Omikron (SARS-CoV-2)
Varijanta ima mnogo mutacija, od kojih su neke zabrinjavale naučnike. Omicron varijanta ima ukupno 60 mutacija u poređenju sa referentnom/predak varijantom: 50 nesinonimnih mutacija, 8 sinonimnih mutacija i 2 nekodirajuće mutacije. Trideset i dvije mutacije utječu na spajk protein, glavnu antigenu metu antitijela nastalih infekcijama i mnogih vakcina koje se široko primjenjuju. Mnoge od tih mutacija nisu uočene kod drugih sojeva. Ovu varijantu karakteriše 30 promjena aminokiselina, tri male delecije i jedna mala insercija u šiljcima proteina u poređenju sa originalnim virusom, od kojih je 15 locirano u domenu za vezanje receptora (ostaci 319-541). Također nosi niz promjena i brisanja u drugim genomskim regijama. Dodatno, varijanta ima tri mutacije na mjestu cijepanja furina. Mjesto cijepanja furina povećava infektivnost SARS-CoV-2. Veza sa HIV infekcijom može objasniti veliki broj mutacija u sekvenci Omikron varijante.  Zaista, da bi bio pogođen tako velikim brojem mutacija, virus je morao biti u stanju da evoluira dugo vremena bez da ubije svog domaćina, niti da bude eliminiran. Jedna takva situacija se dešava kod ljudi sa oslabljenim imunološkim sistemom, ali koji primaju dovoljno medicinske njege da prežive. To je slučaj sa HIV pacijentima u Južnoj Africi, koji predstavljaju više od 20% populacije. Zbog nedostatka pristupa klinikama, straha od stigmatizacije i poremećene zdravstvene zaštite, milioni koji žive sa HIV-om u regionu nisu na efikasnoj terapiji HIV-a. Prevencija HIV-a mogla bi biti ključna za smanjenje rizika od nekontroliranog HIV-a koji dovodi do pojave varijanti Covida. Osim toga, vjeruje se da je jedna od ovih mnogih mutacija, koja sadrži sekvencu od 9 nukleotida, možda stečena od drugog koronavirusa (poznatog kao HCoV-229E ), odgovornog za prehladu. Ovo nije sasvim neočekivano,  s vremena na vrijeme, virusi unutar tijela preuzimaju i zamjenjuju segmente genetskog materijala jedni od drugih, a to je jedan od uobičajenih načina mutacije. Jedna hipoteza koja objašnjava nove mutacije je da se SARS-CoV-2 prenosio s ljudi na miševe i da je mutirao u populaciji miševa negdje između sredine 2020. i kraja 2021. prije nego što je ponovo zarazio ljude.