Jandarma İstihbarat ve Terörle Mücadele ya da kısaca JİTEM, İçişleri Bakanlığı'nın onayı olmadan ve Genelkurmay Başkanlığı'ndan görüş alınmadan Jandarma Genel Komutanlığı'nın kendi inisiyatifiyle kurulan ve terörle mücadele kapsamında faaliyet yürüten bir oluşumdur. JİTEM'in varlığı uzun süre devlet kurumları tarafından onaylanmadı fakat Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın JİTEM ile ilgili başlattığı soruşturmada devlet, JİTEM'i resmen kabul etti. Kurumun Güneydoğu'daki pek çok faili meçhul cinayetten sorumlu olduğu da iddialar arasındadır.
Susurluk kazasının ardından TBMM'de kurulan Susurluk Komisyonu'na bilgi veren eski Jandarma Genel Komutanı Teoman Koman, "Jandarma teşkilatı içinde JİTEM adında legal ya da illegal bir örgüt kurulmadığını" savunmuş; ancak jandarma dışında bu ismi kullanıp kanunsuz işler yapan bir grubun olduğunu söylemiştir.
Binbaşı Ersever’in İtirafları kitabının yazarı araştırmacı Soner Yalçın’a göre JİTEM, 1987 yılında Binbaşı Arif Doğan tarafından Jandarma İstihbarat Daire Başkanlığı bünyesinde kurulmuş; İstanbul, Ankara, İzmir, Adana, Diyarbakır, Samsun ve Erzurum’da örgütlenmiştir. Yalçın, JİTEM içerisinde muvazzaflar ve hapishaneden özel izinle çıkarılan PKK itirafçılarının da olduğunu öne sürmüştür.
Emekli albay Arif Doğan'ın, 14 Ağustos 2008'de Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınmasıyla beraber JİTEM ile ilgili yeni bilgiler edinildi. Operasyon kapsamında Doğan’ın depo olarak kullandığı İstanbul Beykoz’daki bir evde yapılan aramalarda ise çok sayıda "JİTEM belgesi", 2 kaleşnikof marka tüfek, bin adet mermi ve bin boş kovan ile 280 adet el bombası bulundu. Doğan'dan ele geçirilen 1989-1991 yılları arasına ait dokümanlarda "JİTEM" adının kullanıldığı görülmektedir. Doğan ifadesinde JİTEM'i kendisinin kurduğu ve daha sonra Veli Küçük'e devrettğini itiraf etmiştir.
1990'lı yıllarda Diyarbakır ve çevresinde 8 kişi kaçırılarak öldürülmesi ile ilgili başlatılan soruşturmalarda, Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım, Abdülkadir Aygan ve albay Abdülkerim Kırca'nın aralarında bulunduğu 8 kişi olaylardan sorumlu tutuldu. 1992 açılan hazırlık soruşturmaları 2005'te sona erdi ve Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı 8 dosyayı birleştirerek dava açtı. Görevsizlik kararları nedeniyle 2009'a kadar askerî ve sivil mahkemeler arasında gidip gelen 8 cinayetle ilgili davaya Diyarbakır'da bulunan mahkemelerin bakması kararına varıldı.
Aygan'ın anlatımlarında geçen 1969 doğumlu Açık Öğretim 2. sınıf öğrencisi olan Murat Aslan; 10 Haziran 1994 gününde Diyarbakır'a bağlı Yenişehir Semti, Ali Amiri 1. Sokak'ta arkadaşlarıyla birlikteyken polis kimliği gösteren kişilerce yaka paça bir arabaya bindirilmiş ve o günden itibaren kendisinden haber alınamamıştır. Abdülkadir Aygan'ın yıllar sonra Ülkede Özgür Gündem gazetesine verdiği röportajda Abdülkerim Kırca'nın emriyle, Murat Aslan'ın zorla sivil Toros arabaya bindirilerek Silopi JİTEM İstihbarat Tim Komutanlığı'na götürüldüğünü ve burada işkenceyle sorgulandıktan sonra Dicle Nehri'nin kenarında Körtük Köyü'nün karşısına düşen bir derede üzerine benzin dökülerek, yakıldığını iddia edilmiştir. Aygan'ın ifadeleri üzerine Murat Aslan'ın babası İnsan Hakları Derneği Şube Başkanı Selahattin Demirtaş ve Diyarbakır Barosu Başkanı Sezgin Tanrıkulu ile 19 Nisan 2004 günü Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı'na başvurdular. Talep üzerine avukat heyeti ile askeri yetkililer ve bir doktorla olay yerine gidildi. Savcı Ayhan Önder'in açtırdığı mezardan, toprağın yaklaşık 15 cm altında yanık izleri belli olan kemikler çıktı. Yapılan DNA testinde kemiklerin Murat Aslan'a ait olduğu kesinleşti.
Bitlis'in ekibinden olan Mardin Jandarma Alay Komutanı Albay Rıdvan Özden'in, 12 Ağustos 1995'te PKK ile girdiği bir çatışmada alnından vurularak hayatını kaybettiği açıklanmış cenazesi eşinin talebine rağmen otopsi yapılmadan toprağa verilmişti. Mardin'de görev yaptığı sırada PKK ve JİTEM'in uyuşturucu ticaretini ortaya çıkaran ve resmî aracına kurulan bir