Centret udsender en række rapporter om Danmarks Natur, f.eks Status over den danske natur, senest for 2015  Kritik Forskere på DCE var i foråret 2016 i sagen  der blev kendt som Kvælstofsagen eller Gyllegate, udsat for kritik af landbrugsorganisationerne Landbrug & Fødevarer og Bæredygtigt Landbrug hvor en række forskere fra DCE var kritiske overfor regeringens landbrugspakke.