Сначала надо определиться с требованиями, потом как делать:
1. Если Ваша система с правами доступа каким-то образом сертифицируется как СЗИ (средство защиты информации), то лучше ввести в ОС разных пользователей, и от каждого запускать BlackBox со своими правами. Я так делал в SCADA для черного ящика.
2. Если Ваша система использует внешние ресурсы с СЗИ, например, СУБД, надо их же и использовать, организовав соответствующие сессии в ЧМИ.
3. Вы решили делать сами - сперва нужно определить модель разграничения доступа: дискреционную, мандатную или ролевую. Я предпочитаю ролевую - задать роли, у каждой роли права (+читать файлы, -записывать файлы, -подавать команды управления, -производить конфигурирование уставок, и т.д.). Вводить пользователей, каждому - своя роль. Ну идентификация, аутентификация, хранение/шифрование паролей средствами, предоставляемыми криптографическими библиотеками.