Området blev opdaget i 1500-talet af portugisiske søfarende. Området var ubeboet og påkaldte sig begrænset interesse, men franskmændene etablerede i slutningen af 1700-tallet kokosnødplantager på øerne ved brug af slaver. I forbindelse med oprettelsen af plantagerne, lagde franskmændene området ind under den den franske koloni Mauritius, der også omfattede Seychellerne. Overhøjheden over området var omstridt mellem Frankrig og Storbritannien indtil indtil 1814, hvor Mauritius, Seychellerne og tilhørende områder blev overdraget til Storbritannien i forbindelse med Frankrigs nederlag i den sjette koalitionskrig og den efterfølgende fredsaftale. Storbritannien udskilte i 1965 Chagosøerne fra Mauritius og øerne Aldabra, Farquhar og Desroches (Des Roches) fra Seychellerne og lod disse udskilte områder indgå i British Indian Ocean Territory. Ved udskillelsen, der skete i forbindelse med, at Mauritius opnåede selvstændighed fra Storbritannien i 1968, modtog 3.000.000 britiske pund. Formålet med udskillelsen af øerne i et selvstændigt område under britisk overhøjhed var at oprette en militærbase til fordel for Storbritannien og USA. Øerne blev formelt oprettet den 8. november 1965. Den 23. juni 1976 blev Aldabra, Farquhar og Desroches returneret til Seychellerne i forbindelse med, at Seychellerne opnåede selvstændighed fra Storbritannien. Herefter har BIOT anlene bestået af Chagosøerne. Boboerne på Chagosøerne, kaldet 'Ilois' ('Øboerne'), der overvejende bestod af efterkommere af slavearbejderne i plantagerne, blev i 1967-73 tvangsflyttet til Mauritius. Mauritius modtog i 1973 en kompensation fra Storbritannein på £650.000 for at huse de tvangsflyttede beboere fra Chagosøerne. Tvangsflytningen har dog siden fortsat givet anledning til debat og kritik, og Storbritannien betalte i 1982 yderligere £ 4.000.000 til en fond, der skulle sikre de forflyttede øboere bedre forhold. I 2002 fik beboere i BIOT, herunder et større antal øboere, britisk statsborgerskab. En række tvangsforflyttede øboere anlagde sag mod Storbritannien ved Den Europæiske Menneskerettighedsdomstol, der dog afviste sagen, da øboerne havde accepteret de oprindelige forlig, der var indgået i sagen og de dertil knyttede kompensationer.