Faits: A. X._ SA, active notamment dans le domaine de la fabrication et du commerce de machines-outils, a été déclarée en faillite le 26 octobre 2005. Depuis septembre 2003, l'intégralité de son capital-actions était détenu par Y._ Holding BV et A._ Holding BV, sociétés elles-mêmes intégralement détenues et animées par Y._. Ce dernier a en outre été l'administrateur-président de X._ SA avec signature collective à deux dès le 27 avril 2004 et jusqu'au prononcé de la faillite. Entre septembre 2003 et septembre 2005, Y._ Holding BV a octroyé à X._ SA plusieurs prêts pour un montant global de 14'281'630 fr., dont six garantis par le nantissement de diverses machines. Les contrats relatifs à ces six prêts prévoyaient en particulier que les machines nanties seraient conservées dans les locaux de X._ SA, à l'intérieur d'espaces grillagés et cadenassés sur lesquels seraient apposés des panneaux mentionnant « mis en gage au bénéfice de Y._ Holding BV » et auxquels seule Y._ Holding BV, à l'exclusion du personnel de X._ SA, aurait le droit d'accéder, les clefs des cadenas lui étant remises à cette fin. B. B.a L'état de collocation dans la faillite de X._ SA a été publié le 29 novembre 2006. La créance produite par Y._ Holding BV, à hauteur de 10'304'556 fr., y était écartée en totalité. B.b Y._ Holding BV a agi en contestation de l'état de collocation devant le Tribunal de première instance de Genève contre la masse en faillite de X._ SA. Elle concluait à ce que sa créance soit colloquée à raison de 2'072'670 fr. au titre de créance garantie par gages mobiliers, à raison de 3'485'966 fr. au titre de créance ordinaire de 3ème classe et à raison de 5'055'000 fr. au titre de créance ordinaire de 3ème classe postposée. Par jugement du 8 septembre 2008, le tribunal de première instance a ordonné la rectification de l'état de collocation en ce sens que la créance produite par Y._ Holding BV à hauteur de 10'304'556 fr. devait être admise à cet état à raison de 5'249'556 fr. au titre de créance de 3ème classe et à raison de 5'055'000 fr. au titre de créance de 3ème classe postposée. B.c Y._ Holding BV a appelé du jugement précité auprès de la Cour de justice du canton de Genève en concluant en substance à ce que sa créance soit colloquée, à concurrence de 1'622'670 fr., au titre de créance garantie par gages mobiliers. La masse en faillite de X._ SA a conclu à la confirmation du jugement entrepris. Par arrêt du 20 mars 2009 communiqué aux parties le 24 du même mois, la cour cantonale a annulé le jugement de première instance et, statuant à nouveau, a ordonné la rectification de l'état de collocation en ce sens que la créance de Y._ Holding BV d'un montant total de 1'304'556 [recte: 10'304'556] fr. devait être inscrite à raison de 1'622'670 fr. en qualité de créance garantie par gages, à raison de 3'626'886 fr. en 3ème classe et à raison de 5'055'000 fr. en 3ème classe postposée. C. Par acte adressé le 8 mai 2009 au Tribunal fédéral, la masse en faillite de X._ SA, agissant par l'Office des faillites de Genève, a interjeté un recours en matière civile tendant à ce que la créance de 1'622'670 fr. soit inscrite à l'état de collocation en 3ème classe et non pas en qualité de créance garantie par gages. La recourante soulève les griefs de constatation inexacte et incomplète des faits (art. 97 al. 1 LTF), ainsi que de violation du droit fédéral en matière de nantissement (art. 884 al. 3 CC) et de collocation des créances dans la faillite (art. 219 LP). Le dépôt d'une réponse n'a pas été requis. Sur requête de la recourante, l'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 27 mai 2009. 