Konservatoriet er inddelt i to fakulteter: Fakultetet for Komposition, Musikvidenskab og Musikpædagogik og Fakultetet for Udøvende Kunst. Administrativt er det inddelt i Institut for Videnskabelig Forskning og Kunstneriske Aktiviteter, Institut for Internationale Forbindelser og Europæiske Programmer, Lærerundervisningsinstitutet, Musikforestillingsinstitutet og Institut for Lav-Residens-Programmer. Hovedbygningen og rektoratet er placeret på Ştirbei Vodă Gade 33. Fra 2010 er UNMBs rektor Dan Dediu.