Tarmfloraen (ordet er misvisende og forkert da tyktarmsbakterier ikke tilhører planteriget) som på moderne dansk også kaldes tarmens mikrobiom (på engelsk the gut microbiome eller the gut microbiota) er de mikroorganismer, protister, bakterier og svampe, der befinder sig i mave-tarm-kanalen. Langt tid før 2016 er det anbefalede navn tarmmikrobiota. Tarmbakterierne udgør langt størstedelen af menneskets mikrobiom eller mikrobiota. Hos mennesker etableres tarmfloraen ved fødslen igennem munden og vedligeholdes gennem livet ved indtagelse af føde m.m. Tarmfloraen udgør en betydelig del af det humane mikrobiom, dvs. de mikroorganismer, der lever på og i den menneskelige organisme. Mave-tarm-kanalen indeholder normalt  op til 1,5 kg bakterier svarende til 100 billioner bakterie-celler, ca 10 gange det antal celler som mennesket består af. Tarmfloraen deltager aktivt i fordøjelsen af føden vi spiser, stimulerer immunsystemet og bekæmper patogene organismer og der er i den seneste tid (2013) blevet sat fokus på tarmfloraen som en stor kemikalie-fabrik, der ikke bare leverer vitaminer og hormon-aktive stoffer, men som også spiller en rolle i sygdomme og fedme. Der er store individuelle forskelle mellem menneskers tarmflora, men der er blevet skelnet mellem tre forskellige typer tarmflora, der også kaldes "økosystemer" eller "enterotyper". Hver enterotype er karakteriseret af et højt indhold af en bestemt bakterie-art, for enterotype 1 er det Bacteroides, for enterotype 2 Prevotella og enterotype 3 Ruminococcus, der er den dominerende. Danske forskere har gjort en stor indsats for at kortlægge europæernes tarmflora. Der er dog fortsat kun sporadisk viden om langt de fleste af tarmens mikroorganismer, delvis på grund af at de er anaerobe og vanskelige at dyrke in vitro.  Tarmfloraen og sundhed Stimulering af immunsystemet Bekæmpelse af patogene mikroorganismer Produktion af vitaminer (K-vitamin og B-vitaminerne biotin og pantotensyre), hormoner og hormonlignende stoffer Nedbrydning af føden Der er også tegn på at tarmens mikrobiom kan hænge sammen med autisme, idet den ualmindelige bakterie Sutterella er fundet hos autistiske børn. Danske forskere har i 2016 vist at der er en årsagssammenhæng mellem forekomsten af tarmbakterierne Prevotella copri og Bacteroides vulgatus, forhøjet BCAA (dvs. forhøjede forgrenede aminosyrer) og insulinresistens, der fører til sygdommen type 2 diabetes. Antibiotikabehandling slår også "venligtsindede" bakterier ihjel og åbner mulighed for skadelige mikroorganismer kan brede sig.  Tarmsygdomme Crohns sygdom Colitis ulcerosa  Tarmflora-transplantation Tarmflora-transplantation, fæcestransplantation eller FMT efter engelsk fecal microbiota transplantation.  Se her