Rudi Dutschke voksede op som den fjerde søn af en postfunktionær i DDR, hvor han var medlem af en evangelisk ungdomsorganisation, som prægede ham i retning af den religiøse socialisme, som senere blev et kendetegn for ham. Han var aktiv udøver af tikamp og ønskede en videre uddannelse indenfor sport, hvorfor han for at øge sine chancer for en uddannelse indtrådte i Freie Deutsche Jugend (FDJ) i 1956. Opstanden i Ungarn i 1956 politiserede Dutschke. Han tog nu parti for udviklingen af en demokratisk socialisme, der distancerede sig fra udviklingen i såvel USA som Sovjetunionen. I 1957 trådte han offentligt frem med kritik af "militariseringen" af det østtyske samfund og for rejsefrihed til Vesttyskland. På grund af disse ytringer blev han af myndighederne nægtet det studium i sportsjournalistik, som han havde ansøgt om. Dutschke pendlede regelmæssigt til Vestberlin, hvor han dog ikke kunne få sin eksamen fra gymnasiet anerkendt. Han måtte skrive sportsreportager til Axel Springers forlag, men uden vederlag. Fra januar til august 1961 opholdt han sig i Karl-Marx-Stadt. Da han ikke havde i sinde at aftjene sin værnepligt, rejste han den 12. august 1961 til Vestberlin med henblik på at få mulighed for at studere her. Dagen efter, den 13.august 1961,blev Berlinmuren opført. Dutschke meldte sig derfor til myndighederne i en af nødlejrene, hvor han anmodede om statsborgerskab i Vesttyskland. Han studerede herefter fagene sociologi, etnologi, filosofi og statsvidenskab ved Freie Universität Berlin, hvor han var tilknyttet indtil 1973. Dutschke studerede især værker af Karl Marx, Georg Lukács, Theodor W. Adorno, Max Horkheimer og Herbert Marcuse. Han fastholdt dog en religiøs og udogmatisk indfaldsvinkel til disse teoretikere.  Attentat og senere liv I februar 1968 arrangerede Vestberlins bystyre en demonstration til støtte for USA som garant for Vesttysklands frihed. Deltagerne bar plakater med påskriften: "Folkefjende nr. 1: Rudi Dutschke". Den 11. april 1968 blev Dutschke skudt i hovedet med tre skud affyret af den 18-årige ufaglærte arbejder og højreekstremist Josef Bachmann, som ifølge den militante venstrefløj var påvirket af Axel Springer-tabloidavisen Bild kampagne "Stop Dutschke nu!". Bachmann fik syv års fængsel for attentatet og begik selvmord i fængslet. Dutschke overlevede attentatet, men fik omfattende hjerneskader. Da han var i bedring efter attentatet, led han af svært hukommelsestab og havde glemt navnene på familie og venner. Ifølge hans egen kone var han så svært skadet, at han på spørgsmålet: "Ved du, hvem Lenin var?", svarede "Nej." Sammen med sin familie flyttede Rudi Dutschke til Storbritannien for at overvinde sine symptomer, og han måtte blandt andet lære at tale på ny. Han kom ind på Clare Hall på Cambridge University og færdiggjorde en uddannelse som sociolog i 1969. I 1971 blev han og familien imidlertid udvist af landet af den konservative regering under Edward Heath, da de var "uønskede fremmede", der foretog "undergravende virksomhed" mod Storbritannien, hvilket skabte politisk stormvejr i London. Familien flyttede herefter til kollektivet Aldershvile ved Knebel i Danmark og efterfølgende til Aarhus, efter at professor Johannes Sløk havde tilbudt Dutschke et job på Aarhus Universitet som undervisningsassistent, hvilket gjorde det muligt for ham at få dansk statsborgerskab. Opholdet i Danmark var ikke altid positivt. På Aarhus Universitet var den kapitallogiske skole med bl.a. Hans-Jørgen Schanz som en af profilerne den dominerende marxistiske retning. Schanz har selv erklæret, at de var så uenige, at de knap kunne diskutere indbyrdes. En række venstresocialistiske grupperinger kritiserede Dutschke for "teoretisk afvigelse" og "aktionisme", og Gretchens replik hertil var: "De fleste danskere taler engelsk, hvis de ikke lige er trætte, ophidsede eller fulde. Altså forstod vi det hele, undtagen det vigtigste." Fordelen ved Aarhus var, at "byen ligger kun et par timers kørsel fra den tyske grænse". Derfor genindtrådte Dutschke på den politiske scene i Vesttyskland i forbindelse med protester mod atomkraftværker i midten af 1970'erne, der startede en ny bevægelse på dette tidspunkt. Han deltog sidst i 1970'erne aktivt i opbygningen af partiet Die Grünen i Vesttyskland. Han begyndte også at arbejde med systemkritikere imod den kommunistiske regering i Østtyskland, Polen, Jugoslavien, Ungarn og Tjekkoslovakiet inklusive Robert Havemann, Wolf Biermann, Mihailo Petkovic, Milan Horáček, Adam Michnik, Ota Šik og flere andre. Hjerneskaden, som var en følge af attentatet i 1969, medførte vedvarende sundhedsproblemer. Han druknede i badekarret juleaften 1979 i Aarhus efter et epileptisk anfald. Rudi Dutschkes liv er beskrevet i Gretchen Dutschkes biografi "Wir hatten ein barbarisches, schönes Leben" (1996), i dansk oversættelse 1997, Forlaget Modtryk.