Simon Baker er født af en High School engelsk lærerinde, Elizabeth Labberton, og pedel/mekaniker, Barry Baker, den 30. juli 1969 i Launceston, der ligger i Tasmanien. Han er katolsk opdraget. Da han var ung, blev hans forældre skilt. Hans mor blev senere gift med slagteren Tom Denny. Baker har også en søster som er læge i Australien og en yngre halvbror. I 1972, flyttede familien til Ballina i New South Wales for bedre betalende jobs. I 1986, afsluttede Baker Ballina High School efter sin folkeskoleuddannelse på St. Francis Xavier Primary School i Ballina.  Personlig liv I 1998, giftede Baker sig med skuespillerinde Rebecca Rigg. De har tre børn: Stella Breeze (født 8. august 1993), Claude Blue (født 1998) og Harry Friday (født 19. september 2001). Skuespillerinde Nicole Kidman er gudmor til Harry, mens Naomi Watts er gudmor til Claude. I august 2010 blev Baker amerikansk statsborger.