Sachverhalt: A. Die X._-Stiftung (nachfolgend: Stiftung) wurde im Jahr 1981 von A._ gegründet. Sie bezweckt im Wesentlichen die Erarbeitung, Verbreitung und Förderung von neuen Erkenntnissen und Produkten auf dem Gebiet der Agrar- und Pflanzengenetik. A._ arbeitete zudem seit dem 1. September 1979 als wissenschaftlicher Mitarbeiter und Lehrer bzw. ab dem 10. Januar 1984 als Professor am Landwirtschaftlichen Institut des Kantons Freiburg (LIG), einer selbständigen öffentlichen Anstalt, welche der Direktion der Institutionen und der Land- und Forstwirtschaft (ILFD) angeschlossen ist. Nachdem es bereits früher zu Kooperationsvereinbarungen zwischen der Stiftung und dem LIG gekommen war, unterzeichneten diese Parteien am 22. Juni 1999 einen verwaltungsrechtlichen Vertrag, welcher die Zusammenarbeit neu regeln sollte. Der Vertrag wurde für die Dauer von vier Jahren geschlossen und trat per 1. Januar 2000 in Kraft. Das LIG verpflichtete sich darin im Wesentlichen dazu, der Stiftung einen Betriebskostenbeitrag in Höhe von Fr. 110'000.-- pro Jahr zu leisten (Artikel 1). Weiter sicherte das LIG der Stiftung zu, ihr die Dienste einer Laborantin im Umfang von 25 % eines regulären Pensums zur Verfügung zu stellen (Artikel 2). Sodann sah die Vereinbarung vor, A._ einen Lehrauftrag am LIG für die Fächer Chemie, Biologie und Biotechnologie zu erteilen (Artikel 3). Im Gegenzug verpflichtete sich die Stiftung dazu, das LIG an ihrem jährlichen Reingewinn zu beteiligen (Artikel 6). Zudem wurden in Art. 5 der Vereinbarung Informationspflichten der Stiftung gegenüber dem LIG statuiert. Diese Bestimmung lautet wie folgt: "Art. 5. En compensation des prestations fournies par l'IAG, X._ s'engage à renseigner loyalement l'IAG sur ses activités et à prendre en compte, autant que possible, les intérêts de l'Etat de Fribourg, en particulier de l'IAG, des agriculteurs et des entreprises fribourgeoises. A cet effet, X._: informe chaque année l'IAG, au plus tard à la fin du mois de février, sur son programme annuel d'activités; soumet à la Direction de l'intérieur et de l'agriculture et à la direction de l'IAG son rapport d'activité et ses comptes annuels; informe en priorité l'IAG de toute publication ou mise en ?uvre de projets; met à disposition du laboratoire de chimie-biologie et de biotechnologie de l'IAG ses équipements et ses installations et permet à l'IAG d'utiliser ses installations et ses projets pour des démonstrations." Am 28. November 2001 kündigte der für das LIG zuständige Departementsvorsteher einen Teil der Vereinbarung vorzeitig per 31. Dezember 2001. Der Departementsvorsteher begründete sein Vorgehen damit, dass die Stiftung ihren Informationspflichten gemäss Art. 5 der Vereinbarung nicht hinreichend nachgekommen sei. Die Kündigung bezog sich auf den jährlichen Betriebskostenbeitrag des LIG an die Stiftung gemäss Art. 1. Der Lehrauftrag für A._ und die Dienste der Laborantin (Art. 2 und Art. 3) wurden dagegen von der Teilkündigung nicht erfasst. B. Die Stiftung erachtete die (teilweise) Kündigung des Vertrages als unzulässig und erhob am 28. November 2002 beim Kantonsgericht Freiburg (damals: Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg) Klage gegen das LIG. Darin forderte sie die Bezahlung eines Betrages von insgesamt Fr. 324'093.30. Nachdem das Verfahren wegen eines von A._ parallel eingeleiteten zweiten Verfahrens gegen den Kanton Freiburg (vgl. Urteil 2A.584/2002 vom 25. Januar 2006) zwischenzeitlich sistiert worden war, wies das Kantonsgericht in seinem Urteil vom 17. Juni 2008 die Klage der Stiftung gegen das LIG vollumfänglich ab. C. Mit Eingabe vom 26. August 2008 führt die Stiftung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, es sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und das LIG zu verurteilen, der Stiftung den Betrag von Fr. 220'000.--, zuzüglich Verzugszinsen ab mittlerem Verfall, d.h. ab dem 31. Dezember 2002, sowie den weiteren Betrag von Fr. 4'453.30 zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das LIG beantragt, es sei die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde. Das Kantonsgericht Freiburg beantragt die Abweisung der Beschwerde. Am 15. Januar 2009 reichte die Stiftung unaufgefordert eine Replik ein. 