Em 16 de junho de 1984 reuniram-se varias pessoas com o Dr. Joao Bosco, executor do Projeto de Colonizacao Bom Principio, para tratarem da criacao de um patrimonio as margens da BR-429, que liga Costa Marques a BR-364, O INCRA doou uma area de 350 hectares, a altura do km 125, para formacao do novo patrimonio. O nome de Sao Miguel surgiu do rio Sao Miguel, que fica proximo do local, e segundo informacoes dos habitantes o lugar chegou a ser chamado de Sao Miguel do Oeste.
A populacao lutava pela emancipacao, quando no dia 6 de outubro de 1987, a noite, houve uma reuniao das liderancas do lugarejo, com a participacao do delegado do IBGE em Rondonia, Gerino Alves, e do chefe de gabinete do deputado Reditario Cassol, para definicao dos limites do futuro municipio e escolha do nome. O delegado do IBGE explicou que Sao Miguel do Oeste nao poderia ser usado, porque ja existia outro municipio com esse nome e a lei nao permitiria a criacao de nova unidade politico-administrativa com a mesma denominacao. Sugeriu que se usasse a expressao do Guapore, porque o rio Sao Miguel era um dos mais importantes afluentes do rio Guapore. A sugestao foi aceita e o processo de emancipacao tramitou na Assembleia Legislativa do Estado de Rondonia com o nome de Sao Miguel do Guapore.
O municipio foi criado com o nome de Sao Miguel do Guapore no dia 6 de julho de 1988, atraves da Lei no 206, assinada pelo governador Jeronimo Garcia de Santana, com area desmembrada do Municipio de Costa Marques, foi revogada a Lei no 200, de 7 de junho de 1978.
Desmembrado do Municipio de Costa Marques, Sao Miguel tem um distrito denominado Santana do Guapore, a 26 Km da sua sede. O municipio encontra-se localizado na parte centro-oeste do Estado de Rondonia, limitando-se com os municipios de Alvorada D'Oeste, Mirante da Serra, Governador Jorge Teixeira, Costa Marques, Alta Floresta, Nova Brasilandia D'Oeste, Guajara Mirim e Seringueiras, distando-se aproximadamente 540 quilometros da Capital do Estado. (informacao Prefeitura Municipal de Sao Miguel do Guapore/RO - Secretaria Municipal Planejamento).