Tidligere var der på Samsø mange kommunale skoler i Nordby, Onsbjerg, Besser, Brundby, Kolby osv. Efterhånden blev de slået sammen, indtil der i 1990 kun var Tranebjerg skole tilbage, som den eneste kommunale folkeskole. Den 1. August i 2013 blev skolens navn ændret fra Tranebjerg skole til Samsø skole i stedet for. Elevgrupperne består af Indskolingsgruppen (0.-2. klasse), Mellemtrinnet (3.-6. klasse) og Udskolingen (7.-9. klasse). Samsø skole har en SFO tilknyttet med juniorklub, tweenclub og ungdomclub, derudover har Samsø kommune et ungdomstilbud om eftermiddagen for de ældste elever som hedder Grotten. Samsø skole lægger vægt på at modgå mobning og har derfor en anti mobbe handleplan.