Выход прост:отвязаться от нумерации версий ОМи создать первую версию от сообщества под некоторым номером. Скажем, версияпусть это будет 0.5.0. Она будет включать все известные исправления от сообщества на сегодняшний день.
Что касается ветвлений, то я предлагаю следующий способ:
мастер-ветка (или "trunk") должна быть взята от исходных кодов выпуска 1.6 RC6. В неё будут складываться все релизы сообщества.затем, создать ответвление от неё (community-fixes), наложив порцию вышеупомянутых патчей. Вести её независимо от ОМ и по мере исправлений сливать в мастер-ветку (версии 0.5.1, 0.5.2, ..., 0.6.0, 0.6.1, ...).аналогично, создаётся ветка "development", являющаяся одновременно веткой для разработки и "отстойником" для новых фич (с горячими обсуждениями что нужно и что нет), которые впоследствии будут сливаться с мастер-веткой. Ветка "development" периодически синхронизируется с мастер-веткой.далее, в случае получения от ОМ выпуска 1.6 RC7, также ответвляемся от первого коммита мастер-ветки и вбухиваем туда всё от них, как есть. Сравниваем что там нового интересного и вливаем в "development". Там допиливаем, тестируем и вливаем все новшества в мастер, выпуская новую версию от сообщества.