KEGG
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) je zbirka baza podataka koja se bavi genomima, biološkim putevima, bolestima, lijekovima i hemijskim supstancama. KEGG se koristi za bioinformatička istraživanja i obrazovanje, uključujući i analizu podataka u genetici, metagenomici, metabolomici i drugih omika studijama, modeliranju i simulacijama u sistemskoj biologiji, i translacionim istraživanjima u razvoju lijekova. Projekat KEGG baze podataka pokrenuo je 1995. godine Minoru Kanehisa, profesor na Institutu za hemijska istraživanja Univerziteta Kjoto, u okviru tadašnjeg Japanskog programa za ljudski genom. Predviđajući potrebu za kompjuterizovanim resursom koji se može koristiti za biološku interpretaciju podataka o sekvenci genoma, započeo je razvoj baze podataka KEGG PATHWAY. To je zbirka ručno nacrtanih KEGG karata putanja koje predstavljaju eksperimentalno znanje o metabolizmu i raznim drugim funkcijama ćelije i organizma. Svaka mapa puta sadrži mrežu molekularnih interakcija i reakcija i dizajnirana je da poveže gene u genomu sa genskim proizvodima (uglavnom proteinima) na putu. Ovo je omogućilo analizu nazvanu KEGG mapiranje puteva, pri čemu se sadržaj gena u genomu upoređuje sa bazom podataka KEGG PATHWAY kako bi se ispitalo koji putevi i povezane funkcije će vjerovatno biti kodirani u genomu. Prema programerima, KEGG je "kompjuterska reprezentacija" biološkog sistema. On integriše građevne blokove i dijagrame ožičenja sistema – preciznije, genetske građevne blokove gena i proteina, hemijske građevne blokove malih molekula i reakcija, i dijagrame ožičenja molekularnih interakcija i reakcionih mreža. Ovaj koncept je realizovan u sledećim bazama podataka KEGG, koje su kategorisane u sistemske, genomske, hemijske i zdravstvene informacije.