Проблема каталогизации остро стоит не только по отношению к электронным книгам, но и к другим данным.
Так как нет серебрянной пули, пользуюсь Windows Search (прямой аналог Google Desktop). Для поиска по хранилищу пользуюсь простым нетематическим поиском.
Для формата FB2 имеются плагины для вышеперечисленных программ (https://sites.google.com/site/bookindexerplugin/).