Karlsen fik antaget digte i Hvedekorn i 1999 og debuterede i bogform i 2002 på Samlerens Forlag med digtsamlingen Kerygma, der brugte kristendommen og den tyske filosof Martin Heidegger som samtalepartnere i en barok digtning. Også den svært tilgængelige Poetik fra 2017 er i samtale med Heidegger. Siden har Karlsen skrevet yderligere fire digtsamlinger. I 2015 udkom hans oversættelse af et udvalg af essays fra det amerikanske kollektiv Research & Destroy under titlen Nederlagene vil fortsætte, der udkom på forlaget OVO Press.  I 2018 udkom digtsamlingen Hvor alt er hvidt, som ikke har fået nogen særlig opmærksomhed fra den danske presse. Det kan virke paradoksalt, når den svenske forfatter Kristian Lundberg på baggrund af denne digtsamling beskriver Karlsen "som en af de vigtigste nordiske nulevende lyrikere". Overordnet set gælder det for forfatterskabet, at det kredser omkring nogle af eksistensens udsatte positioner som for eksempel døden, angst og kærlighed. Det er det, Erik Skyum-Nielsen i en anmeldelse kalder "tyskteologisk" og beskriver som, at tilværelsen "mødes og opleves i dens at-hed". Lidt specielt er det, at de to udgivelser fra 2017 og 2018 er udkommet på dansk på det svenske Sapeur Förlag.  Kritikeren Som kritiker ved Nordjyske Stiftstidende skabte Karlsen for nyligt postyr med sin anmeldelse af Knud Sørensens seneste digtsamling, idet han gav denne lovpriste og folkekære digters måske sidste digtsamling kun to ud af seks stjerner. Der var flere læserbreve både i Morsø Folkeblad  og i Nordjyske Stiftstidende, ligesom anmeldelsen blev omtalt i Weekendavisen.  I det hele taget er Karlsen kendt for som kritiker at have en hård og egensindig anmelderlinje. Det ses f.eks. når Lars Bukdahl skriver, at "Stokbro [er] inkarneret  avantgardeskeptisk" i modsætning til ham selv. Bukdahl fortsætter i sin Kontrovers-klumme: " Forfriskende er til gengæld hans respektløse omgang  med koryfæer som Henrik Nordbrandt og Knud Sørensen; aldrig har en  lyrikanmeldelse forarget så meget, som da to stjerner-anmeldelsen af Knud S.  blev bragt i Morsø Folkeblad".