Kort efter, at den var skabt, overtoges den af Preussen, der førte krigen mod Danmark 1864 og Østrig 1866. 1864 bestod flåden af 5 dampkorvetter, 20 dampkanonbåde og 2 hjuldampere samt nogle sejlskibe og var den danske så underlegen, at Danmark uhindret kunne blokere hele den preussiske kyst.