Efter hendes mands død i 1664 blev hun regent for sin søn i Friesland, Groningen og Drenthe. I 1665 erklærede både England og bispedømmet Münster krigen mod Nederlandene. Da de fleste penge til forsvar var blevet brugt til flåden, var hæren blevet forsømt. Da Groningen var under belejring, skyndte Albertine Agnes sig til byen for at give moralsk støtte. Presset af kong Ludvig XIV fra Frankrig, på dette tidspunkt en allieret, tvang fjendernes styrker tilbage, men seks år senere blev nederlandene angrebet fra syd, af franskmændene under Louis XIV og fra nord af Münsters biskop og ærkebiskoppen af Köln. Hun organiserede forsvaret og holdt krigsmoralen højt. I 1676 købte Albertine Agnes et landsted i Oranjewoud og kaldte det Oranjewoud Palads. Det var her, at hun døde i 1696.