Такое поведение бывает у приложений, которые позиционируются как GUI, но фактически являются консольными. У DevLinker есть ключик dos, позволяющий в EXE прописать "консольность" при сборке. Не спрашивайте меня только, как его указывать
Знаю это из анализа исходников.

Должно помочь.