En radikal afvigelse fra den existerende Apple II-serie, IIGS havde en ægte 16-bit processor, 65C816, der kørte med 2.8 MHz med 24 bit adressering, tillod udvidelse op til 8 MB RAM uden bank-switching roderiet fra de tidligere maskiner (RAM-kort med mere end 4 MB var aldrig direkte understøttet af Apple).