Asıl adı Mahmud Abdülbâkî olan şair, 1526’da İstanbul’da doğar. Babası Fatih Camii müezzini Mehmed Efendidir. Fakir bir ailenin çocuğu olan Bâkî gençliğinin ilk yıllarında camilerde kandillerin yakılması ve bakımlarının yapılması hizmeti olan serrâclık yapar. Yaratılışındaki okuma ve öğrenme arzusu onu medreseye yöneltir. Uzun zaman Karamânîzâde Mehmed Efendi’den ders alır. Tahsilinin yanı sıra şiirle de iyiden iyiye uğraşan Bâkî, zamanının edebî şöhretleriyle tanışıp onlara nazîreler yazarak değer ve kabiliyetini göstermeye çalışır. Zâtî’nin Beyazıt Camii avlusundaki remilci dükkânına sık sık giderek gazellerini onun tenkidine sunar. Böylece Zâtî’nin şiirlerine söylediği nazîrelerle bir yandan kendi şiir dilini olgunlaştırırken aynı zamanda dükkânı İstanbul’daki şairlerin toplantı yeri olan bu müstesna şairin takdirini de elde eder.
Hocası Karamânîzâde Mehmed Efendi’ye yazdığı “sünbül” redifli kaside ile şiirde kişiliğini artık iyice kabul ettirir. 1552’de yeni açılan Süleymaniye Medresesi’nde Kadızâde Şemseddin Ahmed Efendi’nin derslerine devam eder. Bu derslere devam ederken öte yandan, yapımı sürmekte olan Süleymaniye Külliyesi’nde bina emini olarak çalışır. Bâkî, devlet büyüklerine sunduğu kasideler sayesinde kendine iyi bir çevre edinir ve sonunda Silivri’deki Pîrî Mehmed Paşa Medresesi’ne tayin olur. Birkaç ay sonra, Kasım 1564’te İstanbul’da Murad Paşa Medresesi’ne nakledilir.
Bu tayinin sağladığı imkândan faydalanarak Kanûnî’nin kendisine gönderdiği şiirlerine onun emri üzerine nazîreler yazmaya başlar, bir yandan da ona kasideler takdim eder. Aralarındaki bu alâka, zeki ve kabiliyetli şairin yeteneklerini padişaha göstermesine vesile olur. Bu kabiliyetli şairden hoşlanan Kanûnî’nin türlü iltifatları şairi mânen ve maddeten zenginleştirir. Bu arada Aralık 1565’te 10 akçe terakkîye nâil olur.
Haziran 1566’da, hacca gitmiş olan babasının ölüm haberini alır. Bunun ardından Kanûnî Sultan Süleyman’ın Zigetvar’dan ölüm haberi gelir. Kanûnî’nin vefatı üzerine, daima himayesini gördüğü bu büyük sultana duyduğu samimi bağlılığını ve onun yüce şahsiyetini dile getirdiği ünlü mersiyesini yazar.
II. Selim tahta çıktıktan sonra Sokullu Mehmed Paşa’nın himayesini elde eden şair padişahın hususi meclisine de girmeye başlar. 1573 Mayıs’ında Sahn müderrisliğine getirilir. III. Murad’ın saltanatında da itibarlı durumu devam eder. Ekim 1575’te Süleymaniye müderrisliği pâyesine yükseltilir. Bu makama gelişinden bir ay sonra talihi tersine dönüverir. Rivayete göre Nâmî adlı bir şairin gazelini, mahlas beytindeki ismi Bâkî’ye çevirmek suretiyle ona isnat ederler. O gazeldeki, “Gınâ sadrındaki mağrûr u nâ - âsûde serverden / Fenâ bezminde hâb-âlûd olan mestânemiz yeğdir” beytinde şair, içkiye düşkünlüğü meşhur olan II. Selim’i oğlu III. Murad’a tercih ettiğini ima eder. Padişah bu gazeli duyunca hiddete kapılarak şairi azleder. Ancak onu himaye edenler hükümdara gazelin İstanbullu Nâmî’ye ait olup eski mecmualarda görüldüğünü söyleyerek şairin bağışlanmasını sağlarlar. Gerçekte ise bu gazel Bâkî divanının birçok yazma nüshasında bulunduğu gibi basmalarında da yer almıştır. Kuvvetle muhtemel, gazel şairi kurtarmak gayesiyle Nâmî’ye isnat edilmiştir.
Bu hadisenin yatıştırılmasıyla Kasım 1576’da Edirne’de Selimiye müderrisliğine, Mart 1579’da 1000 altın terakkî ile Mekke kadılığına tayin edilir.
Temmuz 1582’de İstanbul’a gelir Bâkî. Murâdî mahlasıyla şiirler yazan padişahın gazellerine yaptığı nazîrelerle hükümdarın alâkasını görmeye başlar. Eylül 1584’te Molla Ahmed Efendi’nin yerine İstanbul kadısı olduysa da çok geçmeden azledilerek Üsküdar’da oturması emredilir. Temmuz 1586’da tekrar İstanbul kadılığına getirilip kısa bir zaman sonra da Anadolu kazaskeri yapılır.
