Af området er 70 ha land, mens resten er hav med bl.a. stenrev. Selve øen Hesselø, der er privatejet, ligger i Kattegat ca. 30 km nord for Hundested. Den udgøres af en 20 m høj moræneknold med en bræmme af storstenet marint forland. Øen er relativt nedbørsfattig og solrig. Småholme og stenrev strækker sig som haler mod nordvest og sydøst. Det nordvestlige rev stikker op af havet og er det mest markante. Stenrevene har en  meget artsrig vegetation med en frodig algesammensætning. Der er ligeledes en meget artsrig bundfauna på de lavvandede sandbanker på havbunden omkring øen.  På Hesselø's nordvestrev yngler en bestand på ca. 1.000 spættede sæler. Bestanden er en af Europas største. Gråsæl ses sjældent i området, men det vides ikke om den yngler der. De centrale dele af øen udgøres af et morænelandskab, der rummer såvel overdrev, våde enge, rigkær som næringsrige vandhuller. Langs kysten findes stedvis en bræmme af strandengsvegetation, og i et enkelt område er der klitdannelse med sammenhængende vegetation. Endelig rummer de store, gamle rullestenstrandvolde omkring øen en spændende og artsrig vegetation. Hesselø er en vigtig fuglelokalitet. I 2003 er der konstateret 30-40 ynglepar af fjordterne og øen har en stor ynglebestand af alkefuglen tejst. Endvidere passerer et stort antal trækfugle øen. Natura 2000-området består af Habitatområde nr. H112 og ligger i    Halsnæs Kommune i Vandområdedistrikt II Sjælland  i vandplanopland   2.3 Øresund  Fredninger Hele Natura 2000-området er fredet  og omfattet af et  vildtreservat. Der er adgangsforbud på revene i perioden 15/4-30/9, hvor spættet sæl yngler og fælder.