Мы просто всё хотим мыслить ББ как целую ОСь и приложения.

А не лучше ли представлять себе его как индивидуальную ОС для одного приложения - набора компонент? ))

Храним сборки на каждую задачу - use-case. Ненужно - выкинули целиком соответствующий Блэкбокс. Или как минимум профиль.