Helge Larsen tilhørte den yngre gruppe af forskere af eskimokulturens oprindelse, der var startet med Hans Peder Steensby, Gudmund Hatt, Kaj Birket-Smith og Therkel Mathiassen. Under denne den ældre generation af eskimokulturen havde tilgangen fortrinsvis været etnografisk: man tænkte stort set ikke i flere arkæologiske kulturer af uens alder men forestillede sig, at eskimokulturen udgjorde et kontinuert hele, hvori der var tilkommet nyere træk; man talte i den forbindelse om palæoeskimoer og neoeskimoer. Det var blandt andet Helge Larsens fortjeneste, at dette billede blev brudt og afløst af en inddeling i flere arkæologiske kulturer af uens alder. Det skete i forbindelse med arkæologiske udgravninger, der uomtvisteligt afslørede dels flere lag af uens tidsmæssig alder, dels med uens indhold. Helge Larsens særlige indsats kan karakteriseres gennem ekspeditionen til Sukkertoppen i 1930, ved arbejderne fra Østgrønland, hvor han deltog i 3-års-ekspeditionen til Christian X's Land 1931-1932, i Coutauld-ekspeditionen til Østgrønland i 1935 og i Lauge Kochs Østgrønlands-ekspedition 1937. Fra 1939 til 1950 foretog Helge Larsen arkæologiske forskningsrejser til Alaska, et 12-årigt samarbejde med Alaskas Universitet i Fairbanks repræsenteret ved dr. Fr. Rainey. I 1939 kendte man i Alaska kun den af Therkel Mathiassen opdagede og beskrevne Thule-kultur. Det lykkedes Helge Larsen ved Point Hope at finde en kultur, der var ældre end den neoeskimoske og stærkt indlandspræget (Ipiutaq), det vil sige, at den blev af ham i første omgang identificeret med Steensbys og Birket-Smiths palæo-eskimoiske kultur. Efter oprettelsen af Arktisk Institut i 1954 blev Helge Larsen den daglige leder af dette. Helge Larsen var medlem af Geografisk Selskabs råd gennem mere end 30 år, og han modtog i 1955 af selskabet Hans Egede medaljen for fremragende forskning inden for polarlandene. Han var redaktør af Meddelelser om Grønland fra 1959 til 1975. Siden 1976 repræsenterede han Nationalmuseet i Knud Rasmussen Fondet. Helge Larsen blev overinspektør ved Nationalmuseet og leder af Etnografisk Samling efter Kaj Birket-Smith.