Der findes mange forskellige videnskabelige metoder, hvilket har flere årsager. Dels er der forskellige vidensområder, som giver forskellige muligheder for at opnå viden. Et eksempel er forskellen på de videnskaber, der beskæftiger sig med naturen, og de der beskæftiger sig med mennesket og kulturen. I modsætning til naturens faste love antages det ofte at mennesket kan træffe frie valg, og at der derfor er stor forskel på de to områder. I dag skelner man ofte overordnet mellem tre hovedeområder, nemlig naturvidenskab, samfundsvidenskab og humaniora, hvor naturvidenskaben oftest leder efter lovmæssigheder mens humaniora primært "tolker" menneskelige udtryk i sprog, kunst, religion, filosofi osv. Samfundsvidenskab ligger et sted imellem de to, idet man dels søger at forstå generelle tendenser ved kvantitative metoder, og dels søger at tage udgangspunkt i menneskers forestillinger ved kvalitative metoder. Udover vidensområdernes karakter, spiller det ind for valget af metode, hvad der er hensigten med de enkelte forskningsprojekter. Et eksempel fra samfundsvidenskaben i forbindelse med et folketingsvalg kunne være, at der ønskes en afklaring af, hvilket uddannelses- og indkomstniveau folk der stemte på socialdemokratiet generelt har. Dette kan klares ved en kvantitativ skemaundersøgelse. Der kan også ønskes en afklaring af, hvad det var, som fik folk til at give socialdemokratiet deres stemme. Her kan det være svært at lave en skemaundersøgelse, da det kan være, at årsagen endnu ikke er kendt, og denne derfor ikke kan skrives på skemaet som svarmulighed. I så fald kan der laves interviewundersøgelser, hvor man søger at spørge ind til og forstå, hvad der har været folks grunde til at stemme, som de har gjort. Endeligt kan man være optaget af, hvorvidt socialdemokratiets politiske forslag vil gavne menneskers frie og lige udfoldelse i samfundet. Det vil kræve en kritisk analyse, med en række normative afklaringer og forsøg på at forstå forskellige faktores samspil. Endelig har forskellige forskere forskellige videnskabsidealer og de er herudover i mere eller mindre grad påvirket af den vidensskabskultur, som hersker blandt kollegaer samt evt. de krav, som stilles til vidensformen fra offentligheden, politikere, virksomheder eller hvem der har efterspurgt og/eller skal anvende forskningen. En gruppe videnskabsmænd kan f.eks. være optaget af, at al videnskab skal kunne sættes på logiske formler. Eller hvis viden skal anvendes i TV, er det godt med modeller og tal, som gør tingene mere entydige og lette at forstå. Ofte siger man, at forskning grundlæggende fremkommer ved at forskere lancerer teorier eller hypoteser for at forklarer et eller flere fænomener. Disse efterprøves i forhold til observationer ("empiri"). Hvis teorien kan forklare observationerne, er teorien styrket; hvis observationerne modsiger teorien, må teorien forkastes eller modificeres. Strengt talt kan man ikke sige at noget kan være "videnskabeligt bevist", kun at det er videnskabeligt sandsynliggjort, da der indtil videre ikke er nogen observationer der modbeviser teorien. Derfor påstår videnskabsfolk ikke at de besidder "Sandheden" for al fremtid, bare at videnskaben til enhver tid har de mest plausible, troværdige og mest modsigelsesfrie viden på sit fagfelt. Denne beskrivelse er dog mest rammende for naturvidenskaben, og selv i forhold til dette område, vil nogen hævde, at denne beskrivelse reelt ikke indfanger, hvad der er på spil i den videnskabelige praksis.  Videnskabsteori Videnskabsteori beskæftiger sig med, hvilke generelle kendetegn, der karakteriserer videnskaben og den videnskabelige metode. Kort fortalt tager den nyere videnskabsteoretiske fortælling gerne sit udgangspunkt ved diskussionen mellem Karl Raimund Popper og Thomas Kuhn. Poppers kriterium for videnskab kan nogenlunde oversættes til, at viden kun kan regnes som videnskab, hvis der er tale om udsagn, som kan efterprøves. Det vil sige at andre forskere skal have muliglighed for at tilbagevise tidligere forskningsresultater på grundlag af observationer, ræsonnementer eller eksperimenter. Når en antagelse