Sachverhalt: A. Die Stiftung SWITCH (vormals: Stiftung SWITCH - Teleinformatikdienste für Lehre und Forschung) bezweckt gemäss Handelsregistereintrag, die nötigen Grundlagen für den wirksamen Gebrauch moderner Methoden der Teleinformatik im Dienste der Lehre und Forschung in der Schweiz zu schaffen, zu fördern, anzubieten, sich an solchen zu beteiligen und sie zu erhalten. Sie nimmt seit 1987 in der Schweiz die Zuteilung und Verwaltung von Domain-Namen der Domain ".ch" wahr. Mit Verträgen vom 24. Januar 2003 und 31. Januar 2007 wurde der SWITCH diese Aufgabe vom Bundesamt für Kommunikation (im Folgenden: BAKOM) übertragen. Im Mai 2009 gründete die SWITCH die Tochtergesellschaft switchplus ag. Diese bezweckt gemäss Handelsregistereintrag den Verkauf und das Anbieten von Internetlösungen, wie insbesondere die Registrierung von Domain-Namen, Betrieb von E-Mail, Hosting von Webseiten und Softwarebetrieb sowie weitere Dienstleistungen rund ums Internet. B. Im Zusammenhang mit der Gründung der switchplus ag eröffnete das BAKOM gegen die SWITCH am 16. März 2010 ein Aufsichtsverfahren und verfügte am 11. April 2011 wie folgt: 1. SWITCH wird verpflichtet, sämtliche Leistungen, die sie aufgrund ihrer Registrierungs- und Verwaltungstätigkeit von Domain-Namen zu erbringen in der Lage ist und switchplus ag anbietet, ab Rechtskraft dieser Verfügung allen Wholesale-Partnerinnen zu den gleichen Bedingungen anzubieten. Von der Offerierungspflicht ausgenommen sind Leistungen, die typischerweise nur zwischen verbundenen Unternehmen erbracht werden sowie Leistungen, die keinen direkten oder indirekten Bezug zur delegierten Tätigkeit der Registrierung und Verwaltung von Domain-Namen haben. 2. SWITCH erstellt eine Liste der Leistungen, die sie allen Wholesale-Partnerinnen inklusive switchplus ag zu gleichen Bedingungen anbieten will. Die Preise und die übrigen Konditionen der einzelnen Leistungen sind dabei verbindlich festzusetzen. SWITCH stellt diese Liste dem BAKOM sowie allen Wholesale-Partnerinnen innert 30 Tagen ab Rechtskraft dieser Verfügung zu. Der Leistungskatalog ist gleichzeitig zu veröffentlichen, unter Nachführung allfälliger Änderungen. 3. SWITCH hat sicherzustellen, dass switchplus ag innert 30 Tagen seit Eröffnung dieser Verfügung von keinen werbewirksamen Leistungen von SWITCH profitiert, die anderen Wholesale-Partnerinnen nicht zur Verfügung stehen. Diese Verpflichtung bezieht sich namentlich auch auf den Webauftritt. 4. SWITCH wird verpflichtet, dem BAKOM jeweils unaufgefordert sämtliche Verträge oder Vertragsänderungen zwischen ihr und switchplus ag innert 30 Tagen nach deren Abschluss zur Kenntnis zu bringen. Von der Mitteilungspflicht ausgenommen sind Verträge, die keinen direkten oder indirekten Bezug zur delegierten Tätigkeit der Registrierung und Verwaltung von Domain-Namen haben. 5. SWITCH wird verpflichtet, sämtliche mit ihren Leistungen an switchplus ag verbundenen Kosten sachgerecht und in einer getrennten Kostenrechnung gegenüber dem BAKOM auszuweisen. Diese Verpflichtung gilt erstmals für das Rechnungsjahr 2010. 6. Einer allfälligen Beschwerde gegen Ziff. 3 und Ziff. 5 wird die aufschiebende Wirkung entzogen. 7. Die Verwaltungsgebühren im Umfang von CHF 13'650.-- werden der Stiftung SWITCH-Teleinformatikdienste für Lehre und Forschung auferlegt. Sie werden mit Rechtskraft der Verfügung fällig. Die Zahlungsfrist beträgt 30 Tage. 8. Diese Verfügung wird der Stiftung SWITCH-Teleinformatikdienste für Lehre und Forschung schriftlich gegen Rückschein eröffnet. 9. Vom Ausgang dieses Verfahrens ist Hostpoint AG et al., vertreten durch (...), Kenntnis zu geben. C. Mit Beschwerde vom 27. Mai 2011 gelangte die SWITCH an das Bundesverwaltungsgericht mit dem (Haupt-)Antrag, die Ziff. 1-4 sowie Ziff. 7 (betreffend Kostenauflage) der Verfügung vom 11. April 2011 aufzuheben. Weiter sei festzustellen, dass die Vorinstanz dadurch, dass sie die Hostpoint AG und deren Mitbeteiligte vor Eintritt der Rechtskraft der angefochtenen Verfügung über den Ausgang des Aufsichtsverfahrens informiert habe, Bundesrecht verletzt habe. Ferner verlangte sie Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung. Diesem Antrag gab das Bundesverwaltungsgericht mit Zwischenverfügung vom 10. Juni 2011 statt. Mit Urteil vom 13. Februar 2012 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und stellte fest, dass die Vorinstanz die Anzeigerinnen rechtswidrigerweise vor Eintritt der Rechtskraft ihres Entscheids über den Verfahrensausgang in Kenntnis gesetzt habe. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab und verpflichtete die Beschwerdeführerin, die in Dispositivziffer 3 der vorinstanzlichen Verfügung vorgesehenen Vorkehren innert 30 Tagen ab Rechtskraft des Urteils zu treffen. D. Die SWITCH erhebt hiegegen Beschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, das angefochtene Urteil sei insoweit aufzuheben, als dieses die Beschwerde gegen Ziff. 3 der Verfügung abweise und sie verpflichte, die darin vorgesehenen Vorkehren innert 30 Tagen ab Rechtskraft des Urteils zu treffen. Ziff. 3 der Verfügung vom 11. April 2011 sei aufzuheben. Das BAKOM beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die SWITCH hält in ihrer ergänzenden Stellungnahme an den gestellten Anträgen fest. 