Hans beslutning om at tillade en folkeafstemning i Øst-Timor om områdets uafhængighet kom overraskende både på de indonesiske væbnede styrker og på internationale kritikere af okkupationen af Øst-Timor, som var foregået siden 1975 og kostede livet på nær en fjerdedel af befolkningen i den tidligere portugisiske koloni.