1990'dan itibaren "Cep üniversitesi" adıyla bir dizi kaynak kitap çıkarıldı. Yakup Kadri Karaosmanoğlu'nun tüm yapıtlarının yayınlanmasının yanı sıra, Cemil Meriç, Şerif Mardin ve Oğuz Atay gibi isimlerin seri halinde kitapları yayınlandı. İnceleme-Araştırma dizisi hem içerden hem dışardan birçok önemli ismin kitaplarını yayınlandı. Jürgen Habermas, Cornellius Castoriadis, Hannah Arendt ve Çağdaş Dünya Edebiyatı başlığında Virginia Woolf, William Faulkner, Jorge Luis Borges, Nabokov gibi isimler; Klasikler'den Dostoyevski ve Tolstoy gibi isimlerin kitapları basıldı. Orhan Pamuk ve İhsan Oktay Anar gibi Türk yazarların da yayıncısıdır.
Basılacak kitapların editoryal bir çalışmayla değerlendirildiği belirtilmektedir. Yayınevi 1990 sonrası iyice oturan yayın anlayışıyla Kürt Sorunu, Milliyetçilik, Popüler Kültür, Modernleşme, Şehirler/Geziler, Edebiyat eleştirisi ve Kuramlar, Futbol, Çocuk kütüphanesi vb.gibi birçok alt kategoride kitap basmakta ve yayınlamaktadır.
Yayınevi, 2005 yılında uzun süredir tüm kitaplarını yayınlamakta olduğu yazar Nihat Genç'in Bilgi, Sabancı ve Boğaziçi üniversiteleri tarafından organize edilen ‘İmparatorluğun Çöküş Döneminde Osmanlı Ermenileri' başlıklı konferansı eleştiren bir yazı yazması üzerine yazar ile ilişkilerini kesme ve kitaplarını yayınlamama kararı alması ile gündeme gelmiş ve bu durum eleştirilere sebep olmuştur.,
↑ Nihat Genç'in 26 Mayıs 2005'te Akşam Gazetesi'nde yayınlanan "Kazmalar ve Maşalar" başlıklı yazısı
↑ Hürriyet Gazeresi'nin "Konferansı eleştirdi yayınevi ipleri kopardı" başlıklı haberi