동인의 내분과 파벌 대립이 강화되자 선조는 상대적으로 온건파였던 남인의 손을 들어준다. 그 뒤 선조 집권 후반의 정국은 남인세력이 주도권을 행사하면서 중도적인 서인세력을 포섭하는 가운데 전개되었다. 그러나 북인계열에서 의병장들이 쏟아져나옴으로서 전란 직후 북인에게 정권을 넘긴다. 선조대에는 집권당이 서인-동인-남인-서인-북인으로 집권세력을 교체하면서 왕권의 강화를 꾀했는데, 이는 후일에도 환국정치의 모범이 된다.
선조는 환국정치를 펼쳤다.