Enginar kuvvetli bir kök yapısına sahiptir. Çok yıllık bir bitki olması nedeniyle toprak altında yetiştiği yıl süresince kalınlaşan ve odunlaşan siyah renkli bir rizom oluşturur. Bu rizomlar üzerinde eti yan ve saçak kökler oluşur. Yan ve saçak kökler genelde 50 cmtoprak derinliğinde yayılmıştır. Hafif toprak koşullarında ise bu köklerin 1.5 m derine inebildiği belirlenmiştir. Rizom üzerinde adventif (uyur) gözler mevcuttur. Bu gözlerden sürgün ve yapraklar oluşur. Yapraklarda oluşan depo maddeleri rizmonda birikir ve çok yıllık olan bitkilerin gelerek yıllardaki yaşamlarını sürdürmelerini sağlar. Rizom toprak altında Mayıs-Ağustos ayları arasında susuz bir ortamda kaldığı sürece yaşamını sürdürür. Sulanması halinde yeniden sürerek gelişir.