Efter at generalmajor George B. McClellans Peninsula kampagne var brudt sammen under Syv dages slaget i juni 1862 udpegede præsident Abraham Lincoln John Pope til at lede en ny hær, Army of Virginia. Pope havde opnået nogen succes i det vestlige operationsområde i borgerkrigen, og Lincoln søgte efter en mere aggressiv general end McClellan. Army of Virginia på 51.000 mand var delt op i 3 korps under generalmajor Franz Sigel (I Corps), Generalmajor Nathaniel P. Banks (II Corps) og generalmajor Irvin McDowell (III Corps). McDowell havde haft kommandoen over den tabende hær ved Første slag ved Bull Run . Dele af 3 korps fra McClellans Army of the Potomac, V og VI corps foruden generalmajor Ambrose Burnsides IX Corps, under kommando af generalmajor Jesse L. Reno, sluttede sig til sidst til Pope, hvilket forøgede hans styrke til 77.000 mand. På Sydstaternes side var general Robert E. Lees Army of Northern Virginia opdelt i to "fløje" eller "kommandoer" på omkring 55.000 mand. Den højre fløj var under kommando af generalløjtnant James Longstreet, den venstre under generalmajor Stonewall Jackson. Kavaleridivisionen under generalmajor J.E.B. Stuart var tilknyttet Jacksons fløj. Popes mission bestod af flere opgaver: beskytte Washington D.C. og Shenandoah dalen samt trække sydstatsstyrker væk fra McClellan ved at rykke frem mod Gordonsville. Baseret på sine erfaringer med McClellan i Syv dages slaget fornemmede Robert E. Lee, at McClellan ikke længere var en trussel for ham på Virginia halvøen, så han følte ikke noget behov for at bruge alle sine styrker i et direkte forsvar af Richmond. Det gav ham mulighed for at sende Jackson til Gordensville for at blokere Pope og beskytte Virginia Central Railroad. Lee havde større planer. Da unionshæren var delt mellem McClellan og Pope, og da de stod langt fra hinanden, så Lee en mulighed for at nedkæmpe Pope først og så vende opmærksomheden mod McClellan. Han sendte generalmajor A.P. Hill af sted til Jackson sammen med 12.000 mand. Den 3. august befalede Unionens øverstkommanderende, general Henry W. Halleck, McClellan at begynde sin endelige tilbagetrækning fra Virginia halvøen og vende tilbage til det nordlige Virginia og støtte Pope. McClellan protesterede og begyndte først overførslen den 14. august. Den 9. august angreb Nathaniel P. Bankss korps Jackson i Slaget ved Cedar Mountain, hvor han opnåede en fordel i starten, men blev drevet tilbage over Cedar Creek af et modangreb under ledelse af A.P. Hill. Jackson's blev imidlertid stoppet af brigadegeneral James B. Ricketts division. Nu havde Jackson erfaret, at Popes korps var samlet, hvilket forpurrede hans plan om at slå hver del for sig. Han forblev, hvor han var indtil den 12. august, og trak sig så tilbage til Gordonsville. Den 13. august sendte Lee Longstreet af sted for at forstærke Jackson. Mellem den 22. august og den 25. august udkæmpede de to hære en række mindre træfninger langs Rappahannockfloden. Kraftig regn havde fået floden til at svulme op, og Lee kunne ikke finde et sted at krydse floden. Imens ankom der forstærkninger til unionshæren fra Army of the Potomac på Virginia halvøen. Lee’s nye plan, som tog hensyn til, at han nu var i undertal, var at sende Jackson og Stuart af sted med den halve hær rundt om flanken på unionshæren for at afskære Popes forbindelseslinje, Orange & Alexandria Railroad. Pope ville dermed blive tvunget til at trække sig tilbage og kunne besejres, mens han var i bevægelse og sårbar. Jackson afgik den 25. august og nåede Salem (vore dages Marshall) samme nat. Om aftenen den 26. august efter at have passeret rundt om Popes højre flanke gennem Thoroughfare Gap, slog Jackson til mod Orange & Alexandria Railroad ved Bristoe Station, Virginia og inden daggry den 27. marcherede han af sted for at erobre og ødelægge det enorme unionsdepot ved Manassas Junction. Denne overraskende bevægelse tvang Pope til straks at trække sig tilbage fra sin defensive linje langs Rappahannockfloden. I løbet af natten mellem den 27. – 28. august førte Jackson sine divisioner nordpå til slagmarken fra Første slag ved Bull Run (Manassas), hvor han gik i stilling bag en ufærdig jernbanedæmning neden for Stony