Mikrohomologno posredovano spajanje kraja
Mikrohomologno posredovano spajanje kraja (MMEJ), također poznato kao alternativno nehomologno spajanje krajeva (Alt-NHEJ) je jedan od puteva za popravku dvolančanih prekida u DNK. Kako su recenzirali McVey i Lee, najvažnija prepoznatljiva osobina MMEJ-a je upotreba mikrohomolognih sekvenci tokom poravnanja slomljenih krajeva prije spajanja, što dovodi do delecije koja okružuju originalni prekid. MMEJ se često povezuje s hromosomskim abnormalnostima kao što su delecije, translokacije, inverzije i druga složena preuređivanja. Postoji više puteva za popravak prekida dvostrukih lanaca, uglavnom nehomologmim spajanjem krajeva (NHEJ), homologna rekombinacija (HR) i MMEJ. NHEJ direktno spaja oba kraja prekida dvostrukog lanca i relativno je precizan, iako se ponekad javljaju male (obično manje od nekoliko nukleotida) insercije ili delecije. HR je vrlo precizan i koristi sestrinske hromatide kao šablon za precizan popravak DSB-a. MMEJ se razlikuje od ovih drugih mehanizama popravka po upotrebi mikrohomolognih sekvenci za poravnavanje prekinutih niti. Ovo rezultira čestim delecijama i povremenim insercijama koja su mnogo veća od onih koje proizvodi NHEJ. MMEJ je potpuno nezavisan od klasičnog NHEJ i ne oslanja se na NHEJ osnovne faktore kao što su protein Ku, DNK-PK ili ligaza IV. U MMEJ, popravak DSB-a je iniciran krajnjom resekcijom pomoću MRE nukleaze, ostavljajući jednolančane prevjese. Ovi jednolančani prevjesi se aneliraju na mikrohomologijama, koje su kratke regije komplementarnosti, često 5-25 parova baza, između dva lanca. Specijalizirani oblik MMEJ-a, nazvan polimerazom teta-posredovano spajanje kraja (TMEJ), može popraviti prekide koristeći homologije ≥1 bp. Domen helikaze teta DNK polimeraze posjeduje ATP-zavisnu jednolančanu aktivnost aneliranja i može promovirati aneliranje mikrohomologija. Nakon aneliranja, sve previsoke baze (preklopi) uklanjaju se nukleazama, kao što je Fen1, a praznine se popunjavaju DNK polimerazom teta. Ova sposobnost popunjavanja praznina teta polimeraze pomaže u stabilizaciji aneliranja krajeva uz minimalnu komplementarnost. Osim mikrohomolognih otisaka, mutacijski potpis polimeraze teta se također sastoji od (rijetkih) šablonskih umetaka, za koje se smatra da su rezultat prekinute ekstenzije ovisne o šablonu, nakon čega slijedi ponovno aneliranje na sekundarnim homolognim sekvencama.