Han var søn af plantageejer og generalkrigskommissær Adam Levin Søbøtker og Susanne van Beverhoudt, blev uddannet hos De Coninck & Co. og derefter hos svigerfaderen, bankier og skibsbygger Lars Larsen (han blev gift 2. marts 1796 med Johanne Margrethe Larsen (1777-1829)).