Похоже, что решение найдено. Ту огромную структуру данных удалось разбить на кластеры, каждый из которых можно (де)сериализовывать по отдельности "обычным Stores", а взаимосвязи между этими кластерами и остальной системой восстанавливать "руками". Но эти кластеры всё же ещё не достаточно мелкие, чтобы отправлять их сериализованное представление по сети после каждой модификации. Для уменьшения трафика мы тут придумали следующее. Буду сериализовать кластер объектов в массив и побайтово сравнивать полученный массив с тем, что был получен при сериализации этого кластера в прошлый раз. Если эти два массива мало отличаются, то пересылатся будет только их разница. Случай удаления кластера обрабатывается отдельно. Расход памяти, правда, увеличивается почти в 2 раза - кроме самой структуры данных хранится ещё и её сериализованная копия.