Imputeerimine (geneetika)
Imputeerimine on statistikas kasutamist leidev protsess, mille käigus püütakse leida vaatluste käigus fikseerimata jäänud, kuid tegelikult esinevaid väärtusi. Geneetikas väljendub see mitteidentifitseeritud genotüüpide olemasolu ennustamises. Genotüüpide imputeerimine viitab kõige sagedamini olukorrale, kui on haplotüüpide referentspaneel tihedal SNP-de kogumikul, mida kasutatakse selleks, et imputeerida uuritavate indiviidide proovi, mis on olnud genotüübitud SNP-de alamhulga juures. Genotüüpide imputeerimist võib läbi viia terve genoomi ulatuses kui osana ülegenoomsest assotsiatsiooniuuringust või konkreetsemas regioonis kui osa fine-mapping'u uuringust. Ülegenoomse uuringu käigus vaadeldakse tavaliselt 100 000 kuni 1 000 000 SNP positsiooni, kuid on arvatud, et selliseid varieeruvaid kohti võib inimgenoomis olla üle 10 miljoni. Seega on imputeerimise eesmärgiks ennustada meile otseselt teadmata SNP-sid võrreldes sekveneeritud andmeid referentsgenoomidega. See suurendab uuringu võimsust võimaldades lahendada või fine-mapp'ida tõenäosuslikke geenivariante ja hõlbustada metaanalüüsi. HapMap2 haplotüüpe on laialt kasutatud imputeerimise läbiviimiseks nende proovide uuringutes, millel on esivanemad lähedased nendele, mis on HapMapi paneelides. Suurem osa uuringuid on kasutanud kaheastmelist protseduuri, mis algab puuduvate genotüüpide imputeerimisega referentspaneeli alusel sealjuures arvestades välja fenotüübi infot. Imputeeritud genotüübid, iga SNP koos selle määramatusega, on seejärel testitud seostumisele huvipakkuva fenotüübi vastu teises faasis. Kahe-astmelise protsessi lähenemise eelis seisneb selles, et erinevad fenotüübid võivad olla testitud seostumisele ilma, et oleks vaja imputeerimist veelkord läbi viia. Seda saavutatakse kasutades populatsioonis kindlaks määratud haplotüüpe, mis saadakse nt HapMap-st või inimese 1000 Genoomi Projektist. See võimaldab testida algselt genotüüpimata geenivariante, mis on seotud huvipakkuva tunnusega. Genotüübi imputeerimine aitab oluliselt kitsendada tõenäosuslikke geenivariante ülegenoomsetes assotsiatsiooniuuringutes (ing. k Genome-Wide Association Studies). Genotüüpimise kiibid, mida kasutatakse ülegenoomsetes assotsiatsiooniuuringutes, baseeruvad SNP-de märkimisel ja seetõttu ei genotüübi otseselt kogu variatsiooni genoomis. Genotüüpide imputeerimine referentspaneeli vastu suurendab genoomilise variatsiooni kattuvust originaalsete genotüüpide suhtes. Selle tulemusena meie saame hinnata rohkemate SNP-de mõju võrreldes originaalse mikrokiibiga. Imputeerimine on hõlbustanud erinevatel kiipidel genotüübitud andmekogude metaanalüüsi suurendades olemasolevate variantide kattuvust.