Skeletterne i udstillingen er udvalgt så det kan belyse sygdomme, levevilkår og dødsårsager i middelalderen. Samtlige kranier krigslæsioner samt mange underarmsknogler med såkaldte parérbrud er også udstillet. Desuden er der udstillet en del genstande, som er fundet ved udgravningerne, hvilket indbefatter lægeinstrumenter, syredskaber og pilgrimstegn. Der er også et udvalg af detektorfund fra området omkring Æbelholt, hvilket bl.a. inkluderer en præsts segl. Museet har også en klosterhave med knap 100 forskellige middelalderlige lægeplanter. Haven blev anlagt i 1957 som en rekonstruktion af klosterhaven fra St. Gallen i Schweiz.