Ferdinand blev født den 6. maj 1769 i Firenze, hovedstaden i Toscana, som det tredje barn og anden søn af den daværende Storhertug Peter Leopold af Toscana i hans ægteskab med Infantinde Maria Ludovika af Spanien, datter af kong Karl 3. af Spanien. Hans far var en yngre søn af Maria Theresia af Østrig og den Tysk-romerske kejser Frans 1. Stefan. Leopold havde ved faderens død i 1765 arvet storhertugdømmet Toscana, som han regerede, indtil han i 1790 blev Tysk-romersk kejser som Leopold 2. ved storebroderen kejser Josef 2.s død. Ferdinand voksede op med sine mange søskende ved faderens hof i Toscana. Ferdinand overtog regeringen i storhertugdømmet Toscana, da faderen blev valgt til kejser i 1790. Han blev fordrevet af franskmændene i 1799 og afsat i 1801. I 1803 blev han i stedet udnævnt til kurfyrste af Salzburg, og i 1806 blev han udnævnt til storhertug af Würzburg. I 1814 blev han genindsat som storhertug af Toscana, hvor han døde i 1824.  Ægteskab Ferdinand blev gift første gang per stedfortræder den 15. august 1790 i Napoli med prinsesse Louise af Napoli og Sicilien (1773-1802), datter af kong Ferdinand 1. af Begge Sicilier. Vielsen blev bekræftet med deltagelse af brudgommen selv den 19. september 1790 i Wien. De fik 5 børn. Han blev gift anden gang den 6. maj 1821 i Firenze med prinsesse Maria Ferdinanda af Sachsen (1796-1865), datter af arveprins Maximilian af Sachsen. De fik ingen børn.