Det europæiske borgerinitiativ blev indført med Lissabontraktaten. Hensigten med initiativet var at fremme borgernes deltagelse i EUs beslutningsproces. Der blev i december 2010 opnået enighed om et kompromis mellem Det Europæiske Råd og Europaparlamentet om udformningen af reglerne i dette initiativ. Den endelige vedtagelse fandt sted inden udgangen af 2010. Den 17. august 2012 tilbød Kommissionen for at fremme processen at hjælpe de europæiske borgerinitiativer i gang hjælp med indsamlingen af stemmer. I 2014 havde et tilstrækkeligt antal borgere indsamlet stemmer til at kræve et forslag om forbedret vandkvalitet, og i 2015 blev kampagnen "Stop vivisection" officielt optaget på listen over initiativer med mere end 1 million stemmer.  Processen Kommisionen gennemførte i 2009 en offentlig høring og udsendte på baggrund heraf et forslag den 31. marts 2010.  Den grundlæggende præmis er, at en million EU-borgere ved deres underskrift kan opfordre Europa-Kommissionen til at udforme et forslag på et område, hvor der findes et eksisterende regelsæt, f.eks. et direktiv. Borgere skal ifølge traktatens § 11 stamme fra "et betydeligt antal medlemsstater". Kommissionen skal tage stilling til opfordringen og offentliggøre sin stillingtagen, men er ikke forpligtet til at følge den. Initiativer, der falder uden for de eksisterende regelsæt kan ifølge Lissabontraktaten ikke behandles af kommisionen. Forslaget fik en blandet modtagelse, især fordi skeptikere fandt kravene til tidsfrist for høring og andre minimumskrav restriktive.  Efter behandlingen i Det Europæiske Råd og Europaparlamentet blev flere af de kritiserede elementer i forslaget ændret.(Se Oversigt over regler for borgerinitiativer).  Konkrete initiativer Greenpeace afleverede den 9. december 2010 1 million underskrifter med opfordring til kommisionen om at forbyde anvendelsen af genmodificerede fødevarer til kommisæren for sundhed og forbrugerpoltik, John Dalli.