Faits: A. Le 14 décembre 2011, A._ a déposé plainte pénale contre son employeur C._ SA et l'administrateur de celui-ci, B._, pour escroquerie, faux dans les titres, tentative de contrainte et calomnie. Après son licenciement pour le 30 septembre 2011, le plaignant avait fait valoir, par voie de poursuite puis auprès du Tribunal des Prud'hommes, une prétention de salaire de 27'725.75 fr. Son employeur avait excipé de compensation, invoquant diverses malversations, et avait lui aussi intenté une poursuite. Le plaignant estimait que la notification d'un commandement de payer (portant sur un montant fictif) relevait de la contrainte; il reprochait en outre à son ancien employeur d'avoir répandu des propos calomnieux dans son milieu professionnel. B. Par ordonnance du 15 avril 2012, le Ministère public du canton de Genève a décidé de suspendre la procédure jusqu'à droit jugé dans la procédure prud'hommale, considérant que le résultat de cette dernière pouvait influer la procédure pénale. Par arrêt du 14 juin 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé cette décision. Le sort de la plainte pénale dépendait en grande partie, si ce n'est exclusivement, du bien fondé des prétentions civiles respectives. La procédure civile était déjà bien entamée et les actes d'enquête effectués dans ce cadre permettraient de simplifier l'instruction pénale. C. A._, agissant en personne, forme un recours en matière pénale par lequel il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à la cour cantonale afin qu'elle ordonne la reprise de l'instruction. Il a requis, par la suite, l'assistance judiciaire. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt, sans observations. Le Ministère public et les intimés concluent au rejet du recours. Le recourant a répliqué. 