Mens de stadig gik på Ukiah High School i Ukiah, Californien, oprettede Davey Havok (vokal), Mark Stopholese (guitar) og Vic Chalker (bas) et hardcore punk band kaldet AFI (A Fire Inside) in 1991. Bandet blev inspireret til at lave punk musik, af straight edge grupper som fx Minor Threat, da forsanger Davey Havok (Og senere guitartist Jade Puget, samt bassist Hunter Burgan) lever efter straight edge livsstilen; hvilket er en bevægelse der tager afstand fra alkohol, rygning og ikke mindst stoffer. På det tidspunkt havde bandet ikke nogen til at spille på trommer, og vidste ikke hvordan man spillede på et instrument. Stopholese foreslog hans ven Adam Carson, fordi han havde et trommesæt. Stopholese lærte at spille guitar, Chalker lærte at spille bas og AFI begyndte deres karriere med split-ep'en Dork (1993) med det nu opløste Loose Change, som bl.a. havde den senere AFI-guitarist Jade Puget. Chalker mistede snart interessen og blev erstattet af sangskriver-bassist Geoff Kresge.  AFI blev opløst da deres medlemmer kom til at gå på forskellige kollegier, deriblandt University of California, Berkeley og University of California, Santa Cruz. Kresge flyttede til New York hvor han spillede med Blanks 77. Efter at have genforenet for at optræde med en livekoncert besluttede de andre medlemmer sig til at droppe kollegiet for i stedet at spille med AFI på fuld tid. Mellem 1993 og 1995 udgav de flere vinyl-ep'er (Behind the Times; Eddie Picnic's All Wet; Fly in the Ointment; This Is Berkeley, Not West Bay; AFI/Heckle; Bombing the Bay) uafhængigt. Deres første album i fuld længde, Answer That and Stay Fashionable, blev udgivet i 1995. Very Proud of Ya fulgte snart efter samme år.  Efter flere turnéer for albummet, besluttede Kresge sig for at forlade gruppen. Han blev erstattet af Hunter Burgan på resten af Very Proud of Ya turnéen. Burgan fortsatte med at hjælpe AFI med at indspille Shut Your Mouth and Open Your Eyes og blev inviteret til at blive bassist på fuld tid. Eyes introducerede AFI fans til en mere aggressiv lyd som havde meget mere råben isf. sang.  Black Sails og Art of Drowning Efter at have indspillet A Fire Inside EP'en (1998), forlod Stopholese bandet og blev erstattet med Puget, som var en af Havoks nære venner. Efter A Fire Inside EP'en indspillede bandet Black Sails in the Sunset (1999), som blev et musikalsk vendepunkt i bandets karriere. På dette album lå deres oprindelige hardcore-rødder stadig til grund for deres lyd, men der kom flere aspekter som var påvirket af den mørke romantik (man kan høre et digt, "De profundis clamavi", af den franske mørk-romantiske Charles Baudelaire på det skjulte spor "The Midnight Sun"). All Hallows EP (1999) indeholdt singlen "Totalimmortal," et nummer som senere blev spillet af The Offspring til lydsporet til Jeg, mig & Irene. Det blev spillet meget i radioen og gjorde AFI kendt hos et større publikum. Offspring forsanger Dexter Holland blev baggrundsvokal på en række numre på Black Sails. I 2000 udgav AFI The Art of Drowning som kom på Billboard Charts som nummer 174 . The Days of the Phoenix blev udgivet som en single og video for at gøre reklame for albummet. The Days of the Phoenix solgte, ligesom "Totalimmortal", nogenlunde godt og skaffede bandet PR både i TV og radio.  Mainstream succes I 2002 forlod AFI Nitro Records og udgav Sing the Sorrow (2003) på DreamWorks Records. Dog havde bandet takket nej til større pladekontrakter før i tiden. Sangene "Girl's Not Grey", "The Leaving Song Pt. 2" og "Silver and Cold" havde moderat succes på Billboard Chart og gjorde bandet kendt for et større publikum. De blev nomineret i MTV Video Music Awards 2003 i MTV2 award kategorien for videoen "Girl's Not Grey", som blev deres første VMA nogensinde. Blandt wrestling fans blev de også kendt for nummeret Miseria Cantare, som blev brugt af CM Punk som indgangsmusik mens han wrestlede for Ring of Honor. I 2006 blev Decemberunderground udgivet på Interscope Records. Anmeldere har bemærket en endnu større udvikling i AFI's lyd på dette album, som bærer præg af Coldwave og New Wave. Albummets første single "Miss Murder" blev #1 på Billboard Modern Rock Charts. Udgivelsen reflekterer bandets voksende fanbase, som er i stadig forandring, og albummet kom ind som nr. 1 på Billboard 200. Albummet har fået Guld af RIAA for over 500.000 solgte eksemplarer. 12. december 2006 udsendte AFI deres første DVD, I Heard a Voice. Bandets fremtidige planer er ukendte, men Havok har sagt at bandet planlægger en turné i sommeren 2007. Derudover har Puget talt om en mulig EP, som ville indeholde uudgivede sanger fra indspilningerne af Decemberunderground.