Crijevna mikrobiota
Crijevna mikrobiota, crijevni mikrobiom, ranije (pogrešno) zvana crijevna flora, je skup mikroorganizama, uključujući bakterije, archaea, gljive i viruse koji žive u probavnom traktu životinja. Gastrointestinalni metagenom je skup svih mikrobiotnih crijevnih genoma. Crijeva su glavna lokacija ljudskog mikrobioma. Mikrobiota crijeva ima širok uticaj, uključujući efekte na kolonizaciju, otpornost na patogene, održavanje crijevnog epitela, metabolizam prehrambenih i farmaceutskih spojeva, kontrolu imunske funkcije, pa čak i ponašanje kroz osu crijeva–mozak. Mikrobni sastav crijevne mikrobiote varira u različitim regijama probavnog trakta. Debelo crijevo sadrži najveću mikrobnu gustinu zabilježenu u bilo kojem staništu na Zemlji, predstavljajući između 300 i 1000 različitih vrsta. Bakterije su najveća i do sada, najbolje proučavana komponenta i 99% crijevnih bakterija dolazi iz oko 30 ili 40 vrsta. Do 60% suhe mase fecesa su bakterije. Preko 99% bakterija u crijevima su anaerobne, ali u cekumu, aerobne bakterije dostižu veliku gustinu. Procjenjuje se da mikrobiota ljudskog crijeva ima oko stotinu puta više gena nego što ih ima u ljudskom genomu.