NCCIH blev etableret i oktober 1991, som Office of Alternative Medicine (OAM), som blev re-etableret som NCCAM i oktober 1998 og igen som NCCIH i December 2014. Navneændringen til NCCIH har været diskuteret som et forsøg fra centeret for at afbøde kritik, eksempelvis for at undgå udtrykket "alternativ" og at distancere sig fra at have finansieret undersøgelser af tvivlsom værdi. NCCAM's erklærede mission fortæller, at de er "dedikeret til at udforske komplementære og alternative helbredelsepraksisser ud fra et strengt videnskab synspunkt, uddanne forskere i  komplementær og alternativ behandling; og formidling af autoritativ information til offentligheden og fagfolk." Som NCCIH, er missionen "at definere, gennem en streng videnskabelig undersøgelse, anvendeligheden og sikkerheden af komplementære og alternative behandlingsinterventioner, og deres roller i at forbedre sundhed og sundhedspleje."  Kritik NCCIH er blevet kritiseret af Steven E. Nissen, Stephen Barrett, og Kimball Atwood blandt andre, for, sammen med den National Heart, Lung and Blood Institute, at finansiere en undersøgelse af EDTA kelation terapi i forbindelse iskæmiske hjertesygdom, som varede i omkring 10 år og koste omkring $31 millioner, selv om mindre, kontrollerede forsøg vist at kelation er ineffektivt. Andre NCCIH-finansierede undersøgelser, har omfattet fordelene ved fjernbøn for AIDS-ramte, virkningerne af citron- og lavendel æteriske olier på sårheling, "energi kelation", og "rotter stresset af hvid støj".