Сразу вопрос, взаимодействовать с уже запущеным ББ или предполагается запускать его с параметрами? С запущеным ББ можно взаимодействовать через любой подходящий вам вид IPC (interprocess communication), а с параметрами и так всё понятно. Про dll-ки уже сказали, но ББ это Ъ-компонетный фреймворк, поэтому лучше ББ быть главным и дёргать нужное.