박팽년이 보낸 장계와 상소를 모두 갖다보니 신하 신(臣)이 아니고 클 거(巨)로 되어 있었다. 세조는 그가 충청감사로 있을 때 올린 장계를 실제로 살펴보고 과연 '신'자가 하나도 없자 더욱 노기를 띠어 심한 고문을 가하면서 함께 모의한 자들을 대라고 하였다.[21] 박팽년은 고문을 당하면서도 서슴없이 생육신과 그 동지들을 읊었다.
박팽년은 세조에게 고문을 당했다.