Cis- og transisomerer har ofte forskellige fysiske egenskaber. Forskellene mellem isomererne skyldes forskel i molekylernes form eller i deres dipolmoment. Forskellene kan være meget små, som det er tilfældet med ligekædede alkeners kogepunkt. F.eks. er kogepunktet for trans-2-penten 36 °C, mens cisisomerens kogepunkt er 37 °C. Der kan også være meget store forskelle på cis- og transisomerer, som f.eks. i cycloocten, hvor cisisomerens kogepunkt er 145 °C, mens transisomerens er 75 °C.  Nomenklatur (navngivning) Ved navngivning sættes cis eller trans foran isomerens systematiske navn samt placering hvis der er flere eller den ikke er ved startbindingen.  E-Z-isomeri I de tilfælde, hvor der ikke er 2 ens atomer eller atomgrupper på hver side af en binding med indskrænket rotation, kan man ikke benytte cis-trans-notationen, men kun E-Z-isomeri. De atomer eller atomgrupper der sidder på hver side gives et prioritetsnummer efter CIP-reglerne, hvor E eller Z,  E (fra tysk entgegen) for modsat side og Z (fra tysk zusammen) for samme side, angiver hvordan de to atomer eller atomgrupper med højst prioritet på hver side af bindingen sidder i forhold til hinanden.