Cotonou er en by og en kommune i staten Benin. Den er hovedstad i departementet Littoral, og er landets reelle hovedstad (officiel hovedstad er Porto-Novo). Cotonou er en havneby der ligger mellem Nokouésøen og Beninbugten ved floden Ouemes udløb. Byen havde i 2006 omkring 761.000 indbyggere og er landets største by.