Günümüzde Yunanistan topraklarında bulunan Simavna kasabasında doğmuştur. Kesin doğum tarihi bilinmemekle beraber çeşitli kaynaklarda 1358, 1359 veya 1365 olarak verilir. Menakıbname'ye göre babası Endülüs'ten İslam Uleması diye gelmiş kendisini ustaca Müslüman Türk olarak kabul ettirmiştir. Daha sonra Simavna kadısı olur. Annesi Rum asıllı bir Hıristiyan iken Müslüman olan Melek Hatun'dur. Edirne'nin Osmanlılar tarafından alınmasından sonra ailesi ile buraya yerleşir.
Bedreddin önce Halep'e sonra Karaman ve Germiyan Beyliklerinin topraklarına gider. Gittiği yerlerde tanınmaktadır. Buradan Menderes Vadisi boyunca ilerleyerek Aydın'a gelir. Menakıbname'ye göre, yolu üzerindeki Nizar köyünde en önemli müritlerinden Börklüce Mustafa ile tanışır. Daha sonra Tire üzerinden İzmir'e geçer. Menakıbname'de İzmir'den, Hıristiyan nüfuslu Ceneviz hakimiyetindeki Sakız Adası'na geçtiği anlatılır.
Bu sırada Osmanlı Devleti Fetret Devri'ndedir. Şeyh Bedreddin Osmanlı Devletinin içinde bulunduğu yönetim bunalımı içinde Mehmet Han'ı desteklemiş ve kazaskeri olmuştur.Bir ihanettinden yada suçundan dolayı ailece İznik'e sürülmüştür.Sürgün olduğu sırada eski mürüdleri Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal'in ayrı ayrı yerlerde (Aydın ve Manisa) 1.Sultan Çelebi Mehmed'e karşı ayaklanma hazırlamıştır.Şeyh Bedrettin üç ayrı yerde birden mürüdleriyle birlikte ayaklanma çıkartmıştır.Börklüce Mustafa, Karaburun'da Beyazıd Paşay'la çarpışırken öldürülür ve isyan bastırılır.Torlak Kemal de Manisada yakalanır ve burada asılarak idam edilir.Sultan Mehmet isyanların başındaki kişi olarak gördüğü Şeyh Bedreddin'i Edirne'ye varamadan ele geçirir. Kendi fetvasıyla idam edilir. Serez çarşısında asılır ve burada defnedilir. Ölüm tarihi çeşitli kaynaklarda 1416 veya 1420 olarak verilir. 1961'de kemikleri, Divanyolu'ndaki II. Mahmut Türbesi haziresine defnedilmiştir.
Kazaskerliği sırasında kethüda olarak yanına aldığı Börklüce Mustafa, Bedreddin'in sürgüne gitmesiyle beraber Aydın'a döner. Burada Osmanlı idaresinden memnun olmayan köylüleri ve yoksul dervişleri etrafına toplayarak isyan eder. İsyanın merkezi Karaburun Yarımadasıdır. İsyancıların sayısını Bizanslı tarihçi Dukas 6.000, Osmanlı tarihçilerinden Şükrullah bin Şehabettin 4.000, İdris-i Bitlisi ise 10.000 olarak verir. İsyanı bastırmak üzere harekete geçen Saruhan Beyinin ordusu bozguna uğrar. Bunun üzerine Sultan Mehmet oğlu Murat ile veziri Beyazıt Paşa'yı bölgeye yollar. İsyan bastırılır isyancılar Börklüce Mustafa'nın gözü önünde kılıçtan geçirilir. Börklüce Mustafa ise bir deve üzerinde çarmıha gerilerek öldürülür ve şehirde gezdirilir.
Bu sırada Sinop üzerinden Eflak'a giden Bedreddin'in Edirne'ye dönüş yolculuğunda, Osmanlı otoritesinin çok güçlü olmadığı Balkan topraklarında kaynaşmalar başlar. Osmanlı tarihçileri Bedreddin'in düzenli bir isyan örgütlediğini yazarlar. Menakıbname ise Bedreddin'in tek amacının yeni yazmış olduğu Nurü'l-kulub adlı eserini sultana sunmak olduğunu yazar (Menakıbname'nin yazılış amaçlarından birinin de Bedreddin'i Osmanlı yöneticilerinin gözünde aklamak olduğu hatırda tutulmalıdır). Osmanlı ordusu bu isyanı da şiddetle bastırır ve Bedreddin ölüme mahkum olur.
İslam mistisizminin Vahdet-i Vücud okuluna mensup diğer mutasavvıfların etrafındaki tartışmaların bir benzeri Şeyh Bedreddin için de yapılmıştır. Kimileri kendisini bâtıl (yoldan sapmış) kimileri de büyük bir sûfi olarak görmüş hatta eseri Varidat'a şerhler yazmışlardır. Mutasavvıflardan Sofyalı Bâlî Efendi, Aziz Mahmud Efendi ilk görüşe sahip olanlardır. Ancak mutasavvıf ve şair Niyazi Mısri ve son devrin Melami şeyhlerinden Seyyid Muhammed Nur ikinciler arasında yer almışlardır.