Comte havde bevaret sin barndoms respekt for katolicismen, og den store udviklingsgang inden for den menneskelige erkendelse, som han forsøgte at sætte i stadier, bliver mere og mere et mystisk forsøg på at forene første og tredje stadium,, hvad der er umuligt, og med offensiv fra begge sider at knuse det metafysiske stadium, der i virkeligheden heller ikke var stillet rigtigt ind.