Sachverhalt: A. Die X._ SpA (Beklagte, Beschwerdeführerin) war Inhaberin des ergänzenden Schutzzertifikats Nr. 1._ betreffend "Alendronsäure", das auf dem schweizerischen Patent Nr. 2._ basierte. Den Antrag auf Erteilung des Zertifikates stellte die Beklagte am 17. Mai 1996; das Grundpatent wurde am 24. März 2003 gelöscht, so dass die Schutzdauer des Zertifikates längstens bis 24. März 2008 dauerte. A.a Die Y.Z._ AG und die Y._ AG (Klägerinnen, Beschwerdegegnerinnen) stellten beim Handelsgericht des Kantons Zürich am 2. Juni 2005 das Begehren, das ergänzende Schutzzertifikat Nr. 1._ betreffend "Alendronsäure" basierend auf dem schweizerischen Patent Nr. 2._ sei für nichtig zu erklären (Ziffer 1). A.b Mit der Klageantwort stellte die Beklagte den Antrag, die Klage sei abzuweisen und es sei Vormerk zu nehmen, dass die Beklagte gestützt auf Art. 24 Abs. 1 lit. c PatG den Anspruch 1 des dem Schutzzertifikat zugrunde liegenden schweizerischen Patentes Nr. 2._ wie folgt einschränke: "Composizione farmaceutica utile per inibire il riassorbimento osseo caratterizzata dal fatto che comprende come la qualità di principio attivo l'acido 4-ammino-1-idrossibutan-1, 1-bisfosfonica e i suoi sali alcalini, in forma somministrabile per la via orale". Sie erklärte, die ursprüngliche Fassung des Patentanspruchs 1 sei nicht mehr Prozessgegenstand und im eingeschränkten Umfang sei der Patentanspruch rechtsbeständig. A.c Die Klägerinnen brachten in der Replik vor, die beantragte Einschränkung des Grundpatents sei unzulässig. Sie hielten daran fest, dass Anspruch 1 des Grundpatents in der erteilten Fassung nicht neu und jedenfalls nicht erfinderisch sei. A.d Die Beklagte hielt in der Duplik an der Zulässigkeit der Einschränkung fest. B. Das Handelsgericht des Kantons Zürich hiess die Klage mit Urteil vom 19. Dezember 2007 gut und stellte fest, dass das ergänzende Schutzzertifikat Nr. 1._ betreffend "Alendronsäure" basierend auf dem schweizerischen Patent Nr. 2._ nichtig ist. Das Gericht kam zum Schluss, die Einschränkung des Patentes nach Art. 24 Abs. 1 lit. c PatG könne auch im Nichtigkeitsverfahren nur im Rahmen von Art. 24 Abs. 2 PatG erfolgen; der - unbestrittenen - Nichtigkeit von Anspruch 1 in der ursprünglichen Fassung könne daher nicht mit einer Einschränkung nach Art. 24 Abs. 1 lit. c PatG begegnet werden. Im Sinne einer Eventualbegründung erwog das Handelsgericht, dass auch der Anspruch 1 in der eingeschränkten Fassung nicht erfinderisch wäre, und im Sinne einer weiteren Eventualbegründung führte das Gericht aus, es würde sich bei der von der Beschwerdegegnerin beantragten Einschränkung materiell um eine Erweiterung des erteilten Anspruchs handeln. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 1. Februar 2008 stellt die Beschwerdeführerin das Rechtsbegehren, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 19. Dezember 2007 sei aufzuheben und die Klage vom 2. Juni 2005 sei abzuweisen. Sie rügt die Verletzung von Art. 8 ZGB, Art. 140a ff., Art. 24 und Art. 27 PatG sowie eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts. D. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen in der Antwort, die Beschwerde sei abzuweisen und es sei festzustellen, dass das ergänzende Schutzzertifikat Nr. 1._ betreffend "Alendronsäure" basierend auf dem schweizerischen Patent Nr. 2._ nichtig sei. Das Handelsgericht des Kantons Zürich verzichtet auf Vernehmlassung. E. Auf Begehren der Beschwerdeführerin wurde der Beschwerde mit Präsidialverfügung vom 4. März 2008 aufschiebende Wirkung erteilt. F. Nachdem die Schutzdauer des umstrittenen Zertifikats am 24. März 2008 abgelaufen ist, wurden die Parteien zur Frage angehört, ob der Prozess um dessen Gültigkeit als gegenstandslos abzuschreiben sei. Die Parteien nahmen dazu mit Eingaben vom 15. April 2008 Stellung. Die Beschwerdeführerin führte aus, das nach ihren Vorbringen in der Beschwerde gültige Schutzzertifikat sei während der Schutzdauer verletzt worden, so dass sie in Aussicht nehme, von den Verletzern Schadenersatz oder Gewinnherausgabe zu fordern. 