M.Ö 2000 yılından itibaren, Babil, Araplar, Asurlular, Medler, Kürtler, Persler, Selevkos ve Sasanilerin; İslamiyetin bölgeye gelmesi ile beraber Emevi ve Abbasilerin hakimiyeti altında kalmıştır. 1096 yılında Büyük Selçuklular müteakiben emir ve şeyhliklerle idare edilen Cizre 1627 yılından itibaren Osmanlı İmparatorluğunun egemenliğine geçmiştir. Cizre beyliği önceleri Diyarbakır Sancak Beyliğine bağlı iken 1841 yılında Musul'a bağlanmıştır. Milli mücadele döneminde büyük başarılar gösteren Cizre'ye Fransızlar gelip şehri savaşsız teslim almak istemişlerse de, halkın direnişi ve silahlanmayı görerek işgalden vazgeçmişlerdir. İslamiyet'in Cizre'ye girmesi ile birlikte şehre yarımada anlamına gelen Cezire adı verilmiş, Cumhuriyet döneminde ise küçük bir düzeltmeyle Cizre olarak değiştirilmiştir. Önceleri Mardin iline bağlı bir yerleşim birimi iken 16.05.1990 tarih ve 3647 sayılı yasa ile Şırnak iline bağlanmıştır.