Guida var succesfuldt i sin UFC-debut, hvor han submitede  Justin James i 2. omgang på UFC 64. Guida tæt en enstemmig afgørelse Din Thomas på UFC Fight Night: Evans vs. Salmon i sin 2. omgang UFC-kamp. Guida fik opmærksomhed for sin 3-omganges  split decision-nederlag til Tyson Griffin på UFC 72. Guida bejserede Ultimate Fighter-vinneren Nate Diaz via split decision på UFC 94. Hans næste kamp var mod Diego Sanchez, på The Ultimate Fighter: United States vs. United Kingdom Finale som han tabte via split decision. Kampen havde et hurtigt tempo, hvor Guida fosvarede sig mod en række vilde offensive slag fra Sanchez og et brutalt hovedspark i 1. omgang, der der slog Guida ned. Kampen vandt 'Fight of the Night honors. Kampen kom senere ind som #13 på "100 Greatest UFC fights"-listen. Trods sin status som kommende lovende UFC-kæmper, var han inkluderet i UFC 2009 Undisputed-videospil på grund af tekniske problemer med hans lange hår. Han blev endda tilbudt $10,000 af Dana White for at klippe det, men han afslag. Guida mødte Joe Lauzon den 11. november, 2017 op UFC Fight Night: Poirier vs. Pettis. Han vandt via TKO i 1. omgang. Guida skulle have mødte Bobby Green den 9. juni, 2018 på UFC 225. Men Green meldte afbud på grund af en skade og blev erstattet af Charles Oliveira  Guida tabte kampen via guillotine choke submission i 1. omgang.