Durkheim interesserede sig primært for, hvordan samfund kunne opretholde sin integritet og sammenhængskraft i den moderne æra, når fx fælles religion og fælles etnisk baggrund ikke længere kunne tages for givet. For at studere det sociale i moderne samfund, skabte Durkheim en af de første videnskabelige tilgange til sociale fænomener. Sammen med Herbert Spencer var Durkheim en af de første til at forklare eksistensen af og kvaliteten af forskellige dele af samfundet ved at se på, hvilken funktion de udfyldte i at holde samfundet sundt og afbalanceret. En position, der senere blev kendt som funktionalisme. Durkheim insisterede desuden på, at et samfund var mere end summen af dets dele. Derfor fokuserede han – i modsætning til Max Weber – ikke på, hvad der motiverede individuelle menneskers handlinger, men mere på studiet af sociale kendsgerninger. En term, som han indførte til at beskrive fænomener, som har en eksistens i sig selv og som ikke er bundet til individuelle menneskers handlinger. Han mente således, at sociale kendsgerninger har en uafhængig eksistens, større og mere objektiv end handlingerne hos de individuelle mennesker, der udgør samfundet. Sociale kendsgerninger, mente han, kan desuden kun forklares på baggrund af andre sociale kendsgerninger. I sin udgivelse fra 1893, Om den sociale arbejdsdeling, undersøgte Durkheim, hvordan social orden bliver opretholdt i forskellige typer af samfund. Han fokuserede på arbejdsdelingen og undersøgte hvordan den ændrede sig fra det traditionelle samfund til det moderne samfund. Forfattere før ham (fx Herbert Spencer og Ferdinand Tönnies) argumenterede for samfundsudviklingen som værende en slags evolution i stil med levende organismers bevægelse fra simple størrelser til at ligne avancerede maskiner. Durkheim vendte så at sige disse forfatteres argumentation om og indskrev sig således den voksende masse af socialdarwinistiske teorier. Han mente således, at det traditionelle samfund var mekanisk og holdt sammen af den kendsgerning, at alle var mere eller mindre ens og derfor havde meget tilfælles. I Durkheims argumentation er der i det traditionelle samfund en "fælles bevidsthed", der indfanger individets bevidsthed; Sociale normer er stærke og social adfærd er reguleret til at passe ind i den fælles bevidsthed. I et moderne samfund så Durkheim den komplekse arbejdsdeling som resulterede i en organisk solidaritet. Forskellige specialiseringer i arbejdet og forskellige sociale roller skaber afhængigheder, som binder folk til hinanden, fordi man ikke længere selv er i stand til at udfylde alle sine behov. I traditionelle, mekaniske samfund lever bønder sammen i små selvforsynende fællesskaber, som hver især er bundet sammen af en fælles arv og et fælles arbejde. I moderne organiske samfund tjener arbejderne penge og må stole på andre mennesker, som er specialiseret i fremstillingen af andre produkter, for at få opfyldt sine behov. Resultatet af en stigende arbejdsdeling er ifølge Durkheim, at individuel bevidsthed fremkommer adskilt fra fælles bevidsthed; og fra tid til anden er i konflikt med en fælles bevidsthed. Durkheim beskæftigede sig også med sammenhængen mellem måden, hvorpå solidaritet i et givet samfund viser sig og et fremherskende lovsystem. Han nåede frem til, at i samfund, kendetegnet ved det, han kaldte mekanisk solidaritet, bliver lovgivningen håndhævet som respons på en handling: Den kriminelle får en straf, der skal gøre det ud for samfundets manglende fælles bevidsthed, som handlingen er et resultat af. På denne måde kan lovgivningen holde et samfund sammen på trods af, at det ikke er kendetegnet ved en overordnet fælles bevidsthed. I et samfund med organisk solidaritet er lovgivningen derimod generelt forebyggende; dens sigte er ikke at straffe, men at underbygge "normale aktiviteter" i samfundet. Den hurtige skiften i samfundet, grundet en stadig mere udtalt differentiering af arbejdet, gør i Durkheims analyse normer diffuse og øger upersonligheden i det sociale liv, hvilket til sidst leder til en relativ normløshed, dvs. en udviskning af faste normer som adfærdsregulatorer. Durkheim kaldte denne tilstand for anomi. Fra denne tilstand af anomi kunne Durkheim forklare tilstedeværelsen af alle former for afvigende adfærd, især selvmord. Durkheim videreudviklede sit anomi-begreb i Selvmordet, oprindeligt udgivet i 1897. Her undersøger han de varierende selvmordsrater blandt protestanter og katolikker og forklarer, hvorledes større social kontrol blandt katolikker resulterer i lavere selvmordsrater. Ifølge Durkheim oplever folk en vis grad af tilhørsforhold til den gruppering, de tilhører. Et tilhørsforhold, han kalder social integration. Unormalt høje eller lave grader af social integration kan resultere i et uorganiseret samfund, som får folk til at ty til selvmord som en sidste udvej. I dette tilfælde er individet underintegreret og siges at begå "egoistisk selvmord". En høj grad af social integration kan ligeledes føre til, at individet begår selvmord for at undgå at blive en byrde for samfundet. Her siges individet at være overintegreret i samfundet og følgelig begå "altruistisk selvmord". Durkheim så det katolske samfund som besiddende en normal grad af integration, mens han så det protestantiske som værende kendetegnet ved en lav grad. Disse analyser har siden haft stor betydning for udviklingen af teorier om social kontrol, hvor analysen er flyttet videre fra protestantiske og katolske grupperingen til andre områder – fx ledelse. Durkheims analyse af selvmord bliver stadig betragtet som et klassisk sociologisk studie. Endeligt er Durkheim husket for sit arbejde med såkaldte primitive (dvs. ikke-vestlige) folk i udgivelser som Elementary Forms of the Religious Life fra 1912 og Primitive Classification, som han skrev sammen med Marcel Mauss. Disse arbejder undersøger religionens og mytologiens rolle i opbygningen af verdensbilledet hos mennesker, der lever i (som Durkheim formulerede det) ekstremt mekaniske samfund.