Sachverhalt: A. Die 1985 geborene M._ bezieht seit August 2004 eine ganze Rente der Invalidenversicherung. Ab 4. Februar 2005 sass sie wegen des Verdachts auf vorsätzliche Tötung und Brandstiftung in Untersuchungshaft. Ab 1. April 2005 trat sie den vorzeitigen Strafvollzug an. Schliesslich wurde sie mit Urteil des Bezirksgerichts vom 12. Juli 2006 schuldig gesprochen und zu einer Freiheitsstrafe von sieben Jahren verurteilt. Nachdem die IV-Stelle des Kantons St. Gallen mit Schreiben vom 11. Oktober 2006 über die rechtskräftige Verurteilung informiert worden war, sistierte sie den Rentenbezug rückwirkend ab 1. März 2005 (Verfügung vom 29. November 2006) und forderte bereits bezahlte Beträge in der Höhe von insgesamt Fr. 30'093.- zurück (Verfügung vom 30. November 2006). B. Die gegen beide Verfügungen erhobene Beschwerde, mit welcher M._ die Leistungssistierung und Rückforderung in der Zeit vom 1. März 2005 bis zu ihrer Verurteilung am 12. Juli 2006 angefochten hatte, hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 1. Oktober 2007 teilweise gut, hob die angefochtenen Verfügungen auf und wies die Angelegenheit zu weiterer Abklärung und neuer Entscheidung an die IV-Stelle zurück. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des Entscheides des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 1. Oktober 2007. M._, vertreten durch ihren Beistand, verzichtet auf eine Stellungnahme. Die IV-Stelle ersucht um deren Gutheissung während das kantonale Gericht auf Abweisung schliesst. 