Christine Elisabeth blev født den 23. juli 1638 i Sønderborg som det andet barn af hertug Hans Christian af Slesvig-Holsten-Sønderborg i hans ægteskab med Anna af Delmenhorst. Hun blev gift den 14. august 1656 i Weimar med hertug Johan Ernst 2. af Sachsen-Weimar. Der blev født 5 børn i ægteskabet. Hertuginde Christine Elisabeth døde 40 år gammel den 7. juli 1679 i Weimar. Johan Ernst overlevede sin kone med 3 år og døde den 15. maj 1683 i Weimar.