Из-за него, конечно.

Там же тупо и нагло делается. Компилируется в порядке, в котором отдаёт Files. Запоминается количество неоткомпилировавшихся. Они ещё раз компилируются. Выполняется до тех пор, пока либо неоткомпилировавшихся не останется, либо их число не уменьшилось после последнего прохода (т.е. они не компилируется не из-за зависимостей).