I 1727 beordrede Frederik 4. ved reskript af 21. juli og 29. september samt forordning af 21. juli samme år Missionskollegiet at bidrage med midler til oprettelsen af et vajsenhus i København. Han skænkede det tidligere ridderlige Akademis bygninger på Nytorv, hvor Domhuset nu står, til formålet. Den 11. oktober 1727 åbnede Vajsenhuset. Kongen havde skænket det en hel række privilegier som anlæg af fabrikdrift, apotek, bogtrykkeri og boghandel. Bygningen brændte allerede året efter under Københavns brand 1728. En ny bygning blev opført og igen ombygget i 1765. I slutningen af 1720'erne og starten af 1730'erne var Enevold Ewald, digteren Johannes Ewalds far, præst ved Vajsenhuset. Han var grebet af pietismen – særligt som den udformedes af den herrnhutiske – og Vajsenhuset blev rammen om mange bønnemøder. I 1795 brændte Vajsenhuset igen i den næste Københavns brand 1795. Vajsenhusets aktiviteter blev derefter spredt til flere forskellige steder, hvorfra der blev drevet skole og bogtrykkeri etc. Skolen flyttede i 1875 til sin nuværende beliggenhed i Nørre Farimagsgade i en bygning opført 1874–75 af Carl Ferdinand Rasmussen, der vandt en konkurrence. Bygningen er inspireret af florentisk renæssance. 1740 fik Vajsenhuset eneretten på både udgivelse og trykningen af bibler og salmebøger. Det er stadigvæk samme stiftelse, der står for trykningen af dem i dag. Før 1848 hørte Vajsenhuset under Danske Kancelli, derefter kom det under Justitsministeriets 2. kontor. Fra 1870 kom det under undervisningsvæsenet.