Terence Malick voksede op i Oklahoma og Texas og arbejdede på oliefelter som ung. Han var den ældste af tre brødre. Christopher, den mellemste af brødrene, var involveret i en voldsom bilulykke, der gav ham alvorlige brandskader og dræbte hans kone. Lawrence, den yngste broder, tog til Spanien for at studere. I 1968 begik han selvmord. Faderen Emil var oliegeolog af assyrisk afstamning fra malek-stammen og stammede fra landsbyen Geogtapah i Urmi i Iran. Han arbejdede for Phillips Petroleum. Moderen Irene var af irsk afstamning og kom fra Chicago. Malick gik på St. Stephen's Episcopal School i Austin Texas, hvor han spillede amerikansk fodbold som linebacker. Han blev nomineret til årets footballspiller i Texas, men afslog nomineringen. Han studerede derefter filosofi hos Stanley Cavell på Harvard University og blev færdig i 1965, hvorefter han gik på Magdalen College i Oxford. Malick forlod universitetet uden en doktorgrad efter en uenighed med sin vejleder. Han flyttede tilbage til USA og underviste i filosofi på Massachusets Institute of Technology og skrev freelance artikler til Newsweek, The New Yorker og LIFE. Malick giftede sig med Michele Morette i 1985, og de blev skilt i 1998. Siden 1998 har han været gift med Alexandra Wallace og bor nu i Austin i Texas.