Jedarni protein
Jedarni protein je protein koji se nalazi u ćelijskom jedru. Proteini se transportuju unutar jedra uz pomoć kompleksa jedarnih pora, koji djeluje kao barijera između citoplazme i jedarne membrane. Unos i eksport proteina kroz kompleks jedarnih pora ima fundamentalnu ulogu u regulaciji gena i drugim biološkim funkcijama U eukariotima, jedarna membrana predstavlja fizičku barijeru za pasivnu difuziju makromolekula iz i u citoplazmu. nukleoplazmatski promet odvija se kroz visoko specijalizirane strukture poznate kao jedarne pore i uključuje učešće posebne klase transportnih proteina. Aktivni transport kroz jedarne pore je energetski ovisan proces koji se oslanja na aktivnost Ran-GTPaza u jedarnom i citoplazmatskom odjeljku. Jedarni unos proteina je bitan korak u regulaciji ekspresije gena i ciklusa replikacije nekoliko virusa. U tom smislu, značajni su ključni mehanizmi, putevi i modeli koji su u osnovi transporta proteina kroz jedarne pore. Jedarni proteini se prenose u i iz jedara kroz kompleks jedarnih pora pomoću nukleoplazmatskih transportnih receptora, odnosno iz porodice importina (karioferin)-β. Ljudski genom kodira 20 proteina iz porodice importin-β, od kojih su 10 jedarni uvozni receptori (importin-β, transportin-1,-2, -SR, importin-4, -5 (RanBP5), -7, -8, - 9, i -11), 7 su eksportni receptori (eksportin-1 (CRM1), -2(CAS/CSE1L), -5, -6, -7, -t i RanBP17), 2 su dvosmjerni receptori (imporin- 13 i exportin-4), a funkcija RanBP6 je neodređena. Smatra se da ti nukleoplazmatski transportni receptori prepoznaju specifične signale ciljanja na tim teretnim proteinima. Ipak, signali ciljanja su do sada identificirani za samo nekoliko nukleoplazmatskih transportnih receptora. Klasični signal jedarne lokalizacije (cNLS) za importin-α adapter, koji povezuje teret i importin β, PY-NLS za transportin-1 i -2, NES za eksportin-1/CRM1 i domen bogat SR koji se vezuje za transportin -SR. Među tim signalima jedarnog ciljanja, cNLS i NES su dobro okarakterizirani. Dakle, nedavni algoritmi za predviđanje za NLS i NES uglavnom ciljaju na dva tipa signala. cNLS uključuju dvija tipča signala, monopartitni i bipartitni NLS: monopartitni NLS znači jedan klaster baznih aminokiselinskih ostataka (npr. KR[K/R]R i K[K/R]RK) i bipartitni NLS znači dva klastera baznih aminokiselina razdvojenih linkerom od 10-12 aminokiselina (npr. KRX10-12K[K/R][K/R]). Prema nedavnoj proceni zasnovanoj na eksperimentalno identifikovanim ljudskim NLS (77% njih je klasifikovano kao poznati cNLS) (Lisitsyna et al., 2017), najviši Matthewsov koeficijent korelacije (~0,3) dobijen je od NucPred, seqNLS i NLStradamus . Međutim, ti metodi predviđanja su ispravno identificirale samo ~45% ljudskih NLS podataka, što ukazuje na neophodnost daljeg poboljšanja NLS predviđanja.