Søen er en del af  Natura 2000-område  nr. 41 Hjelm Hede, Flyndersø og Stubbergård Sø (H41 og F29) og er  habitatområde] .  Stubbergård Sø og det omkringliggende landskab, i alt 437 hektar, har siden 1980 været fredet, for at  bevare de naturvidenskabelige, kulturhistoriske, og landskabelige værdier og forbedre offentlighedens adgang til området, der er privatejet. Fredningen blev udvidet i 2004 med en afmærket sti i moseområdet nord for søen .