Faits: A. B._, né en 1940, est assuré auprès de la caisse-maladie Universa (ci-après: Universa) pour l'assurance obligatoire des soins, une assurance combinée d'hospitalisation et une assurance de soins complémentaires. Présentant un état d'obésité morbide (indice de masse corporelle [IMC] de 41,5), il a consulté le docteur R._, chirurgien, qui a préconisé la pose d'un anneau gastrique. Le 2 juillet 2007, le docteur R._ a informé le médecin-conseil de Universa, que son patient, dont l'obésité s'était compliquée d'un diabète de type II et d'une hypertension artérielle associée à des lombalgies, des gonalgies et une dyspnée d'effort marquée, envisageait de se soumettre à la mesure de chirurgie bariatrique. Selon le docteur R._, dont l'avis était partagé par son confrère C._, la pose d'un anneau constituait le meilleur geste thérapeutique et aurait des effets bénéfiques sur les autres atteintes à la santé, alors que le risque de complications était limité. En réponse, la caisse-maladie a informé son assuré qu'elle refusait de prendre en charge l'intervention envisagée, dès lors qu'il dépassait l'âge de 60 ans prévu pour bénéficier d'une prise en charge par l'assurance-maladie obligatoire. Du 19 au 23 septembre 2007, B._ a séjourné à la Clinique X._, où il a subi l'opération prévue; les frais du traitement se sont élevés à 24'955 fr. au total. Par décision du 12 mars 2008, Universa en a refusé la prise en charge au titre de l'assurance obligatoire des soins. Par courrier séparé du même jour, elle a informé l'intéressé qu'elle refusait également le remboursement des frais par le biais de l'assurance combinée d'hospitalisation. L'assuré ayant contesté le prononcé du 12 mars 2008, la caisse-maladie a confirmé sa position par décision sur opposition du 21 mai suivant. B. Le 23 juin 2008, B._ a simultanément formé recours contre la décision sur opposition devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et déposé une demande en paiement; il a conclu à la prise en charge par sa caisse-maladie du traitement chirurgical en cause, par le biais de l'assurance obligatoire des soins, et à ce que Universa soit condamnée à lui rembourser un montant total de 24'955 fr. plus intérêts au titre de l'assurance privée d'hospitalisation. Statuant le 18 décembre 2008, le Tribunal cantonal genevois des assurances a admis le recours et la demande. Annulant la décision sur opposition du 21 mai 2008, il a statué que l'assuré avait "droit au remboursement des frais litigieux sur la base de l'assurance obligatoire des soins comme sur celles de l'assurance complémentaire" (ch. 2 et 3 du dispositif). C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Universa conclut à l'annulation du jugement cantonal et à la confirmation de la décision sur opposition du 21 mai 2008. B._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) en propose l'admission. 