Можно ещё совместить Windows и POSIX версии скрипта StartupBlackBox.cmd:
## Код:
```
#!/bin/sh
:;wine '/home/dia/oberon/blackbox/BlackBox.exe' -use "`winepath -w "$PWD"`" $* & exit

Z:\home\dia\oberon\blackbox\BlackBox.exe -use "%CD%"
```
Тогда его можно запускать как из WINE, так и из shell непосредственно. Правда, при запуске из WINE или Windows будет лишний вывод в консоль.