Marie Bonaparte var datter af Roland Bonaparte (19. maj 1858 – 14. april 1924) og Marie-Félix Blanc (1859-1882). Hendes bedstefar på fars side var Pierre Napoleon Bonaparte, søn af Lucien Bonaparte, Napoleons bror. Hun blev født i Saint-Cloud, en by i Hauts-de-Seine i Île-de-France. Hendes mor døde af en blodprop, som hun fik, da hun fødte Marie. Den 21. november 1907 giftede hun sig i Paris med Prins Georgios af Grækenland ved en borgelig ceremoni, med en efterfølgende religiøs ceremoni 12. december 1907 i Athen. Hun blev nu Prinsesse Marie af Grækenland og Danmark. Hun fik to børn, Prins Peter (1908–1980) og Prinsesse Eugénie (1910–1988). Prinsesse Marie døde den 21. september 1962 i Saint-Tropez i Sydfrankrig.