Sachverhalt: A. Mit Schreiben vom 23. März 2010 teilte die Gerichtspräsidentin von Brugg dem Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau mit, sie habe an einer Gerichtsverhandlung davon Kenntnis bekommen, dass X._ "trotz unbestrittener Alkoholkrankheit und entsprechenden gesundheitlichen Problemen sowohl im Besitz eines Führerausweises als auch eines Fahrzeugs" sei. Gestützt auf dieses Schreiben entzog das Strassenverkehrsamt X._ am 30. April 2010 den Führerausweis vorsorglich und ordnete eine fachärztliche Begutachtung seiner Fahrtauglichkeit durch die Psychiatrischen Dienste Aargau Klinik Königsfelden (PDAG) an. Gestützt auf das Gutachten der PDAG vom 25. Mai 2011, welches bei X._ ein Abhängigkeitssyndrom in Bezug auf Alkohol mit gegenwärtiger Abstinenz im therapeutischen Rahmen (ICD-10 F10.20) diagnostizierte, den von X._ mit Eingabe vom 12. September 2011 erbrachten Nachweis einer einjährigen Alkoholabstinenz und einer regelmässigen Beratung bei der Aargauischen Stiftung Suchthilfe (ags), erteilte ihm das Strassenverkehrsamt den Führerausweis am 24. Oktober 2011 wieder, unter der Auflage einer ärztlich kontrollierten Alkoholabstinenz von 2 Jahren und einer regelmässigen Beratung bei der ags. Mit Beschwerde gegen die Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 24. Oktober 2011 beantragte X._, die ihm bei der Wiedererteilung des Führerausweises gemachten Auflagen aufzuheben. Das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) wies die Beschwerde am 4. April 2012 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde von X._ gegen die Verfügung des DVI am 17. Januar 2013 ab. Am 12. Februar 2013 hob das Strassenverkehrsamt die Auflage auf, sich regelmässig bei der ags beraten zu lassen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, die Auflage der Alkoholabstinenz unter ärztlicher Beratung und Kontrolle aufzuheben. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen. C. Am 25. März 2013 wies das präsidierende Mitglied der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. D. Das DVI beantragt unter Verweis auf seine Verfügung, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht und das Strassenverkehrsamt beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an der Beschwerde fest. 