Den primære brug af Malojapasset under romertiden var som en adgangsvej til Julierpasset og gennem til Tyrol langs Via Claudia-ruten. Septimerpasset var vigtigere, da det var kortere og en mere direkte nord-syd-forbindelse. Passet blev mere benyttet efter opførelsen af en lille vej i 1776 og en mere moderne vej med 22 sving blev bygget i 1827.  Vejen blev fuldstændig genopbygget i 1957 til omkring dagens standard. Opførelse af San Bernardino-vejtunnelen i 1967 og Gotthard-vejtunnelen i 1980 betød en betydelig nedgang i godstransporten over Maloja-passet.