Imunoflurescencija
Imunofluorescencija je tehnika koja se koristi za svjetlosnu mikroskopiju sa fluorescentnim mikroskopom i koristi se prvenstveno na mikrobiološkim uzorcima. Ova tehnika koristi specifičnost antitijela za njihov antigen za ciljanje fluorescentne boje na određene biomolekulske mete unutar ćelije, pa stoga omogućava vizualizaciju distribucija ciljne molekule uzorka. Specifična regija koju antitijelo prepoznaje na antigenu naziva se epitop. There have been efforts in epitope mapping since many antibodies can bind the same epitope and levels of binding between antibodies that recognize the same epitope can vary. Osim toga, vezivanje fluorofora za samo antitijelo ne može ometati imunološke specifičnosti antitijela ili sposobnost vezivanja njegovog antigena. Imunofluorescencija je široko korišteni primjer imunobojenja (pomoću antitijela za bojenje proteina) i specifičan je primjer imunohistoehmije (upotreba odnosa antitijela i antigena u tkivima). Ova tehnika prvenstveno koristi fluorofore za vizualizaciju lokacije antitijela. Imunofluorescencija se može koristiti na presjecima tkiva, kultiviranim ćelijskim linijama ili pojedinačnim ćelijama, a može se koristiti i za analizu distribucije protein, glikana, te malih bioloških i nebioloških molekula. Ova tehnika se čak može koristiti i za vizualizaciju struktura poput niti srednje veličine. Ako topologija ćelijske membrane tek treba biti utvrđena, može se upotrijebiti insercija epitopa u proteine, zajedno s imunofluorescencijom za određivanje struktura. Imunofluorescencija se također može koristiti kao "polukvantitativni" metod za stjecanje uvida u razine i lokalizacijske obrasce metilacije DNK, budući da je to metod kojo oduzima više vremena od pravih kvantitativnih metoda, a postoji i određena subjektivnost u analizi nivoa metilacija. Imunofluorescencija se može koristiti u kombinaciji s drugim metodima fluorescentnog bojenja koje nisu na bazi antitijela, naprimjer, upotrebom DAPI za označavanje DNK. Za analizu imunofluorescentnih uzoraka može se koristiti nekoliko dizajna mikroskopa; najjednostavniji je epifluorescentni mikroskop, a konfokusmi mikroskop se također široko koristi. Mogu se koristiti i različiti superrezolucijski dizajni mikroskopa koji su sposobni za mnogo veću rezoluciju.