Опять же в ветке непонятно о чем речь идет. Автоматическое слияние делаетсяне на конфликтных модулях.
Обычно это инструмент, который автоматически сливает модули, которые правились только в одной ветке. А для конфликтных модулей открывается удобный визуальный полуручной мердж, в котором программер перекидывает куски кода одной кнопкой. Перед мерджем, естественно, нужно просматривать диф. Это инструмент облегчающий ручную работу, а не делающий ее за программера.