Didymaion, Miletus’a bağlı bir kâhinin ikamet yeri ve mabet olarak bilinir. Son kazılardan Didyma’nın sadece bir kâhinin ikametgâhı değil, aynı zamanda yoğun bir yerleşim yeri olduğu da anlaşılmıştır. Antik Tarihçilerden Thoukydides ve Pausanios'tan öğrenildiğine göre Sicilya'nın kuzeyindeki Lipari takım adalarından iki tanesi de bu ismle anılmıştır. Bunun yanı sıra Yunanistan'ın Thessalia bölgesinde de Strabon tanrılar anası Dinayme'nin tapınağından söz eder. XIX.Yüzyılda Sir Charles Newton "iki dev sütun ile üzerindeki architrav parçası ve tamamlanmamış üçüncü bir sütun, Apollon Tapınağı'ndan tek ayakta kalandır. Anıtsal kalıntılar düştükleri yerde parçalanmış buzullar gibi üst üste yığılmış duruyorlar" diyerek o zamanki tapınağın durumunu açıklamıştır. Tapınağın anıtsal boyutları ve benzersiz planı kadar , çok iyi bir durumda bugüne gelmesi de hayranlık uyandırmaktadır. Yunan dünyasında Apollon Tapınağı'nı boyutları bakımından öneml i bir farkla geride bırakacak herhangi bir tapınak yoktur. Hellenistlik dönemde tasarlanan Apollon Tapınağı, dev boyutlu mimarlık yapıtlarının Roma'lıların tekelinde olmadığını göstermektedir. Tapınak ve onun yönetiminde ki bilicilik , Miletos toprakları içerisindedir ve rahibi de kentin önde gelen resmi görevlileri arasında yer almıştır. Apollon Tapınağı bir Bilicilik Merkezi durumundadır. Milet ve çevre kentlerden gelen ziyaretçiler Panormos Limanından ( Mavişehir yakınlarında ) karaya çıkarak, tapınağa bir kutsal yol ile ulaştıkları bilinmektedir. Kutsal yolun iki tarafında heykeller sıralanmıştır. M.Ö. 6. yy tarihlenen bu heykellerden bir çoğu 1858 yılında Newton tarafından British Museum' a gönderilmelerine kadar orijinal yerlerinde kalmışlardır. Çoğu Arkalik döneme ait dik bir biçimde oturan figürleri betimler. Bazıları yazıtlıdır. Kutsal yol heykelleri arasında bir aslan ile bir sfenks heykeli de vardır. Bu heykellerin orijinalleri olmasa da yerlerine kopyalarının bile konması bir önem taşımaktadır.
Didyma tarihinin erken evresi Tapınağın Persler tarafından yıkılmasıyla sona erdi. M.Ö. 494 yılında İona ayaklanması başarısızlıkla sonuçlanıp Miletos düşünce, Dareison hem tapınak hem de bilicilik yerini yağmalayarak yıktırmıştır. Perslerin çaldığı bronz Apollon heykelini 150 yıl sonra İskender almış ve Didyma ya geri vermiştir.Pers yıkımının ardından bilicilik merkezinin toparlanması uzun sürmüştür. Ama İskender' in gelişiyle inşaat hızlanmış ve bilicilik pınarı yeniden kaynamıştır. Hayata dönen bilicilik kurumu İskender' in tanrı Zeus' un öz oğlu olduğunu ve Gaugamela' da zafer kazanacağını muştulamıştır. Yine de Didyma, asıl canlanmasını Seleukos' a borçludur. Eski tapınağın bulunduğu yerde bugün kalıntıları bulunan dev yapının inşaatını M.Ö. 300 yılında Seleukos başlatmıştır.Yeni kutsal alan kısa zamanda büyük bir üne ve zenginliğe kavuşmuştur. Ama M.Ö. 278 yılında istilacı Galatların saldırılarından çok zarar görmüştür. M.Ö. 277 yılına ait çıkartılan bir yazıtta savaştan çok zarar ve yağma görüldüğü, tapınakta Artemis hazinesindeki kaidelerden hiç bir eser kalmadığı yazmaktadır.Henüz tamamlanmayan yapı ise ayakta kalabilmişti. 200 yıl kadar Miletos'lular kendi imkanları ile onu tamamlamaya çalıştılar. Ama tapınak hiçbir zaman tamamlanamadı. Örneğin taşların çoğu perdahlanmadı, sütunların livleri tamamlanamadı.
