Hertug Christian giftede sig første gang den 13. september 1663 i Wolfenbüttel med hertuginde Sibylle Ursula af Braunschweig-Wolfenbüttel (1629–1671), datter af hertug August 2. af Braunschweig-Wolfenbüttel. I ægteskabet blev der født to børn. Hertug Christian giftede sig anden gang den 10. maj 1672 i Plön med prinsesse Agnes Hedvig af Slesvig-Holsten-Sønderborg-Plön (1640-1698), datter af hertug Joachim Ernst af Slesvig-Holsten-Sønderborg-Plön og prinsesse Dorothea Augusta af Slesvig-Holsten-Gottorp. I ægteskabet blev der født syv børn.