Magnússon har (pr. maj 2018) spillet 15 kampe og scoret to mål for Islands landshold. Han debuterede for holdet 13. november 2015, i en venskabskamp mod Polen. Han var en del af den islandske trup, der nåede kvartfinalen ved EM 2016 i Frankrig, og blev også udtaget til VM 2018 i Rusland.