Ud over at være en fast støtte for Øresundsforbindelsen er Peberholm også et naturligt eksperiment. Der bliver ikke sået græs eller andre vækster på øen, og det er meningen, at plantevæksten skal ske ved naturlig spredning af frø. De første buske som pil, birk og havtorn er her allerede«. Øen er således under stadig overvågning af biologer. For at muliggøre et hurtigt indtog af planter har man brudt øens vandrette overflade ved at etablere mindre, vandfyldte bassiner samt stenhøfder lavet af sten hentet fra Øresunds bund. To selvdannede søer har tiltrukket vadefugle og ænder. Om 10-15 år er der på grund af en langsom mulddanelse sandsynligvis krat på øen og sangfugle vil få mulighed for at leve der. Lunds Botaniske Forening havde frem til den 20. juni 2007 opdaget 454 plantearter. I 2010 var der 500 plantearter, 10-12 harer og et ukendt antal mark-, hus- og halsbåndsmus og i 2011 var der optalt 25 fuglearter. Harerne er vandret over isen fra Saltholm. I juli 2005 blev der opdaget en edderkop med det latinske navn Tegenaria agrestis på øen. Edderkoppen blev anset for at være yderst sjælden i både Danmark og Sverige og blev første gang opdaget i Norden i Nordjylland i 2002. Siden er den fundet mange steder i landet, og det formodes den er ret almindelig.