Han fungerede også 1863 som sekretær hos krigsministeren ved udarbejdelsen af eksercerreglementet for fodfolket, efter at han 1861 var blevet premierløjtnant og ansat ved 22. bataljon, hvorved han kom til tjeneste i efteråret 1863; men da Hæren mobiliseredes, ansattes Jensen som kompagnikommandør ved 8. regiment og deltog i felttoget 1864 ved forsvaret af Dannevirke og Dybbølstillingen, navnlig i fægtningerne 17. og 28. marts.