Holomycota
Holomycota ili Nucletmycea su bazni kladus Opisthokonta kao sestrinski grupe Holozoa. Obuhvata Cristidiscoidea i carstvo Fungi. Položaj Nucleariida , jednoćelijskih fagotrofnih ameba slobodnog života, kao najranije loze Holomycota sugerira da su životinje i gljive neovisno stekli složenu višećelijsku građu od zajedničkog jednoćelijskog pretka i da je osmotrofni način života (jedno od obilježja gljiva) nastao kasnije u divergencijii ove eukariotske loze. Opisthosporidia, tek nedavno predložena taksonomska grupa, uključuje Aphelida , Microsporidia i Cryptomycota, tri grupe of endoparatita. Rozella (Cryptomycota) su najraniji rod gljiva kod kojih se javllja hitin, najmanje u nekim fazama životnog ciklusa, kao i hitinski ćelijski zid (još jedna oznaka gljiva) i osmotrofija nastali su od zajedničkih predaka Blastocladiomycota i Chytridiomycota, koji i dalje sadrže neke predačke karakteristike, kao što je flagela u fazi zoospora. Skupine gljiva sa karakterističnim tjelesnim hifama, Zoopagomycota, Mucuromycotina i Dikarya, nastale su od zajedničkog pretka prije ~ 700 miliona godina. Zoopagomycota su uglavnom patogeni životinja ili drugih gljiva, Mucuromycotina je mnogo raznolika grupa, uključujući parazite, saprotrofe ili ektomikorizne oblike. Dikarya je grupa koja obuhvata drupe Ascomycota i Basidiomycota, koje čine ~ 98% opisanih vrsta gljiva. Zbog ove bogate raznolikosti, Dikarya uključuje morfološki vrlo različite skupine, od hifa ili jednoćelijskih kvasaca (poput modelnog organizma Saccharomyces cerevisiae) do složenih višećelijskih gljiva popularno poznatik kao pečurke. Suprotno životinjama i kopnenim biljkama složene višećelijske redove, uočeni filogenetski odnosi ukazuju na to da su gljive stekle i izgubile višećelijsku organizaciju više puta, prema evoluciji Ascomycota i Basidiomycota.