Hun blev gift i Viborg den 25. september 1640 med Malte Clausen Sehested, som ejede hovedgårdene Boller og Rydhave. Margrethe Reedtz var en dygtig administrator af Rydhave, og det var også en nødvendighed, da hendes mand var væk det meste af tiden, idet han var i militæret. Efter hendes mands død i 1661 blev hun en meget velhavende dame og ejede fra 1661 Rydhave, fra 1662 Vinderup Hovgård, Skodborghus Slot, Øllufgård og Estrup i Malt herred og fra 1685 Blidstrup. Hun er begravet i Viborg Domkirke.  Margrethe Reedtz' skole i 1684 oprettede hun en skole for fæstebøndernes børn, hvilket var ganske uhørt, og til driften af skolen skænkede hun 200 rigsdaler og det årlige udbytte fra en af sine gårde i Ryde. Endvidere betalte hun lærerlønnen, der udgjorde 20 sletdaler.