Fuggerslægten erhvervede Bodolz i 1592 sammen med herresædet Wasserburg. Et år senere erhvervede de også jord i området fra Lindauer Damenstift. Bodolz var indtil 1763 en del af Fuggernes Herrschaft Wasserburg og kom så under Østrig. Efter Freden i Pressburg (1805) blev kommunen en del af Bayern. Den nuværende kommune blev dannet i 1818.