Jørgen Ægidius (født 4. juli 1927 i København) er en tidligere dansk håndboldspiller, som spillede den største del af sin seniortid i Århus KFUM i årene 1948-1957. I 1950 blev han Århus KFUMs første landsholdspiller, da han fik han en enkelt landskamp for Danmark i en kamp mod Island, hvor han scorede 2 mål. Da VRI's damer i 1952 vandt sit eneste DM var det med Jørgen Ægidius som træner.