Gennem sin levetid blev Master System bygget i flere forskellige udgaver.  Tilbehør og Inputs En af de mest usædvanlige karakteristika ved Sega Master System er dens dobbelte medie inputs: en kassette slids og et kort slids. Kort slidset godtog små kort, på størrelse med kreditkort. Del fleste kort var spil, men et kort tjente et helt andet formål. 3-D briller sættes ind i konsollen via the card slidset, og tillader 3-D visuelle effekter for dertil specielt designede spil. På denne måde virkede begge medier samtidigt. Kort slidset blev fjernet på den redesignede Master System II, der kun understøttede kassetter. Dette hjalp til at reducere omkostningerne ved fremstillingen af konsollen, da kortene var relativt upopulære og fordi at kun nogle enkelte kort-baserede spil blev produceret.