В принципе там особого выбора нет.
1. Sql Server 2005 compact или mobile едишн клепается под настольной VS2005. Наверняка потребует .Net CE.http://www.microsoft.com/sql/editions/s ... urces.mspx
Лучше все данные кидать в одну таблицу (меньше удивляться будете). Если студия не осилит, то можно попробовать синхронизацию через Pocket Database Viewer.

2. "abcDB DATABASE - популярная продвинутая СУБД для Pocket PC КПК".http://www.be300.ru/soft/software.phtml?id=8324

А собственно почему PocketPC? вроде купить пальму дешевле и пока не шибко сложно.