Hun var det tiende barn af af den portugisiske konge Sancho 1. og Dulce af Aragonien. Hendes mor døde allerede i 1198, hendes far i 1212; men allerede i 1211 havde hendes bror Alfons 2. tilranet sig kongemagten, og forsøgte så at fratage sine søskende deres fædrene arv. Det er måske årsagen til, at Berengaria kom til Flandern, hvor en anden bror, Ferrando eller Ferdinand, var blevet greve takket være et ægteskab, arrangeret af kong Filip 2. af Frankrig.  Dronning af Danmark Berengaria blev præsenteret for kong Valdemar Sejr gennem hans søster, Ingeborg, der var blevet gift med kong Filip 2., før han nærmest omgående forstødte hende. Berengaria blev gift med Valdemar Sejr i maj 1214. Deres bryllup omtales i en nederlandsk kilde, Reineri Annales.  I Valdemarårbogen kaldes hun ved samme lejlighed "grev Ferrando af Flanderns søster". Ægteskabet blev nok arrangeret som et træk i grevens diplomatiske spil, da han allierede sig med kong Johan af England og kejser Otto 4. af Tyskland mod den franske konge (som ellers havde hjulpet ham til magten i Flandern) og ønskede støtte også fra Danmark. Omfanget af Berengarias morgengave er ukendt; men den blev stadfæstet af paverne Innocens 3. og Honorius 3., og det var usædvanligt.  I et kongeligt diplom udstedt på kongsgården på Samsø i 1216 optræder Berengaria som brevvidne. Ved løskøbelsen af Valdemar og hans ældste søn, Valdemar den Unge, fra fangenskabet på Lyø i 1225 - altså efter hendes død - indgik i løsesummen "alt det guld, som havde hørt til dronningens pryd, med undtagelse af kronen, og det hun før sin død havde givet kirker og klostre".  Dermed er Berengaria den første danske dronning, hvis krone findes omtalt.  Rimeligvis var det et ønske om at bevare tilknytningen til Portugal, der fik Valdemar Sejr som enkemand til at arrangere et ægteskab mellem Valdemar den Unge og Berengarias brordatter Eleonore af Portugal, Alfonso 2.s datter. Ligesom sin faster døde Eleonore i barsel og blev gravlagt under det samme kirkegulv i Ringsted.  Død og eftermæle Berengaria døde angiveligt i barselsseng ligesom sin forgænger, Dagmar. Hun ligger begravet i Skt. Bendts Kirke i Ringsted. Hun havde ry for at være ualmindelig smuk. Da kong Frederik 7. i 1855 fik åbnet hendes grav, fandtes den forstyrret; i den lå skelettet af en omkring 160 cm høj kvinde; noget silketøj og hendes fletning. Anatomiprofessor Ib Pedersen, som var med til udgravningen, blev så begejstret over Berengarias hovedskal, med helt fejlfrie tandrækker, at han fik kongens tilladelse til at tage en gipsafstøbning af den. Afstøbningen kan ses i Skt. Bendts Kirke.