Так всё верно - если Вы выставили Window Size, то форма уже не имеет своего собственного сохраняемого размера, а подстраивается под окно. Такой режим для форм вообще не применяется (они ведь предназначены для открытия как диалоговые окна), он используется для текстов и т.п.

Если Вы хотите мышкой менять размер формы, нажмите Ctrl-Space (или Edit->Select Document) - и перетаскивайте за уголки внутри окна редактирования.