Ridge. Det var en god forsvarsposition. Sydstatshæren kunne gemme sig i den tætte skov, samtidig med at den havde mulighed for at holde øje med Warrenton Turnpike (landevej) nogle få hundrede meter mod syd, som var den sandsynlige rute unionshæren ville følge. Der var samtidig gode veje, ad hvilke Longstreet kunne mødes med Jackson, eller som Jackson kunne bruge ved tilbagetrækning til Bull Run Mountains, hvis han ikke blev forstærket i tide. Endelig kunne den ufærdige jernbanedæmning bruges som skyttegrav. I Slaget ved Thoroughfare Gap den 28. august, gennembrød Longstreets korps svag modstand fra Unionen og fortsatte, til de blev forenet med Jackson. Denne tilsyneladende ligegyldige kamp betød, at Pope’s nederlag i det kommende slag var så godt som sikkert, fordi det tillod de to fløje i Lees hær at forenes på slagmarken ved Manassas.  29. august: Jackson forsvarer Stony Ridge Jackson havde startet slaget ved Brawner's farm med henblik på at fastholde Pope, indtil Longstreet nåede frem med resten af Army of Northern Virginia. Longstreets 25.000 mand begyndte deres march fra Thoroughfare Gap kl. 6 den 29. august. Jackson sendte Stuart af sted for at lede de forreste elementer af Longstreets kolonne til positioner, som Jackson havde udvalgt på forhånd. Mens han ventede på deres ankomst, reorganiserede han sit forsvar, for det tilfælde at Pope skulle gå til angreb. Han opstillede 20.000 mand på en 2,7 km lang linje syd for Stony Ridge.  Idet han noterede sig, at Sigels tropper fra I Corps formerede sig langs Manassas-Sudley vejen, beordrede han A.P. Hill's brigader til at formere bag jernbanedæmningen nær Sudley Church på hans venstre flanke. Hill var klar over, at hans position geografisk set var svag, fordi det kraftige skovdække i området forhindrede effektiv anvendelse af artilleri, og derfor opstillede han sine brigader i to linjer med brigadegeneral Maxcy Greggs South Carolina brigade og brigadegeneral Edward L. Thomass Georgia brigade foran.  Midt på linjen placerede Jackson to brigader fra Ewells division (nu under kommando af brigadegeneral Alexander Lawton på grund af Ewells benamputation), og til højre placerede han William B. Taliaferros division, som nu blev kommanderet af brigadegeneral William E. Starke. Det var Popes hensigt at rykke frem mod Jackson på begge flanker. Han beordrede Fitz John Porter til at rykke mod Gainesville og angribe, hvad han regnede med, var sydstatshærens højre flanke. Han gav Sigel ordre til at angribe Jacksons venstre fløj ved daggry. Sigel, som ikke var sikker på Jacksons placering af sine styrker, valgte at rykke frem over en bred front med brigadegeneral Robert C. Schenks division, støttet af brigadegeneral John F. Reynoldss division (Heintzelman's III Corps) til venstre, brigadegeneral Robert H. Milroys uafhængige brigade i centrum og brigadegeneral Carl Schurzs division til højre. Schurzs to brigader, som rykkede nordpå ad Manassas-Sudley vejen var de første, som kom i kontakt med Jacksons mænd omkring kl. 7.  Handlingerne i Sigels angreb mod A.P. Hills division var typiske for alle kampene nær Stony Ridge den dag. Selv om den ufærdige jernbanedæmning på visse steder skabte naturlige forsvarspositioner, undgik sydstatshæren som regel et statisk forsvar. Den modtog Unionens stød og fulgte op med energiske modangreb. Det var den samme taktik, som Jackson benyttede i Slaget ved Antietam nogle få uger senere. Schurzs to brigader (under brigadegeneral Alexander Schimmelfennig og oberst Włodzimierz Krzyżanowski) havde en kraftig forpostfægtning med Gregg og Thomas, hvor begge sider bragte enheder i kamp én ad gangen. Da Milroy hørte lyden af kamp på sin højre side, beordrede han to af sine regimenter til at bistå Schurz. De opnåede en vis succes, og 82. Ohio regimentet gennembrød sydstatshærens linje ved en lavning i terrænet, kaldet the Dump, men blev til sidst slået tilbage. Schenk og Reynolds, som var udsat for kraftig artilleribeskydning, svarede igen med beskydning af fjendens artilleri, men sendte ikke deres infanteri frem. I det han antog, at Kearnys division fra III Corps var i position til at støtte ham, beordrede Schurz et nyt angreb mod Hill omkring kl. 10. Kearny