Antimikrobielle peptider (AMP), også kaldet host defense peptider (HDP) er små proteiner, peptider, der er en del af  det medfødte immunforsvar (det uspecifikke innate immunforsvar), der findes blandt alle klasser af liv. Grundlæggende forskelle mellem prokaryote og eukaryote celler kan repræsentere mål for antimikrobielle peptider. Disse peptider er potente, bredspektrede antibiotika, som viser potentiale som nye terapeutiske midler. Antimikrobielle peptider har vist sig at dræbe Gram negative og Gram positive bakterier, kappebærende vira, svampe samt kræftceller. Der er beskrevet mere end 5000 antimikrobielle peptider. I modsætning til de fleste konventionelle antibiotika, ser det ud som om antimikrobielle peptider også kan have evnen til at øge immunitet ved at fungere som immunomodulatorer. Antimikrobielle peptider virker ofte ved at destabilisere mikrobers membran ved lyse eller hæmning af transportfunktioner.