P.S. "кавардак из собственных модулей" следует читать как "кавардак в своей голове". Это не так страшно, поскольку, думаю, кавардак в голове не может быть перманентным состоянием.

Модули - это такая же часть программы, как и более низкие уровни. Программировать - значит заниматься и положением модулей. Если Вы даёте среде разработки заниматься модулями, то с таким же успехом можно отдать ей и всё оставшееся программирование. Модули - это не безликие сущности - куча мячиков, которые можно пересыпать из одной ёмкости в другую.

Думаю, что время от времени каша в голове у каждого бывает, а "кавардак модулей" в таком случае будет служить индикатором того, что пора всё это переписать. И в этом опять проявляется сущность хороших языков программирования - сообщать об ошибке на как можно более раннем этапе, когда переписать нужно будет в десять раз меньше, и решиться на это будет гораздо проще.