O Fundo Amazonia e gerido pelo Banco Nacional de Desenvolvimento Economico e Social - BNDES, que tambem se incumbe da captacao de recursos, da contratacao e do monitoramento dos projetos e acoes apoiados.
O Fundo Amazonia conta com o Comite Orientador - COFA, com a atribuicao de determinar suas diretrizes e acompanhar os resultados obtidos; e o Comite Tecnico - CTFA, nomeado pelo Ministerio do Meio Ambiente, cujo papel e atestar as emissoes oriundas de desmatamentos na Amazonia.
O Decreto no 9.759, de 11 de abril de 2019, promoveu a extincao de diversos colegiados da administracao publica federal, inclusive o COFA e o CTFA. Ate a presente data nao foi definida a nova governanca do Fundo Amazonia.
A partir da instituicao da Comissao Nacional para REDD+ (CONAREDD+), responsavel pela implementacao da Estrategia Nacional para Reducao das Emissoes de Gases de Efeito Estufa Provenientes do Desmatamento e da Degradacao Florestal, Conservacao dos Estoques de Carbono Florestal, Manejo Sustentavel de Florestas e Aumento de Estoques de Carbono Florestal (ENREDD+), uma nova instancia de governanca do tema foi criada. Dentro dela, o Fundo Amazonia ja foi designado elegivel para acesso a pagamentos por resultados da Reducao de Emissoes provenientes do Desmatamento e da Degradacao Florestal (REDD+) alcancados pelo pais e reconhecidos pela Convencao-Quadro das Nacoes Unidas sobre Mudanca do Clima.
As regras e criterios para a captacao e o uso de recursos de pagamentos por resultados REDD+ sao definidos pela CONAREDD+, responsavel por coordenar, acompanhar e monitorar a implementacao da ENREDD+.