Nikopolidis står (pr. april 2009) noteret for hele 90 kampe for Grækenlands landshold, som han debuterede for den 18. august 1999 i et opgør mod El Salvador. Han var en del af den græske trup der blev europamestre ved EM i 2004 i Portugal. Her spillede han en nøglerolle på det hold der ikke lukkede et eneste mål ind i hverken kvartfinale, semifinale eller finale, og Nikopolidis blev derfor efter finalen udvalgt til turneringens All-Star hold. Nikopolidis var efterfølgende med på holdet der fire år senere ikke formåede at forsvare sin titel ved EM i Østrig og Schweiz.