I en række tilfælde er det ikke muligt blot at tegne streger, da vigtig information om molekylets struktur så kan gå tabt. Der er derfor udviklet en række retningslinjer for hvorledes forskellige typer af molekyler skal tegnes.  Strukturformler med rumlig information Når der tegnes strukturformler af enantiomerer, hvor molekylets rumlige opbygning er af stor betydning, benyttes en bestemt grafik til at vise den tredimensionelle struktur. Typisk er det opbygningen omkring et eller ganske få kulstofatomer som er interessant, og der tages udgangspunkt i dette eller disse atomer. Et kulstofatom har en tetraedrisk opbygning, og strukturformlen tegnes således at to af bindingerne fra kulstofatomet ligger i papirets plan og de to sidste peger henholdsvis væk fra og ud mod tegneren. Den binding der peger væk fra tegneren tegnes med et stiplet linje, men den binding der pegerud mod tegneren tegnes med en tyk linje.  Hydrogenbindinger Hydrogenbindinger er specielle fordi de ikke er rigtige bindinger, men de kan dog være vigtige for forståelsen af molekylets kemi. Hydrogenbindinger tegnes med stiplede linjer i mellem de to atomer som indgår i hydrogenbindingen.  Aromatiske forbindelser Aromatiske forbindelser indeholder benzenringe eller lignende funktionelle grupper. En benzenring består af 6 kulstofatomer i en ring, hvor længden af C-C-bindingen er længere end en dobbeltbinding men kortere end en enkeltbinding. Det svarer til at der skulle være tre enkelbindinger og tre dobbeltbindinger. Benzenringen kan derfor tegnes som en sekskant hvor hver anden binding består af to streger. Reelt er de seks bindinger lige lange, og en mere præcis strukturformel for benzenringe er en sekskant med en cirkel indeni.