Em relacao aos produtos da pesca e da aquicultura enfrentam-se alguns desafios bem especificos. Talvez nem sempre seja apropriado transferir simplesmente medidas de controlo destinadas aos animais das exploracoes agricolas e aplica-las aos produtos da pesca e da aquicultura. Por exemplo, alguns dos problemas e desafios que tem a ver com doencas que infectam os peixes, niveis de dioxinas, etc., sao muito especificos e requerem pareceres cientificos devidamente fundamentados e regularmente actualizados, com base nos quais se possa proceder a controlos dos niveis de toxinas. Os moluscos bivalves, pelas suas caracteristicas, apresentam problemas especificos, e talvez nao deva ser adoptado nos testes das vieiras, por exemplo, o mesmo procedimento que se utiliza para analisar os mexilhoes ou outras especies. Nos sistemas de controlo deve ter-se em conta o tipo especifico do molusco bivalve.