Ubbo Emmius gik i skole i Emden i Ostfriesland og der efter i Bremen og Norden. Der efter studerede han i Rostock, inden han 1574 vendte tilbage til Greetsiel. Under sin tid i Rostock inspireredes han af blandt andre historikeren David Chytraeus. I 1576 begav han sig til det sydlige Tyskland, blandt andet Heidelberg, Freiburg im Breisgau og Basel. I Basel besøgte han sit forbillede Erasmus af Rotterdams grav, inden han kom til Genève, hvor han genoptog sine akademiske studier. I Genève omgikkes han blandt andet med teologiprofessoren Theodor Beza. I 1578 vendte Ubbo Emmius tilbage til Ostfriesland, hvor han blev rektor for et gymnasium i Norden. I 1588 blev han rektor for gymnasiet i Leer. I 1596 flyttede han til Groningen, hvor han blev rektor for en skole. I 1614 blev han rektor for det nyoprettede Groningen Universitet. I Groningen var han professor i græsk og historie, og under hans ledelse udviklede universitetet sig hurtigt.  Familie Ubbo Emmius var gift to gange. I 1581 giftede han sig med sin første kone Theda Tjabbern (1544-1583) fra nord, en slægtning af borgmesteren i Emden, Onno Tjabbern. Efter hendes død i 1586 giftede han sig med Margaretha van Bergen (1566-1636). Af børnene overlevede kun to faderen: datteren Elisabeth (døde 1629) og hans søn Wessel Emmius (1589-1654), som senere blev præst i Groningen.