Ku (protein)
Ku je dimerni proteinski kompleks koji se vezuje za DNK dvolančani prekid krajeva i potreban je za nehomologno spajanje kraja (NHEJ) puta popravka DNK . Ku je evolucijski konzererviranvan od bakterija do ljudi. Bakterijski predački Ku je homodimer (dvije međusobno vezane kopije istog proteina). Eukariotski Ku je heterodimer dva polipeptida, Ku70 (XRCC6) i Ku80 (XRCC5); nazvan je tako zbog molekulske težine ljudskih Ku proteina je oko 70 kDa i 80 kDa. Dvije podjedinice Ku formiraju strukturu u obliku korpe koja se navlači na DNK-kraj. Jednom vezan, Ku može kliziti niz DNK lanac, omogućavajući više Ku molekula da se navuče na kraj . Kod viših eukariota, Ku formira kompleks sa DNK-zavisnom protein kinaznom katalitskom podjedinicom (DNA-PKcs), kako bi formirao punu DNK-ovisnu protein-kinazu, DNK-PK. Smatra se da Ku funkcionira kao molekulska skela za koju se mogu vezati drugi proteini uključeni u NHEJ, usmjeravajući prekid dvostrukog lanca za ligaciju. Proteini Ku70 i Ku80 sastoje se od po tri strukturna domena. N-krajev domen je alfa/beta domen. Ovaj domen daje samo mali doprinos interfejsu dimera. Domen se sastoji od šestolančanog beta-lista Rossmannovog nabora. Centralni domen Ku70 i Ku80 je DNK-vezujući beta-barelski domen. Ku ostvaruje samo nekoliko kontakata sa šećerno-fosfatnom okosnicom, a nijedan sa DNK-bazama, ali se sterno uklapa u glavni i mali žljeb, formirajući prsten koji okružuje dupleks DNK, držeći dva puna okreta DNK molekula. Formiranjem mosta između slomljenih krajeva DNK, Ku djeluje tako da strukturno podupire i poravnava krajeve DNK, da ih zaštiti od degradacije i da spriječi promiskuitetno vezivanje za neprekinuti DNK. Ku efikasno poravnava DNK, dok i dalje dozvoljava pristup polimerazama, nukleazama i ligazama slomljenim krajevima DNK kako bi promovirao spajanje krajeva. C-terminalni krak je alfa spiralni region koji obuhvata centralni beta-barelski domen suprotne podjedinice. U nekim slučajevima je četvrti domen prisutan na C-terminalu, koji se vezuje za DNK zavisnu protein kinaznu katalitsku podjedinicu. Obje podjedinice Ku-a su eksperimentalno nokautirane kod miševa. Ovi miševi pokazuju hromosomsku nestabilnost, što ukazuje da je NHEJ važan za održavanje genoma. U mnogim organizmima, Ku ima dodatne funkcije na telomerama, pored svoje uloge u popravci DNK. Čini se da je obilnost Ku80 povezana sa dugovječnošću vrste.