Da det blev et klart resultat af folkeafstemningen den 30. august 1999, at stemningen var for uafhængighed, indledte de militære en gengældelsesaktion (Operasjon torden), som ødelagde meget af landet, fordrev 250.000 østtimoresere fra deres hjem, og kostede mellem 1.500 og 2.000 mennesker livet.