JU это от "Jabber Updater", забавное историческое название. Когда-то давно первый прототип был предназначен для распространения маленьких архивов по зданию института через джаббер и распаковке этих архивов в каталог ББ.

Суть подсистемы в том, что она позволяет автоматизировать несколько процессов:
1) составление актуального списка файлов (кодовых файлов, ресурсов и прочего) конкретного приложения (Проекта), которое вы разрабатываете в ББ.
2) создание архивов (Пакет), которые содержат только изменённые файлы из списка всех файлов из (1), то есть, при изменении одного модуля будет упакован в обновление только один модуль. Экономия и всё такое.
3) обработку этих архивов на стороне клиента, то есть, то что принято называть "система обновления", получаем архив из (2), обрабатываем, распаковываем средствами встраиваемой части.
4) в планах так же было создание инструмента автоматического анализа сырцов на предмет фиксирования новых модулей, которые нужны вашему приложению из (1). Анализ штука трудоёмкая, но в принципе, анализ зависимостей (прямых и обратных) уже более менее готов.
5) ну и дань истории, реализованный способ передачи пакетов по джабберу

Как можно видеть, функций много, и соответственно функциям сложилось разделение компоненты на подсистемы:
JUapp - основные сущности, Проект, Пакет, Конвертеры и прочее.
JUstd - основные сервисы, архиватор, хранилище, и прочее.
JUmgr - менеджер проектов, пользовательский интерфейс для формирования Проектов,  опирается на сервисы.
JUemb - встраиваемая часть, используется для соединения вашего проекта с системой обновлений.
JUdir - абстракция источников обновлений, и реализации для файловой системы и для удалённого джаббер-ресурса с обновлениями.
JUhost - хост-часть и грязные хаки, которые по необходимости приходилось применять, и чтобы обозначить их хост-сущность они были вынесены в отдельную подсистему.
ну и плюс всякие там зависимости.

Сейчас система работает достаточно стабильно на нескольких наших внутренних проектах, но пока не развивается, опенгл-хостъ съедает всё доступное время.