Zinnowitz er beliggende på den nordlige del af øen Usedom, på nordenden af en omkring to kilometer lang landtange mellem Achterwasser og Pommernbugten. Omgivelserne er præget af udstrakte sandklitter både mod Trassenheide mod vest, og mod Zempin i øst, med en åbning mod syd til Achterwasser. Nabokommuner er (med uret) Zempin, Lütow, Krummin, Mölschow og Trassenheide. Bundesstraße B 111 går gennem Zinnowitz, og der er jernbaneforbindelse til Wolgast, Peenemünde og den polske by Świnoujście.