Klubben blev grundlagt i 1900 og vandt sit første mesterskab i 1932 og har gentaget præstationen 27 gange. I 1974 vandt klubben Europacuppen for Mesterhold (nuværende Champions League), hvilket Bayern har gjort 5 gange i alt. Klubben huskes dog bedst i denne sammenhæng for det berømte kollaps i 1999, hvor man i finalen mod Manchester United smed en 1-0-føring væk ved at lade United score to gange i overtiden. Klubbens helt store bedrift var "The trible" i 12-13 - tysk mester, dfb pokal og Champions League vinder. Det tyske mandskab fra München bliver også kaldt "de tyske rekordmestre" da de har vundet alt flere gange end de andre tyske hold. I de seneste år har Bayern været det suverænt stærkeste hold i Tyskland, kun 2004 kan betegnes som en dårlig sæson, da man tabte mesterskabet til Werder Bremen med en andenplads og blev slået ud af pokalturneringen af Alemannia Aachen i 2008. I 2013 vandt de det tyske mesterskab i den 26. Spillerunde, hvilket er rekord i Bundesligaen. Desuden vandt de Champions League og den tyske pokalfinale. Disse tre gav klubben sin første Treble.