Bågø Kirke blev bygget i 1861 for 3000 rigsdaler, som kom fra ekstrabevilling på finansloven, og 2000 rigsdaler, som øboerne selv kom med. Greven af Wedellsborg, Karl Wedell, skænkede en ikke ubetydelig kapital til lønning af en præst på Bågø og gav saaledes anledning til, at øen blev udskilt fra Assens sogn, at kirken blev bygget, og der blev oprettet et særskilt præsteembede paa Bågø ( Taget fra "Grevskabet Wedelsborgs historie" af Claudius Madsen udgivet 1875. . Da Bågø Kirke blev bygget, forlangte Karl Wedell, at han fra sit gods på Fyn skulle kunne se lyset i kirken. Derfor ligger kirken på øens nordside. Jens Voldum, der var præst på Bågø i 1880-1884, skriver i sine erindringer: "Mens Øen havde sin Kirke i Assens kom Folk kun i Kirke ved Bryllup, Begravelse, Daab og Altergang, hvortil de drog i stort Baadfølge 2 Gange Aarligt". Den sidste præst og skolelærer stoppede på Bågø i 1956.