Klubben blev stiftet den 23. oktober 1946 på det aarhusianske spisested Kroen i Krogen, hvilket gør den til Danmarks ældste orienteringsklub. Navnet stammer fra græsk mytologi, hvor guden for dyr- og geder Pan, ligeledes er beskytter af jægere og skovens veje. Klubben hørte de første mange år hjemme på Aarhus Stadion. Det første "rigtige" orienteringskort blev tegnet af brødrene Flemming og Leif Nørgaard. Kortet var over Marselisborgskovene. Efterfølgende arrangerede klubben et hverve-kampagne, hvor omkring 1.000 mennesker løb orienteringsløb fordelt på tre weekender. Udgangspunktet var Silistria, der var en gammel og forfalden vandmølle syd for Marselisborg Dyrehave. Dette arrangement blev gentaget året efter, hvor omkring 2.000 deltog. I 1974 var OK Pan medarrangør af VM i orienteringsløb, der blev afviklet i Silkeborgskovene. Medlem af OK Pan, Mona Nørgaard, blev den første og eneste danske verdensmester, idet hun vandt dame-klassen dette år. Samme år lykkedes det klubben at få Silistria stillet til rådighed som klubhus. Efter en grundig istandsættelse kunne Silistria indvies året efter. I 1999 arrangerede klubben veteran-VM, der med 3.600 deltagere, blev det største orienteringsløb i Danmark. Klubben har siden år 2000 været arrangør af den aarhusianske udgave af Femina Kvindeløb, hvilket har øget klubben indtægter og kunne muliggøre, at der blev ansat en sekretær og trænere. I 2006 stod klubben, sammen med Silkeborg OK, bag VM i orienteringsløb i Danmark. På åbningsdagen fik Claus Bloch bronze på sprintdistancen, som blev afholdt i Mindeparken i Aarhus. I starten af 2010'erne samledes nogle af Danmarks bedste kvindelige orienteringsløbere i Aarhus, og OK Pan etablerede en egentlig satsning på eliten.