Anatol J Cardiol. 2015; 15(3): 196-203 | DOI: 10.5152/akd.2014.5285
Hüseyin Altuğ Çakmak1, Burcu Bayoğlu2, Eser Durmaz1, Günay Can3, Bilgehan Karadağ1, Müjgan Cengiz2, Vural Ali1, Hüsniye Yüksel1
2Department of Medical Biology, Cerrahpaşa Medical Faculty, İstanbul University; İstanbul-Turkey
3Department of Public Health, Cerrahpaşa Faculty of Medicine, İstanbul University; İstanbul-Turkey
Objective: Coronary artery disease (CAD), which develops from complex interactions between genetic and enviromental factors, is a leading cause of death worldwide. Based on genome-wide association studies (GWAS), the chromosomal region 9p21 has been identified as the most relevant locus presenting a strong association with CAD in different populations. The aim of the present study was to investigate the association of two SNPs on chromosome 9p21 on susceptibility to CAD and the effect of these SNPs along with cardiovascular risk factors on the severity of CAD in the Turkish population.
Methods: This study had an observational case-control design. We genotyped 460 subjects, aged 30-65 years, to investigate the association of 2 SNPs (rs1333049, rs2383207) on chromosome 9p21 and CAD risk in Turkish population. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to analyze the 2 SNPs in CAD patients and healthy controls. The genotype and allelic variations of these SNPs with the severity of CAD was also assessed using semi-quantitative methods such as the Gensini score. Student’s t test and multiple regression analysis were used for statistical analysis.
Results: The SNPs rs1333049 and rs2383207 were found to be associated with CAD with an adjusted OR of 1.81 (95% Cl 1.05-3.12) and 2.12 (95% CI 1.19-4.10) respectively. After adjustment of CAD risk factors such as smoking, family history of CAD and diabetes, the homozygous AA genotype for rs2383207 increased the CAD risk with an OR 3.69. Also a very strong association was found between rs1333049 and rs2383207 and Gensini scores representing the severity of CAD (p<0.001).
Conclusion: The rs2383207 and rs1333049 SNPs on 9p21 chromosome were significantly associated with the risk and severity of CAD in the Turkish population.
Keywords: coronary artery disease, single nucleotide polymorphism, 9p21 chromosome, Turkish population
Türk popülasyonunda 9p21 kromozomundaki genetik varyasyonlar ile koroner arter hastalığı arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Amaç: Koroner arter hastalığı (KAH), genetik ve çevresel faktörlerin kompleks etkileşiminden meydana gelen, dünyada ölümlerin en önde gelen nedenidir. Genom tabanlı ilişki çalışmaları (GWAS) sonucunda 9p21 kromozom bölgesi farklı popülasyonlarda KAH ile en güçlü ilişkili lokus olarak bulunmuştur. Bu çalışmanın amacı, Türk popülasyonunda 9p21 kromozomu üzerindeki 2 tek nükleotid polimorfizmlerin (SNP) KAH yatkınlığı ile birlikte bu varyasyonların kardiyovasküler risk faktörleri ve KAH şiddeti ile olan ilişkilerinin incelenmesidir.
Yöntemler: Bu çalışma bir gözlemsel vaka-kontrol çalışmasıdır. Çalışmada Türk popülasyonunda 9p21 kromozomu üzerindeki 2 SNP (rs2383207 ve rs1333049)’nin KAH ile olan ilişkilerinin incelenmesi amacıyla 460 gönüllü kişinin (220 KAH, 240 sağlıklı kontrol) genotiplemesi yapılmıştır. KAH ve sağlıklı gönüllü gruplarında 2 SNP gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yöntemiyle analiz edildi. Ayrıca, bu SNP’lerin genotipik ve allelik varyasyonlarının KAH şiddetiyle olan ilişkileri Gensini skoru gibi yarı kantitatif metod ile değerlendirildi. İstatistiksel analiz için Student’s t testi ve çoklu regresyon analiz yöntemleri kullanıldı.
Bulgular: SNP rs1333049 ve rs2383207 sırasıyla 1,81 (%95 Cl 1,05-3,12) ve 2.12 (%95 CI 1,19-4,10) düzeltilmiş OR ile KAH ile ilişkili saptandı. Sigara, aile öyküsü ve diyabet gibi KAH risk faktörlerinin düzeltilmesi sonrasında rs2383207 için homozigot AA genotipi 3,69 düzeltilmiş OR ile KAH riskini arttırmıştır. Bu çalışmada ayrıca rs1333049 ve rs2383207 ile KAH şiddetini gösteren Gensini skoru arasında çok güçlü ilişki saptandı (p<0,001).
Sonuç: Türk popülasyonunda 9p21 kromozomu üzerindeki rs2383207 ve rs1333049 SNP’leri KAH riski ve şiddeti ile önemli derecede ilişkilidir.
Anahtar Kelimeler: koroner arter hastalığı, tek nükleotid polimorfizm, 9p21 kromozomu, Türk popülasyonu
Hüseyin Altuğ Çakmak, Burcu Bayoğlu, Eser Durmaz, Günay Can, Bilgehan Karadağ, Müjgan Cengiz, Vural Ali, Hüsniye Yüksel. Evaluation of association between common genetic variants on chromosome 9p21 and coronary artery disease in Turkish population. Anatol J Cardiol. 2015; 15(3): 196-203