De første spæde skridt til det, der i dag er AAU CPH, blev taget i 2002 da AAU udbød uddannelsen Medialogi i København i samarbejde med Den Sociale Højskole. I 2005 betød et nyt samarbejde med Ingeniørhøjskolen i København at AAU flyttede sine aktiviteter til Ballerup. Fra 2005 til 2012 skete der en gradvis udbygning i Ballerup. Samarbejdet med Ingeniørhøjskolen blev udvidet, flere uddannelser kom til, og AAU fik flere forskningsaktiviteter etableret. Den 2. november 2011 offentliggjorte AAU en aftale med Nokia Danmark om at overtage Nokias lejekontrakt med PFA på 3 bygninger i Københavns Sydhavn, på 42.500 kvm. Aftalen betød, at Nokia donerede meget af sit udstyr til AAU. I sommeren 2012 overtog AAU CPH Nokias bygninger på A.C Meyers Vænge og Frederikskaj  og etableringen af en campus i Københavns Sydhavn var en realitet. Alle aktiviteter i hovedstadsområdet blev nu samlet under samme tag – bl.a. rykkede også Statens Byggeforskningsinstitut (SBi) med til Sydhavnen (SBi fusionerede 1. januar 2007 med Aalborg Universitet. Indtil da var instituttet en del af Økonomi- og Erhvervsministeriet).  Forskning På AAU CPH forskes og uddannes der indenfor både humaniora, IT og design samt engineering og naturvidenskab. Forskningen på AAU CPH er en integrereret del af AAU's forskning på de tre campusser i Aalborg, Esbjerg og København. Det betyder bl.a., at de fleste forskere og ph.d.'ere er tilknyttet et hovedinstitut i Aalborg. Følgende 14 institutter er repræsenteret på AAU CPH: