Всё-таки графы Stores не подходят для БД в плане частичной выборки данных. Если каждая Store экстернализируется по отдельности, тогда ещё можно выкрутиться, но как только вы в Internalize\Externalize делаете rd.ReadStore\wr.WriteStore, то произвольное чтение отдельных Store и тем более независимая запись становятся невозможными (попробовал писать связанные Store по отдельности и получил массу неприятных эффектов, связанных с нарушением структуры данных). Тут уж либо весь граф целиком читать-писать, либо что-то другое использовать для хранения объектов.

Ну а если граф относительно небольшой (насколько небольшой, не могу сказать, не проверял на больших объёмах - но очевидно, по-моему, что такое решение плохо масштабируется), то его сохранение и чтение становятся очень простым делом!