Nationalparken har store bevaringsværdige naturværdier knyttet til flora og fauna, strand- og kysttyper, kystskov, lyngheder og det intakte storslagne kystlandskab. Området har specielle marine egenskaber pga. Glommas udløb og en meget varieret undersøisk topografi og bundforhold. Dette giver Ytre Hvaler en stort mangfoldighed af marine naturtyper både på grundt og dybt vand. Der er flere koralrev i området.  Kulturminder Området er præget af lang tids brug af kysten og havet: rejefiskeri, hytter, fritidsbåde og andre fritidsaktiviteter.