Zagorakis spillede i årene mellem 1994 og 2007 hele 120 kampe for Grækenlands landshold, hvori han scorede tre mål; Han har dermed rekorden for flest landskampe i Grækenland. Han var anfører for holdet der ved EM i 2004 i Portugal blev europamestre efter finalesejr over værtsnationen. Efter finalen blev han desuden kåret til turneringens bedste spiller. Han deltog desuden ved Confederations Cup 2005 i Tyskland.