CGI, в полном смысле, подразумевает ещё конкретный режим вызова динамического обработчика - запуск приложения, передачу входных параметров через переменные окружения ОС и забор выхода со stdout.
Это очень медленно.

PHP работает в режиме модуля к Апачу.

Либо есть ещё FastCGI - когда HTTP-сервер устанавливает сетевое соединение к обработчику.