Han udpegede oprindeligt den ældste søn som med-regent og tronfølger, men besluttede senere, at Tupac Inca skulle overtage riget, da Amaru ikke var en kriger. da Pachacuti omkring 1471 døde som følge af sygdom, overtog Tupac Inca Yupanqui tronen, tilsyneladende uden uenigheder om arvefølgen.