rykkede imidlertid ikke fremad, og det andet angreb mislykkedes. Historikere har kritiseret Kearny for hans handlinger denne dag og hævdet, at det var personligt nag mod Sigel, der var grunden. Omkring kl. 13 blev Sigels sektor forstærket af generalmajor Joseph Hooker (fra III Corps) og brigaden under brigadegeneral Isaac Stevens (IX Corps). Pope ankom også til slagmarken og forventede at se fuldendelsen af sin sejr, men på det tidspunkt var Longstreets første enheder på plads på Jacksons højre fløj. Brigadegeneral John Bell Hoods division var på begge sider af Warrenton landevejen løst forbundet med Jacksons højre flanke. Til højre for Hood var divisionerne under brigadegeneralerne James L. Kemper og David R. Jones. Brigadegeneral Cadmus M. Wilcox`s division kom til sidst og blev placeret i reserve. Stuarts kavaleri mødte Porter, Hatch, og McDowell på vej op ad Manassas-Gainesville vejen, og en kort ildkamp stoppede Unionens kolonne. Så ankom der en kurer med en besked til Porter og McDowell, et kontroversielt dokument fra Pope som er blevet kendt som "Joint Order." Historikeren John J. Hennessy beskrev ordren som et mesterstykke i modsigelse og uforståelighed, som blev kernepunktet i årtiers skænderier". Den beskrev angrebene på Jacksons venstre fløj, som allerede var i gang, men var uklar med hensyn til, hvad det var meningen, at Porter og McDowell skulle gøre. Frem for at rykke til Gainesville og angribe Jacksons formodet ubeskyttede, højre flanke beskrev den en bevægelse i retning af Gainesville og "så snart forbindelse er skabt til de andre divisioner, skal hele kommandoen gøre holdt. Det kan blive nødvendigt at falde tilbage bag Bull Run til Centreville i aften". Pope skrev ingen steder eksplicit, at Porter og McDowell skulle angribe, og han afsluttede ordren med "Hvis der kan opnås en betydelig fordel ved at afvige fra denne ordre, skal den ikke udføres nøje", hvilket betød, at dokumentet var så godt som ubrugeligt som militær ordre. I mellemtiden førte Stuarts kavaleri under oberst Thomas Rosser unionsgeneralerne bag lyset ved at trække grene efter et regiment heste, hvilket skabte store støvskyer som fra en stor kolonne af marcherende soldater. På dette tidspunkt fik McDowell en rapport fra sin kavalerichef brigadegeneral John Buford, som rapporterede, at 17 infanteriregimenter, et batteri og 500 kavalerister var på vej gennem Gainesville kl. 8.15. Det var Longstreets fløj, som ankom fra Thoroughfare Gap, og det advarede de to unionsgeneraler om, at der var problemer foran dem. Unionens fremmarch blev igen standset. Af en eller anden grund undlod McDowell at fremsende Bufords rapport til Pope før kl. 19, så hærens øverstkommanderende handlede under to fejlagtige antagelser: at Longstreet ikke var i nærheden, og at Porter og McDowell var på vej til at angribe Jacksons højre flanke. Da Longstreets mænd var kommet på plads, beordrede general Lee et angreb mod Unionens venstre fløj. Longstreet huskede senere, at Lee "var tilbøjelig til at angribe så hurtigt som muligt, men ikke beordrede det". Longstreet derimod så, at Reynolds og Schenks divisioner fortsatte syd for Warrenton landevejen og overlappede halvdelen af hans linje, og han argumenterede imod at angribe på dette tidspunkt. Lee gav efterfølgende efter, da J.E.B. Stuart rapporterede, at styrken på Gainesville-Manassas vejen(Porter og McDowell) var formidabel. Pope, som antog at angrebet på Jacksons højre fløj ville blive gennemført, som han troede, at han havde beordret det, gav tilladelse til fire adskilte angreb mod Jacksons front med henblik på at aflede sydstatshærens opmærksomhed, indtil Porter satte det afgørende stød ind. Brigadegeneral Cuvier Grovers brigade angreb kl. 15 og regnede med støtte fra Kearnys division. Grover var så heldig at ramme et hul i linjen, som åbnedes mellem Thomas og Gregg. Hans energiske bajonetangreb var en en midlertidig succes, men igen rykkede Kearny ikke fremad som beordret, og Pope var ikke indstillet på at støtte et stort angreb. Brigadegeneral William Dorsey Penders brigade slog angrebet tilbage. Reynolds blev beordret til at gennemføre et angreb syd for landevejen og stødte på Longstreets mænd, hvilket