Bille forfremmedes til kommandørkaptajn og overtog i juni måned befalingen over Nordsøeskadren, bestående af de 4 fregatter «Bellona», «Gefion», «Thetis» og «Havfruen», med hvilke Elben og Weseren blokeredes. 1849 var han på ny eskadrechef for 4 fregatter og dampskibet «Gejser» i Nordsøen, blokerede atter og havde nogle mindre træfninger at bestå mod armerede tyske dampere; derimod måtte han dette år ganske opgive forsvaret af Vesterhavsøerne, da han i de snævre farvande mellem disse savnede passende krigsfartøjer til at imødegå de der stationerede slesvig-holstenske Kanonbaade.