Området består af  et istidslandskab dannet nær isens hovedopholdslinie under sidste istid. Flyndersø og Stubbergård Sø er således dannede i en tunneldal, der var opfyldt med dødis, og hedesletterne er dannet af smeltevandssand. Områdets nordlige del med den ca. 8 km lange hedesø, Flyndersø, og en række dødishuller med søer og højmosedannelser på begge sider af søen, er et af de steder i Danmark, hvor man bedst kan iagttage de geologiske istids fænomener. Nutidens landskab afslører således tilstedeværelsen af både et bundmorænelandskab med en tunneldal, og endnu et landskabslag, nemlig den smeltevandsslette med dødishuller, der overlejrede bundmorænen. Området omfatter de arealer på Hjelm Hede, som ikke er nåletræsplantager eller opdyrkede. De store arealer med våd og tør hede rummer karakterisisk hedevegetation, herunder en stedvis veludviklet lav-flora. Flyndersø og Skallesø er udpeget som fuglebeskyttelsesområde. Den 423 ha store Flyndersø er opdelt i to store bassiner, som begge er  eutrofierede og uklare med en meget begrænset udbredelse af undervandsplanter. Flyndersø har via Stubber Å forbindelse til den ca. 4,5 km lange Stubbergård Sø, der ligeledes er en del af tunneldals- og dødislandskabet. Stilkege-krattene langs østsiden af Flyndersø anses for at være oprindelige. Langs vestsiden af Flyndersø ligger Estvadgård Plantage, der hovedsagelig består af nåletræer med spredte bevoksninger af løvtræ. Kun en lille del af plantagen, samt egekrattet helt ned mod Flyndersø, er del af Natura 2000 området; Her findes bl.a. det i Danmark meget sjældne levermos, krumbladet stødmos (Nowellia curvifolia), der er knyttet til dødt ved i skove med lang kontinuitet og høj luftfugtighed. Området er vigtige fugleområder. Her yngler bl.a.  fiskeørne, rørdrum, isfugl, toppet lappedykker og rødrygget tornskade. Det er ligeledes en vigtig lokalitet for rastende trækfugle som stor skallesluger og hvinand.  Naturfredninger Klosteruinen ved Stubber Kloster blev   fredet i 1911. Et areal med heder, plantager og sø omkring Flyndersø på 1200 ha,  blev fredet i 1934 og 1967. I 1980 blev yderligere  438 ha fredet omkring Stubbergård Sø, og ved Stampestrømmen syd for Stubbergård Sø blev  107 ha, fredet 2001. Oprindelsen til fredningen var forretningsmanden H.P. Hjerl Hansen der i købte i 1910 en del af hederne ved sydenden af Flyndersø for at bevare dem. De blev siden overdraget til en fond, og her ligger nu frilandsmuseet Hjerl Hede.  Forløb Natura 2000-planen er vedtaget i 2011, hvorefter kommunalbestyrelserne og Naturstyrelsen udarbejdede bindende handleplaner for gennemførelsen af planen. Planen videreføres og videreudvikles i anden planperiode  2016-21. Natura 2000-planen er koordineret med Vandplan 1.2 Limfjorden.