Wankendorf er beliggende i Wankendorfer Seengebiet, omkring 15 km øst for Neumünster i nærheden af Stolper See og Belauer See. Kommunen ligger ved motorvejen A21 fra Kiel mod Bad Segeberg. I kommunen ligger ud over Wankendorf, landsbyerne og bebyggelserne Bansrade, Bockelhorn, Jägersberg, Kölling, Köllingbek, Kuhlrade, Löhndorf, Obendorf og Schimmelhof samt godset Löhndorf.