SHFM3P1
Gen za malformaciju podijeljena šaka/stopalo (ektrodaktilija) tip 3 pseudogena 1, znan i kao SHFM3P1, je ljudski gen sa hromosoma 22. U vezi stim, u jednoj studiji iz 1998., mađen a je veza izeđu ovog lokusa i činjenice da Proteolitski put ovisan o ubikvitinu cilja mnoge ključne regulatorne proteine za brzu unutarćelijsku degradaciju. Specifičnost ubikvitinacije proteina proizlazi iz E3 ubikvitin-proteinskih ligaza, koje prepoznaju supstratne proteine. Nedavno je analiza E3 koji reguliraju diobu stanica otkrila zajedničke teme u strukturi i funkciji. Jedna posebno raznovrsna klasa E3, koja se naziva kompleksi proteina Skp1p-Cdc53p-F-kutija proteina (SCF), koristi supstrat-specifične adapterske podjedinice koje se nazivaju proteini F-kutije za regrutovanje različitih supstrata u jezgro ubikvitinacijskog kompleksa. Projekti sekvenciranja genoma otkrili su široku lepezu proteina F-kutije, a rani rezultati genetičke analize u nekoliko organizama obećavaju da će proteini F-kutije sudjelovati u regulaciji mnogih procesa, uključujući ćelijsku diobu, transkripciju, transdukciju signala i razvoj. Ubikvitinski sistem unutarćelijske degradacije proteina kontroliše obilje mnogih kritičnih regulatornih proteina. Specifičnost ubikvitinskog sistema je uglavnom određena na nivou prepoznavanja supstrata, korak koji je posredovan E3 ubikvitinskim ligazama. Analiza mehanizama proteolize usmjerene fosforilacijom u regulaciji ćelijskog ciklusa otkrila je novu klasu E3 ubikvitinsskih ligaza zvanih SCF kompleksi, koji se sastoje od podjedinica Skp1, Rbx1, Cdc53 i bilo kojeg od velikog broja različitih F-kutijskih proteina. Specifičnost supstrata SCF kompleksa određena je zamjenjivom proteinskom podjedinicom F-kutije, koja regrutuje specifičan skup supstrata za ubikvitinaciju u jezgro kompleksa sastavljenog od Skp1, Rbx1, Cdc53 i E2 enzima Cdc34. Proteini F-kutije imaju bipartitnu strukturu - zajednički motiv F-kutije povezuje proteine F-kutije sa Skp1 i jezgrom kompleksa, dok divergentni motivi interakcije protein-protein selektivno vezuju svoje srodne supstrate. Do danas su svi poznati SCF supstrati prepoznati na način koji je striktno ovisan o osforilaciji, čime se povezuju unutarćeliske signalne mreže sa ubikvitinskim sistemom. Mnoštvo različitih proteina F-kutije u bazama podataka sugerira da će mnogim putevima upravljati SCF-ovisna proteoliza. Zaista, genetička analiza otkrila je uloge proteina F-kutije u različitim signalnim putevima, u rasponu od senzora nutrijenata u kvascima do očuvanih razvojnih puteva kod biljkama i životinja. Štaviše, strukturna analiza je otkrila veze predaka između SCF kompleksa i dvije druge E3 ubikvitin ligaze, sugerirajući da je kombinatorna upotreba adapterskih proteina specifičnih za supstrat evoluirala kako bi omogućila regulaciju mnogih ćelijskih procesa.