Sachverhalt: A. A.a Die 1953 geborene Z._ ist seit April 1989 beim Verband X._ tätig und damit bei der Krankenkasse SKV (nunmehr: Visana Versicherungen AG; nachfolgend: Visana) obligatorisch unter anderem gegen Unfälle versichert. Am 12. Juli 1989 stürzte sie eine Treppe hinunter und zog sich multiple Prellungen an Arm, Schulter, Schädelbasis, Nacken, Rücken und auch an den unteren Extremitäten zu. Die Unfallversicherung erbrachte Taggeldleistungen und gewährte Heilbehandlung. Trotz persistierenden Beschwerden arbeitete Z._ ab dem 30. August 1989 wieder vollumfänglich; die Heilbehandlung wurde - unter anderem in Form eines stationären Aufenthaltes in der Klinik R._ in der Zeit vom 11. Mai bis am 20. Juli 1994 - weitergeführt. Im Auftrag der Unfallversicherung wurde Z._ an der Klinik B._ stationär polydisziplinär begutachtet. Gemäss Expertise vom 8. März 1996 wurden die Diagnosen eines Status nach milder traumatischer Hirnverletzung und gleichzeitiger Halswirbelsäulen (HWS)-Distorsion mit leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Funktionsstörungen und leichten zentralmotorischen Störungen, chronifizierten psychosomatischen (unfallbedingten) Beschwerden und leichten bis mässigen HWS-Schmerzen bei mässiggradiger traumatischer Bewegungseinschränkung gestellt. Die Arbeitsfähigkeit wurde in der bisherigen Tätigkeit auf 75 % und der Integritätsschaden auf 45 % geschätzt. Mit Verfügung vom 29. Oktober 1996 sprach die Visana der Versicherten eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 12,5 % und eine Integritätsentschädigung basierend auf einer Integritätseinbusse von 35 % zu. Auf Einsprache hin erhöhte die Unfallversicherung den Anspruch auf eine Invalidenrente auf 25 % und denjenigen auf Integritätsentschädigung auf 45 % (Einspracheentscheid vom 5. Mai 1999). A.b Anlässlich eines von Amtes wegen angehobenen Revisionsverfahrens wurde Z._ im Institut D._ untersucht. Gemäss Gutachten vom 24. Juni 2010 habe sich der Gesundheitszustand der Versicherten insofern verbessert, als nunmehr normale neuropsychologische Befunde erhoben werden könnten. Entsprechend hob die Visana den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 20. Juli 2010 per 31. August 2010 auf. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 10. Januar 2011). B. Z._ liess gegen den Einspracheentscheid Beschwerde einreichen und beantragen, die bisherige Invalidenrente von 25 % sei ihr weiterhin auszurichten. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 31. August 2012 gut. C. Die Visana führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und lässt beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 10. Januar 2011 zu bestätigen. Z._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen; das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. 