(Ek paragraf:RG-15/8/2012-28385) 30/3/2012 tarihli ve 6287 sayılı Kanunun 15 inci maddesiyle 4/11/1981 tarihli ve 2547 sayılı Kanunun 56 ncı maddesinin birinci fıkrasının (b) bendinin ikinci paragrafı aşağıdaki şekilde değiştirilmiştir.
(Ek paragraf:RG-15/8/2012-28385) Gelir ve kurumlar vergisi mükellefleri tarafından üniversitelere, yüksek teknoloji enstitüleri ile gelirlerinin en az dörtte üçünü münhasıran devlet üniversitelerinin faaliyetlerinin devam ettirilmesi ve desteklenmesini amaç edinmek üzere kurulan ve fiilen bu çerçevede faaliyette bulunan vakıflardan Bakanlar Kurulunca vergi muafiyeti tanınanlara makbuz karşılığında yapılan bağışlar, Gelir ve Kurumlar Vergisi Kanunları hükümlerine göre yıllık beyanname ile bildirilecek gelirden ve kurum kazancından indirilebilir. Bu hükmün uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.
4962 sayılı Kanunun 20 nci maddesi (Ek ibare:RG-15/8/2012-28385) ve 2547 sayılı Kanunun 56 ncı maddesi ile Bakanlığımıza verilen yetki çerçevesinde, vakıflara vergi muafiyeti tanınmasının şartları, vergi muafiyeti tanınan vakıfların yerine getireceği yükümlülükler ve vergi muafiyetinin kaldırılmasına ilişkin usul ve esaslar aşağıda açıklanmıştır.
(Ek paragraf:RG-23/3/2013-28596) Ancak, mal varlığı ve gelir tutarı başvurunun yapıldığı yıl için geçerli olan hadlerin iki katını aşan vakıfların vergi muafiyetine ilişkin başvurularında asgari bir yıl faaliyette bulunmuş olma şartının yerine asgari altı ay faaliyette bulunma şartı aranır. Bu şekilde yapılacak vergi muafiyeti başvurularının değerlendirilmesinde, asgari altı aylık dönem sürecinde elde edilen gelir tutarının içinde bulunulan yıl için belirlenmiş olan gelir tutarının iki katını aşıp aşmadığı ve gelirin amaçlara harcanma şartının yerine getirilip getirilemediği ile vergi muafiyetinin verilebilmesi için gerekli olan diğer şartların varlığı araştırılır.
Vakıf resmi senedinde, 4962 sayılı Kanunun 20 nci maddesi hükmüne uygun olarak yıl içinde elde edilen brüt gelirlerin en az üçte ikisinin sağlık, sosyal yardım, eğitim, bilimsel araştırma ve geliştirme, kültür ve çevre koruma ile ağaçlandırma faaliyetlerinden oluşan amaçlara harcanacağının yazılı olması (Değişik ibare:RG-15/8/2012-28385) ve son bir yılda veya son iki yılın ortalaması bazında bu koşulu fiilen yerine getirmiş olması ve vergi muafiyetinin devamı süresince de bu şarta uyulması gerekir. Vakfın amaçlarına ayrılması ve harcanması gereken miktarlar hiçbir şekilde başka bir amaçla kullanılamaz. Ancak, yönetim ve idame giderleri ile ihtiyata ve vakıf malvarlığını artırıcı yatırımlara ayrılan miktarların, tamamının veya bir kısmının vakfın amaçlarına yönelik hizmetlere harcanması mümkündür.
(Ek paragraf:RG-15/8/2012-28385) 2547 sayılı Kanunun 56 ncı maddesi kapsamında kurulan vakıfların ise yıllık brüt gelirlerinin en az dörtte üçünün, üniversitede sunulan eğitim kalitesinin yükseltilmesine matuf yapılacak fiziki ve teknik yatırımlar ile üniversitede görevli eğitim görevlilerine harcanması gerekmektedir. Zikredilen alanların haricinde yapılacak harcamalar ile eğitim görevlisi olmayan personele yapılan ödemeler amaca yönelik harcama sayılmaz.
(Ek paragraf:RG-15/8/2012-28385) Harcama şartının yerine getirilmesinde dikkate alınacak yıllık brüt gelir, vakfa yapılan bağışlar ile vakfın iktisadi işletmesinden elde edilen gelirler de dahil vakfın tüm gelirlerini ifade etmektedir.
