Выскажу предположение. Массивы это объекты. Двумерные массивы - массивы объектов. Как и в javascript, передавая массив, вы передаёте объект и его изменение аналогично var-параметру. clone() создаёт новый массив и присваевает его элементам значения исходного массива. Только вот для двумерного массива эти значения сами объекты-массивы.