Lale soğanları toprağa dikilmeden önce çeşitli hastalık etmenlerine karşı ilaçlanmalıdır. Hazırlanan ilaç içinde soğanlar bir süre bekletilmelidir.Lalede görülen en önemli hastalıklar şunlardır:
Kök yanıklığı: Pythium adlı mantarın neden olduğu bir hastalıktır. Dikimden iki hafta sonra zararı ortaya çıkmaya başlar. Hastalık, sıcaklığın 16 0C' nin üstüne çıktığında hızla gelişir. Sıcaklık, 100 veya daha düşük ısıda ise hastalık ortaya çıkmaz. Hastalık etmeni topraktan geldiği için, dikimden önce toprak dezenfeksiyonu yapılmalıdır.
Rhizoctonia solani: Lalelerde diğer bir hastalık etkeni rhizoctonia adlı mantardır. Buda yapraklarda hastalık oluşturur. Özellikle filizlenme esnasında yapraklarda kahverengi lekeler veya çizgiler oluşturur. Bu hastalığın olmaması için derin dikim yapılmamalıdır.Hastalık görüldüğünde ilaçlama yapılmalıdır.
Botrytis cinerea: Diğer bir mantar hastalığı da "botrytis cinerea" nın neden olduğu hastalıktır. Bu hastalık, lale yetiştirilen topraklarda daha önce domates, biber, kasımpatı gibi bitkiler yetiştirilmişse görülmektedir. Hastalık etmeni yaprakların sararmasına ve soğanların çürümesine neden olur. Bu hastalıktan korunmak için, dikimden önce toprak dezenfeksiyonu gereklidir.
Sap kırılması: Bu hastalıkta sap üzerinde noktacıklar oluşur. Bu noktalardan saplar kolaylıkla kırılır. Hastalığın sebebi yüksek nemdir. Hastalıktan korunmak için, sera içi nemin % 90'ın üzerine çıkmaması sağlanmalıdır.
Rhizoctonia tuliparum: Lale soğanları ve sap üzerinde kirli beyazdan, kızıl kahverengine kadar 1mm – 1 cm büyüklüğündü yumrucuklar oluşturur. Soğanlar enine kesildiğinde kahverengi halkalar görülür. Saplar ise çürüyerek devrilir. Bu hastalıkla mücadele için, dikimden önce toprak sterilizazyonu yapmak gerekir.Botrytis tulipea:Bu hastalıkta filizler çıkmaz. Çıkan filizler de hemen ölür. Kurşuni küf olarak da bilinen bu hastalık, sporlara toprakta uzun süre kalabilir. Bu hastalıkla mücadele için toprak steril edilmelidir.
Fusarium oxysporum (soğan kuru çürüklüğü): Bu hastalıkta bitkinin gelişmesi yavaşlar. Yaprak uçları sararır ve çiçek tomurcuğu kurur. Bu hastalıktan korunmak için dikimden önce soğanların ilaçlanması gerekir.