Hromatinska imunoprecipitacija
Hromatinska imunoprecipitacija (ChIP) je tip imunoprecipitacijske eksperimentalne tehnike koja se koristi za istraživanje interakcije između proteina i DNK u ćeliji. Cilj mu je utvrditi da li su specifični proteini povezani sa specifičnim genomskim regijama, kao što su transkripcijski faktori na promotoru ili druga mjesta vezanja DNK, i eventualno definiranje cistrona. ChIP takođe ima za cilj da odredi specifičnu lokaciju u genomu sa kojom su povezane različite histonske modifikacije, što ukazuje na cilj modifikatora histona. ChIP je ključan za napredak u polju epigenomike i učenje više o epigenetičkim fenomenima. Ukratko, konvencijski metod je sljedeći: DNK i povezani proteini na hromatinu u živim ćelijama ili tkivima su umreženi (ovaj korak je izostavljen u Native ChIP). Kompleksi DNK-protein (hromatin-protein) se zatim režu u fragmenate DNK od ~500 bp sonifikacijom ili digestijom pomoću nukleaza. Unakrsno povezani fragmenti DNK povezani sa proteinom(ima) od interesa se selektivno imunoprecipitiraju iz ćelijskih ostataka koristeći odgovarajuće antitijelo specifično za protein. Povezani fragmenti DNK se pročišćavaju i određuje se njihova sekvenca. Obogaćivanje specifičnih DNK sekvenci predstavlja regione na genomu sa kojima je protein od interesa povezan "in vivo".