Вот, нашел результаты сравнительного тестирования Thrift vs protobuf vs java serialization:http://www.eishay.com/2008/11/protobuf- ... speed.html

Табличка со сравнением опций:
http://stuartsierra.com/2008/07/10/thri ... ol-buffers

Интересно было бы сравнить с тем же MODeL например.

Хотя, конечно же, эффективность (скорость и размер сообщений) не есть единственный определяющий фактор. Важно ещё какой код оно нагенерит, насколько удобно им будет пользоваться (для каждого из языков). Ну и что за собой тянет та или иная либа.

Например Thrift для сборки потянул за собой boost и libtools. Protobuf их не требует. Если в проекте так и так используется тот же буст, то это не важно. Но если в проекте boost не используется, то это может быть дополнительным неудобством.