modbevises må den forkastes og videnskabsmanden må prøve med nye antagelser. Videnskabelig viden består af de antagelser, som endnu ikke er blevet forkastet. Kuhn pointerer imidlertid at videnskabelige antagelser er forbundet i større videnskabelige systemer, og at grundantagelserne for disse kun sjældent forkastes, selvom forskellige teser bliver modbevist. I stedet udvikles hjælpehypoteser, som bruges til at forklare, hvorfor et modbevis ikke rammer grundantagelserne. Kun sjældent er der en videnskabelig revolution, hvor et nyt system med andre grundantagelser får overtaget. Kuhn hævder således, at man ikke kan tale om, at videnskaben finder sikker almen og uafhængig viden, baseret på et metodisk princip om kun at acceptere ikke modbeviste antagelser, fordi der altså altid kun er tale om en viden, som hænger sammen med nogle bestemte forudsætninger, som i sig selv ikke er sikre, men som beskyttes mod modsigelser. Endvidere hævder Kuhn, at de forskellige systemer ikke kan tale sammen. Der er derfor indenfor videnskaben tale om forskellige paradigmer af videnskabelige systemer, som hviler på nogle grundantagelser, hvis sandheder ikke kan afklares eller diskuteres på tværs af paradigmerne. I stedet for at være baseret på en opsamling af antagelser, som kan efterprøves, og som endnu ikke er blevet modbevist, hævder Kuhn altså at videnskaben er baseret på videnskabsmændenes egne grundantagelser. Videnskaben er ifølge Kuhn således til en vis grad socialt konstrueret. Popper medgiver, at det er vanskeligt at oversætte antagelser, som kommer fra forskellige paradigmer, men han hævder, at det er muligt, hvis man klart gør rede for hvilke grundantagelser, som ligger til grund for de enkelte teser. Således mener Popper, at vi godt kan bevare forstillingen om videnskaben som hvilende på en grundlæggende metode, som bringer os frem mod bedre og mere sikker viden. Forståelsen af videnskaben som mere eller mindre rationel eller socialt konstrueret er stadig noget, som diskuteres blandt videnskabsmænd. Mange vil dog pege på, at den teknologiske udvikling, som hviler på videnskaben, og som hele tiden gør os i stand til bedre at kontrollere og forudsige naturen, viser at videnskaben kan give os sikker og almen viden i hvert fald indenfor nogen områder. Andre vil samtidig mene, at videnskaben hviler på en grundlæggende forkert instrumentel tilgang til virkeligheden, hvor vi alene tænker på kontrol ud fra egne behov, og at det kan føre til miljøkatastrofer og totalødelæggende krige. Her vil nogen dog igen pege på, at man bør skelne mellem videnskaben og dens anvendelse.  Afgrænsning af videnskab Problemet om videnskabens afgrænsning kaldes demarkationsproblemet. Det som skiller et ikke-videnskabeligt fra et videnskabeligt udsagn er altså ikke nødvendigvis at det er spekulativt eller at det er fejlagtigt. Mange videnskabelige teorier begyndte som «spekulationer» som man i samtiden i bedste fald morede sig over og i værste fald brændte ophavspersonen for. Fejlagtighed eller sandhed bruges heller ikke som kriterium for videnskabelighed, af den enkle grund at mange «etablerede sandheder» i efterfølgende har vist sig at være forkerte. «Sandhed» er et ideal videnskaben stræber mod, men aldrig med sikkerhed kan vide at have opnået (se erkendelsesteori). Eksempler på ikke-videnskabelige udsagn er derimod dogmer eller definitioner. Dogmer er uvidenskabelige fordi deres holdbarhed af forskellige grunde ikke ønskes diskuteret. Definitioner er kendetegnet ved at være sande ved overenskomst. At en cirkel er rund i et euklidisk rum er f.eks. ikke til diskussion fordi det per definition er sandt. Med dette er det ikke sagt at uvidenskabelige udsagn er uønskede. Definitioner er f.eks. vigtig for videnskaben for at afklare hvad man taler om. Præcise definitioner kan derfor være forudsætningen for videnskabelig aktivitet, selv om de selv ikke er videnskabelige.  Inddeling Videnskaberne kan inddeles eller klassificeres på mange forskellige måder. Ingen af inddelingerne har imidlertid helt klare grænser. Flere videnskaber falder mellem kategorierne eller i flere af dem samtidig.