Turings homoseksualitet, som han aldrig selv gjorde nogen hemmelighed af, gjorde at han i januar 1952 indledte et forhold til den nittenårige Arnold Murray, han tilfældig mødte udenfor Manchesters Regal Cinema, der var et område kendt som mødested for trækkerdrenge, der ofte opholdt sig der. Murray ville ikke have betaling eller anses som prostitueret, men bad flere gange Turing om penge til "betaling af gæld". Kort tid efter var der indbrud i Turings hjem, og ejendele til en værdi af ca. 50 pund var fjernet. Murray bedyrede sin uskyld, men indrømmede at have diskuteret forholdet med en bekendt, der muligvis stod bag indbruddet. Da Turing gik til politianmeldelse, blev han selv arresteret – for at have haft et homoseksuelt forhold. Han slap for fængselstraf mod at underkaste sig østrogen-indsprøjtninger. Om morgenen 8. juni 1954 blev han fundet død af sin husholderske, Mrs Clayton. Han havde spist af et æble, der var fyldt med cyanid. Sandsynligvis af hensyn til hans mor, blev det fremstillet som et uheld, da han opbevarede kemikalier i hjemmet, men utvivlsomt var det et selvmord – arrangeret nok med tanke på Disneys Snehvide og de syv dværge, der var en af Turings yndlingsfilm. Som forfatteren David Leavitt siger i sin Turing-biografi The man who knew too much: "Måske tænkte Turing, at æblebidden ikke tog livet af Snehvide; tværtimod faldt hun kun i søvn, og venter på at prinsen skal vække hende med sit kys..."  Undskyldning og benådning I august 2009 lavede John Graham-Cumming en opfordring til den britiske regering om at undskylde for forfølgelsen af Turing, hvilket fik premierminister Gordon Browns regering til at give en officiel undskyldning den 10. september 2009, for den måde hvorpå Turing blev behandlet efter krigen. Den 10. december 2011 lavede William Jones en såkaldt e-petition, der anmodede den britiske regering om at benåde Turing for hans anholdelse med sigtelsen "gross-indecency" Underskrivningsindsamlingen fik over 37.000 signaturer, men blev afvist af justitsministeren Tom McNally med den begrundelse at "En posthum benådning blev ikke anset for hensigtsmæssig, da Alan Turing blev korrekt dømt for hvad der på det tidspunkt var en strafbar handling." McNally var indsat under Gordon Browns efterfølger, David Cameron.  Den 26. juli 2012 blev der fremsat et lovforslag i Overhuset, om at give Turing en lovbestemt benådning for sine lovovertrædelser. Den 23. december 2013 blev Turing benådet af det engelske kongehus 61 år efter sin død. Benådningen dannede basis for ny lov kaldet Alan Turing-loven, som betød at afdøde kunne blive benådet posthumt, og at nulevende kan søge om at få deres dom slettet.  Skildring på film I den historiske dramafilm The Imitation Game fra 2014, instrueret af Morten Tyldum, blev Turing spillet af Benedict Cumberbatch, og hans kortvarige forlovede Joan Clarke af Keira Knightley.