Hjemmeværnets vigtigste opgave var dengang at observere og melde hvis Danmarks skulle blive angrebet af en fremmed militær magt, så SEP-enhedernes opgave var en naturlig forlængelse af hjemmeværnets fundament. SEP-patruljerne skulle operere som efterladte patruljer – deraf begrebet "stay-behind" – som forblev skjulte i et område, som blev angrebet af fjendtlige militære styrker, og skulle så begynde at melde om de militære aktiviteter i området når kamphandlingerne var stilnet af. Derved kunne forsvaret få informationer om, hvad fjenden forberedte af militære operationer, og om hvilke militære formationer, der var på vej mod de danske soldater ved fronten.  Uddannelse Med udgangspunkt i SEP´s opgaver, modsvarede personellet uddannelse og træning på meget højt plan. Der var optagelsesprøve til enheden. I 1980 havde SEP/ELK optagelsesprøve af en weekends varighed. SEP/VLK kørte både optagelsesprøve og patruljekursus, der begge skulle beståes, og som tilsammen bestod af 10 dages varighed. Kravene til aspiranten blev øget yderligere gennem årene. SEP/HOK gennemførte frem til nedlægningen patruljekursus fordelt over 22 aftener samt 5 weekend øvelser. Fagene var orientering, feltkundskab, patruljetjeneste, pionertjenste og befalingsvirksomhed. Kravene til aspiranten var, at en lang række forudgående kurser samt en fysisk kontrolprøve skulle beståes. Herefter fulgte først den egentlige aspirantuddannelse, med sigte på at indfri og fastholde det nødvendige fysiske og faglige høje niveau for at kunne træde ind i enheden. Uddannelsen i signaltjenste skulle beståes, ellers afgik aspiranten fra enheden. Årligt skulle der aflægges test, som skulle sikre at det fysiske og faglige meget høje niveau blev opretholdt. Den videre uddannelse inden for SEP bestod af øvelser med danske såvel udenlandske styrker. Yderligere videreuddannelse bestod af patruljesanitetstjeneste ( avanceret sanitetstjeneste f.eks at sy ), mulighed for Faldskærms grunduddannelse ved Jægerkorpset ( fra 1980 ), Frømandskorpset´s kampsvømmerkursus ( fra 1992 ) samt kursus og øvelser ved udenlandske enheder.  Opstart og ende Forsvarskommandoen vurderede enhedens koncept og anvendelighed, enheden formeres formelt den 9. april 1959 som Specielle Efterretningspatruljer, i henhold til FKO-direktiv af samme dato. Specielle Efterretningspatruljer blev nedlagt ved udgangen af 1994. 1/1-1995 blev Patruljekompagniet ved Østre Landkommando oprettet som korpsets fjernopklaringskompagni (LRRP). Patruljekompagniet var fortsat opstillet af hjemmeværnet til rådighed for hæren, og hjemmeværnets kapacitet til at udsende fjernopklarings- og efterretningspatruljer var dermed sikret. Med nedlæggelsen af Østre Landkommando blev Patruljekompagniet overført som dispositionsenhed for Hærens Operative Kommando (HOK). 1/1-2007 skiftede denne enhed navn fra HOK Patruljekompagniet til Hjemmeværnets Særlig Støtte og Rekognosceringskompagni (SSR). 9. april 2009 markeredes 50 året for oprettelsen af SEP, blandt andet med en hilsen fra Forsvarschefen.