Aydoğdu, Amasya ilinin Merkez ilçesine bağlı bir köydür.
15. yüzyılda Aydınoğulları Beyliği'nden ayrılarak Amasya civarına gelen göçerlerin önemli bir kısmı (Karakeçili Yörükleri) Akdağ'da bulunan Sofular, Aktaş ve Karakese köylerine yerleşmişlerdir. Söz konusu göçerlerin bir kısmının bu günkü Aydoğdu köyü ve arazisini 19. yüzyıl sonlarından itibaren çiftlik amaçlı kullandıkları bilinmektedir. Aydoğdu; kışın kalınan ve yazın çoğunlukla terk edilen bir yerleşim haline gelmiştir. Köy halkının hemen hepsi aynı bölgedendir. Bu şekilde 1970'lere kadar düzenli bir şekilde, yazın yaylada, kışın Aydoğdu'da ikamet eden köy halkının aynı şekilde Yıkılgan, Kışlacık ve Kırkseki köylerine yerleşen akrabaları mevcuttur. Yerleşik hayata alışan, hayvancılıktan ziyade çiftçiliği öğrenen, şehre daha sık giden ve hatta yerleşen, çocuklarını okutmaya başlayan köy halkı, 1980'lerde köye daha fazla önem vermiş, bu yıllarda telefon, elektrik, su, yol gibi hizmetler kullanılır olmuştur.
Köye ismini veren olay ise Amasya'da ayın Cumhuriyet'ten önce takvim amaçlı köyün yanında bulunan Davuldüğeceği Mevkiinden izlenmesidir. Aydoğdu bir yörük köyüdür. Halkı çalışkan, iyi niyetli, misafirperver, dürüst ve saygılıdır. Ayrıca yörede zenginliği ile tanınmaktadır.
Köyde genç nüfus neredeyse kalmamıştır. Hemen herkesin şehirde evi vardır; işini gören, şehre dönmektedir. Köyde halkın okuma-yazma oranı yüksektir. Amasya'da ve hatta şehir dışında okuyan, çalışan, yaşayan birçok kişi bayramlarda köyünü, mezarlarını mümkün mertebe ziyaret etmektedir.
Köy halkı tipik Türkmen geleneklerine sahiptir. Hayatın, dinî inanışların, kıyafetlerin ve hatta konuşmaların içinde şamanizmin etkisi farkedilebilmektedir. Simsim oyunu, düğün eğlenceleri, şerbetler ve karbonhidrat ağırlıklı yemeklerinde İç Anadolu etkisi görülür. En çok sevilen yemekler; keşkek, haşhaşlı çörek, bazlama, kesme ev makarnası ve gözlemedir. Sebzeler yazın kurutularak saklanır, kışın tüketilir.
Aydoğdu Köyü Amasya il merkezine 21 Km. uzaklıktadır. Boğaköy, Yıldız (Kötüköy) ve Bulduklu ile komşudur.
Köyün iklimi, Karadeniz ikliminin ve karasal iklimin etki alanı içerisindedir.