Imellem sin ordinære sygeplejeuddannelse og specialiseringen som anæstesisygeplejerske, arbejdede Mortensen blandt andet med speadalske i Indien Efter at have arbejdet  som souschef og senere afdelingssygeplejerske på anæstesiafdelingen på Aalborg sygehus blev han i 2000 ansat som lægemiddelkonsulent i AstraZeneca, hvor han i 2001 blev hospitalsspecialist og i 2002 bestod LIF-eksamen.