Juanito har i sin karriere spillet 25 kampe for Spaniens landshold, som han debuterede for den 21. august 2002 i et opgør mod Ungarn. Efterfølgende har han repræsenteret Spanien ved både EM i 2004, VM i 2006 (scorede imod Saudi-Arabien) samt EM i 2008. Ved sidstnævnte var han med til at gøre holdet til europamester, selvom han dog kun opnåede spilletid i gruppekampen mod Grækenland. Juanito har scoret tre landskampsmål, hvoraf det ene blev scoret ved VM i 2006.