Biyoinformatik Yaz Stajı 2014: 7 Ağustos
Unix felsefesi ve uzun kuyruk kavramı Tuna projemiz için bilmemiz gereken önemli noktalardan olduğu için bu konulardan bahsettik. Peki Tuna projesinin amacı nedir, ne hedefliyoruz? Amacımız, şuan kullandıklarımızdan daha kullanışlı, daha etkin bir genom tarayıcısı elde etmek. Bunun için de öncelikle NCBI, Ensembl, UCSC Genome Browser, Gene Cards gibi tarayıcıları incelememiz ve neyi nasıl gösterdiklerine bakmamız gerekiyor. Buradan yola çıkarak baz sayısı, protein ağırlığı, GC oranı gibi kullanışlı özellikler oluşturmayı hedefliyoruz. Ekibimizin her üyesi bu özelliklerden birinin tüm sorumluluğunu alacak. İşin güzel kısmı da burası :)
Çoğumuzun excel kullanarak yaptığı verileri görselleştirme ödevlerinde ise çok renkli grafikler ortaya çıktı ve bu grafiklerin her birinin olumlu olumsuz özelliklerini yorumladık. Nokta veya çizgilerle oluşturulan grafiklerin, en doğru ve en iyi anlatılan grafik türleri olduğuna karar verdik. Çünkü nokta veya çizgiyle oluşturulmuş bir grafiği açılı, alanlı yada hacimli şekillerle oluşturulmuş bir grafikle ifade etmeye çalıştığımızda insan beyni algılamakta zorlanır ve genelde bu grafikler ilk bakışta yanlış yorumlanır. Örneğin, benim blog yazımın görüntülenme sayısı 25, arkadaşımın 100 olsun, aramızda 4 katlık bir fark var. Bu farkı nokta veya çizgilerle oluşturulmuş bir grafikle gösterirsek net bir şekilde görebiliriz ama alana sahip bir şekille gösterirsek, grafik 5'in karesi ve 10'un karesi ile orantılı olacağı için aramızdaki fark 2 katmış gibi görünecektir. Aynı şekilde üç boyutlu grafiklerde de ilk bakışta yanılabiliriz. Üç boyutlu grafiklerdeki dezavantaj ise ön planda bulunan şekillerin, daha arkada kalanlara göre olduğundan büyük algılanmasıdır.
Yeşim Aydın Son ile yaptığımız değerli skype görüşmesinin ardından, Elif'e güzel bir hatıra olacak olan "survior" videosunu çektik ve bu çekim sırasında müthiş eğlendik :) O da bize çok tatlı bir jest yapıp, süpriz yumurta almış :) Kocaman teşekkürler, tekrar görüşmek üzere Elif başarılar :) İşte süpriz yumurtalarımızdan çıkanlar!
Böylece bir yazımın daha sonuna geldim bakalım yeni haftada bizi neler bekliyor?
Gönderen Cagla Cetin zaman: 15:40