Embriyo aşamasında yapılan genetik incelemelerin tek hücrede yapılması bir takım zorlukları da beraberinde getirir. Çalışmanın, çok az miktardaki DNA örneğinde yapılmasından kaynaklanan sonuç alamama ve yanlış tanı gibi riskler ortaya çıkmaktadır. Bu sorunların aşılması veya minumuma indirilmesi için kullanılacak malzemelerin optimum düzeyde çalışıp çalışmadıkları önceden kontrol edilir.
Anne, baba ve hasta çocuğa ait doku tipinin belirlenmesi ve PGT işleminde kullanılacak HLA marker larının tek hücre üzerinde denenmesi sonrasında set-up aşaması tamamlanmış olur.
HLA tiplemesi için yapılan set-up uygulamasının aşamaları
Anne, baba ve hasta çocuktan EDTA'lı kan numunesi ve yanak mukozasından hücre örneği alınması