Ну так это общепринятая метода. У меня на машине - 10 "конфигураций" ББ, каждая в своей папке. И ярлычок к каждой.

Кстати, насчет контроля версий, - поглядите на отображение Time Stamp:
Tools->Insert Stamp, модуль StdStamps. Кое для чего может быть полезен. А если покопать в этом направлении и расширить?