Bilindiği gibi, sahte fatura kullanımı nedeniyle birçok mükellef son yıllarda cezalı tarhiyatlara maruz kalabilmektedir. Hem cezalı tarhiyata maruz kalıp ve hem de KOD 4 diye isimlendirilen özel esaslar kapsamına alınan mükellefler mağdur olabilmektedir. 
Sahte fatura kullanımı iddiası ile ilgili Maliye Bakanlığı’nın tavrı çok net bir şekilde belirginleşmiştir.  Örneğin, hakkında vergi tekniği raporu düzenlenen bir mükelleften malzeme alan mükellefler cezalı tarhiyata maruz kalmaktadır. Benzeri şekilde özel esaslara alınan mükelleflerden mal ve hizmet alan mükellefler de aynı risk söz konusudur. fatura kullanımı nedeniyle haklarında tarhiyat yapılan mükellefler için 3 kat vergi ziyaı cezası kesilmişse bunlar hakkında da ayrıca asliye ceza mahkemesinde kamu davası açılmaktadır. Bu davalarda yargılanan mükelleflere 18 aydan 3 yıla kadar hapis cezası verilmektedir. (Yargıtay 11. Ceza Dairesi tarafından verilen 30.5.2013 gün ve E:2012/27552-K:2013/9075 sayılı kararda: ….. aynı takvim yılına ait sahte fatura kullanma eyleminin tek bir suç oluşturacağına karar verilmiştir.)
Sahte fatura kullanımı nedeniyle sınırlı olarak vergi incelemesine alınan mükellefler yönünden açıklama nedenleri olarak bu konuda mal ve hizmet bedelinin banka sistemi üzerinden ödenmesi yeterli bulunmaktadır. Aynı şekilde alınan malzeme bedellerinin taşıma irsaliyeleri, sevk irsaliyeleri, kantar fişleri vb. kanıtlar malzeme alındığını kanıtlayacak belgelerdir. Ancak, sahte fatura düzenleme iddiası bulunan mükellef hakkında düzenlenen vergi tekniği raporunda mükellefin hiçbir şekilde faaliyetinin olmadığı yönünde vergi tekniği raporu bulunması halinde durum ne olacaktır? Bize göre, hakkında sahte fatura düzenleme ile ilgili vergi tekniği raporu bulunan mükellefler açısından Maliye Bakanlığının görüşü oldukça nettir. Bu gibi durumlarda Maliye Bakanlığı (vergi müfettişleri) kullanıcı durumunda olan kişilerin yapmış olduğu çekle ödemeleri kabul edip etmemekte serbesttir. Konuyla ilgili, VUK GT seri no 306 hükümlerine göre sahte olduğu iddia edilen faturaların toplam alışa oranlaması yapılmaktadır. Bu oranlama sonucunda çıkan miktarın tutarı %10’un üzerinde olması halinde bilerek sahte fatura alındığı yargısına ulaşılmaktadır. 
Sonuç olarak, düzenlenen vergi tekniği raporlarının yıllar sonra tanzim edilmesi sonucunda geçmişe yönelik o şirketin faaliyetini yok sayan tespitler yapılması raporun sıhhati konusunda tereddütler oluşturmaktadır. Örneğin, 2012 yılında düzenlenen bir vergi tekniği raporu 2007 ve 2008 yılları için ilgili şirketin faaliyetinin bulunmadığını geçmişe yönelik olarak nasıl tespit edebilir ki?
Ş.K.'nin 14 adet fatura karşılığı yükümlüye sattığı emtianın ise, İstanbul Ticaret Borsasına kayıtlı olduğu, bu şahsın anılan yılda bazı aylarda eksik matrahla veya boş da olsa katma değer vergisi beyannamesini verdiği, kaldı ki yükümlü şirketin emtia aldığı Ekim ve Temmuz aylarında anılan şahsın beyannamesini verdiği de inceleme raporundaki bilgilerden anlaşıldığından bu şahıstan alınan faturaların da sahteliğinden bahsedilemeyeceğinden gerek ….. Ticaret Tur. Ltd. Şti. gerekse Ş.K. tarafından düzenlenen faturaların gerçek emtia alımı neticesinde düzenlendiğinin kabulü ile bu faturalarda yer alan katma değer vergilerinin 3065 sayılı Yasanın 29. maddesi uyarınca indirim konusu yapılacağı muhakkaktır. Mahkeme tarafından bu hususlara hiç değinilmeksizin anılan şirketlerin salt adreslerinde bulunmadıkları gerekçesiyle varsayıma dayalı olarak tarh edilen cezalı verginin onanmasında yasal isabet görülmemiştir.”
Bir kısım vergi mahkemesi kararlarında ise, sahte fatura düzenleyicisi olduğu iddia edilen …… Elektrik Elektronik İnş. Ltd. Şti.den alınan faturaların Ba Bs Formlarında gösterilmeyişi nedeniyle sahte fatura olduğu kabul edilmek suretiyle anılan firmalardan alınan faturalarda yer alan KDV’lerin indirimlerinin reddedilmesi suretiyle yapılan KDV tarhiyatında yasal isabet bulunmayıp kaldırılması gerekmektedir. Şeklinde karar verilmiştir.