2Rifat
Думаю, что порядок загрузки (и инициализации) модулей A и B в Вашем примере не имеет значения.

К вопросу об автоматическом создании правильно отсортированного списка модулей.
Здесь есть один нюанс, связанный с модулями реализации. Сам список модулей является сущностью, относящейся ко всему проекту, а не к какому-либо отдельно взятому модулю. Каким образом определить круг модулей, относящихся к текущему проекту? В самом общем случае в папке могут оказаться модули, относящиеся и к другим проектам. Можно указать главный модуль проекта. В этом случае составление списка модулей можно начать с главного модуля, и далее идти по спискам импорта. Так вот, модули реализации могут нигде не фигурировать в списках импорта, и их видимо придётся прописывать вручную.