Evrimsel Biyoinformatik: 2014
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 12:39 Hiç yorum yok:
Shiny [RStudio]: Web Uygulaması ile Hayatı Anlamayı Kolaylaştırma
“İstatistik: Cehaletin matematiksel teorisi.”
Matematik profesörü Kline istatistik hakkında bu sözü söylerken temelini neye dayandırdığını uzunca bir süre düşündükten sonra yazmaya karar verdim. Cehalet hakkında çokça söylenen söz varken sanırım en güzeli ve en ılımlısı bu şekilde kullanılmış olmalı.
“Bilmek” kavramının çok kıymetli olduğu günümüzde bir şeyleri anlamlandırmaya çalışmak çokça gereksinim duyduğumuz bir şey. Ahmet Raşit Hocamızın bu haftaki blog yazısında değindiği gibi kelimeler çoğu zaman ifadelenmesi herkes için aynı oranda olmayan bir şey fakat sembolize edilmiş veriler herkes tarafından aynı algılandığından dolayı görselleştirme kıymetlidir.
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 12:24 Hiç yorum yok:
Etiketler: framework, GenKök, istatistik, istatistik analiz, R programlama dili, RStudio, Shiny
Görselleştirme [Visualization]: Meme Kanseri Analizi
"Korku ve şüphe, düşün kanseridir."
Yaşarken fark edemediğimiz en önemli şey; olumsuz duyguların bizleri yönettiği. Vücumuzda ortaya çıkan her türlü hastalığın temelinde psikoloji yatmakta. Bizim seçimlerimiz bizi "şimdi" de karşılar. Yaşadığımız her ne ise onu düşüncelerimizle var ettik, var etmeye de devam ediyoruz. Tabi var ettiklerimiz düşüncede veya duygularda kalmıyor, vücudumuzda deneylerle ortaya konulabilen değişiklikler ortaya çıkarıyor. Kaybetme korkusu, şüphe, gelecek kaygısı gibi duygular düşün kanseriyken, birden bu duyguların sonuçlarıyla meme, akciğer, mide kanseri gibi kanserlere yakalanıyoruz.
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 14:10 Hiç yorum yok:
Etiketler: AG Biyoinformatik, biyoinformatik, breat cancer, cancer, cBio Portal, CDKN2A gene, Cytoscape, GenKök, görselleştirme, grafik, Meme Kanseri, visualization
Machine Learning [Makine Öğrenmesi]: Yapay Zeka
"Hiç çok gerçek olduğundan emin olduğun bir düş gördün mü Neo? Peki, bu düşten hiç uyanmasaydın, düşler dünyasıyla gerçek dünya arasındaki farkı nasıl anlayacaktın?"
Yapay zekaya hoş geldiniz! Ya da sınırlandırılmış zeka mı demeliyim. Sınırlandırılmış, kurgulanmış bir zeka sizce de yapay değil mi? Fakat hayatımızı kolaylaştırmak veya hazlarımızı gerçekleştirmek adına yapay zekaya ihtiyaç duyuyoruz. İnsanlığın zekasını ön plana çıkarmak için mi yoksa üşengeçliğini göz ardı etmek için mi buna ihtiyaç duyduğuna tam olarak karar veremesemde, belirli bir hissin bizi buna çektiğine eminim.
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 11:41 Hiç yorum yok:
Etiketler: biyoinformatik, doğrusal regresyon, GenKök, istatistik analizi, linear regression, machine learning, yapay zeka
D3js [Data-Driven Documents]: Görüntülemek anlamanın yarısıdır!
“Fiziksel objelerin aslında kendilerinden gerçekliklerinin
olmadığını öğretiyorum, bunların ancak zihnin ürünleri
olduğunu söylüyorum, aslında hepsi bir hayaldir.
