På de sandede jorder på  Hårup Sande ligger den kunstige sø Schoubyes Sø. I vestenden af skoven, op til Århusbakken ligger den lille  Lillesø, der er  en naturlig, uforurenet sø på 1,5 ha omgivet af hængesæk med bl.a. kæruld og tørvemos.  Naturbeskyttelse Et bælte langs Remstrup Å, over Dronningestolen, Ulvehoved til Vadsti Dal og gennem Hårup Sande til Gudenåen  er udlagt til særlige naturskovstyper, i medfør af Naturskovsstrategien, og er  en  del af EF-habitatområde 181 og Natura 2000-område nr. 57 Silkeborgskovene. I Nordskoven er der 79,3 ha der er omfattet af  naturbeskyttelseslovens § 3, fordelt på 44,6 ha sø (hvoraf Silkeborg Langsø udgør 39,6 ha), 13,2 ha mose (hvoraf ca. halvdelen er skovbevokset), 8,1 ha hede, 6,9 ha vandløb (Remstrup Å) og 1,9 ha eng. Der er udlagt 281,1 ha til særlige naturskovstyper under Natuskovsstrategien.