Для начала, хотелось бы проявить эти самые проблемы. Но сначала, наверное, стоит обозначить цели.

На мой взгляд, их две. Попробую сформулировать.

1. Нужно запускать BlackBox под линуксом напрямую, без участия эмуляторов винды.
2. Нужна более развитая поддержка оконного интерфейса (контроль над окнами, тулбары, не-MDI и пр.).

Для достижения 1-й цели необходимо переделать Host-часть. А вторая цель требует серьёзного перетряхивания абстрактной прослойки между хостом и документами ББ. Поправьте, если не так.

Ну и в результате обсуждения хотелось бы иметь как поэтапную раскладку продвижения, так и временные затраты. Некий план-график, что ли... Ориентировочно, плюс-минус трамвайная остановка.