Да, в использовании автоматической раскраски есть большие минусы.
Надо бы сделать механизм подсветки, не меняющий постоянно атрибуты текста. То есть, ключевые слова подсвечиваются в зависимости от настроек пользователя, без сохранения перманентно в документе.