Да, сборщик замораживает все потоки.

Потоки нельзя создавать с помощью WinApi. Нужно использовать функцию создания потока, которая введена в модуль Kernel. Тогда ядро будет знать про поток и корректно обрабатывать его стек при сборке мусора.

У Вас АББ с исходниками?