Sachverhalt: A. Die Baukommission Uetikon a/S bewilligte der Y._ AG am 31. März 2008 die Aufstockung von zwei Mehrfamilienhäusern, die Umnutzung des Erdgeschosses in Wohnraum, den Abbruch der bestehenden Schreinerwerkstatt und die Erweiterung der Parkplatzanlage. Dagegen erhob X._ Rekurs an die Baurekurskommission II und beantragte die Aufhebung der Baubewilligung. Die Rekurskommission wies den Rekurs am 23. September 2008 ab. X._ beschwerte sich in der Folge beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 11. Februar 2009 hiess dieses die Beschwerde teilweise gut, hob den Rekursentscheid und die Baubewilligung hinsichtlich der Aufstockung der beiden Mehrfamilienhäuser auf und verweigerte hierfür die Baubewilligung. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. B. X._ hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei insoweit aufzuheben, als damit die Beschwerde gegen die Erstellung der oberirdischen Parkierungsanlage abgewiesen und die dafür erteilte Baubewilligung bestätigt wird. Die Sache sei zur Ergänzung und Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Y._ AG und die Baukommission haben auf Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) liess sich ohne Antragstellung vernehmen. Der Beschwerdeführer nahm zur Vernehmlassung des BAFU Stellung. 