I januar 2008 underskrev Tobias Perch-Nielsen en kontrakt med Boldklubben Søllerød-Vedbæk, og blev den blot anden spiller som klubben havde skrevet en professionel kontrakt med. I sæsonen 2007/08 spillede han 12 kampe og scorede otte mål for klubben i 2. division.  FC Roskilde Perch-Nielsen skiftede i juli 2008 til 1. divisionsklubben FC Roskilde, der havde købt ham fri af kontrakten med BSV. I BSV var han blevet benyttet som kantspiller, men i Roskilde blev han flyttet frem som angriber. Han sad udenfor i det meste af sæsonen 2009/10 med en skade i menisken. I sæsonen 2010/11 blev han topscorer for klubben, da han scorede 14 mål i 26 kampe, og sæsonen efter, blev det til fem mål for angriberen, og blev delt topscorer sammen med Jesper Håkansson. Fra 2008 til 2012 spillede Perch-Nielsen i alt 76 kampe og scorede 21 mål for FC Roskilde.  Viborg FF I sommeren 2012 skrev Tobias Perch-Nielsen en kontrakt med 1. divisionsklubben Viborg FF, der var gældende indtil 31. december 2014. I efteråret 2013 var han udlejet til Hobro IK i 1. division, hvor det blev til 3 mål i 10 kampe.  FC Fredericia Den 1. juli 2014 skrev Tobias under på en kontrakt med FC Fredericia.  Næstved Den 4. februar 2016 skrev han kontrakt med Næstved BK gældende til sommeren 2018. Den 9. februar 2017 stoppede han sin professionelle karriere, pågrund af knæproblemer.