Как вариант -- в принципе, можно придумать формат наподобии Office Open XML -- там куча файлов (целая структура каталогов) в одном zip-архиве.
Можно допилить компилятор хаскелла, что бы он распаковывал архив с исходниками модулей во временный каталог и затем компилировал эти модули.
А редактор с поддержкой такого стиля оформления исходников, соответственно, сохранял бы иерархию модулей в таком архиве.
Но это всё фантазии, конечно...

зы. Да, и в таком случае получится формат, так же мало кому известный. Возможно, придётся брать этот самый  Office Open XML...

Тогда уж проще научить компилятор Хаскелла извлекать модули из одного rtf файла -- просто добавить какой-то тег, по которому компилятор будет разбивать исходный файл на подфайлики...