Klubben blev stiftet som Idrætsforeningen Ajax i 1934. I løbet af de følgende sæsoner vandt klubben 9 danmarksmesterskaber, senest i 1964. Ajax København har igennem generationer været en ren herreklub. Men i 1989 skete der en sammenlægning med KI (kvindelig Idrætsforening). Denne fusion gav ny styrke og udvikling til klubben, på 9 år gav det stort fremskridt og Ajax rykkede fra Danmarksserien til Håndboldligaen. I 2009 havde klubben 75 års Jubilæum. I 2006-2008 spillede klubbens elitehold under navnet Ajax Heroes.