Всё оказалось очень просто. Надо только при добавлении Entry в архив указать в названии относительный путь к файлу. Это и будет считаться каталогом. Например, вот так:
## Код:
```
PROCEDURE Test*; 
VAR arc: ZlibZip.Archive; loc: Files.Locator; f : Files.File; r: Files.Reader; res: INTEGER;
BEGIN
 arc := ZlibZip.OpenArchive("archive.zip", res);
 IF res = ZlibZip.Ok THEN 
   loc := Files.dir.This("Zlib/Rsrc/");
   f := Files.dir.Old(loc, "file.ext", TRUE);
   r := f3.NewReader(NIL);
   ZlibZip.AddEntry(arc, "dir/file.ext", r, f.Length(), SHORT(ZlibConst.BestCompression), SHORT(ZlibConst.DefaultStrategy), res);
   ZlibZip.CloseArchive(arc, res)
 END
END Test;
```
