Izoshizomer
Izoshizomeri su parovi restrikcijskih enzima koji su specifični za istu sekvencu prepoznavanja. Naprimjer, SphI (CGTAC/G) i BbuI (CGTAC/G) su jedan drugom izoshizomeri. Prvootkriveni enzima koji prepoznaje datu sekvencu je poznat kao prototip; svi kasnije utvrđeni enzimi koji prepoznaju tu sekvencu su izoshizomeri. Izoshizomeri su izolirani iz različitih sojeva bakterija i zato im mogu odgovarati različiti uvjeti reakcije. Enzim koji prepoznaje istu sekvencu, ali je siječe drugačije označava se kao neoshizomer. Neoshizomeri su posebna vrsta (podskup) izoshizomera. Primjerice, SmaI (CCC/GGG) i XmaI (C /CCGGG) su međusobni neoshizomeri. Enzim koji prepoznaje malo drugačiji slijed, ali proizvodi isti kraj je izokaudomer. U nekim slučajevima, samo jedan iz para izoshizomera može prepoznati, kako metil, tako i nemetilirani oblik mjesta restrikcije. Nasuprot tome, drugi restrikcijski enzim može prepoznati samo nemetilirani oblik restrikcijskog mjesta. Ova osobenost nekih izoshizomera omogućava identifikaciju stanja metilacije restrikcijskog mjesta do ga izolira iz bakterijskog soja. Npr., restrikcijski enzimi HpaII i MspI su izoshizomeri, jer oba prepoznaju sekvencu 5'-CCGG-3 'kada je nemetilirana. Ali kada je metiliziran drugi ugljik u nizu, samo ga može prepoznati MspI, dok HpaII ne može.