Han var søn af kancelliråd Hans Pedersen Fønss (1712-1791) til Løvenholm og Else Sørensdatter Thrane (1727-1773) og arvede i 1783 Løvenholm, som han ejede til 1811, da han var nødsaget til at sælge gården, og købte i 1789 Bodum Bisgaard, som han ejede til 1804.