'Flotel Europa' handler om at vokse op på den midlertidige flygtningelejr Flotel Europa - et kæmpe skib i kanalerne i København. Da Vladimir Tomic var 12 år gammel, tilbragte han to år på båden med tusindvis af andre flygtninge fra krigen i Bosnien-Hercegovina, mens de ventede på at få asyl. Nu, to årtier senere, tager han os med på en rejse om hvordan det var at vokse op på skibet. Gennem gamle optagelser, som flygtningene sendte hjem til familien, de havde efterladt, giver filmen en unik og personlig indsigt i Tomics år på Flotellet. Men de grynede videoer fortæller også historien om ungdommen og om Tomics første store kærlighed, Melissa med de smukke øjne.