fik ham til at afblæse demonstrationen. Pope afviste Reynolds bekymringer som et udtryk for, at han havde taget fejl af, hvem modstanderne var og insisterede på, at det var Porters V korps, han var stødt på i deres forberedelser til at angribe Jacksons flanke. Jesse Reno beordrede en brigade fra XI korps under oberst James Nagle til at angribe centrum i Jacksons linje igen. Denne gang blev brigadegeneral Isaac R. Trimble's brigade drevet væk fra jernbanedæmningen, men et modangreb fra sydstatshæren genskabte linjen og forfulgte Nagles tropper tilbage til de åbne marker, indtil Unionens artilleri stoppede deres forfølgelse. Kl. 16.30 sendte Pope endelig en direkte ordre til Porter om at angribe, men hans budbringer(hans nevø) for vild og afleverede først beskeden kl. 18.30. Under alle omstændigheder var Poter ikke i en bedre angrebsposition, end han havde været tidligere på dagen. I forventning om det angreb, som ikke kom, beordrede Pope Kearny til at angribe Jacksons yderste venstre flanke med henblik på at lægge et stort pres på begge ender af linjen. Klokken 17, for første gang i slaget, levede Kearny op til sit stærkt offensive rygte og brusede fremad med 10 regimenter, der ramte A.P.Hills udmattede division. Under dagens kraftigste kampe blev unionsangrebet slået tilbage af modangreb fra brigaderne under brigadegeneralerne Lawrence O'Bryan Branch og Jubal A. Early. På sydstatshærens højre fløj bemærkede Longstreet en bevægelse af McDowells styrke væk fra hans front. I korps flyttede divisioner til Henry House Hill for at støtte Reynolds. Denne rapport fik Lee til at genoplive sin plan om en offensiv i denne sektor. Longstreet argumenterede igen imod, denne gang på grund af, at det snart ville blive mørkt. Han foreslog i stedet, at en kraftig rekognosceringsstyrke kunne føle fjendens position på tænderne og således forberede morgenens angreb. Lee accepterede, og Hoods division blev sendt frem. Samtidig sendte Pope, som stadig troede, at sydstatshæren var på tilbagetog, John P. Hatch's division mod vest på landevejen i forfølgelse. Hood og Hatch stødte kort sammen ved krydset ved Groveton, men den korte, voldsomme konfrontation endte ved mørkets frembrud, og begge sider trak sig tilbage. Igen argumenterede Longstreet og hans underordnede overfor Lee for, at man ikke skulle angribe en styrke, som de mente var placeret i en stærk defensiv position, og for tredje gang aflyste Lee det planlagte angreb. Da Pope erfarede fra McDowell om Bufords rapport, indrømmede han endelig, at Longstreet var til stede på slagmarken, men han antog optimistisk, at Longstreet kun var der for at forstærke Jackson, mens hele hæren trak sig tilbage. Hoods division havde rent faktisk gjort netop dette.  Pope udstede direkte ordrer om, at Porters korps skulle vende tilbage til hovedstyrken og planlagde endnu en offensiv til den 30. august. Historikeren A. Wilson Greene hævder, at dette var Popes værste beslutning under slaget. Da han ikke længere havde numerisk overlegenhed over sydstatshæren og ikke havde en geografisk fordel, ville den mest fornuftige handling havde været at trække hæren tilbage over Bull Run og forene sig med McClellans Army of the Potomac, som lå med 25.000 mand i nærheden. En af de historiske kontroverser over slaget handler om George B. McClellanss samarbejde med John Pope. I slutningen af august ankom to hele korps fra Army of the Potomac (William B. Franklin's VI Corps og Edwin V. Sumner's II Corps) til Alexandria i Virginia, men McClellan ville ikke lade dem rykke frem til Manassas, fordi han mente, at de ikke havde tilstrækkeligt artilleri, kavaleri og transportstøtte. Politiske modstandere beskyldte ham for bevidst at underminere Popes position, og han forbedrede ikke sin sag overfor historikerne, da han den 10. august skrev til sin kone: "Pope vil få alvorlige bank indenfor to dage, og ... de vil blive meget glade for at overlade indfrielsen af deres gæld til mig. Jeg vil ikke påtage mig det, med mindre jeg har den fulde kontrol." Han sagde til Abraham Lincoln den 29. august, at det måske ville være klogt "at lade Pope om at komme ud af sin knibe og bruge alle ressourcer på at gøre hovedstaden helt sikker."