Spillet foregår i år 2007. En bande terrorister har fået fat i en Algorimetisk kode, der åbner forskellige muligheder som eksempelvis kan tage hele strømmen fra New York (Blackout), eller affyre missiler fra Nordkoreanske krigsskibe. Dette giver naturligvis anledning til et kaos, som kan udvikle sig til en 3. verdenskrig, og den eneste der kan stoppe det er Sam Fisher. Hvis det ikke lykkes for Sam Fisher og 3. Echelon, at få fat i koden vil den kæde af begivenheder, der er sat i gang være uoprettelig.