Bunların duyularla algılandığı ve ayırt edildiği doğrudur
fakat aslında diğer yandan hiçbirinin kendiliğinden kendi
doğaları, gerçeklikleri yoktur. Onlar gerçekte görülmüyorlar
ama zihin tarafından ‘tasarımlanıyorlar’. Bir bakıma
kavranabiliyorlar ama bir bakıma da gerçekte kavranamıyorlar.”
"Kavramak" algısı ne kadar da anlatılamaz birşey değil mi? Beynimizin çalışma prensibi tamamen inanmaya kurulu olduğu sürece bizler zannettiğimize inanmaya, zannettiğimizi gerçek kılmaya devam edeceğiz. Her şeyin bir enerji olduğu evrenimizde var olmayanları var ederken bile aslında sadece düşünce de var ettiğimizi göz ardı ederek ve var ettiğimizi sahiplenerek yaşamaya devam ediyoruz. Ben de bugün kendime ait hissettiğim, var ettiğim, Buddha'nın dediği gibi “tasarladığım” bir şey üzerinden gideceğim.
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 12:15 Hiç yorum yok:
Bayes Teoremi: Sözlerin seni ele veriyor!
“Bilimin temellerinden teknolojinin limitlerine,
bizzat insan durumunun tanmına kadar bence
hesaplamanın kaderi geleceğimizin fikrini tanımlamaktır.”
TEDTalks videolarından S.Wofram'ın “Her şey Teorisini Hesaplamak” konuşmasından çok etkilendiğimi söylemeliyim. Oluşturduğu programlarla aklınıza gelebilecek her şeyi hesaplamayı amaçladığını, bunu da başardığını görebiliyoruz ve sonunda şöyle bir farkındalıkla vurucu etkisini yapıyor. Doğada görülen karmaşık sistemlerin oluşmasını bir kaç basit kural sağlayabilir! Elimizle oluşturduğumuz basit bir kaç basit kuralın farklı kombinasyonlarda bir araya gelmesiyle tahmin bile edemeyeceğimiz kompleks oluşumlar meydana gelebilmektedir. Bu bilinçle basit birkaç kuralın değişikliğiyle farklı evrenlerin keşfi veya oluşumu ne kadar da mümkün :).
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 14:01 Hiç yorum yok:
Etiketler: AG Biyoinformatik, Algoritma, Bayes İstatistiği, Bayes Think, biyoinformatik, GenKök, Ipython, Programlama, Python, Stephen Wolfram, Team viewer, TEDTalks, Yaz Projesi
"Balık Hafızalı" Mitine Karşı: Zebrafish [Danio rerio]
“Aslında herkes dahidir. Ama siz kalkıp bir balığı,
ağaca tırmanma yeteneğine göre yargılarsanız,
tüm hayatını aptal olduğuna inanarak geçirecektir.”
Ne çok yargılıyoruz hayatımıza çıkan herşeyi, herkesi, her olguyu. Kendi inançlarımıza ters düşen herşey hakkında yorum yapma hakkını buluyoruz kendimizde. Kendi doğrularımızla bir sistem oluşturuyoruz ve sonrasında o sistemin kurallarına göre değerlendiriyoruz. Büyük resmi göremedikçe sınırlandırdığımız ve sonrasında eleştirdiğimiz o şey her ne ise bizi yanlışa götürmeye başlıyor. Einstein'ın da söylediği gibi bir balığı doğasında var olmayan ve olmasının da bir şey ifade etmediği bir yeteneğe bağlı olarak yargılayamayız.
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 09:40 Hiç yorum yok:
Etiketler: AG Biyoinformatik, Bilkent Üniversitesi, biyoinformatik, Danio rerio, Gene Ontology Analysis, GenKök, GO Analizi, Python, Veri Analizi, Wiki, Yaz Projesi, Zebrafish
Bayes'in Eline Düşmüş Belirsizlikler: Hasat Zamanı
“...Keder ve umutsuzlukla geçen bir gecenin ardından, yorgun, bitap da olsan, çocuklar için yapılması gerekenleri yapıp yapmayacağını bilmek istiyorum.
