Godsejer Som godsejer vandt Skeel sig også et godt navn. 1729 arvede han Fårevejle på Langeland efter en onkel, 1735 tiltrådte han besiddelsen af Stamhuset Birkelse, ved moderens død 1743 arvede han Mullerup på Fyn, og endvidere ejede han Mørup og Bonderup på Sjælland.