Почему не влияет? Порядок сборки - это порядок, в котором выстраиваются зависимости между модулями. Да, его можно просчитать автоматически, и для этого есть отдельный инструмент. Почему не сразу?

Причины две:
1) Линковка - этап редкий при обычной разработке под ББ. В основном предполагается поставка отдельных динамически загружаемых модулей (как и .NET, собственно говоря).
2) Если уже решено линковать, то обычно могут быть два варианта:
а) линкуется небольшое число модулей при пересборке ББ или сборке своего системного приложения. Тогда выстроить связи - не только не проблема, но даже лишний раз повод проанализировать, что от чего зависит
б) линкуется вся среда. Тогда вручную все равно никто писать сотни файлов не будет. Список генерится либо из списка текущих загруженных модулей, либо перечислением файлов конкретных подсистем.