Den 176,38 km² store Vágar er forholdsvis kompakt i formen, men er ca. 22 km på det længste i nordvestlig–sydøstlig retning. På det bredeste er øen ca. 12 km. Vágar er adskilt fra Streymoy ved Vestmannasund i øst og fra Mykines ved 4 km brede Mykinesfjørður i vest. Mikkjal á Ryggi har beskrevet Mykinesfjørður som "det værste havområde på Færøerne." Den 3,5 km lange Sørvágsfjørður skærer ind i landskabet vest fra. De nordøstre dele af Vágar er forholdsvis lavtliggende, mens de nordvestre dele er kuperede og bratte. Øens højeste fjeld er Árnafjall (722 moh.) og Eysturtindur (715 moh.) ved Gásadalur. Vágar har til sammen 39 fjelde. På Vágar ligger øgruppens to største indsøer, Sørvágsvatn (3,57 km²) og Fjallavatn (1,03 km²). Grænsen mellem oens to kommuner er trukket gennem disse to indsøer, i nordvestlig–sydøstlig retning. Fjallavatn afvander i havet nordover gennem en 80 m høj fos i det 1,5 km lange vandløb Reipsá. Sørvágsvatn afvander i havet sydover gennem den 32 m høje Bøsdalafossur. Sørvágsvatn er på det meste 59 m dyb, 6 km lang og 0,8 km bred. Vatnsoyrar i indsøens nordlige ende er Færøernes eneste indlandsbygd. Omkring Vágar ligger 62 holme og skær, de fleste i nordvest og syd. Færøyenes største holme, den 65 hektar store Tindhólmur, ligger ved Sørvágsfjørður. Den højeste af Tindhólmurs fem tinder rager 262 moh. Den 10 hektar store Gáshólmur er Færøernes fjerde største, og rager på det meste 65 moh. Andre holme er Skerhólmur, Trøllkonufingur, Dunnusdrangar og Filpusardrangur. Drangarnir mellem Tindhólmur og Vágar er to karakteristiske klippeskær. Klippen Trælanípan rager på det meste 142 moh.  Historie Vágar og Mykines havde fælles ting i middelalderen. Tinget blev antageligvis holdt i Miðvágur.