dot plot - youreads
biyoinformatikte iki dna veya protein zincirini karsilastirmak icin kullanilan bir yontem. yontemde karsilastirilacak iki diziden biri bir tabloda yatay digeri ise dikey bicimde konumlandirilir. sonrasinda birbiri ile ayni olan noktalar tek tek isaretlendirilir.
kullanici tarafindan bir window size ve stringency degeri verilir. window size, tek seferde kac nukleotit/amino aside bakilacagini tanimlarken, stringency bunlardan en az kac tanesinin ayni olmasi gerektigini tanimlar. yani orani 11/7 verirseniz 11 tane pes pese gelen nukleotitin 7 tanesinin ayni olmasi beklenir. eger bu kosul saglaniyorsa, tabloya capraz bir cizik atilir. en sonunda ise soyle bir goruntu ortaya cikar: link
ortadan gecen capraz cizgiye yakin capraz cizgiler, benzerlik belirtisidir. ayni diziyi kendisi ile dot plot analizine tabii tutarsaniz ortada dumduz capraz bir cizgi cikar, bir de tekrarlar varsa kenarlardan onlar cikar. resimdeki ornek kendiyle dot plot analizi edilmis mesela en ortadan gecen duz cizgi gorulebiliyor. kalan gurultu de atatatatatat gibi tekrar eden kisimlara aittir buyuk ihtimalle.
yontem oldukca kolay ve faydali. soyle bir bakarak ne ifade ettigi anlasilabiliyor. yorumlamasi ve kullanimi guzel.
lelouch 12 Ağu 2016 16:25 *