Frederikke Amalie blev født den 11. april 1649 på Duborg Slot i Flensborg som den anden datter af kong Frederik 3. i hans ægteskab med Sophie Amalie af Braunschweig-Lüneburg, datter af hertug Georg af Braunschweig-Lüneburg. Hendes far var blevet kronet til konge af Danmark og Norge den 23. november 1648, cirka fem måneder før hun blev født. Hun blev gift den 24. oktober 1667 på Glücksborg Slot med hertug Christian Albrecht af Slesvig-Holsten-Gottorp. De fik fire børn. Hertuginde Frederikke Amalie døde den 30. oktober 1704 på slottet i Kiel.  Efterkommere Frederikke Amalie blev tipoldemor til Katharina den Store gennem sønnen Christian August. Samtidig blev hun tipoldemor til Katharinas ægtemand, kejser Peter 3. af Rusland gennem sønnen Frederik. I tillæg blev hun bedstemor på fædrene side til kong Adolf Frederik af Sverige.