स्वप्रतिरक्षा
किसी जीव द्वारा अपने ही भागों को अपने होने की पहचान करने में विफल होने को स्वरोगक्षमता या स्वप्रतिरक्षा (autoimmunity) कहते हैं, जिसके फलस्वरूप उसकी अपनी कोशिकाओं और ऊतकों के प्रति एक प्रतिरक्षी प्रतिक्रिया होती है। ऐसी पदभ्रमित प्रतिरक्षी प्रतिक्रिया के काऱण होने वाले किसी भी रोग को स्वप्रतिरक्षी रोग कहते हैं। स्वप्रतिरक्षा अकसर लक्ष्यित पिंड में जीवनपदार्थ के विकास को अभाव के कारण होती है और इस तरह प्रतिरक्षी प्रतिक्रिया उसकी अपनी कोशिकाओं और ऊतकों के विरूद्ध कार्य करती है (फ्लावर्स 2009). इसके उल्लेखनीय उदाहरणों में शामिल हैं, सीलियाक रोग, मधुमेह प्रकार 1 (आईडीडीएम (IDDM)), प्रणालिक लूपस एरिथीमेटोसस (एसएलई (SLE)), जोग्रेन का रोगसमूह, चुर्ग-स्ट्रॉस रोगसमूह, हशिमोटो का अवटुशोथ, ग्रेव्ज़ रोग, ईडियोपैथिक थ्राम्बोसाइटोपीनिक परपुरा और गठियारूप संधिशोथ (आरए (RA)). देखें, स्वतःप्रतिरक्षक रोगों की सूची. यह गलतफहमी नई नहीं है कि व्यक्ति का प्रतिरक्षक तंत्र अपनी स्वयं की प्रतिजनों को पहचानने में संपूर्ण रूप से अक्षम होता है। बीसवीं सदी के प्रारंभ में पॉल एह्रलिच ने हॉरर आटोटॉक्सिकस का सिद्धांत प्रस्तुत किया, जिसके अनुसार ‘सामान्य’ शरीर अपने स्वयं के ऊतकों के विरूद्ध प्रतिरक्षी प्रतिक्रिया शुरू नहीं करता है। इस तरह किसी भी स्वप्रतिरक्षी प्रतिक्रिया को असामान्य माना जाता था और मानव रोग से संबंधित समझा जाता था। अब यह स्वीकार कर लिया गया है कि स्वप्रतिरक्षी प्रतिक्रियाएं पृष्ठवंशी प्रतिरक्षक प्रणालियों (जिन्हें कभी-कभी ‘प्राकृतिक स्वप्रतिरक्षा’ कहते हैं) का एक अटूट हिस्सा होती हैं, जिन्हें सामान्यतः रोग उत्पन्न करने से स्वतः-प्रतिजनों के प्रति प्रतिरक्षात्मक सहिष्णुता की क्रिया द्वारा रोका जाता है। स्वप्रतिरक्षा को कभी भिन्न-प्रतिरक्षकता नहीं समझना चाहिये.