Mesekenhagen er beliggende omkring fem kilometer nordvest for Greifswald, nord for floden Ryck. Mesekenhagen ligger ved Greifswalder Bodden og går fra Gristower Wiek til Kooser See. Bundesstraße B 105, den tidligere B 96 fra Greifswald til Stralsund, går gennem kommunen. Jernbanen mellem Stralsund og Greifswald går gennem kommunen, men banegården er nedlagt.  I kommunen ligger ud over Mesekenhagen, landsbyerne Brook, Frätow, Gristow, Groß Karrendorf, Kalkvitz og Kowall. Halvøen Fahrenbrink er fredet som et Naturschutzgebiet.