à ce sujet. Elle a observé que l'attitude de Y._ ne révélait aucune menace ou risque d'actes illicites. Par acte déposé le 27 mai 2011 au greffe de la Cour de justice du canton de Genève, A._ Inc., B._ Group, Inc., B._ Solutions, Inc. et C._, Inc. (ci-après: les requérantes) ont formé à l'encontre de Y._ (CH) Sàrl et Z._ une requête de mesures provisionnelles tendant principalement au prononcé d'interdictions, sous menace des peines de l'art. 292 CP, en relation avec les logiciels D._, F._ et E._, ainsi que des saisies conservatoires et, à titre subsidiaire, d'autres mesures tendant à conserver les preuves. Z._ a conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet de la requête. Y._ (CH) Sàrl a conclu au déboutement des requérantes. Statuant en instance cantonale unique le 15 juillet 2011, la Cour de justice de Genève a rejeté la requête de mesures provisionnelles et statué sur les frais et dépens. En substance, la cour cantonale a retenu que les requérantes n'avaient pas rendu vraisemblable qu'elles étaient atteintes ou menacées dans leurs droits, ni qu'il y avait urgence à prononcer les mesures sollicitées. Elle a encore observé que les explications contradictoires ou confuses des requérantes ne permettaient pas de déterminer, sous l'angle de la vraisemblance, qui était titulaire des droits d'auteur sur les trois logiciels invoqués. C. Les requérantes exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'ordonnance cantonale du 15 juillet 2011. Invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.) et une violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), elles concluent, sous suite de frais et dépens, à son annulation et reprennent leurs conclusions sur mesures provisionnelles, tout en demandant subsidiairement le renvoi de la cause à la cour cantonale. Z._ conclut à la confirmation de l'ordonnance attaquée avec suite de frais et dépens. Y._ (CH) Sàrl conclut au rejet du recours avec suite de dépens. 