YK tarafından kıdemli üyeler arasından gizli oyla, iki yıl için seçilen 5 kişiden oluşur. Etik Kurul’dan kolorektal cerrahi alanında; hekim- endüstrisi ilişkileri, hekim-hekim, hekim-hasta ilişkileri ve yayın etiği konularında derneğin özgül ilkelerini geliştirilmesi, kongre ve diğer sürekli eğitim etkinliklerinde bu etik ilkelere uyulması için YK’na önerilerde bulunması beklenir.
Etik kurulu meslek onurunun korunması için her türlü tedbiri alır, gelen şikayetleri dernek tüzüğü, yönetmelik, etik yönerge, düzenleme ve kanunlar çerçevesinde değerlendirir ve gerekirse üyenin ihracı için YK’na öneri vermek yetkisindedir. Üyeler arasındaki anlaşmazlıkları; YK’nun üyelerle ilgili şikâyetlerini araştırır. Üyelikten çıkarılma ilk genel kurulda karara bağlanır ve öneri olarak genel kurula götürülür.
Etik kurulu üyeleri, kendi aralarında oylama yaparak bir başkan ve bir sekreter seçerler. Etik kurula seçilebilmek için, tüzükte asli üyelik için gerekli koşullardan başka, halen hekimlik görevlerini yapıyor olmak veya meslekle ilgili idari bir görevde bulunmak, genel cerrahi alanında en az 15 yıllık meslek deneyimi bulunmak gereklidir. Dernek Başkanı bu toplantılara katılabilir, bilgi verebilir ancak oy kullanamaz.