I 1596 optræder Ni'lin for første gang i de osmanniske skatteregistre som værende en del af Nahiyaen af Ramla af Liwaen af Gaza. Byens indbyggere bestod af 72 husholdninger, alle muslimske, og de betalte skatter af hvede, byg, sommer afgrøder, oliventræer, frugttræer, geder og/eller bistader, samt en presse til oliven eller vindruer. I 1882 beskrev 'the Palestinian Exploration Fund's Survey of Western Palestine' Ni'lin som "en stor landsby på høj grund, omgivet af oliven og betjent af cisterner".  I den britiske optælling af Palæstina fra 1922 havde landsbyen (nu kaldet N'alin) en befolkning på omkring 1.160 muslimer, mens der i optællingen fra 1931 er registreret et befolkningstal på 1249, 1 kristen og resten muslimer, bosat i 299 huse. I 1945 var indbyggertallet i Ni'lin oppe på 1.420, alle arabere, som ifølge en officiel land- og befolkningsopgørelse ejede 15.875 dunam jord. Af disse var 5.921 dunam plantager og kunstvandet jord, 3.053 dunam blev brugt til korn, mens 29 dunam var bebygget byområde.  Protester mod muren Beboerne i Ni'lin har sammen med internationale aktivister udført ugentlige demonstrationer mod en nærliggende udvidelse af den israelske Vestbredsbarriere (Muren, red.), siden muren begyndtes opført. Det vurderes, at den færdigbyggede mur afskærer 1/3 af Ni'lins land.  Under den første af en række eskalerende anti-barrikade protestdemonstrationer blev den 10 årige Ahmed Moussa skudt og dræbt. Det skete den 29. juli 2008.  Drabet skete da en gruppe, der overvejende bestod af unge teenager drenge, begav sig til byggeområdet udenfor Ni'lin, hvor der ikke var nogen bevogtning, og begyndte at fjerne pigtråd.En indledende undersøgelse udført af det israelske politi, afslørede at israelsk grænsepoliti havde skudt med skarpt mod drengene, og at en af patronerne sandsynligvis dræbte 10 årige Ahmed Moussa. Under demonstrationen blev 15 andre såret af plastikbetrukne stålkugler.  Ahmed Moussas begravelse blev skæmmet af et distinkt opsving i vold. Den permanente bemanding af grænsepoliti, udstationeret af OC Central Command Maj.-Gen. Gadi Shamni, i byens udkant, hvor de daglige demonstrationer blev afholdt, chikanerede begravelsesoptoget. På et hospital i Ramallah d. 30. juli 2008 blev Yousef Ahmed Younis Amera på 18 år erklæret hjernedød efter at være blevet skudt i hovedet med en plastikbetrukket stålkugle, for endelig at dø mandag d. 4. august 2008.  D. 5.august 2008 udtalte israelsk politi at de havde tilbageholdt en grænsepolitimand og holdt ham i husarrest i forbindelse med drabet på 10 årige Ahmed Moussa, men ingen arrestationer er siden offentliggjort.  I den anden uge af august 2008 blev 22 ubevæbnede civile (inklusiv 8 børn) skudt med plastikbetrukne stålkugler i en protest i landsbyerne Ni'lin og Bil'in. Samtidig begyndte israelske besættelsesstyrke at bruge en ny metode til at kontrollere beboerne Ni'lin. En blanding af kloakvand, husdyrsgødning og kemikalier, der har fået øgenavnet "skunk" efter dets stærke lugt. Blandingen fremkalder opkast, når den bruges imod demonstranter. Under en demonstration d. 28. december imod det israelske angreb på Gaza, der var startet dagen før, blev 19årige Mohamed Khawaja skudt i hovedet af det israelske militær, mens Arafat Khawaja på 22 blev skudt i ryggen og Mohamed Srour blev skudt i benet. Arafat døde på stedet mens Mohamed Khawaja blev erklæret hjernedød på hospitalet og døde d. 31. december. Episoderne blev fremført for FN's Fact Finding Mission on the Gaza Conflict af vidnerne Mohamed Srour og Jonathan Pollark til missionens offentlige høringer i Geneve d. 5. juli 2009. De tilbagevendende sammenstød kom for alvor i det internationale søgelys da en amerikansk statsborger, Tristan Anderson fra Oakland Californien, blev ramt i hovedet af en tåregasgranat affyret af israelske besættelsesstyrker under en demonstration d. 13. marts 2009. Granaten forårsagede massiv skade på Andersons frontallap og på hans øje. Selv efter gentagne operationer holdes 38. årige Anderson den dag i dag i medicinsk koma på et hospital i Tel Aviv. Undersøgelser på stedet indikerer, at Anderson ikke kunne være ramt på den måde, der forårsagede hans hjerneskade, hvis ikke israelsk militær havde affyret tåregasgranaten i en ulovlig lige vinkel mod demonstranten, frem for den parabel israelsk og international lovgivning kræver, at de benytter. Andersons familie kæmper stadig for at få sagen ført til retten, efter israelsk militær for anden gang har lukket sagen uden resultat. D. 5. juni 2009 blev 36 årige Yousef Ageæ Srour skudt med en kaliber 0.22 riffel under en demonstration. Han blev erklæret død ved ankomsten til et hospital i Ramallah. D. 6. november 2009 lykkedes det protestanter, der demonstrerede for at markedere Berlinmurens fald, at vælte en lille stykke af den israelske adskillelsesmur, der skærer igennem Ni'lins landområder. Dette var første gang, det lykkedes palestinensiske demonstranter at vælte et stykke af israels betonmur. I marts 2010 erklærede den israelske hær Ni'lin (samt nabobyen Bilin) lukket militærområde hver fredag. Dette varede til august 2010.  Omri Borberg D. 7. juli 2008 filmede d. 17 årige Salam Kanaan en episode hvor den israelske bataljonkommandør Lt. Col. Omri Borberg fra den armerede bataljon 71 holder en palæstinensisk mand i håndhjern og med bind for øjnene mens hans underordnede skyder manden i foden. En løgnedetektortest kaster taget torsdag d. 29. juli 2008 kaster tvivl på lt. col. Borbergs vidneudsagn. Efter at have mødtes med OC Northern Command Maj.- General Gadi Eizenkot gik Borberg med til at tage 10 dages orlov mens den israelske hærs Judge Advocate-General (JAG) brig.-Gen- Avichai Mandelblitt besluttede hvorvidt der skulle rejses anklafe mod bataljonkommandanten. Hæren anklagede kommandøren for 'severe moral failiure', og han blev forflyttet for derefter at blive sigtet for den relativt milde anklage 'uværdig opførsel'. De israelske menneskerettighedsorganisationer B'Tselem, Yesh Din, the Association for Civil Rights, og the Public Committee Against Torture samt internationale organisationer har alle kritiseret den israelske hærs disciplinering af Borberg for at være alt for lempelig og har bedt JAG om at suspendere retssagen imod både løjtnant Broberg og Staff Sergeant "L", som affyrede skuddet mod den bunde palæstinensiske mands fod, for i stedet at muliggøre en udfording af den milde anklage "upassende opførsel".  D. 19. august 2008 blev militærhøringen imod Borberg og "L" suspenderet på baggrund af en anmodning indgivet af B'Tselem. D. 28. september bad højesteret JAG om at genoverveje anklagerne mod Borberg og "L".