Способов много...

Во-первых, можно иметь в каком-то документе список файлов в порядке зависимости, выделить его и сделать Dev->Unload Module List.
Такой список можно взять (или просто использовать "на месте") из Info->Loaded Modules.

Можно воспользоваться утилиткой Tools->Create Tool: напишите в произвольном порядке список всех модулей, участвующих в вашем "проекте", выделите его и запустите Tools->CreateTool. Будет открыт документ с заготовленными командами для компиляции, выгрузки линковки всех этих модулей, при этом они будут рассортированы по зависимостям автоматически.