Efter at Wrangel havde nedlagt sin kommando i maj, blev prinsen øverstkommanderende for den allierede østrigsk-tyske armé og erobrede Jylland og 29. juni Als. 1866 blev han udnævnt til øverstkommanderende under den preussisk-østrigske krig for den 1. armé (2., 3. og 4. korps) og rykkede ind i Bøhmen ved Oberlausitz.