Real Madrid har ofte store spillere i klubben, men i år 2000 efter præsidentvalget i klubben blev den tidligere præsident Lorenzo Sanz, erstattet af Florentino Pérez. Pérez lancerede Galacticos-projektet, hvor han ville investere væsentlig flere penge til finansiering af køb af flere spillere for at øge klubbens fremskridt. Projektet virkede dog ikke. Forventningerne til de store spillere som blev hentet fra år 2000, hvor klubben købte Luís Figo, og indtil sommeren 2005, blev betydelig højere. Derfor følte nogle spillere sig presset, hvilket i perioden 2003-2006 gik ud over nogle af deres spil, hvilket førte til væsentligere fyringsrunder blandt trænerne da ledelsen placerede ansvaret hos dem. Det var sandsynligvis den store kombination af forskellige spillere, der gjorde at projektet gik dårligt. Derfor sluttede "Galacticos-æraen". I vinteren 2006, efter at Real Madrid havde tabt til et hold i ligaen (RCD Mallorca), endnu en gang i 2005/2006-sæsonen, trak Florentino Pérez sig fra præsidentposten i Real Madrid, og beklagede overfor klubbens tilhængere for projektet, over de negative følger som projektet gav. Real Madrid vandt ingen titler fra efteråret 2003 – sommeren 2007, hvilket har været kontroversielt blandt mange folk. Men fra sæsonerne 06/07 og 07/08 er det igen lykkedes Real Madrid at vinde det spanske mesterskab to gange i træk og at kunne matche FC Barcelona.  Den nye Galacticos-æra Efter Galacticos-æraen var sluttet, havde Real Madrid købt spillere for væsentligt mindre beløb, end gennemsnittet for de foregående sæsoner. Klubben vandt dog alligevel to mesterskabet i træk i 2007 og 2008. Men et internt opgør i ledelsen i Real Madrid i december 2008, tvang den tidligere præsident Ramón Calderón til at gå af som klubpræsident før tiden. Han havde bedraget vælgerne i Real Madrid og blandt andet taget bestyrelsesmedlemmer fra naboklubben og rivalen Atlético de Madrid med til generalforsamlinger, som skulle støtte op om hans forslag. I januar 2009 gik han af, efter at en række ikke-delegerede medlemmer af bestyrelsen, godkendte budgettet for klubben. Han nåede dog som præsident at påbegynde det nye Galacticos-projekt, som i sommeren 2009 blev en realitet. Året forinden i 2008, havde der været meget polemik om, hvorvidt Cristiano Ronaldo (tidligere Manchester United-spiller) skulle hentes til klubben. Det siges at Ramón Calderón var idémanden bag kontrakten til Cristiano Ronaldo, som blev underskrevet året efter, i 2009. Real Madrid betalte 93,3 mio. euro for spilleren, som dermed blev verdens hidtil dyreste fodboldspiller. Klubben havde i sommeren 2009 også fået den tidligere afgået præsident Florentino Perez tilbage på præsidentposten. Sommmer-transfervinduet 2009 blev et positivt år, både for Real Madrid, men også for fodboldklubberne i resten af Europa. Kaká fra AC Milan kom til Real Madrid for 64,6 mio. euro. Xabi Alonso kom fra Liverpool og Benzema fra Olympique Lyon for ca. 40 mio. euro hver, samt Alvaro Arbeloa, som også havde spillet i Liverpool i en årrække blev solgt til Real Madrid. Den nye Galacticos-æra var startet med håbet om bedre tider.  Rivaliseringen med FC Barcelona Real Madrid var fra begyndelsen en af de stærkeste fodboldklubber i Spanien, og da den samtidig kom til at repræsentere hovedstaden og den spanske centralmagt, kom den i modsætningsforhold til FC Barcelona, der er den stærkeste klub i Catalonien, og af sine tilhængere anses for et symbol på catalansk nationalisme og selvstændighedstrang. Disse to klubber har i mere end 90 år duelleret om, hvilket af dem, der er det bedste hold i Spanien. Per 28. juni 2014 har Real Madrid og FC Barcelona mødt hinanden 227 gange med 91 sejre til Real Madrid og 88 til FC Barcelona, mens de resterende 48 er endt uafgjort. Opgøret mellem de to klubber kaldes El Clásico, og er en af de største fodboldbegivenheder, ikke kun på Den Iberiske Halvø. Kampe som Real Madrid – Atlético Madrid, Real Madrid – Athletic Bilbao og Real Madrid – CA Osasuna er også rivalopgør, som kan forekomme direkte hadske.