Sachverhalt: A. Der Kanton Aargau will im Hinblick auf die langfristige Planung des Gesteinsabbaus Probebohrungen durchführen. Damit soll das Kalk- und Mergelvorkommen, das zur Zementproduktion benötigt wird, untersucht werden. Mit Beschluss vom 13. Dezember 2006 beauftragte der Regierungsrat des Kantons Aargau das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau (BVU/AG), die für diese Probebohrungen erforderlichen enteignungsrechtlichen Verfahren einzuleiten. Am 22. März 2007 erteilte die Abteilung für Umwelt des BVU/AG der Abteilung für Raumentwicklung des BVU/AG gestützt auf Art. 32 GSchV (SR 814.201) und § 7 des Gesetzes über die Nutzung und den Schutz der öffentlichen Gewässer des Kantons Aargau vom 22. März 1954 (GNG/AG; SAR 763.200) unter Auflagen und Bedingungen gewässerschutzrechtliche Bewilligungen für Sondierbohrungen in besonders gefährdeten Gewässerschutzbereichen an vier Standorten, nämlich in den Gemeinden Effingen, Schinznach-Dorf, Thalheim und Unterbözberg. Gemäss dem Bestandteil der Bewilligung bildenden Gesuchsformular beträgt die Bohrtiefe am Standort Effingen 100 m. Unter den Bedingungen und Auflagen (Ziffern 1-11) wird namentlich festgehalten, dass die Bohrung nach Abschluss der Untersuchungen nach dem Stand der Technik zu verfüllen ist (Ziffer 6). Für das Befahren der Waldstrassen ist nach § 22 Abs. 1 lit. e der Verordnung zum Waldgesetz des Kantons Aargau vom 16. Dezember 1998 (WaV/AG; SAR 931.111) eine schriftliche Ausnahmebewilligung des Gemeinderats notwendig (Ziffer 10). Nach der Bohrung sind die Bohrplätze und die beanspruchten Waldstrassen wieder herzustellen und durch den zuständigen Revierförster abnehmen zu lassen (Ziffer 11). Am 30. Mai 2007 stellte die Abteilung für Raumentwicklung des BVU/AG bei der kantonalen Schätzungskommission nach Baugesetz Gesuche um befristete Enteignungen zwecks Durchführung von Probebohrungen (sowie An- und Abtransport der benötigten Installationen) an den vier erwähnten Standorten. Bezüglich des Standorts Effingen wurde darum ersucht, die im Eigentum der Gemeinde Effingen stehenden Parzellen Nrn. 151 und 711 und die erforderlichen Zufahrtsrechte befristet zu enteignen. Gegen das öffentlich aufgelegte Enteignungsgesuch in Effingen erhob unter anderem die Grundhof Bözberg AG Einsprache. Die Einsprecherin ist Eigentümerin des Grundstücks Nr. 159, welches sich in unmittelbarer Nähe des Bohrstandorts befindet. Nach einer Einigungsverhandlung überwies die Schätzungskommission die Einsprache am 30. Juni 2008 an den Regierungsrat des Kantons Aargau. Dieser wies die Einsprache am 14. Januar 2009 ab und ordnete die Enteignung für die Durchführung der Probebohrungen in Effingen samt Benutzung der zu den Bohrstellen führenden Waldstrassen an. Zudem wies er die Gemeinde Effingen an, auf entsprechendes Gesuch hin das für das Befahren der Waldstrassen gemäss § 22 Abs. 1 lit. e WaV/AG erforderliche Ausnahmebewilligungsverfahren durchzuführen. Gegen diesen Regierungsratsentscheid reichte unter anderem die Grundhof Bözberg AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Aargau ein. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 18. November 2009 ab, soweit es darauf eintrat. Auf eine von der Grundhof Bözberg AG gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil 1C_15/2010 vom 16. Juni 2010 nicht ein. B. Am 25. Januar 2011 stellte die Abteilung Raumentwicklung des BVU/AG bei der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG das Gesuch, es sei festzustellen, dass die geplanten Probebohrungen nebst der (bereits erteilten) gewässerschutzrechtlichen Bohrbewilligung und der waldrechtlichen Ausnahmebewilligung gemäss § 22 Abs. 1 lit. e WaV/AG für die Benutzung der zu den Bohrstellen führenden Waldstrassen weder einer Baubewilligung nach RPG (SR 700) noch einer Rodungs- oder weiteren waldrechtlichen Ausnahmebewilligung im Sinne des Waldgesetzes des Kantons Aargau vom 1. Juli 1997 (WaG/AG; SAR 931.100) bedürften. Am 23. Februar 2011 verfügte die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG bezogen auf den Probebohrungsstandort Effingen (Parzellen Nrn. 151 und 711) was folgt: I. Es wird festgestellt, dass die Probebohrung nicht baubewilligungspflichtig ist. II. Es wird festgestellt, dass gemäss langer kantonaler Praxis für die Probebohrung keine Ausnahmebewilligung für eine Rodung notwendig ist. III. Es wird festgestellt, dass es sich bei Probebohrungen, welche sich ausschliesslich auf das Areal von Waldstrassen beschränken, nicht um eine nachteilige Nutzung gemäss § 13 WaG/AG handelt. Es ist keine Ausnahmebewilligung notwendig. Der Entscheid wurde mit Hinweis auf die Einsichtsmöglichkeit in den begründeten Entscheid und die Gesuchsunterlagen sowie versehen mit einer Rechtsmittelbelehrung öffentlich publiziert. Während der Auflagefrist vom 8. März bis 6. April 2011 erhob insbesondere die Grundhof Bözberg AG Beschwerde beim Regierungsrat mit dem Antrag auf Aufhebung der Verfügung der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG vom 23. Februar 2011. Mit Entscheid vom 28. September 2011 wies der Regierungsrat die Beschwerde ab. Die von der Grundhof Bözberg erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 18. Juni 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 5. September 2012 beantragt die Grundhof Bözberg AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und es sei festzustellen, dass für die geplanten Probebohrungen ein Baubewilligungsverfahren durch die zuständige Behörde durchgeführt werden müsse. Mit Verfügung vom 8. Oktober 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Der Regierungsrat beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihrem Standpunkt und an ihren Anträgen fest. 