Здравствуйте, приятно познакомиться!

По поводу подсистем - да, более высокий уровень в иерархии нужен. Но тут требуется уже не просто "папочность". На уровне разложения "по папкам" текущие подсистемы проблему решают.

А дальше требуется какая-то возможность описывать структуру (в терминах модулей и их связей) отдельных компонент, объявлять некоторые модули как внутренние для компонента (т.е. запрет от импорта снаружи), составлять более крупные компонентны из более мелких...
Это должен быть отдельный механизм нового уровня. И спец. декларативный язык наверняка... (Об этом много говорил на Королевстве Делфи Р. Богатырёв, говоря о таком языке, как о языке описания "кластеров модулей").

В итоге имеем то, что без продумывания и вырастания из потребностей конкретных проектов (например, проекта ОС), "с кондачка" ничего не выйдет...
Лично я, например, пока ещё не имею в голове картины того, как это должно быть. Поэтому и предпочитаю оставаться в рамках одноуровневых подсистем, пока таковой картины не будет...