Непонятно что-то. Там несколько машин или несколько процессоров? Если несколько процессоров, то причём тут время? Они же ко времени отношения не имеют. Или там было много потоков, дёргавших счётчик? Хотя всё равно не понятна разница на 1 мс. Контекст, вроде, так быстро переключиться не может.