Branchidai (Brankhidai) ismi verilen Delphoi kökenli, soylu bir aileden gelen rahiplerin yönetimindeki Didyma'da her yıl veya dört yılda bir ayinler düzenlenmiş, bayramlar yapılmış, şenlikler, geceleri meşale koşuları birbirini izlemiştir. Branchidai sözcüğü Didyma'nın yanında zaman zaman ikinci bir isim olarak kullanılmıştır. Roma döneminde de bu şenlikler sürdürülmüştür. Etimoloji yönünden incelendiğinde, Didyma sözcüğünün Grekçe olmayıp Anadolu kökenli olduğu görülür. Bununla birlikte Grekçe'de ikizler anlamında "didymi" sözcüğünün Didyma'ya benzemesi Apollon ile kız kardeşi Artemis'i çağrıştırmıştır. Ancak Didiyma'da Artemis kültünden de söz edilmişse de bu kült ikinci planda kalmıştır. Anadolu'nun bir çok yerindeki Artemis, Aphrodite, hekate Tapınakları Apollon veya Zeus'un isimleriyle tanınmıştır. Bu nedenle Didyma Apollon Tapınağı'nın da anatanrıça yerine Apollon ismiyle tanınmıştır.
M.Ö.V.Yüzyılda Perslarin Anadolu'ya yaptıkları akınlarda arkaik devirde yapılmış olan ilk Apollon Tapınağı Kral Darius tarafından M.Ö.494'de yıkılmış, içerideki bronz Apollon heykeli de Ekbatana'ya götürülmüştür. Herodot, M.Ö.494'te İonia ayaklanması başarısızlıkla sonuçlanıp Miletos düşünce Dareios'un hem tapınağı hem de kehanet yerini yağmalayıp yaktığını belirtmiştir. Strabon ile Pausanias ise aynı eylemin Kserkes'in M.Ö.479'da Plataia yenilgisinden sonra Yunanistan'a dönerken yaptıklarını öne sürmüştür. Bu olaylardan sonra Brankhidler tanrılara karşı sadakatsiz tutumlarından dolayı suçlanmışlar, tanrılara sunulmuş hazineleri Pers kralına teslim etmişler ve sonra da pers ülkesine kaçmışlardır. Pers kralı onları Sogdiana yakınlarına yerleştirmiştir. Aradan geçen 150 yıl sonra İskender buraya geldiği zaman ordusundaki Miletosluların isteği ile Brakhidlerin yerleştiği köyleri yerle bir etmiştir. İskender, pers İmparatorluğu'nun başkenti Ekbatana'da Kserkses'in Didyma'dan almış olduğu Apollon'un heykelini de geri vermiştir. Bundan sonra tapınak yaklaşık 160 yıl kadar harap durumda kalmış, İskender'in Pers zaferinden sonra Helenistik devirde (M.Ö.300 - M.S.30) yapılmıştır. Bundan sonra Didyma kutsal alanı kısa zamanda zenginleşmiş ve eski canlılığına kavuşmuştur. M.Ö.278'de Galat saldırılarından çok etkilenerek zarar görmüş, Romalılar ise Didyma'ya ilgi göstermiş, M.S.100'de İmparator Traianus Miletos'tan Didyma kutsal alanına giden 17.70 km. uzunluğundaki yolun yapımına katkıda bulunmuştur. M.S.III.Yüzyılda geçtikleri her yeri yağmalayan Gotlar Anadolu'nun batı kıyılarında da ilerlemeye başlayınca Didyma Apollon Tapınağı korunma amacıyla kaleye dönüştürülmüştür. Hıristiyanlık döneminde de burası canlılığını korumuş, tapınağın yanına bir de kilise yapılmıştır.
