Рекомендую подсистему Desktop (http://www.zinnamturm.eu/downloadsDH.htm#Desktop) для сохранения размеров и положения окон и восстановления их после перезапуска. Сам её использую, очень удобно.

Про двойное нажатие понял! Это такая особенность BlackBox - если окно неактивно, то первый клик по нему активирует (фокусирует), а уже второй клик позволяет нажать кнопку. Вообще-то, можно попробовать открыть окно в режиме Tool с помощью StdCmds.OpenToolDialog.

Ну а графики, на самом деле, можно размещать все в одном окне, в нескольких объектах отображения, а само окно развернуть пошире. Единственно, что в режиме маски размеры таких отображений не изменишь, и надо дополнительно поработать над окном-контейнером.