1954 yılında da Muğla Devlet Hastanesi adını alarak Sağlık Bakanlığı’na bağlanmıştır. 400 yataklı olarak faaliyet gösteren Muğla Devlet Hastanesi 2006 yılında bakanlık kararı ile Menteşe Devlet Hastanesi (Eski SSK Hastanesi) ile birleşmiş ve 501 yatak kapasitesine ulaşmıştır.
2011 yılı mayıs ayında Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi ile yapılan protokol ile Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi adını alarak Eğitim ve Araştırma Hastanesi olarak hizmet vermeye devam etmiştir.
29.10.2017 tarihinde Kötekli ’de yapılan yeni hastane binamıza taşınmış ve 567 yatak kapasitesine ulaşmıştır. Ayrıca merkezde bulunan eski hastane binasına 2015 yılında yapılan ek hizmet binası ile halen Muğla merkezde poliklinik hizmeti verilmeye devam etmektedir.