Det oprindelige slaviske bosted (Utin) blev i det 12. århundrede befolket af nederlandske nybyggere. I 1156 blev Eutin en købstad. Stedet fik bystatus i 1257. Eutin blev senere sæde for Fyrstbispedømmet Lübeck, siden biskopperne af Lübeck ikke udøvede den verdslige magt i byen Lübeck. Da fyrstbispedømmet blev sækulariseret i 1803 blev Eutin residensstad i det efterfølgende fyrstendømme Lübeck, der blev en del af Storhertugdømmet Oldenburg. Som et resultat af Hamborg-aftalen af 1937, blev Eutin overført fra Fristaten Oldenburg til den preussiske provins Slesvig-Holsten. Efter 2. verdenskrig blev Eutin en del af det moderne (Bundesland) Slesvig-Holsten.  Kultur Eutin er Carl Maria von Webers fødeby. Til ære for ham er der opført en friluftsscene (Freilichtbühne) i en af byens parker i 1951. Der er flere operaer og musikstykker blevet fremført i sommermånederne. Friluftsscenen har plads til ca. 2.000 tilskuere. Matematikeren Nikolaus Mercator (1620–1687) er også født i byen. Forfatteren Tom Buk-Swienty er født i byen. Poeten og oversætteren Johann Heinrich Voß boede i Eutin i cirka 20 år og var rektor ved det lokale gymnasium (Johann-Heinrich-Voß-Gymnasium), hvilket bærer hans navn i dag.