Jacobsen vandt igennem sin aktive karriere en række titler på klubplan. Med GOG Gudme vandt han tre gange, i 1992, 1995 og 1996 det danske mesterskab, og blev desuden tre gange pokalvinder. I THW Kiel vandt han ligeledes tre gange, i 1999, 2000 og 2002 Bundesligaen, og i 1999 og 2000 desuden den tyske pokaltitel. Også i de europæiske turneringer opnåede Jacobsen succes med Kiel, og var en del af det hold der vandt EHF Cuppen i henholdsvis 2002 og 2004, samt nåede finalen i Champions League i år 2000. Har vundet VM guld som træner for det danske landshold i 2019  Landshold Nikolaj Jacobsen var i en årrække en af de bærende kræfter på det danske landshold, som han i alt repræsenterede 139 gange og scorede 552 mål for. Han står noteret for scoringsrekorden for en enkelt kamp på landsholdet med 15 mål. Jacobsen overtog positionen som dansk herrelandstræner i marts 2017, eftersom Gudmundur Gudmundsson stoppede før hans kontrakt udløb sommeren samme år.