Steffen Ernemann spillede i sine ungdomsår i Odder IGF og BMI. Derefter skiftede han til AGF som første års ynglingespiller. I 2003 skiftede han til AC Horsens og i 2007 til Silkeborg IF, hvor han spillede 2 sæsoner. I sommeren 2009 skiftede Steffen Ernemann til belgiske Zulte Waregem.  Esbjerg fB I sommertransfervinduet 2011 skiftede han tilbage til Danmark, hvor spillede for Esbjerg fB i to sæsoner hvor han var med til at vinde dansk pokalmester 2013. Han forlod således klubben i sommeren 2013, da han ikke var tilfreds med den manglende spilletid i foråret 2013.  Sarpsborg 08 I august 2013 indgik Steffen Ernemann en kontrakt for resten af 2013 med den norske Tippeligaklub Sarpsborg 08. Steffen Ernemann's 2-1 scoring i hjemmekampen mod Brann 18. oktober blev kåret til årets mål i Tippeligaen 2013 af spillerorganisationen. NISO I december 2013 forlængede Steffen Ernemann sin kontrakt med Sarpsborg 08 for yderligere 3 sæsoner.