Biyoinformatik Üzerine: Haziran 2014
Yetenekli Bir Ekip Neler Yapabilir?
Bu yazımda sizlere yaz döneminde gerçekleştiriyor olduğumuz proje/staj programından bahsedeceğim. Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde gerçekleştirilen Biyoinformatik Yaz Programı kapsamında birçok başvuru arasından seçilen ve neredeyse hiç programlama bilgisi olmayan 6 öğrenci ile 9 Haziran'da çalışmaya başladık. Biyoinformatik ve bilgisayar dünyasına ilişkin altyapı eğitimlerine paralel olarak Scratch ile programlamaya başladık ve Python ile devam ediyoruz. Ekip olarak geliştirmeyi planladığımız büyük bir projenin yanısıra, bireysel olarak da her bir ekip üyesi kendi projesi ile çalışmaya başladı bu hafta. Program sonunda -büyük veya küçük- çalışan sistemler üretmeyi hedefliyoruz.
Program kapsamında gerçekleştirdiğimiz çok yönlü etkinlik ve çalışmaları yazstaji2014.blogspot.com adresinden takip edebilirsiniz. Her bir günümüzü anlattığımız blogumuzun yanısıra, her bir ekip üyesinin kendi bloglarında yazdıklarını okumak da eminim çok hoşunuza gidecektir. İlgili bloglara da, yazstaji2014 blogunun ana sayfasındaki Bizler Bir Ekibiz! başlığı altından ulaşabilirsiniz.
İYTE'nin Organize Ettiği 3. Uluslararası Biyoinformatik Çalıştayı
21 - 23 Mayıs 2014 tarihleri arasında gerçekleştirilen 3. International Workshop on Translational Bioinformatics and Health Informatics etkinliği (http://wtbm.iyte.edu.tr/) kapsamında bir konuşma yapmak üzere İzmir'deydim. Doç. Dr. Jens Almer'in organize ettiği ve katılımcıların kayda değer bir kısmının Almanya'dan dahil oldukları etkinlik süresince sunumlar kadar kahve aralarında yapılan sohbetler de ilgi çekiciydi.
Yaptığım sunum veri görüntüleme üzerineydi. Birçok araştırmacı ileri düzey analizleri yapabilmesine rağmen bunları başkalarına aktarırken büyük zorluk çekiyor. Bu nedenle fonksiyonel, şık ve akıllıca görselleştirmeler büyük önem kazanıyor. Öyle ki, Ocak ayında Nature Methods dergisinde boxplot gibi basit bir grafik ve bunun için oluşturulan bir web aracı üzerine bir makale yayınlandı. Karmaşık, dinamik ve etkileşimli görselleştirme yöntemleri üzerine yaptığım sunumun ardından Almanya'da bir üniversitede kısa süreli bir ders verme teklifi dahi aldım. Devamı »