Doller udspringer i omkring 900 meters højde nordvest for Baerenkopf i nærheden af Ballon d'Alsace i Vogeserne. Allerede på dette sted hedder den Doller og modtager Wagenstallbach på venstre bred. Efter at den er drejet mere end 180° i en stor bue flyder den gennem Vallée de la Doller i Canton de Masevaux i sydøstlig retning. I denne dal løber den gennem kommunerne Sewen, Dolleren, Oberbruck, Kirchberg, Wegscheid, Niederbruck, Sickert, Masevaux og Sentheim. Ude af Vogeserne ændrer floden retning og flyder mod øst. I Mulhouse udmunder den i en højde på omkring 235 m i floden Ill.  Hydrologi Ved udmundingen i Ill udgør den gennemsnitlige vandmængde 4,26 m³/s. Afvandingsområdet er på 215,4 km².