Warming spillede i sine ungdomsår for Nykøbing FC, inden han i 2015 skiftede til Brøndby IF.  Brøndby IF Den 21. maj 2017 fik Warming sin debut i Superligaen for Brøndby IF i en kamp mod Lyngby Boldklub. Han blev skiftet ind efter 80. minutter og erstattede Frederik Holst. Han var da 16 år og 348 dage gammel, og det gjorde ham på daværende tidspunkt til den yngste spiller nogensinde for Brøndby IF til at optræde i landets bedste fodboldrække. Den 11. februar 2018 blev rekorden dog slået, da Morten Frendrup fik sin debut i Superligaen i en alder af 16 år og 310 dage. Han skrev i starten af juni 2017 under på en treårig forlængelse af sin kontrakt med henblik på at være en del af U/19-holdet.  Nykøbing FC Den 11. januar 2019 udlejede Brøndby IF Magnus Warming til Nykøbing FC. Lejeaftalen gjaldt for hele 2019.