(Başlığıyla birlikte değişik:RG-15/8/2012-28385)
3- (Değişik ibare:RG-15/8/2012-28385) Son beş yıl içinde resmi senette yazılı olup amaçlar arasında yer alan sağlık, sosyal yardım, eğitim, bilimsel araştırma ve geliştirme, kültür ve çevre koruma ile ağaçlandırma konuları ile ilgili olarak gösterilen faaliyetleri içeren faaliyet raporunu
Bakanlıkça, bu Genel Tebliğ ile belirlenen şartların talepte bulunan vakıfça yerine getirilip getirilmediğinin tespiti bakımından ibraz edilen belgeler üzerinde ön inceleme yapıldıktan ve uygunluğu sağlandıktan sonra vakfa vergi muafiyeti tanınıp tanınmayacağı konusunda Vakıflar Genel Müdürlüğü ve diğer ilgili kuruluşların görüşleri alınır. (Değişik iki cümle:RG-15/8/2012-28385) Kuruluşlar tarafından olumlu görüş verilirse veya vergi muafiyeti verilmesinde sakınca bulunmadığı bildirilirse, vakfın faaliyetleri ve hesapları Maliye Bakanlığı tarafından denetlettirilir. Denetim sonucu düzenlenen raporun da olumlu olması halinde bu rapor, vakıf resmi senedinin ve başvuru dilekçesinin birer örneği, Bakanlığın bu konudaki görüşünü içeren bir yazı ile Bakanlar Kurulundan vergi muafiyeti kararı alınmak üzere Başbakanlığa gönderilir.
Bakanlar Kurulu Kararı ile vergi muafiyeti tanınan vakıflarca, dönem sonunda düzenlenecek bilanço ve gelir gider tablosu ile bir yıllık faaliyetlerinin sonuçlarını gösteren kesin bütçelerin birer örneği, yıllık faaliyet raporu ve yeminli mali müşavirce düzenlenmiş tasdik raporu ile birlikte yılın ilk üç ayı içinde Bakanlığa gönderilir. (Ek cümle:RG-15/8/2012-28385) Vakfa ait iktisadi işletme bulunması halinde bunlara ait bilanço ve gelir tablolarının da gönderilmesi zorunludur. Ancak, yıllık faaliyet raporu dışındaki belgelerin 3568 sayılı Kanun ve ilgili Genel Tebliğ esaslarına uygun olarak yeminli mali müşavire onaylattırılmış olması gerekir. Yeminli mali müşavire onaylattırılmadan gönderilen belgeler hiç gönderilmemiş sayılır.
Bakanlar Kurulu Kararı ile vergi muafiyeti tanınan vakıfların, yıllık gelirlerinin en az üçte ikisini elde edildiği yıl içinde amaçlarına harcamaları esastır. (Ek cümle:RG-15/8/2012-28385) Münhasıran devlet üniversitelerinin faaliyetlerinin devam ettirilmesi ve desteklenmesi amacıyla kurulan vakıflarda 2547 sayılı Kanunun 56 ncı maddesinin birinci fıkrasının (b) bendinde yer alan şartların sağlanması açısından yıllık brüt gelirin en az dörtte üçünün elde edildiği yıl içinde amaçlara harcanması gerektiği tabiidir. Elde edildiği yıl içinde amaçlara harcanması gerektiği halde vakıf yönetiminin iradesi dışında harcanamayan gelirler, sonraki yılın tahmini bütçesine konulur ve bu miktardan yönetim ve idame giderleri ile ihtiyata ve vakıf malvarlığını artırıcı yatırımlara pay ayrılmadan, tamamı o yıl içinde vakfın amaçlarına harcanır. Bu durumun geçerli bir nedene dayanmaksızın süreklilik göstermesi ( üst üste iki yıl gibi ) vergi muafiyeti şartlarının ihlali anlamına gelir. Ancak, sözü edilen gelir fazlaları, vakıf resmi senedinde yazılı sağlık, sosyal yardım, eğitim, bilimsel araştırma ve geliştirme, kültür ve çevre koruma ile ağaçlandırma faaliyetleriyle ilgili amaçların gerçekleştirilmesine yönelik yatırımlar için üç yıl süre ile bir fon hesabında tutulabilir. Bunun için ilgili vakıfça, yatırıma ilişkin yönetim kurulu kararıyla yatırım projesinin ana hatlarını (maliyetini, finansman kaynaklarını, gerçekleştirme süresini vb.) içeren bir yazı ile Maliye Bakanlığına başvurularak izin alınması gerekir. Bu suretle finansmanı için fon oluşturulmasına izin alınan yatırımın üç yıllık süre içinde tamamlanamaması halinde, gecikme gerekçeleri Bakanlıkça uygun görülürse sözü edilen süre iki yıl daha uzatılabilir.
4- (Değişik:RG-15/8/2012-28385) 29/7/1970 tarihli ve 1319 sayılı Emlak Vergisi Kanununun 4 üncü maddesinin (m) fıkrasına göre, kiraya verilmemek ve resmi senedinde yazılı amaçlara tahsis edilmek şartıyla vakfa ait binalar için emlak vergisi muafiyetinden