Niels Erik Andersen spillede hele karrieren som innerwing i Vejle Boldklub. Han opnåede at vinde sølvmedaljer med klubben i 1965 og deltog desuden i pokalfinalen i 1968, der blev tabt 3-1 til Randers Freja. Som resultat af hans gode præstationer som klubspiller opnåede Niels Erik Andersen ni kampe på Danmarks U-21 landshold og to A-landskampe. Han spillede sin afskedskamp for Vejle Boldklub d. 24. november 1968.