Protoniseringer sker typisk hurtigt, bl.a. fordi hydroner har høj mobilitet i mange opløsningsmidler. Hastigheden af en protonisering afhænger af hydrondonorens syrestyrke; en base protoniseres langsommere af en svag syre end af en stærk syre. Hastigheden af en protonisering eller deprotonisering kan især være langsom, når reaktionen medfører store strukturelle ændringer i et molekyle.  Reversibilitet og katalyse En protonisering er for det meste reversibel. I nogle tilfælde kan protonisering dog resultere i f.eks. irreversibel isomerisering. cis-Alkener kan omdannes til trans-alkener i tilstedeværelse af en katalytisk mængde af et protoniseringsreagens. Mange enzymer, f.eks. serinhydrolaserne, virker ved hjælp af mekanismer, der indebærer reversibel protonisering af substratet.