Byen nævnes allerede i 1100-tallet af en arabisk korttegner Al-Idrisi, men der er usikkerhed om navnet Tundira henviser til Tønder eller Møgeltønder. Byen fik i 1243 Lybsk stadsret, og er dermed landets ældste købstad. Byen var oprindelig en havneby, hvilket også ses på nutidige gadenavne som Skibbroen og Skibbrogade, men byen mistede allerede i 1550'erne adgang til havet og dermed sin havn på grund af Hans den Ældres digebyggerier. Disse byggerier blev sat i gang efter en alvorlig stormflod i 1532, hvor vandet stod 1,8 meter højt i Tønder kirke, svarende til en højde på 5,3 meter over dagligt vande. Voldsomme stormfloder i 1615 og 1825, og i sidste århundrede i 1923 og 1976 var et vilkår som byen i hele sin historie har forsøgt at beskytte sig imod. Helt frem til midten af 1900-tallet var Tønder om vinteren omgivet af vand på alle sider, men i dag er Tøndermarsken sikret af Det fremskudte Dige, som strækker sig fra Emmerlev Klev og ned til Hindenburgdæmningen. Frem til 1600-tallet havde byen en betydelig skibsfart og handel især Nordtyskland og Nederlandene og deraf følgende indvandring. De anlagte diger sikrede byen mod oversvømmelser, men afskar den direkte sejlads, så Rudbøl og senere Højer måtte benyttes som udskibningshavne. Herefter udviklede Tønder sig til et centrum for produktion og salg af kniplinger. Byen fik i 1788 et lærerseminarium, som i 1989 blev sammenlagt med Haderslev Statsseminarium. Efter krigen i 1864, hvor Tønder blev tysk, oplevede byen øget vækst, og der opstod industri. Byen fik adgang til et større opland mod syd, og handelsmæssigt konkurrerede Tønder med især Husum. Der etableredes jernbaneforbindelse til Tinglev på den jyske længdebane i 1867 og til Højer i 1892. Ved begyndelsen af 1900-tallet nød byen godt af turismen på øen Sild, idet turisterne rejste via Tønder og Højer. Med Genforeningen i 1920 blev Tønder imidlertid dansk, og turisttrafikken til Sild ophørte. Desuden mistede byen efter den nye grænsedragning størstedelen af sit sydlige opland. I 1900-tallet lykkedes det at afvande hele Tøndermarsken, og Tønder blev trafikknudepunkt og dermed handelsby for et ret stort område. Selvom den industrielle udvikling længe var begrænset i byen, næsten fordobledes indbyggertallet i det 20. århundredes første halvdel, og i 1950 rundede Tønder 7.000 indbyggere. I disse år kom en del nye virksomheder til byen, mens allerede eksisterende virksomheder ekspanderede. Alligevel var kun 28 procent af de erhvervsaktive i byen i 1960 beskæftiget indenfor industri- og håndværksfagene. Ved kommunalreformen i 2007 blev Tønder sammenlagt med 6 andre kommuner, inklusiv Skærbæk og Rømø. Dermed er Tønder arealmæssigt Danmarks femtestørste kommune.  Kultur Byen rummer Kulturhistorie Tønder, der tidligere hed Tønder Museum, men som nu er en del af Museum Sønderjylland.  Kunstmuseet i Tønder blev grundlagt i 1972 og rummer en fast samling af værker af fortrinsvis nyere danske kunstnere. Tønder Vandtårn blev tidligere brugt som vandtårn, men er i dag om dannet til et museum for Hans J. Wegner.  Tønder er kendt for en særlig form for kniplinger kaldet tønderkniplinger, og der afholdes også en festival for knipling i byen. Den tiltrækker mange besøgende fra hele verden.  Operasangeren Per Bach Nissen voksede op i Tønder.  Tønderfestivalen Byen er hvert år samlingssted for mange musikentusiaster under Tønder Festival, en af de vigtigste europæiske festivaler indenfor traditionel og moderne folkemusik, roots og blues. Festivalen finder sted hvert år i den sidste hele weekend i august. Den begyndte i 1974. Der er i 2006 ca. 1.900 frivillige medarbejdere tilknyttet festivalen.