Område er udpeget for at beskytte de store og artsrige arealer med kalkoverdrev samt de marine naturtyper. Området omfatter nogle af Fyns største og bedst udviklede kalkoverdrev med forekomst af mange sjældne plantearter, herunder flere sydeuropæiske steppeplanter. Den rødlistede trekløftalant har flere voksesteder i områdets overdrev. Strandengene er generelt veludviklede og artsrige. Området er levested for bl.a. stor vandsalamander, strandtudse og spidssnudet frø. Det nedbørsfattige og solrige klima giver også gode levevilkår for flere arter af krybdyr som hugorm, snog og markfirben, og området er et vigtigt yngle- og rasteområde for vandfugle. Også Stenrevsområderne har et rigt dyre- og planteliv. På sandbunden ses bevoksninger af ålegræs i 4-6 meters dybde, men dækningsgraden er lav på grund af områdets eksponerede karakter. Marsvin er udbredt i farvandet omkring Fyn med særlig stor hyppighed bl.a. omkring Fyns Hoved.  Mejlø Vildtreservat Omrkring Mejlø og Enø mellem Korshavn og Lillestrand er der udpeget et 64 hektar stort vildreservat for at beskytte ynglefuglene i området. Der er nogle gange op mod 1000 par vandfugle der yngler på øerne, især ederfugl, stormmåge, sølvmåge, havterne, strandskade og tejst har her sit eneste ynglested ved Fyn. Derfor er der adgang forbudt på øerne, og i en 50 meter zone omkring dem i yngletiden.  Fredning Fyns Hoved med overdrev, krumodder og kystskrænter omkring lagunen Fællesstrand og Korshavn, i alt 90 ha, er fredet af flere omgange, i 1936, 1960, 1965, 1968 og 1975.