Osmanlılar, her konuda olduğu gibi ilim alanında da çok Ilerlemişlerdi.Kendilerinden önce yazılmış ve asırlarca Avrupa ve Müslüman medreselerinde okunmuş klasik eserlerle yetinmemişlerdi.
Yaptıkları çalışmalarla mikroskobun icadından çok daha evvel, hastalıkların gözle görülemeyen canlılar tarafından meydana getirildiğini söyleyebilmişler, doku uyuşması daha bilinmezken, organ nakli hayal dahi edilemezken, buna dair uygulamada bulunabilmişler, akıl hastalarının tedavisi ile ilgilenmişlerdi. Erzurumlu İbrahim Hakkı Hazretleri: "Biz uzayı, Tillo'nun sokaklarından daha iyi biliriz." diyebiliyordu. 1500'lü yıllarda Piri Reis, bir harita yapıyor. Bu haritada Gronland'ın üç adadan olduğu kesinlikle anlaşılıyordu. Aynı harita Kahire'nin 30 km üzerinden çekilen fotoğrafla aynıdır. Hasan Celal, bundan beş yüz yıl evvel, barutu macun haline getirerek füze yapmış ve onunla uçmayı başarmıştı. Hazerfen Ahmet Çelebi, Galata Kulesi'nden Üsküdar'a uçarak ulaşmıştı.
Akıllara durgunluk veren bu ilmî hadiseleri, sadece çalışmakla ve araştırmakla açıklamak mümkün görünmemektedir. Bunların hepsi Allah'ın yardımıyla gerçekleşen şeyler. Öyleyse Allah'ın indinde Osmanlı Devleti'ne dikkatle bakın. Bu durum bize, onların Allah'ın yardımını aldıklarını kesin ve ürpertici bir şekilde göstermektedir.
Fatih'in hocası ve mürşidi Akşemseddin Hazretleri, mikroskobun icadından daha çok çok zaman önce bir eserinde, hastalıkların gözle görülmeyen canlılar tarafından meydana getirildiğini yazmış; Mâddetü'l-Hayât adlı eserinde büyük bilgin ve mutasavvıf, mikrop ve bakteri nazariyesinde şunları söylemiştir:
"Cümle marazların (hastalıkların), sûret-i nev'iyyesi hasebiyle (çeşitli sûretleri bakımından) nebât ve hayvanlarda olduğu gibi tohumları ve asılları vardır, ot tohumu ve ot kökü gibi.."
Operatör Amasyalı Sabuncuoğlu Şerafeddin, 1465'te yazıp Fatih Sultan Mehmed'e sunduğu Cerrâhiyye-i İlhâniyye'sinde hem cerrâhî müdahalelere ait, hem de operatörlük aletlerini gösteren resimler yapmış, operatörlüğün bir çok meselesini kendi tecrübelerine dayanarak izah etmişti.
Sonraki asırda Antakyalı Dâvud da, operatörlüğe ait izahat vermiş, insan organlarını hayvanlarınki ile mukayese etmiş, beynin dışında, ak madde içinde boz madde olduğunu söylemiş, dokunma duygusuna ait ileri görüşler ileri sürmüştü.
İstanbul'un fethinden önce Hacı Paşa, Şifâü'l-Eskanın ve Devâ'il-Âlâm adlı eserinde hastalıkları çok iyi anlatmış; meselâ zatürrenin klinik bulgularını çok güzel tarif etmişti.
Organ nakli yapıldığı konusunda da bazı işaretler vardır. Şerefnâme'de anlatılan şu vak'a örnek gösterilebilir:
Kanuni devrinde Arab Şah Bey Türkmen kumandasında bir Safevî birliği, Palu'ya kadar sokulmuştu. Bu vuruşmada askerlerinden bir genç, bir kılıç darbesiyle başından yaralandı. Kılıç, kafatasından bir kemiği alıp götürmüştü. Bir cerrah, muharebe meydanında şehid olanlardan birinin kafatasını açtı. Bir kafatası kemiği uçup beyni görünen Osmanlı askerinin kafatasına, o kemiği ilâve edip dikti. Bu ameliyattan sonra Osmanlı askeri yıllarca yaşadı.
Cüzzam'ın tedavisi ile de uğraşılmıştı. Fatih'in oğlu II. Beyazid, Edirne'de Kirişhane mahallesinde bir cüzzam hastahanesi yaptırmıştı.
Akıl Hastalarının Tedavisi:
Bir ayrı branş da akıl hastalarının tedavisi idi. Bu branşta Türk doktorları XIX. asra kadar, Batı'dan üstündüler.
Akıl hastaları XVIII. asra kadar, Avrupa'da "Şeytan'la işbirliği yapan melun mahluk" muamelesi görür, çok defa diri diri yakılırlardı. Osmanlıda daha XV. asırda bile akıl hastaları için imar edilmiş darüşşifâlar vardı. Hastalar dertlerine özel, Türk mûsikîsi makamlarıyla tedavi edilmeye çalışılırdı. Yalnız mûsikî ile değil, hususi yemekler, çiçekler ve manzaralar ile de tedavi uygulanıyordu. Bilhassa kuş etleri veriliyordu. Her hastanın odasına iki pencere konuyordu. Pencereler tercihen gül bahçesine bakıyordu.
Aşının Türk hekimleri tarafından keşfedildiği, Batı'da da kabul edilmektedir. 1695'te İstanbul'da, çocuklara çiçek aşısı yapıldığını biliyoruz. Hafif çiçek çıkartan çocukların, su toplamış çiçeklerinin suyu alınıyordu. Çiçek çıkarmamış çocuğun veya büyüğün kolu çizilip biraz kanatıldıktan sonra bu çiçek suyu sürülüp aşılanıyordu. Aşılanan yerde kabarcık oluyor, aşılanan şahıs bir gün ateşleniyor, fakat yıllarca çiçek hastalığına salgın içinde yaşasa bile tutulmuyordu.
Fatih devrinde Kadızâde-i Rûmî, bir derecelik kesir ceybinin yarım kutur 1 sayıldığına göre 0,17452406437 olduğunu bulmuştur.
Erzurumlu İbrahim Hakkı Hazretleri, asrının en büyük mütefekkir ve mutasavvıfıdır. Mârifetnâme adlı eserinde, şekiller de çizerek Kopernik kanunlarından bahseder.
Batıda Kopernik Kanunları, Mârifetnâme'nin telifinden birkaç yıl sonra, 1757'de Kilise tarafından öğretilme yasağı kaldırılmış bulunuyordu. XVIII. asrın sonlarında, Laplace'a kadar Fransa'da, güneşin değil arzın merkez olduğunu savunan bilim adamları vardı.
Mârifetnâme'de psikiyatriden, atomdan, deney yapılmadan hiçbir şeyin isbat edilemeyeceğinden bahsetmektedir.