2020, Cilt 50, Sayı 2, Sayfa(lar) 086-094
Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma
Ahmet Özbilgin1, Bakiye Göker Bağca2, Mehmet Harman3, İbrahim Çavuş1, Tuğba Kaya4, Ahmet Yıldırım1, Cumhur Gündüz2
1Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Parazitoloji Anabilim Dalı, Manisa, Türkiye
2Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, İzmir, Türkiye
3Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, Dermatoloji Anabilim Dalı, Diyarbakır, Türkiye
4Mustafa Kemal Üniversitesi Tıp Fakültesi, Parazitoloji Anabilim Dalı, Hatay, Türkiye
Anahtar Sözcükler: Sitokrom B, GZ-PZR, Leishmania
Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom b gen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve probların dizayn edilmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonu yapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarak besiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen DNA’lara Leishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol için daha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer ve problar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.
Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.
Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/ donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarılı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür.