I 1890 blev en filial af J. D. Flügger, Hamburg, Tyskland, oprettet i København. Efter anden verdenskrig beslaglagde den danske stat al tysk ejendom i Danmark. Dette gjaldt også J. D. Flüggers filial, der blev købt af danske interesser ved et kommisariatsalg i 1948. Indtil 1975 havde Flügger farver kun leveret maling til professionelle malere, men nu fik private også muligheden for at købe Flügger produkter.  I dag findes der ca. 165 Flügger farver butikker i Danmark. Sammenlagt med butikkerne og forhandlerne i Sverige, Norge, Polen, Island og Kina er der cirka 530 Flügger farver butikker på verdensplan.