Sora bliver væk fra sin barndoms-venner Kairi og Riku, og han slår derefter følge med Anders And, Disney-slottets magiker, og Fedtmule, Kaptajnen af den Royale Gardé. De er imidelertidigt ude og lede efter Kong Mickey (Mickey Mouse). Undervejs i spille de møder disney-personer og personer fra Final Fantasy-serierne.