Der er 31 kendte isotoper af krypton. Naturligt forekommende krypton består af fem stabile og en let radioaktiv isotop. Stoffets spektralsignatur kan produceres med nogle meget skarpe linjer.  ⁸¹Kr, der er et produkt af atmosfæriske reaktioner, produceres sammen med de andre naturligt forekommende isotoper af krypton. Isotopen er radioaktiv med en halveringstid på 230.000 år. Krypton er yderst flygtig nær vandoverflader, men ⁸¹Kr er blevet brugt til at datere gammelt (50.000 – 800.000 år) grundvand. ⁸⁵Kr er en inert radioaktiv ædelgas med en halveringstid på 10,76 år. Den dannes ved fission af uran og plutonium, for eksempel ved atombombesprængninger og i kernereaktorer. ⁸⁵Kr frigives under oparbejdningen af brændselselementer fra kernereaktorer. Koncentrationen er 30 % højere på Nordpolen end på Sydpolen, da de fleste atomkraftværker ligger på den nordlige halvkugle.