Koska transnationaalinen yhteistyö on ohjelmalähtöistä ja sen toteutus perustuu yksittäisiin toimiin (hankkeisiin), yhteistyöjärjestelyt hoidetaan yleensä kahdella eri tasolla: ###>Due to programme-based approach of transnational cooperation and its implementation through individual operations (projects), organisational arrangements are normally set up at two levels: