Hammer blev gift 23. marts 1820 i Esbønderup Kirke med Elisabeth Kirstine Lemvigh (7. oktober 1794 i Esbønderup – 8. februar 1849 i Asminderød), datter af prokurator, senere birkedommer Otto Lemvigh (1758-1834) og Else Johanne Ørsnes (1770-1844).