Sinir sistemi bir çok hastalıktan etkilenir. Yaralanmalar, dejenerasyonlar, yapısal defektler, tümörler ve dolaşım problemlerin bir çoğu sinir sistemini harap eder
Beyin damarlarında oluşan kanama veya tıkanma sonucunda gelişen inme (hemipleji), travmatik beyin ve omurilik zedelenmeleri sonucunda oluşan felçler ve bölgesel sinir zedelenmeleri sonucu meydana gelen yüz felci, düşük ayak gibi hastalıklarda fizik tedavi ve rehabilitasyon uygulamaları ile hastanın maksimum fonksiyonel kapasitesine ulaşması sağlanır.
“Spastisite” olarak adlandırılan kas sertliklerinin tedavisinde ilaç tedavisinin yanı sıra egzersiz, lokal botulinum toksin (botoks) enjeksiyonları ve ortez uygulamaları yapılır. Kol ve bacaklarda oluşabilecek sinir yaralanmaları ve karpal tünel sendromu gibi sinir sıkışmalarının tedavisinde fizik tedavi, lokal enjeksiyonlar ve ortezler uygulanır.