Sinonimna supstitucija
Sinonimna supstitucija (često zvana tiha supstitucija iako nisu uvek tihe) je evolucijska zamjene jednog para baza drugim u egzonu gena koji kodira protein, tako da proizvedena aminokiselinska sekvenca nije modificirana. To je moguće jer je genetički kod "degeneriran", što znači da neke aminokiseline kodira više od jednog tripletnog kodona; budući da se neki kodoni za određenu aminokiselinu razlikuju za samo jedan bazni par od ostalih koji kodiraju istu aminokiselinu, mutacija koja "normalnu" bazu zamjenjuje nekom od alternativa rezultirat će ugradnjom iste aminokiseline u rastućem polipeptidnom lancu kada se gen prevodi. Sinonimne supstitucije i mutacije koje utiču na nekodirajuću DNK često se smatraju tihim mutacijama; međutim, nije uvijek slučaj da je takva mutacija tiha. Sinonimna mutacija može uticati na transkripciju, preredu RNK, iRNK transport i translaciju, zbog čega bi sve to moglo izmijeniti rezultirajući fenotip, čineći sinonimnu mutaciju netihom. Specifičnost supstrata tRNK na rijetkom kodonu može uticati na trajanje translacije, pa će biti duže i translacijsko presavijanje proteina. To se odražava na pristranost upotrebe kodona, koja je primijećena u mnogim vrstama. Nesinonimna supstitucija rezultira promjenom aminokiseline koja se može proizvoljno dalje klasificirati kao konzervativna (promjena u aminokiselini sa sličnim fizičkohemijska svojstvima), polukonzervativnom (npr. negativno do pozitivno nabijena aminokiselina) ili radikal (uveliko različita aminokiselina).