Filsø var tidligere Danmarks næststørste sø. I første halvdel af 1800-tallet var den på over 30 km², og omfattede området ved Grærup Langsø, Søvigsund helt ind øst for Vrøgum og den nu også afvandede Rolfsø, der lå vest for Outrup. I 1852 begyndte ejerne at sænke vandstanden, ved at fjerne stemmeværket ved møllen ved Henne Mølleå så vandstanden begyndte at falde fra oprindeligt 7 m.o.h. Omkring 1900 var søen kun 6 km². Sidste afvanding fandt sted i 1940’erne, og nu er mere end 1350 ha af den tidligere Filsø opdyrket.  Der blev i 1958 fredet 858 ha af områderne fra den sidste rest af søen ud mod havet; 250 ha omkring Grærup Langsø blev fredet i 1965,og 32 ha ved Vrøgum Kær blev fredet i 1987. Et areal på 4.248 ha. blev i 1977 udpeget til Ramsarområde, et internationalt beskyttet vådområde (naturreservat). Ramsarområde nr. 1 ligger mellem Varde-Nørre Nebel Jernbane (Vestbanen) og Vesterhavet).  Mange af maleren Johannes Larsens motiver og fuglebilleder er fra Filsøområdet.  Udvikling i søen siden 2012 Da en række botanikere undersøgte vegetationen i sommeren 2014, fandt de – til deres overraskelse – at der var genetableret ikke mindre end 40 arter i de lavvandede søer. Ved en fornyet undersøgelse i 2015 fandt botanikerne yderligere 16 arter, sådan at den botaniske diversitet nu er oppe på 56 arter. I august 2018 døde 80 ton fisk i søen som følge af iltsvind. Iltsvindet skyldes ifølge Ferskvandsbiologisk Laboratorium ved Københavns Universitet en kombination af landbrugets udledning af næringsstoffer, varmt vejr og mindre nedbør, men nedbør i større mængder på én gang.