말라리아는 이탈리아어로 나쁜(또는 미친)의 뜻을 가진 'Mal'과 공기를 뜻하는 'aria'가 결합한 용어로, 19세기 말엽까지도 말라리아가 나쁜 공기를 통해 전파된다고 믿어서 그런 이름이 붙었다. 사실 말라리아라는 이름은 18세기에 명명되긴 하였으나, 늪지에서 발생한 나쁜 공기가 원인이라고 생각하여 붙여졌던 것이다. 즉 모기가 말라리아를 옮기는 중간 매개체인 것은 19세기말에야 밝혀졌지만 모기가 서식하는 늪지와 말라리아와의 관련성은 옛날부터 인지하였던 것이다.
말라리아의 어원은 모기이다.