LNCR3
Protein osjetljivosti na rak pluća 3 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LNCR3 sa hromosoma 5. Citogenetička lokacija mu je 5p15.33, a genomske koordinate (GRCh38): 5:0-4,400.000. 612571 U studiji pridruživanja širom genoma na 3.259 pacijenata s rakom pluća i 4.159 kontrola, McKay et al. (2008) otkrili su značajnu povezanost između raka pluća i dva jednonukleotidna polimorfizma, rs402710 i rs2736100 na hromosomu 5p15,33 (p = 2 x 10 (c –7), odnosno p = 4 x 10 (–6). Nalazi su ponovljeni u 2.899 slučajeva i 5.573 kontrole (p = 7 x 10 (–5) i p = 0,016 za dva SNP-a). Područje osjetljivosti u hromosomskoj regiji 5p15 sadrži dva gena, TERT i CLPTM1L, što ukazuje da jedan ili oba mogu imati ulogu u etiologiji raka pluća. Wang et al. (2008) otkrili su značajnu povezanost između rs401681 na hromosomskoj sekvenci 5p15.33 i osjetljivosti na rak pluća u studiji pruživanja u cijelom genomu na 5.095 slučajeva raka pluća i 5.200 kontrola. Nalazi su ponovljeni u dodatnih 2.448 slučajeva i 3.036 kontrola (p = 7,90 x 10 (–9). Alel A rs401681 povezan je sa smanjenim rizikom od raka pluća. SNP nalazi se unutar introna 13 gena CLPTM1L. S obzirom na važnost regije 5p15.33 za biologiju raka i nakon potvrde povezanosti SNP-a unutar regije s rizikom od karcinoma baznih ćelija, Rafnar et al. (2009) procijenili su povezanost SNP rs401681 sa 16 dodatnih tipova raka u preko 30.000 slučajeva raka i 45.000 kontrola. Utvrdili su povezanost alela C s rakom pluća (OR = 1,15, p = 7,2 x 10 (–8) i slabiju povezanost s rakom mokraćnog mjehura, prostate i grlića maternice. Značajno je da većina ovih tipova raka ima snažnu ekološku komponentu rizika. Studija raka pluća obuhvatila je 4.265 pacijenata i 34.666 kontrola. U studiji pridruživanja širom genoma za karcinom pluća i njegove glavne histološke tipove koji su uključivali 515.922 SNP-a i 5.739 slučajeva raka pluća i 5.848 kontrola, Landi et al. (2009) pronašli su povezanost između TERT SNP rs2736100 i rizika od adenokarcinoma (omjer vjerovatnoće, 1,23; korigirano p = 3,02 x 10 (–7). Metaanaliza kombiniranjem njihovih rezultata sa zbirnim podacima iz 10 prethodnih studija za ukupno 13.300 slučajeva i 19.666 kontrola ponovila je nalaz (omjer vjerovatnoće, 1,24; korigirani p = 3.74 x 10 (–14). Zaključili su da je prethodno identificirana povezanost rs2736100 u hromosomskoj refiji 5p15.33 s rizikom od raka pluća ograničena na histološki tip adenokarcinoma, te su primijetili da se rs2736100 nalazi u intronu 2 TERT -a unutar pretpostavljene regulatorne regije. Hu et al. (2011) izvršili su skeniranje pridruživanja u genomu za 5.408 ispitanika (2.331 sa karcinomom pluća i 3.077 kontrola), nakon čega je uslijedila dvofazna validacija među 12.722ispitanika (6.313 slučajeva i 6.409 kontrola). Kombinirane analize identifikovale su šest dobro repliciranih SNP-ova sa nezavisnim efektima i značajnim pridruživanjima za rak pluća. Potvrdili su lokus na 5p15,33 u regiji TERT-CLPTM1L koju karakteriziraju rs465498 i rs2736100 (p = 1,2 x 10 (–20), odnosno p = 1,0 x 10 (–27). Autori su također potvrdili povezani SNP, rs4488809, koji se nalazi u prvom intronu TP63 na hromosomu 3, regija 3q28 (p = 7,2 x 10 (–26).