Neukirchen er beliggende i landskabet  Wagrien ud til Østersøen, som den mod øst har en 5,6 km lang strand til. I kommunen ligger landsbyerne og bebyggelserne Bürau, Georgshof, Godderstorf, Klingstein, Kraksdorf, Löhrstorf, Michaelsdorf, Meeschendorf, Meeschendorfer Weide, Ölendorf, Ostermade, Sahna, Satjewitz, Seekamp, Sütel og Wulfshof.