Drikken blev i 1971 udviklet i samarbejde med fodbold-, håndbold- og basketballspillere på landsholdet og læge Knud Lundberg. Navnet Faxe Kondi blev "opfundet" af Leif Terp, som også arbejdede på et Københavnsk reklamebureau. Leif Terp blev hurtigt ansat på Faxe Bryggeri. Indtil slutningen af 1990'erne blev Faxe Kondi tappet på ølflasker, hvad der var til stor morskab for børn og voksne, når flasken stod, så etiketten ikke var synlig. Den blev genintroduceret i 2012. I 2007 fjernede Bryggeriforeningens medlemmer, herunder Faxe Kondi, farvestoffet quinolingult (E-104) fra deres produkter. Dette skete efter at Forbrugerrådet havde kritiseret brugen af stoffet, da det var mistænkt for at forårsage leverskade, og være et allergen. Dette fjernede drikkens karakteristiske grønne farve.