Fjordtrafikken startede i 1866 med fjorddamperen "Seemöwe"' og samme år kom der dampskibsforbindelse fra Flensborg over Kollund, Lyksborg, Egernsund og Gråsten.  To år senere sejlede damskibene "Seeadler" og "Heinrich-Adolph" til de nye anlægspladser i Rønshoved, Rinkenæs-Sandager og Brunsnæs. I marts 1873 startede flere rederier sejlruter fra Flensborg til Sønderborg-Flensborg.  Om sommeren fra cirka 1880 til 1920 samlede der sig efterhånden på nordsiden af Flensborg Fjord i Kunstnerkolonien Egernsund, hvor tilrejsende kunstmalere overvejende fra Tyskland  mødtes med lokale kunstmalere. I dag er ca. 50 af Egernsundmalernes værker en fast del af udstillingen på Museumsberg Flensburg.  Efter Genforeningen i 1920 tabte Flensborg sit bagland og i begyndelsen af 1930erne sluttede en stor del af fjordtrafikken. 1935 begyndte rederiet "Förde Reederei" med motorskibene Forelle og Libelle at sejle turistsejlads til Solitude ved Holnæs og til Langballeå. Under 2. verdenskrig supplerede kvægtransporten personskibsfarten.   Marineschule Mürwik i Mørvig blev i de sidste dage af krigen tilflugtsted for den sidste tyske rigsregering. Sonderbereich Mürwik (Enklave Mørvig) var fra 3. maj til den 23. maj 1945 den sidste tyskkontrollerede enklave i Nazityskland. Herfra indledte regeringen under ledelse af storadmiral Karl Dönitz, forhandlinger om kapitulation, der blev underskrevet den 7. maj 1945 i Reims. Det tredje Rige ophørte dermed at eksistere. Rustningsminister Albert Speer, Hitlers efterfølger storadmiral Karl Dönitz, den tyske generalstabschef generaloberst Alfred Jodl og andre højtstående regerings- og nazipartimedlemmer blev taget til fange den 23. maj 1945.  Marineskolen var og er den tyske marines officersskole. Med den mere end 200 m lange havnefront og det ca. 60 m høje tårn dominerer skolen store dele af den sydøstlige bred af fjorden. Selve flådehavnen med tilhørende indretninger blev nedlagt omkring 1990. 1953 begyndte den første spritrute eller "Butterfahrt" mellem Kollund og Flensborg. Den afgiftsfrie spritbådssejlads bredte sig de følgende år til de andre havnebyer i og omkring fjorden. Denne trafik sluttede omkring år 2000 da afgiftsfriheden ophørte.