Ljudski mikrobiom
Ljudski mikrobiom je skup svih mikrobiota koji se nalaze na ili unutar ljudskih tkiva i biofluida, zajedno s odgovarajućim anatomskim mjestima u kojima se nalaze, uključujući kožu, mliječne žlijezde, sjemenu tekućinu, maternicu, jajničke folikule, pluća, pljuvačku, oralnu sluznicu, konjuktivu, bilijarni trakt i ljudski gastrointestinalni trakt. Tipovi ljudske mikrobiote uključuju bakterije, archaea, gljive, protiste i viruse. Iako mikroživotinje mogu živjeti i na ljudskom tijelu, one su obično isključene iz ove definicije. U kontekstu genomike, termin ljudski mikrobiom se ponekad koristi za označavanje kolektiva genoma rezidentnih mikroorganizama; međutim, termin ljudski metagenom ima isto značenje. Ljudi su kolonizirani mnogim mikroorganizmima, sa približno istim redom veličine neljudskih ćelija kao i ljudske ćelije. Neki mikroorganizmi koji koloniziraju ljude su komensali, što znači da koegzistiraju bez štete po ljude; drugi imaju mutualistički odnos sa svojim ljudskim domaćinima Suprotno tome, neki nepatogeni mikroorganizmi mogu oštetiti ljudske domaćine putem metabolita koje proizvode, poput trimetilamina, koji ljudsko tijelo pretvara u trimetilamin N-oksid, putem FMO3-posredovane oksidacije. Određeni mikroorganizmi obavljaju zadatke za koje se zna da su korisni ljudskom domaćinu, ali uloga većine njih nije dobro shvaćena. Oni za koje se očekuje da budu prisutni i koji u normalnim okolnostima ne uzrokuju bolest, ponekad se smatraju "normalnom florom" ili "normalnom mikrobiotom". Projekt ljudsog mikrobioma (HMP) je preuzeo projekt sekvenciranja genoma ljudske mikrobiote, fokusirajući se posebno na mikrobiotu koja normalno nastanjuje kožu, usta, nos, probavni trakt i vaginu. Dostigla je prekretnicu 2012. godine kada je objavila svoje početne rezultate.