I moderne tid har begrebet skiftet betydning, således at der ved magistratsregering forstås en styreform, hvor mindretal er sikret en forholdsvis indflydelse i regeringen. Princippet kendes fra Schweitz og Retsforbundet har i Danmark   været fortaler for dette princip.  Kommunal betydning I Danmark benyttes begrebet magistrat i øvrigt om ledelsen af en kommune. Den består typisk af borgmesteren, rådmændene og eventuelt et antal menige medlemmer af kommunalbestyrelsen. Kun de største kommuner har mulighed for at at etablere magistrater. Aktuelt er det kun Aarhus Kommune, Aalborg Kommune og Frederiksberg Kommune, der benytter sig af den mulighed. Tidligere har også København, og Odense haft magistratsstyre, og i disse kommuner kaldes borgmesteren og rådmændene (i København overborgmesteren og borgmestrene) stadig for magistraten til trods for at de nu har mellemformstyre. Magistrater er i Danmark kendt tilbage fra Københavns privilegier  fra 1661, og købstadsforordningen  fra 1682.