Da regeringen i foråret 1849 efter krigens fornyelse ville oprette en regeringskommission i Slesvig og tiltænkte Paulsen en plads i den, afslog han, misfornøjet med regeringens holdning, tilbuddet, men tog i august med Frederik Ferdinand Tillisch til Flensborg, hvor hans nærværelse var til stor glæde for den danske befolkning.