Bogen indeholder også en videnskabsteoretisk pointe: Den metode, som William af Baskerville demonstrerer mange gange i romanen, og allerede i første kapitel, hvor han kan slutte sig til at munkene leder efter abbedens hest, som hedder Brunellus, er hverken deduktion eller induktion, men det som Charles Sanders Peirce har kaldt for abduktion eller systematisk hypotesedannelse.