Попробуйте не LinkExe, а Link.

Включить Kernel, HostFiles, StdLoader.

А в Init записать эту программу. (его StdLoader затянет динамически). Что будет?

(самому некогда сейчас)

При линковке ББ в режиме динамической загрузки по-другому идёт инициализация. Не помню, может или нет быть такая проблема с виндовским EXE-шником, но с линуксовым DLL-шником мы такую поимели (Линукс инициализирует загружаемый DLL одним потоком, а выполнять начинает другим - стеки разные).