Halimi blev født og voksede op i Tyskland.  Brøndby IF Den 26. juni 2017 skiftede Halimi på en et-årig lejeaftale til Brøndby IF. Han scorede i sin superligadebut på hjemmebane mod F.C. Midtjylland den 16. juli 2017. FSV Mainz 05 og Brøndby IF kunne i første omgang ikke blive enige om en købsaftale. De nåede dog til enighed til slut i transfervinduet og offentliggjorde hans comeback den 30. august 2018. I forbindelse med dette udtalte Besar Halimi at han aldrig havde haft så stærk en følelse for en klub, som han havde for Brøndby IF.