Efter 16 måneders belejring overgav Eberstein sig, og kong Valdemar Atterdag overtog herredømmet over borgen, men gav den kort efter tilbage til ærkebispesædet, der beholdt borgen indtil 1522, da Christian 2. gjorde krav på Hammershus og efterfølgende satte biskoppen fra Odense, Jens Andersen Beldenak, i varetægt på borgen.