Faaborg, der var en særdeles dygtig officer, blev 20. november 1847 i Garnisons Kirke gift med Johanne Ida Mathilde von Scholten, født Kristensen (22. maj 1808 i København - 19. december 1895 sammesteds), en datter af major og redaktør Kristen Kristensen og Sophie Helene Achilla Beeken og enke efter toldkontrollør Frederik Jost Gerhard von Scholten (1797-1845).