Åen er levested for en del rødlistede arter: isfugle, karpefisk (latin: Gobio gobio og Barbatula barbatula), tykskallet malermusling (latin: Unio crassus), ål og billen (latin: Hydraena pulchella). I perioden maj til november vandrer havørreder op i Saxåen for at gyde. Om vinteren overvintrer rovfugle langs åen og ved udløbet. Langs åen er der to naturreservater og flere interessante naturområder: "Flygeltofta ängar" og "Dagstorps mosse". Flygeltofta ängar Saxån løber ud i Øresund 4 km sydvest for Landskrona over Lundåkrabugten ängar, der er et cirka 60 ha stort naturreservat. Området er meget fladt og oversvømmes fra tid til anden. Her vokser mange salttolerante planter. Ved udmundingen deler åen sig i to løb omkring Koön. Området nord for øen er naturreservat, der er blevet afgræsset langt tilbage i tiden, hvor der bl.a. vokser harrilgræs, kryb-hvene, strand-asters, strand-trehage og stilket kilebæger (latin: Atriplex pedunculata). Den rødlistede Eng-Byg er genudplantet efter at have været forsvundet. På Flygeltofta ängar ruger blandt andet almindelig ryle, klyde og dværgterne (latin: Sternula albifrons). Syd for udløbet vokser siv og strand-kogleaks. Hele engområdet er en meget vigtig rasteplads for trækfugle og er af Naturvårdsverket klassificeret som en kystnær lokalitet med international betydning for fuglelivet.