Der har fra forskelligt hold været rejst kritik af sekter og sekterisme, bl.a. den såkaldte Anti Cult-Movement såsom det amerikanske American Family Foundation, AFF. Kritikken har her gået på den brug af "hjernevask" og manipulation, som sekteriske grupper skulle bruge til at indfange og nærmest bortføre intetanende unge mennesker med. Kritikken har typisk været sekulær og religionsskeptisk, og er ofte rejst af pårørende til medlemmer af de kritiserede grupper. Andre kritikere tilhører The Christian Counter-Cult-Movement og går snarere på en religiøs-kristen kritik af sekternes religion. I Danmark har især kristne organisationer som IKON og i højere grad Dialogcentret stået som kritikere af sekterisme, delvis med træk af Christian Counter-Cult, men – hævder de selv – primært for at hjælpe mennesker til at træffe frie og myndige valg uanset om de vil være med i den sekteriske gruppe eller ej. Så  Dialogcentret ønsker fx ikke at forbyde  nye sekteriske bevægelser, men ønsker at føre religionskritisk dialog med dem og hjælpe mennesker, som er kommet til skade på de sekteriske grupper.