Ægteskaber Funder var to gange gift: 1. gang 14. oktober 1829 i Vor Frue Kirke med Vilhelmine Apolline Louise Bidsted (5. juli 1804 i Gentofte – 28. november 1832 i Aarhus); 2. gang 1834 med søsteren Henriette Juditte Bidsted (døbt 22. juni 1801 i Gentofte – 5. september 1868 i Aarhus), begge døtre af byfoged i Frederiksted Thomas Albertin Bidsted (1747-1826) og Johanne Margrete født Boesen (1770-1844).