Banisi Fatih Sultan Mehmet olan yapı 1462 – 1470 yılları arasında mimar Atik Sinan'a yaptırılmıştır. Külliye olarak tasarlanan yapıda medrese, darüşşifa, tabhane, aşevi, kütüphane, hamam ve cami bulunur. Yapının inşasında şeçilen alanın önemi büyüktür. Bizans döneminde burada Hagioi Apostoloi Kilisesi’nin olduğu bilinir. Külliyenin inşası içinde bu noktanın seçilmiş olması burada yeni bir inancın hakim olduğunu simgelemektedir. Bu yapılar topluluğu tam bir simetriye göre yapılmıştır. Külliyenin ortasında camiinin bulunması şehrin en önemli dini ve kültürel merkezini oluşturur. Yapının çevresindeki birimler doğru bir biçimde korunamadığından ve 1509, 1557, 1754 ile son olarak yıkıldığı 1766 depreminden sonra geçirdiği hasarlar sonucunda topluca günümüze ulaşamamıştır. Sultan III. Mustafa'nın emriyle yaptırılan bugünkü Fatih Camii, özgünlüğünü kaybetmiş ve günümüzdeki görünümünü kazanmıştır. Örneğin, ilk yapımında tek şerefeli olan minareler bugün birer şerefe daha eklenerek ve boyları uzatılarak, külahları da kurşun kaplı ahşaba çevirerek yapılarak yenilenmiştir.
Fatih Camii’nin ortasında büyük bir kubbeyle mihrap tarafında bir yarım kubbe ve yanlarda da küçük üçer kubbe inşa edilmiştir. Camii, etrafı revaklarla çevrili iç avluyu takip eden bir son cemaat yerine sahiptir. Kavsarası mukarnaslı bir taç kapıdan girilen anıtsal mekanı tam ortada büyük bir kubbe örtmektedir. Caminin mihrabı ise orta mekanın yarısı büyüklüğünde taşkın bir bölmedir. Günümüze de ulaşan dış avlu kapısı kakma tekniğinde süslenmiş renkli taşlarla bezenmişti. Cümle kapısı duvarı ve buna bitişik olarak iki minarenin yükseldiği kısım yine günümüze ulaşabilen eserlerdendir. Minarenin kürsü kısmında taşa işlenmiş bir güneş saati önemlidir. İç avluda ise pencere alınlıklarındaki bir çift çini pano görsel şölen oluşturur. Bu çini levhalardan birinde besmele diğerinde ise Ayet'el Kürsi’den bir kısım yazılmıştır.