Medrese mimarisi Selçuklular döneminde gelişmiş ve Osmanlı’nın İstanbul’u almasından sonra ideal hale gelmiş bir planlamadır. Osmanlı döneminde iki çeşit medrese inşa edilmiştir. Birinci grup bir bani tarafından yaptırılan külliyelerdir. Bunlar Padişahlar, Sultanlar denilen Padişah kızları veya Padişah eşleri, Sadrazamlar, Şeyhülislamlar, Valide Sultanlar, Darüssade Ağaları ve önemli Vezirlerdir. Bu kişiler İstanbul’daki bir bölgeyi veya semti adeta imar etmişlerdir. Yaptırdıkları külliyeler ile o semt adeta yeni bir yaşama kavuşmuştur. Bu külliyeyi yaptıran kişinin ekonomik durumuna göre külliye çok veya az binadan oluşmaktaydı. Külliyelerde, cami, medrese, sıbyan mektebi, hazire, türbe, sebil, çeşme, imaret, kervansaray, şifahane, hamam, tabhane gibi binalar bulunurdu. Bir külliyede bulunan en önemli yapı cami sonrada medrese idi. Bir de bir külliye yaptırmaya gücü olmayan vezirler veya kişiler tarafından yaptırılan bağımsız külliyeler bulunmaktaydı. Bunlar sadece bir medrese binasıdır. Bu tür yapılar daha mütevazi imkanlara sahipti.
Bugünkü modern toplumda eğitim devletin himayesinde yürümektedir. Osmanlı döneminde tüm medreseler vakıflara bağlı idi. Medreselerin devletle hiçbir ilgisi yoktu. Zaten devletin eğitim ile ilgili bir kurumu ancak 1850’den sonra oluşmuştur. Bu tür medreseleri vakfedenler, medreseyi ayakta tutacak gayrimenkuller yaptırırlardı. Oradan gelen parayla hocalara ne maaş verileceği bile medresenin vakfiyesinde bulunurdu. Süleymaniye Medresesi en gözde bir kurumdu. Ondan sonra Fatih Külliyesindeki Sahn-ı Seman medreseleri gelirdi. Buralarda çeşitli seviyede medreseler bulunurdu. Diğer medreseler ise hocalara verilen günlük yevmiyelere göre sıralanırdı. Müderrislerine 60 akçe veren medrese ile 20 akçe verilen medreseler farklı konumdaydılar. Bu konumdan dolayı eğitimde farklı olurdu.
Gelelim medrese mimarisine. Genel de İstanbul’daki tüm medreseler benzer planla inşa edilmiştir. Medrese yapıları bir avlu etrafında toplanır. Avlusu olmayan medrese yoktur. Bu avlular mimari şekle göre genelde kare ve dikdörtgendir. Avlunun etrafında sütunlu revaklar bulunurdu. Bu avlu etrafında 6- 20 arası medrese hücresi bulunmakta idi. Bu hücreler genelde O formunda veya U formunda veya L formunda avlu etrafına dizilirlerdi. Bu ufak öğrenci odalarına medrese hücresi denirdi. Bu hücreler genelde dikdörtgen biçimindedir. Büyüklüğüne göre bir veya iki öğrenci burada yaşardı. Hücreler genelde kubbelidir. Büyük çoğunluğunun içinde şömine veya ocak dediğimiz ısıtma elemanları bulunurdu. Bu ocakların bacaları Osmanlı Medrese Mimarisinin en güzel görüntüsünü oluşturur. Avlu giriş kapısının tam karşısında kare şeklinde inşa edilmiş kubbeli bir dershane-mescit bulunurdu. Dersler burada yapılırdı. Namaz zamanında burada topluca ibadet yapılırdı.
Bazı medreselerde ise medrese hücreleri caminin şadırvan avlusu dediğimiz iç avlunun etrafına inşa edilmiştir. Edirnekapı Mihrimah Sultan Medresesi, Topkapı Gazi Kara Ahmet Paşa Medresesi, Üsküdar Ahmet Şemsi Paşa Medresesi, Kadırga Sokollu Mehmet Paşa Medresesi bu şekilde inşa edilmiş olanlardır. Bunun dışında öğrencilere üst baş alınması ve öğrencilerin imaret yemekleriyle beslenmesi, belli dönemlerde külliye hamamına gidilmesi o dönemin geleneği idi.