Crash Bandicoot 3: Warped er et platformspil, hvor man styrer Crash og Coco Bandicoot, som skal rejse tilbage i tiden for at samle 25 krystaller fra det foregående spil, før skurkene når at gøre det. Det meste af spillet finder sted i tidsmaskinen ("Time-Twisting Machine"), der fungerer som hovedområdet i spillet. Tidsmaskinen er inddelt i fem rum; kun det første rum er åbent fra starten. Hvert rum har fem knapper, som åbner portaler til forskellige baner. Målet i hver bane er at finde den gemte krystal. I nogle baner findes krystallen til sidst i banen eller kan først fås ved at klare en udfordring. Efter at have gennemført alle fem baner i et rum, vil en sjette knap, som åbner en portal til bossen, komme frem. Ved at besejre en boss åbner det næste rum sig. Når alle 25 krystaller er samlet og alle fem bosser er besejret, er spillet gennemført. Crash og Coco starter spillet med fire liv. Crash og Coco mister et liv, når de bliver ramt af en fjende eller skadet. Man kan skaffe flere liv ved at samle 100 "Wumpa-frugter" eller ødelægge kasser. Crash kan hoppe i luften og lande på en fjende, spinne på en tornado-agtig facon for at slå fjenderne væk og glide hen ad jorden og lave et body slam for at ødelægge bestemte ting. Crash kan forbedre sit hop ved at besejre bosser, hvilket resulterer i kraftigere angreb eller forbedret hoppe- eller løbeevne. Kasser spiller en vigtig rolle i Crash Bandicoot 3: Warped og kan ødelægges med alle Crashs angreb. De fleste kasser indeholder Wumpa-frugter, mens andre kasser kan hjælpe Crash med at hoppe højere, ødelægge kasser som ellers ikke ville kunne smadres, eller indeholder ting, som beskytter Crash mod et fjendligt angreb. Visse kasser skifter ikon og dermed også indhold på en roulette-agtig måde, og hastigheden forøges hele tiden. Hvis kasserne ikke ødelægges i tide, bliver de til stålkasser, som ikke kan ødelægges. Andre kasser sender Crash tilbage til det sted, hvor han sidst ødelagde den type kasse, mens nogle kasser er skadelige at røre. Desuden kan diamanter i almindelige og forskellige farver samles. Diamanter gives, hvis alle kasser i en bane ødelægges eller et hemmeligt område klares. Der er i alt 44 diamanter i spillet. De farvede diamanter fås i specialbaner og fører til hemmelige områder. Der er fem farvede diamanter i spillet. Relikvier fås ved at gennemføre en bane, hvis krystal allerede er fundet. For at få relikvien skal spilleren gennemføre den allerede gennemførte bane med den påkrævede tid ("Time Trial"). For at prøve tidsbanen skal spilleren ramme et stopur i starten af banen. Visse kasser kan hjælpe Crash med at stoppe tiden for at gennemføre banen hurtigere. Safir-, guld- og platinrelikvier kan fås afhængig af den gennemførte tid. De første fem relikvier, som spilleren vinder, giver adgang til et hemmeligt rum. Hver femte derefter åbner så en bane i det hemmelige rum. Banerne i det hemmelige rum skal vindes før hele spillet er gennemført.  Miljø og figurer Det meste af spillet foregår i tidsmaskinen, som gør det muligt for figurerne at rejse til forskellige tidsaldre. Pga. det kan banerne finde sted lige fra dinosaur-tiden, hvor fjenderne er forskellige dinosaurer, til middelaldren med troldmænd og kyssende frøer til fremtidsbaner med ufo'er, laserkanoner og robotter. Tidsaldrene fokuserer dog også på de forskellige områder i historien, som Den Kinesiske Mur under dens opbygning, Gizapyramiderne under deres storhedstid og 50'ernes USA med hot rods, tankstationer og spisesteder. Hovedfiguren i spillet er Crash, en muteret punggrævling, som skal rejse tilbage i tiden for at forhindre Cortex i at samle krystallerne. Han bliver hjulpet af Aku Aku, en gammel heksedoktor, som beskytter og rådgiver Crash. Han bliver også hjulpet af sin yngre søster, Coco Bandicoot, som også samler krystaller. Hovedskurken i spillet er Uka Uka, Aku Akus onde tvillingebror. Uka Uka blev tidligere fanget af Aku Aku, som beskytter verden mod hans ondskab. Men han blev sluppet fri af Neo Cortex, skurken i de to tidligere spil. De bliver hjulet af N. Tropy, den selverklærede mester af tid, som har lavet tidsmaskinen. De andre skurke er Tiny Tiger, Dingodile, en halv dingo og krokodille med en flammekaster. Doktor N. Gin, en vred videnskabsmand, med et ueksploderet missil i sit hoved.  Handling Warped's historie starter præcis hvor historien sluttede i Crash Bandicoot 2: Cortex Strikes Back. Doctor Nitrus Brio brugte kræften fra de 42 diamanter som Crash havde samlet, til at skyde Cortex' rumskib med en gigantisk laserstråle. Men uventet flyver resterne af rumstationen ind i jordens atmosfære, og styrter ned i et tempel på nogle øer af oldtidsagtigt udseende. Dette ødelægger ruinen, og kort efter høres en ondskabsfuld latter, mens en mørk skikkelse flyver ud af ruinen og forsvinder. I hvad der senere i spillet bliver kendt som N. Tropys tidsmaskine, ses Cortex knælende for den onde skikkelse. Det viser sig at være Uka Uka, der umiddelbart har redet Cortex fra rummet, og nu er vred på ham over, at han har fejlet for ham to gange. Cortex skyder skylden på Crash, men Uka Ukas tålmodighed er brugt op, og det er kun på grund af, at Cortex indirekte satte ham fri, at han får lov at leve. Herefter introducerer Uka Uka N. Tropy, tidens mester, og skaberen af tidsmaskinen. Da der ikke findes nogen anden kraftkilde så stor som den krystallerne i Crash 2 gav, planlægger de at de vil rejse til krystallernes originale placeringer i tiden og tage dem der, ved hjælp af denne maskine. På N. Sanity Island, som er Crash og Cocos hjem, høres den ondskabsfulde latter endnu engang. Aku Aku er rystet, og beder alle om at skynde sig indenfor, da han føler at en stor ondskab er kommet. I Crashs hus fortæller Aku Aku historien om, hvordan han for evigheder siden fangede Uka Uka, hans onde tvillingebror, i et underjordisk fængsel for, at redde verden fra hans ondskab. Men nu da han atter er fri, bliver de nødt til at gøre hvad som helst for at stoppe ham. Derfor finder de tidsmaskinen, og rejser til den, i et forsøg på at redde verden atter engang. Efter at have bekæmpet N. Tropy er der ikke længere nogen, der har kontrol over tidsmaskinen, hvilket gør den ustabil. Efter at have skaffet alle krystallerne og bekæmpet Cortex, falder Cortex ned i tidsmaskinens kernerum. men selvom Cortex helst ville give op, trækker Uka Uka ham med tilbage, da han stadigvæk har en chance for at vinde, på grund af diamanterne. Men efter at Crash yderligere får samlet alle diamanterne, ender Cortex endnu engang med et nederlag, og falder igen ned i kernerummet. Denne gang er kernen dog blevet så ustabil at tidsmaskinen begynder at falde fra hinanden. Cortex og Uka Uka bliver suget ind i kernen, mens Crash, Coco, og Aku Aku undslipper i god behold. Herefter ses Cortex og N. Tropy der er blevet omdannet til babyer, kæmpe om Uka Uka, i et forhistorisk område.