Navigationsdirektør var titlen på en dansk embedsmand, hvis hverv det var at føre tilsyn med undervisningen og afholde eksamen på navigationsskolerne. Oprindeligt var der kun én navigationsskole i landet, nemlig i København. Den første navigationsskole blev oprettet i ankersmedjen, der senere blev til Holmens Kirke, af Christian IV i 1619. Den blev fra 1685 drevet af Københavns Skipperlav og blev senere til Københavns Navigationsskole. Fra 1767 kunne andre organisationer end Københavns Skipperlav oprette navigationsskoler, men navigationdirektøren havde stadig privilegium på at genemføre eksaminer. Fra 1869 blev navigationsdirektør et særligt embede, som ikke kunne være en bibeskæftigelse. Før da havde mange navigationsdirektører sideløbende haft en karriere som undervisere eller søofficerer.