맵핑 품질이 최소 임계값보다 작거나, 로컬 리드 정렬이 불일치 밀도 필터에서 실패하거나, 염기 콜이 모호한 경우, 리드가 사용되지 않는다.
If the mapping quality is less than the minimum threshold, the local read alignment fails in the mismatch density filter, or the base call is ambiguous, the read is not used.