InterPro
InterPro je baza podataka proteinskih familija, domena i funkcionalnih mjesta u kojima se prepoznatljive karakteristike pronađene u poznatim proteinima mogu primijeniti na nove sekvence proteina kako bi ih funkcionalno karakterizirali. Sadržaj InterPro-a sastoji se od dijagnostičkih potpisa i proteina s kojima se značajno podudaraju. Signature se sastoje od modela (jednostavnih tipova, kao što su regularni izrazi ili složenijih, kao što su Skriveni Markovljevi modeli) koji opisuju proteinske porodice, domene ili lokacije. Modeli se grade od sekvenci aminokiselina poznatih familija ili domena i kasnije se koriste za pretraživanje nepoznatih sekvenci (kao što su one koje proizlaze iz novog sekvenciranja genoma) kako bi se klasificirali. Svaka baza podataka članica InterPro-a doprinosi različitoj niši, od klasifikacija na vrlo visokom nivou, zasnovanih na strukturi ( SUPERFAMILY i CATH-Gene3D) do sasvim specifičnih klasifikacija podporodica (PRINTS i PANTHER). Namjera InterPro-a je da obezbijedi višestruku klasifikaciju proteina, na jednom mjestu, gdje se svi potpisi proizvedeni iz različitih baza podataka članova unose u InterPro baze podataka. Potpisi koji predstavljaju ekvivalentne domene, stranice ili porodice stavljaju se u isti unos, a unosi mogu biti povezani jedni s drugima. Dodatne informacije kao što su opis, konzistentna imena i termini genske ontologije (GO) su povezani sa svakim unosom, gdje je to moguće.