Paraguays historie kan groft deles i fire faser: tiden inden den spanske etablering i 1537, tiden hvor området for nutidens Paraguay var en koloni under Spanien, den nyere tid fra 1811 hvor landet var blevet uafhængigt og til slut den nyeste tid fra slutningen af militærdiktaturet til nutiden.  Tidlig historie I det område der nu kaldes Paraguay levede oprindeligt forskellige stammer, der talte guaraní og andre beslægtede sprog. De levede i samfund bestående af mindre landsbyer. De første europæere kom til stedet fra cirka 1516 efter at have sejlet ind af Rio de la Plata-mundingen ved Sydamerikas østkyst og opad floderne Paraná og Rio Paraguay. Spanierne støttede de lokale stammer i deres stridigheder med andre stammer og blev gæstfrit modtaget.  Kolonitiden Conquistadorer (kolonister) fra det spanske imperium grundlagde den første by Asunción i 1537. Byen var centrum i Rio de la Plata-provinsen (der også omfattede det nuværende Argentina, Uruguay, det meste af Chile og store dele af Brasilien og Bolivia) og blev en del af vicekongedømmet i Peru, men med selvudnævnte guvernører. Det nye samfund bestod i første omgang af 350 kolonister (mest mænd) fra det nuværende Spanien, Frankrig, England, Tyskland, Italien og Portugal. En af de første guvernører, Irala (født ca. 1509), tilskyndede kolonisterne til at gifte sig med lokale kvinder, hvorved samfundet blev domineret af mestizer. Der dannedes dog også en hvid elite gennem den fortsatte indvandring fra Europa. I de første 20 år steg befolkningen til cirka 1500, og Asunción blev et knudepunkt i forbindelse med trafikken af sølv fra Peru til Europa. I sidste halvdel af 1500-tallet ankom romersk-katolske præster for at missionere, og fra ca. 1610 og halvandet hundrede år frem dominerede jeuitterne, der bl.a. lagde vægt på at tilpasse sig de lokale forhold, hvorfor de oprettede samfund hvor de lokale indianere var beskyttet mod at blive udnyttet som slaver. Kolonisterne var i konflikt med jesuitterne, blandt andet fordi de havde brug for arbejdskraften fra den lokale befolkning, og jesuitterne blev forvist fra provinsen af Karl III i 1767. I 1776 blev vicekongedømmet Río de la Plata adskilt fra vicekongedømmet i Peru. Det nye vicekongedømme, der foruden Paraguay også omfattede de nuværende stater Bolivia, Uruguay og Argentina, fik hovedstad i Buenos Aires, hvilket betød at Paraguay fik mindre betydning.  Nogle historiske tal Fra slutningen af 1800-tallet var indbyggertallet fra 264.000 i 1886. Det steg til 656.000 i 1899, til dels ved en ikke ubetydelig indvandring, navnlig fra Argentina og Italien. I 1908 beregnedes kreaturbestanden til 5,5 mio., hestebestanden til 182.700, fårebestanden til 214.060, gedebestanden til 32.334 og svinebestanden til 23.900 dyr; desuden var der 7.626 æsler. Dog eksporteredes levende dyr meget lidt. I stedet ydnyttedes de i industrien (huder, kød, corned beef, kødekstrakt m.v.). Jordbruget producerede majs, maniok samt tobak, bomuld, ris, sukkerrør, sydfrugter af flere slags, jordnødder, grøntsager m. m. Det værdifuldeste produkt var mate, hvoraf 4-5.000 ton årligt eksporteredes. Også tobak var en vigtig eksportvare (mest til Hamborg og Bremen). 1910 udførtes 59.424 baller. Mineralforekomsterne var ikke store og kun lidt udnyttet. Stenkul savnedes helt, men jern, kobber, salt, mangan, kaolin og en del værdifulde stenarter forekom. Industrien var ringe udviklet; den fremstillede quebracho-ekstrakt, kødartikler og trævarer. I 1926 blev befolkningen anslået til 800.000, hvortil kom ca 30.000 indianere.  Stroessners diktatur 1954-1989 var Paraguay ledet af general Alfredo Stroessner. Stroessner kom til magten ved et statskup i 1954. Han var støttet af militæret og Coloradopartiet. Stroessner førte en undertrykkende politik overfor oppositionen og genvalgtes hvert femte år til præsident. Under Stroessners tid skete en økonomisk fremgang og der gennemførtes vigtige infrastrukturprojekter: Vejene blev forbedrede, på grænsen til Brasilien byggedes Ciudad del Este, som blev forbundet med en bro, Puente de Amistad (Venskabsbroen) over Paraná-floden med Foz de Iguazú i Brasilien. Verdens dengang største dæmningsbyggeri, Itaipu, med et vandkraftværk, som for halvdelen var ejet af Paraguay og den anden halvdel af Brasilien var færdig i 1984, hvilket gjorde Paraguay helt selvforsynende med elektricitet og storeksportør af elektricitet. Under byggeriet havde en økonomisk opblomstring rådet i Paraguay. Stroessner-epoken var tillige præget af korruption. Eksempelvis uddeltes store landejendomme til politiske allierede, hvilket bidrog til en ujævn jordfordeling. Udenrigspolitisk var Stroessner en stærk antikommunist og sikrede sig derigennem USAs støtte. I 1970'erne blev Paraguay centrum for den såkaldte "Operation Condor", et regionalt militært samarbejde med henblik på at forfølge politisk anderledes tænkende.  Nyere historie Stroessner styrtedes i februar 1989, hvorefter general A. Rodríguez udråbtes til præsident. Ved parlamentsvalget 1991 vandt Coloradopartiet. I 1992 fik Paraguay en ny, demokratisk forfatning og ved valget året efter, hvor partierne frit kunne stille op, vandt Coloradopartiet atter, og til præsident udnævntes partiets kandidat Wasmosy. Ved parlamentsvalget i 1998 vandt Coloradopartiet igen, og Grau blev præsident. Efter hans tilbagetræden året efter blev González Macchi ny præsident indtil 2003. Herefter var Duarte Frutos fra Coloradopartiet præsident til 2008. Han blev afløst af Fernando Lugo, der sad indtil 2012, hvor han blev afløst af Federico Franco, der sad indtil året efter. Siden 2013 har Horacio Cartes været præsident, men afløses fra 15. august 2018 af Mario Abdo Benítez.