Den tredje generation af Polo (internt kendt som type 6N) blev præsenteret i september 1994 og var helt nyudviklet. Tidlige versioner havde dog motorer fra Polo II. Polo III var den første Polo, som både fandtes som tredørs og femdørs. Den blev bygget frem til oktober 2001. Til Polo III, Golf III og SEAT Ibiza II benyttede Volkswagen en strategi, hvor mange komponenter og hjulophæng kunne udskiftes indbyrdes mellem disse tre modeller. Selv om instrumentbrættet og en række mekaniske komponenter, inklusive motorer, var fælles med Ibiza havde Polo et andet udvendigt design. I starten fandtes Polo kun som tre- og femdørs hatchback, men i november 1995 tilkom en firedørs sedan med navnet Polo Classic og i marts 1997 en femdørs stationcar med navnet Polo Variant. De to sidstnævnte modeller blev internt betegnet 6K og var i realiteten omdøbte versioner af SEAT Córdoba. I alt blev der mellem efteråret 1994 og efteråret 2001 solgt 645.000 Poloer af type 6N og 6N2.  Motorer Ved introduktionen fandtes Polo III med benzinmotorer på 1043 cm³ med 33 kW (45 hk) og 1296 cm³ med 40 kW (55 hk) hentet fra forgængeren, samt en 1598 cm³-motor med 55 kW (75 hk) hentet fra Golf. En ny 1390 cm³-motor med 44 kW (60 hk) afløste 1296 cm³-motoren i sommeren 1995, og samtidig fik 1598 cm³-motoren multipoint-indsprøjtning mens effekten forblev uændret. Desuden tilkom en sugedieselmotor på 1896 cm³ med 47 kW (64 hk). I sommeren 1996 blev 1043 cm³-motoren afløst af en ny 999 cm³-motor bygget af aluminium med multipoint-indsprøjtning og 37 kW (50 hk). Polo Classic og Variant kunne også leveres med en 1595 cm³-motor med 74 kW (100 hk) samt for første gang en 1896 cm³-turbodieselmotor med 66 kW (90 hk). På grund af det mindre motorrum kunne tre- og femdørsmodellerne ikke leveres med en turbodieselmotor før faceliftet sidst i 1999.  Facelifts I midten af 1997 blev modelserien 6N1 teknisk modificeret til modelåret 1998 med både mindre og større ændringer. Den største ændring var det nye elsystem (det gamle elsystem frem til 1997 var hentet fra Golf III, mens det nye svarede til Lupos), såvel som materialerne som dog optisk var identiske. Dog var kombiinstrumentet nydesignet. Forskellen var som følger: Den oprindelige version (frem til og med modelåret 1997) havde to store runde målere i midten: Speedometeret til venstre og omdrejningstælleren til højre. Under dem sad en samlet række med kontrollamper, og i siderne sad der to små runde målere: Til venstre kølevæsketemperaturen og til højre brændstofstanden. Den reviderede version (fra og med modelåret 1998) havde i midten et firkantet felt med kontrollamper. Derover sad to små runde målere: Til venstre kølevæsketemperaturen og til højre brændstofstanden. I siderne sad der to store runde målere: Til venstre omdrejningstælleren og til højre speedometeret. Derudover var såvel skiverne som viserne gennembelyste. Udefra kan den modificerede 6N1 kendes på låsen til bagagerummet. På den oprindelige model var nøglehullet vandret og på den faceliftede model lodret, og desuden havde nøglen til den oprindelige model yderbaneprofil, mens den til den modificerede model havde inderbaneprofil. Baglygterne på den modificerede 6N1 var mørkere end på den oprindelige version. I efteråret 1999 blev modelserien optisk komplet modificeret og teknisk videreudviklet til modelåret 2000. Betegnelsen var nu 6N2 eller 6N Facelift.  Polo III (6N, 1994−1999) Polo III findes også i en firefarvet model, Harlekin, som oprindeligt kun var beregnet til reklame som symbol for "byggeklodsprincippet", men som senere også blev bygget som rigtig modelvariant. Som varebil til Deutsche Post blev Polo 6N bygget uden passagersæde og bagsæde og med 1,9-liters dieselmotoren med 47 kW (64 hk). Denne blev registreret som lastbil (i Tyskland "LKW") for at spare afgift. Modelbetegnelsen var 6NF, som ofte bliver anvendt fejlagtigt om den faceliftede model. Fra ca. 1997 blev 6NF udstyret med en 1,7-liters SDI-motor med 44 kW (60 hk), nogle gange med passagerairbag i stedet for det ekstra fralægningsrum.