1971 yılına kadar Kara Kuvvetleri Komutanlığına bağlı çeşitli birliklerde Takım ve Bölük Komutanlığı yapan Orgeneral BAŞBUĞ, 1973 yılında Kara Harp Akademisini kurmay subay olarak bitirdikten sonra; Genelkurmay Plan Harekât Daire Başkanlığında Karargâh Subaylığı, Kara Harp Akademisi Öğretim Üyeliği, Belçika / Brüksel'de NATO Uluslararası Askerî Karargâhında Cari İstihbarat Plan Subaylığı, Kara Kuvvetleri Komutanlığı Plan ve Prensipler Başkanlığı Savunma Araştırma Şube Müdürlüğü ve 51'inci Piyade Tümeni 247'nci Piyade Alay Komutanlığı görevlerini yürütmüştür. İngiltere Kara Harp Akademisi ve NATO Savunma Kolejini de bitiren Orgeneral İlker BAŞBUĞ, 1989 yılında Tuğgeneralliğe terfi etmiştir. Tuğgeneral rütbesi ile Belçika / Mons'ta Avrupa Müttefik Kuvvetleri Yüksek Karargâhında (SHAPE) Lojistik ve Enf. Daire Başkanlığı ile 1'inci Zırhlı Tugay Komutanlığı görevlerinde bulunmuş, 1993 yılında Tümgeneralliğe terfi etmiştir. Tümgeneral rütbesi ile Jandarma Asayiş Komutan Yardımcılığı ve Belçika / Mons'ta Millî Askerî Temsil Heyeti (NMR) Başkanlığı görevlerinde bulunmuş, 1997 yılında Korgeneralliğe terfi etmiştir. Korgeneral rütbesi ile 2'nci Kolordu Komutanlığı ve Millî Güvenlik Kurulu Genel Sekreter Başyardımcılığı görevlerinde bulunduktan sonra 2002 yılında Orgeneralliğe terfi etmiştir. Orgeneral rütbesi ile Kara Kuvvetleri Komutanlığı Kurmay Başkanlığı, Genelkurmay II nci Başkanlığı, 1'inci Ordu Komutanlığı ve Kara Kuvvetleri Komutanlığı görevlerinde bulunmuş, 30 Ağustos 2008 tarihinde atandığı Genelkurmay Başkanlığı görevinden 30 Ağustos 2010 tarihinde emekliye ayrılmıştır.