Yıldırım Bayezit, Candaroğlu Süleyman Paşanın yardımını sağladıktan sonra 1390 yılı başlarında kendisine karşı yıkan beylikler üzerine yürüdü. Ordusuna Bizans ve Sırp kuvvetleri de katılmıştı. Bizans kuvvetlerinin başında imparatorun oğlu Manuel bulunuyordu. Yıldırım Bayezit, Manuel’e kendi kuvvetleriyle, Rumların Anadolu’da son kalesi olan Alaşehir’i aldırttı. II. Yakup Beyi tutuklayarak Rumeli’de İpsala kalesine hapsetti. Bütün Germiyan ülkesini .ele geçirdi. Daha çok deniz kuvvetleri bulunan Aydın, Menteşe ve Saruhan beyleri, bir savunma yapmadan teslim oldular. Ülkeleri, Osmanlı devletine katıldı. Yıldırım Bayezit, bundan sonra Karamanoğlu üzerine sefer yaptı. Beysehir’i geri aldı. Antalya’yı ele geçirdi. Sonra geri dönerek Konya üzerine yürüdü, Alaeddin Bey, barış istemek zorunda kaldı. Beyşedir ile Akşehir ve öteki bazı yerler Osmanlılarda kalmak ve Çarşamba suyu sınır olmak üzere antlaşma yapıldı (1391).
Macar kralı Sigusmund, Balkan milletlerinin koruyuculuğunu yapıyor, Osmanlılara bağlı olan Bulgaristan üzerinde hak iddia ediyordu. Gönderdiği bir elçi ile, Yıldırım Bayezit’ten niçin Bulgaristan’ın işlerine karıştığını sormuştu, Yıldırım Bayezit de elçiyi kolundan tutarak silahlarının bulunduğu’ yere götürmüş ve ona, «Efendin krala bunları anlat; benim Bulgaristan’da olan hakkım, gördüğün bu silahlarla sağlanmıştır» karşılığını vermiştir. Elçinin dönüşünden sonra Yıldırım Bayezit, Transilvanya taraflarına akın yaptırdı. Macar kralı da buna karşılık, Osmanlılardan yüz çeviren Eflak prensi Mirça’yı yanına alarak kuvvetleriyle Bulgaristan’a girdi. Bazı başarılar da sağladı. Fakat Yıldırım Bayezit’in gönderdiği Türk kuvvetlerinin yetişmesi üzerine güç duruma düşerek geri çekildi. Canını bile zor Bayezit kurtardı. Sigismund. bu davranışıyla Avrupa’dan yardım almadan Osmanlılarla başa çıkamayacağını anladı. Ayrıca, yerli halkın Osmanlı yönetimine ısınmış olduğunu da gördü.
Timur, yanına getirdikleri Yıldırım Bayezit’e saygı gösterdi. Onu teselli etti. Bu duruma kendisinin neden olduğunu söyledi.. Kaçmaması için de gereğini yaptırdı. Yıldırım Bayezit’e tutsak olarak yaşamak çok ağır geldi. Timur onu beraberinde Batı Anadolu’ya götürmüştti. Bu sırada hastalandı. Timur, Yıldırım Bayezit’i Akşehir’e gönderdi. Tedavisi için en tanınmış doktorları görevlendirdi. Fakat iyi olamadı ve öldü. Onun, yüzük taşının altında sakladığı zehiri alması, hastalanmasına ve ölümüne neden olduğu yazılmıştır.