Kernen i SafeSeaNet arkitektur er EIS (European Index Server). Dette fungerer som et sikkert og pålideligt indeks system i en "hub and spoke" netværk (herunder godkendelse, validering, transformation af data og logning), der sender ansøgninger om, og modtager meddelelser og svar fra godkendte brugere. Brugere kan levere og / eller anmode om data.