Negenharrie ligger 6 km sydøst for Bordesholm og grænser til det 521 ha store Naturschutzgebiet Dosenmoor. I kommunen ligger landsbyen Fiefharrie.  Det let bakkede område ligger ved udkanten af landskabet Holsteinische Schweiz, mellem den i sidste istid dannede randmoræne ved Ejderens nedre løb og Neumünster.