通勤費については、法律上特に決まったルールはないので、会社側でそのルールを定め、運用することとなります。
「通勤費は支払わない」というルールも可能ですし、「上限３万円まで」などの条件でも問題ありません。
通勤費の非課税限度額は１０万円ですので、これを上限とする会社も多いようです。地域密着の中小企業であれば、１０万円より低い上限の設定でよいかもしれません。
就業規則等にはあらかじめ通勤費の「上限」「通勤方法」「申請方法」などを定めておきましょう。また、雇用契約時には通勤費についてもしっかりと明示して、誤解が生じないようにしておきましょう。
通勤費自体は法律上の支払義務があるわけではありませんが、就業規則等にルールとして定めた場合は会社側に支払義務が当然生じますので、ルール作りはしっかり行ってください。
○社会保険資格取得時の注意点
通勤費は報酬に含まれますので、新たに社会保険に加入する方については、通勤費も含めた報酬額で取得手続きを行わなければいけません。
つまり、新しく入った方の通勤費を確認するタイミングは、社会保険の加入手続きより前に行う必要がある、ということです。
入社日に他の提出書類（誓約書、身元保証書、扶養控除申告書など）と一緒に通勤費の申請書を提出させるのが良いでしょう。
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