Heiligenstedten ligger umiddelbart  vest for  Itzehoe ved floden Stör, der fra  Heiligenstedten til udløbet i Elben er en  Bundeswasserstraße. Gennem kommunen går  Bundesstraßen 5 og 204 samt jernbanelinjen Marschbahn fra  Hamborg til Westerland. Heiligenstedten havde fra 1899 (banens åbning) til 1971 egen station på linjen.  I kommunen ligger ud over hovedbyen landsbyerne Julianka og Juliankaholz, samt  Schloss Heiligenstedten .