Netop på grund af at spillet var så kontroversielt – pga. hagekorset, malerier af Hitler i spillet, nazister osv. – blev der gjort en del indreb for at ændre på spillets indhold: Super Nintendo America var bange for at spillet skulle virke for voldeligt, så i deres Super Nintendo udgave af spillet kom der sved ud af fjenderne når de blev skudt i stedet for blod. Ydermere blev vagthundene i spillet udskiftet med gigantiske mutant-rotter i stedet. Medarbejdere på ID Software udtalte senere hen, at de syntes det var sjovt at der var "okay" at skyde nazisterne, som trods alt er mennesker, men ikke hunde. Desuden blev der inkluderet to nye våben i denne udgave. Super Nintendo udgaven var ikke lige så succesfuld som PC-versionen