Konformacijski epitop
Konformacijski epitop je podjedinična sekvenca (obično aminokiselina) koju čine antigeni koji dolaze u direktan kontakt s receptorom imunskog sistema. Antigen je svaka tvar koju imunski sistem može prepoznati kao stranu tvar. Antigeni su obično proteini koji su preveliki da bi se u celini vezali za bilo koji receptor). Zato se samo specifični segmenti, koji tvore antigen, vežu sa određenim receptorom. Takvi segmenti nazivaju se epitopi. Isto tako, samo je paratop receptora u kontaktu s epitopom. Proteini se sastoje od ponavljanja podjedinica koja sadrža dušik, zvanih aminokiseline koje u prirodi ne postoje kao ravni lanci zvani primarna struktura, već kao presavijeno vijugave složenie petlje . Ovo posljednje je poznato kao tercijarna struktura proteina. Dakle, kad god receptor reagira s neistraženim antigenom, površinske aminokiseline koje dolaze u kontakt možda neće biti kontinuirane jedna s drugom ako je protein neodmotan. Takve diskontinuirane aminokiseline koje se sjedinjuju u trodimenzijskoj konformaciji i stupaju u interakciju sa receptorom paratopa nazivaju se konformacijski epitopi. Suprotno tome, ako se antigen razgradi, stvaraju se mali segmenti koji se nazivaju peptidi , koji se vežu sa molekulama glavnog kompleksa histokompatibilnosti, a potom kasnije i s aminokiselinama receptorskih ćelija koje su kontinuiranoj u liniji. Oni su poznati kao linearni epitopi.