Pierre Emile Højbjerg begyndte at spille fodbold i Skjold, men skiftede senere til F.C. København og som 14-årig til Brøndby IF. I 2011 blev han kåret som Årets talent i dansk herrefodbold U17. Han skiftede i 2012 til Bayern München, hvor han i starten spillede på klubbens U19 hold. På trods af sin status som ungdomsspiller debuterede Højbjerg den 13. april 2013 for Bayerns førstehold, da han i en bundesligakamp mod FC Nürnberg blev skiftet ind efter 71 minutter,  hvorved han blev den yngste spiller nogensinde for Bayern München i en Bundesligakamp. Den 8. januar 2015 fik Højbjerg forlænget sin kontrakt, men blev ved samme lejlighed udlejet Bundesligaklubben FC Augsburg, hvor han spillede forårssæsonen 2015. Efter sommerferien samme år var udsigterne til fast spilletid hos Bayern fortsat små, og Højbjerg blev igen udlejet til en af de bedre bundesligaklubber, denne gang for en hel sæson til FC Schalke 04.  Southampton Den 11. juli 2016 skiftede danskeren til engelske Southampton, hvor han skrev under på en femårig aftale. Transfersummen var estimeret til £12.8 millioner. Begyndelsen på opholdet i Southampton var noget blandet for Højbjerg, men efterhånden fik han mere spilletid, og i 2018 blev han udnævnt til anfører for holdet og spillede 33 kampe i sæsonen 2018-19.  Landsholdskarriere Pierre Emile Højbjerg debuterede for Danmarks U21 hold den 11. oktober 2013 i en U-21 EM-kvalifikationskamp mod Slovenien U/21, hvor han scorede begge Danmarks mål i en kamp, der endte 2-2. Højbjerg spillede i alt 38 landskampe for forskellige danske ungdomslandshold. Han fik debut for A-landsholdet onsdag 28. maj 2014 i en venskabskamp mod Sverige og modtog i den forbindelse stor ros fra både landstræner Morten Olsen og medspillere. Han scorede sit første A-landsholdsmål i sin tredje kamp, en venskabskamp mode Armenien, og fik hurtigt en række landskampe, men efter VM-kvalifikationskampen mod Montenegro i efteråret 2016, gik der to år, inden han igen spillede landskampe. Dette skete på et tidspunkt, hvor han efter at have spillet i tysk fodbold i begyndelsen af sin karriere, skiftede til Southampton, ligesom landsholdet skiftede landstræner. Åge Hareide var ikke så begejstret for Højbjerg, som Morten Olsen havde været. Da han efterhånden fik sig etableret i Southampton, valgte Hareide igen at udtage midtbanespilleren, og fra efteråret 2018 var han igen inde i landsholdsvarmen.