회수된 직후 《난중일기》는 부산대학교에 보관 중이던 영인본과 비교 대조 중에 서간첩 6장 세 통이 빠진 것이 확인되었고, 2월 3일에 강찬순의 집에서 발견되었는데, 강찬순이 범행 과정에서 빼돌린 것을 강찬순이 검거된 뒤, 강찬순의 부인이 후환이 두려워 태워버리려 했으나 소각 직전에 모두 간신히 수습되었다. 
《난중일기》에 서간첩 6장 세 통은 불타서 없어졌다.