Faits: A. A.a Le 25 avril 2003, B.Y._ a conclu avec T._ Leasing (ci-après: le donneur de leasing) un contrat de leasing portant sur un véhicule de marque ..., d'une valeur de 133'000 fr. Le loyer mensuel du leasing, d'une durée de soixante mois, dû par le preneur est de 2'072 fr. 20, intérêts, amortissement et TVA compris. Le véhicule a été mis en circulation le 25 avril 2003 au nom de B.Y._. La cour cantonale a toutefois constaté que son fils, A.Y._, était le détenteur du véhicule et que le leasing était économiquement supporté par ce dernier. A une date indéterminée, B.Y._ a signé un document de "cession de casco complète". Il a indiqué céder "tous ses droits découlant de l'assurance casco (...) à T._ (...)". Par courrier du 13 février 2004, W._ Assurances (qui est devenue ensuite X._ Assurances) a indiqué au donneur de leasing avoir pris bonne note que le preneur d'assurance, B.Y._, lui avait cédé ses droits découlant de l'assurance casco intégrale pour le véhicule objet du leasing. A.Y._ a conclu avec W._ Assurances (compagnie dont il était alors employé) un contrat d'assurance véhicules à moteur; la police est datée du 20 avril 2004. L'assurance est établie au nom de A.Y._ (ci-après: le preneur d'assurance) et son nom figure également sous la rubrique "conducteur habituel". La police, qui n'est pas signée par le preneur d'assurance, assure le véhicule, dont la première circulation date du 25 avril 2003. Sous la rubrique "Caractéristiques du véhicule", il est notamment indiqué "Cession en faveur: T._ (...)". Le preneur d'assurance a bénéficié de la condition spéciale 500 "rabais collaborateur". La cour cantonale a retenu que cette police d'assurance, qui déployait ses effets dès le 1er janvier 2004, était en vigueur au moment du sinistre. A.b Le samedi 21 août 2004, le preneur d'assurance et son père ont décidé de partir à la cueillette des champignons. Ils ont parqué leur véhicule sur un accotement herbeux et détrempé, surplombant une pente de l'ordre de 15%, sans qu'on sache s'il y avait d'autres possibilités de parking à cet endroit. Après avoir brièvement cherché des champignons, le preneur d'assurance et son père se sont arrêtés un moment dans un chalet d'alpage pour s'y désaltérer. De retour vers la voiture, ils ont constaté que celle-ci n'était plus là. Ils l'ont alors retrouvé une centaine de mètres en contrebas, sur le toit. Ayant été informé du sinistre, l'assureur a mandaté un expert qui a déposé son rapport le 19 juin 2007. D'après celui-ci, le véhicule s'est progressivement mis en mouvement en raison de la forte pente et du fait que le frein à main n'était pas correctement serré. Selon l'expert, la destruction du véhicule consécutive à son embardée est due à une configuration des lieux défavorables et à la négligence du conducteur, le frein à main n'ayant pas été correctement tiré et les roues directrices n'étant pas dirigées à l'opposé du vide. L'expert a déclaré qu'il était techniquement possible que la voiture se soit mise spontanément en mouvement plusieurs secondes après son immobilisation, laissant aux occupants le temps de quitter le véhicule et les lieux sans qu'ils ne se rendent immédiatement compte de la situation. Le 19 janvier 2005, l'assureur a versé un montant de 9'000 fr. au donneur de leasing, correspondant à la valeur de l'épave du véhicule. B. Par demande du 28 février 2005 déposée devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois, le preneur d'assurance a conclu au paiement par l'assureur de la somme de 115'404 fr., plus intérêts à 5% dès le 23 août 2004. Ce montant correspond, selon lui, à l'indemnité due en cas de destruction du véhicule assuré au cours de la deuxième année, selon le contrat d'assurance du 20 avril 2004. L'assureur a opposé principalement le défaut de légitimation active du demandeur et, subsidiairement, il a affirmé que les circonstances suspectes entourant la destruction du véhicule justifiaient le refus de toute indemnisation. Par jugement du 25 avril 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a condamné X._ Assurances à payer à A.Y._ le montant de 105'457 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2005. Admettant la légitimation active du preneur d'assurance, la Cour civile a indiqué que, même si certains éléments étaient susceptibles de faire naître quelques doutes quant au caractère négligent du comportement du preneur d'assurance et de son père (en particulier, le fait de parquer un véhicule très coûteux dans une mauvaise configuration, sur un accotement herbeux et détrempé, par temps de brouillard, sans se préoccuper d'un parfait serrage du frein à main), les doutes n'étaient pas suffisamment sérieux pour considérer que le sinistre était intentionnel et conclure que les conditions d'un droit à la prestation d'assurance n'étaient pas réalisées. 