Malbork i tidlig moderne tid var en hovedstad i det voivodskabet Malborskie i kongeriget Polen. Byen blev beslaglagt af Preussen i Polens 1. deling i 1772, og fra 1871 til 1945 var en del af Tyskland. Hen mod afslutningen af 2. verdenskrig blev byen erklæret for at være en tysk fæstning, og det meste af den civile befolkning – med undtagelse af omkring 4.000 indbyggere – enten flygtede eller blev evakuerede. I starten af 1945, var byen centrum for en række voldsomme kampe, og det førte til, at det meste af bygningsmassen blev ødelagt. Kampene varede indtil den 9. marts 1945, og efter Den Røde Hærs indtagelse af byen forsvandt resten af den civile befolkning. I juni 1945 blev byen som et led i Potsdamkonferencen overdraget til de polske myndigheder, der havde etableret sig i byen i april måned.