Thomas Christensen startede med at for Tårnby Boldklub, før han skiftede til Farum Boldklub. I slutningen af 2001 indgik han dog ikke længere i klubbens fremtidsplaner og spillede et halvt år i serieklubben Nivå-Kokkedal Fodboldklub, inden han i sommeren 2002 skiftede til Hellerup IK. I den hvide HIK-trøje var Thomas Christensen en målfarlig herre og det blev til hele 46 divisionsmål indtil slutningen af 2005, da Hellerup-klubbens topscorer skiftede til Fremad Amager ved årsskiftet. Fremad Amager måtte dog undvære ham i i forårets første kamp mod Brabrand IF, idet han sad ude med en karantæne, som han fik efter en kamp for sin tidligere klub.  Han spillede i Fremad Amager frem til sommeren 2007, hvor han blev hentet til Hvidovre IF. Han skiftede sidenhen tilbage til Fremad Amager, hvor han stoppede sin karriere efter sæsonen 2011-12.