Forretningen startede i 1991 med en forretning i København i bygningen ved Christianshavns Torv fra 1930, som kaldes Lagkagehuset. Det var Ole Kristoffersen, der stod bag den første butik. Samtidig var Steen Skallebæk i Sønderjylland ved at stifte sin egen bagerbutik i Haderslev. Gennem årene åbnede Lagkagehuset flere steder i København, mens Skallebæk bageriet i 2008 åbnede sin nummer to butik i Aabenraa i Sønderjylland. I 2008 fusionerede Skallebæk og Lagkagehuset til en stor bagerkæde med navnet Lagkagehuset.  I januar 2017 åbnede Lagkagehuset et bageri i London under navnet "Ole and Steen - Lagkagehuset". Det er Lagkagehusets første bageri uden for Danmark.  Drive-through bageri Som få bagerier i Danmark har otte af Lagkagehusets bagerier en Drive-through butik, hvor man med bilen kan køre direkte hen og hente sit brød, betale og køre igen. Disse butikker med 'Drive-through' finder man i Silkeborg, Fredericia, Haderslev, Hørsholm, Vallensbæk, Horsens, Aabenraa, Aarhus og Aalborg.