Den 1. april 1865 omgik generalmajor Philip Sheridans kavaleri Lees flanke i Slaget ved Five Forks. Den næste dag opnåede Grants hær et afgørende gennembrud, som i praksis afsluttede belejringen af Petersburg. Lee opgav Petersburg og Richmond og søgte vestpå til Appomattox Station, hvor et forsyningstog ventede på ham. Derfra håbede han på at kunne fortsætte mod syd og forene sine styrker med general Joseph E. Johnstons hær i North Carolina.  Den 8. april opsnappede og afbrændte unionskavaleri under brigadegeneral George Armstrong Custer tre forsyningstog, som ventede på Lees hær. Nu var begge unionshærene Army of the Potomac og Army of the James på vej til Appomattox.  Vejen til Appomattox Da forsyningerne ved Appomattox var blevet ødelagt, vendte Lee opmærksomheden mod jernbanen ved Lynchburg, hvor yderligere forsyninger ventede på ham. Unionshæren nærmede sig, men det eneste, der var mellem ham og Lynchburg, var unionskavaleri og Lee håbede på at kunne bryde igennem det, før Unionens infanteri dukkede op.  Han sendte en meddelelse til Grant om, at han ikke lige nu ønskede at forhandle overgivelse, men var villig til at forhandle om hvorledes Grants overgivelsesbetingelser ville påvirke Konføderationen. Grant, som havde hovedpine, sagde: ’’Det lader til, at Lee stadig vil kæmpe’’  Unionens infanteri var tæt på, men den eneste enhed tæt nok på til at understøtte Sheridans kavaleri, var XXIV korps fra Army of the James. Dette korps marcherede 50 km på kun 21 timer for at nå frem. Generalmajor Edward Ord, som kommanderede Army of the James ankom sammen med XXIV korps omkring kl. 4, og med V korps tæt bagefter. Sheridan opstillede tre kavaleridivisioner langs en lav bakke sydvest for Appomattox Court House.  Det sidste slag Ved daggry den 9. april angreb Sydstaternes 2. korps under generalmajor John B. Gordon Sheridans kavaleri og tvang snart den første linje tilbage. Sydstaternes kavaleri under generalmajor Fitzhugh Lee bevægede sig rundt om unionshærens flanke. Den næste linje, som blev holdt af brigadegeneralerne Ranald S. Mackenzie og George Crook, faldt tilbage. Gordons tropper angreb gennem Unionens linjer og erobrede bakken, men da de nåede toppen, så de hele Unionens XXIV korps opstillet til kamp med V korps til højre for sig. Fitz Lees kavaleri så Unionshæren og trak sig straks tilbage, hvorefter de red af sted mod Lynchburg. Ords tropper begyndte at rykke frem mod Gordons korps, mens Unionens II korps begyndte at bevæge sig mod generalløjtnant James Longstreets korps mod nordøst. Oberst Charles Venable fra Lees stab kom til Gordon på dette tidspunkt og spurgte efter hans vurdering, og Gordon gav ham et svar, som han vidste, Lee ikke ønskede at høre: ’’Sig til general Lee, at jeg har kæmpet sammen med mit korps, så de er segnefærdige, og jeg er bange for, at jeg ikke kan gøre noget, hvis ikke jeg får kraftig forstærkning fra Longstreets korps’’ Efter at have hørt dette udtalte Lee endelig det uundgåelige: ’’Så er der ikke andet for mig at gøre end at gå og mødes med general Grant, og jeg ville hellere dø tusind gange’’. Mange af Lees officerer, herunder Longstreet, var enige i, at overgivelse af hæren var den eneste mulighed. Den eneste nævneværdige undtagelse var Lees artillerichef, brigadegeneral Edward Porter Alexander, som spåede, at hvis Lee overgav sig, så ville alle andre sydstatshære følge efter. Klokken 8.00 red Lee ud for at møde Grant, ledsaget af tre af sine hjælpere. Mens der fortsat lød geværild på Gordons front, og Unionens fortropper fortsat rykkede frem mod Longstreets front modtog Lee en meddelelse fra Grant. Efter flere timers udveksling af meddelelser blev en våbenhvile aftalt, og Grant modtog Lees anmodning om at diskutere overgivelsesbetingelser. Lees adjudant oberst Charles Marshall blev sendt ud for at finde et sted, hvor Grant og Lee kunne mødes og valgte Wilmer McLeans hus. Det var den samme mand, som blev tvunget til at udlåne sit hjem til general P.G.T. Beauregard under det Første slag ved Bull Run, krigens første store slag.  Efterfølgende Rundt regnet 175.000 sydstatssoldater var stadig under våben ud over landet. Som Porter Alexander havde forudset, var det kun et spørgsmål om tid, før de øvrige sydstatshære begyndte at overgive sig. Da nyheden om Lees overgivelse spredte sig, erkendte andre sydstatsgeneraler, at Konføderationen var så godt som død, og besluttede selv at nedlægge våbnene. Joseph E. Johnstons hær i North Carolina, som Lee havde håbet på at kunne forene sig med, overgav sig til generalmajor William T. Sherman den 26. april. General Edmund Kirby Smith overgav hæren vest for Mississippi i maj og brigadegeneral Stand Watie overgav den sidste større styrke den 23. juni. Der var en række små slag efter overgivelsen, og slaget ved Palmito Ranch er almindelig kendt som Konføderationens sidste militære aktion.  Lee glemte aldrig Grants storsindethed under overgivelsen, og i resten af sit liv ville han ikke tolerere, at der blev talt uvenligt om Grant i hans nærvær. Ligeledes værdsatte general Gordon Chamberlains simple handling med at salutere den slagne hær og kaldte Chamberlain et eksempel på ’’den reneste blandt riddere’’.