Недостатки бинарных custom-форматов (т.е. склёпанных под разовую нужду) известны.

Но можно ведь говорить о бинарных, а не о custom-форматах.

Хотя бы о том, что тот же XML, как древовидная модель, (а имеется спец. стандарт древовидной модели, XQuery определён над ней, а не над XML) мог бы иметь стандартное бинарное представление.

Например, словарь тегов в начале, а дальше ссылки по номеру на этот словарь - и т.п. Сколько экономии.

А ещё можно было бы накласть на совместимость с SGML и упростить в целом.