{"action":"created","issue":{"url":"https://api.github.com/repos/ihem-institute/immunity/issues/3","repository_url":"https://api.github.com/repos/ihem-institute/immunity","labels_url":"https://api.github.com/repos/ihem-institute/immunity/issues/3/labels{/name}","comments_url":"https://api.github.com/repos/ihem-institute/immunity/issues/3/comments","events_url":"https://api.github.com/repos/ihem-institute/immunity/issues/3/events","html_url":"https://github.com/ihem-institute/immunity/issues/3","id":184628564,"number":3,"title":"integrate with COPASI","user":{"login":"eldalai","id":773276,"avatar_url":"https://avatars.githubusercontent.com/u/773276?v=3","gravatar_id":"","url":"https://api.github.com/users/eldalai","html_url":"https://github.com/eldalai","followers_url":"https://api.github.com/users/eldalai/followers","following_url":"https://api.github.com/users/eldalai/following{/other_user}","gists_url":"https://api.github.com/users/eldalai/gists{/gist_id}","starred_url":"https://api.github.com/users/eldalai/starred{/owner}{/repo}","subscriptions_url":"https://api.github.com/users/eldalai/subscriptions","organizations_url":"https://api.github.com/users/eldalai/orgs","repos_url":"https://api.github.com/users/eldalai/repos","events_url":"https://api.github.com/users/eldalai/events{/privacy}","received_events_url":"https://api.github.com/users/eldalai/received_events","type":"User","site_admin":false},"labels":[],"state":"closed","locked":false,"assignee":null,"assignees":[],"milestone":null,"comments":3,"created_at":"2016-10-22T12:49:08Z","updated_at":"2016-10-25T21:56:16Z","closed_at":"2016-10-24T13:30:05Z","body":""},"comment":{"url":"https://api.github.com/repos/ihem-institute/immunity/issues/comments/256188279","html_url":"https://github.com/ihem-institute/immunity/issues/3#issuecomment-256188279","issue_url":"https://api.github.com/repos/ihem-institute/immunity/issues/3","id":256188279,"user":{"login":"luissmayorga","id":22399358,"avatar_url":"https://avatars.githubusercontent.com/u/22399358?v=3","gravatar_id":"","url":"https://api.github.com/users/luissmayorga","html_url":"https://github.com/luissmayorga","followers_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/followers","following_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/following{/other_user}","gists_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/gists{/gist_id}","starred_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/starred{/owner}{/repo}","subscriptions_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/subscriptions","organizations_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/orgs","repos_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/repos","events_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/events{/privacy}","received_events_url":"https://api.github.com/users/luissmayorga/received_events","type":"User","site_admin":false},"created_at":"2016-10-25T21:56:16Z","updated_at":"2016-10-25T21:56:16Z","body":"Gama es un NetLogo con más capacidades.  Ni pienso por ahora hacer nada en\nGama, pero puede ser una opción en un futuro si se quiere generar una\nplataforma Logo (que es más simple para un Biólogo Celular) para programar\nintracelular transport.  Además Benoit me cayó muy bien.\nPero lo concreto es que hay que seguir con Repast que es lo que manejan los\nde USA.\nMe va a resultar interesante ver cómo es lo que tenés pensado para COPASI\nHoy estuve jugando con el Style y me fue bastante bien.  Resulta que Java\nmaneja los ángulos en sentido de las agujas del reloj, que es lo contrario\na lo que se usa en matemáticas.  Con un signo menos, solucioné la mala\nimagen que daban los endosomas avanzando medio de costado.\nEn fin, mejoré varias cosas del aspecto y además milagrosamente, ahora en\nla tabla que se abre del GUI, están todas las variables (propiedades) de\ncada endosoma.\nEl jueves tengo que dar mi seminario y debo dedicarle tiempo.  O sea que no\ncreo que haga mucho mañana.\nUn abrazo\nLuis\n\nEl 25 de octubre de 2016, 15:16, Gabriel Flores <notifications@github.com>\nescribió:\n\n> No lo veo complejo, llamar a Copasi desde Repast con lo que tenemos.\n>\n> Estuve viendo Gama y mucho no me gusto, porque no es programacion Java en\n> si. Habria que volver a empezar en varias cosas. Si podemos seguir en\n> Repast, para mi mejor.\n>\n> Voy a tratar de enchufar Copasi a lo que tenemos con alguna ecuacion de\n> ejemplo.\n>\n>\n>\n> El 24 de octubre de 2016, 10:30, luissmayorga <notifications@github.com>\n> escribió:\n>\n> > Lo que hable con Benoit, aplicable a su plataforma pero puede ser para\n> > repast, es que se puede programar la red de reacciones en COPASI, generar\n> > las equaciones diferenciales y exportarlas en un XML file (todo esto lo\n> > permite COPASI). Luego repast genera internamente las equaciones a partir\n> > del file y ya las maneja internamente la resolucion de las mismas. Benoit\n> > piensa que para conectar las variables del modelo con las variables de\n> las\n> > equaciones de COPASI se va a tener que programar algo, pero no lo ve muy\n> > complicado.\n> > Esto es una idea para jugar. La opcion primera es volver a contactar los\n> > de USA, pero eso sera de regreso a Mza.\n> >\n> > —\n> > You are receiving this because you authored the thread.\n> > Reply to this email directly, view it on GitHub\n> > <https://github.com/ihem-institute/immunity/issues/3#\n> issuecomment-255740613>,\n> > or mute the thread\n> > <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAvMnC_-\n> 0xn4CQ4jxTP7qXb70WZRI-dKks5q3LLegaJpZM4Kd2cB>\n> > .\n> >\n>\n>\n>\n> --\n> Gabriel\n>\n> —\n> You are receiving this because you modified the open/close state.\n> Reply to this email directly, view it on GitHub\n> <https://github.com/ihem-institute/immunity/issues/3#issuecomment-256118467>,\n> or mute the thread\n> <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AVXJfoDtqR_lY35Cp8CUJEtkkOjrp0Ugks5q3keHgaJpZM4Kd2cB>\n> .\n>\n\n\n\n-- \nLuis S. Mayorga Ph.D.\nInvestigador Superior (CONICET)\nProfesor Asociado, Química Biológica (FCM-UN Cuyo)\nCasilla de Correo 56\n5500 Mendoza, Argentina\ntel 54-261-4494143 interno 7001\n"}}
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