I år 1263 blev Sankt Agnete Kloster, et dominikanerkloster for kvinder, grundlagt i Roskilde – Agnes skulle være dets forstander og abbedisse. Hendes søster Jutta kom til klosteret i 1266, hvor hun overtog stillingen som priorinde. Omkring 1270 forlod de Sankt Agnete Kloster, hvorefter Jutta tog ophold hos søsteren Sofie, der var dronning af Sverige, mens Agnes' skæbne de første 15 år efter flugten er ukendt. De to prinsessers brud med klosterlivet vakte opsigt i samtiden. Kort før sin død i 1282, erklærede enkedronning Margrethe Sambiria derfor i selvforsvar, at hun intet ansvar havde haft for prinsessernens handlinger, og at de frivilligt havde valgt at tage sløret.   Agnes ser siden ud til at have fået kontrol over dele af sin fædrene arv, da hendes godstransaktioner findes dokumenteret på Sjælland. I 1286 skænkede hun gods i Hesselby til Sorø kloster og i 1288 gods i Bukkerup til Sankt Clara Kloster. Længe efter hendes død var der dog stridigheder omkring søstrenes gods mellem arvinger, konge og Skt. Agnete Kloster. Klosteret formåede omsider at sikre sig det meste af det omstridte gods og overlevede helt frem til reformationen.