BlackBox ориентирован в основном на Window, есть правда версии для Linux, но одна из этих версий пока не полностью портирована, а другая не всем доступна.
CGI делать можно, сам пробовал. Нужно только реализовать функциональность консольного приложения, при помощи нескольких WinApi функций: GetStdHandle, ReadConsole, WriteConsole, ReadFile, WriteFile. Конечно CGI будет работать только на Windows, раз используются WinApi функции.