Недостатки являются следствием того факта, что работать по привычной схеме работы, заложенной в оконный менеджер с MDI-приложениями нельзя. В частности:
Нельзя увидеть список всех окон в панели задач.Нельзя переключаться между окнами так, как это заложено в оконном менеджере ОС (Alt + Tab, Win + Tab).Нельзя работать с разными окнами, расположенными на разных мониторах или разных виртуальных рабочих столах.+ куча других плюшек в современных оконных менеджерах тоже теряется. См.Windows Aero.Первые пару пунктов обычно решаеют написанием собственных костылей. Что плохо, т.к. пользователь должен запомнить ещё один механизм переключения между окнами. Причём для одной конкретной программы. С последующими пунктами вообще ничего не поделаешь.

Создаётся ощущение, что BB портировался с Mac OS "на коленках". Увидели в Windows что-то похожее на подход используемый в Mac OS в лице MDI и закодили в спешке. При этом MDI только на первый взгляд похож на подход в Mac OS.