I løbet af sin 6½-årige byggetid blev Mondeo '01 faceliftet to gange. Det første store facelift fandt sted i juni 2003, hvor mere end 1500 dele i eksteriør, interiør og motorprogram blev ændret. Kølergrillen og de nederste rudekanter fik kromrammer, tågeforlygterne blev trapezformede ligesom baglygter og sidespejle blev redesignede. Kabinen fik forbedrede materialer og et nyt instrumentbræt, hvilket øgede støjdæmpning og komfort. Den stærkeste TDDi-motor blev afløst af to nye TDCi-motorer med commonrail-indsprøjtning. I september 2004 blev motorprogrammet udvidet med en 3,0-liters V6-motor med 150 kW (204 hk) og en 2,2-liters dieselmotor med 114 kW (155 hk). I september 2005 fik modellen yderligere mindre modifikationer på front- og hækparti med let ændrede baglygter, sideblinklys med klart glas samt reflektorer på den nederste del af kofangeren. Fra januar 2006 fik 2,0-liters dieselmotorerne partikelfilter som standardudstyr. Selv om produktionen af Mondeo '01 i Europa blev indstillet i maj 2007 som følge af modelskiftet til fjerde generation, blev modellen fortsat fremstillet i Vietnam frem til slutningen af 2009. 2004-modellen af Mondeo blev kåret som Årets Brugtbil 2008.  Problemer I 2007 fastslog både ejere og fagtidsskrifter en høj rustfølsomhed for modellen. Der har været tilfælde, hvor et syn af en fire til fem år gammel bil viste tegn på rustangreb. Ramt var bl.a. dørenes og bagagerumsklappens underkanter, som Ford som oftest i rammerne af garantien forbedrede og forseglede, eller udskiftede komplet. Grunden til rustangrebene på dørene og bagagerumsklappen var en ny byggemåde hos underleverandøren, hvor stålet blev forzinket og på de omfalsede kanter påført en tætningsmasse, som var fejlbehæftet. Begyndende kantrust kan kendes på bobledannelse i tætningsmassen. Lignende problemer er opstået for andre bilfabrikanter som også køber reservedele fra den pågældende underleverandør, f.eks. Mercedes-Benz.  Motorsport I 2000 udviklede Ford Racing et konceptstudie af Mondeo '01 på grundlag af det daværende DTM-reglement. Bilen var en racerbilsprototype, som var udstyret med en 4,0-liters V8-motor og baghjulstræk. Ligesom de andre DTM-racerbiler var den en silhuetbil, som kun havde optiske men ingen tekniske ligheder med seriebilen. Det blev ved studiet, og ingen racerbil blev bygget.