Nathanaels Kirke blev indviet den 19. marts 1899.  Nathanaels Kirke blev opført på initiativ af Foreningen til opførelse af små kirker i København. Denne forening blev stiftet i 1886 af tre kvinder, Emilie Neergaard, Inger Marie Schiøler og Thea von Ripperda. Foreningen havde tilslutning fra kredse i hele landet. Når en kirke stod færdig, blev den overdraget til Kirkefondet, som stod for den videre drift.  Aktiviteter Kirken tilbyder en bred vifte af gudstjenester, aktiviteter og koncerter. Ved kirken er tillige en særlige indsats for børn og unge i samarbejde med FDF K12 Amagerbro  Orgel Et nyt orgel installeres i 2007.