Seedorf ligger ca. syv kilometer nord for Zarrentin am Schaalsee og ti kilometer øst for Mölln.  I kommunen ligger ud over Seedorf, landsbyerne Groß Zecher og Zuckerhut. Kommunen ligger vest for søerne Seedorfer Küchensee og Priestersee, og ved Groß Zecher ligger den ud til Schaalsee.