Den 29. august 1903 blev grundstenen til Sankt Joseph Hospital i Esbjerg lagt af Sankt Joseph Søstrene, som indviede hopitalet den 1. september 1904. Siden hen fandt den katolske nonneorden det naturligt at oprette en katolsk privatskole i tilknytning med hospitalet. Beboelsesejendommen i Nørregade 61 blev erhvervet til formålet og Sankt Nikolaj Skole startede den 22. august 1905 med 5 elever på 2. sal. Skolen blev navngivet efter den hellige Sankt Nikolaus, som er beskytter af børn og af søens folk.