Flynderborg er sandsynligvis det samme bygningsværk, som i flere ældre kilder kaldes "Helsingør Hus". Det var et tidligt middelalderligt borganlæg, og det er den ældst kendte befæstning i Helsingør. Det har ligget på bakkedraget, hvor Flynderborgvej løber i dag. Borgen blev indtaget, og efter alt at dømme afbrændt og nedbrudt, af lybske tropper omkring 1368 (Danmarks historie (1047-1397)), men det vides ikke, om Flynderborg genopstod herefter. Bygningsmaterialer fra borgen kan også være genbrugt ved opførelsen af Erik af Pommerns nye fæstning "Krogen".