Morten Toft Munkholm (født 22. september 1985) er en dansk mellemdistanceløber som har repræsenteret landsholdet på 3000 meteren i 2006, 2007 og 2009, samt 1500 meteren i 2008 og 2010. Skiftede i 2008/09 fra Randers Freja til Aarhus 1900. Vandt det nordiske mesterskab i cross i november 2009, såvel individuelt som for hold. Morten Munkholm vandt i sæsonen 2009/10 DAF's Vinterturnering første gang, og gentog sejren igen i 2010/2011. Han vandt Eremitageløbet tre gange 2010-2012. Lørdag den 12. juni 2010 løb Morten Munkholm under A-kravet (3.41,00) til EM i Barcelona, Spanien med tiden 3.40,6 min. (manuel tidtagning) ved et løb i Watford, England. Allerede den 29. maj indfriede Morten Munkholm kravet med tiden 3.42,99 min. (B-krav) ved et løb i Manchester, England. Morten Munkholm indtager nu en ottendeplads på alle tiders danske rangliste på 1500 meter. Han deltog i EM i Barcelona 2010 på 1500 meter, hvor han blev slået ud i første omgang (semifinale) med tiden 3,43,05.