Yunus Emre'nin hayatı hakkında bildiklerimiz son derece sınırlı, bu konuda bilgi ve belge yok denecek kadar azdır. Kendi eserlerinden çıkartılabilen bazı bilgiler, çoğu menkıbevi kaynaklara ait kimi anlatılar ve kimi kaynaklarda rastlanan birkaç bilgi kırıntısı onun hayatı hakkındaki bilgilerimizin esasını oluşturur. En temel bilgimiz ise 13. yüzyılın ikinci yarısı ile 14. yüzyılın ilk çeyreğinde yaşamış olduğudur. Risâletü'n-Nushiyye isimli eserinin sonlarındaki;
Moğol baskısının önünden kaçıp bilhassa Doğu ve Güneydoğu Anadolu'ya yığılan ve çoğunluğunu Türkmenlerin teşkil ettiği kitleler, devletin ekonomik yapısı üzerinde olumsuz etkiler yapmış olmalıdır; zira var olan ekonomik kaynakların bu sefer daha çok insan tarafından bölüşülmesi gerekiyordu. Buna iktidardakilerin kötü yönetimi ve suistimaller, yolsuzluk ve haksızlıklar da eklenince Selçuklu Devleti, ekonomik ve sosyal sıkıntılar yaşamaya başladı; toprak ve vergi düzeni bozuldu. Bu dönemde Türkmenler arasında kimi tarikatlar ve farklı İslam yorumları da yayılmakta idi. 13. yüzyılın ortalarında bu ekonomik ve sosyal bozulmaların ortasında, Ortaasya'da yaygın olan Yeseviğe benzeyen Vefailik tarikatına mensup bir şeyh olan Baba İlyas adlı bir zat, etrafında geniş Türkmen kitleleri toplamış; bu kitlelerdeki memnuniyetsizlikleri de örgütleyerek en büyük yardımcısı Baba İshak ile birlikte büyük bir isyan hareketi başlatmıştır. Baba İshak tarafından 1240 yılında fiilen başlatılan isyan sonucu Kefersud, Adıyaman, Gerger ve Kâhta isyancıların eline geçti. Baba İshak'ın emrindeki kuvvetler esas itibariyle Türkmen olmakla birlikte gayrimüslimlerden de onun saflarına katılanlar olmuştur. İsyan kısa sürede Orta Anadolu'ya yayıldı. Ancak Baba İlyas Amasya'da Selçuklu kuvvetleri tarafından kuşatılıp ele geçirildi ve idam edildi. Harekete devam eden Baba İshak kalabalık bir kuvvetle Konya üzerine yürüdüyse de mağlup oldu ve öldürüldü; emrindekilerin çoğu kılıçtan geçirildi, kaçabilen yardımcıları sağa sola dağılıp izlerini kaybettirdiler. Bu harekete "Babaî İsyanı" adı verilmiş, Baba İlyas ve Baba İshak'ın fikirleri başka akımları da birleştirerek Anadolu'daki inanç hareketlerini yüzyıllar boyunca etkilemeye devam etmiştir.
Yunus'un bu gerileme ve çöküş dönemi Anadolu'sunda nerede doğduğu, nerelerde yaşadığı, neyle meşgul olduğu ve nerede öldüğü de belli değildir. Kaynaklardaki kimi kayıtlar Bolu, Sakarya nehri ve Sivrihisar civarını işaret etmektedirler. Bunlar onun Orta Anadolu'da doğduğunu ve yaşadığını gösterebilir.
Yunus Emre, şeyhinin Tapduk Emre olduğunu kimi şiirlerinde ifade etmiştir. "Tapduk'un tapusunda kul olduk kapusunda" vb. pek çok mısralarından bu anlaşılmaktadır; bir şiirinde de kendisini "Taptuklu Yunus" olarak tanımlamıştır. A. Gölpınarlı, "Yûnus'a Tapduğ u Saltuğ ve Barak'tandır nasîb" mısraından yola çıkarak onun tarikat silsilesinin Taptuk Emre, Barak Baba, Sarı Saltuk şeklinde olduğunu, Sarı Saltuk'un da Seyyid Mahmûd Hayrânî'nin halifesi olduğunu, bu zatın ise Mevlana'ya mensup olup böylece Yunus Emre'nin silsilesinin Mevlânâ'ya kadar uzandığını ifade eder. Yûnus Emre Divanı'nın birkaç yerde Mevlana hakkında saygı ifade eden sözler geçmektedir.
Yunus Emre'ye yakın dönemlerde Âşık Yunus isimli sufiyane şiirler söyleyen bir başka zatın daha yaşadığı, 1439 yılında Bursa'da vefat ettiği bilinmektedir. "Şol cennetin ırmakları akar Allah deyu deyu", "Sordum Sarı Çiçeğe", "Dertli Dolap" gibi şiirlerin bu Âşık Yunus'a ait olduğu bilinmektedir. Ancak bu Yunuslar bir süre sonra birbirine karıştırılmış, bilhassa 16. yüzyıldan sonra istinsah edilen Yunus Emre Divanları'nda ikisi aynı kimse zannedilmiştir. Sonraki yüzyıllarda yaşamış Yunuslar da vardır.
Beyazıd Devlet Kütüphanesi'nde 7912 numara ile kayıtlı yazmada şu ifadeler geçmektedir: "Vefât-ı Yûnus Emre, müddet-i ömr 82, sene 720" (Yunus Emre'nin vefatı, sene 720, ömür müddeti 82). Adnan Erzi, "Türkiye Kütüphanelerinden Notlar ve Vesikalar I", Türk Tarih Kurumu - Belleten, XIV/53, Ankara 1950.
Ahmet Yaşar Ocak, "Babaîlik", TDV İslam Ansiklopedisi, c. 4, İstanbul 1991.