I en kronik i Politiken i 1999 foreslog operasanger Stig Fogh Andersen at opføre et operahus i København. I sine erindringer fra 2018 siger han, at han er lige ved at fortryde det. A.P. Møller og Hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til almene Formaal købte Dokøen for 120 millioner og bekendtgjorde i 2000, at den ville donere et operahus til det danske folk. Fonden ville betale opførelsen, og Det Kongelige Teater skulle varetage driften. Der var to betingelser for donationen: Fonden bestemte beliggenheden og valgte arkitekten. Beliggenheden blev på grunden på Holmen i København, der var købt i '99 lige overfor Amaliehaven og blev en del af Amalienborgaksen. Udgravningerne begyndte i august 2001, og i oktober præsenteredes arkitekt Henning Larsens projekt for offentligheden. Der kom en del protester, fordi byggeriet gik i gang inden det var forhandlet på plads i kommunen, og udgravningen af grunden begyndte inden huset var færdigtegnet. I oktober 2002 præsenteredes en revideret model med en ændret glasfacade. "Operaen København" blev forkortet til "Operaen", da det oprindelige navn var for tungt og langt. Det blev overdraget i oktober 2004 til statsminister Anders Fogh Rasmussen på vegne af den dansk stat og Det Kongelige Teater. Den 15. januar 2005 åbnede Operahuset med en gallaforestilling med gæster fra ind- og udland. Dronningen, medlemmer af kongefamilien, regeringen, bygherren Mærsk Mc-Kinney Møller, ambassadører og repræsentanter fra erhvervslivet, kulturlivet og det offentlige var med ved åbningen.  300 billetter var til salg. Billetkontoret i Det Kongelige Teater blev belejret; nogle lå i telt for at sikre sig billetter til gallaforestillingen. Hele åbningen blev transmitteret direkte på tv og havde ifølge Gallups TV-meter omkring 886.000 seere. Den første balletforestilling var Tre kompagnier - tre værker! med premiere på Takkelloftet (Operaens lille scene) den 16. januar 2005 og den første operaforestilling i huset var Verdis opera Aida med premiere på Store Scene den 26. januar 2005. Den berømte spanske tenor Plácido Domingo sang på Det kongelige Teater på Operaen, 7. april 2006, som Siegmund i Valkyrien af Wagner (iscenesættelse af Kasper Bech Holten). Huset blev rost for sin indre arkitektur og udsmykning, og akustikken burde være i verdensklasse. Flere udenlandske journalister og dagblade roste også Operaen ved gallaforestillingen.  Tekniske data Det samlede etageareal i bygningen er ca. 41.000 m² fordelt på 14 etager, heraf 5 under jorden. De 7.000 m² bruges til de to scener og en foyer og 12.000 m² er under jorden. Den ene scene, kaldet Store Scene har plads til mellem 1.492 og 1.703 tilskuere afhængigt af, hvor stor orkestergraven er til den enkelte forestilling.  Den kan rumme op til 110 musikere. Pladserne er fordelt på tradionel vis, med pladser på gulvet og på de tre balkoner. Den anden scene Takkelloftet kan maksimalt rumme 180 tilskuere. Selve rummet, der kaldes en "black box", kan laves om, så det passer bedst muligt til forskellige kunstformer, og rummer blandt andet 13 flytbare tårne. Takkelloftet bruges i 2011 ikke til forestillinger.  I foyeren er der en café og en restaurant. Derudover er der ca. 1.000 rum til prøvesale til opera, ballet, orkester, omklædningsrum og lignende. Den samlede pris for Operaen blev omkring 2,3 mia. danske kroner. På pladsen foran Operaen er der 5.500 kvadratmeter granit. Derudover er der blevet brugt sydtyske kalksten til at beklæde bygningen, perlatinmarmor fra Sicilien til gulvet i foyeren, ahorntræ til at beklæde auditoriets yderskal og 105.000 ark 24 karat bladguld til at belægge hovedscenens auditorium. Et tilbageværende problem er trafikken til Operahuset, hvor adgangsforholdene er begrænset af husets beliggenhed ved havnen. (se også under kritik)  Kunstnerisk udsmykning "Uden samtykke fra Almenfonden må der ikke ændres på den kunstneriske udsmykning, inklusive logo i foyergulv og andre steder i eller uden for OPERAEN" og "Der må ikke uden Almenfondens samtykke etableres ny kunstnerisk udsmykning i publikumsområdet eller ændres på placeringen af eksisterende kunstnerisk udsmykning i hele huset" uddrag af aftale mellem A.P. Møller og Hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til almene Formaal og regeringen, ved overdragelse af Operaen til den danske stat, d. 1. oktober 2004. Operaen er udsmykket med værker af nogle af landets førende kunstnere: Maleren og billedhuggeren Per Kirkeby har leveret fire bronzerelieffer, som pryder foden af scenerummet. Alle fire relieffer viser bjælker, jord, mudder, samt fødder som titter frem, som var det fire levende begravede. Dansk-islandske internationalt anerkendte Olafur Eliasson, har kreeret tre store lysekroner. De måler hver især tre meter i diameter og er monteret med 8000 spejle og 300 lamper. De glimter selv i sollys. Hver enkelt er monteret i loftet med fem kobberrør i en pentagon. Den danske designer Per Arnoldi, som Skibsreder Mærsk Mc-Kinney Møller bad stå for farvesætningnen af operaen, har designet Operaens grafiske linje samt logo’et (to O'er inden i hinanden), der både er nedlagt i foyerens gulv og indgår i scenetæppet. Om scenetæppet siger Per Arnoldi: "Ud mod Kongens Nytorv på toppen af Gamle Scenes bygning troner guden Apollon, med sin lyre højt og triumferende hævet over hovedet. I relief på Stærekassens facade, ligeledes mod Kgs. Nytorv sidder Utzon-Franks elegante Apollon med sin lyre. På Stærekassens fortæppe slængede musernes anfører, kunstens gud Apollon sig på en sky medens han lyttede til en poets oplæsning. På Operaens fortæppe er himlen også den dybblå baggrund. Et stiliseret scenerum antyder at vi er i teatrets verden og Operaens logo, bygningens runde røde O med kunstens orange ellipse indeni er på scenen. Apollon er med os endnu. Hans lyre, her i form af sydhimlens stjernebillede. Lyren, svæver frit i scenerummet. Apollon er i rummet ... hans lyre lyser på himlen." Tal R, som har modtaget Carnegie Art Award, står for udsmykningen af Takkelloftets foyer. Det er hans hidtil største billede på 4 x 14 meter, et billede af solbåden, måske en hentydning til en skibsreder. Malerier af Erik A. Frandsen, Sonny Tronborg, Lars Nørgaard, Pia Andersen, Jesper Christiansen, Niels Erik Gjørdevik og Kasper Bonnén beklæder væggene i områderne bag scenen.