Faits: A. En 1986, la société Alpiq Réseau SA Lausanne/Laufenburg SA, a annoncé son intention d'entreprendre la réalisation d'une artère de 380 kV reliant Romanel à Chippis et composée des trois tronçons Romanel-St-Triphon, St-Triphon-Chamoson et Chamoson-Chippis. Un dossier d'enquête préliminaire qui présentait et analysait trois variantes de tracé a été déposé auprès de l'Inspection fédérale des installations à courant fort (ci-après: l'ESTI) le 28 février 1992. Après consultation des instances concernées, l'ESTI a donné son approbation le 29 juin 1995. Cette approbation fixait, dans les grandes lignes, la variante de tracé à retenir pour l'élaboration du projet. Le 30 janvier 1997, un premier projet fut mis à l'enquête publique, sur la base d'un rapport d'impact de 1996. Ce projet a suscité des oppositions et également des préavis négatifs de différentes autorités, notamment de l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV, alors dénommé l'OFEFP) et des autorités cantonales. Au vu de ces réactions négatives, Alpiq a demandé à l'ESTI de suspendre la procédure afin de modifier son projet de manière à en réduire l'impact environnemental par l'ajout d'un terne 220 kV à forte capacité permettant le démontage intégral de la ligne 2 x 220 kV Chamoson-Chippis existante. Par courrier du 6 juillet 1999, l'ESTI a pris note de cette demande et confirmé que le projet pourrait être repris au stade du projet détaillé sans devoir faire à nouveau l'objet d'une enquête préliminaire. B. Le 10 juin 2002, Alpiq a déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'ESTI. Ce projet prévoyait la construction d'une ligne à 380 kV entre Chamoson et Chippis, la mise sur support commun de la ligne actuelle 220 kV entre Chamoson et Chippis, la mise sur support commun d'une ligne 65 kV entre Chamoson et Chandoline, la mise sur support commun d'une ligne CFF 132 kV entre Chamoson et Saint-Léonard, le raccordement 220 kV du poste de couplage de Chandoline à St-Léonard, le raccordement à la ligne 132 kV CFF à Saint-Léonard et, enfin, le démontage de la ligne existante 220 kV entre le poste de couplage de Chamoson et le Creux de Chippis. A la suite de la mise à l'enquête publique du projet et aux préavis des autorités fédérales, cantonales et communales concernées, Alpiq a procédé à certaines modifications du tracé de la ligne. Alpiq a ensuite soumis, le 6 février 2006, une demande d'approbation des plans à l'ESTI pour les modifications concernées après les avoir mises à l'enquête publique. Après avoir tenté sans succès de procéder à une conciliation, l'ESTI a transmis le dossier à l'OFEN le 11 juin 2007. D'autres modifications de peu d'importance et ne nécessitant pas de nouvelle mise à l'enquête publique ont encore été apportées au projet par Alpiq les 6 novembre 2007 et 14 février 2008. Au cours de la procédure d'autorisation, la nouvelle ligne à haute tension a soulevé de nombreuses oppositions demandant notamment l'enfouissement de la ligne dans le sol - sur toute sa longueur ou sur certains tronçons - ou d'autres tracés pour la ligne aérienne. Par décision du 30 juin 2010, l'OFEN a approuvé, avec charges, les plans déposés le 10 juin 2002 par Alpiq auprès de l'ESTI ainsi que les modifications de projet ultérieures. La décision de l'OFEN autorisait Alpiq à réaliser l'intégralité du tronçon entre Chamoson et Chippis, soit environ 27,5 km, sous forme de ligne aérienne. C. La commune de Salins et consorts, la Bourgeoisie de Sion et la Fondation S._ ainsi que la Fondation R._ ont attaqué la décision de l'OFEN du 30 juin 2010 auprès du Tribunal administratif fédéral. Ces causes ont été jointes. Après avoir procédé à une inspection locale en présence des parties, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis les recours par arrêt du 15 août 2012. Il a annulé la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010 et renvoyé l'affaire à l'OFEN pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, le Tribunal a considéré que la ligne projetée respectait les normes de protection de l'environnement et de protection de la nature et du paysage et qu'une mise en câble n'entrait pas en ligne de compte. L'OFEN devait toutefois inviter Alpiq à lui soumettre un nouveau projet intégrant, pour les ternes 380 kV, des faisceaux à quatre conducteurs (4 x 650 mm2) au lieu des faisceaux à trois conducteurs (3 x 490 mm2 ou 3 x 550 mm2). D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la commune de Salins et consorts (cause 1C_487/2012) demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 15 août 2012 ainsi que la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010 et de renvoyer l'affaire à l'OFEN pour qu'une procédure de plan sectoriel soit engagée, avec mise en oeuvre d'un câblage de la ligne sur le tronçon Chamoson-Chippis. La Fondation R._ (cause 1C_489/2012) a également porté sa cause devant le Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 15 août 2012 et de la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010. Elle demande en outre au Tribunal fédéral de renvoyer l'affaire à l'OFEN pour qu'il réalise un plan sectoriel, soumis ensuite au Conseil fédéral pour décision, et par la suite la planification d'un projet avec câblage partiel ou total. Elle requiert un câblage total entre Chamoson et Chippis dans la plaine du Rhône ou un câblage partiel entre le village d'Aproz et la sortie est du village de Bramois. La Bourgeoisie de Sion et la Fondation S._ (cause 1C_493/2012) concluent à leur tour à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi du dossier à l'OFEN et à Alpiq pour une nouvelle mise à l'enquête publique avec établissement d'un plan sectoriel préalable et mise en oeuvre d'une étude de faisabilité d'un câblage total ou partiel de la nouvelle ligne. Subsidiairement, elles requièrent la mise en câble à l'endroit du tracé bordant les parcelles propriétés de la Bourgeoisie de Sion et, plus subsidiairement, le déplacement du pylône 117 à l'emplacement prévu dans la première mise à l'enquête (rive gauche du Rhône). Le Tribunal administratif fédéral renonce à formuler des observations sur les recours. L'OFEN conclut au rejet des recours dans la mesure de leur recevabilité; il renvoie au contenu de la décision d'approbation du 30 juin 2010 et à ses prises de position devant le Tribunal administratif fédéral. Alpiq conclut au rejet des recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. L'OFEV ne constate pas de violation de la législation fédérale en matière de protection de l'environnement et de protection de la nature et du paysage. Les parties ont pu déposer des écritures complémentaires. Par courrier du 22 février 2013, Alpiq a indiqué que, lors de sa reprise par Swissgrid au 1er janvier 2013, la raison sociale Alpiq Réseau SA Lausanne a été adaptée et le siège de la société a été transféré. Swissgrid est devenue la propriétaire économique d'Alpiq (Réseau SA), mais n'est pas partie à la présente procédure. E. Par trois ordonnances du 14 décembre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a admis les requêtes d'effet suspensif contenues dans les recours. 