Banega, der havde spillet for Boca Juniors' ungdomshold siden år 2000, var også tilknyttet klubben i sit første år som seniorspiller i Primera División de Argentina. Han debuterede for klubben 10. februar 2007 i et opgør mod Banfield. Samme år var han med til at vinde Copa Libertadores med holdet.  Valencia CF Banega blev den 5. januar 2008 solgt til den spanske La Liga-klub Valencia CF for en pris på ca. 18 millioner euro. Samme måned debuterede han for klubben i et liganederlag til Atlético Madrid. Netop Atlético var Banega udlejet til i hele 2008-2009 sæsonen. Her havde han dog problemer med at etablere sig på holdet, ikke mindst på grund af to røde kort i ligakampe mod henholdsvis Villarreal og Almería. Efter endt lejeophold returnerede Banega til Valencia i sommeren 2009.  Newell's Old Boys På absolut sidste dag af januar 2014 transfervinduet, blev Banega af økonomiske årsager udlejet til argentinske Newell's Old Boys som desuden ligger i Banegas hjemmeland.  Sevilla Banega har fra 2014 spillet i Spanien hos Sevilla FC, dog afbrudt af et ét-årigt ophold i Italien hos Inter.  Landshold Banega står (pr. 22. marts 2018) noteret for 59 kampe og fem mål for Argentinas landshold, som han debuterede for den 6. februar 2008 i et opgør mod Guatemala. Han var samme år en del af truppen der vandt guld ved OL i Beijing. Som ungdomsspiller var Banega også med Argentinas U-20 landshold med til at vinde guld ved U-20 VM.