Абсолютных ссылок достаточно. Главное --- разворачивать "рабочее пространство" в один и тот же каталог на рабочей машине. Для синхронизации не обязательно использовать систему контроля версий. Есть специальные "чисто" синхронизаторы, например, unison... лишь бы он умел переваривать виндовые симлинки. Вместо обновления/фиксации изменений рабочей копии,  нужно будет пускать синхронизацию флешки с "диском"/обратно.