STM에 사용되는 표본과 기판의 특성상, 불투명성 때문에, 도립 현미경을 사용하는 라만 분광법에선 사용될 수 없는 단점이 있다.
Due to the nature of the sample and substrate used for STM, there is a disadvantage that it may not be used in Raman spectroscopy using an inverted microscope due to its opacity.