Hertug Christian blev født 26. november 1570 som det andet barn og ældste søn af Hertug Hans den Yngre af Slesvig-Holsten-Sønderborg i hans første ægteskab med Elisabeth af Braunschweig-Grubenhagen. Hans den Yngre var en yngre søn af Kong Christian 3., der i 1564 ved arvedelingen efter faderens død havde fået tildelt nogle mindre dele af hertugdømmerne Slesvig og Holsten: Als, Sundeved, Ærø og Plön. Stænderne nægtede imidlertid at hylde og anerkende hertug Hans som regerende hertug på linje med sin bror Frederik 2. og onkler Hans den Ældre og Adolf. Hans den Yngre og hans efterkommere havde dermed ikke andel i hertugdømmernes fælles regering og blev derfor betegnet som afdelte hertuger.  Domherre i Strassburg På grund af sin alder, de andre sønner var for unge, og gode åndsevner blev Christian af faderen sendt til det tyske bispedømme Strassburg i Elsass, idet kun voksne ugifte fyrstelige mænd kunne blive domherrer (canonicus) i Strassburg. Han spillede som et af de ledende medlemmer af de protestantiske domherrer en rolle i kampene mellem katolikker og protestanter. Da han forblev ugift, for ikke at miste sine indtægter fra Strassburg, forbigik faderen ham som hovedarving (på Sønderborg) og tildelte ham det afsidesliggende Ærø, hvilken arv han tiltrådte efter faderens død, 9. oktober 1622.  Hertug af Ærø Han fik her 3 hovedgårde: Søbygård, Gråsten (dengang kaldet Gravensteen) og Gudsgave (dengang kaldt Gottesgabe) og, da der intet passende herresæde fandtes, 5000 Rdl. til opførelsen af et sådant. Han nøjedes dog med den beskedne bolig på hovedgården Gråsten og et hus i Ærøskøbing. Hertug Christian forblev ugift, men havde en husholderske (måske morganatisk kone?), Katharina Griebel, som fik datteren Sopie. Han levede ret selskabelig med sine naboer både på Fyn og slægtninger i hertugdømmerne.  Død og arvedeling Hertug Christian døde den 14. juni 1633 og blev af broderen hertug Frederik på Nordborg overført til dennes hertugsæde og her fra bisat i Egen Kirkes gravkapel, som Frederik få år forinden havde bygget for sin første hustru og deres spæde børn. Her fra flyttedes han 1813 til Nørborg Kirkes kapel. Hans efterladte arv deltes i fire dele mellem brødrene ved Forliget i Egernførde 6. februar 1634. Denne deling førte til et vanskelig skattestyre og smugling på øen.