Benny Alex har rod i de kristne vækkelsesmiljøer, navnligt Luthersk Missionsforening, og har i en årrække være fast klummeskibent i ugeavisen Udfordringen, et kirkeligt magasin fra det karismatiske miljø. I 2000 udkom bogen Vejen Ud hvori han tager et personligt opgør med den dogmatiske kristendom, der kendetegnede de etablerede kirkesamfund han kom fra, og blev samtidig genstand for en betydelig kritik fra disse . Alex betegner sig selv som 'eksilkristen' (udtrykket har reference til den jødiske dispora og betegner dels en erfaring af hjemløshed og dels et krav om paradigmeskift). Det var blandt andet gennem sit arbejde med Søren Kierkegaards forfatterskab, at Alex fik syn for 'hin enkelte', hvor troen beskrives som et fænomen, der ikke kan overtages udefra, men som noget, der må vokse frem frem indefra som et resultat af den enkeltes kampe, kriser og erkendelser. Efter udgivelsen af Vejen ud dannede Alex netværket 'Drivhuset' sammen med andre eksilkristne.  I 2008 udkom bogen Mødet med Eckhart, der handler om den tyske middelalderteolog og mystiker Meister Eckhart (1260-1328), som blev fordømt af paven for kætteri. Alex drager paralleller mellem middelaldermunken og en af vor tids moderne mystiker, tyskeren Eckhart Tolle.  Teologi Benny Alex' teologi kan efter opgøret med den missionske og karismatiske kristendom betegnes som et emerging church-fænomen. Alex taler om behovet for et paradigmeskifte, hvori den klassiske dogmatiske bestemmelse af kristendommen udfordres af den mere erfaringsbåren dimension. Hans spiritualitet er inspireret af apofatisk teologi, der afviser den dualistiske opstilling af den gode Gud overfor det onde menneske. Forening med Gud søges ikke opnået gennem forsagelse og udskillelse af det onde, men gennem en erkendelse, hvor det onde opløses i mødet med det gode.