Le Perthus ligger ved et bjergpas af samme navn i Pyrenæerne op til den spanske grænse. Mod nord ligger Le Boulou (10 km) og mod syd La Jonquera.  Historie Bjergpasset har været kendt siden antikken, men nævnes første gang med sikkerhed i det 14. århundrede. Kommunen blev først grundlagt i 1836 ved en sammenlægning af kommunerne Les Cluses og l'Albère. Stor modvilje mod sammenlægningen førte til en opsplitning i 3 kommuner i 1851. I 1939 passerede en stor flygtningestrøm fra den Spanske Borgerkrig gennem passet.