Helenistik dönemde yapılan Didyma Apollon Tapınağı’nın mimarları Efesoslu Paionius ile Miletoslu Dapnistir. M.Ö.300’de yapımına başlanan tapınağın planı çok fazla büyük düşünüldüğünden yapım çalışmaları M.S.II.yüzyılın ortalarına kadar sürmüş ancak tam olarak bitirilememiştir. Bazı duvarlarda son işçilik yapılmamış, taşlar traşlanmamıştır. Günümüze ulaşan sütunlardan birinin yivsiz oluşu bunu kanıtlamaktadır. Didyma Apollon tapınağı dipteros plan düzeninde, çift sıra sütunla çevrelenmiş bir yapıdır. Tapınağın kısa tarafında on, uzun tarafında ise yirmi bir sütun bulunmaktadır. Tapınak yedi basamaklı bir kaide üzerinde olup, böyle yüksek bir kaide, Helenistik dönemde Anadolu’da yaşayan bir geleneği gösterdiği gibi, arazi konumundan dolayı da çukurda kalan tapınağın yükseklik kazanmasını sağlamıştır.
Mabet sütunlarının her birinin ayrı birer kaideleri bulunmaktadır. Burada kare Plinhos’lar üstüne üst üste ve konkav levhalar (toros) ile konveks levhaların (troçhilos) yerleştirildikleri görülür. Eski İon üslubu denilen bu şekildeki kaideler cephenin ortasındaki sekiz sütun kaidesi dışında kalanların hepsinde uygulanmıştır. Didyma Apollon Tapınağı’nın pronaus, iki sütunlu salon, sekos ve naiskos olmak üzere dört bölümlü bir plan düzeninde olduğu dikkati çeker. Pronaos’da her sırada üçer tane olmak üzere dört dizinin oluşturduğu on iki sütun vardır. Buradaki döşeme taş levhalarla kaplanmıştır. Buradaki iki sütunlu salona açılan kapı 19x5.60 m. yüksekliğinde ve anıtsal bir görünümdedir. Ancak 1.45 m. yüksekliğindeki eşik içeriye girişi engellemektedir. Anadolu’nun diğer Grek ve Roma tapınaklarında görülmeyen bu eşik dini bir görüşten kaynaklanmaktadır.
Tapınağın Naosu’ndan 22 m. genişliğinde, 22 mermer basamakla ayrılan iki sütunlu salon olup, penceresi bulunmamaktadır. Salonun ortasında çok kalın iki sütun tavanı desteklemektedir. Buradaki merdivenlerden üst kata çıkılabilmektedir. Didyma Apollon tapınağında Pronaos’tan Sekos’a (Neos) anıtsal kapının iki yanındaki küçük kapıdan geçilmektedir. Sekos 21.30 m. yüksekliğindeki iri taş blokların oluştuduğu duvarlarlarla bir avlu görünümündedir. Tapınağın üzeri açık olduğundan Sekos’un içerisinde bulunması gereken Apollon’un kült heykeli prostilos üslubunda yapılmış, küçük bir İon tapınağında korunuyordu. Bizans döneminde bu tapınak taşlarından yararlanılabilmek için yıkılmış, yerine de basilika yapılmıştır. Tapınağın güneyinde stadium bulunmaktadır. Ayrıca tapınağın basamaklarından bazıları da yarışlarda belirli kişilerin oturması için ayrılmıştır. Yarışların başlangıç noktası doğu yönünde ve günümüzde de görülebilmektedir.