MEF2C-AS1
Antisensna RNK MEF2C 1 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom MEF2C-AS1 sa hromosoma 5. Cilj jednog rada iz 2013. bio je stražiti obrasce ekspresije dugolančanih nekodirjućih RNK (lncRNK) u karcinomu želuca. U tu svrhu preuzeli su dva javno dostupne s ljudske ekvence egzona za rak želuca i podatke za odgovarajuće normalno tkivo iz Omnibusa ekspresije gena (GEO). Ponovno su označili sonde ljudskih egzonskih sekvenci i zadržali sonde jedinstveno preslikane na lncRNK na nivou gena. Profili ekspresije LncRNK generirani su upotrebom robusnog višerednog metoda prosjka u affymetrix elektronsknim alatima. Normalizirani podaci su zatim analizirani linearnim modelima paketa Bioconductor za podatke o mikročipu i geni s prilagođenim p-vrijednostima >0,01 smatrani su različito eksprimiranim. Za provjeru valjanosti rezultata korišten je neovisan skup podataka. Računarskim kanalima uspostavljenim za ponovnu anotaciju više od 6,5 miliona sondi Affymetrix Human Exon 1.0 ST sekvence, identificirali su 136.053 sonde koje se jedinstveno mapiraju na lncRNK na nivou gena. Ove sonde odgovaraju 9294 lncRNK, pokrivajući gotovo 76% podataka GENCODE lncRNK. Analizom GSE27342 koji se sastoji od 80 uparenih karcinoma želuca i normalnih susjednih uzoraka tkiva, identificirali su 88 lncRNK koje su različito eksprimirane u karcinomu želuca, od kojih je za neke prijavljeno da imaju ulogu u raku, kao što je LINC00152, taurin pojačani 1, urotelijski rak povezan 1, onkogen Pvt1, gen domaćina jedne male nukleolusne RNK i LINC00261. U skupu podataka o validaciji GSE33335, 59% ovih različito eksprimiranih lncRNK pokazalo je značajne promjene ekspresije (prilagođena p-vrijednost <0,01) u istom smjeru. U zaključku konstatira se da su identificirali skup lncRNK-a različito eksprimiranih u karcinomu želuca, pružajući korisne informacije za otkrivanje novih biomarkera i terapijskih ciljeva kod raka želuca.