Kendinle yalnız kalıp kalamadığını ve o boş anlarda sana arkadaşlık eden kendini gerçekten sevip sevmediğini bilmek istiyorum...”
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 19:01 Hiç yorum yok:
Etiketler: AG Biyoinformatik, Bayes İstatistiği, biyoinformatik, GenKök, Gogh, Hasat Zamanı, II.Dünya Savaşında ki İstatistikçiler, Monty Hall Problemi, Oriah Mountain Dreamer
Büyük Resimdeki Parça: Biyoinformatik'teki Metafor
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 17:01 Hiç yorum yok:
Etiketler: codecademy, datacamp, Django, GenKök, GEO, Kayseri, Python, R programlama dili, Scratch, Veri Analizi, Yaz Projesi
Baloncuklara Üflenen Biyoinformatik
Şuan GenKök'teyiz ve Temmuz grubununda aramıza katılanlarıyla beraber merkezde sabahlamaya karar verdik. Tek çalışan birim biz olduğumuzdan dolayı bir yandan müzik dinliyoruz bir yandan çalışıyoruz. Ceyhun'un aramızdan ayrılışından bahsetmeyeceğim çünkü hala yokluk algısına alışamadım, her zaman yanımızda olup desteğini hissettireceğine eminim. Çalışmaya biraz ara vererek deneyimlerimden bahsetmek istiyorum. Bahsetmeden önce çoğalan ve üreten ekibimizle tanışın :).
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 14:14 Hiç yorum yok:
Etiketler: AG Biyoinformatik, biyoinformatik, Django, frame work, GenKök, Python
Bir İnsanın Hayatına Dokunmak Gibi
Tüm yaşanılan olumsuzlukların kazanılan deneyimlerle olumlanarak devam ettiği hayatımda gülümsemelerin kahkahaya dönüştüğü günler yaşıyorum. Bu anlamlı günlerde yazdığım bu blogda da teknik bilgilerden bahsetmeyeceğim. Biyoinformatik yolu benim için oldukça uzun bir süreç olacak bu yüzden tabiri yerindeyse emeklediğim şu günlerde öğrenirken hissettiklerimi aktarmak daha yerinde olur gibi geliyor.
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 13:48 Hiç yorum yok:
Etiketler: AG Biyoinformatik, biyoinformatik, GenKök, GO Analizi, Meme Kanseri
Var olan her şey değişimin bir parçası ise biyoinformatik adına öğreneceğim her şey de evrimin göstergesi olacaktır. Sürekli değişen, sürekli gelişen bu programda kendimi sürekli daha iyiye ve daha verimli olmaya odaklayarak çalışacağım. Bu zaman zarfında GenKök staj programına dahil olamayan tüm bioinformatikseverlerin yanında olup bilginin paylaştıkça çoğaldığına inanarak bildiğim her şeyi ayrıntılı bir şekilde aktaracağım.
Düşünüyorum ve görüyorum ki doğru yerdeyim. Mutlu hissettiiğim yolun başındayım. Ahmet Raşit Hocamız hep der ki " Yolun neresinde olduğun değil, önemli olan yolda olmandır. Yolda kal! ". Biyoinformatik'e doğru adım attığım bu yolda her türlü eleştirileriniz en büyük destekçim olacaktır.
Birlikte yürümeye ne dersiniz? Benimle kalın, takipte kalın, yolda kalın.
Dinamik, pratik, düşünen, ilgili, çalışkan, üretken, evrimin farkındalığına sahip, hayallerinin peşinden giden herkese sevgilerle..
Gönderen Bihter Muratoglu zaman: 13:51 Hiç yorum yok:
Görselleştirme [Visualization]: Meme Kanseri Anali...
D3js [Data-Driven Documents]: Görüntülemek anlaman...
"Balık Hafızalı" Mitine Karşı: Zebrafish [Danio re...
Bayes'in Eline Düşmüş Belirsizlikler: Hasat Zamanı...
Büyük Resimdeki Parça: Biyoinformatik'teki Metafor...