Geding Sø er en kalkrig sø. Der har været problemer med et forhøjet klorofylniveau i søen den seneste dekade (ca. 3 gange højere end målsætningen). Da den har så lille et oplandsareal er fosfor og kvælstoftilførslen forholdsvist lavt sammenlignet med søerne i Danmark som helhed. På trods af det, er fosfortilførslen alligevel for høj og den eksterne tilførsel fra det omkringliggende landbrug, skal sænkes med 2 kg årligt. Der er også en intern fosfortilførsel og det kan vise sig nødvendigt med en restaurering af Geding Sø, når flere data foreligger. Som følge af den store jordforureningsag i den nærliggende landsby Mundelstrup Stationsby, er Geding Sø blevet forurenet med arsen. Tilførslen er vurderet som standset, og myndighederne har skønnet at arsen-indholdet vil aftage i fremtiden. Sedimentet har dog fortsat et højt niveau af det giftige stof og Geding Sø er derfor under observation.