140 milyon yıl önce, Jurassic dönemde yaşayan ve daha sonra soyu tükenen bir kuş türüdür. Archaeopteryx'in günümüz kuşlarından biraz daha farklı özelliklerinin olması, evrimcilerin bu kuşu sözde dinozor atalarından ayrılan ve yeni uçmaya başlayan bir ara tür olarak göstermelerine neden olmuştur. Evrim teorisine göre, Velociraptor veya Dromeosaur ismi verilen küçük yapılı dinozorların bir kısmı evrim geçirerek kanatlanmışlar ve uçmaya başlamışlardır. Archaeopteryx ise, bu iddiaya göre, yeni yeni uçmaya başlayan bu kuşların atasıdır.
Oysa Archaeopteryx fosilleri üzerinde yapılan son incelemeler, bu anlatımın bilimsel bir temeli olmadığını göstermektedir. Bu canlı, iyi uçamayan bir ara geçiş formu değil, sadece günümüz kuşlarından farklı bazı özelliklere sahip, soyu tükenmiş bir kuş türüdür. Son bulgular ve incelemeler sonucunda Archaeopteryx hakkında elde edilen sonuçlar şunlardır:
Bu canlının "sternum" adındaki göğüs kemiğinin olmaması, canlının uçamayacağının en önemli kanıtı olarak gösterilmekteydi. (Göğüs kemiği, uçmak için gerekli olan kasların tutunduğu göğüs kafesinin altında bulunan bir kemiktir. Günümüzde uçabilen veya uçamayan tüm kuşlarda, hatta kuşlardan çok ayrı bir familyaya ait olan uçabilen memeli yarasalarda bile bu göğüs kemiği vardır.)
Ancak 1992 yılında bulunan yedinci Archaeopteryx fosili bu argümanın yanlış olduğunu gösterdi. Bu fosilde evrimcilerin çok uzun zamandır yok saydıkları göğüs kemiği vardı. Nature dergisinde yeni bulunan bu fosil şöyle anlatılıyordu:
Son bulunan yedinci Archaeopteryx fosili, uzun zamandır varlığından şüphe edilen, ama hiçbir zaman ispatlanamayan bir dikdörtgensel göğüs kemiğinin varlığına işaret ediyor. Bu canlının uzun mesafelerde uçuş yeteneği hala spekülasyona dayalı, ama göğüs kemiğinin varlığı, güçlü uçuş kaslarının olduğunu gösteriyor.
Bu bulgu, Archaeopteryx'in tam uçamayan bir yarı-kuş olduğu yönündeki iddiaların en temel dayanağını geçersiz kıldı.
Archaeopteryx'in tüylerinin ortaya çıkarmış olduğu bir başka gerçek, bu canlının sıcakkanlı oluşudur. Bilindiği gibi sürüngenler ve dinozorlar soğukkanlı, yani vücut ısılarını kendileri üretmeyen, çevrenin sıcaklığının vücut ısılarını etkilediği canlılardır. Kuşlarda bulunan tüylerin en önemli fonksiyonlarından bir tanesi, kuşun vücut ısısını korumasıdır. Archæopteryx'in tüylü olması, bu kuşun dinozorların aksine sıcakkanlı olduğunu, yani vücut ısısını korumaya ihtiyacı olan gerçek bir kuş olduğunu gösteriyordu.
Evrimci biyologların Archaeopteryx'i ara geçiş formu olarak gösterirken dayandıkları en önemli iki nokta ise, bu hayvanın kanatlarının üzerindeki pençeleri ve ağzındaki dişleridir.
Archaeopteryx'in kanatlarında pençeleri ve ağzında dişleri olduğu doğrudur, ancak bu özellikleri, canlının sürüngenlerle herhangi bir şekilde ilgisi olduğunu göstermez. Zira günümüzde yaşayan iki tür kuşta, Touraco corythaix ve Opisthocomus hoatzin'de de dallara tutunmaya yarayan pençeler bulunmaktadır. Ve bu canlılar, hiçbir açıdan sürüngen özelliği taşımayan, tam birer kuştur. Dolayısıyla Archaeopteryx'in kanatlarında pençeleri olduğu ve bu sebeple de bir ara form olduğu yolundaki iddia geçersizdir.
Archæopteryx'in ağzındaki dişleri de yine canlıyı bir ara form kılmaz. Evrimciler bu dişlerin bir sürüngen özelliği olduğunu öne sürerek yanılmaktadırlar. Çünkü dişler sürüngenlerin tipik bir özelliği değildir. Günümüzde bazı sürüngenlerin dişleri varken bazılarının yoktur. Daha da önemli olan nokta, dişli kuşların Archaeopteryx'le sınırlı olmamasıdır. Günümüzde dişli kuşların yaşamadıkları bir gerçektir, ancak fosil kayıtlarına baktığımız zaman gerek Archaeopteryx ile aynı dönemde gerekse daha sonra, hatta günümüze oldukça yakın tarihlere kadar "dişli kuşlar" olarak isimlendirilebilecek ayrı bir kuş grubunun yaşamını sürdürdüğünü görürüz.
Ayrıca, Archæopteryx'in ve diğer dişli kuşların diş yapıları, bu kuşların sözde evrimsel ataları olan dinozorların diş yapılarından çok farklıdır. Martin, Stewart ve Whetstone gibi ünlü kuşbilimcilerin yaptıkları ölçümlere göre, Archæopteryx'in ve diğer dişli kuşların dişlerinin üstü düzdür ve geniş kökleri vardır. Oysa bu kuşların atası olduğu iddia edilen theropod dinozorlarının dişlerinin üstü testere gibi çıkıntılıdır ve kökleri de dardır.
Son dönemlerde bulunan bazı fosiller, Archæopteryx'le ilgili evrimci senaryonun geçersizliğini başka yönlerden de ortaya koymuştur.
Böylece Archæopteryx ve diğer arkaik kuşların birer ara geçiş formu olmadıkları kesin bir biçimde ispatlanmış oldu. Fosiller, farklı kuş türlerinin birbirlerinden evrimleştiklerini göstermiyorlardı. Aksine, günümüz kuşlarının ve Archæopteryx benzeri bazı özgün kuş türlerinin beraberce yaşadıklarını ispatlıyorlardı.
Kısacası Archæopteryx'in birtakım özellikleri, bu canlının bir "ara form" olmadığını göstermektedir. Nitekim bugün evrim teorisinin ünlü savunucularından Harvard paleontologları Stephen Jay Gould ve Niles Eldredge de, Archæopteryx'in farklı özellikleri bünyesinde barındıran bir "mozaik" canlı olduğunu, ama asla bir ara form olmadığını kabul etmektedirler.