Это детали реализации. Документация на Files.Directory.FilesList/LocList говорит что выхлоп не имеет определённого порядка.
См winapi FindFirstFileW. В доках так же написано что не сортируется. Как на диске и/или внутренних структурах легло - так и будет. Не стоит надеяться на порядок и сортировать список самому.