Так ведь вызовы ReadStore в Internalize каскадные. Чтобы прочесть из файла стору - надо сперва прочесть предыдущую, прочитанная инициирует чтение последующей, и так из файла поднимутся все ветви графа.

А если у вас, допустим, стора после себя записывает каскадную цепочку из 5 элементов, затем вы её прочитали, убрали один элемент и записываете заново - в файле же остался пятый элемент, он никуда не девается. У меня как раз на этом этапе начались трапы, порождаемые ReadStore и связанные с чтением невалидных элементов из файла. Поэтому я и думаю, что для частичной записи\чтения надо перетряхнуть внутренности Store.