Ну, можно подвести итог, самым простым решением оказалось запустить ffmpeg.exe и определить для него виндовые пайпы для ввода/вывода управляющих команд. Хотя, пока мне понадобилась только одна управляющая команда, это запись 'Q' в поток ввода, для корректного завершения работы и закрытия записанных файлов.