Hun er datter af Wilhelm I af Hainault og Johanna af Valois. Hun var fra 1349 indblandet i en borgerkrig med sine sønner om sine troner. Margarethe tillbragte en del af sin barndom med moderen ved det franske hof. Hun blev kronet ved sin mands side i Rom i 1328. Da hendes broder Vilhelm II døde barnløs i 1345 indlemmedes Holland i kejserriget. Margarethe besluttede sig da for at efterfølge sin broder som Hollands monark og rejste til Nederlandene, hvor hun lod sig krone til monark som Margarethe I af Holland, Zeeland og Friesland og Margarethe II af Hainaut. Hendes position i Hainaut var ukontroversiel, men provinserne Holland og Zeeland havde ikke kvindelig tronfølge. Hendes krav på tronen blev også bestridt af hendes søstre. Efter et ophold i Nederlandene 1345-1346 blev hun kaldt tilbage til Tyskland af ægtefællen og efterlod sin søn Vilhelm som regent i hendes sted. Da ægtefællen døde i 1347 afstod Margarethe provinsen Holland i bytte mod en pension. Vilhelm betalte imidlertid ikke pensionen, og Margarethe tog derfor magten i Holland tilbage i 1350. Dette udløste en krig med sønnen, som varede fra 1351 til 1354. I fredsaftalen fra 1354 abdicerede Margarethe i bytte mod en pension og bosatte sig på slottet i Le Quesnoy. Margarethe fik et dårligt eftermæle på grund af krigen mellem mor og søn, som opfattedes som skammelig, og som forårsagede alvorlige krigsskader, samt for at Holland - i modsætning til Hainaut - ikke havde kvindelig tronfølge og hun derfor blev anset som en usurpator.