Fábio begyndte sin fodboldkarriere som defensiv midtbanespiller med sin lokalklub Boa Esperança, men han skiftede senere til venstre back, da han tilsluttede sig Fluminense i Rio de Janeiro Sammen med Fluminese deltog Fábio i Nike Premier Cup 2005 i Tokyo, hvor han blev spottet af Manchester United-spejderen Les Kershaw, som, der bemærkede at de to tvillinger mindede om "to små dværge".