Bu sırada bazı kadılar padişaha şair hakkında şikâyette bulunurlar. Bâkî de hakaretâmiz kelimelerle Şeyhülislâm Bostanzâde Mehmed Efendi’nin kardeşini kendi yerine getirmek için şikâyetçileri tahrik ettiğini ileri sürer. Şeyhülislâm ise onun bazı mısralarına dayanarak kendisine küfür isnadında bulunduktan başka rüşvet alıp verdiğini de iddia ederek azlini ve sürgün edilmesini ister; aksi takdirde makamından ayrılıp başka sultanın ülkesine gideceğini söyler. Bostanzâde’nin, başka bir sultanın ülkesine gideceğine dair sözünden incinen hükümdar, onu azlederek yerine Zekeriyyâ Efendi’yi, Rumeli kazaskerliğine de Bâkî’yi tayin eder. Böylece Bâkî, ilmiye mesleğinin bu üst basamağına ulaşıp yıllardan beri özlediği şeyhülislâmlık makamına o kadar yaklaşmışken üç ay sonra emekli edilir.
III. Mehmed’in tahta geçişi, bir köşede unutulmuş ve küskün bekleyen Bâkî’nin içindeki ümitleri canlandırır. ekrar bir mevkiye gelebilmek arzusu ile kendisine kasideler sunduğu hükümdar onun bu dileğini karşılıksız bırakmayarak yaşlı şairi yeniden Rumeli kazaskerliği makamına getirir. Çok istediği şeyhülislamlık görevine defalarca ümitlense de bir türlü getirilmeyen Bâkî, iyice yaşlanır ve ihtiyarlıkla birlikte bünyesindeki sinir ve zayıflık belirginleşir. Bir gün konağındaki câriyelere hiddetlendiği bir sırada 7 Nisan 1600 Cuma günü vefat eder Bâkî. Cenaze namazı Fâtih Camii’nde Sun’ullah Efendi tarafından kalabalık bir cemaatle kılındıktan sonra Edirnekapı dışındaki bir mezarlığa defnedilir.
Eşiğine kadar geldiği halde bir türlü erişemediği şeyhülislâmlık bir tarafa bırakılırsa, daha gençlik çağından itibaren gittikçe artan bir takdir görerek yüksek mevkilere ve devamlı bir şöhrete ulaşan Bâkî, dünya nimetlerinin zevkini çıkarmasını bilen, talihin birçok lütfunu elde etmiş bir şairdir. Meslek hayatındaki geçici bazı iniş çıkışlara mukabil devrini yaşadığı dört hükümdar zamanında hep el üstünde tutulur, Kanûnî’nin saltanatı sırasında çağının en büyük şairi sayılarak kendisine lâyık görülen “Sultânü’ş-şuarâ” unvanını asırlar boyunca korur. Hatta Bâkî’nin şöhreti ve eserleri, Anadolu ve Rumeli’yi aşıp Azerbaycan, İran ve Irak’tan Hicaz’a, nihayet Hint saraylarına kadar yayılır.
Bâkî neşeli, zarif, hoş-sohbet, nükteci, şakacı ve biridir. Nerede olursa olsun doğruyu söylemekten hiç çekinmez. Bu itibarla bazen kırıcı da olur. Nitekim bir defasında Kanunî Sultan Süleyman da kendisine kırılır ve onu Bursa’ya sürer. Padişah bu kıymetli şaire haber gönderirken maksadını da şairce bildirir.
“Huyu kötü olan Bâkî’yi Bursa’ya sürdüm. Orada devamlı kalsın. Yüksek kararım budur.”
Padişahın bu ifadeleri şiirin sultanına dokunur. Bâkî bu ağır ifadelere karşı derhal şu dörtlükle mukâbelede bulunur:
“Üzme kendini ey Bâkî! Padişahın yüksek kararı senin Âsitâne’den, Cihan hakanının yanından uzaklaştırılman yönünde olsa ne olur ki… Zira açıkça biliyorsun ki bu dünya Hazret-i Süleyman aleyhisselama bile kalmadı. Ey Padişahım! Kararınızda -sıklıkla vâkî olduğu üzere- celâliniz, gazabınız pek sarih biçimde görülüyor amma! Unutmayın ki bu dünya geçicidir, bana kalmadığı gibi, size de kalmaz.”
Rivayet odur ki; Şairler Sultanı Bâkî’nin fermanı tebellüğ ettiği anda irticâlen söylediği bu dört mısra birisi tarafından not edilip padişaha takdim edildiğinde, ferman geri alınır; Bâkî çok sevdiği padişahından ve ilim çevresinden ayrı düşmez.