Hoyer blev født i New York City men voksede op i Mitchellville, Maryland.  Hans afstamning er dansk; "Steny" er en variant af hans faders navn,"Steen", og Hoyer er en angliceret udgave af det danske efternavn "Høyer". Han bestod fra Suitland High School i Suitland, Maryland. I 1963 tog han eksamen med hæder (latin:cum laude) fra Marylands Universitets College Park, hvor han også blev medlem af Sigma Chi Broderskabet. Senere tog han sin juridiske embedseksamen fra Georgetown Universitetet i Washington, D.C. i 1966. I 1960'erne var Hoyer medhjælper for Senator Daniel Brewster (D-Maryland), sammen med den nuværende formand for Repræsentanternes Hus Nancy Pelosi. Hoyer har tre døtre: Susan, Stefany, og Anne fra sit ægteskab med Judy Pickett Hoyer – som døde i 1997. Hoyer har også 3 børnebørn og et oldebarn blev født den 2. november 2006. Hans kone var talsmand for børns tidlige uddannelse, og børne-udviklingscentre i Maryland er opkaldt efter hende ("Judy Centers"). Hun led af epilepsi. Epilepsy Foundation of America sponsorerer et årligt offentligt foredrag i hendes navn. Hoyer har selv været fortaler for forskning på dette område og Epilepsy Foundation overrakte ham i 2002 deres Congressional Leadership Award.