Doktora programı işletme, ekonomi, sosyal bilimler, mühendislik ya da doğa bilimleri eğitimi almış adaylara açıktır. Lisans ya da yüksek lisans eğitimleri süresince bazı temel işletme derslerini almamış adaylardan, bir ya da iki dönemlik bilimsel hazırlık sürecine katılmaları istenebilir. Bu süreçte öğrencinin YBF Doktora Komitesi tarafından belirtilen yüksek lisans derslerini alması gerekebilir. Bu sürecin başarıyla tamamlanmasının ardından öğrenci doktora programına alınır. Doktora programı çerçevesinde uzmanlık konusu olarak Yönetim ve Organizasyon, İş Analitiği ve Operasyon Yönetimi ve Finans sunulmaktadır.
Sabancı Üniversitesi Yönetim Bilimleri Enstitüsü PhD programı öncelikli olarak akademik kariyer yapmak isteyen adaylara yöneliktir. Mezunlar, ayrıca araştırma yapan kamu veya özel sektör kuruluşlarında da görev alabilirler. Amaç, bu olası kariyer yollarının herhangi birinde uluslararası düzeyde çalışabilecek ve katkıda bulunabilecek mezunlara sahip olmaktır. Şu anda, program Yönetim ve Organizasyon, İş Analitiği ve Operasyon Yönetimi ve Finans alanlarında uzmanlık sunuyor.
Doktora programı genellikle iki akademik yıl süren dersler, bir yeterlilik sınavı ve bir doktora tezi olmak üzere üç temel bölümden oluşur. Kabul jürisinin gerekli görmesi durumunda öğrenciler, bir yıl daha Bilimsel Hazırlık dersleri alabilirler. Programın tamamlanması dört ya da beş yıl sürer. İlgili yönetmeliklerin Türkçe ve İngilizce metinlerine üniversitenin internet sitesindeki “Öğrenci Kaynakları” kısmından erişilebilir.
Sunulan dört uzmanlık alanından birinde uzmanlaşan doktora öğrencileri, aşağıda belirtildiği üzere ilk iki senede ders yükümlülüklerini tamamlayabilirler. Öğrencilerin ders yükümlülüklerini tamamladıktan sonra ve programa başladıkları tarihten itibaren beşinci dönemin sonuna kadar doktora yeterlilik sınavına girmeleri gerekir. Doktora yeterlilik sınavı yazılı ve sözlü sınavlardan oluşur. Yeterlilik sınavını başarıyla geçen öğrenci, danışmanı ve tez izleme komitesi desteğiyle bir araştırma konusu belirler ve tez önerisi hazırlar. Öğrenci, doktora yeterlilik sınavını izleyen altı ay içinde tez önerisini sözlü olarak tez izleme komitesi karşısında savunur. Öneri onaylandığı takdirde doktora adayı tezine geçebilir. Doktora tezi beş kişiden oluşan tez komitesi tarafından okunur. Komite, sözlü tez savunmasının ardından son onayı verir.
Yönetim Doktora Programı öğrencileri mezuniyete hak kazanabilmek için, program yükümlülüklerini tamamlamalarının yanında, kendi alanlarında bir tane SSCI yayın kabulü almakla yükümlüdürler.