Sekvenca prepoznavanja
Sekvenca prepoznavanja, ponekad se naziva i mjesto prepoznavanje – bilo kojeg DNK-vezujućeg proteinskog motiva sa specifičnošću vezivanja – je sekvencu DNK (ili njen podskup), za koji je domena je specifična. Sekvence prepoznavanja palindroma su palindromske sekvence. Faktor transkripcije SP1 naprimjer, veže sekvencu 5 '-(G/T)GGGCGG(G/A(G/A)C/T)-3', gdje (G/T) ukazuje na to da će se domena vezati na guanin ili timin na toj poziciji. Restrikcijski enzim PstI prepoznaje, veže i cijepa sekvencu 5'-CTGCAG-3 '. Međutim, sekvenca prepoznavanja odnosi se na različite aspekte nego mjesto prepoznavanja. Sekvenca prepoznavanja se može javiti jednom ili više puta ili ne svaka na određenom fragmentu DNK. Mjesto preaoznavanja je tek njegova određena pozicija. Naprimjer, postoje dva mjesta prepoznavanja PstI u sljedećem fragmentu DNK, počevši na bazi 9, odnosno 31 . Sekvenca prepoznavanje je specifičan slijed, obično vrlo kratak (manje od 10 baza). U zavisnosti od stepena specifičnost proteina, DNA-vezujući protein se može vezati na više od jedne specifične sekvence. Za PstI, koji ima jednu specifičnu sekvencu, to je 5'-CTGCAG-3 '. Uvijek je ista, bez obzira da li na prvom mjestu premoznavanje ili drugom u slijedećem primjeru sekvence. SP1, koji ima više (16) specifičnih sekvenci, kao što je gore prikazano, dva mjesta prepoznavanje u slijedećem primjeru su sekvence fragmenata 18 i 32, ia njihove sekvence prepoznavanja su 5'-GGGGCGGAGC-3 ' i 5'-TGGGCGGAAC-3.