Manuae (fransk île Manuae, tidligere Scilly) er en ø i Fransk Polynesien i Stillehavet.  Geografi Manuae er en atol som ligger i øgruppen Selskabsøerne ca. 370 km nordvest for Tahiti. Hovedøen har areal på ca. 4 km² og er ubeboet. Forvaltningsmæssigt tilhører øen Maupiti. Øen har ingen bjerge eller høje punkter.  Historie Manuae har så vidt det vides altid været ubeboet. Den første europæer som besøgte den var engelske Samuel Wallisi 1767. I 1855 opholdt sig i ca 2 måneder skibbrudne fra skibet Julie Ann inden det lykkedes med at bygge en båd og sejle til Raiatea. I 1903 blev Manuae sammen andre øer i Fransk Polynesien indlemmet i det nyetablerede Établissements Français de l'Océanie (Fransk Oceanien). Siden 1992 har lagunen været naturreservat.