Bilindiği üzere, kurumlar vergisi mükelleflerinin yatırım indiriminden yararlanan kazançları üzerinden, Gelir Vergisi Kanununun 94/6-b-ii maddesi uyarınca yapılacak tevkifat oranını belirleyen 99/13230 sayılı Bakanlar Kurulu Kararının eki kararın 2 inci maddesinin (b) bendinin (ii) alt bendinde parantez içinde yer alan "yatırım indirimi dahil" ibaresinin iptali istemiyle mükellefler tarafından Danıştay nezdinde dava açılmıştır.
Davayı inceleyen Danıştay Dördüncü Dairesi 03.05.2000 günlü ve E.1999/5648, K.2000/1914 sayılı kararıyla; Bakanlar Kurulunun kanunla vergi kapsamına alınmayan bir konu hakkında parantez içi bir hükümle tevkifat oranı belirlenmesine hukuken olanak bulunmadığı, yatırım indirimi müessesesinin özel bir uygulama olduğu, bu uygulamanın kanunun diğer hükümlerinde yer alan istisna hükümleri kapsamında değerlendirilemeyeceği, vergiden istisna edilmiş bir kazanç ve irat olmadığı anlaşılan yatırım indiriminden faydalanılan tutarın bu konuda sadece tevkifat oranlarını belirleme yetkisi bulunan Bakanlar Kurulunca, tevkifata tabi tutulması yolunda yapılan düzenlemede yasaya uyarlık görülmediği gerekçesiyle söz konusu Bakanlar Kurulu Kararında yer alan "yatırım indirimi dahil" ibaresini iptal etmiştir.
Danıştay Dördüncü Dairesinin ilk derece mahkemesi olarak verdiği bu karar Bakanlığımızca Vergi Dava Daireleri Genel Kurulu nezdinde temyiz edilmiş ve Genel Kurul temyizen yaptığı inceleme sonucunda E.2000/196, K.2000/409 sayılı kararıyla; yatırım indiriminin belli bir kazanç tutarının kurumlar vergisi ile vergilendirilmemesi sonucunu doğuran bir vergisel avantaj niteliği taşıdığından özü itibariyle istisnadan farkının bulunmadığını, yatırım indiriminin esasen yıllarca bir vergi istisna rejimi olarak uygulandığını ve yargının çeşitli kararlarında istisna olduğunun vurgulanarak bu niteliğinin süreklilik kazandığını, Gelir Vergisi Kanununun 94/6-b-ii alt bendinde yatırım indirimi ibaresi yer almasa dahi, kurumlar vergisinden müstesna kazanç ve iratlardan vergi kesintisi yapılması öngörüldüğünden ve kazancın yatırım indirimini içeren tutarı kurumlar vergisiyle vergilendirilmediğinden stopaja tabi tutulmasında yasaya aykırılık bulunmadığını, bu durumda Bakanlar Kurulu Kararının açıklayıcı mahiyetten öte bir özelliğinin bulunmadığını, kaldı ki bu açıklamanın getirilmemiş olması halinde dahi yatırım indirimine isabet eden kazanç tutarının vergi tevkifatına tabi olacağının açık bulunduğu, 99/13230 sayılı Bakanlar Kurulu Kararının eki kararın 2 inci maddesinin (b) bendinin (ii) alt bendinde parantez içinde yer alan "yatırım indirimi dahil" ibaresinin iptali yolundaki kararda hukuka uygunluk bulunmadığı gerekçesiyle Danıştay Dördüncü Dairesinin kararını bozmuştur.
Vergi Dava Daireleri Genel Kurulunun bu kararı ile dava Bakanlığımız lehine sonuçlanmış bulunmaktadır. Genel Kurulun söz konusu kararının tam metni Genelge ekinde defterdarlıklara fakslanmış, ayrıca Genel Müdürlüğümüzün www.gelirler.gov.tr. adresindeki internet sayfasına konulmuştur.
Yatırım indirimi stopajına ilişkin olarak yapılan tarhiyatlara karşı mükelleflerce açılan mevcut davalara devam edilmesi gerekmekle birlikte, bu davaların hızlandırılması ve bir an önce sonuçlandırılmasını temin amacıyla Danıştay Vergi Dava Daireleri Genel Kurulunun E.2000/196, K.2000/409 sayılı kararının, vergi dairelerince ek bir dilekçe ile mevcut dava dosyalarına konulmasında yarar bulunmaktadır. Bu davalarla ilgili olarak vergi mahkemelerince vergi dairesi aleyhine karar verilmesi halinde kararın gecikmeksizin yürütmeyi durdurma talepli olarak temyiz edilmesi, Danıştayın ilgili dairesinin temyizen yaptığı incelemede aleyhte karar vermiş olması halinde ise İdari Yargılama Usulü Kanununun 54 üncü maddesinin (1) inci fıkrasının (c) bendine istinaden süresi içinde karar düzeltme talebinde bulunulması gerekir.