Да, под архитектуру E2K нужна своя кодогенерация. Учитывая особенности широкого командного слова эта задачка потруднее чем ARM и AMD64. Ну и с документацией на процессор пока всё сложно.

С другой стороны, если МЦСТ нормально поддержит LLVM, то может быть получится выйти на эту архитектуру используя МультиОберон. Путь через Си тоже никто не отменял.